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Дисертації з теми "Système CRISPR"
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Garneau, Josiane. "Caractérisation du système CRISPR-CAS chez Streptococcus thermophilus." Thesis, Université Laval, 2009. http://www.theses.ulaval.ca/2009/26441/26441.pdf.
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Parrot, Camila. "Création d'un système rapporteur pour l'étude de mutations de p53." Thesis, Bordeaux, 2016. http://www.theses.fr/2016BORD0198.
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Le cancer est responsable de plus de 15% des décès. L’activation d’oncogènes et l’inactivation de gènes suppresseurs de tumeur contribuent à la transformation des cellules. Dans 50% des cas de cancers le gène TP53 est muté. C’est pourquoi comprendre les conséquences de ces mutations est indispensable pour développer des tests permettant de cibler p53 dans le cadre de thérapies. Dans cette étude nous avons utilisé la nouvelle technique de modification de génomes, CRISPR-Cas9. Cette technique a été utilisée dans le but d’introduire des mutations spécifiques de TP53 dans le génome de fibroblastes non tumoraux. Nous avons alors analysé les effets de ces mutations au niveau transcriptionnel et protéomique. Ces analyses aideront à identifier les effets spécifiques de chaque mutation de p53. Ces résultats seront utilisés pour établir des lignées cellulaires permettant de cribler et d’identifier des composés capables de restaurer la fonction sauvage de p53Cancer is responsible for more than 15% of human deaths. Activation of oncogenes and inactivation of tumor suppressor genes contribute to malignant transformation of cells. Mutations of the tumor suppressor gene TP53 are observed in about 50% of human cancers. Therefore, it is of high interest to understand functional consequences of TP53 mutations in order to develop biological tests that allow targeting mutant p53 for oncotherapy. In this study we use CRISPR-Cas9, the latest genome editing technique, for introducing specific TP53 mutations into the genome of a non-tumoral fibroblast cell line. We analyze the effects of p53 mutations at the transcriptomic and proteomic level. These analyses will help identifying gene- and pathway-specific effects of distinct p53 mutations. These results will be used for establishing cell lines that allow high throughput screening, in order to discover new chemical compounds that are able to restore crucial functions of mutant p53 proteins
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Prat, Florence. "Les solutions pour prévenir de la génotoxicité du système CRISPR-Cas9." Thesis, Bordeaux, 2020. http://www.theses.fr/2020BORD0322.
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Le système CRISPR-Cas9 a révolutionné le monde de la génétique. Il est aujourd’hui utilisé dans de nombreux domaines de recherches comme la médecine, l’agronomie, l’environnement etc. Il commence également à être utilisé en clinique. Cependant, depuis quelques années, de plus en plus d’études soulignent les risques génotoxiques de la nucléase Cas9. Alors que les premières études s’intéressaient au manque de spécificité et aux risques hors cibles du système et que des solutions ont été apportées, les nouvelles constatations pointent du doigt les risques de génotoxicité au locus ciblé. En effet, des risques d’apparition d’insertions/délétions non voulue au locus lors d’expériences d’HDR, d’inversion de séquences, de larges délétions chromosomiques terminales ont été décrits. Le travail de thèse présenté ici a pour but de trouver des solutions contre ces évènements génotoxiques au locus ciblé. Dans un premier temps, nous avons développé des solutions dans les lignées cellulaires, et les cellules souches hématopoïétiques en développant le système nickase, puis nous nous sommes intéressés aux cellules humaines pluripotentes induites avec l’utilisation d’un guide allèle-spécifique. Enfin, nous avons mis au point un système sensible de détection des risques génotoxiques dans des cellules diploïdes immortalisées afin de mieux les caractériser. Bien que très efficace, CRISPR-Cas9 nucléase reste un outil à optimiser. Des contrôles qualités doivent être mis en place pour une utilisation correcte de ce nouvel outil révolutionnaire pour la biologie et ses limites doivent être connues pour mieux les maitriserCRISPR-Cas9 system has revolutionized genetic world. Nowadays, it is used in various research domains as medicine, agronomy, environment… It is also involved in clinic. However, for a few years, more and more studies have underlined the Cas9 genotoxicity risks. As the first studies focused on the system lack of specificity and on its off-target risks, solutions were brought. Now, new ascertainments emphasize the on-target genotoxic risks. Indeed, non-desired insertions / deletions at the locus in HDR experiments, sequence inversions, large chromosomic truncations were described. The thesis work presented here, aims at finding solutions against these on-target genotoxic risks. In a first time, we have developed solutions in cell lines and hematopoietic stem cells with the nickase system development, and then we have focused on human induced pluripotent stem cells with the use of an allele-specific guide. Finally, we have worked out in sensitive detection genotoxic risks system in immortalized diploid cells to characterized them better. Quality controls must be set up to a correct use of this new biologic revolutionary tool and its limits must be known to controlled them better
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Maikova, Anna. "The CRISPR-Cas system of human pathogen Clostridium difficile : function and regulation." Thesis, Université de Paris (2019-....), 2019. http://www.theses.fr/2019UNIP7091.
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Clostridium difficile (nouveau nom Clostridioides difficile) est une bactérie à Gram-positif, sporulante, anaérobie stricte, présente dans le sol et les environnements aquatiques, ainsi que dans le tractus intestinal des mammifères. C. difficile est l’un des principaux clostridies pathogènes. Cette bactérie est devenue un vrai problème de santé publique associé à l'antibiothérapie dans les pays industrialisés. La diarrhée associée à C. difficile est actuellement la diarrhée nosocomiale la plus fréquente en Europe et dans le monde. Depuis la dernière décennie, la proportion de formes d’infections graves a augmentée en raison de l’émergence des souches hypervirulantes et épidémiques comme la souche R20291 de ribotype 027. L’infection à C. difficile provoque la diarrhée, la colite et même la mort. De nombreux aspects de la pathogenèse de C. difficile restent mal compris. En particulier, les mécanismes moléculaires de son adaptation aux conditions changeantes de l'hôte doivent être examinés.Durant le cycle d'infection, C. difficile survit dans des communautés intestinales riches en bactériophages, en utilisant des systèmes qui contrôlent les échanges génétiques favorisés dans ces environnements complexes. Au cours de la dernière décennie, les systèmes CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas (associés aux CRISPR) d'immunité adaptative chez les procaryotes contre des éléments génétiques exogènes sont devenus le centre d'intérêt scientifique parmi les divers systèmes de défense bactérienne.Des études antérieures ont révélé la présence d'ARN CRISPR abondants chez C. difficile. Cette bactérie possède un système CRISPR original, caractérisé par la présence d'un grand nombre de cassettes CRISPR (12 dans la souche 630 et 9 dans la souche hypervirulante R20291), de deux ou trois opérons cas conservés dans la majorité des génomes séquencés de C. difficile et la localisation au sein des prophages de plusieurs cassettes CRISPR. Cependant, le rôle de CRISPR-Cas dans la physiologie et le cycle infectieux de cet important pathogène reste obscur.Les objectifs de ce travail sont les suivants:1) étudier le rôle et la fonctionnalité du système CRISPR-Cas de C. difficile dans les interactions avec des éléments d'ADN étrangers (tels que les plasmides), 2) révéler la manière dont le système CRISPR-Cas de C. difficile est régulé et fonctionne dans des conditions de culture bactérienne différentes, incluant la réponse aux stress.Dans la présente thèse, la fonctionnalité du système CRISPR-Cas de C. difficile a été étudiée (chapitre 2). Grâce à des tests d'efficacité de conjugaison, la fonction défensive (en interférence) du système CRISPR-Cas a été démontrée. La corrélation entre les niveaux d'expression des ARN CRISPR et les niveaux d'interférence observés a également été montrée. De plus, grâce à la série d’expériences d’interférence, la fonctionnalité des motifs PAM (protospacer adjacent motifs) a été confirmée en accord avec des prédictions in silico. Le consensus fonctionnel de PAM a été déterminé expérimentalement avec les bibliothèques des plasmides. La fonction adaptative du système CRISPR-Cas de C. difficile a été également démontrée pour la souche de laboratoire. Le rôle de plusieurs opérons cas dans la fonctionnalité du système CRISPR de C. difficile est démontré aussi dans ce chapitre.Le chapitre 3 montre le lien entre le système CRISPR-Cas et un nouveau système toxine-antitoxine de type I, ainsi que leur possible co-régulation dans des conditions de biofilm et de stress. Ce chapitre définit également le rôle possible du c-di-GMP dans la régulation du système CRISPR-Cas de C. difficile. De plus, le chapitre 4 décrit l'utilisation du système CRISPR-Cas endogène comme nouvel outil pour la rédaction du génome de C. difficile.En conclusion, les données obtenues mettent en évidence les caractéristiques originales du système CRISPR-Cas actif de C. difficile et démontrent son potentiel biotechnologiqueClostridium difficile (the novel name – Clostridioides difficile) is a Gram-positive, strictly anaerobic spore forming bacterium, found in soil and aquatic environments as well as in mammalian intestinal tracts. C. difficile is one of the major pathogenic clostridia. This bacterium has become a key public health issue associated with antibiotic therapy in industrialized countries. C. difficile-associated diarrhoea is currently the most frequently occurring nosocomial diarrhoea in Europe and worldwide. Since the last decade the number of severe infection forms has been rising due to emergence of the hypervirulent and epidemic strains as ribotype 027 R20291 strain. C. difficile infection causes diarrhoea, colitis and even death. Many aspects of C. difficile pathogenesis remain poorly understood. Particularly, the molecular mechanisms of its adaptation to changing conditions inside the host are to be scrutinized. During the infection cycle C. difficile survives in bacteriophage-rich gut communities possibly by relying on some special systems that control the genetic exchanges favored within these complex environments. During the last decade, CRISPR (clustered regularly interspaced short palindromic repeats)-Cas (CRISPR-associated) systems of adaptive prokaryotic immunity against exogenic genetic elements has become the center of interest among various anti-invader bacterial defense systems.Previous studies revealed the presence of abundant and diverse CRISPR RNAs in C. difficile. C. difficile has an original CRISPR system, which is characterized by the presence of an unusually large set of CRISPR arrays (12 arrays in the laboratory 630 strain and 9 ones in the hypervirulent R20291 strain), of two or three sets of cas genes conserved in the majority of sequenced C. difficile genomes and the prophage location of several CRISPR arrays. However, the role CRISPR-Cas plays in the physiology and infectious cycle of this important pathogen remains obscure.The general aims of this work run as follows: 1) to investigate the role and the functionality of C. difficile CRISPR-Cas system in the interactions with foreign DNA elements (such as plasmids), 2) to reveal the way C. difficile CRISPR-Cas system expression is regulated and functions in different states of bacterial culture, including its response to stresses. In the present PhD thesis the functionality of C. difficile CRISPR-Cas system was investigated (Chapter 2). Through conjugation efficiency assays defensive function (in interference) of C. difficile CRISPR-Cas system was demonstrated. The correlation between the previously known levels of expression of CRISPR RNAs and the observed levels of interference has also been shown. Moreover, through the series of interference experiments the functionality of PAMs (protospacer adjacent motifs) was confirmed, which have already been predicted in silico. Additionally, the general functional PAM consensus was determined using PAM libraries experiments. Furthermore, an adaptive function of C. difficile CRISPR-Cas system was shown for laboratory strain. The role of multiple cas operons in C. difficile CRISPR functionality is also demonstrated in this Chapter.In Chapter 3 the link between C. difficile CRISPR-Cas system and a new type I toxin-antitoxin system is demonstrated, as well as a possible co-regulation under biofilm and stress conditions of CRISPR-Cas system and these toxin-antitoxin modules. This Chapter also defines a possible role of c-di-GMP in regulation of C. difficile CRISPR-Cas system. Additionally, Chapter 4 describes the utilization of endogenous C. difficile CRISPR-Cas system as a novel tool for genome editing in C. difficile. Altogether, the obtained data highlight the original features of active C. difficile CRISPR-Cas system and demonstrate its biotechnological potential
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Sollelis, Lauriane. "Dynamique de la réplication de l’ADN et complexe pré-réplicatif chez Leishmania sp.. : apport du système CRISPR/Cas9." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT062/document.
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Leishmania est un parasite eucaryote divergent responsable d’un large spectre de maladies à travers le monde. Ce parasite est caractérisé par une aneuploïdie mosaïque, constitutive, c’est-à-dire qu’au sein d’une population chaque cellule comporte une combinaison unique de mono-, di- et trisomies de chacun de ses 36 chromosomes. L’aneuploïdie mosaïque est générée et maintenue chez les générations suivantes grâce à un taux élevé de répartition asymétrique des chromosomes lors de la mitose, entrainant le gain ou la perte de chromosomes entiers. Ceci implique une régulation non-conventionnelle de la réplication, suivie d’une ségrégation permissive des chromosomes.L’objectif général de cette étude était de comprendre la dynamique de la réplication de l’ADN ainsi que de cartographier les sites d’initiation de la réplication chez Leishmania, en utilisant la technique du peignage moléculaire d’une part et celle du ChIP-seq d’une autre part. Nous avons ainsi pu caractériser les différents paramètres de progression de la fourche de réplication. Un des résultats majeurs qui ressort de cette étude est que Leishmania possède les plus grandes distances inter-origines et la plus grande vitesse de réplication parmi les autres eucaryotes déjà étudiés. Nous avons également pu estimer que le génome de Leishmania possède environ 168 origines de réplication. Afin d’étudier les acteurs impliqués dans la réplication de l’ADN chez Leishmania, nous avons développé l’outil génétique CRISPR/Cas9. Pour développer cet outil, nous avons basé notre approche sur une stratégie à deux vecteurs : l’un permet l’expression du single guide (sg)RNA et l’autre celle de l’endonucléase Cas9. La validation de cet outil génétique a été réalisée par le knock-out du locus PFR2 codant une protéine flagellaire. Dans un second temps, nous avons fait évoluer le CRISPR/Cas9 vers un système inductible pour réaliser les knock-out et des étiquetages au locus endogène de protéines d’intérêt. Nous avons utilisé ce nouveau système pour étudier la fonction de deux protéines potentiellement impliquées dans le complexe de reconnaissance des origines de réplication. Malgré une fuite du système, nous avons pu réaliser le KO des gènes Orc1b et Orc1/Cdc6 et suivre la progression du cycle cellulaire. Nous avons pu constater que la perte de ces gènes conduisait à un défaut de croissance ainsi qu’à l’apparition de cellules sans noyau. L’insertion d’une étiquette au locus endogène d’Orc1b nous a parmi de confirmer la localisation que nous avions obtenue avec une construction épisomale et va permettre d’étudier plus précisément le rôle de cette protéine.En conclusion, nous avons mis en évidence des paramètres de réplication originaux et démontré, en utilisant le CRISPR/Cas9, que les protéines Orc1b et Ocr1/Cdc6 étaient impliquées dans la duplication du noyau de Leishmania, ce qui est en accord avec leur rôle putatif dans la réplication de l’ADNLeishmania, a protozoan parasite which causes a large range of diseases worldwide, is characterized by a constitutive 'mosaic aneuploidy', i.e. each cell in a population possesses a unique combination of mono-, di- and trisomies for each of its 36 heterologous chromosomes. Mosaic aneuploidy is generated and maintained via high rates of asymmetric chromosomal allotments during mitosis, leading to the gain or loss of whole chromosomes. This implies an unconventional regulation of the replication, followed by a permissive segregation.The main objective of this study was to unravel DNA replication dynamics and to map the replication initiation sites in Leishmania using DNA combing and ChIP-seq analyses. First, we have characterized DNA replication fork parameters. One of the major findings of this study was that Leishmania exhibits the fastest replication speed and the largest interorigin distances among the eukaryotes tested so far. We have also estimated that the Leishmania major genome possesses 168 origins of replication.To study the actors involved in DNA replication, we first had to develop novel genetic tools. The CRISPR/Cas9 (clustered regularly interspaced short palindromic repeats and CRISPR associated endonuclease 9) system is a recently discovered powerful technique for genome editing. In order to adapt this system to Leishmania, we have chosen a two-plasmid strategy: one for the expression of the single guide (sg) RNA and a second for the expression of the endonuclease CAS9. The proof of concept has been based on the disruption of the paraflagellar rod-2 (PFR2) loci by the CRISPR-Cas9 system. In a second attempt, we have developed an inducible CRISPR-Cas9 system, both to obtain knock outs and to perform marker-free endogenous gene tagging. We used the system to investigate the function of Origin Recognition Complex proteins. Although the system was leaky, the genome was edited as expected. We thus deleted Orc1b and Orc1/Cdc6 and monitored the cell cycle progression of the parasite. We found that the depletion of these nuclear proteins lead to a growth defect and to the appearance of zoids (anucleated cells). The endogenous tagging of Orc1b confirmed the localization previously obtained using an episomal expression vector, and will allow further investigation on the role of this protein.In total, we have shown the presence of original replication dynamics parameters in Leishmania, and using CRISPR Cas9, we have demonstrated that Orc1b and Orc1/Cdc6 are involved in the nuclear duplication of Leishmania, in agreement with their putative in DNA replication
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Djermoun, Sarah. "Le plasmide RP4 : de son utilisation comme outil antibactérien à l’étude de sa dynamique de transfert au sein de biofilm bactérien." Electronic Thesis or Diss., Lyon 1, 2023. http://www.theses.fr/2023LYO10080.
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L’étude de la dynamique de conjugaison des plasmides conjugatifs chez les bactéries Gram-négatif est la thématique centrale de recherche de notre laboratoire et autour de laquelle s’est articulé mon projet de thèse. Mes travaux de recherche ont eu pour but d’apporter de véritables connaissances sur l’étendue et l’impact de la conjugaison dans les communautés bactériennes. Le biofilm est largement considéré par la communauté scientifique comme un hotspot favorisant le transfert de gènes principalement en raison des contacts cellulaires propices qui existent dans sa structure. Or, les seules études qui ont essayé de démontrer expérimentalement que le biofilm permet d’augmenter les transferts par conjugaison n’apportent aucunes données claires sur la dynamique de ces transferts qui ont lieu dans le biofilm et comment celui-ci impacte ces transferts. L’approche que nous avons utilisée pour étudier la dynamique de conjugaison dans le biofilm repose sur un projet collaboratif entre notre laboratoire et celui du Dr Knut Drescher, basé au Biozentrum de Bâle en Suisse. Cette collaboration a permis de déployer des techniques de microscopie à fluorescence innovantes développées par nos deux laboratoires et jusqu’ici jamais utilisées dans le contexte de l’étude de la conjugaison dans le biofilm.Nous nous sommes centrés sur le plasmide RP4 qui est un plasmide conjugatif de type IncP. Retrouvé au sein de nombreux environnements naturels, il a été le modèle plasmidique principal des études qui se sont intéressées à la conjugaison dans le biofilm, et il a été largement exploité comme outil génétique par la communauté scientifique. Malgré le fait qu’il ait été très utilisé, les mécanismes de transferts du plasmide RP4 sont très peu décrits. Le plasmide RP4 s’est donc révélé comme un modèle d’étude de la conjugaison très pertinent que nous avons utilisé à la fois dans un aspect biotechnologique pour élargir le spectre d’hôte des systèmes antibactériens TAPs et à la fois dans un aspect fondamental pour étudier sa dynamique de conjugaison, que ce soit au sein d’une population E. coli cultivées en 2D et au sein d’une population E. coli structurées en biofilm 3D.Durant mes travaux de thèse, j’ai donc exploité le plasmide RP4 pour véhiculer des systèmes CRISPR antibactériens chez diverses espèces bactériennes phylogénétiquement éloignées. J’ai apporté les premières images en temps réel du transfert du plasmide RP4 en 2D et de nouvelles données très intéressantes sur la chronologie de conversion de l’ADN en double brin dans la receveuse. Enfin, une approche totalement innovante a permis d’étudier la dynamique de conjugaison du plasmide RP4 dans le biofilm. Ces résultats constituent finalement la première étude qui décrit réellement comment la conjugaison a lieu dans le biofilm et qui va au-delà en termes de compréhension sur cette dynamique grâce à l’approche 2D que nous avions mis en place. Nous démontrons que biofilm n’est pas un hotspot pour le transfert du plasmide RP4 et que les facteurs de la matrice EPS qui compose sa structure n’empêchent pas la dissémination du plasmide. Mais qu’il s’agit plutôt du stade de développement du biofilm qui va rendre possible l’accessibilité des donneurs à l’attachement aux zones de contact avec la surface, à proximité des cellules receveusesThe study of conjugation dynamics of conjugative plasmids in Gram-negative bacteria is the central research theme of our laboratory and around which my thesis project was built. The aim of my research was to provide real knowledge on the extent and impact of conjugation in bacterial communities. The biofilm is widely considered by the scientific community as a hotspot for gene transfer mainly because of the favorable cell contacts that exist in its structure. However, the only studies that have attempted to demonstrate experimentally that biofilms increase gene transfer by conjugation do not provide clear data on the dynamics of these transfers that take place in the biofilm and how the biofilm impacts these transfers. The approach we used to study the dynamics of conjugation in biofilm is based on a collaborative project between our laboratory and that of Dr. Knut Drescher, based at the Biozentrum in Basel, Switzerland. This collaboration allowed us to deploy innovative fluorescence microscopy techniques developed by our two laboratories and never used before in the context of the study of conjugation in biofilm.We focused on the RP4 plasmid which is an IncP conjugative plasmid. Found within many natural environments, it has been the primary plasmid model for studies that have focused on conjugation in the biofilm, and has been widely exploited as a genetic tool by the scientific community. Despite the fact that it has been widely used, the transfer mechanisms of the RP4 plasmid are very poorly described. The RP4 plasmid has thus proven to be a very relevant model for studying conjugation that we have used both in a biotechnological aspect to broaden the host spectrum of antibacterial TAPs systems and in a fundamental aspect to study its conjugation dynamics, both within a 2D cultured E. coli population and within a 3D biofilm structured E. coli population.During my thesis work, I therefore exploited the RP4 plasmid to carry antibacterial CRISPR systems in various phylogenetically distant bacterial species. I provided the first real-time images of the RP4 plasmid transfer in 2D and very interesting new data on the timing of DNA double-strand conversion in the recipient. Finally, a totally innovative approach allowed to study the conjugation dynamics of the RP4 plasmid in the biofilm. These results finally constitute the first study that really describes how conjugation takes place in the biofilm and that goes beyond in terms of understanding this dynamic thanks to the 2D approach that we had set up. We demonstrate that biofilm is not a hotspot for the transfer of the RP4 plasmid and that the factors of the EPS matrix that compose its structure do not prevent the dissemination of the plasmid. Rather, it is the stage of biofilm development that makes it possible for the donors to attach to the surface contact areas near the recipient cells
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Renaud, Ariane. "L'utilisation du système CRISPR-Cas9 pour l'étude des protéines non structurales du bactériophage 2972 infectant Streptococcus thermophilus." Master's thesis, Université Laval, 2019. http://hdl.handle.net/20.500.11794/67934.
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Les bactériophages sont des maîtres manipulateurs, prenant le contrôle complet d'une cellule bactérienne, contournant les systèmes de défense et détournant la machinerie de transcription et de traduction du génome bactérien pour la réplication virale. Les grandes étapes de la multiplication des phages sont connues, pourtant les mécanismes intrinsèques de cette prise de contrôle restent un mystère bien préservé. Malgré la petite taille et la simplicité relative des génomes de phages, seuls les gènes associés à la structure des virions sont amplement caractérisés. Toutefois, les protéines non structurales qui sont susceptibles d'être responsables de la prise de contrôle sont rarement étudiées. C'est effectivement le cas pour le phage modèle 2972, infectant la souche Streptococcus thermophilus DGCC7710 largement utilisée en industrie laitière. Son génome code pour 44 protéines putatives, dont 14 protéines sont classées comme étant non structurales et dont aucune fonction n'est encore associée. Lors de ce projet de maîtrise, le système CRISPR-Cas de type II-A, naturellement présent chez S. thermophilus, a été utilisé à des fins d'édition du génome de ce phage pour étudier le rôle des protéines non structurales. Ce système est idéal pour les manipulations génétiques des phages virulents généralement complexes à modifier. Ainsi, une connaissance approfondie des interactions entre le phage et son hôte sera un outil indispensable pour développer de meilleures méthodes de contrôle des phages en industrie laitière.Bacterial viruses are master manipulators of bacterial cells. They are able to take complete control of a bacterium, bypassing bacterial immune systems, hijacking core transcription and translation machinery, and typically resulting in lysis of the host. Although the major steps of phage replication are well understood, very little is known about the mechanisms of the host-cell takeover. Despite phages having relatively small and 'simple' genomes, generally only the structural proteins have been well characterized. In contrast, non-structural proteins, which include those involved in host cell takeover, tend to be completely uncharacterized. This is certainly the case for the model of Streptococcus thermophilus phages, 2972, which infects the strain DGCC7710 widely used by the dairy industry. Its genome encodes for 44 putative proteins, 14 of which are non-structural and have no known function. In this master thesis, the type II-A CRISPR-Cas system naturally present in S. thermophilus was used for genome engineering purposes to investigate the role of non-structural proteins of phage 2972. This natural bacterial immune system provides an ideal means for genetic manipulation of virulent phages, which are otherwise intractable. This could lead to potentially valuable discoveries allowing us to further fine-tune the bacteria used in various biological processes.
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Di, Donato Vincenzo. "Axonal target specificity in the CRISPR/Cas9 era : a new role for Reelin in vertebrate visual sytem development." Thesis, Paris 6, 2016. http://www.theses.fr/2016PA066409/document.
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Les connexions neuronales du système visuel forment des synapses spatialement distribuées en couches discrètes. Comprendre la base du ciblage spécifique axonale est critique pour déchiffrer la formation des réseaux neuronaux complexes. Dans une première étude, nous avons investigué le rôle de la protéine de la matrice extracellulaire Reelin dans la formation in vivo du circuit rétinotectal chez le poisson zèbre. Ce circuit se compose de cellules ganglionnaires de la rétine (CGRs) transmettant l’information visuelle au cerveau via la projection de leur axone dans les différentes couches du tectum optique. Nous avons démontré que la Reelin secrétée par de neurones inhibiteurs localisés dans les couches supérieures du tectum optique forme un gradient. L’induction de mutations délétères dans la voie de signalisation canonicale de la Reelin à l’aide d’outils génétiques a conduit à des défauts de ciblage des axones de CGRs. Nos résultats démontrent un nouveau rôle de la Reelin lors du développement du système visuel et la décrivent comme signature moléculaire nécessaire au ciblage et au positionnement précis des axones de CGRs.Dans une seconde étude, nous avons utilisé la technique CRISPR/Cas9 pour développer une nouvelle approche de mutagénèse conditionnelle chez le poisson zèbre. Nos résultats démontrent que la perturbation de gènes dans des tissues spécifiques peut être effectué par l’induction de l’expression de la protéine Cas9 via le système Gal4/UAS. Nous avons établis un outil pour induire l’apparition de mutations délétères dans des clones de cellules mais aussi dans des cellules individuelles, tous pouvant être suivit distinctement grâce à un marquage génétiqueNeuronal connections in the visual system are arranged in synaptic laminae. Understanding the basis of lamina-specific axonal targeting is critical to gain deeper insights on how complex neural networks form. In a first study we investigated the role of the ECM protein Reelin during zebrafish retinotectal circuit formation in vivo. Here retinal ganglion cells (RGCs) convey the visual information to the brain by projecting their axons to different layers of the optic tectum. We demonstrated that Reelin secreted by a specific class of tectal superficial inhibitory neurons is spatially distributed in a superficial-to-deep gradient within the tectal neuropil. Induced gene disruption for all the components of the canonical Reelin pathway expressed in the retinotectal system resulted in aberrant layering of RGC axons suggesting a role for Reelin pathway in axonal sublaminar segregation. Altogether our findings elucidate a new role for Reelin in vertebrate visual system development, during which it acts as molecular cue by imparting positional information for ingrowing RGCs.In a second study we took advantage of the CRISPR/Cas9 technology to develop a novel approach for conditional mutagenesis in zebrafish. Our results provide evidence that tissue-specific gene disruption can be achieved by driving Cas9 expression with the Gal4/UAS system. We established a tool to induce loss-of-function mutations in cell clones or single cells that can be followed by genetic labeling, enabling their phenotypic analysis. Our technique has the potential to be applied to a wide-range of model organisms, allowing systematic mutagenesis and labeling on a genome-wide scale
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Guyon, Antoine. "Insertion d’une mutation protectrice pour la maladie d’Alzheimer dans le gène de la protéine précurseur de l’amyloïde via le système CRISPR/Cas9." Doctoral thesis, Université Laval, 2021. http://hdl.handle.net/20.500.11794/68776.
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La maladie d’Alzheimer est la plus commune des formes de démence qui touche presque cinquante millions de personnes dans le monde. Les symptômes les plus fréquents sont la perte de mémoire, la difficulté à planifier des tâches et des confusions temporelles et spatiales. Il n’existe à ce jour aucun traitement pour cette maladie. La protéine précurseur de l’amyloïde (APP) est habituellement coupée par l’enzyme alpha-sécrétase, cependant une coupure anormale par la bêta-sécrétase conduit à la formation de peptides bêta-amyloïdes, qui forment des agrégats s’accumulant sous forme de plaques dans le cerveau des patients Alzheimer. De nombreuses mutations du gène APP sont à l’origine de changements dans la séquence d’acides aminés de la protéine, responsable d’une accumulation accrue de plaques. Ces mutations sont appelées formes familiales de la maladie d’Alzheimer ou FAD (Familial Alzheimer’s disease). Cependant il a été découvert qu’une forme de FAD d’APP (mutation islandaise A673T) présente dans une population d’Europe nordique, différant d’une seule paire de bases du gène normal dans l’exon 16, modifiant une alanine de la protéine en thréonine qui réduit de 40% sa coupure par la bêta-sécrétase. La découverte de la technologie CRISPR/Cas9 ouvre de nouvelles perspectives pour le développement de traitements préventifs ou curatifs des maladies génétiques et dans notre cas Alzheimer. L’endonucléase Cas9 peut couper l’ADN double brin du génome en étant guidée par un ARNg et en reconnaissant une séquence cible « protospacer » suivie d’un PAM (protospacer adjacent motif). Depuis 2016, une optimisation du système CRISPR appelée édition de base permet maintenant de modifier de façon très précise la base cytidine enthymine et les guanines en adénines sur le brin opposé de l’ADN. Le premier article de cette thèse vise à démontrer que l’ajout de la forme FAD A673Ten codominance avec une autre forme pathologique provoque ou non des répercussions bénéfiques sur la sécrétion de peptides amyloïde-beta. Les expériences ont été réalisées avec des plasmides, permettant de visualiser un effet maximum de la mutation A673T. Il était important de déterminer si cette mutation était protectrice en codominance pour assurer une approche thérapeutique la plus polyvalente possible. Nous avons confirmé cet effet bénéfique sur une majorité de formes FAD et en particulier sur la mutation London V717I.Le deuxième article de cette thèse traite de l’introduction de la mutation A673T par un système dérivé de CRISPR/Cas9, l’édition de base. Plusieurs modèles d’éditeurs de base ont été comparés et optimisés dans le but d’obtenir une modification du génome aussi efficace et précise que possible. Un candidat a été sélectionné après des tests sur cellules modèles HEK 293T et neuroblastomes SH-SY5Y.La troisième partie de ce manuscrit présente les résultats obtenus lors de l’insertion de cet éditeur de base dans des vecteurs viraux dans le but d’infecter des modèles de neurones humains et murins présentant des formes FAD. L’ensemble de cette démarche a permis d’ouvrir une nouvelle avenue à une potentielle thérapie pour la maladie d’Alzheimer.Alzheimer’s disease (AD) is the most common form of dementia in the world, withnearly fifty million people affected currently. The most common symptoms of this diseaseare memory loss, difficulties in task management, and temporal and spatial confusions. There is currently no treatment for this disease. The amyloid precursor protein (APP) is usually cut by the alpha-secretase enzyme; however, abnormal cleavage by the beta-site APP cleaving enzyme 1 (BACE1) leads to the formation of beta-amyloid peptides. These peptides in turn forms aggregates, which accumulate as plaques in the brains of Alzheimer patients. Many non-silent APP mutationscause changes to the amino acid composition of the protein and result in increased plaque accumulation. These mutations are called familial forms of Alzheimer’s disease (FAD).However, one of these mutations (Icelandic A673T mutation) has been shown to confer aprotection against the on set and development of AD. This mutation of a single mutation inexon 16 changes an alanine into a threonine and has been shown to reduce the cleavage ofthe APP protein by BACE1 by 40%.This kind of single point mutation is the perfect target for the newly discoveredCRISPR/Cas9 technology, which opens new perspectives for the development of preventiveor curative treatments for genetic diseases and in our case Alzheimer’s. The Cas9endonuclease is a powerful tool for the modification of genetic data. The protein has been shown to cut double-stranded DNA with the help of a guide RNA (gRNA) to target a specified sequence adjacent to a PAM (protospacer adjacent motif). The base CRISPRsystem has been coopted by many different research teams; one of which used the technology to develop a technique they called base editing. This technique allows researchers toexchange cytidine bases for thymine and guanine bases for adenine with a strong accuracy. The first article of this thesis aims to demonstrate that the addition of the A673Tmutation in codominance with another pathological form of AD may have beneficial effectson the reduction of beta-amyloid peptides in patients’ brains. To determine if the mutationwas protective, plasmids carrying the A673T mutation along with another random FADmutation were used. Ultimately, we confirmed the beneficial effect for many forms of FAD,in particular the London V717I mutation demonstrated the greatest reduction in beta amyloidproteins. The second article of this thesis deals with the insertion of the A673T mutation by theCRISPR/Cas9 derived system, base editing. Several base editor complexes were compared and optimized to achieve the most effective and accurate genome modification possible. A candidate was selected after testing on HEK293T cells and SH-SY5Y neuroblastoma. The third part of this manuscript presents the results obtained when using lentiviraland AAV vectors to infect induced human and mouse neurons with a base editor complex and harvested mouse neurons with FAD forms. This whole approach has opened up an avenue for a potential therapy for Alzheimer’sdisease.
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Millet, Jonathan. "Stratégies d'analyse spatio-temporelle de l‟épissage alternatif chez Caenorhabditis elegans." Thesis, Bordeaux, 2015. http://www.theses.fr/2015BORD0437/document.
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L‟épissage alternatif est un mécanisme de régulation de l‟expression des gènes ayant pris une importance croissante dans l‟étude du vivant. Si des méthodes existent pour déterminer les gènes qui y sont soumis, peu d‟outils sont disponibles pour suivre ces événements d‟épissage in vivo au cours du développement. Pourtant, la caractérisation des régulations sous-jacentes à ces évènements et la détermination des facteurs impliqués sont dépendantes de stratégies fiables pour les visualiser dans des conditions physiologiques.Nous avons développé un système adapté à l‟étude d‟événements d‟épissage basé sur un rapporteur fluorescent bicolore. Nous l‟avons appliqué à cinq gènes de l‟organisme modèle Caenorhabditis elegans et avons suivi leur épissage in vivo.Parmi les différents gènes suivis, deux d‟entre eux suivaient un modèle d‟épissage potentiellement stochastique, un autre une absence d‟épissage alternatif détectable. Les deux derniers gènes présentent un profil d‟épissage spécifique à certain types cellulaires mais ont un effet toxique sur l‟organisme lorsque nous les avons exprimés à partir de concatémères extrachromosomiques. Pour remédier à cela, nous avons choisi de mettre en place une méthode simplifiée d‟insertion en simple copie des rapporteurs utilisant le CRISPR-Cas.Nos résultats indiquent que le système rapporteur fonctionne avec succès. Cependant, il peut encore être amélioré pour se rapprocher des taux physiologiques de transcription grâce à une insertion en simple copie dans le génome de l‟organisme. Nous avons également révélé un événement sous le contrôle de régulations spatiales, temporelles et conditionnelles. De plus, nous avons créé une série de constructions capables de déterminer les éléments en cis impliqués dans la régulation du gène top-1Alternative splicing is a regulatory mechanism of gene expression which is increasingly studied in Life Science. Methods exist to study this mechanism but specific tools to follow each alternative splicing event in a spatio-temporal manner are lacking. Yet, the characterization of the regulation and the elements that determines them depends on valide strategies for visualising them in physiological conditions.We have developped a dual-fluorescent reporter-based system in order to follow alternative splicing event regulation in vivo. It has been applied to five different genes in the model organism Caenorhabditis elegans. Among the genes followed, two follow a potentially stochastic scheme, one show no visible sign of alternative splicing. The last display tissue specific splicing patterns but developed a toxic effect in the animal when expressed from a multicopy extrachromosomal array. To remediate this problem, we decided to develop a method that allows for simpler single copy insertion of fluorescent reporter using CRISPR-Cas.Our results indicates that the dual-fluorescent reporter works well. However, this system can be upgraded by getting close to physiological rates of transcription allowed by single-copy insertion in the genome of C.elegans. We also discovered an alternatiove splicing event which follows a spatial, temporal and conditionnal regulation. Moreover, we constructed a set of different reporter to unravel the regulation observed in the gene top-1
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Basileu, Cynthia. "Modélisation structurelle des réseaux sociaux : application à un système d’aide à la décision en cas de crise sanitaire." Thesis, Lyon 1, 2011. http://www.theses.fr/2011LYO10240/document.
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Face à une situation de crise sanitaire liée à l’apparition d’une pandémie de grande envergure, des mesures adéquates doivent rapidement être prises pour la contenir tout en préservant la capacité de production de l’économie. D’autre part, beaucoup de travaux sont réalisés dans le domaine de la diffusion de la propagation d’une épidémie. C’est pourquoi, nous accentuons notre apport à un décideur afin de lui permettre de maintenir les fonctions minimums de survie de la société dans le cadre d’une crise sanitaire. Ainsi, nous proposons un modèle d’aide à la décision de gestion de crise sanitaire. Par ailleurs, la société est située au coeur de notre modèle. Nous sommes donc amenés à considérer un certain nombre d’interactions directes et indirectes entre divers individus. La théorie des graphes, et principalement les graphes aléatoires, permettent de gérer une à une ces relations. Or, dans notre cas, la gestion des relations une à une n’est pas appropriée d’autant plus que les relations peuvent varier sous l’influence de facteurs incontrôlables. Cela nous a conduits à proposer un modèle mathématique de réseaux stochastiques basé sur une extension de la théorie des graphes aléatoires. Il s’agit de la prétopologie stochastique qui est issue du couplage de deux théories mathématiques fondamentales, la prétopologie classique et les ensembles aléatoires. La simulation de notre modèle est effectuée selon une approche multi-agents. Nous avons opté pour cette approche car nous souhaitons mettre en place un modèle d’aide à la décision. Cette méthode va donc nous permettre de faire des simulations et des analyses de sensibilités. Nous avons une représentation explicite des comportements des individus qui ne sont pas figés. Située entre la théorie et l’ensemble des données de l’expérience, l’approche multi-agents permet de prendre en compte de manière simultanée les comportements individuels, les interactions entre les individus et les hypothèses dynamiques formulées dans le modèle. Cette approche sera couplée au système d’information géographique afin de considérer l’aspect spatial. Considéré comme un « oignon », le système d’information géographique permet d’exploiter différentes données et de les superposer sous forme de couches. Disposant de données épidémiologiques provenant des Groupes Régionaux d’Observation de la Grippe (GROG) et des données sociodémographiques issues de l’Institut National de la Statistique et des Etudes Economiques (INSEE), nous pourrons tester la robustesse de notre modèleTo manage a public health crisis resulting from an outbreak of a large-scale pandemic, it is necessary to be capable of taking adequate measures very quickly. These measures must be taken to protect the productive capacity of the economy. Consequently, I have focused on the development of a « decision-making support » model with hybrid agents simulating the spreading of a pandemic, which is established on the medical characteristics of the virus as well as the socioeconomic structure of the concerned geographical zone. This socioeconomic structure being at the centre of the model, a pretopological modelling of the concept of social network is therefore proposed and integrated into the approach agent
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De, Santis Flavia. "Genome editing to understand neural circuits formation : a novel CRISPR/Cas9-based strategy for conditional mutagenesis and functional study of the role of the meteorin gene family in zebrafish neurodevelopment." Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066269/document.
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Depuis quelques années, le poisson zèbre (Danio rerio) est devenu un modèle de choix pour l'étude du système nerveux et de ses fonctions. Récemment, des technologies nouvelles d'édition du génome permettent la génération d'allèles mutés de manière constitutionnelle et l'étude fonctionnelle de gènes chez ce modèle vertébré. Néanmoins, certains loci nécessite une inactivation spatiotemporelle précise et contrôlée. La première partie de ma thèse décrit la mise au point d'une nouvelle stratégie de disruption génétique de manière tissu-spécifique, basée sur la technologie du CRISPR/Cas9 et du système UAS/Gal4. Cette technique permet l'introduction de mutations somatiques dans des tissus, des clones ou des cellules individuelles préalablement génétiquement marqués, rendant ainsi possible le suivi in vivo de l'effet de la mutation générée grâce au gène rapporteur. La seconde partie de ma thèse se centre sur l'étude fonctionnelle d'une famille des gènes, les meteorines, durant le développement du système nerveux et lors du ciblage axonale chez le poisson zèbre. Les Meteorines sont des protéines conservées chez les vertébrés qui ont été impliquées dans la prolifération, la différentiation des progéniteurs de neurones et notamment dans l'élongation axonale in vitro. Nous avons pu mettre en évidence que les meteorines sont exprimées le long de la ligne médiane du système nerveux chez les larves et au niveau du plancher de la partie postérieure du cerveau et de la moelle épinière. Par l'utilisation du CRISPR/Cas9, nous avons généré des lignées mutantes pour chaque gène meteorine et avons ainsi procédé à l'analyse de l'établissement des projections axonales dans ces lignées mutantesIn recent years, the zebrafish (Danio rerio) has emerged as a powerful model organism to study neuronal circuit development and function. To date, different genome editing technologies allow the generation of constitutive mutant alleles, permitting the study of gene loss-of-function in this vertebrate model. Nevertheless, to assess the role of certain loci it might be required a precise spatiotemporal control of gene inactivation. The rst part of my thesis describes a novel strategy for tissue-specific gene disruption based on the CRISPR/Cas9 and the Gal4/UAS systems. The described technique allows the induction of somatic mutations in genetically labeled tissues, cell clones or single cells, making it possible to follow the effect of gene disruption in vivo via reporter gene expression. The second part of the thesis focuses on the functional analysis of the role of the meteorin gene family during neuronal development and axonal targeting in zebra sh. Meteorin family is conserved among vertebrates and its members have been shown to be involved in neuronal progenitor proliferation and differentiation and axonal elongation, in vitro. We used the zebrafish nervous system as a model to dissect the role of Meteorins during embryonic development, focusing on their potential role as novel guidance molecules. Interestingly, we found that genes belonging to the meteorin family are expressed along the midline of the larval central nervous system and at the floor plate in the hindbrain and spinal cord. We generated CRISPR/Cas9 mutant lines carrying out-of-frame deletions in the coding sequence of each member of the zebrafish meteorin family and we performed a comprehensive analysis of the establishment of axonal projections in the mutants. Our data pointed out that metrns loss-of-function affects the earliest process of axonal development, demonstrating a crucial role in the process of axonal outgrowth for this new family of evolutionary conserved guidance molecules
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Cullot, Grégoire. "Génotoxicité des systèmes CRISPR-Cas9." Thesis, Bordeaux, 2019. http://www.theses.fr/2019BORD0344.
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La thérapie génique est une stratégie thérapeutique prometteuse pour le traitement des maladies monogéniques. Si les premières approches, dites additives, ont reposées sur l’utilisation de vecteurs viraux, une part grandissante se tourne désormais vers l’édition génique. Celle-ci est permise par la mise au point de nouvelles générations d’endonucléases, et en particulier le système CRISPR-Cas9. Moins d’une décennie après sa caractérisation, le système CRISPR-Cas9 a permis de faire passer l’édition génique à un stade clinique. Toutefois, dans le même laps de temps, plusieurs interrogations ont été soulevées vis-à-vis de la génotoxicité pouvant être induite par la Cas9. Une littérature émergente pointe le risque de génotoxicité au site ciblé. Le travail de thèse présentée ici s’inscrit dans cette thématique. La première partie de l’étude a eu pour objectif de décrire la génotoxicité induite par une unique cassure double-brin faite par la Cas9. La caractérisation des effets a été faite à la fois à l’échelle nucléotidique, par le suivi de la balance HDR / InDels, mais également à l’échelle du chromosome. Le suivi de l’intégrité chromosomique a permis de mettre en lumière un nouveau risque de génotoxicité encore non-caractérisé. Un système de détection sensible et spécifique de ce risque a été mis au point pour continuer de le caractériser. Le second objectif a été de répondre aux limites soulevées par la génotoxicité non-voulus, en mettant au point une méthode d’édition génique plus sûre et aussi efficace, via l’utilisation d’une unique cassure simple-brin par la Cas9D10A -nickaseGene therapy is a promising therapeutic strategy for the monogenic diseases treatment. If the first approaches, called additive, have relied on the use of viral vectors, a growing share is now turning to gene editing. Less than a decade after its characterization, the CRISPR-Cas9 system has moved gene editing to a clinical stage. However, in the same period of time, several questions have been raised regarding the genotoxicity that can be induced by Cas9. An emerging literature points to the risk of genotoxicity at the targeted site. The thesis work presented here is part of this theme. The first part of the study aimed to describe the genotoxicity induced by a single double-stranded break made by Cas9. Characterization of the effects was done both at the nucleotide level, by monitoring the HDR / InDels balance, but also at the chromosome scale. The monitoring of chromosomal integrity has brought to light a new risk of genotoxicity that was not characterized. A sensitive and specific detection system for this risk has been developed to further characterize it. The second objective was to address the limitations of unwanted genotoxicity by developing a safer and more efficient gene editing method through the use of a single single-stranded breakage by Cas9D10A-nickase
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ageely, Eman. "Chemical Tools for Potential Therapeutic Applications of CRISPR Systems." OpenSIUC, 2020. https://opensiuc.lib.siu.edu/dissertations/1831.
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Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) are derived from a bacterial and archaeal adaptive immune system. The core enzymes of CRISPR are RNA-guided endonucleases that sequence-specifically cleave foreign double-stranded DNA. Improving and controling the properties of the CRISPR system is a crucial step in advancing the therapeutic potential of CRISPR technology. Several classes of these enzymes exist and are being adapted for biotechnology, such as genome engineering. Cas12a (Cpf1) is a Type V CRISPR-associated (Cas) enzyme that naturally uses only one guide RNA, in contrast to Type II CRISPR-Cas9 enzymes. Thus, Cpf1 may represent a simpler, more practical tool for applications such as gene editing and therapeutics. This dissertation comprises four related studies in this area. To better understand the functional requirements for Cpf1-crRNA interaction and develop modified crRNAs suitable for synthetic biology and therapeutic applications, the first study performed nucleotide substitutions in the crRNA. It focused on the protein-interaction motif of the crRNA by incorporating base changes at the 2ʹ position that alter hydrogen-bonding capacity, sugar pucker, and flexibility. DNA substitutions in RNA can probe the importance of A-form structure, 2ʹ-hydroxyl contacts, and conformational constraints within RNA-guided enzymes. In addition, Chemical modifications include 2'-deoxy, 2'-fluoro, 2'- deoxy-arabinonucleic acid, and oxepane. Our study discovered that 2'-fluoro maintains the A-form structure and is compatible with AsCpf1 activity. Biochemical endonuclease activity, gene editing efficiency, Cpf1 binding affinity, and ribonucleoprotein stability were used to assess the tolerance and effects of modification. Characterizing structure-function requirements for Cpf1-crRNA interaction will facilitate better design and tuning of Cpf1 enzymes. The second study established a FRET-based assay in collaboration with a computational collaborator to identify small molecule inhibitors predicted by virtual docking and simulations. This study aims to lay the foundation for efficient, safe implementation of CRISPR-Cpf1. The third study used chemically modified Cas9-guide RNAs to offset known weaknesses of CRISPRi. It takes advantage of the high binding affinity and nuclease resistance of modified guides to potentially reduce the required components for CRISPRi.
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Bernheim, Aude. "The distribution of CRISPR-Cas systems is affected by interactions with DNA repair pathways." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2017. http://www.theses.fr/2017USPCB070/document.
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Les systèmes CRISPR-Cas confèrent aux bactéries une immunité adaptative contre les éléments génétiques mobiles jouant ainsi un rôle important dans l’évolution bactérienne. Cependant, moins de la moitié des génomes bactériens encodent des systèmes CRISPR-Cas ; cela, malgré la protection qu’ils confèrent et leur haut taux de transfert horizontal. Des hypothèses telles que le coût des phénomènes d’auto-immunité ou de posséder des défenses adaptatives plutôt qu’innées ont été mises en avant pour expliquer ce paradoxe. Je propose une nouvelle hypothèse complémentaire : le contexte génétique jouerait un rôle important dans la fixation d’un système CRISPR-Cas après son transfert. Plus précisément, j’ai étudié comment les interactions entre les systèmes de réparation de l’ADN et les CRISPR-Cas influencent la distribution de ces derniers. Pour cela, j’ai d’abord examiné finement la distribution des systèmes CRISPR-Cas dans les génomes bactériens. J’ai ensuite analysé les co-occurences des systèmes de réparation de l’ADN et des CRISPR-Cas et démontré l’existence d’associations positives et négatives entre eux. Enfin, je me suis concentrée sur une des associations négatives découvertes pour valider mes prédictions expérimentalement et comprendre les mécanismes moléculaires sous-jacents. Mes travaux permettent de mieux comprendre les interactions complexes entre systèmes de réparation de l’ADN et CRISPR-Cas et démontrent la nécessite d’accommodation des CRISPR-Cas à un contexte génétique pour être sélectionnés et maintenus dans les génomes bactériensCRISPR-Cas systems confer bacteria and archea an adaptative immunity against phages and other invading genetic elements playing an important role in bacterial evolution. Only 47% of bacterial genomes harbor a CRISPR-Cas system despite their high rate of horizontal transfer. Hypothesis such as the cost of autoimmu- nity or the trade off between a constitutive or an inducible defense system have been put forward to explain this paradox. I propose that the genetic background plays an important role in the process of maintaining a CRISPR-Cas system af- ter its transfer. More precisely I hypothesized that CRISPR-Cas systems interact with DNA repair pathways. To test this idea, we detected DNA repair pathways and CRISPR-Cas systems in bacterial genomes and studied their co-occurences. We report both positive and negative associations that we interpret as poten- tial antagonistic or synergistic interactions. We then focused on one interaction to validate our result experimentally and explored molecular mechanisms behind those interactions. My findings give insights on the complex interactions between CRISPR-Cas systems and DNA repair mechanisms in bacteria and provide a first example on the necessity of accommodation of CRISPR-Cas systems to a specific genetic context to be selected and maintained in bacterial genomes
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Lachtar, Dalanda. "Contribution des systèmes multi-agent à l'analyse de la performance organisationnelle d'une cellule de crise communale." Phd thesis, Ecole Nationale Supérieure des Mines de Paris, 2012. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00819800.
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La gestion de crise est devenue une activité indispensable à toute organisation publique ou privée. Elle repose le plus souvent sur un dispositif particulier appelé " cellule de crise " qui a pour objectif de mettre en œuvre des mesures d'anticipation, de vigilance, d'intervention et de sauvegarde et fait intervenir de multiples acteurs qui interagissent. Pour se préparer aux situations de crise, les communes ont l'obligation de définir un PCS (Plan Communal de Sauvegarde), mais ce dernier ne suffit pas à lui seul à garantir l'efficacité de l'organisation de crise. L'objectif de ce travail est de proposer une méthodologie, principalement fondée sur la pensée systémique et sur les Systèmes Multi-Agents, pour étudier la vulnérabilité organisationnelle de la cellule de crise et en évaluer sa performance. Un outil de simulation a été développé à destination des responsables. Il intègre des indicateurs de performance organisationnels pour identifier les défaillances potentielles de l'organisation. Les résultats de la simulation sont consignés sous la forme d'un tableau de bord dont l'analyse peut servir à améliorer l'organisation de crise.
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Stens, Cassandra, Isabella Enoksson, and Sara Berggren. "The CRISPR-Cas system." Thesis, Linköpings universitet, Institutionen för fysik, kemi och biologi, 2020. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:liu:diva-171997.
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Derived from and inspired by the adaptive immune system of bacteria, CRISPR has gone from basic biology knowledge to a revolutionizing biotechnological tool, applicable in many research areas such as medicine, industry and agriculture. The full mechanism of CRISPR-Cas9 was first published in 2012 and various CRISPR-Cas systems have already passed the first stages of clinical trials as new gene therapies. The immense research has resulted in continuously growing knowledge of CRISPR systems and the technique seems to have the potential to greatly impact all life on our planet. Therefore, this literature study aims to thoroughly describe the CRISPR-Cas system, and further suggest an undergraduate laboratory exercise involving gene editing with the CRISPR-Cas9 tool. In this paper, we describe the fundamental technical background of the CRISPR-Cas system, especially emphasizing the most studied CRISPR-Cas9 system, its development and applications areas, as well as highlighting its current limitations and ethical concerns. The history of genetic engineering and the discovery of the CRISPR system is also described, along with a comparison with other established gene editing techniques. This study concludes that a deeper knowledge about CRISPR is important and required since the technique is applicable in many research areas. A laboratory exercise will not only inspire but also provide extended theoretical and practical knowledge for undergraduate students.
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Liu, Xin. "Communication gouvernementale avec les médias en cas de crise." Thesis, Paris 2, 2012. http://www.theses.fr/2012PA020046.
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La façon de gérer d’un gouvernement est logiquement influencée par la culture ambiante et par les racines historiques du pays. La communication gouvernementale avec les médias en cas de crise est aussi fonction de l’environnement culturel du pays. La Chine a tendance à suivre le modèle occidental qui est reconnu comme le modèle de réussite dominant dans le monde moderne. Il s’agit de résoudre le conflit entre une aspiration à la modernité et le maintien d’une spécificité culturelle. Dans un système de communication gouvernementale avec les médias en cas de crise, il faut bien sûr résoudre le problème d'efficacité, mais le plus important est de résoudre les problèmes d'adaptation culturelle. Chaque culture a ses propres forces et ses valeurs essentielles. La culture chinoise donne la priorité à la collectivité, alors que la culture occidentale privilégie l’individu. La mondialisation induite par la révolution médiatique amène chaque culture à rencontrer les autres, mettant en avant des différences et particularités qui sont autant d’occasions de mieux se connaître et se compléterThe way of managing of a government is logically influenced by the ambient culture and the historical roots of the country. The governmental communication with the media in the event of crisis is also function of the cultural environment of the country. China tends to follow the Western model which is recognized like the model of success dominating in the modern world. It is a question of solving the conflict between an aspiration with modernity and the maintenance of a cultural identity. In a governmental communication system with the media in the event of crisis, it is initially necessary to solve the problem of effectiveness, but most important is to solve the problems of cultural adaptation. Each culture has its own forces and its essential values. The chinese culture gives the priority to the community, where as the Western culture privileges the individual. The universalization induced by the media revolution leads each culture to meet the others with specific knowledge which gives the opportunities to know each other better and be supplemented
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Said, Zeinab. "Three essays on the shadow banking system." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAG005.
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Cette thèse est la première tentative pour examiner empiriquement trois aspects différents liés au système bancaire parallèle. Nous cherchons à mieux comprendre le sujet de la finance de l'ombre.Le chapitre 1 se concentre sur la corrélation entre le système bancaire parallèle et les autres institutions financières ordinaires, principalement les banques, les compagnies d'assurance et les fonds de pension. Les résultats suggèrent que le système bancaire parallèle agit comme un complément et non comme un substitut à d'autres institutions financières régulières.Le chapitre 2 examine les déterminants des prêts bancaires parallèles. Ce chapitre étudie comment la réglementation et d'autres facteurs influencent le rôle du système bancaire parallèle dans l’offre de crédit. Les résultats de ce chapitre indiquent que le système bancaire parallèle n'est pas une réponse à une réglementation stricte.Le chapitre 3 montre qu'il y a un impact positif du système bancaire parallèle sur la stabilité et la rentabilité bancaires. Cependant, ces résultats sont inversés pendant les périodes de crise. Ces résultats indiquent que le système bancaire parallèle a un impact positif pendent les « bonnes » périodes et un impact négatif pendant les « mauvaises»This PhD dissertation is the first attempt to empirically examine three different aspects related to the shadow banking system. We generally aim at providing a better understanding of the shadow banking topic.Chapter 1 focuses on the correlation between the shadow banking system and other regular financial institutions mainly banks, insurance companies, and pension funds. The results suggest that shadow banking system is acting as a complement and not a substitute to other regular financial systems.Chapter 2 examines the determinants of shadow banking loans. This study investigates how regulations and other factors impact the role of the shadow banking system in supplying credit. This chapter’s results indicate that shadow banking system is not an answer to high and severe regulations.Chapter 3 shows that there is a positive impact of the increased share of shadow banking system on banking stability and profitability. However, these results are inversed during crisis periods. These results indicate that shadow banking system makes good times better and bad time worse
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Macé-Ramète, Guillaume. "Système d'Information de Médiation pour le pilotage réactif et anticipatif de la réponse à une situation de crise : application aux perturbations sur les réseaux routiers." Thesis, Ecole nationale des Mines d'Albi-Carmaux, 2015. http://www.theses.fr/2015EMAC0018/document.
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La réponse aux situations de crise routière hivernale est gérée en France au niveau zonal par les Centres Régionaux d'Information et de Coordination Routière (CRICR). Le pilotage de ces crises est réalisé à une échelle multi départementale et fait intervenir de multiples parties prenantes (gestionnaires routiers, préfectures, forces de l'ordre...). La coordination de ces acteurs hétérogènes apparaît donc comme indispensable pour assurer une réponse efficace à la situation de crise. C'est le rôle de la cellule de crise, de garantir cette coordination afin de permettre une bonne exécution de la réponse. C'est surtout son rôle d'assurer la qualité de la réponse quelque soient les aléas et les perturbations rencontrées. Malheureusement, force est de constater que les acteurs en présence ne disposent pas des outils adéquats pour atteindre ces objectifs. Les présents travaux de thèse ambitionnent d'améliorer cette situation par la mise en place d'un système d'information de médiation agile. Celui-ci repose sur la constitution d'une base de connaissances (ontologie), alimentée à partir de la collecte de données issues de systèmes d'information hétérogènes, pour permettre la définition tactique d'une solution adaptée de réponse allant jusqu'à la formalisation des processus collaboratifs à mettre en œuvre. La réalisation de la collaboration s'assoit alors sur une orchestration informatique de ces processus. Dans notre proposition, la détection "à chaud" de problèmes et les recommandations d'adaptation générées soutiennent le pilotage « réactif » de la réponse dans un environnement complexe et particulièrement instable. Cette fonctionnalité est complétée par un système capable de détecter a priori les problèmes, en établissant une projection de la situation courante (crise et réponse) à partir des éléments dont la cellule de crise dispose. Cette projection donne lieu à une évaluation de la situation future et contribue à la conception d'une nouvelle réponse. Ces mécanismes permettent un pilotage « anticipatif » de la gestion de crise. Les résultats de cette thèse ont été principalement développés et validés dans le cadre du projet PREDIT SIM-PeTra sur l'amélioration de la coordination dans la gestion des crises par la mise en place d'un Système d'Information de Médiation dans le cadre de Perturbations dans les TransportsIn France, the response to winter road emergencies are managed by Regional Centres for Information and Road Coordination (CRICR). The management of these crises is performed at a multi county level and involves multiple stakeholders (road operator, local representative of national authority, police…). Therefore, the coordination of such heterogeneous actors must be assumed by the crisis cell to ensure an effective response. The crisis cell has also to provide a good response facing hazards and disturbances encountered. Unfortunately, it is clear that the involved actors do not have a relevant and adequate set of ICT tools to achieve these goals. This thesis aims at improving this situation by setting up an agile mediation information system. This is based on the creation of a knowledge base (structured as an ontology), fed from the gathering of data from all the available heterogeneous information systems, to enable the tactical definition of a suitable response. The final goal is to formalize this response as collaborative processes to implement and to orchestrate through a computer system. In our proposal, detecting "hot" issues (such as disruptions or unexpected events) and making recommended adaptation support the "reactive" control of the response in a complex and highly unstable environment. This feature is completed by a system able to detect a priori problems, by establishing a projection of the current situation (crisis response), based on the collected forecasts owned by the crisis manager (traffic, weather, etc.). This projection leads to an assessment of the future situation and contributes to the design of a new response. This mechanism allows a " proactive " oversight of crisis management. The results of this PhD have mainly been developed and validated in the SIM Petra project (funded by PREDIT) regarding the establishment of a Mediation Information System to improve the coordination of the management of crisis concerning disruptions in transport
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Dupuis, Marie-Ève. "Caractérisation du mode d'action du système CRISPR1/Cas de Streptococcus thermophilus." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/28652/28652.pdf.
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Alkhnbashi, Omer S. [Verfasser], and Rolf [Akademischer Betreuer] Backofen. "Computational characterisation of genomic CRISPR-Cas systems in archaea and bacteria." Freiburg : Universität, 2017. http://d-nb.info/1139210904/34.
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Cox, David Benjamin Turitz. "Characterization and application of type VI-B RNA-targeting CRISPR systems." Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 2018. http://hdl.handle.net/1721.1/117869.
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Thesis: Ph. D., Massachusetts Institute of Technology, Department of Biology, 2018.Cataloged from PDF version of thesis.
Includes bibliographical references.
The ability to modify nucleic acids is critical for establishing the role of genetic and transcribed elements in mediating biological phenotypes. Manipulating endogenous DNA sequences in eukaryotic genomes has been greatly aided by the advent of genome editing technologies that utilize programmable nucleases. DNA nucleases derived from class 2 CRISPR systems, which provide adaptive immunity in prokaryotes through cleavage of nucleic acids using a single, multi-domain, RNA-guided endonuclease, have been particularly useful in this regard because they enable targeting of new sites through simple Watson-Crick base pairing rules. Recent computational studies have uncovered the existence of predicted RNA-targeting class 2 CRISPR systems, suggesting that the power of genome editing techniques might be extended to the level of transcripts. In this thesis, I present work describing the discovery and characterization of a new RNA-targeting class 2 CRISPR system: type VI-B. Using a combination of biochemistry and bacterial genetics, we demonstrated that the predicted nuclease of the VI-B system, Casl3b, is an RNA-guided RNase, whose activity can be modulated by the csx genes that often appear in genetic proximity to casl3b. Next, we characterized the behavior of Casl3b and the related enzymes Casl3a and Casl3c in mammalian cells, identifying orthologs of Casl3a and Casl3b with specific RNA interference activity in mammalian cells. Finally, we showed that catalytically inactive versions of a Casl3b ortholog can direct adenosine-to-inosine deaminase activity to transcripts in human cells when fused to the catalytic domain of ADAR2. Using structure-guided mutagenesis, we created a high-specificity version of this system that can be utilized in research or potentially therapeutic contexts. The description of a Casl3b ortholog that can be used to knockdown or recruit RNA-modifying domains to transcripts in mammalian cells suggests the utility of this technology to interrogate and modify transcript function in diverse contexts.
by David Benjamin Turitz Cox.
Ph. D.
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Wandu, Jotham G. "An integrated conceptual model of crises intervention for Gikuyu people utilizing traditional family social support systems, Christian resource systems and crisis theories (Kenya)." DigitalCommons@Robert W. Woodruff Library, Atlanta University Center, 1995. http://digitalcommons.auctr.edu/dissertations/AAIDP14688.
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The purpose of the dissertation is to construct an integrated conceptual model of crises intervention for Gikuyu people that would effectively inform the conceptualization of the nature, the methods employed and the purpose of utilizing traditional Gikuyu families and Christian resources for crises intervention. It will also inform the values for integration and the usefulness of systems and the crisis theories for the construction of the model for the Gikuyu. Moreover, the dissertation will report the significance of Christian pastoral resources and the relation to Gikuyu.
The model is a strategy in the attempt to revive some of the distorted Gikuyu people's values of family unity (belongingness), which was their norm for intervening into family crises. Family values of unity for the Gikuyu suffered distortion over the years of the Christian missionary work to the Gikuyu in the nineteenth century. The model is limited for use in the Presbyterian Church in Kenya. However, other churches serving Gikuyu people are welcome to use it.
The study is intended to be a foundation for the development of authentic literature, focusing upon new approaches toward crises intervention for Gikuyu, intended to mobilize families systems, Christian resources, and other networking systems for better work of crisis intervention.
From the systems and the crisis perspectives, the study examines the usefulness of systems and the crisis theories for their relevancy in developing a model of crises intervention for Gikuyu families. It examines the viability of correlation between traditional Gikuyu families resources and the Christian resources, examining how each one is related to the other.
The term 'crisis intervention' refers to the usefulness and the effect of the work of correlating resources from the two perspectives. Correlation is the criteria for determining the interdependence of the two sources of intervention. The term 'model' refers to the proposed methods of approaches utilized in reviving values of families interdependency, unity, and belongingness. The term 'differentiation of self' informs the need for family members and significant others to work together for better working crisis, while each maintains individual unique abilities of differentiating intellectual decision-making from those of families emotional fusion.
The dissertation uses two methods. The first method is founded on the concepts of families systems and the crisis theories for the construction of an effective model of crisis intervention for the Gikuyu and informing the reasons for its use.
Second is the method of correlation which is a theological application to the action of mobilizing and utilizing the traditional Gikuyu resources together with Christian Gikuyu resources. In this second method Christ becomes the common norm of correlation for the purpose of liberation and the giving of hope to the individual and families in crisis. Moreover, through the theological method the integration of the model is accomplished.
Before examining the usefulness of systems and crisis theories for analyzing data from the case study of illness, the history of the Gikuyu is examined. The purpose of the history is to inform the guidelines to which this model of crisis intervention should respond. For clarification purposes, these guidelines are the origin of the Gikuyu people, the nature of their corporate living; and the kinship governing principles. As part of the historical motivation of this dissertation, the role which was played by the social protest of the Gikuyu against Europeans and the missionaries is also examined. The protest was a symbol of dissatisfaction of the Gikuyu upon the mistreatment and the abuse of family values.
The dissertation has several illustrations of crises intervention based on various concepts of family therapy which include: Uri Rueveni in networking families in crises, Murry Bowen's eight interlocking ideas of family therapy, Edward Wimberly's theory of pastoral care of the Black Church, and also the work of Nancy Boyd-Franklin in multisystems approach to family therapy.
In concluding this study, it has been found that Gikuyu family and relational systems can be mobilized to resolve crises within the systems. It has also been discovered that the implication for further research is viable through the analyzing and the questioning of the claims in the data provided in this dissertation.
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Adjetey-Bahun, Kpotissan. "Résilience de bout en bout pour la (re)conception d'un système de transport." Thesis, Troyes, 2016. http://www.theses.fr/2016TROY0012.
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Les travaux menés dans le cadre de cette thèse consistent à développer un modèle permettant d'évaluer et d'améliorer la résilience d'un système de transport ferroviaire de masse. L'état de l'art des approches de quantification de la résilience a montré leurs limites quant à leur adéquation au système de transport ferroviaire de masse. Le système modélisé dans le cadre de cette étude se compose des quatre sous-systèmes respectivement de transport, d'énergie, de télécommunication et d'organisation. La caractérisation et la modélisation des interdépendances intra et inter sous-systèmes conduisent à mieux comprendre et étudier ce type de système. Des indicateurs de performance adaptés à ce système (le nombre de passagers arrivés à destination, le retard cumulé et la charge des passagers) permettent de quantifier la performance puis la résilience du système. Une application de ce modèle est proposée sur le réseau de transport ferroviaire de Paris. Par la suite, la modélisation des perturbations et des plans de gestion de crise ont permis d'évaluer l'impact/l'efficacité de ces plans de gestion pour les améliorer. A partir de ce modèle, un simulateur a été développé, et une procédure de mise en place d’une démarche de résilience de bout en bout dans un système de transport ferroviaire de masse est proposée. Les conditions d'exploitation sont intégrées dans les indicateurs topologiques des systèmes de transport que l'on trouve dans la littérature via le modèle. Les indicateurs de résilience ainsi obtenus se montrent plus pertinents que ces indicateurs topologiques usuelsThis thesis aims to develop a model that assesses and improves the resilience of mass railway transportation system. A state of the art on resilience quantification approaches in sociotechnical systems reveals some limitations relative to their adequacy to the mass railway transportation systems. The model developed in this work is helping to give some answers to these limitations. We identify and develop four interrelated subsystems: transportation, power, telecommunication and organization subsystems. We also characterized and modeled these subsystems' interdependencies. This allows us to get insight into the system holistically. We also propose and quantify some performance indicators of this system. These performance indicators are used afterwards to quantify the resilience of the system. The number of passengers that reach their destination station, passenger delay and passenger load are performance indicators used in this work. The model is applied to the Paris mass railway transportation system. After modeling perturbations, we also assess the extent to which some crisis management plans are taken into account in the model. Then, a simulator has been developed, and an approach that aims to implement an end-to-end resilient system is proposed. Operating conditions of railway transportation system are incorporated into topological indicators of transportation systems found in the literature through the model. This allows us to show the relevance of these operating-conditions dependent indicators relative to the usual topological indicators of the studied network
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Seo, Jooheon. "Modulation of DNA repair pathway after CRISPR/Cas9 mediated Double Stranded Break." Thesis, Virginia Tech, 2017. http://hdl.handle.net/10919/74884.
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The CRISPR/Cas9 system has become the predominant tool for genome editing. Targeted modifications can be introduced while repairing double strand breaks (DSBs), induced by the CRISPR/Cas9 system. The DSB is repaired by either non-homologous end joining (NHEJ) or homologous recombination (HR), and the repair is commonly processed through NHEJ because it is the dominant repair pathway in most cell types. The goal of this study is to modulate DNA repair system of somatic cells to increase the frequency of homology-directed repair (HDR) through HR by chemical treatment and the frequency of NHEJ by serum starvation. CRISPR/Cas9 systems targeting RAG2 gene and donor DNA to replace endogenous RAG2 were transfected into porcine fetal fibroblast (PFF) cells and the cells were treated with various chemicals that were known to inhibit NHEJ or stimulate HR. Among the chemical treated groups, cells treated with thymidine showed an average of 5.85-fold increase in HDR compared to the control group; the difference ranged from 1.37 to 9.59. There was no positive effect on the frequency of HDR after treating transfected cells with other chemicals. Placing PFFs under low amount of serum (serum deprivation) could enrich the cells in G0/G1 phase, but there was little difference in the frequency of NHEJ. Our results indicate that modulating DNA repair pathways during CRISPR/Cas9-mediated gene targeting could change the outcome of the targeted events.Master of Science
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Karan, Boris. "Changes of financial system in the context of financial crisis." Master's thesis, Vysoká škola ekonomická v Praze, 2017. http://www.nusl.cz/ntk/nusl-359881.
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In this paper, we analyse the relation between financial system and financial crises. Our goal is to find how, on the one hand, changes in the financial system affect the prospects for financial crises and, on the other hand, how the occurrence of financial crises shape the core elements of the financial system. We start by defining the financial crisis from three different perspectives. After it, we present the comprehensive history of financial crises that will allow us to continue by drawing some common patterns that are universal. Universal patterns in crises give us the ground for contemplating on some universal policy responses where we again follow different approaches. Taking into account the specifics of modern times and using the young and promising economy based on the blockchain, we are asking the question is this time different?. Analysis of initial development steps in the digital, trustless world gives us the basis for drawing parallels with the reality and the history. Our results suggest that there are many similarities throughout history and between the real and digital world. Instead of providing an exact answer on the question is this time different we conclude that there is a present strong feeling of Deja vu.
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Sokolowski, Richard D. "CRISPR RNA biogenesis by a Cas6 nuclease." Thesis, University of St Andrews, 2015. http://hdl.handle.net/10023/6861.
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Clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs) and associated (Cas) proteins form the basis of a prokaryotic adaptive immune system. Acquired sections of viral DNA are stored within the host genome as ‘spacers' flanked by ‘repeat' sequences. The CRISPR arrays are transcribed and processed to release mature CRISPR RNAs (crRNAs) – containing a single, intact spacer sequence – that are used by effector complexes to base-pair with matching hostile genetic elements and silence future infections. crRNA-biogenesis is thus an essential step within the defence pathway. Within Type I and III systems, the primary processing of the CRISPR transcript at repeat sites is performed almost exclusively by the CRISPR-specific riboendonuclease, Cas6. This thesis seeks to probe the catalytic mechanism of a Cas6 enzyme from the crenarchaeon Sulfolobus solfataricus (sso). Despite analogous generation of crRNA, ssoCas6 paralogues differ from previously characterised Cas6 examples in their lack of a canonical active site histidine residue. The work here builds on recent crystallographic evidence that the ssoCas6-1 paralogue unexpectedly adopts a dimeric conformation (PDB 3ZFV, 4ILR), to show that not only is the ssoCas6-1 dimer stable in solution but that this atypical arrangement is important to the activity of this particular enzyme. Furthermore, the ssoCas6-1 paralogue is shown to be the first in this family of endonucleases to employ multiple-turnover kinetics. The widespread diversity in Cas6 catalytic mechanisms reflects the plastic nature of the Cas6 active site and rapid co-evolution with substrate repeat sequences. The CRISPR/Cas environment within S. solfataricus is highly complex, containing three co-existing system types (Type I-A, III-A, III-B), five Cas6 paralogues and two families of CRISPR loci (AB and CD) that differ by repeat sequence. By probing the activity of an additional ssoCas6 paralogue (ssoCas6-3), which reveals different substrate specificities to those of ssoCas6-1, evidence emerges for functional coupling between ssoCas6 paralogues and downstream effector complexes, sufficient to regulate crRNA uptake and possibly even complex assembly.
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Zhu, Houxiang. "Optimal gRNA design of different CRISPR-Cas systems for DNA and RNA editing." Miami University / OhioLINK, 2019. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=miami1556307865151938.
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Abadou, Mostafa. "Le système bancaire marocain après la crise financière de 2008 : difficultés d’adaptation des techniques de régulation européennes et nécessité de mise en place des mécanismes adaptés." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2017. http://www.theses.fr/2017USPCB169.
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Pour remédier aux nombreuses insuffisances et défaillances constatées dans le système de régulation et de surveillance du secteur financier, post crise, de nombreuses réformes institutionnelles ont été réalisées à l'initiative des organismes et autorités de régulation bancaire et financière aussi bien au niveau national qu'au niveau international. Le Royaume du Maroc, en vertu de son statut avancé, signé en octobre 2008, a fait un réel effort pour réduire les différences entre les législations marocaine et européenne. Il a consenti à se rapprocher des normes européennes sur le plan législatif et réglementaire avec l'objectif d'être intégré au marché intérieur européen et de disposer d'une économie plus efficace. Toutefois, le système bancaire marocain ne semble pas adhérer aux changements induits par ce travail de convergence, si non il y a encore du chemin à faire dans ce sens et une convergence totale demandera, incontestablement, "des années"! Cette thèse tente d'examiner les difficultés d'adaptation des techniques de régulation européenne au système financier marocain à travers notamment, le système de régulation des banques marocaines, l'encadrement des mécanismes relevant du shadow banking et des opérations du marché des produits dérivés. Elle met l'accent sur les nombreux défis que cette industrie aura à relever dans les années à venir. Après une analyse des principales difficultés d'adaptation des techniques de régulation européennes au système financier marocain (Partie I), quelques solutions sont proposées, à savoir la finance islamique comme une finance complémentaire à la finance conventionnelle, l'inclusion financière comme une solution ayant pour finalité la réduction de la pauvreté et la création de postes d'emplois et le crowdfunding comme moyen de financement par le public de projet de création d'entreprise et solution au resserrement de crédit constaté après la crise de 2008 (Partie II)The extent of the 2008 financial crisis' diffusion gave rise to strenuous and far-reaching debates about international financial stability. In fact, the question of financial instituions' social responsability seen as a financial stability vector has become the center of every debate. Financial instituions' governance and risk management devices have not only highlighted the vulnerability of the banking system, but also its inability to deal with liquidity requirements. With no doubt,banks have not been cautions enough to evaluate the risks they were taking. After the crisis, many institutional reforms were carried out at the initiative of banking and financial regulatory authorities, both at national and international levels, to tackle the numerous shortcomings and deficiencies found in the financial sector's regulation and supervision system. Under the Advanced Status, signed in October 2008, the Kingdom of Morocco has tried hard to reduce the gap between the Moroccan and the European legislations. In fact, it has agreed to move closer to European standards on the legislative and regulatory level aiming to be more integrated into the European internal market and to have a more efficient economy. Nevertheless, the banking system doesn't seem to adhere to the changes that were induced by this convergence work. Thus, there is still some way to go in this direction, not to mention that such a total convergence would take "years"! This thesis attempts to examine the difficulties of adapting European regulatory techniques to the Moroccan financial system, particularly through the Moroccan banks' control system and the supervision of mechanisms that take place under the "Shadow Banking" and the derivative market. It emphasizes all of the challenges this industry will have to face in the coming years. After an analysis of the main difficulties of adapting European regulatory techniques to the Moroccan financial system (Part I), some solutions are suggested,namely Islamic finance as a complement to the conventional one, financial inclusion as a solution aiming to reduce poverty and create jobs, and "Crowdfunding" as a financing tool for the mass individual investors to back start up projects, and a solution to the credit tightening phenomenon after the crisis of 2008 (Part II)
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Arru, Maude. "Introduction de connaissances relatives aux comportements des populations dans les systèmes d'alerte précoce." Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019PSLED029.
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Cette thèse porte sur l'intégration de connaissances sur les comportements des populations dans la conception et l'évolution des systèmes d'alerte précoce, outils permettant de capter les signaux annonciateurs d'une crise pour les intégrer au cœur des processus de gestion de crise. L'objectif est, d'une part, de fournir un cadre de réflexion aux décideurs sur les questions de la sensibilisation des populations et de la prise en compte de leurs comportements en cas d'alerte, et, d'autre part, d'apporter une aide à la décision en cellule de crise sur les questions relatives à l'alerte et l'information aux populations, en proposant des éléments objectifs et contextualisés. Dans ces travaux, les comportements des populations sont considérés sous l'angle de leurs déterminants environnementaux et individuels, caractérisés par une liste d'indicateurs pouvant être utilisés dans les systèmes d'alerte précoce. Basée sur ces indicateurs, nous proposons une démarche pour la conception d'un outil d'aide à la décision structurée en quatre étapes : identification des connaissances, structuration et recueil des données, génération d'un modèle de décision, utilisation et mise à jour du modèle. La démarche s'inscrit dans une approche systémique fortement intégrée à son contexte de recherche, au carrefour entre positivisme et constructivisme. Elle répond à l'esprit du dispositif ORSEC (Organisation de la réponse de sécurité civile) réformé en 2004 par la loi de modernisation de la sécurité civile, qui fournit un cadre de réflexion et des recommandations générales sur la gestion de crise, transformant ainsi les approches précédentes, davantage orientées processus et scénariosThis thesis deals with the integration of knowledge on population behaviors in the design and evolution of early warning systems, tools that capture signals announcing a crisis and integrate them in the processes of crisis management. The objective is, on the one hand, to provide a framework of reflection to decision-makers on the issues of populations awarness and to take into account their behaviors in case of warning. On the other hand, the objective is to provide decision-making support in crisis cells on the issues related to the warnings and information of the populations, proposing objective and contextualized elements. In this work, population behaviors are considered in terms of environmental and individual determinants, characterized by a list of indicators that can be used in early warning systems. Based on these indicators, we propose an approach for the design of a decision support tool structured in four steps: identification of knowledge, data structuring and collection, decision model generation, model use and update. We use a systemic approach strongly integrated into the research context, at the crossroads between positivism and constructivism. It responds to the project of the ORSEC plan (Organization of the civil security response) reformed in 2004 by the Civil Security Modernization Act, which provides a framework for reflection and general recommendations on crisis management, thus transforming the previous approaches, more process-and-scenario-oriented
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Rowe, Andy (Andy Harold). "Managing a crisis : leadership and organizational elements essential for success." Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 2016. http://hdl.handle.net/1721.1/107363.
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Thesis: S.M. in Engineering and Management, Massachusetts Institute of Technology, School of Engineering, System Design and Management Program, Engineering and Management Program, 2016.Cataloged from PDF version of thesis.
Includes bibliographical references (pages 89-91).
Every organization will face a crisis at some point in its history. How well an organization handles the preparation, response and recovery from a crisis is highly dependent on the strength of its leadership and overall design. This thesis develops a framework of five leadership and seven organizational elements necessary for the evaluation of an organization's response during a crisis. Utilizing this framework, interviews were conducted with senior leaders of businesses that successfully navigated tremendous crisis situations. As a result of these interviews, I determined the leadership elements of a strong foundation of support, realistic analysis and a propensity to act had the greatest impact on the success or failure of a leader during a crisis. The organizational elements of leadership support, a strong shared vision, and the ability to think systemically were also determined essential to the effective handling of a crisis. Organizations should dedicate time and resources to cultivate the robust development of these elements as part of their crisis preparation.
by Andy Rowe.
S.M. in Engineering and Management
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Ansai, Satoshi. "Targeted mutagenesis in medaka using targetable nuclease systems." Kyoto University, 2016. http://hdl.handle.net/2433/215591.
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Kyoto University (京都大学)0048
新制・課程博士
博士(農学)
甲第19765号
農博第2161号
新制||農||1039(附属図書館)
学位論文||H28||N4981(農学部図書室)
32801
京都大学大学院農学研究科応用生物科学専攻
(主査)教授 佐藤 健司, 教授 澤山 茂樹, 准教授 田川 正朋
学位規則第4条第1項該当
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Zhu, Jiang. "PART I CRYSTAL STRUCTURE OF A DIMERIZATION DOMAIN OF DROSOPHILA CAPRIN. PART II CHARACTERIZATION OF TWO CAS13B CRISPR-CAS SYSTEMS FROM PORPHYROMONAS GINGIVALIS." OpenSIUC, 2018. https://opensiuc.lib.siu.edu/dissertations/1503.
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PART I: CRYSTAL STRUCTURE OF A DIMERIZATIO DOMAIN OF DROSOPHILA CAPRIN Drosophila Melanogaster Caprin (dCaprin) shares conversed HR1 domain with Caprin protein family members, which are RNA binding proteins that play critical roles in many important biological processes, such as synaptic plasticity, stress response, innate immune response and cellular proliferation. One of the Caprin protein family members, Caprin-1, is involved in the pathway of several human diseases, including breast cancer, neurodegenerative disorders, osteosarcoma, hearing loss, and viral infection. The functions of Caprin protein relies on their molecular interactions. Several direct interactions have been established between Caprin-1 and the Fragile X mental retardation protein (FMRP), Ras-GAP SH3 domain-binding protein 1 (G3BP1), and the Japanese encephalitis virus (JEV) core protein. We have determined the crystal structures of a fragment (residues 187-309) of Drosophila Melanogaster Caprin (dCaprin), which mediates homodimerization through a substantial interface created by a mainly alpha-helical fold. A larger hollow surface is created by homodimerization suggesting a protein binding groove. The FMRP binding should not affect dCaprin homodimerization for an integral alpha-helix in the dimeric dCaprein which formed by the FMRP interacting sequence motif. PART II: CHARACTERIZATION OF TWO TYPE VI-B CRESPR SYSTEMS: PGI5CAS1B AND PGI8CAS13B WHICH EFFECTOR PROTEINS ARE CAPABLE OF PROCESSING PRE-CRRNA INTO MATURE CRRNA CRISPR-Cas adaptive immune system protects microorganism from foreign nucleic acids invasion through endonucleases activity guided by RNA, which system has turned to a powerful genome editing tool applied to a multifold species, ranging from bacteria to human. Pgi5Cas13b and Pgi8Cas13b are identified by a computational sequence database mining approach, the CRISPR arrays lack of Cas1 and Cas2 encoding genes but contain a large candidate effector protein around 1,200 amino acids. They can be potentially classified as subtype VI-B CRISPR-Cas systems. We characterized the mature crRNA for Pgi5Cas13b and Pgi8Cas13b via Northern blot and small RNA sequencing. By EMSA (Electrophoretic mobility shift assay) experiments, we identified the binding constant between Pgi5Cas1b/Pgi8Cas13b and their corresponding crRNAs. The CRISPR loci of two of the Cas13b systems were cloned in pACYC vector and expressed in E. coli cells. Small RNAs were extracted and characterized by Northern Blotting and NGS (small RNA-seq) methods. The NGS results revealed the exact sequences of the crRNAs, which show a few new features not previously observed in other systems, including the longest spacer-derived sequences (32 and 31 nt), spacer-derived sequences flanking both ends of the full DR-derived sequence. The results also indicate different rules of pre-crRNA processing by the Pgi5Cas13b and Pgi8Cas13b systems. The characterization of these CRISPR systems extends the application of CRISPR based genome editing tools and promotes the development of single transcript manipulation tools.
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Martin, Fiona L. "Development of flavour in potato crisps and related model systems." Thesis, University of Reading, 2001. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.342147.
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Kobayashi, Yuki. "Etude de la relation entre les leaders politiques et techniques dans la gestion de l’accident de Fukushima Daiichi entre le 11 et 15 mars 2011." Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019PSLEM031/document.
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L’accident de Fukushima Daiichi (11 mars 2011) a questionné la capacité de résilience de l’industrie du nucléaire. Le retour d’expérience a permis de formuler des mesures tant pour la prévention que pour la gestion de crise. L’accent a tout particulièrement été mis sur la protection physique des installations. Délaissant de fait les dimensions humaine et organisationnelle, ou tout au moins en les réduisant aux facteurs classiquement connus. La lecture des rapports d’enquête et des témoignages, nous a conduit à étudier par le détail les relations intersectorielles et inter-organisationnelles qui se sont jouées et nouées entre les acteurs de la crise au plus fort de cette dernière, entre le 11 et le 15 mars 2011. Notre thèse vise à identifier, analyser et expliquer les différents mécanismes et processus de décision qui se sont créés et qui ont reconfigurés les relations et rapports préalablement institués entre les décideurs politiques et les gestionnaires de la crise sur siteThe Fukushima Daiichi accident (March 11 2011) raised questions about the capacity of resilience of the nuclear industry. Learning the experience enabled to take measures for prevention but also for crisis management. The focus was especially on the physical protection of facilities, neglecting the human and organizational dimensions or reducing the cause of the accident to classically known factors. Reading official reports of investigation and testimonies of stakeholders led us to study in detail intersectional and inter-organizational relations which developed between the actors during the management of the accident, in particular the beginning of the accident, between 11 and 15 March 2011. Our thesis aims to identify, analyze and explain the different mechanisms and decision-making processes which was created and which reconfigured the previously established relations between policy makers and managers of the crisis on site
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Brendel, Jutta [Verfasser]. "Charakterisierung der Prozessierungs-und Interferenzaktivität des CRISPR/Cas-Systems in Haloferax volcanii / Jutta Brendel." Ulm : Universität Ulm. Fakultät für Naturwissenschaften, 2014. http://d-nb.info/1053705611/34.
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Kelterborn, Simon. "Gen-Editierung von Photorezeptorgenen in der Grünalge Chlamydomonas reinhardtii mithilfe des CRISPR/Cas9-Systems." Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, 2020. http://dx.doi.org/10.18452/21903.
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Die Modifikation von Genen ist in den molekularen Biowissenschaften ein fundamentales Werkzeug, um die Funktion von Genen zu studieren (Reverse Genetik). Diese Arbeit hat erfolgreich Zinkfinger- und CRISPR/Cas9-Nukleasen für die Verwendung in C. reinhardtii etabliert, um Gene im Kerngenom gezielt auszuschalten und präzise zu verändern.
Basierend auf vorausgegangener Arbeit mit Zinkfingernukleasen (ZFN) konnte die Transformationseffizienz um das 300-fache verbessert werden, was die Inaktivierung von Genen auch in motilen Wildtyp-Zellen ermöglichte. Damit war es möglich, die Gene für das Kanalrhodopsin-1 (ChR1), Kanalrhodopsin-2 (ChR2) und das Chlamyopsin-1/2-Gen (COP1/2) einzeln und gemeinsam auszuschalten. Eine Analyse der Phototaxis in diesen Stämmen ergab, dass die Phototaxis durch Inaktivierung von ChR1 stärker beeinträchtigt ist als durch Inaktivierung von ChR2.
Um das CRISPR/Cas9-System zu verwenden, wurden die Transformationsbedingungen so angepasst und optimiert, dass der Cas9-gRNA-Komplex als in vitro hergestelltes Ribonukleoprotein in die Zellen transformiert wurde. Um die Bedingungen für präzise Genmodifikationen zu messen und zu verbessern, wurde das SNRK2.2-Gen als Reportergen für eine „Blau-Grün Test“ etabliert. Kleine Insertionen von bis zu 30 bp konnten mit kurzen Oligonukleotiden eingefügt werden, während größere Reportergene (mVenus, SNAP-Tag) mithilfe eines Donor-Plasmids generiert wurden. In dieser Arbeit konnten mehr als 20 nicht-selektierbare Gene – darunter 10 der 15 potenziellen Photorezeptorgene – mit einer durchschnittlichen Mutationsrate von 12,1 % inaktiviert werden.
Insgesamt zeigt diese Arbeit in umfassender Weise, wie Gen-Inaktivierungen und Modifikationen mithilfe von ZFNs und des CRISPR/Cas9-Systems in der Grünalge C. reinhardtii durchgeführt werden können. Außerdem bietet die Sammlung der zehn Photorezeptor-Knockouts eine aussichtsreiche Grundlage, um die Vielfalt der Photorezeptoren in C. reinhardtii zu erforschen.Gene editing is a fundamental tool in molecular biosciences in order to study the function of genes (reverse genetics). This study established zinc-finger and CRISPR/Cas9 nucleases for gene editing to target and inactivate the photoreceptor genes in C. reinhardtii. In continuation of previous work with designer zinc-finger nucleases (ZFN), the transformation efficiency could be improved 300-fold, which enabled the inactivation of genes in motile wild type cells. This made it possible to disrupt the Channelrhodopsin-1 (ChR1), Channelrhodopsin-2 (ChR2) and Chlamyopsin-1/2 (COP1/2) genes individually and in parallel. Phototaxis experiments in these strains revealed that the inactivation of ChR1 had a greater effect on phototaxis than the inactivation of ChR2. To apply the CRISPR/Cas9 system, the transformation conditions were adapted and optimized so that the Cas9-gRNA complex was successfully electroporated into the cells as an in vitro synthesized ribonucleoprotein. This approach enabled gene inactivations with CRISPR/Cas9 in C. reinhardtii. In order to measure and improve the conditions for precise gene modifications, the SNRK2.2 gene was established as a reporter gene for a ‘Blue-Green test’. Small insertions of up to 30 bp were inserted using short oligonucleotides, while larger reporter genes (mVenus, SNAP-tag) were integrated using donor plasmids. Throughout this study, more than 20 non-selectable genes were disrupted, including 10 of the photoreceptor genes, with an average mutation rate of 12,1 %. Overall, this work shows in a comprehensive way how gene inactivations and modifications can be performed in green alga C. reinhardtii using ZFNs or CRISPR/Cas9. In addition, the collection of the ten photoreceptor knockouts provides a promising source to investigate the diversity of photoreceptor genes in C. reinhardtii.
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Hille, Frank [Verfasser]. "Investigation of Spacer Acquisition Mechanisms in Type V-A CRISPR-Cas Systems / Frank Hille." Berlin : Humboldt-Universität zu Berlin, 2020. http://d-nb.info/1215570341/34.
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Salameh, Majd. "L'architecture du système bancaire comme source d'instabilité financière des économies émergentes : une proposition de régulation bancaire." Phd thesis, Université Nice Sophia Antipolis, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00986263.
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Au cours des siècles passés, la plupart des pays émergents, ont connu de graves crises bancaires. Depuis lors, ces pays nécessitent pour tant une attention particulière étant donné qu'ils sont caractérises par des marches financiers sous développes, une opacité accrue au sein de systèmes bancaires fragiles, un volume important de créances douteuses et litigieuses et parfois un environnement légal, institutionnel et réglementaire inadéquat. De là s'est posée la question sur le rôle de la réglementation bancaire comme un mécanisme indispensable pour prévenir le risque systémique, pour éviter les conséquences négatives de paniques et au maintien de la stabilité financière. Ce qui nous amène dans un premier temps, à étudier les causes et les facteurs explicatifs de la fragilité du système bancaire dans les pays émergents. Ensuite, nous citons une revue de la littérature théorique sur les fondements de la crise bancaire. Dans un second temps, nous présentons les fondements théoriques de la réglementation bancaire et son évolution. Suit à l'étude des aspects théoriques sur les fondements de la réglementation bancaire, nous allons étudier les effets de cadre réglementaire et du supervisons sur la probabilité d'occurrence des crises bancaires dans les pays émergents. Ensuite, nous effectuons une analyse descriptive des spécificités réglementaires et de supervision des secteurs bancaires dans les pays émergents, sur 21 pays d'Asie de l'Est, d'Europe et Asie centrale, et de Moyen orient et Afrique de Nord. Afin de compléter cette étude, nous réalisons un modèle Logit pour déterminer les variables explicatives de supervision et de réglementation qui expliquent le plus les crises bancaires.
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Rongier, Carine. "Gestion de la réponse à une crise par la performance : vers un outil d'aide à la décision. Application à l'humanitaire." Thesis, Toulouse, INPT, 2012. http://www.theses.fr/2012INPT0110/document.
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Il ne passe pas une semaine sans que l'on entende les termes « crise », « catastrophe » ou « désastre ». Ces notions font donc maintenant partie de notre quotidien, mais connaît- n vraiment leur signification. Sait-on réagir face à ces situations, et surtout comment peut- n être sûrs de les résoudre de la façon la plus performante possible ? Ces interrogations sont le point de départ de ce travail. En effet, nos recherches ont consisté à mettre en œuvre une méthode pour aider les acteurs d'une crise à mieux contrôler la réponse à apporter pour la résoudre. Lors de la survenu d'une crise, quelle qu'elle soit, le système est déstabilisé, il faut donc réagir vite afin de revenir à une situation stable. Or, actuellement les décideurs ne disposent pas de suffisamment d'éléments (1) pour prendre des décisions sereinement et (2) pour suivre l'impact de leur décision. C'est pour pallier ce manque que nous avons développé une méthode d'évaluation de performance qui permet aux décideurs de suivre et d'évaluer, selon les critères qu'ils ont définis, de façon précise le déroulement de la réponse à la crise. Ainsi les décideurs peuvent réagir, c'est-à-dire prendre une décision a posteriori, lorsqu'ils découvrent un problème dans la réponse et également anticiper, c'est-à-dire, prendre une décision a priori avant même que le problème ait lieu, en se fondant sur des prévisions renseignant sur l'état futur de la crise. Ces travaux ont un intérêt d'un point de vue académique étant donné qu'ils se positionnent sur une problématique en plein essor dans la recherche et d'un point de vue opérationnel car la méthode mise en oeuvre répond à un réel besoin émis par des acteurs de la réponse aux crises. De plus, comme le montre le dernier chapitre, nos travaux sont déjà applicables. Ce sujet est donc utile à tous, puisque chacun peut être victime d'une crise et en particulier aux acteurs de la gestion de crise qui y sont confrontés quotidiennementDuring a crisis, the main goal for decision-makers consists in restoring a stabilized nominal mode. The stakeholders face considerable pressure and drastic constraints in response time and coordination. This study proposes a method to support these stakeholders in making responsive and accurate decisions while carrying out a performance evaluation of the activities run during the crisis response process. This method is composed of four steps: (1) characterization of the crisis response system, (2) selection of system components to evaluate in priority, (3) determination of performance dimensions to consider and (4) creation of indicators. Currently, performance evaluation is only used subsequent to a crisis, due to difficulties in gathering and aggregating information into trustable performance indicators. This paper proposes a method to obtain a relevant and dynamic decision-support system. Decision-makers will use it to resolve the crisis based on performance evaluation, in addition to the essential experience they undergo. A case study of crisis management within the French Red Cross non-governmental organization is developed, through a web-based prototype, in order to explain how performance indicators can both support crisis response management and also improve the collaboration of stakeholders
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Hirosawa, Moe. "Cell-type-specific genome editing with a microRNA-responsive CRISPR-Cas9 switch." Kyoto University, 2019. http://hdl.handle.net/2433/242421.
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Amai, Takamitsu. "Development of genome editing technology of mitochondrial DNA in Saccharomyces cerevisiae." Doctoral thesis, Kyoto University, 2021. http://hdl.handle.net/2433/263707.
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Voss, Christopher. "Connecting our nation's Crisis Information Management Systems." Thesis, Monterey, Calif. : Naval Postgraduate School, 2008. http://edocs.nps.edu/npspubs/scholarly/theses/2008/Dec/08Dec%5FVoss.pdf.
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Thesis (M.A. in Security Studies (Homeland Security and Defense))--Naval Postgraduate School, December 2008.Thesis Advisor(s): Bergin, Richard. "December 2008." Description based on title screen as viewed on February 6, 2009. Includes bibliographical references (p. 65-66). Also available in print.
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Mounoussamy, Julie. "Fondements théoriques et empiriques des crises monétaires." Thesis, La Réunion, 2017. http://www.theses.fr/2017LARE0026.
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Les crises monétaires sont les premières crises financières de l'histoire économique. Elles se traduisent par l'élimination ou la substitution des monnaies nationales. L'objectif de cette thèse est de poser les fondements théoriques et empiriques des crises monétaires, mais également de proposer un cadre de prévention de ce type de crise qui sévit en zone euro depuis 2008. Les débats économiques et politiques actuels autour des questions de désintégration monétaire témoignent de la persistance et de l'ampleur de la crise, où la légitimité et la souveraineté de la monnaie unique est menacée à moyen long terme. Les divers plans de sauvetage et les politiques d'austérité dans les pays-membres en difficulté ne sont que les conséquences et les coûts directs d'une telle crise. Ces derniers doivent interpeller les autorités de supervision à une plus grande vigilance, ainsi qu'à une politique de prévention plus avisée. L'objectif de cette thèse est double : dans une première partie, nous analysons le concept, les fondements historiques et théoriques des crises monétaires, puis dressons une typologie de celles-ci. Dans une seconde partie, nous apportons une contribution empirique relative aux déterminants des crises monétaires en zone euro et proposons un outil de prévention des crises monétaires, grâce à la mise en place d'un système d'alerte avancée (Early Warning System), par l'approche économétrique de type logit multinomial. Pour ce faire, la détection et la mesure des mésalignements des taux de change réels à l'intérieur de la zone euro est cruciale, puisqu'il constitue l'indicateur premier des crises monétaires. L'estimation des taux de change d'équilibre permettent ainsi d'apprécier la sur ou sous-évaluation des monnaies, indispensable à la mise en place d'un système d'alerte avancée, à des fins de prévention des crises monétairesMonetary crises are the first financial crises in economic history, which result in the elimination or substitution of national currencies. The aim of this thesis is to study the theoretical and empirical foundations of monetary crises. Furthermore, a framework for the prevention of such crises, raging in the Euro zone since 2008, is provided. The current economic and political debates about this issue reflect the persistence and the extent of this crisis, in which the Euro's legitimacy and sovereignty is threatened in the medium term. The various rescue plans and austerity policies in troubled member states are direct consequences and costs of this crisis. Consequently, supervisory authorities need to be more vigilant in strengthening their prevention policy. The purpose of this thesis is twofold: in the first part, we analyze the concept, the historical and theoretical foundations of monetary crises, and then develop a typology of them. In the second part, we provide an empirical contribution on the determinants of monetary crises in the euro area and propose a tool for preventing currency crises by setting up an Early Warning System, through the econometric approach of the multinomial logit model. As the primary indicator of monetary crises, the detection and measurement of real exchange rate misalignments within the euro area is decisive. The equilibrium exchange rates estimation allows the assessment of currency over- or undervaluation, which is essential for the implementation of an early warning system
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Mosqueira, Diogo. "Disease modeling hypertrophic cardiomyopathy using CRISPR/Cas9 genome editing technology in human pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes." Thesis, University of Nottingham, 2018. http://eprints.nottingham.ac.uk/51359/.
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Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is a prevalent genetic cardiovascular disease affecting 1:500 individuals whose cardiac function is deteriorated due to thickening of the left ventricle of the heart, mostly owing to mutations in sarcomeric genes. Modeling HCM in vitro using human pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes (hPSC-CM) offers promise to further investigate the disease mechanisms, towards the development of effective drugs. Herein, nickase CRISPR/Cas9 genome editing technology was harnessed to introduce the R453C pathological mutation in the MYH7 sarcomeric gene, in three healthy hPSC lines. Monoclonal hPSC lines generated displayed the mutation in one or both alleles, as confirmed by PCR-genotyping and Sanger sequencing. A monolayer cardiac differentiation protocol was applied to the generated hPSC lines, resulting in >90% cardiomyocyte purities, and expression of mutant allele(s) of the MYH7 gene was analysed by RT-PCR. High-content imaging analysis showed that mutant hPSC-CMs displayed higher expression of hypertrophic marker Brain Natriuretic Peptide (BNP), in comparison to isogenic controls. BNP expression was maximised by treatment with hypertrophic inducer Endothelin-1 and rescued by its antagonist Bosentan. Flow cytometry analysis revealed a mild increase in cell volume of mutant cardiomyocytes relative to their wild-type controls. Functional evaluation of gene-edited lines exposed higher mitochondrial respiration rates relative to the isogenic controls, with the same mitochondrial content, resulting in a trend towards oxidative stress. Further genome engineering to incorporate a calcium indicator in R453C-MYH7 lines enabled confocal line analysis of calcium transients. MYH7-mutant hPSC-CMs exhibited higher frequency of irregular events in comparison to the healthy control, faster calcium kinetics, and higher resting cytosolic calcium concentration. Integration of hPSC-CMs in Engineered Heart Tissues (EHTs) and subsequent analysis of contractile force showed that mutant lines had a hypo-contractile and negative clinotropic phenotype relative to their isogenic controls. Moreover, R453C-MYH7 hEHTs showed a more pronounced negative force-frequency relationship in comparison with the healthy lines. These phenotypes were not rescued by treatment with cardiac myosin activator Omecamtiv Mecarbil, suggesting that targeting other mechanisms indirectly related with the contractile apparatus may be a preferred route to attenuate the observed pathological changes. Finally, transcriptomic analysis of gene-edited lines showed up-regulation of genes associated with fetal gene program, hypertrophy, fibrosis, apoptosis and autophagy, indicating potential molecular mechanisms associated with the observed phenotypes and HCM progression. Overall, hPSC-CMs bearing the R453C-MYH7 mutation exhibit the main molecular and functional hallmarks of HCM, providing a physiologically-relevant platform that enables further dissection of disease mechanisms and promotes pharmacological intervention.
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Santos, Daniel Soares. "Quality Evaluation Model for Crisis and Emergency Management Systems-of-Systems." Universidade de São Paulo, 2017. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/55/55134/tde-10072017-162919/.
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Systems-of-Systems (SoS) have performed an important and even essential role to the whole society and refer to complex softwareintensive systems, resulted from interoperability of independent constituent systems that work together to achieve more complex missions. SoS have emerged specially in critical application domains and, therefore, high level of quality must be assured during their development and evolution. However, dealing with quality of SoS still presents great challenges, as SoS present a set of unique characteristics that can directly affect the quality of such systems. Moreover, there are not comprehensive models that can support the quality evaluation of SoS. Motivated by this scenario, the main contribution of this Masters project is to present a SoS Evaluation Model, more specifically, addressing the crisis/emergency management domain, built in the context of a large international research project. The proposed model covers important evaluation activities and considers all SoS characteristics and challenges not usually addressed by other models. This model was applied to evaluate a crisis/emergency management SoS and our results have shown it viability to the effective management of the SoS quality.Sistemas-de-Sistemas (SoS, do inglês Systems-of-Systems) realizam um importante e até essencial papel na sociedade. Referem-se a complexos sistemas intensivos em software, resultado da interoperabilidade de sistemas constituintes independentes que trabalham juntos para realizar missões mais complexas. SoS têm emergido especialmente em domínios de aplicação crítica, portanto, um alto nível de qualidade deve ser garantido durante seu desenvolvimento e evolução. Entretanto, lidar com qualidade em SoS ainda apresenta grandes desafios, uma vez que possuem um conjunto de características únicas que podem diretamente afetar a qualidade desses sistemas. Além disso, não existem modelos abrangentes para o suporte à avaliação de qualidade de SoS. Motivado por este cenário, a principal contribuição deste projeto de mestrado é apresentar um modelo de avaliação para SoS, especialmente destinado ao domínio de gerenciamento de crises e emergências. Este modelo foi construído no contexto de um grande projeto de pesquisa internacional, e cobre as mais importantes atividades de avaliação, considerando as principais características e desafios de SoS geralmente não abordados por outros modelos. Este modelo foi aplicado na avaliação de um SoS de gerenciamento de crises e emergência, e nossos resultados têm mostrado sua viabilidade para o efetivo gerenciamento da qualidade de SoS.
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Angora, Ette Alain. "Système d'alerte avancée des crises bancaires : une approche fondée sur les modèles multinomiaux." Limoges, 2009. http://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/91e1401e-5970-495f-b8c5-933f2f7484ce/blobholder:0/2009LIMO1003.pdf.
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Cette thèse s'inscrit dans le prolongement des Systèmes d'Alerte Avancée (Early Warning System) des crises bancaires fondés sur une approche économétrique logit multinomiale. L'objectif de la thèse est double : dans une première partie, nous analysons le concept, les déterminants et les fondements théorique de la crise bancaire dans un contexte général. De ce fait, nous définissons un cadre d' analyse propice à la mise en oeuvre d'une politique de prévention de crise. Dans une seconde partie, en nous appuyant sur ce cadre d'analyse, nous apportons une contribution aux techniques de prédiction des crises bancaires. L' originalité de la thèse se situe dans l'utilisation des modèles Logit multinomiaux comme outil de prédiction des crises bancaires. A partir de deux études empiriques, nous mettons en évidence trois principaux résultats : premièrement, nous montrons que la prise en compte des lspécificités des banquesen terme de ratios comptables améliore la prédiction des crises bancaires. Deuxièmement, nous décelons la présence d'un biais lié au repérage des crises. Ce biais est mis en évidence lorsqu' on prend en compte les périodes qui précèdent ou qui succèdent à un épisode de crise, et qui ne sont ni des périodes de tranquillité ni des périodes de crise. Troisièmement, nous proposons un cadre de surveillance des systèmes bancaires qui consiste à attribuer des notes en termes de niveau de fragilité. Sur cette base, nous montrons par exemple, que les crises bancaires les plus sévères qui se sont produites au Brésil et au Mexique en 1994 et en Asie du Sud-est en 1997, succèdent à des périodes de fragilité très importanteThis thesis is an extension of Early Warning Systems of banking crises based on an econometric multinomial logit approach. The aim of the thesis is twofold : in the first part we analyse the concept , determinants and the theorical foundations of the banking crises in a general context. Therefor, we define an analytical frame work,for the implementation of a policy of crisis prevention. In the second part, building on this framework we provide a technical contribution to the prediction of banking crises. The originality of the thesis lies in use of the multinomial logit models as a tool for predicting banking crises. Starting from two empirical studies, we highlight three major results : first, we show that taking into account the specificities of banks in terms of accounting ratios improves the prediction of banking crises. Secondly, we detect the presence of a bias in the identification of crises. This bias is revealed when one takes into account the periods before or after a period of crisis. Thirdly, we propose a frame work of monitoring the banking system which consists in assigning scores to the level of fragility. We show that the most severe banking crises that havce occured in Brazil and Mexico in1994 , and in South asia in 1997, follow periods of very high fragility
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Lallement, Guy. "Implication du système glutamatergique au cours des crises convulsives provoquées par le soman : relation avec le système cholinergique." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1992. http://www.theses.fr/1992GRE18010.
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Kelterborn, Simon [Verfasser]. "Gen-Editierung von Photorezeptorgenen in der Grünalge Chlamydomonas reinhardtii mithilfe des CRISPR/Cas9-Systems / Simon Kelterborn." Berlin : Humboldt-Universität zu Berlin, 2020. http://d-nb.info/1221128914/34.
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