Добірка наукової літератури з теми "Système Psp"

L’émergence et la propagation des bactéries multirésistantes aux antibiotiques est devenue une problématique majeure de santé publique. En particulier, P. aeruginosa fait partie des pathogènes opportunistes humains pour lesquels il devient urgent de développer de nouvelles stratégies thérapeutiques. P. aeruginosa est un germe qui cible préférentiellement les individus dont le système immunitaire est affaibli. Ainsi, les patients atteints de mucoviscidose, d’un cancer, du SIDA, ou hospitalisés sur une longue durée sont des sujets à haut risque d’infection à P. aeruginosa. Chez ces patients, ces infections sont associées à une forte morbidité et mortalité, en raison de la persistance et de la résistance des bactéries colonisant les tissus de l’hôte sous forme de biofilms.Mes travaux de thèse s’inscrivent dans l’objectif de découvrir de nouvelles cibles pour le design de futurs traitements novateurs. Je décris dans ce manuscrit les derniers éléments de caractérisation du système BAC (pour « Biofilm Associated Cluster »), qui nous permettent de l’envisager comme un système Psp original. Ce système est ainsi constitué de 6 protéines codées par l’opéron bacABCDEF. L’expression de cet opéron se ferait en réponse à des stimuli et serait sous la dépendance du facteur sigma σ54 et du système à deux composants Gac/Rsm. La structure de BacA (protéine présentant un domaine DUF2170), nouvellement élucidée, est homologue à celle de protéines chaperonnes du SST3 suggérant que BacA serait impliquée dans la régulation de l’expression de bacABCDEF. La protéine BacB est quant à elle un homologue structural des protéines PspA et Vipp1 supposant que le système BAC serait impliqué dans la protection membranaire sous l’action d’un stress extra-cytoplasmique encore inconnu. La protéine BacD semble être une flotilline, protéine « échafaudage » connue pour résider dans les microdomaines fonctionnels, aussi appelés lipid rafts<br>The emergence and spread of bacteria that are multi-resistant to antibiotics has become a real public health concern. In particular, P. aeruginosa is one of the major human opportunistic pathogens for which it is urgent to develop new therapeutic strategies. P. aeruginosa is a microorganism that preferentially targets immuno-compromised individuals. Thus, patients suffering from cystic fibrosis, cancer, AIDS, or hospitalized for a long period are subjects at high risk of P. aeruginosa infection. In these patients, these infections are associated with high morbidity and mortality, due to the persistence and resistance of bacteria colonizing host tissues most often within biofilms.My thesis work is part of the objective of discovering new targets for the design of future innovative treatments. In this manuscript I describe the latest elements of characterization of the BAC system (for “Biofilm Associated Cluster”), which allow us to consider it as an original Psp system. This system is thus made up of 6 proteins encoded by the bacABCDEF operon. The expression of this operon would occur in response to stimuli and would be dependent on the sigma factor σ54 and the Gac/Rsm two-components system. The structure of BacA (protein presenting a DUF2170 domain), newly elucidated, is homologous to that of T3SS chaperone proteins suggesting that BacA is involved in the regulation of bacABCDEF expression. The BacB protein is a structural homolog of the PspA and Vipp1 proteins, suggesting that the BAC system is involved in membrane protection under the action of a yet unknown extra-cytoplasmic stress. The BacD protein appears to be a flotillin, a “scaffolding” protein known to reside in functional membrane microdomains, also called lipid rafts

Cette thèse porte sur la réplication de données dans les systèmes pair-à-pair (P2P). Elle est motivée par l'importance croissante des applications de collaboration répartie et leurs besoins spécifiques en termes de réplication de données, cohérence de données, passage à l'échelle, et haute disponibilité. En employant comme exemple un Wiki P2P, nous montrons que les besoins de réplication pour les applications collaborative sont : haut niveau d'autonomie, réplication multi-maître, détection et résolution de conflit basé sur sémantique, cohérence éventuelle parmi des répliques, hypothèses faibles de réseau, et indépendance des types de données. Bien que la réplication optimiste adresse la plupart de ces besoins, les solutions existantes sont peu applicables aux réseaux P2P puisqu'elles sont centralisées ou ne tiennent pas compte des limitations de réseau. D'autre part, les solutions existantes de réplication P2P ne répondent pas à toutes ces exigences simultanément. En particulier, aucune d'elles ne fournit la cohérence éventuelle parmi des répliques avec des hypothèses faibles de réseau. Cette thèse vise à fournir une solution de réconciliation fortement disponible et qui passe à l'échelle pour des applications de collaboration P2P en développant un protocole de réconciliation qui assure la cohérence éventuelle parmi des répliques et tient compte des coûts d'accès aux données. Cet objectif est accompli en cinq étapes. D'abord, nous présentons des solutions existantes pour la réplication optimiste et des stratégies de réplication P2P et nous analysons leurs avantages et inconvénients. Cette analyse nous permet d'identifier les fonctionnalités et les propriétés que notre solution doit fournir. Dans une deuxième étape, nous concevons un service de réplication pour le système APPA (en anglais, Atlas Peer-to-Peer Architecture). Troisièmement, nous élaborons un algorithme pour la réconciliation sémantique répartie appelée DSR, qui peut être exécuté dans différents environnements répartis (par ex. grappe, grille, ou P2P). Dans une quatrième étape, nous faisons évoluer DSR en protocole de réconciliation pour des réseaux P2P appelé P2P-reconciler. Finalement, la cinquième étape produit une nouvelle version de P2P-reconciler, appelée P2P-reconciler-TA, qui exploite les réseaux P2P conscients de leur topologie (en anglais, topology-aware) afin d'améliorer les performances de la réconciliation. Nous avons validé nos solutions et évalué leurs performances par l'expérimentation et la simulation. Les résultats ont montré que notre solution de réplication apporte haute disponibilité, excellent passage à l'échelle, avec des performances acceptables et surcharge limitée.

Le but de cette thèse est de contribuer au développement des techniques de localisation et de description de données dans des environnements P2P. Au niveau de la couche application, nous nous concentrons sur l’exploitatoin des sémantiques qui peuvent être capturées à partir des données partagées. Ces sémantiques peuvent améliorer l’efficacité de recherche, ainsi que permettre des requêtes complexes. A cet effet, nous présentons une technique originale d’indexation de données dans les systèmes P2P qui se base sur les résumés linguistiques. Nos résumés sont des vues synthétiques et multidimensionnelles qui supportent la localisation des données pertinentes en se basant sur leur contenu. Plus intéressant, ils fournissent des représentations intelligibles de données, qui peuvent renvoyer des réponses approximatives à des requêtes d’utilisateur. Au niveau de la couche réseau P2P, nous nous concentrons sur l’exploitation des caractéristiques de la topologie, à savoir les caractéristiques de leur regroupement (clustering). Des informations sur le clustering du réseau P2P peuvent être utilisées pour réduire le trafic de réseau produit par le mécanisme de flooding. Ceci permet d’améliorer l’exécution des systèmes P2P, indépendamment de l’emploi des index de données à la couche application, puisque le mécanisme de flooding représente toujours un bloc constitutif fondamental des systèmes non structurés P2P. Dans cette thèse, nous présentons un bref état de l’art sur les systèmes P2P de partage de données P2P et nous nous concentrons sur l’évolution des systèmes simples de partages des fichiers vers des systèmes de gestion des données. En second lieu, nous proposons une solution pour la gestion des résumés de données dans des systèmes P2P. Nous définissons un modèle approprié et des techniques efficaces pour la création et la mise à jour des résumés. Nous discutons également le traitement des requêtes dans le cadre des résumés. Troisièmement, nous proposons une technique de recherche basée sur clustering implémentée au dessus d’un protocole de custering selon la connectivité des noeuds. Nous nous concentrons sur la réduction des messages de requêtes redondants qui surchargent inutilement le système. Nous avons validé nos solutions par la simulation et les résultats montrent une bonne performance<br>The goal of this thesis is to contribute to the development of data localization and summarization techniques in P2P environments. At the application layer, we focus on exploiting the semantics that can be captured from the shared data. These semantics can improve the search efficiency, and allow for more query facilities. To this end, we introduce a novel data indexing technique into P2P systems that relies on linguistic summarization. Our summaries are synthetic, multidimensional views that support locating relevant data based on their content. More interestingly, they provide intelligible data representations which may return approximate answers for user queries. At the P2P network layer, we focus on exploiting the characteristics of the overlay topology, namely its clustering features, in order to reduce the traffic overhead generated by flooding-based mechanisms. This allows to improve the performance of P2P systems, irrespective of the employment of techniques relying on data semantics at the application layer. To this end, we define a cluster-based search technique which is implemented over a connectivity-based clustering protocol. A connectivity-based clustering protocol aims to discover the natural organization of nodes, based on their connectivity. Thus, it delimits the boundaries of non-overlapping subgraphs (i. E. Clusters) which are loosely connected, and in which nodes are highly connected. In this thesis, we first survey P2P data sharing systems. We focus on the evolution from simple file-sharing systems with limited functionalities, to Peer Data Management Systems (PDMSs) that support advanced applications with more sophisticated data management techniques. Second, we propose a solution for managing linguistic summaries in P2P systems. We define an appropriate summary model and efficient techniques for summary creation and maintenance. We also discuss query processing in the context of summaries. Third, we propose a cluster-based search technique on top of existing connectivity-based clustering protocols. We focus on reducing redundant query messages which unnecessarily overload the system. We validated our solutions through simulation and the results show good performance

Les communautés en ligne pair-a-pair (P2P), comme les communautés professionnelles (p. Ex. , médicales ou de recherche) deviennent de plus en plus populaires a cause de l’augmentation des besoins du partage de données. Alors que les environnements P2P offrent des caractéristiques intéressantes (p. Ex. , passage a l’échelle, disponibilité, dynamicité), leurs garanties en termes de protection des données sensibles sont limitées. Ils peuvent être considérés comme hostiles car les données publiées peuvent être consultées par tous les pairs (potentiellement malicieux) et utilisées pour tout (p. Ex. , pour le commerce illicite ou tout simplement pour des activités contre les préférences personnelles ou éthiques du propriétaire des données). Cette thèse propose un service qui permet le partage de données sensibles dans les systèmes P2P, tout en assurant leur confidentialité. La première contribution est l’analyse des techniques existant pour la confidentialité de données dans les architectures P2P. La deuxième contribution est un modèle de confidentialité, nomme PriMod, qui permet aux propriétaires de données de spécifier leurs préférences de confidentialité dans de politiques de confidentialité et d’attacher ces politiques a leurs données sensibles. La troisième contribution est le développement de PriServ, un service de confidentialité, base sur une DHT qui met en oeuvre PriMod afin de prévenir la violation de la confidentialité de données. Entre autres, PriServ utilise de techniques de confiance pour prédire le comportement des pairs<br>Online peer-to-peer (P2P) communities such as professional ones (e. G. , medical or research communities) are becoming popular due to increasing needs on data sharing. P2P environments offer valuable characteristics but limited guarantees when sharing sensitive data. They can be considered as hostile because data can be accessed by everyone (by potentially malicious peers) and used for everything (e. G. , for marketing or for activities against the owner’s preferences or ethics). This thesis proposes a privacy service that allows sharing sensitive data in P2P systems while protecting their privacy. The first contribution consists on analyzing existing techniques for data privacy in P2P architectures. The second contribution is a privacy model for P2P systems named PriMod which allows data owners to specify their privacy preferences in privacy policies and to associate them with their data. The third contribution is the development of PriServ, a privacy service located on top of DHT-based P2P systems which implements PriMod to prevent data privacy violations. Among others, PriServ uses trust techniques to predict peers behavior

<p>The ever increasing demand for video content directed the focus of researchfrom traditional server-based schemes to peer-to-peer systems for videodelivery. In such systems, video data is delivered to the users by utilizing theresources of the users themselves, leading to a potentially scalable solution.Users connect to each other, forming a p2p overlay network on top of theInternet and exchange the video segments among themselves. The performanceof a p2p system is characterized by its capability to deliver the videocontent to all peers without errors and with the smallest possible delay. Thisconstitutes a challenge since peers dynamically join and leave the overlay andalso contribute different amounts of resources to the system.The contribution of this thesis lies in two areas. The first area is theperformance evaluation of the most prominent p2p streaming architectures.We study the streaming quality in multiple-tree-based systems. We derivemodels to evaluate the stability of a multiple tree overlay in dynamic scenariosand the efficiency of the data distribution over the multiple trees. Then, westudy the data propagation in mesh-based overlays. We develop a generalframework for the evaluation of forwarding algorithms in such overlays anduse this framework to evaluate the performance of four different algorithms.The second area of the thesis is a study of streaming in heterogeneous p2poverlays. The streaming quality depends on the aggregate resources that peerscontribute to the system: low average contribution leads to low streamingquality. Therefore, maintaining high streaming quality requires mechanismsthat either prohibit non-contributing peers or encourage contribution. In thisthesis we investigate both approaches. For the former, we derive a model tocapture the evolution of available capacity in an overlay and propose simpleadmission control mechanisms to avoid capacity drainage. For the latter, inour last work, we propose a novel incentive mechanism that maximizes thestreaming quality in an overlay by encouraging highly contributing peers tooffer more of their resources.</p><br>QC 20100506

Les communautés en ligne pair-a-pair (P2P), comme les communautés professionnelles (p. ex., médicales ou de recherche) deviennent de plus en plus populaires a cause de l'augmentation des besoins du partage de données. Alors que les environnements P2P offrent des caractéristiques intéressantes (p. ex., passage a l'échelle, disponibilité, dynamicité), leurs garanties en termes de protection des données sensibles sont limitées. Ils peuvent être considérés comme hostiles car les données publiées peuvent être consultées par tous les pairs (potentiellement malicieux) et utilisées pour tout (p. ex., pour le commerce illicite ou tout simplement pour des activités contre les préférences personnelles ou éthiques du propriétaire des données). Cette thèse propose un service qui permet le partage de données sensibles dans les systèmes P2P, tout en assurant leur confidentialité. La première contribution est l'analyse des techniques existant pour la confidentialité de données dans les architectures P2P. La deuxième contribution est un modèle de confidentialité, nommé PriMod, qui permet aux propriétaires de données de spécifier leurs préférences de confidentialité dans de politiques de confidentialité et d'attacher ces politiques a leurs données sensibles. La troisième contribution est le développement de PriServ, un service de confidentialité, basé sur une DHT qui met en oeuvre PriMod afin de prévenir la violation de la confidentialité de données. Entre autres, PriServ utilise de techniques de confiance pour prédire le comportement des pairs.