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Дисертації з теми "Implicative structure"
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Copot, Maria-Sorina. "The paradigmatic organisation of morphological knowledge." Electronic Thesis or Diss., Université Paris Cité, 2023. http://www.theses.fr/2023UNIP7094.
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Cette thèse porte sur les relations implicatives fines qui soudent les paradigmes, et sur leur rôle dans la structure du lexique mental. Elle commence par un aperçu des concepts clés tels que les paradigmes, les relations implicatives fines, la mémoire et la prédictibilité, puis présente cinq articles sur le sujet, qui s'appuient sur des méthodes relevant de la linguistique de corpus, la linguistique expérimentale et la linguistique computationnelle. "Behavioural evidence for implicative paradigmatic relationships" montre que les locuteurs sont conscients des relations implicatives dans le système flexionnel de leur langue, et examine la relation entre la prédictibilité paradigmatique et la fréquence. "Baseless derivation : the behavioural reality of derivational paradigms" présente des résultats expérimentaux soutenant l'hypothèse selon laquelle les paradigmes dérivationnels sont également structurés par des relations implicatives. "Idiosyncratic frequency as a measure of derivation vs. inflection" opérationnalise l'affirmation selon laquelle la flexion relie des mots appartenant au même lexème et la dérivation relie des mots appartenant à des lexèmes différents, et place les procédés morphologiques du français sur le continuum flexion-dérivation, sur la base d'une mise en œuvre quantitative de ce critère de distinction. "Defectiveness in French as a product of prescriptivism" explore la relation entre la défectivité et les constructions stigmatisées, apportant des arguments pour soutenir que les locuteurs évitent les mots défectifs pour des raisons en partie sociolinguistiques. "A word-and-paradigm workflow for fieldwork annotation" présente un outil pour l'analyse morphologique et l'annotation des langues sous-documentées basé sur la morphologie mot-et-paradigme, qui permet d'impliquer plus facilement la communauté des locuteurs de la langue dans le processus de documentation. Les articles sont suivis d'une discussion soulignant les thèmes communs entre eux et les futures directions de rechercheThis thesis is about the fine implicative relationships that hold paradigms together, and their role in the structure of the mental lexicon. It starts with an overview of key concepts such as paradigms, fine implicative relationships, memory and predictability, and subsequently features five articles on the subject, relying on methods from corpus, experimental and computational linguistics. "Behavioural evidence for implicative paradigmatic relationships" shows that speakers are aware of and make use of implicative relations in their inflectional system, and examines the relationship between paradigmatic predictability and frequency. "Baseless derivation: the behavioural reality of derivational paradigms" presents experimental evidence in favour of the hypothesis that derivational paradigms are also structured by implicative relationships. "Idiosyncratic frequency as a measure of derivation vs. inflection" operationalises the statement that inflection links words belonging to the same lexeme and derivation links words belonging to different lexemes, and places morphological processes of French along the inflection-derivation continuum based on a quantitative implementation of this criterion for the distinction. "Defectiveness in French as a product of prescriptivism" explores the relationship between defectiveness and stigmatised constructions, finding evidence in favour of the hypothesis that speakers avoid defective words for partly social reasons. "A word-and-paradigm workflow for fieldwork annotation" outlines a tool for the morphological analysis and annotation of underdocumented languages based on word-and-paradigm morphology, which makes it easier to involve the community of speakers of the language in the process of documentation. The articles are followed by a discussion outlining common themes between them, and future research directions
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Domenach, Florent. "Structures latticielles, correspondances de Galois contraintes et classification symbolique." Paris 1, 2002. http://www.theses.fr/2002PA010020.
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La thèse se situe dans le domaine de l'analyse latticielle de données dans la situation, très générale, où des objets de nature diverse sont décrits par des variables de types divers; on fait simplement l'hypothèse (réaliste) selon laquelle chaque variable prend ses valeurs dans un treillis. Les problèmes de traitement de telles données (extraction de connaissance) reviennent souvent à chercher à obtenir des familles de Moore de type particulier, par exemple arborescent, et donc à imposer des contraintes structurelles. Dans ce cadre, nous étudions d'abord les familles de Moore particulières que sont les hiérarchies, dont nous caractérisons la base canonique d'implications. Pour ce faire, nous introduisons un nouveau type de relations binaires sur les parties d'un ensemble, appelées relations d'emboîtement. Nous les mettons en correspondance bi-univoque avec les familles de Moore quelconques, leur lien avec l'une des relations flèche, et revenons sur leurs propriétés dans le cas hiérarchique, où elles sont d'abord apparues. Dans une seconde partie, nous nous intéressons à la correspondance de Galois associée à un tableau binaire (auquel les données du type indiqué ci-dessus peuvent toujours être ramenées). Nous examinons alors les contraintes à imposer à un tableau binaire pour que les fermés obtenus appartiennent à des familles de Moore prescrites, ou de type voulu. On obtient alors des relations binaires dites bifermées. Étant donnés deux espaces de fermeture (E, cp) et (E', cp'), une relation est bifermée si toute ligne de sa représentation matricielle correspond à un fermé par cp, et toute colonne à un fermé par cp'. Nous établissons l'isomorphisme entre l'ensemble des relations bifermées et celui des correspondances de Galois entre les deux treillis de fermés induits par cp et cp'. Dans le cas fini, on en déduit des algorithmes efficaces pour l'ajustement d'une correspondance de Galois à une application quelconque entre deux treillis, ou pour le calcul du supremum de deux polarités. Dans une troisième partie, nous appliquons les résultats précédents à l'étude de l'introduction de contraintes classificatoires sur un tableau de données. Nous revenons sur divers usages des correspondances de Galois (ou des couples application résiduée / résiduelle) dans les modèles et les méthodes de la classification. Ceux-ci sont revisités dans l'optique d'une présentation unifiée fondée sur les bifermées, et, en prenant en compte les résultats de la première partie, des voies sont tracées pour la définition de nouvelles méthodes. Ces parties sont précédées d'une synthèse sur les treillis et les correspondances de Galois.
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PARFAIT, COPALU BEATRICE. "Implication des genes nucleaires de structure dans les maladies mitochondriales." Paris 7, 1999. http://www.theses.fr/1999PA077190.
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Ce travail a porte sur l'implication possible du genome nucleaire dans les deficits de la chaine respiratoire. La premiere partie de ce travail a consiste a determiner l'origine genetique des deficits en cytochrome c oxydase (cox). Nous avons ainsi exclu l'implication du genome mitochondrial chez 18 patients presentant un deficit isole en cox. Cette etude, extremement importante pour le conseil genetique, permet d'abaisser le risque de recurrence de la maladie a 1/4 dans la fratrie des patients atteints de deficits isoles en cox. La deuxieme partie de ce travail a consiste a rechercher la presence de copies nucleaires de l'adn mitochondrial (adnmt) afin d'ameliorer le diagnostic moleculaire des maladies mitochondriales. La proportion de molecules mutees d'adnmt joue un role crucial dans l'expression de la maladie et la presence de ces copies pourrait entrainer une quantification erronee de ces molecules. Avant toute recherche et quantification de mutations de l'adnmt, nous proposons de tester la specificite des oligonucleotides utilises en utilisant l'adn de cellules rho o depourvues d'adnmt. Le troisieme volet de mon etude a consiste a etudier les bases moleculaires des deficits en succinate deshydrogenase (sdh), enzyme de la chaine respiratoire et du cycle de krebs. Nous avons determine la structure des deux copies du gene de la flavoproteine (fp) de la sdh et montre qu'une seule d'entre elles est active. Nous avons etudie la region promotrice du gene fp et caracterise des sites potentiels de liaison de facteurs transactivateurs. Nous nous sommes ensuite attaches a caracteriser l'existence d'une co-regulation de l'expression des 4 genes du complexe ii dans differents tissus. Enfin, nous avons etudie le deficit en sdh chez trois patients et les bases moleculaires du deficit ne sont clairement etablies que pour l'un d'entre eux. Cette etude suggere l'implication d'autres genes, encore inconnus chez l'homme, ayant un role dans la biogenese ou l'assemblage du complexe ii.
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Herga, Sameh. "Relation structure-fonction de l'acylase I et de l'aspartoacylase : implication pathologique." Aix-Marseille 3, 2006. http://www.theses.fr/2006AIX30022.
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Les acylases sont des enzymes qui hydrolysent des acylaminoacides, libérant un aminoacide libre et une fonction acyle. En fonction de la spécificité de substrat, elles sont représentées par plusieurs types. Nous nous sommes intéressés à l’acylase de type I de rein de rat (rr-ACYI), à l’acylase I humaine (ACYIh) et à l’aspartoacyalse humaine (ASPh). Pour nos études les enzymes ont été exprimées sous forme de protéines recombinantes en utilisant le système procaryote E. Coli. Nous avons montré qu’aucune cystéine n’est impliquée dans la catalyse enzymatique de l’rr-ACYI et que D82 retrouvé dans le motif H80xD82x’ permet la protonation de H80 impliquée dans la coordination d’un des atomes de zinc. Par la suite nous avons décrit pour la première fois une nouvelle maladie métabolique très certainement consécutive à l’absence d’une activité ACYIh. Par mutagenèse dirigée nous avons montré que la mutation R353C observée chez le patient était responsable de la perte d’activité qui pourrait être en relation directe avec le faible taux d’ ARNm détecté. Enfin, l’étude menée sur l’ASPh, responsable de la maladie de Canavan, montre que cette protéine est une métalloenzyme à zinc catalytique et non pas une enzyme à sérine. Les acides aminés H21, E24 et H116 ont été caractérisés comme étant impliqués dans la coordination du métal et se trouvant au voisinage de E178 qui est le résidu catalytiqueAcylases are enzymes which hydrolyze acylamino acids releasing a free amino acid and an acidic group. Different types have been described according to the substrate. We studied kidney rat acylase I (rr-ACYI), human acylase I (ACYIh) and human aspartoacylase (ASPh). The proteins were expressed as recombinant proteins using the E. Coli prokaryotic system. We showed that any cysteine residue was implicated during the catalysis phenomenon and that D82 belonging to the H80xD82x’ motif is to ensure a proper protonation of H80 residue implicated in zinc coordination. For the first we described a novel inborn error of metabolism with ACYIh deficiency. By site-directed mutagenesis, we have demonstrated that R353C mutation observed in the patient was responsible for enzyme deficiency, in correlation with mRNA level. Finally, we confirmed that ASPh, an enzyme involved in the Canavan disease, is a zinc metalloenzyme. H21, E24 and H116 were characterized as amino acids implicated in the metal coordination and that are in the vicinity of the catalytic E178
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Jouny, Julien. "Le parrainage sportif en PME PMI : de l'émergence d'un processus d'identification à l'évolution de la satisfaction au travail et l'implication organisationnelle des employés." Thesis, Université de Lorraine, 2014. http://www.theses.fr/2014LORR0312.
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Depuis près de quarante ans, la recherche sur le parrainage s’inscrit dans la mouvance d’un phénomène qui ne cesse de se développer. A ce jour, plus de 55 milliards de dollars sont consacrés dans notre monde à cette pratique (Kantar, 2014). La France n’est pas en reste avec près de 2 milliards d’euros d’investissement en 2013 (FPI, 2014). Le parrainage sportif représente la majeure partie de ces dépenses, ce qui en fait l’un des secteurs les plus dynamiques de l’activité de communication marketing. La recherche porte principalement sur son impact externe (spectateurs, consommateurs,…) dans le cadre du parrainage d’entités ou d’événements sportifs au fort potentiel marketing (Jeux Olympiques, Championnats du Monde, clubs professionnels…) par de grandes entreprises. Le terrain des PME-PMI s’avère peu investi. De même, peu de recherches relatives aux conséquences de cette pratique sur le public interne du parrain ont vu le jour. Notre travail met en relief les effets de ce type de parrainage sportif sur le public interne des PME-PMI. Cette recherche base sa réflexion sur la problématique suivante : Le parrainage sportif à faible potentiel marketing et commercial par une PME-PMI engendre-t-il des effets sur les employés du parrain ?Nous développons notre réflexion autour de cette question en trois temps. Premièrement, nous précisons respectivement l’intérêt théorique et managérial de cette recherche. Une revue de la littérature sur la thématique du parrainage et du parrainage sportif est proposée. Celle-ci permet d’ériger notre définition du concept principal mobilisé dans ce travail. Puis, une étude qualitative réalisée auprès de 18 dirigeants de PME-PMI parrain confirme l’intérêt managérial du sujet et l’impact possible du parrainage sportif sur le public interne. Deuxièmement, nous réalisons une étude qualitative auprès de 16 employés de PME-PMI parrain sportif. A partir de leur discours, nous développons une data-structure qui met en relief un processus d’impact du parrainage sportif affectant leur identité organisationnelle. De plus, des effets notoires sur leur satisfaction au travail et leur implication organisationnelle sont identifiés. Troisièmement, nous confirmons l’existence de ces effets à travers une troisième étude, de nature quantitative, réalisée auprès de 421 employés de 41 PME-PMI parrains sportifs. Suite aux résultats obtenus, nous indiquons la relative méconnaissance et inexploitation du potentiel du parrainage sportif au sein de ces entreprises. Des lors, d’un point de vue managérial, cette recherche souligne les conditions optimales à mettre en place afin d’utiliser efficacement le parrainage sportif à faible ampleur marketing et commercial en tant que moyen de communication interne au sein des PME-PMIOver the last 40 years, research on sponsorship has been growing, and so have investments in this communication instrument. Today, worldwide sponsorship investments exceed 55 billion US Dollars (Kantar, 2014), while investments in France total more than two billion Euros (FPI, 2014). Roughly two thirds of these investments concern the area of sport making sport sponsorship one of the most dynamic fields of marketing communication. In the past, research has focused mainly on the impact of sponsorship on the external targets of the sponsor, typically analyzing large multinational companies supporting large scale events with high marketing potential (Olympic games, Soccer World championships, auto racing, etc.). Very few studies have targeted the use sponsorship by SMEs. Moreover, there is a lack of research on the internal consequences of this practice. Our study focuses on the effects of sport sponsorship on the internal public of SMEs by addressing the following question: How do employees of SMEs perceive the little-mediated sponsorship activities of their employers and how are they impacted by them?This work is structured in three parts. First, a literature review about sport sponsorship highlights the theoretical and managerial interests of the research and proposes a definition of sport sponsorship. A qualitative study conducted on 18 directors of SME confirms the managerial interest of this research and sheds light on the potential impact of sport sponsorship on the internal public of this kind of company. Second, based on a qualitative study on 16 employees of SMEs, a data-structure is developed which allows to grasp the organizational identification processes that result from sponsorship activities, and the effects of these activities in terms of job satisfaction and organizational commitment. In a third part, the existence of these effects is further analyzed through a quantitative survey upon 421 employees of 41 different SMEs sponsors. Overall, results show the lack of awareness and the quite confidential use of sport sponsorship within these organizations. From a managerial perspective, our research highlights the optimal conditions required to make effective use of sport sponsorship with minor marketing and sales potential by SMEs
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Nishimura, Ikuo. "Energy conservation implication through polynucleated city structure : reorganization of U.S. suburbs." Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 1993. http://hdl.handle.net/1721.1/69312.
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Monk, Nicholas Alexander M. "Algebraic structures in the light of the implicate order." Thesis, Birkbeck (University of London), 1994. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.311634.
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Méphon-Gaspard, Alix. "Structure et dynamique des fagots de microtubules : implication de la protéine Tau." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLE061/document.
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Le long de l’axone d’un neurone mature, les microtubules (MTs) sont organisés en faisceaux parallèles et orientés. Cette géométrie devrait en théorie favoriser la formation de fagots serrés de MTs par encombrement macromoléculaire au sein de l’axoplasme (distance interMT < 5 nm). Or, des images de coupes d’axones obtenues par microscopie électronique ont révélé qu’ils y étaient bien séparés (distance interMT ≈ 75 nm). Dans la littérature, cette singularité pourrait s’expliquer par la présence de Tau, une protéine associée aux MTs. Cependant, l’effet de Tau sur l’organisation de MTs est encore sujet à controverse et deux modèles antagonistes ont été proposés. Le premier modèle avance que le domaine de projection de Tau connecte les MTs tout en les maintenant espacés en formant des ponts d’origine électrostatiques, à l’inverse du second qui explique l’espacement des MTs par un effet de « polymer brush » dû à la présence de Tau à la surface du MT. Afin d’éclairer la fonction de Tau dans l’organisation des MTs, nous avons combiné des approches expérimentales à différentes échelles, in vitro et in cellulo, avec des données issues de la modélisation analytique et numérique. Les résultats obtenus nous ont permis de proposer un modèle alternatif où la protéine Tau formerait des ponts transitoires. Ces derniers permettraient de maintenir les MTs suffisamment éloignés les uns des autres afin d’éviter l’effet de forces attractives à courte portée qui déclencheraient une mise en fagot irréversible des MTs. Enfin, notre modèle tient compte de la faible densité de Tau sur la surface des MTs axonaux. En effet, même à un bas ratio molaire Tau : Tubuline, Tau permet de garder les MTs éloignés les uns des autres grâce à la mobilité relative de Tau sur les MTsIn mature neurons, axonal microtubules (MTs) are arranged in parallel arrays. Interestingly, even though both macromolecular crowding and their parallel orientation should force the formation of tightly packed bundles, they remain well separated. For decades, Tau, a microtubule-associated protein, has been implicated in this unique organization of axonal MTs. However, Tau properties still remain controversial as two antagonist models of interaction with MTs exist. Tau projection domains are either thought to connect MTs by forming electrostatic cross-bridges or to repulse them via a polymer brush mechanism. To gain a comprehensive view of Tau function, we then performed in vitro and in cells experiments, combined to analytical and mathematical modelling. We also reviewed the data traditionally used to support the cross-bridging and the polymer brush models and compared them with our interdisciplinary approach. Taken together, these results are indicating that tau can form transient and long-range cross-bridges at the interface between microtubules. These cross-bridges could prevent short-range attractive interactions that trigger an irreversible microtubule bundling. Finally, our model explain how MTs are kept apart at very low Tau:Tubulin molar ratio thanks to tau diffusion on microtubules
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Paban, Véronique. "Implication de la vasopressine dans la mémoire : recherche des structures cibles." Aix-Marseille 1, 1997. http://www.theses.fr/1997AIX11068.
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Ce travail aborde l'etude de l'implication d'un neuropeptide, l'arginine 8-vasopressine (avp) dans les processus d'apprentissage, de memorisation et de rappel, au travers de la structure hippocampique. En effet, l'hippocampe, largement implique dans la memoire, constitue l'une des principales cibles par laquelle l'avp modulerait les comportements appris. Ainsi, nous avons montre chez la souris qu'un apport exogene d'avp au niveau de l'hippocampe facilite les processus de memorisation et de restitution mnesique dans une epreuve de discrimination visuelle, a partir du moment ou la quantite et/ou la qualite d'information acquise au moment du traitement est suffisamment importante et/ou pertinente. L'effet de facilitation de l'avp sur la restitution mnesique a long terme et le reapprentissage necessite l'integrite fonctionnelle des recepteurs vasopressinergiques v1 et ocytocinergiques. Par contre, les recepteurs vasopressinergiques v2 ne semblent pas etre impliques dans l'effet comportemental du peptide. Par la suite, nous nous sommes demande quelles etaient les autres structures cerebrales susceptibles de participer a l'effet de facilitation de l'avp sur la memorisation. L'avp induisant des modifications de l'expression de la proteine fos, nous avons utilise cette proteine comme marqueur de la mise en activite d'une structure a la suite d'une administration intracerebroventriculaire (i. C. V. ) d'avp au cours de la memorisation. Les resultats ont montre une augmentation de l'expression de la proteine fos au niveau de l'hippocampe (partie dorsale et ventrale) et du septum lateral. Ainsi, ces resultats suggerent que la facilitation de la performance consecutive a une administration i. C. V. D'avp resulte de l'action combinee de ces deux structures. De plus, parce que l'avp induit une augmentation de l'expression fos et que la proteine fos est definie comme un facteur transcriptionnel, il est envisageable que l'effet comportemental de l'avp soit lie, en partie, a sa propriete de moduler l'expression genique, via la proteine fos.
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Yang, Chi-Jen 1971. "Taiwan's industrial structural change and its implication on energy intensity." Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 1999. http://hdl.handle.net/1721.1/46265.
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Thesis (S.M.)--Massachusetts Institute of Technology, Dept. of Civil and Environmental Engineering; and, (S.M.)--Massachusetts Institute of Technology, Sloan School of Management, Technology and Policy Program, 1999.Includes bibliographical references (leaves 42-43).
The objective of this thesis is to analyze how the shift in industrial mix had contributed to the energy intensity in Taiwan. The concern for energy intensity is mainly because it is directly related to Carbon Dioxide (CO2) emission, and international negotiations on global climate change might lead to an international regulation of CO2 emission. The data for this study are the 1981-1984-1986-1989-1991 29-sector input-output tables of Taiwan. I derive not only direct total energy inputs and intensities, but also total energy requirements and intensities from the input-output data. I also use the shift-share analysis to demonstrate the contributions to energy intensity from national output growth, industrial mix shift, and efficiency shift. The total (direct and indirect) energy intensities provide a very different perception of each sector's energy consumption than the perception of direct energy intensities. In terms of total energy intensities, the electronic industry is more energy-intensive than the national average. The other service industries, although they are less energy-intensive than the national average in terms of both direct energy input and total energy requirements, did not help much in reducing national energy intensity. The industrial mix-effect is too small to play a significant role in reducing Taiwan's national energy intensity. Taiwan needs a more aggressive energy conservation policy to improve its energy efficiency; otherwise, any international regulation would be a serious threat to Taiwan's economic development.
by Chi-Jen Yang.
S.M.
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Lefas, Ioannis. "Behaviour of reinforced concrete structural walls and its implication for ultimate limit state design." Thesis, Boston Spa, U.K. : British Library Document Supply Centre, 1988. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?did=1&uin=uk.bl.ethos.283581.
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Catel-Ferreira, Manuella. "Etudes structure/fonction de porines chez Acinetobacter baumannii: implication dans la résistance aux antibiotiques." Rouen, 2011. http://www.theses.fr/2011ROUES012.
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Acinetobacter baumannii est considéré comme un nosocomial majeur, causant de sévères infections. L’émergence de souches multi-résistantes aux antibiotiques dont les carbapénèmes est problématique. Cette résistance s’explique par deux mécanismes: l’expression de carbapénèmases et la modification de la perméabilité membranaire. Nous nous sommes intéressés à ce dernier type de résistance et plus particulièrement aux porines, protéines de membrane externe susceptibles de former un canal permettant l’entrée des antibiotiques dans la bactérie. Actuellement, l’implication de porines dans la résistance reste encore mal définie. Parmi elles, nous avons étudié CarO, l’OprD homologue de P. Aeruginosa et OmpW. Après les avoir surexprimées et purifiées, nous avons entrepris leurs analyses fonctionnelles. Nous avons identifié pour CarO deux groupes majeurs de séquences, CarOa et CarOb, présentant tous deux un site de liaison à l’imipenème. La CarOb présentant une spécificité à l’imipenème plus marquée que la CarOa serait plus susceptible d’avoir un impact sur la résistance à l’imipenème si son expression devient diminuée. Pour OprD homologue, elle ne semble pas faciliter le passage des carbapénèmes. Elle présenterait beaucoup plus de similitudes structurales et fonctionnelles avec l’OprQ de P. Aeruginosa: spécifique au fer et au magnésium. Enfin OmpW, souvent exprimée dans des conditions de stress, serait aussi susceptible de fixer le fer. Ces études importantes pour la compréhension des mécanismes de résistance permettent aussi d’envisager le rôle de ces protéines dans des contextes de virulence ou de persistance de la bactérie via une croissance en mode biofilmTo date, Acinetobacter baumannii is considered as a major nosocomial pathogen which causes severe infections. The emergence of multidrug resistant strains is becoming problematic. The resistance to carbapenems is due to two mechanisms: the expression of carbapenemases and the modification of membrane permeability to carbapenems. We were particularly interested in porins, which are outer membrane proteins able to form channels allowing the entrance of drugs in bacteria. Few porins have been described in A. Baumannii and their involvement in the resistance still remains undefined. We developed for the CarO, the homologue of the P. Aeruginosa OprD and the OmpW, methods of overexpression and purification to perform the functional analysis of these proteins by reconstitution in planar lipid bilayers. For the CarO, we so identified two major groups of sequences, CarOa and CarOb, which were presenting an imipenem binding site. Besides, the CarOb presents a more striking specificity to imipenem than CarOa and any decreased of its expression will have an impact on imipenem resistance. For the OprD homologue, it did not facilitate the carbapenems uptake. However, presents more structural and functional similarities with the P. Aeruginosa OprQ and seems to bind specifically iron and magnesium. Finally, the OmpW, induced in stress conditions, would also be able to bind iron. These studies were not only required to understand the A. Baumannii mechanisms of antibiotic resistance but they provided other clues for the role of these proteins in the context of virulence or persistence of this bacterium in biofilm
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Wiley, Emily A. "Yeast telomere structure : genetic analysis implicating a novel terminus-specific factor in telomeric silencing /." Thesis, Connect to this title online; UW restricted, 1996. http://hdl.handle.net/1773/6359.
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Gélinas, Sylvie. "Analyse structurale des neurofilaments et leur implication dans les maladies neurodégénératives /." Thèse, Trois-Rivières : Université du Québec à Trois-Rivières, 1998. http://www.uqtr.ca/biblio/notice/resume/03-2192237R.html.
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Mémoire (M.Sc.) - Université du Québec à Trois-Rivières, 1998.Le résumé et la table des matières sont disponibles en format électronique sur le site Web de la bibliothèque. CaQTU Bibliographie : f. [85]-96.
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Gélinas, Sylvie. "Analyse structurale des neurofilaments et leur implication dans les maladies neurodégénératives." Thèse, Université du Québec à Trois-Rivières, 1998. http://depot-e.uqtr.ca/3544/1/000651935.pdf.
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PATRIARCA, ANTONELLA. "Structural transitions of cytochrome c : implication for apoptotis and peroxidase actvity." Doctoral thesis, Università degli Studi di Roma "Tor Vergata", 2010. http://hdl.handle.net/2108/202309.
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The discovery of new functions of cytochrome c was a good example to study the evolutionary processes and it is a stunning example of the collapse of an old dogma:”one gene, one protein, one function”. Cytochrome c is a small heme protein, a soluble protein and an essential component of the mitochondrial respiratory chain because of its capability to transfer electrons between the III and IV complexes. Beyond the role as electron carrier in the respiratory chain, cytochrome c is involved in the triggering of apoptosis “programmed cell death”. Cytochrome c, released from the inner mitochondrial membrane in response to specific signals, binds to Apaf-1, nucleotides (dATP or ATP) and procaspase 9 to form the apoptosome in the cytosol. All these important biological activities are realized in its native structure. Studies from several laboratories document that the unfolding of cytochrome c reveals a new function as a peroxidase. With this in mind, the aim of the present thesis was to define the role of the binding ATPcytochrome c and to demonstrate the importance of the ATP as an allosteric effector, in regulating structural transitions among different conformations and different oxidation states of cytochrome c, endowed or not with apoptotic activity. The present study suggests a physiological role for ATP binding to cytochrome c at low millimolar concentrations in the cytosol, beyond the regulatory role previously reported in the oxidative phosphorylation in mitochondria. For the experiments, it has been used the horse heart cytochrome c, a single polypeptide chain organized in five smallhelices and three omega loops. The prosthetic group is linked to the polypeptide chain by means of two tioether bonds formed by cysteins in position 14 and 17. The heme-iron is also axially coordinated with the two residues His18 and Met80. In the present work, the structural and functional properties of single mutants K88E, E62N, R91N and double mutant K88E/E62N have been compared, because in previous studies the binding site of ATP had been identified by docking simulations. By performing NMR measurement it has been demonstrated that ATP interacts with a site (S1) formed by K88, R91 and E62. Glu62 and Lys88 are replaced by Asn and Glu, present in the iso-1 cytochrome c sequence that is not able to interact with ATP. R91N has been analyzed because it‟s conserved in all species of cytochrome c and it is implicated in the binding of ATP to cytochrome c. The apoptotic activity of cytochrome c variants has been studied by using a “cell-free” activation assay. In the second part of this thesis it has been studied the peroxidase activity of non-native variants of cytochrome c. Native cytochrome c is characterized by a compact tertiary structure and is thus unavailable for binding of any other compound. The bond between the methionine residue and the heme iron, however, is rather weak so that it‟s easily broken and facilitates the access of small molecules, such as H2O2, in the heme pocket. In particular, the access of H2O2 determines the change of cytochrome c into Compound I-type peroxidase. At the aim of investigating the peroxidase activity of non-native cytochrome c, different forms of the protein have been analyzed in order to correlate their structural features with the acquired enzymatic activity. We studied the structural features of cytochrome c bound to cardiolipin (CL)-containing liposomes and Y67H and H26Y cytochrome c mutants. Histidine in position 26 was changed with a tyrosine (H26Y) because it was highlighted the contribution of the hydrogen bond linking the histidine in position 26 (Ωloop 20s) to the carbonyl group of the residue 44 (Ω-loop 40s), to the stability, folding, and functional properties of cytochrome c. The other mutation was concerning with Tyr67, which was replaced by a histidine (Y67H), with the aim of introducing a general acid–base catalyst, a fundamental element of the peroxidase mechanism, in the heme cavity. The spectroscopic features of cytochrome c/CL complex, H26Y and Y67H mutants were analyzed and the biological significance of the observed conformational changes was inferred by the relationship with their peroxidase activities and apoptogenic properties. To gain further insights on the capability of ATP to function as allosteric regulator of cytochrome c conformational transitions, its effect on refolding and its modulation of the peroxidase activity of cytochrome c variants were also investigated. Moreover, the peroxidase kinetic parameters of the non native conformers here investigated were measured also in the presence of minocycline, an antibiotic endowed with antioxidant properties reported to act as peroxidase inhibitor and neuroprotective agent that delays progression of neuron degeneration.
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Wei, Guoxiu. "EVALUATION OF THE COMBINATION OF PROSTANOIDS AND FEMALE SEX HORMONES AS INFLAMMATION BIOMARKERS AND THEIR IMPLICATION ON HYPERTENSION." Diss., Temple University Libraries, 2015. http://cdm16002.contentdm.oclc.org/cdm/ref/collection/p245801coll10/id/348259.
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ChemistryPh.D.
Hypertension is a chronic medical condition, and a primary contributor to severe cardiovascular disease. It can increase mortality risk. Studies have found that a low-grade inflammation is involved in the development of hypertension. In addition, men have been found to have a higher risk of hypertension than age-matched women, while women have an increased risk of hypertension after menopause. Female sex hormones are considered to play a protective role in the development and progression of hypertension. Prostanoids are inflammatory mediators, and have important physiological roles on promoting or suppressing inflammation. Studying the combined roles of these two biochemical families in disease development will be helpful to understand the balance between a self-protective effect and inflammatory response in hypertension, and find effective biomarkers to predict the progression of hypertension. In my study, a reversed phase high performance liquid chromatography is used to develop the
Temple University--Theses
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CARANDANG, Ninebeth S. "The Changing Structure of the Banana Industry in the Philippines and Its Implication on Local Workers." 名古屋大学大学院国際開発研究科, 2009. http://hdl.handle.net/2237/11801.
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Doucet, Alain. "Relation entre la structure et la fonction de la préélafine et son implication au niveau pulmonaire." Thesis, Université Laval, 2006. http://www.theses.ulaval.ca/2006/23800/23800.pdf.
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Bouverot, Romain. "Etudes structurales de la protéine ACAD9 et des facteurs d'assemblage du complexe 1 de la chaîne respiratoire mitochondriale pour établir leur implication dans les processus neurodégénératifs." Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019GREAV005.
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Les mitochondries sont en charge de la bioénergétique cellulaire, tout particulièrement dans le cerveau humain, au sein duquel les neurones sont extrêmement demandeurs en énergie et hautement dépendant de la phosphorylation oxydative. En effet, celles-ci génèrent un potentiel énergétique grâce à une chaîne de transport d’électrons, ou chaîne respiratoire, composée de quatre complexes protéiques ancrés dans la membrane interne mitochondriale. La chaine respiratoire permet la production d’énergie via la phosphorylation oxydative d’ADP en ATP par l’ATP synthéase dans la matrice mitochondriale. Le premier complexe (CI) de la chaîne est composé de 45 sous-unités protéiques (dont 44 différentes). En tant que premier enzyme de la phosphorylation oxydative, il joue un rôle d’initiateur et est essentiel pour la production d'énergie cellulaire. Un défaut d’assemblage du CI se traduit par d’importantes conséquences sur la bioénergétique cellulaire et augmente la production d’espèces réactives de l’oxygène (ROS), pouvant être à l'origine de divers troubles mitochondriaux, parmi lesquels certains processus neurodégénératifs. La bonne intégration des sous-unités et cofacteurs composant le CI est par conséquent primordiales et requièrent la participation de facteurs d’assemblage jouant le rôle de chaperonnes afin de stabiliser les sous-unités et faciliter leur intégration au sein de l'enzyme complète. De plus, certaines fonctions additionnelles à leur rôle d’assemblage peuvent intervenir dans d’autres processus cellulaire régulant l’activité métabolique.Le fonctionnement des facteurs d'assemblage du CI au niveau moléculaire demeure encore obscur. Néanmoins, il est admis que la plupart des facteurs d'assemblages identifiés sont actifs dès le début de l'assemblage, particulièrement pour l'incorporation des sous-unités membranaires. Récemment un groupe de facteurs d’assemblage composés des protéines NDUFAF1 (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex assembly factor 1), ACAD9 (Acyl-CoA dehydrogenase 9), ECSIT (Evolutionarily conserved signaling intermediate in Toll pathway), et potentiellement TMEM126B (Transmembrane protein 126B) and TIMMDC1 (Translocase of inner mitochondrial membrane domain-containing 1) est désigné sous l'appellation complexe d’assemblage du complexe mitochondrial I (MCIA). Cependant, la composition et la stœchiométrie de ce dernier restent inconnus, excluant ainsi toute compréhension satisfaisante de sa structure et de son importance dans les mécanismes à l'oeuvre dans l’assemblage du CI.Cette thèse a pour but les caractérisations des facteurs d’assemblage ACAD9, ECSIT and NDUFAF1 grâce à un ensemble d’approches biochimiques et biophysiques dans le but de déterminer les mécanismes moléculaires et la cartographie des interactions impliqués dans l’assemblage du complexe MCIAMitochondria are responsible for bioenergetics, particularly critical in the human brain, where neurons are extremely energy demanding and highly dependent on the oxidative phosphorylation (OXPHOS) system. They generate energetic potential through the electron transport chain (ETC), also named the respiratory chain, which is composed of four protein complexes embedded into the mitochondrial inner membrane (MIM) to enable the phosphorylation of ADP into ATP by the ATP synthase in the mitochondrial matrix. Together these complexes form the OXPHOS system. Complex I (CI), the first enzyme of the respiratory chain, is composed of 45 protein subunits (of which 44 are different) and initiates the OXPHOS system, being essential in cellular energy production. Defects in CI assembly severally impair ATP production, increase the production of reactive oxygen species (ROS) and are implicated in several mitochondrial disorders, including neurodegenerative diseases. The integration of the 45 subunits and the insertion of cofactors into the nascent complex requires the help of assembly factors. Assembly factors may act as chaperones that stabilize the intermediate complexes or subunits and help to attach them to other intermediate assemblies to build the complete enzyme. However, they may also have additional functions besides their requirement for CI assembly, in line with the emerging evidence that mitochondria are involved with various (sub)cellular processes that regulate cell metabolic activity.How CI assembly factors function at the molecular level is currently unclear, with very little structural information available. Nevertheless, it is thought that most identified assembly factors are involved in early assembly, more specifically in the incorporation of hydrophobic membrane subunits. Recently, the CI assembly factors NDUFAF1 (NADH dehydrogenase [ubiquinone] 1 alpha subcomplex assembly factor 1), ACAD9 (Acyl-CoA dehydrogenase 9), ECSIT (Evolutionarily conserved signaling intermediate in Toll pathway), and potentially TMEM126B (Transmembrane protein 126B) and TIMMDC1 (Translocase of inner mitochondrial membrane domain-containing 1) were proposed to form the so-called mitochondrial complex I assembly (MCIA) complex. However, the composition and stoichiometry of the MCIA complex are unknown, which precludes a proper understanding of the structural and mechanistic bases for building-up assembly intermediates and how the MCIA complex achieves specificity.This thesis pursues the characterisation of the MCIA core components ACAD9, ECSIT and NDUFAF1, mapping their interactions and characterising their structures using a combination of biophysical and biochemical approaches in order to elucidate the molecular mechanisms underlying the MCIA complex formation
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Basset, Laëtitia. "Analyse structurale de l'interleukine-27, génération d'un antagoniste et implication au niveau hépatique." Angers, 2010. http://www.theses.fr/2010ANGE0071.
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Boulanger, Mathias. "SUMOylation et contrôle de l’expression des gènes : implication dans la réponse à la chimiothérapie d’induction des Leucémies Aigües Myéloïdes." Thesis, Montpellier, 2019. http://www.theses.fr/2019MONTT067.
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Les Leucémies Aigues Myéloïdes (LAM) sont des hémopathies malignes au pronostic sombre. Leur traitement repose sur une chimiothérapie composée d’une anthracycline (daunorubicine [DNR] ou idarubicine) et d’un analogue de nucléotide (AraC). Cependant, les taux de rechutes sont très élevés. Il est donc critique de mieux comprendre les mécanismes d’actions de ces drogues chimiothérapeutiques pour mieux surmonter la chimiorésistance. Un aspect, essentiel à leur action thérapeutique mais encore mal connu, concerne leur capacité à réguler l’expression de gènes spécifiques qui participent à leur effet thérapeutique. Ma thèse a pour objectif de déterminer l’implication de la SUMOylation, une modification post-traductionnelle de la famille de l’ubiquitine, dans la reprogrammation transcriptionnelle induite par les chimiothérapies dans les LAM. La combinaison d’approches génomiques (ChIP-Seq), de transcriptomiques et de protéomiques a montré que la DNR induit une reprogrammation transcriptionnelle importante et rapide de gènes impliqués dans la régulation de l’inflammation et l’apoptose, précédée par une désumoylation massive des protéines présentes sur les promoteurs des gènes dans les LAM. En particulier, j’ai montré que la diminution de CTCF et de SUMO sur le promoteur du gène NFkB2 régulent son induction transcriptionnelle par la DNR, en particulier en favorisant un changement de la structure 3D de son locusAcute Myeloid Leukemias (AML) are severe hematological malignancies. Their treatment is based on an intensive chemotherapy composed of one anthracycline (daunorubicin-DNR or Idarubicin) and a nucleotide analog (Ara-C). However, the relapse rates are very high and the prognosis bad. It is therefore critical to better understand their modes of action to overcome chemoresistance. One aspect, essential to their action but still poorly understood, concerns their ability to regulate the expression of specific genes, which participate in their therapeutic potential. The objective of my thesis was to determine the role of SUMOylation, a post-translational modifier of the ubiquitin family, in the DNR-induced transcriptional reprogramming in AML. Genomic approaches (ChIP-seq) were combined with transcriptomics and quantitative proteomic to show that DNR induces a fast and large transcriptomic reprogramming of genes involved in apoptosis and inflammation regulation, which is preceded by promoter-bound protein deSUMOylation. In particular, I could show that the decreased binding of CTCF and SUMO on the promoter of NFkB2 regulates its DNR-induced expression through a remodeling of the 3D structure of its locus
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Peiffer, Marie-Thérèse. "La Ligne tonalitique du Limousin sa composition, sa signification, son implication dans la structure varisque du Limousin." Grenoble : ANRT, 1985. http://catalogue.bnf.fr/ark:/12148/cb37595056w.
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Landström, Joachim. "The theory of Homo comperiens, the firm's market price, and the implication for a firm's profitability /." Uppsala : Department of Business Studies, Uppsala universitet, 2007. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-8268.
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LUO, LE. "STRUCTURAL INSIGHTS INTO 7SK SNRNP COMPLEX AND ITS IMPLICATION FOR HIV-1 TRANSCRIPTIONAL CONTROL." Case Western Reserve University School of Graduate Studies / OhioLINK, 2019. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=case1544177487487194.
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Lyon, Kevin. "Implicating calcium signaling at intercellular junctions and structures associated with junction turnover in rat Sertoli cells." Thesis, University of British Columbia, 2017. http://hdl.handle.net/2429/61297.
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The endoplasmic reticulum (ER) is a prominent organelle in Sertoli cells. It is an integral component of unique adhesion junctions (ectoplasmic specializations - ESs) in this cell type, and is closely associated with structures termed tubulobulbar complexes (TBCs) that internalize intercellular junctions during sperm release and during the translocation of spermatocytes through the blood-testis barrier. A role for the ER in Ca²⁺ regulation at ESs and TBCs has been suspected, but evidence for this function has proved elusive. The focus of this thesis is identification of molecular machinery involved in Ca²⁺ signaling and obtaining functional evidence of Ca²⁺ regulation of the actin networks at TBCs. Functional experiments using EGTA and thapsigargin to lower and raise Ca²⁺ levels did not provide evidence that TBC actin networks are regulated by Ca²⁺. Using immunofluorescence, I demonstrated that Ca²⁺ regulatory machinery is present at the ESs attached to spermatid heads, and at ER-PM contacts. SERCA2 is present at ESs, IP3R is present at ER-PM contacts associated with TBC bulbs, and STIM1, ORAI1 and SERCA2 are present at the ER-PM contacts around the margins of Sertoli cell apical processes. The results support the conclusion that the molecular machinery necessary for ER generated Ca²⁺ fluxes is present in regions and structures directly related to junction remodeling in Sertoli cells, a process necessary for sperm release.Medicine, Faculty of
Obstetrics and Gynaecology, Department of
Graduate
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Merdrignac, Isabelle. "Composition des structures azotées dans les pétroles : implication pour leur réactivité au cours des procédés d'hydrodésazotation." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1997. http://www.theses.fr/1997STR13271.
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La difficulté rencontrée par le raffineur pour estimer correctement les performances en hydrodésazotation d’une charge donnée pourrait être liée à l’origine géochimique de l’échantillon qui peut influer sur la distribution des composés azotés. Afin de vérifier cette hypothèse, il a d’abord été nécessaire de reconsidérer la méthodologie d’analyse de ces composés. Nous avons donc proposé dans ce travail de nouvelles méthodes d’extraction sélectives, reproductibles et quantitatives des composés azotés basiques et neutres d’échantillons pétroliers. Ces méthodes ont été ensuite appliquées sur six huiles brutes de trois types de matière organique différents (types I, origine lacustre ; type II, origine marine et type III, provenance de végétaux supérieurs. Les analyses quantitatives réalisées en CG-SM et les bilans quantitatifs mesurés par analyse élémentaire ont confirmé une possible influence de l’origine de la matière organique sur la distribution des structures azotées, alors que la biodégradation et la maturité ne seraient que peu influentes. En vue de répondre à un objectif raffinage, quatre distillats sous vide 375-550°C (VGO) de types II et III ont été également étudiés. L’étude quantitative a montré que le rendement d’extraction des composés azotés basiques et neutres était compris entre 85 et 100%pds de l’azote total dans ces échantillons au lieu de 40-60%pds seulement dans les huiles brutes correspondantes. Ce résultat était cependant une condition nécessaire pour pouvoir étudier leur conversion en hydrotraitement. Deux charges, présentant des réactivités différentes en hydrodésazotation, ont été sélectionnées et converties à sévérité modérée. Les résultats, avant et après conversion, des analyses structurales et quantitatives des composés azotés ont été comparés entre les deux échantillons. Ils nous ont conduits à poser deux hypothèses pouvant permettre une meilleure prédiction du comportement d’un échantillon en hydrodésazotationThe difficulty to estimate precisely the hydrodenitrogenation performances of a given sample, could be in relation to the geochemical origin of the oil in relation with the nitrogen compoudns distribution. To verify this hypothesis, it was first necessary to reconsider the analytical procedure for isolation and quantification of these compounds. In this work, we have proposed some new selective, reproducible and quantitative extraction methods for isolating basic and neutral nitrogen compounds from petroleum samples. These methods were then applied on six crude oils from three different types of organic matter (type I, lacustrine origin; type II, marine origin and type III, terrestrial origin). The qualitative analyses carried out by GC-MS and the quantitative balances measured by elemental analyses have confirmed a possible influence of the organic matter origin on the nitrogen distribution, whereas the biodegradation and the maturity seemed not to have a strong influence. In order to comply with a refinery objective, four distillation cuts 375-550°C are also studied (VGO, types II and III). The quantitative study showed that 85 to 100wt% of the total N are extracted instead of 40-60 wt% for the corresponding crude oils. These results should be expected to allow the study of the conversion of these VGO during hydrotreatment. Two samples with different hydrodenitrogenation reactivities are chosen and are converted with a medium severity. The results of structural analyses of nitrogen are compared between the two samples before and after conversion. It is shown that two hypothesis could allow a better prediction of the hydrodenitrogenation performance of a sample
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Bejaoui, Ali. "L'évolution de la prime associée aux qualifications et son implication quant aux changements de la structure des salaires." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 2001. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk3/ftp05/NQ61373.pdf.
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Maria-Sube, Yves. "Structure et hétérogénéité d’une plate-forme récifale Miocène (Majorque) : implication pour les intrusions d'eau salée en zone côtière." Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20196.
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Les intrusions d'eau salée en zone côtière constituent une menace pour la population. Celles-ci sont particulièrement dommageables en contexte carbonaté. Nous avons étudié le récif corallien Miocène du sud-est de Majorque afin de comprendre la relation entre structure géologique et intrusion. Pour cela nous avons utilisé des méthodes multi-scalaires et multi-disciplinaires. Les mesures dans 25 forages sur l'ensemble de la plate-forme corallienne ont permis de préciser la structure stratigraphique et certains éléments de la tectonique régionale. A l'échelle du site expérimental, l'étude de la composition minérale, de la texture et de la diagenèse ont permis de caractériser l'hétérogénéité de la séquence carbonatée. Cette étude contribue à la connaissance du site le mieux documenté au monde pour l'évolution des réservoirs carbonatés récifaux, avec applications pour les intrusions d'eau salée et l'extraction des hydrocarburesThe coastal intrusion of brine threatens populations. This is particularly prejudicial in carbonate environments. We have studied the Miocene coral reef of S-E Majorca for better understanding the relation between geological structure and intrusion. For that purpose, we have used multi-scalar and multi-disciplinary methods. The measurements in 25 boreholes over the whole coral platform have allowed defining the stratigraphic structure and some elements of the regional tectonic. At the experimental site scale, the study of the mineral composition, the texture, and the diagenesis have allowed characterization of the carbonate sequence heterogeneity. This study contributes to the knowledge of the world best documented site for the evolution of carbonate reef reservoirs, with applications for brine intrusion and for hydrocarbon extraction
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Domenach, Florent Adrien. "Structures latticielles, correspondances de Galois contraintes et classification symbolique." Phd thesis, Université Panthéon-Sorbonne - Paris I, 2002. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00003403.
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La thèse se situe dans le domaine de l'analyse latticielle de données dans la situation, très générale, ou des objets de nature diverse sont décrits par des variables de types divers ; on fait simplement l'hypothèse (réaliste) selon laquelle chaque variable prend ses valeurs dans un treillis. Les problèmes de traitement de telles données (extraction de connaissance) reviennent souvent à chercher à obtenir des familles de Moore de type particulier, par exemple arborescent, et donc à imposer des contraintes structurelles. Dans ce cadre, nous étudions d'abord les familles de Moore particulières que sont les hiérarchies, dont nous caractérisons la base canonique d'implications. Pour ce faire, nous introduisons un nouveau type de relations binaires sur les parties d'un ensemble, appelées (\em relations d'emboitement). Nous les mettons en correspondance bi-univoque avec les familles de Moore quelconques, établissons leur lien avec l'une des relations flèche, et revenons sur leurs propriétés dans le cas hiérarchique, ou elles sont d'abord apparues. Dans une seconde partie, nous nous intéressons à la correspondance de Galois associée à un tableau binaire (auquel les données du type indiqué ci-dessus peuvent toujours être ramenées). Nous examinons alors les contraintes à imposer à un tableau binaire pour que les fermés obtenus appartiennent à des familles de Moore prescrites, ou de type voulu. On obtient alors des relations binaires dites (\em bifermées). Etant donnés deux espaces de fermeture $(E, \varphi)$ et $(E', \varphi')$, une relation est bifermée si toute ligne de sa représentation matricielle correspond à un fermé par $\varphi$, et toute colonne à un fermé par $\varphi'$. Nous établissons l'isomorphisme entre l'ensemble des relations bifermées et celui des correspondances de Galois entre les deux treillis de fermés induits par $\varphi$ et $\varphi'$. Dans le cas fini, on en déduit des algorithmes efficaces pour l'ajustement d'une correspondance de Galois à une application quelconque entre deux treillis, ou pour le calcul du supremum de deux polarités. Dans une troisième partie, nous appliquons les résultats précédents à l'étude de l'introduction de contraintes classificatoires sur un tableau de données. Nous revenons sur divers usages des correspondances de Galois (ou des couples application résiduée / résiduelle) dans les modèles et les méthodes de la classification. Ceux-ci sont revisités dans l'optique d'une présentation unifiée fondée sur les bifermées, et, en prenant en compte les résultats de la première partie, des voies sont tracées pour la définition de nouvelles méthodes. Ces parties sont précédées d'une synthèse sur les treillis et les correspondances de Galois.
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Serre, Marie-Claude. "Recombinaison specifique de site chez les archaea. Implication dans le cycle du virus SSV1 de Sulfolobus shibatae." Habilitation à diriger des recherches, Université Paris Sud - Paris XI, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00112419.
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L'étude des virus d'archaea, la manière dont ils sont capables d'infecter leurs hôtes et éventuellement de réaliser le transfert de certains gènes est d'intérêt pour mieux comprendre les mécanismes moléculaires qui ont permis le brassage de l'information génétique dans le phylum des archaea. Notre modèle d'étude est le fusellovirus SSV1 qui infecte certaines souches du genre Sulfolobus, dont Sulfolobus shibatae et Sulfolobus solfataricus. Le cycle viral de SSV1 est actuellement très peu connu, mais comprend l'intégration du génome viral dans celui de l'hôte à un site spécifique et la production de particules virales, sans lyse cellulaire, lors d'irradiation UV des cultures infectées. Nous avons initié l'étude de ce virus en analysant les propriétés biochimiques de son intégrase. Nous avons ainsi montré que l'intégrase virale était un membre à part entière de la famille des tyrosine recombinases, une classe de recombinases spécifiques de site que l'on trouve chez les procaryotes eubactériens mais également chez les eucaryotes. L'étude biochimique de l'intégrase de SSV1 nous a permis de mettre en évidence le caractère hybride du mécanisme de recombinaison spécifique de site chez les archaea. En effet, si l'organisation des sites de recombinaison est similaire à celle de systèmes phagiques eubactériens, celle du site actif de la recombinase est de type eucaryote, puisqu'il est assemblé à l'interface de deux protomères fournissant chacun des résidus intervenant dans la catalyse. Nous continuerons l'étude de l'organisation spatiale de ce système mosaïque en cristallisant l'intégrase sur un site synthétique. Une autre originalité du système archaéen est que le gène de l'intégrase est disrupté lors de l'intégration du génome viral dans celui de son hôte. Cette particularité, conservée chez tous les fusellovirus séquencés à ce jour, ouvre de nombreuses hypothèses quant au rôle de la recombinaison spécifique de site dans leur cycle réplicatif. La compréhension du mode de réplication, du maintien et de la mobilisation de ces virus lors de signaux environnementaux tels que l'irradiation UV est essentielle non seulement pour évaluer leur rôle dans la plasticité des génomes d'archaea, mais également pour leur utilisation future comme outils génétique chez leurs hôtes naturels, les Sulfolobales.Nous exploiterons les résultats obtenus in vitro pour évaluer le rôle de l'intégration dans le maintien du virus sous forme stable, en replaçant des mutations inactivant soit l'intégrase soit le site viral de recombinaison dans le génome de SSV1. Le devenir de ces virus recombinants réintroduits dans Sulfolobus solfataricus sera évalué et nous permettra de déterminer si l'intégration du génome viral dans celui de son hôte est essentiel au maintien et à l'amplification du virus. Une analyse biochimique réciproque consistera à déterminer si une forme tronquée de l'intégrase (correspondant au produit de la disruption intégrative) est fonctionnelle pour le processus d'excision. La directionalité des évènements d'intégration et d'excision peut reposer soit sur la forme active de la recombinase (tronquée ou non) soit, et de manière non exclusive, par l'intervention de protéines accessoires fournies soit par l'hôte soit par le virus. L'identification de ces partenaires éventuels sera réalisée en utilisant des approches biochimiques classiques (co-immunoprécipitation, affinité, séquence peptidique) dans différentes conditions de croissance induisant ou non la production virale. Les résultats seront confrontés aux informations obtenues par les analyses transcriptomiques des effets des radiations réalisées sur Sulfolobus mais également Thermococcus ou Pyrococcus. L'analyse du pool de gènes induits lors d'une irradiation devrait contribuer à l'identification des facteurs de l'hôte intervenant dans la production virale en réponse au stress.
Outre le rôle de l'intégration dans le cycle viral, nous évaluerons dans une approche plus globale le rôle des différentes protéines codées par le virus. En effet, sur les 34 protéines potentiellement produites par SSV1 seules 4 ont une fonction identifiée. Par ailleurs, l'analyse comparative des différents génomes de fusellovirus montre que seules 18 ORFs (dont l'intégrase) sont communes à tous ces virus, suggérant que les protéines correspondantes assurent les fonctions minimales essentielles au développement viral. Chacune de ces ORFs sera délétée par LI-PCR. Cette stratégie devrait nous permettre de nous affranchir d'effets secondaires transcriptionnels liés à l'organisation polycistronique du génome viral. L'effet de l'inactivation de chaque ORF sera évalué en prenant en compte différentes étapes du développement viral (stabilité du génome dans la cellule hôte, production de particules virales, infectivité...). Nous espérons ainsi définir la fonction de ces protéines qui n'ont pour l'heure aucun homologue dans le vivant.
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Barat, Flore. "Nature et structure de l'isthme inter-américain, Panama : implication sur la reconstruction et l'évolution géodynamique de la plaque Caraïbe." Phd thesis, Université Nice Sophia Antipolis, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00919431.
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L'isthme de Panama se situe en bordure sud-ouest de la plaque Caraïbe, à la jonction de trois plaques lithosphériques: les plaques Amérique du Sud, Nazca et Cocos. Cet isthme est essentiellement constitué d'un arc volcanique formant l'Amérique Centrale. Deux arcs se distinguent: un premier d'âge Campanien supérieur-Eocène moyen, et un second actif depuis l'Oligocène. Leurs présences reflètent une histoire de convergence, en subduction, de la plaque Farallon, aujourd'hui disparue, puis plus récemment de la plaque Cocos. L'événement majeur de cette région est sans nul doute la collision de l'Amérique Centrale avec l'Amérique du Sud. L'âge de cette accrétion varie entre 12 et 25 Ma. La surrection, à partir de 15 Ma, est une des conséquences de cette collision arc-continent. Ces terres émergées facilitent le passage d'espèces animales entre les deux Amériques, mais bloquent également la circulation océanique entre l'océan Atlantique et l'océan Pacifique, impactant de manière globale le Climat. L'objectif de ma thèse est de documenter finement les déformations avant, pendant et après le processus d'accrétion continentale. Mon but est de mieux comprendre comment un arc volcanique s'accrète sur une marge continentale pour reconstruire l'histoire géodynamique de cette région du Crétacé supérieur (~ 70 Ma) jusqu'à nos jours. Je me suis focalisée sur la région est du Panama, au plus proche de la zone de collision, région encore peu étudiée. Pour mener à bien cet objectif, ma thèse combine: (1) une étude sédimentologique apportant de nouvelles datations paléontologiques, (2) une étude structurale avec de nouvelles coupes géologiques et une carte structurale à partir de données spatiales, géophysiques, et de terrain, (3) une étude thermochronologique basse température pour contraindre les mouvements verticaux, et (4) une étude interprétative de sismique réflexion pour contraindre l'influence de la tectonique dans la migration des masses sédimentaires. Mes résultats sont présentés sous la forme d'une reconstitution géodynamique de la région. L'accrétion d'un arc volcanique sur une marge continentale dépend des contraintes aux frontières de plaques et de la morphologie de la zone. Chaque cas est unique. Cependant, mes résultats montrent qu'une accrétion oblique implique un réajustement des contraintes aux frontières, un arrêt du volcanisme, des fractures profondes de la croûte océanique de l'arc, des rotations de blocs en régime transtensif. Ces événements géologiques et tectoniques expliquent une accrétion progressive en fermeture éclair. Je propose ainsi une accrétion progressive de l'Amérique Centrale sur l'Amérique du Sud, s'initiant au sud dans la région d'Istmina à l'Eocène moyen-supérieur (40 et 37 Ma). Jusqu'au Miocène moyen, la plaque Caraïbe, piégée entre l'arc volcanique et la marge continentale sud Américaine, disparaît sous l'Amérique du Sud. Au Miocène moyen (~ 15 Ma), l'accrétion de l'arc dans la partie colombienne se termine. Dans l'isthme de Panama, la convergence vers le continent se poursuit, mais le système s'inverse. Une nouvelle subduction s'initie où la plaque Caraïbe subducte sous l'isthme. Je montre également que les déformations compressives engendrées par l'accrétion contrôlent la migration des masses sédimentaires et permettent la surrection progressive de l'isthme créant le pont inter-Amériques.
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Zhang, Hua 1962. "The dynamic behaviour of the term structure of interest rates and its implication for interest-rate sensitive asset pricing." Thesis, McGill University, 1993. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=41168.
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This thesis investigates the fundamental assumptions made in recent continuous-time equilibrium models of the term structure of interest rates. It finds that the number and the stochastic processes of state variables are strikingly different from those assumed in the literature. It develops a three-factor empirical term structure model, based on 22 years of cross-maturity time series data. The results show that the price differences, between the well-known Vasicek, and Cox, Ingersoll and Ross models and the three-factor empirical model, for interest-rate sensitive securities are of substantial economic significance.
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Sarroukh, Rabia. "Etude de la structure et de la toxicité des oligomères du peptide amyloïde-beta: implication dans la maladie d'Alzheimer." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2011. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/209874.
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La maladie d’Alzheimer est actuellement la forme de démence la plus courante. Les causes, les facteurs de risques ainsi que le(s) mécanisme(s) conduisant à l’apparition des symptômes ne sont pas encore clairement connus. Néanmoins, le rôle central du peptide amyloïde (Aβ) dans le développement de la maladie a été démontré au travers de nombreuses recherches et fait actuellement l’unanimité. L’espèce oligomérique d’Aβ est plus précisément pointée doigt comme l’espèce la plus toxique. La formation des oligomers, au cours du processus d’agrégation, conduit à une population hétérogène en termes de taille et morphologies limitant la compréhension actuelle de leur implication dans le processus pathologique ainsi que dans l’initiation de la maladie. Notre étude structurale minutieuse du processus d’agrégation du peptide Aβ démontre la formation d’agrégats dont le degré d’assemblage augmente au cours du temps. Nous avons montré que les agrégats identifiés comme étant des oligomères adoptent une structure en feuillets β antiparallèles. Tandis que l’interconversion de la structure β d’antiparallèle à parallèle conduit à la formation de fibrilles. Sur base de l’interprétation des spectres infrarouges analysés par corrélation à 2 dimensions, nous suggérons que ce changement de conformation est rendu possible grâce aux modifications des liens hydrogènes. En effet, les liens hydrogènes intramoléculaires qui stabilisent la structure antiparallèle des brins β disparaissent en faveur de liens intermoléculaires conduisant à la formation de feuillets β parallèles. De plus, ce changement de conformation requière la rotation des brins β le long de leur axe respectif.
Notre travail a pu mettre en avant le rôle central des oligomères dans la pathologie d’une part par leur rôle d’intermédiaires transitoires nécessaires et obligatoires à la formation des fibrilles mais également par la relation étroite qui existe entre leur structure en feuillets β antiparallèles et leur toxicité cellulaire. La modulation et/ou suppression de cette conformation est requise spécifiquement pour réguler leur toxicité et empêcher le processus de mauvais reploiement du peptide conduisant au développement de la maladie.
Enfin, nous avons également apporté de nouvelles informations concernant l’implication des membranes biologiques dans le mécanisme de toxicité des oligomères. Nos résultats démontrent que l’interaction du peptide avec un modèle de la membrane biologique ne conduit pas à la déstabilisation de cette dernière. L’hypothèse suggérant la formation de pores et/ou de canaux ioniques comme mécanisme de cytotoxicité est de facto réfutée par notre travail. Néanmoins, nous suggérons que l’interaction du peptide avec les lipides modifie le processus d’agrégation décrit dans la première partie de notre travail. Elle accélère l’étape de nucléation permettant la formation rapide d’oligomères à la surface de la membrane et accentuant ainsi leur probabilité d’interaction avec les protéines membranaires neuronales telles que les récepteurs de neurotransmetteurs./
Aggregation of amyloid-β peptides (Aβ1-40 and Aβ1-42) leads to formation of heterogeneous
toxic species, oligomers and fibrils, implicated in Alzheimer’s disease. As oligomers were
identified as the most cytotoxic entities, our research did focus on their implications in
pathology and the Aβ aggregation process which are currently not fully understood.
Using ATR-FTIR spectroscopy, we demonstrated that Aβ oligomers adopt an antiparallel β-
sheet structure. β-sheet interconversion from antiparallel to parallel seems to be an important
step in the Aβ oligomers-to-fibrils transformation. Furthermore, 2-D correlation analysis of
infrared spectra recorded during aggregation showed that Aβ isoforms undergo different β-
sheet reorganizations explaining their distinct aggregation kinetics. Aβ1-40 misfolding seems
to be related to a greater extent of secondary structure changes (increase of β-sheet structure
while α-helices and random coil structures content decrease). On the contrary, the same
analysis for Aβ1-42 suggests that a possible β-strand ‘rotation’ triggering inter-H bonding
formation and stabilizing fibrils may probably explain the antiparallel to parallel β-sheet
conversion.
We also provided evidence that cytotoxicity is strongly related to the oligomeric antiparallel
β-sheet structure of Aβ. The concomitant absence of antiparallel β-sheet structure due to
incubation with whey protein-derived peptide hydrolysate strongly suggests that cytotoxicity
and β-sheets organization are related.
Formation of β-barrel spanning the lipid membrane has been proposed to explain this Aβ
structure-toxicity relationship. In the last part of our work, we demonstrated that the
interaction of Aβ1-42 with anionic lipid membranes creates and/or stabilizes specific-size
oligomers. These oligomers, especially the dodecamer, are known to be the most toxic.
Nevertheless, we could not show that these specific oligomers are implicated in membrane
destabilization. Further works are needed to separate and study the individual properties of
each oligomer.
Doctorat en Sciences
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Roux, Matthieu. "Structure, expression et polymorphisme du gène PRKAG3 bovin : implication dans le métabolisme musculaire et la qualité de la viande." Limoges, 2006. http://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/2fd62ada-0615-4974-a20f-b9c358ff8e5f/blobholder:0/2006LIMO0051.pdf.
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Le gène PRKAG3 code l’isoforme γ3 d’une sous-unité régulatrice de l'enzyme AMPK (AMP dependant Protein Kinase), cette kinase étant l’un des principaux médiateurs de la régulation du métabolisme des sucres et acides gras dans le muscle. Le gène PRKAG3 bovin a été entièrement séquencé et sa structure établie. Nous avons mis en évidence une très grande variabilité au niveau de la séquence du gène et de la population de transcrits. 46 polymorphismes de type SNPs ont été identifiés, six d’entre eux entraînent un changement dans la séquence protéique. L’analyse des transcrits a montré l’existence de transcrits alternatifs générés par des mécanismes d’épissage jamais observés chez le porc ou dans d’autres espèces. Ces transcrits, correspondant à des formes plus longues de l’ARNm, sont retrouvés chez tous les animaux et présentent un taux de transcription plus faible que les transcrits standards de ce gène. Une étude préliminaire visant à explorer la variabilité phénotypique des caractéristiques des viandes en comparaison avec le génotype des animaux a montré que l’un des polymorphismes serait associé statistiquement avec le taux de glycogène. Nous avons également pu mettre en évidence que l’un des polymorphismes du gène PRKAG3 est associé à une augmentation du taux de transcrits, suggérant une régulation de la transcription différente en fonction des allèles. Les 6 autres gènes codant les différentes isoformes des différentes sous-unités du complexe enzymatique ont également été caractérisés et leur polymorphisme étudié. Un taux beaucoup plus faible de polymorphisme a été détecté sur ces autres gènes, comparativement au nombre observé pour le gène PRKAG3. Une analyse quantitative des transcrits des différents gènes codant pour toutes les sous-unités de l’AMPK a été réalisée. Celle-ci nous a permis de confirmer que le transcrit du gène PRKAG3 est préférentiellement exprimé dans le muscle squelettique, l’expression des transcrits des autres gènes étant plus ubiquitaire. La qualité d’une viande est également due à une composante lipidique dans le muscle. L’étude des transcrits du gène PPARG bovin a révélé l’existence d’un mécanisme complexe d’épissage intergénique, en plus des mécanismes habituels. Celui-ci conduit à deux types de transcrits chimères entre le gène PPARG et le gène voisin TSEN2. La présence d’une protéine chimère n’a pu être mise en évidence dans les tissus bovins, cependant cette protéine a pu être produite par expression transitoire dans des cellules de mammifèreThe PRKAG3 gene encodes the γ3 isoform of a regulating sub-unit of AMPK (AMP dependent Protein Kinase) enzyme, this kinase is one of the principal mediators of the metabolism regulation of sugars and fatty acids in muscle. The bovine PRKAG3 gene was entirely sequenced and its structure established. We have identified an important variability in this gene, 46 SNPs polymorphisms were identified and six of them result in a change in the amino-acid sequence. We demonstrated the existence of alternative transcripts resulting from splicing mechanisms never observed in the pig or in other species. These longer transcripts are found in all the animals, and show a transcription rate weaker than standard ones of this gene. A preliminary association study between the phenotypic characteristics of meat and the animals’ genotype showed that one of these polymorphisms is statistically associated with the glycogen content. We could also highlight that one of the PRKAG3 gene polymorphisms is associated with an increase in the expression level, suggesting a transcription regulation that might differ from one allele to another. The six other genes encoding the differents sub-units isoforms of the AMPK complex were also characterized and screened for polymorphism. A lower level of polymorphism was detected in these genes, compared to the PRKAG3 gene. Quantitative analysis of all AMPK bovine transcripts showed that PRKAG3 is preferentially expressed in skeletal muscle whereas the other genes have an ubiquitous expression. Meat quality is also due to lipidic composition in muscle. The analysis of bovine PPARG transcripts have revealed, in addition to normal transcripts, a complex intergenic splicing mechanism, leading to two chimeric transcripts involving the PPARG gene and the neighbouring gene TSEN2. The putative chimeric protein could not be detected in bovine tissues, however this protein was transitory expressed in mammalian cells
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Papa, G. "PLANT CELL WALL NANO-SCALE STRUCTURE AND ITS IMPLICATION IN DETERMINING ORGANIC MATTER RECALCITRANCE IN SOIL AND BIOFUEL PRODUCTION." Doctoral thesis, Università degli Studi di Milano, 2012. http://hdl.handle.net/2434/170276.
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The work presented in this PhD Thesis aims to investigate the nature of the recalcitrance of plant tissues, i.e the natural resistance of plant cell walls to biodegradation, because despite extensive researches, a purely mechanistic root to recalcitrance phenomenon is still missing. The work started from the idea that biochemical catalyses are limited in their actions because of the complex macroscopic and, above all, microscopic structures of cell wall, that limit mass transportation.
The studies were conducted by taking in consideration the role of recalcitrance in two specific contexts. The first context is strongly related to soil because of the important role of recalcitrance in short-term soil organic matter turnover as condition for the maintenance of soil quality. The results indicated that the nature of recalcitrance is greatly dependent upon the ultra-structural distribution of macromolecules characterizing plant tissues. In particular, we showed that the ultra-structure of plant cell wall influenced its degradability in soil and that physical structure at nanometer scale (i.e micropore surface area) constitutes an important factor in determining the biochemical recalcitrance.
Secondly, we studied the nature of recalcitrance related to enzymatic hydrolysis of cellulose to produce glucose for biofuel production. The results, in agreement with those reported in the first part of work, indicated that recalcitrance was due to the three-dimensional (3D) structure of the cell wall that determines the presence of microporous “sheath” structure and therby modulating enzymes penetration in the cell wall.
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Lambert, Matthias. "Caractérisation du rôle de la O-N-acétyl-glucosaminylation dans la structuration sarcomérique du muscle squelettique et de son implication dans certaines pathologies musculaires." Thesis, Lille 1, 2016. http://www.theses.fr/2016LIL10066/document.
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La structuration sarcomérique, essentielle au muscle squelettique, est remarquablement organisée par de nombreuses protéines myofilamentaires interagissant entre elles. Plusieurs de ces protéines sont modifiées par une glycosylation atypique, la O-N-acétyl-β-D-glucosaminylation (O-GlcNAcylation), similaire en certains aspects à la phosphorylation et connue pour être un modulateur de l’activité contractile. Cependant à ce jour, son rôle dans l’organisation sarcomérique n’a pas été caractérisé. Lors de cette thèse, des traitements pharmacologiques appliqués sur des myotubes C2C12 ont permis de moduler de manière sensible et dynamique le taux de O-GlcNAcylation du myofilament, associé à des changements de la morphométrie du sarcomère et à des remaniements de certains complexes protéiques incluant des protéines structurales clé du sarcomère. En particulier, l’interaction entre la desmine et son chaperon moléculaire, l’αB-cristalline, était modulée dépendamment de la O-GlcNAcylation dans un dialogue étroit et complexe avec la phosphorylation. De plus, certains sites de O-GlcNAcylation ont été localisés sur des protéines myofilamentaires telles que la desmine au niveau d’un site connu pour être muté dans les desminopathies, l’αB-cristalline dans un domaine d’interaction avec la desmine, et la titine où plusieurs sites ont été identifiés en cluster dans un domaine d’interaction essentiel. L’ensemble de ces résultats démontrent que la O-GlcNAcylation est impliquée dans la structure du sarcomère et de son interactome, et amènent de nouvelles données quant à la compréhension de la physiopathologie de certaines maladies musculaires caractérisées par une désorganisation du sarcomèreThe sarcomere structure, essential for skeletal muscle, is strikingly organized by several protein-protein interactions between myofilament proteins. Many of them are modified by an atypical glycosylation, the O-linked N-acetyl-glucosaminylation (O-GlcNAcylation), similar in some aspects to phosphorylation, and known to be a modulator of the contractile activity. However to date, its role in sarcomeric organization remains to be considered. In this Ph.D, some pharmacological treatments applied to C2C12 myotubes have modulated the global O-GlcNAc level of the myofilament-enriched fraction in a dynamic and sensitive manner, associated to changes of the sarcomeric morphometry and of some protein complexes including key structural proteins of the sarcomere. Notably, the interaction between desmin and its molecular chaperone, αB-crystallin, have been modulated depending on the O-GlcNAcylation within an extensive crosstalk and interplay with phosphorylation. Moreover, some O-GlcNAc sites have been located in myofilament proteins, such as desmin in a site known to be mutated in desminopathy, αB-crystallin within a desmin binding domain, and titin where some O-GlcNAc sites have been identified in cluster within an essential interaction domain. Taken together, the results suggested that O-GlcNAcylation is involved in sarcomeric structure and its interactome. This work provide new insights in the understanding of the physiopathology of some muscular diseases where the sarcomere is disorganized
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Hellec, Charles. "Implication des héparanes sulfates 3-O-sulfotransférases (HS3STs) dans les processus cellulaires associés au cancer." Thesis, Lille 1, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL1S107/document.
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Les héparanes sulfates (HS) sont des polysaccharides linéaires dont l’état de sulfatation détermine les propriétés biologiques. La dernière étape de leur maturation est catalysée par les HS 3-O-sulfotransférases (HS3STs), qui sont représentées par sept isoenzymes. La fonction de ces enzymes dans la progression tumorale reste controversée. C’est dans ce contexte que nous avons étudié leur rôle en utilisant la lignée de cancer du sein MDA-MB-231.Nous avons montré que l’expression transitoire des HS3ST2, 3B et 4 augmente la prolifération et la survie des cellules, ce qui est associé à une suractivation de Src et Akt. En complément, nous avons observé une augmentation de l’activation de la voie NF-κB et de l’expression de protéines anti-apoptotiques. Ces réponses ont été corrélées à une résistance accrue des cellules transfectées à la mort induite par des stimuli pro-apoptotiques ou par les cellules NK. Ces premiers résultats suggèrent que les HS 3-O-sulfatés pourraient avoir un rôle protecteur contre le système immunitaire. La neuropiline-1 a récemment été décrite comme un ligand des HS 3-O-sulfatés. Nous avons donc poursuivi notre étude en analysant le rôle de ce co-récepteur dans des cellules exprimant stablement la HS3ST3B. L’invalidation d’expression de la neuropiline-1 réduit la prolifération et la survie des cellules transfectées, ainsi que l’activation de Src et Akt. Ces derniers résultats suggèrent que les propriétés pro-tumorales des HS modifiés par la HS3ST3B sont dépendantes de leur interaction avec la neuropiline-1. Dans leur ensemble, nos travaux suggèrent que l’expression de certaines HS3STs dans les cellules cancéreuses pourrait être de mauvais pronosticHeparan sulfate (HS) is a linear polysaccharide in which the sulfation pattern determines the biological properties. The last step of HS maturation is catalyzed by the HS 3-O-sulfotransferases (HS3ST), which are represented by seven isozymes. The functions of HS3STs in cancer progression are still controversial. In this context, we focused our investigations on the roles of these enzymes in MDA-MB-231 breast cancer cells. First, we found that transient expression of HS3ST2, 3B and 4 enhanced their proliferation and survival. It turns out that these effects are related to an increase in the activation of Src and Akt. Complementary to this, we observed an increase in the activation of the NF-κB pathway and the expression of anti-apoptotic proteins. In line with these findings, we showed that HS3ST-transfected cells were more resistant to cell death induced by pro-apoptotic stimuli or NK cells. These results suggest that, in addition to increasing cellular growth, 3-O-sulfated HS can also protect cancer cells against the immune system. Neuropilin-1 was recently described as a preferential ligand of 3-O-sulfated HS. Thus, we investigated the role of this co-receptor in MDA-MB-231 cells that carry a stable expression of HS3ST3B. We demonstrated that silencing neuropilin-1 resulted in reduced proliferation and survival, which was associated with a strong decrease in Src and Akt activation. These last results support a model in which HS3ST-modified HS may display tumor-promoting functions through the interaction with neuropilin-1. Overall, our findings suggest that the expression of certain HS3STs in cancer cells could be associated with a bad prognosis
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Segret, Audrey. "Implication de la chimiokine CXCL12 et de ses récepteurs CXCR4 et CXCR7 dans le coeur sain et en situations pathologiques." Paris 5, 2007. http://www.theses.fr/2007PA05P619.
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Les chimiokines sont impliquées dans la chimioattraction. Dans le domaine cardiovasculaire, des études ont suggéré que les chimiokines pourraient être des médiateurs de la fonction cardiaque. L’objectif de ma thèse a été de définir dans le tissu cardiaque, le rôle de la chimiokine CXCL12 à travers sa liaison à chacun de ses récepteurs : CXCR4 et CXCR7. Les travaux présentés dans ce mémoire ont permis de mettre en évidence pour la première fois : l’expression protéique et la localisation dans les cardiomyocytes de l’isoforme spécifique CXCL12g et des récepteurs CXCR4, CXCR7, suggérant que cette chimiokine pourrait à travers ses récepteurs agir selon un système autocrine/paracrine. CXCL12 via ses deux récepteurs CXCR4 et CXCR7 apparaît comme un acteur incontournable dans l’organogenèse comme dans la fonction normale et pathologique du cœurChemokines are involved in chemoattraction. Some studies realized on normal heart and during cardiac pathological condition suggested that these proteins could be considered as key protein of cardiac fonction. The purpose of my thesis was to define in cardiac tissue the role of the chemokine CXCL12 via its interaction with these two receptors: CXCR4 and CXCR7. Findings presented in this report show for the first time that the protein expression and localization of CXCL12g isoforme and CXCR4 CXCR7 receptors in cardiac myocytes suggested that CXCL12 could acts via these two receptors as an autocrine/paracrine system. The chemokine CXCL12 via its two receptors CXCR4 and CXCR7 represented a key protein in the cardiac organogenesis as in normal and pathological cardiac function
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Chazara, Trokiner Olympe. "Diversité génétique structurale et fonctionnelle du CMH chez le Poulet : Implication pour la résistance aux maladies." Phd thesis, AgroParisTech, 2010. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00601989.
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Le complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) est une région génomique complexe des Vertébrés, encore imparfaitement connue chez le poulet, qui présente à certains locus une très grande variabilité génétique et qui joue un rôle central dans l'organisation de la réponse immunitaire d'un animal aux pathologies infectieuses. Le CMH est également une région de choix pour étudier le déterminisme génétique de l'adaptation aux agents pathogènes dans un contexte évolutif. De plus une meilleure connaissance du déterminisme génétique de la réponse immunitaire contre les agents pathogènes est un atout important pour développer une stratégie globale de lutte contre les maladies infectieuses. Nous avons donc entrepris d'utiliser les récents outils de la génomique, notamment des marqueurs génétiques de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) afin de caractériser la région B du CMH du poulet. En premier lieu, la diversité génétique a été évaluée dans plus de 80 races ou populations en utilisant le marqueur LEI0258. Ensuite, afin de couvrir l'ensemble de la région à l'aide de marqueurs SNPs, nous avons choisi d'identifier ces polymorphismes par reséquençage de 11 gènes d'intérêt et par comparaison des séquences obtenues entre elles et avec la séquence du génome et les séquences de référence disponibles dans les bases de données. En parallèle, ces travaux ont également permis d'améliorer la connaissance de certains gènes, notamment trois gènes de classe II non classiques de type DM. Une puce de 96 SNPs dédiée à la région B du CMH du poulet a été produite et devrait rapidement permettre d'exploiter des études d'infections expérimentales réalisées à l'INRA.
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Chazara, Olympe. "Diversité génétique structurale et fonctionnelle du CMH chez le Poulet : implication pour la résistance aux maladies." AgroParisTech, 2010. https://pastel.hal.science/index.php?halsid=35l606vho81sjdsfhrtdi0bke1&view_this_doc=pastel-00601989&version=1.
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Le complexe majeur d'histocompatibilité (CMH) est une région génomique complexe des Vertébrés, encore imparfaitement connue chez le poulet, qui présente à certains locus une très grande variabilité génétique et qui joue un rôle central dans l'organisation de la réponse immunitaire d'un animal aux pathologies infectieuses. Le CMH est également une région de choix pour étudier le déterminisme génétique de l'adaptation aux agents pathogènes dans un contexte évolutif. De plus une meilleure connaissance du déterminisme génétique de la réponse immunitaire contre les agents pathogènes est un atout important pour développer une stratégie globale de lutte contre les maladies infectieuses. Nous avons donc entrepris d'utiliser les récents outils de la génomique, notamment des marqueurs génétiques de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism) afin de caractériser la région B du CMH du poulet. En premier lieu, la diversité génétique a été évaluée dans plus de 80 races ou populations en utilisant le marqueur LEI0258. Ensuite, afin de couvrir l'ensemble de la région à l'aide de marqueurs SNPs, nous avons choisi d'identifier ces polymorphismes par reséquençage de 11 gènes d'intérêt et par comparaison des séquences obtenues entre elles et avec la séquence du génome et les séquences de référence disponibles dans les bases de données. En parallèle, ces travaux ont également permis d'améliorer la connaissance de certains gènes, notamment trois gènes de classe II non classiques de type DM. Une puce de 96 SNPs dédiée à la région B du CMH du poulet a été produite et devrait rapidement permettre d'exploiter des études d'infections expérimentales réalisées à l'INRAThe major histocompatibility complex (MHC) is a complex genomic region in Vertebrates, still imperfectly known in the chicken and which shows a great genetic variability. The MHC is also an interesting region for studying the genetic determinism of adaptation to pathogens in an evolutionary context. Moreover, the MHC plays a central role in the immune response of an animal to infectious diseases, while a better understanding of the genetic determinism of the immune response against pathogens is important for developing a comprehensive strategy to fight against infectious diseases. We therefore used recent tools of genomics, including genetic markers such as SNPs (Single Nucleotide Polymorphism) to characterize the B region of the chicken MHC. First, genetic diversity has been evaluated in more than 80 breeds or populations with the LEI0258 marker. Then, to cover the entire region using SNP markers, we chose to identify these polymorphisms by resequencing 11 genes of interest and comparing the sequences obtained with the genome sequence and reference sequences available in databases. It also led to the improvement of the knowledge of a number of genes, including three DM-like non-classical class II genes. A 96 SNPs chip, dedicated to the B region of the chicken MHC, has been produced and will soon provide the genotypes of a number of infectious challenge studies conducted at INRA
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Kassis, Josiane. "Le transporteur de médicaments anticancéreux, ABCG2, et son implication dans la chimiorésistance : étude structurale et mécanistique." Thesis, Lyon, 2019. http://www.theses.fr/2019LYSE1189.
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ABCG2 ou BCRP est une protéine membranaire de la famille des transporteurs ABC. Elle utilise l’énergie de l’hydrolyse de l’ATP pour exporter des composés endogènes et exogènes hors des cellules. Elle participe ainsi à la protection et la détoxication de l’organisme. En revanche, dans le cas des cellules cancéreuses, elle est surexprimée et participe donc au phénotype de résistance à de multiples médicaments (MDR : Multi Drug Resistance). En effet, lors de la surexpression de cette protéine, les agents anti-cancéreux sont exportés hors des cellules tumorales, ce qui diminue leurs concentrations intracellulaires sous leurs seuils de cytotoxicité et les rend inefficaces. De par l’importance d’ABCG2 dans la chimiorésistance, de nombreux efforts sont effectués pour concevoir des inhibiteurs afin de restaurer la sensibilité des cellules cancéreuses. Dans ce contexte, le projet de thèse vise à caractériser ABCG2 sur les plans structural et fonctionnel afin de comprendre son mécanisme d’action. La protéine ABCG2 exprimée chez E. coli, a été purifiée, sous forme stable et homogène et le rendement est de 1,5 mg de protéine par litre de culture. La caractérisation fonctionnelle de celle-ci témoigne de son repliement correct. En effet, il a été démontré qu’elle est capable de fixer différents substrats (naturels et agents anti-cancéreux) avec des affinités différentes. Des essais préliminaires de cristallisation ainsi que des observations par microscopie électronique révèlent des résultats encourageants pour la suite de la caractérisation structuraleABCG2 or BCRP is a membrane protein that belongs to the ABC transporter family. It uses the hydrolysis energy of ATP to export endogenous and exogenous compounds out of cells. It is thus involved in the protection and detoxification of the body. However, it is overexpressed by cancer cells and participates in the multidrug resistance phenotype (MDR); in fact, anti-cancer agents are exported out of the tumor cells, which reduce their concentration below their cytotoxicity threshold and renders them ineffective. Because of its importance in chemoresistance, many efforts are made to design inhibitors to restore the sensitivity of cancer cells. In this context, the PhD project aims to characterize ABCG2 at structural and functional levels in order to understand its mechanism of action. We have succeeded in purifying ABCG2 expressed in E. coli, the protein obtained is stable and homogeneous, with a yield of 1.5 mg of protein per liter of culture. The functional characterization of ABCG2 demonstrates its correct folding. In fact, we have demonstrated that it is able to bind different substrates (natural and anti-cancer agents) with different affinities. Preliminary crystallization assays and electron microscopy observations reveal encouraging results for subsequent structural characterization
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Cameros, Brian (Brian Leigh) 1971. "Crystal structure of a mutation in the HIV gp41 core : effect on a deep cavity and implication for drug development." Thesis, Massachusetts Institute of Technology, 1999. http://hdl.handle.net/1721.1/85354.
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Mougel, Christophe. "Structure génétique des populations d'Agrobacterium spp : effet sélectif de la plante et implication dans la diffusion conjugative du plasmide Ti." Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO19002.
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Shah, Siddharth Prakashchandra. "LIPID COMPOSITIONS OF MICROBIAL ORGANISMS ISOLATED FROM EXTREME ENVIRONMENTS AND THEIR IMPLICATION IN THERMO STABILITY OF BACTERIAL CELL MEMBRANE STRUCTURE." Diss., Temple University Libraries, 2016. http://cdm16002.contentdm.oclc.org/cdm/ref/collection/p245801coll10/id/419298.
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ChemistryPh.D.
Microorganisms with an ability to thrive in harsh environments are referred as “extremophiles”. With advances in biotechnology, interest has grown in the extremophile research because of their unique macromolecules’ characteristics due to their growth environments. Over last decade, researchers have isolated many extremophiles from environments like volcano, salt lakes, hydrothermal vents, deep oceans, Antarctica glaciers etc. Macromolecules of these extremophiles are responsible for their survival in extreme environments. In this research work we have isolated lipid molecules from three different microorganisms. 1) GWE1 strain, a thermophilic bacterium, isolated from dark crusty material from sterilization ovens. 2) 7L strain, a thermophilic bacterium, isolated from Chilean Copahue Volcano. 3) I1P strain, a facultative anaerobe of the family Enterobacteriaceae, recently isolated from Antarctica. Complex lipid arrangement and/or type in the cell membrane are known to affect thermostability of microorganisms and efforts were made to understand the chemical nature of the polar lipids of membrane. In this work, we extracted total lipids from cell membrane, separated them by TLC into various fractions and characterize the lipid structures of fractions with analytical tools such as 1H, 13C, 31P and 2D NMR spectroscopy, ATR-FTIR spectroscopy and MSn spectrometry. In GWE1 strain, we were able to identify glycerophosphoethanolamine, glycerophosphate, glycerophosphoglycerol and cardiolipin lipid classes and an unknown glycerophospholipid class with novel MS/MS spectra pattern. We have also noticed the presence of saturated iso-branched fatty acids with NMR spectra in individual lipid classes. In case of I1P strain, we have identified glycerophosphoglycerol, glycerophosphoethanolamine, glycerophosphate, and acyl glycerophosphoglycerol lipid classes with unsaturated fatty acids in their structure, which could be one of the many reasons for survivability at lower temperatures. In case of 7L strain, we were able to identify glycerophosphoglycerol, cardiolipin, glycerophosphoethanolamine and glycerophosphate lipid classes with saturated iso branched fatty acids. FAME analysis revealed iso-15:0 (52.29 %) and iso-17:0 (18.64 %) as major fatty acyl chains. We did not observe major difference in polar head group composition of lipid classes between thermophiles (GWE1 and 7L) compare to psychrophiles (I1P). Major difference among these three strains was in fatty acid composition of lipid molecule. Both thermophiles showed presence of lipids with long chain saturated fatty acids while I1P showed presence of lipid molecule with unsaturated fatty acid chain. Lipids made of unsaturated fatty acids have lower melting points and they introduce kink in the cell membrane structure. At lower temperatures, these effects allow membrane to maintain fluidity and its functionality, which in turn allows the microorganism to grow at lower temperature. Lipids made with saturated iso branched fatty acid chain have higher melting points and they pack together densely in cell membrane. At high temperature because of higher melting point and dense packing, membrane fluidity is not affected and this effect allows microorganism to grow at the higher temperature. We believe that change in fatty acid composition is one of the many reasons for these microorganisms to survive the extreme condition. Thermostability of the other macromolecules (DNA, enzyme) of these extremophiles is not studied in this dissertation.
Temple University--Theses
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He, Yulin, and 何雨霖. "Petrogenesis of the devonian high-Mg rock association and its tectonic implication for the Chinese Altai orogenic belt, NW China." Thesis, The University of Hong Kong (Pokfulam, Hong Kong), 2014. http://hdl.handle.net/10722/211107.
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Qi, Fazheng. "Structural styles of the Jeanne d'Arc basin, Grand Banks, offshore Newfoundland, and their implication for petroleum exploration." Thesis, McGill University, 1989. http://digitool.Library.McGill.CA:80/R/?func=dbin-jump-full&object_id=61796.
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Diallo, Mahamadou. "Evolution tectonique de la partie Malienne de la boutonnière de Kédougou-Kéniéba (BKK) : implication pour la minéralisation en or." Thesis, Toulouse 3, 2019. http://www.theses.fr/2019TOU30319.
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Les formations paléoproterozoiques du craton ouest africain sont reconnues pour leur potentiel minier important. La boutonnière de Kédougou-Kéniéba (BKK) renferme plusieurs gisements importants dans un contexte litho-tectonique complexe. Le déchiffrement du contexte litho-tectonique de ces formations permet d’améliorer notre compréhension de l'évolution de cette partie du craton. Ce travail présente l’évolution litho-tectonique de la BKK basée sur l’intégration de données multiples : les données géophysiques aéroportées, gravimétriques, géochronologique et de terrain associées à l’analyse métallogénique de gisements au sein de la partie malienne de la BKK. Les résultats de cette intégration permettent de fournir une nouvelle carte litho-structurale de la partie malienne de la BKK. Dans une première partie, la structure régionale de l’ensemble de la BKK a été analysée sur la base de l’interprétation des données aéromagnétiques et gravimétriques. Cette analyse et la caractérisation de la première phase de déformation dans la ceinture de Mako a permis de montrer que les formations métavolcaniques et plutoniques de Mako sont antérieures aux métasédiments et d’obtenir une meilleure définition des limites des formations. L’interprétation des données aéromagnétiques et gravimétriques a permis de mettre en évidence plusieurs nouvelles structures qui n’avaient encore jamais été identifiées dans la BKK. Elles ont été confirmées à partir de la méthode des « worms gravimétriques » et leur pendage a été déterminé. Il est également démontré à partir de ces données géophysiques que la BKK s'étend à l'est sous le bassin de Taoudeni mais pas à l'ouest, où il est limité par la ceinture panafricaine des Mauritanides. L'extension vers l'est de la BKK a été déduite à partir de la continuité d'anomalies aéromagnétiques et gravimétriques à orientations et caractéristiques similaires des deux côtés de la limite entre le bassin de Taoudeni et la BKK. Dans une deuxième partie, la validation de l’interprétation des données aéromagnétiques et gravimétriques a fait l’objet de discussion sur la base de campagnes de terrain. Ces travaux de terrain ont été menés dans la partie malienne de la BKK et une base de données lithologique et structurale a été construite. Ces données de terrain combinées à l’interprétation géophysique ont permis de contrôler, valider et de fournir la nouvelle carte litho-tectonique de la partie malienne de la BKK. L’agencement spatio-temporel 2D des différentes lithologies et structures de la nouvelle carte a été défini à partir de l’analyse de coupes géologiques réalisées sur la carte produite. Les roches volcaniques de Mako affleurent à l’ouest et les roches sédimentaires de Dialé-Daléma et de Kofi à l’est. Les roches volcaniques et sédimentaires sont affectées par une structure polyphasée avec une schistosité S2 subverticale de plan axial de plis isoclinaux droits transposant la foliation S0-1. Cette déformation intense transpose les contacts lithologiques et ne permet pas d’identifier la nature du contact initial entre les roches volcaniques et les roches sédimentairesPaleoproterozoic formations of the West African Craton are recognized for their significant mineral potential. The Kédougou-Kéniéba Inlier (KKI) contains several world-class deposits in a complex litho-tectonic context. The deciphering of the litho-tectonic context of these formations led us to improve our understanding of the evolution of this part of the craton. This work outlines the litho-tectonic evolution of the KKI based on the integration of multiple data including airborne magnetics, ground gravity, geochronological and field data associated with the metallogenic analysis of deposits within the Malian part of the KKI. The results of this integration led us to produce a new litho-structural map of the Malian part of the KKI. Firstly, the regional structure of the KKI was investigated based on the interpretation of aeromagnetic and gravimetric data. These interpretations and the characterization of the first phase of deformation within the Mako belt indicate that the Mako metavolcanic formations predate the metasediments by and provide better constrain the limits of formations. The interpretation of the aeromagnetic and gravimetric data highlight several new structures which have never been identified in the KKI. These structures were confirmed using the “gravimetric worms” method and their dip has been determined. It is also demonstrated from the analyses of geophysical data that the KKI extends to the east, underneath the Taoudeni basin, but not to the west, where it is limited by the Mauritanides belt. The eastward extension of the KKI was deduced from the continuation of anomalies with similar orientation and characteristics at both sides of the KKI-Taoudeni basin boundary. Subsequently, the confirmation of the interpretation of aeromagnetic and gravimetric data was discussed on the basis of field campaigns. These field works were carried out in the Malian part of the KKI and a lithological and structural database was built. These field data combined with geophysical interpretation enabled us to control, validate and provide the final new litho-tectonic map of the Malian part of the BKK. The 2D spatio-temporal relationship of the different lithologies and structures of the new map was defined from the analysis of geological sections made on the produced map. The volcano-plutonic Mako belt outcrops to the west and the sedimentary series of Dialé-Daléma and Kofi to the east. The volcano-plutonic and sedimentary rocks are affected by polyphased deformation events with a subvertical S2 schistosity of axial plane of isoclinic folds transposing the S0-1 foliation. This polyphase deformation transposes the lithological contacts and impedes the characterization of the nature of the initial contact between the volcano-plutonic and the sedimentary rocks
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Debarbieux, Denis. "Modélisation et requêtes des documents semi-structurés : exploitation de la structure de graphe." Phd thesis, Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00619303.
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La notion de données semi-structureées est liée au monde du web. On appelle donnée semi-structurée une donnée dont le schéma n'est pas défini a priori. Par exemple, il peut s'agir d'une page HTML, d'un site Web tout entier ou encore d'un document XML. Cette thèse étudie les requêtes sur les données modélisées par des graphes. Plus précisément, on s'intéresse à différents langages de requêtes associés. Dans le cas des graphes orientés, on utilise des techniques de réécriture et d'automates pour étudier - à des fins d'optimisation de requêtes - les contraintes d'inclusions. Elles portent sur les chemins qui permettent de naviguer dans la donnée. Par ailleurs, on génère un index d'une donnée qui préserve toutes les contraintes d'inclusions. Ensuite, on étend cette étude pour obtenir le concept de requête graphe. Appliqué au cas des documents "XML coloré", elles permettent d'étudier formellement l'expressivité et la complexité de langages de requêtes inspirés de XPath et de XQuery. Enfin, les résultats théoriques sont validés par des expérimentations.
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Macheboeuf, Pauline. "Caractérisation structurale et fonctionnelle de PBP1b de Streptococcus pneumoniae et son implication dans la découverte de nouveaux inhibiteurs." Phd thesis, Université Joseph Fourier (Grenoble), 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00115254.
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Streptococcus pneumoniae, pathogène majeur de la sphère oro-pharyngée, résiste fréquemment aux antibiotiques de la famille des ?-lactamines généralement administrés dans les infections associées à ce pathogène. Les cibles de ces antibiotiques sont des enzymes responsables de la biosynthèse du peptidoglycane bactérien, les Penicillin-Binding Proteins (PBP) dont la structure du site actif est modifiée dans le cas de souches résistantes aux antibiotiques. Dans un premier temps, la résolution de la structure à haute résolution par cristallographie des rayons X de PBP1b, une des trois PBP bifonctionnelles du pneumocoque, a mis en évidence un phénomène de réorganisation structurale du site actif de la molécule en fonction de son interaction avec un pseudo-substrat de la réaction. Ce résultat nous a permis de proposer que l'ouverture du site actif joue un rôle clef lors du processus de division cellulaire. Dans un deuxième temps, nous avons résolu les structures de complexes entre PBP1b et de nouvelles molécules inhibitrices, ce qui permet d'ouvrir la voie de la mise au point rationnelle de nouveaux médicaments. Pour finir, nous avons caractérisé le domaine glycosyltransférase de PBP1b ,qui représente une nouvelle cible moléculaire pour le développement de nouveaux antibactériens, notamment par diffusion de rayons X aux petits angles (SAXS). Cette approche originale nous a permis de proposer un modèle d'organisation et de repliement de ce domaine au sein de ces protéines.