Статті в журналах з теми "Ligan"
Щоб переглянути інші типи публікацій з цієї теми, перейдіть за посиланням: Ligan.
Оформте джерело за APA, MLA, Chicago, Harvard та іншими стилями
Ознайомтеся з топ-50 статей у журналах для дослідження на тему "Ligan".
Біля кожної праці в переліку літератури доступна кнопка «Додати до бібліографії». Скористайтеся нею – і ми автоматично оформимо бібліографічне посилання на обрану працю в потрібному вам стилі цитування: APA, MLA, «Гарвард», «Чикаго», «Ванкувер» тощо.
Також ви можете завантажити повний текст наукової публікації у форматі «.pdf» та прочитати онлайн анотацію до роботи, якщо відповідні параметри наявні в метаданих.
Переглядайте статті в журналах для різних дисциплін та оформлюйте правильно вашу бібліографію.
1
Hendrati, Diana, Erianti Siska Purnamasari, Syulastri Effendi, and Santhy Wyantuti. "Pemantapan Proses Sintesis Ligan Dibutilditiokarbamat (DBDTK) Sebagai Pengekstrak Logam Tanah Jarang Berdasarkan Desain Eksperimen." ALCHEMY Jurnal Penelitian Kimia 14, no. 1 (February 15, 2018): 195. http://dx.doi.org/10.20961/alchemy.14.1.15006.195-203.
Повний текст джерелаАнотація:
<p>Gadolinium (Gd) merupakan salah satu logam tanah jarang, dimana logam tanah jarang dapat diekstrak dari mineral salah satunya mineral monasit. Logam Gd biasanya digunakan sebagai bahan dasar <em>contrast agent</em> dalam dunia kesehatan. Ligan dibutilditiokarbamat mampu membentuk senyawa kompleks dengan cara mengikat logam sehingga membentuk khelat yang dapat digunakan untuk ekstraksi. Tujuan dari penelitian ini adalah memantapkan sintesis ligan dibutilditiokarbamat berdasarkan desain eksperimen dan karakterisasi kompleks antara Gd(III) dengan ligan dibutilditiokarbamat hasil sintesis. Penelitian ini diawali dengan pembuatan desain eksperimen untuk sintesis ligan dan ekstraksi Gd(III) dengan ligan, kemudian proses sintesis dan ekstraksi dilakukan sesuai dengan desain eksperimen, hasil sintesis dan ekstraksi dikarakterisasi menggunakan metode spektroskopi serta diuji kelarutannya dalam pelarut organik. Data yang diperoleh menunjukkan bahwa sintesis ligan dibutilditiokarbamat optimal pada suhu 4 °C, perbandingan dibutilamin dan karbondisulfida yaitu 1 : 3 dengan perbandingan mol ammonia terhadap dibutilamin yaitu 1 : 4, sedangkan kondisi optimal untuk ekstraksi Gd(III) dengan ligan yaitu pada pH 6, dengan perbandingan mol Gd(III) dan ligan yaitu 1 : 4 dan lama ekstraksi 60 menit. Oleh karena itu ligan dibutilditiokarbamat hasil sintesis berpotensi digunakan sebagai ekstraktan untuk ekstraksi Gd(III). Hasil prediksi ligan berdasarkan desain eksperimen yaitu sebesar 56,12% sedangkan prediksi ekstraksi Gd(III) dengan ligan hasil sintesis diperoleh sebesar 78,41%. Kesimpulan dari penelitian ini bahwa sintesis ligan dibutilditiokarbamat berdasarkan desain eksperimen dapat dikembangkan untuk sintesis skala besar.</p><p>Gadolinium (Gd) is one of the rare-earth elements, whereas rare-earth elements can be extracted from monazite. Gd is usually used as raw material for synthesizing contrast agent<em> </em>in medicine field. Dibuthyldithiocarbamate ligand can form a complex compound with metal. This ligand will bind a metal and then forming chelate which is used for extraction. The purpose of this research is to ensure procedure of dibuthyldithiocarbamate ligand synthesis based on the design of experiment and to study the characterization of reaction result between Gd(III) and dibuthyldithiocarbamate ligand which this ligand is synthesis result. This research begins with making design of experiment for ligand synthesis and Gd(III) extraction with ligand, then perform the process of synthesis and extraction according to the design of experiment, the result of synthesis and extraction were characterized by spectroscopy method and solubility tested in organic solvent. The data was collected indicate that the optimal condition of dibuthyldithiocarbamate ligan synthesis at 4 °C (temperature), the ratio of di-n-butylamine and carbon disulphide is 1:3 with the mole ratio of ammonia to the di-n-butylamine 1:4, while the optimal conditions for gadolinium extraction with ligand at pH 6, the mol ratio of gadolinium and ligand is 1:4 and 60 minutes extraction time. Hence, dibuthyldithiocarbamate ligand can be used as extractan for extracting Gd(III). The prediction of ligand based on the experimental design is 56.12% while the prediction of Gd(III) extraction with ligand of the synthesis result is obtained equal to 78.41%. The conclusion of this research is that the synthesis of dibuthyldithiocarbamate ligand based on the experimental design can be developed for large-scale synthesis.</p>
2
Hendrati, Diana, Erianti Siska Purnamasari, Syulastri Effendi, and Santhy Wyantuti. "Pemantapan Proses Sistesis Ligan Dibutilditiokarbamat (DBDTK) sebagai Pengekstrak Logam Tanah Jarang berdasarkan Desain Eksperimen." ALCHEMY Jurnal Penelitian Kimia 14, no. 1 (February 15, 2018): 84. http://dx.doi.org/10.20961/alchemy.14.1.15006.84-99.
Повний текст джерелаАнотація:
<p>Gadolinium (Gd) merupakan salah satu logam tanah jarang, dimana logam tanah jarang dapat diekstrak dari mineral salah satunya mineral monasit. Logam Gd biasanya digunakan sebagai bahan dasar <em>contrast agent</em> dalam dunia kesehatan. Ligan dibutilditiokarbamat mampu membentuk senyawa kompleks dengan cara mengikat logam sehingga membentuk khelat yang dapat digunakan untuk ekstraksi. Tujuan dari penelitian ini adalah memantapkan sintesis ligan dibutilditiokarbamat berdasarkan desain eksperimen dan karakterisasi kompleks antara Gd(III) dengan ligan dibutilditiokarbamat hasil sintesis. Penelitian ini diawali dengan pembuatan desain eksperimen untuk sintesis ligan dan ekstraksi Gd(III) dengan ligan, kemudian proses sintesis dan ekstraksi dilakukan sesuai dengan desain eksperimen, hasil sintesis dan ekstraksi dikarakterisasi menggunakan metode spektroskopi serta diuji kelarutannya dalam pelarut organik. Data yang diperoleh menunjukkan bahwa sintesis ligan dibutilditiokarbamat optimal pada suhu 4 °C, perbandingan dibutilamin dan karbondisulfida yaitu 1:3 dengan perbandingan mol ammonia terhadap dibutilamin yaitu 1:4, sedangkan kondisi optimal untuk ekstraksi Gd(III) dengan ligan yaitu pada pH 6, dengan perbandingan mol Gd(III) dan ligan yaitu 1:4 dan lama ekstraksi 60 menit. Oleh karena itu ligan dibutilditiokarbamat hasil sintesis berpotensi digunakan sebagai ekstraktan untuk ekstraksi Gd(III). Hasil prediksi ligan berdasarkan desain eksperimen yaitu sebesar 56,12 % sedangkan prediksi ekstraksi Gd(III) dengan ligan hasil sintesis diperoleh sebesar 78,41 %. Kesimpulan dari penelitian ini bahwa sintesis ligan dibutilditiokarbamat berdasarkan desain eksperimen dapat dikembangkan untuk sintesis skala besar.</p><p>Gadolinium (Gd) is one of the rare-earth elements, whereas rare-earth elements can be extracted from monazite. Gd is usually used as raw material for synthesizing contrast agent<em> </em>in medicine field. Dibuthyldithiocarbamate ligand can form a complex compound with metal. This ligand will bind a metal and then forming chelate which is used for extraction. The purpose of this research is to ensure procedure of dibuthyldithiocarbamate ligand synthesis based on the design of experiment and to study the characterization of reaction result between Gd(III) and dibuthyldithiocarbamate ligand which this ligand is synthesis result. This research begins with making design of experiment for ligand synthesis and Gd(III) extraction with ligand, then perform the process of synthesis and extraction according to the design of experiment, the result of synthesis and extraction were characterized by spectroscopy method and solubility tested in organic solvent. The data was collected indicate that the optimal condition of dibuthyldithiocarbamate ligan synthesis at 4 °C (temperature), the ratio of di-n-butylamine and carbon disulphide is 1:3 with the mole ratio of ammonia to the di-n-butylamine 1:4, while the optimal conditions for gadolinium extraction with ligand at pH 6, the mol ratio of gadolinium and ligand is 1:4 and 60 minutes extraction time. Hence, dibuthyldithiocarbamate ligand can be used as extractan for extracting Gd(III). The prediction of ligand based on the experimental design is 56.12 % while the prediction of Gd(III) extraction with ligand of the synthesis result is obtained equal to 78.41 %. The conclusion of this research is that the synthesis of dibuthyldithiocarbamate ligand based on the experimental design can be developed for large-scale synthesis.</p>
3
Hendrati, Diana, Erianti Siska Purnamasari, Syulastri Effendi, and Santhy Wyantuti. "Pemantapan Proses Sintesis Ligan Dibutilditiokarbamat (DBDTK) Sebagai Pengekstrak Logam Tanah Jarang Berdasarkan Desain Eksperimen." ALCHEMY Jurnal Penelitian Kimia 14, no. 2 (September 3, 2018): 219. http://dx.doi.org/10.20961/alchemy.14.2.15006.219-235.
Повний текст джерелаАнотація:
<p>Gadolinium (Gd) merupakan salah satu logam tanah jarang, dimana logam tanah jarang dapat diekstrak dari mineral salah satunya mineral monasit. Logam Gd biasanya digunakan sebagai bahan dasar <em>contrast agent</em> dalam dunia kesehatan. Ligan dibutilditiokarbamat mampu membentuk senyawa kompleks dengan cara mengikat logam sehingga membentuk khelat yang dapat digunakan untuk ekstraksi. Tujuan dari penelitian ini adalah memantapkan sintesis ligan dibutilditiokarbamat berdasarkan desain eksperimen dan karakterisasi kompleks antara Gd(III) dengan ligan dibutilditiokarbamat hasil sintesis. Penelitian ini diawali dengan pembuatan desain eksperimen untuk sintesis ligan dan ekstraksi Gd(III) dengan ligan, kemudian proses sintesis dan ekstraksi dilakukan sesuai dengan desain eksperimen, hasil sintesis dan ekstraksi dikarakterisasi menggunakan metode spektroskopi serta diuji kelarutannya dalam pelarut organik. Data yang diperoleh menunjukkan bahwa sintesis ligan dibutilditiokarbamat optimal pada suhu 4 °C, perbandingan dibutilamin dan karbondisulfida yaitu 1 : 3 dengan perbandingan mol ammonia terhadap dibutilamin yaitu 1 : 4, sedangkan kondisi optimal untuk ekstraksi Gd(III) dengan ligan yaitu pada pH 6, dengan perbandingan mol Gd(III) dan ligan yaitu 1 : 4 dan lama ekstraksi 60 menit. Oleh karena itu ligan dibutilditiokarbamat hasil sintesis berpotensi digunakan sebagai ekstraktan untuk ekstraksi Gd(III). Hasil prediksi ligan berdasarkan desain eksperimen yaitu sebesar 56,12% sedangkan prediksi ekstraksi Gd(III) dengan ligan hasil sintesis diperoleh sebesar 78,41%.</p><p><strong>The Consolidation of Dibutyldithiocarbamate (DBDTC) Synthesis as Gadolinium Metal Extraction Based On Experimental Design. </strong>Gadolinium (Gd) is one of the rare-earth elements, whereas rare-earth elements can be extracted from monazite. Gd is usually used as raw material for synthesizing contrast agent<em> </em>in medicine field. Dibuthyldithiocarbamate ligand can form a complex compound with metal. This ligand will bind a metal and then forming chelate which is used for extraction. The purpose of this research is to ensure procedure of dibuthyldithiocarbamate ligand synthesis based on the design of experiment and to study the characterization of reaction result between Gd(III) and dibuthyldithiocarbamate ligand which this ligand is synthesis result. This research begins with making design of experiment for ligand synthesis and Gd(III) extraction with ligand, then perform the process of synthesis and extraction according to the design of experiment, the result of synthesis and extraction were characterized by spectroscopy method and solubility tested in organic solvent. The data was collected indicate that the optimal condition of dibuthyldithiocarbamate ligan synthesis at 4 °C (temperature), the ratio of di-n-butylamine and carbon disulphide is 1:3 with the mole ratio of ammonia to the di-n-butylamine 1:4, while the optimal conditions for gadolinium extraction with ligand at pH 6, the mol ratio of gadolinium and ligand is 1:4 and 60 minutes extraction time. Hence, dibuthyldithiocarbamate ligand can be used as extractan for extracting Gd(III). The prediction of ligand based on the experimental design is 56.12% while the prediction of Gd(III) extraction with ligand of the synthesis result is obtained equal to 78.41%. The conclusion of this research is that the synthesis of dibuthyldithiocarbamate ligand based on the experimental design can be developed for large-scale synthesis.</p>
4
Aziz, Fitri Kusvila, Cantika Nukitasari, Fauziyah Ardli Oktavianingrum, Lita Windy Aryati, and Broto Santoso. "Hasil In Silico Senyawa Z12501572, Z00321025, SCB5631028 dan SCB13970547 dibandingkan Turunan Zerumbon terhadap Human Liver Glycogen Phosphorylase (1l5Q) sebagai Antidiabetes." Jurnal Kimia VALENSI 2, no. 2 (November 30, 2016): 120–24. http://dx.doi.org/10.15408/jkv.v2i2.4170.
Повний текст джерелаАнотація:
Abstrak Human Liver Glycogen Phosphorylase (HLGP), suatu katalis glikogen yang mengontrol pelepasan glukosa-1-fosfat glikogen dari hati. Enzim ini mempunyai peran sentral dalam luaran glukosa hati sehingga menjadi target obat antidiabetik. Kajian docking dilakukan pada komputer dengan prosesor Intel Pentium, RAM 1 GB dan Windows 7. Ligan yang digunakan adalah senyawa obat (Z12501572, Z00321025, SCB5631028 dan SCB13970547), dataset pembanding aktif glycogen phosphorylase outer dimer site (PYGL-out) dan decoysdari www.dekois.com dan turunan zerumbon. Protein dipisahkan dari ligan nativ dan semua ligan beserta protein dikonversi menggunakan PyRx. Visualisasi interaksi ligan-protein dihasilkan dengan program Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP) dan PyMOL. Senyawa ZER11 memiliki binding energy terbaik, yaitu -7.11 kkal/mol (untuk metode LGA dan GA) dan -4.08 kkal/mol untuk metode SA. Nilai binding energy tersebut lebih rendah dari pada nilai untuk ligan native dan satu dari keempat senyawa obat, terlebih jika dibandingkan dengan bindingaffinity dari dataset dan decoys. Interaksi ligan-protein pada ketiga metode tersebut ditemukan sangat bervariasi. Hal berbeda terjadi untuk metode Vina, bindingenergy ZER11 (-9.9 kkal/mol) lebih baik dibandingkan dengan ligan native dan keempat senyawa obat. Senyawa ZER11 memiliki residu interaksi yang sama dengan ligan native pada TRP67 dan LYS191 untuk metode Vina. Kata kunci: PDBID-1L5Q, AutoDock, docking molekuler, vina, antidiabetes Abstract Human Liver Glycogen Phosphorylase (HLGP) can catalyze glycogen and control the release of glucose-1-phosphate of glycogen from the liver. This enzyme has a central role in output rule of liver glucose as it can be used as an antidiabetic drug targets. Docking studies were carried out on PC with Intel Pentium, 1 GB RAM, in environment of Windows 7. Ligands used are drug compounds (Z12501572, Z00321025, SCB5631028 and SCB13970547), the active dataset comparator wasglycogenphosphorylase outer dimer site (PYGL-out) and decoys from www.dekois.com andzerumbonederivates. Protein was separated from its native ligand and all ligands including the protein were converted to pdbqt using PyRx. The interaction of protein-ligand was visualized using software of PLIP and PyMOL. Compound of ZER11 had the best binding energy were -7.11 kcal/mol (LGA and GA) and -4.08 kcal/mol (SA). The binding energy value was lower than the ligand native and one of the four drug compounds, especially compared with the binding affinity of dataset and decoys. Vice versa, for Vina method, the value of ligand binding protein for ZER11 (-9.9 kcal/mol) was better than the ligand native and all of the fourth drugcompounds. Vina result showed that ZER11 had the same residual interaction as the ligand native, which are TRP67 and LYS191. Keyword: PDBID-1L5Q, AutoDock, molecular docking, vina, antidiabetic DOI: http://dx.doi.org/10.15408/jkv.v0i0.4170
5
Arifin, Ibrahim, Handini Widya Prameswari Sabandar, and Hari Purnomo. "Molecular Docking Senyawa Jambu Biji (Psidium guajava L.) terhadap Reseptor Estrogen Alfa Sebagai Model Kandidat Antikanker Payudara." Jurnal Ilmu Farmasi dan Farmasi Klinik, no. 1 (August 30, 2023): 19. http://dx.doi.org/10.31942/jiffk.v0i1.9379.
Повний текст джерелаАнотація:
Kanker payudara terjadi karena adanya ekspresi reseptor estrogen alfa (RE-α) yang berlebihan dan tingginya kadar estrogen. Penggunaan tamoksifen sebagai antagonis RE-α menimbulkan berbagai efek samping, sehingga perlu dikembangkan senyawa bahan alam yang berpotensi sebagai antikanker payudara. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui interaksi senyawa kuersetin dari daun jambu biji pada RE-α sebagai antikanker payudara berdasarkan molecular docking. Penelitian ini menggunakan metode molecular docking dengan ligan uji kuersetin dan ligan pembanding tamoksifen. Pengujian dilakukan terhadap RE-α dengan kode PDB: 1UOM, 2IOG, 2OUZ, 3ERT, dan 5FQR. Analisis data dilakukan dengan cara membandingkan skor docking antara ligan native, kuersetin, dan tamoksifen menggunakan software PLANTS dan Pymol. Hasil uji pada kelima kode PDB menunjukkan bahwa skor docking kuersetin lebih tinggi dibandingkan skor docking ligan native dan tamoksifen. Pada kode PDB 1UOM, skor docking kuersetin, ligand native dan tamoksifen berturut-turut -71,098; -133,407 dan -93,788. Meski demikian, kuersetin dapat berikatan dengan asam amino-asam amino yang terdapat pada RE-α yang diduga berperan dalam menghambat pertumbuhan sel kanker payudara.
6
Sembiring, Zipora, Syaiful Bahri, Rinawati Rinawati, Adita Sukma Ramadhania, and Aura Dhayang Fiarizky. "PENGARUH LIGAN PADA SINTESIS SENYAWA KOMPLEKS CO(II) DENGAN LIGAN BASA SCHIFF N,N-DIMETIL-4- (FENILIMINOMETIL)ANILIN DAN 1,10-FENANTROLIN." ANALIT:ANALYTICAL AND ENVIRONMENTAL CHEMISTRY 6, no. 02 (April 30, 2021): 180–88. http://dx.doi.org/10.23960/aec.v6.i2.2021.p180-188.
Повний текст джерелаАнотація:
Telah dilakukan sintesis senyawa kompleks Co(II) dengan ligan basa Schiff N,N-Dimetil-4-(feniliminometil)anilin dan ligan 1,10-Fenantrolin. Sintesis senyawa kompleks dilakukan dengan reaksi kondensasi refluks pada suhu 78 °C menggunaan pelarut etanol, menghasilkan kristal berwarna coklat muda dengan rendemen sebesar 68% untuk kompleks Co(II) basa Schiff dan berwarna oranye dengan rendemen sebesar 72,60% untuk kompleks Co(II) Fenantrolin. Kristal yang diproleh kemudian dikarakterisasi menggunakan spektrofotometer UV-Vis, FTIR, dan TG-DTA. Berdasarkan hasil karakterisasi menunjukkan terbentuknya kompleks Co(II) basa Schiff dan kompleks Co(II) Fenantrolin. Kemudian untuk melihat pengaruh ligan pada pembentukan senyawa kompleks dilakukan karakterisasi menggunakan MSB dan dihasilkan momen magnet efektif (µeff) senyawa kompleks Co(II) basa Schiff sebesar 3,87 BM yang bersifat paramagnetik, sedangkan pada kompleks Co(II) Fenantrolin memiliki momen magnet efektif (µeff) sebesar 4,72 BM yang bersifat paramagnetik serta membentuk agen khelat. Hasil karakterisasi menggunakan MSB menunjukkan kompleks Co(II) Fenantrolin memiliki kestabilan yang lebih baik dibandingan dengan ligan basa Schiff N,N-Dimetil-4- (feniliminometil)anilin.
7
Dewi, Ratna Sari, Abdul Mutholib, Anni Anggraeni, Hesein H. Bahti, Ari Hardianto, and Muhammad Yusuf. "Selektivitas Ligan DBDTP Terhadap Isomer Ligan Dbdtp untuk Ekstraksi Logam Tanah Jarang Berdasarkan Kajian Simulasi Dinamika Molekuler." al-Kimiya 6, no. 2 (May 10, 2020): 67–74. http://dx.doi.org/10.15575/ak.v6i2.6504.
Повний текст джерелаАнотація:
Logam tanah jarang (LTJ) merupakan suatu material strategis nasional. Tingkat kebutuhan terhadap LTJ semakin lama semakin meningkat pesat. Pemisahan LTJ dapat menggunakan berbagai metode pemisahan, salah satunya dengan menggunakan ligan pengompleks. Ligan Dibutyl dithiophosphate (DBDTP) memiliki banyak keuntungan ketika digunakan sebagai ekstraktan dalam ekstraksi. Simulasi komputer membutuhkan suatu metode akurat dalam memodelkan sistem yang dikaji. Simulasi sering dilakukan dengan kondisi yang sangat mirip dengan eksperimen, sehingga hasil perhitungan kimia komputasi dapat dibandingkan secara langsung dengan eksperimen. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk membandingkan prediksi pemisahan ekstraksi LTJ (Sm dan Gd) menggunakan ligan DBDTP dan isomer ligan DBDTP dengan menghitung kestabilan kompleks berdasarkan dinamika molekuler. Ligan DBDTP dan Isomer ligan DBDTP dibuat dengan program BIOVIA Discovery studio 2016, lalu dihubungkan dengan atom pusat dan dilakukan optimasi energi menggunakan program AMBER 16, kemudian disimulasikan dengan sistem satu pelarut selama 10 ns secara eksplisit..Hasil simulasi kompleks UTJ dengan isomer ligan DBDTP dan tiga air secara dinamika molekuler menunjukkan bahwa semakin kecil radian atom maka semakin kecil nilai energi ikatan dan semakin stabil. Energi untuk masing-masing kompleks LTJ (Sm dan Gd) untuk ligan DBDTP adalah -40,43 dan -121,13 Kkal/mol dan ligan isomer DBDTP sebesar -287,62 dan -438,38 Kkal/mol. Hal ini menunjukkan bahwa kompleks LTJ (Sm dan Gd) dengan isomer ligan DBDTP lebih stabil dibandingkan dengan ligan DBDTP.
8
Widjajakusuma, Elisabeth Catherine, Monica Frederica, Kornelius Kaweono, Arkenjela Shea, Gracia De Sales Lodhu Jawa, Yohanes Aliandra Kelan, Ajeng Indah, et al. "Studi Perbandingan Sifat Struktur dan Dinamika Bentuk Apo dan Holo dari FKBP12 dan Mip dengan Menggunakan Simulasi Dinamika Molekul." Jurnal Farmasi Sains dan Terapan 9, no. 1 (February 2022): 24–29. http://dx.doi.org/10.33508/jfst.v9i1.4059.
Повний текст джерелаАнотація:
Interaksi protein danligan pada sisi pengikatan merupakan topik penting dalam desain obat dan proses prediksi fungsi protein. FKBP12 dan Mip(macrophage infectivity potentiator)termasuk dalam keluarga protein FKBP dengan sisi pengikatan yang kemiripannya sangat tinggi. Oleh karena itu untuk mendapatkan ligan yang selektif tidaklah mudah. Tujuan penelitian ini untuk membandingkan sifat struktur dan dinamis dari FKBP12 dan Mip dalam bentuk holo (membentuk kompleks dengan suatu ligan) dan bentuk apo (tidak terikat dengan ligan) dengan menggunakan simulasi dinamika molekul selama 40 ns dengan penambahan energi potensial selama 10 ns. Penggantian ligan rapamycin dengan ligan yang lebih kecil, yaitu turunan asam pipecolat, menyebabkan perubahan strukturpada FKBP12 dibandingkan Mip terutama pada asam amino Q81/E54, V82/F55, I83/I56, W86/W59, Y109/Y82, P117/H87, dan I118/I90.Hal ini memberikan informasi untuk pengembangan ligan yang selektif.
9
Pujiono, Fery EKo, and Tri Ana Mulyati. "Uji Aktivitas Antidiabetes Kokristal Asam Sinamat-Nikotinamide: Study in silico." Journal of Herbal, Clinical and Pharmaceutical Science (HERCLIPS) 5, no. 01 (October 24, 2023): 26. http://dx.doi.org/10.30587/herclips.v5i01.6243.
Повний текст джерелаАнотація:
Asam sinamat merupakan senyawa metabolit sekunder yang memiliki aktivitas biologis sebagai antidiabetes. Asam sinamat memiliki kelarutan yang rendah sehingga perlu dikembangkan sebagai kokristal. Disisi lain, efektivitas kokristal asam sinamat terhadap aktivitas antidiabetes belum pernah dilaporkan. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui aktivitas asam sinamat dan kokristal asam sinamat – nikotinamida sebagai antidiabetes. Penelitian ini diawali dengan penyiapan ligan dengan Chem3D selanjutnya ligan dan logam tersebut disiapkan untuk penambatan molekular dengan AutoDock Tools. Proses penambatan molekular dilakukan dengan AutoDock Vina dan divisualisasikan dengan Discovery Studio. Hasil penambatan menunjukkan asam sinamat dan kokristal asam sinamat-nikotinamida berpotensi sebagai inhibitor enzim DPP-4 berdasarkan nilai energi bebas dan jarak ikatannya. Interaksi yang terbentuk terjadi pada sisi aktif ARG125, ARG125, GLU205, VAL88, ASP96, ILE102, dan ASP96 dengan ikatan yang terjadi adalah ikatan hidrogen. Ligan 3 memiliki sisi aktif untuk ikatan hidrogen dan nilai energi bebas paling negatif yaitu -6,928 Kcal/mol jika dibandingkan ligan 1 (-6,722 Kcal/mol) dan ligan 2 (-6.308 kcal/mol). Ligan 1 memiliki ikatan jarak ikatan terpendek yaitu 2,078 Å sedangkan ligan 3 memilki jarak ikatan lebih pendek yaitu 2,764 Å jika dibandingkan ligan 2 (2,197 Å). Hasil ini menunjukkan bahwa dengan pembentukkan kokristal akan menambah sisi aktif sehingga reaksi yang terjadi lebih spontan dan lebih stabil.
10
Koentjoro, Maharani Pertiwi, Adyan Donastin, and Endry Nugroho Prasetyo. "POTENSI SENYAWA BIOAKTIF TANAMAN KELOR PENGHAMBAT INTERAKSI ANGIOTENSIN-CONVERTING ENZYME 2 PADA SINDROMA SARS-COV-2." Jurnal Bioteknologi & Biosains Indonesia (JBBI) 7, no. 2 (December 29, 2020): 259–70. http://dx.doi.org/10.29122/jbbi.v7i2.4156.
Повний текст джерелаАнотація:
The Potential of Moringa oleifera Bioactive Compounds for Inhibiting Angiotensin-Converting Enzyme 2 Interaction in SARS-Cov-2 Syndrome Severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) disease (COVID-19) is a threat to human health. This infection is determined by the interaction of the spike S1 domain protein with angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) in the epithelial cells of the respiratory tract, especially the lungs. ACE2 inhibition is an important target in controlling COVID-19. Flavonoids of medicinal plants, are known to interfere with ACE (ACE2 homologous). Therefore, this study aims to explore the ability of apiin, epicatechin, and hesperetin from Moringa oleifera in interacting with the ACE2 using MOE 2008.10. The ligand molecules were prepared from PubChem database. The ACE2 protein was retrieved from Protein Data Bank (ID 1R4L) and analyzed for the active sites. Analysis of docking scores and hydrogen bonds of ACE2-ligand complex and active site showed that the affinity of flavonoids can be ranked as hesperetin > epicatechin > apiin > C19H23Cl2N3O4. The results provided computational information that apiin, epicatechin, and hesperetin have the potential to prevent COVID-19 infection. The prediction of activity spectra for substances (PASS) score showed the ligand displays antiviral activity. Infeksi severe acute respiratory syndrome coronavirus-2 (SARS-CoV-2) pada pandemi coronavirus disease 2019 (COVID-19) menjadi ancaman dunia kesehatan saat ini. Infeksi SARS-CoV-2 ditentukan oleh interaksi protein spike envelope S1 domain dengan reseptor angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2) yang diekspresikan pada sel epitel saluran pernafasan terutama paru-paru. Mekanisme penghambatan ACE2 menjadi target penting dalam pengendalian COVID-19. Senyawa bioaktif tanaman obat, seperti flavonoid diketahui mampu mengganggu fungsi banyak makromolekul termasuk ACE (homolog dengan ACE2). Penelitian ini bertujuan mengeksplorasi kemampuan senyawa apiin, epicatechin, dan hesperetin dari Moringa oleifera dalam berinteraksi dengan sisi aktif ACE2 menggunakan metode penambatan molekul. Studi dilakukan dengan preparasi struktur molekul ligan dari PubChem database dan diolah dengan MOE 2008.10. Selanjutnya, data protein ACE2 (Protein Data Bank ID 1R4L) dianalisis sisi aktifnya untuk mengetahui lokasi penambatan ligan senyawa. Analisis skor docking dan ikatan hydrogen komplek ligan dan sisi aktif ACE2 menunjukkan bahwa afinitas flavonoid dapat diperingkatkan sebagai afinitas hesperetin > epicatechin > apiin > C19H23Cl2N3O4. Ketiga ligan senyawa yang terkandung dalam M. oleifera secara in silico mampu mengikat sisi aktif ACE2, sehingga berpotensi mencegah infeksi COVID-19. Skor PASS (prediction of activity spectra for substances) menunjukkan aktivitas biologis ligan yang menyerupai antiviral.
11
Muttaqin, Fauzan Zein. "STUDI MOLECULAR DOCKING, MOLECULAR DYNAMIC, DAN PREDIKSI TOKSISITAS SENYAWA TURUNAN ALKALOID NAFTIRIDIN SEBAGAI INHIBITOR PROTEIN KASEIN KINASE 2-α PADA KANKER LEUKEMIA". Pharmacoscript 2, № 1 (31 серпня 2019): 49–64. http://dx.doi.org/10.36423/pharmacoscript.v2i1.241.
Повний текст джерелаАнотація:
Kanker leukemia merupakan suatu penyakit keganasan pada sistem hematopoiesis yang ditandai dengan akumulasi leukosit ganas di sumsum tulang dan darah tepi. Reseptor CK2-α (Casein Kinase 2-alfa) merupakan molekul penting dalam mengatur kaskade sinyal hematopoiesis yang terkait dalam mendorong pertumbuhan beberapa tumor darah. Senyawa ligan alami (CX-4945) dari reseptor CK2-α yang merupakan senyawa turunan alkaloid naftiridin berdasarkan beberapa penelitian yang telah dilakukan baik secara in vitro maupun secara in vivo terbukti memiliki aktivitas dalam menghambat sel-sel penyebab kanker, khususnya protein CK2-α pada kanker leukemia. Tujuan: Mengkaji interaksi dan afinitas senyawa turunan naftiridin terhadap reseptor CK2-α serta prediksi toksisitasnya sehingga menjadi alternatif pengobatan leukemia dengan resiko efek samping yang minimum. Metodologi: Tahapan studi yang dilakukan antara lain pengkajian parameter fisikokimia, meliputi penetapan koefisien partisi (CLogP), bobot molekul (BM), jumlah donor dan akseptor ikatan hidrogen, jumlah rotasi ikatan, energi HOMO-LUMO, lalu dilakukan analisis interaksi ligan uji terhadap reseptor CK2-α melalui simulasi molecular docking dan molecular dynamic serta prediksi toksisitasnya. Validasi docking dilakukan dengan me-redocking ligan alami CX-4945 dari reseptor CK2-α (kode PDB: 3PE1), diperoleh nilai RMSD sebesar 0,358 Å. Hasil: Pada simulasi molecular docking senyawa turunan naftiridin terhadap reseptor CK2-α dengan Autodock didapatkan 10 ligan uji terbaik dengan nilai energi bebas ikatan (∆G) dan nilai konstanta inhibisi (Ki) yang rendah. Sebelum dilakukan simulasi molecular dynamic, 10 ligan uji dan reseptor target dipreparasi dengan pembuatan topologi. Hasil simulasi molecular dynamic 10 ligan uji terbaik terhadap reseptor CK2-α dengan Gromacs selama 10 nanodetik menunjukkan nilai RMSD dan RMSF yang rendah ditandai dengan kecenderungan grafik yang cukup konstan, dimana nilai RMSD untuk ligan uji 4-Metilaaptamin sebesar 1,4 Å dan nilai RMSF untuk ligan uji Lopokladin A sebesar 1,5 Å menunjukkan kestabilan yang cukup baik diantara ligan uji lainnya. Sedangkan prediksi toksisitas dengan ADMET Predictor menunjukkan bahwa ligan uji Kloronaftiridin diprediksi memiliki resiko toksisitas paling rendah dibandingkan ligan uji lainnya. Berdasarkan hasil penelitian tersebut, diketahui bahwa 4-Metilaaptamin merupakan kandidat senyawa inhibitor CK2-α yang paling berpotensi dengan afinitas tertinggi dan resiko toksisitas yang rendah.
12
Candra, Yudha Ade, Suslam Pratamaningtyas, and Yuni Agung Nugroho. "FITOREMEDIASI MERKURI DARI TANAH TERCEMAR LIMBAH BEKAS TAMBANG EMAS RAKYAT DENGAN RUMPUT TEKI (Cyperus kyllingia)." Agrika 13, no. 1 (May 31, 2019): 33. http://dx.doi.org/10.31328/ja.v13i1.988.
Повний текст джерелаАнотація:
Polusi lingkungan akibat kegiatan penambangan dapat dikurangi dengan fitoremediasi. Cyperus kyllingia adalah salah satu tanaman hyperaccumulator yang dapat mengurangi kadar logam berat seperti Hg di Desa Sekotong Tengah, Kecamatan Sekotong, Kabupaten Lombok Barat. Penelitian ini dilakukan dengan menanam C. kyllingia dalam polybag 5 kg dengan perbandingan 70%: 30% tanah dan tailing emas. Tailing emas dibagi menjadi dua jenis, Sianidasi (T1) dan Amalgamasi (T2). Pada 53 DAP, ligan natrium sianida (NaCN) ditambahkan dengan 2 ligan berbeda, 4g dan 8g dalam tanah. Cyperus kyllingia menyerap 89,97 mg / kg Hg pada kanopi dan 78,21 mg / kg Hg pada akar. Penambahan ligan Natrium sianida (NaCN) dapat meningkatkan penyerapan Hg oleh C. kyillinga. Penyerapan Hg pada tanaman dengan penambahan ligan lebih tinggi daripada tanaman tanpa penambahan ligan.
13
Darmokoesoemo, Handoko. "Studi mekanisme kinetika reaksi pertukaran ion FeIII antara dua jenis ligan siderophore bakteri desferriferrioxamine B dan azoverdine dengan ligan EDTA." Journal of Biological Researches 1, no. 2 (December 12, 1995): 91–98. http://dx.doi.org/10.23869/bphjbr.1.2.19955.
Повний текст джерела
14
Indah Kurnia Klara, Rini Madyastuti Purwono та Pudji Achmadi. "Analisis In Silico Senyawa Flavonoid Kayu Secang (Caesalpinia sappan L.) pada Reseptor α-Amilase Sebagai Antihiperglikemik". Acta VETERINARIA Indonesiana 11, № 3 (20 листопада 2023): 210–19. http://dx.doi.org/10.29244/avi.11.3.210-219.
Повний текст джерелаАнотація:
Pengujian in vitro dan in vivo kayu secang (Caesalpinia sappan L.) sebagai antihiperglikemik sudah dilakukan sebelumnya dan memberikan hasil yang efektif, namun mekanismenya pada hewan belum diketahui. Penelitian ini bertujuan menganalisis mekanisme senyawa metabolit kayu secang (Caesalpinia sappan L.) yang dapat menghambat enzim α-amilase pada hewan melalui penambatan molekuler secara in silico. Profil farmakokinetik ligan diprediksi berdasarkan aturan Lipinski. Prediksi toksisitas dilakukan menggunakan admetSAR. Reseptor diperoleh dari basis data PDB (ID 1OSE). Ligan pembanding yang digunakan adalah akarbosa. Penambatan molekuler dilakukan dengan menambatkan ligan uji brazilin, protosappanin B, protosappanin C, dan sappanchalcone pada enzim α-amilase menggunakan Autodock Vina. Penambatan molekuler dianalisis dengan energi ikatan (ΔG), konstanta inhibisi, serta ikatan kimia. Hasil penambatan molekuler menunjukkan semua ligan uji memiliki potensi sebagai antihiperglikemik. Ligan uji brazilin memiliki aktivitas penghambatan enzim α-amilase lebih baik daripada akarbosa berdasarkan nilai ΔG dan %BSS.
15
Dwi, Dwi Krihariyani, Retno Sasongkowati, and Edy Haryanto. "STUDI IN SILICO SIFAT FARMAKOKINETIK, TOKSISITAS, DAN AKTIVITAS IMUNOMODULATOR BRAZILEIN KAYU SECANG TERHADAP ENZIM 3-CHYMOTRYPSIN-LIKE CYSTEINE PROTEASE CORONAVIRUS." Journal of Indonesian Medical Laboratory and Science (JoIMedLabS) 1, no. 1 (October 1, 2020): 76–85. http://dx.doi.org/10.53699/joimedlabs.v1i1.14.
Повний текст джерелаАнотація:
Enzim 3-chymotrypsin-like cysteine protease (3CLpro) adalah enzim yang berfungsi mengendalikan replikasi dalam siklus hidup coronavirus. Enzim 3CLproadalah target biologis (reseptor) yang akan berinteraksi dengan obat (ligan). Brazilein merupakan kandungan senyawa mayor dalam kayu secang yang secara empiris digunakan sebagai imunomodulator. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi secara in silico aktivitas imunomodulator senyawa brazilein terhadap enzim 3CLpro, dengan senyawa pembanding kurkumin. Uji in silico digunakan untuk memprediksi aktivitas imunomodulator dengan melakukan docking menggunakan program komputer Molegro Virtual Docker. Reseptor yang digunakan adalah 3CLpro, kode PDB: 6M2N, dengan ligan 3WL_401[C]. Prediksi sifat farmakokinetik (ADME) dan toksisitas brazilein dan kurkumin dilakukan menggunakan program pkCSM online tool. Analisis data dilakukan dengan membandingkan energi ikatan hasil docking antara brazilein, ligan, dan kurkumin pada reseptor target. Semakin rendah energi ikatan ligan dengan reseptor target, semakin stabil ikatan yang terbentuk. Hasil uji in silico menunjukkan bahwa energi ikatan ligan = -83.1153kkal/mol, brazilein = -82.0583kkal/mol, dan kurkumin = -115.852kkal/mol. Hasil uji di atas menunjukkan bahwa brazilein memiliki potensi sebagai imunomodulator meskipun lebih rendah dibanding ligan dan kurkumin. Hasil uji in silico menggunakan program pkCSM online tool menunjukkan bahwa senyawa brazilein mempunyai sifat farmakokinetik yang baik, dan menimbulkan toksisitas yang relatif rendah.
16
Bare, Yohanes, Mansur S, Sri Sulystyaningsih Natalia Daeng Tiring, Dewi Ratih Tirto Sari, and Andri Maulidi. "Virtual Screening: Prediksi potensi 8-shogaol terhadap c-Jun N-Terminal Kinase (JNK)." Jurnal Penelitian dan Pengkajian Ilmu Pendidikan: e-Saintika 4, no. 1 (March 5, 2020): 1. http://dx.doi.org/10.36312/e-saintika.v4i1.157.
Повний текст джерелаАнотація:
JNK adalah gen yang berperan dalam metabolisme DMT2. Dalam pengobatan T2DM digunakan JNK sebagai potensi terapi dengan menggunakan bahan alam. 8-shogaol adalah komponen kimia yang terkandung dalam jahe yang memiliki aktivitas antioksidan. Tujuan dari penelitina ini adalah menginversitagasi dan menganalisis peran 8-shogaol terhadap JNK. Protein JNK (ID: 464Y) diperoleh dari Protein Data Bank dan ligan 8-shogaol (CID:6442560 ) didapat dari pubchem. Ligan dan protein didocking menggunakan Hex 8.0.0. File dalam bentuk pdb divisualtisasi dan analisis menggunakan Discovery Studio Client 4.1 software. Interaksi ligan-protein menunjukan ikatan hidrogen pada residu asam amino LYS93 dan van der Waals pada 18 residu asam amino dengan energi ikatan-289.68cal/mol. Interkasi ini berpotensi sebagai penghambat kerja JNK dan dapat digunakan dalam terapi DMT2.Virtual screening: potential prediction of 8-shogaol againts c-Jun N-Terminal Kinase (JNK)AbstractJNK is one of gene that has a role in T2DM condition. To curve T2DM use JNK as potential healing using natural compounds. Eight-shogaol which found in ginger has function as a antioxidant.. The aim of the research is to investigate and analyze role 8-shogaol againts JNK. Protein JNK (ID: 464Y) was taken from Protein Data Bank and ligand 8-shogaol (CID:6442560 ) acquired from pubchem. Ligand and protein model were docked using Hex 8.0.0 software. Visualization and analysis molecular interactions by the Discovery Studio Client 4.1 software. Interaction ligand-protein showed one hydrogen bond in amino acid residue LYS93 and formed van der Waals in eighteen amino acid residues which energy binding -289.68cal/mol. This interaction has a potential to inhibit JNK role and lead to therapy T2DM.
17
Nauli, Tigor. "PENENTUAN SISI AKTIF SELULASE ASPERGILLUS NIGER DENGAN DOCKING LIGAN." Jurnal Kimia Terapan Indonesia 16, no. 2 (December 10, 2014): 94–100. http://dx.doi.org/10.14203/jkti.v16i2.14.
Повний текст джерелаАнотація:
Letak dari sisi aktif selulase Aspergillus niger, yang akan menentukan aktivitas katalitiknya, dapat diketahui melalui komputasi. Sebuah ligan selobiosa dimodelkan untuk dapat melakukan simulasi docking pada molekul selulase yang telah diketahui struktur kristalnya. Melalui kalkulasi energi ikatan dan pendekatan optimasi memakai algoritma genetik Lamarckian, dapat dipilih konformasi molekul yang menunjukkan adanya daerah tertentu dengan energi terendah. Struktur yang memiliki daerah semacam ini dianggap mewakili konfigurasi terbaik terikatnya ligan pada sisi aktif yang dicari.Hasil perhitungan memperlihatkan bahwa tekukan protein yang membentuk celah konkaf diantara dua kelompok struktur b-sheet yang saling berlawanan arah pada molekul selulase merupakan sisi aktif dari enzim tersebut. Ligan dapat terikat disana melalui interaksi hidrofilik dengan residu asparagin (Asn20), serin (Ser111), dan glutamin (Gln158). Di salah satu ujung sisi aktif selulase terdapat residu aspartat (Asp99) dan glutamat (Glu116, Glu204) yang akan mempengaruhi aksi katalitik dari enzim selulase apabila residu-residu ini terikat oleh ion-ion divalen.Sisi aktif selulase ini merupakan gabungan dari domain pengikat substrat dan domain katalitik. Penambahan ion logam yang tepat pada sisi aktif enzim selulase Aspergillus niger dapat meningkatkan aktivitas spesifiknya.Kata kunci:docking, ligan, selulase, sisi ikatan, substrat The active site of cellulase from Aspergillus niger that affects the enzyme activity can be searched by computational methods. A ligand of cellobiose is modelled to perform docking simulation to cellulase with known crystal structure. By calculating the binding free energy and optimization approach using Lamarckian's genetic algorithm, a molecular conformation that has a region with the lowest energy value can be selected. The molecule structure with such region represents the best configuration of ligand bound to the active site.The calculation results that the concave cleft formed by protein folding of two anti-parallel b-sheet structures is the active site of the enzyme. A ligand would bind to the site through hydrophilic interactions with asparagine (Asn20), serine (Ser111), and glutamine (Gln158) residues. The aspartic acid (Asp99) and glutamic acid (Glu116, Glu204) residues that reside in one end of the active site determine the catalytic actions of the enzyme when they are binding with some metal ions.It is shown that the active site of this cellulase has substrate-binding domain and catalytic domain together. The introduction of specific metal ions to the active site of Asperillus niger cellulase will increase its specific activity.Keywords: binding site, cellulase, docking, ligand, substrate
18
Sinurat, Mangatur Riverson, Yuni Rahmayanti, and Rizarullah Rizarullah*. "Uji Aktivitas Antidiabetes Senyawa Baru Daun Yakon (Smallanthus sonchifolius) sebagai Inhibitor Enzim DPP-4: Studi in Silico." Jurnal IPA & Pembelajaran IPA 5, no. 2 (May 23, 2021): 138–50. http://dx.doi.org/10.24815/jipi.v5i2.20068.
Повний текст джерелаАнотація:
Diabetes melitus merupakan gangguang kesehatan global yang menjadi perhatian penting untuk menemukan pencegahan dan terapi baru. Diabetes melitus dapat diobati menggunakan obat golongan inkreitin untuk menghambat kerja enzim DPP-4. Daun yakon (Smallanthus sonchifolius) merupakan tanaman herbal yang sering digunakan untuk mengobati berbagai penyakit dan diketahui memiliki turunan senyawa sekunder baru. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui aktivitas senyawa baru daun yakon menginhibisi enzim DPP-4 berdasarkan energi dan ikatan kimia secara in silico. Senyawa baru daun yakon adalah turunan asam octadecatrienoic dan Benzyl glikosida. Senyawa tersebut diambil dari pubchem dan digambarkan kembali menggunakan chemdraw, sedangkan enzim DPP-4 (reseptor) didapat dari bank protein dunia dengan kode PDB ID: 3F8S. Penelitian ini dilakukan dengan metode In Silico dan perangkat lunak AutoDock Vina digunakan untuk proses penambatan. Hasil optimasi gridbox dengan melakukan penambatan ulang ligan kontrol diperoleh hasil RMSD sebesar 1.628 Å. Hasil penambatan molekuler dapat disimpulkan bahwa senyawa baru daun yakon berpotensi menghambat aktivitas enzim DPP-4 sebagai antidiabetes berdasarkan nilai energi bebas ΔG dan ikatan kimia. Interaksi yang terbentuk antara ligan dan reseptor tepat pada sisi aktif enzim DPP-4 yaitu Glu205, Glu206, Asn710, Tyr662, Arg125, Ser630, Phe357, Tyr666, Tyr547 dan Ser209. Interaksi yang terjadi antara ligan dan reseptor didominasi oleh ikatan hidrogen. Senyawa 13(R)-hydroxyoctadeca-(9E,11E,15Z)-trienoic acid (ligan 1), benzyl +alcohol 7-O-α-L-arabinopyranosyl-(1"→2')-β-D-glucopyranoside (ligan 2), 13(R)-Hydroxy-octadeca-(9Z,11E,15Z)-trienoic acid (ligan 3) memiliki nilai ΔG sebesar -6.2 kkal/mol, -7.7 kkal/mol dan -5.6 kkal/mol. Namun, Benzyl alcohol 7-O-α-L-arabinopyranosyl (1"→2')-β-D-glucopyranoside (ligan 2) lebih berpotensi menghambat enzim DPP-4 karena nilai energi bebas Gibbs (ΔG) dan ikatan kimia yang terbentuk lebih negatif dan stabil dibandingkan ligan 1 dan 3
19
Pratama, Andi Anugrah, Yusnita Rifai, and Asnah Marzuki. "DOCKING MOLEKULER SENYAWA 5,5’-DIBROMOMETILSESAMIN." Majalah Farmasi dan Farmakologi 21, no. 3 (December 29, 2017): 67–69. http://dx.doi.org/10.20956/mff.v21i3.6857.
Повний текст джерелаАнотація:
Docking molekuler merupakan simulasi secara komputasi yang digunakan untuk memprediksi ikatan antara obat/ligan dan reseptor/protein dengan memasangkan suatu molekul kecil (ligan) pada sisi aktif dari reseptor, yang sampai saat ini banyak digunakan dalam proses penemuan dan pengembangan obat baru dengan aktivitas yang lebih baik. Penelitian ini bertujuan untuk melakukan docking molekul dan pemodelan struktur senyawa 5,5’-dibromometilsesamin yang diduga memiliki afinitas terhadap reseptor SMO. Pada penelitian ini, terlebih dahulu dilakukan pemodelan senyawa 5,5’-dibromometilsesamin dan dilakukan optimasi geometri senyawa 5,5’-dibromometilsesamin. Proses docking yang dilakukan melalui tahap preparasi ligan, preparasi reseptor dan simulasi docking. Proses preparasi ligan dilakukan dengan protonasi senyawa 5,5’-dibromometilsesamin. Proses preparasi reseptor dilakukan dengan menghapus molekul air pada reseptor kemudian dilakukan protonasi reseptor. Proses simulasi docking dilakukan setelah proses preparasi ligan dan reseptor telah selesai. Hasil penelitian menunjukkan bahwa molekul 5,5’-dibromometilsesamin memiliki afinitas pada reseptor SMO (kode pdb 4O9R) dengan Docking score yaitu -7.8500 dan residu asam amino yang terikat yaitu Glu518.
20
Putera Irsal, Riyan Alifbi, Djarot Sasongko Hami Seno, Mega Safithri, and Rini Kurniasih. "Penapisan Virtual Senyawa Aktif Sirih Merah (Piper crocatum) sebagai Inhibitor Angiotensin Converting Enzyme." Jurnal Farmamedika (Pharmamedica Journal) 7, no. 2 (December 1, 2022): 104–13. http://dx.doi.org/10.47219/ath.v7i2.157.
Повний текст джерелаАнотація:
Lisinopril (Angiotensin Converting Enzyme inhibitor) merupakan obat pilihan lini pertama dalam pengobatan hipertensi, namun obat tersebut masih memiliki banyak efek samping. Sirih merah telah banyak digunakan dalam pengobatan herbal dan diharapkan berpotensi menghambat aktivitas ACE (Angiotensin Converting Enzyme). Penelitian ini bertujuan untuk menemukan senyawa aktif yang berpotensi menghambat ACE in silico dengan metode molecular anchoring. Enzim ACE memiliki sisi pengikatan Metal binding yang mengikat di logam zinc, interaksi tersebut melibatkan asam amino HIS383, HIS387, dan GLU411. Situs aktif dari enzim ACE terletak pada asam amino GLU384. Ion zinc merupakan komponen penting dari ACE karena terikat pada situs aktif. Terdapat 7 ligan yang berinteraksi dengan asam amino penting sesuai ligan alami dan bernilai (bebas Gibbs dan Ki) lebih negatif dari ligan alaminya. Terdapat 1 ligan yang menjadi terbaik diantara 7 ligan yaitu, 3S,5R,8R,9R,10R,12R,13R,14R,17S)-17-[(2S)-5-[2-(3,4-dimethoxyphenyl)ethylamino]-2-hydroxypentan-2-yl]- 4,4,8,10,14-pentamethyl-2,3,5,6,7,9,11,12,13,15,16,17-dodecahydro-1H-cyclopenta[a]phenanthrene-3,12- diol.
21
Manalu, Rosario. "DOCKING MOLEKULER SENYAWA AKTIF BUAH DAN DAUN JAMBU BIJI (Psidium guajava L.) TERHADAP PROTEIN SARS-CoV-2." FORTE JOURNAL 1, no. 2 (July 31, 2021): 77–84. http://dx.doi.org/10.51771/fj.v1i2.89.
Повний текст джерелаАнотація:
Pada akhir 2019, terjadi wabah pneumonia baru berasal dari Wuhan, Provinsi Hubei yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2. Sehingga perlu dilakukan penghambatan protein virus tersebut sebagai salah satu penemuan kandidat obat baru. Tujuan penelitian untuk mencari bahwa senyawa metabolit sekunder yang terdapat dalam pada buah dan daun jambu biji (Psidium guajava L) mempunyai aktivitas sebagai antivirus dengan cara menghambat protein SARS-CoV-2. Metode penambatan molekul (docking molecular) untuk prediksi struktur kompleks senyawa-protein yang dinamakan docking ligan-protein. Penelitian dilakukan dengan cara analisis secara In Silico senyawa metabolit sekunder tanaman jambu biji dan memodelkan interaksi senyawa pada protein SARS-CoV-2 yang berperan sebagai antivirus. Software yang digunakan adalah PLANTS, YASARA, ChemSketch, dan Ligplus. Penelitian diawali dengan validasi internal pada salah satu reseptor SARS-CoV-2 dengan kode protein PDB.ID 6LU7. Proses docking dilakukan terhadap native ligand, senyawa kimia pada tanaman jambu biji, dan senyawa pembanding sebagai kontrol positif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa score docking dari tiga senyawa metabolit sekunder terbaik masih lebih tinggi dibandingkan dengan ligan native-nya. Score docking kaemferol, kuersetin dan hyperin adalah -90.399, -92.012 dan -92.231 kkal/mol. Ikatan kompleks dengan ligan native masih lebih stabil (kuat) dibandingkan dengan kompleks antara protein dan senyawa aktif dari Jambu Biji.
22
Setiawan, Ely, and Agustino Zulys. "STUDI TEORITIS STRUKTUR DAN SPEKTRUM ELEKTRONIK KOMPLEKS [Ln(pytpy)(NO3)3] SECARA KOMPUTASI METODE SPARKLE/RM1." Molekul 10, no. 1 (May 1, 2015): 19. http://dx.doi.org/10.20884/1.jm.2015.10.1.168.
Повний текст джерелаАнотація:
Telah dilakukan penelitian tentang studi teoritis struktur dan spektrum elektronik kompleks [Ln(pytpy)(NO3)3] (Ln=Eu, Tb, pytpy=4’-(2-pyrrolyl)-2,2’:6’,2”-terpyridine) menggunakan metode komputasi semiempiris Sparkle/RM1. Metode Sparkle/RM1 ini dapat digunakan untuk memperoleh struktur geometri paling stabil dan parameter struktur dalam keadaan gas sebagai simulasi metode eksperimen yang mungkin terlalu mahal. Perhitungan spektrum elektronik dilakukan dengan ZINDO/S, dengan mengganti sparkle dengan titik muatan +3 pada koordinat yang dihasilkan melalui Sparkle/RM1. Hasil penelitian menunjukkan bahwa ion lantanida pada kompleks [Ln(pytpy)(NO3)3] memiliki bilangan koordinasi 9, yang berikatan dengan satu ligan tridentat pytpy dan tiga gugus nitrat sebagai ligan bidentat. Panjang ikatan rata-rata ion lantanida dengan atom N pada ligan pytpy adalah 2,541 Å dan 5,14 Å untuk Eu3+ dan Tb3+. Studi teoritis spektroskopi menunjukkan bahwa metode Sparkle/RM1 cukup akurat dalam memprediksi spektrum IR ligan pytpy, kompleks [Eu(pytpy)(NO3)3] maupun [Tb(pytpy)(NO3)3]. Spektrum UV-Vis kompleks [Eu(pytpy)(NO3)3] dan [Tb(pytpy)(NO3)3] memiliki intensitas serapan yang lebih kuat dan absorbansi yang lebih besar dari spektrum UV-Vis ligan pytpy.
23
Hermayanti, Santi, Didik Setiyo Widodo, and Rum Hastuti. "Pengaruh Ligan NH3 pada Pengambilan Logam Tembaga dari Serpihan Sisa Produksi Kuningan Kabupaten Pati Secara Elektrolisis." Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi 14, no. 2 (August 1, 2011): 54–57. http://dx.doi.org/10.14710/jksa.14.2.54-57.
Повний текст джерелаАнотація:
Telah dilakukan penelitian tentang pengaruh ligan NH3 pada pengambilan logam tembaga dari serpihan sisa produksi kuningan Kabupaten Pati secara elektrolisis. Serpihan sisa produksi kuningan mengandung logam mayor yakni tembaga(Cu), seng(Zn), dan logam minor yakni Timbal(Pb), dan Timah (Sn). Penambahan ligan tertentu dapat meningkatkan kuantitas dan kualitas endapan. Penelitian ini meliputi 3 langkah, yaitu destruksi serpihan sisa produksi kuningan, elektrolisis dan analisis dengan AAS. Larutan elektrolit yang digunakan adalah larutan hasil destruksi serpihan kuningan yang diencerkan 1000 kali. Variabel penelitian ini adalah waktu elektrolisis yaitu 30, 60, 90, dan 120 menit pada sampel tanpa dan dengan penambahan NH3. Hasil penelitian menunjukkan bahwa berat endapan 19,54 mg tanpa ligan NH3 dan 20,58 mg dengan ligan NH3 pada waktu elektrolisis 120 menit. Kemurnian endapan tembaga pada waktu elektrolisis 30 menit pada sampel tanpa penambahan NH3 adalah 62,80% dan dengan penambahan NH3 72,46%.
24
Fakhruri, Muhammad, Yuni Rahmayanti, and Isfanda. "Potensi Fitokimia Citrus Aurantium (Hesperetin, Naringenin) Dalam Menghambat Xantin Okisidase Pada Hiperurisemia Secara In Silico." Jurnal Health Sains 2, no. 1 (January 25, 2021): 79–89. http://dx.doi.org/10.46799/jhs.v2i1.80.
Повний текст джерелаАнотація:
Prevalsensi penderita hiperusemia cenderung meningkat dalam beberapa dekade. Obat golongan xantin oksidase inhibitor digunakan untuk hiperurisemia. Citrus aurantium merupakan sumber flavonoid, dimana flavonoid utamanya hesperetin dan naringenin. Penelitian ini bertujuan mengetahui interaksi molekuler senyawa flavonoid utama C. aurantium dalam menghambat kerja xantin oksidase. Penelitian dilakukan dengan metode in silico dan perangkat AutoDock Vina untuk proses penambatan. Grid box yang digunakan memiliki ukuran dimensi x 26, y 26, dan z 38 dan pusat x 97.706, pusat y 104.809, pusat z 31.607. Hasil optimasi grid box dengan menambatkan ligan kontrol menghasilkan nilai rmsd 1.4338 Å. Hasil penambatan molekuler menghasilkan energy Gibbs ligan hesperetin (-7.2 kkal/mol) dan ligan naringenin (-8.4 kkal/mol). Nilai tersebut lebih tinggi dari ligan kontrol dan pembanding, nilai tersebut menunjukkan interaksi kuat dan stabil sebagai inhibitor enzim xantin oksidase. Hal ini menunjukkan hesperetin dan naringenin dapat menjadi alternatif pengobatan bagi penderita hiperusemia.
25
Santoso, Broto. "DOCKING ANALOG KURKUMIN TURUNAN PIPERAZINDION DENGAN TUBULIN (1TUB) RANTAI MENGGUNAKAN VINA DAN AUTODOCK1." Pharmacon: Jurnal Farmasi Indonesia 12, no. 1 (January 31, 2015): 14–18. http://dx.doi.org/10.23917/pharmacon.v12i1.43.
Повний текст джерелаАнотація:
Program Autodock mampu memprediksi energi bebas dan konformasi ikatan antara fleksibel ligan dan makromolekul target yang telah diketahui. Senyawa turunan dan analog kurkumin adalah ligan yang telah banyak dihasilkan dan diuji aktivitasnya. Beberapa diantaranya memiliki khasiat yang lebih baik dari kurkumin. Enam senyawa turunan piperazindion, kurkumin, PGV-0, dan PGV-1 dihitung energi optimasi geometrinya menggunakan density functional theory (DFT) – Gaussian. Ligan hasil optimasi dicari energi ikatan ligan dengan reseptor 1TUB rantai b melalui docking menggunakan Vina dan Autodock dengan metode Lamarckian Genetic Algorithm (LGA), traditional Genetic Algorithm (tGA), dan Simulated Annealing (SA) Monte Carlo. Data energi ikatan (affinitas) terbaik yang diperoleh dianalisis dengan Anova: Two-Factor Without Replication (P=0,01). Hasil docking dengan semua metode menunjukkan bahwa senyawa analog kurkumin turunan piperazindion mempunyai potensi ikatan lebih baik dibanding senyawa induknya Kata Kunci: 1TUB, Autodock, docking, kurkumin, piperazindionage:IN'Kata kunci: Citrus reticulata, antiproliferatif, DMBA, AgNOR, c-Myc.
26
Nursanti, Okta, Dayu Liandra, Ginayanti Hadisoebroto, and Dytha Andri Deswati. "MOLEKULER DOCKING TERHADAP RESEPTOR PEROXISOME PROLIFERATOR-ACTIVED RECEPTOR-GAMMA (PPAR-y) SEBAGAI ANTIDIABETES." Medical Sains : Jurnal Ilmiah Kefarmasian 8, no. 1 (March 1, 2023): 315–24. http://dx.doi.org/10.37874/ms.v8i1.521.
Повний текст джерелаАнотація:
Diabetes mellitus (DM) merupakan penyakit kronik yang muncul baik ketika pancreas tidak mampu memproduksi cukup insulin ataupun ketika tubuh tidak dapat menggunakan insulin yang diproduksi secara efektif tanaman atau tumbuhan telah banyak digunakan oleh masyarakat sebagai pencegah serta pengobatan penyakit diabetes dan juga sebagai suplemen kesehatan. Di dalam nya terkandung senyawa-senyawa yang dapat berperan sebagai obat antidiabetes. Salah satu reseptor yang berperan dalam pengobatan diabetes adalah Peroxisome Proliferator-Actived Receptor-Gamma (PPAR-y) yang bertanggung jawab terhadap sensitisasi insulin dalam jaringan adiposa. Dalam penelitian ini, interaksi antara senyawa-senyawa dalam tanaman paitan (Tithonia diversifolia), klabet (Trigonella foenum-graecum Linn), daun salam (Syzygium polyanthum), mengkudu (Morinda citrifolia, L), dan lidah buaya (Aloe vera) sebagai ligan, dengan PPAR-y diamati menggunakan perangkat lunak Arguslab, merupakan suatu program yang dapat menambatkan molekul ligan pada makromolekul reseptor. Perangkat lunak penambatan molekul yang digunakan adalah Arguslab versi 4.0.1 Dari hasil penambatan molekul (Molecular Docking) menunjukan bahwa senyawa-senyawa digunakan aman dan lolos dari uji ADMET, Binding Energy delapan ligan tersebut lebih besar dibandingkan ligan alami pioglitazone pada RMSD < 2 Angstrom, tetapi ada satu ligan yang binding energy nya mendekati pioglitazone yaitu lycine dengan nilai binding energy -7.34728 Kcal/mol. Kata kunci : Diabetes, PPAR-y, Penambatan molekul, Arguslab, Daun paitan
27
Wulandari, Antri. "Aplikasi Support Vector Machine (SVM) untuk Pencarian Binding Site Protein-Ligan." MATHunesa: Jurnal Ilmiah Matematika 8, no. 2 (June 26, 2020): 157–61. http://dx.doi.org/10.26740/mathunesa.v8n2.p157-161.
Повний текст джерелаАнотація:
Drug design (desain obat) telah banyak dikembangkan dengan berbantuan komputer. Langkah awal dalam desain obat berbantuan komputer yaitu dengan mencari daerah binding site suatu protein. Binding site adalah suatu rongga pada permukaan protein yang berperan sebagai tempat melekatnya suatu ligan. Dalam penelitian ini, prediksi binding site protein-ligan dirumuskan sebagai klasifikasi biner, yaitu sebagai pembeda daerah berpotensi mengikat ligan dan daerah yang tidak berpotensi mengikat ligan. Dataset yang akan digunakan dalam penelitian ini yaitu diambil dari webserver RCSB Protein Data Bank) sebanyak 14 data protein. Untuk menyelesaikan masalah klasifikasi tersebut, dipilihlah metode Support Vector Machine (SVM). Hasil dari penelitian ini diperoleh rata-rata training untuk akurasi 99,02%, precision 99,04%, recall 99,02%, f-measure 99,02%, MCC 96,84%, ROC 92,82%, PRC 93,71%, dan rata-rata waktu training sebesar 18,92 detik. Serta didapat rata-rata akurasi testing sebesar 95,98 % dan rata-rata waktu test sebesar 0,03642 detik.
Kata kunci: drug design, Support Vector Machine (SVM)
28
Listyani, Tiara Ajeng, and Rina Herowati. "Analisis Docking Molekuler Senyawa Derivat Phthalimide sebagai Inhibitor Non-Nukleosida HIV-1 Reverse Transcriptase." Jurnal Farmasi Indonesia 15, no. 2 (November 1, 2018): 123–34. http://dx.doi.org/10.31001/jfi.v15i2.445.
Повний текст джерелаАнотація:
Senyawa derivat phthalimide dilaporkan sebagai kelas baru inhibitor nonnukleosida reverse transcriptase. Analisis docking molekuler senyawa derivat phthalimide terhadap enzim reverse transcriptase diperlukan untuk mengetahui afinitas dan pola interaksi antara senyawa di atas dengan enzim reverse transcriptase.
Senyawa derivat phthalimide dioptimasi geometri menggunakan perangkat lunak VegaZZ selanjutnya dilakukan dengan cara preparasi target, preparasi ligan, validasi metode docking, dan analisis docking menggunakan PyRx-Python 0.8 - AutoDock Vina sehingga didapatkan interaksi ligan dengan target, energi bebas pengikatan, ikatan hidrogen, dan pola interaksi. Pola interaksi dilihat dari tiga puluh tiga senyawa derivat phthalimide dengan enzim reverse transcriptase menunjukkan ikatan hidrogen dengan asam amino Lys101 dimana interaksi tersebut mirip dengan interaksi senyawa TIBO R 86183 yang merupakan ligan asli protein target.
29
Tembusai, Tariza Humaira, Muhammad Yusuf, Muhammad Baghery Rafsanzani, Putri Octaviani, Innayah Wulandari, and Lulu Arika Reka. "STUDI PERHITUNGAN CELAH ENERGI SENYAWA KOMPLEKS BIS (DIBENZOILMETANATO) ZIRKONIUM MENGGUNAKAN METODE SEMI-EMPIRIS PM3." JURNAL KIMIA SAINTEK DAN PENDIDIKAN 7, no. 2 (December 19, 2023): 75–80. http://dx.doi.org/10.51544/kimia.v7i2.4088.
Повний текст джерелаАнотація:
Kemajuan teknologi memberi dampak pada berbagai hal. Salah satu dampak kemajuan teknologi adalah munculnya inovasi baru dalam bidang kimia, yaitu kimia komputasi yang mengolaborasikan komponen dari konsep-konsep kimia dan eksperimen dengan bantuan perangkat komputer. Pada riset ini, software yang digunakan adalah Hyperchem 8.0. Metode yang digunakan adalah semi-empiris PM3. Penelitian ini bertujuan untuk menghitung nilai celah energi dan panjang gelombang maksimum dari ligan dibenzoilmetana dan senyawa kompleks bis(dibenzoilmetanato) zirkonium. Berdasarkan hasil perhitungan, diperoleh celah energi ligan lebih besar dibandingkan celah energi senyawa kompleks. Selanjutnya, panjang gelombang maksimum ligan lebih kecil dibandingkan panjang gelombang maksimum senyawa kompleks. Hasil yang diperoleh ini telah sesuai dengan teori, yaitu persamaan energi foton yang menyatakan bahwa energi berbanding terbalik dengan panjang gelombang maksimum.
30
Bare, Yohanes, Dewi Ratih Tirto Sari, Lydia Efliani Coriessa Meak, and Marsiana Coo Mogi. "In silico study of columbin from Tinospora crispa L as dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (DHFR-TS) inhibitor." Bioscience 6, no. 1 (March 31, 2022): 12. http://dx.doi.org/10.24036/0202261116090-0-00.
Повний текст джерелаАнотація:
The Brotowali plant is used to treat malaria. Tinospora crispa L contains active compounds that are good for health and has been widely used for medicine. Crude extract from Tinospora crispa L can be used as target dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (DHFR-TS). This research study was to analyse the potential chemical content of Tinospora crispa L in the form of columbine compounds as a focus of malaria therapy through inhibition of dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (DHFR-TS). In silico research method, columbine (CID: 188289) ligand was obtained from Pubchem while DHFR-TS (PDB ID 2bl9) protein was obtained from Protein Data Bank, ligands and proteins were interacted using HEX 8.0.0.0 and visualised using discovery studio. The results obtained are six amino acid residues that bind to the DHFR-TS protein. This binding has an impact on the work function of the DHFR-TS protein. Physicochemical analysis shows that the ligand acts as a donor and acceptor so that the protein is formed and the ligand becomes very strong. This interaction is also supported by amino acid residues that act as supports by forming Van der Waals forces outside of the Van hydrogen bonding forces, pi-Alkyl and Pi also provide support in order to increase the strength and stabilisation of the. Based on the discussion, it can be concluded that the columbine content in Tinospora crispa L has potential as a therapy and treatment for malaria through inhibition of DHFR-TS.Tanaman Brotowali digunakan untuk mengobati penyakit malaria. Tinospora crispa L mengandung senyawa aktif yang baik untuk kesehatan dan telah banyak digunakan untuk pengobatan. Ekstrak kasar dari Tinospora crispa L dapat digunakan sebagai target dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (DHFR-TS). Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis potensi kandungan kimia Tinospora crispa L berupa senyawa kolumbin sebagai fokus terapi malaria melalui penghambatan dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (DHFR-TS). Metode penelitian in silico diperoleh ligan kolumbin (CID: 188289) dari Pubchem sedangkan protein DHFR-TS (PDB ID 2bl9) diperoleh dari Protein Data Bank, ligan dan protein diinteraksikan menggunakan HEX 8.0.0.0 dan divisualisasikan menggunakan discovery studio. Hasil yang diperoleh adalah enam residu asam amino yang berikatan dengan protein DHFR-TS. Pengikatan ini berdampak pada fungsi kerja protein DHFR-TS. Analisis fisikokimia menunjukkan bahwa ligan berperan sebagai donor dan akseptor sehingga protein yang terbentuk dan ligan menjadi sangat kuat. Interaksi ini juga didukung oleh residu asam amino yang bertindak sebagai pendukung dengan membentuk gaya Van der Waals di luar gaya ikatan hidrogen Van, pi-Alkil dan Pi juga memberikan dukungan dalam rangka meningkatkan kekuatan dan stabilisasi. Berdasarkan pembahasan dapat disimpulkan bahwa kandungan kolumbin pada Tinospora crispa L berpotensi sebagai terapi dan pengobatan malaria melalui penghambatan DHFR-TS.
31
Pratama, Alfian Bagas, Rina Herowati, and Hery Muhamad Ansory. "Studi Docking Molekuler Senyawa Dalam Minyak Atsiri Pala (Myristica fragrans H.) Dan Senyawa Turunan Miristisin Terhadap Target Terapi Kanker Kulit." Majalah Farmaseutik 17, no. 2 (April 28, 2021): 233. http://dx.doi.org/10.22146/farmaseutik.v17i2.59297.
Повний текст джерелаАнотація:
Kanker kulit adalah penyakit di mana kulit kehilangan kemampuannya untuk regenerasi dan tumbuh secara normal. Penyebab umum terjadinya kanker kulit adalah intesitas paparan sinar UVB. Penelitian terdahulu telah membuktikan kandungan senyawa di dalam minyak atsiri pala (Myristica fragrans H.) khususnya miri stsin memiliki khasiat sebagai antioksidan dan efek cytotoxic. Telah dilakukan skrining target molekuler dari kandungan kimia minyak atsiri pala beserta turunan miristisin-nya terhadap target molekuler antikanker kulit antara lain Heat Shock Protein 90 (HSP90A), Prostaglandin Synthase 2 (PTGS2) dan Dihydroorotate Dehidrogenase (DHODH), dan memprediksi interaksi senyawa dari ke 61 ligan uji dengan target molekuler tersebut, kemudian dilakukan docking molekuler menggunakan perangkat lunak PyRx 0.8. Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa dalam minyak atsiri pala yaitu Guanicin memiliki nilai ΔGbind yang baik pada HSP90A dengan nilai -8,2 kkal/mol. Hasil docking antara protein PTGS2 dan DHODH dengan ligan baik dari senyawa dalam minyak atsiri pala maupun senyawa turunan miristisin menunjukkan bahwa hampir semua ligan dapat berinteraksi dengan kedua target dengan ligan yang nilai ΔGbind paling kecil dan memiliki model interaksi terbaik dari senyawa minyak atisi pala adalah asam dihidroguaiaretik, dengan nilai ΔGbind secara berurut-urut sebesar -8,1 kkal/mol dan -9,3 kkal/mol.
32
Priyadi, Muhammad, Rizki Rachmad Saputra, Yohanes Edy Gunawan, Shesanthi Citrariana, Decenly Decenly, and Yahya Febrianto. "Aktivitas Psikostimulan Tanaman Bajakah (Spatholobus suberectus) : Studi In Silico Terhadap Protein 4M48-Dopamine Transporter." Jurnal Farmasi & Sains Indonesia 6, no. 2 (January 11, 2024): 149–54. http://dx.doi.org/10.52216/jfsi.vol6no2p149-154.
Повний текст джерелаАнотація:
Tanaman bajakah (Spatholobus suberectus) telah banyak digunakan oleh masyarakat suku dayak di Kalimantan dengan berbagai khasiat yang dipercaya dan telah pula diteliti untuk berbagai uji kandungan senyawa fitokimia dan uji farmakologis. Senyawa metabolit sekunder dari bajakah (Spatholobus suberectus) sangat berpotensi salah satunya sebagai senyawa psikostimulan. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk menyelidiki aktivitas psikostimulan tanaman bajakah (Spatholobus suberectus) melalui analisis interaksi antara senyawa metabolit sekunder bajakah dan reseptor 4M48-Dopamine Transporter (PDB : 4M48), yang merupakan salah satu protein transporter dopamin. Interaksi ligan dan reseptor dianalisis menggunakan metode molecular docking dengan aplikasi Autodock Vina 4 dengan senyawa nortriptyline sebagai native ligand dan 15 senyawa metabolit sekunder untuk pengujian. Hasil analisis docking menunjukkan bahwa ligan standar senyawa nortriptyline memiliki nilai afinitas sebesar -10.2 kkal/mol. Terdapat 3 senyawa dari bajakah yang memiliki nilai afinitas yang mendekati standar senyawa plathymenin, butein dan eriodictyol dengan nilai afinitas berturut-turut sebesar -9.7 kkal/mol, -9.4 kkal/mol dan -9.2 kkal/mol. Berdasarkan analisis yang dilakukan maka dapat ditarik kesimpulan bahwa tanaman bajakah (Spatholobus suberectus) memiliki potensi untuk dikembangkan sebagai terapi psikostimulan.
33
Sriatun, Sriatun, Oktaffi Arina Manasikana, and Adi Darmawan. "Modifikasi Zeolit Alam dengan Ligan EDTA untuk Adsorpsi Ion Logam Pb2+ dan Cd2+." Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi 11, no. 2 (August 1, 2008): 43–47. http://dx.doi.org/10.14710/jksa.11.2.43-47.
Повний текст джерелаАнотація:
Zeolit merupakan aluminosilikat dengan struktur kerangka tiga dimensi, memiliki rongga serta saluran yang saling berhubungan menyebabkan bagian permukaannya menjadi sangat luas. Luas permukaan dan pori zeolit sering dimanfaatkan untuk mengadsorp adsorbat. Dalam efektifitasnya sebagai adsorben, situs asam dan permukaan zeolit alam dapat dimodifikasi dengan ligan EDTA (etilendiamintetraasetat/ ethylenediaminetetraacetic acid). Dengan ligan EDTA diharapkan zeolit menjadi lebih selektif dalam mengadsopsi ion logam Pb2+. Pada penelitian ini zeolit alam (ZA) dimodifikasi dengan ligan EDTA pada variasi konsentrasi yaitu 0,20 M, 0,15 M, 0,10 M dan 0,05 M. Selanjutnya digunakan untuk mengadsorpsi ion logam Pb2+ dan Cd2+ dengan variasi: (i) ukuran partikel ZA 212 pm, 125 pm, dan 90 pm, (ii) rasio adsorbat/adsorben pada 20 mL/g, 30 mL/g, 40 mL/g dan 50 mL/g. Pada penelitian ini juga dilakukan perbandingan kemampuan adsorpsi ZA-EDTA terhadap ion Pb2+ dan Cd2+ dengan kemampuan adsorpsi ZA terhadap kompleks Pb-EDTA dan Cd-EDTA. Hasil penelitian menunjukkan bahwa spektra FTIR ZA sebelum maupun sesudah modifikasi dengan ligan EDTA tidak menampakkan perbedaan yang signifikan. Namun demikian kemampuan ZA setelah modifikasi dengan ligan EDTA (ZA-EDTA) dalam mengadsorpsi logam lebih tinggi. Hasil uji adsorpsi terhadap ion Pb2+ dan Cd2+ menunjukkan bahwa adsorpsi tertinggi oleh ZA-EDTA dengan ukuran partikel ZA 212 pm, sedangkan rasio adsorbat/adsorben terbaik untuk ion Pb2+ adalah 30 mL/g dan untuk ion Cd2+ adalah 20 mL/g. Dari perbandingan yang telah dilakukan juga diketahui bahwa adsorpsi yang dilakukan oleh ZA-EDTA terhadap ion Pb2+ dan Cd2+ lebih baik daripada adsorpsi ZA terhadap kompleks Pb-EDTA dan Cd-EDTA.
34
Aziz, Dyah Fauziyah, Suhartana Suhartana, and Sriyanti Sriyanti. "Aplikasi Ligan NH3 dan Fenantrolin pada Pembentukan Kompleks Kobalt sebagai Atom Pusat: Alternatif Dekonsentrasi Kobalt dalam Air Limbah." Greensphere: Journal of Environmental Chemistry 1, no. 2 (December 12, 2021): 56–61. http://dx.doi.org/10.14710/gjec.2021.12878.
Повний текст джерелаАнотація:
Senyawa kompleks telah banyak diaplikasikan dalam berbagai bidang kehidupan. Senyawa kompleks merupakan senyawa yang terbentuk dari ion logam yang berikatan dengan satu atau lebih ligan. Pada penelitian ini dilakukan penentuan pH optimum pada masing-masing senyawa kompleks. Hasil penelitian ini menunjukkan pH optimum senyawa kompleks tris(1,10-fenantrolin)kobalt(II) pada pH 3 dan dihasilkan padatan berwarna merah muda sebanyak 0,6 gram. Ikatan antara atom pusat Co dengan ligan 1,10-fenantrolin (Co-N) pada bilangan gelombang 316,33 cm-1 dengan serapan maksimum di panjang gelombang 225 nm. Senyawa kompleks tetraamindiklorokobalt(III) menunjukkan pH optimum pada pH 6 dan dihasilkan padatan berwarna hijau sebanyak 0,98 gram. Ikatan atom pusat Co dengan ligan NH3 (Co-N) pada bilangan gelombang 354,90 cm-1 dengan serapan pada panjang gelombang maksimum 226 nm.
35
Sari, Bulan Rosita, Winni Nur Auli, Vita Julia Saputri, Okta Dinata Saputri, Alika Putriyana Boru Tumanggor, Dhea Anggun Ferlinda, Fira Anggraini, and Fatonah Fatonah. "Studi In Silico Potensi Antikanker Leukemia Limfositik Senyawa Alkaloid Indol terhadap Protein BCL-2." Jurnal Sains dan Kesehatan 5, no. 5 (October 30, 2023): 801–9. http://dx.doi.org/10.25026/jsk.v5i5.1880.
Повний текст джерелаАнотація:
BCL-2 is an anti-apoptotic protein that can inhibit cell death, prolong cell survival time, and turn cells into malignant ones, which is one of the pathways targeted in the development of leukemia therapy by binding and inactivating the BH3 domain pro-apoptotic protein. Indole alkaloids have pharmacological activities and contribute to the development of new drug leads. This study aims to analyze the potential of insilico alkaloids against Bcl-2 in silico. The docking process initiated from preparing the ligand taken from the Pubchem website. The three-dimensional macromolecular structure of the protein used was BCL-2 retrieved from the RCSB Protein Data Bank (www.rcsb.org) with PDB ID number 6O0K. The validation and docking process was carried out using the AutodockTools software program from MGLTools 1.5.6. Chemical bond interaction analysis was carried out using BIOVIA Discovery Studio 2021 Client. The binding energy results from validating the native ligand venetoclax as existing drug is -14.46 kcal/mol. The results obtained from the three ligands, namely aspidodasycarpine, tetrahydroalstonine, and kopsamine have binding energies of -6.76, -7.92, -7.57 kcal/mol respectively. When compared with tetrahydroalstonine which has the smallest value among the three other ligands, it can be concluded that venetoclax is still smaller so that it becomes more potent than tetrahydroalstonine. Keywords: Indole alkaloids, Cancer, Bcl-2, Docking Abstrak BCL-2 adalah protein anti-apoptosis yang dapat menghambat kematian sel, memperpanjang waktu hidup sel, dan mengubah sel menjadi ganas, yang merupakan salah satu jalur yang ditargetkan dalam perkembangan terapi penyakit leukemia dengan mengikat serta menonaktifkan protein pro-apoptosis domain BH3. Alkaloid indol memiliki aktivitas farmakologi dan berkontribusi untuk pengembangan lead obat baru, dimana salah satu senyawa yang paling aktif memiliki berbagai aktivitas farmakologi, yaitu antikanker. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis potensi alkaloid indol terhadap Bcl-2 in silico. Proses docking dimulai dari penyiapan ligan yang diambil dari situs web Pubchem. Struktur makromolekul tiga dimensi protein yang digunakan dalam studi docking ini adalah BCL-2 yang diunduh dari RCSB Protein Data Bank (www.rcsb.org) dengan nomor ID PDB 6O0K. Proses validasi dan docking dilakukan menggunakan perangkat lunak program AutodockTools dari MGLTools 1.5.6. Analisis interaksi ikatan kimia dilakukan menggunakan BIOVIA Discovery Studio 2021 Client. Hasil energi ikatan dari validasi ligan bawaan venetoclax sebagai obat yang telah dikembangkan yaitu -14.46 kkal/mol. Diperoleh hasil dari analisis data energi ikatan dari tiga ligan, yaitu aspidodasycarpine, tetrahydroalstonine, dan kopsamine berurutan sebesar -6,76, -7,92, -7,57 kkal/mol. Apabila dibandingkan dengan tetrahydroalstonine yang memiliki nilai paling kecil diantara ketiga ligan lain maka dapat disimpulkan bahwa venetoclax masih lebih kecil sehingga menjadi lebih poten dibandingkan dengan tetrahydroalstonine. Kata Kunci: Alkaloid indol, Kanker, BCL-2, Docking
36
Maslahat, Mamay, and Agung Abadi Kiswandono. "STUDI TRANSPOR SENYAWA FENOL MENGGUNAKAN MEMBRAN CAIR POLIEUGENOL DENGAN PELARUT DIKLOROMETANA." Jurnal Sains Natural 1, no. 2 (November 25, 2017): 145. http://dx.doi.org/10.31938/jsn.v1i2.24.
Повний текст джерелаАнотація:
Study on Phenol Compound Transport using Polieugenol Liquid Membrane with Dichloromrthane Solven Phenol is a component in waste water that is very dangerous, because it is toxic, corosif on skins and carcinogenics. It can be separated by using liquid membranes. Membrane can be a very specific filter. Liquid membrans transport technique used three phase. The phase are donor phase that contain substance to be separated, membrane phase that contains ligan in the organic solvents, and aceptore phase that contain base as release agent of ligans complex. Polyeugenol have a condition as a ligan that is capable as selective chelate agent for phenol coumpounds. In this research, polieugenol were used with dichloromethane solvents as a membrane for separating and transporting phenol separated, NaOH as release phase with variating pHs, concentrations of release phase, transport time and membrane concentrations. The result showed that liquid membrane of polieugenol in dichloromethane solvent can transport phenol at source phase pH 6.5, at optimum released concentration was 0.75 M, optimum transport times was 72 hours, and optimum membran concentrations was 1,5×10-3 with % transport was 65.2%.Keywords : Liquid membrane, polyeugenol, dichlorometane, phenol ABSTRAK Fenol merupakan salah satu komponen dalam air limbah yang sangat berbahaya, karena beracun dan bersifat korosif terhadap kulit serta karsinogenik. Fenol dapat dipisahkan dengan menggunakan membran cair. Membran dapat bertindak sebagai filter yang sangat spesifik. Teknik transpor membran cair melibatkan tiga fasa yaitu fasa donor, mengandung bahan yang akan dipisahkan, fasa membran berisi ligan dalam pelarut organik dan fasa akseptor yang berisi basa sebagai agen pelepas dari kompleks ligan.Polieugenol mempunyai syarat sebagai ligan sehingga mampu berfungsi sebagai agen pengkhelat yang selektif untuk senyawa fenol. Pada penelitian ini digunakan polieugenol dengan pelarut diklorometana sebagai membran untuk pemisahan dan transpor senyawa fenol, dan NaOH sebagai fasa pelucut dengan memvariasikan pH, konsentrasi fasa pelucut, waktu transpor dan konsentrasi membran. Hasil penelitian menunjukan bahwa membran cair polieugenol dalam pelarut diklorometana dapat mentranspor fenol pada pH fasa sumber optimum 6,5, pada konsentrasi pelucut optimum 0,75 M, waktu transpor optimum 72 jam, dan pada konsentrasi membran optimum 1,5×10-3 dengan % transpor 65,2%.Kata kunci : membran cair, polieugenol, diklorometana, fenol
37
Hanif, Atika Umi, Prima Agusti Lukis, and Arif Fadlan. "Pengaruh Minimisasi Energi MMFF94 dengan MarvinSketch dan Open Babel PyRx pada Penambatan Molekular Turunan Oksindola Tersubstitusi." ALCHEMY 8, no. 2 (October 30, 2020): 33–40. http://dx.doi.org/10.18860/al.v8i2.10481.
Повний текст джерелаАнотація:
In silico technique is widely used for drug discovery because it can predict the conformation of ligands in protein macromolecules and it can calculate the binding affinity. The energy minimization is carried out to make the ligand more stable near the initial state during molecular docking process. The Merck Molecular Force Field (MMFF94) is one type of energy minimization process often used in organic compounds. The molecular docking of substituted oxindole derivatives on indoleamine macromolecules 2,3-dioxygenase (IDO-1, PDB: 2D0T) by MMFF94 minimization operated by MarvinSketch and Open Babel in PyRx showed different results. The binding affinity energy obtained was also quite different, but the ligands have the same conformation and bind the same residue with slightly different bond distances. Keywords: Molecular docking, energy minimization, substituted oxindole, Merck Molecular Force Field 94 Teknik in silico banyak digunakan untuk penemuan senyawa obat karena dapat memprediksi konformasi suatu ligan dalam makromolekul protein dan mampu menghitung nilai afinitas ikatan. Proses minimisasi energi dilakukan untuk menjadikan ligan lebih stabil mendekati keadaan awal selama penambatan molekular berlangsung. Merck Molecular Force Field (MMFF94) adalah salah satu jenis persamaan minimisasi energi yang sering digunakan pada senyawa organik. Hasil pengujian pengaruh minimisasi energi dengan MMFF94 menggunakan program MarvinSketch dan Open Babel dalam PyRx pada turunan oksindola tersubstitusi alkil terhadap makromolekul 2,3-dioxygenase indoleamine (IDO-1, PDB: 2D0T) menunjukkan hasil dengan nilai yang berbeda. Energi afinitas ikatan yang didapatkan juga cukup berbeda, namun ligan memiliki konformasi yang sama dan mengikat residu yang sama dengan jarak ikatan yang sedikit berbeda. Kata kunci: Penambatan molekular, minimisasi energi, oksindola tersubstitusi, Merck Molecular Force Field 94
38
Mulyati, Budi. "Simulasi Penambatan Isoflavon pada Reseptor Estrogen β sebagai Pengobatan Kanker Payudara Secara In Silico". Jurnal Informatika, Teknologi dan Sains 1, № 1 (10 червня 2022): 26–34. http://dx.doi.org/10.56244/formateks.v1i1.485.
Повний текст джерелаАнотація:
Reseptor estrogen-β (ER- β) merupakan faktor penting dalam penghambatan daninvasi terhadap sel kanker payudara. Reseptor estrogen-β yang terkompleks dengan genisteinseringkali dijadikan model target terhadap aksi obat. Kedelai mengandung isoflavon, salahsatu bahan pangan yang terbuat dari kedelai adalah tempe. Pada tempe terdapat empat jenisisoflavon yaitu daidzein, glisitein, genistein dan faktor II (6,7,4- trihidroksi isoflavon). Tujuandari penelitian ini adalah menentukan urutan ligan yang berinteraksi lebih kuat terhadap RE αserta menentukan gugus fungsi yang berperan aktif dan jenis interaksi yang terjadi antara ligandan reseptor. Penelitian diawali dengan optimasi struktur RE β (PDB kode 1QKM), kemudiandisimulasikan docking dengan ligan menggunakan autodock Vina, dan ditentukan energiafinitasnya. Ligan yang digunakan pada penelitian ini adalah faktor II, daidzein, genistein,glisitein dengan estrogen sebagai pembanding. Hasil penelitian ini menunjukkan energi afinitasRE β berturut-turut adalah -6,7 kkal/mol; -6,5kkal/mol; -6,3 kkal/mol dan -3,2 kkal/mol.
39
Ferdian, Pamungkas Rizki, Rizki Rabeca Elfirta, Azra Zahrah Nadhirah Ikhwani, Kasirah Kasirah, Haerul Haerul, Dodi Sutardi, and Gunawan Ruhiat. "Studi In Silico Senyawa Fenolik Madu sebagai Kandidat Inhibitor Mpro SARS-CoV-2." Media Penelitian dan Pengembangan Kesehatan 31, no. 3 (December 13, 2021): 213–32. http://dx.doi.org/10.22435/mpk.v31i3.4920.
Повний текст джерелаАнотація:
SARS-CoV-2 has caused a global COVID-19 pandemic since late 2019 and the reported cases have not ended until now. One way to overcome the Covid-19 pandemic is to find the main viral protease inhibitor (Mpro) SARS-CoV-2 which is a key enzyme of virus replication. Honey is a bee-derived product that contains various phenolic compounds and has antiviral activity. This study aimed to find candidate Mpro SARS-CoV-2 inhibitors from honey phenolic compounds using molecular docking simulations in a directed manner. A total of 27 test ligands (from honey’s phenolic compounds), 4 comparison ligands (from synthetic antiviral compounds), and reference ligands (N3 compound) were screened for their character as drug compounds by Lipinski’s rules and for their toxicity by admetSAR. All ligands were docked to the Mpro SARS-CoV-2 receptor code 7BQY using AutoDock Tools 1.5.6 and Autodock Vina with center of coordinates: X = 10,398; Y = -1,254; Z = 23.473 and grid size: X = 40; Y = 46; Z = 40. Molecular docking simulation produces affinity energy and molecular interactions data. The results showed that the best candidate for Mpro SARS-CoV-2 inhibitor from honey’s phenolic compounds was genistein because it complied with all Lipinski rules, was non-toxigenic, not a carcinogen, had an affinity energy of -7.6 kCal/mol, 80% similarity to the reference ligand N3, and occupies 63,64% of the tethercoverage area. The results of this study are expected to be used in further research, both in vitro and in vivo.
Abstrak
SARS-CoV-2 menyebabkan pandemi COVID-19 secara global sejak akhir 2019 dan kasusnya dilaporkan belum berakhir sampai saat ini. Salah satu cara untuk mengatasi pandemi COVID-19 diantaranya dengan menemukan inhibitor main viral protease (Mpro) SARS-CoV-2 yang merupakan enzim kunci pada replikasi virus. Madu merupakan produk turunan lebah yang mengandung berbagai senyawa fenolik dan memiliki aktivitas antivirus. Penelitian ini bertujuan untuk menemukan kandidat inhibitor Mpro SARS-CoV-2 dari senyawa fenolik madu menggunakan simulasi penambatan molekuler secara terarah. Sebanyak 27 ligan uji (dari senyawa fenolik madu), 4 ligan pembanding (dari senyawa antiviral sintetik), dan ligan acuan (senyawa N3) diskrining karakternya sebagai senyawa obat dengan aturan Lipinski dan toksisitasnya dengan admetSAR. Semua ligan ditambatkan ke reseptor Mpro SARS-CoV-2 kode 7BQY menggunakan AutoDock Tools 1.5.6 dan Autodock Vina dengan pusat koordinat: X= 10,398; Y= -1,254; Z= 23,473 dan ukuran kisi: X= 40; Y= 46; Z= 40. Simulasi penambatan molekuler menghasilkan data energi afinitas dan interaksi molekuler. Hasil penelitian menunjukkan kandidat inhibitor Mpro SARSCoV-2 terbaik dari senyawa fenolik madu adalah genistein karena memenuhi semua aturan Lipinski, tidak toksik, bukan karsinogen, memiliki energi afinitas -7,6 kKal/mol, kemiripan 80% dengan ligan acuan N3, dan menempati 63,64% area cakupan penambatan. Hasil penelitian ini diharapkan dapat digunakan dalam penelitian selanjutnya, baik secara in vitro maupun in vivo.
40
Deviana, Katerina Zielda, and Diniatik Diniatik. "Analisis Penambatan Molekuler dan Prediksi Toksisitas dan ADME Penghambat Enzim Dipeptidil Peptidase IV dari Senyawa Aktif Momordica charantia L. sebagai Antidiabetes." PHARMACY: Jurnal Farmasi Indonesia (Pharmaceutical Journal of Indonesia) 18, no. 2 (December 31, 2021): 361. http://dx.doi.org/10.30595/pharmacy.v18i2.8556.
Повний текст джерелаАнотація:
Angka kejadian penyakit diabetes melitus (DM) di Indonesia terus meningkat setiap tahunnya, khususnya diabetes melitus tipe II yang disebabkan oleh resistensi insulin pada sel-sel tubuh. Salah satu pengobatan diabetes tipe II yang saat ini sedang dikembangkan adalah inhibitor enzim dipeptidyl peptidase IV (DPP-IV). Banyak digunakan sebagai obat herbal, pare (Momordica charantia L.) mengandung senyawa yang bersifat antidiabetes, sehingga berpotensi sebagai inhibitor DPP-IV. Penelitian ini bertujuan untuk memprediksi potensi penghambatan dan beberapa prinsip aktif pare terhadap aktivitas enzim DPP-IV secara in silico melalui penambatan molekuler. Data tersebut diolah dengan metode doking molekuler menggunakan program PyRx-Vina didukung dengan program PyMOL dan PLIP untuk membuat profil visual ligan-protein, ligan alami PF2 digunakan sebagai ligan pembanding dengan 18 senyawa uji. Molekul dengan hasil doking terbaik akan diprediksi toksisitasnya menggunakan program Toxtree dan absorbsi, distribusi, metabolisme, dan eliminasi (ADME) menggunakan program SwissADME secara online. Hasil doking menunjukkan charantin dan oleanolic acid memiliki binding affinity (ΔG) terendah yaitu -9.8 Kkal/mol dan -8.9 Kkal/mol, sedangkan ligan alami -8.7 Kkal/mol. Hasil prediksi toksisitas menunjukkan bahwa hanya ada satu senyawa yang memiliki toksisitas rendah (oleanolic acid) serta semua senyawa tidak bersifat karsinogenik. Hasil ADME menunjukkan bahwa hanya ada satu senyawa yang memenuhi aturan Lipinski (epicatechin). Hasil penambatan molekuler dengan metode PyRx-Vina menunjukkan bahwa senyawa aktif dari tanaman pare secara in silico terbukti dapat menghambat DPP-IV.
41
Bare, Yohanes, Agustina Dua Kuki, Apriani Herni Rophi, Gabriella Candrakirana Krisnamurti, Margaretha Rika Wahyu Gabrella Lorenza, and Dewi Ratih Tirto Sari. "Prediksi Asam Kuinat Sebagai Anti-Inflamasi Terhadap COX-2 Secara Virtual." Biota : Jurnal Ilmiah Ilmu-Ilmu Hayati 4, no. 3 (November 8, 2019): 124. http://dx.doi.org/10.24002/biota.v4i3.2516.
Повний текст джерелаАнотація:
Inflamasi merupakan mekanisme pertahanan tubuh terhadap terhadap rangsangan berbahaya, seperti patogen, sel-sel yang rusak, senyawa beracun, atau iradiasi. Selama inflamasi dalam tubuh terdapat COX-2 mediator inflamasi yang peran meningkatkan inflamasi. Sistem imun anti-inflamasi yang mengalami mutasi menyebabkan inflmasi meningkat. Oleh karena itu untuk menurnkannya menggunakan bioaktif alam. Asam kuinat memiliki toksisitas yang sangat rendah dan tidak memberikan efek negatif terhadap organ tubuh manusia. Asam kuinat memiliki potensi yang besar sebagai kandidat obat tertinggi dalam terapi. Akan tetapi kurangnya kajiannya. Penelitian ini bertujuan unutk memprediksi potensi serta menganalisis asam kuinat sebagai agen inflamasi dengan cara menghambat COX-2. Metode yang digunakan terdiri atas pengunduhan protein COX-2 dari protein data bank (PDB) dan asam kuinat diperoleh dari database PubChem, persiapan protein (COX-2) dan ligan (asam Kuinat) dengan program PyRx, analisis interaksi protein dan ligan menggunakan program Hex 8.0.0 dan Discovery Studio client 4. Interaksi antara protein dan ligan menunjukan hasil positif dengan ditemukan 2 domain protein yang berikatan dengan asam kuinat. Protein domain A (GLU140, ASN144, SER143, dan TRP139) dan protein domain B (GLU236, THR237, LYS333, GLN241, GLN330, PHE329, dan LEU238). Ikatan yang terbentuk ada ikatan hidrogen dengan energi sebesar -198.95cal/mol. Asam kuinat diprediksi memiliki potensi sebagai terapi anti-inflamasi, hal ini ditunjukan karena ada ikatan yang terbentuk antara ligan dan 11 residu asam amino.
42
Mulyati, Budi. "Tempe sebagai Pengganti Hormon Estrogen pada Reseptor Estrogen α Dengan Metode Autodock Vina". CHEESA: Chemical Engineering Research Articles 1, № 1 (26 червня 2018): 7. http://dx.doi.org/10.25273/cheesa.v1i1.2457.
Повний текст джерелаАнотація:
<p>Reseptor Estrogen (RE) α akan berinteraksi dengan estrogen dalam tubuh manusia. Bila kadar Estrogen berkurang akan menyebabkan menopause. Isoflavon merupakan fitoestrogen yang dapat terikat pada kedua jenis estrogen reseptor.Tempe merupakan makanan yang mengandung isoflavon yaitu faktor II (6,7,4-trihidroksi isoflavon). Isoflavon bermanfaat antara lain untuk mencegah penyakit tulang, menurunkan kolesterol jahat, dan mencegah kanker. RE α merupakan target penting dalam dunia pengobatan untuk mencari hormon pengganti pada wanita menopause dan obat kemoterapi melawan kanker. Tujuan dari penelitian ini adalah menentukan urutan ligan yang berinteraksi lebih kuat terhadap RE α serta menentukan gugus fungsi yang berperan aktif dan jenis interaksi yang terjadi antara ligan dan reseptor. Penelitian diawali dengan optimasi struktur RE α (PDB kode <em>2OUZ</em><em>)</em>, kemudian disimulasikan <em>d</em><em>o</em><em>cking</em> dengan ligan menggunakan <em>autodock Vina, </em>dan ditentukan energi afinitasnya<em>.</em> Ligan yang digunakan pada penelitian ini adalah faktor II, daidzein, genistein, glisitein dan biochanin A dengan estrogen sebagai pembanding. Hasil penelitian ini menunjukkan energi afinitas RE α berturut-turut adalah -6,3 kkal/mol; -6,2 kkal/mol; -6,1 kkal/mol; -5,9 kkal/mol; dan -5,7 kkal/mol.</p>
43
Kurnia Sari, Erna, Choiril Azmiyawati та Taslimah Taslimah. "Modifikasi Silika Gel dari Abu Sekam Padi dengan γ-Glycidoxyopropyltrimethoxysilane dan Mercaptobenzothiazole untuk Adsorpsi Logam Kadmium(II)". Jurnal Kimia Sains dan Aplikasi 13, № 3 (1 грудня 2010): 71–75. http://dx.doi.org/10.14710/jksa.13.3.71-75.
Повний текст джерелаАнотація:
Telah dilakukan modifikasi permukaan silika gel yang disintesis dari abu sekam padi menggunakan Mercaptobenzothiazole (MBT) dengan agen penghubung γ-glycidoxypropyltrimethoxysilane (γ-GPTMS) untuk mengadsorpsi Cd2+ dalam medium air. Sintesis silika gel termodifikasi Mercaptobenzothiazole dilakukan melalui pembuatan natrium silikat, pembentukan silika gel, pengikatan gugus epoksi dan MBT pada silika gel, dan adsorbsi silika gel pada logam Cd2+. Modifikasi silika gel dilakukan dengan tiga variasi urutan penambahan reagen pada kisaran pH campuran 5,5-5,8. Variasi pertama, silika gel ditambahkan ligan MBT yang telah direaksikan dengan γ-GPTMS, variasi kedua silika gel ditambahkan dengan ligan MBT yang telah bereaksi dengan γ-GPTMS dan variasi ketiga dilakukan dengan pencampuran simultan larutan natrium silikat dengan HCl 6M dan ligan MBT yang telah diikatkan dengan γ-GPTMS. Hasil penelitian menunjukan bahwa modifikasi permukaan silika gel yang disintesis dari abu sekam padi menggunakan Mercaptobenzothiazole dengan agen penghubung γ-glycidoxypropyltrimethoxysilane dapat dilakukan. Diperoleh pula bahwa adsorben kedua memiliki kemampuan adsorpsi terhadap Cd2+ yang lebih besar daripada adsorben pertama dan ketiga, yaitu 0,108 mmol/gram.
44
Amanah, Daini, Morani Fauziyah, Nindya Rahmasari Putri, Hasri Kurnia Afajar, Azkiya Fikriyyah, and Rosario Trijuliamos Manalu. "Penghambatan Aktivitas Enzim Aldosa Reduktase dari Senyawa Aktif Daun Tanaman Kelor (Moringa Oleifera L.): Studi In-Silico." Jurnal Farmasi Higea 14, no. 2 (December 31, 2022): 183. http://dx.doi.org/10.52689/higea.v14i2.454.
Повний текст джерелаАнотація:
Di Indonesia, terdapat berbagai macam tumbuhan yang dapat digunakan sebagai obat tradisional, salah satunya yaitu daun tanaman kelor (Moringa oleifera L.) yang berpotensi sebagai antidiabetes. Proses penemuan obat memerlukan tahapan yang banyak dan waktu yang lama. Salah satu cara dalam mempercepat proses penemuan kandidat obat baru adalah dengan pendekatan secara komputasi secara docking molekular. Bahan yang digunakan dalam penelitian adalah protein 2HV5 pada enzim aldosa reduktase, ligan ZST, dan senyawa aktif pada daun kelor yaitu marumoside A, quercertin, asam ferulat, kaempferol dan asam galat. Berdasarkan validasi metode docking molekuler, diperoleh nilai RMSD 0,8704 Amstrong, dengan hasil best score docking dari masing-masing ligan adalah sebagai berikut: ZST (-126,7120); Pioglitazine (-120,4064); Sitagliptin (-120,056); Marumoside A (-93,78563); Quercertin (-80,9221); Asam Ferulat (-80,2762); Kaempferol (-80,09625); dan Asam Galat (-72,6102), dimana semua ligan memenuhi aturan Lipinski. Dapat disimpulkan bahwa kelima senyawa aktif daun kelor tersebut kurang potensial jika dibandingkan dengan obat pioglitazine dan sitagliptin serta perlu dilanjutkan uji aktivitas in vitro di laboratorium.
45
Elfita, Lina, Anjas Apriadi, Supandi Supandi та Shanifa Dianmurdedi. "Studi Penambatan Molekuler dan Simulasi Dinamika Molekuler Senyawa Turunan Furanokumarin terhadap Reseptor Estrogen Alfa (ER-α) Sebagai Anti Kanker Payudara". Jurnal Sains Farmasi & Klinis 9, № 3 (27 січня 2023): 255. http://dx.doi.org/10.25077/jsfk.9.3.255-264.2022.
Повний текст джерелаАнотація:
Kanker payudara menjadi salah satu jenis kanker dengan penderita terbanyak baik di dunia maupun di Indonesia, Reseptor Estrogen Alfa (ER-α) menjadi target utama karena dapat mengatur transkripsi gen dan jalur persinyalan interseluler. Penelitian ini bertujuan untuk menganalisis afinitas dan kestabilan ikatan kompleks ligan senyawa turunan furanokumarin dengan reseptor estrogen alfa. Metode yang digunakan secara in silico atau komputasi yaitu penambatan molekuler menggunakan software AutoDock dan simulasi dinamika molekuler menggunakan software Gromacs. Hasil penambatan molekuler senyawa Bergamottin sebagai senyawa uji paling baik dengan nilai ∆G = -8,98 kkal/mol. Sedangkan ligan pembanding 4-Hydroxytamoxifen dengan nilai ∆G = -11,34 kkal/mol. Hal tersebut menunjukkan bahwa afinitas 4-Hydroxytamoxifen masih lebih baik daripada Bergamottin. Kestabilan ikatan ligan-reseptor dikonfirmasi dengan simulasi dinamika molekuler menunjukkan 4-Hydroxytamoxifen lebih stabil berikatan dengan ER-α berdasarkan parameter Root Mean Square Deviation (RMSD), Root Mean Square Fluctuation (RMSF), Radius of Gyration dan ikatan hidrogen. 4-Hydroxytamoxifen memiliki afinitas dan kestabilannya lebih baik dalam berikatan dengan reseptor estrogen alfa (ER-α)
46
Tumilaar, Sefren Geiner, Jainer Pasca Siampa, and Trina Ekawati Tallei. "Penambatan Molekuler Senyawa Bioaktif dari Ekstrak Etanol Daun Pangi (Pangium edule) Terhadap Reseptor Protease HIV-1." JURNAL ILMIAH SAINS 21, no. 1 (January 31, 2021): 6. http://dx.doi.org/10.35799/jis.21.1.2021.30282.
Повний текст джерелаАнотація:
ABSTRAKHuman Immunodeficiency Virus (HIV) merupakan virus yang menyerang sistem kekebalan tubuh, dan pada akhirnya dapat menyebabkan Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS). Daun Pangi (Pangium edule) yang sering digunakan sebagai sayuran oleh masyarakat di Sulawesi Utara, telah diteliti memiliki efek penghambatan pada enzim protease HIV-1. Penelitian ini bertujuan untuk mengevaluasi potensi senyawa bioaktif yang terkandung dalam daun Pangi dalam menghambat protease HIV-1 secara in silico. Senyawa ini diekstraksi menggunakan etanol dan ditentukan menggunakan Gas Chromatography-Mass Spectrometer (GC-MS). Penambatan molekul dilakukan menggunakan program Autodock Vina dengan menambatkan senyawa yang telah ditentukan pada situs aktif reseptor protease HIV-1 (PDB ID: 3NU3). Hasil GC-MS dari ekstrak etanol daun Pangi menunjukkan 12 komponen senyawa. Senyawa-senyawa ini digunakan sebagai ligan untuk ditambatkan pada protease HIV-1. Hasil penambatan senyawa-senyawa tersebut dibandingkan dengan hasil penambatan amprenavir yang digunakan sebagai ligan kontrol. Studi penambatan molekuler menunjukkan bahwa Phytol merupakan ligan dengan nilai afinitas pengikatan terendah (-8,8 kkal / mol).Kata kunci: Pangi; penambatan molekuler; protease HIV-1Molecular Docking of Bioactive Compounds from Pangi (Pangium edule) Leaves Ethanol Extract Against HIV-1 Protease ABSTRACTHuman Immunodeficiency Virus (HIV) is a virus that attacks the immune system and can eventually cause Acquired Immune Deficiency Syndrome (AIDS). The leaf of Pangi (Pangium edule), which is often used as a vegetable by people in North Sulawesi, has been investigated to have an inhibitory effect on the HIV-1 protease enzyme. This study aimed to evaluate the potential of bioactive compounds contained in Pangi leaves in inhibiting HIV-1 protease by using in silico analysis. These compounds were extracted using ethanol and determined using a Gas Chromatography-Mass Spectrometer (GC-MS). The evaluation was carried out using the Autodock Vina program by docking the determined compounds on the active site of the HIV-1 protease receptor (PDB ID: 3NU3). There were 12 compounds detected in the ethanol extract of Pangi leaves, which were then used as ligands, and the results were compared with amprenavir as a control ligand. Molecular docking study showed that Phytol was the ligand with the lowest binding affinity value ( -8.8 kcal/mol).Keywords: Pangi; molecular docking; HIV-1 protease
47
Muldiani, Ratu Fenny, та Sri Widarti. "PENGUJIAN PS-DAP SEBAGAI PENGONTROL ADSORPSI α-AMILASE PADA FASA DIAM PS–DAP–βCD DI BAWAH PENGARUH ION Ca2+ DAN Cu2+". Sigma-Mu 9, № 1 (1 березня 2017): 1–8. http://dx.doi.org/10.35313/sigmamu.v9i1.964.
Повний текст джерелаАнотація:
α-Amilase adalah salah satu bioproduk yang sudah digunakan secara luas dalam industri seperti industri gula, alkohol/bio-etanol, farmasi, deterjen, kertas, tekstil, dan bidang bioteknologi. Enzim ini mengambil 25-30% pasar dunia dalam industri enzim. Agar dapat dimanfaatkan, α-amilase harus dimurnikan dari campurannya terlebih dahulu. Karena masih kompleknya sistem pemisahan dan pemurniaannya, harga α-amilase dalam keadaan relatif murni masih mahal. Salah satu metode yang selektif dengan rangkaian pemisahan dan pemurnian yang lebih pendek adalah kromatografi afinitas. Metode kromatografi afinitas didasarkan interaksi secara spesifik dan reversibel antara ligan pada fasa diam di dalam kolom dengan α-amilase. Fasa diam dalam kromatografi afinitas berbasis cyclodextrin terdiri atas tiga komponen utama, yaitu padatan pendukung (Polistiren/PS), lengan penghubung (Diaminopropana/DAP) dan ligan (β-Siklodextrin/βCD). Selain interaksi secara spesifik, α-amilase pada ligan saat proses pemurnian dimungkinkan terjadi retensi α-amilase pada padatan pendukung dan lengan penghubungnya. Di sisi lain, ion Ca2+ dan Cu2+diketahui dapat menstimulasi interaksi α-amilase dengan substrat. Selain dapat menstimulasi interaksi antara α-amilase dengan inhibitornya βCD pada permukaan PS–DAP–βCD di dalam kolom, ion-ion ini diperkirakan juga dapat memengaruhi interaksi α-amilase dengan padatan pendukung dan lengan penghubung (PS-DAP). Penelitian ini bertujuan untuk menguji adsorpsi isotermal α-amilase pada permukaan fasa diam tanpa ligan, PS−DAP di bawah pengaruh ion Ca2+ dan Cu2+. Hasil pengujian digunakan sebagai pengontrol adsorpsi α-amilase pada fasa diam PS–DAP–βCD. α-amilase dialirkan dengan kecepatan konstan pada berbagai volume umpan pada konsentrasi tertentu dengan penambahan ion logam Ca2+ dan Cu2+ 1, 5, dan 9 mM mengikuti model adsorpsi Langmuir. Dari data adsorpsi isotermal, ditunjukkan bahwa penambahan konsentrasi ion Ca2+ dan Cu2+ pada volume umpan mampu mengurangi retensi α-amylase pada permukaan PS–DAP. Menurunnya tingkat retensi α-amilase pada permukaan PS-DAP memungkinkan terjadinya peningkatan jumlah α-amilase yang teradsorpsi oleh ligan. Selain mengurangi retensi , Ca2+ dan Cu2+ juga secara umum menurunkan selektibilitas dan adsorpsi maksimum α-amilase pada permukaan PS-DAPphysic
48
Bare, Yohanes, Andri Maulidi, Dewi Ratih Tirto Sari, and Sri Sulystyaningsih Natalia Daeng Tiring. "Studi in Silico Prediksi Potensi 6-Gingerol sebagai inhibitor c-Jun N-terminal kinases (JNK)." Jurnal Jejaring Matematika dan Sains 1, no. 2 (December 31, 2019): 59–63. http://dx.doi.org/10.36873/jjms.v1i2.211.
Повний текст джерелаАнотація:
Revolusi industri 4.0 mendorong pendidikan harus sesuai perkembangan teknologi. Penggunaan in silico merupakan metode dalam bidang biologi yang menggunakan komputer dan internet dalam kajiannya. Penyembuhan penyakit diabetes melitus tipe 2 (DMT2) menjadi perhatian dalam kajian in silico. Senyawa 6-gingerol dari jahe diinteraksikan dengan protein JNK. Tujuan dari penelitian dari penelitian ini untuk menganalsisi potensi 6-gingerol sebagai inhibitor JNK. Penelitian ini menggunakan metode in silico. Protein JNK (ID: 464Y) diperoleh dari Protein Data Bank (PDB) sedangkan ligan 6-gingerol (CID: 44559528) diperoleh dari database PubChem. Ligan dan protein diinteraksikan menggunakan HEX 8.0.0, visualisasi dan analisis data menggunakan Discovery studi client 4.1. Analisis yang dikaji adalah jumalah residu asam amino yang berinteraksi dengan JNK, ikatan hidrogen, dan energi yang dibentuk. Interaksi 6-gingerol dan JNK terdapat dua residu Arg107 dengan ikatan hidropobik dan Ser217 dengan ikatan hydrogen. Gaya van der Waals yang terbentuk pada residu asam amino ALA74, GLN75, ALA211, ALA214, LYS106, THR213, THR103, GLN1022, GLU384, dan HIS104. Energi yang terbentuk adalah -299.65cal/mol. Ligan 6-gingerol diprediksi memiliki potensi sebagai inhibitor JNK.
49
Yuliantini, Anne. "SKRININIG FITOKIMIA ASHITABA (Angelica keskei) TERHADAP ENOIL ACP REDUKTASE (inhA) Mycobacterium tuberculosis SEBAGAI SENYAWA POTENSIAL ANTI-TB." INDONESIA NATURAL RESEARCH PHARMACEUTICAL JOURNAL 7, no. 1 (August 6, 2022): 1–10. http://dx.doi.org/10.52447/inrpj.v7i1.5481.
Повний текст джерелаАнотація:
Tuberkulosis (TB) merupakan penyakit menular yang telah menginfeksi seperempat populasi dunia. Isoniazid adalah obat pilihan pertama untuk mengobati TB dengan mekanisme menghambat enoil ACP reductase (inhA) yang berperan penting dalam sintesis dinding sel M. tuberculosis. Akan tetapi, penggunaan isoniazid dalam jangka relatif panjang dapat menghasilkan efek hepatotoksik sehingga diperlukan pengembangan obat anti-TB yang baru. Ekstrak ashitaba dilaporkan memiliki aktivitas anti-TB. Oleh karena itu, penelitiaan ini dilakukan untuk menemukan senyawa aktif ashitaba yang bertanggung jawab terhadap aktivitas anti-TB secara in siliko terhadap reseptor inhA. Metode penambatan molekul menggunakan perangkat lunak Autodock tools 1.5.6. Hasil penambatan molekul menunjukkan dari 40 fitokimia ashitaba yang diuji, terdapat 8 senyawa yang memiliki nilai energi ikatan bebas dan konstanta inhibisi yang lebih baik dari ligan alami dan isoniazid aktif, yaitu memiliki nilai energi iakatan bebas dan konstanta inhibisi lebih kecil dari ligan alami dan isoniazid aktif. Senyawa prostratol F dan xantoangelol I merupakan 2 senyawa terbaik yang memiliki interaksi yang mirip dengan ligan alami dan potensial untuk dikembangkan menjadi obat anti-TB yang baru.
50
Normaidah, Normaidah, and Dian Nurmansyah. "Studi In Silico Senyawa Hylocereus polyrhizus dan Allium sativum terhadap Enzim HMG-CoA Reduktase." Jurnal Pharmascience 8, no. 2 (October 4, 2021): 40. http://dx.doi.org/10.20527/jps.v8i2.11639.
Повний текст джерелаАнотація:
Ekstrak buah naga merah (Hylocereus polyrhizus) dan ekstrak bawang putih (Allium sativum) diketahui mampu menurunkan kadar kolesterol total darah dalam studi in vivo. Penambatan molekul dapat dilakukan dalam memprediksi senyawa yang bertanggung jawab berdasarkan nilai docking. Tujuan dari penelitian ini adalah mengetahui zat aktif potensial dari H. polyrhizus dan A. sativum yang berperan penting dalam penurunan kadar kolesterol darah melalui jalur inhibisi enzim HMG-CoA reduktase dalam uji in silico. Reseptor yang digunakan adalah enzim HMG-CoA reduktase (PDB ID: 1HW9) dengan ligan natif simvastatin yang dipreparasi menggunakan YASARA. Struktur senyawa aktif sebanyak 19 senyawa dari buah H. polyrhizus 17 dari A. sativum digambar menggunakan MarvinSketch pada pH 7,4 dengan 10 bentuk konformasi. Proses penambatan molekul dilakukan menggunakan program PLANTS dan divisualisasi dengan Discovery Studio Visualizer. Ligan natif menunjukkan nilai RMSD sebesar 1,5265 Å dengan nilai docking -79,1320. Senyawa 4, dan 17 pada buah H. polyrhizus serta senyawa 36 pada A. sativum menunjukkan kedekatan relative dengan ligan natif lebih dari 95%. Senyawa ini diprediksi mampu menurunkan kadar kolesterol total darah dengan penghambatan enzim HMG-CoA reduktase secara penambatan molekul. Kata Kunci: Buah Naga Merah, Bawang Putih, Vitamin E, Antilipidemia, Kolesterol Total The red dragon fruit extract (Hylocereus polyrhizus) and garlic extract (Allium sativum) are able to decrease the total blood cholesterol levels in in vivo study. The molecular docking can predict the responsible compound based on the docking value. The purpose of this study is to determine the potential active substances of H. polyrhizus and A. sativum which play an important role in reducing blood cholesterol levels through the HMG-CoA reductase enzyme inhibition pathway in the in silico study. The receptor in this study was the enzyme HMG-CoA reductase (PDB ID: 1HW9) with the native ligand simvastatin and prepared using YASARA. The structure of the active compound (19 compounds from H. polyrhizus and 17 compouns from A. sativum) were drawn using MarvinSketch at pH 7.4 with 10 conformations. The molecular docking process was carried out using the PLANTS program and visualized with the Discovery Studio Visualizer. The native ligand showed RMSD value of 1.5265 Å with a docking value of -79.1320. The compounds 4 and 17 in H. polyrhizus fruit and compounds 36 in A. sativum showed relative closeness with native ligands of more than 95% of the docking score. Based on molecular docking, these compounds are to be able to decrease the total blood cholesterol levels by inhibiting the HMG-CoA reductase enzyme.