Добірка наукової літератури з теми "Levures (botanique) – Lutte contre"

Le Quartier Nord et le Botanique, deux quartiers populaires de Bruxelles, ont fait l’objet au cours des dix dernières années de projets de rénovation dont les conséquences sociales étaient l’expulsion de la population résidante. Des comités de lutte se sont donc constitués avec l’appui de travailleurs sociaux pour faire échec à ces projets. Dans le premier cas, il n’a pas été possible de contrer la transformation de l’espace urbain; par contre dans le second cas, et grâce en partie aux enseignements de la lutte au Quartier Nord, il n’a pas été possible aux promoteurs de réaliser leur projet. La Municipalité a appuyé les habitants et un projet de réhabilitation du quartier partiellement contrôlé par le Comité de lutte a remplacé les plans de rénovation-démolition initiaux. Des réflexions méthodologiques relatives à la mobilisation de la population concluent l’article.

Description du sujet. Cette étude traite de la végétation et des Diptères Syrphidae au sein de Surfaces de Promotion de la Biodiversité (SPB) de type « prairies extensives » en contexte agricole. Objectifs. L’objectif consiste à tester l’influence des facteurs « taille » et « qualité botanique » des SPB sur la syrphifaune qui s’y développe. Il s’agit également de rechercher les relations entre la végétation et les syrphes, ainsi que de mettre en avant le potentiel de lutte biologique de ces surfaces. Méthode. Douze SPB ont été sélectionnées, sur la base de leur taille (< 3 000 m2 vs > 9 000 m2) et de leur niveau de qualité botanique établi sur la base de la présence d'espèces végétales indicatrices. Des inventaires de végétation ont été réalisés dans chacune des SPB, l’échantillonnage des syrphes a été effectué par la pose de deux pièges à émergence et d’un piège Malaise par site. Résultats. Indépendamment de leur taille ou de leur niveau de qualité botanique, les SPB abritent et attirent une faune syrphidologique majoritairement aphidiphage au stade larvaire. Les fleurs de couleur jaune et blanche ainsi que celles produisant du nectar influencent la richesse et l'abondance en syrphes. Conclusions. Le potentiel des SPB à abriter et attirer des syrphes aphidiphages montre qu'elles sont en mesure d’offrir un service de lutte biologique contre les ravageurs des cultures adjacentes.

L’igname est beaucoup consommée dans le monde, principalement en Afrique de l’ouest. Cette consommation génère des épluchures qui sont très peu utilisées par les consommateurs, surtout en Côte d’Ivoire. De plus, les épluchures d’igname sont souvent abandonnées comme déchets ménagers, sans aucune perspective de valorisation. La présente étude a donc été réalisée pour offrir une voie de valorisation des épluchures d’igname. Cette étude a consisté à évaluer les activités antifongiques de 35 souches de levures isolées des épluchures fermentées des ignames des variétés « Kponan », « Krenglè » et « Bètè Bètè » consommées en Côte d’Ivoire. Pour ce faire, la méthode des disques de papier whatman sur des moisissures toxinogènes à savoir, Aspergillus niger, Aspergillus fumigatus, Aspergillus nidulans et Aspergillus flavus a été utilisée. Les résultats ont révélé que les 35 souches de levures inhibent la croissance des moisissures toxinogènes testées. Cependant, Aspergillus niger, Aspergillus nidulans et Aspergillus flavus ont été les plus sensibles à toutes les levures de chaque variété d’igname. Aspergillus fumigatus a quant à elle été résistante à la plupart des levures isolées. En somme ces levures pourraient jouer un rôle important dans la lutte biologique contre les moisissures toxinogènes dans les procédés industriels. English title: Evaluation of the antifungal activities of yeasts isolated from the fermented peelings of two varieties of Dioscorea cayenensis-rotundata: «Kponan», «Krenglè» and the «Bètè Bètè» variety (Dioscorea alata) Yam is widely consumed around the world, mainly in West Africa. This consumption generates peelings that are rarely used by consumers, especially in Côte d'Ivoire. Moreover, yam peelings are often abandoned as household waste, with no prospect of valorization. Then, the present study was therefore carried out to offer a way of valorization of yam peelings. This study consists on evaluation of the antifungal activities of 35 yeast strains isolated from the fermented peel of yams of the 'Kponan', 'Krenglè' and 'Bètè Bètè' varieties consumed in Côte d'Ivoire. To achieve this objective, the whatman paper disc method was used on the toxinogenic moulds Aspergillus niger, Aspergillus fumigatus, Aspergillus nidulans and Aspergillus flavus. The results showed that all 35 yeast strains inhibited the growth of the toxigenic moulds tested. However, Aspergillus niger, Aspergillus nidulans and Aspergillus flavus were the most sensitive to all yeasts in each yam variety. Aspergillus fumigatus was resistant to most of the yeasts isolated. In short, these yeasts could play an important role in the biological control of toxigenic moulds in industrial processes.

Le chou, Brassica oleracea L. (Capparales: Brassicaceae), est l’une des cultures les plus attaquées par un complexe de ravageurs dont Plutella xylostella L. (Lepidoptera: Plutellidea). L’objectif de cette étude était d’évaluer l’efficacité des huiles végétales et de la noix de cajou pour le contrôle de P. xylostella dans la production de chou. Une étude a été menée dans le laboratoire de l’institut International d’Agriculture Tropicale au Bénin. Les traitements comprenaient des huiles de trois plantes, à savoir Tephrosia purpurea, Ricinus communis, Thevetia neriifolia et la noix de cajou par rapport à un insecticide synthétique (Lambda cyhalothrine) et à celui d’un pesticide botanique (Topbio). Deux expériences ont été mises en place dans cette étude. Dans la première expérience, les produits ont été testés sur le stade L3 de P. xylostella, avec les doses de 100, 75, 50, 25 et 10% ; tandis que dans le second, les mêmes produits ont été testés sur le stade L2 du même insecte avec les doses de 50, 25, 10, 5, 3, 2 et 1%, par rapport au témoin de référence, Lambda cyhalothrine aux doses de 10, 5, 3, 2, 1 et 0,5%. Les variables mesurées étaient le taux de mortalité, la formation de pupes et l’émergence d’adultes de P. xylostella. Les DL 50 ont été déterminées selon la méthode de régression de Cox. Les résultats ont montré que pour tous les pesticides botaniques utilisés, quel que soit le stade larvaire de P. xylostella, l’effet / dose-réponse était significatif, mais moins efficaces par rapport au témoin de référence Lambda cyhalothrine. La noix de cajou et les trois huiles végétales peuvent efficacement servir d’alternatives aux pesticides de synthèse (Lambda cyalothrine) contre Plutella xylostella dans la production de chou. Mots clés: Brassica oleracea, chou, Ricinus communis, Tephrosia purpurea

Les prairies permanentes occupent environ un tiers de la surface agricole utile et présentent un grand potentiel de diversité biologique. L’élevage a de ce fait un rôle majeur à jouer dans la préservation de la biodiversité sur le territoire français. L’objectif de cette synthèse est d’aborder la question de la diversité floristique des prairies et de l’élevage en s’interrogeant sur l’intérêt de cette diversité construite par les éleveurs, pour les ruminants et les produits animaux. Une seule composante de la diversité biologique des prairies est prise en compte&nbsp;: la diversité floristique. Il est réalisé dans cette synthèse un état des connaissances pluridisciplinaires des effets de cette diversité sur la valeur nutritive des fourrages, l’ingestion des animaux, les caractéristiques sensorielles et nutritionnelles des produits laitiers et carnés, enfin sur deux aspects de la santé animale, la lutte contre les infestations par les strongles digestifs et la prévention des processus de peroxydation. Dans chacune des thématiques abordées, des effets liés à la composition botanique des prairies ont été mis en évidence, mais sans qu’il puisse être toujours fait la part entre les effets liés à la présence d’un grand nombre d’espèces dans la parcelle, les effets liés à la présence de certaines espèces et les effets liés au stade phénologique. Le rôle probable important des dicotylédones et notamment des légumineuses a été souligné à plusieurs reprises, en particulier du fait de leur plus grande teneur en métabolites secondaires que les graminées. Enfin, l’intérêt de fournir aux animaux des sources d’alimentation diversifiées a également été évoqué en particulier sur les aspects liés à l’ingestion et à la santé animale.

L’objectif de ce travail est d’évaluer le pouvoir fongicide des feuilles de Mallotus oppositifolius sur Phytophthora sp. et Fusarium sp. deux champignons phytopathogènes dans le cadre de la recherche de substances naturelles d’origine végétale comme alternative aux pesticides chimiques en agriculture. Une enquête ethnobotanique réalisée auprès de quarante tradipraticiens de santé du District de Yamoussoukro sur les Euphorbiaceae médicinales a permis d’identifier treize espèces. L’étude a montré que les maladies de la peau (36%) étaient majoritairement traitées par ces Euphorbiaceae dont Mallotus oppositifolius. Au vue de ces données et celles de la littérature, Mallotus oppositifolius a été retenu pour l’évaluation du potentiel antifongique contre Fusarium sp. et Phytophthora sp. L'activité antifongique a été évaluée par la méthode de double dilution sur milieu PDA avec des extraits éthanoliques et aqueux dérivés des feuilles de cette plante. Les résultats ont montré que les extraits aqueux et éthanoliques 70% de Mallotus oppositifolius possèdent des propriétés antifongiques à la fois sur Fusarium sp. et Phytophthora sp. Les activités antifongiques ont été plus importantes avec les extraits éthanoliques qu’avec les extraits aqueux. Avec une concentration minimal inhibitrice CMI = 25±0,0 mg/mL, une CI50 = 6,5±0,05 mg/mL et une concentration minimal fongicide CMF = 200±0,0 mg/mL Fusarium sp. semble être le plus sensible. Phytophthora sp. est moins sensible avec une CMI = 50±0,0 mg/mL, une CI50 = 12±0,05 mg/mL et une CMF = 200±0,0 mg/mL. Le screening phytochimique a mis en évidence la présence de sept groupes de composés parmi lesquels les alcaloïdes, les polyterpènes et stérols, les tanins galliques et les catéchines sont les plus abondants dans les extraits éthanoliques. En plus de ces composés, les flavonoïdes, les polyphénols ainsi que les saponines sont aussi bien présents dans les extraits aqueux que dans les extraits alcooliques de Mallotus oppositifolius. Ces composés pourraient justifier l’activité des extraits éthanoliques de Mallotus oppositifolius. Ces résultats peuvent servir pour les recherches agronomiques dans le cadre de la lutte contre les deux champignons phytopathogènes étudiés. Botanical study, phytochemical screening and in vitro evaluation of the antifungal activity of Mallotus oppositifolius (Geisel.) Müll. Arg. (Euphorbiaceae) leaf extracts on Fusarium sp. and Phytophthora sp., two phytopathogenic fungi. ABSTRACT The purpose of this work is to evaluate the fungicidal power of the leaves of Mallotus oppositifolius on Phytophthora sp. and Fusarium sp. two phytopathogenic fungi in the research of natural substances of plant origin as an alternative to chemical pesticides in agriculture. An ethnobotanical survey of forty traditional healers in the Yamoussoukro District on medicinal Euphorbiaceae identified thirteen species.The study showed that skin diseases (36%) were mainly treated by these Euphorbiaceae including Mallotus oppositifolius. In view of these data and those in the literature, Mallotus oppositifolius was selected for the evaluation of the antifungal potential against Fusarium sp. and Phytophthora sp. The antifungal activity was evaluated by the double dilution method on PDA medium with ethanolic and aqueous extracts derived from the leaves of this plant. The results showed that aqueous and ethanolic extracts 70% of Mallotus oppositifolius have antifungal properties on both Fusarium sp. and Phytophthora sp. Antifungal activities were more important with ethanolic extracts than with aqueous extracts. With a minimum inhibitory concentration MIC = 25±0.0 mg/mL, a minimal concentration for 50 % of inhibition IC50 = 6.5±0.05 mg/mL and a minimum fungicide concentration MFC = 200±0.0 mg/mL Fusarium sp. appears to be the most sensitive. Phytophthora sp. is less sensitive with an MIC = 50±0.0 mg/mL, an IC50 = 12±0.05 mg/mL and a MFC = 200±0.0 mg/mL. Phytochemical screening revealed the presence of seven groups of compounds among which alkaloids, polyterpenes and sterols, gallic tannins and catechins are the most abundant in ethanol extracts. In addition to these compounds, flavonoids, polyphenols and saponins are present in both aqueous and alcoholic extracts of Mallotus oppositifolius. These compounds could justify the activity of the ethanolic extracts of Mallotus oppositifolius. These results can be used for agronomic research to control the two phytopathogenic fungi studied.

La problématique des espèces exotiques envahissantes est de plus en plus prise en compte au niveau de la Martinique qui semblait jusqu’alors présenter une certaine résistance par rapport à d’autres territoires insulaires tropicaux français. Ainsi, comme près de 70 autres espèces végétales exotiques préoccupantes et potentiellement envahissantes, les populations d’Hydrille verticillée (Hydrilla verticillata (L.f.) Royle) sont suivies à l’aide d’outils cartographiques par l’Office national des Forêts, la direction de l’environnement, de l’aménagement et du logement (DEAL) et le Conservatoire botanique de Martinique. Une campagne de lutte contre cette espèce a été menée en 2016 à la suite de nouvelles données de répartition remontées par le réseau de surveillance en place. Sur cette île des Antilles françaises, la combinaison de reliefs abrupts, issus d’épisodes volcaniques récents, et des régimes pluviométriques essentiellement corrélés aux précipitations, induit un régime torrentiel des cours d’eau. Nous émettons l’hypothèse que ce régime provoque la fragmentation des populations d’hydrophytes, ce qui favoriserait leur multiplication végétative. Ainsi, dans le cadre d’une détection rapide en vue d’une lutte précoce, la campagne d’éradication contre ces végétaux doit être entreprise avant la saison des pluies. De plus, la campagne menée confirme la difficulté de réguler l’espèce sur un sol à texture argileuse. Enfin, comme déjà énoncé dans le diagnostic datant de 2011, il est nécessaire de mettre en place un comité local traitant spécifiquement des espèces exotiques envahissantes afin de prioriser et coordonner les actions.

Le premier objectif de cette thèse est d'étudier la composante fongique du microbiote des ruminants, en particulier celui des vaches laitières. Pour cela, le mycobiote intestinal de vaches laitières a été ciblé selon deux régimes alimentaires saisonniers différents, un régime hivernal et un régime estival, permettant de mettre en évidence l'impact de l'alimentation et de la saison sur le mycobiote intestinal. L'analyse de la beta-diversité a montré un mycobiote différent selon le type d'alimentation. En effet, les vaches ont reçu une alimentation estivale en pâturage et une alimentation hivernale qui est composée de foins, d'ensilage de maïs et d'herbe et de concentré de production. Les indices d'alpha-diversité (Simpson inverse, Chao1, uniformité de Simpson) démontrent une plus grande richesse, une diversité et une uniformité du mycobiote avec l'alimentation estivale, et une chute de ces mêmes paramètres lors de l'alimentation hivernale. Dans notre analyse, nous avons remarqué que le genre Geotrichum est présent chez tous les ruminants de cette étude en hiver et compose la majorité du mycobiote (abondance relative moyenne de 65%). Une seconde étude a permis de mettre en évidence un mycobiote composé d'une unité taxonomique opérationnelle (OTU) appartenant à la famille des Dipodascaceae, présente dans tous les compartiments du tractus gastrointestinal (rumen, colon, rectum). L'OTU n'a pas pu être identifiée plus profondément, mais il est à noter que le genre Geotrichum appartient à la famille Dipodascaceae. L'analyse de la beta-diversité de ces mêmes échantillons a été réalisée, après extraction de l'ADN avec 3 kits (MN, ZQ et ZM) et l'analyse des profils mycobiotiques a pu mettre en évidence des différences entre le profil obtenu en utilisant l'ADN extrait avec un kit commercial recommandé pour les analyses des microbiotes (ZM), et les profils obtenus avec les deux autres kits (MN et ZQ). Le deuxième objectif de cette thèse porte sur la recherche de levures non-Saccharomyces comme souches probiotiques pour les ruminants. Le criblage d'une collection de 431 levures non-Saccharomyces pour leurs propriétés inhibitrices contre des bactéries à Gram-positif et à Gram négatif a permis de montrer que 71 souches ont au moins une activité inhibitrice contre une de ces cibles. Toutefois, pour la suite de cette thèse, 6 levures non- Saccharomyces ont été sélectionnées : ICVY060, LAN55, ICVY061, ICVY062, ICVY063 et ICVY064, en raison de leur spectre d'activité in vitro contre des pathogènes du ruminant, en conditions aérobie et anaérobie à 30°C et 39°C. A noter que deux souches ICVY060 et LAN55 ont montré le plus large spectre d'activité contre toutes les bactéries cibles. Enfin, ces 6 souches se sont avérées être non cytotoxiques, non hémolytiques, sensibles aux principaux antifongiques utilisés en clinique et survivent relativement mieux in vitro que le probiotique Saccharomyces cerevisiae CNCM-I-1077 dans des conditions mimant l'abomasum. D'autres tests tels que les propriétés de surface, ou encore leur impact sur l'expression des gènes codant les protéines de jonctions cellulaires intestinales ont été réalisés
The first objective of this thesis was to study the fungal component of ruminant microbiota, particularly in dairy cows. To this end, we targeted the intestinal mycobiota of dairy cows differently fed and considering also the impact of the seasonality. Therefore, the analysis of beta-diversity showed a different mycobiota, depending on the type of feed received. The cows were fed with a summer pasture diet and a winter diet constituted of hay, corn and grass silage and production concentrate. The alpha diversity indices (Simpson inverse, Chao1, Simpson uniformity) unveiled a greater richness, diversity and uniformity of mycobiota with summer feeding, and a noticeable decrease in these parameters with winter feeding. In our analysis, we found that Geotrichum genus was present in all ruminants in this study in winter, leading to the highest relative abundance 65%. A second study revealed a mycobiota composed of an operational taxonomic unit (OTU) belonging to the Dipodascaceae family and present in all compartments of the gastrointestinal tract (rumen, colon, rectum). The OTU could not be further identified, but it should be noted that the Geotrichum genus belongs to the Dipodascaceae family. Analysis of the beta-diversity of these same samples was carried out after DNA extraction using 3 different kits, and analysis of the mycobiotic profiles revealed differences between the profile obtained using DNA extracted with a commercial kit recommended for microbiota analysis (ZM), and the profiles obtained with the other two kits (MN and ZQ). The second objective was to screen and characterize a collection of non-Saccharomyces yeasts for their probiotic trends and design a potential application in the animal production, particularly in ruminants. Following a screening of a collection of 431 non-Saccharomyces yeasts for their inhibitory activity against Gram-positive target bacteria and Gram-negative bacteria, 71 strains showed inhibitory activity against at least one of the target bacteria. Nonetheless, we considered 6 non-Saccharomyces yeasts (ICVY060, LAN55, ICVY061, ICVY062, ICVY063 and ICVY064) due to their spectrum of activity in vitro against ruminant pathogens, under both aerobic and anaerobic conditions and prevailing temperatures of 30°C and 39°C. Two strains, ICVY060 and LAN55, showed the broadest spectrum of activity by inhibiting all targeted bacteria. Of note, these strains were characterized for their resistance to conditions mimicking those prevailing in the animal abomasum and intestine compartments, with better survival rate in the in vitro abomasum conditions. Finally, all these strains resulted to be safe as non-cytotoxic, non-hemolytic activity was registered and were also sensitive to the main antifungal agents of clinical use. Further analyses, such as their surface properties or their impact on membrane integrity by studying the expression of genes encoding cell junction proteins were established

Ce travail présente l’étude phytochimique bioguidée de neuf plantes ivoiriennes présélectionnées pour leur potentielle activité antiparasitaire et/ou fongicide : Combretum micranthum G. Don (Combretaceae), Elaeis guineensis Jacq. (Arecaceae), Erigeron floribundus Kunth Sch.Bip (Asteraceae), Oldfieldia africana Benth. & Hook. f. (Euphorbiaceae), Octoknema borealis Hutch. & Dalziel (Olacaceae), Omphalocarpum ahia A. Chev. (Sapotaceae), Omphalocarpum elatum Miers (Sapotaceae), Tristemma coronatum Benth. (Melastomataceae) et Tristemma spp (Melastomataceae).Des extractions séquentielles ont conduit à quarante-quatre extraits bruts, qui ont été par la suite criblés in vitro à 25 µg/ml contre Toxoplasma gondii. Trente-sept extraits se sont avérés non cytotoxiques contre les cellules Véro et parmi eux, dix inhibaient plus de 50% la croissance parasitaire. D’un autre côté, le criblage de ces quarante-quatre extraits a révélé que cinq d’entre eux inhibaient plus de 50% de la croissance de Candida auris et d’autres souches de levures.Trois extraits qui inhibaient plus de 90% de la croissance parasitaire ont été sélectionnés pour l’identification des composés en présence, responsables de l’activité contre T. gondii : l’extrait Dichlorométhane des écorces du tronc et l’extrait AcOEt des feuilles de Omphalocarpum ahia ; et l’extrait hydrométhanolique des feuilles de E. guineensis. Les travaux réalisés sur les écorces et les feuilles de O. ahia ont conduit majoritairement à des triterpènes, dont huit nouveaux, sur lesquels une chimiosensibilité a été réalisée. Celle-ci montre qu’un triterpène de type ursane inhibe fortement la croissance du toxoplasme, tout en étant très sélectif à celui-ci. L’indice de sélectivité et la CI50 nous ont permis de discuter la relation structure-activité (SRA) entre les triterpènes isolés. La cible biologique sur le toxoplasme a été recherchée par Docking inverse, les résultats ont indiqué que certains triterpènes bioactifs forment différents complexes avec la protéine de liaison à l’ADN de la famille des histones, la protéine contenant le domaine SET et la protéine contenant le domaine pH du toxoplasme.Le fractionnement bioguidé de l’extrait hydrométhanolique des feuilles de E. guineensis n’a pas permis de retrouver l’activité antitoxoplasmique. La purification des fractions a permis de caractériser des triterpènes, des sesquiterpènes (dont trois nouveaux), des polyphénols (dont un nouveau), des flavonoïdes et d’alcaloïde qui sont potentiellement responsables de l’activité antitoxoplasmique masquée.L’extrait AcOEt des écorces du tronc de Octoknema borealis est le seul à avoir montré une activité antifongique contre toutes les levures (CMI = 25 µg/ml) et plus de 70% à 90% d’inhibition de la croissance de C. auris et des autres levures. Cet extrait AcOEt a été fractionné par CPC, et l’activité antifongique est retrouvée dans la majorité de ses fractions. Le profilage chimique de ses fractions a été effectuée par déréplication en RMN 13C (CaraMel) et nous a permis d’identifier les métabolites responsables de cette forte activité fongicide
This work presents a bioguided phytochemical study of nine Ivorian plants pre-selected for their potential antiparasitic and/or fungicidal activity: Combretum micranthum G. Don (Combretaceae), Elaeis guineensis Jacq. (Arecaceae), Erigeron floribundus Kunth Sch.Bip (Asteraceae), Oldfieldia africana Benth. & Hook. f. (Euphorbiaceae), Octoknema borealis Hutch. & Dalziel (Olacaceae), Omphalocarpum ahia A. Chev (Sapotaceae), Omphalocarpum elatum Miers (Sapotaceae), Tristemma coronatum Benth (Melastomataceae) and Tristemma spp (Melastomataceae).Sequential extractions yielded forty-four crude extracts, which were then screened in vitro at 25 µg/ml against Toxoplasma gondii. Thirty-seven extracts were found to be non-cytotoxic against Vero cells, and ten of these inhibited parasite growth by more than 50%. On the other hand, screening of these forty-four extracts revealed that five of them inhibited more than 50% of the growth of Candida auris and other yeast strains.Three extracts that inhibited more than 90% of parasite growth were selected for the identification of the compounds present, responsible for the activity against T. gondii: the Dichloromethane extract of the bark of the trunk and the AcOEt extract of the leaves of Omphalocarpum ahia; and the hydromethanolic extract of the leaves of E. guineensis.The work carried out on the barks and leaves of O. ahia led mainly to the discovery of triterpenes, including eight new ones, for which chemosensitivity tests were carried out. This showed that an ursan-type triterpene strongly inhibits the growth of toxoplasma, while being highly selective to it. The selectivity index and IC50 allowed us to discuss the structure-activity relationship (SAR) between the isolated triterpenes. The biological target on toxoplasma was sought by reverse docking, and the results indicated that certain bioactive triterpenes form different complexes with the DNA-binding protein of the histone family, the protein containing the SET domain and the protein containing the pH domain of toxoplasma.Bioguided fractionation of the hydromethanolic extract of E. guineensis leaves did not reveal any antitoxoplasmic activity. Purification of the fractions enabled us to characterise triterpenes, sesquiterpenes (including three new ones), polyphenols (including one new one), flavonoids and alkaloids that are potentially responsible for the masked antitoxoplasmic activity.The AcOEt extract of Octoknema borealis trunk bark was the only one to show antifungal activity against all yeasts (MIC = 25 µg/ml) and over 70% to 90% growth inhibition of C. auris and other yeasts. This AcOEt extract was fractionated by CPC, and antifungal activity was found in the majority of its fractions. The chemical profiling of these fractions was carried out by 13C NMR dereplication (CaraMel) and enabled us to identify the metabolites responsible for this strong fungicidal activity

Pratiquée depuis l’Antiquité, la greffe végétale acquiert au début du XIXe siècle un nouveau statut avec l’émergence de l’horticulture scientifique. Elle devient le sujet d’un dialogue entre les horticulteurs et les botanistes. Cette étude envisage la greffe sous l’aspect de la richesse croissante des questionnements qu’elle soulève dans le contexte de l’interaction entre la biologie végétale et l’horticulture en France entre 1820 et 1908. Jusque dans les années 1860, les praticiens éclairés s’interrogent sur les conditions de la réussite des greffes, tandis que les études anatomiques et physiologiques permettent une compréhension affinée des processus vitaux concernés et formulent des questions sur la nature de l’individu issu de l’association de deux êtres vivants. À la fin du XIXe siècle, les congrès associant horticulture et botanique sont le lieu de rapprochements entre les praticiens et les théoriciens de la greffe. Celle-ci constitue pour les botanistes français néolamarckiens un exemple de l’influence de l’environnement sur les organismes. Les travaux du botaniste Lucien Daniel révèlent la teneur des enjeux scientifiques de la greffe, notamment par les controverses qu’elle suscite entre les botanistes néolamarckiens et weismanniens autour de la reconnaissance des « hybrides de greffe ». La crise du phylloxéra qui atteint les vignes françaises à partir de 1870 confère à ces débats une nouvelle envergure pratique quand il s’agit de trouver des hybrides porte-greffes. Dans une perspective d’histoire des sciences, la greffe végétale apparaît comme un objet dont la complexité se construit par l’apport mutuel des sciences et des pratiques au cours du XIXe siècle
Used since ancient times, plant grafting reached a new status in the early 19th C, as it became the subject of a rich dialogue between horticultural practitioners and botanists when scientific horticulture emerged as a new research field. This study focuses on plant grafting considering the increasing richness of the scientific inquiries it brought about the areas of plant biology and horticulture in France between 1820 and 1908. Until around 1860, enlightened practitioners concentrated on the conditions which would ensure grafting success. Yet, anatomical and physiological studies allowed for a more refined understanding of the vital processes of grafting, and questions are phrased regarding the nature of the individual resulting from the association of two different living beings. At the end of the 19th C, practitioners and theorists of grafting confronted their ideas in several conferences associating horticulture and botany. For the Neolamarckian French botanists, plant grafting constitutes a singular example of how the environment can influence plant organisms. The work of botanist Lucien Daniel revealed the scientific contents stake of plant grafting represents, in particular as regards the controversy it generates between Neolamarckian and Weismannian botanists with respect to the recognition of graft hybrids. In 1870 with the phylloxera crisis of grapevines in France, the debates took on renewed significance with a new practical scope: the need to find hybrid rootstock without altering the quality of the wines. In a historical sens, plant grafting emerged as an object whose complexity is built from the mutual contribution of science and usage during the 19th C

En culture hors-sol de concombre, les pythium sont responsables de pourritures racinaires et conduisent a des baisses de rendement. Afin de proposer une methode de lutte contre pythium a l'aide de pseudomonas fluorescents, il etait necessaire de caracteriser les pythium presents en culture hors-sol et de developper un test sur plantes permettant d'evaluer leur pouvoir pathogene et d'apprecier la protection exercee par les bacteries. La caracterisation des especes de pythium sur les profils de restriction de la region its1 de l'adnr a permis de confirmer la caracterisation morphologique de ces especes et de rattacher certains isolats non caracterisables sur le plan morphologique a des especes connues. Differentes especes de pythium sont responsables de fontes des semis mais seule l'espece p. Aphanidermatum est pathogene en culture hydroponique et sur substrat de laine de roche. Dans ces conditions et parmi les 76 isolats de pseudomonas fluorescents testes, 16 sont capables de reduire le pourcentage de plantes malades dues a p. Aphanidermatum avec une efficacite variable selon les souches. Les souches efficaces contre p. Aphanidermatum presentent des caracteres phenotypiques (galerie api) et genotypiques (profils rflp sur l'adnr 16s) differents. De plus, certaines souches efficaces presentent des genotypes et phenotypes identiques a des souches non efficaces. Ces differents resultats suggerent une diversite des mecanismes responsables de la protection des plantes contre pythium. La cinetique de colonisation racinaire par p. Aphanidermatum en presence et en absence des bacteries a ete quantifiee par utilisation d'anticorps polyclonaux. Deux souches de pseudomonas capables de proteger les plantes contre pythium ont entraine une inhibition des premieres phases de l'infection puis une diminution de la vitesse de croissance du champignon dans les racines. En conditions de production, pythium aphanidermatum entraine une diminution de la consommation de solution nutritive puis une baisse du rendement et une souche de pseudomonas fluorescent efficace contre pythium sur jeunes plantes permet d'obtenir apres 6 semaines de production un rendement en fruits equivalent a celui des plantes saines

A partir de deux concepts ecologiques, ceux de competition et d'adventice, tres fortement impliques dans les activites agronomiques, et dont la signification est passee en revue, une comparaison est presentee en milieu naturel, mais selon un dispositif controle, en termes de pouvoir competitif de 3 adventices: amaranthus rotroflexus, solanum nigrum et echinochloa crusgalli vis-a-vis d'une espece cultivee lycopersicon esculentum. Les resultats obtenus permettent de classer, selon un ordre decroissant de leur pouvoir competitif: a. Retroflexus e. Crus-galli solanum nigrum. L'etude s'est poursuivie ensuite essentiellemnt sur le couple solanum nigrum (morelle) et l. Esculentum (tomate) des le stade de la floraison

Des expériences au champ ont été réalisées en 2004 et 2005 afin de bien connaître le stade et la méthode de destruction du seigle d’automne (Secale cereale) en vue d’optimiser le contrôle des mauvaises herbes et de minimiser la compétition avec la citrouille (Cucurbita pepo). Le seigle d’automne contrôle les mauvaises herbes par son action combiné d’allélopathie et de barrière physique. Le contrôle des mauvaises herbes est meilleur peu de temps après la destruction de seigle. La biomasse sèche moyenne des mauvaises herbes totales a été réduite de 82% dans les parcelles où le seigle a été laissé intact comparativement aux parcelles sans seigle. Les méthodes de destruction du seigle influencent le contrôle des mauvaises herbes. Selon mes résultats, le seigle d’automne devrait être enfoui avant le semis de citrouille et la largeur de la bande devrait être de 80 cm et plus. Une largeur de 40 cm et moins réduit considérablement la croissance, le développement et le rendement en citrouilles vendables.

L'acidose ruminale est l'une des préoccupations majeures des exploitations laitières actuelles. Les levures vivantes (LV) ont été largement étudiées et utilisées chez les vaches laitières pour stabiliser la fermentation ruminale. Récemment, la mesure du potentiel redox ruminal (Eh, en mV) a été considérée comme un outil intéressant pour indiquer le trouble de la fermentation ruminale. L'effet positif de LV sur Eh ruminal a été rapporté, mais il reste variable selon les conditions expérimentales. Les objectifs de ce travail étaient de fournir une meilleure compréhension du mode d'action de LV et de définir la condition optimale de l'utilisation de LV chez les vaches laitières. La première partie de ce travail a consisté en une analyse quantitative des résultats de 22 expériences avec des vaches laitières canulées. La deuxième partie de ce travail a consisté à vérifier certains des résultats de l'analyse quantitative par une expérience chez des vaches en lactation. En utilisant l'analyse quantitative de données existantes provenant d'expériences antérieures, nous avons clarifié la relation entre le Eh ruminal et d'autres paramètres ruminaux principaux tels que le pH et le profil VFA, et suggéré que les variations de Eh pourraient être liées au transfert d'électrons dans les réactions dans le rumen. En outre, la réponse du Eh après la supplémentation en LV était également liée à celle du profil AGV ruminal, suggérant que l'effet de LV sur le profil VFA était atteint par l'augmentation du pouvoir réducteur, reflétant un meilleur transfert d'électrons dans le rumen. L'analyse a en outre démontré que la régulation du Eh ruminal par LV serait particulièrement efficace lorsque le risque de troubles digestifs est élevé. Puisque l'influence des caractéristiques de la ration sur le Eh ruminal a été quantifiée, l'effet de LV dans un régime donné pourrait être estimé indirectement. En outre, l'analyse quantitative a également révélé que la réponse de Eh suite à la supplémentation en LV était associée à la quantité de sucres solubles ingérée. L'expérience in vivo chez des vaches en début de lactation a confirmé un effet plus important de LV sur Eh ruminal avec une ration riche en sucres solubles, et a démontré que la supplémentation en LV avait un impact sur la richesse des bactéries, et que les métabolites ont également été influencés par la supplémentation en LV, probablement associée à la diminution du Eh ruminal
Ruminal acidosis is one of the major concerns of current dairy farms. Live yeasts (LY) have been extensively studied and used in dairy cows for stabilization of rumen fermentation. Recently, measurement of ruminal redox potential (Eh, in mV) has been considered as an interesting tool to indicate ruminal fermentation disorder. The positive effect of LY on ruminal Eh has been reported, but it remains variable according to the experimental conditions. The aims of this work was to provide better understanding of mode of actions of LY, and to define the optimal condition of LY utilization in dairy cows. The first part of this work consisted to quantitative analysis of existing results from 22 experiments with cannulated dairy cattle. The second part of this work consisted to verify some of the results from quantitative analysis by an in vivo experiment in lactating cows. By using quantitative analysis of existing data from previously conducted experiments, we clarified the relationship between ruminal redox and other main ruminal parameters such as pH and VFA profile, and suggested that Eh variations might be related to the transfer of electrons in the reactions producing VFAs in the rumen. Moreover, response of ruminal Eh following live yeast supplementation was also related to that of ruminal VFA profile, which suggested that the effect of LY on VFA profile was achieved via the increase of reducing power, possibly reflected improved electron transfer and use in the rumen. The analysis further demonstrated that the regulation of ruminal Eh by LY would be particularly effective when risk of digestive disorder is high. Since the influence of dietary characteristics on ruminal Eh was quantified, the effect of LY in a given diet could be indirectly estimated. In addition, quantitative analysis also associated the response of ruminal Eh following LY supplementation to the intake of soluble sugars. The in vivo experiment in early-lactating cows confirmed greater effect of LY on ruminal Eh in diet rich in soluble sugars, and further demonstrated that i) LY supplementation tended to impact the richness of ruminal bacteria, and ii) some unidentified metabolites were also influenced by LY supplementation, probably associated to the decrease of ruminal Eh

Des expériences de plein champ ont été réalisées durant trois années consécutives afin de déterminer les seuils biologiques de nuisibilité d'une avoine cultivée de printemps (Avena sativa L. ), espèce utilisée pour simuler une graminée adventice, dans une culture de blé de printemps (triticum vulgare L. ). L'avoine a été supprimée au stade mi-tallage sur la moitié de l'essai par un traitement au diclofop-méthyle. Les mauvaises herbes dicotylédones ont été désherbées à différentes périodes. Les effets de la densité de concurrence sur le rendement et les paramètres deproduction du blé ont été modifiés selon l'année. Dans les conditions environnementales de chaque essai, les seuils biologiques de nuisibilité de l'avoine au tallage sont de 17 plantes m-² en 1984 et de 8 plantes m-² en 1985 et 1986. Toutes les densités d'avoine ont réduit le rendement, la biomasse et certaines composantes de rendement du blé en fonction du traitement herbicide. Les rendements du blé ont été moins diminués sur les parcelles traitées que sur les parcelles non traitées. Les traitements antidicotylédones précoces ont apporté un gain de rendement supplémentaire par rapport au traitement tardif. L'application du 2,4-D immédiatement après le DM a mis en évidence l'existence d'interactions : le rendement a été modifié différemment quelle que soit l'année mais le nombre d'épis m-² a toujours été réduit. En conditions controlées, aucune interaction antagoniste du 2,4-D sur l'efficacité du DM à l'égard des deux espèces d'avoine (A. Sativa et A. Fatua) n'a été observé lorsqu'un intervalle de temps de 10 jours sépare les deux traitement herbicides. Appliqué immédiatement après le DM, une interaction peut être observée mais elle est faible et dépend de plusieurs facteurs. Appliqué en mélange, le 2,4-D réduit la phytotoxicité du DM. Dans une expérience sur Avena sativa où le DM est marqué au 14C, le 2,4-D augmente légèrement la conjugaison de l'acide lorsqu'il est appliqué séparèment et favorise la pénétration du DM et la conjugaison du diclofop acide lorsqu'il est appliqué en mélange

Le dépérissement du pommier est une maladie tellurique causée par plusieurs espèces Pythiacée. Il est responsable de graves dommages et de pertes d'arbres dans de nombreux vergers en Tunisie. Comme la lutte chimique contre cette maladie pose des problèmes éco toxicologiques et les moyens prophylactiques ont des efficacités limitées, d’autres moyens de lutte sont activement recherchés. L’objectif de cette thèse était d’identifier un nouvel agent de lutte biologique contre les oomycètes responsables de cette maladie à partir d’une collection d’isolats fongiques et bactériens Tunisiens comme alternative au contrôle chimique. Les isolats fongiques étudiés appartenaient aux genres Trichoderma, Aspergillus et Penicillium spp., les isolats bactériens appartenaient au genre Bacillus spp. clade subtilis. Les isolats fongiques ont fortement inhibé la croissance in vitro des Pythiacées (> 40%) par rapport aux isolats bactériens ; en particulier, les filtrats de culture des isolats A. westerdijkiae A7 et T. simmonsii A2. L'évaluation de l’activité préventive et curative contre les Pythiacées sur des porte-greffes du pommier de ces deux isolats fongiques et de la souche Bacillus B2 a montré que T. simmonsii A2 était le plus efficace lorsqu'il était appliqué à titre préventif. De même, la combinaison de la souche Bacillus B2 et de l’isolat A. westerdijkiae A7 a induit une bonne protection contre les Pythiacées en préventif. La combinaison des isolats T. simmonsii A2 et A. westerdijkiae A7 a entraîné une meilleure protection en traitement curatif, alors que la combinaison des trois isolats ensemble réduisait fortement l’activité protectrice. Notre étude révèle le potentiel des isolats Tunisiens, seuls ou en combinaison, en tant qu'agents de lutte biologique contre le dépérissement du pommier ainsi qu'un effet bénéfique supplémentaire sur la croissance végétale observé au niveau des racines et de la longueur des tiges. Ainsi, nous avons sélectionnés les meilleurs candidats agissant par antibiose pour l'identification des principaux agents actifs responsables de l'activité anti-oomycète. L'isolat A. westerdijkiae A7 a été retenu avec 100% d'inhibition de la croissance mycélienne des isolats de Pythiacées testés. Plusieurs étapes de purification successives du filtrat de culture ont permis d’identifier l'acide pénicillique (acide 3-méhoxy-5-méthyl-4-oxo-2,5-hexadiénoïque) en tant que principale molécule responsable de l’inhibition la croissance mycélienne des Pythiacées testées. Étant donné que l’acide pénicillique possède des propriétés toxiques pour la santé humaine et animale, l’isolat A. westerdijkiae A7 ne pourra pas être utilisé en tant que BCA puisqu’il produit cette mycotoxine malgré nos résultats prometteurs in planta. L’ensemble de ces travaux montre le potentiel anti-oomycète des micro-organismes in vitro qui peut différer de l’activité protectrice contre les Pythiacées in planta. Ils révèlent également la nécessité de caractériser l’ingrédient actif pour les études de toxicité nécessaire au développement d’un produit de bio-contrôle
Apple dieback is a telluric disease caused by several Pythiaceae species. It is responsible for serious damage and loss of trees in many orchards in Tunisia. As the chemical control of this disease poses eco-toxicological problems and the prophylactic means have limited effectiveness, other means of fight are actively sought. The objective of this thesis was to identify a new biological control agent against oomycetes responsible for this disease from a collection of Tunisian fungal and bacterial isolates as an alternative to chemical control. The fungal isolates studied belonged to the genera Trichoderma, Aspergillus and Penicillium spp., The bacterial isolates to the genus Bacillus spp. clade subtilis. Fungal isolates strongly inhibited the growth of Pythiaceae in vitro (> 40%) compared to bacterial isolates; in particular, the culture filtrates of isolates A. westerdijkiae A7 and T. simmonsii A2. The evaluation of the preventive and curative activity against Pythiaceae on apple rootstocks of these two fungal isolates and of the Bacillus B2 strain showed that T. simmonsii A2 was the most effective when applied preventively. Likewise, the combination of the Bacillus B2 strain and the A. westerdijkiae A7 isolate induced good protection against Pythiaceae as a preventive measure. The combination of the T. simmonsii A2 and A. westerdijkiae A7 isolates resulted in better protection in curative therapy, while the combination of the three isolates together greatly reduced the protective activity. Our study reveals the potential of Tunisian isolates, alone or in combination, as biological control agents against apple dieback as well as an additional beneficial effect on plant growth observed at the level of the roots and the length of the stems. Thus, we have selected the best candidates acting by antibiosis for the identification of the main active agents responsible for anti-oomycete activity. The A. westerdijkiae A7 isolate was retained with 100% inhibition of mycelial growth of the Pythiaceae isolates tested. Several successive purification steps of the culture filtrate made it possible to identify penicillic acid (3-mehoxy-5-methyl-4-oxo-2,5-hexadienoic acid) as the main molecule responsible for inhibiting growth mycelia of the Pythiaceae tested. Since penicillic acid has toxic properties for human and animal health, isolate A. westerdijkiae A7 cannot be used as BCA since it produces this mycotoxin despite our promising results in planta. All of this work shows the anti-oomycete potential of microorganisms in vitro, which may differ from the protective activity against Pythiaceae in planta. They also reveal the need to characterize the active molecule for the toxicity studies necessary for the development of a biocontrol product

La végétation arborée sur les digues ou les barrages en remblai est un facteur de fragilité pouvant favoriser l'apparition de mécanismes de détérioration par érosion. Définir la structure géométrique des systèmes racinaires ainsi que la nature des sols dans lesquels ils croissent, à partir de méthodes géophysiques non destructives, est nécessaire afin d'appréhender les conséquences de leur développement sur la sécurité d'un ouvrage hydraulique. Des expériences en laboratoire ont d'abord permis de déterminer les propriétés acoustiques et électriques intrinsèques d'échantillons racinaires menant à l'identification de signatures indispensables à la discrimination de l'anomalie liée à la racine sur le terrain. Le montage de supports expérimentaux adaptés nous a conduits à progressivement étudier des paramètres d'influences en conditions contrôlées. Des essais en conditions semi-contrôlées sur un dispositif d'arbres plantés dans un sol homogène ont permis d'évaluer la pertinence des différentes méthodologies d'acquisition, tels que l'utilisation de la polarisation provoquée en tomographie de résistivité complexe ou encore la géométrie des capteurs pour la tomographie acoustique. Des traitements innovants tels que l'analyse en ondelettes sont associés afin d'exploiter la richesse des enregistrements. Les résultats obtenus ont été validés par le relevé des positions réelles des racines. Enfin, des campagnes d'auscultation sur un ouvrage réel ont été réalisées et ont permis de mettre en évidence une variabilité spatiale du corps de digue associée à la présence d'arbres. Une méthodologie adaptée au diagnostic géophysique de la végétation sur les ouvrages a été mise en place
Woody vegetation from earth dikes or dams is a fragility factor which can promote mechanisms of degradation such as erosion. An accurate assessment of root system structure, from geophysical non-destructive methods, of root position into the embankment (depth, extension), and a good knowledge of soil conditions are critical in order to anticipate the consequences of vegetation development for the hydraulic structure’s safety. Laboratory experiments allowed determining intrinsic acoustical and electrical root properties leading to identify relevant signatures and discriminate anomalies related to roots in the field. The establishment of adapted experimental devices led us progressively to assess different parameters (roots mass, water content. . . ) under controlled conditions. Experiments in semi-controlled conditions with trees planted into a homogenous soil, were conducted to assess the relevance of different methodologies, such as the use of temporal induced polarization in complex resistivity tomography or the geometry of sensors for acoustical tomography. Innovative data processing such as wavelet analysis were used to valorize the rich database. The results were validated by the determination of actual root position.Finally, field investigations into an embankment have been performed to highlight a spatial variability of dike structures associated with trees presence. A methodology adapted to the geophysical diagnostic of vegetation roots in embankments was developed