Добірка наукової літератури з теми "Maladies infectieuses émergentes – Maladies transmissibles émergentes"

L’apparition d’une maladie infectieuse en aquaculture est associée à des conditions zootechniques et environnementales données. De ce fait, le recueil des commémoratifs est absolument indispensable pour orienter le diagnostic et choisir les outils diagnostiques adaptés. Par ailleurs, pour répondre de manière efficace au problème de maladies émergentes infectieuses en aquaculture, il est nécessaire de disposer de réseaux de surveillance possédant un maillage assez fin et d’outils de diagnostic efficaces. Le premier article de synthèse (Michel et al) présente les intérêts et les limites des principales techniques diagnostiques en santé des espèces aquacoles. Dans le domaine du diagnostic des maladies rencontrées en aquaculture, un triple constat s’impose : le manque de techniques de diagnostic sensibles et spécifiques validées (développement d’outils dans différents laboratoires souvent sans concertation), une absence de laboratoire référent en termes de diagnostic des maladies des poissons et un besoin de reconnaissance des techniques sérologiques en pathologie des poissons dans un cadre réglementaire.Le deuxième article de synthèse (Pépin et al) fait le point sur l’émergence de maladies chez des organismes non aquacoles. Les maladies infectieuses émergentes ou réémergentes sont principalement caractérisées par une augmentation brutale de leur incidence et par une incertitude sur l’ampleur du phénomène.Deux articles plus spécifiques donnent des exemples d’émergence de maladies infectieuses aquacoles chez les poissons et les mollusques (Saulnier et al, Douet). De nombreux cas de maladies infectieuses émergentes ont en effet été rapportés ces dernières décennies en aquaculture : infection herpétique de la carpe Koï, infections impliquant des bactéries du genre Vibrio chez les crevettes en Nouvelle-Calédonie, bonamiose de l’huître plate en Europe, infections à nodavirus. Ces cas montrent que les causes et les facteurs favorisant l’émergence de maladies infectieuses peuvent être multiples : apparition d’un nouvel agent infectieux, évolution d’un agent existant, introduction d’un agent pathogène exotique, notion de vecteurs et de transferts, évolution des techniques de diagnostic et effet de facteurs environnementaux. Conserver des échantillons de manière adéquate afin de pouvoir les analyser de nouveau lorsqu’il y a des améliorations ou des avancées en termes de diagnostic apparaît comme une approche indispensable afin de mieux connaître les maladies infectieuses et y faire face.

Les maladies infectieuses émergentes, qu’elles soient animales, humaines ou zoonotiques, sont devenues une composante essentielle dans le paysage sanitaire mondial. Qu’elles soient inconnues jusqu’alors pour les vraies émergences ou simplement qu’elles réapparaissent après plusieurs années voire des décennies de silence dans le cas des réémergences, les maladies infectieuses émergentes ou réémergentes sont caractérisées par une augmentation brutale de leur incidence et par une incertitude sur l’ampleur du phénomène. Dans cette revue, les conditions de l’émergence sont présentées et hiérarchisées en fonction des connaissances actuelles, selon que ces conditions soient liées à l’environnement, à l’hôte (ou les hôtes) ou à l’agent infectieux lui-même. Deux exemples sont présentés pour illustrer le propos : d’une part une maladie humaine nouvelle, le SRAS avec un ou des réservoirs animaux et une maladie strictement animale, la fièvre catarrhale ovine ou bluetongue apparue récemment en Europe. Face à ces émergences ou réémergences, les différents acteurs, chercheurs et autorités sanitaires, doivent s’organiser y compris au niveau mondial afin de prévenir ou au mieux de bien se préparer à ces émergences de maladies infectieuses.

Contexte : l'émergence de maladies infectieuses est la conséquence de déséquilibres dynamiques, au sein d'écosystèmes complexes distribués à une échelle géographique donnée comprenant des humains, des animaux, des agents pathogènes et l’environnement. La mondialisation croissante des échanges implique une augmentation des flux internationaux de voyageurs et de marchandises qui peut favoriser la propagation des maladies infectieuses. Dorénavant, une crise sanitaire dans une région ou un pays peut avoir des répercussions très rapides sur la santé et l’économie dans de nombreuses parties du monde. Détecter les émergences, les comprendre par des investigations de terrain sont des étapes indispensables pour mieux contrôler les futures épidémies et pandémies. Expériences : au cours de mon parcours professionnel, mon travail personnel m’a permis d’aborder ces trois dimensions au travers de trois études qui ont donné lieu à publication dans des revues internationales à comité de lecture. Etude 1) Au cours d’une épidémie nationale d’Escherichia Coli O104 :H4 en 2011, j’ai exploré la rapidité du système de surveillance allemand en matière de détection, et recommandé une révision du système de surveillance en organisant la notification par les médecins et chefs de laboratoires dans une base de données centralisée et partagée avec différents droits d'accès par les services de santé aux niveau local, régional et national. Etude 2) Au décours de la pandémie grippale en 2009, j’ai investigué et comparé les caractéristiques des cas sévères pédiatriques en Allemagne durant deux saisons. La gravité inchangée de la grippe A(H1N1)pdm09 au cours de la première saison post pandémique (2010-11) et la proportion élevée et constante d'infections possiblement acquises à l'hôpital ont souligné le défi de prévenir les cas pédiatriques au-delà de la situation pandémique. Etude 3) Lors de l’épidémie du virus Ebola (MVE) en 2014, j’ai évalué les performances du contact tracing au Libéria en tant que mesure de contrôle spécifique. Malgré l'ampleur sans précédent du contact tracing pour la MVE au Libéria, sa capacité à détecter de nouveaux cas était limitée, en particulier dans les zones urbaines et pendant le pic épidémique. Discussion : la pandémie de Covid-19 a révélé des faiblesses des systèmes de surveillance dans presque tous les pays. Les leçons apprises au cours des épidémies et pandémies précédentes telles que celles auxquelles j’avais été exposé professionnellement et que je rapporte ici ont été insuffisamment prise en considération. En Afrique, les estimations de l’incidence et de la mortalité sont respectivement 100 fois et 15 fois plus élevées que les notifications. Parmi les explications à ces différences très importantes, on doit citer la faiblesse des systèmes de surveillance, du suivi des contacts, de l’utilisation des tests de dépistage et de diagnostic et le manque d’accès aux soins. L’amélioration des systèmes de surveillance des maladies émergentes nécessite : 1) d’accélérer la digitalisation et la mise en réseau des systèmes d’information sanitaire à tous les niveaux, des centres de santé et laboratoires périphériques jusqu’à l’échelon international ; 2) la captation, l’utilisation effective et la mise en relation d’autres sources de données (communautaires, enregistrements des décès, données animales et environnementales) et l’utilisation régulée d’internet et des réseaux sociaux ; 3) de renforcer les compétences et l’expertise des épidémiologistes de terrain et leur mise en réseau ; 4) d’investir dans la recherche au cours et entre les épidémies ; et 5) que les bailleurs de fonds et les gouvernements reconnaissent le caractère inévitable des prochaines épidémies de maladies infectieuses ou autres, aux conséquences graves, notre vulnérabilité à celles-ci et la nécessité d’investir en santé mondiale
Context: the emergence of infectious diseases is the consequence of dynamic imbalances, within complex ecosystems distributed at a given geographical scale including humans, animals, pathogens and the environment. The increasing globalization of trade implies an increase in international flows of travelers and goods which can promote the spread of infectious diseases. From now on, a health crisis in one region or country can have very rapid repercussions on health and the economy in many parts of the world. Detecting emergences and understanding them through field investigations are essential steps to better control future epidemics and pandemics. Experience: during my professional career, my own work has allowed me to address these three dimensions through three studies that have resulted in publications in international peer-reviewed journals. Study 1) During a nationwide outbreak of Escherichia Coli O104:H4 in 2011, I explored the timeliness of the German surveillance system for detection, and recommended a review of the surveillance system by organizing reporting by doctors and heads of laboratories in a centralized and shared database with different access rights by health services at local, regional and national level. Study 2) Following the influenza pandemic in 2009, I investigated and compared the characteristics of severe pediatric cases in Germany during two epidemic seasons. The unchanged severity of influenza A(H1N1)pdm09 during the first post-pandemic season (2010-11) and the consistently high proportion of possibly hospital-acquired infections highlighted the challenge of preventing pediatric cases beyond the pandemic situation. Study 3) During the Ebola virus (EVD) outbreak in 2014, I evaluated the performance of contact tracing in Liberia as a specific control measure. Despite the unprecedented scale of contact tracing for EVD in Liberia, its ability to detect new cases was limited, especially in urban areas and during the epidemic peak. Discussion: the Covid-19 pandemic has revealed weaknesses in surveillance systems in almost all countries. Lessons learned during previous epidemics and pandemics such as those to which I had been exposed professionally and which I report here have been insufficiently considered. In Africa, estimates of incidence and mortality are respectively 100 times and 15 times higher than official reports. Explanations for these very large differences include weak surveillance systems, insufficient use of contact tracing, screening and diagnostic tests, and lack of access to care. Improving surveillance systems for emerging diseases requires: 1) accelerating the digitization and networking of health information systems at all levels, from health centers and peripheral laboratories to the international level; 2) the capture, effective use and linking of other data sources (communitybased, death registries, animal and environmental data) and the regulated use of the internet and social networks; 3) to strengthen the skills and expertise of field epidemiologists and their networking; 4) to invest in research during and between epidemics; and 5) that donors and governments recognize the inevitability of future epidemics of infectious and other disease conditions with serious consequences, our vulnerability to them and the need to invest in global health

La surveillance des maladies infectieuses émergentes est une priorité de santé publique. Des systèmes de surveillance sanitaire existent dans la plupart des Etats, mais se sont avérés insuffisants pour repérer en temps réel des maladies émergentes, en particulier dans les pays ayant une infrastructure laboratoire réduite. Nous explorons l’utilisation de la surveillance sanitaire des voyageurs comme système d’alerte de maladies émergentes dans des pays tiers. Cette étude est centrée sur les pathologies entériques. Dans le cadre d’une étude européenne portant sur les infections à shigella dysenteriae serotype 1, nos résultats indiquent que l’émergence de ce germe en Afrique de l’Ouest aurait pu être détectée 6 ans avant la première déclaration officielle. Nous démontrons également la détection d’un serotype émergent de salmonella en Grèce. Notre travail décrit la capacité de ce système d’alerte à détecter des pathologies entériques émergentes et ouvre des perspectives de recherche.

Le Chikungunya est une maladie infectieuse émergente due à un alphavirus (CHIKV) transmis par les moustiques Aedes. En 2004-2007, plusieurs épidémies de grande envergure ont touché la zone Océan Indien. Nos objectifs étaient d'évaluer l'impact de l'épidémie en population générale à l'île de La Réunion (séroprévalence post-épidémique 38,2%, 300. 000 personnes infectées) en termes de morbidité perçue, de qualité de vie, d'identifier les facteurs pronostiques des douleurs musculosquelettiques (DMS) du rhumatisme chikungunya, enfin de déterminer le pronostic neurocognitif des enfants infectés à la naissance par transmission verticale du virus. Pour mesurer l'impact en population de l'épidémie, nous avons mené deux enquêtes téléphoniques sur deux échantillons aléatoires de la population de l'enquête de séroprévalence. Le CHIKV était impliqué dans un tiers des DMS, 10% des troubles neurologiques légers, 7,5% des troubles neurosensoriels, en moyenne dix huit mois après la fin de l'épidémie. La qualité de vie était peu altérée. Les facteurs prédictifs de DMS chroniques étaient un âge supérieur ou égal à 45 ans, des douleurs intenses à la phase aigue de la maladie, enfin une forte réponse humorale contre le CHIKV à sa phase de plateau (titres d'IgG spécifiques élevés). Pour mesurer le pronostic neurocognitif d'une infection materno-fœtale, nous avons suivi pendant deux ans une cohorte d'enfants infectés et non infectés. Plus de la moitié des enfants infectés avaient un retard pyschomoteur, lequel était corrélé à la gravité de la présentation initiale. Nos résultats originaux ouvrent des perspectives intéressantes pour mieux comprendre cette nouvelle maladie infectieuse chronique
Chikungunya is an emerging infectious disease caused by an alphavirus (CHIKV) transmitted by Aedes mosquitoes (Ae albopictus, Ae aegypti). In years 2004-2007, several large scale outbreaks have hit the Indian Ocean area. Our objectives were to assess the burden of the epidemic in the Reunion island community (post-epidemic seroprevalence rate: 38. 2%, 300,000 persons infected) in terms of perceived morbidity, health-related quality of life (QoL), to identify the prognostic factors for musculoskeletal pain of chikungunya rheumatism (RMSP), and finally to determine the neurocognitive outcome of children infected at birth due to the vertical transmission of the virus. In the aim to measure the populational impact of the epidemic, we conducted two telephonic surveys using two random samples of the population of a seroprevalence survey. CHIKV was involved in a third of RMSP, 10% of light cerebral disorders, 7. 5% of sensorineural impairments, on average eighteen months after the end of the outbreak. The Qol was slightly altered in CHIKV-infected subjects. Predictors of chronic RMSP were age greater or equal than 45 years, severe initial rheumatic involvement at the acute phase of infection, and finally a strong humoral response against the CHIKV at plateau phase (high specific IgG titres). To measure the neurocognitive outcome of perinatal infection, we followed-up during two years a cohort of infected and uninfected children. More than half of infected children had a psychomotor delay, which correlated with the severity of the initial presentation. Our original findings open very interesting perspectives for the understanding of this new chronic infectious disease

L'émergence de maladies telles que le SRAS et le SIDA au cours des dernières décennies a fait prendre conscience des liens étroits existant entre santé animale, santé humaine et santé des écosystèmes. En effet, les pathogènes émergents ont pour la plupart une origine zoonotique (i.e. ils circulaient à l'origine au sein des populations animales). Les risques sanitaires associés à ces émergences sont en constante évolution sous l'influence des changements globaux qui modifient les écosystèmes et les contacts entre les hôtes. La prévention et le contrôle des maladies infectieuses émergentes nécessitent la compréhension de leur dynamique dans l'ensemble des compartiments dans lesquels elles circulent. Le travail présenté ici avait pour objectif d'améliorer cette compréhension au sein des zones humides méditerranéennes en ce concentrant sur deux pathogènes émergents : les virus Influenza A (VIA) et le virus West Nile. Il a été structuré selon trois axes de recherche : i) Utiliser la surveillance épidémiologique de l'avifaune sauvage pour comprendre la circulation du virus West Nile dans le bassin méditerranéen ii) Comprendre la dynamique des VIA au sein des différents compartiments où ils circulent et à leur interface iii) Comprendre le rôle des conditions environnementales dans la dynamique des VIA notamment au sein des populations humaines. Nos résultats mettent en évidence l'intérêt de mener des études multidisciplinaires sur le long terme pour comprendre l'épidémiologie des maladies émergentes. Ils soulignent également le rôle des activités anthropiques et des conditions environnementales dans la dynamique de ces maladies. Nos études apportent des éléments de réflexion pour allier gestion des risques d'émergence et gestion des écosystèmes et des populations. Elles encouragent à développer ce type d'approche afin de relever le défi de la prévention et du contrôle des pathogènes émergents
During the last decades, the emergence of numerous infectious diseases such as SARS and AIDS has raised awareness of the close links that exist between animal health, human health and ecosystem health. Many of the emerging pathogens have a zoonotic origin (i.e. they originally circulated among animal populations). The health risks associated with the emergence of these diseases are progressing under the influence of global changes that affect ecosystems and contacts between hosts. The prevention and control of emerging infectious diseases require an in-depth understanding of their dynamics in all the compartments in which they occur. The aim of the present work is to improve our understanding of these phenomena within the context of Mediterranean wetlands by focusing on two emerging pathogens: Influenza A viruses (IAV) and West Nile virus. The thesis is structured around three research axes i) Using epidemiological surveillance of wild birds to investigate the circulation of West Nile virus in the Mediterranean Basin ii) Exploring IAV dynamics in the different compartments in which they circulate and at their interface iii) Determining the role of environmental conditions in IAV dynamics, especially within human populations. Our results highlight the value of long-term interdisciplinary studies for the understanding of the epidemiology of emerging diseases. They also emphasize the role of human activities and environmental conditions in the dynamics of these diseases. Our studies open up perspectives for combining emerging disease risk management and the management of ecosystems and populations. They also argue in favour of further developing this type of approach in order to meet the challenge of emerging pathogen prevention and control

Le Tomato chlorosis virus (ToCV) et le Tomato infectious chlorosis virus (TICV) sont deux crinivirus émergents qui provoquent des jaunisses chez la tomate. Une partie des deux génomes a été séquencée. La séquence du TICV est la première et le désigne comme une espèce divergente dans le genre. Celle du ToCV est proche des séquences publiées et confirme la faible diversité génétique de ce virus. L’expression hétérologue de la protéine de capside a permis de produire des antisera utilisables en ELISA pour le diagnostic. Si les deux virus sont transmis par Trialeurodes vaporariorum, seul le ToCV est transmis par Bemisia tabaci. T. Vaporariorum transmet aussi efficacement les deux virus. A partir de plantes infectées par les deux virus, aucun phénomène de complémentation fonctionnelle autorisant la transmission du TICV par B. Tabaci n’a été observé. La faible dissémination du TICV résulterait de sa transmission exclusive par T. Vaporariorum ; l’état endémique du ToCV serait lié à l’expansion des populations de B. Tabaci. Deux groupes invasifs de cette espèce, B et Q, prédominent dans le bassin méditerranéen. L’utilisation de marqueurs microsatellites a montré qu’en France, le groupe Q est très largement dominant. Aucune structuration géographique ou par la plante hôte n’a été mise en évidence. La faible différenciation génétique observée suggère des flux de gènes importants et une introduction récente, ce qui est corroboré par les séquences CO1. Les co-infections crinivirus-virus communs affectant la tomate montrent des effets mineurs sur les symptômes et sur les charges virales, qui n’augmenteraient pas les risques phytosanitaires que représentent ces virus
Tomato chlorosis virus (ToCV) and Tomato infectious chlorosis virus (TICV) are two emerging criniviruses inducing yellowing symptoms in tomato. They are restricted to the phloem, difficult to purify and cannot be transmitted by mechanical inoculation. A part of their genome was sequenced in this work. TICV, for which this is the first known sequence, appeared as one of the most divergent species within the genus. The ToCV sequence was very close to those already available and confirmed a very low intraspecific genetic diversity. The capsid proteins were expressed in E. Coli and used for producing specific antisera. ELISA tests were developed for routine diagnosis. If both viruses are transmitted by the whitefly Trialeurodes vaporariorum, only ToCV is transmitted by Bemisia tabaci. T. Vaporariorum transmitted efficiently both viruses. No functional complementation allowing transmission of TICV by B. Tabaci from co-infected plants was observed. The low dispersal of TICV probably results from its exclusive transmission by T. Vaporariorum, while the higher dispersal of ToCV could be linked to the spreading of B. Tabaci. Two invasive groups of B. Tabaci, B and Q, are predominant in the Mediterranean basin. Using microsatellite markers, we showed that group Q is largely predominant in France. No geographic and host plant effects were observed. High genetic flows and recent introduction are inferred from the low differentiation observed, and confirmed by CO1 sequences. Co-infections of criniviruses with other common tomato viruses did not induce any strong effects on symptoms and virus accumulation, suggesting that they would not increase the phytosanitary risk associated to criniviruses

Mon projet de doctorat était de créer un pipeline pour taxono-génomique pour la comparaison de plusieurs génomes bactériens. Deuxièmement, je automatisé le processus d'assemblage (NGS) et annotation à l'aide de divers logiciels open source ainsi que la création de scripts de maison pour le laboratoire. Enfin, nous avons intégré le pipeline dans la description de plusieurs espèces bactériennes de laboratoire sur. Cette thèse est divisée principalement en Taxono- génomique et Microbiogenomics. Les avis de la section taxono-génomique, décrit sur les avancées technologiques en génomique et métagénomique pertinentes dans le domaine de la microbiologie médicale et décrit la stratégie taxono-génomique en détail et comment la stratégie polyphasique avec des approches génomiques sont reformatage de la définition de la taxonomie bactérienne. Les articles décrivent les bactéries cliniquement importantes, leur séquençage complet du génome et les études génomiques comparatives, génomiques et taxono-génomique de ces bactéries. Dans cette thèse, j'ai inclus les articles décrivant ces organismes: Megasphaera massiliensis, Corynebacterium ihumii, Collinsella massiliensis, Clostridium dakarense. Bacillus dielmoensis, jeddahense, Occidentia Massiliensis, Necropsobacter rosorum et Pantoea septica. Oceanobacillus
My PhD project was to create a pipeline for taxono-genomics for the comparison of multiple bacterial genomes. Secondly I automated the process of assembly (NGS) and annotation using various open source softwares as well as creating in house scripts for the lab. Finally we incorporated the pipeline in describing several bacterial species from out lab. This thesis is subdivided mainly into Taxono-genomics and Microbiogenomics. The reviews in taxono-genomics section, describes about the technological advances in genomics and metagenomics relevant to the field of medical microbiology and describes the strategy taxono-genomics in detail and how polyphasic strategy along with genomic approaches are reformatting the definition of bacterial taxonomy. The articles describes clinically important bacteria, their whole genome sequencing and the genomic, comparative genomic and taxono-genomic studies of these bacteria

Engendrant un taux de mortalité atteignant 95%, les épidémies à virus Ebola ayant affecté les populations de gorilles de plaine de l’Ouest conduisirent à la classification de ce taxon comme « En danger critique d’extinction ». Cette étude s’intéresse aux capacités de récupération de ses populations. Grâce à des données uniques d’observation en phase pré- et post-épidémique, nous avons évalué l’impact de l’épidémie sur la structure et la dynamique sociale d’une population et estimé son potentiel de récupération au cours des six ans qui ont suivi. Nos résultats de démographie et de dynamique, couplés à des approches statistique et de modélisation démographique détaillée au niveau des classes d’âge et de sexe, et intégrant l’immigration, nous ont permis montrer 1) un impact délétère sur le potentiel reproducteur; 2) les atouts de la flexibilité et de l’organisation sociale dans la récupération de la structure de la population; 3) le rôle de l’immigration pour la récupération à long-terme des effectifs. La mise en évidence de caractéristiques structurelles typiques d’une population affectée par Ebola nous a permis de montrer qu’une population voisine était indemne. Ceci montre l’impact hétérogène des épidémies au niveau régional, pouvant induire une fragmentation des populations. Ce nouvel élément permet de discuter les hypothèses d’émergence et de propagation du virus, et pose la question de l’impact de la fragmentation de la population sur sa dynamique globale et sur la récupération des populations locales affectées. Nos résultats suggèrent une faible résilience des populations de gorilles de plaine face à Ebola et la menace de ce virus pour la persistance des populations
The impact of Ebola epidemics which induced up to 95% mortality in Western lowland gorilla populations (Gorilla gorilla gorilla) led to the classification of this taxon as "critically endangered". This study focuses on the recovery potential of gorilla populations after Ebola. On the basis of an unique set of data in pre- and post-epidemic periods, we evaluated the impact of the epidemic on the social structure and dynamics of a population. We then estimated its potential of recovery during the six years following the outbreak. Our results on demography and dynamics, coupled with statistical approaches and a modeling work at a demographic age and sex level, including immigration, showed1) a deleterious impact on the breeding potential, 2) the advantages of the social flexibility and the social organization of gorillas in the recovery of the demographic structure of their population, 3) the role of immigration in the long-term recovery of population size. Our determination of the demographic features characterizing a population affected by Ebola allowed us to specify that a studied neighboring population was unaffected. These findings highlighted that Ebola impact had been heterogeneous at a regional level, which probably induced some population fragmentation. This new insight lets discuss the hypotheses on the emergence and spread of the virus and questions the impact of the fragmentation on population dynamics and recovery of affected local populations. Our results suggest a low resilience of populations of lowland gorillas against Ebola virus and the threat to population persistence

Lors d’une épidémie de maladie émergente, la recherche épidémiologique devrait démarrer immédiatement, et mener à des bases de données standardisées pouvant être concaténées pour permettre une méta-analyse. Paradoxalement, les sciences de l'information, pleinement utilisées dans la détection des événements de santé, sont très peu utilisées à cette étape critique. D’abord, sur le modèle l’épidémie de SRAS, nous avons effectué une revue de la littérature correspondante afin d’identifier les types d’études réalisées suite à l’épidémie et la chronologie de la dissémination des résultats scientifiques. Nos analyses ont montré que la plupart de ces études étaient des études descriptives et qu’une grande majorité des études ont été publiées après l’épidémie. Nous avons également montré que les études soumises pendant l’épidémie ont un délai de publication significativement plus court. Ensuite, nous nous sommes intéressé au développement d’un prototype permettant de construire rapidement des questionnaires standardisés et de lancer immédiatement une enquête en ligne. Ce travail s’appuie sur l’analyse systématique des variables utilisées dans la littérature publiée lors de l’épidémie de SRAS. Une interface web a été mise en place pour construire des questionnaires, lancer des enquêtes en ligne et recueillir des données en temps réel. En conclusion, à travers un exemple d’épidémie de maladie émergente, nous avons analysé la complexité de l’investigation épidémiologique et le long délai de la dissémination de ses résultats lors d’une épidémie. En réponse, afin de faciliter et d’accélérer l’investigation épidémiologique, nous avons développé le prototype d’un système d’information

Les maladies infectieuses émergentes sont aujourd'hui particulièrement étudiées et surveillées du fait de l'augmentation sans précédent de leurs nombres, de leurs vitesses et échelles de dispersion, que se soit au sein de la faune sauvage, domestique ou des populations humaines. Chez l'homme, il est estimé aujourd'hui que 75% de ces maladies émergentes ont une origine zoonotique, c'est à dire causées par des agents infectieux pouvant se transmettre naturellement entre l'homme et d'autres espèces d'animaux vertébrés. L'origine de l'émergence de ces zoonoses est à relier directement avec les perturbations générées par l'homme sur son environnement naturel à plus ou moins grande échelle. Mon travail s'inscrit dans ce contexte et se focalise plus particulièrement sur les interactions entre les pathogènes responsables de ces maladies et les écosystèmes. Les objectifs de ma thèse étaient donc (i) d'aborder l'étude des interactions entre activités humaines, parasitisme et écosystèmes, par l'intermédiaire de travaux de synthèse et de réflexion; (ii) d'étudier plus en détail l'écologie des virus influenza aviaires en Camargue et plus particulièrement les prévalences d'infections des communautés d'oiseaux présents tout au long de l'année, le rôle des écosystèmes aquatiques dans la dynamique temporelle de la maladie et les caractéristiques génétiques des virus circulant; (iii) d'étudier plus spécifiquement le virus hautement pathogène H5N1, à l'échelle de la Camargue mais aussi à une échelle plus large. Il est notamment mis en valeur la nécessité d'intégrer les connaissances relatives à l'écologie de l'hôte et au fonctionnement des écosystèmes dans l'étude de cette maladie émergente. Les travaux effectués ont permis d'accroître nos connaissances concernant l'écologie des virus influenza en Camargue et, plus généralement, de souligner la nécessité d'étudier les pathogènes responsables des zoonoses émergentes à l'échelle des écosystèmes
Emerging infectious diseases are particularly studied and monitored today because of their unprecedented increase in number, speed and wideness of dispersion within wildlife, domestic or human populations. In humans, it is now estimated that 75% of these emerging diseases have a zoonotic origin, meaning they are caused by infectious agents that can be transmitted naturally between humans and other vertebrate animal species. The origin of the emergence of these zoonoses is directly linked to human interference with the natural environment, to a greater or lesser degree. Within this framework, my thesis specifically focuses on the interactions between pathogens responsible for these diseases and ecosystems. The objectives were (i) to study interactions between human activities, parasites and ecosystems through synthesis and discussion papers; (ii) to study in more detail the ecology of avian influenza viruses in the Camargue, especially the prevalence of infections in bird communities present throughout the year, the role of aquatic ecosystems in the temporal dynamics of the disease, and genetic characteristics of the circulating virus; (iii) to study more specifically highly pathogenic H5N1 viruses within the Camargue but also on a wider scale, particularly to highlight the need to integrate knowledge about the ecology of the host and the functioning of ecosystems in the study of this emerging disease. The work led to increased knowledge of the ecology of influenza virus in the Camargue and, more generally, to stress the need to study pathogens responsible for emerging zoonotic diseases at the level of ecosystems

Chez de nombreuses espèces, il a été montré que les stratégies de choix de partenaires socio-sexuels par un individu étaient liées aux qualités de ces partenaires (phénotypiques ou génétiques) et étaient susceptibles de maximiser la qualité de ses descendants et améliorer sa propre valeur adaptative. Nous nous sommes intéressés au choix de partenaires chez les femelles de gorille de plaines de l’ouest par une étude de leur dispersion sociale en lien avec l’influence relative de l’environnement social et des caractéristiques des mâles adultes dans les décisions des femelles à résider dans un groupe social ou à émigrer, et dans leur choix du groupe dans lequel immigrer. Nous avons montré que les femelles immigrent préférentiellement dans des groupes reproducteurs plutôt que vers des mâles solitaires et vers des groupes jeunes plutôt que vieillissants. Les groupes de 10-15 individus sont évités. Les femelles émigrent des groupes contenant une grande proportion d’individus affectés par une maladie de peau. A court terme après un effondrement démographique du à une épidémie à virus Ebola, le taux d’émigration des femelles diminue dans les groupes de grande taille, ce qui suggère une meilleure qualité reproductrice et protectrice des mâles survivants. Les caractéristiques génétiques des partenaires sexuels dans le choix des femelles, notamment les gènes du complexe majeur d’histocompatibilité (CMH) qui codent pour des protéines impliquées dans les défenses immunitaires, peuvent être impliquées dans le choix de partenaire chez certains primates. Son implication éventuelle n’avait jamais été étudiée chez le gorille. Dans cette perspective nous avons cherché à développer une méthode pour étudier ce complexe de gènes à partir d’échantillons d’ADN non invasifs (fèces), c’est-à-dire avec de l’ADN faiblement concentré et dégradé. Nous avons défini une nouvelle amorce puis utilisé des méthodes de séquençage haut débit, d’électrophorèse sur gel à gradient dénaturant et un marqueur microsatellite lié au CMH afin de déterminer une méthode d’analyse à l’échelle populationnelle. Huit nouveaux allèles de CMH ont été détectés par séquençage haut débit. Le marqueur microsatellite présente un schéma d’amplification complexe et nécessite une optimisation des protocoles qui permettra de réduire les couts d’analyses de la variabilité du CMH à l’échelle populationnelle. Nos développements ouvrent de nouvelles perspectives pour l’étude de l’influence du CMH sur le choix de partenaire dans des populations sauvages de primates
In many species, it has been shown that strategies of choice of socio-sexual partners by an individual are related to the phenotypic or genetic quality of these partners and are likely to maximize the quality of its descendants and improve its own fitness. We investigated the partner choice in western lowland gorilla females in studying their social dispersion and the relative influence of the social environment and the characteristics of adult males in females’ decisions, to stay in a social group or to emigrate, and in their choice of the group into which immigrate. We showed that females preferentially migrated towards breeding groups rather than solitary males and towards younger rather than aging groups. Groups of 10-15 individuals were avoided. Females emigrated from groups containing a large proportion of individuals affected by skin disease. In the short term after a demographic die-off due to an Ebola epidemic, female’s emigration rates declined in large groups, suggesting better reproductive and protective value of surviving males. The influence of the genetic characteristics of the sexual partners in the choice of females, in particular the genes of the major histocompatibility complex (MHC) genes that encode proteins involved in immune defenses, may be involved in partner choice in some primates. Its possible involvement had never been studied in the gorilla. In this perspective we have sought to develop a method to study this gene complex from non-invasive DNA samples (feces), that is to say with weakly concentrated and degraded DNA. We defined a new primer and then used high throughput sequencing, denaturing gradient gel electrophoresis, and a MHC-linked microsatellite marker to determine a population-level analysis method. Eight new MHC alleles were detected by high throughput sequencing. The microsatellite marker has a complex amplification pattern and requires protocol optimization that will reduce the cost of analyzing MHC variability at the population level. Our developments open new perspectives for the study of the influence of CMH on partner choice in wild populations of primates