Дисертації з теми "Population genetic connectivity"
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Pugliese, Rosa Angela. "Mesophotic red coral population: genetic variability and connectivity." Master's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2012. http://amslaurea.unibo.it/4587/.
Повний текст джерелаTurley, Brendan Douglas. "Oyster Reef Connectivity Inferred Via Population Genetic Analysis." W&M ScholarWorks, 2015. https://scholarworks.wm.edu/etd/1539617954.
Повний текст джерелаShulzitshi, Kathryn. "A genetic assessment of population connectivity in mutton snapper, Lutjanus analis /." Electronic version (PDF), 2005. http://dl.uncw.edu/etd/2005/shulzitskik/kathrynshulzitski.pdf.
Повний текст джерелаBenham, Celeste Elizabeth. "Genetic assessment of the population connectivity of the red urchin (Strongylocentrotus franciscanus)." Diss., Connect to a 24 p. preview or request complete full text in PDF format. Access restricted to UC campuses, 2009. http://wwwlib.umi.com/cr/ucsd/fullcit?p1461104.
Повний текст джерелаTitle from first page of PDF file (viewed February 6, 2009). Available via ProQuest Digital Dissertations. Includes bibliographical references (p. 27-31).
Kool, Johnathan. "Connectivity and Genetic Structure in Coral Reef Ecosystems: Modeling and Analysis." Scholarly Repository, 2008. http://scholarlyrepository.miami.edu/oa_dissertations/157.
Повний текст джерелаMonteiro, Ana Rita Andril. "Genetic structure of mussel population in NE Atlantic and Mediterranean: connectivity between deep-sea habitats." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2016. http://hdl.handle.net/10773/17460.
Повний текст джерелаSpecies persist over time, due to exchange of individuals between subpopulations. In the marine environment, most benthic organisms have complex life cycles including pelagic larvae that are transported by ocean currents promoting species dispersal. Larval dispersal connects geographically distant populations and determines population structure. The knowledge about this biologic process provides relevant information for conservation of marine populations. This study investigates the genetic structure and connectivity of deep-sea mussel populations between fragmented habitats in the NE Atlantic and Mediterranean. The mitochondrial Cytochrome Oxidase I (mtCOI) gene was used to analyze site-specific genetic diversity and the population structure of two mussel species, Idas modiolaeformis and “Idas” simpsoni. Populations of each species are not geographically isolated. The presence of one dominant haplotype for each species suggests shared ancestral polymorphisms between Mediterranean and NE Atlantic populations. The overall high genetic differentiation observed in I. modiolaeformis indicates that the metapopulation is structured. Distant populations, located in Atlantic and E Mediterranean, revealed low genetic distances, suggesting gene flow between the two regions. Genetic and geographical distances support an island model of I. modiolaeformis population structure. A major drawback of this study is concerned with the discrepant number of individuals among populations. Further research will be needed, using more specimens and other gene markers, to investigate connectivity patterns at different spatial scales.
As espécies persistem ao longo do tempo devido à troca de indivíduos entre subpopulações. No ambiente marinho, a maioria dos organismos bentónicos têm ciclos de vida complexos, envolvendo larvas pelágicas que são transportadas por correntes oceânicas contribuindo para dispersão das espécies. A dispersão larvar estabelece conectividade entre populações geograficamente separadas e afeta a estrutura da população. O conhecimento deste processo biológico promove informações importantes para a conservação de populações marinhas. Este estudo investiga a estrutura genética e conectividade de populações de mexilhão de profundidade entre habitats fragmentados no NE Atlântico e Mediterrânico. O gene mitocondrial, Citocromo Oxidase I (mtCOI), foi utilizado para analisar diversidade genética por local e a estrutura populacional de duas espécies de mexilhão, Idas modiolaeformis e "Idas" simpsoni. As populações de cada uma das espécies não se encontram geograficamente isoladas. A presença de um haplótipo dominante para cada espécie sugere a partilha de polimorfismos ancestrais entre populações do Mediterrâneo e do NE Atlântico. As populações de I. modiolaeformis demonstraram uma elevada diferenciação genética, indicando estruturação da metapopulação. Populações distantes umas das outras, localizadas no Atlântico e E Mediterrâneo, revelaram baixas distâncias genéticas, sugerindo fluxo genético entre as duas regiões. Distâncias genéticas e geográficas suportam o modelo de ilha como o modelo para a estrutura populacional de I. modiolaeformis. Uma grande desvantagem deste estudo está relacionada com o número discrepante de indivíduos entre populações. Para investigar os padrões de conectividade em diferentes escalas espaciais serão necessários mais estudos, utilizando mais espécimes e outros marcadores genéticos.
Fitzpatrick, Cristin Keelin. "Genetic Population and Evolutionary Dynamics of the Angel Sharks, Squatina spp." Thesis, NSUWorks, 2018. https://nsuworks.nova.edu/occ_stuetd/478.
Повний текст джерелаFigueira, Cláudia Alexandra Rodrigues Marques. "Comparison of different methods to detect genetic barriers in a small mammal population." Master's thesis, Universidade de Aveiro, 2016. http://hdl.handle.net/10773/15871.
Повний текст джерелаHabitat fragmentation and the consequently the loss of connectivity between populations can reduce the individuals interchange and gene flow, increasing the chances of inbreeding, and the increase the risk of local extinction. Landscape genetics is providing more and better tools to identify genetic barriers.. To our knowledge, no comparison of methods in terms of consistency has been made with observed data and species with low dispersal ability. The aim of this study is to examine the consistency of the results of five methods to detect barriers to gene flow in a Mediterranean pine vole population Microtus duodecimcostatus: F-statistics estimations, Non-Bayesian clustering, Bayesian clustering, Boundary detection and Simple/Partial Mantel tests. All methods were consistent in detecting the stream as a non-genetic barrier. However, no consistency in results among the methods were found regarding the role of the highway as a genetic barrier. Fst, Bayesian clustering assignment test and Partial Mantel test identifyed the highway as a filter to individual interchange. The Mantel tests were the most sensitive method. Boundary detection method (Monmonier’s Algorithm) and Non-Bayesian approaches did not detect any genetic differentiation of the pine vole due to the highway. Based on our findings we recommend that the genetic barrier detection in low dispersal ability populations should be analyzed with multiple methods such as Mantel tests, Bayesian clustering approaches because they show more sensibility in those scenarios and with boundary detection methods by having the aim of detect drastic changes in a variable of interest between the closest individuals. Although simulation studies highlight the weaknesses and the strengths of each method and the factors that promote some results, tests with real data are needed to increase the effectiveness of genetic barrier detection.
A fragmentação do habitat e a consequente perda da conectividade entre populações pode reduzir o intercâmbio de indivíduos e consequentemente o fluxo genético, aumentando as hipóteses de ocorrer consanguinidade e consequentemente aumentar o risco de extinção local. A disciplina da genética da paisagem fornece cada vez mais e melhores ferramentas para detectar barreiras genéticas. No entanto, não se conhecem até à data, comparações de métodos em termos de consistência de resultados com dados observados e espécies com reduzida capacidade de dispersão. O objectivo deste estudo é avaliar a consistência dos resultados de cinco métodos de análise do papel da auto-estrada e de um rio como barreira ao fluxo genético numa população de rato-cego-mediterrânico Microtus duodecimcostatus: estimativas do Festatistico, método de aglomeração não-Bayesianos, métodos de aglomeração Bayesianos, método de detecção de fronteiras (algoritmo Monmonier) e o teste Mantel simples e parcial. Todos os métodos testados foram consistentes em considerar o rio como uma não barreira genética ao rato-cego-mediterrânico. No entanto, não houve consistência nos resultados quanto ao papel da autoestrada como barreira genética. As estimativas do F-estatistico, os métodos de aglomeração Bayesianos e o teste de Mantel parcial que mostram que a autoestrada pode estar a funcionar como um filtro ao movimento dos indivíduos entre os dois lados da estrutura. Os métodos de deteção de fronteiras (algoritmo Monmonier) e de aglomeração não-Bayesiano não detectaram diferenciação genética nas populações de rato-cego-mediterrâneo devido à estrada. Com base nos nossos resultados nós recomendamos a aplicação dos testes de Mantel, os métodos de aglomeração Bayesianos e dos métodos de detecção de fronteiras para esclarecer o papel dos atributos da paisagem como barreiras genéticas uma vez que, todos foram capazes de detectar barreiras mas não obtiveram resultados similares. Apesar dos estudos com base em simulações apontarem as vantagens e desvantagens de cada método e os fatores que associados aos resultados, é necessário que se façam testes com base em dados reais para que sejam mais eficazes na detecção de barreiras genéticas.
Larsson, Josefine. "Population genetic structure and connectivity of the abundant sea urchin, Diadema setosum around Unguja island (Zanzibar)." Thesis, Södertörns högskola, Institutionen för livsvetenskaper, 2009. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:sh:diva-2824.
Повний текст джерелаBernard, Andrea M. "Population Connectivity in the Ocean: A Genetic View of Upper Trophic Level Fishes Displaying Contrasting Life Histories." Thesis, NSUWorks, 2014. https://nsuworks.nova.edu/occ_stuetd/86.
Повний текст джерелаDeSaix, Matthew G. "Migratory patterns and population genetic structure in a declining wetland-dependent songbird." VCU Scholars Compass, 2018. https://scholarscompass.vcu.edu/etd/5432.
Повний текст джерелаRuck, Cassandra L. "Global Genetic Connectivity and Diversity in a Shark of High Conservation Concern, the Oceanic Whitetip, Carcharhinus longimanus." NSUWorks, 2016. http://nsuworks.nova.edu/occ_stuetd/412.
Повний текст джерелаHernawan, Udhi Eko. "Gene flow and genetic structure of the seagrass Thalassia hemprichii in the Indo-Australian Archipelago." Thesis, Edith Cowan University, Research Online, Perth, Western Australia, 2016. https://ro.ecu.edu.au/theses/1919.
Повний текст джерелаDomínguez-Contreras, José F., Adrian Munguia-Vega, Bertha P. Ceballos-Vázquez, Marcial Arellano-Martínez, Francisco J. García-Rodríguez, Melanie Culver, and Hector Reyes-Bonilla. "Life histories predict genetic diversity and population structure within three species of octopus targeted by small-scale fisheries in Northwest Mexico." PEERJ INC, 2018. http://hdl.handle.net/10150/627160.
Повний текст джерелаOudot-Canaff, Jehanne. "Effet des restaurations des écosystèmes, de la trophie et de la connectivité hydrologique sur la diversité génétique des plantes aquatiques." Thesis, Lyon 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LYO10009.
Повний текст джерелаThe conservation of wetlands which are strongly modified by human practices, requires the acquisition of knowledge about their diversity and functioning. This thesis aimed to link the human pressures and plant genetic diversity in wetlands, which is the basic level of biodiversity linked to the adaptive capacity of populations and species maintenance. The effect of anthropization on the genetic diversity of aquatic plants is studied at several spatial and temporal scales (wetland and watershed; synchronic vs. diachronic studies). The genetic diversity of populations of two ruderal (Berula erecta and Apium nodiflorum) and one competitive species (Nuphar lutea) in two contrasting floodplains (in terms of trophic status, hydrological connectivity and restoration) is compared using microsatellite markers suitable for the study of clonal species. A reduction in hydrological connectivity increases genetic differentiation and decreases genetic diversity for ruderal species studied, while it did not affect the competitive species. The impact of connectivity is related to plant reproductive strategy. The genetic diversity of ruderal species also decreases in most eutrophic wetlands. The increase of genetic diversity of B. erecta after restoration is correlated with the frequency of disturbances (dewatering) that create niches for seed recruitment. This study provides management recommendations for the impacted wetlands and provides knowledge about the dynamics of the genetic diversity of aquatic plants in relation to their environment
Aylward, Cody Michael. "Estimating Landscape Quality And Genetic Structure Of Recovering American Marten Populations In The Northeastern United States." ScholarWorks @ UVM, 2017. http://scholarworks.uvm.edu/graddis/784.
Повний текст джерелаReynes, Lauric. "Connectivité et structure génétiques des populations d'Ericaria Zosteroides (Fucales) et Laminaria rodriguezii (Laminariales) des côtes françaises." Electronic Thesis or Diss., Aix-Marseille, 2021. http://www.theses.fr/2021AIXM0205.
Повний текст джерелаMarine forests of brown algae (Phaeophyceae) are impacted by a combination of anthropic pressures. The fate of these ecosystems will depend on the adaptive abilities of populations facing this changing environment. Through my PhD, I studied the factors likely to control the genetic diversity of marine forests by focusing on two endemic species of the mediterranean basin, the Fucoid Ericaria zosteroides and the deep-sea kelp Laminaria rodriguezii. In the first part, I studied the connectivity of populations by a method of reduced representation sequencing of genomes (RAD-seq). The analysis of the genetic structure indicates a reduced connectivity for both E. zosteroides and L. rodriguezii populations. By coupling genetic structure and modeling of marine currents, I studied the role of propagules dispersal, taking as a study case, the populations of E. zosteroides in Provence. The results indicate that the genetic structure is predicted by ocean currents rather than spatial isolation. In the second part, I studied the mode of reproduction of the kelp L. rodriguezii, this species being one of the few of the genus Laminaria to reproduce by vegetative and sexual reproduction. The results obtained indicate an impact of clonality on the genomic diversity of L. rodriguezii, with contrasting levels depending on the populations. In addition to the fundamental questions raised by these results, the existence of a strong genetic structure at short distances for populations divided into habitat patches has important implications for the conservation of these species
Sosnowski, Amanda. "Genetic Identification and Population Characteristics of Deep-Sea Cephalopod Species in the Gulf of Mexico and Northwestern Atlantic Ocean." Scholar Commons, 2017. https://scholarcommons.usf.edu/etd/7445.
Повний текст джерелаHorn, Rebekah L. "Applying a Molecular Genetics Approach to Shark Conservation and Management: Assessment of DNA Barcoding in Hammerhead Sharks and Global Population Genetic Structuring in the Gray Reef Shark, Carcharhinus amblyrhynchos." NSUWorks, 2010. http://nsuworks.nova.edu/occ_stuetd/218.
Повний текст джерелаSherman, Krista Danielle. "Integrative approaches for conservation management of critically endangered Nassau grouper (Epinephelus striatus) in The Bahamas." Thesis, University of Exeter, 2018. http://hdl.handle.net/10871/33061.
Повний текст джерелаDalongeville, Alicia. "Variation génétique et persistance des populations en milieu marin : implications pour la conservation." Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT093/document.
Повний текст джерелаWorld marine ecosystems are experiencing unprecedented anthropic pressures inducing rapid environmental changes that threaten the persistence of wild species and their local populations. Hence, understanding the effects of genetic variability and dispersal capacities on marine population persistence is a key issue for the conservation of biodiversity. My PhD work had two main objectives: (i) evaluate the spatial distribution and drivers of genetic variation across coastal marine fish populations, and (ii) estimate the response of populations to climate changes in order to better understand their ability to persist.First, by performing a synthesis of published literature on 31 Mediterranean fish species, I showed that ecological traits related to mobility and population size strongly influence the level of within-population genetic diversity across species. Then, I studied the drivers of spatial genetic variation using genetic data from 727 individuals of the stripped red-mullet (Mullus surmuletus) collected in 72 sites around the Mediterranean Sea, and grouped into 47 pools genotyped for 1153 single nucleotide polymorphism (SNP) markers. Seascape genetic analyses showed that larval dispersal predominantly structures M. surmuletus genetic variation at intermediate and local spatial scales (<1000 km), whereas geographic isolation, due to population demographic history or adaptation, is the main driver at larger spatial scale. Lastly, studying the adaptive genetic variation of M. surmuletus using genome scan revealed a potential adaptive response of this species to the East-West gradient in salinity across the Mediterranean Sea.Subsequently, using a demo-genetic model to simulate coral population dynamics and resilience across the Indo-pacific corals, I showed that the process of ‘evolutionary rescue’ can help genotypes adapted to warm ocean waters to move and migrate between populations thanks to larval connectivity. Evolutionary rescue can thus promote the persistence of populations by allowing them to adapt to environmental changes that would otherwise lead to population declines or even local extinctions.Finally, all of these results highlighted the need to better consider connectivity and the evolutionary potential of species in conservation strategies, in order to maximize their resilience capacity and long-term persistence in the face of more severe environmental crises
Marandel, Florianne. "Evaluation de l'état des populations de raie bouclée." Thesis, Rennes, Agrocampus Ouest, 2018. http://www.theses.fr/2018NSARH105/document.
Повний текст джерелаDuring the 20th century, several skates and rays species in European waters declined because of fishing. Conservation of these species is a major objective of the management of marine resources. The thornback ray (Raja clavata) is the most widespread species of the North-Est Atlantic. Its management is based on a nonspecific quota and lay on observations only as no stock assessment is available.Thus this thesis aims to compare the available stock assessments methods for this species and to apply them to empiric data. Two types of methods are investigated: methods based on population demography and methods based on population genetics
Hether, Tyler Duncan. "Using landscape genetics to assess population connectivity in a habitat generalist." Master's thesis, University of Central Florida, 2010. http://digital.library.ucf.edu/cdm/ref/collection/ETD/id/4690.
Повний текст джерелаID: 029094250; System requirements: World Wide Web browser and PDF reader.; Mode of access: World Wide Web.; Thesis (M.S.)--University of Central Florida, 2010.; Includes bibliographical references (p. 58-70).
M.S.
Masters
Department of Biological Sciences
Sciences
Tassinari, Stefano. "Genetic structure and connectivity between populations of two common Mediterranean sessile invertebrates." Master's thesis, Alma Mater Studiorum - Università di Bologna, 2012. http://amslaurea.unibo.it/4573/.
Повний текст джерелаNowakowski, Aaron J. "Connectivity of fragmented amphibian populations in a Neotropical landscape." FIU Digital Commons, 2014. http://digitalcommons.fiu.edu/etd/1515.
Повний текст джерелаHandal, William. "Rôle de la connectivité et de l'adaptation locale dans la structure et le fonctionnement des populations de coquilles Saint-Jacques (Pecten maximus) en Manche, Mer d'Iroise et Rade de Brest." Thesis, Brest, 2019. http://theses-scd.univ-brest.fr/2019/These-2019-SML-Ecologie_marine-HANDAL_William.pdf.
Повний текст джерелаThe main objective of this study was to improve knowledge about connectivity and local adaptation among great scallop fishing grounds located in the English Channel, the Ushant Sea and the Bay of Brest, in order to provide concrete information to fisheries managers regarding great scallop population biology. This work was divided in three part.(i) Firstly, population genetic structure of P. maximus among the main fishing grounds of the English Channel was analysed through a multidisciplinary seascape genetics approach coupling microsatellite data and demo-genetic modelling. The main results underlined genetic differentiation between western Start Point population and the rest of the fishing grounds of the English Channel, suggesting reproductive independency. (ii) Secondly, the genetic structure between the Western English Channel, the Ushant Sea, the Bay ofDouarnenez and the Bay of Brest was investigated using ‘Genotype by Sequencing' (GBS) coupled to a hydrodynamic modelling approach, in order to understand connectivity between Bay of Brest and neighbouring populations in a context intensive enhancement of this Bay.Results emphasize(1 ) the importance of the Ushant Front as barrier to larval dispersal between the Western English Channel and theUshant Sea/The Bay of Brest and (2) larval flux from the Bay of Douarnenez to the Bay of Brest. (iii) Finally, adaptative genetic structure was explored using GBS, between the Bay of Brest, the Bay of Morlaix and the Normano-Breton Gulf.For the first time, fine scale adaptative processes were observed among main Brittany fishing grounds, for which reproductive differentiation were previously noticed.This body of research showed demographic and genetic isolation between fishing grounds of P. maximus of the Western English Channel, the Ushant Sea and the Bay of Brest and suggested for the first time fine scale signals of selection between enhanced fishing grounds. This thesis aims to contribute to decision processes regarding management strategies of P. maximus stocks in the English Channel and in Brittany
Rankin, Tauna Leigh. "The Effects of Early Life History on Recruitment and Early Juvenile Survival of a Coral Reef Fish in the Florida Keys." Scholarly Repository, 2010. http://scholarlyrepository.miami.edu/oa_dissertations/405.
Повний текст джерелаGreenwald, Katherine Rose. "Habitat fragmentation, functional landscape connectivity, and metapopulation processes in amphibians." The Ohio State University, 2009. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=osu1243366608.
Повний текст джерелаRemon, Jonathan. "Connectivité fonctionnelle en paysage fragmenté : apport des données génétiques et démographiques pour étudier l'impact multi-spécifique des infrastructures linéaires de transport." Thesis, Toulouse 3, 2018. http://www.theses.fr/2018TOU30327.
Повний текст джерелаImplementing networks of ecological continuities requires estimation of functional connectivity in landscapes. Particularly when those landscapes are fragmented by Large-scale Transportation Infrastructures (LTIs). In this context, four terrestrial species were monitored using genetic and demographic surveys across six LTIs in south-western France. The results showed that a significant amount of genetic variability was explained by LTIs (38%), that are mostly acting as dispersal barriers. However, LTI effects are variable depending on the species under study and, in some cases, they can even act as infrastructures enhancing dispersal. Furthermore, the combined use of genetic tools and demographic surveys showed that depending on the selected approach, results might differ. Therefore, these two approaches should be more used simultaneously in landscape surveys
Paterno, Marta. "POPULATION GENOMICS APPROACH FOR THE STUDY OF CONNECTIVITY IN MARINE SPECIES." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2017. http://hdl.handle.net/11577/3424924.
Повний текст джерелаCONNETTIVITA’ MARINA, SEASCAPE GENETICS E IMPLICAZIONI PER LE AREE MARINE PROTETTE La connettività di popolazione è la chiave di volta di un’ampia varietà di processi, tra i quali la determinazione della struttura genetica di popolazione delle specie, le dinamiche di popolazioni locali e meta-popolazioni e la progettazione di aree protette. Capire e definire le modalità con cui le popolazioni sono connesse e a che scala geografica la connessione avviene, è critico per la conservazione delle specie marine e per migliorare la gestione delle risorse marine economiche e biologiche. Gli approcci genetici sono ampiamente utilizzati come mezzo efficace per la stima indiretta della connettività tra popolazioni di organismi marini, specialmente quando le condizioni di lavoro rendono difficile lo studio diretto dei pattern di dispersione, come nel caso del tracking delle larve negli invertebrati bentonici. Nonostante il potere della genetica, i pattern di isolamento rilevati possono risultare di difficile interpretazione, soprattutto quando il differenziamento genetico osservato è debole. Integrare i dati genetici con le caratteristiche oceanografiche dell’area di studio, dati riguardanti la biologia delle specie e il modelling della dispersione larvale in un approccio multidisciplinare chiamato seascape genetics, può chiarire quali siano i fattori che determinano la distribuzione spaziale della variabilità genetica delle specie. In tutto il mondo, le attività antropiche hanno effetti estremamente negativi sull’ecosistema marino, causando la perdita o la frammentazione degli habitat costieri e il depauperamento della biodiversità ad essi associata. Data l’estensione globale di questi fenomeni, il ripristino dell’ecosistema marino è una delle principali priorità target nell’ambito della conservazione. Le aree marine protette (MPAs) sono state riconosciute come uno dei mezzi più efficaci per conservare e gestire l’intero ecosistema marino, in quanto sono in grado di ridurre e mitigare gli effetti negativi causati delle attività umane. L’implementazione di network di MPAs, all’interno dei quali le singole aree marine protette possono agire in sinergia, potrebbe offrire una maggior protezione su ampia scala spaziale, agendo in modo più efficace rispetto a quanto possano fare le singole aree da sole. Il progetto CoCoNET, finanziato dalla Commissione Europea, è un progetto che mirava all’identificazione di gruppi di MPAs putativamente connesse nel Mediterraneo e nel Mar Nero, sia su scala locale sia considerando l’intero bacino. Il progetto CoCoNET si proponeva di adottare un approccio multidisciplinare basato sulla genetica di popolazione di 13 specie, il modelling della dispersione larvale e la beta diversity. In questa tesi sono state studiate 2 specie del progetto CoCoNET, il riccio di mare Paracentrotus lividus (Lamarck, 1816) e il mitilo del Mediterraneo Mytilus galloprovincialis (Lamarck, 1819). Per il processamento di centinaia di campioni e il genotyping di altrettanti polimorfismi a singolo nucleotide (SNPs) utilizzati per studiare la struttura genetica di popolazione delle 2 specie, è stato utilizzato il protocollo 2b-RAD. • Per il riccio di mare P. lividus è stato utilizzato un approccio di seascape genomics nel Mediterraneo centrale: sono stati stimati e confrontati il potenziale di dispersione larvale e di retention (ottenuti con simulazioni di Lagrange) e la connettività realizzata (ottenuta con i dati genetici) con focus a livello dell’Adriatico e dello Ionio. Sono stati processati un totale di 275 individui da 10 campioni di popolazione provenienti dal Mediterraneo occidentale e centrale, e 1122 SNPs sonno stati genotipizzati ed utilizzati per le analisi di genomica di popolazione. Le simulazioni di Lagrange sono state condotte utilizzando un modello biofisico di dispersione larvale focalizzato nel bacino Adriatico-Ionico, che è stato integrato con caratteristiche dello stadio larvale di P. lividus (durata delle larve, influenza della temnperatura, periodo riproduttivo). Gli 8 campioni di popolazione campionati in Adriatico-Ionio sono risultati essere geneticamente omogenei, mentre è stato rilevato un lieve ma significativo differenziamento di queste 8 rispetto ai 2 campioni di popolazione provenienti dal Mediterraneo occidentale (Francia e Tunisia). Questo risultato non è stato influenzato dalla presenza di alcuni loci probabilmente sotto selezione direzionale. Le simulazioni di Lagrange hanno predetto uno scambio larvale potenziale tra gli 8 campioni di popolazione Adritico-Ionici attraverso un flusso di propaguli relativamente persistente da ogni sito, prevalentemente in direzione oraria. Complessivamente, i risultati ottenuti dalla genetica di popolazione e dalle simulazioni supportano ampiamente l’ipotesi di una buona connessione tra le popolazioni di P. lividus in quest’area. • La struttura genomica di popolazione del mitilo M. galloprovincialis è stata esplorata su diverse scale geografiche nel Mediterraneo e Mar Nero. L’utilizzo di un approccio genome-wide basato su SNPs, un ampio campionamento e una buona dimensione dei campioni di popolazione hanno permesso di superare le limitazioni finora incontrate nell’ottenere dati biogeografici affidabili per questa specie all’interno del suo range di distribuziona nativo. Sono state analizzati 19 campioni di popolazione, 10 provenienti dal Mar Mediterraneo e 9 dal Mar Nero. Al fine di ottenere il miglior potere di risoluzione possibile sia su ampia scala sia su scala ridotta, sono stati utilizzati per le analisi 3 diversi dataset: 1) un dataset complessivo (461 individui, 512 loci); 2) un dataset adriatico-ionico (201 individui, 811 loci) e 3) un dataset per il Mar Nero (228 individui, 998 loci). È stato evidenziato un marcato differenziamento genetico tra il Mar Mediterraneo e il Mar Nero, probabilmente a causa di costrain oceoanografici. Nel Mar Nero è evidente una totale mancanza di struttura, probabilmente dovuta al pattern delle correnti e alla durata dello stadio larvale che permettono una buona connessione tra le popolazioni campionate. Dall’altro lato invece, non è stato notato differenziamento tra il Mediterraneo occidentale e quello centrale, mentre un certo grado di eterogeneità genetica è stato rilevata tra le popolazioni adriatico-ioniche, con un differenziamento est-ovest nell’Adriatico centrale e una relativa omogeneità tra le popolazone dell’Adriatico meridionale e dello Ionio. Il pattern di differenziamento osservato dipende probabilmente dalla presenza di gyres minori in aggiunta alla circolazione adriatica principale, che può favorire o impedire lo scambio di propaguli, fungendo da barriera al flusso genico tra alcune località e favorendo la self-retention in altre. Complessivamente, i risultati ottenuti finora nel progetto CoCoNET hanno messo in luce un mosaico eterogeneo di pattern di connettività specifici per le diverse specie, che vanno dalla totale assenza di differenziamento come nel caso del riccio, alla forte struttura come nel caso dell’habitat former Posidonia oceanica. Questa eterogeneità può dipendere da peculiarità specie-specifiche messe in relazione a caratteristiche ambientali, e i dati di connettività finora ottenuti sconsigliano qualsiasi forma di generalizzazione basandosi sui risultati ottentui in una singola specie. Il quadro che sta emergendo suggerisce che la progettazione di network di MPAs ecologicamente efficaci debbano basarsi su informazioni ottenute a livello di comunità considerando un ampio range spaziale, e un set rappresentativo delle specie che vivono nell’area target. LANDSCAPE GENETICS NELLE PARASSITOSI Le malattie tropicali sono un gruppo di malattie infettive causate da parassiti che infettano quasi 3 milioni di persone in tutto il mondo, specialmente nei paesi poveri delle zone tropicali. I patogeni che causano questa malattie hanno solitamente un ciclo vitale complesso, che coinvolge almeno un ospite, compresi gli esseri umani. Esiste una grande variabilità nelle capacità di dispersione, nella distribuzione e nelle vie di trasmisisone delle specie parassite. Questa variabilità è fortemente influenzata dalle caratteristiche ambientali e del paesaggio. Capire come le variabili biotiche e abiotiche interagiscono e influenzano la distribuzione del parassita, dei loro ospiti e delle specie vettore è un fattore chiave per la predizione ed il controllo della diffusione di queste malattie. Il Tripanozoma cruzi è il parassita più importante del Sud America ed è l’agente infettivo del morbo di Chagas, una malattia tropicale endemica in molte regione dell’Ecuador dove uno dei principali vettori è la cimice ematofaga Rhodnius ecuadoriensis. In questa tesi è stato prodotto uno studio pilota sul vettore R. ecuadoriensis utilizzando 20 individui campionati in 4 comunità dell’Ecuador, con lo scopo di i) testare il protocollo 2b-RAD utilizzando e confrontanto l’efficacia di 3 diversi enzimi di restrizione di tipo IIb, ii) ottenere un numero di marcatori SNPs sufficiente per iii) fornire delle analisi preliminari di genetica di popolazione per questa specie. I 3 enzimi testati (AlfI, BcgI, and CspCI) sono risultati efficaci nel processare il DNA genomico di questa specie e, come era atteso, l’enzima con il maggior numero di siti di riconosciemento (stimato tramite una restrizione in silico del genoma di Rhodnius prolixus) ha prodotto il minor numero di loci utilizzabili (AlfI). L’enzima CspCI ha prodotto il maggior numero di loci polimorfici a qualsiasi read depth considerata evidenziando così l’ottima performance di questo protocollo in questa specie e presumibilmente anche in altre specie appartenenti allo stesso genere. Le analisi preliminari di genetica di popolazione sono state condotte utilizzando i dataset ottenuti dagli enzimi BcgI e CspCI che sono stati in grade di evidenziare un certo grado di struttura genetica tra I 4 campioni di popolazione. Un clustering bayesiano, condotto senza l’informazione a priori riguardante le località, ha identificato la presenza di 2 cluster geneticamente distinti: uno rappresentato dalla popolazione geograficamente più distante rispetto alle altre (Bejuco), l’altro invece formato dalle altre 3 popolazioni che provenivano tutte dalla regione di Loja. Questi risultati evidenziano come il protocollo 2b-RAD sia una metodologia semplice ed efficace nel generare marcatori su scala genomica in uno dei principali vettori del morbo di Chagas, e come permetta di ottenere informazioni sulla struttura di popolazione di questa specie ad una scala rilevante a livello epidemiologico.
Greenwald, Katherine R. "Habitat fragmentation, functional landscape connectivity, and metapopulation processes in amphibians." Columbus, Ohio : Ohio State University, 2009. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc%5Fnum=osu1243366608.
Повний текст джерелаBecheler, Ronan. "Diversité génétique d'espèces structurantes en environnement marin : influence sur la réponse démographique des populations aux perturbations anthropiques." Phd thesis, Université de Bretagne occidentale - Brest, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01065808.
Повний текст джерелаPilczynska, Joanna. "Clonal propagation, connectivity and genetic differentiation in Paramuricea clavata populations from the Atlantic and Mediterranean Sea." Doctoral thesis, Universidade de Aveiro, 2016. http://hdl.handle.net/10773/16840.
Повний текст джерелаThe red gorgonian Paramuricea clavata is an engineering species, inhabiting rocky shore in the Mediterranean Sea and Portuguese coast of the Atlantic Ocean. The species was severely impacted by climatically induced mass mortality events in the NW Mediterranean. The general aim of the study was to investigate the genetic diversity of P. clavata in the Ligurian Sea (NW Mediterranean), a region highly impacted by past mass mortality events, and the Atlantic Ocean, where mass mortality was never observed due to generally lower water temperature. Microsatellites were used to study the contribution of clonal reproduction, connectivity pattern, genetic structure and diversity. Additionally one mitochondrial marker (Cytochrome Oxidase I) was used to compare the Atlantic and Mediterranean populations. The results revealed, that clonal propagation does not play an important role in P. clavata, since at four out of nine sites clones were not detected and the maximum prevalence of clones reached only 13%. The study failed to detect any genetic diversity loss in the P. clavata populations affected by mass mortality events. The migration pattern among sites affected by mass mortality and unaffected ones was described. The results confirmed that low larval dispersal capability in the red gorgonian may still be ecologically significant for population replenishment and persistence, enabling migration between local populations. This research has identified an important genetic break within the red gorgonian distribution. Both markers used in the present study, mtDNA and microsatellites, revealed the same discontinuity between the Mediterranean and Atlantic. Significant differences were found in the genetic diversity between the Mediterranean and Atlantic populations, with heterozygosity and allelic richness being slightly, but significantly, higher in the Mediterranean Sea, possibly as a result of colonization history or isolation of the Atlantic sites. The differences in genetic diversity were also detected between deep and shallow populations. Allelic richness increase with depth, being lower in the shallow, less stable populations due to past mortality events induced by warming and other interacting factors and higher in deeper, stable populations.The results should prove to be particularly valuable for the conservation of soft corals communities and thus the overall marine biodiversity.
A gorgónia vermelha, Paramuricea clavata, é uma espécie engenheira que habita costas e recifes rochosos do Mediterrâneo e do Atlântico ao longo da costa de Portugal, a profundidades que variam entre 15 e os 80 m. Esta espécie foi severamente afetada, no Mediterrâneo NO, por eventos de mortalidade induzidos por variações climáticas recentes. O objetivo geral deste estudo foi a investigação da diversidade genética de P. clavata no Mar da Ligúria (Mediterrâneio NO), uma região altamente impactada por eventos de mortalidade em massa causados por temperaturas elevadas, e no Atlântico, onde mortalidade em massa nunca foi observada em consequência de temperaturas genericamente mais baixas. Foram utilizados microsatélites para o estudo da contribuição da reprodução clonal, padrões de conectividade, estrutura genética e diversidade genética. Adicionalmente, um marcador mitocondrial (Cytochrome Oxidase I) foi usado para comparar as populações do Atlântico e do Mediterrâneo. Os resultados revelaram que a propagação clonal não desempenha um papel importante em P. clavata, uma vez que em quatro dos nove sítios não foram detetados clones e que a máxima prevalência de clones detetada atingiu apenas 13%. No entanto, a prevalência de clones detectada no presente estudo foi maior do que o previamente relatado. O estudo não conseguiu detetar qualquer perda de diversidade genética nas populações de P. clavata afetadas por eventos de mortalidade em massa. Foi possível descrever o padrão de migração entre os sítios afetados pela mortalidade em massa e os não afetados. Os resultados confirmaram que a baixa capacidade de dispersão larvar na gorgónia vermelha pode ainda ser ecologicamente significante para a recolonização e persistência populacional, permitindo a migração entre populações locais. A troca de larvas foi mais comum entre recifes separados por 200-300m, mas também foi detectada entre locais separados por 20 km. Os dados indicaram ainda migrações comuns entre recifes localizados a menores profundidades, impactados por mortalidade em massa, e recifes mais profundos, não impactados, do mesmo local. A presente investigação identificou uma importante descontinuidade genética na distribuição da gorgónia vermelha, com ambos os marcadores utilizados no estudo, mtDNA e microsatélites, revelando a mesma descontinuidade entre o Mediterrâneo e o Atlântico. Foram também encontradas diferenças significativas na diversidade genética entre o Mediterrâneo e as populações do Oceano Atlântico, com a heterozigosidade e a riqueza alélica ligeiramente, mas significativamente, mais elevadas no Mediterrâneo, possivelmente como resultado da história da colonização ou isolamento dos locais do Atlântico. Finalmente, foram ainda detectadas diferenças na diversidade genética entre as populações superficiais e mais profundas. A riqueza alélica foi menor nas populações menos profundas, menos estáveis devido a eventos de mortalidade induzidos pelo aquecimento e por outros fatores, e maior nas populações mais profundas e estáveis. Estes resultados devem revelar-se particularmente valiosos para a conservação de comunidades de gorgónias e assim a biodiversidade marinha global.
La gorgonia rossa Paramuricea clavata è una ‘engineering species’, vive sui fondali rocciosi del Mediterraneo e della costa portoghese dell’Oceano Atlantico. La specie è stata severamente impattata da eventi di mortalità di massa indotti dal CC nel Mediterraneo nord-occidentale. Lo scopo dello studio è stato di indagare la diversità genetica di P. clavata nel Mar Ligure (Mediterraneo nord-occidentale), una regione fortemente impattata da eventi di mortalità, e nell’Oceano Atlantico, dove eventi di mortalità non sono mai stati registrati grazie a valori di temperatura dell’acqua generalmente più bassi. Per studiare il contributo della riproduzione clonale, i pattern di connettività, la struttura e la diversità genetica sono stati usati i microsatelliti. In aggiunta, un marcatore mitocondriale (Cytochrome Oxidase I) è stato utilizzato per confrontare le popolazioni atlantiche con quelle mediterranee. I risultati hanno mostrato che la propagazione clonale non gioca un ruolo importante in P. clavata, in quanto in quattro siti su nove non sono stati individuati cloni e la predominanza massima di cloni ha totalizzato solo il 13%. Lo studio non ha riscontrato perdita di diversità genetica nelle popolazioni di P. clavata colpite da eventi di mortalità. Sono stati descritti i pattern di migrazione tra siti colpiti da mortalità e quelli non colpiti. I risultati hanno confermato che la bassa dispersione larvale nella gorgonia rossa può essere ancora ecologicamente significativa per il rifornimento e la persistenza di popolazioni, favorendo la migrazione tra popolazioni locali. Questa ricerca ha identificato un importante break genetico nella distribuzione della gorgonia rossa. Entrambi i marker usati in questo studio, mtDNA e microsatelliti, hanno rivelato la stessa discontinuità tra Mediterraneo ed Atlantico. Differenze significative sono state riscontrate nella diversità genetica tra popolazioni mediterranee e atlantiche, con eterozigosità e ricchezza allelica leggermente, ma significativamente più alte nel Mediterraneo, probabilmente come risultato della storia di colonizzazione o isolamento dei siti atlantici. Le differenze nella diversità genetica sono state riscontrate anche tra popolazioni profonde e superficiali. La ricchezza allelica aumenta con la profondità, risultando più bassa nelle popolazioni più superficiali, meno stabili a causa degli eventi di mortalità indotti dal riscaldamento e da altri fattori interagenti, e più alta nelle popolazioni più profonde e relativamente più stabili. I risultati sono di particolare interesse per la conservazione delle comunità di coralli molli e quindi nel complesso per la biodiversità marina.
Caccavo, Jilda Alicia. "Population structure, connectivity and ecological dynamics of the Antarctic silverfish, Pleuragramma antarctica." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2018. http://hdl.handle.net/11577/3425376.
Повний текст джерелаL’antarctic silverfish (Pleuragramma antarctica) è una specie chiave nelle acque della piattaforma continentale antartica, dove svolge un ruolo essenziale nel collegare i diversi livelli trofici. La sua life history dipende, nella prima fase, dal cosiddetto “ghiaccio a placchette” (platelet ice), che si forma all’interfaccia tra l’acqua marina e lo strato di ghiaccio superficiale, legando strettamente il destino di questa specie all’estensione del ghiaccio antartico. L’antarctic silverfish appartiene alla famiglia Nototheniidae, che fa parte del sottordine dei Nototenioidei, la cui radiazione, avvenuta nell’oceano Antartico a partire da 24 milioni di anni fa, rappresenta una delle più spettacolari radiazioni adattative nei pesci teleostei. I nototenioidei comprendono, nella maggior parte dei casi, specie demersali in fase adulta, ma caratterizzate da uova e larve pelagiche; l’antarctic silverfish è unico sotto questo punto di vista perché è pelagico durante tutto il ciclo vitale. Le larve si sviluppano nello strato di platelet ice sotto il ghiaccio marino superficiale e scendono verso acque più profonde durante la maturazione, arrivando come adulti a profondità massime di 400 – 700 m. Nonostante l’assenza di vescica natatoria, l’antarctic silverfish riesce a mantenersi nella colonna d’acqua nello stadio adulto grazie a un tipo di pedomorfia caratterizzato dal mantenimento e dall’aumento dei lipidi presenti nelle fasi larvali e giovanili, che ne aumenta il potere di galleggiamento. Malgrado l’habitus pelagico da adulto, il silverfish è molto efficiente dal punto di vista energetico, possedendo una strategia alimentare simile alle controparti bentoniche, che consiste in questo caso nel galleggiare passivamente nella colonna d’acqua, consumando le prede che capitano nei paraggi, ma senza investire energia in una vera e propria ricerca attiva delle prede. Il fatto di rimanere nella colonna d’acqua durante tutto il ciclo vitale, in combinazione con la strategia di vita passiva, rende l’antarctic silverfish particolarmente suscettibile al trasporto da parte dei sistemi di correnti locali e circumpolari. Questo aspetto lo rende particolarmente interessante nel contesto della biologia di popolazione dei pesci marini, dove risulta importante identificare la presenza di diverse popolazioni e definire l’entità con cui popolazioni separate scambiano individui. In particolare, il fatto che l’antarctic silverfish, che ha una distribuzione circumpolare, presenti o meno una singola popolazione panmittica attorno al continente antartico, rimane una questione aperta. Dato che le fasi larvali sono pelagiche, è ragionevole presupporre che molte specie di nototenioidei siano organizzate in grandi popolazioni omogenee su scala geografica più o meno ampia. Questo presupposto fornisce l’ipotesi nulla da testare quando si investiga la struttura di popolazione di questo gruppo, ed è specialmente rilevante se si considera l’habitus pelagico dell’antarctic silverfish. Il primo studio della struttura genetica di popolazione dell’antarctic silverfish è stato svolto con marcatori del DNA mitocondriale; questa indagine, svolta su una scala circumpolare, non ha fornito evidenze tali da confutare l’ipotesi nulla di panmissia per l’intero oceano antartico. Tuttavia, mentre i confronti svolti tra diverse regioni non sono riusciti a dimostrare la presenza di differenziamento genetico, i confronti svolti entro regioni tra diversi anni di campionamento hanno suggerito l’esistenza di variazione inter-annuale del grado di connettività. Il differenziamento genetico tra anni di campionamento entro la stessa area geografica è riconducibile al fenomeno della chaotic genetic patchiness e può essere dovuto a variazioni nel tasso di reclutamento e mortalità e nell’idrografia. La presenza di differenziamento genetico di popolazione e di chaotic genetic patchiness nell’antarctic silverfish sono stati recentemente confermati mediante genotipizzazione di microsatelliti EST-linked in uno studio focalizzato su campioni provenienti dalla Penisola Antartica. In questo caso, l’utilizzo di marcatori genetici ipervariabili caratterizzati da un elevato potere risolutivo ha permesso di rilevare una significativa struttura genetica sulla scala regionale della Penisola Antartica. Questa tesi di dottorato mira a caratterizzare la struttura di popolazione circumpolare dell’antarctic silverfish, integrando l’informazione fornita dagli studi iniziali con nuovi campioni ed interpretando i risultati alla luce dei diversi aspetti di life history ed idrografia al fine di descrivere i meccanismi di connettività tra popolazioni. Nel primo studio prodotto nell’ambito di questa tesi di dottorato, sono stati analizzati dei campioni di larve dell’antarctic silverfish provenienti dal Mare di Ross, con l’obiettivo di legare l’idrografia locale alla connettività della specie. Lo stato di conservazione dei campioni non ha permesso di utilizzare marcatori molecolari nucleari (microsatelliti) per studiare il differenziamento tra siti geografici entro il Mare di Ross. Nonostante questo, è stato possibile sequenziare un frammento di DNA mitocondriale che ha permesso di identificare univocamente le larve come apparteneneti alla specie P. antarctica. Questo risultato è particolarmente rilevante perché conferma, grazie all’utilizzo di metodi genetici, la presenza di larve della specie P. antarctica in alcune aree del Mare di Ross che erano state precedentemente solo ipotizzate essere zone preferenziali di nursery del silverfish, sulla base di tempi di raccolta dal momento della schiusa delle uova e del tasso di crescita ipotizzato. Sulla base dell’idrografia locale, questo studio ipotizza che la circolazione legata alle depressioni del fondale sia essenziale per il trasporto delle fasi di vita iniziali dalle zone più costiere fino alla scarpata continentale, mentre l’idrografia costiera potrebbe controllare il trasporto lungo i margini della piattaforma continentale modulando la connettività tra popolazioni adiacenti. In un secondo studio prodotto nell’ambito di questa tesi di dottorato sono stati analizzati campioni raccolti nell’arco di 25 anni da sei regioni antartiche diverse: la parte ovest del Mare di Ross, la parte est del Mare di Weddell, la Baia di Larsen, la parte nord della Penisola Antartica, le Isole di South Orkney, e la parte ovest della Penisola Antartica. Questo studio su scala circumpolare è stato condotto utilizzando un pannello di 18 loci microsatellite isolati in precedenza per varie specie di nototenioidei antartici. Questi loci sono risultati polimorfici anche in P. antarctica e informativi per gli obiettivi di questa tesi di dottorato. Alcuni dei campioni inclusi in questo studio sono stati analizzati in due studi precedenti: un primo studio non aveva evidenziato segnali di differenziamento genetico a livello circumpolare (analisi di un marcatore mitocondriale) mentre un secondo studio, più recente e focalizzato sulla Penisola Antartica, aveva segnalato chaotic genetic patchiness e differenziamento genetico utilizzando lo stesso pannello di 18 microsatelliti genotipizzati in questa tesi di dottorato. Questo secondo studio ha confermato che la struttura di popolazione del silverfish sulla scala circumpolare è caratterizzato da alti livelli di flusso genico suggerendo che il sistema di correnti, in particolare l’Antarctic Slope Front and Current System (AFS), abbia un ruolo critico nel collegamento delle popolazioni nell’oceano Antartico. L’importanza del AFS è suggerita dal limitato flusso genico tra le aree ad ovest della Penisola Antartica e le South Orkneys, le due uniche zone non raggiunte dall’AFS. Questa considerazione è ulteriormente supportata dall’ipotesi che l’AFS mantenga la connettività tra depressioni del fondale anche nel Mare di Ross. Per comprendere se l’assenza di differenziamento nell’area ad est del Mare di Weddell fosse effettivamente un fatto biologico o fosse dovuta alla scarsa sensibilità dei marcatori microsatellite a piccole differenze, è stato condotto un ulteriore studio utilizzando l’analisi della chimica degli otoliti di silverfish. La quantificazione delle tracce di elementi deposti nel centro (nucleus) degli otoliti è indicativa delle condizioni chimiche oceanografiche alle quali gli individui sono stati esposti nelle fasi iniziali dello sviluppo. Questa metodologia permette di conseguenza di testare se gli individui siano stati esposti a masse d’acqua diverse nelle prime fasi di vita e di dimostrare l’esistenza di popolazioni con diversa origine. Tra i campioni disponibili per il Mare di Weddell, sono state scelte 5 aree sulla base degli aspetti idrografici che potrebbero influire sulla struttura di popolazione locale (Baia di Atka, Baia di Halley, vicino alla costa di Coats, ad est ed ovest del Filchner Trough). Dati di abbondanza e biomassa raccolti in parallelo durante in campionamento del silverfish nel Mare di Weddell avevano già evidenziato l’importanza del Filchner Trough nel sostenere la popolazione locale dell’antarctic silverfish. Inoltre, l’idrografia locale, attraverso l’intrusione di acqua più calda dall’AFS verso il Mare di Weddell, permetterebbe sia di trasportare il silverfish verso il Mare di Weddell sia di regolare direzionalità e tasso di connettività locale. In contrasto con quanto evidenziato dall’approccio genetico, le analisi di microchimica degli otoliti segnalano differenze statisticamente significative tra gruppi di individui all’interno del mare di Weddell, in particolare tra nordest e sudest del Mare di Weddell. Questi studi suggeriscono un ruolo chiave dell’idrografia sia su scala circumpolare che locale nel modulare la connettività delle popolazioni dell’antarctic silverfish. Inoltre, questa tesi di dottorato evidenzia come un approccio multidisciplinare possa chiarire questioni di connettività di popolazione proponendo una metodologia applicabile a diversi organismi sia antartici che non.
François, Donatien. "Connectivité fonctionnelle chez Vipera berus (Linnaeus, 1758), une espèce peu dispersante et aux mœurs discrètes : caractérisation des flux de gènes à fine échelle spatiale au sein d’un paysage contrasté." Thesis, Rennes 1, 2019. http://www.theses.fr/2019REN1B002.
Повний текст джерелаFace to the impact of land-use changes on species dispersal, decisions were recently conducted at French regional scale to favour and to maintain connectivity. The aim of this work was to quantified connectivity for a model species threatened in Western Europe : the common European adder (V. berus). Its secretive behaviour required to use an indirect and individual-based approach to measure its dispersal thanks to molecular techniques. Thus, V berus gene flow were analysed at fine spatial scale (10 × 7 km²) on a study site (A0) made up of two sub-areas with contrasting landscapes (A1/A2), both by land use and their temporal stability (instable/stable). Genetic differentiation on A0 is weak and mainly associated with a strong isolation-by-distance (IBD) pattern. Dispersal is therefore spatially limited in V. berus (natal dispersal ≤ 500m) and related to males concerning adults. Moreover, gene flow is also influenced by landscape heterogeneity : (i) by meadow (A0), urbanisation (A1) and dry grassland and forests (A2), (ii) particularly at 300m around individuals among spatial extent tested (10-500m) and (iii) more by the spatial configuration than the type and quantity of habitat patches. These innovative results contribute to (i) reflection about conservation strategies for V. Berus et (ii) underly the diversity of factors to consider in studying and maintaining connectivity at a more large spatial scale (dispersal pattern and process, spatio-temporal scales)
Peel, Alison Jane. "The epidemiology of Lagos bat virus and henipaviruses in straw-coloured fruit bats (Eidolon helvum), using population genetics to infer population connectivity." Thesis, University of Cambridge, 2012. https://www.repository.cam.ac.uk/handle/1810/244571.
Повний текст джерелаPaz-García, David A., Adrián Munguía-Vega, Tomas Plomozo-Lugo, and Amy Hudson Weaver. "Characterization of 32 microsatellite loci for the Pacific red snapper, Lutjanus peru, through next generation sequencing." SPRINGER, 2017. http://hdl.handle.net/10150/626030.
Повний текст джерелаTruelove, Nathan. "The conservation genetics of ecologically and commercially important coral reef species." Thesis, University of Manchester, 2014. https://www.research.manchester.ac.uk/portal/en/theses/the-conservation-genetics-of-ecologically-and-commercially-important-coralreef-species(8195a828-2305-430c-9997-548030e417ca).html.
Повний текст джерелаHamilton, Grant Stewart. "The influence of habitat heterogeneity on patterns of connectivity among rabbit populations in southern Queensland." Thesis, Queensland University of Technology, 2004. https://eprints.qut.edu.au/37153/6/37153_Digitised_Thesis.pdf.
Повний текст джерелаBourjea, Jérôme. "Structure et connectivité de la mégafaune marine à l'échelle d’une région océanique : enjeux pour la gestion durable des tortues vertes dans l'océan Indien occidental." Thesis, La Réunion, 2014. http://www.theses.fr/2014LARE0015/document.
Повний текст джерелаThis thesis is a comprehensive work aiming to improve scientific knowledge on the green turtle (Chelonia mydas) in order to provide key scientific evidences needed for the implementation of coherent and effective management measures to protect at the Western Indian Ocean scale this threatened species. In a first step, this work aimed to established baseline data on the abundance of green turtles nesting females and long term trends of some key nesting populations of the region by applying different modelling methods. In a second step, this work determined the regional genetic structure of this species and the relationships that exists between the different populations. Finally, the conservation of marine turtles being closely dependant to external pressures, this work tried to characterize theanthropogenic pressures they face, more specifically those related to fishing activities. All these results allowed unraveling some key gaps on the biology and ecology of the green turtle in the region and led to a global vision of the conservation status of this species in the Western Indian Ocean. The compilation of the results enabled the identification of regional priority areas for protection, but also some more specific threatened sites such as Europa. Finally, this synthesis shedslight on research priorities and scientific approaches to be promote in the future to unlock other keyscientific issues and refine conservation priorities, not only of marine turtles, but also of marine megafauna as a whole
Gélin, Pauline. "Délimitation d'espèces et connectivité chez les coraux du genre Pocillopora dans l'Indo-Pacifique." Thesis, La Réunion, 2016. http://www.theses.fr/2016LARE0041/document.
Повний текст джерелаThis work focuses on the connectivity among populations of the coral genus Pocillopora in the Southwestern Indian Ocean and the Southwestern Pacific Ocean. These corals are widely distributed throughout the tropical fringe of the Indian and Pacific oceans. Traditionally, species were identified on the basis of morphological criteria [17 species described in Veron (2000)]. Different studies using genetic data revealed that the delimitation of species was sometimes blurred in these corals. Thus, in this work, the use of species delineation methods from mitochondrial (ABGD, GMYC, PTP) and nuclear (haplowebs) DNA, 16 primary species hypotheses (PSH) were identified. These PSHs were then confronted to assignment tests from microsatellite loci, revealing a minimum of 18 secondary species hypotheses (SSH). Once the species hypotheses are defined, it is possible to conduct connectivity studies. In this work, two SSHs with different ecologies were chosen to carry out these analyses. The first, Pocillopora damicornis type β (SSH05) was sampled in the lagoons and the second, Pocillopora eydouxi (SSH09) was sampled on the outer slope. The estimation of the genetic structure of the populations made possible to estimate the reproductive modes (sexual or asexual) in these two SSHs and the connectivity analyzes revealed complex structuring patterns for each of the SSHs
Jan, Pierre Loup. "Etude non invasive de la dynamique et de la génétique des populations chez une chauve-souris forestière : impact de la qualité de l'habitat et de la connectivité." Thesis, Rennes, Agrocampus Ouest, 2017. http://www.theses.fr/2017NSARH103/document.
Повний текст джерелаEfficient conservation management against habitat degradation and fragmentation of a species requires understanding how the environment impacts its population dynamics and the species’ sensitivity to connectivity loss. Acquiring sufficient knowledge about these processes is challenging for any species, and is even more complicated for species too sensitive to be studied with classical methods. During this work, we studied the population dynamics and genetics of a woodland specialized bat who has undergone a serious decline in the north of Europe, the lesser horseshoe bat (Rhinolophus hipposideros), with non-invasive methods (counts, non-invasive genetics).Our results shown that climate and landscape around maternity colonies explain population size variations and dynamics of the lesser horseshoe bat. We also confirmed a direct impact of landscape on juvenile survival. We finally observed that genetic diversity could be strongly decreased by population history and a lack of connectivity between populations. Our results have direct implications for the lesser horseshoe bat conservation but also for the development of analyses integrating non-invasive genetic data in conservation biology
Villemey, Anne. "Trame verte et papillons de jour en contexte agricole : influence du paysage sur la dispersion, la diversité génétique et la composition des communautés." Thesis, Orléans, 2015. http://www.theses.fr/2015ORLE2052/document.
Повний текст джерелаThe implementation of the “Green and Blue Infrastructure” in France intends to ensure the functional connectivity of habitats (green veining). It is one of the nature conservation policies which aim to reduce the loss of biodiversity caused by the destruction and degradation of natural habitats. The objective of this work was to quantify the impact of connectivity, in comparison to other environmental factors, on the diversity of butterfly communities and their genetic diversity in three French agricultural regions. Two different approaches were applied to understand the underlying processes driving these diversity patterns: i) the study of the whole community and of the different ecological groups, ii) the study of landscape features resistances to butterfly dispersal using a landscape genetics approach on one species: the Meadow brown (Maniola jurtina L.). Our findings show that although local characteristics play a dominant role, landscape context does have an influence on community composition. Arable land cover decreases species diversity, and the Meadow brown genetic diversity and gene flow. Grasslands support more species rich communities, including non-frequent species. Grassy linear landscape elements host impoverished communities, but improve Meadow brown dispersal and enhance its genetic diversity. Species diversity is higher within grasslands in proximity to woody habitats: butterflies may benefit from resources on forest edges; moreover, woodlands seem to limit Meadow brown dispersal while increasing its genetic diversity. The habitat complementarity we evidenced here led us to question the classic model of ecological continuities as a collection of independent sub-networks, one for each type of habitat. According to conservation issues, species under interest and landscape contexts, we also need to identify situations where, among a broad panel of possible conservation actions, increasing connectivity is the most effective solution
Minot, Marceau. "Traits biologiques et facteurs environnementaux structurant les mouvements locaux et la dispersion des libellules( Insecta, Odonata) dans les réseaux de mares. Pond creation and restoration:: patterns of odonate colonisation and community dynamics Biometry of the large dragonfly Anax imperator (Odonata, Aeshnidae):: A study of traits from larval development to adults Effects of water pollution on the larval development and condition of the adults at emergence in Aeshna cyanea (Odonata: Aeshnidae) Habitat use and movements of a large dragonfly (Odonata: Anax imperator) in a pond network. Diversity and genetic structure of Anax imperator populations at the European scale." Thesis, Normandie, 2020. http://www.theses.fr/2020NORMR031.
Повний текст джерелаDuring the last decades, the number of ponds decreased by more than 50 % in European countries, occasionally reaching up to 90 % in some regions. Their decline in number has led to a strong loss of connectivity between waterbodies. Yet, these small and scattered ecosystems are essential for the life cycle of a high diversity of freshwater species. Land use policies like the creation of Greenways and Blueways in France aim to improve ecological continuities to allow maintenance of existent biological populations and exchanges between them. However, the connectivity between ponds must be considered according to the dispersal abilities of freshwater species and this information often lacks to guide restoration measures. In the present work, we studied the dispersal abilities of dragonflies on several spatial scales and investigated the biological traits and environmental factors that shaped their movements. In the first part, we evaluated the colonization of 20 ponds in Normandy by dragonflies during three years after pond restoration or pond creation. The results highlight high colonization rates during the first year and no difference in species richness was found between newly created or restored ponds. This suggests that restoration of ponds after complete drought should not always be prioritized over pond creation in management strategies. We found that generalist species were more present in the first year after pond creation or restoration, whereas the occurrence of forest specialists increased with the age of the pond. The results also highlighted that the landscape context around ponds (i.e. forest vs. open lands) had an effect on the composition of dragonfly communities. Finally, the total abundance of odonate species was related to the density of other ponds in the surroundings. This result emphasizes that highly connected ponds can support larger populations than isolated ones and thus, be more resilient to perturbations. The second part provides insights into the larval development of Anax imperator and the relationship between morphological traits of larvae and adults. The results suggest that the survival of this species might depend on its body length during the maturation period. We also tried to study the natal dispersal by marking 87 individuals at emergence, but only two males were resighted after the maturation period. Finally, the effect of two water pollutants (i.e. Round-up and DEET) at different concentrations was also investigated on the larval development and adults of Aeshna cyanea. Larvae were reared under laboratory conditions and exposed to concentrations up to 30 mg.L-1 of the two pollutants. No effect of the pollutants was detected on the morphological conditions of larvae or tenerals, suggesting that A. cyanea is tolerant to potential water pollution of ponds. The level of HSP70 stress protein was also similar according to the different treatments, but teneral adults presented higher levels of stress than larvae, suggesting that emergence induced a high stress in the individuals. The third part focuses on the dispersal of A. imperator. We first assessed the local movements within a pond network in the Normandy region
Kaus, Andrew. "Ecological assessment of salmonid populations in a country undergoing rapid environmental and socioeconomic transitions (Mongolia)." Doctoral thesis, Technische Universität Dresden, 2017. https://tud.qucosa.de/id/qucosa%3A30823.
Повний текст джерелаDie Mongolei befindet sich derzeit in einem rasanten sozioökonomischen Übergang mit tiefgreifenden Veränderungen, die v.a. durch eine Zunahme bergbaulicher Aktivitäten sowie einen Ausbau ackerbaulicher Nutzungen wie auch der Viehwirtschaft angetrieben werden. Derzeit vollzieht sich eine noch nie dagewesene Urbanisierung und ein weiteres Bevölkerungswachstum, das auf die alternde öffentliche Infrastruktur, einschließlich Kraftwerke und Abwasserbehandlungsanlagen, einen zusätzlichen Druck ausübt. Infolgedessen zeigen sich in den weitgehend unberührten Landschaften des Landes, einschließlich seiner riesigen Süßwasser-Ökosysteme, deutliche Anzeichen von Übernutzung natürlicher Ressourcen, Umweltverschmutzung und Artenverlusten. Zukünftig geplante große Staudämme werden neben den bevorstehenden Auswirkungen des Klimawandels die Hydrologie deutlich verändern. So sind bereits deutliche Beeinträchtigungen der Fluss-und See-Ökosysteme erkennbar, insbesondere in Hinblick auf ihre aquatischen Lebensgemeinschaften. Einige der weltweit einzigartigen Fischarten haben bereits erhebliche Bevölkerungsrückgänge erlitten. Eine weitere existenzielle Bedrohung für diese Fischpopulationen ist der rasche und weitgehend un-regulierte Anstieg der Fischereitätigkeiten aus einer aufstrebenden Freizeitfischerei. Obwohl Fischfang und -konsum keine traditionellen Elemente der mongolischen Ernährung oder Kultur darstellen, vollziehen sich diesbezüglich derzeit tiefgreifende Veränderungen. Daher wurden in der Mongolei umfangreiche Forschungsprojekte geplant und durchgeführt, um wesentliche Informationen über diese neue Art der Fischerei zu sammeln und gleichzeitig bestehende Wissenslücken in Bezug auf die räumliche Ökologie und die Metapopulationsstruktur der wichtigsten Zielarten zu schließen. Darüber hinaus zeigten Untersuchungen, dass sich aufgrund des erhöhten Konsums von lokal gefangenen Fischarten aus einem stark beeinträchtigten Einzugsgebiet ein potenzielles Risiko für die menschliche Gesundheit ergibt. Insgesamt ist das übergeordnete Ziel dieser Fischereiforschung, das wissenschaftliche Verständnis und Wissen zu erweitern und letztlich die derzeitigen Managementinstrumente zu verbessern und neue Erhaltungsmaßnahmen zu ergreifen, um die Nachhaltigkeit und Widerstandsfähigkeit der bedrohten Fischartenpopulationen und die aufkommende Erholung zu sichern. Insgesamt wurden zwischen 2011 und 2014 insgesamt fünf fischereibiologische Forschungsprojekte abgeschlossen, wobei die Ergebnisse dieser Arbeiten in Erhaltungs- und Managementempfehlungen münden. Wegen des Mangels an Wissen über die aufkommende Freizeitfischerei wurden Anglerbefragungen in drei Einzugsgebieten durchgeführt, welche fünf wichtige Themen wie Angler-Demographie, Fischereipraktiken, Reisetätigkeiten, Fanggeräte und Kosten sowie Anglerwissen und Meinungen umfassten. Fünfundsechzig Angelgruppen (n = 154 Angler) wurden interviewt und zwei Anglertypen identifiziert: ländliche Angler ohne oder niedrige Einkommen, die in dem Becken wohnen, alleine oder in kleineren Gruppen fischen, häufig für kürzere Zeiten fischen und regelmäßig Fisch verzehren; und städtische Angler, die mittlere bis hohe Einkommen haben, in größeren Städten leben, mehr Geld für Fanggeräte / Ausflüge ausgegeben und typischerweise für mehrere Tage am Stück fischen. B. lenok wurde als die bevorzugte und am meisten gefangene Zielarten der Fischerei identifiziert. Die Ergebnisse der Anglerbefragungen bestätigten den erhöhten Fischkonsum im Kharaa-Einzugsgebiet, das aufgrund der weit verbreiteten Schwermetallverunreinigung aus der Vergangenheit und den gegenwärtigen Bergbauaktivitäten als potenzielles Risiko für die menschliche Gesundheit identifiziert wurde. So wurden Schwermetallverunreinigungen im Flusswasser, Sediment und fünf konsumierten Fischarten an 11 Standorten im Einzugsgebiet untersucht. Schwermetalle zeigten sich in allen fünf Stichprobenarten, wobei der maximale Muskelgehalt von Cr, As, Hg und Pb in Fischen aus dem Mittel- und Unterlauf festgestellt wurde, während Zn in B. lenok in den Oberlaufregionen stark erhöht war. Der erhöhte mediane Gehalt an Cr, Cu, Hg und Pb nahm mit trophischer Ebene zu, wobei die Bioakkumulation von Hg die größte Bedrohung für die menschliche Gesundheit darstellte, wobei über 10% aller Fischproben den international empfohlenen Schwellenwert für Hg im verzehrbaren Fischgewebe überstiegen (> 0,5 μg g-1 ww). Diese Bioakkumulation in residenten Fischarten könnte zu chronischen Intoxikationen bei Menschen führen, die sie regelmäßig konsumieren und zusätzliche Exposition gegenüber anderen Kontaminationsquellen haben, z.B. im Goldbergbau. Es wurden weitere zwei Projekte durchgeführt, die eine passive akustische Telemetrie zur Beschreibung der räumlichen und zeitlichen Autökologie, des Lebensraumnutzens und des Verhaltens von B. lenok im Eroo River und H. taimen in den Flüssen Onon und Balj unter den extremen Klimabedingungen der Mongolei verwendeten. Die maximalen Längsbewegungen (Heimatbereiche) wurden -umfangreicher als bisher angenommen- für beide Arten wurden auf 45,3 km für B. lenok und 126,1 km für H. taimen ermittelt. Im Frühjahr und Sommer wurden erhöhte Bewegungen aufgezeichnet, wobei die Individuen in die umliegenden Nebenflüsse eintraten und dort zwischen 4 und 85 Tagen verblieben, bevor sie zum Hauptfluss des Flusses zurückkehrten. Die Ergebnisse zeigen die Bedeutung der Aufrechterhaltung der Integrität und der Konnektivität von Nebenflüssen für Laichen, Nahrungssuche und Überwinterung sowie hydrologische und thermische Schutzräume, die für diese Arten in der Region mit den anstehenden Auswirkungen des Klimawandels zunehmend an Bedeutung gewinnen werden. Die verbesserten Kenntnisse der räumlichen Ökologie dieser bedrohten Arten kann die Gestaltung und Umsetzung neuer Schutzmaßnahmen wie Süßwasser-Schutzgebiete in der Mongolei wissenschaftlich fundieren und leiten. Weitere Untersuchungen wurden durchgeführt, um ein breiteres, multigenerationales Verständnis der Zusammenhänge zwischen den konkreten Populationen von H. taimen, B. lenok und T. baicalensis über die großen Flusseinzugsgebiete zu gewinnen. Sowohl molekulare als auch nukleare Marker wurden verwendet, um die genetische Struktur abzugrenzen und definieren, so z.B. evolutionär signifikante Einheiten (ESUs) und eigenständige Populationen für diese Arten einschließlich ihrer räumlichen Verteilung in der Mongolei. Über alle Arten hinweg war das deutlichste Muster eine starke Differenzierung zwischen den großen Becken mit geringer Differenzierung. Dem gegenüber stehen schwache Muster der Isolation durch die Distanz in den Becken, die eine hohe einzugsgebietsinterne Konnektivität anzeigen, obwohl exakte Muster nicht vollständig unter allen Arten übereinstimmten. Die Prioritäten der Erhaltung müssen sich auf die Verbesserung des Schutzes der vorrangigen Bevölkerungsgruppen innerhalb jeder Art und ESU konzentrieren, um die begrenzten verfügbaren Ressourcen für die Arten- und Populations-Erhaltung und fischereiliche Bewirtschaftung in der Mongolei zu maximieren. Die umfangreichen Ergebnisse aus der aktuellen wissenschaftlichen Forschung ermöglichten die Ableitung umfassender Empfehlungen für die Umsetzung neuer und die Verbesserung der bestehenden Management- und Erhaltungsmaßnahmen in Bezug auf die bedrohten Lachsarten der Mongolei und die aufkommende Freizeitfischerei. Diese Empfehlungen beinhalten 1.die Gründung einer Reihe von Süßwasser-Schutzgebieten (FPA) in den großen Flussgebieten der Mongolei auf der Grundlage der räumlichen Ökologie und der genetischen Bevölkerungsstruktur, die durch die aktuellen Forschungsergebnisse untermauert wird; 2. Eine Verschiebung des Eröffnungstermins der Fangsaison, welche im Gegensatz zur aktuellen Praxis die gesamte Laichzeit von B. lenok (die Hauptzielspezies der Fischerei); umfassen sollte; 3. Hinzufügen des Stumpfschnauzen-Lenok (B. sp.) zur Liste der besonders geschützten Arten, da er sich als eine genetisch unabhängige Spezies erwiesen hat, welche eine begrenzte räumliche Verteilung und geringe Populationsdichte in der Mongolei hat; und 4. Einführung von minimalen (und potentiell maximalen) Körpergrößenbeschränkungen für B. lenok und T. baicalensis, um die unreifen und heranwachsenden Individuen besser vor menschlichen Einflüssen zu schützen. Darüber hinaus empfiehlt es sich dringend, in den wichtigsten Flussgebieten fischereilich genutzte und nicht genutzte Fischpopulationen zu erfassen und Biomonitoring-Programme (unter Verwendung von Bioindikator-Spezies) zu implementieren, um toxische Schwermetallverunreinigungen zu verfolgen und potenzielle Risiken für die menschliche Gesundheit zu identifizieren, die mit dem Verzehr Fischen aus beeinträchtigten Regionen einhergehen. Schließlich verlangt das Fehlen von Kenntnissen über die derzeitigen Fischereiverordnungen durch Angler sowie die beobachteten und gemeldeten weitverbreiteten illegalen Fischereitätigkeiten ein weitreichendes Angler-Bildungsprogramm, um das Verständnis und die Einhaltung fischereilicher Regelungen zu verbessern. Das künftige Überleben der bedrohten Salmoniden und die Nachhaltigkeit der aufkommenden Freizeitfischerei in der Mongolei sind eng miteinander verbunden. Sofern die hier dargestellten wissenschaftlich fundierten Empfehlungen in vollem Umfang umgesetzt werden und hinreichend kontrolliert werden können, würden die zuständigen Behörden einen großen Schritt in Richtung der Umkehrung der aktuellen Trends machen und die gefährdeten Süßwasserfischpopulationen des Landes und ihre wertvollen aquatischen Ökosysteme bewahren. Die Mongolei könnte dann ein Modell für die Erhaltung und Bewirtschaftung von Süßwasserarten in der ganzen Region und der Welt werden.:DECLARATION OF CONFORMITY I TABLE OF CONTENTS II ACKNOWLEDGMENTS V LIST OF ABBREVIATIONS VI LIST OF FIGURES VII LIST OF TABLES VIII SUMMARY IX SUMMARY IN GERMAN / ZUSAMMENFASSUNG AUF DEUTSCH XII SUMMARY IN MONGOLIAN / ХУРААНГУЙ XVI INTRODUCTION 1 1 RESEARCH OBJECTIVES AND HYPOTHESES 1 1.1 OVERALL THESIS OBJECTIVES 6 2 MONGOLIA’S NATURAL ENVIRONMENT 7 2.1 GEOGRAPHIC ECOREGIONS 7 2.2 CLIMATIC CONDITIONS 7 2.3 HYDROLOGICAL NETWORKS 8 2.4 FRESHWATER FISH FAUNA 9 3 ANTHROPOGENIC FORCINGS 11 3.1 CURRENT SOCIOECONOMIC TRANSITIONS 11 3.2 INTENSIFYING FISHING ACTIVITIES 11 3.3 CONTAMINATION OF AQUATIC ECOSYSTEMS 12 3.4 IMMINENT THREATS 15 RESEARCH CHAPTERS 17 4 AN EMERGING RECREATIONAL FISHERY IN MONGOLIA’S URBANISING SOCIETY: A THREAT TO ITS PRISTINE FISH STOCKS? 17 4.1 ABSTRACT 17 4.2 INTRODUCTION 18 4.3 MATERIALS AND METHODS 20 4.4 RESULTS 22 4.5 DISCUSSION 29 5 REGIONAL PATTERNS OF HEAVY METAL EXPOSURE AND CONTAMINATION IN THE FISH FAUNA OF THE KHARAA RIVER BASIN (MONGOLIA) 36 5.1 ABSTRACT 36 5.2 INTRODUCTION 37 5.3 MATERIALS AND METHODS 39 5.4 RESULTS 43 5.5 DISCUSSION 49 6 MOVEMENTS AND BEHAVIOUR OF AN ARCHAIC TROUT, BRACHYMYSTAX LENOK (PALLAS, 1773) UNDER EXTREME ENVIRONMENTAL CONDITIONS IN MONGOLIA 57 6.1 ABSTRACT 57 6.2 INTRODUCTION 57 6.3 MATERIALS AND METHODS 60 6.4 RESULTS 64 6.5 DISCUSSION 71 7 SEASONAL HOME RANGE SHIFTS OF THE SIBERIAN TAIMEN (HUCHO TAIMEN; PALLAS, 1773): EVIDENCE FROM PASSIVE ACOUSTIC TELEMETRY IN THE ONON RIVER AND BALJ TRIBUTARY (AMUR RIVER BASIN, MONGOLIA) 78 7.1 ABSTRACT 78 7.2 INTRODUCTION 79 7.3 MATERIALS AND METHODS 81 7.4 RESULTS 84 7.5 DISCUSSION 88 8 FISH CONSERVATION IN THE LAND OF STEPPE AND SKY: EVOLUTIONARY SIGNIFICANT UNITS OF THREATENED SALMONID SPECIES IN MONGOLIA MIRROR MAJOR RIVER BASINS 95 8.1 ABSTRACT 95 8.2 INTRODUCTION 95 8.3 MATERIALS AND METHODS 98 8.4 RESULTS 101 8.5 DISCUSSION 108 DISCUSSION 115 9 SOLUTIONS FOR SUSTAINABLE FISHERIES IN MONGOLIA 115 9.1 OVERVIEW AND LINKAGES OF KEY RESEARCH FINDINGS 115 9.2 FRESHWATER FISH CONSERVATION IN A TRANSITIONAL SOCIETY 118 9.3 ADDRESSING MANAGEMENT SHORTFALLS TO CURB INTENSIFYING FISHING ACTIVITIES 119 9.4 BIOMONITORING TO MITIGATE HUMAN HEALTH RISKS 122 9.5 IMPROVING ANGLER COMPLIANCE WITH INCREASED EDUCATION 123 9.6 PRESERVING HYDROLOGICAL CONNECTIVITY AND RIVER INTEGRITY IN THE FACE OF IMMINENT THREATS 124 9.7 MANAGEMENT AVOIDANCES 127 9.8 TRANSFERABILITY OF RESEARCH METHODS, RESULTS AND RECOMMENDATIONS 127 9.9 FUTURE RESEARCH AND MANAGEMENT PRIORITIES 129 10 REFERENCES 132 APPENDIX 1 I APPENDIX 2 II APPENDIX 3 VI APPENDIX 4 VIII APPENDIX 5 XXI APPENDIX 6 XXII APPENDIX 7 XXIV 11 REFERENCES TO OWN PUBLISHED / SUBMITTED MANUSCRIPT IN THE PRESENT THESIS XXV 12 INDIVIDUAL CONTRIBUTIONS TO THE CURRENT THESIS XXVI 13 NOTE ON THE COMMENCEMENT OF THE DOCTORAL PROCEDURE XXVIII 14 CURRICULUM VITAE XXIX 15 LIST OF PUBLICATIONS XXXI
Kaus, Andrew. "Ecological assessment of salmonid populations in a country undergoing rapid environmental and socioeconomic transitions (Mongolia)." Doctoral thesis, Saechsische Landesbibliothek- Staats- und Universitaetsbibliothek Dresden, 2018. http://nbn-resolving.de/urn:nbn:de:bsz:14-qucosa-233488.
Повний текст джерелаDie Mongolei befindet sich derzeit in einem rasanten sozioökonomischen Übergang mit tiefgreifenden Veränderungen, die v.a. durch eine Zunahme bergbaulicher Aktivitäten sowie einen Ausbau ackerbaulicher Nutzungen wie auch der Viehwirtschaft angetrieben werden. Derzeit vollzieht sich eine noch nie dagewesene Urbanisierung und ein weiteres Bevölkerungswachstum, das auf die alternde öffentliche Infrastruktur, einschließlich Kraftwerke und Abwasserbehandlungsanlagen, einen zusätzlichen Druck ausübt. Infolgedessen zeigen sich in den weitgehend unberührten Landschaften des Landes, einschließlich seiner riesigen Süßwasser-Ökosysteme, deutliche Anzeichen von Übernutzung natürlicher Ressourcen, Umweltverschmutzung und Artenverlusten. Zukünftig geplante große Staudämme werden neben den bevorstehenden Auswirkungen des Klimawandels die Hydrologie deutlich verändern. So sind bereits deutliche Beeinträchtigungen der Fluss-und See-Ökosysteme erkennbar, insbesondere in Hinblick auf ihre aquatischen Lebensgemeinschaften. Einige der weltweit einzigartigen Fischarten haben bereits erhebliche Bevölkerungsrückgänge erlitten. Eine weitere existenzielle Bedrohung für diese Fischpopulationen ist der rasche und weitgehend un-regulierte Anstieg der Fischereitätigkeiten aus einer aufstrebenden Freizeitfischerei. Obwohl Fischfang und -konsum keine traditionellen Elemente der mongolischen Ernährung oder Kultur darstellen, vollziehen sich diesbezüglich derzeit tiefgreifende Veränderungen. Daher wurden in der Mongolei umfangreiche Forschungsprojekte geplant und durchgeführt, um wesentliche Informationen über diese neue Art der Fischerei zu sammeln und gleichzeitig bestehende Wissenslücken in Bezug auf die räumliche Ökologie und die Metapopulationsstruktur der wichtigsten Zielarten zu schließen. Darüber hinaus zeigten Untersuchungen, dass sich aufgrund des erhöhten Konsums von lokal gefangenen Fischarten aus einem stark beeinträchtigten Einzugsgebiet ein potenzielles Risiko für die menschliche Gesundheit ergibt. Insgesamt ist das übergeordnete Ziel dieser Fischereiforschung, das wissenschaftliche Verständnis und Wissen zu erweitern und letztlich die derzeitigen Managementinstrumente zu verbessern und neue Erhaltungsmaßnahmen zu ergreifen, um die Nachhaltigkeit und Widerstandsfähigkeit der bedrohten Fischartenpopulationen und die aufkommende Erholung zu sichern. Insgesamt wurden zwischen 2011 und 2014 insgesamt fünf fischereibiologische Forschungsprojekte abgeschlossen, wobei die Ergebnisse dieser Arbeiten in Erhaltungs- und Managementempfehlungen münden. Wegen des Mangels an Wissen über die aufkommende Freizeitfischerei wurden Anglerbefragungen in drei Einzugsgebieten durchgeführt, welche fünf wichtige Themen wie Angler-Demographie, Fischereipraktiken, Reisetätigkeiten, Fanggeräte und Kosten sowie Anglerwissen und Meinungen umfassten. Fünfundsechzig Angelgruppen (n = 154 Angler) wurden interviewt und zwei Anglertypen identifiziert: ländliche Angler ohne oder niedrige Einkommen, die in dem Becken wohnen, alleine oder in kleineren Gruppen fischen, häufig für kürzere Zeiten fischen und regelmäßig Fisch verzehren; und städtische Angler, die mittlere bis hohe Einkommen haben, in größeren Städten leben, mehr Geld für Fanggeräte / Ausflüge ausgegeben und typischerweise für mehrere Tage am Stück fischen. B. lenok wurde als die bevorzugte und am meisten gefangene Zielarten der Fischerei identifiziert. Die Ergebnisse der Anglerbefragungen bestätigten den erhöhten Fischkonsum im Kharaa-Einzugsgebiet, das aufgrund der weit verbreiteten Schwermetallverunreinigung aus der Vergangenheit und den gegenwärtigen Bergbauaktivitäten als potenzielles Risiko für die menschliche Gesundheit identifiziert wurde. So wurden Schwermetallverunreinigungen im Flusswasser, Sediment und fünf konsumierten Fischarten an 11 Standorten im Einzugsgebiet untersucht. Schwermetalle zeigten sich in allen fünf Stichprobenarten, wobei der maximale Muskelgehalt von Cr, As, Hg und Pb in Fischen aus dem Mittel- und Unterlauf festgestellt wurde, während Zn in B. lenok in den Oberlaufregionen stark erhöht war. Der erhöhte mediane Gehalt an Cr, Cu, Hg und Pb nahm mit trophischer Ebene zu, wobei die Bioakkumulation von Hg die größte Bedrohung für die menschliche Gesundheit darstellte, wobei über 10% aller Fischproben den international empfohlenen Schwellenwert für Hg im verzehrbaren Fischgewebe überstiegen (> 0,5 μg g-1 ww). Diese Bioakkumulation in residenten Fischarten könnte zu chronischen Intoxikationen bei Menschen führen, die sie regelmäßig konsumieren und zusätzliche Exposition gegenüber anderen Kontaminationsquellen haben, z.B. im Goldbergbau. Es wurden weitere zwei Projekte durchgeführt, die eine passive akustische Telemetrie zur Beschreibung der räumlichen und zeitlichen Autökologie, des Lebensraumnutzens und des Verhaltens von B. lenok im Eroo River und H. taimen in den Flüssen Onon und Balj unter den extremen Klimabedingungen der Mongolei verwendeten. Die maximalen Längsbewegungen (Heimatbereiche) wurden -umfangreicher als bisher angenommen- für beide Arten wurden auf 45,3 km für B. lenok und 126,1 km für H. taimen ermittelt. Im Frühjahr und Sommer wurden erhöhte Bewegungen aufgezeichnet, wobei die Individuen in die umliegenden Nebenflüsse eintraten und dort zwischen 4 und 85 Tagen verblieben, bevor sie zum Hauptfluss des Flusses zurückkehrten. Die Ergebnisse zeigen die Bedeutung der Aufrechterhaltung der Integrität und der Konnektivität von Nebenflüssen für Laichen, Nahrungssuche und Überwinterung sowie hydrologische und thermische Schutzräume, die für diese Arten in der Region mit den anstehenden Auswirkungen des Klimawandels zunehmend an Bedeutung gewinnen werden. Die verbesserten Kenntnisse der räumlichen Ökologie dieser bedrohten Arten kann die Gestaltung und Umsetzung neuer Schutzmaßnahmen wie Süßwasser-Schutzgebiete in der Mongolei wissenschaftlich fundieren und leiten. Weitere Untersuchungen wurden durchgeführt, um ein breiteres, multigenerationales Verständnis der Zusammenhänge zwischen den konkreten Populationen von H. taimen, B. lenok und T. baicalensis über die großen Flusseinzugsgebiete zu gewinnen. Sowohl molekulare als auch nukleare Marker wurden verwendet, um die genetische Struktur abzugrenzen und definieren, so z.B. evolutionär signifikante Einheiten (ESUs) und eigenständige Populationen für diese Arten einschließlich ihrer räumlichen Verteilung in der Mongolei. Über alle Arten hinweg war das deutlichste Muster eine starke Differenzierung zwischen den großen Becken mit geringer Differenzierung. Dem gegenüber stehen schwache Muster der Isolation durch die Distanz in den Becken, die eine hohe einzugsgebietsinterne Konnektivität anzeigen, obwohl exakte Muster nicht vollständig unter allen Arten übereinstimmten. Die Prioritäten der Erhaltung müssen sich auf die Verbesserung des Schutzes der vorrangigen Bevölkerungsgruppen innerhalb jeder Art und ESU konzentrieren, um die begrenzten verfügbaren Ressourcen für die Arten- und Populations-Erhaltung und fischereiliche Bewirtschaftung in der Mongolei zu maximieren. Die umfangreichen Ergebnisse aus der aktuellen wissenschaftlichen Forschung ermöglichten die Ableitung umfassender Empfehlungen für die Umsetzung neuer und die Verbesserung der bestehenden Management- und Erhaltungsmaßnahmen in Bezug auf die bedrohten Lachsarten der Mongolei und die aufkommende Freizeitfischerei. Diese Empfehlungen beinhalten 1.die Gründung einer Reihe von Süßwasser-Schutzgebieten (FPA) in den großen Flussgebieten der Mongolei auf der Grundlage der räumlichen Ökologie und der genetischen Bevölkerungsstruktur, die durch die aktuellen Forschungsergebnisse untermauert wird; 2. Eine Verschiebung des Eröffnungstermins der Fangsaison, welche im Gegensatz zur aktuellen Praxis die gesamte Laichzeit von B. lenok (die Hauptzielspezies der Fischerei); umfassen sollte; 3. Hinzufügen des Stumpfschnauzen-Lenok (B. sp.) zur Liste der besonders geschützten Arten, da er sich als eine genetisch unabhängige Spezies erwiesen hat, welche eine begrenzte räumliche Verteilung und geringe Populationsdichte in der Mongolei hat; und 4. Einführung von minimalen (und potentiell maximalen) Körpergrößenbeschränkungen für B. lenok und T. baicalensis, um die unreifen und heranwachsenden Individuen besser vor menschlichen Einflüssen zu schützen. Darüber hinaus empfiehlt es sich dringend, in den wichtigsten Flussgebieten fischereilich genutzte und nicht genutzte Fischpopulationen zu erfassen und Biomonitoring-Programme (unter Verwendung von Bioindikator-Spezies) zu implementieren, um toxische Schwermetallverunreinigungen zu verfolgen und potenzielle Risiken für die menschliche Gesundheit zu identifizieren, die mit dem Verzehr Fischen aus beeinträchtigten Regionen einhergehen. Schließlich verlangt das Fehlen von Kenntnissen über die derzeitigen Fischereiverordnungen durch Angler sowie die beobachteten und gemeldeten weitverbreiteten illegalen Fischereitätigkeiten ein weitreichendes Angler-Bildungsprogramm, um das Verständnis und die Einhaltung fischereilicher Regelungen zu verbessern. Das künftige Überleben der bedrohten Salmoniden und die Nachhaltigkeit der aufkommenden Freizeitfischerei in der Mongolei sind eng miteinander verbunden. Sofern die hier dargestellten wissenschaftlich fundierten Empfehlungen in vollem Umfang umgesetzt werden und hinreichend kontrolliert werden können, würden die zuständigen Behörden einen großen Schritt in Richtung der Umkehrung der aktuellen Trends machen und die gefährdeten Süßwasserfischpopulationen des Landes und ihre wertvollen aquatischen Ökosysteme bewahren. Die Mongolei könnte dann ein Modell für die Erhaltung und Bewirtschaftung von Süßwasserarten in der ganzen Region und der Welt werden
Villacorta-Rath, C. "Population connectivity of the Southern rock lobster, Jasus edwardsii." Thesis, 2018. https://eprints.utas.edu.au/30222/1/Villacorta_Rath_whole_thesis.pdf.
Повний текст джерелаBaird, HP. "Genetic structure, diversity, and population ecology of Antarctic benthic amphipods." Thesis, 2012. https://eprints.utas.edu.au/14736/10/whole_baird_thesis_ex_pub_mat.pdf.
Повний текст джерелаHenriksson, Oskar. "Genetic connectivity of fish in the Western Indian Ocean." Doctoral thesis, 2013. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:su:diva-92598.
Повний текст джерелаAt the time of the doctoral defense, the following papers were unpublished and had a status as follows: Paper 3: Manuscript. Paper 4: Manuscript.
Wilson, Sara N. "Assessment of Genetic Connectivity between Sudan and Saudi Arabia for Commercially Important Fish Species." Thesis, 2017. http://hdl.handle.net/10754/626344.
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