Добірка наукової літератури з теми "Réseau de régulation de gènes"
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Статті в журналах з теми "Réseau de régulation de gènes"
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Belzeaux, R. "Comment les gènes s’expriment au cours de la réponse aux antidépresseurs ?" European Psychiatry 29, S3 (November 2014): 555. http://dx.doi.org/10.1016/j.eurpsy.2014.09.359.
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Parmi les outils utilisés dans la recherche de marqueurs biologiques en dépression, l’étude de l’expression génétique dans des tissus périphériques a permis d’obtenir des résultats prometteurs. Plusieurs travaux ont démontré, à partir de l’étude du tissu sanguin, que l’expression de certains gènes pouvait distinguer les patients des sujets sains et/ou être prédictive de la réponse au traitement à venir [1,2]. Mais les différences d’expression peuvent concerner également l’ensemble du génome à l’échelle des réseaux de gènes. Nous présenterons ici les résultats d’une étude des réseaux de gènes chez des sujets souffrant de dépression à l’aide d’analyses bio-informatiques appelés « Weighted Gene Co-expression Networks Analyses » [3].L’objectif principal est de démontrer s’il existe des différences dans l’architecture et le niveau d’expression des ces réseaux entre les patients et les témoins sains, mais aussi entre les patients qui seront répondeurs et les non-répondeurs. Nous nous baserons sur les résultats obtenus à partir de trois cohortes différentes (n = 67, n = 63, n = 18).Les résultats de cette étude démontrent qu’il existe à la fois des différences qualitative et quantitative de l’expression des réseaux de gène entre les patients futur répondeurs et non-répondeurs. Ces réseaux de gènes sont associés à de nombreuses fonctions biologiques qui impliquent l’inflammation et la régulation immunitaire. La reproductibilité de ces résultats sera discutée et ces résultats seront mis en perspective avec d’autres études en cours d’analyse.Enfin, leur portée sur la compréhension de la notion de réponse thérapeutique sera abordée.
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Guédon, Eric, Cécile Martin, François-Xavier Gobert, S. Dusko Ehrlich, Pierre Renault, and Christine Delorme. "Réseau de régulation de la transcription des gènes du système protéolytique de lactococcus lactis." Le Lait 81, no. 1-2 (January 2001): 65–74. http://dx.doi.org/10.1051/lait:2001112.
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Vandel, Jimmy, Brigitte Mangin, Matthieu Vignes, Damien Leroux, Olivier Loudet, Marie-Laure Martin-Maganiette, and Simon de Givry. "Inférence de réseaux de régulation de gènes au travers de scores étendus dans les réseaux bayésiens." Revue d'intelligence artificielle 26, no. 6 (December 30, 2012): 679–708. http://dx.doi.org/10.3166/ria.26.679-708.
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Négrier, Emmanuel. "Réseau, régulation, territoire." Quaderni 7, no. 1 (1989): 55–59. http://dx.doi.org/10.3406/quad.1989.1903.
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Lacombe, D. "Syndromes dysmorphiques et gènes de régulation." Archives de Pédiatrie 5 (January 1998): 93s—96s. http://dx.doi.org/10.1016/s0929-693x(98)81259-1.
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Fraty, Mathilde. "Régulation des gènes par les nutriments." Annales d'Endocrinologie 74, no. 1 (February 2013): 4–5. http://dx.doi.org/10.1016/j.ando.2012.11.011.
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Kahn, A. "Régulation de l'expression des gènes et différenciation." médecine/sciences 1, no. 8 (1985): 442. http://dx.doi.org/10.4267/10608/3399.
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Ribeiro, Agnès, Jean Marc Lacorte, Philippe Cardot, and Jean Chambaz. "Les gènes d'apolipoprotéines Régulation de leur expression." Annales de l'Institut Pasteur / Actualités 11, no. 1 (January 2000): 21–40. http://dx.doi.org/10.1016/s0924-4204(00)80015-3.
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Tardieu, Jean-Pierre. "La régulation des entreprises de réseau." Flux 14, no. 31 (1998): 61–64. http://dx.doi.org/10.3406/flux.1998.1222.
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Schultz, Thomas. "La régulation en réseau du cyberespace." Revue interdisciplinaire d'études juridiques 55, no. 2 (2005): 31. http://dx.doi.org/10.3917/riej.055.0031.
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Champion, Magali. "Contribution à la modélisation et l'inférence de réseau de régulation de gènes." Toulouse 3, 2014. http://thesesups.ups-tlse.fr/2613/.
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Cette thèse propose des développements autour de l'étude théorique et l'utilisation de méthodes statistiques mathématiques et d'optimisation dans le contexte des réseaux géniques. De tels réseaux sont des outils puissants de représentation et d'analyse de systèmes biologiques complexes, et permettent de modéliser des relations fonctionnelles entre les éléments qui composent ces systèmes. La première partie de cette thèse est consacrée à l'étude de méthodes d'apprentissage statistique pour inférer ces réseaux par le biais de régressions parcimonieuses dans le contexte de grande dimension, et plus particulièrement les algorithmes de L2 -Boosting. D'un point de vue théorique, nous montrons des résultats de consistance et de stabilité du support, sous des hypothèses concernant notamment la dimension du problème. La deuxième partie concerne l'utilisation des algorithmes de L2 -Boosting pour l'apprentissage d'indices de Sobol dans le cadre d'analyse de sensibilité. Pour estimer ces indices, on s'appuie sur la décomposition du modèle sous forme de fonctionnelles d'ANOVA. Les composantes sont estimées via une procédure d'orthogonalisation hiérarchique de Gram-Schmidt, visant à construire une approximation de la base analytique, et une procédure de L2 -Boosting pour reconstruire une approximation parcimonieuse du signal. Nous montrons alors que l'estimateur obtenu est consistant dans un contexte de bruit sur le dictionnaire d'approximation. La dernière partie concerne enfin le développement de méthodes d'optimisation pour estimer des interactions au sein de réseaux. Nous montrons que le problème de minimisation de la log-vraisemblance peut être réécrit sous la forme d'un problème de double optimisation, consistant à trouver la forme complète du graphe (ordre des variables au sein du graphe) puis à le rendre parcimonieux. Nous proposons de le résoudre par le biais d'un algorithme génétique, spécifiquement adapté à la structure de notre problèmeThis manuscript intends to study a theoretical analysis and the use of statistical and optimization methods in the context of gene networks. Such networks are powerful tools to represent and analyse complex biological systems, and enable the modelling of functional relationships between elements of these systems. The first part is dedicated to the study of statistical learning methods to infer networks, from sparse linear regressions, in a high-dimensional setting, and particularly the L2-Boosting algorithms. From a theoretical point of view, some consistency results and support stability results were obtained, assuming conditions on the dimension of the problem. The second part deals with the use of L2-Boosting algorithms to learn Sobol indices in a sensitive analysis setting. The estimation of these indices is based on the decomposition of the model with functional ANOVA. The elements of this decomposition are estimated using a procedure of Hierarchical Orthogonalisation of Gram-Schmidt, devoted to build an approximation of the analytical basis, and then, a L 2 -Boosting algorithm, in order to obtain a sparse approximation of the signal. We show that the obtained estimator is consistant in a noisy setting on the approximation dictionary. The last part concerns the development of optimization methods to estimate relationships in networks. We show that the minimization of the log-likelihood can be written as an optimization problem with two components, which consists in finding the structure of the complete graph (order of variables of the nodes of the graph), and then, in making the graph sparse. We propose to use a Genetic Algorithm, adapted to the particular structure of our problem, to solve it
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Vallat, Laurent. "Réseaux de régulation transcriptionnelle de la leucémie lymphode chronique." Paris 7, 2006. http://www.theses.fr/2006PA077174.
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La leucémie lymphoïde chronique (LLC) est un syndrome lymphoprolifératif B de mécanisme encore mal élucidé, caractérisé par une évolution clinique hétérogène. Les cellules des formes agressives de LLC se distinguent des formes indolentes par la nature de leur récepteur à l'antigène (BCR) Elles présentent également des anomalies d'intégration de plusieurs voies de signalisation cytoplasmiques, dont la voie du BCR et les voies de réponse aux lésions de l'ADN, associées à de fréquentes aberrations génétiques. Les cellules de LLC révèlent un profil transcriptionnel qui les distingue des autres hémopathies. Différents programmes transcriptionnels ont alors été étudiés dans différentes catégories de cellules de LLC, à l'état basai et après stimulation cellulaire. La comparaison de l'expression génique de ces cellules avant et après lésion de l'ADN par rayonnement ionisant a ainsi montré un profil spécifique des cellules résistantes à l'apoptose en réponse à ces lésions. L'analyse fonctionnelle des produits de gènes spécifiques des cellules agressives à l'état basai et après stimulation a montré un désordre complexe de l'expression de multiples gènes. L'analyse non supervisée du transcriptome dans les 6h après stimulation du BCR a ensuite révélé un programme transcriptionnel spécifique des cellule de LLC les plus agressives. Afin d'étudier l'action concertée de ces milliers de gènes dans le temps, des réseaux de régulation génique ont été modélisés. L'architecture de ces premiers modèles révèle des nœuds transcriptionnels, premières cibles à influencer pour moduler les réseaux d'expression génique des cellules les plus agressivesChronic lymphocytic leukemia (CLL) is a B lymphoproliferative disorder of unknown mechanism, characterized by a heterogeneous clinical outcome. Cells from the more aggressive CLL subtype show a specific B cell receptor (BCR). The resulting integrated signal from several pathways, such as BC stimulation and DNA damage response, is also impaired contributing to frequent genetic aberrations. CLL cells reveal a specific transcriptional profile compared to other hematopoietic neoplasms. Several transcriptional programs were then studied within different CLL cells subtypes, at the basal level or after cell stimulation. Gene expression comparison before and after DNA damage by ionizing irradiation showed a specific transcriptional response for the apoptosis resistant cells Functional gene product analysis of the more aggressive cells at the basal level or after cell stimulation showed complex disorder of multiple gene expression. Unsupervised gene expression analysis over 6hrs after BCR cross-linking revealed a transcriptional program specific for the more aggressive CLL cells. In order to understand the concerted action of these thousand of genes over time, temporal gene interaction models were inferred. The scale free architecture of these models revealed transcriptional nodes, suggesting rational targets to perturb these pathways in the more aggressive cells
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Herbach, Ulysse. "Modélisation stochastique de l'expression des gènes et inférence de réseaux de régulation." Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1155/document.
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L'expression des gènes dans une cellule a longtemps été observable uniquement à travers des quantités moyennes mesurées sur des populations. L'arrivée des techniques «single-cell» permet aujourd'hui d'observer des niveaux d'ARN et de protéines dans des cellules individuelles : il s'avère que même dans une population de génome identique, la variabilité entre les cellules est parfois très forte. En particulier, une description moyenne est clairement insuffisante étudier la différenciation cellulaire, c'est-à-dire la façon dont les cellules souches effectuent des choix de spécialisation. Dans cette thèse, on s'intéresse à l'émergence de tels choix à partir de réseaux de régulation sous-jacents entre les gènes, que l'on souhaiterait pouvoir inférer à partir de données. Le point de départ est la construction d'un modèle stochastique de réseaux de gènes capable de reproduire les observations à partir d'arguments physiques. Les gènes sont alors décrits comme un système de particules en interaction qui se trouve être un processus de Markov déterministe par morceaux, et l'on cherche à obtenir un modèle statistique à partir de sa loi invariante. Nous présentons deux approches : la première correspond à une approximation de champ assez populaire en physique, pour laquelle nous obtenons un résultat de concentration, et la deuxième se base sur un cas particulier que l'on sait résoudre explicitement, ce qui aboutit à un champ de Markov caché aux propriétés intéressantesGene expression in a cell has long been only observable through averaged quantities over cell populations. The recent development of single-cell transcriptomics has enabled gene expression to be measured in individual cells: it turns out that even in an isogenic population, the molecular variability can be very important. In particular, an averaged description is not sufficient to account for cell differentiation. In this thesis, we are interested in the emergence of such cell decision-making from underlying gene regulatory networks, which we would like to infer from data. The starting point is the construction of a stochastic gene network model that is able to explain the data using physical arguments. Genes are then seen as an interacting particle system that happens to be a piecewise-deterministic Markov process, and our aim is to derive a tractable statistical model from its stationary distribution. We present two approaches: the first one is a popular field approximation, for which we obtain a concentration result, and the second one is based on an analytically tractable particular case, which provides a hidden Markov random field with interesting properties
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Ait-Hamlat, Adel. "Reconstruction de réseaux de gènes à partir de données d'expression par déconvolution centrée autour des hubs." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2019. http://www.theses.fr/2019SORUS011.
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Les réseaux de régulation de gènes (RRG) sont des graphes dans lesquels les nœuds sont des gènes et les arcs représentent les relations de régulation entre gènes régulateurs et gènes cibles. La topologie d’un RRG est caractérisée par un petit nombre de gènes qui ont un grand nombre de connexions alors que la majorité des autres gènes a peu de connexions. Les nœuds hautement connectés s’appellent des hubs ; ils permettent à deux nœuds quelconques d’être connectés par des chemins relativement courts dans les réseaux peu denses que sont les RRGs. HubNeD (Hub-centered network deconvolution) est une nouvelle méthode qui exploite les propriétés topologiques des RRGs pour les reconstruire à partir des profils d’expression des gènes à l’état d’équilibre. La méthode HubNeD se compose de trois étapes : premièrement, une étape de regroupement des gènes considérés comme uniquement régulés en les regroupant dans des communautés de co-régulation hautement homogènes. Deuxièmement, les hubs du RRG sont sélectionnés à partir des gènes restants en analysant les similitudes de leurs profils de corrélation avec les gènes des communautés de co-régulation. Troisièmement, une matrice d’adjacence est calculée par une déconvolution centrée sur les hubs des scores de corrélation de Pearson. Cette dernière étape pénalise les connexions directes entre deux gènes qui n’ont pas été choisis comme hubs, réduisant ainsi le taux de faux positifs. La stratégie originale consistant à reconstituer le RRG après une étape de sélection des hubs permet à HubNeD d’obtenir les meilleures performances sur les jeux de données d’expression associés aux deux RRGs bien établis de E. Coli et Saccharomyces cerevisiaeGene regulatory networks (GRNs) are graphs in which nodes are genes and edges represent causal relationships from regulator genes, towards their downstream targets. One important topological property of GRNs is that a small number of their nodes have a large number of connections whereas the majority of the genes have few connections. The highly connected nodes are called hubs ; they allow any two nodes to be connected by relatively short paths in sparse networks. HubNeD (Hub-centered network deconvolution) is a novel method that exploits topological properties of GRNs to reconstruct them from steady state expression profiles. It works in three steps : firstly, a clustering step extracts genes that are considered solely regulated by grouping them in highly homogeneous co-regulation communities. Secondly, hub are inferred from the remaining genes, by analyzing the similarities of their correlation profiles to the genes in the co-regulations communities. Thirdly, an adjacency matrix is computed by a hub-centered deconvolution of the Pearson correlation scores. This last step penalizes direct connections between non-hubs, thus reducing the rate of false positives. The original strategy of preceding GRN reconstruction by a hub selection step, allows HubNeD to habe the highest performances on expression datasets associated with the two well established experimentally curated GRNs of E. Coli and Saccharomyces cerevisiae
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Baptist, Guillaume. "Réseaux de régulation chez Escherichia coli." Phd thesis, Université de Grenoble, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00772446.
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L'adaptation d'une bactérie aux changements de son environnement est contrôlée par un réseau de régulation large et complexe, faisant intervenir de nombreux acteurs et modules différents. Dans ce travail, nous avons étudiés un module de régulation spécifique, contrôlant l'adaptation de la bactérie Escherichia coli à un changement de sources de carbone. Dans un milieu contenant du glucose et de l'acétate, la croissance est divisée en deux phases : les bactéries utilisent préférentiellement le glucose et commencent à métaboliser l'acétate qu'après l'épuisement du glucose. En effet, la présence du glucose réprime la transcription d'un gène nécessaire à la croissance sur acétate, le gène acs (codant pour l'acétyl-CoA synthétase). Le mécanisme régulateur fait intervenir le facteur de transcription Crp-AMPc et le système de transfert de phosphate (PTS), qui permet l'import du glucose. Plusieurs modèles décrivent en détail la cascade de réactions moléculaires à l'origine de cette " répression catabolique ". Cependant, certaines de nos observations expérimentales ne sont pas correctement prédites par les modèles actuels. Ces modèles doivent être révisés ou complétés. L'outil majeur que nous employons pour les expériences est la fusion transcriptionnelle : une région promotrice fusionnée en amont d'un gène rapporteur (GFP, luciferase). Avec ces constructions, nous mesurons la dynamique de l'expression génique dans différentes souches (mutants) et différentes conditions environnementales. Les observations à l'échelle de la population sont corroborées par des mesures similaires à l'échelle de la cellule unique. Nous utilisons cette même technologie pour construire de petits systèmes synthétiques qui sondent davantage le phénomène de répression catabolique. Nous avons ainsi créé un interrupteur génétique dont le fonctionnement est contrôlé par le flux glycolytique et nous avons construit un petit système de communication intercellulaire basé sur la molécule AMPc. Enfin, nous proposons une manière originale de mesurer l'état métabolique des cellules en utilisant la dépendance énergétique de la luciferase.
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Pons, Nicolas. "Réseau de régulation de l'expression des gènes : Détection de motifs et intégration de données génomiques et post-génomiques : Application chez les streptocoques." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112062.
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La modélisation des réseaux de régulation transcriptionnelle des gènes des microorganismes pourrait permettre d’anticiper leur comportement face à des changements environnementaux. Nous proposons de réaliser la structure topologique des réseaux par la caractérisation des sites de fixation des facteurs de transcription. Ceux-ci sont recherchés par des approches bioinformatiques en combinant analyse globale de la transcription (approche intragénomique) et analyse des génomes (approche intergénomique). L’approche intragénomique est basée sur l’exploitation des données du transcriptome en comparant les séquences en amont de gènes corégulés. L’approche intergénomique repose sur l’hypothèse de conservation des schémas de régulation chez des bactéries proches phylogénétiquement, en comparant les séquences en amont de gènes orthologues. Cette dernière approche nécessite d’avoir à disposition une classification des gènes orthologues. Dans cette optique, nous avons développé l’algorithme Scissors optimisé pour écarter au maximum les gènes paralogues biaisant l’approche intergénomique. Les résultats d’orthologie ont été validés par simulation de banques de génomes synthétiques et par un travail d’expertise biologique. De façon à faciliter l’intégration des deux approches, nous avons développé la plateforme iMOMi composée d’une base de données relationnelle et d’un ensemble d’outils dédiés à la détection des sites de fixation. Elle a été utilisée dans l’étude expérimentale de la régulation de plusieurs métabolismes chez Lactococcus lactis, les Streptocoques et d’autres Firmicutes. Elle a permis, en autres, de caractériser les sites de fixation des régulateurs CodY, FruR et FhuRModelling the transcriptional regulatory networks allow to set insights in the adaptation mechanisms of living organisms to environmental changes. Here, we propose to build the topological structure of gene expression regulatory networks through the characterization of DNA binding sites. The motif detection is based on bioinformatic approaches combining transcription global analyses (intragenomic approach) and genome comparisons (intergenomic approach). The intragenomic approach consists of comparing upstream sequences of coregulated genes according to transcriptomic data. On the other intergenomic approach, the upstream sequences of orthologous genes are compared. This lies on the expectation that regulatory schemes are conserved between orthologous genes of phylogenetically close bacteria. To build up the orthologous classification, we have developed an original algorithm called Scissors. The algorithm has been optimized to exclude paralogous genes. Scissors has been validated on synthetic genome banks as well as by biological expertise. In order to facilitate the integration of these two approaches, we developed the plateform called iMOMi composed of relational database and a set of software dedicated to the detection of regulatory motifs. The plateform has been used in the experimental studiefds of regulation of several metabolisms in Lactococcus lactis IL1403 as well as Streptococcaea and Firmicutes. The biological relevance of iMOMi has been validated by the DNA binding site characterization of CodY, FruR and FhuR regulators
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Makhlouf, Mélanie. "Etude du réseau de régulation de Xist/XIST : caractérisation d'un rôle conservé de YY1 dans la supression mono-allélique de ce gène." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077142.
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Chez les mammifères, le développement embryonnaire précoce des femelles s'accompagne de Tinactivation transcriptionnelle d'un de leurs deux chromosomes X. Ce processus est initié par un ARN non codant, Xist, à la suite de son expression mono-allélique. Chez la souris, si des éléments impliqués dans l'activation de Xist commencent à être identifiés, les mécanismes moléculaires sous-tendant sa régulation allélique différentielle restent largement incompris. Mon travail de thèse a consisté à identifier des facteurs impliqués directement dans le contrôle de l'expression asymétrique de Xist/XIST aussi bien chez la souris que chez l'humain. Par une approche combinée d'immunoprécipitation de chromatine et d'ARN interférence, j'ai pu mettre en évidence un rôle clé de YY1 dans l'activation transcriptionnelle de Xist. J'ai pu également montrer que YY1 était nécessaire à une initiation correcte de l'inactivation ainsi qu'au maintien de l'expression de Xist dans les cellules différenciées. YY1 lie Pallèle actif de Xist et cette liaison mono-allélique dépend de la méthylation de l'ADN. En outre, l'étude du profil de liaison de YY1 ainsi que des effets de la réduction des niveaux protéiques dans les cellules humaines m'ont permis de constater la conservation de la fonction de YY1 chez l'humain. Finalement, des analyses bioinformatiques indiquent que cette conservation semble s'étendre à d'autres mammifères euthériens. Mon travail de thèse a permis la caractérisation du premier activateur transcriptionnel de Xist/ XIST jouant un rôle dans régulation allélique de dernier. Il pose les bases moléculaires d'un réseau de contrôle commun aux mammifères placentaires, qui jusqu'à présents semblaient adopter des stratégies divergentes pour accomplir la mise en place d'un même mécanisme de compensation de doseIn female mammals, early embryonic development is accompanied by the transcriptional inactivation of one of the two X chromosomes. The latter process strictly relies on the monoallelic upregulation ofXist, a long non-codinig RNA. Although several Xist activating elements have been recently identified in mouse, the molecular mechanisms underlying Xist differential allelic regulation remain poorly understood. My PhD project aimed at identifying factors directly involved in the control of Xist/XIST asymmetric expression in both mouse and human. Using chromatin immunoprecipitation and RNA interference, I uncovered a key role for YY1 in the transcriptional activation ofXist. I also showed that YY1 was necessary for the proper initiation of inactivation as well as for the maintenance of Xist expression in differentiated cells. YY1 binds exclusively the active Xist alle le. This monoallelic binding appears to be DNA-methylation dependent. Importantly, the characterization of YY1 binding profiles in human cells, in addition to knockdown experiments revealed a conserved function of YY1 in human. Ultimately, our bioinformatics analysis predicted that this conservation broadens to other eutherian mammals. My PhD work allowed thé characterization of thé first transcriptional activator of Xist/XIST involved in an allelic régulation. It defines the molecular basis of a common regulatory network between placental mammals, which appeared up to now to adopt divergent strategies for achieving the establishment of a same dosage compensation mechanism
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Trinh, Duy Chi. "Propriétés du réseau de gènes contrôlant l'organisation du primordium de racine latérale chez Arabidopsis thaliana." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTG003/document.
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L’organogenèse post-embryonnaire des racines latérales joue un rôle essentiel dans l’établissement de l’architecture du système racinaire des plantes, et donc dans leur croissance et leur performance. L’objectif de cette thèse est de caractériser le réseau de gènes régulant le développement des racines latérales et en particulier, l’organisation fonctionnelle du primordium de racine latérale, formant un nouveau méristème racinaire, chez la plante modèleArabidopsis thaliana en combinant des études de biologie des systèmes appliquées à la dynamique du transcriptome lors de la formation des racines latérales avec la caractérisation fonctionnelle de gènes candidats pour la régulation de ce phénomène d’organogenèse.La première partie de la thèse concerne l’identification des cibles de PUCHI, un facteur de transcription de type AP2/EREBP impliqué dans le contrôle de la prolifération et de la différentiation cellulaire dans le primordium de racine latérale. Le phénotype liés à la parte de fonction de PUCHI a été caractérisé en détail et à mis en évidence un rôle de ce facteur de transcription dans l'initiation des racines latérales et le développement et l'organisation des primordia. Par l’analyse de profils spatiaux et temporels d’expression de gènes, nous avons pu mettre en évidence que l’expression de gènes codant des protéines impliquées dans la biosynthèse des acides gras à très longues chaînes (VLCFA) est transitoirement activée durant la formation de la racine latérale et que cette dynamique est dépendante de PUCHI. De plus, le mutant kcs1-5, perturbé dans la biosynthèse de VLCFAs, présente un phénotype de développement des racines latérales similaire à celui de puchi-1. Par ailleurs, la perte de fonction puchi-1 augmente fortement la formation de cals continus dans des racines cultivées sur milieu inducteur riche en auxine, ce qui est cohérent avec le rôle récemment décrit des VLCFA racinaires dans la formation et l’organisation de cals distincts lorsque la racine est cultivé sur milieu inducteur de cals. L'ensemble de nos résultats démontre que PUCHI régule positivement l’expression de gènes de biosynthèse de VLCFAs lors de la formation de racines latérales et la callogenèse. Nos résultats confortent également l’hypothèse selon laquelle la formation des racines latérales et celle de cals racinaires partagent des mécanismes de régulation communs.La seconde partie de la thèse s’intéresse à l’identification de facteurs régulateurs clés dans l’organisation fonctionnelle du primordium de racine latérale et particulièrement, l’organisation d’un nouveau méristème racinaire. J’ai contribué à produire de nouvelles lignées de plantes permettant de suivre en temps réel par microscopie confocale la mise en place des identités cellulaires caractéristiques d’un méristème racinaire dans le primordium de racine latérale en développement. En utilisant un algorithme d’inférence de réseau de gènes, j’ai produit puis analysé les relations prédites de régulation entre gènes d’intérêt, afin d’identifier des gènes candidats potentiellement impliqués dans la formation du centre quiescent, un élément clé dans l’organisation du primordium et la mise en place du nouveau méristème racinaire. La caractérisation fonctionnelle de certains de ces gènes candidats a été initiée.Ces travaux de thèse ont donc contribué à mieux comprendre les mécanismes de régulation de la formation des racines latérales chez Arabidopsis thalianaPost-embryonic lateral root organogenesis plays an essential role in defining plant root system architecture, and therefore plant growth and fitness. The aim of the thesis is to elucidate the gene regulatory network regulating lateral root development and de novo root meristem formation during root branching in the model plant Arabidopsis thaliana by combining a system-biology based analysis of lateral root primordium transcritome dynamics with the functional characterization of genes possibly involved in regulating lateral root organogenesis.The first part of the thesis deals with the identification the target genes of PUCHI, an AP2/EREBP transcription factor that is involved in controlling cell proliferation and differentiation during lateral root formation. We showed that loss of PUCHI function leads to defects lateral root initiation and primordium growth and organisation. We found that several genes coding for proteins of the very long chain fatty acid (VLCFA) biosynthesis machinery are transiently induced in a PUCHI-dependent manner during lateral root development. Moreover, a mutant perturbed in VLCFA biosynthesis (kcs1-5) displays similar lateral root development defects as does puchi-1. In addition, puchi-1 loss of function mutant roots show enhanced and continuous callus formation in auxin-rich callus induction medium, consistent with the recently reported role of VLCFAs in organizing separated callus proliferation on this inductive growing medium. Thus, our results show that PUCHI positively regulates the expression of VLCFA biosynthesis genes during lateral root development, and further support the hypothesis that lateral root and callus formation share common genetic regulatory mechanisms.A second part of the thesis specifically addresses the issue of identifying key regulators of root meristem organization in the developing lateral root primordium. Material enabling the tracking of meristem cell identity establishment in developing primordia with live confocal microscopy was generated. A gene network inference was run to predict potential regulatory relationships between genes of interest during the time course of lateral root development. It identified potential regulators of quiescent center formation, a key step in functional organization of the lateral root primordia into a new root apical meristem. The characterization of some of these candidate genes was initiated.Altogether, this work participated in deciphering the genetic regulation of lateral root formation in Arabidopsis thaliana
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Wucher, Valentin. "Modélisation d'un réseau de régulation d'ARN pour prédire des fonctions de gènes impliqués dans le mode de reproduction du puceron du pois." Thesis, Rennes 1, 2014. http://www.theses.fr/2014REN1S076/document.
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Cette thèse cherche à discriminer au niveau génomique entre le développement d'embryons vers un mode de reproduction sexué et le développement vers un mode asexué chez le puceron du pois, Acyrthosiphon pisum. Cette discrimination passe par la création du réseau de régulation post-transcriptionnelle des microARN et des ARNm qui possèdent des cinétiques d'expression différentes entre ces deux embryogenèses ainsi que par l'analyse des modules d'interactions de ce réseau par l'utilisation de l'analyse de concepts formels. Pour ce faire, une stratégie en plusieurs étapes a été mise en place : la création d'un réseau d'interactions entre les microARN et les ARNm du puceron du pois ; l'extraction et la réduction du réseau aux microARN et ARNm qui possèdent des cinétiques différentes entre les deux embryogenèses à partir des données d'expression tirées du séquençage haut-débit ; l'analyse du réseau d'interactions réduit aux éléments d’intérêt par l'analyse de concepts formels. L'analyse du réseau a permis l'identification de différentes fonctions potentiellement importantes comme l'ovogenèse, la régulation transcriptionnelle ou encore le système neuroendocrinien. En plus de l'analyse du réseau, l'analyse de concepts formels a été utilisée pour définir une méthode de réparation de graphe biparti basée sur une topologie en "concepts" ainsi qu'une méthode de visualisation de graphes bipartis par ses conceptsThis thesis aims to discriminate between embryos development towards either sexual or asexual reproduction types in pea aphids, Acyrthosiphon pisum, at the genomic level. This discrimination involves the creation of a post-transcriptional regulation network between microRNAs and mRNAs whose kinetic expressions change depending on the embryogenesis. It also involves a study of this network's interaction modules using formal concept analysis. To do so, a three-step strategy was set up. First the creation of an interaction network between the pea aphid's microRNAs and mRNAs. The network is then reduced by keeping only microRNAs and mRNAs which possess differential kinetics between the two embryogeneses, these are obtained using high-throughput sequencing data. Finally the remaining network is analysed using formal concept analysis. Analysing the network allowed for the identification of several functions of potential interest such as oogenesis, transcriptional regulation or even neuroendocrine system. In addition to network analysis, formal concept analysis was used to create a new method to repair a bipartite graph based on its topology and a method to visualise a bipartite graph using its formal concepts
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Lopez, Pierre fabrice. "De l'analyse de la régulation transcriptionnelle à la modélisation logique des réseaux géniques." Aix-Marseille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX22064.
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Ce mémoire porte sur l'analyse bioinformatique des mécanismes impliqués dans la régulation de l'expression des gènes, phénomène ubiquitaire chez les êtres vivants, notamment à l'origine de la différenciation cellulaire. L'exploitation des jeux de données génomiques à haut débit a motivé la mise au point d'algorithmes et de méthodes spécifiques. Ces approches ont conduit au développement d'outils et de bases de données, notamment le logiciel BZScan pour la quantification des images de puces à ADN, la base de données ATD répertoriant les sites de polydénylation dans les génomes de l'homme et de la souris, la suite logicielle TranscriptomeBrowser intégrant une base de données de signatures transcriptionnelles, ainsi que le logiciel de modélisation et de simulation logique GINsim. Notre approche de programmation modulaire a en outre permis le développement de communicationes performantes entre ces différents outilsThis thesis report is about bioinformatic analysis of mechanisms involved in regulation of gene expression, an ubiquitous phenomenon in all life froms, notably at the root of cellular differenciation. The use of genomic large scale datasets motivated the creation of specific algorithms and methods. These approaches led to the development of tools and databases, namely the software BZScan for the quantification of DNA microarray images, the ATD database listing polyadenylation sites in human and mouse genomes, the sofware package TranscriptomeBrowser containing a transcriptional signatures database, and the logical simultaion and modellind software signatures database, and the logical simulation and modelling software GINsim. A modular programming approach allowed us to develop efficient communication between these different tools
Книги з теми "Réseau de régulation de gènes"
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Tansug, Çagla. La régulation des services publics de réseau en France et en Turquie: Électricité et communications électroniques. Paris: Harmattan, 2009.
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La régulation des services publics de réseau en France et en Turquie: Électricité et communications électroniques. Paris: Harmattan, 2009.
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Cruz, Luis F. de la., ed. Regulation of growth hormone and somatic growth: Proceedings of the International Meeting on Regulation of Somatic Growth, Lugo, Spain, 14-16 October 1991. Amsterdam: Excerpta Medica, 1992.
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International, Symposium on Metabolism and Enzymology of Nucleic Acids Including Gene Manipulations (6th 1987 Smolenice Slovakia). Metabolism and enzymology of nucleic acids including gene manipulations. New York: Plenum Press, 1988.
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Bryan, Cullen, and Roche-UCLA Symposium on Mechanisms of Control of Gene Expression (1987 : Steamboat Springs, Colo.), eds. Mechanisms of control of gene expression: Proceedings of a Roche-UCLA Symposium, held at Steamboat Springs, Colorado, March 29-April 4, 1987. New York: Liss, 1988.
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Naima, Moustaid-Moussa, and Berdanier Carolyn D, eds. Nutrient-gene interactions in health and disease. Boca Raton: CRC Press, 2001.
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(Editor), Naima Moustaid-Moussa, and Carolyn D. Berdanier (Editor), eds. Nutrient-Gene Interactions in Health and Disease (Modern Nutrition). 2nd ed. CRC, 2001.
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Growth inhibitory and cytotoxic polypeptides ; proceedings of a Genentech-Smith, Kline & French-Triton Biosciences-UCLA Symposium held in Keystone, Colorado, ... symposia on molecular and cellular biology). A.R. Liss, 1989.
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Chen, Irvin S. Y. Transacting Functions Of Human Retroviruses (Current Topics in Microbiology & Immunology). Edited by Irvin S. Y. Chen. Springer, 1995.
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Leban, Raymond. "Régulation et management des services en réseau." In Quatre ans de recherche urbaine 2001-2004. Volume 2, 388–91. Presses universitaires François-Rabelais, 2006. http://dx.doi.org/10.4000/books.pufr.578.
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2
"Au-delà de la séquence d’ADN, la régulation des gènes." In L'épigénétique en images, 18–24. EDP Sciences, 2020. http://dx.doi.org/10.1051/978-2-7598-2245-4-005.
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3
"Au-delà de la séquence d’ADN, la régulation des gènes." In L'épigénétique en images, 18–24. EDP Sciences, 2020. http://dx.doi.org/10.1051/978-2-7598-2245-4.c005.
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Dumez, Hervé, and Alain Jeunemaître. "Montée en puissance passée et impasses actuelles de la régulation économique européenne des industries de réseau." In Droit et économie de la régulation. 2, 1–16. Presses de Sciences Po, 2004. http://dx.doi.org/10.3917/scpo.friso.2004.02.0001.
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