Дисертації: "Infections à picornaviridés – Génétique"

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Mussabekova, Assel. "Evaluating antiviral activity of nucleic acid binding proteins across species." Electronic Thesis or Diss., Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ006.

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Анотація:

Le projet a permis d’identifier des répertoires de protéines interagissant avec différentes espèces d’acides nucléiques caractéristiques des virus chez cinq espèces animales (Homme, souris, poulet, drosophile, nématode). Ces protéines représentent des candidats pour remplir des fonctions de récepteurs de l’immunité innée ou de molécules antivirales. Certaines d’entre elles ont été conservées au cours de l’évolution, ce qui m’a permis de tester leur fonction dans la drosophile. J’ai réalisé un crible impliquant des infections avec cinq virus différents sur 100 protéines conservées. Ce crible m’a permis d’identifier huit protéines dont l’inhibition impacte la réplication virale. Deux d’entres elles, CG5641 et Zn72D, sont nécessaires pour la réplication des virus de type picornavirus (CrPV). Le candidat le plus intéressant identifié est cependant la protéine Tao, dont l’inhibition entraîne une augmentation de la réplication de virus appartenant à plusieurs familles, chez la drosophile et dans les cellules de mammifères
Antiviral response largely relies on the recognition of viral nucleic acids. The aim of the project was to characterize the range of nucleic acid binding proteins in the context of viral infection in flies. We identified a wide repertoire of proteins, which recognize viral nucleic acids in five species (human, mouse, chicken, fruit fly and roundworm). Among these proteins, there are ones, which are conserved in insects and humans, and therefore their function can be easily studied in the fruit fly model. Afterwards, we have performed a large screen in flies to study more precisely the function of 100 proteins in infection with 5 different viruses. We have found eight promising candidates as a result of this screen. We identified two Drosophila proteins CG5641 and Zn72D, which are also present in humans, as proviral factors. We also identified a protein Tao, which is conserved in humans, and is antiviral against several types of viruses

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Legay, Vincent. "Les infections virales du système nerveux central : enterovirus et parechovirus persistent et signent." Lyon 1, 2003. http://www.theses.fr/2003LYO10056.

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Анотація:

L'étude des mécanismes physiopathogéniques de la neurovirulence des Picornaviridae est la thématique principale du laboratoire de virologie médicale. L'analyse du rôle étiopathogénique des Enterovirus dans le développement de certains cas de Sclérose Latérale Amyotrophique (SLA) via une infection persistante est à la base de ce travail. L'objectif de ce travail était d'étudier à l'aide d'un modèle in vitro développé au laboratoire, l'impact d'une infection chronique à Enterovirus dans une lignée cellulaire de type astrocytaire sur le transport du glutamate. Cette étude a permis de démontrer qu'une telle infection est responsable d'altérations du système de transport du glutamate EAAT2-dépendant similaires à celles observées chez les patients atteints de SLA. Il est donc possible qu'une infection chronique à Enterovirus constitue un des facteurs participant à l'installation du phénomène d'excitotoxicité glutamate-dépendant observé chez les patients atteints de SLA.

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Pampin, Mathieu Pierre Raoûl. "Implication de PML et des corps nucléaires PML dans la réponse antivirale des IFN de type I contre les picornavirus." Versailles-St Quentin en Yvelines, 2006. http://www.theses.fr/2006VERS0018.

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Анотація:

PML nuclear bodies (NBs) are dynamic intranuclear structures harbouring numerous transiently localised proteins. PML is directly induced by interferons. Another protein induced by interferon implied in this effect is p53. We demonstrate the molecular events following poliovirus infection that lead to PML-dependent p53 activation and protection against virus infection. Poliovirus infection induces PML phosphorylation through ERK pathway, increases PML SUMOylation, and induces its transfert from the nucleoplasm to the nuclear matrix. These events result in the recruitment of p53 to NBs, p53 phosphorylation and activation of p53 target genes leading to the induction of apoptosis and inhibition of viral replication. This effects requires the presence of PML, is transient as poliovirus targets p53 by inducing its degradation in proteasome dependent manner. Our results provides evidence of how poliovirus counteracts p53 antiviral activity by regulating PML thus leading to p53 degradation
PML (Promyelocytic Leukemia), protéine induite par l'interféron, est impliquée dans la régulation de nombreux processus cellulaires tels que l'inhibition de la croissance, l'apoptose et la défense antivirale. PML est localisée dans le nucléoplasme et sur une structure appelée corps nucléaires (CN) dont PML est l’organisatrice. Le poliovirus réorganise les CN et induit le recrutement de PML sur ces structures. Ce transfert fait intervenir la phosphorylation par ERK de PML et ensuite sa SUMOylation. Ces événements ont comme conséquence le recrutement de p53 sur les CN et à l’activation de p53 menant à l'induction de l'apoptose et à l'inhibition de la réplication virale. Le poliovirus contrecarre cette réponse cellulaire en induisant la dégradation de p53 via le proteasome sur les CN

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Mussabekova, Assel. "Evaluating antiviral activity of nucleic acid binding proteins across species." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ006.

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Le projet a permis d’identifier des répertoires de protéines interagissant avec différentes espèces d’acides nucléiques caractéristiques des virus chez cinq espèces animales (Homme, souris, poulet, drosophile, nématode). Ces protéines représentent des candidats pour remplir des fonctions de récepteurs de l’immunité innée ou de molécules antivirales. Certaines d’entre elles ont été conservées au cours de l’évolution, ce qui m’a permis de tester leur fonction dans la drosophile. J’ai réalisé un crible impliquant des infections avec cinq virus différents sur 100 protéines conservées. Ce crible m’a permis d’identifier huit protéines dont l’inhibition impacte la réplication virale. Deux d’entres elles, CG5641 et Zn72D, sont nécessaires pour la réplication des virus de type picornavirus (CrPV). Le candidat le plus intéressant identifié est cependant la protéine Tao, dont l’inhibition entraîne une augmentation de la réplication de virus appartenant à plusieurs familles, chez la drosophile et dans les cellules de mammifères
Antiviral response largely relies on the recognition of viral nucleic acids. The aim of the project was to characterize the range of nucleic acid binding proteins in the context of viral infection in flies. We identified a wide repertoire of proteins, which recognize viral nucleic acids in five species (human, mouse, chicken, fruit fly and roundworm). Among these proteins, there are ones, which are conserved in insects and humans, and therefore their function can be easily studied in the fruit fly model. Afterwards, we have performed a large screen in flies to study more precisely the function of 100 proteins in infection with 5 different viruses. We have found eight promising candidates as a result of this screen. We identified two Drosophila proteins CG5641 and Zn72D, which are also present in humans, as proviral factors. We also identified a protein Tao, which is conserved in humans, and is antiviral against several types of viruses

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Pozzetto, Bruno. "Contribution a l'étude de l'immunité humorale au cours des infections à Picornaviridae : interféron et infection expérimentale de la souris par le virus de l'encéphalomyocardite : anticorps spécifiques des entérovirus chez l'homme." Lyon 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LYO1H097.

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Jeannot, Anne-Cécile. "Diagnostic des infections grippales par PCR temps réel." Bordeaux 2, 2005. http://www.theses.fr/2005BOR2P040.

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Liehl, Peter. "Analyse génétique des défenses de l'hôte drosophile après infections bactériennes par voie orale." Paris 6, 2007. http://www.theses.fr/2007PA066627.

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Анотація:

Le projet proposé était d’étudier la réponse locale au niveau de l’intestin et après infection par P. Entomophila, ainsi que les stratégies utilisées par cette bactérie pour contrecarrer cette réponse. J’ai montré pour la première fois le rôle important des peptides antimicrobiens produits au niveau de l’intestin dans la défense contre une infection naturelle bactérienne. J’ai aussi montré que Pe sécrète en abondance une metalloprotéase, AprA, qui dégrade les peptides antimicrobiens produits au niveau de l’intestin. Nous avons en plus étudié la fonction des lysozymes dans la réponse immunitaire induite par Pe, en utilisant une approche d’ARN interférence in vivo. L’inactivation de ces lysozymes réduit la réponse aux infections orales par Pe. Nos données suggèrent que la digestion du peptidoglycane en petits fragments au niveau de l’intestin est une étape préalable pour l’activation d’une réponse immunitaire.

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Siddle, Katherine Joyce. "Régulation transcriptomique et génétique de la réponse des microARN aux infections (myco)bactériennes." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066330.

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Анотація:

Les microARN sont des petits ARN non-codant impliqués dans la régulation de multiples fonctions biologiques dont la réponse immunitaire. L'infection par un pathogène induit un changement transcriptomique fort chez l'hôte. Cependant, la variabilité de ces dérégulations reste encore mal décrite. Cette thèse avait pour principaux objectifs de mieux comprendre la spécificité et la variabilité de la réponse des microARN chez l'homme ainsi que mettre en évidence les bases génétiques de cette diversité en utilisant comme modèle l'infection des cellules dendritiques par Mycobacterium tuberculosis (MTB). Nous avons utilisé une approche ex vivo et des techniques à haut débit dans le but de décrire la réponse des microARN suite à l'infection par MTB dans la population générale, et de la comparer à celle induite par d'autres mycobactéries et bactéries intracellulaires. Nous montons que l'infection modifie profondément l'expression des microARN ainsi que la diversité de leurs isoformes, dont un certain nombre de microARN sont impliqués dans une réponse très conservée. Nos résultats soulignent aussi l'effet de l'infection sur les réseaux de régulation de l'expression des gènes impliquant les microARN et montrent que l'expression de 3% de ces transcrits peut-être corrélée à un marqueur génétique. Grâce à l'intégration de ces différentes analyses, nous proposons certains microARN candidats qui pourraient jouer un rôle dans la variabilité de la réponse immunitaire. L'ensemble de nos résultats constitue la première tentative de compréhension de l'architecture génétique de la réponse des microARN et apporte un nouvel éclairage sur le rôle de ces transcrits dans la réponse antibactérienne
MicroRNAs (miRNAs) are important epigenetic regulators of gene expression that play a key role in many biological processes, including the immune response. Although infection is accompanied by marked changes in the transcriptional profiles of host cells, little is known about the variability of host miRNA responses to infection. In this thesis, we aimed to define the extent and specificity of pathogen-induced miRNA transcriptional responses of host cells, and to characterise the genetic basis of miRNA variability upon infection, using the model of Mycobacterium tuberculosis (MTB) infection of human dendritic cells. To this end, we have combined ex vivo approaches with a range of high-throughput genomic techniques to profile miRNA responses to MTB at the population-level and to compare this response with other mycobacterial and non-mycobacterial infections. We show that miRNAs display marked changes in expression and in isomiR distribution upon infection that are highly consistent across diverse bacteria, demonstrating the presence of a strong core miRNA response to bacterial infection. Our results highlight the impact of infection on miRNA-mediated gene regulatory networks and show that the expression of 3% of miRNAs are controlled by proximate expression quantitative trait loci (eQTLs) and identify a number of candidate miRNAs that may play a role in variability in the immune response to infection. Together, these results provide the first assessment of the impact of genotype-environment interactions on the regulation of miRNA expression, as well as offering novel insights into the specificity of these miRNAs in the response to mycobacterial infections

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Kenmoe, Sebastien. "Prévalence et diversité génétique des virus respiratoires au Cameroun." Thesis, Normandie, 2017. http://www.theses.fr/2017NORMC417/document.

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Анотація:

Contexte : Les infections respiratoires aiguës (ARI) sont reconnues comme une cause importante de morbidité, de mortalité et d'hospitalisation chez les enfants dans les pays en développement. Le virus respiratoire syncytial humain (HRSV) est l’agent étiologique principal de maladie sévère des voies respiratoires basses chez les nourrissons, les jeunes enfants et les personnes âgées. Identifié en 2001, le Metapneumovirus humain (HMPV) est un nouveau paramyxovirus. Les études ont montré la cocirculation des sous groupes de ces deux virus avec la domination de l’un des sous groupes selon les zones géographiques et selon les années. Les données restent cependant limitées dans les pays de l’Afrique subsaharienne, sur la prévalence, la saisonnalité et la caractérisation génétique de ces deux virus respiratoires. Au Cameroun, ces deux virus ont été décrits seulement une seule fois (5,7 et 5% pour HRSV et HMPV respectivement) chez des patients présentant des syndromes grippaux en 2012. Objectif : Cette étude rapporte la prévalence, la saisonnalité et la variabilité génétique des souches HRSV et HMPV chez des enfants camerounais pendant 3 saisons épidémiques consécutives (de Septembre 2011 à Octobre 2014). Par ailleurs, la diversité génétique d’autres virus respiratoires détectés au cours de ce travail est présentée comme objectif secondaire.Méthodes : Une surveillance prospective a été menée pour identifier les enfants hospitalisés et ambulatoires âgés de moins de 15 ans présentant des symptômes respiratoires ≤ 5 jours. Les échantillons nasopharyngés ont été testés pour 17 virus respiratoires en utilisant une réaction multiplex de polymérisation en chaîne. La distribution virale et les données démographiques ont été analysées statistiquement. Les échantillons positifs du HRSV et HMPV ont été amplifiés par polymérisation en chaine semi nichée puis séquencés partiellement au niveau du gène G. Des analyses phylogénétiques ont été effectuées sur les séquences nucléotidiques et protéiques partielles du gène G.Résultats : De septembre 2011 à octobre 2014, 822 enfants âgés de moins de 15 ans ont été inscrits dans l’étude. Au moins un virus a été identifié chez chacun des 72,6% (597/822) d'enfants, dont 31,7% (189/597) étaient des codétections; 28,5% (226/822) étaient positifs pour l'adénovirus humain, 21,4% (176/822) pour le virus Influenza, 15,5% (127.822) pour le rhinovirus/entérovirus, 9,4% (77/822) pour le bocavirus, 9% (74/822) pour le HRSV, 8,2% (67/822) pour les coronavirus humain, 6,2% (50/822) pour le parainfluenzavirus humain et 3,9% (32/822) pour le HMPV. L’infection HRSV était plus fréquente chez les enfants de moins de 2 ans (70,3% ; 52/74) et chez les participants hospitalisés (70,3% ; 52/74). Alors que le HRSV a montré un profil saisonnier avec une circulation de septembre à décembre, des cas sporadiques de HMPV ont été détectés tout au long de l'année. HRSV-A (19,1%, 9/47) et HRSV-B (17% ; 8/47) ont été observés relativement à la même fréquence avec (63,8% ; 30/47) de cas en codétection HRSV-A/HRSV-B alors que HMPV-A (71,4% ; 10/14) était majoritaire comparé à HMPV-B (28,6 ; 4/14). L'analyse phylogénétique a révélé que les souches HRSV de l’étude sont groupées au sein du sous groupe NA-1 (pour HRSV-A) et BA-9 (pour HRSV-B). Les souches HMPV camerounaises sont groupés parmi les membres du génotype A2b (pour HMPV-A), B1 et B2 (pour HMPV-B).Conclusion : Cette étude suggère qu’environ 70% des ARI enregistrés chez des enfants au Cameroun sont causés par des virus. La présente étude est également le premier rapport sur la variabilité génétique du gène G des souches de HRSV et HMPV dans la région. Bien que ce travail comble partiellement certaines lacunes d’informations, des études supplémentaires sont requises pour une clarification de l’épidémiologie moléculaire et du mode d’évolution des virus respiratoires présents en Afrique subsaharienne en général et plus singulièrement au Cameroun
Background: Acute respiratory infections (ARI) are recognized as an important cause of morbidity, mortality and hospitalization among children in developing countries. Human respiratory syncytial virus (HRSV) is the main cause of severe lower respiratory tract disease in infants, young children and the elderly. Identified in 2001, Human Metapneumovirus (HMPV) is a new paramyxovirus. Studies have shown the co-circulation of the subgroups of these two viruses with domination of one of the sub-groups according to the geographical zones and according of years. These two viruses encode two major surface glycoproteins, the highly conserved fusion F protein and the highly variable attachment G protein. Data are still limited in sub-Saharan African countries on prevalence, seasonality and genetic characterization of these two respiratory viruses. In Cameroon, these two viruses have been described only once (5.7 and 5% for HRSV and HMPV respectively) in patients with influenza-like illness in 2012.Objective: This study reports the prevalence, seasonality and the genetic variability of HRSV and HMPV strains in Cameroonian children for 3 consecutive epidemic seasons (September 2011-October 2014). Moreover, the genetic diversity of other respiratory viruses detected during this work is presented as a secondary objective.Methods: A prospective surveillance was conducted to identify inpatient and outpatient children less than 15 years with respiratory symptoms ≤ 5 days. The nasopharyngeal samples were tested for 17 respiratory viruses using a multiplex polymerase chain reaction. Viral distribution and demographic data were analyzed statistically. Positive samples for HRSV and HMPV were amplified by semi-nested polymerize chain reaction and then partially sequenced at the G gene. Phylogenetic analyzes were performed on the partial nucleotide and protein sequences of the G gene.Results: From September 2011 to October 2014, 822 children under 15 years were enrolled in the study. At least one virus was identified in each of 72.6% (577/822) of children, 31.7% (189/597) of whom were co-detections; 28.5% (226/822) were positive for human adenovirus, 21.4% (176/822) for influenza virus, 15.5% (127.822) for rhinovirus/enterovirus, 9.4% (77/822) for bocavirus, 9% (74/822) for HRSV, 8.2% (67/822) for human coronavirus, 6.2% (50/822) for human parainfluenzavirus, and 3.9% (32/822) for HMPV. HRSV infection was more frequent in children under 2 years (70.3%, 52/74) and hospitalized participants (70.3%, 52/74). While HRSV showed a seasonal pattern with circulation from September to December, sporadic cases of HMPV were detected throughout the year. HRSV-A (19.1%, 9/47) and HRSV-B (17%; 8/47) were observed relatively at the same frequency with (63.8%, 30/47) codetections of HRSV-A/HRSV-B. HMPV-A (71.4%; 10/14) was predominant compared to HMPV-B (28.6; 4/14). Phylogenetic analysis revealed that the HRSV strains of the study are grouped within subgroup NA-1 (for HRSV-A) and BA-9 (for HRSV-B). Cameroonian HMPV strains are grouped among the members of genotype A2b (for HMPV-A), B1 and B2 (for HMPV-B).Conclusion: This study suggests that about 70% of ARI recorded in children in Cameroon are caused by viruses. The present study is also the first report on the genetic variability of the G gene of HRSV and HMPV strains in the region. Although this work partially fills gaps for some information, additional studies are required to clarify the molecular epidemiology and evolutionary pattern of respiratory viruses in sub-Saharan Africa in general and more particularly in Cameroon

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Eloy-Gosselin, Odile. "Diagnostic et épidémiologie des infections à Candida sp. En réanimation." Paris 12, 2006. http://www.theses.fr/2006PA120018.

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Анотація:

Le diagnostic des infections profondes à Candida sp. Est difficile, car les hémocultures ne sont positives que dans 40 à 60% des cas. La sensibilité d'autres méthodes diagnostiques comme l'antigénémie mannane (Mn), les IgM, les anticorps totaux anti-Candida, la procalcitonine et la PCR sérique ont été évaluées. Mn et les IgM ont une spécificité de 100% et détectent les patients infectés mais manquent de sensibilité. Mn pourrait être plus sensible que la PCR sérique, mais ces résultats méritent d'être confirmés. La procalcitonine >0,75 ng/ml différencie les infections fongiques et bactériennes des infections virales. Durant l'étude conduite durant deux ans en réanimation à l'hôpital de Versailles, l'index de colonisation (IC), défini comme le ratio des sites colonisés à Candida sp. / sites prélevés, et les tests sérologiques précédemment décrit ont été réalisés. Seul IC a une sensibilité de 100% chez les patients chirurgicaux. Ensuite l'épidémiologie de C. Albicans a été explorée chez ces patients en utilisant 3 marqueurs microsatellites et nous avons comparé les résultats obtenus avec une étude préalablement réalisée à l'hôpital de Créteil. Si la distribution des génotypes avait été différente, ceci aurait pu être lié au fait qu'une transmission nosocomiale avait eu lieu ou que les populations de patients étaient différentes. Les patients sont porteurs du même isolat au cours du temps et quelque soit le site. Ceci confirme le fait qu'il n'y a pas eu d'infection croisée. Si certains génotypes sont plus fréquents, cela est lié au caractère clonal de C. Albicans. Les populations des 2 hôpitaux sont similaires selon 3 tests statistiques : " genic differentiation ", " genotypic differentiation " et l'analyse factorielle des correspondances. Pour étudier l'épidémiologie de C. Glabrata, deuxième espèce impliquée en réanimation, 3 marqueurs microsatellites
The diagnosis of deep-seated Candida infections is difficult because bloodstream cultures are often negative. The sensitivity of other diagnostic methods such as mannan (Mn) antigenemia, IgM, total anti-Candida antibodies, procalcitonin and PCR were evaluated. Mn and IgM have a specificity of 100% and detect infected patients but lack sensitivity. Mn would be more sensitive than the serum PCR, but these results warrant confirmation. Procalcitonin >0,75 ng/ml differentiate fungal and bacterial infections from viral ones. During a 2-year study of the patients of the intensive care unit of the Versailles hospital, index of colonization (IC), defined as the ratio of Candida sp. Colonized anatomical sites / tested sites, and the serological tests mentioned above were performed. Only IC had a 100% sensitivity in surgical patients. Then, we explored the epidemiology of C. Albicans among these patients using 3 polymorphic microsatellite markers and we compared the results with a study already performed at Créteil hospital. If the C. Albicans genotype's distribution had been different, that could have resulted from a nosocomial transmission or to the fact that the populations of patients were different. The patients harboured their own isolate whatever the anatomical site sampled and kept it over the study period. This confirms that there was no crossed transmission. Some genotypes were more frequent due to the fact that C. Albicans is clonal. The populations of the 2 hospitals are similar using 3 statistical tests : " genic differentiation ", " genotypic differentiation " and factorial correspondence analysis. To study the epidemiology of C. Glabrata, the second leading yeast species in intensive care units, three polymorphic microsatellite markers were characterized

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Aghokeng, Fobang Avelin. "Diversite génétique des lentivirus humains et simiens au Cameroun : implication pour la santé publique." Montpellier 2, 2006. http://www.theses.fr/2006MON20008.

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Mirand, Audrey. "Infections neuro-méningées à entérovirus : du génotypage... à l'épidémiologie moléculaire." Clermont-Ferrand 1, 2007. http://www.theses.fr/2007CLF1MM15.

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Анотація:

Avec l'éradication prochaine de la poliomyélite et la ré-émergence récente de l'entérovirus 71 responsable de complications neurologiques sévères, l'implication des entérovirus non poliomyélitiques dans les infections du système nerveux central reste d'actualité. Ces virus se caractérisent par une grande diversité génétique par mutations ponctuelles et recombinaison à l'origine de virus variants aux propriétés épidémiques et pathogènes imprévisibles. L'objectif principal de cette thèse était de développer un corpus méthodologique pour réaliser prospectivement le diagnostic et l'identification des entérovirus responsables d'infections neuro-méningées et déterminer les variations génétiques associées à l'émergence des variants épidémiques. Grâce à la méthodologie développée (RT-PCR en temps réel), un diagnostic rapide des méningites améliore la prise en charge des patients en diminuant la durée d'hospitalisation. Réalisé directement dans le liquide céphalo-rachidien, le génotypage identifie l'entérovirus en 2 à 5 jours, délai compatible pour répondre rapidement à une alerte des services sanitaires. Le génotypage multi-locus, réalisé par analyse phylogénétique comparative de trois segments génomiques, précise la caractérisation des souches et suggère l'implication de la recombinaison génétique dans l'évolution de l'echovirus 30 et dans l'émergence continue des variants responsables d'épidémies de méningites.

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Tagnouokam, Ngoupo Paul Alain. "Fréquence et profil génétique des doubles infections VIH-1/M+O et formes recombinantes VIH-1/MO au Cameroun." Rouen, 2016. http://www.theses.fr/2016ROUENR11.

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Анотація:

Longtemps considérée comme impossible du fait de leur divergence génétique, la recombinaison entre le VIH-11M pandémique et le VIII-1/0* endémique au Cameroun, a été rapportée à quatre reprises entre 1999 et 2010. Pour être générées, ces formes nécessitent au préalable des doubles infections M+0. De part son épidémiologie moléculaire, le Cameroun est caractérisé par la co-circulation de ces deux variants, ce qui peut donc favoriser les doubles infections VIH-1/M+0 et l'émergence des recombinants VIH-11MO. Une précédente étude de notre équipe a permis de détecter de nouvelles doubles infections et six formes recombinantes putatives, associées ou non à des doubles infections ; mais ces résultats présentaient certaines limites, en particulier épidémiologiques et techniques. Notre travail avait donc pour objectif de mieux caractériser ces doubles infections VIH-1/M+0 et recombinants VIH-1/M0 présentes au Cameroun, en estimant leur fréquence et en analysant leur profil génétique. De mars 2013 à juin 2015, 275 patients dépistés VIH-1 positifs au Centre Pasteur du Cameroun ont été inclus sur la base d'un test de sérotypage, permettant la discrimination des sérotypes M, O et M+0. Des analyses moléculaires spécifiques de groupe ont été ensuite réalisées dans les gènes pol et env, pour confirmer les réactivités sérologiques et rechercher des discordances pollenv, en faveur d'une forme recombinante. Devant un résultat évoquant une double infection M+0 et/ou la présence d'un recombinant MO, une forme recombinante putative a été recherchée par amplification d'une région couvrant le gène vpr, considéré comme possible point chaud de recombinaison. Les génomes complets de ces formes putatives ont ensuite été caractérisés, et les liens génétiques avec les recombinants déjà décrits, recherchés par analyses phylogénétiques. Parmi les 275 patients, 199 (72,4%) étaient mono-réactifs M, 47 (17,1%) mono-réactifs O, et 29 (10,5%) doublement réactifs M+0. Des doubles infections ont été confirmées moléculairement chez 4 patients (1,4%) et la présence de recombinants chez 3 patients (1,1%). Le premier recombinant, « isolé », a été identifié au sein d'un couple ; le second était associé à une forme parentale VIH-1/M. La caractérisation des génomes complets a permis de mettre en évidence des points de cassure au niveau du gène vpr et la région LTR pour le premier, et au niveau du gène vpu et la région LTR pour le second. Aucun lien n'a été identifié entre ces recombinants et les autres recombinants actuellement caractérisés. Les sous-types VIE1-1/M et les sous-groupes VIH-1/0 impliqués étant cohérents avec l'épidémiologie moléculaire au Cameroun, à savoir une majorité de VIH-1/M CRF02_AG et de VIII-1/0 sous-groupe H. L'origine géographique de ces sept patients était différente, et correspondait à cinq des régions administratives du Cameroun. Nos résultats ont permis d'identifier sept nouveaux cas de doubles infections VIH-l/M+0 et. /ou de formes recombinantes vill-umo. Bien qu'elles semblent persister à bas bruit, elles sont toutefois retrouvées dans différentes régions du Cameroun démontrant leur potentiel de diffusion. Ce travail a également permis de caractériser deux nouveaux génomes complets mettant en évidence des points de cassure dans vpr, vpu et les LTR. Ces nouvelles formes ne sont pas liées à celles précédemment décrites, soulignant ainsi la circulation de nombreuses URFs et la dynamique importante d'évolution par recombinaison entre les deux groupes. Il apparaît donc nécessaire de poursuivre la surveillance de diffusion des formes recombinantes MO, pour identifier l'éventuelle émergence d'une CRF_MO, pouvant présenter de meilleures propriétés virologiques et phénotypiques
Frequency and genetic profile of HIV-1/M+0 dual infections and HIV-1/1V10 recombinant forms circulating in Cameroon Despite the great genetic divergence between the pandemic HIV-1/M and non pandemic HIV-1/0, four HIV-1/MO intergroup recombinants have been reported in 1999 and 2010. In Cameroon, the co-circulation of two groups (M and 0) provides an ideal environment for HIV-1/MO recombination to occur. In a previous work, we reported new dual infections and six HIV-LIMO putative recombinant forms, associated to or not to dual infections. However, this study had some epidemiological and technical limitations. In the present study, we aimed to estimate the frequency and to characterize genetic profiles of HIV-1/M+0 dual infections, as well as HIV-11M0 recombinant forms in Cameroon. From March 2013 to June 2015, 275 HIV infected patients from Centre Pasteur of Cameroon were included in the study, based on serotyping test, enabling to distinguish HIV serotypes M, 0 and M+0. HIV-1/M and HIV-1/0 specific PCR were further performed in the pol and env genes, in order to confirm serological reactivities, and to detect pollenv discordance, characteristic of putative recombinants. In the likelihood of M+0 dual infections and/or presence of MO recombinant, a breakpoint in the vpr gene, considered a hotspot of recombination was investigated. Finally, full length genomes of recombinants were characterized and genetic link with previous recombinants was investigated by phylogenetic analyses. Among the 275 patients, 199 (72. 4%) were HIV-1/M mono-reactive, 47(17. 1%) HIV-1/0 mono-reactive, and 29 (10. 5%) were M+0 dual reactive. HIV-1/M+0 dual infections were identified in 4 patients (1. 4%), and the presence of recombinants forms in 3 patients (1. 1%). The first recombinant form was detected in a husband and his wife, and was not associated to dual infection, and the second recombinant form was associated to a parental HIV-1/M virus. Full length genomes characterization identified recombinant breakpoints in the vpr gene and the LTR region for the first recombinant form, and in the vpu gene and the LTR region for the second form. No link between these recombinants and previous recombinants was found. HIV-1/M subtypes and HIV-1/0 sub-groups were concordant with the present molecular epidemiology of HIV infection in Cameroon, that is, the predominance of CRF02_AG and HIV-1/0 sub-group H. Geographical origins of patients with HIV-1/M+0 dual infections and HIV-1/M0 recombinants showed that they were from five administrative regions of Cameroon. In this study, we described seven new cases of HIV-1/M+0 dual infections and HIV-1/MO recombinants, thus confirming the co-circulation of these forms in Cameroon. Even though their frequency remains low, these forms are found in different geographical regions of Cameroon, pointing out their diffusion potential. We also characterized full length genomes of two new HIV-1/MO recombinants, and identified breakpoints in vpr and vpu genes as well as LTR regions. No link between these recombinants and previous recombinants was found, showing the circulation of multiple URFs, and the great dynamic evolution between HIV-1/M and HIV-1/0. It is therefore, necessary to improve the surveillance of HIV-11M0 recombinant forms in Cameroon, in order to detect potential emergence of a CRF_MO, and to further study their virological and phenotypic properties

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Bodin-Bressollette, Céline. "Le cytomégalovirus humain : moyens d'étude de la multiplication : étude de la variabilité génétique virale et des conséquences de l'infection sur le phénotype de différents types cellulaires." Nantes, 2008. http://www.theses.fr/2008NANT33VS.

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Le cytomégalovirus humain (CMVH), membre de la famille des Herpesviridae, est un virus ubiquitaire dont le pouvoir pathogène lors de l'infection active est étroitement associé à la qualité de la réponse immunitaire. La grande taille de son génome lui permet de coder pour de nombreuses protéines qui peuvent moduler la réponse immune. Les génomes des souches cliniques de CMVH présentent une homologie de séquence de l'ordre de 90, mais il existe des zones de polymorphisme au sein de régions du génome codant notamment pour des protéines impliquées dans le tropisme cellulaire des différentes souches de CMVH ou dans les mécanismes d'échappement à la réponse immunitaire. Nous avons étudié le polymorphisme des gènes IE1, UL55 et UL22A dans une cohorte de patients. L'étude phylogénique de la séquence complète du gène UL22A, qui code une protéine glycosylée et sécrétée capable de se lier spécifiquement à la chimiokine CCL5, a permis de différencier trois groupes génomiques dont la répartition n'est pas identique entre les différentes populations de patients (VIH, allogreffés ou immunocompétents). Des outils de mesure de la réplication (PCR duplex CMV/albumine) et de la transcription virale (RT PCR ffil, MCP et UL22A) basés sur des méthodes d'amplification génique par technologie temps réel ont été développés pour suivre la multiplication virale in vitro et in vivo afin de comparer le comportement des différentes souches virales entre elles. Une technique de détection d'un antigène viral très précoce par cytométrie en flux a également été développée. Ces méthodes ont été appliquées au suivi de la réplication de deux souches de CMVH dénommées TB40/E et VHL/E, caractérisées par un tropisme endothélial conservé, sur des fibroblastes et des cellules dendritiques. Les cellules dendritiques sont un élément clé de la réponse immunitaire dirigée contre le CMVH, mais sont également une des cibles du virus. En étudiant le niveau d'expression de molécules de co-stimulation (B7. 1 et B7. 2), de maturation (CD83) et des molécules du CMH, nous avons montré que les modifications phénotypiques de cellules dendritiques immatures secondaires à l'exposition au virus varient en fonction de l'inoculum viral. Les conséquences phénotypiques de l'infection de polynucléaires neutrophiles par des souches cliniques de CMVH ont également été étudiées. Les polynucléaires neutrophiles sont un des vecteurs de dissémination virale au cours de l'infection active et sont capables de capter et de transmettre le virus par interactions directes de cellule à cellule. Nous avons observé des modifications du niveau d'expression de certaines intégrines leucocytaires (CDllb, CDllc et CD18) impliquées dans les mécanismes d'adhésion des polynucléaires neutrophiles. L'ensemble de ces résultats contribue à l'exploration des différents facteurs de pathogénicité au cours de l'infection à CMVH
AHuman cytomegalovirus is an ubiquitous member of the Herpesviridae family. Its pathogenicity is highly correlated with the efficacy of the immune response during active infection. HCMV has the largest genome among the herpesviruses, and it encodes a large number of proteins involved in the modulation of immune responses. There is a high percentage of sequence homology between the clinical strains, but some regions of the genome involved in cell tropism or immune modulation mechanisms are characterised by genetic polymorphism. Genetic polymorphism of three viral genes (IE1, UL22A and UL55) was studied in a large patient population. Phylogenetie analysis of the UL22A gene, which encodes a secreted glycoprotein that binds to the CCL5 chemokine, differentiated three genetic clusters. The distribution of these clusters was not equal when comparing three patient groups: patients with HIV, allograft transplant recipients and immunocompetent subjects. Methods for the monitoring of HCMV replication (duplex PCR CMV/albumine) and transcription (IE1, UL22A and MCP RT PCR), based on real time technology, were developed in order to compare the behaviour of HCMV strains both in vivo and in vitro. We also developed a flow cytometry method for intracellular detection of viral antigens after virus exposure of different cell types. The replication kinetics of two HCMV strains (TB40E and VHLE), characterised by their endothelial tropism, was studied in infected fibroblasts and dendritic cells. Dendritic cells are a key element of the immune response directed against HCMV during the early stages of active infection. Expression of the co-stimulatory molecules (B7. 1 and B7. 2), the maturation marker (CD83) and MHC class I molecules was shown to be modified after infection with either TB40E or VHLE strains and we observed variations in these modifications depending on the initial viral inoculum. We also studied phenotypic modifications on polymorphonuelear cells infected with clinical strains. Polymorphonuclear cells are involved in the propagation of the virus during active infection. Viral particle uptake by these cells is mediated by direct interaction with other infected cells and involves adhesion mechanisms. We observed alterations in the expression of certain adhesion molecules (CD lib, CD lie and CD 18) subsequent to polymorphonuelear cell infection. All together, these results contribute to the exploration of factors that could influence viral pathogenesis

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Sadeuh, Mba Serge Alain. "Circulation, diversité génétique et évolution des entérovirus humains au Cameroun : interaction avec les poliovirus vaccinaux et les entérovirus simiens." Paris 7, 2013. http://www.theses.fr/2013PA077224.

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La diversité génétique des entérovirus (EVs) humains, y compris les poliovirus (PVs), circulant au Cameroun a été évaluée d'une part sur tout le territoire chez des patients atteints de paralysie flasque aiguë, et d'autre part, chez des enfants sains dans la région de l'extrême Nord du pays. Les résultats obtenus indiquent une fréquence élevée couplée à une importante diversité génétique des EVs au Cameroun. Les EVs de l'espèce Human Enterovirus C (HEV-C) représentaient jusqu'à 56,5% des isolats identifiés. En dehors des types viraux mondialement distribués, des types et variants d'EV spécifiquement Africains ont été identifiés. L'étude des échanges génétiques entre HEV-C, incluant les PVs vaccinaux, a confirmé que des recombinaisons fréquentes dans les régions non structurales du génome participent à leur diversité génétique. En particulier les PVs co-circulent et échangent les séquences de leurs régions non structurales avec les autres HEV-C notamment avec les CVA-13, -17 et -20. La co-circulation des PVs et de divers HEV-C pourrait constituer un facteur viral majeur pour l'émergence des PVs recombinants pathogènes dérivés du vaccin (VDPVs). Par ailleurs, des EVs typiquement simiens, mais aussi des EVs précédemment connus comme étant des pathogènes humains ont été identifiés dans les selles de primates non humains (PNH) vivant en captivité et en faune sauvage. En particulier, quatre nouveaux types d'EVs simiens ont été identifiés. Les résultats confirment que la transmission inter-espèces d'au moins certains types d'EV est naturellement possible et pourrait jouer un rôle dans l'émergence de nouveaux EVs de l'homme chez les PNH et vice-versa
The genetic diversity of human enteroviruses (EVs), including polioviruses (PVs), circulating in Cameroon was investigated in acute flaccid paralysis patients throughout the entire territory as well as in healthy children from the far northern region of the country. The results showed a high frequency combined with a high genetic diversity of human EVs in Cameroon. The frequency of EVs belonging to the Human Enterovirus C species (HEV-C) was as high as 56. 5% of the identified isolates. Apart from worldwide distributed types, several African specific types and variants were identified. The investigation of genetic exchanges between HEV-C, including vaccine polioviruses, confirmed the fact that frequent recombination in the non structural regions of the genome contribute to their genetic diversity. PVs in particular co-circulate and exchange the sequences of their non structural regions with CVA-13, -17 and -20. The co-circulation of PVs and diverse HEV-C may be a major viral factor for the emergence of pathogenic recombinant vaccine¬derived PVs (VDPVs). In the other hand, simian specific EVs as well as EVs previously known human EVs were identified in the stools of captive and wild non human primates (NHP). Four novel types of simian EVs in particular were identified. The results confirm that cross-species transmission of at least some EV types can happen naturally and could play a role in the emergence of new EV types from humans to NHP and vice-versa

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Audibert, Céline. "Polymorphisme des régions génomiques liées à la virulence chez Helicobacter pylori." Poitiers, 2000. http://www.theses.fr/2000POIT1805.

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Mauclere, Philippe. "Séroépidémiologie, diversité génétique et transmissions interespèces des infections rétrovirales HTLV/STLV et VIH/SIV au Cameroun." Paris 5, 2002. http://www.theses.fr/2002PA05N098.

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L' Afrique centrale est aujourd'hui considérée comme le berceau de la diversité génétique rétroviale des primates. En 1991 au Cameroun, la connaissance de l'endémie par l'oncovirus HTLV-1 reposait sur des données de séroprévalence très prélíminaires, et aucun cas d'infection par HTLV-2 n'y avait été identifié. L'épidémie de VIH-1 débutait sa progression, mais la circulation des variants majeurs n'avait pas été rapportée, et aucune souche de SIV n'avait été recherchéé chez les primates vivant dans le pays. Le but de ce travail, réalisé à partir d'études menées au Cameroun entre 1991 et 1997, puis à l'Institut Pasteur à Paris en 1998 et 1999, a été de de définir et de mettre en place les moyens techniques pour l'étude de la diversité rétrovirale
The sub region of Central Africa is currently considered as the cradle of the retroviral genetic diversity for primates. In Cameroon in the year 1991, the awareness of the HTLV-1 endemic was based on preliminary seroprevalences, and no case of HTLV-2 was still identified. As HIV/AIDS epidemics started out its starling growth, the major variants of HIV-1 were not known as circulating strains in the country, and no research on SIV were conducted on primates. The aim of the study, which was carried out in Cameroon between 1991 and 1997, and in Pasteur Institut in Paris in 1997 and 1998, is to introduce a technical process for the genetic diversity human retroviruses exploration, to characterize retroviral human and simian variant strains

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Corne, Philippe. "Staphylococcus aureus dans un service de réanimation : étude génétique, phénotypique et épidémiologique." Montpellier 1, 2004. http://www.theses.fr/2004MON1T020.

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Staphylococcus aureus est un agent pathogene majeur de l'homme, implique dans 1 a 5% des infections communautaires et jusqu'a 30% des infections acquises en milieu hospitalier (infections nosocomiales). Le traitement des infections a s. Aureus est de plus en plus difficile en raison de la prevalence elevee des souches multiresistantes aux antibiotiques. Les objectifs de ce travail etaient : (1) de realiser une analyse genetique et phenotypique d'un echantillon de souches isolees pendant 14 mois dans un service de reanimation du centre hospitalier de montpellier ; (2) d'etudier la structure des populations et la transmission de cette bacterie dans le service ; (3) d'analyser les relations genetiques et phylogenetiques entre s. Aureus resistant et sensible a la methicilline (sarm et sasm respectivement) ; (4) d'etudier les liens entre genotypes et certaines proteines d'interet medical (resistance aux antibiotiques et pathogenicite). Des isolats provenant de 71 patients et 7 membres du personnel ont ete caracterises par la sensibilite aux antibiotiques, par electrophorese isoenzymatique (mlee), electrophorese en champ pulse (pfge) et amplification aleatoire du polymorphisme de l'adn (rapd). L'echantillon etudie comprend 64% de souches de sasm et 36% de souches de sarm dont 96% sont sensibles a la gentamicine. Les analyses genetiques realisees dans ces populations sont en faveur d'une structure fondamentalement clonale, et donc de la propagation de clones stables dans l'espace et dans le temps. Ceci suppose que les transferts horizontaux entre les genomes bacteriens sont rares ou absents. Les analyses phylogenetiques permettent d'isoler une lignee majeure constituee de plus de 90% des souches de sarm et apparentee a un des clones epidemiques europeens. La presence de souches sensibles dans cette lignee et l'existence de souches resistantes dans d'autres lignees majoritairement sensibles suggerent soit l'acquisition du gene de la resistance a la methicilline par transfert horizontal soit la perte de ce gene. Toutes les donnees accumulees dans ce travail permettent egalement d'elucider certaines voies de transmission de s. Aureus dans le service et d'associer certains caracteres phenotypiques a des caracteres genetiques.

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Puissant, Bénédicte. "Facteurs génétiques influençant la réponse au traitement antirétroviral de patients infectés par le VIH : etude des allèles CCR5Δ32, CCR2-V64I, SDF1-3'A, CX3CR1-V249I, CX3CR1-T280M et GHRd3". Bordeaux 2, 2002. http://www.theses.fr/2002BOR2P102.

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Foulon, Eliane. "Rôle des cellules dendritiques dans la variabilité génétique de la résistance aux infections mammaires chez la brebis." Toulouse 3, 2007. http://www.theses.fr/2007TOU30098.

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Une sélection divergente pour la résistance aux mammites a été créée chez des ovins. L'immunité mammaire a été évaluée dans les conditions d'élevage, et à la suite d'infections expérimentales par des Staphylocoques. Les brebis du groupe sensible développent des mammites plus sévères, associées à la formation d'abcès. Dans le but de comprendre les mécanismes qui contrôlent l'infection, nous avons fait l'hypothèse que les cellules dendritiques, qui jouent un rôle prépondérant dans la réponse anti-bactérienne, pouvaient être à l'origine de cette différence. Nous avons développé un protocole de différenciation des DC in vitro à partir de précurseurs de la moelle osseuse. Une analyse des gènes exprimés par les cellules dendritiques a été réalisée à la suite d'une stimulation par Staphylococcus aureus. Ce protocole a permis d'identifier trois gènes dont l'expression est plus élevée chez les brebis du groupe résistant
A divergent selection in dairy sheep has been settled to evaluate its effect on resistance to mastitis. Mammary immunity was examined after natural or experimental infections with Staphylococcus. Mastitis were more severe in ewes from the susceptible group, and led to abscesses formation. In order to elucidate the mechanisms associated with the cure of infection, we hypothesized that dendritic cells, that are known to play a crucial role in anti-infectious immunity against bacteria, could be responsible for the observed differences. We designed a protocol to differentiate dendritic cells from bone marrow precursors. Microarray analysis of gene expression was performed on dendritic cells that had been stimulated with Staphylococcus aureus. Using this approach 3 genes that have up-regulated in ewes from resistant group have been identified

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Mazalrey, Simon. "Facteurs de pathogenèse au cours des infections à virus BK : polymorphisme génétique viral et réponse immunitaire antivirale." Thesis, Nantes, 2016. http://www.theses.fr/2016NANT1007/document.

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Le polyomavirus BK (ou BKPyV) est un virus ubiquitaire qui infecte plus de 80% de la population adulte. Asymptomatique chez le sujet immunocompétent, il peut être la cause de cystites hémorragiques chez les greffés de cellules souches hématopoïétiques ou de néphropathies interstitielles après transplantation rénale. Parmi les facteurs de risques impliqués dans le développement des néphropathies à BKPyV, nous nous sommes intéressés à l’étude de la variabilité de la région régulatrice non codante (NCCR) du génome viral et à la réponse immunitaire cellulaire spécifique anti- BKPyV en post-greffe. La région NCCR du BKPyV est caractérisée par l’apparition de réarrangements (rrNCCR) chez certains patients présentant une virémie intense et prolongée. Ces réarrangements sont également observés in vitro au cours de la multiplication virale sur cellules permissives. Dans le but de caractériser les rrNCCR et d’étudier leur impact sur la réplication virale, nous avons étudié l’émergence de ces réarrangements in vitro et in vivo sur des échantillons cliniques d’une cohorte de transplantés du rein du CHU de Nantes. Par ailleurs, nous avons étudié la réponse spécifique anti-BKPyV dans les premiers mois postgreffe dans une cohorte prospective de patients adultes transplantés de rein. Nos résultats montrent une augmentation du taux des anticorps au cours de l’infection, et l’absence de valeur prédictive de la réponse médiée par les lymphocytes T sur la survenue d’une infection active à BKPyV. L’ensemble de ces résultats contribue à une meilleure compréhension des mécanismes en jeu au cours des infections à BKPyV en transplantation rénale
The BK polyomavirus is ubiquitous and infects the majority of the adult population. It is not associated with any specific disease in immunocompetent individuals, but can be responsible for hemorrhagic cystitis after stem cell transplantation or interstitial nephropathy after kidney transplantation. Among the different risk factors involved in the development of such opportunistic diseases, we focused on the genetic polymorphism of the non coding control region of the viral genome (NCCR) and on the specific immune responses directed against BKPyV after kidney transplantation. The NCCR region is characterized by the emergence of rearrangements in vitro on permissive cells, and in vivo in case of prolonged infection and high viral loads. We described the emergence of such rearranged strains in vitro, correlated them with increased viral replication and transcription, and compared these sequences with clinical strains obtained from kidney transplanted patients. Our second objective was to study the specific immune responses in the first months following kidney transplantation. We showed that the active infection was associated with an increase in the anti-BKPyV IgG levels, and that the detection of a CD4+ or CD8+ mediated response was not predictive of a protection toward viral reactivation. Our results contribute to a better understanding of the different factors involved in the pathogenesis of BKPyV infections

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Coste-Invernizzi, Isabelle. "La β-caténine dans les tumeurs sporadiques chez la souris". Lyon 1, 2005. http://www.theses.fr/2005LYO10043.

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Nous avons généré un modèle de tumeurs sporadiques chez la souris suite à l'expression aléatoire d'une forme oncogénique de la β-caténine. Cette expression mime les cancers sporadiques chez l'homme et résulte d'une double recombinaison homologue in vitro et in vivo. En effet, les tumeurs dans ce modèle sont issues de cellules isolées exprimant la forme mutante de la β-caténine, contrairement aux modèles classiques où la β-caténine est surexprimée simultanément dans un grand nombre de cellules, facilitant ainsi de façon artificielle le développement de tumeurs. Dans les souris mutantes ainsi générées, nous avons observé des papillomes dans la zone mammaire et, à plus faible fréquence, des lésions gastriques (dysplasie et métaplasie de type intestinal). Ces tumeurs sont classifiées comme précancéreuses, suggérant que la surexpression de la β-caténine dans des cellules isolées active le processus de transformation dans certains tissus, mais n'est pas suffisante pour le développement de tumeurs malignes

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Lacasa, Michel. "Le virus herpétique du poisson-chat : structure et clonage du génome, transcription in vivo." Paris 6, 1986. http://www.theses.fr/1986PA066233.

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Offmann, Bernard. "Caractérisation et analyse génétique de la résistance de la canne à sucre à Xanthomonas albilineans." La Réunion, 2000. http://elgebar.univ-reunion.fr/login?url=http://thesesenligne.univ.run/00_09_Offmann.pdf.

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Le travail présenté concerne l'étude de la résistance de la canne à sucre à une bactériose grave provoquée par Xanthomonas albilineans, agent de la maladie de l'échaudure des feuilles. Ce travail comporte deux volets. Le premier volet visait à explorer différentes façons de mesurer la résistance et à rechercher les paramètres de résistance qui seraient les plus utiles en sélection variétale et pour des études génétiques. Nous avons précisé que la symptomatologie fournit des paramètres dont la mesure à l'intérieur d'une expérience est fiable mais que ceux ci sont peu stables entre expériences. L'étude des densités des populations bactériennes a confirme qu'une forte colonisation des tiges était nécessaire mais n'était pas suffisante pour qu'il y ait apparition des symptômes foliaires. L'étude de la distribution de la bactérie dans les tiges a permis de définir de nouveaux paramètres de résistance. Nous avons précisé que la résistance était associée à une faible progression de la bactérie dans les tiges. Ces paramètres de colonisation sont fiables et ont une bonne stabilité entre expériences. Le deuxième volet concerne l'étude du déterminisme génétique de la résistance. La première étape de cette étude a consiste à construire une carte génétique AFLP de la variété R570. Cette carte comporte 887 marqueurs simple dose repartis sur 120 segments chromosomiques et est longue de 5800 cm. Dans la deuxième étape, nous avons étudie la ségrégation de la résistance dans une descendance et nous avons recherché des associations significatives entre marqueurs et QTL (quantitative trait loci) de résistance. Ces QTL sont peu nombreux. Ils ont des effets individuels modestes mais le cumul de leurs effets explique dans certains cas jusqu'a 46% de la variation mesurée. Globalement les points de convergence entre les QTLs détectés entre les différentes expériences sont tenus. L'ensemble des résultats n'engage pas sur le développement à court terme des marqueurs en sélection.

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Alame, Emane Amel Kevin. "Les infections à mycobactéries du complexe Mycobacterium tuberculosis à Libreville : profil des résistances aux antibiotiques et diversité génétique." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCC129/document.

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Le phénomène émergent de la tuberculose multirésistante et ultrarésistante est un problème de santé publique à l’échelle mondiale. Dans les pays en développement, ce problème est accru du fait que les laboratoires de diagnostic de la tuberculose manquent d’équipement et d’outils de diagnostics pour identifier ces cas pour prescrire une chimiothérapie adaptée. La première partie de ce travail de doctorat a permis à travers le séquençage du locus pncA, de mettre en évidence que la résistance au Pyrazinamide survient généralement et de manière significative lorsque la souche est multirésistante, c’est-à-dire après l’acquisition de la résistance à la Rifampicine et à l’Isoniazide. Le pourcentage des souches résistantes au PZA est même plus élevé chez les souches MDR résistantes aux FQs. Dans la seconde partie de l’étude, nous proposons une méthode alternative à la culture de bacilles dans un environnement confiné de type P3. À partir d’échantillons cliniques non cultivés (expectoration) et grâce au GeneXpert MTB/RIF, au séquençage de gènes et au spoligotypage, nous avons pu identifier 19 souches multirésistantes, une transmission active de souches sensibles appartenant aux clades LAM10, T1, MANU, H3 et enfin une épidémie sous-jacente de 5 souches Beijing multirésistantes
The emerging phenomenon of the MDR and XDR-TB is a worldwide public health issue. In developing countries, this problem is amplified due to the fact that TB diagnostic laboratories lack equipment and diagnostic tools to identify these cases and therefore prescribe appropriate chemotherapy. In the first part of this doctoral work, the sequencing of the pncA gene allowed us to show that the resistance to Pyrazinamide occurs significantly when the strain is MDR, corresponding to the acquisition of resistance to Rifampicin and Isoniazid; and that after the acquisition of Fluoroquinolones and to injectable antibiotics of second line (Amykacine, Kanamycine, Capreomycine) resistance by MDR strains, this rate increases even more. In the second part of the study, we propose an alternative method to the culture of bacilli in a BSL3 confined environment. From uncultivated clinical samples (sputum) and through GeneXpert MTB/RIF, sequencing of genes and spoligotyping, we identified 19 MDR strains, active transmission of sensitive strains belonging to clades LAM10, T1, MANU, H3 and finally as well as an underlying epidemic of 5 Beijing MDR strains.In the first study, 272 retrospective samples of Mycobacterium tuberculosis isolates were selected from two large cosmopolitan cities: Northern Paris (Bichat-Claude Bernard Hospital, 101 strains) and Southwest of Shanghai (Songjiang district, 171 Strains). These strains were selected according to their known phenotypic sensitivity to Rifampicin (RIF) and Isoniazid (INH). These phenotypic resistances were confirmed by the HAIN genotype analysis tools MTBDRplus and by the sequencing of the rpoB and katG/inhA genes. To determine the extensively drug resistance strains (XDR), we sequenced the gyrA/gyrB and rrs genes to identify genetic mutations associated with resistance to Fluoroquinolones (FQs) and second-line injectable antibiotics: Amikacin (AMK)-Kanamycin ( KAN)-Capreomycin (CAP), respectively. Finally, we sequenced the pncA gene of all isolates to identify the genetic mutations associated with resistance to Pyrazinamide (PZA). The strains were genotyped by spoligotyping and MIRU-VNTR.In the second study, from October 2014 to February 2015, 159 morning sputum samples with smear-positive smear after Ziehl-Neelsen staining were collected at the three main diagnostic laboratories for tuberculosis in Libreville, Gabon. These clinical samples were transported to the National Laboratory of Public Health in Libreville for analysis with the GeneXpert MTB/RIF automaton to confirm the microscopic diagnosis and to determine the resistance of bacilli to Rifampicin. Of the 159 samples, 29 samples had a sputum volume less than 1 ml, the minimum required according to the manufacturer's recommendations. For the 130 sputum samples analyzed by the GeneXpert automaton, 375 μl of the remaining GeneXpert solution not introduced into the cartridge was introduced into a 50 ml conical tube containing 25 ml of phosphate buffer (autoclaved solution) to neutralize the pH of the GeneXpert solution. The conical tube is centrifuged for 15 minutes at 4,500 rpm, the pellet is taken up in 100 μl of TE and then transferred to a 100 μl microtube which is subsequently heated for 30 minutes at 90°C. After a cycle of freezing (-40 ° C. for 1 h)-defrosting, the microtube is briefly centrifuged and the supernatant is transferred to a new microtube. From this new microtube we amplified by PCR and then sequenced the rpoB, katG/inhA, pncA, gyrA, rrs and rpsL genes to identify mutations associated with resistance to Rifampicin, Isoniazid, Pyrazinamide, Fluoroquinolones, Antibiotics in second lines: Amikacin-Kanamycin-Capreomycin and Streptomycin (SM), respectively. All the samples were genotyped by the multiplexed spoligotyping applied to the Luminex MagPix

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Kukavica-Ibrulj, Iréna, and Iréna Kukavica-Ibrulj. "Génomique fonctionnelle du régulateur transcriptionnel PYCR de Pseudomonas aeruginosa essentiel in vivo et comparaison des cinétiques d'infection pulmonaire chronique." Doctoral thesis, Université Laval, 2007. http://hdl.handle.net/20.500.11794/19688.

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Pseudomonas aeruginosa est une bactérie pathogène opportuniste, hautement résistant à une multitude d’antibiotiques qui infecte principalement les patients immunosupprimés. Il représente la cause principale de morbidité et de mortalité chez les patients atteints de fibrose kystique (mucoviscidose). Le but principal de ce projet consistait à identifier et à caractériser des gènes essentiels à l’infection et au maintien de P. aeruginosa dans un modèle animal d’infection pulmonaire chronique. À partir d’une banque de mutants transpositionnels, nous avons identifié 148 mutants de P. aeruginosa déficients à causer l’infection pulmonaire chronique chez le rat. Suite à des analyses bioinformatiques, le mutant inactivant le gène PA5437 a été sélectionné. L’opéron adjacent code pour les sous unités du pyruvate carboxylase (pycA et pycB) et est régulé par le gène PA5437, d’où l’appellation pycR pour pyruvate carboxylase regulator. Le pycR a été identifié comme étant un régulateur transcriptionnel de type LysR ayant une région typique de liaison à l’ADN. Le codon d’initiation de la transcription des gènes pycR et pycA a été identifié par élongation d’amorce. La capacité de liaison de la protéine PycR à l’ADN a été confirmée à l’aide du gel à retardement. L’implication de PycR dans la virulence bactérienne in vivo a été confirmée par indice de compétition et après 7 jours d’infection le mutant déficient ΔpycR est complètement éliminé du poumon du rat. L’importance de PycR a aussi été confirmée in vitro à l’aide des tests phénotypiques et enzymatiques démontrant la déficience dans la production de la lipase, de l’estérase et du biofilm. Finalement, l’analyse des résultats métaboliques et transcriptomiques a confirmé l’importance de PycR dans la régulation du métabolisme de lipides, de l’activité lipolytique, de la respiration anaérobique, de la formation du biofilm et des gènes régulés par le quorum sensing. Dans un second volet, une étude comparative entre souches prototypes (PAO1 et PA14) de P. aeruginosa et un isolat clinique (LESB58) de la fibrose kystique a été réalisée dans un modèle de l’infection pulmonaire chronique chez le rat. Cette étude a permis d’identifier des différences significatives au niveau de la localisation bactérienne dans les tissus pulmonaires de l’isolat clinique LESB58. D’importantes différences ont également été notées au niveau des facteurs de virulence comme la mobilité et la formation du biofilm. À long terme, les nouvelles connaissances acquises en génomique fonctionnelle devraient permettre d’identifier et de développer de nouvelles approches thérapeutiques permettant de combattre et mieux comprendre les infections causées par cette bactérie.
Pseudomonas aeruginosa est une bactérie pathogène opportuniste, hautement résistant à une multitude d’antibiotiques qui infecte principalement les patients immunosupprimés. Il représente la cause principale de morbidité et de mortalité chez les patients atteints de fibrose kystique (mucoviscidose). Le but principal de ce projet consistait à identifier et à caractériser des gènes essentiels à l’infection et au maintien de P. aeruginosa dans un modèle animal d’infection pulmonaire chronique. À partir d’une banque de mutants transpositionnels, nous avons identifié 148 mutants de P. aeruginosa déficients à causer l’infection pulmonaire chronique chez le rat. Suite à des analyses bioinformatiques, le mutant inactivant le gène PA5437 a été sélectionné. L’opéron adjacent code pour les sous unités du pyruvate carboxylase (pycA et pycB) et est régulé par le gène PA5437, d’où l’appellation pycR pour pyruvate carboxylase regulator. Le pycR a été identifié comme étant un régulateur transcriptionnel de type LysR ayant une région typique de liaison à l’ADN. Le codon d’initiation de la transcription des gènes pycR et pycA a été identifié par élongation d’amorce. La capacité de liaison de la protéine PycR à l’ADN a été confirmée à l’aide du gel à retardement. L’implication de PycR dans la virulence bactérienne in vivo a été confirmée par indice de compétition et après 7 jours d’infection le mutant déficient ΔpycR est complètement éliminé du poumon du rat. L’importance de PycR a aussi été confirmée in vitro à l’aide des tests phénotypiques et enzymatiques démontrant la déficience dans la production de la lipase, de l’estérase et du biofilm. Finalement, l’analyse des résultats métaboliques et transcriptomiques a confirmé l’importance de PycR dans la régulation du métabolisme de lipides, de l’activité lipolytique, de la respiration anaérobique, de la formation du biofilm et des gènes régulés par le quorum sensing. Dans un second volet, une étude comparative entre souches prototypes (PAO1 et PA14) de P. aeruginosa et un isolat clinique (LESB58) de la fibrose kystique a été réalisée dans un modèle de l’infection pulmonaire chronique chez le rat. Cette étude a permis d’identifier des différences significatives au niveau de la localisation bactérienne dans les tissus pulmonaires de l’isolat clinique LESB58. D’importantes différences ont également été notées au niveau des facteurs de virulence comme la mobilité et la formation du biofilm. À long terme, les nouvelles connaissances acquises en génomique fonctionnelle devraient permettre d’identifier et de développer de nouvelles approches thérapeutiques permettant de combattre et mieux comprendre les infections causées par cette bactérie.
The opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa is highly resistant to most classes of antibiotics and causes a wide variety of infections in compromised hosts. In addition, it represents the major cause of morbidity and mortality in cystic fibrosis (CF) patients. The principal goal of the present research project was to identify and to characterise P. aeruginosa genes essential for causing a chronic lung infection. Using a PCR-based signature-tagged mutagenesis, we identified a P. aeruginosa STM5437 mutant having an insertion into the PA5437 gene; its inactivation causes attenuation of virulence in vivo. The PA5437 gene, now called pycR, regulates the adjacent operon encoding the pyruvate carboxylase subunits (pyruvate carboxylase regulator). PycR has the signature of a putative transcriptional regulator with a predicted helix-turn-helix motif binding to a typical LysR DNA-binding motif identified in the PA5436 (pycA)-PA5437 (pycA) intercistronic region. Transcriptional start sites of pycA and pycR were identified by primer extension and the DNA binding capacity of PycR was confirmed by a DNA mobility gel shift assay. Genome-wide transcriptional profiling indicated that the genes whose control were differentially expressed by PycR implicated genes responsible for lipid metabolism, lipolytic activity, anaerobic respiration, biofilm formation and a number of quorum sensing regulated genes. This study defines PycR as a major regulator in virulence and where mutations in pycR have pleiotropic effects on the expression of multiple virulence factors such as lipase, esterase and biofilm formation. The expressions of several of these genes are associated with chronic lung persistence. In the second part of the study, P. aeruginosa prototype strains PAO1 and PA14 were compared with the CF isolate LESB58 in the rat model of chronic lung infection. This comparative study identified major differences for LESB58; in vivo in bacterial localisation in the rat lung and in vitro for motility and biofilm production. Functional genomics of P. aeruginosa will provide new insights for the development of novel therapeutic targets. Genomic biodiversity may explain the variation in severity of the P. aeruginosa infections in CF disease.
The opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa is highly resistant to most classes of antibiotics and causes a wide variety of infections in compromised hosts. In addition, it represents the major cause of morbidity and mortality in cystic fibrosis (CF) patients. The principal goal of the present research project was to identify and to characterise P. aeruginosa genes essential for causing a chronic lung infection. Using a PCR-based signature-tagged mutagenesis, we identified a P. aeruginosa STM5437 mutant having an insertion into the PA5437 gene; its inactivation causes attenuation of virulence in vivo. The PA5437 gene, now called pycR, regulates the adjacent operon encoding the pyruvate carboxylase subunits (pyruvate carboxylase regulator). PycR has the signature of a putative transcriptional regulator with a predicted helix-turn-helix motif binding to a typical LysR DNA-binding motif identified in the PA5436 (pycA)-PA5437 (pycA) intercistronic region. Transcriptional start sites of pycA and pycR were identified by primer extension and the DNA binding capacity of PycR was confirmed by a DNA mobility gel shift assay. Genome-wide transcriptional profiling indicated that the genes whose control were differentially expressed by PycR implicated genes responsible for lipid metabolism, lipolytic activity, anaerobic respiration, biofilm formation and a number of quorum sensing regulated genes. This study defines PycR as a major regulator in virulence and where mutations in pycR have pleiotropic effects on the expression of multiple virulence factors such as lipase, esterase and biofilm formation. The expressions of several of these genes are associated with chronic lung persistence. In the second part of the study, P. aeruginosa prototype strains PAO1 and PA14 were compared with the CF isolate LESB58 in the rat model of chronic lung infection. This comparative study identified major differences for LESB58; in vivo in bacterial localisation in the rat lung and in vitro for motility and biofilm production. Functional genomics of P. aeruginosa will provide new insights for the development of novel therapeutic targets. Genomic biodiversity may explain the variation in severity of the P. aeruginosa infections in CF disease.

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Woerther, Paul-Louis. "Emergence, circulation et déterminants moléculaires des souches d'entérobactéries productrices de ß-lactamases à spectre étendu (BLSE) chez des populations soumises à des pressions de sélection variables." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077064.

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Depuis les dix dernières années, les entérobactéries productrices de ß-lactamases à spectre étendu (E-BLSE) sont devenu l'un des principaux défis pour le traitement des infections à entérobactéries dans le monde, principalement à cause de l'émergence des enzymes de type CTX-M. Cependant, les conditions de leur émergence, leur circulation dans la communauté, les déterminants génétiques associés à leur succès et le rôle précis joué par la pression de sélection antibiotique restent à explorer. Nous avons d'abord mesuré le taux de portage d'E-BLSE chez 20 enfants vivant dans un village très isolé du Sénégal, où la consommation en antibiotiques était quasiment nulle. L'étude des souches isolées a montré la présence du gène blaCTX-M-15 au sein d'un environnement génétique pandémique porté par un plasmide. Lors d'une deuxième étude, nous avons mesuré le taux de portage d'E-BLSE dans une population de 163 Amérindiens prélevés en 2006 en Guyane Française. Les données socio-démographiques et médicales ont été relevées. Le taux de portage était de 8%. Aucun facteur de risqué n'a été identifié. Cependant, l'apparition des CTX-M dans le village était concomitante avec une multiplication par 3 de Ja consommation de p-lactamines dans le village. Quatre ans plus tard, nous avons reprélevé les individus de la même cohorte. 11 est intéressant de noter que la consommation en antibiotiques et le taux de portage d'E-BLSE ont tous deux baissé. La dernière étude a été réalisée au Niger chez des enfants à leur admission dans un centre de renutrition. Les enfants non porteurs à l'admission étaient reprélevés à leur sortie du centre. Le taux de portage d'E-BLSE était de 31 % à l'entrée et le taux d'acquisition de 94%, après une médiane de 8 jours passés dans le centre. L'étude des souches suggérait une diffusion de clones mais aussi de plasmides. Ces résultats soulignent l'importance de l'influx des souches communautaires dans les centres hospitaliers où la pression de sélection par les antibiotiques, très forte, favorise l'acquisition et la dissémination des E-BLSE
For the last ten years, extended spectrum ß-lactamases - producing enterobacteria (ESBL-E) have become one of the main challenges for antibiotic treatment of enterobacterial infections Worldwide, largely in consequence of the current emergence of CTX-M enzymes. However, the way they have emerged, circulate in community, genetic determinants associated to their success as well as the precise role played by antibiotic selective pressure need to be stated. In a first study, we aimed to assess the ESBL-E carriage rate among 20 children living in a very remote village from Senegal, where antibiotic exposure was nearly zero. Study of the strains isolated evidenced the presence of the blaCTX-M-15 gene surrounded by a plasmid-borne pandemic Multi Drug Résistance region. In a second study, we aimed to assess the ESBL-E carriage rate in a population of 163 Amerindians sampled in 2006 in French Guiana. All socio-demographic and medical data were recorded. This study evidenced an 8% ESBL-E carriage rate. Although no individual risk factor was evidenced, CTX-M appeared concomitantly with a 3-fold increase of the p-lactams consumption in the village. Four years later, the same cohort was resampled. Interestingly, antibiotic consumption and ESBL-E carriage rate decreased in the same time. The last study was performed in Niger in children at their admission in a renutrition centre. Children that were not carriers at admission were resampled at discharge. Results from this study evidenced a 31 % ESBL-E carriage rate at entry and a 94% acquisition rate, after an 8 days stay in the centre. Strains study suggested dissemination of both clones and plasmids. These results underscore that influx of ESBL-E from community to medical centres, where antibiotic selective pressure is very high, favour ESBL-E acquisition and dissemination

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Rachid, Antoine. "Infections lentivirales chez les petits ruminants domestiques : étude des relations hôte-pathogène et application en diagnostic." Poitiers, 2012. http://theses.univ-poitiers.fr/25342/2012-Rachid-Antoine-These.pdf.

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Le terme de lentivirus des petits ruminants (SRLV) désigne deux entités virales, le CAEV et le VMV, responsables d'infections chroniques à évolution lente chez la chèvre et le mouton. La diversité des souches virales couplée à la faible barrière d'espèce constituent un problème majeur en diagnostic et représentent un risque sanitaire potentiel. Pour améliorer la connaissance des souches virales qui circulent en Europe et optimiser les outils de diagnostic, les séquences gag et env d'isolats caprins et ovins circulant en Pologne ont été caractérisées. La co-circulation de sous-types CAEV et VMV a été mise en évidence à la fois chez les chèvres et les moutons et deux nouveaux sous-types (A12 et A13) ont été identifiés. La variabilité antigénique inter- et intra-génotype a été évaluée à l'aide de tests ELISA établis sur de nouveaux antigènes recombinants multi-épitopes Gag/Env représentatifs des deux types viraux. Les résultats ont révélé que les sites antigéniques des protéines MA et CA étaient conservés entre les sous-types d'un même génotype et, à un moindre degré, entre les deux génotypes, alors que la conservation des épitopes de la SU était limitée au génotype, parfois même au sous-type viral. Le risque sanitaire associé aux transmissions inter-espèces a été appréhendé à travers une analyse comparative de paramètres virologiques et sérologiques chez des chèvres et des moutons infectés par la même souche virale. Des interactions hôte-virus spécifiques ont été mises en évidence sur le plan de l'expression du virus dans le sang périphérique, de la cinétique de la réponse immune humorale et du spectre d'activité des anticorps dirigés contre les protéines MA et CA. Sur la base des données acquises, les antigènes multi-épitopes Gag/Env ont été valorisés à travers le développement de tests ELISA de diagnostic et de sérotypage. Ces tests ont conduit à la découverte, pour la première fois, d'une forme recombinante CAEV/VMV circulante
Small ruminant lentiviruses (SRLV), including CAEV and VMV, cause slow progressive diseases in sheep and goats. The viral diversity, combined with interspecies transmissions, represent a diagnostic drawback and a potential sanitary issue. In order to gain a better understanding of viral strains circulating in Europe and to improve diagnostic tools, gag and env sequences of ovine and caprine isolates from Poland were characterized. The cocirculation of CAEV and VMV subtypes was reported in both sheep and goats, and two new subtypes, designated A12 and A13, were identified. The antigenic variability among SRLV strains was assessed by ELISA using new Gag/Env multi-epitope recombinant antigens representative of CAEV and VMV strains. The results revealed that antigenic sites of the MA and CA proteins were conserved among subtypes within the same genotype, and to a lesser extent between the two genotypes, whereas conservation of SU epitopes was restricted to strains belonging to either the same genotype or subtype. The risk assessment associated with interspecies transmissions of SRLV was carried out by a comparative analysis of virological and serological features in sheep and goats infected with the same viral variant. Specific hostvirus interactions were found in sheep and goats, including virus replication in blood, kinetic of humoral immune response, and pattern of antibody reactivity towards the MA and CA proteins. On the basis of these data, the Gag/Env multi-epitope recombinant antigens were used to establish ELISA tests for diagnostic and epidemiological purposes. Field application of these tests revealed, for the first time, the circulation of a CAEV/VMV recombinant form

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Muslin, Claire. "Evolution et émergence des entérovirus par recombinaison infra- et inter-espèce : Plasticité et impact des échanges génétiques modulaires dans la région 5' non codante du génome viral." Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCC246.

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La circulation et la dérive génétique des souches atténuées du vaccin anti-poliomyélitique oral favorisent l'émergence de poliovirus (PV) pathogènes. Ces PV d'origine vaccinale (PVDV), responsables de nombreuses épidémies de poliomyélite, sont des souches recombinantes entre PV et autres entérovirus humains de l'espèce C (EV-C). Afin d'étudier les mécanismes régulant les échanges génétiques entre PV et EV non PV, un système de recombinaison aléatoire in vitro a été développé au laboratoire. Après avoir participé à l'étude de la recombinaison entre PV et EV-C dans la région codant les protéines non structurales, nous nous sommes intéressés aux modalités de la recombinaison dans la région 5' non codante (5' NC) du génome, connue pour jouer un rôle important dans la virulence des EV. Le système de recombinaison a été adapté afin d'étudier les échanges génétiques entre le génome défectueux d'un PVDV et les régions 5' NC d'EV des espèces A, B, C et D. Le génome du PVDV a pu être réparé par recombinaison avec la régiol 5' NC de chacune des espèces d'EV. Trois sites principaux de recombinaison ont été identifiés et la majorité des recombinants obtenus sont non-homologues, avec insertions ou délétions, indiquant une forte plasticité de la région 5' NC. Alors que la recombinaison du PVDV avec les régions 5' NC des EV-A et -B affecte dans la plupart des cas la réplication virale et la neurovirulence chez la souris, la recombinaison avec les régions 5' NC des EV-C et -D apparaît neutre ou associée à un gain de fitness. Ainsi, l'acquisition par des PVDV de la région 5' NC de certains EV non PV pourrait conférer un avantage à des variants et permettre l'émergence de nouvelles lignées
Pathogenic circulating vaccine-derived poliovirus (cVDPV) genomes consist of mutated vaccine poliovirus (PV) sequences encoding capsid proteins and sequences encoding nonstructural proteins derived from other species C EVs, including certain coxsackieviruses A (CV-A) in particular. Many cVDPV genomes also have an exogenous 5' untranslated region (5' UTR). This region is involved in virulence and includes the cloverleaf (CL) and the internai ribosomal entry site, which play major roles in replication and the initiation of translation, respectively. We investigated the plasticity of the PV genome in terms of recombination in the 5' UTR, by developing an experimenta model involving the rescue of a bipartite PV/CV-A cVDPV genome rendered defective by mutations in the CL, followinl the co-transfection of cells with 5' UTR RNAs from each of the four human EV species (EV-A to -D). The defective cVDPV was rescued by recombination with 5' UTR sequences from the four EV species. Homologous and nonhomologous recombinants with large deletions or insertions in three hotspots were isolated, revealing a striking plasticity of the 5' UTR. By contrast to the recombination of the cVDPV with the 5' UTR of group II (EV-A and -B), which can decrease viral replication and virulence, recombination with the 5' UTRs of group I (EV-C and -D) appeared to be evolutionarily neutral or associated with a gain in fitness. This study illustrates how the genomes of positive-strand RNA viruses can evolve into mosaic recombinant genomes through intra- or inter-species modular genetic exchanges, favoring the emergence of new pathogenic lineages

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Zaidman-Rémy, Anna. "Analyse génétique de la fonction des peptidoglycan recognition proteins dans la réponse immunitaire de la drosophile." Paris 7, 2007. http://www.theses.fr/2007PA077216.

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L'immunité innée est un mécanisme de défense essentiel et très conservé. Chez la drosophile, la réponse immunitaire inclut la synthèse de peptides antimicrobiens contrôlée par deux voies de signalisation en réponse aux infections par des bactéries à Gram-positif (voie Toll) ou à Grain-négatif (voie Imd). Leur activation repose sur la reconnaissance du peptidoglycane (PG) de l'enveloppe des bactéries par une famille de protéines, les Peptidoglycan Récognition Proteins (PGRPs). Parmi ces PGRPs, certains possèdent une activité enzymatique de dégradation du PG. Des approches biochimiques et fonctionnelles in vivo nous ont permis de déterminer les rôles de deux de ces PGRPs dits catalytiques. PGRP-LB est une protéine sécrétée qui dégrade spécifiquement le PG des bactéries à Gram-négatif et lui fait perdre sa capacité immuno-stimulante. PGRP-LB diminue ainsi le niveau d'activation de la voie Imd en dégradant son éliciteur : le PG. La régulation de l'expression de PGRP-LB par cette même voie crée une boucle de rétroaction négative qui ajuste la réponse immunitaire à la sévérité de l'infection. Nous montrons aussi un rôle de PGRP-LB dans le contrôle de la réponse immunitaire intestinale et la tolérance aux commensaux. PGRP-SB1 possède quant à elle une activité bactéricide in vivo requise dans la défense contre certains germes bactériens. Cette enzyme est exprimée très fortement via la voie Imd pendant l'infection, et est sécrétée dans l'hémolymphe où elle participe à l'élimination des bactéries. Nos données soulignent le rôle central des PGRPs de drosophile dans la reconnaissance des agents infectieux, la modulation de la réponse immunitaire et l'élimination des bactéries
In Drosophila, two pathways regulate the expression of antimicrobial peptides in response to bacterial infection. The activation of these pathways relies on the detection of the peptidoglycan (PGN) of the bacterial cell wall by a conserved family of proteins, the Peptidoglycan Recognition Proteins (PGRPs). The receptors PGRP-SA and SD function upstream of the Toll pathway in the sensing of PGN from gram-positive bacteria while PGRP-LC and LE activate the Imd pathway upon recognition of PGN from gram-negative bacteria. In addition to these recognition PGRPs that can bind and recognize PGN, a second class of PGRPs named catalytic PGRPs can degrade PGN. A combination of biochemical and genetic approaches allowed us to determine two important functions for catalytic PGRPs. First, we shown that PGRP-LB is a secreted protein regulated by the Imd pathway, which specifically degrades gram-negative bacterial PGN into non-immunostimulatory fragments. We demonstrated that the regulation of PGRP-LB by the Imd pathway provides a negative feedback regulation to tightly adjust immune activation to infections. We also revealed a role of PGRP-LB in the control of the gut immune response and the tolerance to commensals. Second, we demonstrated in vivo an essential bactericidal function for the enzyme PGRP-SB1, which is strongly induced by the Imd pathway after an infection and is secreted into the hemolymph, where it participates in the elimination of bacteria. Collectively, our work indicates that PGRPs are essential components of the Drosophila host defence that act not only in the sensing of microbes but also as regulators and effectors of the antibacterial response

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Arnavielhe, Sylvie. "Etude génétique et épidémiologique de souches de Candida Albicansisolées chez les patients non neutropéniques : [Thèse soutenue sur un ensemble de travaux]." Montpellier 1, 1997. http://www.theses.fr/1997MON13523.

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Drouet, Emmanuel. "Amplification génique de séquences d'ADN du cytomegalovirus : applications à l'exploration de la virémie cytomégalique et au diagnostic des infections disséminées." Lyon 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LYO1T168.

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Ginevra, Christophe. "Détection par PCR multiplex de Clamoydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae et Legionelle et identification des Legionella par séquençage de l'espace intergénique séparant les ARNr 23S et 5S." Saint-Etienne, 2005. http://www.theses.fr/2005STET001T.

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Ce travail décrit l'intérêt de l'utilisation d'outils moléculaires pour le diagnostic et l'identification de bactéries pathogènes strictes du tractus respiratoire telles que Chlamydophila pneumoniae, Mycoplasma pneumoniae et les bactéries du genre Legionella. En premier lieu, une trousse de diagnostic moléculaire des infections par ces pathogènes a été développée conjointement par le laboratoire de bactériologie du CHU de Saint-Etienne et par la société Argène Biosoft. La détection repose sur une amplification génique multiplex suivie d'une révélation en microplaque par hybridation d'une sonde générique, permettant d'obtenir un résultat dichotomique : négatif ou positif pour une bactérie atypique, et par hybridation de sondes spécifiques de genre (Legionella) et d'espèces (C. Pneumoniae, M. Pneumoniae et L. Pneumophila) permettant d'identifier le pathogène détecté parmi les 3 recherchés. Cette trousse a été évaluée sur un ensemble de souches de référence et cliniques de ces 3 bactéries, par des études cliniques rétrospectives et prospectives ainsi que dans le cadre d'un contrôle de qualité international. Dans un deuxième temps, une méthode d'identification au niveau de l'espèce des bactéries du genre Legionella a été mise au point. L'espace intergénique séparant les ARN ribosomaux 23S et 5S a été choisi comme marqueur taxonomique ; cette région est amplifiée par PCR en temps réel à l'aide d'amorces spécifiques, séquencée et comparée aux séquences des bases de données, permettant une identification rapide des Legionella. L'amplification peut être réalisée directement à partir de prélèvements de patients atteints de légionellose, ce qui permet de s'affranchir de l'étape d'isolement de la bactérie parfois difficilement réalisable dans ce type d'infections.

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Valette, Victorien. "Prévalences et impact de Wolbachia sur la diversité génétique chez les isopodes terrestres, Armadillidium vulgare et Porcellionides pruinosus." Thesis, Poitiers, 2015. http://www.theses.fr/2015POIT2322/document.

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La diversité génétique est un élément majeur pour l'évolution des espèces dans un environnement changeant. Chez les isopodes Armadillidium vulgare et Porcellionides pruinosus, l'infection par Wolbachia engendre une féminisation des mâles pouvant entraîner des sex-ratios fortement biaisés en faveur des femelles. Cela réduit la taille efficace des populations infectées qui peut provoquer une réduction de la diversité génétique. Cependant, chez A. vulgare, il existe un maintien de cette diversité qui pourrait être dû à des prévalences trop faibles de Wolbachia pour impacter les populations ou à d’autres facteurs comme par exemple lors de la reproduction un choix préférentiels des mâles pour les femelles génétiques. Un suivi des prévalences de Wolbachia dans des populations naturelles d’A. vulgare a été réalisé sur plusieurs années à partir d’une nouvelle méthode basée sur le génotypage. Les résultats montrent (i) des infections multiples de Wolbachia et (ii) des prévalences faibles pour wVulM, wVulC et wVulP. La présence d'un second facteur féminisant appelé f est suspectée dans de nombreuses populations. A l’échelle individuelle, Wolbachia semble avoir un impact sur le nombre de multi-paternités puisque les femelles génétiques s’accouplent avec plus de mâles que les néo-femelles. Les faibles prévalences de Wolbachia et les accouplements multiples permettent de maintenir une diversité génétique importante au sein des populations d’A. vulgare. Chez P. pruinosus, les prévalences de Wolbachia sont élevées et on observe de forts taux de consanguinité. Cependant, ces taux pourraient également résulter de fluctuations d’effectifs dans ces populations liées à un habitat spécialisé et peu stable
Genetic diversity is a crucial component for the evolution of species in changing environments. In the isopods Armadillidium vulgare and Porcellionides pruinosus, infection with Wolbachia bacteria causes a feminization of males that could lead to strongly female-biased sex-ratios. This reduces the effective size of infected populations and may result in a decreased genetic diversity. Nevertheless, genetic diversity is known to be maintained in A. vulgare. This might be due to Wolbachia prevalences being too low to impact host populations, or to other factors, as for example males preferentially choosing genetic females for reproduction. Wolbachia prevalence has been monitored over several years in natural populations of A. vulgare using a new genotyping method. The results demonstrate (i) multiple Wolbachia infections and (ii) low prevalences of wVulM, wVulC and wVulP. The presence of a second feminizing factor, called f, is suspected in numerous populations. At the individual scale, Wolbachia seems to have an effect on the number of multiple paternities, since genetic females mate with more males than neo-females. Low Wolbachia prevalence and multiple mating may allow the maintenance of a high genetic diversity in A. vulgare populations. In P. pruinosus, Wolbachia prevalences are high and we observe high consanguinity rates. However, these rates might also result from fluctuations in population size due to a specialized and unstable habitat

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Leroux, Caroline. "Hétérogénéité et variabilité génomiques des lentivirus des petits ruminants au cours de l'infection naturelle." Lyon 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LYO1T209.

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Burucoa, Christophe. "Caracterisation de deux proteines d'enveloppe de Campylobacter jejuni impliquees dans l'adherence aux cellules humaines." Poitiers, 1998. http://www.theses.fr/1998POITA001.

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Périnet, Simone. "Génomique fonctionnelle du gène modA essentiel à l'infection pulmonaire chronique chez Pseudomonas aeruginosa." Master's thesis, Université Laval, 2014. http://hdl.handle.net/20.500.11794/25069.

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Pseudomonas aeruginosa est l’agent pathogène principal causant des infections pulmonaires chroniques chez les patients atteints de fibrose kystique (FK). Le mutant STM_modA dérivé de la souche P. aeruginosa PAO1 a été obtenu par mutagénèse par étiquette-signature et est donc incapable de persister dans le poumon d’un modèle de rat. Le mutant STM_modA présente une mutation par insertion interrompant le cadre de lecture du gène modA, dont le produit fait partie du transporteur ModABC qui permet l’internalisation du molybdate depuis l’espace périplasmique. Le molybdate est la forme environnementale et assimilable du molybdène, essentiel pour l’activité des molybdoenzymes. Il a été démontré par les présents travaux que l’activité du transporteur ModABC est essentielle pour l’infection pulmonaire chronique chez le rat, pour la formation du biofilm, pour la résistance à la prédation par l’amibe Dictyostelium discoideum, pour la dénitrification et la croissance anaérobie subséquente, ainsi que pour l’expression du transcriptome en conditions anaérobies.
Pseudomonas aeruginosa is the main pathogen causing chronic lung infections in cystic fibrosis patients. The genome of the laboratory reference strain PAO1 was sequenced revealing its highly complex virulence regulatory network and a large part of genes of unknown function. A PCR-based signature tagged mutagenesis (STM) allowed the identification of 148 genes essential for chronic lung infection in a rat model. The PAO1-derivated strain STM_modA was obtained using this technique and is thus unable to persist in the rat lug in competition with a pool of strains. This strain carries an insertional mutation interrupting the open reading frame of the modA gene. This gene codes with the co-transcribed modB and modC genes for an ATP-binding cassette transporter (ModABC) responsible for the internalization of molybdate from the periplasmic space. Molybdate is the environmental molybdenum-containing ion, which is essential for the activity of the molybdoenzymes, a group of enzymes involved in a wide range of metabolic functions. The present work demonstrates that the ModABC transporter activity is essential for chronic lung infection in a rat model, for biofilm formation, for resistance to predation by the amoeba Dictyostelium discoideum as well as for denitrification and subsequent anaerobic growth. Whole transcriptome shotgun sequencing demonstrated major changes in the gene transcription levels of STM_modA in comparison with wild-type PAO1 in anaerobic conditions. This work highlights the ModABC transporter as a potential target for the inhibitors development, a new strategy for antimicrobial research.

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Al, Bersaoui Roméo. "Le gène de la protéine "prion-like" Doppel : Complexité de l'expression transcriptionnelle et traductionnelle dans le cerveau murin.Implications dans la dégénérescence des cellules de Purkinje chez les souris invalidées pour le gène de la protéine Prion." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. http://www.theses.fr/2005STR13131.

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Les encéphalopathies subaiguës spongiformes transmissibles (ESST) sont des maladies neurodégénératives fatales. Il est à présent établi que la protéine prion cellulaire (PrPc) est requise pour la propagation des ESST. Pour élucider sa fonction physiologique, largement inconnue, plusieurs lignées de souris invalidées pour le gène de la PrPc (Prnp0/0) ont été générées, dont la lignée Nagasaki qui présente une ataxie cérébelleuse tardive liée à une dégénérescence des cellules de Purkinje. Cette maladie neurodégénérative a été corrélée à l'expression ectopique dans le cerveau Prnp0/0 du gène Prnd codant la protéine PrP-like Doppel (Dpl). Cette protéine présente un intérêt particulier, puisque les protéines Dpl et PrPc sont antagonistes, respectivement neurotoxique et neuroprotectrice. Pour identifier la nature des mécanismes moléculaires, encore inconnus, qui sous-tendent la spécificité cellulaire de la neurotoxicité de Dpl, nous avons étudié l'expression spatio-temporelle de cette protéine. A l'aide d'anticorps hautement spécifiques que nous avons générés, nous avons montré par Western blot que le cervelet Prnp0/0 présente un profil d'isoformes de Dpl distinct du reste du cerveau, suggérant ainsi que la spécificité cellulaire de la toxicité de Dpl serait associée à des isoformes particulières. De plus, nous avons pour la première fois pu localiser la protéine Dpl in situ dans le cerveau. Au niveau transcriptionnel, nous avons montré par hybridation in situ, Northern blot et RT-PCR, la présence de transcrits Prnd à la fois dans le cerveau Prnp0/0 et sauvage. 12 nouveaux transcrits ont été identifiés par RACE-PCR. Ce travail a abouti à des données nouvelles révélant une grande complexité de l'expression transcriptionnelle et traductionnelle du gène Prnd. Ces données pourraient ouvrir de nouvelles perspectives pour l'étude des fonctions physiologiques et physiopathologiques de la protéine Dpl, ainsi que de la PrPc et de son isoforme altérée, la PrPres, responsable des ESST
Transmissible spongiform encephalopathies (TSEs) are fatal neurodegenerative diseases. It is now established that the cellular prion protein (PrPc) is required for the propagation of these diseases. To unravel the still elusive physiological function of PrPc, several PrPc-deficient (Prnp0/0) lines were generated, among them the Nagasaki line which develops a late onset cerebellar ataxia linked to Purkinje-cell degeneration. This neurodegenerative disease has further been correlated with the ectopic expression in Prnp0/0 brain of the Prnd gene which encodes a PrP-like protein termed Doppel (Dpl). This protein is of particular interest as Dpl and PrPc were actually shown to be antagonistic, respectively neurotoxic and neuroprotective. To investigate the totally unknown molecular mechanisms underlying the cell-type specificity of Dpl neurotoxicity, we first elected to focus on the spatio-temporal expression of Dpl. Using highly purified anti-Dpl antibodies we generated, we showed by Western blotting that the Prnp0/0 cerebellum exhibits a distinct Dpl species pattern within the brain, supporting the idea that Dpl cell-type toxicity might be associated with specific Dpl species. Moreover, for the first time, we succeeded in localizing Dpl in situ within the brain. At the transcriptional level, we showed by in situ hybridization, Northern blot and RT-PCR, the presence of Prnd transcripts in both in Prnp0/0 and wild-type brain. 12 new transcripts were identified by RACE-PCR. This work, including the production of a new and efficient antibody tool, led to original data revealing a high degree of complexity of Prnd transcriptional and translational expression. These data will most likely open new perspectives to investigate the (patho)physiological function of Dpl, along with PrPc and its abnormal isoform, PrPres, responsible for TSEs

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Bolze, Alexandre. "La découverte de l’origine génétique de l’asplénie congénitale isolée chez l’homme." Thesis, Paris 5, 2012. http://www.theses.fr/2012PA05T024/document.

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L’asplénie ou l’absence de la rate peut être congénitale, c’est- à -dire absente dès la naissance, ou bien acquise, par exemple lors d’une opération après un accident. L’asplénie congénitale est le plus souvent associée à d’autres problèmes développementaux. En particulier l’asplénie congénitale est associée à des problèmes de développement du cœur, dans le cadre des syndromes d’hétérotaxie. Ces syndromes d’hétérotaxie sont caractérisés par des problèmes de latéralité droite-gauche. Ainsi une personne ayant deux parties ‘droites’ n’aura pas de rate. A contrario, l’asplénie congénitale isolée est caractérisée par l’absence de rate et aucune autre malformation. L’asplénie congénitale isolée est une maladie très rare. Nous avons estimé la fréquence de la maladie à un cas pour un million de naissances. C’est aussi une maladie extrêmement mortelle. La grande majorité des patients ayant une asplénie congénitale isolée souffrent d’infections bactériennes sévères lors de l’enfance et la moitie des cas reportés sont décédés dus à une infection bactérienne, le plus souvent du à une infection par Streptococcus pneumoniae. Malgré la sévérité de cette maladie, celle-ci reste très peu connue et très peu étudiée. Ainsi le diagnostique est souvent trop tardif. Parmi les quelques dizaines de cas décrits dans la littérature, la moitié sont des cas familiaux avec plusieurs membres de la même famille affectée. Le mode de transmission semble être autosomique dominant dans la majorité des cas. En outre aucune preuve n’existe concernant un facteur environnemental pour cette maladie. Enfin des travaux récents ont montrés que l’absence de pancréas chez l’homme était une maladie génétique, et due à des mutations dans le gène GATA6 chez la moitié des patients. L’objectif de cette thèse est donc de déterminer l’origine génétique de l’asplénie congénitale isolée chez l’homme. J’ai fait l’hypothèse que l’asplénie congénitale isolée chez l’homme est due à des mutations mendéliennes dans un gène important pour le développement de la rate. Afin de tester notre hypothèse nous avons recruté des patients à travers des collaborations avec des médecins étrangers ainsi qu’un partenariat avec toutes les unités pédiatriques de France. Nous avons finalement pu recruter 37 patients appartenant à 24 familles différentes. La littérature sur le développement de la rate chez la souris et encore plus sur l’homme étant minimale, il était difficile d’identifier de bons gènes candidats pour être responsables de l’asplénie. Nous avons donc opté pour une stratégie portant sur le génome entier, sans biais lier a la littérature. La stratégie était d’utiliser le séquençage de l’exome de tous les patients. Le séquençage de l’exome est en fait le séquençage de tous les exons du génome, ou au moins 90% des exons du génome. La technique du séquençage de l’exome est arrivée à la fin de l’année 2009 et nous avons été un des premiers laboratoires à l’utiliser. Il fallait donc que nous l’essayons en premier sur un cas facile afin de vérifier que cette technique fonctionnait. Nous avons donc fait une étude préliminaire sur un cas ‘facile’. Par cas facile, il faut comprendre un cas où la probabilité que ce soit une mutation mendélienne dans un gène qui soit responsable de la maladie soit la plus forte possible, et où le nombre de gènes à regarder soit le plus faible possible. Un cas ‘facile’ est donc le cas d’une famille avec de nombreux patients, et de surcroit une famille consanguine. Dans le cas d’une famille consanguine la probabilité que ce soit une mutation récessive qui soit responsable de la maladie génétique est très importante. On peut alors se restreindre à analyser les régions du génome ou toutes les variations sont homozygotes. Nous avions une famille dans ce cas. Il y avait 4 patients dans cette famille souffrant d’infections bactériennes sévères dues à une asplenie fonctionnelle, ainsi que d’infections virales
Isolated congenital asplenia (ICA) is a rare primary immunodeficiency, first described in 1956, thattypically manifests in childhood with sudden, life-threatening, invasive bacterial disease. Patients withICA do not display any other overt developmental anomalies. The genetic etiology of ICA has remainedelusive. I hypothesized that ICA results from single-gene inborn errors of spleen development. I aimedto decipher the molecular genetic basis of ICA by pursuing a genome-wide approach, based on thesequencing of the whole-exome and the detection of copy number variations in all patients of ourcohort. I found that heterozygous mutations in RPSA, ribosomal protein SA, were present in more thanhalf of ICA patients (19/33). I then showed that haploinsufficiency of RPSA led to ICA in one kindredat least. RPSA is a protein involved in pre-rRNA processing and is an integral part of the ribosome. Thechallenge is, now, to understand the pathogenesis of the disease. How does a mutation in a ubiquitousand highly expressed gene lead to a spleen specific phenotype? This discovery will set the basis for abroader understanding of the development of the spleen in humans and the function of a ribosomalprotein. This discovery will also be beneficial to the families of patients with ICA, guiding geneticcounseling. It will lead to prevention of infections in newborns with mutations in RPSA. Finally themethod we used to analyze the exomes of the ICA cohort will be useful to discover the genetic etiologyof other genetic diseases

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Erhouma, Esadk Ali. "Étude génétique des lentivirus des petits ruminants (SRLV) infectant naturellement les bouquetins dans les Alpes française." Lyon 1, 2008. http://www.theses.fr/2008LYO10032.

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Les lentivirus des petits ruminants déterminant des infections persistantes chez les moutons et les chèvres domestiques dans le monde entier. Ces virus et d’autres lentivirus comme le virus de l’immunodéficience féline et le virus de l’immunodéficience simienne montrent une tendance à l’infection inter-espèces. Des passages de lentivirus entre le mouton et la chèvre ont été démontrés, cependant des infections par virus apparentés n’ont jusqu’alors pas été décrites chez les petits ruminants sauvages. Dans le but d’évaluer le risque de contamination des petits ruminants sauvages par les SRLV, nous avons étudié l’infection par ces virus chez des bouquetins en interaction avec des troupeaux locaux de chèvres dans les Alpes françaises et chez des hybrides chèvre-bouquetin. Les séquences du gène gag des virus infectant deux bouquetins, les hybrides et une chèvre d’un troupeau local forment un seul groupe cohérent montrant des différences de nucléotides de seulement 1 à 2 %, plus proche du type CAEV que du groupe MVV. Les séquences LTR confirment l’appartenance de ces virus au groupe CAEV, mais, contrairement aux séquences gag, les séquences LTR des bouquetins et des hybrides forment un groupe séparé de celui constitué par les séquences des chèvres du troupeau local et du prototype CAEV-Co. Les similitudes entre les séquences gag des bouquetins, des hybrides et d’une chèvre d’un troupeau sur le même site suggère le passage du virus entre animaux domestiques et sauvages comme cela a été déjà décrit entre chèvres moutons. De plus, des similitudes ont été montrées entre les séquences gag et LTR de deux bouquetins mâles d’un site avec celles d’un bouquetin femelle d’un site distant et l’étude temporelle des séquences gag chez les hybrides ont montré leur évolution du type chèvre vers le type bouquetin. L’ensemble de nos données montrent la première évidence de l’infection des bouquetins par les SRLV et suggère que ces virus pourraient constituer une population distincte circulant chez certains de ces ongulés sauvages
The small ruminant lentiviruses (SRLV) cause persistent infections in domestic sheep and goats worldwide. These viruses and other lentiviruses such as feline immunodeficiency and simian immunodeficiency show propensity for cross-species infection. Lentivirus passages between sheep and goats were demonstrated, however no related viruses have yet been described as indigenous in populations of wild small ruminants. In order to evaluate the risk of contamination of wild small ruminants by SRLV, we studied natural infection of wild ibexes interacting with local goat herds in French Alpes and of goat/ Ibex hybrids. The sequences of the gag gene from two positive ibexes, the hybrids and one of the local goats clustered into a coherent group with only 1 – 2% nucleotide difference, close to CAEV but more distant from MVV. LTR sequences confirm that the viruses studied belong to the CAEV grouped, but, unlike the gag sequences, the LTR sequences of the hybrids and ibexes group in a distinct branch, separate from the local caprine sequences and CAEV-Co. Similarities between the gag sequences from ibexes and hybrids and the sequences from one goat from the same site, suggest viral transfer between the domestic and the wild species has been previously described between goats and sheep. Futhermore, similarities were shown between ibex gag and LTR sequences from the two males from a site and those from a female from an other distant site and temporal study of the gag sequences from hybrids showed evolution from goat-like sequences towards ibex-like sequences. Together, our data show the first evidence of the presence of SRLV in ibexes and suggest that these viruses could constitute a distinct population circulating in some of these wild ungulates

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Bekondi, Claudine. "Aspects cliniques et épidémiologiques des infections à virus de l'hépatite B en République Centrafricaine." Thesis, Nancy 1, 2008. http://www.theses.fr/2008NAN10129/document.

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La population du virus de l’hépatite B (VHB) a été classée en huit génotypes allant de A à H. Des études récentes ont montré que le génotype E du VHB (VHB/E) prédomine sur un vaste territoire allant du Sénégal à l'Angola. La République centrafricaine (RCA) est située en zone de forte endémie où la prévalence de l’infection chronique par le VHB est estimée à 15,4% chez les adultes. Une étude menée chez 196 patients atteints d’hépatite B chronique a permis d’obtenir 66 séquences complètes ou partielles d’ADN des VHB. L’analyse phylogénétique a montré que 62 souches appartenaient au génotype E, une au génotype A1 et 3 au génotype D. Une souche était un recombinant des génotypes E/D. Comme dans la plupart des pays d’Afrique Sub-saharienne le génotype E du VHB prédomine nettement en RCA, avec une faible variabilité (1,67%) sur l’ensemble des souches du génotype E déjà décrites. Ces résultats sont en faveur d’une introduction récente du génotype E dans l’espèce humaine avec un essaimage rapide dans les populations concernées. Une origine simienne de ces souches est possible étant donné les identités de séquences entre l’ADN du VHB/E et l’ADN du VHB du chimpanzé. La deuxième partie du travail est une étude clinique et biologique chez 68 patients hospitalisés pour une suspicion de carcinome hépatocellulaire (CHC). Tous les patients recrutés (100%) étaient infectés par le VHB. L’échographie a permis de confirmer un CHC chez 43 patients et la cytoponction a permis un diagnostic de certitude chez 14 malades. L’antigène HBs (AgHBs) était présent chez 10 de ces 43 patients et 7 sur ces 10 étaient co-infectés par le VHD. La moyenne du dosage de l’alpha-foetoprotéine était de 10394 UI/mL. Chez les 25 autres patients, 21 avaient de l’AgHBs, parmi ceux-ci 11 étaient co-infectés par le VHD. La moyenne du dosage de l’AFP était de 9 UI/mL. Le CHC est donc fréquent en RCA et les patients consultent à un stade terminal de la maladie. Ce travail confirme aussi la relation entre VHB et CHC en RCA. Le VHD est associé aux formes graves d’hépatite B chronique. Les prélèvements de sérum et de lésions hépatiques qui ont été obtenus permettront par la suite d’étudier la variabilité du gène X et ses relations avec le CHC
Hepatitis B virus (HBV) strains have been classified into eight genotypes A to H. Recent studies have shown that the HBV genotype E (HBV/E) predominates in a vast crescent spanning from Senegal to Angola. The Central African Republic (CAR) is an endemic country for HBV infection and prevalence of chronic infection in adults is estimated to be about 15.4%. A survey of 196 patients attending local hospital with symptoms of hepatitis has permitted to obtain 66 complete or partial sequences of HBV DNA. Phylogenetic analyses have shown that 62 strains belonged to Genotype E while one was of genotype A1, and three of genotype D. One strain presented a recombination between genotypes E and D. Genotype E is thus predominant in RCA as in most Sub-Saharan countries. The variability of strains is limited not only among CAR strains but when all strains isolated so far are compared (1.67 %), suggesting a recent introduction of HBV in the human species with a rapid expansion. A simian origin of the genotype E is possible considering the DNA sequence identities with chimpanzee HBV DNA. The second part of this study is a clinical and biological survey of 68 patients attending the “Hôpital de l’Amitié” of Bangui for a suspicion of hepatocellular carcinoma (HCC). All the patients (100 %) have been infected by HBV. Echography confirmed the suspicion of HCC in 43 patients and cytopathology ascertained the diagnosis for 14 patients for whom cytoponction was feasible. Hepatitis B surface antigen (HBsAg) was present in 10 of these 43 patients, of whom 7 were co-infected with HDV. The average level of alpha-fetoprotein (AFP) was 10394 UI/mL. For the 25 other patients, HBsAg was detected in 21 of whom 11 were co-infected with HDV. Low level of AFP was observed (mean: 9UI/mL). This study shows that HBV related HCC is common in the country and that patients come to hospital late in the evolution of this disease. This study also confirms the association between HBV and HCC in CAR. HDV is associated with severe symptoms of hepatitis B. Serum and HCC lesions samples will be used to study variability of X gene and its relation with HCC

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Sivadon-Tardy, Valérie. "Analyse moléculaire des populations de Staphylococcus epidermidis associées aux infections ostéo-articulaires." Versailles-St Quentin en Yvelines, 2011. http://www.theses.fr/2011VERS0018.

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Dans une première étude prospective, nous montrons que Staphylococcus epidermidis est responsable de plus de 80% des infections sur prothèse ostéo-articulaire (IPOA) à staphylocoques à coagulase négative. Toutefois, la prévalence de cette espèce est également très forte parmi les isolats per-opératoires «non significatifs» et nous avons donc cherché à identifier des marqueurs de pathogénicité pertinents, en étudiant le polymorphisme du domaine d’ancrage de l’autolysine/adhésine AtlE et la présence de plusieurs marqueurs (mecA, icaA/D, IS256, « ACME »), en liaison avec le « ST » déterminé par MLST. L’appartenance au clone ST2, la présence de l’allèle 1 d’atlE, des gènes mecA, icaA/D, d’IS256 - mais pas celle de l’élément ACME - étaient significativement associées aux souches d’IPOA. Enfin, nous montrons par MLST et MLVA que les souches de sensibilité anormale aux glycopeptides appartiennent également à un nombre de STs relativement limité mais sont génétiquement diverses
In a first prospective distribution study, we show that Staphylococcus epidermidis accounts for more than 80% cases of prosthetic joint infections (PJIs) associated with coagulase negative staphylococci. However, the prevalence of this species is also very high among per-operative "non-significant" isolates. Thus we tried to identify relevant pathogenicity markers by studying polymorphism of S. Epidermidis autolysin/adhesin AtlE cell wall anchoring domain and the presence of several markers (mecA, icaA/D, IS256, « ACME »), in association with « ST » as determined by MLST. ST2, atle allele 1, mecA, icaA/D, IS256 - but not ACME - were significantly associated with PJIs strains. Finally, we show using MLST and MLVA that strains with abnormal susceptibility to glycopeptides belong to a limited number of STs but are genetically diverse

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Thévenot, Sarah. "Variations génétiques chez Helicobacter pylori au cours d'une infection expérimentale murine : rôle de la polyphosphate kinase dans la colonisation." Poitiers, 2002. http://www.theses.fr/2002POIT1802.

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Potvin, Eric. "Génomique fonctionnelle de Pseudomonas aeruginosa et analyse moléculaire fine d'un facteur sigma-anti-sigma." Doctoral thesis, Université Laval, 2007. http://hdl.handle.net/20.500.11794/19067.

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Pseudomonas aeruginosa est un pathogène opportuniste pouvant causer des infections pulmonaires chroniques chez les gens atteints de la Fibrose Kystique (FK). Pour réussir à s’implanter dans les voies respiratoires des patients FK, P. aeruginosa dispose d’un important arsenal de facteurs de virulence, dont la sécrétion de protéases, de lipases, de phospholipases ainsi que la production de toxines spécifiques. Le séquençage complet du chromosome de P. aeruginosa souche PAO1 (6.3 Mb) a révélé une organisation génomique hautement régulée. Dans le but de mieux comprendre l’interaction hôte-pathogène, nous avons utilisé la technique de mutagenèse à étiquette (STM). La STM a permis d’isoler 214 mutants incapables de maintenir l’infection pulmonaire chronique chez le rat. Parmi ceux-ci, le mutant STM2895, contenant un transposon dans le gène PA2895, a été retenu pour des analyses plus approfondies. L'étude phénotypique de STM2895 a permis de constater un défaut dans la production d’exoprotéases lorsque comparé à la souche sauvage PAO1. La caractérisation biochimique de ce défaut, utilisant des tests de dégradation spécifiques et l’immunobuvardage, a démontré qu’au moins deux des quatre protéases majeures sécrétées par P. aeruginosa sont impliquées. En effet, les élastases LasA et LasB ont été démontrées non fonctionnelles probablement dues à un problème de repliement. PA2895, une protéine possédant un domaine transmembranaire prédit, ne code pour aucune fonction connue, mais il est co-transcrit avec le gène PA2896, un facteur sigma putatif de type ECF (extracytoplasmic function). Des analyses en transcriptome sur le mutant STM2895, ainsi que sur un mutant de délétion de PA2896, ont permis de lier l’opéron au métabolisme du fer. De plus, des études in vivo dans le modèle d’infection pulmonaire chronique chez le rat ont clairement démontré que le mutant STM2895 est incapable de se maintenir dans l’hôte au même niveau que la souche sauvage PAO1. Le gène PA2895 est donc essentiel au maintien in vivo de P. aeruginosa dans le poumon de rat.
Pseudomonas aeruginosa is an opportunistic pathogen that can cause pulmonary infections in cystic fibrosis patients (CF). To overcome innate self defense, P. aeruginosa possesses a wide arsenal of virulence factors. These include degradation enzymes such as proteases, lipases and phospholipases and the production of three specific toxins: exotoxin A and exoenzymes S and T. Sequencing of the complete P. aeruginosa chromosome (strain PAO1) of 6.3 Mb revealed a highly regulated and complex genomic organization. In order to better understand host-pathogen molecular interactions, we developped a new signature-tagged mutagenesis (STM) approach based on PCR screening. The PCR-based STM technology lead to the identification of 214 mutants deficient in their ability to maintain a chronic pulmonary infection in the rat lung. In that pool of STM mutants, STM2895, which contains a transposon insertion in functional PA2895, was the most frequently drafted during the whole mutant library screening. Phenotypic analyses of the STM2895 strain allowed us to identify an exoprotease production defect as compared with wild type strain PAO1. The biochemical characterization of that proteolytic default using specific degradation assays combined with western blotting revealed that at least two (LasA and LasB) of the four major exoproteases from P. aeruginosa STM2895 strain are inactive. In fact, LasA and LasB elastases were shown to be present in the STM2895 culture supernatant, correctly processed but inactive due to a probable misfolding of proteins. The PA2895 gene (unknown function) encodes a protein with a predicted transmembrane domain. Basic genomic context analyses strongly suggest a cotranscription unit with the downstream gene PA2896, a putative sigma 70 factor from ECF (extracytoplasmic function) type. Microarray experiments on the STM2895 strain and an insertional mutant of the PA2896 gene were performed to establish a link between the putative PA2895-PA2896 operon and the metabolism of iron. Transcriptome analysis also demonstrated a repressive action of PA2895 on the transcription of PA2896 putative sigma factor. Finally, in vivo studies in the rat lung chronic infection model clearly showed a ten-fold decrease in survival capacity of the mutant strain when compared to the PAO1 wild-type strain.

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Champoiseau, Patrice. "Xanthomonas Albilineans, l'agent causal de l'échaudure des feuilles de la canne à sucre : caractérisation et variabilité des bases génétiques du pouvoir pathogène : en guadeloupe et dans le monde." Antilles-Guyane, 2006. http://www.theses.fr/2006AGUY0147.

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Le pouvoir pathogène de xanthomonas albilineans a au moins trois composante: la production d'une toxine appelée albicidine,l'induction des symptomes foliaires et la colonisation de la tige de canne à sucre. En se basant sur les gènes impliqués dans la biosynthèse de l'albicidine, deux groupes génétiques majeurs (ALB-RFLP571 A et ALB-RFLP571 B) ont été caracérisé par RFLP chez 139 souches de x. Albilineans d'origine géographiques diverses. Aucune relation n'a été n'a été mise en évidence entre ces deux groupes génétiques et les groupes de pathogénie identifiés parmi 21 souches de x. Albilineans représentative de la variabilité génétique de cet agent pathogène. Ces résultats suggerent que la variabilité du pouvoir de x. Albilineans est liée à d'autres facteurs que l'albicidine. Deux groupes génétiques majeurs ont été identifiés par AFLP parmi 19 souches de l'agent pathogène originaires de Guadeloupe qui sont très proches génétiquement, mais qui ont des pathogènies très variables. Aucune relation entre cette variabilité génétique et la variabilité du pouvoir pathogène de x. Albilineans n'a été trouvée. Par ailleurs, trois gènes potentiellement impliqué dans la pathogène de cette bactérie (PILB, RPFA et XPSE) ont été amplifiés par PCR. La séquence nucléotidique de ces gènes était 100% identique chez neuf souches de x. Albilineans à pathogène variable. Des études phygénétiques basées sur les séquences de ces trois gènes ont permis de placer x. Albilineans sur la route de l'évolution entre le groupe x. Campestris et xylella fastidiosa,une autre bactérie phytopathogène du xylème
Pathogenicity of xanthomonas albilineans relies on at least three components: production of a toxin called albicidin,incitation of symptoms on leaves and colonization of the sugarcane stalk. Based on albicidin biosynthesis genes,two major genetic groups(ALB-RFLP571 A and ALB-RFLP571 B) were caracterized by RFLP with 139 strains of x. Albilineas from different geographical areas. No relationship was found between these two genetic groups and pathogenecity groups identified among 21 strains of x. Albilineans representative of the genetic variability of this patogen. These results suggested that variability in pathogenicity of x. Albilineans was associated to other factors than albicidin. Two major genetic groups were identified by AFLP among 19 genetically closely related strains of the pathogen from Guadeloupe,and that differed in pathogenicity. No relationship between this genetic variability and variability in pathogenecty of x. Albilineans was found. Additionally,three genes potentially involved in pathogenicity of this pathogen(PILB,RFPA and XPSE) were amplified by PCR. Nucleotidic sequence of these genes was 100% identical for nine strains of x. Albilineans varying in patogenicity. Phylogenetic studies based on the sequences of these three genes revealed that x. Albilineans was on an evolution road between the x. Campestris group and xylella fastidiosa,another xylem invading pathogen

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Léonard, Guy. "Les infections par les virus HIV-1 et HIV-2 en Afrique de l'Ouest : Etudes épidémiologiques, sérologiques et détection génomique après amplification génique." Limoges, 1992. http://www.theses.fr/1992LIMO0169.

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Les virus hiv circulent en afrique de l'ouest, notamment en cote d'ivoire ou, depuis 1986, nous avons entrepris une etude epidemiologique avec suivi des prevalences, revelant une augmentation au cours du temps dans tous les groupes etudies (femmes enceintes 1986: 3,5%, 1990: 6%) principalement due au virus hiv-1, la prevalence hiv-2 etant stable. Dans des groupes isoles (lepreux), elles restent basses a l'inverse du htlv. Nous avons evalue differents tests commerciaux de depistage des anticorps anti hiv. Une etude, sur 43 serums hiv-2, a montre une sensibilite variant de 28% a 93% (antigenes hiv-1) et de 98% (antigenes hiv-2). Un autre test (antigenes recombinants des deux virus) a montre une sensibilite, sur 7225 serums, de 99,5% (serums hiv-2) a 99,7% (serums hiv-1) et une specificite proche de 100%. De plus, des tests utilisant des peptides de synthese ont montre une specificite (98,4% a 98,6%) comparable a celle des tests commerciaux (97,8% a 99,8%). Les etudes epidemiologiques avaient montre des reactivites doubles hiv-1+hiv-2 dans tous les groupes etudies. La serologie ne permettant pas de distinguer entre hiv-1 et hiv-2, nous avons recherche des sequences genomiques par amplification genique sur les lymphocytes de 40 patients. A partir de 4 des 11 doubles profils obtenus, la presence simultanee de sequences des deux virus a ete revelee alors que, dans les autres cas, seules des sequences hiv-1 (3 cas) ou des sequences hiv-2 (2 cas) ont ete detectees. L'amplification genique apparait indispensable pour interpreter ces doubles profils correspondant, dans un tiers des cas environ, a une double infection, les autres cas pouvant etre dus a des reactions croisees sous reserve d'etudes complementaires qui permettraient de conclure formellement

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Breitler, Jean-Christophe. "Transfert de gènes synthétiques de alpha-endotoxines de "Bacillus thuringiensis" dans des riz (Oryza sativa L. ) transgéniques par biolistique. Amélioration de la technique de transformation génétique et exploration de stratégies d'expression à spécificité tissulaire et inductible par blessure." Montpellier 2, 1999. http://www.theses.fr/1999MON20153.

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Les ravageurs les plus destructeurs, auquels la riziculture irriguee se trouve confrontee, sont les lepidopteres foreurs de tiges. Ils causent a eux seuls des pertes annuelles evaluees a plus de 10 millions de tonnes, et des ravages ponctuels pouvant entrainer de 60 a 90% de perte de la recolte. Bien que differentes methodes de lutte contre ces ravageurs soient pratiquees a travers le monde, aucune n'est reellement satisfaisante. La production de molecules entomopathogenes, comme les -endotoxines de bacillus thuringiensis constitue, a ce jour, la methode la plus efficace de protection du riz contre les lepidopteres foreurs des tiges. Ce travail de these avait pour objectifs de caracteriser deux promoteurs inductibles par blessure et un promoteur a specificite tissulaire puis d'etudier l'expression de differentes toxines sous controle de ces differentes sequences promotrices dans des riz transgeniques et de comparer le niveau de protection apporte par chaque strategie d'expression. L'analyse fonctionnelle du promoteur des genes mpi (maize protease inhibitor) et hrgp (hydroxy-rich glycoprotein) a permis de determiner les regions responsables de leur inductibilite par blessure dans des riz transgeniques. L'analyse fonctionnelle du promoteur bidirectionnel du msv (maize streak virus), dans son orientation (-), a permis de confirmer sa specificite pour le systeme vasculaire de riz transgeniques. Les genes cry1aa, cry1ac et cry1b de bacillus thuringiensis, sous controle de promoteurs constitutifs forts ou inductible par blessure, ont ete introduites dans le riz par biolistique. Les resultats obtenus ont demontre que des riz transgeniques exprimant une toxine sous controle du promoteur inductible par blessure du gene mpi, pouvaient presenter une resistance totale aux insectes foreurs de tige. Les differentes lignees produites ont ete analysees en details par western blot, au cours du developpement des plantes et dans differents organes. L'absence de detection de la toxine cry1b, sous controle du promoteur mpi, dans le pollen et l'albumen des grains, confere a ce promoteur un avantage consequent par rapport aux promoteurs constitutifs forts. Face a l'ampleur des phenomenes d'extinction des transgenes, mise en evidence lors des experiences de transformation genetique, plusieurs etudes ont ete entreprises dans le but de caracteriser ces phenomenes, et dans un second temps, d'ameliorer la methode de transformation genetique du riz par biolistique. Le progres le plus significatif a ete obtenu en mettant au point un protocole de transformation genetique par biolistique permettant de ne plus transferer de sequences d'adn bacterien du vecteur dans le genome des plantes.

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Pronost, Stéphane. "Apports des outils de génétique moléculaire à la connaissance de deux infections virales du cheval : herpèsvirus équin 1 et artérite virale équine." Caen, 2010. http://www.theses.fr/2010CAEN3120.

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De nombreux virus sont responsables de maladies chez le cheval et peuvent entraîner des épizooties et des entraves aux échanges commerciaux. Parmi ceux-ci l’herpèsvirus 1 et le virus de l’artérite virale équine sont particulièrement surveillés. Des méthodes de détection et de caractérisation moléculaires ont été développées. Nous avons étudié la relation entre les différentes formes d’expression clinique des infections à HVE-1 et le génotype des souches circulant en France. Nous avons ainsi pu confirmer que l’HVE 1 était un des pathogènes abortifs majeurs et qu’il pouvait également être responsable de formes neurologiques sporadique ou épidémique. L’étude par SNP-PCR de la présence de la mutation A/G2254 de l’ORF30 codant l’ADN polymérase a montré que des souches dites «non neuropathogènes» pouvaient être détectées lors de formes paralytiques et qu’à l’inverse des souches dites « neuropathogènes» étaient détectées lors de formes abortives. Ceci suggère l’intervention d’autres facteurs liés au cheval et à son environnement dans l’expression des formes de la maladie. La caractérisation, par analyse phylogénétique des ORF2a à 7, des souches françaises du virus de l’artérite virale, a permis de montrer l’apparition en France d’une souche de type nord américain en 2003. L’épizootie d’artérite virale équine de l’été 2007 décrite dans ce travail a montré qu’une souche Européenne du sous-groupe 2, particulièrement virulente, était responsable de la mort de sept chevaux et d’un avortement. Les perspectives consistent en une approche du séquençage complet du génome d’HVE-1 et une étude phylogénétique d’autres souches d’intérêt pour l’AVE afin de déterminer l’origine de l’épizootie
Many viruses are responsible of equine pathologies and may involve both outbreaks and trade limitations. Among them, equid herpesvirus -1 (EHV-1) and equine arteritis virus (EAV) are monitored closely. Methods of detection and molecular characterisation were developed. We investigated the relationships between the different clinical expressions of EHV-1 infection and genotype of the strains being present in France. We could confirm EHV-1 being both a major abortive agent and also responsible of either sporadic or epidemic neurological diseases. Determining by SNP-PCR the presence/absence of mutation A/G2254 in ORF 30, coding for DNA polymerase, allowed to precise that non-neuropathogenic strains could be detected during paralytic forms, and conversely, neuropathogenic strains could be detected during abortive forms of the disease. This suggests that other factors related to horse and environment also are interfering with the clinical expression of the syndrome. Characterisation of the French strains of EAV, by phylogenetic analyses of ORF 2a-7, allowed demonstrating the emergence in 2003 of a North American strain. The outbreak of equine viral arteritis being described in this paper, revealed an European strain from subgroup 2 (highly virulent) to be responsible of one abortion and death of seven horses. Perspectives are based on the complete sequencing of EHV-1 genome as well as phylogenetic study of other EAV strains in order to determine the origin of the outbreak

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Béguier, Éric. "Intérêt de l'amplification génique dans le diagnostic des infections à entérovirus : évaluation multicentrique et utilisation en routine." Bordeaux 2, 1997. http://www.theses.fr/1997BOR2P019.

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Raymond, Frédéric. "Bio-informatique pour la génomique et le diagnostic des maladies infectieuses." Thesis, Université Laval, 2011. http://www.theses.ulaval.ca/2011/28218/28218.pdf.

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Le séquençage du génome d’un microorganisme est un jalon important dans l’étude de sa biologie. Quel que soit cet organisme, les outils bio-informatiques nécessaires pour comprendre son génome et le comparer aux autres génomes séquencés seront similaires. Dans cette thèse, l’ADN génomique de parasites et de virus est mis à profit afin de mieux comprendre ces microorganismes. Dans un premier temps, le parasite protozoaire Leishmania est étudié par transcriptomique et par génomique comparative afin de mieux comprendre son infectivité, sa résistance aux antiparasitaires et son mode de vie dimorphique. Ce parasite alterne entre le stade flagellé (promastigote) et le stade intracellulaire aflagellé (amastigote). Afin de faciliter l’analyse par biopuces du transcriptome de Leishmania, un système de gestion et d’analyse de données de biopuces a été conçu. Quatre études utilisant ce système sont présentées sommairement et leurs implications sont discutées. Deuxièmement, le génome de l’espèce Leishmania (sauroleishmania) tarentolae, qui n’est pas pathogène pour l’humain, a été séquencé et comparé à trois espèces infectant l’homme. Cette étude a montré que, même si peu de gènes différencient les espèces, L. tarentolae possède moins de gènes associés au stade amastigote que les autres espèces. Deux familles de gènes ont été trouvées en nombre de copies élevées chez L. tarentolae : GP63 et PSA31C. Ces résultats permettent une meilleure compréhension de la biologie de L. tarentolae et de la virulence des autres espèces de Leishmania. Dans un deuxième temps, les séquences des génomes de virus respiratoires disponibles dans les bases de données publiques ont été analysées pour créer un test diagnostique permettant la détection et l’identification de 25 types de virus respiratoires, dont la grippe A (H1N1) responsable de la pandémie de 2009 et la grippe aviaire A (H5N1). Le test a été validé avec des échantillons de laboratoire et avec des échantillons cliniques. Même si l’étude du parasite Leishmania était indépendante de celle des virus respiratoires, les approches utilisées pour ces deux projets étaient similaires. Ainsi, la bio-informatique est un outil essentiel en microbiologie, car elle est indispensable pour résoudre des problèmes de diverses natures chez des organismes différents.
Sequencing a genome is a milestone in the study of an organism. Bioinformatics allow both to better understand single organisms and to compare them to related species through comparative genomics. This thesis centers on the idea that genome sequence of parasites and viruses can be used in various ways to better understand these microorganisms. Transcriptomics and comparative genomics were used to study the protozoan parasite Leishmania in order to better understand its virulence, its resistance to antiparasitic drugs, and its dimorphic life-cycle, which includes a flagellated free form named promastigote and an aflagellate intracellular form named amastigote. In order to study gene expression in Leishmania, an integrated management and analysis system was created, along with protocols designed for Leishmania microarrays analysis. Four studies using this system are briefly described. In another study, the genome of Leishmania (sauroleishmania) tarentolae, a lizard parasite, was sequenced and compared to human pathogenic Leishmania species. This study showed little difference between the Leishmania species, although L. tarentolae seems to contain less genes associated to the amastigote life-cycle, including the amastin gene. Two gene families were highly expanded in L. tarentolae: the surface metalloprotease GP63 and the promastigote antigen protein PSA31C. These results provide a better understanding of L. tarentolae biology and give insights on the genes involved in virulence in pathogenic Leishmania species. The second part of this thesis concerns the creation of a molecular diagnostic assay for the detection and identification of 25 respiratory virus types, including the influenza A/H1N1 pandemic strain and the avian influenza A/H5N1 strain. This assay was created by analyzing genome sequences available from public repositories and it was afterwards tested on laboratory and clinical virus strains. Although Leishmania and respiratory viruses are distantly related, the approaches used in both projects were similar. Thus, bioinformatics is an essential and ubiquitous science that allows to solve problems in different areas (“omics”) of biology.

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