Добірка наукової літератури з теми "Habitats benthiques"

Le génie végétal est une alternative écologique au génie civil pour contrôler l’érosion des berges des cours d’eau.Vial’introduction active de végétaux vivants, ces techniques d’ingénierie peuvent également faciliter ou accélérer la restauration écologique des zones riveraines en i) améliorant la qualité de l’habitat riverain et en ii) favorisant une recolonisation de la partie émergée et immergée de la berge par des espèces cibles. Notre étude vise à caractériser comment différentes techniques de stabilisation des berges, d’âges différents, influencent la diversité et la composition des micro-habitats aquatiques et des macro-invertébrés benthiques associés. Au total, 37 berges ont été échantillonnées et hiérarchisées selon un indice de qualité de l’habitat riverain croisant le type et l’âge des ouvrages et représentant un gradient de végétalisation croissant de la berge. Nos résultats montrent que la richesse et le potentiel d’habitabilité des micro-habitats aquatiques augmentent significativement avec la qualité de l’habitat riverain. Spécifiquement, le génie végétal permet une meilleure représentation de micro-habitats à forts potentiels biogènes, comme c’est le cas des systèmes racinaires immergés. Cette augmentation de la qualité de l’habitat aquatique se traduit par une plus grande diversité taxinomique de macro-invertébrés benthiques au niveau des berges stabilisées par les techniques de génie végétal. Pris dans leur ensemble, nos résultats pointent la plus-value du génie végétal pour la restauration écologique des compartiments terrestre et aquatique des berges dégradées.

La perchaude (Perca flavescens) du lac Saint-Pierre a connu un déclin majeur à partir du milieu des années 1990. La situation est devenue si critique que le gouvernement du Québec a décrété, en 2012, un moratoire de 5 ans sur les pêches commerciale et sportive. Si la pêche a contribué à cet effondrement, la perchaude a aussi souffert de la détérioration de ses habitats depuis les années 1950. L’analyse de l’utilisation du sol à partir de photographies aériennes, couplée à la modélisation des meilleurs habitats de reproduction dans la zone littorale, indique que 5 000 ha d’habitats printaniers ont été dégradés par plusieurs activités anthropiques. La disparition d’herbiers et la prolifération de cyanobactéries benthiques dans les zones de croissance des jeunes perchaudes, la diminution de la connectivité entre le lac et la zone littorale, l’implantation d’espèces exotiques, l’arrivée d’un nouveau prédateur aviaire et aussi le climat ont contribué à l’échec du recrutement et au déclin de la perchaude. Les constats de détérioration du lac Saint-Pierre indiquent que la situation ne s’améliorera que lorsque les espèces pourront se reproduire et se développer dans un milieu sain, ce qui nécessitera la restauration d’habitats, ainsi que l’amélioration de la qualité de l’eau et de la connectivité entre le lac et la zone littorale.

La sédimentologie de l’estuaire de la baie de Seine orientale se caractérise par une complexité de structures sédimentaires favorisant les hétérogénéités spatiales et verticales. Ce système fortement variable implique des relations macrofaune benthique - sédiments complexes qui n’ont cependant pas été précisément définies. Une nouvelle approche pour l’étude de ces relations a combiné prélèvements in situ et expérimentations en mésocosmes à l’échelle réduite de l’individu. La dimension tridimensionnelle du sédiment a été prise en compte afin de caractériser la distribution verticale de la macrofaune en présence de sédiments hétérométriques. Couplées à des analyses de volumes de vie par CAT-Scan, 98 % de la macrofaune étudiée se situe dans les dix premiers centimètres de sédiment avec la présence de deux pics d’abondance, en surface entre 0 et 2 cm de profondeur et entre 5 et 7 cm de profondeur. Cette forte abondance entre 5 et 7 cm concerne principalement deux espèces, le bivalve Kurtiella bidentata et les polychètes Chaetozone spp. Représentant 80 % de l’abondance à cette profondeur. Cette forte abondance entre 5 et 7 cm n’a toutefois pas pu être expliquée. L’approche expérimentale a mis en évidence le potentiel de remaniement sédimentaire du polychète Lagis koreni et sa grande capacité à déstructurer une colonne sédimentaire, pouvant être reliée aux observations des prélèvements in situ. Ce travail préliminaire a montré le potentiel des méthodologies employées et les résultats suggèrent l’approfondissement de la méthodologie
The eastern Bay of Seine is characterized by complex sediment structures with high spatial and vertical heterogeneities. Its variability involves complexes animal-sediment relationships still unclear. A new approach based on the individual scale combines in situ sampling with experiments. The macrofauna vertical distribution and quantification of biogenics structures have shown the main concentration of the fauna in the first 10 cm depth, such as 98 % of the total abundance. Two abundance pics have been observed, the first close to the surface between 0 and 2 cm depth and the other one between 5 to 7 cm depth, mainly due to two species, Kurtiella bidentata and Chaetozone spp. , which represent almost 80 % of the abundance from 5 to 7cm. Their presence within this depth is still unknown. Experiments have shown the great sediment reworking skill of the worm Lagis koreni and its ability to destroy the sediment structure, which can be linked to the in situ samples. This preliminary work has shown the interest of the technics used and makes us going further

L’objectif de cette thèse est de mieux comprendre et prédire la biodiversité benthique et le rôle des habitats biogéniques, dans le maintien de la structure et des fonctions des écosystèmes côtiers. Cette thèse a exploré différents outils numériques et des pipelines innovants et complémentaires pour répondre à ces objectifs à différentes échelles : 1) la modélisation jointe de la distribution des espèces dans deux habitats biogéniques à une échelle régionale et 2) la définition et la modélisation, via des approches de Machine Learning, de la distribution de l’état d’habitats benthiques à une échelle globale et nationale. Ces approches complémentaires contribuent à une meilleure quantification de l’influence relative des facteurs environnementaux et anthropiques (notamment épisodes de canicules marines et pression de pêche) qui déterminent la biodiversité côtière et l’état des habitats benthiques. Si dans les deux cas d’étude, la prédictibilité des espèces considérées ou des états était faible, ces travaux ont mis en évidence des stratégies pour optimiser l’inférence et la prédiction des modèles explorés. Ainsi, cette thèse apporte un point de vue critique sur les approches permettant d’étudier et de caractériser la biodiversité côtière, et sur les développements nécessaires pour mieux anticiper les réponses écologiques futures liées aux impacts anthropiques
This thesis aims at better understanding and predicting coastal benthic biodiversity with a specific focus on the role of biogenic habitats in maintaining ecosystem structure and functioning. This thesis explored how different innovative and complementary numeric tools and pipelines can address these objectives at different scales: 1) joint species distribution modelling across two biogenic habitats at a regional scale, and 2) using Machine Learning approaches, defining and modelling the distribution of benthic habitats states at a global and at a national scale. These complementary approaches quantify the relative influence of the environmental and anthropogenic factors (including marine heatwaves and fishing intensity) that determinecoastal biodiversity and the state of benthic habitats. While in both case studies the predictability of the considered species or states was low, these studies have identified future avenues to optimise models inference and prediction of benthic communities. Thus, this thesis provides a critical perspective on existingapproaches available to study and characterise coastal biodiversity; and on the future developments required to better anticipate future ecological responses related to anthropogenic impacts

Cette étude est consacrée à la réactualisation de la distribution spatiale des communautésmacrobenthiques du bassin oriental de la Manche au début des années 2000, avec une comparaison avec cellesidentifiées par L. Cabioch et ses collaborateurs pour la période 1971-1976. La distribution des communautésmacrobenthiques étant régie pro parte par la couverture sédimentaire, la nature des fonds de la Mancheorientale a été caractérisée et cartographiée à partir de la classification de Folk pour les deux périodes étudiées.Une relative stabilité de la couverture sédimentaire a été mise en évidence : 69 % de la zone étudiée présentantpeu ou pas de changements. Ces observations ont été mises en relation avec l’hydrodynamisme, facteurdominant et structurant de la couverture sédimentaire en Manche. Les zones où un changement est observablese situent dans les baies, à la sortie des estuaires et à proximité des zones connues de bancs de sable. Ensuite,les communautés macrobenthiques ont été analysées séparément pour chaque période puis comparées. Il s’estcependant avéré que la comparaison stricte entre les deux périodes était rendue impossible en raisond’importantes différences méthodologiques. Néanmoins, l’analyse des représentations spatiales a révélé quequatre unités cénotiques semblaient pérennes dans le temps : (1) l’assemblage des sables moyens dunaires ; (2)l’assemblage des sables grossiers ; (3) l’assemblage des graviers plus ou moins ensablés et (4) l’assemblagedes cailloutis. Les analyses, réalisées sur les deux derniers assemblages ont montré que les différentes entitésgéographiques constituant ces assemblages sont distinctes à l’échelle du bassin oriental de la Manche. L’étudede la diversité biologique a montré que le bassin oriental de la Manche est une zone très riche (875 taxarécoltés sur 318 stations) et diversifiée (valeurs de l’indice de Shannon élevées : jusqu’à 6 bits). Cependant, larichesse spécifique reste sous-estimée. Enfin, la modélisation des habitats potentiels (volet prédictif de cetteétude) de 22 espèces d’invertébrés benthiques a été développée. Globalement, les modèles d’habitats présentéssont en accord avec les observations faites sur le terrain : la plupart des espèces choisies pour la modélisation(exception faite des espèces affines des sables moyens et des sables fins) exploitent donc au mieux leur habitat
This study is devoted in providing an updated knowledge on the macrobenthic community structureand biodiversity in the eastern English Channel in the early 2000s. Results obtained were compared withresults obtained by L. Cabioch and colleagues for the period of 1971-1976. The distribution of macrobenthiccommunities is highly governed by the sedimentary cover. The Folk classification was used for sedimentologyand mapping of bottom type characterization for the two study periods. A relative stability of the sedimentarycover was observed wherein 69% of the study area showed slight or no change in sedimentary cover in the last25 years. This is mainly due to the hydrodynamics in the area which is a dominant and structuring factor in theeastern English Channel. Variations were observed in bays, near the mouth of the estuaries and in the sandbank areas. The macrobenthic communities were studied separately for each period then compared. However,due to differences in methodologies applied for each period, considerable observations from comparativestudies were difficult to detect. Geographical mapping results revealed that four entities or communitiesseemed recurrent in time depending on sediment type associations: (1) average sand ; (2) coarse sand ; (3)sandy gravel and (4) pebbles. Analysis done on two latter sediment types showed that the various geographicalentities constituting associated communities are distinct at the scale of the eastern English Channel. Speciesdiversity, abundance and richness are significant with 875 taxa identified from 318 sampled sites, where thelatter is still considered underestimated. Finally, statistical methods were applied to modeling and prediction ofpotential habitats of 22 benthic invertebrates. Habitat modeling results obtained are in accordance with fieldobservations and showed that for the majority of considered species (average and fine sand-associated speciesexcluded) occupy their suitable niches/habitat

Le réseau REBENT constitue un nouveau réseau de surveillance des habitats benthiques dont la vocation est d'établir un état de référence et un suivi régulier de la faune et de la flore littorales. Ce réseau entre en phase opérationnelle sur la région Bretagne. L'approche sectorielle est caractérisée par un ensemble d'études de sites (20) sur lesquels une cartographie détaillée des habitats est réalisée au 1/10 000 ou 1/25 000ème. Pour identifier en domaine subtidal les unités morpho-sédimentaires et/ou biologiques, elle s'appuie sur la combinaison de plusieurs systèmes acoustiques (sonar à balayage latéral, sondeurs mono et multifaisceaux, système RoxAnn), calibrés par des observations du fond (prélèvements, vidéo sous-marine, plongée). Les baies de Concarneau et de Quiberon, et l'archipel de Glénan, ont été les premiers secteurs ainsi reconnus en 2003. Ces travaux montrent l'intérêt de combiner plusieurs sources acoustiques et différentes embarcations pour caractériser préalablement les habitats par petits fonds. Certaines biocénoses semblent répondre directement aux ondes acoustiques (maërl, crépidule, lanice, étoiles de mer, ophiures, maldanes) alors que d'autres, comme les fonds à Haploops, se distinguent par la morphologie du substrat sur lequel les colonies se fixent (fonds vaseux à cratères). La précision des levés (positionnement et résolution sur le fond) et la gestion sous SIG des résultats permettent de mieux comprendre la distribution spatiale de ces habitats et de suivre leur évolution.

Les variations naturelles de la communauté macrobenthique des sédiments grossiers ont été étudiées pendant une période de quatre ans dans le contexte d’une demande de concession pour l’extraction des granulats marins dans les gisements des paléovallées du bassin oriental de la Manche. Six campagnes ont été réalisées, deux fois par an (mi-avril et mi-août : pré- et post-recrutement) en 2007, 2009 et 2010. Le jeu de données ainsi obtenu à permis d’une part de montrer que cette communauté benthique présentait une remarquable constance au cours du temps et cela apporte d’autre part de nouveaux éléments de connaissance à la typologie des habitats benthiques des sédiments grossiers du large (EUNIS). Une étude complémentaire sur les caractéristiques fonctionnelles a ensuite permis de montrer que cette communauté benthique présentait de fortes capacités de résistance aux perturbations physiques du milieu, mais des capacités de résilience plus modérées. Ces informations sur la structure et le fonctionnement de la communauté benthique ont permis d’émettre des hypothèses sur les conséquences d’une extraction de granulats marins sur ce site. A partir de cette étude, une gestion adaptative de cette activité anthropique a été proposée par la mise en place d’un protocole de suivi biosédimentaire répondant aux enjeux écologiques associés aux dragages des sédiments marins. Les résultats ainsi obtenus seront, par ailleurs, un apport substantiel à la compréhension scientifique des effets des dragages si la concession était autorisée par les autorités françaises
The natural variation in the coarse sediment benthic community was investigated over a four-year period in the context of an aggregate extraction licence project in the eastern Channel paleovalleys deposits. Six surveys were conducted: twice a year (mid-April: pre- recruitment and the end of August: post-recruitment) in 2007, 2009 and 2010. The data set obtained shows on one hand that the coarse sediment of the benthic community of the eastern English Channel paleovalleys presents an outstanding constancy over time and on another hand, it brings out new pieces of knowledge on benthic habitats typology in offshore coarse sediments (EUNIS). A complementary study on functional features showed that this benthic community has a high resistance to physical disturbance, but lower resilience. This knowledge on benthic community structure and functioning allowed the making of assumptions on the consequences of marine aggregate extraction at this site. An adaptive management of this human activity has then been proposed by the implementation of a benthic monitoring responding to ecological issues associated with marine sediment dredging. Results obtained during this study will also be a substantial input to scientific understanding of dredging impacts should the licence be delivered by French authorities

Cette étude permet une approche de la gestion et de la protection du milieu marin de la mer d'Iroise à partir des connaissances biologiques et écologiques acquises pour l'ensemble de la zone. Ce travail s'insère dans les préoccupations nationales et internationales de conservation de la biodiversité par l'acquisition et la synthèse de connaissances scientifiques et leur restitution aux autres acteurs de la conservation. La richesse biologique de cette région marine est attestée par la présence d'espèces-phares mais le milieu benthique restait largement méconnu. Cette étude apporte des données qui complètent les connaissances sur la sédimentologie des fonds de l'Iroise et permettent d'en préciser la couverture sédimentaire et la variabilité spatiale et saisonnière. Une large gamme de types sédimentaires est représentée, avec une importance originale pour les cailloutis et les graviers et l'organisation des sédiments en couches superposées, induisant une complexité d'habitats ; de plus, la variabilité spatiale masque la variabilité saisonnière. L'étude de la faune benthique des fonds meubles permet de définir les habitats et les communautés du milieu marin de l'Iroise, avec six grandes unités de peuplement comportant chacune plusieurs faciès, dont certains à grande valeur écologique et patrimoniale. L'importance de la zone frontale du large et son influence sur les communautés benthiques sont mises en évidence. Une analyse de l'utilisation de l'espace et des ressources en mer d'Iroise est proposée, ainsi qu'un bilan concernant la biodiversité et l'état actuel des réflexions internationales sur les aires marines protégées. La synthèse finale dégage les enjeux des habitats et des peuplements de l'Iroise puis les pressions anthropiques potentielles à court et moyen termes. Les priorités et les solutions pour la conservation de ce milieu marin sont discutées et un plan de zonage multi-usages est proposé dans le cadre du futur Parc National Marin de la mer d'Iroise.

Ce travail de thèse s’appuie sur les données d’un suivi à long-terme mené à une échelle régionale pour mieux appréhender les facteurs gouvernant la diversité des fonds marins côtiers. En considérant de multiples échelles spatiales et temporelles ainsi que différentes facettes de la diversité de ces communautés, l’objectif principal a été de fournir des connaissances permettant de mieux prédire les potentielles réponses des communautés benthiques face aux changements environnementaux à venir. Cette thèse s’inscrit en particulier dans un contexte de la menace de l’homogénéisation des fonds marins et de la disparition à large échelle des habitats biogéniques, réservoirs de biodiversité formés par des espèces fondatrices. La comparaison de deux de ces habitats, les herbiers de Zostères intertidaux et les bancs de mäerl subtidaux, à des sédiments dépourvus d’espèces fondatrices a mis en évidence le rôle fondamental de ces habitats biogéniques dans le maintien de la diversité et du fonctionnement des fonds marins à long-terme. Ils contrôlent profondément les dynamiques temporelles des communautés et leurs capacités de réponse aux variations des conditions environnementales, assurent une plus grande stabilité des structures spatiales des communautés à une échelle régionale. Ils semblent par-là essentiels au maintien à long-terme des fonctions écologiques auxquelles contribuent les espèces benthiques. Cependant, ce travail montre que ces espèces fondatrices opèrent selon des mécanismes différents et que les implications en terme de vulnérabilité des communautés sont donc aussi différentes. Cette étude montre enfin qu’au sein d’un habitat donné, la richesse locale des communautés est relativement stable dans l’espace et le temps et met en évidence le besoin de caractériser les variations de compositions de communautés pour guider les actions de conservations à larges échelles. À ce titre, et à l’échelle régionale, les variations de composition contribuent à une richesse taxinomique et fonctionnelle dans les sédiments dépourvus d’espèces fondatrices aussi importante que dans les habitats biogéniques.Ce résultat impose de réévaluer la valeur de conservation qui pourrait leur être attribué de part leur richesse locale limitée. Les suivis à grandes échelles spatiales et temporelles sont dans ce contexte essentiels pour fournir un lien entre les connaissances empiriques et théoriques existantes à des échelles locales, et les échelles supérieures auxquelles s’intéressent les politiques de conservation
This thesis takes advantage of long-term monitoring data covering a regional scale to better apprehend the maindrivers of the diversity of coastal seafloors. Through consideration of multiple spatial and temporal scales and different facets o fcommunity diversity, the main objective of this work was to provide a better predictive understanding of the responses of benthic communities to environmental changes. In particular, this thesis addressed the potential consequences of the on-going homogenisation of the seafloor and the global loss of biogenic habitats, havens of diversity made by foundation species. Through comparison of two such habitats, intertidal seagrass meadows and subtidal maerl beds, with bare sediment devoid of foundationspecies, this thesis has highlighted the key role of biogenicstructures for long-term maintenance of the diversity andfunctioning of benthic communities. Indeed, these habitats mediate the dynamics and responses of benthic communities to environmental conditions, ensure a greater stability of their spatial structures at regional scale, and appeared essential for the long-term maintenance of the ecological functions benthic invertebrates are associated with. This work also highlighted that foundation species may affect benthic communities through different mechanisms, and that has implications on the structure and vulnerability of these communities. Lastly, this the sisemphasized a strong spatial and temporal stability of community richness despite important underlying changes in composition and there by stressed the need to better characterise these compositional variations to guide conservation. These variations contributed, for instance, to an unexpectedly high taxonomic and functional richness of bare sediment at regional scale,similar to those of biogenic habitats, despite being locally depauperate. Overall, broad-scale monitoring programs are fundamental assets to bridge local empirical and theoretical ecological knowledge to the broader scales at which society manage and benefits from natural ecosystems

Les communautés benthiques du bassin oriental de la Manche et du sud de la mer du Nord ont été abondamment documentées en termes de composition spécifique et de répartition spatiale. En revanche, les études portant sur leur fonctionnement n’ont été conduites que récemment dû à la difficulté d’obtention des différents paramètres biologiques des différents composants du benthos (bactérie, méiofaune, macrofaune…) indispensables à ce type d’analyses. L’objectif principal était de déterminer si la zone d’étude devait être considérée comme une entité ou bien au contraire comme plusieurs unités fonctionnelles. Une étude du réseau trophique au travers de deux techniques de modélisation, inverse et Ecopath, a été réalisée. La zone d’étude a premièrement été divisée a priori selon les deux facteurs supposés influencer le plus l’organisation trophique des communautés benthique : géographiques (Baie de Seine, Manche orientale et mer du Nord) et sédimentaires (graviers et cailloutis, sables grossiers et sables fins). La comparaison des deux types de modèles, appliqués sur chaque division, a mis en évidence le rôle clé des suspensivore dans le transfert de matière ainsi que des différences de fonctionnement entre les divisions. Le fonctionnement trophique du benthos semble apparaitre comme dépendant du type de sédiment auquel il appartient. Pour finir, une approche préliminaire évaluant la diversité des traits biologiques des invertébrés benthiques dans la zone d’étude a été effectuée. Les renseignements sur 21 traits biologiques concernant 631 espèces d’invertébrés benthiques ont été réunis permettant d’avoir une information sur les attributs fonctionnels dominant la zone d’étude
Most of the studies concerning benthic communities in the eastern part of the English Channel and southern North Sea are descriptive, serving primarily to illustrate the specific changes in the diversity and structure of benthic communities. Only recently studies have examined benthic ecosystem functions, mainly due to difficulties in obtaining sufficient functional parameters for each benthic component (bacteria, meiofauna, macrofauna...). This work investigated whether the benthic communities of the studied area have to be considered as a single unit or as a juxtaposition of functional entities. An approach through two trophic modelling methods, inverse and Ecopath has been performed. In order to test and assess relative importance of factors supposed to influence benthic trophic structure, the study area was subdivided into units defined a priori according to two main structural factors of community distribution: geographical (bay of Seine, eastern Channel and North Sea) and sedimentary patterns (gravel and pebbles, coarse sand and fine sand). Comparisons of model outputs of each division highlighted the key role of suspension organism in flow transfer among the trophic web. It also showed different properties between the divisions. Benthic trophic functioning seems to be strongly correlated with the sediment to which it belongs. Finally, a preliminary approach assessing biological trait diversity of benthic invertebrates has been performed. Information concerning 21 biological traits on 631 species has been gathered. It allowed us to have a global view of diversity and dominance of the functional attributes in the study area

L’imagerie hyperspectrale aéroportée constitue un candidat potentiel pour la cartographie et le suivi des récifs coralliens à large échelle et à forte résolution spatiale. Dans cette thèse, nous présentons tout d’abord les traitements à appliquer au signal hyperspectral afin d’en extraire des informations sur la nature du fond marin, la bathymétrie et les propriétés optiques de l’eau, et nous les mettons en perspectives devant deux principaux verrous : (i) le faible rapport signal sur bruit du signal mesuré, (ii) le nombre et la variabilité des interactions onde-matière ayant lieu entre l’entrée des rayons lumineux dans l’atmosphère et leur mesure par le capteur hyperspectral. En considérant ces limitations, nous examinons les performances d’une des méthodes existantes de traitement de la colonne d’eau : l’inversion de modèle semi-analytique par optimisation. Nous évaluons d’abord la robustesse des estimations des types de fond et de la bathymétrie pour six paramétrisations du schéma d’inversion. Les résultats sur des images hyperspectrales acquises à l’île de La Réunion en 2009 montrent que la paramétrisation de l’inversion joue un rôle crucial sur la qualité des estimations et que la paramétrisation la plus communément utilisée ne présente pas toujours les meilleures performances. Nous évaluons par la suite l’importance de la précision de la paramétrisation du modèle semi-analytique direct à travers une analyse de sensibilité réalisée sur des données hyperspectrales synthétiques puis sur des données réelles que nous avons acquises en 2015 à La Réunion. L’analyse est en outre effectuée pour toutes les paramétrisations de l’inversion précédemment étudiées. Cette étude montre qu’en milieu récifal l’importance de la précision de la paramétrisation du modèle direct est faible devant le choix de la paramétrisation de l’inversion. Nous montrons en outre qu’il n’est pas possible d’identifier le(s) paramètre(s) du modèle direct le(s) plus influent(s) car cela dépend des concentrations relatives de chacun des éléments optiquement actifs de l’eau
Airborne hyperspectral imaging is a potential candidate for mapping and monitoring coral reefs at large scale and with high spatial resolution. In this thesis, we first present the processing steps to be applied to hyperspectral signals for extracting information about seabed types, bathymetry and water optical properties, and we discuss their efficiency with respect to two main confounding factors: (i) low signal to noise ratio of the measured signals, and (ii) large number and variability of physical interactions occurring between the entrance of sunlight into the atmosphere and its measurement by the hyperspectral sensor. Considering these limitations, we examine the performance of an already existing water column processing method: semi-analytical model inversion by optimization. We first evaluate the robustness of seabed type and bathymetry estimation for six different inversion setups. The results on hyperspectral images acquired over Réunion Island reefs in 2009 show that the choice of the inversion setup plays an important role on the quality of the estimations and that the most widely used inversion setup does not always produce the best results. We then evaluate the importance of the accuracy of the parameterization of the direct semi-analytical model. This is done through a sensitivity analysis performed on both simulated and real hyperspectral data acquired in Réunion Island in 2015. The analysis is performed for each inversion setup previously studied. This study shows that in coral reef context the accuracy of the parameterization of the direct model is less important than the choice of the inversion setup. We also demonstrate that it is not possible to identify the most influent parameters of the direct model because it depends on the relative concentration of each optically active constituent

Durant les premières années de leur vie, les juvéniles de nombreuses espèces de poissons plats, et en particulier la sole commune et la plie, fréquentent des zones de nourricerie côtières et estuariennes. Une fois leur maturité sexuelle atteinte, ils rejoignent l’aire de vie plus étendue des adultes, située sur le plateau continental et participent à la reproduction. L’emprise spatiale de ces nourriceries, très localisées, dépend notamment des apports en eau douce qui favorisent l’extension de la nourricerie vers le large et conduisent à un recrutement supérieur. Le lien entre les sources de matière organique, les populations invertébrés benthiques et les juvéniles de poissons plats étant complexe et mal connu dans ces milieux, il a été choisi d’étudier les relations trophiques et spatiales entre ces compartiments dans deux nourriceries différentes : l’estuaire de la Vilaine et la baie du Mont-Saint-Michel. La première partie de ce travail s’est attachée à décrire le réseau trophique benthique des juvéniles de poissons plats via l’analyse des isotopes stables (carbonne et azote) et des contenus digestifs. L’analyse spatio-temporelle de la signature isotopique du carbone des juvéniles de sole dans l’estuaire de la vilaine a indiqué une incorporation, variable selon le débit fluvial, de la matière organique d’origine terrigène dans le réseau trophique benthique. La baie du Mont-Saint-Michel, qui ne bénéficie pas d’autant d’apports en eau douce que les sytèmes purement estuariens, abrite une importante nourricerie pur les juvéniles de sole et de plie. Dans cette dernièe la production microphytobenthique issue des larges vasières intertidales (source autochtone de matière organique) a largement contribué au fonctionnement du réseau trophique des juvéniles de poissons plats
For a large proportion of flatfish species, and especially common sole and plaice, juveniles grow in restricted coastal and estuarine nursery grounds during their first years of life. Once their sexual maturity reached, they move to more extended adults habitat located on the continental shelf and contribute to the reproduction. Nursery grounds area depends on freshwater inputs which enhance the juvenile distribution to the open sea and the recruitment. The link between organic matter sources, benthic invertebrates populations that constitute their food supply and flatfish juveniles is complex and remains poorly known. Trophic and spatial interactions between these components have thus been investigated in two contrasted nursery grounds : the Vilaine estuary and the Mont-Saint-Michel bay. The first part of this project aimed to describe flatfish juveniles benthic food web using stable isotopes and gut contents analyses. Carbon stable isotope signatures in common sole juvenile in the vilaine estuary showed the incorporation of terrigenous organic matter into their benthic food wed. Furthermore, this assimilation varied according to Vilaine river flow. Conversely, the Mont-Saint-Michel bay receives little freshwater inputs, but supports an important nursery ground for plaice and common sole. In this nursery ground, microphytobenthos produced on the wide intertidal mudflats mainly contributed to flatfish juveniles food web. Combined utilisation of bot stable isotopes and gut contents analyses thus improved coastal and estuarine nursery grounds description : these analyses particularly pointed out the terrigeneous organic matter role and benthic diatoms production in the flatfish nursery grounds trophic functioning and the spatio-temporal variability of the respective influence of these two sources