Дисертації: "Systèmes hôte-Parasite"

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Salvaudon, Lucie. "Les interactions spécifiques entre génotypes dans les systèmes hôte-parasite." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112229.

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Анотація:

Au cours de mes travaux de thèse je me suis intéressée aux processus coévolutifs intervenant dans les associations hôte-parasite, et en particulier comment ils peuvent être affectés par un contrôle partagé du phénotype de l’infection. En effet, les génotypes de l’hôte et du parasite peuvent tous deux contribuer à l’expression des traits phénotypiques liés à la valeur sélective du parasite, comme l’infectivité et la transmission, ou à celle de l’hôte, comme la résistance et la virulence. Ces traits peuvent alors dépendre des génotypes de l’hôte et du parasite, mais aussi de leur interaction spécifique. En utilisant une approche expérimentale sur l’oomycete pathogène Hyaloperonospora arabidopsis et son hôte Arabidopsis thaliana j’ai pu montrer que des traits phénotypiques quantitatifs, tels que l’intensité des symptômes et le succès de transmission du parasite, peuvent être soumis à des interactions entre génotypes hôte et parasite. Par ailleurs cette interaction, que l’on retrouve aussi à l’échelle de la population, altère la relation entre la transmission du parasite et sa virulence et peut donc altérer les prédictions sur l’évolution de cette dernière. Enfin, la prise en compte des deux protagonistes dans la détermination du phénotype met en avant l’importance des mécanismes de l’hôte, pour résister ou tolérer la présence du parasite, et des processus de dépendance évolutive sur l’impact causé par le parasite. En effet, en fonction de l’identité du parasite, du type de défense de l’hôte, et de leurs histoires évolutives respectives, le résultat de l’infection peut varier depuis un coût important pour l’hôte jusqu’à même un bénéfice apparent pour ce dernier In this PhD thesis I investigated the coevolution processes occurring in host-parasite associations, and, in particular, how this coevolution is affected by a shared control of the infection phenotype by both protagonists. Indeed, in this type of association, the host and parasite genotypes can both contribute in the expression of phenotypic traits linked to parasite fitness, like infectivity of transmission, as well as to host fitness, for resistance and virulence traits. All these traits then depend on host genotype, on parasite genotype, but can also depend on the specific interaction between the two. With an experimental approach on the infection by the oomycete Hyaloperonospora arabidopsis (= parasitica) on the host plant Arabidopsis thaliana, I demonstrated that quantitative traits such as symptoms intensity and parasite transmission success can also be controlled by these host genotype by parasite genotype interactions. Furthermore these interactions, which can also be found at the population scale, alter the relationship between parasite transmission and virulence. They can then make it more difficult to predict the evolution of virulence in natural populations. Finally, taking into account both protagonists in the determination of infection phenotype emphasize the important role of host mechanisms, aimed at resist or tolerate parasitic damages, and of evolved dependence processes, on the impact of parasites. Indeed, depending on parasite identity, host type of defenses, and their respective evolutionary histories, the outcome of an infection can range from high costs, to even apparent benefits for the host

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Bendahmane, Mostafa. "Solutions L1 pour des systèmes de réaction-advection-diffusion intervenant en dynamique des populations." Bordeaux 1, 2001. http://www.theses.fr/2001BOR12461.

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Notre étude porte sur l'analyse mathématique de certains systèmes hôtes-parasites et se décompose en trois parties. La première partie se compose des chapitres 3, 4, 5 et 6. Dans le chapitre 3, nous étudions un modèle en dynamique de population. On utilise le cadre des équations paraboliques linéaires avec des données L1 et des conditions aux limites de types Dirichlet ou flux nul. Nous regardons dans le chapitre 4 un modèle logistique de la dynamique des populations des non-linéarités apparaîssent dans les termes de mortalité qui sont densitédépendants. On utilise ici le cadre des équations paraboliques non-linéaires avec des données L1 et des conditions aux limites de types flux nul. Les résultats de ces deux chapitres sont classiques. Nous étudions dans le chapitre 5, le modèle VLF (Virus de la Leucémie Féline). On utilise le cadre des équations paraboliques avec des données L1. On met en évidence les améliorations possibles pour le cas des non-linéarités, généralisant le cas logistique quadratique, et pour le cas de dimension 1 d'espace. Nous étudions dans le chapitre 6, le modèle VIF (Virus d'Immunodéficience Féline). Le modèle (VIF) est à diffusion non-linéaire avec des conditions aux limites de type mixte. La deuxième partie est constitué du chapitre 7, on étudie un modèle m-proies et n-prédateurs. L'hypothèse de base est de type "food pyramid condition", qui modélise la compétition entre n prédateurs. La troisième partie de cette thèse est constituée du chapitre 8, on décrit un système 2 hôtes-1 virus : nous présentons l'étude de la transmission interespèces d'un virus. Dans un premier temps, on décrit le modèle 2 hôtes-1 virus, ensuite on étudie les dynamiques possibles, les états stationnaires et la stabilité, dans le cas du virus de la rage et du VIF.

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Moulia, Catherine. "Modalités des interactions génétiques dans les systèmes hôte-parasite : l'association nématodes (oxyures) : muridés (Mus) en zone d'hybridation hôte." Montpellier 2, 1992. http://www.theses.fr/1992MON20199.

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La dysgenese d'individus au genome recombinant du centre de la zone hybride entre les deux sous-especes de souris domestiques europeennes mus musculus domesticus et m. M. Musculus est etudiee a travers les modalites de resistance/susceptibilite des souris aux nematodes intestinaux (oxyures). Nous verifions et confirmons tout d'abord in situ dans la partie danoise de la zone d'hybridation hote la surinfestation hybride constatee en allemagne par d'autres auteurs; puis, nous montrons par des infestations experimentales controlees de souris de type parental et de souris de la zone hybride danoise, le determinisme genetique du phenotype parasitaire (charge) de resistance/susceptibilite vis-a-vis d'un nematode intestinal (oxyure); nous avons realise des croisements experimentaux de souris de type parental resistantes aux oxyures (f1, f2 et retrocroisements). Les resultats d'infestations de ces souris montrent l'apparition de la susceptibilite en f2 et back-cross. Ceci confirmerait l'hypothese selon laquelle les associations alleliques generees par la recombinaison des deux genomes seraient peu fonctionnelles. Enfin, pour acquerir des informations sur le determinisme genetique de la resistance/susceptibilite des souris aux oxyures nous avons analyse le phenotype parasitaire de lignees consanguines. Des hybrides f1 issus d'une lignee sensible et de lignees resistantes presentent une sensibilite intermediaire suggerant l'existence d'une codominance. Les resultats sont discutes au niveau individuel (mecanismes immunogenetiques) et populationnel (parasitisme en zone hybride hote)

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Spataro, Thierry. "De l'individu à la population : étude théorique de l'influence, au niveau de la population, de traits d'histoire de vie et de comportements individuels dans les systèmes hôte-parasitoïde." Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO10083.

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L'hétérogénéité est omniprésente dans la nature. Parmi les différentes formes qu'elle peut prendre, beaucoup influencent le fonctionnement des systèmes biologiques, notamment leur dynamique. Toutefois, cette influence reste à préciser dans de nombreux cas. Par une approche théorique cette thèse contribue à une meilleure compréhension des effets de l'hétérogénéité au sein des populations et de l'hétérogénéité spatiale de l'environnement, dans les systèmes hôtes-parasitoi͏̈des. Grâce à des modèles structurés en classes d'âge, les conséquences d'une reproduction des hôtes parasités adultes et les différentes formes de compétition intraspécifique, sur la dynamique des systèmes hôtes-parasitoi͏̈des ont pu être appréhendées. Les résultats suggèrent que la reproduction des hôtes parasités peut provoquer une explosion démographique si elle est trop forte, mais qu'elle constitue un facteur de stabilité si elle est modérée. La compétition intraspécifique chez l'hôte est également susceptible d'influencer la dynamique des systèmes. Cette influence semble dépendre du type de compétition et des capacités compétitives relatives saines et parasitées. Le problème du rôle de l'hétérogénéité spatiale a été élaborée dans une seconde partie de la thèse à travers l'étude des règles de décision de départ des patchs avec un double objectif : i) mieux comprendre, à partir d'une réflexion basée sur les concepts basée sur les concepts évolutifs, la diversité des mécanismes impliqués dans ces règles ; ii) préciser les conséquences populationnelles de l'utilisation de ces règles. Grâce à l'intégration de règles fondées sur des mécanismes proximaux dans un modèle individu-centré, nous montrons que la meilleure façon d'employer l'information dépend des conditions environnementales et que des règles de décision relativement complexes ne conduisent pas vers une répartition spatiale optimale des parasitoi͏̈des, telle qu'elle est décrite par les modèles généraux basés sur les causes ultimes.

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Bahi-Jaber, Narges. "Rôle de la variabilité comportementale des hôtes dans la dynamique et la persistance des maladies infectieuses : implications en termes d'évolution des systèmes hôte-parasite." Lyon 1, 2003. http://www.theses.fr/2003LYO10167.

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L'étude de la propagation et de l'évolution des maladies infectieuses nécessite d'utiliser des modèles dynamiques complexes. Nous présentons une nouvelle approche basée sur les Réseaux de Petri Stochastiques Colorés et montrons qu'ils constituent un outil de modélisation et d'analyse des systèmes hôte parasite intégrant l'hétérogénéité de la population hôte, la structure des contacts et la stochasticité des événements. Prenant l'exemple du système chat-VIF, nous étudions le rôle de la variabilité comportementale des hôtes sur la dynamique des maladies infectieuses. Nous étendons la notion de "core-group" et montrons son rôle dans la persistance de la maladie. Enfin, nos résultats suggèrent une sélection du mode de transmission des microparasites en fonction des caractéristiques comportementales de la population hôte : infecter en priorité les individus en contacts fréquents avec d'autres populations semble être une stratégie efficace pour minimiser le risque d'extinction du parasite.

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Michalakis, Ioannis. "Evolution des systèmes plantes hôtes - insectes parasites : approche théorique et expérimentale." Montpellier 2, 1992. http://www.theses.fr/1992MON20008.

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Des modeles theoriques montrent l'importance des flux geniques par la fixation de mutants rares a un locus sous-dominant, et pour l'evolution de genes codant pour la selection d'habitat. Ces resultats sont utilises pour expliquer la formation de races geographiques (allopatiques) et l'absence des races d'hotes (sympatiques) chez larinus cynarae, insecte parasite des chardons du genre onopordum et cynara. Les potentialites des larinus pour la lutte biologique contre onopordum en australie sont discutees

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Tirard, Claire. "Biodiversité et biogéographie évolutive dans les systèmes hôtes-parasites : le modéle Gadiformes (Téleostéens) - Copépodes et Monogènes." Montpellier 2, 1991. http://www.theses.fr/1991MON20140.

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L'analyse de la speciation et de la specificite chez des monogenes (diclidophora) nous permet de reconsiderer non seulement la taxonomie, mais aussi l'histoire evolutive de leur groupe hote (trisopterus). Cependant, si une evolution de type phylogenetique est mise en evidence dans les associations trisopterus-diclidophora, l'etude concernant les populations de copepodes du genre lernaeocera (parasites du meme groupe hote) nous amene a decrire un phenomene de capture. Nous discutons de la repartition et de la structure des populations hotes (trisopterus luscus et merluccius merluccius) en atlantique et dans le nouvel environnement mediterranee et de leur role dans la dispersion des parasites (lernaeocera). Nos resultats montrent que l'hote de capture, m. Merluccius, est devenu, de par sa biologie particuliere, l'hote de capture, m. Merluccius, est devenu, de par sa biologie particuliere, l'hote preferentiel et largement majoritaire du copepode en mediterranee. Tous ceci se rapporterait a un phenomene d'effet de bascule (switching), consecutif aux variations de la disponibilite de l'hote d'origine (t. Luscus) dans les differentes zones geographiques (atlantique et mediterranee). Si la specialisation des monogenes diclidophora semble imposee par des contraintes phylogenetiques (nature physiologique et biochimique de l'hote), la specialisation des especes du genre lernaeocera pourrait dependre davantage de parametres ecologiques (abondance relative et/ou disponibilite des ressources)

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Deshpande, Jhelam Nitin. "Eco-evolutionary feedbacks and networks : from genes to landscapes." Electronic Thesis or Diss., Université de Montpellier (2022-....), 2024. http://www.theses.fr/2024UMONG011.

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Анотація:

Il est reconnu depuis longtemps que l'écologie et l'évolution se rétroagissent l'une sur l'autre. En partant d'une compréhension mécaniste des liens entre l'écologie et l'évolution au niveau des processus, des mécanismes et des patrons, je présente les principaux défis à relever pour comprendre les rétroactions éco-évolutives : échelles de temps, interactions au sein des échelles d'organisation et entre elles, et structure spatiale (chapitre 1). Ensuite, en utilisant une perspective de réseaux hiérarchiques, je pose la question suivante : comment la prise en compte explicite des interactions au niveau des gènes et de la structure spatiale par la modélisation des réseaux de régulation génétique (chapitre 2) et des réseaux spatiaux (chapitres 3--6) respectivement, a-t-elle un impact sur les rétroactions éco-évolutives ? C'est pourquoi, dans cette thèse, j'ai développé des modèles basés sur l'individu qui fournissent une preuve de concept de la manière dont l'assouplissement des hypothèses standard d'additivité dans l'architecture génétique et les structures spatiales simplifiées ont un impact sur les rétroactions éco-évolutives. Je montre que la prise en compte explicite des réseaux géno-régulateurs et spatiaux modifie effectivement les schémas écologiques et évolutifs par rapport aux modèles simplifiés. Plus précisément, je constate que l'expansion de l'aire de répartition dans des gradients environnementaux externes crée des conditions dans lesquelles les réseaux de régulation génétique qui sont plus sensibles à la mutation, et qui s'adaptent donc plus rapidement à de nouvelles conditions, se retrouvent au front de l'aire de répartition (de l'écologie à l'évolution ; eco-to-evo). L'évolution d'une plus grande sensibilité à la mutation entraîne à son tour une accélération de la dynamique d'expansion de l'aire de répartition (evo-to-eco). Ce résultat ne peut être obtenu dans des architectures additives simples. A l'autre extrême, dans le cas des réseaux spatiaux où l'écologie est plus rapide que l'évolution (Chapitres 3--5), je montre que les réseaux spatiaux terrestres et aquatiques fluviaux distribuent les densités d'hôtes et de parasites d'une manière caractéristique. Cela conduit à une structuration à la fois démographique et génétique (kin) des partenaires en interaction. La structure génétique, telle qu'elle est capturée par la parenté des parasites, conduit à des modèles caractéristiques d'évolution de la virulence (eco-to-evo) dans les paysages terrestres et fluviaux (chapitre 3) et la structure démographique (chapitre~4) conduit à sa coévolution avec la dispersion des hôtes (chapitre 5). Les différences dans la virulence évoluée des parasites ont également un impact sur la distribution des hôtes et des parasites dans l'espace (chapitre 3 ; evo-to-eco). Enfin, en ce qui concerne la coévolution de la dispersion de l'hôte et de la virulence du parasite, limitée par la variation génétique permanente, au cours de l'expansion des aires de répartition dans les réseaux spatiaux (chapitre 6), je montre, pour l'ensemble des paramètres étudiés, que l'expansion des aires de répartition crée des conditions dans lesquelles les effets évolutifs de la structure des réseaux spatiaux sont fortement réduits (eco-to-evo). Cela conduit à ce que la vitesse des expansions de l'aire de répartition soit déterminée par la seule structure du réseau spatial (evo-to-eco). Par conséquent, mes résultats appellent à une étude systématique de l'impact de la complexité des systèmes biologiques sur les rétroactions éco-évolutives à tous les niveaux : gènes, individus, populations et communautés, en tenant compte explicitement de l'espace et des échelles de temps éco-évolutives (Discussion générale ; chapitre 7) It has long been recognised that ecology and evolution feed back onto each other. Starting from a mechanistic understanding of links between ecology and evolution at the level of processes, mechanisms, and patterns, I outline key challenges to understanding eco-evolutionary feedbacks: timescales, interactions within and between scales of organisation, and spatial structure (Chapter 1). Then, using a hierarchical networks perspective, I ask the question: how does explicitly accounting for interactions at the level of genes and spatial structure by modelling gene-regulatory (Chapter 2) and spatial networks (Chapters 3--6) respectively, impact eco-evolutionary feedbacks? Therefore, in this thesis, I developed individual-based models that provide proof-of-concept for how relaxing standard assumptions of additivity in genetic architecture and simplified spatial structures impact eco-evolutionary feedbacks. Specifically, I develop models of range expansion into an external environmental gradient and represent the genetic architecture of local adaptation and dispersal as gene-regulatory networks (Chapter 2). I also develop an eco-evolutionary model of a host-parasite system in which parasite virulence and host dispersal may evolve (Chapters 3--6) representing realistic spatial network structure: terrestrial and riverine aquatic landscapes are modelled by random-geometric graphs and optimal channel networks, respectively. By analysing these models, I show that explicitly accounting for gene-regulatory and spatial networks does indeed change ecological and evolutionary patterns relative to simplified models. Specifically, I find that range expansions into external environmental gradients create conditions in which gene-regulatory networks that are more sensitive to mutation, hence adapting faster to novel conditions, end up at the range front (ecology to evolution; eco-to-evo). The evolution of greater sensitivity to mutation in turn leads to accelerating range expansion dynamics (evo-to-eco). This result cannot be obtained in simple additive architectures, indicating that when ecology and evolution are on similar timescales and evolution is mutation limited, the structure of the genotype-to-phenotype map must be taken into account. At the other extreme, in the case of spatial networks when ecology is faster than evolution (Chapters 3--5), I show that terrestrial and riverine aquatic spatial networks distribute densities of hosts and parasites in a characteristic way. This leads to both demographic and genetic (kin) structuring of the interacting partners. Genetic structure as captured by parasite relatedness leads to characteristic patterns of virulence evolution (eco-to-evo) in terrestrial and riverine aquatic landscapes (Chapter~3) and demographic structure (Chapter 4) drives its co-evolution with host dispersal (Chapter~5). Differences in evolved parasite virulence also further impact the distributions of hosts and parasites in space (Chapter~3; evo-to-eco). These results demonstrate that understanding classical eco-evolutionary mechanisms (e.g. kin selection) in terms of the structure of spatial networks is a way forward to a more general theory of eco-evolutionary feedbacks in complex landscapes. Finally, for standing genetic variation limited co-evolution of host dispersal and parasite virulence during co-range expansions into spatial networks (Chapter 6), I show for the range of parameters explored that range expansions create conditions in which the evolutionary effects of spatial network structure are greatly reduced (eco-to-evo). This leads to the speed of co-range expansions being determined by spatial network structure alone (evo-to-eco). Therefore, my results call for a systematic study of the impact of biological system complexity on eco-evolutionary feedbacks at all levels: genes, individuals, populations, and communities explicitly accounting for space and eco-evolutionary timescales (General Discussion; Chapter 7)

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Bédhomme, Stéphanie. "Evolution des traits d'histoire de vie dans un système hôte-parasite." Montpellier 2, 2004. http://www.theses.fr/2004MON20099.

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Gam, Meriame. "Dynamique des systèmes parasites - hôte, entre trematodes digènes et coque Cerastoderma edule : comparaison de la lagune de Merja Zerga avec le bassin d'Arcachon." Thesis, Bordeaux 1, 2008. http://www.theses.fr/2008BOR13684/document.

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Анотація:

La dynamique globale des systèmes parasites-hôte (SPH) ‘trématode digènes - coque Cerastoderma edule’ a été étudiée simultanément à Merja Zerga (Maroc) et dans le Bassin d’Arcachon (France). La dynamique de populations de la coque a montré une variabilité intra et inter-site et a été expliquée essentiellement par la température, la prédation, la compétition et la dynamique sédimentaire. Dans les deux lagunes, le recrutement s’opère à une température de 19°C avec un décalage temporel en relation avec les positions latitudinales des sites (avril-mai à Merja Zerga et juin-juillet à Arcachon). Les taux de croissance restent comparables pour les deux populations de coque (K=1,5 an-1) mais les performances de croissance sont plus élevées à Arcachon (F’=3,3) qu’à Merja Zerga (F’=3,1). La production était plus élevée à Merja Zerga (36-65 g poids sec.m-2.an-1). P/B est faible sur les deux sites et légèrement plus élevée à Arguin (1,1-1,5 contre 1,0-1,1 an-1). Les deux sites présentent deux riches communautés parasitaires regroupant à Merja Zerga (11 espèces) et à Arguin (13 espèces), respectivement, 69% et 81% de la richesse parasitaire (digènes) connue des coques. Les communautés parasitaires restent comparables et l’éloignement géographique et climatique n’a eu qu’un faible retentissement sur la structure des peuplements parasitaires. La comparaison latitudinale de la structure et de la dynamique des SPH a permis de relativiser l’importance de la température dans la dynamique de l’hôte et des parasites, du moins dans cet intervalle climatique. A Merja Zerga, la température ne semble pas être un facteur limitant de l’infestation contrairement aux sites plus au nord. Mais finalement, les niveaux d’infestation des coques adultes sont similaires. Les échinostomatidés et les gymnophalidés ont été les plus contributives dans la mortalité parasito- dépendante observée. L’impact des parasites digènes en situation normale se traduit par une augmentation de E/B, cependant plus marqué à Merja Zerga. Cette différence d’effet dénote d’un gradient positif de virulence en allant du nord vers le sud. La présence d’herbiers, la situation ‘intertidal versus subtidal’ et la densité des coques ont un effet modéré sur l’infestation parasitaire The global dynamics of the parasites-host systems (PHS) ‘digenean trematodes – cockle Cerastoderma edule’ was simultaneously studied in Merja Zerga (Morocco) and Arcachon Bay (France). Cockle population dynamics exhibited an intra- and inter-site variability mostly explained by temperature, predation, competition and sedimentary dynamics. In both lagoons, recruitment occurred at 19° C, with a temporal delay due to latitudinal position (April-May at Merja Zerga, and June-July at Arcachon). Growth rates were similar in both cockle populations (K=1.5 an-1) but growth performances were higher at Arcachon (F’=3.3) than at Merja Zerga (F’=3.1). Production was higher at Merja Zerga (36-65 g dry weight.m-2.yr-1). P/B was low in both sites and slighly higher at Arguin (1.1-1.5 contre 1.0-1.1 yr-1). Both sites exhibited rich parasite communities with 11 species at Merja Zerga and 13 species at Arguin, corresponding to 69 and 81% of the identified cockle parasite species richness (digeneans). Great distances and climate differences did not alter the structure of parasite communities. Structure and dynamics of PHS related to latitude showed the moderate effect of temperature, within this climate range. At Merja Zerga, temperature was not a limiting factor for parasite infestation, in contrast with what happens in northern countries. But eventually, parasite loads in adult cockles were similar in both sites. Echinostomatids and gymnophallids were the most contributive families explaining parasite- dependent mortality. Digenean impact on cockle resulted in an increasing of E/B, with a higher effect at Merja Zerga. This difference could be linked to a higher virulence in southern sites. The presence of seagrass beds, the position between subtidal and intertidal and the cockle density remained secondary factors in controlling parasite infestation

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Coustau, Christine. "Analyse génétique et physiologique des interactions hôte-parasite : le système Prosorhynchus squamatus-Mytilus." Montpellier 2, 1991. http://www.theses.fr/1991MON20029.

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Анотація:

Plusieurs niveaux d'interaction entre le trematode p. Squamatus et son premier hote intermediaire mytilus (mollusque, bivalve) sont analyses. L'hybridation entre m. Edulis et m. Galloprovincialis est caracterisee lors de l'etude de la structure genetique de populations naturelles de moules des cotes atlantiques francaises. Les individus du complexe m. Edulis/galloprovincialis presentent une susceptibilite differentielle a l'infestation par p. Squamatus, liee a leurs composants genomiques. Ce trematode induit une castration totale du mollusque par des voies biochimiques. Des experimentations in vitro montrent qu'il provoque d'une part, un blocage des mitoses goniales, et d'autre part une stimulation de la mobilisation des substances de reserve

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Vianou, Koffi Bertin. "Analyse du système hôte-parasite chez le patient pour un traitement adapté du neuropaludisme." Electronic Thesis or Diss., Université de Toulouse (2023-....), 2024. http://www.theses.fr/2024TLSES008.

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Анотація:

Le neuropaludisme, complication neurologique mortelle du paludisme à Plasmodium falciparum, survient principalement chez les enfants de moins de cinq ans en Afrique sub-saharienne. Malgré un traitement à l'artésunate intraveineux, la mortalité reste élevée. Une meilleure connaissance de la physiopathologie du neuropaludisme permettra donc d'envisager de nouveaux types de traitements plus adaptés. Une cohorte d'enfants béninois présentant soit un paludisme simple (UM), soit un neuropaludisme (CM) a été constituée. Les enfants présentant un CM ont fait l'objet d'un suivi à trois jours et un mois (J3, J30) après leur inclusion dans l'étude (J0). Ce travail de thèse a porté sur trois aspects de la réponse de l'hôte au travers des questions suivantes : 1) L'activation endothéliale est-elle impactée par le type de parasite infectant?, 2) La réponse monocytaire est-elle affectée au cours du neuropaludisme ? et, 3) Peut-on identifier des biomarqueurs spécifiques de la survenue du décès au cours du neuropaludisme ? En utilisant un modèle de co-culture (Hbec-5i et globules rouges infectés - GRi - issus des patients), nous avons montré par RT-qPCR que la cytoadhérence des globules rouges parasités, issus d'enfants souffrant de CM, aux CEs augmentait le niveau d'expression du gène Nrf2 sur ces dernières. La comparaison entre groupes cliniques (CM et UM) des biomarqueurs d'activation endothéliale mesurés dans les surnageants de co-culture (avec ou sans contact entre les deux types cellulaires) n'a montré aucune différence significative. Ces résultats suggèrent que la cytoadhérence des GRi aux CEs ne suffit pas à elle seule à induire la production de biomarqueurs d'activation par les CEs. Concernant l'impact du neuroplaudisme sur la réponse monocytaire, les résultats ont montré une diminution de la proportion des monocytes non-classiques et une altération de la capacité de phagocytose des monocytes totaux au cours de la phase aiguë du neuropaludisme (J0), suivie d'un retour à une répartition normale à J3 puis J30. Les monocytes non-classiques ont montré une meilleure capacité de phagocytose opsonique et non-opsonique comparée à la capacité des monocytes classiques et intermédiaires. L'étude du profil transcriptionnel des monocytes a révélé que la sévérité du paludisme était associée à une altération de l'expression des gènes CD16, CR1, CR3, TLR2, impliqués dans la phagocytose opsonique, et de Tim3, impliqué dans la modulation de la clairance parasitaire. Ces résultats suggèrent que les monocytes non-classiques sont des acteurs clés de la réponse immune mise en place au cours du neuropaludisme et que la fonction des monocytes serait contrôlée au niveau transcriptomique. Des études supplémentaires sont nécessaires pour identifier l'origine de ces mécanismes de contrôle. Enfin, des biomarqueurs plasmatiques et urinaires ont été mesurés chez les enfants souffrant d'un neuropaludisme. L'analyse univariée a révélé des associations entre la survenue du décès par neuropaludisme et des taux plasmatiques élevés de TNF, IL-1, IL-8, IL-10, CXCL9, Granzyme B, angiopoïétine-2 et des taux faibles de PGEM urinaire. Après une analyse en régression logistique multivariée, l'IL-8 est apparue comme fortement associée à la survenue de décès pour une concentration plasmatique 57.5 pg/mL à J0 suivi d'une rapide diminution à J3 et J30 chez les enfants survivants. La cinétique des biomarqueurs (J0, J3, J30) a permis de distinguer un profil d'aggravation de la maladie d'une part et un profil de résolution de d'autre part. Ces travaux révèlent que le neuropaludisme engendre une activation de la réponse antioxydante par l'endothélium vasculaire, ainsi qu'une altération de la réponse monocytaire via la diminution de la capacité des monocytes non-classiques à éliminer les GRi par phagocytose. En outre, l'IL-8 comme biomarqueur associé au décès souligne également l'importance de la réponse neutrophile au cours du neuropaludisme Analysis of host-parasite interaction in cerebral malaria patients for appropriate treatment. Cerebral malaria, a fatal neurological complication of Plasmodium falciparum infection, occurs mainly in children under the age of five in sub-Saharan Africa. Despite treatment with intravenous artesunate, mortality remains high. A better understanding of the pathophysiology of cerebral malaria will enable us to envisage new, more suitable types of treatment. A cohort of Beninese children presenting with either uncomplicated malaria (UM) or cerebral malaria (CM) was set up. Children with CM were followed up at three days and 1 month (D3, D30) after their inclusion in the study (D0). This thesis focused on three aspects of the host response through the following questions: 1) Is endothelial activation impacted by the type of parasite infecting the host? 2) Is the monocyte response affected during cerebral malaria? and 3) Can we identify specific biomarkers of death during cerebral malaria? Using a co-culture model (Hbec-5i and infected red blood cells -iRBCs- from patients), we showed́ by RT-qPCR that cytoadherence of infected red blood cells from children with CM to endothelial cells increased the expression level of the Nrf2 gene on the endothelial cells. Comparison between clinical groups (CM and UM) of endothelial activation biomarkers measured in co-culture supernatants (with or without contact between the two cell types) showed no significant difference. These results suggest that cytoadherence of iRBCs to ECs alone is not sufficient to induce the production of activation biomarkers by ECs. Concerning the impact of cerebral malaria on monocyte response, the results showed a decrease in the proportion of non-classical monocytes and an alteration in the phagocytosis capacity of total monocytes during acute cerebral malaria (D0), followed by a return to a normal distribution at D3 and then D30. Non-classical monocytes showed a better opsonic and non-opsonic phagocytosis capacity compared with the phagocytosis capacity of the classical and intermediate monocytes. Transcriptional profiling of monocytes revealed that malaria severity was associated with altered expression of CD16, CR1, CR3, TLR2, involved in opsonic phagocytosis, and Tim3, involved in modulating parasite clearance. These results suggest that non-classical monocytes play a key role in the immune response set up during cerebral malaria, and that monocyte function would be controlled at the transcriptomic level. Further studies are required to identify the origin of these control mechanisms. Finally, plasma and urinary biomarkers were measured in children suffering from cerebral malaria. Univariate analysis revealed associations between the occurrence of death from CM and elevated plasma levels of TNF, IL-1, IL-10, CXCL9, Granzyme B, angiopoietin-2 and low levels of urinary PGEM. After multivariate logistic regression analysis, IL-8 appeared to be strongly associated with the occurrence of death for a plasma concentration 57.5 pg/mL at D0 followed by a rapid decreasing at D3 and D30 in surviving children. Biomarkers kinetics (D0, D3, D30) enabled us to distinguish a marker profiles of disease aggravation and resolution. This work reveals that cerebral malaria generates an activation of the antioxidant response by the vascular endothelium, as well as an alteration of the monocyte response via the diminished capacity of non-classical monocytes to eliminate iRBCs by phagocytosis. Furthermore, IL-8 as a biomarker associated with death also underlines the importance of the neutrophil response during cerebral malaria

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Correa, Yepes Ana Cristina. "Analyse de linteraction hôte-parasite sous différentes approches évolutives : le système Lymnaeidae (Gastropoda) Fasciolidae (Trematoda)." Thesis, Montpellier 2, 2010. http://www.theses.fr/2010MON20156.

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Les parasites exercent une pression de sélection quasiment universelle. Cette thèse aborde les relations hôte-parasite dans le système Lymnaeidae (Gastropoda) Fasciolidae (Trematoda, douves) sous différents aspects, afin de brosser une image de cette interaction et de son évolution. J'ai tout d'abord établi les relations phylogénétiques entre les espèces de Lymnaeidae, puis retracé l'évolution de différents caractères, tels que la susceptibilité à l'infestation par Fasciola hepatica et F. gigantica. Alors que F. hepatica est un parasite généraliste, capable d'infester des mollusques de presque tous les clades de la famille Lymnaeidae, l'infestation par F. gigantica est plus restreinte à un clade. J'ai ensuite étudié plus finement la coévolution entre le parasite F. hepatica et deux de ses hôtes Lymnaeidae (Galba truncatula et Omphiscola glabra) au sein d'une métapopulation, ce qui a confirmé la stratégie généraliste de F. hepatica. En plus, il semblerait que les mollusques parasités et non parasités de G. truncatula aient des différences génétiques, au moins dans cinq des huit populations étudiées. J'ai caractérisé la diversité génétique de deux espèces de mollusques envahissantes, préférentiellement autogames et impliquées dans la transmission de F. hepatica : Pseudosuccinea columella et Lymnaea sp. On trouve une diversité génétique très réduite, chez ces deux espèces, ce qui pourrait faciliter leur expansion géographique et leur infestation par F. hepatica. Ce travail m'a ensuite conduit à mesurer le temps d'attente avant l'autofécondation et la dépression de consanguinité chez ces deux espèces. J'ai trouvé que ces deux espèces sont caractérisées par une dépression de consanguinité très faible et un temps d'attente nul, ce qui confirme les résultats obtenus lors d'une collaboration dans une étude à plus large échelle. Cette thèse souligne l'importance des études en évolution pour comprendre l'épidémiologie des maladies parasitaires Parasites constitute a selective pressure to almost all living beings. This thesis addresses the host-parasite interaction in the Lymnaeidae (Gastropoda) Fasciolidae (Trematoda; liver flukes) system through different approaches, with the aim to give a comprehensive image of this interaction and its evolution. First, I established the phylogenetic relationships among Lymnaeidae species, and then mapped the evolution of different characters such as the susceptibility to the infection by Fasciola hepatica and F. gigantica. While F. hepatica is a generalist parasite, capable to infect snails from almost all clades of the Lymnaeidae, infection by F. gigantica is restricted to one clade. Next, I studied the co-evolution between the parasite F. hepatica and two of its intermediate host species (Galba truncatula and Omphiscola glabra) at a finer scale: within a metapopulation. This study confirmed the generalist strategy of F. hepatica. In addition, it seems that parasitized and non-parasitized G. truncatula snails exhibit genetic differences, at least in five out of eight studied populations.I also characterized the genetic diversity of two species of invasive snails involved in the transmission of F. hepatica: Pseudosuccinea columella and Lymnaea sp. We discuss the possible reasons of invasion success in these snails, despite their low genetic diversity, which could facilitate their infection by F. hepatica. Their capacity to respond to parasitism is certainly reduced, all the more that these species are preferential selfers. This work has then led me to measure the waiting time before self-fertilization and inbreeding depression in these two snails. I found that these two species are characterized by low inbreeding depression and present no waiting time, which confirms the results obtained in a collaborative project at larger phylogenetic scale. This thesis strengthens the importance of evolutionary studies to understand the epidemiology of parasitic diseases

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Labrosse, Corinne. "Les facteurs immunosuppresseurs dans le système hôte-parasitoi͏̈de Leptopilina boulardi-Drosophila melanogaster." Tours, 2003. http://www.theses.fr/2003TOUR4011.

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Le travail décrit les facteurs de virulence de Leptopilina boulardi, parasitoi͏̈de de Drosophila melanogaster. La souche virulente contourne les défenses immunitaires de l'hôte. La souche avirulente est encapsulée par l'hôte. Les femelles L. Boulardi injectent des facteurs sécrétés dans la glande impaire qui confèrent une protection active aux oeufs. Quatre bandes protéiques majeures sont présentes dans la glande impaire de la souche virulente. L'une d'elles, P4 (35kDa), a un effet immunosuppresseur majeur. Elle est responsable d'une altération de la forme des lamellocytes(cellules impliquées dans la constitution de la capsule)de la larve hôte. L'ADNc de P4 code une protéi͏̈ne ayant un domaine Rho-GAP(protéi͏̈nes impliquées dans la régulation du cytosquelette), ce qui explique l'effet de P4 sur la forme des lamellocytes. La protéi͏̈ne est localisée au niveau des VLPs(Virus-Like Particles) des glandes de la souche virulente, montrant que les VLPs sont impliquées dans la réussite parasitaire.

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Prugnolle, Franck. "Structuration génétique locale et régionale dans le système hôte-parasite "Schistosoma mansoni" - "Rattus Rattus" - "Biomphalaria glabrata" en Guadeloupe." Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20102.

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Ponte, Costa Sónia Catarina Da. "Etude de l'interaction des bactéries du genre Photorhabdus avec les cellules du système immunitaire." Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20197.

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Les entérobactéries du genre Photorhabdus sont pathogènes pour les insectes et récemment ont été décrites des souches cliniques de l'espèce P. Asymbiotica, isolées aux États-Unis et en Australie. Nous nous sommes consacrés à l'étude de certains mécanismes de virulence utilisés par Photorhabdus. Le génome de P. Luminescens subsp laumondii, souche TT01, présente un locus qui code pour un système de sécrétion de type trois et un effecteur, LopT. Nous avons étudié un nouvel effecteur de P. Luminescens, homologue de LopT et appelé LopT2, mais codée sur un prophage défectif. Comme LopT, LopT2 présente une activité de cysteine protéase dont les cibles sont les protéines de la famille des Rho GTPases. LopT2 est produit in vivo spécifiquement dans des organes de défense, ce qui suggère qu'il joue un rôle essentiel dans l'inhibition des réactions de défense immunitaire de l'insecte. Pour ce qui concerne P. Asymbiotica, notre travail montre, pour la première fois, qu'il s'agit d'une bactérie à croissance intracellulaire facultative. Les souches américaines sont faiblement internalisées par les macrophages THP-1 tandis que les souches australiennes pénètrent facilement dans les THP-1 aussi bien que dans des cellules non phagocytaires (HeLa). En plus, seules les souches australiennes induisent une forte et rapide apoptose des cellules du systeme immunitaire d'insectes et de mammifères. Nous montrons que la plus grande virulence des souches australiennes vis-à-vis de cellules in vitro, peut être corrélée à la plus grande gravité des cas cliniques enrégistrés en Australie par rapport aux Etats-Unis As enterobactérias do género Photorhabdus são patogénicas para os insectos e recentemente foram descritas estirpes clínicas da espécies P. Asymbiotica isoladas nos Estados Unidos da América e na Austrália. Consagramo-nos ao estudo de alguns mecanismos de virulência utilizados por Photorhabdus. O genoma P. Luminescens subsp laumondii, estirpe TT01, apresenta um locus que codifica para o sistema de secreção do tipo três e um efector, LopT. Estudamos um novo efector de virulência de P. Luminescens, homólogo de LopT e designado LopT2, mas codificado sobre um vestígio de prófago. Como LopT, LopT2 apresenta uma actividade protease de cisteína, tendo como alvo as proteínas da família das Rho GTPases. LopT2 é produzido in vivo especificamente em órgãos de defesa, sugerindo que este factor de virulência desempenha um papel essencial na inibição das reacções de defesa imunitárias do insecto. Em relação a P. Asymbiotica, o nosso trabalho mostra, pela primeira vez, que se trata de uma bactéria de crescimento intracelular facultativa. As estirpes americanas são fracamente interiorizadas pelos macrófagos THP-1, enquanto que as estirpes australianas penetram facilmente em THP-1 bem como em células não fagocitárias (HeLa). Além disso, apenas as estirpes australianas induzem uma rápida e forte apoptose das células do sistema imunitário de insectos e de mamíferos. Mostramos que a maior virulência das estirpes australianas em relação às células, in vivo, pode estar correlacionada com a maior gravidade dos casos clínicos detectados na Australia, relativamente aos Estados Unidos da América

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Durieux, Éric. "Écologie du système hôte - parasite, juvéniles GO de sole (Solea solea) - métacercaires de Digènes : dynamique et effets de l'infestation." La Rochelle, 2007. http://www.theses.fr/2007LAROS193.

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Peu d’attention avait été portée jusqu’alors sur le parasitisme comme facteur pouvant potentiellement affecter les performances biologiques des juvéniles de Pleuronectiformes. Dans cette thèse, la dynamique et les effets de l’infestation par des métacercaires de Digènes ont été étudiés chez les juvéniles G0 de sole commune, Solea solea (Pleuronectiformes, Soleidés), espèce d’intérêt halieutique majeur dans la région de l’Atlantique Nord-Est. Dans les nourriceries côtières, les G0 de sole accumulent localement différents taxons de métacercaires de Digènes, dont la dynamique spatiale est essentiellement contrôlée par les facteurs locaux que sont la présence des premiers hôtes intermédiaires (mollusques) et la capacité de dispersion des cercaires. Les métacercaires de Digènes ont, en outre, pu être utilisées comme marqueurs biologiques de l’utilisation de l’habitat par leur hôte : les G0 de sole sont très sédentaires et leur densité / croissance varient fortement à petite échelle spatiale, reflétant ainsi la variabilité élevée de la qualité de l’habitat à cette échelle. L’infestation par Prosorhynchus crucibulum (Digènes, Bucéphalidés), dont la transmission est favorisée par la mytiliculture sur bouchots (moule = premier hôte intermédiaire), est susceptible d’affecter l’immunité, la condition et le comportement des juvéniles G0 de sole. Ces impacts peuvent être modulés par le développement du parasite, le statut physiologique de l’hôte et les facteurs environnementaux. La prise en compte des parasites semble donc être incontournable dans l’étude du fonctionnement des nourriceries côtières pour les juvéniles de Pleuronectiformes Little attention has been paid to parasitism as a potential factor of variation in flatfish juveniles biological performances. In this PhD thesis, the dynamics and the effects of the infection by digenean metacercariae have been studied on 0-group juveniles of the common sole Solea solea (Pleuronectiformes, Soleidae), species of primary importance for fisheries for the North East Atlantic region. In coastal nursery grounds, 0-group sole locally accumulate different taxa of digenean metacercariae. The dynamics of the infection is controlled by the major local factors, proximity of the first intermediate hosts (molluscs) and cercariae dispersal capacities. Digenean metacercariae have been used as biological tags of habitat use by their host: 0-group sole juveniles are very sedentary and their density / growth show a high variability at small spatial scale, which reflects the high variability of habitat quality at this scale. Prosorhynchus crucibulum (Digenea, Bucephalidae) infection is enhanced by mussel farming (mussel = first intermediate host). This parasite can have effects on immunity, condition and behaviour of 0-group sole juveniles. These impacts are modulated by the development of the parasite, the physiological status of the host and the environmental factors. From now, parasitism appears essential in the study of the functioning of flatfish coastal nurseries

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Lopes, Christelle. "Dynamique d’un système hôte-parasitoïde en environnement spatialement hétérogène et lutte biologique : application au puceron Aphis gossypii et au parasitoïde Lysiphlebus testaceipes en serre de melons." Paris, AgroParisTech, 2007. http://pastel.paristech.org/3399/01/these-Lopes.pdf.

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Tous les écosystèmes naturels sont indéniablement structurés spatialement et l’hétérogénéité induite affecte divers processus des systèmes écologiques. Dans certains cas, l’influence de l’hétérogénéité spatiale sur les dynamiques de populations reste à préciser. Cette thèse contribue à mieux comprendre, de manière théorique, les effets d’une telle hétérogénéité sur les interactions hôte-parasitoïde. Pour cela, trois approches spatialisées ont été développées et adaptées au puceron ravageur Aphis gossypii et à un de ses parasitoïdes Lysiphlebus testaceipes en serre de melons. L’importance de la structure spatiale a été testée en comparant un modèle non spatialisé à un modèle spatialement explicite. Nos résultats ont montré que considérer l’espace est essentiel pour décrire la distribution hétérogène des populations observée sur le terrain. La manière de considérer la structure spatiale a été testée en comparant le modèle spatialement explicite à une nouvelle approche, implicite, qui décrit le niveau d’infestation des plants par une variable continue correspondant au nombre de plants ayant une certaine densité en ravageurs à un instant donné. Alors que le modèle explicite nécessite autant d’équations qu’il y a de plants dans la serre pour décrire les pucerons sains, notre nouvelle approche utilise seulement une équation aux dérivées partielles. La comparaison entre les deux modèles spatialisés a montré que : (i) les dynamiques hôte-parasitoïde prédites sont similaires dans la plupart des cas ; (ii) les différences observées sont dues à la dispersion locale (considérée seulement dans le modèle explicite), car elle peut avoir un impact important sur les dynamiques de population, mais sans changer les conclusions concernant la protection de la culture. La nouvelle approche implicite a donc généré des prédictions réalistes avec un formalisme plus synthétique que le modèle commun plant par plant. Le modèle implicite a donc été utilisé pour tester différentes stratégies de lutte biologique. Nous avons montré que : (i) les lâchers préventifs sont moins efficaces que les lâchers curatifs, à condition que la détection de l’infestation ne soit pas trop coûteuse ; (ii) les stratégies à lâchers multiples sont toujours plus avantageuses que les stratégies à lâcher unique. Nous montrons que l’efficacité d’une stratégie de lutte biologique dépend de la réponse fonctionnelle des parasitoïdes, de la distribution initiale DES ravageurs (qui détermine le processus d’infestation), et des coûts affectés à chaque type de stratégies Natural ecosystems are unavoidably spatially structured and the induced heterogeneity affects various processes of ecological systems. In many cases, the influence of spatial heterogeneity on population dynamics remains unclear. This thesis contributes to a better theoretical understanding of the effects of such heterogeneity on host-parasitoid interactions. In this way, three spatial approaches were developed and adapted to the aphid pest Aphis gossypii and one of its parasitoids Lysiphlebus testaceipes in a melon greenhouse. The importance of spatial structure was tested by comparing a non-spatial model with a spatially explicit model (a lattice one). Our results showed that considering space is essential to describe the spatial heterogeneous distribution of populations Observed in the field. The way in which space should be considered was tested by comparing the spatially explicit model with a new implicit approach, which describes the level of plant infestation by a continuous variable corresponding to the number of plants with a given density of pests at a given time. When the explicit model needs as many equations as plants in the greenshouse, our novel approach has only a partial differential equation. We could infer from the comparisons between the two spatial models that the predicted host-parasitoid dynamics were similar under most conditions; and the differences were due to local dispersal (considered only in the explicit model), because it could have a strong impact on population dynamics but did not change the conclusions for crop protection. The new implicit model thus generated relevant predictions with a more synthetic formalism than the common plant-by-plant model. This implicit model was used to test biological control strategies. We showed that (i) preventive releases are less efficient than curative ones, if the cost of infestation detection is not too high; (ii) strategies with several releases are always better than single releases strategies. As a conclusion, we demonstrated that the effectiveness of a biological control depends on the functional response of the parasitoids, the initial distribution of pests (that determines the infestation process) and the costs affected to each type of strategies

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Latu, Guillaume. "Algorithmique parallèle et calcul haute performance dédiés à la simulation d'un système hôte-macroparasite." Bordeaux 1, 2002. http://www.theses.fr/2002BOR12632.

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Ce travail contribue à un modèle déterministe discret d'un système hôte-macroparasite et propose un modèle stochastique équivalent. Une application du modèle consiste en l'étude quantitative du système Bar-Diplectanum Aequans à l'aide de deux simulateurs parallèles. Une étude algorithmique détaillée est donnée pour le simulateur déterministe. L'extensibilité de très bonne qualité est évaluée théoriquement et testée. Une utilisation optimisée des mémoires caches permet d'atteindre 60 % de la puissance crête au coeur des calculs. Les temps d'exécution sont réduits et la précision des calculs améliorée, ce qui permet de reproduire des dynamiques observées sur le terrain. Le second simulateur utilise une méthode de type Monte Carlo. On donne les performances associées à une programmation hybride sur une grappe de noeuds SMP. L'étude quantitative effectuée sur les résultats des simulateurs donne un éclairage nouveau sur l'interaction des mécanismes des systèmes hôte-macroparasite.

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Roy, Lise. "Ecologie évolutive d'un genre d'acarien hématophage : approche phylogénétique des délimitations interspécifiques et caractérisation comparative des populations de cinq espèces du genre Dermanyssus (Acari : Mesostigmata)." Phd thesis, AgroParisTech, 2009. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00005531.

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Les acariens microprédateurs du genre Dermanyssus (espèces du groupe gallinae), inféodés aux oiseaux, représentent un modèle pour l'étude d'association lâche particulièrement intéressant : ces arthropodes aptères font partie intégrante du microécosystème du nid (repas de sang aussi rapide que celui du moustique) et leurs hôtes sont ailés. En outre, D. gallinae est une espèce d'importance économique, ce qui rend possible des comparaisons entre colonisation de milieux anthropisés et sauvages. Au début de l'étude, les espèces du groupe gallinae sont très mal délimitées. Les caractères morphologiques utilisés sont variables au sein de l'espèces, voire de la population, très chevauchants entre espèces. Afin de mieux comprendre les exigences écologiques du développement de D. gallinae et d'appréhender ses voies de dissémination, une investigation comparative basée sur des séquences d'ADN entre espèces du groupe gallinae a été adoptée. Un cheminement d'ordre taxinomique a permis de poser les bases nécessaires. Ensuite, l'exploration de certaines caractéristiques écologiques du groupe gallinae en relation avec sa phylogénie (spécificité d'hôte, flexibilité évolutive) a été menée à bien. Une espèce a été décrite, D. apodis, une lignée de D. gallinae constitue aussi une probable espèce inédite et D. longipes regroupe deux entités. Des différences écologiques marquées entre D. gallinae et les autres espèces semblent résulter non seulement de l'activité humaine, mais aussi de caractéristiques intrinsèques. Aujourd'hui, le rôle des flux commerciaux dans la dispersion de D. gallinae en élevage de pondeuses s'avère primordial, au moins en France, celui des oiseaux sauvages presque nul.

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Dupas, Stéphane. "La suppression immunitaire dans le système drosophile-parasitoi͏̈de : aspects physiologiques, génétiques et évolutifs." Montpellier 2, 1998. http://www.theses.fr/1998MON20015.

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L'objectif de cette these est d'etudier les variations de l'aptitude immunosuppressive du parasitoide leptopilina boulardi vis-a-vis de son l'hote drosophila melanogaster d'un point de vue physiologique, genetique et evolutif. D'un point de vue physiologique nous avons montre que la reaction de l'hote se mettait en place suite au depot precoce d'une fine couche dense aux electrons a la surface du chorion de l'uf (vraisemblablement de la melanine). De son cote, le parasitoide produit des particules d'allure virale (vlps) responsables de l'immunosuppression et reagissant positivement aux colorations de l'adn. Une variation morphologique des particules de l. Boulardi s'est averee etre correlee a la variation de l'aptitude immunosuppressive. D'un point de vue genetique nous avons pu montrer par des croisements entre souches d'aptitude immunosuppressive opposee que les vlps etaient transmis genetiquement sous une forme integree aux chromosomes. Plusieurs genes d'immunosuppression, chacun specifique d'une espece hote, ont ete mis en evidence. D'un point de vue evolutif, une adaptation locale des genes de suppression immunitaire au spectre d'hote present dans la localite est clairement observee. Enfin, des systemes genetiques de resistance a l'immunosuppression sont suggeres par nos resultats, ceux-ci pourraient etre a l'origine d'une certaine complementarite observee entre les genes de l'hote et du parasitoide. Mots cles : immunosuppression, vlps, coevolution hote-parasitoide, genetique des interactions.

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Belicard, Tony. "Base génétique de la sensibilité au virus d'Orsay au sein des populations naturelles de Caenorhabditis elegans." Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2014. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2014PA066274.pdf.

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Caenorhabditis elegans fait partie des modèles animaux les plus étudiés en laboratoire. La découverte des premiers virus infectant naturellement des Caenorhabditis apporte de nouveaux modèles animal-virus très prometteurs.Le virus d'Orsay, infectant spécifiquement C. elegans, et le virus de Santeuil, infectant spécifiquement C. briggsae, sont des virus à ARN positif simple brins (Hépatites A, C et E, Chikungunya, Coronavirus etc¿) qui provoquent une désorganisation de la structure des cellules intestinales de leur hôte. Par ailleurs, une variation dans la sensibilité à ce virus au sein des espèces est observée. Grâce à une étude statistique d'association pangénomique portant sur la sensibilité au virus d'Orsay de 97 isolats naturels de C. elegans, nous avons pu mettre en évidence une région chromosomique qui contient un polymorphisme responsable de cette sensibilité. Il s'agit une délétion dans le gène drh-1 qui code une protéine similaire à la protéine RIG-I, connue pour initier une réponse antivirale chez les vertébrés. Cependant, C. elegans est incapable de produire la même réponse antivirale que ces derniers. Ainsi, DRH-1 est impliquée dans la reconnaissance des ARN viraux et dans la production d'une réponse spécifique à l'infection virale par les petits ARN. Les gènes impliqués dans l'immunité sont soumis à une forte pression de sélection. Pourtant, de manière surprenante, la délétion du gène drh-1 est présente dans 23% des isolats étudiés. Cette délétion est génétiquement liée à une région plus large de 3 Mb. Cependant, au laboratoire, cette région n’apporte pas d’avantage sélectif qui expliquerait comment cette délétion peut se propager dans les populations Caenorhabditis elegans is a commonly studied animal model in laboratories. The discovery ofthe first natural viral infections of Caenorhabditis brings new models to study animal-virusinteractions.The Orsay virus, specifically infecting C. elegans, and the Santeuil virus, specificallyinfecting C. briggsae, are positive single strand RNA viruses (Hepatites, Chikungunya,Coronavirus etc…) disrupting the structure of intestinal cells of their host. However, weobserved a strong variability in the sensitivity to those viruses at the intraspecific level.To identify the genetic basis of the sensitivity, we performed a genome wide association studyon 97 wild isolates of C. elegans. We were able to identify the center of chromosome IV as aregion containing the locus responsible for this sensitivity. A deletion in the drh-1 gene,coding for a RIG-I-Like protein, confers sensitivity to their carrier. RIG-I is known torecognize viral RNA and to trigger an antiviral response through the production of interferonsin vertebrates. However, C. elegans is not able to produce interferons but it appears thatDRH-1 initiates a viral specific siRNA pathway.Immunity genes are under strong selective pressure. Thus, it is surprising that such animportant protein for the antiviral pathway appears to be disrupted in 23% of the wild isolates.This deletion shows high linkage disequilibrium with a broader region of 3Mb, suggestingthat the deletion propagates with this region. However, this region does not seem to provideany advantage to their owner under laboratory conditions

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Staszewski, Vincent. "Immuno-écologie et interactions hôte-parasite : cas du système oiseaux de mer-tique Ixodes uriae et agent de la maladie de Lyme (Borrelia burgdorferi sensu lato)." Paris 6, 2007. http://www.theses.fr/2007PA066081.

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Cette thèse souligne la nécessité de considérer le contexte écologique des interactions hôte-parasite lorsque l’on s’intéresse aux compromis entre investissement dans la réponse immunitaire et d’autres traits d’histoire de vie. Les résultats soulignent en particulier l’intérêt du transfert d’Ac de la mère au jeune dans l’étude des réponses induites au parasitisme. Les facteurs écologiques susceptibles d’affecter les risques d’exposition et les réponses au parasitisme vont affecter la dynamique de la biodiversité dans les systèmes d’interactions hôte-parasite. Leur prise en compte est donc essentielle aux mesures de santé publique et à la définition de suivis épidémiologiques appropriés Taking into account the ecological context of host parasite interactions may be important to consider when examining trade offs between immune responses and the other needs of the organism. Ecological factors likely to affect exposure risk and the response to parasitism will ultimately affect the dynamics of biodiversity in host-parasite systems. Taking these aspects into account is thus necessary in order to define adequate public health policies and epidemiological risk models

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Rochat, Jacques. "Modélisation d'un système hôte-parasitoïde en lâcher inoculatif : application au couple Aphis gossypii - Lysiphlebus testaceipes en serre de concombre." Lyon 1, 1997. http://www.theses.fr/1997LYO10196.

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La lutte biologique par lacher inoculatif vise a maintenir un ravageur a un niveau de population suffisamment bas pendant toute la duree d'une culture. L'auxiliaire utilise doit etre capable de persister dans le milieu pendant quelques generations successives et avoir une action limitante rapide sur le ravageur. Nous recherchons dans ce contexte les facteurs determinant l'efficacite du controle biologique et sur lesquels nous pourrions agir. Pour cela, nous construisons un modele pour simuler l'ensemble des strategies possibles de lutte biologique. L'objectif est de construire un modele le plus simple et le plus precis possible. Ce compromis est obtenu sous la forme de deux modeles structures en classes, bases sur des equations differentielles ordinaires ou a retard. Ces modeles sont appliques a un systeme biologique d'interet agronomique : le puceron aphis gossypii et l'un de ses parasitoides lysiphlebus testaceipes, en serre de concombre. Les modeles presentent une bonne adequation aux donnees de terrain et permettent de definir des strategies efficaces d'utilisation des parasitoides en serre.

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Le, Bailly Matthieu. "Evolution de la relation hôte/parasite dans le système lacustre nord alpins au Néolithique (3900-2900 BC), et nouvelles données dans la détection des paléoantigènes de Protozoa." Reims, 2005. http://theses.univ-reims.fr/exl-doc/GED00000157.pdf.

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La paléoparasitologie est la recherche, et l'étude, des restes conservés de parasite dans les échantillons archéologiques historiques et préhistoriques. La première partie de ce travail est consacrée à l'étude des échantillons prélevés sur un ensemble de 6 sites lacustres suisses et allemands, de la période du Néolithique moyen et final, entre 3900 et 2900 ans avant Jésus-Christ. Sur cette échelle chronologique de 1000 ans, des variations du nombre de parasitoses, mais aussi des fluctuations inhérentes à chaque parasite, sont observées. Plusieurs arguments sont proposés pour expliquer ces observations : changements culturels et alimentaires, augmentation de population. Mais ces variations semblent étroitement liées à la crise climatique et économique qui se produit à cette époque. La seconde partie du manuscrit s'attache à développer et à standardiser l'utilisation des techniques immunologiques pour la détection des paléoantigènes de Protozoa dans le matériel ancien. L'immunologie a été utilisée pour rechercher les antigènes de 2 protozoaires parasites du tube digestif de l'homme d'importance sanitaire actuelle : Entamoeba histolytica et Giardia intestinalis. La mise en jeu de la technique ELISA et de l'Immunofluorescence (IF) a permis de prouver l'efficacité de ces outils. A la vue des résultats, de nombreuses questions sont émises concernant le potentiel de détection des outils immunologiques, mais surtout sur la conservation des antigènes, et le rôle des processus taphonomiques dans la perte du signal antigénique. La présence, dans le Nouveau Monde, d'échantillons positifs, uniquement pour des dates postérieures à la colonisation européenne, soulève l'importance des colons dans la transmission et le passage des parasitoses d'un continent à l'autre. L'ensemble des données recueillies permet de compléter les référentiels parasitologiques pour chaque période étudiée, mais aussi, d'augmenter nos connaissances de l'évolution des parasitoses dans le temps. Ces résultats ouvrent de nouvelles perspectives à la Paléoparasitologie tant dans la détection des différentes formes parasitaires que dans les possibilités de recherche Paleoparasitology is the research and the study of conserved parasitic remains in historical and pre historical archaeological samples. The first part of this work concerns the study of samples tough from six different middle and final Neolithic lakeside settlements, between 3900 and 2900 BC, from Switzerland and Germany. During this thousand year's period, variations of the parasitosis number, and fluctuations of each parasite are observed. Many possibilities are discussed to explain those observations: cultural and diet changes, population increase. But those variations seem to be highly linked to the climatic and economic crash that happens during this period. The second part of the thesis aims to develop and standardize the use of immunological techniques for the detection of Protozoa paleoantigens in ancient materials. Immunology has been used for the research of two human intestinal parasitic Protozoa of medical importance: Entamoeba histolytica and Giardia intestinalis. The utilisation of ELISA technique and immunofluorescence permitted to prove the efficacy of such methods. The results raise many questions on the detection potential of immunological techniques, but also on the antigens conservation and the role of taphonomic process on the loss of antigenic signal. The presence, in the New World, of positive samples only dated after the European colonization raise the question of the importance of colonists in the importation and the transmission of parasitosis from the Old to the New World. All the data accumulated permit to complete the parasitological references for each period studied, but also, allow enriching the knowledge concerning the evolution of the parasitic diseases through the time. Those results open new perspectives to the Paleoparasitology as well in the detection of new parasites species, as in the ways of research

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Belicard, Tony. "Base génétique de la sensibilité au virus d'Orsay au sein des populations naturelles de Caenorhabditis elegans." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066274/document.

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Caenorhabditis elegans fait partie des modèles animaux les plus étudiés en laboratoire. La découverte des premiers virus infectant naturellement des Caenorhabditis apporte de nouveaux modèles animal-virus très prometteurs.Le virus d'Orsay, infectant spécifiquement C. elegans, et le virus de Santeuil, infectant spécifiquement C. briggsae, sont des virus à ARN positif simple brins (Hépatites A, C et E, Chikungunya, Coronavirus etc¿) qui provoquent une désorganisation de la structure des cellules intestinales de leur hôte. Par ailleurs, une variation dans la sensibilité à ce virus au sein des espèces est observée. Grâce à une étude statistique d'association pangénomique portant sur la sensibilité au virus d'Orsay de 97 isolats naturels de C. elegans, nous avons pu mettre en évidence une région chromosomique qui contient un polymorphisme responsable de cette sensibilité. Il s'agit une délétion dans le gène drh-1 qui code une protéine similaire à la protéine RIG-I, connue pour initier une réponse antivirale chez les vertébrés. Cependant, C. elegans est incapable de produire la même réponse antivirale que ces derniers. Ainsi, DRH-1 est impliquée dans la reconnaissance des ARN viraux et dans la production d'une réponse spécifique à l'infection virale par les petits ARN. Les gènes impliqués dans l'immunité sont soumis à une forte pression de sélection. Pourtant, de manière surprenante, la délétion du gène drh-1 est présente dans 23% des isolats étudiés. Cette délétion est génétiquement liée à une région plus large de 3 Mb. Cependant, au laboratoire, cette région n’apporte pas d’avantage sélectif qui expliquerait comment cette délétion peut se propager dans les populations Caenorhabditis elegans is a commonly studied animal model in laboratories. The discovery ofthe first natural viral infections of Caenorhabditis brings new models to study animal-virusinteractions.The Orsay virus, specifically infecting C. elegans, and the Santeuil virus, specificallyinfecting C. briggsae, are positive single strand RNA viruses (Hepatites, Chikungunya,Coronavirus etc…) disrupting the structure of intestinal cells of their host. However, weobserved a strong variability in the sensitivity to those viruses at the intraspecific level.To identify the genetic basis of the sensitivity, we performed a genome wide association studyon 97 wild isolates of C. elegans. We were able to identify the center of chromosome IV as aregion containing the locus responsible for this sensitivity. A deletion in the drh-1 gene,coding for a RIG-I-Like protein, confers sensitivity to their carrier. RIG-I is known torecognize viral RNA and to trigger an antiviral response through the production of interferonsin vertebrates. However, C. elegans is not able to produce interferons but it appears thatDRH-1 initiates a viral specific siRNA pathway.Immunity genes are under strong selective pressure. Thus, it is surprising that such animportant protein for the antiviral pathway appears to be disrupted in 23% of the wild isolates.This deletion shows high linkage disequilibrium with a broader region of 3Mb, suggestingthat the deletion propagates with this region. However, this region does not seem to provideany advantage to their owner under laboratory conditions

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Arancio, Marc. "Etude théorique des interactions entre des dinoflagellés et des parasitoïdes eucaryotes en environnement mélangé : persistance du système et succession phytoplanctonique." Electronic Thesis or Diss., Lille 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LIL10223.

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Анотація:

De nombreuses espèces de dinoflagellés autotrophiques peuvent être parasitées par de multiples parasitoïdes eucaryotes. Ces parasitoïdes ont un cycle de vie particulier qui abouti à la mort de l’hôte et à la libération de plusieurs centaines de zoospores capables d’infecter un nouvel hôte. Plusieurs études ont démontré leur fort potentiel pour contrôler les populations hôtes en quelques jours ainsi que leur très grande diversité et suggère une dynamique d’infection très complexe dans ce type de milieu. L’objectif de cette thèse consiste à appréhender cette dynamique d’infection parasitoïdes-dinoflagellés dans un estuaire fortement mélangé ainsi qu’une meilleure compréhension des différentes interactions ayant lieu au sein de ce système. Afin de répondre à cette problématique, nous avons utilisé l’approche de la modélisation IBM. Cette approche a notamment permis de montrer que le processus de désenkystement des hôtes, utilisé par les parasites pour passer l’hiver, permet d’expliquer la persistance du système. Elle a également permis de montrer l’influence que peuvent avoir différents types de parasitoïdes sur la dynamique d’infection et la succession des espèces de dinoflagellés, avec une diversité accrue de la population hôte en présence de spécialistes et diminué avec les généralistes. Une amélioration de l’estimation du paramètre utilisé pour calculer le taux de rencontre entre les hôtes et les parasites avec des méthodes expérimentales puis numériques a aussi été tentée. Les résultats ont démontré une modification non négligeable de ce paramètre en fonction des comportements ainsi que le besoin de les prendre en compte pour une meilleure paramétrisation Many species of autotrophic dinoflagellates can be parasitized by multiple eukaryotic parasitoids. These parasitoids have a specific life cycle resulting in the death of the host and the release of hundreds of zoospores that can infect a new host. Several studies have demonstrated their potential to control the host population in a few days as well as their great diversity and suggests a very complex dynamics of infection in this kind of environment. The objective of this thesis is to understand the parasitoid-dinoflagellates infection dynamics in a highly mixed estuary and a better understanding of the different interactions taking place within this system. To address this problem, we used the modeling approach (IBM). This approach has enabled to show that the hosts excystment process, also used by the parasites to survive the winter, helps to explain the persistence of the system. It has also demonstrated the potential influence of different types of parasitoid on the dynamics infection and succession of dinoflagellates species, with increased diversity of the host population in the presence of specialists and decreased with generalists. The estimation improvement of the parameter used to calculate the rate of encounter between hosts and parasites with experimental and numerical methods was also attempted. The results showed a significant change in this parameter depending on behavior and the need to take it into account for a better parameterization

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Pichon, S. "Système de sécrétion de type IV et protéines à domaines ankyrines dans les interactions Wolbachia-arthropodes." Phd thesis, Université de Poitiers, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00551985.

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Wolbachia est une bactérie Gram(-) intracellulaire modifiant la reproduction de nombreux arthropodes. Chez l'isopode Armadillidium vulgare, la souche wVulC entraîne la féminisation des mâles. Nous avons caractérisé deux opérons vir s'exprimant dans tous les tissus hôtes et codant un système de sécrétion de type IV (T4SS) pouvant permettre d'exporter des effecteurs bactériens vers le cytoplasme de l'hôte. La comparaison des séquences et de l'organisation des gènes de 37 souches de Wolbachia a révélé la forte conservation des deux opérons vir suggérant l'importance du T4SS dans la biologie de la bactérie. Nous avons également identifié, dans le génome en cours de séquençage de wVulC, 66 gènes codant des protéines à domaines ankyrines. Ces motifs forment des sites d'interactions protéine-protéine chez les eucaryotes et sont supposés être impliqués chez Wolbachia dans l'interaction avec des protéines de l'hôte. Nous avons montré qu'une des trois copies du gène pk2 de wVulC, n'est exprimée que chez des souches féminisantes mais chez aucune des 3 souches induisant l'incompatibilité cytoplasmique chez les isopodes terrestres. Ce produit du gène pk2 pourrait être impliqué dans la féminisation de l'hôte. Toutefois, nous avons réalisé des tests d'interaction par double-hybride en levures et par la méthode CRAfT (Cre-recombinase Reporter Assay for Translocation) entre les protéines du T4SS et cinq protéines à domaines ankyrines dont Pk2 afin de savoir si ces dernières étaient sécrétées par ce système. Les résultats montrent qu'aucun des cinq produits de gènes ank testés n'est sécrété par la bactérie mais se révèlent encourageants pour identifier les effecteurs de Wolbachia.

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Arancio, Marc. "Etude théorique des interactions entre des dinoflagellés et des parasitoïdes eucaryotes en environnement mélangé : persistance du système et succession phytoplanctonique." Thesis, Lille 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LIL10223/document.

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De nombreuses espèces de dinoflagellés autotrophiques peuvent être parasitées par de multiples parasitoïdes eucaryotes. Ces parasitoïdes ont un cycle de vie particulier qui abouti à la mort de l’hôte et à la libération de plusieurs centaines de zoospores capables d’infecter un nouvel hôte. Plusieurs études ont démontré leur fort potentiel pour contrôler les populations hôtes en quelques jours ainsi que leur très grande diversité et suggère une dynamique d’infection très complexe dans ce type de milieu. L’objectif de cette thèse consiste à appréhender cette dynamique d’infection parasitoïdes-dinoflagellés dans un estuaire fortement mélangé ainsi qu’une meilleure compréhension des différentes interactions ayant lieu au sein de ce système. Afin de répondre à cette problématique, nous avons utilisé l’approche de la modélisation IBM. Cette approche a notamment permis de montrer que le processus de désenkystement des hôtes, utilisé par les parasites pour passer l’hiver, permet d’expliquer la persistance du système. Elle a également permis de montrer l’influence que peuvent avoir différents types de parasitoïdes sur la dynamique d’infection et la succession des espèces de dinoflagellés, avec une diversité accrue de la population hôte en présence de spécialistes et diminué avec les généralistes. Une amélioration de l’estimation du paramètre utilisé pour calculer le taux de rencontre entre les hôtes et les parasites avec des méthodes expérimentales puis numériques a aussi été tentée. Les résultats ont démontré une modification non négligeable de ce paramètre en fonction des comportements ainsi que le besoin de les prendre en compte pour une meilleure paramétrisation Many species of autotrophic dinoflagellates can be parasitized by multiple eukaryotic parasitoids. These parasitoids have a specific life cycle resulting in the death of the host and the release of hundreds of zoospores that can infect a new host. Several studies have demonstrated their potential to control the host population in a few days as well as their great diversity and suggests a very complex dynamics of infection in this kind of environment. The objective of this thesis is to understand the parasitoid-dinoflagellates infection dynamics in a highly mixed estuary and a better understanding of the different interactions taking place within this system. To address this problem, we used the modeling approach (IBM). This approach has enabled to show that the hosts excystment process, also used by the parasites to survive the winter, helps to explain the persistence of the system. It has also demonstrated the potential influence of different types of parasitoid on the dynamics infection and succession of dinoflagellates species, with increased diversity of the host population in the presence of specialists and decreased with generalists. The estimation improvement of the parameter used to calculate the rate of encounter between hosts and parasites with experimental and numerical methods was also attempted. The results showed a significant change in this parameter depending on behavior and the need to take it into account for a better parameterization

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Leducq, Régine. "Echinococcose alvéolaire : migration et différenciation dans l'hôte intermédiaire expérimental. Aspects morphologiques et biochimiques." Montpellier 2, 1992. http://www.theses.fr/1992MON20181.

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Dans le cadre des interactions heterospecifiques durables, une etude des relations hote-parasite est realisee a partir du modele metacestode e. Multilocularis/hote intermediaire experimental (la gerbille de chine meriones unguiculatus). Dans un premier temps, les parametres influencant la dissemination de l'echinocoque (en tant que population clonale) sont etudies au travers de differents protocoles d'infestations secondaires. Les differents types de formes larvaires a l'origine des migrations dans l'hote sont decrits ainsi que les voies de migration preferentiellement empruntees. Une attention particuliere est portee a l'atteinte du systeme lymphatique. Les caracteristiques des infestations secondaires sous-cutanees et intra-peritoneales, sont discutees et comparees a celles de l'echinococcose primaire. Dans un deuxieme temps, les modes de differenciation du metacestode en tant qu'individu sont analyses grace a des etudes morphologiques et biochimiques. Les phases de l'ontogenese du parasite sont etablies en fonction des transformations tegumentaires. Les marquages des glycoconjugues a l'aide de lectines confirment la mise en evidence d'une regionalisation tegumentaire et d'une evolution des relations hote-parasite favorisant le developpement du metacestode. Une etude preliminaire des glycoproteines parasitaires est realisee a l'aide des techniques de sds-page et western blotting. Ces resultats suggerent que l'ontogenese du parasite serait determinee par des facteurs intrinseques et extrinseques (milieux physico-chimiques et immunologiques) evoluant dans le temps et l'espace

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De, Garine-Wichatitsky Michel de. "Ecologie des interactions hôtes/vecteurs : analyse du système tiques/ongulés sauvages et domestiques en zone tropicale." Montpellier 2, 1999. http://www.theses.fr/1999MON20114.

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Les hotes peuvent-ils eviter les parasites ? dans une perspective ecologique et evolutive, nous avons etudie l'infestation des ongules par des tiques, ainsi que la distribution spatio-temporelle de ces vecteurs et de leurs hotes. Un modele theorique est presente qui relie (1) les niveaux d'infestation des ongules ; a (2) l'utilisation de l'habitat par les ongules ; et (3) l'abondance des tiques dans la vegetation. Les parametres du modele ont ete mesures sur un ranch mixte faune/betail du zimbabwe en fonction des saisons : (1) les niveaux d'infestation sont variables entre les especes d'ongules ; (2) l'utilisation de l'habitat par les ongules differe entre les especes, mais ne semble pas expliquer les variations d'infestation entre especes ou entre individus-hotes ; (3) l'abondance des larves de tiques dans la vegetation revele deux distributions garantissant le contact avec les ongules : une distribution imprevisible dans le temps et l'espace, et donc inevitable ; une distribution previsible, mais inevitable car associee a des ressources indispensables aux hotes (points d'eau et ressources fourrageres). Les strategies eventuelles d'evitement des tiques par les ongules sont abordees en fonction des compromis qu'elles impliquent pour les hotes, de la previsibilite du risque parasitaire, et de l'agregation des parasites a differentes echelles. Les tiques et les maladies a tiques constituent un frein majeur au developpement de l'elevage en zone tropicale. De plus, face a la multiplication des conflits entre la faune et les activites pastorales en afrique (competition pour les paturages et transmission de maladies), les systemes mixtes faune/betail permettent de concilier des objectifs de conservation et de productions animales. Nos resultats sont discutes en relation avec la spatialisation du risque vectoriel, les methodes de lutte contre les tiques, et l'interet d'une etude genetique des vecteurs pour etablir le role de reservoir eventuel de la faune sauvage.

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Bonato, Olivier. "Dynamique des populations de l'acarien vert du manioc "Mononychellus progresivus" et de l'acarien rouge "Oligonychus gossypii" au Congo. Modélisation du sous-système acariens phytophages-manioc." Montpellier 2, 1993. http://www.theses.fr/1993MON20049.

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Cette etude realisee au congo, porte sur l'agrosysteme defini par le manioc (manihot esculenta) et deux de ses principaux acariens phytophages tetranychidae mononychellus progresivus et oligonychus gossypii. Le premier, d'origine neotropicale et d'introduction recente en afrique, a d'apres la bibliographie une tres forte incidence sur le rendement de cette plante en afrique de l'est, au nigeria et au benin. Le second, d'origine vraisemblablement africaine, n'avait jusqu'a present fait l'objet d'aucune etude biologique. Les differents resultats ont abouti a la construction d'un modele de recherche permettant d'analyser les interactions au sein de cet agrosysteme. L'elaboration du modele de simulation a necessite l'obtention d'informations concernant, d'une part la phenologie de la croissance du manioc avec et sans acariens, d'autre part la dynamique de leurs populations et l'etude de l'influence de la temperature sur leurs parametres biologiques et demographiques

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Maure, Fanny. "Écologie et évolution de la manipulation de type garde du corps : étude du système Dinocampus coccinellae – Coleomegilla maculata." Thesis, Montpellier 2, 2013. http://www.theses.fr/2013MON20258/document.

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La manipulation du comportement de l'hôte est une stratégie couramment utilisée chez les organismes parasites, et ce afin de favoriser leur transmission et/ou leur survie. La compréhension d'une telle stratégie est au cœur de plusieurs disciplines appliquées de la parasitologie, telles que l'épidémiologie et la médecine, mais est aussi d'une grande importance d'un point de vue écologique et évolutif. Dans le cadre de cette thèse, notre objectif était d'améliorer l'état des connaissances sur un type de manipulation encore très peu connu : la manipulation garde du corps, une stratégie initialement décrite chez les insectes parasitoïdes. À la suite de leur développement larvaire, certaines guêpes parasitoïdes (Braconidae) ont la capacité d'usurper le comportement de leur hôte et l'obligent ainsi à se comporter comme un véritable garde du corps pour protéger leur cocon des ennemis naturels. Basé sur le système associant la guêpe parasitoïde Dinocampus coccinellae et un de ses hôtes la coccinelle maculée Coleomegilla maculata, le présent travail aborde cinq aspects particuliers de la manipulation parasitaire : i) Efficacité de la protection par un garde du corps et coûts liés à une telle stratégie, ii) Contraintes énergétiques pour les parasites manipulateurs, iii) Diversité et l'évolution de la manipulation garde du corps, iv) Survie des hôtes à la manipulation par un parasitoïde et v) Effets de la nutrition de l'hôte sur une association hôte–parasitoïde manipulateur. Nos résultats apportent plusieurs éléments de réponse quant à l'écologie et l'évolution de la manipulation garde du corps, et notamment en ce qui a trait aux coûts énergétiques associés à une telle stratégie ainsi qu'au rôle de la ressource dans cette étroite association. De nouvelles perspectives de recherche y sont proposées afin d'encourager d'autres travaux dans cette voie Host behavioral manipulation, a widespread strategy among parasitic organisms, has evolved to favor the transmission and/or survival of parasites. Understanding such a strategy is at the heart of applied aspects of parasitology, such as epidemiology and medicine, but is also important for evolutionary and ecological reasons. The aim of this study was to improve our knowledge on a category of manipulation that remains poorly documented: the bodyguard manipulation, initially described on parasitoid insects. Following their larval development, certain parasitic wasps (Braconidae) are able to usurp the behavior of their host and force them to serve as bodyguards to protect parasitoid cocoon against natural enemies. Studying the association between the parasitic wasp Dinocampus coccinellae and one of its host the spotted lady beetle Coleomegilla maculata, this work is structured in five axes: i) Efficiency of the bodyguard protection and associated costs, ii) Energetic constraints for manipulative parasites, iii) Diversity and evolution of bodyguard manipulation, iv) Host survival from parasitism and v) Host nutrition effects on a host–manipulative parasitoid association. Our results provide original findings about the ecology and evolution of the bodyguard manipulation, for instance the energetic costs associated with host manipulation or the role of host nutrition in this type of association. New perspectives are identified in order to stimulate future research in this area

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Minguez, Laëtitia. "Les interactions "hôte-parasites-environnement" dans la bioévaluation de la qualité des milieux : l'exemple du système Dreissena polymorpha et ses parasites." Thesis, Metz, 2011. http://www.theses.fr/2011METZ042S.

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De plus en plus d’études montrent l’importance de considérer les parasites dans les études de biosurveillance environnementale car ils peuvent représenter des facteurs confondants en modifiant la physiologie de leurs hôtes et des bioindicateurs de la qualité des milieux. Dans ce contexte, le bivalve dulçaquicole Dreissena polymorpha a été choisi comme un modèle hôte, organisme couramment utilisé dans les études écotoxicologiques. Le potentiel effet confondant de différents parasites (i.e. bactéries intracellulaires, ciliés, trématodes a été, in situ sur plusieurs populations hôtes échantillonnées sur des sites présentant un gradient de contamination, et en conditions contrôlées, en exposant les dreissènes à différentes concentrations de nickel. Plusieurs réponses physiologiques ont alors été testées aux niveaux cellulaires et individuels. Les résultats montrent que l’infection parasitaire influence les réponses biologiques de la dreissène mais le sens et l’intensité de réponse dépendant de l’origine des populations, du sexe de l’hôte et de l’espèce parasite considérée. Par ailleurs, la modélisation descriptive, nous a permis de confirmer à large échelle spatiale les relations entre le niveau de contamination et la prévalence parasitaire, particulièrement celles des microparasites. Les études ont mis en évidence le cas particulier des co-infections qui ont généralement induit des effets biologiques plus marqués que ceux des infections simples. Les résultats obtenus au cours de cette thèse confirment la complexité des interactions hôte-parasites mais soulignent néanmoins l’importance de prendre en compte les parasites dans l’évaluation de la qualité des milieux Several studies showed the importance to take parasites into account in risk assessment studies since they represent potential confounding factors modifying the host physiology and bioindicators of water quality. In this context, we chose the freshwater bivalve Dreissena polymorpha as test host, organism commonly used in ecotoxicological studies. The potential confounding factor of different parasite species (i.e. intracellular bacteria, ciliates, trematodes) was studied, in situ on several host populations sampled on sites with a contamination gradient, and under controlled laboratory conditions where mussels were exposed to different nickel concentrations. Several physiological responses of zebra mussels were then tested at cellular and individual levels. It turns out that parasite infection can influence the biological responses of D. polymorpha, but the direction and intensity of responses depend on the host population history, the host gender and the parasite species considered. Moreover, we confirmed by descriptive modeling with data collected in France and the United States the relationship between environmental pollution (metallic contamination) and the occurrence of parasites, especially microparasites. Studies highlighted the specific case of co-infections that generally induced greater effects on host physiology than single infections. The results obtained during this PhD confirm the complexity of interactions between a host and its parasites, but emphasize the importance of taking into account parasitism in the assessment of environmental quality

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Dubuffet, Aurore. "Variation intra spécifique de résistance et de virulence dans un système hôte-parasitoïde : Approche intégrative de la spécificité des interactions." Phd thesis, Université François Rabelais - Tours, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00101898.

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Les insectes parasitoïdes emploient un mode de vie particulier situé à mi-chemin entre prédation et parasitisme. Ce sont des insectes qui effectuent leur développement larvaire aux dépends d'un autre arthropode, généralement un insecte, qui va mourir à l'issue de l'interaction. Comme pour tout parasite obligatoire, le succès reproducteur d'un parasitoïde dépend en grande partie de sa capacité à infester avec succès son hôte. De son côté, l'hôte étant totalement consommé avant d'avoir laissé une descendance en cas de réussite parasitaire, son succès reproducteur dépend de sa capacité à échapper au parasitisme. Au niveau immunitaire, la réponse de la plupart des insectes aux corps étrangers tels que les œufs de parasitoïdes est la réaction d'encapsulement, qui consiste en l'élaboration d'une capsule multicellulaire mélanisée autour de l'intrus. En réponse à ce mécanisme de résistance, de nombreuses adaptations visant à éviter l'encapsulement, appelées stratégies de virulence, ont été sélectionnées au cours de l'histoire évolutive des parasitoïdes. L'issue de l'interaction entre un parasitoïde et son hôte est donc fortement influencée par les adaptations réciproques des espèces hôtes et parasitoïdes considérées, mais aussi par les variations de virulence et de résistance existant au sein de chaque espèce, un aspect qui a été négligé jusqu'à présent. Le travail de thèse présenté ici porte sur les variations de virulence du parasitoïde et les variations de résistance de l'hôte à l'origine de variations dans l'issue du parasitisme dans le modèle Leptopilina boulardi - Drosophila yakuba. Deux lignées du parasitoïde L. boulardi, présentant des capacités de virulence contrastées vis à vis de l'hôte D. yakuba, ont été étudiées et comparées pour leur comportement de sélection d'hôte et leur stratégie de virulence. Les résultats obtenus suggèrent une relation entre capacités de virulence et comportement de choix d'hôte chez L. boulardi et démontrent l'existence chez une même espèce de parasitoïde de stratégies parasitaires différentes utilisées contre deux espèces hôtes. Les effets physiologiques du parasitisme sur l'immunité de l'hôte sont décrits et l'étude de la nature des facteurs de virulence est abordée. Les bases génétiques et physiologiques de la variation de résistance à L. boulardi chez l'hôte D. yakuba ont été par ailleurs étudiées à l'aide de deux lignées hôtes respectivement sensible et résistante. L'ensemble des données obtenues au cours de cette thèse ont été comparées avec les données disponibles dans le modèle L. boulardi - D. melanogaster dans une approche permettant d'aborder les problèmes de spécificité d'hôte au niveau physiologique et moléculaire.

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Dibao-Dina, Alfred. "Élaboration d’un système in vitro de suivi en continu par spectroscopie d’impédance électrique de l’infection d’une lignée de cellules cancéreuses par un protozoaire parasite : Cryptosporidium parvum." Thesis, Lille 1, 2015. http://www.theses.fr/2015LIL10002/document.

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Le Cryptosporidium est la principale cause d’épidémies d’origine hydrique provoquées par des protozoaires parasites dans le monde. Dans cette thèse, nous montrons qu’il est possible d’utiliser la spectroscopie d’impédance électrique pour obtenir in vitro des informations sur le cycle de vie du Cryptosporidium infectant des cultures cellulaires et pour quantifier l’infectivité d’un inoculum. Des cellules HCT-8 (adénocarcinome humain) ont été cultivées dans des puits contenant un réseau d’électrodes interdigitées planaires jusqu’à confluence pendant 76 heures, puis infectées par le Cryptosporidium parvum pendant 60 heures. La réponse impédimétrique a été mesurée entre 100Hz et 1MHz avec une période d’échantillonnage de 7min. Au cours de l’infection, le signal d’impédance présente une série de pics distincts et reproductibles à 12, 23 et 31h post infection (PI) et de minima à 9, 19 et 28h PI. Une modélisation électrique par circuit équivalent révèle que ces variations peuvent être en partie expliquées par l’effet des interactions hôte-parasite sur les zones intercellulaires. En outre, nos données présentent pour la première fois un suivi en temps réel du développement précoce et homogène du parasite, où les phases de prédominance de formes invasives (i.e. zoïtes) et prolifératives (i.e. mérontes) s’alternent et sont respectivement observées aux pics et minima du signal impédimétrique. Finalement, en quantifiant l’amplitude de la réponse en impédance, nous montrons que ce dispositif peut également être utilisé comme un capteur d’infectivité, dont la réponse dès 12h PI s’avère au moins 4 fois plus rapide que d’autres techniques à l’état de l’art Cryptosporidium is the main origin of worldwide waterborne epidemic outbreaks caused by protozoan parasites. In this thesis, we show that an in vitro electrical impedance-based device is able to get insights on Cryptosporidium life cycle on a cell culture and to quantify sample infectivity. HCT-8 cells (human adenocarcinoma) were grown to confluency on interdigitated microelectrode arrays during 76 hours and then infected by Cryptosporidium parvum during 60 hours. The impedimetric response was measured at frequencies ranging from 100Hz to 1MHz and a 7min sampling period. As the infection progresses, the impedance signal shows a reproducible distinct succession of peaks at 12, 23 and 31h post infection (PI), and minima at 9, 19 and 28h PI. An electrical equivalent circuit modeling-based approach indicates that these features can be partly explained by the effects of host-parasite interactions on intercellular areas. Furthermore, our data present for the first time a real-time monitoring of early homogeneous parasitic stage development with alternating invasive (i.e. zoites) and proliferative (i.e. meronts) form predominances, observed respectively at peaks and minima in the impedimetric signal. Finally, by quantifying the magnitude of the impedimetric response, we demonstrate this device can also be used as an infectivity sensor as early as 12h PI, thus being at least 4 times faster than other state of the art techniques

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Urbini, Laura. "Models and algorithms to study the common evolutionary history of hosts and symbionts." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1214/document.

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Lors de cette thèse, je me suis intéressée aux modèles et aux algorithmes pour étudier l'histoire évolutive commune des hôtes et des symbiotes. Le premier objectif était d'analyser la robustesse des méthodes de réconciliation des arbres phylogénétiques, qui sont très utilisées dans ce type d'étude. Celles-ci associent (ou lient) un arbre, d'habitude celui des symbiotes, à l'autre, en utilisant un modèle dit basé sur des évènements. Les évènements les plus utilisés sont la cospéciation, la duplication, le saut et la perte. Les phylogénies des hôtes et des symbiotes sont généralement considérés comme donnés, et sans aucune erreur. L'objectif était de comprendre les forces et les faiblesses du modèle parcimonieux utilisé et comprendre comment les résultats finaux peuvent être influencés en présence de petites perturbations ou d'erreurs dans les données en entrée. Ici deux cas sont considérés, le premier est le choix erroné d'une association entre les feuilles des hôtes et des symbiotes dans le cas où plusieurs existent, le deuxième est lié au mauvais choix de l'enracinement de l'arbre des symbiotes. Nos résultats montrent que le choix des associations entre feuilles et le choix de l'enracinement peuvent avoir un fort impact sur la variabilité de la réconciliation obtenue. Nous avons également remarqué que l'evènement appelé “saut” joue un rôle important dans l'étude de la robustesse, surtout pour le problème de l'enracinement. Le deuxième objectif de cette thèse était d'introduire certains evènements peu ou pas formellement considérés dans la littérature. L'un d'entre eux est la “propagation”, qui correspond à l'invasion de différents hôtes par un même symbiote. Dans ce cas, lorsque les propagations ne sont pas considérés, les réconciliations optimales sont obtenues en tenant compte seulement des coûts des évènements classiques (cospeciation, duplication, saut, perte). La nécessité de développer des méthodes statistiques pour assigner les coûts les plus appropriés est toujours d'actualité. Deux types de propagations sont introduites : verticaux et horizontaux. Le premier type correspond à ce qu'on pourrait appeler aussi un gel, à savoir que l'évolution du symbiote s'arrête et “gèle” alors que le symbiote continue d'être associé à un hôte et aux nouvelles espèces qui descendent de cet hôte. Le second comprend à la fois une invasion, du symbiote qui reste associé à l'hôte initial, mais qui en même temps s'associe (“envahit”) un autre hôte incomparable avec le premier, et un gel par rapport à l'évolution des deux l'hôtes, celui auquel il était associé au début et celui qu'il a envahi. Nos résultats montrent que l'introduction de ces evènements rend le modèle plus réaliste, mais aussi que désormais il est possible d'utiliser directement des jeux de données avec un symbiote qui est associé plusieurs hôtes au même temps, ce qui n'était pas faisable auparavant In this Ph.D. work, we proposed models and algorithms to study the common evolutionary history of hosts and symbionts. The first goal was to analyse the robustness of the methods of phylogenetic tree reconciliations, which are a common way of performing such study. This involves mapping one tree, most often the symbiont’s, to the other using a so-called event-based model. The events considered in general are cospeciation, duplication, host switch, and loss. The host and the symbiont phylogenies are usually considered as given and without any errors. The objective here was to understand the strengths and weaknesses of the parsimonious model used in such mappings of one tree to another, and how the final results may be influenced when small errors are present, or are introduced in the input datasets. This may correspond either to a wrong choice of present-day symbiont-host associations in the case where multiple ones exist, or to small errors related to a wrong rooting of the symbiont tree. Our results show that the choice of leaf associations and of root placement may have a strong impact on the variability of the reconciliation output. We also noticed that the host switch event has an important role in particular for the rooting problem. The second goal of this Ph.D. was to introduce some events that are little or not formally considered in the literature. One of them is the spread, which corresponds to the invasion of different hosts by a same symbiont. In this case, as when spreads are not considered, the optimal reconciliations obtained will depend on the choice made for the costs of the events. The need to develop statistical methods to assign the most appropriate ones therefore remains of actuality. Two types of spread are introduced: vertical and horizontal. The first case corresponds to what could be called also a freeze in the sense that the evolution of the symbiont “freezes” while the symbiont continues to be associated with a host and with the new species that descend from this host. The second includes both an invasion, of the symbiont which remains with the initial host but at the same time gets associated with (“invades”) another one incomparable with the first, and a freeze, actually a double freeze as the evolution of the symbiont “freezes” in relation to the evolution of the host to which it was initially associated and in relation to the evolution of the second one it “invaded”. Our results show that the introduction of these events makes the model more realistic, but also that it is now possible to directly use datasets with a symbiont that is associated with more than one host at the same time, which was not feasible before

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Roux, Olivier. "Système de reconnaissance hôte-parasitoïde et différenciation de populations au sein de l'interaction spécifique Plutella xylostella (Lepidoptera, Plutellidae) et Cotesia plutellae (Hymenoptera, braconidae)." Toulouse 3, 2006. http://www.theses.fr/2006TOU30100.

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La culture de Brassicacées est une des productions agricoles les plus importantes au monde. L'un de ses principaux ravageurs est la Teigne des crucifères, Plutella xylostella (Linné, 1758) (Lepidoptera, Plutellidae) dont les chenilles attaquent les feuilles et peuvent causer jusqu'à 90% de perte de production. La lutte contre la teigne est rendue difficile par le développement de résistances envers la quasi-totalité des insecticides existants. Afin de répondre en partie à ce problème, de nombreux moyens de lutte alternatifs ont été mis en place, impliquant principalement des insectes parasitoïdes. Parmi eux, Cotesia plutellae (Kurdjumov, 1912) (Hymenoptera, Braconidae) est l'un des plus employés mais son introduction dans certaines régions du monde n'est pas toujours efficace. Les hypothèses le plus souvent avancées mettent en cause des phénomènes de compétition, d'adaptation déficiente du parasitoïde à son nouvel environnement ou encore l'usage simultané d'insecticides, mais les capacités du parasitoïde à reconnaître son hôte n'ont jamais été remises en cause. C'est autour de ce dernier point qu'est axée la problématique de notre travail. Dans un premier temps, à partir d'analyses comportementales, d'analyses chimiques et d'une étude en microscopie électronique à balayage, nous avons pu mettre en évidence trois points importants du système de reconnaissance du parasitoïde envers son hôte. (i) Les femelles de C. Plutellae détectent et reconnaissent leur hôte à partir de leur signature chimique, composée par les lipides cuticulaires. (ii) Le stimulus chimique constituant le signal de reconnaissance est composé de plusieurs molécules appartenant à deux classes de lipides et agissant en synergie. (iii) Ce stimulus est perçu par des sensilles gustatives principalement implantées sur les faces dorsales et latérales des antennes des femelles du parasitoïde. Dans un second temps, l'étude de la variabilité de cette signature chimique entre différentes populations d'hôtes nous a permis de mettre en évidence de très fortes disparités pouvant être à l'origine des différences de parasitisme observées suite à des lâchers de parasitoïdes. . Brassicaceae crops make up a key vegetable production on a world scale. One of its most destructive pests is the diamondback moth (DBM), Plutella xylostella (Linnaeus, 1758) (Lepidoptera, Plutellidae), whose caterpillars attack leaves and can cause almost 90% crop loss. Resistance toward many insecticides leads to more difficulties for DBM management. Among the numerous alternative control techniques, parasitoids are the most used, Cotesia plutellae (Kurdjumov, 1912) (Hymenoptera, Braconidae) being a prime example. However, numerous attempts to introduce it into various areas of the world have often yielded mediocre results. Explanations of these results often involve notions of competition, maladaptation to the new environment and the use of non-selective insecticides. However, the host recognition capacities of the parasitoid have been never questioned. This was the object of the present study. .

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Lise, Roy. "Ecologie évolutive d'un genre d'acarien hématophage : approche phylogénétique des délimitations interspécifiques et caractérisation comparative des populations de cinq espèces du genre Dermanyssus (Acari : Mesostigmata)." Phd thesis, INAPG (AgroParisTech), 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00661327.

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Les acariens microprédateurs du genre Dermanyssus (espèces du groupe gallinae), inféodés aux oiseaux, représentent un modèle pour l'étude d'association lâche particulièrement intéressant : ces arthropodes aptères font partie intégrante du microécosystème du nid (repas de sang aussi rapide que celui du moustique) et leurs hôtes sont ailés. En outre, D. gallinae est une espèce d'importance économique, ce qui rend possible des comparaisons entre colonisation de milieux anthropisés et sauvages. Au début de l'étude, les espèces du groupe gallinae sont très mal délimitées. Les caractères morphologiques utilisés sont variables au sein de l'espèce, voire de la population, très chevauchants entre espèces. Afin de mieux comprendre les exigences écologiques du développement de D. gallinae et d'appréhender ses voies de dissémination, une investigation comparative basée sur des séquences d'ADN entre espèces du groupe gallinae a été adoptée. Un cheminement d'ordre taxinomique a permis de poser les bases nécessaires. Ensuite, l'exploration de certaines caractéristiques écologiques du groupe gallinae en relation avec sa phylogénie (spécificité d'hôte, flexibilité évolutive) a été menée à bien. Une espèce a été décrite, D. apodis, une lignée de D. gallinae constitue aussi une probable espèce inédite et D. longipes regroupe deux entités. Des différences écologiques marquées entre D. gallinae et les autres espèces semblent résulter non seulement de l'activité humaine, mais aussi de caractéristiques intrinsèques. Aujourd'hui, le rôle des flux commerciaux dans la dispersion de D. gallinae en élevage de pondeuses s'avère primordial, au moins en France, celui des oiseaux sauvages presque nul.

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Haond, Marjorie. "Impact de la capacité de charge de l’environnement sur les dynamiques d’expansions de métapopulation : théories et applications à un système expérimental hôte-parasitoïde." Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019AZUR4017.

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Les équations de réaction-diffusion sont couramment utilisées pour décrire les dynamiques de propagation des populations. Elles permettent notamment de définir deux types de dynamiques : tirée et poussée. La dynamique tirée résulte d'une colonisation menée par les individus en faible effectif situés en bordure de la population, la dynamique poussée résulte d'une colonisation menée par de plus grands effectifs issus du cœur de la population. Les mécanismes biologiques à l'origine des fronts poussés sont encore peu décrits, toutefois, la présence d'un effet Allee (caractérisé par une corrélation positive entre le taux de croissance et la densité de population pour de petits effectifs) est connue pour entraîner une dynamique poussée. D'autres mécanismes générant une dépendance entre la taille de population et la probabilité de colonisation sont également susceptibles de générer des fronts poussés, mais cette généralisation reste à confirmer. Peu de travaux ont abordé les effets de facteurs de l'environnement tels que la capacité de charge sur les vitesses d'expansion des populations. Or, si pour une dynamique tirée, la colonisation des individus à l'avant du front, peu nombreux, ne devrait pas être influencée par la valeur de la capacité de charge du milieu, dans le cas poussé, les individus évoluant à des effectifs plus importants, la capacité de charge pourrait être un facteur limitant de l'expansion. Nous avons donc cherché à décrire (i) les effets de la capacité de charge sur les dynamiques d'expansion des populations notamment au travers du prisme des dynamiques tirées/poussées, et (ii) la diversité des mécanismes démographiques pouvant générer des dynamiques poussées. Pour cela nous avons utilisé des approches de modélisation individu-centrés et de l'expérimentation en microcosme sur des hyménoptères parasitoïdes, les Trichogrammes. Nous avons utilisé une espèce ayant une dispersion densité-dépendante positive entraînant un accroissement de la probabilité individuelle de migrer en grande population menant ainsi à des dynamiques de colonisation possiblement poussées. Grâce à ces deux approches, nous avons étudié dans une première partie l'impact de la capacité de charge sur la vitesse des expansions, permettant de valider nos hypothèses nous amenant à penser que la dépendance de la vitesse d'expansion à la capacité de charge pourrait être un indicateur de la nature poussée/tirée des expansions. Dans une deuxième partie nous avons étudié les phénomènes d'arrêt de colonisation ("Range pinning") décrits pour des populations soumises aux effets Allee et avons chercher à généraliser ce phénomène aux dynamiques poussées en présence de dispersion densité dépendante positive. Dans une troisième partie nous avons étudié comment une répartition hétérogène dans l'espace de différentes capacités de charges allait influencer les dynamiques d'expansions notamment poussées Reaction-diffusion equations are commonly used to describe population propagation dynamics. In particular, they can be used to define two types of dynamics: pulled and pushed. The pulled dynamic results from a colonization led by individuals in small numbers located at the edge of the population, the pushed dynamic results from a colonization led by larger numbers from the core of the population. Biological mechanisms underlying the pushed waves are still poorly described, however, the presence of an Allee effect (characterized by a positive correlation between growth rate and population density for small populations) is known to lead to a pushed dynamic. Other mechanisms generating a dependence between population size and the probability of colonization are also likely to generate pushed waves, but this generalization remains to be confirmed. Few studies have addressed the effects of environmental factors such as carrying capacity on population expansion rates. However, while for a pulled dynamic, the colonization of the few individuals at the front of the wave should not be influenced by the value of the carrying capacity of the environment, in the pushed case, individuals evolving at larger numbers, the carrying capacity could be a limiting factor of the expansion. We have therefore attempted to describe (i) the effects of carrying capacity on population expansion dynamics, particularly through the prism of pulled/pushed dynamics, and (ii) the diversity of demographic mechanisms that can generate high dynamics. For this purpose we used individual-centred modelling approaches and microcosm experimentation on parasitoid hymenoptera, Trichograms. We used a species with a positive density-dependent dispersion resulting in an increase in the individual probability of migrating in large populations, thus leading to potentially high colonization dynamics. Using these two approaches, we first studied the impact of carrying capacity on expansion velocity, validating our hypotheses that the dependence of expansion velocity on carrying capacity could be an indicator of the pushed/puledl nature of expansions. In a second part we studied the phenomena of Range pinning described for populations subjected to Allee effects and we tried to generalize this phenomenon to pushed dynamics in the presence of positive dependent density dispersion. In a third part we studied how a heterogeneous distribution in space of different carrying capacities would influence the dynamics of particularly high expansions

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Remigi, Philippe. "Évolution et fonction de la famille d'effecteurs de type III gala de la bactérie phytopathogène ralstonia solanacearum." Toulouse 3, 2011. http://thesesups.ups-tlse.fr/1585/.

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La bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum possède, parmi son répertoire d'effecteurs de type III, une famille de sept protéines nommées GALA. Les GALA sont collectivement requises pour le pouvoir pathogène de R. Solanacearum sur différentes plantes hôtes. De plus, les GALA sont homologues à des protéines à domaine F-box, impliquées dans le système ubiquitine-protéasome des eucaryotes. Les GALA pourraient donc permettre à la bactérie de manipuler la stabilité de certaines protéines végétales lors de l'infection. Au cours de ce travail, nous avons montré que les membres de la famille GALA ont subi une divergence fonctionnelle au cours de l'évolution. En intégrant des analyses bioinformatiques avec des données expérimentales, nous avons montré que les GALA possédaient des spécificités fonctionnelles, notamment dans leur contribution au pouvoir pathogène sur différents hôtes. Cette divergence fonctionnelle a sans doute permis la conservation de cette famille d'effecteurs dans les différentes souches de R. Solanacearum. Nous avons ensuite analysé la fonction de virulence de GALA7 qui est un facteur de spécificité d'hôte sur Medicago truncatula. Une analyse structure-fonction a été initiée dans le but d'identifier les acides aminés nécessaires à la fonction de cet effecteur au cours de l'infection. En parallèle, l'étude de plantes transgéniques exprimant GALA7 indique que cet effecteur semble posséder une activité E3-ubiquitine ligase dans les cellules végétales. Enfin, des interacteurs potentiels des GALA ont été identifiés lors d'un crible double-hybride chez la levure. Notre travail fournit ainsi de nouvelles perspectives sur les forces sélectives agissant au cours de l'évolution des effecteurs de type III et contribue à une meilleure compréhension de la fonction des GALA lors de l'infection The plant pathogenic bacterium Ralstonia solanacearum possesses a large repertoire of type III effectors, among which a family of seven proteins called GALAs. GALAs are collectively required for the virulence of R. Solanacearum on different host plants. Interestingly, GALAs are homologous to plant F-box proteins which are involved in the eukaryotic ubiquitine-proteasome system. Thus GALAs could enable R. Solanacearum to manipulate the stability of some plant proteins during infection. Through this work, we demonstrated that the GALA family members underwent functional divergence during evolution. Integrating bioinformatics studies along with experimental data, we showed that GALA proteins display functional specificities and show differential requirement for pathogenicity on different hosts. This functional divergence likely contributed to the remarkable conservation of the GALA family among R. Solanacearum strains. We then analyzed more specifically the virulence function of GALA7 which had been shown to be a host specificity factor on Medicago truncatula. A structure-function analysis was initiated in order to identify the amino-acids which are required for GALA7 function during infection. Using transgenic plants expressing GALA7, we showed that this effector is probably an active E3-ubiquitine ligase enzyme within plant cells. Finally, using a yeast two-hybrid screen, we identified several putative GALA interactors. Our work thus provides new insights into the selective forces driving the evolution of type III effectors and contributes to a better understanding of GALA functions during infection

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Bichet, Coraline. "Ecologie évolutive de la malaria aviaire : effets des caractéristiques de l'hôte et de l'environnement." Phd thesis, Université de Bourgogne, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00907956.

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L'étude des interactions hôtes-parasites est devenue un thème de recherche incontournable pour les sciences de l'évolution. Cette coévolution complexe dépend de nombreux compromis évolutifs et peut être grandement influencée par les facteurs environnementaux. Nous nous proposons ici d'étudier les interactions hôtes-parasites à plusieurs échelles, à travers des approches expérimentales et des études en populations naturelles, en étudiant les parasites de la malaria aviaire. Dans un premier temps, nous nous sommes intéressés à l'influence des caractéristiques de l'hôte et notamment au système immunitaire. Le système immunitaire est bénéfique pour l'hôte dans sa lutte contre le parasite, mais peut également engendrer des coûts immunopathologiques. Des traits d'histoire de vie, comme l'âge ou le statut social peuvent modifier la parasitémie au sein des hôtes, sans toutefois avoir d'effet sur la prévalence. Dans un second temps, l'effet de certains facteurs environnementaux a été évalué au sein des interactions hôtes-parasites. La température et la contamination en métaux lourds ont un effet sur la prévalence dans les populations, mais n'affectent pas la parasitémie. Au cours de cette thèse, nous avons également montré l'influence directe des parasites sanguins sur la structure génétique des populations hôtes, notamment au niveau des gènes du CMH.

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