Добірка наукової літератури з теми "Interaction avec l'ARN"

Le principe sélectionniste est utilisé comme modèle explicatif des pratiques culturelles, c'est-à-dire des comportements des individus en interaction avec les autres. Deux modèles sélectionnistes, l'un anthropologique - le matérialisme culturel (Harris, 1979) - et l'autre psychologique - l'analyse expérimentale du comportement - sont présentés ici. Ces deux approches semblent compatibles. Le modèle du matérialisme culturel catégorise les phénomènes culturels en trois entités distinctes : l'infrastructure, la structure et la superstructure. L'infrastructure comprend la production et les moyens de reproduction. La structure correspond à l'organisation au sein des groupes culturels et la superstructure aux comportements tels que l'art ou les comportements religieux. Le matérialisme culturel suppose l'existence d'un déterminisme infrastructurel sur tous les comportements humains ; c'est-à-dire que tous les comportements humains sont, en définitive, déterminés par des modifications de la production et des moyens de reproduction. De plus, l'étude des comportements proposée par le matérialisme culturel se fonde sur l'observation de ces comportements et non sur l'explication causale d'une situation fournie par les personnes vivant cette situation. Dans le cadre de l'Analyse Expérimentale du Comportement, les concepts de métacontingence (Glenn, 1988) et de règles de comportement permettent d'expliquer la propagation et le maintien des pratiques. Les métacontingences sont des contingences identiques au sein d'un groupe d'individus, permettant d'expliquer en partie pourquoi les individus d'un groupe émettent un certain nombre de comportements identiques. Les règles de comportement correspondent à un ensemble de comportements dont la causalité et les conséquences sont basées sur des comportements verbaux, généralement émis par d'autres individus. Ces deux modèles divergent néanmoins sur l'importance des comportements verbaux dans l'étude des pratiques culturelles. Le matérialisme culturel ne s'appuie pas sur eux alors que l'analyse expérimentale du comportement les considère comme très importants dans la transmission de ces pratiques. Néanmoins, les deux modèles rencontrent des problèmes lorsqu'ils abordent des pratiques culturelles qui ne semblent pas liées à la survie.

PT. A história do estatuto documental da visualidade no jornalismo enfrenta uma tensão constante. Cada emergência de novas tecnologias de produção de imagens e seu impacto nos sistemas de crença costuma vir acompanhada de uma reabertura das interações entre os campos da arte e jornalismo. Nas últimas décadas, esse fenômeno se reflete de maneira especialmente inventiva nos campos do jornalismo gráfico (ou jornalismo ilustrado). O artigo propõe um movimento interdisciplinar ao explorar o campo do jornalismo visual a partir do conceito de grafiação (Marion) proveniente dos estudos de quadrinhos. Um primeiro momento será dedicado à intersecção entre jornalismo e visualidades, em especial os atravessamentos possíveis entre os campos de estudos do jornalismo visual e o campo de estudos dos quadrinhos. Em seguida, se debruça sobre o conceito de Marion, que aborda aspectos da materialidade da representação gráfica, instâncias de enunciação visual e seus efeitos no espectador-leitor. E finalmente, discute essa matriz conceitual a partir de exemplos concretos publicados em grandes veículos jornalísticos produzidos por quatro autoras contemporâneas que produzem jornalismo desenhado: Mona Chalabi, Susie Cagle, Julia Rothman e Wendy MacNaughton. Seus trabalhos evidenciam, de certa maneira, um retorno ao jornalismo ilustrado dominante antes do advento da fotografia, parte de uma tendência crescente em que a instância de enunciação gráfica é cada vez menos transparente e mais evidente, abrindo espaços para abordar a factualidade a partir do traço e gestos do desenho e de relatos e narrativas mais pessoais. O conceito de grafiação, explorado aqui contribui enquanto ferramenta metodológica e permite abordar esse gesto do desenho como construção de um estilo gráfico capaz de produzir subjetividade e engajamento na esfera de leitura. *** EN. The history of the documentary value of visuality in journalism is marked by continuous tensions. The emergence of a new image-producing technology, with its impact on belief systems, is usually accompanied by renewed interactions between the fields of art and journalism. Over the last few decades, this phenomenon has manifested itself in a particularly inventive way within graphic journalism (or illustrated journalism). This article explores the field of visual journalism through an interdisciplinary approach, drawing on the concept of graphiation (Marion), which originated in comics studies. We begin by looking at the intersection between journalism and visuality, and in particular at possible intersections between the fields of visual journalism and comics. Marion's concept is then examined, focusing on the materiality of graphic representation, the instances of visual enunciation and their effects on the viewer-reader. Finally, we examine this conceptual matrix using specific examples of graphic journalism, published in major journalistic media and produced by four contemporary authors: Mona Chalabi, Susie Cagle, Julia Rothman and Wendy MacNaughton. Their work suggests to some extent a return to the illustrated journalism that prevailed before the age of photography, in a rising movement where the instance of graphic enunciation is less and less transparent and more and more obvious. This opens up new possibilities for approaching factuality through the stroke and gestures of drawing, with more personal narratives and narrative devices. The concept of graphiation explored here constitutes a methodological tool that enables us to approach the gesture of drawing as the construction of a graphic style capable of producing subjectivity and engagement in the sphere of reading. *** FR. L’histoire du statut documentaire de la visualité dans le journalisme est marquée par des tensions constantes. À chaque fois qu’émerge une nouvelle technologie de production d'images, avec son impact sur les systèmes de croyance, elle s’accompagne généralement d’une réouverture des interactions entre les domaines de l'art et du journalisme. Au cours des dernières décennies, ce phénomène s'est manifesté de manière particulièrement inventive au sein du journalisme graphique (ou journalisme illustré). Cet article se propose d'explorer le domaine du journalisme visuel selon une démarche interdisciplinaire, en partant du concept de graphiation (Marion), issu des études sur la bande dessinée. Dans un premier temps, nous nous intéressons à l'intersection entre journalisme et visualités, et en particulier aux croisements possibles entre les champs d'études du journalisme visuel et de la bande dessinée. Nous nous penchons ensuite sur le concept de Marion, qui touche à la matérialité de la représentation graphique, aux instances d'énonciation visuelle et à leurs effets sur le spectateur-lecteur. Nous examinons enfin cette matrice conceptuelle à partir d'exemples concrets de journalisme dessiné, publiés dans de grands médias journalistiques et produits par quatre auteures contemporaines : Mona Chalabi, Susie Cagle, Julia Rothman et Wendy MacNaughton. Leur travail marque d'une certaine manière un retour au journalisme illustré qui prévalait avant l'avènement de la photographie, dans un mouvement croissant où l'instance d'énonciation graphique est de moins en moins transparente et de plus en plus évidente, ouvrant de nouvelles possibilités pour aborder la factualité à partir du trait et des gestes du dessin, avec des récits et des dispositifs narratifs plus personnels. Le concept de graphiation exploré ici constitue un outil méthodologique qui nous permet d'aborder ce geste du dessin en tant que construction d'un style graphique capable de produire de la subjectivité et de l'engagement dans la sphère de la lecture. *** ES. La historia del régimen documental de la visualidad en el periodismo se enfrenta a una tensión constante. Cada aparición de nuevas tecnologías de producción de imágenes y suimpacto en los sistemas de creencias suele ir acompañada de una reapertura de las interacciones entre los campos del arte y el periodismo. En las últimas décadas este fenómenose ha reflejado de forma particularmente inventiva en el campo del periodismo gráfico (o periodismo ilustrado). El artículo propone un movimiento interdisciplinar al explorar elcampo del periodismo visual utilizando el concepto de grafiación (Marion), proveniente de los estudios sobre el cómic. Un primer momento se dedica a la intersección entre periodismo yvisualidades, en particular a los posibles cruces entre los campos de los estudios del periodismo visual y el campo de los estudios del cómic. A continuación, se centra en elconcepto de Marion, que aborda aspectos de la materialidad de la representación gráfica, instancias de enunciación visual y sus efectos en el espectador-lector. Por último, discute estamatriz conceptual a partir de ejemplos concretos publicados en medios de comunicación importantes por cuatro autoras contemporáneas que hacen periodismo gráfico: Mona Chalabi,Susie Cagle, Julia Rothman y Wendy MacNaughton. Sus trabajos muestran, en cierto modo, una vuelta al periodismo ilustrado dominante antes de la llegada de la fotografía, parte de unatendencia creciente en la que la instancia de enunciación gráfica es cada vez menos transparente y más evidente, abriendo espacios para abordar la facticidad a partir del trazo ylos gestos del dibujo y de relatos y narraciones más personales. El concepto de grafiación explorado aquí contribuye como herramienta metodológica y permite abordar el gesto dedibujar como construcción de un estilo gráfico capaz de producir subjetividad y compromiso en la esfera de la lectura. ***

Nous nous intéressons dans cet article à la fouille visuelle de données temporelles, où les données ont été mises sous la forme de n attributs dont les valeurs sont enregistrées pendant k instants. Après un état de l'art sur les différentes approches de visualisation de telles séries, nous présentons plus particulièrement une approche ayant reçue encore peu d'attention ("DataTube"). DataTube place les données dans un tube dont l'axe représente le temps. Nous étendons ensuite cette approche : tout d'abord nous définissons plusieurs modes de visualisations (couleurs, formes, etc) et nous ajoutons un axe temporel. Ensuite nous introduisons des interactions avec la possibilité de sélectionner des attributs et des instants, afficher des données complexes ou encore insérer des annotations sur la visualisation. Nous ajoutons une étape de classification non supervisée afin de regrouper dans la visualisation les attributs similaires. Enfin nous intégrons cette visualisation dans notre plateforme de fouille de données en réalité virtuelle VRMiner, avec un affichage stéréoscopique et des possibilités de navigation interactive. Nous appliquons cette visualisation sur plusieurs ensembles de données réelles et nous montrons qu'elle peut gérer jusqu'à 1,5 million de valeurs. Nous présentons également une évaluation utilisateur.

L'existence humaine est pleinement enchâssée dans l'environnement naturel ; les êtres humains ont une relation innée avec les êtres vivants et les éléments de la nature. Dans les domaines de l'art, du design et de l'architecture, cette relation est exprimée par le concept transhistorique de biomorphisme, par référence à une préférence ou un intérêt pour des formes organiques, inspirées du vivant, qui évoquent la nature ou des organismes naturels. Cette zoom.able présente des recherches qui appréhendent le biomorphisme souple, dans le domaine du design, comme une alternative au paradigme de la robotique souple (c'est-à-dire des robots fabriqués à partir de matériaux pliables et élastiques). Les travaux ayant porté jusqu'ici sur la robotique souple ont pour la plupart été menés dans le cadre des sciences techniques, et se sont surtout intéressés à l'amélioration des capacités des robots en imitant la physiologie et les opératiques mécaniques des organismes naturels souples. Le biomorphisme souple cherche à établir une perspective différente, contribuant à redéfinir les champs d'intérêt de ce domaine d'étude. La notion de biomorphisme souple est basée sur un principe simple : interroger ce qui se passe lorsque l'esthétique intrinsèquement organique des robots souples est soulignée et amplifiée par l'incorporation de formes, couleurs, textures et structures qui trouvent leur inspiration dans le monde biologique. Le biomorphisme souple se distingue d'autres approches de design bio-inspiré utilisées en robotique, car il s'écarte de la reproduction exacte des caractéristiques morphologiques d'un organisme donné pour favoriser les similarités avec des organismes naturels, qu'elles soient d'ordre strictement idiosyncratique ou plus généralement visuel et haptique. Au lieu de chercher à duper la confiance des utilisateur.ices en faisant passer un robot pour vrai, les éléments biomorphiques sont pensés de sorte à être incorporés pour cultiver la relation et l'empathie entre êtres humains et machines. En prenant l'apparence de la vie même sans pour autant paraître familiers, les robots conçus selon les principes du biomorphisme souple peuvent contribuer à rendre la relation humain-robot davantage plurielle et négociable, sans pour autant la modeler sur les interactions d'humain à humain ou avec certains animaux, y compris de compagnie. Les motivations artistiques qui sous-tendent le biomorphisme souple sont également marquées par une réflexion critique sur les frontières entre la nature, la technologie, leurs usages et leurs portées culturelles. Fondés sur la pratique, ces travaux réunissent des approches issues de nos ancrages disciplinaires respectifs dans les domaines de la robotique souple, du génie mécanique, de l'interaction humain-robot, de la pratique artistique et de la recherche en design. Nous avons d'abord cherché à appréhender et appliquer le biomorphisme souple à travers l'élaboration d'une série de prototypes matériels et d'objets comportementaux mis en action. Les potentialités d'interaction de ces prototypes biomorphiques souples ont été ensuite interrogées dans le cadre d'une étude physique des interactions humain-robot (Christiansen et al., 2024). Cette zoom.able s'intéresse en particulier à la manière dont la matérialité souple et le caractère biomorphologique des prototypes peuvent s'affirmer comme un terrain propice à la perception sensorielle, à d'éventuelles sensations corporelles et à différents types de savoir incarné. Si le mouvement, la sensation et la cognition artificielle font partie intégrante de la robotique et, plus largement, de son esthétique, nos travaux cherchent cependant à saisir dans quelle mesure les matériaux souples sont capables de générer leurs propres formes et relations lorsqu'ils sont intégrés à cette technologie. Enfin, nous analysons l'esthétique des robots issus du biomorphisme souple en alimentant un logiciel de génération d'image par IA avec les photographies de nos prototypes matériels et les descriptions textuelles des sources qui les ont inspirés du point de vue biomorphique. Les sorties machine qui en résultent, présentées sur la dernière couche de la zoom.able, évoquent des relations prises dans l'écheveau du vivant et mettent en question, dans une démarche autoréflexive, la réification et la remédiation des qualités biomorphiques au sein de l'espace virtuel latent de la culture visuelle globale.

« L'alchimie de la couleur - éclairer les nanomondes » est un projet de recherche-création imaginé pour mettre à l'épreuve les certitudes de nos perceptions, en exposant des objets d'or et d'argent sculptés à nanoéchelle, invisibles à tout procédé optique, qui a donné lieu à deux installations complémentaires : A Thousand Shades of Green, an Attempt - nanolithographies, une nanogravure sur un disque de verre, et Alchimie de la lumière - nanosculptures. Colorer est un geste artistique, une utilisation sensible de la lumière associée à la perception visuelle humaine. Mais colorer relève aussi de processus physico-chimiques associés à l'interaction entre les photons et la matière moléculaire des pigments et des encres. Les couleurs des nanoparticules procèdent d'une autre interaction lumière-matière. Plus petites que les photons qui les frappent, les nanosculptures métalliques s'électrisent et dévient la course de l'arc-en-ciel. La couleur n'est plus ici une propriété moléculaire d'absorption de la lumière par des pigments ou des colorants, mais une résonance qui rend tangible la forme. Cette résonance photonique de la lumière avec des textures nanométriques appartient à la famille de la coloration structurelle. Elle diffère de cette dernière par les interférences qui se produisent lorsque l'objet est plus grand, d'une fraction de micron, soit environ la moitié de la longueur d'onde du photon. Les pigments classiques absorbent la lumière, comme les plantes : elles apparaissent vertes, car la chlorophylle absorbe le bleu et le rouge du spectre visible. L'un des objectifs anciens de l'alchimie était de transmuter la matière, le plomb en or, le cuivre en argent. Dans le présent projet, les sculptures nanométriques qui interfèrent avec la lumière sont faites d'or et d'argent, et l'alchimie se réfère ici à la transmutation des photons en plasmons. Dans une inversion des rôles, des artefacts invisibles d'or et d'argent effectuent, devant les spectateur.ices, la transformation alchimique de la lumière, produisant de nouvelles couleurs, comme si la lumière et les couleurs étaient de la matière. A Thousand Shades of Green, an Attempt représente l'essai de nanogravure, par lithographie électronique, d'un milliard de cylindres en or de diamètre grandissant - de 50 à 100 nanomètres - sur un disque de verre de 2 cm2. La gravure, d'une surface trop grande par rapport aux techniques actuelles (limitées à 1mm2), se retrouve arrachée par endroits au cours du processus, laissant apparaître un monde d'irisations vertes, orange et bleues. Alchimie de la lumière nanosculptures sont deux installations qui ressemblent à des cabinets de curiosités, créées pour l'exposition « OU\/ERT » à Bourges (2019) et Bourges Contemporain 2021. Les formes en verre, isolées ou créant un paysage, changent de couleur en fonction des transformations de la scène lumineuse. Les formes soufflées contiennent des nanoparticules métalliques, produites par assemblage chimique, qui émettent mille nouvelles nuances de vert selon l'angle de notre regard. La solution aqueuse de nanoparticules apparaît ainsi verte en lumière directe et orange ou bleue en transparence. Les deux installations constituent ainsi une forme moderne de vanités. Dans la peinture classique, les biens terrestres, l'argent, les instruments scientifiques ou encore les symboles de la connaissance étaient représentés éparpillés ou brisés sur le sol, pour évoquer le fait que tout cela reste vain face à une réalité supérieure, inaccessible, transcendante. Ici, la nanogravure du disque est brisée et les parfaites nanosphères d'argent et d'or sont invisibles, et ne révèlent leur présence que dans la transformation de la lumière en de multiples nuances de couleurs qu'elles performent, la dimension sensible prenant le dessus sur la sensibilité du contrôle.

En esta tesis profundizamos el estudio de la cognición y comunicación numérica de niños y niñas de primeros grados de la escuela primaria en la zona andina rionegrina. Desde un enfoque socio-constructivista de recursos, interesó visibilizar, documentar y comprender la variedad, articulación y dinamismo de conocimientos numéricos en los diferentes grados de apropiación que estos jóvenes estudiantes ponen en juego al producir y reflexionar sobre signos numéricos en situación de entrevista, en distintos modos semióticos. También prestamos atención a sus procesos de reflexión y regulación de la propia cognición numérica. Los participantes son cuarenta y cinco niñas y niños que cursaban primer grado en cuatro escuelas públicas de gestión estatal de jornada simple en Bariloche y El Bolsón. Dos de las escuelas son céntricas y dos se encuentran en la periferia de la ciudad. La selección de las escuelas respondió a obtener un relativamente amplio abanico sociocultural y socioeducativo en el marco de la escolaridad urbana regional. Metodológicamente, se entrevistó a los niños individualmente en base a un guión semi-estructurado, con tareas abiertas, creativas, convocantes, desafiantes y andamiadas. Se utilizaron dispositivos de registro multimodal de los procesos comunicativo-cognitivos implicados en los momentos de producción oral, gráfica y con objetos. Los análisis mixtos buscaron conjugar profundidad y sistematicidad en la atención a la singularidad y la regularidad, utilizando técnicas que permiten tal diversidad de acercamientos a los textos gráficos creados por los niños, así como a sus respuestas verbales y gestuales y sus acciones con objetos. Principalmente trabajamos con: sistemas de categorías para la construcción de repertorios con posterior aplicación de técnicas de la estadística no paramétrica y multivariada, análisis de trayectorias de aprendizaje y estudio de casos múltiples. El enfoque socio-constructivista de recursos impregnó las decisiones tomadas tanto al realizar la entrevista como al analizar la producción numérica de cada niña o niño. Dimos cuenta de la variedad de las formas de conocer y comunicar numéricamente de los y las participantes mediante cuatro repertorios: el primero visibiliza el arco de producción numérica convencional identificado en la población estudiada; el segundo distingue las aproximaciones parciales a la convención numérica; el tercero articula trayectorias de conservación e innovación cognitiva al pensar en y con cantidades “grandes”, y finalmente, el cuarto identifica formas de reflexión y regulación de la propia cognición numérica. Ilustramos todas las categorías incluidas en esos cuatro repertorios con producciones orales, gráficas y a veces gestuales originales de los niños y niñas participantes. Además, nos dedicamos a captar multimodalmente el dinamismo del pensamiento y la comunicación numérica de los niños en situación, tanto a nivel intra-tarea como inter-tarea. Así, identificamos cuatro patrones de producción convencional, que se extienden desde una producción convencional limitada (Patrón 1, 9 niños) a una producción avanzada (Patrón 4, 8 niños), pasando por configuraciones de producción convencional “incipiente”(Patrón 2, 13 niños) e “intermedia” (Patrón 3, 15 niños). Encontramos una asociación entre los patrones de producción convencional y el sector socioeducativo y sociocultural vinculado a la escuela. En las escuelas céntricas se concentró la mayor proporción de niños y niñas cuya producción convencional es más extendida, y en las escuelas periféricas sucedió lo inverso. Sin embargo, en tres de los primeros grados participantes convivían niños de los cuatro patrones de producción convencional, y en uno, de tres patrones. La heterogeneidad se incrementa notablemente si miramos a los chicos considerando sus respuestas no convencionales como una producción comunicativa cognitiva genuina. Esta situación coloca a la heterogeneidad cognitiva en el campo del número como una condición a considerar como esperable en el inicio de la escolarización matemática primaria en la región. Para ahondar en el estudio del dinamismo en la puesta en juego de los recursos cognitivo-comunicativos de los niños realizamos varias líneas de análisis. Una fue el estudio de sus avances en el curso de una misma tarea o a lo largo de tareas relacionadas. El hallazgo de que el 78% de los niños evidenciaron alguna forma de progreso resalta la importancia de disponer un espacio abierto y sin prisa para la comunicación y evaluación del conocimiento. El progreso según indicadores de mayor producción estrictamente convencional se evidenció en niños o niñas pertenecientes a todos los patrones de producción convencional, lo que muestra que ni tan siquiera el saber que se corresponde con el establecido culturalmente constituye un bagaje del que niños y niñas disponen de forma estable, pronto a ser demostrado ante la primera demanda. A su vez pudimos constatar que las tensiones entre lo establecido y lo posible, o entre convenciones e invenciones, resultaron ser fuentes de conflicto y transformación cognitiva para algunos niños entrevistados. En este proceso, los niños y las niñas mostraron cómo gradualmente se apropiaron del conocimiento cultural establecido, exploraron relaciones, revisaron y generaron innovaciones en sus ideas y procedimientos. La mayoría de las niñas y niños entrevistados mostraron que tales respuestas surgieron de procesos constructivos y exploratorios no lineales, que introdujeron ajustes y fomentaron nuevas percataciones de regularidades numéricas, e incluso nuevos matices de significado. En nuestra búsqueda por comprender la variedad y el dinamismo de los recursos de los niños, elegimos incluir también un estudio de casos múltiples. Seleccionamos dos niños y una niña que se inscriben en distintos patrones de producción convencional para reconstruir su construcción de sentidos a lo largo de la progresión de tareas numéricas en la entrevista. Esta fue una vía más para dimensionar el grado en que los saberes de los niños entrevistados acerca de las formas y funciones numéricas abordadas revisten una notable disparidad inter-sujeto, y también conexiones de sentido a nivel inter-tarea. Somos conscientes de los alcances y restricciones de un trabajo investigativo acotado no solo en el número de participantes sino también en el tiempo/espacio de interacción en el que recabamos la información (una única entrevista diádica fuera del aula). No obstante, consideramos que los análisis de grano fino y multimodal de la variedad de recursos numéricos en esta etapa, junto a la atención al dinamismo de su puesta en juego en situación, pueden contribuir a articular un panorama de los niños como aprendices que buscan agentivamente apropiarse de las formas y funciones numéricas como instrumento de participación cultural. En ese sentido las contribuciones recogidas en los comentarios finales de los capítulos de resultados y en las conclusiones pueden ofrecer información valiosa de primera mano para el diseño y la implementación de prácticas de enseñanza capaces de promover la agencia en el aprendizaje numérico básico en entornos socioeducativos diversos. Planteamos una vía para superar enfoques de estándares que conciben el aprendizaje preferentemente como proceso descontextualizado, reproductivo, monomodal y universal. Para ello, por supuesto, es clave el trabajo también agentivo, creativo, colaborativo, multimodal y andamiado de los equipos docentes en sus comunidades de práctica. In this thesis we go a step further in the study of numerical cognition and communication of first-grade children in the Andean region of Rio Negro. From a resource-based socio-constructivist framework, we were interested in making visible, documenting and understanding the variety, articulation and dynamism of children’s numerical knowledge at work when they produced and thought about and with numerical signs during interviews, in different semiotic modes. We also paid attention to the processes of reflexion and regulation of their own numerical cognition. The participants are forty-five students who attended first grade in four public schools in Bariloche and El Bolsón. Two of the schools are located down-townl and two are located in the periphery of the city. The selection of schools aimed at obtaining a relatively wide sociocultural and socio-educational range within regional urban schooling. Methodologically, the children were interviewed individually based on a semi-structured script, with open, creative, convoking, challenging and scaffolding tasks. Multimodal recording devices of the communicative-cognitive processes evidenced during oral, graphic and object production were used. The mixed methods analyses sought to combine depth and systematic attention to both singularity and regularity, by using techniques that allow such a diversity of approaches to the graphic texts created by children, as well as to their verbal and gestural responses and to their actions with objects. We mainly worked with: category systems for the construction of repertoires, with subsequent application of non-parametric and multivariate statistics techniques, analysis of learning trajectories and study of multiple cases. The resource-based socio-constructivist framework resource-based socio-constructivist framework permeated the decisions made both when conducting the interview and when analyzing the numerical production of each girl or boy. Four repertoires captured the variety in participants’ ways of knowing and communicating numerically: the first one makes visible the conventional numerical production identified in the studied population; the second distinguishes partial approaches to numerical convention; the third articulates trajectories of cognitive preservation and cognitive innovation when thinking about and with relatively large quantities, and finally, the fourth identifies forms of reflexion and regulation of numerical cognition. We illustrate all the categories included in those four repertoires with original productions of the participating children ─oral, graphic and sometimes gestural. In addition, we sought to capture the multimodal dynamism of children’s situated thinking and communication, both at an intra-task and an inter-task level. Thus, we identified four conventional production patterns, which range from Limited conventional production (Pattern 1; 9 children) to Advanced production (Pattern 4; 8 children). Incipient conventional production (Pattern 2; 13 children) and Intermediate (Pattern 3; 15 children) configurations are half-way. We found an association between conventional production patterns and the socio-educational / socio-cultural sector characteristic of the schools. In the down-town schools a greater proportion of children whose conventional production is more widespread was concentrated, and in the peripheral schools the opposite happened. However, in three of the participating first grades, children of the four conventional production patterns coexisted, and in the remaining one, children from three patterns did so. Intra-school-grade heterogeneity increases markedly if we look at students’ unconventional responses as genuine cognitive-communicative productions. This situation places cognitive-communicative heterogeneity as a condition to be considered at the beginning of primary mathematical schooling in the region. In order to deepen into the study of the dynamism of children’s cognitive-communicative resources we performed several lines of analysis. One was the study of their progress in the course of a same task or along related tasks. The finding that 78% of children showed some form of progress highlights the importance of having an open and unhurried space for communication and knowledge assessment. Progress according to indicators of conventional production was evidenced in children belonging to all conventional production patterns. The latter shows that children’s established cultural knowledge is not a stable ready-made possession, soon to be demonstrated at request. At the same time, tensions between the realms of the established and the possible, or between conventions and inventions, turned out to be sources of conflict and cognitive transformation for some of the children. In this process, students showed how they gradually appropriated established cultural knowledge, explored relationships, reviewed and generated innovations in their ideas and procedures. Most of the interviewed children showed that such answers arose from nonlinear constructive and exploratory processes, which introduced adjustments and encouraged new perceptions of numerical regularities, and even new nuances of meaning. In our quest to understand the variety and dynamism of children's resources, we also chose to include a multiple case study. We selected two boys and a girl who belonged in different patterns of conventional production, as a way to reconstruct their meaning-making processes throughout the progression of numerical tasks in the interview. This was one more way to measure the degree to which the knowledge of the interviewed children about the numerical forms and functions addressed is markedly heterogeneous across learners, and also to understand connections of meaning at the single learner, inter-task level. We are aware of the scope and restrictions of a limited research work as ours. Limitations are related to the number of participants as well as to the temporal-spatial frame of interaction in which we collected the information (a single dyadic interview outside the classroom). However, we consider that the fine-grained and multimodal analyses of the variety of numerical resources at this stage, together with the attention to the dynamism of their putting into play in situation, can contribute to articulate a panorama of children as apprentices who agentively seek to appropriate numerical forms and functions as an instrument for their cultural participation. In that sense, we expect that the contributions collected in the final comments of each chapter, together with the final conclusions chapter can offer valuable first-hand information for the design and implementation of teaching practices capable of promoting children’s agency in basic numerical learning, in diverse socio-educational environments. We propose a way to overcome standardized approaches that conceive learning preferably as a decontextualized, reproductive, monomodal and universal process. To that end, of course, the agentive, creative, collaborative, multimodal and scaffolded work of the teaching teams in their communities of practice is also a key factor. Dans cette thèse, on approfondit l'étude de la cognition et de la communication numérique des enfants des premières années d'école primaire dans la région des Andes, province de Rio Negro. À partir d’un optique socioconstructiviste des ressources, on a voulu visualiser, documenter et comprendre la variété, l'articulation et le dynamisme des connaissances numériques à des degrés divers d'appropriation que ces jeunes étudiants mettent en jeu pour produire et réfléchir sur des signes numériques lors d'un entretien, dans différents modes sémiotiques. On s'intéresse également à leurs processus de réflexionet de régulation de la propre cognition numérique. Les participants sont quarante-cinq enfants de la première année d'école primaire de quatre écoles publiques de demi-journée d'activité à Bariloche et El Bolsón. Deux des écoles sont dans la ville et deux sont situées en périphérie. La sélection des écoles est motivée par l'idée d'obtenir un éventail socioculturel et socio-éducatif relativement large dans le cadre de la scolarisation en milieu urbain régional.Du point de vue méthodologique, des entretiens individuels avec les enfants se sont déroulés sur la base d'un protocole semi-structuré avec des tâches ouvertes, créatives, attirantes, défiantes et didactiques. Dispositifs multimodaux on été employés pour saisir les processus cognitifs-communicatifs impliqués pendant les périodes de production orale, graphique et avec des objets. Les analyses mixtes ont cherché à combiner profondeur et systématisation dans l'attentionà la singularité et à la régularité, en utilisant des techniques qui permettent une telle diversité d'approches aux textes graphiques créés par les enfants, ainsi qu'à leurs réponses verbales et gestuelleset à leurs actions avec des objets. Principalement, on a travaillé avec: systèmes de catégories pour la construction de répertoires avec application ultérieure de techniques d'analyse statistique non paramétrique et multi-variée, analyse de trajectoires d'apprentissage et étude de cas multiples. L'approche socioconstructiviste des ressources a imprégnée les décisions tant lors de la conduite de l'entretien comme pendant l'analyse de la production numérique de chaque enfant. Nous avons remarqué la variété de manières de comprendre et communiquer numériquement des enfants à travers quatre répertoires: le premier met en évidence l'arc de production numérique conventionnel correspondant à la population étudiée; le second distingue les approches partielles à la convention numérique; le troisième articule trajectoires de conservation et d'innovation cognitive en pensant à et avec des quantités "grandes", et en fin, le quatrième identifie les manières de réflexionet de régulation de la propre cognition numérique. On illustre toutes les catégories comprises dans ces quatre répertoires avec des productions orales, graphiques et parfois gestuelles des enfants. En plus, on s'est engagé à capter d'un point de vue multimodal le dynamisme de la pensée et de la communication numériques des enfants en situation, soit intra-tâche que inter-tâche. Ainsi, on a identifié quatre modèles de production conventionnels, allant d'une production conventionnelle limitée (modèle 1, 9 enfants) à une production avancée (modèle 4, 8 enfants), en passant par des configurations de production conventionnelle "naissante" (modèle 2, 13 enfants) et "intermédiaire" (modèle 3, 15 enfants). On a trouvé une association entre les modèles de production conventionnelle et le secteur socio-éducatif et socioculturel lié à l'école. Dans les écoles du centreville, on a trouvé la plus forte proportion d'enfants dont la production conventionnelle est la plus répandue, tandis que l'inverse caractérise les écoles périphériques. Toutefois, dans trois des premiers niveaux participants coexistaient des enfants des quatre modèles de production conventionnelle, et dans un, des trois modèles. L’hétérogénéité est fortement augmentée si l'on regarde les enfants en ce qui concerne leurs réponses non conventionnelles comme une véritable production communicative et cognitive. Cette situation place l'hétérogénéité cognitive dans le domaine du nombre comme condition à considérer attendue au début de l'scolarisation mathématique primaire dans la région. Pour plonger dans l'étude de la dynamique des enjeux des ressources cognitives et de communication des enfants on a considéré plusieurs lignes d'analyse. L'un était l'étude de leurs progrès au cours de la même tâche ou tout au long des tâches connexes. Le constat que 78% des enfants ont démontré une certaine forme de progrès souligne l'importance d’avoir un espace ouvert et le temps pour la communication et l'évaluation des connaissances. Selon les indicateurs de production plus vaste et strictement conventionnelle, le progrès s’est fait évident pour les enfants de tous les modèles de production conventionnelle, ce qui démontre que même pas le savoir qui correspond au plan culturel établi constitue un bagage dont les enfants disposent d’une manière stable, ce qui est facilement vérifié à la première question.Aussi, on a pu constater que les tensions entre l'établi et le possible, ou entre conventions et inventions, se sont révélées comme sources de conflit et de transformation cognitive pour certains enfants interrogés. Dans ce processus, les enfants ont mis en évidence comment ils se sont appropriés graduellement des connaissances culturelles établies, ont exploré des relations, examiné et généré des innovations de leurs idées et procédures. La plupart des enfants interrogés ont montré que ces réponses provenaient de processus constructifs et exploratoires non linéaires, qu’ils ont introduit des ajustements et qu’ils ont aperçu des nouvelles régularités numériques, et même de nouvelles nuances de sens. Dans notre quête pour comprendre la diversité et le dynamisme des ressources des enfants, on a choisi également d’inclure une étude de cas multiples. On a sélectionné deux garçons et une fille qui appartiennent à des différents modèles de production conventionnelle pour reconstruire leur construction de sens tout au long de la progression des tâches numériques dans l'entretien. Ce fut une autre façon d'évaluer la mesure dans laquelle les connaissances des enfants interrogés sur les formes et les fonctions numériques abordées ont des disparités considérables entre les individus, et aussi des connexions de sens au niveau individuel et inter-tâche. On comprend l’ampleur et les contraintes d'un travail de recherche limitée non seulement dans le nombre de participants, mais aussi dans le temps/espace d’interaction dans lequel on a recueilli l’information (un seul entretien dyadique en dehors de la salle de classe). Cependant, on considère que les analyses multimodaux et à grains fins sur la variété des ressources numériques à ce stade, avec une attention au dynamisme de la mise en jeu dans des situations, peuvent contribuer à articuler un panorama des enfants en tant qu’apprentis qui cherchent à s’approprier des formes et fonctions numériques comme instrument de participation culturelle. En ce sens, les contributions recueillies dans les observations finales des chapitres des résultats et dans les conclusions peuvent fournir de précieuses informations de première main pour la conception et la mise en œuvre des pratiques d'enseignement capables de promouvoir l'apprentissage numérique de base en milieux socioéducatifs divers. On propose un moyen de surmonter les approches standardisés qui perçoivent de préférence l’apprentissage comme un processus sans contexte, reproductif, monomodal et universel. Pour ce faire, bien sûr, le travail créatif, collaboratif, multimodal et didactique des équipes d’enseignement est clé dans leurs communautés de référence.

Les ARNs non codants sont des régulateurs de l'expression génétique à plusieurs niveaux. Chez la bactérie et chez la souris, des ARNs non codants (6S et B2) ont la propriété de se lier à l'ARN polymérase et d'inhiber son activité. Afin de déterminer si l'ARN polymérase II (RNAPII) humaine était associée à des ARNs non codants, une immunoprécipitation anti-RNAPII a été réalisée sur des cellules HeLa mitotiques. Les ARNs co-immunoprécipités ont été purifiés et marqués et l'ARN U1 s'est trouvé particulièrement enrichi par rapport au contrôle. Cette co-immunoprécipitation reflète l'association de la snRNP U1 avec la RNAPII. Pour vérifier cette association sur un site de transcription actif, des lignées ont été établies avec l'insertion en multiples copies d'un gène à un site unique, créant ainsi un unique super site de transcription visualisable par FISH (Fluorescence In Situ Hybridization). Deux lignées distinctes ont été créées, l'une avec un gène comportant un intron, l'autre avec le même gène où l'intron comporte trois mutations ponctuelles abolissant l'épissage. Alors que les snARNs U2, U4, U5 et U6 sont absents du site non épissé, l'ARN U1 est enrichi de la même façon indépendamment de l'épissage. La présence des protéines spécifiques de la snRNP U1 indique que la snRNP U1 est recrutée au complet au site de transcription. Ces résultats laissent supposer un rôle pour l'association RNAPII - U1snRNP dans l'épissage cotranscriptionnel.

Les protéines hnRNP A1/UP1 sont en mesure d'interagir directement avec des séquences télomériques humaines. L'expression de l'une ou l'autre de ces protéines dans les cellules de mammifères provoque un allongement des télomères chez celles-ci. De plus, la forme recombinante de la protéine UP1 est en mesure de recruter l'activité télomérasique à partir d'un lysat cellulaire in vitro. Afin d'établir les bases moléculaires qui régissent les interactions entre les séquences télomériques, ces protéines et l'ARN de la télomérase, nous avons étudié les interactions de chacun des domaines de liaison à l'ARN pour leur habileté à interagir avec les acides nucléiques. Nous avons pu établir que les deux domaines sont impliqués dans la liaison à des acides nucléiques distincts. Le premier RRM est nécessaire pour interagir de façon spécifique avec les répétitions d'ADN télomériques alors que le second RRM est nécessaire pour permettre une liaison spécifique à l'ARN de la télomérase. Nos études de liaison en gel de retardement ont de plus permis de montrer que les protéines A1 et UP1 sont en mesure d'interagir avec l'ARN de la télomérase. Nous avons également pu établir, par des essais de protection, que la présence de la protéine UP1 entière est essentielle pour permettre une protection efficace contre l'action de la DNase I. Nos études de chromatographie suggèrent que les protéines A1 et UP1 peuvent interagir simultanément avec les répétitions d'ADN télomériques et l'ARN de la télomérase in vitro. Nous avons également montré que cette interaction pouvait résister à une incubation dans un extrait nucléaire complexe. Ces résultats suggèrent que l'interaction ARN de la télomérase-A1-ADN télomérique est possible dans un contexte cellulaire normal. Nos résultats supportent un modèle dans lequel la protéine A1 recruterait la télomérase aux extrémités des chromosomes de vertébrés.

Il est admis, tant dans les pays a haut niveau socio-economique, que dans les pays en voie de developpement, que le rotavirus est responsable d'un pourcentage important de diarrees neonatales aussi bien chez l'homme que chez l'animal. Au cours des dernieres annees, l'etude moleculaire des proteines nonstructurales du rotavirus a ete considerablement entravee par les difficultes a obtenir des reactifs mono-specifiques. Pour la production de tels reactifs, nous avons exprime dans le systeme baculovirus les proteines nonstructurales, nsp2 et nsp3, et produit des lignees cellulaires hybrides (hybridomes) secretant des anticorps monoclonaux contre ces deux proteines. La proteine nsp2 recombinante a ete purifiee par colonne echangeuse d'ions et par colonne d'affinite. L'etude de la proteine nsp2 recombinante et de la proteine produite dans des cellules ma104 infectees par le rotavirus a permis de determiner l'existence des formes oligomeriques de cette proteine. Nous avons suggere la presence des ponts disulfures intra-chaine dans cette proteine. Les proprietes de fixation des arn viraux de la proteine nsp2 ont egalement ete testees par pontage aux uv in vivo (dans des cellules ma104 infectees par le rotavirus et dans des cellules sf9 infectees le recombinant bacnsp2). Dans des cellules infectees par le rotavirus, nsp2 est etroitement liee aux 11 segments d'arn double brin. Nous avons aussi immunoprecipite un complex viral ayant une activite replicase. Ce complex est constitue des proteines structurales vp1, vp2 et vp6, et de la proteine nonstructurale nsp2

La transcription est une reaction hautement regulee orchestree autour de l'arn polymerase qui agit au travers de nombreux contacts avec differents partenaires (facteurs de regulation, l'adn, l'arn synthetise, des topoisomertases,. . . . ). Une etude structurale permettant de positionner ces differents contacts sur l'arn polymerase est un element important pour comprendre les mecanismes de la transcription et sa regulation. Les methodes de radiocristallographie ou par rmn permettant d'atteindre le resolution atomique ne sont pas a l'heure actuelle envisageable pour ces enzymes de grande taille. Seule la microscopie electronique permet de calculer des enveloppes tridimensionnelles a une resolution plus modeste qui ne permet pas de localiser directement ces sites. La microscopie electronique offre une alternative interessante qui est l'identification de domaines fonctionnels au niveau de l'enveloppe tridimensionnelle a l'aide de sondes structurales. L'interet de la localisation spatiale de domaines fonctionnels est qu'elle permet de definir des contraintes geometriques qui permettent de tester un certain nombre de modeles proposes. Cette these illustre une telle approche. L'enzyme etudiee est l'arn polymerase i de levure pour laquelle une enveloppe tridimensionnelle de l'enzyme a ete calculee a 3 nm de resolution. Deux types de sondes ont ete utilises pour determiner l'architecture quaternaire de l'enzyme et elucider l'interaction de l'enzyme avec l'adn. L'arrangement spatiale de sept des quatorze sous-unites la composant a ete etudie par l'observation d'immun-complexes formes entre l'enzyme et des anticorps diriges specifiquement contre les sous-unites. La localisation des epitopes permet par extrapolation de definir l'arrangement spatial des differentes sous-unites entre elles. La localisation des sites d'interaction de l'adn et l'arn quant a eux ont ete etudie par l'observation de complexes d'elongation stables arretes par l'omission d'un nucleotide.

Mes travaux de recherche sont centrés sur la compréhension des relations structure-fonctions de la région 5' non traduite de l'ARN génomique du VIH-1. Le travail réalisé au cours de ma Thèse de Doctorat dans le groupe de B. et C. Ehresmann (UPR 9002 du CNRS) à l'ULP, a porté sur l'étude de la dimérisation de l'ARN génomique du virus de l'immunodéficience humaine de type 1 (VIH-1) 1. Une propriété ubiquitaire des rétrovirus est l'encapsidation de deux molécules d'ARN génomique associées près de leur extrémité 5'. Cette caractéristique, qui traduit l'existence d'une forte pression de sélection, représente un avantage évident pour la recombinaison pendant la rétrotranscription. Elle permet en particulier au virus de se répliquer malgré la présence de lésions dans l'ARN génomique et favorise la variabilité génétique. Nos travaux nous ont permis d'aboutir à plusieurs résultats importants : (1) la dimérisation implique une séquence localisée en amont du site donneur d'épissage 2. Elle est initiée par un mécanisme de reconnaissance de type boucle-boucle entre les deux monomères, au niveau d'une structure en épingle à cheveux très conservée dans les différents isolats du VIH-1, que nous avons appelée DIS (Dimerization Initiation Site) 3; 4. Cette tige-boucle est également appelée SL1. La boucle du DIS possède 9 nucléotides, dont 6 forment une séquence auto-complémentaire. Nous avons montré que l'étape initiale de la dimérisation est réalisée par des appariements Watson-Crick entre les séquences autocomplémetaires de chacun des deux monomères 5; 6; 7. Cependant, ces appariements ne sont pas les seules interactions stabilisant le dimère. Un modèle tridimensionnel du complexe boucle-boucle du DIS obtenu sur la base de résultats de cartographie en solution montre l'existence d'interactions non-canoniques formées par les purines flanquant la séquence autocomplémentaire 8; 9. (2) Le DIS joue un rôle essentiel dans la réplication du virus au niveau de l'encapsidation de l'ARN génomique et de la synthèse de l'ADN proviral double brin 10. (3) Il est possible d'inhiber la dimérisation in vitro par des oligonucléotides sens et antisens 11; 12.
En 1997-1998, j'ai effectué un stage post-doctoral dans le laboratoire du Dr. Heinrich Gottlinger (DFCI, Harvard Medical School, Boston, MA, USA). Mon travail était de comprendre le mécanisme de régulation qui permettrait aux précurseurs protéiques viraux de se fixer à la membrane plasmique, lieu d'assemblage des virions. J'ai ainsi confirmé l'existence d'un switch conformationnel de l'acide myristique localisé en N-terminal de la protéine de Matrice du VIH 13.
Depuis mon retour à Strasbourg en 1999 dans l'équipe du Dr. Roland Marquet, je me suis intéressé de nouveau au monde de l'ARN et plus précisément au repliement de l'ARN génomique du VIH-1. Ainsi, après avoir mis en évidence un motif de structure tertiaire dans la région 5'-terminale de cet ARN 14, nous avons, en collaboration avec Markus Dettenhofer (Baltimore, MD, USA), caractérisé pour la première fois la structure secondaire de cet ARN dans les cellules infectées et les particules virales 15; 16. Cette avancée technologique nous a permis par la suite (1) d'analyser avec Valérie Goldschmidt (doctorante) les variabilités structurales existantes au sein du complexe d'initiation de la rétrotranscription 17 et (2) de montrer, en collaboration avec l'équipe de Philippe Dumas (UPR 9002), que des antibiotiques de la famille des aminoglycosides se fixent spécifiquement dans la boucle du DIS de l'ARN génomique du VIH-1 non seulement dans un système in vitro 18 mais également en culture cellulaire 19.
Récemment, nous avons initié un nouveau projet sur le rôle de la protéine virale Vif dans la réplication virale du VIH-1 et sa relation avec l'ARN génomique (travail de thèse de Simon Henriet). Outre ses activités sur la synthèse de l'ADN proviral, la stabilité du core viral ou encore l'intégration du provirus, nous avons montré que la protéine Vif se fixe de façon spécifique et de manière coopérative aux régions localisées dans la région 5'-terminale du génome rétroviral 20. En particulier, la tige-boucle TAR (région 1-57) est un point de nucléation nécessaire à la propagation de la fixation de Vif à l'ARN (de 5‘ vers 3') mais semble insuffisante pour stabiliser ces interactions.
De nombreuses perspectives découlent directement de ces travaux. Nous souhaiterions étudier la dimérisation de l'ARN génomique du VIH-1 directement dans la cellule et ainsi répondre à plusieurs questions fondamentales : où se forme le dimère d'ARN génomique ? Le DIS, ou la dimérisation, sont-ils nécessaires au transport et à l'encapsidation de l'ARN génomique ? La maturation du dimère d'ARN dans les particules virales est-elle liée à un remaniement conformationnel au niveau du DIS ? Des résultats préliminaires obtenus en collaboration avec par l'équipe de M. Mougel (UMR 5121, Montpellier) indiquent que le DIS pourrait effectivement être un signal positif pour le transport nucléo-cytoplasmique. Ces résultats nous encouragent ainsi à poursuivre le développement de nouveaux agents antiviraux dérivés des aminoglycosides dirigés contre le DIS (collaboration avec P. Dumas, UPR 9002 et P. Pale, UMR 7123-ULP).
Dans les perspectives liées à la compréhension du rôle de Vif dans la réplication virale, nous étudierons en particulier son action sur l'initiation de la rétrotranscription et sur la régulation de l'expression des protéines APOBEC-3G/3F. Les protéines APOBEC sont des cytidines désaminases qui ont été identifiées dernièrement et dont l'action hypermutatrice lors de la synthèse du brin (-) de l'ADN proviral est létale pour le virus. Ces protéines, exprimées exclusivement dans les cellules non permissives, sont exclues des particules virales en présence de Vif et dirigées vers la voie du protéasome. Nous étudierons entre autre la régulation de la traduction des protéines APOBEC par Vif (identification des régions de l'ARNm nécessaires) et analyserons les changements conformationnels éventuels au niveau de la région 5' non traduite de l'ARNm induits par la fixation de Vif.
L'ensemble de ces travaux devrait nous permettre de contribuer à la compréhension des mécanismes qui régulent la structure tridimensionnelle de la région 5' non traduite de l'ARN génomique du VIH-1, et à plus long terme d'identifier des molécules capables d'interagir avec les différents domaines structuraux de cette région.

Le développement du cancer et la réponse aux traitements sont associés à des variations de la régulation post-transcriptionnelle qui entraîne une modification du protéome qualitativement et/ou quantitativement. La régulation post-transcriptionnelle implique des protéines de liaison à l’ARN (RBP), interagissant avec des éléments cis comme les séquences, les modifications ou les structures de l’ARN. Parmi ces éléments cis, les structures non-canoniques nommées ARN G-Quadruplexes (RG4), et les modifications N6-Méthyladénosines (m6A), jouent un rôle critique dans le modelage post-transcriptionnel guidant l’expression des gènes du cancer, et leur ciblage est actuellement envisagé par des essais pré-cliniques. L’un des défis majeurs de ce champ de recherches repose sur la compréhension des mécanismes contrôlants la sélectivité des sites modifiés en m6A, leur reconnaissance et leur suppression, ainsi que sur l’identification des régulateurs de la structuration des RG4. Pour répondre à ces défis, la colocalisation entre les RG4 et les m6A et leur régulation mutuelle doit encore être étudiée de manière claire. Un autre objectif clé consiste à relier les interactions entre les protéines liant les RG4 dans les transcrits et leurs fonctions biologiques liées au cancer en tirant parti des prédictions de la structuration des RG4 et des données expérimentales sur les RG4 et les RBP. Mon projet de thèse aborde ces deux défis centrés sur la régulation cis- et trans- des RG4, en utilisant des approches multidisciplinaires incluant la bioinformatique, la biologie moléculaire et cellulaire. Pour cartographier et caractériser globalement les régulateurs agissant en trans sur les RG4, nous avons développé QUADRatlas (https://rg4db.cibio.unitn.it), une base de données de RG4 identifiés expérimentalement et prédits par ordinateur dans le transcriptome humain, liés à leurs fonctions biologiques et à leurs associations aux pathologies (Bourdon et al, NAR, 2023). Ce travail offre un accès à un large catalogue construit manuellement de protéines de liaison aux RG4 connues, complété par un vaste ensemble de données de sites de liaison de RBP pour découvrir de nouvelles interactions potentielles RG4-RBP. Notre étude sur l'interaction entre les RG4 et les m6A a révélé leur colocalisation dans le transcriptome codant humain. Nous avons démontré in vitro que la stabilité des RG4 n'était pas inhibée par la présence de m6A. Cependant, nous avons montré que la stabilisation des RG4 diminuait le niveau global de m6A dans les lignées cellulaires cancéreuses. Pour expliquer cet effet, nous avons étudié la capacité des RBP à se lier aux RG4, m6A ou aux RG4 contenant des m6A (RG4(m6A)). Nous avons découvert que les RG4s pouvaient agir comme des plateformes pour les protéines de liaison aux m6A et ainsi réguler leur présence sur les transcrits. Ce travail fournit des informations essentielles sur la régulation mutuelle de deux éléments cis majeurs de l'ARNm par les RBP. De futures analyses seront nécessaires pour découvrir l’effet de la colocalisation RG4(m6A) sur l’expression des gènes du cancer
Cancer development and response to treatments are associated to post-transcriptional rewiring which in turn modifies the cancer proteome qualitatively and/or quantitatively. Post-transcriptional regulation involves RNA binding proteins (RBP) interacting with cis-acting elements like RNA sequences, modifications or structures. Among the cis-regulators, non-canonical structures, called RNA G-Quadruplexes (RG4), and N6-methyladenosines modifications (m6A), play a critical role in shaping post-transcriptional expression of cancer genes and their targeting is currently investigated in pre-clinical studies. One major challenge in the field lies in understanding the mechanisms controlling selectivity in m6A deposition, reading and removal, as well as deciphering RG4 folding and regulators. Whether m6A and RG4 colocalize and regulate each other remains to be fully investigated. Another key challenge is to link RG4-protein interactions in transcripts to cancer-relevant biological functions by leveraging predictions of RG4 structuration and experimental data on RG4 and RBP.My thesis project tackled these two challenges centered on the cis- and trans- regulation of RG4s, using multidisciplinary approaches including bioinformatics, molecular and cellular biology. To globally map and characterize RG4 trans-acting regulators, we developed QUADRatlas (https://rg4db.cibio.unitn.it), a database of experimentally-derived and computationally predicted RG4 in the human transcriptome, linked with their biological function and disease associations (Bourdon et al, NAR, 2023). This work provides a broad access to a manually curated catalogue of known RG4-binding proteins, complemented with an extensive RBP binding sites dataset to discover new potential RG4-RBP interactions. Our study on the interplay between RG4 and m6A revealed their colocalization in the human coding transcriptome. We demonstrated in vitro that RG4 stability was not inhibited by m6A presence. However, we showed that the stabilisation of RG4 decreased global m6A level in cancer cell lines. To explain this effect, we studied the ability of RBP to bind RG4, m6A or RG4 containing m6A (RG4(m6A)) and found that RG4 could act as a platform for m6A binding proteins and thus regulate their presence on transcripts. This work provides insights on the co-regulation of two major mRNA cis-acting elements by RBP. Future analyses will then be needed to unravel the effect of RG4(m6A) colocalization on cancer gene expression

L'IRES du VHC est organisé en une structure secondaire, complexe et hautement conservée, qui comprend quatre domaines distincts (I-IV). Cette organisation permet la liaison directe du facteur d'initiation eucaryote eIF3 et de la sous-unité 40S du ribosome. Le facteur d'initiation eucaryote eIF3 est un complexe de 13 protéines (~ 800 kDa). Certaines de ses sous-unités montrent une affinité pour l'ARN, et parmi elles deux possèdent des motifs de reconnaissance à l'ARN (MRR) : eIF3b (aa : 185-268) et eIF3g (aa : 239-317). Afin de déterminer l'implication de ces motifs dans l'interaction ARN-protéine, nous avons cloné les domaines contenant ces motifs MRR, ainsi que les protéines entières eIF3b et eIF3g. Nous avons ensuite étudié l'interaction de l'ARN et/ou domaines d'ARN avec le complexe eIF3 et/ou protéines ou domaines protéiques en utilisant la méthode de rétention sur filtre. Nous avons ainsi calculé les différentes constantes apparentes de dissociation entre : eIF3/IRES, eIF3b/IRES et MRR-eIF3b/IRES. Ces résultats montrent que la sous-unité eIF3b se lie directement au domaine III de l'IRES via son motif MRR situé dans le domaine N-terminal. Dans un deuxième temps, nous avons utilisé la spectroscopie RMN pour identifier précisément les acides aminés impliqués dans la reconnaissance de l'ARN viral. En utilisant différentes techniques telles que FBA, RMN et SAXS, il s'avère que le domaine IIId (30 nucléotides) représente le motif minimum impliqué dans l'interaction MRR-eIF3b/IRES. Enfin, la technique de SAXS a été mise à profit pour étudier la structure tridimensionnelle de l'IRES libre en solution.

Selon le paradigme structure-fonction, la fonction d'une protéine dépend de sa structure, et une connaissance approfondie de cette structure révèle des mécanismes fonctionnels essentiels. Cependant, ce paradigme est remis en question par les protéines intrinsèquement désordonnées (IDPs), qui, bien qu'elles n'aient pas de structure stable, restent fonctionnelles. Le facteur d'initiation de la traduction eucaryotique 4B (eIF4B) est une IDP clé dans la régulation de l'initiation de la traduction chez les eucaryotes. Cofacteur essentiel de l'hélicase eIF4A, eIF4B est crucial pour la traduction des ARNm dotés de longues régions 5' non traduites structurées. Il possède plusieurs domaines fonctionnels, dont le domaine structuré du motif de reconnaissance de l'ARN (RRM) en N-terminal, la région désordonnée DRYG, riche en aspartate, arginine, tyrosine et glycine, et la région désordonnée riche en arginine (ARM) en C-terminal. Les domaines RRM et ARM sont connus pour se lier à l'ARN, tandis que la région DRYG est essentielle à l'auto-association de l'eIF4B. La surexpression d'eIF4B dans les cellules cancéreuses pourrait influencer la formation des granules de stress, et son activité est régulée par la phosphorylation, en particulier aux sites Ser406 et Ser422.Malgré l'importance de l'eIF4B, seul son domaine RRM structuré a été caractérisé au niveau atomique. Les détails moléculaires de sa région intrinsèquement désordonnée (IDR) restent inconnus, car ces protéines sont difficiles à étudier en raison de leur hétérogénéité conformationnelle et de leur comportement dynamique. Pendant ma thèse, j'ai poursuivi quatre objectifs :(i) caractériser structurellement l'IDR de l'eIF4B à l'état monomérique ;(ii) explorer la dynamique conformationnelle et les interactions de l'IDR au niveau moléculaire lors de l'oligomérisation et de la condensation à l'échelle mésoscopique ;(iii) étudier les dynamiques conformationnelles de l'IDR lors des interactions avec l'ARN ;(iv) analyser l'impact des mutations phosphomimétiques de l'eIF4B sur l'auto-association, sur la séparation de phase et sur les interactions ARN-protéine.Grâce au transfert d'énergie par résonance de Förster à molécule unique (smFRET), j'ai étudié l'IDR de l'eIF4B en tant que monomère, révélant un comportement conformationnel non uniforme et une flexibilité variable selon les régions. La région DRYG, bien que désordonnée, est étonnamment compacte, tandis que la région C-terminale (CTR) est plus étendue et flexible. Ces caractéristiques sont largement dictées par la composition spécifique de chaque sous-région. SmFRET a aussi permis d'analyser l'oligomérisation de l'eIF4B et les changements conformationnels associés. L'augmentation de la concentration protéique au-delà d'un certain seuil a conduit à une séparation de phase d'eIF4B. Ces analyses ont permis de cartographier un paysage d'auto-association complexe d'eIF4B, passant des monomères aux oligomères et aux gouttelettes condensées. Les mutations phosphomimétiques S406E et S422E n'affectent que peu l'oligomérisation d'eIF4B, mais réduisent sa tendance à la séparation des phases.Enfin, une combinaison d'expériences smFRET et RMN a permis d'étudier les interactions eIF4B-ARN. Il en ressort que la liaison concerne principalement la région 332 à 457, qui se compacte lors de la liaison à l'ARN. Cette interaction dépend de la force ionique, suggérant que les interactions électrostatiques en sont le moteur principal, tandis que la spécificité pour les ARN riches en guanosine indique des interactions π-π supplémentaires. Notamment, les mutations phosphomimétiques Ser406 et Ser422 affectent significativement l'affinité de liaison entre l'eIF4B et l'ARN. En résumé, ce travail offre une compréhension approfondie du comportement conformationnel de l'eIF4B et des mécanismes de ses interactions, fournissant des éclaircissements sur la manière dont une protéine sans structure stable peut remplir des fonctions essentielles
The structure-function paradigm defines that protein function is determined by its structure, and detailed structural knowledge provides critical insights into its functional mechanisms. This paradigm has been challenged with the intrinsically disordered proteins (IDPs) that lack a stable structure, yet they are functional under physiological conditions. Eukaryotic translation initiation factor 4B (eIF4B) is an IDP involved in the regulation of translation initiation in eukaryotes. As an essential co-factor of RNA helicase eIF4A, eIF4B is particularly important for translation of mRNAs with long and structured 5' untranslated regions. It contains several defined functional domains/regions, including the structured N-terminal RNA recognition motif (RRM) domain, the disordered DRYG region, enriched with aspartate, arginine, tyrosine and glycine and the disordered C-terminal arginine-rich motif (ARM) region. While the RRM and ARM domains mediate RNA binding, the DRYG region is essential for eIF4B self-association. eIF4B is overexpressed in cancer cells, and may influence stress granule formation. The cellular activity of eIF4B is regulated by phosphorylation, notably at Ser406 and Ser422 residues.Despite its importance, only the well-structured RRM domain has been characterized at atomic level. The molecular details of its large intrinsically disordered region (IDR) are still unknown, as proteins of this nature are difficult to characterize due to their conformational heterogeneity and dynamic behavior. During my PhD work I had four objectives:i) structural characterization of eIF4B IDR in its monomeric state;ii) characterization of conformational dynamics and interactions of eIF4B IDR on the molecular level upon oligomerization and upon condensation on the mesoscopic scale;iii) investigation of conformational dynamics of eIF4B IDR upon RNA interactions;iv) analysis of the impact of key phosphomimetic mutations on eIF4B protein - protein interactions, eIF4B condensation and eIF4B - RNA interactions.Using single-molecule Förster resonance energy Transfer spectroscopy (smFRET) I studied the eIF4B IDR as a monomer, demonstrating its non-uniform conformational behavior and flexibility, with different regions showing varying degrees of compactness and dynamics. Although the DRYG region is disordered, it is surprisingly compact, whereas the CTR is more expanded and flexible. These characteristics are largely dictated by the specific sequence composition of each subregion. smFRET also enabled probing eIF4B oligomerization behavior and associated protein conformational changes. Increasing the protein concentration above certain thresholds lead to eIF4B phase separation, which was studied by dedicated phase separation assays. Altogether, these experiments enabled mapping of the self-association landscape of eIF4B, which represents a complex transition from monomers to oligomers to condensed droplets. Interestingly, phosphomimetic mutations, such as S406E and S422E minimally affect eIF4B oligomerization, but considerably reduce the phase separation propensity.Finally, I used a combination of smFRET and NMR experiments to investigate eIF4B - RNA interactions, confirming that binding primarily involves the 332 to 457 region (overlapping with previously identified ARM region), which undergoes compaction upon RNA binding. The binding is ionic strength dependent, suggesting that electrostatic interactions are the main driving force, while sequence specificity towards guanosine-containing RNAs, indicates additional π-π stacking interactions. Importantly, the Ser406 and Ser422 phosphomimetic mutations within the RNA binding region significantly affect eIF4B-RNA binding affinity.Altogether, this work provides a detailed molecular understanding of conformational behavior of eIF4B and mechanisms of its interactions

Bien que le Virus Respiratoire Syncytial, responsable de la bronchiolite du nourrisson, soit aujourd’hui un problème de santé publique majeur, il n’existe encore aucun vaccin ou antiviral curatif contre ce pathogène. Le manque de données sur les étapes clés du cycle viral et sur les interactions virus-cellule freine le développement de nouvelles molécules antivirales.Nous avons étudié l’interactome de deux protéines virales : la polymérase L et le facteur de transcription M2-1. Dans ce but, nous avons mis au point un crible s’appuyant à la fois sur des critères d’interactomique et sur des critères fonctionnels.La première étape consistait à identifier des partenaires potentiels de M2-1 et L par des co-immunoprécipitations couplées à une approche de protéomique quantitative. Pour plus de pertinence, ce crible a été réalisé sur cellules infectées, grâce des virus recombinants produits par génétique inverse. Ceci nous a permis d’identifier 45 et 137 partenaires potentiels de L et M2-1 respectivement. Une étude systématique de l’impact de l’inhibition de 15 partenaires potentiels de M2-1 sur la multiplication virale a mis en avant trois candidats : ILF2, PABPN1 et PABPC1.Nous nous sommes par la suite concentrés sur PABPC1. L’inhibition de l’expression de PABPC1 altère la multiplication virale, mais nous n’avons pas pu mettre en évidence un effet spécifique sur la transcription ou la traduction virale. Son interaction avec M2-1 a été confirmée, et le domaine MLLE de PABPC1 a été identifié comme le site de liaison à M2-1. L’interaction entre M2-1 et PABPC1 a été observée à la fois dans le cytoplasme et dans les IBAGs, des sous-structures concentrant les ARNm viraux au sein des corps d’inclusion viraux. Nous avons formulé l’hypothèse que M2-1, liée à PABPC1, accompagne les ARNm viraux après leur sortie des corps d’inclusion. Ceci suggère un rôle de M2-1 dans le devenir des ARNm viraux en aval de leur transcription
Although the Respiratory Syncytial Virus, responsible of bronchiolitis in infants, represents a major public health problem, there are currently no vaccine or curative antiviral directed against it. The lack of information on key steps of its viral cycle and on virus-cell interactions hinders the development of new antiviral molecules.We chose to study the interactome of two viral proteins: the polymerase L and the transcription factor M2-1. To do so, we developed a screen based on interactomic and functional criteria.The first step consisted in identifying potential binding partners of M2-1 and L by co-immunoprecipitations coupled to quantitative proteomics. For better relevance, this screen was realised on infected cells, thanks to recombinant viruses produced by reverse genetics. 45 and 137 potential binding partners of M2-1 and L respectively were thus identified. A systematic study of the inhibition of 15 potential partners of M2-1 and its impact on viral multiplication enabled the selection of three candidates: ILF2, PABPN1 and PABPC1.We chose to concentrate on PABPC1. The inhibition of PABPC1’s expression reduces viral multiplication, but no specific effect on viral transcription or translation was brought to light. Its interaction with M2-1 was confirmed, and the MLLE domain of PABPC1 was identified as the M2-1 binding site. The interaction between M2-1 and PABPC1 was observed both in the cytoplasm and in IBAGs, substructures of viral inclusion bodies where viral mRNA accumulate. We formulated the hypothesis that M2-1, with PABPC1, stays with viral mRNA after leaving inclusion bodies and during their translation. This suggests a role for M2-1 in the fate of viral mRNA downstream of transcription

Le Groupe µ et "le système de formes plastiques” -à propos d’une évaluation- L’objectif de cet article est de fournir quelques exemples et de proposer certains éclaircissements qui peuvent contribuer à la compréhension de la théorie du signe plastique conçu par le Groupe μ. Plus précisément, l’article porte sur les éléments de la théorie en question qui constituent une analyse du système de la forme tant qu’elle est distincte du système de la couleur et du système de la texture. Dans l’espoir de faire connaître quelques-uns des fondations et des implications de ce système de forme plastique, principalement aux lecteurs anglo-saxons, l’article tente également de clarifier sa place au sein de la théorie générale du signe visuel articulé par Groupe μ dans son Traité du signe visuel (1992). La première section de l’article traite de la notion esthétique générale de forme et de sa relation avec d'une part la notion de forme/formation visuelle et de l'autre la notion de forme sémiotique telle qu’elle a été développée par Hjelsmlev. On prend note du risque que les visées d’une sémiotique plastique puissent être indûment confondues avec celles du formalisme dans l'esthétique. Selon l’avis de l’auteur, les études de sémiotique visuelle ne sauraient bénéficier de ce genre de confusion, mais devraient plutôt tenter de maintenir sa distance par rapport aux conjectures et luttes de pouvoir dans le(s) monde(s) de l'art. La deuxième section explique la distinction faite par le Groupe μ entre le signe iconique et le signe plastique, conçus comme des couches séparées du signe visuel. Selon le Groupe μ, le signe iconique forme une structure triadique contenant le signifiant, le type et le référent. Il y a des similarités entre cette conception et le triangle d’Ogden & Richards. Or, la notion du Type a des implications plus vastes que la conception d’Ogden & Richards, selon lesquels il existe une image très générale qui met en relation symbole/signifier et référent – le type est ici le résultat de modélisations et de catégorisations, et il est valable aussi bien pour le signe iconique que pour le signe plastique. Par définition, le signe plastique manque de référent : la relation entre un motif et ses variations dépend donc uniquement du rapport Signifier/Type. Sur la base de cette relation Signifier/Type, les signes plastiques apparaissent, selon le Groupe µ, aux trois niveaux de la sémiose, sur le niveau purement plastique, sur le niveau extravisuel (ou symbolique), et dans une interaction avec le signe iconique sur le niveau iconico-plastique. La troisième section de l’article explique le système de forme plastique telle qu’elle est conçue par le Groupe μ. Le système est constitué par trois « formemes » (ou catégories), à savoir position, dimension et l'orientation. Il est conçu en termes de figures apparaissant dans un plan restreint. Comme les relations fondamentales dans le plan sont celles entre le centre - la marge, le haut - le bas et la gauche - la droite, le système de positions alternatives (par exemple marginal, au-dessus et au centre) est isomorphe au système d'autres orientations (par exemple vers l'intérieur, d'en haut vers le centre). Le système d'autres dimensions/tailles, par contraste, est défini par le biais de la fonction de la taille de la figure en relation à la taille du plan de l’image et le point focal. Ces valeurs plastiques de position, de dimension et d’orientation sont les signifiants du système. Ils sont liés à leurs signifiés de la manière suivante : la position à l’attraction, la dimension à la domination, l'orientation à l'équilibre. Cette corrélation est validée par les auteurs au moyen d’une démonstration visuelle. Dans la quatrième et dernière section de l’article, des observations sont faites au sujet des répercussions plus vastes ainsi que des applications du système. Conformément à la visée du propre Groupe µ à surmonter les limitations qui résultent de la spécialisation de disciplines telles que la psychologie de la perception, l'auteur soutient que des systèmes théoriques comme celui du système plastique peut fournir un cadre interdisciplinaire qui facilite l’évaluation à la fois des données scientifiques et des discours philosophiques généraux concernant le monde visuel. En ce qui concerne des applications plus proches, l'auteur estime que les théories du sens visuel et de la rhétorique du Groupe μ, si elles étaient plus largement connues, contribueraient considérablement à la compréhension de l'importance du sens plastique dans la communication visuelle et au développement des méthodes pédagogiques pour la description et l’interprétation de l'image.