Дисертації: "Facteur de transcription CHOP"

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Loinard, Céline. "Rôle des facteurs de transcription HIF et CHOP-10 dans le processus de néovascularisation post-ischémique." Paris 5, 2009. http://www.theses.fr/2009PA05P640.

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Анотація:

Le développement de stratégie thérapeutique stimulant la formation de nouveaux vaisseaux reste un challenge clinique majeur dans le traitement des pathologies ischémiques. Nous avons mis en évidence le potentiel thérapeutique du «silencing» des prolines hydroxylases (PHD), par shRNA, au niveau du territoire ischémique dans un contexte nondiab et diab. Cette inhibition spécifique et transitoire de la PHD ciblée se traduit par une forte augmentation de HIF-1a, VEGF, NOSe et également par une amplification du recrutement des macrophages dans le muscle ischémié stimulant ainsi le processus de néovascularisation. Finalement, la co-administration de shHIF-1a et shPHD3 abroge les effets induits par shPHD3 démontrant ainsi que l’activation de HIF-1a soustend la néovascularisation. Ces travaux démontrent que l’inhibition des PHD peut être considéré comme une nouvelle stratégie de néovascularisation thérapeutique. Nous avons également montré que CHOP-10 inhibe le processus de néovascularisation post-ischémique et le potentiel pro-angiogénique des BM-MNC. CHOP-10 est fortement augmenté après l’ischémie et l’induction du diabète dans le muscle et les BM-MNC. Les souris KO CHOP-10 nondiab et diab présentent une augmentation de la NOSe et une réduction du nombre de cellules apoptotiques dans le muscle ischémique et les BM-MNC, qui se traduit par une augmentation du processus de néovascularisation. In vitro, nous démontrons que CHOP-10 régule négativement le promoteur de la NOSe. D’ailleurs les souris invalidées pour CHOP-10 et NOSe présentent un déficit de néovaisseaux dans le territoire ischémique. Cette étude identifie le facteur de transcription CHOP-10 comme un important modulateur de la formation et de la maturation des vaisseaux
Therapeutic angiogenesis is viewed as a highly promising strategy to ensure revascularization of ischemic tissues by promoting the growth of new vessels or the maturation of pre-existing ones. First, we investigated whether inhibition of PHD via upregulating HIF might promote post-ischemic neovascularization. PHDs silencing induced a specific and transient downregulation of their respective mRNA and protein levels and as expected upregulated HIF-1a. As a consequence levels of pro-angiogenic and pro-arteriogenic actors were enhanced leading to activation of post-ischemic inflammatory response and neovascularization. Of interest, co-administration of shHIF-1a with shPHD3 abrogated shPHD3-related effects suggesting that activation of HIF-1a-dependent pathways mediated the pro-angiogenic effects of PHD silencing. Inhibition of PHD activated endogenous HIF-a signaling and subsequently promoted post-ischemic neovascularization. Second, we analyzed the role of CHOP-10 in postnatal neovascularization. In skeletal muscle and BM-MNC, CHOP-10 was upregulated by ischemia and diabetes. Neovascularization process was increased in nondiab and diab CHOP-10 KO mice. This effect was associated with a reduction in the number of apoptotic cells and an upregulation of eNOS levels. In line with these results, overexpression of CHOP-10 inhibited basal transcriptional activation of the eNOS promoter. Interestingly, enhanced post-ischemic neovascularization in CHOP-10 KO was fully blunted in CHOP-10/eNOS KO mice. This study identifies CHOP-10 as an important transcription factor modulating vessel formation and maturation

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Carrière-Pazat, Audrey. "Les espèces actives de l'oxygène d'origine mitochondriale : un élément clé dans le contrôle du développement du tissu adipeux blanc." Toulouse 3, 2005. http://www.theses.fr/2005TOU30003.

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Анотація:

La mitochondrie est un des sites majeurs de la production d'espèces actives de l'oxygène (EAOs). Les EAOs participent au contrôle du devenir cellulaire et agissent comme de véritables seconds messagers. Le but de notre travail a été de démontrer l'implication des EAOs mitochondriales dans le contrôle du développement du tissu adipeux blanc. A l'aide d'approches pharmacologiques, nous avons démontré que les EAOs mitochondriales contrôlent la prolifération des précurseurs adipocytaires ainsi que leur différenciation en adipocytes. Le facteur de transcription CHOP-10 est une cible critique des EAOs mitochondriales et pourrait jouer un rôle clé dans l'inhibition de la différenciation. Cette voie de signalisation EAOs mitochondriales/CHOP-10 est en partie responsable des effets de l'hypoxie sur la différenciation adipocytaire. Ces résultats démontrent que la production d'EAOs mitochondriales doit être considérée comme un élément de contrôle dans le développement du tissu adipeux blanc
Mitochondria are the main site of reactive oxygen species (ROS) generation. When moderately produced, they function as physiological signaling molecules. The present study therefore tested the implication of mitochondrial ROS in the control of white adipose tissue development. Pharmacological manipulations of mitochondrial ROS generation demonstrate that they negatively control preadipocyte proliferation and also their differentiation into adipocytes. Moreover, the transcription factor CHOP-10 is a specific target of mitochondrial ROS and could be responsible for their effects on adipocyte differentiation. This signaling pathway involving mitochondrial ROS and CHOP-10 triggers hypoxia dependent effects on adipocyte differentiation. Taken together, these data demonstrate that mitochondrial ROS should be considered as antiadipogenic signaling molecules

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Manuel, Martine. "Recherche des cibles du facteur HSF2 chez la souris." Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077115.

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Maurel, Sébastien. "Rôle des protéines de choc thermique dans la régulation du facteur de transcription HIF." Phd thesis, Université de Bourgogne, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00704624.

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Анотація:

HIF1α et HIF2α sont des protéines largement impliquées dans le développement de pathologies posant des problèmes majeurs de santé publique, comme le cancer. Leur activité, qui est régulée prioritairement par leur stabilité via le système ubiquitine-protéasome, coordonne de nombreux processus cellulaires susceptibles de favoriser le développement de ces maladies. Un enjeu récent de la recherche thérapeutique est d'identifier des partenaires protéiques pouvant réguler les protéines HIFα, afin de mettre au point des thérapies ciblées. Les protéines de choc thermique (HSPs) sont une classe de protéines dont une des fonctions essentielles est de réguler l'homéostasie protéique dans la cellule, en interagissant avec le protéasome. Certaines d'entre elles, HSP27 et HSP90, ont la faculté de pouvoir réguler spécifiquement la stabilité de nombreuses protéines souvent elles-mêmes impliquées dans l'apparition de ces pathologies. L'objectif de ce travail était de savoir si ces deux HSPs peuvent contrôler la stabilité de la protéine HIF2α. Nos résultats suggèrent qu'HSP27 pourrait stimuler la dégradation de HIF2α en favorisant son ubiquitination. Ce résultat est surprenant, en raison du rôle connu d'HSP27 dans la progression tumorale. Il est donc nécessaire de le confirmer et d'en préciser les processus biologiques sous-jacents. D'autre part, nos autres résultats semblent confirmer qu'HIF2α est une protéine cliente d'HSP90. De plus, nous montrons pour la première fois que l'inhibition d'HSP90 par le 17-DMAG diminue la production de VEGF dépendante de HIF2α. Des travaux récents suggèrent qu'HIF2α a un rôle prédominant dans la progression tumorale, et peut constituer une cible globale de choix dans plusieurs types de cancer. Il conviendrait d'évaluer la capacité des inhibiteurs d'HSP90 à supprimer des fonctions de HIF2α nouvellement décrites, comme son rôle dans la maintenance des cellules souches cancéreuses.

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Samuel, Alexander. "Étude génomique des fonctions du facteur de transcription Otx2 dans la rétine de souris adulte." Phd thesis, Université Nice Sophia Antipolis, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00933785.

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Анотація:

Pour comprendre comment les gènes du développement exercent de multiples fonctions temporelles, nous prenons comme modèle le facteur de transcription Otx2. Celui-ci est impliqué dans la gastrulation, le développement de l'œil, du système olfactif, de la glande pinéale, du thalamus et de la région cranio-faciale. Dans la rétine adulte, deux tissus distincts expriment Otx2 : l'épithélium pigmenté (RPE) et la rétine neurale, contenant les photorécepteurs. L'ablation globale du gène Otx2 entraîne la dégénérescence exclusive des photorécepteurs alors qu'elle modifie l'expression de gènes surtout dans le RPE. Ces faits suggèrent un mécanisme non autonome, confirmé par des expériences de gain et perte de fonction restreintes au RPE. Pour approcher les fonctions de la protéine Otx2 dans la rétine neurale et le RPE, une étude à grande échelle de ses cibles génomiques a été menée. Les profils distincts d'occupation du génome du RPE et de la rétine neurale suggèrent des fonctions différentes d'Otx2. Dans la rétine neurale, ce profil est très proche de celui du facteur paralogue Crx, indiquant une redondance fonctionnelle entre Otx2 et Crx. Nous avons émis l'hypothèse qu'une combinatoire de partenaires protéiques différents permet de moduler l'action d'Otx2 en sélectionnant des cibles génomiques distinctes. Pour identifier cette combinatoire in vivo et la corréler aux fonctions exercées par Otx2, nous avons créé une lignée de souris exprimant une protéine de fusion Otx2-TAP-tag à un niveau physiologique. Cet outil permettra la purification des complexes protéiques Otx2 in vivo et leur identification par analyse protéomique.

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Lucas, Alexandre. "GADD45 gamma régule la mort des cellules cardiaques et le remodelage post-infarctus du myocarde." Thesis, Toulouse 3, 2016. http://www.theses.fr/2016TOU30404.

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Анотація:

Le remodelage du ventricule gauche cardiaque post-infarctus est multifactoriel et bien connu. Il est caractérisé par un changement électrophysiologique, une fibrose et une mort des cellules cardiaques. La voie des Mitogen-activated protein kinase (MAPK) et plus particulièrement l'activation de la p38 MAPK est connue pour influencer ses processus et mener à l'insuffisance cardiaque (IC). La Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 (GADD45) est capable d'interagir et de réguler la p38 MAPK. GADD45 a des effets pléiotropiques mais son rôle dans le cœur est encore peu caractérisé. D'après la littérature, les différentes isoformes de GADD45 sont différentiellement exprimées lors d'une cardiomyopathie. Ici, nous avons tout d'abord identifié l'isoforme de GADD45 impliquée lors de l'infarctus du myocarde (IDM) de souris, GADD45ƴ, puis nous avons étudié son impact dans les phases précoces et tardives du développement d'une IC après un IDM. Pour cela nous avons injecté en intraveineuse un vecteur adeno-associated viral (AAV9) codant GADD45 ƴ sous le contrôle du promoteur à la cardiac Troponin T (cTnT). Cette surexpression, mimant la dérégulation de GADD45 ƴ lors d'un IDM, a entrainé une augmentation de la fibrose, de l'apoptose et une dysfonction cardiaque de ces souris menant à une IC. De plus, un KO de GADD45 ƴ a permis de protéger ces souris de lésions dûes à l'ischémie, notamment par une réduction de l'apoptose des cardiomyocytes. Nous démontrons enfin que les mécanismes permettant cette protection mettent en jeu l'activation de la receptor-interacting protein kinase 1 (RIP1) et de la caspase 8 par GADD45 ƴ sous le contrôle de la p38 MAPK. Notre travaille démontre donc que l'accumulation de GADD45 ƴ lors de l'IDM est un élément important dans le développement de l'IC en induisant une apoptose dépendante de la p38 MAPK. Ce travail permet d'envisager GADD45 ƴ comme une cible thérapeutique potentielle de l'IC
Left ventricular post-infarction remodelling is multifactorial and well-known. It is characterized by an electrophysiological change, a fibrosis and a death of the cardiac cells. Mitogen-activated protein kinase (MAPK) pathway and more particularly the activation of p38 MAPK are known to influence its processes and to lead to heart failure (HF). Growth arrest and DNA-damage-inducible 45 (GADD45) is able to interact and control p38 MAPK. GADD45 has pleiotropic effects but its role in the heart is little known. According to the literature, GADD45 isoforms are differentially expressed during a cardiomyopathy. Here, we first to identify the GADD45 isoform who upregulated during myocardial infarction (MI) of mouse, GADD45ƴ, then we studied his impact to the acute and late phases of the development of HF after MI. Intravenous injection of an adeno-associated viral (AAV9) vector encoding GADD45 ƴ under the control of cardiac Troponin T (cTnT) promoter. This surexpression, miming the deregulation of GADD45 ƴ during MI, cause an increase in the fibrosis, apoptose and a cardiac dysfonction of these mice leading to HF. Moreover, KO of GADD45 confers resistance to ischaemic injury, in particular by limiting cardiomyocyte apoptosis. We show finally that the mechanisms allowing this protection involves activation of the receptor-interacting protein kinase 1 (RIP1) and caspase 8 by GADD45 ƴ in a p38 MAPK dependant manner. Our works thus shows that GADD45 ƴ accumulation during MI is a significant component in HF development by inducing cardiomyocyte apoptosis in a p38 MAPK dependant manner. This work identify GADD45 ƴ as a potential therapeutic target in the development of HF

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Sakakini, Nathalie. "Rôle du facteur de transcription EGR1 dans le contrôle de l' autorenouvellement des cellules souches de glioblastomes." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM4071.

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Анотація:

Le glioblastome est la tumeur cérébrale de mauvais pronostic la plus fréquente et la plus agressive. Les traitements actuels combinent la chirurgie à la radio thérapie et la chimiothérapie. Cependant ces traitements sont peu efficaces. Le taux de récidive est élevé et la survie moyenne est de 15 mois.La récidive s'explique en partie par la présence de cellules initiatrices de glioblastomes (CIG). Ces cellules possèdent des propriétés de cellules souches adultes. Elles s'auto-renouvellent en maintenant un pool de cellules tumorales et se différencient en différents types cellulaires. Elles sont aussi résistantes aux thérapies par l'activation de mécanismes d'élimination des molécules destinées à les détruire. L'engagement des CIGs vers un état tumoral différencié diminue fortement leur potentiel tumorigénique les rendant plus vulnérables.Le facteur de transcription EGR1 est impliqué dans des processus biologiques comme la prolifération et la différenciation. Dans les CIG l'expression d'EGR1 est anormalement élevée. Ce niveau diminue lorsque les cellules se différencient. L'expression d'EGR1 est donc corrélée avec un état souche suggérant sa contribution dans la régulation de la prolifération des CIG ou dans le maintien de cet état.Mon objectif est de caractériser le rôle d'EGR1 dans la régulation de l'état proliférant des CIG.Nous avons démontré l'implication d'EGR1 dans une cascade de régulation impliquant le mir18a* et les gènes SHH et GLI1. Il contribue ainsi à l'autorenouvellement, à la prolifération et au maintien de l'état souche des CiGs. De plus en régulant directement le gène PDGFa, EGR1 entretient ce système régulatoire par une deuxième boucle moléculaire
Glioblastoma is the most commun and agressive cerebral tumor. The current treatments combine surgery with chemotherapy and radiotherapy. However these treatments are poor effective. The relapse is frequent and the rate survival is less than 18 months.The relapse is in part due to the presence of glioblastoma initiating cells (GIC). The cells have stem cell properties. They can self-renew to maintain a pool of tumor cells and they can differentiate in different kind of tumor cells. They are also able to resist to the therapies by activating mechanisms of drug efflux. The commitment of GIC toward a differentiated tumor state decreases strongly their tumorigenic potential.EGR1 transcription factor is involved in many biological processes such as proliferation and differentiation. In the GIC EGR1 expression is abnormally elevated. This level decreases when cells are differentiated. EGR1 expression is strongly correlated with stem state suggesting its contribution in the proliferation regulation of GIC or in the maintenance of this state.My aim is to characterize the role of EGR1 in the regulation of proliferating state of the GIC.We have demonstrated the involvement of EGR1 in the pathway involving the mir18a* and the genes SHH and GLI1. It contributes so to the self-renewal, to the proliferation and to the maintenance of the stem state of GIC. In addition by directly regulating the gene PDGFa EGR1 maintains this system by a second molecular loop

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Lakhal, Wassim. "Etude fonctionnelle de trois facteurs de transcription impliqués dans la formation de la paroi secondaire chez le peuplier." Thesis, Orléans, 2013. http://www.theses.fr/2013ORLE2067/document.

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Les facteurs de transcription (FT) de la famille R2R3-MYB chez les plantes jouent un rôle important dans la formation de la paroi secondaire des cellules de bois, que ce soit en activant ou en réprimant leurs gènes cibles au sein d’un réseau régulationnel complexe. Dans ce travail, nous avons utilisé la transgénèse et l’immunoprécipitation de chromatine associée à un séquençage haut-débit (ChIP-SEQ) pour déterminer la fonction de 3 FT R2R3-MYB chez le peuplier. Les peupliers surexprimant MYB090 ont des rayons moins lignifiés ; les tiges présentent une réduction de croissance et de teneurs en lignines. MYB090 régule ses cibles à l’aide d’un motif très conservé, similaire au motif Gamyb. Ses cibles sont impliquées notamment dans la biosynthèse des lignines, cellulose et xylanes, constituants principaux des parois. Les plantes surexprimant MYB221-SRDX et MYB156 présentent une nette réduction de la lignification des parois de leurs fibres, associée à une réduction de croissance. MYB221 semble avoir pour cibles des gènes codant pour des enzymes du métabolisme, ainsi qu’un autre FT de type R2R3-MYB, dont la régulation passe par un motif conservé de type SMRE (Secondary wall MYB-Responsive Element). En conclusion, la combinaison des approches ChIP-SEQ et de transgénèse montre que MYB090 semble être un répresseur transcriptionnel de la lignification, notamment dans les rayons, et de la formation de la paroi secondaire. De même, MYB156 et MYB221 seraient également des répresseurs de la lignification, dans les fibres et les rayons. Cette thèse ouvre des perspectives sur l’établissement de réseaux de régulation transcriptionnelle de la formation de la paroi secondaire
Plant R2R3-MYB transcription factors (TF) play an important role in secondary cell wall formation in wood cells, by activating or repressing their target genes within a complex regulatory network. Here, we used genetic engineering and chromatin immunoprecipitation technique, associated to next-generation sequencing (ChIP-SEQ) to determine the function of 3 R2R3-MYB TF in poplar. Plants overexpressing MYB090 had less lignified parenchyma rays. The stem growth and total lignin content were reduced. MYB090 regulates target genes through a highly conserved motif, similar to Gamyb. Its target genes are involved in lignin, cellulose and xylan biosynthesis, which are the major components of secondary cell wall. Poplars overexpressing MYB221-SRDX and MYB156 showed a decrease in fiber cell wall lignification, and a reduced growth. MYB221 have targets encoding for metabolic enzymes but also for another R2R3-MYB TF. MYB221 recognizes its target genes, most probably through SMRE (Secondary wall MYB-Responsive Element) conserved motif. In conclusion, the combination of ChIP-SEQ and genetic engineering approaches shows that MYB090 seems to be a transcriptional repressor of lignification, especially in parenchyma rays. MYB156 and MYB221 are also negative regulators of secondary cell wall lignification, in fibers and parenchyma rays. This work opens new avenues on the building of transcriptional regulatory networks involved in secondary cell wall formation

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Masson, Florent Le. "Caractérisation des facteurs HSF1 et HSF2 en tant que facteur maternel et régulateur de la réponse au stress." Toulouse 3, 2010. http://www.theses.fr/2010TOU30277.

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Au cours de ma thèse, je me suis intéressé aux facteurs de choc thermique HSFs (Heat Shock Factors) et aux fonctions qu'ils exercent au cours du développement. Mon projet de thèse comportait deux parties principales, la première concernant l'identification des gènes cibles du facteur maternel HSF1, et la seconde concernant les fonctions d'HSF1 et HSF2 au cours du développement précoce. Dans un premier temps, nous avons donc cherché à identifier les gènes cibles du facteur HSF1 par une analyse transcriptomique afin de mieux caractériser sa fonction maternelle dans l'ovocyte de souris. Ainsi, parmi les gènes régulés par HSF1, nous avons observé un enrichissement en gènes impliqués dans la cohésion des chromosomes homologues et des chromatides sœurs et nous avons mis en évidence la présence d'HSF1 sur le promoteur de 4 de ces gènes : Stag2, Stag3, Syce1 et Msh4. Ensuite, nous avons mis en évidence que la réduction de ces gènes dans les ovocytes Hsf1-/- entraine des défauts de progression à travers la prophase I aboutissant à une ségrégation précoce des chromosomes homologues lors de la métaphase I. L'ensemble de ces données montrent qu'HSF1 participe à la coordination de la dynamique des chromosomes au cours de la méiose chez la femelle. La deuxième partie de mon projet de thèse concernait les fonctions exercées par HSF1 et HSF2 au cours du développement précoce. En combinant l'utilisation de lignées transgéniques rapportrices (Hsp70. 1 Luciférase) et de lignées mutantes pour Hsf1 ou Hsf2 (Hsf1-/-, Hsf2-/-), nous avons montré qu’HSF1 et HSF2 jouent un rôle dans l’activation zygotique du gène Hsp70. 1 et qu’HSF2 intervient dans la réponse au choc thermique au stade blastocyste
During my PhD, I studied heat shock factors HSFs and their functions during development. My thesis project included two main parts. The first one was aimed to identify HSF1 dependent target genes, and the second part investigated the functions of HSF1 and HSF2 during early development. First, we sought to identify HSF1 target genes by a transcriptome analysis to further characterize its maternal function in mouse oocyte. Among the genes regulated by HSF1, we observed an enrichment of genes involved in the cohesion of homologous chromosomes and sister chromatids and we observed the presence of HSF1 on the promoter of 4 of these genes: Stag2, Stag3, Syce1 and Msh4. Then, we demonstrated that the lower expression of these genes in Hsf1-/- oocytes led to defects in prophase I progression and early segregation of homologous chromosomes at metaphase I. Taken together, these data show that HSF1 helps to coordinate the dynamics of chromosomes during female meiosis in mammals. The second part of my project was about the functions performed by HSF1 and HSF2 during early development. Using several mouse transgenic and knockout lines, we showed that HSF1 and HSF2 play a role in the activation of zygotic Hsp70. 1 and that HSF2 takes part to the heat shock response at the blastocyst stage

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Cauchy, Pierre. "Rôle et contexte transcriptionnel du facteur de transcription Ets1 au cours transition CD4- CD8- à CD4+ CD8+ de la tymopoïèse αβ". Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX22135.

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ETS1 est un facteur de transcription (FT) spécifique transposé dans les leucémies aigües. Le rôle essentiel d'ETS1 a été décrit au cours de l'hématopoïèse, plus particulièrement dans la différenciation lymphocytaire T. Son expression temporelle coordonnée participe au contrôle des transitions du stade double négatif (DN) CD4-/CD8- au stade double positif (DP) CD4+/CD8+jusqu'au stade simple positif (SP) CD4+ ou CD8+. Au cours de l'ontogenèse T, ETS1 transactive notamment l'expression des chaînes β et α du récepteur des cellules T (TCR). Nous avons criblé à grande échelle les cibles d'ETS1 aux stades DN et DP en ChIP-Seq, ainsi que desmarques histone et de l'ARN polymérase II (Pol II). Afin de faciliter nos analyses bioinformatiques, nous avons développé deux logiciels, CoCAS et AmaMineReg, qui permettent d'identifier plus facilement les cibles à partir de données brutes et de discriminer les vrais des faux positifs. Nous avons trouvé 5900 cibles en DN et 3400 en DP, principalement intergéniques dont 2000 sont communes, non caractérisées et correspondent aux gènes induits par la réponse immédiate à la signalisation TCR. Parmi les cibles différentiellement exprimées entre les deux stades, ETS1 active les gènes thymus-spécifiques et réprime les gènes hématopoïétiques non T spécifiques,en fonction de la co-occurrence avec le motif RUNX1. Nous avons également caractérisé très clairement le site de fixation en conditions natives, qui se révèle être CTTCCT.De plus, ETS1 co-localise avec des marques chromatines permissives aux régions inter- et intragéniques,caractérisées par un contenu GC, densité de motifs de fixation de FT (SFFT) et conservation inter-espèces accrus
ETS1 is a specific transcription factor (TF) transposed in acute leukemias. key role of ETS1 wasdescribed during hematopoiesis, especially in T lymphocyte differentiation. Its temporal expression participates in the coordinated control of phase transitions from the CD4-/CD8-double negative (DN) stage to CD4+/CD8+ double positive (DP) up to CD4 or CD8 single positivestage (SP). During ontogenesis T ETS1 notably transactivates the expression of the alpha and beta chains of the T-Cell receptor (TCR). We performed genome-wide screening of ETS1 at both DN and DP stages via ChIP-Seq, as well as histone hallmarks and RNA polymerase II (PolII). To facilitate computational analysis we developed two new software suites, and COCASAmaMineReg, which allow easier identification of targets from raw data and to discriminate between true and false positives. We found 5900 targets in 3400 in DN and DP, mostly intergenic, out of which 2000 are common, and correspond to uncharacterized genes induced bythe immediate response to TCR signaling. Among targets differentially expressed between thetwo stages, Ets1 activates thymus-specific genes and represses non T-specific haematopoietic genes depending on the co-occurrence with the RUNX1 motif. We also very clearly characterized the binding site in native conditions, which proved to be CTTCCT. Furthermore, Ets1 colocalizes with permissive chromatin marks in inter-and intra-genic regions, characterized byincreased GC content, TF binding motifs (TFBS) density as well as inter-species conservation

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Fant, Bruno. "Importance du contexte cellulaire et de la régulation spatio-temporelle de l'expression du facteur de transcription Otx2 dans la modulation de ses fonctions." Thesis, Nice, 2014. http://www.theses.fr/2014NICE4100/document.

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Cette thèse s’intéresse aux mécanismes permettant d’expliquer plusieurs des fonctions de l’homéogène Otx2 au cours du développement. Une première partie étudie l’importance de la régulation de son expression dans la régionalisation du système nerveux central. A la fin de la gastrulation la frontière d’expression postérieure d’Otx2 déterminera la position de l’organiseur isthmique responsable de l’induction du mésencéphale et du métencéphale. Un modèle murin a été mis au point dans lequel cette frontière est abolie au profit d’une présence uniforme du gène. A l’encontre du modèle actuel, l’isthme est alors correctement induit, et est de plus déplacé antérieurement, signe qu’un seuil net de concentration d’Otx2 est nécessaire à sa fonction régionalisante. Une seconde partie étudie l’importance du contexte cellulaire dans les modalités d’action d’Otx2 au niveau de la rétine adulte. Otx2 est exprimé dans les deux tissus qui composent cet organe, la neurorétine et le RPE. Une étude par ChIP-seq dans ces deux tissus a pu montrer que l’homéogène y occupait des sites de fixation très différents, suggérant des fonctions distinctes. L’écrasante majorité des sites occupés par Otx2 dans la neurorétine l’était également par son paralogue Crx, indice d’une redondance fonctionnelle. Une nouvelle lignée de souris a permis l’analyse des partenaires protéiques d’Otx2 dans la neurorétine, et pu démontrer qu’Otx2 ne formait pas d’interactions avec les autres facteurs de ce tissu, faisant en fait de Crx l’acteur principal de la famille Otx. Cette analyse a également dévoilé une série de partenaires jusque-là inconnus d’Otx2, potentiellement associée à de nouvelles fonctions de la protéine
The molecular mechanisms explaining several functions of the homeogene Otx2 during embryonic development are the focus of this work. In a first part the importance of the regulation of its expression in the regionalisation of the central nervous system is studied. At the end of gastrulation the posterior border of Otx2 expression will position the isthmic organizer responsible for the induction of the midbrain and hindbrain. A mouse model was developed where this border is replaced by an ubiquitous expression of the gene. Contrary to the predictions of the current model, the organizer then correctly arises, and is shifted anteriorly. A concentration threshold of Otx2 thus appears necessary to its regionalising function. In a second part the importance of the cellular context in Otx2 function in the adult retina is examined. Otx2 is expressed in both tissues of this organ, the neural retina and RPE. A ChIP-seq analysis performed on both tissues revealed that this homeogene occupies very different sets of binding sites, which suggests distinct functions of the transcription factor. Most Otx2-bound sites in the neural retina were also bound by its paralogue Crx, with which a functional redundancy may therefore exist. A new mouse line finally allowed the study of the complete Otx2 interactome in the neural retina; this analysis showed that Otx2 does not interact with other important transcription factors of this tissue, and that Crx may therefore be the main actor of the Otx family in neural retina function. It also led to the discovery of a series of previously unknown partners of Otx2, which could be associated to new functions of this homeogene

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Adelmant, Guillaume. "Étude du répresseur transcriptionnel Rev-erbA[αlpha], un récepteur nucléaire orphelin : étude fonctionnelle de TLS-CHOP, un oncogène spécifique des liposarcomes myxoi͏̈des". Lille 1, 1997. http://www.theses.fr/1997LIL10148.

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Rev-erba appartient à la famille des récepteurs nucléaires, des facteurs de transcription inductibles par une hormone. Contrairement aux membres canoniques de cette famille, aucune hormone n'a été identifiée pour rev-erba ce récepteur orphelin est, de plus, dépourvu du motif d'activation transcriptionnel af2, très conservé chez les autres récepteurs. Ces deux caractéristiques nous ont conduit à étudier les propriétés transcriptionnelles de rev-erba. Nous montrons que rev-erba est un répresseur transcriptionnel constitutif. Cet effet répresseur ne repose pas sur un mécanisme de compétition ou d'interférence avec un autre récepteur nucléaire, mais résulte d'une propriété intrinséque de rev-erba, portée par son domaine carboxy-terminal. L'étude de la fixation de rev-erba sur un élément de réponse identifié au sein des séquences régulatrices de son propre gène, nous a permis de mettre en évidence une autre propriété de ce récepteur orphelin : sa capacité à interagir avec l'ADN sous la forme d'un monomère et sous la forme d'un homodimère. La deuxième partie de cette thèse a porté sur l'étude de l'oncogène tls-chop, produit de la translocation chromosommique t(12 ; 16), spécifique des liposarcomes myxoides. Le fait que chop soit un membre de la famille des facteurs de transcription c/ebp, des régulateurs de la différentiation adipocytaire, nous a conduit à étudier l'effet de tls-chop sur ce programme de différenciation
Nous montrons que l'expression de tls-chop inhibe fortement la différenciation adipocytaire gouvernée par c/ebp. Nos résultats indiquent que l'expression de tls-chop dans ces cellules est corrélée à la perte de l'induction de ppar2, un récepteur nucléaire impliqué dans les étapes ultérieures de l'adipogenèse, normalement induit par c/ebp. L'expression ectopique de ppar2 dans ces mêmes cellules, permet d'ailleurs de réinitier leur programme de différenciation. Des résultats in vitro suggèrent que l'inactivation fonctionnelle de c/ebp par tls-chop est à l'origine du défaut d'induction de ppar2. Nous proposons que le blocage de la différenciation adipocytaire par tls-chop pourrait être l'un des mécanismes conduisant au développement du phénotype indifférencié des liposarcomes myxoides

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Quillé, Marie-Lise. "Identification par ChIP-on-Chip des gènes cibles d’ARX, facteur de transcription impliqué dans le retard mental lié à l’X et les interneuronopathies." Brest, 2011. http://www.theses.fr/2011BRES3203.

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Les mutations du gène Aristaless-related homeobox (ARX) sont responsables d’un large spectre de phénotypes allant de malformations cérébrales sévères telle que la lissencéphalie, à des formes plus modérées de retard mental sans anomalie de structure du cerveau mais souvent associées à de l’épilepsie. ARX code un facteur de transcription à homéodomaine, fortement exprimé au cours du développement du cerveau, et plus particulièrement dans les interneurones GABAergiques. Plusieurs études ont montré l’implication d’ARX dans la prolifération des neuroblastes, la migration et la différenciation neuronales. Afin de mieux comprendre le rôle d’ARX et de caractériser les voies de signalisation impliquées, j’ai cherché à identifier ses cibles par la technique d’immunoprécipitation de la chromatine associée aux puces à ADN (ChIP-on-Chip). Les complexes protéine/ADN, issus soit de cellules de neuroblastome de souris transfectées par ARX, soit de cerveaux embryonnaires de souris à E15. 5, ont été immunoprécipités par un anticorps anti-ARX. L’ADN cible a ensuite été marqué et hybridé de manière compétitive avec un ADN de référence sur des puces ciblant les promoteurs des gênes de la souris. Environ 285 gènes apparaissent communs aux cellules et au tissu. Une vingtaine de cibles ont été confirmées par ChIP/QFM-PCR et qRT-PCR en temps réel. Dès études de transcriptomiques sont en cours pour permettre de valider la régulation de ces gènes par ARX. Cette étude devrait ainsi contribuer à une meilleure compréhension du rôle d’ARX dans la corticogenèse et à une meilleure caractérisation des mécanismes physiopathologiques du retard mental et de l’épilepsie associés aux mutations d’ARX
Mutations in the ARX (Aristaless-related homeobox) gene are responsible for a wide spectrum of disorders extending from phenotypes with severe neuronal migration defects, such as lissencephaly, to milder forms of mental retardation without apparent brain abnormalities but associated features of dystonia and epilepsy. ARX encodes a homeobox transcription factor which is primarily expressed in the developing telencephalon, and particularly in populations of GABAergic neurons during development and in adult brain. Many studies have recently shown the involvement of ARX in several fundamental processes for brain development such as neuroblast proliferation as well as neuronal migration, maturation and differentiation. In order to better characterize the role of ARX and the pathways involved, I performed some ChIP-on-Chip (chromatin immunoprecipitation on DNA microarrays) experiments to identify some 0f its target genes. DNA/protein complexes from either mouse neuroblastoma cells transfected by Arx or embryonic mouse brain were immunoprecipitated using a specific antibody against Arx. DNA was purified, amplified, labelled and simultaneously hybridized with the input chromatin DNA on mouse promoter microarrays. A total of 285 genes in common were obtained. Candidate genes were validated by ChIp/QFM-PCR and quantitative real time RT-PCR. Moreover, transcriptomic studies on cells transfected by Arx vs. Contral were performed to validate the regulation of these candidate genes. The identification of ARX downstream genes should allow a better understanding of the role of this gene during brain development and the pathophysiological mechanisms associated with its mutations

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Carriere, Lucie. "Etude de la localisation à grande échelle de la machinerie de transcription de classe III, et de sa relation avec le facteur de transcription TFIIS dans les cellules souches embryonnaires de souris." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00713530.

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Chez les eucaryotes, l'ARN polymérase (RNAP) III transcrit les ARN de transferts, l'ARN ribosomique 5S, et plusieurs douzaines d'autres ARNs non traduits. Le génome des mammifères contient plusieurs milliers d'éléments répétés, les SINEs. In vitro, leur transcription dépend de la RNAP III. Le taux de transcription de la RNAP III détermine la croissance et la prolifération cellulaires, sa dérégulation a été associée à de nombreux cancers. Afin de caractériser la distribution sur l'ensemble du génome de la RNAP III et de ses facteurs de transcription TFIIIB et TFIIIC, nous avons développé un protocole très spécifique de ChIP-seq en tandem. Nous avons déterminé l'ensemble des gènes liés par la RNAP III dans les cellules souches embryonnaires de souris. Cet ensemble est bien inférieur au nombre de gènes prédits dans le génome. Nous avons également observé la RNAP III et ses facteurs de transcription liés à 30 régions non annotées, seule une d'entre elles est conservée chez l'humain. Un très faible nombre de SINEs sur un demi-million prédits est associé à la RNAP III. Notre étude révèle de nombreux sites liés uniquement par TFIIIC, nommés " extra-TFIIIC loci ", ETC chez la levure. Ces sites sont associés à la protéine CTCF, et à la cohésine. La cohésine occupe les sites liés par CTCF, et contribue à la formation de boucles ADN, associées à la répression ou à l'activation de l'expression des gènes. Ces données suggèrent que TFIIIC peut jouer un rôle dans l'organisation de l'architecture chromosomique chez les souris. Nous avons également démontré que TCEA1, l'isoforme ubiquitaire de TFIIS, le facteur d'élongation de la RNAP II, est associée aux gènes actifs de classe III. Ceci suggére que TFIIS est un facteur de transcription de classe III. Finalement, la distribution de TFIIS aux gènes de classe II indique que le recrutement de TFIIS n'est pas suffisant pour contrôler la transition de la RNAP II pausée en 5' des gènes en élongation.

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Polit, Lélia. "Régulation de l’expression génique par le facteur de transcription SPI1/PU.1 dans l’érythroleucémie : mécanismes de répression des gènes par sa liaison à l’ADN, conséquences de sa liaison à l’ARN." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASL064.

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SPI1/PU.1 est un facteur de transcription de la famille ETS, cette famille est caractérisée par un domaine de fixation à l’ADN très conservé (domaine ETS) et un noyau de fixation commun : la séquence 5’-GGAA/T-3’. C’est un régulateur clé de l’hématopoïèse dont la régulation de l’expression et la fonction dépendent du lignage. La dérégulation de l’expression de spi1 ou de son activité contribue à des hémopathies, il peut se comporter comme un oncogène ou comme un suppresseur de tumeur selon les lignages. Dans différentes pathologies, la macroglobulémie de Waldenström, la leucémie aïgue lymphoblastique à cellules T pédiatrique et dans l’érythroleucémie, SPI1 se comporte comme un oncogène. Les leucémies aïgues érythroïdes sont des leucémies rares mais à haut risque et dont les bases génétiques sont mal connues. Dans le lignage érythroïde, une expression anormale et non-contrôlée de SPI1 entraîne une leucémie aiguë, en partie en inhibant la différenciation érythroïde et l'apoptose des progéniteurs engagés dans la différenciation érythroïde. SPI1 est un facteur de transcription dont les fonctions les plus connues et les mieux établies concernent l’activation de l’expression génique. C’est un facteur de transcription pionnier qui est capable de se fixer sur de la chromatine non-accessible afin de recruter des facteurs épigénétiques, des (co-)facteurs ou des facteurs de transcription spécifiques de lignage. Il a également une fonction dans l’épissage de l’ARN. En revanche, les fonctions répressives de SPI1 sont très peu connues, en effet on ne sait pas si ces fonctions sont liées à sa capacité à lier l’ADN et/ou l’ARN. Mon travail de thèse concerne la caractérisation des mécanismes par lesquels SPI1 réprime l’expression génique dans un modèle d’érythroleucémie murine. J’ai étudié son implication dans les modifications épigénétiques ainsi que les conséquences de sa fixation à l’ARN. En utilisant des cellules pré-leucémiques issues de souris transgéniques pour spi1, dans lesquelles l’expression de spi1 peut être contrôlée (sur-exprimée ou réprimée), j’ai comparé des données de séquençage à haut débit pour caractériser l’accessibilité de la chromatine, les modifications épigénétiques des protéines histones et l’expression des gènes en fonction de la présence ou de l’absence de SPI1. Pour comparer les signaux de ChIP-seq entre différentes conditions, nous avons développé un package R : ChIP-seq Intersample Normalization (CHIPIN) dont l’algorithme est basé sur l’hypothèse biologique selon laquelle les gènes dont l’expression est constante entre les conditions, ont, en moyenne, des intensités de ChIP-seq similaires. Nous avons ainsi démontré que la répression des gènes par SPI1, dont certains sont liés à la différenciation érythroïde et à l’apoptose, est basée sur la coordination de deux mécanismes qui impliquent et sont contrôlés par l’histone dé-acétylase 1 (HDAC1) et le complexe répressif Polycomb (PRC2). J’ai également caractérisé la fixation de SPI1 à l’ARN en utilisant des données de CLIP-seq et démontré que cette fixation à l’ARN n’était pas liée à la régulation de l’expression génique. Ainsi, le rôle exact de la fixation de SPI1 à l’ARN n’est pas encore totalement expliqué, même si nous avons pu montrer que SPI1 se fixait majoritairement dans des régions introniques. Mes travaux de thèse ont donc permis de mettre en évidence de nouveaux mécanismes, jusqu’ici inconnus, pour la répression de l’expression génique par SPI1 dans l’érythroleucémie en coopération avec deux facteurs épigénétiques : PRC2 et HDAC1. De plus, une partie de mon travail de thèse a été dédié au développement d’un nouveau package R pour la normalisation de signaux de ChIP-seq entre différentes conditions ou échantillons. Cette méthode peut également être appliquée à des données d’ATAC-seq, elle est facile d’utilisation et peut ainsi être mise en oeuvre par les bioinformaticiens mais aussi par les biologistes
SPI1/PU.1 is a transcription factor belonging to the ETS family characterized by a highly conserved DNA binding domain (ETS domain) and a common core binding the 5’-GGAA/T-3’ DNA sequence. SPI1 is a key regulator of haematopoiesis, the regulation of SPI1 expression and function depends on lineage. Deregulation of Spi1 expression or activity contributes to hemopathies; SPI1 behaves as an oncogene or a tumor suppressor according to the hematopoietic lineage. SPI1 has been shown to be oncogenic in Waldenström’s macroglobulinemia, pediatric T cell acute lymphoblastic leukemia and erythroleukemia. Acute erythroid leukemia is a rare but high-risk leukaemia of poorly understood genetic basis. In the murine erythroid lineage, SPI1 abnormal unrestrained expression leads to acute leukemia, in part by inhibiting erythroid differentiation and apoptosis of erythroid progenitors.SPI1 is a transcription factor that also affects splicing processes. The ways SPI1 activates gene expression are now mostly established. As a pioneering transcription factor, SPI1 is able to bind closed chromatin and then to recruit many epigenetic and/or lineage specific co- or transcriptional factors. In contrast, Spi1 repressive functions on gene expression remain poorly understood. Whether it acts through its ability to bind DNA and/or RNA is not known. My PhD thesis is dedicated to the characterization of the mechanisms by which SPI1 represses gene expression. In particular, I studied how SPI1 represses gene expression in a model of murine erythroleukemia by investigating the role of SPI1 on epigenetic modifications. I also investigated the consequences of SPI1 binding to RNA. Using pre-leukemic cells issued from Spi1 transgenic mice, cells in which spi1 expression can be controlled (overexpressed or down-regulated), I performed an integrated analysis of several high throughput sequencing data sets to characterize epigenetic histone modifications, chromatin accessibility and gene expression. In order to compare histone modification signals from different conditions, we developed an R package, named ChIP-seq Inter-sample Normalization (CHIPIN). The algorithm of CHIPIN is based on the biological assumption that genes with constant expression across conditions have, on average, similar “true” ChIP-seq binding intensities. Using bioinformatic analysis combined with biological experiments, we demonstrate that SPI1 gene repression activity was based on the coordination of two mechanisms that involved and are controlled by histone deacetylase 1 (HDAC1) and polycomb repressive complex 2 (PRC2). Repressed genes include genes coding for apoptosis and erythroid differentiation. Finally, I studied the landscape of SPI1 binding on RNA using CLIP-seq data and showed that SPI1 binding on RNA was not related to gene expression regulation. Thus, the role of SPI1 when it binds RNA is not fully explain, even if we showed that SPI1 binds mainly in intronic regions on RNA. To sum up, my work highlighted new mechanisms for gene repression regulation by SPI1 in erythroleukemia in cooperation with two epigenetics factors: PRC2 and HDAC1. This work provides new insights in the role of the major hematopoietic regulator SPI1 for gene repression mechanisms. In addition, part of my work was dedicated to develop an R package called CHIPIN allowing for normalization of ChIP-seq signals from several conditions or samples. This method can be also used for ATAC-seq data. The R package is user friendly and can therefore be used by both bioinformaticians and biologists

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Klymenko, Oleksiy [Verfasser]. "Regulation and role of the pro-apoptotic transcription factor C/EBP homologous protein (CHOP) in type II cells apoptosis and Idiopathic Pulmonary Fibrosis (IPF) / Oleksiy Klymenko." Gießen : Universitätsbibliothek, 2016. http://d-nb.info/1105341399/34.

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Chang, Yunhua. "Implication du facteur de transcription de choc thermique HSF2 dans la méiose et le développement du cerveau : étude de l'inactivation du gène hsf2 chez la souris." Paris 6, 2004. http://www.theses.fr/2004PA066047.

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Strasser, Perrine. "Rôle du facteur de transcription RFX6 dans la différenciation et la fonction des cellules β sécrétrices d'insuline : identification et étude de gènes cibles". Thesis, Strasbourg, 2015. http://www.theses.fr/2015STRAJ088.

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La régulation de l’homéostasie du glucose dans l’organisme est la fonction principale des cellules beta sécrétrices d’insuline dans le pancréas endocrine. Le facteur de transcription à domaine « winged helix », RFX6, a récemment, été identifié comme un nouveau régulateur de la différenciation endocrine pancréatique en aval de Ngn3 chez le poisson zèbre, la souris et l’homme. De plus, diverses mutations de Rfx6 chez l’homme ont été identifiées et reliées au syndrome de Mitchell Riley notamment caractérisé par un diabète néonatal, une atrésie de l’intestin grêle et une malabsorption intestinale. Lors de mes travaux de thèse, une approche combinée de transcriptomique chez la souris et la recherche des sites de fixation de RFX6 dans une lignée cellulaire beta et dans les ilots pancréatiques a permis de démontrer son importance dans le maintien de l’identité et de la fonction de la cellule beta. Pour la première fois, l’identification des cibles directes de RFX6 in vivo a été réalisée et a permis l’identification de l’ensemble du répertoire des gènes régulés directement par RFX6 dans les cellules beta qui n’ont pas été révélés dans le système cellulaire. Cette étude aura également permis d’identifier Mlxipl comme principale cible directement régulée par Rfx6 à la fois chez la souris et l’homme. Les expériences réalisées ont ainsi permis de déterminer les gènes cibles directs de RFX6 et contribué à élucider le rôle de ce facteur de transcription dans la différenciation et la fonction des cellules beta sécrétrices d’insuline
Glucose homeostasis regulation in the body is the main function of insulin secreting beta cells in the endocrine pancreas. The winged-helix transcription factor RFX6 has recently been identified as a new pancreatic endocrine differentiation regulator, downstream of Ngn3,in zebra fish, mouse and human. Moreover, several Rfx6 mutations in humans were discovered and linked to the Mitchell Riley syndrome, which is characterized by neonatal diabetes, intestinal atresia and malabsorption. My thesis consisted of using an approach combining transcriptomic analysis in mouse and the identification of RFX6 target genes in a beta cell line as well as in pancreatic islets. This work has demonstrated the crucial role of RFX6 in maintaining beta cell identity and function. For the first time, RFX6 target genes were identified in vivo as well as the whole repertoire of directly regulated RFX6 target genesin beta cells, which were previously unidentified in the beta cell line. These studies have also shown that Mlxipl is a main RFX6 regulated target gene in mice and human. Overall, this work has allowed the clear identification of RFX6 target genes, thus contributing inunderstanding the role of this crucial transcription factor in the differentiation and function of insulin secreting beta cells

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Saito, Renata de Freitas. "Indução de estresse de retículo endoplasmático como estratégia de quimiossensibilização de melanoma." Universidade de São Paulo, 2014. http://www.teses.usp.br/teses/disponiveis/5/5155/tde-26082014-085846/.

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de tumorigênese em melanomas, ainda não há tratamento eficaz para melanomas metastáticos. Esta ineficácia terapêutica pode estar relacionada com a adaptação e seleção de células de melanoma à indução de estresse de RE. Ultrapassar os níveis sustentados de estresse de RE, interferindo nas vias de adaptação a este estresse, foi o alvo deste estudo na tentativa de propor uma nova estratégia terapêutica para sensibilizar células de melanoma a morte induzida por cisplatina. Mostramos que GADD153, um dos componentes da via de UPR (Unfolded Protein Response) responsável por induzir apoptose em reposta ao estresse de RE, está excluída do núcleo em melanomas primários, metástases ganglionares e viscerais. Este dado sugere que a localização citoplasmática do fator de transcrição GADD153 possa estar envolvida na resposta adaptativa de melanomas ao estresse de RE, uma vez que se sabe que GADD153 se acumula no núcleo em resposta a este estresse. Investigamos se a indução de estresse de RE seria capaz de induzir a translocação de GADD153 para o núcleo e resultar na sensibilização de células de melanoma a morte induzida por cisplatina (CDDP). Realizamos o tratamento de células de melanoma (SbCl2, Mel85, SK-MEL- 29, SK-MEL-28 e SK-MEL-147) com tunicamicina (Tuni), indutor clássico de estresse de RE, previamente ao tratamento com CDDP. Demonstramos que em todas as linhagens exceto em SK-MEL-29, houve um aumento na porcentagem de células hipodiploides (>50%) no tratamento combinado (Tuni>CDDP) comparado ao tratamento com CDDP. As células SK-MEL-147 se mostraram mais sensíveis à indução de estresse de RE e as células SK-MEL-29 mais resistentes. Algumas diferenças entre estas linhagens como a expressão de GRP78 de superfície e presença de oligossacarídeos ?1-6 ligados de superfície podem estar relacionadas com esta resposta diferencial ao estresse de RE. Em todas as linhagens verificamos a acúmulo dos marcadores de UPR, GRP78 e GADD153, após o tratamento com tunicamicina. Além disso, GADD153 foi direcionada para o núcleo em reposta ao tratamento com tunicamicina. O acúmulo de vacúolos acídicos, da proteína autofágica LC3-II e de ROS após o tratamento com Tuni>CDDP, sugerem que tanto a autofagia quanto o estresse oxidativo parecem estar envolvidos na resposta de sensibilização. A inibição de autofagia com cloroquina aumentou a morte induzida por Tuni>CDDP, sugerindo que autofagia desempenha função protetora neste esquema terapêutico. Testamos um segundo agente genotóxico, temozolomida (TMZ), uma droga equivalente à dacarbazina, e a mesma capacidade de sensibilização foi observada pelo prévio tratamento com tunicamicina. A validação deste conceito in vivo foi dificultada pela acentuada toxicidade apresentada por tunicamicina. Avaliamos alguns candidatos a agentes estressores do RE que poderiam apresentar menor toxicidade celular, como swainsonina, atorvastatina, metformina e o composto de cobre [Cu2(apyhist)2(dpam)](ClO4)4. No entanto, não obtivemos resultados promissores com nenhum destes candidatos. Estes resultados mostram que as células tumorais podem ser pré-condicionadas à morte celular se expostas a um prévio estressor de RE, como Tuni, o que leva ao comprometimento da resposta adaptativa a indutores de morte celular como CDDP e TMZ. No entanto, ainda é necessário o estudo de agentes indutores de estresse de RE pouco tóxicos para que esta estratégia terapêutica possa ser utilizada em pacientes com melanoma
Melanoma is among the most aggressive malignancies with increasing worldwide incidence and there is no effective treatment for the metastatic disease. The absence of an effective therapy may be due to adaptation and selection of melanoma cells to endoplasmic reticulum (ER) stress. We showed that GADD153, one of the components of the ER stress-mediated apoptosis pathway, was mostly excluded from the nucleus of primary and metastatic melanoma cells compared to nevus cells. These data suggest that the unexpected GADD153 cellular localization could be involved in melanoma cell adaption to ER stress, since GADD153 accumulates in the nucleus during ER stress. Unfolded protein response (UPR) signaling induced in response to ER stress, is a dual process that induces a protective response to restore ER homeostasis or cell death if ER stress is severe or persistent. We investigated if induction of ER stress was a potential strategy to chemosensitize melanoma cells to a second insult by surpassing the adaptive levels to ER stress. We first treated human melanoma cells (SbCl2, SK-MEL-28, Mel85, SK-MEL-29 and SK-MEL-147) with tunicamycin (Tuni), an ER stress inducer, before cisplatin (CDDP) treatment. CDDP is a low cost chemotherapeutic drug currently used in Brazil as a second line for melanoma treatment, especially in youngsters. All cell lines, except SK-MEL-29, demonstrated an >50% increase in the percentage of hypodiploid cells with Tuni>CDDP treatment when compared to CDDP only. The same results were obtained with temozolomide (TMZ), equivalent drug to the active form of dacarbazine, the first line of cytotoxic treatment of melanomas. UPR markers, GRP78 and nuclear translocation of GADD153 were induced by Tuni. Differences between SK-MEL-29 and SK-MEL-147 as cell surface GRP78 and ?1-6 oligossacharides can be related with the differential ER stress sensitization observed in these cells. One of the cellular mechanisms that are regulated by ER stress is autophagy. Accordingly, we observed an increase in the acidic vesicular organelles and accumulation of LC3II in response to Tuni>CDDP treatment. Autophagy inhibition with chloroquine increased Tuni>CDDP induced-cell death, suggesting that autophagy plays a protective role in this response. Oxidative stress can be involved in this scenario since we demonstrated an accumulation of reactive oxygen species in response to Tuni>CDDP. Tunicamycin was cytotoxic in vivo and we investigated alternatives to this antibiotic as swainsonine, atorvastatin, metformin and [Cu2(apyhist)2(dpam)](ClO4)4 but we did not observed ER stress induction. These results indicate that tumor cells could be preconditioned to cell death if exposed to a first ER stressor, such as Tuni, which would compromise an effective adaptive response to a cell death inducer, as CDDP and TMZ. This combined approach may be a promising strategy for melanoma therapy but further studies are necessary to find noncytotoxic alternatives to tunicamycin

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El, Fatimy Rachid. "Rôle des facteurs de transcription de choc thermique HSFs dans le développement du cerveau au stade embryonnaire : étude de l'implication du facteur HSF1 et HSF2 dans le syndrome d'alcoolisme foetal (FAS)." Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066030.

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Kloster-Landsberg, Meike. "Spectroscopie à corrélation de fluorescence multi-confocale : développement et application à l'étude de la réponse cellulaire au choc thermique." Thesis, Grenoble, 2012. http://www.theses.fr/2012GRENY053/document.

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Le noyau d'une cellule est hétérogène par sa structure et son activité et beaucoup de ses composants interagissent de façon dynamique. Lors de l'étude de processus cellulaires comme la réponse au stress thermique, des expériences classiques de spectroscopie de corrélation de fluorescence (FCS), qui sont habituellement limitées à un seul volume d'observation, n'apportent que des résultats partiels à cause des informations spatiales manquantes. Ce mémoire de thèse présente une nouvelle technique de FCS multi-confocale (mFCS) qui permet des mesures FCS simultanées à différents endroits d'une cellule. La technique est basée sur l'emploi d'un modulateur spatial de lumière pour la création de plusieurs volumes d'observations distincts et d'une caméra ``electron-multiplying'' CCD (EMCCD) pour la détection en parallèle. La résolution spatiale ainsi que la sensibilité du système mFCS sont proches de celles d'un système FCS classique et en utilisant un mode d'acquisition particulier une résolution temporelle de $14mu s$ a pu être atteinte. La technique mFCS est appliquée à l'étude de la réponse cellulaire au stress thermique en observant le facteur de transcription heat shock factor 1 (HSF1), qui est un régulateur clé de la réponse au stress thermique. Des mesures mFCS dans des cellules vivantes révèlent des changements dans la dynamique de HSF1 pendant le choc thermique. Ces changements concernent l'affinité ainsi que l'homogénéité spatiale des interactions avec l'ADN. En outre, nous avons également évalué les performances d'une caméra CMOS-SPAD et testé le dispositif en tant que capteur alternatif pour la mFCS en cellules vivantes
The cell nucleus is heterogeneous in its structure and activity and many of its components are in dynamic interactions with each other. When investigating the cellular response to an external signal, such as heat shock, standard fluorescence correlation spectroscopy (FCS) experiments, which are limited to one observation volume, do only give partial results because of the missing spatial information. This work introduces a novel multi-confocal FCS (mFCS) technique that allows simultaneous FCS measurements in different locations within a cell. It is based on the use of a spatial light modulator (SLM) to create several distinct observation volumes at a time and an electron-multiplying charge coupled device (EMCCD) camera to perform parallel detection. The spatial resolution as well as the sensibility of the mFCS system are close to that of a classical FCS setup and using a special readout mode, a temporal resolution of $14mu s$ is reached. The mFCS technique is applied to study the cellular response to thermal stress by monitoring the transcription factor heat shock factor 1 (HSF1), which is a key regulator of the heat shock response. mFCS experiments in living cells reveal changes in the dynamics of HSF1 upon heat shock. These changes concern the affinity as well as the spatial homogeneity of its interactions with DNA. Additionally, the performance of a CMOS-SPAD camera, consisting of an array of single photon avalanche diodes, is evaluated and the device is tested as an alternative detector for mFCS in living cells

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Ribeil, Jean-Antoine. "Hsp70 est un nouveau régulateur majeur de l'érythropoïèse empêchant le clivage du facteur de transcription GATA-1 par la caspase-3 au cours de la différenciation." Phd thesis, Université Paris-Diderot - Paris VII, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00451047.

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La production de globules rouges dépend du taux apoptose des précurseurs érythroïdes et est principalement régulé par l'érythropoïétine (Epo). La privation en Epo aboutit à l'activation de la caspase-3 (casp-3) qui clive GATA-1 ce qui entraîne l'apoptose des érythroblastes immatures. L'activation de la casp-3 est également indispensable aux modifications morphologiques caractéristiques observées au cours de la différenciation érythroïde terminale humaine, sans qu'il n'y ait ni d'apoptose ni de clivage de GATA-1. L'objectif de cette thèse était de mettre en évidence si Hsp70 inductible, dont un des rôles principaux est la régulation de l'apoptose, est impliquée dans la protection sélective des substrats de la casp-3 activée au cours de la différenciation érythroïde terminale humaine. Nous avons mis en évidence que lors de la différentiation érythroïde terminale pendant la phase d'activation des caspases, Hsp70 a une expression nucléo-cytoplasmique constitutive et co-localise avec GATA-1 dans le noyau. La localisation nucléaire d'Hsp70 est régulée par l'Epo : après privation des cellules en Epo, il y a une importante diminution de la localisation nucléaire d'Hsp70 et GATA-1 est clivée. L'inhibition de l'expression d'Hsp70 par une approche siRNA a comme conséquence le clivage de GATA-1 lors de l'activation de la casp-3 avec un arrêt de différenciation et une augmentation de la mort cellulaire. Hsp70 est une nouvelle protéine anti-apoptotique de la différenciation érythroïde terminale. Nous proposons un modèle dans lequel l'Epo détermine le destin des érythroblastes (apoptose vs différenciation) en aval de la casp-3 en régulant la localisation nucléaire d'Hsp70.

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Péroval, Marylène Yannick. "Etude du développement intracellulaire d'Eimeria tenella : rôle de l'HSP90 parasitaire et modulation de l'apoptose cellulaire." Versailles-St Quentin en Yvelines, 2006. http://www.theses.fr/2006VERS0047.

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Les Coccidioses aviaires, provoquées par les parasites du genre Eimeria sont responsables de pertes économiques importantes à travers le monde. Eimeria tenella se développe dans les enterocytes des cæcums intestinaux, à l’intérieur d’une vacuole parasitophore. Une meilleure connaissance des premières étapes du développement s’avère indispensable pour lutter contre cette parasitose. L’étude de la protéine de choc thermique de 90 kDa a montré qu’elle est essentielle pour l’invasion de la cellule hôte et pour le développement parasitaire. Son association à la membrane de la vacuole parasitophore suggère qu’elle interagit avec la cellule hôte. Nous avons également montré que le parasite est capable de protéger sa cellule hôte de l’apoptose et ceci en régulant la voie de signalisation NF-kB
All over the world, avian coccidiosis is a major cause of economic loss to the poultry industry due to intracellular protozoan parasites from the genus Eimeria. Eimeria tenella development is located in enterocyte of intestinal caeca inside a parasitophorous vacuole. Improvement of knowledge on the first step of development is necessary to fight against coccidiosis. Study of the 90 kDa heat shock protein shows that this protein is essential for invasion and for intracellular parasite growth. This protein is associated to the membrane of the parasitophorous vacuole suggesting an interaction with host cell. We have also shown that the parasite protects the host cell from apoptosis by interfering with the NF-kB signalisation pathway

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Castro-Mondragon, Jaime. "Development of bioinformatics methods for the analysis of large collections of transcription factor binding motifs : positional motif enrichment and motif clustering." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0171.

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Les facteurs transcriptionnels (TF) sont des protéines qui contrôlent l'expression des gènes. Leurs motifs de liaison (TFBM, également appelés motifs) sont généralement représentés sous forme de matrices de scores spécifiques de positions (PSSM). L'analyse de motifs est utilisée en routine afin de découvrir des facteurs candidats pour la régulation d'un jeu de séquences d'intérêt. L'avénement des méthodes à haut débit a permis de détecter des centaines de motifs, qui sont disponibles dans des bases de données. Durant ma thèse, j'ai développé deux nouvelles méthodes et implémenté des outils logiciels pour le traitement de collections massives de motifs: matrix-clustering regroupe les motifs par similarité; position-scan détecte les motifs présentant des préférences de position relativement à une coordonnée de référence. Les méthodes que j'ai développées ont été évaluées sur base de cas d'études, et utilisées pour extraire de l'information interprétable à partir de différents jeux de données de Drosophila melanogaster et Homo sapiens. Les résultats démontrent la pertinence de ces méthodes pour l'analyse de données à haut débit, et l'intérêt de les intégrer dans des pipelines d'analyse de motifs
Transcription Factors (TFs) are DNA-binding proteins that control gene expression. TF binding motifs (TFBMs, simply called “motifs”) are usually represented as Position Specific Scoring Matrices (PSSMs), which can be visualized as sequence logos. The advent of high-throughput methods has allowed the detection of thousands of motifs which are usually stored in databases. In this work I developed two novel methods and implemented software tools to handle large collection of motifs in order to extract interpretable information from high-throughput data: (i) matrix-clustering regroups motifs by similarity and offers a dynamic interface; (2) position-scan detects TFBMs with positional preferences relative to a given reference location (e.g. ChIP-seq peaks, transcription start sites). The methods I developed have been evaluated based on control cases, and applied to extract meaningful information from different datasets from Drosophila melanogaster and Homo sapiens. The results show that these methods enable to analyse motifs in high-throughput datasets, and can be integrated in motif analysis workflows

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Kloster-landsberg, Meike. "Spectroscopie à corrélation de fluorescence multi-confocale : développement et application à l'étude de la réponse cellulaire au choc thermique." Phd thesis, Université de Grenoble, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00770264.

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Le noyau d'une cellule est hétérogène par sa structure et son activité et beaucoup de ses composants interagissent de façon dynamique. Lors de l'étude de processus cellulaires comme la réponse au stress thermique, des expériences classiques de spectroscopie de corrélation de fluorescence (FCS), qui sont habituellement limitées à un seul volume d'observation, n'apportent que des résultats partiels à cause des informations spatiales manquantes. Ce mémoire de thèse présente une nouvelle technique de FCS multi-confocale (mFCS) qui permet des mesures FCS simultanées à différents endroits d'une cellule. La technique est basée sur l'emploi d'un modulateur spatial de lumière pour la création de plusieurs volumes d'observations distincts et d'une caméra ''electron-multiplying'' CCD (EMCCD) pour la détection en parallèle. La résolution spatiale ainsi que la sensibilité du système mFCS sont proches de celles d'un système FCS classique et en utilisant un mode d'acquisition particulier une résolution temporelle de $14mu s$ a pu être atteinte. La technique mFCS est appliquée à l'étude de la réponse cellulaire au stress thermique en observant le facteur de transcription heat shock factor 1 (HSF1), qui est un régulateur clé de la réponse au stress thermique. Des mesures mFCS dans des cellules vivantes révèlent des changements dans la dynamique de HSF1 pendant le choc thermique. Ces changements concernent l'affinité ainsi que l'homogénéité spatiale des interactions avec l'ADN. En outre, nous avons également évalué les performances d'une caméra CMOS-SPAD et testé le dispositif en tant que capteur alternatif pour la mFCS en cellules vivantes.

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Vandekerckhove, Julie. "Mécanismes de régulation de GATA-1 par les protéines de choc Hsp27 et Hsp70 au cours de la différenciation érythroïde terminale." Phd thesis, Paris 11, 2009. http://www.theses.fr/2009PA11T078.

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Saad, Chadi. "Caractérisation des erreurs de séquençage non aléatoires : application aux mosaïques et tumeurs hétérogènes." Thesis, Lille 2, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL2S014/document.

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L'arrivée des technologies de séquençage d’ADN à haut-débit a représenté une révolution dans le domaine de la génomique personnalisée, en raison de leur résolution et leur faible coût. Toutefois, ces nouvelles technologies présentent un taux d’erreur élevé, qui varie entre 0,1% et 1% pour les séquenceurs de seconde génération. Cette valeur est problématique dans le cadre de la recherche de variants de faible ratio allélique, comme ce qui est observé dans le cas des tumeurs hétérogènes. En effet, un tel taux d’erreur peut mener à des milliers de faux positifs. Chaque région de l’ADN étudié doit donc être séquencée plusieurs fois, et les variants sont alors filtrés en fonction de critères basés sur leur profondeur. Malgré ces filtres, le nombre d’artefacts reste important, montrant la limite des approches conventionnelles et indiquant que certains artefacts de séquençage ne sont pas aléatoires.Dans le cadre de cette thèse, nous avons développé un algorithme exact de recherche des motifs d’ADN dégénérés sur-représentés en amont des erreurs de séquençage non aléatoires et donc potentiellement liés à leur apparition. Cet algorithme a été mis en oeuvre dans un logiciel appelé DiNAMO, qui a été testé sur des données de séquençage issues des technologies IonTorrent et Illumina.Les résultats expérimentaux ont mis en évidence plusieurs motifs, spécifiques à chacune de ces deux technologies. Nous avons ensuite montré que la prise en compte de ces motifs dans l’analyse, réduisait considérablement le taux de faux positifs. DiNAMO peut donc être utilisé en aval de chaque analyse, comme un filtre supplémentaire permettant d’améliorer l’identification des variants, en particulier des variants à faible ratio allélique
The advent of Next Generation DNA Sequencing technologies has revolutionized the field of personalized genomics through their resolution and low cost. However, these new technologies are associated with a relatively high error rate, which varies between 0.1% and 1% for second-generation sequencers. This value is problematic when searching for low allelic ratio variants, as observed in the case of heterogeneous tumors. Indeed, such error rate can lead to thousands of false positives. Each region of the studied DNA must therefore be sequenced several times, and the variants are then filtered according to criteria based on their depth. Despite these filters, the number of errors remains significant, showing the limit of conventional approaches and indicating that some sequencing errors are not random.In the context of this thesis, we have developed an exact algorithm for over-represented degenerate DNA motifs discovery on the upstream of non-random sequencing errors and thus potentially linked to their appearance. This algorithm was implemented in a software called DiNAMO, which was tested on sequencing data from IonTorrent and Illumina technologies.The experimental results revealed several motifs, specific to each of these two technologies. We then showed that taking these motifs into account in the analysis reduced significantly the false-positive rate. DiNAMO can therefore be used downstream of each analysis, as an additional filter to improve the identification of variants, especially, variants with low allelic ratio

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B'chir, Wafa. "Etude du rôle de la voie eIF2α/ATF4 dans la régulation de l'expression des gènes de l'autophagie lors d'une carence en acides aminés". Thesis, Clermont-Ferrand 1, 2013. http://www.theses.fr/2013CLF1MM13/document.

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Chez les mammifères, les carences nutritionnelles telles que les carences en acides aminés constituent un stress nutritionnel important. Pour faire face à ces situations, l'organisme dispose de processus adaptatifs tels que l'autophagie, régulés par de multiples voies de signalisation. Au niveau cellulaire, plusieurs voies de signalisation sont impliquées dans la régulation de ces processus adaptatifs qui permettent la survie cellulaire lors de différentes conditions de stress environnementaux y compris la carence en acides aminés. En particulie,r la voie eIF2α/ATF4 joue un rôle crucial dans l'adaptation des cellules à ces différents stress notamment en régulant la transcription de nombreux gènes cibles spécifiques. L'objectif de ce travail était donc de déterminer le rôle de la voie eIF2α/ATF4 dans la régulation de la transcription des gènes impliqués dans l'autophagie en réponse à carence en acides aminés. En utilisant p62 comme un modèle de travail, nous avons montré que la kinase GCN2 qui phosphoryle eIF2α et les facteurs de transcription ATF4 et CHOP jouent un rôle clé dans la régulation de la transcription d'un grand nombre de gènes impliqués dans le processus autophagique en réponse à une carence en acides aminés. Nous avons en particulier identifié 3 classes de gènes de l'autophagie selon leur dépendance à ATF4 et CHOP et la liaison de ces facteurs sur les éléments spécifiques de leurs promoteurs en fonction de l'intensité du stress. PLus généralement, nous avons démontré que ce mécanisme pouvait également être activé par la kinase PERK lors d'un stress du réticulum endoplasmique. Enfin, nous avons pu montrer que durant les 6 premières heures de la carence en acides aminés, la voie eIF2α/ATF4/CHOP n'est pas impliquée dans la diminition de la viabilité cellulaire. Cependant, lorsque la carence en acides aminés est prolongée (16-48h), CHOP joue un rôle clé dans la régulation de l'apoptose et dans la répression du processus autophagique en contrôlant la transcription des gènes cibles spécifiques. Ainsi, ce travail a permis de mettre en évidence qu'en cas de carence en acides aminés, la voie eIF2α/ATF4/CHOP joue un rôle clé dans le devenir de la cellule. En fonction de la durée et de l'intensité du stress, la régulation très coordonnée de ces mécanismes moléculaires va permettre successivement la survie de la cellule et ensuite l'apoptose
In mammals nutritional deficiencies such as amino acid limitation are an important nutritional stress. To deal with these situations, the body has adaptive processes such as autophagy regulated by multiple signaling pathways. At the cellular level, several signaling pathways are involved in the regulation of these adaptive processes that allow cell survival in different conditions of environmental stress, including amino acid deficiency. In particular, the eIF2α/ATF4 pathways plays a crucial role in the adaptation of these cells to various stresses such as the transcriptional regulation of many specific target genes. The aim of this work was to identify the role of the eIF2α/ATF4 pathway in the stress-regulated transcription of mammalian autophagy genes. Using p62 as a working model, we have shown that the GCN2 eIF2α-kinase and ATF4 and CHOP transcription factors are required to increase transcription of a set of autophagy genes implicated in the formation, elongation and function of the autophagosome. We also identify 3 classes of autophagy genes according to their dependence on ATF4 and CHOP and the binding of these factors to specific promoter cis elements. Furthermore, different combinations of CHOP and ATF4 bindings to target promoters allow the trigger of a differential transcriptional response according to the stress intensity. Furthermore, we have demonstrated that the same mechanism can also be activated by ER stress through PERK eIF2α-kinase activation. We also show that during the first 6h of starvation, CHOP up-regulates a number of autophagy genes while cell viability is not affected. By contrast, when the amino acid starvation is prolonged (16-48h), we demonstrated that CHOP has a dual role in both limiting autophagy and inducing apoptosis through the transcriptional activation of specific target genes. Thus, this work establishes that following amino acid starvation, the eIF2α/ATF4 pathway plays a key role in the cell fate. Depnding on the duration and intensity of the stress, the highly coordinated regulation of these molecular mechanisms sequentially will allow the survival of the cell and subsequently apoptosis

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Jangerstad, August. "Transcription factor analysis of longitudinal mRNA expression data." Thesis, KTH, Skolan för kemi, bioteknologi och hälsa (CBH), 2020. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:kth:diva-278693.

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Transcription factors (TFs) are key regulatory proteins that regulate transcriptionthrough precise, but highly variable binding events to cis-regulatory elements.The complexity of their regulatory patterns makes it difficult to determinethe roles of different TFs, a task which the field is still struggling with.Experimental procedures for this purpose, such as knock out experiments, arehowever costly and time consuming, and with the ever-increasing availabilityof sequencing data, computational methods for inferring the activity of TFsfrom such data have become of great interest. Current methods are howeverlacking in several regards, which necessitates further exploration of alternatives. A novel tool for estimating the activity of individual TFs over time fromlongitudinal mRNA expression data was in this project therefore put togetherand tested on data from Mus musculus liver and brain. The tool is based onprincipal component analysis, which is applied to data subsets containing theexpression data of genes likely regulated by a specific TF to acquire an estimationof its activity. Though initial tests on 17 selected TFs showed issues withunspecific trends in the estimations, further testing is required for a statementon the potential of the estimator.
Transcriptionsfaktorer (TFer) är viktiga regulatoriska protein som reglerar transkriptiongenom att binda till cis-regulatoriska element på precisa, menmycketvarierande vis. Komplexiteten i deras regulatoriska mönster gör det svårt attavgöra vilka roller olika TFer har, vilket är en uppgift som fältet fortfarandebrottas med. Experimentella procedurer i detta syfte, till exempel "knockout"experiment, är dock kostsamma och tidskrävande, och med den evigt ökandetillgången på sekvenseringsdata har metoder för att beräkna TFers aktivitetfrån sådan data fått stort intresse. De beräkningsmetoder som finns idag bristerdock på flera punker, vilket erfordrar ett fortsatt sökande efter alternativ. Ett nytt vektyg för att upskatta aktiviteten hos individuella TFer över tidmed hjälp av longitunell mRNA-uttrycksdata utvecklades därför i det här projektetoch testades på data från Mus musculus lever och hjärna. Verktyget ärbaserat på principalkomponentsanalys, som applicerades på set med uttrycksdatafrån gener sannolikt reglerade av en specifik TF för att erhålla en uppskattningav dess aktivitet. Trots att de första testerna för 17 utvalda TFer påvisadeproblem med ospecifika trender i upskattningarna krävs forsatta tester för attkunna ge ett tydligt svar på vilken potential estimatorn har.

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Rojas, Andrés. "Le facteur de transcription TFIIA : localisation et interactions." Sherbrooke : Université de Sherbrooke, 1999.

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Kaida, Ning. "Biological insights of transcription factor through analyzing ChIP-Seq data." Thesis, University of British Columbia, 2009. http://hdl.handle.net/2429/21733.

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ChIP-Seq is a technology for detecting in vivo transcription factor binding sites or histone modification sites on a genome wide scale. How to utilize the large scale data and find out biological insights is a challenging question for us. Here, we analyzed three ChIP-Seq data sets for human HeLa cell, includ ing data of a transcription factor called STAT1, data of RNA polymerase II (Po12), and data of histone monomethylation (Mel). With these data sets, we looked into the spacial relationship between STAT1 binding sites, Po12 binding sites, Mel flanked regions and the gene transcription start sites; we checked the intersection of locations of STAT1 binding sites, Po12 bind ing sites and Mel flanked regions; we did de novo motif discovery for the sequences around the STAT1 binding sites, and predicted several transcription factors whose binding sites may form cis-regulatory module with STAT1 binding site; we put the STAT1-centered sequences into different categories based on their spacial relationship with Po12 binding sites and Mel flanked regions, and found that the de novo discovered motifs’ occurrence rates are different in sequences of different categories; we also analyzed the ChIP-Seq data along with gene expression data, and found that STAT1 binding may be related with genes’ differential expression under IFN-gamma stimulation. We suggest that further ChIP-Seq experiment be carried out for TFs corresponding to the de novo predicted motifs, and that gene expression be characterized for the IFN-gamma stimulated HeLa cell on the whole genome scale.

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Ning, Kaida. "Biological insights of transcription factor through analyzing ChIP-Seq data." Thesis, University of British Columbia, 2009. http://hdl.handle.net/2429/38531.

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ChIP-Seq is a technology for detecting in vivo transcription factor binding sites or histone modification sites on a genome wide scale. How to utilize the large scale data and find out biological insights is a challenging question for us. Here, we analyzed three ChIP-Seq data sets for human HeLa cell, including data of a transcription factor called STAT1, data of RNA polymerase II (Pol2), and data of histone monomethylation (Me1). With these data sets, we looked into the spacial relationship between STAT1 binding sites, Po12 binding sites, Me1 flanked regions and the gene transcription start sites; we checked the intersection of locations of STAT1 binding sites, Pol2 binding sites and Me1 flanked regions; we did de novo motif discovery for the sequences around the STAT1 binding sites, and predicted several transcription factors whose binding sites may form cis-regulatory module with STAT1 binding site; we put the STAT1-centered sequences into different categories based on their spacial relationship with Pol2 binding sites and Me1 flanked regions, and found that the de novo discovered motifs’ occurrence rates are different in sequences of different categories; we also analyzed the ChIP-Seq data along with gene expression data, and found that STAT1 binding may be related with genes’ differential expression under IFN-gamma stimulation. We suggest that further ChIP-Seq experiment be carried out for TFs corresponding to the de novo predicted motifs, and that gene expression be characterized for the IFN-gamma stimulated HeLa cell on the whole genome scale.

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Kibet, Caleb Kipkurui. "Analysis of transcription factor binding specificity using ChIP-seq data." Thesis, Rhodes University, 2014. http://hdl.handle.net/10962/d1013131.

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Transcription factors (TFs) are key regulators of gene expression whose failure has been implicated in many diseases, including cancer. They bind at various sites at different specificity depending on the prevailing cellular conditions, disease, development stage or environmental conditions of the cell. TF binding specificity is how well a TF distinguishes functional sites from potential non-functional sites to form a useful regulatory network. Owing to its role in diseases, various techniques have been used to determine TF binding specificity in vitro and in vivo, including chromatin immuno-precipitation followed by massively parallel sequencing (ChIP-seq). ChIP-seq is an in vivo technique that considers how the chromatin landscape affects TF binding. Motif enrichment analysis (MEA) tools are used to identify motifs that are over-represented in ChIP-seq peak regions. One such tool, CentriMo, finds over-represented motifs at the center since peak calling software are biased to declaring binding regions centered at the TF binding site. In this study, we investigate the use of CentriMo and other MEA tools to determine the difference in motif enrichment attributed presence of Chronic Myeloid leukemia (CML)), treatment with Interferon (IFN) and Dexamethasone (DEX) compared to control based on Fisher’s exact test; using uniform peaks ChIP-seq data generated by the ENCODE consortium. CentriMo proved to be capable. We observed differential motif enrichment of TFs with tumor promoter activity: YY1, CEBPA, Egr1, Cmyc family, Gata1 and JunD in K562 while Stat1, Irf1, and Runx1 in Gm12878. Enrichment of CTCF in Gm12878 with YY1 as the immuno-precipitated (ChIP-ed) factor and the presence of significant spacing (SpaMo analysis) of CTCF and YY1 in Gm12878 but not in K562 could show that CTCF, as a repressor, helps in maintaining the required YY1 level in a normal cell line. IFN might reduce Cmyc and the Jun family of TFs binding via the repressive action of CTCF and E2f2. We also show that the concentration of DEX treatment affects motif enrichment with 50nm being an optimum concentration for Gr binding by maintaining open chromatin via AP1 TF. This study has demonstrated the usefulness of CentriMo for TF binding specificity analysis.

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Ameur, Adam. "A Bioinformatics Study of Human Transcriptional Regulation." Doctoral thesis, Uppsala universitet, Centrum för bioinformatik, 2008. http://urn.kb.se/resolve?urn=urn:nbn:se:uu:diva-9346.

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Regulation of transcription is a central mechanism in all living cells that now can be investigated with high-throughput technologies. Data produced from such experiments give new insights to how transcription factors (TFs) coordinate the gene transcription and thereby regulate the amounts of proteins produced. These studies are also important from a medical perspective since TF proteins are often involved in disease. To learn more about transcriptional regulation, we have developed strategies for analysis of data from microarray and massively parallel sequencing (MPS) experiments. Our computational results consist of methods to handle the steadily increasing amount of data from high-throughput technologies. Microarray data analysis tools have been assembled in the LCB-Data Warehouse (LCB-DWH) (paper I), and other analysis strategies have been developed for MPS data (paper V). We have also developed a de novo motif search algorithm called BCRANK (paper IV). The analysis has lead to interesting biological findings in human liver cells (papers II-V). The investigated TFs appeared to bind at several thousand sites in the genome, that we have identified at base pair resolution. The investigated histone modifications are mainly found downstream of transcription start sites, and correlated to transcriptional activity. These histone marks are frequently found for pairs of genes in a bidirectional conformation. Our results suggest that a TF can bind in the shared promoter of two genes and regulate both of them. From a medical perspective, the genes bound by the investigated TFs are candidates to be involved in metabolic disorders. Moreover, we have developed a new strategy to detect single nucleotide polymorphisms (SNPs) that disrupt the binding of a TF (paper IV). We further demonstrated that SNPs can affect transcription in the immediate vicinity. Ultimately, our method may prove helpful to find disease-causing regulatory SNPs.

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Rojas, Andrés. "Le facteur de transcription TFIIA localisation et interactions." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1999. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk1/tape7/PQDD_0021/MQ56964.pdf.

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Sii, Felice Karine. "Régulation par phosphorylation du facteur de transcription MafA." Paris 7, 2005. http://www.theses.fr/2005PA077081.

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Ayadi, Abdelkader. "Etudes in vivo du facteur de transcription net." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2000. http://www.theses.fr/2000STR13152.

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Les facteurs de complexes ternaires (tcfs), net, elk-1 et sap-1, appartiennent a la famille des facteurs de transcription ets. Ces tcfs sont des cibles des voies map kinases, et regulent la transcription en interagissant notamment avec des sequences cibles d'adn, les sres. Ces sres sont presents au sein des promoteurs des genes a reponse precoce, comme c-fos, junb ou egr-1. Cependant en depit de nombreuses etudes, les fonctions in vivo de ces tcfs, ne sont pas etablies. Les travaux effectues dans le cadre de cette these ont vise a caracteriser les fonctions in vivo du facteur de transcription net. Les analyses d'expression au cours du developpement embryonnaire murin suggerent, que net pourrait etre implique dans la formation du cartilage et dans le developpement du systeme vasculaire. La mutation du gene net par recombinaison homologue chez la souris, entraine une pathologie vasculaire se traduisant par un defaut de drainage lymphatique. De plus, ces souris mutantes surexpriment le gene egr-1 notamment au niveau des arteres pulmonaires. L'expression de egr-1 est connue pour etre associee a des pathologies vasculaires obstructives, comme l'atherosclerose et les thromboses. L'ensemble de ces resultats indiquent donc que net est implique dans la biologie vasculaire et dans la regulation du gene egr-1.

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Hamard, Pierre Jacques. "Contribution à l'étude du facteur de transcription ATF7." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2005. https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2005/HAMARD_Pierre_Jacques_2005.pdf.

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Les protéines ATF7 sont des protéines à leucine-zipper caractérisées par leur capacité à se fixer sur les séquences ATF/CRE (TGACGTCA) de différents promoteurs précoces d'adénovirus et de certains gènes cellulaires. Elles sont capables d'interagir avec certains membres de la famille des oncoprotéines Jun/Fos et de moduler leurs activités. Pour préciser le rôle d'ATF7 dans les mécanismes d'activation transcriptionnelle, nous avons analysé ses relations avec les hsTAFs, des protéines qui font partie de plusieurs complexes multiprotéiques comme le complexe TFIID. Nos résultats indiquent que l'activité transcriptionnelle d'ATF7 est spécifiquement relayée par hsTAF12, principalement par l'isoforme de 20 kDa. De plus ATF7 et hsTAF12 interagissent in vivo et l'intégrité du domaine activateur amino-terminal d'ATF7 et du motif "histone-fold" de hsTAF12 sont indispensables à cette interaction. Nous montrons enfin que la transactivation relayée par hsTAF12 est spécifiquement inhibée par hsTAF4 (son partenaire d'hétérodimérisation au sein de TFIID) mais pas par hsTAF4b, un homologue tissu-spécifique de hsTAF4. Parmi les protéines interagissant et modulant l'activité d'ATF7, notre équipe a détecté la protéine Ubc9, une enzyme clé de la voie de SUMOylation. Par ailleurs, nous avons identifié dans la partie amino-terminale d'ATF7 un motif consensus d'un site de SUMOylation et montré que la protéine est SUMOylée, à la fois par des expériences in vitro et in vivo. Nous avons observé que la localisation intracellulaire d'ATF7 était dépendante de sa SUMOylation : nos résultats suggèrent qu'ATF7 ne serait présent dans le noyau qu'à l'état dé-SUMOylé ; la SUMOylation cytoplasmique d'ATF7 induirait sa séquestration au niveau des complexes des pores nucléaires (NPC). Nous avons notamment mis en évidence, par des expériences d'immunomarquage, une colocalisation d'ATF7 avec une protéine des NPC, RanBP2. Cette dernière est également une enzyme E3 de la voie de SUMOylation qui augmente spécifiquement la SUMOylation d'ATF7 in vitro. De plus, une protéine ATF7 non SUMOylable (mutée au niveau de son site unique de SUMOylation) présente une activité transcriptionnelle nettement supérieure à celle de la protéine SUMOylée. Des expériences d'immunoprécipitation de chromatine (ChIP) ont également révélé que la SUMOylation d'ATF7 diminue sa présence au niveau de ses promoteurs cibles
ATF7 proteins, which are members of the b-Zip family of transcription factors, are able to bind ATF/CRE sequences (TGACGTCA) within different early adenoviral or cellular promoters. ATF7 can interact with the family of Jun/Fos oncoproteins and modulate their activities. To get an insight into the transactivation mechanism mediated by ATF7, we analyzed its relations with hsTAFs proteins, which are components of several multiproteic complexes like TFIID. Our results show that transactivation by ATF7 is specifically mediated by hsTAF12, mainly by its 20-kDa isoform. Moreover, ATF7 and hsTAF12 interact in vivo : the integrity of the ATF7 amino-terminal activation domain and of the hsTAF12 "histone-fold" domain is required for this interaction. We show that hsTAF12 mediated transactivation is specifically inhibited by hsTAF4 (its heterodimerization partner within TFIID), and not by hsTAF4b, a tissue-specific hsTAF4 homolog. Ubc9, a protein involved in the SUMOylation pathway, was found among the proteins interacting with ATF7 and modulating its activity. We have identified a consensus SUMOylation site within the N-terminal part of ATF7 and demonstrate that ATF7 is SUMOylated both by in vitro and in vivo experiments. Moreover, our results reveal that the intracellular localization of ATF7 is affected by its SUMOylation : ATF7 is found in the nucleus only in a de-SUMOylated form ; the cytoplasmic SUMOylation of ATF7 likely induces its sequestration at the level of the nuclear pore complexes (NPC). Using immunohistochemistry assays, we observe a colocalization between ATF7 and RanBP2, a protein of the NPC, which is an E3 ligase of the SUMOylation pathway. Accordingly, RanBP2 is able to stimulate ATF7 SUMOylation in vitro. This NPC targeting seems to influence ATF7 transactivation activity as an ATF7 mutant, whose SUMOylation is impaired, is more active than its SUMOylated counterpart. These results correlate with our chromatin-immunoprecipitation (ChIP) experiments, which show that the occupancy of a target promoter by ATF7 is highest in the presence of the unSUMOylated protein

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Falha, Layal. "Implication du facteur de transcription dans Nkx2.2 gliomagenesis." Thesis, Montpellier 2, 2014. http://www.theses.fr/2014MON20065.

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Glioblastome représente la tumeur la plus courante du cerveau primaire avec une survie de moins de 2 ans. Ces tumeurs sont très infiltrantes et angiogéniques et contiennent une sous population de cellules souches cancéreuses. Nkx2.2 est un homéodomaine facteur de transcription, impliqué dans la formation d'oligodendrocytes au cours du développement. Nkx2.2 joue un rôle central dans la tumorogenèse de Ewing'sarcoma. L'utilisation de la QPCR et de la matrice du tissu de gliome, nous a permis de mettre en évidence la forte expression de Nkx2 dans le glioblastome. Nkx2.2 a également été détecté dans 3 cultures de cellules de gliomes où il est co-exprimé avec des marqueurs de cellules souches tels que CD133 et CD15. Il a été récemment proposé que la surexpression de Nkx2.2 pourrait induire à la différenciation oligodendrocytaire de la cellule du gliome tige-comme et au blocage de la formation des tumeurs dans la xénotransplantation (Cancer Res fév 2011 1; 71 (3): 1135-1145). Pour explorer cette possibilité, nous avons utilisé des rétrovirus pour surexprimer Nkx2.2 dans nos cultures cellulaires. De manière surprenante, nous avons trouvé que Nkx2.2, induit la prolifération des cellules souches du gliome et n'a en conséquent aucun effet de différenciation. Microarray analyses a confirmé que la surexpression de Nkx2.2 n'a en effet aucune influence sur la différenciation des oligodendrocytes. Cette analyse a également révélé que Nkx2.2 était capable d'induire une forte expression de YKL-40 40 dans le surnageant des cellules souches du gliome. YKL-40 est en fait, une glycoprotéine sécrétée et impliquée dans l'inflammation, l'angiogenèse et la prolifération. Elle est souvent associée à un mauvais pronostic dans plusieurs types de cancers. En outre, nous avons effectué une transplantation orthotopique afin d'explorer le rôle de Nkx2.2 dans la gliomagenèse in vivo et avons constaté que Nkx2.2 ne réduit pas l'agressivité du glioblastome.Dans l'autre partie de ma thèse, nous avons utilisé la gamme Taqman à basse densité et la validation des miRNA par la Qpcr afin de chercher ces derniers dans la culture cellulaire du glioblastome humain. Nous avons ensuite étudié le rôle des miARN dans la transcription de 3'UTR de Nkx2.2. Les résultats d'analyse de la mutagénèse dirigée (SDM) et de la double-luciférase ont montré que l'expression de Nkx2.2 est régulée par la diminution de mir-133b ainsi que celle de mir-202
Glioblastoma represent the most common primary brain tumor with an overall survival of less than 2 years. These tumors are highly infiltrative and angiogenic and contain a sub population of cancer stem cells. Nkx2.2 is a homeodomain transcription factor which is implicated in the formation of oligodendrocytes during development. Nkx2.2 is central in tumorogenesis of Ewing'sarcoma. Using QPCR and glioma tissue array, we found that Nkx2.2 is highly expressed in glioblastoma. Nkx2.2 was also detected in 3 glioma stem-like cell cultures (neurospheres) where it is co-expressed with stem cell markers such as CD133 and CD15. It was recently proposed that overexpression of Nkx2.2 could induce terminal oligodendrocytic differentiation of glioma stem-like cell and inhibit tumor formation in xenotransplantation (Cancer Res. 2011 Feb 1;71(3):1135-45).To explore this possibility further, we used retroviruses to overexpress Nkx2.2 in our cell cultures. Surprisingly, we found that Nkx2.2, induce glioma stem cell proliferation and had no oligodendrocyte differentiating effect. Microarray analyses confirmed that Nkx2.2 overexpression had no influence in oligodendrocyte differentiation. This analysis further revealed that Nkx2.2 was able to induce a strong expression of YKL40 protein in the supernatant of glioma stem cells and increase YKL-40 promoter activity. YKL-40 is a secreted glycoprotein which is involved in inflammation, angiogenesis and proliferation and which is often associated with a bad prognosis in several cancers. In addition, we performed orthotopic transplantation to explore the role of Nkx2.2 in gliomagenesis in vivo and found that Nkx2.2 did not reduce the aggressiveness of glioblastoma. In the other part of my thesis we used Taqman low-density arrays (TLDA) and individual miRNA QPCR validation to find the microRNA (miRNA) signature in human glioblastoma cell cultures. Then we investigated the role of miRNA in the 3'UTR of Nkx2.2 transcript. Site directed mutagenesis (SDM) and dual-Luciferase reporter assay results showed that the Nkx2.2 expression is downregulated by mir-133b and mir-202

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Pino, Steven C. "Role of Endoplasmic Reticulum Stress Response Signaling in T Cells: A Dissertation." eScholarship@UMMS, 2008. https://escholarship.umassmed.edu/gsbs_diss/381.

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T cells play a central role in cellular-mediated immunity and must become activated to participate as effector cells in the immune response. The activation process is highly intricate and involves stimulation of a number of downstream signaling pathways enabling T cells to proliferate and produce cytokines that are vital for proper effector function. This increase in protein production and protein folding activity adds to the normal physiological strain on cellular machinery. One cellular compartment that has generated a mechanism to mitigate the stress induced by increased protein production is the endoplasmic reticulum (ER). In general, an increase in cellular production of proteins that overwhelms a cell’s protein folding capability can alter ER homeostasis and lead to ER stress. To counteract this stress, an adaptive cellular mechanism known as the ER stress response (ERSR) is initiated. The ERSR allows a cell to cope with normal physiological stress within the ER caused by increased protein translation. In this dissertation, we show that in vitro and in vivoT cell activation involving T cell receptor (TCR) ligation in the presence of costimulation initiates the physiological ERSR. Interestingly, the ERSR was also activated in T cells exposed only to TCR ligation, a treatment known to induce the ‘non-responsive’ states of anergy and tolerance. We further identified a key component of the downstream TCR signaling pathway, protein kinase C (PKC), as an initiator of physiological ERSR signaling, thus revealing a previously unknown role for this serine/threonine protein kinase in T cells. Therefore, induction of the physiological ERSR through PKC signaling may be an important ‘preparatory’ mechanism initiated during the early activation phase of T cells. If ER stress is persistent and ER homeostasis is not reestablished, physiological ER stress becomes pathological and initiates cellular death pathways through ER stress-induced apoptotic signaling. We further present data demonstrating that absence of functional Gimap5, a putative GTPase implicated to play a role in TCR signaling and maintenance of overall T cell homeostasis, leads to pathological ER stress and apoptosis. Using the BioBreeding diabetes-prone (BBDP) rat, a model for type 1 diabetes (T1D), we link pathological ER stress and ER stress-induced apoptotic signaling to the observed T cell lymphopenic phenotype of the animal. By depleting the ER stress apoptotic factor CHOP with siRNA, we were able to protect Gimap5-/-BBDP rat T cells from ER stress-induced death. These findings indicate a direct relationship between Gimap5 and maintenance of ER homeostasis for T cell survival. Overall, our findings suggest that the ERSR is activated by physiological and pathological conditions that disrupt T cell homeostasis. TCR signaling that leads to PKC activation initiates a physiological ERSR, perhaps in preparation for a T cell response to antigen. In addition, we also describe an example of pathological ERSR induction in T cells. Namely, we report that the absence of functional Gimap5 protein in T cells causes CHOP-dependent ER stress-induced apoptosis, perhaps initiated by deregulation of TCR signaling. This indicates a dual role for TCR signaling and regulation in the initiation of both the physiological and pathological ERSR. Future research that provides insights into the molecular mechanisms that govern ERSR induction in TCR signaling and regulation may lead to development of therapeutic modalities for treatment of immune-mediated diseases such as T1D.

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Zhu, Cong. "GENE REGULATORY NETWORKS OF AGL15 A PLANT MADS TRANSCRIPTION FACTOR." UKnowledge, 2005. http://uknowledge.uky.edu/gradschool_diss/446.

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Plant embryogenesis is an intriguing developmental process that is controlled by many genes. AGAMOUS Like 15 (AGL15) is a MADS-domain transcriptional regulator that accumulates preferentially during this stage. However, at the onset of this work it was unknown which genes are regulated by AGL15 or how AGL15 is regulated. This dissertation is part of the ongoing effort to understand the biological roles of AGL15. To decipher how AGL15 functions during plant development, a chromatin immunoprecipitation (ChIP) approach was adapted to obtain DNA fragments that are directly bound by AGL15 in vivo. Putative AGL15 targets were isolated, and binding and regulation was confirmed for one such target gene, ABF3. In addition, microarray experiments were performed to globally assess genes that are differentially expressed between wild type and agl15 young seeds. Among them, a gene, At5g23405, encoding an HMGB domain protein was identified and its response to AGL15 was confirmed. Preliminary results suggest that the loss-of-function of At5g23405 might have an effect on somatic embryogenesis, consistent with AGL15 repression of the expression of this gene. Lastly, to address the question about how the regulator is regulated, the cis elements controlling the expression of AGL15 must be identified. Deletion analysis of the AGL15 promoter indicated the presence of putative positive and negative cis elements contributing to the expression of AGL15. Further analysis suggested that AGL15 regulates the expression of its own gene and this regulation may partially be explained by the direct binding of the protein to the AGL15 promoter. The data presented in this dissertation demonstrate that ChIP can be used to identify previously unsuspected targets of AGL15. Based on ChIP, a ChIP-chip technique is being developed in the lab to allow a more global analysis of in vivo binding sites. The identification of target genes and cis elements in AGL15 promoter is a step towards characterization of the biological roles of AGL15.

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Chen, Xi. "The DNA-binding specificity of forkhead transcription factors." Thesis, University of Manchester, 2012. https://www.research.manchester.ac.uk/portal/en/theses/the-dnabinding-specificity-of-forkhead-transcription-factors(bc02fd29-30d0-47da-9b4f-448687504463).html.

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The healthy development of a living cell requires precise spatial-temporal gene expression. The code that dictates when and where genes are expressed is stored in a pattern of specific sequence motifs, which can be recognised by transcription factors. Understanding the interaction between these DNA sequence motifs and transcription factors will help to elucidate how genomic sequences build transcriptional control networks. However, the DNA-binding specificities of ~1400 human transcription factors are largely unknown. The in vivo DNA-binding events of transcription factors involve great subtlety, because most transcription factors recognise degenerate sequence motifs and related transcription factors often prefer similar or even identical sequences. Forkhead transcription factors exemplify these challenges. To understand how members within the Forkhead transcription factor family gain their binding and functional specificities, we used chromatin immunoprecipitation coupled with high-throughput sequencing (ChIP-seq) to interrogate the genome-wide chromatin binding events of three Forkhead transcription factors: FOXM1, FOXO3 and FOXK2. We find that FOXM1 specifically binds to the promoters of a large array of genes whose activities peak at the G2 and M phases of the cell cycle. The canonical Forkhead consensus GTAAACA is not enriched within the FOXM1 cistrome. It gains its own specific binding events and biological functions by interacting and cooperating with the MMB complex. FOXO3 and FOXK2 are recruited to chromatin by the canonical Forkhead consensus GTAAACA, and they bind both shared and specific regions in the genome. FOXO3 mostly binds to the regions which are also bound by FOXK2, but no competitive or assisted binding between FOXO3 and FOXK2 is detected within those regions. Overall, these results help explain how individual members of the Forkhead transcription factor family gain binding specificity within the genome yet raises new questions of how functional specificity is achieved by other family members.

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Jawhari, Anass. "Etude structure-fonction du facteur de transcription/réparation TFIIH." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2003. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2003/JAWHARI_Anass_2003.pdf.

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DE, GRAEVE FABIENNE. "Etude de differents partenaires du facteur de transcription atfa." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1999. http://www.theses.fr/1999STR13089.

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LI, XIAOYAN. "Purification et clonage du facteur de transcription nf-y." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1992. http://www.theses.fr/1992STR13017.

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Nf-y est une proteine critique pour l'expression des genes eucariotiques. Nous avons purifie les sous-unites a et b de cette proteine; et en utilisant les techniques de microsequences et de pcr, nous avons clone les adnc correspondants. Nf-ya et nf-yb presentent des reghions d'homologie avec les facteurs de transcription hap2 et hap3 de la levure. Cependant, a l'oppose de ces proteines, les deux sous-unites murines sont necessaires et suffisantes pour la fixation sur une sequence caat (et l'activation transcriptionnelle). Les genes correspondant ne sont pas lies au niveau du genome. Nf-ya est situe sur le chromosome 6 chez l'homme et sur le chromosome 12 chez la souris; nf-yb est localise sur les chromosomes 12 et 10 respectivement. L'organisation genomique de ces genes permet de mieux comprendre l'organisation fonctionnelle des proteines. Nous avons egalement mis en evidence l'existence d'isoformes resultant d'epissage alternatif du a la specificite cellulaire. Ces variations n'influencent pas la liaison a l'adn ou les interactions entre sous-unites; car la region alternative est situee dans le domaine d'activation riche en glutamine. Nous avons egalement essaye de cloner nf-y a partir de differentes especes afin de poursuivre son histoire evolutive; et par comparaison des sequences conservees, d'identifier les domaines probablement importants

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Rouaud, Florian. "Implication du facteur de transcription E2F1 dans le mélanome." Thesis, Nice, 2015. http://www.theses.fr/2015NICE4130.

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Le mélanome est le cancer cutané le plus meurtrier. Il est issu de la transformation maligne des mélanocytes et se dissémine rapidement dans l'organisme sous forme de métastases. A ce stade, ce cancer est réfractaire à pratiquement toutes les thérapies. Ainsi, l'identification de nouvelles cibles thérapeutiques est donc incontournable pour la mise en place de biothérapies spécifiques dans le mélanome. Dans ce contexte, nous nous sommes intéressés au facteur de transcription E2F1 qui joue un rôle prépondérant dans le cycle cellulaire. Plus récemment, il lui a été identifié divers rôles dans les fonctions cellulaires. Ainsi, nous avons cherché à caractériser son implication dans le mélanome. Nous avons observé que E2F1 est faiblement exprimé dans les cellules saines de la peau. En revanche, elle est fortement exprimée dans le mélanome, et est corrélée à un mauvais pronostic clinique. Ainsi, nous avons montré que son inhibition réduisait la viabilité de cellules de mélanomes in vitro et in vivo dû à un arrêt du cycle cellulaire de la sénescence et d'une apoptose. Ces processus semblent être dépendants de la voie p53. Ce travail a permis de caractériser E2F1 comme une potentielle cible thérapeutique dans le mélanome non muté p53. En parallèle, nous avons initié une collaboration avec le Dr Slama-Schwok dont l'étude portait sur un composé appelé NS1, un inhibiteur de la NO-Synthase. Ce composé présente une activité anti-mélanome in vitro. En effet, il induit un stress du réticulum endoplasmique lui même conduisant à une autophagie partielle et une mort des cellules par apoptose. Ce projet ouvre de nouvelles perspectives pour le traitement du mélanome métastatique
Melanoma is the most deadly form of skin cancer. It originates from malignant transformation of melanocytes and quickly disseminates as metastasis through the body. At this stage, this cancer is refractory to almost all therapies. Thus, new therapeutic target identification is needed for setting up specific biotherapies against melanoma. In this context, we focused on E2F1 transcription factor which plays a critical role in cell cycle. Recently, it was also implicated in several cell functions. So we aimed at characterizing its implication in melanoma. We observed that E2F1 is weakly expressed in normal skin cells. On the contrary, it is strongly expressed in melanoma and its expression correlates with a bad clinical prognosis. We also showed that E2F1 inhibition decreased melanoma cell viability in vitro and in vivo, as a result of cell cycle arrest, senescence and apoptosis. These processes seem to depend on p53 pathway. With this work we characterized E2F1 as a potential therapeutic target in non-mutated p53 melanoma. In parallel, we initiated a collaboration with Dr Slama-Schwok for studying NS1 compound, a NO-synthase inhibitor. This compound presents an in vitro anti-melanoma activity. Indeed, it induces endoplasmic reticulum stress, which leads to partial autophagy and cell death by apoptosis. This work opens new perspectives for metastatic melanoma treatment

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Fauveau, Mélissa. "Fonction du facteur de transcription Sox17 dans la myélinisation." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066281.

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SOX17 est un facteur de transcription à motif HMG-box, du sous-groupe SoxF, identifié comme étant un nouveau régulateur du développement oligodendrocytaire. L’expression de SOX17 est maximale au stade oligodendrocyte pré-myélinisant. In vitro, les approches de gain et perte de fonction de Sox17 suggèrent que ce facteur favorise la sortie de cycle et/ou la différenciation des OPCs (Sohn et al., 2006). In vivo, la fonction de SOX17 dans la prolifération et la différenciation des OPCs, restait à déterminer. Afin d’établir le rôle de SOX17 in vivo, nous avons généré un modèle de souris transgénique de surexpression inductible sous le contrôle du promoteur Sox10 (système Tet-On). Après traitement à la doxycycline, la surexpression de Sox17 est effective dans les cellules oligodendrogliales du système nerveux central (SNC) et les dérivés des crêtes neurales du système nerveux périphérique (SNP). Les souris TetSox17;Sox10rtTA/+ présentent un phénotype moteur sévère. Nos données montrent que la surexpression de Sox17 induit un délai de la différenciation des OPCs causant une hypomyélinisation de la moelle épinière. L’analyse de la myélinisation chez les souris KO conditionnel, Cnpase-cre;Sox17flox/flox, révèle que Sox17 n’est pas nécessaire à la myélinisation du SNC. De plus, au sein du SNP, le gain de fonction Sox17 provoque un défaut du processus de radial sorting et un blocage des cellules de Schwann au stade pro-myélinisant, résultant en une inhibition de la myélinisation. Nos résultats indiquent une fonction stade-dépendant de Sox17 sur la progression du lignage oligodendrocytaire et identifie Sox17 comme un nouveau régulateur du développement de la cellule de Schwann
In the central nervous system (CNS), myelination is timely regulated by oligodendroglial cell lineage progression. During development, the transition from proliferative/migrating oligodendrocyte precursor cells (OPCs) towards myelinating oligodendrocytes occurs through OPC cycle exit and differentiation. The HMG-box transcription factor Sox17 was previously identified as a new regulator of oligodendrocyte development. The expression of Sox17 peaks at the pre-myelinating stage. In vitro gain- and loss-of-function experiments showed that Sox17 promotes OPC cycle exit and differentiation (Sohn et al., 2006). However in vivo, the function of Sox17 in oligodendrocyte development has not been reported. In the present, we generated a transgenic mouse model overexpressing Sox17 in Sox10+ cells, in a doxycycline (DOX)-inducible manner (Tet-ON system). After DOX treatment, gain of Sox17 function was effective in oligodendroglial cells and neural crest derivatives. Interestingly, Sox17-overexpressing mice exhibited severe motor deficits. Our results demonstrated that SOX17 overexpression induces a delay of OPC differentiation, leading to a severe hypomyelination in the developing spinal cord. Furthermore, our analysis of Cnpase-cre;Sox17flox/flox conditional null mice showed that Sox17 is not required for CNS myelination. Remarkably, our data revealed that Sox17 overexpression inhibits PNS myelination, due to defects of radial sorting and inhibition of Schwann cell at the pro-myelinating stage. Altogether, our data provide new insights into stage-specific functions of Sox17 in oligodendroglial cells and identify Sox17 as a potential regulator of Schwann cell development

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Ngondo, Richard Patryk. "Caractérisation du potentiel régulateur du facteur de transcription ZNF143." Thesis, Strasbourg, 2013. http://www.theses.fr/2013STRAJ078.

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Des données suggéraient que le facteur de transcription ZNF143 régule l’expression de milliers de gènes mais très peu d’informations étaient disponibles sur les gènes cibles, réseaux de gènes, processus biologiques et mécanismes impliquant ZNF143. Pour mon travail de thèse je me suis intéressé au potentiel régulateur de ce facteur en particulier chez l’homme. Mon projet de recherche a premièrement consisté à identifier toutes les cibles génomiques de ZFN143 puis à caractériser fonctionnellement cet interactome. Les résultats obtenus ont permis d’identifier plus de 3000 gènes cibles de ZNF143, principalement impliqués dans des processus liés à la croissance cellulaire. Mes travaux ont aussi permis de mettre à jour de nouveaux mécanismes de régulation impliquant ce facteur. En effet, nous avons démontré que les facteurs de transcription ZNF143, THAP11 et Notch1 modulent l’expression d’un répertoire commun de gènes via des sites de liaison à l’ADN chevauchant. Nous avons aussi montré que ZNF143 joue un rôle essentiel dans l’expression des gènes dirigés par des promoteurs bidirectionnels et qu’il est aussi impliqué dans une boucle d’autorégulation transcriptionnelle de son expression
Numerous data were suggesting that the transcription factor ZNF143 regulates the expression of thousand of genes. However, nothing was known about the genome wide regulatory networks, biological processes and transcriptional mechanisms involving this factor.For my PhD thesis I was interested in exploring the regulatory potential of the ZNF143 transcription factor in human. The goal of my project was to identify all the genomic targets of this factor and functionally characterize this ZNF143-DNA interactome. The results I obtained allowed us to identify more than 3000 genes targeted by ZNF143, mainly involved in biological processes linked to cell proliferation. My work also led us to discover new transcriptional mechanisms involving ZNF143. We demonstrated that the transcription factors ZNF143, THAP11 and Notch1 modulate the expression of a common set f gene via overlapping DNA binding sites. Moreover, we also showed that ZNF143 in essential for the divergent expression of genes from bidirectional promoters and that its expression is regulated through auto-regulatory feedback loop

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Humbert, Sandrine. "Etude du facteur tfiih, un facteur implique dans la transcription et la reparation de l'adn." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 1996. http://www.theses.fr/1996STR13052.

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Chez les eucaryotes, la transcription des genes codant pour les proteines est l'un des principaux sites de regulation de l'expression de l'information genetique. Cette etape necessite la presence de proteines, les facteurs generaux de transcription, qui s'associent a l'arn polymerase ii sur le promoteur. Tfiih est un facteur general de transcription constitue de plusieurs sous-unites. Nous avons caracterise les sous-unites p89/ercc3, p62, p44 et p34 et montre que plusieurs d'entre elles sont a la fois impliquees dans la transcription et dans la reparation de l'adn par le systeme d'excision-resynthese de nucleotides. Tfiih possede plusieurs activites enzymatiques. Les activites helicase et atpase de tfiih sont dues a la sous-unite p89/ercc3. Finalement, les sequences codantes pour p44 et p34 possedent des motifs en doigt de zinc qui pourraient determiner la fixation de tfiih a l'adn lors des mecanismes de reparation et de transcription

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Guillemot, Laurent. "Régulation de l'expression du gène de la cycline D1 par l'angiotensine II dans les cellules CHO-AT1A : rôle de la protéine tyrosine phosphatase SHP-2." Paris 11, 2001. http://www.theses.fr/2001PA11T025.

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L'activation de l'expression de la cycline Dl en réponse à des facteurs mitogènes est essentielle à la progression du cycle de division cellulaire en phase G1 et à l'entrée des cellules en phase S, contribuant ainsi à l'effet prolifératif de ces facteurs. L'angiotensine II (Ang II) se lie à des récepteurs à sept segments transmembranaires et exerce un effet mitogène notamment sur la lignée cellulaire CHO-ATtA, exprimant de façon stable le récepteur ATtA de rat. Dans ces cellules, l'Ang II induit l'expression de la cycline Dl d'une façon dépendante des protéines PI3-K et MAPK/ERK. Cette induction est corrélée avec l'activation transcriptionnelle du gène de la cycline D1 qui dépend des protéines Ras, Raf-1, MEK, MAPK/ERK, PI3-K et de la protéine tyrosine phosphatase SHP-2. Deux régions du promoteur du gène de la cycline Dl sont sensibles à l'activation par l'Ang II. L'activation de la région distale fait intervenir le facteur de transcription Egr-1 dont l'expression est dépendante des protéines PI3-K et MAPK/ERK. Cette expression est corrélée avec l'activation transcriptionnelle du gène du facteur Egr-1 qui dépend aussi des protéines Ras, Raf-1, MEK, MAPKIERK, PI3-K et de la protéine tyrosine phosphatase SHP-2. Ces résultats suggèrent donc que la voie de signalisation Ras/Raf-1/MEK/ERK. Et les protéines PI3-K et SHP-2 contribuent à l'expression de la cycline Dl en partie par l'induction du facteur Egr-1. Bien que le(s) facteur(s) de transcription impliqué(s) dans l'activation de la région proximale du promoteur du gène de la cycline Dl n’a (ont) pas encore été identifié(s), cette activation fait cependant également intervenir la voie de signalisation Ras/Raf-1/MEK/ERK. Et les protéines PI3-K et SHP-2. Aussi, par le rôle que joue l'Ang II dans l'activation de l'expression du gène de la cycline Dl dans les cellules CHO-ATtA, nous commençons à mieux comprendre le mécanisme cellulaire réglant l'effet mitogène de l'hormone.

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Дисертації з теми "Facteur de transcription CHOP"

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