Дисертації з теми "Mécanisme de transcription"
Щоб переглянути інші типи публікацій з цієї теми, перейдіть за посиланням: Mécanisme de transcription.
Оформте джерело за APA, MLA, Chicago, Harvard та іншими стилями
Ознайомтеся з топ-50 дисертацій для дослідження на тему "Mécanisme de transcription".
Біля кожної праці в переліку літератури доступна кнопка «Додати до бібліографії». Скористайтеся нею – і ми автоматично оформимо бібліографічне посилання на обрану працю в потрібному вам стилі цитування: APA, MLA, «Гарвард», «Чикаго», «Ванкувер» тощо.
Також ви можете завантажити повний текст наукової публікації у форматі «.pdf» та прочитати онлайн анотацію до роботи, якщо відповідні параметри наявні в метаданих.
Переглядайте дисертації для різних дисциплін та оформлюйте правильно вашу бібліографію.
1
Tremblay, Jacques. "Mécanisme d'action de PTX1, un facteur de transcription à homéodomaine." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1999. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk3/ftp04/nq43040.pdf.
2
Flajollet, Sébastien. "Etude du mécanisme d'activation de la transcription en réponse aux rétinoïdes." Lille 2, 2006. http://www.theses.fr/2006LIL2S041.
Анотація:
Le récepteur à l'acide rétinoïque (RAR) est un facteur de transcription qui module l'expression de gènes impliqués dans différents processus biologiques tels que l'homéostasie cellulaire, le développement embryonnaire, la croissance et la reproduction. RAR interagit, en réponse aux rétinoïdes avec une pléthore de protéines corégulatrices qui participent pleinement au mécanisme complexe et très contrôlé de la transcription. Leur implication dans le remodelage de la chromatine, dansla formation du complexe d'initiation de la transcription ainsi que dans l'activation des différents protagonistes, montre l'importance de la contribution des coactivateurs. Au cours de mon doctorat, je me suis intéressé au recrutement de trois principaux complexes coactivateurs : le complexe p160, le complexe médiateur et le complexe SWI/SNF. Leur implication dans le mécanisme de la transcription induite par les rétinoïdes, bien que connue, était faiblement caractérisée. Mes travaux dans les cellules P19 de carcinome embryonnaire de souris et utilisant la technique d'interférence par ARN ont permis de définir le rôle distinct de SRC1 et med1/DRIP205 dans la réponse aux rétinoïdes. D'autre part ces travaux ont abouti à un modèle de recrutement des coactivateurs et de formation du complexe d'initiation de la transcription au niveau du promoteur du gène suppresseur de tumeur RAR2. Enfin, l'intégration du complexe SWI/SNF dans mon étude a permis de déterminer par des techniques de biologie moléculaire l'interaction physique et fonctionnelle avec le récepteur RAR. Ce travail apporte un éclairage dans la compréhension du mécanisme subtile d'activation de la transcription régulée par les récepteurs aux rétinoïdesThe Retinoic Acid Receptor (RAR) is a ligand activated transcription factor which modulates the expression of retinoic acid-target genes. These genes are implied in fundamental biological processes such as cellular homeostasis, embryogenesis, growth and reproduction. RAR recruits a plethora of coregulators with multiple functions in response to retinoids. These multiprotein complexes are key structural components in the complex and controlled transcription mechanism. Many of them participate in remodeling of chromatin, while otehrs are implied transcription complex formation. This underlines the importance of these coactivators in transcriptional activation. Yet their contribution to RAR-mediated transactivation remains poorly studied. This PhD thesis focused on the recruitment of three coactivator complexes : P160, mediator and SWI/SNF complex. These proteins are implied in distinct steps of the RAR-mediated process. I investigated this question by assessing the respective role of these coactivators by using molecular and cellular biology approaches in the P19 embryonal carcinoma cell line, an appropriate developmental system to study the role of RARs. Results of knock-down of SRC1 and med1 by RNA interference have demonstrated distinct roles of these coactivator complexes in retinoid-induced biological responses. This allowed us to propose a model summarizing complex formation during transcription initiation at the RARBeta2 promoter, a prototypical retinoic acid-regulated gene. Finally the study of the interaction between the ATP-dependent chromatin remodeling SWI-SNF complex and RAR identified us an additional step in the regulation of transcription by retinoids. Characterization of the role of each coactivators provide important information to better understand this complex regulation of RA-induced transcription
3
Tupin, Audrey. "Inhibiteurs de la transcription bactérienne : étude du mécanisme d'action de la lipiarmycine et dépendance au facteur de transcription σ". Thesis, Montpellier 1, 2010. http://www.theses.fr/2010MON13512/document.
Анотація:
Le nombre croissant de bactéries résistantes aux antibiotiques et le problème des cellules persistantes rend urgent le développement de nouveaux antibiotiques et la compréhension de leur mécanisme d'action. L'ARN polymérase est l'enzyme centrale de la transcription et est une cible intéressante pour les antibiotiques. Dans cette étude, nous nous sommes particulièrement intéressés à un inhibiteur de l'ARN polymérase : la lipiarmycine. Il s'agit d'un inhibiteur de la transcription macrocyclique qui inhibe les bactéries à Gram + et qui est en essai clinique de phase III pour le traitement des infections liées à Clostridium difficile. L'objectif de ce travail a été de déterminer le mécanisme d'action de la lipiarmycine ainsi que le mécanisme de résistance à la molécule. Pour cela, nous avons dans un premier temps précisé et modélisé son site de liaison sur l'ARN polymérase. Puis, dans un deuxième temps, nous avons utilisé des approches génétiques et biochimiques afin de déterminer son mécanisme et l'effet de certaines mutations sur la transcription. Ces travaux ont mis à jour un nouveau mécanisme d'inhibition de la transcriptionThe growing number of antibiotic-resistant bacteria added to the problem caused by persistent cells stress the need for developing new antibiotics and for understanding their mechanism of action. RNA polymerase is the main enzyme of the transcription process and is an interesting target for antibiotics. In this study we focus on a particular inhibitor of RNA polymerase : lipiarmycin. It is a macrocyclic inhibitor of transcription inhibiting Gram + bacteria that is developed in phase III clinical trials for treatment of Clostridium difficile infections. The objective of this work was to determine the mechanism of action of lipiarmycin and the mechanism confering resistance against the molecule. We first define more precisely its binding site on RNA polymerase and then used genetic and biochemical approaches to determine its mechanism of action and the effect of some specific mutations on transcription. Our experiments reveal a new mechanism of t ranscription inhibitor action
4
Moumen, Abdeladim. "Etude du mécanisme de la recombinaison homologue chez les rétrovirus." Paris 11, 2002. http://www.theses.fr/2002PA112133.
Анотація:
Un des facteurs majeurs générant la variabilité génétique chez les rétrovirus est la recombinaison homologue. La recombinaison homologue est le résultat d'un transfert de la synthèse de l'ADN, au cours de la transcription inverse, d'un ARN génomique (ARN donneur) à l'autre ARN (ARN accepteur) présent dans le virion. Afin de disséquer le mécanisme de transfert de brin, nous avons développé un système expérimental qui permet d'étudier la recombinaison sur des séquences rétrovirales in vitro. Un tiers du génome du VIH-1 a été analysé et nous avons montré que des transferts de brin se produisaient fréquemment sur la plupart des séquences étudiées. Nous avons mis en évidence, pour la première fois, un rôle des régions avoisinantes sur la capacité recombinogène d'une région donnée. La capacité de recombinaison d'une séquence donnée est dépendante de la présence d'une structure en tige-boucle. Cette structure est plutôt requise sur l'ARN accepteur que sur le donneur. De plus, nous avons montré que la réaction de transfert est une réaction qui passe par un intermédiaire mono-moléculaire dans lequel un complexe constitué par la transcriptase inverse (RT), l'ARN donneur, l'ADN naissant et l'ARN accepteur se forme avant la réalisation du transfert. Sur la base de ces résultats, nous avons construit un modèle original du transfert de brin. Dans ce modèle, une hybridation de l'accepteur par sa structure tige-boucle sur l'ADN naissant permet de rapprocher l'accepteur du complexe RT/ARN donneur/ADN et d'exercer une contrainte mécanique sur l'ADN qui induit une perturbation de la transcription inverse sur le donneur et aboutit à un remplacement de celui-ci par l'accepteur. Il est bien connu que le repliement de l'ARN est impliqué dans plusieurs processus biologiques, nous avons montré qu'elle est aussi impliquée dans le phénomène qui participe à la génération de la variabilité génétique chez les rétrovirus: la recombinaison homologueHomologous recombination is one of the main factors generating genetic variability in retrovirus. Recombination results from a transfer, by the reverse transcriptase, of the DNA synthesis from a genomic RNA (donor RNA) to the other one (acceptor RNA) presents within the virion. In order to dissect the molecular mechanism of this phenomenon, we have developed a reconstituted in vitro system, which allowed us to study recombination on any retroviral sequence of interest. One third of the genome has been investigated and most regions analysed yielded a high degree of recombination. We have identified, for the first time, that recombination efficiency of a given sequence was dependent on its folding and namely on the presence of a stable hairpin. This hairpin structure was required to be present in the acceptor RNA. Furthermore, we have shown that the strand transfer reaction is an intramolecular process where the acceptor RNA is complexed to the nascent DNA before the transfer. Based on these results, we have proposed a model of recombination in which the acceptor RNA, by its hairpin structure, hybridises to the nascent DNA before the switch occurs. This hybridisation both allows the acceptor RNA to be in close proximity with the nascent DNA and disrupts the process of reverse transcription ongoing on the donor RNA, thereby leading to a displacement of the donor RNA from the polemerase active site and its replacement by the acceptor RNA. It is well known that the folding of the RNA is involved in several biological processes, we have now demonstrated that it is also involved in the process, which generates genetic variability in retrovirus: homologous recombination
5
Debaize, Lydie. "Nouveau mécanisme d’activation d’un oncogène impliquant RUNX1 et FUBP1 dans les leucémies aiguës lymphoblastiques." Thesis, Rennes 1, 2018. http://www.theses.fr/2018REN1B016/document.
Анотація:
L’hématopoïèse est initiée à partir de cellules souches hématopoïétiques et aboutit à la production continue et contrôlée des cellules sanguines matures. Runt-related transcription factor 1 (RUNX1) code pour un facteur de transcription qui joue un rôle clé dans l'hématopoïèse. Des dérégulations de RUNX1 sont fréquemment associées à des cancers hématologiques, en particulier dans les leucémies aiguës lymphoblastiques à précurseurs B chez l'enfant (LAL-B). De plus, son activité transcriptionnelle est contrôlée par le recrutement de cofacteurs. Pour comprendre le mécanisme impliqué dans le contrôle de l’activité transcriptionnelle de RUNX1 nous avons réalisé des immunoprécipitations de RUNX1 couplées à de la spectrométrie de masse et identifié Far Upstream Element binding protein 1 (FUBP1) comme un partenaire protéique potentiel de RUNX1. FUBP1 est un régulateur multifonctionnel impliqué dans divers processus cellulaires. Il a notamment été décrit récemment comme essentiel à l’expansion et à l’auto-renouvellement des cellules souches hématopoïétiques. Par ailleurs, une surexpression du gène et des mutations potentiellement oncogéniques ont été décrits dans des cas de leucémies lymphoblastiques. Nous avons montré, grâce à la technique de PLA (Proximity Ligation Assay) que nous avons optimisé sur cellules non-adhérentes, que FUBP1 est un nouveau cofacteur de RUNX1 et qu’ils peuvent faire partie d’un même complexe régulateur dans les lymphoblastes pré-B humains. Par des expériences de ChIP couplées à du séquençage, nous avons localisé les régions de la chromatine sur lesquelles étaient fixées RUNX1 et FUBP1 de façon commune. Nous avons identifié l’oncogène c-KIT comme un gène cible commun et nous avons caractérisé deux régions régulatrices fixées par RUNX1, FUBP1 et des marques d’activation de la chromatine, au niveau du premier intron de c-KIT : une à +700 pb et l’autre au niveau d’un enhancer à +30 kb. De plus, nous avons déterminé les motifs de liaison de RUNX1 et FUBP1 essentiels pour l'activation de l’enhancer. Enfin nous avons démontré que la surexpression de FUBP1 et RUNX1 conduit à une augmentation de l’expression de c-KIT en ARNm et en protéine, augmente une des voies activées par c-KIT en présence de son ligand, favorise la prolifération cellulaire in vitro et in vivo et rend les cellules moins sensibles à un inhibiteur de c-KIT. En conclusion, nous avons démontré que FUBP1 est un nouveau partenaire de RUNX1 et qu’ensembles, ils activent la transcription de l’oncogène c-KIT en se fixant sur un enhancer commun, favorisant ainsi la prolifération cellulaire. Par conséquent, puisque FUBP1 et RUNX1 sont surexprimés dans certains types de leucémie, des altérations de cette régulation pourraient participer à l'apparition ou au maintien de leucémies. Nos résultats ouvrent donc de nouvelles perspectives sur la compréhension du contrôle de l’activité transcriptionnelle de RUNX1 et sur les hémopathies malignes associées à des dérégulations de RUNX1, FUBP1 ou c-KITHematopoiesis is initiated from hematopoietic stem cells and results in the continuous and controlled production of mature blood cells. RUNX1 (Runt-related transcription factor 1) encodes a transcription factor playing a key role in hematopoiesis. Abnormal functions of this protein are implicated in blood cancer, notably in pediatric B-cell precursor acute lymphoblastic leukemia (BCP-ALL). Moreover, its transcriptional activity is controlled by the recruitment of cofactors. To unravel the mechanisms behind the regulation of RUNX1 transcriptional activity, we performed RUNX1 specific immunoprecipitation experiments followed by mass spectrometry and identified the Far Upstream Element Binding Protein 1 (FUBP1) as a potential cofactor of RUNX1. FUBP1 is a multifunctional regulator involved in diverse cellular processes. FUBP1 has recently been described to be essential for expansion and self-renewal of hematopoietic stem cells and to function as a potential cancer driver gene in lymphoblastic leukemia. We have shown, with a proximity ligation assay that we have optimized in non-adherent cells, that FUBP1 is a new cofactor of RUNX1 and that these two proteins can be part of the same regulatory complex in human pre-B lymphoblasts. By chromatin immunoprecipitation combined with sequencing, we have localized common chromatin regions bound by RUNX1 and FUBP1. We have identified the oncogene c-KIT as a common target gene, and characterized two regulatory regions bound by both RUNX1, FUBP1 and active histone marks, within the first c-KIT intron: one at +700 bp and the other on an enhancer at +30 kb. Moreover, we have determined RUNX1 and FUBP1 binding sites essential for the enhancer activation. Finally, we have demonstrated that RUNX1 and FUBP1 overexpression in a pre-B cell line increases the expression of c-KIT both at mRNA and protein levels, exacerbates one of the c-KIT downstream pathways, promotes cell proliferation in vitro and in vivo and renders cells more resistant to a c-KIT inhibitor. In conclusion, we have demonstrated that FUBP1 is a new cofactor of RUNX1 and that they activate the transcription of the c-KIT oncogene by binding on a common enhancer, thus promoting cell proliferation. Therefore, since FUBP1 and RUNX1 are overexpressed in some types of leukemia, alterations in this regulation may contribute to the onset or maintenance of leukemias. These new findings open new perspectives on understanding the control of RUNX1 transcriptional activity, and on leukemias related to RUNX1, FUBP1 or c-KIT deregulations
6
Auriol, Jérôme. "Etude fonctionnelle du facteur de transcription/réparation TFIIH : rôles dans le mécanisme de réparation de l'ADN par excision de nucléotides." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2002. http://www.theses.fr/2002STR13178.
Анотація:
TFIIH est un facteur multiprotéique impliqué dans la transcription des gènes de classe II, de classe I et dans la réparation de l'ADN par excision de nucléotides (NER). L'importance de ce complexe au niveau cellulaire est illustrée par l'existence de maladies génétiques associées à des mutations dans deux de ces sous-unités, les hélicases XPB et XPD. Ces dernières sont essentielles aux mécanismes de transcription et de réparation NER. Au cours de mon travail de thèse, nous nous sommes intéressés à la fonction de TFIIH au sein du mécanisme de NER. Nous avons ainsi étudié les conséquences moléculaires d'une mutation portée par l'hélicase XPB qui entraine un changement des 40 derniers acides aminés dans sa séquence primaire en C-terminal. Cette mutation perturbe les fonctions de TFIIH à la fois en transcription et en réparation. L'analyse de ce mutant nous a permis d'identifier un site de phosphorylation au sein de XPB nécessaire pour les rôles joués par TFIIH. Par ailleurs, nous avons identifié un complexe contenant TFIIH, l'ARN polymérase I et deux protéines de réparation XPG et CSB. Ce complexe est impliqué dans la synthèse des ARN ribosomiques. Nous avons montré que des mutations dans la protéine CSB déstabilisaient ce complexe. C'est également le cas avec des mutations portées par les hélicases XPB et XPD confirmant la réalité biologique de ce complexe. Enfin, l'étude de la régulation de l'expression de TFIIH nous a amener à étudier l'organisation du promoteur et du gène murin codant pour la sous-unité p62TFIIH is a multiprotein complex involved in transcription of class II and class I genes, and in nucleotide excision repair (NER). The cellular importance of this complex is illustrated by genetic disorders associated with mutations in two subunits of TFIIH, the XPB and XPD helicases. Those helicases are essentials for transcriptional and DNA repair mechanisms. During my PhD studies, we became interested in the function of TFIIH in NER. We studied the molecular consequences of an XPB mutation which change the last 40 C-terminal amino acids. Mutation disrupts TFIIH activity both in transcription and in repair. This mutant allowed us to identify an XPB phosphorylation site required for the cellular functions of TFIIH. Moreover, we isolated a complex containing TFIIH, RNA polymerase I and two repair proteins XPG and CSB. This complex is involved in ribosomal RNA synthesis. We show that mutations within the CSB protein destabilized the complex. This is also true for mutations within XPB and XPD, arguing for the biological significance of this complex. Finally, in order to study the regulation of TFIIH expression, we study the organisation of murine gene coding for p62 subunit as well as its promoter
7
Caillier, Bertrand. "Mécanisme de régulation de la transcription de l'UGT1A3 au foie et effet de variants génétiques." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24528/24528.pdf.
8
Savare, Jean. "Mécanisme d'action du facteur de transcription SoxNeuro chez la drosophile : partenariat et modifications post-traductionnelles." Montpellier 1, 2005. http://www.theses.fr/2005MON13504.
Анотація:
Les gènes SOX du groupe B constituent une famille génique conservée au cours de l'évolution, codant pour des facteurs transcriptionnels jouant des rôles fondamentaux au cours du développement du système nerveux. Chez la drosophile, la perte de fonction de SoxNeuro entraîne une désorganisation drastique du système nerveux due à l'absence de formation de près de 70% des neuroblastes. Nous avons caractérisé les interactions entre SoxNeuro et certains de ses partenaires : Gooseberry-neuro, impliqué dans la formation des neuroblastes, Neuralized, une ubiquitine ligase impliquée dans l'inhibition latérale, BAP60, un composant du complexe remodeleur de la chromatine et SNCF, un co-activateur de SoxNeuro. Nous avons également montré que la SUMOylation de SoxNeuro réprime son activité transcriptionnelle et est requise pour sa fonction in vivo, la surexpresssion d'une forme mutante de SoxNeuro non SUMOylable provoquant des défauts majeurs de formation du système nerveux central embryonnaire.
9
Thénot, Sandrine. "Mécanisme d'activation de la transcription par les récepteurs aux oestrogènes : étude du cofacteur transcriptionnel hTIF1alpha." Montpellier 1, 2000. http://www.theses.fr/2000MON1T008.
10
Teyssier, Catherine. "Mécanisme de l'interférence transcriptionnelle entre le récepteur des oestrogènes et les facteurs AP-1." Montpellier 1, 2000. http://www.theses.fr/2000MON1T007.
11
Chambeyron, Severine. "Caractérisation des transcrits et du mécanisme d'initiation de la transcription inverse du facteur I chez Drosophila Melanogaster." Montpellier 2, 2002. http://www.theses.fr/2002MON20044.
12
Carascossa, Sophie. "Mécanisme d'action de deux cofacteurs transcriptionnels, SHP et RIP140 : rôle dans la signalisation androgénique." Montpellier 1, 2005. http://www.theses.fr/2005MON1T017.
Анотація:
Les androgènes sont responsables de la différenciation, du développement et du maintien des caractères sexuels secondaires mâles. La fonction biologique de ces hormones est relayée par leur fixation au récepteur des androgènes (AR), un facteur de transcription appartenant à la superfamille des récepteurs nucléaires (RNs). Son activité est régulée par des protéines appelées cofacteurs transcriptionnels, qui peuvent être activateurs ou inhibiteurs, et qui participent au contrôle de la transcription en remodelant la chromatine, de façon à favoriser ou défavoriser l'accès de la machinerie transcriptionnelle de base vers les gènes cibles. L'ensemble du travail présenté dans cette thèse a pour objectif de permettre une meilleure compréhension des mécanismes impliqués dans la régulation de l'acitivité du AR, à travers l'étude du mécanisme d'action de deux corépresseurs atypiques capables d'interagir avec le récepteur lié à un agoniste, les protéines SHP (short heterodimer partner) et RIP140 (receptor interacting protein of 140 kDa). SHP, un composant essentiel de la cascade qui contrôle la conversion du cholestérol en acides biliaires au niveau du foie, est une protéine capable d'inhiber l'activité transcriptionnelle de nombreux récepteurs nucléaires. Dans une première étude, nous avons précisé les mécanismes moléculaires impliqués dans cette répression, en démontrant que SHP exerçait au moins en partie son effet inhibiteur sur l'activité du AR en recrutant des protéines HDACs. Parallèlement à ce travail, nous nous sommes attachés à étudier le rôle de RIP140, corépresseur fortement impliqué dans la fertilité et l'homéostasie énergétique, dans la signalisation androgénique. Dans cette deuxième étude, nous avons démontré que RIP140 était un corépresseur du récepteur des androgènes, capable d'affecter son activité via différents mécanismes (recrutement des HDACs, compétition avec les coactivateurs. . . ). Enfin, dans une dernière étude, nous apportons de nouvelles données pour expliquer les mécanismes responsables de l'inhibition transcriptionnelle par RIP140, en mettant en évidence l'implication de la sumoylation dans le pouvoir répresseur de la protéine.
13
Bruck, Nathalie. "Phosphorylation des récepteurs nucléaires de l'acide rétinoïque : Mécanisme et conséquences sur la transcription des gènes cibles." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2008. http://www.theses.fr/2008STR13134.
14
Mercier, Alexandre. "Découverte d'un nouveau mécanisme homéostatique régissant l'utilisation du fer chez la levure à fission." Thèse, Université de Sherbrooke, 2010. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4302.
Анотація:
Le fer est un cofacteur enzymatique indispensable à la survie de tous les eucaryotes. La biodisponibilité du fer est à ce point critique que des mécanismes homéostatiques sont enclenchés afin d'en réduire la consommation en période de carence. Cette stratégie a pour but d'économiser le fer et de le conserver pour des processus cellulaires fer-dépendants essentiels à la survie cellulaire. Chez la majorité des eucaryotes, la nature de ces mécanismes est toujours inconnue. Mes travaux de doctorat ont donc porté sur l'élucidation du mécanisme par lequel la levure modèle Schizosaccharomyces pombe parvient à limiter l'utilisation de son fer lorsque celui-ci se raréfie. Lors de mes travaux, j'ai identifié trois gènes codant pour des composantes fer-dépendantes chez S. pombe qui subissent une répression lors d'une carence en fer : pcl1[indice supérieur +], sdh4[indice supérieur +] et isa1[indice supérieur +]. Il a été déterminé que des éléments en cis de type CCAAT sont au centre de leur expression différentielle. Des évidences génétiques et biochimiques ont montré qu'un hétérocomplexe protéique formé des sous-unités Php2/3/4/5 est impliqué dans la régulation fer-dépendante de la transcription de pcl1[indice supérieur +], sdh4[indice supérieur +] et isa1[indice supérieur +]. Plus précisément, c'est la sous-unité Php4 qui est responsable de la répression de leur expression en carence de fer. Il s'avère aussi que la transcription du gène codant pour Php4 (php4[indice supérieur +]) est elle-même régulée par le statut en fer. Il a d'ailleurs été démontré que le facteur de transcription de type GATA Fep1 réprime l'expression de php4[indice supérieur +] en présence de fer, et ce, en s'associant à son promoteur de manière fer-dépendante. Une étude à large spectre à l'aide de micropuces à ADN a révélé que, lors d'une carence en fer, Php4 réprime la transcription d'un régulon composé de 86 gènes, dont la majorité codent pour des protéines fer-dépendantes ou des composantes impliquées dans l'homéostasie du fer. Parmi ceux-ci se trouve le gène codant pour le répresseur Fep1 (fep1[indice supérieur +]). Cette découverte a mis au jour une boucle de régulation réciproque entre les facteurs de transcription Fep1 et Php4. La capacité de Php4 à réprimer directement la transcription a été confirmée par des essais de type simple-hybride. Ces essais ont également démontré que la fonction de Php4 est inactivée post-traductionnellement en présence d'ions de fer. Php4 est donc un régulateur transcriptionnel capable de jauger les niveaux de fer intracellulaires. L'étude de la régulation de la fonction de Php4 par le fer a permis de découvrir que le répresseur Php4 se localise au noyau lors d'une déficience en fer, tandis qu'il est exporté vers le cytosol par l'exportine Crm1 en présence de fer. Cet exportation nucléaire fer-dépendante implique la glutarédoxine Grx4. L'action inhibitrice de Grx4 sur la fonction de Php4 ne se limite pas à la régulation de sa localisation cellulaire. J'ai pu démontrer qu'en présence de fer, l'activité transcriptionnelle de Php4 est directement inhibée au noyau par Grx4. Cette régulation de Php4 par Grx4 s'avère directe étant donné l'association de ces deux protéines in vivo chez S. pombe. En conclusion, j'ai découvert que le répresseur Php4 est un élément central de la régulation de l'utilisation du fer chez la levure fissipare S. pombe . La découverte du rôle de Grx4 dans la régulation post-traductionnelle de Php4 pave la voie à l'élucidation d'un sentier signalétique par lequel une cellule eucaryote communique son statut en fer à ses régulateurs homéostatiques. La biodisponibilité du fer étant un facteur de virulence majeur chez les levures pathogènes, l'acquisition de nouvelles connaissances quant à la régulation de l'homéostasie du fer chez les mycètes devient cruciale pour le développement de nouveaux agents antifongiques.
15
Nivon, Mathieu. "L'autophagie dépendante du facteur de transcription NFκB : un mécanisme de réponse à l'hyperthermie et à l'agrégation protéique". Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00926473.
Анотація:
La réponse au choc thermique est un mécanisme de défense largement décrit au cours duquel l'expression préférentielle des protéines de choc thermique Hsp aide la cellule à récupérer des dommages causés par l'hyperthermie, comme la dénaturation/agrégation des protéines. Une des conséquences du choc thermique mise en évidence au laboratoire, est l'activation du facteur de transcription NFκB. Cette activation a lieu pendant la période de récupération suivant ce stress. Par comparaison de la réponse au choc thermique de cellules témoins ou déficientes en NFκB, nous avons cherché à étudier les conséquences de l'activation de NFκB par le choc thermique. Nous avons montré que NFκB active un mécanisme augmentant la survie des cellules soumises à une hyperthermie : l'autophagie. L'absence d'induction de ce mécanisme conduit à la mort par nécrose des cellules déplétées en NFκB. Dans ces cellules, l'induction artificielle de l'autophagie restaure une survie normale au stress thermique. Nous avons montré que les principaux régulateurs de l'autophagie (complexes mTOR et PI3Kinase de Classe III) ne sont pas des cibles modulées par NFκB, en réponse à une hyperthermie. En revanche, l'accumulation de protéines dénaturées voire agrégées est un élément primordial pour l'activation de l'autophagie-dépendante de NFκB. En effet dans les cellules déficientes pour NFκB, contrairement aux cellules témoins, l'accumulation de protéines agrégées induite par le traitement hyperthermique, mais aussi par l'expression de formes mutées d'HspB5, n'est pas résorbée ; ceci indique que le contrôle qualité des protéines est altéré dans ces cellules. Cette altération pourrait provenir d'un défaut de formation du complexe BAG3-HspB8 en absence de NFκB. En effet, nous avons montré que la forte expression des gènes bag3 et hspb8, induite suite au stress thermique, est dépendante de NFκB et que l'accumulation du complexe BAG3-HspB8, observé dans les cellules témoins soumises au choc thermique, est inhibée dans les cellules déficientes pour NFκB. Nos résultats démontrent que NFκB induit un processus autophagique en réponse à l'agrégation protéique induite par l'hyperthermie. Ce mécanisme, nécessitant la formation du complexe BAG3-HspB8, augmente la survie des cellules probablement par l'élimination des protéines agrégées générées au cours du stress thermique
16
Nivon, Mathieu. "L’autophagie dépendante du facteur de transcription NFκB : un mécanisme de réponse à l’hyperthermie et à l’agrégation protéique". Thesis, Lyon 1, 2011. http://www.theses.fr/2011LYO10166/document.
Анотація:
La réponse au choc thermique est un mécanisme de défense largement décrit au cours duquel l’expression préférentielle des protéines de choc thermique Hsp aide la cellule à récupérer des dommages causés par l’hyperthermie, comme la dénaturation/agrégation des protéines. Une des conséquences du choc thermique mise en évidence au laboratoire, est l’activation du facteur de transcription NFκB. Cette activation a lieu pendant la période de récupération suivant ce stress. Par comparaison de la réponse au choc thermique de cellules témoins ou déficientes en NFκB, nous avons cherché à étudier les conséquences de l’activation de NFκB par le choc thermique. Nous avons montré que NFκB active un mécanisme augmentant la survie des cellules soumises à une hyperthermie : l’autophagie. L’absence d’induction de ce mécanisme conduit à la mort par nécrose des cellules déplétées en NFκB. Dans ces cellules, l’induction artificielle de l’autophagie restaure une survie normale au stress thermique. Nous avons montré que les principaux régulateurs de l’autophagie (complexes mTOR et PI3Kinase de Classe III) ne sont pas des cibles modulées par NFκB, en réponse à une hyperthermie. En revanche, l’accumulation de protéines dénaturées voire agrégées est un élément primordial pour l’activation de l’autophagie-dépendante de NFκB. En effet dans les cellules déficientes pour NFκB, contrairement aux cellules témoins, l’accumulation de protéines agrégées induite par le traitement hyperthermique, mais aussi par l’expression de formes mutées d’HspB5, n’est pas résorbée ; ceci indique que le contrôle qualité des protéines est altéré dans ces cellules. Cette altération pourrait provenir d’un défaut de formation du complexe BAG3-HspB8 en absence de NFκB. En effet, nous avons montré que la forte expression des gènes bag3 et hspb8, induite suite au stress thermique, est dépendante de NFκB et que l’accumulation du complexe BAG3-HspB8, observé dans les cellules témoins soumises au choc thermique, est inhibée dans les cellules déficientes pour NFκB. Nos résultats démontrent que NFκB induit un processus autophagique en réponse à l’agrégation protéique induite par l’hyperthermie. Ce mécanisme, nécessitant la formation du complexe BAG3-HspB8, augmente la survie des cellules probablement par l’élimination des protéines agrégées générées au cours du stress thermiqueThe heat shock response is a widely described defense mechanism during which the preferential expression of heat shock proteins (Hsps) helps the cell to recover from thermal damages such as protein denaturation/aggregation. We have previously reported that NFκB transcription factor is activated during the recovery period after heat shock. Thus, we aimed to analyze the consequences of NFκB activation during heat shock recovery, by comparing the heat shock response of NFκB competent and incompetent cells. We demonstrated that NFκB plays a major and crucial role during the heat shock response by activating autophagy, which increases the survival of heat-treated cells. Indeed, we observed that autophagy is not activated during heat shock recovery leading to an increased level of necrotic cell death in NFκB incompetent cells. Moreover, when autophagy is artificially induced in these cells, the heat shock cytotoxicity is turned back to normal. We showed that the key regulators of autophagy (mTOR complex, and class III PI3Kinase complex) are not regulated by NFκB after heat shock. In contrast, we observed that aberrantly folded/aggregated proteins accumulation is a prime event in the activation of NFκB -mediated autophagy. Moreover, NFκB -depleted cells accumulate higher levels of protein aggregates induced by either heat shock treatment or mutated form of HspB5, indicating that the protein quality control process seem to be altered in these cells. This alteration could be caused by a defect in BAG3-HspB8 complex formation in NFκB -depleted cells. We demonstrated that heat shock treatment induces a NFB-dependent overexpression of the bag3 and hspb8 genes. Moreover, the accumulation of BAG3-HspB8 complex in heat shocked NFκB -competent cells is inhibited by NFκB depletion. Our findings how / prove / highlight revealed that NFκB -induced autophagy during heat shock recovery is an additional response to protein denaturation/aggregation induced by heat shock. This process depends on the BAG3-HspB8 complex formation and increases cell survival, probably through clearance of aggregated proteins
17
Tollenaere, Armelle. "Étude de la balance transcriptionnelle du rétrovirus HTLV-1 : identification d'un nouveau mécanisme de répression de la transcription antisens du rétrovirus HTLV-1 par la transcription sens Hijacking of the O-GlcNAcZYME complex by the HTLV-1 Tax oncoprotein facilitates viral transcription." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2019. https://wo.app.u-paris.fr/cgi-bin/WebObjects/TheseWeb.woa/wa/show?t=2091&f=16975.
Анотація:
Le rétrovirus HTLV-1 qui infecte principalement les lymphocytes T CD4+ est responsable du développement de la leucémie T de l'adulte et d'une pathologie inflammatoire du système nerveux central appelée Paraparésie Spastique Tropicale. Le pouvoir oncogène de ce virus est du à l'expression de deux oncoprotéines virales, les protéines Tax et HBZ. La production de Tax ainsi que de toutes les autres protéines du virus à l'exception d'HBZ est contrôlée par le promoteur sens du virus localisé dans le LTR (Long Terminal Repeat) 5' du virus. La transcription antisens du virus, régulée par le LTR3' donne naissance à deux transcrits l'un épissé, sHBZ, l'autre non, usHBZ. Ces deux ARN une fois traduits permettent la synthèse de deux protéines HBZ différant de quelques acides aminés seulement en N-terminal. Alors que Tax et HBZ provoquent la prolifération accrue des lymphocytes infectés, l'accumulation d'anomalies génétiques, l'immortalisation des lymphocytes, etc.. paradoxalement l'expression de Tax est perdue dans la plupart des cas de leucémie T de l'adulte. Cette perte d'expression passe souvent par la répression de l'expression sens du virus. Ainsi alors que Tax et HBZ participent activement à l'émergence des clones leucémiques, la balance transcriptionnelle est dérégulée en faveur de HBZ au stage final de la transformation par le HTLV-1. Afin de mieux comprendre la pathogenèse associée à HTLV-1 il est donc primordial de comprendre comment la balance entre transcription sens et antisens du virus est régulée dans les premiers temps de l'infection. Alors que l'effet inhibiteur d'HBZ sur la transcription sens est bien décrit, l'effet de la transcription sens et de Tax sur la transcription antisens est encore mal caractérisé. Dans cette étude, nous montrons que dans le contexte de provirus intégrés, le promoteur de sHBZ est moins actif en présence d'une transcription sens. Afin de confirmer ce phénomène, nous avons utilisé deux inhibiteurs pharmacologiques de la transcription sens, la Spironolactone et la Chaetocine pour analyser l'effet d'une diminution du niveau de transcription sens sur la production de sHBZ et usHBZ. Il est montré que l'inhibition de la transcription sens entraine une diminution de la transcription d'usHBZ et une augmentation de la transcription de sHBZ. Les deux transcrits antisens présentent donc une évolution opposée vis à vis de la transcription sens. Pour mieux définir le mécanisme de perturbation de la transcription antisens par la transcription sens, un nouveau modèle a été mis point. Des lignées stables de Jurkat ont été constituée soit avec un plasmide au sein duquel la transcription sens est contrôlée par le CMV, soit ne permettant pas de transcription sens. Ce modèle permettra l'analyse précise des promoteurs du LTR3' et la caractérisation du mécanisme d'inhibition de la transcription de sHBZ par la transcription sensHTLV-1 retrovirus infects mainly T CD4 lymphocytes and is the causative agent of Adult T cell Leukemia and an inflammatory pathology targeting the central nervous system named Tropical spastic paraparesis. The oncogenic properties of this virus lay in the expression of two oncoproteins, Tax and HBZ. Tax and all viral products except for HBZ are produced from the sense promoter of the virus located in the 5'LTR (Long Terminal Repeat). HTLV-1 antisense transcription leads to the synthesis of two transcripts one spliced, sHBZ, the other one unspliced, usHBZ. These two RNAs once translated give birth to two HBZ protein in which only a few amino acid differ in N-terminal extremity of the proteins. Tax and HBZ induce T lymphocytes proliferation, genomic abnormalities, lymphocytes immortalisation, ... Yet in leukemic cells, most of the time, Tax expression is lost, often by epigenetic repression of the 5'LTR. Thus even if Tax and HBZ actively take part in leukemic clones emergence, HTLV-1 transcriptional balance is deregulated in favor of HBZ at the final stage of transformation. In order to better comprehend how HTLV-1 leads to the development of leukemia, it is essential to understand how HTLV-1 transcriptional balance is regulated in the first steps of HTLV-1 infection. Whereas HBZ inhibitory effect on sense transcription is well described, little is known on the effect of sense transcription on HBZ expression. In this study, it has been shown that sHBZ promoter is less active in HTLV-1 infected lymphocytes with an active sense transcription. To confirm this observation, two pharmacological inhibitors of sense transcription have been caracterized and used to analyze the effect of a change in sense transcription level on sHBZ and usHBZ production. The inhibition of sense transcription is shown to inhibit usHBZ expression and enhance sHBZ transcription. The two antisense transcripts thus exhibit opposite patterns regarding sense transcription. To better define how this repression on sHBZ production is established and how the two promoters in the 3'LTR are regulated, a new model has been built. Jurkat T cells are stably transfected with a plasmid allowing the expression of sense transcripts under the control of the CMV promoter or a plasmid without sense transcription. These models will allow a precise characterization of sHBZ and usHBZ promoter and the deciphering of the inhibition initiated by sense transcription on sHBZ expression
18
Sauvé, Simon. "Détermination du mécanisme de discrimination entre l'ADN spécifique et non-spécifique par les facteurs de transcription B/HLH/LZ." Thèse, Université de Sherbrooke, 2006. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4228.
Анотація:
Le réseau de facteurs de transcription c-Myc/Max/Mad contrôle la transcription de plus de 1500 gènes à l'intérieur du génome humain. Dans ce réseau, les domaines basic-Helix-Loop-Helix-Leucine Zipper (b/HLH/LZ) sont responsables de la reconnaissance moléculaire entre les protéines et de la liaison au promoteur des gènes cibles. Par contre, les détails du mécanisme de liaison spécifique à l'ADN demeurent inconnus. Dans cette thèse, nous révélons le mécanisme de discrimination entre les séquences spécifiques et non-spécifiques par les facteurs de transcription b/HLH/LZ. Article 1: À partir de la détermination par Résonance Magnétique Nucléaire (RMN) de la structure et la dynamique du dimère b/HLH/LZ de Max en solution et en absence d'ADN, nous avons proposé un mécanisme pour la formation spécifique et réversible de complexes protéine/ADN par cette famille de facteurs de transcription. En solution et en absence d'ADN, les domaines H1LH2/LZ sont bien repliés alors que la région basique est majoritaire non-repliée. Nous avons démontré que H1 déploie des mouvements de grande amplitude dans l'échelle de temps de la nanoseconde. Nous avons proposé que ces mouvements résultent d'un "cluster" de chaînes-latérales basiques à l'intérieur des conformères partiellement repliés. Via cette structure, nous avons proposé un mécanisme de liaison à l'ADN composé d'un mélange de sélection conformationelle et de repliement assisté par l'ADN. Premièrement, l'état partiellement replié lie directement le sillon majeur de l'ADN par mode de sélection conformationelle. Cette étape permet la liaison de séquences d'ADN spécifique (ASp) et non-spécifique (ANSp). Ensuite, la région basique subit un repliement assisté par l'ADN de sa structure secondaire en hélice alpha. Nous avons proposé que le repliement et la stabilisation de cette région basique soient responsables de la discrimination entre les ASp et ANSp. Lorsque le complexe-ANSp est formé, la région basique est majoritairement non-repliée à cause des interactions non-favorables entre les chaînes-latérales de la protéine et l'ADN ce qui donne lieu à des complexes de faible affinité avec une haute probabilité de se dissocier. Dans le cas d'un complexe-ASp, les interactions favorables entre les chaînes-latérales clés de la région basique (e.g. E12) et l'ADN favorise l'équilibre vers la forme optimalement replié de la région basique et du complexe de haute affinité. Article 2: Afin de vérifier notre mécanisme proposé, nous avons réalisé des études de structure, stabilité thermodynamique et de dynamique de la protéine Max en complexe avec ASp (5'-CACGTG-3') et ANSp (5'-GGATCC-3') par Dichroïsme Circulaire (CD) et RMN. Nous démontrons qu'il y a une différence apparente d'affinité entre l'ASp (KD=110 8) et l'ANSp (KD=1106) pour Max. Aussi, le complexe-ASp contient plus de structure secondaire par rapport au complexe-ANSp. Ces résultats supportent notre mécanisme où la région basique du complexe-ANSp est moins repliée. Par RMN, nous démontrons que la région basique du complexe-ANSp est plus dynamique et flexible que le complexe-ASp. Une analyse moléculaire de l'interface de liaison protéine/ADN montre que l'interaction clé entre la Glutamate E12 et les nucléotides CA de l'ASp est absente dans le cas de l'ANSp. Ceci mène à la dénaturation de la région basique dans le complexe NSD et permet la dissociation de l'ADN. Dans une vue d'ensemble, cette thèse présente un mécanisme pour la discrimination des Asp des ANSp par les facteurs de transcription b/HLH/LZ. Ces informations sont importantes pour le design rationnel de nouveaux agents thérapeutiques afin de combattre les cancers impliquant l'oncoprotéine c-Myc.
19
Veschambre, Philippe. "Mécanisme d'action du transactivateur viral Tat sur l'initiation de la transcription du promoteur HIV-1 : rôle de l'interaction de Tat avec les facteurs généraux de transcription TBP et TFIIB." Lyon 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LYO1T290.
20
Ioannoni, Raphaël. "Élucidation du rôle et du mécanisme d’action de la protéine Cuf2 lors de la méiose chez la levure Schizosaccharomyces pombe." Thèse, Université de Sherbrooke, 2016. http://hdl.handle.net/11143/9542.
Анотація:
Chez Schizosaccharomyces pombe, le cycle méiotique est le mode de division cellulaire spécialisé qui permet la formation d’ascospores résistantes à différents stress lorsque les conditions environnementales ne sont pas propices à la multiplication cellulaire. Lors de mes travaux de thèse, mes objectifs consistaient à caractériser le rôle et le mécanisme d’action de la protéine Cuf2 lors du cycle méiotique chez S. pombe. Mes résultats ont montré que le gène cuf2[indice supérieur +] était exprimé exclusivement lors des divisions méiotiques et que la protéine se co-localisait de manière constitutive avec le matériel génétique. De plus, mes résultats ont dévoilé que Cuf2 participait à l’activation et à la répression de plusieurs gènes méiotiques selon un mécanisme de nature transcriptionnelle en s’associant spécifiquement avec leur région promotrice. Par la suite, mes résultats ont mis en évidence que Cuf2 interagissait physiquement avec Mei4, un facteur de transcription méiose-spécifique, au noyau des cellules méiotiques. Notamment, mes résultats ont montré que la présence de Mei4 et de son motif de liaison à l’ADN dénommé FLEX étaient nécessaires afin que Cuf2 puisse s’associer au promoteur de son gène cible fzr1[indice supérieur +] afin d’en activer l’expression. L’ensemble de mes résultats indiquent que Cuf2 et Mei4 interagissent aux promoteurs de certains gènes lors des divisions méiotiques afin d’en co-activer l’expression. D’ailleurs, mes résultats ont également montré que la fonction de Cuf2 était importante à la formation d’ascospores et à leur viabilité ; en absence de Cuf2, la majorité des ascospores présentent diverses aberrations et plus de la moitié d’entre elles sont non-viables. Globalement, mes résultats démontrent que Cuf2 est un régulateur critique de l’expression génique lors du cycle méiotique et que cette fonction est essentielle à la sporulation chez S. pombe.
21
Chamboredon, Sandrine. "La répression des gènes cibles directs sparc et collagène alpha2(I) par l'oncoprotéine v-Jun au cours de la transformation : un nouveau mécanisme qui implique les facteurs de transcription ubiquitaires SP1et Sp3." Lyon, École normale supérieure (sciences), 2004. http://www.theses.fr/2004ENSL0277.
22
Raffalli, Chloé. "Les allergies cutanées aux fragrances : mécanisme d'action et rôle du facteur de transcription Nrf2. Du modèle 2D au modèle 3D." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS045/document.
Анотація:
La dermatite allergique de contact (DAC) est une réaction inflammatoire aiguë, médiée par les cellules dendritiques (DCs) survenant suite à l’exposition répétée de la peau avec une molécule allergisante. La prévalence estimée des cas de DAC aux substances parfumantes est de 1,7 % à 4,1 % dans la population générale. Les molécules allergisantes sont des molécules appelées haptènes, qui vont se conjuguer avec des protéines de l’épiderme ou du derme. C’est le cas du cinnamaldéhyde (CinA), une molécule retrouvée dans la cannelle. Le linalol et le limonène sont des terpènes présents dans la lavande et l’orange, qui vont s’autoxyder au contact de l’air pour former des allergènes puissants, tels que les hydroperoxydes allyliques. Le premier objectif de cette thèse a été d’étudier le mécanisme d’action de ces terpènes et leurs hydroperoxydes allyliques respectifs sur la lignée cellulaire THP-1, qui sert de substitut aux cellules dendritiques. Le rôle du facteur de transcription Nrf2, majeur dans la lutte contre le stress oxydant, a également été investigué.Les consommateurs de produits cosmétiques sont exposés à de faibles concentrations de molécules allergisantes, mais plusieurs fois par jour ou par semaine. Nous avons souhaité étudier l’exposition répétée à de faibles doses d’haptène sur la peau.Les kératinocytes jouent également un rôle dans la DAC : ce sont les premières cellules qui vont rencontrer la molécule allergisante dans la peau. La deuxième partie de ce travail a été d’étudier l’impact d’une exposition répétée de CinA à de faible concentration sur ces KCs et plus particulièrement sur la différenciation de l’épiderme, en utilisant un modèle organotypique de peau en 3DAllergic contact dermatitis (ACD) represents a severe health problem. It is a dendritic cells (DCs) mediated skin disease caused by repeated exposure to an allergenic compound. ACD cases of fragrances in general population is estimated from 1.7 % to 4.1%. Contact sensitizers are compounds termed haptens and they will form a conjugate with epidermis and dermis proteins. Example is cinnamaldehyde (CinA), a molecule found in cinnamon. Linalool and limonene are terpenes found in lavender and oranges. In contact with the air, they will autoxidize to form highly allergenic compounds: allylic hydroperoxides. The first aim of this thesis was to study the mechanism of action of those terpenes and their respective allylic hydroperoxides on THP-1 cell-line, described as a surrogate of DCs. The transcription factor Nrf2 is playing a major role in oxidative stress and was also investigated.Consumers of cosmetic products are exposed to low quantities of allergenic compounds, but several times a day or a week. We wanted to study repeated exposure of low concentration of haptens on the skin.KCs also play a key role in ACD: they are the first cells that will encounter the allergenic compound in the skin. The second aim of this thesis was to study the impact of repeated exposure of low concentrations of CinA on those KCs and more particularly on the epidermis differenciation, using a 3D organotypic culture of skin
23
Roy, Gauthier. "Étude d'un système d'acquisition du cuivre chez Bordetella pertussis : nouveau mécanisme de régulation post-transcriptionnelle et caractérisation fonctionnelle préliminaire." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2022. http://www.theses.fr/2022ULILS058.
Анотація:
Les métaux de transition sont des micronutriments essentiels dans le cycle de vie de nombreux organismes vivants, y compris les bactéries. Ils jouent un rôle important à l'interface hôte-pathogène : l'hôte restreint l'accès au fer, au manganèse et au zinc pour les bactéries qui l'infectent, tout en les intoxiquant avec du cuivre ou du zinc pendant la phagocytose. Les bactéries ont donc acquis différents mécanismes d'homéostasie afin de s'adapter à ces conditions. Alors que des systèmes d'importation du fer, du manganèse ou du zinc ont été caractérisés, peu de choses sont connues pour le cuivre, pour lequel les études se sont concentrées sur les mécanismes de défense. Par ailleurs, alors que plusieurs mécanismes de régulation post-transcriptionnels sont connus pour d'autres métaux, seuls des régulateurs transcriptionnels ont été identifiés en réponse au cuivre.Des travaux antérieurs menés sur l'homéostasie du cuivre chez le pathogène humain Bordetella pertussis, responsable de la maladie de la coqueluche, ont montré que cette bactérie a perdu la plupart des mécanismes de défense connus contre l'excès de cuivre. En revanche, nous avons identifié un opéron de trois gènes appelés bp2923-bfrG-bp2921, dans lequel les deux derniers gènes sont régulés négativement par un excès de cuivre. bfrG est prédit pour coder un transporteur TonB-dépendant, une famille de protéines connue pour l'importation de métaux à travers la membrane externe des bactéries à Gram négatif, et bp2921 a un homologue prédit pour coder une sidérophore réductase. Ceci indique que ce système pourrait être impliqué dans l'acquisition du cuivre. Nous avons montré que la protéine codée par le premier gène, membre de la famille de protéines DUF2946, représente un nouveau type d'upstream Open Reading Frame (uORF) impliquée dans la régulation post-transcriptionnelle des gènes en aval. En l'absence de cuivre, l'opéron entier est transcrit et traduit. La perception du cuivre par la protéine naissante codée par bp2923 via un motif conservé CXXC déclenche la terminaison de transcription Rho-dépendante entre le premier et le deuxième gène en libérant le ribosome arrêté sur un motif conservé C-terminal RAPP. Les homologues de bp2923 sont répandus dans les génomes bactériens, dans lesquels ils sont en tête d'opérons prédits pour coder des mécanismes d'importation ou d'utilisation du cuivre. Nous avons donc identifié un nouveau mode de régulation génétique par un métal de transition et identifié une fonction de régulation pour un membre d'une famille de protéines bactériennes non caractérisées que nous avons appelé CruR, pour Copper responsive upstream Regulator. Des travaux supplémentaires sur ce système ont mis en lumière la complexité de la régulation bactérienne, car notre opéron est régulé non seulement par le cuivre, mais est aussi surexprimé par la modulation de la virulence et en phase stationnaire de croissance.Par ailleurs, nous avons commencé à caractériser la fonction de cet opéron. Nous avons montré que BfrG lie du cuivre in vitro, et des analyses phénotypiques ont montré le rôle de l'opéron pour la croissance bactérienne lorsque B. pertussis rencontre des conditions de faible oxygénation. Parmi les protéines à cuivre produites par B. pertussis, on trouve plusieurs cytochrome-oxydases de la chaîne respiratoire, ce qui suggère que BfrG et Bp2921 joueraient un rôle dans l'acquisition du cuivre pour leur assemblage. Combinées aux résultats de régulation, ces données suggère que notre opéron pourrait contribuer à dans la persistance bactérienne dans le tractus respiratoire lors de l'infection. Beaucoup d'aspects de ce système restent méconnus et nécessiteront d'être étudiésSeveral transition metals are essential micronutrients for most living beings, including bacteria. In addition, they play important roles at the host-pathogen interface: the host tends to restrict bacterial access to iron, manganese and zinc, while intoxicating invading microorganisms with copper or zinc during phagocytosis. Bacteria have therefore acquired various homeostasis mechanisms in order to adapt to those conditions. Whereas iron, zinc or manganese import systems have been extensively characterized, very little is known for copper, for which studies have mostly focused on defense mechanisms. Besides, while several post-transcriptional regulation mechanisms are known for other metals, only transcriptional regulators have been identified in response to copper.Previous work performed in the laboratory on copper homeostasis in the human-restricted pathogen Bordetella pertussis, responsible for the whooping cough disease, has shown that this bacterium has shed most of its defense mechanisms against excess copper. On the other hand, we have identified a three-gene operon called bp2923-bfrG-bp2921, in which the last two genes are down-regulated by copper excess. bfrG is notably predicted to encode a TonB-dependent transporter, a protein family well-known for metal import across the outer membrane in Gram-negative bacteria, and bp2921 has a characterized homolog encoding a siderophore reductase, which hints at a system involved in copper acquisition. We have shown that the protein encoded by the first gene, a member of the DUF2946 protein family, represents a new type of upstream Open Reading Frame (uORF) involved in post-transcriptional regulation of the downstream genes. In the absence of copper, the entire operon is transcribed and translated. Perception of copper by the nascent bp2923-coded protein via its conserved CXXC motif triggers Rho-dependent transcription termination between the first and second genes by relieving translation arrest on a conserved C-terminal RAPP motif. Homologs of bp2923 are widespread in bacterial genomes, where they head operons predicted to participate in copper importation or utilization. We have thus identified a new mode of genetic regulation by a transition metal and identified a regulatory function for a member of an uncharacterized family of bacterial proteins that we have named CruR, for Copper responsive upstream Regulator. Additional work on this system has shed a light on the complexity of bacterial regulation, as our operon is regulated not only by copper, but is also overexpressed upon virulence modulation or in stationary growth phase.We have also initiated the characterization of the function of this operon. BfrG has been shown to specifically bind copper in vitro, and phenotypic analyses have shown a crucial role for the operon when B. pertussis is placed in low-oxygen conditions. Among the cuproproteins produced by B. pertussis are several cytochrome oxidases in the respiratory chain, which suggests that BfrG and Bp2921 could play a role in delivering copper for their assembly. Combined with results on the regulation, this suggests a possible role for copper and our operon in bacterial persistence in the respiratory tract during infection. Many aspects of this system remain to be further investigated
24
Jacques, Cécile. "Etude du rôle et du mécanisme d'action des facteurs de transcription glial cell deficient/glial cells missing au cours du développement." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2007. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2007/JACQUES_Cecile_2007.pdf.
Анотація:
Les facteurs de transcription Gcm et Gcm2 sont connus pour leur rôle de déterminants gliaux et plasmatocytaires chez l’embryon de drosophile. Lors de ma thèse, j’ai mis en évidence que les gènes gcm-gcm2 sont requis pour la différenciation terminale d’une sous-population de cellules tendon. Par la suite, nous avons montré que l’orthologue c-GCM1 chez le poulet est requis lors de l’embryogenèse pour la différenciation des précurseurs neuraux de la moelle épinière en neurones. De façon surprenante, nous avons également mis en évidence que les gènes de type gcm sont exprimés et requis dans des lignages neuronaux du cerveau de la drosophile aux stades post-embryonnaires. Toutes ces études nous ont permis de montrer que le rôle spécifique des facteurs de transcription Gcm dépend du contexte cellulaire où ils sont exprimés. Un crible double-hybride m’a permis l’identification du cofacteur dpias et son étude m’a permis de montrer une implication de Gcm au cours l’hématopoïèse larvaireGcm-Gcm2 transcription factors are known for their role in glial and plasmatocytes differentiation in Drosophila embryo. During my PhD, I have shown that gcm-gcm2 genes are required for terminal differentiation of a subpopulation of tendon cells. Thereafter, we showed that the chicken c-GCM1 orthologue is required during embryogenesis for the differentiation of spinal cord neural precursors into neurons. We have also shown that gcm genes are expressed and required in post-embryonic neural brain lineages of Drosophila. All these studies show that the specific role of Gcm transcription factors depends on the cellular context in which they are expressed. A two hybrid screen enabled me to identify the cofactor dpias and its study has allowed me to show the implication of Gcm in larval hematopoiesis
25
Ayach, Maya. "Interaction hôte-pathogène : mécanisme d’inhibition de la synthèse protéique humaine par la protéine circumsporozoïte de Plasmodium falciparum, agent du paludisme." Strasbourg, 2011. http://www.theses.fr/2011STRA6100.
Анотація:
Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à l’étude de l’influence de l’interaction hôte-parasite sur la synthèse protéique de l’Homme et de Plasmodium falciparum (parasite responsable du paludisme), respectivement. J’ai développé deux aspects : (i) l’étude de l’étape d’aminoacylation des ARN de transfert (ARNt) en comparant les systèmes de l’Homme et du parasite et (ii) l’élucidation d’un mécanisme d’inhibition de la synthèse protéique chez l’Homme par une protéine de surface secrétée par le parasite lors de l’infection des hépatocytes. Chez Plasmodium falciparum, la Tyrosyl-ARNt synthétase (TyrRS) cytosolique est “classique “ du point de vue organisation structurale. Elle est constituée de deux modules fonctionnels, un domaine catalytique et un domaine de liaison à l’ARNt. Les caractéristiques cinétiques d’aminoacylation (KM, Kcat et plateau) de l’enzyme ont été déterminées. J’ai montré que la TyrRs du parasite aminoacyle avec la même efficacité les transcrits d’ARNtTyr de Plasmodium et de l’Homme. En revanche, seulement une fraction d’ARNt modifiés humains sont chargeables par l’enzyme du parasite, indiquant que les réactions d’aminoacylation “croisées “ entre les systèmes du parasite et de l’Homme sont possibles, mais que leur efficacité varie d’un système à l’autre. Contrairement à la TyrRS cytosolique, la TyrRS apicoplastique du parasite est caractérisée par la présence de deux insertions. Ces insertions sont caractéristiques des protéines du parasite et sont appelées LCR (Low Complexity Region). La présence de ces LCR dans la TyrRS apicoplastique, mais aussi dans la majorité des autres protéines de Plasmodium est une contrainte pour leur expression dans un organisme hétérologue. Cette difficulté est une limite considérable dans l’étude de Plasmodium. Au cours de mon travail de thèse, j’ai participé à l’élaboration d’une théorie quant à la fonction de ces LCR et à leur importance pour la production des protéines solubles. Ces LCR seraient impliquées dans le processus de repliement co-traductionnel des protéines du parasite. Enfin, la plus grande partie de mon travail a consisté à étudier une l’effet de l’interaction hôte-pathogène sur la synthèse protéine dans les cellules du foie humain au cours de la phase hépatique de l’infection. Les sporozoïtes qui infectent le foie présentent à leur surface une protéine membranaire appelée la protéine circumsporozoïte (CSP). Des résultats antérieurs datant de 1997 montrent que la CSP est sécrété, elle se localise au niveau du réticulum endoplasmique et inhibe la traduction dans la cellule hôte. J’ai démontré in vitro, en utilisant des réticulocytes de lapin, que la CSP inhibe la traduction très efficacement, que cette inhibition prend place au niveau de la formation du complexe d’initiation 48 S et que c’est le résultat de l’interaction directe de la CSP sur la petite sous-unité ribosomale 40 S humaine. L’ensemble de ce travail montre pour la première fois que, comme les virus, les parasites peuvent agir directement sur la synthèse protéique de leur hôte. En replaçant mon étude dans le cadre du travail de l’équipe, je discute du rôle éventuel de cette inhibition sur le développement du parasiteDuring my PhD, I was concerned by the study of the host-parasite interaction and its consequences on protein synthesis in human and Plasmodium falciparum (parasite responsible of the malaria) respectively. I have developed two major aspects : (i) The study of the aminoacylation reaction of transfer RNA and thus by comparison of human and parasite systems and (ii) the understanding of the mechanism of inhibition of protein synthesis in human by the Circumsporozoite protein of the parasite, a transmembrane protein which is secreted during the parasite infection of host hepatocytes. The plasmodial cytosolic tyrosyl-tRNA synthetase is a classical synthetase concerning its structural organization. It possesses two functional domains, catalytic domain and tRNA binding one. The kinetic characteristics of the aminocylation reaction (Km, Kcat and plateau) were determined. I have clearly shown that plasmodial TyrRS animoacylates both transcripts of plasmodial and human tRNATyr with the same efficiency. On the other hand, only a small fraction of modified human tRNATyr was aminoacylated by the parasite enzyme. These results indicate that crossaminoacylation reactions between the parasite and human are possible, but their efficiency varies from one system to another. Concerning the apicoplastic TyrRS, this enzyme, at the opposite of the cytosolic one, it presents two insertions. These insertions are characteristic of some parasite proteins and are called LCR (Low Complexity Region). The presence of such sequences in the apicoplastic TyrRS but also in other parasite proteins makes their expression in heterologous systems a difficult obstacle in the study of the parasite. During my PhD work, I did participate to the collaboration of a new hypothese concerning the function and the role of these insertions in the production of soluble proteins. These LCRs play a key role in the co-translational folding of the parasite proteins. Finally, the big part of my work concerns the study of consequence of the host-parasite interactions on protein synthesis in human liver cells during the hepatic stage of the infection. During this stage, the parasite is covered by a transmembrane protein called the Circumsporozoite protein (CSP). Previous study in 1997 showed that CSP is secreted by the parasite, and co-localizes with endoplasmique reticulum where it does probably inhibit host translation. I have demonstrated by using rabbit reticulocytes lysate, that CSP inhibits efficiently translation and that by inhibiting the formation of pre-initiation complex 48 S. This inhibition involves a direct interaction between the CSP and the small ribosomal particle 40 S. This work shows for the first time that parasites, like some virus, could affect directly host protein synthesis. My work is part of large project concerning the study of hepatic stage of the infection; in this manuscript I will discuss the role and the consequences of such translation inhibition on the parasite life cycle
26
Wang, Qiannan. "Investigation du mécanisme fonctionnel des gènes AtRING1 et AtZRF1 dans la régulation de la croissance et du développement chez les plantes." Thesis, Strasbourg, 2018. http://www.theses.fr/2018STRAJ129/document.
Анотація:
Chez les plantes comme chez les animaux, les protéines du groupe Polycomb (PcG) jouent des rôles essentiels dans les processus développementaux par la répression de l'expression des gènes. Ces protéines fonctionnent en complexes multi-protéiques; dont les mieux caractérisés sont Polycomb Repressive Complex 1 (PRC1) et PRC2. Bien que PRC2 a été étudié extensivement chez Arabidopsis, ce n’est que récemment que des composants de PRC1 ont été identifiés chez les plantes et leur mécanisme de fonctionnement reste peu conclusif. Dans mes travaux de thèse, j’ai caractérisé AtRING1, un sous-unité essentiel du PRC1, et AtZRF1, une protéine proposée comme lecteur de l’histone H2A monoubiquitinée (H2Aub1) en aval du fonctionnement du PRC1. Mes résultats montrent qu’une perte-de-fonction totale de AtRING1A, par ‘CRISPR/Cas9 gene-editing’, causes une létalité partielle embryonnaire et la dédifférenciation cellulaire de la plantule d’Arabidopsis. Les mutations du domaine RAWUL au C-terminal de AtRING1A sont plus tolérées mais induisent certains défauts sur la croissance végétative, la floraison, l’organogénèse, et la production des graines. Mes analyses moléculaires révèlent que ces mutations du domaine RAWUL réduisent H2Aub1 et augmentent l’expression de plusieurs gènes essentiels dans la régulation du développement de la plante. Ainsi, mes données ont permis à établir une fonction primordiale de AtRING1 et à attribuer un rôle de son domaine RAWUL dans la déposition de H2Aub1 et répression des gènes in vivo. Nos analyses sur AtZRF1 ont permis à détailler son rôle sur la division and différenciation cellulaireIn plants as in animals, the Polycomb Group (PcG) proteins play key roles in diverse developmental processes by repressing the expression of genes. These proteins work in multi-protein complexes, among them the best characterized ones are Polycomb Repressive Complex 1 (PRC1) and PRC2. Although PRC2 was extensively studied in Arabidopsis, it is only recently that components of PRC1 were identified in plants and their function mechanism remains largely elusive. My thesis work focused on the characterization of AtRING1A, one of the PRC1 core subunits, and of AtZRF1, a protein proposed as a reader of the histone H2A-monoubiquitin (H2Aub1) downstream to the PRC1 function. My results show that a total loss-of-function of AtRING1A, by CRISPR/Cas9 gene editing, leads to partial embryonic lethal and callus-formation of seedlings in Arabidopsis. Several mutations within the RAWUL domain at the C-terminus of AtRING1A are better tolerated and induce several defects in plant vegetative growth, flowering time, floral organ formation and seed production. My molecular data indicate a role of the RAWUL domain in H2Aub1 deposition in vivo and suppression of several key developmental genes. Our characterization of loss-of-function of AtZRF1 provides important detailed information about its function in the regulation of cell division and cell differentiation
27
Malenfant, Francis. "La régulation de l’expression génique peut passer par un mécanisme de terminaison prémature de la transcription dépendant de la RNase III chez Saccharomyces cerevisiae." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2017. http://hdl.handle.net/11143/11078.
Анотація:
L’expression des gènes est un ensemble hautement régulé de mécanismes ayant pour objectifs de synthétiser les protéines fonctionnelles dont la cellule a besoin à partir des codes inscrits dans l’ADN. Pour contrôler la quantité de signal utilisé et pour que ce message puisse physiquement traverser la cellule, celle-ci utilise la transcription des ARN messagers comme intermédiaire. Pour assurer la qualité de ce signal et pour contrôler son niveau d’expression, plusieurs mécanismes de dégradation des ARNm se coordonnent dans les organismes en fonction de leurs spécificités propres. La littérature a depuis longtemps démontré les liens entre les machineries de synthèse des ARNm et celles de leur dégradation en identifiant comment ceux-ci travaillent ensemble pour assurer une bonne régulation génique. Un de ces mécanismes induit une terminaison dans la région non-codante en 3’ de certains gènes à partir d’un clivage par la ribonucléase III. Dans ce mémoire, nous voulons démontrer qu’un mécanisme similaire dépendant de la ribonucléase III peut induire une terminaison prémature de la transcription à l’intérieur même de séquences codantes. Ce mécanisme semble être indépendant du promoteur et du terminateur des gènes, préférant réguler sa sélectivité à partir de la structure liée au clivage de l’ARNm. Plusieurs séquences et structures sous forme de tige-boucles d’ARNm peuvent être reconnues par la ribonucléase III. Cependant, il existe des différences fonctionnelles entre les différentes tige-boucles et toutes n’induisent pas un mécanisme de terminaison prématurée. Comme ce type de mécanisme doit être inductible et/ou permissible afin de ne pas empêcher complètement l’expression des gènes cibles, nous pouvons potentiellement faire affaire à un nouveau modèle de régulation génique.Abstract : Gene expression is a highly regulated coordination of processes with the objective of producing functional proteins from the DNA code of the cell. To control the amount of proteins produced, cells use messenger RNAs as an intermediate to permit genomic information to move across the cell. To assure the quality of this signal and to control the level of gene expression, many RNA degradation mechanisms coordinate together according to their own specificities. Scientific literature has demonstrated long ago the existing interactions between RNA synthesis and RNA degradation pathways and how they closely work together to achieve viable gene expression regulation. One of those mechanisms induces transcription termination in the 3’ untranscribed region of coding genes initiated with a RNA cleavage from a ribonuclease III. In this master thesis, we show that a similar RNase III dependent mechanism can induce premature transcription termination inside the coding sequence. This mechanism seems promotor and terminator independent and depends mostly on the sequence coding for a stem-loop structure in the mRNA. Different sequences can induce a stem-loop structure recognizable by RNase III. However, there are some functional differences between stem-loop structures and not all of them can induce premature transcription termination. Since this mechanism must not happen every time and somehow must be inducible to permit gene expression when needed, this could possibly lead to a new gene regulation model.
28
Bidon, Baptiste. "Mediator and NER factors in transcription initiation." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAJ093/document.
Анотація:
La synthèse d’ARN messagers résulte d’une cascade d’évènements temporellement et spatialement orchestrée. Au moment de l’initiation de la transcription, divers facteurs tels que les facteurs généraux de transcription, le complexe Médiateur, des co-activateurs, des facteurs de remodelage de la chromatine ainsi que l’ARN polymérase II sont recrutés au niveau de la région promotrice du gène. Certains facteurs de la voie NER de réparation de l’ADN sont également recrutés. En utilisant des cellules de patients porteurs de mutations dans les gènes MED12 (sous-unité du Médiateur) ou XPC (facteur initiant la voie NER), nous avons pu étudier le rôle de ces protéines dans la transcription. Les patients MED12 sont notamment caractérisés par une lourde déficience intellectuelle et des malformations congénitales. Nous avons montré que MED12 est impliqué dans le contrôle de certains gènes de réponse immédiate comme JUN, qui contribue notamment au développent et à la plasticité cérébrale. L’expression de ce dernier est affectée par les mutations de MED12, mais différemment en fonction de la position de la mutation, apportant une possible indication sur l’origine des variations phénotypiques observées chez les patients. En parallèle, les patients XPC se caractérisent par une forte photosensibilité. Nous avons montré que la protéine XPC, en collaboration avec le facteur E2F1, est impliquée dans le recrutement de l’histone acetyl-transférase GCN5 au niveau du promoteur d’un certain nombre de gènes. Cette dernière permet notamment l’a modification de l’environnement chromatinien, en coopération avec le facteur général de transcription TFIIH et participe ainsi à l’initiation de la transcription. En plus d’approfondir la compréhension des mécanismes régissant la transcription, ces résultats ont permis de mieux comprendre l’étiologie des maladies associées aux mutationsThe synthesis of messenger RNA is a highly regulated process. During transcription initiation, a large number of proteins are recruited to gene promoter, including the RNA polymerase II, general transcription factors, co-activators, chromatin remodellers and the Mediator complex. Some DNA repair factors from the NER pathway are also recruited. Using cells derived from patients bearing mutations in either MED12 gene or XPC gene, we studied the roles of such proteins in transcription. MED12 patients are mostly characterised by intellectual disability and developmental delay. We showed that MED12 is implicated in the transcription regulation of immediate early genes like JUN, known for its role in neurological development and neuronal plasticity. JUN expression is markedly altered by MED12 mutations. We also showed that the position of the mutation influences this alteration, bringing possible explanation for inter-patients symptom variability. Meanwhile, XPC patients are mostly characterized by photosensitivity. We showed that XPC protein, which engages one of the NER pathways, is implicated in chromatin post-translational modification. Together with E2F1, it helps the recruitment of GCN5 acetyl-transferase to promoter of a certain set of genes. On the promoter, GCN5 notably cooperates with TFIIH to modify the chromatin environment during transcription initiation. In addition to help the comprehension of the transcription mechanisms, these results bring knew insight into the aetiology of mutations associated diseases
29
Vieu, Erwann. "Dissection du mécanisme de terminaison-antiterminaison au niveau du terminateur tR1 du phage lambda : application à l'étude des complexes ARN-protéine in vivo." Orléans, 2004. http://www.theses.fr/2004ORLE2075.
Анотація:
Chez Escherichia coli la terminaison de la transcription peut intervenir selon deux mécanismes distincts : tout d'abord la terminaison intrinsèque qui correspond à une séquence ADN, codant pour une structure en tige boucle riche en GC suivie d'une répétition d'uridine sur l'ARN, induisant le relargage de l'ARN polymérase. Le second mécanisme est gouverné par un facteur de terminaison nommé Rho qui gouverne environ 50% des évènements de terminaison chez E. Coli. Au cours de ma thèse, je me suis interessé à ce deuxième mécanisme, et plus particulièrement à sa régulation in vivo (antiterminaison). Rho, sous la forme d'un anneau héxamèrique, se fixe à l'ARN naissant au niveau d'un site d'entrée (également appelé RUT), puis utilise son activité ATPase pour longer l'ARN et disssocier le complexe ternaire d'élongation stoppé au niveau d'un site de pause. Les terminateurs Rho-dépendants sont assez mal définis et peu d'entre eux ont été analysés en détail. Le terminateur tR1 du phage lambda (l) est le terminateur Rho-dépendant le plus étudié à la fois in vitro et in vivo. La terminaison Rho-dépendante au niveau de ce terminateur est gouvernée principalement par les séquences localisées en 5', codant deux régions du transcript nommées RUTA et RUTB. Ces deux régions sont séparées par le motif ARN BOXB qui n'est pas indispensable à l'action de Rho mais sert, dans le mécanisme d'antiterminaison, de site de fixation pour la protéine N du phage l. Grâce à un système minimal d'étude in vivo, nous avons montré que le motif BOXB possède une fonction double dans les mécanismes de terminaison/antiterminaison au niveau de ltR1 régulant l'expression temporale du génome du phage l. Sous la forme d'une tige boucle hautement structurée, BOXB agit comme un lien permettant de placer RUTA et RUTB l'un à coté de l'autre pour une interaction optimale avec Rho et une terminaison efficace. A l'inverse, la fixation de la protéine N sur BOXB induit l'antiterminaison au niveau de ltR1 en empèchant l'accès de Rho à l'ARN. Ce double rôle à été démontré in vivo en substituant au couple N/BOXB la "coat protein" du phage MS2 et son motif cible en tige boucle. En complément de ce travail, j'ai utilisé cette faculté d'un complexe ribonucléoprotéique de bloquer la terminaison Rho-dépendante, pour développer une nouvelle approche d'étude, in vivo, des complexes ARN-protéine.
30
Najjar, Imen. "Etude du mécanisme d'activation de STAT1 et analyse des rôles spécifiques de ses isoformes alpha et beta dans les lymphocytes B transformés par l'EBV." Paris 7, 2007. http://www.theses.fr/2007PA077136.
Анотація:
STATl est un facteur de transcription essentiel dans l'immunité contre les agents pathogènes, en particulier les virus, et dans la suppression de tumeur. Paradoxalement, le virus d'Epstein-Barr (EBV) qui est associé à différentes tumeurs, est responsable de l'activation constitutive de STATl. Nous avons montré que l'EBV est directement responsable, par l'intermédiaire de l'activation du facteur NFKB, de l'activation constitutive de STAT1 par l'induction de la sécrétion d'interférons. Nous avons poursuivi les travaux avec l'étude des rôles distincts de STAT1 α et STAT1β dans ces systèmes cellulaires. Ceci nous a permis de montrer que l'isoforme a a une fonction de promoteur de l'apoptose et de l'arrêt du cycle cellulaire. En revanche, le rôle de l'isoforme (5 est différent selon qu'elle est exprimée en présence ou en absence de l'isoforme α. Surexprimée en présence de STAT1 α, l'isoforme β a un rôle de 'dominant négatif, alors que si elle est exprimée séparément dans des cellules déficientes en STAT1, elle assure des réponses biologiques similaires à celles de STAT1 a bien que les mécanismes d'action des deux isoformes semblent différents. Enfin, au cours de ces études nous avons identifié une fonction nouvelle de STAT1 en observant qu'il est indispensable au transport des IgG du réticulum endoplasmique à la membrane plasmique des cellules B. Cette observation met en évidence un niveau d'implication de STAT1 dans l'immunité jusque là insoupçonné. Les recherches futures devront préciser les rôles respectifs des isoformes de STAT1 dans la suppression de tumeur, l'apoptose et la veille immunitaire, et déterminer quelles cibles spécifiques sont induites par ces facteursSTAT1 is a transcription factor that is essential to immunity against pathogens including viruses and to tumour suppression. However, paradoxically, the Epstein-Barr virus (EBV) which is associated with several types of tumours, is responsible for the constitutive activation of STAT1. One of the aims of our work was to elucidate the molecular mechanism of this activation in B cell Unes. We found that the EBV, through the activation of the NFKB pathway, is responsible for the constitutive activation of STAT1 by inducing the secretion of interferons. We further studied the specific roles of the a and the p isoforms of STAT1 in these cells. This allowed us to demonstrate that the a isoform is involved in apoptosis induction and cell cycle arrest in B cells. Interestingly the biologic action of the β isoform was found to differ according to the expression of the α isoform: when overexpressed, STAT1ß was a 'dominant negative' of STAT1α, but when expressed separately, it exhibited properties analogous to those of STAT1α. Both isoforms appeared to have different mechanisms of action, as, following treatment with a cytotoxic agent such as fludarabine, the a isoform induced the phosphorylation and nuclear translocation of p53, while the ß isoform was much less efficient in inducing the phosphorylation of p53 and prevented its nuclear translocation. Finally, in the course of these studies, we identified a novel function of STAT1 i. E. Its involvement in the intracellular trafficking of IgG, pointing to a so far unsuspected function of STAT1 in immunity. Further research in this area will be devoted to the understanding of the individual function of the two isoforms of STAT1 in tumour suppression, apoptosis and immune surveillance, the cell Systems at hand will also allow to determine whether these isoforms have different targets and to identify them
31
Nasser, Amin. "Un mécanisme de régulation génétique permettant la synthèse de deux isoformes de la ferrédoxine : NADP oxydoréductase, à partir d'un seul gène, chez la cyanobactérie Synechocystis sp. PCC 6803." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00834306.
Анотація:
La Ferrédoxine:NADP oxydoréductase (FNR), codée par le gène petH, est une enzyme qui catalyse la production du NADPH dans les cellules photoautotrophes, ainsi que sa consommation dans les cellules hétérotrophes. Alors que le gène petH est unique chez la cyanobactérie Synechocystis sp. PCC6803, deux isoformes de FNR sont synthétisées FNRL et FNRS. Il a été montré que FNRS était le produit d'une initiation de traduction interne dans le même cadre de lecture que FNRL. Durant ma thèse, j'ai découvert un mécanisme grâce auquel un gène peut coder deux isoformes. Tout d'abord, j'ai montré que chaque isoforme pouvait être codée par un transcrit spécifique. En effet, en conditions standards (où FNRL s'accumule) deux ARNm avec des séquences "leader" similaires (32 et 53 bases) sont transcrits alors qu'en conditions de carence en azote (où FNRS s'accumule) un ARNm portant une séquence "leader" plus longue (126 bases) est transcrit. Des fusions transcriptionnelles du promoteur lac de Escherichia coli avec les différentes régions transcrites de petH, nous ont montré que cette régulation pourrait être accomplie par des structures secondaires adoptées par la région leader des ARNm. De telles structures pouvant activer l'initiation de traduction de FNRS et inhiber celle de FNRL. La cartographie des complexes d'initiation de traduction montre que dans l'ARNm le plus long le complexe se trouve dans la région initiatrice de FNRL, alors que dans les ARNm plus courts celui-ci est localisé dans la région initiatrice de FNRS. Ainsi, nous avons mis en évidence un nouveau mécanisme de régulation génétique chez Synechocystis permettant la synthèse de deux isoformes à partir d'un seul gène.
32
Welterlin-Pelpel, Karine. "Etude de nouvelles voies de régulation positive de la myogénèse : rôles de C-MOS et des CKI sur les facteurs myogéniques MYOD et MRF4." Paris 5, 1999. http://www.theses.fr/1999PA05S010.
Анотація:
La différenciation musculaire implique la sortie du cycle cellulaire des myoblastes et l'induction des protéines spécifiques du muscle. Ceci est orchestre par une famille de facteurs de transcription (MRF) comprenant myod, myogenèses, MYF5 et MRF4. Chacun possède un motif comprenant un domaine basique et un domaine adjacent de structure hélice-boucle-hélice (BHLH) qui permet leur fixation à l'ADN et leur dimérisation avec des protéines à motif BHLH ubiquistes. Les heterodimeres formes se fixent sur des séquences consensus, présentes dans la plupart des promoteurs des gènes musculaires. De nombreux répresseurs des MRF ont été décrits, mais peu de mécanismes d'activation sont actuellement connus. Notre travail a porté sur la caractérisation de mécanismes agissant positivement sur les facteurs myogéniques et pouvant déclencher la différenciation myogénique. Dans un premier temps, nous avons regardé si les MRF étaient actives après phosphorylation par la serine thréonine kinase mos, sachant que son rôle venait d'être montré comme corégulateur de la myogenèse via myod. Nous montrons que mos serait la kinase activatrice des facteurs myogéniques et qu'il est impliqué dans la boucle d'autorégulation positive de myod. Puis, nous nous sommes intéressés aux relations fonctionnelles entre les MRF et certaines protéines impliquées dans le contrôle du cycle cellulaire, en particulier les inhibiteurs (CKI) des CDK. Nous montrons que la répression par P57 K I P 2 de la phosphorylation de myod par des complexes cyclinee-cdk2 peut jouer un rôle dans la stabilité et l'activité de myod au cours de la prolifération des myoblastes. Enfin, nous avons regardé quelles étaient les conséquences de l'expression forcée des MRF et des CKI dans une lignée de rhabdomyosarcome humain, incapable de se différencier. Nos résultats suggèrent la présence dans cette lignée de cofacteurs spécifiques de MRF4. Ces travaux permettent de mieux comprendre les mécanismes impliques dans la progression tumorale.
33
Virolle, Thierry. "Caractérisation des séquences régulatrices du transcrit α3A de la laminine-5 : mise en évidence d'un mécanisme de répression "cellule-spécifique" des gènes". Nice, 2000. http://www.theses.fr/2000NICE5452.
Анотація:
L'expression de la laminine-5, ligand d'adhésion des kératinocytes basaux, est finement régulée dans des situations physiologiques et pathologiques. La caractérisation des séquences régulatrices du gène lama3 de la laminine-5 a permis de démontrer le rôle central du facteur nucléaire AP1. La coopération et l'interaction de ce facteur nucléaire en trois points du gène permettent non seulement l'inductibilité du promoteur à une stimulation par le TGFβ, mais constituent aussi la clef d'un mécanisme répresseur contrôlant le profil d'expression restreint de la laminine-5. Un écartement précis des sites de liaison du facteur AP1 sur le promoteur est fondamental pour assurer la conformation nécessaire au recrutement d'un complexe répresseur activé uniquement dans les cellules où la laminine-5 n'est pas produite. Le facteur USF est capable de lever cette répression via une boîte E non consensuelle. Un tel système de répression basé sur le recrutement conformation dépendant d'un complexe nucléaire indépendant de la fixation à l'ADN est à ce jour le seul exemple décrit. L'isolement des protéines de ce complexe permettra de déterminer d'autres gènes cibles impliqués dans un système de régulation commun. Ceci ouvre de nouvelles perspectives vers une meilleure compréhension de la répression des gènes au cours du processus de cancérisation.
34
Livolsi, Antonia. "Caractérisation d'un mécanisme d'activation alternatif du facteur de transcription NF-kB utilisant la phosphorylation sur tyrosine de la sous-unité inhibitrice IkB-α". Nice, 2001. http://www.theses.fr/2001NICE5613.
Анотація:
Le facteur de transcription NF-kB est impliqué dans la régulation de nombreux gènes essentiels aux réponses immune, inflammatoire, proliférative et apoptique. NF-kB est retenu inactif dans le cytosol par interaction avec une protéine inhibitrice IkB. En réponse au stimulus, IkB est phosphorylé sur deux sérines N-terminales puis dégradé par le protéasome, libérant NF-kB vers le noyau. Nous avons montré l’existence, dans les lymphocytes T, d’un mécanisme alternatif d’activation de NF-kB utilisant la phosphorylation sur tyrosine d’IkB-α pour induire la dissociation des complexes NF-kB/IkB. Les PTK Lck et ZAP-70 sont impliquées dans la phosphorylation sur les tyrosines 42 et 305 d’IkB-α et l’activation de NF-kB en réponse au percanadate (inhibiteur de PTP). Contrairement à la phosphorylation sur sérine d’IkB-α, celle sur tyrosine n’entraîne pas la dégradation de l’inhibiteur. L’interaction d’IkB-α phosphorylé avec une (des) protéine (s) à domaine SH2 participerait à la dissociation des complexes NF-kB/ IkB-α. Nous avons montré que la réoxygénation ou la stimulation par H2O2 des cellules Jurkat induit la phosphorylation sur tyrosine d’IkB-α. Cette réaction a été aussi observée dans des conditions d’ischémie/reperfusion du foie et du cœur ou d’irradiation X d’astrocytes, suggérant que les ROIs sont impliqués dans ce nouveau mécanisme d’activation de NF-kB. La stimulation des récepteurs de surface comme le TNF-R1 dans les macrophages de moelle osseuse ou le NGF-R dans les neurones induit également la voie pTyr-dépendante. En conclusion, nous avons contribué à la caractérisation des mécanismes moléculaires qui contrôlent l’activité du facteur NF-kB, dont la dérégulation est associée à de nombreuses pathologies (inflammation chronique, cancers, maladies neurodégénératives). La compréhension de ces mécanismes permettra à terme de concevoir des inhibiteurs spécifiques pour améliorer le traitement de ces maladiesNF-kB transcription factor is involved in the regulation of several genes essential for immune, inflammatory, proliferative and apoptic responses. NF-kB is sequestered in the cytosol by the inhibitory subunit IkB. Following simulation, IKB is phosphorylated on two N-terminal serines then degraded by the 26S proteasome, allowing NF-kB nuclear translocation. In this work, we revealed an alternative mechanism of NF-kB activation in T lymphocytes, using tyrosine phosphorylation of IkB-α induce association of NF-kB/IkB complexes. We showed that Lck t and ZAP-70 tyrosine kinases are involved in the phosphorylation of tyrosines 42 and 305 of IkB-α and NF-kB activation by pervanadate (an inhibitor of tyrosine phosphatases). By contrast to serine phosphorylation, tyrosine phosphorylation of IkB-α does not lead to its degradation. Interaction of phosphorylated IkB-α with SH2 domain-containing proteins may participate to the dissociation of NF-kB/ IkB-α complexes. We showed that reoxygenation or H2O2 stimulation of Jurkat cells induce tyrosine phosphorylation of IkB-α. This reaction is also observed in the case of ischemia/reperfusion of the liver and the heart or X-rays irradiation of astrocytes, suggesting that ROIs are involved in this new pathway of NF-kB activation. Engagement of surface receptors such as TNF-R1 in bone marrow macrophages or NGF-R in neurons also induces the pTyr-dependent pathways. In conclusion, we contributed to the characterization of the molecular mechanisms that control NF-kB activity, whose dysregulation is associated to diverse pathologies (chronic inflammation, cancers, and neurodegenerative diseases). Understanding these mechanisms will allow in fine to design specific inhibitors to improve the treatment of these diseases
35
Delaunay, Jérôme. "Contribution à l'analyse d'un mécanisme de répression traductionnelle conservé entre le xénope et la drosophile : identification et caractérisation du facteur protéique Bru3 de liaison à l'élément EDEN." Montpellier 1, 2004. http://www.theses.fr/2004MON1T001.
Анотація:
LA REGULATION TRADUCTIONNELLE JOUE UN ROLE ESSENTIEL DANS LE CONTROLE DE L'EXPRESSION GENIQUE, EN PARTICULIER DANS L'OVOCYTE ET L'OEUF. LE TRAVAIL REALISE AU COURS DE MA THESE S'INSCRIT DANS UNE ANALYSE D'UN MECANISME DE REGULATION TRADUCTIONNELLE DES ARN MESSAGERS MATERNELS CONSERVE ENTRE LA DROSOPHILE ET LE XENOPE. CE MECANISME A D'ABORD ETE DECRIT CHEZ LE XENOPE POUR UNE CLASSE D'ARNm MATERNELS, DONT L'ARNm DU PROTO-ONCOGENE C-MOS DONT LA TRADUCTION EST CRITIQUE POUR LA MATURATION MEIOTIQUE. CES ARNm PORTENT UN ELEMENT DANS LEUR 3'UTR QUI JOUE UN ROLE ESSENTIEL DANS LEUR REPRESSION TRADUCTIONNELLE APRES FECONDATION. IL S'AGIT DE L'ELEMENT EDEN (EMBRYONIC DEADENYLATION ELEMENT) SUR LEQUEL SE FIXE UN FACTEUR PROTEIQUE AGISSANT EN TRANS, LE FACTEUR EDEN-BP. NOTRE EQUIPE A MONTRE QUE L'ELEMENT EDEN EST FONCTIONNEL CHEZ LA DROSOPHILE COMME ELEMENT DE REPRESSION TRADUCTIONNELLE (EZZEDDINE ET AL. , 2002). MON TRAVAIL A PORTE PRECISEMENT SUR L'IDENTIFICATION DU FACTEUR TRANS DE DROSOPHILE HOMOLOGUE AU FACTEUR EDEN-BP DE XENOPE, PAR UNE COMBINAISON D'APPROCHES EXPERIMENTALES ET BIOINFORMATIQUES. LE FACTEUR BRU3 QUE J'AI IDENTIFIE ET DONT J'AI MENE L'ANALYSE, PRESENTE DES PROPRIETES STRUCTURALES QU'ON RETROUVE EN PARTICULIER DANS LA PROTEINE EDEN-BP DE XENOPE ET SON HOMOLOGUE HUMAIN, LA CUG-BP, IMPLIQUEE DANS LA DYSTROPHIE MYOTONIQUE DE STEINERT. DE PLUS, IL PRESENTE LA MEME SPECIFICITE DE LIAISON AUX ARN QUE LES PROTEINES EDEN-BP ET CUG-BP.
36
Joyeux, Raffenot Annick. "Effet antioestrogénique de l'acide rétinoi͏̈que dans les cellules de cancer mammaire ER-positives : étude du mécanisme moléculaire." Montpellier 2, 1996. http://www.theses.fr/1996MON20182.
Анотація:
Nous nous sommes interesses a l'effet antistrogenique de l'acide retinoique dans les cellules de cancer mammaire er-positives. Nous avons elabore des modeles cellulaires par transfection stable d'un gene rapporteur hormono-regule dans des cellules de cancer du sein. Par une approche pharmacologique dans ces modeles cellulaires, en utilisant des ligands specifiques des differents sous-types de recepteurs retinoides, nous montrons que le recepteur de l'acide retinoique alpha est implique dans cet effet inhibiteur. Bien que l'heterodimere rar/rxr se lie sur un ere in vitro, cette liaison n'est pas suffisante pour inhiber un signal strogenique, dans un systeme hormonal heterologue reconstitue dans la levure saccharomyces cerevisiae. Nous avons alors envisage la participation de cofacteurs communs aux voies strogeniques et retinoides pour rendre compte de l'effet inhibiteur. Rip140 a ete decrit comme cofacteur du recepteur aux strogenes dans les cellules mammiferes. Nous avons demontre cette propriete dans la levure pour les voies strogeniques et retinoides. L'implication de rip140 dans l'effet antistrogenique de l'acide retinoique a alors ete testee dans la levure
37
Lecine, Patrick. "Contrôle transcriptionnel du gène CD25/IL-2R(alpha) humain : mécanisme biphasique impliquant les familles de facteurs de transcription Rel/NF-kB, SRF, Stat et Ets." Aix-Marseille 2, 1996. http://www.theses.fr/1996AIX22083.
Анотація:
La chaine alpha du recepteur a l'il-2 est principalement exprimee a la surface des lymphocytes t actives. Cette expression est regulee au niveau transcriptionnel par 2 regions positives, nommees prri et prrii, situees a 65 et 250 pb en 5' du point majeur d'initiation de la transcription. Cependant, ces regions ne sont pas suffisantes pour expliquer la specificite d'expression de ce gene. Afin d'identifier de nouvelles regions de regulation, nous avons sequence 8520 pb de l'extremite non codante du gene il-2ralpha. Nous avons ainsi pu mettre en evidence par des tests fonctionnels 2 nouvelles regions de regulation positive, prriii et prriv. Prriii est responsable de l'inductibilite de ce gene en reponse a l'il-2. Prriii pourrait etre implique dans la regulation de l'expression de l'il-2ralpha en reponse a une stimulation via la molecule cd28
38
Sena, Sandra. "Mécanisme de différenciation du muscle lisse vasculaire : role de la β-catenine et des facteurs de transcription lef-tcf dans la régulation transcriptionnelle du gène humain de la chaine lourde de myosine du muscle lisse". Bordeaux 2, 2003. http://www.theses.fr/2003BOR21073.
Анотація:
La cellule musculaire lisse (CML) est le composant clé de la paroi artérielle. La chaîne lourde de myosine (sm-MHC) est une protéine contractile spécifique des CML différenciées. La β-caténine est une protéine cytosolique intervenant dans les interactionscellule-cellule via les cadhérines et dans les interactions cellule-MEC en tant qu'effecteur de la voie de l'Integrin-Linked Kinase. Nous avons analysé le rôle de β-cat et des facteurs LEF-TCF dans la régulation transcriptionnelle du gène humain sm-MHC. La surexpression e β-cat stimule l'activité du promoteur sm-MHC. Parallèlement, les facteurs LEF-TCF inhibent l'expression de la sm-MHC. Enfin, β-cat coopèrerait avec le facteur GATA-6 pour réguler positivement l'activité du promoteur sm-MHC. Le promoteur de la sm-MHC est donc positivement régulé par un mécanisme β-cat-dépendant, LEF/TCF-indépendant et négativement par unmécanisme β-cat-dépendant, LEF/TCF-dépendant. La coopération β-cat/GATA-6 stimule l'effet activateur de β-catDifferentiated smooth muscle cell (SMC) is a key component of the arterial wall. The smooth muscle myosin heavy chain (sm-MHC) is a contractile protein expressed in differentiated SMC. Beta-catenin is a cytosolic protein involved in cell-cell interactions and in the cell-ECM interactions by participating to the Integrin-Linked Kinase pathway. We studied the role of β-catenin and LEF-TCF factors in the transcriptional regulation of he human sm-MHC expression. Overexpression of β-catenin stimulates the sm-MHC promoter. On the other hand, the LEF-TCF factors inhibit of the sm-MHC activity. Beta-catenin cooperate with the GATA-6 factor to positively regulate the sm-MHC promoter activity. The sm-MHC promoter is regulated by a β-catenin-dependant, LEF/TCF-independant mechanism. On the other hand, a β-catenin-dependent, LEF/TCF-dependent mechanism inhibits the sm-MHC expression. Cooperation between β-catenin and GATA-6 could explain the β-catenin-dependant, LEF/TCF-independant mechanism
39
Vetter, Guillaume. "Caractérisation du mécanisme de transport nucléo-cytoplasmique de la protéine P25 et mise en évidence d'interactions entre les protéines de mouvement du virus des nervures jaunes et nécrotiques de la betterave." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. http://www.theses.fr/2003STR13051.
Анотація:
Le BNYVV est responsable de la rhizomanie de la betterave sucrière. Son génome est consitué de 4 à 5 RNA de polarité positive. Les résultats décrits dans ce mémoire concernent, d'une part, l'étude du transport nucléo-cytoplasmique de la protéine P25 codée par le RNA3 ainsi que son influence sur la symptomatologie, et d'autre part, la localisation subcellulaire et l'étude des interactions entre les trois protéines virales impliquées dans le mouvement à courte distance du virus. Des études antérieures ont montré que la P25 est responsable des symptômes typiques de la rhizomanie. Grâce à des observations en microscopie confocale, j'ai montré que la P25 fusionnée à la GFP, se localise dans le cytoplasme et dans le noyau des cellules infectées. J'ai mis alors en évidence sur la P25, un signal de localisation nucléaire (NLS) ainsi qu'un signal d'exportation nucléaire (NEMS). Le transport de la P25 du cytoplasme vers le noyau fait intervenir une interaction directe entre la séquence NLS et l'importine a. L'exportation nucléaire, quant à elle, se fait grâce à la séquence NEMS par la voie des Exportines1. Des expériences de mutagénèse dirigée sur des sites potentiels de phosphorylation semblent montrer que la régulation du transport nucléo-cytoplasmique fait intervenir des protéines kinases. Des études sur la symptomatologie foliaire et la localisation subcellulaire des P25, sauvage ou mutées, exprimées en contexte viral, montrent que les formes mutées de la P25, incapables de transiter dans le noyau, n'induisent plus les symptômes associés à l'expression de la P25. Enfin, des expériences de "simple hybride" ont révélé que la P25 était capable d'activer la transcription de gènes rapporteurs de levure. L'ensemble de ces résultats, nous laisse penser que la P25, qui contient en outre un motif " doigt à zinc " et un domaine C-terminal acide, pourrait moduler la transcription de gènes cellulaires, ce qui expliquerait les symptômes caractéristiques de la rhizomanie. Dans une deuxième partie, j'ai montré, par microscopie électronique que les protéines de mouvement TGBp1 et TGBp2 colocalisaient au niveau des plasmodesmes de cellules infectées par le BNYVV. L'existence d'interactions entre ces deux protéines a été confirmée par des expériences de farwestern et de co-immunoprécipitationBeet necrotic yellow vein virus (BNYVV) is responsible for rhizomania disease of sugar beet. Its genome is composed of 4 or 5 plus-sense RNAs. The results described in this thesis concern (1) the nucleo-cytoplasmic transport of the protein P25 coded by BNYVV RNA 3 and its influence on symptomatology, and (2) the subcellular localization and the interactions among the three viral proteins implicated in cell-to-cell movement of the virus. Previous studies showed that P25 is responsible for the typical symptoms of rhizomania. By means of laser scanning confocal microscopy, I have shown that P25 fused to GFP localizes to both the cytoplasm and the nucleus of infected cells. Both a nuclear localization signal (NLS) and a nuclear export signal (NEMS) were detected on P25. The transport of P25 from the cytoplasm to the nucleus involved a direct interaction between the NLS and importin-a. Nuclear export required the NEMS sequence and occured by the Exportin1 pathway. Mutagenesis of potential phosphorylation sites on P25 indicated that its nuclear-cytoplasmic trafficking was regulated by protein kinases. A correlative study of leaf symptoms and the subcellular localization of wild-type and mutant P25's expressed in the context of a viral infection showed that nuclear import-deficient P25 mutants did not induce the leaf symptoms associated with P25 expression. Finally, one-hybrid experiments revealed that P25 can activate transcription of reporter genes in yeast. Taken together, these results suggest that P25, which contains a Zn-finger motif and a C-terminal acidic domain, could modulate transcription of cellular genes, and this could explain the characteristic symptoms of rhizomania. In the second part of my thesis, I have used electron microscopy to show that the BNYVV movement proteins TGBp1 and TGBp2 co-localize at plasmodesmata of BNYVV-infected cells. The existence of interactions between the two proteins was confirmed by farwestern and co-immunoprecipitation experiments
40
VIEU, Erwann. "DISSECTION DU MÉCANISME DE TERMINAISON/ANTITERMINAISON AU NIVEAU DU TERMINATEUR TRI DU PHAGE LAMBDA : APPLICATION A L'ÉTUDE DES COMPLEXES ARN-PROTÉINE IN VIVO." Phd thesis, Université d'Orléans, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00009769.
Анотація:
Chez Escherichia coli la terminaison de la transcription peut intervenir selon deux mécanismes distincts : tout d'abord la terminaison intrinsèque qui correspond à une séquence ADN, codant pour une structure en tige boucle riche en GC suivie d'une répétition d'uridine sur l'ARN, induisant le relargage de l'ARN polymérase. Le second mécanisme est gouverné par un facteur de terminaison nommé Rho qui gouverne environ 50 % des événements de terminaison chez E. coli. Au cours de ma thèse, je me suis intéressé à ce deuxième mécanisme, et plus particulièrement à sa régulation in vivo (antiterminaison). Rho, sous la forme d'un anneau héxamèrique, se fixe à l'ARN naissant au niveau d'un site d'entrée (également appelé RUT), puis utilise son activité ATPase pour longer l'ARN et dissocier le complexe ternaire d'élongation stoppé au niveau d'un site de pause. Les terminateurs Rho-dépendants sont assez mal définis et peu d'entre eux on été analysés en détail. Le terminateur du tR1 du phage lambda (λ) est le terminateur Rho-dépendant le plus étudié à la fois in vitro et in vivo. La terminaison Rho-dépendante au niveau de ce terminateur est gouvernée principalement par les séquences localisées en 5', codant deux régions du transcript nommées RUTA et RUTB. Ces deux régions sont séparées par le motif ARN BOXB qui n'est pas indispensable à l'action de Rho mais sert, dans le mécanisme d'antiterminaison, de site de fixation pour la protéine N du paghe λ. Grâce à un système minimal d'étude in vivo, nous avons montré que le motif BOXB possède une fonction double dans les mécanismes de terminaiso/antiterminaison au niveau de λtR1 régulant l'expression temporale du génome du phage λ. Sous la forme d'une tige boucle hautement structurée, BOXB agit comme un lien permettant de placer RUTA et RUTB l'un à côté de l'autre pour une interaction optimale avec Rho et une terminaison efficace. A l'inverse, la fixation de la protéine N sur BOXB induit l'antiterminaison au niveau de λtR1 en empêchant l'accès de Rho à l'ARN. Ce double rôle a été démontré in vivo en substituant au couple N/BOXB la « coat protein » du phage MS2 et son motif cible en tige boucle. En complément de ce travail, j'ai utilisé cette faculté d'un complexe ribonucléoprotéïque de bloquer la terminaison Rho-dépendante, pour développer une nouvelle approche d'étude in vivo, des complexe ARN-protéine.
41
Saillant, Vincent. "Comprendre le mécanisme du système senseur d’hème des bactéries pathogènes, une cible antibiotique innovante A novel Enterococcus faecalis heme transport regulator (FhtR) is a heme sensor in the gastrointestinal tract." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASB023.
Анотація:
L’hème, une structure porphyrique contenant un atome de fer, est un cofacteur essentiel à de nombreuses fonctions bactériennes. Cependant, le fer de l’hème génère des radicaux libres, ce qui explique sa toxicité. Un des mécanismes principaux de détoxification de l’hème est l’expression, par les bactéries à Gram positif, d’un transporteur d’efflux de la famille ABC, HrtBA. La régulation de ce transporteur a été étudiée chez deux bactéries pathogènes opportunistes Enterococcus faecalis et Staphylococcus aureus, responsables d’infection nosocomiales multirésistantes. Chez E. faecalis, un nouveau régulateur de la famille TetR, FhtR, a été identifié et caractérisé. L’inhibition de la transcription de hrtBA par FhtR est levée par sa liaison à l’hème. FhtR a aussi un impact important sur l’activité de la catalase à hème, KatA. FhtR a donc un rôle majeur dans l’homéostasie intracellulaire de l’hème. Dans un modèle de transit intestinal chez la souris, HrtBA est induit, suggérant que ce mécanisme est important pour E. faecalis, une bactérie commensale de l’intestin, dans cet environnement. Chez S. aureus, la transcription de hrtBA est régulée par un système à deux composants HssRS. L’étude du mécanisme du senseur membranaire HssS a révélé que la partie cytoplasmique de l’histidine kinase était impliquée dans la liaison et la transduction du signal hème pour l’expression de HrtBA. L’ensemble de ces résultats démontrent que, bien que HrtBA soit conservée, plusieurs systèmes distincts régulent son expression, suggérant une adaptation complexe de la réponse bactérienne à l’hème de l’hôte et son importance dans la relation hôte-pathogène. Bloquer HrtBA ou la transduction du signal hème par ces deux senseurs d’hème pourrait constituer une cible pour la recherche antibiotique chez ces deux pathogènesHeme, a porphyrin containing an iron atom, is an essential cofactor of several bacterial functions. Heme is also toxic because of the reactivity of the iron generating reactive oxygen species. One of the main mechanisms of heme detoxification, in Gram-positive bacteria, relies on the expression of a heme efflux ABC transporter, HrtBA. The regulation of this transporter has been investigated in two opportunistic pathogens, Enterococcus faecalis and Staphylococcus aureus, two bacteria responsible for multiresistant nosocomial infections. In E. faecalis, a new TetR family regulator, FhtR, has been identified and characterized. The FhtR dependent transcriptional inhibition of hrtBA is lifted by its binding to heme. FhtR controls the intracellular heme pools as showed par the activity of the endogenous heme dependent catalase, KatA. FhtR is thus a master regulator of heme intracellular homeostasis in E. faecalis. In a mouse model of intestinal transit, HrtBA is expressed, demonstrating the relevance of this system in the gastrointestinal tract where E. faecalis is a commensal resident. In S. aureus, hrtBA transcription is controled by the two-component system, HssRS. The study of the mechanism of the membrane heme sensor HssS showed that the intracytoplasmic of the histidine kinase was responsible of the binding and heme signal transduction for HrtBA expression. Alltogether, these results demonstrate that while HrtBA is conserved among Gram positive bacteria, the regulating mechanisms leading to its expression are varied. This suggests that the host heme response is dependent of the bacteria lifestyle and underlies the importance of this cofactor in the host-pathogen relationship. Inhibiting heme effux by HrtBA or the heme sensing mechanisms could lead to new antibiotic strategies
42
Praly, Elise. "Etude du mécanisme d'action des facteurs de remodelage de la chromatine, à l'échelle de la molécule unique." Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00397683.
Анотація:
Chez les eucaryotes, l'ADN s'associe à des octamères d'histones pour former une structure nucléoprotéique dense appelée chromatine. Sous cette forme compacte, la chromatine agit comme une barrière topologique empêchant des facteurs de transcription par exemple, d'interagir avec l'ADN. Il va donc être essentiel de moduler la structure de la chromatine pour réguler l'accès à l'ADN et donc l'expression des gènes. L'une des stratégies adoptées, implique l'intervention de complexes multi-protéiques, appelés facteurs de remodelage de la chromatine, qui utilisent l'énergie issue de l'hydrolyse de l'ATP pour perturber le positionnement des octamères d'histones par rapport à l'ADN. Les mécanismes sous-jacents, éventuellement variés, sont encore méconnus.Nous utilisons ici un dispositif de pinces magnétiques pour sonder l'action de différents facteurs de remodelage (RSC, yISW1a et CHD1) sur une molécule d'ADN nue. Nous montrons que ces complexes ont des comportements différents vis-à-vis de ce substrat : en l'absence d'ATP, yISW1a et CHD1 s'accrochent à l'ADN de manière coopérative et réduisent son extension bout-à-bout. En présence d'ATP, RSC est capable de former de larges boucles d'ADN, sous-enroulées, dont la taille dépend de la force et de la concentration en ATP. Nous souhaitons maintenant sonder l'action de ces facteurs sur un substrat nucléosomal. Dans ce but, nous avons mis au point un protocole efficace pour préparer un substrat mono-nucléosomal, manipulable en pinces magnétiques, et nous avons défini une procédure pour s'assurer de la présence du nucléosome. Ce substrat de choix va nous servir de base pour l'étude de l'action des facteurs de remodelage de la chromatine.
43
Ramalanjaona, Nick. "Etude du rôle de la protéine NCp7 dans le mécanisme d'hybridation de la séquence PBS lors du second saut de brin de la transcription inverse de VIH-1." Strasbourg 1, 2007. http://www.theses.fr/2007STR13160.
Анотація:
La protéine NCp7 est une cible potentielle de choix pour une thérapie anti-VIH car elle est impliquée dans de nombreuses étapes du cycle viral, et sa séquence est hautement conservée. En combinant les techniques de spectroscopie de fluorescence et de RMN, nous avons montré que NCp7 modifie la conformation de la boucle de PBS et déstabilise l’extrémité supérieure de la tige. De ce fait, NCp7 active l’hybridation de PBS en stimulant la formation de complexes boucle-boucle, alors qu’en absence de protéine l’extrémité protrudente constitue le site principal de nucléation. Les modifications de la boucle de PBS induites par NCp7 permettent la formation d’homodimères qui jouent probablement un rôle dans la variabilité génétique du virus. Les propriétés spectroscopiques de la 8-vinyl-déoxyadenosine, un analogue fluorescent de l’adénine, ont été étudiées. Par ses propriétés, cette sonde apparaît supérieure à la 2-APThe NCp7 protein is a potential target for an anti-HIV therapy since it is involved in numerous stages of the viral cycle, and its sequence is highly conserved. By combining fluorescence spectroscopy and RMN techniques, we showed that NCp7 modifies the conformation of the PBS loop and destabilizes the upper extremity of the stem. Therefore, NCp7 activates the PBS annealing by stimulating the formation of “kissing complexes”, while in absence of protein, the protruding extremity constitutes the main nucleation site. The modifications of PBS loop inferred by NCp7 also allow homodimers of PBS, which probably play a role in the genetic variability of the virus. The spectroscopic properties of the 8-vinyl-déoxyadenosine, a fluorescent analogue of the adenine, were studied. By its properties, this probe seems superior to the 2-AP
44
Yassine, May. "Analyse de l'intérêt pronostique du profil moléculaire dépendant de la sortiline nucléaire dans le cancer de poumon." Electronic Thesis or Diss., Limoges, 2023. http://www.theses.fr/2023LIMO0099.
Анотація:
La sortiline, une glycoprotéine de la famille Vps10, est largement reconnue pour son rôle déterminant dans le tri des protéines. Cependant, son double rôle en oncologie, tantôt promoteur, tantôt suppresseur de tumeurs, a suscité de nombreux débats. Dans le cadre du cancer du poumon non à petites cellules (NSCLC), et plus précisément de l’adénocarcinome (LUAD), une corrélation inverse a été observée entre l'expression de la sortiline et la croissance tumorale ainsi que la gravité de la tumeur. Identifiée comme un nouvel inhibiteur membranaire, la sortiline pourrait remodeler le trafic de l'EGFR. Elle offre une voie prometteuse pour limiter la signalisation proliférative et contrecarrer la résistance aux inhibiteurs de l'EGFR, spécialement dans les NSCLC porteurs de mutations de l'EGFR. Cette perspective suggère son implication majeure dans la modération de l'agressivité des tumeurs. Devant l'absence de données concernant la localisation nucléaire et le rôle de la sortiline à ce niveau, notre équipe a mis en lumière une colocalisation de celle-ci avec l’EGFR dans le noyau. De plus, une interaction avec la chromatine et une compétition de la sortiline avec l'EGFR ont été observées sur les sites d'initiation de la transcription (TSS) des gènes ciblés par l’EGFR. Ceci pointe vers une influence potentielle de la sortiline sur la transcription génique, notamment par son intervention dans le recrutement de l'ARN polymérase II. Dans la présente étude, nous montrons que la sortiline joue un rôle nucléaire bien plus prépondérant que ce qui était précédemment admis, ce qui complète son rôle connu de suppresseur de tumeurs. Nos analyses transcriptomiques, menées sur des lignées de LUAD, ont révélé que la sortiline régule à la baisse un vaste ensemble de gènes impliqués dans des voies oncogéniques, outre les gènes cibles de l’EGFR. Ce rôle semble être intrinsèquement lié à la régulation de la transcription de l’ADN et à l'organisation chromatinienne orchestrée par la sortiline. La sortiline serait aussi capable de s'associer à des protéines clés impliquées dans ces mécanismes au niveau du noyau. Ces résultats remettent en question la vision traditionnelle de la sortiline, qui dépasse désormais le simple cadre du tri protéinique. Ils mettent en lumière ses fonctions variées dans diverses tumeurs. Plus encore, la sortiline se profile comme une cible thérapeutique d'intérêt pour élaborer des stratégies innovantes contre le LUADSortilin, a glycoprotein of the Vps10 family, is widely recognized for its key role in protein sorting. However, its dual role in oncology, as either tumor promoter or tumor suppressor, has given rise to much debate. In non-small cell lung cancer (NSCLC), and more specifically in adenocarcinoma (LUAD), an inverse correlation was observed between sortilin expression and tumor growth, as well as tumor grade. Identified as a novel membrane inhibitor, sortilin promises to remodel EGFR trafficking. It provides a promising pathway for limiting proliferative signaling and counteracting resistance to EGFR inhibitors, especially in LUAD with EGFR mutations. This perspective suggests its major involvement in moderating tumor aggressiveness. In the absence of data concerning the nuclear localization and role of sortilin at this level, our team has highlighted its colocalization with EGFR in the nucleus. Furthermore, sortilin interacted with chromatin and competed with EGFR at the transcription initiation sites (TSS) of EGFR-targeted genes. This points to a potential influence of sortilin on gene transcription, notably through its involvement in the recruitment of RNA polymerase II. In the present study, we show that sortilin plays a much more prominent nuclear role than previously recognized, adding to its known role as a tumor suppressor like. Our transcriptomic analyses, carried out in LUAD lines, revealed that sortilin down-regulates a large set of genes involved in oncogenic pathways, in addition to EGFR target genes. This role appears to be intrinsically linked to the regulation of DNA repair, transcription and chromatin organization orchestrated by sortilin. Sortilin would also associate with key proteins involved in these mechanisms at the nuclear level. These results challenge the traditional view of sortilin, which extends beyond the simple framework of protein sorting. Its highlight its varied functions in various tumors. Moreover, sortilin is emerging as a therapeutic target of interest for developing innovative strategies against LUAD
45
Debierre-Grockiego, Françoise. "Étude des mécanismes d'action de la dexaméthasone sur les cellules de la lignée éosinophile : rôle dans la prolifération, la différentiation et l'apoptose." Amiens, 1999. http://www.theses.fr/1999AMIED004.
Анотація:
Les glucocorticoïdes, par leur effet éosinopéniant, sont souvent employés pour traiter les hyperéosinophilies. Nous avons étudié l'éffet des glucocorticoïdes sur deux paramètres conditionnant l'hyperéosinophilie : l'augmentation de la formation d'éosinophiles à partir de cellules souches et le prolongement de leur survie. Notre étude montre que la dexaméthasone favorise la prolifération et la différentiation in vitro des éosinophiles à partir de cellules souches CD34+ isolées de sang de cordon ombilical humain, par un effet précoce sur les cellules immatures. Par ailleurs, nous avons montré que la dexaméthasone a un effet anti-apoptique sur les cellules immatures alors qu'elle a un effet pro-apoptique sur les éosinophiles matures obtenus par différentiation in vitro ou isolés du sang périphérique de sujets sains. L'augmentation de l'apoptose des éosinophiles matures peut donc participer à l'effet éosinopéniant des glucocorticoïdes. Ces résultats nous ont amenés à étudier les mécanismes moléculaires d'action de la dexaméthasone. La prolifération, la différentiation et la survie des éosinophiles sont sous le contrôle de cytokines, en particulier de l'IL-5. L'IL-5 active différentes voies de signalisation dont la voie JAK/STAT. Notre étude s'est portée sur le facteur de transcription STAT5 qui, d'une part est activé en réponse à l'IL-5 et d'autre part peut coopérer avec le récepteur des glucocorticoïdes. La technique de retard sur gel et l'utilisation d'anticorps spécifiques ont permis de mettre en évidence d'activation des formes longues et courtes de STAT5 (STAT5α et STAT5ß) au cours de la différentiation. STAT5ß est activé majoritairement dans les cellules immatures. Cette activation diparaît au profit de celle de STAT5α dans les cellules matures obtenues par différentiation in vitro ou isolées du sang périphérique. La dexaméthasone a pour effet de diminuer l'activation des formes courtes de STAT5 dans les cellules immatures. Ces travaux montrent que l'activation différentielle des isoformes de STAT5 participe aux processus de prolifération, de différentiation et d'apoptose des éosinophiles. La dexaméthasone en modulant cette activation peut exercer ses effets sur la formation des éosinophiles.
46
El-Asmar, Bassam. "Mécanisme d'action de l'IL-1 dans la régulation de l'expression du gène Nur77 au niveau des celllules de Leydig chez la souris." Master's thesis, Université Laval, 2008. http://hdl.handle.net/20.500.11794/20366.
Анотація:
La fonction et la différenciation des cellules de Leydig sont connues pour être régulées par différents stimuli incluant 1' hormone lutéinisante (LB) et autres facteurs paracrines et autocrines comme les cytokines dont 1 ' IL-1. NUR 77 est un facteur de transcription présent au niveau des cellules de Leydig et impliqué dans la régulation de la stéroïdogenèse. Malgré que Nur77 soit connu pour être régulé par les cytokines dans différents types cellulaires, cette régulation n 'est pas encore bien caractérisée au niveau des cellules de Leydig. Afin de mieux comprendre la régulation de Nur77 par les cytokines, j ' ai décidé d'étudier l' effet de deux facteurs de transcription, C/EBP~ et NF -KB, connus pour être impliqués dans les voies de signalisation des cytokines, sur le promoteur Nur77. J'ai trouvé que les facteurs de transcription C/EBP~ et NF -KB coopèrent ensemble dans l'activation du promoteur Nur77. Cette coopération nécessite la présènce d'au moins un des deux éléments nouvellement identifiés dans cette étude : C/EBP~ (à -110 pb en fonction du site d'initiation de la transcription) ou p50 (KB à -18 pb). L'activation du promoteur Nur77 par ces facteurs de transcription appuie mon hypothèse selon laquelle NUR 77 peut être un effecteur dans la voie de signalisation des cytokines comme 1 'IL-l.
47
Abes, Rachida. "Vecteurs peptidiques pour la délivrance d'oligonucléotides : conception, mécanisme d'internalisation cellulaire et applications à la régulation de l'épissage." Thesis, Montpellier 1, 2010. http://www.theses.fr/2010MON13513.
Анотація:
L'utilisation des oligonucléotides antisens PMO ou PNA, pour corriger les erreurs d'épissage par blocage stérique, constitue une nouvelle stratégie prometteuse pour réguler l'expression génétique. Ces ON peuvent mener au traitement de maladies comme la β-thalassémie, la dystrophie musculaire de Duchenne (DMD) ou les cancers. Cependant leur développement clinique requiert un système de délivrance efficace. Les peptides cationiques (CPPs) sont caractérisés par leur capacité à s'internaliser dans les cellules eucaryotes. Cependant leur efficacité à promouvoir la délivrance cytoplasmique et nucléaire des ON est limitée par leur séquestration dans des vésicules d'endocytose, ce qui est à l'origine de la dégradation du matériel internalisé. Nous avons contribué à l'étude du trafic intracellulaire et de l'activité dans un essai de correction d'épissage de plusieurs familles de CPPs capables de délivrer efficacement des analogues d'ON à des doses non toxiques et en absence d'agents endosomolytiques. Nos études mécanistiques indiquent que ces constructions (covalentes ou non covalentes) CPP-ON sont endocytées par la voie clathrine, que la ségrégation dans les endosomes reste une limitation et qu'il existe une bonne corrélation entre leur activité biologique et leur capacité à déstabiliser les membranes endosomalesThe use of antisense oligonucleotides PMO or PNA to correct splicing errors by steric- block represents a new promising therapeutic strategy. These ONs lead to the treatment of diseases such as β-thalassemia, Duchenne muscular dystrophy (DMD) or cancers. However their functional success requires efficient delivery. Cationic cell penetrating peptides (CPPs) are characterized by their ability to be internalized in eukaryotic cells. However their efficiency in promoting cytoplasmic and nuclear delivery of ON has been hampered by endocytic sequestration and subsequent degradation of internalized material in endocytic vesicles, which is responsible for the degradation of internalized material. We have contributed to the study of intracellular trafficking and activity (using splicing correction assay) of several families of CPPs capable of delivering effective analogs ON at nontoxic doses and in the absence of agents endosomolytic. Our mechanistic studies indicate that these constructs (covalent or noncovalent) CPP-ON are internalized through clathrin, that segregation in endosomes remains a limitation and that there is good correlation between biological activity and their ability to destabilize endosomal membranes
48
Fawal, Mohamad-Ali. "The role of mRNA metaboism in NPM-ALK-mediated oncogenesis." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/633/.
Анотація:
Les lymphomes anaplasiques à grandes cellules (ALCLs) sont caractérisés par l'expression d'une protéine de fusion (X-ALK) dans laquelle le partenaire N-terminal (dans la majorité des cas la nucléophosmine NPM) est fusionné à la portion cytoplasmique de la protéine ALK (Anaplastic Lymphoma Kinase) contenant un domaine tyrosine kinase. L'expression constitutive de cette tyrosine kinase oncogénique provoque l'activation de nombreuses voies de signalisation responsables du caractère tumoral des cellules qui l'expriment. En découvrant que la protéine de liaison à l'ARN, AUF1, est un partenaire privilégié de NPM-ALK, nous avons émis l'hypothèse qu'outre son effet sur la transcription, la tyrosine kinase oncogénique pourrait également réguler l'expression des gènes au niveau post-transcriptionnel. En utilisant une combinaison d'approches biochimiques, nous avons mis en évidence une hyperphosphorylation de la protéine AUF1 dans les cellules murines NIH3T3 exprimant de manière stable la translocation NPM-ALK et une corrélation entre cette hyperphosphorylation et l'augmentation de la stabilité d'un certain nombre d'ARN contenant une ARE (c-myc, Cycline D1, A1, B2. . . ). En utilisant des expériences d'imagerie cellulaire, nous avons montré qu'AUF1, HuR (une autre AUBP) et NPM-ALK (ou d'autres fusions X-ALK) étaient concentrés dans des granules cytoplasmiques, que nous avons appelés AG, pour ALK Granules. Nous avons analysé par vidéo-microscopie la parenté entre les AG et d'autres granules cytoplasmiques, les processing bodies (PB) et les granules de stress (SG), qui jouent un rôle dans le tri, le stockage ou la dégradation des ARNm. Enfin, nous avons identifié le contenu protéique et ribonucléique (mRNA et miRNA) des AG. L'ensemble de nos résultats montrent que les AGs contribuent au contrôle du métabolisme des ARN dans les cellules et pourraient jouer un rôle majeur dans l'oncogénicité de NPM-ALKAnaplastic Large Cell Lymphomas (ALCLs) are characterized by the expression of a fusion protein (XALK), in which the N-terminal partner (in most cases the nuclephosmin NPM) is fused to the cytoplasmic portion of ALK (Anaplastic Lymphoma Kinase) containing a tyrosine kinase domain. The constitutive expression of this oncogenic tyrosine kinase causes activation of many signalling pathways responsible for malignant transformation of the cells that express it. Following the discovery that the RNA binding protein AUF1 to is a partner of NPM-ALK, we hypothesized that besides its effect on transcription, NPM-ALK may also regulate gene expression at the post-transcriptional level. In fact, AUF1belongs to the AUBP family that controls the stability and translation of many RNAs containing in their 3' non-coding region a region rich adenine and uridine (ARE). The majority of these mRNAs encode proteins involved in controlling cell proliferation, apoptosis, stress and immune response. Therefore, following its interaction with NPM-ALK, AUF1 activity could be modified resulting in deregulation of the expression of its RNA targets. Using a combination of biochemical approaches, we have shown that AUF1 is hyperphosphorylated in murine NIH3T3 cells stably expressing the NPM-ALK translocation and this hyperphosphorylation is correlated with an increased stability of a number of ARE containing RNAs (e. G. C-myc, cyclin D1, A1, B2. . . ). Using cell imaging experiments, we showed that AUF1, HuR (another AUBP) and NPM-ALK (or other fusion X-ALK proteins) were concentrated in cytoplasmic granules, which we called AG for ALK granules. We analyzed by video microscopy the relationship between AG and other cytoplasmic granules, the processing bodies (PBs) and stress granules (SGs), which play a role in sorting, storage or degradation of mRNA. Finally, we identified the protein and ribonucleic (mRNA and miRNA) of AG. All our results show that AGs contribute to the control of RNA metabolism in the cells and could play a major role in NPM-ALK mediated oncogenicity
49
Fenouil, Romain. "Etude des mécanismes de la régulation transcriptionnelle et développement d'outils bioinformatiques pour le traitement des données de séquençage haut débit." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM4089.
Анотація:
Les mécanismes de régulation de l’expression génétique sont essentiels pour l’adaptation du comportement cellulaire face à son environnement (différenciation, développement, réponse à un stimulus). Les études moléculaires décrivent une grande diversité de facteurs impliqués dans ce phénomène (TFs, marques épigénétiques, nucléosomes) et plusieurs niveaux de régulation (initiation, élongation, épissage, maturation) qui expliquent la complexité du transcriptome cellulaire. Durant ma thèse, nous nous sommes intéressés aux processus de régulation de la transcription en nous appuyant sur le modèle de la différenciation lymphocytaire murine. Nos études décrivent le recrutement des GTFs et une activité transcriptionnelle caractéristique aux promoteurs des gènes et sur les enhancers. Nous montrons également que les ilots CpG (CGIs) sont des éléments régulateurs majeurs chez les mammifères et qu’ils contribuent de manière transcription-indépendante à la déplétion nucléosomale observée aux promoteurs de certains gènes. Nos collaborations nous ont également permis d’aborder des sujets relatifs à l’élongation de la transcription, l’épissage alternatif, ou les combinatoires de PTMs que peuvent exhiber le CTD de l’ARN Pol II et les queues d’histones. Dans un contexte de transition de l’ère pré-génomique vers des approches expérimentales pangénomiques (s’appuyant notamment sur les technologies de séquençage haut débit), une proportion importante de ma période doctorale fut consacrée au développement d’outils bioinformatiques pour le traitement et les analyses de données expérimentales, issues de ChIP-on-chip puis de HTS (ChIP-Seq, MNase-Seq, RNA-Seq)Mechanisms underlying the regulation of genetic expression are crucial for cell maintenance and adaptation to environment (differentiation, development...). Molecular approaches reveal a great diversity of factors involved in this process (TFs, epigenetics, nucleosomes) and several layers of regulation (transcription initiation, elongation, splicing, maturation) which contribute to the observed transcriptome complexity. During my thesis, we studied the mechanisms of transcription regulation in mammals during lymphocyte differentiation. Briefly, we described the recruitment of GTFs and the transcriptional activity occurring on promoters and enhancers. We also reveal that CpG islands (CGIs) are major regulator elements in mammals, which contribute to nucleosome depletion in a transcription-independent manner on a significant amount of promoters. Together with our collaborators, we also studied the mechanisms of transcription elongation, alternative splicing, or the complex combinatorial patterns of PTMs that can be set on the CTD of RNA Polymerase II and on histone tails. In the context of transition from pre-genomic studies to genome-wide experiments, an important part of my work consisted in the development of bioinformatics tools for the processing and analysis of experimental datasets from ChIP-on-chip, and HTS technologies (ChIP-Seq, MNase-Seq, RNA-Seq)
50
Reguillon, Isabelle. "Les mécanismes de la transcription chez les eucaryotes." Bordeaux 2, 1994. http://www.theses.fr/1994BOR2P049.