Дисертації з теми "Information évolutive"

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Yu, Jinchao. "développement méthodologique et applications de la prédiction des interactions protéine-protéine." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017SACLS021.

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Анотація:
Les interactions protéine-protéine (IPP) jouent un rôle essentiel dans le vivant. Mon travail de thèse s’est concentré sur développement de méthodes bio-informatiques pour la prédiction et la modélisation structurale des IPP. Mon objectif était d'améliorer le pouvoir prédictif des méthodes permettant de prédire les structures d’assemblages macromoléculaires (docking) et d'aborder les problèmes rencontrés par les biologistes sur des cas réels d’interactions.Pour obtenir des modèles de protéines isolées de meilleure qualité, j’ai tout d’abord développé le serveur HHalign-Kbest basé sur des algorithmes d’alignements sous-optimaux. Ensuite, dans le domaine du « docking », j’ai élaboré le serveur InterEvDock qui prend en compte les informations de coévolution entre protéines. Les validations en aveugle montrent que ce serveur atteint de meilleures performances que d’autres serveurs de référence lorsque l’information évolutive est disponible.Afin de tester plus à fond nos méthodes, nous avons participé au concours CAPRI - un concours international pour la prédiction des interactions protéiques. Sur les sessions couvrant la période 2013-2016, notre groupe s’est classé 1er. Enfin, j'ai développé un jeu de données d’apprentissage et de test, PPI4DOCK. Il contient un très grand nombre de cibles de complexes (plus de 1000) et permettra d'améliorer les méthodes de docking à partir des structures expérimentales ou de modèles.En termes d'applications, je me investis dans différents projets collaboratifs, qui touchent des domaines aussi variés que, la recherche de partenaires pour le chaperon d’histone Asf1; la prédiction des modes d’interaction entre CENP-F et Nup133 dans le contexte de la mitose et de Exo70 et Abi dans celui de la régulation de la mobilité cellulaire; la simulation des modes de liaison entre le complexe Ku et ses partenaires peptidiques, dans les voies de réparation de l'ADN
Protein-protein interactions (PPIs) play essential roles in life. My PhD work aimed at developing advanced bioinformatics methods in the field of PPI prediction at the structural scale. My goal was to improve the predictive power of methods which model the structures of macromolecular assemblies (docking) and to tackle real-life problems faced by biologists.First, I developed HHalign-Kbest server using algorithms for the search of suboptimal solutions to gain better-quality models. Second, in the field of protein docking, I built InterEvDock server which can take co-evolutionary information into account. It yields better performance than other state-of-the-art servers. In order to further test our methods, we participated in CAPRI – an international challenge for prediction of protein interactions. Over years 2013-2016, our group ranked 1st at the 6th CAPRI evaluation meeting. At last, I developed a realistic benchmark dataset PPI4DOCK, largest dataset so far, in order to improve docking methods for the scientific community.In terms of applications, I was involved in a variety of collaborative projects with different labs. As representative examples, I searched for binding partners of the histone chaperone Asf1; I studied the CENP-F/Nup133 interaction in the context of mitosis and the Exo70/Abi interaction related to cell mobility regulation; I also simulated the binding modes of multiple peptides, partners of Ku complex involved in DNA repair pathway
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Smaïl-Tabbone, Malika. "Raisonnement à base de cas pour une recherche évolutive d'information : prototype cabri-n : vers la définition d'un cadre d'acquisition de connaissances." Nancy 1, 1994. http://www.theses.fr/1994NAN10409.

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Анотація:
La recherche d'information (RI) a pour objet d'aider des utilisateurs à définir et réaliser des accès dans des bases de documents (journaux, images, articles, partitions musicales, livres) l'objectif de cette thèse est de passer d'une RI classique à une RI évolutive où le système de recherche d'information (SRI) acquiert un rôle de récepteur actif grâce à des capacités d'apprentissage à long terme par acquisition incrémentale de plusieurs types de connaissances: stratégiques, épisodiques ou relatives aux documents de la base. Afin de traiter la stratégie de recherche comme objet explicite d'étude, de manipulation et surtout d'apprentissage, nous avons défini un modèle paramètre de processus de recherche d'information. Dans le but de concevoir des SRI capables d'adaptation et d'évolution dans des contextes réels d'exploitation, nous avons spécifié la combinaison (appelée cabri-n) du raisonnement à base de cas avec la recherche interactive d'information. Les fondements cognitifs du raisonnement à base de cas (analogie et remémoration) confèrent à cabri-n une plausibilité cognitive importante. Les résultats d'épisodes antérieurs de recherche d'information, quel que soit leur type (échec, succès, mitigé), sont exploités afin d'améliorer les performances du système en même temps que la satisfaction des utilisateurs, par l'intermédiaire d'une mémoire collective de sessions. Pour chacun de ces types, un mode d'adaptation contextuelle d'une session antérieure à la session courante a été défini. Nous proposons une mesure d'évaluation des performances d'une session interactive de recherche, des critères de comparaison de sessions de recherche (analogie structurelle, analogie thématique) ainsi qu'un procédé de classement des sessions candidates. Nous réfléchissons, sur un plan plus fondamental, à l'acquisition de connaissances en elle-même ; nous choisissons un cadre conceptuel de modélisation pour celle-ci (modèle kads) et étendons cabri-n pour couvrir l'acquisition des autres types de connaissances en effectuant des actes de synthèse sur la mémoire de sessions. Ces propositions ont été en grande partie implantées dans un prototype développé dans un environnement orienté objet et sont en cours d'évaluation sur une base d'images, selon un plan d'expérimentation et d'évaluation que nous proposons
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Launay, Romain. "Computational characterization and understanding of protein assemblies : the case of the Escherichia coli Ubi metabolon involved in ubiquinone biosynthesis." Electronic Thesis or Diss., Toulouse, INSA, 2023. http://www.theses.fr/2023ISAT0055.

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Анотація:
Les interactions protéine-protéine (PPIs) et les assemblages supramoléculaires sont essentiels pour les fonctions des cellules vivantes. Ils jouent un rôle important dans un certain nombre de fonctions biologiques, comme la transduction de signaux, la communication entre cellules, la transcription, la réplication ou le transport membranaire. La détermination et la caractérisation de telles interfaces restent un défi en biologie structurale. Cependant, les progrès dans le développement de méthodes computationnelles et la puissance des ressources informatiques disponibles de nos jours ont permis une amélioration considérable de la précision des prédictions in silico des modèles tri-dimensionnels d’assemblages protéiques.Dans le cadre de cette thèse, l’objectif était de prédire la structure d’un assemblage supramoléculaire, appelé métabolon Ubi, impliqué dans la voie de biosynthèse de l’ubiquinone (UQ8) dans Escherichia coli. L’ubiquinone est un prénol possédant des propriétés oxydo-réductrices, localisé dans les membranes, et très conservé à travers l’évolution mais également dans les différentes cellules des organismes. Elle est composée de deux parties principales, un groupe aromatique aux propriétés oxydo-réductrices, appelé quinone ou tête polaire, et une queue polyisoprénoide qui est de nature hydrophobe. Dans le cadre de cette étude, ce sont les dernières étapes de la voie de biosynthèse, notamment les modifications (méthylations et hydroxylations) de la tête polaire, qui nous intéressent. Ces réactions ont lieu au sein du métabolon Ubi. Ce dernier est constitué de sept protéines différentes (UbiE, UbiG, UbiF, UbiH, UbiI, UbiJ, UbiK) catalysant six réactions enzymatiques consécutives.Dans ce travail, nous avons cherché à prédire la structure du métabolon et nous avons ainsi été capable de proposer un sous-ensemble protéique que nous avons nommé "sous-unité centrale". Cette sous-unité comprend l’ensemble des partenaires et pourrait être biologiquement fonctionnelle. En parallèle, une étude a été menée sur l’hétérotrimère UbiJ-UbiK2, une brique moléculaire essentielle du métabolon Ubi. Un modèle tri-dimensionnel de UbiJ-UbiK2 a été proposé. A l’aide d’une étude par modélisation multi-échelles, il a pu être montré qu’il pouvait être impliqué dans le relargage de l’ubiquinone au sein des membranes. Enfin, la dernière partie de ce travail a porté sur l’étude du comportement d’une famille particulière d’enzymes, les mono-oxygénases à flavine de classe A, à laquelle appartiennent UbiF, UbiH et UbiI. Une étude comparative entre une enzyme modèle de cette famille enzymatique, appelée PHBH, et UbiI a été réalisée et concluant à la nécessité d’interactions avec des partenaires, permettant de stabiliser ces protéines au sein du métabolon Ubi.L’ensemble de ces travaux, et des hypothèses proposées, permet d’apporter un regard nouveau sur l’organisation supramoléculaire du métabolon Ubi, tant au niveau structural que fonctionnel. Ainsi, nos résultats ouvrent de nouvelles perspectives pour leur étude expérimentale
Protein-protein interactions (PPIs) and supramolecular assemblies are essential for the functions of living cells. They play an important role in various biological functions, such as signal transduction, cell-cell communication, transcription, replication and membrane transport. Determining and characterizing such interfaces remains a challenge in structural biology. However, advances in the development of computational methods and the power of the computing resources available today have led to a considerable improvement in the accuracy of in silico predictions of three-dimensional models of protein assemblies.In this thesis, the aim was to predict the structure of a supramolecular assembly, called the Ubi metabolon, involved in the ubiquinone (UQ8) biosynthesis pathway in Escherichia coli. Ubiquinone is a prenol with oxido-reducing properties, localized in membranes, and highly conserved throughout evolution but also in different cells of organisms. It is composed of two main parts, an aromatic group with oxido-reducing properties, known as quinone or polar head, and a polyisoprenoid tail which is hydrophobic in nature. In this study, we are interested in the final stages of the biosynthetic pathway, in particular the modifications (methylations and hydroxylations) of the polar head. These reactions take place within the Ubi metabolon. The latter is made up of seven different proteins (UbiE, UbiG, UbiF, UbiH, UbiI, UbiJ, UbiK) catalysing six consecutive enzymatic reactions.In this work, we sought to predict the structure of the metabolon and were thus able to propose a protein subset that we called the 'core subunit'. This sub-unit includes all the partners and could be biologically functional. In parallel, a study was carried out on the UbiJ-UbiK2 heterotrimer, an essential molecular brick of the Ubi metabolon. A three-dimensional model of UbiJ-UbiK2 was proposed. Using a multi-scale modelling study, it was shown that it could be involved in the release of ubiquinone from membranes. Finally, the last part of this work focused on studying the behavior of a particular family of enzymes, the class A flavin mono-oxygenases, to which UbiF, UbiH and UbiI belong. A comparative study between a representative enzyme from this family, called PHBH, and UbiI was carried out, concluding that interactions with partners were necessary to stabilize these proteins within the Ubi metabolon.Taken together, this work and the proposed hypotheses provide a new insight into the supramolecular organization of the Ubi metabolon, both structurally and functionally. Our results open up new prospects for their experimental study
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Mayer, Andreas. "Optimal immune systems : a ressource allocation and information processing view of immune defense." Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2017. http://www.theses.fr/2017PSLEE026/document.

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Анотація:
Les organismes biologiques ont développé divers mécanismes immunitaires afin de se protéger des pathogènes. Nous développons ici des modèles mathématiques de systèmes immunitaires, adaptés de façon optimale aux statistiques des pathogènes. Au delà des détails moléculaires, ces mécanismes immunitaires diffèrent dans la manière d'acquérir, de réguler et de transmettre une protection immunitaire ; différences qui pourraient s'avérer essentielles pour la survie à long terme. Afin d'expliquer la diversité des stratégies qui sont observées, nous comparons l'adaptation à long terme de populations en fonction de la dynamique des pathogènes à laquelle elles sont confrontées et de la stratégie immunitaire qu'elles adoptent. Nous démontrons que la fréquence et l'échelle de temps caractéristique des pathogènes sont les deux déterminants clés d'une stratégie immunitaire optimale. En fonction de ces deux paramètres, nous identifions des modes d'immunité distincts, comprenant immunités innées, adaptatives, ou ressemblant au système CRISPR, qui récapitulent la diversité de systèmes immunitaires naturels. Nos résultats viennent s'étendre à la question générale de l'évolution dans des environnements variables pour laquelle nous apportons de nouveaux résultats analytiques au sein d'environnements temporairement corrélés. Le système immunitaire adaptatif assure une protection à partir d'un large répertoire de cellules spécifiques à différents pathogènes. Pour prédire des propriétés statistiques de répertoires adaptés, nous étudions quel répertoire minimise au mieux le risque d'infections pour une distribution de pathogènes donnée. La théorie prédit que les cellules spécifiques contre les antigènes rares sont surreprésentées par rapport à la fréquence de leurs rencontres et que les individus, exposés aux mêmes infections, possèdent des répertoires avec des récepteurs largement différents mais exploitent la réactivité croisée afin de parvenir à la même couverture d'antigènes. Nos résultats sont issus d'une opposition entre les statistiques de détection des pathogènes, qui soutiennent l'idée d'une plus large distribution de récepteurs, et les effets de la réactivité croisée, qui tend à concentrer le répertoire optimal sur un petit nombre de clones. Nos prédictions peuvent être testées à partir d'enquêtes à haut débit sur la diversité des récepteurs et de pathogènes. Par la suite, nous examinons explicitement comment le système immunitaire adaptatif peut apprendre de manière bayésienne les statistiques de l'environnement à partir de l'historique des infections précédentes. Nous montrons que les répertoires optimaux peuvent être atteints par prolifération sélective des cellules spécifiques. La perspective bayésienne sur la dynamique des répertoires fournit un cadre conceptuel unificateur qui explique un certain nombre de caractéristiques de la mémoire immunitaire et appelle à des expériences complémentaires
Biological organisms have evolved diverse immune mechanisms to defend themselves against pathogens. Here we build mathematical models of immune systems optimally tuned to the statistics of pathogens. Beyond molecular details, different immune mechanisms differ in how protection is acquired, processed and passed on to subsequent generations -- differences that may be essential to long-term survival. To explain the observed diversity of strategies we compare the long-term adaptation of populations as a function of the pathogen dynamics that they experience and of the immune strategy that they adopt. We find that the two key determinants of an optimal immune strategy are the frequency and the characteristic timescale of the pathogens. Depending on these two parameters, we identify distinct modes of immunity, including adaptive, innate, bet-hedging and CRISPR-like immunities, which recapitulate the diversity of natural immune systems. Our results carry over to the general question of evolution in fluctuating environments, for which we provide novel analytical results in temporally correlated environments. The adaptive immune system provides protection through a broad repertoire of cells specific to different pathogens. To predict statistical features of well-adapted repertoires we analyze which repertoire minimizes cost of infection for a given distribution of pathogens. The theory predicts that the immune system has more receptors for rare antigens than expected from the frequency of encounters; and individuals exposed to the same infections have sparse repertoires that are largely different, but nevertheless exploit cross-reactivity to provide the same coverage of antigens. Our results follow from a tension between the statistics of pathogen detection, which favor a broader receptor distribution, and the effects of cross-reactivity, which tend to concentrate the optimal repertoire onto a few highly abundant clones. These predictions can be tested in high throughput surveys of receptor and pathogen diversity. We then explicitly consider how the adaptive immune system can learn the statistics of the environments from its past infection history in a Bayesian manner. We show that optimal repertoires can be reached by keeping memory of an infection through the selective proliferation of stimulated cells. The Bayesian perspective on repertoire dynamics provides an unifying conceptual framework to explain a number of features of immunological memory and suggests further experiments
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Feyel, Gilles. "L'Annonce et la nouvelle : la presse d'information et son évolution sous l'Ancien Régime : (1630-1788)." Paris 1, 1994. http://www.theses.fr/1994PA010555.

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Анотація:
[Dans les deux derniers siècles de l'Ancien Régime, s'est progressivement constitué autour de la gazette, un sytème de l'information cohérent. Abandonnant son grand projet du "réglement des pauvres", Renaudot se replie en 1630 sur le "bureau d'adresse", véritable agence d'annonces. Avec la gazette, il rationalise l'information, tout en mettant la nouvelle au service de la propagande de la monarchie. Le "modèle Renaudot" échoue : il n'a pas su établir un "support mixte" juxtaposant la nouvelle et l'annonce. L'annonce exploite alors d'autres médias : les "placards" ou affiches et les "billets" ou tracts. Pendant ce temps, le "double marché de l'information" s'épanouit à travers la gazette et les gazettes "périphériques" imprimés en français à l'étranger, diffusées en France par l'administration des postes. Les années 1750 sont le temps d'une double rupture : l'adoption du modèle allemand des intelligenzblatter permet l'épanouissement de la presse d'annonces, avec les affiches, annonces et avis divers, cependant que la "modération de port" accordée par les postes permet à la gazette, aux gazettes "périphériques" et aux affiches de réduite leurs abonnements et d'être partout répandus. Le Ministère des Affaires étrangères reprend la "Gazette de France" en 1762 et la diffusion des gazettes "périphériques" en 1767. Il contrôle aussi les "journaux politiques" du libraire Panckoucke, ainsi que l'empire de presse de Pierre Benezech : le "bureau de correspondance générale", la gazette d'agriculture, les affiches de Paris et la nouvelle presse provinciale. Ainsi existe-t-il un système de l'information à la fin de l'Ancien Régime, où l'annonce et la nouvelle sont réconciliées sur les affiches, ces "supports mixtes" consacrés à l'utilité et aux lumières. ]
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Bennaghmouch, Mohammed Kha. "Conception assistée par ordinateur de système de gestion de base de données documentaires à thesaurus évolutif." Paris 9, 1985. https://portail.bu.dauphine.fr/fileviewer/index.php?doc=1985PA090012.

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Servet, Isabelle. "Supervision du trafic dans les réseaux téléphoniques : modélisation qualitative et calcul évolutif." Toulouse, INPT, 1997. http://www.theses.fr/1997INPT048H.

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Анотація:
La supervision des reseaux telephoniques (et, en particulier, celle du reseau telephonique interurbain francais), de par leur taille croissante et leur forte connectivite (plusieurs organes de communication peuvent etre partages par plusieurs flux), est une tache qui devient de plus en plus complexe. Determiner quels sont les flux responsables d'une situation de surcharge est d'autant plus difficile que les perturbations peuvent se propager a travers le reseau dans un laps de temps tres court. Aussi, afin de mieux apprehender la facon dont une surcharge influence le comportement des organes de communication d'un reseau, nous avons elabore un modele approche de la propagation des flux dans les reseaux a commutation de circuits. Ce modele a pour principes de base la formule d'erlang ainsi qu'une connaissance qualitative du reseau. Il a ete construit dansl'objectif de servir de support a un systeme de supervision a base de modeles dont la fonction principale est donc de determiner, dans un reseau donne, les flux responsables des pertes qui ont lieu au niveau des organes de communication (centres de commutation et faisceaux). Pour cela, nous comparons la valeur courante du trafic des flux dans le reseau avec leur valeur nominale. Les valeurs courantes n'etant pas accessibles a la mesure, elles sont calculees par inversion du modele grace a des methodes basees sur l'evolution biologique.
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Palermo, Alberto. "Essais en théorie de la négociation et gouvernance." Thesis, Paris 2, 2016. http://www.theses.fr/2016PA020019.

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Анотація:
Cette thèse a pour sujet les effets que l’information a sur les incitations. Les trois articles fournissent et explorent des résultats lorsque l’information est la principale variable d’intérêt, est endogène, pas homogène entre les acteurs et évolue dans le temps d’une manière qui n’est pas nécessairement rationnelle. Le premier article étudie les problèmes de hold-up dans les hiérarchies verticales avec la sélection adverse montrant qu’alors que le pouvoir de négociation des travailleurs augmente, les distorsions provenant de l’asymétrie d’information disparaissent. En outre, il étudie l’effet de la scolarité et du degré d’hétérogénéité de la population de travailleurs sur la répartition du pouvoir de négociation dans les marchés réglementés. Le deuxième article assouplit l’hypothèse des croyances homogènes dans les relations principal-agent avec sélection adverse. Dans un apprentissage évolutif qui est imitatif, les principaux peuvent avoir des croyances différentes sur la répartition des types d’agents dans la population. La convergence à une croyance uniforme dépend de la taille relative de la polarisation dans les croyances. En outre, le modèle est une version d’un cobweb stable. Notre approche offre des explications pour l’alternance des périodes avec quantité oscillante et relativement stable. Le troisième article étudie la fac¸on dont le contenu informatif des politiques juridiques, comme la responsabilité stricte et négligence, en cas de soucis morales, influence la conception optimale des régimes de responsabilité. Plusieurs cas récents ont montré qu’un individu ayant causé un dommage s’expose non seulement a une sanction légale — par exemple, une amende — mais aussi a un boycott social, la désapprobation ou la stigmatisation. L’article montre que le choix d’une stratégie dépend de façon complexe de l’importance du dommage et du “coût moral”
This thesis focuses on the effects that information has on incentives. The three papers provide and explore some results when the information is the main variable of interest, it is made endogenous, not homogeneous between actors and evolving over time in a way that is not necessarily rational. The first paper studies hold-up problems in vertical hierarchies with adverse selection showing that as the bargaining power of the worker increases, distortions coming from asymmetric information vanish. Moreover, it studies the effect of schooling and degree of heterogeneity in the workforce on the allocation of bargaining power in regulating markets. The second paper relaxes the common assumption of homogeneous beliefs in principal-agent relationships with adverse selection. In an evolutionary learning set-up, which is imitative, principals can have different beliefs about the distribution of agents’ types in the population. Convergence to a uniform belief depends on the relative size of the bias in beliefs. In addition, the set-up is a version of a stable cobweb model. Our approach offers explanations for alternating periods of oscillating and relatively steady quantity. The third paper studies how the informative content of legal policies as strict-liability and fault-based, in case of moral concerns, influences the optimal design of liability regimes. Many recent cases show that an individual found to have caused harm faces not only the possibility of a legal sanction — e.g., the damages he must pay — but also social boycott, disapproval or stigma. The paper shows that the choice of a policy depends in a complex way on the magnitude of the harm and the “moral cost”.Keywords: Bargaining, Adverse Selection, Hold-up, Evolutionary Game Theory, Heterogeneous Beliefs, Bifurcation Theory, Boycott, Law Enforcement, Strict Liability, Negligence
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Benhaïm, Margaux. "Développements méthodologiques en protéomique quantitative pour mieux comprendre la biologie évolutive d'espèces non séquencées." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAF032/document.

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Анотація:
L’analyse protéomique consiste en l’analyse qualitative et quantitative de l’ensemble des protéines exprimées dans une cellule ou tissu dans des conditions données (protéome). Les progrès instrumentaux en spectrométrie de masse et les avancées bioinformatiques des dernières années ont permis d’imposer ce domaine dans les sciences de la vie. Diverses stratégies protéomiques permettent ainsi, aujourd’hui, d’identifier et quantifier plusieurs centaines/milliers de protéines dans un échantillon complexe, ce qui permet classiquement de caractériser les états physiopathologiques. En revanche, la protéomique est un outil émergent en biologie évolutive. Ce domaine vise à comprendre les déterminants de la diversité des organismes présents sur Terre et de leur « fonctionnement », notamment leurs adaptations à certaines contraintes environnementales.L’objectif de cette thèse était d’étudier, de l’organe à l’écosystème, les variations protéomiques induites par des changements environnementaux, tout en adaptant les différentes étapes de l’analyse à chaque type d’échantillons, à chaque organisme, de la préparation d’échantillons à l’analyse des données. Grâce à la mise en place d’une stratégie de séquençage de novo quantitative originale, ces travaux de thèse ont été l’occasion d’étudier le rôle du tissu adipeux brun dans la protection contre l’obésité chez le campagnol, espèce dont le génome n’est pas séquencé. D’autres traits particuliers ont été explorés, tels que l’obésité réversible du microcèbe, ou encore les interactions entre socialité et longévité chez la fourmi. Les solutions logicielles envisagées ne permettant de quantifier de manière robuste des peptides identifiés par séquençage de novo à partir d’échantillons fractionnés, nous avons ainsi établi que le préfractionnement permet d’obtenir une meilleure couverture de protéome. En revanche, sans préfractionnement, le séquençage de novo produit un gain indéniable. Enfin, en étudiant le métaprotéome de communautés biotiques des sols alpins, nous avons mis en évidence l’intérêt de combiner protéomique et génomique, afin d’établir la banque de données protéiques la plus appropriée, mais aussi pour « valider » les données protéomiques
Proteomics analysis corresponds to the qualitative and quantitative analysis of all proteins expressed in a cell or tissue under given conditions (proteome). Instrumental progresses in mass spectrometry and bioinformatics advances in recent years have allowed its establishment in life sciences. Diverse proteomics strategies thus allow identification and quantification of hundreds/thousands of proteins in complex samples, which classically allows physiopathological states to be characterized. However, proteomics is only emerging in the evolutionary biology field. This field aims at understanding the determinants of the diversity of organisms present on Earth and their “functioning”, including their adaptations to certain environmental constraints.The objective of this thesis was to study, from the organ to the eco-system, the proteomic variations induced by environmental changes, while adapting the different steps of the analysis to each type of sample, each organism, from sample preparation to data analysis. Through the introduction of an original quantitative de novo sequencing strategy, we studied the role of brown adipose tissue against obesity in a non-sequenced species: the vole. Other particular traits were explored, such as the reversible obesity of the grey mouse lemur or the interactions between sociality and longevity in the ant. The considered software solutions did not allow to robustly quantify peptides identified by de novo sequencing from fractionated samples, we thus determined that prefractionation allows for better proteome coverage. On the other hand, without prefractionation, de novo sequencing produces an undeniable gain. Finally, by studying the metaproteome of alpine soil biotic communities, we have highlighted the advantage of combining proteomics and genomics, in order to establish the most appropriate protein database and to “validate” proteomics data
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Boukacem-Zeghmouri, Chérifa. "Du prêt entre bibliothèques à la bibliothèque virtuelle : une évolution contrastée des bibliothèques universitaires françaises selon la discipline." Lyon 2, 2004. http://theses.univ-lyon2.fr/documents/lyon2/2004/boukacem_c.

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Les services de Prêt entre bibliothèques (PEB) construisent une économie souterraine de circulation de documents scientifiques, organisée par les bibliothèques universitaires (BU). Une analyse de leurs activités sous l'angle du service, par une double approche qualitative et quantitative et sur des périodes significatives (1975-1994 et 1995-1999), constitue la première partie de ce travail qui conclut par la constatation d'un contournement de la bibliothèque par le numérique. La seconde partie revient sur le modèle de la BU traditionnelle pour le confronter à la nouvelle donne numérique. La dynamique du processus de réintermédiation engagé dans les BU se révèle alors dans l'intégration de collections numériques. Pourtant, ce processus analysé sous le prisme des sections universitaires montre que le cheminement vers la BU virtuelle n'est pas homogène. Les conclusions soulignent que la réintermédiation dépend aussi des dynamiques ou des inerties d'appropriation du numérique de chaque domaine ; les différences observées entre les sections Sciences Techniques et Médecine STM et Sciences Humaines et Sociales (SHS) l'illustrent. Le modèle de la bibliothèque virtuelle, encore instable, finira de se dessiner en confrontant l'offre des bibliothèques à la demande des publics chercheurs
Access to scientific information organised by university libraries and relied on Interlibrary-Loan has shaped a hidden economy. Interlibrary loan activities analysis is realised in the services marketing frame. Our analysis relies on both qualitative and quantitative approach and follows two main periods of time, 1975,1994 and 1995-2000. These two periods constitutes the first part of this work and conclude on desintermediation of university libraries by the numerical context. The second part look into traditional university library model to confront it to the numerical context. Growing integration in library collections reveals reintermediation process dynamics engaged in university libraries. Yet, the reintermediation process analysed by universities sections show that the shifting to a virtual library is not homogeneous. The conclusions emphasise that reintermediation depends also on dynamics or inertia of appropriation of electronic resources in every field. It is particularly illustrated by the differences observed between Science Technology and Medicine sections and Humanity and Social Sciences sections. Still unstable, virtual library model will finish his shaping with the confrontation of library services offer and users demand
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Riboli-Sasco, Livio. "Evolving information in living systems : a pathway for the understanding of cooperation and other major transitions." Paris 5, 2010. http://www.theses.fr/2010PA05T042.

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Анотація:
We define information in living systems as a reproducible and versatile catalyst. We argue that a key dimension for the evolution of information and the understanding of life is informactivity, a measure of the contribution to fitness of information. We then move to a clarification of information processing characteristics. We organise these characteristics into three sets related to content-holding, interfacing and transferring processes. We argue that evolution can play with mobility and interoperability of information which are aggregates of first order characteristics. We also argue that a better understanding of how these processes evolve will lead to a better and more exhaustive perception of major transitions in evolution. We then exemplify how in certain “procooperative” environments interoperability can co-evolve with cooperative behaviours. We argue that a Red Queen process can affect interoperability of information related to public good production. In specific conditions this may allow to maintain cooperation in a population. At last, we discuss how science and education in human culture can be understood within the theoretical framework that has been proposed
Nous définissons l'information dans les systèmes vivants comme un catalyseur reproductible et versatile. Nous considérons qu'une dimension clef pour la compréhension des systèmes vivants et de leur évolution est l'informactivité, une mesure de la contribution d'une information à la valeur sélective. Nous procédons ensuite à une clarification des caractéristiques des procédures de gestion d'information. Nous regroupons ces caractéristiques en trois ensembles qui sont relatifs au portage du contenu, aux interfaces et aux transferts. Nous expliquons comment l'évolution affecte en particulier la mobilité et l'interopérabilité des informations, ces dernières étant des propriétés relatives à des agrégats de caractéristiques du premier ordre. Nous faisons l'hypothèse qu'une meilleure compréhension de l'évolution des processus de gestion de l'information permettra d'analyser de façon plus étendue et plus précise les transitions évolutives majeures. Nous donnons ensuite l'exemple de la co-évolution de la coopération et de l'interopérabilité dans des environnements que nous qualifions de « pro-coopératifs ». Nous expliquons comment la coopération peut être maintenue par une Reine Rouge évolutive affectant le niveau d'interopérabilité d'informations relatives à la production de biens publics. Enfin nous proposons une application de ce cadre théorique à la compréhension du fonctionnement et de l'évolution de l'éducation et de la science dans la société humaine
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Zahoransky, Viktor Wendelin. "Information Transmission Across Generations : Thermodynamics and Evolutionary Implications." Electronic Thesis or Diss., Université Paris sciences et lettres, 2023. http://www.theses.fr/2023UPSLS012.

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La Phi29 ADN polymérase (DNAP) dérive du bactériophage Phi29 et réplique l'ADN dans des conditions isothermes par amplification en cercle roulant. Il s'agit d'une enzyme particulièrement intéressante en raison de son exceptionnelle processivité et de son faible taux d'erreur, de l'ordre d'une paire de bases mésapparente pour chaque 10^(-5) à 10^(-6) nucléotides incorporés. La Phi29 DNAP atteint cette haute fidélité grâce à une fonction catalytique supplémentaire: La capacité à corriger les erreurs d'incorporation de bases par excision de nucléotides. Malgré les nombreuses études qui ont déjà été menées sur cette enzyme, la coordination entre ses principales fonctions catalytiques, la synthèse de l'ADN et la correction des erreurs, n'est pas entièrement comprise. Dans ce travail, nous développons plusieurs essais massivement parallélisés et à très haut débit, basés sur de grandes bibliothèques de gènes (10^(6)), afin de tester et de cribler les variants de la Phi29 DNAP dans un contexte évolutif. Pour la première fois, une technique d'émulsification membranaire est adaptée aux réactions d'auto-réplication compartimentée isotherme in vitro (iviCSR) facilitant le criblage simultané de variants dans différentes conditions environnementales. Nous avons trouvé des preuves que le variant R223T de la Phi29 DNAP peut répliquer l'ADN de manière plus progressive que l'enzyme WT dans des conditions éprouvantes et que la position de l'acide aminé 223 contribue à la coordination du compromis activité-fidélité de l'enzyme
Phi29 DNA polymerase (DNAP) derives from bacteriophage Phi29 and replicates DNA under isothermal conditions by rolling circle amplification. It is a particularly interesting enzyme due to its outstanding processivity and low error rates in the range of one base-pair mismatch for every 10^(-5) to 10^(-6) nucleotides incorporated. Phi29 DNAP achieves such high fidelity by means of an additional catalytic function: The ability to correct for base misincorporations by nucleotide excision. Despite the many studies that have already been conducted on this enzyme, the coordination between its main catalytic functions, DNA synthesis and error correction, is not fully understood.In this work we develop several massively parallelised, ultra-high-throughput assays, based on large (10^(6)) gene libraries, to challenge and screen for Phi29 DNAP variants in an evolutionary setting. For the first time, a membrane emulsification technique is adapted to in vitro isothermal compartmentalised self-replication (iviCSR) reactions facilitating simultaneous screenings of variants in different environmental conditions. We found evidence that Phi29 DNAP variant R223T can replicate DNA more processively than the WT enzyme under challenging conditions and that amino acid position 223 contributes to the coordination of the enzyme's activity-fidelity trade-off
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Bazié, Jacques Prosper. "La presse écrite et sa diffusion en Haute-Volta (Burkina) : synthèse historique et évolution socio-politique de la 3ème République aux événements du 4 août." Bordeaux 3, 1985. http://www.theses.fr/1985BOR30056.

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Jornsanoh, Pijarn. "Informations de volume en microscopie électronique à balayage : application à l'étude de la microstructure des matériaux et de son évolution sous traction." Lyon, INSA, 2008. http://theses.insa-lyon.fr/publication/2008ISAL0030/these.pdf.

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Ce travail porte sur le développement des techniques de caractérisation en microscopie électronique à balayage à pression contrôlée. Il s'agit d'une part de mettre au point la tomographie électronique, en utilisant le mode d'imagerie STEM-in-SEM, à l'échelle mésoscopique (non ou mal couverte par les techniques existantes de tomographie). Ce développement devra permettre une caractérisation tridimensionnelle d'un volume plus important que proposé par la tomographie électronique en TEM. D'autre part, les réaliser des essais de traction in situ afin d'examiner les matériaux à différentes étapes de vie : l'état initial de la structure, le comportement dynamique sous sollicitation et son état après l'endommagement. Grâce à la présence de gaz au sein de la chambre du microscope, il est possible d'étudier le comportement mécanique des matériaux non conducteurs. En outre, des informations de volume peuvent être obtenues en appliquant la méthodologie développée pour la tomographie électronique
The present work describes a development of two characterization techniques using controlled pressure scanning electron microscopy (CPSEM): electron tomography and in situ tensile tests. We developed electron tomography in CPSEM using STEM-in-SEM imaging mode. The aim of this development is to provide a three-dimensional characterization technique at the mesoscopic scale which is covered neither by X-ray tomography (insufficient spatial resolution) nor by electron tomography in a transmission electron microscope (too small reconstructed volume). Moreover the CPSEM enables the observation of uncoated non-conductive samples thanks to the presence of gas molecules in the microscope chamber. In situ tensile tests can be then performed in order to follow the evolution of material microstructure under mechanical load. Furthermore, investigations of deformation and failure behaviour of materials in transmission imaging mode are also possible and can provide information in sample volume
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Janvier, Roland. "Recompositions organisationnelles et évolution de la catégorie d'“usager” dans le contexte de la “société de l'information” : l'exemple des usagers des services sociaux et médico-sociaux." Phd thesis, Université Rennes 2, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00276331.

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Le champ professionnel de l'action sociale et médico-sociale (établissements, services, équipes de travail, professionnels..) est confronté à une nouvelle rationalisation de ses processus pratiques et de ses technologies intellectuelles, notamment sous l'impact de la loi de refondation de janvier 2002 qui impose de nouveaux outils communicationnels. Cette thèse mesure l'impact des dispositifs sociotechniques d'information et de communication garantissant les droits et la participation des usagers dans les établissements et services sociaux et médico-sociaux. Les rapports d'usage que génèrent ces dispositifs provoquent une recomposition des catégories d'usagers, un basculement des postures professionnelles et une recomposition des formes organisationnelles. A partir des approches philosophiques du rapport entre forme, matière et énergie, la construction d'un modèle théorique d'analyse s'appuie sur les phénomènes de transduction qui configurent les objets techniques et les acteurs, sur une archéologie des techniques et une anthropologie des usages. L'analyse du matériel de recherche (tant les dispositifs mis en oeuvre que les expressions des acteurs à travers différents médias) permet de faire émerger la question du pouvoir comme un élément central du rapport d'usage et met en lumière les jeux de représentations qui structurent le rapport technique et ses évolutions. Au-delà du rapport d'usage, dans un champ d'activité fortement structuré par des normes de droit, de plus en plus influencé par la logique de marché et continuant à se fonder sur des références éthiques, apparaît l'hypothèse qu'une nouvelle « norme d'usage » émerge et se place en surplomb des autres champs normatifs
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Moussa, Hadiza. "Utilisation optimale de l'information privée et évolution stochastique des prix sur un marché financier." Nancy 1, 2002. http://www.theses.fr/2002NAN10009.

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Nous étudions un problème d'asymétrie d'information sur un marché financier. Nous modélisons ce problème par des jeux répétés de deux personnes avec manque d'information sur un côté analogues au modèle introduit par Aumann et Maschler. Comme dans les travaux existant dans la littérature, nous analysons, dans un premier temps, la façon dont les joueurs utilisent stratégiquement la répartition asymétrique de l'information, puis nous montrons comment, à l'équilibre, l'information privée est progressivement intégrée dans les prix. Beaucoup de résultats connus font l'hypothèse de gaussianité des variables aléatoires intervenant dans les modèles et n'abordent que partiellement les comportements stratégiques des joueurs : seuls les agents informés y sont supposés stratégiques, le comportement des autres joueurs étant supposé soit aléatoire, soit non stratégique. La principale contribution de notre travail est l'analyse du comportement stratégique du joueur non informé. Cette étude nécessite l'introduction d'un modèle dual construit à partir du jeu initial. L'étude du comportement asymptotique nous révèle qu'en l'absence de facteur aléatoire extérieur au marché (facteurs démographiques ou technologiques, offres exogènes d'actif risqué,. . . ), les prix proposés à l'équilibre évoluent vers une martingale liée au mouvement brownien : l'aléa généré par l'évolution des prix provient essentiellement du comportement stratégique de l'agent le mieux informé qui utilise des stratégies mixtes pour préserver son avantage informationnel
In this dissertation we investigate a problem of asymmetry of information on a stock market. The models we consider are zero-sum repeated games with one-sided information as introduced by Aumann and Maschler. Our aim is to study at first the strategic use of private information on a stock market and then to explain how private information is gradually incorporate in the prices set during the trade. Our work focus particularly on the analysis of the strategic behaviour of the uninformed agent. We show that in the absence of external factors subject to unpredictable variations ( demographic and technological parameters, exogeneous offers,. . . ), the prices proposed at equilibrium tend asymptotically to a martingale related to the Brownian Motion : to limit a too strong revelation of his information, the well-informed agent randomizes slightly his actions generating in this way the stochastic evolution of the prices process
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Blokhuis, Alexander. "Aspects physiques des scénarios d'origines de la vie." Thesis, Paris Sciences et Lettres (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019PSLET043.

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Le domaine des Origines de la vie cherche à expliquer l’abiogenèse : comment la matière abiotique peut se transformer en vivant. Ces dernières décennies ont vu l’élaboration de plusieurs scénarios prébiotiques : hypothèses sur la place, la chimie et les mécanismes physiques de l’abiogenèse. Dans cette thèse, nous introduisons des cadres rigoureux, pour l’étude systématique des aspects physiques de l’abiogenèse. Ces cadres s’appuient sur des avancements en thermodynamique hors d’équilibre, réseaux de réactions chimiques et sélection sur plusieurs niveaux. Ils soulignent la cohérence thermodynamique et la structure fondamentale de la chimie. Ch.1 donne une introduction critique au domaine des origines de la vie, soulignant ce que nous savons, ce que les scénarios supposent et les développements historiques qui ont façonné la pensée actuelle. Ch.2 présente le cadre théorique des réseaux chimiques. Nous élargissons le cadre avec de nouveaux outils et un critère pour une description universelle de la chimie : la non-ambiguïté. Ch.3 décrit des moyens pour rendre les réseaux "ouverts" : chimiostats, CSTR, transfert en série, couplage diffusif aux compartiments. Le concept de chimiostat est étendu au "chimiostat composite", qui fixe une combinaison d’espèces. Nous corrigeons la loi zéro de la thermodynamique, qui, en thermodynamique stochastique, peut être brisée pour les quantités entières conservées. Ch.4 illustre le concept d'information dans les réseaux chimiques à l'aide d'un moteur qui extrait du travail en racémisant des énantiomères purs. On passe ensuite au procédé inverse : la purification des compositions. On présente des réseaux qui améliorent la purification, avec différents compromis. Ch.5 présente la dérivation des critères universels pour la catalyse et l'autoréplication pour les réseaux chimiques non-ambigus. L'échange entre phases et compartiments (diffusion, évaporation, etc.) conduit à l'émergence de nouvelles formes d'autocatalyse à compartiments multiples.Nous passons en revue différents cadres théoriques pour l’évolution chimique en Ch.6. Ces cadres se concentrent sur des chimies et des structures de réseaux spécifiques, et dépendent sensiblement du niveau de description. Ces approches peuvent être réunis et étendues, ils sont compris dans notre cadre général pour l'autocatalyse. On décrit des aspects thermodynamiques et structuraux de l’évolution autocatalytique, qui se produit par des processus de branchement aux taux microscopiques. L'extension à l’autocatalyse à compartiments multiples conduit à des comportements écologiques (syntrophie, parasitisme, coopération). Ch.7 étudie la formation de copolymères longes (par adsorption, recombinaison, ligature chimiquement activé). On trouve les coûts thermodynamiques pour la génération dissipative des séquences aléatoires. Ceci introduit des bornes énergétiques sur les scénarios qui reposent sur l’apparition des structures rares. Ch.8 présente un cadre statistique pour la compartimentation transitoire. Cette forme de sélection multi-niveaux n'a pas de lignées : un compartiment survivant disparaît après sa croissance et sélection. Cela fait que son contenu peut être multiplié par plus qu'un facteur de 2 (expérimentalement : >10^6). Ce mécanisme s'est avéré capable de surmonter les invasions parasitaires, d'induire une coopération et d'abaisser les seuils d'erreur. Le bruit de composition suit de la cinétique de croissance. La polymérisation peut réduire considérablement ce bruit, ce qui peut favoriser sa sélection. À ce niveau de description, les parasites donnent lieu à une nouvelle catastrophe lié à la complexation. Ch.9 présente un nouveau scénario, fondé sur des mécanismes. Le scénario est basé sur la structure de la chimie, l'autocatalyse et sélection à plusieurs niveaux, mais ne spécifie pas de molécules : elles peuvent être introduites a posteriori. Nous fournissons une base sur laquelle des scénarios rigoureux pour l'avenir peuvent être construits
The academic field of Origins of Life seeks to explain abiogenesis: how abiotic matter can be transformed to living systems. Recent decades have seen a substantial development of prebiotic scenarios: hypotheses on the place, chemistry and physical mechanisms of abiogenesis. In this thesis, we introduce rigorous frameworks, for the systematic study of physical aspects of abiogenesis. These frameworks build upon recent insights in nonequilibrium thermodynamics, chemical reaction networks and group selection. They stress thermodynamic consistency and the fundamental structure of chemistry. In Ch.1, a critical introduction to the field of origins of life is given, highlighting what we truly know, what popular scenarios assume and historical developments that have shaped the current thinking. In Ch.2, the theoretical framework of chemical networks is introduced. We extend the framework with new tools and a criterion for a universal description of chemistry: nonambiguity. In Ch.3, we describe ways to make networks ‘open’: chemostats, CSTR, serial transfer, diffusive coupling to compartments. The concept of chemostats is extended to ‘composite chemostats’, which chemostats combinations of species. We correct the zeroth law of thermodynamics, which is shown to be violated for conserved integer quantities in stochastic thermodynamics. In Ch.4, we illustrate the concept of information in chemical networks, using a scalable engine that extracts work from the racemization of enantiomerically pure molecules. We then move to the opposite process: purifying compositions. We illustrate a variety of chemical networks that achieve purification, and we discuss their tradeoffs. In Ch.5, we derive universal criteria for catalysis and self-replication for unambiguous chemical networks. The addition of exchange processes between phases and compartments (diffusion, evaporation, partitioning etc.) leads to emergent new forms of multicompartment autocatalysis. In Ch.6, we review the concept of chemical evolution and some of the frameworks developed for it. These frameworks focus on specific chemistries and network structures, and we show that their interpretation critically hinges on the level of coarse graining. These approaches, often treated as mutually exclusive, are united, extended and encompassed by our general framework for autocatalysis. We study structural and thermodynamic aspects of autocatalytic evolution in a single reactor, which occurs by branching processes built up from microscopic rates. The extension to multicompartment autocatalysis leads to new emergent ecological behavior (syntrophy, parasitism), favoring cooperation and spatial confinement. In Ch.7, we study the thermodynamics of making long polymers in various out-of-equilibrium situations (adsorption, recombination reactions, chemically activated ligation). We derive thermodynamic costs for the dissipative generation of random copolymer sequences. This allows to place energetic bounds on scenarios that rely on the appearance of rare structures. In Ch.8, we set up a statistical framework to study transient compartmentalization. This new form of multilevel selection has no lineages: surviving compartments vanish after growth and selection, which means contents may multiply by more than a factor 2 (experimentally: >10^6). This mechanism is shown capable of overcoming parasite invasions, induce cooperation and lower error thresholds. Compositional noise is derived from growth kinetics. Polymerization can drastically decrease such noise, which can improve selection. On this level of description, a new parasite catastrophe emerges: a complexation catastrophe. In Ch.9, we formulate a mechanism-based scenario. The scenario is based on the structural features of chemistry, multicompartment autocatalysis and multi-level evolution, but does not specify any molecules: they can be introduced a posteriori. We provide a foundation on which rigorous future scenarios can be built
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Mahé, Annaïg. "La communication scientifique en (r)évolution : l'intégration des revues électroniques dans les pratiques informationnelles de chercheurs en sciences de la nature comme révélateur des mutations du modèle traditionnel de la communication scientifique." Lyon 1, 2002. http://www.theses.fr/2002LYO10250.

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L'apparition récente des revues électroniques a eu un retentissement particulier dans les domaines des sciences de la nature, remettant en cause, à l'occasion, les fondements d'un système de publication scientifique traditionnellement lié à la revue, support primaire de la communication scientifique. Une approche qualitative des facteurs d'intégration de ce nouveau support a constitué la base d'une analyse à deux dimensions : la première, centrée sur les usages, a permis de définir le temps de l'innovation dans lequel nous nous situons ; la deuxième, centrée sur les pratiques, a abouti à la construction d'une typologie des activités d'information permettant d'en dégager les logiques d'appropriation. Ces résultats montrent comment la pratique des revues électroniques s'insère dans un mouvement plus large d'élaboration d'un nouveau continuum de la communication scientifique, dont les premières tendances ne permettent encore que d'entrevoir la profondeur des changements à venir.
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Marti, Nieto Flor de Asis. "Contribution à la conception et conduite des systèmes d’information dans un contexte d’usine du futur par une approche basée co-évolution." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAD016/document.

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Dans le contexte actuel, la transformation de l’outil industriel par l’intermédiaire de nouveaux paradigmes de performance tels qu’Usine du Futur (Factory of the Future FoF), Industry 4.0 (I4.0) ou encore Smart Factory (SF) est au cœur des préoccupations actuelles des industriels. Les travaux présentés dans cette thèse portent sur la problématique de passage d’une situation spécifique existante (AS-IS) vers une situation cible type Usine du Futur (TO-BE) en prenant en compte la situation souhaitée AS-WISHED et les contraintes de ressources. Dans ce cadre, la principale contribution porte sur une approche reposant sur un modèle de co-évolution permettant de guider ce projet de transition au sein de l’organisation. Sur la base des travaux de Tolio et al. (2010), nous avons proposé un modèle de co-évolution amélioré en intégrant le niveau stratégique, le rôle du système d’information (SI) et celui de la place l’homme. Sur le plan théorique, le nouveau modèle de co-evolution aborde 3 domaines Produit/Production/SI qui sont structurés en deux niveaux d’analyse : externe (stratégique) et interne (structurel). L’ensemble de 6 sous-domaines comportent chacun 3 composants couvrant les choix relatifs à chaque sous-domaine et niveau d’analyse. Sur le plan managérial, la gestion de la co-évolution réside dans la modélisation des ces composants. Ensuite, nous caractérisons des liens de co-évolution existants entre les différents sous-domaines du modèle de co-évolution proposé. La démarche d’exploitation du modèle de co-évolution comporte trois étapes et considère les contraintes opérationnelles et les contraintes dites de co-évolution liées à la gestion des liens ou impacts entrant en jeu dans la co-évolution. Il permet de passer progressivement des modèles AS-IS et AS-WISHED pour aboutir à un modèle TO-BE
Within the current context, the transformation of industries through new paradigms of performance such as The Factory of the Future (FoF), Industry 4.0 (I 4.0) or even The Smart Factory (SF) is at the heart of the industrials’ current concerns. The present work address the problem of the transition from a specific situation (AS-IS) to a target situation alike FoF (TO-BE) considering the desired situation AS-WISHED and the resources constraints. In this line of action, the main contribution concerns an approach based on a co-evolution model enabling to guide manufacturing industries to perform such a transition. Based on the work of Tolio et al. (2010), we propose an enhanced co-evolution model that integrates the strategic level of decisions, the information system role (IS) and the role of the human workforce. From the theoretical perspective, this new model consists in 3 domains: Product design/ Manufacturing/ IS which are structured into two levels of analysis: external (strategic) and internal (operational). The resulting structure of 6 sub-domains is in turn composed of 3 components covering the decisions related to each sub-domain and level of analysis. From the management perspective, the management of co-evolution relies on the modelling of their components. Hence, we exploit the modelling language constructs of the ISO 19440 (2007) standard for the internal components. Then, we characterize the existing co-evolution links between the different sub-domains of the proposed co-evolution model. At last, a 3 phase approach enabling to exploit the enhanced co-evolution model is proposed. It considers the feasibility constraints and the co-evolution constraints linked to the management of the links or impacts that came into play in the co-evolution. As such, it enables to work out progressively a feasible TO-BE model
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Fierens, Marie. "Le journalisme en République démocratique du Congo et en Côte d'Ivoire: émergence et évolution d'une profession, de la colonisation à nos jours." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2014. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209197.

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Le travail retrace l’évolution du métier de journaliste de presse écrite en République démocratique du Congo (RDC) et en Côte d’Ivoire, de la fin de la période coloniale à nos jours. Plus précisément, il s’attache à en comprendre l’émergence et la structuration progressive, à Léopoldville (devenue Kinshasa) et à Abidjan. L’objectif consiste à dégager les éléments qui ont modelé le métier dans les deux pays, pour mieux comprendre la forme qu’il emprunte aujourd’hui.

La recherche se fonde principalement sur l’exploitation d’une centaine d’entretiens menés pour la plupart à Kinshasa et à Abidjan, sur l’exploitation de corpus de presse et sur l’exploitation de ressources documentaires et bibliographiques. Elle adopte une perspective comparative visant à mettre en évidence les similitudes et les spécificités qui ont marqué l’évolution du journalisme de presse écrite en RDC et en Côte d’Ivoire.

Le travail se divise en quatre parties, dont les trois premières s’arrêtent sur des moments importants de la structuration de la profession. La première présente la façon dont les Congolais et les Ivoiriens se sont investis progressivement dans le journalisme de presse écrite, particulièrement à la fin de la période coloniale, dans un contexte de pluralisme limité. La deuxième étudie la pratique du journalisme et sa structuration, au Congo et en Côte d’Ivoire, durant le long règne des partis uniques. La troisième partie analyse la nouvelle forme que revêt la profession depuis la libéralisation politique et médiatique du début des années 1990. Pour chaque période, l’analyse comporte trois axes destinés à mettre en évidence les éléments utiles à la comparaison. Le premier permet de mettre au jour le système relationnel qui existe autour des journalistes congolais et ivoiriens de presse écrite, afin d’identifier les facteurs sociétaux qui influencent leur pratique. Le deuxième axe dévoile les dynamiques internes du groupe professionnel, dans les deux pays. Enfin, le troisième axe se construit autour des parcours individuels d’un certain nombre de journalistes, ce qui permet de cerner leurs motivations et leur perception du métier.

L’approche comparative constitue la quatrième partie de la recherche. Elle s’appuie sur le concept de « configuration » de Norbert Elias pour corréler les trois axes et les trois périodes décrits ci-dessus, pour penser l’émergence et l’évolution de la profession en termes de relations, d’interdépendances et de négociation.

L’imprécision des contours du groupe, des profils professionnels et des pratiques apparaît constitutive du journalisme de presse écrite, au Congo et en Côte d’Ivoire. La forme que revêt aujourd’hui la profession résulte d’une suite d’interdépendances, régulièrement renégociées, qui lie les journalistes aux autres acteurs au cours du temps./

The thesis traces the development of the profession of newspaper journalist in the Democratic Republic of Congo (DRC) and Côte d’Ivoire, from the end of the colonial era until today. More precisely, it seeks to understand its emergence and structural development in Léopoldville (Kinshasa) and Abidjan. The objective is to identify the elements that fashioned the profession in both countries so as to better understand its current form.

The research rests chiefly on the use of about 100 interviews conducted for the most part in Kinshasa and Abidjan as well on the use of press corpuses and of documentary and bibliographic resources. The research takes a comparative approach that aims to highlight the similarities and specificities that have marked the evolution of newspaper journalism in the DRC and Côte d’Ivoire.

The thesis is divided into four parts, the first three of which concentrate on key moments in the profession’s structural growth. Part One outlines the way in which the Congolese and Ivorians gradually became involved in print journalism, in particular at the end of the colonial era, in a context where pluralism was limited. Part Two studies the practice of journalism and its structural elaboration, in the Congo and Côte d’Ivoire, under the long reign of the one-party systems. Part Three examines the new form assumed by the profession since the political and media liberalization of the early 1990s. For each period, the analysis relies on three axes destined to emphasize the elements that are useful for the comparison. The first axis makes it possible to reveal the network of relations existing around Congolese and Ivorian newspaper journalists in order to identify the societal factors influencing their practice. The second axis sheds light on the professional body’s internal dynamics in the two countries. Lastly, the third axis centres on the individual careers of a number of journalists, making it possible to grasp their professional motivations and their perception of the sector.

The comparative approach composes the fourth part of the thesis. It relies on Norbert Elias’s notion of ‘configuration’ to correlate the three axes and periods described above in order to examine the profession’s emergence and evolution in terms of relations, interdependencies and negotiations.

The vagueness of the group’s contours, of the professional profiles and of the practices appears constitutive of newspaper journalism in the Congo and Côte d’Ivoire. The profession’s current form is the result of a succession of interdependencies, regularly renegotiated, that has linked the journalists to other actors over the course of time.


Doctorat en Information et communication
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Nguyen, Nhu Khoa. "Emerging Trend Detection in News Articles." Electronic Thesis or Diss., La Rochelle, 2023. http://www.theses.fr/2023LAROS003.

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Dans le domaine de la finance, l'information joue un rôle extrêmement important dans la prise de décisions en matière d'investissement. En effet, une meilleure connaissance du contexte peut conduire à l'élaboration d'approches plus appropriées quant à la manière d'investir et à la valeur de l'investissement. En outre, être capable d'identifier les thématiques émergentes fait partie intégrante de ce domaine, car ceci peut aider à prendre de l'avance sur les autres investisseurs, et donc à obtenir des avantages concurrentiels considérables. Pour identifier les thèmes susceptibles d'émerger à l'avenir, des sources telles que les rapports financiers annuels, les données des marchés boursiers ou encore les résumés des réunions de la direction sont examinés par des experts financiers professionnels. Des sources d'information fiables provenant d'éditeurs de presse réputés peuvent également être utilisées pour détecter les thèmes émergents. Contrairement aux médias sociaux, les articles de ces éditeurs jouissent d'une crédibilité et d'une qualité élevées. Ainsi, lorsqu'ils sont analysés en grande quantité, il est probable que l'on découvre des informations dormantes/cachées sur les tendances ou ce qui peut devenir des tendances futures. Cependant, en raison de la grande quantité d'informations générées chaque jour, il est devenu plus exigeant et difficile d'analyser les données manuellement tout en détectant les tendances au plus vite. Notre recherche explore et analyse des données de différentes sources de qualité, telles que des résumés de publications scientifiques et un ensemble de données d'articles d'actualité fournis par Bloomberg, appelé Event-Driven Feed (EDF), afin d'expérimenter la détection des tendances émergentes. En raison de l'énorme quantité de données disponibles réparties sur de longues périodes de temps, elle encourage l'utilisation d'une approche contrastive pour mesurer la divergence entre le contexte environnant, passé et présent des mots et des phrases extraits, comparant ainsi la similarité entre les représentations vectorielles uniques de chaque intervalle pour découvrir des évolutions dans l'utilisation des termes qui peuvent conduire à la découverte d'une nouvelle tendance émergente. Les résultats expérimentaux révèlent que l'évaluation de l'évolution dans le temps du contexte des termes est susceptible de détecter les tendances critiques et les points d'émergence. On découvre également que l'évaluation de l'évolution du contexte sur une longue période est préférable à la simple comparaison des deux points les plus proches dans le temps
In the financial domain, information plays an utmost important role in making investment/business decisions as good knowledge can lead to crafting correct approaches in how to invest or if the investment is worth it. Moreover, being able to identify potential emerging themes/topics is an integral part of this field, since it can help get a head start over other investors, thus gaining a huge competitive advantage. To deduce topics that can be emerging in the future, data such as annual financial reports, stock market, and management meeting summaries are usually considered for review by professional financial experts. Reliable sources of information coming from reputable news publishers, can also be utilized for the purpose of detecting emerging themes. Unlike social media, articles from these publishers have high credibility and quality, thus when analyzed in large sums, it is likely to discover dormant/hidden information about trends or what can become future trends. However, due to the vast amount of information generated each day, it has become more demanding and difficult to analyze the data manually for the purpose of trend identification. Our research explores and analyzes data from different quality sources, such as scientific publication abstracts and a provided news article dataset from Bloomberg called Event-Driven Feed (EDF) to experiment on Emerging Trend Detection. Due to the enormous amount of available data spread over extended time periods, it encourages the use of contrastive approaches to measuring the divergence between past and present surrounding context of extracted words and phrases, thus comparing the similarity between unique vector representations of each interval to discover movement in word usage that can lead to the discovery of new trend. Experimental results reveal that the assessment of context change through time of selected terms is able to detect critical emerging trends and points of emergence. It is also discovered that assessing the evolution of context over a long time span is better than just contrasting the two most recent points in time
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Petit-Delecourt, Elisa. "Prise en compte du travail dans les changements de pratiques vers l’agroécologie : outils et informations pour l’accompagnement des agriculteurs." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLA006/document.

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Afin de réduire les pollutions agricoles, les agriculteurs sont invités à faire évoluer leurs pratiques. Mais ces évolutions génèrent des changements d'organisation et de temps de travail, qu'ils invoquent pour expliquer leur difficulté à changer. Notre objectif est d'étudier ces changements du travail, pour concevoir des outils facilitant les transitions agroécologiques des agriculteurs. Nous avons enquêtés des conseillers agricole et des agriculteurs pour analyser l'offre de conseil, et la nature des informations sur le travail, dont les agriculteurs ont besoin pour conduire un changement de pratiques. Constatant l'insuffisance des outils existants, nous avons organisé deux ateliers de conception d'outils avec leurs futurs utilisateurs. Nous avons identifié et décris 28 outils qui pourraient être conçu. Quatre prototypes ont été élaborés : une fiche technique informant des changements du travail, un quizz et un jeu permettant d'identifier des changements du travail pour une exploitation, et un carnet de suivi d'essai permettant de relever des informations clefs pour établir un bilan de la gestion des concurrences et des choix d'organisation
In order to reduce agricultural pollution, farmers are invited to change their practices. But these new practices can generate changes in organization and working time, which farmers assert to explain their difficulty to change. Our goal is to study these changes in the work and to design tools facilitating agroecological transitions of farmers. We have surveyed agricultural advisers and farmers to analyze the consulting service offer, and the nature of the work information that farmers need in order to implement new practices. Noting the inadequacy of the existing tools, we organized two tool design workshops with their future users. We have identified and described 28 tools that could be designed. Four prototypes were developed: a technical sheet informing about work changes, a quiz and a serious game to identify work changes for a farm, and a test logbook to record key information to establish an assessment of work competition management and organizational choices
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Saleck, Ahmedna Mohamed Oumar. "Les médias et le droit de la concurrence en Mauritanie." Thesis, Perpignan, 2017. http://www.theses.fr/2017PERP0023/document.

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Анотація:
Identifiés comme acteurs politiques, économiques, sociaux ou encore culturels ayant un rôle et une responsabilité fondamentale dans un monde caractérisé par une mondialisation technologique galopante, les médias semblent évidemment soumis au droit de la concurrence. Pourtant, cette évidence n’en constitue pas une lorsque l’on analyse profondément la question. Les médias sont-ils vraiment soumis au droit de la concurrence ? Parallèlement est-il possible de dire qu’on se dirige résolument vers un droit de la concurrence propre aux médias ? Les relations entre les médias et le droit de la concurrence ont connus plusieurs épisodes en Mauritanie. Tout d’abord, l’épisode initiale au fil duquel le rapport entre les médias et le droit de la concurrence fut fade et monotone puisque l’Etat monopolisait tous les médias. Ensuite, au cours du deuxième épisode, il y a eu une ouverture partielle et partiale des médias à la concurrence et ainsi au droit de la concurrence. Enfin, le troisième et dernier épisode est celui inauguré par l’abolition totale du monopole. Dés lors, ce travail consiste à montrer et démontrer la soumission des médias au droit de la concurrence
Identified as a political, social, cultural or economical actor, having an esential role in the world characterized by soaring globalisation, which is in a staggering peak, media seems to be naturally submitted to the competition law. However, when the question is analysed in a precised and refined way, this obviousness is not right anymore. Are the media really submited to the competition law ? At the same time is it possible to talk about the competition law specific to medias ? Relations between media and the competition law have been faced of several incidents in Mauritania. First of all, during the first incident, the relation between two institutions, it means media and the competition law were bland and dull because of State’s monopolization of all media’s means. Then, there was a partial opening of media to competition. Eventually, the recording of media by the competition law happened during the last incident. This work consists in demonstration of media’s submission to the competition law even though the mediatic product keeps being specific
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Landon-Cardinal, Olivier. "Évolution des systèmes quantiques ouverts : décohérence et informatique quantique." Thèse, 2009. http://hdl.handle.net/1866/3447.

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Анотація:
L'informatique quantique, brièvement introduite au chapitre 1, exploite les corrélations quantiques et en particulier l'intrication. Ces corrélations sont difficiles à maintenir car un système quantique n'est habituellement pas fermé, mais en interaction avec son environnement. Le traitement formel d'un système quantique ouvert requiert des outils spécifiques, introduits au chapitre 2. En utilisant ces notions, nous montrerons au chapitre 3 que l'interaction entre le système et son environnement aura pour effet de privilégier certains états, qualifiés de quasi-classiques, suggérant ainsi l'émergence d'un monde classique à partir d'un monde quantique. De plus, l'intrication qui se crée entre le système et son environnement détruira la cohérence d'une superposition d'états quasi-classiques. Il s'agit du phénomène de décohérence dont les mécanismes seront mis en évidence dans notre étude originale d'un gyroscope quantique au chapitre 4. Nous montrerons qu'une particule de grand spin servant à mesurer le moment angulaire d'électrons perd sa cohérence en un temps très court par rapport au temps caractéristique de relaxation. Afin de protéger la cohérence d'un système, essentielle pour l'informatique quantique, plusieurs techniques de protection ont été développées. Nous les rappelerons brièvement en début de chapitre 5, avant d'introduire une approche originale qui consiste à préparer l'environnement. Notre étude nous permet de caractériser l'existence d'états initiaux de l'environnement permettant une évolution sans décohérence du système dans une gamme de modèles où le système interagit avec un environnement présentant une dynamique propre.
Quantum information processing, briefly introduced in Chapter 1, relies on quantum correlations, namely on entanglement. Those correlations are difficult to maintain since a typical quantum system is not closed, but interacting with its environment. The analysis of an open quantum system requires specific tools which we introduce in Chapter 2. Using these concepts, we show in Chapter 3 that the interaction between the system and its environment will distinguish certain quasi-classical states, suggesting the emergence of a classical world from a quantum one. Furthermore, the entanglement created between the system and its environment will destroy the coherence of a superposition of such quasi-classical states. This phenomenon of decoherence exhibits mechanisms which we highlight in our original study of a quantum gyroscope in chapter 4. We demonstrate that a particle with large spin, used to measure the angular momentum of electrons, loses its coherence on a timescale much shorter than the characteristic timescale of relaxation. To protect the coherence of a system, essential to quantum information processing, several techniques have been developed. We briefly review them at the beginning of Chapter 5, before introducing a novel approach based on the preparation of the environment. Our analysis characterizes the existence of initial states of the environment allowing for decoherence-free evolution of the system in a large class of models in which the system interacts with a dynamical environment.
Ce travail de maîtrise a mené à la rédaction d'un article (Physical Review A 80, 062319 (2009)).
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Gauthier, Olivier. "Utilisation de réseaux en analyse phylogénétique : détection de taxons hybrides et combinaison d'arbres." Thèse, 2006. http://hdl.handle.net/1866/17054.

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Doroftei, Andrea. "Évolution de familles de gènes par duplications et pertes : algorithmes pour la correction d’arbres bruités." Thèse, 2012. http://hdl.handle.net/1866/8320.

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Анотація:
Les gènes sont les parties du génome qui codent pour les protéines. Les gènes d’une ou plusieurs espèces peuvent être regroupés en "familles", en fonction de leur similarité de séquence. Cependant, pour connaître les relations fonctionnelles entre ces copies de gènes, la similarité de séquence ne suffit pas. Pour cela, il est important d’étudier l’évolution d’une famille par duplications et pertes afin de pouvoir distinguer entre gènes orthologues, des copies ayant évolué par spéciation et susceptibles d’avoir conservé une fonction commune, et gènes paralogues, des copies ayant évolué par duplication qui ont probablement développé des nouvelles fonctions. Étant donnée une famille de gènes présents dans n espèces différentes, un arbre de gènes (obtenu par une méthode phylogénétique classique), et un arbre phylogénétique pour les n espèces, la "réconciliation" est l’approche la plus courante permettant d’inférer une histoire d’évolution de cette famille par duplications, spéciations et pertes. Le degré de confiance accordé à l’histoire inférée est directement relié au degré de confiance accordé à l’arbre de gènes lui-même. Il est donc important de disposer d’une méthode préliminaire de correction d’arbres de gènes. Ce travail introduit une méthodologie permettant de "corriger" un arbre de gènes : supprimer le minimum de feuilles "mal placées" afin d’obtenir un arbre dont les sommets de duplications (inférés par la réconciliation) sont tous des sommets de "duplications apparentes" et obtenir ainsi un arbre de gènes en "accord" avec la phylogénie des espèces. J’introduis un algorithme exact pour des arbres d’une certaine classe, et une heuristique pour le cas général.
Genes are segments of genomes that code for proteins. Genes of one or more species can be grouped into gene families based on their sequence similarity. In order to determine functional relationships among these multiple gene copies of a family, sequence homology is insufficient as no direct information on the evolution of the gene family by duplication, speciation and loss can be inferred directly from a family of homologous genes. And it is precisely this information that allows us to distinguish between orthologous gene copies, that have evolved by speciation and are more likely to preserve the same function and paralogous gene copies that have evolved by duplication and usually acquire new functions. For a given gene family contained within n species, a gene tree (inferred by typical phylogenetic methods) and a phylogenetic tree of the considered species, reconciliation between the gene tree and the species tree is the most commonly used approach to infer a duplication, speciation and loss history for the gene family. The main criticism towards reconciliation methods is that the inferred duplication and loss history for a gene family is strongly dependent on the gene tree considered for this family. Indeed, just a few misplaced leaves in the gene tree can lead to a completely different history, possibly with significantly more duplications and losses. It is therefore important to have a preliminary method for "correcting” the gene tree, i.e. removing potentially misplaced branches. N. El-Mabrouk and C. Chauve introduced "non-apparent duplications" as nodes that are likely to result from the misplacement of one leaf in the gene tree. Simply put, such a node indicates that one or more triplets contradict the phylogeny given by the species tree. In this work, the problem of eliminating non-apparent duplications from a given gene tree by a minimum number of leaf removals is considered. Depending on the disposition of this type of nodes in the gene tree, the algorithm introduced leads to an O(nlogn) performance and an optimal solution in a best case scenario . The general case however is solved using an heuristic method.
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Jaclin, David. "Communication et animalité : cartographie d'un commerce." Thèse, 2013. http://hdl.handle.net/1866/10135.

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Анотація:
Cette thèse opère principalement à deux niveaux, un niveau ethnographique et un niveau communicationnel. Je m’intéresse ici à l’étrange cas des jungles de garage nord-américaines et aux dizaines de milliers d’animaux dits « exotiques » qui les composent. Au cours de l’année 2011, j’ai parcouru plus de 25 000 kms à travers le continent, à la rencontre précisément de ces espaces postnaturalisés qui constituent désormais une part non négligeable (et pourtant souvent négligée) de nos paysages écologiques contemporains. Plus tout à fait sauvages, ni pour autant complètement domestiques, ces modes d’existence pionniers hantent désormais une zone grise de nos savoirs zoologiques, de nos avoirs culturels. En effet, ces humanimalités en devenir ne vont pas sans brouiller certaines de nos conceptions dichotomiques traditionnelles (telles nature/culture, humain/non-humain, proie/prédateur, dominant/dominé, émetteur/récepteur). À une époque où l’animal est régulièrement objet de débats théoriques, légaux, sociaux, politiques ou encore épistémologiques, la prise en compte renouvelée de ces singularités animales fournit ici d’importants précédents en matière d’adaptation, d’évolution et d’émergence. En livrant de la sorte les résultats d’ethnographies transpécifiques originales, j’offre ainsi à la discussion un matériel éthologique inédit touchant à la vie d’animaux a priori connus, mais dont les modalités existentielles actuelles restent encore largement méconnues. Ainsi, plutôt que de considérer l’animal d’un simple point de vue substantialiste ou bien encore depuis une stricte perspective hylémorphique, c’est-à-dire s’attachant essentiellement à des questions de forme et de matière (un tigre né et élevé en captivité, nourri de viande de supermarché et sous pilule contraceptive est-il toujours un tigre ?), je me concentre plutôt sur ces mouvements complexes d’information et de communication qui donnent forme à la matière et matière à la formation (et font du tigre d’aujourd’hui non plus l’alter ego du roi de la jungle, mais l’égal du chat de gouttière). Dans une perspective simondonienne, je conceptualise alors une certaine logique de l’individuation animale, que je rapporte à la part d’indétermination que comprend tout processus de communication. J’émets ainsi l’hypothèse que l'animalité, bien plus qu'une simple collection d’attributs, constitue en réalité un enchevêtrement toujours mouvementé de relationalités transductives. Ici, teckné et anima opèrent de manière disparate mais conjointe, pour alimenter partie de nos processus anthropogéniques. En puisant constamment dans un tel réservoir de differentialités, notre espèce ne cesse ainsi de se réinventer. Dès lors, les biomedia ne seront plus considérés comme la dernière itération de notre modernité technologique, se déplaçant lentement de matérialités inorganiques en potentialités organiques, mais bien plutôt compris tel un nouveau registre d’écriture du vivant opérant au cœur d’un potentiel d’inscription animatif continuellement remis en je(u). Parce que nos relations avec les animaux ont toujours été inséparables de nos devenirs respectifs, la manière dont nous sommes aujourd’hui aux prises avec certains de nos (anciens) prédateurs dit beaucoup, me semble-t-il, de notre à-venir et de cet animal-medium que nous logeons tous. Ici conceptualisées, ces jungles de garage renvoient à de puissants champs expérientiels, non pas dénaturés mais renaturalisés, au cœur desquels certains organismes démontrent, en réaction précisément à des pressions sélectives renouvelées, non seulement des réponses adaptatives surprenantes, mais initient aussi des processus innovants impliquant plusieurs niveaux d’individuations créatrices.
This thesis operates mainly on two levels: one is ethnographical, the other is communicationnal. I explore the curious case of North American jungle backyards in which « used-to-be-wild » animals are experiencing « almost-domesticated » existences while their daily lives are merged with that of Homo sapiens. As pets, guinea pigs or postnatural totems, these pioneer organisms not only feed the third most important black market in the world, they also blur our traditional zoological and philosophical apparatus (often driven by dichotomies between nature/culture, human/nonhuman, prey/predator, dominant/dominated, transmitter/receiver). In 2011, I traveled 16 000 miles all around the continent to explore some of these contemporary humanimal modalities. Hence, I examine important transpecific aspects of these modified ecological landscapes, in which known living organisms experience unknown reorganizations of life. In a Simondonian perspective, I reconceptualize animality and communication activities in order to readdress, along with the question of the animal, individuation processes and their inherent indetermination qualities – the kind, yet unseen, that contemporary jungle backyards silently nurture. At a time when animal rights and bioethics are regularly at stake (and indeed a serious preoccupation for societies that strive to leave behind medieval practices, but also attempt to cope with their biotechnological becomings), jungle backyards provide an original ethological dataset based not only on what an animal is or should be, but rather on what real animal existences actually consist of. In that respect, I offer firsthand material that may help to better navigate our common Ark, possibly facing a new environmental flood. Instead of considering animals from a reductive substancialist point of view or from a strict hylemorphic perspective, focusing on matters of form or forms of matter, I concentrate on movements that give form to matter and matter to form. I then suggest that animality, more than a simple collection of mere attributes or even a basic manifestation of an elaborate biochemical complex, constitutes an enmeshment constantly in motion made of transductive relationalities. Here, biomedia are not considered the latest bourgeon of our technological modernity, slowly shifting from inorganic materialities to organic potentialities, but rather an ancient deviation of natural forces (too quickly restricted to domestication). Instead teckné and anima operate jointly and disparately to propel what I call aniculture and which I consider to be not only a part of our anthropogenic processes, but also a mutagenic pool of differentialities from which humanity constantly draws in order to reinvent itself. Then, along with a specific textual mode of organization (as transpecific as its topic), writing is here even envisaged as another possible expression of animality, maybe even a powerful re-intensification. Because our traditional dealings with animals have always been inseparable from our becomings, the (yet untold) ways we are now dealing with some of our ex-predators and preys reveal a great deal about our postnatural futures and that “animal-medium” we all inhabit. In fact, jungle backyards are less denaturalized places than renaturalized spaces in which animals demonstrate not only adaptive responses to selective pressures but initiate creative processes at a number of levels from which fertile lines of thought can eventually stem.
Thèse réalisée en co-tutelle avec le Muséum National d'Histoire Naturelle de Paris.
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Amemado, Dodzi. "Changements et évolution des universités conventionnelles sous l’influence des technologies de l’information et de la communication (TIC): le cas du contexte universitaire nord-américain." Thèse, 2010. http://hdl.handle.net/1866/4386.

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Анотація:
Cette recherche part du constat de l’utilisation des nouvelles technologies qui se généralise dans l’enseignement universitaire (tant sur campus qu’en enseignement à distance), et traite cette question sous trois aspects institutionnel, pédagogique et technologique. La recherche a été menée à travers quinze universités canadiennes où nous avons interrogé vingt-quatre universitaires, nommément des responsables de centres de pédagogie universitaire et des experts sur la question de l’intégration des technologies à l’enseignement universitaire. Pour le volet institutionnel, nous avons eu recours à un cadre théorique qui met en relief le changement de structure et de fonctionnement des universités à l’ère d’Internet, suivant le modèle théorique de l’Open System Communications Net de Kershaw et Safford (1998, 2001). Les résultats, à l’aune de ce modèle, confirment que les universités conventionnelles sont dans une phase de transformation due à l’utilisation des technologies de l'information et de la communication (TIC). De plus, les cours hybrides, la bimodalité, des universités entièrement à distance visant une clientèle estudiantine au-delà des frontières régionales et nationales, des universités associant plusieurs modèles, des universités fonctionnant à base d’intelligence artificielle, sont les modèles principaux qui ont la forte possibilité de s’imposer dans le paysage universitaire nord-américain au cours des prochaines décennies. Enfin, à la lumière du modèle théorique, nous avons exploré le rôle de l’université, ainsi en transformation, au sein de la société tout comme les rapports éventuels entre les institutions universitaires. S’agissant de l’aspect pédagogique, nous avons utilisé une perspective théorique fondée sur le modèle du Community of Inquiry (CoI) de Garrison, Anderson et Archer (2000), revu par Vaughan et Garrison (2005) et Garrison et Arbaugh (2007) qui prône notamment une nouvelle culture de travail à l’université fondée sur trois niveaux de présence. Les résultats indiquent l’importance d’éléments relatifs à la présence d’enseignement, à la présence cognitive et à la présence sociale, comme le suggère le modèle. Cependant, la récurrence -dans les trois niveaux de présence- de certains indicateurs, suggérés par les répondants, tels que l’échange d’information, la discussion et la collaboration, nous ont amenés à conclure à la non-étanchéité du modèle du CoI. De plus, certaines catégories, de par leur fréquence d’apparition dans les propos des interviewés, mériteraient d’avoir une considération plus grande dans les exigences pédagogiques que requiert le nouveau contexte prévalant dans les universités conventionnelles. C’est le cas par exemple de la catégorie « cohésion de groupe ». Enfin, dans le troisième volet de la recherche relatif à la dimension technologique, nous nous sommes inspirés du modèle théorique d’Olapiriyakul et Scher (2006) qui postule que l’infrastructure dans l’enseignement doit être à la fois une technologie pédagogique et une technologie d’apprentissage pour les étudiants (instructional technology and student learning technology). Partant de cette approche, le volet technologique de notre recherche a consisté à identifier les fonctionnalités exigées de la technologie pour induire une évolution institutionnelle et pédagogique. Les résultats à cet égard ont indiqué que les raisons pour lesquelles les universités choisissent d’intégrer les TIC à l’enseignement ne sont pas toujours d’ordre pédagogique, ce qui explique que la technologie elle-même ne revête pas forcément les qualités a priori requises pour une évolution pédagogique et institutionnelle. De ce constat, les technologies appropriées pour une réelle évolution pédagogique et institutionnelle des universités ont été identifiées.
This research is regarding the increasing use of Information and Communication Technology (ICT) in Higher Education, within conventional universities as well as open and distance education, and focuses on its institutional, educational and technological implications for campus-based and distance programs. The research was undertaken throughout fifteen Canadian universities in which twenty-four directors and experts, working in teaching and learning centres, were interviewed. For the institutional aspect, the research relied on the Kershaw & Safford's Open System Communications Net (1998, 2001) theoretical framework that considers the universities' structural and function change in the digital era. The research results confirm that conventional universities are in a period of transformation due to the use of digital technologies; and, that blended learning courses, bimodality, virtual universities, universities using diverse models and universities operating with artificial intelligence, will be the models with high-growth probability during the next decades in North America. Regarding the educational aspect, the research used a theoretical perspective pertaining to Garrison, Anderson & Archer Community of Inquiry Framework (2000) reviewed by Vaughan & Garrison (2005) and Garrison & Arbaugh (2007) that advocates a cultural change in University work, based on three levels of presence. The research results indicate the importance of elements related to teaching presence, cognitive presence and social presence, as the model suggests. However, the recurrence- at the three levels of presence- of some indicators the interviewees mentioned led to conclude that the CoI model has some interchangeable indicators within its categories. Furthermore, some categories frequently mentioned by the respondents should require a greater consideration. That is the case of the “Group Cohesion” category. Finally, with respect to the technology employed, the theoretical framework used Olapiriyakul & Scher's Content Design and Development Model (2006) that postulates that the technological infrastructure for university teaching must be both instructional technology and student learning technology. The research results reveal that educational reasons are not necessarily the ones for which universities make the decision to apply ICT to teaching; and, because of that, the technology used may not have been chosen for its learning benefits. This observation led to the interviewees describing opportunities for the development of the next generation of learning technologies applicable to conventional universities.

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