Статті в журналах з теми "Recherche de clones"

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,F. Quintanilha Azevedo, A.D. Ferreira de Carvalho, G. O. da Silva, A. da Silva Pereira,. "Seleção de clones canadenses de batata para produtividade de tubérculos e qualidade de fritura no sul do Brasil." Revista Latinoamericana de la Papa 22, no. 1 (August 27, 2018): 67–75. http://dx.doi.org/10.37066/ralap.v22i1.292.

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Анотація:
cadeia brasileira de batata ressente-se da falta de cultivares adequadas paraprocessamento, em especial com características para a fabricação de palitos pré-fritoscongelados. O objetivo deste trabalho foi verificar o potencial de rendimento de tubérculose a qualidade de fritura de clones de batata canadenses, para adaptação ao Sul do Brasil. Foiavaliado um conjunto de 33 clones pertencentes ao Centre de Recherche Les Buissons, QB,Canadá, e as cultivares Asterix, Atlantic e BRSIPR Bel.
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A.Ferreira de Carvalho; C.Marques Castro; E.Hirano, G. Olegario da Silva; A. da Silva Pereira; F. Q. Azevedo;. "Seleção de clones canadenses de batata para caracteres agronômicos e de qualidade de fritura, no Sul do Brasil." Revista Latinoamericana de la Papa 24, no. 1 (June 27, 2020): 50–60. http://dx.doi.org/10.37066/ralap.v24i1.389.

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Анотація:
Existe uma forte demanda da cadeia brasileira de batata por cultivares para o processamento na forma de palitos pré-fritos congelados. O objetivo deste trabalho foi avaliar clones de batata de origem canadense, quanto à adaptação ao sul do Brasil. Foi avaliado um conjunto de 11 clones pertencentes ao “Centre de Recherche Les Buissons”, QB, Canadá, e as cultivares Asterix e Markies (testemunhas). Experimentos foram realizados em Pelotas, RS, e Canoinhas, SC, Brasil, na primavera de 2019. O delineamento experimental foi blocos casualizados com quatro repetições e parcelas compostas por duas linhas de 10 plantas cada. Foram avaliados caracteres componentes de rendimento e de qualidade de fritura, vigor de planta e ciclo de desenvolvimento vegetativo. Além disso, in Pelotas, foi acessada também a incidência de requeima (Phytophthora infestans). Os dados foram submetidos à análise de variância, de agrupamento de médias e de correlação. Foram observados clones com potencial produtivo, qualidade de fritura, vigor de planta e ciclo vegetativo similares às cultivares testemunhas. O clone BGB 476 destacou-se para caracteres agronômicos e caracteres de qualidade de fritura. Palavras-chave adicionais: Solanum tuberosum L., rendimento, cor de fritura, peso específico, precocidade.
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TOSSER-KLOPP, G., C. CLOUSCARD-MARTINATO, F. BENNE, A. BONNET, C. CABAU, J. RALLIERES, and F. HATEY. "Exemple d’approche fonctionnelle : la fonction ovarienne dans l’espèce porcine." INRAE Productions Animales 13, HS (December 22, 2000): 165–67. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3831.

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Анотація:
La recherche de gènes ovariens hormono-régulés a été entreprise par l’hybridation différentielle de 40 000 clones d’ADNc d’une génothèque de cellules de granulosa porcine en culture et par des expériences de Differential Display. Environ 150 clones exprimés différentiellement, selon qu’il s’agit de cellules traitées par la FSH ou de cellules témoins, ont été séquencés et 59 d’entre eux ont été identifiés. La régulation de ces gènes a été étudiée in vitro et in vivo par des techniques de Northern blot, RT-PCR comparative et hybridation sur coupes d’ovaires. Environ cinquante gènes ont été localisés sur le génome porcin. Ces données fonctionnelles et génétiques permettent de considérer certains de ces gènes comme des candidats intéressants pour la fonction de reproduction.
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Allouchery, V., L. Augusto, and F. Clatot. "Place des CTC et de l’ADN circulant dans la prise en charge du cancer du sein." Oncologie 21, no. 1-4 (January 2019): 40–48. http://dx.doi.org/10.3166/onco-2019-0035.

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Анотація:
Si la présence de cellules tumorales circulantes (CTC) et d’ADN tumoral circulant (ADNtc) est connue de longue date, seuls les progrès technologiques récents ont permis d’évaluer l’intérêt de cette approche dans le cancer du sein. La détection de CTC, tant pour les cancers du sein localisés que métastatiques, est un facteur de mauvais pronostic établi, mais qui ne permet pas de proposer de prise en charge spécifique. L’usage de l’ADNtc nécessite des validations prospectives, mais semble particulièrement prometteur pour la recherche demaladie résiduelle ou l’identification de clones tumoraux porteurs de mutations (PI3KCA, ESR1) permettant de prédire l’efficacité ou la résistance thérapeutique.
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Silva, Giovani Olegario da, Arione da S. Pereira, Fernanda Q. Azevedo, Agnaldo DF de Carvalho, and Jadir B. Pinheiro. "Selection of Canadian potato clones for agronomic and frying quality traits." Horticultura Brasileira 37, no. 4 (October 2019): 423–28. http://dx.doi.org/10.1590/s0102-053620190410.

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Анотація:
ABSTRACT The demand for cultivars suitable for processing, especially as frozen French fries, is increasing in Brazil. The Canadian expertise is high regarding the development of cultivars with processing characteristics; however, the growing conditions in Canada are quite different from those observed in Brazil. Thus, the aim of this work was to evaluate the performance of Canadian potato clones for their tuber yield, frying quality, plant vigor, and plant cycle, as potential new cultivars or to be used as a new source of variability for crosses. The experiments were conducted in Pelotas-RS and Canoinhas-SC, Brazil, in spring 2017. A set of 12 advanced Canadian potato clones from the Centre de Recherche Les Buissons, QB, Canada, were compared to three control cultivars used for processing. A randomized complete block design with three replicates, with two rows of 20 plants each per plot was used. Tuber yield, frying quality, plant vigor, and plant cycle traits were evaluated. Data were submitted to analysis of variance, grouping of means, and selection gains. It is possible to select genotypes with higher tuber yield and better frying quality, but it is difficult to add also a short cycle. In an attempt to select productive genotypes, with good frying quality, a not so long cycle, and vigor at least equivalent to the control cultivars, clones 15 and 16 were the best at both sites.
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Bellefontaine, Ronald, Abderrahim Ferradous, Mohamed Alifriqui, and Olivier Monteuuis. "Multiplication végétative de l'arganier, Argania spinosa, au Maroc : le projet John Goelet." BOIS & FORETS DES TROPIQUES 304, no. 304 (June 1, 2010): 47. http://dx.doi.org/10.19182/bft2010.304.a20446.

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Анотація:
L'arganier est un arbre à usages multiples de grand intérêt socio-économique pour le Sud-Ouest marocain. Il est utilisé pour l'alimentation des hommes et du bétail, en médecine, en cosmétique, tout en permettant de lutter contre la désertification et l'érosion en produisant du bois à diverses finalités. Les peuplements naturels, en constante diminution depuis le XIXe siècle, sont menacés par diverses pressions anthropiques, de plus en plus fortes, réduisant les capacités de régénération naturelle de l'espèce. Dans ce contexte, le Cirad a été sollicité en 2006 afin d'oeuvrer concrètement à la réhabilitation de l'arganeraie, sous la forme d'un projet financé pour une durée de trois ans. Le but de ce projet est d'améliorer, par la recherche appliquée, la qualité de l'arganeraie à travers la production d'arganiers de qualité supérieure issus d'individus sélectionnés. Ceux-ci seront multipliés en masse au moyen des techniques de clonage les plus adaptées, en tirant profit pour les sélections de la grande variabilité existant entre les plants issus de graines, pour produire des populations clonales plus homogènes. Après deux ans de collaboration avec le Centre Régional de Recherche Forestière de Marrakech et l'Université de Marrakech, plus d'un millier de boutures de jeunes arganiers ont pu être produites dans le cadre d'essais de mise au point de la technique de bouturage de l'espèce. Ce matériel sera utilisé comme pieds-mères expérimentaux et pour des tests de comportement au champ, en comparaison à des semis traditionnels. Par ailleurs, sur les quatorze têtes de clones sélectionnées par les populations locales, huit ont pu être mobilisées pour amorcer la propagation en masse par bouturage, avant les tests au champ. Les techniques de multiplication végétative développées pourront également être mises à profit pour la production en quantité de plants à partir des semis issus des fruits récoltés sur les têtes de clones précitées, présumées de qualité supérieure. (Résumé d'auteur)
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Goh, Dorenn Kim Soh, and Olivier Monteuuis. "Inventaire des ressources génétiques de teck de la filiale "YSG Biotech" au Sabah." BOIS & FORETS DES TROPIQUES 301, no. 301 (September 1, 2009): 33. http://dx.doi.org/10.19182/bft2009.301.a20405.

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Анотація:
Depuis le début des années 1990, le Plant Biotechnology Laboratory, projet de collaboration en recherche et développement entre la Division Forestière du Yayasan Sabah Group et le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (Cirad), a oeuvré à regrouper au Sabah, en Malaisie orientale, des origines génétiques de teck (Tectona grandis) aussi diverses que possible. Outre son intérêt scientifique, le but de cette démarche était d¿établir au champ des populations de base suffisamment riches génétiquement pour l¿amélioration de l¿espèce et la sélection de clones en vue de plantations industrielles ou de leur diffusion à des fins commerciales. Durant cette même période, Plant Biotechnology Laboratory est devenu une filiale commerciale à part entière du Yayasan Sabah Group, sous l¿appellation de «YSG Biotech Sdn Bhd». Un inventaire des ressources génétiques de teck rassemblées dans ce cadre à l¿issue de deux décennies est présenté dans cet article. Les têtes de clone originelles ainsi que les parcelles de démonstrations mises en place pour examiner le comportement et la conformité au champ des plants issus de bouturage, de microbouturage et de culture de méristèmes in vitro sont décrites. Des semis d¿origines génétiques très diverses ont également servi à établir des essais de provenancesdescendances, convertis par la suite en peuplements semenciers et en vergers à graines. L¿article étaye l¿intérêt d¿utiliser, dans le cadre du projet, la culture in vitro et des biotechnologies connexes pour gérer, micropropager à l¿échelle industrielle, et expédier au niveau international, la ressource génétique. L¿ensemble de ces atouts devrait faciliter le développement, dans différentes régions du monde, de plantations de teck de qualité hautement productives et ainsi permettre de faire face aux difficultés croissantes d¿approvisionnement en germplasme à partir de pays appliquant une réglementation stricte de protection de leurs ressources génétiques. (Résumé d'auteur)
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Abad, Pierre, David Bird, John Jones, and James McCarter. "Rapid gene discovery in plant parasitic nematodes via Expressed Sequence Tags." Nematology 2, no. 7 (2000): 719–31. http://dx.doi.org/10.1163/156854100509574.

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Анотація:
AbstractProjects currently underway are generating thousands of publicly available DNA sequences representing numerous genes from plant parasitic nematodes. Use of these data has the potential to revolutionise gene discovery, as well as aiding in genome physical mapping and expression profiling experiments. This article introduces sequences called expressed sequence tags or ESTs, which are single-sequence reads from randomly-selected cDNA clones. We review the process used to create these sequences and outline the strengths and weaknesses of ESTs as research tools. Instructions on how to access and use EST data also are provided. Découverte rapide de gènes chez les nématodes parasites des plantes: le point sur l'utilisation des Etiquettes de Séquences Exprimées - Les projets actuellement en cours génèrent des milliers de séquences d'ADN, publiquement disponibles, représentant de nombreux gènes de nématodes parasites des plantes. L'utilisation de ces données pourrait révolutionner la découverte des gènes en facilitant aussi bien les expériences de cartographie physique que celles de profils d'expression. Cet article présente les séquences dérivées de clones d'ADNc sélectionnés au hasard, appelées étiquettes de séquences exprimées (ESTs). Nous exposons le processus utilisé pour les générer de même que les avantages et les inconvénients des ESTs comme outils de recherche. Les instructions concernant l'accès et l'utilisation des ESTs sont également fournies.
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Serres-Giardi, Laurana, Jean Dufour, Karen Russell, Corinne Buret, Françoise Laurens, and Frédérique Santi. "Natural triploids of wild cherry." Canadian Journal of Forest Research 40, no. 10 (October 2010): 1951–61. http://dx.doi.org/10.1139/x10-100.

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Research of triploid individuals was carried out in the French wild cherry ( Prunus avium L.) collection at the Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), Orléans, France, using 12 microsatellite markers and the S gametophytic incompatibility marker. For 11 of 312 clones (3.5%), we found three different alleles or two different alleles included one doubled allele for 10–12 markers spread along five of the eight chromosome pairs in wild cherry. The cytometry analysis confirmed that triploidy was genome-wide. No new allele was observed among the triploids compared with the diploids of the wild cherry collection: these triploids probably result from diploids through the production of unreduced gametes, and not from interspecific hybridation. A comparison of the height growth, diameter growth, and resistance to leaf spot among 38–85 clones in four 6- to 10-year-old clonal field trials showed that six triploids were among the best compared with the diploids. The dimensions of the leaves were somewhat larger, and the petals were always larger for nine triploids compared with 20 diploids observed on plants of the wild cherry collection of INRA. Three triploids are already used as clonal variety or component of a seed orchard. We discuss the need to include more triploids in the wild cherry breeding programme.
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Tarpaga, Windpouiré Vianney, Larbouga Bourgou, Moussa Guira, and Albert Rouamba. "Agro morphological characterization of cashew trees (Anacardium occidental L.), in improvement for the high yield and high quality of raw nuts in Burkina Faso." International Journal of Biological and Chemical Sciences 14, no. 9 (March 25, 2021): 3188–99. http://dx.doi.org/10.4314/ijbcs.v14i9.17.

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The cashew sector has taken a great economic interest, due to the strong global demand for raw nuts. However, in Burkina Faso, the productivity of orchards still remains low, a consequence of a lack of breeding program on the species. In order to increase yields and improve the quality of the raw nut, efficient clones must be developed. Surveys were carried out and a primary in situ collection was made from which a core collection of 15 trees was extracted. An agro-morphological description of the selected trees and an analysis of the structuration of the variability within them were carried out. The study revealed appreciable agro-morphological diversity through shape, size and color of apple, type of inflorescence, fruiting period and the health of trees. A structure of diversity based on agronomic criteria led to identify 5 groups of trees, characterized by an average weight of the nut between 6.64 and 8.32 g, a kernel rate between 28.10 and 31.26% and a yield per tree between 34.27 and 104.42 kg. Performing trees will be erected as heads of clones for the production of grafted plants. La filière anacarde a pris un grand intérêt économique, suite à la forte demande mondiale en noix brutes. Cependant, au Burkina Faso, la productivité des vergers demeure encore faible, conséquence d’une absence de sélection variétale du matériel végétal. En vue d’accroître les rendements et d’améliorer la qualité de la noix brute, une recherche de clones performants était indispensable. Des prospections ont été conduites et une collection primaire in situ a été constituée dont une core collection de 15 arbres a été extraite. Une description agro-morphologique des arbres sélectionnés et une analyse de la structuration de la variabilité en son sein ont été conduites. L’étude a révélé une diversité agro morphologique appréciable à travers la forme, le calibre et la couleur de la pomme, le type d’inflorescence, la période de fructification et l’état sanitaire des arbres. Une structuration de la diversité basée sur les critères agronomiques a permis d’identifier 5 groupes d’arbres, caractérisés par un poids moyen de la noix compris entre 6,64 et 8,32 g, un taux d’amande compris entre 28,10 et 31,26% et un rendement par arbre compris entre 34,27 et 104,42 kg. Les arbres les plus performants constitueront des têtes de clones pour la production de plants par greffage.
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Chesnais, Virginie, Marie-laure Arcangeli, Caroline Delette, Alice Rousseau, M'boyba Khadija Diop, Andrea Lefevre, Meyling H. Cheok, et al. "Architectural and Functional Heterogeneity of Hematopoietic Stem/Progenitor Cells in Non-Del(5q) Myelodysplastic Syndromes." Blood 128, no. 22 (December 2, 2016): 3153. http://dx.doi.org/10.1182/blood.v128.22.3153.3153.

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Abstract Introduction Myelodysplastic syndromes (MDS) are clinically diverse malignant disorders of aging with a propensity to evolve to acute myeloid leukemia (AML) or bone marrow failure. In early MDS, whole genome sequencing identified mutations distributed in few clones. Evidence have been provided for the existence of a MDS-initiating cell in cases harboring a 5q deletion. However, the clonal heterogeneity and its consequences on the phenotypic diversity of non-del(5q) MDS is little documented. Here we focused on studying the hierarchical organization and the functionality of clones defined by molecular profiling. The clonal architecture of the CD34+CD38- hematopoietic stem/progenitor cell (HSPC) compartment was investigated and dominant clones were examined as MDS-initiating cells. Material and methods Bone marrow (BM) samples were obtained from 20 patients with non-del(5q) MDS enrolled in the national Programme Hospitalier de Recherche Clinique MDS-04 after informed consent in accordance with ethics committee guidelines. BM samples, cytaphereses from age-matched healthy individuals and cord bloods were used as controls. Targeted NGS of a selected panel of 39 genes was used to define the mutational landscape on BM mononuclear cells (MNC). To study the clonal architecture at the HSPC level, single CD34+CD38- cells were seeded in 96-well plates coated with MS-5 stromal cells and cultured in H5100 MyeloCult medium (StemCell Technologies, Vancouver, Canada) with cytokines for six weeks. For long-term culture-initiating cell (LTC-IC) assays, CD34+ progenitors were cultured for six weeks on MS-5-coated plates without cytokines and then tested for colony-forming cells. For clonogenic assays, CD34+CD38- cells were seeded in methylcellulose for two weeks. All animal experimentations were performed in NSG mice. Results In the 20 cases of non-del(5q) MDS, genomic lesions were traced down to single CD34+CD38- HSPC-derived colonies. Clonal organization was mostly linear in 13/17 patients and branched in 4 cases with retention of a dominant subclone. The clone detected in LTC-IC compartment and that reconstituted short-term human hematopoiesis in xenotransplantation models was usually the dominant clone, which gave rise to the myeloid and to a lesser extent to the lymphoid lineage. Other mutations not detected in LTC-IC can appear in CD34+CD38- compartment or at the level of lineage-committed progenitors. The pattern of mutations may differ between common myeloid (CMP), granulo-monocytic (GMP) and megakaryocytic-erythroid (MEP) progenitors. For instance, a major truncating BCOR gene mutation affecting HSPC and CMP was beneath the threshold of detection in GMP or MEP. Consistently, BCOR knockdown by shRNA in normal CD34+ progenitors impaired their granulocytic and erythroid differentiation. By contrast, a STAG2 gene mutation, not detected in CMP or MEP, amplified in a GMP, which drove the transformation to AML. Conclusion In the present study, we characterized the first genetic hits that initiate disease in a dominant clone of the CD34+CD38- HSPC compartment, which exhibits LTC-IC activity and reconstitutes human short-term hematopoiesis in NSG mice. The genetic heterogeneity in non-del(5q) MDS arises within the HSPC compartment and in lineage-committed progenitors which ultimately support the transformation into AML. The clonal architecture of HSPC compartment and mutations selection along differentiation contribute to the phenotype of MDS. Defining the hierarchy of driver mutations provides insights into the process of transformation, and may guide the search for novel therapeutic strategies. Disclosures No relevant conflicts of interest to declare.
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Bernier, Louis. "Génomique des champignons ophiostomatoïdes : un gène, c’est bien; deux, c’est mieux; deux mille, c’est encore mieux!" Phytoprotection 85, no. 1 (August 27, 2004): 39–43. http://dx.doi.org/10.7202/008905ar.

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Résumé Les champignons ophiostomatoïdes regroupent plus d’une centaine d’espèces saprophytes du xylème des arbres, ainsi que quelques espèces phytopathogènes dont Ophiostoma novo-ulmi, principal agent de la maladie hollandaise de l’orme. Dans le cadre d’un projet de recherche pan-canadien lancé en 2001, nous étudions l’organisation du génome nucléaire des champignons ophiostomatoïdes, en plus d’identifier les gènes qui modulent la valeur adaptative et la pathogénicité chez O. novo-ulmi. Pour ce faire, un éventail d’approches expérimentales relevant de la génomique structurale et de la génomique fonctionnelle est mis à contribution. D’une part, nous avons cartographié à ce jour près de 200 marqueurs nucléaires chez O. novo-ulmi. Certains de ces marqueurs sont utilisés aux fins d’études comparatives du génome nucléaire chez les espèces du genre Ophiostoma. En second lieu, le séquençage à grande échelle de clones d’ADN complémentaire obtenus à partir d’ARN messagers exprimés à diverses phases du développement d’O. novo-ulmi (par exemple, lors de la croissance végétative en conditions axéniques, lors de la fructification ou encore lors de la colonisation de tissus d’orme) permet d’obtenir la séquence, non plus de gènes individuels, mais des populations entières de gènes. Suite à l’analyse bioinformatique des banques de données publiques, la fonction présumée de plusieurs de ces gènes peut être déterminée in silico. Les approches susmentionnées, qui peuvent être mises à profit pour l’étude d’un grand nombre d’agents pathogènes dont des espèces récalcitrantes aux approches classi-ques, nous ont permis de faire passer rapidement le nombre de gènes identifiés chez O. novo-ulmi de 20 à plus de 2,000. Cette imposante banque de données permet désormais d’envisager des expériences complexes qui permettront de mieux comprendre la biologie des champignons ophiostomatoïdes.
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Bernard, Antoine, David Henault, Sandy Pelletier, Pamela Thebault, Benoit Barrette, and Simon Turcotte. "302 Characterization of TIGIT and PVR expression in colorectal liver metastases." Journal for ImmunoTherapy of Cancer 9, Suppl 2 (November 2021): A325. http://dx.doi.org/10.1136/jitc-2021-sitc2021.302.

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BackgroundMetastatic colorectal cancer (CRC) is common and lethal and generally not responsive to current immunotherapies. We hypothesize that efficacious T cell-based immunotherapy can be developed for this malignancy, provided that immune checkpoints relevant to liver metastasis, the first site of disease progression, are targeted. Here, we characterized CRC liver metastases by RNAseq, FACS and in vitro functional assays to identify candidate immune checkpoints.MethodsWe performed deep RNAseq clustering and differential gene expression analysis on bulk RNA extracted from 52 mismatch repair gene proficient CRC liver metastases. By multiparameter FACS, we analyzed the expression of candidate immune checkpoints in cell suspensions derived from 18 liver metastases, matched non-tumoral livers, and pre-operative PBMCs. We evaluated IFN-γ (ELISA) secretion and tumor lysis (Incucyte) of tumor-infiltrating T lymphocytes (TILs) expanded from liver metastases stimulated by autologous cancer cells with or without monoclonal antibodies blocking candidate immune checkpoints.ResultsOut of 52 metastases, 21 (40.3%) clustered as immune reactive (IR) defined by concurrent high expression of transcripts related to antigen processing, immune cell lineage, immune checkpoints, interferon-gamma response, cytokines, and chemokines, whereas 25 (48.1%) were classified as non-IR. Of all inhibitory ligands assessed, PVR and PVRL2 had the highest expression, both in IR and non-IR metastases, and higher than PD-L1 and PD-L2 expression. The expression of corresponding receptors TIGIT and CD226 was significantly higher in IR compared to non-IR metastases, at absolute levels higher than PD-1. By FACS analysis, PVR and PVRL2 expression by tumor-infiltrating myeloid and tumor cells was higher than PD-L1 and PD-L2 expression. High PVR expression was also found in hepatocytes, liver macrophages and circulating monocytes in the same patients. In TILs, TIGIT was significantly overexpressed in activated CD4+CD25+ (74.8 ±3.0%) and CD8+CD25+ (68.7 ± 8.4%) compared to resting CD25neg T cells, an expression pattern that was not seen for PD-1 or in T cells infiltrating the liver or circulating in the blood. The majority of cancer cell lines derived from liver metastases expressed PVR, but low levels of PD-L1. TIL clones expanded from liver metastases expressed TIGIT at various levels inducible by TCR stimulation. Upon co-culture with autologous cancer cell lines, TIL clones were more lytic and secreted more IFN-γ in presence of anti-TIGIT blocking antibody.ConclusionsBy expression and functional data, the TIGIT/PVR immune suppressive axis appears as a biologically promising target for the development of immunotherapy in patients with CRC metastatic to the liver.AcknowledgementsThis work is supported by Bristol Myers Squibb and by the Quebec Cancer Consortium. A.B. holds a postdoctoral scholarship award from the Institut du cancer de Montréal. S.T. holds a Junior 2 clinical-scientist salary award from the Fond de recherche Santé-Québec. The University of Montreal Roger des Groseillers Research Chair in hepatopancreatobiliary surgical oncology supports the biobanking and clinicopathological database associated with this project.Ethics ApprovalInstitutional review board approvals were obtain to conduct this project (16.262) and all patients provided informed consent to contribute to this project with biospecimens and clinicopathological data (09.237).
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Comont, T., K. Delavigne, J. Tkaczuk, O. Beyne-Rauzy, and D. Adoue. "Recherche orientée d’un clone HPN : une attitude rentable ?" La Revue de Médecine Interne 34 (December 2013): A39. http://dx.doi.org/10.1016/j.revmed.2013.10.049.

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HEYMAN, Y., P. CHAVATTE-PALMER, X. VIGNON, C. RICHARD, and J. P. RENARD. "Le clonage somatique : un état des lieux chez les bovins et les petits ruminants." INRAE Productions Animales 18, no. 5 (December 18, 2005): 339–54. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2005.18.5.3537.

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Parmi les récentes biotechnologies de la reproduction chez les mammifères d’élevage, le clonage par transfert de noyaux somatiques constitue un pas en avant depuis la naissance de la brebis Dolly. Cet article fait le point sur les résultats actuels obtenus dans le monde chez les bovins et les petits ruminants, les limites de la technique et les applications potentielles. L’efficacité globale du clonage (nombre de jeunes nés /nombre d’embryons reconstitués) reste encore faible (≤ 7 %), mais elle progresse régulièrement. Elle est cependant limitée par l’existence de mortalités embryonnaires et de physiopathologies fœtales importantes après transplantation des embryons clonés dans des femelles porteuses. Après leur naissance, les bovins clonés font l’objet d’un programme de recherches à l’INRA pour évaluer leur santé, leurs performances à l’âge adulte ainsi que les éventuels risques associés au clonage. Malgré l’existence de différentes barrières biologiques encore mal maîtrisées, plusieurs applications du clonage peuvent être envisagées dont la production d’ animaux modèles de maladies, la contribution à la sélection bovine, la reproduction de génotypes rares, ou bien, l’association avec la transgénèse pour des utilisations à des fins biomédicales. Les recherches en cours prennent en compte la réflexion éthique et la perception sociale du clonage animal.
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Zinebi, S., C. Henriette, E. Petitdemange, J. C. Joret, N. Saveant, and M. Quittelier. "Sélection de clones résistants appartenant aux genres Kiebsiella, Serratia et Pseudomonas afin de suivre leur implantation dans un biofiltre." Revue des sciences de l'eau 5, no. 4 (April 12, 2005): 593–608. http://dx.doi.org/10.7202/705149ar.

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Des souches appartenant aux espèces : Klebsiella oxytoca, Serratia marcescens et Pseudomonas putida, isolées d'un biofiltre utilisé pour le traitement d'effluents urbains ont été choisies parmi une centaine d'autres pour être réimplantées dans un réacteur du même type. Dans le but de suivre leur fixation en réacteur ouvert, une méthode spécifique de sélection a été développée. Des clones de ces souches résistant naturellement à des antibiotiques (rifampicine, streptomycine, acide nalidixique) et à des substrats suicides (chlorate, bromoacétate, fluorouracile) ont été recherchés. Cette sélection a permis d'obtenir des clones de Klebsiella et de Serratia résistants à 2 g/l de streptomycine, 1 g/l de rifampicine et à 2 g/l de chlorate ainsi que des clones de Pseudomonas résistants à 0,5 g/l d'acide nalidixique et à 2 g/l de bromoacétate ou à 40 mgll de fluorouracile. Les clones résistants dont les caractéristiques de croissance et les activités enzymatiques sont identiques à celles de la souche sauvage et dont la stabilité génétique a été maintenue après de nombreux repiquages ont été retenus. Afin de valider notre méthode de reconnaissance, une numération de la flore indigène d'un effluent urbain a été réalisée sur les milieux spécifiques des clones résistants : seule une faible proportion de cette flore, à savoir 0,02 % est capable de s'y développer. Des essais préliminaires d'ensemencement du biofiltre avec les souches sélectionnées ont été réalisés, ils montrent que celles-ci s'implantent puisqu'elles sont retrouvées sur les grains de matériau de garnissage et que chacune d'elle représente 1 % de la flore totale.
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Milliet, Jacqueline, and Anne-Marie Brisebarre. "Entre Sécurité Alimentaire, Éthique et Peur : Premiers Jalons D'une Recherche Anthropologique sur la Viande Issue D'Animaux Clonés." Anthropozoologica 45, no. 1 (June 2010): 185–98. http://dx.doi.org/10.5252/az2010n1a13.

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SAUNIER, K., R. JULIEN, and H. LEVÉZIEL. "Recherche des gènes impliqués dans la synthèse des antigènes du système du groupe sanguin C bovin (EAC)." INRAE Productions Animales 13, HS (December 22, 2000): 145–47. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2000.13.hs.3827.

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L’intérêt de l’INRA pour les systèmes de groupes sanguins bovins remonte à une quarantaine d’années. Les travaux et moyens engagés alors aboutirent à l’obtention de riches données sérologiques ainsi qu’à des données génétiques préliminaires. L’apparition des premières cartes génétiques permit ensuite la localisation de la plupart de ces systèmes. Néanmoins, la nature moléculaire des antigènes sanguins et leur rôle biologique demeurent méconnus. Nous avons choisi d’étudier le groupe sanguin C (EAC), système complexe très polymorphe, cartographié sur le chromosome 18 et codé par au moins deux gènes contigus. Des gènes candidats positionnels et fonctionnels qui pourraient coder pour EAC ont été définis. La construction, en cours, d’un contig de BAC bovins recouvrant la région de EAC, couplée à des analyses de liaisons génétiques a permis de cloner certains de ces candidats et de mieux délimiter la zone d’intérêt. La construction du contig doit être achevée et les candidats obtenus ainsi que les EST de la région devront être testés. Des expérimentations biochimiques viendront compléter et enrichir les données génétiques.
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Major, Blair. "RELIGION AND LAW IN R V NS: FINDING SPACE TO RE-THINK THE BALANCING ANALYSIS." Windsor Yearbook of Access to Justice 32, no. 1 (February 1, 2015): 25. http://dx.doi.org/10.22329/wyaj.v32i1.4513.

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In this article, the author argues against the balancing approach used in the recent case of the Supreme Court of Canada R v NS (2012). It is argued that this approach inhibits critical reflection on the complex philosophical issues that underlie the decision, and that it closes itself off to meaningful engagement with diverse perspectives. These arguments are developed by reflecting on the idea of incommensurability and on Alasdair MacIntyre’s theory of tradition. The author concludes that this analysis provides a starting point for developing an approach that has greater capacity for critical reflection and is more capable of embracing diversity. L'auteur critique l'approche utilisée dans la récente décision de la Cour Suprême du Canada R c NS (2012), laquelle se fondait sur la recherche d'un équilibre entre la liberté de religion et l'équité du procès. Sa critique – fondée sur l'idée d'incommensurabilité et la théorie de tradition d'Alisdair MacIntyre – démontre que l'approche retenue par la Cour Suprême limite l'analyse critique de questions philosophiques complexes que sous-tendent la décision, et refuse d'aborder sérieusement des perspectives diverses. L'analyse de l'auteur offre un point de départ pour développer une approche dotée d'une plus grande capacité pour la réflexion critique et promet de mieux incorporer la diversité.
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VIGNAL, A., and B. BESBES. "La séquence du génome de la poule et ses applications en sélection." INRAE Productions Animales 19, no. 2 (March 13, 2006): 109–18. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2006.19.2.3489.

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En décembre 2004, soit trois ans seulement après celle de l’homme, la première version de la séquence du génome de la poule a été publiée. Ce travail est le résultat de plus de dix années de recherches en génomique. Celles-ci ont débuté par la réalisation des premières cartes génétiques, puis de banques de clones BAC*, de cartes cytogénétiques incluant les microchromosomes, de cartes d’hybrides irradiés et la production de séquences d’EST. En effet, c’est la mise en commun de l’ensemble de ces données disponibles qui a contribué à l’assemblage final de la séquence. Bien entendu, comme la première version de celle du génome humain, la séquence de la poule n’est pas parfaite et des travaux de vérification et de corrections, notamment des microchromosomes, seront nécessaires. De plus, un effort d’annotation* est maintenant à réaliser. Cependant, le fait de disposer de la séquence du génome d’un nombre croissant de vertébrés va permettre d’affiner nos connaissances grâce aux études comparatives. La disponibilité de la séquence de la poule va permettre de remplacer une bonne partie des longs et fastidieux travaux de biologie moléculaire nécessaires à la détermination de la structure, de la fonction et du polymorphisme des gènes par des analyses in silico. Ceci devrait accélérer la mise au point de marqueurs moléculaires utilisables pour la sélection de phénotypes intéressants pour les productions animales
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Munnich, Arnold. "« Programmé mais libre »." Figures de la psychanalyse 44, no. 2 (May 26, 2023): 151–60. http://dx.doi.org/10.3917/fp.044.0151.

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L’auteur, généticien de renom, explore un apparent paradoxe « déterminé mais libre ». En considérant la situation génétique des « vrais » jumeaux, il démontre que chaque jumeau n’est pas un clone mais un être singulier. En effet, après la fécondation, interviennent toute une série d’étapes qui sont autant de points de divergence possibles entre vrais jumeaux, dont la répartition aléatoire de l’ adn mitochondrial au cours du développement embryonnaire, l’inactivation du chromosome x , et l’instabilité mitotique. Enfin, du fait de la possible survenue de mutations, expansions ou contractions de l’ adn génomique codant et non codant lors des divisions cellulaires dans les tissus en développement (mutations somatiques), une mère indemne de toute maladie génétique peut donner naissance à de vrais jumeaux dont l’un – et pas l’autre – présentera une malformation, une fragilité osseuse, un cancer ou une maladie neurologique. Ces recherches préviennent contre toute tentation de prédire à partir de diagnostic anténatal ce qu’il en sera du devenir somatique du sujet. L’incertitude pronostique ainsi démontrée comme résultat de la complexité de la connaissance scientifique en génétique ne peut qu’inciter à un accueil du singulier dans les consultations en binômes associant un(e) généticien(e) et un(e) psychanalyste.
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Su, Angela, Frank Ling, Camille Vaganay, Bryann Pardieu, Lina Benajiba, Gaetano Sodaro, Justine Pasanisi, et al. "The Folate Cycle Enzyme MTHFR Is a Critical Regulator of Cell Response to MYC-Targeting Therapies." Blood 134, Supplement_1 (November 13, 2019): 877. http://dx.doi.org/10.1182/blood-2019-131255.

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Metabolic rewiring of neoplastic cells engenders metabolic liabilities that can be exploited to design innovative therapeutic strategies, including those to increase the therapeutic index of existing anticancer therapies. We hypothesized that metabolic perturbation may substantially influence cell response to therapies targeting major oncogenes which are involved in active hijacking of neoplastic cell metabolism. In that regard, MYC represents a paradigmatic oncogene as this transcription factor is deregulated in more than 50% of human cancers and reprograms many aspect of cell metabolism. MYC expression is controlled by clusters of super-enhancer genomic regions densely occupied by transcription factors and chromatin regulators ― including BET bromodomain proteins, and CDK7 and CDK9 kinases. Two cohorts of patients with Acute Myeloid Leukemia, AML (TCGA-LAML, n=198 and GSE14468, n=526) were queried with multiple gene sets in order to reveal a core of metabolic gene signatures, which are connected to the folate cycle, and whose activation was poorly correlated with an active MYC transcriptional program in AML. According to these data, we established that folate cycle disruption upon folic acid starvation consistently enhanced resistance to MYC targeting by BET or CDK7 inhibitors (JQ1, OTX015, THZ1) as well as BRD4-directed shRNAs in a large panel of human AML cell lines harboring a wide variety of genetic alterations (n=7), in MLL-translocated primary patient samples with AML (n=4), and in animals injected with MLL-AF9-positive leukemic cells. Using an shRNA-based screening approach against enzymes from the folate cycle, we revealed that the knockdown of the rate-limiting enzyme in the folate cycle, 5,10-methylenetetrahydroflate reductase (MTHFR), significantly increased resistance to OTX015 in AML cell lines (n=4) and in animals transplanted with Mthfr-depleted blasts. Previous reports have identified and extensively studied two common genetic variants in the MTHFR gene, C677T and A1298C, encoding two MTHFR enzyme variants with reduced activity in about 10% of Caucasians. We introduced in KG1a cells these two non-synonymous single nucleotide polymorphisms in MTHFR using CRISPR-Cas9, thereby generating isogenic cell lines exhibiting all combinations of variants. Although the clones which are heterozygous for any of the two variants had similar sensitivity to OTX015 as wild-type clones, 677 TT and 1298 CC homozygous KG1a clones were significantly more resistant to OTX015 than their wild-type counterpart, an effect that was alleviated by exogenous overexpression of wild-type MTHFR or supplementation of cells with the end-product metabolite synthesized by MTHFR, 5-CH3 THF. Consistent with these data, MLL-translocated patients displaying a homozygous and compound heterozygous MTHFR genotype for any of the two variants (n=8) responded significantly less to OTX015 than those with wild-type homozygous and heterozygous MTHFR genotypes (n=8). Finally, we established that the loss of a single copy of Mthfr which phenocopies in mice a partial impairment in MTHFR activity caused by non-synonymous single nucleotide polymorphisms on MTHFR, was sufficient to attenuate sensitivity to JQ1 of MLL-AF9-driven leukemias. Using metabolomics profiling, we pointed out that a major effect of folate cycle disturbance in AML cells is the intracellular accumulation of S-adenosyl-homocysteine, SAH, which is the downstream effector of MTHFR knockdown triggering BET inhibitor resistance. Given that SAH is a potent inhibitor of SAM-dependent methylation reactions, we determined that folate cycle impairment decreases H3K27 and H3K9 methyltransferase activities and subsequent methylation of H3K27 and H3K9 histone marks across the whole genome of AML cells. By combining ChIP- and RNA-sequencing approaches, we demonstrated that decreased methylation levels of H3K27 and H3K9 histone marks upon folate cycle alteration combined with BET inhibition activates SPI1 and IRF / Interferon signaling transcriptional programs. SPI1 knockdown significantly reduced the resistance to OTX015 of AML cells whose MTHFR expression was suppressed or MLL-AF9-transformed Mthfr knockout primary murine cells. Our data provide a rationale for screening MTHFR polymorphisms and the folate cycle status to exclude patients least likely and nominate those most likely to benefit from MYC-targeting therapies. Disclosures Dombret: CELGENE: Consultancy, Honoraria; AGIOS: Honoraria; Institut de Recherches Internationales Servier (IRIS): Research Funding. Stegmaier:Rigel Pharmaceuticals: Consultancy; Novartis: Research Funding.
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Dumontet, Charles, Perrine Galia, Xavier Leleu, Herve Avet-Loiseau, and Hagay Sobol. "Analysis of Familial Dysglobulinemia: a Multicenter IFM Study." Blood 114, no. 22 (November 20, 2009): 4891. http://dx.doi.org/10.1182/blood.v114.22.4891.4891.

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Abstract Abstract 4891 Multiple myeloma is a haematological malignancy which rarely occurs in a familial context. MGUS corresponds to the existence of a clone secreting a monoclonal immunoglobulin and can in some patients evolve to multiple myeloma. Although recurrent cytogenetic abnormalities have been described in tumor cells of sporadic cases of multiple myeloma, there are presently no identified genetic mechanisms which contribute to myelomagenesis, in particular in familial cases. The identification and study of families with several cases of dysglobulinemia should contribute to the determination of genetic factors predisposing to multiple myeloma. The aim of this study is to identify genetic factors predisposing to familial dysglobulinemia, thanks to the establishment of a DNA bank. Peripheral blood samples were collected both from patients with dysglobulinemia and from healthy family members and lymphoblastoid lines established for further studies. For this purpose, we have initiated a multicenter study aiming to identify families with several cases of dysglobulinemia, including both multiple myeloma and/or Monoclonal Gammapathy of Undetermined Significance (MGUS). This effort is supported by a French National Programme Hospitalier de Recherche Clinique (PHRC) and the French National Institute for Cancer Research (INCa)., and involves the French multicentric Myeloma groups, Intergroupe Francophone du Myélome (IFM) and Myeloma Autograft Group (MAG), in coordination with the Réseau des Hémopathies Familiales. This study was activated in Octobrer 2007 and as of April 2009, 72 families with at least two cases of dysglobulinemia (median 2, range 2-5) have been identified. Among 166 cases of dysglobulinemia, 100 were diagnosed as multiple myeloma, 49 as MGUS and the remainder as light chain amyloidosis or Waldenstrom's disease. The sex ratio was 1:1 for all groups. The median range at inclusion in this study was 64 years (range 33-85 years). The heavy chain subtype distribution was classical, with a majority of IgG cases. 42% of cases corresponded to cases involving parents and offspring and 54% corresponded to cases involving siblings. This study is ongoing in order to collect samples from 100 families and to initiate genetic analyses to identify predisposing factors. Disclosures No relevant conflicts of interest to declare.
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Cerrano, Marco, Marie Passet, Loic Vasseur, Pierre Hirsch, Xavier Thomas, Samuel Quentin, Justine Pasanisi, et al. "Prognostic Impact of Clonal Diversity in Acute Myeloid Leukemia (AML) Treated with Intensive Chemotherapy (IC)." Blood 134, Supplement_1 (November 13, 2019): 2700. http://dx.doi.org/10.1182/blood-2019-127475.

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Context . AML patients (pts) with a high number of drivers have a poor prognosis (Papaemmanuil, NEJM 2016). Whether this unfavorable outcome is caused by clonal heterogeneity or by a high mutational load in the dominant clone remains undetermined. So far, the prognostic impact of clonal heterogeneity in AML has only been studied in pts with complex karyotypes, where it worsens prognosis (Bochtler, JCO 2013). We addressed this question in a two-center cohort of AML pts treated with IC. Methods . We retrospectively evaluated AML pts treated with IC from 2 centers with targeted sequencing of a 43-gene myeloid panel (mean depth 1193X). Variant allele frequencies were adjusted for copy number variation to estimate Cancer Cell Fractions (CCFs). Clone size for each mutation was derived from differences in CCF, assuming a linear accumulation of mutations. Relative clone sizes were then used to derive the Shannon Index (SI), a standard metric of genetic diversity (Maley, Nat Rev Cancer 2017, Figure A). Pts with no gene mutation were not evaluable for SI. Pts with a single mutation have a SI of 0, with increasing SI corresponding to greater dispersal of clone sizes, and thus indirectly of CCFs. Results . We included 292 pts (median age 57y, 37% ELN-2017 adverse risk), 269 (92.1%) with ≥ 2 mutations. Median number of drivers, including both mutations and cytogenetic alterations (the latter defined as in [Papaemmanuil, NEJM 2016]) was 4. SI increased with the number of drivers (Figure B, p<10-4). In bivariate analyses adjusted on the number of drivers, SI was higher in adverse risk (p=0.0007) but was not associated with age or type of AML (de novo vs secondary). Median follow-up and EFS were 26.9 and 18.9 months, respectively. In univariate analyses, an increasing number of driver lesions significantly worsened EFS (HR=1.11, p=0.011), while SI as a continuous variable had no impact (HR=0.89, p=0.3). In a multivariate Cox model, the number of drivers (HR=1.74, p=0.002) and SI (HR=0.58, p=0.001), both as continuous variables, had significant but opposite prognostic value independently of age >60y (HR=1.48, p=0.022), WBC > 50x109/L (HR=1.74, p=0.005), and ELN 2017 adverse-risk AML (HR=1.74, p=0.001). There was no significant statistical interaction between number of drivers and SI. OS was also independently poorer in patients with higher number of drivers (HR=1.19, p=0.021) and with lower SI (HR=0.65, p=0.03) in a similar Cox model. Because of the positive correlation between the number of drivers and SI, but inverse prognostic role, we defined pts with high clonal diversity (132 [49.0%] of the 269 pts with ≥2 driver lesions) as those with a SI higher than the median value of SI of all AMLs with the same number of drivers (Figure B). In those 269 pts, median EFS was 11.3 months in pts (n=73) with ≥5 drivers vs 22.2 months in those with <5 drivers (n=196, p=0.04). EFS was significantly shorter in pts with low clonal diversity (median 10.1 vs. 33.4 months in pts with high diversity, p=0.002). Combining these criteria defined 4 groups with significantly different outcome (log-rank p=0.004, Figure C). We then compared our estimation of SI with a 'true' SI accounting for further clonal variegation caused by branching and/or LOH in 29 pts with resolved clonal architecture (Hirsch, Nat Comm 2016). Estimated and 'true' SI were highly correlated (Pearson's correlation 0.73, p<10-5), showing that our estimated SI captures most of the genetic heterogeneity of AML. We finally performed a validation analysis in a publicly available cohort of 1540 AML pts (Papaemmanuil, NEJM 2016). Median OS of pts with low clonal diversity was 20.7 months vs 33.7 months in those with high clonal diversity (p=0.004). In a multivariate Cox model of OS accounting for age >60y, type of AML (de novo vs else) and ELN 2010 risk (FLT3 allele ratio not available for stratification per ELN 2017), the number of drivers (HR=1.17, p<10-5) and SI (HR=0.82, p=0.012), as continuous variables, significantly affected OS in opposite ways. Conclusion . Our results confirm that a higher number of drivers worsens AML prognosis, but also demonstrate that conversely, higher clonal diversity, estimated with Shannon's Index, confers a better outcome. These findings are consistent with a simple model whereby both a higher driver load and a higher expansion of the most mutated clone independently worsen prognosis in AML. Measuring both clonal diversity and dynamics could improve AML risk stratification. Figure Disclosures Thomas: ABBVIE: Honoraria; INCYTE: Honoraria; PFIZER: Honoraria; DAICHI: Honoraria. Ades:Abbvie: Membership on an entity's Board of Directors or advisory committees; Astellas: Membership on an entity's Board of Directors or advisory committees; Celgene: Membership on an entity's Board of Directors or advisory committees; Amgen: Research Funding; Silence Therapeutics: Membership on an entity's Board of Directors or advisory committees; Jazz: Membership on an entity's Board of Directors or advisory committees; Agios: Membership on an entity's Board of Directors or advisory committees; Helsinn Healthcare: Membership on an entity's Board of Directors or advisory committees; Takeda: Membership on an entity's Board of Directors or advisory committees; Novartis: Membership on an entity's Board of Directors or advisory committees. Fenaux:Aprea: Research Funding; Jazz: Honoraria, Research Funding; Astex: Honoraria, Research Funding; Celgene Corporation: Honoraria, Research Funding. Boissel:NOVARTIS: Consultancy. Dombret:CELGENE: Consultancy, Honoraria; AGIOS: Honoraria; Institut de Recherches Internationales Servier (IRIS): Research Funding.
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OUATTARA, YAYA, KOUAMÉ GUILLAUME KOFFI, DROLET JEAN-MARC SÉRY, DIDIER MARTIAL SARAKA, N’DA DÉSIRÉ POKOU, KARINE KOSSIA MANZAN GBA, BOUADOU BONSSON, DOFFOU SÉLASTIQUE AKAFFOU, and RAOUL SYLVÈRE SIÉ. "Genetic diversity and structure of kola tree (Cola nitida) clones germplasm in Côte d’Ivoire using Single Nucleotide Polymorphism markers." Biodiversitas Journal of Biological Diversity 23, no. 9 (September 19, 2022). http://dx.doi.org/10.13057/biodiv/d230934.

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Abstract. Ouattara Y, Koffi KG, Séry DJ-M, Saraka DM, Pokou ND, Gba KKM, Bonsson B, Akaffou DS, Sié RS. 2022. Genetic diversity and structure of kola tree (Cola nitida) clones germplasm in Côte d’Ivoire using Single Nucleotide Polymorphism markers. Biodiversitas 23: 4677-4685. The kola nut comes from the cola tree (Cola nitida [Vent.] Schott & Endl.), a product of economic interest to Côte d’Ivoire. The country is the leading producer and exporter. However, much of its collection has been destroyed due to urbanization and deforestation. This has resulted in the loss of much of its genetic diversity. This study aimed to determine genetic diversity and structure of C. nitida in Côte d’Ivoire using Single Nucleotide Polymorphism (SNPs) markers. Thirty clones from Côte d’Ivoire (14 clones) and Nigeria (16 clones) cultivated in CNRA (Centre National de Recherche Agronomique) were analyzed using 145 SNPs. GBS (Genotyping by Sequencing) technique was used for the genotyping. The results confirmed the existence of both origins (Côte d’Ivoire and Nigeria) by analyzing clones’ genetic structure and the principal coordinate analysis. The genetic diversity obtained was higher within origins than among origins. The two origins showed moderate differentiation (FST = 0.11) and the genetic distance was 0.46. The 30 clones were subdivided into six subgroups partially overlapping the geographical origins. Genetic differentiation among subgroups was moderate to very strong (FST ranging from 0.10 to 0.26). Four clones from Nigeria were close to those from Côte d’Ivoire. This genetic structuring highlights the possibilities for genetic improvement of kola trees in Côte d’Ivoire.
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Vrinat-Nikolov, Marie. "Как да преосмислим литературните часовници на света? Да дадем пространство на времето (българският случай)". Slovo How to think of literary... (25 лютого 2020). http://dx.doi.org/10.46298/slovo.2020.6146.

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International audience След постколониалните проучвания и възникването на нови въпроси около световната литература, литературната история вече не може да се ограничи до националната рамка. Проучването на литературното пространство с транснационален и трансдисциплинарен подход отваря плодородни перспективи. В моите изследвания за историята на българското литературно пространство един от въпросите, които ми се струват особено важни, тъй като не са достатъчно изучени, е въпросът за литературната темпоралност. Как можем да избегнем „западноевропейския центризъм“, без да пренебрегваме факта, че Париж, Лондон, Берлин, Ню Йорк са „Литературният Гринуич“(Казанова)? Как можем да съпоставим в глобалното пространство, без да ги сравняваме според тяхното „напредване“ или „изостаналост“, времевите измерения на всяко литературно пространство? Точно това се опитвам да начертая, вливайки география (или дори геология) в литературната история. Since postcolonial studies and the renewal of questions about World literature, literary history can no longer be confined to a national perspective. Addressing the literary fact in a transnational and transdisciplinary approach opens up fertile perspectives. In my research on the history of the Bulgarian literary space, one of the points that seems crucial to me because it has not been sufficiently studied is the question of literary temporality. How can we escape from “Western European centrism” without neglecting the fact that Paris, London, Berlin, New York are the “Literary Greenwich” (Casanova)? How can we put into perspective without compaing them in terms of “advance” or “backwardness” the temporalities of each literary space within the global space? This is what I am trying to sketch by injecting geography (or even geology) into literary history. Depuis les études postcoloniales et le renouvellement des interrogations sur la littérature‑monde, l’histoire littéraire ne peut plus s’en tenir à une perspective nationale. Aborder le fait littéraire dans une approche transnationale et transdisciplinaire ouvre des perspectives fécondes. Dans mes recherches sur l’histoire de l’espace littéraire bulgare, l’un des points qui me semblent cruciaux parce qu’insuffisamment étudiés est la question de la temporalité littéraire. Comment échapper au « centrisme ouest‑européen » sans négliger le fait que Paris, Londres, Berlin, New York soient les « Greenwich littéraires » (Casanova) ? Comment mettre en perspective sans les comparer en termes d’« avance » ou de « retard » les temporalités de chaque espace littéraire au sein de l’espace mondial ? C’est ce que je tente d’esquisser en insufflant de la géographie (voire de la géologie) dans l’histoire littéraire.
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Xu, Ran, Tianhua Li, Zhiqing Li, Wei Kong, Tao Wang, Xiao Zhang, Jichang Luo, Wenjing Li, and Liqun Jiao. "Knowledge fields and emerging trends about extracellular matrix in carotid artery disease from 1990 to 2021: analysis of the scientific literature." European Journal of Medical Research 28, no. 1 (August 16, 2023). http://dx.doi.org/10.1186/s40001-023-01259-4.

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Abstract Background Stroke is a heavy burden in modern society, and carotid artery disease is a major cause. The role of the extracellular matrix (ECM) in the development and progression of carotid artery disease has become a popular research focus. However, there is no published bibliometric analysis to derive the main publication features and trends in this scientific area. We aim to conduct a bibliometric analysis to reveal current status of ECM in carotid artery disease and to predict future hot spots. Methods We searched and downloaded articles from the Web of Science Core Collection with “Carotid” and “Extracellular Matrix” as subject words from 1990 to 2021. The complete bibliographic data were analyzed by Bibliometrics, BICOMB, gCLUTO and CiteSpace softwares. Results Since 1990, the United States has been the leader in the number of publications in the field of ECM in carotid artery disease, followed by China, Japan and Germany. Among institutions, Institut National De La Sante Et De La Recherche Medicale Inserm, University of Washington Seattle and Harvard University are in the top 3. “Arteriosclerosis Thrombosis and Vascular Biology” is the most popular journal and “Circulation” is the most cited journal. “Clowes AW”, “Hedin Ulf” and “Nilsson Jan” are the top three authors of published articles. Finally, we investigated the frontiers through the strongest citation bursts, conducted keyword biclustering analysis, and discovered five clusters of research hotspots. Our research provided a comprehensive analysis of the fundamental data, knowledge organization, and dynamic evolution of research about ECM in carotid artery disease. Conclusions The field of ECM in carotid artery disease has received increasing attention. We summarized the history of the field and predicted five future hotspots through bibliometric analysis. This study provided a reference for researchers in this fields, and the methodology can be extended to other fields.
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Stoczkowski, Wiktor. "Race." Anthropen, 2017. http://dx.doi.org/10.17184/eac.anthropen.042.

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La notion de race est ancienne, et ses significations n’ont jamais cessé de se transformer. Dès le XVIe siècle, le mot race désignait les membres d’un lignage. Par conséquent, l’espèce humaine devenait une race puisque la Bible lui donnait pour ancêtres communs Adam et Ève. Un peuple se réclamant d’un ancêtre mythique pouvait également être qualifié de race : on disait par exemple que les Juifs étaient de la race d’Abraham. Le terme a parfois été synonyme de dynastie royale, elle aussi dotée d’un ancêtre commun. L’Encyclopédie utilise le terme principalement dans ces trois acceptions, parlant aussi bien de race humaine que de race d’Abraham ou de race des Capétiens (L’Encyclopédie 1777 et 1778). Parallèlement, le XVIIIe siècle voit se répandre l’usage zoologique de la notion de race, employée pour désigner les variétés infra-spécifiques d’animaux, surtout des animaux domestiques, tels les chiens, les chevaux ou les bovins (Buffon 1749a et 1755). En même temps, les naturalistes étendent son application aux variétés de l’espèce humaine. On considère alors que les différences biologiques entre groupes humains géographiquement séparés sont solidaires de leurs différences culturelles, les unes et les autres engendrées par l’influence conjointe du sol, du climat et de la nourriture (Buffon 1749b). En accord avec la théorie humorale alors en vogue, on pense que le sol, le climat et la nourriture influencent les quatre humeurs physiologiques (bile jaune, sang, bile noire, pituite), dont l’interaction détermine le degré d’un tempérament (mélancolique, flegmatique, bileux, sanguin), lequel décide à son tour à la fois de l’anatomie des hommes et de leur caractère, mentalité, mœurs et organisation sociale (Greenwood 1984). Aucun consensus n’existait en revanche quant au nombre de races d’hommes, tantôt porté à plusieurs dizaines, tantôt réduit à trois et dont chacune était assimilée à la descendance d’un des trois fils de Noé. Les races humaines étaient disposées sur les échelons supérieurs de la Grande Échelle des Êtres, qui menait des formes animales les plus simples jusqu’à l’homme le plus perfectionné, identifié invariablement au Blanc. Le Noir, et plus particulièrement le Hottentot, occupait la limite inférieure de l’humanité, où il côtoyait l’Orang-outang placé au sommet du monde animal (Dictionnaire des sciences médicales, 1819, Sebastani 2013). Si la plupart des Européens du XVIIIe siècle croyaient à la supériorité des Blancs, tous n’en déduisaient pas les mêmes conclusions. Certains estimaient que les autres races pouvaient éventuellement acquérir la civilisation et devenir, avec le temps, à la fois égales aux Blancs et blanches de peau, blanchies sous l’effet de la civilisation. D’autres restaient convaincus que la supériorité des Blancs était un immuable fait de nature, ce qui condamnait les autres races, surtout les Noirs, à une éternelle soumission, faisant d’eux ce que Aristote avait appelé les esclaves par nature. Les débats raciologiques du XIXe siècle consacrèrent l’opposition plus ancienne entre le monogénisme et le polygénisme (Blanckaert 1981). Les monogénistes clamaient qu’il n’y a qu’une seule espèce humaine, différenciée à partir d’un type originel ; les polygénistes soutenaient qu’il existe depuis toujours plusieurs espèces humaines invariables, pourvues de propriétés spécifiques, aussi bien biologiques que mentales. La théorie darwinienne (1859) n’a modifié que modestement les grandes lignes de ce débat : les degrés de l’Échelle des Êtres seront désormais considérés comme les étapes consécutives de l’évolution, tandis que les races inférieures se verront identifiées aux races moins évoluées. Les polygénistes darwiniens pouvaient renoncer à l’axiome de l’invariabilité des races dans la très longue durée préhistorique, mais ils s’accordaient avec les monogénistes darwiniens à établir une hiérarchie linéaire des races selon leurs formes anatomiques, auxquelles on croyait pouvoir associer une gradation de facultés morales, intellectuelles et civilisatrices, tenues pour héréditaires et difficilement modifiables dans la courte durée historique. Dès la fin du XVIIIe siècle, des mesures anthropométriques variées ont commencé à être proposées, dans l’espoir de quantifier le degré d’avancement moral et mental des races à partir d’indices anatomiques : ce fut l’un des fondements de l’anthropologie physique du XIXe siècle. La théorie darwinienne de la sélection naturelle a contribué à légitimer la vieille idée de la lutte des races pour la survie. On s’est mis à redouter que les races inférieures, réputées plus fertiles, n’en viennent à bout des races supérieures. Le XIXe siècle fut particulièrement marqué par la hantise du mélange racial, censé conduire à la contamination de la « substance germinative » des races supérieures et à leur dégénérescence consécutive. Dans la première moitié du XXe siècle, l’idéologie nazie offrit l’un des aboutissements extrêmes de cette conception. On y trouve une combinaison de nombreuses composantes des théories raciologiques antérieures : une classification raciale rigide, la hiérarchisation des races en supérieures et inférieures, la conviction que les différences anatomiques correspondent aux différences culturelles, l’idée d’une inégalité morale, intellectuelle et civilisatrice des races, la crainte d’une dégénérescence raciale par le métissage qui altère le « sang » de la race supérieure, la croyance qu’une menace pèse sur la race supérieure du fait de la fertilité plus grande des races inférieures, la doctrine de la lutte entre les races comme force motrice du progrès. L’idéologie nazie fut une sinistre synthèse d’au moins deux siècles de développement de la pensée raciale. Lorsque la Deuxième Guerre prit fin, l’Occident tenta de faire le procès à son héritage intellectuel. L’UNESCO exprima une conviction alors inédite en inscrivant dans sa constitution l’idée selon laquelle les atrocités de la récente guerre avaient été rendues possibles par la croyance à l’inégalité des races. Pour rendre impossibles de nouveaux Auschwitz, on décida alors de faire disparaître la notion de races humaines, source présumée de l’horreur suprême. Dans leur déclaration de 1950, les experts de l’UNESCO affirmèrent l’unité fondamentale de l’espèce humaine et reléguèrent la diversité biologique des hommes à un second plan, en tant qu’épiphénomène de divers mécanismes évolutifs de différentiation. La Déclaration de l’UNESCO portait les marques de la toute récente théorie synthétique de l’évolution, dont les principes ramenaient la « race » à un résultat éphémère de la circulation des gènes entre les populations, seules entités réellement observables (UNESCO 1950, Stoczkowski 2008). La conjonction du contexte politique et de l’émergence de la génétique des populations conduisit, à partir des années 1950, à l’abandon progressif de la notion de race, surtout en sciences sociales. Les humanités multiples des théories raciologiques se muèrent en l’Homme universel de l’UNESCO. Pourtant, la génétique des populations n’a pas tenu les promesses dont on l’avait initialement investie en espérant que la recherche allait démontrer l’inexistence des races humaines, ce qui devait invalider toute possibilité de rabattre les différences de culture sur les différences de nature, selon le subterfuge séculaire qui avait maintes fois servi à justifier les inégalités, les discriminations et les oppressions. N’étaient pas moindres les attentes suscitées ensuite par l’exploration du génome humain : elle devait porter le coup de grâce au concept de race et aux préjugés que ce concept implique. En juin 2000, lors des célébrations qui marquèrent la publication de la première esquisse de la carte du génome humain, J. Craig Venter, directeur de l’entreprise de recherche génétique Celera, répéta que « la notion de race n’a aucun fondement génétique ni scientifique » (Marantz Henig 2004). Aujourd’hui, les résultats de la recherche sur le génome humain semblent moins univoques (Stoczkowski 2006). Il est certes réconfortant de savoir qu’aucun doute ne subsiste sur l’unité génétique de l’espèce humaine. Pourtant, après une première période consacrée à la description des similitudes génétiques, les travaux actuels s’orientent de plus en plus vers l’exploration de la diversité de notre espèce. Plusieurs études publiées récemment tendent à démontrer que des données génétiques permettent bel et bien de faire la distinction entre les individus originaires d’Europe, d’Afrique et d’Extrême-Orient, c’est-à-dire entre les populations traditionnellement réparties par la pensée ordinaire entre les trois grandes « races » : blanche, noire et jaune (Bamshad et al. 2003, Rosenberg et al.,2002, Watkins et al. 2003). Ces travaux dérangent et inquiètent. Ils dérangent car on s’attendait à ce que la génétique rende définitivement illégitime toute classification biologique des humains. C’est le contraire qui semble advenir sous nos yeux. Au lieu de prouver que l’ordre du phénotype, privilégié par la pensée ordinaire, s’écarte de l’ordre du génotype étudié par la science, les travaux récents suggèrent que certaines classifications « raciales » – pour autant qu’elles soient fondées non sur la seule morphologie, mais plutôt sur l’origine géographique – peuvent refléter approximativement une partie de la diversité humaine établie par la génétique moderne (Bamshad et al. 2003; Rosenberg et al. 2002; Watkins et al. 2003). Ces travaux inquiètent aussi, car nul n’ignore que l’étude des différences entre les hommes peut fournir des arguments à ceux qui veulent diviser l’humanité, porter les distinctions à l’absolu, les juger scandaleuses et insupportables. Les généticiens ne manquent pas de souligner que les groupements formés à partir de leurs modèles diffèrent des anciennes catégories raciales, puisque les écarts entre les classes génétiques sont statistiques, relatifs, mouvants, soumis aux vicissitudes de l’histoire faite non seulement de séparations, mais aussi de migrations et de croisements. Il n’en demeure pas moins que le risque existe que les résultats de ces travaux nourrissent à nouveau le phantasme de divergences insurmontables inscrites dans le corps des humains. Les controverses sur la classification infra-spécifique des humains sont loin d’être closes. Quelles que soient les conclusions qui remporteront finalement le consensus de la communauté scientifique, il est probable que la pensée antiraciste soit confrontée dans un avenir proche à une nouvelle légitimité scientifique des classements des humains à partir de critères biologiques, cette fois dans un contexte social où l’aspiration à l’égalité ne passe plus par l’effacement des différences biologiques mais, au contraire, par leur revendication de la part des dominés. Après l’expérience du nazisme, dont l’intérêt exacerbé pour les différences biologiques déboucha sur l’abomination de la Shoah, on était enclin à considérer que toute théorie de la différence biologique devait nécessairement conduire au racisme. On en est moins sûr de nos jours, en observant que les minorités auparavant opprimées cherchent à adosser leur combat contre les inégalités à une théorie de la différence biologique (Oak Ridge National Laboratory). Hier, désireux d’expier le péché de racisme, l’homme blanc fit appel à la science pour rendre insignifiantes les différences biologiques entre les humains ; aujourd’hui, réclamant le droit à l’égalité, l’homme de couleur emploie la science pour donner aux différences biologiques une signification nouvelle. Cette résurgence de l’intérêt de la recherche pour la diversité de l’espèce humaine, en dépit du danger bien réel d’un détournement idéologique de ses résultats, encore très provisoires, peut devenir un antidote contre les spéculations naïves sur la race, qui ne manqueront pas de foisonner dans la culture populaire tant que les chercheurs seront incapables d’expliquer pourquoi les hommes, appartenant tous à la même espèce biologique, n’ont pas pour autant tous la même apparence.

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