Добірка наукової літератури з теми "Плазміда"

C использованием нелинейного уравнения синус-Гордона и его решения - кинка - моделировали и изучали динамику транскрипционного пузыря в плазмиде pPF1. На основе рассчитанного энергетического профиля плазмиды pPF1 и ее модификаций было показано, что минимальная потенциальная энергия формирования кинка или нуклеации транскрипционного пузыря соответствует области между генами белков Egfp и mCherry. Вставка в область между Egfp и mCherry однородных последовательностей показала, что кинк с большей вероятностью активируется в polyT или polyC по сравнению с polyA или polyG, что свидетельствует о зависимости нуклеации транскрипционного пузыря от физической массы оснований. В случае вставок в область между Egfp и mCherry небольших фрагментов природной последовательности Escherichia coli модель позволяет выявить нити ДНК с наибольшей вероятностью нуклеации транскрипционного пузыря и соответственно определить направление (в сторону гена Egfp или mCherry) транскрипции, что говорит о связи между направлением транскрипции и энергетическим профилем плазмиды.

Вступ. Для діагностики гістологічних стадій хронічних дифузних захворювань печінки поряд із трепанобіопсією широко використовують плазмові маркери. Мета дослідження – визначити активність цистеїнових катепсинів В, L, H і вміст інгібіторів протеолізу α1-антитрипсину та α2-макроглобуліну в плазмі крові пацієнтів із хронічними дифузними захворюваннями печінки невірусної етіології. Методи дослідження. Об’єкт дослідження – плазма крові пацієнтів із хронічними дифузними захворюваннями печінки (n=51) віком 28–60 років, які перебували на стаціонарному лікуванні у відділенні захворювань печінки та підшлункової залози Інституту гастроентерології НАМН України. Контрольну групу становили здорові волонтери (n=15) віком від 25 до 52 років. Активність катепсинів В, L, Н визначали відносно N-α-бензоїл-DL-аргінін-4-нітроанілід гідрохлориду, азоказеїну, окситоцину відповідно. Для визначення вмісту інгібіторів у плазмі крові як субстрат використовували розчин N-α-бензоїл-DL-аргінін-4-нітроанілід гідрохлориду. Результати й обговорення. Порівняно з групою практично здорових донорів статистично значущі відмінності зафіксовано в таких групах: у пацієнтів із стеатогепатитом активність катепсину В зростала на 26,7 %, а рівень α2-макроглобуліну знижувався на 30,7 %; у хворих на хронічний вірусний гепатит з переходом у цироз активність катепсину В підвищувалась на 43,8 %, активність катепсину H зменшувалась на 35,0 %, а вміст α2-макроглобуліну, навпаки, збільшувався на 71,5 %; у пацієнтів із стеатогепатозом активність катепсинів L та H знижувалась на 22,1 і 25,0 % відповідно, а концентрація α1-антитрипсину зростала на 19,30 %. Висновок. Визначення рівня інгібіторів разом з активністю цистеїнових катепсинів у плазмі крові можна запропонувати як неінвазивні маркери при хронічних дифузних захворюваннях печінки невірусної етіології.

В останні роки зростає резистентність до β-лактамних антибіотиків основних збудників інфекцій сечової системи, що пов'язана з виробленням плазмід-індукованих β-лактамаз розширеного спектру (βЛРС). Тому, метою дослідження було вивчити наявність плазмід-індукованих βЛРС серед збудників хронічного пієлонефриту (ХП) і виявити основні фактори, що можуть сприяти колонізації сечового тракту βЛРС-продукуючими бактеріями. Виявлення βЛРС проводили методом полімеразної ланцюжкової реакції. Серед обстежених 105 хворих, у 22 (20,9%) збудниками виявилися штами з плазмідними генами резистентності: 11 (36,7%) генів blaTEM, 11 (36,7%) – blaCTX-M, i 8 (26,7%) – blaSHV. У хворих із супутнім цукровим діабетом 2 типу (ЦД), частота виявлення плазмідних βЛРС дещо вища ніж у пацієнтів без ЦД 2 типу (31,3% vs. 27,4%), проте достовірно не відрізнялась поміж груп. До факторів, що сприяли колонізації сечового тракту бактеріями з плазмідними βЛРС відносяться: вік 55 років і вище, наявність ХХН ІІІ та ІV стадій, факт стаціонарного лікування упродовж останнього року, прийом антибіотиків з різних причин у поточному році. Наявність генів стійкості серед уропатогенів може свідчити про високу швидкість поширення між ними за допомогою плазмід. Тому, вивчення та виділення плазмід-індукованих βЛРС важливо для оптимального вибору антибіотика для емпіричної терапії.

Проведены клонирование и анализ свойств целлюлазы Penicillium sp. ‘occitanis’. Ген был обнаружен в геномных данных базы NCBI. Получена плазмида pPZL-4xBGLU-Pocc, несущая четыре копии конструкции, экспрессирующей ген целлюлазы P. sp. ‘occitanis’. Плазмида была клонирована в штамм дрожжей Komagataella phaffii T07 под контроль промотора и терминатора гена AOX1. Было клонировано четыре копии экспрессирующей конструкции. В результате получен штамм K. phaffii T07 BGLU-4xPocc. Максимальный уровень экспрессии этого штамма составил ~4 000 000 Ед/л культуральной жидкости при культивировании в 5-литровом биореакторе. Полученный белок, согласно данным гельэлектрофореза, дает полосу ~39.5 кДа, что соответствует расчетной массе, и обширную область примерно от 42 до 70 кДa. Формирование этой области говорит о возможном гликозилировании белка при экспрессии в K. phaffii. Анализ свойств фермента показал, что температурный оптимум активности составляет 55–65 °С, рН оптимум – примерно 1.5–2. Фермент сохраняет 50 % активности при pH от 1.5 до 6 и от 30 до 80 °С. Он стабилен при температуре ниже 75 °С в течение 4 ч, но при 85 °С за 4 ч теряет 50 % активности. Фермент устойчив при рН от 4 до 7.5.

Актуальність: оксид графену – це одношаровий графіен, у якому вуглецеві зв’язки на поверхні більшою мірою зв’язані з киснем. Такий матеріал просто отримати у водневому розчині і осадити на будь-яку підкладку. Відновлений оксид графену є двовимірним матеріалом, який перспективний для виготовлення на його основі різних типів сенсорів – від сенсорів інфрачервоного випромінювання до хімічних газових сенсорів. Тому отримання відновленого оксиду графена з високою електричною провідністю за низьких температур відпалу дозволяє мати базовий дешевий двовимірний матеріал для різних типів сенсорів на гнучких підкладках, що необхідно для медичної галузі, робототехніки і гнучкої мікро- та фотоелектроніки. Зв’язок роботи з науковими програмами, планами, темами кафедри: тема роботи відповідає пріорітетному науковому напрямку кафедри загальної фізики та фізики твердого тіла – «Фундаментальні наукові дослідження з найбільш важливих проблем розвитку науково-технічного, соціально-економічного, людського потенціалу для забезпечення конкурентоспроможності України у світі та сталого розвитку суспільства і держави». Об’єкт дослідження: дослідження оптичних та електрофізичних властивостей плівок оксиду графену після різних низькотемпературних методів відпалу. Предмет дослідження: оксид графену, відновлений за низької температури в ВЧ плазмовому розряді. Мета роботи: дослідження впливу плазмової обробки на фізикохімічні і електрофізичні властивості оксиду графену, порівняння їх з низькотемпературним термічним відновлення. Отримання базового матеріалу для газових та температурних сенсорів. Методи дослідження: інфрачервона спектроскопія, XPS спектроскопія, вольт-амперні характеристики, температурна і частотна залежності електричної провідності. Відомості про обсяг звіту, кількість ілюстрацій, таблиць, додатків і літературних найменувань за переліком використаних: звіт складається з переліку умовних позначень, символів, скорочень і термінів, вступу, основної частини (три розділі), висновків, переліку джерел посилання (72); містить 30 рисунків та 10 таблиць. Повний обсяг звіту – 88 сторінок. Мета індивідуального завдання, використані методи та отримані результати: метою індивідуального завдання є дослідження хімічних зв’язків та електрофізичних властивостей у плівках оксиду графену відновленого у ВЧ плазмовому розряді в атмосфері водню: провідність на змінному струмі, температурні залежності оксиду графену, визначення механізму провідності, температурного коефіцієнту питомого опору. Було показано, що низькотемпературна плазмова обробка оксиду графена в суміші азота і водню терміном 5 секунд призводить до значного зменшення електричного опору двовимірної плівки (до 8 порядків величини) значно більшого (до 2 порядків) ніж термічний відпал при 350ºС в вакуумі терміном 15 хвилин, що свідчить про вплив на плівку нетермічних факторів, які мають місце під час ВЧ плазмової обробки. Було встановлено, що механізм провідності плівки може бути описаний механізмом Мотта (стрибковою провідністю по пасткам, локалізованим біля рівня Фермі) на двох ділянках частотної і температурної залежностях провідності з різними параметрами, що свідчать про неоднорідність отриманої плівки. Плівки відновленого оксиду графена демонструють значний температурний коефіцієнт опору, значно кращий ніж золото і срібло, що дозволяє його пропанувати в якості сенсора температури в діапазоні від -50 до +100С. Новизна: вперше показано, що плівки оксиду графена можуть бути значно відновлені за допомогою низькотемпературного прямого впливу ВЧ плазмового розряду в атмосфері азотно-водневої суміші. Значний температурний коефіцієнт опору свідчить, що плівки відновленого графену можуть бути використані, як температурний сенсор на гнучкій пластиковій підкладці. Висновок: дослідження хімічних зв’язків у плівках оксиду графену методом ІЧ спектроскопії показують ефективне введення водневих і азотних зв’язків в графенову структуру під час обробки ВЧ плазмовим розрядом у формінг газі. Відпал при плазмовій обробці проводився при нижчих значеннях температури і тривалості, ніж термічний відпал однак провідність зразків після плазмової обробки є вищою на порядок, що свідчить про значний вплив на параметри матеріалу нетермічних факторів, що мають місце при плазмовій обробці матеріалу. Температурний коефіцієнт опору плазмово-відновленного оксиду графена значно вище, ніж у плівок золота, срібла та вуглецевих нанотрубок. Представлені результати свідчать, що відновлений за низьких температур оксид графену є дуже перспективним матеріалом для створення сенсорів температури на гнучких підкладках.
Topicality: oxide graphene - a single layer of graphite where carbon bonds on the surface are more connected with oxygen. This material just get in the hydrogen solution and precipitate any substrate. Reduced graphene oxide is a two dimensional material that is promising for the manufacture of various types of sensors - from infrared sensors to chemical gas sensors. Therefore, obtaining reduced graphene oxide with high electrical conductivity at low annealing temperatures allows to have a basic cheap two-dimensional material for different types of sensors on flexible substrates, which is necessary for the medical industry, robotics and flexible micro- and photoelectronics. Relationship of work with scientific programs, plans, themes cathedra: оbject of research: The theme of the work corresponds to the priority scientific direction of the Department of General Physics and Solid State Physics - "Fundamental research of the most important issues of scientific, technical, socioeconomic, human potential to ensure Ukraine's competitiveness in the world and sustainable development of society and state." The goal of the work: research the effect of plasma treatment on the physicochemical and electrophysical properties of graphene oxide, comparing them with low-temperature thermal reduction. Obtaining basic material for gas and temperature sensors. Object of research: research optical and electrophysical properties of graphene oxide films after various low-temperature annealing methods. Subject of research: graphene oxide reduced at low temperatures in the RF plasma discharge. Research methods: infrared spectroscopy, XPS spectroscopy, volt-ampere characteristics, temperature and frequency dependence of electrical conductivity. Information about the volume of the report, the number of illustrations, tables, applications and literary names in the list of used ones: the report consists of a list of symbols, symbols, abbreviations and terms, introduction, main part (three sections), conclusions, list of reference sources (72); contains 29 figures and tables. Full report – 85 pages. The purpose of the individual task, the methods used and the results obtained: the purpose of the individual task is to study the chemical bonds and electrophysical properties in films of graphene oxide reduced in RF plasma discharge in a hydrogen atmosphere: conductivity on alternating current, temperature dependences of graphene oxide, determination of the conductivity mechanism, temperature resistivity. It was shown that low-temperature plasma treatment of graphene oxide in a mixture of nitrogen and hydrogen for 5 seconds leads to a significant reduction in electrical resistance of the two-dimensional film (up to 8 orders of magnitude) much greater (up to 2 orders of magnitude) than thermal annealing at 350 ° C in vacuum for 15 minutes. indicates the effect on the film of non-thermal factors that occur during RF plasma treatment. It was found that the mechanism of film conductivity can be described by the Mott mechanism (hopping conductivity on traps located near the Fermi level) in two sections of frequency and temperature dependences of conductivity with different parameters indicating the heterogeneity of the obtained film. The reduced graphene oxide films show a significant temperature coefficient of resistance, much better than gold and silver, which allows it to be propagated as a temperature sensor in the range from - 50 to + 100C. Novelty: for the first time it was shown that graphene oxide films can be significantly reduced by low-temperature direct exposure to RF plasma discharge in an atmosphere of nitrogen-hydrogen mixture. The significant temperature coefficient of resistance indicates that the films of reduced graphene can be used as a temperature sensor on a flexible plastic substrate. Conclusion: research of chemical bonds in graphene oxide films by IR spectroscopy show the effective introduction of hydrogen and nitrogen bonds into the graphene structure during the treatment of RF plasma discharge in the forming gas. Annealing in plasma modification was performed at lower values of temperature and duration than thermal annealing, but the conductivity of the samples after plasma treatment is higher by an order of magnitude, indicating a significant effect on material parameters of non-thermal factors occurring in plasma modification of material. The temperature coefficient of resistance of plasma-reduced graphene oxide is much higher than that of gold, silver and carbon nanotube films. The presented results show that graphene oxide reduced at low temperatures is a very promising material for creating temperature sensors on flexible substrates.

Das S., Dash H. R. Microbial Biotechnology – A laboratory Manual for Bacterial Systems. New Delhi: Springer India, 2015. P. 35-72. DOI 10.1007/978-81-322-2095-4_2
The acquisition of practical skills in the genetic transformation of microorganisms is an integral part of the training of biotechnology students. The most common study practice is the integration of the green fluorescent protein (GFP) gene from jellyfish and the gene of ampicillin resistance into bacterial cells. The aim of the work was to adapt the standard procedure of bacterial transformation for educational purposes at the Department of Biotechnology of NAU. Отримання практичних навичок з генетичної трансформації мікроорганізмів є невід'ємною складовою підготовки студентів-біотехнологів. Найпоширенішою практикою вивчення є інтеграція гену зеленого флуоресцентного білку (GFP) медузи і гену стійкості до ампіциліну до клітин бактерій. Метою цієї роботи було адаптувати стандартну процедуру бактеріальної трансформації з навчальною метою на кафедрі біотехнології НАУ.