Добірка наукової літератури з теми "Interactions protéine-protéine – Identification"

Les interactions protéine-protéine (IPP) représentent une source importante de potentielle cibles thérapeutiques car elles jouent un rôle crucial dans de nombreux et divers processus biologiques, notamment dans le développement de pathologies. Bien que les IPP apparaissent comme des cibles thérapeutiques prometteuses, elles demeurent plus difficiles à étudier que les cibles thérapeutiques conventionnelles. En effet, les IPP connues sont caractérisées par des motifs structuraux particuliers qui limitent leur potentiel « druggable » c’est-à-dire leur capacité à lier et être modulées par une petite molécule médicamenteuse. Cependant, le nombre croissant d’identification de petites molécules modulant diverses IPP démontre qu’avec une méthodologie adaptée, elles peuvent représenter une classe de nouvelles cibles thérapeutiques originales et innovantes. L’objectif est donc de développer un protocole in silico aidant à identifier de nouvelles cibles thérapeutiques impliquant des IPP en rationalisant les éléments clés qui conditionnent la « druggabilité » de leur interaction
Protein-protein interactions (PPIs) constitute a significant source of potential therapeutic targets because they play a crucial role in numerous and diverse biological processes, including the development of pathologies. While PPIs appear as promising therapeutic targets, they are more challenging to study than conventional therapeutic targets. Indeed, known PPIs are characterized by specific structural motifs that limit their ‘druggability’, meaning their ability to bind to and be modulated by a small drug molecule. However, the growing identification of small molecules modulating various PPIs demonstrates that, with an appropriate methodology, they can represent a class of novel and innovative therapeutic targets. The objective is, therefore, to develop an in silico protocol to aid in identifying new therapeutic targets involving PPIs by rationalizing the key elements that determine the ‘druggability’ of the interaction

Mes recherches ont eu pour objectif de concilier deux aspects complémentaires de la bioinformatique structurale : la modélisation de la structure 3D des protéines et la modélisation des petites molécules modulatrices des premières. La connaissance de la structure tridimensionnelle des protéines est un élément déterminant pour la compréhension fine de leur mécanisme d'action et indispensable pour le développement d'approches thérapeutiques rationnelles. Ainsi, l'identification et l'analyse structurale des sites de fixation de leurs ligands (protéine ou petite molécule) permettent d'envisager la modulation de leur fonction biologique. Les interactions protéine-protéine ou protéine-ligand peuvent être prédites, par exemple, par des programmes d'amarrage (ou ‘docking').
La modélisation par homologie permet d'obtenir un modèle tridimensionnel d'une protéine lorsque sa structure n'a pas été déterminée expérimentalement. Ma contribution dans ce domaine fut la réalisation du serveur @TOME avec le soutien de la GENOPOLE Languedoc-Roussillon (accessible à l'adresse http://bioserver.cbs.cnrs.fr). Ce serveur était le premier de ce type à avoir été développé en France. Le serveur @TOME rassemble et traite d'une manière automatique toutes les étapes nécessaires à la construction d'un modèle 3D d'une protéine. Cela inclut la reconnaissance du repliement, la construction des modèles protéiques et leur évaluation. Les résultats du CASP5 en 2005 (session internationale d'évaluation des méthodes de prédiction de la structure des protéines ; http://predictioncenter.llnl.gov/) ont montré que notre serveur utilisé en mode automatique propose des modèles très proches de la structure expérimentale lorsque l'identité de séquence avec la structure support est supérieure à 30%. Le serveur a été classé 26ième sur 187 groupes inscrits.
Dans un second temps, mes recherches m'ont permis de réaliser une base de données de complexes protéiques co-cristallisés, base fondatrice du projet DOCKGROUND. Ce projet de grande envergure, soutenu par le NIH depuis 2005, vise à établir un système intégré et dynamique de bases de données dédié à l'étude et à la prédiction des interactions entre protéines et permettre ainsi d'améliorer nos connaissances des interactions et de développer des outils de prédiction plus fiables. Ce travail a été effectué au sein de l'équipe du Pr. Ilya Vakser à l'Université de Stony Brook, NY, USA. Dans la réalisation de cette première base de données, un ensemble de programmes collectent, classent et annotent les complexes protéiques qui ont été co-cristallisés (données sur la séquence, la fonction, le repliement 3D, les particularités telles qu'une fixation à de l'ADN, ...). Ensuite, j'ai mis en œuvre une sélection dynamique des représentants des complexes contenus dans cette base. Les représentants sont essentiels pour éviter une surreprésentation de certaines familles de protéines. Cette base de donnée est accessible par Internet et est régulièrement mise à jour (http://dockground.bioinformatics.ku.edu). Le projet DOCKGROUND va être poursuivi par la réalisation de 3 autres bases de données qui s'ancreront sur la présente appelée ‘Bound-Bound'.
L'objectif principal de mes travaux est d'identifier de nouveaux composés bio-actifs afin de comprendre le fonctionnement de leur cible dans un contexte biologique. Les méthodes que j'utilise se basent sur la chémoinformatique, le criblage virtuel et le de novo ‘drug design'. Dans le cadre de ce dernier, j'ai mis au point un programme propriétaire LEA3D (‘Ligand by Evolutionary Algorithm' 3D). Le programme génère des petites molécules à partir de la combinaison de fragments moléculaires issus de drogues et de molécules ‘bio' (substrats ou produits de réactions enzymatiques). Le criblage virtuel basé sur la structure protéique et le de novo ‘drug design' par LEA3D, ont été appliqués avec succès à la thymidine monophosphate kinase (TMPK) de Mycobacterium tuberculosis dans le cadre d'une collaboration avec une équipe de chimistes et de biologistes de l'Institut Pasteur. De nouvelles familles d'inhibiteurs ont été identifiées dont un inhibiteur synthétique trois fois plus affin que le substrat naturel. Plusieurs publications et une demande de brevet couvrent les résultats de ces recherches. Dans la continuité de ces travaux, je m'intéresse maintenant, plus particulièrement, à développer des stratégies de criblages de fragments (molécules de petit poids moléculaire). Il a été montré que de petites chimiothèques contenant des petites molécules polaires sont plus efficaces pour identifier des touches. Ce travail doit être réalisé conjointement avec des criblages structuraux expérimentaux comme la RMN ou la diffraction des rayons X. Ces derniers se posent comme une alternative aux tests in vitro avec pour avantage de donner une information détaillée, au niveau atomique, des interactions entre le ligand et sa cible. S'ensuit une étape d'optimisation/maturation des touches en ligands plus élaborés et plus affins par l'utilisation d'outils de chémoinformatique.

Cette thèse porte sur la caractérisation et la prédiction des interfaces protéine-ADN et -ARN, et des comparaisons avec les interfaces protéine-protéine. Nous avons créé un ensemble non-redondant et représentatif de 187 complexes protéine-ADN à haute résolution, comprenant aussi les conformations non liées de 82 protéines. Cette base de données peut servir de référence dans le domaine. Nous avons mené une analyse exhaustive des propriétés de séquence et structurels des interfaces protéine-ADN/ARN et nous les avons comparé avec les propriétés des interfaces protéine-protéine et celles des régions protéiques non-interagissantes. Nous avons développé JET2DNA et JET2RNA, nouvelles méthodes pour la prediction des sites de liaison protéine-ADN/ARN à la surface des protéines. En combinant quatre descripteurs biologiquement pertinents, elles surpassent des méthodes par apprentissage machine. Elles permettent aussi de découvrir des sites de liaison alternatifs avec l'ADN/ARN et de déchiffrer leurs propriétés. Afin de donner un aperçu global de la plasticité des protéines interagissant avec l'ADN, nous avons construit la base de données protéine-(protéine)-ADN (P(P)DNAdb). Elle inclut les 187 complexes protéine-ADN de notre ensemble de référence, les forme libres des protéines et les structures des autres complexes où ces protéines, ou des homologues proches, sont impliqués. L'utilisateur peut accéder aux propriétés des interfaces, visualiser les changements de conformation associés à la liaison avec des partenaires différents et localiser les résidus interagissants avec l'ADN dans les autres structures de la même protéine
This thesis focuses on the characterization and prediction of DNA- and RNA-binding sites on protein structures, with some comparisons with protein-protein ones. We compiled and manually curated a non-redundant and representative set of 187 high resolution protein-DNA complexes, with the available 82 protein unbound conformations, that could be used as a reference benchmark. We conducted a comprehensive analysis of sequence- and structure-based properties of protein-DNA/RNA interfaces and compared them with respect to protein-protein interfaces and to non-interacting protein regions. We developed JET2DNA and JET2RNA, new methods for predicting DNA- and RNA-binding sites on protein surfaces. Combining four biologically meaningful descriptors, they outperform other machine-learning methods, in terms of predictive power and robustness to conformational changes. Our tools demonstrated to be instrumental in discovering alternative DNA/RNA-binding sites and in deciphering their properties. This could be very helpful for drug design and repurposing. To give a comprehensive view of plasticity of DNA-binding proteins and structural information on their multiple interactions, we constructed the Protein-(Protein)-DNA database (P(P)DNAdb). It comprises the 187 protein-DNA complexes in our benchmark, protein unbound forms and structures of other complexes where the proteins, or closed homologs, were in contact with other proteins. The user can access properties of the interfaces, visualize conformational changes associated to the binding of different partners and the location of the DNA-binding residues on the unbound structures and on the complexes with the other protein partners

Ilf3 et NF90, deux protéines de liaison aux ARN localement structurés en double-brin, sont générées par épissage mutuellement exclusif à partir du gène ILF3. Pour chacune d’entre-elles, un épissage alternatif permet la synthèse de deux isoformes, une longue et une courte, qui diffèrent par la présence ou non d’une séquence de 13 acides aminés localisée à leur extrémité N-terminale et qui correspond à un signal de localisation nucléolaire. La particularité de ces deux protéines est de présenter une forte hétérogénéité avec au moins 20 isoformes produites à partir du même gène, 12 pour Ilf3 et 8 pour NF90. Elle est générée par deux mécanismes complémentaires, l’épissage alternatif et les modifications post-traductionnelles dont deux ont été mises en évidence au laboratoire, la diméthylation asymétrique de l’arginine 609/622 présente dans une séquence consensus de type RGG et catalysée par PRMT1 (« protein arginine N-methyltransferase 1 ») ainsi qu’une phosphorylation sur la sérine 190/203. Ce polymorphisme pourrait être à l’origine des différences de localisation subcellulaire observées selon l’isoforme considérée et/ou aurait comme fonction de réguler soit leurs interactions avec leurs partenaires protéiques ou nucléiques, soit leur activité biologique. Par des expériences d’immunofluorescence et de « GST pull-down », il a été montré que ces deux modifications post-traductionnelles d’Ilf3 et de NF90 ne semblent impliquées ni dans leur localisation subcellulaire, ni dans la régulation de leurs interactions avec leurs partenaires protéiques. Du fait des nombreuses fonctions associées aux protéines Ilf3 et NF90 dans la littérature, les modifications identifiées pourraient être impliquées dans la régulation de leurs interactions avec leurs partenaires nucléiques, ADN ou ARN
Ilf3 and NF90, two double stranded RNA-binding proteins, are generated by exclusive splicing from the ILF3 gene. For each one, a 5? alternative splicing leads to the synthesis of a long and a short isoforms that differ by the presence or not of 13 amino acid sequence at their N-terminus corresponding to a nucleolar localization signal. The characteristic of these two proteins is to exhibit a high degree of heterogeneity with at least 20 isoforms produced from the same gene, 12 for Ilf3 and 8 for NF90. It is generated by two complementary mechanisms, alternative splicing and posttranslational modifications which two have been identified in the laboratory, the arginine 609/622 asymmetric dimethylation present in a RGG consensus sequence and catalyzed by PRMT1 ("protein arginine N-methyltransferase 1") and the serine 190/203 phosphorylation. This polymorphism could explain the various cellular functions described for both proteins and could regulate their subcellular localization and the interaction with protein or nucleic partners. By immunofluorescence and GST pull-down experiments, it was shown that these two posttranslational modifications of Ilf3 and NF90 neither seem involved in their subcellular localization, nor in the regulation of interactions with their protein partners. Because of the many functions associated with Ilf3 and NF90 proteins in the literature, the identified modifications may be implicated in regulating the interactions with their nucleic partners, DNA or RNA

De nombreuses maladies neurodéveloppementales ont une architecture génétique complexe impliquant de nombreux gènes dérégulés et sont caractérisées par des anomalies de la synapse. Afin de mieux caractériser comment ces diverses altérations génétiques résultent dans des phénotypes synaptiques, nous nous sommes intéressés à l’analyse des interactions protéines – protéines codées par ces différents gènes pour tenter d’identifier des voies moléculaires dérégulées au niveau de la synapse.Dans cet objectif, ce travail de thèse s’est intéressé à deux synaptopathies, la déficience intellectuelle dans le Syndrome de Down et à la déficience intellectuelle et l’autisme causés par des modifications structurales dans le gène AUTS2.Premièrement, l’étude à grande échelle des interactions des protéines codées par le chromosome 21 par la méthode de double-hybride de levure nous a permis de mettre en évidence un réseau de protéines impliquées dans la synapse qui est enrichi en gènes de la déficience intellectuelle. Nous avons également mis en évidence des interactions nucléaires perturbées dans un modèle murin surexprimant DYRK1A et responsables d’une perte de de plasticité synaptique (potentialisation à long-terme NMDA indépendante).Deuxièmement, nous avons caractérisé la mécanistique liée au changement de dosage du gène AUTS2, un gène impliqué dans l’autisme et la déficience intellectuelle. Nous avons mis en évidence un complexe entre AUTS2 et TTC3, l’E3 ligase d’AKT capable de moduler l’ubiquitination d’AKT au niveau de la synapse. Nous avons restauré le phénotype synaptique induit des modulations du dosage d’AUTS2 par injection d’AKT et mis au point deux modèles murins de délétion et de duplication du locus AUTS2 (~1Mb) par ingénierie génétique. Ces modèles présentent des anomalies synaptiques.En conclusion, ce travail illustre l’intérêt d’étudier les interactions protéiques pour comprendre la mécanistique au niveau de la synapse des perturbations multigéniques observées dans ces maladies
Many neurodevelopmental diseases have a complex genetic architecture involving several deregulated genes and are characterized by synaptic perturbations. In order to explore how these various genetic alterations result in synaptic phenotypes, we analysed protein - protein interactions encoded by these different genes leading us to identify novel deregulated molecular pathways at the synapse.This work focussed on two different synaptopathies, the intellectual disability in Down syndrome and cognitive impairment and autism caused by the structural changes in the AUTS2 gene.First, we performed a large-scale study of the interactions of the proteins encoded by the chromosome 21, using yeast two-hybrid, and identified a network of synaptic protein which is enriched in genes involved in intellectual disability. We also highlighted nuclear interactions that are disrupted in a mouse model overexpressing DYRK1A and impair a NMDA-independent Long-Term Potentiation (LTP) synaptic plasticity phenotype.Then, we characterized the mechanistic of the gene dosage alteration of AUTS2 involved in autism and intellectual disability. We have identified a complex between AUTS2 and TTC3, the E3 ligase of AKT mediating the ubiquitination of Akt at the synapse. We managed to rescue the synaptic phenotype induced by the silencing of AUTS2 by injection of AKT and generated two mouse models displaying either duplication or deletion of the AUTS2 locus (~1Mb). These mouse models display synaptic defects.In conclusion, this work shows the relevance of studying protein interactions to understand the mechanistic consequences of multigene disturbances observed at the synapses in these diseases

Le carcinome à cellules de Merkel (CCM) est un cancer de la peau agressif et de très mauvais pronostic. Ce cancer est lié à la présence du Polyomavirus à cellules de Merkel dans 80% des cas. Ce Polyomavirus exprime deux oncoprotéines virales : sT et LT tronquée. L'expression des deux antigènes T est suffisante à l'émergence du cancer et responsable de la perturbation de checkpoints de signalisation, de la modification du profil épigénétique et de l'évasion immunitaire. L'interactomique et la protéomique nous ont permis d'identifier de nombreux facteurs épigénétiques en relation avec les antigènes T. Nous avons aussi mis en lumières de des mécanismes candidats touchant la régulation de la stabilité protéique, l'expression génique et la stabilité génétique via la voie de réponse aux dommages de l'ADN. Les hypothèses issues de ces analyses ont été testées de manière ciblée. Un lien entre la peptidyl-prolyl cis/trans isomérase et la neddylation a pu être mis en évidence. Nous avons ainsi identifié un mécanisme candidat de régulation de l'activité des complexes d'ubiquitinylation à travers le recrutement de PIN1 et l'isomérisation par un primo de neddylation. L'étude d'EHMT2, régulateur épigénétique d'intérêt, a révélée l'importance de son rôle dans la réponse aux dommages de l'ADN au sein des CCM virus positifs (VP). Nous avons identifié un rôle protecteur de tLT et d'EHTM2 des dommages de l'ADN au sein des CCM-VP. Un rôle de EHMT2 dans la réparation suivant un stress réplicatif est aussi apparu. Nous avons découvert de nouveaux mécanismes importants dans l'oncogénèse des CCM-VP, rapportant pour la première fois un rôle central de tLT dans la gestion des dommages à l'ADN
Merkel cell carcinoma (MCC) is an extremely aggressive skin cancer with a high mortality rate. In 80% of cases, this cancer is linked to the presence of the Merkel cell polyomavirus which expresses two viral oncoproteins, small T and a truncated form of large T. The expression of these proteins is sufficient for carcinogenesis, inducing the disruption of cell cycle checkpoints, changes in the epigenetic profile, and immune evasion. The combination of interactomics and proteomics approaches allowed us to identify numerous epigenetic factors related to the T antigens. These studies have also highlighted potential mechanisms involving the regulation of protein stability, gene expression, and genetic stability via an altered DNA damage response pathway. The hypotheses formulated following these analyses were investigated in targeted assays. A link between the peptidyl-prolyl cis/trans isomerase and neddylation was demonstrated. We have thus identified a new potential mechanism for regulating the activity of ubiquitination complexes involving the recruitment of PIN1 to these complexes, thus their isomerization, by neddylation. The study of the EHMT2 functions, an epigenetic regulator of interest, revealed the importance of its role in the DNA damage response in virus positive MCC (VP-MCC). We were able to identify a protective role of tLT and EHMT2 in DNA damages in VP-MCC cells. More specifically, we also report a role of EHMT2 in solving single strand DNA breaks following replication stress. Our works have enabled the discovery of new important mechanisms in VP-MCC oncogenesis, reporting for the first time a central role of tLT in DNA damages management

Les amibes libres sont des eucaryotes unicellulaires qui hébergent des mycobactéries environnementales. Cette association permet aux mycobactéries de résister aux conditions défavorables après sélection de stratégies de contournement de la phagocytose au profit des mycobactéries qui utilise les amibes comme “cheval de Troie”. Nous avons montré que 26 espèces de mycobactéries étaient capables de survivre dans les trophozoïtes et dans les kystes d’Acanthamoeba polyphaga. Nous avons ensuite sélectionné les mycobactéries du complexe Mycobacterium avium (MAC) comme prototypes des interactions avec les amibes. Dans un premier travail, nous avons identifié les espèces du MAC par une approche polyphasique basée sur le séquençage partiel du gène rpoB. Cette séquence permet de différentier les espèces et les sous espèces du MAC avec une divergence de 0. 7-5. 1% au sein des souches de références. Parmi les 100 isolats cliniques étudiés, ce cut-off a permis d’identifier 83% de M. Avium, 2% de M. Chimaera, 8% de M. Intracellulare et 7 souches atypiques. Nous avons ensuite montré que 5/7 des souches atypiques étaient représentatives de trois nouvelles espèces que nous avons nommées : M. Marseillense, M. Bouchedurhonense et M. Timonense. Ce travail a été appliqué à la description d’adénopathie à M. Colombiense. Nous avons enfin étudié les interactions des 8 espèces du MAC avec A. Polyphaga et nous avons montré qu’elles étaient toutes capable de se multiplier et de survivre dans les trophozoïtes et les kystes d’A. Polyphaga. En conclusion le séquençage du gène rpoB constitue un outil moléculaire performant pour la détection de nouvelles espèces dans le MAC et l’étude de leurs interactions avec les amibes.

ERM est un facteur de transcription de la famille ETS appartenant au groupe PEA3 qui joue un rôle important dans divers processus biologiques dont la tumorigenèse mammaire. La régulation de son activité transcriptionnelle nécessite des modifications post-traductionnelles et des interactions avec des partenaires. Nous avons mis au point différentes techniques de chromatographie d’affinité dans le but d’identifier de nouveaux partenaires d’ERM. Parmi ceux-ci, trois ont été confirmés comme partenaires directs d’ERM : la protéine CoAA (CoActivator Activator) et les protéines MED23 et MED25. MED23 et MED25 sont des sous-unités du médiateur, complexe qui régule la transcription en intégrant les signaux entre des facteurs de transcription et la machinerie transcriptionnelle. Nous avons démontré que ces protéines interagissent in vitro et in vivo avec ERM et sont nécessaires à l’activation transcriptionnelle induite par ce facteur de transcription. Toutefois, ces sous-unités ont une capacité différente de recrutement du médiateur sur ERM in vitro.La ribonucléoprotéine CoAA régule l’expression de certains gènes et l’épissage alternatif des ARN messagers. CoAA interagit in vitro et in vivo avec ERM. L’activité d’ERM est augmentée par la surexpression de CoAA tandis qu’elle est diminuée par sa sous-expression. Cette activation médiée par CoAA est liée à une modulation du taux de sumoylation d’ERM. Ces travaux ont permis de définir de nouvelles voies de régulation de l’activité transcriptionnelle d’ERM et des autres membres du groupe PEA3. Il reste maintenant à préciser les mécanismes impliqués dans la modulation de l’activité des membres du groupe PEA3 par ces nouveaux interacteurs
ERM is an ETS transcription factor which belongs to the PEA3 group and is involved in several processes such as migration and dissemination during organogenesis and cancer development. Regulation of its transcriptional activity requires post-translational modifications and interactions with partner proteins. In order to identify new ERM partners, we have developed various affinity chromatography techniques to isolate new potential partners. Among these candidates, CoAA (CoActivator Activator), MED23 and MED25 directly interact with ERM.MED23 and MED25 are subunits of the mediator. The mediator is a 30 sub-units multi-protein complex which mediates signals from transcription factors bound at upstream promoter elements or enhancers to RNA polymerase II and the general initiation factors bound at the core promoter. We found that MED23 and MED25 interact with ERM in vitro and in vivo and are required for transcriptional activation induced by ERM. However, these sub-units display various ability to recruit the mediator on ERM in vitro. The heterogeneous nuclear ribonucleoprotein-like protein CoAA regulates gene expression and RNA splicing. We demonstrated that ERM interacts in vitro and in vivo with CoAA. ERM transcriptional activity is enhanced upon CoAA overexpression and is decreased by CoAA knock-down. We demonstrated that CoAA modulates ERM transcriptional activity by decreasing sumoylated ERM levels. This work demonstrated new ways to regulate the activity of ERM and the two other PEA3 group members. The molecular mechanisms involved in the modulation of PEA3 member activity by these partners remain to be clarified

Le développement des anticorps thérapeutiques s'est rapidement accéléré dans les 10 dernières années et concerne un nombre croissant de pathologies. La connaissance de l'épitope, à savoir la région de la cible à laquelle l'anticorps se fixe, est essentielle pour la compréhension des effets fonctionnels de ce dernier. Nous avons développé une méthode in silico, MAbTope, qui permet une prédiction précise de cet épitope, quand bien même aucune structure 3D de l'anticorps d’intérêt n'est résolue. Cette méthode se base sur une méthode d'amarrage protéine-protéine développée auparavant dans l’équipe BIOS. Le jeu d'apprentissage a été fortement enrichi en complexes anticorps-cibles, de nouvelles fonctions de score spécifiques ont été mises au point, et le plus important, l'objectif de l'apprentissage-machine a été modifié pour optimiser non plus la conformation de !'assemblage, mais la prédiction de l'épitope. Nous montrons que la méthode qui en résulte permet une prédiction précise et robuste de l'épitope, que la structure 3D de l'anticorps soit connue ou non. Nous montrons également comment les prédictions peuvent être facilement exploitées pour la validation expérimentale. Enfin, nous montrons comment la méthode peut être utilisée pour étudier à haut-débit le recouvrement d'épitopes par des anticorps ayant la même cible
The development of therapeutic antibodies has been rapidly increasing in the last 10 years, with application to an increasing number of pathologies. The knowledge of the epitope, the region of the antigen to which the antibody binds, is crucial for understanding its functional effects. We have developed an in silico method, MAbTope, which allows the accurate prediction of the epitope, regardless of the availability of the 3D structure of the antibody of interest. This method is based on a protein-protein docking method previously developed in the BIOS group. The learning dataset was enlarged in antibody-antigen complexes, new specific scoring functions have been designed, and very importantly, the objective of machine-learning was switched from the conformational perspective towards the epitope determination perspective. We show that the resulting method allows robust and accurate prediction, whether or not the 3D structure of the antibody is available. We also show how the predictions can be easily exploited for experimental validation. Finally, we show how this method can be used for high-throughput epitope binning