Дисертації: "Port du masque"

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Brouzes, Camille. ""De viel porte voix et le ton" : corps et masques du vieillissement dans la poésie en français des XIVe et XVe siècles." Thesis, Université Grenoble Alpes, 2022. http://www.theses.fr/2022GRALL014.

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Анотація:

Ce travail s’intéresse aux représentations du vieillissement dans la poésie en français de la fin du Moyen Âge. Comparant les productions d’une dizaine de poètes parmi lesquels Eustache Deschamps, Charles d’Orléans, Michault Taillevent ou Jean Froissart, il analyse les raisons pour lesquelles le discours poétique devient à cette période le lieu privilégié de l’exposition de corps sénescents et plus particulièrement d’autoportraits en vieillard. Nous montrons comment cette incursion du grand âge dans un genre jusqu’ici voué à la jeunesse participe des mutations de la voix poétique dans l’histoire littéraire. Nous partons du postulat que, tout en se présentant comme une position de faiblesse, le masque du grand âge comporte en vérité des ressources intéressantes pour les poètes qui les exploitent et qui cherchent à faire valoir une supériorité. La première partie se centre sur le corps vieillissant que se donnent les poètes, elle montre de quelles manières ils reconfigurent les savoirs à leur disposition, qui encadrent fortement la conception médiévale de la sénescence, pour produire un corps poétique marqué de singularité, y compris dans sa dimension la plus obscène. La seconde partie porte sur les rapports qu’entretiennent ces corps d’hommes avec une vieillesse au féminin à laquelle ils cèdent la parole. Tout en perpétuant une tradition de représentations très misogynes de la sénescence des femmes, les poètes font entendre des voix féminines moins comiques : en faisant de ces dernières les porte-paroles de leur esthétique, ils confèrent par le jeu de l’incarnation poétique une dignité aux vieillardes. La dernière partie entend redéfinir les implications esthétiques et communicationnelles de l’identité poétique de sénescent. Nous établissons que le vieillissement tient une position particulière parmi les différents masques que les poètes peuvent adopter. S’il ne s’autorise pas toujours d’un ancrage biographique, il se définit par rapport à une morale des âges qui impose des devoirs et offre des bénéfices, portant au cœur des textes une charge affective plus forte destinée à toucher le lectorat. Les avantages d’un ethos sénescent apparaissent plus clairement à l’examen de deux types d’actes communicationnels : l’enseignement, porté par le discours didactique, et la requête, par laquelle les poètes avancent une demande. Notre étude entend ainsi remettre en question la négativité que le champ des aging studies associe à la notion de stéréotype, devenue sous la plume des poètes sénescents non plus une contrainte mais un atout
This dissertation focuses on the representations of aging in Late-Medieval French poetry. Through comparative readings of the works of a dozen poets, including Eustache Deschamps, Charles d’Orléans, Michault Taillevent or Jean Froissart, it analyzes the reasons why poetry during this period became the main locus for the exhibition of senescent bodies, and more particularly of old men’s self-portraits. We show how the incursion of old age into a literary genre hitherto dedicated to the representation of youth contributes to the mutation of the poetic voice in literary history. We start from the assumption that the mask of old age contains interesting resources for the poets who seek to assert a superiority, even if they present it as a position of weakness. The first part focuses on the aging body that poets give themselves, showing how they reconfigure the knowledge at their disposal, which strongly frames the medieval conception of senescence, to produce a poetic body marked by singularity, even in its most obscene dimension. The second part deals with the relationship between these male bodies and a feminine old age to which they give voice. While perpetuating a tradition of highly misogynistic portrayals of women’s senescence, poets also let us hear female voices in a less comical way. By making old women the bearers of their aesthetics, they confer dignity on them through poetic incarnation. The last part intends to redefine the aesthetic and communicational implications of the senescent’s poetic identity. We establish that senescence holds a special position among the different masks that poets may adopt. If it is not always biographically anchored, this mask is defined in relation to a morality of the ages which imposes duties and offers benefits, bringing at the heart of the texts a stronger affective charge intended to touch the readership. The advantages of a senescent ethos appear more clearly when examining two types of commu nicational acts: teaching and its didactic discourse and requesting, by which poets put forward a demand. Our study thus challenges the negativity that the field of aging studies associates with the notion of stereotype: used by senescent poets, stereotypes become an asset rather than a constraint

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Ba, Souleymane. "Colson Whitehead : vers une esthétique postraciale?" Thesis, Montpellier 3, 2015. http://www.theses.fr/2015MON30077/document.

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Анотація:

Cette thèse est une monographie de l'œuvre romanesque de Colson Whitehead (1969– ) replacée dans la perspective de la tradition littéraire noire américaine. Elle pose une question d'ordre esthétique et politique : Whitehead est-il un écrivain postracial ? Dans The Intuitionist (1999), la rivalité entre les personnages noirs et le jeu de masques mettent à mal une politique identitaire qui repose sur la race. La déconstruction du discours mythique qui célèbre le sacrifice d'un travailleur acharné désacralise le héros noir de John Henry Days (2001). Apex Hides the Hurt (2006) offre une réflexion sur le langage, son rapport au pouvoir et à l'appartenance raciale. La deuxième partie explore le paradoxe de l'identité « postblack » face aux stéréotypes raciaux dans Sag Harbor (2009). Enfin, la dernière partie signale un effort de redéfinition de l'humain dans Zone One (2011) où l'invasion des zombies permet de transcender la construction binaire Noir/Blanc dans un monde post-apocalyptique. L'analyse s'appuie sur la critique postmoderne car la notion de « race » et le racisme y sont abordés à travers l'ironie d'un texte qui met en scène et joue avec l'idée d'une société américaine postraciale
This dissertation is a monograph on Colson Whitehead's fiction and nonfiction from the perspective African American literary tradition. It raises an aesthetic and political question: is Whitehead a postracial writer? In The Intuitionist (1999), the rivalry between black characters and the game of camouflage undermine racial identity politics. The deconstruction of the myth celebrating the sacrifice of a relentless worker desacralizes the black hero of John Henry Days (2001). Apex Hides the Hurt (2006) offers a reflection on language, its relationship to power and racial belonging. The second part explores the paradox of a “postblack” identity with regards to racial stereotypes in Sag Harbor (2009). Finally, the last part signals an effort to redefine the human in Zone One (2011) where an invasion of zombies enables the transcendence of the Black/White binary construct in a post-apocalyptic world. The analysis relies on postmodern criticism since the notion of “race” and racism are addressed through the irony of a text that dramatizes and plays with the idea of a postracial American society

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Gault, Joseph. "Development of Top-Down Mass Spectrometry Approaches for the Analysis of Type IV Pili." Palaiseau, Ecole polytechnique, 2013. https://tel.archives-ouvertes.fr/pastel-00987029/document.

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La caractérisation de protéines par spectrométrie de masse "top-down" (TDMS) possède plusieurs avantages sur l'approche "bottom-up" (BU), notamment pour la caractérisation des protéoformes; c'est-à-dire l'ensemble des protéines exprimées par la cellule, y compris celles portant les modifications post-traductionnelles (MPT). Dans cette thèse la TDMS a été développée pour l'analyse des pili de type IV (T4P) à la fois sur Orbitrap et sur FT-ICR. Les T4P sont des organelles extracellulaires composées principalement d'une protéine, la piline majeure, qui peut être fortement décorée par des MPT. Pour la piline majeure PilE, du pathogène humain Neisseria meningitidis (Nm), la TDMS a été optimisée pour obtenir la première caractérisation de toutes les protéoformes de PilE exprimées par une souche de référence et un rôle biologique a été proposé pour la MPT glycérophosphate. De plus la TDMS a été appliquée pour une étude à plus grande échelle des MPT des pili provenant des souches cliniques de Nm non-caractérisées. La comparaison des méthodologies TD et BU a révélé à la fois leur complémentarité et la faiblesse inhérente à l'approche BU pour la caractérisation complète de protéoformes. En combinaison avec d'autres techniques structurales, il a été montré que les pili exprimés par les souches de Nm de classe II sont fortement glycosylés, que la glycosylation est dirigée par la séquence de PilE, et que ces sucres modifient fortement la surface des fibres de pili. Ces observations ont amené à une hypothèse nouvelle sur le mécanisme d'évasion immunologique des T4P de classe II chez Nm. De plus la première caractérisation d'une T4P exprimée par une bactérie Gram positif a été réalisée
Top-down mass spectrometry (TDMS) is an alternative protein characterisation strategy to the more widespread bottom-up (BU) approach. TDMS has the unique ability to fully characterise the variety of protein products expressed by the cell (proteoforms), including those bearing posttranslational modifications (PTMs). In this thesis TDMS has been developed on both FT-ICR and Orbitrap mass spectrometers for the analysis of type IV pili (T4P). This includes the first T4P to be visualised in a Gram positive bacterium (Streptococcus pneumoniae). T4P are filamentous, extracellular organelles primarily composed of a single protein subunit or major pilin that can be highly posttranslationally modified. For the major pilin, PilE, of the human pathogen Neisseria meningitidis (Nm), TDMS was extensively optimised and the first complete characterisation of all proteoforms of PilE from a single Nm strain performed. A biological role has been proposed for the enigmatic phosphoglycerol PTM. The approach was extended and applied in the first large scale study of PTMs on PilE from uncharacterised, pathogenic strains of Nm. Comparison of the TD and BU methodologies revealed both their complementarity and the inherent weakness of the BU approach for full proteoform characterisation. TDMS was combined with other structural techniques to reveal that pilins from the previously unstudied class II isolates of Nm are extensively glycosylated and that glycosylation is both driven by the primary structure of PilE and has a profound effect on pilus surface topology. These observations have been used to offer the first explanation of how T4P expressed by class II isolates of Nm avoid immune detection

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Zakaria, Rim. "Régulation de l'activité de l'E3 ubiquitine ligase ASB2alpha, un régulateur des cellules hématopoïétiques." Toulouse 3, 2013. http://thesesups.ups-tlse.fr/2278/.

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Le système ubiquitine-protéasome est l'un des mécanismes majeurs de protéolyse contrôlée régulant de nombreux processus cellulaires chez les Eucaryotes. La spécificité de ce processus est apportée par les E3 ubiquitine ligases. Les E3 ubiquitine ligases de la famille RING servent de plateformes permettant la liaison de l'enzyme de conjugaison de l'ubiquitine et du substrat. Elles jouent ainsi un rôle majeur dans la polyubiquitylation de leur(s) protéine(s) cible(s). Par conséquent, la caractérisation des différentes E3 et de leurs substrats ainsi que l'élucidation des mécanismes régulant leur fonction est importante pour mieux comprendre leur rôle. Ces données contribueront aussi au développement de nouvelles thérapies à travers le ciblage du système d'ubiquitylation. Le gène ASB2, un gène cible de protéines oncogéniques caractéristiques de leucémies aiguës myéloïdes, code deux isoformes dont la protéine ASB2a, la sous-unité de spécificité d'un complexe E3 ubiquitine ligase de la famille RING impliqué dans la différenciation hématopoïétique. ASB2a possèdent 12 répétitions ankyrine et une boite SOCS impliquée dans l'activité E3 ubiquitine ligase. L'équipe a identifié la filamine A, une protéine de liaison de l'actine, comme le premier substrat d'ASB2a et montré que le domaine minimal d'ASB2a nécessaire pour induire la dégradation de la filamine A comprenait le domaine N-terminal, spécifique de l'isoforme ASB2a, et les dix premières répétitions ankyrine. Les objectifs de mon projet de thèse étaient d'identifier des modifications post-traductionnelles régulant l'activité d'ASB2a ainsi que les protéines qui en sont responsables. Par différentes approches de spectrométrie de masse, nous avons mis en évidence la phosphorylation de la sérine 323 qui est localisée dans une région de l'ankyrine 10 hautement conservée au cours de l'évolution. Alors que la substitution de la sérine 323 par une alanine n'affecte pas l'activité E3 ubiquitine ligase intrinsèque, elle abolit la capacité d'ASB2a à induire la dégradation de la filamine A. Par contre, le mutant phosphomimétique d'ASB2a portant la substitution de la sérine 323 par un acide aspartique induit efficacement la dégradation de la filamine A. J'ai de plus montré l'implication de la voie ERK dans la phosphorylation de la sérine 323 d'ASB2a puisque l'inhibition de l'activité de ERK1/2 réduit la dégradation de la filamine A induite par ASB2a. Nous avons d'autre part étudié, par modélisation moléculaire, l'impact de la phosphorylation de la sérine 323 d'ASB2a sur la structure de la protéine. Nous proposons ainsi que l'interaction entre ASB2a et la filamine A dépend de la redistribution de potentiels électrostatiques induite par le groupement phosphate porté par la sérine 323 ou par la mutation phosphomimétique. Ces travaux démontrent un nouveau mécanisme de régulation d'une E3 ubiquitine ligase de la famille RING par la phosphorylation de sa sous-unité de spécificité ASB2a. Ils permettent aussi de mieux comprendre comment l'activité d'ASB2a est régulée et contribuent ainsi à la compréhension des processus régulateurs des cellules hématopoïétiques
Ubiquitin-mediated degradation is one of the major pathways for controlled proteolysis in Eukaryotic cells. In this pathway, E3 ubiquitin ligases determine the specificity of the process. E3 ubiquitin ligases of the cullin-RING ligase family provide platforms for binding ubiquitin-conjugating enzyme and a specific substrate, thereby playing a major role in the polyubiquitylation of proteins. Therefore, characterization of E3 ubiquitin ligases and their respective substrates and understanding the signals that regulate ubiquitin ligation events should contribute to the development of new therapies through the targeting of the ubiquitin system. The ASB2 gene is a target of three major oncogenic proteins in acute myeloid leukemia cells. ASB2 encodes the ASB2a isoform, the specificity subunit of an E3 ubiquitin ligase complex involved in hematopoietic differentiation. ASB2a harbors 12 ankyrin repeats and a SOCS box involved in the E3 ubiquitin ligase activity. Our group demonstrated that ASB2a E3 ubiquitin ligase activity drives polyubiquitylation and subsequent proteasomal degradation of actin binding protein filamin A. Furthermore, our group showed that a short N-terminal region specific to ASB2a, together with ankyrin repeats 1 to 10, is necessary for the association of ASB2a with filamin A. The aims of my PhD thesis were to identify ASB2a post-translational modifications that regulate ASB2a activity as well as proteins involved in these modifications. Using different proteomic approaches, we showed that ASB2a is phosphorylated at serine 323 that is located within a region of ASB2a ankyrine 10 highly conserved during evolution. Mutation of ASB2a Ser-323 to Alanine had no effect on intrinsic E3 ubiquitin ligase activity of ASB2a but abolished the ability of ASB2a to induce degradation of filamin A. In contrast, the ASB2a Ser-323 to Aspartate phosphomimetic substitution induced acute degradation of filamin A. Moreover, I demonstrated that the ERK signaling pathway is involved in ASB2a serine 323 phosphorylation because inhibition of Erk1/2 activity reduced ASB2a-mediated filamin A degradation. We also studied by molecular modeling, the impact of serine 323 phosphorylation on ASB2a structure. Altogether, our results suggest that the interaction of ASB2a with filamin A depends on the electrostatic potential redistribution induced by either the Ser-323 phosphate group or the phosphomimetic mutation. This work demonstrates a new regulation mode of an E3 ubiquitine ligase of the RING family through the phosphorylation of its specificity subunit, ASB2a. This should have broad implications for our understanding of ASB2a mechanisms of action in hematopoiesis and for modulating its activity for therapeutic means

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Chiappetta, Giovanni. "Nouvelles stratégies en protéomique." Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066029.

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Анотація:

Le travail de thèse présenté dans ce mémoire consiste en la mise au point de nouvelles méthodologies d’analyse pour les études protéomiques. Le sujet principal de ce travail de thèse a été l’optimisation de procédures innovantes qui se basent sur la manipulation chimique de mélanges peptidiques et sur l’ analyses avancée par spectrométrie de masse MS3, et qui ont pour objectif d’améliorer les capacités d’identification et quantification des modifications post-traductionelles par une approche protéomique. Une nouvelle procédure d’identification des sites de nitration des protéines a été mise au point, par le moyen d’une modification sélective des peptides nitrés après dansylation et par l’analyse par spectrométrie de masse en modalité Precursor Ion Scan/MS3. Une telle stratégie pemet de surmonter quelques unes des limites classiques de l’analyse des sites de nitration des protéines, comme la nécessité d’utiliser des techniques d’enrichissement chromatographique mais permet aussi de surmonter les difficultés d’identification des peptides nitrés par spectrométrie de masse. Il a également été optimisé une procédure pour l’identification et la quantification des sites de nitration des protéines par le biais d’une modification sélective des peptides nitrés avec le réactif iTRAQ et par une analyse successive par spectrométrie de masse en modalité Precursor Ion Scan. Cette technique peut etre considérée comme étant la première stratégie capable simultanément d’identifier et de quantifier les sites de nitration des protéines par spectrométrie de masse. En outre, différentes conditions d’analyses pour l’identification des phospopeptides dans des mélanges biologiques ont été évaluées par analyse LC-MSMS en modalité neutral loss et precursor ion scan. De plus, une nouvelle procédure qui utilise la chimie des micro-ondes afin d’améliorer les analyses LC-MALDI-MSMS a également été optimisée, par un marquage extensif des mélanges peptidiques analysés avec du chlorure de dansyle. Cette étude a également permis de comprendre les caractéristiques de la fragmentation des peptides dansylés dans des éxpériences de post source decay. Enfin, des expériences préliminaires ont été réalisées afin de vérifier la possibilité d’utiliser les dérivés de la dansylation pour développer une nouvelle procédure finalisée à l’identification des états d’oxydations des résidus de cystéine des protéines séparées par une électrophorèse bi-dimensionelle. Les rèsultats obtenus indiquent que les dérivés du dansyle permettent de déterminer les variations des états d’oxydation des cysteines par des technniques de cytométrie en flux, électrophorèse bidimensionelle et spectrométrie de masse

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Xu, Ying. "Interprétation thermochimique des interactions non-covalentes induites par les β-carbolines et origine de la stabilité de complexe ADN/médicament en phase gazeuse". Paris 6, 2007. http://www.theses.fr/2007PA066387.

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Une exploration sur les complexes non-covalents duplex/ligand en phase gazeuse a été réalisé, pour montrer comment certains médicaments interagissent avec l’ADN. Nous avons d’abord tenté une interprétation thermochimique des interactions non-covalentes entre l’ADN et les -carbolines (et les bis--carbolines), pour trouver des indices expliquant leurs relations structure/activité. Ainsi, il serait possible de rechercher de nouveaux composés de plus forte activité. Ensuite, l’origine de la stabilité de complexes non-covalents a été étudiée en ESI-FT/ICR, en utilisant le Hoechst 33258 comme modèle pour obtenir des informations sur son mode d’interaction, différentes techniques d’activation ont été employées: CID/SORI-CID, IRMPD, et ED(D). Des indications ont été obtenues sur son mode d’association (par CID), sur ses éventuels sites d’attachement (par SORI-CID et IRMPD), et sur la stabilité particulière du complexe [par ED(D) et ED/IRMPD]. Un modèle hypothétique au niveau conformationnel de ce complexe non-covalent a été proposé basé sur la formation de zwittérions et d’interactions de type pont-salin.

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Wilhelm, Dafné. "Utilisation du modèle cellulaire ATDC5 pour la caractérisation des mécanismes de maturation des procollagènes et de leurs relations avec le processus de minéralisation matricielle." Thesis, Université de Lorraine, 2019. http://www.theses.fr/2019LORR0286.

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L'ossification endochondrale est le mécanisme par lequel les os longs se développent chez les Vertébrés. Elle nécessite la formation d'un patron cartilagineux primaire par chondrogenèse, qui est ensuite remplacé par l'os. Elle repose sur la production d'une matrice extracellulaire (MEC) riche en collagènes de type II qui va minéraliser et dont de nombreux aspects restent difficiles à caractériser. La lignée cellulaire ATDC5 s'engage dans un programme de différenciation séquentiel semblable à la chondrogenèse après stimulation à l'insuline. Bien que cette lignée soit largement utilisée, son protéome est à peine décrit. Afin de définir à quel point ce modèle récapitule les principaux aspects de la formation de la MEC du cartilage, une analyse temporelle par LC–MALDI–TOF / TOF de la régulation du protéome a été effectuée, axée sur la MEC et la maturation de ses composants. Ces cellules synthétisent et incorporent dans leur MEC un vaste panel de composants cartilagineux, notamment l’agrécane et le collagène de type II qui portent la plupart des maturations décrites in vivo. Surtout, l'accumulation de collagène dans la MEC est corrélée aux événements de maturation : clivages protéolytiques et hydroxylations de la triple hélice. Le C-propeptide du collagène de type II (CPII), est un composant des cartilages articulaire et de croissance, et a été décrit comme impliqué dans le processus de minéralisation, mais dans quelle mesure et par quel mécanisme CPII est impliqué dans la minéralisation restent à être déterminés. Nous avons montré que le CPII ne possède pas le même intéractome que ses homologues des procollagènes de type I et III (CPI et CPIII), suggérant des divergences mécanistiques entre leurs maturations. Ces résultats sont consolidés par des études complémentaires in vivo des sites de clivage de CPII, confirmant la coexistence de 2 sites de clivage et démontrant pour la première fois que les trimères de CPII contiennent les quatre combinaisons possibles des deux sites de clivage. Ces données suggèrent que chaque monomère au sein du trimère est clivé indépendamment des autres. Dans l’ensemble, ces travaux amènent à considérer le mécanisme de clivage de CPII comme distinct de celui de CPI et CPIII et comme plus complexe qu’il n’était anticipé. La caractérisation fonctionnelle des événements clés de l'élaboration de la MEC dans les cellules ATDC5 devrait permettre de mieux disséquer les mécanismes de la chondrogenèse et de la minéralisation
Endochondral ossification is the mechanism by which long bones of Vertebrates grow. It requires the formation of a primary cartilage pattern by chondrogenesis, which is then replaced by bone. Chondrogenesis relies on the production of a dedicated type II collagen rich extracellular matrix (ECM), which will then mineralize, and many aspects of which remain difficult to characterize. The ATDC5 cell line can engage into a differentiation program resembling the multistep chondrogenic differentiation observed in vivo after insulin stimulation. Although this cell line is widely used, its proteome is barely described. In order to define to what extent this model recapitulates the main aspects of cartilage ECM formation, a time-resolved proteome analysis by LC-MALDI-TOF / TOF of the regulation of the proteome of differentiating ATDC5 cells focused on the ECM and the level of maturation of its main components. These cells synthesize and incorporate into their ECM a wide range of cartilage components, including aggrecan and type II collagen, which carry most of the maturations described in vivo. Most importantly, the accumulation of collagen in the MEC is correlated with maturation events: proteolytic cleavage and triple helix hydroxylation. The C-propeptide of type II collagen (CPII), is a component of joint and growth plate cartilage, and has been described as involved in the mineralization process of the latter. On the other hand, to what extent and how CPII would regulate mineralization remains to be specified. We have shown that CPII exhibit a different interactome as its type I and III procollagens (CPI and CPIII) counterparts, suggesting mechanistic differences between their maturation. These results are consolidated by additional in vivo studies of CPII cleavage sites, confirming the coexistence of two cleavage sites and demonstrating for the first time that CPII trimers contain the four possible combinations of the two cleavage sites. These data suggest that each monomer within the trimer is cleaved independently of the others. Overall, this work highlights CPII cleavage mechanism as distinct from that of CPI and CPIII and more complex than anticipated. Functional characterization of key events of ECM elaboration in ATDC5 cells should allow better dissecting the mechanisms of chondrogenesis and cartilage mineralization

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Claverol, Stéphane. "Le protéasome 20S humain : étude des relations structure-fonctions par spectrométrie de masse et approches protéomiques." Toulouse 3, 2003. http://www.theses.fr/2003TOU30039.

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Le protéasome 20S constitue le coeur catalytique du protéasome 26S, composant majeur du système de dégradation ATP/ubiquitine dépendant qui assure la dégradation de nombreuses protéines cellulaires et constitue la source majeure de peptides antigéniques de classe I. 'immunoprotéasome diffère du protéasome standard au niveau des 3 sous- unités catalytiques. L'incorporation des 3 ±immuno-sous-unitésα, longtemps considérée comme orientant le protéasome vers la génération de peptides antigéniques de classe I, peut cependant être défavorable à la génération de certains peptides antigéniques d'origine tumorale. L'étude de la maturation différentielle de plusieurs peptides d'origine tumorale (MelanA-A2, tyrosinase-A2, gp100-A2, MAGE3-B60) par le protéasome standard et l'immunoprotéasome a donc été entreprise par æLC-MS/MS. L'identification et la quantification des peptides générés par le protéasome à partir de précurseurs peptidiques ont mis en évidence une maturation préférentielle du peptide antigénique MAGE3-B60 par l'immunoprotéasome et des trois autres peptides antigéniques par le protéasome standard. .
Twenty S proteasome is the catalytic core of the 26S proteasome, the major component of the ubiquitin/proteasome pathway, a proteolytic machinery that degrades most of cellular proteins and constitutes the major source of class I antigenic peptides. Immunoproteasome differs from standard proteasome by the 3 catalytic subunits. Incorporation of the immunosubunitsʺ is often considered to favour class I antigenic peptides processing but can, in some cases, be disadvantageous to the proper maturation of tumoral epitopes. .

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Combès, Audrey. "Implication de la protoporphyrinogène oxydase dans l'homéostasie mitochondriale du fer et le statut redox des thiols chez la levure Saccharomyces cerevisiae." Paris 6, 2009. http://www.theses.fr/2009PA066391.

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Lord, Pierre-Étienne. "Analyse des déplacements du glissement rocheux de Gascons, Gaspésie, Québec." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/28547/28547.pdf.

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Ducruix, Céline. "Analyse du métabolome par chromatographie couplée à la spectrométrie de masse : application à la recherche de biomarqueurs et à la compréhension des systèmes biologiques." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066255.

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Ce travail a pour objectif de développer des approches métabolomiques basées sur l’utilisation de la spectrométrie de masse afin de les appliquer à des thématiques biologiques. Pour cela, des méthodes d’analyse, de traitement des données, ainsi que d’analyses statistiques multivariées ont ainsi été mises au point. Cette approche a été appliquée à l’étude des effets du cadmium chez la plante Arabidopsis thaliana. Des peptides chélatant ce métal qui n’avaient jamais été décrits dans cette espèce ont ainsi été caractérisés. La régulation de la voie métabolique impliquée dans la synthèse de ces peptides a également été étudiée en détails. L’analyse métabolomique a été appliquée à la recherche de biomarqueurs de fibrose pulmonaire sur des échantillons urinaires provenant de modèles murins. Enfin, des études ont également été menée afin d’affiner nos stratégies d’identification des métabolites d’intérêt biologiques mis en évidence par les analyses statistiques multivariées.

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Contrepois, Kévin. "Modifications de la chromatine associées à la sénescence cellulaire." Thesis, Paris 11, 2012. http://www.theses.fr/2012PA112102.

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La sénescence cellulaire est une réponse à un stress des cellules de mammifère caractérisée par un arrêt durable du cycle cellulaire. Celle-ci peut être déclenchée par un dysfonctionnement des télomères, des stress génotoxiques et l’activation d’oncogènes. La sénescence constitue une puissante ligne de défense contre le développement de cancers et intervient aussi dans le vieillissement. Les cellules en sénescence réorganisent leur génome par l’assemblage en hétérochromatine sous forme de SAHFs (senescence-associated heterochromatin foci). Nous avons mis en évidence que la désacétylation globale de H4-K16Ac par la désacétylase SIRT2 est impliquée dans l’assemblage de l’hétérochromatine en sénescence. De plus, nous avons identifié une accumulation de variants d’histones H2A et H2B spécifiquement dans des cellules en sénescence présentant des dommages persistants à l’ADN. Ces variants d’histone pourraient avoir des fonctions spécifiques dans ces cellules et pourraient représenter un biomarqueur du vieillissement in vivo.Mes travaux apportent des éléments pour la compréhension des rôles de l’information épigénétique dans la sénescence cellulaire
Cellular senescence is a stress response of mammalian cells characterized by a stable cell proliferation arrest. It can be triggered by telomere dysfunction, genotoxic stress and oncogene activation. Cellular senescence acts as a natural barrier against cancer development and is involved in ageing. Senescent cells reorganize their genome by the assembly of chromatin into senescence-associated heterochromatin foci (SAHF). We showed that SIRT2-mediated global deacetylation of H4-K16Ac is involved in heterochromatin assembly in senescence. Moreover, we identified the accumulation with time of specific H2A and H2B variants in senescence triggered by persistent DNA damage signaling. These histone variants could have specific functions in senescent cells and could be a useful ageing biomarker in vivo.This work provides novel insights into chromatin modification and epigenetic regulation in cellular senescence

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Giorgetti, Jérémie. "Caractérisation d’anticorps monoclonaux à différents niveaux à l’aide d’un couplage électrophorèse capillaire – spectrométrie de masse." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAF051.

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Les anticorps monoclonaux (mAbs) sont des biomolécules complexes utilisées pour traiter divers cancers et autres pathologies. Ce sont des glycoprotéines qui possèdent de nombreuses micro hétérogénéités pouvant altérer l'efficacité des traitements. De ce fait, l'analyse de ces variants nécessite le développement de méthodes analytiques rapides et précises afin d'élucider la structure des mAbs. Les travaux présentés dans cette thèse portent sur le développement du couplage électrophorèse capillaire - spectrométrie de masse (CE-MS) afin d'obtenir une caractérisation des variants de mAbs à différents niveaux. D'abord, une validation de la méthode CE-MS au niveau bottom-up a été réalisée pour caractériser les structures des glycosylations et les quantifier relativement. Afin d'éviter les modifications artéfactuelles produites lors des étapes de préparation d' échantillon, des analyses ont été réalisées à des niveaux plus complexes de ces molécules. Pour cela, des méthodes ont été développées afin d'analyser les mAbs partiellement digérés via une enzyme spécifique pour confirmer les résultats et obtenir une répartition des modifications post traductionnelles. Enfin, des séparations des mAbs intacts ont été effectuées afin d'avoir une représentation la plus proche possible de la répartition des variants dans les échantillons. La caractérisation fine des variants permettra alors d'orienter les processus de fabrication des mAbs afin d'optimiser les traitements
Monoclonal antibodies (mAbs) are therapeutic biomolecules employed as treatment against cancer and other pathologies. These glycoproteins are subject to numerous micro-heterogeneities which cou Id affect treatment efficiency. Hence, mAbs variants analysis requires powerful, rapid and accurate analytical methods to elucidate their structure. ln this thesis, works have been done to develop methods leaning on a capillary electrophoresis - mass spectrometry coupling (CE-MS) to get a multi-level mAbs isoforms analysis. First, method assessment and validation of glycosylation forms analysis by CE-MS have been done to characterize and set up a relative quantitation of these modifications. ln order to avoid potential artifactual modifications due to the sample preparation process, higher order analyses have been performed at tougher analytical levels. For that purpose, methods involving partial and total enzymatic digestion have been developed and optimized to assess the plenty of post-translational modification linked to the protein structure. Finally, whole protein analyses have been completed to get a more accurate illustration from variants heterogeneity of the medication administered. The comprehensive analysis of mAbs and their variants should help to guide the manufacturing process and go a step further in treatment optimization

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Dedieu, Alain. "Exploration des modifications post-traductionnelles des protéines : nouvelles approches et nouveaux modèles biologiques." Thesis, Montpellier 1, 2014. http://www.theses.fr/2014MON13516/document.

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L'étude des modifications post-traductionnelles a connu au cours des dernières années un regain d'intérêt notable. Tout d'abord car elle s'effectue aujourd'hui au travers d'approches basées sur la spectrométrie de masse, technique qui pendant cette période a connu de profonds bouleversements, conduisant à des études plus aisées et systématiques.Mais aussi car tant par leur variété que par le rôle qu'elles jouent dans la vie et la régulation cellulaire, ces modifications ne peuvent plus être négligées. Par ailleurs au cours de ces quinze dernières années, nous avons assisté concernant les procaryotes à un changement total de paradigme. En effet à la fin des années 90, l'idée dominante était que ces modifications pouvaient exister chez ceux-ci mais de façon très partielle et/ou très particulière.Dans ce travail, les divers degrés d'iodation de la tyrosine ont été sondés par une approche de type «shotgun » sur un organe entier, la thyroïde de souris. L'efficacité de ce type d'approche démontrée, les modifications post-traductionnelles potentiellement présentes dans des organismes modèles radiorésistants, la bactérie Deinococcus deserti et l'archée Thermococcus gammatolerans ont été analysées. Dans le premier cas, les données de protéomique montrent que de nombreuses acétylations N-terminales portent sur un motif spécifique (essentiellement des thréonines et sérines), cas très atypique pour une bactérie. Chez Thermococcus gammatolerans les acétylations N-terminales sont rares, mais la présence d'acétylations sur les chaînes latérales des lysines est notable. La présence de phosphorylations sur ces mêmes protéines, laisse entrevoir un possible phénomène de « cross talk » entre les lysines acétylées et les sérines et/ou thréonines phosphorylées.Ici, nous démontrons que la complexité du protéome chez les procaryotes par le biais des MPT est bien réelle et que de possibles interdépendances entre MPT mériteraient un regard nouveau
Recently, the study of post-translational modifications has greatly evolved, mainly because of crucial progresses in mass spectrometry methodology which have allowed high-throughput, high resolution analysis. Their variety and their role in the regulation of key molecular mechanisms are increasingly documented. In this work, the different degrees of iodination of tyrosine were probed with a "shotgun" approach carried out from an entire organ, the mice thyroid. Post-translational modifications present in two radioresistant organism models, the bacterium Deinococcus deserti and the archaeon Thermococcus gammatolerans, were analyzed. The large scale exploration of N-terminal acetylation in D. deserti indicates a specific pattern of this modification on serine and threonine, as well as an atypical, high propension to acetylation with 50% of modified N-termini. In T. gammatolerans, N-terminal acetylation is rare, but the presence of acetylation on lysine side chains is significant. The presence of phosphorylation on these proteins suggests a potential "cross talk" between the acetylated lysine and phosphorylated serine or threonine residues. This work demonstrates that the complexity of the proteome in prokaryotes through post-translational modifications is higher than expected when extremophiles are scrutinized compared to classical prokaryote models. Interdependencies between post-translational modifications definitively deserve a fresher look

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Cano, Patricia. "Caractérisation du métabolome de F. graminearum : détection et effets sur la barrière intestinale." Phd thesis, Toulouse, INPT, 2013. http://oatao.univ-toulouse.fr/17793/1/CANO_P.pdf.

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F. graminearum est l’une des espèces prédominantes en tant que pathogène des céréales en Europe et dans les régions tempérées du monde. Cette moisissure appartient au genre Fusarium qui est l’un des genres qui produit le plus de métabolites secondaires, dont de nombreuses mycotoxines. Cependant, les connaissances sur son génome laissent présager que F. graminearum produit une très grande variété de métabolites qui sont encore inconnus. C’est pourquoi l’objectif de cette thèse a été de caractériser le métabolome de cette moisissure en identifiant de nouveaux métabolites ainsi qu’en étudiant leur toxicité. Pour cela, une méthode analytique combinant la spectrométrie de masse de haute résolution et le marquage des métabolites secondaires avec des isotopes stables a été développée. Celle‐ci à tout d’abord était validée avec le métabolome bien connu d’Aspergillus fumigatus avant d’être appliquée au métabolome de F. graminearum. Cette méthode a permis d’identifier 37 nouveaux métabolites, dont les fusaristatines A, C et D qui on été détectées pour la première fois chez F. graminearum. Le deoxynivalenol (DON) est une mycotoxine majeure produite par F. graminearum, c’est pourquoi sa toxicité a été comparée in vivo sur un modèle porcin à celle d’un mélange de fusariotoxines. Les résultats de cette étude ont montré une toxicité bien différente du mélange par rapport au DON seul, que ce soit par rapport à la performance des animaux ou à leur réponse immunitaire. Ceci suggère que certaines des fusariotoxines présentes dans le mélange auraient des répercutions biologiques et donc que leur toxicité reste encore à être élucidée. De plus, l’importance de la caractérisation de la toxicité du métabolome de F. graminearum a été soulignée par les résultats obtenus dans une seconde étude, qui ont révélés une possible implication du DON dans les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin par l’intermédiaire des lymphocytes Th17.

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Belva, Hélène. "Les Spectres de masse en ionisation Electrospray de petites protéines basiques à multiples ponts disulfure reflètent-ils leur conformation ?" Rouen, 2000. http://www.theses.fr/2000ROUES072.

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Ce travail de thèse a pour objectif de vérifier si les spectres de masse en ionisation Electrospray de petites protéines basiques à multiples ponts disulfure corrèlent avec leur conformation en solution. Pour cela, trois toxines peptidiques ont été choisies comme modèles : les oméga-conotoxines MVIIA et MVIIC et l'α-dendrotoxine. Ces neurotoxines sont hautement basiques et contiennent trois ponts disulfure intramoléculaires. Ce travail a consisté à vérifier dans un premier temps la localisation des ponts disulfure en utilisant des digestions enzymatiques préalablement à l'analyse par spectrométrie de masse. Puis, dans un second temps, une analyse conformationnelle de ces toxines a été réalisée par spectrométrie de masse sous ionisation Electrospray. Nous avons exploité d'une part les informations fournies par l'étude de la distribution des états de charge et d'autre part les informations issues des échanges proton/deutérium. Les résultats obtenus ont été discutés et comparés avec d'autres études menées par RMN pour les oméga-conotoxines, et par RMN et diffraction aux rayons X pour l'α-dendrotoxine. Cette étude a permis de voir que la conformation de ce type de petites protéines très basiques et rigides est complexe à étudier par Electrospray. Les contraintes stériques imposées par les nombreux ponts disulfure et les répulsions coulombiennes dues au processus de désolvatation, empêchent de tirer des conclusions rigoureuses. Il apparaît clairement que l'observation des ions en phase gazeuse pour des petites protéines basiques et riches en ponts disulfure n'est pas systématiquement le reflet de leur conformation en solution.

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Said, Nassur. "Characterization of therapeutic proteins by capillary electrophoresis (CE) coupled to mass spectrometry (MS)." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAF048/document.

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Les anticorps monoclonaux (mAbs) sont des glycoprotéines complexes possédant de nombreuses micro-hétérogénéités qui peuvent influencer leur efficacité dans l’organisme. Il est par conséquent nécessaire de développer des méthodes analytiques robustes, sensibles et spécifiques pour les caractériser avec la plus grande précision. L’objectif de cette thèse a été de développer des méthodes analytiques permettant la caractérisation fine et à différents niveaux d’un anticorps monoclonal, le cetuximab, ainsi qu’un anticorps monoclonal conjugués à un principe actif, le brentuximab vedotin, sur des couplages direct ou indirect de l’électrophorèse capillaire et la spectrométrie de masse. Dans une première partie, une approche middle-up protéomique du cetuximab a été réalisé sur le couplage indirect CZE-UV/MALDI-MS afin de séparer et caractériser les variants de charges du fragment F/2 et F(ab)’2 ainsi que la caractérisation top-down des fragments Fc/2. Ensuite une nouvelle stratégie indirecte CZE-UV/nanoESI-MS a été développée pour permettre la caractérisation fine de ce mAbs partiellement digéré. Enfin un couplage direct par CESI-MS a été développé pour permettre l’analyse rapide et précise du cetuximab middle-up. Dans une deuxième partie, la combinaison d’analyse de mAbs d’intact, middle-up et bottom-up protéomique a été réalisée sur le couplage CZE-UV/nanoESI-MS et CESI-MS. Cela a permis la caractérisation à différent niveau du brentuximab vedotin. Cette méthodologie a permis l’analyse du DAR, l’identification de fragments conjugués, la caractérisation simultanée de la séquence complète de l’anticorps, d’un grand nombre de modifications post-traductionnelles, la caractérisation des peptides conjugués ainsi que l’identification d’ions diagnostiques du principe actif
Monoclonal antibodies (mAbs) are highly complex glycoproteins having a lot of micro-heterogeneities which can influence their effectiveness. As a consequence, it is necessary to develop robust analytical methods, sensitive and specific to characterize them with high accuracy. The purpose of this thesis was to develop analytical methods allowing the multi-level characterization of monoclonal antibody (cetuximab), and antibody drug conjugates (brentuximab vedotin), using on-online or off-line capillary electrophoresis – mass spectrometry coupling. In the first section, a middle-up proteomic approach of cetuximab was carried out using Off-line CZE-UV/MALDI-MS coupling to separate and to characterize Fc/2 and F(ab)’2 charge variants. A top-down characterization of Fc/2 fragments was also employed. Then a new strategy off-line CZE-UV/nanoESI-MS was used to allow the characterization of this partially digest mAbs. Finally, an online coupling by CESI-MS was developed to allow the fast and accurate analysis of middle-up cetuximab. In a second part, the combination of intact, middle-up and bottom-up proteomic carried out on CZE-UV/nanoESI-MS and CESI coupling allowed the most exhaustive characterization of brentuximab vedotin. This methodology allowed the analyze of DAR, the identification of fragments drug conjugates, the simultaneous characterization of the complete structure of antibody, a significant number of post-translational modifications, all peptides drug conjugates and the identification of diagnostic ions

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Bechade, Guillaume. "Advances in mass spectrometry based proteomics : recherche de biomarqueurs et caractérisation de complexes covalents." Strasbourg, 2009. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2009/BECHADE_Guillaume_2009.pdf.

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L’engouement autour de l’analyse protéomique par spectrométrie de masse a masqué des questions essentielles comme la qualité et la validation des résultats. Des difficultés majeures persistent pour identifier toutes les protéines d’un échantillon et en obtenir un recouvrement de séquence maximal. Actuellement, l’information recueillie est largement incomplète et incertaine. Les progrès à réaliser passent par l’amélioration des techniques séparatives, de la spectrométrie de masse, et des outils bioinformatiques de validation des données protéomiques. Dans ce contexte, ce travail de thèse s’est articulé autour de deux thématiques : ‣ Le développement de méthodologies pour améliorer l’analyse protéomique. Une étude de la répétabilité des analyses nanoLC-MS/MS d’échantillons protéiques complexes a conduit à la mise en place de solutions simples pour améliorer le nombre et la qualité des identifications. Ces innovations ont été appliquées à (1) la recherche de biomarqueurs spécifiques de leucémies au diagnostic ambigu ; (2) l’identification de partenaires d’interaction de facteurs de transcription suppresseurs de tumeur dans le foie. ‣ La mise au point d’approches pour la caractérisation de complexes protéiques covalents à liaison cystéine-cystéine. Des mesures de protéines entières par LC-MS haute résolution et l’analyse par nanoLC-MS/MS de dipeptides ont notamment permis l’étude de mécanismes rédox intracellulaires. Ces travaux, proposant une utilisation plus fine et fiable de la spectrométrie de masse, ont montré de manière univoque la pertinence de l’approche protéomique pour la découverte clinique, l’analyse fonctionnelle et l’étude de mécanismes enzymatiques
The hype surronding mass spectrometry based proteomics has hidden crucial points such as the quality and the validation of the results. Great difficulties remain to identify and get a maximal sequence coverage of all proteins contained in a sample. Collected information is currently clearly incomplete and uncertain. Progress is still needed in separation techniques, in mass spectrometry and in bioinformatics for the acquisition and the validation of proteomics data. In this context, this thesis hinges on two thematics : ‣ The development of methodologies to improve proteomic analysis. A study of the repeatability of nanoLC-MS/MS analyses of complex biological samples lead to the development of original solutions to improve the number and the quality of proteins identifications. These innovations have been applied to (1) the discovery of new biomakers for leukemia with ambiguous diagnosis ; (2) the identification of interaction partners for transcription factors implied in liver tumor suppression. ‣ The development of approches to characterize covalent complexes involving cystein-cystein linkage. Measurements of intact proteins by LC-MS with high mass resolution and analysis of bridged peptides by nanoLC-MS/MS were especially optimized to study intracellular redox mechanisms. This thesis highlights a cleverer and a more reliable application of mass spectrometry, and univocally shows the relevance of proteomic approaches for clinical discovery, functionnal analysis and enzymatic mechanisms study

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Gahoual, Rabah. "Développement du couplage électrophorèse capillaire - spectrométrie de masse haute sensibilité : application à la caractérisation fine de protéines." Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAF040/document.

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Les interfaces permettant le couplage entre l'électrophorèse capillaire (CE) et la spectrométrie de masse (MS) à source ESI souffrent actuellement d'un manque de robustesse ou de sensibilité. Les travaux présentés décrivent la mise en oeuvre d'un nouveau type d'interface CE-ESl-MS â haute sensibilité CESl-MS. La caractérisation du spray généré par CESl-MS a montré la production d'un nanoESI induisant une augmentation importante de la sensibilité par rapport au régime ESI classique. Le système CESl-MS a pu ainsi être mis en oeuvre comme plateforme d'infusion nanoESI et utilisé pour l'étude de complexes non-covalents de haut poids moléculaires en MS native. Une méthodologie par CESl-MS/MS a également été développée pour la caractérisation complète de la structure primaire d'anticorps monoclonaux (mAbs). Les résultats montrent la possibilité en une unique injection de caractériser l'ensemble de la séquence d'acides aminés, un nombre significatif de glycosylations et l'ensemble des modifications d'intérêts. Cette méthodologie a pu être appliquée pour déterminer la similarité entre des mAbs commerciaux et leur candidat biosimilaire respectif
Interfacings allowing the hyphenation of capillary electrophoresis (CE) to ESI mass spectrometry(MS) currently suffer from lack of robustness and sensitivity. This work describes the application of a new design of CE-ESl-MS coupling referred as the CESl-MS. Characterization of the ESI generated through the CESl-MS system showed the production of a nanoESI allowing to increase drastically the sensitivity compared to conventional ESI. The CESl-MS was used as a nanoESI infusion platform allowing to study high molecular masses noncovalent complexes in native MS. A CESl-MS/MS method was developed enabling the complete primary structure characterization o fmonoclonal antibodies (mAbs). Results showed the ability of the methodology in a single injection to simultaneously characterize the entire amino acid sequence, a significant number of glycosylation and all the posttranslational modifications of interest. Finally the methodotogy was applied to assess the similarity between marketed mAbs and their respective biosimilar candidate

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Diallo, Issa. "Nouvelle méthode en protéomique pour améliorer l'identification et la quantification des protéines acétylées." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAS035.

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L'acétylation des protéines constitue l’une des plus importantes modifications post-traductionnelles (PTMs). Elle intervient dans de multiples processus bologiques et physiopathologiques tels que, l’activité transcriptionnelle, l'apoptose, la régulation des voies métaboliques, les cancers, les maladies inflammatoires et cardiovasculaires. Face à l’importance de l’acétylation des protéines, il apparaît donc indispensable de bien comprendre les mécanismes qui y sont associés, et donc, de pouvoir identifier et quantifier les protéines acétylées à partir du protéome complet d’échantillons complexes tels que des extraits cellulaires ou tissulaires. La spectrométrie de masse est une technique de choix pour de telles études, car elle permet d’identifier les protéines et les sites d’acétylation, mais aussi de les quantifier en l’associant à des techniques de quantification (label free, SILAC, iTRAQ/TMT, AQUA). Malheureusement, ces méthodes ne ciblent pas particulièrement les acétylations et requièrent l’utilisation de techniques d’enrichissement ou de fractionnement qui ne sont dédiées qu’à certains types d’acetylation : les N-ter et K-acetylation. Aucun enrichissement n’est disponible pour les O- acétylations et ces méthodes d’enrichissement ne sont pas toujours compatibles avec les techniques de quantification citées ci-dessus. Pour améliorer la détection et la quantification des acétylations, nous proposons la méthode RAQIAT (Relatif Absolute Quantification Isobaric Affinity Tag) qui se résume en trois grandes étapes: i) Le blocage des fonctions amines libres à l'aide de la di-méthylation réductrice, ceci empêchera ces dernières de réagir avec le réactif RAQIAT, ii) La désacétylation des lysines acétylées pour permettre une quantification sélective des acétylations, iii) Le marquage des amines primaires précédemment désacétylées dans l’étape 2 par le réactif RAQIAT pour permettre leurs identifications et quantifications. Ce manuscrit a porté en partie sur les deux premières étapes de la méthode RAQIAT.Dans la première étape, les échantillons de protéines de levure ont été digérés puis di-méthylés et fractionnés par OFFGEL en 24 fractions. Ensuite, chacune de ces 24 fractions OFFGEL a été soumise à un fractionnement nano-RPLC et analysée par MALDI TOF/TOF (4800 MALDI-TOF/TOF, Sciex). En parallèle, la même expérience a été réalisée, cette fois-ci sans di-méthylation. L'analyse des données a été réalisée en utilisant le logiciel Mascot comme moteur de recherche.L’efficacité de la réaction de di-méthylation démontrée, nous avons montré que sans réaliser la di-méthylation réductrice 164 sites acétylés ont pu été identifiés alors que 385 sites acétylés distincts ont été identifiés avec la di-méthylation réductrice. De plus, l'amélioration de la détection de l'acétylation en utilisant la méthode de di-méthylation a été observée pour chacune des différents types acétylations: N-ter, K- et O-acétylation.Dans la deuxième étape, nous avons présenté des résultats préliminaires de déacétylation par la sirtuine 1 en présence du peptide de la p53 (Ac-Arg-His-Lys-Lys-(Ac)-AMC) connu comme étant un substrat de cette enzyme. Nous avons observé la formation d’un peptide non acétylé, suggérant une déacétylation de ce peptide acétylé de p53. Cependant, la formation de cet ion étant très faible et l’ion acétylé étant fortement préservé, nous en avons conclu que l’efficacité de la déacétylation du peptide de p53 n’était pas suffisante pour l’intégrer à la méthode RAQIAT
Protein acetylation is one of the most widespread post-translational modifications which is involved in many cellular physiologies and pathologies such as cancers. Regarding the important biological effect of protein acetylation and a non-negligible number of proteins bearing this PTM, several methods emerged last decade to investigate such PTM. But the detection of acetylations and their quantification are still limited and enrichment method allowing a better detection of acetylation target mostly one kind of acetylation (K-acetylation). To improve the detection of the three kind of acetylation (N-ter, K, and O-) and their quantification, we propose the RAQIAT method (Relative Absolute Quantification Isobaric Affinity Tag), based on protein digestion followed by 3 steps : i) a protection of free primary amines at N-ter, lysine (i.e. primary amine not bearing PTM) based on a reductive di-methylation strategy ii) a deacetylation of acetylated residues to obtain free primary amine corresponding to peptides previously acetylated iii) a RAQIAT labeling on the free primary amine obtained in the previous step to allow the enrichment of peptides previously acetylated and their quantifications. Herein, we present the investigation of the two first steps of RAQIAT method.In the first step, we evidenced that the reductive di-methylation strategy improved the detection of the three kind of acetylation: N-ter, K- and O- acetylations. Yeast protein samples were digested with trypsin prior di-methylation of resulting peptide mixture. Then, di-methylated peptide mixtures were fractionated by OFFGEL and reverse phase liquid chromatography followed by MALDI-TOF/TOF mass spectrometry analysis. Data analysis was performed by using Mascot as search engines.Our results showed that OFFGEL fractionation is a useful step to increase detection of acetylations. Moreover, we showed that our di-methylation treatment improved significantly detection of acetylation. Indeed, after di-methylation treatment, 385 unique acetylated sites were identified while 164 unique acetylated peptides were detected without di-methylation treatment. The improvement of acetylation detection using our di-methylation strategy is observed for each of acetylations: N-ter, K- and O-acetylations. Thus, this new proteomic method is promising to enhance N-ter, K- and O-acetylation detection.In the second step, we presented preliminary results of deacetylation by sirtuin 1 in the presence of p53 peptide (Ac-Arg-His-Lys-Lys- (Ac) –AMC. However, the low deacetylation efficiency of the p53 peptide observed, conclude that is not suitable to applicate into RAQIAT Method

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Cliquet, Freddy. "Des spectres MS/MS à l'identification des protéines : interprétation des données issues de l'analyse d'un mélange de protéïnes d'un organisme non séquencé." Phd thesis, Nantes, 2011. https://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show/show?id=184726e5-5913-4248-b5f2-03153efac1c9.

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La spectrométrie de masse est une technique utilisée en protéomique pour identifier des protéines inconnues dans un échantillon. Le spectromètre mesure la masse de fragments de la protéine et fournit ainsi des spectres expérimentaux qui sont des représentations, sous forme de séries de pics, de la présence de ces différents fragments. En étudiant ces spectres, nous espérons pouvoir identifier la protéine d’origine en la retrouvant dans une banque. L’objectif de cette thèse est de proposer de nouvelles méthodes permettant d’étudier ces spectres. Cependant, ces méthodes doivent fonctionner sur des organismes non séquencés. Dans ce cas particulier, nous ne retrouverons pas exactement ces protéines dans la banque, mais uniquement des protéines qui y ressemblent. Nous proposons tout d’abord un nouvel algorithme dit de comparaison de spectres : PacketSpectralAlignment. Cet algorithme permet de comparer des spectres expérimentaux à des spectres créés à partir des données contenues dans la banque, et ce, même en présence de modifications. Cette comparaison permet l’association de chacun des spectres à un peptide de cette banque. Ensuite, nous détaillerons différents prétraitements et filtrages permettant d’améliorer l’exploitation de notre nouvel algorithme. Tous ces éléments sont intégrés dans une plate-forme intitulé SIFpackets. Enfin, nous validons les résultats de PacketSpectralAlignment ainsi que de SIFpackets sur différents jeux de données réelles
Mass spectrometry is a general method used in proteomics to identify unknown proteins in a sample. The mass spectrometer measures the masses of several protein’s fragments and provide spectra. A spectrum is a series of peaks that indicate the presence of those fragments. By studying these spectra, we aim at retrieving the analyzed protein in a reference databank. In this thesis, we propose a new method to study these spectra. However, our solution must be able to work on proteins coming from unsequenced species, which means that we can’t find exactly the same proteins in the databank, only similar ones. At first, we propose a new spectra comparison algorithm: PacketSpectralAlignment. This algorithm allows to compare experimental spectra produced by a mass spectrometer to spectra created from the reference databank data in presence of modifications. This comparison allows to associate to each spectrum, a peptide from the databank. Then, we explain several preprocessing and filtering methods that enhance the results of our new algorithm. All of those methods are used in the SIFpackets framework. Finally, we validate PacketSpectralAlignment and SIFpackets results using several experimental datasets

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Lafaye, Alexandra. "Analyse du métabolome par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse : applications en toxicologie et dans la compréhension des systèmes biologiques." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066424.

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Contrepois, K��vin. "Modifications de la chromatine associ��es �� la s��nescence cellulaire." Phd thesis, Universit�� Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00720224.

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La s��nescence cellulaire est une r��ponse �� un stress des cellules de mammif��re caract��ris��e par un arr��t durable du cycle cellulaire. Celle-ci peut ��tre d��clench��e par un dysfonctionnement des t��lom��res, des stress g��notoxiques et l'activation d'oncog��nes. La s��nescence constitue une puissante ligne de d��fense contre le d��veloppement de cancers et intervient aussi dans le vieillissement. Les cellules en s��nescence r��organisent leur g��nome par l'assemblage en h��t��rochromatine sous forme de SAHFs (senescence-associated heterochromatin foci). Nous avons mis en ��vidence que la d��sac��tylation globale de H4-K16Ac par la d��sac��tylase SIRT2 est impliqu��e dans l'assemblage de l'h��t��rochromatine en s��nescence. De plus, nous avons identifi�� une accumulation de variants d'histones H2A et H2B sp��cifiquement dans des cellules en s��nescence pr��sentant des dommages persistants �� l'ADN. Ces variants d'histone pourraient avoir des fonctions sp��cifiques dans ces cellules et pourraient repr��senter un biomarqueur du vieillissement in vivo.Mes travaux apportent des ��l��ments pour la compr��hension des r��les de l'information ��pig��n��tique dans la s��nescence cellulaire.

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Vladimir, Filipović. "Uticaj procesa osmotske dehidratacije na prenos mase i kvalitet mesa svinja." Phd thesis, Univerzitet u Novom Sadu, Tehnološki fakultet Novi Sad, 2013. http://dx.doi.org/10.2298/NS20130523FILIPOVIC.

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Ispitivan je proces osmotske dehidratacije mesasvinja u tri osmotska rastvora (vodeni rastvornatrijum hlorida i saharoze, kombinacijavodenog rastvora natrijum hlorida i saharoze imelase i melasa šećerne repe) različitihkoncentracija, na tri temperature (20°C, 35°C i50°C) i pri tri vremena trajanja procesa (1, 3 i5h). Mereni i računati odzivi procesa osmotskedehidratacije bili su: sadržaj suve materije,gubitak vode, prirast suve materije, indeksefiksanosti procesa, vrednost aktivnosti vode.Rezultati ispitivanja pokazuju da povećanjetehnoloških parametara temperature i vremenaprocesa, kao i koncentracije osmotskih rastvoradovode do intenziviranja prenosa mase uprocesu i povećanja vrednosti odzivnihparametara procesa, u oba slučaja, istostrujne iprotivstrujne osmotske dehidratacije.Na osnovu dobijenih rezultata razvijeni sumodeli zavisnosti odziva procesa odprimenjenih tehnoloških parametara zaistostrujne i protivstrujne procese osmotskedehidratacije. “Score” analizom određene suvrednosti tehnoloških parametara koje su zarezultat dale optimalnu efiksanost procesa.U radu je ispitan enegetski bilans procesaosmotske dehidratacije i upoređen sakonvektivnim sušenjem, gde su se kaoenergentski najefikasniji pokazali procesi natemperaturi od 20°C.Karakteristike osmotski dehidriranog svinjskogmesa su pokazale da dolazi do poboljšanjamikrobiološkog, hemijskog i nutritivnog profilamesa nakon procesa, kao i promene boje iteksture, gde je melasa šećerne repe kaoosmotski rastvor, iskazala najbolje uticaje napromene karakteristika dehidiranog mesa.Na osnovu svih ispitanih uticaja variranihparametara kao optimalni parametri procesamogu da se definišu: protivstrujni proces, utrajanju od 5 časova na temperaturi od 20°C, umelasi kao osmotskom rastvoru. Ovakav procesdovodi do sveukupnog poboljšanjakarakteristika svinjskog mesa uvodeći nutritivnapoboljšanja iz hemijskog sastava melase uljudsku ishranu.
Process of osmotic dehydration of pork meat inthree different osmotic solutions (sodiumchloride and sucrose dissolved in water, mixtureof sodium chloride, sucrose dissolved in waterand molasses and sugar beet molasses) ofdifferent concentrations, at three temperatures(20°C, 35°C & 50°C) and three different timesof duration of the process (1, 3 & 5h) wasinvestigated.Measured and calculated responses of theosmotic dehydration process were: dry mattercontent, water loss, solid gain, dehydrationefficiency index and value of water activity.The results showed that the increase oftechnological parameters: time and temperatureof the process, as well as the concentration ofthe osmotic solutions led to the intensified masstransfer in the process and increased values ofprocess responses, in either co-counter orcurrent processes of osmotic solutions.Based on obtained results mathematical modelsof dependence of process responses fromapplied technological parameters for co- andcounter-current processes of osmoticdehydrations were developed. By the means of“Score” analyses the values of technologicalparameters which produced optimal efficiencyof the process were calculated.In this research process energy balance wasinvestigated by comparison to the convectivedrying, where the highest energy efficiency wasdetermined in the processes at the temperatureof 20°C.Characteristics of osmo-dehydrated pork meatwere also investigated, pointing at theimprovement of microbiological, chemical andnutritive profile of the meat after the process, aswell as the change of color and texture, wheresugar beet molasses, as an osmotic solution, hadshown the best effects on changes of dehydratedmeat characteristics.Based on all investigated effects of variedparameters, the optimal process parameters canbe defined as: counter-current process, of 5hours duration, at 20°C, in molasses as anosmotic solution. Process like that leads to thetotal improvement of pork meat characteristicsintroducing nutritive benefit from molasseschemical composition into human nutrition.

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Bilgraer, Raphaël. "Déchiffrer le code histone : épigénétique et toxicologie placentaire." Thesis, Paris 5, 2014. http://www.theses.fr/2014PA05P627/document.

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En influençant le degré de compaction de la chromatine ainsi que ses interactions avec différents partenaires protéiques, les modifications post-traductionnelles des histones sont impliquées dans la régulation de l’expression des gènes. Avec les différents variants d’histones incorporés dans la chromatine, ces modifications dynamiques et sensibles à l’environnement sont constitutives du code histone. Ce travail présente une approche globale de criblage baptisée approche histonomique, visant à révéler une perturbation épigénétique à l’échelle des histones. Cette approche originale offre une comparaison rapide et fiable des abondances relatives des variants d’histones et de leurs modifications post-traductionnelles dans des cellules humaines en une seule analyse LC-MS. Comme preuve de concept, des cellules BeWo issues de choriocarcinome humain ont été exposées au butyrate de sodium, un inhibiteur non spécifique d’histones désacétylases. Les histones extraites des échantillons témoins ou traités au butyrate de sodium à 1 ou 2,5 mM ont été analysées par chromatographie liquide ultra performante couplée à un spectromètre de masse de type Q-TOF. Les analyses statistiques multivariées ont permis de discriminer les échantillons témoins des échantillons traités sur la base des différences de degrés d’acétylation observés sur plusieurs formes d’histones. La même approche a ensuite été appliquée à des cellules exposées au B[a]P à 1 μM et a révélé deux principaux marqueurs caractéristiques d’un remodelage de la chromatine induit par les effets génotoxiques duB[a]P. En résumé, cette approche histonomique globale pourrait se révéler être un outil complémentaire très utile pour explorer une potentielle perturbation du code histone lors d’exposition à des xénobiotiques environnementaux
While acting upon chromatin compaction, histone post-translational modifications (PTMs) are involved in modulating gene expression through histone–DNA affinity and protein–protein interactions. These dynamic and environment-sensitive modifications are constitutive of the histone code that reflects the transient transcriptional state of the chromatin. Here we describe a global screening approach for revealing epigenetic disruption at the histone level. This original approach enables fast and reliable relative abundance comparison of histone PTMs and variants in human cells within a single LC-MS experiment. As a proof of concept, we exposed BeWo human choriocarcinoma cells to sodium butyrate (SB), a universal histone deacetylase (HDAC) inhibitor. Histone acide xtracts equally representing 3 distinct classes, Control, 1 mM and 2.5 mM SB, we reanalyzed using ultra-performance liquid chromatography coupled with a hybrid quadrupoletime-of-flight mass spectrometer (UPLC-QTOF-MS). Multivariate statistics allowed us to discriminate control from treated samples based on differences in the acetylation level of several histone forms. We then applied the same procedure to cells treated with 1 μMB[a]P and suceeded in revealing two markers of chromatin remodeling in relation withgenotoxic properties of B[a]P. Indeed, this untargeted histonomic approach could be auseful exploratory tool in many cases of environmental xenobiotic exposure when histone code disruption is suspected

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Cliquet, Freddy. "Des spectres MS/MS à l'identification des protéines - Interprétation des données issues de l'analyse d'un mélange de protéines d'un organisme non séquencé." Phd thesis, Université de Nantes, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00625749.

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La spectrométrie de masse est une technique utilisée en protéomique pour identifier des protéines inconnues dans un échantillon. Le spectromètre mesure la masse de fragments de la protéine et fournit ainsi des spectres expérimentaux qui sont des représentations, sous forme de séries de pics, de la présence de ces différents fragments. En étudiant ces spectres, nous espérons pouvoir identifier la protéine d'origine en la retrouvant dans une banque. L'objectif de cette thèse est de proposer de nouvelles méthodes permettant d'étudier ces spectres. Cependant, ces méthodes doivent fonctionner sur des organismes non séquencés. Dans ce cas particulier, nous ne retrouverons pas exactement ces protéines dans la banque, mais uniquement des protéines qui y ressemblent. Nous proposons tout d'abord un nouvel algorithme dit de comparaison de spectres : PacketSpectralAlignment. Cet algorithme permet de comparer des spectres expérimentaux à des spectres créés à partir des données contenues dans la banque, et ce, même en présence de modifications. Cette comparaison permet l'association de chacun des spectres à un peptide de cette banque. Ensuite, nous détaillerons différents prétraitements et filtrages permettant d'améliorer l'exploitation de notre nouvel algorithme. Tous ces éléments sont intégrés dans une plate-forme intitulé SIFpackets. Enfin, nous validons les résultats de PacketSpectralAlignment ainsi que de SIFpackets sur différents jeux de données réelles.

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Malarenko, Henady. "O exército vermelho em canções (1918-1945)." Universidade de São Paulo, 2008. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/8/8155/tde-02122008-121210/.

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Nosso trabalho procurou recolher os textos das canções de massa e populares russas relacionadas ao Exército Vermelho no período de 1918 a 1945. Abordaram-se as épocas da Guerra Civil, o período entre guerras e a Grande Guerra Patriótica. Foram coletadas as variações das canções surgidas, caracterizando sua natureza posfolclórica. Finalmente, registraram-se gravações destas canções
Our work tried to compilate the texts of russian masse and popular songs related to the Red Army during the period from 1918 to 1945. Aproaching the ages of Civil War, the period between wars and the Great Patriotic War. Collecting the variations of the rising songs, describing its post-folkloric nature. Finally, the records of the songs were registered

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Libert, Yannick. "Observation et modélisation des enveloppes circumstellaires d'étoiles AGB." Paris 6, 2009. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00455657.

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Noel, Cédric. "Plasmas micro-ondes d'argon à la pression atmosphérique : diagnostics et applications au nettoyage de surfaces." Thesis, Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 2009. http://www.theses.fr/2009INPL020N/document.

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Les travaux présentés dans ce mémoire concernent l’étude des plasmas d’argon créés dans une cavité résonnante micro-ondes fonctionnant à la pression atmosphérique et leur application au nettoyage de surface. Tout d’abord, une étude des enjeux du nettoyage de surfaces industrielles est présentée ainsi qu’un état de l’art des solutions existantes et leurs limitations, mettant en évidence l’intérêt des plasmas comme alternative, notamment ceux fonctionnant en cavité résonnante micro-ondes à pression atmosphérique dont les particularités sont présentées. Dans le cas de l’argon, ces décharges présentent la particularité de ne pas être homogènes mais constituées de un ou plusieurs filaments de faibles diamètres, dépendant des conditions expérimentales. L’étude de la filamentation de ces décharges est l’objet du second chapitre où il a été mis en évidence les corrélations, dans le cas d’un filament unique, entre ses dimensions, sa température et la puissance dissipée et qu’il existait un seuil de puissance au-delà duquel la filamentation apparaissait. Une modélisation électromagnétique simple a été réalisée permettant de décrire l’influence des paramètres principaux de la décharge sur la filamentation. Le troisième chapitre présente les résultats de la caractérisation d’un filament d’argon par absorption laser en plasma continu et pulsé. L’effet de l’addition d’oxygène y est également présenté. Le dernier chapitre concerne l’étude de l’application des post-décharges micro-ondes à la pression atmosphérique créées dans des mélanges argon-azote et argon-oxygène au nettoyage de surface. On y étudie notamment l’interaction de ces post-décharges avec des molécules organiques modèles (acide stéarique et 1-octadécène). L’analyse de surface avec des techniques d’analyse d’extrême surface par spectrométrie de masse (ToF-SIMS et FTMS) a permis d’améliorer notre compréhension des mécanismes de nettoyage
The present work deals with the study of argon microwave plasmas generated in resonant cavity at atmospheric pressure and their application to surface cleaning. First, a study of the aim of surface cleaning of industrial surfaces is presented, followed by a state of the art of existing solutions and their limitations, showing the interest of plasmas as an alternative, especially atmospheric pressure microwave resonant cavity plasmas. In the case of argon, these plasmas have the particularity to be inhomogeneous and constituted of one or many small diameter filaments, depending on experimental conditions. The study of the filamentation of these discharges is the subject of the second chapter. In the case of one filament, correlations have been evidenced between its size, its temperature and the dissipated power. A simple electromagnetic simulation allowed us to describe the influence of the main plasmas parameters on the filamentation process. The third chapter presents results from the characterisation of a single argon filament by the mean of diode laser absorption in continuous and pulsed plasma mode. The effect of oxygen addition is also studied. The last chapter deals with the study of the use of atmospheric pressure microwave post-discharges in argon-nitrogen or argon-oxygen mixtures for surface cleaning application. We studied the interaction of such post-discharges with model organic molecules (stearic acid and 1-octadecene). Surface analyses by the mean of extreme surface analysis techniques based on mass spectrometry (ToF-SIMS and FTMS) allow us to improve our understanding of cleaning mechanisms

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Bednarczyk, Audrey. "Nouvelles méthodologies en protéomique pour une caractérisation fine des protéines." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2008. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2008/BEDNARCZYK_Audrey_2008.pdf.

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Les nouveaux besoins en analyse protéomique résident dans une caractérisation toujours plus fine des protéines ce qui inclus l’identification de modifications post-traductionnelles (PTMs). Ainsi, deux sujets ont été abordés : La caractérisation de N-glycoprotéines dont l’importance dans les systèmes biologiques n’est plus à démontrer. Ces études ont été réalisées sur une hormone de fécondité la FSH, un anticorps monoclonal, une protéine allergène et le parasite Toxoplasma Gondii. Le protéome du cheveu humain jamais été étudié en protéomique du fait de la complexité et de la nature des protéines. Nous avons mis au point des méthodes analytiques pour identifier les protéines de la tige capillaire, et cela pour mieux comprendre la structure du cheveu en termes de localisation des protéines, modifications des protéines et interactions protéines-protéines. Ainsi nous avons pu caractérisé plusieurs PTMs (méthylation, oxydation) et des connections inter-chaînes peptidiques
One of the new challenges in proteomics consists in the full characterization of proteins which include the identification of post-translational modifications (PTMs). Thus, two subjects were explored during this PhD thesis: The characterization of N-glycoproteins for which ones the importance in protein function is well established: A number of studies were performed on the follicle stimulating hormone, a monoclonal antibody, a allergenic protein and Toxoplasma Gondii. The human hair proteome: Complementary analytical methods were developed to identify all the proteins present in the hair shaft in order to better understand this complex network. In particular; protein-protein interactions, localization of some proteins, and the type of modifications occurring on human hair proteins have been elucidated from this study

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Bossevain, Clémentine. "Formation des P-bodies et régulations post-transcriptionnelles associées à leurs facteurs d'assemblage dans les cellules humaines." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2020. http://www.theses.fr/2020SORUS019.

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Les P-bodies (PB) sont des granules ribonucléoprotéiques concentrant des milliers d’ARNm particulièrement riches en AU, et une centaine de protéines. Parmi celles-ci, 3 répresseurs de la traduction : DDX6, LSM14A et 4E-T sont indispensables à l’assemblage des PB. Dans une 1ère partie, nous nous sommes intéressés au mécanisme d’assemblage des PB. Nous avons identifié par une approche de TAP-tag et de spectrométrie de masse les partenaires de LSM14A, de son paralogue LSM14B et de 4E-T. Le croisement de leurs interactomes avec ceux, déjà connus, de DDX6 et des PB révèle 8 nouveaux candidats d’assemblage des PB. Nous montrons que l’un d’eux, ILF3, contribue au maintien des PB. Nous montrons par ailleurs qu’une fraction de LSM14A est associée au complexe d’initiation de la traduction. La 2nde partie porte sur l’influence du contenu en GC sur les régulations post-transcriptionnelles. Nous avons cherché : si DDX6, LSM14A et 4E-T ont des préférences de liaison à l’ARN expliquant l’accumulation préférentielle d’ARNm riches en AU dans les PB, quelles informations apporte la localisation des cibles des miARN dans/hors des PB sur le mécanisme de régulation des ARNm par les miARN, et quels autres paramètres que le contenu en GC influenceraient la localisation des ARNm aux PB. Nos analyses montrent : que 4E-T est la seule des 3 protéines d’assemblage des PB à manifester une préférence de liaison pour les ARNm riches en AU, que la localisation dans les PB des cibles des miARN est associée à une répression de leur traduction dépendante de DDX6, et que la rétention d’ARNm riches en AU sur les membranes et les ribosomes concurrence leur recrutement aux PB
P-bodies (PBs) are ribonucleoprotein granules where thousands of mRNAs especially AU-rich, and hundreds of proteins concentrate. Among these proteins, three repressors of translation: DDX6, LSM14A and 4E-T are required to assemble PBs. In a first part, we looked at PB assembly mechanism. We identified by a TAP-tag approach coupled to mass spectrometry analysis protein partners of LSM14A, its paralog LSM14B and 4E-T. Crossing their interactomes with already known DDX6 and PB interactomes revealed 8 new PB assembly candidates. We demonstrate that one of them, ILF3, contributes to PB maintenance. Concerning LSM14A, we show that a fraction of LSM14A associates to the initiation complex. In a second part, related to the influence of GC content on post-transcriptional regulations, we asked: if DDX6, LSM14A and 4E-T have a RNA-binding preference that could explain accumulation of AU-rich mRNAs in PBs, how global localization of miRNA targets in/out PB is informative in regards to mRNA regulation mechanism by miRNAs, and which other parameters apart from mRNA GC content could influence mRNA localization to PBs. Our analyses show: that out of the 3 PB assembly factors, only 4E-T has a preference for AU-rich mRNAs, that localization to PBs of miRNA targets is correlated to their translational repression by DDX6 and that retention of AU-rich mRNAs on membranes and ribosomes competes with their localization to PBs

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Guerra, Diego Fernando. "In articulo mortis : el retrato fotográfico de difuntos y los inicios de la prensa ilustrada en la Argentina, 1898-1913." Thesis, Rennes 2, 2016. http://www.theses.fr/2016REN20025/document.

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Le sujet de la présente thèse est le portrait photographique post-mortem à Buenos Aires et, spécialement, son développement dans le cadre de l'insertion de la photographie dans la presse de masse du début du XXe siècle. En ce sens, l'objectif principal de ce travail est de contribuer à la connaissance des rapports entre mort et représentation visuelle dans le début de la culture de masse. L'analyse d'un corpus hétérogène - des photographies, des peintures, des photogravures, des caricatures, des images aussi journalistiques que publicitaires - essayera donc de rendre compte de quelques problèmes fondamentaux de la présence de l'image et le portrait dans les rites funéraires et les pratiques de deuil modernes. On a aussi le propos de mettre en relief le rôle des pratiques mortuaires dans le processus argentin de modernisation et ses liens avec le développement de la culture visuelle de masse
The subject of this thesis is the postmortem photographic portrait in Buenos Aires and, especially, its development in the context of the insertion of the photography in the early twentieth century massmedia. In this sense, the main objective of this work is to contribute to the knowledge of the relationship between death and visual representation in the beginning of the mass culture. The analysis of a heterogeneous corpus - the photographs, paintings, photo-engravings, cartoons, journalistic images and advertisings - therefore tries to study some fundamental problems of the presence of the image and the portrait in modern funerary rites and mourning practices. Its intention is also to highlight the role of mortuary practices in the Argentine modernization process and its links with the development of visual mass culture
El sujeto de la tesis presente es el retrato fotográfico post-mortem a Buenos Aires y, especialmente, su desarrollo en el marco de la inserción de la fotografía en la prensa de masa de principios del siglo XX. En este sentido, el objetivo principal de este trabajo es contribuir al conocimiento de los relaciones entre muerto y representación visual en el principio de la cultura de masa. El análisis de un corpus heterogéneo - fotografías, pinturas, fotograbados, caricaturas, imágenes tan periodísticas como publicitarias - tratará pues de dar cuenta de algunos problemas fundamentales de la presencia de la imagen y el retrato en los ritos funerarios y las prácticas modernas de duelo. Tenemos también la intención de poner de relieve el papel de las prácticas mortuorias en el proceso argentino de modernización y sus lazos con desarrollo de la cultura visual de masa

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Omari, Abdelaziz. "Hydrodynamique des polymères à l'interface solide-liquide : influence de la déplétion." Brest, 1987. http://www.theses.fr/1987BRES2026.

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Etude du phenomene de depletion pres de la paroi pour des solutions de polymeres (polyacrylamide, xanthane) ebn ecoulement dans des milieux poreux de taille comparable a celle des macromolecules. L'etude montre que l'epaisseur de la couche de depletion est une caracteristique intraseque du polymere

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Pruneda, Sais Anna. "Estudi citològic i bioquímic del fluid epididimari de "Sus domesticus"." Doctoral thesis, Universitat de Girona, 2006. http://hdl.handle.net/10803/7926.

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En aquest estudi s'ha determinat que al augmentar el ritme d'extraccions de semen es produeixen canvis en el patró d'absorció i secreció del fluid epididimari, que provoquen alteracions en la maduració epididimaria dels espermatozoides i un desenvolupament anòmal de la motilitat espermàtica.
La concentració de glutamat i carnitina al fluid epididimari augmenten al llarg del conducte epididimari, alhora que la concentració de myo-inositol disminueix. El contingut de myo-inositol a l'interior dels espermatozoides disminueix, mentre que el contingut de glutamat augmenta a partir del caput distal i el contingut de carnitina no varia al llarg del conducte.
S'ha determinat la presència de la ruta del poliol a l'epidídim de porcí. Els resultats obtinguts indiquen que la glucosa difon de la sang cap al fluid epididimari, és convertida a sorbitol per l'aldosa reductasa, i aquest sorbitol s'acumula al fluid luminal i és convertit a fructosa per l'acció de la sorbitol deshidrogenasa.
A high semen collection frequency brought about an altered resorption and secretion pattern of the epididymal fluid, which results in defective sperm maturation and abnormal development of sperm motility.
In this study, it has been determined that in epididymal fluid the concentration of myo-inositol decreased in a proximo-distal direction, whereas intraluminal concentrations of L-carnitine and L-glutamate increased distally. The content of inositol in spermatozoa fell as they moved from the distal caput whereas sperm glutamate increased from the distal caput to more distal regions and carnitine content remained unchanged during epididymal transit.
In this study, evidence for an operative polyol pathway was demonstrated in the porcine epididymis. The results found are consistent with diffusion of circulating glucose into the lumen, its conversion via aldose reductase to sorbitol which accumulates in the lumen and the action of sorbitol dehidrogenase on sorbitol to produce fructose.

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MOHSSINE, MOHAMMED. "Performances et methodologie d'implantation de circuits integres bipolaires ecl." Paris 6, 1987. http://www.theses.fr/1987PA066533.

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Actuellement, il est important de disposer des moyens de comparaison des differentes technologies (bipolaires si et ga as, mos si et mesfet ga as) selon les criteres vlsi (vitesse, puissance, densite d'integration, rendement de fabrication, cout des processus, outils de cao disponible, etc. . . ); nous donnons une modelisation simplifiee des performances dynamiques des portes ecl cml et nous montrons comment les portes complexes peuvent etre ramenees aux portes simples pour l'evaluation des performances. Nous presentons les regles de dessin simplifiees, definies a partir des technologies hbip 3a et hbip 3b de thomson sdc et nous en deduisons une methodologie d'implantation symbolique sur grille pour les circuits non satures ecl cml, une bibliotheque de fonctions a pu etre etablie. Cette strategie permet un dessin rapide des masques, d'une part, et d'autre part, une evaluation de la surface du circuit integre permettant ainsi de comparer l'implantation de fonction suivant differentes versions ecl cml; ceci nous a permis de comparer les differentes versions d'un vehicule de test: les surfaces et les frequences maximales de fonctionnement pour differentes puissances dissipees. Cette comparaison montre l'interet des familles permettant le "series gating" par rapport aux familles ne permettant que le et cable (stl) et nous permet de comprendre l'interet pour les logiques "multilevel differential ecl" qui offre une grande puissance logique par porte complexe. Nous proposons ensuite une solution alternative a l'utilisation de l'empilement d'etages differentiels et nous comparons les performances des versions binaires des additionneurs 3 entrees-2 sorties et 7 entrees- 3 sorties avec des versions multivaluees en courant, l'additionneur 7-3 permet de diminuer le nombre de couches logiques necessaires pour la realisation des arbres de wallace des multiplicateurs combinatoires

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Broecker, Sebastian. "Aufbau und Anwendung einer Methode zur Identifizierung und Quantifizierung von Giften und deren Metaboliten in Blut und Haaren in der Systematischen Toxikologischen Analyse mittels Flüssigchromatographie-Quadrupol-Flugzeitmassenspektrometrie-Kopplung (LC-QTOF-MS)." Doctoral thesis, Humboldt-Universität zu Berlin, Mathematisch-Naturwissenschaftliche Fakultät I, 2012. http://dx.doi.org/10.18452/16461.

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Die Systematische Toxikologische Analyse (STA) stellt auf Grund der großen Vielfalt und der ständigen Zunahme an toxikologisch relevanten Substanzen eine der größten Herausforderungen in der chemischen Analyse dar. In der vorliegenden Arbeit wurde daher die Eignung der Flüssigchromatographie in Kombination mit der Hybrid-Quadrupol-Flugzeitmassenspektrometrie (LC-QTOF-MS) für diesen Zweck untersucht. Dazu wurden eine Datenbank mit über 7360 und eine CID-Spektrenbibliothek mit mehr als 2720 toxikologisch relevanten Substanzen erstellt und geeignete Probenvorbereitungsmethoden entwickelt. Die Erprobung der Methoden erfolgte an dotierten Blut- und Haarproben. Hierbei zeigte sich, dass die Analyse im Auto-MS/MS-Modus (Messzyklen von MS- und MS/MS-Spektren) eine Identifizierung basischer Substanzen mittels CID-Spektren zwischen 0,5 und 2 ng/ml im Blut ermöglichte. Die Nachweisgrenzen der für 24 Wirkstoffe validierten Methode in Haaren lagen bei 3 bis 15 pg/mg. Die Eignung der LC-QTOF-MS zur STA von Haarproben wurde an 30 Drogentodesfällen und 60 Todesfällen mit bekannter chronischer Medikamenteneinnahme zu Lebzeiten sowie an 77 Blutproben nachgewiesen. Für die Suche nach Metaboliten wurde ein Metaboliten-Tool entwickelt. In der praktischen Anwendung auf Datenfiles von Blut- und Haarproben erwies sich das Tool als wertvolles Hilfsmittel zur Identifizierung unbekannter Peaks und zur Bestätigung von Suchergebnissen in der Datenbank. Zur automatischen Konzentrationsabschätzung identifizierter Substanzen wurde ein Tool „Estimate Concentration“ geschaffen. Die Überprüfung des Verfahrens an realen Blut- und Haarproben durch Vergleich mit HPLC-DAD- und GC-MS-Ergebnissen wies eine gute Übereinstimmung der Konzentrationen auf. Insgesamt zeigten die Untersuchungen, dass die LC-QTOF-MS zurzeit die am besten geeignete Methode für die STA darstellt. Auch bei einem erst später aufkommenden Verdacht kann eine gezielte Suche in dem bereits gemessenen Datenfile durchgeführt werden.
Due to the large variety and the steady increase of toxicologically relevant substances, systematic toxicological analysis (STA) is one of the most difficult tasks in analytical chemistry and, therefore, a steady topic of research and methodical improvement. For this reason, the suitability of liquid chromatography in combination with hybrid quadrupole time-of-flight mass spectrometry (LC-QTOF-MS) for STA was investigated. For this purpose, a database of more than 7360 and a CID spectra library of more than 2720 toxicologically relevant substances and suitable methods for sample preparation were developed. The application was evaluated at spiked blood and hair samples. It was found that the analysis in Auto-MS/MS mode (alternating measurement cycles of MS and MS/MS spectra) allowed substance identification in blood using CID spectra between 0.5 and 2 ng/ml for basic substances. The detection limits of the validated method in hair ranged from 3 to 15 pg/mg for 24 drugs. The suitability of LC-QTOF-MS for STA was tested for hair samples from 30 drug-related death cases and from 60 death cases with known chronic medication as well as for 77 blood samples. For the search of metabolites, a metabolite tool was developed. In the practical application to data files from blood and hair samples, the tool proved to be very helpful for identification of unknown peaks and for confirmation of results obtained only from the database without CID spectra. A tool "Estimate Concentration" was created for automatic estimation of concentrations of identified substances. The application to real blood and hair samples and the comparison of the concentrations with results from HPLC-DAD and GC-MS showed good agreement. Overall, these investigations showed that LC-QTOF-MS is currently the most favorable method for STA. Because of the comprehensive registration of all substances in a sample, the data files can be checked for the presence of certain poisons even later without new measurements.

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SALAMIDA, PASQUALE. "Economia e popolamento delle massae fundorum di Nicotera e Tropea. Il promontorio del Poro nella tarda antichità (secc. IV-VIII)." Doctoral thesis, 2018. http://hdl.handle.net/11573/1178424.

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L'oggetto di studio di questa tesi è incentrato sull'analisi storico archeologica della tarda antichità del Poro, un distretto territoriale calabrese, in provincia di Vibo Valentia, caratterizzato da chiari elementi geo-climatici distintivi rispetto al resto della regione. Lo studio delle fonti storiche e l'analisi delle evidenze archeologiche, con particolare attenzione al contesto geografico, hanno permesso di trarre alcune osservazioni circa gli effetti del verificarsi di alcuni fenomeni caratteristici della tarda antichità, quali l'istituzione di sedi vescovili in abitati "secondari" e la gestione del latifondo attraverso il sistema delle masse.

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Schirm, Michael. "Proteomic approaches for the detection of unusual post-translational modifications in simple and complex bacterial protein mixtures." Thèse, 2004. http://hdl.handle.net/1866/16749.

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Ghitun, Mihaela. "Module microfluidique intégrant des séparations multidimensionnelles : applications d'analyses protéomiques sur des extraits cellulaires." Thèse, 2006. http://hdl.handle.net/1866/17982.

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Abshiru, Nebiyu. "Quantitative proteomics methods for the analysis of histone post-translational modifications." Thèse, 2015. http://hdl.handle.net/1866/13563.

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Анотація:

Les histones sont des protéines nucléaires hautement conservées chez les cellules des eucaryotes. Elles permettent d’organiser et de compacter l’ADN sous la forme de nucléosomes, ceux-ci representant les sous unités de base de la chromatine. Les histones peuvent être modifiées par de nombreuses modifications post-traductionnelles (PTMs) telles que l’acétylation, la méthylation et la phosphorylation. Ces modifications jouent un rôle essentiel dans la réplication de l’ADN, la transcription et l’assemblage de la chromatine. L’abondance de ces modifications peut varier de facon significative lors du developpement des maladies incluant plusieurs types de cancer. Par exemple, la perte totale de la triméthylation sur H4K20 ainsi que l’acétylation sur H4K16 sont des marqueurs tumoraux spécifiques a certains types de cancer chez l’humain. Par conséquent, l’étude de ces modifications et des événements determinant la dynamique des leurs changements d’abondance sont des atouts importants pour mieux comprendre les fonctions cellulaires et moléculaires lors du développement de la maladie. De manière générale, les modifications des histones sont étudiées par des approches biochimiques telles que les immuno-buvardage de type Western ou les méthodes d’immunoprécipitation de la chromatine (ChIP). Cependant, ces approches présentent plusieurs inconvénients telles que le manque de spécificité ou la disponibilité des anticorps, leur coût ou encore la difficulté de les produire et de les valider. Au cours des dernières décennies, la spectrométrie de masse (MS) s’est avérée être une méthode performante pour la caractérisation et la quantification des modifications d’histones. La MS offre de nombreux avantages par rapport aux techniques traditionnelles. Entre autre, elle permet d’effectuer des analyses reproductibles, spécifiques et facilite l’etude d’un large spectre de PTMs en une seule analyse. Dans cette thèse, nous présenterons le développement et l’application de nouveaux outils analytiques pour l’identification et à la quantification des PTMs modifiant les histones. Dans un premier temps, une méthode a été développée pour mesurer les changements d’acétylation spécifiques à certains sites des histones. Cette méthode combine l’analyse des histones intactes et les méthodes de séquençage peptidique afin de déterminer les changements d’acétylation suite à la réaction in vitro par l’histone acétyltransférase (HAT) de levure Rtt109 en présence de ses chaperonnes (Asf1 ou Vps75). Dans un second temps, nous avons développé une méthode d’analyse des peptides isomériques des histones. Cette méthode combine la LC-MS/MS à haute résolution et un nouvel outil informatique appelé Iso-PeptidAce qui permet de déconvoluer les spectres mixtes de peptides isomériques. Nous avons évalué Iso-PeptidAce avec un mélange de peptides synthétiques isomériques. Nous avons également validé les performances de cette approche avec des histones isolées de cellules humaines érythroleucémiques (K562) traitées avec des inhibiteurs d’histones désacétylases (HDACi) utilisés en clinique, et des histones de Saccharomyces cerevisiae liées au facteur d’assemblage de la chromatine (CAF-1) purifiées par chromatographie d’affinité. Enfin, en utilisant la méthode présentée précédemment, nous avons fait une analyse approfondie de la spécificité de plusieurs HATs et HDACs chez Schizosaccharomyces pombe. Nous avons donc déterminé les niveaux d’acétylation d’histones purifiées à partir de cellules contrôles ou de souches mutantes auxquelles il manque une HAT ou HDAC. Notre analyse nous a permis de valider plusieurs cibles connues des HATs et HDACs et d’en identifier de nouvelles. Nos données ont également permis de définir le rôle des différentes HATs et HDACs dans le maintien de l’équilibre d’acétylation des histones. Dans l’ensemble, nous anticipons que les méthodes décrites dans cette thèse permettront de résoudre certains défis rencontrés dans l’étude de la chromatine. De plus, ces données apportent de nouvelles connaissances pour l’élaboration d’études génétiques et biochimiques utilisant S. pombe.
Histones are highly conserved, basic proteins found in eukaryotic cell nuclei. They organize and package DNA strands into nucleosome core particles (NCPs), the fundamental repeating units of eukaryotic chromatin. The histones are subject to a wide variety of posttranslational modifications (PTMs) including acetylation, methylation and phosphorylation. These PTMs play an essential role in DNA-replication, transcription, and chromatin assembly. Alterations in histone PTM abundances have been implicated in several types of cancer. For example, the global loss of trimethylation at H4K20 and acetylation at H4K16 is a hallmark of human cancers. Thus, characterization of histone PTMs and their dynamics is extremely useful for elucidating normal cellular functions and molecular pathways that lead to diseases. Traditionally, histone PTMs are analyzed using antibody-based approaches such as western blot and chromatin immunoprecipitation (ChIP) assays. These methods, however, suffer from several limitations including antibody cross-reactivity, epitope occlusion, and the cost and difficulty in producing and validating antibodies. Over the last decade, mass spectrometry (MS) has emerged as a powerful technique for the characterization and quantification of histone PTMs. MS offers several advantages over the traditional approaches including reproducibility, specificity, and ability to rapidly analyze numerous PTMs in a single experiment. In this thesis, the development and applications of novel analytical tools for the identification and quantification of histone PTMs are presented. First, a method useful for measuring the global and site specific changes in histone acetylation is described. This method combines intact mass analysis and peptide sequencing approaches to study the global and site specific changes in histone acetylation during in vitro assays with yeast Rtt109 and its chaperone (Asf1 or Vps75). Second, a method for analysis of isomeric histone peptides is presented. This method combines a high resolution LC-MS/MS with a novel bioinformatics tool called Iso-PeptidAce to deconvolute mixed spectra of co-eluting isomeric peptides. We benchmarked Iso-PeptidAce using mixtures of synthetic isomeric peptides. We demonstrated its capability in histones isolated from human erythroleukemic (K562) cells treated with clinically relevant histone deacetylase inhibitors (HDACi) and in affinity-purified S. cerevisiae histones bound to chromatin assembly factor-1 (CAF-1). Third, by employing the above methods, an in-depth quantitative analysis of the substrate specificities of several fission yeast HATs and HDACs was assessed. We determined the acetylation site occupancy of multiple lysines in histones isolated from a control or mutant strains lacking specific HAT or HDAC activities. Our analysis identified several known and novel HAT and HDAC target sites. Our data also defined the division of labor between the different HATs and HDACs in maintaining the steady-state level of histone acetylation. Overall, we anticipate that the methods described in this thesis will address some of the existing challenges facing the chromatin field. Moreover, the data presented will provide valuable insights for future genetic and biochemical studies involving the fission yeast.

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Drogaris, Paul. "Analytical strategies for the comprehensive profiling of histone post translational modifications by mass spectrometry and implications for functional analyses." Thèse, 2010. http://hdl.handle.net/1866/4934.

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Анотація:

Le long bio-polymère d'ADN est condensé à l’intérieur du noyau des cellules eukaryotes à l'aide de petites protéines appelées histones. En plus de leurs fonctions condensatrices,ces histones sont également la cible de nombreuses modifications post-traductionnelles(MPT), particulièrement au niveau de leur section N-terminale. Ces modifications réversibles font partie d’un code d’histones épi-génétique transmissible qui orchestre et module dynamiquement certains événements impliquant la chromatine, tels l’activation et la désactivation de gènes ainsi que la duplication et la réparation d’ADN. Ces modifications sont impliquées subséquemment dans la signalisation et la progression de cancers, tels que la leucémie. En conséquence, l'élucidation des modifications d’histones est importante pour comprendre leurs fonctions biologiques. Une méthodologie analytique a été mise au point en laboratoire pour isoler, détecter, et quantifier les MPT d’histones en utilisant une approche rapide à deux volets à l’aide d’outils bioinformatiques spécialisés. La méthodologie développée en laboratoire a été validée en utilisant des histones de souche sauvage ainsi que deux types d’histones mutants déficients en enzymes acétyltransferase. Des trois sources d’histones utilisées, la seule MPT qui a démontré un changement significatif est l’acétylation de l’histone H3 à lysine 56 (H3K56ac). L’expression et la stoechiométrie de cette MPT, issue de cellules de souche sauvage et de cellules mutantes, ont été déterminées avec précision et comparées. Les fonctions de balayage polyvalentes d'un instrument à trappe ionique quadrupôle linéaire hybride ont été utilisées pour améliorer la détection de protéines intactes. Le mode de balayage « enhanced multiply charged » (EMC) a été modifié pour contenir et détecter les ions de protéines intactes situées dans la trappe ionique linéaire. Ce mode de balayage nommé « targeted EMC » (tEMC) a permis de quadrupler le niveau de sensibilité (signal/interférence), et quintupler la résolution du mode de balayage conventionnel. De plus, la capacité de séparation des charges du tEMC a réduit de façon significative les effets de « space charge » dans la trappe ionique linéaire. La résolution supérieure du mode tEMC a permis de différencier plusieurs isoformes modifiées, particulièrement pour l’histone H3. L’analyse des peptides d’histones trypsiques à l’aide du mode de balayage « MRM » a permis le séquençage et la quantification de MPT avec un haut degré de précision. La seule MPT qui était sous-exprimée entre l’histone de souche sauvage et le mutant DOT1L fut la méthylation de l’histone H3 lysine 79(H3K79me1). Les effets de deux inhibiteurs d’enzymes HDAC (HDACi) sur l’expression de MPT d’histone ont été évalués en utilisant la méthodologie analytique mentionnée. Les histones extraites de cellules normales et cancéreuses ont été exposées à du Vorinostat(SAHA) ou du Entinostat (MS-275) pour une période de 24 à 72 heures. Deux histones furent principalement affectées, soit H3 et H4. Étonnamment, les mêmes effets n'ont pas été détectés lorsque les cellules normales ont été traitées avec le HDACi pour une période de 48 à 72 heures. Une méthode absolue de quantification avec une courbe d’étalonnage a été développée pour le peptide H3K56ac. Contrairement à certaines publications, nos résultats démontrent que cette MPT est présente dans les cellules mammifères avec une stoechiométrie très basse (< 0,1%) et n'est pas surexprimée de façon significative après le traitement au HDACi.
In eukaryotic cells, the lengthy DNA biopolymer is condensed into the cell nucleus with the aid of small packaging proteins called histones. In addition to their packing functions,histones are also targets of numerous post translational modifications (PTMs), especially on their N-terminus. These reversible modifications are believed to be constituents of a heritable epigenetic “histone code” that dynamically orchestrate and modulate chromatin based events such as gene activation and silencing, DNA replication and repair, and are also involved in the downstream signaling and progression of cancers, such as leukemia. Thus, the elucidation of histone PTMs is important in understanding their biological function. An analytical workflow was designed and set-up in the laboratory to isolate, detect, and quantitate histone PTM, using a two-pronged, unbiased, and rapid approach with specialized bioinformatic tools. The workflow was validated using histones from wildtype, and 2 mutants deficient in acetyltransferase activity. Between the three histone sources, the only PTM that demonstrated any change was acetylation at histone H3 lysine 56 (H3K56ac). The down-regulation and stoichiometry of this PTM was accurately assessed between wild-type and mutant cells. The versatile scan functions of a hybrid quadrupole-linear ion trap instrument were exploited to enhance the detection of intact histone proteins. The enhanced multiply charged (EMC) scan was modified in order to contain and detect intact protein ions within the linear ion trap. This targeted EMC (or tEMC) resulted in not only a 4-fold increase in signal-to-noise, but also a 5-fold increase in resolution. Furthermore, the charge separation capability of the tEMC dramatically reduced space charge effects within the linear ion trap. The superior resolution of the tEMC mode allowed for the discimination of many modified histone isoforms, especially for histone H3. Using the bottom-up strategy with multiple reaction monitoring (MRM), histone peptides were quantified and sequenced with a high degree of precision. The only PTM that was down-regulated between wild-type and DOT1L mutant histones was methylation at histone H3 lysine 79 (H3K79me1). The effects of two clinically relevant small molecule HDAC inhibitors (HDACi) on histone PTMs patterns were assessed using the analytical workflow developed. Histones derived from both normal and cancer cells were exposed to either Vorinostat (SAHA) or Entinostat (MS-275) over a 24- to 72 hour period. The two core histones primarily affected were H3 and H4. Surprisingly, the same effects were not observed when normal cells were treated with three doses of SAHA at 24-hour intervals over a 72-hour period. An absolute quantitation method using a calibration curve was developed for H3K56ac. In opposition to other published literature, our findings demonstrate that this PTM is present in very low stoichiometry (< 0.1%) in mammalian cells, and exhibits no significant up-regulation in different cell lines treated with several types of HDACi.

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Dugal, Natasha. "La consommation d’alcool et de drogue chez les étudiants suite à la fusillade de Dawson en 2006 : une analyse différenciée selon le sexe." Thèse, 2011. http://hdl.handle.net/1866/5886.

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Анотація:

Objectifs : Étudier l’incidence de la dépendance à l’alcool ou aux drogues chez les étudiants exposés à la fusillade du Collège Dawson dans les 18 mois suivant celle-ci. Identifier les précurseurs au développement d’une dépendance à une substance psychoactive en tenant compte de la sévérité d’exposition à l’événement. Examiner si la consommation d’alcool 18 mois après les événements est en lien avec les différents groupes de symptômes d’état de stress post-traumatique. Méthode : La population à l’étude est composée de l’ensemble des étudiants du Collège Dawson au moment de l’événement. Les analyses ont été faites auprès de 854 étudiants inscrits au Collège au moment de la fusillade. Résultats : Cinq pourcent des femmes et 7 % des hommes présentent pour la première fois de leur vie un problème de dépendance à une substance suite à la fusillade. Pour les hommes, leur jeune âge, la présence de pensées suicidaires au cours de leur vie, ainsi que le fait d’avoir vu le tireur au moment de la fusillade sont les principaux précurseurs de cas incidents de dépendance. Aucun des précurseurs étudiés n’est significatif pour les femmes. Les hommes et les femmes se distinguent également quant aux symptômes d’état de stress post-traumatique qui prédisent la consommation d’alcool 18 mois après la fusillade. Conclusion : La principale retombée de l’étude est de souligner l’importance de considérer le sexe des individus pour étudier leur consommation de substances psychoactives suite à un traumatisme.
Objectives: To determine the incidence of a drug or alcohol addiction among the students who witnessed the Dawson shooting, in the 18 months that followed the event. Identify predictors of development of an addiction to a psychoactive substance, taking into account the severity of the exposure to the event. Consider whether alcohol consumption, 18 months after the event, is connected to the different categories of symptoms of post-traumatic stress. Method: The population under study includes the students at Dawson College at the time of the event. Analyses were conducted with data from 854 students enrolled at the College when the shooting took place. Results: In the 18 months following the shooting, 5 % of women and 7 % of men developed an addiction to a substance for the first time in their lives. For men, younger age (< 20 years old), the prevalence of suicidal thoughts throughout their lives, as well as having seen the perpetrator at the time of the shooting, were key predictors. No predictors were significant for women. Men and women also differed with regards to post-traumatic stress symptoms that predict alcohol consumption, 18 months after the shooting. Conclusion: The main outcome of this study stresses the importance of considering the gender of individuals, when evaluating their consumption of psychotropic drugs or alcohol after a trauma.

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Sanon, Samantha Herntz. "Étude sur l'utilisation de liquides ioniques à base imidazolium pour l'extraction sélective de phosphopeptides." Thèse, 2013. http://hdl.handle.net/1866/10248.

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Анотація:

La phosphorylation des protéines constitue l’une des plus importantes modifications post-traductionnelles (PTMs) et intervient dans de multiples processus physiologiques tels, la croissance, la différenciation cellulaire, l’apoptose, etc. En dépit de son importance, l’analyse des phosphoprotéines demeure une tâche difficile en raison de leur nature dynamique (car la phosphorylation des protéines est un processus réversible) et de leur faible abondance relative. En effet, la détermination des sites de phosphorylation est souvent difficile car les phosphopeptides sont souvent difficiles à détecter par des méthodes d’analyse chromatographique classique et par spectrométrie de masse (MS). De récentes études ont démontré que les nombreuses méthodes d’enrichissement de phosphopeptides existantes ne sont pas complètes, et que le nombre total de phosphopeptides détectés ne chevauchent pas complètement ces méthodes. C’est pour cela qu’il existe une nécessité de combler les lacunes des méthodes d’enrichissement existantes afin d’avoir des analyses phosphoprotéomiques plus complètes. Dans cette étude, nous avons utilisé les liquides ioniques (LI), plus particulièrement les sels d’imidazolium, comme une technique d’enrichissement alternative, dans le but de favoriser une extraction sélective de phosphopeptides présents en solution. Les sels d’imidazolium ont donc été utilisés en raison de leurs propriétés physico-chimiques "facilement" ajustables selon la nature des substituants sur le noyau imidazolium et la nature de l’anion. Les sels de monoimidazolium et de bis-imidazolium possédant respectivement des chaînes linéaires à 4, 12 et 16 atomes de carbone et ayant différents anions ont été synthétisés et utilisés pour effectuer des extractions liquide-liquide et solide-liquide des phosphopeptides en solution. Dans un premier temps, des extractions liquide-liquide ont été réalisées en utilisant un liquide ionique (LI) ayant une chaine linéaire de 4 atomes de carbone. Ces extractions réalisées avec le bis(trifluoromethanesulfonyl) amide de 3-butyl-1-methylimidazolium (BMIM-NTf2) et l’hexafluorophosphate de 3-butyl-1-methylimidazolium (BMIM-PF6) n’ont pas montré une extraction notable du PPS comparativement au PN. Dans un deuxième temps, des extractions solide-liquide ont été réalisées en fonctionnalisant des particules solides avec des sels d’imidazolium possédant des chaines linéaires de 12 ou 16 atomes de carbone. Ces extractions ont été faites en utilisant un phosphopentapeptide Ac-Ile-pTyr-Gly-Glu-Phe-NH2 (PPS) en présence de 2 analogues acides non-phosphorylés. Il a été démontré que les sels d’imidazolium à chaine C12 étaient meilleurs pour extraire le PPS que les deux autres peptides PN (Ac-Ile-Tyr-Gly-Glu-Phe-NH2) et PE (Ac-Glu-Tyr-Gly-Glu-Phe-NH2) L’électrophorèse capillaire (CE) et la chromatographie liquide à haute performance couplée à la spectrométrie de masse (LC-MS) ont été utilisées pour quantifier le mélange des trois peptides avant et après extraction ; dans le but de mesurer la sélectivité et l’efficacité d’extraction de ces peptides par rapport à la composition chimique du liquide ionique utilisé.
Protein phosphorylation is one of the most important post-translational modifications because it is involved in multiple physiological processes such as growth, differentiation, apoptosis, etc. Despite its importance, the analysis of phosphoproteins remains a difficult task due to their dynamic nature (phosphorylation of proteins is a reversible process) and their low abundance. Indeed, the determination of phosphorylation sites is difficult because phosphopeptides are often difficult to detect by conventional chromatographic analysis and by mass spectrometric (MS) methods. Recent studies have shown that the existing methods of enrichment of phosphopeptides are not complete, and the total number of phosphopeptides detected does not overlap completely with those detected by these methods. The gaps in existing enrichment methods need to be filled in order to have more complete phosphoproteomic analyses. In the current study, ionic liquids (IL), specifically imidazolium salts, have been used in an alternative enrichment technique with potential for selective extraction of phosphopeptides from solution. Imidazolium salts were chosen because their physicochemical properties are readily adjustable depending on the nature of the substituent attached to the imidazolium core and the counter-anion. Monoimidazolium and bis-imidazolium salts with linear chains having respectively 4, 12, and 16 carbon atoms and with different anions were synthesized and used to carry out liquid-liquid and solid-liquid extractions of a phosphorylated peptide from a solution. At first, liquid-liquid extractions were carried out using an ionic liquid (IL) with a linear chain of 4 carbon atoms. These extractions performed with bis (trifluoromethanesulfonyl) amide 3-butyl-1-methylimidazolium (BMIM-NTf2) and hexafluorophosphate 3-butyl-1-methylimidazolium (BMIM-PF6) did not show a considerable extraction of PPS comparatively to the PN. Secondly, solid-liquid extractions were done by first functionalizing solid-phase particles with the imidazolium salts. The extractions were carried out using the phosphopentapeptide Ac-pTyr-Ile-Gly-Glu-Phe-NH2 (PPS) and its acidic non-phosphorylated analogues. It has been shown that the C12 chain imidazolium salts were better to extract PPS than the other two peptides PN (Ac-Ile-Tyr-Gly-Glu-Phe-NH2) and PE (Ac-Glu-Tyr-Gly-Glu-Phe-NH2). The extraction efficiency of these peptides was estimated by capillary electrophoresis (CE) and high performance liquid chromatography coupled with mass spectrometry (LC-MS).

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Stevens, Shannon Rae. "Collaborating in the electric age: [onto]Riffological experiments in posthumanizing education and theorizing a machinic arts-based research." Thesis, 2021. http://hdl.handle.net/1828/12665.

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Анотація:

Collaborating in the Electric Age: [onto]Riffological Experiments in Posthumanizing Education and Theorizing a Machinic Arts-Based Research is a study about locating opportunities and entry points for introducing consideration of the nonhuman and posthuman to pedagogical perspectives that are traditionally concerned with human beings and epistemological subjects. The research, herein, engages doings in collaborative effort, during conditions of unprecedented interconnectedness facilitated by the electric age. Steeped in a environment thus created by technologies’ immense ubiquity and influence, this collaboration endeavours to recognize their full research participation, alongside that of humans. This research presents collaboratively conducted, published inquiries that have been coauthored by myself and fellow doctoral candidate Richard Wainwright. Each facilitates, then attempts to articulate ways to decentre the human in educational contexts, beginning with our own human perspectives. As exercises in broadening our considerations of the life forms, matter, and nonhuman entities that surround humanity, this research prompts us to recognize much more than what humanity typically acknowledges as existing, given the anthropocentric frameworks it has constructed. We reorientate the nature of these relationships—posthumanizing them—and in doing so, disrupt our own thinking to work something different than our circumstances have hitherto informed us to consider. We have co-developed a study and conducted research in collaboration with human and nonhuman research participants.Five nationally and internationally published co-authored journal articles, a book chapter, and five intermezzos (short “observational” pieces) comprise this study that explores collaboration and recombinatoriality during “the electric age” (McLuhan, 1969, 10:05). Recognizing humanity’s increasingly inextricable relationships with technologies, this collaboratively conducted study draws into creative assemblage Gilles Deleuze and Félix Guattari’s philosophical concepts; new materialism as cultural theory; the prescient observations and predictions of Marshall McLuhan and a media studies curriculum he co-developed over forty years ago; arts-based research; museum exhibitions; features of music production such as sampling, mashup, remix, and turntabling; among many other notes and tones. A conceptually developed riff mobilizes our inquiries as “plug in and play,” while its academic study is theorized as [onto]Riffology. Ontological shifts beget a machinic arts-based research (MABR) that develops a posthuman critical pedagogy inspired by Negri and Guattari (2010). Collaborating in the Electric Age: [onto]Riffological Experiments in Posthumanizing Education and Theorizing a Machinic Arts-Based Research celebrates collaborativity, discovery, and learning during the electric age.
Graduate
2022-01-07

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