Дисертації: "Maintenance de l'information génétique"

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Challita, Jihane. "Study of the mechanisms reponsible for the cohesion of sister chromosomes in bacteria." Thesis, université Paris-Saclay, 2022. http://www.theses.fr/2022UPASL038.

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Анотація:

La maintenance de l'information génétique est essentielle pendant la prolifération cellulaire. Chez les bactéries, la réplication et la ségrégation sont concomitantes. La réplication débute à l'origine de réplication bidirectionnelle du chromosome bactérien. Deux bras de réplications sont ensuite définis, et la réplication se termine dans la région diamétralement opposée à l'origine, le terminus. Alors que la réplication progresse, les chromatides sœurs nouvellement répliquées migrent vers des côtés opposés de la cellule. Cependant, des observations par microscopie suggèrent qu'il existe un délai entre la réplication et la ségrégation qui varie le long du chromosome. Ce délai entre la réplication et ségrégation des chromatides sœurs est appelé cohésion des chromatides sœurs. Pendant ma thèse, j'ai utilisé l'outil de haute-résolution qui permet une analyse de la cohésion du génome entier (High-SC2) pour étudier le profil de cohésion de l'organisme modèle Vibrio cholerae. Il a été démontré chez E. coli que la cohésion responsable de la variation de la vitesse de ségrégation est modulée par Topoisomérase IV, une enzyme de décaténation majeure. L'un des partenaires identifiés de cette décaténase est le complexe SMC, MukBEF. Les cellules portant une délétion de mukB montrent une production de cellules anucléées, ainsi qu'une origine de réplication mal positionnée. La ségrégation des chromosomes est affectée, et la cohésion des chromatides sœurs est augmentée. L'interaction Topo IV-MukBEF est régulée par MatP qui chasserait MukBEF du terminus de réplication, facilitant ainsi l'association de MukBEF à l'origine de réplication. J'ai donc décidé d'étudier le rôle de MukB dans la formation des motifs de cohésion chez V. cholerae. Grâce à des approches génétiques couplées à l'outil High-SC2, j'ai pu démontrer que la délétion de mukB mène à une augmentation de la cohésion sur le Chr1, plus précisément sur le bras gauche, assez loin de l'origine. Mes résultats suggèrent que MukB n'agit pas préférentiellement sur des régions spécifiques, mais que ces effets différents sur les deux chromosomes de cet organisme sont dus aux différences dans leurs origines de réplication et/ou leurs systèmes de partition. De précédentes observations dans notre laboratoire ont montré qu'une double délétion de MukB et ParAB1 cause un phénotype sévère, plus important que les délétions individuelles, j'ai donc étudié les conséquences de cette double délétion sur le profil de cohésion. Mes résultats montrent une augmentation additionnelle de la cohésion dans le Chr1 près de l'origine, suggérant ainsi que le système de partition agit sur la décohésion sur le domaine de l'origine pendant que MukB agit sur le reste du chromosome. Il a été également montré que MatP retardait la ségrégation des chromatides soeurs du terminus de réplication du Chr1. J'ai utilisé le même outil qui m'a permis d'étudier le rôle de MatP dans la cohésion de cette région. J'ai pu montrer que MatP était responsable de cette cohésion uniquement au moment de la division cellulaire et non pas pendant la réplication contrairement à MukB. Mes résultats montrent également que la densité des matS présents dans le domaine ter de chaque chromosome qui influent sur la cohésion de ce même domaine
During cell proliferation, the maintenance of genetic information is essential. In bacteria, replication and segregation are concomitant. Replication starts at the single, bidirectional origin of replication of bacterial chromosomes. Two replication arms are then defined, and replication ends in a region diametrically opposite to the origin, the terminus. As replication progresses, the newly replicated sister chromosomes migrate to opposite cell compartments. However, microscopic observations suggest that there is a delay between replication and segregation, and that this delay varies along the length of chromosomes. The delay between replication and segregation of the sister copies of a genomic position is referred to as sister chromatid cohesion. During my PhD, I used the high-resolution tool that allows for a genome-wide analysis of Sister Chromatid Cohesion (High-SC2) and studied the cohesion profile of the model organism Vibrio cholerae. It has been shown in E. coli that the cohesion responsible for the variation of segregation speed is modulated by Topoisomerase IV, a major decatenating enzyme. One of the identified partners of this decatenase is an SMC complex, MukBEF. Cells carrying a mukB deletion show a production of anucleate cells, and a mispositioned origin of replication. Chromosome segregation is impaired, and therefore sister chromatid cohesion is increased overall. The Topo IV-MukBEF interaction is regulated by MatP, which seems to displace MukBEF from the terminus of replication, facilitating the association of the MukBEF complex with the origin of replication. I therefore decided to investigate the role of MukB, in the formation of the long-range patterns of cohesion in V. cholerae. Using genetic approaches coupled with the High-SC2 assay, I demonstrated that the deletion of mukB leads to an increase in cohesion on Chr1, especially on its left replication arm, far from the origin. These results suggested that MukB does not preferentially act on specific regions and that the differential effect of the mukB deletion on Chr1 and Chr2 is probably linked to differences in their origin of replication and/or partition systems. Previous observations in the lab have in fact shown that a double deletion of MukB and ParAB1 leads to a strong phenotype, thus I investigated its effect on the cohesion profile. My results show an additional increase of cohesion in Chr1 near the ori, suggesting that the partitioning system acts on the decohesion of the ori domain while MukB acts on the chromosomal arms. In addition, it has been shown that MatP kept the sister-copies of the ter domain of Chr1 together until cell division. I used the Hi-SC2 assay to study its role in the increased cohesion of this region. I showed that MatP was responsible for the cohesion of the ter1 domain at cell division not behind the replication fork, unlike MukB. My results have also shown that it is the density of the matS sites located on the ter domain of each chromosome that influence the level of cohesion of these domains

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Guillaume, François. "Intégration de l'information moléculaire dans l'évaluation génétique." Phd thesis, AgroParisTech, 2009. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00574562.

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Анотація:

L'évaluation génétique de reproducteurs dans les espèces d'intérêt agronomique repose depuis des années sur un modèle polygénique. Ce modèle utilise exclusivement l'information des généalogies et des phénotypes. La disponibilité de marqueurs moléculaires permettant de suivre les gènes influençant les performances, a ouvert la voie à une amélioration des évaluations. Différents modèles d'intégration de l'information moléculaire sont décrits dans la littérature, s'adaptant à l'état des connaissances et aux informations moléculaires disponibles. Ainsi, les gènes peuvent être parfaitement identifiés et l'effet de leurs allèles connu ; plus fréquemment, les gènes ne sont pas identifiés mais localisés dans une région chromosomique dite QTL, grossièrement ou finement. Une évaluation des reproducteurs intégrant des informations moléculaires a été mise en place en 2001 pour l'ensemble des trois principales races bovines laitières françaises et cette thèse présente d'abord un premier bilan de la qualité de ces évaluations, à partir de travaux de simulation et de données réelles. Ce travail présente dans un second temps les résultats obtenus dans le cadre d'un projet de cartographie fine de QTL à l'aide de marqueurs SNP à haut débit. La meilleure localisation des QTL et leur meilleur suivi permettant une évolution des modèles d'évaluation, les gains de fiabilité ainsi permis sont présentés dans une troisième partie avant de conclure sur les répercussions de ces nouvelles technologies en sélection.

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Chen, Zihan. "Etude sur le droit à l'information génétique." Thesis, Toulouse 3, 2015. http://www.theses.fr/2015TOU30183.

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Анотація:

Etude sur le droit à l'information génétique L'information génétique est l'élément qui vient en premier, dans la transformation technologique. L'information génétique présente les spécificités biologiques et des particularités causées par culture sur le plan subjectif et objectif et a progressivement acquis une position particulière dans le droit. Notre thèse clarifie tout d'abord la relation entre l'information génétique et la subjectivité de l'homme. L'auteur élabore les défis apportés à la théorie traditionnelle de la subjectivité par l'information génétique dans certaines relations: entre les hommes et la nature, les hommes et eux-mêmes, les hommes et les hommes, conduisant à une analyse plus approfondie à la déconstruction de la subjectivité fondée sur la dignité humaine, principe fondamental pour la sauvegarde de l'intérêt personnel. Ensuite l'auteur analyse les éléments de relation tels que les individus, les membres de la famille et les membres de la communauté qui portent les mêmes caractéristiques génétiques et les relations avec personnes extérieures telles que le médecin, la compagnie d'assurance, l'employeur et le gouvernement. Finalement il résulte des changements fondamentaux dans le droit liés à l'information génétique, intégrant le principe de dignité humaine dans ces relations. La thèse examine les attributs du droit à l'information génétique à travers les différents types de droit : le droit de la propriété intellectuelle, le consentement éclairé et le droit à l'égalité. Qui doit posséder l'information génétique qui est séparée du corps humain? Comment s'organise la circulation de l'information génétique entre sujets de droits et l'allocation des ressources dans différents domaines ? Ensuite, l'auteur explore les intérêts légitimes attendus.. Ainsi, le droit à l'information génétique échappe au modèle de droit privé traditionnel, droit de la personnalité, droit de propriété et le droit de la propriété intellectuelle et met en avant un droit de l'information génétique composé de multiples intérêts. Les principes de protection du droit de l'information génétique sont basés sur la perspective de la liberté des individus à l'égalité sociale et du principe d'équité. Sur la base des fondements théoriques du libéralisme, l'auteur souligne que la protection du droit à l'information génétique réside d'abord dans la persistance de la liberté individuelle, qui intègre des principes de liberté et d'autonomie. Ensuite, les principes de bienfaisance et de non malfaisance sont les compléments nécessaires du principe de l'autonomie. De plus, les intérêts sociaux doivent être pris en considération lors de la protection de l'information génétique, du point de vue de la justice sociale. Enfin, l'auteur souligne que la protection des droits d'information génétiques ont influencé le développement technologique, l'intérêt public social dans un environnement macro-social et l'équilibre des intérêts Enfin, l'auteur explore la pratique de la protection des droits à l'information génétique. Tout d'abord, pour prendre l'exemple de l'Union Européenne la protection des données est réglementée par la loi et les Etats membres avec signification spécifique pour l'information génétique. En inspectant les normes établies de droits à l'information génétique dans notre pays, notre protection des données est décentralisée, mais le statut juridique que doit prendre l'information génétique s'oriente plutôt vers une information spéciale. En outre, visant à la réalisation de l'équivalence des intérêts entre les individus et la société à travers la connaissance progressive profonde de la particularité de l'information génétique l'auteur par le biais de la déduction et de l'induction propose des suggestions de contre-mesures conformes à la tendance législative de la protection de l'information génétique
Genetic information has brought about profound social reform as one of the most important information resources in modern society. The protection of genetic information has concerned benefits of different entities including individuals, families, economic institutions and countries in multiple dimensions, such as private life, market and national strategy. In most of the prior research in this field, genetic information was confused with gene, as the material carrier, tissue samples and other type of personal information, neglecting the particularity of genetic information, or mere questioning of ethics and principles. But it is not enough to resolve the social problems and disputes in the case. This article establishing the vision of rights standard, along the research approach of "fact-theory-system", answers the questions: why protecting genetic information and why taking it as a right (Introduction). The article discusses the object of rights to genetic information(Chapter One), the subject of rights to genetic information(Chapter Two), the attributes of rights to genetic information(Chapter Three), developing the protection principles of rights to genetic information(Chapter Four). Finally, based on the above discussion, the author summarizes and reaffirms that the rights to genetic information is pointing to a new-type right by exploring the practice of protecting genetic information rights. In particular: In the first chapter, the author explores the genetic information, as the right object, in technological transformation. First of all, the paper defines the genetic information which differs from gene with the attributes of information and it must be acquired by Nucleic acid analysis and other scientific analysis. Second, the paper focusing on the social changes brought by genetic information, the author mainly explores the deep implications from technology to thinking-genetic information has been applied into DNA recombination technology, Human Genome Project and bio-pharmaceutical industries bring about great influence to our life through criminal justice and paternity test. Along with the technological innovation and thinking changes, new interests and disputes happened together. At last, the author explains the particularities of genetic information in technological transformation from the objective and subjective aspects

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Pigeon, Anna. "Les enjeux juridiques de l'accès à l'information génétique." Thesis, Toulouse 1, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU10008.

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La circulation de l'information génétique humaine via internet connait un succès mondial aussi bien dans le monde scientifique que médical et qu'auprès du grand public. Dans le cas des propositions de tests génétiques directement au public par des entreprises, l'offre échappe de facto au cadre juridique national et au système de santé. Dès lors il convient tout d'abord de préciser le concept de l'information génétique et son statut, véritable enjeux juridique. Le cadre réglementaire français et européen est morcelé ce qui induit une insécurité juridique pour les acteurs impliqués. Il existe donc un véritable enjeu juridique dans la définition même de ce concept ainsi que dans la clarification et la proposition de ce statut. Le corpus juridique et normatif sera décrit et analysé afin de proposer une typologie de l'information génétique, de ses modes de production, et de ses utilisations. Puis une analyse des fondements juridiques qui justifient la spécificité de l'encadrement actuel de cette information génétique sera effectuée. La troisième étape consistera à analyser les spécificités de la disposition de l'information génétique via internet. Ce domaine est particulièrement riche d'enjeux juridiques nationaux et internationaux. Enfin des propositions critiques de cadres juridiques clôtureront la réflexion
Le résumé en anglais n'a pas été communiqué par l'auteur

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Huang, Ying. "Elaboration of customized maintenance document for complex mechanical products." Strasbourg, 2011. http://www.theses.fr/2011STRA6006.

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Traditionnellement les documents de maintenance sont sous la forme de support papier pour les différents utilisateurs, que ce soient les utilisateurs finaux, les techniciens expérimentés ou les fabricants industriels. Ces documents sont généralement élaborés pour une configuration standard du produit et pour les Conditions d’Utilisation (CU) générales. Dans un document de maintenance traditionnel, les besoins d’entretien sont souvent prédéfinis. Une fois qu’il est publié, il est difficile de le mettre à jour pour suivre les versions de changement de produit ou de l’adapter en fonction des différentes conditions d’utilisation. Par conséquent, les utilisateurs finaux ou les techniciens ont besoin de plus de temps pour décider les tâches de maintenance appropriées à accomplir sur le produit avec sa nouvelle configuration et dans ses Conditions d’utilisation spécifiques. Afin de résoudre les problèmes évoqués ci-dessus, un document de maintenance plus intelligent (dynamique, électronique, personnalisé) est proposé dans cette thèse qui porte le nom de Document de Maintenance Personnalisé (DMP). L’objectif de cette thèse est de décrire une méthodologie pour l’élaboration d’un Document de Maintenance Personnalisé (DMP) pour des produits mécaniques complexes destinés à être utilisés dans différentes conditions d’utilisation, et à l’usage des utilisateurs avec différents niveaux de compétence. Dans le DMP, les conditions d’utilisation sont prises en considération comprennent trois catégories de facteurs d’influence : les facteurs environnementaux, les profils d’utilisation du produit, et les comportements des utilisateurs
Maintenance documents are traditionally provided in the form of hardcopy supports for different users like end-users, maintenance technicians and manufacturers. These documents are generally elaborated for a standard product configuration and for general utilization conditions. In the traditional maintenance document, maintenance requirements are often predesigned. Once it is published, it is difficult to be updated to follow the product versions changing or to be adapted according to various Utilization Conditions (UCs). Therefore, the end users or technicians need more time to decide what appropriate maintenance tasks should be accomplished on the new configuration product with a new UC. In order to solve the problems discussed above, a more intelligent maintenance document (dynamic, electronic, customized) is proposed in this thesis which is named Customized Maintenance Document (CMD). The goal of this thesis is to outline a methodology for developing a CMD which shows how to customize the maintenance document for complex mechanical products to be used in different typical contextual conditions, for users with different skill levels and tasks. Three steps are focused in this thesis : knowledge integration process, decision making system design, and document model adoption. After collection and analysis of historical data (such as : utilization condition, structural data and operational data), knowledge is elicited in the form of case and embedded in the system to predict the failure rate of each unit. A multi-model decision making system is designed aiming to help users to find the most ideal maintenance tasks by analyzing the environment in which the complex mechanical product is operating. In order to present information in a better form and take the contextual knowledge into consideration, a semantic document modeling is designed which includes three layers : customized data modules layer, task-oriented document layer, and semantic network layer

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Gallezot, Gabriel. "Techniques de l'information : usages de l'I.S.T. et construction des connaissances des recherches en génomique." Paris 1, 2000. http://www.theses.fr/2000PA010608.

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Depuis les années 70, une série d'évènements sociaux et techniques ont influencé l'évolution des pratiques informatives des chercheurs en biologie moléculaire. Les chercheurs disposent de nouveaux objets techniques pour manipuler l'information scientifique et technique (IST). Ces objets techniques relèvent de techniques informatiques, de techniques du génie génétique et des techniques de la science de l'information (techniques de l'information - TI). Les TI ont changé les processus de collecte, de traitement et de diffusion de l'IST. Cette chaine représente les étapes essentielles de l'activité scientifique ; elle est appelée cycle de l'IST. Ce cycle intervient, en terme de manipulation, d'appropriation et de construction sur la connaissance, l'information et le document. Pour prendre la mesure des changements réalisés par les ti, le cas d'un laboratoire de génétique des microbes (inra, Jouy-en-Josas) est étudié. L'observation participante réalisée au sein de ce laboratoire, permet de circonscrire les pratiques informatives des chercheurs en biologie moléculaire. Cette analyse met en avant les dispositifs informationnels et techniques mis en œuvre ainsi que leurs usages par les chercheurs. Ce travail montre notamment l'influence des TI à travers la création d'une nouvelle discipline scientifique (la bioinformatique), l'évolution du traitement de l'information génomique (les données factuelles et la littérature scientifique), l'apparition de chercheurs "usagerconstructeur" qui façonnent des systèmes d'information et le gain de productivité et de créativité dans le processus de construction des connaissances.

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Fallet, Emilie. "Reconnaissance et maintenance des télomères en sénescence chez saccharomyces cerevisiae." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066800.

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Les télomères sont les extrémités des chromosomes linéaires. Leur structure nucléoprotéique particulière, constituée de séquences d’ADN répétées associées à des protéines spécialisées, permet à la cellule de les différencier d’une cassure double brin. Chez les Eucaryotes, ils sont maintenus grâce à une transcriptase inverse cellulaire spécialisée, la télomérase. En absence de télomérase, les télomères raccourcissent progressivement jusqu’à induire un arrêt des divisions cellulaires, appelé sénescence réplicative. Cet arrêt dépend de la voie de signalisation des dommages à l’ADN. Au cours de mes travaux de thèse, j’ai exploré les particularités de la structure télomérique au cours du raccourcissement menant à la sénescence. J’ai ainsi pu découvrir que la voie de tolérance aux dommages à l’ADN en réplication est impliquée aux télomères. J’ai aussi montré que les télomères les plus courts accumulent une longue région d’ADN simple brin 3’, expliquant le type de signalisation menant à l’arrêt des divisions. Ces télomères très courts sont aussi soumis à l’action des facteurs de recombinaison homologue. J’ai trouvé que ces facteurs agissent par un processus qui préserve la structure des télomères courts sans pour autant les rallonger, sauvegardant ainsi le potentiel prolifératif des cellules en absence de télomérase
Telomeres are the ends of linear chromosomes. Their specific nucleoprotein structure, consisting in repeated DNA sequences associated with specialized proteins, allows cells to distinguish them from DNA double-strand breaks. In Eukaryotes, they are maintained by a specialized cellular reverse-transcriptase, the telomerase. In the absence of telomerase, telomeres progressively shorten with each round of DNA replication until they promote a cycle arrest, termed replicative senescence. This arrest involves the DNA damage signalling pathway. During my PhD, I explored the specificities of the telomeric structure during the shortening process leading to replicative senescence. I discovered that the DNA damage tolerance pathway is involved at telomeres. I also showed that short telomeres accumulate long 3’-single-stranded DNA tails, providing an explanation for the type of signalling and subsequent cell cycle arrest. These short telomeres are also subject to the action of the homologous recombination factors. I found that these factors act in a process that preserves the structure of short telomeres without elongating them, thus ensuring cell proliferation potential after the loss of telomerase

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Huynh, Khac Tuan. "Quantification de l'apport de l'information de surveillance dans la prise de décision en maintenance." Phd thesis, Université de Technologie de Troyes, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00788661.

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La surveillance de l'état d'un système peut fournir des informations utiles pour la prise de décision en maintenance, mais peu d'outils de modélisation permettent de les intégrer correctement dans le processus de décision. L'originalité des travaux présentés ici réside dans la construction de nouveaux modèles probabilistes quantitatifs dont l'objectif est d'évaluer l'apport de l'information de surveillance en fonction de sa qualité et des grandeurs observées, dans un contexte d'optimisation de la maintenance. Les modèles stochastiques de défaillance et de mesure proposés intègrent à la fois les données capteurs relatives à la dégradation/défaillance du système à maintenir, les informations de surveillance sur l'impact de l'environnement opérationnel, et les caractéristiques des techniques de contrôle. En s'appuyant sur ces modèles, on propose des politiques de maintenance et on développe des modèles de coût associés pour étudier les meilleures méthodes d'exploitation de l'information de surveillance. L'ensemble des études menées montrent l'intérêt de développer des structures de décision de maintenance qui permettent d'intégrer l'information de surveillance et d'en évaluer l'impact sur les performances de la maintenance.

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Huynh, Khac Tuan. "Qualification de l'apport de l'information de surveillance dans la prise de décision en maintenance." Troyes, 2011. http://www.theses.fr/2011TROY0013.

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La surveillance de l'état d'un système peut fournir des informations utiles pour la prise de décision en maintenance, mais peu d'outils de modélisation permettent de les intégrer correctement dans le processus de décision. L'originalité des travaux présentés ici réside dans la construction de nouveaux modèles probabilistes quantitatifs dont l'objectif est d'évaluer l'apport de l'information de surveillance en fonction de sa qualité et des grandeurs observées, dans un contexte d'optimisation de la maintenance. Les modèles stochastiques de défaillance et de mesure proposés intègrent à la fois les données capteurs relatives à la dégradation/défaillance du système à maintenir, les informations de surveillance sur l'impact de l'environnement opérationnel, et les caractéristiques de techniques de contrôle. En s'appuyant sur ces modèles, on propose des politiques de maintenance et on développe des modèles de coût associés pour étudier les meilleures méthodes d'exploitation de l'information de surveillance. L'ensemble des études menées montrent l'intérêt de développer des structures de décision de maintenance qui permettent d'intégrer l'information de surveillance et d'en évaluer l'impact sur les performances de la maintenance
Condition and health monitoring can bring out useful information for the maintenance decision-making but few models allow their integration in the decision process. This thesis aims to construct new probabilistic quantitative models to evaluate the value of this kins of information depending on ith quality and on the nature of the observed variables. The proposed stochastic failure and measurement models take account the degradation/failure sensor data, the impact of operational environment on the degradation, as well as the nature of control techniques. Based on these models, we propose different maintenance policies and we develop the associated cost model to study the best methods for the exploitation of monitoring information. The studies in this thesis show the advantage of developing quantitative maintenance decision framework which allows integrating and evaluating the impact of condition monitoring information on the performance of maintenance operations

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Alaoui, Selsouli Moulay Marouane. "Modélisation et résolution d'un problème de la planification conjointe de production et de maintenance." Nantes, 2011. http://www.theses.fr/2011NANT2009.

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La planification de la production et celle de la maintenance ont souvent été effectuées séparément. Ainsi, les ressources sont toujours considérées comme disponibles lors de la planification de production et les activités de maintenance préventive sont généralement programmées dans des créneaux horaires en dehors des périodes à forte demande pour ne pas entraver la production. En réalité, une mauvaise politique de maintenance préventive engendre l’augmentation des arrêts non prévus de la production et la réduction de la disponibilité de ses moyens. En conséquence, la productivité au sein de l’usine sera diminuée et les délais de livraison ne seront plus respectés. Pour y remédier, nous avons traité un nouveau problème de planification conjointe de la production et de la maintenance combinant un problème de lot sizing à un niveau, avec capacité et coût de rupture sur la demande (cas de plusieurs références) et un problème de maintenance où les activités de maintenance préventive sont planifiées dans des fenêtres de temps. Nous proposons une nouvelle modélisation du problème et trois approches de résolutions. La première est une heuristique basée sur la relaxation des contraintes de capacité à laquelle est associée une procédure de lissage pour obtenir une solution réalisable. La seconde est une approche s’appuyant sur la décomposition de Dantzig-Wolfe et des procédures d’arrondi et de lissage pour construire une solution faisable. La dernière est un couplage d’un algorithme génétique et d’une relaxation lagrangienne. Différents tests sont effectués dans le but de montrer les avantages et les limites de chaque approche et de les comparer
The production and maintenance planning have often been planned separately. Indeed, resources are always considered to be available during the production planning; and preventive maintenance activities are usually scheduled in specific time periods in order to avoid a production interruption. In practice, a bad preventive maintenance policy generates a rise in unplanned shutdowns of production and a reduction of the available resources. Consequently, productivity in the manufacturing plant will be decreased and lead times will no longer be respected. To overcome these issues, we study a new integrated production and maintenance planning problem that combines single level multi-items capacitated lot sizing problem with shortage cost and a maintenance problem where preventive maintenance activities are planned in time windows. Thus, we will model the problem and propose three approaches of finding a solution. The first one is a heuristic based on the relaxation of capacity constraints and a smoothing procedure to find a feasible solution. The second heuristic is based on the Dantzig-Wolfe decomposition and rounding and smoothing procedures to construct a solution. The last approach is a coupling method of a genetic algorithm and a lagrangean relaxation. Various tests are performed in order to show the advantages and limitations of each approach before comparing their respective performances

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Rey, Alexandrine. "Le traitement de l'information génétique par le droit : L’exemple de l’information liée à la diversité biologique." Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTD032.

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L’information génétique est rarement appréhendée directement par le droit, bien que certaines catégories du droit de la propriété intellectuelle, telles que le brevet d’invention ou le certificat d’obtention végétale, en soient des réceptacles privilégiés. De plus, si les Etats ont réaffirmé leur souveraineté sur les ressources génétiques dans le cadre de la Convention sur la diversité biologique et du Protocole de Nagoya, il en résulte un principe de partage juste et équitable des avantages entre fournisseurs et utilisateurs, qui a favorisé la reconnaissance d’un nouveau bien : l’information génétique. Effectivement, selon une approche néocapitaliste de la conservation, la maîtrise de l’information génétique constitue un levier pour la conservation de la biodiversité et un rééquilibrage des relations Nord/Sud. Toutefois, la propriété de la ressource physique s’est révélée déterminante dans les échanges afin de contrôler l’accès à l’information génétique à travers les utilités de la chose.Ce principe d’accès et de partage des avantages entérine un lien spécial entre l’information et son support biologique en ce sens que l’information génétique étudiée par le chercheur demeure le fruit d’un territoire, voire d’un travail de conservation ancestrale d’agriculteurs ou de communautés locales. Il s’agit donc d’une forme atypique de dépendance entre l’information génétique et l’origine géographique de la ressource, devant être articulée avec les droits de propriété intellectuelle qui ne peuvent poursuivre la seule logique de l’innovation, au risque de contourner les engagements internationaux en matière d’accès et de partage des avantages. Par ailleurs, un partage juste et équitable des avantages se comprend largement et n’est pas circonscrit aux avantages découlant du dépôt d’un titre de propriété intellectuelle. La révolution numérique connue par les activités de biotechnologie au travers notamment de la bio-informatique permet la création de nouvelles valeurs, souvent non-appropriables mais largement réservées par les pays du Nord, et auquel l’accès se révèle indispensable dans une véritable perspective de développement des capacités de recherche au Sud. En effet, au-delà des avantages monétaires et du transfert de technologie, ces avantages non monétaires sont essentiels afin de perpétuer les objectifs initiaux de la Convention sur la diversité biologique, malmenés par l’évolution des techniques. Pourtant, le règlement de l’Union européenne du 16 avril 2014 relatif aux mesures concernant le respect par les utilisateurs dans l'Union du protocole de Nagoya sur l'accès aux ressources génétiques et le partage juste et équitable des avantages découlant de leur utilisation et de la loi française pour la reconquête de la biodiversité, de la nature et des paysages du 8 août 2016 peinent à lancer une véritable dynamique de partage autour des pratiques de recherche actuelles, dans un contexte où l’accès au message porté par une séquence d’ADN peut être obtenu indépendamment de la ressource biologique, notamment grâce aux bases de données de bio-informatique ou à la biologie de synthèse. Au-delà du constat réalisé dans cette étude, il est temps de réfléchir à la construction d’une nouvelle forme de gouvernance, englobant l’information génétique au format numérique et répondant aux questions nouvelles soulevées par le big data, ainsi que les pratiques de data mining. L’idée d’un commun contractuel équitable, sur le modèle du Traité international sur les ressources phytogénétiques pour l’alimentation et l’agriculture, nous paraît constituer un enjeu du futur pour une certaine survie des principes de la Convention sur la diversité biologique
Genetic information is rarely dealt with directly by law, although certain categories of intellectual property law, such as a patent or a plant variety certificate, are privileged receptacles. Moreover, if the states reaffirmed their sovereignty over genetic resources under the Convention on Biological Diversity and the Nagoya Protocol, the result is a principle of fair and equitable sharing of benefits between providers and users, which promoted the recognition of a new good: genetic information. Indeed, using a neocapitalist approach to conservation, mastery of genetic information is a lever for the conservation of biodiversity and a rebalancing of North / South relations. However, the property of the material resource has proved to be a determining trading factor in order to gain control access towards genetic information through its utilities.This principle of access and benefit-sharing enshrines a special link between information and its biological support in the sense that the genetic information studied by the researcher remains a local product or even a work of ancestral preservation by the Farmers or local communities. It is therefore an atypical form of dependence between genetic information and the geographical origin of the resource, that needs to be hinged with intellectual property rights. The latter is unable to solely pursue the logic of innovation without running the risk to bypass the commitments made by the international community on benefits access and sharing. Moreover, a Fair and Equitable sharing of benefits has to be taken broadly and is in no way limited to the benefits ensuing the filing of an IP. The digital revolution experienced by biotechnology activities, especially through Bioinformatics, allows the creation of new values which are mainly non-appropriable although reserved to a very large extent by Northern countries and to which access is essential in a genuine Development of research capacity in the Southern Countries. Indeed, beyond the financial benefits and the technology transfer opportunities, these non-monetary benefits are essentials in order to perpetuate the original goals which are battered by techonological developments. Yet the European Union Regulation of the 16 April 2014 on measures concerning user compliance in the Union with the Nagoya Protocol on access to genetic resources and the fair and equitable sharing of benefits arising from their use and the French Law for the Recovery of Biodiversity, Nature and Landscapes of August 8, 2016 are struggling to trigger and ensure a real dynamic of sharing around modern research practices, in a context where access to the message carried by a DNA sequence can be obtained independently of the biological resource, in particular through bioinformatics databases or synthetic biology.Beyond the findings of this study, it is time to reflect on the construction of a new form of governance, encompassing genetic information in digital format and responding to new questions raised by big data, as well as data mining. The idea of an equitable contractual common good, modeled on the International Treaty on Plant Genetic Resources for Food and Agriculture, seems to us to be a future issue for a certain survival of the principles of the Convention on Biodiversity

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Bukhari, Syed Irfan Ahmad. "Role of the microrna pathway in Caenorhabditis elegans germline maintenance." Thesis, Université Laval, 2012. http://www.theses.ulaval.ca/2012/28961/28961.pdf.

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Les voies de régulation dépendant des courts ARN non-codants contrôlent plusieurs processus biologiques. Ces courts ARNs sont important dans le développement des cellules germinales de plusieurs espèces ainsi que dans la régulation génique et la résistance virale. Néanmoins, la contribution de la voie de régulation dépendant des microARNs dans la biogénèse des cellules germinales demeure peu comprise. Étant donné que les protéines Argonautes ALG-1 et ALG-2 sont exclusivement impliquées et indispensables à la voie des microARNs, nous avons décidé de manipuler génétiquement ces gènes afin de déterminer si la voie des microARNs est importante dans la prolifération et différentiation des cellules germinales des animaux en utilisant le nématode Caenorhabditis elegans comme modèle d’étude. La perte de fonction des gènes alg-1 et alg-2 rend les animaux stériles, ce qui est similaire aux phénotypes observés chez les nématodes mutant pour Drosha et Dicer (deux enzymes essentielles à la production des microARNs). Ainsi, ceci supporte que la voie de régulation des microARNs joue un rôle essentiel pour le maintien des cellules germinales. Pour définir le rôle précis de ALG-1 et ALG-2 dans les processus complexes de régulation des cellules germinales, nous avons tout d’abord établi la descendance des souches mutantes alg-1(gk214) et alg-2(ok304). Ces deux souches de nématodes ont un faible nombre de descendant qui peut s’expliquer par un problème dans la prolifération des cellules germinales, de méiose ou dans la formation de gamètes. Une analyse précise des gonades de ces animaux indique une plus petite région mitotique avec un nombre de cellules germinales en prolifération inférieur à celui retrouvé chez les animaux de type sauvage. Nous avons aussi observé que les cellules entrent en méiose de manière plus précoce dans les animaux alg-1 et alg-2 mutants, que ces mutants ont des défaut dans la formation de gamètes et qu’ils ont un nombre plus élevé de cellules germinales apoptotiques. En utilisant l’immunofluorescence et des rapporteurs d’expression, nous avons confirmé que ALG-1 et ALG-2 sont exprimées dans la DTC, une cellule spécialisée situé à l’extrémité distale des gonades de C. elegans qui est au cœur de la régulation de la transition mitose-méiose des cellules germinales. En utilisant une lignée transgénique qui exprime ALG-1 exclusivement dans la DTC, nous pouvons partiellement rétablir le nombre de descendants ainsi que rétablir totalement le nombre de cellules retrouvé dans la région mitotique. De façon intéressante, nous observons que la perte de cinq microARNs exprimés dans la DTC mène à des phénotypes similaires à ceux observés dans les mutants alg-1 et alg-2. Finalement, l’analyse de l’expression génique par micropuces des gonades de vers alg-1 mutant indique que la voie des microARNs contribue à la régulation de différentes voies moléculaires importantes pour la prolifération et la différentiation des cellules germinales. L’ensemble de ces études supporte l’implication de la voie des microARNs dans le contrôle de la biogénèse des cellules germinales chez C. elegans.
Small non-coding RNA pathways assume pleiotropic roles in the regulation of multitude of biological processes. These non-coding RNAs have been shown to be involved in germline development in diverse species, in addition to their well-known participation in gene regulation and viral resistance pathways. However, the contribution of the miRNA, one of the small non-coding RNA pathways in germline biogenesis has remained elusive. Since ALG-1 and ALG-2 are exclusively involved in the miRNA pathway and indispensible for miRNA mediated gene silencing, we decided to genetically manipulate these genes to address whether miRNA pathway plays an important role in germline proliferation and differentiation using C. elegans as animal model. As double knockout of alg-1 and alg-2 leads to sterility, which mirrors the phenotypes of Drosha and Dicer mutants, we reasoned that the miRNA pathway proteins are crucial in germline maintenance. To delineate the role of ALG-1 and ALG-2 in the complex processes of germline regulation, we first investigated the brood size of alg-1(gk214) and alg-2(ok304) animals. Both mutants had significantly decreased brood size, which could result from defects in germline proliferation, meiosis or gamete formation. An extensive analysis of the germline of these mutants revealed a smaller mitotic region with less number of proliferating germ cells compared to the wild type. We also observed early entry into meiosis in alg-1(gk214) and alg-2(ok304). Using immunofluorescence and transgenic reporters, we confirmed ALG-1 and ALG-2 expression in DTC, a specialized cell located at the tip of both C. elegans gonadal arms that regulates mitosis-meiosis transition. Using transgenic line with alg-1 expressed exclusively in the DTC, we were able to partially rescue the brood size defect and completely restored the number of cells in the mitotic region. These mutants also presented defects in gamete formation and an increase in germ cell apoptosis. Interestingly, we observed that the disruption of five miRNAs expressed in the DTC display similar phenotypes as observed in alg-1 and alg-2 mutants. Finally, gene expression analysis by microarray of alg-1 mutant gonads indicates that the miRNA pathway is involved in the regulation of different pathways important for germline proliferation and differentiation. Together, our data supports the role of miRNA pathway in controlling germline biogenesis in C. elegans.

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Séguy, Anne Noyes Daniel. "Décision collaborative dans les systèmes distribués application à la e-maintenance /." Toulouse : INP Toulouse, 2009. http://ethesis.inp-toulouse.fr/archive/00000813.

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Fournès, Florian. "Etude du système Xer au travers de la transmission verticale et horizontale de l'information génétique chez les bactéries." Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30143/document.

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Les génomes bactériens sont le siège de deux phénomènes de transferts de l'information génétique: les transferts verticaux et horizontaux. Leur coéxistence ce qui implique une délicate balance entre maintenance et instabilité des génomes. L'information génétique des bactéries est généralement portée par des réplicons circulaires : chromosomes et plasmides. Un des sérieux désavantages des réplicons circulaires est leur grande sensibilité aux réarrangements causés par recombinaison homologue. Un nombre impair de crossing-over pendant ou après la réplication de ces réplicons entraine la formation de molécules dimériques. Ces dimères correspondent à une fusion covalente des deux copies du réplicon, non-résolus les dimères ne ségrégeront pas correctement au moment de la division cellulaire. La résolution des formes multimériques des plasmides et chromosomes circulaires est médiée par un mécanisme de recombinaison spécifique de site efficace et extrêmement contrôlé : le système Xer. Les mécanismes de résolution des dimères de chromosome et de plasmide sont différents. De plus, bien que le système de résolution de dimères de chromosome soit contrôlé dans le temps et dans l'espace, chez de nombreuses bactéries il est détourné de son rôle principal par des éléments génétiques mobiles appelés IMEXs (Integrative Mobile Elements exploiting Xer). Le système Xer est alors impliqué dans les transferts verticaux et horizontaux de gènes, illustrant comment une même machine moléculaire peut intervenir dans plusieurs processus biologiques. Pour cela, des acteurs externes différents vont jouer un rôle clé dans le contrôle d'une machine Xer centrale et ainsi apporter une diversité de mécanismes, chacun dédié à une processus biologique propre. Afin de mieux comprendre les contrôles différentiels du système Xer, je me suis intéressé aux éléments génétiques mobiles. Via l'étude de la stabilité intra-chromosomique des IMEXs et de la résolution des dimères de certains grands plasmides, j'ai pu montrer que FtsK, la protéine activatrice de la résolution des dimères de chromosome, est impliquée dans la stabilisation des éléments acquis par transferts horizontaux de gènes
The genetic information of bacteria is generally carried by circular replicons: chromosomes and plasmids. One of the serious disadvantages of circular replicons is their high sensitivity to rearrangements caused by homologous recombination. An odd number of crossing-over, during or after the replication of these replicons, results in the formation of dimeric molecules. These dimers correspond to a covalent fusion between the two copies of the replicon. If they are not resolved, the dimers will not segregate properly at the time of cell division. The resolution of multimeric forms of circular plasmids and chromosomes is mediated by an efficient and highly controlled site-specific recombination mechanism: the Xer system. The mechanisms of resolution of the chromosome and plasmid dimers are different. In addition, even if the chromosome dimer resolution system is controlled in time and space, in many bacteria it is hijacked by mobile genetic elements called IMEXs (Integrative Mobile Elements Exploiting Xer). The Xer system is then involved in the vertical and horizontal transfer of genes, illustrating how the same molecular machine can intervene in several biological processes. For this, different external actors will play a key role in controlling a central Xer machine and thus bring a variety of mechanisms, each dedicated to a specific biological process. In order to better understand the differential controls of the Xer system, I focused on mobile genetic elements. By studying the intra-chromosomal stability of IMEXs and the resolution of large plasmids dimers, I was able to show that FtsK is involved in the stabilization of the acquired mobile genetic elements

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Reyterou, Claude Louis. "Une méthodologie pour l'intégration des nouvelles technologies de l'information et de la communication dans les processus de maintenance aéronautique." Châtenay-Malabry, Ecole centrale de Paris, 2002. http://www.theses.fr/2002ECAP0888.

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L'objectif de cette thèse est de proposer une méthodologie permettant d'évaluer l'impact des NTIC sur les performances et les évolutions des processus de maintenance aéronautique. Cette méthodologie est basée sur des concepts, méthodes et moyens utilisés en systémique. Après avoir identifié la problématique de la maintenance, nous avons défini un modèle générique positionnant les besoins. Parallèlement, un état de l'art permet de déterminer les fonctionnalités des NTIC. Nous proposons ensuite une méthodologie d'adéquation permettant de comparer besoins et fonctionnalités. Cette méthodologie met en œuvre des méthodes d'agrégation, QFD et d'analyse multicritères. Une démarche d'application de la méthodologie répond à notre problématique. Elle est basée sur des algorithmes itératifs, des matrices de corrélations et des indicateurs de performance. La dernière partie du document montre une tentative d'application sur deux cas industriels puis les limites et perspectives de la méthodologie.

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Bedhiafi, Walid. "Sciences de l'information pour l'étude des systèmes biologiques (exemple du vieillissement du système immunitaire)." Thesis, Paris 6, 2017. http://www.theses.fr/2017PA066139/document.

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Le laboratoire i3 et le laboratoire LGIPH, utilisent des approches à haut débit pour l’étude du système immunitaire et ces disfonctionnements. Des limites ont été observées quant à l’utilisation des approches classiques pour l’annotation des signatures d’expression des gènes. L’objectif principal a été de développer une approche d’annotation pour répondre à ce besoin. L’approche que nous avons développée est une approche basée sur la contextualisation des gènes et de leurs produits puis sur la modélisation des voies biologiques pour la production de bases de connaissances pour l’étude de l’expression des gènes. Nous définissons ici un contexte d’expression des gènes comme suit : population cellulaire+compartiment anatomique+état pathologique. Pour connaitre ces contextes, nous avons opté pour la fouille de la littérature et nous avons développé un package Python, qui permet d’annoter les textes automatiquement en fonction de trois ontologies choisies en fonction de notre définition du contexte. Nous montrons ici que notre package a des performances meilleures que un outil de référence. Nous avons l’avons utilisé pour le criblage d’un corpus sur le vieillissement du système immunitaire dont on présente ici les résultats. Pour la modélisation des voies biologiques nous avons développé en collaboration avec le LIPAH une méthode de modélisation basée sur un algorithme génétique qui permet de combiner les résultats de mesure de la proximité sémantique sur la base des annotations des gènes et les données d’interactions. Nous avons réussis retrouver des réseaux de références avec un taux d’erreur de 0,47
High-throughput experimental approaches for gene expression study involve several processing steps for the quantification, the annotation and interpretation of the results. The i3 lab and the LGIPH, applies these approaches in various experimental setups. However, limitations have been observed when using conventional approaches for annotating gene expression signatures. The main objective of this thesis was to develop an alternative annotation approach to overcome this problem. The approach we have developed is based on the contextualization of genes and their products, and then biological pathways modeling to produce a knowledge base for the study of gene expression. We define a gene expression context as follows: cell population+ anatomical compartment+ pathological condition. For the production of gene contexts, we have opted for the massive screening of literature. We have developed a Python package, which allows annotating the texts according to three ontologies chosen according to our definition of the context. We show here that it ensures better performance for text annotation the reference tool. We used our package to screen an aging immune system text corpus. The results are presented here. To model the biological pathways we have developed, in collaboration with the LIPAH lab a modeling method based on a genetic algorithm that allows combining the results semantics proximity using the Biological Process ontology and the interactions data from db-string. We were able to find networks with an error rate of 0.47

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Chapel, Gwenda-ella. "Modélisation et diagnostic des conceptions d'élèves de niveau seconde sur l'information génétique, lors de l'élaboration d'expérience à l'aide de LabBrook." Phd thesis, Université de Grenoble, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00721782.

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Les objectifs de ce travail (la modélisation et le diagnostic) sont réalisés grâce à la création et la mise en place d'une situation d'élaboration d'expérience où les élèves répondent au problème suivant : Comment modifier l'information génétique ? La situation de recueil des productions fait intervenir le site internet LabBook, comprenant plusieurs éditeurs dont COPEX, qui étaye l'activité d'élaboration de protocole expérimental. Cette situation permet de proposer un environnement de travail sur les neuf niveaux biologiques auxquels les élèves peuvent placer l'information génétique : Milieu, Organisme, Organe, Cellule, Noyau, Caryotype, Chromosome, Gène et ADN. Ces niveaux ont été déterminés à partir de l'étude de travaux sur les difficultés des élèves en génétique et d'une analyse épistémologique du savoir. La situation a été proposée à la suite d'une analyse a priori effectuée dans le cadre de la TSD de Brousseau (1998) et du modèle cK¢ de Balacheff (1995). L'analyse des productions d'élèves nous apporte des informations sur le niveau biologique auquel ils souhaitent réaliser leur expérience, sur l'objet biologique du niveau choisi, ainsi que le mode de modification de l'information génétique. Nous retrouvons un plus grand nombre de réponses aux niveaux Chromosome, Gène et ADN. Concernant les objets biologiques, ce sont ceux donnant leur nom aux niveaux qui sont les plus utilisés et la modification principale est un échange, une substitution. Le modèle cK¢ a aussi servi à formaliser les conceptions dégagées des productions des élèves. Nous avons pu modéliser neuf conceptions rassemblant la moitié des élèves et correspondant à la modification de l'information génétique.

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Chapel, Gwenda-Ella. "Modélisation et diagnostic des conceptions d'élèves de niveau seconde sur l'information génétique, lors de l'élaboration d'expérience à l'aide de LabBrook." Thesis, Grenoble, 2011. http://www.theses.fr/2011GRENS011/document.

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Les objectifs de ce travail (la modélisation et le diagnostic) sont réalisés grâce à la création et la mise en place d'une situation d'élaboration d'expérience où les élèves répondent au problème suivant : Comment modifier l'information génétique ? La situation de recueil des productions fait intervenir le site internet LabBook, comprenant plusieurs éditeurs dont COPEX, qui étaye l'activité d'élaboration de protocole expérimental. Cette situation permet de proposer un environnement de travail sur les neuf niveaux biologiques auxquels les élèves peuvent placer l'information génétique : Milieu, Organisme, Organe, Cellule, Noyau, Caryotype, Chromosome, Gène et ADN. Ces niveaux ont été déterminés à partir de l'étude de travaux sur les difficultés des élèves en génétique et d'une analyse épistémologique du savoir. La situation a été proposée à la suite d'une analyse a priori effectuée dans le cadre de la TSD de Brousseau (1998) et du modèle cK¢ de Balacheff (1995). L'analyse des productions d'élèves nous apporte des informations sur le niveau biologique auquel ils souhaitent réaliser leur expérience, sur l'objet biologique du niveau choisi, ainsi que le mode de modification de l'information génétique. Nous retrouvons un plus grand nombre de réponses aux niveaux Chromosome, Gène et ADN. Concernant les objets biologiques, ce sont ceux donnant leur nom aux niveaux qui sont les plus utilisés et la modification principale est un échange, une substitution. Le modèle cK¢ a aussi servi à formaliser les conceptions dégagées des productions des élèves. Nous avons pu modéliser neuf conceptions rassemblant la moitié des élèves et correspondant à la modification de l'information génétique
The aims of this work (modelisation and diagnostic) are realised thanks to the design and the experimentation of a didactical situation with the design of an experiment that have the following problem to solve: How can we modify the genetics information? The situation designed to obtain the students' productions is on the web site LabBook and it is organised in some tools, including COPEX, which scaffold the activity of experimental procedure's design. This situation proposes an environment with the nine biological levels where students can place the genetics information: Environment, Organism, Organ, Cell, Nucleus, Caryotype, Chromosome, Gene and DNA. Those levels were determined thanks to the study of researches on the students' difficulties in genetics and thanks to the epistemological analysis of the reference knowledge. The situation was proposed after an a priori analysis in the theoretical framework of TSD of Brousseau (1998) and the cK¢ model of Balacheff (1995). The students' productions analysis give us results about the biological level where they realise their experiment, about the biological object used in this level and the method of genetics information's modification. We find more answers at levels Chromosome, Gene and DNA. About biological objects, the most used are those, which give their name to the level, and the method of modification is exchange, substitution. The cK¢ model is used too formalise conceptions obtained from the students productions. We modelised nine conceptions, which represent the conceptions of the genetics information modification for 50 percents of students

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Giard, Lise. "L'utilisation de l'information génétique à des fins médicales face au droit à la liberté de la vie privée en droit québécois." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 2000. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk2/ftp03/MQ53949.pdf.

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Lapointe, Julie. "Communication intrafamiliale de l'information génétique chez les personnes testées pour une susceptibilité au cancer du sein liée aux gènes BRCA1/2." Thesis, Université Laval, 2012. http://www.theses.ulaval.ca/2012/29508/29508.pdf.

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Porreca, Rosa Maria. "The role of human RTEL1 in telomere maintenance." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066422.

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Rtel1 est une hélicase qui a été identifiée comme un facteur essentiel pour maintenir les télomères longs et le génome stable chez la souris. Chez l'homme, des mutations germinales dans RTEL1 ont été trouvées chez les patients atteints du syndrome de Hoyeraal-Hreidarsson (HHS), une forme grave de la dyskératose congénitale. Cependant, le mécanisme selon lequel cette protéine agit dans les cellules humaines reste en grande partie inconnu. Pour étudier la fonction de RTEL1 sur le métabolisme des télomères nous avons réduit l'expression de RTEL1 par ARN interférent dans plusieurs lignées de cellules humaines et analysé la longueur des télomères par quantitative-FISH. Nos résultats montrent que la dérégulation de RTEL1 induit un raccourcissement des télomères uniquement dans les cellules avec de très longs télomères et surexprimant la télomérase. Nous démontrons également que l'absence de RTEL1 provoque une altération du complexe de shelterin au télomères: l'augmentation des niveaux de TRF2 et la diminution de POT1. La surexpression de la portion OB fold de POT1 peut restaurer le raccourcissement des télomères causé par le knockdown de RTEL1. Ceci indique que RTEL1 peut jouer un rôle important dans la stabilité du 3' sortant et l'accessibilité de la télomérase. Nous constatons également un impact de RTEL1 sur le métabolisme de l'ARN non codant télomérique TERRA. En effet, la diminution de RTEL1 réduit la quantité totale de TERRA présente dans le noyau et en particulier de TERRA associé aux télomères. Nous constatons que ce nombre réduit de TERRA est causé par sa dégradation, donc nous proposons que RTEL1 a un rôle dans la stabilisation de TERRA aux télomères
Rtel1, regulator of telomere elongation helicase 1, was discovered as an essential factor for telomere length maintenance and genomic stability in mice. In humans, germline mutations in RTEL1 have been found in patients with Hoyeraal-Hreidarsson syndrome (HHS), a severe form of dyskeratosis congenita. However, the precise mechanism of action of the protein in human cells remains largely unknown. To investigate the function of RTEL1 in human telomere metabolism we used a knockdown approach by specific siRNAs and quantitative-FISH to measure telomere length after depletion of RTEL1 in different cancer cell lines. Our results show that down-regulation of RTEL1 induces shortening of telomeres only in cells with very long telomeres and high telomerase activity. We also demonstrate that upon depletion of RTEL1 there is a different stochiometry of shelterin proteins at telomeres: increased levels of TRF2 and decreased levels of POT1. Importantly, the overexpression of the POT1 OB fold can rescue the shortening of telomeres caused by the knockdown of RTEL1 indicating that RTEL1 may play an important role in the stability of the overhang and in its accessibility to telomerase. We also find an affect of RTEL1 on Telomeric non-coding RNA (TERRA) metabolism. Indeed, depletion of RTEL1 in human cell lines reduces the total amount of TERRA present in the nucleus and in particular of telomere-associated TERRA. Moreover, we find that this reduced number of UUAGGG repeats is caused by TERRA degradation, therefore we propose that RTEL1 has a role in stabilizing TERRA at telomeres

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Supiot, Elsa. "Les tests génétiques : contribution à une étude juridique." Paris 1, 2012. http://www.theses.fr/2012PA010307.

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La seconde moitié du XXe siècle et le début du XXIe siècle auront été marqués par le développement spectaculaire de la génétique, fascinant par l'effet de compréhension qu'elle paraît induire, terrifiant par sa propension à classer, à normaliser voire à exclure. La France, en 1994, fut l'un des premiers États à se doter d'un encadrement spécifique pour la réalisation du test génétique, c'est-à-dire la découverte de l'information génétique. À ce stade, il met en place les moyens d'une autonomie effective de la personne, qui devraient être étendus au champ des autotests proposés sur Internet, lesquels, par un phénomène de contractualisation des tests génétiques, mettent à mal l'autonomie du patient. Hors ce cadre individuel et médical, le législateur, empêtré dans une appréhension libérale et individualiste des droits, révèle une grande difficulté à penser les dimensions collectives de l'information génétique, à appréhender cette dernière au regard de sa plus ou moins grande spécificité selon les circonstances, à en adapter les modalités d'accès et les règles de circulation. Or, dans une société, où l'accent mis sur la liberté et l'autonomie des individus invite à un renforcement de la responsabilité individuelle, l'information génétique contribue à une individualisation accrue des situations au détriment, le cas échéant, de l'idée de solidarité. Cette dernière doit au contraire être placée au cœur d'une réflexion nécessaire sur la politique de santé publique des tests génétiques.

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Chable, Stéphanie. "Vers des correcteurs réduits robustes à des variations paramétriques." Toulouse, ENSAE, 2003. http://www.theses.fr/2003ESAE0015.

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Les systèmes industriels actuels présentent des complexités croissantes au fil des ans. Cependant, pour des raisons d'implémentation, de lisibilité et de retouche, il est préférable de commander de tels systèmes avec des correcteurs les plus simples possibles. Ces considérations ont entrainé les recherches sur la réduction de correcteur et sur la synthèse réduite de ceux-ci. Nous proposons dans cette thèse une approche basée sur les aspects modaux de la boucle fermée en synthétisant un correcteur réduit conservant la structure modale dominante de la boucle fermée initiale. Cependant, l'obtention de lois de commande réduites ne résout pas l'ensemble des exigences industrielles. Il est aussi nécessaire que la loi de commande soit robuste aux variations paramétriques que peut subir le système. En utilisant les outils d'analyse de la robustesse, Mu analyse, nous automatisons la procédure de Mu-Mu itération qui permet de robustifier un correcteur initial en se basant sur la synthèse modale multimodèles. Enfin, nous débutons l'exploration d'une nouvelle approche, les gains modaux sous forme LFT (Linear Fractional Transformation). Afin de pouvoir transposer la synthèse modale à la synthèse LFT, nous avons développé les outils nécessaires pour appliquer toutes les opérations aux objets LTF, tout en garantissant le bien posé des ces objets sur la boule unité des variations paramétriques.

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Kaabi-Harrath, Jihène. "Contribution à l'ordonnancement des activités de maintenance dans les systèmes de production." Phd thesis, Université de Franche-Comté, 2004. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00259516.

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Le contexte de notre travail s'intéresse à l'ordonnancement des activités de maintenance dans les systèmes de production. L'objectif de la thèse concerne l'élaboration de méthodes de résolution minimisant un critère regroupant les deux aspects production et maintenance. Les règles de priorité ainsi que les algorithmes génétiques ayant fait leur preuve dans le domaine seront à la base de notre étude. Etude faite tout d'abord sur un problème à une machine puis étendue au cas du Flow Shop. Notre contribution comporte tois volets. Le premier volet prend appui sur les solutions générées à l'aide d'une règle de dominance reliant les tâches de production et les tâches de maintenance. Le deuxième volet propose un algorithme par séparation et évaluation permettant de générer des ordonnancements de permutation du problème conjoint de la production et de la maintenance au sein du FLow Shop à deux machines. Le troisième volet étend l'étude au cas du Flow Shop à plusieurs machines. Nous proposons dans ce cas un algorithme génétique avec un codage approprié. Cet algorithme a l'avantage de balayer tout l'espace de recherche et par conséquent de générer des ordonnancements de très bonne qualité. Nous optons pour la maintenance préventive systématique pour l'appliquer dans notre étude. L'une des difficultés majeures de ce type de maintenance est le choix des périodes d'interventions optimales. Nous proposons dans ce cadre une méthode de choix de périodes systématiques.

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Louis, Alexandra. "La maîtrise de l'information scientifique, clé de l' "après séquençage" : développement d'un serveur dédié à l'analyse du génome de la plante modèle Arabidopsis thaliana." Versailles-St Quentin en Yvelines, 2001. http://www.theses.fr/2001VERSA013.

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La connaissance d'un génome complet donne pour la première fois l'opportunité d'étudier un gène dans le contexte génomique auquel il appartient. En particulier ceci permet d'effectuer une analyse fonctionnelle des gènes à travers l'étude des relations existantes, entre les gènes ou les produits des gènes, au sein de ce génome. Afin que l'analyse fonctionnelle d'un gène tire le meilleur parti de la compréhension de ces relations, il est indispensable d'organiser le savoir disponible sur le génome étudié de manière à ce que les gènes liés les uns aux autres puissent être facilement détectés. Nous avons travaillé à un projet visant à développer une base de donnée spécialisée dédiée al̀'analyse fonctionnelle du génome d'Arabidopsis thaliana. Le concept utilisé pour organiser les données au sein de la base repose sur la notion de voisinage. Pour chaque gène, une liste de gênes voisins basée sur différent type de relations est construite. Les gènes (ou produits des gênes) peuvent être liés les uns aux autres selon des critères variés incluant la proximité sur le chromosome, l'homologie de séquences, l'implication dans une même voie métabolique, l'usage du code ou encore la co-citation dans la littérature scientifique. Chaque voisinage permet de donner un éclairage spécifique sur le gène étudié et fournit des éléments pour la recherche de sa fonction. L'exploitation des données bibliographiques associées au génome d'A. Thaliana et l'étude du voisinage par homologie de séquences protéiques constituent une part importante du projet. Dans un premier temps, nous nous sommes intéréssés à la relation qui découle de la co-citation entre deux gènes dans une référence bibliographique, et nous détaillons les problèmes liés au génome que nous avons étudié et la représentation des relations. Dans un deuxième temps, nous nous sommes focalisé sur l'étude des familles construites par homologie de séquence protéique, en utilisant une méthode de comparaison massive de séquences.

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Zinn-Justin, Anne. "Développement de la méthode non paramétrique d'analyse de liaison génétique WPC pour la prise en compte de l'information héritée par descendance au niveau d'un ou plusieurs marqueurs génétiques : application à des données familiales concernant l'alcoolisme et la bilharziose." Paris 11, 2000. http://www.theses.fr/2000PA11T024.

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Les méthodes d'analyse de liaison génétique consistent à mettre en évidence une cotransmission familiale entre le phénotype étudié et un marqueur génétique, afin de localiser dans une région chromosomique un gène influençant le phénotype. La méthode d'analyse de liaison modèle-indépendante (" Wightcd Pairwise Correlation"), introduite par Commenges en 1994, peut s'appliquer à tous les types de phénotypes sans hypothèse distributionnelle, et est particulièrement adaptée à l'analyse de familles étendues. Nous avons développé la méthode WPC afin de prendre en compte plusieurs marqueurs non liés (analyse multi-locus), d'utiliser l'information héritée par descendance (IBD) lors du calcul de la ressemblance au niveau d'un marqueur génétique (analyse deux points) ou d'une région chromosomique (analyse multipoint). Des études de simulation ont montré que les tests deux-locus étaient plus puissants que les tests un-locus, et ont confirmé que l'utilisation de la méthode WPC-IBD conduisait à d'importants gains de puissance, tout particulièrement dans le cas de marqueurs peu polymorphes. La prise en compte de l'information multipoint dans la réanalyse de données de cancer du sein réunies par le consortium BCLC ("Breast Cancer Linkage Con sortium") a notablement augmenté la puissance de l'analyse. L'utilisation des méthodes WPC-IBD deux points et multipoint pour l'analyse des familles de l'étude COGA ("Collaborative Study on the Genetic of Alcoholism") a permis de confirmer le rôle de la région chromosomique 4q21 contenant les gènes Alcool Déshydrogénase (ADH) dans la prédisposition à l'alcoolisme. L'analyse de données brésiliennes concernant les niveaux d'infection par Schistosoma mansoni dans la bilharziose par les méthodes WPC-IBD deux points et multipoint un-locus et deux-locus a permis de mettre en évidence trois régions d'intérêt (1p21-q23, 7q35-q36 et 6p21-q21 ), en plus de la région 5q31-33) où avait été précédemment localisé le gène SMI
Linkage analysis methods search for a familial cotransmission between a phenotype and a genetic marker, in order to loccalize on a chromosornal region a gene influenc!ng the phenotype. The WPC ("Weighted Pairwise Correlation") model-free linkage analysis method, introduced par Commenges in 1994, can be applied to all kind of phenotypes, without any distributional assumption, and is especially suitable for the analysis of large pedigrees. We developed the WPC method to take into account several unlinked marker loci (multi-loci analysis) and to incorporate the ldentical By Descent (IBD) information in the calculation oftlie resemblance at a marker locus (two-point analysis) or in a chromosomal region (multipoint analysis). Simulation studies conducted under various genetic models showed that two-locus tests were more powerful than one-locus tests, and confirmed that the use of the WPC-IBD method leads to a large increase of power, especially in the situation of poorly informative markers. Use of multipoint information in the re-analysis of breast cancer data from the BCLC ("Breast Cancer Linkage Consortium") led to a substantial gain in power as compared to two-point analysis. The use of two-point and multipoint WPC-lBD methods for the analysis of COGA (''Collaborative Study on the Genetic of Alcoholism'') data confinned the involvement of chromosome 4q2l containing Alcohol Dehydrogcnase (ADH) genes in predisposition to alcoholism. Analysis of infection levels by Schistosoma mansoni in schistosomiasis in Brazilian data using WPC-IBD two-point and multipoint one-locus and two-locus methods showed linkage to three chromosomal regions (1p21-q23, 7q135-q36 and 6p21-q21 ), in addition to 5q31-33 where was mapped the SMI gene

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Vernay, Bertrand. "Rôle du facteur de transcription Otx2 lors de la maintenance de l'identité du mésencéphale et de la différenciation neuronale dans le mésencéphale murin." Strasbourg 1, 2004. http://www.theses.fr/2004STR13138.

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Le facteur de transcription Otx2 détermine l'identité mésencéphalique face à l'identité métencéphalique (rhombencéphale antérieur) notamment en positionant et maintenant le centre organisateur de l'isthme au niveau de la frontière mésencéphalique/métencéphalique. Cependant le rôle de Otx2 n'est pas restreint à cette étape du développement comme le suggère la maintenance de son expression dans le mésencéphale bien après l'établissement du centre organisateur de l'isthme. Pour étudier, le rôle plus tardif de Otx2 dans le mésencéphale, j'ai utilisé une stratégie d'invalidation conditionnelle du gène Otx2 à l'aide du système CRE-LoxP et je me suis plus particulièrement intéressé à l'étude de l'identité neuronale dans le mésencéphale en l'absence de Otx2. Suite à la perte de Otx2 dans les progéniteurs neuronaux, une partie d'entre eux adoptent un programme de différenciation caractéristique du rhombencéphale antérieur ou métencéphale : cellules cérébelleuses dorsalement et neurones sérotoninergiques ventralement. Nous avons montré que ce phénotype est indépendant de tout déplacement du centre organisateur de l'isthme dans le mésencéphale mutant. L'analyse de l'expression de différents gènes nous a permis de montrer que les progéniteurs mésencéphalique adoptent un programme de différenciation métencéphalique (cellules cérébelleuses et neurones sérotoninergiques) au dépend des programmes mésencéphaliques qui déterminent les différentes classes de neurones mésencéphaliques (neurones dopaminergiques, noyau rouge). Otx2 en réprimant les gènes Math1 (cervelet) et Nkx2-2 (neurones sérotoninergiques) dans les progéniteurs mésencéphaliques empêche la mise en place des programmes de différenciation rhombencéphalique. En résumé ce travail démontre que Otx2 est requis dans le mésencéphale après 10,5 jpc pour maintenir l'identité mésencéphalique des progéniteurs et réprimer tout programme de différenciation rhombencéphalique
The transcription factor Otx2 is required to determine mesencephalic versus metencephalic (anterior rhombencephalon) territory during embryogenesis. So far, this function of Otx2 involves positioning and maintaining the mid-hindbrain organizer (MHO) at the border between midbrain and anterior hindbrain. Otx2 expression is maintained in midbrain progenitors long after this organizer is established suggesting that Otx2 could play a role during neurogenesis. I used a conditional knock-out strategy (system CRE-LoxP) to study Otx2 function during neurogenesis in the neuroectoderme and my analysis is focused on neuronal identity in mesencephalon in absence of Otx2. Following Otx2 deletion in mesencephalic neuronal progenitors, some progenitors adopt a rhombencephalic fate that is normally repressed by Otx2 in mesencephalon. Indeed, ectopic cerebellar cells and ectopic serotonergic neurons are observed in dorsal and ventral mesencephalon respectively. Gene expression analysis show that the mesencephalic neuronal progenitors adopt rhombencephalic fate at the expanse of mesencephalic fate (dopaminergic and red nuclei neurons) and we conclude that Otx2 prevents the formation of cerebellar neurons and serotonergic neurons in midbrain presumably by repressing the expression of genes such as Math1 (cerebellum) and Nkx2-2 (serotonergic neurons) in progenitors. In summary, this work demonstrates that Otx2 is required in midbrain progenitors to maintain mesencephalic fate and repress rhombencephalic differentiation program independently of its earlier patterning function at the mid-hindbrain border

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Masmoudi, Malek. "Planification et ordonnancement de projet sous incertitudes : application à la maintenance d'hélicoptères." Phd thesis, Ecole nationale superieure de l'aeronautique et de l'espace, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00665403.

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Cette thèse entre dans le cadre du projet Hélimaintenance ; un project labellisé par le pôle de compétitivité Français Aérospace-Valley, qui vise à construire un centre dédié à la maintenance des hélicoptères civils qui soit capable de lancer des travaux en R&D dans le domaine. Notre travail consiste à prendre en considération les incertitudes dans la planification et l'ordonnancement de projets et résoudre les problèmes Rough Cut Capacity Planning, Resource Leveling Problem et Resource Constraint Project Scheduling Problem sous incertitudes. L'incertitude est modélisée avec l'approche floue/possibiliste au lieu de l'approche stochastique ce qui est plus adéquat avec notre cas d'étude. Trois types de problèmes ont été définis dans cette étude à savoir le Fuzzy Rough Cut Capacity Problem (FRCCP), le Fuzzy Resource Leveling Problem (FRLP) et le Fuzzy Resource Constraint Project Scheduling Problem (RCPSP). Un Algorithme Génétique et un Algorithme "Parallel SGS" sont proposés pour résoudre respectivement le FRLP et le FRCPSP et un Recuit Simulé est proposé pour résoudre le problème FRCCP.

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Moulin, Cécile. "La recherche d'un équilibre entre le droit à l'information de la parentèle et le droit au secret du patient au gré de l'évolution de la médecine génétique." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0775.

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L’attrait récent des autorités françaises pour le développement de la médecine génétique a attiré notre attention. Si aujourd’hui elle tend à gagner une place centrale dans l’offre de santé française, notamment, par l’adoption du projet « France génomique 2025 », elle engendre des questions éthiques et juridiques complexes. L’intérêt pour la parentèle de connaître le risque génétique du patient afin de bénéficier d’une prise en charge précoce du risque héréditaire familial a soulevé de larges débats. Pour cause, la préservation de la santé de ces tiers à la relation médicale entre de manière inévitable en conflit avec le droit fondamental au secret médical des patients. La France a été un des premiers pays à tenter de répondre à ce problème en apparence insoluble. Par deux lois de bioéthiques de 2004 et 2011, le législateur a créé un régime visant à apporter un équilibre entre ces deux questions. Alors que les parlementaires vont bientôt se réunir afin de réviser une nouvelle fois les lois de bioéthique, nous souhaitons dresser un état des lieux de la conciliation actuelle entre les intérêts des patients et de leurs consanguins. L’objectif de cette analyse sera d’identifier les difficultés rencontrées par les parlementaires nationaux et de proposer des solutions afin de faire avancer le droit français dans sa quête de création d’un juste équilibre entre les droits des patients et des apparentés. Cette étude conjointe des droits français et étrangers nous conduira à proposer la création d’un nouvel outil d’équilibre au service de la santé publique : le dossier médical familial
The recent attraction of the French authorities for the development of the genetic medicine drew our attention. The establishment of the project "France genomic 2025” tends to place the genetic medicine in the center of the medical services. However, it engenders complex ethical and legal questions. The interest of the relatives to be informed in case of a serious risk for their health have raised wide debates. The protection of the health of these third parties in the patient—physician relationship enters in conflict with the patient’s right of confidentiality. French authorities were among the first to try to create a balance between those two interests. The objective of this analysis will be to identify the difficulties met by the parliament and to propose solutions to advance the French law in its research of creation of a just balance between the rights of the patients and the allies. This joint study of the French and foreign rights will lead us to propose the creation of a new tool of balance in the service of the public health

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Bertrand, Raphaëlle. "Maintien à court terme de l'information chez l'enfant de 2 à 6 ans : oubli temporel et aide au maintien du but." Thesis, Dijon, 2014. http://www.theses.fr/2014DIJOL023/document.

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La mémoire de travail est un composant essentiel de la pensée qui est fortement impliquée dans les apprentissages et la réussite scolaires. Pourtant, elle est rarement étudiée chez l’enfant d’âge préscolaire, du fait notamment d’un manque de paradigmes adaptés. Cette thèse visait donc à étudier le fonctionnement de la mémoire de travail chez cette population, soit entre 2 et 6 ans. Pour cela, deux paradigmes originaux ont été utilisés. Ils ont été conçus pour être proches de situations de jeux, propices à aider le jeune enfant à focaliser son attention sur la tâche. Ainsi, il a tout d’abord été montré que les performances de rappel diminuaient au fil du temps, et ce, même en l’absence de tâche interférente. Les enfants de cette tranche d’âge opèrent donc un maintien passif de l’information, i.e. sans mise en œuvre spontanée de stratégie de maintien de l’information. De plus, le déclin de l’information était similaire au travers de l’âge. Pour la première fois, il a donc été mis en évidence que la vitesse d’oubli de l’information ne variait pas entre 2 et 6 ans. Finalement, aucun de ces deux facteurs, i.e. mise en œuvre de stratégie de maintien de l’information et modification de la vitesse d’oubli de l’information, ne peut être avancé pour expliquer l’augmentation des capacités mémorielles entre 2 et 6 ans. Ensuite, il a été montré que les caractéristiques intrinsèques de la tâche pouvaient conduire à une amélioration des performances de rappel, peut-être par la mise en œuvre d’une stratégie de maintien. Notamment, la réalisation d’une activité motrice, i.e. marche durant le délai de rétention, a permis à ces jeunes enfants de contrecarrer dans une certaine mesure l’oubli temporel de l’information. La mise en œuvre d’une activité motrice, en dirigeant l’attention du jeune enfant vers un indice visuel du but à atteindre, aiderait celui-ci à maintenir le but de la tâche en mémoire. Les ressources attentionnelles ainsi dégagées pourraient être mises au service d’une amélioration des performances de rappel, peut-être par la mise en œuvre d’une stratégie de maintien
Working memory is an essential component of thought that is highly involved in learning and academic achievement. However, it is rarely studied in preschoolers, mainly because of a lack of suitable paradigms. Therefore, this thesis investigated the functioning of working memory in children between 2 and 6 years. For this purpose, two original paradigms were used. They were designed to be close to game situations which should help young children to focus their attention on the task. Firstly it was shown that the recall performance decreased over time, even in the absence of an interfering task. Children of this age therefore use a passive maintenance, i.e. without spontaneously implementing any strategy of maintenance. Furthermore, the decline of the information was similar through age. For the first time, it has been demonstrated that the rate of information forgetting did not vary between 2 and 6. Finally, none of these two factors, i.e. implementation of a strategy of maintenance and change in the speed of forgetting can explain the increase in memory capacity between 2 and 6 years of age. Secondly, it has been shown that the intrinsic characteristics of the task could lead to improved recall performance, perhaps by inducing a strategy of maintenance. Particularly, the implementation of a motor activity, i.e. walking during the retention period, has enabled these young children to counteract to some extent the temporal decay of information. Then, the implementation of a motor activity, by directing the attention of young children to a visual cue related to the goal of the task, help them to maintain in memory the purpose of the task. Attentional resources could be harnessed to improve performance of recall, perhaps by implementing a retention strategy

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Billard, Pauline. "Maintenance télomérique : intérêt dans le diagnostic des gliomes en lien avec le métabolisme mitochondrial." Thesis, Lyon, 2021. http://www.theses.fr/2021LYSE1303.

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Le complexe Shelterin, composé de 6 protéines (POT1 / TRF1 / TRF2 / TIN2 / RAP1 et ACD) joue un rôle majeur au niveau des télomères. Ainsi, il permet la protection de l’extrémité simple brin par la formation de la D-loop, la régulation de la signalisation des voies de dommages à l’ADN ; il participe à la réplication des télomères et contrôle l’accessibilité et la processivité de la télomérase, unique enzyme permettant l’allongement des télomères. Au cours de cette thèse, mon travail s’est organisé autour de 2 principaux axes, le premier, fondamental s’est intéressé aux effets extra-télomériques de la protéine ACD (anciennement appelée TPP1). Le deuxième, plus transversal s’est attardé sur les processus de maintenance des télomères dans le cas des gliomes. Concernant le premier aspect, il est maintenant connu que la protéine ACD fait le lien entre TIN2 et TERT (sous unité catalytique de la télomérase) aux télomères. Ces deux protéines peuvent aussi partiellement se localiser à la mitochondrie et y possèdent alors divers effets sur le métabolisme, la régulation du stress oxydant ou encore la mitophagie. Ainsi, et suite à des prédictions in silico de potentiel MTS pour ACD, nous avons émis l’hypothèse qu’ACD pourrait être le partenaire manquant de TIN2 et TERT à la mitochondrie. Dans ce cas il restait alors à identifier ses fonctions mitochondriales. Après avoir démontré la localisation partielle d’ACD à la mitochondrie par différentes méthodes, nous avons pu mettre en évidence son influence dans la protection contre le stress oxydatif. Ainsi la surexpression d’ACD réduit la production secondaire de radicaux oxygénés mitochondriaux et la perte d’ADN mitochondrial. Le stress oxydatif causant la réduction des foci mitochondriaux d’ACD. Dans un second temps, nous nous sommes intéressés aux mécanismes de maintenance des télomères (TMM) que les cellules cancéreuses acquièrent afin d’outrepasser la sénescence réplicative. Dans ce sens, les tumeurs peuvent réactiver la télomérase (95% des cas) ou utiliser un processus alternatif (ALT) basé sur la recombinaison homologue (5% des cas). Pour les gliomes, jusqu’à 25% des tumeurs utilisent le processus ALT, associé à la perte d’ATRX, les autres gliomes utilisent la télomérase et présentent classiquement une mutation du promoteur de TERT (TERTmt). Ces deux marqueurs moléculaires ont par ailleurs une valeur diagnostique et pronostique et font parties des critères de classification histo-moléculaire de l’OMS . Or, de 4 à 28% des gliomes (selon les sous-types) ne possèdent ni altération d’ATRX ni mutation de TERT suggérant une activation de l’un des TMM par d’autres altérations voire d’autres voies. Dans ce sens, nous avons développé un test mesurant le TMM vrai en nous basant sur la recherche des c-circle (un marqueur du ALT) et proposé un algorithme breveté (TeloDiag) prenant en compte ce TMM, les mutations d’IDH et le grading histologique. Le TeloDiag permet de re-classer 38% des gliomes atypiques (au niveau moléculaire). Il a généré une nouvelle catégorie de tumeurs de haut grade IDHwt et ALT+, n’existant pas dans la classification OMS et montrant une tendance à un meilleur pronostic que les glioblastomes IDHwt (TERTmt). Enfin, nous avons apporté la preuve de concept de la faisabilité de ce test en circulant, pour les astrocytomes IDHmt
The Shelterin complex, made of 6 proteins (POT1 / TRF1 / TRF2 / TIN2 / RAP1 and ACD) plays a major role in telomeres. Thus, it allows the protection of the telomeric single-stranded end by the formation of the D-loop, the regulation of DNA damage signaling pathways; it participates in telomere replication and controls the accessibility and processivity of the telomerase, the unique enzyme allowing telomere lengthening. During this thesis, my work was organized in 2 main axes, the first, fundamental, was interested in the extra-telomeric effects of the ACD protein (also called TPP1). The second, more transversal, focused on the processes of telomere maintenance in gliomas. Concerning the first aspect, it is now known that the ACD protein makes the link between TIN2 and TERT (catalytic subunit of telomerase) in the telomeres. These two proteins can also partially localize to the mitochondria and then have various effects on mitochondrial metabolism, on the oxidative stress regulation or on the mitophagy process. Thus, and following in silico predictions of a putative MTS for ACD, we hypothesized that ACD could be the missing partner of TIN2 and TERT in the mitochondria. In this case, it then remained to identify its mitochondrial functions. After demonstrating the partial localization of ACD in the mitochondria by different methods, we were able to demonstrate its influence in the protection against oxidative stress. Thus overexpression of ACD reduces secondary production of mitochondrial oxygen radicals and loss of mitochondrial DNA. Oxidative stress causing reduction of ACD mitochondrial foci. Secondly, we looked at the telomere maintenance mechanisms (TMM) that cancer cells acquire in order to override replicative senescence. In this sense, tumors can reactivate telomerase (95% of cancer) or use an alternative process (ALT) based on homologous recombination (5% of cancer). In the case of gliomas, up to 25% of tumors use the ALT process, associated with the loss of ATRX, the other gliomas use telomerase and typically have a mutation of the TERT promoter (TERTmt). These two molecular markers also have diagnostic and prognostic value and are part of the WHO histo-molecular classification criteria. But, 4 to 28% of gliomas (depending on the subtypes) do not have an ATRX alteration or TERT mutation suggesting activation of one of the TMM by other alterations or even other pathways. In this sense, we have developed a test measuring the true TMM based on the detection of c-circles (a marker of ALT) and proposed a patented algorithm (TeloDiag) taking into account this TMM, IDH mutations and the histological grading. The TeloDiag makes it possible to re-classify 38% of atypical gliomas (at the molecular level). It generated a new category of high grade IDHwt and ALT + tumors, not found in the WHO classification and showing a tendency for a better prognosis than IDHwt glioblastomas (TERTmt). Finally, we provided the proof of concept of the feasibility of this circulating test for IDHmt astrocytomas

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Eid, Rita. "A la recherche des effets de l'inactivation génétique d'ATRX dans le déclenchement de la voit ALT (télomérase-indépendante) de maintenance des télomères dans les cellules cancéreuses." Thesis, Tours, 2015. http://www.theses.fr/2015TOUR4021/document.

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Des mutations dans ATRX, une protéine de remodelage de la chromatine, ont été associées, dans plusieurs études cliniques, avec la voie télomérase-indépendante de maintenance des télomères (voie ALT) dans plusieurs types de cancer. Grâce à des expériences d’immunoprécipitation de chromatine (ChIP), nous avons montré qu’ATRX était localisée au niveau subtélomérique de cellules tumorales humaines en culture. Nous avons également montré, par ChIP, que l’inactivation génétique d’ATRX provoquait une diminution des quantités de cohésine/SMC1 présentes dans les régions subtélomériques. L’inactivation d’ATRX a conduit en outre à une diminution des quantités de TERRA, transcrits non codants de l’ADN télomérique. Nos données suggèrent qu’ATRX pourrait établir des interactions fonctionnelles avec la cohésine au niveau de la chromatine subtelomérique afin de contrôler les niveaux de TERRA et que l’un ou l’autre de ces évènements pourrait avoir un rapport avec la voie ALT
Mutations in ATRX, a chromatin remodeling protein, have been found, in several clinical studies, associated with the telomerase-independent ALT pathway of telomere maintenance in several types of cancer. Using chromatin immunoprecipitation (ChIP), we have shown that ATRX localized to subtelomeric regions of human tumor cells in culture. Cohesin has recently been shown to be part of telomeric chromatin. Here, using ChIP, we showed that genetic inactivation of ATRX provoked a diminution in the amount of cohesin in subtelomeric regions of telomerase-positive glioma cells. Moreover, inactivation of ATRX also led to a diminution in the amount of TERRAs, non-coding RNAs resulting from transcription of telomeric DNA. Our data suggest that ATRX might establish functional interactions with cohesin on subtelomeric chromatin in order to control TERRA levels and that one or the other or both of these events might be important for ALT mechanisms

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Woerlé, Johanne. "L'information du patient en oncogénétique : l'annonce du résultat négatif issu du test de prédisposition BRCA chez le cas-index." Thesis, Grenoble, 2012. http://www.theses.fr/2012GRENH030.

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Au cours de ces dernières décennies, des progrès considérables ont été réalisés dans le domaine de l'oncogénétique, activité médicale basée sur les avancées scientifiques de la biologie moléculaire permettant de prédire le risque de survenue d'un cancer. Néanmoins, dans 80% des cas, les analyses génétiques initiales, réalisées auprès de patientes atteintes d'un cancer du sein et/ou de l'ovaire, ne permettent pas d'identifier une mutation délétère sur l'un des deux gènes BRCA. Dans ce cas, le résultat est dit « négatif », alors qu'il existe toujours un facteur génétique résiduel et le risque de développer un autre cancer justifiant la poursuite de la surveillance personnelle et familiale. En collaboration avec des médecins oncogénéticiens de la région Rhône-Alpes, nous avons interrogé les modalités de transmission de l'information dans ce contexte, en évaluant d'une part l'apport d'un document écrit remis aux patientes à l'issue de la consultation et d'autre part la nécessité du cadre de la consultation. Nous avons également tenté de mieux discerner la manière dont les informations orales sont perçues par les patientes. Pour ce faire, nous avons interviewé 88 patientes au cours d'un entretien clinique de recherche et 172 patientes ont répondu à un questionnaire. Les résultats obtenus ont montré : - l'utilité de délivrer un document écrit résumant les informations orales transmises par le médecin ; - le cadre indispensable de la consultation pour délivrer le résultat négatif ; - l'existence d'un message paradoxal, dans la mesure où le résultat « non concluant » est annoncé comme négatif, rendant la compréhension de l'information plus difficile
Over the last decades, major progresses have been realized in oncogenetics. This medical activity based on scientific advances in molecular genetics predicts cancer risk. However, no deleterious mutation is detected by BRCA1/2 genetic testing for the majority (80 %) of women who suffer from either breast or ovarian cancer. Under this condition, the result is considered as “inconclusive” although there remains an increased risk for developing breast and/or ovarian cancer. The failure to identify a mutation in a diagnostic test does not rule out the existence of a predisposing factor. Surveillance should be pursued for both the patients and their families. In association with genetic counselors of the region Rhône-Alpes, we considered useful to address the question of information delivery in the context of an inconclusive result. We investigated on one hand the benefit from a written document delivered to patients upon the appointment, and on the other hand the usefulness of a disclosure session. We also investigated how patients experienced the oral information given during the counsel session. Therefore, we conducted semi-structured interviews with 88 women while 172 women answered a questionnaire. The observations demonstrate : - a written document, summarizing the oral information delivered by the oncologist, is useful for patients with an inconclusive result; - a disclosure session is absolutely necessary to announce the inconclusive result; - the presence of a “paradox” when the inconclusive result is delivered as a negative one, increasing the degree of comprehension of information more difficult

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Liu, Yinling. "Conception et vérification du système d'Information pour la maintenance aéronautique." Thesis, Lyon, 2019. http://www.theses.fr/2019LYSEI133.

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Le soutien opérationnel est l’un des aspects les plus importants pour la maintenance aéronautique. Il vise essentiellement à fournir un portefeuille de services permettant d’implémenter la maintenance avec un niveau élevé d’efficacité, de fiabilité et d’accessibilité. L’une des principales difficultés du support opérationnel est qu’il n’existe pas de plate-forme intégrant tous les processus de maintenance des avions afin de réduire les coûts et d’améliorer le niveau de service. Il est donc nécessaire de réaliser un système autonome de maintenance des avions dans lequel toutes les informations de maintenance peuvent être collectées, organisées, analysées et gérées de manière à faciliter la prise de décision. Pour ce faire, une méthodologie innovante a été proposée, qui concerne la modélisation, simulation, vérification formelle et analyse des performances du système autonome mentionné. Trois axes ont été abordés dans cette thèse. Premier axe concerne la conception et simulation d'un système autonome pour la maintenance aéronautique. Nous proposons une conception innovante d'un système autonome prenant en charge la prise de décision automatique pour la planification de la maintenance. Deuxième axe vise la vérification de modèles sur des systèmes de simulation. Nous proposons une approche plus complète de la vérification des comportements globaux et des comportements opérationnels des systèmes. Troisième axe porte sur l'analyse de la performance des systèmes de simulation. Nous proposons une approche consistant à combiner un système de simulation à base d’agent avec une approche « Fuzzy Rough Nearest Neighbor », afin de mettre en œuvre la classification et prévision efficaces des pannes pour la maintenance des avions avec des données manquantes. Finalement, des modèles et systèmes de la simulation ont été proposés. Des expérimentations de la simulation illustrent la faisabilité de l’approche proposée
Operational support is one of the most important aspects of aeronautical maintenance. It aims to provide a portfolio of services to implement maintenance with a high level of efficiency, reliability and accessibility. One of the major difficulties in operational support is that there is no platform that integrates all aircraft maintenance processes in order to reduce costs and improve the level of service. It is therefore necessary to build an autonomous aircraft maintenance system in which all maintenance information can be collected, organized, analyzed and managed in a way that facilitates decision-making. To do this, an innovative methodology has been proposed, which concerns modelling, simulation, formal verification and performance analysis of the autonomous system mentioned. Three axes were addressed in this thesis. The first axis concerns the design and simulation of an autonomous system for aeronautical maintenance. We offer an innovative design of an autonomous system that supports automatic decision making for maintenance planning. The second axis is the verification of models on simulation systems. We propose a more comprehensive approach to verifying global behaviours and operational behaviours of systems. The third axis focuses on the analysis of the performance of simulation systems. We propose an approach of combining an agent-based simulation system with the “Fuzzy Rough Nearest Neighbor” approach, in order to implement efficient classification and prediction of aircraft maintenance failures with missing data. Finally, simulation models and systems have been proposed. Simulation experiments illustrate the feasibility of the proposed approach

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Pluchon, Pierre-François. "Exploration du réseau d’interactions impliqué dans la maintenance génomique de l'Archaea hyperthermophile Pyrococcus abyssi." Thesis, Brest, 2012. http://www.theses.fr/2012BRES0070/document.

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Les organismes vivants doivent reproduire et transmettre ne variatur l’information contenue dans les chromosomes. Ainsi, la conservation de l’intégrité du génome est un processus biologique fondamental. La maintenance génomique constitue l’ensemble des processus biologiques impliqués dans la conservation, la duplication et la transmission de l’information génétique contenue dans les chromosomes. La machinerie réplicative des Archaea est décrite comme une version simplifiés de celle connue chez les Eucaryotes faisant des Archaea un excellent modèle d’étude de la réplication. Contrairement à la réplication, les processus Archaea de réparation de l’ADN sont encore mystérieux. En effet, plusieurs protéines essentielles de la réparation semblent absentes des génomes Archaea et ce même chez les espèces Hyperthermophiles (HA). Avec une température optimale de croissance proche de 100°C, ces Archaea doivent posséder des capacités considérables de réparation des dommages de l’ADN, catalysés à haute température. Ainsi les Archaea hyperthermophiles sont probablement dotées d’un système de réparation alternatif extrêmement efficace. Ce système et sa coordination avec la réplication sont inconnus. Un protocole de purification d’affinité couplée à la spectrométrie de masse des protéines a permis d’identifier les complexes protéiques impliqués dans la maintenance génomique de l’Archaea hyperthermophile P. abyssi. Les complexes identifiés sont compilées dans un réseau d’interaction. Soumis à une étude topologique le réseau révèle notamment de nouvelles interactions entre des protéines essentielles de la maintenance génomique, conservées avec les Eucaryotes. Plusieurs interactions sont vérifiées indépendamment où caractérisées fonctionnellement in vitro ou in vivo. Ces travaux mettent en lumière l’étroite collaboration entre la réplication et la recombinaison de l’ADN et révèlent de nouveaux aspects de la machinerie de transcription
DNA replication, recombination and repair are central and essential mechanisms in all cells. Highly efficienthigh-fidelity chromosome replication is vital for maintaining the integrity of the genetic information and for theavoidance of genetic disease. Archaeal replisome is described as simplified version of the eukaryotic system.However, DNA repair is still enigmatic, as many essential repair proteins have not been identified in Archaealgenomes. The question of DNA repair is even more puzzling while many Archaea lives under extremetemperature that promotes DNA instability and catalyses nucleobase damages. Thus, HyperthermophilicArchaea (HA) must have solved a molecular problem (spontaneous loss of native DNA structure) at amagnitude that mesophilic organisms do not face. A highly adapted DNA maintenance system must operate inorder to maintain DNA integrity. Those mechanisms and their possible coordination with DNA replication arestill unknown. Here, I report the first protein-protein interaction network of genomic maintenance in HA. Using AP-MSapproach we identified new protein complexes potentially implicated in DNA replication, recombination andrepair of HA P. abyssi. Topological analysis of the network highlighted both known and unknown partners ofessential and conserved protein of genomic maintenance. From the network emerges multifunctional clustersintegrating both replication and recombination proteins and revealing new aspects of the transcriptionmachinery. I also provide experimental confirmation of some of the interactions we detected.I propose that the interactions we observe reflects the interplay between recombination and replicationmachineries that likely interfaces with regulatory elements involved in the control of the DNA damageresponse, as shown by the identification of a new factors, presumably involved in the coupling of DNArecombination and DNA synthesis at the replication fork

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Faria, Maria Paula Marçal Grilo Lobato de. "Données génétiques informatisées : un nouveau défi à la protection du droit à la confidentialité des données personnelles de santé." Bordeaux 4, 1996. http://www.theses.fr/1996BOR40030.

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Apres une description des dangers poses a la vie privee des personnes par la "nouvelle genetique" et l'informatique, cette these aboutit a la conclusion, par le biais d'une analyse des regimes juridiques portugais, dans une perspective de droit compare, du droit a la confidentialite, du secret medical et des lois de protection des donnees personnelles, que le droit contemporain aura besoin d'un statut special de confidentialite des donnees genetiques personnelles de sante, a defaut duquel les droits fondamentaux de la personne humaine seront menaces
After a description of the dangers posed to human privacy by "new genetics" and informatics, this thesis leads to the conclusion, by means of an analysis of the portuguese juridical framework, in a compared law perspective, of the right to confidentiality, medical secrecy and personal data protection laws, that contemporary law needs a special legal statute to rule the confidentiality of personal health genetic data without which fundamental human rights will be in threat

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Lemor, Mélanie. "Influence de la variation de la concentration intracellulaire des désoxyribonucléotides et rubbonucléotides sur la stabilité génomique chez Pyrococcus abyssi." Thesis, Brest, 2017. http://www.theses.fr/2017BRES0097/document.

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Dans les trois domaines du vivant, que constituent les bactéries, les eucaryotes et les archées, une molécule a la capacité souveraine de gouverner la vie, la mère à l’origine de tous les mécanismes biologiques, l’ADN. S’il est évident de dire que le maintien de l’intégrité des génomes est essentiel à la vie, il existe deux systèmes qui le permettent, la réplication et la réparation de l’ADN. La fidélité de ces derniers est finement influencée par la disponibilité (ratio et balance) des précurseurs nucléotidiques désoxyribonucléotides (dNTPs) et ribonucléotides (rNTPs) au cours du cycle cellulaire. Même si la concentration intracellulaire en nucléotides est largement documentée chez les eucaryotes et les bactéries, ça n’est malheureusement pas le cas chez les archées. En ce qui concerne l’étude de la maintenance génomique, un groupe d’archées a intéressé les chercheurs de par leurs capacités à survivre dans des milieux dits extrêmes. Pyrococcus abyssi est l’une d’entre elles qui depuis de nombreuses années sert de modèle biologique pour répondre aux questions de la stabilité de l’ADN à haute température. Cette étude est centrée sur cette thématique et particulièrement sur les caractéristiques fonctionnelles des ADN polymérases: PolD, PolB et le complexe p41/p46. Initialement, le contenu en nucléotides a été évalué dans des cellules en phase exponentielle de croissance par la technique de chromatographie couplée à une double détection en spectrométrie de masse (zicHILIC-MS-MS). Les résultats montrent que le contenu en rNTPs est de 20 fois supérieur à celui en dNTPs. Pour cette raison, la discrimination sélective des dNTPs par les ADN polymérases est mise à l’épreuve. Même si, des mécanismes permettent d’exclure les rNMPs durant la synthèse de l’ADN, de récentes études ont montrées que des rNMPs étaient incorporés par des ADN pols. Ainsi, le ratio en nucléotides obtenu a été utilisé pour l’analyse de son effet sur la synthèse d’ADN par les ADN Pols et les extraits cellulaires de P. abyssi. Les résultats démontrent clairement que les rNMPs sont incorporés par l’ADN polymérase PolD. Puis, les conséquences de la présence des rNMPs dans l’ADN sur la réplication ont été étudiées et ont mis en évidence que les extraits cellulaires, tout comme les ADN Pols de P. abyssi étaient capables de « passer » un rNMP présent dans l’ADN. Pour finir, une étude de l’incorporation préférentielle de chaque dNMP et rNMP a été menée démontrant que la complémentarité des bases était respectée même lors de l’incorporation de rNMPs. Enfin, la caractérisation de la petite sous-unité, DP1, de PolD a permis de montrer sa capacité à retirer des rNMPs grâce à son activité de relecture, suggérant un premier rempart à la présence de rNMPs dans l’ADN. Pour conclure, ces résultats montrent que la présence de rNMPs dans l’ADN est un phénomène conservé dans les trois domaines du vivant
In the three domains of life that include Bacteria, Eukarya and Archaea, one molecule has the sovereign ability to govern life, and not the least one, the mother of all biological mechanisms, DNA. Maintaining the integrity of genomes is obviously essential for life, and faithful DNA replication and repair are the guarantees. The fidelity of these two processes may vary depending on the availability and levels (balance and ratio) of deoxyribonucleotides (dNTPs) and ribonucleotides (rNTPs) during the cell-cycle. Even if intracellular concentration of nucleotides is largely documented in Eukarya and Bacteria, it remains limited in Archaea. From many years one group of Archaea is of great interest for studying genomic maintenance, because of its ability to survive in extremes environments. Pyrococcus abyssi is one of them that is used as biological model for deciphering the stability of DNA at elevated temperature in LM2E. The present work focuses on genomic integrity and particularly on the functional characterization of the three DNA polymerases: PolD, PolB and the p41/p46 complex. Initially, the nucleotide pool has been evaluated in exponentially growing cells using the highly sensitive method that combined chromatography and mass spectrometry (zicHILIC-MS-MS). The results show that rNTPs content is 20-fold higher than dNTPs. For that reason, fidelities of DNA polymerases are challenged to select the correct dNTP over the most abundant rNTP during DNA synthesis. Despite the fact that some mechanisms allow the exclusion of rNTPs from entry to the Pol active site, recent findings indicate that ribonucleotides are incorporated by different DNA Pols with surprisingly high frequency. In this work, the obtained intracellular balance and ratio of rNTPs and dNTP have been used to analyze their effect on DNA synthesis by P. abyssi DNA Pols and cell-free extracts. Our results clearly demonstrate that rNTP incorporation is detectable with distinct efficiencies among DNA pols. Secondly, the consequences of the presence of rNMPs in a DNA template on DNA polymerisation has been examined and highlights that cell-free extracts are able to bypass a single rNMP as well as replicative DNA polymerases. To strengthen that study, single nucleotide incorporation opposite rNMP or dNMP has been carried out and the results demonstrate that replicative Pyrococcus abyssi DNA Pols can basepair the complementary rNTPs opposite dNMPs, and vice-versa, the complementary dNTPs opposite rNMPs.Furthermore, the preliminary results obtained about the nucleolysis activities of the PolD small subunit, DP1, show that the DNA polymerase D is able to remove rNMPs from a DNA strand, suggesting a first level of protection against ribonucleotide contamination of DNA. Definitely, these data indicate that the presence of transient embedded rNMPs in genomic DNA represents a universally conserved phenomenon across Archaea, Bacteria and Eukarya

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Ben, Amor Mohamed Hedi. "Méthodes numériques et formelles pour l'ingénierie des réseaux biologiques : traitement de l'information par des populations d'oscillateurs. Approches par contraintes et Taxonomie des réseaux biologiques." Thesis, Grenoble, 2012. http://www.theses.fr/2012GRENS020/document.

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Cette thèse concerne l'ingénierie des systèmes complexes à partir d'une dynamique souhaitée. En particulier, nous nous intéressons aux populations d'oscillateurs et aux réseaux de régulation génétique. Dans une première partie, nous nous fondons sur une hypothèse, introduite en neurosciences, qui souligne le rôle de la synchronisation neuronale dans le traitement de l'information cognitive. Nous proposons de l'utiliser sur un plan plus large pour étudier le traitement de l'information par des populations d'oscillateurs. Nous discutons des isochrons de quelques oscillateurs classés selon leurs symétries dans l'espace des états. Cela nous permet d'avoir un critère qualitatif pour choisir un oscillateur. Par la suite, nous définissons des procédures d'impression, de lecture et de réorganisation de l'information sur une population d'oscillateurs. En perspective, nous proposons un système à couches d'oscillateurs de Wilson-Cowan. Ce système juxtapose convenablement synchronisation et désynchronisation à travers l'utilisation de deux formes de couplage: un couplage continu et un couplage par pulsation. Nous finissons en proposant une application de ce système: la détection de contours dans une image. En deuxième partie, nous proposons d'utiliser une approche par contraintes pour identifier des réseaux de régulation génétique à partir de connaissances partielles sur leur dynamique et leur structure. Le formalisme que nous utilisons est connu sous le nom de réseaux d'automates booléens à seuil ou réseaux Hopfield-semblables. Nous appliquons cette méthode, afin de déterminer le réseau de régulation de la morphogenèse florale d'Arabidopsis thaliana. Nous montrons l'absence d'unicité des solutions dans l'ensemble des modèles valides (ici, 532 modèles). Nous montrons le potentiel de cette approche dans la détermination et la classification de modèles de réseaux de régulation génétique. L'ensemble de ces travaux mène à un certain nombre d'applications, en particulier dans le développement de nouvelles méthodes de stockage de l'information et dans le design de systèmes de calcul non conventionnel
This thesis is concerned by the engineering of complex systems from a desired dynamics. Particularly, we are interested by populations of oscillators and genetical regulatory networks. In a first part, we start from a hypothesis introduced in neuroscience, which highlight the role of neural synchronization in the cognitive processing. We propose to use this hypothesis in a more general panorama to investigate the computing with populations of oscillators. We discuss about the isochrons of few oscillators selected according to their symmetry in the state space. Therefore, we define procedures for making footprints, for reading and for reorganizing information by a population of oscillators. As a perspective, we propose a system of lattices of Wilson-Cowan oscillators organized in several interconnected layers. This system properly mixes synchronization and desynchronization by using two types of coupling : pulsed and continuous coupling. At the end of this part, we propose to use this system in order to detect the edges of an image. In the second part, we propose a constraint-based approach to determine the structure of genetic regulatory networks starting from incomplete knowledge on their structure and their dynamics. The formalism we use is widely called thresholded Boolean automata networks or Hopfield-like networks. As an proof of concept, we apply this method to determine the regulatory network of Arabidopsis thaliana flower morphogenesis. We obtain 532 valid models instead of one unique solution and then classify them by using structural robustness criteria. By this way, we showed the potential of this approach in determining and classifying thresholded Boolean automata networks like genetic regulatory networks or neural networks. This works leads to many applications, in particular the developpement and the design of new methods for processing information and the design of systems of unconventional computing

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Cioli, Claudia. "Organisation multi-échelle du cortex humain : des réseaux anatomo-fonctioneles à l'expression des gènes." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066412/document.

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Ce travail est conçu dans le panorama de développement rapide de grandes bases de données qui rassemblent des ensembles de résultats expérimentaux sur l’organisation anatomo-fonctionnelle du cerveau humain à différentes échelles; l’abondance d’informations demande un effort intra et interdisciplinaire pour les synthétiser de façon cohérente. Le but de cette thèse est de contribuer à cet effort de synthèse. Le travail suit deux chemins: intra disciplinaire pour relier et synthétiser les résultats produits par la communauté de l’imagerie cérébrale, avec une focalisation particulière sur les Réseaux de Repos et les Réseaux Cognitifs; inter-disciplinaire pour relier l’organisation anatomo-fonctionnelle du cortex cérébral (résultats en imagerie cérébrale), et les expressions des gènes révélées par les bases de données publiées très récemment sur le transcriptome humain.Cette thèse est organisée en trois parties: dans Partie I nous étudions l’organisation anatomo-fonctionnelle du cortex à partir des études d’imagerie cérébrale. Dans la Partie II, nous étudions les liens entre l’expression corticale des gènes et l’organisation anatomo-fonctionnelle du cortex, à la fois en termes de similitude topographique et de congruence de fonction, en se focalisant en particulier sur le traitement de l’information et la mémorisation. Dans la Partie III, nous présentons une plate-forme pour intégrer dans une même représentation les données d’imagerie cérébrale et d’expression génétique.En perspective, nous montrons comment notre approche pourrait donner des nouveaux points de vu au débat sur les maladies neurodégénératives et psychiatriques, et sur les modelés des dynamiques corticales
This work is conceived in the present panorama of fast development of large databases gathering experimental results about the organization of the human brain at different scales. This abundance of information calls for an intra and inter-disciplinary effort aimed to synthesize this information in a coherent way.The aim of this thesis was to contribute to this effort for knowledge synthesis to better understand the multiscale organization of the cerebral cortex. The work followed two paths: an intra-disciplinary effort to bring together results produced by the brain imaging community with particular focus on Resting State and Task Based MRI experiments; an inter-disciplinary attempt to draw a link between the anatomo-functional organization of the cortex as emerging from brain imaging studies and the cortical patterns of gene expression as revealed by recently published atlases of the adult human brain transcriptome.The thesis is organized into three parts: In Part I studied the anatomo-functional organization of the human cortex starting from brain imaging studies. In Part II we studied the link between cortical gene expression and the anatomo-functional organization of the cortex both in term of their topography and in term of their function, focusing in particular on information processing and memory formation. In Part III we present a platform that we developed to favor knowledge integration between cognitive networks and gene expression databases.In perspective we show how our approach may provide new insights to the debate about neurodegenerative and psychiatric diseases on one hand, modeling of dynamical processes in different areas of the cortex on the other

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Said, Maha. "Interplay Between Senataxin and FANCD2 in Genome Maintenance DNA Replication Stress and Chromosomal Instability: Dangerous Liaisons." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASL050.

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L'instabilité du génome est une caractéristique du cancer et est associée aussi à des maladies neurodégénératives. Dans la communauté scientifique, il existe un consensus général que le stress de réplication de l’ADN (SR), qui peut survenir à cause de l’exposition de la cellule à divers agents génotoxiques exogènes ou endogènes, est un facteur clé de l’instabilité génomique. L'organisation et la dynamique du génome peuvent également favoriser le SR dans certaines circonstances.Des exemples de régions génomiques où l'achèvement de la réplication est particulièrement difficile sont les sites fragiles communs (SFC), des loci qui ont tendance à former des cassures ou des discontinuités dans les chromosomes mitotiques, notamment dans des conditions de SR. Récemment, une pléthore de protéines qui protègent le génome du SR qui, lorsqu’elles sont mutées, peuvent conduire à l’instabilité du génome a été identifiée. Ces dernières années, les scientifiques ont découvert qu'une source de SR, et d'instabilité génomique par la suite, est la transcription surtout si elle n’est pas séparée au niveau spatio-temporel de la réplication. L'anémie de Fanconi (AF) est une maladie héréditaire rare caractérisée par une insuffisance de la moelle osseuse, des anomalies congénitales et une prédisposition au cancer, causée par des mutations dans l'un des 22 gènes FANC identifiés. l'AF est caractérisée par une fragilité chromosomique et une hypersensibilité aux agents pontants de l'ADN (inter-strand crosslinks, ICL). En outre les protéines FANC ont un rôle dans la résolution des dommages de l'ADN survenant durant la réplication et la transcription, et dans la coordination des deux processus. De manière intéressante, les points de cassure chromosomiques dans les cellules des patients AF chevauchent fréquemment le SFC. Aux SFC la protéine FANCD2 est recrutée avec les endonucléases spécifiques de structure SLX4, XPF–ERCC1 et MUS81–EME1, pour résoudre des intermédiaires de réplication qui peuvent causer des défauts de ségrégation chromosomique. De plus, FANCD2 au niveau des SFC limite la formation des boucles à ARN (R-loops). Les R-loops ont des fonctions régulatrices, mais constituent également une menace pour la stabilité du génome lorsqu'elles se produisent de manière non contrôlée. Les R-loops sont surveillées par des facteurs de résolution comme la sénataxine (SETX), une ARN:ADN hélicase mutée chez des patients atteints de pathologies neurologiques. SETX est impliquée dans plusieurs voies de maintien du génome analogues à celles régulées par les protéines FANC, telles que la coordination de la réplication avec la transcription et la réparation des ICL.En outre, SETX agit de concert avec BRCA1 (FANCS) au niveau des sites de terminaison de la transcription pour permettre une terminaison fidèle, et forme des foyers nucléaires en réponse au SR, fonctions critiques pour le maintien du génome. La perte de fonction de SETX est liée l’infertilité chez les souris (une caractéristique également présente chez les souris et les patients AF). Compte tenu des processus cellulaires et moléculaires communs auxquels participent la voie FANC et SETX, nous avons émis l’hypothèse qu’il existe une relation fonctionnelle entre les deux dans le maintien de la stabilité du génome. Je montre que l'absence de SETX induit des cassures spontanées des chromosomes. Les régions impliquées dans ces ruptures sont ciblées par FANCD2, qui participe à la résolution de l'ADN sous-répliqué pendant la mitose, empêchant ainsi la mauvaise ségrégation des chromosomes et permettant aux cellules de continuer à proliférer. Je montre également que FANCD2 favorise la synthèse d'ADN mitotique qui dépend des MUS81 et XPF. La déplétion concomitante de FANCD2 et SETX inhibe la prolifération cellulaire, un effet qui semblerait spécifique des cellules transformées. Par conséquent, l’interaction létale synthétique entre SETX et FANCD2 que j'ai découverte pourrait être exploitée dans le traitement du cancer
Genomic instability is an enabling characteristic of cancer and a common feature of neurodegenerative diseases. In the scientific community, there is a general consensus that DNA replication stress (RS), which arises following the cell’s exposure to various exogenous and endogenous genotoxic agents, is a key driver of genomic instability.Interestingly, the genome organization and dynamics per se can also favor RS under some circumstances. Examples of genomic regions where completion of replication is particularly challenging are common fragile sites (CFS), genomic loci that tend to form breaks, gaps, or constrictions on mitotic chromosomes under RS conditions. Recently, a plethora of proteins that guard the genome from RS, which if mutated can induce genome instability have been identified. In more recent years, scientists have discovered that a key source of RS, and subsequently genomic instability, is transcription, especially if not spatially and temporally separated from replication. Fanconi Anemia (FA) is a rare inherited bone marrow failure disease characterized by congenital abnormalities and cancer predisposition, caused by mutations in any of the 22 identified FANC genes. FA is characterized by chromosome fragility and hypersensitivity to DNA interstrand-crosslinking (ICL) agents. Furthermore, the FA proteins play roles in resolving DNA damage arising during replication and transcription, and in coordinating both processes. Interestingly, breakpoints occurring in FA cells frequently overlap CFS. At CFS, FANCD2 is recruited with structure-specific endonucleases SLX4, XPF–ERCC1 and MUS81–EME1 to process replication intermediates that can lead to chromosome segregation defects. In addition, FANCD2 at CFSs limits the formation of R-loops. R-loops play key regulatory roles, but may also pose a threat to the genome when they occur in an unscheduled manner. R-loops are monitored by resolving factors such as senataxin (SETX), a RNA:DNA helicase mutated in neurodegenerative diseases. SETX is implicated in several genome maintenance pathways analogous to those regulated by FANC proteins. Prominent functions shared by SETX and FANC proteins include the coordination of replication with transcription and the repair of ICLs. In addition, SETX functions in concert with BRCA1 (FANCS) to allow faithful transcription termination, and forms nuclear foci in response to replication stress, both critical for the maintenance of the genome. Loss-of-function of SETX also causes infertility in mice (a phenotype common to FA mice and patients). Taking into account the common cellular processes that the FANC pathway and SETX participate in, we asked whether there is a functional relationship between them in the maintenance of the genome stability. I show that the absence of SETX induces spontaneous breaks on mitotic chromosomes. The regions involved in these breaks are targeted by FANCD2, which participates in resolution of under-replicated DNA during mitosis, preventing chromosome mis-segregation and allowing cells to continue proliferating. I also show that FANCD2 promotes mitotic DNA synthesis that is dependent on MUS81 and XPF. Co-depleting FANCD2 and SETX impairs cell proliferation, an effect that appears specific to transformed cells. Therefore, I uncovered a synthetic lethal interaction between SETX and FANCD2 that may be exploited in cancer therapy

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Rosier, Marion. "L'acceptabilité de l'annonce de la découverte d'une anomalie génétique non sollicitée dans le cas de maladies multifactorielles et de maladies monogéniques." Thesis, Toulouse 2, 2018. http://www.theses.fr/2018TOU20099.

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Notre recherche porte sur l’acceptabilité de l’annonce d’anomalies génétiques non sollicitées découvertes au cours d’un séquençage. Deux cents onze personnes issues du grand public, 144 patients suivis en service de génétique médicale et 94 professionnels de santé ont jugé l’acceptabilité de l’annonce d’une anomalie génétique non sollicitée à l’aide de scénarios construits sur la base de la Théorie Fonctionnelle de la Cognition (Anderson, 1981, 1982, 1996), élaborés grâce à la combinaison de 4 facteurs : l’information et le consentement du patient, la prévention et le traitement de l’anomalie génétique dépistée, la probabilité de développer la maladie associée à l’anomalie génétique (la pénétrance), ainsi que la décision d’annonce du médecin. Les 449 participants ont répondu à 3 séries de 12 scénarios différant en fonction des trois modalités du facteur « information et consentement », soit 3 x 449 = 1437 profils de réponses. Tous les facteurs ont un effet significatif, sauf le facteur « Pénétrance ». Six groupes de profils se distinguent en fonction de leurs patterns de réponse. Les variables individuelles telles que la population d’appartenance, le groupe d’âge, le statut et la confrontation à une situation similaire à celles présentées dans les scénarios ont un effet significatif. L’acceptabilité de l’annonce de la découverte d’anomalies génétiques non sollicitées est bien influencée par les facteurs et des positionnements différents sont retrouvés face à ce questionnement éthique
Our research dealt with the acceptability of announcing unsolicited findings discovered during sequencing. Two hundred and eleven people from the general public, 144 patients under supervision in a Medical Genetics unit and 94 health professionals judged the acceptability of the announcement of a genetic unsolicited finding thanks to scenarios constructed on the base of the Functional Theory of Cognition (Anderson, 1981, 1982, 1996). This was developed by the combination of 4 factors: the information and the consent of the patient, the prevention and the treatment of the detected genetic abnormality, the probability of developing the disease associated to the genetic abnormality (the penetrance), and the decision of revelation by the physician to the patient. The 449 participants answered to a 3 series of 12 scenarios differing by the three modalities of the “information and consent” factor, that is to say 3 x 449 = 1437 profiles of responses. All of the factors had a significant effect, except for the “Penetrance” factor. Six groups of profiles were distinct according to their patterns of responses. The individual variables such as belonging population, age group, status and confrontation to a similar situation presented as those as in the scenarios had a significant effect. The acceptability of announcing the discovery of genetic unsolicited findings was influenced by the factors and different positions were found facing this ethical questioning

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Nguyen, Ho Si Hung. "Développement d'une stratégie de regroupement dynamique d'actions de maintenance pour un système de production géographiquement dispersé." Thesis, Université de Lorraine, 2019. http://www.theses.fr/2019LORR0131/document.

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Ces dernières années, un nouveau type de système de production nommé système de production géographiquement dispersé (GDPS) est prôné par de nombreuses entreprises manufacturières internationales. Par cette vision « dispersée », il présente un certain nombre d'avantages tels que l'économie des coûts du produit livré (puisque proche des clients), l'amélioration de la qualité des services (délais de livraison courts, services après-vente de haute qualité) favorisant la pérennité et la compétitivité des entreprises dans un contexte de compétition mondiale. Cependant l’exploitation multi-sites d’un GPDS est confronté à de nombreux défis concernant les normes, les réglementations, la maîtrise des flux de production, et en particulier la planification et l'optimisation de la maintenance en raison de la dispersion géographique des sites de production. Sur ce dernier point et plus globalement la définition d’une stratégie de maintenance adaptée au GDPS, peu d'études ont été menées compte tenu de la jeunesse du sujet et de la complexité des GDPSs (ex. multi-sites, multi-composants). Cette thèse se positionne donc sur ce sujet émergeant avec comme objectif de développer une stratégie de maintenance de regroupement dynamique pour un GDPS en tenant compte de dépendances à la fois aux niveaux composants et sites de production (dépendances économique et géographique) et des impacts des contextes dynamiques (à savoir, taux de détérioration variable des composants, modification des itinéraires de maintenance, possibilités de maintenance, etc.) auxquels il est soumis. Dans cette stratégie, les itinéraires de maintenance et l'ordonnancement sont considérés conjointement dans un modèle global. Le modèle vise à trouver un plan optimal de maintenance et de routage des ressources de maintenance. A cette fin, une structure de coûts et un modèle de dépendance qui prend en compte conjointement la dépendance économique et géographique sont formulés. Ils servent de base à l'élaboration du modèle global de planification et d'ordonnancement de la maintenance et du routage. De plus, pour la recherche de la solution optimale, des algorithmes d’optimisation basés sur l'algorithme génétique et l'algorithme Branch and Bound sont proposés. Enfin, une étude numérique est investiguée pour évaluer la performance, les avantages et aussi les limites de la stratégie proposée
In the recent years, the Geographically Dispersed Production System (GDPS) with a number of advantages such as saving the product delivered costs (closed to the clients), improving quality of services (short delivery time, high quality after-sales services) has been extensively developed by many manufacturing companies to ensure their competitiveness. In operation, the GPDS faces many challenges concerning standards, regulation, production management, and especially maintenance planning and optimization due to the geographical dispersion of production sites. However, few studies have been developed for maintenance strategies of GDPSs. To face this challenge, the main objective of this thesis is to develop a dynamic grouping maintenance strategy for a GDPS with consideration of dependencies between at both component and site level (economic, geographical dependencies) and impacts of dynamic contexts (i.e. varying deterioration rate of components, change of maintenance routes, maintenance opportunities, etc.). In this strategy, maintenance routing and scheduling are jointly considered in a global model. The model aims at finding an optimal maintenance and routing plan. For this purpose, a cost structure and a dependence model jointly considering economic and geographical dependence are formulated. They are used as a basis for the development of the global model of maintenance routing and scheduling. In addition, to find a joint optimal maintenance and routing plan, advanced algorithms using jointly Genetic Algorithm and Branch and Bound are proposed. Finally, a numerical study is investigated to evaluate the performance and the advantage as well as limits of the proposed maintenance strategy

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Chevigny, Nicolas. "Caractérisation des fonctions de TRCF et de RADA dans l'expression et la maintenance des génomes des organelles chez Arabidopsis thaliana." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ042.

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La mitochondrie et le chloroplaste possèdent un génome dont l’expression et la maintenance dépendent de facteurs codés par le génome nucléaire. L’ADN mitochondrial des plantes (ADNmt) est caractérisé par d’importantes activités de recombinaison qui modulent sa structure et contribuent à son évolution. Au cours de ma thèse, j’ai caractérisé l’hélicase RADA qui est impliquée dans les étapes tardives de la recombinaison homologue organellaire. RADA possède des fonctions similaires à son homologue bactérien (RadA), mais semble jouer un rôle plus important dans les organelles de plantes. L’expression du génome chloroplastique (ADNcp) repose sur deux types d’ARN polymérases : la NEP, codés par le génome nucléaire et la PEP, codés par l’ADNcp. Durant ma thèse, j’ai également étudié le rôle de TRCF, homologue du facteur Mfd et adressé aux chloroplastes. Chez les bactéries, Mfd est impliqué dans le dégagement des ARN polymérases bloquées par des lésions et le recrutement de facteurs de réparation. Chez Arabidopsis, TRCF n’est plus impliqué dans la réparation, mais semble jouer un rôle dans la régulation de l’expression des gènes chloroplastiques
The mitochondria and chloroplasts have their own genomes whose expression and maintenance depend on factors encoded by the nuclear genome. The plant mitochondrial DNA (mtDNA) is characterized by important recombination activities that modulate its structure and contribute to its evolution. During my thesis, I characterized the RADA helicase that is involved in the late stages of organelle homologous recombination. RADA has similar functions to its bacterial homolog (RadA), but seems to play a more important role in plant organelles. The expression of the chloroplast genome (cpDNA) relies on two types of RNA polymerases: NEP encoded by the nuclear genome and PEP encoded by the cpDNA. During my thesis, I also studied the role of TRCF, an homolog of the Mfd factor which is addressed to chloroplasts. In bacteria, Mfd is involved in the release of stalled RNA polymerases by lesions and the recruitment of repair factors. In Arabidopsis, TRCF is no longer involved in repair but appears to play a role in the regulation of chloroplast gene expression

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Cippelletti, Emma. "Aide à la conception, test de l’usage et de l’acceptation d’un logiciel de maintenance." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017GREAH038/document.

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Avec le développement des nouvelles technologies de l’information et de la communication, les procédures de travail sont de plus en plus informatisées. Cette informatisation croissante des procédures pose la question de leur acceptation par les travailleurs qui doivent s’approprier de nouvelles manières de faire leur travail. La présente thèse vise à examiner les conditions de l’adoption de technologies véhiculant des procédures de travail par des techniciens de maintenance. Quatre études sont réalisées sur deux terrains de recherche (maintenance aéronautique et maintenance industrielle) avec comme objectif de comprendre comment des techniciens de maintenance perçoivent et utilisent ces procédures de travail informatisées. Deux études sont réalisées dans le domaine aéronautique et visent à investiguer l’acceptabilité sociale ainsi que l’usage de trois nouveaux formats de procédures (animation 3D, 2D et photos) avant leur mise en place au sein des ateliers. L’étude 1 porte sur la perception des nouveaux formats de procédures par des techniciens (N=136). Les résultats de cette étude montrent que les croyances liées à l’utilité et à la facilité d’utilisation sont les principaux prédicteurs de l’intention comportementale. De plus, il semble que les croyances diffèrent en fonction du type de comportement d’utilisation des procédures (utilisation quotidienne ou exceptionnelle). Afin de comprendre les difficultés possibles lors de l’utilisation de ces nouveaux formats, l’étude 2 porte sur la réalisation de tests utilisateurs (N=41). L’objectif est d’étudier l’utilité et l’utilisabilité des nouveaux formats de procédures en comparaison avec le format actuel (texte + image). Les résultats montrent que tous les techniciens réussissent la maintenance, peu importe le format utilisé. De plus, d’une manière générale, les nouveaux formats permettent aux techniciens d’être plus efficients car ils mettent moins de temps avec les nouveaux formats (animation 3D et photos) qu’avec les formats de référence et les erreurs commises au cours de la maintenance sont réduites. Les nouveaux formats, avec la présence d’informations visuelles, facilitent la localisation des informations sur le matériel. Enfin, une grande majorité des techniciens a l’intention d’utiliser les nouveaux formats. Deux autres études sont réalisées dans le domaine de la maintenance industrielle sur l’acceptation et l’usage d’un logiciel de gestion de procédures par les techniciens. Dans ce cadre, l’étude 3 porte sur la perception d’un logiciel en cours d’utilisation par des techniciens de maintenance (N=61). Les résultats font ressortir la croyance liée à la compatibilité perçue comme principal prédicteur de l’attitude, de l’intention comportementale et de l’utilisation effective du logiciel. Afin d’investiguer l’usage réel du logiciel, l’étude 4 porte sur l’analyse de l’activité de 8 techniciens issus de quatre ateliers (observation filmée et entretien). Les résultats montrent que le logiciel est adapté pour une partie seulement des techniciens. En effet, il semble représenter un frein pour les techniciens expérimentés et moyennement expérimentés dans le sens ils sont contraints dans l’utilisation du logiciel (impossibilité de naviguer librement entre les étapes). Cependant, le logiciel se révèle être une aide précieuse pour les techniciens inexpérimentés (support d’aide, aide à la formation…). Des recommandations sont émises en vue d’améliorer la conception des logiciels étudiés. Notamment des améliorations dans la conception des trois nouveaux formats de procédures de maintenance aéronautique sont suggérées (adapter le format à la tâche réalisée, améliorer l’ergonomie de la tablette tactile…). Dans le deuxième cas, nous formulons des recommandations afin de modifier le logiciel de gestion de procédures et de le rendre plus compatible avec le travail des techniciens (mise en place d’un mode expert, faciliter la recherche d’information, naviguer librement entre les étapes…)
With the development of new information and communication technologies, working procedures are increasingly computerized. This increasing computerization of working procedures raises the question of their acceptance by workers who have to appropriate new ways of doing their work. The present thesis aims to examine the conditions for the adoption of technologies conveying work procedures by maintenance technicians. Four studies are carried out on two fields of research (aeronautical maintenance and industrial maintenance) with the aim of understanding how maintenance technicians perceive and use these computerized working procedures. Two studies are carried out in the field of aeronautics and aim to investigate the social acceptability and the use of three new formats of procedures (3D animation, 2D and photos) before they are set up in the workshops. Study 1 examines the perception of new procedure formats by technicians (N = 136). The results of this study show that beliefs related to usefulness and ease of use are the main predictors of behavioral intention. In addition, it appears that beliefs differ depending on the type of use behavior of the procedures (daily or exceptional use). In order to understand the possible difficulties in using these new formats, Study 2 concerns the realization of user tests (N = 41). The aim is to study the usefulness and usability of the new procedural formats compared to the current format (text + image). The results show that all technicians succeed in maintenance, regardless of the format used. In addition, in general, new formats allow technicians to be more efficient because they take less time with new formats (3D animation and photos) than with reference formats and so errors made during maintenance are reduced. The new formats, with the presence of visual information, facilitate the location of the information on the equipment. Finally, a large majority of technicians intend to use the new formats. Two other studies are carried out in the field of industrial maintenance on the acceptance and use of a management of procedures software by the technicians. In this framework, study 3 concerns the perception of software in use by maintenance technicians (N = 61). The results highlight the belief in perceived compatibility as the main predictor of attitude, behavioral intention, and actual use of the software. In order to investigate the actual use of the software, study 4 deals with the analysis of the activity of 8 technicians from four workshops (filmed observation and interview). The results show that the software is suitable for only some of the technicians. Indeed, it seems to represent a brake for experienced technicians and moderately experienced technicians in the sense they are constrained in the use of the software (impossibility to navigate freely between the steps). However, the software proves to be a valuable help for inexperienced technicians (help support, training aid ...). Recommendations are made to improve the design of the software studied. In particular, improvements in the design of the three new formats of aeronautical maintenance procedures are suggested (adapting the format to the task carried out, improving the ergonomics of the touch pad...). In the second case, we make recommendations to modify the procedure management software and make it more compatible with the work of the technicians (setting up an expert mode, facilitating the search for information, navigating freely between steps …)

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Chardonnens, Anne. "La gestion des données d'autorité archivistiques dans le cadre du Web de données." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2020. https://dipot.ulb.ac.be/dspace/bitstream/2013/315804/5/Contrat.pdf.

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Dans un contexte archivistique en transition, marqué par l'évolution des normes internationales de description archivistique et le passage vers une logique de graphes d'entités, cette thèse se concentre plus spécifiquement sur la gestion des données d'autorité relatives à des personnes physiques. Elle vise à explorer comment le secteur des archives peut bénéficier du développement du Web de données pour favoriser une gestion soutenable de ses données d'autorité :de leur création à leur mise à disposition, en passant par leur maintenance et leur interconnexion avec d'autres ressources.La première partie de la thèse est dédiée à un état de l'art englobant tant les récentes évolutions des normes internationales de description archivistique que le développement de l'écosystème Wikibase. La seconde partie vise à analyser les possibilités et les limites d'une approche faisant appel au logiciel libre Wikibase. Cette seconde partie s'appuie sur une étude empirique menée dans le contexte du Centre d'Études et de Documentation Guerre et Sociétés Contemporaines (CegeSoma). Elle permet de tester les perspectives dont disposent des institutions possédant des ressources limitées et n'ayant pas encore adopté la logique du Web de données. Par le biais de jeux de données relatifs à des personnes liées à la Seconde Guerre mondiale, elle dissèque les différentes étapes conduisant à leur publication sous forme de données ouvertes et liées. L'expérience menée en seconde partie de thèse montre comment une base de connaissance mue par un logiciel tel que Wikibase rationalise la création de données d'autorité structurées multilingues. Des exemples illustrent la façon dont ces entités peuvent ensuite être réutilisées et enrichies à l'aide de données externes dans le cadre d'interfaces destinées au grand public. Tout en soulignant les limites propres à l'utilisation de Wikibase, cette thèse met en lumière ses possibilités, en particulier dans le cadre de la maintenance des données. Grâce à son caractère empirique et aux recommandations qu'elle formule, cette recherche contribue ainsi aux efforts et réflexions menés dans le cadre de la transition des métadonnées archivistiques.
The subject of this thesis is the management of authority records for persons. The research was conducted in an archival context in transition, which was marked by the evolution of international standards of archival description and a shift towards the application of knowledge graphs. The aim of this thesis is to explore how the archival sector can benefit from the developments concerning Linked Data in order to ensure the sustainable management of authority records. Attention is not only devoted to the creation of the records and how they are made available but also to their maintenance and their interlinking with other resources.The first part of this thesis addresses the state of the art of the developments concerning the international standards of archival description as well as those regarding the Wikibase ecosystem. The second part presents an analysis of the possibilities and limits associated with an approach in which the free software Wikibase is used. The analysis is based on an empirical study carried out with data of the Study and Documentation Centre War and Contemporary Society (CegeSoma). It explores the options that are available to institutions that have limited resources and that have not yet implemented Linked Data. Datasets that contain information of people linked to the Second World War were used to examine the different stages involved in the publication of data as Linked Open Data.The experiment carried out in the second part of the thesis shows how a knowledge base driven by software such as Wikibase streamlines the creation of multilingual structured authority data. Examples illustrate how these entities can then be reused and enriched by using external data in interfaces aimed at the general public. This thesis highlights the possibilities of Wikibase, particularly in the context of data maintenance, without ignoring the limitations associated with its use. Due to its empirical nature and the formulated recommendations, this thesis contributes to the efforts and reflections carried out within the framework of the transition of archival metadata.
Doctorat en Information et communication
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Frénoy, Antoine. "Second order selection pressures promoting the evolution and maintenance of cooperation in microbial and in silico systems." Thesis, Paris 5, 2014. http://www.theses.fr/2014PA05T050/document.

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Cette thèse s'intéresse aux liens entre l'évolution de la coopération et la sélection de second ordre. Dans une première partie, nous montrons comment des organismes digitaux adaptent leurs génomes pour encoder les gènes liées à la coopération d'une manière plus contrainte (suppression d'évolvabilité), notamment à l'aide d'opérons et d'overlaps impliquant aussi des gènes essentiels. Dans une deuxième partie, nous testons expérimentalement cette vision des overlaps de gènes comme "contrainte évolutive" grâce à des outils d'algorithmique et de biologie synthétique que nous avons développés. Dans une troisième partie, nous utilisons des simulations par agents pour montrer comment une forme de division du travail peut être interprétée comme un système coopératif à la lumière de la théorie évolutive moderne. Dans une dernière partie, nous montrons que la dispersion spatiale des allèles coopératives obtenue par des phénomènes de "genetic hitchiking" joue un rôle important dans l'évolution de la coopération, quand bien même ce mécanisme de dispersion s'applique aussi à des allèles non coopératives, grâce à la "relatedness" (aux loci codant pour la coopération) crée par l'invasion locale de mutations bénéfiques (à des loci non liés à la coopération) et par l'équilibre complexe entre ces mutations bénéfiques et la robustesse mutationnelle. L'ensemble de ces résultats appelle à une prise en compte plus importante des pressions sélectives de second ordre dans l'étude de l'évolution sociale, et au développement de modèles plus réalistes qui permettraient d'intégrer de telles forces évolutives. Nous insistons également sur l'importance du paysage mutationnel dans l'étude des populations bactériennes, et montrons le potentiel croissant de la biologie synthétique comme outil d'étude de ce paysage et de l'évolution microbienne en général
In the first part, I show how digital organisms adapt their genomes to encode cooperation-related genes in a more constrained way (evolvability suppression), especially using operons and overlaps also involving essential genes. In the second part, we experimentally test this view of gene overlaps as an evolutionary constraint, using both algorithmic and synthetic biology tools that we have developed. In the third part, I use agent-based simulations to show how a form of division of labour can be interpreted as a cooperative system in the light of modern evolutionary theory. In the final part, I show that the patterns of dispersal of cooperative alleles due to hitchhiking phenomena play an important role in the evolution of cooperation. The last result holds even though the hitchhiking mechanisms also applies to non-cooperative alleles, thanks to the relatedness (at cooperation-related loci) created by the local invasion of beneficial mutations (at loci not related to cooperation). The beneficial mutations form a complex and interesting equilibrium with mutational robustness, which I investigate using in silico evolution. On the whole, these results call for a more careful consideration of the second-order selection pressures in the study of social evolution, and show the necessity for more realistic models allowing to integrate such evolutionary forces. My thesis research specifically highlights the importance of the mutational landscape in the study of microbial populations and shows the increasing potential of synthetic biology as a tool to study such landscape and microbial evolution in general

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Audry, Julien. "Réplication et maintenance des télomères chez Schizosaccharomyces pombe : Rôle du complexe RPA dans la prévention ou la résolution de structures secondaires de type G-quadruplexes." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM4013.

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Les télomères sont des structures nucléoprotéiques protégeant l’extrémité des chromosomes de la dégradation et assurant la réplication de l’ADN terminal. En effet, de nombreuses protéines de réplication sont impliquées dans le maintien de ces structures, comme le complexe RPA (Replication Protein A). Ce complexe très conservé chez les eucaryotes se fixe à l’ADN simple brin et est impliqué dans la réplication, les mécanismes de recombinaison et la réparation de l’ADN. Chez S.pombe, la mutation ponctuelle de la sous-unité RPA1 (Rpa1-D223Y) provoque le raccourcissement des télomères. Dans cette étude, nous montrons que cette mutation provoque l’accumulation de structures aberrantes de haut poids moléculaire aux télomères corrélant avec une présence persistante de Polα aux télomères suggérant une accumulation de structures sur le brin riche en G. Nous avons pu mettre en évidence que la surexpression d’hélicases de la famille Pif1 incluant S.cerevisiae Pif1 et PIF1 humain ainsi que Pfh1 (S.pombe) sont capable de restaurer une longueur de télomères sauvage dans mutant rpa1-D223Y. Ces résultats suggèrent que RPA pourrait empêcher l’accumulation de G4 au niveau du brin retardé télomérique afin de faciliter l’élongation des télomères par la télomérase. De plus, des expériences in vitro ont montré que la mutation correspondante de RPA1 humain réduisait spécifiquement l’affinité de RPA pour le simple brin télomérique humain dans les conditions ou il forme des G4.Enfin l’étude de la stabilité de séquences répétées formant des G4 (minisatellite CEB25), chez S.pombe, a permis de renforcer l’hypothèse selon laquelle RPA pourrait empêcher la formation ou aiderait à la résolution de G4
Telomeres are nucleoprotein structures that protect chromosome ends from degradation and ensure replication of the terminal DNA. In fact, many of replication proteins are involved in telomere maintenance, like RPA (Replication Protein A). RPA is a highly conserved heterotrimeric single-stranded DNA-binding protein involved in DNA replication, recombination and repair. In S. pombe a mutation in the largest RPA subunit (Rpa1-D223Y) leads to substantial telomere shortening. In this study, we found that the D223Y mutation leads to the accumulation of aberrant secondary structures at telomeres. The presence of these secondary DNA structures correlates with a high association of Polα with telomeres suggesting that this mutation impairs lagging strand (G-rich) telomere replication. Strikingly, heterologous expression of the budding yeast Pif1 known to efficiently unwind G-quadruplex, human PIF1 and Phf1 (homolog of Pif1 in S.pombe) rescue the telomeric length defects of the D223Y cells. Furthermore, in vitro data show that the identical D to Y mutation in human RPA specifically affects its ability to bind G-quadruplex. We propose that RPA prevents the formation of G-quadruplex structures at lagging strand telomeres to facilitate telomerase action at telomeres. Furthermore, the study, in S.pombe, of the stability of G-rich repeat sequences (minisatellite CEB25) as known to form G4 enforce the hypothesis that RPA can prevents the formation of G4 or helps to solve this structure

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Shim, Grace. "Influence of Individual Radiosensitivity on Biological Responses to Ionizing Radiation Dose Estimation and the Role of Telomere Maintenance." Thesis, Paris 11, 2015. http://www.theses.fr/2015PA11T050/document.

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L'exposition aux rayonnements ionisants est une composante inévitable de la vie moderne. Il est bien établi qu'il existe une grande variabilité inter-individuelle de la radiosensibilité chez les individus sains et chez des patients atteints de cancer. Cependant, les mécanismes impliqués dans l'hétérogénéité des réponses biologiques radio-induites ne sont pas encore bien compris, et une approche biologique permettant d’établir de façon fiable le niveau de radiosensibilité reste à développer. Dans cette thèse, nous avons étudié l'ampleur et l'impact de la radiosensibilité individuelle chez les individus sains dans les contextes de dosimétrie d'urgence et de radiothérapie. Nous avons également examiné les différents rôles des télomères dans la prédiction de la radiosensibilité individuelle et des risques pour la santé humaine à long terme (spécifiquement, en ce qui concerne les maladies cardiovasculaires et/ou les cancers) après irradiation. Tout d'abord, dans le contexte de la dosimétrie dans le cas d'une situation d'urgence (lorsqu’il est nécessaire d’estimer rapidement la dose d’irradiation reçu par un individu), nous avons démontré que l'impact de la radiosensibilité individuelle peut être négligeable en utilisant des mesures globales de fluorescence de γH2AX via cytométrie en flux dans des fibroblastes humains et des lymphocytes à 4 heures après exposition ; cette méthode peut être un outil de biodosimétrie efficace et rapide qui peut aider au tri des personnes irradiées dans une situation d'urgence basées sur les niveaux individuels d'exposition. Dans un second temps, nous avons étudié l'ampleur et l'influence de la radiosensibilité individuelle sur l'induction d'aberrations chromosomiques après une irradiation de 2 Gy de rayons γ, correspondant à une fraction de radiothérapie conventionnelle, dans les lymphocytes d'individus sains. Pour ces analyses, nous définissons la radiosensibilité individuelle par rapport à la fréquence des cassures double-brin (CDB) radio-induite, qui ont été calculées à partir de la quantification des aberrations chromosomiques visualisées par hybridation in situ des télomères et centromères (TC-FISH). Ce marquage améliore et simplifie la technique « gold standard » de dosimétrie biologique (la quantification des chromosomes dicentriques). Nous avons également estimé la radiosensibilité individuelle à l’irradiation carbone, ions lourds utilisés en radiothérapie, et l'efficacité biologique relative (EBR) des ions carbone par rapport à une irradiation γ. Nous avons fourni des courbes dose-réponse pour ces deux types d’irradiations en fonction de la fréquence des CDB radio-induite par exposition à une gamme de doses. De plus, nous avons estimé l'EBR d'un troisième type de rayonnement également utilisé en radiothérapie d'ions lourds (protons) par rapport à une irradiation γ, et nous avons comparé la radiosensibilité individuelle de ces trois types d'irradiation avec énergies différentes. Ensuite, nous avons évalué les rôles des télomères et de leur maintien pour la prédiction de la radiosensibilité individuelle. Nous avons constaté que la longueur moyenne des télomères, en combinaison avec leurs modifications radio-induites, peuvent être un bon prédicteur de la radiosensibilité individuelle. Enfin, nous avons montré comment les télomères pourraient être liés à des risques sanitaires à long terme après une irradiation: nous avons démontré que le raccourcissement des télomères pouvait être un nouveau facteur de prédiction de maladies cardiovasculaires après radiothérapie, et nous avons discuté par la suite, les télomères comme des acteurs clés dans le processus de cancérogenèse radio-induite. En conclusion, nous proposons un modèle présentant la façon dont les télomères pourraient jouer un rôle crucial dans ces deux pathologies radio-induite, et nous délibérons des relations entre le maintien des télomères, les effets biologiques radio-induites, et la radiosensibilité individuelle
Exposure to ionizing radiation (IR), from both natural and man-made sources, is an inevitable part of modern life. It is well established that there are considerable inter-individual variations in sensitivity to IR among healthy individuals and cancer patients. However, the mechanisms involved in the heterogeneity of biological responses to IR are not well understood, and a reliable biodosimetric and clinical approach to measure and rank radiosensitivity remains to be established. In this thesis, we study the extent and impact of individual radiosensitivity in healthy individuals in the contexts of emergency dosimetry and radiotherapy, and we explore the roles of telomeres in the prediction of individual radiosensitivity and long-term human health risks following IR exposure (specifically, cardiovascular diseases and/or cancer). First, in the context of dosimetry in the event of an emergency situation (when rapid dose estimates of each individual in an irradiated population are needed), we demonstrate that the impact of individual radiosensitivity can be negligible using global cellular measurements of γH2AX fluorescence via flow cytometry in human fibroblasts and lymphocytes at 4 hours post-irradiation; this method could be an effective and rapid biodosimetry tool that can aid in the medical triage of irradiated individuals in an emergency setting based on individual levels of exposure. Second, we study the extent and influence of individual radiosensitivity on the induction of chromosomal aberrations following a routinely administered dose of 2 Gy during conventional fractionated photon radiotherapy (γ-rays) in lymphocytes of healthy individuals. For these analyses, we define individual radiosensitivity based on the frequency of IR-induced DNA double strand breaks (DSBs), which were calculated from the scoring of chromosomal aberrations visualized with telomere/centromere-fluorescence in situ hybridization (TC-FISH). This TC-FISH staining of metaphasic chromosomes enhances the “gold standard technique” of biodosimetry (the dicentric chromosome assay) with the visualization of telomeres and centromeres and thereby provides improved simplicity and sensitivity to the classical cytogenetic assay. We also compare individual radiosensitivity following γ-irradiation to that following carbon irradiation, an up-and-coming ion species currently being used in heavy ion radiotherapy. We provide dose response curves for both γ- and carbon irradiations based on the calculated frequency of IR-induced DNA DSBs at a range of doses, and estimate the relative biological effectiveness (RBE) of carbon irradiation relative to γ-irradiation. We then estimate the RBE of a third type of IR also frequently used in heavy ion radiotherapy (proton beams) in comparison to γ-irradiation, and compare individual radiosensitivity to each of these three types of IR with different IR energies. Third, we evaluate the roles of telomeres and telomere maintenance in the prediction of individual radiosensitivity; we find that inherent mean telomere length in combination with the IR-induced change in mean telomere length may be a strong predictor of individual radiosensitivity. Finally, we show how telomeres could be linked to long-term health risks following IR exposure: we demonstrate that telomere shortening could be a new prognostic factor for cardiovascular disease following radiotherapy, and discuss how telomeres could be key players in the process of radiation-induced carcinogenesis. In conclusion, we deliberate the relationships between telomere maintenance, radiation effects, and individual radiosensitivity, and propose a model of how telomeres could play crucial roles in the development of cardiovascular diseases and the process of IR-induced carcinogenesis

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Reymonet, Axel. "Modélisation de connaissances à partir de textes pour une recherche d'information sémantique." Toulouse 3, 2008. http://thesesups.ups-tlse.fr/2155/.

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Avec l'avènement d'Internet et des réseaux d'entreprise, les documents numériques ont subi de profondes transformations, tant dans la diversification de leur support (texte, image, son, vidéo), que dans la forte augmentation de leur nombre accessible informatiquement. La Recherche d'Information (RI) a alors pris une importance capitale : l'utilisateur en quête de données répondant à ses besoins veut disposer de logiciels capables d'exploiter les contenus textuels et de trouver automatiquement tout document pertinent pour la requête. Pour comparer selon leur sens requête et documents, la RI sémantique nécessite deux opérations préalables : l'obtention d'un modèle des connaissances manipulées et, grâce à lui, l'indexation sémantique des données textuelles. Dans ce mémoire, nous étudions les modèles de Ressources Termino-Ontologiques (RTO) adaptés à la RI et développons un formalisme qui, contrairement aux approches classiques, décrit explicitement la relation entre termes du lexique et concepts de l'ontologie, tout en respectant le standard OWL-DL. Nous abordons ensuite la problématique de maintenance d'une RTO pour la RI : quand un domaine évolue dans le temps, sa RTO correspondante doit être modifiée en conséquence. L'originalité de notre approche réside dans la mise en parallèle entre maintenance de RTO et indexation sémantique : l'ontographe définit des règles évaluant automatiquement la correction de la RTO en fonction des résultats d'indexation attendus ; appliquées aux documents à indexer, ces règles aident à repérer ceux qui témoignent de la nécessité de maintenance. L'outil présente alors ces documents avec des conseils de modification. Notre dernière contribution inclut notre formalisme de RTO et le cycle de maintenance au sein d'un processus global de RI sémantique. Nous nous intéressons notamment à la comparaison sémantique d'un document à une requête en langue naturelle. Nous proposons une mesure de similarité tenant compte de la proximité taxonomique de deux notions, ainsi que de la manière dont chacune est reliée sémantiquement à d'autres éléments. La pertinence de nos contributions a été principalement mise à l'épreuve par la réalisation et l'utilisation d'un prototype d'outil pour la RI sémantique dans le cadre d'un partenariat avec Actia, une société spécialiste du diagnostic automobile
With the spreading of Internet and local networks, numerical documents have been undergoing deep mutations, mainly due to the diversification of supports (text, image, sound, video) and their high number accessible by computers. Information Retrieval (IR) has thus become crucial: any user of a search engine wants it to be able to process textual contents to find automatically all documents relevant for their query. In order to compare a query with a document, semantic IR needs two prior operations to be carried out: obtaining a model for the handled knowledge and using it to index semantically the textual data. In this thesis, we study Ontological and Terminological Resources (OTR) adapted for IR and we develop a formalism which, unlike classical approaches, explicitly describes the relationship between terms and concepts, while respecting OWL-DL standard. Afterwards, we broach the topic of maintaining an OTR for IR: when a domain evolves in time, its corresponding OTR must be modified accordingly. The originality of our approach lies in the parallel computing of OTR maintenance and semantic indexing: the engineer can define rules which evaluate automatically the correctness of the OTR with respect to the expected indexing results; applied to the documents to be indexed, these rules help to spot the ones which show the necessity of maintaining the OTR. The tool then displays these documents with evolution advice. Our last contribution consists in integrating our OTR formalism and the maintenance cycle into a global semantic IR process. We especially focus on the semantic matching between a document and a keyword based query. We propose a semantic similarity measure which takes into account both the taxonomical proximity of two notions and the way each one is semantically connected to other entities. The relevance of our contributions was mainly tested by the implementation and use of a prototype tool for semantic IR as part of a partnership with ACTIA, a company specialized in automotive diagnosis

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Cohen, Véronique-Déborah. "La spécificité des contrats liés aux technologies issues du numérique. Quelles singularités ces contrats présentent-ils, comparés à ceux du monde analogique ?" Thesis, Paris 2, 2011. http://www.theses.fr/2011PA020083/document.

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Анотація:

Les technologies issues du numérique ont donné naissance à des contrats qui nécessitent une approche particulière et qui posent parfois des difficultés de mise en oeuvre, d’application, d’interprétation, et même de qualification, tant leur existence ne peut désormais plus être ignorée dans le paysage juridique. A cela, s’ajoute le fait qu’ils répondent à un réel besoin, à la fois de la part des praticiens du droit et des acteurs de ces contrats. C’est sans compter qu’ils se démarquent des conventions issues du monde analogique en de nombreux points, sachant que néanmoins, ils s’inscrivent dans le cadre d’une évolution logique et naturelle du droit. C’est ainsi que depuis quelques années, le droit voit se profiler des contrats imposant au législateur d’élaborer de nouveaux textes, en raison des lacunes juridiques encore grandes en la matière. La question qui se pose d’emblée est alors de savoir quelle est leur place dans la vie juridique, et surtout, comment ils sont perçus et analysés par rapport à ceux plus « classiques » issus du monde analogique. Dès lors, d’autres interrogations s’enchaînent : dans quel type d’environnement évoluent-ils ? Quels sont les critères qui caractérisent le mieux les contrats liés aux technologies issues du numérique ? Et surtout, qu’est-ce qui les rend si spécifiques et si inédits par rapport aux autres contrats, et qu’est-ce qui fait leur essence même ? On en vient alors à se demander si la dématérialisation de leur objet et leur orientation tournée vers les technologies influencent leur mode de formation et leur exécution. Autrement dit, quel est leur impact sur l’équilibre contractuel et quelles sont leurs implications juridiques concrètes ? Une chose est sûre : si ces contrats font appel à un vocabulaire technique propre au monde numérique et que leur objet peut sembler de prime abord inédit et complexe, en réalité, il en est autrement, les prestations auxquelles ils renvoient étant au final, très proches de celles qui nous entourent depuis toujours
Over the last decades, the fast-evolving technologies and the information and communication technologies (I.C.T) have been widespread in the current analogical world. They are engendered agreements which need a particular approach and which can’t be ignored today, because of their difficulties of application, interpretation, and even of qualification. The analogical world failed to offer a legal framework to that innovative and dynamic digital world creating tremendous legal uncertainty. Consequently, the emerging lack of appropriate agreements forced policymakers, regulators and legislators to elaborate new governance, new regulation and new acts to respond to those needs and expectations issued of the Information Society. The purpose is also to answer to the real needs of the lawyers and the professors of Law. These agreements are very different of the agreements of the analogical world in numerous points, but are inscribed in a logical and natural evolution of the Right of contracts. That’s why, it’s necessary to know what is their place in the legal life, and above all, how they are perceived and analyzed regarding the more "classical" contracts of the analogical world. Furthermore, other questions may be asked : in which kind of environment they evolve? What is characterizing the contracts linked to the information and communication technologies? What makes them so specific and so particular compared with the other agreements? The dematerialization of technology centered object can influence their way of formation, their execution and the balance of the agreements? What are their legal implications? If these agreements make reference to an specific and technical terminology of I.C.T., to the digital world, and if their object may be complex, in reality, the services generated by the Information Society are surrounding us in our daily life and are not different of the services we know since ever

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