Добірка наукової літератури з теми "Lame criblée"

La lame criblée (LC), située dans la tête du nerf optique, joue un rôle crucial dans le diagnostic et l'étude du glaucome, la deuxième cause de cécité. Il s'agit d'un maillage collagénique 3D formé de pores, par lesquels les fibres nerveuses passent pour atteindre le cerveau. L'observation 3D in vivo des pores de la LC est désormais possible grâce aux progrès de l'imagerie de tomographie de cohérence optique (OCT). Dans cette étude, nous visons à réaliser automatiquement la reconstruction 3D des pores à partir de volumes OCT, afin d'étudier le remodelage de la LC au cours du glaucome. La résolution limitée de l'OCT conventionnel ainsi que le faible rapport signal à bruit (SNR) posent des problèmes pour caractériser les chemins axonaux avec suffisamment de fiabilité et de précision, sachant qu'il est difficile, même pour des experts, d'identifier les pores dans une seule image en-face. Ainsi, notre première contribution est une méthode innovante de recalage et de fusion de deux volumes OCT 3D orthogonaux pour l'amélioration de la qualité d'image et le rehaussement des pores, ce qui, à notre connaissance, n'avait jamais été réalisé. Les résultats expérimentaux démontrent que notre algorithme est robuste et conduit à un alignement précis. Notre deuxième contribution est la conception d'un réseau de neurones profond, de type attention U-net, pour segmenter les pores de la LC dans les images 2D en-face. Il s'agit de la première tentative de résolution de ce problème par apprentissage profond, les défis posés relevant de l'incomplétude des annotations pour l'apprentissage, et du faible contraste et de la mauvaise résolution des pores. L'analyse comparative avec d'autres méthodes montre que notre approche conduit aux meilleurs résultats. La fusion des volumes OCT et la segmentation des pores dans les images en-face constituent les deux étapes préliminaires à la reconstruction 3D des trajets axonaux, notre troisième contribution. Nous proposons une méthode de suivi des pores fondée sur un algorithme de contour actif paramétrique appliqué localement. Notre modèle intègre les caractéristiques de faible intensité et de régularité des pores. Combiné aux cartes de segmentation 2D, il nous permet de reconstituer plan par plan les chemins axonaux en 3D. Ces résultats ouvrent la voie au calcul de biomarqueurs et facilitent l'interprétation médicale
The lamina cribrosa (LC) is a 3D collagenous mesh in theoptic nerve head that plays a crucial role in themechanisms and diagnosis of glaucoma, the second leading cause of blindness in the world. The LC is composed of so-called “pores”, namely axonal paths within the collagenous mesh, through which the axons pass to reach the brain. In vivo 3D observation of the LC pores is now possible thanks to advances in Optical Coherence Tomography (OCT) technology. In this study, we aim to automatically perform the 3D reconstruction of pore paths from OCT volumes, in order to study the remodeling of the lamina cribrosa during glaucoma and better understand this disease.The limited axial resolution of conventional OCT as well as the low signal to noise ratio (SNR) poses challenges for the robust characterization of axonal paths with enough reliability, knowing that it is difficult even for experts to identify the pores in a single en-face image. To this end, our first contribution introduces an innovative method to register and fuse 2 orthogonal 3D OCT volumes in order to enhance the pores. This is, to our knowledge, the first time that orthogonal OCT volumes are jointly exploited to achieve better image quality. Experimental results demonstrate that our algorithm is robust and leads to accurate alignment.Our second contribution presents a context-aware attention U-Net method, a deep learning approach using partial points annotation for the accurate pore segmentation in every 2D en-face image. This work is also, to the best of our knowledge, the first attempt to look into the LC pore reconstruction problem using deep learning methods. Through a comparative analysis with other state-of-the-art methods, we demonstrate the superior performance of the proposed approach.Our robust and accurate pore registration and segmentation methods provide a solid foundation for 3D reconstruction of axonal pathways, our third contribution. We propose a pore tracking method based on a locally applied parametric active contour algorithm. Our model integrates the characteristics of low intensity and regularity of pores. Combined with the 2D segmentation maps, it enables us to reconstruct the axonal paths in 3D plane by plane. These results pave the way for the calculation of biomarkers characterizing the LC and facilitate medical interpretation

L’identification d’antiviraux à large spectre est un des défis majeurs de la rechercheactuelle en virologie. Une des stratégies les plus prometteuses consiste à cibler une interactionvirus/hôte conservée. Ainsi, avec la technique d’AlphaScreen® et le modèle d’interactionprotéine VI de l’Adénovirus (AdV)/Nedd4-2, nous avons réalisé un criblage biochimique àhaut débit contre l’interaction virus/hôte [LP]PxY/Nedd4, commune à différentes familles devirus. Nous avons trouvé des candidats inhibiteurs issus d’une banque de composés approuvéspar les agences de santé. Nous les avons testés, caractérisés et validé leur effet antiviral surdeux familles de virus totalement différentes. Ainsi, les composés C9 (Sulconazole) et C4(Flunarizine) que nous avons identifiés diminuent la réplication de l’AdV, un virus à ADNenveloppé et du virus de Marburg, un virus à ARN, non enveloppé de la famille desFiloviridae. Ces résultats ont permis de valider l’interaction [LP]PxY/Nedd4 comme unecible idéale d’un antiviral à large spectre et de proposer un repositionnement de ces moléculesC9 et C4 comme antiviraux potentiels. Nous avons également synthétisé de nouvellesmolécules analogues du composé C9 et démontré qu’elles étaient tout aussi efficaces que lecomposé lui-même sur la réplication de l’AdV. Ces résultats nous ont permis de présenter laclasse des dérivés imidazolés comme structure de base pour l’élaboration de nouveauxantiviraux, potentiellement à large spectre
Broad-spectrum antiviral identification is considered as one of the major aims of theactual virology research and one strategy consists in targeting virus/host interaction. Using theAlphaScreen® technology and the adenoviral model protein VI/Nedd4-2, we performed highthroughputbiochemical screening targeting the [LP]PxY/Nedd4 interaction, a commoninteraction of different virus families. We identified candidate inhibitors from a librarycompound approved by health agencies. We tested, characterized and validated the antiviraleffect of those compounds on two very different virus families. Indeed, compounds C9(Sulconazole) and C4 (Flunarizine) decrease replication of the adenovirus, a DNA nonenvelopedvirus and the replication of the Marburg virus, an RNA enveloped virus from theFilovirus family. Taken together, those results permit us to validate the [LP]PxY/Nedd4interaction as good target for a broad spectrum antiviral and to propose the “repositioning” ofcompounds C4 and C9 as antivirals. Moreover, we have synthesized new analogues from C9showing similar effect on AdV replication compared to the original molecule (C9). Inconclusion, our work on developing new broad-spectrum antivirals highlights the possibilityto use imidazole derivatives as a new class of antiviral compounds

Au cours des deux dernières décennies, la borylation C–H a continué d'évoluer, passant des premiers exemples de réactions stœchiométriques à la synthèse de blocs de construction à l'échelle du kilogramme.1 Plus récemment, l'accent a été mis sur la borylation dirigée permettant un meilleur contrôle de la régiosélectivité dans des molécules plus complexes (Figure 1B).2,3 Généralement, cela est réalisé par une conception astucieuse du ligand introduisant des groupements chélateurs sur le ligand permettant l'interaction ligand-groupe directeur du matériau de départ (Figure 1A, II). La deuxième approche consiste à concevoir des ligands hétérobidentés qui fonctionnent par la formation d'iridacycles insaturés permettant la coordination du groupe directeur (Figure 1B-III)4-6 Cependant, la comparaison directe entre différents groupes directeurs (GD) est rarement démontrée, ce qui rend difficile la prédiction de la réactivité dans des molécules complexes. Le précurseur métallique le plus utilisé [Ir(COD)OMe]2 est également sensible à l'air et à l'humidité, ce qui complique son utilisation pour le criblage à haut débit. Nous avons cherché à résoudre ces deux problèmes en développant des catalyseurs à base d'iridium hautement sélectifs et stables à l'air. En utilisant ces nouveaux catalyseurs, nous avons criblé une multitude de GD différents et nous avons réussi à fonctionnaliser des molécules complexes de manière prévisible
C–H borylation has continued to evolve from early examples of stoichiometric reactions to a method employed for building block synthesis on a kilogram scale. However, challenges remain for its wider application. We have developed new bis-cyclometallated iridium complexes exhibiting an improved reactivity and air-stability. These complexes have been used for the ortho-directed C–H borylation of arenes, heterocycles, and acrylamides, achieving average to high yields. By combining these new catalysts with high-throughput screening, we rapidly evaluated the reactivity of different directing groups, enabling predictions for the functionalization of substrates with multiple directing groups. Mechanistic studies revealed the details how these new bis-cyclometallated complexes are activated during the reaction. Subsequently, we investigated ligand free borylation and found a wide range of compatible substrates. We then investigated miniaturization of C-H borylation reactions and successfully conducted them on micromolar scale. By integrating our findings with those from the literature, we designed a screening platform comprising eight different reaction conditions. This platform was used to screen a vast array of small molecules, as well as more complex substrates. The results revealed differences between the catalytic systems and allowed us to successfully functionalize complex molecules. These findings highlight the widespread of ligand-free borylation as well as the limitations of the current state-of-the-art methods