Добірка наукової літератури з теми "Infections à Blastocystis – épidémiologie"
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Статті в журналах з теми "Infections à Blastocystis – épidémiologie"
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Bertholom, Chantal. "Épidémiologie des infections." Option/Bio 29, no. 579-580 (May 2018): 13–15. http://dx.doi.org/10.1016/s0992-5945(18)30109-0.
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Bertholom, Chantal. "Épidémiologie des infections fongiques." Option/Bio 29, no. 579-580 (May 2018): 19–20. http://dx.doi.org/10.1016/s0992-5945(18)30112-0.
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Diarthini, Ni Luh Putu Eka, I. Kadek Swastika, Luh Ariwati, Rahmadany Isyaputri, Moh Yasin Fitri N, Sri Hidajati, and Sukmawati Basuki. "BLASTOCYSTIS AND OTHER INTESTINAL PARASITES INFECTIONS IN ELEMENTARY SCHOOL CHILDREN IN DUKUH VILLAGE, KARANGASEM DISTRICT, BALI." Indonesian Journal of Tropical and Infectious Disease 7, no. 3 (October 31, 2018): 57. http://dx.doi.org/10.20473/ijtid.v7i3.7323.
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Blastocystis spp. is the most common enteric parasitic infection found in several community surveys from developing countries. Blastocystis infections may cause gastrointestinal symptoms, but also cause extraintestinal symptoms such as urticaria and joint pain. Blastocystis infection can also be asymptomatic or a carrier. However, the prevalence of Blastocystis infection in children has not yet been fully investigated in Indonesia, particularly in Bali Province. This study aimed to determine the prevalence of Blastocystis and other intestinal parasites in elementary school children stools in Dukuh village, Karangasem regency. A cross sectional study was conducted in September 2016. A total of 103 school children stools were collected by informed consent and parasites were examined by microscopy with wet mounts method using Lugol’s iodine solution. Thirty-five school children were infected with Blastocystis spp. (35/103, 34%) that consisted of a single infection (29/35, 82.9%) and mix infection with other parasites (6/35, 17.1%). The mix infections were Blastocystis spp. and hookworm infection (1/6, 16.7%), Blastocystis spp. and Entamoeba coli (1/6, 16.7%), Blastocystis spp. and Giardia lamblia (2/6, 33.3%), Blastocystis spp. and Entamoeba histolytica/ Entamoeba dispar (1/6, 16.7%) and Blastocystis spp. and Entamoeba histolytica/ Entamoeba dispar and Giardia lamblia (1/6, 16.7%). The vacuolar forms of Blastocystis were dominantly found, in which was non-infectious form, whereas the infectious form is the cyst form and Blastocystis density was observed less than 5 cells per field of view at 400 magnification in all cases. This study concluded that the high prevalence of Blastocystis infection in elementary school children in Dukuh Village, Karangasem District, Bali that were dominantly single infections and several mix infections with other intestinal parasites. The high prevalence of Blastocystis infection in elementary school children suggested that it needs proper prevention measures for the children in this study area.
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Bertholom, Chantal. "Épidémiologie des infections sexuellement transmissibles." Option/Bio 27, no. 537-538 (January 2016): 15–16. http://dx.doi.org/10.1016/s0992-5945(16)30050-2.
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Bertholom, Chantal. "Épidémiologie des infections à HPV." Option/Bio 29, no. 581-582 (June 2018): 15–17. http://dx.doi.org/10.1016/s0992-5945(18)30254-x.
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Dromer, F. "Épidémiologie des infections fongiques nosocomiales." Réanimation Urgences 5, no. 4 (January 1996): 3s—6s. http://dx.doi.org/10.1016/s1164-6756(96)80168-x.
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Sultan, S. "Épidémiologie des infections sexuellement transmissibles." Côlon & Rectum 8, no. 2 (March 25, 2014): 84–87. http://dx.doi.org/10.1007/s11725-014-0517-7.
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Rudzińska, Monika, Beata Kowalewska, and Katarzyna Sikorska. "Laboratory diagnostics of Blastocystis infections – challenges and controversies." Diagnostyka Laboratoryjna 56, no. 1 (August 21, 2020): 27–34. http://dx.doi.org/10.5604/01.3001.0014.3610.
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Blastocystis is a unicellular intestinal organism with undetermined pathogenicity, one of the most commonly detected in human stool samples around the world. Sometimes their presence may contribute to the development of blastocystosis manifested by gastrointestinal complaints such as abdominal pain, diarrhea, flatulence, and nausea of varying severity with periods of exacerbation and remission. Due to the significant polymorphism (at least 4 morphological forms and a large range of sizes), and the delicate, easily degradable structure, recognition of Blastocystis in microscopic stool smears is difficult. They are easily overlooked or confused with other microorganisms present in the feces. There is a lack of a standardized procedure for the diagnostics of blastocystosis. In inter-laboratory comparative studies, Blastocystis is the most inconsistently detected intestinal eukaryote. The article discusses the difficulties in diagnosing blastocystosis, and the methods used to detect Blastocystis in terms of their usefulness in a medical diagnostic laboratory.
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Abarca, Nadia, Mónica Santín, Sheila Ortega, Jenny G. Maloney, Nadja S. George, Aleksey Molokin, Guillermo A. Cardona, et al. "Molecular Detection and Characterization of Blastocystis sp. and Enterocytozoon bieneusi in Cattle in Northern Spain." Veterinary Sciences 8, no. 9 (September 11, 2021): 191. http://dx.doi.org/10.3390/vetsci8090191.
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Some enteric parasites causing zoonotic diseases in livestock have been poorly studied or even neglected. This is the case in stramenopile Blastocystis sp. and the microsporidia Enterocytozoon bieneusi in Spain. This transversal molecular epidemiological survey aims to estimate the prevalence and molecular diversity of Blastocystis sp. and E. bieneusi in cattle faecal samples (n = 336) in the province of Álava, Northern Spain. Initial detection of Blastocystis and E. bieneusi was carried out by polymerase chain reaction (PCR) and Sanger sequencing of the small subunit (ssu) rRNA gene and internal transcribed spacer (ITS) region, respectively. Intra-host Blastocystis subtype diversity was further investigated by next generation amplicon sequencing (NGS) of the ssu rRNA gene in those samples that tested positive by conventional PCR. Amplicons compatible with Blastocystis sp. and E. bieneusi were observed in 32.1% (108/336, 95% CI: 27.2–37.4%) and 0.6% (2/336, 95% CI: 0.0–1.4%) of the cattle faecal samples examined, respectively. Sanger sequencing produced ambiguous/unreadable sequence data for most of the Blastocystis isolates sequenced. NGS allowed the identification of 10 Blastocystis subtypes including ST1, ST3, ST5, ST10, ST14, ST21, ST23, ST24, ST25, and ST26. All Blastocystis-positive isolates involved mixed infections of 2–8 STs in a total of 31 different combinations. The two E. bieneusi sequences were confirmed as potentially zoonotic genotype BEB4. Our data demonstrate that Blastocystis mixed subtype infections are extremely frequent in cattle in the study area. NGS was particularly suited to discern underrepresented subtypes or mixed subtype infections that were undetectable or unreadable by Sanger sequencing. The presence of zoonotic Blastocystis ST1, ST3, and ST5, and E. bieneusi BEB4 suggest cross-species transmission and a potential risk of human infection/colonization.
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Pietrzak-Makyła, Barbara, Krzysztof Korzeniewski, Paweł Gładysz, and Anna Lass. "Detection and Molecular Characterization of Blastocystis Species in Polish Soldiers Stationed in the Republic of Kosovo." International Journal of Molecular Sciences 24, no. 18 (September 14, 2023): 14100. http://dx.doi.org/10.3390/ijms241814100.
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Blastocystis species (sp.) is one of the less well-understood water- and foodborne protozoa of medical and veterinary importance linked to different gastrointestinal disorders. Soldiers participating in military missions are particularly vulnerable to infection with this protozoa. The present study used molecular methods to detect, identify, and subtype (ST) Blastocystis sp. in Polish soldiers stationed in the Republic of Kosovo. Fecal samples were collected from 192 soldiers on arrival and after four months of stay. After DNA extraction, the barcoding region of the small subunit ribosomal RNA (SSU-rRNA) gene was amplified and sequenced. The DNA of Blastocystis sp. was detected in six (3.13%) and thirty (15.16%) samples in the first and second batch, respectively. Sequencing analysis revealed infections with ST 2, 3, 4, and 7. There was no statistical association between Blastocystis sp. infection and the parasite’s ST or the age or rank of soldiers. The results indicate that the visit to a new environment and prolonged stay in the area of military operation in Kosovo resulted in a significant increase in both Blastocystis sp. infections and ST diversity among surveyed soldiers. This shows the need to undertake appropriate countermeasures to reduce Blastocystis infections in the military environment abroad.
Дисертації з теми "Infections à Blastocystis – épidémiologie"
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Guilavogui, Timothé. "Parasitoses intestinales en Guinée : Epidemilologie moléculaire des Protozoaires Blastocystis et Cryptosporidium et Implication de ces microorganismes dans les modifications du microbiote intestinal." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2024. http://www.theses.fr/2024ULILS075.
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Les parasitoses intestinales ont un impact majeur en santé publique en particulier dans les pays en voie de développement où ces infections sont endémiques et restent l'une des principales causes de morbidité et de mortalité dans la population. Les pays de l’Afrique sub-saharienne sont ainsi les plus touchés en lien avec des conditions sanitaires précaires et un système d’assainissement de l’eau de consommation défaillant associés à une pauvreté et une promiscuité favorisant la transmission et l’expansion de ces parasitoses. Pourtant, ces infections restent encore largement sous-estimées dans de nombreux pays africains comme la Guinée. Aussi une première revue a permis d’évaluer la situation vis à vis des maladies tropicales négligées qui représentent une priorité du Ministère de la Santé guinéen. En faisant abstraction des helminthiases, ce panorama ne prenait pas en compte les parasitoses intestinales. Aussi, à travers une revue systématique et une méta-analyse, un bilan de leur prévalence a été dressé en Guinée mais les données concernant l’impact potentiel des protozoaires intestinaux comme Blastocystis sp. et Cryptosporidium spp. étaient quasi inexistantes. De larges enquêtes épidémiologiques de terrain ont alors été menées dans la région de Conakry afin d’obtenir, via l’utilisation de méthodes moléculaires, les premières valeurs de prévalence et données de sous-typage des isolats pour ces deux protozoaires. La prévalence très élevée (78%) observée pour Blastocystis sp.au sein d’une cohorte de 500 individus mettait en avant une circulation très active de ce parasite dans la population guinéenne. De plus, le sous-typage des isolats présents montrait une prédominance très marquée des sous-types (STs) anthroponotiques (ST1-ST4) de Blastocystis sp. en lien avec une large transmission inter-humaine. En parallèle, l’identification d’un nombre significatif d’isolats de ST14 adapté aux bovins suggérait une transmission zoonotique significative. Concernant Cryptosporidium spp., sa prévalence dans un groupe de plus de 800 participants n’était que de 0,12% avec un seul isolat de C. hominis caractérisé. Cependant, cette fréquence était cohérente avec celles déjà rapportées dans certains pays africains en analysant des populations globales et non des groupes de jeunes enfants plus susceptibles à cette infection. En lien avec la fréquence élevée de Blastocystis sp., une première étude en Guinée a été réalisée sur l’impact de la colonisation par ce protozoaire sur le microbiote intestinal. Cette colonisation a un impact significatif sur le microbiote intestinal bactérien, et un impact beaucoup moins prononcé sur le microbiote eucaryotique. Cette étude apportait ainsi une nouvelle preuve de l’impact bénéfique des STs anthroponotiques de Blastocystis sp. sur le microbiote intestinal, la colonisation par le protozoaire étant associée à des effets positifs sur la diversité et la composition bactérienne de cet écosystème. Toutes ces données épidémiologiques seront accessibles pour les autorités sanitaires guinéennes afin de sensibiliser la population à cette problématique de santé publique et mettre en place des mesures de contrôle et de prévention afin de limiter l’impact des parasitoses intestinalesIntestinal parasitic infections have a major impact on public health, particularly in developing countries where these infections are endemic and remain one of the primary causes of morbidity and mortality in the population. Sub-Saharan African countries are the most affected, due to poor sanitation conditions and inadequate drinking water sanitation systems, combined with poverty and crowded living conditions that facilitate the transmission and spread of these parasitic infections. Yet, these infections remain largely underestimated in many African countries, such as Guinea. An initial review helped assess the situation regarding neglected tropical diseases, which are a priority for the Guinean Ministry of Health. However, this overview did not include intestinal parasitic infections, focusing instead on helminthiases. Therefore, a systematic review and meta-analysis were conducted to evaluate the prevalence of these infections in Guinea. However, data on the potential impact of intestinal protozoa like Blastocystis sp. and Cryptosporidium spp. were almost non-existent. Consequently, large-scale field epidemiological surveys were conducted in the Conakry region to obtain, using molecular methods, the first prevalence rates and subtyping data for these two protozoa. A very high prevalence (78%) of Blastocystis sp. was observed in a cohort of 500 individuals, highlighting an active circulation of this parasite within the Guinean population. Additionally, subtyping of the isolates revealed a marked predominance of anthroponotic subtypes (ST1-ST4) of Blastocystis sp., indicative of extensive human-to-human transmission. In parallel, the identification of a significant number of ST14 isolates, which are adapted to cattle, suggested notable zoonotic transmission. Concerning Cryptosporidium spp., its prevalence in a group of over 800 participants was only 0.12%, with a single C. hominis isolate identified. However, this frequency aligns with those reported in other African countries when examining general populations rather than young children, who are more susceptible to this infection. In relation to the high prevalence of Blastocystis sp., the first study in Guinea was conducted on the impact of colonization by this protozoan on the intestinal microbiota. This colonization significantly impacts the bacterial gut microbiota, with a much less pronounced effect on the eukaryotic microbiota. This study thus provided new evidence of the beneficial impact of anthroponotic STs of Blastocystis sp. on the gut microbiota, as colonization by the protozoan was associated with positive effects on the diversity and bacterial composition of this ecosystem. All these epidemiological data will be available to Guinean health authorities to raise public awareness on this public health issue and implement control and prevention measures to limit the impact of intestinal parasitic infections
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Cian, Amandine. "Epidémiologie, circulation, colonisation du parasite entérique unicellulaire Blastocystis sp." Thesis, Lille 2, 2016. http://www.theses.fr/2016LIL2S029/document.
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Les protozooses digestives restent une des premières causes de morbidité, de malnutrition et de mortalité dans le monde. Cependant, la biologie de certains protozoaires entériques comme Blastocystis est mal connue et il reste négligé par les autorités sanitaires. Ce parasite colonise le tractus intestinal de l’Homme et de nombreux animaux. Son principal mode de transmission est la voie oro-fécale et sa prévalence peut dépasser 50% dans les pays en développement. Il présente une large diversité génétique avec 17 sous-types (STs) identifiés à ce jour. Un large faisceau de données récentes suggère que l’infection à Blastocystis est associée à une variété de troubles gastro-intestinaux et de l’urticaire.Dans le cadre de ma thèse, des études épidémiologiques ont été menées dans différents pays (Liban, Sénégal, France) afin de déterminer la prévalence de ce parasite dans la population humaine et identifier des facteurs de risque d’infection. En parallèle, à travers une enquête dans des zoos français, des réservoirs animaux de transmission zoonotique du parasite ont été proposés. D’autre part, les mécanismes impliqués dans la colonisation de l’hôte par Blastocystis ont été étudiés.Dans le cadre des enquêtes épidémiologiques, le parasite a été recherché dans les selles par PCR en temps réel et l’amplicon obtenu séquencé pour le sous-typage. La première étude menée au Liban a montré une prévalence de 19% dans la population générale mais cette prévalence atteint 60% dans une population d’écoliers vivant dans la même région. Une prévalence de 100% a été obtenue dans une cohorte d’enfants sénégalais. Ces fortes prévalences s’expliquent par des conditions d’hygiènes très précaires. Le ST3 était prédominant dans ces deux pays suivi des ST1 et ST2. Dans une étude multicentrique menée en France, une prévalence globale de 18,3% a été obtenue avec une prédominance du ST3 suivi des ST1, ST4 et ST2. Cette distribution est aussi celle observée dans une majorité de pays européens. Dans l’étude française, des variables (voyage récent, âge, saison) ont été identifiés comme des facteurs de risque de transmission du parasite. Le contact avec des animaux peut représenter un autre facteur de risque du fait du potentiel zoonotique du parasite. Dans une large étude épidémiologique réalisée dans deux zoos français sur plus de 160 espèces animales, la prévalence globale de Blastocystis dépasse 30% avec des variations importantes selon les groupes d’animaux. En comparant la distribution des STs entre l’Homme et les différents groupes d’animaux, les primates, les artiodactyles (bovins et cochons) et les oiseaux représenteraient les principaux réservoirs potentiels d’infection pour l’Homme.Une association entre l’infection à Blastocystis et l’appendicite a été mise en évidence chez une enfant au Maroc confirmant la pathogénie et le potentiel invasif et inflammatoire du parasite. De plus, 26 autres membres de sa famille ont présenté des symptômes digestifs suggérant une épidémie de blastocystose d’origine hydrique. L’hypothèse d’une relation entre ST de Blastocystis et pouvoir pathogène a été émise d’où l’intérêt d’une étude de génomique comparative afin d’identifier des facteurs de virulence pouvant être spécifiques d’un ST. A ce jour, aucune différence n’a pu être mise en évidence entre le génome de ST4 séquencé durant ma thèse et celui de ST7 disponible dans les bases de données alors qu’ils présentent une virulence différente in vitro. Enfin, l’impact de la colonisation par Blastocystis sur la composition du microbiote intestinal humain a été évalué. Une approche par séquençage à haut-débit a permis de comparer les compositions des microbiotes de patients infectés ou non par Blastocystis montrant une diversité bactérienne plus élevée chez les patients colonisés par le parasite. Ces données suggèrent que la colonisation par Blastocystis ne serait pas associée à une dysbiose intestinale généralement observée dans les maladies infectieuses intestinalesDigestive protozoan infections are a major cause of morbidity, malnutrition and mortality worldwide. However, the biology of some enteric protozoa as Blastocystis is not well known and these microorganisms remain still neglected by the health authorities. Briefly, this parasite colonizes the intestinal tract of humans and various animals. Its main mode of transmission is the fecal-oral route and its prevalence can exceed 50% in developing countries. It exhibits a large genetic diversity with 17 subtypes (STs) identified to date. Recent data suggest that infection with Blastocystis is associated with a variety of gastrointestinal disorders and urticaria. As part of my thesis, epidemiological studies have been conducted in different countries (Lebanon, Senegal, France) to determine the prevalence of this parasite in the human population and identify risk factors for infection. In parallel, through a survey in French zoos, animal reservoirs of zoonotic transmission of Blastocystis have been proposed. Moreover, mechanisms involved in the colonization of the host by the parasite were studied.As part of, epidemiological, the parasite was identified in faecal samples by real-time PCR and the resulting amplicon was sequenced for subtyping. The first study conducted in Lebanon in the Tripoli area showed a prevalence of 19% in the general population but this prevalence reached 60% in a population of school children living in the same region. A prevalence of 100% was obtained in a cohort of Senegalese children. The high prevalence observed in these countries can be explained by poor hygiene conditions in connection with the faecal peril. In terms of distribution of STs, the ST3 was predominant in both countries followed by ST1 and ST2. In a multicenter study conducted in France, an overall prevalence of 18.3% was obtained with a predominance of ST3, followed by ST1, ST2 and ST4. This distribution is quite similar to that observed in most European countries. In the French study, parasite prevalence was significantly higher in summer than in winter. Other variables such as a recent trip and age have been identified as risk factors for transmission of the parasite. The contact with animals may represent another risk factor because of the zoonotic potential of the parasite. In a large epidemiological study conducted in two French zoos and including over 160 animal species, the overall prevalence of Blastocystis exceeds 30% with significant variations between animal groups. By comparing the distribution of STs between humans and different groups of animals, primates, artiodactyls (cattle and pigs) and birds represent major potential reservoirs of infection for humans.An association between infection with Blastocystis and appendicitis was demonstrated in a child in Morocco confirming the pathogenicity and invasive and inflammatory potential of the parasite. In addition, 26 other family members presented digestive symptoms suggesting waterborne outbreak of blastocystosis. The hypothesis of a relationship between Blastocystis ST and pathogenicity was suggested hence the interest of a comparative genomics study to identify virulence factors that may be present or absent for some STs. No difference was found between the ST4 genome sequenced during my thesis and the ST7 genome available in the database while these STs have different virulence in vitro. Finally, the unknown impact of colonization by Blastocystis on the composition of the human intestinal microbiota was evaluated. The compositions of the bacterial microbiota of 96 patients infected or not by Blastocystis were obtained by high-throughput sequencing and compared. A higher bacterial diversity was found in colonized patients compared to non-infected patients. These data suggest that colonization by Blastocystis would not be associated with dysbiosis generally observed in intestinal infectious diseases but rather to a healthy intestinal microbiota
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El, Safadi Dima. "Epidémiologie moléculaire, facteurs de risque de transmission et pathogénicité du protiste parasite Blastocystis sp." Thesis, Lille 2, 2014. http://www.theses.fr/2014LIL2S045/document.
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Blastocystis est un protozoaire anaérobie trouvé dans le tube digestif de l’homme et de nombreux animaux. Il est à ce jour le parasite intestinal le plus fréquemment retrouvé dans les selles humaines. Dix-sept sous-types (ST1 à ST17) ont été décrits en se basant sur la comparaison des séquences du gène de l’ARNr 18S. L’infection à Blastocystis est associée à une variété de troubles gastro-intestinaux et plusieurs études suggèrent une corrélation entre la pathogénicité et le ST du parasite. Trois différents axes de recherche ont été développés. Le premier s’est focalisé sur la prévalence et la biodiversité génétique de ce parasite dans les populations humaines. Des études épidémiologiques ont été menées en France et au Liban mais aussi en Afrique en réalisant la première enquête au Sénégal. Le sous-typage des isolats a été réalisé par PCR en temps réel en ciblant un domaine du gène de l’ARNr 18S suivi d’un séquençage direct du produit de PCR. Au Liban, la prévalence de Blastocystis était de 20% dans la population globale avec une corrélation entre le ST1 et le développement de symptômes gastro-intestinaux. Dans le même pays, cette prévalence dépassait les 60% chez des patients symptomatiques et des écoliers. Au Sénégal, la prévalence observée est la plus importante jamais décrite pour ce parasite puisqu’elle atteignait 100% dans une population d’une centaine d’enfants vivant en milieu rural. Ces données soulignent l’impact socioéconomique de la blastocystose dans les pays en développement où les conditions sanitaires sont souvent précaires. En France, une prévalence importante de 18% a pourtant été observée dans une large étude épidémiologique englobant des patients présentant ou non des symptômes et suivis dans 11 hôpitaux répartis sur tout le territoire français. Le ST3 est prédominant suivi des STs 1, 2 et 4 comme dans une majorité de pays à travers le monde. Le deuxième axe s’est concentré sur l’identification des facteurs de risque de transmission de Blastocystis à l’homme. Le parasite a été recherché dans les selles de vaches et de patients ainsi que dans des échantillons d’eau consommée par l’homme et les animaux dans une région géographique limitée du Nord Liban. 30% des échantillons humains, 69% des échantillons d'eau et 80% des échantillons de bovins étaient positifs pour le parasite. Le ST3 était prédominant dans les échantillons humains et d’eau suivi des ST1, ST2 et ST4. Par contre, ST10 et ST14 étaient prédominants chez les bovins mais ces deux STs n’ont pas été retrouvés dans les autres types d’échantillons. Pour expliquer l'absence des ST10 et ST14 dans ces échantillons, une transmission de ces STs par contact direct entre les bovins et/ou l'absence de formes kystiques transmissibles pour ces STs ont été proposées. Ce parasite a aussi été recherché dans les selles de nombreux groupes d’animaux du zoo de La Palmyre en France. Nous avons montré que près de 40% des selles analysés étaient positives pour Blastocystis et identifié de nouveaux réservoirs d'infections pour l’homme chez les carnivores. La prévalence du parasite atteignait 60% chez les primates chez lesquels les ST1 à ST5 identifiés sont identiques à ceux observés chez l'homme confirmant la faible spécificité d’hôte de ces STs. Dans une autre étude, la prévalence de Blastocystis était de seulement 3,5% dans une population de chiens en France suggérant que cet animal n'est pas un hôte naturel de Blastocystis. Enfin, pour clarifier la pathogénicité de ce parasite, le troisième axe de mes travaux a souligné le caractère invasif de Blastocystis dans un cas de péritonite appendiculaire chez une fillette de 9 ans de retour du Maroc. Seul Blastocystis a été détecté dans les selles, l’appendice, le liquide péritonéal et le sac de Douglas de cette patiente. Une gastro-entérite s’est de plus déclarée simultanément chez 26 membres de la famille de l'enfant suggérant une épidémie qui pourrait trouver son origine dans la consommation commune d’une eau contaminéeBlastocystis sp. is an anaerobic parasitic protozoa found in the digestive tract of humans and numerous animals. To date, it is the most common intestinal parasite found in human feces with worldwide distribution. Seventeen subtypes (ST1-ST17) have been described based on the comparison of SSU rRNA gene sequences. Blastocystis infection is associated with various gastrointestinal disorders and many studies suggest a correlation between Blastocystis STs and pathogenicity. My work was developed on three different topics. The first concerned the prevalence and the genetic biodiversity of the parasite in human populations. Epidemiological studies were conducted in France and Lebanon but also in Africa by performing the first survey of this parasite in Senegal. Subtyping of the isolates was performed by real-time PCR targeting a domain of the SSU rRNA gene followed by direct sequencing of the PCR product. In Lebanon, the prevalence of Blastocystis reached 20% in the general population and we demonstrated a correlation between ST1 infection and the presence of symptoms. In the same country, this prevalence was 60% in schoolchildren and patients presenting gastrointestinal symptoms. Strikingly, the prevalence of Blastocystis in a population of one hundred children living in a rural area reached 100% in Senegal and more than half of the infected children by the parasite presented gastrointestinal disorders. These latter studies highlighted the socioeconomic impact of blastocystosis in developing countries with poor hygiene sanitation. In France, a large-scale molecular epidemiological study was performed including patients presenting or not gastrointestinal symptoms. Stool samples were collected during winter and summer in 11 hospitals spread all over the French territory. We observed a high prevalence of Blastocystis in the french population with an average of 18.2% and the predominance of ST3 followed by ST1, ST4 and ST2 as in numerous countries. We also identified seasonal variations since the average prevalence of the parasite is 13.6% in winter and 23.1% in summer. The second topic focused on the identification of the risk factors of Blastocystis transmission to humans. We searched this parasite in bovid and human stools as well as in drinking water samples consumed by bovids and breeders in a limited geographic area of North-Lebanon. 30% of human samples, 69% of water samples and 80% of bovid samples were positive for the parasite. Interestingly ST3 is predominant in human and water samples followed by ST1, ST2 and ST4. ST10 and ST14 were predominant in bovid but both STs are lacking in human and water samples. To explain the lack of ST10 and ST14 in human and water samples, we suggested a transmission of these STs occurring through direct contact between bovid and / or the absence of transmissible cystic forms of these STs. Furthermore, this parasite was searched in the stools of numerous animal groups in the zoo of La Palmyre in France. We showed that nearly 40% of the analyzed stools were positive for Blastocystis and identified new reservoirs of human infections in carnivores. The prevalence of the parasite reached 60% in primates in which the identified ST1 to ST5 are identical to those observed in humans confirming the limited host specificity of these STs. In another study, we showed that the prevalence of Blastocystis was of only 3.5% in a population of one hundred dogs in France suggesting that this pet is not a natural host of Blastocystis. Finally, to clarify the pathogenicity of this parasite, the third topic highlighted the invasive character of Blastocystis observed in a case of appendicular peritonitis in a 9-year old girl returning from Morocco. Only Blastocystis was detected in stools, appendix, peritoneal liquid and Douglas pouch of the patient. Interestingly, simultaneous gastroenteritis occurred in 26 members of the child’s family suggested an outbreak with contaminated water as probable origin
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Parkar, Unaiza. "Molecular epidemiology of Blastocystis infections." Thesis, Parkar, Unaiza (2016) Molecular epidemiology of Blastocystis infections. PhD thesis, Murdoch University, 2016. https://researchrepository.murdoch.edu.au/id/eprint/33832/.
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Blastocystis is an enteric protist and one of the most frequently reported parasitic infections in humans and a variety of animal hosts worldwide. The genus Blastocystis consists of numerous genetically distinct groups, referred to as subtypes (STs). Some STs are highly host specific, while others display moderate or low host specificity. Therefore, the aims of this study were to determine the prevalence amongst various animal hosts (captive, free-ranging and wild), genetic diversity and zoonotic potential of Blastocystis. As polyparasitism is considered to be the norm in wildlife, the final aim of this study was to develop a molecular-based diagnostic method for the simultaneous detection of Blastocystis, Cryptosporidium sp. and Giardia duodenalis in Australian native fauna.
These aims were achieved by sampling captive animals and their keepers from the Perth Zoo. Also, animal samples were obtained from other zoos in Australia and Europe. Samples from free-ranging and wild non-human primates (NHPs) and Australian native fauna were also included in this study. All samples were screened for Blastocystis using Polymerase Chain Reaction (PCR), followed by phylogenetic analyses to characterise these isolates in order to determine the genetic diversity and zoonotic potential of isolates within the Blastocystis genus.
Blastocystis was detected in 13 species of animals from the Perth Zoo. It was also detected in NHPs from Belgian zoos. All wild and free-ranging NHP and Australian wildlife populations also harboured Blastocystis. This study describes the first reports of Blastocystis in the elephant, giraffe, Javan lutung, quokka, southern hairy nosed wombat and western grey kangaroo.
Similarly, 12 Blastocystis STs, including six novel STs (STs 11 – 13 and 18 – 20), were identified in humans and animal hosts sampled as part of this study. Blastocystis STs 1, 2, 18 and 19 were identified in captive NHPs. However, STs 2, 8 and 20 were identified in wild NHPs. Australian native animals at the Perth Zoo harboured STs 1, 12 and 13, whereas free-ranging animals from Karakamia Sanctuary (KS) and wild animals from the Upper Warren Region (UWR) harboured STs 1 – 4 and 7. Captive elephants and giraffes from Australian and European zoos harboured STs 11 and 12, respectively.
Higher prevalence of Blastocystis amongst zoo keepers and sequence homology of isolates from zoo keepers and animals at the Perth Zoo provide evidence of the zoonotic potential of Blastocystis. High prevalence amongst zoo keepers may be due to close contact between the animals and the zoo keepers, and other tasks carried out by the zoo keepers, such as cleaning of enclosures. Similarly, some Blastocystis isolates from Australian wildlife were also homologous to human isolates, and it seems that these hosts are natural hosts for the zoonotic ST 4.
Other parasites, such as strongyle nematodes and coccidia were detected using microscopy. Various species of Australian wildlife are known to harbour these and other parasites, including zoonotic parasites, such as Cryptosporidium sp. and Giardia duodenalis. As polyparasitism is considered to be the norm in wildlife, a multiplex PCR (mPCR) was developed to detect Blastocystis, Cryptosporidium and Giardia simultaneously from Australian wildlife. This mPCR was evaluated against other diagnostic methods routinely used for the detection of these parasites, such as microscopy and nested PCRs. The multiplex PCR showed comparative and/or greater sensitivity and specificity to routinely utilised nested PCRs. The major advantages of the multiplex PCR are that it is less labour intensive and is cost effective in comparison to the nested PCRs used to amplify each parasite.
In conclusion, the host range and genetic diversity of Blastocystis is much greater than previously anticipated. Some STs and/or subgroups of STs appear to be highly host specific, while others display moderate or low host specificity. Also, some STs which have a broad host range may be zoonotic. This study also provides further insight into polyparasitism amongst Australian wildlife.
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Jusot, Jean-François. "Évaluation de la prise en charge et des mesures d'hygiène dans la prévention des gastroentérites nosocomiales en pédiatrie." Lyon 1, 2004. http://www.theses.fr/2004LYO10117.
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Ce travail traite de l'évaluation de la prise en charge et de la prévention des gastroentérites nosocomiales en pédiatrie. Après une revue de la littérature qui met l'accent sur les infections à rotavirus, nous rapportons les résultats d'une surveillance épidémiologique réalisée en collaboration avec plus de trente services de pédiatrie du sud-est de la France. Une étude prospective a permis de mieux connaître les aspects cliniques et épidémiologiques des cas de gastroentérite nosocomiale. La surveillance épidémiologique a trouvé un taux moyen d'incidence de gastroentérite nosocomiale de 3,6%, comparable à ceux de la littérature. Parmi les mesures d'hygiène déclarées, deux étaient liées et prédictives des taux d'incidence : la limitation des déplacements du patient et le fait de maintenir la porte de la chambre fermée. La concordance entre les mesures d'hygiène déclarées lors de la surveillance épidémiologique et celles observées lors d'un audit pour la prise en charge d'une diarrhée a été analysée. L'audit confirmait la bonne observance déclarée du lavage des mains, alors que l'utilisation des solutions hydro-alcooliques et le port de gants étaient insuffisants. A titre prospectif, nous avons élaboré un modèle mathématique de la transmission de l'infection à rotavirus en milieu hospitalier dont les principaux paramètres sont liés au contact entre l'enfant et les soignants d'une part et à la proportion d'enfants infectés présentant une diarrhée dans le service d'autre part. Ce travail trace de nouvelles perspectives de lutte contre la transmission de l'infection à travers l'incitation à développer des surveillances épidémiologiques et des audits
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Étienne, Manuel. "Infections urinaires : spécificités selon le terrain." Rouen, 2015. http://www.theses.fr/2014ROUENR02.
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A l’issue des recommandations françaises de prise en charge des infections urinaires (IU) de l’adulte publiées en 2008, des pistes de recherche furent identifiées. Ce mémoire collige différentes séries cliniques visant à préciser des spécificités selon le terrain. Chez l’homme, une série rétrospective de 371 IU hospitalisées dans 8 services de 2 CHU mettait en évidence une hétérogénéité des critères diagnostiques et des prises en charge selon le service. L’épidémiologie microbienne différait des IU de la femme par une plus grande diversité, à l’origine d’antibiothérapies probabilistes souvent inadaptées. Le taux de succès microbiologique (76%) était bien meilleur que le taux de succès clinique (25%), témoignant d’uropathies sous-jacentes authentifiées près d’une fois sur deux. Deux études nichées furent issues de cette série. L’une démontrait que les performances diagnostiques de la recherche de leucocytes et de nitrites par bandelette urinaire étaient inverses chez l’homme (VPP≈ 90%, VPN≈50%) de ce qui est décrit au cours des cystites aiguës de la femme. L’autre retrouvait une contribution des hémocultures au diagnostic microbiologique chez 5% des patients, trois fois supérieure au taux observé au cours des pyélonéphrites aiguës (PNA) de la femme. Ces travaux incitent à reconnaître l’existence de présentations cliniques variables des IU masculines, non limitées à la seule « prostatite », et à progresser vers une démarche diagnostique spécifique, distincte des IU de la femme. Chez la femme, deux études ont exploré les spécificités de l’épidémiologie microbienne et de l’antibiorésistance selon le cadre nosologique. Dans une analyse prospective de 347 cystites aiguës simples traitées en médecine générale, les taux de résistance à l’ensemble des antibiotiques testés étaient très faibles, inférieurs aux données globales des observatoires. La bandelette urinaire aidait à limiter les traitements, mais ne permettait pas de l’orienter. Une analyse rétrospective de 158 PNA hospitalisées permettait de mettre en évidence une forte corrélation entre le nombre de facteurs de risques (FDR) de complication et le taux de résistance aux fluoroquinolones : de 6% pour les PNA simples à 25% pour les PNA avec au moins 3 FDR. Dans un contexte global d’augmentation de la résistance aux antibiotiques, ces deux études permettaient d’individualiser des groupes spécifiques de patients ne justifiant pas d’une escalade dans l’antibiothérapie probabiliste, et incitaient à une analyse des données des observatoires très orientée par le cadre nosologique. Répartis sur plusieurs années, ces travaux ont été confirmés par d’autres études, françaises ou étrangères, et viennent d’être intégrés dans l’actualisation des recommandations françaises de prise en charge des IU communautaires.
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Berthelot, Philippe. "Aspects épidémiologiques et physiopathologiques des infections nosocomiales sévères à bacilles à Gram négatifs non fermentants." Saint-Etienne, 2003. http://www.theses.fr/2003STET010T.
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Les marqueurs phénotypiques et génotypiques permettent une meilleure caractérisation épidémiologique des bacilles à Gram négatif non fermentants. Nous avons prouvé lors d'une épidémie d'infections nosocomiales à Burkholderia cepacia en réanimation que l'origine de la contamination des patients était liée à la persistance de cette bactérie au niveau des sondes thermiques des respirateurs. Ces méthodes permettent une meilleure connaissance des voies de transmission croisée des bactéries comme nous l'avons montré chez les patients atteints de pneumopathies nosocomiales à Pseudomonas aeruginosa en réanimation avec une part exogène pouvant atteindre ¼ des cas. A partir des souches de P aeruginosa provenant d'une cohorte de patients présentant une bactériémie, nous avons également étudié la présence des gènes exoU et exoS, leur sécrétion d'exo-enzymes et cytotoxicité. Une association entre le gène exoU et les sérotypes O : 1, O : 10 et O : 11 a été mise en évidence, évoquant une même origine ancestrale.
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Eloy-Gosselin, Odile. "Diagnostic et épidémiologie des infections à Candida sp. En réanimation." Paris 12, 2006. http://www.theses.fr/2006PA120018.
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Le diagnostic des infections profondes à Candida sp. Est difficile, car les hémocultures ne sont positives que dans 40 à 60% des cas. La sensibilité d'autres méthodes diagnostiques comme l'antigénémie mannane (Mn), les IgM, les anticorps totaux anti-Candida, la procalcitonine et la PCR sérique ont été évaluées. Mn et les IgM ont une spécificité de 100% et détectent les patients infectés mais manquent de sensibilité. Mn pourrait être plus sensible que la PCR sérique, mais ces résultats méritent d'être confirmés. La procalcitonine >0,75 ng/ml différencie les infections fongiques et bactériennes des infections virales. Durant l'étude conduite durant deux ans en réanimation à l'hôpital de Versailles, l'index de colonisation (IC), défini comme le ratio des sites colonisés à Candida sp. / sites prélevés, et les tests sérologiques précédemment décrit ont été réalisés. Seul IC a une sensibilité de 100% chez les patients chirurgicaux. Ensuite l'épidémiologie de C. Albicans a été explorée chez ces patients en utilisant 3 marqueurs microsatellites et nous avons comparé les résultats obtenus avec une étude préalablement réalisée à l'hôpital de Créteil. Si la distribution des génotypes avait été différente, ceci aurait pu être lié au fait qu'une transmission nosocomiale avait eu lieu ou que les populations de patients étaient différentes. Les patients sont porteurs du même isolat au cours du temps et quelque soit le site. Ceci confirme le fait qu'il n'y a pas eu d'infection croisée. Si certains génotypes sont plus fréquents, cela est lié au caractère clonal de C. Albicans. Les populations des 2 hôpitaux sont similaires selon 3 tests statistiques : " genic differentiation ", " genotypic differentiation " et l'analyse factorielle des correspondances. Pour étudier l'épidémiologie de C. Glabrata, deuxième espèce impliquée en réanimation, 3 marqueurs microsatellitesThe diagnosis of deep-seated Candida infections is difficult because bloodstream cultures are often negative. The sensitivity of other diagnostic methods such as mannan (Mn) antigenemia, IgM, total anti-Candida antibodies, procalcitonin and PCR were evaluated. Mn and IgM have a specificity of 100% and detect infected patients but lack sensitivity. Mn would be more sensitive than the serum PCR, but these results warrant confirmation. Procalcitonin >0,75 ng/ml differentiate fungal and bacterial infections from viral ones. During a 2-year study of the patients of the intensive care unit of the Versailles hospital, index of colonization (IC), defined as the ratio of Candida sp. Colonized anatomical sites / tested sites, and the serological tests mentioned above were performed. Only IC had a 100% sensitivity in surgical patients. Then, we explored the epidemiology of C. Albicans among these patients using 3 polymorphic microsatellite markers and we compared the results with a study already performed at Créteil hospital. If the C. Albicans genotype's distribution had been different, that could have resulted from a nosocomial transmission or to the fact that the populations of patients were different. The patients harboured their own isolate whatever the anatomical site sampled and kept it over the study period. This confirms that there was no crossed transmission. Some genotypes were more frequent due to the fact that C. Albicans is clonal. The populations of the 2 hospitals are similar using 3 statistical tests : " genic differentiation ", " genotypic differentiation " and factorial correspondence analysis. To study the epidemiology of C. Glabrata, the second leading yeast species in intensive care units, three polymorphic microsatellite markers were characterized
Книги з теми "Infections à Blastocystis – épidémiologie"
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Blastocystis , the causative agent of blastocystosis, is an intestinal protozoan commonly identified in stool specimens of patients. It is one of the most common parasites inhabiting the human intestinal tract. Clinical symptoms attributed to Blastocystis include recurrent watery diarrhoea, mucous diarrhoea, vomiting, abdominal cramps and flatulence. Blastocystis infects both children and adults and its geographical distribution appears to be global with prevalence ranging from 30 to 50% in developing countries (Stenzel and Boreham 1996).Blastocystis was first described as a distinct organism in 1911 and the name B. enterocola was proposed for this organism (Alexeieff 1911). It was isolated from human faeces and the name B. hominis was coined (Brumpt 1912). At first, it was described as a harmless intestinal yeast and ignored for many decades. Its association with human disease was suggested by a number of reports and eventually work by Zierdt (1991) increased the awareness of Blastocystis infections in humans.In spite of its description about a century ago, the exact role of Blastocystis as a cause of human disease is uncertain. A number of clinical and epidemiological studies implicate the parasite as a potential pathogen (Al-Tawil et al. 1994; El-Shazly et al. 2005; Garavelli et al. 1991; Logar et al. 1994) while others exonerate it as an etiology of intestinal disease (Chen et al. 2003; Leder et al. 2005; Shlim et al. 1995). Significant progress has been achieved on descriptions of the morphology and genetic diversity of Blastocystis but most aspects of its life cycle, molecular biology, and athogenicity remain unresolved (Stenzel and Boreham 1996; Tan 2004).
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(Editor), Joshua Lederberg, Robert E. Shope (Editor), and Jr. Stanley C. Oaks (Editor), eds. Emerging Infections: Microbial Threats to Health in the United States. National Academies Press, 1992.
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Intestinal protozoan are single-celled organisms that live as parasites in the human gastrointestinal system and can cause various infections. These protozoa are especially prevalent in developing countries and can lead to serious health issues in regions with inadequate hygiene conditions. Giardia lamblia is a protozoan transmitted through the consumption of contaminated water and food. Giardia infection presents with symptoms such as watery diarrhea, abdominal pain, gas, and bloating, and is treated with metronidazole. Entamoeba histolytica is common in tropical and subtropical regions, transmitted through contaminated water and food, and causes bloody diarrhea, abdominal pain, and fever. In severe cases, it can lead to liver abscesses and is treated with metronidazole. Blastocystis sp. is widespread globally and is transmitted via the fecal-oral route. Symptoms include diarrhea, abdominal pain, and gas, and it is treated with metronidazole. Cryptosporidium spp. is more common in immunocompromised individuals and children. It is transmitted through contaminated water and food and causes severe diarrhea, abdominal cramps, nausea, and dehydration; it is treated with nitazoxanide. Cyclospora cayetanensis is prevalent in tropical and subtropical regions and is transmitted through contaminated water or food. It causes watery diarrhea, abdominal pain, nausea, and weight loss; it is treated with trimethoprim-sulfamethoxazole. These protozoa are diagnosed through microscopic examination of stool samples, antigen tests, and serological tests. However, molecular detection methods have made significant advancements in the diagnosis of protozoa. PCR (Polymerase Chain Reaction) and Real-Time PCR are molecular techniques that detect the DNA or RNA of protozoa with high sensitivity and specificity. These methods play a critical role in the early diagnosis of infections and the determination of appropriate treatment methods. PCR confirms the presence of protozoa by amplifying specific DNA regions, thereby accurately identifying the type of infection. Real-Time PCR, on the other hand, quantifies the infection, providing information about the severity of the infection. To prevent protozoan infections, it is important to adhere to hygiene rules, use clean drinking water, and prepare food properly. Disinfecting and ensuring the safety of water sources should be widespread, especially in rural and developing areas. Additionally, public health education to increase awareness of personal hygiene and sanitation is crucial in preventing protozoan infections. These preventive measures and protection methods play a significant role in safeguarding public health and preventing the spread of protozoan infections.
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This chapter covers protozoa, helminths, and arthropods. 1. Protozoa are single-celled, microscopic eukaryotic organisms like amebae and Giardia. Helminths are parasitic worms including nematodes (roundworms), cestodes (tapeworms), and trematodes (flukes). Arthropods, like ticks and mites, are generally considered parasites. Specific organisms reviewed include Giardia lamblia, Cyclospora cayetanensis, Blastocystis hominis, Entamoeba histolytica, Plasmodium falciparum, Babesia microti, and Toxoplasma gondii. Diagnosis and treatment of different types of infection are also reviewed.
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