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Kuha, Jonna, Marko Järvinen, Pauliina Salmi, and Juha Karjalainen. "Calibration of in situ chlorophyll fluorometers for organic matter." Hydrobiologia 847, no. 21 (November 5, 2019): 4377–87. http://dx.doi.org/10.1007/s10750-019-04086-z.
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AbstractOrganic matter (OM) other than living phytoplankton is known to affect fluorometric in situ assessments of chlorophyll in lakes. For this reason, calibrating fluorometric measurements for OM error is important. In this study, chlorophyll (Chl) fluorescence was measured in situ in multiple Finnish lakes using two sondes equipped with Chl fluorometers (ex.470/em.650–700 nm). OM absorbance (A420) was measured from water samples, and one of the two sondes was also equipped with in situ fluorometer for OM (ex.350/em.430 nm). The sonde with Chl and OM fluorometers was also deployed continuously on an automated water quality monitoring station on Lake Konnevesi. For data from multiple lakes, inclusion of water colour estimates into the calibration model improved the predictability of Chl assessments markedly. When OM absorbance or in situ OM fluorescence was used in the calibration model, predictability between the in situ Chl and laboratory Chl a assessments was also enhanced. However, correction was not superior to the one done with the water colour estimate. Our results demonstrated that correction with water colour assessments or in situ measurements of OM fluorescence offers practical means to overcome the variation due to OM when assessing Chl in humic lakes in situ.
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Marquezin, Cássia Alessandra, and Bruna Eduarda Darolt Mucke. "Anisotropia de fluorescência da sonda AHBA em lipossomas de misturas lipídicas e contendo colesterol." Revista Brasileira de Física Médica 18 (February 23, 2024): 755. http://dx.doi.org/10.29384/rbfm.2024.v18.19849001755.
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Sondas fluorescentes hidrofóbicas no estudo de membranas modelo têm sido amplamente utilizadas, pois apresentam dinâmicas rotacionais diferentes para diversos ambientes lipídicos, sendo capazes de monitorar a fluidez da bicamada lipídica e os mecanismos dependentes deste fator. Entretanto, a eficácia do uso de sondas fluorescentes anfipáticas deve ser avaliada uma vez que a localização dessas sondas na membrana pode causar uma falha no monitoramento do empacotamento das cadeias graxas. Foram apresentados, neste trabalho, resultados da fluorescência estática da sonda AHBA (2-Amino-N-hexadecilbenzamida) utilizada em estudos do comportamento de fase de vesículas lipídicas (lipossomas) formadas por misturas lipídicas e contendo colesterol. Foram variados, na produção dos lipossomas, o comprimento da cadeia hidrocarbônica dos lipídeos, bem como o tipo de cabeça polar: fosfatidilcolina (PC) e fosfatidilglicerol (PG). Parâmetros como intensidade de fluorescência, deslocamento espectral e anisotropia estática foram obtidos para o AHBA, inserido nas diferentes bicamadas lipídicas. A anisotropia estática se mostrou o parâmetro mais adequado no monitoramento da transição da fase gel para a fase fluida da bicamada, detectando ainda a presença de colesterol no sistema, enquanto os resultados de deslocamento espectral mostraram que o AHBA possui baixa sensibilidade a alterações de polaridade discretas no ambiente ao seu redor.
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Briones-Vázquez, Cristian Alain, and Alejandro Álvarez-Hernández. "Sondas fluorescentes, una revisión general: propiedades, diseño y aplicaciones." Pädi Boletín Científico de Ciencias Básicas e Ingenierías del ICBI 9, no. 17 (July 5, 2021): 9–16. http://dx.doi.org/10.29057/icbi.v9i17.7143.
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Las sondas fluorescentes son compuestos químicos que presentan el fenómeno óptico de fluorescencia y son utilizados en la detección cualitativa y/o cuantitativa de una gran variedad de analitos. En consecuencia, se han convertido en una herramienta eficiente para la obtención de información dinámica sobre la localización y cuantificación de moléculas de interés. En este artículo, se describen conceptos generales alrededor de las sondas fluorescentes: historia, propiedades químicas y físicas, equipos de detección, características estructurales para el diseño y síntesis, mecanismos de acción frente a los analitos y algunas aplicaciones en el área de polímeros (elucidación de mecanismos, determinación de cinética, observación de cambios de morfología, etc.), en la obtención de imagen de tejidos y/o células en tiempo real en el área médico-biológica y en la detección de especies químicas potencialmente tóxicos, relacionados con la contaminación del medio ambiente
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Jullien, Ludovic, and Arnaud Gautier. "Des sondes fluorescentes hybrides pour l’imagerie « à la demande » des protéines cellulaires." médecine/sciences 33, no. 6–7 (June 2017): 576–78. http://dx.doi.org/10.1051/medsci/20173306006.
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Khamis, K., C. Bradley, H. J. Gunter, G. Basevi, R. Stevens, and D. M. Hannah. "Calibration of an in-situ fluorescence-based sensor platform for reliable BOD5 measurement in wastewater." Water Science and Technology 83, no. 12 (May 21, 2021): 3075–91. http://dx.doi.org/10.2166/wst.2021.197.
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Abstract Reliance on biochemical oxygen demand (BOD5) as an indicator of wastewater quality has hindered the development of efficient process control due to the associated uncertainty and lag-times. Surrogate measurements have been proposed, with fluorescence spectroscopy a promising technique. Yet, assessment of in-situ fluorescence sensors across multiple wastewater treatment plants (WwTPs), and at different treatment stages, is limited. In this study a multi-parameter sonde (two fluorescence peaks, turbidity, temperature and electrical conductivity) was used to provide a BOD5 surrogate measurement. The sonde was deployed at three WwTPs, on post primary settlement tanks (PST) and final effluent (FE). Triplicate laboratory measurements of BOD5, from independent laboratories were used to calibrate the sensor, with high variability apparent for FE samples. Site and process specific sensor calibrations yielded the best results (R2cv = 0.76–0.86; 10-fold cross-validation) and mean BOD5 of the three laboratory measurements improved FE calibration. When combining PST sites a reasonable calibration was still achieved (R2cv = 0.67) suggesting transfer of sensors between WwTPs may be possible. This study highlights the potential to use online optical sensors as robust BOD5 surrogates in WwTPs. However, careful calibration (i.e. replicated BOD5 measurements) is required for FE as laboratory measurements can be associated with high uncertainty.
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Silveira, Leonardo R. "Considerações críticas e metodológicas na determinação de espécies reativas de oxigênio e nitrogênio em células musculares durante contrações." Arquivos Brasileiros de Endocrinologia & Metabologia 48, no. 6 (December 2004): 812–22. http://dx.doi.org/10.1590/s0004-27302004000600006.
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Uma excessiva produção de espécies reativas pode ser prejudicial, superando a capacidade antioxidante e conduzindo a um desequilíbrio redox. A maioria das evidências da formação de espécies reativas em células musculares são "indiretas", ao passo que as evidências "diretas" ainda são escassas. As razões para este fato são múltiplas. Esta revisão sugere a utilização de sondas fluorescentes como DCFH (reativa ao H2O2), DAF-2 (reativa ao NO) e fluoróforo nitróxido (reativa ao O2·-) para determinação dessas espécies. Em adição, o presente estudo sugere que: 1) as medidas "indiretas" de ataque oxidativo em amostras sangüíneas não necessariamente refletem o ataque oxidativo ocorrido nas células musculares; 2) amostras de músculos isolados e homogenatos podem apresentar uma grande quantidade de tecido vascular contendo células endoteliais, hemácias e leucócitos, os quais podem gerar EROs e NO, dificultando a interpretação dos resultados; 3) as sondas fluorescentes DCFH-DA/DCFH, DAF-2-DA/DAF-2 e nitróxido são sensíveis na detecção do H2O2, NO e O2·- respectivamente, em tecido muscular durante contrações; 4) como método alternativo no estudo da produção de EROs e NO em músculo esquelético, culturas de células musculares e fibra muscular isolada são indicados como modelos experimentais.
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Costa, O. J. S., D. S. Almeida, S. C. C. Pinto, R. M. Chaves, L. M. Laskoski, and F. A. Souza. "Insulina e IGF-1 no meio extensor de criopreservação seminal bovina." Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia 72, no. 3 (May 2020): 664–72. http://dx.doi.org/10.1590/1678-4162-11291.
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RESUMO Objetivou-se avaliar a condição metabólica e estrutural das células espermáticas bovinas após congelação, com adição prévia de IGF-I e insulina no meio diluidor seminal. Os ejaculados de seis touros Nelore foram submetidos a quatro tratamentos: controle; insulina (100µUI/mL); IGF-I (150ng/mL) e insulina + IGF-I (50µUI/mL e 75ng/mL, respectivamente). Após a congelação, realizaram-se os testes de termorresistência rápida, coloração pelo corante azul de tripan e Giemsa, além da análise computadorizada da motilidade espermática, da integridade das membranas plasmática e acrossomal, e da peça intermediária por meio de sondas fluorescentes. O teste de termorresistência rápida apresentou efeito dentro do tempo de cada tratamento, mas não entre os tratamentos. Na análise computadorizada da motilidade espermática, foram observados movimento, motilidade e velocidade espermáticos; não houve efeitos dos tratamentos sobre qualquer uma dessas variáveis. Respostas iguais foram obtidas com as sondas fluorescentes e o corante azul de tripan/Giemsa. A adição de insulina e IGF-I, de forma isolada ou combinada, ao meio diluidor para congelação de sêmen não produziu efeitos sobre as condições metabólica e estrutural das células espermáticas.
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Evangelista, L. S. Melo, Y. N. T. Carvalho, M. A. Castelo Branco, L. H. C. M. Mota, F. P. S. Barçante, I. O. T. Souza, T. S. Câmara, and J. A. T. Souza. "Avaliação in vitro do sêmen criopreservado de cães naturalmente infectados por Leishmania sp." Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia 68, no. 3 (June 2016): 651–57. http://dx.doi.org/10.1590/1678-4162-8753.
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RESUMO O objetivo deste trabalho foi avaliar a qualidade in vitro do sêmen criopreservado de cães naturalmente infectados por Leishmania sp. Foram coletadas amostras de sêmen de 12 cães, sendo seis positivos (GI) e seis negativos (GII) para leishmaniose visceral (LV), semanalmente, totalizando quatro coletas por animal. O sêmen criopreservado foi avaliado pelo teste de termorresistência rápida (TTR), nos tempos zero, 30 e 60 minutos, pela análise computadorizada (CASA) e por meio de sondas fluorescentes; esta última técnica com o intuito de avaliar a integridade das membranas espermáticas. Houve diferença estatística pela técnica de TTR no parâmetro motilidade progressiva, no tempo 0min (68,33% GI e 72,50% GII), e no vigor espermático (2,67 GI e 3,0 GII), no tempo 30min. Quanto ao CASA, houve diferença estatística apenas na motilidade total (27,50% GI e 57,08% GII), embora os demais parâmetros seminais tenham apresentado valores relativos diminuídos nos cães do GI. Nas análises com sondas fluorescentes, foram observadas diferenças estatísticas entre os grupos quanto à integridade das membranas plasmática e acrossomal e ao potencial mitocondrial das células espermáticas. Concluiu-se que a LV pode comprometer a qualidade do sêmen criopreservado de cães parasitados.
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Silva, Jéssica Barata da, Thayse Cristine Melo Benathar, Cleusa Yoshiko Nagamachi, Lena Geise, and Julio César Pieczarka. "Evolução cromossômica em morcegos neotropicais da Subfamília Glossophaginae, tribo Choeronycterini (Chiroptera, Phyllostomidae)." Semina: Ciências Biológicas e da Saúde 38, no. 1supl (February 16, 2018): 170. http://dx.doi.org/10.5433/1679-0367.2017v38n1suplp170.
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Estudos recentes revelaram que a evolução molecular da tribo Choeronycterini (Glossophaginae) está entre as mais rápidas da família Phyllostomidae. A elucidação dos rearranjos cromossômicos por mapeamento genômico comparativo usando pintura cromossômica multidirecional, pode mostrar como a evolução cromossômica desta tribo ocorreu, seguindo ou não a rápida evolução molecular destes táxons. Além disso, devido a diversidade de espécies e cromossomos de morcegos filostomídeos da região Neotropical, é importante a investigação de possíveis variações intraespecíficas. O presente trabalho objetiva realizar estudos de evolução cromossômica por meio de citogenética clássica e molecular em Anoura geoffroyi (AGE), Anoura caudifer (ACA) e Choeroniscus minor (CMI) provenientes da Amazônia e Mata Atlântica. Cromossomos metafásicos obtidos a partir da medula óssea foram submetidos a bandeamentos G e C, Hibridização in situ Fluorescente (FISH) com sondas de cromossomos totais de Phyllostomus hastatus (PHA) e Carollia brevicauda (CBR). Os dados obtidos no presente trabalho são parciais, onde AGE e ACA apresentaram 2n=30, NF=54 e 56 respectivamente. CMI apresentou 2n=24, NF=44. A pintura cromossômica multidirecional usando sondas de PHA e CBR revelaram 28 e 30 segmentos conservados respectivamente em AGE. Foram hibridizadas até o presente momento 13 sondas de PHA e 11 sondas de CBR em ACA, tendo sido encontrados 21 segmentos conservados para ambas sondas. A pintura cromossômica parcial de CMI revelou 15 e 16 segmentos sintênicos de PHA e CBR, respectivamente. Os cariótipos de AGE e ACA diferem apenas por uma inversão no par 14, corroborando o conservadorismo cromossômico para o gênero Anoura. Dados da literatura mostram que os espécimes de CMI da Amazônia apresentam 2n=20 e NF=36. Assim o cariótipo do presente trabalho é inédito para esta espécie, além de ser o primeiro cariótipo de um espécime macho. A análise parcial da pintura cromossômica mostra que a associação PHA 11/12 está presente nas três espécies analisadas, podendo ser uma assinatura cromossômica para tribo. O estudo comparativo das diferentes espécies estudadas com os dados disponíveis na literatura poderá elucidar os rearranjos cromossômicos envolvidos na diferenciação cariotípica do grupo, além de fornecer caracteres citogenéticos para construção de filogenias consistentes.
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Souza, Marcelo Santos de, Rafael Kretschmer, Suziane Alves Barcellos, Alice Lemos Costa, Edivaldo Herculano de Oliveira, Marcelo B. Cioffi, Analia Del Valle Garnero, and Ricardo Jose Gunski. "Distribuição de sequências repetitivas no genoma de duas espécies da ordem Caprimulgiformes (Aves) evidenciado por hibridização in situ fluorescente." Semina: Ciências Biológicas e da Saúde 38, no. 1supl (February 16, 2018): 153. http://dx.doi.org/10.5433/1679-0367.2017v38n1suplp153.
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Apesar da pequena quantidade de Sequências Repetitivas (SRs) no genoma das aves, estas apresentam uma grande importância para diversidade genética dessa classe. Dentre os SRs destacam-se os microssatélites e clusters de rDNA18s. Assim o objetivo desse trabalho foi identificar os sítios das sequências rDNA18s e o acúmulo de algumas sequências microssatélites no genoma das espécies Nyctibius griseus (NGR) 2n=86 e Hydropsalis torquata (HTO) 2n=74. As preparações cromossômicas foram obtidas através de cultura de fibroblastos e cultura de curta duração de medula óssea. Para identificação de heterocromatina constitutiva aplicou-se a técnica de bandeamento C, e nos experimentos de FISH utilizaram-se sondas (CGG)10, (CAC)10, (CA)15 (CAA)10, (CAG)10 e (GAG)10 marcadas diretamente com avidina-CY3. No bandeamento C observou-se que o cromossomo W de NGR possui o mesmo tamanho e morfologia do cromossomo Z, porém totalmente heterocromático localizando-se entre os pares 3 e 4. As sequências (CAA)10 apresentam-se acumuladas na região pericentromérica do braço longo do cromossomo W de NGR, além de alguns microcromossomos. (CAG)10 também marcou um grande bloco na região pericentromérica, porém na região proximal do braço curto do mesmo cromossomo. E (GAG)10 se distribuiu pelas regiões intersticiais dos braços p e q e na extremidade do braço q do cromossomo W de NGR. Essas três sondas não apresentaram marcações positivas no genoma de HTO. A sequência (CGG)10 foi acumulada preferencialmente em microcromossomos nas duas espécies, porém em NGR percebe-se um acúmulo elevado na região pericentromérica do cromossomo W. As sondas (CAA)10 e (CA)15 hibridizaram nas regiões adjuntas aos telômeros de quase todos os microcromossomos, contudo nas duas espécies foi possível observar um particular acúmulo dessas sequências também na região pericentromética (p) do 5º par do complemento cromossômico. Nessas espécies, os clusters ribossomais estão localizados em um par de microcromossomos, assim como em espécies basais da classe Aves. Embora NGR e HTO pertençam a mesma ordem ambas demonstram diferentes estágios de acúmulo de SRs. Em NGR ainda destaca-se o cromossomo W, sendo possível inferir que o mesmo passou por um processo de acúmulo de sequências repetitivas, o que explicaria o tamanho deste cromossomo, fato incomum para as aves.
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Ibiapino, Amália, Miguel García, Mihai Costea, Saša Stefanovi?, and Marcelo Guerra. "FISH e GISH revelam diferentes eventos de hibridização interespecífica entre Cuscuta denticulata e C. nevadensis (Convolvulaceae)." Semina: Ciências Biológicas e da Saúde 38, no. 1supl (February 16, 2018): 174. http://dx.doi.org/10.5433/1679-0367.2017v38n1suplp174.
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Eventos de hibridização interespecífica são importantes na evolução de diversas famílias de angiospermas. No gênero Cuscuta (Convolvulaceae), seção Denticulata, há apenas três espécies, duas diploides: C. denticulata Engelm. e C. nevadensis I.M. Johnst., ambas com 2n = 30) e uma tetraploide (C. veatchii Brandegee, 2n = 60). Recentemente, foi encontrada uma outra espécie tetraploide, denominada provisoriamente de C. psorothamnensis (2n = 60). Estudos moleculares sugerem que tanto C. veatchii quanto C. psorothamnensis teriam se originado de hibridização interespecífica entre C. denticulata e C. nevadensis. Para testar citologicamente essa hipótese foi realizada hibridização in situ fluorescente com sondas genômicas (GISH) dos dois supostos ancestrais diploides e com sondas de DNA ribossomal 5S e 35S (FISH) para identificar o número e posição desses sítios. A análise de GISH em C. veatchii revelou 30 cromossomos marcados mais fortemente com o DNA de C. denticulata, enquanto os 30 cromossomos restantes marcaram mais fortemente com a sonda genômica de C. nevadensis. Em C. psorothamnensis, pouco menos de 30 cromossomos marcaram com o DNA de C. denticulata ou com o DNA de C. nevadensis e alguns cromossomos pareceram não marcar com nenhuma das duas sondas. A FISH com DNAr revelou os seguintes números de sítios: C. denticulata, 2 (5S) + 2 (35S); C. nevadensis, 6 5S + 10 35S; C. veatchii, 6 (5S) + 4 (35S); C. psorothamnensis, 4 (5S) + 4 (35S). Variação no número de sítios de DNAr foi encontrada em todas as populações, exceto naquelas de C. denticulata. Os dados de GISH suportam a hipótese de que tanto C. veatchii quanto C. psorothamnensis são alopoliploides derivados de C. denticulata e C. nevadensis. Por outro lado, a análise de sítios de DNAr sugerem que dois ou mais eventos de hibridização interespecífica podem ter ocorrido entre C. denticulata e C. nevadensis.
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Khaykin, S. M., I. Engel, H. Vömel, I. M. Formanyuk, R. Kivi, L. I. Korshunov, M. Krämer, et al. "Arctic stratospheric dehydration – Part 1: Unprecedented observation of vertical redistribution of water." Atmospheric Chemistry and Physics 13, no. 22 (November 27, 2013): 11503–17. http://dx.doi.org/10.5194/acp-13-11503-2013.
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Abstract. We present high-resolution measurements of water vapour, aerosols and clouds in the Arctic stratosphere in January and February 2010 carried out by in situ instrumentation on balloon sondes and high-altitude aircraft combined with satellite observations. The measurements provide unparalleled evidence of dehydration and rehydration due to gravitational settling of ice particles. An extreme cooling of the Arctic stratospheric vortex during the second half of January 2010 resulted in a rare synoptic-scale outbreak of ice polar stratospheric clouds (PSCs) remotely detected by the lidar aboard the CALIPSO (Cloud-Aerosol Lidar and Infrared Pathfinder Satellite Observation) satellite. The widespread occurrence of ice clouds was followed by sedimentation and consequent sublimation of ice particles, leading to vertical redistribution of water inside the vortex. A sequence of balloon and aircraft soundings with chilled mirror and Lyman- α hygrometers (Cryogenic Frostpoint Hygrometer, CFH; Fast In Situ Stratospheric Hygrometer, FISH; Fluorescent Airborne Stratospheric Hygrometer, FLASH) and backscatter sondes (Compact Optical Backscatter Aerosol Detector, COBALD) conducted in January 2010 within the LAPBIAT (Lapland Atmosphere-Biosphere Facility) and RECONCILE (Reconciliation of Essential Process Parameters for an Enhanced Predictability of Arctic Stratospheric Ozone Loss and its Climate Interactions) campaigns captured various phases of this phenomenon: ice formation, irreversible dehydration and rehydration. Consistent observations of water vapour by these independent measurement techniques show clear signatures of irreversible dehydration of the vortex air by up to 1.6 ppmv in the 20–24 km altitude range and rehydration by up to 0.9 ppmv in a 1 km thick layer below. Comparison with space-borne Aura MLS (Microwave Limb Sounder) water vapour observations allow the spatiotemporal evolution of dehydrated air masses within the Arctic vortex to be derived and upscaled.
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Soriano Torres, Michel, Alejandro Esperón Álvarez, Anduriña Barrios Martínez, and Luis A. Méndez Rosado. "La amplificación múltiple de sondas dependiente de ligación para el diagnóstico rápido de aneuploidías. Revisión sistemática." Salud, Ciencia y Tecnología - Serie de Conferencias 2, no. 3 (May 8, 2023): 165. http://dx.doi.org/10.56294/sctconf2023165.
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Propósito de la revisión: En Cuba se dispone actualmente de una alternativa en aquellos casos donde la realización del cariotipo no es posible o resulta no concluyente, en tales casos se descartan las principales aneuploidías empleando la hibridación fluorescente in situ. Su empleo resulta muy costoso e implica una carga intensa de trabajo. Entre los estudios moleculares que han ganado mayor repercusión en la literatura científica mundial como un medio para la determinación del número de copias de un segmento genómico está la amplificación múltiple de sondas dependiente de ligación. Objetivo: Evaluar a través del rastreo de la literatura científica a la amplificación múltiple de sondas dependiente de ligación como una técnica factible para su uso en la determinación de las principales aneuploidías. Método de búsqueda: Se realizaron búsquedas en Pubmed/Medline y Google académico. Se empleó la siguiente estrategia de búsqueda: “(MLPA OR multiplex OR ligation-dependent) AND (aneuploidy OR trisomy) AND amniotic”. Se seleccionaron solo artículos a texto completo; principalmente los que reflejan su empleo en el diagnóstico prenatal empleando líquido amniótico como muestra. Conclusiones: El empleo de la MLPA podría significar la obtención de resultados en menos tiempo, con menores costos por caso y menor carga laboral, entre otras ventajas. Sin embargo, los especialistas consideran que deben realizarse más estudios antes de emplearla como única técnica para la identificación de aneuploidías.
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PACZKOWSKI, JERZY. "Fluorescent probes as a research tool in polymer chemistry." Polimery 50, no. 07/08 (July 2005): 520–29. http://dx.doi.org/10.14314/polimery.2005.520.
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Nascimento, Júlia Gabrielle Carvalho, Edivaldo Herculano de Oliveira, Roney Silva da Silva, Marcelo de Bello Cioffi, and Anderson José Baía Gomes. "Análise cariotípica da espécie Artibeus cinereus (Stenodermatinae, Mammalia, Chiroptera) através de citogenética clássica e molecular." Semina: Ciências Biológicas e da Saúde 38, no. 1supl (February 16, 2018): 73. http://dx.doi.org/10.5433/1679-0367.2017v38n1suplp73.
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A ordem Chiroptera é composta por mamíferos voadores com uma extensa variação morfológica, correlacionada aos diferentes nichos ecológicos que ocupam. A família Phylostomidae é considerada um dos grupos taxonômicos mais bem conhecidos do ponto de vista morfológico, genético e citogenético, e atualmente é composta por 11 subfamílias. Dentre elas, destaca-se a subfamília Stenodermatinae, por apresentar extensa diversidade cromossômica, com número diploide variando de 2n=14 a 2n=44, e com grande parte das espécies já estudadas citogeneticamente apresentando 2n=30/31 com sistema múltiplo de determinação sexual (XX,XY1Y2). O gênero Artibeus (Phylostomidae, Stenodermatinae) apresenta status taxonômico ainda confuso, comprometendo o entendimento acerca de suas relações filogenéticas. Dessa forma, estudos citogenéticos podem representar importantes ferramentas para análise da evolução das espécies deste gênero, identificando os mecanismos de diferenciação genética e cromossômicas entre espécies relacionadas. O objetivo deste trabalho foi descrever o cariótipo da espécie Artibeus cinereus, coletada na região do Baixo Tocantins, no município Abaetetuba - PA, Brasil. Foram empregados métodos de citogenética clássica (Bandeamento G e C) e Hibridização in situ Fluorescente (FISH) com sondas dos microssatélites (CAA), (CAC) e (CGG). A. cinereus apresentou cariótipo com 2n=30 e NF = 56. Os microssatélites (CAC) e (CGG) apresentaram marcações tênues dispersas no genoma, na sua maioria coincidentes com as regiões DAPI negativas e regiões teloméricas, sendo que as sondas CAC produziram duas marcações, intertiscial e distal, no braço curto do par 3 e braço curto do par 9, enquanto CGG marcou a região pericentromérica do par 10, 13, X, braço curto do par 5 e um homólogo do par 8. A sondas CAA marcaram as regiões pericentromérica dos pares 5, 10, 13 e X; Estas marcações foram coincidentes com as regiões de heterocromatina e possivelmente representam resquícios de rearranjos cromossômicos (sonda CAC- par 3). O mapeamento físico destes marcadores em outras espécies do gênero Artibeus será essencial para a elucidação dos padrões de diferenciação genômica em espécies com cariótipos morfologicamente semelhantes.
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Silva, Kevin Santos da, Ananda Marques Pety, Cleusa Yoshiko Nagamachi, Júlio Cesar Pieczarka, Renata Coelho Rodrigues Noronha, and Augusto César Paes de Souza. "Citogenética comparativa entre espécies do gênero Peckoltia (Siluriformes: Loricariidae)." Semina: Ciências Biológicas e da Saúde 38, no. 1supl (February 16, 2018): 131. http://dx.doi.org/10.5433/1679-0367.2017v38n1suplp131.
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Loricariidae é uma das mais especiosas famílias dentro da ordem Siluriformes, possuindo cerca de 800 espécies válidas. O gênero Peckoltia (Loricariidae, Hypostominae), atualmente contém 19 espécies válidas, apresentando status taxonômico confuso. O objetivo deste trabalho foi analisar comparativamente os cariótipos das espécies Peckoltia cf. braueri e Peckoltia sp., coletadas no município Abaetetuba – PA por métodos clássicos (coloração convencional e bandeamento C) e Hibridização in situ Fluorescente com sondas de rDNA 18S, 5S e telomérica. As espécies compartilham o 2n=52 cromossomos, mas diferem nas fórmulas cariotípicas. P. cf. braueri apresentou 20m + 24sm + 8st/a, enquanto P. sp. apresentou 26m + 14sm + 12st/a. O bandeamento C revelou grandes blocos heterocromáticos distribuídos em cromossomos submetacêntricos nas duas espécies. Diferenças da quantidade e distribuição de heterocromatina foram observadas nos cromossomos 24 de P. cf. braueri e 21 de P. sp., sugerindo a ocorrência de rearranjos cromossômicos dos tipos inversão paracêntrica e translocação. As hibridizações com sondas de rDNA 18S e 5S revelaram diferenças na localização e número de sítios entre os cariótipos analisados. Peckoltia cf. braueri apresentou sítios múltiplos de rDNA 5S em posição distal do par 11q e homólogo do par 24q, o rDNA 18S apresentou marcações simples em região distal do par 11q. Peckoltia sp. apresentou sítios simples de rDNA 5S em posição intersticial do par 1p, enquanto o rDNA 18S apresentou sítios múltiplos em região distal do par 11q e homólogo do par 21q. Essas diferenças na distribuição dos genes de rDNA possivelmente está relacionada a dinâmica evolutiva dessas sequências, provavelmente associadas a elementos transponíveis. A hibridização das sondas teloméricas revelaram sítios distais nos cromossomos, nas duas espécies, não sendo evidenciadas sequências intersticiais. Sugerimos que a distribuição de heterocromatina representa um bom marcador para análises evolutivas nas espécies de Peckoltia, podendo ser útil na identificação de rearranjos cromossômicos e de suas consequências na diferenciação cariotípica entre espécies relacionadas. Além disso, o mapeamento de rDNA representa uma ferramenta poderosa para estudo da evolução cromossômica em peixes do gênero Peckoltia.
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Mélanie, Flaender, Guillaume Costa, Guillaume Nonglaton, Christine Saint-Pierre, Guillaume Delapierre, and Didier Gasparutto. "8: Biocapteurs à ADN pour l’analyse des systèmes de réparation: conception et application de nouvelles sondes auto-complémentaires fluorescentes." Bulletin du Cancer 97, no. 1 (March 2010): S10—S11. http://dx.doi.org/10.1016/s0007-4551(15)31101-2.
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Guimarães, Daianny Barboza, Raul Andrei Assis Dantas, Jorge André Matias Martins, Arlindo Alencar Araripe Moura, Lina Raquel Sandos Araújo, and Ricardo Toniolli. "Purificação e utilização do heterodímero PSP-I/PSP-II como marcador de congelabilidade do sêmen suíno." Medicina Veterinária (UFRPE) 15, no. 3 (October 29, 2021): 261–69. http://dx.doi.org/10.26605/medvet-v15n3-3555.
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Este estudo teve como objetivo avaliar a ação do heterodímero PSP-I/PSP-II como marcador de congelabilidade e sua influência na proteção espermática durante a criopreservação do sêmen suíno. O sêmen de quatro varrões foi congelado na presença ou não do heterodímero. Após a descongelação, analisou-se a integridade acrossomal (sodas fluorescentes), integridade da membrana plasmática (sondas fluorescentes), a atividade mitocondrial (citoquimica) e a motilidade espermática (CASA). Para a integridade da membrana plasmática e acrossomal, o tratamento com 3,0 mg/mL de PSP-I/PSP-II apresentou uma maior porcentagem de células intactas (p<0,05). Não foi observada diferença significativa entre os tratamentos quanto a motilidade e atividade mitocondrial. A média dos tratamentos com 1,5 e 3,0 mg/mL de PSP-I/PSP-II foram numericamente superiores em relação ao controle (0 mg/mL) na avaliação da atividade mitocondrial. Conclui-se que o heterodímero foi capaz de proteger a membrana plasmática e acrossomal, aumentando o percentual de espermatozoides viáveis após a criopreservação. Desta forma, pode-se considerar esta proteína como um potencial marcador de congelabilidade do sêmen suíno.
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Wolfenson, Alex, Verónica Lanza, Lucas Palman, Matias Imhoff, Ana Alvarez, and Alfredo Trento. "Interacción agua-sedimentos-trazador fluorescente en un reactor. Medición de flóculos." Cuadernos del CURIHAM 25 (December 13, 2019): 19–29. http://dx.doi.org/10.35305/curiham.v25i0.114.
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El objetivo fue estudiar en condiciones controladas de laboratorio la interacción entre el trazador fluorescente Amidorodamina G y sedimentos del río Salado (Santa Fe), con d50=11.6 mm y 97% de sedimentos finos. Se utilizó un reactor cilíndrico diseñado para tal fin, implementándose diferentes condiciones hidrodinámicas. Las velocidades tangenciales y radiales se midieron con una sonda ADV, los tamaños de flóculos, turbiedad y otras variables se determinaron con sondas multiparamétricas. El rango de velocidades angulares (N) utilizado fue función de las tensiones de corte esperadas para distintos escenarios del río. Los resultados obtenidos en una primera etapa de ensayos utilizando los sedimentos en agua destilada, se contrastaron con los de una segunda etapa en la que se agregó trazador. Los máximos tamaños de flóculos, df50≈48 mm, se obtuvieron sin rodamina, para concentraciones de sólidos suspendidos totales (SST) entre 50 y 100 mg/L y N>150 rpm. Para SST mayores a 100 mg/L los df50 decayeron para todo el rango de N hasta df50≈25 mm, independientemente de la presencia del trazador. Para SST>150 mg/L con rodamina los df50 fueron mayores entre 5 y 10% a los obtenidos sin rodamina. Se concluye que tanto la turbiedad como el tamaño de flóculos fueron afectados por la presencia del trazador, para distintas N y SST.
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Dulz, Thais Aparecida, Carla Andréia Lorscheider, Viviane Demetrio Nascimento, Geize Aparecida Deon, Rafael Bueno Noleto, Viviane Nogaroto, Orlando Moreira Filho, and Marcelo Ricardo Vicari. "Análise citogenética de Leporinus cf. obtusidens e Leporellus vittatus (Characiformes, Anostomidae) da bacia do rio São Francisco." Semina: Ciências Biológicas e da Saúde 38, no. 1supl (February 16, 2018): 77. http://dx.doi.org/10.5433/1679-0367.2017v38n1suplp77.
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Anostomidae é uma família altamente especiosa entre os Characiformes, compreendendo 156 espécies válidas, as quais estão distribuídas na região Neotropical. Estudos citogenéticos com anostomídeos revelam que sua estrutura cariotípica é altamente conservada, com variações quanto a presença de cromossomos sexuais. O presente estudo teve como objetivo realizar a caracterização cariotípica de Leporinus cf. obtusidens e Leporellus vittatus da bacia do rio São Francisco, por meio de técnicas citogenéticas. As coletas foram realizadas no rio Piumhi, bacia do rio São Francisco, em Minas Gerais. Foram utilizados procedimentos citogenéticos convencionais (Giemsa, Ag-Rons e bandamentos C) aliados a citogenética molecular (hibridação in situ fluorescente com sondas de DNA ribossômico 18S e 5S). Ambas as espécies analisadas apresentaram 2n = 54 cromossomos, tipo metacêntricos e submetacêntricos, com número fundamental igual a 108. Leporinus cf. obtusidens apresentou sistema de cromossomos sexuais tipo ZZ/ZW, identificados pelo padrão de distribuição da heterocromatina constitutiva, com o cromossomo W quase inteiramente heterocromático e o cromossomo Z com apenas a região terminal heterocromática. Para Leporellus vittatus foram observadas marcações heterocromáticas nas regiões centroméricas e ausência de cromossomos sexuais. A FISH com sondas de rDNA 18S revelou marcação nas regiões terminais de um único par cromossômico para as duas espécies. O rDNA 5S também foi observada em apenas um par de cromossomos, localizado na posição terminal em Leporinus cf. obtusidens e intersticial de Leporellus vittatus. Estes dados corroboram o conservadorismo da macroestrutura cromossômica e indicam a necessidade de um aprofundamento no tocante a distribuição dos DNAs repetitivos nos genomas de Anostomidae.
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Dumas, D., S. Muller, F. Baros, F. Gouin, ML Viriot, A. Taccoen, and JF Stoltz. "Mesure de la diffusivité de l’oxygène par inhibition de fluorescence de sondes pyréniques dans la membrane d’érythrocyte enrichie en cholestérol." Journal de Chimie Physique 94 (1997): 1–17. http://dx.doi.org/10.1051/jcp/1997940001.
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Juri Ayub, Maximiliano, María Jimena Manzur, Ludmila Estefanía Campos, José Luis Arias, and Marianela Leporati. "Detección temprana y eficiente de variantes Delta y Ómicron deS ARS- Cov- 2 COVID-19 mediante tamizaje por RT-qPCR." Revista Bioquímica y Patología Clínica 86, no. 3 (August 29, 2022): 33–38. http://dx.doi.org/10.62073/bypc.v86i3.227.
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Introducción: Durante la pandemia de enfermedad por coronavirus de 2019 (COVID-19, por sus siglas en inglés), el surgimiento de las llamadas variantes de preocupación ha sido un problema recurrente. La secuenciación genómica es la herramienta de referencia para la identificación de nuevas variantes, así como para detectar la circulación de las ya conocidas. Sin embargo, la capacidad del sistema de vigilancia genómica es limitada y se requieren estrategias de tamizaje previo para la selección de muestras. Objetivos: Diseñar, validar y aplicar estrategias de transcripción reversa acoplada a reacción en cadena de la polimerasa cuantitativa (RTqPCR, por sus siglas en inglés) para el tamizaje de variantes delta, ómicron y la emergencia de posibles nuevas variantes. Materiales y Métodos: Se diseñaron oligonucleótidos específicos (primers y sondas) que permiten discriminar entre las diferentes variantes de SARS-Cov-2, al hibridar con regiones correspondientes a deleciones específicas. Se emplearon ensayos de amplificación y melting de sondas fluorescentes y se validaron con muestras de diferentes variantes de preocupación. Resultados: Los ensayos permitieron identificar variantes de preocupación de manera rápida y eficiente, empleando metodologías estándar en laboratorios de diagnóstico molecular. La asignación de variantes con este método coincidió completamente con los datos provenientes de la secuenciación. Conclusiones: Los protocolos validados en este trabajo posibilitaron la detección temprana de variantes delta y ómicron en la provincia de San Luis, así como en otras jurisdicciones donde se transfirió la metodología.
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Oliveira, Thays Duarte de, Rafael Kretschmer, Natasha Avila Bertocchi, Analía del Valle Garnero, Edivaldo Herculano Corrêa de Oliveira, and Ricardo José Gunski. "Análise comparativa entre Conopophaga lineata e Gallus gallus." Semina: Ciências Biológicas e da Saúde 38, no. 1supl (February 16, 2018): 81. http://dx.doi.org/10.5433/1679-0367.2017v38n1suplp81.
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A ordem Passeriformes, subdividida em duas subordens Oscines e Suboscines, é a mais diversa e com o maior número de espécies de aves. Além disso, é a ordem com maior número de espécies analisadas por citogenética clássica. Quanto à citogenética molecular, existe até o momento 16 espécies analisadas, e apenas uma, Elaenia spectabilis, pertencente à subordem Suboscines. A espécie Conopophaga lineata, popularmente conhecida como chupa-dente, pertence à família Conopophagidae (Passeriformes, Suboscines) é encontrada na Mata Atlântica, no Brasil se distribui do Ceará ao Rio Grande do Sul. O objetivo foi construir mapa cromossômico comparativo desta espécie e Gallus gallus (GGA) para identificar homologias existentes. As metáfases foram obtidas através da cultura de fibroblastos de dois exemplares de C. lineata coletados em Porto Vera Cruz e São Gabriel no estado do Rio Grande do Sul. Para as Hibridizações in situ Fluorescente foram utilizadas sondas de cromossomos específicos de GGA (GGA1 a GGA10). As sondas de GGA evidenciaram a conservação sintênica da maioria dos macrocromossomos ancestrais em C. lineata, exceto para GGA1 e GGA2. No caso de GGA1 e GGA2, encontram-se fissionados em dois pares cada em C. lineata. A fissão do cromossomo 1 ancestral era esperada, pois foi encontrada em todas as espécies de Passeriformes estudadas até o momento, entretanto, não era esperado a fissão do cromossomo 2 ancestral em Passeriformes. A fim de investigar outros aspectos da organização cromossômica de C. lineata, identificamos a localização de genes ribossomais 18S rDNA marcando um par de microcromossomo. Com isso, podemos concluir que a caracterização dos cromossomos de C. lineata foi importante para compreender melhor a organização e evolução cromossômica da família Conopophagidae e da subordem Suboscines. Contudo, se fazem necessárias a utilização de outras ferramentas moleculares para a completa caracterização e compreensão da evolução cromossômica desta espécie.
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Bermejo, Manuel R., Ana M. González-Noya, Marcelino Maneiro, and Rosa Pedrido. "A UTILIDADE DOS PUNTOS CUÁNTICOS." Boletín das Ciencias 89 (May 31, 2020): 11–30. http://dx.doi.org/10.54954/202089011.
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Neste artigo temos como obxectivo dar a coñecer como é o mundo dun tipo de nanomateriais metálicos chamados Puntos Cuánticos (PCs) ou, en terminoloxía inglesa, os Quantum Dots (QDs). A pretensión deste traballo é a de estudar que se entende hoxe por Puntos Cuánticos, como é a súa constitución, cal é o seu tamaño e forma; de que tipo resulta ser o seu enlace, como consecuencia do seu confinamento cuántico; cal é o efecto da luz sobre o tamaño e a natureza destes novos materiais; como son os métodos de obtención hoxe e como podemos caracterizar estes novos materiais; como son as súas propiedades e por ende as súas interesantes aplicacións como consecuencia da súa constitución; cal é a importancia actual das súas aplicacións tanto na industria dos sensores químicos modernos, como sondas fluorescentes, como na farmacoloxía; como se realiza a bioconxugación destes materiais para a detección (diagnose) de tumores malignos e, posiblemente, para a súa utilización na terapia do cancro.
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Ferreira, Leandro De Santis, Rosana Peporine Lopes, Mabel Norma Costas Ulbrich, Thais Guaratini, Pio Colepicolo, Norberto Peporine Lopes, Ricardo Clapis Garla, Eurico Cabral Oliveira Filho, Adrian Martin Pohlit, and Orghêda Luiza Araújo Domingues Zucchi. "Concentration of Inorganic Elements Content in Benthic Seaweeds of Fernando de Noronha Archipelago by Synchrotron Radiation Total Reflection X-Ray Fluorescence Analysis (SRTXRF)." International Journal of Analytical Chemistry 2012 (2012): 1–8. http://dx.doi.org/10.1155/2012/407274.
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SRTXRF was used to determine As, Ba, Br, Ca, Co, Cr, Cs, Cu, Dy, Fe, K, Mn, Mo, Ni, Pb, Rb, Sr, Ti, V, and Zn in eleven seaweed species commonly found in Fernando de Noronha:Caulerpa verticillata(J. Agardh) (Chlorophyta),Asparagopsis taxiformis(Delile),Dictyurus occidentalis(J. Agardh),Galaxaura rugosa(J. Ellis & Solander) J. V. Lamouroux,G. obtusata(J. Ellis & Solander) J. V. Lamouroux,G. marginata(J. Ellis & Solander) J. V. Lamouroux (Rhodophyta),Dictyota cervicornis(Kützing),Dictyopteris justii(J. V. Lamouroux),Dictyopteris plagiogramma(Montagne) Vickers,Padina gymnospora(Kützing) Sonder, and aSargassumsp. (Phaeophyta). Data obtained were compared to those from the analysis of other parts of the world seaweeds using different analytical techniques and were found to be in general agreement in terms of major and minor elemental components. Results provide baseline information about the absorption and accumulation of these elements by macroalgae in the area.
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Santos-Sanches, RCV, M. M. Souza, C. A. F. Melo, G. H. S. Nunes, and R. X. Corrêa. "Caracterização citogenética clássica e molecular em acessos Cucumis melo L." Semina: Ciências Biológicas e da Saúde 38, no. 1supl (May 24, 2018): 111. http://dx.doi.org/10.5433/1679-0367.2017v38n1suplp111.
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Cucumis melo L. (melão) é uma espécie originária da Península Ibérica pertencente à família Curcubitaceae. Destacasecomo fonte alimentícia e tem grande importância econômica no Brasil, sendo uma das mais importantes culturasnordestinas onde 98,36% da produção nacional se concentra no estado do Rio Grande do Norte. O presente trabalhoobjetivou a caracterização e avaliação da diversidade cariotípica em oito acessos de C. Melo com característicasvegetativas e reprodutiva diferentes que compõem o banco de germoplasma da UFERSA através das técnicas decoloração de Giemsa 3%, fluorocromos CMA3 e DAPI e a localização de sequências de DNA ribossomal 45S e 5Spela hibridização in situ fluorescente. As primeiras radículas observadas após a germinação foram coletadas ecolocadas em à solução 2mM 8-hidroxiquinolina por 120 minutos e fixadas em solução Carnoy (etanol:ácido acético[3:1]). As preparações citológicas foram realizadas por esmagamento do meristema radicular após digestão enzimática(celulase:pectinase [2%:20%]) e coradas com Giemsa 3%. A aplicação dos fluorocromos seguiu com a aplicação deCMA3 (60 minutos) e DAPI (30 minutos). A FISH foi realizada com a utilização de sondas para marcação das regiõesde DNAr 45S e 5S. A contagem cromossômica e análise morfométrica revelaram o número cromossômico 2n = 24com pouca variação nos comprimentos absolutos e relativos entre eles. A dupla coloração com fluorocromos CMA3 eDAPI revelou bandas CMA3+/DAPI-, que permitiu a confirmação de 01 par satelitado, e em cada acesso marcação detodas os pares evidenciando as regiões ricas em GC variando entre elas no tamanho e brilho. A FISH com sondas parasítios de DNAr 45S revelou quatro sinais de hibridização enquanto que os sítios de DNA 5S revelou dois sinais dehibridização, ambos em todos os acessos aparecendo na parte terminal dos cromossomos. Com a identificação doscromossomos individuais através da morfologia cromossômica e avaliação da ocorrência e distribuição das sequênciasrepetitivas específicas de DNA poderá ser determinado o mapeamento físico e a possível ocorrência de polimorfismosintraespecíficos, o que poderá auxiliar em estudos relacionados à espécie.AGRADECIMENTOS:
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Roncancio-Velandia, Tatiana, Rafael Parra-Medina, Juan Carlos Mejia, and Gonzalo Guevara Pardo. "Hibridación in situ fluorescente (FISH) en el Instituto Nacional de Cancerología (INC) de Colombia. Experiencia de 5 años." Revista Colombiana de Cancerología 23, no. 1 (February 13, 2019): 3–11. http://dx.doi.org/10.35509/01239015.73.
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Introducción: La hibridación in situ fluorescente (FISH) es una herramienta fundamental en oncopatología para confirmar el diagnóstico de algunas patologías, al igual que determinar el pronóstico y el tratamiento.Objetivo: Describir la experiencia del Instituto Nacional de Cancerología de Colombia (INC) con la técnica de FISH en las diferentes neoplasias hematológicas y tumores sólidos para conocer el comportamiento molecular de nuestra población.Materiales y métodos: Se realizó un estudio descriptivo retrospectivo de todos los resultados de FISH que se han realizado en tumores hematológicos y tumores sólidos en el laboratorio de Genética y Oncología Molecular del INC, entre 2012 y 2016.Resultados: En total se realizaron 1.713 pruebas de FISH, 1.010 (59%) fueron desarrolladas en neoplasias de origen hematolinfoide y 703 (41%) en tumores sólidos, de estos 428 (61%) correspondieron para HER2 de cáncer de seno. En tumores de tejidos blandos fueron evaluadas las sondas MDM2/CDK4, EWSR1, SS18, FUS, CHOP observando positividad en el 10%, el 43%, el 44%, el 20% y el 63%, respectivamente. En cáncer de pulmón se observó positividad en el 12%. Además se realizó estudios para la detección de melanoma y para la detección la codeleción del 1p/19q en gliomas.Discusión: En el INC de Colombia se confirmó la utilidad de la técnica de FISH como complemento en el diagnóstico, el pronóstico y el factor predictivo en el manejo de pacientes con cáncer. Observamos que la prevalencia de algunas pruebas varían de la reportadas en la literatura médica (C-MYC para linfomas, ALK para cáncer de pulmón).
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Malcher, Stella Miranda, Julio Cesar Pieczarka, Lena Geise, Rogério Vieira Rossi, Patricia Caroline Mary O’Brien, Malcolm Andrew Ferguson Smith, and Cleusa Yoshiko Nagamachi. "Genômica comparativa entre Cerradomys scotti e Cerradomys subflavus por pintura cromossômica." Semina: Ciências Biológicas e da Saúde 38, no. 1supl (February 16, 2018): 181. http://dx.doi.org/10.5433/1679-0367.2017v38n1suplp181.
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O gênero Cerradomys apresenta atualmente 8 espécies, todas com cariótipos básicos descritos. Essas espécies apresentam grande variação cromossômica, com número diploide variando de 2n=46 em Cerradomys langguthi a 2n=60 em C. akroai. Neste trabalho estudamos comparativamente os cariótipos de Cerradomys scotti (CSC) e Cerradomys subflavus (CSU) por bandeamntos G, C e pintura cromossômica utilizando sondas cromossomos totais de Hylaeamys megacephalus (HME: 2n=54, NFa=62). Analisamos 3 exemplares de C. scotti (1 macho e 2 fêmeas) coletados nos estados de Mato Grosso e Minas Gerais e 3 exemplares de C. subflavus (2 machos e 1 fêmea) coletados no estado de Minas Gerais. C. scotti apresenta 2n=58 e NFa=70, sendo composto por 7 pares de dois braços e 21 pares acrocêntricos, o X é submetacêntrico grande e o Y é submetacêntrico médio. C. subflavus apresenta 2n=54 e NFa=62, sendo composto por 5 pares de dois braços e 21 pares acrocêntricos, o X é acrocêntrico grande e o Y é acrocêntrico pequeno. A Heterocromatina Constitutiva foi observada na região pericentromérica em todos os pares autossômicos, nas duas espécies. As FISHs (Hibridização in situ fluorescente) com as sondas de HME revelaram 36 segmentos de homologia no cariótipo de CSC e 6 associações sintênicas: HME19/7/[9,10] (CSC1), HEM21/6 (CSC2), HME12/[9,10] (CSC4), HME[13,22]/20 (CSC7), HME19/14/19/[13,22] (CSC8) e HME[16,17]/11 (HME10). No cariótipo de CSU, as FISHs revelaram 39 segmentos de homologia e 6 associações sintênicas: HEM6/21/8/1 (CSU1), HME 3/14/7/[9,10] (CSU2), HME15/12/[9,10] (CSU3), HME[13,22]/20 (CSU4), HME[16,17]/11 (CSU5) e HME14/19 (CSU9). O mapeamento genômico comparativo mostra que as duas espécies compartilham 4 associações sintênicas (HME 7/[9,10], HME12/[9,10], HME[13,22]/20 e HME14/19) das quais, somente a associação HME[13,22]/20 é compartilhada sem modificações; as demais formam blocos sintênicos diferentes nas duas espécies. Estes resultados demonstram que as duas espécies de Cerradomys apresentam cariótipos muito reorganizados entre si e ambos, em relação a HME. Rearranjos cromossômicos como translocações, inversões e fusões/fissões diferenciam o cariótipo das duas espécies. Análises nas demais espécies do gênero permitirão uma melhor compreensão dos mecanismos de rearranjos cromossômicos envolvidos na diferenciação das espécies de Cerradomys.
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Lopes, S. T. P., M. A. C. Sousa Filho, J. H. L. Silva, F. N. Barros, M. A. Castelo Branco, L. S. Melo Evangelista, and J. A. T. Souza. "Eficiência de duas técnicas de recuperação de espermatozoides epididimários de cães e avaliação seminal pós-criopreservação." Arquivo Brasileiro de Medicina Veterinária e Zootecnia 72, no. 5 (September 2020): 1758–66. http://dx.doi.org/10.1590/1678-4162-11020.
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RESUMO O objetivo deste trabalho foi avaliar a recuperação de espermatozoides epididimários de cães castrados, utilizando as técnicas de fluxo retrógrado (FR) e flutuação (FL) em diluidor Tris-gema, antes e após a criopreservação. Foram coletados 30 complexos testículo-epididímos (CTE), sendo 15 para FR e 15 para FL, e, logo após a recuperação dos espermatozoides, foram analisadas as alterações morfológicas nessas células espermáticas. Após a adição do diluidor, foram avaliados os parâmetros de motilidade total (MOT) e vigor (V) espermáticos. O sêmen pós-criopreservado foi submetido ao teste de termorresistência nos tempos T0, T30, T60 e T90 minutos, além da avaliação das membranas plasmática e acrossomal por sondas fluorescentes. Não houve diferença estatística entre as técnicas quanto à MOT e ao vigor no sêmen diluído (FR-MOT: 82,3% e V: 3,4; FL-MOT: 79,6% e V: 3,2) e pós-criopreservado (FR-MOT: 34% e V: 2,8; FL-MOT: 30% e V: 2,7). A partir do T30, houve diferença significativa quanto à MOT e ao vigor nas técnicas utilizadas, e o tempo também prejudicou o acrossoma espermático a partir do T30. Conclui-se que as técnicas de recuperação de espermatozoides epididimários de cães castrados, testadas neste trabalho, podem ser utilizadas para refrigeração e criopreservação de sêmen.
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Tishchenko, P. P., P. Ya Tishchenko, O. A. Elovskaya, V. I. Zvalinsky, and Yu V. Fedorets. "CONDITIONS FOR PRIMARY PRODUCTION OF PHYTOPLANKTON IN THE VOSTOK BAY (JAPAN SEA) IN SPRING 2016." Izvestiya TINRO 198 (October 2, 2019): 164–85. http://dx.doi.org/10.26428/1606-9919-2019-198-164-185.
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The Vostok Bay was surveyed on March 16–18, 2016 with measuring of water properties profiles by oceanographic sondes Sea-Bird SBE-19plus V2 and Rinko Profiler ASTD-102 with sensors of pressure, temperature, conductivity, turbidity, chlorophyll fluorescence, dissolved oxygen, and photosynthetically active radiation (PAR) and collecting of water samples by SBE-32 carousel sampler with 10 liter bottles for further measuring of nutrients (P, Si and N in forms of nitrate and ammonium) and chlorophyll a concentration and phyto- and zooplankton abundance and species composition. Assimilation number (Pb ) of phytoplankton was determined using the optical sensor of dissolved oxygen mounted on logger Rinko AR01-USB and primary production was calculated from the measured values of Pb , Chl a and PAR. Values of primary production ranged from 200 to 2100 mgC/(m2.day). The highest phytoplankton growth was detected at the depth of 8–10 m in the northern Vostok Bay and 10–16 m in its southern part. The total daily production of phytoplankton within the Bay was estimated as 12.5 tC. Species composition of phytoplankton was formed mainly by diatoms (Bacillariophyta) and dinophytes (Dinophyta). The highest biomass of raw phytoplankton was registered at the sea surface, whereas the highest values of chlorophyll concentration occurred mainly at the bottom of the bay. Species composition of zooplankton was typical for spring season, with domination of copepods presented mainly by neritic species; its biomass was in 12 times lower than the phytoplankton biomass, on average. There was concluded that photosynthetic activity of phytoplankton was limited by nitrate availability, therefore it was intensified by penetration of relatively cold, nitrogen-rich waters from the deep-water sea to the Vostok Bay.
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Câmara, Gabriel Allison de França. "Caracterização citogenética e taxonomia dos roedores sigmodontíneos do Parque Nacional do Catimbau, PE." Brazilian Journal of Mammalogy, no. 90 (December 31, 2021): e90202157. http://dx.doi.org/10.32673/bjm.vi90.57.
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Os roedores sigmodontíneos compõem a maior diversidade de gêneros e espécies de mamíferos da América do Sul. Grande parte das variações que delimitam espécies nesse grupo podem ser observadas através de técnicas citogenéticas e análises morfológicas. O presente estudo contribui para o entendimento da fauna pouco conhecida de roedores sigmodontíneos do Parque Nacional do Catimbau na região da Caatinga. O trabalho contou com um esforço amostral de 6720 armadilhas-noite, no qual foram capturados 18 espécimes de sigmodontíneos; um sucesso de captura de 0,23%. Foram capturadas três espécies: Calomys mattevii, Rhipidomys cariri e Wiedomys pyrrhorhinos. Para a abordagem citogenética foram utilizadas a análise convencional, bandeamento C, bandeamento por nitrato de prata e a técnica de Hibridização in situ fluorescente (FISH), utilizando sondas de DNAr 45S. Além disso, foram realizadas comparações morfológicas dos espécimes obtidos com dados da literatura. Foram observadas diferenças quanto ao número de braços cromossômicos, padrões de banda C e contagem de RONs nas espécies analisadas. A técnica de FISH mostrou um par de cromossomos acrocêntricos portadores da sequência 45S em C. mattevii e Rhipidomys cariri, já em W. pyrrhorhinos foi um par submetacêntrico e um metacêntrico. Também foram observadas variações morfológicas na espécie W. pyrrhorhinos e C. mattevii. Este estudo ilustra as variações e diversidade citogenética e morfológica intraespecífica e interespecífica de roedores sigmodontíneos na Caatinga, e denota a importância da conservação do PARNA Catimbau para manter essas linhagens de roedores.
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Heaton, Alexa, Tiffany Heaster, Anna Hoefges, Alexander Rakhmilevich, Amy Erbe, Paul Sondel, and Melissa Skala. "42 Intravital multiphoton microscopy of infiltrating T cell and tumor cell metabolism in a murine melanoma model." Journal for ImmunoTherapy of Cancer 8, Suppl 3 (November 2020): A43. http://dx.doi.org/10.1136/jitc-2020-sitc2020.0042.
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BackgroundIntravital multiphoton microscopy (IMM) provides single-cell imaging within intact living systems. IMM of the autofluorescent metabolic co-enzymes NAD(P)H and FAD, or optical metabolic imaging (OMI), provides in vivo label-free imaging of metabolic changes. The metabolism of tumor cells and immune cells is closely associated with cancer progression,1–3 so we aim to study metabolic trends before and after administration of an established, effective, triple-combination immunotherapy within murine melanoma tumors.4 This therapy includes 12 Gy external beam radiation, intratumoral administration of a hu14.18-IL2 immunocytokine (anti-GD2 mAb fused to IL2), and intraperitoneal administration of anti-CTLA-4 leading to in situ vaccination and cure of GD2+ murine tumors.4 Previous work has shown that a T cell response is critical to the efficacy of this therapy,4 5 so we created mCherry-labeled T cell mouse models to study T cell response. Here, IMM was used to image concurrent tumor cell and T cell metabolic trends, T cell infiltration, and tumor microenvironment composition.MethodsWe created mCherry-labeled T cell mouse models through CRISPR/Cas9 knock-in and Cre- lox genetic modifications. We then implanted syngeneic B78 (GD2+) melanoma cells intradermally into the flanks of C57BL/6 mice to induce measurable tumors. Mice were anesthetized, skin flap surgery performed, and tumors imaged at varying time points. IMM was performed using 750–1040 nm to excite NAD(P)H, FAD, and mCherry through a 40X (1.15 NA) objective. Fluorescence lifetime data was collected using time correlated single photon counting electronics. Murine tissues were later harvested and analyzed via flow cytometry and immunohistochemistry to confirm mCherry expression in mouse models and IMM findings.ResultsHere we demonstrate the feasibility of our IMM platform to perform single-cell resolution imaging in vivo. We establish that our genetically engineered mouse models enable clear identification and tracking of mCherry T cell populations. In addition, we show that label-free OMI provides metabolic trends and structural information in vivo (figure 1). Overall, we demonstrate concurrent imaging of intravital tumor cell and T cell populations within the tumor microenvironment.ConclusionsOur preliminary results suggest that the combination of IMM and our mCherry mouse models with OMI allows for concurrent imaging of T cell infiltration and metabolic trends. With continued work, this imaging platform has the potential to provide dynamic, metabolic information on tumor cell and immune cell populations to inform further immunotherapy development.AcknowledgementsThis work is supported by the Morgridge Institute for Research (Interdisciplinary Fellowship awarded to A.R.H.) and the NIH (R01 CA205101 and R35 CA197078). The authors thank the University of Wisconsin Carbone Cancer Center (UWCCC) Support Grant P30 CA014520, the UWCCC Translational Research Initiatives in Pathology laboratory - supported by the UW Department of Pathology and Laboratory Medicine and the Office of The Director NIH (S10OD023526), the UWCCC Flow Cytometry Laboratory, and the Genome Editing and Animal Models Laboratory for core services.Abstract 42 Figure 1Representative intravital multiphoton microscopy images of a B78 syngeneic melanoma growing in a mouse with mCherry-labeled T cells. (A) Fluorescence intensity image of all fluorophores shows mCherry-labeled T cells (red) infiltrating untreated tumor tissue and vasculature as well as metabolic coenzymes NAD(P)H (blue) and FAD (green) expressed by the tumor. (B) Fluorescence intensity image of NAD(P)H alone shows NAD(P)H landscape as well as tumor boundaries and winding vasculature filled with red blood cells. (C) Fluorescence lifetime image shows mCherry-labeled T cell populations and their corresponding mean lifetime (tau m ) values. Fluorescence lifetime values help distinguish mCherry-labeled T cells (typical tau m = 1,400 ps) from nonspecific red autofluorescence in vivo. (D) Fluorescence lifetime image shows NAD(P)H expression and corresponding mean lifetime values which give insight into tumor metabolism and microenvironment.Ethics ApprovalAll animal work was approved by the University of Wisconsin Institutional Animal Care and Use Committees.ReferencesRenner K, Singer K, Koehl GE, Geissler EK, Peter K, Siska PJ, Kreutz M. Metabolic hallmarks of tumor and immune cells in the tumor microenvironment. Front Immunol. 2017, 8 (MAR), 1–11.Mockler MB, Conroy MJ, Lysaght J, Targeting T. Cell Immunometabolism for cancer immunotherapy; understanding the impact of the tumor microenvironment. Front Oncol. 2014, 4 (May), 1–11.Ghesquière B, Wong BW, Kuchnio A, Carmeliet P. Metabolism of stromal and immune cells in health and disease. Nature 2014, 511 (7508), 167–176.Morris ZS, Guy EI, Francis DM, Gressett MM, Werner LR, Carmichael LL, Yang RK, Armstrong EA, Huang S, Navid F, Gillies SD, Korman A, Hank JA, Rakhmilevich AL, Harari PM, Sondel PM. In situ tumor vaccination by combining local radiation and tumor-specific antibody or immunocytokine treatments. Cancer Res 2016;76 (13):3929–3941.Morris ZS, Guy EI, Werner LR, Carlson PM, Heinze CM, Kler JS, Busche SM, Jaquish A, A, Sriramaneni RN, Carmichael LL, Loibner H, Gillies SD, Korman AJ, Erbe AK, Hank J, A, Rakhmilevich AL, Harari PM, Sondel PM. Tumor-specific inhibition of in situ vaccination by distant untreated tumor sites. Cancer Immunol Res 2018;6 (7):825–834.
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Nascimento, Wcleudem Matias, Letícia Soares de Araújo Texeira, Laércio Fontinele Bandeira de Macêdo, Kenney de Paiva Porfírio, Clarissa de Castro e. Braga, Sara Camila da Silveira Costa, Louis Henrique Miyauchi Silva, et al. "Bioprospecção do extrato de bromelina acrescida de ACP® na qualidade do sêmen caprino." Research, Society and Development 10, no. 14 (November 12, 2021): e578101422374. http://dx.doi.org/10.33448/rsd-v10i14.22374.
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Objetivou-se avaliar o efeito do extrato de bromelina sobre a qualidade espermática, pós-descongelação na espécie caprina. Para tanto, foram utilizados cinco caprinos da raça Anglo Nubiana, com idade reprodutiva, clinicamente saudáveis. Foram realizadas colheitas de sêmen. Após a análise da concentração, o volume total do pool foi dividido em cinco grupos. Um pertencente ao grupo controle, composto de (ACP-101/102®) e quatro grupos experimentais com ACP-101/102® enriquecidos com extrato de bromelina nas concentrações de 5%; 10%; 15% e 20%. As amostras foram criopreservadas com auxílio do aparelho Tk3000®. Após o período de sete dias as amostras foram descongeladas e submetidas a avaliações pelo sistema CASA. Termo resistência, sondas fluorescente, teste cometa e teste de análise ultraestrutural de espermatozoides por meio de microscopia eletrônica de transmissão (MET). Na avaliação da cinética espermática pós-descongelação foi possível observar que os parâmetros motilidade espermática total, o grupo bromelina a 5%, se destacou dentre os demais, já na velocidade curvilínea e velocidade média da trajetória o grupo controle apresentou os melhores resultados. Quanto à integridade do DNA espermático as concentrações de bromelina (5%; 10%; 15% e 20%) não apresentaram diferença significativa em relação ao grupo controle, demonstrando que essa substância não apresenta genotoxicidade às células espermáticas. Na análise ultraestrutural o grupo bromelina a 5% demonstrou os melhores resultados. Nesse sentido, o extrato de bromelina adicionada a meios diluentes, visando à criopreservação, caracteriza-se como uma substância promissora, sobretudo da manutenção da integridade do DNA espermático. Contudo, mais estudos são necessários para a sua padronização.
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Feitosa, Weber Beringui, André Monteiro da Rocha, Camilla Mota Mendes, Marcella Pecora Milazzoto, Marcelo Demarchi Goisssis, Cassia Cestari Delboni, José Antonio Visintin, and Mayra Elena Ortiz D'Ávila Assumpção. "Cinética das alterações na membrana plasmática relacionadas com a apoptose e necrose em espermatozóides bovinos em diferentes tempos de incubação." Brazilian Journal of Veterinary Research and Animal Science 45, no. 5 (October 1, 2008): 398. http://dx.doi.org/10.11606/issn.1678-4456.bjvras.2008.26682.
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O tempo de incubação causa danos nas células espermáticas relacionados a necrose e/ou apoptose. O objetivo deste estudo foi avaliar as mudanças na membrana plasmática relacionadas a apoptose e necrose em espermatozóides bovinos durante 2 horas de incubação. Os espermatozóides foram incubados a 5% (v/v) CO2 em ar por 0, 30, 60, 90 e 120 minutes. Depois de cada periodo, as células espermáticas foram incubadas com as sondas fluorescentes Yo-pro e iodito de propideo (PI) para detectar mudanças na membrana plasmática relacionadas a apoptose e a necrose, respectivamente. Usando Yo-pro/PI assay, três subpopulações diferentes de células espermáticas são detectadas pelo citômetro de fluxo: a) células espermáticas em necrose (PI+ and Yo-pro-/+); b) células espermáticas em apoptose (Yo-pro+ and PI-) e c) células espermáticas vivas (Yo-pro- and PI-). A porcentagem de células vivas (membrana plasmática integra) significativamente diminui durante 2 horas de incubação, por outro lado, a porcentagem de espermatozóides em necrose e apoptose aumentaram durante a incubação. As mudanças na integridade da membrana plasmática foram correlacionadas com o tempo de incubação. Enquanto as células vivas foram correlacionadas negativamente com o aumento do tempo de incubação, necrose e apoptose foram correlacionadas positivamente. Também foi observado que necrose foi o principal dano causado pelo tempo de incubação nas células espermáticas. Conclui-se que o tempo de incubação causa alteração na integridade da membrana plasmática relacionadas a necrose e apoptose nas células espermáticas, sendo que necrose foi observada em maior quantidade em todos os tempos de incubação.
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Medina-Acosta, Enrique, Antonio Francisco Alves Da Silva, and Regina Célia de Souza Campos Fernandes. "Haploinsuficiência genômica decorrente da microdeleção envolvendo 13 genes localizados na região cromossômica 7q11.23 em paciente acometido pela síndrome de Williams-Beuren: relato de caso." Revista Científica da Faculdade de Medicina de Campos 5, no. 1 (June 1, 2010): 10–14. http://dx.doi.org/10.29184/1980-7813.rcfmc.122.vol.5.n1.2010.
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Introdução: A síndrome de Williams-Beuren é um distúrbio do neurodesenvolvimento que impacta múltiplos sistemas. A causa mais frequente da síndrome de Williams-Beuren é a microdeleçãosubmicroscópica (0,2Mb a 2,5Mb) na região 7q11.23 no braço longo do cromossomo 7. A condição genética característica em acometidos é a haploinsuficiência genômica determinada pela hemizigose de genes contíguos. O diagnóstico genético não pode ser realizado por cariotipagem banda G devido ao limite de resolução (>5Mb) da técnica de citogenética clássica. O rearranjo segmental pode ser detectado por meio da técnica de hibridação in situ com sondas específicas de DNA marcadas com fluorocromos (FISH) ou por genotipagem de locos de microssatélites altamente polimórficos e a análise de segregação de alelos em núcleos familiares para verificação de hemizigose na região 7q11.23. Objetivos: Relatar um caso de diagnóstico tardio de síndrome de Williams-Beuren, enfatizando as vantagens de confirmação diagnóstica precisa pela genotipagem de seis locos de microssatélites específicos da região 7q11.23, utilizando a Reação Quantitativa Fluorescente em Cadeia da Polimerase (QF-PCR). Métodos: Relato de caso e genotipagem alélica utilizando a QF-PCR para seis locos de microssatélites localizados na região 7q11.23. Resultados: As alterações fenotípicas levaram à hipótese diagnóstica de síndrome de Williams- Beuren. O genótipo da criança apresentou perda da heterozigose esperada em três locos de microssatélites informativos, que definem um intervalofísico de 0,9 Mb, compreendendo 13 genes contíguos. Os alelos maternos informativos ausentes no perfil genético da criança foram D7SNUDIM3_227, D7SNUDIM6_303, D7SNUDIM11_242. A perda da heterozigose é clara evidência da microdeleção, característica em pacientes com síndrome de Williams-Beuren. Conclusões: Análise de segregação dos alelos parentais para o filho revelou a presença de rearranjo segmental envolvendo a microdeleção de cerca de 1 milhão de pares de nucleotídeos no cromossomo 7 herdado da mãe, resultando em haploinsuficiência de no mínimo 13 genes.
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Horie, *Junko, Tomoya Kinjo, Masanobu Ito, and Toshihito Suzuki. "ADMINISTRATION OF SSRI DURING PREGNANCY AFFECTED BEHAVIORAL CHANGES AND HIPPOCAMPAL NEUROGENESIS IN OFFSPRING IN RATS." International Journal of Neuropsychopharmacology 28, Supplement_1 (February 2025): i150. https://doi.org/10.1093/ijnp/pyae059.258.
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Abstract Background Approximately 10 - 20 % pregnant women have been diagnosed with depression, and 3 - 6% pregnant women receive SSRI treatment. In Japan, it reported that approximately 1% of pregnant women (105 out of 10,000 births) were prescribed SSRIs during the perinatal period. Importantly, SSRIs crossed the placenta and may affect perinatal outcomes in infants exposed to these drugs during pregnancy in human. Several large cohort studies have been conducted, some finding significant differences in the risk of ASD and others not. In the present study, we created an animal model of a patient receiving medication during pregnancy and examined changes in the offspring`s behavior and brain structure. Aims & Objectives We created an animal model of a patient receiving medication during pregnancy and examined changes in the offspring`s behavior and brain structure in rats. Methods We used pregnant female Wistar rats. Paroxetine was administered daily from ED12.5 to ED21.5, covering the last 9–12 days of pregnancy. Oral sondes were used to keep rodents at a constant daily dose, and paroxetine 1 mg / kg / day or paroxetine 2.5 mg / kg / day or saline was given to the control group. The control group received saline daily. We evaluated spontaneous locomotor activity using the open field test (OF), spontaneous alternation behavior using the Y-maze test, and anxiety behavior using the elevated plus maze test (EPM) in male offspring at PD30. BrdU-positive cells in hippocampus were counted by fluorescence microscope. Results Locomotor activities significantly increase in paroxetine 2.5 mg group compare to a control group. The paroxetine 2.5 mg group spent less time in the closed arm compared to the control and paroxetine 1 mg groups in EPM. The number of BrdU-positive cells was significantly increased in the paroxetine 2.5 mg group compared to the control group. There was tendency to be a positive correlation between spontaneous activity and the number of BrdU-positive cells. Discussion & Conclusions In this study, it was revealed that oral administration of paroxetine during pregnancy induces hyperactivities and impulsivities in offspring, and increased neurogenesis in hippocampus of rats. There was a positive correlation between locomotor activity and the amount of neurogenesis. SSRI administration during pregnancy may affect the neurodevelopment of the newborn infant.
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Pegau, W. Scott, Jessica Garron, Leonard Zabilansky, Christopher Bassett, Job Bello, John Bradford, Regina Carns, et al. "Detection of oil in and under ice." International Oil Spill Conference Proceedings 2017, no. 1 (May 1, 2017): 1857–76. http://dx.doi.org/10.7901/2169-3358-2017.1.1857.
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ABSTRACT (2017-147) In 2014, researchers from ten organizations came to the U.S. Army Corps of Engineers, Cold Regions Research and Engineering Laboratory (CRREL) in New Hampshire to conduct a first of its kind large-scale experiment aimed at determining current sensor capabilities for detecting oil in and under sea ice. This project was the second phase of the Oil Spill Detection in Low Visibility and Ice research project of the International Association of Oil and Gas Producers (IOGP), Arctic Oil Spill Response Technology - Joint Industry Programme. The objectives of the project were to:Acquire acoustic, thermal, optical and radar signatures of oil on, within, and underneath a level sheet of laboratory sea ice.Determine the capabilities of various sensors to detect oil in specific ice environments created in a test tank, including freeze-up, growth and melt.Model the potential performance of the sensors under realistic field conditions using the test data for validation.Recommend the most effective sensor suite of existing sensors for detecting oil in the ice environment. The sensor testing spanned a two-month ice growth phase and a one-month decay/melt period. The growth phase produced an 80 centimeter thick level sheet of salt water ice representative of natural sea ice grown under quiescent conditions. Above-ice sensors included frequency modulated continuous wave radar, ground penetrating radar, laser fluorescence polarization sensor, spectral radiometer, visible and infrared cameras. Below-ice sensors included acoustics (broadband, narrowband, and multibeam sonars), spectral radiometers, cameras, and fluorescence polarization. Measurements of physical and electrical properties of the ice and oil within the ice were provided to optical, acoustic, and radar modelers as inputs into their models. The models were then used to extrapolate the sensors’ laboratory performance to potential performance over a range of field conditions. All selected sensors detected oil under some conditions. The radar systems were the only above-ice sensors capable of detecting oil below or trapped within the ice. Cameras below the ice detected oil at all stages of ice growth, and the acoustic and fluorescence systems detected encapsulated oil through limited amounts of new ice growth beneath the oil. No single sensor detected oil in and below ice under all conditions tested. However, we used the test results to identify suites of sensors that could be deployed today both above and below the ice to detect and map an oil spill within ice covered waters.
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Heaton, Alexa, Anna Hoefges, Peter Rehani, Angelica Lopez, Nathaniel Burkard, Alexander Rakhmilevich, Amy Erbe, Paul Sondel, and Melissa Skala. "43 Intravital multiphoton imaging of infiltrating CD8 T cell and tumor cell metabolism during immunotherapy in a murine melanoma model." Journal for ImmunoTherapy of Cancer 9, Suppl 2 (November 2021): A50. http://dx.doi.org/10.1136/jitc-2021-sitc2021.043.
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BackgroundIntravital multiphoton microscopy (IMM) provides single cell imaging within intact living systems. IMM of the autofluorescent metabolic co-enzymes NAD(P)H and FAD, optical metabolic imaging (OMI), provides in vivo label-free imaging of metabolic changes. The metabolism of tumor and immune cells is closely associated with cancer progression and tissue site,1–4 so we aim to study metabolic trends during administration of an effective, triple-combination immunotherapy within murine melanoma tumors.5 This therapy includes external beam radiation, intratumoral hu14.18-IL2 immunocytokine (anti-GD2 mAb fused to IL2), and intraperitoneal anti-CTLA-4 leading to in situ vaccination and cure of GD2+ murine tumors.5 Previous work has shown that a T cell response is critical to the efficacy of this therapy,5–6 so we created an mCherry-labeled T cell mouse model to study this response. Here, IMM was used to image concurrent tumor and CD8+ T cell metabolic trends during administration of immunotherapy.MethodsWe created an mCherry-labeled CD8+ T cell mouse model through CRISPR/Cas9 knock-in. We then implanted syngeneic B78 (GD2+) melanoma cells into the flanks of these reporter mice to induce measurable tumors. Mice were anesthetized, skin flap surgery performed, and tumors imaged at several time points. IMM was performed using 750–1040 nm to excite NAD(P)H, FAD, and mCherry through a 40X (1.15 NA) objective. Fluorescence lifetime data was collected using time correlated single photon counting electronics. Murine tissues were harvested and analyzed via flow cytometry and multiplex immunofluorescence to corroborate IMM findings and characterize the immune infiltrate.ResultsHere we demonstrate the feasibility of our IMM platform to capture single cell metabolic changes during immunotherapy administration. Through our intravital imaging we show that CD8 T cell and tumor cell redox ratio (intensity of NAD(P)H/intensity of NAD(P)H + FAD) is significantly increased in treated compared to control mice (figure 1), possibly indicating increased glycolytic activity. We also show differences in protein binding within both CD8 T cells and tumor cells during treatment. Overall, this technology enables analysis of metabolic changes in CD8 T cells and tumor cells in vivo during administration of our immunotherapy regimen.Abstract 43 Figure 1In vivo multiphoton images of immune and tumor cell populations during immunotherapy. A) Representative in vivo fluorescence intensity images of B78 melanoma tumors growing in control and treated CD8 mCherry reporter mice show mCherry-labeled CD8+ T cells (red) infiltrating tumor tissue as well as autofluorescent metabolic coenzymes NAD(P)H (blue) and FAD (green) expressed by the tumor and T cells. Scale bar 25 μm. B) Corresponding in vivo optical redox ratio intensity images show redox balance within the tumor microenvironment. Treated tumors exhibit an increased optical redox ratio which may indicate increased glycolytic activity during immunotherapy. C) Quantified single-cell B78 tumor (n = 353) and CD8 T cell (n = 18) autofluorescence data. Both CD8 T cells (p<0.0001) and tumor cells (p<0.0034) exhibit significantly increased optical redox ratio with treatment (n = 2 mice, median – center bold dashed line, 3rd quartile – upper dashed line, 1st quartile – lower dashed line, Mann-Whitney U Test).ConclusionsThese results provide additional support that the combination of intravital imaging with OMI allows for concurrent imaging of T cell infiltration and metabolic trends. Specifically, OMI enabled us to probe single cell metabolic changes occurring during our immunotherapy regimen. With continued work, this imaging platform may be leveraged to develop new combinations of immunotherapies.AcknowledgementsThis work is supported by the Morgridge Institute for Research (Interdisciplinary Fellowship awarded to A.R.H.) and the NIH (R01 CA205101 and R35 CA197078). The authors thank the University of Wisconsin Carbone Cancer Center (UWCCC) Support Grant P30 CA014520, the UWCCC Translational Research Initiatives in Pathology laboratory - supported by the UW Department of Pathology and Laboratory Medicine and the Office of The Director NIH (S10OD023526), the UWCCC Flow Cytometry Laboratory, and the Genome Editing and Animal Models Laboratory for core services. The authors also thank Tiffany M. Heaster for training and thoughtful discussions as well as Dan Pham for cell isolation help.ReferencesRenner K, Singer K, Koehl GE, Geissler EK, Peter K, Siska P J, Kreutz M. Metabolic Hallmarks of Tumor and Immune Cells in the Tumor Microenvironment. Front Immunol 2017, 8 Mar: 1–11.Mockler MB, Conroy MJ, Lysaght J. Targeting T Cell Immunometabolism for Cancer Immunotherapy; Understanding the Impact of the Tumor Microenvironment. Front Oncol 2014, 4 May: 1–11.Ghesquière B, Wong BW, Kuchnio A, Carmeliet P. Metabolism of stromal and immune cells in health and disease. Nature 2014; 511(7508):167–176.Heaster TM, Heaton AR, Sondel PM, Skala MC. Intravital metabolic autofluorescence imaging captures macrophage heterogeneity across normal and cancerous tissue. Front Bioeng Biotechnol 2021, 9(April): 1–10.Morris ZS, Guy EI, Francis DM, Gressett MM, Werner LR, Carmichael LL, Yang RK, Armstrong EA, Huang S, Navid F, Gillies SD, Korman A, Hank JA, Rakhmilevich AL, Harari PM, Sondel PM. In situ tumor vaccination by combining local radiation and tumor-specific antibody or immunocytokine treatments. Cancer Res 2016; 76 (13): 3929–3941.Morris ZS, Guy EI, Werner LR, Carlson PM, Heinze CM, Kler JS, Busche SM, Jaquish AA, Sriramaneni RN, Carmichael LL, Loibner H, Gillies SD, Korman AJ, Erbe AK, Hank JA, Rakhmilevich AL, Harari PM, Sondel PM. Tumor-specific inhibition of in situ vaccination by distant untreated tumor sites. Cancer Immunol Res 2018; 6(7): 825–834.Ethics ApprovalAll animal work was approved by the University of Wisconsin Institutional Animal Care and Use Committees.
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Khaykin, Sergey M., Jean-Pierre Pommereau, Emmanuel D. Riviere, Gerhard Held, Felix Ploeger, Melanie Ghysels, Nadir Amarouche, Jean-Paul Vernier, Frank G. Wienhold, and Dmitry Ionov. "Evidence of horizontal and vertical transport of water in the Southern Hemisphere tropical tropopause layer (TTL) from high-resolution balloon observations." Atmospheric Chemistry and Physics 16, no. 18 (September 29, 2016): 12273–86. http://dx.doi.org/10.5194/acp-16-12273-2016.
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Abstract. High-resolution in situ balloon measurements of water vapour, aerosol, methane and temperature in the upper tropical tropopause layer (TTL) and lower stratosphere are used to evaluate the processes affecting the stratospheric water budget: horizontal transport (in-mixing) and hydration by cross-tropopause overshooting updrafts. The obtained in situ evidence of these phenomena are analysed using satellite observations by Aura MLS (Microwave Limb Sounder) and CALIPSO (Cloud-Aerosol Lidar and Infrared Pathfinder Satellite Observation) together with trajectory and transport modelling performed using CLaMS (Chemical Lagrangian Model of the Stratosphere) and HYSPLIT (Hybrid Single-Particle Lagrangian Integrated Trajectory) model. Balloon soundings were conducted during March 2012 in Bauru, Brazil (22.3° S) in the frame of the TRO-Pico campaign for studying the impact of convective overshooting on the stratospheric water budget. The balloon payloads included two stratospheric hygrometers: FLASH-B (Fluorescence Lyman-Alpha Stratospheric Hygrometer for Balloon) and Pico-SDLA instrument as well as COBALD (Compact Optical Backscatter Aerosol Detector) sondes, complemented by Vaisala RS92 radiosondes. Water vapour vertical profiles obtained independently by the two stratospheric hygrometers are in excellent agreement, ensuring credibility of the vertical structures observed. A signature of in-mixing is inferred from a series of vertical profiles, showing coincident enhancements in water vapour (of up to 0.5 ppmv) and aerosol at the 425 K (18.5 km) level. Trajectory analysis unambiguously links these features to intrusions from the Southern Hemisphere extratropical stratosphere, containing more water and aerosol, as demonstrated by MLS and CALIPSO global observations. The in-mixing is successfully reproduced by CLaMS simulations, showing a relatively moist filament extending to 20° S. A signature of local cross-tropopause transport of water is observed in a particular sounding, performed on a convective day and revealing water vapour enhancements of up to 0.6 ppmv as high as the 404 K (17.8 km) level. These are shown to originate from convective overshoots upwind detected by an S-band weather radar operating locally in Bauru. The accurate in situ observations uncover two independent moisture pathways into the tropical lower stratosphere, which are hardly detectable by space-borne sounders. We argue that the moistening by horizontal transport is limited by the weak meridional gradients of water, whereas the fast convective cross-tropopause transport, largely missed by global models, can have a substantial effect, at least at a regional scale.
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Nascimento, Viviane Demetrio do, Michelle Orane Schemberger, Viviane Nogaroto, Érica Ramos, Rafael Bonfim de Almeida, Cesar Martins, and Marcelo Ricardo Vicari. "Análise do sequenciamento em larga escala na caracterização e localização in situ de elementos repetitivos no genoma de Apareiodon sp. (Characiformes: Parodontidae)." Semina: Ciências Biológicas e da Saúde 38, no. 1supl (February 16, 2018): 86. http://dx.doi.org/10.5433/1679-0367.2017v38n1suplp86.
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A família Parodontidae agrupa espécies sem sistemas de cromossomos sexuais heteromórficos e espécies com heterogametia feminina. Na diversificação dos sistemas de cromossomos sexuais ocorrem acúmulos de sequências de repetição in tandem e elementos transponíveis. Este estudo tem como objetivo integrar dados genômicos de elementos repetitivos comparando genomas macho e fêmea de Apareiodon sp. bem como seu mapeamento físico nos cariótipos. Nesta análise foram utilizados dois software: o RepeatExplorer que busca repetitivos, utilizando algoritmo de clusterização de sequências (reads) baseados em grafos, fazendo um comparativo de macho e fêmea e o RepeatMasker para anotação de elementos repetitivos em genomas montados de um macho e de uma fêmea de Apareiodon sp. Para a análise pelo RepeatExplorer uma amostra de 2.200.000 reads para cada sexo foi obtida, sendo que o resultado gerou 64 clusters dos quais 4 apresentaram diferenças significativas no número de reads de DNAs repetitivos agrupados entre macho e fêmea, sendo os clusters 09, 33, 45 e 60. As sequências destes 4 clusters foram submetidas ao CENSOR no web server http://www.girinst.org, para a busca de similaridade aos DNAs repetitivos neste banco de dados. Os DNA repetitivos com maior frequência no cluster 09 foram: DNA Transposon MuDR-7, DNA Satellite Sat-9 e DNA Transposon Kolobok-2. No cluster 33 foram o DNA transposon EnSpm/CACTA, retrotransposon Copia-4 e Penelope-1, e DNA transposon Harbinger. Já no Cluster 45 foram encontrados o não autônomo Rep-6 e o Retrotransposon Gypsy-19-I e no Cluster 60 o DNA transposon EnSpm-16/CACTA e Retrotransposon Gypsy-3. As sequências destes elementos repetitivos mais representativos nos genomas foram recuperadas para desenho de primers a partir do software primer3plus e, posterior construção de sondas para uso na hibridação in situ fluorescente (FISH). Os dados do RepeatMasker estão em análise para que juntamente com os dados do RepeatExplorer e da FISH seja obtida as diferenças quantitativas dos elementos repetitivos nos genomas macho e fêmea. Os resultados preliminares foram promissores para a caracterização dos elementos repetitivos no genoma de Apareiodon sp. Nesse contexto, com estes dados somados à localização cromossômica pretende-se compreender a diversificação cariotípica e dos cromossomos sexuais em Parodontidae.
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Moreira, Rita de Cássia Teixeira, Margarete Magalhães Souza, Cláusio Antonio Ferreira de Melo, Abelmon Silva Gesteira, and Gonçalo Santos Silva. "Análises citogenéticas em espécies, cultivares e híbridos do gênero Citrus." Semina: Ciências Biológicas e da Saúde 38, no. 1supl (February 16, 2018): 92. http://dx.doi.org/10.5433/1679-0367.2017v38n1suplp92.
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O gênero Citrus L. é composto de grande variedade de cultivares e híbridos que em campo podem apresentar características fenotípicas semelhantes, inclusive, entre cultivares poliploides e diploides. O objetivo deste trabalho foi caracterizar cariotípicamente cultivares e híbridos do gênero Citrus através do bandamento CMA3/DAPI, da localização in situ de sequências repetitivas Foram analisadas as espécies C. limon (L.) Burm. F., C. sunki Hort. ex Tanaka, C. volkameriana V. Tem & Pasq., C. latifólia Yu. Tanaka (IAC-05), assim como os híbridos Thaiti-03 e Thaiti-08. O número cromossômico diplóide 2n = 18 foi observado nas espécies C. limon, C. sunki, C. volkameriana e também no híbrido Thaiti-08. No híbrido Thaiti-03, foi identificado 2n = 3x = 27, como também a espécie C. latifólia (IAC-5), triploide (2n=3x= 27), corroborando com análises divulgadas da cultivar. O bandamento CMA3+/DAPI- realizado em C. volkameriana revelou nove cromossomos com um bloco terminal e um cromossomo com dois blocos, bem como um terminal e um pericentromérico. As espécies C. limon e C. sunki, apresentaram nove cromossomos com um bloco terminal e um cromossomo com dois blocos CMA3+/DAPI- terminais. Em C. latifólia foram observados treze cromossomos com blocos terminais e um cromossomo com dois blocos terminais. A análise molecular de alguns dos genótipos por Hibridação in situ Fluorescente (FISH), demonstrou em C. sunki, duas marcas dos sítios 45S e 5S localizadas próximas no mesmo par cromossômico. A espécie C. limon apresentou duas marcas dos sítios 45S e 5S, em que um dos cromossomos apresenta os dois sítios. Na cultivar, triploide, C. latifólia (IAC-05), foram identificados seis sítios 45S e dois sítios 5S. Foram utilizadas sequência para DNA repetitivo de Citrus obtidas do NCBI (National Center for Biotechnology Information) para o desenho de primers no Primer 3 Plus e posterior localização in situ. A hibridação das sequências repetidas não expressas revelou que os as duas sequências investigadas estão co-localizadas no genoma das espécies e híbridos analisados com ao menos quinze sítios para as sondas satélites em C. latifólia e oito sítios em C. limon. O DNA repetitivo não expresso pode ser utilizado como excelente marcador citológico para ploidia e compatibilização cromossômica no melhoramento de Citrus.Agradecimentos: UESC, EMBRAPA e CAPES.
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Melo, Adriana de Souza, Diogo Cavalcanti Cabral de Mello, and Rita de Cássia de Moura. "Evidência do sítio de origem dos genes histona H3 e DNAr 5S em Rhammatocerus brasiliensis (Orthoptera-Acrididae)." Semina: Ciências Biológicas e da Saúde 38, no. 1supl (February 16, 2018): 166. http://dx.doi.org/10.5433/1679-0367.2017v38n1suplp166.
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EEm gafanhotos o mapeamento do gene de histona H3 e do DNAr 5S tem evidenciado, respectivamente, conservação de sítios em um par de cromossomos autossômicos e variação em um ou no máximo três pares cromossômicos. No entanto, em Rhammatocerus brasiliensis foi observada a co-localização dos sítios de DNAr 5S e histona H3 em dez dos onze pares autossômicos e nos cromossomos X e B. O objetivo deste trabalho foi identificar os cromossomos portadores dos sítios ancestrais dos genes de histona H3 e DNAr 5S em R. brasiliensis e entender a dinâmica de dispersão desses sítios no genoma da espécie. Espécimes de R. brasiliensis coletados em Pernambuco, Ceará, Paraíba e Piauí - NE, foram analisados através de hibridização in situ fluorescente com sondas de histona H3 (51 indivíduos) e DNAr 5S (nove indivíduos de 51 analisados). Os sítios de histona H3 apresentaram cinco padrões: no bivalente autossômico M7 (1); nos cromossomos M7 e B (2); nos bivalentes G1, M4 e M7 (3); em todos os cromossomos, exceto P11 e B (4); em todos os cromossomos e B (5). O mapeamento dos genes de DNAr 5S apresentou seis padrões evidenciando variabilidade quanto ao número e localização dos sítios, sendo: no bivalente autossômico G3 (1); G2, G3, M5 e P11 (2); G2, G3, M7 e P11 (3); nos bivalentes G2, G3, M5, M7 e P11 (4); em todos os cromossomos do complemento, incluindo um B (5) e dois Bs (6). Os padrões de dispersão e co-localização de H3 e DNAr 5S observados em R. brasiliensis, em especial a presença de sítios em todos os cromossomos, não é comum em gafanhotos, e possivelmente resultam de recombinações ectópicas e ação de transposons que provavelmente dispersam essas sequências a partir do sítio ancestral, localizado no par M7 para H3 e no G3 para o DNAr 5S. A presença de sítios H3 apenas no par M7 em Surubim (PE), Juazeiro do Norte (CE), João Pessoa (PB) e Picos (PI), e no M7 e no cromossomo B em dois indivíduos de duas populações de Pernambuco, sugerem que o B possivelmente se originou deste par autossômico.Apoio financeiro: FACEPE, CAPES; CNPq
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Virtasalo, Joonas J., Peter Österholm, and Eero Asmala. "Estuarine flocculation dynamics of organic carbon and metals from boreal acid sulfate soils." Biogeosciences 20, no. 14 (July 20, 2023): 2883–901. http://dx.doi.org/10.5194/bg-20-2883-2023.
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Abstract. Flocculation of riverine dissolved organic matter to the particulate form in estuaries is an important mechanism for capturing dissolved metals to newly formed organic particles, regulating the metal transport from land to sea. The process is particularly relevant for rivers draining boreal acid sulfate soils of western Finland, which are known to deliver large amounts of trace metals with detrimental environmental consequences for the recipient estuaries in the eastern Gulf of Bothnia in the northern Baltic Sea. This is the first study to investigate dissolved metal (Al, Fe, Mn, Co, and Cu) association with flocculating organic particles in the laboratory, by mixing of acidic metal-rich water from acid-sulfate-soil-impacted rivers and particle-free artificial seawater. Water samples were collected in April 2021 from the Laihianjoki and Sulvanjoki rivers in western Finland. Experiments with an in situ laser-diffraction-based particle size distribution sensor and a multiparameter water quality sonde were run to continuously monitor the development of a suspended particle pool over the salinity gradient from 0 to 6, corresponding to the salinity range observed in these estuarine systems. Flocculator experiments with discrete salinity treatments were carried out to investigate metal behaviour with the collection of flocculated material on glass fibre filters. Filtrate was analysed for coloured dissolved-organic-matter absorbance and fluorescence for the characterization of potential changes in the organic matter pool during the flocculation process. Retentate on the filter was subjected to persulfate digestion of organic particles and metal oxyhydroxides (pH < 2.3), and the digestion supernatants were analysed for metal concentrations. The laboratory experiments showed strong transfer of Al and Fe already at a salinity of 0–2 to newly formed organically dominated flocs that were generally larger than 80 µm. Very strong coupling between the decrease in humic fluorescence and the increase in organically bound Al demonstrated that Al transfer to the flocs was stronger than that of Fe. The flocs in the suspended particle pool were complemented by a smaller population of Al- and Fe-oxyhydroxide-dominated flocculi (median size of 11 µm) after pH exceeded ca. 5.5. Cobalt and Mn transfer to the particle pool was weak, although some transfer to Mn oxyhydroxides as well as Co association with the flocs took place. Up to 50 % of Cu was found to be bound to humic substances in the flocs in the river waters, and this proportion did not significantly change during mixing with seawater. The findings of this study demonstrate that salinity and pH are important independent but connected controls of the flocculation behaviour of dissolved metals from boreal acid sulfate soils and the seaward transport and environmental consequences of the metals in the marine environment.
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Traldi, Josiane Baccarin, Marcelo Ricardo Vicari, Juliana de Fátima Martinez, Daniel Rodrigues Blanco, Roberto Laridondo Lui, and Orlando Moreira Filho. "Mapeamento cromossômico das histonas H1 e H4 em espécies de Parodontidae (Characiformes)." Semina: Ciências Biológicas e da Saúde 38, no. 1supl (February 16, 2018): 201. http://dx.doi.org/10.5433/1679-0367.2017v38n1suplp201.
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Parodontidae é composta por três gêneros: Parodon, Saccodon e Apareiodon, os quais abrangem 31 espécies consideradas válidas. Do ponto de vista cromossômico, apresentam 2n=54 cromossomos conservado, com variações nas fórmulas cariotípicas, número e localização dos DNAs ribossomais 45S e 5S e presença/ausência de cromossomos sexuais. O presente trabalho teve como objetivo contribuir para o conhecimento da diversidade cromossômica de Parodontidae, analisando, através de hibridizações in situ fluorescentes, a localização cromossômica dos genes das histonas H1 e H4 em sete espécies da família: Apareiodon cavalcante, Apareiodon machrisi, Apareiodon sp. 1, Apareiodon sp. 2, Apareiodon argenteus, Apareiodon davisi e Parodon cf. pongoensis. As sondas utilizadas foram amplificadas a partir do genoma de A. cavalcante. As sequências obtidas na amplificação das histonas H1 e H4 apresentaram 626 e 213 pares de bases, respectivamente, exibindo similaridade com sequências parciais destes genes de outras espécies de peixes. Além disso, a sequência de H1 amplificada apresentou similaridade com um fragmento interno do elemento transponível ERV1-2 FCa-I. As hibridizações revelaram a ocorrência de co-localização destes genes em porção intersticial de um único par cromossômico (par 20 em P. cf. pongoensis e par 13 nas demais espécies), ocorrendo também um sítio adicional de H1 em A. davisi e pequenos sítios dessa sequência dispersos pelos cariótipos de todas as espécies. Os resultados sugerem que o cluster H1-H4 alocado em apenas um par cromossômico seja a tendência para Parodontidae, indicando assim uma possível conservação desta clusterização em todas as espécies do grupo. Os pequenos sítios de H1 dispersos pelos cariótipos e o sítio adicional de A. davisi provavelmente estão associados ao retroelemento inserido nesta sequência. Além disso, o sítio adicional de A. davisi também pode ser resultado de rearranjos cromossômicos, bem como o par portador do cluster H1-H4 em P. cf. pongoensis. Apesar de ser sugerida a conservação da localização dos genes das histonas H1 e H4 em Parodontidae, as particularidades apresentadas por algumas espécies indicam que, em alguns casos, estes genes estão envolvidos em processos evolutivos que resultam em maior nível de diferenciação.Órgãos financiadores: FAPESP, CAPES e CNPqApoio de coleta: ICM-Bio (licença Nº 10538-1)
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Heaton, Alexa R., Anna Hoefges, Peter R. Rehani, Nathaniel J. Burkard, Arika S. Feils, Dan V. Spiegelman, Noah W. Tsarovsky, et al. "Abstract 2389: In vivo multiphoton autofluorescence imaging is sensitive to CD8 T cell and tumor cell metabolic changes during immunotherapy in a murine melanoma model." Cancer Research 83, no. 7_Supplement (April 4, 2023): 2389. http://dx.doi.org/10.1158/1538-7445.am2023-2389.
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Abstract Introduction: In vivo multiphoton autofluorescence microscopy provides live, label free, single cell imaging of metabolic changes. These metabolic changes are quantified via the metabolic coenzymes NAD(P)H and FAD which are autofluorescent molecules endogenous to all cells. Metabolic reprogramming of tumor and immune cells is closely associated with cancer progression and cell phenotype. We aim to study metabolic changes during administration of an effective, triple-combination immunotherapy within murine melanoma tumors. This therapy includes external beam radiation, intratumoral hu14.18-IL2 immunocytokine (anti-GD2 mAb fused to IL2, provided by Anyxis Immuno-Oncology GmbH of Vienna, Austria), and intraperitoneal anti-CTLA-4 leading to in situ vaccination and cure of GD2+ murine tumors. Previous work has shown that a T cell response is critical to the efficacy of this therapy, so we created an mCherry-labeled T cell mouse model to study this response. Methods: We implanted syngeneic B78 (GD2+) melanoma cells into the flanks of mCherry-labeled CD8 T cell reporter mice (C57Bl/6 background) to induce tumors. Under anesthesia, skin flap surgery was performed and tumors were imaged at several time points during therapy. Multiphoton imaging was performed to collect NAD(P)H, FAD, mCherry, and collagen signal with a 40X objective. Fluorescence lifetime data was collected using time correlated single photon counting electronics. Tissues were harvested and analyzed via flow cytometry and multiplex immunofluorescence to corroborate intravital imaging findings and characterize the immune infiltrate. Results: Here we demonstrate that our in vivo imaging is sensitive to metabolic changes in both B78 melanoma and CD8 T cells from immunotherapy treated versus control tumors. These metabolic differences include changes in protein binding, redox balance, and fluorescence lifetime. We also show remodeling of collagen, a major component of the extracellular matrix, during immunotherapy that may be explained by an observed decrease in macrophages. Flow cytometry and multiplex immunofluorescence illustrate changes in the immune infiltrate composition, activation, cytotoxicity, and spatial distribution during therapy. We are also currently investigating metabolic changes in an MC38 mouse model - a hot tumor model - that we anticipate will provide excellent metabolic contrast to our B78 immunologically cold tumor model. Conclusions: These results show that in vivo metabolic imaging enables single cell quantification of metabolic changes in tumor and immune cells during therapy. Combined with other traditional assays, we can elucidate key immune cell populations and the crucial timepoints during therapy where changes are occurring. With continued efforts, this imaging platform may be leveraged to develop new combinations of immunotherapies. Citation Format: Alexa R. Heaton, Anna Hoefges, Peter R. Rehani, Nathaniel J. Burkard, Arika S. Feils, Dan V. Spiegelman, Noah W. Tsarovsky, Alina A. Hampton, Amy K. Erbe Gurel, Alexander L. Rakhmilevich, Paul M. Sondel, Melissa C. Skala. In vivo multiphoton autofluorescence imaging is sensitive to CD8 T cell and tumor cell metabolic changes during immunotherapy in a murine melanoma model [abstract]. In: Proceedings of the American Association for Cancer Research Annual Meeting 2023; Part 1 (Regular and Invited Abstracts); 2023 Apr 14-19; Orlando, FL. Philadelphia (PA): AACR; Cancer Res 2023;83(7_Suppl):Abstract nr 2389.
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Neto, Zoraima, Pedro A. Martinez, Domingos Jandondo, Marinela Mirandela, Joana Paula Paixão, Filipa Vaz, Gisel Reyes Castro, et al. "Prevalência das arboviroses (Dengue, chikungunya, zika) em Angola." Revista Científica da Clínica Sagrada Esperança, NÚMERO 10. ANO 12. ABRIL 2020 (April 15, 2020): 8–16. http://dx.doi.org/10.70360/rccse..v.73.
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Introdução: As arboviroses constituem uma ameaça para saúde pública em Angola. Desde Janeiro de 2017 que o laboratório de biologia molecular tem sido o laboratório de referência nacional para a confirmação dos casos suspeitos de dengue, chikungunya e zika. O objectivo deste trabalho é estudar a prevalência das arboviroses (dengue, chikungunya, zika) em Angola no período de 2017-2018 Material e Métodos: O laboratório de biologia molecular recebe amostras de sororepresentativas de todas as províncias do país e são obrigatoriamente acompanhadas de fichas de notificação que contém os dados epidemiológicos de cada caso. Para estudar os arbovírus utiliza-se a técnica de extracção de RNA (acido ribonucleico) com o kit da marca (Qiagen) seguido do PCR tem tempo real (RT-PCR) em passo único para amplificação do material genético dos vírus. O método de Trioplex RT-PCR utiliza primers específicos para cada vírus (dengue,chikungunya, zika) e sondas fluorescentes seguido do sequenciamento. A técnica consiste na amplificação do material genético dos arbovírus durante 2h45mins após este período se visualiza a presença ou não do vírus através da libertação de fluorescência. Resultado:Em 2017 a prevalência do vírus da dengue foi de 2% (1/50) com a confirmação apenas de 1 caso positivo,enquanto que a prevalência do vírus chikungunya foi de 9.6% com 6/62 confirmados positivos. A prevalência do vírus zika foi 9.6% com 5/52 casos foram confirmados positivos. Em 2018 registou-se um aumento no número de casos positivos de Dengue com uma prevalência de Dengue de 20%com 71/351 confirmados positivos, enquanto que a circulação dos vírus chikungunya e zika diminui não se registando casos positivos para estas duas arboviroses. Conclusão: Durante o período de 2017 os arbovirus chikungunya e zika predominaram no país, havendo uma mudança no padrão de transmissão dos arbovírus em 2018, sendo que a Dengue foi o arbovírus mais prevalente em 2018 Angola e esta esta associado a quadros de dengue acompanhadas de sintomas como a febre, mialgia, cefaleia dor retro-orbital, hemorragia e exantema sendo Luanda a província com maior incidência nos casos de arboviroses. A vigilância laboratorial é uma ferramenta fundamental para o diagnóstico atempado de eventuais surtos provocados por arbovírus e é uma mais-valia para o actual sistema de vigilância epidemiológica das doenças de notificação obrigatória.
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Leblanc, T., T. D. Walsh, I. S. McDermid, G. C. Toon, J. F. Blavier, B. Haines, W. G. Read, et al. "Measurements of Humidity in the Atmosphere and Validation Experiments (MOHAVE)-2009: overview of campaign operations and results." Atmospheric Measurement Techniques Discussions 4, no. 3 (May 31, 2011): 3277–336. http://dx.doi.org/10.5194/amtd-4-3277-2011.
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Abstract. The Measurements of Humidity in the Atmosphere and Validation Experiment (MOHAVE) 2009 campaign took place on 11–27 October 2009 at the JPL Table Mountain Facility in California (TMF). The main objectives of the campaign were to (1) validate the water vapor measurements of several instruments, including, three Raman lidars, two microwave radiometers, two Fourier-Transform spectrometers, and two GPS receivers (column water), (2) cover water vapor measurements from the ground to the mesopause without gaps, and (3) study upper tropospheric humidity variability at timescales varying from a few minutes to several days. A total of 58 radiosondes and 20 Frost-Point hygrometer sondes were launched. Two types of radiosondes were used during the campaign. Non negligible differences in the readings between the two radiosonde types used (Vaisala RS92 and InterMet iMet-1) made a small, but measurable impact on the derivation of water vapor mixing ratio by the Frost-Point hygrometers. As observed in previous campaigns, the RS92 humidity measurements remained within 5 % of the Frost-point in the lower and mid-troposphere, but were too dry in the upper troposphere. Over 270 h of water vapor measurements from three Raman lidars (JPL and GSFC) were compared to RS92, CFH, and NOAA-FPH. The JPL lidar profiles reached 20 km when integrated all night, and 15 km when integrated for 1 h. Excellent agreement between this lidar and the frost-point hygrometers was found throughout the measurement range, with only a 3 % (0.3 ppmv) mean wet bias for the lidar in the upper troposphere and lower stratosphere (UTLS). The other two lidars provided satisfactory results in the lower and mid-troposphere (2–5 % wet bias over the range 3–10 km), but suffered from contamination by fluorescence (wet bias ranging from 5 to 50 % between 10 km and 15 km), preventing their use as an independent measurement in the UTLS. The comparison between all available stratospheric sounders allowed to identify only the largest biases, in particular a 10 % dry bias of the Water Vapor Millimeter-wave Spectrometer compared to the Aura-Microwave Limb Sounder. No other large, or at least statistically significant, biases could be observed. Total Precipitable Water (TPW) measurements from six different co-located instruments were available. Several retrieval groups provided their own TPW retrievals, resulting in the comparison of 10 different datasets. Agreement within 7 % (0.7 mm) was found between all datasets. Such good agreement illustrates the maturity of these measurements and raises confidence levels for their use as an alternate or complementary source of calibration for the Raman lidars. Tropospheric and stratospheric ozone and temperature measurements were also available during the campaign. The water vapor and ozone lidar measurements, together with the advected potential vorticity results from the high-resolution transport model MIMOSA, allowed the identification and study of a deep stratospheric intrusion over TMF. These observations demonstrated the lidar strong potential for future long-term monitoring of water vapor in the UTLS.
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Leblanc, T., T. D. Walsh, I. S. McDermid, G. C. Toon, J. F. Blavier, B. Haines, W. G. Read, et al. "Measurements of Humidity in the Atmosphere and Validation Experiments (MOHAVE)-2009: overview of campaign operations and results." Atmospheric Measurement Techniques 4, no. 12 (December 1, 2011): 2579–605. http://dx.doi.org/10.5194/amt-4-2579-2011.
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Abstract. The Measurements of Humidity in the Atmosphere and Validation Experiment (MOHAVE) 2009 campaign took place on 11–27 October 2009 at the JPL Table Mountain Facility in California (TMF). The main objectives of the campaign were to (1) validate the water vapor measurements of several instruments, including, three Raman lidars, two microwave radiometers, two Fourier-Transform spectrometers, and two GPS receivers (column water), (2) cover water vapor measurements from the ground to the mesopause without gaps, and (3) study upper tropospheric humidity variability at timescales varying from a few minutes to several days. A total of 58 radiosondes and 20 Frost-Point hygrometer sondes were launched. Two types of radiosondes were used during the campaign. Non negligible differences in the readings between the two radiosonde types used (Vaisala RS92 and InterMet iMet-1) made a small, but measurable impact on the derivation of water vapor mixing ratio by the Frost-Point hygrometers. As observed in previous campaigns, the RS92 humidity measurements remained within 5% of the Frost-point in the lower and mid-troposphere, but were too dry in the upper troposphere. Over 270 h of water vapor measurements from three Raman lidars (JPL and GSFC) were compared to RS92, CFH, and NOAA-FPH. The JPL lidar profiles reached 20 km when integrated all night, and 15 km when integrated for 1 h. Excellent agreement between this lidar and the frost-point hygrometers was found throughout the measurement range, with only a 3% (0.3 ppmv) mean wet bias for the lidar in the upper troposphere and lower stratosphere (UTLS). The other two lidars provided satisfactory results in the lower and mid-troposphere (2–5% wet bias over the range 3–10 km), but suffered from contamination by fluorescence (wet bias ranging from 5 to 50% between 10 km and 15 km), preventing their use as an independent measurement in the UTLS. The comparison between all available stratospheric sounders allowed to identify only the largest biases, in particular a 10% dry bias of the Water Vapor Millimeter-wave Spectrometer compared to the Aura-Microwave Limb Sounder. No other large, or at least statistically significant, biases could be observed. Total Precipitable Water (TPW) measurements from six different co-located instruments were available. Several retrieval groups provided their own TPW retrievals, resulting in the comparison of 10 different datasets. Agreement within 7% (0.7 mm) was found between all datasets. Such good agreement illustrates the maturity of these measurements and raises confidence levels for their use as an alternate or complementary source of calibration for the Raman lidars. Tropospheric and stratospheric ozone and temperature measurements were also available during the campaign. The water vapor and ozone lidar measurements, together with the advected potential vorticity results from the high-resolution transport model MIMOSA, allowed the identification and study of a deep stratospheric intrusion over TMF. These observations demonstrated the lidar strong potential for future long-term monitoring of water vapor in the UTLS.
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Nascimento, Pábola Santos, Maiana Silva Chaves, Antônio Santana dos Santos Filho, Sebastião Inocêncio Guido, Maria Madalena Pessoa Guerra, and Cláudio Coutinho Bartolomeu. "PRODUÇÃO IN VITRO DE EMBRIÕES UTILIZANDO-SE SÊMEN SEXADO DE TOUROS 5/8 GIROLANDO." Ciência Animal Brasileira 16, no. 3 (September 2015): 358–68. http://dx.doi.org/10.1590/1089-6891v16i332156.
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<title>Resumo</title><p>Avaliou-se a taxa de produção de blastocisto <italic>"in vitro"</italic>utilizando-se o sêmen bovino sexado. Foram utilizados três reprodutores para verificar a variação individual do sêmen, taxas de clivagem e produção embrionária. O trabalho utilizou-se de biotécnicas reprodutivas, análise computadorizada do sêmen pós-descongelação e sondas fluorescentes para análises de integridade da célula espermática (membrana plasmática, membrana acrossomal e potencial mitocondrial). Um total de 959 oócitos passou por etapas de maturação <italic>in vitro,</italic> fertilização <italic>in vitro</italic> (sexado, n= 473; convencional, n = 486) e cultivo <italic>in vitro</italic>. A taxa de clivagem foi observada no D2 e a de blastocistos no D7. Os dados foram analisados pelo programa SPSS 16.0 empregando-se a análise de variância (ANOVA), sendo o teste t-Student usado para detectar diferenças entre os grupos e o Qui-quadrado para análise dos resultados da produção <italic>in vitro</italic>(P< 0,05). Os resultados diferiram entre o sêmen convencional (31,06%) e sexado (21,10%) para produção de blastocisto. Quando comparada a produção de blastocisto individualmente nas amostras de sêmen sexado (27,69%; 17,93% e 25,56%, touros 1, 2 e 3, respectivamente), percebeu-se que T2 < T1 e T1=T3 e T2=T3. Quanto às análises de cinética espermática, as amostras de sêmen sexado mostraram diferenças entre os touros nas variáveis velocidade curvilínea, velocidade linear e velocidade do trajeto em que o T1(117,7±1,6 µm/s; 60,0±0,3 µm/s; 73,6±0,4 µm/s, respectivamente) quando comparado aos touros T2 (80,2±2,3 µm/s; 47,0±2,0 µm/s; 57,7±0,9 µm/s, respectivamente) e T3 (86,4±5,7 µm/s; 46,2±2,7 µm/s; 53,8±2,8 µm/s, respectivamente) obteve valores mais elevados. As análises da integridade da célula espermática não diferiram entre as amostras de sêmen convencional, já no sêmen sexado a integridade de membrana foi a variável que diferiu estatisticamente entre os touros, em que o T1 (38 ±2,7) diferiu do T3(53,8± 1,8) (P=0,009), mas não divergiu do T2 (44,1±4,4). É possível concluir que o sêmen sexado foi menos eficiente na produção de blastocisto quando comparado ao sêmen convencional. As análises de cinética e de integridade foram compatíveis com o potencial fertilizante das amostras de sêmen em touros da raça 5/8 Girolando.</p>
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MULSANT, P. "Glossaire général." INRAE Productions Animales 24, no. 4 (September 8, 2011): 405–8. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2011.24.4.3273.
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Allèle : une des formes alternatives d'un locus. Dans une cellule diploïde, il y a deux allèles pour chaque locus (un allèle transmis par chaque parent), qui peuvent être identiques. Dans une population, on peut avoir plusieurs allèles pour un locus.Annotation structurale : repérage des coordonnées des diverses structures dans le génome, telles que les gènes.Annotation fonctionnelle : renseignements sur les fonctions des séquences, le plus souvent pour les gènes.BAC : Bacterial Artificial Chromosome. Vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant un grand fragment d’ADN génomique (taille > 100 kb*). Les BAC assemblés en contigs* sont à la base des cartes physiques du génome.Carte cytogénétique : carte des chromosomes. Réalisée par localisation visuelle (FISH*) au microscope de fragments d’ADN sur les chromosomes au stade métaphase de la mitose.Carte d’hybrides irradiés : réalisée en testant par PCR la présence ou l’absence de fragments d’ADN dans une collection de clones d’hybrides irradiés (RH*). Deux fragments d’ADN sont proches sur le génome s’ils sont trouvés fréquemment dans les mêmes clones.Carte génétique : obtenue par l’étude de la ségrégation dans des familles ou des populations, de marqueurs polymorphes, soit moléculaires, soit phénotypiques, deux séquences étant d’autant plus proches qu’elles sont souvent transmises ensemble lors de la méiose.Clonage positionnel : stratégie visant à identifier un gène responsable de l’expression d’un phénotype en utilisant des informations de position sur le génome.Contig : ensemble de clones (le plus souvent des BAC*) ou de lectures de séquence ordonnés grâce à des informations sur leur parties chevauchantes.Cosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragments d’ADN génomique de taille avoisinant les 50 kb*.CNV : Copy Number Variation ; polymorphisme du génome correspondant à la variation du nombre de copies d’une séquence, pouvant dans certains cas contenir un ou plusieurs gènes.Déséquilibre gamétique : pour deux loci quelconques, c'est le fait que la fréquence des haplotypes* estimée pour tous les gamètes est différente de celle attendue à partir du produit des fréquences alléliques de chaque locus. Synonyme : déséquilibre de liaison. Contraire de : équilibre gamétique.Dominance : qualificatif de l’effet d'un allèle, dont une copie suffit à l'expression du phénotype* approprié. L’allèle A est dominant sur l’allèle a si l’hétérozygote* Aa a le même phénotype* que l’homozygote AA.EST : Expressed Sequence Tag : séquences étiquettes (partielles) de transcrit, obtenues par séquençage aléatoire d’ARN.Evaluation génomique : évaluation de la valeur génétique d’individus d’après leurs génotypes pour un ensemble de loci distribués sur le génome, d’après des équations établies à partir des performances d’individus de référencephénotypés et génotypés.Expression génique : études visant à estimer le niveau de production (expression) des gènes en fonction d’états physiologiques ou de tissus différents.Exon : fraction de la partie codante d’un gène eucaryote. Les gènes des organismes eucaryotes sont le plus souvent fractionnés en plusieurs séquences d’ADN dans le génome, les exons, séparés entre eux par d’autres séquences (introns*).FISH : Fluorescent In Situ Hybridisation. Hybridation de sondes d’ADN marquées à l’aide d’un fluorochrome, sur des chromosomes au stade métaphase de la mitose. Permet la réalisation de la carte cytogénétique.Fingerprinting : technique permettant d’estimer très grossièrement la similarité entre des séquences d’ADN sans les séquencer, par la comparaison des longueurs de bandes produites par des enzymes de restriction coupant l’ADN à des sites précis.Fosmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille déterminée et égale à 40 kb*.FPC : FingerPrint Contig* ; contig* de clones (généralement des BAC*) ordonnés par la technique du fingerprinting, afin d’obtenir une carte physique du génome.Génotype 1 : constitution génétique d'un individu. 2. Combinaison allélique* à un locus particulier, ex: Aa ou aa.Haplotype : combinaison allélique spécifique pour des loci appartenant à un fragment de chromosome défini.Héritabilité au sens strict : proportion de la variance phénotypique due à la variabilité des valeurs génétiques = proportion de la variance phénotypique due à la variance génétique additive.Hétérozygote : individu ayant des allèles non identiques pour un locus* particulier ou pour plusieurs loci. Cette condition définit l’ «hétérozygotie». Contraire de: homozygote.Homologues : séquences similaires en raison d’une origine évolutive commune.Hybride irradié : cellule hybride obtenue par fusion entre cellules hôte d’une espèce et donneuse d’une autre espèce, contenant une fraction aléatoire du génome de l’espèce donneuse, après cassures par irradiation, reconstitution aléatoire de chromosomes ou insertion dans des chromosomes de la cellule hôte et rétention partielle. Deux séquences proches sur le génome sont en probabilité dans les mêmes clones RH*, tandis que deux séquences distantes ont une probabilité faible d’être conservées ensemble.IBD : pour identity by descent. Identité entre deux chromosomes (ou parties de chromosomes), liée à leur descendance d’un même chromosome ancestral.Indel : Insertion – deletion ; polymorphisme de présence ou absence d’un ou plusieurs nucléotides.Intron : séquence non-codante dans les gènes, séparant les exons, qui codent pour une protéine.Kb : kilobase ; séquence de mille paires de bases (pb*).Locus (pl. : loci) : Site sur un chromosome. Par extension, emplacement d’un gène ou d’un marqueur génétique sur un chromosome.Marqueur génétique : séquence d'ADN dont le polymorphisme est employé pour identifier un emplacement particulier (locus) sur un chromosome particulier.Mate-pair : séquences appariées (1 à 10 kb* de distance), produites en circularisant les fragments d’ADN, puis par séquençage à travers le point de jointure.Mb : mégabase ; séquence d’un million de paires de bases (pb*) de longueur.Orthologues : séquences homologues* entre deux espèces.Paired-end : séquences appariées produites par la lecture des deux extrémités de courts fragments d’ADN (moins de 500 pb*) dans le cas des nouvelles technologies de séquençage.Paralogues : séquences homologues* résultat de la duplication d’une séquence ancestrale dans le génome. Il s’agit de deux (ou plus) séquences similaires par homologie dans un même génome.Pb : paire de base ; unité de séquence d’ADN, représentée par une base et sa complémentaire-inverse sur l’autre brin.Phénotype : caractère observable d'un individu résultant des effets conjugués du génotype et du milieu.Phylogénomique : utilise les méthodes de la génomique et de la phylogénie. Par la comparaison de génomes entiers, permet de mettre en évidence des pertes et gains de gènes dans les génomes, ainsi que leur variabilité moléculaire, afin (entre autres buts) d’aider à prédire leur fonctions.Plasmide : vecteur de clonage permettant l’obtention de clones bactériens contenant des fragment d’ADN génomique de taille allant de 500 pb* à 10 kb* environ.Polymorphisme d'ADN : existence de deux ou de plusieurs allèles* alternatifs à un locus.Puce à ADN ou puce pangénomique : Système permettant pour un individu le génotypage simultané de très nombreux marqueurs génétiques (de quelques milliers à quelques centaines de milliers).QTL : abréviation de locus à effets quantitatifs (de l’anglais Quantitative Trait Locus).Récessivité : qualificatif de l’effet d'un allèle, où l'homozygotie* est nécessaire pour l'expression du phénotype* approprié. opposé de : dominance*.RH : Radiation Hybrid (hybride irradié*)Sanger (méthode de) : méthode de séquençage publiée en 1977 (Sanger et al 1977) et encore utilisée de nos jours avec les séquenceurs à électrophorèse capillaire.Scaffold : ensemble de contigs* de séquence reliés entre eux par des informations apportées par des lectures appariées (mate-pairs* ou paired-ends*).Sélection assistée par marqueurs (abréviation : SAM) : utilisation d’un jeu restreint de marqueurs de l'ADN pour améliorer la réponse à la sélection dans une population : les marqueurs sont choisis comme étroitement liés à un ou plusieurs loci cibles, qui sont souvent des loci à effets quantitatifs ou QTL*.SNP : polymorphisme d'un seul nucléotide à une position particulière de la séquence d’ADN (abréviation de l’anglais Single Nucleotide Polymorphism).Supercontig : nom alternatif pour les scaffolds*.WGS : Whole Genome Shotgun ; production de lectures de séquence d’un génome entier de manière aléatoire.