Дисертації з теми "Protéine liant les ARNs"
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Majo, Vanessa. "Phosphorylation de la protéine liant les ARNs HuR/ELAVL1 par la tyrosine kinase Abelson : implications sur la fonction de HuR/ELAVL1 dans le carcinome hépatocellulaire." Thesis, Bordeaux 2, 2010. http://www.theses.fr/2010BOR21803/document.
Анотація:
La protéine liant les ARNs HuR/ELAVL1 est impliquée dans la stabilisation d’ARNm dont la région 3’UTR présente des motifs riches en A et U (« AU-rich element », ARE). Ces ARNm codent majoritairement des protéines dont la dérégulation favorise l’émergence de cancers (oncogènes, cyclines, facteurs de croissance…). Notamment, HuR est surexprimée dans le carcinome hépatocellulaire (CHC) humain et dans des lignées de CHC en culture et est anormalement retrouvée dans le cytoplasme des cellules hépatiques tumorales participant à leur prolifération. De plus, les modifications post-traductionnelles des protéines liant les ARNs modulent leur localisation subcellulaire ainsi que leur capacité à lier et contrôler le devenir de leurs cibles. Plusieurs serine/thréonine kinases identifiées sont capables de moduler la fonction de l’AUBP (« AU-binding protein ») HuR. Via des études in vitro, nous avons identifié la Y200 comme étant une cible (probablement la seule) de la « tyrosine kinase non-récepteur » Abelson sur HuR. Cette tyrosine kinase est également surexprimée dans le CHC humain et dans des lignées de CHC en culture (comme les cellules HuH7). L’inhibition d’Abl par le Nilotinib influence le profil acido-basique de la protéine HuR, en gel bidimensionnel, dans les cellules HuH7, suggérant un rôle d’Abl dans les fonctions d’HuR sur ses cibles ARNmThe RNA binding proteins (RBPs) HuR/ELAVL1 is involved in the stabilization of mRNAs whose 3'UTR contains motifs enriched in A and U (« AU-rich element », ARE). These mRNAs encode mainly proteins whose deregulation promotes the emergence of cancer (oncogenes, cyclins, growth factors...). In particular, HuR is overexpressed in hepatocellular carcinoma (HCC) and in human HCC cell lines in culture and is abnormally found in the cytoplasm of liver tumor cells contributing to their proliferation. Furthermore, the Posttranslational modifications of RNA binding proteins (RBPs) modulate their subcellular localization and their ability to bind and control the fate of their targeted mRNAs. Some sérine/thréonine identified kinase are capable of modulating the function of the AUBP (« AU-binding protein ») HuR. By in vitro studies, we identified Y200 as a target (probably the only one) of the « non-receptor tyrosine kinase » Abelson on HuR. This kinase is also overexpressed in hepatocellular carcinoma (HCC) and in human HCC cell lines in culture (as cells HuH7). The inhibition of Abl by Nilotinib (one inhibitor) influences the acido-basic profile of the protein HuR, on Gel 2D, in cells HuH7, suggesting a role of Abl in the functions of HuR on its targets ARNm
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Rekad, Zeinab. "Rôle de la protéine de liaison aux ARNs SAM68 dans l'adhésion des cellules endothéliales et la genèse de leur matrice extracellulaire." Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur, 2023. http://www.theses.fr/2023COAZ6006.
Анотація:
L'angiogenèse est le processus de formation de nouveaux vaisseaux sanguins à partir de vaisseaux préexistants. Ce processus repose sur la modification des propriétés adhésives des cellules endothéliales vasculaires ainsi que sur la production et l'assemblage de leur matrice extracellulaire (MEC) spécialisée, appelée membrane basale. L'adhésion des cellules endothéliales est médiée par des interactions entre les composants de la matrice extracellulaire (MEC) et les récepteurs transmembranaires (intégrines) qui, une fois engagés, entraînent la formation de complexes d'adhésion multimoléculaires dynamiques qui régulent l'organisation du cytosquelette et la transmission des forces (mécanotransduction) pour la migration et la fonction des cellules. Des études récentes suggèrent que la production locale de protéines aux sites d'adhésion contribue à leur consolidation et à leur maturation.Récemment, les cribles protéomiques réalisés sur les sites d'adhésion ont identifié la présence de protéines de liaison à l'ARN (RBP) ayant des fonctions de régulation de l'expression génétique. SAM68 (Src associated in mitosis, of 68 kDa), un membre de la famille STAR (signal transduction and activation of RNA metabolism), est l'une de ces protéines connues pour réguler à la fois la biogenèse de l'ARN et la transduction du signal en jouant un rôle d'échafaudage après l'activation du récepteur à la surface de la cellule. En effet, il a été démontré que SAM68 s'associe à la kinase Src et participe à l'épissage alternatif des gènes codant pour la MEC et les protéines associées à la MEC, comme la tenascine-C et la glycoprotéine de surface cellulaire CD44 impliquée dans l'adhésion/migration. Dans le contexte de l'angiogenèse et de l'adhésion des cellules endothéliales, nous avons émis l'hypothèse que la RBP SAM68 pourrait constituer un relais moléculaire pendant la mécanotransduction (médiée par les intégrines) en participant à la formation d'adhésions focales et aux réponses transcriptionnelles/post-transcriptionnelles en aval qui régule le phénotype angiogénique.En utilisant des cultures de cellules endothéliales primaires en 2 et 3 dimensions, nous avons montré que la RBP SAM68 participe à l'établissement d'adhésions focales par sa contribution à l'approvisionnement localisé d'ARNm (y compris le transcrit β-actine) requis pour la maturation des adhésions focales. De plus, nous avons démontré que SAM68 régule l'expression de gènes codant pour les protéines de la membrane basale, notamment via la régulation du promoteur du gène FN1, conditionnant ainsi la matrice sous-endothéliale et le phénotype angiogénique des cellules. En effet, dans un contexte tridimensionnel, nous avons constaté que la déplétion de SAM68 entrave le bourgeonnement des cellules endothéliales ainsi que leur organisation en pseudo-capillaires.Ces travaux ouvrent la voie à l'exploration du rôle d'autres protéines de liaison à l'ARN en tant que régulateurs de la signalisation d'adhésion et à l'évaluation de leur fonction dans les processus d'angiogenèse physiologiques et pathologiquesAngiogenesis is the process underlying the formation of new blood vessels from pre-existing ones. This process relies on the modification of the adhesive properties of vascular endothelial cells as well as the production and assembly of their specialized extracellular matrix (ECM) known as the basement membrane. Endothelial cell adhesion is mediated by interactions between extracellular matrix (ECM) components and transmembrane receptors (integrins) that, upon engagement, drive the formation of dynamic multimolecular adhesion complexes that regulate cytoskeletal organization and force transmission (mechanotransduction) for cell migration and function. Recent studies suggest that local protein production at adhesion sites contributes to their consolidation and maturation.Proteomics screens performed on adhesion sites have identified the presence of RNA-binding proteins (RBP) with gene expression regulatory functions. SAM68 (Src associated in mitosis, of 68 kDa), a member of the STAR (signal transduction and activation of RNA metabolism) family of RBPs, is one such protein known to regulate both RNA biogenesis and signal transduction by playing a scaffolding role following receptor activation at the cell surface. Indeed, SAM68 has been shown to associate with Src kinase following receptor activation and to participate in alternative splicing of genes encoding ECM and ECM-associated proteins, such tenascin-C and the cell surface glycoprotein CD44 involved in adhesion/migration. In the context of angiogenesis and endothelial cell adhesion, we hypothesized that the RBP SAM68 may constitute a molecular relay during integrin-mediated mechanotransduction at adhesion sites by participating in the formation of focal adhesions and downstream transcriptional/post-transcriptional responses that regulates the angiogenic phenotype.Using 2- and 3-D cultures of primary endothelial cells, we showed that the RBP SAM68 participates in the establishment of focal adhesions through its contribution to the localized supply of mRNAs (including the β-actin transcript) required for adhesion site maturation. Further, we demonstrated that SAM68 regulates the expression of genes encoding basement membrane proteins, in particular via regulation of the promoter of the FN1 gene, thus conditioning the sub-endothelial matrix and angiogenic phenotype of cells. Indeed, in a 3-D context, SAM68-depletion was found to hamper endothelial cell sprouting activity and capillary-like tube formation.This work paves the way to explore the role of other RNA-binding proteins as regulators of adhesion signaling and assessment of their function in physiological and pathological angiogenesis processes
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Lefrère, Valérie. "La protéine se liant au poly(A) des ARNm (PABP) de Drosophile : structure du gène et expression au cours du développement." Toulouse 3, 1991. http://www.theses.fr/1991TOU30263.
Анотація:
Le role de l'extremite 3 polyadenylee des arnm dans la regulation de leur metabolisme semble lie a son association a une proteine specifique, appelee la poly(a)-binding proteine (pabp). La forte conservation de cette proteine au cours de l'evolution laisse penser qu'elle joue un role important dans cette regulation. Il semble qu'elle soit impliquee dans le controle de la stabilite et de l'efficacite de l'initiation de la traduction de certains arnm. Par criblage d'une banque d'adnc embryonnaires de drosophile avec une sonde adnc humaine, nous avons isole deux classes d'adnc pabp, differant par leur extremite 3 non traduite, et correspondant a un arnm unique possedant une region 3 non traduite longue. L'hybridation in situ de chromosomes polytenes de glandes salivaires a permis de montrer que ce messager resultait de la transcription d'un gene unique localise a la position 55b sur le bras droit du second chromosome. Ce gene est compose de cinq exons, dont deux correspondant aux deux regions 5 et 3 non traduites. L(arnm pabp comprend un cadre de lecture de 1722nt codant pour une proteine de 64 kda; il est accumule dans les oocytes, herite maternellement et present a tous les stades du developpement etudies. La coloration d'embryons entiers, soit par hybridation in situ avec une sonde adnc, soit grace a un serum polyclonal dirige contre la proteine surproduite chez e. Coli, montre une accumulation transitoire de l'arnm et de la proteine au pole posterieur de l'embryon, juste avant le bourgeonnement des cellules polaires. Cette localisation particuliere de l'arn et de la proteine pabp laisse penser que cette proteine pourrait etre impliquee dans la traduction de l'arnm nanos, dont l'accumulation au pole posterieur est determinante pour une differenciation correcte de la region abdominale de l'embryon de drosophile
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Santerre, Maryline. "Étude de l'action sur l'épissage de protéines nucléaires se liant à la région de l'ARN du virus VIH-1 contenant le site d'épissage A7 et role de ces protéines sur d'autres sites accepteurs d'épissage de VIH-1." Thesis, Nancy 1, 2010. http://www.theses.fr/2010NAN10115/document.
Анотація:
L'épissage est une étape clef de la multiplication du VIH-1. Par utilisation de 4 sites donneurs et 8 sites accepteurs d'épissage, plus de 40 ARNm différents sont produits. Une approche protéomique nous a permis d'identifier de nouvelles protéines interagissant avec la région de l'ARN viral contenant le site A7. Nous avons démontré l'interaction directe avec l'ARN viral de 5 des protéines identifiées (nucléoline, hnRNP A1/B, hnRNP H et hnRNP K). Nous avons montré que hnRNP K a plusieurs sites de fixation dans la région du site A7 et que hnRNP A1et hnRNP K se lient de façon coopérative. Nous avons montré un effet inhibiteur de hnRNP K sur l'épissage au site A7. Comme la protéine hnRNP A1 est un régulateur négatif de plusieurs sites accepteurs d'épissage (A1, A2, A3, A7), nous avons testé si la protéine hnRNP K pouvait renforcer l'inhibition à ces sites. En fait, hnRNP K active l'épissage in vitro des introns entre le site donneur D1 et les sites accepteurs A1, A2 et A3. Nous avons montré que la protéine hnRNP K renforce fortement l'activité de ASF/SF2 au site A2, ce qui indique que selon le contexte, la protéine hnRNP K peut être activatrice ou inhibitrice de l'épissage du VIH-1. J'ai observé de plus que la surexpression de la protéine hnRNP K dans des cellules HeLa, transfectées avec le plasmide p PSP contenant le virus VIH-1 dépourvu de ses capacités d'encapsidation, produit un changement très marqué de l'épissage alternatif de l'ARN PSP, ce qui confirme la forte influence de hnRNP K sur l'épissage alternatif du VIH-1. L'augmentation de la concentration cellulaire de hnRNP K dans les cellules HeLa conduit aussi à une diminution de la protéine virale Nef. La protéine hnRNP K intervient donc non seulement dans la régulation du site A7, mais aussi dans celle de la majorité des sites d'épissage régulés de l'ARN du VIH. L'action de cette protéine sur plusieurs des sites d'épissage montre que la protéine hnRNP K est probablement un régulateur général de l'épissage de VIH-1HIV-1 pre-mRNA splicing depends upon 4 donor and 8 acceptor sites, which are used in combination to produce more than 40 different mRNAs. To further characterize nuclear factors involved in these processes, we purified RNP complexes formed by incubation of SLS2-A7 transcripts in HeLa cell nuclear extracts by affinity chromatography to identify new associated proteins. We showed that, in addition to the well known hnRNP A1 inhibitor of site A7, nucleolin, hnRNP H and hnRNP K interact directly with SLS2-A7 RNA. We demonstrated that hnRNP K has multiple binding sites in the vicinity of site A7 and that binds cooperatively to hnRNP A1 to the A7 RNA region and limits the A7 utilization in vitro. As hnRNP A1 is a negative regulator of several HIV-1 splicing sites (A1, A2, A3), we tested whether hnRNP K may also reinforce hnRNP A1 inhibition at these sites. Surprisingly, hnRNP K activated in vitro splicing of the D1-A1, D1-A2 and D1-A3 introns. Interestingly, hnRNP K was found to reinforce strongly the ASF/SF2 activity at site A2, which indicates that depending on the splicing site hnRNP K can be a splicing activator or inhibitor. To test how hnRNP K influences the relative utilization of HIV-1 splicing sites in cellulo, we used plasmid p PSP containing all the HIV-1 splicing sites and tested the effect of over-expression in HeLa cells on alternative splicing of the PSP RNA. Doubling the amount of hnRNP K in HeLa cells led to a drastic change of the PSP RNA alternative splicing, which confirms the strong influence of hnRNP K on alternative splicing. Moreover, increase of cellular concentration of hnRNP K strongly decrease the viral Nef protein production. hnRNP K protein affects A7 splicing regulation but also regulates the majority of regulated splicing sites of HIV. By extension of the study of hnRNP K effect to other HIV-1 splicing sites, we discovered that hnRNP K is a general regulator of HIV-1 splicing
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Lussier, Marc. "Identification et caractérisation de nouveaux partenaires d'intéraction liant le domaine de répétitions similaires à l'ankyrine des TRPCs." Thèse, Université de Sherbrooke, 2008. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4261.
Анотація:
Le Ca[exposant]2+ joue un rôle majeur dans la régulation de processus physiologiques et biochimiques de l'organisme. Chez les cellules non-excitables, les TRPCs (transient receptor potential canonical) sont des canaux calciques impliqués dans l'influx de Ca[exposant]2+ à la membrane plasmique. Bien que de nombreux efforts soient déployés, le mécanisme régulant l'activité et le routage des TRPCs est encore mal connu. Au cours des dernières années, l'étude de domaines conservés au sein des protéines a connu un engouement. Tous les TRPCs possèdent un domaine de répétitions similaires à l'ankyrine (ANK), un motif bien connu pour son implication dans des interactions protéine-protéine. Le but de la présente étude était d'identifier de nouveaux partenaires d'interaction du domaine ANK des TRPCs. Pour ce faire, nous avons utilisé l'approche de double-hybride chez la levure afin de cribler une librairie d'ADNc, ce qui nous a permis d'identifier MxA et RNF24. MxA est une protéine faisant partie de la superfamille de la dynamine. Elle possède plusieurs propriétés de la dynamine classique, dont celle d'oligomériser. La première partie de l'étude démontre que MxA interagit au niveau de la deuxième répétition similaire à l'ankyrine de TRPC6 et que cette protéine peut lier tour les TRPCs, autant in vitro qu'in cellulo. Des mesures de Ca[exposant]2+ intracellulaire effectuées sur des cellules HEK 293T démontrent que l'interaction entre MxA et TRPC6 modifie significativement l'activité de TRPC6. De plus, l'utilisation de mutants de MxA démontre que la modulation de l'activité de TRPC6 s'effectue lorsque MxA est sous sa forme monomérique liée au GTP. Les résultats démontrent que MxA lie le domaine ANK de TRPC6 et modifie son activité. La découverte de RNF24 a permis d'identifier une nouvelle protéine membranaire localisée au niveau de l'appareil de Golgi. L'expression de RNF24 réduit spécifiquement l'insertion des TRPCs a la membrane plasmique, cause une rétention intracellulaire des TRPC3 et TRPC6, mais n'affecte pas le processus de maturation de TRPC6. De plus, dans les cellules HEK 293T stimulées par le carbachol, l'influx de Ca[exposant]2+ endogène ou médié par TRPC6 n'est pas affecté par la co-expression de RNF24. Ainsi, les résultats démontrent que RNF24 interagit avec les TRPCs, affecte le routage intracellulaire de ceux-ci sans modifier leur activité. Ces deux études ont permis d'identifier les premiers partenaires d'interaction du domaine ANK des TRPCs, soit MxA et RNF24, et de caractériser l'effet des interactions sur la modulation du routage et de l'activité des TRPCs.
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Boy, Sébastien. "Etude de facteurs transcriptionnels et post-transcriptionnels impliqués dans la spécification des cellules rétiniennes chez Xenopus laevis." Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA112246.
Анотація:
La rétine est un modèle très utilisé pour étudier la neurogenèse chez les vertébrés car elle est organisée simplement en trois couches et contient peu de types cellulaires. De nombreux facteurs de transcriptions ont été impliqués dans la rétinogenèse et parmi eux les facteurs bHLH jouent un rôle important. Les activateurs bHLH activent la différenciation des rétinoblastes tout en favorisant la formation des neurones et en contrôlant leur spécification. Les bHLH répresseurs de leur côté tendent à restreindre la différentiation des rétinoblastes et à promouvoir la gliogenèse. Au cours de ma thèse, j’ai recherché des facteurs post-transcriptionnels impliqués dans la rétinogenèse puisque jusqu’à présent les seuls régulateurs géniques connus pour êtres impliqués dans ce processus étaient des facteurs de transcription. Je me suis plus particulièrement intéressé à l’un d’eux, une protéine liant l’ARN potentielle nommée XSEB4R. Par des expériences de surexpression et de perte de fonction, j’ai pu montrer que le gène Xseb4R était impliqué dans la rétinogenèse et qu’il avait une fonction proche de celle des bHLH activateurs. J’ai par ailleurs montré que certains de ces facteurs se trouvaient en amont de Xseb4R. Je me suis aussi intéressé à un autre nouveau gène, Xhes2 (Hairy Enhancer of Split), dont j’ai aussi mis en évidence la fonction durant la rétinogenèse. Ce gène codant un répresseur bHLH en plus de favoriser la gliogenèse comme d’autres gènes de cette famille, a aussi un rôle sur la spécificité neuronale. J’ai enfin aussi participé à la mise en évidence du rôle de la cascade hh dans le développement de l’épithélium pigmenté rétinien, tissu contiguë à la rétine neuraleRetina is an interesting model to study vertebrate neurogenesis because it is simply organised in three layers and contains only few cell types. Numerous transcription factors are involved in retinogenesis. Among them, bHLH factors play important roles. BHLH activators promote neural differentiation, neurons formation and specification. BHLH repressors tend to limit neuroblasts differentiation and promote gliogenesis. During my thesis, I aimed to isolate post-transcriptionnal factors involved in retinogenesis since genetic regulators so far known to be involved in this process are all transcription factors. I have focused my studies on one of them, a new putative RNA binding protein called XSEB4R. Using overexpression and loss of function experiments, I have shown that Xseb4R is involved in retinogenesis and has a function related to bHLH activators function. I have also shown that some of these factors are upstream Xseb4R. During my thesis, I have also been interested in another novel gene, Xhes2 (Hairy Enhancer of Split). I highlighted that, in addition to promote gliogenesis, as other genes of this family, it also controls neuronal specificity. I have also participated to the determination of the function of the Hedgehog cascade in the development of retinal pigmented epithelium, which is adjacent to neural retina
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Thériault, Jimmy. "Clonage et caractérisation de hGMEB1, une nouvelle protéine liant l'élément modulateur des glucocorticoïdes." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1999. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape7/PQDD_0019/MQ49050.pdf.
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Mazzocco, Claire. "Caractérisation pharmacologique, biochimique et moléculaire d'une protéine liant la proctoline : récepteur ou enzyme ?" Bordeaux 1, 2001. http://www.theses.fr/2001BOR12436.
Анотація:
La proctoline, premier neuropeptide purifié chez l'insecte est connu pour son action myotrope sur les muscles squelettiques et viscéraux. En test biologique de contractions d'intestins de blatte, la proctoline agit à une EC50 de 1nM. Des études de liaison avec la proctoline tritiée ont permis de préciser les caractéristiques pharmacologiques (Kd=100nM et Bmax=2,5 pmoles/mg de protéines) des récepteurs potentiels sur les intestins. La nature des seconds messagers impliqués correspond à une production d'IP3 et de DG. Après cinq étapes de séparation par chromatographie, deux bandes de 76 et 80 kDa ont été obtenues en électrophorèse. Après le séquençage partiel des deux bandes et la recherche dans les banques de données, une protéine de drosophile de 723 acides aminés (82 kDa) présentant 50% d'identité avec la DPP III de rat a été déduite. Des anticorps anti-DPP III ont permis par Western blot de confirmer la nature de la protéine purifiée (DPP d'insecte). Les caractéristiques enzymatiques de la DPP de blatte ont été définies pour la proctoline (Km=3,78uM ; Vmax=1,107 umoles/mg/min. ). La tyn rphine (Ki=75nM), inhibiteur de la DPP III de vertébrés,inhibe la dégradation de la proctoline. Des tests biologiques ont révélé un accroissement des contractions induites par la proctoline en présence d'anticorps anti-DPP III (de 25% à 70%) ou de tynorphine (de 20% à 45%). La présence de la DPP chez la drosophile a été vérifiée par purification chromatographique, PAGE et électrotransfert. Deux bandes protéiques de 82 et 86 kDa furent identifiées par les anticorps anti-DPP III. Deux bandes similaires étaient visualisées après surexpression en système cellulaire S2 d'un clone cDNA de drosophile codant pour la protéine de 723 acides aminés. La DPP III-like purifiée à partir de drosophiles ou après surexpression présente les caractéristiques enzymatiques spécifique de la DPP III de vertébrés, confirmant ainsi l'existence de cette enzyme chez les insectes.
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Morigny, Pauline. "Etude des mécanismes liant l'inhibition de la lipase hormono-sensible et l'amélioration de la sensibilité à l'insuline." Thesis, Toulouse 3, 2017. http://www.theses.fr/2017TOU30267.
Анотація:
Le développement d'une résistance à l'action de l'insuline est fréquemment observée au cours de l'obésité et est à l'origine du diabète de type 2. L'amélioration du signal insulinique au sein de la cellule adipeuse (i.e adipocyte) est une stratégie thérapeutique intéressante en vue d'améliorer la sensibilité à l'insuline systémique de patients pré-diabétiques et diabétiques. Dans cette optique, l'inhibition de la lipase hormono-sensible (LHS) adipocytaire (enzyme responsable de la libération d'acides gras par le tissu adipeux) protège de l'insulino-résistance. Les mécanismes impliqués dans l'amélioration de la sensibilité à l'insuline n'étaient cependant pas encore connus. Mon travail de thèse a donc été axé sur l'identification des mécanismes liant l'inhibition de la LHS et l'amélioration de la sensibilité à l'insuline. Dans des adipocytes humains, l'invalidation de la LHS augmente le transport du glucose, la voie de la lipogenèse de novo (synthèse d'acides gras à partir du glucose) et le signal insulinique. Parmi les enzymes lipogéniques, l'élongase des acides gras à longue chaîne ELOVL6 voit son expression très fortement induite in vitro et in vivo lors d'une déficience pour la LHS, conduisant à un enrichissement en oléate des phospholopides et des triglycérides. L'invalidation d'ELOVL6 dans des adipocytes humains a permis de démontrer le rôle clé de l'élongase dans la médiation des effets bénéfiques de l'invalidation de la LHS. In vivo, une déficience pour ELOVL6 conduit également à une détérioration du signal insulinique dans le tissu adipeux. Dans des études cliniques, l'expression d'ELOVL6 s'effondre au cours de l'insulino-résistance et est restaurée après une chirurgie bariatrique. L'enrichissement en oléate dans les phospholipides par ELOVL6 est responsable des effets protecteurs de l'inhibition de la LHS sur le signal insulinique. Des adipocytes surexprimant ELOVL6 présentent d'ailleurs une augmentation de la fluidité membranaire associée à une amélioration du signal insulinique. Dans le foie, ELOVL6 est une cible du facteur de transcription ChREBP. ChREBP adipocytaire, notamment l'isoforme ChREBPß, a récemment été mis en évidence pour son rôle déterminant sur la sensibilité à l'insuline systémique. Chez l'Homme, nous avons observé in vitro et in vivo d'étroites corrélations positives entre les expressions adipocytaires de ChREBPß et d'ELOVL6. L'inhibition simultanée de la LHS et ChREBP réduit fortement l'expression d'ELOVL6 et annule l'enrichissement en oléate des phospholipides ainsi que l'amélioration du signal insulinique. De manière particulièrement intéressante, nous avons mis en évidence qu'une interaction physique entre la LHS et ChREBP inhibe la translocation nucléaire du facteur et son activité transcriptionnelle. L'activité catalytique de la LHS n'est pas requise pour assurer l'interaction. Nous avons aussi montré que cette interaction est spécifique de la LHS et est restreinte à l'adipocyte. En conclusion, notre travail a mis au jour une nouvelle voie déterminante pour la sensibilité à l'insuline adipocytaire, liant la LHS au facteur de transcription ChREBP et à sa cible, l'élongase des acides gras ELOVL6. L'enrichissement consécutif en oléate des phospholipides conduit à une augmentation de la fluidité membranaire et à une amélioration du signal insulinique. L'inhibition de l'interaction entre la LHS et ChREBP dans le tissu adipeux pourrait donc être bénéfique dans la prise en charge de l'insulino-résistance associée à l'obésitéInsulin resistance is a feature frequently associated to obesity and an early defect in the development of type 2 diabetes. Improvement of fat cell insulin signaling may favor recovery of whole body systemic insulin sensitivity in pre-diabetic and diabetic states. In this context, inhibition of hormone-sensitive lipase (HSL) in adipocytes (an enzyme responsible for fatty acid release by adipose tissue) was demonstrated to be protective against insulin resistance. However, the mechanisms remained unclear. Consequently, my PhD work aimed at understanding the mechanisms linking HSL inhibition and improvement of insulin sensitivity. In human adipocytes, HSL gene silencing increased glucose transport, de novo lipogenesis and insulin signaling. Among de novo lipogenesis enzymes, ELOVL6 was preferentially induced in vitro and in vivo during HSL partial deficiency, resulting in enrichment of phospholipids and triglycerides in oleic acid. ELOVL6 gene silencing in human adipocytes provided the direct demonstration of the role of the enzyme in the beneficial effect of HSL inhibition. Fat cell insulin signaling was also impaired in adipose tissue of Elovl6 null mice. In clinical studies, ELOVL6 expression was blunted in insulin resistant states and restored after bariatric surgery. ELOVL6-mediated oleic acid enrichment of phospholipids was responsible for the positive effect of HSL inhibition on insulin signaling. FRAP studies revealed an increase in plasma membrane fluidity and insulin signaling in adipocytes overexpressing ELOVL6. In the liver, ELOVL6 is a target of ChREBP. Adipose ChREBP, notably the constitutively active isoform ChREBPß, recently emerged as a major determinant of systemic insulin action on glucose metabolism. In humans, we observed in several in vitro models and in vivo studies a strong positive association between adipose ChREBPß and ELOVL6. Dual HSL-ChREBP inhibition blunted adipose ELOVL6 expression in vivo and in vitro and mirrored ELOVL6 gene silencing on fatty acid profile and insulin signaling. Importantly, we found that physical interaction between HSL and ChREBP impairs ChREBP translocation into the nucleus and its transcriptional activity. A naturally short form of HSL devoid of catalytic activity retained the capacity to bind ChREBP. We also demonstrated that ChREBP-HSL interaction was specific of the lipase and restricted to adipocyte. To conclude, our work identifies a novel pathway critical for optimal insulin signaling in fat cells which links the neutral lipase HSL to the glucose-responsive transcription factor ChREBP and its target gene, the fatty acid elongase, ELOVL6. ELOVL6-mediated oleate enrichment in phospholipids increases membrane fluidity and improves insulin signaling. Inhibition of HSL/ChREBP interaction in adipose tissue may be beneficial in the treatment of obesity-associated insulin resistance
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Bruckert, Hélène. "Caractérisation d'Hrp48, une protéine de liaison aux ARNs, lors de la morphogenèse axonale chez la drosophile." Nice, 2012. http://www.theses.fr/2012NICE4063.
Анотація:
Des études récentes ont montré que le contrôle post-transcriptionnel des ARNms joue un rôle essentiel sur la croissance et le guidage axonal, processus permettant la mise en place de circuits neuronaux. Afin d’étudier ce type de régulation in vivo, mon projet de thèse visait à caractériser Hrp48, une protéine de liaison aux ARNs appartenant à la famille conservée des hnRNPA/B. J’ai montré que l’inactivation d’hrp48 entraîne des défauts de croissance axonale comme des neurones projetant leurs axones dans une mauvaise direction ou au-delà de leur cible classique, défauts remarquablement plus forts chez les femelles que chez les mâles. Mes travaux ont révélé que la protéine femelle-spécifique Sex-léthal s’accumule ectopiquement dans le noyau des cellules mutantes hrp48, ce qui pourrait être à l’origine des défauts sexe-spécifiques de migration axonale observés. En parallèle, j’ai montré que l’inactivation de sema-1a, une cible ARNm putative d’Hrp48, provoque des défauts proches des mutants hrp48, et qu’hrp48 et sema-1a interagissent génétiquement. Par ailleurs, le niveau général d’ARNm sema-1a est plus faible chez les femelles que chez les mâles. Ces résultats suggèrent donc qu’une dérégulation de sema-1a pourrait induire les défauts sexe-spécifiques de croissance axonale observés en contexte mutant hrp48. Ce travail a permis de proposer un modèle préliminaire de régulation post-transcriptionnelle par une protéine de liaison aux ARNs de la famille hnRNPA/B in vivo et a mis en évidence des différences cryptiques entre les femelles et les mâles. Il s’inscrit dans le cadre d’études récentes révélant des différences sexe-spécifiques dans le contrôle de l’expression des gènesRecent studies have shown that post-transcriptional regulatory mechanisms play essential roles in axon growth and guidance, processes involved in the establishment of neuronal circuits during development. To study these mechanisms in vivo, my project aimed at characterizing the role of the RNA-binding protein Hrp48, which belongs to the conserved hnRNP A/B family. I showed that inactivating hrp48 function leads to strong and specific axon migration defects, including axon misguidance and overextension. Notably, I have observed that the frequency of hrp48 mutant phenotypes is much higher in females than in males. Moreover, I showed that the female-specific Sex-lethal protein ectopically accumulates in the nucleus of mutant cells. This abnormal nuclear accumulation could explain the sex-specific defects observed in axonal migration. In parallel, I could show that inactivation of sema-1α, an Hrp48 putative mRNA target, causes defects similar to those observed in hrp48 mutants, and that hrp48 and sema-1 α genetically interact. Moreover, the overall levels of sema-1 α transcripts are much lower in females than in males. These results suggest that sema-1 α misregulation may induce the sex-specific defects in axonal growth observe upon hrp48 downregulation. Tis work has allowed us to propose a preliminary in vivo model for a post-transcriptional regulatory mechanism controlled by a member of the hnRNP A/B family. Furthermore, it has revealed cryptic differences between females and males in the context of recent studies revealing sex-specific differences in the control of gene expression
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Guitard, Estelle. "Etude du rôle de deux protéines bifonctionnelles apparentées aux protéines de liaison aux ARNs, Sam68 et G3BP, dans la prolifération cellulaire." Paris 11, 2000. http://www.theses.fr/2000PA11T014.
Анотація:
Les protéines ribonucléiques hétérogènes nucléaires (ou hnRNPs : beterogenous nuclear ribonucleonrotein) bifonctionnelles sont des protéines capables de lier à la fois des partenaires nucléiques et des partenaires protéiques impliqués dans différentes voies de signalisation cellulaire. Les protéines humaines de liaison aux ARNs Sam68 (. Src- ssociated ifl. Mitosis 68) et G3BP (RasGAP-SHJ Binding frotein) appartiennent à cette famille de protéines. Sam68 est le principal substrat et partenaire du produit de l'oncogène src au cours de la mitose. G3BP est le premier partenaire du domaine SH3 de la protéine RasGAP, effecteur de l'oncoprotéine Ras. L'interaction RasGAP/G3BP est dépendante de l'état d'activation de Ras sous forme liée au GTP, ce qui suppose que la protéine G3BP ait une fonction dans la transmission des signaux de prolifération cellulaire en aval de Ras. Etant donné le rôle supposé des protéines Sam68 et G3BP dans la transmission des signaux de prolifération cellulaire en aval des molécules Src et RasGAP, nous avons décidé de préciser par quels mécanismes moléculaires elles pouvaient jouer un rôle sur la régulation de la prolifération cellulaire. Nous avons identifié un variant d'épissage de la protéine Sam68, Sam68ΔKH, délété de son domaine KR de liaison aux ARNs. En inhibant la transition G1/S du cycle cellulaire et l'expression de la cycline Dl , Sam68ôKH régule négativement la prolifération cellulaire et se comporte comme un dominant négatif de Sam68. Ces résultats mettent pour la première fois en évidence un rôle de la protéine Sam68 dans la régulation du cycle cellulaire, pendant la phase G1. Nous avons ensuite démontré que Sam68 interagit avec la protéine RasGAP de façon dépendante des domaines SH3 et/ou SH2 de RasGAP, et que cette interaction a lieu exclusivement pendant la mitose. Ces résultats indiquent que Sam68 pourrait également avoir des fonctions mitotiques, et que celles-ci participeraient aux cascades non seulement en aval de Src, mais aussi en aval de la protéine RasGAP. Nous avons aussi étudié les protéines de la famille G3BP. Nous avons tout d'abord cloné l'ADNe codant une protéine humaine homologue à G3BP, G3BPh, puis montré que cette protéine, codée par un autre gène, possède des éléments de séquence et des propriétés qui divergent de G3BP, suggérant que les deux isoformes ont, au moins en partie, des fonctions différentes. Par les techniques de western blot et northem blot, nous avons montré que la protéine G3BP est surexprimée dans un grand nombre de tumeurs et de lignées cellulaires tumorales humaines. Nous avons observé que cette surexpression est indépendante des caractéristiques des différentes tumeurs ainsi que de l'évolution des patients. Nous avons aussi mis en évidence que G3BP stimule la transition G1/S du cycle cellulaire de façon dépendante de son domaine de liaison aux ARNs. Ainsi, nous proposons que les protéines des familles Sam68 et G3BP, qui constituent un lien entre les molécules de la signalisation cellulaire et le métabolisme des ARNs, exercent un contrôle du cycle cellulaire au travers de leurs interactions avec leurs ARNs cibles. Nous proposons aussi que la protéine G3BP soit un nouveau marqueur de détection des cancers humains.
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Borsu, Laetitia. "Découverte du gène AROM, "Antisense RNA Overlapping MCH gene" : caractérisation d'une nouvelle famille de protéines liant les acides nucléiques." Nice, 2000. http://www.theses.fr/2000NICE5477.
Анотація:
Chez les mammifères, le gène de la MCH pour " melanin concentrating hormone", code pour deux peptides le NEI et la MCH. Ce gène est impliqué dans de nombreuses fonctions comme la réponse au stress et le contrôle de la prise alimentaire. Nous avons mis en évidence dans des cellules PC12 non stimulées l'expression d'ARN de hauts poids moléculaires contenant les séquences du gène MCH. En combinant les techniques de Northern blot, RACE PCR et RT-PCR, nous avons établi que ces ARN sont transcrits à partir des séquences du brin d'ADN complémentaire au gène de la MCH. Ce gène appelé AROM pour " antisense RNA overlapping MCH gene " est conservé chez le rat, la souris et l'homme. Dans les cellules PC12 traitées au lithium et au NGF, l'expression du gène MCH est régulée par des mécanismes post-transcriptionnels. Les ARN antisens AROM pourraient interagir avec les ARNm MCH, les hybrides ainsi formés modifieraient leur maturation ou leur dégradation. En effet, de nombreux exemples d'ARN antisens sont décrits comme régulateurs de l'expression de gènes "sens". Plusieurs phases ouvertes de lecture ont été identifiées à partir des ARNm AROM. Elles sont la conséquence d'épissages alternatifs et du choix de sites d'initiation de transcription. La protéine la plus longue a été appelée AROM-p64. Les séquences des phases ouvertes de lecture AROM présentent des homologies avec les motifs RRM/leucine-zipper et un domaine d'une hélicase de procaryotes. Grâce à des anticorps dirigés contre les extrémités de la protéine p64, nous avons identifié ces protéines AROM dans les cellules PC12 et les testicules de rat. (. . . )
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Spielewoy, Nathalie. "Etude d'AtCCME, une protéine mitochondriale liant l'hème au cours de la maturation des cytochromes de type c." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2001. http://www.theses.fr/2001STR13145.
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Forne, Thierry. "Les modifications post-transcriptionnelles du snRNA U6 chez les mammifères : implications dans l'épissage des ARNs pré-messagers." Montpellier 2, 1995. http://www.theses.fr/1995MON20076.
Анотація:
Dans le domaine de l'epissage des arns pre-messagers, une avancee majeure de ces dernieres annees a ete la mise en evidence du role central que joue le snrnau6. Du fait de modifications post-transcriptionnelles, l'extremite 3' de ce snrna est heterogene chez les mammiferes. On distingue: une forme majoritaire (90%), terminee par cinq residus uridines et un phosphate 2'-3' cyclique, et d'autres formes qui ont une extremite 3'oh et contiennent de 3 a 12 residus uridines. Nous avons cherche a etablir une relation entre ces modifications et la fonction du snrnau6 dans l'epissage. Nos travaux ont montre que: 1) le snrnau6 est fonctionnel apres qu'il ait subi un allongement par addition de residus uridine ; 2) qu'il est raccourci et modifie par l'apparition d'un phosphate 2'-3' cyclique pendant l'epissage ; 3) que les residus uridines ajoutes constituent une cible pour la proteine c des hnrnps, c ette derniere induisant la dissociation des particules u4/u6
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Roussel-Gervais, Audrey. "La protéine liant l'ADN méthylé ZBTB4 localise aux péri-centromères et contrôle la réponse au point de contrôle mitotique." Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCC137.
Анотація:
La perte de ZBTB4 caractérise les cancers de stade -avancé et favorise la survie des cellules suite aux dommages à l'ADN et la progression métastasique. Mes travaux de thèse ont porté sur l'identification des mécanismes moléculaires associant ZBTB4 au cancer. Ces travaux m'ont permis de montrer que la perte de ZBTB4 induit des défauts de ségrégation des chromosomes. ZBTB4 régule la transcription de gènes du SAC comme BUBRJ, MAD2LI et AuroraB. Ainsi, la perte de ZBTB4 accélère la transition métaphase-anaphase en condition physiologique, ainsi qu'après l'activation du SAC dans des cellules en mitose par traitement au nocodazole, malgré la présence de chromosomes mal alignés. ZBTB4 localise également aux régions péri-centromériques et semble importante pour la transcription des séquences satellites péri-centromériques pendant la mitose. Il est possible que sa localisation aux péri-centromères, ainsi que son rôle dans la transcription des satellites en mitose, jouent un rôle dans la déstabilisation du kinétochore dans les cellules sous-exprimant ZBTB4. De plus, les souris Zbtb4 développent davantage de papillomes que les souris Zbtb4 suite à l'induction de tumeurs de la peau par traitement au DMBA/TPA. Ces éléments viennent confirmer in vivo chez la souris un rôle de ZBTB4 dans la formation des tumeurs. La dérégulation des protéines du SAC, de même que la dérégulation de la transcription des satellites, sont souvent retrouvées dans les cancers et causent de l'aneuploïdie. La perte de ZBTB4 participe à la progression tumorale en favorisant la présence de cellules aneuploïdes, causant de l'instabilité génomique et favorisant la diversité génétique des cellules cancéreusesZBTB4 is a mammalian transcription factor with Zinc fingers and a BTB/POZ domains, which can bind methylated CpGs, as well as certain unmethylated consensus sequences. ZBTB4 is frequently downregulated in human cancers, for reasons that are unclear. To address the potential role of ZBTB4 we depleted it from human cells in culture, this led to heightened chromosome missegregation, as evidenced by increases in lagging chromosomes, micronuclei, and binucleation. We could detect a defect in the mitotic checkpoint, which was weakened in cells lacking ZBTB4, maybe as a direct consequence of decreased checkpoint protein abundance. To validate our findings in a more physiological setting, we generated mice. Primary Zbtb4⁻/⁻cells show the satine signs of genome instability seen in human cells in culture. The Zbtb4⁻/⁻ animals are viable and fertile, but smaller than their littermates and with reduced organ size. In addition, we report that mice lacking ZBTB4 are more susceptible to DMBA/TPA-induced skin carcinogenesis. Our results show that the epigenetic regulator ZBTB4 is essential for genome stability in mammals. Its loss in cancer cells may be under positive selection because it promotes faster genome evolution in the tumour cells
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Poisot, Emilie. "Recrutement des complexes des groupes Polycomb et trithorax sur la chromatine : Dissection fonctionnelle des complexes liant les séquences d(GA)n des éléments de mémoire épigénétique." Versailles-St Quentin en Yvelines, 2010. http://www.theses.fr/2010VERS0022.
Анотація:
Au moins trois mécanismes sont connus pour influer sur le maintien des profils d’expression des gènes: l’état chromatinien, les modifications épigénétiques liées aux protéines du groupe Polycomb (PcG) et Trithorax (trxG), et les ARN non codants (ARNnc). Les gènes du PcG et trxG maintiennent l’identité au cours du temps par des processus épigénétiques figeant un état transcriptionnel déterminé qui constitue la « mémoire cellulaire ». Les trois protéines Batman (BAN), Trithorax-like (GAF) et Pipsqueak (PSQ) font partie de complexes de mémoire cellulaire qui lient l’ADN. Le premier objectif de ma thèse était d’affiner la description des complexes contenant BAN, GAF et PSQ fixés sur leurs cibles. J’ai montré l’existence de plusieurs complexes, indiquant qu’il existe une combinatoire dans ces complexes en fonction de la cible. En réalisant une extinction ciblée de l’une ou l’autre de ces protéines, j’ai étudié leur hiérarchie de recrutement. L’élargissement de cette étude à d’autres protéines PcG et trxG a permis ensuite de modéliser le recrutement des différents complexes de mémoire. J’ai parallèlement étudié le lien existant entre la formation de l’hétérochromatine et les ARN non codants (ARNnc). A l’aide de mutants affectant des voies de production d’ARNnc, j’ai montré qu’ils participent à la localisation d’HP1 sur chromosomes polytènes et donc à la formation de hétérochromatine. L’ensemble de ces études a permis de caractériser la complexité des relations entre BAN, GAF et PSQ et de définir leur importance respective dans le recrutement différentiel de complexes PcG ou trxG, mais aussi de contribuer à établir le lien entre les ARNnc et la formation de l’hétérochromatineAt least three important mechanisms are known to maintain gene expression patterns: the chromatine state, the epigenetic modifications due to the Polycomb ( PcG) and Trithorax ( TrxG ) groups proteins, and non coding RNAs (ncRNAs). The PcG and trxG genes maintain cell identity through epigenetic modifications of chromatin, thereby maintaining a predefined transcriptional state that establishes "cell memory". Three proteins, i. E. Batman (BAN), Trithorax-like (GAF) and Pipsqueak (PSQ) are components of a DNA-binding cell memory complex. The first goal of my thesis was to refine the description of complexes containing BAN, GAF and PSQ bound to their targets. I showed the existence of several complexes, suggesting a combinatory composition of these complexes depending on the target. Using dsRNA-driven extinction of each of the three proteins, I determined the hierarchy of their recruitment. The extension of this approach to other PcG and trxG proteins lead us to propose a new model for the recruitment of several of the memory complexes. I also studied the link between heterochromatin formation and ncRNAs. By using mutants affecting pathways of ncRNAs production, I showed that they participate in the localization of the heterochromatin protein HP1 on polytene chromosomes and thus in the formation of heterochromatin. All these studies allowed us to characterize the complexity of relations between BAN, GAF and PSQ and to define their respective contribution in the differential recruitment of PcG or TrxG complexes, but also to contribute to establishing the link between the ncRNAs and heterochromatin
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Floriot, Océane. "Virus de l’Hépatite B et transcription cellulaire : impact de la protéine HBx et de ses interactions avec les ARNs non-codants." Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1319/document.
Анотація:
Le virus de l'hépatite B (VHB) reste un problème de santé majeur dans le monde malgré la disponibilité du vaccin. Le VHB n’est pas éradiqué par les thérapies actuelles et 240 millions de personnes infectées chroniquement restent à risque de développer une cirrhose du foie et un carcinome hépatocellulaire (CHC).Le VHB est un petit virus hépatotrope doté d'un génome à ADN double brin partiel (ADNrc). Après infection l'ADNrc est converti en ADN épisomal (ADNccc) qui est ensuite organisé en minichromosome viral, qui est le modèle pour la transcription et qui initie la réplication. La protéine de l'hépatite B x (HBx) est recrutée sur l'ADNccc pour initier et maintenir la transcription de l'ADN ccc. HBx cible aussi directement des gènes cellulaires impliqué dans le développement du CHC.Nous avons utilisé une approche ChIP-Seq pour identifier toutes les cibles génomiques de HBx dans les cellules qui répliquent le VHB. Les cibles HBx sont à la fois des gènes codant les protéines et des ARNnc (75 miARN et 34 lncRNA). Nous avons montré que HBx réprimait un sous-ensemble de miARNs qui réguleraient négativement la réplication virale (ex : miR-24) et des miARNs impliqués dans le développement du CHC (ex : miR-21). Parmi les lncARNs ciblés pour HBx, nous avons étudié DLEU2, qui est fortement surexprimé dans l’infection par le VHB et le CHC. Nous avons en outre montré que DLEU2 lie à la fois HBx et l’histone méthyltransférase Ezh2, la sous-unité catalytique du complexe répressif PRC2. L'interaction avec DLEU2 et HBx relie les fonctions Ezh2/PRC2 conduisant à l'activation constitutive d'un sous-ensemble de gènes cibles d'Ezh2 qui sont normalement conservés dans un état réprimé. Nous avons également montré que l’interaction de HBx avec DLEU2 se produisait sur le minichromosome de l’ADNccc où elle stimulait la transcription/réplication du virus. Enfin, nous avons caractérisé par ATAC-Seq les changements d'accessibilité de la chromatine imposés par HBV dans les hépatocytes humains primairesHepatitis B virus (HBV) remains a major health problem worldwide despite the availability of the vaccine. No cure is available for the 240 million peoples chronically infected with HBV that are at risk to develop liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma (HCC). Viral suppression, achieved by long term treatment with nucleotides analogues (NUCs), impacts on liver fibrosis and prevents liver decompensation but HCC risk is not reduced in the first 5 years of treatment. HBV is a small hepatotropic virus with a partially double strand DNA (rcDNA) genome. After hepatocyte infection the rcDNA is converted into the cccDNA episome that is then organized into a viral minichromosome that is the template for all viral transcripts and initiates replication. The hepatitis B x protein (HBx) is recruited on the cccDNA and is required to launch and maintain cccDNA transcription. HBx has also been shown to directly target cellular genes and this has been related to HCC development.We used a ChIP-Seq approach to determine the full repertoire of HBx genomic targets in HBV replicating cells. HBx targets include both protein coding genes and ncRNA (75 miRNAs and 34 lncRNAs). We showed that HBx represses a subset of miRNAs that would negatively regulate viral replication (i.e. miR-24) and miRNAs involved in HCC development (i.e. miR-21). Among the HBx targeted lncRNAs we focused DLEU2, which is strongly upregulated in HBV infection and HCC. We further showed that DLEU2 binds both HBx the Ezh2 histone methyltransferase, the catalytic subunit of the repressive PRC2 complex. The interaction with DLEU2 and HBx re-wires Ezh2/PRC2 functions leading to the constitutive activation of a subset of Ezh2 target genes that are normally kept in a repressed state. We also showed that HBx interaction with DLEU2 occurs on the cccDNA minichromosome where it boosts HBV transcription/replication. Finally, we characterized by ATAC-Seq HBV imposed changes of chromatin accessibility in primary human hepatocytes
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Lefort, Anne. "Clonage, séquençage et purification d'une protéine thyroïdienne liant le calcium et phosphorylée par un processus dépendant de l'AMP cyclique: LA CALCYPHOSINE." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1991. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/213024.
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Aliprandi, Pascale. "Etude fonctionnelle et structurale, par RMN, de la région C-terminale de la protéine ribosomique S1 d'Escherichia coli : caractérisation d'un mécanisme unique de reconnaissance des ARNs." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112312.
Анотація:
La protéine SI est la plus grande des protéines du ribosome d' Escherichia coli. Cette protéine modulaire est composée de six répétitions d'un domaine conservé. SI joue un rôle essentiel dans le démarrage de la traduction en permettant l'initiation de la traduction des messagers procaryotes (gram négatif) dont la région Shine-Dalgamo (SD) est dégénérée ou absente. SI est aussi utilisée par plusieurs bactériophages. Entre autre, elle est capable d'accélérer l'activité de l'endoribonucle��ase RegB du bactériophage T4, dont la fonction est d'inactiver certains messagers du phage en les clivant au milieu de leur séquence SD. Il a été montré que les fonctions de SI, dans la traduction et dans l'activation de RegB, sont portées par la même région (fragment F345) et semblent correspondre au même mécanisme moléculaire. Cependant, son mode d'action reste inconnu. Notre objectif est donc d'étudier par RMN l'organisation de cette région de SI et d'analyser ses interactions avec différents ARN afin de proposer un mécanisme moléculaire. J'ai caractérisé par RMN les surfaces d'interactions entre les domaines 3, 4 et 5 au sein du fragment F345 ce qui m'a permis de proposer un modèle d'organisation de cette région. Les données trouvées dans la littérature associées aux résultats issus des études d'interactions de SI avec différents ARN ont permis de faire l'hypothèse que la fonction de SI ne serait pas simplement de reconnaître une région particulière de l'ARN. SI serait capable de se lier à n'importe quel ARN et d'induire une déformation favorisant l'interaction de la séquence avec un troisième partenaire (le ribosome dans le cadre de la traduction ou encore la ribonucléase RegB)SI protein is the largest ribosomal protein of Escherichia coli. This modular protein is. Composed of six identical motifs. SI plays a key role in the translation initiation of prokaryote messengers when the Shine-Dalgamo sequence is degenerated or lacks. SI is used by several phages. This protein is able to accelerate the endoribonuclease RegB activity which function is to inactivate sorne of the phage messengers by cleaving them at the rniddle of their SD sequences. One SI region (F345) presents SI functions of translation and RegB activation, it corresponds to the same molecular mechanism but its role remains unknown. Our aim is to study, by NMR, the organisation of SI region and analyse the interactions with several RNA to suggest a molecular mechanism. 1 characterized, by NMR, interactions surfaces between domains 3, 4 and 5 in the F345 fragment, which allows us to suggest an organisation model of this region. Data found in the bibliography associated to the results of SI interaction studies with different RNA show that SI is able to bind any RNA and to induce a deformation that promotes the interaction with a third partner (Ribosome in the case of translation or RegB ribonuclease)
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Frei, Dit Frey Nicolas. "Mécanismes moléculaires de tolérance au stress : étude fonctionnelle chez arabidopsis de Tudor-SN, une protéine conservée dans l’évolution impliquée dans le métabolisme des ARNs." Paris 11, 2007. http://www.theses.fr/2007PA112340.
Анотація:
Pour s’adapter aux contraintes environnementales, les plantes modulent continuellement leur croissance et leur différenciation. Au niveau des racines, il est intéressant d’étudier ces mécanismes dans les apex puisque les activités d’expansion et de division cellulaire s’y concentrent. Dans une approche visant à isoler des transcrits abondants dans des apex racinaires adaptés au stress hydrique, un transcrit codant une protéine conservée dans l’évolution, Tudor-Sn (TSN), a été isolé. TSN est composée de quatre domaines Staphylococcus Nucléase, dont l’activité nucléolytique est dépendante du calcium, et d’un domaine TUDOR d’interaction protéine-protéine. Chez les animaux, TSN a été copurifiée dans le RNA Induced Silencing Complex (RISC) et plus récemment proposée pour dégrader des ARN doubles brins potentiellement précurseurs de miARNs. Cependant, aucun phénotype d’un mutant tsn n’a été décrit à ce jour pour tester ces hypothèses. Lors de ce travail de thèse, nous avons pu observer chez Arabidopsis que TSN est présente dans tous les organes et qu’elle accumule préférentiellement dans les cellules de la racine initiant leur élongation. A l’aide d’immunolocalisations et de fusions traductionnelles avec la GFP, nous avons localisé TSN dans le cytosol, répartie de manière granuleuse. Afin de déterminer sa fonction, un mutant perte de fonction pour les deux gènes TSN1 et TSN2 a été généré par croisement de lignées d’intersections ADN-T. Le double mutant TSN1-1 TSN2-1 présente in vitro un défaut de croissance racinaire lié à un défaut d’expansion cellulaire, une hypersensiblilité au stress salin ainsi que des phénotypes d’hypersensibilités aux stress dans la plante adulte. Ces observations ont pu être validées par complémentation avec les loci génomiques de TSN1 ou TSN2. De plus, aucun phénotype morphologique ou moléculaire correspondant à la perte d’activité RISC n’a été détecté chez TSN1-1 TSN2-1. Finalement, une analyse transcriptomique a révélé une sous-représentation de transcrits codant presque exclusivement des protéines destinées à être secrétées. Nous avons commencé à étudier la stabililté et la régulation de ces transcrits, qui représentent de nouveaux outils pour étudier le rôle de TSN dans le métabolisme des ARNs chez les eucaryotesTo adapt to their environmental conditions, plants are continuously modulating their growth and differentiation. At the root system level, root apices are ideal to dissect these mechanisms because they host most of cell expansion and cell division activities. In a strategy to identify abundant mRNAs in stress-adapted root tips, a transcript encoding an evolutionary conserved protein, Tudor- SN (TSN), was isolated. TSN is composed of four calcium-dependant Staphylococcus Nuclease domains, and by a protein-protein interaction domain, the TUDOR domain. In animals, TSN was copurified with the RNA Induced Silencing Complex (RISC) and more recently proposed to degrade double stranded RNAs able to act as miRNAs precusors. Nevertheless, no TSN mutant phenotype has been described yet to test these hypotheses. IN this PhD work, we detected TSN protein in all organs of Arabidopsis plants, accumulating preferentially in elongating roots cells. Using immunolocalization and GFP fusions, we localized TSN in the cytosol as a granular signal. To determine TSN functions, a tsn null mutant was generated by crossing T-DNA insertion lines mutated in either TSN1 or TSN2. In vitro, the TSN-1 TSN2-1 double mutant has a root growth-retardation phenotype associated with a defect in cell elongation and a hypersensitivity to salt stress. Stress-sensitivity was also present in soil-grown mature plants. These observations were validated by complementation with the TSN1 or TSN2 genomic loci. Moreover, no morphological nor molecular phenotypes related to RISC dysfunction were observed in tsn1-1 tsn 2-1. Finally, a transcriptomic approach revealed an under-representation of mRNAs encoding almost exclusively for secreted proteins. We have begun studying the stability and the regulation of these transcripts which represent new tools to study the role TSN in RNA metabolism in eukaryotes
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Séry, Quentin. "Résistance au témozolomide dans le glioblastome multiforme : rôle de l'induction du HBEGF." Nantes, 2014. http://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show.action?id=362effa8-bfad-466c-a23f-cca177c08184.
Анотація:
Le glioblastome multiforme (GBM) est une tumeur cérébrale hautement réfractaire au traitement. Ces dernières années l'utilisation du témozolomide (TMZ), un agent alkylant, couplé à la radiothérapie a permis d'augmenter la survie des patients mais celle-ci reste en moyenne inférieure à un an. Au cours de cette thèse, nous nous sommes intéressés dans un premier temps au rôle des protéines pro-apoptotiques Bax et Bak dans l'apoptose induite par le TMZ. Nous avons pu mettre en évidence un rôle proéminent de l'axe Mcl-1/Bak dans l'induction de l'apoptose en réponse au TMZ. Le récepteur à tyrosine kinase EGFR est impliqué dans l'oncogenèse des GBMs primaires (35-45% d'amplification) mais aussi dans la résistance au traitement. Dans un second temps nous avons donc analysé l'expression de ligands d'EGFR et mis en évidence une surexpression du HBEGF en réponse au TMZ dans deux lignées n'exprimant pas l'enzyme de réparation MGMT principal facteur de résistance au TMZ. Contre-intuitivement le HBEGF n'a pas de rôle dans la résistance mais s'est révélé être impliqué dans la dégradation de Mcl-1 induite par le TMZ. Ce rôle est indépendant de l'activité de l'EGFR. Nos résultats suggèrent l'implication de la protéine cochaperonne BAG-1 et de la déubiquitinase USP9X dans ce mécanisme. Globalement, nos résultats identifient Bak comme l'inducteur principal de l'apoptose après un traitement par le TMZ, proposent un nouveau mécanisme de dégradation de Mcl-1 et mettent en avant un rôle du HBEGF dans la réponse au traitement indépendamment de son récepteur EGFR. De plus, ils identifient BAG-1 comme partenaire privilégié du HBEGF et l'implique dans la régulation de Mcl-1 par sa déubiquitinase USP9XGlioblastoma multiforme (GBM) is a cerebral tumor highly refractory to treatment. Over the past years the akylating agent temozolomide (TMZ) associated with radiotherapy has improved the survival of patients but overall survival is still inferior to one year. During this thesis, we first examine the role of pro-apoptotic proteins Bax and Bak in TMZ-induced apoptosis and highlighted the major role of Mcl-1/Bak axis in TMZ mediated apoptosis. The tyrosine kinase receptor EGFR is implicated in primary GBMs oncogenesis (35-45% of amplification) and in resistance to treatment. Then we analyzed expression of EGFR ligands and founded an up-regulation of HBEGF in response to TMZ in two cell lines without expression of the repair enzyme MGMT the main resistance factor to TMZ. Counter-intuitively HBEGF is not involved in resistance but in TMZ-induced Mcl-1 degradation. This role is independent of EGFR activity. Implication of HBEGF in Mcl-1 degradation has no effect on caspases activity after TMZ treatment. Among the few known intracellular partners of HBEGF the chaperone protein BAG-1 is implicated in Mcl-1 expression maintenance. Indeed BAG-1 regulates Mcl-1 through its deubiquitinase USP9X. TMZ enable HBEGF/BAG-1 interactions and disable USP9X/Mcl-1 interactions. Our results then identify Bak as the main apoptosis inducer in response to TMZ, propose a new mechanism for the induced degradation of Mcl-1 and highlight a new role of HBEGF independently of its receptor EGFR. Moreover they identify BAG-1 as a favored partner of HBEGF and implicate it in Mcl-1 regulation via its deubiquitinase USP9X
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Renou, Laurent. "Etude des relations entre le facteur de transcription HOX11L2/TLX3 et les micro-ARNs dans le développement des leucémies aiguës lymphoblastiques T humaines." Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCC311.
Анотація:
Les leucémies aiguës lymphoblastiques T (LAL-T) résultent de l'accumulation de lésions génétiques conduisant à une prolifération aberrante et à un blocage du développent de progéniteurs T. La dérégulation de l'expression des micro¬ARNs (miRs) a été associée à l'initiation et à la progression des hémopathies malignes. Les résultats d'une analyse du miRnome sur un panel de LAL-T ont permis d'identifier un groupe de miRs (125b/99a/100) significativement surexprimé dans les leucémie caractérisée par l'expression inappropriée du facteur de transcription TLX3. L'objectif de notre étude était d'étudier les relations fonctionnelles entre l'expression aberrant de TLX3, des miRs et leurs contributions dans le développement de la LAL-T. Par des expériences de perte et gain de fonction de TLX3, nous avons mis en évidence : (1) un lien entre l'expression de TLX3 et le miR-125b ; (2) un rôle similaire de TLX3 et miR¬125b dans le blocage de la différenciation des progéniteurs T qui ressemble à l'arrêt de différenciation observé dans les LAL-T TLX3+; (3) un rôle de promotion de la croissance cellulaire à la fois par TLX3 et miR-125b. En utilisant l'approche de ChIP-seq, nous avons trouvé des sites de liaison de TLX3 dans le locus d'un long ARN non codant le LINC000478 qui fonctionne probablement comme pri-miR pour le cluster miR-99a/Let-7c/125b-2. L'activation transcriptionnelle de miR-125b contribue à l'arrêt de différenciation par la régulation négative de cibles potentielles: ETS1 et CBFP qui jouent un rôle dans la régulation des réarrangements du TCR. Nos résultats révèlent pour la première fois un lien fonctionnel entre l'oncogène TLX3, miR125b et le développement des LAL-TT cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) result from the accumulation of genetic lesions leading to aberra proliferation and developmental arrest of T-cell progenitors. Deregulation of expression of microRNAs (miRs) has be( linked to the initiation and progression of human malignancies. The results of a miRnome analysis on a panel of T-AL allowed us to identify a cluster of miRs (125b/99a/100) significantly overexpressed in a group of leukemia characteriz( by inappropriate expression of transcription factor TLX3. We challenged on this to study the functional relationshi] between TLX3, the miRs and their contributions in the development of T-ALL. By the experience of loss and gain function , we highlight: 1) a correlation between TLX3 and miR-125b expression; (2) a similar role of TLX3 and mil 125b in the differentiation blockage of notmal T-cells progenitors that phenocopies the differentiation arrest observed TLX3+ T-ALL patients ; (3) a T-cell growth promotion by both TLX3 and miR-125b. Using ChIP-seq approach, also found TLX3 binding sites in the locus coding a long non-coding RNA LINC00478 that probably functions as pi miR for miR-99a/Let-7c/125b-2 cluster. Transcriptional activation of miR-125b contribute to the differentiation arrest I the downregulation of putative targets: ETS1 and CBFf3 which play an important role in the regulation of TC rearrangements. Our results reveal for the first time new functional link between the TLX3 oncogene, miRl25b and ' ALL development
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Billard, Lise-Marie. "Expression des gènes codant les protéines liant l'ADN méthylé (MBD) dans les cancers du sein : implication des MBD dans la répression transcriptionnelle de gènes suppresseurs de tumeurs BRCA1 et CDX1." Lyon 1, 2003. http://www.theses.fr/2003LYO1T083.
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Noël, Jean-François. "Identification de rétropseudogènes dérivés des ARNs hY et étude de leur fonction dans l'épissage alternatif chez l'humain et recherche d'un homologue de la protéine RoBP1 chez la levure Saccharomyces cerevisiae." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2006. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/3825.
Анотація:
Les ribonucléoprotéines Ro humaines sont constituées d'un des 4 ARNs hY et des protéines Ro60 et La, et probablement des protéines RoBP1, PTB et hnRNP K. Certaines maladies autoimmunes affectant les tissus conjonctifs sont caractérisées par la formation d'autoanticorps contre ces ribonucléoprotéines. Aucune fonction n'est attribuée aux RNPs Ro et leur rôle dans la pathogénèse des maladies qui sont associées aux anticorps ciblant ces RNPs reste indéfini. La protéine RoBP1 interagit spécifiquement avec les RNPs Ro contenant Ro60 et hY5.Les particularités biochimiques et immunologiques de ces RNPs Ro suggèrent une fonction particulière qui pourrait être découverte par une meilleure connaissance de la protéine RoBP1. Des travaux antérieurs tentant d'identifier l'homologue fonctionnel de RoBP1 chez la levure suggéraient l'existence de 2 gènes pouvant complémenter pour la perte de RoBP1 dans une souche de levure rendue dépendante de RoBP1. Nous avons confirmé la dépendance à RoBP 1 de cette souche. Cependant, les petites colonies sur milieu riche et l'absence de croissance sur milieu non-fermentable nous ont indiqué des déficiences respiratoires. Un rétrocroisement de cette souche avec une levure sauvage ne nous a pas permis de corriger ces déficiences. De plus, les tests de complémentation non concluants et l'absence de létalité des délétions des 2 gènes (UBC5 et CAF4) contredisent les travaux antérieurs. Donc, aucun homologue fonctionnel de RoBP1 n'est identifié chez la levure. Les gènes codants pour les ARNs hY semblent être présents en une seule copie par génome. Cependant, il existe une abondance de séquences homologues aux ARNs hY dans le génome humain.Les séquences répétées les plus représentées dans le génome proviennent des éléments transposables, dont le rétrotransposon L1. La machinerie de rétrotransposition de l'élément L1 peut être utilisée pour la mobilisation d'autres séquences, comme les éléments Alu, et cette rétrotransposition laisse des marques caractéristiques identifiables dans le génome. L'analyse approfondie des séquences hY génomiques pourrait permettre de découvrir leur origine. À l'aide d'outils bioinformatiques, nous avons identifié 966 pseudogènes dérivés des ARNs hY dispersés dans tous les chromosomes avec une préférence pour les régions riches en gènes. La conservation des séquences et la distribution génomique des pseudogènes hY sont similaires à ceux des éléments Alu et leur apparition serait survenue après la divergence des rongeurs et des primates. L'analyse des séquences nous a permis d'identifier plusieurs caractéristiques suggérant que les pseudogènes hY ont été mobilisés directement par la machinerie de rétrotransposition de L1: queue poly(A), duplications du site cible flanquant le pseudogène, et site d'insertion similaire au site consensus reconnu par l'endonucléase de l'élément L1. Nous avons identifié chez les pseudogènes hY certaines mutations ponctuelles spécifiques au niveau des sites de liaison aux protéines Ro60, La ou hnRNP K. Trois des protéines interagissant avec les RNPs Ro seraient impliquées dans l'épissage (PTB, hnRNP K et RoBP1). Des séquences homologues aux ARN hY se retrouvant dans des introns près de sites d'épissage pourraient recruter ces protéines et moduler l'épissage de l'intron. Nous avons introduit des séquences correspondant aux ARNs hY dans les introns de modèles d'épissage alternatif (hnRNP A1 et Bcl-x) pour vérifier leur impact sur l'épissage. Nous avons observé qu'une séquence hY3 en aval ou en amont de l'exon alternatif du modèle A1 favorise l'exclusion de cet exon; modulation qui est plus importante lorsque la séquence est dans l'orientation opposée au gène. Des expériences de compétition montrent cependant que cette modulation semble être indépendante de l'action d'un facteur agissant en trans . Dans certains cas, la modulation observée est atténuée par la présence dans le mélange d'épissage d'une séquence complémentaire. Contrairement au modèle A1, l'introduction de séquences hY3 introniques influence peu l'épissage in vitro et in vivo du mini-gène Bcl-x.
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Poulet, Anaïs. "Mise en évidence de nouvelles propriétés de TRF1 et de TRF2 impliquées dans la stabilité de l'ADN télomérique humain." Lyon, Ecole normale supérieure, 2010. http://www.theses.fr/2010ENSL0566.
Анотація:
Les télomères sont des structures nucléoprotéiques qui protègent l'extrémité des chromosomes. Une des protéines clés de la structure des télomères est la protéine TRF2. Cette protéine serait en effet à l'origine de la formation d'une structure responsable de la protection des télomères contre leur reconnaissance comme des cassures double brin : la boucle télomérique ou "t-loop". Un modèle de formation de cette boucle propose que TRF2 facilite l'invasion du simple brin télomérique terminal dans la double hélice en cis donc après repliement du télomère sur lui même. Une précédente étude a montré que TRF2 stimule effectivement l'invasion télomérique en facilitant l'ouverture de la double hélice grâce à des modifications topologiques de l'ADN. Au pied de la t-loop, il y aurait alors formation d'une jonction de Holliday. J'ai montré pendant ma thèse que la protéine TRF2, via son domaine N-terminal basique, stabilise et protège ce type de structure contre la résolution par des résolvases, ce qui pourrait expliquer le rôle de protection de TRF2. D'autre part, TRF1, protéine homologue de TRF2, possède les mêmes propriétés intrinsèques que TRF2 vis-à-vis de l'invasion, mais ces propriétés sont modulées par son domaine N-terminal acide. Dans la dernière partie de cette thèse, nous avons mis en évidence une synergie entre TRF2, Apollon et la topoisomérase IIα pour la résolution de contraintes topologiques induites lors de la réplication de séquences télomériques. L'ensemble de ces résultats permet de mieux comprendre les fonctions de TRF2 aux télomères : un role dans la formation de la t-loop, mais aussi dans la résolution de problèmes topologiques aux télomèresTelomeres are nucleoproteic structures that cap the end of eukaryotic chromosomes. TRF2 is a key protein in the dynamic of telomere. Telomeres can fold into t-loops that were proposed to result from the invasion of the 3' overhang of telomeres into duplex DNA. A model for the formation of the t-loop implicates TRF2 : it could facilitate the invasion of the telomeric single strand into the upstream double strand DNA after the telomere folding. Indeed a previous study shows that TRF2 stimulates the telomeric invasion by modifying DNA topology. We reveal here thet TRF2, with its N-terminal basic domain, stabilizes and protects telomeric Holliday junction, a structure that could be formed at the foot of the t-loop. This result could explain the protective role of TRF2 at telomeres. We also demonstrate that TRF1 owns the same intrinsic properties than TRF2, but these properties are modulated by the N-terminal acidic domain of TRF1. The last part of this thesis reports the fact that there is a balance between quantities of TRF2-Apollo and topoisomerase IIα during the replication of telomeric sequences to resolve topological constraints. The results presented here give fresh insight in new TRF2 functions which are not only implicated in the t-loop formation, but also in the resolution of topological problems at telomeres
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Guéguéniat, Julia. "Étude fonctionnelle des sous-domaines de Pcf11 : rôle du 2nd NTD dans la terminaison de transcription des snoRNAs et des motifs liant le zinc dans les activités de maturation de l’extrémité 3’ des ARN messagers." Thesis, Bordeaux, 2015. http://www.theses.fr/2015BORD0236/document.
Анотація:
Chez les eucaryotes, la maturation de l’extrémité 3’ des ARNs messagers a lieu lors de la transcription et regroupe deux étapes : le clivage endonucléolytique du transcrit au niveau d’un site spécifique et l’ajout d’une queue poly(A) sur le fragment en amont du site de clivage. Chez S. cerevisiae, le complexe de polyadénylation est formé par 20 protéines, regroupées principalement en deux sous-complexes : CF IA et CPF. Nous nous intéressons plus spécifiquement à Pcf11, sous-unité du complexe CF IA. Pcf11 est formé de sept sous-domaines, mais la fonction d’une grande partie de la protéine n’est pour l’instant pas connue. Par exemple, aucune fonction n’est associée à la région située entre le domaine d’interaction avec le CTD de l’ARN polymérase II (CID) et une répétion de 20 résidus glutamines. Récemment, la structure de ce domaine, appelé 2nd NTD a été décrite. Pour essayer de comprendre la fonction du 2nd NTD et des motifs liant le zinc encadrant le domaine d’interaction avec Clp1, nous avons mis en place une stratégie systématique de mutagénèse, soit par délétions, soit par mutations ponctuelles. Le 2nd NTD est formé de trois hélices α et interagit avec l’ARN. La délétion de ce domaine conduit à un phénotype de croissance lente chez la levure et un défaut de terminaison de transcription des snoRNAs. Malgré une similarité de structure et de fonction, le 2nd NTD présenterait une fonction indépendante. La fonction des motifs liant le zinc n’est pour l’instant pas connue. Cependant, la mutation de l’un de ces deux motifs conduit à un défaut de clivage et de polyadénylation in vitro. La mutation des deux motifs est létale chez la levureIn eukaryotes, poly (A) tails are added to nuclear pre-mRNA 3'-ends in the two steps of cleavage and polyadenylation. This co-transcriptional processing requires the activity of a large protein complex comprising at least 20 different polypeptides in yeast organized primarily into the two factors CF IA and CPF. We are interested in the functional characterization of Pcf11, a CF IA subunit. The Pcf11 protein is organized into seven different domains, but here is still a large portion of the polypeptide that has not yet been characterized. For example the region from the end of the CTD interaction domain (CID) to an uninterrupted stretch of 20 glutamine residues has no known function. Recently, the structure of this region, called the 2nd NTD have been characterized. To gain insight into the function of the 2nd NTD and the two zinc fingers motif surrounding the Clp1 interaction domain, we have employed a systematic strategy of mutagenesis, either by deletion or via point mutations. The 2nd NTD is a folded domain composed of three α-helices. The deletion of this domain induced a severe defect of growth in yeast and impaired transcription termination of snoRNAs. Despite its similarity in structure and function with the CID, the 2nd NTD seems to act like an independent RNA binding domain. We don’t know yet the real function of the two zinc fingers motif at the C-terminal region of Pcf11, but the mutation of Cystein residues into serine of one of the two motifs impaired cleavage and polyadenylation. The mutation of the first motif is less harmful than the mutation of the second motif. The simultaneous mutation is lethal in yeast
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Assrir, Nadine. "Analyse des intéractions moléculaires entre deux protéines liant des histones, HIRA et HIRIP3 (HIRA-interacting protein 3) et leur partenaires respectifs, la protéine chaperon d'histones Asf1 et la sérine-thréonine kinase CK2." Paris 11, 2004. http://www.theses.fr/2004PA11T048.
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Odye, Gweltas. "Caractérisation fonctionnelle de la protéine ANKS3 impliquée dans les ciliopathies rénales et étude de son rôle dans la régulation des ARNs ANKS3 is a master regulator of BICC1/Argonaute mediated degradation of ciliopathy-gene transcripts." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. https://wo.app.u-paris.fr/cgi-bin/WebObjects/TheseWeb.woa/wa/show?t=2148&f=12660.
Анотація:
La Néphronophtise (NPH) est une néphropathie tubulo-interstitielle autosomique récessive, caractérisée par la présence d'une fibrose interstitielle massive et la formation de kystes. Elle est la cause majeure d'insuffisance rénale terminale chez l'enfant ou le jeune adulte. Elle peut être isolée ou syndromique, associée à des atteintes extrarénales. La NPH appartient aux ciliopathies, un ensemble de maladies multisystémiques causées par des mutations dans des gènes codant pour des protéines du cil primaire. Le cil primaire agit, à la surface de la plupart des cellules, comme un mécano et chimiosenseur contrôlant des voies de signalisation essentielles au développement et à l'homéostasie tissulaire (Shh, Wnt, signalisation PC2/Ca2). Vingt-trois gènes responsables de la NPH ont été identifiés (dont 14 dans notre laboratoire). Ils codent pour des protéines assurant des fonctions ciliaires telles que le contrôle de la composition protéique et de la signalisation ciliaire, à la base du cil (zone de transition (TZ)), au niveau du compartiment Inversine (CI), ou lors du transport intraflagellaire. Nous avons identifié une mutation faux-sens homozygote dans un nouveau gène, responsable d'une NPH associée à une fibrose hépatique. ANKS3 code une protéine connue pour interagir avec plusieurs protéines NPHP de la TZ (NPHP1), du CI (ANKS6, NEK8) ainsi qu'avec BICC1, une ribonucléoprotéine mutée dans les dysplasies rénales kystiques. Mon projet de thèse a porté sur la caractérisation de la fonction d'ANKS3 et de l'impact de la mutation humaine dans les processus cellulaires altérés dans les ciliopathies rénales. Ces études ont été réalisées à partir de différents modèles cellulaires: fibroblastes de patients, cellules tubulaires rénales IMCD3 déplétés pour Anks3 (ANKS3_KD) ré-exprimant la forme sauvage ou mutée. Mes travaux ont ainsi montré que la mutation ANSK3 diminue son interaction avec les composants de la TZ, NPHP1 et du CI, NEK8. Par ailleurs, l'absence ou l'expression de la forme mutée de ANKS3 perturbe la taille des cils et la biogenèse du CI. En effet, les composants du CI sont anormalement relocalisés le long du cil. Par ailleurs, une perturbation de la signalisation ciliaire de la voie Shh et de la localisation de la protéine PC2 au cil ont été observée dans les cellules ANKS3_KD ou mutantes. Cette dernière observation est confirmée dans le modèle du poisson zèbre muté pour anks3 (TALEN), qui présente une diminution de la motilité ciliaire associée à des altérations de la voie calcique dans la vésicule de Kupffer, conduisant à des défauts de latéralité (situs inversus). Outre ces défauts ciliaires, la perte ou la mutation de ANKS3 entrainent des défauts de polarité apico-basale dans les cellules IMCD, avec une diminution de la hauteur des cellules et un retard de la formation des jonctions serrées, un phénotype déjà observé dans les modèles mutés pour NPHP1. De façon concordante avec ces résultats nous avons observé une diminution de la stabilité des transcrits Nphp1 dans les cellules ANKS3_KD et mutantes. La réexpression de NPHP1 dans ces cellules restaure les défauts de polarité et de longueur des cils démontrant l'implication de la régulation des transcrits Nphp1 par ANKS3 dans ces phénotypes. Afin de préciser le mécanisme par lequel ANKS3 régule la stabilité des ARNs de Nphp1 et possiblement d'autres ARN ciliaires, nous avons étudié l'implication de son partenaire BICC1, connu pour lier et réguler les ARNs. Des analyses transcriptomiques par RNAseq et RIPseq sur des cellules ANKS3-KD en présence ou non de BICC1, ont permis de démontrer le rôle majeur d'ANKS3 au sein du complexe ANKS3/BICC1 dans la régulation de la dégradation par RISC/AGO2 de nombreux transcrits ciliaires et gènes de ciliopathies. L'ensemble de ces résultats permet de mettre en évidence un nouveau mécanisme de régulation des transcrits ciliaires par le complexe ANKS3/BICC1, dont les mutations causent des ciliopathies rénalesNephronophtisis (NPH) is an autosomal recessive tubulo-interstitial nephropathy characterized by the a massive interstitial fibrosis and cyst formation. NPH is the major reason for end-stage renal disease in childhood. It can be isolated or syndromic, associated with extrarenal manifestations. NPH belongs to the ciliopathies, a group of multisystemic diseases, caused by mutations in genes encoding proteins of the primary cilia. The primary cilia acts on the surface of most cells as a mechano and chemosensor controlling signaling pathways essential for tissue development and homeostasis (Shh, Wnt, PC2 / Ca2+ signaling). To date twenty-three causatives genes have been identified for NPH (including 14 in our laboratory). These codes for ciliary proteins implicated in the control of cilia protein composition and ciliary signaling, at the base of the cilium (transition zone (TZ)), at the level of the Inversin compartment (IC), or during intraflagellar transport. We identified a homozygous missense mutation in a new gene responsible for NPH associated with liver fibrosis. ANKS3 code a protein known to interact with several NPH proteins such as NPHP1 (TZ), ANKS6 and NEK8 (IC) as well as BICC1, a ribonucleoprotein mutated in renal cystic dysplasia. My thesis project has been focused on the characterization of ANKS3 function and the impact of human mutation in cellular processes relevant for renal ciliopathies. These studies were performed from different cellular models: patient fibroblasts, renal tubular cells IMCD3 depleted for Anks3 (ANKS3_KD) re-expressing the wild-type or mutated form. My work demonstrated that ANSK3 mutation decreases its interaction with the TZ component, NPHP1 and IC one, NEK8. In addition, the absence or expression of the mutated form of ANKS3 affects the cilia length and the IC biogenesis. Indeed, the IC components are abnormally relocated all along the primary cilia. Moreover, a disruption of the ciliary signaling Shh pathway and the localization of the PC2 protein at the primary cilia were observed in the ANKS3_KD or mutant cells. This last observation is confirmed by zebrafish mutated for anks3 (TALEN) model, which exhibits a decrease in ciliary motility associated with calcium signaling defetcs in the Kupffer vesicle, leading to laterality defects (situs inversus). In addition to these ciliary defects, the loss or mutation of ANKS3 causes apico-basal polarity defects in IMCD cells, with a decrease in cell height and delay in tight junction formation, a phenotype reminiscent of NPHP1 mutated models. Consistent with these results we observed a decrease in the stability of Nphp1 transcripts in ANKS3_KD and mutant cells. The re-expression of NPHP1 in these cells rescues the polarity and cilia length defects demonstrating the ANKS3 implication in the Nphp1 transcripts regulation in these phenotypes. To elucidate the mechanism by which ANKS3 regulates the Nphp1 and possibly other ciliary RNAs stability, we investigated the implication of its partner BICC1, which is known to bind and regulate RNAs. Transcriptomic analyzes notably RNAseq and RIPseq on ANKS3-KD and mutated cells in the presence or absence of BICC1, demonstrate that the absence of ANKS3 or a mutant form triggers BICC1 interaction with the targeted mRNA and the RISC-associated protein AGO2, thus addressing ciliary gene transcripts to degradation. This finding allows us to place ANKS3/BICC1 complex as a key regulator of ciliopathy-related transcripts that orchestrates the biogenesis and function of primary cilia
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Rana-Poussine, Vanessa. "Régulation du gène MyoD au cours de la myogenèse post-natale et du développement : et implication du modulateur d'Akt : CTMP dans la prolifération et la différenciation cellulaires." Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20007.
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Cambuli, Francesca Maria. "Study of Musashi1-Expressing cells and of Musashi1 function in mouse intestinal physiopathology." Thesis, Lyon, École normale supérieure, 2012. http://www.theses.fr/2012ENSL0794.
Анотація:
L’épithélium intestinal est une monocouche de cellules qui tapisse la lumière intestinale, constitué d’un compartiment différencié, les villosités dans l’intestin grêle et les plateaux épithéliaux dans le colon, et d’un compartiment prolifératif, les cryptes de Lieberkühn. Ce tissue se renouvelle de façon rapide et continue tout au long de la vie de l’individu, grâce à la présence de cellules souches adultes dans le fond des cryptes. Ces cellules s’autorenouvellent et donnent naissance à des progéniteurs prolifératifs (capables d’engendrer les différents cytotypes épithéliaux) qui se différencient tout en migrant vers le compartiment différencié. Mon travail de these a porté sur l’étude d’une marqueur putatif de ces cellules souches épithéliales intestinales: Musashi1 (Msi1).Dans ce contexte, mon premier axe d’étude s’est focalisé sur l’isolement et la caractérisation des cellules souches épithéliales intestinales chez la souris. Pour cela, nous avons généré des souris transgéniques exprimant la protéine fluorescente GFP sous le contrôle du promoteur de Msi1. Les cellules souches intestinales de ces souris coexpriment donc Msi1 et la GFP. Ce modèle a été validé et nous à permis de isoler les cellules GFP/Msi1 positives dans l’intestin. A l'aide de différentes approches cellulaires et moléculaires, nous avons confirmé leur nature de cellules souches et nous avons apporté des nouvelles données sur la composition de la zone proliférative de l’épithélium intestinal murin.Le second axe de mes travaux de thèse a porté sur l’étude de la fonction de Msi1 dans l'homéostasie de l’épithélium intestinal chez la souris, par son sur-expression tous au long de l’épithélium. Nous avons montré que la sur-expression de cette protéine, qui est un régulateur des voies Wnt et Notch, perturbe l’architecture intestinale, a propriétés pro-prolifératives et un potentiel tumorigèniqueThe intestinal epithelium is a monolayer of cells surrounding the intestinal lumen. It consists of a differentiated compartment, the villi in the small intestine and a flat surface in the colon, and a proliferative compartment, the crypts of Lieberkühn. This tissue self-renews rapidly and continuously throughout life, due to the presence of adult stem cells in the bottom of the crypts. These cells are capable of self-renewing and give rise to proliferating progenitors (capable of generating all the different epithelial cytotypes) that differentiate and migrate toward the differentiated compartment. My thesis focused on the study of the intestinal epithelial stem cells marker Musashi1 (Msi1).In this context, the first part of my thesis work focused on the isolation and characterization of the intestinal epithelial stem cells that express Msi1 in the mouse. For this, we generated transgenic mice expressing the fluorescent protein GFP under the control of the promoter of Msi1. The intestinal stem cells of these mice co-express Msi1 and GFP. This model has been validated and allowed us to isolate GFP+/Msi-expressing cells in the intestine. By using different cellular and molecular approches, we confirmed their nature of stem cells and provided new data on the composition of the proliferative zone in the murine intestinal epithelium.The second part of my thesis has focused on the study of the function of Msi1 in the intestinal epithelium homeostasis in the mouse, by its over- and ectopic expression all along the epithelium. We have shown that the over-expression of this protein, which is a regulator of the Wnt and Notch pathways, perturbs the intestinal architecture, has pro-proliferative properties and tumorigenic potential
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Mallet, Pierre-Luc. "Élucidation chez S. pombe du mécanisme d'import de la protéine nucléaire liant les queues poly(A), Pab2 : ainsi que de son implication en collaboration avec Abp1, une CENP-B homologue, dans la répression d'expression d'éléments génétiques mobiles." Thèse, Université de Sherbrooke, 2014. http://hdl.handle.net/11143/6660.
Анотація:
Au laboratoire du Dr. Bachand, l’orthologue chez la levure à fission de la protéine humaine PABPN1 qui est reliée à la dystrophie musculaire oculopharyngée a été découvert. Cette protéine se nomme Pab2. Elle a une localisation nucléaire, fait la navette entre le noyau et le cytoplasme, et les arginines de son domaine arginine riche sont asymétriquement diméthylées tout comme son orthologue humain. Bien que ces protéines aient une localisation nucléaire, aucune étude in vivo n’a été effectuée afin d’élucider leur mécanisme d’import nucléaire. Dans mon premier projet de recherche, la levure à fission a été utilisée pour caractériser le mécanisme d’import nucléaire de ces protéines liant les queues poly(A). Il a été démontré que Pab2 détient un signal de localisation nucléaire de type PY-NLS qui est suffisant et nécessaire à sa localisation nucléaire ainsi qu’à l’exécution de ses fonctions. De plus, il a été démontré que le PY-NLS de Pab2 provoque l’internalisation nucléaire de la protéine hétérologue GST-GFP-Pab2 (139-166). De concert avec un système d’import nucléaire de type PY-NLS, une délétion de la karyophérine Kap104, orthologue de la Kap?2 qui est le transporteur des cargos PY-NLS, engendre un défaut d’import nucléaire de Pab2. S’ensuit aussi par la démonstration d’une interaction physique directe entre Pab2 et Kap104. Il a été observé que la méthylation du domaine arginine riche en C-terminal, où se retrouve le PY-NLS, n’affecte pas la localisation de Pab2. Toutefois, dans un contexte où Pab2 détient un signal de localisation nucléaire sub-optimal ; la méthylation du domaine arginine riche réduit son efficacité d’import nucléaire. Finalement, une vérification in vivo de l’importance du mécanisme d’import de type PY-NLS de PABPN1 par un système d’inhibition spécifique de la Kap?2 a permis de confirmer que ce mécanisme d’import n’est pas nécessaire à sa localisation nucléaire. Suggérant la présence de systèmes d’imports nucléaires redondants ainsi que la possibilité d’une autre voie d’import nucléaire prioritaire pourPABPN1. Une analyse transcriptomique par micropuce d’ADN a permis d’identifier divers gènes surexprimés dans une cellule pab2?. Une des classes de gènes qui ont été identifiés se réfère à des éléments génétiques mobiles se dénommant Tƒ2 chez la levure à fission. La confirmation de l’accumulation d’environ deux fois des transcrits Tƒ2 dans une souche pab2? par buvardage Northern a fit naître mon deuxième projet de recherche. Plusieurs études ont démontré que Pab2 agit dans la même voie que Rrp6, une exonucléase 3’-5’, dans la maturation et la dégradation de divers transcrits de façon post-transcriptionnelle. Afin de corroborer une répression post-transcriptionnelle des Tƒ2 par Pab2; un essai génétique a été effectué en combinant sa délétion à celle d’une protéine, Abp1, connue pour réprimer de façon transcriptionnelle ces Tƒ2. Étonnamment, une diminution d’accumulation de transcrits Tƒ2 a été observée dans le double mutant comparativement au simple mutant abp1?. Une immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) par la Pol II a permis de confirmer que ce phénotype était d’ordre transcriptionnel. Les essais de ChIP ont aussi permis de corroborer un rôle post-transcriptionnel de répression des Tƒ2 par Pab2. Il a été démontré par un autre groupe de recherche qu’il y a activation du RNAi envers les Tƒ2 qui mènent à l’établissement d’une marque d’hétérochromatine dans un mutant rrp6?. Un dépistage de transcrits antisens aux Tƒ2 a permis d’en identifier un qui accumule dans un double mutant abp1?/pab2?. Il a aussi été observé que ce transcrit antisens accumule à des étapes spécifiques de la méiose. De plus, son accumulation dans des mutants génétiques ou bien en méiose corrèle négativement avec l’accumulation de l’ARNm des Tƒ2. [symboles non conformes]
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Naville, Danielle. "Purification et caractérisation partielles d'une protéine liant IGF1 et appartenant au complexe de 145K circulant dans le plasma humain : étude de son activité biologique sur les cellules de Leydig de porc immature en culture en présence de IGF1." Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO1T120.
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Laugier, Laurie. "Identification de marqueurs de susceptibilité dans les formes chroniques de la maladie de Chagas." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0226.
Анотація:
La maladie de Chagas est une maladie parasitaire causée par le protozoaire Trypanosoma cruzi et transmise par des insectes hématophages . Elle est composée de 2 phases : la phase aiguë et la phase chronique. Parmi les individus infectés, 30 % développent la forme chronique de la maladie. Les patients présentent des atteintes cardiaques, digestives (œsophage, côlon) et cardiodigestives. Notre étude a été focalisée sur les patients atteints de cardiomyopathie chagasique (CCC). Notre objectif est d’identifier des gènes de susceptibilité pouvant être impliqués dans le développement des formes chroniques. Notre étude a permis de mettre en évidence une variation d’expression de certains gènes entre les CCC et les contrôles. Nous nous sommes également intéressés aux processus épigénétiques pouvant réguler l’expression des gènes. Une étude de la méthylation de l’ADN croisée avec l’étude du transcriptome nous ont permis d’identifier des gènes présentant à la fois des variations d’expression et de méthylation. Pour certains de ces gènes, nous avons démontré que la méthylation est responsable de la variation d’expression observée. Enfin, nous avons étudié un ARN long non-codant, MIAT. Nous avons démontré qu’il est surexprimé chez les CCC par rapport aux contrôles et dans un modèle murin infecté par T. cruzi. De plus, l’analyse de l’expression de micro-ARNs couplée à une analyse de transcriptome nous a permis d'identifier plusieurs micro-ARNs indispensables à la régulation de l’expression des gènes. Enfin, une étude protéomique nous a permis de mettre en évidence une augmentation de la production de protéine pour certains gènes, en lien avec l’augmentation de l’expression observéeChagas disease is a parasitic disease caused by the protozoan Trypanosoma cruzi and transmitted by the hematophagous insects. The disease is composed by acute and chronic phases. Among the infected individuals, 30 % develop chronic form. They suffer from heart, digestive (esophagus, colon) and cardiodigestives injury. Our study was focused on patients with dilated chagasic cardiomyopathy (CCC). Our goal is to identify susceptibility genes that may be involved in the development of chronic forms. Our study revealed a variation in the expression of certain genes between CCC group and controls. We are also interested in epigenetic processes that can regulate the expression of genes. A study of the DNA methylation crossed with the transcriptome allowed us to identify genes presenting both variations in expression and methylation. For some of these genes we demonstrated that methylation is responsible for the expression variation observed. Finally, we studied a long non-coding RNA called MIAT. Our study demonstrated that it is overexpressed in CCC compared to controls and in a murine model infected by T. cruzi. Furthermore, the analysis of the expression of micro-RNAs crossed with transcriptome analysis allowed us to identify several micro-RNAs whose functions are essential in the regulation of gene expression. Finally, a proteomic study allowed us to demonstrate an increase in the production of protein for certain genes, correlated with the increase in expression levels observed
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Stuhl-Gourmand, Laetitia. "Role de Naca et de ses partenaires moléculaires dans la différenciation érythroïde normale et pathologique des syndromes myélodysplasiques." Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX20661/document.
Анотація:
L’érythropoïèse est un processus complexe qui aboutit à la formation de 100 milliards de globules rouges/jour. Elle est finement régulée pour permettre d’adapter la production de globules rouges aux besoins en oxygène des tissus périphériques. La compréhension des processus complexes mis en jeu lors de la régulation de l’érythropoïèse requière l’étude de nouveaux acteurs moléculaires tel que la protéine NACA (chaîne alpha du complexe associé aux polypeptides naissants), mise en évidence comme un régulateur positif de la différenciation érythroïde humaine. Nous avons identifié ERGIC-53 comme nouvel interacteur de NACA. ERGIC-53 est une lectine mannose spécifique membranaire impliquée dans le transport des glycoprotéines du Réticulum Endoplasmique (RE) vers le compartiment ERGIC (Endoplasmic Reticulum Golgi Intermediate Compartment). Nous avons démontré que ERGIC-53 et NACA participent à la régulation du trafficking de l’EPO-R. NACA est aussi un régulateur négatif de l’apoptose médié par FADD. Nous avons initié l’étude de NACA dans les Syndromes Myélodysplasiques de bas risque (ES-MDS) présentant une déficiente de l’érythropoïèse due à l’apoptose des progéniteurs érythroïdes. Nous avons démontré que la transduction de NACA des progéniteurs CD34+ de ES-MDS restore la différenciation érythroïde et augmente la survie des progéniteurs érythroïdes. De plus, cette étude suggère que la quantification du mRNA NACA pourrait être un nouveau marqueur prédictif de réponse au traitement par rhEPO. En conclusion, notre travail a souligné qu’une simple molécule de la machinerie cellulaire est impliquée dans la différenciation érythroïde normale et des ES-MDSThe erythropoiesis is a complex process that leads to the formation of 100 billion red cells per day. It is finely regulated to adjust the production of red blood cells according to oxygen needs of peripheral tissues. To understand the complex processes involve in the regulation of erythropoiesis, it requires the study of molecular actors such as the NACA protein (the alpha chain of the nascent polypeptide-associated complex), highlighted as a positive regulator of erythroid human differentiation. We have identified ERGIC-53 as a novel interactor of NACA. ERGIC-53 is a lectin mannose-specific membrane involved in the transport of glycoproteins from the Endoplasmic Reticulum (ER) to the ERGIC compartment (Golgi Endoplasmic Reticulum Compartment Intermediate). We have shown that ERGIC-53 and NACA are involved in the regulation of trafficking of EPO-R. NACA may be also a negative regulator of apoptosis mediated by FADD. We investigated the role of NACA in early stages of myelodysplastic syndromes (ES-MDS) which have ineffective erythropoiesis due to apoptosis of erythroid progenitors. We have demonstrated that transduction of NACA in CD34 + progenitor cells from ES-MDS restores erythroid differentiation and increased survival of erythroid progenitors. Moreover, this study suggests that the level of mRNA NACA may be a new predictive marker of response to rhEPO treatment. In conclusion, our work highlighted that a molecule of the cellular machinery is involved in erythroid differentiation of both normal and ES-MDS CD34+ cells
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Deye, Nicolas. "Cardiac Arrest-Induced Brain Injury : Diagnostic And Prognostic Values of Circulating Biomarkers." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. http://www.theses.fr/2018USPCC150.
Анотація:
Le pronostic de l’arrêt cardiaque (AC) reste dramatique. Diagnostiquer sa cause rapidement et prédire précocement son pronostic ("pronostication") de manière fiable permettrait de mieux guider les traitements initiaux, en évitant de traiter futilement les patients avec faible probabilité d’évolution favorable ou à l’inverse de permettre d’intensifier le traitement de patients avec forte probabilité d’évolution favorable. Les biomarqueurs, dont l’utilité diagnostique et pronostique reste débattue, semblent actuellement insuffisamment sensibles et précis, surtout dans les 1ères heures après la reprise de l’activité circulatoire spontanée (RACS). Dans l’algorithme pronostique, seule la Neuron Specific Enolase (NSE) est validée après le 3ème jour post-AC et en 2ème intention. Notre première étude a montré que la valeur diagnostique des biomarqueurs "spécifiques" des lésions cérébrales en post-AC (protéine S100B : S100 et surtout NSE) était insuffisante, à l’admission en réanimation, pour étayer précisément le diagnostic de cause neurologique d’AC. Si la coronarographie précoce est l’outil diagnostique de référence de l’AC de probable cause cardiaque, les biomarqueurs ne peuvent remplacer le scanner cérébral pour diagnostiquer une cause neurologique d’AC. La deuxième étude a évalué, au 1er jour post-AC, S100 et NSE avec 2 témoins d’œdème cérébral proposés comme outils pronostiques : le diamètre de l’enveloppe du nerf optique (DENO) par échographie et le rapport de dédifférenciation substance grise / substance blanche (DSG/B) par scanner cérébral. Même si une relation directe ne peut être affirmée formellement entre ces paramètres, l’élargissement du DENO à J1 post-AC était corrélé aux lésions cérébrales, surtout l’œdème cérébral et les lésions neuronales suspectés sur l’élévation de la NSE (à l’admission et à J1) et la baisse de DSG/B. Si NSE, DSG/B et DENO à J1 étaient liés, S100, plus spécifique de la glie, n’était pas corrélée au DENO ni au DSG/B. NSE et S100 à l’admission, à J1 et J2 post-RACS et DENO à J1 étaient associées à la mortalité hospitalière. La troisième étude évaluait la valeur pronostique des biomarqueurs à la phase précoce de l’AC (NSE et S100 étant prélevées en médiane 220 min après la RASC). S100, réalisée en aveugle des cliniciens, était le biomarqueur le plus précis à l’admission en réanimation pour prédire correctement le pronostic défavorable à la sortie de l’hôpital et à 3 mois après AC, par rapport au lactate, pH et créatininémie, et surtout à la NSE. Les variations de S100 dans le temps permettaient d’affiner cette prédiction. S100 à l’admission était un facteur indépendant du pronostic défavorable à la sortie de l’hôpital, avec la durée sans massage cardiaque, le rythme initial non-choquable, le lactate initial et la présence de convulsion clinique. Selon les recommandations, la pronostication nécessite théoriquement d’être différée et multimodale, les biomarqueurs seuls n’étant pas recommandés, surtout précocement. Les biomarqueurs ne peuvent constituer une alternative, en comparaison à l’imagerie, pour l’aide diagnostique de la cause d’AC. A l’inverse, certains biomarqueurs comme la S100 après admission pourraient facilement et spécifiquement discriminer les AC ayant une certitude de pronostic défavorable. Associée à d’autres outils prédictifs clinico-radiologiques, la S100 pourrait être incorporée dans des algorithmes permettant de guider les thérapeutiques initiales. Une pronostication correcte précoce pourrait éviter des traitements invasifs inutiles, ou au contraire optimiser certaines thérapeutiques agressives. Le choix de méthodes recommandées et automatisées de contrôle ciblé de la température, très efficaces mais invasives et onéreuses, ou l’indication d’utiliser -ou pas- une assistance cardio-circulatoire extra-corporelle pourrait bénéficier d’une telle stratégie précoce de sélection des patientsOutcome of cardiac arrest (CA) remains dramatic. To quickly diagnose the cause of CA and establish a reliable outcome prediction (prognostication) as early as possible could help to guide initial treatments. It could avoid futile treatments in patients with low chance of survival or of good neurological recovery, or conversely allow treatment optimization in patients expected to have a high likelihood of good neurological outcome. Usefulness of biomarkers to guide clinicians in finding the CA diagnosis and helping prognostication is debated. Biomarkers are considered as not sensitive and accurate enough, especially within the first hours after return of spontaneous circulation (ROSC). Their use is only recommended in prognostication for Neuron Specific Enolase (NSE) as a second line tool and after the third day from CA. Our first study confirmed that biomarkers “specific” of brain injury (S100B protein: S100 and moreover NSE) cannot sufficiently discriminate the neurological cause of CA on ICU admission. If early coronary angiogram is the standard for diagnosing a probable cardiac cause of CA, biomarkers cannot replace brain computed-tomography (CT) in CA from a neurological cause. The second study evaluated, during the 1st day after ROSC, the link between biomarkers (S100 and NSE) and 2 surrogates of brain oedema recently proposed as outcome predictors: echography of the optic nerve sheath diameter (ONSD), and grey to white matter attenuation ratio (GWR) on brain CT-scan. Even though we cannot conclude on a definitive relationship between these parameters, ONSD enlargement at day 1 was associated with specific brain damage after CA, such as brain oedema and mostly axonal injuries, as reflected by increases in NSE (on admission and at day 1) and low GWR measurements. Whereas NSE, GWR and ONSD at day 1 were correlated, S100, which is more specific of glial injuries, did not reach significance. NSE and S100 on admission, at days 1 and 2 after ROSC, as well as ONSD at day 1, were associated with survival at hospital discharge. The third study evaluated the prognostic value of several biomarkers in the early phase after CA (NSE and S100 being sampled at median 220 min after ROSC). S100, blinded to physicians, was the biomarker with the best accuracy after ICU admission to correctly predict unfavourable outcome at hospital discharge and at 3 months after CA, compared with all other biomarkers such as lactate, pH, creatinine, and especially NSE. S100 variations during the first day after admission refined prognostication. Initial S100 was an early independent predictive factor associated with unfavourable outcome at hospital discharge, with the no-flow duration, initial lactate value, initial non-shockable rhythm, and the presence of clinical seizure. According to guidelines, prognostication theoretically needs to be delayed and multimodal, biomarkers alone not being recommended especially in the early phase after CA. Biomarkers cannot seem to be an alternative option compared to imaging to precisely diagnose the CA cause. By contrast, some biomarkers, such as S100 after admission, could easily and specifically discriminate CA patients with certainty of unfavourable outcome. Associated with other predictive tools (clinical or using imaging), biomarkers could interestingly be incorporated in early decisional algorithms to optimally guide initial therapies. This correct patient classification could help to avoid unuseful treatments versus to maximize aggressive therapies. The choice of recommended servo-controlled targeted temperature management devices, very efficient but invasive and expensive, or the indication -or not- of a cardio-circulatory assist device implementation should be guided in the early stage after ROSC using this simple strategy of patient selection
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Le, Treut Guillaume. "Models of chromosome architecture and connection with the regulation of genetic expression." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLS411/document.
Анотація:
Plusieurs indices suggèrent que le repliement du chromosome et la régulation de l’expression génétique sont étroitement liés. Par exemple, la co-expression d’un grand nombre de gènes est favorisée par leur rapprochement dans l’espace cellulaire. En outre, le repliement du chromosome permet de faire émerger des structures fonctionnelles. Celles-ci peuvent être des amas condensés et fibrillaires, interdisant l’accès à l’ADN, ou au contraire des configurations plus ouvertes de l’ADN avec quelques amas globulaires, comme c’est le cas avec les usines de transcription. Bien que dissemblables au premier abord, de telles structures sont rendues possibles par l’existence de protéines bivalentes, capable d’apparier des régions parfois très éloignées sur la séquence d’ADN. Le système physique ainsi constitué du chromosome et de protéines bivalentes peut être très complexe. C’est pourquoi les mécanismes régissant le repliement du chromosome sont restés majoritairement incompris.Nous avons étudié des modèles d’architecture du chromosome en utilisant le formalisme de la physique statistique. Notre point de départ est la représentation du chromosome sous la forme d’un polymère rigide, pouvant interagir avec une solution de protéines liantes. Les structures résultant de ces interactions ont été caractérisées à l’équilibre thermodynamique. De plus, nous avons utilisé des simulations de dynamique Brownienne en complément des méthodes théoriques, car elles permettent de prendre en considération une plus grande complexité dans les phénomènes biologiques étudiés.Les principaux aboutissements de cette thèse ont été : (i) de fournir un modèle pour l’existence des usines de transcriptions caractérisées in vivo à l’aide de microscopie par fluorescence ; (ii) de proposer une explication physique pour une conjecture portant sur un mécanisme de régulation de la transcription impliquant la formation de boucles d’ADN en tête d’épingle sous l’effet de la protéine H-NS, qui a été émise suite à l’observation de ces boucles au microscope à force atomique ; (iii) de proposer un modèle du chromosome qui reproduise les contacts mesurés à l’aide des techniques Hi-C. Les conséquences de ces mécanismes sur la régulation de la transcription ont été systématiquement discutéesIncreasing evidences suggest that chromosome folding and genetic expression are intimately connected. For example, the co-expression of a large number of genes can benefit from their spatial co-localization in the cellular space. Furthermore, functional structures can result from the particular folding of the chromosome. These can be rather compact bundle-like aggregates that prevent the access to DNA, or in contrast, open coil configurations with several (presumably) globular clusters like transcription factories. Such phenomena have in common to result from the binding of divalent proteins that can bridge regions sometimes far away on the DNA sequence. The physical system consisting of the chromosome interacting with divalent proteins can be very complex. As such, most of the mechanisms responsible for chromosome folding and for the formation of functional structures have remained elusive.Using methods from statistical physics, we investigated models of chromosome architecture. A common denominator of our approach has been to represent the chromosome as a polymer with bending rigidity and consider its interaction with a solution of DNA-binding proteins. Structures entailed by the binding of such proteins were then characterized at the thermodynamical equilibrium. Furthermore, we complemented theoretical results with Brownian dynamics simulations, allowing to reproduce more of the biological complexity.The main contributions of this thesis have been: (i) to provide a model for the existence of transcrip- tion factories characterized in vivo with fluorescence microscopy; (ii) to propose a physical basis for a conjectured regulatory mechanism of the transcription involving the formation of DNA hairpin loops by the H-NS protein as characterized with atomic-force microscopy experiments; (iii) to propose a physical model of the chromosome that reproduces contacts measured in chromosome conformation capture (CCC) experiments. Consequences on the regulation of transcription are discussed in each of these studies
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Martel, Catherine. "Caractérisation du transport nucléocytoplasmique de la protéine Staufen chez les mammifères." Thèse, 2003. http://hdl.handle.net/1866/14646.
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Hecheima, Michel. "Identification et caractérisation moléculaire des protéines liant l'ARN lors de l'acclimatation au froid chez le blé (Triticum Aestivum L.)." Mémoire, 2006. http://www.archipel.uqam.ca/1650/1/M9180.pdf.
Анотація:
Au cours de l'évolution, les espèces vivantes ont dû s'adapter à leur environnement externe afin de pouvoir vivre face aux différents stimuli. De la bactérie jusqu'à l'humain, les organismes qui avaient un avantage évolutif ont pu survivre et assurer la survie de leur espèce. Les plantes sont constamment soumises à des conditions de stress environnementaux qui mettent en péril leur croissance et leur développement. Les basses températures sont parmi ces stress et ils ont un impact économique important au Canada sur les cultures céréalières. Le blé s'acclimate au froid et différents cultivars ont une tolérance au gel variable. Les cultivars de blé d'hiver ont la capacité de résister à une baisse de température allant jusqu'à -27 °C contrairement aux cultivars de printemps. Les gènes modulés par le froid (COR) et leurs régulateurs CBF (Cis repeat Binding Factor) sont des gènes à la base de cette différence de tolérance. Les génotypes de blé qui accumulent le plus les transcrits de CBF1 montrent une plus grande tolérance au froid. Les bases moléculaires expliquant les différences d'expression de CBF sont inconnus. Cela peut être dû à des modifications post-transcriptionelles ou une plus grande stabilité des transcrits. Cette stabilité peut être due aux protéines liant l'ARN. Ces dernières contrôlent aussi plusieurs aspects du métabolisme de l'ARN comme la maturation de ses extrémités, l'épissage, le transport, la localisation et l'efficacité de la traduction. Afin de comprendre le rôle de ces protéines dans la régulation de l'ARN cible, nous avons isolé et séquencé 4 gènes dont leurs protéines contiennent le motif RRM et des domaines auxiliaires riches en glycine. Plusieurs protéines contenant ces domaines auxiliaires sont régulés de façon circadienne tout comme les CBF. L'analyse d'expression démontre que le gène TaGr-rbp était exprimé au cours de l'acclimatation au froid, d'un choc thermique et de stress salin. Un anticorps polyclonal a été obtenu contre la protéine recombinante TaGR-RBP. L'immunobuvardage montre une accumulation jusqu'à 98 jours d'acclimatation chez les cultivars de blé Manitou et Norstar. Le gène a été localisé sur le chromosome 5 du génome du blé. Ce chromosome est reconnu comme porteur de plusieurs gènes impliqués lors de la régulation de la tolérance au gel. Des tests de liaison montrent une intéraction entre la protéine TaGR-RBP et le transcrit de CBF1. L'analyse phylogénique a permis de classifier les gènes isolés du blé dans le sous-groupe des protéines liant l'ARN riche en glycine. Des études de fonction pour surexprimer le gène TaGr-rbp chez les plantes transgéniques sont présentement en cours afin de déterminer la fonction. ______________________________________________________________________________ MOTS-CLÉS DE L’AUTEUR : Blé, Acclimatation au froid, Stress abiotiques, Protéine liant l'ARN, Protéine riche en glycine.
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Campbell-Valois, François-Xavier. "Application des librairies de codons dégénérés à l'étude du mécanisme de repliement et de la stabilisation de la structure du domaine liant ras de Raf." Thèse, 2005. http://hdl.handle.net/1866/6799.
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Benoit, Bouvrette Louis Philip. "Caractérisation systématique des motifs de régulation en cis à l’échelle transcriptomique et liens avec la localisation des ARN." Thesis, 2020. http://hdl.handle.net/1866/24578.
Анотація:
La localisation subcellulaire de l’ARN permet un déploiement prompt et spatialement restreint autant des activités protéiques que des ARN noncodant. Le trafic d’ARN est dirigé par des éléments de séquences (sous-séquences primaires, structures secondaires), aussi appelés motifs de régulation, présents en cis à même la molécule d’ARN. Ces motifs sont reconnus par des protéines de liaisons aux ARN qui médient l’acheminement des transcrits vers des sites précis dans la cellule. Des études récentes, chez l’embryon de Drosophile, indiquent que la majorité des ARN ont une localisation subcellulaire asymétrique, suggérant l’existence d’un « code de localisation » complexe. Cependant, ceci peut représenter un exemple exceptionnel et la question demeurait, jusqu’ici, si une prévalence comparable de localisation d’ARN est observable chez des cellules standards développées en culture. De plus, des informations facilement disponibles à propos des caractéristiques de distribution topologique d’instances de motifs à travers des transcriptomes complets étaient jusqu’à présent manquantes.
Afin d’avoir un aperçu de l’étendue et des propriétés impliquées dans la localisation des ARN, nous avons soumis des cellules de Drosophile (D17) et de l’humain (HepG2) à un fractionnement biochimique afin d’isoler les fractions nucléaire, cytosolique, membranaire et insoluble. Nous avons ensuite séquencé en profondeur l’ARN extrait et analysé par spectrométrie de masse les protéines extraites de ces fractions. Nous avons nommé cette méthode CeFra-Seq. Par des analyses bio-informatiques, j’ai ensuite cartographié l’enrichissement de divers biotypes d’ARN (p. ex. ARN messager, ARN long non codant, ARN circulaire) et protéines au sein des fractions subcellulaires. Ceci a révélé que la distribution d’un large éventail d’espèces d’ARN codants et non codants est asymétrique. Une analyse des gènes orthologues entre mouche et humain a aussi démontré de fortes similitudes, suggérant que le processus de localisation est évolutivement conservé. De plus, j’ai observé des attributs (p. ex. la taille des transcrits) distincts parmi les populations d’ARN messagers spécifiques à une fraction. Finalement, j’ai observé des corrélations et anti-corrélations spécifiques entre certains groupes d’ARN messagers et leurs protéines.
Pour permettre l’étude de la topologie de motifs et de leurs conservations, j’ai créé oRNAment, une base de données d’instances présumée de sites de liaison de protéines chez des ARN codants et non codants. À partir de données de motifs de liaison protéique par RNAcompete et par RNA Bind-n-Seq, j’ai développé un algorithme permettant l’identification rapide d’instances potentielles de ces motifs dans un transcriptome complet. J’ai pu ainsi cataloguer les instances de 453 motifs provenant de 223 protéines liant l’ARN pour 525 718 transcrits chez cinq espèces. Les résultats obtenus ont été validés en les comparant à des données publiques de eCLIP.
J’ai, par la suite, utilisé oRNAment pour analyser en détail les aspects topologiques des instances présumées de ces motifs et leurs conservations évolutives relatives. Ceci a permis de démontrer que la plupart des motifs sont distribués de façon similaire entre espèces. De plus, j’ai discerné des points communs entre les sous-groupes de protéines liant des biotypes distincts ou des régions d’ARN spécifiques. La présence de tels patrons, similaires ou non, entre espèces est susceptible de refléter l’importance de leurs fonctions. D’ailleurs, l’analyse plus détaillée du positionnement d’un motif entre régions transcriptomiques comparables chez les vertébrés suggère une conservation synténique de ceux-ci, à divers degrés, pour tous les biotypes d’ARN. La topologie régionale de certaines instances de motifs répétées apparaît aussi comme évolutivement conservée et peut être importante afin de permettre une liaison adéquate de la protéine. Finalement, les résultats compilés avec oRNAment ont permis de postuler sur un nouveau rôle potentiel pour l’ARN long non codant HELLPAR comme éponge de protéines liant l’ARN.
La caractérisation systématique d’ARN localisés et de motifs de régulation en cis présentée dans cette thèse démontre comment l’intégration d’information à l’échelle transcriptomique permet d’évaluer la prévalence de l’asymétrie, les caractéristiques distinctes et la conservation évolutive de collections d’ARN.The subcellular localization of RNA allows a rapid and spatially restricted deployment of protein and noncoding RNA activities. The trafficking of RNA is directed by sequence elements (primary subsequences, secondary structures), also called regulatory motifs, present in cis within the RNA molecule. These motifs are recognized by RNA-binding proteins that mediate the transport of transcripts to specific sites in the cell. Recent studies in the Drosophila embryo indicate that the majority of RNAs display an asymmetric subcellular localization, suggesting the existence of a complex "localization code". However, this may represent an exceptional example and the question remained, until now, whether a comparable prevalence of RNA localization is observable in standard cells grown in culture. In addition, readily available information about the topological distribution of pattern instances across full transcriptomes has been hitherto lacking. In order to have a broad overview of the extent and properties involved in RNA localization, we subjected Drosophila (D17) and human (HepG2) cells to biochemical fractionation to isolate the nuclear, cytosolic, membrane and insoluble fractions. We then performed deep sequencing on the extracted RNA and analyzed through mass spectrometry the proteins extracted from these fractions. We named this method CeFra-Seq. Through bioinformatics analyses, I then profiled the enrichment of various RNA biotypes (e.g. messenger RNA, long noncoding RNA, circular RNA) and proteins within the subcellular fractions. This revealed the high prevalence of asymmetric distribution of both coding and noncoding RNA species. An analysis of orthologous genes between fly and human has also shown strong similarities, suggesting that the localization process is evolutionarily conserved. In addition, I have observed distinct attributes (e.g. transcript size) among fraction-specific messenger RNA populations. Finally, I observed specific correlations and anti-correlations between defined groups of messenger RNAs and the proteins they encode. To study motifs topology and their conservation, I created oRNAment, a database of putative RNA-binding protein binding sites instances in coding and noncoding RNAs. Using data from protein binding motifs assessed by RNAcompete and by RNA Bind-n-Seq experiments, I have developed an algorithm allowing their rapid identification in a complete transcriptome. I was able to catalog the instances of 453 motifs from 223 RNA-binding proteins for 525,718 transcripts in five species. The results obtained were validated by comparing them with public data from eCLIP. I then used oRNAment to further analyze the topological aspects of these motifs’ instances and their relative evolutionary conservation. This showed that most motifs are distributed in a similar fashion between species. In addition, I have detected commonalities between the subgroups of proteins linking preferentially distinct biotypes or specific RNA regions. The presence or absence of such pattern between species is likely a reflection of the importance of their functions. Moreover, a more precise analysis of the position of a motif among comparable transcriptomic regions in vertebrates suggests a syntenic conservation, to varying degrees, in all RNA biotypes. The regional topology of certain motifs as repeated instances also appears to be evolutionarily conserved and may be important in order to allow adequate binding of the protein. Finally, the results compiled with oRNAment allowed to postulate on a potential new role for the long noncoding RNA HELLPAR as an RNA-binding protein sponge. The systematic characterization of RNA localization and cis regulatory motifs presented in this thesis demonstrates how the integration of information at a transcriptomic scale enables the assessment of the prevalence of asymmetry, the distinct characteristics and the evolutionary conservation of RNA clusters.
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Furic, Luc. "Identification des ARNm liés par les protéines Staufen de mammifères et caractérisation des déterminants structuraux à la base de l'interaction." Thèse, 2006. http://hdl.handle.net/1866/15238.
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Croisetière, Christian. "HCaRG "Hypertension-related Calcium Regulated Gene", un gène candidat de la réparation rénale : caractérisation de son interaction avec le cytosquelette et son expression génique." Thèse, 2007. http://hdl.handle.net/1866/7586.
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Désormeaux, Anik. "Répercussions paracrines de l'apoptose endothéliale sur l'homéostasie des cellules musculaires lisses vasculaires." Thèse, 2003. http://hdl.handle.net/1866/14662.
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Kerhoas, Maud. "Un nouveau clone et une nouvelle méthode pour la production et la purification de l’entérotoxine STb d’Escherichia coli." Thèse, 2016. http://hdl.handle.net/1866/18649.
Анотація:
Le gène de l’entérotoxine thermostable b (estB) d’Escherichia coli a été
fusionné au gène de la protéine liant le maltose (malE) dans le vecteur
pMAL-p via PCR. Par la suite, deux constructions plasmidiques ont été
realisées à partir de ce nouveau vecteur, nommé pMAL-STb. Dans un premier
temps, un marqueur hexahistidine (His6) a été ajouté entre malE et estB, et
dans un deuxième temps, un marqueur décahistidine (His10) a été placé en
amont de malE. La séquence signal de la protéine liant le maltose (MBP)
dirige l’exportation de la protéine de fusion du cytoplasme vers le périplasme,
où l’entérotoxine STb acquière sa conformation active. MBP est également
reconnue pour améliorer le rendement et la solubilité de la protéine passagère
tandis que le marqueur histidine, connu comme étant le meilleur marqueur
d’affinité pour la purification protéique, facilite sa purification jusqu’à
homogénéité. De plus, les gènes fusionnés sont sous le contrôle du promoteur
tac (Ptac), un promoteur fort et inductible. Suite à l’induction par l’IPTG, la
souche recombinante exprime une protéine d’environ 48 kDa, qui est
facilement identifiable par électrophorèse à partir du surnageant obtenu via
choc osmotique. Une séquence encodant un site de clivage spécifique au
facteur Xa est présente dans le plasmide afin de séparer les marqueurs MBP et
histidine de STb. Le clivage de la protéine de fusion avec le facteur Xa libère
MBP (42 kDa) attachée au marqueur histidine et un polypeptide de 5.2 kDa,
correspondant au poids moléculaire de STb mature. Avec cette méthode, nous
visons à obtenir une méthode plus efficace pour la production et la
purification de STb.The heat-stable enterotoxin b gene (estB) of Escherichia coli was fused to the gene for maltose-binding protein (malE) into the pMAL-p vector using PCR. Afterward, two plasmid constructs were realized from this new vector, named pMAL-STb. Firstly, a hexahistidine tag (His6) was added between malE and estB and secondly, a decahistidine tag (His10) was placed upstream of malE. The signal sequence of maltose-binding protein (MBP) directs the export of the fusion protein from the cytoplasm to the periplasm, where the enterotoxin STb acquires its active conformation. MBP is also known to improve the yield and solubility of the passenger protein while the histidine tag, viewed as the best affinity tag for protein purification, facilitates its purification to homogeneity. Furthermore, the fused genes are controlled by the tac promoter (Ptac), a strong inducible promoter. Following IPTG induction, the recombinant strain expressed a protein of approximately 48 kDa, which is easily identified from osmotic shock fluid following electrophoresis. A sequence encoding a factor Xa cleavage site is present in the plasmid to separate MBP and histidine tags from STb. The cleavage of the fusion protein with factor Xa generates the maltose-binding protein (42 kDa) attached to the histidine tag and a polypeptide of 5.2 kDa, corresponding to the molecular mass of mature STb. With this method, we aim at obtaining a more efficient way to produce and purify STb.