Дисертації з теми "I-motif DNA"
Оформте джерело за APA, MLA, Chicago, Harvard та іншими стилями
Ознайомтеся з топ-22 дисертацій для дослідження на тему "I-motif DNA".
Біля кожної праці в переліку літератури доступна кнопка «Додати до бібліографії». Скористайтеся нею – і ми автоматично оформимо бібліографічне посилання на обрану працю в потрібному вам стилі цитування: APA, MLA, «Гарвард», «Чикаго», «Ванкувер» тощо.
Також ви можете завантажити повний текст наукової публікації у форматі «.pdf» та прочитати онлайн анотацію до роботи, якщо відповідні параметри наявні в метаданих.
Переглядайте дисертації для різних дисциплін та оформлюйте правильно вашу бібліографію.
Jolad, Vandana V. "Structure and dynamics of a DNA i-motif." Thesis, University of Leeds, 2005. http://ethos.bl.uk/OrderDetails.do?uin=uk.bl.ethos.414277.
Повний текст джерелаCui, Yunxi. "Regulation Analysis of DNA G-quadruplex and i-Motif bySingle-Molecule Laser Tweezers." Kent State University / OhioLINK, 2016. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=kent1480231076937581.
Повний текст джерелаDay, Henry. "Investigating the effect of small molecule ligands and cations on i-motif DNA." Thesis, University of East Anglia, 2015. https://ueaeprints.uea.ac.uk/53444/.
Повний текст джерелаButcher, David S. "Thermodynamics and Kinetics of Ligand Photodissociation in Heme Proteins and Formation of DNA i-Motif." FIU Digital Commons, 2017. http://digitalcommons.fiu.edu/etd/3259.
Повний текст джерелаBenabou, Zdaou Sanae. "Application of analytical and chemometric methodologies to study complex bioanalytical processes involving DNA i-motif structures." Doctoral thesis, Universitat de Barcelona, 2018. http://hdl.handle.net/10803/663796.
Повний текст джерелаLa estructura de l’ADN coneguda com “i-motif” es forma en seqüències riques en bases citosina (C). L’esquelet de l’i-motif està format per parells de bases C·C+ intercalats i estabilitzats per ponts d’hidrogen. S'ha demostrat la formació in vitro d'aquesta estructura en seqüències d'ADN corresponents a les regions promotores de diversos oncògens, com el c-kit, el c-myc o el bcl-2. Recentment, s'ha demostrat la primera evidència de la seva presència in vivo. La present Tesi Doctoral tracta de l'aplicació de metodologies analítiques i quimiomètriques per estudiar processos bioanalítics complexos que en els que intervenen aquestes estructures. Les seqüències estudiades corresponen a les regions promotores dels gens nmyc i SMARCA4. D'una banda, s'ha estudiat l'estabilitat de les estructures formades per aquestes seqüències segons variacions de pH, temperatura, força iònica o presència de lligands en condicions d'estat estacionari. D'altra banda, s'ha avaluat el potencial d'espectroscòpia ultraràpida per a l'estudi de processos cinètics ràpids provocats per la llum. Al llarg de la Tesi, els mètodes de resolució multivariant, ja sigui basats en models flexibles, rígids o híbrids, s'han utilitzat àmpliament per modelitzar els processos d'interès. Els estudis d'estat estacionari han demostrat que l'estabilitat davant el pH o les variacions de temperatura de les tres diferents seqüències riques en citosina esmentades anteriorment depèn molt del nombre de parells de bases de C·C+, però també de la contribució d'altres factors, com ara la composició de la base i la longitud dels bucles. A partir d'estudis ultraràpids, el procés fotoquímic induït per la irradiació de llum UV i l'IR d'escaneig ràpid s'ha relacionat amb la formació de fotoproductes dimèrics en seqüències plegades i desplegades. L'estudi dels processos seguits mitjançant fluorescència resolta en el temps ha demostrat l’existència de més d’una espècie associada amb l’estructura i-motif en el cas de les seqüencies curtes. Finalment, l'aplicació de mètodes de resolució multivariant, basats tant en models rígids o flexibles, han permès extreure informació química valuosa dels processos evolutius de l'ADN. A més, s'ha demostrat que l'adaptació i l'aplicació del modelatge híbrid ha permet calcular les constants cinètiques i detectar transicions dependents de la temperatura.
Kendrick, Samantha Lynn. "Characterization and Molecular Targeting of the Bcl-2 i-Motif for Modulation of Gene Expression and Induction of Chemosensitivity in Lymphoma." Diss., The University of Arizona, 2010. http://hdl.handle.net/10150/193638.
Повний текст джерелаJonchhe, Sagun. "SINGLE-MOLECULE MECHANOCHEMICAL STUDY OF DNA STRUCTURES INSIDE NANOCONFINEMENT." Kent State University / OhioLINK, 2021. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=kent1626344589505522.
Повний текст джерелаUribe, Diana Judith. "Defining the Role of Secondary DNA Structures and Transcription Factors on the Transcriptional Control of the HIF-1alpha and VEGF Promoters." Diss., The University of Arizona, 2011. http://hdl.handle.net/10150/145466.
Повний текст джерелаSelvam, Sangeetha. "Molecular Population Dynamics of DNA Tetraplexes using Magneto-Optical Tweezers." Kent State University / OhioLINK, 2018. http://rave.ohiolink.edu/etdc/view?acc_num=kent1516742116760289.
Повний текст джерелаBrown, Robert Vincent. "The Regulatory Significance and Molecular Targeting of Novel Non-B-DNA Secondary Structures Formed from the PDGFR-Beta Core Promoter Nuclease Hypersensitivity Element." Diss., The University of Arizona, 2014. http://hdl.handle.net/10150/337361.
Повний текст джерелаPataskar, Shashank S. "Structure Function Studies Of Biologically Important Simple Repetitive DNA Sequences." Thesis, Indian Institute of Science, 2000. http://hdl.handle.net/2005/261.
Повний текст джерелаPataskar, Shashank S. "Structure Function Studies Of Biologically Important Simple Repetitive DNA Sequences." Thesis, Indian Institute of Science, 2001. https://etd.iisc.ac.in/handle/2005/261.
Повний текст джерелаCristofari, Camilla. "Non Canonical structures within MYC and BCL2 oncogenes: novel targets for gene expression modulation." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2019. http://hdl.handle.net/11577/3422715.
Повний текст джерелаOggigiorno una delle “piaghe” che affligge maggiormente la popolazione mondiale è il cancro. Il trattamento di queste forme neoplastiche sfrutta agenti chemioterapici e radioterapici, caratterizzati da numerose limitazioni legate ai notevoli effetti collaterali, alla tossicità e alla selezione di fenotipi resistenti a tali terapie. Ciò ha portato allo sviluppo delle targeted therapy, che sfruttano entità chimiche (small molecules, anticorpi monoclonali, miRNA, siRNA ecc.) selettive per un bersaglio molecolare caratteristico del fenotipo tumorale. Nonostante più mirati anche questi approcci presentano degli effetti collaterali Pertanto la modulazione dell’espressione genica che sfrutta la capacità degli acidi nucleici di assumere differenti conformazioni, definite non canoniche, ha destato sempre più interesse. Tra le possibili strutture non canoniche di notevole interesse sono le conformazioni tetraelicoidali note come G-quadruplex (G4) e i-Motif (iM). La struttura G4 è propria di sequenze di DNA e RNA contenenti un’elevata abbondanza di guanine consecutive che, mediante legami a idrogeno di tipo Hoogstein, generano delle strutture planari chiamate tetradi. Dall’’impilamento di due o più tetradi si genera la struttura a tetraelica. Poiché il DNA è una doppia elica, il filamento complementare a queste regioni G ricche presenta un’elevata abbondanza di citosine. Anche questi domini in particolari condizioni ambientali, possono generare una conformazione tetraelicoidale, nota come i-Motif. A differenza del G4, il building block dell’intera struttura è un dimero di citosine stabilizzato dalla presenza di tre legami a idrogeno. In vivo l’esistenza di queste conformazioni, genera una sorta d’ingombro sterico a livello del DNA e ciò presuppone un effetto d’inibizione/attivazione del processo di elongazione del telomero o del processo trascrizionale. Sotto la supervisione del Dott. Laurence J. Hurley, è stata implementata la caratterizzazione strutturale della stringa di citosine contenute nel promotore del gene MYC. In seguito un selezionato ligando è stato testato con l’idea di poter modulare il processo di folding/unfolding alla base dell’attivazione trascrizionale. Infine, l’effetto mediato da questo composto sul processo apoptotico è stato preso in considerazione lavorando su una selezionata linea cellulare. Di notevole interesse sono le regioni GC-ricche contenute nella porzione non tradotta del trascritto primario (mRNA). Sulla base di ciò, in questo progetto, sono state prese in considerazioni, le stringhe di guanina e citosina contenute nella regione del 5’-UTR, sia a livello del DNA sia del RNA, del gene BCL2. Inizialmente è stato condotto uno studio di caratterizzazione sulle sequenze minimali dBcl2_G, dBcl2_C e rBcl2_G. In seguito è stato preso in considerazione l’effetto della presenza di nucleotidi adiacenti sul processo di folding verso il G-quadruplex (dBcl2_G + 3WC, rBcl2_G + 3WC e rBcl2_48). I dati ottenuti dimostrano che le sequenze dBcl2_G e rBcl2_G sono in grado di assumere molteplici conformazioni G4. La presenza di nucleotidi addizionali modula la loro capacità di assumere queste conformazioni. In particolare, la presenza di tre appaiamenti WC impedisce parzialmente la formazione del G4 sia nel DNA, che nel RNA mentre, l’aggiunta di un maggior numero di basi (rBcl2_48) sposta l’equilibrio conformazionale verso una conformazione in forte competizione con il G4. Per la sequenza ricca di citosine, l’equilibrio conformazionale è stato valutato sia in ambiente blandamente acido, che in un ambiente che mima la condizione fisiologica. Infine, poiché negli ultimi anni è stata dimostrata la capacità di alcuni ligandi sintetici/naturali, di spostare gli equilibri conformazionali del DNA, dalla classica forma a doppio filamento, verso queste conformazioni tetraelicoidali, una selezionata libreria di composti è stata, scrinata allo scopo di individuare un ligando in grado di riconoscere e stabilizzare selettivamente una conformazione al pari di un'altra.
Gurung, Sarah Prava. "Biophysical & crystallographic studies of DNA i-motifs." Thesis, University of Reading, 2018. http://centaur.reading.ac.uk/77642/.
Повний текст джерелаViladoms, Claverol Júlia. "Formació del motiu quàdruplex bi-loop amb oligonucleòtids lineals i aplicació a la ciclació assistida per motlle." Doctoral thesis, Universitat de Barcelona, 2008. http://hdl.handle.net/10803/2821.
Повний текст джерелаUn dels objectius d'aquesta tesi doctoral era aprofundir en l'estudi del bi-loop per tal de determinar-ne els requeriments seqüencials i intentar observar-lo per primera vegada en solució amb oligonucleòtids lineals.
Inicialment s'estudià el motiu bi-loop heterolineal, format per un oligonucleòtid cíclic i un altre lineal, partint de l'heterodímer d
Per altra banda, s'ha vist que el bi-loop pot estar estabilitzat per parells no canònics, com els GT. Les dades de RMN permeten afirmar que l'octàmer cíclic d
L'observació del motiu en fragments lineals en solució seria de gran importància com a pas previ per a establir-ne la rellevància biològica. Amb aquest objectiu es dissenyaren cinc seqüències lineals derivades d'octàmers cíclics que formen bi-loops força estables però que no poden formar estructures monomèriques. D'aquestes, només dues d'elles s'estructuren en solució en forma de bi-loop: d(TGCTTCGT) i d(TCGTTGCT). La seva estructura es va determinar mitjançant dinàmica molecular restringida i s'assembla molt a totes les estructures de la mateixa família. Aquests dímers, però, són molt menys estables que el seu anàleg cíclic degut al cost entròpic de doblegar les cadenes.
El segon objectiu d'aquesta tesi era emprar el motiu bi-loop com a motlle per a la ciclació assistida. Inicialment es va assajar la ciclació d'oligonucleòtids lineals fosforilats en un dels seus extrems en presència d'un motlle cíclic que afavorís la formació d'un motiu heterolineal, sense èxit. S'observà la massa del producte de ciclació, però aquest no es va poder aïllar, de manera que es conclou que el motiu no és prou estable o és massa flexible. Posteriorment es va assajar la ciclació d'oligonucleòtids lineals fosforilats en 3' que s'autoestructuren en forma de bi-loop. Usant EDC o bromur de cianogen es va poder observar la formació del motiu tant per espectrometria de masses com per electroforesi en gel de poliacrilamida.
Per últim, s'ha intentat aplicar la ciclació assistida per motlle a la fase sòlida, per superar les limitacions de mida del cicle i aprofitar els avantatges de treball i purificació de la fase sòlida, especialment el desancoratge selectiu de les cadenes. No s'ha pogut assolir l'objectiu desitjat degut a la dificultat d'activar un fosfat diester en un medi aquós.
Non-canonical forms of DNA may play important roles in gene function and regulation. This thesis is focused on a type of non-canonical quadruplex called bi-loop. The bi-loop results from interaction of two chains and it is stabilized by four intermolecular base pairs. The base pairs face each other through their minor groove sides giving rise to two non-planar tetrads. This motif has been observed in the crystal structure of a lineal heptamer and in the solution structures of several cyclic octamers.
In this thesis we wished to further define the sequence requirements for the bi-loop formation, and to observe it in solution with linear oligonucleotides for the first time. The study started with the so-called heterolineal complexes, formed by a cyclic octamer and a linear one. Using NMR, we observed that the formation of the bi-loop is favoured when the nick is between the base pairs, although the 3'-end is flexible. We also observed that the bi-loop can be stabilized by non-canonical base-pairs, such as GT. The cyclic octamers d
Observation of the motif in solution with linear oligonucleotides would be very important to reinforce its potential biological relevance. For this purpose, five linear sequences that cannot form hairpins were designed. Two of these sequences were found to form a bi-loop motif in solution: d(TGCTTCGT) and d(TCGTTGCT). Their structures were solved by RMD and proved to be very similar to those formed by cyclic molecules, though less stable due to the entropic cost.
Secondly, we wanted to use the bi-loop motif as a template for assisted cyclization. We started with the heterolineal complexes and we were not lucky in achieving the ligation. In contrast, we succeeded in the cyclization of linear phosphorylated oligonucleotides that formed bi-loop homodimers.
Finally, the solid-phase template-directed cyclization of oligonucleotides was also assayed. We were not successful because of the difficulty in activating a phosphate diester moiety in an aqueous medium.
Wright, E. P., H. A. Day, Ali M. Ibrahim, Jeethendra Kumar, L. J. E. Boswell, C. Huguin, C. E. M. Stevenson, and Klaus Pors. "Mitoxantrone and Analogues Bind and Stabilize i-Motif Forming DNA Sequences." 2016. http://hdl.handle.net/10454/11163.
Повний текст джерелаThere are hundreds of ligands which can interact with G-quadruplex DNA, yet very few which target i-motif. To appreciate an understanding between the dynamics between these structures and how they can be affected by intervention with small molecule ligands, more i-motif binding compounds are required. Herein we describe how the drug mitoxantrone can bind, induce folding of and stabilise i-motif forming DNA sequences, even at physiological pH. Additionally, mitoxantrone was found to bind i-motif forming sequences preferentially over double helical DNA. We also describe the stabilisation properties of analogues of mitoxantrone. This offers a new family of ligands with potential for use in experiments into the structure and function of i-motif forming DNA sequences.
Chen, Kuan-liang, and 陳冠良. "Folding Based DNA Sensor and Switch:Responsive Hairpin, Quadruplex and i-Motif Structures." Thesis, 2010. http://ndltd.ncl.edu.tw/handle/62299612752136450599.
Повний текст джерела國立中山大學
化學系研究所
98
The study for surfaced-immobilized nucleic acid probes in nanometer region in response to hybridization and to discrimination ofdifferent target nuclei acids. The hairpin locked nucleic acid (LNA-HP) isselected to be the probe molecule, and target molecules include perfect complementary (PC) and single mismatch (1MM). The self-assembledLNA-HP molecular nanospot is successfully prepared by liquid phaseAFM (Atomic Force Microscope)-based nanolithography technique, then in situ hybridization is carried out by using different targets (PC/1MM).To obtain the information of structure change, we use AFM to analyze therelative heights in the process of hybridization. The experimental results point out that (1) the structure changes of surface probe molecules maycorrelate with the AFM signal when target sequence hybridizes to the probe, (2) miniaturization of the size of the nucleic acid probe may promote hybridization efficiency and enhance the discrimination between PC and 1MM. Studies on whether the different chemical impetus in solution can affect conformation of the human telomeric DNA of sequence is conducted. A human talomeric DNA composed of ( 5’-TTAGGG-3’:5’-CCCTAA-3’ ) repeats, with a 100-200 nt ( T2AG3 ) repetitive unit overhang at 3’ ends is chosen. This extended single-stranded sequence is called G-rich DNA, which forms the special G-quadruplex structure in solution containing sodium ions or potassium ions. The single-stranded sequence composed of ( C3TA2 ) repetitive units called C-rich DNA displays the i-motif folded structure in the low pH environment. These biomimetic DNA’s are thiol-modified to self-assemble on gold surfaces. Separate measurements with AFM (the molecular thickness and rootmean- square roughness of the self-assembly monolayer of DNA ) and CD( circular dichroism ) ( structure characterization ) confirm the conformational changes of G-rich and C-rich DNA’s on gold surface are indeed dependent of the presence of cations and protons.
Kaulage, Mangesh Hanumant. "Structural and Functional Characterization of Quadruplex DNA Structures in Human Acetyl-CoA Carboxylase 1 Gene Promoters and Stabilization of G-quadruplex DNA by Carbazole-benzimidazole Conjugates." Thesis, 2016. https://etd.iisc.ac.in/handle/2005/4375.
Повний текст джерела"An Investigation of the Interaction of DNA With Selected Peptides and Proteins." Doctoral diss., 2014. http://hdl.handle.net/2286/R.I.26888.
Повний текст джерелаDissertation/Thesis
Doctoral Dissertation Chemistry 2014
Kondekar, Sumedha. "Untangling the Helicobacter pylori genome: Deciphering the significance of zinc finger motif(s) in Topoisomerase I catalysis." Thesis, 2018. https://etd.iisc.ac.in/handle/2005/4879.
Повний текст джерелаKshirsagar, Rucha. "The Elucidation of the Mechanism of Meiotic Chromosome Synapsis in Saccharomyces Cerevisiae : Insights into the Function of Synaptonemal Complex, Hop1 and Red1, Proteins and the Significance of DNA Quadruplex Structures." Thesis, 2016. http://etd.iisc.ac.in/handle/2005/2857.
Повний текст джерелаKshirsagar, Rucha. "The Elucidation of the Mechanism of Meiotic Chromosome Synapsis in Saccharomyces Cerevisiae : Insights into the Function of Synaptonemal Complex, Hop1 and Red1, Proteins and the Significance of DNA Quadruplex Structures." Thesis, 2016. http://hdl.handle.net/2005/2857.
Повний текст джерела