Дисертації з теми "Phytoparasites"
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Fortuner, Renaud. "Variabilité et identification des espèces chez les nématodes du genre Helicotylenchus." Lyon 1, 1986. http://www.theses.fr/1986LYO19023.
Анотація:
Probleme d'identification des nematodes, parasites des plantes cultivees, du genre helicotylenchus, du a une grande variabilite intraspecifique. Mise au point du logiciel nemaid pour aider a leur identification. Redescription de certaines especes et propositions de synonymes
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Notareschi-Leroy, Hélène. "Caractérisation d'éléments transposables de la super famille Tc1-mariner chez les nématodes phytoparasites du genre Meloidogyne." Aix-Marseille 2, 2000. http://www.theses.fr/2000AIX22014.
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Ali, Nadine. "Communautés de nématodes phytoparasites associés à l'olivier : réponse aux forçages anthropiques et environnementaux." Thesis, Montpellier, SupAgro, 2015. http://www.theses.fr/2015NSAM0015/document.
Анотація:
Les interventions humaines de plus en plus fréquentes et persistantes dans les écosystèmes d'une part, et l'intensification des systèmes de cultures d'autre part qui s'accompagne pour partie de méthodes radicales pour combattre les bio-agresseurs des cultures, nous posent de multiples questions au sujet des risques écologiques liés aux changements des milieux, dont les perturbations induites sur les communautés d'organismes vivants. Les nématodes phytoparasites (NPP), vers ronds microscopiques telluriques qui occasionnent des pertes de production végétale importantes, sont partout présents en communautés. Ces nématodes répondent rapidement aux forçages extérieurs (e.g. anthropiques et environnementaux) par des modifications de la structure de leurs communautés. Par ce travail de thèse, nous cherchons à mieux comprendre l'effet des facteurs impliqués dans l'assemblage des espèces de NPP en communautés associées à l'olivier méditerranéen et à déterminer la réponse de ces communautés aux forçages imposés par la domestication de l'olivier, par l'intensification de sa culture et par différents facteurs environnementaux. L'étude a été réalisée au Maroc dans toutes les régions oléicoles (vergers traditionnels à faible densité et vergers à haute-densité), dans les zones refuge d'olivier sauvage (oléastre) et sur olivier féral. Les facteurs pédoclimatiques qui caractérisent les sites d'échantillonnage ont également été pris en considération. L'analyse de la nématofaune a révélé d'une grande diversité spécifique, de nombreuses espèces étant décrites pour la première fois sur olivier, et une nouvelle espèce (Meloidogyne spartelensis) ayant été découverte. La diversité, la composition taxonomique, trophique et fonctionnelle, la dominance des taxons, les patrons de communautés sont fortement affectés par les différents forçages pris en compte. Le gradient d'anthropisation croissante (sauvage vs féral vs cultivé traditionnel vs cultivé haute-densité) est la variable qui impacte le plus la diversité par réduction de la richesse spécifique et l'augmentation de l'abondance en NPP. L'étude a également porté une attention particulière sur la diversité des nématodes à galles des racines du genre Meloidogyne, un des principaux ravageurs de l'olivier. Elle a indiqué la dispersion de M. javanica dans les vergers et sur olivier féral, alors que d'autres espèces (M. arenaria, M. hapla et M. spartelensis) sont confinées dans les zones refuge des oléastres. Afin d'analyser la diversité génétique, des marqueurs morphologiques et moléculaires ont dévoilé d'une diversité importante entre et au sein des différentes populations de Meloidogyne. Les études diligentées dans le cadre de cette thèse confirment que la diversité et la structure des communautés de NPP pourraient être des indicateurs pertinents pour évaluer la santé des sols dans les agro et écosystèmes, en corrélant diversité et pathogénicité des communautés. Elles soulignent donc l'importance de la diversité parasitaire comme variable prioritaire à prendre en compte pour inspirer des stratégies de gestion des parasites basées sur le concept de résilience de la diversité (même s'il s'agit de parasites), pour une gestion durable des communautés de NPP et la préservation des milieuxHuman activities increasingly frequent and persistent in ecosystems on one hand, and cropping system intensification on the other hand partly with radical methods to control pests and diseases of crops, raise questions about the ecological risks related to biotop changes, including disturbances of living organism communities. Plant-parasitic nematodes (PPN), microscopic round soil-borne worms that cause significant losses of crop production, are everywhere present in communities. They respond quickly to external forces (e.g. human and environmental) by changing the structure of their communities. In this thesis, we seek to better understand the effect of the factors involved in the assemblage of PPN species in communities associated with the Mediterranean olive tree and to determine the response of these communities to forces imposed by olive domestication, by crop intensification and by various environmental factors. The study was conducted in all olive-growing regions in Morocco (traditional low density and high density orchards), in refugia areas for wild olive (oleaster) and on feral olive trees. The soil and climatic factors that characterize the sampling sites were also considered. The analysis of the nematofauna revealed a wide species diversity, many species being described for the first time on olive tree, and a new species (Meloidogyne spartelensis) have been discovered. The diversity, the species / trophic / functional structure of the communities, the dominance of the taxa, and the community patterns are strongly affected by the various forces considered. The increasing anthropogenic gradient (wild vs feral vs traditional cultivation vs high-density cultivation) is the variable that mostly impacts the diversity by reducing the species richness and increasing the abundance of PPN. A particular attention was attributed in this study to the diversity of root-knot nematodes Meloidogyne, a major pest of the olive tree. It revealed that M. javanica is widespread in orchards and olive feral, while other species (M. arenaria, M. hapla and M. spartelensis) are confined in oleaster refuge areas. In order to analyse the genetic diversity, morphological and molecular markers have revealed a significant diversity between and within different Meloidogyne populations. These thesis studies confirm that both the diversity and the structure of the PPN communities could be relevant indicators to assess soil health in agro and ecosystems, by correlating diversity and pathogenicity of communities. They therefore emphasize the importance of parasite diversity as a main variable to consider for inspiring pest control strategies based on the concept of diversity resilience (even if it concerns parasites) for sustainable management of PPN communities and for environment preservation
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Ali, Nadine. "Communautés de nématodes phytoparasites associés à l'olivier : réponse aux forçages anthropiques et environnementaux." Electronic Thesis or Diss., Montpellier, SupAgro, 2015. http://www.theses.fr/2015NSAM0015.
Анотація:
Les interventions humaines de plus en plus fréquentes et persistantes dans les écosystèmes d'une part, et l'intensification des systèmes de cultures d'autre part qui s'accompagne pour partie de méthodes radicales pour combattre les bio-agresseurs des cultures, nous posent de multiples questions au sujet des risques écologiques liés aux changements des milieux, dont les perturbations induites sur les communautés d'organismes vivants. Les nématodes phytoparasites (NPP), vers ronds microscopiques telluriques qui occasionnent des pertes de production végétale importantes, sont partout présents en communautés. Ces nématodes répondent rapidement aux forçages extérieurs (e.g. anthropiques et environnementaux) par des modifications de la structure de leurs communautés. Par ce travail de thèse, nous cherchons à mieux comprendre l'effet des facteurs impliqués dans l'assemblage des espèces de NPP en communautés associées à l'olivier méditerranéen et à déterminer la réponse de ces communautés aux forçages imposés par la domestication de l'olivier, par l'intensification de sa culture et par différents facteurs environnementaux. L'étude a été réalisée au Maroc dans toutes les régions oléicoles (vergers traditionnels à faible densité et vergers à haute-densité), dans les zones refuge d'olivier sauvage (oléastre) et sur olivier féral. Les facteurs pédoclimatiques qui caractérisent les sites d'échantillonnage ont également été pris en considération. L'analyse de la nématofaune a révélé d'une grande diversité spécifique, de nombreuses espèces étant décrites pour la première fois sur olivier, et une nouvelle espèce (Meloidogyne spartelensis) ayant été découverte. La diversité, la composition taxonomique, trophique et fonctionnelle, la dominance des taxons, les patrons de communautés sont fortement affectés par les différents forçages pris en compte. Le gradient d'anthropisation croissante (sauvage vs féral vs cultivé traditionnel vs cultivé haute-densité) est la variable qui impacte le plus la diversité par réduction de la richesse spécifique et l'augmentation de l'abondance en NPP. L'étude a également porté une attention particulière sur la diversité des nématodes à galles des racines du genre Meloidogyne, un des principaux ravageurs de l'olivier. Elle a indiqué la dispersion de M. javanica dans les vergers et sur olivier féral, alors que d'autres espèces (M. arenaria, M. hapla et M. spartelensis) sont confinées dans les zones refuge des oléastres. Afin d'analyser la diversité génétique, des marqueurs morphologiques et moléculaires ont dévoilé d'une diversité importante entre et au sein des différentes populations de Meloidogyne. Les études diligentées dans le cadre de cette thèse confirment que la diversité et la structure des communautés de NPP pourraient être des indicateurs pertinents pour évaluer la santé des sols dans les agro et écosystèmes, en corrélant diversité et pathogénicité des communautés. Elles soulignent donc l'importance de la diversité parasitaire comme variable prioritaire à prendre en compte pour inspirer des stratégies de gestion des parasites basées sur le concept de résilience de la diversité (même s'il s'agit de parasites), pour une gestion durable des communautés de NPP et la préservation des milieuxHuman activities increasingly frequent and persistent in ecosystems on one hand, and cropping system intensification on the other hand partly with radical methods to control pests and diseases of crops, raise questions about the ecological risks related to biotop changes, including disturbances of living organism communities. Plant-parasitic nematodes (PPN), microscopic round soil-borne worms that cause significant losses of crop production, are everywhere present in communities. They respond quickly to external forces (e.g. human and environmental) by changing the structure of their communities. In this thesis, we seek to better understand the effect of the factors involved in the assemblage of PPN species in communities associated with the Mediterranean olive tree and to determine the response of these communities to forces imposed by olive domestication, by crop intensification and by various environmental factors. The study was conducted in all olive-growing regions in Morocco (traditional low density and high density orchards), in refugia areas for wild olive (oleaster) and on feral olive trees. The soil and climatic factors that characterize the sampling sites were also considered. The analysis of the nematofauna revealed a wide species diversity, many species being described for the first time on olive tree, and a new species (Meloidogyne spartelensis) have been discovered. The diversity, the species / trophic / functional structure of the communities, the dominance of the taxa, and the community patterns are strongly affected by the various forces considered. The increasing anthropogenic gradient (wild vs feral vs traditional cultivation vs high-density cultivation) is the variable that mostly impacts the diversity by reducing the species richness and increasing the abundance of PPN. A particular attention was attributed in this study to the diversity of root-knot nematodes Meloidogyne, a major pest of the olive tree. It revealed that M. javanica is widespread in orchards and olive feral, while other species (M. arenaria, M. hapla and M. spartelensis) are confined in oleaster refuge areas. In order to analyse the genetic diversity, morphological and molecular markers have revealed a significant diversity between and within different Meloidogyne populations. These thesis studies confirm that both the diversity and the structure of the PPN communities could be relevant indicators to assess soil health in agro and ecosystems, by correlating diversity and pathogenicity of communities. They therefore emphasize the importance of parasite diversity as a main variable to consider for inspiring pest control strategies based on the concept of diversity resilience (even if it concerns parasites) for sustainable management of PPN communities and for environment preservation
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Lecouls, Anne-Claire. "Spectre d'activité et marquage moléculaire du gène Ma1 contrôlant la résistance aux nématodes Meloidogyne chez Prunier myrobolan." Aix-Marseille 2, 2000. http://www.theses.fr/2000AIX22031.
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Fischer-Lesaux, Marion. "Etude de la biodiversité des bactéries symbiotiques des nématodes entomopathogènes, définition de nouvelles espèces, et mise en évidence d'une co-spéciation." Montpellier 2, 1999. http://www.theses.fr/1999MON20042.
Анотація:
Les bacteries associees aux nematodes entomopathogenes (steinernema et heterorhabditis), issus d'une enquete biogeographique dans les antilles, ont ete isolees et caracterisees. La diversite des symbiotes xenorhabdus et photorhabdus a ete deduite de l'analyse du polymorphisme de restriction de l'adn ribosomique (adnr) 16s amplifie par pcr (polymerase chain reaction), et a ete comparee aux donnees sur l'origine des isolats. Aux antilles, le genre xenorhabdus est tres peu represente et tres divers, a l'inverse du genre photorhabdus. La diversite genotypique de ces bacteries est expliquee par la diversite des especes d'hotes. Les resultats de cette analyse nous ont permis d'aborder la systematique des genres photorhabdus et xenorhabdus avec une image plus explicite de leur biodiversite. En combinant des donnees genomiques (hybridations adn-adn et comparaison des sequences de l'adnr 16s) et phenotypiques, de nouvelles especes et sous-especes ont ete proposees dans le genre photorhabdus. Ces travaux representent un apport considerable a la taxinomie du genre photorhabdus, jusqu'alors non resolue, et mettent en evidence l'extreme diversite du genre xenorhabdus, ou de nouvelles especes sont a decrire. Dans les deux cas, les structures taxinomiques des hotes et des symbiotes se superposent, indiquant un phenomene de co-speciation entre les partenaires de la symbiose.
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Gautier, Camille. "Les exsudats radiculaires de plantes comme nouveaux produits de biocontrôle contre les nématodes phytoparasites." Thesis, Rennes, Agrocampus Ouest, 2020. http://www.theses.fr/2020NSARC145.
Анотація:
Les nématodes à kyste sont d’importants parasites des cultures, causant des pertes économiques élevées. Chez ces nématodes, l'éclosion est stimulée par les exsudats radiculaires libérés par la plante hôte. Le retrait des derniers nématicides nécessite le développement de solutions alternatives pour protéger les cultures. Ainsi, l’utilisation d’exsudats radiculaires pour provoquer une « éclosion suicide » des nématodes en l’absence de plantes hôtes représente un intérêt dans le management de ces parasites. Cette thèse visait à anticiper l'efficacité de cette stratégie, en prenant compte la diversité génétique côté nématodes et la composition microbiotique des sols. Tout d’abord, le niveau de dépendance entre les exsudats radiculaires d'espèces sauvages de Solanum et les populations de Globodera pallida sur le trait de vie éclosion a étéévalué et a mis en évidence un effet fort de la provenance géographique des exsudats. Ensuite les exsudats radiculaires de différentes espèces végétales ont été testés sur l'éclosion de populations représentatives de la diversité génétique de trois nématodes à kyste. Malgré des différences significatives obtenues entre les populations pour une espèce de nématode donnée, les exsudats radiculaires permettent une éclosion importante des nématodes. Enfin, l'impact des communautés microbiennes du sol sur l'efficacité des exsudats radiculaires a été mesuré. Des différences significatives d'éclosion suicide entre différents sols ont été obtenues, mais avec un taux d'éclosion élevé. Ces travaux fournissent des éléments clés pour l’utilisation d’exsuCyst nematodes are among the most harmful pests of cultivated crops causing important economic losses. For cyst nematodes, the hatching is stimulated by root exudates released by the host plant. The removal of chemical nematicides requires development of alternative approaches to protect crops. For this purpose, root exudates may constitute an effective and innovative biocontrol method that could be used in the absence of the host plant to induce a “suicide hatching” of nematode and to control cyst nematodes’ pressure on crop. This work aimed to anticipate the effectiveness of the suicide hatching strategy, taking into account the influence of the genetic diversity of nematode populations and the microbial composition of soils. First, the level of dependence between root exudates from wildSolanum species and Globodera pallida populations for the hatching trait was evaluated and highlighted a strong effect of the geographical location of root exudates. Second, root exudates from different plant species were tested on the hatching of representative populations of the genetic diversity for three cyst nematodes. Significant differences were obtained among populations for a given nematode species but root exudates provided a high level of hatching of nematodes. Third, the impact of microbial communities of soil on the efficiency of root exudates to stimulate the hatching was measured. Significant differences of suicide hatching between different soils were obtained but the hatching rate remained high. These research efforts provide key elements for the development of root exud
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Jourand, Philippe. "Les légumineuses du genre "Crotalaria" : symbiose fixatrice d'azote et activités biologiques contre les nématodes phytoparasites." Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20127.
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Belliardo, Carole. "Étude des transferts horizontaux de gènes chez les nématodes phytoparasites par l'exploitation de métagénomes du sol." Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur, 2022. http://theses.univ-cotedazur.fr/2022COAZ6032.
Анотація:
Les nématodes phytoparasites (NPP) sont parmi les plus importants ravageurs des cultures et menacent l'approvisionnement alimentaire mondial. Outre la nécessité de comprendre leur biologie pour développer de nouvelles stratégies de lutte, ces organismes sont fascinants en termes d'évolution génomique. Le parasitisme des plantes a évolué plusieurs fois indépendamment chez les nématodes selon des processus évolutifs convergents. Il semble que tous les NPP aient acquis des gènes bactériens et fongiques par transferts horizontaux de gènes (THG). Certains des gènes acquis horizontalement sont impliqués dans des fonctions parasitaires essentielles comme la dégradation des parois cellulaires des plantes ou l'assimilation des nutriments provenant des plantes. Cependant, plusieurs questions majeures restent encore en suspens concernant l'origine de ces gènes, leur distribution dans les génomes et la chronologie des événements d'acquisition. La plupart des NPP vivent dans le sol; nous pouvons donc supposer que ces gènes proviennent des micro-organismes du sol. Cependant, la sous-représentation de ces micro-organismes dans les librairies de séquences généralistes a probablement limité les précédentes analyses sur les THG. Pour pallier ce problème, nous avons constitué une bibliothèque de protéines provenant de plus de 6 800 métagénomes du sol disponibles publiquement. Un problème important dans les données métagénomiques concerne la qualité des données provenant des organismes eucaryotes due à l'utilisation d'outils dédiés aux génomes procaryotes. Afin de mieux représenter le pool de gènes présents dans les environnements naturels des NPP, nous avons identifié les contigs eucaryotes et re-prédit les gènes et protéines en utilisant un prédicteur de gènes eucaryotes.. Nous avons, ainsi, obtenu une librairie de protéines fiable et non redondante plus représentative de la biodiversité naturelle du sol.En utilisant cette librairie enrichie en protéines de sol, nous avons effectué une détection de THG sur 18 génomes de NPP du clade Tylenchina constituant un groupe très diversifié de modes de parasitisme. Après curation manuelle, la proportion de gènes acquis par transferts horizontaux avec confirmation phylogénétique est comprise entre 0.5 et 1,9% des gènes codant pour des protéines. Les THG dans les génomes de NPP proviennent principalement de bactéries. Nous avons également observé des THG provenant d'organismes eucaryotes tels que des champignons et pour la première fois des protistes et des plantes. Les taxa les plus représentés parmi les donneurs sont des espèces vivant dans le sol des clades bactériens Burkholderiaceae, Proteobacteria, Actinobacteria, Rhizobiales et fongiques (Dikary)a. L'utilisation de données métagénomiques a permis de préciser l'histoire des THG déjà décrits mais aussi d'identifier des centaines de nouveaux THG. Les prédictions fonctionnelles des THG nouvellement identifiées indiquent une large diversité de fonctions potentielles dont les implications biologiques pourront être plus précisément décrites dans le cadre d'expériences biochimiques. L'intégration de données environnementales dans notre librairie de référence a permis d'étendre la détection des THG et de compléter le catalogue des descendants des potentiels donneursPlant-parasitic nematodes (PPN) are among the most important crop pests and threaten the world's food production. Besides the need to understand their biology to develop new control strategies, they are fascinating organisms in terms of genomic evolution. Plant parasitism has evolved several times independently in nematodes with some convergent evolutionary processes. For instance, all studied PPN have acquired bacterial and fungal genes by horizontal gene transfers (HGT). Some of the acquired genes are involved in essential parasitic functions like plant cell wall degradation or processing nutrients from the plant. However, several major questions concerning their origin, evolutionary fate and distribution in the genomes and timing of acquisition events remain unsolved. Most PPN live in soil; thus, we hypothesised that these genes originated from soil-dwelling microorganisms. However, the underrepresentation of soil microorganisms in generalist sequence libraries has previously limited HGT analyses.To circumvent this problem, we built a protein library including more than 6,800 soil metagenomes from the Joint Genome Institute's IMG/M server. The first challenge was to make this massive dataset more accurate and suitable for HGT analysis in PPN genomes. An important issue in metagenomic data is the underrepresentation of eukaryotes and their annotation with prokaryotic tools. To better represent the pool of genes present in the natural environments of PPN, we identified eukaryotic contigs and re-predicted proteins using Augustus, a eukaryotic dedicated gene predictor. Moreover, we reduced the protein sequence redundancy and refined the taxonomic assignment. After all these steps, we obtained an improved and non-redundant database that was more representative of the soil's natural biodiversity. This soil protein library, two times larger than the classic library, contains mainly organisms genetically divergent than lab-cultured.Then, we performed an HGT detection on proteins from 18 plant-parasitic nematode genomes of the Tylenchina clade, constituting a highly diverse group of PPN phenotypes, against our library enriched with soil protein. After manual curation, the proportion of genes acquired by horizontal transfers with phylogenetic confirmation is between 0.5 to 1.9% to protein-coding genes originating from HGT in PPN genomes. Those genes mainly originate from bacteria, but we also observed HGT from eukaryotic kingdoms such as fungi, protists and plants. The most represented taxa in donors are soil-dwelling species of clades Burkholderiaceae, Proteobacteria, Actinobacteria, Rhizobiales and Dikarya. The usage of metagenomic data clarified the history of previously described HGTs but also identified hundreds of new HGTs. Functional analyses of the newly identified HGTs indicate a wide diversity of potential functions whose biological implications can be more precisely described in in-vitro experiments. Integrating environmental data in our reference library has allowed us to extend the detection of HGTs and to complete the catalog of potential donor offspring
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Vieira, Paulo. "Cell cycle maneuvering : a strategy taken by plant parasitic nematodes to induce specialized feeding sites in plant roots." Nice, 2012. http://www.theses.fr/2012NICE4114.
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Aït, Hamza Mohamed. "Communautés de nématodes phytoparasites et de champignons nématophages en pépinières oléicoles au Maroc : caractérisation et gestion microbiologique." Thesis, Montpellier, SupAgro, 2016. http://www.theses.fr/2016NSAM0021.
Анотація:
La gestion des nématodes phytoparasites (NPP) est un enjeu capital pour de nombreux opérateurs agricoles. Au Maroc, le développement d’une agriculture intensive dans le cadre du « Plan Maroc Vert » va nécessairement induire l’émergence de pathologies végétales, dont des nématoses. Dans le cas de l’olivier, ils mettent en péril la production en pépinière et dans les vergers à haute-densité. D’autre part, les pépinières sont une source majeure d’introduction des NPP en vergers, par transplantation de plants enracinés.C’est la raison pour laquelle une étude de la diversité des communautés de NPP a été conduite dans 25 pépinières localisées dans les régions les plus productrices au Maroc (Souss, Haouz, Guérouane, Jbala). Un total de 305 échantillons de sol ont été analysés. Les NPP détectés appartiennent aux familles des Hoplolaimidae (Helicotylenchus spp., Rotylenchus spp.), des Telotylenchidae (Tylenchorhynchus spp.), des Meloidogynidae (Meloidogyne spp.) et des Tylenchidae (Trichotylenchus spp.), etc. Bien qu’aucun symptôme n’ait été observé sur les racines, l’abondance moyenne de ces genres était très élevée (jusqu'à 56.640 individus/dm3 de sol). Une étude biochimique (PAGE) et moléculaire (SCARS) a également porté sur la diversité des nématodes à galles du genre Meloidogyne, principaux ravageurs de l’olivier. Elle a indiqué une dominance de M. javanica (72%) sur M. incognita (25.5%), tandis que M. arenaria n’a été détectée que dans une seule pépinière. Cette étude montre la nécessité absolue pour les pépiniéristes de proposer une garantie sanitaire des plants à travers une traçabilité des substrats.Afin de contrôler le développement des NPP en pépinière, puis en vergers après transplantation, la lutte microbiologique à l’aide de champignons nématophages (CNP) s’avère une alternative adaptée aux pépinières (inoculation aux substrats). Ainsi, 70 souches de champignons telluriques ont été isolées, dont une grande diversité d’Orbiliaceae possédant des organes de capture (Arthrobotrys spp., Dreschlerella spp., Monacrosporium spp.) et d’Hypocreaceae toxiques (Trichoderma asperellum , T. harzianum, T. longibrachiatum, Talaromyces assiutensis). Des espèces oviparasites telles que Paecilomyces lilacinus (dominante) et Pochonia chlamydosporia étaient également présentes. Plusieurs espèces endoparasites ont aussi été observées telles que Catenaria anguilullae, Nematoctunus leiosporus et Haptoglossa heterospora. Les tests de prédation in vitro ont révélé que T. assiutensis est capable de parasiter 100% des juvéniles de M. javanica. Les souches d’Orbiliaceae induisent une mortalité de 50 à 80% des juvéniles. Des analyses multivariées (ACP, co-inertie, K-tableaux) ont permis d’identifier l’impact majeur des variables climatiques (pluviométrie et température minimale) et de l’origine des substrats de culture (habitats écologiques) sur la diversité des communautés de NPP et de CNP. Les amendements minéraux (NPK), la matière organique, l’acidité et la texture argileuse des substrats ont un impact non négligeable. Les variétés multipliées n’ont aucun effet. L’analyse des co-structures entre les communautés de NPP et de CNP a indiqué une corrélation entre les Orbiliaceae et Meloidogyne spp., ce qui confirme l’intérêt de ces CNP comme agents de lutte biologique pour la gestion de ces NPP.L’étude de la physiologie de croissance et de sporulation des souches a révélé que les souches de Trichoderma spp. ont les fitness les plus élevées alors que les Orbiliaceae ont une croissance et une sporulation faible. Les études diligentées dans le cadre de cette thèse (i) confirment que la diversité des communautés de NPP sont des indicateurs pertinents pour évaluer la santé des substrats dans les pépinières oléicoles à des fins de certification des oliviers, et (ii) ouvrent des perspectives de développement de stratégies de gestion microbiologique de ces parasites respectueuse de l’environnementThe management of plant parasitic nematodes (PPN) is a major challenge for many agricultural operators. In Morocco, the development of an intensive agriculture in the " Morocco Green Plan" will necessarily induce the emergence of plant diseases, including nematodes. On olive tree, they imperil production in nurseries and in high-density orchards. On the other hand, nurseries are a major source of introduction of PPN in orchards by transplanting rooted plants. In this context, the study of the diversity of PPN communities was conducted in 25 olive nurseries located in the main olive producing areas in Morocco (Souss, Haouz, Guerouane, Jbala). A total of 305 soil samples were analyzed. The NPP detected belonged to the Hoplolaimidae (Helicotylenchus spp., Rotylenchus spp.), Telotylenchidae (Tylenchorhynchus spp.), Meloidogynidae (Meloidogyne spp.) and Tylenchidae (Trichotylenchus spp.) families. Although no symptom have been observed on roots, the mean abundance of these genera was very high (up to 56,640 individuals/dm3 of soil). Biochemical (PAGE) and molecular (SCARS) diagnosis was focused on root knot nematodes (Meloidogyne spp.), that are major pests of olive trees. It indicated a dominance of M. javanica (72%) on M. incognita (25.5%), while M. arenaria was detected in one nursery only. This study shows the necessity for nurse producers to provide a health guarantee seedlings through traceability of substrates.To control the development of PPN in nurseries and orchards after transplantation, microbiological control using nematophagous fungi (NF) proves a suitable alternative to nurseries (inoculation to substrates). Thus, 70 soil fungal strains were isolated, including a large diversity of Orbiliaceae with trapping organs (Arthrobotrys spp., Dreschlerella spp., Monacrosporium spp.) and of toxic Hypocreaceae (Trichoderma asperellum, T . harzianum, T. longibrachiatum, Talaromyces assiutensis). Egg-parasitic species such as Paecilomyces lilacinus (dominant) and Pochonia chlamydosporia were also present. Several endoparasitic species were also observed as Catenaria anguilullae, Nematoctunus leiosporus and Haptoglossa heterospora. In vitro predation tests revealed that T. assiutensis was able to kill 100% of the M. javanica juveniles. The Orbiliaceae strains killed 50 to 80% of the juveniles. Multivariate statistical analyses (PCA, co-inertia, K-tables) pointed out the main impact of climate variables (rainfall and minimum temperatures) and of the substrate origins (ecological habitats) on the diversity of both PPN and NF communities. Mineral amendments (NPK), organic matter, acidity (pH) and clayey substrates have less significant impacts. The varieties multiplied had no effect.Co-structure analyses between PPN and NF communities indicated significant correlations between Orbiliaceae and Meloidogyne spp., which confirms the interest of NF as biocontrol agents for the management of PPN.The experimental monitoring of growth and sporulation physiology of the NF strains exhibited high fitness for the Trichoderma species while the Orbiliaceae have low growth and sporulation.The studies commissioned as part of this thesis (i) confirm that the diversity of PPN communities may be relevant indicators to assess the health of substrates in olive nurseries for certification purposes, and (ii) offer future prospects for the development of microbiological management strategies of these parasites respectful of the environment
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Aït, Hamza Mohamed. "Communautés de nématodes phytoparasites et de champignons nématophages en pépinières oléicoles au Maroc : caractérisation et gestion microbiologique." Electronic Thesis or Diss., Montpellier, SupAgro, 2016. http://www.theses.fr/2016NSAM0021.
Анотація:
La gestion des nématodes phytoparasites (NPP) est un enjeu capital pour de nombreux opérateurs agricoles. Au Maroc, le développement d’une agriculture intensive dans le cadre du « Plan Maroc Vert » va nécessairement induire l’émergence de pathologies végétales, dont des nématoses. Dans le cas de l’olivier, ils mettent en péril la production en pépinière et dans les vergers à haute-densité. D’autre part, les pépinières sont une source majeure d’introduction des NPP en vergers, par transplantation de plants enracinés.C’est la raison pour laquelle une étude de la diversité des communautés de NPP a été conduite dans 25 pépinières localisées dans les régions les plus productrices au Maroc (Souss, Haouz, Guérouane, Jbala). Un total de 305 échantillons de sol ont été analysés. Les NPP détectés appartiennent aux familles des Hoplolaimidae (Helicotylenchus spp., Rotylenchus spp.), des Telotylenchidae (Tylenchorhynchus spp.), des Meloidogynidae (Meloidogyne spp.) et des Tylenchidae (Trichotylenchus spp.), etc. Bien qu’aucun symptôme n’ait été observé sur les racines, l’abondance moyenne de ces genres était très élevée (jusqu'à 56.640 individus/dm3 de sol). Une étude biochimique (PAGE) et moléculaire (SCARS) a également porté sur la diversité des nématodes à galles du genre Meloidogyne, principaux ravageurs de l’olivier. Elle a indiqué une dominance de M. javanica (72%) sur M. incognita (25.5%), tandis que M. arenaria n’a été détectée que dans une seule pépinière. Cette étude montre la nécessité absolue pour les pépiniéristes de proposer une garantie sanitaire des plants à travers une traçabilité des substrats.Afin de contrôler le développement des NPP en pépinière, puis en vergers après transplantation, la lutte microbiologique à l’aide de champignons nématophages (CNP) s’avère une alternative adaptée aux pépinières (inoculation aux substrats). Ainsi, 70 souches de champignons telluriques ont été isolées, dont une grande diversité d’Orbiliaceae possédant des organes de capture (Arthrobotrys spp., Dreschlerella spp., Monacrosporium spp.) et d’Hypocreaceae toxiques (Trichoderma asperellum , T. harzianum, T. longibrachiatum, Talaromyces assiutensis). Des espèces oviparasites telles que Paecilomyces lilacinus (dominante) et Pochonia chlamydosporia étaient également présentes. Plusieurs espèces endoparasites ont aussi été observées telles que Catenaria anguilullae, Nematoctunus leiosporus et Haptoglossa heterospora. Les tests de prédation in vitro ont révélé que T. assiutensis est capable de parasiter 100% des juvéniles de M. javanica. Les souches d’Orbiliaceae induisent une mortalité de 50 à 80% des juvéniles. Des analyses multivariées (ACP, co-inertie, K-tableaux) ont permis d’identifier l’impact majeur des variables climatiques (pluviométrie et température minimale) et de l’origine des substrats de culture (habitats écologiques) sur la diversité des communautés de NPP et de CNP. Les amendements minéraux (NPK), la matière organique, l’acidité et la texture argileuse des substrats ont un impact non négligeable. Les variétés multipliées n’ont aucun effet. L’analyse des co-structures entre les communautés de NPP et de CNP a indiqué une corrélation entre les Orbiliaceae et Meloidogyne spp., ce qui confirme l’intérêt de ces CNP comme agents de lutte biologique pour la gestion de ces NPP.L’étude de la physiologie de croissance et de sporulation des souches a révélé que les souches de Trichoderma spp. ont les fitness les plus élevées alors que les Orbiliaceae ont une croissance et une sporulation faible. Les études diligentées dans le cadre de cette thèse (i) confirment que la diversité des communautés de NPP sont des indicateurs pertinents pour évaluer la santé des substrats dans les pépinières oléicoles à des fins de certification des oliviers, et (ii) ouvrent des perspectives de développement de stratégies de gestion microbiologique de ces parasites respectueuse de l’environnementThe management of plant parasitic nematodes (PPN) is a major challenge for many agricultural operators. In Morocco, the development of an intensive agriculture in the " Morocco Green Plan" will necessarily induce the emergence of plant diseases, including nematodes. On olive tree, they imperil production in nurseries and in high-density orchards. On the other hand, nurseries are a major source of introduction of PPN in orchards by transplanting rooted plants. In this context, the study of the diversity of PPN communities was conducted in 25 olive nurseries located in the main olive producing areas in Morocco (Souss, Haouz, Guerouane, Jbala). A total of 305 soil samples were analyzed. The NPP detected belonged to the Hoplolaimidae (Helicotylenchus spp., Rotylenchus spp.), Telotylenchidae (Tylenchorhynchus spp.), Meloidogynidae (Meloidogyne spp.) and Tylenchidae (Trichotylenchus spp.) families. Although no symptom have been observed on roots, the mean abundance of these genera was very high (up to 56,640 individuals/dm3 of soil). Biochemical (PAGE) and molecular (SCARS) diagnosis was focused on root knot nematodes (Meloidogyne spp.), that are major pests of olive trees. It indicated a dominance of M. javanica (72%) on M. incognita (25.5%), while M. arenaria was detected in one nursery only. This study shows the necessity for nurse producers to provide a health guarantee seedlings through traceability of substrates.To control the development of PPN in nurseries and orchards after transplantation, microbiological control using nematophagous fungi (NF) proves a suitable alternative to nurseries (inoculation to substrates). Thus, 70 soil fungal strains were isolated, including a large diversity of Orbiliaceae with trapping organs (Arthrobotrys spp., Dreschlerella spp., Monacrosporium spp.) and of toxic Hypocreaceae (Trichoderma asperellum, T . harzianum, T. longibrachiatum, Talaromyces assiutensis). Egg-parasitic species such as Paecilomyces lilacinus (dominant) and Pochonia chlamydosporia were also present. Several endoparasitic species were also observed as Catenaria anguilullae, Nematoctunus leiosporus and Haptoglossa heterospora. In vitro predation tests revealed that T. assiutensis was able to kill 100% of the M. javanica juveniles. The Orbiliaceae strains killed 50 to 80% of the juveniles. Multivariate statistical analyses (PCA, co-inertia, K-tables) pointed out the main impact of climate variables (rainfall and minimum temperatures) and of the substrate origins (ecological habitats) on the diversity of both PPN and NF communities. Mineral amendments (NPK), organic matter, acidity (pH) and clayey substrates have less significant impacts. The varieties multiplied had no effect.Co-structure analyses between PPN and NF communities indicated significant correlations between Orbiliaceae and Meloidogyne spp., which confirms the interest of NF as biocontrol agents for the management of PPN.The experimental monitoring of growth and sporulation physiology of the NF strains exhibited high fitness for the Trichoderma species while the Orbiliaceae have low growth and sporulation.The studies commissioned as part of this thesis (i) confirm that the diversity of PPN communities may be relevant indicators to assess the health of substrates in olive nurseries for certification purposes, and (ii) offer future prospects for the development of microbiological management strategies of these parasites respectful of the environment
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Quénéhervé, Patrick. "Étude de l'influence du système racinaire du bananier (sous-groupe Cavendish, cv. Poyo) et des facteurs de l'environnement sur les dynamiques de population de nématodes phytoparasites." Paris 11, 1988. http://www.theses.fr/1988PA112225.
Анотація:
En vue de l'étude des dynamiques de population des nématodes inféodés au bananier (sous-groupe Cavendish), le mode de croissance particulier du système racinaire a nécessité l'élaboration d'une technique d'échantillonnage adaptée. De plus, la multiplicité des types de sol des bananeraies en Côte d'Ivoire, a entrainé la mise en place d'expérimentations multilocales. L'étude faunistique a permis de dresser la liste de 21 espèces, parmi lesquelles quatre sont prédominantes : Radopholus similis. Helicotylencbus multicinctus. Hoplolaimus pararobustus et Céphalenchus emarginatus. L'analyse statistique multivariée de leur répartition en relation avec certaines variables du sol a mis en évidence des tendances très différentes; ces variables ne semblent pas avoir d'effet sur les populations de R. Similis tandis qu'elles ont une influence diverse sur les autres espèces. Sur sol organique, H. Multicinctus est prédominant tandis que sur sol minéral, R. Similis demeure le principal endoparasite. Les modalités du parasitisme des principales espèces, et le mode de propagation végétative du bananier, entrainent leur dissémination dans l'écorce du matériel de plantation. L'étude de la libération des nématodes par ce matériel en culture hydroponique a démontré que, après plantation,c'est cet inoculum apporté par le rhizome, seul ou surajouté à celui du sol, qui ré-infeste rapidement le système racinaire, via le sol, puisque toute racine émise est indemne de nématodes. Sur sol minéral, les fluctuations de population de R. Similis sont la résultante de plusieurs facteurs, tels la phénologie du renouvellement racinaire, la pluviosité et la compétition avec les autres espèces phytoparasites. Sur sol organique, en conditions édaphiques favorables pour H. Multicinctus, la pluviosité apparait comme l'unique facteur agissant sur les dynamiques de population de cette espèce. Par contre, la compétition avec les autres espèces semble être le facteur prédominant pour R. Similis. Ces résultats ont permis l'élaboration de nouvelles stratégies de lutte contre les nématodes du bananier, afin d'optimiser le contrôle de leurs populationsIn order to study the population dynamics of plants-parasitic nematodes associated with bananas (sub-group Cavendish), a new sampling method has been used in relation with the specific growth of the root system. Then, owing to the diversity of soil types in banana-growing areas in the Ivory Coast, multi-local experiments were set up. Faunistic study has allowed to list 21 differents species, in which four are prevalent: Radopholus similis, Helicotylenchus multicinctus, Hoplolaimus pararobustus and Cephalenchus emarginatus. Multivariate analysis of their distribution in relation with some soil variables has shown important differences in nematode trends; R. Similis, contrary to the others species, seems not too affected by these variables. On organic soil H. Multicinctus is predominant, whereas R. Similis remains the main endoparasitic species on mineral soil. Host-parasite relationship with respect to the main nematode species, and the vegetative way of banana propagation, leads to their dissemination through the cortex of the planting material. Study of the emergence of the nematodes from this planting material in hydrophonic culture has shown that, after planting, it is the inoculum brought by the corm, alone or in combination with the one from the soil, which infests rapidly the root system, because each root is produced free of nematodes. On mineral soil, population dynamic of R. Similis results from several factors such as, the phenology of the renovation of the roots, the rainfall and the competition with the others species. On organic soil, in favourable conditions of soil type for H. Multicinctus, rainfall appears as the only factor involved in the population dynamics, contrary to R. Similis for which competition with the other nematodes seems to be the prevalent factor. These results have allowed us to determine new strategies of nematode control in order to optimize the pest management
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Neveu, Cédric. "Etude de la virulence du nématode à galles "Meloidogyne incognita" par une approche transcriptomique." Montpellier 2, 2003. http://www.theses.fr/2003MON20108.
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Pate, Emmanuelle. "Analyse spatio-temporelle des peuplements de nématodes du sol dans les systèmes de culture à jachères, au Sénégal." Lyon 1, 1997. http://www.theses.fr/1997LYO10365.
Анотація:
Face a la pression demographique grandissante, l'amelioration durable de la production agricole constitue aujourd'hui un des plus grands defis de la recherche agronomique dans le monde tropical. La jachere reste le principal moyen de restauration de la fertilite des sols dans les systemes de culture soudano-saheliens. Ce role est cependant compromis par le raccourcissement de la duree et l'exploitation croissante (paturage, coupe de bois) de la jachere. Compte tenu de leur impact potentiel sur les cultures, les nematodes phytoparasites ont fait l'objet d'une etude approfondie. Au plan economique, les deux especes de nematodes considerees comme pathogenes pour les cultures vivrieres de la zone d'etude, scutellonema cavenessi et tylenchorhynchus gladiolatus, ont des effectifs qui decroissent au cours de la jachere. Ces especes sont progressivement remplacees par d'autres especes de nematodes phytoparasites moins pathogenes contribuant a la diminution de la pression parasitaire au cours de la succession. D'un point de vue ecologique, les resultats montrent que les nematodes du sol apparaissent comme de bons descripteurs du fonctionnement de la jachere. Ils refletent l'evolution quantitative et qualitative des ressources, notamment celle de la matiere organique, et leur utilisation au cours de la jachere. L'evolution du peuplement de nematodes met en evidence l'effet des facteurs anthropiques, tels que la gestion des terres et l'exploitation de la jachere, mais aussi celui de facteurs physiques, comme les variations de pluviometrie entre les deux terroirs etudies, sonkorong et sare yorobana, determinant la productivite potentielle de l'ecosysteme. Les nematodes se revelent utiles comme indicateurs pour estimer l'etat de degradation du milieu, elaborer des programmes de gestion des jacheres et ameliorer la productivite potentielle des systemes de culture.
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Dubreuil, Géraldine. "Analyse moléculaire et fonctionnelle des effecteurs du parasitisme des nématodes à galle Meloidogyne spp." Nice, 2007. http://www.theses.fr/2007NICE4036.
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Root-knot nematodes, genus Meloidogyne, are obligate biotrophic parasites. During a compatible interaction, the second stage juveniles (J2) penetrate into the root, migrate intercellularly and become sedentary to initiate the differentiation of a feeding site formed by 5 to 7 giant cells in the vascular cylinder. Secreted proteins play a key role during the plant/nematode interaction. A typical gall is formed around the feeding site. Stylet secretions are produced in oesophageal glands and injected in the root during parasitism. The first objective of this work was the identification of biological functions involved in the adaptation of the parasite to its host environment and in the modulation the host responses. We initiated a differential approach and a candidate gene approach and identified proteins of unknown function, proteases, a putative secreted protein a glutathione S-transferase (GST) and a peroxiredoxine (PRX). The GST was localized in the subventral oesophageal glands of infective J2 and detected in M. Incognita stylet secretions purified from infective J2. The PRX was localised in the excretory pore of infective J2 and in the hypodermis of sedentary stages. The role of these two proteins in parasitism is discussed. Root-knot nematodes have been so far refractory to transformation. Recent works demonstrated the efficiency of RNAi for the silencing of parasitism genes on J2. This strategy is limited by the recovery of targeted transcripts a few days after J2 treatment. In order to ensure a long-lasting silencing we developed a new and original tool, presented in a last chapterLes nématodes à galle du genre Meloidogyne sont des vers microscopiques biotrophes, endoparasites obligatoires des racines. Lors de l’interaction compatible, la larve de second stade (L2) pénètre dans la racine, migre de façon intercellulaire, se sédentarise et initie la formation d’un site nourricier formé de 5 à 7 cellules géantes dans la zone du cylindre vasculaire. Les protéines des sécrétions des nématodes jouent un rôle majeur lors de l’interaction plante/nématode. Les sécrétions du stylet sont produites dans les glandes oesophagiennes et injectées dans la racine au cours du parasitisme. L’objectif de ce travail était d’abord d’identifier les fonctions biologiques impliquées dans l’adaptation du parasite à l’environnement de la plante et dans la modulation des défenses de la plante. Par une approche différentielle et une approche gène candidat, des protéines de fonction inconnue, des protéases, une protéine potentiellement sécrétée, une glutathion S-transférase (GST) et une péroxirédoxine (PRX) ont été identifiées. La GST, localisée dans les glandes œsophagiennes, est présente dans les sécrétions du stylet de L2 infestantes de M. Incognita. La PRX est localisée au niveau du pore excréteur des L2 et de l’hypoderme des stades sédentaires. Le rôle de ces deux protéines dans le processus parasitaire est discuté. L’analyse fonctionnelle de gènes du nématode est limitée par l’absence d’outils de transformation. L’efficacité transitoire de l’ARN interférence pour inhiber des gènes du parasitisme dans les L2 a été démontrée. Afin de garantir un « silencing » durable, la mise au point d’un nouvel outil sera développée dans une dernière partie
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Medina, Clémence. "Caractérisation des petits ARN régulateurs impliqués dans la formation des cellules géantes induites par les nématodes phytoparasites du genre Meloidogyne." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017AZUR4046/document.
Анотація:
Les nématodes à galles du genre Meloidogyne sont des parasites obligatoires des plantes capables d’infecter un large panel de plantes d’intérêt agronomique. Ces parasites ont la capacité d’induire la différenciation de cinq à sept cellules racinaires en cellules géantes, hypertrophiées, métaboliquement actives et multinucléées. Ces cellules géantes constituent le site nourricier indispensable au nématode, et sur lequel il va s’alimenter jusqu’à sa reproduction. Le développement de ces cellules entraine une déformation racinaire appelée « galle » qui va perturber l’absorption de nutriments de la plante et l’affaiblir. Des études transcriptomiques ont montré qu’une vaste reprogrammation transcriptionnelle a lieu lors de la formation de la galle. Cette thèse vise à caractériser le rôle des petits ARN, des ARN non codants, au cours de la formation des galles induites par M. incognita. Les petits ARN non codants sont des régulateurs clés de l’expression génique et comprennent deux grandes familles : les microARN (miARN) et les petits ARN interférents (siARN). Pour cela, les petits ARN de racines de la plante modèle Arabidopsis thaliana saines et infectées par le nématode à galle M. incognita ont été caractérisés par séquençage haut débit à 7 et 14 jours après infection, deux stades importants du développement des cellules géantes. Cette étude a permis d’identifier 24 miARN d’Arabidopsis différentiellement exprimés dans les galles en comparaison aux racines non infectées. L’analyse fonctionnelle de ces miARN a permis de valider le profil d’expression dans les galles de cinq miARN et de démontrer le rôle de miR159 dans la réponse de la plante à M. incognita. De plus, une approche pangénomique a été réalisée afin d’identifier les gènes susceptibles d’être régulés par les siARN lors de l’interaction. En conclusion, ce travail a contribué à démontrer d’une part l’implication des miARN dans l’interaction plante - nématode à galles et a permis l’identification des gènes potentiellement régulés par les siARN lors de l’interaction et impliqués dans la formation des cellules géantes induites par les nématodes à gallesRoot-Knot-Nematodes are obligate plant parasites able to infect a large panel of cultivated plants. These parasites have the ability to induce redifferentiation of five to seven root cells into specialized giant cells, hypertrophied, multinucleated and metabolically overactive. These giant cells form the feeding site upon which nematodes feed continuously until reproduction. Giant cells development leads to a root deformation, named gall, which disturbs plant nutrients absorption causing its weakening. Transcriptomic studies showed that a huge transcriptional reprogramming occurs during gall development. This project aims to characterize the role of small RNAs, non-coding RNAs, during gall development induced by M. incognita. Small non-coding RNAs are key regulators of gene expression and include two major families: microRNAs (miRNAs) and small interfering RNAs (siRNAs). Thus, small RNAs from roots of the model plant Arabidopsis thaliana healthy or infected by M. incognita were characterized by Next Generation Sequencing at 7 and 14 days after infection, two important stages of gall development. This study led to the identification of 24 plant microRNAs differentially expressed in galls compared to uninfected roots. Functional analysis of these miRNAs validated the expression pattern in galls of five miRNAs and demonstrated the role of miR159 in the plant response to M. incognita. In addition, a genome-wide approach was used to identify genes that could be regulated by siRNAs during the interaction. In conclusion, this work contributed todemonstrate, on one hand, the involvement of microRNAs in the plant - RKN interaction and allowed the identification of genes potentially regulated by small interfering and involved in the formation of giant cells induced by root-knot nematodes
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Medina, Clémence. "Caractérisation des petits ARN régulateurs impliqués dans la formation des cellules géantes induites par les nématodes phytoparasites du genre Meloidogyne." Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017AZUR4046.
Анотація:
Les nématodes à galles du genre Meloidogyne sont des parasites obligatoires des plantes capables d’infecter un large panel de plantes d’intérêt agronomique. Ces parasites ont la capacité d’induire la différenciation de cinq à sept cellules racinaires en cellules géantes, hypertrophiées, métaboliquement actives et multinucléées. Ces cellules géantes constituent le site nourricier indispensable au nématode, et sur lequel il va s’alimenter jusqu’à sa reproduction. Le développement de ces cellules entraine une déformation racinaire appelée « galle » qui va perturber l’absorption de nutriments de la plante et l’affaiblir. Des études transcriptomiques ont montré qu’une vaste reprogrammation transcriptionnelle a lieu lors de la formation de la galle. Cette thèse vise à caractériser le rôle des petits ARN, des ARN non codants, au cours de la formation des galles induites par M. incognita. Les petits ARN non codants sont des régulateurs clés de l’expression génique et comprennent deux grandes familles : les microARN (miARN) et les petits ARN interférents (siARN). Pour cela, les petits ARN de racines de la plante modèle Arabidopsis thaliana saines et infectées par le nématode à galle M. incognita ont été caractérisés par séquençage haut débit à 7 et 14 jours après infection, deux stades importants du développement des cellules géantes. Cette étude a permis d’identifier 24 miARN d’Arabidopsis différentiellement exprimés dans les galles en comparaison aux racines non infectées. L’analyse fonctionnelle de ces miARN a permis de valider le profil d’expression dans les galles de cinq miARN et de démontrer le rôle de miR159 dans la réponse de la plante à M. incognita. De plus, une approche pangénomique a été réalisée afin d’identifier les gènes susceptibles d’être régulés par les siARN lors de l’interaction. En conclusion, ce travail a contribué à démontrer d’une part l’implication des miARN dans l’interaction plante - nématode à galles et a permis l’identification des gènes potentiellement régulés par les siARN lors de l’interaction et impliqués dans la formation des cellules géantes induites par les nématodes à gallesRoot-Knot-Nematodes are obligate plant parasites able to infect a large panel of cultivated plants. These parasites have the ability to induce redifferentiation of five to seven root cells into specialized giant cells, hypertrophied, multinucleated and metabolically overactive. These giant cells form the feeding site upon which nematodes feed continuously until reproduction. Giant cells development leads to a root deformation, named gall, which disturbs plant nutrients absorption causing its weakening. Transcriptomic studies showed that a huge transcriptional reprogramming occurs during gall development. This project aims to characterize the role of small RNAs, non-coding RNAs, during gall development induced by M. incognita. Small non-coding RNAs are key regulators of gene expression and include two major families: microRNAs (miRNAs) and small interfering RNAs (siRNAs). Thus, small RNAs from roots of the model plant Arabidopsis thaliana healthy or infected by M. incognita were characterized by Next Generation Sequencing at 7 and 14 days after infection, two important stages of gall development. This study led to the identification of 24 plant microRNAs differentially expressed in galls compared to uninfected roots. Functional analysis of these miRNAs validated the expression pattern in galls of five miRNAs and demonstrated the role of miR159 in the plant response to M. incognita. In addition, a genome-wide approach was used to identify genes that could be regulated by siRNAs during the interaction. In conclusion, this work contributed todemonstrate, on one hand, the involvement of microRNAs in the plant - RKN interaction and allowed the identification of genes potentially regulated by small interfering and involved in the formation of giant cells induced by root-knot nematodes
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Rosso, Marie-Noëlle. "Synthèse et caractérisation d'anticorps simple-chaînes dirigés contre les sécrétions amphidiales et salivaires des nématodes phytoparasites Meloidogyne spp. Et Globodera spp." Aix-Marseille 2, 1996. http://www.theses.fr/1996AIX22039.
Анотація:
Les secretions salivaires et amphidiales des nematodes phytoparasites sedentaires meloidogyne spp. Et globodera spp. Semblent jouer un role preponderant au cours des differentes phases de parasitisme. Ces nematodes induisent dans les tissus vasculaires de plantes hotes la differenciation de cellules nourricieres polynucleees, au metabolisme tres actif, qui fournissent au pathogene les aliments necessaires a son developpement. Afin de mieux comprendre les mecanismes moleculaires de l'interaction plante/nematode, on envisage l'expression en plante d'anticorps capables, par simple fixation, de bloquer l'activite de ces secretions. Les scfv (anticorps simple-chaines) constituent des outils de choix pour ce type d'etude car ils representent la structure minimale capable de mimer le site de fixation a l'antigene d'un anticorps, et peuvent etre exprimes sous forme active a des taux importants en cellule vegetale. A partir d'anticorps monoclonaux diriges contre les secretions amphidiales et salivaires de nematodes, trois scfv diriges contre g. Rostochiensis et deux scfv diriges contre m. Incognita ont ete synthetises. Leur activite a dans un premier temps ete verifiee en tests elisa sur homogenats de nematodes, apres expression en bacterie. La specificite antigenique des scfv diriges contre g. Rostochiensis a pu etre comparee a celle des anticorps monoclonaux correspondants sur western-blots d'homogenat de larves. L'activite de l'un des scfv diriges contre m. Incognita a ete analysee plus avant par differents tests elisa. Ce scfv s'est revele hautement specifique et presente une affinite pour son antigene au moins egale a celle de l'anticorps monoclonal. Dans une seconde etape, la stabilite de ce scfv en cellule vegetale a ete analysee apres expression transitoire en protoplastes. Plusieurs localisations cellulaires ont ete ciblees grace sa fusion a une sequence signal de secretion et/ou a la sequence kdel de retention dans le reticulum. Son taux d'expression a fourni des resultats prometteurs quant a son utilisation pour la transformation de plantes
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PIOTTE, CHRISTINE. "Organisation du genome chez les nematodes phytoparasites du genre meloidogyne : etude de la fraction repetee. utilisation en typage moleculaire et phylogenie." Paris 6, 1993. http://www.theses.fr/1993PA066450.
Анотація:
La fraction d'adn repetee du genome de meloidogyne a ete etudiee et en partie caracterisee, notamment les compartiments adn satellite, adn ribosomique et elements transposables. L'adn satellite ainsi que des sequences moyennement repetees ont ete utilisees a des fins de typage moleculaire. Grace a ces outils, il a ete mis en evidence un polymorphisme de longueur des fragments de restriction (rflp) aux niveaux intra- et interspecifique. Une phylogenie de l'adn nucleaire a ete etablie au sein du genre meloidogyne a partir des precedents resultats
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Sawadogo, Abdoussalam. "Contribution à l'étude de la nématofaune et de la mycoflore antagoniste dans les cultures maraîchères du Burkina Faso." Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20125.
Анотація:
Le present travail comporte trois parties: la premiere partie situe les conditions de production maraichere au burkina faso et inventorie les grandes zones de production. Dans la seconde partie est abordee l'etude des structures des peuplements nematologiques. L'ecosysteme des bas-fonds submerges se revele pauvre en genres en comparaison avec celui des terres hautes. Dans la troisieme partie sont exposes les resultats prometteurs en lutte biologique avec certaines souches de champignons nematophages dont une nouvelle espece isolee au burkina faso agissant a la fois comme parasite des ufs et comme predateur de larves
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Garcia, Nathan. "Analyse exploratoire des variables structurant la capacité des communautés de nématodes phytoparasites à limiter l’implantation du nématode d e quarantaine Meloidogyne chitwoodi." Thesis, Rennes, Agrocampus Ouest, 2017. http://www.theses.fr/2017NSARC132/document.
Анотація:
Les nématodes phytoparasites (NPP) sont des vers ronds microscopiques que l’on retrouve en communautés dans les sols agricoles. Les NPP les plus communs n’occasionnent pas de dégâts sur les cultures. Cependant M. chitwoodi, un NPP règlementé à l’échelle européenne, peut engendrer d’importantes baisses de rendement. Pour caractériser le risque de son implantation, nous nous sommes intéressés aux communautés indigènes en France afin d’identifier celles capables de le limiter suite à une introduction. Nous avons, dans un premier temps, décrit les communautés de NPP à l'échelle d'un paysage agricole, puis à l'échelle de neuf régions françaises. Ces investigations ont montré des communautés peu différenciées en termes de richesse spécifique mais variables en termes d’abondance. Si les variables environnementales expliquent le mieux la structure de ces communautés de NPP à une large échelle géographique, certaines pratiques culturales(labour, application de produits phytosanitaires) influencent fortement les communautés à l’échelle locale. Dans un second volet, nous avons étudié le potentiel de différentes communautés à limiter le développement de M. chitwoodi notamment par la compétition. Il semble que les communautés possédant les plus hauts niveaux d’abondance globale, indépendamment des taxa présents, permettent de diminuer la multiplication de M. chitwoodi. Cette thèse apporte donc des éléments de compréhension sur le fonctionnement des communautés de NPP dans les agrosystèmes français et leur potentiel à limiter le l’établissement de M. chitwoodi pour pouvoir prédire le rPlant-parasitic nematodes (PPN) are microscopic worms that occur in communities in almost every agricultural soils. Commonly found PPN are usually harmless for the plants. However, M. chitwoodi, a PPN highly regulated in EU can induce important yield losses. In order to improve risk assessment of M. chitwoodi implantation, we studied French native PPN communities to identify those that can limit its establishment shortly after an introduction. We firstly described PPN communities in various agrosystems, at a landscape scale and then in nine French regions. Despite the quite homogeneous species richness observed across the fields sampled, we highlighted strong PPN taxa abundance variations. Environmental variables seemed to mainly drive the PPN communities structure at a large geographic scale but cultural practices(tillage and pesticides uses) seemed to explain the communities variation at the local scale. Secondly, we studied the capacity of different PPN communities to limit M. chitwoodi development through competition. It appeared that PPN communities with high global abundance, regardless of the taxa present, are able to decrease M. chitwoodi multiplication. The results of this PhD thesis bring some elements about the structure and functioning of PPN communities in French fields and their ability to reduce the M. chitwoodi establishment in order to predict its implantation risk
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Berry, Shaun David. "Diversité et dynamique des communautés de nématodes phytoparasites en culture de canne à sucre en Afrique du Sud : répercussion sur la plante." Montpellier 2, 2006. http://www.theses.fr/2006MON20221.
Анотація:
Une étude de la répartition des espèces de nématodes présentes actuellement sur canne à sucre a révélé que cinq espèces ou genres étaient dominants: Helicotylenchus dihystera, Meloidogyne javanica, Pratylenchus zaea, Paratrichodorus spp. Et Xiphinema spp. . Les proportions relatives des espèces qui constituent cette communauté déterminent l’importance des dégâts. En pot, l’inoculation de Helicotylenchus dihystera a été suivie d’une augmentation de la biomasse aérienne de la canne. Dans un essai au champ, la reproduction des pratiques culturales de récolte employée au Burkina Faso a été suivie d’un accroissement de la proportion relative de Helicotylenchus dihystera et une diminution de celle de Xiphinema elongatum. Mais, l’augmentation du rendement n’a pas été significative. Quant à la technique de récolte employée en Australie, elle conduit aussi à un léger accroissement du rendement, mais qui ne peut pas être expliqué par un impact sur les nématodes. Des techniques moléculaires ont été employées pour identifier les nématodes. Les quantités d’acide nucléiques extraits des espèces de nématodes se sont révélées significativement différentes. L’utilisation de différences dans la taille du ADN résultant de l’amplification de la région ITS1 pour l’identification des espèces n’a pas donné les résultats escomptés et ne peut être utilisé que pour un diagnostique grossier. L’étude de la diversité génétique de cette région a permis d’appréhender les relations phylogénétiques entre espèces. Des différences dans la composition en nucléotides peuvent être exploitées pour développer des amorces spécifiques des différentes espèces utilisables pour des diagnostiques en PCR classique ou quantitativeA study of the diversity of the species of nematodes associated with sugarcane showed that five species or genera are dominant: Helicotylenchus dihystera, Meloidogyne javanica, Pratylenchus zeae, Paratrichodorus spp. And Xiphinema spp. . The relative proportions of the species constituting the community determine the extent of damage to the crop. In pots, inoculation with Helicotylenchus dihystera resulted in an increase in the aboveground biomass of the cane. In a field trial, the reproduction of cultural practices as used in Burkina Faso was accompanied with an increase in the relative proportion of Helicotylenchus dihystera and a decrease in the proportion of Xiphinema elongatum. But the associated increase in yield was not significant. Mimicking the cultural techniques employed in Australia also led to a slight increase in yield but this was not as a result of the change in nematode communities. For studying diverse communities, newer molecular biological methods were employed. Significant differences in the amount of nucleic acid extracted from different species were found. Using differences in ITS1 amplification product size for identifying and discriminating between species was successful to a point, however only as a crude diagnostic method. Examining the genetic diversity of this gene region within sugarcane nematode specimens enabled phylogenetic relationships between species, and genera, to be investigated. Differences in nucleotide composition could be utilized to develop species-specific diagnostic primers for use in conventional and real-time, quantitative PCR testing
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Tabarant, Perrine. "Effet d'apport de matières organiques sur le contrôle biologique des nématodes parasites du bananier en Guadeloupe." Phd thesis, AgroParisTech, 2011. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-01002831.
Анотація:
Aux Antilles, dans les plantations de bananes en monoculture mécanisée, l'un des principaux problèmes à résoudre est le contrôle des populations de nématodes phytoparasites. Dans cette thèse, les effets d'apports de différentes matières organiques (MO), brutes ou compostées, sur la régulation biologique des nématodes ont été étudiés, cet effet suppresseur ayant déjà été montré sur d'autres cultures. L'analyse de la littérature sur le sujet montre que les effets d'un apport de MO sur les populations de nématodes phytoparasites et sur leurs dégâts sont complexes et varient fortement en fonction de la nature biochimique du produit et de l'espèce de nématode. Ainsi, les matières organiques qui libèrent beaucoup d'azote minéral en se décomposant favorisent la croissance des racines, ce qui peut augmenter la ressource alimentaire des nématodes phytoparasites et/ou la tolérance des plantes à leurs attaques. La décomposition des matières apportées peut libérer des composés nématotoxiques. Enfin, l'apport de carbone peut entrainer une diversification des communautés de nématodes, une complexification des réseaux trophiques et, par la suite, favoriser la régulation biologique des nématodes phytoparasites par les espèces appartenant aux niveaux trophiques supérieurs et par la microflore. Nous avons, par une étude fine de la structure des communautés de nématodes et le suivi de la croissance des jeunes plants de bananier, cherché à évaluer l'induction de la régulation biologique des nématodes parasites du bananier dans une sole bananière par un apport de MO, au moyen de deux expérimentations en pots conduites pendant 13 semaines. Les MO testées étaient quatre MO brutes et quatre MO compostées. L'expérience sur les MO brutes a montré que trois des quatre MO (bagasse, écumes de sucrerie et déchets verts) ont entrainé une diminution des populations de nématodes parasites dans les racines du bananier, l'intensité de cette régulation dépendant de l'espèce. En revanche, le quatrième type de MO, des boues de station d'épuration, n'a pas permis de diminuer la pression parasitaire. Les différences de croissance des systèmes racinaires n'ont pas été un facteur explicatif des régulations observées et les meilleures conditions de croissance observées n'ont pas réduit les impacts des nématodes phytoparasites sur les racines. Seules les écumes de sucrerie ont entrainé un impact positif global sur la plante, en diminuant la pression parasitaire tout en augmentant sa croissance. La bagasse et les déchets verts, principalement composés de lignines et de cellulose, ont entrainé une modification significative de la structure des communautés de nématodes, avec un fort accroissement des populations de nématodes fongivores et, avec la bagasse, de nématodes carnivores. L'expérience en pot sur les MO compostées a montré que les trois composts commerciaux produits par SITA VERDE (Biogwa, Ecogwa B, Ecogwa D) et l'amendement organique commercial Vegethumus (de Phallipou-Frayssinet) avaient engendré une diminution du parasitisme et que ce contrôle dépendait de l'espèce de nématodes phytoparasites. Dans cet essai, le contrôle des nématodes parasites du bananier est apparu lié à la biomasse racinaire totale des bananiers. L'apport des composts Ecogwa D et Vegethumus a augmenté la taille des populations de nématodes microbivores, mais seul Vegethumus a accru la voie de décomposition fongique. [...] Suite et fin du résumé dans la thèse.
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Tixier, Philippe. "Conception assistée par modèle de systèmes de culture durables : application aux systèmes bananiers de Guadeloupe." Montpellier, ENSA, 2004. http://www.theses.fr/2004ENSA0019.
Анотація:
Aujourd’hui, la culture bananière aux Antilles est confrontée à d’importants problèmes agronomiques (rendements faibles à cause du développement important de pathogènes), environnementaux (transport de pesticides et de sol vers les eaux de surface, dans un contexte écologique insulaire fragile) et économiques (variation du prix de vente des fruits et coût de la main d’œuvre élevé) susceptibles de remettre en cause la pérennité de la filière. Dans ce contexte, des systèmes de culture innovants répondant à un nouveau cahier des charges économique et environnemental doivent être mis au point. Plusieurs voies sont explorées qui, au-delà d’un mode de conduite raisonné, visent à l’intégration de jachères, de rotations ou de plantes associées. L’évaluation et la conception de tels systèmes de culture innovants nécessitent l’utilisation d’outils de modélisation spécifiques qui rendent compte des caractéristiques particulières du système. Un modèle spécifique appelé SIMBA a été développé dans ce sens. SIMBA simule l’évolution de la structure du peuplement de bananiers au cours des cycles de culture, point clé qui conditionne l’ensemble de la dynamique du système. La composante parasitaire, qui influe sur la pérennité de la bananeraie et conditionne l’emploi des produits phytosanitaires est également prise en compte. Le parasitisme des nématodes phytoparasites est simulé, en interaction avec la croissance et la structure du peuplement, l’état du sol et l’emploi de nématicides. SIMBA simule également la croissance des bananiers et leur productivité, la structure du sol, la couverture du sol et le bilan hydrique. Des indicateurs qualitatifs et intégrateurs, conçus spécifiquement, permettent, couplés à ces modules biophysiques, l’évaluation au cours du temps de risques environnementaux comme le risque de pollution des eaux par les produits phytosanitaires et le risque d’érosion. Les pratiques culturales sont prises en compte à travers des règles de décision qu’il est ainsi possible d’évaluer. Le modèle SIMBA, en fournissant des sorties agronomiques, environnementales et économiques (marge brute), permet ainsi l’évaluation multicritère de systèmes de culture simulés selon plusieurs points de vue. SIMBA a ensuite été utilisé selon une méthode originale de prototypage en deux étapes (exploration globale puis optimisation spécifique). Les résultats obtenus ont permis d’identifier certains systèmes de culture qu’il conviendra de tester ‘au champ’. Cette approche systémique et fonctionnelle, qui a permis des avancées significatives au niveau de la modélisation des systèmes bananiers, constitue un outil performant pour la conception de systèmes de culture durablesGuadeloupe banana cropping systems are threatened by agronomic (low yield due to phytoparasitic nematode development), environmental (pesticide leaching to water, particularly important in a fragile insular setting) and economic (seasonal variations in fruit prices, manpower costs) unsustainability. New systems have to be designed to solve both economic and environmental problems. Rotations with other crops or fallows, biodiversity restoration, pesticide management are some current investigated solutions. Modelling tools have been developed to combine practices, explore and optimise such systems. Banana cropping systems have some characteristics that cannot be taken into account by generic crop models; a specific model called SIMBA has been developed. The evolution of the banana population structure over time is a key point; it is simulated by SIMBA-POP, a cohort population model. Parasitism dynamics mainly due to phytoparasitic nematodes lower cropping sustainability and lead to massive use of pesticides; this is simulated by the dynamic SIMBA-NEM module. SIMBA also simulates plant growth, the soil cover and structure or water balance. Cropping practices are taken into account by decision rules that give rise to realistic technical recommendations. Qualitative, integrated and dynamic indicators are linked to biophysical modules and allow evaluation of the pesticide leaching risk, erosion risk and soil fertility. SIMBA provides agronomic (yield), environmental and economic (profit margin) outputs for multicriteria evaluation of the simulated system based on different viewpoints. An original 2-step method has been used to prototype new cropping systems with SIMBA (first a global exploration then a specific optimisation). Some interesting cropping systems have thus been highlighted and should be tested in the field. This scientific approach permits to develop some significant progress in the banana modelling by aggregating the existing knowledge and highlight the missing ones
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Quénéhervé, Patrick. "Etude de l'influence du système racinaire du bananier, sous-groupe Cavendish, CV. Poyo, et des facteurs de l'environnement sur les dynamiques de population de nématodes phytoparasites." Grenoble 2 : ANRT, 1988. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb376176912.
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Fould, Sabine. "Détection dans le sol de Pasteuria penetrans, parasite obligatoire des nématodes phytoparasites du genre Meloidogyne et influence des facteurs telluriques abiotiques sur la distribution du complexe parasitaire." Lyon 1, 1999. http://www.theses.fr/1999LYO10333.
Анотація:
Pasteuria penetrans est une bacterie non cultivable in vitro, parasite obligatoire des nematodes phytoparasites du genre meloidogyne. Elle controle ces ravageurs de cultures en limitant leur reproduction. L'objectif de l'etude ecologique in situ du complexe parasitaire meloidogyne javanica-p. Penetrans est d'optimiser l'efficacite, souvent heterogene, de ce parasitoide indigene. Le suivi de cette bacterie dans le sol a necessite sa caracterisation prealable. L'analyse moleculaire demontre l'appartenance du genre pasteuria a la famille des bacillacees et rapproche p. Penetrans des bacteries de type bacillus thuringiensis, parasites d'insectes. Elle a egalement permis le developpement d'une methode de detection immunologique de p. Penetrans au seuil de 5000 sp/g de sol. L'evolution spatio-temporelle des populations de m. Javanica parasitees ou non et des spores de p. Penetrans fut suivie dans une parcelle naturellement infestee. Cette etude revela une diminution des populations totales de m. Javanica, correlee a celle des populations parasitees, phenomene caracteristique d'une regulation des populations de type densite-dependance retardee. La distribution spatiale de la population de nematodes parasites ne se recouvrant pas avec celle de la bacterie, des facteurs responsables furent recherches dans le sol. Une analyse multivariee relie le parasitisme aux ions de la solution de sol et a la structure et la texture du sol. La fraction ionique du sol agit directement sur le parasitisme en participant au mecanisme d'attachement des spores de p. Penetrans sur la cuticule des nematodes, la teneur en cations divalents reduisant la charge negative de surface des spores. En revanche, la structure et la texture agiraient indirectement sur l'attachement en controlant la rencontre des deux organismes. Ainsi, peut etre envisagee une meilleure maitrise des agents de lutte biologique comme p. Penetrans a travers la gestion des facteurs telluriques abiotiques.
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Berthold, François. "Grapevine fanleaf virus replication : viral proteins and host factors." Strasbourg, 2015. http://www.theses.fr/2015STRAJ086.
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Mateille, Thierry. "Contribution a l'etude des relations hote-parasite entre le bananier musa sp. (sous-groupe cavendish aaa) et trois nematodes phytoparasites : radopholus similis, helicotylenchus multicinctus et hoplolaimus pararobustus (tylenchida)." Paris 11, 1990. http://www.theses.fr/1990PA112296.
Анотація:
La pathologie du bananier (musa sp. , groupe aaa) due aux nematodes radopholus similis, helicotylenchus multicinctus et hoplolaimus pararobustus est etudiee sur les varietes poyo (sous-groupe cavendish) et gros michel (sous-groupe gros michel). Elle est decrite par l'etude du developpement in vitro et in vivo des populations de ces parasites, et par l'etude in vivo de l'incidence des nematodes sur la croissance et deux fonctions du metabolisme (absorptions minerale et organique, et photosynthese) des bananiers. D'autre part, certains aspects du metabolisme phenolique mis en jeu en reaction au parasitisme, et l'etude de l'impact nutritionnel de la plante sur le developpement des populations de r. Similis et d'h. Multicinctus sont consideres. Les resultats indiquent que la relation hote-parasite est specifique de ces deux composantes: la variete gros michel est moins sensible a r. Similis que la variete poyo, et le comportement varietal vis-a-vis d'h. Multicinctus et d'h. Pararobustus est identique entre les deux varietes. La sensibilite est liee a la compatibilite physiologique entre l'hote et le parasite: apres infestation par r. Similis, la variete gros michel renforce son metabolisme phenolique, alors qu'aucune des deux varietes ne reagit pas, ou tres peu, a h. Multicinctus et h. Pararobustus. Le parasitisme du bananier est lie aux relations nutritionnelles: une mauvaise activite physiologique de la plante perturbe le developpement des foyers de r. Similis, alors qu'elle ne gene pas la multiplication d'h. Multicinctus
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Noir, Sandra. "Diversité des gènes de résistance au sein du génome des caféiers (Coffea L. ). Analyse génétique de la résistance au nématode à galles, Meloidogyne exigua, chez C. Arabica." Montpellier 2, 2002. http://www.theses.fr/2002MON20184.
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Chabrier, Christian. "Survie et dissémination du nématode Radopholus similis (Cobb) Thorne dans les sols bruns-rouilles à halloysites (nitisols) : Effets de l'état hydrique et des flux hydriques." Phd thesis, Antilles-Guyane, 2008. http://www.theses.fr/2008AGUY0218.
Анотація:
Le nématode phytoparasite Radopholus similis est un ravageur majeur des bananiers et plantains dans le monde. La mise au point de nouvelles méthodes culturales a permis de réduire son impact ; mais des connaissances supplémentaires sont requises pour comprendre sa persistance et prévenir sa dispersion. L’aptitude à la survie de R. Similis dans le sol a été évaluée. Il restait au bout de six mois de 1,7 à 9,3 % de la population apportée dans le nitisol et de 9,5 à 11,9 % dans l’andosol. Pour les adultes, les courbes de décroissances de population de R. Similis pouvaient généralement être ajustées à l’aide des modèles de décroissance exponentielle ou de Teissier. Nous avons étudié la dissémination de R. Similis par les flux d’eau ; en surface à l’aide de simulateur de pluie, en profondeur à l’aide de cylindres de sol. Ces études ont été complétées par un dispositif au champ. La dissémination passive a été très faible dans le sol et n’a concerné qu’une fraction marginale des populations. Il semble que R. Similis ait adopté des comportements de fuite ou de refuge pour résister à l’entraînement par les eaux. En surface, la dissémination par les eaux s’apparente à un phénomène restreint aux évènements “catastrophe” à l’échelle du nématode : destruction de son milieu de vie par les intempéries accompagnées d’épisodes de ruissellement important. Elle est suffisante pour entraîner la recontamination d’une parcelle en moins de deux ans. L’ensemble de ces travaux a montré que le comportement de R. Similis est un facteur essentiel pour comprendre sa survie et sa dispersion. Sa biologie lui permet de bien s’adapter aux cultures pérennes à multiplication végétative, comme le bananierThe burrowing nematode Radopholus similis is a major pest of bananas and plantains all over the world. . Recent development of new cropping systems reduced its impact; but additional knowledge is required to understand its persistence in soil and to prevent its dispersal. The capacity of survival of R. Similis in soils was evaluated. We recovered after six months from 1. 7 to 9. 3 % of the initial population in the nitisol and from 9. 5 to 11. 9 % in the andosol. Considering the adults, the decreasing curves of R. Similis populations could generally be adjusted either with an exponential model or with a Teissier’s model. We studied the dispersion of R. Similis by water flows; on soil surface with rainfall simulators and along soil depth with soil cylinders. These studies were completed by a field trial. The passive dissemination seems very weak inside the soil and affects only a marginal fraction of the populations. It seems that R. Similis resorts to a behaviour of fleeing from leaching to resist water flows. On soil surface, this phenomenon is restricted to “disaster” events at the scale of the nematode: destruction of its environment by tropical showers with heavy runoff. Actually, R. Similis leaching by runoff water is sufficient to contaminate a banana plot in less than two years. All these studies showed that the behaviour of R. Similis is an essential knowledge to understand its survival and dispersal. Its biology allows good adaptation to the long-lasting cultures with vegetative reproduction, such as banana plants
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Chabrier, Christian. "Survie et dissémination du nématode Radopholus similis (Cobb) Thorne dans les sols bruns-rouilles à halloysites (nitisols) : effets de l'état hydrique et des flux hydriques." Phd thesis, Université des Antilles-Guyane, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00697213.
Анотація:
Le nématode phytoparasite Radopholus similis est un ravageur majeur des bananiers et plantains dans le monde. Introduit à partir du XVIe siècle en Afrique et Amérique, ce nématode occasionne des pertes importantes dans les bananeraies traditionnelles. La mise au point de nouvelles méthodes culturales a permis de réduire son impact ; mais des connaissances supplémentaires sont requises pour comprendre sa persistance et prévenir sa dispersion. Considérée jusqu'alors comme marginale, la phase sol de R. similis avait été peu étudiée car les populations de R. similis sont faiblement concentrées dans le sol (environ 1/1 000e de celle des racines). Pourtant, le volume du sol exploré par les racines de bananier représente 100 à 300 fois le volume de ces racines ; la phase sol concerne 30 à 50 % des effectifs de R. similis. Après avoir considéré les caractéristiques des sols volcaniques antillais, et notamment les classes de capillaires susceptibles d'héberger R. similis (capillaires de 20 à 300 µm de diamètre), nous avons évalué les différentes méthodes d'extraction des nématodes : filtration Baermann, élutriation, centrifugation-flottaison, aspersion, macération dans l'eau oxygénée. Les rendements à l'extraction de chaque méthode, leurs avantages et inconvénients ont été discutés. Ce travail a été complété par l'évaluation d'une méthode de coloration vitale qui permet de discriminer les nématodes morts et vivants. L'aptitude à la survie de R. similis dans le sol a ensuite été évaluée. Pour cela, nous avons déposé des suspensions de nématodes dans des piluliers remplis de sol de natures et de potentiels matriciels variables, mais toujours sans ressource alimentaire. Ces piluliers ont ensuite été conservés jusqu'à 180 jours dans des conditions de température optimale pour R. similis. Les durées de survie mesurées ont ainsi été légèrement supérieures à celles que l'on trouve habituellement dans la bibliographie : si on exclut les sols saturés en eau, il restait au bout de six mois de 1,7 à 9,3 % de la population apportée dans le nitisol et de 9,5 à 11,9 % dans l'andosol. Pour les adultes, les courbes de décroissances de population de R. similis pouvaient généralement être ajustées à l'aide des modèles de décroissance exponentielle ou de Teissier. Ces courbes dépendaient de la nature du sol, du potentiel hydrique et du sexe. Nous avons ainsi observé que les mâles avaient une capacité de résistance surprenante ; dans le nitisol, les taux de survie ont été en moyenne proches du double de ceux des femelles. Cette capacité de survie des mâles serait liée à une moindre dépense énergétique journalière que chez les femelles : les mâles, dont le système digestif est atrophié, ne chercheraient pas activement leur nourriture et ne perdraient pas de réserves lors du développement des œufs. Par ailleurs, dans les sols stérilisés, la survie était optimale quand les sols étaient proches de la capacité au champ ; dans les sols non perturbés, elle était optimale dans les sols les plus secs. Ces résultats contradictoires pourraient s'expliquer par les interactions avec les autres organismes du sol qui, en diminuant la capacité de survie, pourraient avoir un rôle antagoniste. Une étude complémentaire a été réalisée dans des tubes remplis d'eau ou de solutions de sol, extraites d'un nitisol par centrifugation. Au bout de 35 jours, il restait 7 à 8 % des populations initiales de R. similis, et ce, pour les deux sexes. Cette espèce peut donc subsister assez longtemps dans des eaux qui circulent pour être disséminée par ruissellement. Nous avons donc étudié la dissémination de R. similis par les flux d'eau ; en surface à l'aide de simulateur de pluie, en profondeur à l'aide de cylindres de sol sur lesquels nous avons simulé des pluies allant jusqu'à 3,7 fois le volume poral du cylindre (pluie de 540 mm). Ces études ont été complétées par un dispositif au champ qui a permis de cartographier les recontaminations dans des parcelles isolées ou non hydrologiquement par des fossés. La dissémination passive a été très faible dans le sol et n'a concerné qu'une fraction marginale des populations. Il semble que R. similis ait adapté ses comportements pour résister à l'entraînement par les eaux (plasticité réflexe ?). En surface, les simulations de pluie ont montré que la dissémination par les eaux nécessitait des conditions bien particulières : sols proches de la saturation en eau, racines ou bulbes arrachés à la surface du sol. Néanmoins, la dissémination passive existe, essentiellement en surface ; elle s'apparente à un phénomène restreint aux évènements "catastrophe" à l'échelle du nématode : destruction de son milieu de vie par les intempéries accompagnées d'épisodes de ruissellement important. Elle est suffisante pour entraîner la recontamination d'une parcelle en moins de deux ans. L'ensemble de ces travaux a montré que le comportement de R. similis est un facteur essentiel pour comprendre sa survie et sa dispersion. Sa biologie lui permet de bien s'adapter aux cultures pérennes à multiplication végétative, comme le bananier. Lorsque ces dernières sont cultivées en monoculture, les dégâts peuvent être considérables.
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Prot, Jean-Claude. "Contribution à l'étude des migrations dans le sol des juvéniles de second stade des nématodes du genre Méloidogyne." Paris 11, 1986. http://www.theses.fr/1986PA112263.
Анотація:
Les juvéniles de second stade des nématodes du genre Meloidogyne sont capables de migrer dans le sol d'au moins 50 cm pour atteindre, en 7 jours, les racines d'une plante hôte. Les migrations verticales sont plus rapides et plus importantes que les migrations horizontales. Les racines d'une plante hôte, comme la tomate, provoquent une attraction des juvéniles de Meloidogyne javanica. Les plants ou les racines excisées de tomate laissent, dans le sol ou la gélose qui ont servi à leurs cultures, des substances qui causent l'attraction et l'activation du déplacement de ces juvéniles. L'attraction est fortement réduite lorsque la physiologie de la plante est modifiée par un éclairement permanent. La texture du sol influence très fortement les migrations des juvéniles de Meloidogyne incognita. Le nombre de juvéniles capables de migrer vers des racines hôtes diminue lorsque le pourcentage de particules fines (argiles et limons) augmente ; aucune migration sur 20 cm n'est observée lorsque le sol contient plus de 30% de particules fines. Cependant, la présence des argiles est nécessaire pour que les migrations s'effectuent ; aucune migration ne se produit dans du sable de silice, mais les migrations ont lieu lorsque 5 ou 10% d'argiles sont mélangés à ce sable. La température influence les migrations. Les migrations des juvéniles de Meloidogyne incognita (espèce des régions tropicales et tempérées chaudes) commencent vers 18°C et atteignent leur maximum à partir de 22°C. Les juvéniles d’une espèce de régions plus froides Meloidogyne hapla ont la capacité de migrer à plus basse température que ceux de l’espèce des régions chaudes. Les sels minéraux ont un effet répulsif sur les juvéniles de Meloidogyne. Placés dans un gradient de sels minéraux ces juvéniles migrent vers la zone la moins concentrée en sels. La sensibilité de leurs organes de perception est très grande, ils peuvent s’orienter dans des gradients de concentrations créés par des solutions dont la concentration est comprise entre 0,26 et 10 x 10⁻³/M1. Il est possible de réduire très fortement l’infestation des racines d’une plante hôte par les Meloidogyne en limitant les migrations des juvéniles. Ainsi , les quassinoïdes (lactones polycycliques) extraits de Hannoa undulata et de H. Klaineana stoppent les déplacements des juvéniles de M. Javanica lorsque leur concentration dans la solution de sol est égale ou supérieure à 5 ppmSecond stage juveniles of Meloidogyne ore capable of moving at least 50 cm and penetrating host roots within 7 days. Vertical migrations are faster and greater than horizontal migrations. Juveniles of Meloidogyne javanica are attracted towards host plant roots. Soil and agar from tomato plant culture, germinatlng tomato seeds and root culture attract juveniles of M. Javanica. In addition, movement of juveniles is more important in soils which have supported plant growth. Soil texture influences the migration of Meloidogyne incognito. In natural soils the percentage of juveniles migrating 20 cm decreases when the percentage of clay and silt increases ; no migration is observed when the soil contains more than 30% clay plus silt. However, the clay particles appear to have a function in attracting nematodes over large distances. No migration occures in pure silica sand ; when 5 or 10% of clay are mixed to silica sand 34 and 26%, respectively of the juveniles are able to migrate 20 cm. Temperature influences migrations. The migrations of M. Incognito begin at about 18°C and reache a maximum at 22°C. Juveniles of Meloidogyne hapla have the ability to migrate at lower temperatures than M. Incognita juveniles. Mineral salts exhibit a repulsive effect on Meloidogyne juveniles. Placed in a gradient of mineral salts, these juveniles move preferentiolly towords the region having the lower salt concentration. These nematodes possess sense argons which allow them to orient their movements over gradients of salts created in agar by salt solutions at 0,26 and 10 x 10⁻²M/1. A method of control of Meloidogyne using chemicals which stop their migration is possible. Polycyclic lactones extracted from Hannoa undulata and Hannoa klaineana prevent invasion of tomato roots by stopping movement of javanica juveniles when they are in concentration of 5 ppm in the soil water
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TIXIER, Philippe. "Conception assistée par modèle de systèmes de culture durables : Application aux systèmes bananiers de Guadeloupe." Phd thesis, Ecole nationale superieure agronomique de montpellier - AGRO M, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00010937.
Анотація:
Aujourd'hui, la culture bananière aux Antilles est confrontée à d'importants problèmes agronomiques (rendements faibles à cause du développement important de pathogènes), environnementaux (transport de pesticides et de sol vers les eaux de surface, dans un contexte écologique insulaire fragile) et économiques (variation du prix de vente des fruits et coût de la main d'œuvre élevé) susceptibles de remettre en cause la pérennité de la filière. Dans ce contexte, des systèmes de culture innovants répondant à un nouveau cahier des charges économique et environnemental doivent être mis au point. Plusieurs voies sont explorées qui, au delà d'un mode de conduite raisonné, visent à l'intégration de jachères, de rotations ou de plantes associées. L'évaluation et la conception de tels systèmes de culture innovants nécessitent l'utilisation d'outils de modélisation spécifiques qui rendent compte des caractéristiques particulières du système. Un modèle spécifique appelé SIMBA à été développé dans ce sens. SIMBA simule l'évolution de la structure du peuplement de bananiers au cours des cycles de culture, point clé qui conditionne l'ensemble de la dynamique du système. La composante parasitaire, qui influe sur la pérennité de la bananeraie et conditionne l'emploi des produits phytosanitaires est également prise en compte. Le parasitisme des nématodes phytoparasites est simulé, en interaction avec la croissance et la structure du peuplement, l'état du sol et l'emploi de nématicides. SIMBA simule également la croissance des bananiers et leur productivité, la structure du sol, la couverture du sol et le bilan hydrique. Des indicateurs qualitatifs et intégrateurs, conçus spécifiquement, permettent, couplés à ces modules biophysiques, l'évaluation au cours du temps de risques environnementaux comme le risque de pollution des eaux par les produits phytosanitaires et le risque d'érosion. Les pratiques culturales sont prises en compte à travers des règles de décision qu'il est ainsi possible d'évaluer. Le modèle SIMBA, en fournissant des sorties agronomiques, environnementales et économiques (marge brute), permet ainsi l'évaluation multicritère de systèmes de culture simulés selon plusieurs points de vue.
SIMBA a ensuite été utilisé selon une méthode originale de prototypage en deux étapes (exploration globale puis optimisation spécifique). Les résultats obtenus ont permis d'identifier certains systèmes de culture qu'il conviendra de tester ‘au champ'. Cette approche systémique et fonctionnelle, qui a permis des avancées significatives au niveau de la modélisation des systèmes bananiers, constitue un outil performant pour la conception de systèmes de culture durables.
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Mukhaimar, Maisara. "Sources naturelles de la résistance contre les nématodes à galles Meloidogyne javanica chez la plante modèle Arabidopsis thaliana." Thesis, Paris 11, 2015. http://www.theses.fr/2015PA112033/document.
Анотація:
Les nématodes phytoparasites constituent une menace réelle pour la production alimentaire mondiale. Ils sont responsables de 14% des pertes de rendement de la production alimentaire globale, ce pourcentage est l’équivalent de 100 milliards de dollar américain par an. La lutte contre ces phytoparasites est devenue un défit majeur, notamment après l'interdiction de l'utilisation du nématicide le plus efficace, en raison de ses effets nocifs sur l’environnement. Par conséquent, des nouvelles sources pour la gestion des nématodes phytoparasites sont nécessaires et urgentes. Ce travail vise à déterminer si la plante modèle Arabidopsis thaliana pourrait servir comme une source naturelle de gènes de la résistance aux nématodes phytoparasites. Parmi des accessions d’Arabidopsis, on a trouvé une variation génétique naturelle de la résistance contre les nématodes à galles Meloidogyne javanica, on a également identifié plusieurs QTL de résistance aux nématodes, et finalement, on a réalisé une cartographie fine d’un des QTL détectésPlant-parasitic nematodes are a serious threat for global food production. They are responsible for 14% of global yield loss, equivalent to an economic value of more than 100 billion US$ per year. Pest management is challenging, in particular since the most efficient nematicide has been banned due to its devastating effect on the environment. Hence, novel sources for nematode management are urgently required. This work investigates whether the model plant Arabidopsis thaliana could serve as a natural source for resistance genes against plant-parasitic nematodes. It finds natural genetic variation among Arabidopsis accessions for resistance against the root-knot nematode Meloidogyne javanica, identifies several QTL for nematode resistance, and fine-maps one of these resistance QTL
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Nilusmas, Samuel. "Gestion durable des nématodes à galles en culture maraîchère par la modélisation et l’optimisation du déploiement de variétés résistantes." Thesis, Université Côte d'Azur, 2020. http://www.theses.fr/2020COAZ4086.
Анотація:
Les nématodes à galles sont des endoparasites telluriques obligatoires des racines des plantes qui causent d’importantes pertes de rendement dans le monde. Les méthodes de lutte respectueuses de l’environnement contre ces nématodes sont fondées principalement sur l’utilisation de variétés résistantes. Ces variétés contrôlent efficacement les populations de nématodes naturellement présentes sur le terrain, mais favorisent l’émergence de variants virulents vis-à-vis des gènes de résistance portés par ces variétés. Comme la virulence est associée à des coûts de fitness, qui réduisent la capacité des nématodes virulents à infester les racines ou à se reproduire, les variétés sensibles contre-sélectionnent les nématodes virulents. L’objectif de cette thèse est d’identifier des stratégies de déploiement de gènes de résistance efficaces et durables pour lutter contre les nématodes à galles en culture maraîchère. Pour cela, nous avons développé un modèle épidémiologique semi-discret décrivant la dynamique des nématodes dans le sol et dans les racines d’une plante sensible ou résistante pendant sa période de croissance, ainsi que la survie des nématodes entre saisons de culture. Le modèle a été ajusté à des données expérimentales intra-saisonnières d'infestation de racines de tomates sensibles. Il a été utilisé pour déterminer les stratégies de rotations entre plantes sensibles et résistantes qui maximisent un proxy du rendement moyen, sur différents horizons temporels et pour différentes combinaisons d’intensité épidémiologique et de paramètres génétiques (taux de mutation et coûts de virulence). En outre, des analyses de sensibilité ont été menées pour évaluer la robustesse des stratégies de déploiement des résistances variétales. Nos résultats montrent que des rotations bien choisies permettraient non seulement d’augmenter le rendement des cultures, mais aussi de préserver la durabilité des gènes de résistance. Cette thèse ouvre des perspectives, à la fois expérimentales et de modélisation, pour un meilleur contrôle des nématodes à gallesRoot-knot nematodes are obligate soil-borne endoparasites of plant roots that cause major yield losses throughout the world. Environmentally-friendly plant protection methods against root-knot nematodes are mainly based on the use of resistant plant cultivars. These cultivars efficiently control nematode populations naturally present in the field, but they favour the emergence of virulent variants that circumvent the resistance genes carried by these cultivars. Since virulence is associated with fitness costs, which limit the virulent nematode ability to infest plant roots or reproduce, susceptible crops counter-select virulent nematodes. The aim of this thesis is to identify effective and sustainable resistance deployment strategies to control root-knot nematodes in horticultural crops. To this end, we developed a semi-discrete epidemiological model describing the nematode dynamics in the soil and in the roots of a resistant or susceptible plant during its growing season, as well as the survival of nematodes in the soil between cropping seasons. The model was fitted to experimental data of within-season infestation of susceptible tomato roots. It was used to determine the rotation strategies alternating susceptible and resistant plants that maximise an average yield proxy, over different time horizons and for different combinations of epidemiological intensity and genetic parameters (mutation rate and virulence costs). Moreover, sensitivity analyses were performed to assess the robustness of the plant resistance deployment strategies. Our results show that carefully designed rotation strategies would not only increase crop yield, but also preserve the sustainability of resistance genes. Sensitivity analyses were performed to evaluate the robustness of our results. This thesis opens both experimental and modelling perspectives for a better control of root-knot nematodes
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Cabral, do Nascimento Danila. "La biogenèse des galles induites par des phyto-nématodes dépend de l'hyperactivation du cycle cellulaire : études fonctionnelles des nouveaux acteurs du cycle mitotique et de l'endocycle dans les cellules géantes." Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur (ComUE), 2019. http://theses.univ-cotedazur.fr/2019AZUR6001.
Анотація:
Lors des vingt dernières années, l’utilisation d’Arabidopsis thaliana en tant que plante modèle a permis d’accélérer les découvertes biologiques dans l’étude de nombreuses interactions plante-pathogènes tant au niveau moléculaire que cellulaire. Arabidopsis réagis de manière similaire aux plantes cultivées face aux attaques de nombreux pathogènes, y compris les nématodes. Meloidogyne incognita est un nématode endoparasite de la racine des plantes causant de lourdes pertes agronomiques estimées à plusieurs milliards de dollars par an. Afin d’induire la formation de sites nourriciers dans la racine de l'hôte, les nématodes à galles. Ceci a pour effet d’induire la formation de cellules géantes à l’origine des nodosités observées sur la racine de l’hôte communément appelées galles. Lors de la formation des sites nourriciers, les cellules géantes ont pour caractéristiques d’être hypertrophiées et poly-nucléés du fait de l’absence ou de l’interruption de la cytokinèse et de nombreux cycles successifs d'endoreduplication. Ainsi, une caractéristique cruciale du développement du nématode est l’hyper activation du cycle cellulaire dans les galles. Le cycle cellulaire eucaryote est conservé et caractérisé par la phase S (réplication de l'ADN), suivie par la phase mitose (M), la cytokinèse et la division cellulaire. Celles-ci sont entrecoupées par la phase G1 (Gap 1) qui relie la fin de la mitose, et la phase G2 (Gap 2) qui relie la fin de la synthèse de l'ADN. L'endocycle est une variante du cycle cellulaire dans laquelle la réplication se produit sans mitose, induisant le doublement du contenu en ADN cellulaire pour chaque endocycle. L’hyper activation du cycle cellulaire est essentielle pour la biogenèse de la galle induite par les nématodes et un équilibre précis entre les phases mitotiques et endocycliques est essentiel pour la réussite du parasitisme. Dans le cadre de ma thèse de doctorat, nous avons étudié les conditions préalables nécessaires à l’établissement d’une galle fonctionnelle induite par M. incognita. Je me suis particulièrement concentrée sur l’étude fonctionnelle de gènes du cycle cellulaire de la plante jouant un rôle dans la mitose et l’endoreduplication lors de l’interaction plante-nématode. Pour répondre à cette question j’ai réalisé des études fonctionnelles de nouveaux acteurs du cycle cellulaire chez Arabidopsis stimulant (E2F), inhibant (ABAP1 et son-interactor) ou contrôlant (WEE1) le cycle cellulaire des galles. Les résultats obtenus démontrent que les gènes étudiés ici sont essentiels pour la formation et le maintien des sites nourriciers des nématodes. Notre étude fonctionnelle et notre analyse moléculaire montrent que l’absence ou la surexpression de facteurs de transcription E2Fa et E2Fb affectent gravement le développement de la galle et la reproduction des nématodes et perturbent le cycle cellulaire des galles, validant ainsi leur importance pour le développement du site d’alimentation des nématodes. Nous avons également cherché à déterminer si le stress induit par les nématodes déclenche un checkpoint control pendant la progression du cycle cellulaire dans les galles. Par conséquent, une analyse fonctionnelle du facteur de transcription WEE1 a été réalisée et a montré que son absence induit une mitose plus précoce dans les sites nourriciers, affectant ainsi le développement des galles et la reproduction des nématodes. L’utilisation de drogues, d’un marqueur de stress SMR7, ainsi que d’une lignée exprimant un gène rapporteur sous le contrôle du promoteur du gène PARP1 (impliqué dans la réparation de l’ADN) ont suggéré l’activation du checkpoint control G1/S dans les galles. Les données présentées dans cette thèse ont apporté des connaissances fondamentales pour une meilleure compréhension du contrôle du cycle cellulaire lors de la biogenèse de la galle, ainsi que lors du développement de la planteDuring the last twenty years, Arabidopsis thaliana has been successfully used as a model plant accelerating discoveries at the molecular and cellular level in numerous plant-pathogen interactions. Arabidopsis is susceptible to a number of pathogens including nematodes, responding to pathogen attack in a similar manner to cultivated plant species. Meloidogyne incognita is a crop parasite causing extensive economic losses of billions of dollars yearly for the agriculture worldwide. Root-knot nematodes induce feeding sites within the host root inducing up to eight giant-feeding cells within the root vascular cylinder by injecting secretions. These giant cells become hypertrophied and contain multiple enlarged nuclei as a result of numerous mitotic events of which cytokinesis is absent or interrupted. Throughout expansion, giant cells become highly polyploid via successive endoreduplication cycles. Thus, a crucial feature for root-knot nematode development is the hyperactivation of the plant host cell cycle in galls. The eukaryotic cell cycle is conserved and characterized by four phases: The S phase (DNA replication) is followed by the M phase (mitosis), cytokinesis and cell division. These are intercalated by the G1 phase (first gap) which connects the end of mitosis to the start of DNA synthesis, and the G2 phase (second gap) which connects the end of DNA synthesis to the start of mitosis. The endocycle is a variant of the cell cycle in which replication occurs without mitosis, resulting in a doubling of cellular DNA content for each endocycle round. The hyperactivation of the cell cycle is essential for the nematode-induced gall biogenesis, and a precise balance between mitotic and endocycle phases is essential for the successful compatible interaction. As a broad question of my PhD, we addressed which the pre-requisites are needed to establish a functional gall induced by root-knot nematodes. More specifically, I essentially focused on the functional studies of particular plant cell cycle genes playing a role in the mitotic and the endocycle during plant-root-knot nematode interaction. To address this question, functional studies of new players in the cell cycle of the plant host, stimulating (E2F genes), inhibiting (ABAP1 and an interactor AIP10 genes) or controlling (WEE1 gene) the cell cycle, were investigated in galls induced in our model host Arabidopsis thaliana. The results obtained demonstrate that the genes here studied are critical for, as well the formation as the maintenance of nematode feeding sites. Overall, our functional study and molecular analysis show that the absence of E2Fa and E2Fb transcription factors will severely affect gall development and nematode reproduction. As well, overexpression of E2Fa and E2Fb will disrupt the cell cycle in galls, validating their importance for nematode feeding site development. We further investigated if nematode induced stress might trigger a checkpoint control during cell cycle progression in galls. Therefore, functional analysis of the WEE1 transcription factor was performed and showed that its absence induced galls prematurely to enter mitosis, thus affecting feeding site development and nematode reproduction. Performing drug treatments and the use of the stress marker SMR7 and a DNA repair promoter reporter line PARP1 suggested the induction of checkpoint activation in galls at G1/S phase of the cell cycle. The data presented in this thesis provided fundamental knowledge for a better understanding of cell cycle control during gall biogenesis as well sideways for plant development. Currently, our results are being managed for application initially in Arabidopsis, and promising strategies will be conducted and extended towards different crop species in order to better control nematode attack. Here, we specifically aimed at generating genetically modified plants by silencing E2Fa genes as an anti-nematode strategy in the field
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Deloné, Brunise. "Alternatives agro-écologiques à l’usage d’intrants chimiques dans les bananeraies plantains : Le cas de deux régions de la Caraïbe : Guadeloupe et Haïti." Thesis, Antilles-Guyane, 2014. http://www.theses.fr/2014AGUY0758/document.
Анотація:
La banane plantain (Musa paradisiaca) est l’aliment de base de millions de personnes dans le monde et sa culture génère des revenus permanents pour un grand nombre d’agriculteurs, dans des plantations de taille petite ou moyenne. Comme dans d’autres régions tropicales, la culture du plantain en Guadeloupe et en Haïti est soumise à de fortes contraintes parasitaires aussi bien telluriques (i.e. du sol : nématodes phytoparasites et charançon du bananier) qu’aériennes (Cercosporiose noire notamment). Les moyens de lutte conventionnels reposent sur l’usage de produits de synthèse dont les effets néfastes sur l’environnement (sols, eaux, animaux) comme sur la santé humaine ne sont plus supportables. Il est donc urgent de réfléchir à des solutions agro-écologiques permettant de rétablir les équilibres biologiques, de maintenir une bonne qualité des sols et une production optimale dans les systèmes de culture plantains. C’est le but de ce travail de thèse qui couple la réalisation d’un diagnostic agro-écologique dans des parcelles paysannes, et le test d’alternatives agro-écologiques en milieu semi-contrôlé. Pour ce faire, une typologie des systèmes de culture plantains a été réalisée à l’issue d’une enquête agro-environnementale dans les deux zones d’étude. Elle a permis de sélectionner 23 parcelles en Guadeloupe et 12 en Haïti dans lesquelles un diagnostic agro-écologique a été conduit. Sur la base de ce diagnostic et de la recherche d’alternatives agro-écologiques à l’usage des produits chimiques, une expérimentation au champ a été mise en place en Guadeloupe en station de recherche, permettant le test de trois pratiques culturales innovantes pour le plantain (seules et combinées), à savoir : i) l’introduction d’une plante de service Paspalum notatum pour la gestion des adventices et la réduction de l’utilisation d’herbicides ; ii) l’apport de vermicompost pour le contrôle des nématodes phytoparasites inféodés au bananier plantain et la fertilisation de celui-ci ; iii) l’utilisation de plants sains PIF (Plants Issus de Fragments de tiges) indemnes de nématodes et de larves de charançon du bananier. La typologie des systèmes de culture plantains révèle que : i) en Guadeloupe les précédents : jachère, ananas et banane plantain sont prédominants avec un niveau d’intensification faible (apports d’intrants chimiques faibles et peu fréquents) ou élevé (apports d’intrants chimiques élevés et plus fréquents) ; ii) en Haïti, les précédents : jachère, banane plantain et manioc prédominent avec un niveau d’intensification faible ou nul (apport d’intrants inexistant). Les résultats du diagnostic agro-écologique montrent que, i) lorsque le niveau d’intensification est faible, les bananeraies plantains pérennes et le précédent-ananas permettent de maintenir une bonne qualité du sol et une bonne régulation des parasites telluriques ; ii) lorsque le niveau d’intensification est fort, les populations d’ingénieurs du sol diminuent drastiquement, alors que le cortège parasitaire tellurique augmente sans que cela n’affecte l’obtention de bons niveaux de rendement instantannés (parcelles précédées d’ananas ou d’une jachère principalement) ; iii) en absence totale de fertilisation, il résulte une diminution de l’activité biologique du sol mais aussi du rendement du plantain, exacerbé par le choix des précédents-culturaux (manioc ou banane plantain) en lien avec les contraintes pédoclimatiques et la maladie des raies noires (Cercosporiose noire) causée par Mycosphaerella fijiensis, notamment au sein des parcelles Haïtiennes ; iv) la succession plantain/plantain est la plus pénalisante vis-à-vis de la culture du plantain, car quelque soit le niveau d’intensification, le rendement reste relativement faible, en lien avec une dégradation de l’état sanitaire, comparativement aux autres précédentsPlantain (Musa paradisiaca) is the staple food of millions of people worldwide and its cropping generates ongoing revenues for many farmers who are planting small or medium size areas. As in other tropical regions, plantain cultivation in Guadeloupe and Haiti is under heavy parasitic constraints terrestrial (plant-parasitic nematodes and banana weevil) as well as aerial (black Sigatoka in particular). Conventional means of control based on the use of synthetic products which adverse effects on the environment (soil, water, animals ...) as on human health are not bearable any more. It is thus urgent to think about agroecological solutions allowing to restore the biological balances, to maintain good soil quality and optimal plantain cropping systems.This is the ultimate goal of this thesis which couples the realization of an agroecological diagnosis in peasants’ plots, and the test of agroecological alternatives in semi-controlled conditions. To do this, a typology of plantain cropping systems was carried out from an agrienvironmental survey in the two study areas. It allowed to select 23 plots in Guadeloupe and 12 in Haiti in which an agroecological diagnosis was implemented. Based on this diagnosis and the research of agroecological alternatives to the use of chemicals, a field experiment was set up in Guadeloupe, in an experimental station allowing the test of three innovative practices for plantain cultivation (alone and combined), namely : i) the introduction of a cover-crop Paspalum notatum for weed control while reducing the use of herbicides ; ii) the input of worms’ compost to control plant-parasitic nematodes specific to plantain and to fertilize it ; iii) the use of healthy “PIF” plants (plants issued from stem fragments) free from telluric pests (nematodes and weevil’s larvaes).The typology of plantains cropping systems shows: i) in Guadeloupe the previous crops are: fallow pineapple and plantain predominate with a low level of intensification (low and infrequent chemical inputs) or high (high and frequent chemical inputs); ii) in Haiti, the previous crops are: fallow, plantain and cassava predominate with a low level or no intensification at all (no inputs). The results of the agroecological analysis show that : i) when the level of intensification is low, perennial plantain and pineapple as previous crops help maintaining a good soil quality and a good regulation of the telluric pests ; ii) when the level of intensification is strong, the soil engineers drastically reduce, while the density of telluric parasites increases without affecting good levels of instantaneous yields (plots where the previous crop is pineapple or mostly fallow) ; iii) when the fertilization is totally missing, it decreases the biological activity of the soil furthermore the plantain yields, exacerbated by the choice of the previous crop (cassava or plantain), in connection with soils and climate constraints and the black Sigatoka caused by Mycosphaerella fijiensis, especially in the Haitian plots ; iv) the crop succession plantain/plantain is the most critical regarding the plantain’s cropping, because whatever the level of intensification, the yields remain relatively low in connection with a degradation of the health state, compared to other previous crops.The driving of an experiment in a research station shows that on the scale of one year, the three tested innovative practices allow maintaining a good soils quality. Healthy plants "PIF" have a better health state (absence of plant parasitic nematodes in the roots) which helps a significant increase of the yields. Cover-crop P. notatum helps the weeds and the soil pests control and favors the improvement of soil biological activity and plantain yields. Worms’ compost contributes to the maintenance of a better soils quality while allowing the regulation of the populations of plant-parasitic nematodes of the plantains
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Nguyen, Vu Phong. "Caractérisation d’effecteurs de virulence du nématode à galles Meloidogyne incognita chez le riz (Oryza sativa)." Thesis, Montpellier 2, 2013. http://www.theses.fr/2013MON20247.
Анотація:
Les nématodes à galle du genre Meloidogyne sont des parasites telluriques provoquant de graves pertes agricoles dans presque tous les systèmes de culture des plantes, et en particulier affectent la production de riz (Oryza sativa L.) dans toutes les régions cultivées. Ces parasites biotrophes obligatoires établissent une interaction compatible avec leur hôte grâce à des effecteurs protéiques produits par leurs glandes œsophagiennes et sécrétés dans la cellule végétale à travers leur stylet. L'objectif de ce travail était d'identifier parmi les protéines sécrétées celles qui jouent un rôle dans la virulence du nématode. L'interaction compatible entre la variété de riz Nipponbare et deux espèces de RKN (Meloidogyne incognita et Meloidogyne graminicola) a été choisie comme modèle et décryptée par des approches d'histologie et de transcriptomique. Trois nouvelles protéines de M. incognita spécifiquement exprimées dans les phases précoces de l'interaction ont été identifiées. Les deux gènes Mi-SP1 (Minc17980) et Mi-SP5 (Minc14137) sont exprimés dans les glandes subventrales alors que Mi-SP4 (Minc16281) s'exprime dans la glande dorsale de la larve parasitaire dite « juvénile au stade 2 (J2) ». Mi-SP1 et Mi-SP4 sont des gènes pionniers (sans homologue dans les bases de données publiques) et Mi-SP5 code potentiellement pour une déstabilase, de la famille des lysozymes. Les deux protéines pionnières Mi-SP1 et Mi-SP4 sont adressées dans le noyau et le cytoplasme de cellules de tabac après expression hétérologue en fusion avec la protéine GFP. La protéine Mi-SP5 exprimée en fusion GFP dans les cellules épidermiques d'oignon est localisée dans la paroi cellulaire. L'atténuation de l'expression des trois gènes Mi-SPs chez les J2s, induite par l'absorption de petits ARN interférants (siRNA), entraine une baisse significative de la reproduction du nématode chez le riz. De plus, la protéine Mi-SP1 permet de réprimer les défenses basales de la plante induites par le facteur bactérien flg22, telles que la production de composés réactifs d'oxygène. L'expression dans le riz de micro-ARNs artificiels (amiRNA) définis pour spécifiquement éteindre l'expression de Mi-SP5 entraine également une baisse significative de la reproduction du nématode chez le riz. L'analyse fonctionnelle de Mi-SP1 et de Mi-SP5 a montré que ces deux protéines sont capables de jouer un rôle important dans l'interaction compatible riz-nématodeRoot-knot nematode, Meloidogyne sp., are telluric pests causing severe agricultural lost in almost all plants growing system including cereals. These obligate biotrophic parasites affect the rice production in all cultivated countries. Meloidogyne incognita establishes a compatible interaction with the plant host thanks to effectors produced by esophageal glands and secreted in the plant cell through the stylet. The objective of this work was to identify secreted proteins involved in the virulence of the nematode. The compatible interaction between rice variety Nipponbare and two species of RKN (Meloidogyne incognita and Meloidogyne graminicola) was chosen as a model and decrypted by histology and transcriptomic approaches. Three new proteins of M. incognita which were specifically expressed during early stages of interaction have been identified. Two genes Mi-SP1 (Minc17980) and Mi-SP4 (Minc16281) were pioneers with no homolog in databanks and Mi-SP5 (Minc14137) encodes for a putative destabilase, belongs to lysozyme family. Mi-SP1 and Mi-SP5 were expressed in the subventral glands whereas Mi-SP4 was expressed in the dorsal gland of the parasitic larva called “juvenile stage 2 (J2)". The two pioneer proteins Mi-SP1 and Mi-SP4 were localized in both the nucleus and the cytoplasm of tobacco cell after heterologous expression whereas Mi-SP5 was located in the onion epidermal cell wall. The silencing of three effectors by soaking approach using siRNAs leads to a significant reduction in nematode reproduction in rice. In addition, Mi-SP1 can suppress the plant defences PTI triggered by the PAMP flg22. Knock-down Mi-SP5 by host-delivered RNAi also causes a significant reduction in nematode reproduction in rice. The functional analysis of Mi-SP1 and Mi-SP5 showed that these two effectors are able to play important roles in rice-nematode interaction
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Nguyen, Van Chung. "Diversité génétique du nématode vecteur Xiphinema index sur vigne et application pour optimiser la stratégie de résistance." Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018AZUR4079.
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Le retrait des nématicides rend urgent la mise au point de méthodes alternatives de lutte contre les nématodes parasites des cultures et la création de variétés résistantes est une voie prometteuse. En vignoble, le nématode Xiphinema index a un impact économique élevé en transmettant le Grapevine fanleaf virus (GFLV), principal virus du court-noué de la vigne et première virose de la vigne à l’échelle mondiale. Des porte-greffe résistants vis-à-vis du vecteur X. index basés sur la source de résistance muscadine (Muscadinia rotundifolia) sont en cours de sélection chez la vigne afin de stopper ou retarder l’infection. Sur cette culture, une étude antérieure avait montré que ce nématode parthénogénétique méiotique est aussi capable de se reproduire (rarement) de façon sexuée. Un travail préliminaire de phylogéographie avait permis de révéler les groupes prédominants de diversité et de sélectionner des populations représentatives pour la création de lignées monofemelles. La durabilité de la résistance doit prendre en compte la diversité du nématode. Dans ce contexte, la thèse a d’abord complété et approfondi l’approche phylogéographique en utilisant une très large gamme d’échantillons originaires de l’aire mondiale de répartition de la vigne. Nos résultats permettent de proposer des hypothèses fortes afin de localiser l’aire native du nématode X. index au Moyen-Orient et de retracer ses itinéraires de dissémination à partir de l’Antiquité. IIs illustrent également le lien étroit depuis cette époque entre la dissémination du nématode et celle de la vigne domestiquée par l’homme. La deuxième partie de la thèse a évalué la durabilité de la résistance de matériel porte-greffe issu de la muscadine en serre (nématodes non virulifères sur plants entre 3 et 6 ans) et en vignoble (nématodes virulifères sur plants âgés de 16 ans). En serre, des accessions résistantes F1 ou BC1, préalablement obtenues à partir d’in vitro ou de boutures ligneuses, ont été inoculées avec un mélange de 4 lignées représentatives, chaque lignée étant traçable avec des marqueurs microsatellites. Nous avons montré que les nématodes issus de plants obtenus par multiplication in vitro surmontent progressivement la résistance tandis que le matériel issu de boutures exprime une résistance durable. La multiplication progressive des nématodes sur le matériel résistant uniquement dans le cas où il est issu d’in vitro écarte a priori l’hypothèse d’une adaptation génétique du nématode. Elle apparaît liée à une architecture différente du système racinaire chez les plants issus de ce type de multiplication, multiplication qui pourrait induire des changements physiologiques discrets mais durables dans les tissus racinaires apicaux à partir desquels les nématodes se nourrissent. Le génotypage des nématodes par microsatellites a permis de détecter un taux bas mais croissant d’individus hybrides entre lignées sur les plants âgés de 4 à 6 ans, ce qui confirme l’aptitude de multiplication sexuée précédemment observée en vignoble. Du fait que l’observation d’individus hybrides apparaît indépendante du type de propagation et du statut de résistance de la plante, nos résultats écartent l’hybridation comme mode d’adaptation du nématode qui serait à même d’expliquer le contournement de la résistance chez les plants issus d’in vitro. En vignoble, après 16 années, les nématodes ont été quasi-impossibles à détecter sur l’accession résistante BC1 qui est également peu affectée par les attaques virales, tandis que des effectifs de nématodes plus élevés ont été retrouvés sur une accession témoin sensible dont les plants sont par contre très majoritairement morts ou en dépérissement. Considérés globalement, nos résultats montrent que la stratégie de résistance basée sur la muscadine apparaît durable. Cette stratégie ciblée sur le nématode vecteur contribuera à réduire significativement l’impact du GFLV transmis par X. indexThe ban of most nematicides renders urgent control alternatives against plant-parasitic nematodes and breeding for resistant plant varieties is promising. In vineyards, the nematode Xiphinema index has a high economical impact by transmitting Grapevine fanleaf virus (GFLV), the main virus of ‘Court-noué’ disease and the first grapevine viral disease worldwide. Resistant rootstocks are being selected in grapevine, using Muscadinia rotundifolia (muscadine) as a resistance source to the vector, in order to arrest or delay GFLV transmission. In this crop, a previous study had shown that this meiotic parthenogenetic nematode is able to reproduce sexually (rarely) in the field. A preliminary phylogenetic work had allowed to reveal the predominant diversity groups and to select representative populations for the creation of single-female lines. Resistance durability is a real challenge that must consider the key information of the nematode diversity. In this context, the PhD project first completed and deepened our phylogeographical approach using an extended geographic coverage of the worldwide nematode distribution. Our results allow proposing strong hypotheses to locate the native area of X. index in the Middle-East and trace its dissemination routes from the Antiquity. They also highlight the close link since this epoch between dissemination of the nematode and domesticated grapevine by man. The second part of the PhD project has then evaluated the durability of muscadine-derived rootstock material in greenhouse (non viruliferous nematodes on plants aged 3 to 6 years) and field (viruliferous nematodes on plants aged 16 years) conditions. In the greenhouse, F1 and BC1 resistant accessions, previously obtained from both in vitro and hardwood-cutting propagation, were inoculated with 4 mixed representative X. index lines, traceable each with microsatellite markers. We showed that nematodes from plants obtained from in vitro progressively overcame the resistance while the material obtained from cuttings displayed a durable resistance. Nematode progressive multiplication in resistant accessions obtained only from in vitro removes a priori the hypothesis of a nematode genetic adaptation and appears linked to a different architecture of the root system in this propagation type. This type may have induced discrete but durable physiological changes in apical root tissues from where nematodes feed. Nematode microsatellite genotyping allowed detecting a low but increasing rate of hybrid individuals from 4 to 6 years, which confirms data from the vineyard. As the hybrid occurrence appears independent from the propagation type and the resistance status of the plant, our data discard hybridization as the mode of adaptation of the nematode underlying resistance breakdown from in vitro plants. In field conditions, after 16 years, nematodes were almost undetectable on the resistant BC1 accession, also almost unaffected by the viral attacks, while higher numbers were detected on a susceptible control accession, whose plants were by contrast in high majority dead or poorly vigorous. Taken all together, our results show that the muscadine-derived resistance strategy appears durable. This strategy focused on vector control will significantly contribute to reduce the impact of GFLV transmitted by X. index
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Jaouannet, Maëlle. "Caractérisation fonctionnelle d'effecteurs du nématode phytoparasite Meloidogyne incognita participant au succès de l'infection et à la suppression des défenses de l'hôte." Nice, 2011. http://www.theses.fr/2011NICE4096.
Анотація:
Les nématodes à galle, Meloidogyne sp. , phytoparasites biotrophes obligatoires, ont la particularité de maintenir une interaction compatible avec leur hôte durant plusieurs semaines et d’induire la différentiation de cellules parenchymateuses en cellules nourricières leur permettant d’assurer croissance et reproduction. L’interaction plante-Meloidogyne incognita, dont le génome a été récemment séquencé, est un modèle particulièrement intéressant pour comprendre le succès du parasitisme. Les effecteurs du parasitisme, molécules injectées dans le tissu végétal par le stylet du nématode participent au succès du parasitisme. J’ai identifié trois nouveaux effecteurs de M. Incognita spécifiquement exprimés dans les phases précoces de l’interaction. Parmi eux, deux sont des gènes pionniers sans homologue dans les bases de données publiques et un code une métallopeptidase putative. J’ai observé que les deux gènes pionniers, nommés EFF14 et EFF25, étaient adressés dans des compartiments cellulaires différents, respectivement le noyau et le cytoplasme, après expression hétérologue en cellule végétale. L’analyse fonctionnelle d’EFF14 et de la calréticuline Mi-CRT protéine sécrétée dans l’apoplasme du site nourricier, a montré que ces deux effecteurs sont capables de réprimer les défenses basales de la plante. Mon hypothèse est que Mi-CRT agit sur les signaux calciques tandis que EFF14 agit dans le noyau des cellules végétales pour réprimer les défenses de la plante. Il apparaît donc que le nématode sécrète une panoplie d’effecteurs ayant des cibles différentes et agissant dans des compartiments subcellulaires différents pour maintenir son interaction avec la planteRoot-knot nematodes (RKN), Meloidogyne sp. , are obligate biotrophic parasites that maintain a compatible interaction with their host during the 5-8 weeks and induce the differentiation of parenchyma root cells into hypertrophied and polynucleated feeding cells that provide the nematode with the nutrients necessary for development and reproduction. The interaction plant-Meloidogyne incognita, whose genome was recently sequenced, provides a fascinating model for studying fundamental aspects of parasitism success. The nematode effectors produced in the esophageal glands and secreted via the stylet in the plant tissues play a major role in this interaction. I identified in M. Incognita three new effectors specifically expressed during the early steps of the interaction. Among them, two are encoded by pioneer genes with no homolog in databanks and one is a putative metallopeptidase. The two pioneer effectors EFF14 and EFF25 localized respectively in the nucleus and the cytoplasm of tobacco cells after heterologous expression. The calreticulin Mi-CRT, an effector previously identified in the group, is secreted in the apoplasm of giant cells. In this work, the functional analysis of EFF14 and Mi-CRT showed that the two effectors are able to suppress plant basal defenses. The current hypothesis is that Mi-CRT is modulating calcium signaling in the apoplasm whereas EFF14 is active in the nucleus for plant defense suppression. This work provides the first demonstration that a nematode effector is targeted to the nucleus of infected cells and the first functional characterization of plant defense suppression by nematode effectors. This work shows that a panel of effectors active in different compartments of plant cells contributes to the success of infection
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DELAVILLE, LISE. "Etude des structures spatio-temporelles de la nematofaune phytoparasite associee a la canne a sucre. Relations avec les caracteristiques physico-chimiques du sol." Paris 6, 1995. http://www.theses.fr/1995PA066066.
Анотація:
A partir d'observations de terrain, l'abondance et les fluctuations saisonnieres des peuplements nematologiques sont examinees sur une parcelle remodelee de canne a sucre en relation avec des horizons aux caracteristiques physico-chimiques differentes. Les structures spatiales des nematodes phytoparasites et des parametres physico-chimiques, observees a l'echelle metrique, sont comparees au moyen des analyses multivariees. L'espece ectoparasite criconemella onoensis presente des effectifs plus eleves dans la zone profondement remodelee a faible teneur en matiere organique et a forte teneur en argile tandis que l'espece endoparasite pratylenchus zeae presente des variations contraires. L'espece helicotylenchus erythrinae semble associee a la teneur en sodium, element chimique dont la teneur varie independamment du remodelage. Par contre l'espece hemicriconemoides cocophillus ne montre pas de relations particulieres avec un parametre edaphique donne. L'etude des relations nematodes-sol selon une echelle decimetrique a par ailleurs permis de mettre en evidence l'influence de quatre facteurs principaux sur la microrepartition spatiale des nematodes, en relation avec leurs particularites biologiques. Ces 4 facteurs peuvent etre classes ainsi: le rang, la plante, le sol et la competition interspecifique. Dans un second temps temps, une approche experimentale en conditions semi controlees a permis de confirmer les resultats observes sur le terrain, et de definir des preferendums physico-chimiques pour chaque especes. De plus, l'espece h. Cocophillus, a presente un preferendum pour des series de sol intermediaire a tendance remodelee, ce qui n'avait pas pu etre mis en evidence sur le dispositif au champ. La faisabilite de la lutte mesologique contre les nematodes phytoparasites est discutee
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Belval, Lorène. "Caractérisation fonctionnelle de la protéine de capside et de la protéine de mouvement du Grapevine fanleaf virus." Thesis, Strasbourg, 2016. http://www.theses.fr/2016STRAJ012.
Анотація:
Le Grapevine fanleaf virus (GFLV) est le principal agent de la maladie du court-noué de la vigne. Sa protéine de capside (CP) permet la formation des virions indispensables à la protection du génome viral, au mouvement de cellule à cellule au sein de tubules formés par la protéine de mouvement (MP) du virus, et à la transmission du GFLV par son nématode vecteur Xiphinema index. Principaux résultats : 1. un motif exposé à la surface de la CP dont la nature est critique pour transmission du GFLV par X. index a été identifié et pourrait constituer un déterminant de la spécificité de transmission. 2. Des tubules fluorescents ont été produits de façon constitutive in planta. Ils permettent de complémenter en trans un GFLV dépourvu de MP. 3. L’expression transitoire de la CP conduit à la production de pseudo-particules. Celles-ci sont modifiables à façon et font de la capside du GFLV une plateforme biotechnologique unique. De plus, c’est un puissant outil pour étudier la biologie du virusGrapevine fanleaf virus (GFLV) is the main agent of grapevine fanleaf degeneration disease. Its coat protein (CP) self-assembles in virions necessary for viral genome protection, for cell-to-cell movement using tubules formed by the movement protein (MP) of the virus, and for the transmission of GFLV by its nematode vector Xiphinema index.Main results: 1. An outer surface-exposed CP motif has been identified as critical for GFLV transmission by X. index and could be a determinant of transmission specificity. 2. Fluorescent tubules have been produced by constitutive expression in planta. They allow the complementation in trans of a GFLV deleted of its MP coding sequence. 3. Transient expression of the GFLV CP leads to the production of virus-like particles. They can be easily modified and show that GFLV capsid is a unique biotechnology platform. In addition, they are a powerful tool to study the biology of the virus
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Qu, Yanyan. "Interactions indirectes médiées par la plante sous contraintes biotiques multiples." Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur (ComUE), 2019. http://theses.univ-cotedazur.fr/2019AZUR6035.
Анотація:
Les plantes, en tant que producteurs primaires, peuvent être consommées/attaquées par de nombreux organismes, notamment des virus, des pathogènes, des insectes herbivores ou encore des nématodes phytophages. D'une part, les plantes sont une ressource alimentaire principale pour ces organismes ; d'autre part, les plantes peuvent se défendre contre ces consommateurs en mobilisant des défenses constitutives et/ou induites. En cas de défenses induites suite à l’attaque d’un ravageur, des interactions indirectes médiées par la plante peuvent apparaitre entre ce ravageur et d’autres ravageurs partageant le même hôte i.e. la présence d’un ravageur va provoquer des modifications au niveau de la plante qui peuvent à leur tour impacter les autres ravageurs présents sur la même plante. Tout d’abord, les effets sublétaux de la bêta-cyperméthrine, un pesticide de type pyréthrinoïdes, ont été évalués sur les interactions interspécifiques entre le puceron spécialiste Aphis glycines et le puceron généraliste Aulacorthum solani sur soja. La concentration sublétale (LC5) de bêta-cyperméthrine accélère la compétition interspécifique entre les deux espèces de pucerons. La sensibilité des plants de soja aux pucerons induite par une pré-infestation d’une autre espèce de puceron pourrait ainsi être considérablement réduite par une exposition préalable à la bêta-cyperméthrine sublétaux. Dans un deuxième temps, nous nous sommes intéressés aux facteurs biotiques susceptibles de moduler les interactions indirectes. Dans ce cadre, divers ravageurs, à savoir le puceron, la chenille, le phytopathogène et le nématode, ont été introduits et suivis sur des plants de tomate, Solanum lycopersicum. La performance des ravageurs arthropodes, (e.g. le nombre d'individus de pucerons et le taux de développement des larves de lépidoptères) était corrélée au nombre d’interactions indirectes (i.e. au nombre d’espèces de ravageurs partageant le même hôte), que les ravageurs attaquent les plants de tomate séquentiellement ou simultanément. En effet, lorsque les ravageurs étaient mis en présence d’un plant de tomate de manière simultanée, la performance des insectes était positivement corrélée au nombre d’interactions indirectes. A l’inverse, lorsque les ravageurs étaient mis en présence de plants de tomate de façon séquentielle, la performance des insectes ravageurs était négativement corrélée à l'abondance des interactions indirectes. Enfin, aucune corrélation n'a pas été détectée pour les pathogènes, champignons et nématodes. D’autre part, nous avons pu mettre en évidence que la présence de nématodes et d’oïdium réduisait à court-terme i.e. à l’échelle d’une génération l’abondance de pucerons sur un plant de tomate attaqués par ces trois ravageurs. Nous avons voulu tester cette interaction indirecte sur du long-terme i.e. à l’échelle d’un suivi de la dynamique de populations des pucerons. De plus, nous avons ajouté à cette expérimentation des parasitoïdes du puceron afin de voir l’impact de ces interactions indirectes sur le troisième niveau trophique. La population de pucerons impliquée dans les interactions indirectes testées a été réduite à court et à long terme parce-que la survie des nymphes diminuait. De plus, le nombre de pucerons ailés a augmenté. Enfin, le taux de parasitisme de l’ennemi naturel Aphidius ervi. Ainsi, ce travail démontre la présence d’interactions indirectes fortes entre les différents ravageurs partageant une même plante hôte et ces interactions sont susceptibles d’être modulées par de nombreux facteurs comme le nombre ou encore la diversité des ravageurs. De plus, elles sont susceptibles de modifier le service de biocontrôle rendu par les auxiliaires des cultures ainsi que le rendement de la culture. Il est donc nécessaire de comprendre et prendre en compte ces interactions indirectes dans le cadre d’attaques multiples pour adopter les stratégies IPM les plus adéquatesIn the agroecosystem, plant crops are the primary trophic producer that can be consumed/parasitized by a plethora of organisms, including viruses, bacteria, fungi, nematodes and many herbivore insects. On one hand, plants support these organisms as food resources; on the other hand, plants defend themselves against those consumers by employing constitutive and induced defenses. Both features might be involved in plant-mediated indirect interactions when multiple pests share the same host plant. It means that the presence of one pest might have an indirect effect on another plant through the modification of some plant host features (nutritional quality or defense). During my Ph.D. study, I assessed the modulating factors (both abiotic and biotic factors) that might affect the plant-mediated indirect interactions, and also investigated the influences of such indirect interactions at long term and on a tri-trophic system, and finally analyzed the underlying phytochemical mechanisms by mechabolomics analyses. Firstly, sublethal effects of beta-cypermethrin, a pyrethroid pesticide as the abiotic factor, were assessed on the interspecific interactions between the specialist aphid Aphis glycines, and the generalist aphid Aulacorthum solani on soybeans. Sublethal concentration (LC5) of beta-cypermethrin accelerated the interspecific competition between the two species of aphids. Induced susceptibility of soybean plants to one species of aphids caused by the other species would be significantly impaired by the exposure to sublethal beta-cypermethrin.Secondly, various pest species abundance and feeding strategies, i.e. the piercing-sucking aphid, the chewing caterpillar, the plant fungus and the root-knot nematode, were introduced on tomato plants, Solanum lycopersicum to evaluate the plant-mediated indirect interactions among these pests. In the results, insect performances, i.e. the number of aphid individuals and development rate of caterpillar larva, were correlated to the abundance of indirect interactions whether pests attacked tomato plants sequentially or simultaneously. When pests attacked tomato plants at the same time, insect performances were positively correlated to the abundance of indirect interactions. Nevertheless, when pests infested tomato plants in sequence, the insect performances were negatively correlated to the abundance of indirect interactions. However, such a correlation was not detected with the pathogenic organisms (fungi and nematodes). Thirdly, the population dynamic of aphid M. euphorbiae was also monitored under a tri-trophic system. We found that the aphid population, involved in the above-belowground interactions, slowed down in both the short term and long term via reduced survival of nymph aphids and facilitating induction of winged aphids. Furthermore, parasitism efficiency of the natural enemy Aphidius ervi to aphids and tomato yields were also reduced by such above-belowground interactions. Lastly, following an untargeted metabolomic approach, we detected many significant chemical variations between non-infested and infested plants, disregarding the pest infestation. Most of them are probably induced by the presence of nematodes, the only belowground pest. On the opposite, we did not observe many chemical differences in roots metabolome when we compared the different types of infestation, meaning that the presence of nematodes probably lead the metabolomic signal in infested roots, disregarding the presence of other pests aboveground. All the studies may contribute to a comprehensive understanding of the diverse interactions among plants, pesticides, various pests, and natural enemies, and optimizing the integrated pest management in the agroecosystem
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Andriankaja, Andry. "La régulation transcriptionnelle du gène MtENOD11 au cours des endosymbioses racinaires : caractérisation des éléments cis-régulateurs spécifiques de la réponse aux facteurs Nod." Toulouse 3, 2006. http://www.theses.fr/2006TOU30033.
Анотація:
Nous avons réalisé une analyse fonctionnelle détaillée du promoteur du gène MtENOD11 au cours des infections endosymbiotiques et en réponse aux signaux spécifiques secretés par Rhizobium appelés facteurs Nod (FNods) qui jouent un rôle clé dans l'établissement de la syymbiose fixatrice d'azote. Nous avons identifié une région promotrice de 257 pb suffisante pour diriger une expression au cours de l'infection par Rhizobium, et de l'association endoymcorhizienne et lors de l'interaction parasitaire avec les nématodes à galles Meloidogyne incognita. Nous avons caractérisé un motif riche en AT requis à la fois pour l'expression associée à l'infection par Rhizobium et par les endomycorhizes, montrant pour la première fois des mécanismes similaires de régulation lors des infections endosymbiotiques raciniares. Nous avons ensuite caractérisé pour la première fois une unité régulatrice originale (appelée NF-box) suffisante pour conférer une expression dépendante des FNods et épiderme-spécifique. Nous avons également démontré qu'au moins trois sites de liaison de facteurs trans sont importants pour cette réponse. Enfin, nous avons initié des approches gènes candidats et un criblage simple hybride chez la levure pour identifier les facteurs trans impliqués dans l'activation de gènes par les FnodsWe have undertaken a detailed functional analysis of Medicago truncatula ENOD11 gene promoter during endosymbiotic infections and in response to specific rhizobial signals known as Nod factors (NFs), which play a key role in the establishment of the N-fixing symbiosis. First, we defined a 257 bp promoter sequence sufficient to direct expression during rhizobial infection, arbuscular endomycorrhizal (AM) fungi association and Meloidogyne incognita parasitic root knot nematode interaction. We characterized an AT-rich motif required for both rhizobial- and mycorrhizal-related infection, thus providing the first direct evidence for similarities in gene regulatory mechanisms during endosymbiotic root colonization. Subsequently, we were able to define a 33 bp novel regulatory unit (named NF-box), sufficient to confer NF-dependent, epidermal-specific expression. We further demonstrated that the NF-box unit comprises at least three adjacent trans-factor binding motifs which are important for this response. Finally, we initiated yeast one-hybrid screening and candidate gene approach to identify trans-factors involved in NF-mediated activation
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Chauvin, Camille. "Influence de l’utilisation de plantes de services sur les communautés de nématodes et les fonctions du sols dans un agroécosystème bananier en phase d’interculture." Thesis, Montpellier, 2015. http://www.theses.fr/2015MONTS049/document.
Анотація:
L’introduction de biodiversité végétale dans les agroécosystèmes peut modifier la structure des réseaux trophiques du sol et les fonctions écosystémiques qu’ils assurent. Cette thèse fixe les bases d’une démarche expérimentale pour sélectionner des espèces végétales à partir de différents traits fonctionnels et pour évaluer leurs effets sur les réseaux trophiques et le fonctionnement des sols. Nous avons plus particulièrement cherché à sélectionner des plantes de services pouvant induire la régulation des nématodes parasites du bananier Radopholus similis et Pratylenchus coffeae et favoriser la décomposition des matières organiques durant l’interculture dans les bananeraies antillaises. C'est-à-dire la période entre la destruction de la bananeraie et l'implantation d'une nouvelle. Au cours de ce travail, les réseaux trophiques du sol ont été appréhendés par une analyse fonctionnelle des communautés de nématodes. Une étude bibliographique nous a permis de montrer que les traits fonctionnels « statut d’hôtes » vis-à-vis des nématodes phytoparasites, « composition biochimique des litières » et « productivité primaire des espèces végétales » contribuent aux effets des plantes sur les réseaux trophiques du sol et sur les deux services écosystémiques étudiés. Nous avons donc effectué une typologie des plantes de services à partir de ces traits. Puis pour étudier les effets d’apports de litières de composition biochimique contrastée sur les communautés de nématodes du sol, nous avons sélectionné les espèces végétales Paspalum notatum, Crotalaria zanzibarica et Acacia auriculiformis dont les litières présentaient des teneurs variables en hémicellulose, cellulose, azote, et lignine. Une étude en microcosmes a montré que la composition biochimique des litières détermine les successions écologiques au sein des communautés de nématodes et stimule de manière contrastée les voies de décomposition de la matière organique dans les sols. Nous avons discuté des mécanismes de régulation des nématodes parasites du bananier induits par ces apports de litières. Nous avons également montré que la culture de ces trois espèces induit une diminution des populations de R. similis dans les sols. Enfin, nous avons évalué les effets au champ de couverts de P. notatum, de C. zanzibarica et d’un couvert associant ces deux espèces. Pour cela, nous avons cultivé ces couverts durant neuf mois avant de les détruire et de restituer leurs litières à la surface des sols. Nos résultats montrent que ces couverts végétaux influencent différemment l’abondance en nématodes phytoparasites et le potentiel infectieux du sol. Ils induisent également des régulations bottum-up et top down dans leurs communautés. Après la restitution des litières, nous avons observé de fortes abondances de nématodes liées à la décomposition des litières dans la couche de surface du sol. Celle-ci fournit les couches sous-jacentes du sol en azote minéral et favorise le développement des nématodes omnivores et prédateurs. Il en résulte la formation de communautés de nématodes structurées et diversifiées concomitantes à la réduction des populations de R. similis et P. coffeae. Ces résultats étaient plus marqués pour les couverts monospécifiques de C. zanzibarica et les couverts mixtes. Nos travaux confirment que les traits fonctionnels « statut d’hôte », « production primaire », « composition biochimique des litières » sont déterminant pour sélectionner des plantes de services pour l’interculture en bananeraiesIncreased plant diversity may alter soil food web structure and soil function in agroecosystems. This thesis sets the basis for an experimental approach in order to select some plant species in regard to several functional traits and to assess their effect on soil food web and soil functioning. We focused on cover-crops able to induce regulation of the banana parasitic nematodes Radopholus similis and Pratylenchus coffeae and to promote decomposition of organic matter during the fallow period in banana plantations in the French West Indies (FWI). We used functional analysis of nematode communities as a soil food web bio-indicator. Bibliography studies show us that “plant host status” with respect to plant-parasitic nematodes, “biochemical characteristics of litters” and “primary productivity of plants” are functional traits involved in plant species effects on soil food web and on the ecosystemics service we targeted. We therefore use those traits to perform a typology of cover-plants. Furthermore, to study the effects of litter inputs with contrasted biochemical characteristics we pick out the plant species Paspalum notatum, Crotalaria zanzibarica and Acacia auriculiformis which show differential hemicellulose, cellulose, lignin and nitrogen content. A microcosm assay shows that biochemical characteristics of litter determine ecological successions in nematode communities and promote, in a contrasted manner, the decomposition pathway of organic matter. We discussed the mechanisms of plant parasitic nematodes suppression involved by those litter inputs. We also confirm that the culture of those three plant species can diminish the population of R.similis in soils. We also assessed the effects of plant covers composed of P. notatum and C. zanzibarica and a mix of those two plant species on nematodes communities during a field trial. In order to do so, we cultivated those cover-plants during a nine months period and then destroyed them to restitute plant litter in soils surface. Our results showed that cover-plant alters differentially plant-parasitic nematodes and the infectious potential of soils. Cover-crop cultivation also induced bottom-up and top-down regulations in plant parasitic nematode communities. After litter restitution, we observed high abundance of nematodes involved in litter decomposition within the soil surface layer. The latter provides underlying soil layers with mineral nitrogen and improves omnivore and predator nematode abundances. It results in the formation of a structured and diversified nematode community concomitantly with R. similis and P. coffeae regulation in soils. We observed greater effects with the cover-crop composed of C. zanzibarica and the mix of C. zanzibarica and P. coffeae. This study confirms that the functional traits of “host status”, “biochemical composition of litter” and “primary production” of plant species are decisive in the selection of cover-crop for the fallow period in banana plantation
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Nguyen, Van Chung. "Diversité génétique du nématode vecteur Xiphinema index sur vigne et application pour optimiser la stratégie de résistance." Thesis, Université Côte d'Azur (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018AZUR4079/document.
Анотація:
Le retrait des nématicides rend urgent la mise au point de méthodes alternatives de lutte contre les nématodes parasites des cultures et la création de variétés résistantes est une voie prometteuse. En vignoble, le nématode Xiphinema index a un impact économique élevé en transmettant le Grapevine fanleaf virus (GFLV), principal virus du court-noué de la vigne et première virose de la vigne à l’échelle mondiale. Des porte-greffe résistants vis-à-vis du vecteur X. index basés sur la source de résistance muscadine (Muscadinia rotundifolia) sont en cours de sélection chez la vigne afin de stopper ou retarder l’infection. Sur cette culture, une étude antérieure avait montré que ce nématode parthénogénétique méiotique est aussi capable de se reproduire (rarement) de façon sexuée. Un travail préliminaire de phylogéographie avait permis de révéler les groupes prédominants de diversité et de sélectionner des populations représentatives pour la création de lignées monofemelles. La durabilité de la résistance doit prendre en compte la diversité du nématode. Dans ce contexte, la thèse a d’abord complété et approfondi l’approche phylogéographique en utilisant une très large gamme d’échantillons originaires de l’aire mondiale de répartition de la vigne. Nos résultats permettent de proposer des hypothèses fortes afin de localiser l’aire native du nématode X. index au Moyen-Orient et de retracer ses itinéraires de dissémination à partir de l’Antiquité. IIs illustrent également le lien étroit depuis cette époque entre la dissémination du nématode et celle de la vigne domestiquée par l’homme. La deuxième partie de la thèse a évalué la durabilité de la résistance de matériel porte-greffe issu de la muscadine en serre (nématodes non virulifères sur plants entre 3 et 6 ans) et en vignoble (nématodes virulifères sur plants âgés de 16 ans). En serre, des accessions résistantes F1 ou BC1, préalablement obtenues à partir d’in vitro ou de boutures ligneuses, ont été inoculées avec un mélange de 4 lignées représentatives, chaque lignée étant traçable avec des marqueurs microsatellites. Nous avons montré que les nématodes issus de plants obtenus par multiplication in vitro surmontent progressivement la résistance tandis que le matériel issu de boutures exprime une résistance durable. La multiplication progressive des nématodes sur le matériel résistant uniquement dans le cas où il est issu d’in vitro écarte a priori l’hypothèse d’une adaptation génétique du nématode. Elle apparaît liée à une architecture différente du système racinaire chez les plants issus de ce type de multiplication, multiplication qui pourrait induire des changements physiologiques discrets mais durables dans les tissus racinaires apicaux à partir desquels les nématodes se nourrissent. Le génotypage des nématodes par microsatellites a permis de détecter un taux bas mais croissant d’individus hybrides entre lignées sur les plants âgés de 4 à 6 ans, ce qui confirme l’aptitude de multiplication sexuée précédemment observée en vignoble. Du fait que l’observation d’individus hybrides apparaît indépendante du type de propagation et du statut de résistance de la plante, nos résultats écartent l’hybridation comme mode d’adaptation du nématode qui serait à même d’expliquer le contournement de la résistance chez les plants issus d’in vitro. En vignoble, après 16 années, les nématodes ont été quasi-impossibles à détecter sur l’accession résistante BC1 qui est également peu affectée par les attaques virales, tandis que des effectifs de nématodes plus élevés ont été retrouvés sur une accession témoin sensible dont les plants sont par contre très majoritairement morts ou en dépérissement. Considérés globalement, nos résultats montrent que la stratégie de résistance basée sur la muscadine apparaît durable. Cette stratégie ciblée sur le nématode vecteur contribuera à réduire significativement l’impact du GFLV transmis par X. indexThe ban of most nematicides renders urgent control alternatives against plant-parasitic nematodes and breeding for resistant plant varieties is promising. In vineyards, the nematode Xiphinema index has a high economical impact by transmitting Grapevine fanleaf virus (GFLV), the main virus of ‘Court-noué’ disease and the first grapevine viral disease worldwide. Resistant rootstocks are being selected in grapevine, using Muscadinia rotundifolia (muscadine) as a resistance source to the vector, in order to arrest or delay GFLV transmission. In this crop, a previous study had shown that this meiotic parthenogenetic nematode is able to reproduce sexually (rarely) in the field. A preliminary phylogenetic work had allowed to reveal the predominant diversity groups and to select representative populations for the creation of single-female lines. Resistance durability is a real challenge that must consider the key information of the nematode diversity. In this context, the PhD project first completed and deepened our phylogeographical approach using an extended geographic coverage of the worldwide nematode distribution. Our results allow proposing strong hypotheses to locate the native area of X. index in the Middle-East and trace its dissemination routes from the Antiquity. They also highlight the close link since this epoch between dissemination of the nematode and domesticated grapevine by man. The second part of the PhD project has then evaluated the durability of muscadine-derived rootstock material in greenhouse (non viruliferous nematodes on plants aged 3 to 6 years) and field (viruliferous nematodes on plants aged 16 years) conditions. In the greenhouse, F1 and BC1 resistant accessions, previously obtained from both in vitro and hardwood-cutting propagation, were inoculated with 4 mixed representative X. index lines, traceable each with microsatellite markers. We showed that nematodes from plants obtained from in vitro progressively overcame the resistance while the material obtained from cuttings displayed a durable resistance. Nematode progressive multiplication in resistant accessions obtained only from in vitro removes a priori the hypothesis of a nematode genetic adaptation and appears linked to a different architecture of the root system in this propagation type. This type may have induced discrete but durable physiological changes in apical root tissues from where nematodes feed. Nematode microsatellite genotyping allowed detecting a low but increasing rate of hybrid individuals from 4 to 6 years, which confirms data from the vineyard. As the hybrid occurrence appears independent from the propagation type and the resistance status of the plant, our data discard hybridization as the mode of adaptation of the nematode underlying resistance breakdown from in vitro plants. In field conditions, after 16 years, nematodes were almost undetectable on the resistant BC1 accession, also almost unaffected by the viral attacks, while higher numbers were detected on a susceptible control accession, whose plants were by contrast in high majority dead or poorly vigorous. Taken all together, our results show that the muscadine-derived resistance strategy appears durable. This strategy focused on vector control will significantly contribute to reduce the impact of GFLV transmitted by X. index
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Sabeh, Michael. "Étude des déterminants génétiques de la pathogénicité chez les nématodes du genre Globodera." Thèse, 2019. http://hdl.handle.net/1866/22697.
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Craig, James P. "Analysis and characterization of vitamin B biosynthesis pathways in the phytoparasitic nematode Heterodera glycines." 2009. http://proquest.umi.com/pqdweb?did=1963690771&sid=1&Fmt=2&clientId=36305&RQT=309&VName=PQD.