Добірка наукової літератури з теми "Dynamique du génome"
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Статті в журналах з теми "Dynamique du génome":
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Marie-José BUTEL and Anne-Judith WALIGORA-DUPRIET. "ÉTABLISSEMENT DU MICROBIOTE INTESTINAL." ACTUALITES PERMANENTES EN MICROBIOLOGIE CLINIQUE 18, no. 01 (March 1, 2019): 14. http://dx.doi.org/10.54695/apmc.18.01.1508.
Анотація:
L’intestin constitue un écosystème extrêmement complexe etune communauté microbienne dynamique où coexistent bactéries,archées, virus et eucaryotes (Weinstock 2012). Ce microbiote esten contact permanent avec les nutriments et les cellules de l’hôte,responsable d’interactions fortes. Les relations micro-organismeshôte ont cependant longtemps été regardées essentiellement sousl’angle de la pathogénicité, mais aujourd’hui le microbiote commensal est reconnu pour ses interactions bénéfiques l’organismehumain en faisant un véritable partenaire de l’hôte. Ce partenariatdébute à la naissance, la colonisation bactérienne commençantdès la rupture des membranes fœtales. Les bactéries, dont lenombre tout d’abord considéré comme 10 fois supérieur auxcellules eucaryotes, ont été récemment réévaluées à 3,8 1013, soitdans un rapport similaire à celui des eucaryotes de l’organismehumain (Sender et al. 2016). La majorité du microbiote résidedans l’intestin, essentiellement le côlon, où il est caractérisé parson haut niveau et sa large diversité. Le nombre d’espèces bactériennes a été évalué par les techniques de culture classique à 400 à500 espèces par individu. Par des techniques indépendantes de laculture ce nombre est évalué à plus de 1000 espèces par individu(Tap et al. 2009), soit environ 25 fois le génome humain (Qinet al. 2010). Le microbiote intestinal peut ainsi être considérécomme un véritable organe, ouvert, métaboliquement adaptableet rapidement renouvelable.
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SARRADIN, P., and H. LAUDE. "Diversité des souches d’Encéphalopathie Spongiforme Transmissible chez les ruminants : enjeux, bilan et perspectives." INRAE Productions Animales 17, HS (December 19, 2004): 13–20. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2004.17.hs.3617.
Анотація:
Les Encéphalopathies Spongiformes Transmissibles (EST) ou maladies à prion se caractérisent par l’accumulation dans le tissu nerveux d’une forme anormalement repliée d’une protéine cellulaire de l’hôte, la PrPc. Cette isoforme anormale, ou PrPsc, supposée responsable des désordres neurodégénératifs observés, est aussi assimilée par de nombreux auteurs à l’agent transmissible lui-même, lequel serait alors dépourvu de génome et se propagerait de manière épigénétique. Un phénomène au coeur des recherches sur les EST est l’existence de variants phénotypiques, ou souches. Les souches de prions peuvent être différenciées entre elles sur une base biologique, par la nature des manifestations anatomo-pathologiques engendrées lors de leur propagation chez un même hôte, en particulier une lignée pure de souris, et sur une base biochimique, par le profil moléculaire de la PrPsc présente dans le cerveau des individus atteints. Le déterminisme biologique et moléculaire de cette diversité et la dynamique évolutive qu’elle suggère demeurent largement incompris. De ce fait, la caractérisation des souches qui infectent les espèces naturellement atteintes par les EST constitue une tâche relativement ardue, au demeurant essentielle à la compréhension de l’épidémiologie de ces maladies, à leur contrôle sur le terrain et à la protection de la santé humaine. Les recherches menées à l’INRA visent à documenter la diversité des souches d’EST chez les petits ruminants par typage des isolats de tremblante naturelle, et à mieux comprendre le déterminisme de cette diversité. Elles ont également pour objectif l’amélioration des méthodes actuelles de typage en termes de rapidité et de fiabilité, notamment à travers le développement de souris transgéniques plus réceptives à la transmission que les souris conventionnelles.
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MAKOSSO, Béthuel. "Efficacité et efficience statique et dynamique dans la régulation des télécommunications." L'Actualité économique 92, no. 4 (July 12, 2017): 733–52. http://dx.doi.org/10.7202/1040504ar.
Анотація:
Cet article se propose de faire un réexamen des facteurs d’inefficacité de la régulation des télécommunications en mettant en avant le rôle de l’opportunisme qui lui est associé et les coûts de transaction qu’elle génère pour les firmes. En effet, bien que la présence d’organes de régulation dans cet environnement soit justifiée par le souci pour les pouvoirs publics de corriger les défaillances de tels marchés, l’évolution rapide de la technologie des télécommunications rend inadaptés les éléments caractéristiques de la régulation dans ce secteur (les objectifs, les outils et le processus décisionnel). Sujette à l’opportunisme et génératrice des coûts de transaction, la régulation des télécommunications, si elle permet d’assurer l’efficience statique au sens où la concurrence qu’elle favorise peut aider à réduire le pouvoir de marché des firmes, et donc à l’accroissement du surplus des consommateurs, elle est cependant loin d’intégrer les aspects inhérents à la dynamique propre du secteur des télécommunications, ceux qui conduiraient à l’efficience dynamique. D’où la nécessité de concevoir un système de régulation optimal intégrant les modèles dynamiques qui puissent concilier efficience statique et efficience dynamique.
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Anderson, Maureen, Ashok Chhetri, Edith Halyk, Amanda Lang, Ryan McDonald, Julie Kryzanowski, Jessica Minion, and Molly Trecker. "Une éclosion de COVID-19 associée à un centre d’entraînement physique en Saskatchewan : leçons pour la prévention." Relevé des maladies transmissibles au Canada 47, no. 11 (November 10, 2021): 538–44. http://dx.doi.org/10.14745/ccdr.v47i11a08f.
Анотація:
Contexte : Une éclosion de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) est survenue en Saskatchewan du 12 septembre au 20 octobre 2020. L’événement index, la fréquentation d’un centre d’entraînement physique local, a donné naissance à six éclosions/agrégats de cas supplémentaires dans de multiples contextes. Il s’agissait d’une école secondaire, d’un hôpital, de trois lieux de travail (A, B et C) et de plusieurs ménages. L’aggrégat comprenait 63 cas au total, soit 27 membres du centre d’entraînement et 36 autres cas de deuxième, troisième et quatrième génération. Méthodes : Tous les cas de COVID-19 liés à l’éclosion et confirmés en laboratoire ont été inclus dans l’analyse. Les autorités locales de santé publique ont interrogé tous les cas et les contacts et ont mené des enquêtes environnementales dans le centre d’entraînement physique. Nous avons utilisé des méthodes épidémiologiques descriptives pour comprendre la dynamique de transmission de l’aggrégat associé au centre d’entraînement en utilisant l’enquête des cas, l’enquête sur les contacts et les données de laboratoire, y compris le séquençage du génome entier. Résultats : Les données de séquençage ont confirmé la lignée unique des cas liés à l’aggrégat (n = 32 séquencés; coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 [SRAS-CoV-2] lignée B.1.1.72). En plus de la fréquentation du centre d’entraînement, des cas infectieux fréquentaient l’école secondaire et étaient impliqués dans d’autres activités. Malgré la transmission continue dans le centre d’entraînement, aucun cas secondaire n’a été identifié dans l’école secondaire où quatre élèves appartenant à l’aggrégat ont assisté à des cours pendant leur période infectieuse. Conclusion : Nous décrivons une éclosion de COVID-19 où le ou les cas index fréquentaient un centre d’entraînement, et où la propagation s’est poursuivie pendant 38 jours malgré le dépistage et l’isolement des cas positifs au cours de cette période. En raison de la fréquentation du centre d’entraînement au fil du temps, la fermeture à court terme et le nettoyage peuvent ne pas interrompre les chaînes de transmission. Une mesure de santé publique ciblée et préventive dans les installations d’entraînement physique peut être justifiée. Les mesures de contrôle ont permis de limiter la propagation dans les écoles.
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Aïssa, Safouane Mohamed Ben, and Olivier Musy. "La persistance de l'inflation dans les modèles néo-keynésiens." Recherches économiques de Louvain 71, no. 2 (January 2005): 175–91. http://dx.doi.org/10.1017/s0770451800008289.
Анотація:
RésuméNous dérivons les dynamiques de l'inflation issues des différentes hypothèses d'ajustement des prix rencontrées dans la littérature néo-keynésienne. Pour chaque modèle nous calculons la réponse de l'inflation et du produit suite à un choc sur le taux de croissance de la masse monétaire. Nous constatons que seules deux modélisations reproduisent correctement certains faits stylisés importants concernant l'impact de ce type de choc monétaire : la première est la spécification avec prix prédéterminés de Mankiw et Reis (2002) et la seconde celle à prix fixes de Galí et Gertler (1999). Aucune des autres alternatives examinées, y compris le modèle à prix fixes de Fuhrer et Moore (1995), ne génère de réponse satisfaisante. Elles sont notamment toutes incapables de reproduire une persistance suffisante de l'inflation. Ceci montre que dans les modèles à prix fixes, la structure de rigidité choisie im-porte autant pour le degré de persistance de l'inflation que la présence ou non de valeurs retardées de l'inflation dans la dynamique.
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Létocart, Lauriane. "Le tourisme littoral dans le Land de Mecklembourg-Poméranie-Occidentale : marqueur d’identités dans la Baltique." Connexe : les espaces postcommunistes en question(s) 6 (February 12, 2021): 76–102. http://dx.doi.org/10.5077/journals/connexe.2020.e336.
Анотація:
La relation identité/tourisme dans le Land de Mecklembourg-Poméranie-Occidentale est assez complexe. Elle s’analyse en effet à plusieurs échelles, allemande et baltique, et à plusieurs niveaux, celui de l’espace et celui de l’individu. La trajectoire d’un Land réunifié où le tourisme littoral est majoritairement germanique en est une raison. Dans ce contexte, l’identité n’est pas une donnée figée, mais un processus, une dynamique spatiale et individuelle. Le tourisme et les pratiques touristiques peuvent être perçus comme une construction identitaire à l’échelle de l’individu, de l’Allemagne et de la Baltique. Sur ce littoral, le tourisme n’est pas un simple outil d’aménagement et de dynamisme économique. Il est un facteur d’intégration identitaire et le cadre baltique génère des pratiques touristiques singulières. Le tourisme peut alors être analysé comme une clé de lecture des touristes allemands et de la société d’Outre-Rhin.
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Lemoine, G. "Le verdissement des espaces urbains déconstruits et temporairement disponibles peut-il optimiser la biodiversité, en limiter les coûts de gestion voire les contraintes réglementaires ?" Techniques Sciences Méthodes, no. 10 (October 2019): 73–79. http://dx.doi.org/10.1051/tsm/201910073.
Анотація:
La ville est un espace dynamique qui vit au rythme des mutations économiques, commerciales, sociales et foncières. En certains endroits apparaissent ainsi des friches qui une fois déconstruites et en attente d’affectation voient l’expression de vives dynamiques naturelles, notamment de colonisation végétale. La qualité variable des sols en place et des végétations urbaines qui s’y installent peut parfois poser quelques problèmes aux riverains et aux aménageurs. La présence d’espèces rudérales (chardons, orties, armoises, morelles…), d’espèces exotiques envahissantes, ou l’implantation spontanée de ligneux (saules, bouleaux) entraînent des coûts de gestion. La présence éventuelle d’espèces protégées génère quant à elle des démarches complexes de prise en compte (évitement, réduction d’impacts et compensation) et coûteuses en temps (délais d’instruction) et en argent. En Nord et Pas-de-Calais, l’établissement public foncier (EPF), outil du renouvellement urbain, confronté à cette problématique a décidé, depuis 2015, de réaliser des verdissements à grande échelle. Ceux-ci favorables à l’intégration du site dans son territoire veulent également être une contribution à la préservation de la biodiversité.
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Rat-Asper, Olivier, Corinne Tanguy, and François Coléno. "Appropriation d’un outil de gestion et dynamique de stratégie collective." Revue Française de Gestion 48, no. 306 (September 2022): 93–108. http://dx.doi.org/10.3166/rfg306.93-108.
Анотація:
L’article propose d’analyser la dynamique des stratégies collectives au travers de l’appropriation des outils de gestion. Les auteurs s’appuient sur le suivi longitudinal des interactions entre un groupe de producteurs laitiers et leur acheteur industriel. Ils montrent que les acteurs cherchent à imposer une forme aux outils de gestion pour mettre en oeuvre leurs stratégies de capture ou de création de valeur. Ce processus d’appropriation de l’outil par des acteurs aux intentions divergentes génère une connaissance partagée, précurseur de la construction d’une stratégie collective nouvelle. En outre, cette dynamique de construction stratégique fait émerger et impose de gérer différents paradoxes, en particulier d’appartenance, propres aux stratégies collectives.
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Bezzon, Bastien. "La structure de gouvernance de réseaux territorialisés d’organisations, actrice de l’entrepreneuriat territorial." Entreprendre & Innover 58-59, no. 1 (April 4, 2024): 52–63. http://dx.doi.org/10.3917/entin.058.0052.
Анотація:
Le développement économique local est unanimement recherché. Ce développement est une amélioration des conditions locales de vie ou de production. Le développement peut être généré tant par l’entrepreneuriat territorial que par la structure de gouvernance de réseaux territorialisés d’organisations (RTO). L’entrepreneuriat territorial est une dynamique dans laquelle des ressources locales sont utilisées pour résoudre des problématiques locales. La structure de gouvernance de RTO est une personne morale qui mobilise et coordonne des acteurs pour impulser une stratégie collective. Cet article relie ces concepts et montre que la structure de gouvernance peut être un entrepreneur territorial, ce qui génère une dynamique de développement. Une étude de cas unique sur l’association Mecanic Vallée soutient la démonstration.
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Du Tertre, Christian. "Création de valeur et accumulation ; capital et patrimoine." Économie appliquée 60, no. 3 (2007): 157–76. http://dx.doi.org/10.3406/ecoap.2007.1852.
Анотація:
La création de valeur ne s’opère pas uniquement sur la base de la dynamique productive des entreprises et des organismes publics ; elle ne dépend pas uniquement de la cohérence des dispositifs institutionnels et des modes de régulation qui la cadrent. Elle relève, également, de la qualité des interfaces entre acteurs, de leurs coordinations et des «externalités -ressources» que cela génère. Dans cette perspective, les «patrimoines collectifs» représentent des lieux d’accumulation de ces ressources, plus ou moins accessibles aux acteurs ; leur développement ou leur épuisement relevant du temps long. La prise en compte de ces deux concepts, «externalités-ressources» et «patrimoines collectifs», a une portée d’autant plus heuristique que l’on se préoccupe de la réalité contemporaine de la dynamique économique fondée, de plus en plus, sur les aspects immatériels de la valeur.
Дисертації з теми "Dynamique du génome":
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Ravel, Christophe. "Structure et dynamique du génome de Leishmania (protozoa, kinetoplastida)." Montpellier 1, 1996. http://www.theses.fr/1996MON1T004.
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Chelaifa, Houda. "Spéciation allopolyploïde et dynamique fonctionnelle du génome chez les Spartines." Phd thesis, Université Rennes 1, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00536586.
Анотація:
La spéciation est un mécanisme central de la diversification biologique. Ce travail vise à analyser l'évolution transcriptomique accompagnant la spéciation chez les spartines (Poaceae) qui jouent un rôle important dans la dynamique sédimentaire des marais salés. Ce genre est caractérisé par différents types de spéciation divergente et réticulée au niveau polyploïde. L'évolution du transcriptome par différentes analyses de polymorphisme et par microarrays a été analysée chez deux espèces soeurs hexaploïdes S. maritima (en régression en Europe) et S. alterniflora (envahissante). Malgré une faible divergence nucléotidique, ces deux espèces montrent des différences d'expression importantes. Les conséquences de l'hybridation et de la duplication du génome ont été examinées chez deux hybrides F1 (S. x neyrautii et S. x townsendii) formés récemment et indépendamment à partir des mêmes parents, et chez l'allopolyploïde envahissant S. anglica. Nos résultats ont montré les effets importants, mais différents de l'hybridation et de la duplication du génome sur le transcriptome. Cet effet se manifeste par une dominance d'expression maternelle (chez les hybrides F1) qui s'atténue chez l'allopolyploïde. Ce dernier se distingue par une surexpression de la majorité des gènes. Les régions flanquant les éléments transposables Ins2, Wis-like, Cassandra apparaissent également affectées par cette dynamique. Les deux événements d'hybridation ont engendré des réponses différentes, en accord avec la morphologie très différente des hybrides. Les catégories de gènes différentiellement exprimées entre les espèces sont discutées dans le contexte des différences phénotypiques et écologiques de ces espèces.
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Giraud, Delphine. "Dynamique des éléments transposables et évolution du génome des spartines polyploïdes." Thesis, Rennes 1, 2019. http://www.theses.fr/2019REN1B057.
Анотація:
Les conséquences de la spéciation divergente ou réticulée (par hybridation) ont été explorées au cours de la diversification des spartines depuis 6-10MA à travers l’analyse des séquences répétées, de leur expression et régulation. Nous avons montré une corrélation entre éléments transposables, tailles de génome, et relations phylogénétiques, tout en mettant en évidence une dynamique variable des catégories d’éléments transposables ou de séquences satellites selon les lignées, et l’ancienneté des évènements de spéciation. L’abondance des éléments transposables a été mise en relation avec leur niveau d’expression et le rôle des petits ARN dans leur contrôle. Cette régulation se met rapidement en place suite à l’hybridation interspécifique et explique la « quiescence génomique » (absence de prolifération d’éléments transposables) détectée chez l’allododécaploïde récent S. anglica. Les annotations d’éléments transposables et de petits ARNs, les nouveaux transcriptomes de références réalisés chez différentes espèces au cours de ce travail représentent des ressources additionnelles qui permettront d’explorer de manière plus exhaustive la dynamique des génomes de spartines et de comprendre les mécanismes génomiques impliqués dans l’adaptation et l’écologie de ces espèces ingénieurs d’écosystèmesWe explored the consequences of divergent speciation or reticulate evolution (resulting from hybridization) during diversification of the Spartina genus in the last 6-10 MY, based on the analysis of repeated sequences, their expression and regulation. Transposable element amounts, genome size, and phylogenetic relationships were found correlated, although differential dynamics of specific transposable element families or satellite sequences were encountered according to lineages, and to divergence times following the speciation events. The abundance of transposable elements appears related to their level of expression and the role of small RNAs in their control. This regulation is rapidly established following interspecific hybridization and explains the "genomic quiescence" (absence of transposable element “burst”) detected in the recent allododecaploid S. anglica. Annotations of transposable elements and small RNAs, new reference transcriptomes generated for different species during this work represent additional resources that will allow a more comprehensive exploration of the Spartina genome history and dynamics for a better understanding of the genomic mechanisms involved in the adaptation and ecology of these “ecosystem engineers” species
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Ceschia, Audrey. "Dynamique de la réplication et instabilité du génome chez "S. Cerevisiae"." Montpellier 2, 2005. http://www.theses.fr/2005MON20100.
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Poli, Jérôme. "Dynamique de la réplication du génome et réponses cellulaires au stress réplicatif." Thesis, Montpellier 2, 2013. http://www.theses.fr/2013MON20233.
Анотація:
L'environnement des organismes vivants est par définition fluctuant, toutes variations aléatoires du milieu de vie constituent un stress pour les cellules. Au fil de l'évolution, une forte pression de sélection a façonné le fonctionnement cellulaire jusqu'aux réponses complexes élaborées par les organismes vivants. Mes travaux s'inscrivent autour des mécanismes moléculaires de la réponse au stress et plus particulièrement les stress génotoxiques. La première partie de l'étude décrit finement la réplication de l'ADN en condition de stress réplicatif. Ainsi, nous avons montré que les pools de dNTPs sont limitants pour la progression des fourches de réplication en phase S normale et en stress, et que leurs niveaux conditionnent le programme temporel de réplication. De plus, nous avons mis en évidence un mécanisme d'adaptation au stress réplicatif et aux dommages constitutifs dans des mutants caractérisés par de l'instabilité génétique (CIN) via l'activation du checkpoint de dommage conduisant à l'expansion des pools de dNTPs. Pour finir, nous montrons que l'augmentation des niveaux de dNTPs facilite la réplication en présence de lésions de l'ADN, d'une manière indépendante des ADN polymérases translésionnelles. Le second projet apporte de nouveaux éléments sur le rôle de Crt10 in vivo, préalablement identifié comme un régulateur transcriptionnel des gènes de la Ribonucléotide Réductase (RNR). Nos données indiquent que les mutants crt10Δ ont des niveaux de dNTP similaires à ceux des cellules sauvages, et que cette mutation a un très faible impact sur l'expression des gènes RNR, malgré un phénotype de vitesse de progression des fourches accrue. Nous montrons que le mutant crt10Δ est caractérisé par un défaut d'entrée en phase S et d'initiation des origines de réplication. L'origine de ce défaut pourrait résider dans les fonctions de Crt10 impliquant la régulation de la biosynthèse des ribosomes au sein du complexe Rtt101-Mms1. Le troisième projet identifie MRX (Mre11-Rad50-Xrs2) comme un acteur de la voie de terminaison des ARN non codants. MRX s'associe à des loci recrutant également le complexe de terminaison Nrd1-Nab3-Sen1 à l'échelle du génome entier. L'inactivation de RAD50 se traduit par une perte d'efficacité de terminaison et l'accumulation de transcrits bicistroniques, ainsi qu'une dérégulation du niveau d'ARNs non codants instables (CUT) et de leurs gènes associés. Tout comme Sen1, MRX pourrait intervenir dans la résolution des collisions entre les machineries de transcription et de réplicationA fluctuating environment is a powerful mean of selection for living organisms, which evolved complex signaling networks to integrate these variations and direct swift and efficient cellular responses. The aim of my work is the identification and characterization of molecular mechanisms involved in the tolerance of replicative stress and DNA damage. First, we show that changes in dNTP pools affect several aspects of replication dynamics in budding yeast. dNTP levels are limiting for normal S-phase progression and determine the temporal program of replication during a replicative stress. Interestingly, we also observed that chromosomal instability (CIN) mutants display expanded dNTP pools due to the constitutive activation of the DNA damage checkpoint. Since increased dNTP levels promote forks progression in the presence of DNA lesions, we propose that CIN mutants adapt to chronic replicative stress by upregulating dNTP pools. Secondly, we bring new lights on the role of Crt10 in vivo, which has been initially identified as a negative regulator of Ribonucleotide Reductase (RNR) genes expression. Deletion of CRT10 neither leads to expanded dNTP pools, nor to a massive deregulation of RNR genes, although crt10Δ cells exhibit faster fork progression. The crt10Δ mutant accumulates at the G1/S transition and exhibits a strong defect of origin firing that could account for its replication phenotype. Moreover, we observed a global decrease in ribosome biogenesis in crt10Δ. The physical interaction of Crt10 with several members of the ribosome biogenesis pathway and its role in the Rtt101-Mms1 complex suggest that Crt10 may regulate ribosome levels in vivo. At last, we identified MRX (Mre11-Rad50-Xrs2) as a bona fide member of the transcription termination of non-coding RNA (ncRNA). ChIP-seq reveals that MRX localized at the same loci than the Nrd1-Nab3-Sen1 complex in vegetative growth. rad50Δ cells exhibit transcriptional read-through and upregulation of unstable cryptic transcripts (CUTs) leading to a misregulation of their associated gene. Finally, MRX seems to be involved in the resolution of branched structures emanating from collision between transcription and replication machineries, as it is the case for Sen1
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David, Gabriel. "Structure et dynamique du cytoplasme auto-organisé : exemple par la ségrégation du génome bactérien." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTS098.
Анотація:
Les organismes cellulaires apparaissent organisés. Les bactéries utilisent des compartiments sans membrane pour confiner les réactions chimiques dans l'espace et le temps. Il existe un paradigme général de l'auto-organisation de l'espace intracellulaire qui distingue les auto-assemblages, structures moléculaires assemblées par des mécanismes passifs de transition de phase, et les structures dissipatives, engendrés par exemple par des processus de réaction-diffusion. Si les auto-assemblages correspondent à l'évolution vers l'équilibre thermodynamique, les structures dissipatives sont des manifestations d'une dépense d'énergie hors équilibre thermodynamique. Nous illustrons ce paradigme en étudiant la ségrégation du matériel génétique chez les bactéries, en l'occurrence celle du plasmide F de Escherichia coli qui repose sur le système de partition ParABS. La ségrégation est une étape cruciale du cycle cellulaire bactérien puisqu'elle assure la transmission de l'information génétique dans les bactéries filles avant la division. Le système ParABS est constitué d'une séquence centromérique parS ; d'une protéine ParB capable de se lier à l'ADN, spécifiquement sur la séquence parS et non-spécifiquement ailleurs ; d'une protéine ATPase ParA capable de se lier à l'ADN. Les interactions entre protéines ParB sur l'ADN et l'adsorption spécifique sur la séquence parS mène à la formation d'un foyer tridimensionnel appelé complexe ParBS localisé autour de la séquence parS. Les interactions entre protéines ParA et ParB mènent au positionnement de ce complexe au centre du milieu cellulaire. Après réplication, deux complexes ParBS existent et son ségrégés par l'action des protéines ParA aux positions 1/4 et 3/4 de l'espace intracellulaire.Nous cherchons d'abord à expliquer la formation des complexes ParBS par un mécanisme passif de séparation de phase entre états de haute et basse densité en protéines ParB dans l'espace. Nous construisons deux modèles de physique statistique à l'aide d'outils empruntés à la physique des transitions de phase. Notre deuxième approche définit rigoureusement tous les éléments du système biologique constitué de l'ADN-polymère et des protéines ParB en interaction et nous permet de formuler un critère d'existence de transition de phase du premier ordre qui est vérifié par l'ADN. Nous parvenons à tracer les diagrammes de phase de cette transition. Ces deux modèles nous permettent d'argumenter que le régime thermodynamique physiologique de ce système biologique est un régime de coexistence métastable en protéines ParB sur l'ADN. La séquence parS joue le rôle d'un défaut ou d'une graine de nucléation. Nous utilisons une troisième approche pour expliciter le lien entre les distributions tridimensionnelle et sur l'ADN des protéines ParB autour de la séquence parS. Nous cherchons à expliquer les courbes de recouvrement de fluorescence issus d'expériences de photoblanchiment sur les complexes ParBS. Nous construisons une méthode de photoblanchiment in silico, c'est-à-dire que nous reproduisons ces courbes de recouvrement à partir d'une équation phénoménologique résolue numériquement. Nous développons un système d'équations qui décrivent l'évolution des protéines sur l'ADN à partir de l'approche physique statistique précédente pour produire un photoblanchiment in silico prenant en compte que les complexes ParBS sont issus d'une séparation de phase. Nous montrons qu'un pur système passif ne permet pas de faire des expériences de photoblanchiment à cause de la maturation d'Ostwald subie par les complexes. Nous corrigeons cette approche pour inclure les protéines ParA et leur cycle biochimique dans nos simulations. Nous montrons ainsi que les interactions entre les protéines ParA et ParB et l'hydrolyse de l'ATP permet la survie de plusieurs complexes ParBS grâce à un mécanisme d'inversion du murissement d'Ostwald. Cette approche fondamentale permet d'expliquer le positionnement des complexes ParBS durant la ségrégationCellular organisms appear organized. Bacteria use membraneless compartments to confine chemical reactions in space and time. There is a general paradigm of intracellular space self-organization that distinguishes between self-assembly, molecular structures assembled by passive phase transition mechanisms, and dissipative structures, generated for example by reaction-diffusion processes. If self-assemblies correspond to the evolution towards thermodynamic equilibrium, dissipative structures are manifestations of an out-of-equilibrium energy cost. We illustrate this paradigm by studying the segregation of bacterial genome, in this case the F-plasmid segregation of Escherichia coli, based on the ParABS partition system. Segregation is a crucial step in the bacterial cell cycle since it ensures the transmission of genetic information in daughter bacteria before division.The ParABS system consists of a parS centromeric sequence; a ParB protein which is able to bind to DNA, specifically on the parS sequence and not specifically elsewhere; and a ParA ATPase protein than can bind to DNA. Interactions between ParB proteins on DNA and specific adsorption on the parS sequence lead to the formation of a three-dimensional focus called the ParBS complex located around the parS sequence. Interactions between ParA and ParB proteins lead to the positioning of this complex at the center of the cell cytoplasm. After replication, two ParBS complexes exist and are segregated by the action of ParA proteins at positions 1/4 and 3/4 of the intracellular space.We first seek to explain the formation of ParBS complexes by a passive phase separation mechanism between high- and low-density states of ParB proteins in space. We construct two statistical physics models using tools borrowed from the physics of phase transitions. Our second approach rigorously defines all the elements of the biological system consisting of the interacting DNA-polymer and ParB proteins and allows us to formulate a first-order phase transition existence criterion that is verified by the DNA. We can draw the phase diagrams of this transition. These two models allow us to argue that the physiological thermodynamic regime of this biological system is a regime of metastable coexistence in ParB proteins on DNA. The parS sequence plays the role of a defect or nucleation seed. We use a third approach to explain the relationship between the three-dimensional and DNA distributions of ParB proteins around the parS sequence.We try to explain the fluorescence recovery curves from photobleaching experiments on ParBS complexes. We construct an in silico photobleaching method, i.e. we reproduce these recovery curves from a phenomenological equation solved numerically. We then develop a system of equations that describe the evolution of proteins on DNA from the previous statistical physical approach to produce an in silico photobleaching taking into account that ParBS complexes are the result of phase separation. We show that a pure passive system does not allow photobleaching experiments because of the Ostwald maturation undergone by the complexes. We correct this approach by including ParA proteins and their biochemical cycle in our simulations. We show that the interactions between ParA and ParB proteins and the hydrolysis of ATP allows the survival of several ParBS complexes thanks to an inversion mechanism of Ostwald's ripening. This fundamental approach explains the positioning of ParBS complexes during segregation
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Theulot, Bertrand. "Étude de la dynamique de réplication du génome de Saccharomyces cerevisiae par séquençage nanopore." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2022. http://www.theses.fr/2022SORUS565.
Анотація:
Chez les eucaryotes, la réplication de l'ADN commence à partir de multiples origines activées à différents moments de la phase S. Chaque origine forme deux fourches de réplication divergentes où a lieu la synthèse de l'ADN. Mais alors que la duplication du génome dépend de l’avancée des fourches, les déterminants de leur progression demeurent peu connus, et on ne sait toujours pas si les fourches se déplacent à une vitesse variable ou constante le long des chromosomes. Mes travaux de thèse ont consisté à réaliser chez la levure S. cerevisiae la première carte génomique de progression des fourches de réplication basée sur la vitesse individuelle des fourches. Notre laboratoire a mis au point une méthode de cartographie de la réplication en molécule unique basée sur la détection par séquençage nanopore d'un analogue de la thymidine, le BrdU, incorporé pendant la réplication. En me basant sur cette technique, j’ai développé, en association avec des bioinformaticiens du laboratoire, un outil de mesure de la vitesse des fourches nommé NanoForkSpeed (NFS). Après détection du BrdU incorporé dans l'ADN de cellules asynchrones lors d'un court marquage, NFS procède à une segmentation des signaux pour identifier les fourches de réplication, les orienter et extraire leur vitesse ; la séquence des lectures donne quant à elle immédiatement la localisation des fourches. J'ai par ailleurs créé la souche BT1, qui incorpore très efficacement le BrdU tout en conservant une croissance similaire à celle de levures sauvages, ce qui m'a permis d'étudier la progression des fourches de réplication dans des conditions physiologiques. La vitesse moyenne des fourches mesurée par NFS dans les cellules BT1 est de 2,1 kb/min, en accord avec les précédentes estimations chez S. cerevisiae. NFS est aussi capable de détecter le ralentissement des fourches induit par l’hydroxyurée ainsi que les changements de vitesse dans des mutants où la progression du réplisome est altérée. Le débit de NFS surpassant celui des méthodes en molécule unique actuelles, plus de 125000 vitesses de fourches de réplication ont pu être positionnées sur les chromosomes de S. cerevisiae pour générer la première carte génomique de progression des fourches basée sur des mesures individuelles jamais obtenue chez un organisme. Cette carte a révélé une progression homogène des fourches sur l’ensemble du génome de la levure à l'exception de forts ralentissements au niveau des sites de pauses déjà identifiés chez cet organisme, à savoir les centromères, les télomères, l'ADN ribosomique et certains gènes d'ARN de transfert. En parallèle de NFS, j’ai développé Nanotiming, une nouvelle technique d'analyse du programme temporel de réplication du génome de S. cerevisiae. Nanotiming repose sur la quantification du taux de BrdU dans les lectures nanopores : la concentration en thymidine augmentant au cours de la phase S chez la levure, le taux de BrdU sera ainsi plus faible dans les régions se répliquant tardivement que dans celles se répliquant précocement. Contrairement aux approches actuelles basées sur l’analyse de l'augmentation du nombre de copies au cours de la phase S qui sont soit peu résolutives, soit fastidieuses car impliquant une synchronisation ou un tri cellulaire, Nanotiming requière simplement le marquage de cellules asynchrones avec du BrdU pendant un doublement. Les profils obtenus tant dans une souche sauvage que dans une souche où Rif1, un régulateur-clé du programme temporel de réplication, a été inactivé sont remarquablement similaires à ceux établis par les méthodes à haute résolution actuelles, validant mon approche. Outre sa simplicité, Nanotiming ouvre également la voie à l'analyse à haut débit du programme temporel de réplication en molécule unique, et à l'étude approfondie des variations inter-individuellesIn eukaryotes, DNA replication initiates from multiple origins activated throughout S-phase. Each origin forms two diverging replication forks that synthesize DNA. Although genome duplication depends on a proper fork progression, the governing factors are poorly understood, and little is known about replication fork velocity variations along eukaryotic genomes. My thesis project aimed at generating in the budding yeast S. cerevisiae the first ever genome-wide map of fork progression based on individual fork rates. Our laboratory has recently introduced a high-throughput, high-resolution, single molecule-based replication mapping technique relying on the detection by nanopore sequencing of 5-bromo-2’-deoxyuridine (BrdU), a thymidine analogue incorporated in replicating DNA. In collaboration with bioinformaticians, I have developed NanoForkSpeed (NFS), a method capable of positioning, orienting and extracting the velocity of replication forks from BrdU tracks synthesized during a brief pulse-labelling of asynchronously growing cells. In addition, I have engineered the BT1 yeast strain which exhibits highly efficient BrdU incorporation and wild-type growth, allowing the measurement of fork progression in physiologically relevant conditions. NFS retrieves previous S. cerevisiae mean fork speed estimates (≈2 kb/min) and precisely quantifies speed changes in cells with altered replisome progression or exposed to hydroxyurea. The positioning of >125,000 fork velocities provides a genome-wide map of fork progression based on individual fork rates, showing a uniform fork speed across yeast chromosomes except for a marked slowdown at known pausing sites, namely centromeres, telomeres, the ribosomal DNA and some tRNA genes. During my PhD, I have also created Nanotiming, a novel method to study the replication timing (RT) of S. cerevisiae's genome. Nanotiming relies on the quantification of BrdU rates in nanopore reads: since thymidine concentration increases during S-phase in yeast, BrdU incorporation will be lower in late replicating than in early replicating regions. In contrast to reference techniques based on DNA copy number analysis, which are either low-resolution or difficult to implement as they require cell synchronization or sorting, Nanotiming only demands the labeling of asynchronously growing yeast cells with BrdU during one doubling. RT profiles obtained both in wild-type cells and in a mutant strain where Rif1, a key RT regulator, has been inactivated are remarkably similar to those established by high-resolution methods, validating my approach. In addition to its simplicity, Nanotiming also paves the way for high-throughput analysis of single molecule RT and in-depth study of inter-individual RT variability
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Le, Rouzic Arnaud. "Modélisation de la dynamique évolutive des éléments transposables : naissance, vie et mort d'un parasite génomique." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA112201.
Анотація:
Les éléments transposables sont l'un des constituants majeurs des génomes; on les trouve chez la quasi-totalité des organismes vivants. Cependant, à part dans quelques cas documentés de «domestication moléculaire», ils semblent s'y maintenir principalement grâce à leur propre capacité de multiplication, et on les considère en général comme des séquences d'ADN «parasites». Le travail présenté dans cette thèse propose l'investigation d'un modèle d'évolution d'une famille d'éléments transposables, implémenté dans un logiciel de simulation. Les différentes phases du «cycle de vie» de l'élément y sont étudiées, des toutes premières générations qui suivent son arrivée dans une nouvelle espèce, à sa co-évolution à long terme avec les autres éléments transposables et les gènes du génome. Les résultats proposés illustrent la complexité de l'évolution de ces parasites génomiques, et proposent plusieurs scénarios évolutifs réalistes. Dans la plupart des cas, une situation d'équilibre stable dans le temps semble écartée, et l'invasion d'une famille d'éléments transposables apparaît être un processus dynamique qui dépend non seulement des caractéristiques de l'élément, mais aussi des interactions qui peuvent se mettre en place entre le génome de l'hôte et l'élément transposableTransposable elements are one of the main components of the genomes, and they can be found in almost every living organism. However, except in a few "molecular domestication" events, they seem to maintain themselves in the genomes thanks to their own multiplication ability, and they are thus generally considered as "parasitic" DNA sequences. In the present work, we have investigated, through a simulation software, a population genetics model of a transposable element family. The different stages of the "life cycle" of the element have been studied, from the very first generations following its arrival in a new species, to its long-term co-evolution with the other elements and genes in the genome. The results presented here highlight the complexity of the evolution of these genomic parasites, and several realistic evolutionary scenarios can be proposed. In the most cases, a stable equilibrium state appears to be unlikely, and the invasion of a transposable elements family seems to be a dynamic process, depending not only on the features of the element, but also on the interactions existing between the host genome and its parasitic DNA sequences
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Wirth, Bénédicte. "Dynamique et évolution d'ORFs dupliquées chez les levures hémiascomycètes : Etude de la famille multigénique DUP." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. http://www.theses.fr/2006STR13070.
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Tempel, Sébastien. "Dynamique des hélitrons dans le génome d'arabidopsis thaliana : développement de nouvelles stratégies d'analyse des éléments transposables." Rennes 1, 2007. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00185256.
Анотація:
Les hélitrons sont des éléments transposables prédominants chez Arabidopsis. Nous avons développé un modèle syntaxique pour les détecter exhaustivement dans le génome. Nous avons ensuite démontré la relation autonome-nonautonome des hélitrons et découvert de nouvelles familles. L'observation de leur séquence interne montre une grande variabilité. Nous avons ainsi développé un nouvel outil DomainOrganizer qui permet de visualiser la modularité des éléments transposables non autonomes. Cette étude a permis de comprendre l'évolution d'une famille d'hélitrons. Enfin, nous avons commencé à appréhender le rôle régulateur des hélitronsHelitrons are the main transposable element in Arabidopsis. We are developped a new syntactical model for detect them in genome. We have shown the relationship between autonomous and nonautonomous helitrons and discovered new families. Analysis of their internal sequence shows a strong variability. We have also created a new tool nammed DomainOrganizer which can visualize the modularity of nonautonomous transposable elements. This study have permit to understand the evolution of helitron family. Last, we have begin to understand the regulatory effect of helitrons
Книги з теми "Dynamique du génome":
1
Gaillard, Marcel. Mécanique générale. Paris: Eyrolles, 1990.
2
Clifford, Michael. An introduction to mechanical engineering. London: Hodder Education, 2009.
3
Wickert, Jonathan A. An introduction to mechanical engineering. 2nd ed. Southbank, Vic: Thomson, 2006.
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Cheng, Franklin Y. Matrix analysis of structural dynamics: Applications and earthquake engineering. New York: Marcel Dekker, 2000.
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International Conference on Soil Dynamics and Earthquake Engineering (5th 1991 Karlsruhe, Germany). Soil dynamics and earthquake engineering V. Southampton, UK: Computational Mechanics Publications, 1991.
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Manolis, Papadrakakis, ed. Computational structural dynamics and earthquake engineering. Boca Raton: CRC Press, 2009.
7
R, Backhurst J., Harker J. H. 1937-, Coulson J. M, and Richardson J. F, eds. Coulson & Richardson's Chemical engineering. 6th ed. Oxford: Butterworth-Heinemann, 1999.
8
Cheng, Franklin Y. Matrix Analysis of Structural Dynamics: Applications and Earthquake Engineering. Taylor & Francis Group, 2017.
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Cheng, Franklin Y. Matrix Analysis of Structural Dynamics: Applications and Earthquake Engineering. Taylor & Francis Group, 2017.
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Cheng, Franklin Y. Matrix Analysis of Structural Dynamics: Applications and Earthquake Engineering. Taylor & Francis Group, 2017.
Тези доповідей конференцій з теми "Dynamique du génome":
1
Levacher, Daniel, and Alain Grovel. "Un pénétromètre carottier dynamique largable." In Journées Nationales Génie Côtier - Génie Civil. Editions Paralia, 1990. http://dx.doi.org/10.5150/jngcgc.1990.027-l.
2
CASTELLE, Bruno, and Giovanni COCO. "Dynamique instationnaire des courants d’arrachement de cap." In Journées Nationales Génie Côtier - Génie Civil. Editions Paralia, 2014. http://dx.doi.org/10.5150/jngcgc.2014.004.
3
Mimouni, Nabil, and Daniel Levacher. "Étude et conception d'un pénétromètre carottier dynamique largable." In Journées Nationales Génie Côtier - Génie Civil. Editions Paralia, 1998. http://dx.doi.org/10.5150/jngcgc.1998.027-m.
4
Benamar, Ahmed. "Un modèle pour l'interaction latérale dynamique argile-pieu." In Journées Nationales Génie Côtier - Génie Civil. Presses Universitaires de Perpignan, 1994. http://dx.doi.org/10.5150/jngcgc.1994.023-b.
5
BAILLY DU BOIS, Pascal, and Bertrand POUDEROUX. "Système de prélèvement en profondeur dynamique et en continu." In Journées Nationales Génie Côtier - Génie Civil. Editions Paralia, 2012. http://dx.doi.org/10.5150/jngcgc.2012.059-b.
6
AGEORGES, Valentin, Jorge PEIXINHO, Gaële PERRET, Ghislain LARTIGUE, and Vincent MOUREAU. "Dynamique de l’écoulement autour d’un cylindre vertical partiellement immergé." In Journées Nationales Génie Côtier - Génie Civil. Editions Paralia, 2020. http://dx.doi.org/10.5150/jngcgc.2020.003.
7
Stumpp, C., and R. Dupain. "Contribution à l'étude de la dynamique littorale en milieu estuarien." In Journées Nationales Génie Côtier - Génie Civil. Editions Paralia, 1990. http://dx.doi.org/10.5150/jngcgc.1990.023-s.
8
Serra, J. "Quelques exemples de dynamique sédimentaire le long du littoral catalan." In Journées Nationales Génie Côtier - Génie Civil. Presses Universitaires de Perpignan, 1994. http://dx.doi.org/10.5150/jngcgc.1994.043-s.
9
Grovel, Alain. "Un exemple des apports scientifiques des technologies de dynamique sédimentaire." In Journées Nationales Génie Côtier - Génie Civil. Editions Paralia, 1996. http://dx.doi.org/10.5150/jngcgc.1996.037-g.
10
Bonneton, Philippe. "Dynamique non-linéaire des vagues en zone de surf interne." In Journées Nationales Génie Côtier - Génie Civil. Editions Paralia, 2002. http://dx.doi.org/10.5150/jngcgc.2002.007-b.