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Дисертації з теми "T-structure"
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Tocilj, Ante. "Structure of the small ribosomal subunit from T. Thermophilus." [S.l.] : [s.n.], 2001. http://deposit.ddb.de/cgi-bin/dokserv?idn=963690523.
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Rapa, Alessandro. "Simple objects in the heart of a t-structure." Doctoral thesis, Università degli studi di Trento, 2019. https://hdl.handle.net/11572/369193.
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Historically, the study of modules over finite dimensional algebras has started with the study of the ones with finite dimension. This is sufficient when dealing with a finite dimensional algebra of finite representation type, where there are only finitely many indecomposable modules of finite length. Indecomposable modules of infinite length occur when dealing with algebras of infinite representation type and the study of pure-injective modules over a finite dimensional algebra is crucial for the problem of describing infinite dimensional modules. In this talk, we consider a specific class of finite dimensional algebras of infinite representation type, called "tubular algebras". Pure-injective modules over tubular algebra have been partially classified by Angeleri Hügel and Kussin, in 2016, and we want to give a contribution to the classification of the ones of "irrational slope". In this talk, first, via a derived equivalence, we move to a more geometrical framework, ie. we work in the category of quasi-coherent sheaves over a tubular curve, and we approach our classification problem from the point of view of tilting/cotilting theory. More precisely, we consider specific torsion pairs cogenerated by infinite dimensional cotilting sheaves and we study the Happel-Reiten-Smalø heart of the corresponding t-structure in the derived category. These hearts are locally coherent Grothendieck categories and, in these categories, the pure-injective sheaves over the tubular curve become injective objects. In order to study injective objects in a Grothendieck category is fundamental the classification of the simple objects. In the seminar, we use some techniques coming from continued fractions and universal extensions to provide a method to construct an infinite dimensional sheaf of a prescribed irrational slope that becomes simple in the Grothendieck category given as the heart of a precise t-structure.
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Brouwer, Eric Bertrand. "Structure and dynamics of t-butylcalix(4) arene-guest compounds." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1996. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk3/ftp04/nq22160.pdf.
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Silkowski, Helena. "Solution structure and interactions of T-lymphocyte cell adhesion molecules." Thesis, University of Nottingham, 1997. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.362055.
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Silva, Bruno Marques Ferreira da. "Odometria visual baseada em t?cnicas de structure from motion." Universidade Federal do Rio Grande do Norte, 2011. http://repositorio.ufrn.br:8080/jspui/handle/123456789/15364.
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Previous issue date: 2011-02-15Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior
Visual Odometry is the process that estimates camera position and orientation based solely on images and in features (projections of visual landmarks present in the scene) extraced from them. With the increasing advance of Computer Vision algorithms and computer processing power, the subarea known as Structure from Motion (SFM) started to supply mathematical tools composing localization systems for robotics and Augmented Reality applications, in contrast with its initial purpose of being used in inherently offline solutions aiming 3D reconstruction and image based modelling. In that way, this work proposes a pipeline to obtain relative position featuring a previously calibrated camera as positional sensor and based entirely on models and algorithms from SFM. Techniques usually applied in camera localization systems such as Kalman filters and particle filters are not used, making unnecessary additional information like probabilistic models for camera state transition. Experiments assessing both 3D reconstruction quality and camera position estimated by the system were performed, in which image sequences captured in reallistic scenarios were processed and compared to localization data gathered from a mobile robotic platform
Odometria Visual ? o processo pelo qual consegue-se obter a posi??o e orienta??o de uma c?mera, baseado somente em imagens e consequentemente, em caracter?sticas (proje??es de marcos visuais da cena) nelas contidas. Com o avan?o nos algoritmos e no poder de processamento dos computadores, a sub?rea de Vis?o Computacional denominada de Structure from Motion (SFM) passou a fornecer ferramentas que comp?em sistemas de localiza??o visando aplica??es como rob?tica e Realidade Aumentada, em contraste com o seu prop?sito inicial de ser usada em aplica??es predominantemente offline como reconstru??o 3D e modelagem baseada em imagens. Sendo assim, este trabalho prop?e um pipeline de obten??o de posi??o relativa que tem como caracter?sticas fazer uso de uma ?nica c?mera calibrada como sensor posicional e ser baseado interamente nos modelos e algoritmos de SFM. T?cnicas usualmente presentes em sistemas de localiza??o de c?mera como filtros de Kalman e filtros de part?culas n?o s?o empregadas, dispensando que informa??es adicionais como um modelo probabil?stico de transi??o de estados para a c?mera sejam necess?rias. Experimentos foram realizados com o prop?sito de avaliar tanto a reconstru??o 3D quanto a posi??o de c?mera retornada pelo sistema, atrav?s de sequ?ncias de imagens capturadas em ambientes reais de opera??o e compara??es com um ground truth fornecido pelos dados do od?metro de uma plataforma rob?tica
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Brouwer, Eric Bertrand Carleton University Dissertation Chemistry. "Structure and dynamics of T-butylcalix[4]arene-guest compounds." Ottawa, 1996.
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Misra, Sumohan. "Structural flexibility in magnetocaloric RE₅T₄ (RE = rare-earth; T = Si, Ge, Ga) materials effect of chemical substitution on structure, bonding and properties /." [Ames, Iowa : Iowa State University], 2008.
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Croset, Patricia. "Décomposition dynamique et parallélisme multi-t^ache en analyse de structure." Toulouse, INPT, 1989. http://www.theses.fr/1989INPT033H.
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L'utilisation de calculateurs paralleles est aujourd'hui essentielle pour aborder le traitement de structures complexes de grande taille. Une etude du comportement informatique de la methode des sous-structures illustre l'interet des methodes de decomposition dans le cadre du calcul parallele. Une technique de sous-structuration dynamique specifique a une exploitation des calculs en environnement multi-processeurs a ete developpee. Des experimentations realisees sur un cray-2 mettent en evidence l'interaction profonde entre algorithme et machine cible et refletent l'influence des contraintes d'implantation qui penalisent fortement les performances. Diverses solutions susceptibles de reduire le caractere machine dependant de la strategie de mise en uvre et de minimiser l'impact negatif d'une execution en environnement multi-utilisateur ont ete proposees. Enfin, une etude theorique de l'adequation de ce type d'algorithmes aux caracteristiques des architectures a haut degre de parallelisme, illustree de divers exemples de mise en uvre, montre que cette classe de calculateurs pouvait exploiter efficacement le parallelisme intrinseque a ces methodes de decomposition
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Caruntu, Gabriel. "Synthese, cristallochimie et conductivite electrique de nouveaux cuprates a structure t*." Orléans, 1998. http://www.theses.fr/1998ORLE2031.
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Concue comme l'addition des deux structures t et t, la structure t* des cuprates faisant l'objet de l'etude entreprise dans ce travail, s'avere etre un objet cristallochimique nouveau, qui presente des proprietes originales. La formation de cette structure implique une substitution partielle du lanthanoide dans les cuprates ln#2cuo#4 par un couple de deux cations et respecte une condition majeure relative a une difference de taille minimum entre le lanthanoide majoritaire et le petit lanthanoide. Elle rend possible sa stabilisation pour les solutions solides de type nd#2#(#1# ## #x#)sr#x y(ln)#xcuo4##, ln = y(ho, er, yb). Les domaines d'homogeneite de ces solutions solides sont tres etroits 0. 4 x 0. 5, correles a la forte tendance d'egalisation des quantites du nd#3#+ dans les deux blocs rs et cf. On observe egalement la presence de deux mecanismes de substitution simultanes, mais differencies au niveau de ces deux parties de la structure. Le niveau de contraintes cristallochimiques est affaibli, a cause de la diminution de l'effet de compression des liaisons cuo(1) equatoriales qui induit des composes deficitaires en oxygene, la non-stoechiometrie se presentant comme une combinaison de trois types de defauts. Ils presentent une distribution variable, suivant le metal y(ln) et la composition consideres. Les oxygenes equatoriaux jouent un role majeur pour la stabilisation d'une telle structure. Par l'augmentation de la pression d'oxygene, la semiconductivite affichee pour les composes prepares sous air evolue vers un etat semi-metallique, jusqu'a des temperatures de plus en plus basses. Mais, dans tous les cas il y a une transition d'un etat semimetalique vers un etat semiconducteur, qui ne depend pas de la nature du cation ln ou y dans les blocs cf. Une relaxation suffisamment bonne, realisee en absence de l'oxydation partielle du cu(ii) en cu(iii) explique la grande difficulte de ces composes a presenter une transition supraconductrice.
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Caron, Lorraine. "Structure-function analyses of the tyrosine protein kinase p56lck in T lymphocytes." Thesis, McGill University, 1992. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=56963.
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p56$ sp{ rm lck}$ is a member of the Src-family of tyrosine protein kinases which is abundantly expressed in T lymphocytes. Increasing evidence indicates that p56$ sp{ rm lck}$ participates in T-cell receptor-mediated signalling. Firstly, this enzyme is physically associated with the CD4 and CD8 T-cell surface glycoproteins. CD4 and CD8 are respectively involved in the recognition of major histocompatibility complex class II and class I, that are expressed on antigen presenting cells. Secondly, expression of activated p56$ sp{ rm lck}$ polypeptides in CD4- and CD8-negative T cells has been documented to enhance antigen-induced T-cell responsiveness. To understand the mechanism(s) by which p56$ sp{ rm lck}$ participates in this process, the effects of mutations in known regulatory domains of p56$ sp{ rm lck}$ on the ability of activated p56$ sp{ rm lck}$ to enhance antigen-induced T-cell responses have been examined. Our results indicate that p56$ sp{ rm lck}$ regulates T-cell antigen receptor signalling through a complex process requiring multiple distinct structural domains of the enzyme.
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Rouleau, Matthieu. "Apoptose de lymphocytes T matures humains induite à travers la structure CD2." Compiègne, 1993. http://www.theses.fr/1993COMPD659.
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La mort cellulaire programmée, ou apoptose, est un des mécanismes majeurs que les organismes pluricellulaires ont développé pour maintenir un équilibre entre le nombre de cellules fabriquées et le nombre de cellules fonctionnellement nécessaires. Si depuis quelques années, l'implication de l'apoptose est soupçonnée au cours de l'ontogénie des effecteurs immunologiques, la mise en évidence d'une atteinte des cellules B et T matures n'est étudiée que depuis peu. C'est ainsi que des récepteurs considérés comme des molécules inductrices de prolifération (le complexe CD3/TCR par exemple) se sont révélées être des structures capables de transduire des signaux létaux. Dans ce mémoire, nous rapportons une des premières mises en évidence d'un phénomène d'apoptose provoqué chez les lymphocytes T matures par une stimulation par la voie CD2. En comparant la réactivité des sous-populations de lymphocytes T périphériques humains vis-à-vis de signaux issus des voies CD3 ou CD2, en synergie avec ceux issus de la chaîne beta du récepteur à l'IL2, nous avons été amenés à étudier d'une part les cellules T CD8+ CD45R0+ et T CD8+ CD45RA+ et d'autre part les cellules T CD8+ CD57+ et T CD8+ CD57-. La population de cellules T CD8+ CD57+ s'est révélée avoir un comportement intrigant face à une stimulation par certaines paires mitogéniques d'anticorps anti-CD2 : en présence d'IL-2 exogène et malgré l'expression constitutive de chaînes UL-2R beta à leur surface, ces cellules ne manifestent qu'une prolifération faible, rendue abortive par une mort cellulaire massive par apoptose. Compte tenu de l'implication critique, dans cette apoptose, d'un épitrope CD2R de la molécule CD2 (épitope reconnu par l'anticorps D66), nous avons supposé qu'un changement de conformation de la structure CD2 soit responsable du phénomène. Les lymphocytes T matures dans leur ensemble, sans distinction phénotypique, sont eux aussi sensibles à une induction d'apoptose via la molécule CD2. Dans ce cas, les cellules doivent impérativement être stimulées par une paire mitogénique d'anticorps anti-CD2, puis l'application d'un troisième anticorps anti-CD2 provoque l'apoptose de 40 à 50 % d'entre elles. La structure CD2 semble par conséquent capable à elle seule d'activer les lymphocytes T, puis d'induire leur mort par apoptose.
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Bowden, Nadine Yvonne. "Structure and Function Studies of Human T-Lymphotrophic Virus Type 1 p30." The Ohio State University, 2011. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1322517577.
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Reynolds, Catherine Jane. "T cell receptor structure and cytokine responses in lung targeted inflammatory models." Thesis, Imperial College London, 2008. http://hdl.handle.net/10044/1/11884.
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Goff, Randal D. "Structure-activity studies of glycosphingolipids as antigens of natural killer T cells /." Diss., CLICK HERE for online access, 2006. http://contentdm.lib.byu.edu/ETD/image/etd1519.pdf.
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Goff, Randal Donald. "Structure-Activity Studies of Glycosphingolipids as Antigens of Natural Killer T Cells." BYU ScholarsArchive, 2006. https://scholarsarchive.byu.edu/etd/942.
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Glycosphingolipids (GSLs), composed of a polar saccharide head and a lipophilic ceramide tail, are ubiquitous components of the plasma membrane of eukaryotic cells. They serve in many regulatory capacities and have antigenic properties towards natural killer T (NKT) cells of the innate immune system. Critical to the recognition of glycosylceramides by NKT cells are antigen presenting cells (APC), such as dendritic cells, which are responsible for binding, processing, and delivery of ligands to these lymphocytes. This event is mediated by CD1d, a major histocompatibility complex-like protein expressed on the surface of APCs, which binds GSL antigens by the ceramide moiety and presents the polar group to the T cell receptors of CD1d-restricted cells. The subsequent immune response involves NKT cell proliferation and emission of numerous cytokines, such as interferon-gamma (IFN-gamma) and interleukin-4 (IL-4), resulting in the stimulation of the innate and adaptive immune systems through maturation of APCs, activation of T cells, and secretion of antibodies by B cells. To understand the structure-activity relationship between GSLs and NKT cell activity and the requirements for intracellular processing of antigens, analogs of the model compound alphaGalCer (KRN-7000) have been synthesized. These include fluorophore-appended 6”-amino-α-galactosylceramides and N-alkenoyl GSLs, such as PBS-57, a potent alphaGalCer surrogate useful in NKT cell stimulation studies. A nonantigenic beta-C-galactosylceramide has also been prepared as an inhibitor of these innate lymphocytes. To probe the potential for using NKT cells to bias the immune system between the proinflammatory TH1 response or the immunomodulatory TH2 mode, versions of alphaGalCer with shortened ceramides have been created. One of these truncated analogs, PBS-25, has successfully been cocrystallized with CD1d and the binary complex structure solved by X-ray crystallography. Synthetic glycosphingolipids derived from Novosphingobium capsulatum and Sphingomonas paucimobilis have also been made. In assays with classical Valpha14i/Valpha24i NKT cell lines, these Gram-negative bacterial antigens were recognized directly and specifically by host immune systems through CD1d-restriction, unlike GSL-deficient microbes (e.g., Salmonella typhimurium). A search for other GSL-bearing alpha-proteobacteria led to the discovery of another natural glycosphingolipid, an N-alkenoylphytosphingoid-alpha-galactoside, isolated from the outer membrane of Ehrlichia muris.
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Mealier, Anne-Laure. "Comment le langage impose-t-il la structure du sens : construal et narration." Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSE1333.
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Cette thèse a été effectuée dans le cadre du projet européen WYSIWYD (What You Say is What You Did). Ce projet a pour but de rendre, plus naturelles, les interactions Humain-robot, notamment par le biais du langage. Le déploiement de robots compagnon et de robots de service requière que les humains et les robots puissent se comprendre mutuellement et communiquer. Les humains ont développé une codification avancée de leur comportement qui fournit la base de la transparence de la plupart de leurs actions et de leur communication. Jusqu'à présent, les robots ne partagent pas ce code de comportement et ne sont donc pas capables d'expliquer leurs propres actions aux humains. Nous savons que dans le langage parlé, il existe un lien direct entre le langage et le sens permettant à une personne qui écoute d'orienter son attention sur un aspect précis d'un événement. Ceci est particulièrement vrai en production de langage. On sait que la perception visuelle permet l'extraction des aspects de «qui a fait quoi à qui» dans la compréhension des événements sociaux. Mais dans le cadre d'interactions humaines, il existe d'autres aspects importants qui ne peuvent être déterminés uniquement à partir de l'image visuelle. L'échange d'un objet peut être interprété suivant différents points de vue, par exemple du point de vue du donateur ou de celui du preneur. Nous introduisons ainsi la notion de construal. Le construal est la manière dont une personne interprète le monde ou comprend une situation particulière. De plus, les événements sont reliés dans le temps, mais il y a des liens de causalité ainsi que des liens intentionnels qui ne peuvent pas être vus d'un point de vue uniquement visuel. Un agent exécute une action, car il sait que cette action satisfait le désir d'un autre agent. Cela peut ne pas être visible directement dans la scène visuelle. Le langage permet ainsi de préciser cette particularité : "Il vous a donné le livre parce que vous le vouliez". La première problématique que nous mettons en évidence dans ce travail est la manière dont le langage peut être utilisé pour représenter ces construals. Autrement dit, la manière dont un orateur choisit une construction grammaticale plutôt qu'une autre en fonction de son centre d'intérêt. Pour y répondre, nous avons développé un système dans lequel un modèle mental représente un événement d'action. Ce modèle est déterminé par la correspondance entre deux vecteurs abstraits : le vecteur de force exercée par l'action et le vecteur de résultat correspondant à l'effet de la force exercée. La deuxième problématique que nous étudions est comment des constructions de discours narratif peuvent être apprises grâce à un modèle de discours narratifs. Ce modèle se base sur des réseaux neuronaux de production et de compréhension de phrases existants que nous enrichissons avec des structures additionnelles permettant de représenter un contexte de discours. Nous présentons également la manière dont ce modèle peut s'intégrer dans un système cognitif global permettant de comprendre et de générer de nouvelles constructions de discours narratifs ayant une structure similaire, mais des arguments différents. Pour chacun des travaux cités précédemment, nous montrons comment ces modèles théoriques sont intégrés dans la plateforme de développement du robot humanoïde iCub. Cette thèse étudiera donc principalement deux mécanismes qui permettent d'enrichir le sens des évènements par le langage. Le travail se situe entre les neurosciences computationnelles, l'élaboration de modèles de réseaux neuronaux de compréhension et de production de discours narratifs, et la linguistique cognitive où comprendre et expliquer un sens en fonction de l'attention est crucialThis thesis takes place in the context of the European project WYSIWYD (What You Say is What You Did). The goal of this project is to provide transparency in Human-robot interactions, including by mean of language. The deployment of companion and service robots requires that humans and robots can understand each other and communicate. Humans have developed an advanced coding of their behavior that provides the basis of transparency of most of their actions and their communication. Until now, the robots do not share this code of behavior and are not able to explain their own actions to humans. We know that in spoken language, there is a direct mapping between languages and meaning allowing a listener to focus attention on a specific aspect of an event. This is particularly true in language production. Moreover, visual perception allows the extraction of the aspects of "who did what to whom" in the understanding of social events. However, in the context of human interaction, other important aspects cannot be determined only from the visual image. The exchange of an object can be interpreted from the perspective of the giver or taker. This introduces the notion of construal that is how a person interprets the world and perceive a particular situation. The events are related in time, but there are causal and intentional connexion that cannot be seen only from a visual standpoint. An agent performs an action because he knows that this action satisfies the need for another person. This may not be directly visible in the visual scene. The language allows specifying this characteristic: "He gave you the book because you like it." The first point that we demonstrate in this work is how the language can be used to represent these construals. In response, we have developed a system in which a mental model represents an action event. This model is determined by the correspondence between two abstract vectors: the force vector exerted by the action and the result vector corresponding to the effect of the applied force. The application of an attentional process selects one of the two vectors, thus generating the construal of the event. The second point that we consider in this work is how the construction of narrative discourse can be learned with a narrative discourse model. This model is based on both existing neural networks of production and comprehension of sentences that we enrich with additional structures to represent a context of discourse. We present also how this model can be integrated into an overall cognitive system for understanding and generate new constructions of narrative discourse based on similar structure, but different arguments. For each of the works mentioned above, we show how these theoretical models are integrated into the development platform of the iCub humanoid robot. This thesis will explore two main mechanisms to enrich the meaning of events through language. The work is situated between computational neuroscience, with development of neural network models of comprehension and production of narrative discourse, and cognitive linguistics where to understand and explain the meaning according to joint attention is crucial
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Adamson, Janet. "Structure and function of the platelet and T-cell activation antigen-1 (PTA1)." Thesis, University of Liverpool, 2000. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.367096.
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Ruiz, Manuel. "Analyse bioinformatique standardisée IMGT des relations séquence-structure des immunoglobulines et récepteurs T." Montpellier 2, 2001. http://www.theses.fr/2001MON20166.
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Winn, Martyn David. "Theoretical studies of the electronic properties of spatially disordered systems." Thesis, University of Oxford, 1990. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.279994.
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Wang, Jennifer Jin. "Gene expression and isoform structure-function relationship of mouse fast skeletal muscle troponin T." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1997. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk2/ftp04/mq24706.pdf.
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Deshpande, A. M. "Structure-function analysis of the role of amphiphysin in T-tubule organisation in Drosophila." Thesis, University of Cambridge, 2005. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.598514.
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To investigate how amphiphysin contributes to T-tubule organisation in Drosophila, I initiated a structure-function analysis of the protein in this process. I assayed the ability of different domains and mutant forms of the protein to rescue the amphiphysin null mutant phenotype. When either an N-terminal fragment that includes the BAR domain, or the SH3 domain, was expressed in an amphiphysin mutant background, there was no obvious rescue of the T-tubule defect. However, expression of full-length protein lacking the first 40 amino acids resulted in some rescue of reticular structures. When full-length amphiphysin, carrying a mutated SH3 domain that does not interact with praline-containing motifs, was expressed in amphiphysin mutants, tubular structures similar to those of wild type were seen, but they failed to localise normally. When full-length amphiphysin, carrying point mutations in the BAR domain that inhibit its binding and tabulating activity, was expressed in amphiphysin mutants, there was an partial rescue of the phenotype. Although amphiphysin is known to dimerise, neither an N-terminal region containing the BAR domain, nor the SH3 domain, had any detectable dominant negative phenotype in a wild type background. I also examined muscle development in embryos, to detect whether amphiphysin expression occurred before or after T-tubule formation. I examined the time course of amphiphysin and Dig (another T-tubule marker) expression in developing muscles. Amphiphysin appeared first on the plasma membrane and as intracellular puncta, then on a reticular network, presumably T-tubules. Dig could be detected on T-tubules only subsequently to this. Therefore, amphiphysin expression in muscles precedes the earliest time at which T-tubules can be detected with any markers available to me.
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Apta, Bonita Harriet Radha. "Investigating the structure and function of PEPITEM, a novel inhibitor of T cell transmigration." Thesis, University of Birmingham, 2016. http://etheses.bham.ac.uk//id/eprint/6762/.
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Peptide inhibitor of trans-endothelial migration (PEPITEM) is a B cell-secreted peptide which inhibits T cell trafficking across cytokine-stimulated endothelium. This homeostatic mechanism is lost in autoimmune and chronic inflammatory diseases, leading to inappropriate T cell trafficking with pathological consequences, e.g. in type-1 diabetes and rheumatoid arthritis. We aimed to investigate the structure and function of PEPITEM in vitro and in vivo to establish its pharmacokinetics, therapeutic potential, and underlying molecular mechanisms. The efficacy of PEPITEM was verified, showing the same regulatory control of T cell trafficking as previously reported. Nuclear magnetic resonance (NMR) studies revealed PEPITEM to be a linear peptide lacking secondary structure. Intravenous administration of radiolabelled native PEPTEIM in wild-type mice showed rapid clearance by the renal circulation, conferring a circulatory half-life of < 2 minutes. Common conjugation strategies employed to modify PEPITEM, e.g. PEGylation, did not affect peptide function, demonstrating its potential for therapeutic development. The evolution of PEPITEM from its parent protein, 14-3-3ζ was investigated. PEPITEM is probably cleaved from 14-3-3ζ by matrix metalloproteinase 9 extracellularly after exocytosis from B cells. Interestingly, this generates a 17aa peptide which requires additional proteolytic processing to evolve a smaller biologically active pharmacophore. These observations add to our current knowledge of the PEPITEM paradigm, which appears central to regulated trafficking of T cells. Future work will formulate new PEPITEM versions with suitable pharmacological profiles, and screen them for function in vitro and in vivo to develop suitable therapeutic agents.
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Kalt, Jochen [Verfasser], and T. [Akademischer Betreuer] Baumbach. "Growth, structure and lattice dynamics of iron silicide nanostructures / Jochen Kalt ; Betreuer: T. Baumbach." Karlsruhe : KIT-Bibliothek, 2021. http://d-nb.info/1238147976/34.
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Devi, Priyanka. "Role and prognostic importance of regulatory T cells in lung cancer patients, according to the presence of tertiary lymphoid structures." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066345/document.
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Une tumeur est un environnement complexe comprenant à la fois des composants immunitaires et non immunitaires. Dans notre équipe, nous avons démontré précédemment le rôle des structures lymphoïdes tertiaires (TLS) dans les cancers du poumon, dans la génération de réponses anti-tumorales protectrices. Cependant, les tumeurs peuvent se développer en utilisant des mécanismes d’immunosuppression tels que l’infiltration des cellules T régulatrices (Tregs) dans le microenvironnement tumoral. Cette thèse a étudié le mécanisme présumé des Tregs dans la régulation des réponses immunitaires dans le cancer du poumon. Cette étude démontre la présence de Tregs FoxP3+ dans les TLS aussi bien que dans les autres régions tumorales. Les Tregs infiltrant la tumeur (Ti-Tregs) présentent un phénotype de lymphocytes T à mémoire centrale, et effecteur mémoire. Ces cellules expriment un vaste répertoire de molécules d’activation et de « chekpoints » immunologiques. L’analyse de l’expression des gènes et des résultats de cytométrie en flux a montré que les Tregs expriment des marqueurs de co-stimulation et de co-inhibition. Une forte densité de Ti-Tregs dans les TLS ou les autres régions tumorales, est associée à une faible survie des patients. Lorsqu’on combine ce résultat avec la densité de DC matures ou lymphocytes B associés aux TLS ou CD8+, un groupe de patients présentant de faible densités de ces cellules mais de fortes densités en Tregs a le pronostic le moins favorable avec le plus grand risque de décès. Les Tregs créent un environnement immunosuppresseur dans les cancers pulmonaires. Ce mécanisme pourrait être une explication de la réduction observée de la survie de ces patientsTumor comprise complex niche of the immune and non-immune components. The complex interaction between the tumor cells with its environment turns into either eradication or the growth and metastasis of the tumors. We have previously demonstrated the role of TLS (tertiary lymphoid structures) in lung tumors, in protective anti-tumor responses. Despite of this, tumors do develop via exploiting the regulatory mechanisms, particularly includes, infiltration of the Tregs (regulatory T cells). The aim of thesis was to study the putative role of Tregs in regulating the immune responses in lung cancer. This study strongly demonstrates the presence of FoxP3+ Tregs in the TLS as well as non-TLS areas of the lung tumors. Tregs mainly exhibit central and effector memory phenotype expressing vast repertoire of the activation and immune checkpoint molecules. The gene expression and flow cytometry data showed that Tregs express the co-stimulatory and inhibitory markers which are known to be involved in the their activation and immune suppression. The high density of the Ti-Tregs either in TLS or in nonTLS areas is associated with the poor survival of the NSCLC patients. When combined with the density of TLS mature DC or B cells or CD8+ T cells, a group of patients with the low DC, B cells and CD8+ T cells but high Tregs densities, had the worst clinical outcome. This allowed, to identify the NSCLC patients with highest risk of death. Thus, it be concluded that the Tregs create the immunosuppressive environment in the lung tumors by acting in both TLS and nonTLS areas of the tumors and thus could be possible reason for the reduced survival of the lung cancer patients
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Hovhannisyan, Anahit [Verfasser], and T. [Akademischer Betreuer] Münch. "Effects of the Jimpy mutation on retinal structure and function / Anahit Hovhannisyan ; Betreuer: T. Münch." Tübingen : Universitätsbibliothek Tübingen, 2015. http://d-nb.info/1197057323/34.
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Doh, Junsang. "Immunological synapse arrays : patterned protein surfaces that modulate immunological synapse structure formation in T cells." Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 2006. http://hdl.handle.net/1721.1/35133.
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Thesis (Ph. D.)--Massachusetts Institute of Technology, Dept. of Chemical Engineering, 2006.Vita.
Includes bibliographical references (leaves 128-137).
T cells are activated by recognition of foreign peptides displayed on the surface of antigen presenting cells (APCs), an event that triggers assembly of a complex microscale structure at the T cell-APC interface known as the immunological synapse (IS). It remains unresolved whether the unique physical structure of the synapse itself impacts the functional response of T cells, independent of the quantity and quality of ligands encountered by the T cell. As a first step toward addressing this question, we fabricated multicomponent protein surfaces that surrogate the role of APCs and studied T cell responses as a function of synapse structure. To pattern multiple proteins on surfaces, we synthesized and characterized a new polymer, poly(o-ntrobenzyl methacrylate-r-methyl methacrylate-poly(ethylene glycol) methacrylate (PNMP), a photoresist that can be processed under mild aqueous conditions. Based on the pH- and temperature-sensitive solubility of UV-exposed PNMP random terpolymers in aqueous buffers, two-component protein patterning was achieved under conditions that avoid exposing proteins to conditions outside the narrow range of physiological pH, ionic strength, and temperature where their stability is greatest.
(cont.) Using a photolithographic strategy we developed employing this novel PNMP photoresist polymer, we created multicomponent protein surfaces presenting micron-scale arrays of tethered T cell receptor (TCR) ligands (anti-CD3 'activation sites') surrounded by a field of tethered intercellular adhesion molecule-I (ICAM-1), as a model substrate on which T cells could be seeded to mimic T cell-APC interactions. CD4+ T cells seeded on these surfaces polarized and migrated; on contact with activation sites, T cells assembled an IS with a structure modulated by the physical pattern of ligand encountered. On surfaces patterned with focal spots of TCR ligand, T cells stably interacted with activation sites, proliferated, and secreted cytokines. In contrast, T cells interacting with activation sites patterned to preclude centralized clustering of TCR ligand failed to form stable contacts with activation sites, exhibited aberrant PKC-[Theta] clustering in a fraction of cells, and had significantly reduced production of interferon-[gamma]. These results suggest that focal clustering of TCR ligand characteristic of the 'mature' IS may be required under some conditions for full T cell activation.
by Junsang Doh.
Ph.D.
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Kinnison, William Errett. "T. S. Eliot's comic vision : "Four Quartets" and the comic structure of the late plays /." The Ohio State University, 2000. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1488193665236735.
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Berjanskii, Mark. "Structure and dynamics of the N-terminal J-domain of T antigens of murine polyomavirus." MU online access free, to others for fee Free online access, 2002. http://wwwlib.umi.com/cr/mo/preview?3052146.
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Cai, Liuchun. "Molecular structure of (Ga₂S₃)x(GeS₂)₁₋x glasses raman scattering and T-modulated DSC." Cincinnati, Ohio : University of Cincinnati, 2003. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc%5Fnum=ucin1057759838.
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Guignard, Laurent. "Etude structurale et dynamique de la protéine oncogénique p 13MTCP1 impliquée dans les leucémies prolymphocytaires-T." Montpellier 1, 1999. http://www.theses.fr/1999MON13517.
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Blanc, Dominique. "Etude structurale du récepteur T pour l'antigène : analyse des relations structure-fonction entre les molécules Ly2 et Ly3 du complexe CD8 murin." Aix-Marseille 2, 1988. http://www.theses.fr/1988AIX22055.
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Blanc, Dominique. "Etude structurale du récepteur T pour l'antigène analyse des relations structure-fonction entre les molécules Ly2 et Ly3 du complexe CD8 murin /." Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb376119636.
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Pradip, Ramu [Verfasser], and T. [Akademischer Betreuer] Baumbach. "Growth, structure and lattice dynamics of epitaxial europium oxide thin films / Ramu Pradip ; Betreuer: T. Baumbach." Karlsruhe : KIT-Bibliothek, 2017. http://d-nb.info/1130246590/34.
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McArthur, R. "Technical change and economic structure : The case of the £TBritish printing industry£T 1963-1983." Thesis, University of Manchester, 1986. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.377726.
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Hinton, David A. "The organization as a system : structure, process, and human capital considerations in aerospace R&T." Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 2003. http://hdl.handle.net/1721.1/91790.
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Hoffmann, Marian [Verfasser], and T. [Akademischer Betreuer] Stein. "Prediction and structure of triathlon performance in recreational and elite triathletes / Marian Hoffmann ; Betreuer: T. Stein." Karlsruhe : KIT-Bibliothek, 2021. http://d-nb.info/1231361530/34.
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GAHERY-SEGARD, GAHERY HANNE. "Repertoire des lymphocytes t chez la souris. Structure et organisation du locus alpha/delta du tcr." Paris 6, 1994. http://www.theses.fr/1994PA066127.
Повний текст джерелаАнотація:
Le travail porte sur l'etude du repertoire t chez la souris, et consiste en l'analyse des genes valpha et vbeta des lymphocytes t ainsi que des facteurs qui influencent leur expression. Nous avons identifie une nouvelle famille, valpha5t constituee de deux membres ; valpha5tpseudo qui est non fonctionnel et valpha5t qui presente toutes les caracteristiques d'un segment fonctionnel. Les transcrits valpha5t sont frequemment episses entre valpha5t et calpha au lieu de jalpha-calpha, en effet un site alternatif d'epissage se situe au niveau de la jonction. Ceci restreint la probabilite pour ce gene de produire un transcrit complet. Ce phenomene pourrait etre un facteur de regulation intervenant dans l'exclusion allelique, pour les chaines alpha. Nous avons egalement determine la structure de l'ensemble des genes de la famille valpha2 chez la souris b10. A dans le but d'etudier la complexite des familles valpha. Cette famille est constituee de dix genes valpha2 et plusieurs genes valpha2 sont identiques. Les differentes substitutions observees dans les regions valpha2, ont ete positionnees sur un modele tridimensionnel. La plupart des changements sont situes dans les regions exposees au solvant. Les genes valpha2 de la souris balb/c ont ete identifies en reference a leurs homologues chez la souris b10. A. Le taux de conservation entre les alleles est tres fort, 1 a 3 substitutions seulement etant observees. L'ensemble de ces donnees indique que des duplications et des deletions successives sont impliquees dans l'evolution des familles valpha multigeniques. Enfin, nous avons analyse la diversite des tcr alpha, beta selectionnes par un antigene homologue au sol, le collagene de type ii. Pour cela, nous avons caracterise les regions valpha et vbeta de clones t specifiques de cet antigene qui, une fois injecte, induit une arthritte au collagene de type ii. La diversite des tcr selectionnes par cet antigene est reduite. Un des clones t etudies a la particularite de prevenir la maladie lorsqu'il est injecte a des souris avant immunisation par le collagene de type ii
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Said, Frédérique. "Etude expérimentale de la couche limite marine structure turbulente et flux de surface (expérience Toscane-T) /." Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb376183904.
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Tailleur, Elodie. "Cristaux et polycristaux à transition de spin : relations structure-propriétés multi-échelles, multi-contraintes (T, P)." Thesis, Bordeaux, 2018. http://www.theses.fr/2018BORD0207/document.
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Une large hystérèse centrée autour de la température ambiante constitue l'un des objectifs principaux de la recherche sur les matériaux commutables fonctionnels. Dans le domaine très étudié de la conversion de spin, un tel comportement apparaît très rarement. Un nouveau composé, le complexe [Fe(PM-PeA)2(NCSe)2] présentant une large hystérèse autour de la température ambiante a été synthétisé, sous forme de monocristal et de poudre. Ce composé a été la base de deux axes de recherche. Le premier concerne l’étude multi-échelles des relations structure-propriétés en combinant la diffraction des rayons X sur poudre et sur monocristal, à température variable. Un focus tout particulier a été fait sur l’échelle microstructurale, très peu explorée à ce jour. Pour la première fois,la taille des domaines cohérents et le taux de microdéformations, ont été quantifiés pour un composé moléculaire discret à conversion de spin. Le deuxième axe concerne l’investigation de la transition de spin induite par la pression. L’étude in situ par diffraction des rayons X sur monocristal a permis une caractérisation complète de la structure cristalline des deux états de spin, sous pression. Par la suite, un suivi fin de la transition de spin, révélant une piezo-hystérèse, a été fait grâce à la diffraction des rayons X sur poudre, sous pression in situ à l’aide du rayonnement synchrotron. Les expériences couplant pression et température ont donné accès à des informations cruciales, telles que la variation des modules d’élasticité avec la température, les effets de la température sur la pression de transition, le caractère coopératif de la transition et la largeur de la piezo-hystérèseSpin crossover (SCO) compounds with a large hysteresis centered around room temperature (RT) are being constantly pursued although such behavior is very rare and most often noticed in coordination networks. In this context, a new molecular discrete compound, the complex [Fe(PM-PeA)2(NCSe)2], showing a large SCO hysteresis spanning RT has been synthesized in both singlecrystal and powder forms. Then, two research lines emerged. The first one concerns the multi-scales study of the structure-properties relationships, combining single-crystal and powder X-ray diffraction at variable temperature. A particular focus has been made on the microstructural scale, almostunexplored until now. For the first time, the coherent domain sizes and the micro-deformation rate has been quantified for a molecular discrete SCO compound. The second part of this work investigates in detail the pressure-induced SCO. The in situ single-crystal X-ray diffraction studies has been carried out to perform a complete characterization of the crystal structure under pressure. Thereafter, an accurate high-pressure X-ray diffraction measurement on the powder, with a synchrotron radiation,provides a fine track of the pressure-induced SCO and showed a piezo-hysteresis. Experiments coupling pressure and temperature brought crucial information pertaining to variation of bulk moduli withtemperature, the piezo-hysteresis width, the temperature dependence of the pressure transition and pressure-induced SCO abruptness, are provided in detail for the first time
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Waller, Olga [Verfasser], and T. [Akademischer Betreuer] Baumbach. "Growth, structure and lattice dynamics of epitaxial rare earth films and nanostructures / Olga Waller. Betreuer: T. Baumbach." Karlsruhe : KIT-Bibliothek, 2015. http://d-nb.info/1068868996/34.
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Rosa, Natalia Nicole. "La structure de matrices céréalières riches en fibres alimentaires et antioxydants influence-t-elle leurs effets santé ?" Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20181/document.
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Cette étude a pour objectif d'évaluer la relation entre la structure (au niveau physique et / ou moléculaire) de son de blé et de la couche à aleurone et leurs effets santé. En gardant la composition du son et de l'aleurone constante, leur structures ont été modifiés par des traitements mécaniques et / ou enzymatiques de façon à casser leur structure matricielle complexe et d'augmenter la bioaccessibilité des leurs fibres alimentaires et composés phénoliques. La capacité antioxydante des ces fractions a été évaluée par une méthode standard in vitro et par un modèle de digestion gastrique in vitro. La déstructuration physique du son et aleurone par le broyage a augmenté leur surface spécifique conduisant à une plus grande exposition du groupement acide férulique (AF) qui a augmenté leur capacité antioxydante. Le traitement enzymatique réalisée sur aleurone a modifié son organisation moléculaire, qui a largement libéré l'AF des arabinoxylanes (AX). Cette destructuration a apporté une amélioration plus importante sur la capacité antioxydante de l'aleurone que celle mené par le broyage. Comme l'aleurone est riche en AX fermentescibles, les effets de sa structure plus accessible et avec une plus grande dépolymérisation ont été évaluées en utilisant un modèle in vitro en mimant le côlon humain. La déstructuration physique de l'aleurone par le broyage n'a pas amélioré leur pouvoir fermentescible, c'est à dire que le métabolisme de composés phénoliques et de la formation des chaînes courtes d'acides gras ont été comparable à ceux obtenus pour l'aleurone natif. Néanmoins, la dégradation enzymatique de l'aleurone en apportant une plus grande quantité des AX soluble et de l'AF biodisponible a augmenté le métabolisme de l'AF dans le colon dans des métabolites avec propriétés anti-inflammatoires. Une étude in vivo avec des souris sur un régime riche en graisses a été fait pour évaluer le potentiel de l'aleurone physiquement et moléculaire déstructuré pour neutraliser les désordres métaboliques tels que l'obésité, le stress oxydatif et l'inflammation. La déstructuration physique de l'aleurone n'a pas eu d'effet positif sur les désordres métaboliques. La fraction d'aleurone qui a présenté la plus grande quantité d'AX soluble et de l'AF biodisponible a bien réduit l'obésité (gain de poids, l'adiposité et la sécrétion de leptine) et la résistance à l'insuline chez la souris. Par contre, aucune différence significative n'a été observée dans le stress oxydatif et l'inflammation des souris nourries avec des régimes enrichis en aleurone. En conclusion, nous avons démontré que les effets santé de l'aleurone sont clairement liées à l'intégrité de sa structure. Ses effets santé ont été accrues par une modification de sa structure principalement au niveau moléculaire en dégradant ses parois cellulaire pour augmenter la bioaccessibilité et la biodisponibilité des composés nutritionnellement intéressants, tels que l'AX et l'FAThe objective of this study was to evaluate the relationship between the structure (at physical and/or molecular level) of wheat bran and aleurone and their health effects. Keeping the composition of bran and aleurone constant, their structure was modified by mechanical and/or enzymatic treatments in order to disrupt their complex matrix structure and increase the bioaccessibility of their dietary fibre and phenolic compounds. The antioxidant capacity of the bran and aleurone fractions was evaluated by a standard in vitro test and by an in vitro gastric digestion model. The grinding disrupted the physical structure of bran and aleurone increasing their specific surface leading to a greater exposition of ferulic acid moiety (FA) which increased their antioxidant capacity. Enzymatic treatment performed on aleurone acted on its molecular organisation releasing its FA from arabinoxylans (AX). This destructuration improved the antioxidant capacity of aleurone even more than the one allowed by grinding. As aleurone is rich in highly fermentable AX, the effects of its better accessibility and depolymerisation were evaluated using an in vitro model mimicking the human colon. The physical destructuration of aleurone by grinding did not improve its fermentability, i.e. the colonic metabolism of phenolic compounds and the formation of short-chain fatty acids were similar compared to the native aleurone. Nevertheless, the enzymatic degradation of aleurone produced higher amount of soluble AX and bioavailable FA improving the metabolism of colonic FA in metabolites with anti-inflammatory properties. An in vivo mouse study with a high-fat diet was used to evaluate the potential of physically and molecularly destructured aleurone to counteract the metabolic disorders, such as obesity, oxidative stress and inflammation. The physical destructuration of aleurone did not have any positive effect on the metabolic disorders. The aleurone fraction, which presented the highest level of soluble AX and bioavailable FA, reduced the obesity (body weight gain, adiposity, and leptin secretion) and insulin resistance in mice. But no significant differences were observed in the oxidative stress and inflammation status of mice fed with any of the aleurone-based diets. In conclusion, we demonstrated that the aleurone health effects were clearly linked to the integrity of its structure. Its health effects have been increased by modification of its structure mainly at molecular level by degrading its cell wall to increase the bioaccessibility and bioavailability of nutritionally interesting compounds, such as AX and FA
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Roman-Camargo, Eulogia. "Antigenicity of T cell epitopes as affected by changes in their structure and binding to hsp 70." Thesis, Imperial College London, 1996. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.338855.
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Bächle, Gregor T. [Verfasser], and Thomas [Akademischer Betreuer] Aigner. "Effects of pore structure on velocity and permeability in carbonate rocks / Gregor T. Bächle ; Betreuer: Thomas Aigner." Tübingen : Universitätsbibliothek Tübingen, 2012. http://d-nb.info/116269999X/34.
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Santangelo, Samantha. "Studies on the chromatin structure of the IL-4/IL-13 gene cluster in human T lymphocytes." Thesis, King's College London (University of London), 2002. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.289840.
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Said, Frédérique. "Etude expérimentale de la couche limite marine : structure turbulente et flux de la surface (expérience TOXANE-T)." Toulouse 3, 1988. http://www.theses.fr/1988TOU30022.
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Le travail presente est une etude experimentale des transferts turbulents de chaleur, humidite et quantite de mouvement dans la couche limite marine. La phase experimentale (experience toscane-t) s'est deroulee en mars 1985, au large de la baie d'audierne (finistere). Le principal vecteur utilise pour le travail presente est un avion instrumente pour la physique de l'atmosphere. Ce moyen a permis de determiner une topographie des caracteristiques turbulentes, sur une echelle horizontale de l'ordre de 50km sur 50km, et de calculer les flux par la methode des correlations. Les conditions experimentales rencontrees correspondent a des vents compris enre 3 et 12 metres par seconde et a des conditions d'instabilite caracterisees par des longueurs de monin obukhov negatives comprises entre 50 et 300 metres. La structure turbulente de la couche limite marine est presentee dans le cadre de la theorie de similitude. Les resultats obtenus sont en accord avec les donnees acquises en couche limite dynamique, marine ou continentale. Ils sont egalement compares aux caracteristiques turbulentes des couches limites convectives. La finalisation de cette etude est resumee au moyen d'une parametrisation des flux de surface. Celle-ci est utilisable dans les modeles de grande echelle et consiste a calculer les coefficients aerodynamiques. Dans les conditions experimentales de l'etude les valeurs obtenues sont les suivantes: 1. 8 10**(-3) pour la quantite de mouvement (cd::(10)); 1. 5 10**(-3) pour la chaleur sensible (ct::(10)); et 1. 5 10**(-3) pour la chaleur latente (cq::(10)); ces coefficients sont independants de l'echelle d'integration spatiale a laquelle ils ont ete determines (de 5 km sur 5 km a 50 km sur 50 km).
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Renaud, de la Faverie Amandine. "Application de la technique du SELEX dans l’étude des quadruplexes de guanines." Thesis, Bordeaux 2, 2013. http://www.theses.fr/2013BOR22124/document.
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Les séquences riches en guanines, qu’elles soient ADN ou ARN, peuvent former des structures non canoniques à quatre brins appelées quadruplexes de guanines ou G-quadruplexes. Ces structures reposent sur la formation et l’empilement de quartets de guanines ; elles peuvent être trouvées dans de nombreuses régions du génome. Des motifs G-quadruplexes apparaissent fréquemment lors de la sélection d'aptamères par SELEX : on constate un biais dans la proportion de guanines par rapport aux autres nucléotides dans les bases de données regroupant les séquences d'aptamères connus. Nous avons entrepris une analyse systématique, in silico puis in vitro, de motifs aptamères décrits dans la littérature. Nous avons utilisé un algorithme de prédiction actuellement développé au sein du laboratoire dans le but de déterminer quelles sont les séquences susceptibles de former des G-quadruplexes in silico. Afin de vérifier ces prédictions, un test biophysique permettant de cribler rapidement de nombreuses séquences a été mis en place. Nos résultats démontrent que de nombreux aptamères publiés sont susceptibles de se replier en G-quadruplexe. Un autre volet de ce travail concernait la mise en pratique du SELEX avec deux objectifs distincts. Nous avons d'abord effectué une sélection in vitro contre un ligand de G-quadruplexes, afin de préciser quels motifs nucléiques peuvent interagir avec cette molécule. Nous avons réalisé ensuite des expérience de SELEX contre plusieurs G-quadruplexes ADN ou ARN biologiquement pertinents (motif télomérique humain, répétitions minisatellites et séquences présentes dans les UTR de différents ARNm), dans le but d'obtenir des sondes spécifiques de ces conformationsGuanine-rich DNA or RNA sequences can adopt non-canonical structures composed of four strands called guanines quadruplexes or G-quadruplexes. These structures are made by the formation and stacking of guanine quartets; they can be found in various region of the genome. G-quadruplexes motifs are frequently found during the selection of aptamers by the so-called SELEX method: a bias exists in the proportion of guanines in comparison with other nucleotides in a database gathering together known aptamers sequences. We did an in silico then in vitro systematic analysis of aptameric motifs described in the literature. We used a prediction algorithm currently developed in the laboratory to determine which sequences car form G-quadruplexes in silico. In order to check those predictions, a biophysical test allowing to quickly assay a lot of sequences was set up. Our results demonstrate that a lot of published aptamers are able to fold into G-quadruplexes. Another part of this work is related to the use of the SELEX with two different goals. First of all we did an in vitro selection against a G-quadruplexes ligand, in order to tell exactly which nucleic motifs can interact with this molecule. We then carried out SELEX experiments against several DNA or RNA biologically relevant G-quadruplexes (human telomeric motifs, minisatellite repetitions and sequences from UTR of mRNA), with the aim of getting specific probes for these conformations
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Cala, De Paepe Diane. "Les glycolipides mycobactériens multi-acylés : de la structure à la présentation antigénique." Toulouse 3, 2011. http://www.theses.fr/2011TOU30240.
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Les lipides peuvent être antigéniques et sont alors présentés aux lymphocytes T par les protéines CD1 (CD1a à CD1d), exprimées à la surface des cellules présentatrices d'antigènes. Dans le cadre de la tuberculose, dont l'agent étiologique est Mycobacterium tuberculosis, un certain nombre d'antigènes lipidiques ont été décrits et il faut remarquer que la plupart sont présentés par l'isoforme CD1b. Ainsi, les phosphatidyl-myo-inositol mannosides (PIM) et les sulfoglycolipides di-acylés (Ac2SGL) sont deux familles de glycolipides de l'enveloppe mycobactérienne capables, in vitro, de stimuler des clones de lymphocytes T. Un premier axe de mes travaux de thèse a consisté d'une part à déterminer la structure des espèces antigéniques appartenant à ces familles de glycolipides et d'autre part, à mieux caractériser les mécanismes d'apprêtement intracellulaire qui gouvernent la présentation des PIM dans lesquels CD1e, cinquième isoforme non présentatrice des protéines CD1, joue un rôle central non défini. Le second axe concerne la recherche de nouveaux antigènes afin d'étendre le répertoire des lipides immunogènes impliqués dans l'immunité anti-mycobactérienne. Les PIM sont présents sous plusieurs formes glycosylées, PIM2 à PIM6 (PIM possédant 2 à 6 unités mannosyles), mais aussi sous plusieurs formes acylées, de mono- à tétra-acylées. Pour être présentés et reconnus par les lymphocytes T, les PIM6 doivent être apprêtés en PIM2 par une mannosidase lysosomale exprimée par les cellules présentatrices, et cette dégradation nécessite la protéine CD1e. Au cours du travail présenté, nous avons montré que CD1e possède in vitro des propriétés de " protéine de transfert de lipides " spécifiques de certaines acyl-formes de PIM: les PIM di-acylés. Cependant, seules les formes tétra-acylées se sont avérées antigéniques, donc capables de stimuler les lymphocytes T. En fait, nous avons pu démontrer qu'une dégradation de la partie lipidique existe également au sein des cellules présentatrices d'antigènes. L'ensemble des données obtenues indiquent qu'in vivo, les PIM6 tétra-acylés seraient d'abord apprêtés au niveau de leur partie lipidique pour générer des formes di-acylées non conventionnelles que CD1e serait ensuite capable d'extraire des membranes. Par cette extraction, CD1e permettrait la digestion par une alpha-mannosidase des PIM6 en PIM2 di-acylés antigéniques que CD1e pourrait également transférer vers l'isoforme présentatrice CD1b. Les sulfoglycolipides (SGL), contrairement aux PIM, sont spécifiques de l'enveloppe de M. Tuberculosis. Parmi les SGL, seuls les Ac2SGL ont été décrits comme des antigènes immunogènes pouvant in vitro activer des lymphocytes T CD8+ aux propriétés bactéricides. Les Ac2SGL sont constitués d'un corps tréhalose sulfaté estérifié par un acide gras banal (acide palmitique ou stéarique) et un acide hydroxyphthiocéranoïque de structure variable, pouvant atteindre jusqu'à 50 atomes de carbone. Afin de caractériser quelle(s) espèce(s) active(nt) les lymphocytes T spécifiques des Ac2SGL, nous avons amélioré leur méthode de purification et analysé finement la structure de chaque espèce moléculaire constituant cette famille de glycolipides par spectrométrie de masse et par spectroscopie RMN. Ainsi, il a notamment pu être mis en évidence de nouvelles populations minoritaires d'Ac2SGL. La caractérisation de la contribution des différentes populations dans la réponse T anti-mycobactérienne est un objectif de ce travail. Nous avons également initié la purification et la caractérisation d'un nouvel antigène produit par M. Tuberculosis. Il s'agit d'un lipopeptide dont l'épitope est reconnu par un clone de lymphocytes T restreint par les molécules du CMH-II. Selon la structure de l'antigène, les processus d'apprêtement ainsi que son mode d'interaction avec la molécule du CMH-II devront être étudiés et, à plus long terme, son immunogénicité devra être évaluéeAntigenic lipids are presented to T-cells by CD1 proteins (CD1a to CD1d) expressed at the antigen presenting cell surface. In tuberculosis context, which the etiological agent is Mycobacterium tuberculosis, several lipid antigens have been described and it is important to note that most of them are presented by the isoforme CD1b. Thus, phosphatidyl-myo-inositol mannosides (PIM), and di-acylated sulfoglycolipids (Ac2SGL) are two glycolipid families of the mycobacterial cell-wall able to stimulate T-cell clones in vitro. The first line of my thesis work has consisted in the structural characterization of the antigenic species belonging to these two glycolipid families and, in an other way, to decipher intracellular processing mechanisms that manage PIM presentation in which CD1e, the fifth isoform of CD1 proteins, plays a key and non-presenting role not defined. Secondly, my research has consisted in looking for new antigens to expand the repertoire of immunogenic lipids involved in the anti-mycobacterial immunity. PIM are present in several glycosylated forms, PIM2 to PIM6 (possessing 2 to 6 mannosyl units), but also in different acylated forms, mono- to tetra-acylated. To be presented and recognized by T-cells, PIM6 have to be processed in PIM2 by a lysosomal mannosidase expressed in presenting cells. This degradation requires the CD1e protein. In this study, we have shown that CD1e has properties of lipid transfer protein, in vitro, specifically towards some PIM acyl-forms: di-acylated PIM. However, only tetra-acylated forms are antigenic and are able to stimulate T cells. Actually, we have demonstrated that a degradation of the lipidic part exist also in antigen presenting cells. All the data show that, in vivo, tetra-acylated PIM6 would be firstly processed in their lipidic part in order to generate non-conventional di-acylated forms that CD1e could be able to extract them from membranes. With this extraction, CD1e could allow PIM6 digestion by an a-mannosidase in an antigenic di-acylated PIM2 that CD1e could also transfer to the presenting isoform, CD1b. Sulfoglycolipids (SGL), contrary to PIM, are specific to M. Tuberculosis. Among SGL, only Ac2SGL have been described as immunogenic antigens able to, in vitro, activate CD8+ T-cells that have bactericide properties. Ac2SGL are constituted by a sulfated trehalose esterified by a classical fatty acid (palmitic acid or stearic acid) and a hydroxyphthioceranoic acid with a variable structure with up to 50 carbon atoms. In order to characterize which species can activate Ac2SGL specific T-cells, we improved the purification method and we analyzed with accuracy the structure of each molecular species constituting this glycolipid family by mass spectrometry and NMR spectroscopy. Thus, it has been highlighted new minority populations of Ac2SGL. The characterization of each population contribution in the anti-mycobacterial T response is an aim of this work. We also initiated the purification and the characterization of a new antigen produced by M. Tuberculosis. This antigen is a lipopeptide which the epitope is recognized by T-cell clone restricted by MHC-II molecule. Depending of the antige
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Dumas, Philippe. "Affinement cristallographique et etude structurale de l'acide ribonucleique de transfert de levure specifique de l'acide aspartique." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1986. http://www.theses.fr/1986STR13182.
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Bottin, Marius. "Structure des assemblages de diatomées benthiques en rivière : l'environnement explique-t-il tout ? : processus écologiques et développement méthodologiques." Thesis, Bordeaux 1, 2012. http://www.theses.fr/2012BOR14537/document.
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Les diatomées sont des algues microscopiques qui sont largement utilisées pour évaluer la qualité écologique des cours d'eau.Les méthodes utilisées se basent sur des modèles simplifiés de biologie des communautés, dans lesquels seules les réponses individuelles des espèces à l'environnement sont prises en compte.Le test de l'importance de processus complémentaires a montré un impact fort des dynamiques de colonisation des espèces, mais un impact négligeable des phénomènes de compétition ou de facilitation.Ces processus impliquent une structure des assemblages bien plus complexe que celle habituellement assumée par les méthodologies de bioindication.L'adaptation et la mise en oeuvre de méthodes de réseaux de neurones et de logique floue nous ont permis de redéfinir des éco-régions françaises et de décrire des relations générales entre les traits biologiques des espèces et l'environnement, tout en prenant mieux en compte cette complexitéDiatoms are microscopic algae which are widely used to monitor the ecological quality of strems and rivers. The regular methodologies are based on simpllified community models. In these models, only the invidual species responses to environment are accounted for.Testing the importance of complementary processes showed a significant effect of colonization dynamics, but only a slight effect of biotic relationships. These processes led us to considerate a more complex assemblage structure than the one usually assumed by the biomonitoring methodologies.Therefore we implemented both neural networks models and fuzzy logic methodologies, in order to refine French ecoregions and to describe relationships between species traits and environment
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Chen, Zhu. "Etude de la structure du gene codant pour la chaine gamma du recepteur des cellules t chez l'homme." Paris 7, 1989. http://www.theses.fr/1989PA077032.
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Etude du rearrangement et de l'expression des genes des chaines alpha, beta, gamma et delta du recepteur t dans les leucemies aigues lymphoblastiques. Identification, clonage et sequence des segments v du gene tcr gamma