Дисертації з теми "Petit mammifère"

Chez la plupart des eucaryotes, la présence d'ARN double brin induit la mise en place de mécanismes qui peuvent inhiber l'expression de gènes sur la base d'une complémentarité de séquence. L'exemple le mieux connu est le cas de l'interférence par l'ARN telle qu'elle a été décrite initialement chez C. elegans, où les ARN double brin génèrent une endonucléase spécifique de séquence qui dégrade tout ARN parfaitement complémentaire du petit ARN guide contenu dans le complexe RISC. En plus de cette activité post-transcriptionnelle, il a été observé chez de nombreux eucaryotes l'existence de mécanismes apparentés à l'interférence par l'ARN et qui inhibent la transcription en agissant au niveau de la chromatine. Si ces mécanismes ont été clairement mis en évidence chez les plantes et les champignons il n'existe que quelques exemples de ce type de régulation chez les mammifères. De manière inattendue, le fait de cibler le promoteur d'un gène avec de petits ARN double brin peut conduire à une augmentation de son expression. Cette réponse paradoxale n'a été observée jusqu'à présent que dans des cellules de mammifère, et si elle suscite un intérêt en particulier pour stimuler l'expression de gènes suppresseurs de tumeurs, son mécanisme est encore inconnu.Mes travaux ont porté sur l'étude de l'induction de l'expression par des petits ARN. Ils reposent tout d'abord sur le développement d'une approche expérimentale qui permet de suivre l'activité du promoteur du gène ciblé. Pour cela, j'ai utilisé des constructions indicatrices organisées autour d'un promoteur bidirectionnel qui contrôle l'expression de deux protéines fluorescentes. Lorsque l'on cible le messager de l'une de ces protéines, l'expression de l'autre est augmentée et j'ai pu montrer que ceci corrèle avec la quantité d'ARN messager et de polymérase II présente sur le promoteur bidirectionnel. Ainsi, l'utilisation d'un promoteur bidirectionnel permet effectivement de suivre le niveau de transcription du gène ciblé par le petit ARN.Cette induction de l'expression détectée de manière " controlatérale " n'est pas due à un effet hors cible des petits ARN car elle nécessite la présence de la séquence cible sur l'un des transcrits de la construction indicatrice. L'induction peut être observée avec de nombreux petits ARN différents, y compris s'ils interagissent comme des micro ARN. Les constructions indicatrices que j'ai développées sont donc biaisées en faveur d'une réponse de type induction transcriptionnelle enréponse à un silencing. L'utilisation d'un promoteur bidirectionnel est probablement à l'origine de ce biais à travers la possibilité d'induire une transcription convergente sur les plasmides lorsqu'ils sont circulaires. De fait, la linéarisation de la construction indicatrice supprime l'induction, du moins pour les constructions les plus simples.Si le coeur du complexe RISC, la protéine Ago2, est nécessaire au silencing et à l'induction, j'ai pu montrer que dans le deuxième cas c'était en fait pour guider le complexe RISC sur les transcrits et non pas pour les couper. En effet, le silencing des protéines TNRC6A et B diminue fortement l'induction sans toucher au silencing s'il procède en mode siRNA. De plus l'ancrage sur le transcrit EGFP induit une réponse de même type que le petit ARN (silencing et induction). Cette approche d'ancrage m'a permis d'identifier les domaines nécessaires au silencing et à l'induction et de montrer qu'ils sont distincts.Ce travail permet donc de mettre en évidence que l'induction transcriptionnelle observée sur nos constructions indicatrices est due à une activité des partenaires des protéines Argonaute, la famille GW182/TNRC6. Cette observation ouvre la voie à une caractérisation du mécanisme de cette induction en montrant qu'elle relève d'une activité spécifique du complexe RISC.

L'augmentation de l'émergence des zoonoses due aux activités humaines nous pousse à recentrer les maladies infectieuses au centre des préoccupations mondiales, en adoptant une approche "One Health". L'intégration de l'écologie des communautés à l'épidémiologie nous permet de prendre en compte tous les processus écologiques qui influencent à la fois les multiples hôtes et les multiples micro-organismes. En explorant les relations entre ces derniers dans la transmission des maladies zoonotiques, nous pourrions ouvrir de nouvelles perspectives pour une meilleure prévention du danger zoonotique. Compte tenu du risque zoonotique que les petits mammifères représentent et la menace que l'anthropisation encoure sur leur diversité, il convient de trouver de nouvelles méthodes de gestion de ces communautés permettant de limiter la circulation des pathogènes. À terme, cela permettrait d'établir des stratégies bénéfiques tant pour la biodiversité que pour la santé.Les objectifs de cette thèse étaient de comprendre les liens complexes entre la biodiversité des petits mammifères, leur microbiote et les pathogènes le long d'un gradient d'anthropisation. Cela incluait : i) la surveillance du danger zoonotique associé aux petits mammifères en France, ii) la compréhension des liens entre la biodiversité des petits mammifères et la prévalence de multiples pathogènes, dans des contextes différents d'environnement et de gestion iii) l'examen de la relation entre la biodiversité des petits mammifères et leur microbiote, iv) l'analyse des interactions entre le microbiote et les pathogènes. Pour cela, nous avons échantillonné des communautés de petits mammifères le long d'un gradient d'anthropisation forestier, puis effectué des analyses sérologiques et moléculaires pour détecter et caractériser les agents zoonotiques et le microbiote intestinal. Nous avons ensuite effectué des analyses statistiques et des modélisations épidémiologiques pour comprendre les associations entre les pathogènes zoonotiques et le microbiote, ainsi que leur impact sur le lien entre biodiversité et danger zoonotique.Le long d'un gradient d'anthropisation, nous avons identifié la présence de multiples pathogènes chez diverses espèces de rongeurs, représentant un réel risque pour la santé publique. L'anthropisation a modifié la composition et la diversité des communautés de petits mammifères, ainsi que leur microbiote. Ces changements ont affecté les relations entre biodiversité et pathogènes. Nous avons constaté que des communautés déséquilibrées de petits mammifères, avec une plus grande abondance d'espèces compétentes, étaient associées à une prévalence accrue de pathogènes. Cependant les stratégies de gestions des communautés comme la dératisation pouvaient avoir un impact contre intuitif en réduisant la diversité des petits mammifères et en augmentant la circulation du pathogène.Les mécanismes écologiques sous-jacents à la composition du microbiote variaient selon le type d'espèces, et ils semblaient jouer un rôle crucial dans leur résistance aux perturbations anthropiques. En outre, les interactions entre les micro-organismes pathogènes et commensaux suggèrent que la sensibilité d'un hôte à un pathogène pourrait être liée à la composition de son microbiote. Avec ces résultats, de nouvelles hypothèses émergent concernant le rôle du microbiote dans la compétence de l'espèce hôte et sa sensibilité aux pathogènes.Ainsi des perturbations induites par diverses pressions anthropiques peuvent provoquer un déséquilibre dans les communautés, ce qui peut altérer l'ensemble des interactions entre les hôtes multiples, les micro-organismes et, par conséquent, augmenter la circulation de pathogènes. Cela montrent l'importance d'explorer de nouvelles méthodes et approches pour une meilleure compréhension de ces relations complexes entre la biodiversité, le microbiote et la santé publique, notamment en appliquant une approche intégrée de la santé
The increase in the emergence of zoonoses due to human activities is prompting us to refocus infectious diseases at the center of global concerns, by adopting a "One Health" approach. The integration of community ecology with epidemiology enables us to take into account all the ecological processes that influence both multiple hosts and multiple micro-organisms. By exploring the relationships between the latter in the transmission of zoonotic diseases, we could open up new perspectives for better prevention of zoonotic danger. Given the zoonotic risk posed by small mammals and the threat to their diversity posed by anthropization, we need to find new ways of managing these communities to limit the circulation of pathogens. In the long term, this would make it possible to establish strategies that benefit both biodiversity and health.The aims of this thesis were to understand the complex links between small mammal biodiversity, their microbiota and pathogens along an anthropization gradient. This included: i) monitoring the zoonotic hazard associated with small mammals in France, ii) understanding the links between small mammal biodiversity and the prevalence of multiple pathogens, in different environmental and management contexts, iii) examining the relationship between small mammal biodiversity and their microbiota, iv) analyzing the interactions between microbiota and pathogens.To this end, we sampled small mammal communities along a forest anthropization gradient, then performed serological and molecular analyses to detect and characterize zoonotic agents and gut microbiota. We then carried out statistical analyses and epidemiological modelling to understand the associations between zoonotic pathogens and microbiota, and their impact on the link between biodiversity and zoonotic danger.Along a gradient of anthropization, we have identified the presence of multiple pathogens in various rodent species, representing a real risk to public health. Anthropization has altered the composition and diversity of small mammal communities, as well as their microbiota. These changes have affected the relationship between biodiversity and pathogens. We found that unbalanced small mammal communities, with a higher abundance of competent species, were associated with an increased prevalence of pathogens. However, community management strategies such as deratting could have a counter-intuitive impact by reducing small mammal diversity and increasing pathogen circulation.The ecological mechanisms underlying microbiota composition varied according to species type, and seemed to play a crucial role in their resistance to anthropogenic disturbance. Furthermore, interactions between pathogenic and commensal microorganisms suggest that a host's susceptibility to a pathogen may be linked to the composition of its microbiota. With these results, new hypotheses emerge concerning the role of the microbiota in the competence of the host species and its susceptibility to pathogens.Thus, disturbances induced by various anthropogenic pressures can cause an imbalance in communities, which can alter the overall interactions between multiple hosts and micro-organisms, and consequently increase the circulation of pathogens. This underscores the importance of exploring new methods and approaches for a better understanding of these complex relationships between biodiversity, microbiota and public health, in particular by applying an integrated health approach

La question de l’impact positif ou négatif de la cécité sur la perception par les autres sens, en particulier l’audition, intéresse depuis des siècles la communauté scientifique. Il a été établi que des compensations auditives existent lorsque la cécité est de naissance. De tels sujets (humains ou animaux) montrent des capacités supérieures pour la discrimination des tonalités et la localisation des sons. Mais comment le cerveau améliore-t-il son fonctionnement ? Chez l’Homme aveugle de naissance, des études d'imagerie ont montré que la perception des sons utilise des aires corticales additionnelles aux aires auditives : les aires « visuelles » occipitales. Nous avons étudié l'organisation fine des réponses auditives dans la région correspondant au cortex visuel primaire. Afin d'obtenir une forte précision, nos mesures ont été effectuées sur un modèle animal proche de l'homme, le chat, par le biais de l'imagerie optique. La fréquence sonore et la position de la source sonore dans l'espace ont été étudiées. Nous avons montré que la sélectivité aux fréquences sonores peut être organisée en domaines. Cette organisation diffère de celle des aires tonotopiques auditives et rappelle plutôt l'organisation d’attributs visuels chez les individus voyants. Les informations spatiales semblent aussi organisées. Le cortex gauche analyse la scène auditive droite et inversement. Cette organisation rappelle l'organisation rétinotopique du cortex visuel. Notre étude a permis de montrer que le cortex occipital conserve les bases de son organisation fonctionnelle « visuelle » pour analyser les sons. D’une certaine façon, les sujets aveugles de naissance « visualisent » les sons qu’ils entendent

Biodiversité dans les paysages agricoles. Approche fonctionnelle des peuplements et des populations de petits mammifères. L'objectif de ce travail est de contribuer à une meilleure compréhension des processus qui permettent le maintien et le contrôle de la communauté de petits mammifères dans les paysages agricoles. Les résultats montrent l'importance d'une approche faisant intervenir plusieurs niveaux d'organisations et plusieurs échelles d'observations. A l'échelle des paysages, les caractéristiques des peuplements répondent aux différents contextes paysagers d'une même région agricole. A l'échelle des éléments permanents des paysages agricole, la structure des assemblages d'espèces et les caractéristiques des populations sont définies par les caractéristiques locales et l'agencement spatiale des éléments non cultivés (haies, digues), par l'occupation du sol et par la phénologie des cultures.

Cette thèse traite des conséquences des transformations du bocage breton sur la structure et la composition de deux communautés animales (carabes et petits mammifères). Dans une première partie nous montrons comment les paysages de bocage se sont diversifiés dans l'espace et dans le temps sous l'impact de l'intensification agricole. Dans la deuxième partie, nous abordons les réponses des deux communautés face à ces évolutions. On remarque une diminution de l'abondance et de la taille des espèces de carabes dans les paysages intensifiés. A l'échelle de la station cette même approche révèle que le contexte paysager autour de la haie joue un rôle important sur la sélection des espèces. Les petits mammifères répondent également à l'intensification agricole. Deux groupes d'espèces sont de bons indicateurs des extrémités du gradient tandis qu'un troisième groupe est représentatif des bocages intermédiaires. L'approche pluri-échelle a mis en évidence que certaines espèces répondent à un grain fin tandis que d'autres répondent à un grain grossier. Nous formulons, in fine, des recommandations dans le domaine de la biologie de la conservation et de l'agronomie.

Pour mieux comprendre l’impact de l’urbanisation sur la faune, nous avons cherché à identifier les facteurs influençant l’organisation des communautés animales le long d’un gradient rural-urbain. La composition spécifique des communautés d’oiseaux en ville est très constante à travers différentes régions climatiques. Les contraintes urbaines semblent jouer, à grande échelle, un rôle de filtre en sélectionnant les espèces sur la base de leurs traits biologiques. La structure des communautés de carabes est principalement liée à la fragmentation du paysage urbain, celle des communautés d’oiseaux et de petits mammifères à la qualité des taches d’habitat. Au cours de la colonisation des boisements depuis le milieu rural jusqu’au centre ville, la structure des communautés est influencée d’abord par la capacité de dispersion des animaux dans la matrice urbaine puis, par la qualité des taches d’habitat. Ces résultats peuvent servir à l’étude du processus d’invasion biologique
In order to better understand urbanization impact on animals, we tried to identify the biological and environmental factors that influenced community organization along a rural-urban gradient. Specific composition of urban bird communities is very constant through various climatic areas. At a large scale, the town seemed to act as a filter selecting species on the basis of their biological traits. Structure of carabid beetles communities is mainly related to urban landscape fragmentation, those of bird and small mammal communities are mainly related to the quality of habitat patches. During the colonization process of woodlots from the rural landscape to the town centre, the structure of the communities is firstly influenced by the species capacity to move through the urban matrix and then, by the quality of habitat patches. These results can be used for the study of biological invasion process

A la suite de la mise en eau, en janvier 1994, du barrage de petit saut en Guyane française, il a été possible de suivre l'évolution de la faune micro mammalienne terrestre (rongeurs et marsupiaux) pendant et après la fragmentation de l'habitat, en effectuant des comparaisons longitudinales (effet temps) et transversales (effet site) des peuplements et des populations sur le lieu-dit saint Eugene. Deux principales méthodes de suivi ont été utilisées : le piégeage sur quadrat (capture-marquage-recapture) pour l'étude de la démographie et de la dynamique des populations, et la radio télémétrie pour l'étude de l'utilisation de l'espace par les individus. En outre, les sites d'étude ont été définis du point de vue des caractéristiques de l'habitat et de la disponibilité en ressources. Nos résultats révèlent qu'il existe a la fois : - une réponse globale au niveau de l'ensemble du peuplement, qui se traduit par une diminution de l'abondance et de la diversité des micromammifères sur tous les sites étudies, la chute de diversité étant néanmoins plus rapide sur les iles que sur la terre ferme, puisqu'elle est déjà accusée, un an seulement après la mise en eau du barrage. - et une réponse locale : des espèces très abondantes avant l'inondation (oryzomys spp. ) Ont disparu de la zone fragmentée des 1995, alors qu'elles se sont maintenues a de faibles densités sur la terre ferme. En revanche, les populations de proechimys ont persiste sur les iles, mais ont disparu sur le site de référence. Les peuplements insulaires ont été domines par un petit nombre d'espèces jusqu'en 1995, puis principalement par une espèce généraliste, proechimys cuvieri, a partir de 1996. L'évolution des populations a l'intérieur des sites et les comparaisons entre les sites sont analysées en fonction des principales caractéristiques biologiques des espèces (sex-ratio, âge, survie, déplacements, domaines vitaux, prédation) et des différents critères écologiques des sites (taille, degré d'isolement, disponibilités trophiques, qualité des habitats). Nos résultats démontrent une évolution notable a court terme des communautés et des populations de micromammifères terrestres a la suite de l'inondation et de la fragmentation de leur habitat, ce qui semble être de d'une part aux effets directs de ces perturbations, et ce qui pourrait relever, de l'autre, de la dynamique naturelle des populations. Ils sont compares aux résultats d'autres travaux menés en région tropicale et sont interprètes a la lueur des modèles et théories de la biogéographie insulaire, des populations minimales viables et des métapopulations.

composition des paysages agricoles, sous l'effet de changements dans les politiques et les méthodes de production de l'agriculture (mécanisation accrue, expansion des zones cultivées au détriment des habitats semi-naturels, augmentation de l'utilisation des intrants chimiques...). Face à tous ces changements liés à l'agriculture moderne, la question se pose de l'impact de l'intensification agricole sur la biodiversité.
Dans cette optique, nous nous sommes intéressés à une communauté de petits mammifères (rongeurs et insectivores < 40g) des haies dans trois paysages agricoles bretons contrastés du point de vue de l'intensité de l'usage des terres et de la densité des réseaux de haies, le long d'un gradient d'intensification de l'agriculture. Quatre axes principaux sont identifiés : (1) caractériser la structure et la composition de la communauté dans les trois paysages, (2) déterminer (dans une approche multi-échelle quelles sont les variables environnementales qui peuvent expliquer les
différences dans les assemblages d'espèces entre les haies, (3) caractériser les variations saisonnières de la communauté et des populations qui la composent en réponse à la dynamique des paysages. (4) Nous nous sommes aussi intéressés à un niveau trophique supérieur en comparant les abondances de deux espèces de prédateurs des petits mammifères, la buse variable (Buteo buteo) et la faucon crécerelle (Falco tinnunculus) en réponse à la composition des paysages et à la
disponibilité en proies.
Les résultats soulignent l'importance de développer des approches qui intègrent plusieurs niveaux d'organisation et plusieurs échelles d'analyse. La diversité, l'abondance, la composition, la biomasse et les amplitudes saisonnières de fluctuation de la communauté, ainsi que l'abondance des deux espèces de rapaces sont différentes entre les trois sites, montrant un effet de
l'intensification de l'agriculture sur les différents taxons étudiés. Le paysage, mais également les caractéristiques de l'habitat sont impliqués dans la structuration des assemblages d'espèces.
Ces résultats permettent d'envisager des modes de gestion et d'aménagement pour la conservation de la biodiversité dans les paysages agricoles.

Toxoplasma gondii est un protozoaire zoonotique ubiquiste capable d’infecter tous les homéothermes dont l’homme. Un contraste géographique marqué a été relevé à l’échelle globale concernant la diversité génétique et la pathogénicité chez l’homme des souches de ce parasite. Un nombre croissant d’études montre l’importance de considérer l’influence du facteur souche parasitaire dans l’étude de l’épidémiologie de la toxoplasmose humaine. Cependant, les données de diversité génétique demeurent très limitées pour de larges régions du monde dont l’Asie et l’Afrique. Egalement, les déterminants de la structure spatiale des populations de T. gondii dans le monde demeurent mal compris. Au cours de ce travail, nous nous sommes intéressés à l’influence des échanges humains sur l’évolution des populations du parasite en Afrique, et plus particulièrement au Sénégal. Nos résultats soutiennent un rôle important des rongeurs invasifs qui accompagnent les échanges humains dans l’introduction de souches au niveau des zones portuaires du pays par voie maritime.Nos résultats suggèrent également un rôle de la souris invasive Mus musculus domesticus dans la contre-sélection de la lignée clonale Africa 1, la lignée prédominante de T. gondii en Afrique de l’Ouest. Ces nouveaux éléments éclairent sur une partie des mécanismes qui régissent le fonctionnement des populations de T. gondii. D’autres études réalisées dans différents contextes épidémiologiques, alliées à des études expérimentales, seront nécessaires pour donner une juste mesure de l’influence de ces interactions hôtes-parasites sur l’épidémiologie de la toxoplasmose
Toxoplasma gondii is a ubiquitous zoonotic protozoan capable of infecting all homeotherms including humans. A marked geographical contrast has been noted at the global scale concerning the genetic diversity and pathogenicity in humans of strains of this parasite. A growing number of studies show the importance of considering the influence of strain factor in the study of the epidemiology of human toxoplasmosis. However, genetic diversity data remain very limited for large regions of the world including Asia and Africa. Also, the determinants of the spatial structure of T. gondii populations worldwide remain poorly understood. During this work, we were interested in the influence of human exchanges on the evolution of parasite populations in Africa, and more particularly in Senegal. Our results support an important role of invasive rodents that accompany human exchanges in the introduction of strains at the port areas of the country through maritime trade. Our results also suggest a role of the invasive mouse Mus musculus domesticus in the counterselection of the clonal lineage Africa 1, the predominant lineage of T. gondii in West Africa. These new elements shed light on some of the mechanisms that shape T. gondii populations. Further studies in different epidemiological situations, combined with experimental studies, will be needed to accurately measure the influence of these host parasite interactions on the epidemiology of toxoplasmosis

Thèse de doctorat en génie biologique et médical. Les facteurs de croissance de petit poids moléculaire qui ont été identifiées dans le sérum humain par leur capacité à stimuler des activités biologiques des IGFs (insulin-like growth factors), et en particulier deux peptides (HWESAS et WGHE), représentent une nouvelle voie d'étude des facteurs de croissance. L'objectif de ce travail a été initialement de rechercher la présence de ces petits peptides (MM<1000 Da) dans le sérum de certains mammifères. Les ultrafiltrats provenant de sérum de cheval, porc, boeuf et souris exercent un effet potentialisateur sur l'activité mitogénique des IGFs. Cet effet peut s'expliquer en partie par la présence de HWESAS dans les sérums à des concentrations variant de 2 à 28 mg/L. Dans la seconde partie, nous nous sommes intéressés aux activités mitogéniques de HWESAS et de peptides dérivées sur différentes lignées cellulaires. Ces peptides ont une activité mitogénique propre et modulent celle des IGFs. Cette activité mitogénique pourrait faire intervenir des isoformes de la PKC (étude sur les fibroblastes d'embryons de poulets). HWESAS agit en synergie avec les acides aminés dans les cellules ou la stimulation de la synthèse protéique. De plus il agit en synergie avec les IGFs pour augmenter la phosphorylation des protéines. L'étude du cycle cellulaire ainsi que la mesure de la fixation de l'annexine V-FITC, montrent que HWESAS seul ne protège pas des fibroblastes d'embryons de poulets contre l'apoptose, mais associé aux IGFs il exerce un certain effet protecteur.

Une etude taphonomique a ete entreprise pour la premiere fois sur differents assemblages des phosphorites du quercy (sw france), ceci afin de caracteriser les parametres intervenant dans la mise en place de ces gisements karstiques. La riche concentration de pech crabit (mp 23) et le gisement diachrone de gardiol 3 (mp 22-28) ont ete particulierement etudies, de meme que plusieurs sites oligocenes. L'impact de la predation par des carnivores de toute taille a ainsi ete reconnu dans la plupart des sites par les traces de digestion laissees sur les dents des rongeurs, les traces de morsures sur les os des proies plus importantes (surtout les calcaneums) et les coprolites. Les rapaces ont complete ce role d'accumulateur. Le transport post-mortem, probablement post-fossilisation, a ete identifie par un nombre variable d'os et coprolites roules melanges avec d'autres populations taphonomiques, ainsi qu'une forte representation de molaires d'ulnas, d'astragales et de calcaneums. Des grignotages par les rongeurs ont ete egalement signales dans les sites oligocenes les plus recents (pech desse et pech du faysse). Les mesures en elements traces et majeurs des tissus fossiles, effectues a la microsonde ionique, montrent des pertes importantes par rapports aux tissus modernes, hormis une conservation de la teneur en p, et un net enrichissement en ca, f et en terres tares. Ces derniers elements, avec f, sont particulierement abondants dans les tissus fossiles fini-oligocenes. Ces observations nous ont permis de proposer des scenarios complexes pour differents gisements. La plupart incluent un enfouissement rapide des fossiles en subsurface, puis une sedimentation en plusieurs temps au sein des paleoreseaux karstiques evoluant avec la tectonique regionale. Nous en discutons les implications d'ordre paleoecologique et biochronologique, notamment face aux problemes de tri qu'engendrent la selection des proies, les phenomenes de reelaboration et de remaniement.

L'objectif principal de cette thèse de doctorat est la reconstruction paléoenvironnementale enregistrée pendant le Pléistocène supérieur dans la péninsule ibérique du nord-ouest. Le stade 3 de l’isotope marin (MIS 3) a principalement été étudié, en combinant différentes approches scientifiques basées sur l’étude des ensembles fauniques de petits mammifères (insectivores, chauves-souris et rongeurs). Les trois sites analysés sont: l'Abric Romaní (Capellades, Barcelone), la grotte des Teixoneres (Moià, Barcelone) et la grotte d'Arbreda (Serinya, Gérone). Un quatrième site paléontologique contemporain, la grotte Xaragalls (Vimbodí-Poblet, Tarragone), était également inclus. L'objectif est d'intégrer les données disponibles des séquences archéologiques aux données dérivées de l'approche paléontologique et de l'analyse isotopique de l'oxygène, afin de permettre une augmentation des connaissances environnementales du MIS 3 d'un point de vue plus strictement régional et pour mieux comprendre la singularité climatique de la dernière phase de Néandertal dans la péninsule ibérique. L'étude s'est concentrée sur l'analyse isotopique de l'oxygène (δ18O) de l'émail dentaire chez les rongeurs modernes et fossiles des sites archéologiques susmentionnés. L'analyse tafonomique et taxonomique basée sur les petits mammifères a également contribué à l'enrichissement des connaissances écologiques, permettant une interprétation plus large des sites analysés. D'autres méthodes, également utilisées, sur les restes fossiles de petits mammifères pour la reconstruction paléoenvironnementale sont la méthode commune des intervalles éco-géographiques, la méthode des habitats pondérés, la classification corotypique des organismes et la méthode basée sur le modèle bioclimatique. Au vu des résultats obtenus, ces travaux montrent qu'il faut prendre en compte deux facteurs importants dans la reconstruction du paléoenvironnement ibérique à partir d'analyses isotopiques de l'oxygène: la saisonnalité possible de l'accumulation de rongeurs, dérivée de leur prédateur, et les particularités régionales en termes de valeurs de δ18O des eaux météoriques de la péninsule ibérique. Une nouvelle proposition méthodologique utilisée pour la reconstruction de la paléo-température et obtenue de l'étude dentaire de rongeurs δ18Op dans la péninsule ibérique, après avoir été élaborée conformément aux dispositions, a été appliquée aux sites archéologiques et paléontologiques étudiés. Le paléoenvironnement enregistré montre des conditions généralement plus froides et plus humides qu'aujourd'hui et une homogénéité climatique importante a été identifiée dans tous les sites, avec de légères variations liées aux pulsations entre les stades et les interstades, qui se traduisent par des oscillations entre les abondances des espèces méditerranéennes et de Europe centrale. Les formations forestières sont toujours abondantes dans toutes les séquences. La persistance des couvertures forestières, ainsi que les légères variations climatiques et communautaires des rongeurs globalement stables, démontrent les particularités de la péninsule ibérique, contrastant avec la grande instabilité climatique enregistrée en Eurasie. Ce travail met en évidence le fait que la combinaison d’une analyse paléoécologique à l’échelle locale et d’une analyse à grande échelle permet essentiellement une reconstruction plus fidèle du paléoenvironnement
The main objective of the PhD thesis is the reconstruction of palaeoenvironment experienced during the Late Pleistocene, mainly during Marine Isotope Stage 3 (MIS 3), at northeastern Iberia, through the combination of different ecological approaches based on small-mammal assemblages (insectivores, bats and rodents). Three archaeological sites are included: Abric Romaní rock-shelter (Capellades, Barcelona); Teixoneres cave (Moià, Barcelona) and Arbreda cave (Serinyà, Girona). It is also included a paleontological site from a close chronology, Xaragalls cave (Vimbodí-Poblet, Tarragona). The aim is the integration of the available data of the studied archaeological sequences through palaeoecological and oxygen isotope compositions analysis for increasing our knowledge about the MIS 3 environment from a regional point of view and reach a better understanding of the climatic singularities of Iberia during last Neanderthals settlements. One of the focus is fixed in oxygen isotope compositions (δ18O) analyzed from enamel tooth phosphates of both modern and fossil rodent remains of these localities. Taphonomic and taxonomical analyses based on small-mammals are also performed to reach a complete ecological interpretation of these sites. Other methods currently use in palaeoenvironmetal reconstructions based on small-mammal assemblages were also employed, such as mutual ecogeographic range method, habitat weighting method, chorotypes classification and bioclimatic model method. Considering the isotopic results obtained, this work shows that two main factors should be considered in Iberian palaeoenvironmental reconstructions: the possible seasonality of the rodent assemblages, derived from the predator, and the regional particularities on δ18O values of meteoric waters in the Iberian Peninsula. Accordingly, a new methodological proposal for the reconstruction of palaeotemperatures from rodent tooth δ18O accumulated in the Iberian Peninsula was developed and after applied to the archeological and paleontological sites studied. The recorded palaeoenvironment show globally cooler and wetter conditions than nowadays but it is detected notable climatic stability in all sites, with only slight changes related to stadial-interstadial pulsations, reflected mainly in oscitations between Mediterranean and mid-European species abundances. Woodland formations are always abundant throughout the sequences. The continuous maintenance of woodland covertures besides slight climatic variations and globally stable rodent communities, demonstrate the singularities of Iberian Peninsula, in contrast to the high climatic instability experience in Eurasia. This work highlights that a combination of different local-scale palaeoecological proxies compared to larger-scale proxies is essential to obtain faithful environmental reconstructions

Les petits mammifères constituent les vertébrés responsables des dégâts les plus importants pour l'agriculture de l'Europe centrale. Dans les prairies de moyenne montagne, les populations de campagnol terrestre (Arvicola terrestris sherman) sont à l'origine de pullulations cycliques conséquentes depuis les années 70. En France, une des explications est que l'intensification de l'agriculture a conduit à l'ouverture des milieux agricoles et à la conversion de la majorité des terres en prairies toujours en herbe. Actuellement, le rôle de la structure et de la composition du paysage est établi aux échelles régionale et sectorielle mais on ne connaît pas le rôle des caractéristiques édaphiques des prairies sur les populations de A. terrestris à l'échelle parcellaire. L'objectif de ce travail de thèse était de déterminer, à l'échelle parcellaire, le rôle de la végétation des prairies, en relation avec le sol et le mode de conduite agricole, sur la dynamique des populations de A. terrestris. Dans des parcelles agricoles situées en Franche-Comté, différentes phases d'un cycle de population de A. terrestris ont été étudiées de 2001 à 2004 : basse densité, croissance, haute densité. Dans chaque parcelle d'étude, le suivi des populations de A. terrestris a été effectué par une méthode indiciaire d'estimation des densités relatives. Les populations de taupe (Talpa europaea) et de campagnol des champs (Microtus arvalis) ont également été prises en compte, en raison de leurs interactions possibles avec A. terrestris. Dans chaque parcelle, la végétation a été étudiée par ses caractéristiques structurelles (mesures de hauteur – compacité du couvert végétal) et fonctionnelles (fréquences des traits d'histoire de vie des espèces végétales). Les propriétés du sol ont été évaluées par les caractéristiques morphologiques (profondeur, texture, structure) et physico-chimiques (matière organique, pH, hydromorphie). Les données de pratiques agricoles (fauche, pâture, fertilisation, labour) ont été recueillies par le biais d'enquêtes auprès des exploitants agricoles des parcelles d'étude. Les principaux résultats montrent que les dynamiques de croissance des populations de A. terrestris sont favorisées par un régime agricole de production intensif, impliquant de nombreuses fauches et une forte fertilisation. Ce régime engendre une végétation à croissance rapide, caractérisée par une faible diversité spécifique et une forte valeur pastorale. Ponctuellement, en phase de haute densité, les populations de A. terrestris sont favorisées par un couvert végétal homogène, haut et dense et défavorisées par des pratiques telles que pâturage intensif et travail du sol. Le mode d'exploitation agricole influencerait les populations de A. terrestris en agissant sur la qualité et la disponibilité de la ressource nutritive végétale et sur la structure de l'habitat sol plante. De plus, à mode de conduite agricole constant, les caractéristiques pédologiques ne semblent pas exercer d'influence. Des résultats complémentaires indiquent que l'intensité de la colonisation des parcelles par A. terrestris est favorisée par les populations de T. europaea en phase de basse densité. En conclusion, notre étude montre qu'un seul facteur explicatif n'est pas suffisant mais que c'est bien la configuration d'un ensemble de variables qui explique la dynamique de populations de A. terrestris à l'échelle parcellaire. La prise en compte de cette régulation multifactorielle dans les programmes de contrôle des populations de A. terrestris pourra en améliorer l'efficacité à long terme. Des expérimentations à l'interface entre les domaines de la recherche et de l'application sont nécessaires pour parvenir à un compromis acceptable entre préconisation de pratiques agricoles défavorables aux pullulations de A. terrestris, remplissage des cahiers des charges des productions d'AOC et respect de l'environnement.

La leptospirose est considérée comme la zoonose la plus répandue au monde mais les incidences sont les plus élevées dans les régions tropicales et en particulier sur les îles. Les îles du Sud-Ouest de l'Océan Indien ne dérogent pas à la règle puisque la maladie y représente un problème de santé humaine majeur sur plusieurs îles, notamment aux Seychelles qui enregistrent un des plus fort taux d'incidence humaine au monde. Sur la base des données disponibles, l'épidémiologie humaine apparait contrastée à l'échelle de la région : les cas cliniques sur Mayotte résultent d'infections par quatre espèces de leptospires distinctes alors qu'à La Réunion ou aux Seychelles, une seule espèce est à l'origine de la grande majorité des cas cliniques. L'objectif général de cette thèse est d'identifier certains des déterminants de cette épidémiologie singulière. Nous avons dans un premier temps complété les informations humaines en investiguant la leptospirose en Union des Comores, pays n'ayant jamais rapporté de transmission autochtone. Nos résultats indiquent que les populations humaines y sont exposées à des antigènes de leptospires comparables à ceux retrouvés sur l'île voisine de Mayotte. Ce résultat suggére que l'absence de leptospirose sur certaines îles est le résultat d'un déficit de surveillance. Nous avons ensuite caractérisé la diversité génétique des leptospires au sein de la faune de certaines îles, caractérisées par des niveaux d'endémisme élevés à même d'être en partie à l'origine de cette épidémiologie contrastée. Nous décrivons d'une part une importante diversité des leptospires pathogènes chez les chauves-souris (Chiroptères) malgaches. Nous montrons d'autre part que cette diversité de leptospires n'est pas structurée géographiquement mais présente au contraire une importante spécificité d'hôte, résultant de différents processus évolutifs incluant co-spéciation et host-switch. Nous avons exploité cette spécificité d'hôte pour éclairer l'épidémiologie de la leptospirose à Mayotte, où nous montrons que l'importante diversité bactérienne impliquée dans les cas cliniques résulte de la présence de nombreux réservoirs, dont certains originaires de Madagascar. Ainsi, il apparaît que l'épidémiologie humaine de la leptospirose dans le SOOI est le reflet d'assemblages distincts de leptospires cosmopolites et autochtones/endémiques maintenus et excrétés par des réservoirs animaux particuliers
Leptospirosis is considered as the most widespread zoonosis worldwide but the incidence levels are higher in tropical regions and particularly on islands. The South-Western Indian Ocean islands are no exception and the disease is of major medical concern in several islands notably in Seychelles, displaying some of the highest human incidence ever reported. Based on available data, the human epidemiology appears contrasted in the region: on Mayotte, human cases result from the infection with four distinct Leptospira species whereas on Reunion Island or Seychelles, a single species causes the majority of clinical cases. The main objective of this thesis is to identify some of the drivers of this singular epidemiology. We first completed the information available on this human disease in the region by investigating the leptospirosis situation in the Union of the Comoros, a country where no autochthonous transmission has been reported so far. Our results indicate that Comorian populations are exposed to Leptospira, which are antigenically comparable to those detected in the neighbouring island of Mayotte. This finding suggests that the apparent absence of leptospirosis in some islands rather reflects a lack of surveillance. We then investigated the genetic diversity of Leptospira on distinct islands home to distinct endemic animal species that may shed distinct Leptospira lineages and thus at least in part explain the contrasted epidemiology of leptospirosis in the region. Specifically, we describe a high diversity of pathogenic Leptospira within Malagasy bats (Chiroptera) and further show that Leptospira diversity is not structured by geography. Instead, we show that these Leptospira display a strong specificity towards their hosts, which may result from different evolutionary processes including co-speciation and host switching. Using this tight host specificity, we investigated the leptospirosis epidemiology on Mayotte, where we show that the important bacterial diversity reported in clinical cases is due of the presence of several distinct animal species acting as reservoirs, some of which introduced from the neighbouring Madagascar. Altogether, results presented herein combined to data produced by our lab suggest that the epidemiology of leptospirosis in the SWOI results from distinct assemblages of cosmopolitan and autochthonous/endemic Leptospira. Keywords : Leptospirosis, Leptospira, Chiroptera, small mammals, hosts-parasites associations, MAT, MLST, co-phylogeny, Madagascar, Mayotte, Union of Comoros, South-Western Indian Ocean