Дисертації з теми "Interactions protéine-protéine – Identification"
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Moine-Franel, Alexandra. "Cartographie des poches aux interfaces protéine-protéine et identification de nouvelles cibles thérapeutiques potentielles." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2023SORUS634.pdf.
Анотація:
Les interactions protéine-protéine (IPP) représentent une source importante de potentielle cibles thérapeutiques car elles jouent un rôle crucial dans de nombreux et divers processus biologiques, notamment dans le développement de pathologies. Bien que les IPP apparaissent comme des cibles thérapeutiques prometteuses, elles demeurent plus difficiles à étudier que les cibles thérapeutiques conventionnelles. En effet, les IPP connues sont caractérisées par des motifs structuraux particuliers qui limitent leur potentiel « druggable » c’est-à-dire leur capacité à lier et être modulées par une petite molécule médicamenteuse. Cependant, le nombre croissant d’identification de petites molécules modulant diverses IPP démontre qu’avec une méthodologie adaptée, elles peuvent représenter une classe de nouvelles cibles thérapeutiques originales et innovantes. L’objectif est donc de développer un protocole in silico aidant à identifier de nouvelles cibles thérapeutiques impliquant des IPP en rationalisant les éléments clés qui conditionnent la « druggabilité » de leur interactionProtein-protein interactions (PPIs) constitute a significant source of potential therapeutic targets because they play a crucial role in numerous and diverse biological processes, including the development of pathologies. While PPIs appear as promising therapeutic targets, they are more challenging to study than conventional therapeutic targets. Indeed, known PPIs are characterized by specific structural motifs that limit their ‘druggability’, meaning their ability to bind to and be modulated by a small drug molecule. However, the growing identification of small molecules modulating various PPIs demonstrates that, with an appropriate methodology, they can represent a class of novel and innovative therapeutic targets. The objective is, therefore, to develop an in silico protocol to aid in identifying new therapeutic targets involving PPIs by rationalizing the key elements that determine the ‘druggability’ of the interaction
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Douguet, Dominique. "Etude des interactions protéine-protéine et protéine-ligand par bio- et chimie-informatique structurale : Identification de petites molécules bio-actives." Habilitation à diriger des recherches, Université de Nice Sophia-Antipolis, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00320089.
Анотація:
Mes recherches ont eu pour objectif de concilier deux aspects complémentaires de la bioinformatique structurale : la modélisation de la structure 3D des protéines et la modélisation des petites molécules modulatrices des premières. La connaissance de la structure tridimensionnelle des protéines est un élément déterminant pour la compréhension fine de leur mécanisme d'action et indispensable pour le développement d'approches thérapeutiques rationnelles. Ainsi, l'identification et l'analyse structurale des sites de fixation de leurs ligands (protéine ou petite molécule) permettent d'envisager la modulation de leur fonction biologique. Les interactions protéine-protéine ou protéine-ligand peuvent être prédites, par exemple, par des programmes d'amarrage (ou ‘docking').La modélisation par homologie permet d'obtenir un modèle tridimensionnel d'une protéine lorsque sa structure n'a pas été déterminée expérimentalement. Ma contribution dans ce domaine fut la réalisation du serveur @TOME avec le soutien de la GENOPOLE Languedoc-Roussillon (accessible à l'adresse http://bioserver.cbs.cnrs.fr). Ce serveur était le premier de ce type à avoir été développé en France. Le serveur @TOME rassemble et traite d'une manière automatique toutes les étapes nécessaires à la construction d'un modèle 3D d'une protéine. Cela inclut la reconnaissance du repliement, la construction des modèles protéiques et leur évaluation. Les résultats du CASP5 en 2005 (session internationale d'évaluation des méthodes de prédiction de la structure des protéines ; http://predictioncenter.llnl.gov/) ont montré que notre serveur utilisé en mode automatique propose des modèles très proches de la structure expérimentale lorsque l'identité de séquence avec la structure support est supérieure à 30%. Le serveur a été classé 26ième sur 187 groupes inscrits.
Dans un second temps, mes recherches m'ont permis de réaliser une base de données de complexes protéiques co-cristallisés, base fondatrice du projet DOCKGROUND. Ce projet de grande envergure, soutenu par le NIH depuis 2005, vise à établir un système intégré et dynamique de bases de données dédié à l'étude et à la prédiction des interactions entre protéines et permettre ainsi d'améliorer nos connaissances des interactions et de développer des outils de prédiction plus fiables. Ce travail a été effectué au sein de l'équipe du Pr. Ilya Vakser à l'Université de Stony Brook, NY, USA. Dans la réalisation de cette première base de données, un ensemble de programmes collectent, classent et annotent les complexes protéiques qui ont été co-cristallisés (données sur la séquence, la fonction, le repliement 3D, les particularités telles qu'une fixation à de l'ADN, ...). Ensuite, j'ai mis en œuvre une sélection dynamique des représentants des complexes contenus dans cette base. Les représentants sont essentiels pour éviter une surreprésentation de certaines familles de protéines. Cette base de donnée est accessible par Internet et est régulièrement mise à jour (http://dockground.bioinformatics.ku.edu). Le projet DOCKGROUND va être poursuivi par la réalisation de 3 autres bases de données qui s'ancreront sur la présente appelée ‘Bound-Bound'.
L'objectif principal de mes travaux est d'identifier de nouveaux composés bio-actifs afin de comprendre le fonctionnement de leur cible dans un contexte biologique. Les méthodes que j'utilise se basent sur la chémoinformatique, le criblage virtuel et le de novo ‘drug design'. Dans le cadre de ce dernier, j'ai mis au point un programme propriétaire LEA3D (‘Ligand by Evolutionary Algorithm' 3D). Le programme génère des petites molécules à partir de la combinaison de fragments moléculaires issus de drogues et de molécules ‘bio' (substrats ou produits de réactions enzymatiques). Le criblage virtuel basé sur la structure protéique et le de novo ‘drug design' par LEA3D, ont été appliqués avec succès à la thymidine monophosphate kinase (TMPK) de Mycobacterium tuberculosis dans le cadre d'une collaboration avec une équipe de chimistes et de biologistes de l'Institut Pasteur. De nouvelles familles d'inhibiteurs ont été identifiées dont un inhibiteur synthétique trois fois plus affin que le substrat naturel. Plusieurs publications et une demande de brevet couvrent les résultats de ces recherches. Dans la continuité de ces travaux, je m'intéresse maintenant, plus particulièrement, à développer des stratégies de criblages de fragments (molécules de petit poids moléculaire). Il a été montré que de petites chimiothèques contenant des petites molécules polaires sont plus efficaces pour identifier des touches. Ce travail doit être réalisé conjointement avec des criblages structuraux expérimentaux comme la RMN ou la diffraction des rayons X. Ces derniers se posent comme une alternative aux tests in vitro avec pour avantage de donner une information détaillée, au niveau atomique, des interactions entre le ligand et sa cible. S'ensuit une étape d'optimisation/maturation des touches en ligands plus élaborés et plus affins par l'utilisation d'outils de chémoinformatique.
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Corsi, Flavia. "Towards the in silico reconstruction of protein interaction networks : identification of DNA- and RNA-protein interfaces, and construction of a database of multiple interactions of proteins." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2019. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2019SORUS452.pdf.
Анотація:
Cette thèse porte sur la caractérisation et la prédiction des interfaces protéine-ADN et -ARN, et des comparaisons avec les interfaces protéine-protéine. Nous avons créé un ensemble non-redondant et représentatif de 187 complexes protéine-ADN à haute résolution, comprenant aussi les conformations non liées de 82 protéines. Cette base de données peut servir de référence dans le domaine. Nous avons mené une analyse exhaustive des propriétés de séquence et structurels des interfaces protéine-ADN/ARN et nous les avons comparé avec les propriétés des interfaces protéine-protéine et celles des régions protéiques non-interagissantes. Nous avons développé JET2DNA et JET2RNA, nouvelles méthodes pour la prediction des sites de liaison protéine-ADN/ARN à la surface des protéines. En combinant quatre descripteurs biologiquement pertinents, elles surpassent des méthodes par apprentissage machine. Elles permettent aussi de découvrir des sites de liaison alternatifs avec l'ADN/ARN et de déchiffrer leurs propriétés. Afin de donner un aperçu global de la plasticité des protéines interagissant avec l'ADN, nous avons construit la base de données protéine-(protéine)-ADN (P(P)DNAdb). Elle inclut les 187 complexes protéine-ADN de notre ensemble de référence, les forme libres des protéines et les structures des autres complexes où ces protéines, ou des homologues proches, sont impliqués. L'utilisateur peut accéder aux propriétés des interfaces, visualiser les changements de conformation associés à la liaison avec des partenaires différents et localiser les résidus interagissants avec l'ADN dans les autres structures de la même protéineThis thesis focuses on the characterization and prediction of DNA- and RNA-binding sites on protein structures, with some comparisons with protein-protein ones. We compiled and manually curated a non-redundant and representative set of 187 high resolution protein-DNA complexes, with the available 82 protein unbound conformations, that could be used as a reference benchmark. We conducted a comprehensive analysis of sequence- and structure-based properties of protein-DNA/RNA interfaces and compared them with respect to protein-protein interfaces and to non-interacting protein regions. We developed JET2DNA and JET2RNA, new methods for predicting DNA- and RNA-binding sites on protein surfaces. Combining four biologically meaningful descriptors, they outperform other machine-learning methods, in terms of predictive power and robustness to conformational changes. Our tools demonstrated to be instrumental in discovering alternative DNA/RNA-binding sites and in deciphering their properties. This could be very helpful for drug design and repurposing. To give a comprehensive view of plasticity of DNA-binding proteins and structural information on their multiple interactions, we constructed the Protein-(Protein)-DNA database (P(P)DNAdb). It comprises the 187 protein-DNA complexes in our benchmark, protein unbound forms and structures of other complexes where the proteins, or closed homologs, were in contact with other proteins. The user can access properties of the interfaces, visualize conformational changes associated to the binding of different partners and the location of the DNA-binding residues on the unbound structures and on the complexes with the other protein partners
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Fradin, Aurelie. "Identification des modifications post-traductionnelles d'Ilf3 (Interleukin enhancer binding factor 3) et de NF90 (Nuclear Factor 90) et étude de leur rôle(s) fonctionnel(s)." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066222/document.
Анотація:
Ilf3 et NF90, deux protéines de liaison aux ARN localement structurés en double-brin, sont générées par épissage mutuellement exclusif à partir du gène ILF3. Pour chacune d’entre-elles, un épissage alternatif permet la synthèse de deux isoformes, une longue et une courte, qui diffèrent par la présence ou non d’une séquence de 13 acides aminés localisée à leur extrémité N-terminale et qui correspond à un signal de localisation nucléolaire. La particularité de ces deux protéines est de présenter une forte hétérogénéité avec au moins 20 isoformes produites à partir du même gène, 12 pour Ilf3 et 8 pour NF90. Elle est générée par deux mécanismes complémentaires, l’épissage alternatif et les modifications post-traductionnelles dont deux ont été mises en évidence au laboratoire, la diméthylation asymétrique de l’arginine 609/622 présente dans une séquence consensus de type RGG et catalysée par PRMT1 (« protein arginine N-methyltransferase 1 ») ainsi qu’une phosphorylation sur la sérine 190/203. Ce polymorphisme pourrait être à l’origine des différences de localisation subcellulaire observées selon l’isoforme considérée et/ou aurait comme fonction de réguler soit leurs interactions avec leurs partenaires protéiques ou nucléiques, soit leur activité biologique. Par des expériences d’immunofluorescence et de « GST pull-down », il a été montré que ces deux modifications post-traductionnelles d’Ilf3 et de NF90 ne semblent impliquées ni dans leur localisation subcellulaire, ni dans la régulation de leurs interactions avec leurs partenaires protéiques. Du fait des nombreuses fonctions associées aux protéines Ilf3 et NF90 dans la littérature, les modifications identifiées pourraient être impliquées dans la régulation de leurs interactions avec leurs partenaires nucléiques, ADN ou ARNIlf3 and NF90, two double stranded RNA-binding proteins, are generated by exclusive splicing from the ILF3 gene. For each one, a 5? alternative splicing leads to the synthesis of a long and a short isoforms that differ by the presence or not of 13 amino acid sequence at their N-terminus corresponding to a nucleolar localization signal. The characteristic of these two proteins is to exhibit a high degree of heterogeneity with at least 20 isoforms produced from the same gene, 12 for Ilf3 and 8 for NF90. It is generated by two complementary mechanisms, alternative splicing and posttranslational modifications which two have been identified in the laboratory, the arginine 609/622 asymmetric dimethylation present in a RGG consensus sequence and catalyzed by PRMT1 ("protein arginine N-methyltransferase 1") and the serine 190/203 phosphorylation. This polymorphism could explain the various cellular functions described for both proteins and could regulate their subcellular localization and the interaction with protein or nucleic partners. By immunofluorescence and GST pull-down experiments, it was shown that these two posttranslational modifications of Ilf3 and NF90 neither seem involved in their subcellular localization, nor in the regulation of interactions with their protein partners. Because of the many functions associated with Ilf3 and NF90 proteins in the literature, the identified modifications may be implicated in regulating the interactions with their nucleic partners, DNA or RNA
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Viard, Julia. "Identification et manipulation d’interactions protéines - protéines codées par des gènes impliqués dans des synaptopathies." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLE033.
Анотація:
De nombreuses maladies neurodéveloppementales ont une architecture génétique complexe impliquant de nombreux gènes dérégulés et sont caractérisées par des anomalies de la synapse. Afin de mieux caractériser comment ces diverses altérations génétiques résultent dans des phénotypes synaptiques, nous nous sommes intéressés à l’analyse des interactions protéines – protéines codées par ces différents gènes pour tenter d’identifier des voies moléculaires dérégulées au niveau de la synapse.Dans cet objectif, ce travail de thèse s’est intéressé à deux synaptopathies, la déficience intellectuelle dans le Syndrome de Down et à la déficience intellectuelle et l’autisme causés par des modifications structurales dans le gène AUTS2.Premièrement, l’étude à grande échelle des interactions des protéines codées par le chromosome 21 par la méthode de double-hybride de levure nous a permis de mettre en évidence un réseau de protéines impliquées dans la synapse qui est enrichi en gènes de la déficience intellectuelle. Nous avons également mis en évidence des interactions nucléaires perturbées dans un modèle murin surexprimant DYRK1A et responsables d’une perte de de plasticité synaptique (potentialisation à long-terme NMDA indépendante).Deuxièmement, nous avons caractérisé la mécanistique liée au changement de dosage du gène AUTS2, un gène impliqué dans l’autisme et la déficience intellectuelle. Nous avons mis en évidence un complexe entre AUTS2 et TTC3, l’E3 ligase d’AKT capable de moduler l’ubiquitination d’AKT au niveau de la synapse. Nous avons restauré le phénotype synaptique induit des modulations du dosage d’AUTS2 par injection d’AKT et mis au point deux modèles murins de délétion et de duplication du locus AUTS2 (~1Mb) par ingénierie génétique. Ces modèles présentent des anomalies synaptiques.En conclusion, ce travail illustre l’intérêt d’étudier les interactions protéiques pour comprendre la mécanistique au niveau de la synapse des perturbations multigéniques observées dans ces maladiesMany neurodevelopmental diseases have a complex genetic architecture involving several deregulated genes and are characterized by synaptic perturbations. In order to explore how these various genetic alterations result in synaptic phenotypes, we analysed protein - protein interactions encoded by these different genes leading us to identify novel deregulated molecular pathways at the synapse.This work focussed on two different synaptopathies, the intellectual disability in Down syndrome and cognitive impairment and autism caused by the structural changes in the AUTS2 gene.First, we performed a large-scale study of the interactions of the proteins encoded by the chromosome 21, using yeast two-hybrid, and identified a network of synaptic protein which is enriched in genes involved in intellectual disability. We also highlighted nuclear interactions that are disrupted in a mouse model overexpressing DYRK1A and impair a NMDA-independent Long-Term Potentiation (LTP) synaptic plasticity phenotype.Then, we characterized the mechanistic of the gene dosage alteration of AUTS2 involved in autism and intellectual disability. We have identified a complex between AUTS2 and TTC3, the E3 ligase of AKT mediating the ubiquitination of Akt at the synapse. We managed to rescue the synaptic phenotype induced by the silencing of AUTS2 by injection of AKT and generated two mouse models displaying either duplication or deletion of the AUTS2 locus (~1Mb). These mouse models display synaptic defects.In conclusion, this work shows the relevance of studying protein interactions to understand the mechanistic consequences of multigene disturbances observed at the synapses in these diseases
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Bachiri, Kamel. "Identification des interactions oncogéniques du Polyomavirus à cellules de Merkel." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2023. http://www.theses.fr/2023ULILS113.
Анотація:
Le carcinome à cellules de Merkel (CCM) est un cancer de la peau agressif et de très mauvais pronostic. Ce cancer est lié à la présence du Polyomavirus à cellules de Merkel dans 80% des cas. Ce Polyomavirus exprime deux oncoprotéines virales : sT et LT tronquée. L'expression des deux antigènes T est suffisante à l'émergence du cancer et responsable de la perturbation de checkpoints de signalisation, de la modification du profil épigénétique et de l'évasion immunitaire. L'interactomique et la protéomique nous ont permis d'identifier de nombreux facteurs épigénétiques en relation avec les antigènes T. Nous avons aussi mis en lumières de des mécanismes candidats touchant la régulation de la stabilité protéique, l'expression génique et la stabilité génétique via la voie de réponse aux dommages de l'ADN. Les hypothèses issues de ces analyses ont été testées de manière ciblée. Un lien entre la peptidyl-prolyl cis/trans isomérase et la neddylation a pu être mis en évidence. Nous avons ainsi identifié un mécanisme candidat de régulation de l'activité des complexes d'ubiquitinylation à travers le recrutement de PIN1 et l'isomérisation par un primo de neddylation. L'étude d'EHMT2, régulateur épigénétique d'intérêt, a révélée l'importance de son rôle dans la réponse aux dommages de l'ADN au sein des CCM virus positifs (VP). Nous avons identifié un rôle protecteur de tLT et d'EHTM2 des dommages de l'ADN au sein des CCM-VP. Un rôle de EHMT2 dans la réparation suivant un stress réplicatif est aussi apparu. Nous avons découvert de nouveaux mécanismes importants dans l'oncogénèse des CCM-VP, rapportant pour la première fois un rôle central de tLT dans la gestion des dommages à l'ADNMerkel cell carcinoma (MCC) is an extremely aggressive skin cancer with a high mortality rate. In 80% of cases, this cancer is linked to the presence of the Merkel cell polyomavirus which expresses two viral oncoproteins, small T and a truncated form of large T. The expression of these proteins is sufficient for carcinogenesis, inducing the disruption of cell cycle checkpoints, changes in the epigenetic profile, and immune evasion. The combination of interactomics and proteomics approaches allowed us to identify numerous epigenetic factors related to the T antigens. These studies have also highlighted potential mechanisms involving the regulation of protein stability, gene expression, and genetic stability via an altered DNA damage response pathway. The hypotheses formulated following these analyses were investigated in targeted assays. A link between the peptidyl-prolyl cis/trans isomerase and neddylation was demonstrated. We have thus identified a new potential mechanism for regulating the activity of ubiquitination complexes involving the recruitment of PIN1 to these complexes, thus their isomerization, by neddylation. The study of the EHMT2 functions, an epigenetic regulator of interest, revealed the importance of its role in the DNA damage response in virus positive MCC (VP-MCC). We were able to identify a protective role of tLT and EHMT2 in DNA damages in VP-MCC cells. More specifically, we also report a role of EHMT2 in solving single strand DNA breaks following replication stress. Our works have enabled the discovery of new important mechanisms in VP-MCC oncogenesis, reporting for the first time a central role of tLT in DNA damages management
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Ben, Salah Iskandar. "Les mycobactéries du complexe Mycobacterium avium : identification et interactions avec les amibes libres." Aix-Marseille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX20682.
Анотація:
Les amibes libres sont des eucaryotes unicellulaires qui hébergent des mycobactéries environnementales. Cette association permet aux mycobactéries de résister aux conditions défavorables après sélection de stratégies de contournement de la phagocytose au profit des mycobactéries qui utilise les amibes comme “cheval de Troie”. Nous avons montré que 26 espèces de mycobactéries étaient capables de survivre dans les trophozoïtes et dans les kystes d’Acanthamoeba polyphaga. Nous avons ensuite sélectionné les mycobactéries du complexe Mycobacterium avium (MAC) comme prototypes des interactions avec les amibes. Dans un premier travail, nous avons identifié les espèces du MAC par une approche polyphasique basée sur le séquençage partiel du gène rpoB. Cette séquence permet de différentier les espèces et les sous espèces du MAC avec une divergence de 0. 7-5. 1% au sein des souches de références. Parmi les 100 isolats cliniques étudiés, ce cut-off a permis d’identifier 83% de M. Avium, 2% de M. Chimaera, 8% de M. Intracellulare et 7 souches atypiques. Nous avons ensuite montré que 5/7 des souches atypiques étaient représentatives de trois nouvelles espèces que nous avons nommées : M. Marseillense, M. Bouchedurhonense et M. Timonense. Ce travail a été appliqué à la description d’adénopathie à M. Colombiense. Nous avons enfin étudié les interactions des 8 espèces du MAC avec A. Polyphaga et nous avons montré qu’elles étaient toutes capable de se multiplier et de survivre dans les trophozoïtes et les kystes d’A. Polyphaga. En conclusion le séquençage du gène rpoB constitue un outil moléculaire performant pour la détection de nouvelles espèces dans le MAC et l’étude de leurs interactions avec les amibes.
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Verreman, Kathye. "Identification et caractérisation de nouveaux partenaires du facteur de transcription ERM." Thesis, Lille 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LIL10057/document.
Анотація:
ERM est un facteur de transcription de la famille ETS appartenant au groupe PEA3 qui joue un rôle important dans divers processus biologiques dont la tumorigenèse mammaire. La régulation de son activité transcriptionnelle nécessite des modifications post-traductionnelles et des interactions avec des partenaires. Nous avons mis au point différentes techniques de chromatographie d’affinité dans le but d’identifier de nouveaux partenaires d’ERM. Parmi ceux-ci, trois ont été confirmés comme partenaires directs d’ERM : la protéine CoAA (CoActivator Activator) et les protéines MED23 et MED25. MED23 et MED25 sont des sous-unités du médiateur, complexe qui régule la transcription en intégrant les signaux entre des facteurs de transcription et la machinerie transcriptionnelle. Nous avons démontré que ces protéines interagissent in vitro et in vivo avec ERM et sont nécessaires à l’activation transcriptionnelle induite par ce facteur de transcription. Toutefois, ces sous-unités ont une capacité différente de recrutement du médiateur sur ERM in vitro.La ribonucléoprotéine CoAA régule l’expression de certains gènes et l’épissage alternatif des ARN messagers. CoAA interagit in vitro et in vivo avec ERM. L’activité d’ERM est augmentée par la surexpression de CoAA tandis qu’elle est diminuée par sa sous-expression. Cette activation médiée par CoAA est liée à une modulation du taux de sumoylation d’ERM. Ces travaux ont permis de définir de nouvelles voies de régulation de l’activité transcriptionnelle d’ERM et des autres membres du groupe PEA3. Il reste maintenant à préciser les mécanismes impliqués dans la modulation de l’activité des membres du groupe PEA3 par ces nouveaux interacteursERM is an ETS transcription factor which belongs to the PEA3 group and is involved in several processes such as migration and dissemination during organogenesis and cancer development. Regulation of its transcriptional activity requires post-translational modifications and interactions with partner proteins. In order to identify new ERM partners, we have developed various affinity chromatography techniques to isolate new potential partners. Among these candidates, CoAA (CoActivator Activator), MED23 and MED25 directly interact with ERM.MED23 and MED25 are subunits of the mediator. The mediator is a 30 sub-units multi-protein complex which mediates signals from transcription factors bound at upstream promoter elements or enhancers to RNA polymerase II and the general initiation factors bound at the core promoter. We found that MED23 and MED25 interact with ERM in vitro and in vivo and are required for transcriptional activation induced by ERM. However, these sub-units display various ability to recruit the mediator on ERM in vitro. The heterogeneous nuclear ribonucleoprotein-like protein CoAA regulates gene expression and RNA splicing. We demonstrated that ERM interacts in vitro and in vivo with CoAA. ERM transcriptional activity is enhanced upon CoAA overexpression and is decreased by CoAA knock-down. We demonstrated that CoAA modulates ERM transcriptional activity by decreasing sumoylated ERM levels. This work demonstrated new ways to regulate the activity of ERM and the two other PEA3 group members. The molecular mechanisms involved in the modulation of PEA3 member activity by these partners remain to be clarified
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Michaux, Charlotte. "Identification et caractérisation fonctionnelle de petits ARN non codants chez Enterococcus faecalis et analyse d'une protéine "RNA-binding"." Caen, 2013. http://www.theses.fr/2013CAEN2094.
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Tahir, Shifa. "A docking-based method for in silico epitope determination." Thesis, Tours, 2018. http://www.theses.fr/2018TOUR4008.
Анотація:
Le développement des anticorps thérapeutiques s'est rapidement accéléré dans les 10 dernières années et concerne un nombre croissant de pathologies. La connaissance de l'épitope, à savoir la région de la cible à laquelle l'anticorps se fixe, est essentielle pour la compréhension des effets fonctionnels de ce dernier. Nous avons développé une méthode in silico, MAbTope, qui permet une prédiction précise de cet épitope, quand bien même aucune structure 3D de l'anticorps d’intérêt n'est résolue. Cette méthode se base sur une méthode d'amarrage protéine-protéine développée auparavant dans l’équipe BIOS. Le jeu d'apprentissage a été fortement enrichi en complexes anticorps-cibles, de nouvelles fonctions de score spécifiques ont été mises au point, et le plus important, l'objectif de l'apprentissage-machine a été modifié pour optimiser non plus la conformation de !'assemblage, mais la prédiction de l'épitope. Nous montrons que la méthode qui en résulte permet une prédiction précise et robuste de l'épitope, que la structure 3D de l'anticorps soit connue ou non. Nous montrons également comment les prédictions peuvent être facilement exploitées pour la validation expérimentale. Enfin, nous montrons comment la méthode peut être utilisée pour étudier à haut-débit le recouvrement d'épitopes par des anticorps ayant la même cibleThe development of therapeutic antibodies has been rapidly increasing in the last 10 years, with application to an increasing number of pathologies. The knowledge of the epitope, the region of the antigen to which the antibody binds, is crucial for understanding its functional effects. We have developed an in silico method, MAbTope, which allows the accurate prediction of the epitope, regardless of the availability of the 3D structure of the antibody of interest. This method is based on a protein-protein docking method previously developed in the BIOS group. The learning dataset was enlarged in antibody-antigen complexes, new specific scoring functions have been designed, and very importantly, the objective of machine-learning was switched from the conformational perspective towards the epitope determination perspective. We show that the resulting method allows robust and accurate prediction, whether or not the 3D structure of the antibody is available. We also show how the predictions can be easily exploited for experimental validation. Finally, we show how this method can be used for high-throughput epitope binning
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Guermann, Benoît. "Identification et étude fonctionnelle d'une famille de proréines mitochondriales à motif RRM chez les plantes supérieures." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2004. http://www.theses.fr/2004STR13084.
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Choul-Li, Souhaila. "Le facteur de transcription Ets-1 : identification de nouveaux partenaires protéiques et étude du clivage par les caspases." Thesis, Lille 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LIL10099/document.
Анотація:
Ets-1 est un facteur de transcription qui régule des gènes impliqués dans divers processus physiologiques et pathologiques. Il n’agit pas seul au niveau de ses promoteurs cibles mais en coopération avec une variété de partenaires protéiques. L’identification de nouvelles protéines interagissant avec Ets-1 devrait nous permettre de mieux appréhender certaines de leurs fonctions intrinsèques. Dans ce but, nous avons mis au point une stratégie de purification par affinité des partenaires protéiques d’Ets-1. Ceci nous a permis d’identifier et de confirmer comme partenaires d’interaction d’Ets-1, les trois protéines du complexe DNA-PK : Ku70, Ku86 et DNA-PKcs. Nous avons ensuite déterminé les conséquences fonctionnelles des interactions. Ces résultats ont permis de définir une nouvelle régulation de son activité qui pourrait fournir de nouveaux indices pour comprendre les diverses fonctions d’Ets-1.Dans une autre étude, nous avons démontré que l’isoforme majoritaire Ets-1 p51 est un nouveau substrat de la caspase-3, protéase effectrice de la machinerie apoptotique. En effet, Ets-1 p51, mais pas le variant d’épissage Ets-1 p42, est clivé in vitro et dans des cellules apoptotiques par la caspase-3. Ce clivage génère trois fragments C-terminaux : Cp20, Cp17 et Cp14 et un fragment N-terminal Np36. le fragment Cp17, le principal produit de clivage, est capable de bloquer l’activation des promoteurs cibles induites par Ets-1 p51, démontrant ainsi ses propriétés de dominant négatif naturel. Ces données suggèrent un nouveau mécanisme de régulation d'Ets-1 via son clivage par la caspase-3 en générant un fragment dominant négatif qui peut jouer un rôle actif durant l'apoptoseEts-1 is a transcription factor that regulates genes involved in various physiological and pathological processes. Ets-1 proteins do not act alone on their target promoters but with a wide range of protein partners. Identifying novel proteins that interact with Ets-1 should permit a better understanding of the intrinsic functions of the Ets-1 proteins. For this purpose, we develop an affinity purification strategy of Ets-1 interaction partners using streptavidin pull-down assay. We thereby identified new potentials interaction partners consisting for a heterotrimeric complex of DNA-PK, made up of Ku70, Ku86 and DNA-PKcs. Then, we characterized the functional consequences of the interactions. These results have permit to identify a new regulation of its activity that could provide new clues to understand the diverse functions of Ets-1.In another study, we demonstrated that the majority isoform Ets-1 p51 is a novel cleavage substrate of caspase-3, an effector protease of apoptosis. Indeed, Ets-1 p51, but not the spliced variant Ets-1 p42, is processed in vitro and in cells undergoing apoptosis by caspase-3. These cleavages lead to the generation of three C-terminal fragments Cp20, Cp17 and Cp14 and a N-terminal fragment, Np36. The Cp17 fragment, the major cleavage product generated during apoptosis, inhibits Ets-1 p51-mediated transactivation of target genes, acting thus as a natural dominant-negative of the full-length Ets-1 p51 protein. These data suggest a novel mechanism of Ets-1 p51 regulation through its caspase-mediated cleavages and generation of a dominant-negative fragment, which may play active role during apoptosis
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Bichraoui, Hicham. "Identification de nouveaux déterminants moléculaires de l'interaction du récepteur des dihydropyridines avec le récepteur à la ryanodine." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2010. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00615499.
Анотація:
L'excitation nerveuse d'une cellule musculaire produit une libération massive dans le cytoplasme du Ca2+ stocké dans le réticulum sarcoplasmique (RS). L'augmentation de la concentration cytoplasmique de Ca2+ déclenche la contraction. Ce processus, appelé couplage excitation contraction (CEC), requiert des interactions physiques entre deux canaux calciques: (1) le récepteur des dihydropyridines (DHPR), un canal calcique activé par le voltage ; le DHPR est composé de plusieurs sous-unités, dont la sous-unité α1S, qui forme le canal et le détecteur de potentiel, et la sous-unité ß1a, entièrement cytoplasmique; (2) le récepteur à la ryanodine (RyR1) responsable de la libération de Ca2+ hors du RS. La sous unité ß1a interagit avec la sous-unité α1S et RyR1. Au cours de ma thèse, j'ai identifié de nouveaux déterminants moléculaires et structuraux de l'interaction DHPR/RyR1. J'ai ainsi démontré l'existence d'interactions intramoléculaires entre les différentes boucles cytoplasmiques de la sous-unité α1S du DHPR, centrées autour d'un domaine appelé domaine A. J'ai également localisé le site d'interaction de la cavéoline-3 sur une boucle cytoplasmique de la sous-unité α1S. L'étude de l'interaction de la sous-unité ß1a avec RyR1 a montré (1) que la région C-terminale de ß1a contrôle cette interaction, (2) que l'affinité apparente de ß1a pour RyR1 est fortement augmentée par l'interaction de ß1a avec α1S et (3) que l'interaction ß1a/RyR1 régule la fermeture du RyR. L'utilisation d'une toxine, la maurocalcine (MCa) qui se comporte comme un analogue du domaine A m'a permis d'identifier un domaine minimal de RyR1 responsable de la fixation de la MCa et du domaine A. Une étude structurale par RMN de ce site a été réalisée. Enfin, j'ai étudié l'effet de la MCa sur des myotubes n'exprimant pas la sous-unité α1S. J'ai montré que la MCa est capable de restaurer, en absence de DHPR, une augmentation de la concentration de Ca2+ cytoplasmique induite par la dépolarisation de la membrane plasmiqueIn skeletal muscle, the action potential triggers muscle contraction through a massive calcium release from the sarcoplasmic reticulum (SR). This process, called excitation-contraction coupling (ECC), requires physical interactions between two calcium channels: (1) the dihydropyridine receptor (DHPR), a voltage-dependent channel composed of four subunits among which the α1S subunit, that forms both the pore and the voltage-sensor, and the ß1a subunit fully cytoplasmic, and (2) the ryanodine receptor (RyR1) which is responsible of calcium release from SR. ß1a subunit interacts with both RyRl and the α1S subunit. The mechanism whereby the DHPR is functionally coupled to RyR1 is still not clearly understood. During my thesis, I identified new molecular and structural determinants of the interaction between RyR and DHPR. I demonstrated the existence of intramolecular interactions between the cytoplasmic loops of the α1S subunit centered on a domain called domain A. I also localized the site of interaction of the caveoline-3 on the 1-11 loop of al S. The study of the interaction of the ßla subunit with RyR1 showed (1) that the C-terminal region of ß1a controls this interaction, (2) that the affinity of this interaction is strongly increased by the interaction of ß1a with α1S, and 3) that the interaction ß1a/RyR1 regulates the closure of RyR1. The use of a toxin, the maurocalcine (MCa) which behaves as an analogue of the domain A allowed me to identify a minimal domain of RyR1 responsible for the binding of the MCa and the domain A. A structural study by NMR of this domain has been realized. Finally, I studied the effect of the MCa on myotubes not expressing the α1S sub-unit. I showed that the MCa is capable of restoring in absence of DHPR, an increase of the cytoplasmic Ca2+ concentration triggered by the depolarization of the plasma membrane
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Bichraoui, Hicham. "Identification de nouveaux déterminants moléculaires de l'interaction du récepteur des dihydropyridines avec le récepteur à la ryanodine." Grenoble 1, 2010. http://www.theses.fr/2010GRENV025.
Анотація:
L'excitation nerveuse d'une cellule musculaire produit une libération massive dans le cytoplasme du Ca2+ stocké dans le réticulum sarcoplasmique (RS). L'augmentation de la concentration cytoplasmique de Ca2+ déclenche la contraction. Ce processus, appelé couplage excitation contraction (CEC), requiert des interactions physiques entre deux canaux calciques: (1) le récepteur des dihydropyridines (DHPR), un canal calcique activé par le voltage ; le DHPR est composé de plusieurs sous-unités, dont la sous-unité α1S, qui forme le canal et le détecteur de potentiel, et la sous-unité ß1a, entièrement cytoplasmique; (2) le récepteur à la ryanodine (RyR1) responsable de la libération de Ca2+ hors du RS. La sous unité ß1a interagit avec la sous-unité α1S et RyR1. Au cours de ma thèse, j'ai identifié de nouveaux déterminants moléculaires et structuraux de l'interaction DHPR/RyR1. J'ai ainsi démontré l'existence d'interactions intramoléculaires entre les différentes boucles cytoplasmiques de la sous-unité α1S du DHPR, centrées autour d'un domaine appelé domaine A. J'ai également localisé le site d'interaction de la cavéoline-3 sur une boucle cytoplasmique de la sous-unité α1S. L'étude de l'interaction de la sous-unité ß1a avec RyR1 a montré (1) que la région C-terminale de ß1a contrôle cette interaction, (2) que l'affinité apparente de ß1a pour RyR1 est fortement augmentée par l'interaction de ß1a avec α1S et (3) que l'interaction ß1a/RyR1 régule la fermeture du RyR. L'utilisation d'une toxine, la maurocalcine (MCa) qui se comporte comme un analogue du domaine A m'a permis d'identifier un domaine minimal de RyR1 responsable de la fixation de la MCa et du domaine A. Une étude structurale par RMN de ce site a été réalisée. Enfin, j'ai étudié l'effet de la MCa sur des myotubes n'exprimant pas la sous-unité α1S. J'ai montré que la MCa est capable de restaurer, en absence de DHPR, une augmentation de la concentration de Ca2+ cytoplasmique induite par la dépolarisation de la membrane plasmiqueIn skeletal muscle, the action potential triggers muscle contraction through a massive calcium release from the sarcoplasmic reticulum (SR). This process, called excitation-contraction coupling (ECC), requires physical interactions between two calcium channels: (1) the dihydropyridine receptor (DHPR), a voltage-dependent channel composed of four subunits among which the α1S subunit, that forms both the pore and the voltage-sensor, and the ß1a subunit fully cytoplasmic, and (2) the ryanodine receptor (RyR1) which is responsible of calcium release from SR. ß1a subunit interacts with both RyRl and the α1S subunit. The mechanism whereby the DHPR is functionally coupled to RyR1 is still not clearly understood. During my thesis, I identified new molecular and structural determinants of the interaction between RyR and DHPR. I demonstrated the existence of intramolecular interactions between the cytoplasmic loops of the α1S subunit centered on a domain called domain A. I also localized the site of interaction of the caveoline-3 on the 1-11 loop of al S. The study of the interaction of the ßla subunit with RyR1 showed (1) that the C-terminal region of ß1a controls this interaction, (2) that the affinity of this interaction is strongly increased by the interaction of ß1a with α1S, and 3) that the interaction ß1a/RyR1 regulates the closure of RyR1. The use of a toxin, the maurocalcine (MCa) which behaves as an analogue of the domain A allowed me to identify a minimal domain of RyR1 responsible for the binding of the MCa and the domain A. A structural study by NMR of this domain has been realized. Finally, I studied the effect of the MCa on myotubes not expressing the α1S sub-unit. I showed that the MCa is capable of restoring in absence of DHPR, an increase of the cytoplasmic Ca2+ concentration triggered by the depolarization of the plasma membrane
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Cossé, Mathilde. "Identification et caractérisation d'un nouvel effecteur précoce de Chlamydia trachomatis." Thesis, Paris 6, 2016. http://www.theses.fr/2016PA066083/document.
Анотація:
C. trachomatis est une bactérie Gram-négative intracellulaire obligatoire et un pathogène humain. Première cause de maladie sexuellement transmissible d'origine bactérienne, elle est également responsable, dans les pays en développement, d'infections oculaires pouvant conduire à la cécité (trachome). Son cycle de développement bi-phasique a lieu au sein d'un compartiment appelé inclusion. Grâce à un système de sécrétion de type 3 (SST3), Chlamydia sécrète des protéines dans le cytosol de la cellule afin de promouvoir sa survie et sa multiplication. Ces protéines sont désignées sous le terme d'effecteursC. trachomatis is an obligate intracellular Gram-negative bacteria and a human pathogen. It is the most prevalent cause of sexually transmitted diseases of bacterial origin and a leading cause of preventable blindness in the developing world. During their biphasic developmental cycle the bacteria remains in a membrane-bounded cellular compartment called an inclusion. Using a type 3 secretion system (T3SS) they translocate effector proteins inside the cytosol of the cell to promote its survival and multiplication.The aim of the PhD was to study the function of CT622, a hypothetic protein from C. trachomatis. We showed that CT622 is an effector protein from the T3SS and that it is secreted early during the infection. We identified a bacterial protein that binds to CT622, and we showed that it acts as a chaperone, stabilizing CT622 and enhancing its secretion. We obtained bacteria lacking CT622 expression, thus demonstrating that CT622 is not essential for bacterial growth in vitro. However, preliminary studies indicate that in the absence of CT622 bacterial development is delayed and T3SS is defective.We identified several molecules interacting with CT622: geranylgeranyl diphosphate, Rab39 and Atg16L1 proteins. Future work will aim at understanding how these identified interactions, or other bacterial or cellular partners still to be discovered, contribute to the establishment of a niche favorable to bacterial development
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Desjobert, Cécile. "L'intégrase du virus de l'immunodéficience humaine de type 1 : identification de ligands protéiques et peptidiques : étude de ces interactions physiques et fonctionnelles." Bordeaux 2, 2005. http://www.theses.fr/2005BOR21204.
Анотація:
Le SIDA est un problème de santé publique mondial. L'intégrase catalyse une étape cruciale du cycle infectieux du VIH-1 : l'intégration de l'ADN viral dans le génome cellulaire. L'IN constitue donc une cible intéressante, qui n'est pas encore utilisée dans les thérapies actuelles. De plus, elle interagit avec des facteurs au sein du complexe de préintégration (CPI), qui optimisent ses activités dans le noyau. Ces partenaires ne sont pas tous identifiés et leur effet sur l'IN n'est pas compris. Nous avons étudié les interactions entre l'IN et la RT, car ces deux enzymes virales sont présentes dans le CPI et leurs activités sont mutuellement régulées pendant le cycle viral. Grâce à des essais en ELISA et en pull-down, nous avons démontré l'interaction entre ces deux enzymes. De plus, la RT est capable d'inhiber les activités de l'IN à un ratio de 1 : 13 Pour isoler des partenaires cellulaires de l'IN nous avons employé la méthode du double-hybride. Nous avons ainsi identifié des protéines associées aux microtubules, suggérant un rôle de ce réseau dans le transport de l'IN vers le noyau. Finalement, le phage-display a été utilisé pour cribler des heptapeptides aléatoires, ligands de l'IN. L'un d'entre eux s'est révélé être un inhibiteur efficace de son activité de transfert de brin. Ce peptide pourra être utilisé comme base pour définir de nouveaux agents anti-INAIDS is a worldwide health problem. Integrase (IN) catalyzes a crucial step of the HIV-1 infectious cycle : integration of the viral DNA into the cellular genome. So IN is an attractive target which is not yet used in current therapies. Moreover the retroviral IN interacts with other factors in a preintegration complex (PIC) that optimizes its activities in the nucleus. These partners are not all identified and their action on IN is not well understood. We studied the interactions between IN and RT because these two viral enzymes are present in the PIC and their activities are mutually regulated during the viral cycle. Using ELISA and pull-down, we demonstrated the interaction between the two enzymes. Therefore RT is able to inhibit IN activities at a ratio of 1 : 1. To isolate cellular partners of IN we used the yeast-two hybrid system. We identified microtubule-associated proteins, suggesting a role of this network in the transport of IN to the nucleus. Finally, phage-display method was used to screen random heptapeptides ligands of IN. One of them was found to be an efficient inhibitor of its strand transfer reaction. This peptide could be used as a base for developing new anti-integrase compounds
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Cossé, Mathilde. "Identification et caractérisation d'un nouvel effecteur précoce de Chlamydia trachomatis." Electronic Thesis or Diss., Paris 6, 2016. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2016PA066083.pdf.
Анотація:
C. trachomatis est une bactérie Gram-négative intracellulaire obligatoire et un pathogène humain. Première cause de maladie sexuellement transmissible d'origine bactérienne, elle est également responsable, dans les pays en développement, d'infections oculaires pouvant conduire à la cécité (trachome). Son cycle de développement bi-phasique a lieu au sein d'un compartiment appelé inclusion. Grâce à un système de sécrétion de type 3 (SST3), Chlamydia sécrète des protéines dans le cytosol de la cellule afin de promouvoir sa survie et sa multiplication. Ces protéines sont désignées sous le terme d'effecteursC. trachomatis is an obligate intracellular Gram-negative bacteria and a human pathogen. It is the most prevalent cause of sexually transmitted diseases of bacterial origin and a leading cause of preventable blindness in the developing world. During their biphasic developmental cycle the bacteria remains in a membrane-bounded cellular compartment called an inclusion. Using a type 3 secretion system (T3SS) they translocate effector proteins inside the cytosol of the cell to promote its survival and multiplication.The aim of the PhD was to study the function of CT622, a hypothetic protein from C. trachomatis. We showed that CT622 is an effector protein from the T3SS and that it is secreted early during the infection. We identified a bacterial protein that binds to CT622, and we showed that it acts as a chaperone, stabilizing CT622 and enhancing its secretion. We obtained bacteria lacking CT622 expression, thus demonstrating that CT622 is not essential for bacterial growth in vitro. However, preliminary studies indicate that in the absence of CT622 bacterial development is delayed and T3SS is defective.We identified several molecules interacting with CT622: geranylgeranyl diphosphate, Rab39 and Atg16L1 proteins. Future work will aim at understanding how these identified interactions, or other bacterial or cellular partners still to be discovered, contribute to the establishment of a niche favorable to bacterial development
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Bichraoui, Hicham. "IDENTIFICATION DE NOUVEAUX DETERMINANTS MOLECULAIRES DE L'INTERACTION DU RECEPTEUR DES DIHYDROPYRIDINES AVEC LE RECEPTEUR A LA RYANODINE." Phd thesis, Université de Grenoble, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00615499.
Анотація:
L'excitation nerveuse d'une cellule musculaire produit une libération massive dans le cytoplasme du Ca2+ stocké dans le réticulum sarcoplasmique (RS). L'augmentation de la concentration cytoplasmique de Ca2+ déclenche la contraction. Ce processus, appelé couplage excitation contraction (CEC), requiert des interactions physiques entre deux canaux calciques : (1) le récepteur des dihydropyridines (DHPR), un canal calcique activé par le voltage ; le DHPR est composé de plusieurs sous-unités, dont la sous-unité α1S, qui forme le canal et le détecteur de potentiel, et la sous-unité β1a, entièrement cytoplasmique; (2) le récepteur à la ryanodine (RyR1) responsable de la libération de Ca2+ hors du RS. La sous unité β1a interagit avec la sous-unité α1S et RyR1. Au cours de ma thèse, j'ai identifié de nouveaux déterminants moléculaires et structuraux de l'interaction DHPR/RyR1. J'ai ainsi démontré l'existence d'interactions intramoléculaires entre les différentes boucles cytoplasmiques de la sous-unité α1S du DHPR, centrées autour d'un domaine appelé domaine A. J'ai également localisé le site d'interaction de la cavéoline-3 sur une boucle cytoplasmique de la sous-unité α1S. L'étude de l'interaction de la sous-unité β1a avec RyR1 a montré (1) que la région C-terminale de β1a contrôle cette interaction, (2) que l'affinité apparente de β1a pour RyR1 est fortement augmentée par l'interaction de β1a avec α1S et (3) que l'interaction β1a/RyR1 régule la fermeture du RyR. L'utilisation d'une toxine, la maurocalcine (MCa) qui se comporte comme un analogue du domaine A m'a permis d'identifier un domaine minimal de RyR1 responsable de la fixation de la MCa et du domaine A. Une étude structurale par RMN de ce site a été réalisée. Enfin, j'ai étudié l'effet de la MCa sur des myotubes n'exprimant pas la sous-unité α1S. J'ai montré que la MCa est capable de restaurer, en absence de DHPR, une augmentation de la concentration de Ca2+ cytoplasmique induite par la dépolarisation de la membrane plasmique.
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Mendes, Tiago. "Identification of the modulators of and the molecular pathways involved in the BIN1-Tau interaction." Thesis, Lille 2, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL2S033/document.
Анотація:
Les principales caractéristiques neuropathologiques de la maladie d’Alzheimer (MA) sont les plaques séniles extracellulaires composées de peptide amyloïde β (Aβ) et les enchevêtrements neurofibrillaires intracellulaires composés de Tau hyperphosphorylé. Les mécanismes conduisant à la formation de ces lésions sont encore peu connus et le laboratoire a récemment caractériser le gène “bridging integrator 1” (BIN1), deuxième facteur de risque génétique le plus associé au risque de MA, comme facteur de risque potentiellement associé à la pathologie Tau. Une interaction entre les deux protéines a été décrite in vitro et in vivo suggérant que BIN1 pourrait être impliqué dans le développement de la pathologie associée à Tau dans le cadre de la MA. Cependant, ce rôle de l'interaction BIN1-Tau dans le processus pathophysiologique de la MA n'est pas connu et il reste ainsi à déterminer si cette interaction constitue une cible thérapeutique potentielle. Ce projet a visé alors à mieux comprendre les acteurs de cette interaction en identifiant les modulateurs et les voies moléculaires impliquées dans le contrôle de l'interaction BIN1-Tau, puis de déterminer comment cette interaction est modulée dans le contexte de la MA. Nous avons utilisé pour cela des approches complémentaires de biochimie, de résonance magnétique nucléaire et de microscopie confocale. Comme modèle cellulaire, des cultures primaires de neurones de rat ont été utilisées, et la méthode “proximity ligation assay” (PLA) a été développée comme approche principale pour observer l'interaction BIN1-Tau dans ces cellules. Nous avons déterminé que l'interaction se produit entre les domaines SH3 de BIN1 et le PRD de Tau et nous avons démontré que l’interaction est modulée par la phosphorylation de Tau et BIN1: la phosphorylation de la Thréonine 231 de Tau diminue son interaction avec BIN1, tandis que la phosphorylation de BIN1 à la Thréonine 348 (T348) augmente son interaction avec Tau. Nous avons mis au point une approche de criblage d’haut contenu semi-automatisée et basé sur une bibliothèque de composés commerciaux. Ce criblage s’est basé sur des cultures primaires de neurones comme modèle cellulaire et le PLA pour détecter l'interaction BIN1-Tau. Nous avons identifié plusieurs composés capables de moduler l'interaction BIN1-Tau, notamment U0126, un inhibiteur de MEK-1/2, qui diminue cette interaction, et la cyclosporine A, un inhibiteur de la calcineurine, qui au contraire augmente celle-ci en augmentant la phosphorylation de T348 de BIN1. Par ailleurs les “Cyclin-dependent kinases” (CDK) ont été montré comme contrôlant aussi ce site de phosphorylation. Nous avons donc mis en évidence le couple Calcineurine/CDK comme contrôlant la phosphorylation T348 de Bin1 et donc l’interaction BIN1-Tau. Nous avons également développé un modèle murin de tauopathie dans lequel nous avons surexprimé BIN1 humain. Nous avons observé que la surexpression de BIN1 résorbait les déficits de mémoire à long terme et réduisait la présence d'inclusions intracellulaires de Tau phosphorylée, provoquées par la surexpression de Tau, ce qui était associé à une augmentation de l'interaction BIN1-Tau. En utilisant des échantillons de cerveau humain post-mortem, nous avons observé que les niveaux de l’isoforme BIN1 neuronal étaient diminués dans les cerveaux d’AD, alors que les niveaux relatifs de BIN1 phosphorylé à T348 étaient augmentés, suggérant un mécanisme compensatoire. Cette étude a démontré la complexité et la dynamique de l’interaction BIN1-Tau dans les neurones, a révélé des modulateurs et des voies moléculaires potentiellement impliquées dans cette interaction, et a montré que les variations de l’expression ou de l’activité de BIN1 ont des effets directs sur l’apprentissage et la mémoire, possiblement liés à la régulation de son interaction avec TauThe main neuropathological hallmarks of Alzheimer’s disease (AD) are the extracellular senile plaques composed of amyloid-β peptide (Aβ) and the intracellular neurofibrillary tangles composed of hyperphosphorylated Tau. The mechanisms leading to the formation of these lesions is not well understood and our lab has recently characterized the bridging integrator 1 (BIN1) gene, the second most associated genetic risk factor of AD and the first genetic risk factor to have a potential link to Tau pathology. The interaction between BIN1 and Tau proteins has been described in vitro and in vivo, which suggests that BIN1 might help us to understand Tau pathology in the context of AD. However, the role of BIN1-Tau interaction in the pathophysiological process of AD is not known, and whether this interaction is a potential therapeutic target remains to be determined. The aim of this project is to better understand the actors of BIN1-Tau interaction through the identification of the modulators and the molecular pathways involved therein, as well as to understand how BIN1-Tau interaction is modulated in the context of AD. We employed biochemistry, nuclear magnetic resonance, and confocal microscopy. We used rat primary neuronal cultures (PNC) as the cellular model and developed the proximity ligation assay (PLA) as the main readout of the BIN1-Tau interaction in cultured neurons. We determined that the interaction occurs between BIN1’s SH3 domain and Tau’s PRD domain, and demonstrated that it is modulated by Tau and BIN1 phosphorylation: phosphorylation of Tau at Threonine 231 decreases its interaction with BIN1, while phosphorylation of BIN1 at Threonine 348 (T348) increases its interaction with Tau. We developed a novel, semi-automated high content screening (HCS) assay based on a commercial compound library, also using PNC as the cellular model and PLA as the readout of BIN1-Tau interaction. We identified several compounds that are able to modulate the BIN1-Tau interaction, most notably U0126, an inhibitor of MEK-1/2, which reduced the interaction, and Cyclosporin A, an inhibitor of Calcineurin, which increased the interaction through increasing the BIN1 phosphorylation at T348. Furthermore, Cyclin-dependent kinases (CDK) were also shown as regulator of this phosphorylation site. These results suggest that the couple Calcineurin/CDK regulates BIN1 phosphorylation at T348 and consequently the BIN1-Tau interaction. We also developed a mouse model of tauopathy in which we overexpressed human BIN1. We observed that the overexpression of BIN1 rescued the long-term memory deficits and reduced the presence of intracellular inclusions of phosphorylated Tau, caused by Tau overexpression, and this was associated with an increase of BIN1-Tau interaction. Also, using post-mortem human brain samples, we observed that the levels of the neuronal BIN1 isoform were decreased in AD brains, whereas the relative levels of BIN1 phosphorylated at T348 were increased, suggesting a compensatory mechanism. Altogether, this study demonstrated the complexity and the dynamics of BIN1-Tau interaction in neurons, revealed modulators of and molecular pathways potentially involved in this interaction, and showed that variations in BIN1 expression or activity have direct effects on learning and memory, possibly linked to the regulation of its interaction with Tau
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Fournel, Tutik. "Production of recombinant E6 protein of HPV type 16 responsible for cervical cancers : identification and characterization of specific interaction between E6 protein and four-way DNA junctions." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2001. http://www.theses.fr/2001STR13171.
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Lussier, Marc. "Identification et caractérisation de nouveaux partenaires d'intéraction liant le domaine de répétitions similaires à l'ankyrine des TRPCs." Thèse, Université de Sherbrooke, 2008. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4261.
Анотація:
Le Ca[exposant]2+ joue un rôle majeur dans la régulation de processus physiologiques et biochimiques de l'organisme. Chez les cellules non-excitables, les TRPCs (transient receptor potential canonical) sont des canaux calciques impliqués dans l'influx de Ca[exposant]2+ à la membrane plasmique. Bien que de nombreux efforts soient déployés, le mécanisme régulant l'activité et le routage des TRPCs est encore mal connu. Au cours des dernières années, l'étude de domaines conservés au sein des protéines a connu un engouement. Tous les TRPCs possèdent un domaine de répétitions similaires à l'ankyrine (ANK), un motif bien connu pour son implication dans des interactions protéine-protéine. Le but de la présente étude était d'identifier de nouveaux partenaires d'interaction du domaine ANK des TRPCs. Pour ce faire, nous avons utilisé l'approche de double-hybride chez la levure afin de cribler une librairie d'ADNc, ce qui nous a permis d'identifier MxA et RNF24. MxA est une protéine faisant partie de la superfamille de la dynamine. Elle possède plusieurs propriétés de la dynamine classique, dont celle d'oligomériser. La première partie de l'étude démontre que MxA interagit au niveau de la deuxième répétition similaire à l'ankyrine de TRPC6 et que cette protéine peut lier tour les TRPCs, autant in vitro qu'in cellulo. Des mesures de Ca[exposant]2+ intracellulaire effectuées sur des cellules HEK 293T démontrent que l'interaction entre MxA et TRPC6 modifie significativement l'activité de TRPC6. De plus, l'utilisation de mutants de MxA démontre que la modulation de l'activité de TRPC6 s'effectue lorsque MxA est sous sa forme monomérique liée au GTP. Les résultats démontrent que MxA lie le domaine ANK de TRPC6 et modifie son activité. La découverte de RNF24 a permis d'identifier une nouvelle protéine membranaire localisée au niveau de l'appareil de Golgi. L'expression de RNF24 réduit spécifiquement l'insertion des TRPCs a la membrane plasmique, cause une rétention intracellulaire des TRPC3 et TRPC6, mais n'affecte pas le processus de maturation de TRPC6. De plus, dans les cellules HEK 293T stimulées par le carbachol, l'influx de Ca[exposant]2+ endogène ou médié par TRPC6 n'est pas affecté par la co-expression de RNF24. Ainsi, les résultats démontrent que RNF24 interagit avec les TRPCs, affecte le routage intracellulaire de ceux-ci sans modifier leur activité. Ces deux études ont permis d'identifier les premiers partenaires d'interaction du domaine ANK des TRPCs, soit MxA et RNF24, et de caractériser l'effet des interactions sur la modulation du routage et de l'activité des TRPCs.
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Martin, Sophie. "Le composant des granules de stress G3BP : caractérisation phénotypique de souris KO, et identification de son interactome ribonucléoprotéique dans le cerveau de souris." Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20247.
Анотація:
Les protéines capables de lier des ARNs sont essentielles pour les différentes étapes de maturation de l'ARN messager (ARNm), en dirigeant leur localisation et leur devenir dans la cellule, et en formant avec les ARNs des particules ribonucléoprotéiques (mRNPs). Les mRNPS peuvent former des structures cellulaires dynamiques qui sont adressées vers des fonctions spécifiques. Ces granules, tels que les granules de stress formés suite à un stress cellulaire, contiennent des ARNm dont la traduction est inhibée et qui sont stockés transitoirement. Ma thèse a consisté en la caractérisation fonctionnelle de G3BP (RasGAP SH3 binding protein), une RBP exprimée de façon ubiquitaire chez l'homme et la souris, et impliquée dans l'assemblage des granules de stress. Par recombinaison homologue classique, des souris knock-out pour G3BP ont été générées. Ces souris ont une espérance de vie faible et des défauts du comportement associés au Système Nerveux Central, en particulier un phénotype de type ataxie. Des expériences d'électrophysiologie ont aussi montré une altération de la plasticité synaptique dans l'hippocampe des souris KO. J'ai donc réalisé des expériences d'immunoprécipitation après cross-link (Cross-Linking and Immunoprecipitation, CLIP) pour purifier à partir de cerveau de souris un complexe stable contenant G3BP, et les ARNs associés ont été identifiés par séquençage haut débit (High-Throughput Sequencing, HITS-CLIP). De façon surprenante, la plupart des cibles de G3BP correspondent à des transcrits codants mais qui contiennent des séquences introniques, et des ARNs non codants. De plus, mes résultats ont montré que l'absence de G3BP1 affecte la stabilité de ces transcrits pré-matures spécifiquement dans le cervelet, ce qui peut être corrélé au phénotype d'ataxie des souris KO G3BP1. Cela suggère un nouveau mécanisme de régulation qui passe par la stabilisation de transcrits pré-matures, qui pourraient être convertis en transcrits matures par exemple lors d'un stress et de la séquestration de G3BP dans les granulesRNA binding proteins (RBPs) are essential in the different steps of processing of the messenger RNAs (mRNAs), directing their localization and fate within the cell, and forming with them the ribonucleoprotein particles (mRNPs). mRNPs can assemble into dynamic cellular structures in which they are routed towards specific functions. RNA granules such as stress granules (SGs) contain translationally silenced mRNPs storing transiently repressed mRNAs.My thesis work consisted in the functional characterization of G3BP (RasGAP SH3 binding protein), an RBP that is expressed ubiquitously in both humans and mice and is involved in the assembly of SGs. Using classical homozygous recombination, viable G3BP1 knock out mice were generated that demonstrated short lifespan.and behavioral defects linked to the Central Nervous System (CNS), notably an ataxia phenotype. Electrophysiology experiments showed an alteration of synaptic plasticity in the hippocampus of KO mice. Therefore, I used Cross-Linking and Immunoprecipitation (CLIP) to purify from mouse brain a stable complex containing G3BP, and performed High-Throughput Sequencing (HITS-CLIP) to identify associated RNAs. Strikingly, most of the G3BP targets correspond to intron sequence-retaining transcripts and non-coding RNAs. My results also showed that G3BP1 depletion influences the stability of these premature transcripts in the cerebellum, which can be correlated to the ataxia phenotype of the G3BP1 KO mice. This comprehensive analysis suggests a new mechanism of gene regulation based on stabilization of silenced premature transcripts which might be converted to mature transcripts under stress condition and sequestration of G3BP in SGs
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Mirouze, Nicolas. "Identification du produit d'un gène tardif impliqué dans la régulation de la compétence et dans le processing de l'ADN lors de la transformation naturelle chez S. Pneumoniae." Toulouse 3, 2007. http://thesesups.ups-tlse.fr/144/.
Анотація:
Streptococcus pneumoniae est une bactérie à Gram positif, pathogène de l'homme. Historiquement, elle est l'une des premières bactéries modèles utilisée en microbiologie. C'est par exemple chez S. Pneumoniae que le phénomène de transformation a été mis en évidence pour la première fois. La transformation naturelle représente la capacité qu'ont certaines bactéries à capter de l'ADN exogène dans leur milieu, à le faire entrer dans leur cytoplasme pour enfin l'intégrer dans leur génome. L'ensemble des machineries nécessaires pour le développement de la transformation n'est mis en place que si les cellules basculent dans un état physiologique particulier appelé compétence. Le régulon (com) compétence est contrôlé par un réseau complexe de régulation. Ce régulon com est composé de deux classes de gènes, nommées précoces et tardifs. L'expression des gènes de la première classe dépend de la présence de ComE, probablement sous forme phosphorylée, alors que la deuxième dépend de ComX. Nous nous sommes principalement intéressés dans cette étude à la protéine DprA, codée par un gène tardif auquel de nombreux phénotypes drastiques sont associés chez S. Pneumoniae. Cette protéine multifonctionnelle est effectivement associée à de nombreux processus tels la protection de l'ADN transformant depuis son entrée dans la cellule jusqu'à la recombinaison homologue RecA-dépendante, ou encore la fermeture de la compétence par une inhibition de l'activité de la protéine régulatrice clés, ComE. L'existence d'une telle protéine (présente chez toutes les bactéries dites naturellement transformables) renforce encore plus les liens déjà étroits qui existaient entre compétence et transformationStreptococcus pneumoniae is a gram positive human pathogen bacterium. Worldwide, it kills millions of people each year. Historically, it's one of the first model bacterium used in microbiology. For example, transformation was revealing for the first time in S. Pneumoniae. The natural transformation represents the capacity of certain bacteria to be got of exogenous DNA from the medium, to admit it in their cytoplasm to finally integrate it into their genome. All the machineries necessary for the development of transformation are organized only if the cells develop a particular physiological state named competence. The competence (com) regulon is controlled by a complexe network. The com regulon is made of two classes of gene, so-called early and late. The former class relies on ComE (presumably ComE-P) for expression while the latter depends on ComX. We were particularly interested in this study about the DprA protein, encoded by a late gene to which several drastic phenotypes are associated in S. Pneumoniae. This multi-functional protein is effectively associated to several processes as the protection of transforming DNA between its entry in the cell to the RecA-dependant homologous recombination or the shutoff of competence by inhibiting the activity of two major regulatory proteins, ComE and ComX. The existence of a such protein (which is conserved in all the transformable bacteria) strengthen the links which exist between competence and transformation
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Avet, Charlotte. "Étude des mécanismes contrôlant l'efficacité et la spécificité de la signalisation du récepteur de la GnRH : identification et rôle de la protéine partenaire SET." Thesis, Paris 11, 2013. http://www.theses.fr/2013PA11T091.
Анотація:
La fonction de reproduction est sous le contrôle de la neurohormone hypothalamique GnRH qui régule la synthèse et la libération des gonadotropines hypophysaires. La GnRH agit par l’intermédiaire d’un récepteur couplé aux protéines G exprimé à la surface des cellules gonadotropes, le récepteur de la GnRH (RGnRH). Ce récepteur, chez les mammifères, a la particularité d’être dépourvu de queue C terminale ce qui le rend insensible aux systèmes classiques de désensibilisation. Ainsi, les mécanismes qui régulent l’efficacité et la spécificité de sa signalisation demeurent mal connus. Nous avons recherché des partenaires d’interaction du RGnRH, jusqu’alors inconnus, avec l’idée que ces protéines en interagissant avec les domaines intracellulaires du récepteur influenceraient son couplage aux voies de signalisation. Nos travaux ont permis d’identifier le premier partenaire d’interaction du RGnRH : la protéine SET. Par des expériences de « GST pull down », nous avons montré que SET interagit directement avec le RGnRH via le premier domaine intracellulaire du récepteur. Cette interaction implique des séquences riches en acides aminés basiques sur le récepteur et les domaines N- et C-terminaux de SET. Nous avons également montré, par co-immunoprécipitation, que le RGnRH dans sa conformation native interagit avec la protéine SET dans les cellules gonadotropes alphaT3-1 et, par immunocytochimie, que les deux protéines colocalisent à la membrane plasmique. En développant au laboratoire des outils biosenseurs permettant de mesurer avec une grande sensibilité et en temps réel les variations intracellulaires de calcium et d’AMPc, nous avons mis en évidence que le RGnRH se couple non seulement à la voie calcique mais aussi à la voie AMPc dans la lignée alphaT3-1, apportant pour l’AMPc la première démonstration d’un tel couplage. En utilisant différentes stratégies expérimentales visant à diminuer ou au contraire favoriser l’interaction du récepteur avec SET (ARN antisens, peptide correspondant à la première boucle intracellulaire du récepteur, surexpression de SET), nous avons montré que SET induit une réorientation de la signalisation du RGnRH de la voie calcique vers la voie AMPc. Nos résultats concernant l’activité du promoteur du gène du Rgnrh nous conduisent à postuler que SET pourrait favoriser l’induction par la GnRH de gènes régulés via la voie AMPc et notamment celui codant le RGnRH. Nos travaux mettent également en évidence que la GnRH régule non seulement l’expression de la protéine SET dans les cellules gonadotropes mais aussi son degré de phosphorylation favorisant ainsi sa relocalisation dans le cytoplasme des cellules alphaT3-1. Ceci suggère que la GnRH exerce une boucle de régulation permettant d’amplifier l’action de SET sur la signalisation de son propre récepteur. Enfin, nous avons mis en évidence que l’expression de SET est fortement augmentée dans l’hypophyse au moment du prœstrus chez le rat, apportant ainsi la première démonstration d’une variation de SET dans un contexte physiologique. Étant donné que le couplage du RGnRH à la voie de signalisation AMPc est augmenté au moment du prœstrus, nos résultats suggèrent que SET pourrait jouer un rôle important in vivo en favorisant ce couplage à ce stade particulier du cycle œstrienReproductive function is under the control of the hypothalamic neurohormone GnRH, which regulates the synthesis and the release of pituitary gonadotropins. GnRH acts on a G-protein coupled receptor expressed at the surface of pituitary gonadotrope cells, the GnRH receptor (GnRHR). This receptor, in mammals, is unique because it is devoided of the C terminal tail, which makes it insensitive to classical desensitization processes. Therefore, the mechanisms that regulate the efficacy and the specificity of its signaling are still poorly known. We searched for interacting partners of GnRHR with the idea that these proteins by interacting with the intracellular domains of the receptor could influence receptor coupling to its signaling pathways. Our work identified the first interacting partner of GnRHR: the protein SET. By GST pull down assays, we showed that SET interacts directly with GnRHR through the first intracellular loop of the receptor. This interaction involves sequences enriched in basic amino acids in the receptor and both N- and C terminal domains of SET. We also showed, by co-immunoprecipitation, that GnRHR in its native conformation interacts with the endogenous SET protein in gonadotrope alphaT3-1 cells and, by immunocytochemistry that the two proteins colocalize at the plasma membrane. By developing in the laboratory biosensors tools that allow to measure with high sensitivity and in real-time intracellular variations in calcium and cAMP concentrations, we demonstrated that GnRHR couples not only to the calcium pathway but also to the cAMP pathway in alphaT3-1 cell line, providing for cAMP the first demonstration of such coupling. Using several experimental strategies to reduce or increase receptor interaction with SET (small interfering RNA, peptide corresponding to the first intracellular loop of the receptor, overexpression of SET), we have shown that SET induces a switch of GnRHR signaling from calcium to cAMP pathway. Our results concerning the activity of the Gnrhr gene promoter led us to postulate that SET could favor the induction by GnRH of genes regulated through the cAMP pathway, notably those encoding the GnRHR. Our study also showed that GnRH regulates not only SET protein expression in gonadotropes, but also its phosphorylation level leading to its relocation in the cytoplasm of alphaT3-1 cells. This suggests that GnRH induces a regulatory loop to amplify SET action on signaling of its own receptor. Finally, we demonstrated that SET expression is markedly increased in the pituitary gland at prœstrus in female rats, providing the first demonstration of a variation of SET expression in a physiological context. Given that GnRHR coupling to the cAMP pathway is increased at prœstrus, our results suggest that SET may play an important role in vivo by promoting such coupling at this particular stage of the estrus cycle
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Jan, Gaëlle. "Le rôle d'une sérine-thréonine phosphatase de type 2C parasitaire (TgPP2C) dans l'interaction Toxoplasma gondii - cellule hôte : Identification des modules interactifs au sein du tricomplexe actine-toxofiline-TgPP2C et étude de ses propriétés fonctionnelles dans le parasite et la cellule infectée." Phd thesis, AgroParisTech, 2007. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00002663.
Анотація:
Toxoplasma gondii, le protozoaire intracellulaire obligatoire responsable de la toxoplasmose, fait partie du phylum des Apicomplexa. Comme les autres membres de ce phylum, il a développé des propriétés mobiles particulières qui lui permettent de se déplacer et d'envahir très rapidement la cellule dans laquelle il se multiplie. Ces processus de locomotion et d'invasion sont dépendants du cytosquelette d'actine du parasite. Une protéine, la toxofiline, identifiée uniquement chez T. gondii, a été caractérisée au laboratoire comme étant capable de réguler la dynamique du cytosquelette d'actine. Plus précisément, la toxofiline séquestre l'actine monomérique, empêchant ainsi sa polymérisation. L'affinité de la toxofiline pour l'actine est modulée par phosphorylation/déphosphorylation par une caséine kinase 2 et une sérine-thréonine phosphatase de type 2C (TgPP2C). Mon projet de thèse a porté sur l'étude du rôle de la TgPP2C dans l'interaction entre T. gondii et sa cellule hôte. Le premier objectif de mon travail a été de disséquer les interactions moléculaires entre les trois membres du complexe actine G - toxofiline - TgPP2C. J'ai ainsi identifié, par différentes approches biochimiques, les régions et les acides aminés de la toxofiline, critiques pour sa liaison avec ses deux partenaires. Tout d'abord, la toxofiline possède un domaine suffisant pour lier et séquestrer l'actine G dans des tests de polymérisation. Ce domaine, qui a été appelé CC1A, correspond à une région de 9 kDa comprenant un domaine en super hélice. Trois séries de peptides chevauchants, présents dans CC1A, capables de lier l'actine G, ont été plus précisément détectés. Nous avons également identifié d'autres régions de la toxofiline ayant des propriétés de liaison différentes à l'actine, en particulier dans le domaine N-terminal (NoCC). Le premier domaine en super hélice, et en position C-terminale de CC1A, lie la TgPP2C. Une autre séquence de plusieurs acides aminés, dans la région N-terminale et contenant la sérine 53, substrat de la TgPP2C, interagit avec la phosphatase. Le deuxième objectif de mon projet de thèse a porté sur l'analyse des propriétés fonctionnelles de la TgPP2C dans le tachyzoïte. Par une stratégie de surexpression dans les parasites, nous avons tout d'abord montré que la TgPP2C jouait un rôle dans la multiplication du parasite. En effet, des tachyzoïtes qui surexpriment la forme active de la TgPP2C ne se divisent pas normalement dans la vacuole parasitophore et finissent par dégénérer. On observe des parasites anormaux avec un noyau géant, qui suggère un défaut dans la division nucléaire ou l'individualisation des cellules filles. Nous avons également mis en évidence que la TgPP2C est sécrétée par le parasite dans le cytoplasme et le noyau de sa cellule hôte. Cette sécrétion est dépendante du domaine N-terminal unique de 18 acides aminés de cette phosphatase. Enfin, le troisième objectif de mon travail a consisté à étudier le rôle de la TgPP2C dans la cellule infectée. Par une approche d'expression ectopique de la phosphatase dans des cellules de mammifère, nous avons mis en évidence que la TgPP2C agissait au niveau du cycle de ces cellules. En effet, les cellules qui expriment la phosphatase parasitaire sont bloquées en phase G2/M. Certaines cellules en division n'achèvent pas la cytocinèse et restent reliées par un long pont cytoplasmique contenant de l'ADN et la TgPP2C. A un temps plus tardif, elles présentent les signes caractéristiques d'une apoptose. D'autre part, nous avons réalisé un crible double hybride en levure afin d'identifier les partenaires hôtes de la TgPP2C. Plusieurs protéines candidates on ainsi été obtenues, dont la protéine Spire qui possède des propriétés de nucléation de l'actine in vitro et dont nous avons confirmé l'interaction avec la TgPP2C. La poursuite de cette étude permettra de caractériser l'effet de la TgPP2C sur Spire, et le rôle de cette dernière dans le développement des tachyzoïtes.
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Boissel, Laurent. "Étude de la voie de signalisation RalB dans le développement embryonnaire du Xénope : analyse fonctionnelle des domaines protéiques de l'effecteur XRLIP, et identification de ses partenaires." Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077029.
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Benhenda, Shirine. "Identification de nouveaux partenaires de la protéine HBx du virus de l'hépatite B et étude fonctionnelle de leur interaction avec HBx dans la réplication virale." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077228.
Анотація:
Malgré l'existence de vaccins efficaces, le nombre de patients chroniquement infectés par le virus de l'hépatite B (HBV) est en augmentation et les traitements actuels présentent une efficacité limitée. Parce que la protéine régulatrice HBx intervient dans la réplication virale et dans l'oncogenèse, elle représente une cible thérapeutique stratégique. L'interaction entre HBx et DDB1, une sous-unité du complexe E3 ligase Cul4/DDBl, est essentielle pour les activités d'HBx. Nous avons émis l'hypothèse qu'HBx pourrait détourner la machinerie E3 ligase. Dans un premier temps, nous avons isolé et identifié une trentaine de nouveaux partenaires d'HBx dont les composants de la E3 ligase Cul4/DDBl corroborant notre hypothèse de travail. Nous avons aussi identifié PRMT1, Spindlin-1 et UbcHlO comme nouvelles protéines partenaires d'HBx. L'étude fonctionnelle de l'interaction d'HBx avec PRMT1 nous a permis de mettre en évidence un nouveau mécanisme de régulation épigénétique de l'ADNccc. D'autre part, nous avons montré que Spindlin-1 est un substrat recruté spécifiquement par HBx sur la E3 ligase Cul4/DDBl. HBx semble participer à Pubiquitinatioi en K63 de Spindlin-1 indiquant une modification de fonction ou de structure. Enfin, l'étude de l'interaction entre HBx et UbcHlO suggère l'implication de la E3 ligase APC/C/Cdc20 dans la dégradation d'HBx. Les résultats obtenus avec un mutant HBx dépourvu de lysines indiquent qu'HBx pourrait être ubiquitinée à l'extrémité N-terminale. Une meilleure compréhension des mécanismes sous-jacents permettra de développer de nouvelles approches pour inhiber la réplication virale et traiter les porteurs chroniques du virus de l'hépatite BDespite availability of efficient hepatitis B virus (HBV) vaccines, the number of chronic HBV carriers is still increasing Worldwide and presently, most treatments remain poorly efficient. HBx is a promising therapeutic target because it is involved in viral replication and oncogenesis. Interaction between HBx and DDB1 is essential for HBx activities. DDB1 has been identified as a subunit of the E3 ligase Cul4/DDBl. Many viral proteins hijack E3 ligases in order to modify the stability of keys cellular proteins, favouring the viral replicative cycle. We have thus postulated that HBx could also hijack E3 ligase. We first utilized tandem affinity purification to isolate new HBx partners. We identified nearly thirty new interacting HBx partners, including components of the Cul4A E3 ligase confirming our hypothesis. We also identified PRMT-1, Spindlin-1 and UbcHlO as new interacting partners. PRMT-1 is a methyltransferase involved in transcriptional regulation. Our data have encovered new epigenetic mechanisms that implicate PRMT1 in the activity of the cccDNA. We have identified Spindlin-1 as a substrate recruited by HBx on the E3 ligase Cul4/DDBl. Our results indicate that HBx might increase Spindlin-1 modification By a K63-linked ubiquitin chain, suggesting a non proteolytic function. Finally, studies of the interaction between HBx and UbcHlO led us to identify APC/C/Cdc20 as the E3 ligase potentially involved in HBx dégradation. Our results using a lysine-less HBx mutant suggest that HBx could be ubiquitylated at the N-terminus. Better understanding of the mechanisms underneath will help developing new therapeutical approaches for treatment of chronic HBV carriers
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Delevoye, Cédric. "Identification de protéines sécrétées par Chlamydia et étude fonctionnelle d'une protéine insérée dans la membrane de la vacuole, à l'interface entre les bactéries et leur hôte." Paris 11, 2006. http://www.theses.fr/2006PA112017.
Анотація:
Les Chlamydia sont des bactéries intracellulaires strictes dont trois espèces sont pathogènes pour l'Homme. Elles sont responsables, selon les souches, d'infections oculaires et génitales et d'infections respiratoires. Après avoir induit leur propre entrée, les bactéries se développent dans un compartiment délimité par une membrane, appelé inclusion. Au cours du cycle infectieux, les bactéries transloquent, par leur appareil de sécrétion de type trois (STT), des protéines dont certaines s'ancrent dans la membrane de l'inclusion où elles sont en contact avec le cytosol de la cellule hôte, les protéines Inc. Mon travail de thèse a porté sur les protéines bactériennes sécrétées, au cours du cycle infectieux, dans la cellule hôte. Une approche globale nous a permis d'identifier de 24 nouvelles protéines de Chlamydia sécrétées par l'appareil de STT. Ce travail a ouvert la voie à l'étude fonctionnelle de ces protéines bactériennes qui sont en contact avec l'hôte. De manière plus spécifique, nous avons étudié la fonction d'une protéine de l'inclusion, IncA, au cours du cycle infectieux. Nous avons montré que IncA présente des similitudes structurales et fonctionnelles avec les protéines eucaryotes, les SNAREs, facteurs essentiels de la fusion des membranes cellulaires. IncA interagit dans un modèle cellulaire, et in vitro, avec certaines SNAREs. De plus, dans des expériences de fusion de liposomes in vitro, la fusion membranaire induite par un complexe SNARE des endosomes tardifs est inhibée par IncA. Ce travail a permis de proposer que IncA puisse mimer les SNAREs et participer au détournement du trafic intracellulaire induit par ChlamydiaChlamydiae are obligate intracellular pathogens of humans and animals. Depending on the species, they are responsible for ocular and genital infections, and respiratory diseases. After inducing their own entry, the bacteria develop in a membrane-bound compartment, called the inclusion. During the infectious cycle, they translocate a subset of proteins via a type three secretion (TTS) apparatus into the host cytosol. Among these, the Inc proteins remain anchored in the inclusion membrane where they face the host cytosol. My work has focused on bacterial proteins secreted into the host cell. By a global approach, we have identified 24 new proteins secreted by the TTS apparatus of Chlamydia. This work has opened the functional studies of these bacterial proteins that are in contact with the host cell cytosol. More specifically, we have studied the function of an inclusion protein, IncA. We have shown that IncA, from different chlamydial species, share structural and functional homologies with the SNARE family of eukaryotic proteins, which are essential factors for cellular membrane fusion events. We have shown that IncA interact with SNAREs in both a cellular and an in vitro model. Moreover, in liposome fusion assays, IncA inhibit membrane fusion induced by a cognate SNARE complex specific from the late endosomal compartment. We propose that IncA, by mimicking SNAREs proteins, participate in the control of the interactions between the inclusion membrane and intracellular compartments of the host cell
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Seissler, Tanja. "Inhibition traductionnelle du facteur de restriction APOBEC3G par la protéine Vif du VIH-1 : rôle d'une uORF dans la 5'-UTR de l'ARNm d'A3G et identification de facteurs cellulaires." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ028.
Анотація:
La protéine Vif du VIH-1 contrecarre le facteur de restriction APOBEC3G (A3G) en diminuant son niveau d'expression dans les cellules infectées. Ceci est mis en œuvre entre autres par l'inhibition de sa traduction, un mécanisme encore peu compris. La première partie de ma thèse contribue à la caractérisation d'une petite ORF (uORF) qui se situe dans la 5'-UTR de l'ARNm d'A3G et d'A3F en amont de leurs ORF respectives. Cette uORF s'est révélée cruciale pour la régulation de la traduction d'A3G en présence et absence de Vif. Dans la deuxième partie de cette thèse, différents protocoles ont été mis en œuvre pour identifier les protéines associées avec l'ARNm d'A3G, qui pourraient jouer un rôle dans le mécanisme d'inhibition traductionnelle d'A3G par Vif. Ainsi, plusieurs protéines ont été identifiées dont la présence sur l'ARNm d'A3G semble modulée par VifThe HIV-1 Vif protein counteracts the restriction factor APOBEC3G (A3G) by downregulating its expression level in infected cells. This is achieved in different ways, one of which is translational inhibition, a mechanism that is still poorly understood. The first part of my thesis contributes to the characterization of a small upstream ORF (uORF), that is found in the 5'-UTR of A3G and A3F mRNAs. This uORF has been found to be crucial for regulation of A3G translation and is necessary to allow Vif-mediated translational inhibition. In the second part of this thesis, different protocols have been set up in order to identify A3G mRNA-associated cellular proteins which might play a role in the mechanism of Vif-mediated translational inhibition. Several proteins, whose presence on A3G mRNA seems to be modulated by Vif have been identified
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Côté-Martin, Alexandra. "Identification des partenaires protéiques de l'hélicase virale E1 du virus du papillome humain : caractérisation d'une nouvelle interaction avec la protéine à domaines WD p80." Thèse, 2007. http://hdl.handle.net/1866/15251.
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Tarasov, Kirill. "Searching for novel gene functions in yeast : identification of thousands of novel molecular interactions by protein-fragment complementation assay followed by automated gene function prediction and high-throughput lipidomics." Thèse, 2014. http://hdl.handle.net/1866/11824.
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Briot, Julie. "Identification biochimique et fonctionnelle des domaines structuraux d’une sous-unité des canaux calciques." Thèse, 2018. http://hdl.handle.net/1866/21202.