Дисертації з теми "Genetique of population"

L'etude phylogenetique de la population corse, initiee en 1993, s'est concretisee par l'acquisition de donnees issues du polymorphisme de trois marqueurs agglutinogenes (rh, kell et abo), neuf proteines erythrocytaires (acp, ada, ak, dia, esd, glo, 6pgd, pgm1 et sod) et sept proteines plasmatiques (gc, c3, plg, tf, orm, hp et pi). Les 54 alleles totaux ont ete explores sur des prelevements sanguins provenant d'individus d'origine corse et representatifs de quatre microregions definies sur des criteres historiques et geographiques : nord est (n = 210), nord ouest (n = 151), centre (n = 355) et sud ouest (n = 274). Les resultats obtenus sont analyses par l'intermediaire de methodes statistiques et visualises par des dendrogrammes, qui refletent les relations genetiques, d'une part, dans un contexte intra-regional, et d'autre part, entre la population corse dans son ensemble et certaines populations, principalement mediterraneennes. Ces resultats permettent de conclure a l'existence d'une homogeneite genetique entre les populations des differentes microregions insulaires ainsi qu'une derive genetique prononcee due a l'isolement. L'approche inter-regionale, montre que les quatre microregions corses sont tres proches genetiquement des microregions sardes. Ce rapprochement, confirme d'un point de vue archeologique et linguistique, est probablement du a une origine commune de peuplement. Cet ensemble humain corso sarde, se trouve genetiquement associe aux populations du pays basque et de l'afrique du nord, alors que les populations connues pour leur impact culturel, linguistique et historique (grece, latium, toscane, ligurie, france) n'ont genere qu'un flux genique modere. Il semblerait donc que les traces de ce passe lointain soient encore decelables de nos jours, et ceci malgre les nombreuses invasions et occupations qui ont jalonne l'histoire de l'ile depuis des siecles. Appliquee a nos donnees, une methode de datation statistique, montre que l'origine du peuplement du bloc corso-sarde remonterait au paleolithique, en opposition donc avec les connaissances archeologiques actuelles, qui attestent une presence humaine au preneolithique.

A partir de statistiques portant sur pres de 120 ans (1857-1983), etude de l'evolution du nombre de naissances numerotees et du nombre de beliers reproducteurs, de la distribution des dates d'agnelage et des dates de sortie, et etude des causes de sortie

Les polymorphismes debrisoquine (cyp2d6) et mephenytoine (cyp2c) presentent d'importantes variations interethniques. Les etudes phenotypiques de ces deux polymorphismes independants dans la population gabonaise nous ont permis d'identifier 2% de metaboliseurs lents pour le cyp2d6 et 3% pour le cyp2c. L'analyse moleculaire du gene cyp2d6 par rflp/pcr a mis en evidence, comme dans d'autres populations, une heterogeneite du groupe de metaboliseurs rapides. Les resultats de ces etudes suggerent egalement l'existence d'une correlation entre l'expression phenotypique du cyp2d6 et le polymorphisme des exons 6 et 9. L'implication des polymorphismes cyp2d6 et cyp2c dans le metabolisme de nombreux medicaments, nous a conduit a etudier leur role dans le metabolisme des antipaludeens. Ces medicaments occupent une place preponderante dans la lutte contre le paludisme qui est la maladie la plus frequente en zone tropicale. Les resultats in vitro du criblage de neuf antipaludeens dans des microsomes hepatiques humains, en presence des medicaments marqueurs de cyp2d6 (dextromethorphane ou dem) et de cyp2c (mephenytoine ou mep), indiquent que la quinine, le proguanil et la quinidine inhibent les metabolismes du dem et de la mep. La mefloquine, l'halofantrine et l'amodiaquine n'inhibent que le metabolisme du dem, alors que la pyimethamine est un inhibiteur du metabolisme de la mep. La sulfadoxine et la chloroquine n'ont aucun effet inhibiteur sur les deux metabolismes etudies

La destruction de l'habitat, les invasions biologiques et leur interaction sont des menaces majeures pour la biodiversité. La Nouvelle-Calédonie est menacée à la fois par des feux d'origine humaine, et par des fourmis invasives : il est important de comprendre leur impact sur ce biotope unique. Pour ce faire, une approche hiérarchique intégrant différents aspects de la biodiversité (composition, structure et fonction) a été adoptée. Les fourmis ont une grande importance écologique, en particulier en milieu tropical, et leur classification en groupes fonctionnels facilite l'interprétation de leur réponse aux perturbations environnementales. Les objectifs de cette étude étaient donc d'évaluer les impacts des feux, des fourmis invasives, et de leur interaction, sur les fourmis natives de Nouvelle-Calédonie, et ce à différentes échelles spatiales (globale, régionale, locale) et temporelles (court et long terme), ainsi qu'à divers niveaux d'organisation biologique (communautés, espèces, gènes). L'étude contribue à une meilleure connaissance de la myrmécofaune calédonienne, en révélant l'absence de fourmis souterraines spécialisées, et en documentant la distribution et composition des communautés de fourmis à l'échelle de l'île, en lien avec l'habitat et les fourmis exotiques. Les mécanismes par lesquels les feux impactent les fourmis natives, y compris en association avec les fourmis invasives, sont révélés. Le feu, en créant les conditions de micro- et macrohabitat favorisées par les fourmis invasives, facilite l'invasion, qui cause ensuite d'avantage de perte de diversité, soit quelques années après un incendie ou dans le contexte de la fragmentation à long terme. L'approche hiérarchique a permis de détecter des réponses contrastées au niveau des espèces et de la génétique, liées à différents traits d'histoire de vie, en plus des réponses mesurées au niveau des communautés. Cette étude souligne l'avantage d'une approche holistique pour adresser des problèmes liés à la biodiversité
Habitat destruction, biological invasions and their interaction are global drivers of biodiversity loss. The New Caledonian hotspot of biodiversity is threatened by both anthropogenic fires and invasive ants: it is important to understand their impacts on its biota. Because biodiversity spans several levels of organisation (from genes to communities) and relates to different attributes (compositional, structural and functional), this thesis takes a hierarchical approach to address this issue. Ants are of great ecological importance, especially in tropical biomes, and their classification into functional groups provides a global framework for analysing their response to disturbance. My aims were therefore to investigate the impacts of anthropogenic fires and invasive ants, and their interaction, on the native New Caledonian ant fauna at different spatial (global, regional, local) and temporal (short and long term) scales, and at different levels of biological organisation (community, species, genes). The study contributes to an improved knowledge of the New Caledonian ants, by revealing the lack of specialised subterranean species, and by investigating island-scale patterns of ant communities, in relation to habitat and invasion. The mechanisms by which fire impacts native ants, either as a standalone process or in association with invasion could be identified. In particular, I show that fire, by creating macro- and microhabitats favoured by invasive ants, facilitates invasion, which then causes further diversity declines, either in the short- (post-burning) or long-term (forest fragmentation). The hierarchical approach used enabled the detection of contrasting trait-derived responses at the species and genetic level, in addition to responses measured at the community level. This study highlights the advantage of a holistic approach to investigating biodiversity-related issues

Analyses of the large-scale population structure of pathogens enable the identification of migration patterns, diversity reservoirs or longevity of populations, the understanding of current evolutionary trajectories and the anticipation of future ones. A detailed analysis of populations in centre of diversity should enable to infer the adaptive capacity of the pathogen and identify potential sources for new invasions. Puccinia striiformis f.sp. tritici (PST) is the causal agent of wheat yellow/stripe rust, and despite a worldwide distribution, this fungus remains a model species for invasion studies, due to its long-distance migration capacity and recurrent local emergence of new strains. Little is known about the ancestral relationship of the worldwide PST population with unknown center of origin. We used multilocus microsatellite genotyping to infer the worldwide population structure of PST and the origin of new invasions, analysing a set of isolates representative of sampling performed over six continents. Bayesian and multivariate clustering methods partitioned the isolates into six distinct genetic groups, corresponding to distinct geographic areas. The assignment analysis confirmed the Middle East-Red Sea Area as the most likely source of newly spreading, high-temperature-adapted strains; Europe as the source of South American, North American and Australian populations; and Mediterranean-Central Asian populations as the origin of South African populations. The existence of strong population subdivision at worldwide level shows that major genetic groups are not markedly affected by recent dispersal events. However, the sources for recent invasions and the migration routes identified emphasize the importance of human activities on the recent long-distance spread of the disease. The analyses of linkage disequilibrium and genotypic diversity indicated a strong regional heterogeneity in levels of recombination, with clear signatures of recombination in the Himalayan (Nepal and Pakistan) and near-Himalayan (China) regions and a predominant clonal population structure in other regions. To explain the variability in diversity and recombination of worldwide PST populations, we assessed their sex ability in terms of telial production, the sex-specific structures that are obligatory for PST sexual cycle, in a set of 56 isolates representative of these worldwide geographical origins. We confirmed that the variability in genotypic diversity/ recombination was linked with the sex ability, pinpointing the Himalayan region as the possible center of origin of PST, from where it then spread worldwide. The reduced sex ability in clonal populations certainly reflects a loss of sexual function, associated to migration in areas where sexual alternate host is lacking, or not necessary for the completion of epidemic cycle. Approximate Bayesian computation analyses confirmed an out of Himalaya spread of PST, with Pakistan and China being the most ancestral population. A detailed analysis of Pakistani population at regional level revealed the existence of a strong population subdivision, a high genotypic diversity and the existence of recombination signature at each location reflecting the role of sexual recombination in the temporal maintenance at local level. A time spaced sampling of PST in the valley of Tianshui (China) inspired the development of a new estimator, allowing to quantify the relative contribution of sexual reproduction and effective population size on the basis of clonal resampling within and between years. A sexual reproduction rate of 74% (95% confidence interval [CI]: 38-95%) and effective population size of 1735 (95% CI: 675-2800) was quantified in Chinese PST population. The description of the origin and migration routes of PST populations worldwide and at its centre of diversity contributes to our understanding of PST evolutionary potential, and is helpful to build disease management strategies.

Le projet de reintroduction du bouquetin iberique (capra pyrenaica) sur le versant francais des pyrenees pose des questions de systematique. La systematique de l'espece capra pyrenaica et celle de l'ensemble du genre capra sont actuellement basees sur l'analyse des caracteres morphologiques. Au sein de l'espece iberique, quatre sous-especes dont une, c. P. Pyrenaica, typique des pyrenees sont definies. Ces systematiques sont cependant remises en question du fait de la plasticite des criteres morphologiques pris en compte. Afin de tester la position taxonomique du bouquetin iberique au sein du genre capra et celle de la sous-espece pyreneenne dans l'espece iberique, nous avons effectue une analyse phylogenetique de sequences partielles de l'adn mitochondrial (adnmt). Des portions de la region codant pour le cytochrome b et de la region de controle de l'adnmt ont ete etudiees. Les especes du genre ont ete echantillonnees majoritairement sous forme d'os preleves sur le terrain ou dans des musees. Les resultats de l'analyse phylogenetique confirment l'hypothese d'une domestication de la chevre a partir de populations d'aegagres d'iran et l'existence de deux formes bien differenciees de bouquetin a l'est et a l'ouest du caucase. En revanche, la monophylie du groupe des ibex (bouquetin des alpes, de siberie, de nubie ou d'abyssinie) est remise en question et donc la pertinence, dans ce cas, des criteres morphologiques pour etablir une phylogenie. Les haplotypes des bouquetins iberiques et des bouquetins alpins forment un clade monophyletique. De plus, la divergence nucleotidique moyenne entre les haplotypes pyreneens et les autres haplotypes iberiques est equivalente a la divergence moyenne entre les haplotypes iberiques et les haplotypes alpins. Ceci confirme l'existence d'une unite de conservation typique des pyrenees. Du fait de la presence de tres peu d'individus dans les pyrenees, nous suggerons cependant de renforcer cette population ou/et de reintroduire dans les pyrenees des individus provenant de la population la plus polymorphe ou de plusieurs populations iberiques.

Le rapport de l'anthropologie biologique avec l'Afrique remonte aux origines des sciences de la nature au XVIIIe siècle, qui réaménagèrent le regard porté par l'Occident sur l'Afrique depuis le Moyen-Age. Des rapports de peur, de méfiance, de fascination, d'exploration et de domination ont marqué cette histoire qui a influencé les travaux d'objectif scientifique. Dans quelle mesure cette science, en retour, étant celle du pouvoir, a-t-elle orienté la perception que les Africains ont eu d'eux-mêmes, de leur identité, et leurs rapports sociaux et politiques ? Ces aspects des liens entre histoire et science, sont examinés au travers d'un ensemble de textes qui constituent des sources inhabituelles pour l'historien : articles de médecine, de biologie, de génétique, d'anthropologie physique. Ces textes sont analysés et confrontés avec, premièrement les événements contemporains de la production de ces articles, deuxièmement l'histoire ancienne des peuples concernés telle qu'elle est mieux connue aujourd'hui, troisièmement l'état des sciences en biologie, en anthropologie et en histoire au moment de la publication des textes. Ces différentes approches ont permis de discerner les aspects idéologiques ou politiques des travaux, d'en critiquer les données, les interprétations, les aspects théoriques et conceptuels, de suivre aussi le cheminement intellectuel, social, des auteurs quand cela a été possible.
Dans sa relation à l'histoire du peuplement de l'Afrique, la génétique des populations implique des analyses sur trois champs différents :
- histoire des sciences,
- histoire du peuplement ancien de l'Afrique,
- histoire contemporaine, par l'analyse des liens récents entre la recherche anthropologique et les événements de l'histoire africaine.
La thèse se situe donc au carrefour de plusieurs disciplines et tente d'embrasser des situations allant du général (1ère et 2ème parties sur la situation de l'Afrique dans l'ensemble mondial) au particulier (3ème partie sur les situations régionales). Après une mise en perspective historique assez large (XVIIIe - 1950), elle se concentre sur une période restreinte (1945-1985), quarante années qui constituent la grande époque de la recherche sur la diversité biologique humaine à partir des systèmes sanguins).
Deux grandes lignes de réflexion ont été suivies :
- Une réflexion sur l'évolution de la production des sciences bio-anthropologiques dans le domaine du peuplement de l'Afrique, rapportée au contexte de l'évolution scientifique en général et au contexte politique international depuis la dernière guerre mondiale. Une analyse est conduite sur les auteurs et les grands thèmes de cette anthropologie.
- Une réflexion comparative sur les travaux produits par les principales Puissances ayant exercé une influence durable sur la recherche en Afrique dans la période susdite : Puissances coloniales, Etats-Unis. La comparaison permet en outre de révéler l'internationalisation croissante de la recherche au cours de la période d'étude. Des liens entre science et histoire sont recherchés par une étude systématique du contexte dans lequel ces travaux ont été conduits : colonisation, décolonisation, guerre froide, construction des Etats, crises politiques internes.

Ce travail est construit en trois parties dont les articulations sont à la fois thématiques et chronologiques.
La première partie situe le sujet dans l'histoire depuis le XVIIIe siècle. Il s'agit le plus souvent de appels brefs sur la situation de la biologie et de l'anthropologie, sur la connaissance des Occidentaux au sujet de l'Afrique subsaharienne et sur la naissance des théories transformistes. Le deuxième chapitre se concentre sur les aspects épistémologiques et idéologiques des travaux de Charles Darwin, leurs prolongements dans les différents domaines de l'érudition africaniste (linguistique, ethnologie, anthropologie physique) et de la politique internationale (impérialisme, nationalisme, colonisation, libéralisme et communisme). Le troisième volet de cette partie retrace l'émergence de la génétique des populations au carrefour des sciences de l'hérédité, des théories de l'évolution, de la mathématique statistique et de l'immunologie. La contribution personnelle de l'auteur est d'avoir fait de cette histoire déjà connue une lecture originale en adoptant le point de vue central de l'Afrique dans cette perception occidentale où s'entrecroisent les questions scientifiques, idéologiques, religieuses et politiques. Ainsi apparaît l'étonnante permanence des idées, des controverses, des représentations sur les origines de l'Homme et des "races", des interrogations sur la nature et la généalogie des Hommes. En Afrique, ces thèmes ont été alimentés par la présence de groupes de populations nettement différenciés aux yeux des Occidentaux, qui ont vu en eux les descendants des races originelles. Lieu de convergence de trois grands courants migratoires supposés, l'Afrique est devenu, dans l'imaginaire occidental, le miroir de cette triangulation raciale blanche, noire et asiatique.
Dans la deuxième partie, est traité l'ensemble des publications qui forment les sources. Le premier chapitre (§2,1) est une description d'un premier ensemble constitué de toutes les publications parues de 1950 à 1985 faisant état de données originales sur la typologie sanguine de populations africaines. Il s'agit d'une étude formelle d'un fichier de références bibliographiques réalisée par des moyens informatiques. Au plan méthodologique, cet aspect de la recherche est le plus original. La bibliographie, un corpus de 898 références livrées en annexe, y est traitée comme des séries d'informations quantifiables, ce qui a permis une description des principales caractéristiques de la production scientifique sur le sujet : pays émetteurs, Etats africains concernés, marqueurs étudiés, nature et thèmes des supports de publications... Une analyse diachronique de ces éléments est présentée.
Il s'y s'ajoute une documentation plus spécifiquement anthropo¬logique (§2,2), c'est-à-dire des textes qui se proposent d'interpréter la distribution des caractères sérologiques envisagés comme marqueurs. Est étudiée l'évolution du contexte scientifique, social et politique, dans lequel toutes ces publications ont pris place, très différent de celui qui précède la deuxième guerre mondiale (§2,2) : le concept de race est questionné, la recherche sur l'origine des ethnies africaines rejoint la problématique des origines de l'Homme. Aussi le troisième chapitre (§2,3) est consacré à cette question centrale de la place du peuplement de l'Afrique dans l'histoire mondiale du peuplement humain, thème majeur de l'anthropologie biologique sur toute la période considérée, mais où émerge en contrepoint, dès la fin des années cinquante, une anthroplogie de l'adaptation, faisant de l'Homme africain un acteur de son évolution sur sa terre. Il apparaît un regard différencié en fonction de l'origine des chercheurs (Britanniques, Sud-Africains), façonnés souvent par la perspective dans laquelle leur culture nationale les porte à effectuer les catégorisations des peuples en présence. Les évolutions sont appréciées en parallèle de celle, concomitante, des autres sciences (linguistique, archéologie, histoire) et de la participation croissante des intellectuels africains à la réflexion sur leur histoire et leur identité.
La troisième partie présente l'étude de trois régions de l'Afrique choisies pour servir une démarche comparative :
1)-l'Afrique de l'Est sous influence belge (Rwanda, Burundi, est du Zaïre), où est présentée notamment une analyse des travaux d'anthropologie biologique sur les populations hutu et tutsi, l'évolution des conceptions de l'historiographie coloniale au sujet de l'origine de ces ethnies et la place de ces travaux dans les suites politiques tragiques de ces clivages ethniques.
2)-l'Afrique orientale britannique de la région des Grands Lacs (Ouganda, sud du Soudan, nord-ouest de la Tanzanie et ouest du Kenya), où est retracée l'évolution des travaux scientifiques en relation avec l'émergence difficile de certains jeunes Etats africains, le problème des populations du sud du Soudan, d'une part, la question des clivages entre peuples nilotiques ou soudaniques, et bantu, d'autre part. Il est décrit comment les résultats de la biologie ont invalidé les classifications classiques (hamites, nilotiques) et qu'apparaissent de nouvelles conceptions, régionales plutôt que linguistiques. Par ailleurs ces résultats, à l'issue de la période considérée, confirment une rencontre sans doute très ancienne entre des peuples africains issus de parties différentes de l'Afrique, leur entrecroisement progressif et très intime dans la région des Grands Lacs, confirmant les analyses les plus récentes dans les domaines de la linguistique historique et de l'archéologie des éco-systèmes.
3)-les pays de l'Afrique occidentale situés à l'intérieur de la boucle du Niger (Burkina Faso, Liberia, Côte d'Ivoire, Ghana, Togo, Bénin, Nigeria), où sont comparées les approches de l'anthropologie française, britannique et américaine, leur évolution avant et après les indépendances : centres d'intérêts et différences d'interprétation. Cette analyse permet de prendre du recul sur l'ensemble des travaux réalisés sur l'Afrique par les Puissances considérées et de retrouver le fil d'une réflexion amorcée dans les chapitres des premières et deuxième parties sur la façon différente dont les Puissances ont intériorisé l'idée d'évolution au XIXe siècle : la conception que se sont faite les Européens des devoirs et des droits du plus apte envers le moins apte, inscrite au coeur de l'idéologie coloniale, a également influé sur le mode d'administration des peuples colonisés. Du côté britannique l'anthropologie biologique a tendu à répondre aux besoins de compréhension et d'organisation hiérarchique de la société coloniale. Ceci est également valable pour les territoires sous influence belge en Afrique orientale. Du côté des Français en Afrique de l'Ouest, l'anthropologie n'a été que dans une moindre mesure chargée de répondre au même besoin. Du même coup l'anthropologie française n'a pas été ébranlée, comme l'ont été les conceptions des Britanniques, par l'avènement des Etats africains à la fin des années 1950. L'anthropologie biologique anglo-saxonne a reflété les changements politiques et, par conséquent, a évolué plus vite vers cette anthropologie de l'adaptation promise par les idées darwiniennes, mais paralysée pendant plus d'un siècle par le besoin de justifier l'entreprise coloniale. Les travaux des Américains en Afrique, très tôt orientés sur les questions adaptatives, suscitent des réflexions du même ordre, en raison de leur émergence à ce moment crucial de l'histoire de l'Afrique, à la veille des indépendances, en raison aussi de leur caractère marginal dans la production anthropologique américaine, restée très naturaliste.
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Les aspects scientifiques ne sont pas négligés : les découvertes successives des systèmes sanguins, l'évolution des méthodes d'analyse et d'investigation, la réflexion épistémologique. La thèse montre l'importance extrême accordée par les chercheurs aux hémoglobines atypiques (notamment l'hémoglobine S responsable d'une maladie grave nommée drépanocytose), caractères qui ont semblé durant plusieurs décennies promettre des informations anthropologico-historiques de premier plan. Il a été montré que cette préoccupation devant les hémoglobines anormales a des raisons multiples dont certaines sont à rechercher dans les débuts de la génétique des populations, en ce qu'elle comportait de préoccupations eugénistes.
En conclusion de la troisième partie, après avoir résumé les hypothèses récentes de la recherche bio-anthropologique sur la diversité humaine (théorie de l'Eve africaine, théorie polycentriste), il est procédé à une critique des principaux problèmes épistémologiques, méthodologiques et conceptuels des travaux actuels (légitimité des arborescences, horloges moléculaires, distances génétiques, coalescence, ambiguité du statut épistémologique des catégories ethniques, critique historique des données et des échantillons). Un bilan des acquis et des perspectives de ces recherches en matière d'histoire du peuplement, est présenté. Enfin, on s'interroge sur les possibilités de développement d'une génétique historique.

Nous avons etudie l'evolution intraspecifique de la gorgebleue a miroir luscinia svecica. Nous avons teste, en premier lieu, si les sous-especes decrites correspondaient a des entites genetiques claires. En sequencant une partie de la region de controle et du gene du cytochrome b situes sur l'adn mitochondrial, nous avons revele que les sous-especes sont en fait tres proches genetiquement (region de controle: 0,00168 0,00001 (divergence moyenne es), cyt. B : 0,00344 0,00017, pour les deux sous-especes les plus differentes morphologiquement). Les sous-especes ont donc diverge rapidement apres un goulot d'etranglement recent, comme le montre le nombre eleve d'haplotype ne divergeant que par quelques mutations. L'emergence de morphes differents s'est probablement produite sous l'influence de pressions selectives fortes ou par derive genetique dans des zones separees apres un second goulot d'etranglement. La selection sexuelle pourrait avoir entraine la divergence des caractere sexuels secondaires comme la couleur du miroir. Pour qu'il y ait selection sexuelle, une variance dans les succes reproducteurs individuels doit exister. Nous avons donc etudie le systeme de reproduction d'une population de gorgebleue nichant dans les marais salants de guerande (bretagne) pour evaluer les variations des succes reproducteurs grace aux empreintes genetiques. Chez les especes monogames, il est en effet possible de maximiser son succes reproducteur via des fecondations hors-couples. Nous avons utilise les aflp (amplified fragment length polymorphism) pour mesurer le taux de paternites hors-couples dans les nichees. Comme nous le pensions, 63,8% des nichees contiennent au moins un jeune issu d'une fecondation hors-couple (= 41,9% des jeunes). Cela souligne le role potentiel d'une forte selection sexuelle chez cette espece. Par contre, aucun biais de la sex-ratio vers les males en fonction de l'attractivite du pere n'a ete mis en evidence dans les couvees.

Cette these retrace les differentes etapes de la recherche et de la caracterisation de loci microsatellites chez gracilaria gracilis, une algue rouge haplo-diploide. Elle presente egalement les premiers resultats obtenus sur l'analyse de la structuration genetique des populations. La recherche de marqueurs se s'est averee tres difficile et la construction et l'analyse de deux banques genomiques n'ont permis que l'identification de deux loci polymorphes, gv1ct et gv2ct. Pour gv1ct, la determination de conditions de typages a elle-meme ete tres delicate. Cependant, les resultats obtenus nous permettent aujourd'hui de proposer un certain nombre d'ameliorations pour optimiser cette phase. Les premiers resultats sur le fonctionnement des populations mettent en evidence des differenciations genetiques entre populations et un isolement par la distance. Ils permettent egalement d'acceder aux flux geniques intra-population par une analyse de paternite. Ces resultats sont par ailleurs en contradiction avec nos hypotheses de depart sur le regime de reproduction, car ils montrent que cette espece est plutot de type allogame. Par ailleurs, ce travail a permis de mettre en avant un certain nombre de limites dans l'utilisation des marqueurs microsatellites. En effet, le locus gv1ct est caracterise par un niveau de polymorphisme associe a une gamme de variation de taille extraordinaire entrainant des difficultes d'amplification des grands alleles. Ces difficultes ont conduit a l'observation, dans certaines conditions defavorables de typages, d'alleles nuls chez les heterozygotes (dominance du petit allele). Enfin, le locus gv2ct nous a permis d'aborder l'evolution moleculaire des microsatellites. En effet, le sequencage des alleles au locus gv2ct revele l'existence : (i) d'une homoplasie de taille et (ii) de pas de mutation pouvant etre complexes ne faisant pas intervenir de simples variations du nombre de repetitions de l'unite principale du microsatellite.

Le protocole d'etude mis au point sur le modele de la resistance du moustique culex pipiens aux insecticides organophosphores dans le sud de la france, a permis de preciser la distribution des genes est-3**(a), codant pour une esterase de detoxication de grande activite, et ace**(r), codant pour une acetylcholinesterase moins sensible a l'inhibition par l'insecticide, ainsi que de caracteriser une nouvelle esterase de grande activite (est-4), egalement associee a la resistance. Ce protocole a ete egalement utilise pour etudier les mecanismes de resistance de c. Quinquefasciatus et de simulium damnosum s. L. De c ote d'ivoire. Une etude biochimique, immunologique et moleculaire a permis de demontrer que l'augmentation d'activite de l'esterase de detoxication de culex quinquefasciatus de californie (est-2**(a)) etait due a un mecanisme d'amplification genique. Un systheme complexe d'incompatibilites cytoplasmiques a ete mis en evidence chez c. Pipiens du sud de la france. L'importance de ce mecanisme de sterilite apparemment lie a la distance entre les gites mais non a leur nature, dans la structuration des populations est discutee en fonction des facteurs de variation observes

L'auto-incompatibilité sporophytique est un système génétique empêchant l'autofécondation par reconnaissance du soi. Chez de nombreuses espèces, ce système est contrôlé par un locus unique, le locus S, composé de deux gènes liés codant pour les protéines de reconnaissance du pistil et du pollen. Le locus d'auto-incompatibilité est un cas classique d'une forme particulière de sélection équilibrante appelée sélection fréquence dépendante négative. Cette forme de sélection est censée provoquer une accumulation de polymorphisme dans les régions flanquantes du locus S, y compris des mutations délétères. Chez les Brassicacea, ce système présente une hiérarchie de dominance linéaire entre les allèles S. Ce réseau de dominance est contrôlé par des interactions entre les allèles S. Ce réseau de dominance est contrôlé par des interactions entre les petits ARN liés aux allèles S dominants et leurs séquences cibles sur les allèles récessifs du gène contrôlant les spécificités polliniques SCR. Il est prédit que le niveau de dominance a un effet sur l'accumulation de polymorphismes dans les régions immédiatement liées au locus S, avec une accumulation plus importante de la charge génétique par les allèles S dominants que par les allèles S récessifs.Dans mon projet de thèse, j'ai d'abord étudié l'effet de la sélection équilibrante au locus S sur le polymorphisme dans les régions flanquantes afin de déterminer l'ampleur du pic de polymorphisme et de caractériser ses propriétés moléculaires. J'ai utilisé les données de reséquençage du génome entier de plusieurs populations d'A. halleri et d'A. lyrata pour déterminer spécifiquement la distance chromosomique jusqu'à laquelle l'effet du locus S peut encore être observé. J'ai observé une augmentation du polymorphisme dans les premiers 25kb autour du locus S, principalement expliquée par une augmentation de la proportion de sites polymorphes.J'ai ensuite testé si la dominance des allèles S influence la charge génétique qu'ils accumulent. J'ai combiné une approche génomique utilisant des trios parents-descendant pour mettre en phase les haplotypes liés au locus S et comparer le nombre de mutations délétères liées aux allèles S dominants vs récessifs, avec une approche phénotypique pour mesurer expérimentalement l'impact de cette charge génétique protégée. J'ai démontré que la dominance favorise des profils contrastés de la charge génétique entre les allèles S récessifs et dominants.Enfin, j'ai utilisé une approche de modélisation basée sur des simulations stochastiques pour prédire l'évolution du réseau de dominance entre les allèles S, en prenant explicitement en compte les interactions entre les petits ARN et leurs cibles SCR. Mes résultats montrent que les mutations ont des probabilités de fixation différentes selon qu'elles se produisent sur des allèles S dominants ou récessifs, et aussi selon qu'elles touchent le locus producteur de petits ARN ou ses sites cibles. La distribution de la charge génétique abritée entre les allèles S dominants et récessifs est également un déterminant important de l'évolution du réseau de dominance
Sporophytic self-incompatibility is a genetic system preventing self-fertilization by self-recognition. In many species, this system is controlled by a single locus, the S-locus, composed of two linked genes coding for the pistil and pollen recognition proteins. The self-incompatibility locus is a classical case of a particular form of balancing selection called negative frequency dependent selection. This form of selection is predicted to cause an accumulation of polymorphism in the flanking regions of the S-locus, including sheltered deleterious mutations. In the Brassicacea, this system exhibits a linear dominance hierarchy between S-alleles. This dominance network is controlled by interactions between small RNAs linked to dominant S-alleles and their target sequences on recessive alleles of the gene controlling the pollen specificities SCR. The dominance level is predicted to have an effect on the accumulation of polymorphisms in regions immediately linked to the S-locus, with a higher accumulation of the genetic load sheltered by dominant S-alleles than by recessive S-alleles.In my PhD project, I first studied the effect of balancing selection at the S-locus on polymorphism in the flanking regions in order to determine the magnitude of the peak of polymorphism and to characterize its molecular properties. I used whole genome resequencing data from several populations of A. halleri and A. lyrata to specifically determine the chromosomal distance up to which the effect of the S-locus can still be observed. I observed an increase of polymorphism in the first 25kb around the S-locus, mainly explained by an increase of the proportion of polymorphic sites.I then tested if dominance of the S-alleles influences the genetic load they accumulate. I combined a genomic approach using parent-offspring trios to phase haplotypes and compare the number of deleterious mutations linked to dominant vs. recessive S-alleles, with a phenotypic approach to experimentally measure the severity of the load. I demonstrated that dominance promotes contrasted profiles of the genetic load between the recessive and the dominant S-alleles.Finally, I used a modeling approach based on stochastic simulations to predict the evolution of the dominance network between S-alleles, taking interactions between small RNAs and their SCR targets explicitly into account. My results show that mutations have different fixation probabilities according to whether they occur on dominant vs. recessive S-alleles, and also whether they hit the small RNA producing locus or its target sites. The distribution of the sheltered genetic load between dominant and recessive S-alleles is also an important determinant of the evolution of the dominance network

L'evolution artificielle, cette jeune discipline dont les premisses remontent a la cybernetique des annees cinquantes, s'inscrit dans le domaine plus large de l'intelligence artificielle. Et c'est bien dans l'optique des systemes adaptatifs que les algorithmes genetiques ont ete developpe voila vingt-cinq ans par le professeur john holland. Leurs utilisations tant pour l'optimisation de fonction que pour l'apprentissage en temoignent. Les travaux presentes dans ce memoire s'articulent autour de deux concepts cles : les comportements dynamiques des populations et le polymorphisme. L'etude des aspects dynamiques est incontournable si on s'interesse aux algorithmes genetiques en tant que systemes adaptatifs. Le polymorphisme est lie a ce qui fait leur specificite : la manipulation d'une population. Notre contribution repose sur une architecture duale basee sur l'introduction d'un niveau meta dans l'interpretation des individus : ceci permet de revisiter la dynamique des populations et le polymorphisme. Le maintien de populations stables et polymorphes dans le cadre de l'optimisation multicritere ; l'obtention de comportements dynamiques riches et complexes dans le cadre du modele minimal des comportements des algorithmes genetiques duaux, en sont des exemples. Ces travaux constituent donc une contribution a l'etude des algorithmes genetiques comme systemes adaptatifs potentiellement complexes.

La marmotte alpine (marmota marmota, sciuride), espece hautement sociale au systeme d'appariement decrit comme etant monogame, suscite un grand interet comme modele d'etude de la socialite chez les mammiferes. Elle forme des unites familiales composees d'un couple dominant et des jeunes issus de portees successives. Apres une etude de faisabilite, l'utilisation des poils comme materiel biologique et des microsatellites comme outil genetique a permis d'etudier le systeme d'appariement de la marmotte alpine en quantifiant les paternites extra-couples dans les groupes familiaux d'une population des alpes francaises (la grande sassiere, parc national de la vanoise) et en discutant les couts et les benefices pour chaque sexe d'adopter une strategie alternative a la monogamie. Le pourcentage de paternites extra-couples s'est avere eleve (plus de 30%), et nous avons identifie plus de 19% de juveniles dont le male resident n'etait pas le pere. Le polymorphisme relativement eleve des microsatellites utilises a egalement permis d'aborder la genetique des populations de marmottes alpines a deux echelles : intra- et interpopulationnelles. Avec les indices de fixation de wright, nous avons mis en evidence une forte structuration genetique intrapopulationnelle due tres vraisemblablement a la structure sociale familiale, et une tendance significative a l'evitement de la consanguinite. Selon nos resultats, cette tendance serait due plutot a un effet famille qu'a un biais sexuel de la dispersion, ou qu'a un choix par la femelle d'un partenaire non-apparente.

Cette thèse porte sur l'étude de la modélisation de l'évolution, par des processus markoviens, de l'effectif d'un gène donné au cours des générations dans une population à taille limitée. Dans une première partie, nous faisons un recensement des différents types de chaînes de Markov homogènes utilisées dans la littérature pour une telle modélisation. Quand la taille de la population est grande, il est possible d'obtenir la convergence de ces chaînes de Markov vers des processus de diffusion homogènes grâce aux théorèmes de convergence qui font l'objet de la deuxième partie. La troisième partie de cette thèse est consacrée aux différentes méthodes de calcul des temps moyens avant absorption qui correspondent ici aux temps moyens avant disparition ou invasion complète du gène donné en partant de différentes conditions initiales. La quatrième partie propose une modélisation simple d'une maladie génétique, la drépanocytose, et l'influence du paludisme comme facteur de sélection sur l'évolution de cette maladie en Afrique

Cette etude se situe dans le cadre de la caracterisation des ressources genetiques. Elle vise a definir les grands types de mais europeen et a les comparer aux principales races americaines pour cela, 220 populations de mais ont ete etudiees au niveau morphologique et au niveau moleculaire par analyse rflp sur melanges d'adn. Les populations presentent une variabilite morphologique tres forte pour differents caracteres lies a la precocite, la forme de l'epi ou de la panicule. Au niveau moleculaire, la richesse allelique et la diversite totale sont tres elevees. Les populations sont tres contrastees, une large part de la diversite s'expliquant par la diversite inter-population (g s t de 36%). Le materiel americain apparait plus polymorphe que le materiel europeen, l'introduction du mais en europe s'etant accompagnee d'une perte de richesse allelique. Nous avons pu distinguer plusieurs types de mais europeens et proposer un scenario concernant leur origine. Un premier ensemble de populations cultivees en espagne du sud semble derive des premieres introductions de mais des caraibes. Un second ensemble cultive en italie apparait proche du type sud-americain cateto. Par ailleurs, de nombreuses populations du nord et de l'est de l'europe sont tres proches du type nord-americain northern flint qui semble avoir fortement contribue a l'etablissement du materiel europeen. Les populations des pyrenees et de galice forment une race tres homogene qui pourrait resulter d'hybridations entre des populations originaires d'amerique du nord et des populations originaires d'amerique du sud. Nos resultats ont permis d'apporter des elements nouveaux en ce qui concerne l'histoire de l'introduction du mais en europe. Par ailleurs, cette etude montre que l'analyse d'un large echantillon de populations par la technique rflp sur melanges d'adn permet d'effectuer des classifications de populations utiles a la gestion des collections de ressources genetiques et a leur utilisation en selection.

La microdifferenciation genetique, au sein de populations de drosophila melanogaster et de drosophila buzzatii presentes dans une oasis tunisienne, a ete etudiee. Dans cette localite (nasr'allah), un cline hydrique bien marque, se developpant a partir d'une source, entretient d'une extremite a l'autre (distantes de 800 m environ) des conditions ecologiques tres differentes (humidite, temperature, luminosite, vegetation d'opuntia et evolution des figues de barbarie a terre). L'analyse de 60 lignees isofemelles de d. Melanogaster (sur 3 annees consecutives), prelevees a ces deux extremites, revele des differences significatives pour des caracteres polygeniques tels que des caracteres biometriques (nombre des soies sternopleurales, longueur de l'aile et nombre d'ovarioles) et des caracteres physiologiques (temps de developpement, resistance a la dessiccation et a l'humidite ainsi qu'a l'ethanol). Ces differences laissent supposer que la selection a pu operer differemment sur les deux sous-populations presentes aux deux extremites. Par contre, une homogeneite est constatee pour 3 locus enzymatiques (adh, gpdh et est-6) confirmant la presence d'un flux genique. Toutefois le deplacement de d. Melanogaster est tres limite (deplacement journalier de 3,55 m) a cause de l'abondance des ressources alimentaires, ce qui limite les echanges geniques et par la meme permet de reveler des pressions selectives differentes aux deux sites. Le modele du choix de l'habitat a pu etre verifie grace a d. Buzzatii. Cette espece se developpe, non seulement sur les cladodes, comme dans son pays d'origine (argentine) mais aussi sur les fruits du figuier de barbarie. Des differences ont ete revelees, entre une souche constituee a partir des emergences des fruits et une autre a partir de celles des cladodes, pour des caracteres biometriques et physiologiques (temps de developpement sur substrat nat

Triatoma infestans et rhodnius prolixus sont les deux vecteurs les plus importants de la maladie de chagas: 1) t. Infestans est domestique sur tout son territoire, mais nous demontrons l'existence d'une population sauvage situee dans la vallee de cochabamba (bolivie). En bolivie et au perou, la structure genetique des populations domestiques et sauvages de t. Infestans est incompatible avec l'existence d'especes jumelles. Elle suggere par ailleurs que les populations actuelles de ce vecteur resultent d'une expansion geographique recente a partir d'une population unique. Enfin, elle permet une mesure de l'aire de dispersion locale de l'insecte, variable d'une region a l'autre, et suggere que son adaptation au parasite varie selon le genotype; 2) r. Proxilus, vecteur majeur, et r. Neglectus, espece sylvatique sans role vecteur connu, sont morphologiquement semblables: nous proposons pour la premiere fois une cle biochimique susceptible de separer ces deux especes a l'aide de trois enzymes

Magnaporthe grisea est un champignon filamenteux pathogene des graminees cultivees ou sauvages. Les isolats regroupes dans cette espece sont identiques morphologiquement mais presentent des specificites hotes particulieres. Nous avons analyse la structure genetique de l'espece m. Grisea a partir d'un echantillon le plus representatif possible de sa repartition geographique (72 isolats provenant de 15 pays des continents americain, asiatique et africain) et de ses plantes hotes (20 especes appartenant a 13 genres differents). La variabilite genetique de m. Grisea a ete estimee a l'aide de 7 marqueurs moleculaires independants: l'adnr, les genes simple copie i1v-1, nia-1 et cut-1, la sequence repetee mgr586, et les retrotransposons fosbury et grasshopper. Le polymorphisme des sites de restriction de l'adnr et des fragments de restriction des genes simple copie permet de classer les isolats en plusieurs groupes genetiquement distincts. Les arbres phylogenetiques obtenus par comparaison des sequences des its1 et its2 de l'adnr ou des profils de restriction des genes simple copie presentent la meme topologie, repartissant les differents groupes d'isolats de l'espece m. Grisea en quatre phylums distincts. Les distances entre ces quatre phylum (8 a 10 % de divergence nucleotidique dans les its) sont comparables a celles mesurees entre especes voisines chez d'autres ascomycetes, indiquant que l'espece m. Grisea peut etre subdivisee en quatre sous-especes apparentees. Ces groupes d'isolats ne correspondent pas a des populations isolees geographiquement mais a des populations d'isolats provenant d'une seule plante hote. L'espece m. Grisea est donc constituee de sous-populations hote-specifiques. La specialisation parasitaire sur une nouvelle plante hote conduit a une subdivision de l'espece m. Grisea en populations suffisamment isolees genetiquement pour se differencier en sous-especes apparentees

Laminaria digitata, classe des pheophycees, ordre des laminariales, est une macroalgue brune commune en manche et en atlantique. Elle forme des populations importantes le long des cotes rocheuses, en mode semi-battu ou battu, au niveau de l'etage infra-littoral. Les laminariales se distinguent par un cycle de reproduction haplodiplophasique nettement heteromorphe (sporophytes macroscopiques ; gametophytes microscopiques). Le sporophyte, thalle d'environ 1,5 m de long, est recolte (environ 60. 000 t/an, principalement en manche) pour sa forte teneur en alginate. Ces deux caracteristiques (cycle de vie, recolte), ainsi que la continuite de ses peuplements, font de cette espece un bon modele d'etude de la diversite genetique en milieu marin. Des marqueurs microsatellites, rares chez cette espece, ont ete identifies chez l. Digitata afin d'etudier son regime de reproduction ainsi que la structuration de ses populations en manche. Les individus presentent un apparentement a l'echelle du metre, provenant de la faible dispersion des gametes males. L'effectif efficace des peuplements continus est estime a 16 000 individus, soit environ un km de long. Il semble que l'allofecondation y soit la regle, signe de la dispersion des spores. La differenciation entre populations se fait selon le modele d'isolement par la distance et reflete assez bien les courants en manche, ainsi que les effets des substrats sur la structure du peuplement. Cette etude est la premiere de cette ampleur (nombre d'individus et nombre de locus) chez des especes a peuplement continu et en particulier, chez les algues. Elle a permis de mettre en evidence deux systemes de dispersion : les gametes d'une part et d'autre part les spores ou l'arrachage de fragments de thalles fertiles. De plus, elle a permis de detecter des isolements liees aux courants dans un milieu considere comme a priori homogene.

Alexandrium minutum est un dinoflagellé à l’origine d’efflorescences toxiques récurrentes le long des côtes bretonnes. Originaire de Méditerranée, cette espèce a progressivement envahi l’Europe. L’objectif de ce travail était d’étudier les processus pouvant influencer la diversité génétique des populations d’A. Minutum. Tout d’abord, des expériences que nous avons réalisées montrent que la rencontre des gamètes suit un processus complexe où les fusions ne sont pas régies par un système bipolaire. Ce qui pourrait expliquer la forte diversité observée au sein des efflorescences. En effet, l’utilisation des microsatellites a permis de révéler une forte diversité génétique et génotypique. La reproduction sexuée chez cette espèce serait donc prédominante. L’étude de la variabilité génétique spatiotemporelle au cours des efflorescences pendant deux années consécutives dans les estuaires de Penzé et de Rance révèle des différenciations génétiques significatives aux deux échelles. Ces résultats indiquent que les populations d’A. Minutum le long des côtes bretonnes sont isolées génétiquement mais aussi que leur composition génétique évolue au cours de la saison. Les traits d’histoire de vie de cette espèce (production de kystes sexués) pourraient expliquer cette dynamique spatio-temporelle en renforçant la différenciation génétique entre estuaires. Les kystes pourraient constituer une réserve de génotypes, leur présence en grand nombre pourrait par un effet de tampon génétique et de compétition limiter l’arrivée de nouveaux migrants dans ces estuaires. Ces résultats fournissent des paramètres essentiels pour la gestion des milieux côtiers menacés par les algues toxiques
Alexandrium minutum is a dinoflagellate producing recurrent toxic blooms along the French Atlantic coast. Originally from the Mediterranean, this species has gradually invaded the European coasts. In this study we examined the processes that may affect population genetic diversity of A. Minutum. We made crossing experiments to determine its reproductive system. Then we used molecular tools to determine the importance of sexual reproduction in natural populations. Finally, we studied the genetic variability of annual blooms for two consecutive years in Penzé and Rance estuaries. Crossing experiments showed that gametes recognition in this species is not a bipolar system but involves different mating types. Using microsatellite markers, we found that blooms have a high genetic and genotypic diversity suggesting that clonal reproduction is not a dominant process during bloom period. The spatio-temporal genetic analyses showed significant differentiation at both spatial and temporal scales and indicates a restricted gene flow between the two sites. The genetic differentiation between estuaries could also be closely linked to the life history traits. Indeed, the rapid development of blooms in a new site, followed by the formation of a large number of cysts accumulated in estuaries could be a particular system characterized by high genetic buffer and limiting arrival of immigrants by competition. Finally, our results suggest that the toxic blooms observed in Rance, in the Morlaix Bay and Brest estuaries correspond to different introductions processes

La chevre est la troisieme espece de bovide d'importance economique dans le monde. En france la filiere caprine occupe une place privilegiee. Cependant, les connaissances du genome caprin sont tres limitees a ce jour. Aussi, le deroulement de cette these s'est oriente suivant deux directions: la premiere avait comme objectif d'explorer la variabilite du genome caprin, la deuxieme d'exploiter ces avancees en les appliquant a l'etude de la resistance genetique a une maladie parasitaire: la cowdriose. Dans la perspective d'approfondir nos connaissances relatives au genome caprin, nous avons choisi de caracteriser cinq races de chevres. Cette etude s'est appuyee sur les polymorphismes biochimiques classiquement recherches dans le sang (proteines et groupes sanguins) et le lait (essentiellement la caseine #s#1). Cela a permis d'evaluer, pour la premiere fois, le polymorphisme des groupes sanguins dans des populations caprines et de mettre en evidence une difference dans la repartition des frequences des alleles de la caseine #s#1 dans les populations africaine et europeenne. Par la suite, nous avons cherche a developper un reseau de marqueurs adn pour etudier le genome caprin. La strategie adoptee a consiste a rechercher parmi les microsatellites bovins ceux utilisables dans l'espece caprine. Cette etude a permis de preciser les relations genetiques existantes entre les populations de chevres precedemment etudiees, poser les bases d'une utilisation potentielle pour d'autres especes de bovides, fournir des elements necessaires a la recherche de genes d'interet et augmenter les probabilites d'exclusion du controle de filiation caprin tout en le simplifiant. Enfin, nous avons complete cette etude par l'analyse du polymorphisme d'un gene bovin specifiant un marqueur caracteristique de la cellule t/ (bowc1) dont nous avons montre qu'il appartient a une famille multigenique et qu'il est conserve chez les caprins. La deuxieme direction concerne l'etude de la resistance genetique des chevres creoles a la cowdriose. Nous nous sommes attaches a determiner le mode de segregation du caractere de resistance dans des familles ressources. Nous avons recherche un marqueur associe a ce caractere a l'aide des six antigenes erythrocytaires caprins definis a ce jour et des genes pouvant etre impliques dans des phenomenes de resistances a des infections (genes du complexe majeur d'histocompatibilite caprin). Cette these est une contribution a la mise en place de marqueur polyvalent et a moindre frais pour l'espece caprine

Cette etude, consacree a l'histoire evolutive d'helix aspersa, procede en deux etapes: (i) mise en evidence d'une structuration spatiale des populations (107 echantillons repartis sur l'aire de repartition initiale de l'espece) a l'aide de marqueurs enzymatiques (17 locus) et secondairement, de caracteres metriques (coquilles, genitalia distales). Cette etape prospective, fondee sur des methodes d'analyse exploratoire (afc, acm, et cah) et des mesures de distances genetiques, revele l'existence de deux entites geographiques parfaitement definies: un bloc est, forme des echantillons de l'est maghreb et d'epire; un bloc ouest, associant les echantillons de l'ouest algerie et d'europe mediterraneenne (dmoy. =0,182). Sur le territoire du maghreb, le gradient de differenciation est-ouest se traduit par l'existence d'une zone de contact entre populations peripheriques de chacune des deux entites. L'etude conjointe de la variation des genitalia distales fournit des informations en accord avec le modele de variation biochimique; (ii) recherche des forces evolutives responsables des divergences observees. L'intensite des flux de genes entre les populations n'etant pas suffisamment forte pour contrebalancer les effets de la derive genetique, l'explication la plus logique pour interpreter le modele geographique defini est la dependance des pools geniques des populations isolees depuis leur ancetre commun. A certains locus, la distribution des frequences alleliques suggere neanmoins l'intervention de la selection naturelle dans la differenciation des populations. Ces modeles de differenciation des populations sont discutes a la lumiere des connaissances acquises sur l'histoire paleobiologique de la region mediterraneenne. Trois scenarios, non obligatoirement exclusifs, sont proposes: l'intervention de l'homme dans le transport passif des animaux (des la revolution neolithique); la dispersion des populations a la faveur des deplacements de microplaques continentales dans la partie occidentale du bassin (au tertiaire); la formation de populations isolees liee a l'alternance des periodes glaciaires et interglaciaires (au debut du quaternaire)

Ce travail se situe au croisement de l'ecologie, de la genetique des populations et de la conservation des ressources genetiques. Il a pour but d'expliquer et d'interpreter la diversite biologique (taxinomique, ecologique ou genetique) de populations naturelles de luzernes annuelles prospectees en algerie. L'objectif de la conservation des ressources genetiques n'etant pas uniquement de conserver a l'identique les lots recoltes, mais de comprendre et de maintenir les processus evolutifs avec le minimum d'erosion genetique, il est indispensable de connaitre les structures et les mecanismes de la differenciation genetique de populations provenant de regions ecologiques differentes. Un des resultats le plus important est l'ampleur de la structuration des especes en varietes botaniques. Ainsi, les distributions particulieres de chacune d'entre-elles permettent d'expliquer l'ubiquite des especes dites generalistes. Par ailleurs, un groupe de populations intermediaires, identifie chez medicago truncatula, n'est aujourd'hui relie a aucune classification taxinomique. L'etude de la distribution de dix especes annuelles du genre a permis de cerner leurs preferences ecologiques et de connaitre les ecosystemes particuliers dans lesquelles elles evoluent. Pour les deux especes les plus frequentes, une etude agronomique a mis en evidence les strategies adaptatives des populations liees aux pressions de selection du milieu d'origine, a la lumiere de la structuration genetique etudiee sur des marqueurs neutres. Ces analyses nous ont permis de proposer des explications sur l'evolution de l'espece medicago truncatula gaertn en algerie

La diversite des populations de colletotrichum lindemuthianum, agent responsable de l'anthracnose du haricot commun, a ete etudiee dans les 3 centres de diversite de son hote, phaseolus vulgaris: au mexique, pour le centre meso-americain, en equateur, pour le centre nord-andin et en argentine pour le centre sud-andin. L'etude de la distribution de marqueurs neutres (rapd et restriction sur des produits d'amplification contenant les its i et ii) dans les trois centres de diversite indique que le mexique est un centre de diversite de l'agent pathogene. Les deux populations pathogenes andines semblent apparentees et avoir pour origine le mexique. L'etude de la distribution des facteurs de virulence sur une gamme de 12 cultivars et sur des plantes sauvages montre que les trois populations sont differenciees pour ces marqueurs. Les souches de champignon attaquent en majorite les plantes de leur population hote ce qui indique que c. Lindemuthianum est adapte aux plantes venant du meme centre de diversite. La coevolution est donc un processus ayant conduit a la differenciation des populations hotes et pathogenes a l'echelle des trois centres de diversite. Une etude a l'echelle regionale a l'aide de marqueurs moleculaires indique que les populations sont plus polymorphes et plus differenciees au mexique qu'en argentine. La structure des populations pour des marqueurs neutres aurait peu evolue en argentine depuis sa fondation. La forte differenciation au mexique pourrait refleter les effets de derive. Dans ces deux pays, la variabilite intrapopulation pour la virulence est importante, ce qui suggere que les populations sont egalement capables de maintenir une diversite pour la virulence a une echelle fine

A la suite des essais realises dans le cadre du programme populations source mais (inra-promais), le but de notre etude etait d'evaluer et de structurer la variabilite entre populations a partir de leurs valeurs en croisement avec deux testeurs complementaires, pour la production de fourrage. L'etude a ete completee avec une illustration de l'interet de ce materiel en selection a partir des descendances top-cross et s1 du pool fourrage f10-85. L'ensemble des populations etudiees presente une variabilite phenotypique tres importante et le systeme de test a ete efficace pour reveler la variabilite des descendances en croisement. Une presentation des correlations entre lieux et entre testeurs, les interactions genotypes milieux et genotypes testeurs complete la discussion sur le plan biometrique, sur l'organisation de la variabilite genetique du mais en vue de la production de fourrage. Le calcul d'index de selection combine fourrage-gain nous a permis de mettre en evidence les populations les plus interessantes pour une selection a la fois pour la production de fourrage et la production de grain. L'importante variabilite genetique disponible est caracterisee par une variation tres continue. La methode de groupement que nous avons utilisee semble adaptee a une gestion dynamique de ressources genetiques dont la variation est continue. La complementarite entre les groupements et les methodes de selection classiques est discutee. L'etude des descendances du pool fourrage f10-85 montre une variabilite en croisement tres importante pour l'ensemble de caracteres etudies. Les niveaux de rendement des meilleurs genotypes en croisement sont significativement superieurs aux temoins: en valeur propre, certaines s1 ont le meme niveau de production en plante entiere que les temoins, elles sont sensibles a la verse et aux maladies

Diprion pini l. Est une tenthrede dont les larves causent des defeuillaisons brutales, breves et spectaculaires sur le pin sylvestre. En france, des populations bivoltines en plaine et univoltines en montagne cohabitent, toutes infeodees a des massifs forestiers plus ou moins distants. Les populations de montagne presentent des caracteres de diapause differents de celles de plaine. Pour tenter d'identifier des marqueurs refletant l'heterogeneite genetique des populations francaises de d. Pini et pour mieux cerner leur origine geographique, nous avons etudie, par electrophorese enzymatique sur gel de polyacrylamide, six populations naturelles: en plaine (romorantin, lorris, rambouillet); en montagne, dans les alpes (ceillac, 1600 m et font-christiane, 1400 m), et dans le massif central (sr just st rambert, 600 m). L'elevage de ces populations, mene colonie par colonie, permet de degager des donnees biologiques sur leur cycle, leur sex-ratio, leur mortalite, leur parasitisme et leur taux de diapause. L'etude du polymorphisme enzymatique porte sur six loci: trois loci esterasiques polymorphes, un locus malate deshydrogenase monomorphe et deux loci leucine amino-peptidase dont l'un est monomorphe, l'autre polymorphe. Les distances genetiques entre populations ne permettent pas de differencier, a priori, les populations de plaine et de montagne. Les populations se distinguent en deux sous-groupes: celles des alpes et de rambouillet de celles du centre de la france (lorris, romorantin et st just st rambert). L'existence de males heterozygotes diploides est revelee par l'analyse des esterases. Elle est confirmee par l'etude du poids et l'examen des ailes d'individus eleves en conditions de consanguinite stricte. La consanguinite se traduit par un pourcentage plus eleve d'individus diapausants (jusqu'a 90%) et une deviation de la sex-ratio en faveur des males. Ces resultats sont analyses sous l'angle de la conduite

L'orobanche, orobanche cumana, est une angiosperme, parasite des racines du tournesol (helianthus annuus l. ). Originaire du bassin mediterraneen, elle cause d'importants degats dans les pays producteurs excepte en france. Cinq races d'orobanche ont ete caracterisees dans les pays de l'est (elle est observee en russie des le debut du siecle) et 4 en espagne (ou elle est apparue en 1958). Ces races seraient controlees par des genes notes or. Mais l'etude de la genetique de la resistance n'est pas encore bien comprise. La capacite du pathogene a surmonter les resistances et sa facilite de dissemination en font un parasite difficile a maitriser. La lutte privilegiee passe par l'utilisation de resistances naturelles. L'objectif de ce travail est d'une part d'etudier la variabilite au niveau moleculaire et au niveau de la virulence de populations d'orobanches pour voir leur evolution et d'etudier la genetique de la resistance avec ces populations caracterisees. Huit populations d'orobanches (3 bulgares, 1 roumaine, 1 turque et 3 espagnoles) ont ete caracterisees par rapd et par aflp pour deux d'entre elles. Une population bulgare et deux populations espagnoles ont ete utilisees pour les tests de resistance sur les familles f 3 de deux croisements. L'adn des f 2 a servit au marquage moleculaire (marqueurs rflp et scar) pour localiser des genes de resistance sur la carte du tournesol par la technique des bulks et par la recherche de qtl. Une faible variabilite moleculaire intra- et inter-populations a ete trouvee (rapd et aflp apportant la meme precision). Les populations sont structurees en fonction de leur origine geographique et de leur virulence. Les populations espagnoles sont probablement issues des pays de l'est. La variabilite existant entre les populations d'orobanche pourra etre utilisee pour caracteriser les races existantes. Trois genes majeurs de resistance ainsi qu'or5 ont ete localises sur le groupe de liaison 16 de la carte genetique du tournesol. Le niveau de resistance semble dependre du genotype de tournesol et de la population d'orobanche utilises. Enfin, il apparait que la mise en place d'un differentiel sur pour caracteriser les races est necessaire aussi bien pour l'etude de la genetique que pour suivre l'evolution des races.

La variabilite genetique de populations venezueliennes de rhodnius prolixus et la notion d'espece au sein du genre rhodnius ont fait l'objet de ce travail. Differentes populations geographiques et souches de rhodnius spp. Ont ete analysees d'un point de vue morphologique, isoenzymatique et ethologique. Les populations venezueliennes de r. Prolixus peuvent etre differenciees par la combinaison de caracteres ou de rapports morphologiques, ou par des frequences alleliques a certains locus, bien que le polymorphisme enzymatique soit faible. La structure genetique de cette espece, en milieu domestique, au venezuela, peut etre consideree comme un ensemble de demes. Du fait de l'absence de correlation entre la variabilite morphologique (d#2 de mahalanobis) ou de la variabilite genetique (d de nei, et frequences alleliques) avec la distance geographique ou avec des parametres geographiques simples comme l'altitude, les echanges geniques inter-demes ne peuvent etre explicites ni par le modele d'isolement par la distance de wright, ni par celui du stepping stone a une dimension de slatkin. En revanche, nos resultats suggerent que la differenciation genetique des populations domestiques de r. Prolixus peut relever d'une derive genetique par effets fondateurs ou repondre a un modele de stepping stone a n dimensions, ces hypotheses n'etant pas exclusives. La population de r. Robustus analysee dans cette etude, presente une variabilite morphologique qui s'inscrit tout a fait dans celle r. Prolixus. Par ailleurs, l'absence de differenciation alloenzymatique et d'isolement reproductif pre- ou postgametique avec cette derniere nous conduit a conclure que ces deux taxons ne representent qu'un seul champ de recombinaison des genes et doivent donc etre consideres comme formant une seule et unique espece. Cette espece r. Prolixus sensu lato est, en revanche, bien differenciee d'un point de vue morphologique, enzymatique et ethologique des especes r. Pictipes, r. Nasutus et r. Neglectus

Les algues rouges a cycle de vie haplo-diploide isomorphe ont des caracteristiques particulieres : (1) trois types d'individus macroscopiques coexistent dans les populations : tetrasporophytes diploides, gametophytes haploides males et femelles ; (2) trois types de propagules assurent la dispersion : spores haploides, spores diploides et gametes males ; (3) les gametes sont produits par mitoses sur les individus haploides ; et (4) chaque fecondation est suivie d'une multiplication du zygote par mitoses donnant des milliers de spores diploides genetiquement identiques. Cette etude explore l'impact des ces differentes caracteristiques sur les fonctionnements demographique et genetique des populations de gracilaria gracilis du detroit du pas-de-calais a l'aide de trois approches : demographie, genetique des populations et analyse de paternite. L'etude demographique montre que les parametres demographiques varient peu dans l'espace et dans le temps. Les populations montrent un taux de croissance modeste, un temps de generation long ; les taux de survie haploide et diploide sont eleves tandis que leurs taux de recrutement sont faibles. L'etude de la structure genetique montre que les flux geniques entre populations sont importants (a l'echelle de 5 km), mais qu'une differenciation genetique peut s'etablir entre populations selon leur position sur l'estran, independamment de la distance geographique qui les separe. Les analyses de paternite montrent que l'essentiel des fecondations se produit dans un rayon d'un metre, mais que la migration des gametes males entre populations est non negligeable. De plus, les descendances sont engendrees par une multitude de males et il semble qu'il y ait une competition entre males pour acceder aux gametes femelles. Ces resultats depeignent une image du fonctionnement des populations de gracilaires : stables, renfermant une forte diversite genetique et ou la selection sexuelle est potentiellement une force evolutive.

La structure genetique et les systemes de reproduction ont ete etudies dans un groupe de populations du mollusque gasteropode pulmone, lymnaea peregra muller (lymnaeidae), au moyen de marqueurs enzymatiques et de traits lies a la valeur selective. La differenciation genetique des populations s'est averee significative et en accord avec la nature fermee des milieux qu'occupe cette espece. La constitution genotypique des populations montre une tendance generale au deficit en heterozygotes, malgre une variabilite genetique elevee. L'analyse des systemes de reproduction a revele que cette fixation pouvait etre due a un taux non negligeable d'autofecondation et / ou une subdivision des populations. L'etude experimentale de la depression de consanguinite sur deux generations successives suggere (i) un fardeau genetique constitue a la fois de mutations letales s'exprimant de facon precoce et de mutations a faible effet individuel, sous un modele de dominance partielle, (ii) une action independante des genes affectant la fitness. Par ailleurs, la variation inter-lignees des traits relatifs a l'autofecondation est mise en relation avec la variation inter-individuelle observee pour les taux d'autofecondation naturels. L'ensemble des resultats est discute dans le cadre de l'evolution des systemes de reproduction, chez une espece pour laquelle les avantages theoriques de l'autofecondation peuvent etre lies a une variation importante des conditions environnementales locales.

Polymorphisme des cytotypes p, m et intermediaires caracterises par leur capacite a reprimer les anomalies genetiques induites par les elements p de d. M. Etudie en correlation avec des elements p complets et defectifs

Botrytis cinerea est un champignon filamenteux, qui attaque plus de 200 plantes et cause des degats importants sur de nombreuses recoltes. Il est en particulier responsable de la pourriture grise sur la vigne, mais aussi de la pourriture noble. Tres peu d'apothecies ayant ete observees dans la nature, sa reproduction etait consideree jusqu'ici comme clonale. D'apres les tests de pathogenie en laboratoire, il etait considere qu'il n'existait pas de specialisation. Cette etude a permis de developper de nouveaux marqueurs (pcr-rflp, fingerprint, issr, swapp, et elements transposables) et d'evaluer leur interet pour les etudes de populations. Un minisatellite, msb1, a ete isole, et l'analyse de son polymorphisme a montre qu'il possedait des caracteristiques originales et que son mecanisme de variabilite etait le slippage. Msb1 et les marqueurs pcr-rflp ont ete tres utiles pour realiser des analyses au niveau de la population. Les fingerprints se sont reveles indispensables pour identifier les lignees clonales. Une utilite originale des elements transposables pour les etudes de populations a ete de reveler, par leur simple repartition, une barriere genetique entre especes crytiques. Ces marqueurs ont ete utilises pour etudier des populations naturelles de b. Cinerea. L'analyse de populations recoltees sur des vignobles de champagne et de colmar, et sur des plantes adventices des vignes de champagne, ont revele l'existence d'une grande diversite genetique. Elles montrent egalement que b. Cinerea n'est pas la population asexuee, sans structure ni specialisation, que l'on imaginait. Il existe un brassage genetique frequent, et b. Cinerea est en fait un complexe d'especes. Deux especes cryptiques sympatriques ont ete identifiees, b. Transposa et b. Vacuma, chacune presentant vraisemblablement des differences ecologiques. L'evolution du pourcentage de chacune des especes au cours de l'annee et les differences de frequences de resistance aux fongicides, suggerent que b. Transposa serait mieux adaptee a l'infection de la vigne que b. Vacuma. Il est discute de la possibilite de l'apparition de b. Transposa et b. Vacuma par speciation sympatrique due a une selection disruptive. Seule la population recoltee sur les grains nobles de la region bordelaise avait une tres faible diversite, et est issue de reproduction clonale.

Une analyse des aptitudes specifiques a la combinaison avec 4 testeurs a ete realisee sur 119 populations de tournesol cultive provenant de 18 origines differentes. Le rendement en grain, la teneur en eau du grain a la recolte et la teneur en huile du grain ont ete mesures. Pour 39 de ces populations, 9 systemes enzymatiques polymorphes ont ete etudies. Le polymorphisme rapd revele par 3 amorces a ete determine pour 9 populations. L'etude de la structuration des polymorphismes agronomiques et moleculaires montre un regroupement des populations correspondant a leurs origines. Trois groupes de combinaison ont ete mis en evidence. L'etude comparee du polymorphisme des caracteres agronomiques et des caracteres moleculaires nous a permis d'identifier les marqueurs moleculaires les plus informatifs des asc. Ce sont les systemes enzymatiques mdh, aco, got et les bandes rapd opj14-2280, opj14-1680, opj14-1300, opj19-1060 et opj19-510. Dans une etape de validation des resultats, nous avons reparti 17 populations de tournesol cultive en 2 groupes complementaires a partir de leurs profits enzymatiques. L'etude de leur asc en croisements avec 5 testeurs a montre un regroupement des populations correspondant aux 2 groupes pre-etablis pour 2 caracteres agronomiques: le rendement en grain et la teneur en huile a la recolte

Le suivi du recrutement sur la zone de banyuls-sur-mer depuis 5 ans (1994-1998) montre des variations importantes d'intensite. L'objectif de notre travail etait de voir si ces variations du recrutement ont une influence sur la structuration genetique d'une population se traduisant par des variations genetique entre cohortes. Au niveau ecologique, la population de banyuls-sur-mer s'est distinguee par : (i) une structure demographique composee d'individus ages de 0 a 17 ans avec plus de 98% des individus appartenant aux 10 premieres classes d'age dont les effectifs sont tres variables, (ii) une croissance individuelle stable d'une cohorte a l'autre, sauf pour la cohorte 94, (iii) un sex-ratio stable en fonction de l'age ou de la longueur des poissons. L'approche genetique montre qu'il n'existe pas de relation genotype - phenotype avec le facteur croissance. En revanche, une inversion dans les desequilibres en heterozygotes entre les individus ages males et femelles suggere un determinisme genetique du sexe. Au niveau de la population de banyuls-sur-mer, une faible differenciation (f s t = 0,002) existe entre les cohortes. L'analyse de la differenciation des cohortes pendant le recrutement montre un f s t plus fort (de 0,01) et une diminution des deficits en heterozygotes. Cette differenciation tend a diminuer lorsque les prelevements sont realises plusieurs mois apres le recrutement. Ces resultats ainsi que la presence de deficits en heterozygotes suggerent que la differenciation entre les cohortes trouve son origine dans les phases pre-recrutement (phase larvaire, de colonisation et d'installation benthique). Tout se passe comme si les cohortes etaient tres differentes a la colonisation et s'homogeneisaient pendant les premiers mois suivant le recrutement. Nos resultats montrent que l'homogeneisation est induite par une selection unidirectionnelle en faveur des heterozygotes intervenant apres la phase de recrutement se traduisant par une reduction des desequilibres en heterozygotes et une augmentation de l'heterozygotie. Finalement, cette differenciation entre cohortes s'exprime egalement sur la structuration spatiale. Nos resultats montrent qu'un echantillonnage ne prenant pas en compte la differenciation spatiale entre les cohortes tend a sous-estimer la differenciation entre deux sites.

En afrique de l'ouest, l'oignon occupe le 2#e rang des productions maraicheres apres la tomate. Les contraintes de production de l'oignon dans cette zone sont d'ordre a la fois varietal, semencier, cultural, parasitaire, et socio-economique. Les populations locales d'oignon constituent des sources d'adaptation et de tolerance aux contraintes de l'environnement; elles sont menacees de disparition du fait de l'introduction de varietes etrangeres a tres haut rendement. Des populations locales d'oignon (40 echantillons) ont ete collectees dans 6 pays de l'afrique de l'ouest et soumises a la fois a une evaluation agromorphologique (production, capacite de conservation, floraison precoce. . . ) par des procedures multivariees et a une etude de la diversite par les allozymes. Le probleme de la montee a graines precoce des varietes d'oignon en afrique de l'ouest a ete aborde. La diversite agromorphologique permet une structuration des populations en trois groupes distincts. Par contre, la distribution allelique des isozymes s'est revelee aleatoire dans l'ensemble du materiel vegetal etudie. Ces resultats sont examines dans une perspective de creation de core collection. Un controle genetique de la floraison precoce a ete montre. L'impact de l'ensemble de ces donnees sur l'utilisation et la conservation des ressources genetiques des populations locales d'oignon dans les programmes d'amelioration a ete discute

Stepska višnja (Prunus fruticosa  Pall.)  je autotetraploidna vrsta (FFFF, 2n = 4x = 32) koja se prema taksonomskom položaju svrstava u familiju  Rosaceae,  rod  Prunus. Ova vrsta  pripada sekciji  Eurocerasus  u koju se pored nje ubrajaju još i trešnja (Prunus avium  L.)  i višnja (Prunus cerasus  L.). Stepska višnja i trešnja su među najranijim derivatima roda  Prunus, dok je višnja nastala kroz proces prirodne hibridizacije između ove dve vrste nekoliko puta u toku istorije.  Utvrđivanje nivoa diverziteta među biljnim  materijalom  koji  se  koristi  u  oplemenjivačkom radu  je  od  izuzetne  važnosti  za unapređenje  agronomskih svojstava bilo  koje  biljne  vrste.  Jedan od prvih koraka u istraživanju nivoa diverziteta jeste morfološka karakterizacija germplazme.  Nasuprot ovom tipu markera nalaze se molekularni markeri kojima se detektuju razlike na nivou DNK. Cilj ovog rada je bio ispitivanje inter-  i  intrapopulacione varijabilnosti stepske  višnje (P.  fruticosa) upotrebom fenotipskih, mikrosatelitskih i SNP markera, a dobijeni rezultati će olakšati i ubrzati oplemenjivački proces trešnje i višnje. Fenotipska svojstva su ispoljila visok nivo varijabilnosti prevashodno za kvantitativne markere, dok je nešto niži stepen varijacija uočen kod kvalitativnih karaktera, a potpuno odsustvo varijabilnosti je uočeno samo u  svojstvu prisustva lisnih žlezda. Populacije stepske višnje su pokazale visok nivo polimorfizma unutar i između populacija primenom mikrosatelitskih markera, a broj detektovanih alela u okviru lokusa se kretao od 2 (BPPCT022, UDP-018) do 11 (BPPCT034). Varijabilnost na nivou sekvenci DNK u okviru populacija vrste  P.  fruticosa je visoka, ovo je potvrđeno analizom 170256 SNP markera. Populacije stepske višnje na nivou sva tri tipa markera  su pokazale visok stepen varijabilnosti kada se govori o svim analiziranim lokalitetima kao jednoj populaciji, dok je ona bila nešto niža između jedinki na jednom lokalitetu. Bujnost kao fenotipska karakteristika pokazala je značajan nivo vezanosti za dva SNP markera Primenom generalnog linearnog modela (General Linear Model,  GLM) u asocijativnom mapiranju genoma stepske višnje otkriven  je značajan nivo vezanosti između pojedinih SNP markera i ispitivanih fenotipskih karakteristika na hromozomu 7 (S7_8740459) i na hromozomu 8 (S8_6142814). Stepska  višnja kao divlji srodnik vrsta od velikog ekonomskog značaja kao što su trešnja i višnja može imati značajnu ulogu u njihovom unapređenju, a u ovom radu je potvrđeno da poseduje veliki diverzitet što je čini još značajnijom i potencijalnim izvorom nove varijabilnosti.
European ground cherry  (Prunus fruticosa  Pall.)  is autotetraploid species  (FFFF, 2n = 4x = 32) and belongs to Prunus genus and Rosaceae family. It is a part of  Eurocerasus section that also includes sweet cherry (Prunus avium  L.) and sour cherry (Prunus cerasus  L.). Sweet cherry and ground cherry are presumably early derivatives of ancestral Prunus while sour cherry arose from natural hybridization between these two species several times trough history. Determination of diversity is of great importance in every breeding program, and morphological characterization continues to be the first step for the description  and classification of that diversity. Other available tolls for measuring diversity among germplasm are molecular markers. Aim of this research was to determine level of inter-  and intrapopulation variability in European ground cherry (P.  fruticosa  Pall.)  using phenotypic, SSR and SNP markers to facilitate cherry breeding. Phenotype characteristics exhibited high level of variability especially for quantitative traits, while qualitative traits had shown lower level of variability. Only presence of leaf nectaries had absence of variability; all analyzed accessions had nectaries on their leaves. Microsatellite markers confirmed high variability between and within all analyzed populations of ground cherry. Number of alleles per markers ranged from 2 (BPPCT002 and UDP-018) to 11 (BPPCT034). Analysis of 170,256 SNP markers confirmed high level of variability in DNA sequences of P. fruticosa. All analyzed populations of ground cherry showed overall high level of variability using all types of markers, while variability was relatively lower within each population. Association study revealed significant level of association between several traits and SNP markers. Vigor as a trait of interest showed significant association with SNP on chromosome 7 (S7_8740459) and chromosome 8 (S8_6142814). European ground cherry as one of wild relatives of economically important fruit species, such as sweet and sour cherry, holds great potential in their improvement. Its high level of diversity, revealed in this research, provides additional source of variability and makes it valuable for breeding programs.

Une des plus anciennes cultures, l'oignon (allium cepa l. ), s'etant diversifiee tres tot, ses selections adaptees a la photoperiode, a la temperature et aux contraintes culturales se distribuent des latitudes les plus basses aux plus elevees. La bulbification ne se declenche qu'au-dela d'un seuil photoperiodique inherent au cultivar (cv). Dans le cadre de la conservation des ressources genetiques d'une collection de cv d'origines geographiques diverses, leur formation du bulbe (precocite a bulbifier et a murir), leur norme de reaction face a nos pratiques culturales (date de semis, densite de culture) et leurs caracteristiques morphologiques sont observees sous notre latitude (versailles, 49#o9n). Les variabilites inter et intravarietales, par l'etude du polymorphisme enzymatique, sont analysees chez les cv les plus representatifs. Pour ameliorer les conditions culturales, cinq varietes francaises (3 hybrides f#1 et 2 varietes-populations) d'une gamme de precocite etendue (cv de semis d'automne et de printemps) sont etudiees a des dates de semis et a des densites de culture variables. La regulation photoperiodique de la bulbification est particulierement analysee sur une variete cultivee en conditions controlees. Un dispositif factoriel a trois composantes (photoperiode, temps de croissance prealable en jours courts et duree d'exposition aux jours longs inducteurs) est mis en place afin d'etudier l'impact des conditions environnementales et la reponse a la duree de l'induction sur la bulbification

Nous avons étudié le développement, la phénologie, la démographie et la diversité génétique de Cyperus esculentus (souchet comestible), espèce pérenne clonale invasive des cultures basses de Haute Lande, dans le sud-ouest français, afin de comprendre sa capacité colonisatrice et ainsi élaborer des propositions de gestion dans le cadre d'un système de lutte intégrée.
La capacité colonisatrice de C. esculentus dans les cultures de Haute Lande résulte (1) d'un développement végétatif important du système souterrain de l'espèce, associant exploration du milieu grâce aux rhizomes et multiplication grâce aux tubercules, les seuls organes qui permettent le passage de la mauvaise saison, (2) des pratiques culturales locales qui répondent à l'ensemble des besoins de l'espèce en eau (irrigation), en luminosité (cultures basses, de faible stature) et en l'absence d'espèces compétitrices (gestion efficace des autres adventices). Les analyses génétiques ont montré la faible diversité génétique et la structuration spatiale des populations échantillonnées. Nous avons pu mettre en évidence des phénomènes d'introductions multiples à partir d'une unique source, ainsi qu'une dispersion intra-régionale liée aux activités anthropiques de type agricole. Dans le contexte d'une gestion de l'espèce, la faible diversité génétique de C. esculentus permet de supposer une réponse homogène aux techniques de lutte envisagées et les modes de dispersion identifiés indiquent la nécessité d'une prophylaxie renforcée. Les analyses phénologiques et démographiques réalisées en terrain nu et sous couvert végétal et à différentes dates de levée ont permis de mettre en évidence la sensibilité de l'espèce à la compétition, surtout pour la lumière, et à un retard de levée : la production finale de tubercules est fortement réduite comparativement à une levée printanière classique en milieu ouvert. Cependant, en raison notamment des modifications de patrons d'allocation des ressources lorsque la levée est retardée, la tubérisation n'est jamais complètement éliminée par l'une ou l'autre de ces techniques et reste suffisante pour assurer le maintien sinon l'expansion de l'infestation.
L'ensemble des connaissances acquises au cours de ce travail nous a permis (1) de proposer un indicateur de développement afin de déclencher les interventions avant l'initiation de la tubérisation et (2) de modéliser le cycle de développement de C. esculentus afin de prévoir l'impact des itinéraires techniques à envisager pour lutter efficacement contre l'espèce.

Les resultats presentees dans cette etude sont basees a la fois sur des experiences de capture-recapture effectuees en guyane francaise, et sur l'utilisation de marqueurs genetiques (microsatellites et cytochrome b) chez deux especes de marsupiaux didelphides : didelphis marsupialis et philander opossum. Les didelphides representent une des composantes les plus importantes de la faune neotropicale. De plus, leur position systematique, au sein des mammiferes et egalement des marsupiaux, en fait des modeles d'etudes particulierement interessants car ils representent un modele original d'organisation mammalienne. Les domaines vitaux se chevauchent largement entre les individus, avec toutefois un recouvrement moindre entre femelles qu'entre males. Le renouvellement de la population est tres important, quasiment 100% en un an, pour les deux especes. Peu de jeunes marques dans les poches marsupiales sont recaptures une fois adultes sur la zone d'etude. Pour les deux especes il existe : une saisonnalite basee sur des disponibilites en nourriture et une strategie de reproduction de type r. Les marqueurs genetiques ont montre qu'il existait une reproduction de type polygyne chez p. Opossum. Il existe de plus, une importante tendance a la polyandrie chez p. Opossum et d. Marsupialis avec jusqu'a environ 30% et 50% de multiple paternite chez ces deux especes respectivement. Nos deux especes presentent une structuration de population avec une grande variabilite intra-population et une faible differentiation inter-population correlee a d'importants flux geniques. Les reconstructions phylogenetiques, effectuees tant sur les microsatellites que sur le cytochrome b, ont permis de mettre en evidence l'existence d'un clade guyanais et de souligner la particularite de la zone de cayenne. Cette region aurait pu etre isolee du continent au cours des transgressions marines passees, qui auraient separe les populations continentales et insulaires. Ces donnees montrent que ces deux especes, tres proches phylogenetiquement, presentent d'importantes similarites quant a leur organisation spatiale, leur strategie et mode de reproduction et leur genetique de population. Elles presentent egalement une des structures sociales les moins complexes parmi celles pouvant etre rencontrees chez les mammiferes.