Дисертації з теми "Fonctions moléculaires"
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Guindi, Chantal. "Mécanismes moléculaires conférant aux cellules dendritiques leurs fonctions tolérogènes." Thèse, Université de Sherbrooke, 2013. http://hdl.handle.net/11143/6656.
Анотація:
Le diabète de type 1 (DT1) est une maladie auto-immune très répandue dans les pays industrialisés. Cette pathologie résulte d'un dérèglement du système immunitaire qui s'attaque aux cellules bêta du pancréas. Au laboratoire, nous utilisons la souris NOD (non obèse diabétique), une souche de souris qui développe de façon spontanée un DT1 similaire à celui retrouvé chez l’homme. Chez la souris NOD, les cellules dendritiques (DCs) sont impliquées dans le bris de la tolérance. Nous avons démontré auparavant que l'injection de GM-CSF permet de générer de cellules dendritiques semi-matures empêchant le développement du DT1 chez la souris NOD. Nous nous sommes ensuite intéressés au mécanisme d'action du GM-CSF. Nous voulions savoir si le GM-CSF affectait les cellules souches au niveau de la moelle osseuse ou s’il affectait les DCs déjà différenciées. Nous avons donc généré des DCs à partir de la moelle osseuse de souris traitées ou non au GM-CSF et nous avons démontré que le GM-CSF affectait directement les cellules souches de la moelle osseuse. Les DCs obtenues de souris traitées au GM-CSF restent dans un état semi-mature et produisent plus d'IL-10 que les DCs obtenues de souris non traitées. Par la suite, nous avons développé un modèle in vitro permettant de générer des DCs similaires à celles retrouvées chez les souris traitées au GM-CSF. Ces DCs ont été dérivées de la moelle osseuse et cultivées avec une faible concentration de GM-CSF (GM/DCs) et ensuite caractérisées comme étant des DCs tolérogènes (tDCs). Ces tDCs ont un phénotype semi-mature et produisent beaucoup de cytokines anti-inflammatoires. Nous avons ensuite étudié les mécanismes moléculaires qui permettaient d'expliquer les différences observées entre les GM/DCs et les DCs immunogènes générées en présence d'IL-4 et de GM-CSF (IL-4/DCs). Nous avons démontré que les protéines composant les complexes NF-?B sont p52/p65 chez les GM/DCs et p52/p65 et p52/RelB chez les IL-4/DCs. De plus, la sous-unité p65 est préférentiellement recrutée au niveau du promoteur de l’IL-10 chez les GM/DCs tandis qu’on la retrouve sur le promoteur de l'IL-12p35 chez les IL-4/DCs. Nous avons démontré qu’une phosphorylation soutenue de ERK1/2 est responsable de la production d'IL-10 en induisant la liaison à l’ADN du facteur de transcription AP-1. Par la suite, nous avons démontré pour la première fois que le facteur de transcription C/EBPß liait l’ADN chez les GM/DCs. L'utilisation de souris déficientes en C/EBPß nous a permis de démontrer que C/EBPß était essentiel pour la résistance à la maturation des GM/DCs. De plus, nous avons démontré que p38 est essentiel à la production d'IL-10 ainsi que pour la synThèse de C/EBPß. La liaison à l’ADN de C/EBPß est dépendante de la GSK3, une enzyme qui peut être inhibée par la PI3K. Nous avons montré que l’utilisation d'inhibiteurs contre la PI3K n'affectait pas la maturation des GM/DCs, mais qu'elle modulait leur production de cytokines. Lorsque la PI3K est inhibée, les GM/DCs produisent de l’IL-23 et de l’IL-6 en plus d'acquérir la capacité de convertir les T naïfs en Th17 . En somme, nous identifions des mécanismes moléculaires clés contrôlant les fonctions tolérogènes des DCs.
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Mazière, Pierre. "Les fonctions biologiques moléculaires : représentation et modélisation des connaissances." Montpellier 1, 2004. http://www.theses.fr/2004MON13520.
Анотація:
Avec l'évolution des sciences du vivant, divers aspects ont été rattachés à la. Notion de fonctions biologiques. Depuis les fonctions anatomiques des organes jusqu'aux réactions chimiques catalysées par des enzymes, un même terme désigne encore aujourd'hui des propriétés n'appartenant pas aux mêmes échelles d'observation. Le flou introduit par cette hétérogénéité transparaît au travers des nombreuses bases de connaissance apparues ces dernières années. La représentation, des propriétés fonctionnelles des, molécules du vivant combine différentes méthodes dans l'objectif de décrire l'ensemble des aspects liés à la notion de fonctions biologiques. Pour autant, même combinées les unes aux autres, aucune ne parvient réellement à retranscrire la connaissance présente dans la littérature scientifique. Il en résulte une faible capacité à exploiter ces informations dans le cadre de travaux réalisés à grande échelle, tels que ceux rendus possibles par l'avènement des technologies dites à haut-débit. Si les approches analytiques ont permis d'élucider le fonctionnement de certains mécanismes biologiques en détaillant les propriétés fonctionnelles des molécules qui les réalisent, elles semblent demeurer inefficaces dans le cadre de l'intégration de ces mécanismes au sein, d'un système biologique complexe telle que la cellule. Après une revue des différents aspects se cachant derrière le terme fonctions biologiques, ce document s'attache à montrer la nécessité d'un changement de paradigme dans le but d'améliorer la retranscription des connaissances fonctionnelles 'associées à un système biologique comme la cellule. Au point de vue analytique, posant la question "de quoi est fait un système biologique ?", il semble intéressant de substituer le point de vue systémique: "que fait un système biologique ?". La concrétisation de cette évolution est illustrée par la présentation de deux composants importants du projet SiliCell dont l'objectif, à terme, est de mettre en place un environnement de simulation des processus biologiques à l'échelle moléculaire et cellulaire: Biopsi : ce formalisme est proposé comme un complément à certaines méthodes utilisées actuellement pour décrire la connaissance liées aux processus biologiques. Biopsi est basé sur un ensemble fini d'actions élémentaires dont la combinaison permet de reconstituer la complexIté des processus biologiques. La connaissance fonctionnelle ainsi retranscrite est conciliable avec une exploitation directe des informations, en particulier par des outils informatiques. Deux exemples illustrent les possibilités de traitement rendus accessibles par l'utilisation de Biopsi : la comparaison de la répartition des actions élémentaires utilisées par des organismes de stade' évolutif différent; et la comparaison fonctionnelle du cycle de Krebs tel qu'il est réalisé dans divers organismes. SiliBase : cette base de connaissance met l'accent sur la description des processus biologiques liés aux entités moléculaIres permettant les mécanismes du vivant. Elle exploite les propriétés d'organisation des connaissances fonctionnelles offertes par Biopsi et met en place plusieurs concepts permettant de valoriser les informations qu'elle présente.
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Gaugain, Claire. "Exploration bioinformatique des relations entre mécanismes moléculaires et fonctions cellulaires." Phd thesis, Université Victor Segalen - Bordeaux II, 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00417346.
Анотація:
L'intégration des données biologiques est un des principaux défis de la bioinformatique aujourd'hui. La mise à disposition de quantités importantes de données concernant tous les niveaux d'organisation de la cellule, nécessite la mise en place de stratégies d'intégration pour rassembler toutes ces données, et ainsi mieux comprendre le fonctionnement de la cellule. Nous nous sommes intéressés à l'exploitation du concept de voisinage pour représenter et intégrer des données biologiques. Dans un premier temps, notre travail met l'accent sur l'importance du choix de la représentation pour mener une intégration efficace. Notre étude sur la représentation du métabolisme a montré que les modes élémentaires sont une alternative pertinente à la représentation classique sous forme de voies métaboliques. De plus, les modes élémentaires nous ont permis de trouver des routes métaboliques utilisées par la cellule en réponse à divers stress. Nous avons également exploité le voisinage dans une perspective de génomique comparative. Nous avons cherché à déterminer si le voisinage d'expression peut être une signature pour les gènes, et s'il peut être utilisé pour caractériser des gènes en établissant des équivalences entre des génomes (orthologues ou gènes fonctionnellement similaires). Les résultats présentés confirment l'intérêt de l'exploration du voisinage, des gènes et de leur produit, pour intégrer des données hétérogènes. L'efficacité de cette exploration est fortement liée au choix de la représentation des connaissances.
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Gaugain, Claire. "Exploitation bioinformatique des relations entre mécanismes moléculaires et fonctions cellulaires." Bordeaux 2, 2007. http://www.theses.fr/2007BOR21461.
Анотація:
L'intégration des données biologiques est un des principaux défis de la bioinformatique aujourd'hui. La mise à disposition de quantité importante de données concernant tous les niveaux d'organisation de la cellule, nécessite la mise en place de stratégies d'intégration pour rassembler toutes ces données, et ainsi mieux comprendre le fonctionnement de la cellule. Nous nouds sommes intéressés à l'exploitation du concept de voisinage pour représenter et intégrer des données biologiques. Dans un premier temps, notre travail met l'accent sur l'importance du choix de la représentation pour mener une intégration efficace. Notre étude sur la représentation du métabolisme a montré que les modes élémentaires sont une alternative pertinente à la représentation classique sous forme de voies métaboliques. De plus, les modes élémentaires nous ont permis de trouver des routes métaboliques utilisées par la cellule en réponse à divers stress. Nous avons également exploité le voisinage dans une perspective de génomique comparative. Nous avons cherché à déterminer si le voisinage d'expression peut être une signature pour les gènes, et s'il peut être utilisé pour caractériser des gènees, en établissant des équivalences entre des génomes (orthologues ou gènes fonctionnellement similaires). Les résultats présentés confirment l'intérêt de l'exploration du voisinage, des gènes et de leur produit, pour intégrer des données hétérogènes. L'efficacité de cette exploration est fortement liée au choix de la représentation des connaissancesBiological data integration is one of the major challenge in bioinformatics today. The availability of amounts of data concerning all the level of cell organisation, requires strategies of integration to bring together these data and thus better understand how the cell works. We have focused our work on the use of the concept of neighbourhood in order to represent and integrate data. First, our work emphasizes the importance of the choice of data representation for an efficient integration. Our study on metabolism representation shows that elementary modes are a relevant alternative to the classical representation of metabolism as metabolic pathways. Moreover, elementary modes have enabled us to find metabolic routes used by the cell in response to stressed. We have also used the neighbourhood in a new angle, the one of comparative genomics. We tested if expression neighbourhood of genes (set of genes with close expression profiles) can be a signature for genes, and if it can be used to define functional similarities between genes from different organisms. The work presented here, shows the interest of the exploration of gene and protein neighbourhood in order to integrate heterogeneous data. The efficiency of this exploration is highly related to the choice of knowledge representation
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Asselin-Mullen, Patrick. "Caractérisation des fonctions moléculaires des isoformes de NudCD1 dans le cancer." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2017. http://hdl.handle.net/11143/11504.
Анотація:
Le cancer est la cause principale de décès chez les canadiens. Cette maladie est
souvent caractérisée par des surexpressions, des sous-expressions et des mutations chez
certaines protéines clés. NudCD1 est un gène ayant été identifié lors de la dernière
décennie comme possédant une forte expression chez des patients atteints de leucémie
myéloïde chronique. La protéine issue de ce gène n'est normalement exprimée qu'au niveau
des tissus sains testiculaires et cardiaques, elle est cependant surexprimée dans différents
cancers. La forte expression de NudCD1 est associée avec des phénotypes tumoraux,
possiblement agissant sur l'activation d'IGF1R qui permettrait les phosphorylations
subséquentes des voies de signalisation passant par AKT et ERK1/2. Le gène de NudCD1
est constitué de 12 exons pouvant être épissés alternativement de manière à produire 3
différentes isoformes. Ces isoformes possèdent une région C-terminale commune de 492
acides aminés et ont une région N-terminale spécifique. Les isoformes 2 et 3 ne sont
présentement que peu caractérisées et leur rôle potentiel ou présence dans le cancer est
inconnu. Cette étude nous suggère que les différentes isoformes de NudCD1 possèdent
des fonctions différentes dans le cancer. L'expression de ces différentes isoformes a été
mesurée au niveau des transcrits d'ARNm ainsi qu'au niveau des protéines dans différentes
lignées cellulaires cancéreuses et non-cancéreuses, principalement de types colorectales.
NudCD1-1 est exprimée fortement au niveau transcriptionnel et protéique, l'isoforme 2
n'est pas exprimée dans les lignées cellulaires étudiées alors que la troisième isoforme est
présente faiblement au niveau d'ARNm chez la majorité des lignées étudiées. La stabilité
protéique des isoformes a également été mesurée et démontre que NudCD1-2 et NudCD1-3
sont dégradées rapidement par le protéasome. L'observation microscopique des isoformes
par immunofluorescence a démontré que les isoformes n'ont pas la même localisation
cellulaire, la première étant principalement nucléaire, la deuxième majoritairement
cytoplasmique et la troisième est pancellulaire, Des expériences de spectrométrie de masse
en tandem couplées à la méthode de quantification SILAC ont démontré l'interaction entre
la protéine NudCD1-1 et DHX15. Ces mêmes expériences ont montré que NudCD1-2
pourrait interagir au niveau du cytosol avec HSP90 dans la réponse aux chocs thermiques
et le mouvement nucléaire alors que NudCD1-3 pourrait également agir avec ces protéines
en plus de jouer un rôle dans la transcription. L'interaction NudCD1-1 et DHX15 suggère
que la protéine pourrait agir au niveau du spliceosome ainsi que la transcription afin de
médier l'activation d'IGF1R pour mener au phénotype tumoral. Ces résultats suggèrent que
les différentes isoformes ont des fonctions différentes dans la cellule, mais ne sont pas
toutes impliquées dans le cancer, en plus d'approfondir les connaissances sur l'action de
NudCD1-1 dans le cancer.
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Cluzel-Grangeasse, Caroline. "Caractérisation et fonctions des domaines moléculaires de l'aminopropeptide d'un collagène fibrillaire d'oursin." Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO1T220.
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Sarkissian, Gaïané. "Récepteur C-ErbA bêta des hormones thyroïdiennes : expression, fonctions, pathologies moléculaires associées." Aix-Marseille 2, 1999. http://theses.univ-amu.fr.lama.univ-amu.fr/1999AIX20665.pdf.
Анотація:
Les hormones thyroïdiennes (HT) agissent principalement par l'intermédiaire de récepteurs nucléaires qui sont les produits homologues de deux gènes c-erb Aα et c-crb Aβ. Nous nous sommes particulièrement intéressée aux récepteurs de type β (TRβ). Le syndrome de résistance aux hormones thyroïdiennes (RHT) est associé à la présence de mutations de TRβ. Nous avons recherché des mutations chez des patients atteints de ce syndrome et identifié seize mutations différentes dans 22 familles. Huit de ces mutations étaient nouvelles et six d'entre elles ont fait l'objet d'une étude des altérations fonctionnelles du TRβ muté produit in vitro par mutagénèse dirigée. Nous avons mis en évidence une nouvelle région de mutations dans TRβ (Q374K, R383C) et montré qu'il était possible de dissocier l'effet dominant négatif des TR mutés de leur capacité à s'hétérodimériser avec RXR (1280V). La mutation T329N est associée à un phénotype inhabituel dans les RHT. Une autre mutation (V444A) est par contre associée à un état d'hypersensibilité aux HT. Les caractéristiques fonctionnelles du Trβ muté sont en accord avec la symptomatologie du patient et étayent l'hypothèse d'une hypersensibilité constitutionnelle aux HT. Par ailleurs, dans la lignée préadipocytaire Ob17, qui requiert T3 pour se différencier en culture, nous avons mis en évidence une expression transitoire de TRβ à un stade précoce de la différenciation. Cette expression est concomitante à, ou précède, celle d'autres marqueurs de l'adipogenèse qui ne se produit pas en son absence. Ceci suggère fortement l'implication de TRβ dans la transition préadipocyte-adipocyte. Les résultats obtenus ont apporté un certain nombre d'informations concernant l'existence de nouvelles mutations associées à des pathologies avec troubles de sensibilité aux HT et les particularités d'altérations fonctionnelles, en particulier dans le cadre d'effet dominant négatif exercé par les TR mutés. L’existence d'un rôle spécifique de l’isoforme TRβ est étayée.
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Mafra, Lopes Junior Osvaldo. "Retrouver les structures de Lewis à partir des fonctions d'onde." Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066581.
Анотація:
La difficulté pour interpréter les résultats issus de la mécanique quantique est toujours un souci pour les chimistes. Plusieurs méthodes ont été proposées pour extraire, à partir de fonctions d'onde, des images permettant au chimiste de mieux comprendre la structure électronique et les propriétés des molécules et des cristaux. C'est dans cette famille des méthodes interprétatives que rentre la méthode MPD développée au cours de cette thèse, qui consiste à chercher des domaines de l'espace pour lesquels la probabilité de trouver un nombre donné d'électrons est maximale. Cette recherche est un problème d'optimisation, qui exige le développement d'algorithmes d'optimisations adaptés. Dans un premiers temps un algorithme simple d'optimisation discrète a été utilisé. Cet algorithme ne s'est pas avéré suffisamment efficace. Un nouvel algorithme, basé sur la définition d'une direction de montée, a alors été implémenté, se montrant beaucoup plus efficace et précis. Le programme écrit a permis d'explorer les potentialités interprétatives de la méthode MPD dans un certain nombre de systèmes modèles, pour des fonctions de type Hartree-Fock. La méthode MPD a fourni des résultats satisfaisants dans la recherche de domaines associés à des liaisons covalentes et aux paires libres des atomes, et a permis de trancher entre les deux principales images proposées pour la liaison à trois électrons. Quelques limites de la méthode et des questions ouvertes ont été mises en évidence lors des applications, et discutées, notamment les questions de multiplicité de solutions et de la répartition de l'espace entre ces solutions.
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Defranceschi, Mireille. "Détermination de fonctions d'onde moléculaires dans l'espace des impulsions : de H₂ à HN (N=∞)." Paris 11, 1985. http://www.theses.fr/1985PA112349.
Анотація:
Cette thèse présente une résolution numérique itérative des équations de HF type SCF ou MC SCF décrivant un système chimique dans l’espace des impulsions. La méthode d’obtention de ces équations et les algorithmes numériques de résolution sont donnés dans le cas général puis sont appliqués à H₂, H₃, Li₂, (H)n (n = ∞ : chaîne linéaire). Cette méthode a permis d’obtenir pour la première fois des fonctions d’onde numériques de molécules de plus de deux atomes ; Les fonctions d’onde obtenues sont indépendantes du choix des fonctions d’essai qui, en respectant la symétrie du problème, peuvent être aussi simples que possible : le résultat du processus itératif met en jeu implicitement les fonctions de base qui interviendront dans la description du système, sans les avoir postulées au départ. Les foncions ont été utilisées pour l’étude de cartes de densité d’impulsions et le tracé de profils Compton théoriques. En conclusion sont suggérés quelques développements et applications possibles.
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Charrin, Bénédicte. "La huntingtine et les moteurs moléculaires : fonctions dans le trafic intracellulaire et la mitose." Paris 11, 2006. http://www.theses.fr/2006PA11T020.
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Moussard, Hélène. "Analyses moléculaires de la diversité et des fonctions de micro-organismes incultivés des sources hydrothermales profondes." Brest, 2006. http://www.theses.fr/2006BRES2029.
Анотація:
Nos connaissances de la diversité des communautés microbiennes marines ont longtemps été restreintes aux informations précieuses, mais incomplètes, issues de l’utilisation de méthodes de culture. Lors de cette étude, des techniques moléculaires (PCR, clonage, séquençage, hybridation, construction d’une banque métagénomique) et des marqueurs génétiques [ARNr 16S, gènes codants pour des enzymes spécifiques de la voie inverse du cycle tricarboxylique (acIB, oorA)] ont été utilisés pour contourner les limites inhérentes aux méthodes de culture et accéder à la diversité spécifique ainsi qu’aux fonctions des micro-organismes incultivés des sources hydrothermales profondes. Ce travail de recherche a permis de : -confirmer l’importance écologique des epsilon-Proteobacteria dans l’écosystème hydrothermal profond, notamment dans les processus de colonisation de surfaces vierges exposées aux fluides hydrothermaux. – de mettre au point une sonde oligonucléotidique spécifique des epsilon-Proteobacteria permettant de les quantifier et de les observer dans un échantillon environnemental. – de montrer la présence de bactéries Arcobacter-like vraisemblablement sulfo-oxydantes et qui seraient impliquées dans la formation d’un biofilm filamenteux contenant essentiellement du soufre. – Et d’obtenir via l’approche métagénomique, les premiers fragments génomiques d’Archea incultivées hydrothermales. Grâce à l’utilisation combinée de différentes approches moléculaires, ce travail a apporté un nouvel éclairage sur la diversité des communautés microbiennes de l’écosystème hydrothermal marin profondOur knowledge of the diversity of marine microbial communities has long been restricted to the precious but incomplete information generated by the culture-based methods. In this study, molecular techniques (PCR, cloning, sequencing, hybridization, metagenomics library construction and genetic markers [16S rRNA, genes coding for enzymes specific to the reverse tricarboxylic acid cycle (acIB, oorA)] were used to circumvent the limits inherent to cultivation methods, and to obtain a more realistic view of the specific and functional diversity of the deep-sea hydrothermal vent microbial communities. This research allowed (i) to confirm the ecological significance of free-living epsilon-Proteobacteria at deep-sea hydrothermal vents, especially during in-situ colonization experiments (this study provides the first example of the prevalence and ecological significance of free-living Arcobacter-like at deep-sea hydrothermal vents, which are supposed to be sulfo-oxidizing bacteria involved in filamentous sulphur formation, (ii) to design and validate a 16S rRNA oligonucleotide probe targeting most of the epsilon-Proteobacteria found in hydrothermal systems, (iii) to obtain the physiology of yet uncultured groups of archea from deep-sea hydrothermal vents using metagenomics. By the combined use of variety of molecular approaches this work enlarges our view of the diversity of microbial communities in deep-sea hydrothermal vents
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Vellutini, Luc. "Auto-organisation de silices hybrides contenant des fonctions urées." Montpellier 2, 2002. http://www.theses.fr/2002MON20142.
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Polay, Espinoza Micaela. "Fonctions moléculaires des hélicases ARN DDX5 et DDX17 dans la biologie du muscle dans un contexte sain et pathologique." Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00988051.
Анотація:
Les ARN hélicases DDX5 et DDX17 sont des protéines " multi-tâches ", elles sont impliquées dans de nombreuses étapes de la régulation du métabolisme des ARNs dont la transcription, l'épissage et la dégradation des ARNs. Lors de processus biologiques complexes tels que la myogénèse, les programmes d'expression génique sont profondément modifiés. Durant mon travail de thèse, j'ai contribué à montrer que DDX5 et DDX17 sont des protéines orchestratrices de la différenciation en coordonnant de manière directe et dynamique plusieurs niveaux de régulation génique. DDX5 et DDX17 contrôlent l'activité du facteur de transcription MyoD, régulateur majeur de la myogénèse ainsi que des microARNs spécifiques du muscle miR-1 et miR-206. Ceux-ci ciblent et régulent en retour l'expression de DDX5 et DDX17 mettant en place une boucle de rétro-contrôle négative induisant la diminution d'expression de ces deux protéines au cours de la différenciation. Enfin, cette diminution d'expression permet la mise en place d'un programme d'épissage participant à l'acquisition de phénotypes morphologiques des cellules différenciées. D'un point de vue mécanistique, il apparaît qu'un sous-groupe des événements d'épissage régulés durant la différenciation est contrôlé par la coopération de DDX5 et DDX17 avec le facteur d'épissage hnRNP H/F. D'autre part, DDX5 a aussi été impliqué dans un contexte pathologique du muscle. Cette hélicase interagit avec la mutation responsable de la Dystrophie Myotonique de type 1 (DM1). Durant ma thèse, j'ai produit des résultats préliminaires suggérant un rôle de DDX5 dans la mise en place des défauts d'épissage observés dans cette pathologie
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Levade, Marie. "Mécanismes moléculaires de la production et des fonctions plaquettaires : rôle de Vps34 et impact des inhibiteurs ciblés de kinases." Thesis, Toulouse 3, 2017. http://www.theses.fr/2017TOU30036.
Анотація:
Les plaquettes sanguines jouent un rôle essentiel dans le maintien de l'intégrité des vaisseaux sanguins. En cas de brèche vasculaire, elles conduisent à la formation d'un clou hémostatique via des étapes successives d'adhésion, sécrétion et agrégation finement régulées et préviennent alors un saignement excessif. Les plaquettes jouent également un rôle critique dans les pathologies thrombotiques comme l'athérothrombose, ce qui en fait des cibles pharmacologiques majeures dans ces situations. Au cours de ma thèse, deux axes de recherche ont été abordés : (i) l'étude du rôle de la PI3-kinase de classe III (Vps34) dans la formation et l'activation des plaquettes et (ii) l'étude de l'impact de nouvelles drogues ciblant les kinases en thérapie anti-cancéreuse sur les fonctions plaquettaires et l'hémostase. Dans un premier temps, je me suis concentrée sur la caractérisation du rôle de Vps34 et de son produit lipidique, le phosphatidylinositol 3 monophosphate (PtdIns3P), dans la physiologie plaquettaire à l'aide d'un modèle de souris présentant une délétion de Vps34 spécifiquement dans la lignée mégacaryocyte/plaquette (PF4-Cre/Vps34lox/lox). Nous avons observé une microthrombopénie modérée associée à un défaut de migration des mégacaryocytes ainsi que des anomalies morphologiques des granules de sécrétion. Ce phénotype apparaît lié à une diminution de taux de PtdIns3P associé à un trafic vésiculaire perturbé. De plus, nous avons mis en évidence une altération des fonctions prothrombotiques des plaquettes, ex vivo en conditions de flux mais aussi in vivo en conférant aux souris une protection contre la thrombose induite à la carotide par lésion au chlorure ferrique. La contribution de Vps34 dans les mécanismes d'activation plaquettaire, indépendamment de son rôle dans le mégacaryocyte, a été montrée ex vivo via l'utilisation de nouveaux inhibiteurs spécifiques de Vps34 (SAR405 et INH1) récemment développés pour une application en oncologie, notamment pour réduire la résistance de certains cancers aux chimiothérapies. Dans un second temps, je me suis intéressée à l'impact des nouvelles thérapies ciblées anticancéreuses sur les plaquettes afin de comprendre la majoration du risque hémorragique associée à ces molécules. Nous avons étudié l'effet de l'ibrutinib, un inhibiteur des tyrosine-kinases de la famille BTK activées en aval des PI3-kinases de classe I, utilisé en clinique dans le traitement des hémopathies lymphoïdes B (lymphomes et leucémie lymphoïde chronique). L'exploration des fonctions plaquettaires au sein d'une cohorte de patients du service d'hématologie du CHU-Toulouse a permis de corréler les signes hémorragiques de certains patients traités par ibrutinib avec un défaut de signalisation plaquettaire en aval des récepteurs GPVI et GPIb, se traduisant par une diminution de l'agrégation au collagène et au CRP et par un défaut d'adhésion sur matrice de facteur von Willebrand en conditions de flux. En conclusion, mes travaux de thèse (i) apportent de nouvelles données fondamentales sur la participation de Vps34 dans les mécanismes de production et d'activation plaquettaires et (ii) ont permis de proposer des recommandations quant à l'utilisation clinique des nouvelles thérapies ciblées anti-cancéreusesBlood platelets play an essential role in the maintenance of vascular integrity. They prevent excessive blood loss after vessel injury by orchestrating haemostatic clot formation through successive steps of adhesion, secretion and aggregation. Platelets are also major pharmacologic targets as they participate in thrombotic pathologies such as atherosclerosis. My thesis work was focused on two axis: (i) the role of class III PI3-kinase (Vps34) in platelet formation and activation and (ii) the impact of new anticancer drugs targeting kinases on platelet functions and haemostasis. First, I studied the role of Vps34 and its lipid product, phosphatidylinositol 3 monophosphate (PtdIns3P), in platelet physiology using a unique mouse model of Vps34 deletion specifically in megakaryocyte lineage (PF4-Cre/Vps34lox/lox). We observed a moderate microthrombocytopenia associated to a defect in megakaryocyte migration and morphologic abnormalities in secretion granules. This phenotype is linked to a decrease in PtdIns3P level associated with defective vesicular trafficking. Moreover, PF4-Cre/Vps34lox/lox mice exhibit altered prothrombotic functions, ex vivo in shear conditions and in vivo by conferring a protection against ferric chloride-induced carotid thrombosis. A role for Vps34 in platelet activation, independently from its role in megakaryocyte, was shown ex vivo using two specific Vps34 inhibitors (SAR405 and INH1) recently developed to reduce autophagy-mediated resistance to chemotherapy. Secondly, I assessed the impact of new targeted drugs used in cancer therapy on platelets in order to understand the increased bleeding risk associated to these molecules. We studied the effect of ibrutinib, a specific inhibitor of BTK family tyrosine kinases recently approved for the treatment of B malignancies (mantle cell lymphoma, chronic lymphocytic leukemia). By exploring platelet functions of ibrutinib-treated patients treated from Hematology department of Toulouse, we correlated bleeding symptoms to a defective platelet signaling downstream GPVI and GPIb receptors as shown by a strongly reduced platelet aggregation in response to collagen and CRP and by a defect in platelet adhesion on von Willebrand matrix under flow conditions. In conclusion, my thesis work (i) brings fundamental insights about Vps34 contribution in mechanisms of platelet production and functions and (ii) allows recommendations about clinical use of new targeted molecules in cancer therapy
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Paul, Catherine. "Étude des mécanismes moléculaires à la base des fonctions anti-apoptotique et tumorigénique de la petite protéine de stress Hsp27." Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO10101.
Анотація:
En réponse à divers stress environnementaux, les cellules accumulent des protéines de stress ou Hsp. Leurs fonctions protectrices, lors de stress thermique ou oxydant, sont maintenant bien caractérisées. Récemment, une fonction anti-apoptique a été attribuée à Hsp27, sans aucun mécanisme connu pour cette fonction. Mon travail de thèse a consisté à étudier les mécanismes moléculaires à la base des fonctions anti-apoptique et tumorigénique de Hsp27. La fonction protectrice de Hsp27 lors de traitements oxydants ou apoptiques a tout d'abord été précisée, in vitro comme in vivo, et s'est révélée être importante dans certains cas pathologiques tels que l'asthme. Par ailleurs, une partie des mécanismes responsables, in vitro, de la fonction anti-apoptique de Hsp27 a été découverte. En effet, Hsp27 inhibe l'apoptose en amont de la sortie du cytochrome c des mitochondries. Ce mécanisme dépend, dans certains cas de la fonction protectrice des petits oligomères phosphorylés de Hsp27 sur le cytosquelette d'actine. De plus, Hsp27, alors présente dans les oligomères de grande taille, inhibe également l'apoptose en aval de mitochondries. Enfin, les fonctions anti-apoptique et tumorigénique de Hsp27 ont pu être démontrées in vivo au sein de tumeurs. Ces fonctions nécessitent la formation de grands oligomères de Hsp27 mais la régulation de cet état d'oligomérisation diffère in vivo et in vitro. Ces résultats permettent de mieux appréhender la fonction anti-apoptique de la protéine de stress Hsp27 et soulignent l'importance de la régulation de son état biochimique pour ses fonctions protectrices.
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Condé, Moustapha. "Composants optoélectroniques à microcavités verticales sur GaAs : technologies avancées pour de nouvelles fonctions." Toulouse 3, 2008. http://thesesups.ups-tlse.fr/411/.
Анотація:
Face à la diversification des domaines d'application en optoélectronique, les émetteurs lasers, dont les VCSELs, évoluent rapidement vers une plus grande capacité d'intégration, ainsi qu'un accroissement de leurs fonctionnalités. Ceci a pour conséquence une sophistication des structures et des géométries de ces composants, impliquant la levée de certains verrous technologiques. Ce travail de thèse porte, d'une part, sur la mise en place d'une méthodologie d'optimisation de la croissance, d'analyse et de diagnostic rapide intégrée au procédé d'épitaxie par jets moléculaires (uniformité, maîtrise des propriétés optiques) démontrée sur de nouvelles structures VCSEL à multicouche complexe. D'autre part, la technologie d'oxydation d'alliages GaAlAs a été étudiée. Ce procédé, appelé AlOx, a ouvert la voie à l'obtention de composants monomodes performants grâce au confinement électro-optique latéral efficace qu'il réalise. Dans le but d'une maîtrise ultime et d'une ingénierie fine de ce confinement, nous avons approfondi la compréhension des cinétiques d'oxydation, mis en place un four avec contrôle en temps réel du front d'oxydation, et étudié une nouvelle technique d'oxydation d'une couche enterrée GaAlAs à partir de la surface. Ce travail contribue au développement des technologies de structurations verticale et latérale dans les composants à microcavité verticale, qui visent à leur ouvrir de nouvelles performances et fonctionnalitésTo face up the increase in their application fields, laser emitters, including VCSELs, are moving rapidly towards greater integration capabilities, as well as diversified functionalities. Sophisticated structures and geometries for these devices are then mandatory, which implies overcoming first some technological limits. This thesis focuses, on the one hand, on the implementation of a methodology for optimizing molecular beam epitaxial growth from a rapid diagnostic method (uniformity, optical properties control) that can be applied to novel VCSEL structures with stacks of non-periodic layer. On the other hand, the wet GaAlAs oxidation technology is studied. This process, known as AlOx, opens the way for obtaining high-performance single-mode VCSELs through the resulting electro-optical lateral confinement. With the aim of an ultimate control and fine engineering for this confinement, the kinetics of oxidation is thoroughly investigated, an novel oven with a real-time in situ control of the oxidation front is presented, and a derived oxidation technique from the surface of a GaAlAs buried layer is demonstrated. This work contributes to the development of technologies for vertical and lateral structurations into vertical microcavity devices, opening up for VCSELs improved performances and new functionalities
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Higuet, Julien. "Études structurelles et dynamiques de systèmes atomiques ou moléculaires par génération d'harmoniques d'ordre élevé." Phd thesis, Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00555111.
Анотація:
La génération d'harmoniques d'ordre élevé en milieu gazeux est un phénomène décrit par un modèle à trois étapes: sous l'effet d'un champ laser intense, un atome (ou une molécule) est ionisé par effet tunnel. L'électron éjecté est par la suite accéléré dans le champ laser, avant de se recombiner sur son ion parent en émettant un photon XUV. D'abord utilisée dans le but de développer des sources de rayonnement secondaire dans le domaine XUV, la génération d'harmoniques d'ordre élevé est également un bon candidat pour sonder la structure électronique des atomes ou des molécules, avec une résolution potentielle de l'ordre de l'attoseconde dans le domaine temporel (1 as=10-18 s) et sub-nanométrique dans le domaine spatial. Au cours des travaux réalisés pendant cette thèse, nous avons étudié la sensibilité des caractéristiques du rayonnement harmonique (amplitude, état de polarisation, phase) à la structure électronique du milieu de génération. Ces études ont été menées tout d'abord dans un milieu atomique couramment utilisé en génération d'harmonique, l'argon, puis dans des milieux moléculaires (N2, CO2, O2). La confrontation de ces mesures avec différentes simulations numériques montre la nécessité de modéliser de façon détaillée le processus de génération, dépassant certaines hypothèses généralement admises. Nous avons également montré la possibilité d'utiliser la spectroscopie d'harmoniques d'ordre élevé afin de mesurer des dynamiques moléculaires de systèmes complexes (notamment le dioxyde d'azote NO2), pour lesquelles les mesures harmoniques peuvent obtenir des résultats complémentaires aux autres techniques couramment utilisées. Dans le cas d'excitations moléculaires peu efficaces, nous avons pu adapter des techniques de spectroscopie optique conventionnelle au domaine spectral des harmoniques d'ordre élevé, améliorant de manière significative le rapport signal/bruit.
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Berlu, Lilian. "Réalisation d'un logiciel de calcul des intégrales moléculaires impliquées dans le tenseur d'écran magnétique nucléaire sur orbitales atomiques de Slater." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2003. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00660778.
Анотація:
Le but ultime de ce travail est la réalisation d'un logiciel de calcul de chimie quantique ab initio utilisant une base d'orbitales atomiques de Slater et capable d'évaluer les déplacements chimiques de RMN. Pour traiter le cas compliqué des intégrales multicentriques, nous avons utilisé la méthode de la transformée de Fourier des fonctions B. Un développement original des termes d'ordres non-nuls est présenté. Les expressions obtenues impliquent des intégrales semi-infinies dont l'intégrande est très oscillante. Dans ce travail, nous avons mis au point de nouveaux algorithmes récursifs de la (permittivité) de Wynn, du (u )de Levin et de la transformation non-linéaire SD, extrêmement rapides et qui garantissent la précision du résultat final. Les tableaux de résultats montrent l'efficacité de ces approches et plus particulièrement de SD pour accélérer la convergence des intégrales semi-finies. Les résultats obtenus permettent d'envisager la programmation d'un logiciel ab initio utilisant nos algorthimes.
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Meunier, Benjamin. "Epitaxie d'hétérostructures combinant oxydes fonctionnels et semiconducteurs III-V pour la réalisation de nouvelles fonctions photoniques." Thesis, Lyon, 2016. http://www.theses.fr/2016LYSEC032/document.
Анотація:
La diversification des fonctionnalités intégrées dans les systèmes micro-optoélectroniques est l'un point clé du développement de ces filières. Combiner sur une même puce des matériaux ayant des propriétés différentes doit permettre de faire émerger de nouveaux concepts de composants basés sur de nouveaux effets physiques ou sur la combinaison des propriétés physiques des matériaux intégrés. Parmi les matériaux d'intérêt, les semi-conducteurs III-V présentent des propriétés optiques exceptionnelles et sont couramment utilisés pour réaliser des composants photoniques. Les oxydes fonctionnels, quant à eux, offrent une grande variété de propriétés physiques qui en font des matériaux très prometteurs pour de nombreuses applications. Dans ce contexte, l'objectif global de cette thèse est de démontrer la possibilité d'intégrer des oxydes fonctionnels cristallins sur des hétérostructures à base de GaAs par épitaxie, et de montrer que de telles structures peuvent présenter des propriétés nouvelles pour la photonique. Plus précisément, nous avons focalisé nos efforts sur l'intégration de couches minces de PZT sur des structures à puits quantiques InGaAs/GaAs via des couches tampons de SrTiO3 (STO). Nous avons étudié et développé la croissance par épitaxie par jets moléculaires (MBE) des templates de STO sur GaAs. La forte hétérogénéité entre ces deux types de matériaux nécessite d'avoir recours à des stratégies d'ingénierie d'interface spécifiques et à un excellent contrôle des paramètres de croissance. Nous avons mis en évidence les effets bénéfiques sur la qualité structurale du STO d'une préparation de la surface de GaAs au Ti. Pour ces études, nous avons utilisé la spectroscopie de photoélectrons (XPS, in-situ ou en collaboration avec la ligne TEMPO du synchrotron SOLEIL) et microscopie électronique en transmission (TEM, en collaboration avec le LPN). Ces expériences nous ont permis de sonder structure et chimie de l'interface semi-conducteur/oxyde. Nous avons également étudié les mécanismes de croissance et de cristallisation du STO sur GaAs, en mettant notamment en œuvre des expériences d'XPS in-situ au synchrotron SOLEIL. La compréhension de ces mécanismes spécifiques nous a permis d'adapter les conditions de croissance du STO et d'obtenir des couches tampons d'excellente qualité. Nous avons étudié la croissance de couches minces de PZT sur des structures à puits quantique d'In- GaAs/GaAs via des templates de STO. Nous avons tout d'abord montré que les procédés standards de croissance de PZT (sol-gel ou ablation laser (collaboration avec l'IEF)) conduisaient à de fortes dégradations des puits quantiques du fait des réactions chimiques entre l'oxyde et le matériau III-V. Nous avons étudié les mécanismes de ces dégradations et mis en évidence une forte affinité chimique entre l'As, le Pb et le Sr. Pour pallier cette difficulté, nous avons modifié le procédé de croissance du PZT ainsi que l'hétérostructure III-V (enfouissement du puits, ajout d'AlAs ...). Ces actions combinées nous ont permis de réaliser des couches minces de PZT ferroélectriques sur des structures à puits quantiques d'InGaAs/GaAs. Nous avons ensuite défini un design d'émetteur accordable basé sur une hétérostructure PZT/GaAs/InGaAs. De tels émetteurs ont été réalisés en collaboration avec l'IEF) et mesurés leurs propriétés mécaniques et optiques en effectuant des expériences sous champ. Enfin, nous avons effectué un certain nombre d'études préliminaires visant à démontrer la possibilité d'intégrer des hétérostructures à base de GaAs sur des substrats de Si recouverts de couches tampons de STO. Nous avons pour cela envisagé et étudié la possibilité d'utiliser des composés Zintl-Klemm d'interface susceptibles de minimiser l'énergie d'interface entre le GaAs et le STODiversification of the materials and functionalities integrated on silicon is an important issue for further progression in the field of micro-optoelectronics. The monolithic heterogeneous integration of new materials on silicon, and more generally the combination on the same wafer of materials having different physical properties is a key challenge. Amongst the materials of interest, III-V semiconductors are the object of specific attention because their optoelectronic and transport properties are superior to those of silicon. Similarly, the so-called functional oxides have interesting physical properties (ferroelectricity, ferromagnetism, piezoelectricity, etc.) making them suitable for various applications (NVM, energy harvesters, MEMS . . . ). In this context, the goal of this thesis is to demonstrate the possible integration of crystalline functional oxides on GaAs-based heterostructures using epitaxy and that such structures show new properties for photonic. More precisely, we focused on integration PZT thin film on InGaAs/GaAs quantum wells structures thanks to SrTiO3 (STO) buffer layer. We first studied and developed the growth of STO on GaAs templates using molecular beam epitaxy (MBE). Because of the strong heterogeneity between the two materials, specific interface engineering strategies are required. We highlight the benefit of a Ti-based GaAs surface treatment on the structural quality of STO. For these studies we used photoelectrons spectroscopy (XPS, in-situ and collaboration with TEMPO beam line of SOLEIL synchrotron) and transmission electron spectroscopy (TEM, collaboration with LPN/C2N). Those experiments allowed us to probe both structural and chemical aspects of the semiconductor/ oxide interface. We also studied the growth mechanism of STO on GaAs through in-situ XPS experiments at SOLEIL. Thanks to the understanding of those specifics mechanisms, we could accommodate the growth conditions to obtain good quality STO buffer layers. Then we studied the growth of thin film PZT on InGaAs/GaAs quantum well structures by means of STO templates. We first showed that standard growth process (sol-gel and pulsed laser deposition at IEF/C2N) lead to strong deterioration of quantum well due to chemical reactions between the oxide and the III-V material. We studied the mechanisms involved in this deterioration and highlight the strong chemical affinity between As, Pb and Sr. To palliate this difficulty, the growth process of PZT has been modify and an AlAs “sacrificial” layers has been added in order to limit the oxygen difiusion into the substrate. Thanks to these two solutions, it has been possible to realize a PZT ferroelectric thin film on an InGaAs/GaAs quantum well heterostructure. A tunable source based on such heterostructure has been designed. In this device, the strain induced in the ferroelectric PZT by an electric field is transmitted to the substrate and the quantum well modifying its emitted wavelength. We simulated this device in order to optimize its dimensions. Then we realized this device (collaboration with IEF/C2N) and measured its mechanical and optical properties under an electric field. We also performed preliminary studies in order to demonstrate the possible integration of GaAs-based heterostructures on Si substrates in by the means of STO buffer layer. We considered the use of Zintl- Klemm compounds to minimize the interface energy between GaAs and STO allowing 2D growth of the semiconductor on the oxide
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Farache, Dorian. "Etude des fonctions de GCP4, 5 et 6 dans l'assemblage du complexe de nucléation des microtubules." Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30231/document.
Анотація:
Les microtubules sont des composants hautement dynamiques du cytosquelette. La tubuline gamma est localisée au centrosome. Elle y forme le complexe de nucléation des microtubules, le gamma-TuRC, en association avec les protéines GCPs 2-6. Les GCPs 2-6 forment une famille de protéines caractérisée par deux domaines conservés appelés GRIP1 et 2. De par sa structure, le gamma-TuRC sert de moule pour la nucléation des microtubules. Le gamma-TuRC est constitué de plusieurs sous-complexes : les gamma-TuSCs qui sont composés d'une GCP2 et d'une GCP3 qui interagissent entre elle par leur domaine amino-terminal, chacune liant une tubuline gamma via leur domaine carboxy-terminal. Les gamma-TuSCs s'assemblent latéralement pour former une structure à un tour d'hélice, les deux extrémités de l'hélice se recouvrant. La structure atomique de GCP4 s'intègre particulièrement bien dans structure du gamma-TuSC de levure, obtenue en microscopie électronique, à la place de GCP2 et 3 suggérant une forte conservation structurale entre les GCPs. GCP4, 5 et 6 pourraient donc être partie intégrante de l'hélice. Durant ma thèse j'ai étudié la position relative des GCP4, 5 et 6 au sein du gamma-TuRC. Pour cela j'ai développé des approches d'échange de domaines et de mutagénèse. J'ai également mis en place des stratégies de FLIM-FRET et d'immunoprécipitation. J'ai ainsi montré que c'est le domaine N-terminal des GCPs qui définit leur identité, les domaines C-terminaux étant échangeables. J'ai également mis en évidence, au sein du gamma-TuRC, des interactions latérales entre GCP4 et GCP5 semblables à celles établies par GCP2 et GCP3 dans les gamma-TuSC. J'ai également pu isoler un complexe contenant GCP4, 5, 6 et la tubuline gamma indépendamment du gamma-TuRC. J'apporte ainsi les premières preuves expérimentales soutenant l'idée que GCP4, 5 et 6 sont partie intégrante de l'hélice du gamma-TuRC et qu'elles y forment un sous complexe qui occupe une position bien définieMicrotubules are highly dynamic components of the cytoskeleton. gammatubulin is found at the centrosome where it forms a microtubule nucleation complex together with GCPs 2-6, the gamma-TuRC. GCPs 2-6 form a conserved family of proteins characterised by two conserved domains called GRIP1 and 2. The gamma-TuRC functions as a structural template for microtubule nucleation. The gamma-TuRC is composed of smaller subcomplexes called gamma-TuSC. Each gamma-TuSC is composed by one GCP2, one GCP3 and two gamma?tubulins. GCP2 and GCP3 interact via their N-terminal domain and bind gamma tubulin through their C-terminal domain. Several gamma-TuSCs can assemble laterally to form a one-turn helix with the two ends overlapping. The atomic structure of GCP4 fits almost perfectly in the place of GCP2 and GCP3 within the gamma-TuSC envelope obtained by electron microscopy suggesting a strong structural conservation among GCPs. Hence, GCP4, 5 and 6 may be part of the helix. During the course of my thesis, I studied the relative position of GCPs 4, 5, 6 within the gamma-TuRC. To this aim, I developed a domain swapping and mutagenesis approaches. I also combined FLIM-FRET and immunoprecipitation strategies. I have been able to show that the N-terminal domains of GCPs define their identity while the C-terminal domains can be swapped. My results also indicate that GCP4 and GCP5 establish gamma-TuSC like interactions within the gamma-TuRC. I also isolated a complex containing GCP4, 5, 6 and gamma tubulin independently of the gamma-TuRC. My thesis provides the first experimental evidence supporting the model where GCP4, 5 and 6 are part of the gamma-TuRC helix where they form a sub-complex localised at a defined position
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Bouabça, Thomas. "Introduction d'orbitales corrélées dans les approches Monte-Carlo quantiques." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/847/.
Анотація:
L'objet de la chimie quantique est d'étudier, à l'aide des principes de la mécanique quantique les propriétés des assemblés moléculaires. Savoir évaluer sur ordinateur de telles propriétés est un enjeu important dans de nombreux domaines scientifiques ou technologiques (biochimie, nanosciences. . . ). Cependant à l'heure actuelle, il n'existe pas de méthode capable de traiter avec une précision contrôlée des systèmes de taille et de nature arbitraire. Basées sur une approche de résolution stochastique de l'équation de Schrödinger, les méthodes Monte-Carlo Quantique (Quantum Monte Carlo QMC) offrent une alternative originale et efficace pour le calcul de telles propriétés sur des systèmes de grande taille. Néanmoins, si les méthodes QMC rivalisent avec les meilleurs méthodes de chimie quantique dans le calcul de certaines propriétés (énergies totales), plusieurs problèmes subsistent pour en faire des méthodes standards. L'un des problèmes les plus importants est l'étude des différences d'énergies. Car ce sont ces différences qui sont au coeur de la chimie. L'objectif de ce travail de thèse a été de proposer, dans le cadre des méthodes QMC, des moyens de calculer plus efficacement ces différences. Pour cela, notre soucis a été de considérer des fonctions d'ondes simples composées d'éléments préoptimisés. Deux stratégies complémentaires ont ainsi étés mises en oeuvre avec succès : La première est l'implémentation d'une nouvelle fonction d'onde modulaire permettant une construction " brique par brique " d'éléments préoptimisés La seconde consiste en l'étude de ces différences par l'emploi de fonctions d'ondes cohérentes permettant une meilleure compensation des erreursQuantum chemistry is the branch of theoretical chemistry which applies quantum mechanics to chemistry. The computation of chemical properties is a huge challenge for many scientific and technological fields. (biochemistry, nanosciences. . . ). Nevertheless, for now, no methods can accurately study any systems according to their size or their nature. Based on a stochastic resolution of the Schrödinger equation, Quantum Monte Carlo methods (QMC) represent an original and efficient way for this matter. They are especially suited for big molecular systems. For instance, QMC methods are known to be the most powerful algorithms for computing total ground-state energies. However, some quantities can still not be properly computed with QMC methods. Thus, one of the main issue that remains is the evaluation of differences of energies. Solving this problem is an important step for QMC methods to be considered as standard ones. Indeed, roughly speaking, differences of energies are at the heart of the whole chemistry : any chemical problem can be interpreted as a difference of energies. The purpose of this thesis is to propose a way to compute those differences with QMC methods. Our approach is particularly motivated by a deep concern : using simple preoptimized wavefunctions. In order to achieve this, we propose here two strategies : First, a new wavefunction is introduced. This wavefunction is composed of preoptimized modular elements. With this new wavefunction, any system can be recomposed piece by piece. Second, a set of coherent wavefunctions is used for a controlled compensation of errors
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Ammar, Abdallah. "Représentation des états du continuum par des gaussiennes complexes : application aux processus d’ionisation atomiques et moléculaires." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2020. http://www.theses.fr/2020LORR0173.
Анотація:
Ce travail théorique se situe à la frontière de la physique moléculaire et de la chimie quantique. Il propose un développement méthodologique et numérique dont l’objectif principal est de représenter des fonctions d’onde du continuum par des gaussiennes complexes. Le but ultime est d’appliquer ces gaussiennes optimisées lors de la description de processus d’ionisation impliquant des molécules, où les intégrales multicentriques nécessaires pour évaluer les sections efficaces seraient calculées analytiquement. Pour y parvenir, nous avons développé un code de calcul efficace qui permet d’ajuster un ensemble de fonctions arbitraires, sur des distances radiales finies, avec des gaussiennes réelles ou complexes. Nous avons mis en évidence la supériorité des gaussiennes complexes par rapport aux gaussiennes réelles dans la représentation de fonctions oscillantes telles que les fonctions de Coulomb ou les fonctions sturmiennes généralisées d’énergie positive. Dans un premier temps, nous avons validé l’approche proposée pour décrire l’ionisation de l’atome d’hydrogène par impact d’électron (dans le cadre de la première approximation de Born) ou de photon (dans l’approximation dipolaire). Nous avons ensuite appliqué les gaussiennes complexes optimisées pour décrire le processus de photoionisation moléculaire, dans une approche monocentrique. Dans tous les cas, les calculs de sections efficaces sont analytiques. Les résultats numériques ont confirmé la fiabilité des gaussiennes complexes dans ce type d’applications. Finalement, nous avons exploré la possibilité d’étendre l’approche au cas des fonctions d’onde gaussiennes multicentriques pour l’état initial. De façon similaire au cas monocentrique, nous avons démontré que la nature complexe des gaussiennes n’empêche pas d’effectuer analytiquement les intégrales nécessaires pour évaluer les éléments de matrice de transitionThis theoretical work lies at the border between molecular physics and quantum chemistry. It deals with a methodological and numerical development whose scope is to represent continuum wavefunctions by complex Gaussians. The ultimate goal is to apply these optimized Gaussians in the description of ionization processes involving molecules, where the multicenter integrals required to evaluate cross sections would be calculated analytically. For that purpose, we have developed an efficient numerical code to fit a set of arbitrary functions over finite radial distances, with either real or complex Gaussians. We have demonstrated the superiority of complex over real Gaussians in the representation of oscillating functions such as Coulomb functions or generalized Sturmian functions of positive energy. We have first validated the proposed approach to describe the ionization of the hydrogen atom by electron impact (in the first Born approximation) or photon impact (in the dipolar approximation). We have then applied the optimized complex Gaussians to describe molecular photoionization in a one-center approach. The results confirm the reliability of complex Gaussians in this kind of applications. Finally, we have considered the possibility of extending the approach to multicenter gaussian wavefunctions for the initial state. Similarly to the one-center case, we have shown that the multicenter integrals appearing in transition matrix elements can be performed analytically, also in the case of complex Gaussians
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Conde, Moustapha. "Composants optoélectroniques à microcavités verticales sur GaAs : Technologies avancées pour de nouvelles fonctions." Phd thesis, Université Paul Sabatier - Toulouse III, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00357498.
Анотація:
Face à la diversification des domaines d'application en optoélectronique, les émetteurs lasers, dont les VCSELs, évoluent rapidement vers une plus grande capacité d'intégration, ainsi qu'un accroissement de leurs fonctionnalités. Ceci a pour conséquence une sophistication des structures et des géométries de ces composants, impliquant la levée de certains verrous technologiques. Ce travail de thèse porte, d'une part, sur la mise en place d'une méthodologie d'optimisation de la croissance, d'analyse et de diagnostic rapide intégrée au procédé d'épitaxie par jets moléculaires (uniformité, maîtrise des propriétés optiques) démontrée sur de nouvelles structures VCSEL à multicouche complexe. D'autre part, la technologie d'oxydation d'alliages GaAlAs a été étudiée. Ce procédé, appelé AlOx, a ouvert la voie à l'obtention de composants monomodes performants grâce au confinement électro-optique latéral efficace qu'il réalise. Dans le but d'une maîtrise ultime et d'une ingénierie fine de ce confinement, nous avons approfondi la compréhension des cinétiques d'oxydation, mis en place un four avec contrôle en temps réel du front d'oxydation, et étudié une nouvelle technique d'oxydation d'une couche enterrée GaAlAs à partir de la surface. Ce travail contribue au développement des technologies de structurations verticale et latérale dans les composants à microcavité verticale, qui visent à leur ouvrir de nouvelles performances et fonctionnalités.
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Higuet, Julien. "Etudes structurelles et dynamiques de systèmes atomiques ou moléculaires par génération d'harmoniques d'ordre élevé." Thesis, Bordeaux 1, 2010. http://www.theses.fr/2010BOR14078/document.
Анотація:
La génération d'harmoniques d'ordre élevé en milieu gazeux est un phénomène décrit par un modèle à trois étapes: sous l'effet d'un champ laser intense, un atome (ou une molécule) est ionisé par effet tunnel. L'électron éjecté est par la suite accéléré dans le champ laser, avant de se recombiner sur son ion parent en émettant un photon XUV. D'abord utilisée dans le but de développer des sources de rayonnement secondaire dans le domaine XUV, la génération d'harmoniques d'ordre élevé est également un bon candidat pour sonder la structure électronique des atomes ou des molécules, avec une résolution potentielle de l'ordre de l'attoseconde dans le domaine temporel (1 as=10-18 s) et sub-nanométrique dans le domaine spatial.Au cours des travaux réalisés pendant cette thèse, nous avons étudié la sensibilité des caractéristiques du rayonnement harmonique (amplitude, état de polarisation, phase) à la structure électronique du milieu de génération. Ces études ont été menées tout d'abord dans un milieu atomique couramment utilisé en génération d'harmonique, l'argon, puis dans des milieux moléculaires (N2, CO2, O2). La confrontation de ces mesures avec différentes simulations numériques montre la nécessité de modéliser de façon détaillée le processus de génération, dépassant certaines hypothèses généralement admises.Nous avons également montré la possibilité d'utiliser la spectroscopie d'harmoniques d'ordre élevé afin de mesurer des dynamiques moléculaires de systèmes complexes (notamment le dioxyde d'azote NO2), pour lesquelles les mesures harmoniques peuvent obtenir des résultats complémentaires aux autres techniques couramment utilisées. Dans le cas d'excitations moléculaires peu efficaces, nous avons pu adapter des techniques de spectroscopie optique conventionnelle au domaine spectral des harmoniques d'ordre élevé, améliorant de manière significative le rapport signal/bruitHigh harmonic generation is a well known phenomenon explained by a “three step” model: because of the high intensity field generated by an ultrashort laser pulse, an atom or a molecule can be tunnel ionized. The ejected electron is then accelerated by the intense electric field, and eventually can recombine on its parent ion, leading to the emission of a XUV photon. Because of the generating process in itself, this light source is a promising candidate to probe the electronic structure of atoms and molecules, with an attosecond/sub-nanometer potential resolution (1 as=10-18 s).In this work, we have studied the sensitivity of the emitted light (in terms of amplitude, but also phase and polarization) towards the electronic structure of the generating medium. We have first worked on atomic medium, then on molecules (N2, CO2, O2). Comparing the experimental results with numerical simulations shows the necessity to model finely the generation process and to go beyond commonly used approximations.We have also shown the possibility to perform high harmonic spectroscopy in order to measure dynamics of complex molecules, such as Nitrogen Dioxide (NO2). This technic has obtained complementary results compared to classical spectroscopy and has revealed dynamics of the electronic wavepacket along a conical intersection. In this experiment, we have adapted conventionnal optical spectroscopy technics to the XUV spectral area, which significantly improved the signal over noise ratio
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Kochanov, Roman. "Contribution à la modélisation de spectres moléculaires à partir de surfaces d'énergie potentielle et d'Hamiltoniens effectifs : applications aux banques de données spectroscopiques." Thesis, Reims, 2013. http://www.theses.fr/2013REIMS044/document.
Анотація:
L'étude des états moléculaires à énergie élevée est à la frontière entre divers domaines des sciences qui relèvent de la physique/chimie (mécanique quantique, calcul ab initio des structures électroniques, spectroscopie à haute résolution, physique atmosphérique) et de la dynamique des systèmes complexes. Pour bien interpréter les données expérimentales il y a un fort besoin de modèles théoriques utilisant les algorithmes mathématiques efficaces qui peuvent décrire des spectra avec une haute précision. Le projet de ce travail en co-tutelle est axé vers le développement de modèles et des outils théoriques qui soient adaptés à une description des états du mouvement nucléaire de molécules très excitées. L’objectif est d’accompagner les analyses des spectres et de permettre une modélisation suffisamment précise des mesures expérimentales. Le développement des algorithmes mathématiques et outils informatiques, leurs optimisations, programmations et applications pour des problèmes atmosphérique et environnementales représente le sujet central de la thèse, qui doit s’appuyer sur les compétences du candidat en mathématique appliquée / programmations scientifique et en spectroscopie moléculaire. Des méthodes mathématiques sont considérées dans le contexte des tâches physiques suivantes: 1) Construction et ajustement des modèles d'Hamiltonians effectifs pour décrire un grand nombre des transitions ro-vibrationnelles de protoxyde d'azote (N2O). 2) Construction de modèles analytiques de surface d'énergie potentielle (SEP) d'ozone (O3) à partir de calculs ab initio et ajustements aux données expérimentales vibrationnels. 3) Amélioration d'algorithme des transformations contactes (TC) pour calculer spectra des molécules poly-atomiques avec signifiant nombre des atomesThe studies of highly excited molecular states are located on the frontier between different scientific domains involving physics / chemistry (quantum mechanics, ab initio electronic structure calculations, high-resolution spectroscopy, atmospheric physics) and dynamics of the very complex molecular systems. For good interpreting of this kind of data it is necessary to have theoretical models which are based on optimized algorithms permitting to predict the experimental data with acceptable precision. The subject of this work is focused in the field of development of theoretical models and algorithms which are adapted to the description of states of the nuclear movements of molecules in highly excited states. Our main goal is to provide efficient computational means to perform spectral analyses and to model the spectroscopic experimental measurements with good accuracy. This task includes developing and enhancing mathematical algorithms, creating and optimization of the necessary field-specific software for applications to the environmental and atmospheric problems. The tasks are in the following competences of the candidate: applied mathematics, scientific programming and molecular spectroscopy.Mathematical methods are considered in the context of the following physical tasks: 1) Construction and fitting of the models of effective Hamiltonians for description of high number of ro-vibrational transitions of nitrous oxide (N2O). 2) Construction of analytical models of the potential energy surface of ozone (O3) using ab initio calculations and fittings to experimental vibrational data. 3) Improvement of the algorithm of contact transformations (CT) aimed at the calculation of ro-vibrational spectra of polyatomic molecules with significant number of atoms
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Phan, Carole. "Etude des effets indésirables pulmonaires associés à la prise de dasatinib : Rôle de la perturbation des fonctions de l’endothélium pulmonaire." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS345.
Анотація:
Les protéines kinases sont importantes dans de nombreux processus biologiques comme la prolifération, la différenciation, la migration, l’apoptose cellulaire et dans le maintien de l’intégrité de l’ADN. Dans de nombreuses pathologies comme le cancer, ces kinases sont anormalement suractivées. Pour ces raisons, plusieurs inhibiteurs de tyrosine kinase (ITK) ont été développés comme le dasatinib (Sprycel®), un ITK ciblant principalement le BCR-Abl et la famille SRC, qui montre une grande efficacité contre la leucémie myéloïde chronique. Cependant, le dasatinib présente aussi d’importants effets indésirables qui se manifestent au niveau pulmonaire, comme le développement d’hypertension artérielle pulmonaire (HTAP) et l’apparition d’épanchements pleuraux dont l’incidence est respectivement de 0,45% et de 15-35%. Ces effets secondaires représentent donc un problème majeur de santé publique. Les mécanismes impliqués dans ces effets indésirables ne sont pas connus.Mon projet de thèse entre donc dans l’étude des mécanismes par lesquels le dasatinib peut induire ces effets indésirables. Dans ce contexte, nous avons testé l’hypothèse que l’utilisation du dasatinib est associée à l’inhibition inappropriée d’une ou de plusieurs kinases qui jouent un rôle central dans l’intégrité de l’endothélium pulmonaire.Mon travail s’est articulé autour de trois grands axes : (1) Le premier axe a visé à déterminer le rôle des atteintes de la perméabilité endothéliale par le dasatinib dans l’apparition d’épanchement pleural ; (2) Le deuxième axe a consisté à étudier les mécanismes impliqués dans l’HTAP induite par le dasatinib ; (3) Le troisième axe a permis d’identifier le rôle de l’inhibition de la protéine kinase c-Abl dans l’intégrité de la cellule endothéliale pulmonaire.L’ensemble de nos données montre que le dasatinib altère, à forte dose, les fonctions des cellules endothéliales pulmonaires et ainsi fragilise l’intégrité vasculaire. Tout d’abord, nous avons en effet pu mettre en évidence qu’un traitement quotidien à fortes doses de dasatinib chez le rat augmente la perméabilité endothéliale et conduit à l’apparition d’épanchements pleuraux. De manière intéressante, nous avons pu démontrer que cette augmentation de perméabilité endothéliale est liée à une génération de dérivés oxygénés capable de redistribuer les protéines de jonctions intercellulaires. Deuxièmement, nous avons pu mettre en évidence que le dasatinib, à forte dose, induit une apoptose des cellules endothéliales (CE) pulmonaires, un phénomène lié en partie à la génération d’un stress oxydant d’origine mitochondriale. De plus, nous avons noté que des prétraitements de rats avec du dasatinib conféraient une prédisposition à l’hypertension pulmonaire expérimentale par la mise en place d’une dysfonction endothéliale. Ces dernières observations n’ont pas été retrouvées avec d’autres ITK proches du dasatinib comme l’imatinib. Enfin, nous avons pu identifier que c-Abl est une protéine kinase clef de l’intégrité de la cellule endothéliale pulmonaire. En effet, son inhibition par certain ITK conduit à un défaut de réparation des cassures ADN et ainsi à une altération de certaines fonctions des cellules endothéliales.En conclusion, les effets indésirables pulmonaires associés au dasatinib semblent directement liés à une perte de l’homéostasie de l’endothélium pulmonaire par des mécanismes faisant appel à la génération de stress oxydatif mitochondrial, à l’induction d’apoptose et à la perte de perméabilité vasculaireBy catalysing reversible phosphorylation of their substrates, protein kinases play central role in regulating a multitude of cellular processes, including division, proliferation, apoptosis, and differentiation as well as in the maintenance of DNA integrity. Since deregulation of different protein kinases contribute to several human disorders, a multitude of tyrosine kinase inhibitors (TKIs) inhibiting various kinases have been developed and some of them are currently approved for different indications, and many more are under development. Dasatinib (Sprycel®), an orally available short-acting dual ABL/SRC tyrosine kinase inhibitor (TKI), is an effective treatment for Philadelphia-positive chronic myelogenous leukemia (CML) and for all phases of Philadelphia-positive CML with resistance or intolerance to prior therapy, including imatinib. However, dasatinib treatment is associated with the development of pulmonary arterial hypertension (PAH; 0.45%) and pleural effusion (15-35%). These serious pulmonary adverse events represent a serious public health problem.Therefore, my PhD project is seeking to identify the underlying molecular mechanisms responsible for these pulmonary adverse events induced by dasatinib. My work has followed three different strategic axes seeking to: 1) Determine whether dasatinib alters endothelial integrity, resulting in increased pulmonary vascular endothelial permeability and pleural effusion; 2) Study the mechanisms involved in the long-term development of dasatinib-induced PAH; 3) Precise the role of c-Abl protein kinase inhibition in pulmonary endothelial cell DNA integrity.First, our data indicate that dasatinib can lead to pulmonary endothelial dysfunction and thus affect vascular integrity. Interestingly, we demonstrated that this increased endothelial permeability is a reactive oxygen species (ROS)-dependent mechanism in vitro and in vivo. Second, we also found that high doses of dasatinib induce pulmonary endothelial cell apoptosis by increasing mitochondrial oxidative stress and cause endothelial cell apoptosis. Consistent with these observations, we found that pretreatment of rats with dasatinib leads pulmonary endothelial dysfunction and confers increased susceptibility to experimental pulmonary hypertension (PH) in contrast to rats pretreated with imatinib or vehicle. Finally, we identified c-Abl as a key protein kinase in pulmonary endothelial cells, since its inhibition by dasatinib and ponatinib leads to impaired DNA repair in human pulmonary endothelial cells.Taken together, my PhD results demonstrate the importance played by damage to the pulmonary endothelium in the onset of dasatinib-induced PAH and pleural effusion
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Roignot, Julie. "Etude de la régulation et des fonctions d'ArgBP2 associées à son rôle anti-tumoral et aux processus dépendants de l'actine : rôle de ses partenaires moléculaires, de sa phosphorylation et de sa dimérisation." Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX22118/document.
Анотація:
Le mauvais pronostic du cancer pancréatique est en partie dû à l’acquisition extrêmement rapide de propriétés invasives et métastatiques par les cellules tumorales pancréatiques et à la faible efficacité des thérapies actuelles. Il est donc essentiel d’identifier de nouvelles cibles utiles au développement de nouvelles stratégies thérapeutiques. Nos travaux impliquent directement la diminution de l'expression d'ArgBP2 dans le processus de dérivation ma ligne du pancréas. ArgBP2 est une protéine adaptatrice régulant la dynamique du cytosquelette d’actine et la transduction des signaux. Nous avons montré que l’activité anti-tumoraled’ArgBP2 in vivo est corrélée à une diminution de l’adhésion, de l’étalement et de la migration des cellules cancéreuses pancréatiques in vitro. Dans le but d’identifier les fonctions associées à son rôle anti-tumoral, nous avons recherché de nouveaux partenaires moléculaires d’ArgBP2 et mis en évidence son interaction avec les protéines WAVE (facteurfavorisant la polymérisation de l’actine), la phosphatase PTP-PEST et la protéine adaptatriceCIP4 qui elles-mêmes sont connues pour réguler le cytosquelette d’actine et la motilité cellulaire. De manière intéressante, nous avons montré que PTP-PEST est indispensable à l’inhibition de la migration cellulaire par ArgBP2. Par ailleurs, nos résultats montrentqu’ArgBP2 régule la fonction de WAVE1 en contrôlant sa phosphorylation par la kinase c-Abl et sa déphosphorylation par PTP-PEST. Nous avons en outre montré que CIP4 est aussi un partenaire de WAVE1, phosphorylé par c-Abl, et qu’elle participe à cette régulation. Enfin,nos résultats mettent en évidence un rôle essentiel de la phosphorylation et de la dimérisationd’ArgBP2 dans la régulation de ses interactions avec ses partenaires et de ses fonctionsThe poor prognosis of pancreatic cancer is partly due to the early acquisition of invasive andmetastatic properties by pancreatic tumoral cells and to the limited efficacy of actualtherapies. Thus, the identification of new targets for novel therapeutic strategies is animportant challenge. Our works directly implicate the decrease of ArgBP2 expression in thetumorigenic process of pancreatic cancer. ArgBP2 is an adaptor protein regulating actincytoskeleton dynamics and cell signaling. We found that the anti-tumoral activity of ArgBP2is correlated with the inhibition of the adhesion, spreading and migration of pancreaticcancerous cells. In order to better understand its anti-tumoral function, we searched newpartners for ArgBP2 and identified, among them, WAVE1 (a nucleation promoting factor),the phosphatase PTP-PEST and the adaptor protein CIP4, which are known to regulate actincytoskeleton and cellular motility. Interestingly, we found that PTP-PEST is necessary toArgBP2 mediated inhibition of cell migration. Additionally, we showed that ArgBP2regulates WAVE1 function by controlling its phosphorylation by c-Abl kinase and itsdephosphorylation by PTP-PEST. Moreover we found that CIP4 is also a WAVE1 interactingprotein, phosphorylated by c-Abl, and that CIP4 participates to the ArgBP2 dependent controlof WAVE1. Finally, our results highlight a primordial role of ArgBP2 phosphorylation anddimerization in the control of its interactions with its partners and in the regulation of itsfunctions
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Maingault, Laurent. "Insertion d'ions magnétiques dans les boîtes quantiques de semiconducteurs II-VI." Phd thesis, Université Joseph Fourier (Grenoble), 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00186925.
Анотація:
L'insertion de nombreuses impuretés magnétiques dans des matériaux semiconducteurs massifs permet d'obtenir un comportement ferromagnétique. D'autre part, les boîtes quantiques confinent les porteurs dans les trois dimensions, permettant un contrôle individuel de chacun. Le travail présenté ici concerne l'insertion d'une unique impureté magnétique (Manganèse) dans une seule boîte quantique de semiconducteur II-VI. Cet objet permet l'étude directe, par des moyens expérimentaux relativement simples, de l'interaction entre l'impureté magnétique et un porteur confiné dans la boîte quantique. De manière uniquement optique, le spin de l'impureté peut être contrôlé et détecté. Cela en fait un candidat possible pour réaliser un codage quantique de l'information.La réalisation de ces échantillons, en épitaxie par jets moléculaires, est d'abord détaillée. La ségrégation du Mn au cours de la croissance est utilisée pour réduire la densité d'atomes Mn tout en la contrôlant. Des expériences de micro-spectroscopie optique permettent de valider cette méthode. Ensuite, une étude fine de l'interaction impureté-porteur est réalisée. Les spectres expérimentaux sont analysés à l'aide d'un modèle simple des fonctions d'onde des porteurs dans la boîte. Des valeurs quantitatives de cette interaction sont données en tenant compte de la position de l'impureté dans la boîte ainsi que de sa réduction, induite par le confinement des porteurs.
Finalement, les possibilités pour contrôler cette interaction sont présentées: la modification de l'interaction par l'ajout de porteurs dans la boîte quantique, puis une augmentation possible de cette interaction grâce à un meilleur confinement des trous.
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Bouchafra, Yassine. "On the performance of subsystem approaches to model heavy element species in solution." Thesis, Lille, 2019. http://www.theses.fr/2019LIL1R031.
Анотація:
Afin de comprendre les mesures spectroscopiques, il est d'une grande importance de comprendre les processus physiques au niveau microscopique à cause du rôle des électrons (et des noyaux) dans le système. Le traitement de ces particules nécessite, au moins, un niveau de mécanique quantique pour le système d'intérêt. La présence des éléments lourds dans le système aggrave la situation à cause de l'obligation de tenir en compte, en plus du grand nombre de particules, les effets relativistes. Après un premier chapitre sur les différentes méthodes théorique, le second chapitre explore les méthodes d'embedding qui peuvent apporter des solution dans le cas où un traitement quantique pour tout le système est demandé. La suite de ce travail concentre sur l'exploration de la performance de la méthode Frozen Density Embedding dans la description des propriétés électroniques (Potentiels d'ionisation des halogénures solvatés ) dans les chapitres 3 et 4 et des propriétés magnétiques (Écrantage RMN et couplage J) dans le chapitre 5In order to understand spectroscopic measurements, it is important to understand the physical processes taking place at a microscopic scale, since these are related to the behaviour of the electrons (and nuclei) in the system. The treatment of such particles requires one way or another a quantum mechanical treatment of the atoms and molecules that make up a given system of interest. This means that in order to achieve that we must perform theoretical sim- ulations and, if such systems contain heavy elements, this is a particularly dicult task, since we not only have to deal with the large number of particles but also include relativistic e↵ects. These diculties have motivated the development of several theoretical approaches that sim- plify the treatment of at least part of the total system. This thesis investigates the use of the Frozen Density Embedding (FDE) approach to the calculation of molecular properties of complex systems. FDE is a formally exact method with which we can separate a complex molecular system into subsystems and choose the most suit- able electronic structure approach to treat each of these. With this separation, we can focus the computational e↵ort into one or a few subsystems of interest and treat them very accurately with relativistic electronic structure methods that include spin-orbit coupling, while the e↵ect of the remaining subsystems (environment) on the system of interest is treated at a suciently high level of accuracy. Our first interest was in the quantum mechanical description of ionisation energies for molecular aggregates of microsolvated halides, such as found in water droplets. We have ex- plored the sensitivity of these energies to structural changes around the halides and among the waters, and how these energies evolve with the size of the aggregate, with our results being in quantitative agreement with experimental data, and we have predicted the ionisation energies of the heaviest of halides, astatide, which is of interest as a radiotherapeutic agent. Our results demonstrate that with the combination of relativistic EOM-CC for the active subsystem and DFT for the environment, a↵orded by FDE, one can rival with quite sophisticated theoretical approaches based on periodic quasi-particle calculations which are the current state-of-the-art for condensed matter simulations. We have also explored the performance of FDE for the description of solvent e↵ects on magnetic properties (indirect spin-spin couplings and NMR shielding tensors) for a complex PtTl(CN)5 containing a metal-metal bond between the heavy centres (Pt, Tl), this time purely at relativistic DFT level. For spin-spin couplings, we have shown that much like prior theoretical results, we require an extensive first hydration shell around the complex, but nevertheless arrive at a semi-quantitative agreement with experiment. For NMR shieldings on the other hand, FDE allows us to significantly reduce the amount of water molecules explicitly added to the active subsystem to the first hydration shell around the Tl atom. This might open up the perspective to employing FDE with more accurate with more accurate electronic structure methods for this property for this class of compounds
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Granados, Castro Carlos Mario. "Application of Generalized Sturmian Basis Functions to Molecular Systems." Thesis, Université de Lorraine, 2016. http://www.theses.fr/2016LORR0041/document.
Анотація:
Dans cette thèse nous implémentons une approche Sturmienne, qui se sert de fonctions Sturmiennes généralisées (GSFs, en anglais), pour étudier l'ionisation de molécules par collisions de photons ou d'électrons. Comme l'Hamiltonian de la cible est non central, la description de l'ionisation des molécules n'est pas simple. En plus, puisque l'orientation spatiale de la molécule n'est généralement pas déterminée lors des expériences, une question importante à considérer est l'orientation aléatoire de la cible. Dans la littérature, des nombreuses méthodes théoriques ont été proposées pour traiter les molécules ; néanmoins, la plupart sont adaptées pour étudier, principalement, des états liés. Une description précise des états non-liés (continuum) des molécules reste un défi. Ici, nous proposons d'attaquer le problème avec les GSFs qui ont, par construction, un comportement asymptotique approprié au système étudié. Cette propriété permet de faire des calculs d'ionisation de façon plus efficace. Dans une première partie, nous validons l'implémentation de notre approche Sturmienne par l'étude de la photo-ionisation (PI) d'atomes. Différents potentiels effectifs sont utilisés pour décrire l'interaction de l'électron éjecté avec la cible ionisée. Les sections efficaces de PI sont calculées dans les jauges de longueur et de vitesse. Pour l'atome d'hydrogène la comparaison avec la formule analytique, indique qu'une convergence très rapide est obtenue avec un nombre modéré de GSFs. Pour He et Ne, nos résultats montrent, également, un très bon accord avec d'autres résultats théoriques et expérimentaux. Dans le cas des molécules, nous avons abordé l'orientation aléatoire avec deux stratégies : une utilise un potentiel moléculaire modèle (non-central), et l'autre un potentiel moyenné (central). Nous étudions la PI de CH4, NH3 et H2O à partir des orbitales de valence extérieure et intérieure, et aussi de SiH4 et H2S à partir des orbitales extérieures. Les sections efficaces de PI et les paramètres d'asymétrie (obtenus à partir des distributions angulaires) sont comparés avec ceux publiés dans la littérature. Nos résultats sont globalement satisfaisants et reproduisent les caractéristiques principales de ce processus d'ionisation. Dans une deuxième partie de la thèse, nous utilisons l'approche Sturmienne pour étudier l'ionisation de molécules par impact d'électrons. Pour le processus (e,2e), les sections efficaces triplement différentielles (TDCSs) sont examinées dans la première et deuxième approximation de Born, également en traitant de deux façons l'orientation aléatoire des molécules. Nous avons testé la méthode en comparent nos TDCSs pour l'atome d'hydrogène, montrant aussi son efficacité. Enfin, nous l'avons apliqué à l'ionisation de CH4, H2O et NH3, et nous avons comparé les résultats avec des données expérimentales et théoriques disponibles dans la littérature. Dans la plupart des cas, nos TDCSs sont en accord satisfaisant avec ces données, en particulier pour H2O et pour des électrons lents dans le cas de CH4In this PhD thesis we implement a Sturmian approach, based on generalized Sturmian functions (GSFs), to study the ionization of molecules by collision with photons or electrons. Since the target Hamiltonian is highly non-central, describing molecular ionization is far from easy. Besides, as the spatial orientation of the molecule in most experimental measurements is not resolved, an important issue to take into account is its random orientation. In the literature, many theoretical methods have been proposed to deal with molecules, but many of them are adapted to study mainly bound states. An accurate description of the unbound (continuum) states of molecules remains a challenge. Here we propose to tackle these problems using GSFs, which are characterized to have, by construction, the correct asymptotic behavior of the studied system. This property allows one to perform ionization calculations more efficiently. We start and validate our Sturmian approach implementation by studying photoionization (PI) of H, He and Ne atoms. Different model potentials were used in order to describe the interaction of the ejected electron with the parental ion. We calculated the corresponding PI cross sections in both length and velocity gauges. For H atom, the comparison with the analytical formula shows that a rapid convergence can be achieved using a moderate number of GSFs. For He and Ne we have also an excellent agreement with other theoretical calculations and with experimental data. For molecular targets, we considered two different strategies to deal with their random orientation: one makes use of a molecular model potential (non-central), while the other uses an angular averaged version of the same potential (central). We study PI for CH4, NH3, and H2O, from the outer and inner valence orbitals, and for SiH4 and H2S from the outer orbitals. The calculated PI cross sections and also the asymmetry parameters (obtained from the corresponding angular distributions) are compared with available theoretical and experimental data. For most cases, we observed an overall fairly good agreement with reference values, grasping the main features of the ionization process. In a second part of the thesis, we apply the Sturmian approach to study ionization of molecules by electron collisions. In the so-called (e,2e) processes, fully differential cross sections are investigated within both the first- or the second-Born approximations. Again, we show how to include in the description the random orientation of the molecule. We start with H atom, as a test system: the comparison of the calculated triple differential cross sections (TDCSs) with analytical results illustrates, similarly to the PI case, the efficiency of our GSF method. It is then applied to ionization of CH4, H2O and NH3, and comparisons are made with the few theoretical and experimental data available in the literature. For most cases, our TDCSs can reproduce such data, particularly for H2O and for slow ejected electrons in CH4
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Giamarchi, Aurélie. "Les récepteurs-canaux polycystines : assemblage moléculaire et fonctions." Aix-Marseille 2, 2009. http://www.theses.fr/2009AIX20681.
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Gonzalo, Milena. "Caractérisation des bactéries du sol forestier isolées au niveau des microhabitats et de leurs interactions avec le peuplier." Electronic Thesis or Diss., Université de Lorraine, 2019. http://www.theses.fr/2019LORR0294.
Анотація:
Les micro-organismes du sol jouent un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes forestiers notamment par le biais de leurs actions dans les sols tels que la décomposition de la matière organique, le cycle des éléments nutritifs et la promotion de la croissance des plantes. Les bactéries et les champignons forment sous terre des réseaux d’interactions complexes ainsi qu’avec les racines des plantes qu’ils aident pour prélever de l'eau, des nutriments ou encore pour contrecarrer l’action de pathogènes. Au cours de ces interactions se produisent des échanges de molécules signal et de métabolites qui modifient l'environnement local et peuvent affecter la présence et/ou la croissance des autres microorganismes qui partagent le même habitat. Ces altérations sont des processus clés dans la structuration des communautés microbiennes du sol et ont un impact sur le développement des plantes. Dans le sol, les facteurs abiotiques et biotiques tels que le pH, la matière organique et la végétation ont été largement étudiés pour comprendre leurs rôles dans la structuration des communautés microbiennes. En revanche, le rôle joué par les interactions biotiques, et notamment entre microorganismes, reste méconnu. Peu de choses sont connues quant aux molécules produites au cours des interactions bactériennes et leur impact sur la structure des communautés microbiennes ainsi que sur la santé et la croissance des plantes. Pour mieux comprendre l'impact de ces interactions, nous nous sommes focalisés sur les bactéries qui partagent un même habitat et sont donc soumises aux mêmes conditions abiotiques et biotiques et dans lequel elles interagissent très probablement. Pour ce faire, nous avons isolé des bactéries de différents grains de sol, décrit leurs capacités fonctionnelles, évalué les comportements des unes par rapport aux autres et leur impact sur la croissance du peuplier. Nous avons montré que les bactéries d'un même grain de sol se caractérisaient par une grande diversité fonctionnelle et que peu de bactéries interagissaient les unes avec les autres. La plupart des interactions étaient inhibitrices et peu d’entre elles étaient de forte intensité. De plus, la plupart des bactéries induisaient une modification de l'architecture racinaire du peuplier. Enfin, fait intéressant, une des souches de Streptomyces isolée bloquait la croissance du système racinaire et y causait des nécrosesSoil borne microbes are vital contributors to forest ecosystems through soil services such as organic matter decomposition, nutrient cycling and sustaining plant growth. Bacteria and fungi form complex networks of interactions belowground interconnected with roots and assisting plants with water, nutrients, and some can help overcome pathogenic damages. During these biotic interactions, there is an exchange of signal molecules and metabolites that modify the local environment and can affect the presence and growth of surrounding microbial neighbours. These alterations are key processes in the structuration of soil microbial communities and plant development. In soil, abiotic and biotic factors such as pH, organic matter and vegetation have been extensively studied to govern microbial communities’ structure. However, some important biotic interactions are still poorly described. Especially molecules produced during bacterial interactions that affect microbial communities’ structure and plant health and growth are still underexplored. To obtain insights of the impact of these interactions, we focused on bacteria that share a habitat with the same abiotic and biotic conditions and that are likely interacting. In order to reach this goal, we isolated bacteria from different grains of soil, described their functional abilities, evaluated the behaviours against each other and their impact on the growth of Populus. In this study, bacteria from a grain of soil had a high functional diversity where few bacteria were interacting. Most interactions were antagonistic and few were strong inhibitions. Moreover, most bacteria altered the root architecture of Populus, and interestingly one Streptomyces strain was able to cause necrosis in the root system
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Korek, Mahmoud-Abdallah. "Formulation explicite de l'effet de rotation de la fonction d'onde de vibration-rotation d'une molécule diatomique : les fonctions harmoniques de rotation." Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO10176.
Анотація:
Definition des fonctions harmoniques de rotation, solutions des equations rotationnelles de schroedinger, en utilisant les fonctions canoniques de vibration-rotation. Calcul des constantes de rotation et de distorsion par des fonctions aux valeurs propres ou par des expressions analytiques exactes. Des expressions des integrales de recouvrement et des facteurs de franck condon sont trouvees en separant l'effet de vibration de celui de rotation
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Laghdir, Abdelouahed. "Etude énergétique des polarons et bipolarons dans le polythiophène : importance des effets coulombiens." Montpellier 2, 1990. http://www.theses.fr/1990MON20194.
Анотація:
Dans ce travail, on determine les effets de l'interaction e-e et de l'attraction du dopant, sur les proprietes electroniques du polaron et du bipolaron dans le polythiophene. Cette etude realisee dans le cadre de l'approximation de huckel montre que dans tous les cas que les bipolarons sont energetiquement stables par rapport a la capture directe d'electrons de la bande de valence. On montre egalement que la contribution du potentiel coulombien repulsif du a la double charge du bipolaron est suffisamment faible pour empecher sa decomposition en polarons. Nous avons etudie aussi l'influence des interactions e-e par un calcul auto-coherent base sur le modele de hubbard. Lorsque l'on tient compte des interactions e-e, l'energie des deux niveaux associes au bipolaron diminue ainsi que les transitions optiques de la bande de valence vers ces niveaux. Ces variations sont importantes et doivent etre prises en compte pour l'interpretation du spectre d'excitation des defauts
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Grange, Magali. "Optimisation moléculaire des fonctions anti-tumorales des LT CD8." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM4059.
Анотація:
Les traitements par immunothérapie adoptive actuels sont compromis par une faible infiltration et expansion des LT CD8 injectés. Les travaux antérieurs de l'équipe ont montré une synergie entre les signaux du TCR et du récepteur à l'IL-2 pour la différenciation en Lymphocytes T (LT) effecteurs compétents, un effet qui peut être mimé par une forme constitutivement active du facteur de transcription STAT5 (STAT5CA). Mon projet de thèse à viser à exprimer ce STAT5 actif dans des LT CD8 anti-tumoraux dans le but d'augmenter leur réactivité. Nous démontrons que STAT5CA soutient l'expression de gènes contrôlant la migration, la survie, la composition des granules cytolytiques, la sécrétion de cytokines de type Tc1 (IFNy/TNFα) et leur potentiel de réponse secondaire. Les LT modifiés par STAT5CA sur-expriment les facteurs de transcription T-bet et Eomes qui sont associés respectivement à la différenciation en LT effecteur mémoire et central mémoire. Le potentiel cytolytique et migratoire des LT modifiés par STAT5CA rend ces cellules plus efficaces que des LT contrôlent pour induire une régression tumorale dans des modèles de mélanome transplanté ou induit (modèle TiRP). Ces résultats suggèrent une résistance accrue aux mécanismes d'immunosuppression intra-tumoraux. Contrairement aux LT contrôles, les LT modifiés par STAT5CA sous-expriment l'IL-6Rα et le TGFβRII et ont une moindre sensibilité à l'action immunosuppressive des cytokines IL-6 et TGFβ1Adoptive therapies are compromised by poor infiltration and expansion of injected CD8 T cells. Previous work in our team has demonstrated that signals from TCR and IL-2 receptor are acting in synergy to promote the differentiation of CD8 T cells. Moreover, this IL-2 effect can be mimicked by a constitutive active form of STAT5 (STAT5CA). During my PhD, I expressed this active STAT5 in anti-tumor CD8 T cells in order to enhance their activity. We demonstrated that STAT5CA sustains gene expression involved in migration, survival, cytolytic granules composition, Tc1 cytokine secretion (IFNy/TNFα) and secondary response potential. T cells transduced with STAT5CA up-regulate expression of the transcription factors T-bet and Eomes which are involved respectively in effector or central memory T cell differentiation. Cytolytic and migratory properties of STAT5CA T cells contribute to their capacities to induce regression of both transplanted and induced (TiRP model) melanomas, while control T cells were inefficient. Those results suggest that STAT5CA T cells are less sensitive to tumor-derived immunosuppression. Compared to control T cells, STAT5CA T cells show a down-regulation of IL-6Rα and TGFβRII which correlate with their decreased sensitivity to IL-6 and TGF1 derived immunosuppression. Moreover, STAT5CA T cells infiltrate lung, liver and pancreas which open possible treatments for highly frequent tumors that are not efficiently cured
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Couvineau, Pierre. "Études structure-fonction par modélisation moléculaire et mutagénèse dirigée de cibles thérapeutiques potentielles impliquées dans la régulation de l'équilibre hydrique et des fonctions cardiovasculaires." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2017. http://www.theses.fr/2017USPCB133/document.
Анотація:
Ces travaux de thèse s'articulent autour de deux projets : les études structure-fonction de l'aminopeptidase A, d'une part, et celles du récepteur de l'apéline, d'autre part. I/ L'aminopeptidase A (APA, EC 3.4.11.7) est une aminopeptidase monozinc membranaire qui, dans le cerveau, produit l'angiotensine (Ang) III à partir de l'Ang II. L'Ang III est l'un des principaux peptides effecteurs du système rénine-angiotensine cérébral qui exerce un effet stimulateur tonique sur le contrôle central de la pression artérielle chez le rat hypertendu. Ainsi le blocage de l'APA par un inhibiteur spécifique et sélectif, l'EC33 ou sa prodrogue, le RB150, normalise la pression artérielle dans deux modèles expérimentaux d'hypertension artérielle (HTA). L'APA constitue une cible thérapeutique potentielle pour le traitement de l'HTA qui justifie le développement de nouveaux inhibiteurs de cette enzyme plus puissants et plus sélectifs que l'EC33 et avec un profil pharmacodynamique et pharmacocinétique amélioré par rapport au RB150. Pour cela, nous avons construit un modèle tridimensionnel (3D) de l'APA sur la base de la structure cristallographique de l'APA humaine récemment publiée. Nous avons ensuite validé ce modèle par des études structure-fonction par modélisation moléculaire et mutagénèse dirigée en démontrant l'implication, d'un résidu du sous-site S1 dans la spécificité de substrat acide de l'APA et de deux résidus formant le sous-site S2' interagissant avec le résidu P2' acide d'inhibiteurs tripeptidiques précédemment développés dans le laboratoire.II/ L'apéline est le ligand naturel du récepteur orphelin humain APJ (ApélineR), un récepteur à sept domaines transmembranaires couplé aux protéines G. L'apéline et son récepteur sont impliqués dans le maintien de l'équilibre hydrique et des fonctions cardiovasculaires. L'ApélineR constitue une cible thérapeutique potentielle dans le traitement de l'insuffisance cardiaque et des rétentions hydriques. Etant donné que la demi-vie de l'apéline dans la circulation sanguine est de l'ordre de la minute, l'objectif est de développer des analogues de l'apéline métaboliquement stables. Pour développer de tels composés, nous avons entrepris de comprendre comment l'apéline se lie à son récepteur et comment elle l'active. Dans ce but, nous avons construit un modèle 3D de l'ApélineR basé sur la structure cristallographique du récepteur aux chimiokines, CXCR4. Nous avons validé ce modèle par des études structure-fonction par modélisation moléculaire et mutagénèse dirigée. Nous avons identifié à la surface du récepteur, les résidus acides des boucles extracellulaires qui interagissent avec les résidus basiques de l'apéline. Nous avons ensuite développé des analogues de l'apéline-17 (K17F) métaboliquement stables par deux stratégies différentes. Premièrement, nous avons substitué chacun des résidus de l'apéline par son énantiomère de la série D ou par un acide aminé synthétique. Deuxièmement, nous avons ajouté une chaîne fluoroalkyle à l'extrémité N-terminale de l'apéline. Ces deux stratégies ont permis d'obtenir plusieurs composés dont les plus actifs sont le P92 et le LIT01-196 qui conservent des propriétés pharmacologiques identiques à celles de K17F et qui présentent une demi-vie plasmatique largement supérieure à celle du peptide endogène. Ces deux analogues se sont révélés particulièrement actifs in vivo avec une capacité à diminuer la pression artérielle et à réduire la sécrétion de vasopressine dans le sang conduisant à une augmentation de la diurèse aqueuse. Les modèles 3D validés de l'APA et de l'ApélineR seront utilisés pour des campagnes de criblage in silico de chimiothèques virtuelles afin de découvrir de nouveaux inhibiteurs de l'APA et des agonistes de l'ApélineR qui pourraient conduire à terme à de nouveaux candidats-médicaments. Ces composés pourraient être utiles pour le traitement de l'HTA et de l'insuffisance cardiaqueThe doctoral work was divided in two parts, one on the structure-function studies of aminopeptidase A, and the second one, on those of the apelin receptor. I/ Aminopeptidase A (APA) is a membrane bound monozinc aminopeptidase which generates, in the brain, angiotensin (Ang) III from Ang II. Ang III is one of the main effector peptides of the brain renin-angiotensin system, which exerts a tonic stimulatory action on the control of blood pressure in hypertensive rats. Thus, the blockade of brain APA by a specific and selective inhibitor, EC33 or its prodrug, RB150, normalizes blood pressure in two animal models of arterial hypertension (HTA). APA constitutes a potential therapeutic target for the treatment of HTA that justifies the development of more potent and selective APA inhibitors than EC33, with enhanced pharmacodynamic and pharmacokinetic profiles when compared to RB150. With this aim, we built a three dimensional (3D) model of APA based on the recently published crystal structure of human APA. We validated this model by structure-function studies combining molecular modeling and site-directed mutagenesis demonstrating the crucial role of one residue in the S1 subsite responsible for substrate specificity of APA for N-terminal acidic amino-acid residues and two other residues constituting the S2' subsite of APA involved in the binding of the P2' acidic residue of tripeptidic inhibitors, previously developed in the laboratory. II/ Apelin is the endogenous ligand of the human orphan receptor named APJ (ApelinR), a G protein-coupled receptor. Apelin and ApelinR are involved in the control of body fluid homeostasis and cardiovascular functions. ApelinR constitutes a potential therapeutic target for the treatment of heart failure and water retentions. Given that apelin half-life in the blood circulation is in the minute range, we aimed to develop potent metabolically stable apelin analogs.. In this context, it is necessary to understand how apelin binds to ApelinR and how it is activated. To do so, we build a 3D model of ApelinR based on the crystal structure of the chemokine receptor, CXCR4. We validated this model by structure-function studies by molecular modeling and site-directed mutagenesis. We showed that apelin interacts with the receptor through interactions between the basic residues of the peptide and the acidic residues of the ApelinR, located in the extracellular loops. ,We then developed metabolically stable apelin-17 (K17F) analogs following two different strategies. First, we substituted each residue of K17F by its D-isomer or a synthetic amino-acid. Secondly, we added a fluoroalkyl chain at the N-terminal part of K17F. These two strategies allowed to significantly improve plasma half-life of the modified peptides for several hours without modifying their pharmacological properties as compared to K17F. Two apelin metabolically stable analogs, P92 and LIT01-196, were found to have significantly higher in vivo activity than K17F with a strong capacity to decrease blood pressure and to inhibit vasopressin release in the blood stream inducing an increased aqueous diuresis. These new validated 3D models will be now used to perform in silico screening of virtual chemical libraries to discover new APA inhibitors and ApelinR agonists that could ultimately lead to new drug candidates. These compounds could be useful for the treatment of HTA and heart failure
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Khouzami, Roger. "Synthèse et caractérisation physicochimique de tamis moléculaires de type aluminophosphate." Lyon 1, 1989. http://www.theses.fr/1989LYO10082.
Анотація:
La synthese de materiaux microporeux de type aluminophosphate alpo#4-11 (structure monodimensionnelle a canaux elliptiques de dimension se situant entre 0,6 et 0,62 nm) a ete realisee au cours de ce travail ainsi que l'incorporation de differents elements (si, fe, zn) dans la charpente de ces composes. Plusieurs modes de preparation ont ete utilises et differents parametres (nature des agents structurants, ph,. . . Ont ete etudies. L'influence de la teneur de l'element incorpore et plus particulierement du silicium sur la cristallinite et la structure a ete determinee par diffraction des rayons x (methode de rietveld). Cette meme technique et la resonance magnetique nucleaire a l'angle magique ont permis de localiser les molecules d'eau adsorbee a proximite de sites bien definis de la structure. Les proprietes catalytiques engendrees par la presence du silicium se sont revelees etre celles de sites acides de force moyenne, ainsi que le confirment les mesures d'acidite par tpd=nh#3 et par spectroscopie infrarouge. En raison de leur structure poreuse et de leur acidite, ces materiaux pourraient etre utilises comme supports de phases actives pour d'autres reactions mono ou bifonctionnelles
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Maingault, Laurent. "Insertion d'ions magnétiques dans les boîtes quantiques de semiconducteurs II-VI." Phd thesis, Grenoble 1, 2006. http://www.theses.fr/2006GRE10263.
Анотація:
L'insertion de nombreuses impuretés magnétiques dans des matériaux semiconducteurs massifs permet d'obtenir un comportement ferromagnétique. D'autre part, les boîtes quantiques confinent les porteurs dans les trois dimensions, permettant un contrôle individuel de chacun. Le travail présenté ici concerne l'insertion d'une unique impureté magnétique (Manganèse) dans une seule boîte quantique de semiconducteur II-VI. Cet objet permet l'étude directe, par des moyens expérimentaux relativement simples, de l'interaction entre l'impureté magnétique et un porteur confiné dans la boîte quantique. De manière uniquement optique, le spin de l'impureté peut être contrôlé et détecté. Cela en fait un candidat possible pour réaliser un codage quantique de l'information. La réalisation de ces échantillons, en épitaxie par jets moléculaires, est d'abord détaillée. La ségrégation du Mn au cours de la croissance est utilisée pour réduire la densité d'atomes Mn tout en la contrôlant. Des expériences de micro-spectroscopie optique permettent de valider cette méthode. Ensuite, une étude fine de l'interaction impureté-porteur est réalisée. Les spectres expérimentaux sont analysés à l'aide d'un modèle simple des fonctions d'onde des porteurs dans la boîte. Des valeurs quantitatives de cette interaction sont données en tenant compte de la position de l'impureté dans la boîte ainsi que de sa réduction, induite par le confinement des porteurs. Finalement, les possibilités pour contrôler cette interaction sont présentées: la modification de l'interaction par l'ajout de porteurs dans la boîte quantique, puis une augmentation possible de cette interaction grâce à un meilleur confinement des trousInserting magnetic impurities into semiconductor bulk materials leads to a ferromagnetic behavior. On the other hand, quantum dots confine carrier in all the space directions, allowing their individual control. This work deals with the insertion of a single magnetic impurity into a single II-VI semiconductor quantum dot. A straight-forward study of this interaction is performed with simple experimental set-ups. : a single spin can be detected and controlled with only optical means. This makes this system a candidate for a quantum-bit. Molecular Beam Epitaxy sample growth first presented. Manganese segregation along the growth is used to reduce, and still control, Mn density to a very low value. Optical micro spectroscopy experiments assess this method. Then, a fine study of the interaction between the impurity and carrier in the quantum dot is achieved. Experimental spectra are analyzed with the help of a simple modelisation of the wavefunction of the carriers confined in the dot. Quantitative values of this interaction are shown, including the effect of the impurity position in the dot and its confined-induced reduction. Finally, some possibilities to control this interaction are presented: its modification with the adding of carriers into the dot, and its increase with a better hole confinement
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Moncoq, Karine. "Structure-fonction des différents domaines des adaptateurs moléculaires Grb14 et Grb7." Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077174.
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Zwaenepoel, Ingrid. "Approche moléculaire des surdités héréditaires et de la fonction auditive." Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077192.
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Duchaîne, Thomas. "Dynamique moléculaire et fonctions des protéines Stau1 et Stau2 chez les mammifères." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 2002. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk3/ftp05/NQ65703.pdf.
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Eloutassi, Omar. "Etude fine de quelques liquides moléculaires purs en fonction de la température." Bordeaux 1, 1993. http://www.theses.fr/1993BOR10608.
Анотація:
L'etude fine en fonction de la temperature par diffusion rayleigh-brillouin et rayleigh depolarise, de liquides moleculaires purs, non polaires (benzene et hexafluorobenzene) et polaire (quinoleine) par apparaitre un comportement anormal dans des petits domaines, tres precis et reproductibles de temperatures, dans l'evolution de grandeurs physiques mesurees par ces techniques (vitesse du son v#s, rapport landau-placzek, rapport des intensites depolarisee/polarisee et temps de reorientation moleculaire)
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Bassano, Vincent. "Formalisation des réseaux de régulations biologiques." Evry-Val d'Essonne, 2004. http://www.biblio.univ-evry.fr/theses/2004/Interne/04EVRY0025.pdf.
Анотація:
L'un des enjeux émergents de la biologie moléculaire est la modélisation. Parmi les paradigmes principaux de modélisation se rencontre une approche initiée par le biologiste R. Thomas qui concerne les réseaux de régulations biologiques (RRB). Ici, nous en fixons des définitions formalles génériques, dont on extrait des cadres de modélisation. Après une première définition "semi-formelle" (chapitre 2) nous présentons la spécification de cadres génériques (chapitre 3) en se basant sur des graphes bipartis. Nous décrivons notre approche par : la description de la topologie (chapitre 4) ; les paramétrisations et les marquages (chapitre 5) ; une sémantique généralisée des dynamiques (chapitre 6). Au chapitre 7, nous explicitons une méthode pour formaliser la topologie booléenne d'un réseau sous la forme d'un système d'équations booléennes. C'est un aspect novateur de notre travail qui justifie l'utilisation de graphes bipartis pour la modélisation des RRBModelling is emerging in molecular biology as one of the main issues. The modelling of biological regulatory networks (BRN) can be achieved using R. Thomas method. Here we describe a formal generic approach to extract frameworks derived from this method. After a semi-formal definition of it (chapter 2), we formally present our generic approach based on bipartite graphs (chapter 3). We successfully describe : topology (chapter 4) ; parametrisation and marking (chapter 5) ; and a generalised semantic for the dynamics (chapter 6). In chapter 7 we describe a method to formalise boolean topology as a set of logical equations, thus justifying our use of bipartite graphs
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Rouhana, Sarah. "Etude cellulaire et moléculaire de l'insuffisance cardiaque à fonction systolique préservée." Thesis, Montpellier, 2018. http://www.theses.fr/2018MONTT067/document.
Анотація:
L'insuffisance cardiaque à fraction d’éjection préservée (IC/FEp) constitue un problème de santé croissant. Elle pourrait devenir la principale cause d'IC d'ici une décennie. C’est une pathologie associée à un taux élevé de morbidité et de mortalité. La prise en charge thérapeutique de l’IC/FEp reste limitée en raison de sa physiopathologie encore mal élucidée. Dans le présent travail, après avoir mis au point un modèle d’IC/FEp sur le rat adulte mâle et l’avoir caractérisé, nous avons évalué le phénotype fonctionnel et l’homéostasie calcique des cardiomyocytes. Les cœurs de ces animaux ont montré une fraction d’éjection supérieure à 50%, associée à une congestion pulmonaire, une hypertrophie concentrique avec une augmentation de la masse du ventricule gauche, une rigidité myocardique, une relaxation et un remplissage ventriculaire passif altérés et une dilatation auriculaire. Au niveau cellulaire, la contraction mesurée sur des cardiomyocytes isolés ainsi que le transitoire calcique sont augmentées. On note, de même, une surcharge en Ca2+ diastolique favorisée par une fuite à travers les canaux Ryanodine 2 et par un dysfonctionnement de l’échangeur Na+ /Ca2+ qui contribuent à générer des événements calciques spontanés. La phosphorylation du phospholamban, régulateur de l’activité de la SERCA2a, a également augmenté, laissant suggérer une compensation adaptative du cycle de Ca2+. Enfin, en présence de Ranolazine, inhibiteur du courant sodique soutenu, les évènements calciques spontanés ont été réprimés. En conclusion, le remodelage cardiaque dans l’IC/FEp semble être diffèrent de celui observé dans l’IC/FEr et ouvre la voie vers de nouveaux acteurs physiopathologiques et thérapeutiquesHeart failure with preserved ejection fraction (HFpEF) is a growing health problem. It could become the leading cause of HF within a decade. It is a pathology associated with high morbidity and mortality. Therapeutic options are limited due to a lack of knowledge of the pathology and its evolution. In this work, we investigated the cellular phenotype and Ca2+ handling in hearts recapitulating HFpEF criteria. HFpEF was induced in a portion of male Wistar rats four weeks after abdominal aortic banding. These animals had nearly normal ejection fraction and presented elevated blood pressure, lung congestion, concentric hypertrophy, increased LV mass, wall stiffness, impaired active relaxation and passive filling of the left ventricle, enlarged left atrium, and cardiomyocyte hypertrophy. Left ventricular cell contraction was stronger and the Ca2+ transient larger. Ca2+ cycling was modified with a RyR2 mediated Ca2+ leak from the sarcoplasmic reticulum and impaired Ca2+ extrusion through the Na+ /Ca2+ (NCX), which promoted an increase in diastolic Ca2+ and spontaneous Ca2+ waves. PLN phosphorylation which promotes SERCA2a activity, was increased, suggesting an adaptive compensation of Ca2+ cycling. In the presence of Ranolazine, a sustained sodium current inhibitor, spontaneous Ca2+ events were suppressed. Cardiac remodeling in hearts with a HFpEF status differs from that known for HFrEF and opens the way to new pathophysiological and therapeutic actors
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Maurizy, Chloé. "Rôle moléculaire de RPAP3 et fonction dans la physiologie de l'intestin." Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT149/document.
Анотація:
La protéine chaperon HSP90 a de nombreux substrats par les voies de signalisations. Son inhibition engendre un effet tumoral. L'identification du complexe R2TP,un nouveau cochaperon d'HSP90, a mis en évidence de nouveaux substrats. Le système HSP90/R2TP est impliqué dans l'assemblage de complexes macromoléculaires ( PIKKs, Télomérase RNP, ARN polyméras, snoRNP) jouant un rôle clé dans la prolifération cellulaire et la tumorigénèse. Le R2TP est composé de 4 protéines : RUVBL1, RUVBL2, RPAP3 et PIH1D1 dont certains sont surexprimés dans les cancers hépatocellulaires ou colorectaux. Afin d'étudier le rôle du R2TP dans l'homéostasie intestinale et la carcinogénèse, nous avons généré un modèle d'invalidation de RPAP3 chez la souris. L'invalidation de RPAP3 dans l'organisme entier est létale. Son invalidation à l'âge adulte uniquement dans l'intestin entraine une phénotype sévère en 8jours aboutissant à la mort des individus à 10jours. En parallèle, nous avons étudié le rôle potentiel de RPAP3 dans la tumorigénèse intestinale et colorectale avec deux modèles d'induction , génétique avec l'invalidation du gène APC et chimique avec le protocole AOM/DSSMany substrates of HSP90 are involved in signal transduction pathways and related to tumour progression. Inhibition of HSP90 has anti-tumoral effects. Identification of the R2TP, a new HSP90 co-chaperon, allowed the identification of a new set of HSP90 substrates. HSP90/R2TP is involved in the assembly of snoRNPs, telomerase RNP, the nuclear RNA polymerases and PIKKs, which play key functions in cellular proliferation and tumorigenesis. R2TP is formed of four proteins: RUVBL1, RUVBL2, PIH1D1 and RPAP3, some of which are overexpressed in hepatocellular and colorectal cancer. We thus hypothesize that the co-chaperone R2TP could be involved in colorectal carcinogenesis.To study the role of R2TP in intestinal homeostasis and carcinogenesis, we generated a conditional knock-out murine model for RPAP3. We showed that RPAP3 invalidation in whole organism or only in colon is lethal at embryonic stage. The invalidation of RPAP3 in adult intestine, using an inducible recombinase (RPAP3 fl; Villin>Cre-ERT2), leads to a drastic phenotype as soon as 8 days post-induction, resulting in death after 10 days. This phenotype is reminiscent of proliferative defects.In parallel, we address the possibility of a therapeutic window to target RPAP3 during intestinal tumorigenesis by using heterozygous animals (RPAP3 fl/+; Villin>Cre-ERT2 ) in which tumorignesis is induced (i) either by a chemical treatment : for this, we take advantage of the established AOM /DSS protocol, or, (ii) by a genetic one ( Apc LoxP/+).These ongoing experiments will address the role of R2TP in a tissue with a constant turnover and the relevance of R2TP in tumorigenesis
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Soares, Manuel. "Les Fonctions d'Airy en physique atomique et moléculaire : applications à l'inversion des facteurs de Franck-Condon et au chaos semiclassique." Orléans, 1995. http://www.theses.fr/1995ORLE2064.
Анотація:
Dans une première partie, nous présentons une synthèse de résultats concernant les fonctions d'Airy, puis l'approximation uniforme d'Airy, qui permet d'approcher semiclassiquement des fonctions d'ondes exactes avec un très bon degré d'approximation. Dans une seconde partie, nous proposons une méthode d'inversion exacte des facteurs de Franck-Condon, pour des transitions lié-libre. Cette méthode permet, à partir de la connaissance d'un facteur de Franck-Condon pour toutes les énergies et du potentiel d'un été libre d'obtenir la fonction d'onde de l'autre état. De là, nous déduisons le potentiel inconnu, et s'il y a lieu, les niveaux d'énergie des états liés. Cette méthode d'inversion est appliquée à l'inversion d'un spectre simulé numériquement. Dans une troisième partie, nous abordons le problème du chaos quantique, par le biais de la mécanique semiclassique. Pour ce faire, nous étudions l'équivalent quantique d'une densité de l'espace des phases : la distribution de Wigner. L'utilisation de l'aproximation uniforme d'Airy permet d'obtenir une expression semiclassique et analytique de cette distribution. Celle-ci tend naturellement, à la limite classique, vers la distribution microcanonique. Il semblerait d'autre part que la distribution de Wigner puisse présenter, même dans un cas simple, une complexité apparente qui n'implique aucunement la présence d'un comportement irrégulier ou chaotique, ce qui contredirait alors une des conjectures de Berry.
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Farre, Yoann. "Conception de nouveaux matériaux moléculaires pour l'élaboration de cellules photovoltaïques hybrides de type p à colorant." Thesis, Nantes, 2016. http://www.theses.fr/2016NANT4050/document.
Анотація:
Les travaux présentés dans cette thèse ont pour objectif de contribuer au développement des cellules photovoltaïques hybrides employant un colorant organique pour sensibiliser un semi-conducteur de type p (NiO). Ces travaux de recherche ont porté sur la synthèse, l’étude théorique par des calculs DFT, les caractérisations physico-chimiques (absorption, émission, électrochimie et spectro-électrochimie) et les mesures photovoltaïques de sensibilisateurs innovants. Des modulations de structures sur la base du motif dicétopyrrolopyrrole (DPP) ont permis d’étudier l’influence d’une entité électrodonneuse ainsi que le rôle crucial de différents groupes électroaccepteurs sur la durée de vie de l’état à charges séparées (NiO+/colorant-) et sur les performances photovoltaïques. L’intensification et l’élargissement des bandes d’absorption de nouveaux colorants fondés sur cette même famille de sensibilisateur (DPP) ont accru considérablement la densité de courant. L’étude de nouveaux matériaux organiques de type donneur-accepteur et l’application d’une stratégie employant deux groupes accepteurs successifs de forces croissantes ont été réalisées. Cette partie a mis en lumière la nécessité de développer de nouveaux groupes électrodonneurs et fonctions d’ancrage mieux adaptées aux p-DSSC. Cette problématique a été abordée par la conception de colorants de type pérylène-monoimide dont la structure varie uniquement par la nature de la fonction d’ancrage. Ces colorants ont été testés dans des cellules sur des cathodes poreuses de NiO et de CuGaO2 et ont pu montrer que la fonction hydroxyquinoline conduit à des performances photovoltaïques supérieures à la fonction acide carboxyliqueThis thesis aims at contributing to the development of dye sensitized solar cells (DSSC) that are based on an organic dye and a p-type semi-conductor as photocathode such as NiO. In this context, these studies focus on the synthesis, the theoretical study by DFT calculations, the physicochemical characterizations (absorption and emission spectra, electrochemistry and spectroelectrochemistry) and photovoltaic characterizations of these innovative sensitizers. Structure modulations on a diketopyrrolopyrrole dye (DPP) investigate the influence of an electron-donating group and the crucial role of different electron-withdrawing groups on the lifetime of the charge separation state (NiO+/dye-) and on the photovoltaic performances. Enhancement and broadening of the absorption bands with new sensitizers have enabled to considerably increase the photocurrent density and to reach among the highest values reported in the literature with the best dyes. Synthesis of new organic push-pull dyes and the application of a strategy using two successive electron-withdrawing groups of growing strengths have been realized. This part highlights the necessity to develop new electron-donating and anchoring groups for p-type dye sensitized solar cells. This point issue was investigated in the final chapter of this thesis by the design of new perylene monoimide sensitizers, whose structures only differ by the nature of the anchoring group (CO2H, acac, PO3H2, hydroxyquinoline…). These dyes were investigated in DSSCs with porous cathode made of NiO or CuGaO2. It was shown that the binding group hydroxyquinoline gives higher photovoltaic performances than the classical carboxylic acid group
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Brunet, Jean-François. "Transcrits associés au phénotype lymphocytaire T cytolytique : approche moléculaire d'une fonction complexe." Aix-Marseille 2, 1987. http://www.theses.fr/1987AIX22089.
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Jéru, Isabelle. "Physiopathologie des fièvres récurrentes héréditaires : approches moléculaires et cellulaires." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066119.
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Dupuis, Morgan. "Susceptibilté et résistance à l'hypertension : mécanismes moléculaires impliqués au niveau de la paroi artérielle." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066358.