Дисертації з теми "Etudes phénotypiques"
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Boutellis, Amina. "Etudes des variations phénotypiques et génotypiques des poux de tête et des poux de corps de l'homme." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5036.
Анотація:
Les poux sont de véritables marqueurs pour l'étude de l'évolution humaine car ils ont été associés à l’homme depuis nos ancêtres et se sont dispersés à travers le monde avec ses différentes migrations. Les poux de tête et les poux de corps ont été étudiés morphologiquement depuis longtemps. Les poux de tête vivent et pondent leurs lentes dans les cheveux tandis que les poux de corps vivent et pondent leurs lentes dans les vêtements. Ces derniers sont associés à une mauvaise hygiène de vie et sont responsables de la transmission du typhus épidémique, de la fièvre des tranchées et de la fièvre récurrente. L’un des objectifs de ma thèse était d'accroître les connaissances sur les poux de tête et les poux de corps de l’homme afin d’assurer un meilleur contrôle. Il est essentiel de déterminer si les poux de tête et les poux de corps sont allopatriques ou s’ils pourraient exister en sympatrie. Ainsi, les études d'ADN mitochondrial ont montré qu'il y a trois clades clairement divergents des poux de tête (A, B et C) et un seul clade des poux de corps qui est partagé avec les poux de tête (clade A). Chaque clade a une répartition géographique bien déterminéeLice are effective markers for studying human evolution because they have been parasitizing humans since the emergence of our hominid ancestors and have been dispersed throughout the world by early human migrations. Human head and body lice have been studied morphologically for a long time. Head lice live and lay their eggs in human hair. Body lice live and lay their eggs in clothes, are associated with poor hygiene in clothing and are responsible for the transmission of epidemic typhus, trench fever and relapsing fever. One aim of my thesis was to increase the knowledge of human head lice and body lice for a better control. It is critical to determine if head lice and body lice are allopatric, with distinct epidemiology, or if they might exist in sympatry. Then, mitochondrial DNA studies have shown that there are three clearly divergent clades of head lice (A, B and C) and that only one clade of body lice is shared with head lice (clade A). Each clade has a unique geographic distribution. During the thesis work, extensive literature survey was done to write a review. Then we aimed to establish a molecular tool in order to distinguish between head and body lice. We found that only one gene (Phum_PHUM540560 gene) was able to differentiate the two ecotypes of Pediculus humanus. Moreover, we aimed to estimate the correlation between phenotypes and genotypes among human lice, and we found that the lice phylogeny (based on intergenic spacers) was correlated to the geographic origin of lice, but no correlation between the color and the phylogeny
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Ordonez, Laurence. "Etudes phénotypiques et fonctionnelles des sous-populations T CD45RC chez l'homme : implication dans le rejet de greffe et dans l'auto-immunité." Toulouse 3, 2009. http://thesesups.ups-tlse.fr/587/.
Анотація:
Au cours de ma thèse, j'ai montré que CD45RC permet de séparer les lymphocytes T humains en sous-populations fonctionnellement distinctes. Dans la cadre des pathologies auto-immunes, nous avons montré que les patients atteints de vascularités à ANCA possèdent une plus forte proportion de lymphocytes T exprimant faiblement CD45RC (CD45RClow), population productrices de cytokines impliquées dans cette pathologie, en particulier l'IL-17. Par contre, dans le cadre de transplantation rénale, nous avons montré que l'incidence de rejet se révèle plus importante chez les receveurs possédant une forte proportion de lymphocytes T CD45RChigh avant la greffe montrant ainsi que les lymphocytes T CD45RChigh contiennent les cellules responsables du rejet. Ces résultats suggèrent que CD45RC pourrait être utilisé comme un outil diagnostique permettant de prédire le rejet de greffe afin de limiter l'utilisation des traitements immunosuppresseursDuring my PhD, I have shown that CD45RC expression allows the segregation of human CD4 and CD8 T cells in functionally different subsets. In the context of autoimmune diseases, we have shown that patients affected by ANCA vasculitis have a higher proportion of T cells expressing low amount of CD45RC (CD45RClow). Interestingly, this population produce cytokines involved in this pathology, in particular IL-17. However, in the context of kidney transplantation, we have shown that the rejection incidence is higher in recipients with a high proportion of CD45RChigh CD8 T cells before transplantation. These results suggest that CD45RChigh T cells contain cells responsible for graft rejection. Therefore, the expression level of CD45RC can be used as a diagnostic tool to predict graft rejection in order to decrease the immunosuppressive treatments
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Leconte, Mahaut. "Etude phénotypique des cellules endométriosiques profondes." Phd thesis, Université René Descartes - Paris V, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00832636.
Анотація:
L'endométriose concerne 8 à 10% des femmes en âge de procréer et est responsable de douleurs pelviennes chroniques et d'infertilité. Seule l'exérèse chirurgicale des lésions permet un traitement curatif de la maladie. Dans le cas de l'endométriose profonde avec atteinte rectale la chirurgie est extensive et associée à une morbidité significative. Les traitements médicaux reposent sur une hormonothérapie visant à bloquer la fonction ovarienne dont l'effet n'est que suspensif et transitoire. Il n'existe à ce jour aucun traitement ciblant les mécanismes à l'origine de la maladie. L'objectif de notre travail était d'explorer différents mécanismes potentiellement impliqués dans le développement de la maladie et d'identifier des molécules capables d'intervenir sur ces mécanismes. Dans un premier temps nous avons exploré le phénotype hyperprolifératif des cellules endométriosiques profondes et cherché un lien avec différentes voies métaboliques impliquées dans la prolifération cellulaire telles que le stress oxydant, la voie ERK et la voie Akt. Dans un deuxième temps, nous avons exploré le recrutement des cellules endométriales au sein de la cavité péritonéale au travers de l'interaction CXCR4-CXCL12. Des cultures cellulaires ont été réalisées à partir de prélèvements humains de nodules endométriosiques profonds, d'endomètre eutopique et d'endomètre sain. Des lames histologiques ont été préparées à partir de nodules endométriosiques profonds. Des prélèvements de liquide péritonéal de femmes endométriosiques et de témoins ont été congelés. La prolifération cellulaire a été étudiée par incorporation de thymidine tritiée. La production des FRO a été évaluée par spectrofluorimétrie. La voie ERK a été évaluée par western blot, ELISA et immunohistochimie. La voie Akt été évaluée par western blot et immunohistochimie. Nous avons montré un phénotype hyperprolifératif des cellules endométriosiques profondes en rapport avec une activation de la voie ERK par le biais du stress oxydant et à une activation de la voie Akt. Nous avons montré qu'un anti-oxydant (NAC), un inhibiteur de protéines kinases (A771726), un inhibiteur de Raf (sorafenib), un inhibiteur de mTOR (temsirolimus), un agoniste des cannabinoïdes (WIN 55212-2) et un anti-métabolite (5-FU) pouvaient contôler la prolifération des cellules endométriosiques profondes in vitro et la progression de nodules endométriosiques profonds implantés dans des souris Nudes. L'interaction CXCR4-CXCL12 a été étudiée par western blot, analyse de migration, cytométrie de flux et ELISA. Nous avons montré une attraction spécifique des cellules endométriosiques profondes sur-exprimant le CXCR4 par la chimiokine CXCL12 présente en quantité accrue dans le liquide péritonéal des femmes endométriosiques. En conclusion, nous avons montré que le traitement médical de l'endométriose pouvait être non hormonal et que le stress oxydant, la voie ERK et la voie Akt constituaient de nouvelles pistes thérapeutiques à évaluer dans le cadre d'essais cliniques. Nous avons également montré comment la modification constitutive des cellules de l'endomètre eutopique pouvait favoriser leur recrutement dans la cavité péritonéale.
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Savary, Océane. "Etude génétique et phénotypique de Bisifusarium domesticum." Thesis, Brest, 2021. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-03789622.
Анотація:
Bisifusarium domesticum est une moisissure associée uniquement aux fromages. Elle est utilisée pour un apport organoleptique dans les Saint-Nectaire et Reblochon et/ou pour sa propriété “anticollanti”, pour prévenir l’apparition de morges collantes. Malgré une utilisation fréquente en production et sa mise en évidence sur divers fromages, il n’y avait, jusqu’à ce jour, que très peu de connaissances scientifiques sur cette espèce. L’objectif de cette thèse était donc de combler ce déficit. Pour ce faire, une collection d’isolats de B. domesticum (n=25) a été réalisée et a conduit à l’observation d’une diversité inattendue de Fusarium sensu lato et à la description de quatre nouvelles espèces fongiques (B. allantoides, B. penicilloides, Longinectria lagenoides et L. verticilliforme), dont deux appartenant à un nouveau genre. Une faible diversité génétique intraspécifique de B. domesticum a été notée. Puis, l’adaptation de B. domesticum au fromage, mais aussi des nouvelles espèces a été observée, avec des conditions de croissances compatibles avec les conditions fromagères (température, aw, NaCl, croissance sur fromage), des capacités lipolytiques et protéolytiques dont certaines étaient favorisées par une température similaire à celle des caves d’affinage, une production de composés volatils d’intérêt et la mise en évidence de certains gènes qu’il conviendrait d’étudier plus finement (e.g. sidérophore, transporteur du sodium, transporteur de sucres). Enfin, aucune production de mycotoxine connue ou présence de clusters de gènes associés n’a été observée suggérant l’innocuité des espècesBisifusarium domesticum is a cheese associated mold used for its organoleptic properties during Saint-Nectaire and Reblochon production and/or for its “anticollanti” property to prevent cheese stickiness. Despite this frequent use during cheese-making and its prevalence on various cheeses, there is a major lack of scientific knowledge about this species. This PhD project aimed at filling this gap. To do so, a B. domesticum collection (n=25) was created and an unexpected diversity of Fusarium sensu lato isolates was observed which led to the description of four new fungal species (B.allantoides, B. penicilloides, Longinectria lagenoides and L. verticilliforme), including two belonging to a new genus. Low intraspecific genetic diversity among B. domesticum isolates was noted. Then, the adaptation of B. domesticum as well as the novel species to cheese was studied and growth characteristics compatible with cheese-making conditions (temperature, aw, NaCl, growth on cheese), lipolytic and proteolytic abilities of some isolates were favored by temperatures similar to those of ripening cellars. Also, volatile compound productions of interest were highlighted as well as several genes (e.g. siderophore, sodium transporter, sugar transported) potentially linked to adaptation to a cheese environment although further in-depth studies are needed.Finally, no known mycotoxins production or mycotoxin gene clusters were identified, reinforcing the safety status of B. domesticum
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Thauvin, Christel. "Etude phénotypique, cytogénétique et moléculaire des syndromes orofaciodigitaux." Dijon, 2009. http://www.theses.fr/2009DIJOS059.
Анотація:
Le syndrome oro-facio-digital de type I (OFD I) ou syndrome de Papillon-Léage-Psaume appartient au groupe très hétérogène des syndromes oro-facio-digitaux (OFD). Le syndrome OFD I se différentie des autres types par son mode d’hérédité dominant lié à l’X, avec létalité chez le garçon et la fréquence des manifestations rénales et cérébrales. Les patients atteints, quasi exclusivement des filles, présentent des signes cliniques hétérogènes, avec des anomalies orales, faciales et digitales. Des malformations viscérales (polykystose rénale) et cérébrales (agénésie du corps calleux) et un retard mental peuvent également être associés. Le gène OFD1 responsable de cette affection est localisé en Xp22. 2-p22. 3. La protéine joue un rôle dans la formation du cil primitif de la cellule, à l’origine de la classification du syndrome OFD I parmi les ciliopathies. Les différents modes de transmission impliqués dans les syndromes OFD suggèrent que le gène OFD1 n’est pas le seul impliqué puisque les gènes responsables des autres types de syndrome OFD ne sont actuellement pas connus. A partir d’une cohorte internationale de patientes atteintes d’un syndrome OFD I, le but de cette thèse est d’améliorer les connaissances cliniques, cytogénétiques et moléculaires du syndrome OFD I. Plusieurs aspects sont étudiés et présentés : 1) une description détaillée du phénotype et notamment de l’atteinte rénale à partir d’une grande cohorte, 2) une étude moléculaire du gène OFD1 de cette cohorte par séquençage direct sur ADN génomique à la recherche de mutations ponctuelles pour contribuer à la description de l’hétérogénéité allélique de la pathologie et élaborer des corrélations phénotype-génotype 3) une recherche de grands réarrangements génomiques du gène OFD1 afin d’expliquer le taux de dépistage insuffisant des mutations ponctuelles et d’améliorer des corrélations phénotype-génotype 4) la recherche de microremaniements chromosomiques par puce à ADN (CGH-array) afin de contribuer à expliquer l’hétérogénéité génétique et tenter d’identifier d’autres régions pouvant comprendre des gènes candidats à l’origine des autres formes de syndrome oro-facio-digital. Certaines études actuellement en cours et futurs projets visant à élargir le spectre clinique lié au gène OFD1 et à identifier d’autres gènes impliqués dans les syndromes OFD seront également détailléesThe oral-facial-digital type I syndrome (OFD I) or Papillon-Léage-Psaume syndrome belongs to the heterogeneous group of the oral-facial-digital syndromes. The OFD type I syndrome is characterised by the dominant X-linked mode of inheritance, the lethality in males and the elevated frequency of renal and cerebral abnormalities. Affected cases, mainly females, present with heretogeneous clinical features including oral, facial and digital abnormalities. Visceral (polycystic kidney disease) and cerebral (corpus callosum agenesis) malformations and mental retardation can be also associated. The gène OFD1 responsible of this affection is located at Xp22. 2-p22. 3. The protein play a role in primary cilia formation in the cells, leading to the classification of the OFD I syndrome in the group of the “ciliopathies”. The different modes of inheritance described in the OFD syndromes in the literature suggest that OFD1 is not the only one implicated because the other genes responsible of the other forms of oral-facial-digital syndromes, often following an autosomal recessive mode of inheritance, have not been yet identified. From an international large cohort of patients affected by OFD I syndrome, the aim of this work is to better describe the clinical, chromosomal and molecular data of the OFD I syndrome. Several studies will be presented: 1) a detailed clinical description of the phenotype, including particularly the renal disease from a large cohort, 2) a molecular study of the OFD1 gene by sequencing analysis on genomic DNA in this cohort, to contribute to the description of the allelic heterogeneity of the pathology and to perform phenotype-gentotype correlations, 3) a search for large genomic rearrangements of the OFD1 gene to explain the insufficient mutation detection rate by direct sequencing and to better approach the phenotype-genotype correlation, 4) a search for chromosomal imbalance by array-CGH to contribute to explain genetic heterogeneity and to try to identify new loci including potentially candidate genes for the other forms of oral-facial-digital syndromes. Some studies in process to enlarge the clinical spectrum of the OFD1 gene and to identify new genes implicated in the other oral-facial-digital syndromes will also be presented
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Levy-Mozziconacci, Annie. "Etude phénotypique et génotypique de la délétion 22q11." Aix-Marseille 2, 1997. http://www.theses.fr/1997AIX22034.
Анотація:
Notre travail a consiste, a etudier le spectre phenotypique associe a la deletion 22q11 et a analyser sur le plan moleculaire la region 22q11 dans le but de definir le ou les gene(s) impliques dans ce spectre phenotypique. Nous avons pu analyser la grande variabilite de ce spectre phenotypique et substituer a la definition classique du syndrome de digeorge une definition moleculaire de la microdeletion 22q11. Nous avons montre qu'il n'y avait aucune correlation entre la taille de la deletion et la severite des signes cliniques. Par contre un exces de meres porteuses de la deletion nous a amene a rechercher un mecanisme d'empreinte parentale pouvant expliquer une variabilite phenotypique. Cette etude a montre un exces de chromosome delete d'origine maternelle dans les cas de novo. Sur le plan moleculaire, notre approche systematisee d'analyse de la region a l'aide d'au minimum deux sondes, par technique d'hybridation in situ, a permis de decrire le patient g. Porteur d'une deletion dont la borne proximale etait a 100 kb du point de translocation adu, habituellement inclu dans la region deletee. Nous avons ainsi defini la nouvelle region minimale critique. Nous pouvons considerer les genes localises dans la nouvelle region minimale critique comme des genes candidats potentiels. Ce resultat permet egalement de confirmer l'hypothese avancee par certains auteurs concernant l'effet de position possible de la translocation adu sur les genes situes dans la region minimale critique. Ces donnees, doivent nous amener a considerer la region 22q11 non pas comme une region moleculaire mais comme un fragment chromosomique caracterise par de nombreuses sequences repetees favorisant les rearrangement a la meiose. La proximite du centromere, region riche en heterochromatine est egalement a prendre en consideration, car une modification de la jonction heterochromatine-euchromatime peut masquer la transcription de certain gene de la region.
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Belle, Wangue Yohana Irène. "Etude phénotypique et génotypique de 27 sujets thalassodrépanocytaires." Paris 5, 1998. http://www.theses.fr/1998PA05P045.
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Beylot-Barry, Marie. "Etude phénotypique et moléculaire des lymphoproliférations cutanées CD30 positives." Bordeaux 2, 1998. http://www.theses.fr/1998BOR28619.
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Frossard, Christine. "Etude phénotypique du groupe "Clostridium argentinense", "Clostridium hastiforme", "Clostridium subterminale"." Paris 5, 1991. http://www.theses.fr/1991PA05P154.
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Heraud, Florence. "Etude "in vitro" de la modulation phénotypique des chondrocytes articulaires humains." Paris 7, 2001. http://www.theses.fr/2001PA077204.
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Nabbout, Rima. "Etude phénotypique et génotypique des convulsions fébriles et des épilepsies apparentées." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066108.
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Bilal, hadi. "Etude phénotypique des cellules myoépithéliales des glandes salivaires normales et tumorales." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066148.
Анотація:
Nous rapportons les résultats de 3 études consacrées à la caractérisation des cellules myoépithéliales (CM) des glandes salivaires et à leur fonction éventuelle dans le développement tumoral. Nous avons d’abord démontré par double marquage (68 tumeurs des glandes salivaires, 6 tissus contrôles) l’existence dans 92% des tumeurs testées, d’une immunoréactivité nucléaire de la p63 dans les compartiments cellulaires CM, et les cellules basales canalaires (CB), et une absence de réactivité au niveau des cellules luminales (adénomes pléomorphes, adénomes à cellules basales, carcinomes adénoïdes kystiques, carcinomes à cellules myoépithéliales). En ce qui concerne les carcinomes mucoépidermoïdes (CME), CB, cellules squameuses et intermédiaires expriment la p63. Il en est de même pour les CB des tumeurs de Whartin et des oncocytomes. Nous avons ensuite analysé l’activation de la voie ERK-1/ERK-2 dans les CME (57 CME, et 37 tissus contrôles,) et étudier son expression au niveau du contingent CM. La voie ERK-1/ERK-2 est activée dans les CME, et significativement corrélée de façon indépendante à l’agressivité tumorale. Il existe une expression de l’ERK-1/ERK-2 phosporylés au niveau des cellules intermédiaires des CME, considérées comme des CM modifiées. Nous avons enfin, à partir de la constitution de tissue arrays testé au niveau de 150 adénomes pléomorphes et leurs tissus contrôles, l’expression de : PS100, actine, p63, des CK : AE1/AE3, 7, 5/6, 10/13, 8, 18, 19, 34 beta E12, MIB-1, MUC-1, Notch1, jagged1 et le bleu alcian. L’analyse par classification hiérarchique a permis de définir des profils d’expression des différents compartiments normaux de l’arbre salivaire et au niveau des tumeurs de distinguer deux grands clusters sans corrélation significative (p=0,1) avec l’indice de prolifération mesuré par MIB-1. La comparaison des profils d’expression des compartiments normaux et des clusters rencontrés, laisse à penser que la fonction de la CM dans le développement des adénomes pléomorphes est probablement surestimée par rapport à celle des CB des canaux striésIn order to characterize the salivary gland (SG) myoepithelial cells (MC) and their tumor development relationship, we reported 3 consecutive studies. First we demonstrated by immunostaining (68 SG tumors, and 6 normal samples) a p63 nuclear staining in MC and in duct basal cells (BC) among 63/68 tumors, and the absence of staining in luminal cells (pleomorphic adenomas, basal cell adenomas, adenoid cystic carcinomas, epithelial-myoepithelial carcinomas). Moreover, in mucoepidermoid carcinomas (MEC), BC, squamous and intermediate cells express p63. Likewise, BCs are reactive in Warthin tumors and oncocytomas. Next we analyzed ERK-1/ERK-2 pathway activation in MEC (57 MEC, and 37 normal samples) and examined its expression at the MC level. ERK-1/ERK-2 pathway is activated in MEC, and significantly correlated to aggressive tumor behavior. Phosphorylated ERK-1/ERK-2 is noted in MEC intermediate cells, considered as modified MCs. Finally, we studied on tissue arrays (150 pleomorphic adenomas and their normal counterpart) the expression of: PS100, actin, p63, cytokeratins: AE1/AE3, 5/6, 7, 8, 10/13, 18, 19 and 34bE12, MIB-1, MUC-1, Notch1, Jagged1 and alcian blue. Hierarchical classification-analyses allowed us to define expression profiles of the different salivary gland compartments and clustered the tumors in 2 major categories, not significantly (p=0. 1) associated with the labeling tumor index (MIB-1). Comparative study of normal compartment’s and tumor’s profile questioned MC versus BC of striated ducts function
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Cuccuini, Wendy. "Etude du facteur tissulaire par les progéniteurs endothéliaux : conséquences phénotypiques en condition inflammatoire." Thesis, Reims, 2011. http://www.theses.fr/2011REIMM202/document.
Анотація:
Les cellules progénitrices endothéliales formant des colonies (EFCFs) sont issues decellules CD34+ de la moelle osseuse humaine. Peu de données concernent l’expression dufacteur tissulaire (FT) lors de cette différenciation endothéliale. Outre son rôle dansl’initiation de la génération de thrombine, le FT est impliqué dans l’angiogenèse.Nous montrons que les cellules CD34+ expriment le FT mais non ses isoformes. LesECFCs expriment peu de FT à l’état basal. En revanche, leur stimulation par le TNF-α induitune augmentation de l’expression de FT, et la génération de microparticules pro-coagulantes.Nous avons analysé les modifications fonctionnelles induites par cette stimulation. Nosrésultats montrent que l’expression de FT par les ECFCs est responsable d’une activité procoagulante majeure, alors que les propriétés angiogéniques ne semblent pas affectées.L’expression du tissue factor pathway inhibitor (TFPI) a été évaluée, ainsi que la capacité desmicroparticules issues de ECFCs à générer des métalloprotéinases (MMP2-, MMP-9).Une évaluation de la stabilité chromosomique des cb-ECFCs durant leur expansion aété réalisée, mettant en évidence des anomalies de nombre, mais pas d’anomalies destructures. Les conséquences de ces résultats en termes de thérapie cellulaire appliquées auxpathologies cardio-vasculaires sont discutées. Enfin, nous évoquons la possibilité deconsidérer l’expression de FT comme un marqueur de différenciation cellulaireEndothelial colony-forming cells (ECFCs) can be obtained from human bone marrowCD34+ cells. In spite of the essential role of the tissue factor (TF) in coagulation triggeringand angiogenesis, its expression during endothelial differentiation is not established. We showthat CD34+ cells express TF, but not TF splicing forms. ECFCs express a small amount of TFat baseline level. In contrast, ECFCs express TF high levels of TF on response to TNF-α andcan generated highly pro-coagulant microparticles. We have examined the functionalproperties induced by TNF-α stimulation. TF expression confers to ECFCs a strong thrombingeneration capacity without influencing their non-coagulant properties. We have examinedthe co-expression of the tissue factor pathway inhibitor (TFPI) and the ability of ECFCs togenerate microparticles producing metalloproteins (MMP-2, MMP-9).We have performed an evaluation of cb-ECFCs chromosomal stability during theirexpansion. We found quantitative but no structural chromosomal abnormalities. Theconsequences of our observations in the use of cell therapy in cardiovascular diseases arediscussed. We conclude that TF expression may be considered as cell differentiation marker
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Dessars, Barbara. "Etude génotypique et phénotypique du Naevus Congénital, de taille moyenne et large." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2008. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210515.
Анотація:
Un naevus congénital mélanocytique (CMN) est une prolifération bénigne de mélanocytes cutanés, cliniquement apparente à la naissance. On en retrouve chez approximativement 1% des nouveau-nés. Les CMN de taille large (LCMN), définis par un diamètre le plus large de plus de 20 cm, affectent environ 1 nouveau-né sur 20.000.Puisque les LCMN ont une propension à dégénérer en tumeur mélanomateuse (dans 2 à 5% des cas) et que leur grande taille apporte un contingent cellulaire abondant, ils représentent un bon modèle d’étude des étapes initiales de la mélanotumorigénèse. Nous disposions précisément de cultures primaires de mélanocytes établies à partir de vingt-sept cas de naevi congénitaux (24 de taille large et 3 de taille moyenne (MCMN)) curetés pour la plupart chez des enfants en période néonatale.
La première phase de ce projet a permis d’identifier un mécanisme alternatif d’activation de l’oncogène BRAF dans deux cas de LCMN. Nous avons en effet mis en évidence dans ces deux cas de LCMN une translocation chromosomique entrainant une activation constitutive de BRAF par le biais d’une perte de son domaine auto-inhibiteur. Si des mutations activatrices de BRAF sont fréquemment rencontrées dans les tumeurs mélanocytiques, elles restent rares dans les naevi congénitaux et les mélanomes survenant dans des zones non exposées au soleil. Les translocations chromosomiques décrites ici pourraient représenter un mécanisme moléculaire récurrent d’activation de l’oncogène BRAF dans ces groupes de tumeurs mélanocytiques.
La seconde phase du projet consistait à réaliser sur notre série de 27 L/MCMN des analyses caryotypiques, des analyses « mutationnelles » (pour rechercher la présence de mutations activatrices des oncogènes BRAF et NRAS) et des études d’expression différentielle.
A l’inverse de ce que l’on observe dans le mélanome malin, les anomalies chromosomiques sont rares et isolées, reflétant très probablement le caractère bénin de ces lésions.
La mutation BRAFV600E a été mise en évidence pour 4/27 CMN (15%), des mutations du gène NRAS pour 19/27 (70%), soit une situation en miroir de ce que l’on observe dans les CMN de petite taille (SCMN) et dans les naevi acquis bénins, confirmant les résultats obtenus par d’autres.
L’étude du profil d’expression transcriptionnelle révèle des dysrégulations communes à l’ensemble des échantillons naeviques, comme une franche augmentation d’expression du transcrit de l’Ostéopontine.
Le profil d’expression des échantillons de CMN BRAFV600E semble refléter une réduction de la synthèse et de la distribution de pigment et une activation de gènes impliqués dans la réponse cellulaire aux dommages à l’ADN. Comme des altérations des mécanismes de la pigmentation peuvent générer des dommages oxydatifs au niveau de l’ADN, l’activation de la réponse cellulaire aux dommages à l’ADN pourrait refléter la capacité des cellules naeviques à se protéger contre le stress cellulaire. Enfin, on observait aussi une expression élevée de gènes médiant la chimiorésistance dans différents cancers, ce qui pourrait éventuellement jouer un rôle dans l’inefficacité caractéristique et bien connue de la chimiothérapie dans le mélanome malin.
Doctorat en Sciences médicales
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Goarin, Anne. "Etude de la variabilité phénotypique chez une souche industrielle de Penicillium Roqueforti." Paris 7, 2011. http://www.theses.fr/2011PA077193.
Анотація:
Pénicillium roqueforti est un champignon filamenteux ascomycète que l'on trouve fréquemment dans F environnement. Il peut être à l'origine de destruction de stocks de fourrage, de fruits ou de légumes. Mais il est essentiellement connu pour être un ferment d'affinage de certains fromages tels que les fromages à pâte persillée. La souche de P. Roqueforti étudiée ici présente un phénomène d'apparition spontanée d'un phénotype variant. Ce phénotype est caractérisé par une baisse de la conidiation et donc une perte de pigmentation. Lorsque cette altération se produit au cours de la production fromagère, elle est à l'origine d'un affinage de mauvaise qualité. La forme variante de la souche est caractérisée par une baisse de la sporulation et une perte de l'inhibition de contact. L'étude des modalités d'apparition de la forme variante ont révélé qu'elle était favorisée par la présence d'oxygène et la croissance en milieu liquide. On peut noter que ces conditions environnementales ne sont pas celles rencontrées par P. Roqueforti lors de la production fromagère. Il a été mis en évidence que l'événement à l'origine de cette forme variante est probablement d'ordre génétique, aucun événement de réversibilité vers la forme normale n'ayant été observé. L'étude du transcriptome de la souche a révélé des différences. De manière générale une baisse de la transcription de nombreux gènes dans la forme variante a été observée. La mise au point de différents outils de biologie moléculaire a montré qu'il est possible de déléter des gènes, nous pouvons maintenant créer des souches génétiquement modifiées afin de mieux caractériser la physiologie de P. Roqueforti en générant des mutantsPenicillium roqueforti is a filamentous ascomycete fungus that is found frequently in the environment. It can cause destruction of stocks of fodder, fruit or vegetable. But it is mainly known as a closed refining of certain cheeses such as blue cheese. The strain of P. Roqueforti studied here present a phenomenon of spontaneous emergence of a variant phenotype. This phenotype is characterized by a decrease in conidiation and therefore a loss of pigmentation. When this change occurs during cheese production, it is causing a fining of poor quality. The variant form of the strain is characterized by a decrease in sporulation and loss of contact inhibition. The study of conditions of occurrence of the variant form revealed it was favored by the presence of oxygen and growth in liquid medium. It may be noted that these environmental conditions are not those encountered by P. Roqueforti in cheese production. It was highlighted that the event at the origin of this variant form is probably genetic, no event of reversal to the normal form have been observed. The study of the transcriptome of the strain revealed differences. In general a decrease in the transcription of many genes in the variant form was observed. The development of various tools of molecular biology has shown that it is possible to delete genes, we can now create genetically modified strains to further characterize the physiology of P. Roqueforti generating mutants
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Mondon, Karl. "Etude phénotypique des démences extrapyramidales : apport de la neuropsychologie dans le diagnostic différentiel." Thesis, Tours, 2011. http://www.theses.fr/2011TOUR3146.
Анотація:
Les situations cliniques associant des troubles moteurs et une détérioration cognitive sont fréquentes et déroutantes pour le clinicien, qui est confronté à la difficile question du diagnostic différentiel entre plusieurs cadres nosographiques dont la maladie de Parkinson avec démence (MPD) et la démence à corps de Lewy Diffus (DCLD). Dans ce travail, nous avons étudié les caractéristiques neuropsychologiques pouvant différencier les deux affections. Nous avons, dans une première étude, montré que la mémoire de reconnaissance visuelle était altérée de façon différente. Dans un second travail, nous avons spécifié les caractéristiques de ces altérations en les rapprochant des classiques profils « cortical » et « sous cortical » de démence. Nous avons ainsi montré que la MPD présentait une altération de la mémoire de reconnaissance visuelle intermédiaire entre la Maladie d’Alzheimer et la DCLD. Enfin, dans une dernière partie, nous proposons des perspectives de recherche dans la continuité de ces travauxClinical manifestations associating motor and cognitive impairment are frequently encountered and difficult for the clinician who is required to address the problem of making the correct differential diagnosis, particularly to differentiate Parkinson's disease with dementia (PDD) from Lewy bodies dementia (LBD). In this study, we examined the neuropsychological characteristics which allow us to differentiate the two disorders. In the first study, we demonstrated that visual recognition memory is disturbed differently in the two cases. In a second study, we specified the characterisstics of the modifications encountered by using the classic "cortical" and "subcortical" dementia profiles. We also showed that, in PDD, the alteration in visual recognition memory is intermediary between Alzheimer's disease and LBD. Finally, in the last part of our study, we suggest future avenues of research needed to complete our work
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Manesse, Martial. "Etude phénotypique des sous-populations lymphocytaires du sang et des tonsilles chez le bovin." Montpellier 2, 1996. http://www.theses.fr/1996MON20092.
Анотація:
Ce travail a ete realise sur seize bovins repartis en trois classes d'age (21, 60 et 300 jours). Le phenotypage de huit sous-populations lymphocytaires a ete entrepris au moyen d'anticorps monoclonaux specifiques des molecules cd3, cd2, cd4, cd8, wc1, des immunoglobulines m de membrane et des molecules de classe deux du cmh. La cytometrie en flux a ete utilisee afin de quantifier ces sous-populations dans le sang. Une etude immunohistochimique a ete realisee sur les tonsilles (palatines et pharyngienne) et les muqueuses (buccale et nasale). Le marquage a fait l'objet d'une evaluation semi-quantitative. Une recherche prealable a permis de preciser la topographie et la structure histologique des tonsilles dans l'espece bovine. Les resultats obtenus apres analyse en cytometrie en flux, repetee plusieurs jours consecutifs, sont affectes de grandes variabilites intra-individuelles. La technique utilisee se caracterise par une bonne repetabilite. Les resultats presentes donnent des intervalles de valeurs pour les pourcentages ou les concentrations de differentes sous-populations lymphocytaires sanguines. Les concentrations en lymphocytes t et b varient peu sur les trois series de prelevements. La concentration des cellules t cd8 augmente fortement au cours du temps alors que celle des lymphocytes t wc1 diminue. Ces donnees accreditent l'hypothese selon laquelle les lymphocytes t gamma-delta exerceraient une protection primitive jusqu'a l'etablissement d'un systeme immunitaire plus mur reposant sur des lymphocytes t alpha-beta. L'etude immunohistochimique revele une immaturite des tonsilles pendant les premieres semaines de la vie: zones b et t mal differenciees, faibles nombres de centres germinatifs, de lymphocytes t wc1 intra-epitheliaux et de lymphocytes t cd8. . . Cette premiere ligne de defense inachevee explique en partie l'incidence elevee des affections, notamment respiratoires, chez le jeune bovin. Vers l'age de deux mois, les tonsilles possedent tous les elements d'un tissu lymphoide associe a une muqueuse
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Decombeix, Isabelle. "Etude de l’adaptation aux milieux calaminaires chez Arabidopsis halleri : approche écologique, génétique et phénotypique." Thesis, Lille 1, 2011. http://www.theses.fr/2011LIL10123/document.
Анотація:
Comprendre l’évolution des espèces, et notamment l’adaptation locale, est un enjeu majeur dans le contexte des changements globaux actuels. Certaines espèces végétales se développent à la fois dans des environnements présentant de fortes concentrations en zinc, plomb et cadmium (populations métallicoles, M), et sur des sols non pollués (populations non-métallicoles, NM). Ces espèces, appelées pseudo-métallophytes, montrent des caractéristiques adaptives très étudiées depuis quelques années : la tolérance et l’hyperaccumulation de métaux lourds. Afin de mieux comprendre l’adaptation d’Arabidopsis halleri aux milieux métallifères, nous avons conduit une étude sur un ensemble de populations M et NM. Parce que l’adaptation nécessite notamment des variations phénotypiques et qu’elle résulte de l’action de pressions de sélection caractéristiques d’un milieu, nous avons utilisé une approche où écologie, phénotypage et génétique se rejoignent. Nous mettons en évidence que (1) d’autres facteurs environnementaux que les métaux distinguent les populations et pourraient agir comme des pressions de sélection sur l’accumulation et la tolérance au zinc, (2) séparer systématiquement les populations en M/NM ne semble pas judicieux pour étudier l’adaptation locale des populations, (3) les réponses des plantes sont traits et environnement-dépendantes, (4) l’architecture génétique de la tolérance au zinc est un ensemble d’effets additifs et épistatiques et enfin plus globalement (5) nous suggérons que l’adaptation aux milieux métallifères a évolué en réponse à de multiples pressions de sélection qui ont conduit à la mise en en place de tolérance à de multiples facteurs écologiquesIn the context of global changes, understanding the evolution of species, and especially local adaptation, is a major challenge. Some species are present in polluted areas where zinc, cadmium and leab are present in high and toxic concentrations (metallicolous populations, M) but also in non-polluted areas (non-metallicolous populations, NM). They are called pseudo-metallophytes and are metal tolerant, and sometimes metal hyperaccumulating. In order to understand better the adaptation of Arabidopsis halleri to polluted areas we studied M and NM populations at a local scale. Because the adaptation implies some phenotypic variations and results from the action of selective pressures we used an ecological, phenotypical and genetical approach. We showed that (1) populations differed not only by metal concentrations but also by other environmental parameters which could act as selective pressures on zinc tolerance and accumulation, (2) separating populations in M or NM groups is not adequate to study local adaptation, (3) plant responses are trait and environmental dependant, (4) the genetic architecture of zinc tolerance is a network of epistatic and additive effects and more globally (5) we suggest that the adaptation to metalliferous environments has evolved in response to a lot of selective pressures which have led to multi-tolerance to numerous ecological factors
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Picard, Émilie. "Etude phénotypique et fonctionnelle des cellules NK dans un contexte de cancer et d'inflammation." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2017. http://www.theses.fr/2017UBFCE022.
Анотація:
Les cellules NK sont des lymphocytes de l’immunité innée, impliquées dans la reconnaissance et l’élimination de cellules infectées ou tumorales. Leur activité cytotoxique est finement régulée par un ensemble de récepteurs activateurs et inhibiteurs. Cependant, l’expression de ces récepteurs ainsi que les fonctions des cellules NK peuvent être modifiées selon l’environnement dans lequel elles se trouvent. Au cours de ma thèse, nous nous sommes intéressés à la modulation du phénotype et des fonctions des cellules NK, ainsi qu’à leur relation avec les LT CD4, dans une cohorte de patients atteints de NSCLC ou dans un contexte inflammatoire sous l’influence de l’IL-21. La première étude a mis en évidence une augmentation du taux circulant de la population de cellules NK CD56dim CD16- simultanément à une diminution du taux de la population CD56dim CD16+ chez les patients. L’analyse ex vivo du phénotype des cellules NK a mis en évidence un groupe spécifique de patients avec une altération globale de l’expression des NCR et de NKG2D par toutes les sous-populations de cellules NK. La principale modulation correspond à la diminution des cellules NK exprimant NKp46 et nous avons montré une corrélation négative entre la survie des patients et le pourcentage de cellules NK NKp46+. De manière intéressante, la neutralisation de NKp46 sur les cellules NK est associée à une meilleure réponse T CD4 anti-tumorale. La seconde étude a montré que l’IL-21 engendre la différenciation d’une population spécifique de cellules NK co-exprimant CD86/HLA-DR et CD86/CD30. Alors que l’activation des cellules NK via CD30 entraîne leur forte dégranulation et leur sécrétion d’IFN-γ, les cellules NK activées par l’IL-21 produisent également MIF. Ce facteur soluble apporte un signal de co-stimulation lors de l'initiation de l'activation des LT CD4 naïfs, induisant leur différenciation en LT centraux mémoires. De telles cellules NK MIF+ ont été identifiées dans des appendices humains inflammés suggérant qu'elles pouuraient activer des LT CD4 in vivo. Ces études ont permis de mettre en évidence une modulation différente du phénotype de cellules NK selon leur environnement, pouvant impacter le cross-talk NK-LT. Ces données supportent ainsi le rôle régulateur des cellules NK dans la mise en place des réponses immuntaires adaptativesNK cells are innate lymphocytes involved in the recognition and elimination of infected or tumor cells. Their cytotoxic activity is finely regulated by a set of activating and inhibitory receptors. However, receptors expression and NK cell functions may be modified according to environment. Here, we were interested in NK cell-phenotype and function modulations and their relationship with CD4 T cells, in NSCLC patients and under IL-21 influence in inflammatory context. The first study highlighted an increase circulating rate of CD56dim CD16- NK cell subset concomitantly with a decrease rate of CD56dim CD16+ NK cell subset in NSCLC patients. Ex vivo analysis of NK cell phenotype highlighted a specific group of patients with an overall altered expression of NCRs and NKG2D on NK cell subsets. The main defect was the decrease of NK cells expressing NKp46 and we showed a negative correlation between the patients’ survival and NKp46+ NK cell percentage. Interestingly, NKp46 neutralization on NK cells was associated with a better antitumor CD4 T cell response. The second study showed that IL-21 promotes the differentiation of a specific NK cell subset coexpressing CD86/HLA-DR and CD86/CD30. While NK cell activation via CD30 promotes a high degranulation and IFN-γ secretion, IL-21-activated NK cells also produce MIF. This soluble factor provide costimulatory signaling during naïve CD4 T cell priming inducing the differentiation of uncommitted central memory T cells. Such HLA-DR+ MIF+ NK cells were identified in inflammatory human appendix suggesting that they could activate CD4 T cells in vivo. Altogether, these studies highlighted a different modulation of NK cell phenotype accordingg to envoronment which could impact the crossstalk NK-T celles. thus, these findings support a regulatory role of NK celles in adaptive immune responses
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Cortijo, Sandra. "Etude des variations épigénétiques liées aux séquences répétées comme source de changements phénotypiques héritables chez Arabidopsis thaliana." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00742834.
Анотація:
Des changements de méthylation de l'ADN peuvent affecter l'expression des gènes et pour certains être transmis au travers des générations. De telles " épimutations " qui concernent des groupes de cytosines à proximité ou dans les gènes sont donc une source potentielle de variation phénotypique héritable en absence de changements de la séquence de l'ADN. Chez les plantes la méthylation de l'ADN est cependant principalement observée au niveau des séquences répétées. Il reste à déterminer dans quelle mesure les changements de méthylation au niveau de ce type de séquences peuvent être héritées et affecter les phénotypes. Afin de répondre à ces questions, plus de 500 épiRIL (epigenetic Recombinant Inbred Lines) quasi-isogéniques a été générée chez Arabidopsis thaliana. Cette population a été obtenue par le croisement d'un parent sauvage et d'un parent mutant pour le gène DDM1 présentant une très forte réduction du taux de méthylation de l'ADN. Après un rétrocroisement de la F1 avec une plante sauvage, les individus sauvages pour le gène DDM1 ont été sélectionnés et propagées sur 6 générations par autofécondation. Nous avons montré par l'analyse du méthylome de plus de 100 épiRIL que l'hypométhylation induite par ddm1 présente selon les séquences affectées différents degrés de transmission au travers des générations. La réversion de l'hypométhylation concerne des régions associées à une abondance élevée en sRNA de 24 nt. Nous avons utilisé l'hypométhylation stablement transmise dans les épiRIL induite par ddm1 afin de détecter des QTL (Quantitative Trait Loci) affectant le temps de floraison et la longueur de la racine primaire, deux caractères pour lesquels les variations observées dans les épiRIL présentent une héritabilité importante. En dernier lieu, nous avons recherché par différentes approches les variations causales de ces QTL.
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Manichanh, Chaysavanh. "Etude phénotypique et génotypique de la résistance du sixième herpesvirus humain (HHV-6) aux antiviraux." Paris 6, 2001. http://www.theses.fr/2001PA066458.
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Fontaine, Fanette. "Etude de la variabilité phénotypique et de ses conséquences dans des populations clonales d'Escherichia coli." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066261.
Анотація:
Même en conditions homogènes de culture et au sein de populations clonales génétiquement stables d’Escherichia coli, il existe une variabilité phénotypique. En phase stationnaire, elle s’expliquerait en partie, par une augmentation des erreurs de traduction. L’étude de l’expression de rapporteurs naturels dans des cellules individuelles a permis d’évaluer la variabilité due à la stochasticité d’expression des gènes, en présence ou non de stress. L’une des conséquences extrêmes de cette hétérogénéité de population est la présence, même en conditions favorables, d’une proportion non négligeable de cellules mortes. Par un crible en microscopie, des mutants présentant une mortalité réduite par rapport à la souche sauvage ont été identifiés: rssB et fliA. La baisse du taux de mortalité pourrait s’expliquer soit par une résistance accrue aux stress exogènes et donc peut-être aux stress endogènes soit par un gain global d’énergie et/ou à la réduction d’un stress due à la perte de la motilité.
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Benarroch, Louise. "Etude des facteurs génétiques de variabilité phénotypique dans les formes syndromiques d'anévrismes de l'aorte thoracique." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. http://www.theses.fr/2018USPCC339.
Анотація:
Le syndrome de Marfan (MFS) est une maladie génétique rare (1/5000 sujets), à transmission autosomique dominante. Ce syndrome est principalement dû à des mutations dans le gène codant pour la fibrilline 1 (FBN1). L’atteinte est plurisystémique touchant notamment le système cardio-vasculaire (anévrisme de l’aorte thoracique ascendante avec risque de dissection aortique). Ce syndrome est caractérisé par une très grande variabilité clinique, inter- et intrafamiliale, concernant aussi bien l’âge d’apparition des symptômes que l’évolution, la gravité ou le nombre de systèmes atteints. Toutefois, l’architecture génétique qui sous-tend la variabilité d’expression du MFS est encore inconnue. L’étape d’initiation de la maladie est sous-tendue par un modèle monogénique classique dont nous avons poursuivi l’exploration de l’hétérogénéité génétique. Dans ce modèle d’architecture, de nouveaux gènes de TAA ont été recherchés par la stratégie de WES, au sein de familles TAA sans base moléculaire connue. Un nouveau gène candidat codant pour une protéine de la famille des ADAMTS a été identifié et est en cours de validation fonctionnelle. De plus, les travaux de l’équipe ont démontré que la sévérité de la maladie était liée à des facteurs génétiques modificateurs associés à plusieurs architectures (monogénisme et corrélation génotype-phénotype, digénisme, modèle multifactoriel) dont nous avons poursuivi l’exploration. Ces études ont fait appel à une stratégie innovante qui a permis d’identifier plusieurs modèles d’architectures au-delà de la simple hétérogénéité génétiqueMarfan syndrome (MFS ; OMIM #154700) is an autosomal dominant connective tissue disorder with an estimated prevalence of 1/5000 individual. It is a multisystemic disease that affects the ocular, skeletal, and cardiovascular system as well as lung, skin, and dura. Thoracic aortic aneurysm (TAA) is the main cardiovascular feature that can lead to dissection or rupture of the aortic wall, the major life-threatening event in MFS. In most cases, MFS is due to mutation in the FBN1 gene encoding fibrillin-1, an extracellular matrix protein. MFS patients display great phenotypic variability, for age of onset as well as severity and number of clinical manifestations. However, the genetic architecture underlying this clinical variability is still unknown. A monogenic model underlies the disease initiation step. Therefore, we continue to investigate the genetic heterogeneity of the pathology. In this architecture model, new TAA genes have been sought. In this purpose, TAA families without mutation in the known genes have been explored by the WES strategy. A new candidate gene encoding a protein of the ADAMTS family has been identified and is currently under investigation. In addition, the team's work demonstrated that the severity of the disease was linked to modifying genetic factors associated with several architectures (monogenism and genotype-phenotype correlation, digenism, multifactorial model) that we continued to explore. These studies used an innovative strategy that identified several architectural models beyond genetic heterogeneity
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Calvet, Loreley. "Résistance in vivo à l'irinotécan : Etude génomique et phénotypique dans un modèle de neuroblastome humain." Paris 11, 2005. http://www.theses.fr/2005PA11T024.
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Veracx, Aurélie. "Etude phénotypique et génotypique du pou de tête et du pou de corps de l'homme." Thesis, Aix-Marseille, 2012. http://www.theses.fr/2012AIXM5022.
Анотація:
L'objectif de la thèse était d'enrichir les connaissances sur les poux de tête et les poux de corps de l'homme. Les poux de tête vivent et pondent leurs œufs à la base des cheveux et sont très répandus chez les enfants dans les écoles. Les poux de corps vivent dans les vêtements et infestent les personnes de milieux sociaux très défavorisés ne permettant pas une hygiène vestimentaire adéquate. Les poux de corps sont vecteurs de trois grandes maladies : le typhus épidémique, la fièvre des tranchées et la fièvre récurrente à poux. Ces insectes hématophages sont étudiés depuis des décennies afin de déterminer si ils constituent deux écotypes de la même espèce ou deux espèces distinctes. Avant l'avènement des techniques de biologie moléculaire, la taxonomie des poux était basée sur leur morphologie et leur biologie. Bien que les différences biologiques décrites entre les poux de tête et les poux de corps ne sont pas toujours cohérentes, il est légitime de penser que leur séparation physique puisse mener à une différenciation spécifique. Certaines études expérimentales ont cependant montré certains cas de migrations de poux de tête vers les vêtements et inversement. Puis, grâce au séquençage du génome du pou, beaucoup de progrès ont été réalisés ces dernières années sur leur phylogénie. Ainsi, sur base de l'ADN mitochondrial, les poux de l'homme sont séparés en trois Clades phylogénétiques : le Clade A qui comprend à fois des poux de tête et des poux de corps et les Clade B et C qui comprennent uniquement des poux de têteThe objective of this thesis work was to increase the knowledge of human head lice and body lice. Head lice live and lay their eggs at the base of hair shaft and are found frequently in school going children. Body lice live in clothes and are usually associated with low income persons that do not have adequate clothes hygiene. Body lice are the vector of three major diseases: epidemic typhus, trench fever and relapsing fever. These blood feeding insects have been studied over the past decades to determine whether they are two ecotypes of the same species or two distinct species. Before the advent of molecular biology, taxonomical classification of lice was based on their morphology and biological activities. Although described biological differences between head lice and body lice are not always consistent, their physical separation could lead to species differentiation. However, some experimental studies have shown that in certain cases head lice could migrate to the clothes and vice versa. In the recent years many progress were made in the body louse genome sequencing, and further their phylogenetic classification. Thus, on the basis of mitochondrial DNA, human lice are classified into three phylogenetic clades: Clade A that comprise both head lice and body lice and the Clades B and C that comprise only head lice. This phylogenetic organization clustered into three clades surprisingly shows that head lice of Clade A are closer to body lice than to head lice of Clade B or C. Since body lice serve as vectors of several diseases, in view of this, it is crucial to understand human lice epidemiology
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Guedj, Fayçal. "Etude des altérations phénotypiques induites par la modification du dosage génique de DYRK1A et développement de stragégies thérapeutiques." Paris 7, 2010. http://www.theses.fr/2010PA077222.
Анотація:
Le syndrome de Down (SD) est l'anomalie génétique la plus fréquente avec une prévalence de 1/800 à la naissance. Ce syndrome est caractérisé par une série de signes phénotypiques de pénétrance variable incluant la morphogenèse du cerveau, la morphologie de la face et des membres, la brachycéphalie, des anomalies cardiaques congénitales, des malformations du tube digestif, une apparition précoce des signes histopathologiques de la maladie d'Alzheimer et un retard mental constant et d'intensité variable (QI=20-55). L'établissement des cartes de corrélation génotypes/phénotype chez des patients atteints de trisomies 21 partielles a permis d'identifier la région DCR-1 qui s'étend sur 2,5 Mb entre les gènes CBR1 et ERG et qui est associée à l'apparition de 13 signes cliniques du SD dont le retard mental suggérant un rôle important des gènes de cette région dans le SD. Le gène DYRK1A, localisé dans cette région, constitue un bon gène candidat dans l'apparition du retard mental associé au SD. Ce gène code pour une sérine/thréonine kinase à double spécificité capable de s'auto-activer par autophosphorylation et de phosphoryler un grand nombre de substrats protéiques incluant des facteurs de transcription, des facteurs d'épissage, des protéines importantes pour l'activité synaptique ainsi que d'autres protéines impliquées dans diverses fonctions biologiques et conditions pathologiques. Afin de comprendre le rôle de DYRK1A dans le développement normal et analyser l'effet de l'altération de son dosage génique sur la morphogenèse du cerveau et la plasticité synaptique, trois modèles murins présentant trois copies (hYac-TgDYRKIA, mBac-TgDyrklA) et une copie (DyrklA+/-) fonctionnelles de ce gène ont été utilisés. Dans la première partie du travail, une nouvelle lignée transgénique portant trois copies du gène DyrklA de la souris sous le contrôle de son promoteur endogène (modèle mBac-TgDyrklA) a été construite au laboratoire. L'analyse de l'expression du transcrit et de la protéine DyrklA dans les différentes parties du cerveau des souris mBac-TgDyrklA, hYac-TgDYRKIA et DyrklA+/- a révélé une expression dosage-génique dépendante de DyrklA validant ainsi l'utilisation de ces trois modèles dans les études du retard mental associé à la trisomie et à la monosomie libres ou partielles du chromosome 21. La deuxième partie était consacrée à l'étude de l'effet de la modification du dosage génique de DyrklA sur la morphogenèse du cerveau et les densités neuronale et gliale dans le cortex somatosensoriel (CSS) et le noyau thalamique VPL/VPM en combinant les techniques d'imagerie in vivo, de stéréologie et de western blotting. Les résultats obtenus montrent que la modification du dosage génique de DyrklA induit des altérations hétérogènes de la morphogenèse du cerveau (augmentation du volume chez les souris hYac-TgDYRKIA et mBac-TgDyrkla avec un effet plus important dans le thalamus/hypothalamus) et des densités neuronales (diminution de la densité neuronale dans le CSS et une augmentation dans le VPL/VPM) dans les différentes régions analysées. Ces altérations morphologiques sont associées à une altération de l'expression de la protéine MBP (marqueur de la morphologie neuronale), de la phosphorylation de FKHR (important dans la régulation du cycle cellulaire) et de la voie des MAP kinases suggérant un rôle crucial de ttyrklA dans la régulation de la balance apoptose/prolifération mais aussi de la croissance axonale et la myélinisation de ces axones. Les études comportementales effectuées dans la troisième partie de ce travail ont mis en évidence une altération de la mémoire spatiale dépendante de l'hippocampe, de la mémoire à long terme et de la fonction motrice chez les trois lignées de souris étudiées. Ces altérations comportementales sont accompagnées d'une diminution de l'activation de la CamKII dans l'hippocampe des souris hYac-TgDyrkl A adultes mais aussi d'une augmentation de la phosphorylation de AKT dans cette même région au stade postnatal P21. L'ensemble de ces résultats est en faveur d'un rôle important de DyrklA dans la régulation de la synaptogenèse et de la transmission synaptique. Enfin, une stratégie corrective des phénotypes observés chez les souris hYac-TgDYRKIA et Ts65Dn (trisomie 16 partielle de 104 gènes incluant DyrklA) a été développée en utilisant deux types de traitements à base d'EGCG auparavant identifié comme un inhibiteur spécifique de l'activité kinase de DyrklA. Les analyses morphométriques, comportementales et moléculaires ont montré que l'EGCG est capable de corriger de manière importante les différentes altérations observées chez les souris hYac-TgDYRKIA et Ts65Dn nous permettant de proposer le gène DyrklA comme cible potentielle d'une démarche correctrice : cette stratégie thérapeutique pourrait être utilisée dans le traitement du retard mental associé au SDDown syndrome (DS) is the most common genetic disorder affecting 1/800 newborns. It is characterized by several phenotypic signs with a variable penetrance including alteration of the brain morphogenesis, morphology of the face and members, brachycephaly, congenital heart diseases, digestive tract malformations, an early onset of Alzheimer disease histopathological signs and a constant mental retardation with variable severity (IQ = 20-55). Construction of genotype/phenotype correlation maps in patients with partial trisomy 21 enabled the identification of DCR-1, a region of 2. 5 Mb between CBR1 and ERG associated with the apparition of 13 clinical signs of DS among which mental retardation suggesting an important role of the genes contained in this region for the DS phenotype. DYRK1A gene, localized in this region, is a good candidate gene for mental retardation associated with DS. It encodes a dual-specificity serine/threonine kinase activated via autophosphorylation on the tyrosine 321 residu and phosphorylates a myriad of protein substrates including transcription and splicing factors, proteins playing important roles in synaptic plasticity and others proteins implicated in a variety of biological functions and pathological conditions. To understand DYRK1A role in the normal development and analyze the effects of its gene dosage alteration on the brain morphogenesis and synaptic plasticity, two mouse models bearing three copies (hYac-TgDYRKl A, mBac-TgDyrkl A) and an haploinsufficient model with only one copy of this gene (Dyrkl A+/-) have been used in this study. In the first part of this work, a new transgenic mouse line containing three copies of the mouse DyrklA gene with its endogenous promoter (mBac-TgDyrklA model) has been constructed in our laboratory. DyrklA transcript and protein expression analysis in the different brain parts of adult mBac-TgDyrklA, hYac-TgDYRKIA and DyrklA+A mice revealed a gene-dosage dependent expression of DyrklA validating the use of these models in the studies of mental retardation associated with free or partial trisomy and monosomy of the chromosome 21. The seconds part of our study focused on the DyrklA gene dosage alteration impact on brain morphogenesis and neuronal and glial cell density in the somatosensory cortex (SSC) and the ventrobasal (VPL/VPM) thalamic nucleus by combining in vivo imaging, seterology and western blotting techniques. Results obtained showed that DyrklA gène dosage modification induces heterogeneous alterations of the brain morphogenesis (increased brain volume in hYac-TgDYRKIA and mBac-TgDyrklA with a more pronounced action on the thalamus/hypothalamus region) and neuronal densities (a decreased neuronal density in the SSC and an increased density in the VPL/VPM) in the different investigated régions. These morphological changes are associated with MBP (neuronal morphology marker) overproduction, FKHR (important for the cell cycle regulation) hyperphosphorylation and MAPKs signaling pathway dysregulation suggesting an important role of DyrklA in the apoptosis/proliferation balance regulation but also in the axonal growth and myelinization. Behavioral studies performed in the third part of our work highlighted an impairment of the hippocampus-dependent spatial memory, the long-term memory and the motor function in the three studied mouse lines. These behavioral phenotypes are linked to a decreased activation of CamKII observed in the hippocampus of hYac-TgDYRKIA mice, but also to an increased AKT phosphorylation in this region at postnatal day P21. Taken together, these results indicate clearly that DyrklA plays a major role in synaptogenesis and synaptic transmission regulation. Finally, a corrective strategy of the phenotypes observed in hYac-TgDYRKIA and Ts65Dn (Partial MM 16 trisomy with 104 triplicated genes including DyrklA) mice has been developed ,using two EGCG (identified as spécifie DyrklA inhibitor in vitro) based diets. Morphometric, behavioral and molecular analysis showed that EGCG is able to strongly correct the phenotypic alterations observed in hYac-TgDYRKIA and Ts6Dn mice allowing us to propose the DyrklA gene as a potential target for a therapeutic approach of the DS associated mental retardation
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Bridier, Julen. "Etude de la diversité intraspécifique de l’espèce Oenococcus oeni, relation entre variabilité phénotypique et diversité génétique." Thesis, Bordeaux 2, 2011. http://www.theses.fr/2011BOR21881/document.
Анотація:
Oenococcus oeni est l’agent principalement responsable de la fermentation malolactique durant la vinification. Son adaptation au milieu vin est une étape clé dans la réussite de la FML, et donc dans la qualité des vins finis. Cependant, au sein de l’espèce, il existe une variabilité phénotypique importante, et de nombreuses souches ne sont ainsi pas aptes à réaliser la FML. La sélection des meilleures souches œnologiques passe ainsi par l’analyse de la diversité d’O. oeni. Cette étude a été abordée dans cette thèse, selon trois grands axes de recherche. Premièrement, la diversité génétique a été étudiée par des approches MLST, REA-PFGE et présence de marqueurs, et a montré une structuration de l’espèce en deux groupes phylogénétiques et plusieurs sous-groupes, reliés à des souches d’origine géographique précise. Ensuite, l’étude de la diversité phénotypique a montré la grande variabilité d’adaptation au vin des souches étudiées et un meilleur comportement de celles du groupe phylogénétique A durant la vinification. Enfin, une étude transcriptomique a mis en lumière certains mécanismes moléculaires éventuellement impliqués dans la réponse au stress vin chez O. oeniOenococcus oeni is the main agent responsible for the malolactic fermentation, during the wine making process. Its adaptation to wine environment is a key step for the success of the MLF, and then for wines quality. However, there is a high phenotypic variability among the species and several strains are unable to perform MLF. The selection of the best enological strains implies starting by analyzing the diversity of O. oeni. This study has been divided in three main themes of research. Firstly, the genetic diversity has been analyzed using several approaches, MLST, REA-PFGE and presence of genetic markers. That study proved the structuration of the species in two phylogenetic groups and several subgroups, related to geographical areas. Secondly, the study of the phenotypic diversity showed that all the studied strains present a high variability and the best behavior in wine making conditions is found in those from the phylogenetic group A. Finally, a transcriptional analysis has revealed some molecular mechanisms possibly implicated in stress response in O. oeni
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Sturm, Nathalie. "Etude phénotypique et fonctionnelle des lymphocytes intra-hépatiques dans l'hépatite chronique virale C et le carcinome hépatocellulaire." Phd thesis, Université de Grenoble, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00649495.
Анотація:
L'hépatite chronique virale C est associée à une défaillance du système immunitaire. Nous nous sommes intéressés aux cellules NK et aux lymphocytes Treg, partenaires de la réponse immunitaire innée. Le nombre des NK, particulièrement les CD56dim, est significativement diminué chez les patients infectés, dans le foie plus que dans le sang, et s'accentue avec la fibrogenèse. Le nombre de CD3-CD56+brightNKG2A+ circulantes est corrélé à la sévérité de l'inflammation et de la fibrose et celui des CD3-CD56+dimNKG2A+ inversement corrélé à la charge virale. Les NK sont fonctionnelles, en capacité de produire de l'IFN-γ et d'engager un processus de cytolyse. L'expression de CD158 est significativement diminuée à la surface des NK hépatiques mais conservée dans les NK circulantes. L'expression de NKG2A,C,D dans les NK circulantes et hépatiques est identique à celles de patients non infectés. Les Treg intrahépatiques FoxP3+ sont quasi-exclusivement de phénotype CD4+. En analyse multivariée, le nombre de FoxP3+ est indépendamment associé à celui de CD8+, surtout dans les lésions nécrotico-inflammatoires et une corrélation forte est observée entre les transcrits CD8, FoxP3, IL-10 et TGF-β, suggérant que les Treg bloquent l'expansion et la cytotoxicité des TCD8 par contact cellulaire ou par le biais de cytokines immunosuppressives. L'équilibre entre FoxP3 et CD8 est rompu dans les grades et stades Métavir A>2 et F>3, avec un effondrement du rapport FoxP3/CD8. L'inflammation hépatique chronique s'accompagne de fibrose, aboutissant à la cirrhose, principale cause de CHC. Dans les cirrhoses virales C avec ou sans CHC, les lymphocytes CD3+, CD4+, CD8+, CD20+, CD56+, TCRγδ +, FoxP3+ sont plus nombreux dans la fibrose que dans le parenchyme. Le nombre de CD20+, CD3+, CD4+, CD8+ et l'expression d'IFN-γ et RANTES sont plus élevés dans les cirrhoses qui développent un CHC. En analyse multivariée, CD8 est le seul facteur indépendament associé à la récidive tumorale et à une diminution de la survie sans récidive à 5 ans. Les CD20+, CD3+, CD4+, CD8+, CD56+, TCRγδ+, FoxP3+ sont significativement moins nombreux dans le CHC que dans la cirrhose. Mais les FoxP3+ sont significativement plus nombreux et les CD56+ moins nombreux dans le CHC que dans le nodule parenchymateux, sans modification des LT, conduisant à une augmentation du rapport FoxP3/CD8 dans la tumeur. Les CD56+ diminuent de la cirrhose au CHC. Aucune corrélation n'est observée entre la densité intra-tumorale des lymphocytes étudiés et la récidive carcinomateuse. Conclusion. Un infiltrat inflammatoire dense au sein de la cirrhose C, particulièrement riche en CD8, favorise le développement et/ou la récidive du CHC.
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Hérault, Olivier. "Etude fonctionnelle et phénotypique des effets de l'acide tout-trans rétinoi͏̈que sur les cellules CD34+ médullaires humaines." Tours, 1999. http://www.theses.fr/1999TOUR3312.
Анотація:
Les rétinoi͏̈des sont bien connus en hématologie comme agents différenciants agissant à des niveaux assez matures de la cascade hématopoi͏̈étique. Ils forcent la différenciation in vitro de bon nombre de lignées cellulaires matures, et constituent le traitement de référence des leucémies aigue͏̈s promyélocytaires. A l'inverse, il existe très peu d'informations concernant les effets de ces rétinoi͏̈des à des stades plus immatures de l'hématopoi͏̈èse humaine adulte normale. L'objectif de cette thèse a donc été de caractériser les modifications phénotypiques et fonctionnelles des cellules CD34+ médullaires adultes, induites par des doses pharmacologiques d'acide tout-trans rétinoi͏̈que (ATRA), le plus actif des rétinoi͏̈des. Nous avons caractérisé la morphologie cellulaire, le phénotype membranaire, la capacité clonogénique, le cycle cellulaire et le taux d'apoptose des cellules CD34+ avant et après exposition à l'ATRA. La qualité de l'ATRA utilisé a été vérifié en étudiant ses effets sur une cible bien caractérisée, la lignée HL-60 et nous avons développé une méthode cytofluorométrique originale de mise en évidence de l'apoptose dans une sous-population cellulaire utilisant un seul laser.
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Blanchon, Sylvain. "Etude de la diversité phénotypique et génotypique des dyskinésies ciliaires primitives : vers une prise en charge personnalisée." Thesis, Paris Est, 2016. http://www.theses.fr/2016PESC0073.
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Le, Nagard Hervé. "Etude de l'émergence et de l'impact de la complexité phénotypique au travers de modèles théoriques et computationnels." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066518.
Анотація:
Les développements technologiques fulgurants des dernières années ont permis le séquençage de milliers de génomes différents et ont fait de l’analyse de l’organisation du génome une discipline à part entière. Parallèlement, les progrès de l’informatique ont permis l’utilisation de nouvelles approches stochastiques et la simulation de modèles toujours plus complexes. Même, si à l’heure actuelle, une approche par modélisation intégrée n’est pas encore possible pour l’ensemble d’un organisme, il est en revanche envisageable de modéliser certaines de ses sous-parties. Les réseaux d’interactions géniques, de régulation ou de signalisation se prêtent assez bien à ce genre d’exercice. Ces modèles peuvent nous être très utiles dans la compréhension des propriétés émergentes des génomes. L’une d’entre elle, la complexité, souffre d’une double pénurie: l’absence de définition et de méthode de quantification précises et validées, et l’absence de théories prédisant son émergence. En couplant des analyses théoriques sur un modèle de l’adaptation introduit par R. Fisher, à l’analyse de notre modèle de simulation nous avons mis en évidence les bases mécanistiques et sélectives de l’émergence de la complexité dans ces réseaux. Nous avons ainsi mis en évidence l’incidence importante de cette complexité sur la dynamique. Différentes métriques de la complexité intégrant l’action de la sélection naturelle nous ont permis de quantifier deux facettes de la complexité: une structurale, l’autre fonctionnelle, en d’autres termes l’une génotypique et l’autre phénotypique. La complexité mesurée correspondant alternativement aux fonctions à réaliser ou aux moyens mis en œuvre pour le faire
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Bailly, Jean-Luc. "Etude de la variation phénotypique et génétique des ECHO virus, en prenant pour modèle l'ECHO virus type 25." Clermont-Ferrand 1, 1995. http://www.theses.fr/1995CLF1MM09.
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Mahmoudi, Abd-elrachid. "Etude génotypique et phénotypique des polymorphismes du récepteur du complément de type 1 (CR1,CD35) dans la maladie d’Alzheimer." Thesis, Reims, 2015. http://www.theses.fr/2015REIMM201/document.
Анотація:
Les études d'association pangénomiques ont permis d'identifier de nouveaux loci, dont le gène CR1 comme associé au risque de maladie d'Alzheimer (MA). Le récepteur du complément de type 1 (CR1) est une glycoprotéine transmembranaire, présente notamment à la surface des érythrocytes (CR1E), mais également dans le plasma sous forme soluble (CR1s). Le CR1 peut prendre des formes fonctionnelles différentes, qui pourraient conférer des niveaux de risque différents, voire suggérer des mécanismes physiopathologiques de la MA. Si la relation entre CR1 et MA est aujourd'hui connue, son mécanisme reste énigmatique.L'objectif principal de cette thèse était de corréler aux données génétiques (single nucleotide polymorphisms, polymorphismes de longueur, polymorphismes de densité), des éléments phénotypiques acquis comme la densité du CR1E ou le CR1S. D'une part, notre étude a montré grâce à deux méthodes différentes, que la MA était associée à une densité basse de l'isoforme long de CR1 (CR1*2) et suggérait l'existence d'allèle silencieux de CR1. D'autre part, nous avons montré que même si les critères génétiques étaient respectés, certains phénotypes pourraient être acquis au cours de la maladie. Nos résultats suggèrent que la MA résulterait plus d'une insuffisance d'épuration des dépôts amyloïdes, que d'une réponse excessive dont la réaction inflammatoire serait délétère. Bien que cette recherche génotypique et phénotypique, à potentiel physiopathologique, nécessite des investigations à plus grande échelle, elle pourra ouvrir la voie à des nouvelles pistes thérapeutiques qui ne peuvent être envisagées aujourd'hui faute de vue claire du ou des mécanismes en causeGenome-wide association studies have identified new loci, including the CR1 gene, as being associated with Alzheimer's disease (AD) risk. The complement receptor type 1 (CR1) is a transmembrane glycoprotein found on the surface of erythrocytes (CR1E), and also in the plasma in soluble form (CR1s). CR1 can have different functional forms that may confer different risk levels, or even suggest pathophysiological mechanisms of AD. Indeed, the relation between CR1 and AD is now well established, the mechanism of this association remains to be elucidated.The main objective of this thesis was to correlate acquired phenotype elements, such as density of CR1E (number of CR1 antigenic sites per erythrocyte) or CR1s with genetic data (single nucleotide polymorphisms, length and density polymorphisms). Firstly, our study showed using two different methods that AD is associated with low density of the long CR1 isoform (CR1*2) and suggested the possible existence of silent CR1 alleles. Secondly, we showed that although genetic criteria were met, some phenotypes could be acquired during the course of the disease. Our findings suggest that AD stems more from insufficient clearance of amyloid deposits than from excessive response whose inflammatory reaction might be deleterious. Although this genetic and phenotypic study with pathophysiological potential still require further investigation on a larger scale, she could pave the way towards new therapeutic avenues that currently remain elusive in the absence of a clear overview of the mechanisms involved
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Noel, Florence. "Etude du fonctionnement des métapopulations en biologie de la conservation : exemple de Ranunculus nodiflorus L., espèce rare et protégée en France." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066073.
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Mahjoub, Mouna. "Etude de l’Implication de la voie de signalisation Notch, dans les modifications phénotypiques et histopathologiques du cartilage articulaire, au cours de l’arthrose." Paris 6, 2010. http://www.theses.fr/2010PA066072.
Анотація:
Notch joue un rôle important dans les phénomènes de différenciation, prolifération et apoptose des cellules. Vu l’implication de ces processus dans la pathogénie de l’arthrose, nous sommes intéressés à étudier le rôle de Notch dans cette pathologie. D’une part, nous avons étudié le profil d’expression Notch, dans le cartilage du genou sain versus arthrosique. Nous montrons, par immunohistochimie que la voie Notch est activée, au cours de l’arthrose. D’autre part, nous avons analysé le rôle de la cascade Notch dans la dédifférenciation des chondrocytes articulaires murins, induite, par passages successifs, in vitro. Nous révélons qu’elle serait impliquée dans la dégradation du collagène II, probablement à travers une régulation positive de l’expression de MMP13. Ce travail permet de mieux comprendre les mécanismes à l’origine de l’activation Notch au cours de l’arthrose.
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Wortemann, Rémi. "Etude de la variabilité génétique et de la plasticité phénotypique de la vulnérabilité à la cavitation chez Fagus sylvatica L." Phd thesis, Université Blaise Pascal - Clermont-Ferrand II, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00720995.
Анотація:
Cette thèse visait à étudier la variabilité génétique et plasticité phénotypique de la vulnérabilité à la cavitation chez le hêtre (Fagus sylvatica L.). A cette fin, nous avons tout d'abord testé les variations dues à la méthodologie de mesure de la vulnérabilité à la cavitation. Notre étude a montré que les variations de vulnérabilité à la cavitation au cours du temps sont faibles. Néanmoins, il est préférable d'éviter de récolter les échantillons durant le début de la période de formation du bois. Par ailleurs il est possible de conserver au frais les échantillons sans dégrader les mesures durant au moins un mois. Nos résultats montrent également que la vulnérabilité à la cavitation peut être variable aussi bien au sein d'un même arbre qu'entre populations in situ. Ensuite, nous avons voulu déterminer la part de plasticité phénotypique de la part de variabilité génétique dans la variabilité de la vulnérabilité à la cavitation. Pour cela nous avons étudié 17 populations de hêtre venant de toute l'Europe et poussant dans une plantation comparative. Parmi les 17 populations 6 d'entre elles ont été étudiées dans trois plantations comparatives différentes (France, Espagne et Slovaquie). Nos résultats indiquent que chez le hêtre la vulnérabilité à la cavitation varie considérablement au sein de chaque population. Ils indiquent également que l'on observe peu de différenciation génétique entre populations. Les résultats montrent également que la plasticité phénotypique de la vulnérabilité à la cavitation est importante entre les plantations, et que le degré de cette plasticité peut varier d'une population à l'autre. Pour finir, nous avons regardé s'il existait des relations entre la vulnérabilité à la cavitation et des paramètres d'efficience hydraulique ainsi qu'avec l'efficience d'utilisation de l'eau. Nos résultats ne permettent pas de mettre en évidence des preuves d'un trade-off entre l'efficience et la sureté du xylème.
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Trossaërt, Marc. "Etude phénotypique et génotypique de patients hémophiles A modérés ou atténués avec anomalie qualitative : rapports structure / fonction du facteur VIII." Nantes, 2008. https://archive.bu.univ-nantes.fr/pollux/show/show?id=d419cf7d-5c0d-4ff8-9dc2-eb8ec96ddd97.
Анотація:
Nous avons évalué l'activité du facteur VIII de la coagulation (FVIII:C) en utilisant 2 techniques différentes (méthode chronométrique en 1 temps et méthode chromogénique) chez 307 patients hémophiles A modérés/atténués issus de 173 familles. Il existe une discordance entre les 2 méthodes chez 36 patients appartenant à 17 (10%) familles. Dans 14 de ces familles où l'anomalie moléculaire a pu être recherchée, une mutation a été mise en évidence : 5 nouvelles mutations du gène du FVIII sont identifiées : p. Pro264Leu, p. His281Asn, p. Ile369Thr, p. Phe1785Leu et p. Phe2127Ser. Nous rapportons également les résultats de l’analyse génétique de 130 autres familles : 29 nouvelles mutations sont décrites en étudiant les conséquences moléculaires de ces substitutions d’acides aminés grâce à une modélisation 3D de la protéine du FVIII. Dans 2 familles (X et Y) avec des résultats de FVIII:C discordants selon la technique, nous étudié l'intérêt de la thrombinographie (TG) pour évaluer le risque hémorragique. Soixante et un patients hémophiles sans discordance dans les résultats de FVIII:C et 15 sujets normaux servirent de contrôles. La famille X ne présentait aucun antécédent hémorragique contrairement à la famille Y. Pour les membres de la famille X, les résultats étaient normaux ; ceux de la famille Y se sont comparables à ceux des patients hémophiles A sans discordance biologique. Ces résultats suggèrent que la TG peut avoir une pertinence clinique chez les patients hémophiles modérés/atténués, particulièrement en cas de discordance des taux de FVIII:C en fonction de la méthodeWe measured factor VIII activity (FVIII:C) using 2 methods (one-stage chronometric and chromogenic assays) in 307 patients with moderate/mild hemophilia belonging to 173 families. Thirty-six patients from 17 (10%) families exhibited discrepancy between the two assays. Five novel FVIII mutations associated with discrepancy were described: p. Pro264Leu, p. His281Asn, p. Ile369Thr, p. Phe1785Leu and p. Phe2127Ser. Furthermore, we report on the spectrum of mutations in 130 other families with moderate/mild hemophilia A. Twenty-eight novel missense mutations and one single-residue deletion are described. We studied their putative involvement at known FVIII functional sites, their conservation status with cross-species FVIII proteins, and their spatial position within the FVIII 3D conformation. In 2 of these families (X and Y) with discrepant FVIII:C results, we examined whether thrombography (TG) could provide a better evaluation of the haemostatic status of these patients. Sixty-one moderate/mild haemophiliacs without discrepancy and 15 healthy subjects served as controls. Family X had no serious bleedings by contrast to family Y. For members of family X, the TG parameters were normal whereas for those of family Y they were diminished, similar to results of moderate/mild haemophiliacs without discrepancy. These results suggest that the haemostatic phenotype assessed by TG may be clinically relevant in moderate/mild hemophilic patients with discrepant FVIII:C results
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Joulié, Aurélien. "Etude de la diversité génotypique et phénotypique de la bactérie Coxiella burnetti chez les ruminants domestiques et les chevaux en France." Thesis, Université Clermont Auvergne (2017-2020), 2017. http://www.theses.fr/2017CLFAC055/document.
Анотація:
La fièvre Q est une zoonose de répartition mondiale due à une bactérie intracellulaire stricte, Coxiella burnetii. Les ruminants domestiques contaminent l’environnement en excrétant la bactérie principalement dans les produits de parturition, le mucus vaginal et les fèces. L’Homme et l’animal s’infectent ensuite par inhalation de pseudo-spores circulantes dans l’environnement. Des enjeux de santé publique et vétérinaires ont ainsi motivés la mise en place de ce projet de thèse afin de mieux maîtriser les infections par C. burnetii dans les élevages. Les objectifs de ce travail étaient de produire des connaissances épidémiologiques descriptives sur : (a) la dynamique de circulation de C. burnetii en élevage ovin naturellement infecté ; (b) la diversité génotypique des souches de C. burnetii circulantes dans les élevages de ruminants domestiques en France ; (c) la diversité phénotypique de ces souches via l’utilisation de deux modèles de virulence, un in vivo et un in vitro ; et (d) l’implication du cheval dans l’épidémiologie de la fièvre Q, en étudiant son exposition à C. burnetii ainsi qu’une potentielle symptomatologie.Le suivi longitudinal réalisé en élevage ovin a permis de fournir des indicateurs pertinents à utiliser pour évaluer rapidement le risque de transmission de C. burnetii en contexte infectieux, en termes de lots d’animaux, d’outils diagnostics ou encore de périodes d’échantillonnage à privilégier. Par ailleurs, nous avons également identifié trois grands clusters génotypiques de souches circulantes dans les élevages de ruminants domestiques en contexte d’avortement fièvre Q en France. Deux clusters génotypiques regroupent majoritairement les petits ruminants, dont un principalement les ovins et l’autre les caprins. Le troisième cluster génotypique est composé quasi-exclusivement de bovins. Nous avons montré que le gène IS1111 impacte significativement la diversité génotypique MLVA observée. Nous avons également montré qu’en plus d’une spécificité d’espèce, les génotypes circulants en France sont stables d’un point de vue spatio-temporel. Pour l’étude phénotypique, nous avons mis au point deux modèles d’infection, l’un in vivo par inoculation dans le coussinet plantaire de souris mâle CD1 et l’autre in vitro par infection de deux lignées cellulaires macrophagiques : l’une bovine (SV40) et l’autre ovine (MoCl4). Ces modèles nous ont permis d’identifier 4 clusters phénotypiques, qui n’étaient pas systématiquement corrélés aux trois clusters génotypiques, identifiés in vivo à partir de l’analyse de la charge bactérienne dans la rate de souris, ni aux cinétiques de multiplication de C. burnetii observés in vitro. Enfin, les séroprévalences obtenues chez le cheval dans une zone considérée hyperendémique pour l’Homme (Camargue et Plaine de La Crau) suggèrent que les chevaux sont exposés à la fièvre Q dans cette région et pourrait éventuellement être utilisés comme des indicateurs pertinents du risque zoonotique. Néanmoins, nos résultats ne nous permettent pas de conclure sur les formes cliniques potentiellement associées à la fièvre Q chez le cheval. À l’avenir, les résultats obtenus dans ce travail de thèse permettront une meilleure compréhension de la dynamique de circulation et des conséquences de l’infection par C. burnetii en élevages de ruminants domestiques et de chevaux. Ces données permettront in fine d’améliorer la surveillance, le diagnostic ainsi que la mise en œuvre de mesures de gestion sanitaire de la fièvre Q en santé publique et vétérinaireQ fever is a worldwide zoonosis, due to a strict intracellular bacterium: Coxiella burnetii. Domestic ruminants mainly shed the bacteria in parturition products, vaginal mucus and feces. Humans and animals infect by inhalation of circulating pseudo-spores into the environment.Public and veterinary health issues therefore motivated the implementation of this PhD project in order to better control C. burnetii infections on farms. The objectives of this thesis were to provide descriptive epidemiological findings about: (a) circulation dynamics of C. burnetii in a naturally infected flock of sheep; (b) the genotypic diversity of circulating C. burnetii strains on domestic ruminant farms in France; (c) the phenotypic diversity of these strains as demonstrated by the use of two virulence models, one in vivo and one in vitro; and (d) the involvement of horses in the epidemiology of C. burnetii, by studying their exposure and a potential symptomatology.Longitudinal follow-up in a flock of sheep provided relevant tools to rapidly assess the risk of C. burnetii transmission when a flock was identified as infected, in terms of animal pens, diagnostic tools, or sampling periods to be preferred. We also identified three main genotypic groups of circulating strains in domestic ruminant farms in France where Q fever abortion were recorded. Two genotypic groups mainly included small ruminants, with one group mainly composed of sheep and the other mainly composed of goats. The third genotypic group was comprised almost exclusively of cattle. We have shown that the IS1111 gene significantly impacts the genotypic MLVA diversity observed. In addition to this species specificity, we have shown that the circulating genotypes in France were also spatiotemporally stable. We then developed two models of infection, one in vivo by inoculating CD1 male mice in the footpad of and one in vitro by infecting two macrophage cell lines: one bovine (SV40) and one ovine (MoCl4). These two models allowed us to show that the genotypic clusters were not systematically correlated with both the four phenotypic clusters identified in vivo from the analysis of the bacterial load in the mouse spleens and the analysis in vitro of the C. burnetii multiplication kinetics.Finally, the seroprevalence observed in horses within hyperendemic areas for Q fever in humans (Camargue and Plain of La Crau) suggests that horses are exposed to the bacteria in the area and that they may be a relevant indicator of the zoonotic risk. Nevertheless, our results were inconclusive on the clinical forms associated with Q fever in horses.In the future, the findings found in our work will allow a global understanding of the circulation dynamics of C. burnetii on domestic ruminant farms as well as in others animal species. Thus, all these data will ultimately improve surveillance, diagnosis and management of Q fever in public and veterinary health
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Mougari, Faïza. "Etude phénotypique et génotypique de la résistance à la clarithromycine chez Mycobacterium abscessus, de la caractérisation des isolats à la thérapeutique." Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCC062.
Анотація:
Nous avons réalisé l'étude de la résistance à la clarithromycine chez Mycobacterium abscessus. Cette mycobactérie est responsable d'infections pulmonaires chroniques, en particulier chez les patients atteints de mucoviscidose, et d'infections extra-pulmonaires le plus souvent iatrogènes. M abscessus est très résistant aux antibiotiques et le traitement efficace n'est pas encore connu. Après avoir synthétisé les données de la littérature sur les mycobactéries non tuberculeuses dont M abscessus Nous avons étudié le génotypage de M abscessus par REP-PCR standardisée DiversiLab® et montré que les malades étaient infectés par des souches différentes mais qu'un malade atteint de mucoviscidose conservait la même souche au cours du temps. L'étude par spectrométrie de masse MALDI-TOF a permis de distinguer les sous-espèces de M abscessus. Nous avons étudié la résistance à la clarithromycine chez M abscessus avec deux approches: l'une descriptive sur des souches cliniques (nous y avons ajouté l'étude de la résistance aux autres antibiotiques dont l'amikacine), l'autre expérimentale par sélection de mutants in vitro. Nous avons pu décrire de nouveau, mécanismes de résistance. La majorité des mutants et des souches cliniques résistantes à la clarithromycine avaient des mutations de l'ARNr 23S ou des protéines ribosomales. La résistance naturelle ou inductible était due au polymorphisme du gène erm(41). Ces données nous ont permis de développer un prototype de test moléculaire diagnostique (collaboration avec Hain LifeScience, GenoType NTM-DR). Nous avons évalué ce test avec des résultats de performance très satisfaisantsThis work focuses on phenotypic and genotypic characterization of clarithromycin resistance in Mycobacterium abscessus. This nontuberculous mycobacteria is causing infections in patients with chronic lung diseases, especially cystic fibrosis, and extra-respiratory diseases usually in a iatrogenic context. M abscessus is extremely resistant to most available antibiotics with no standard effective treatment so far. First, we reviewed current literature for nontuberculous mycobacteria and M abscessus infections. We studied M abscessus genotyping by a semi-automated REP-PCR DiversiLab® and showed that each patient is infected by a different strain but a cystic fibrosis patient is infected by the same strain over time. MALDI-TOF mass spectrometry (MS) study permits to distinguish subspecies of M abscessus. We studied clarithromycin resistance mechanisms for M abscessus with two approaches: one descriptive including clinical strains (we studied also resistance to other antibiotics especially amikacin, second important antibiotic), the other done through in vitro mutant selection. We described new resistance mechanisms. The majority of mutants and resistant clinical strains had mutations of 23S rRNA or in ribosomal proteins. Natural inducible resistance was due to erm(41) gene polymorphism. Knowledge of resistance mechanisms to clarithromycin and amikacin allowed us to develop a molecular diagnostic test prototype, with Hain LifeScience (GenoType NTM-DR). The clinical evaluation in our laboratory gave highly satisfactory results. This test is now commercially available. We have developed new tools for diagnosis and epidemiological surveillance of M abscessus infection
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Prange, Stéphane. "Physiopathologie de l'hétérogénéité phénotypique et pronostique de la maladie de Parkinson : études de cohortes et imagerie multimodale in vivo." Thesis, Lyon, 2020. http://www.theses.fr/2020LYSE1015.
Анотація:
La maladie de Parkinson révèle sous un même diagnostic une importante hétérogénéité inter-individuelle, au regard des symptômes (hétérogénéité phénotypique) et de leur progression au cours de la maladie (hétérogénéité pronostique). En particulier, les symptômes moteurs (bradykinésie, rigidité, tremblement) sont associés à des symptômes dits non moteurs, dont la nature, la sévérité et le moment d'apparition sont variables. Parmi ces troubles non moteurs (troubles du sommeil ; troubles olfactifs ; dysautonomie cardiaque, digestive, génito-sphinctérienne ; douleur ; fatigue ; hallucinations ; troubles cognitifs et démence ; troubles visuels), les troubles neuropsychiatriques dont l'apathie, la dépression, l'anxiété et les troubles du contrôle des impulsions sont particulièrement invalidants et peuvent survenir à différents stades de la maladie. L'altération précoce des principaux systèmes de neurotransmission monoaminergiques (sérotoninergique, noradrénergique, cholinergique) observée dans la maladie de Parkinson, et pouvant survenir avant la dénervation dopaminergique nigro-striatale à l'origine des troubles moteurs, est suspectée être responsable de ces symptômes non moteurs en début de maladie. La compréhension des mécanismes physiopathologiques multiples à l'origine de cette hétérogénéité phénotypique et pronostique est déterminante afin de reconnaître les patients selon leurs atteintes spécifiques et leurs symptômes, et de proposer des interventions thérapeutiques ciblées, visant à corriger ces symptômes (traitement symptomatique) et à ralentir ou stopper leur progression (traitement modificateur). Cette thèse réunit trois travaux expérimentaux dont l'objectif commun est de mieux comprendre cette hétérogénéité et d'interroger les processus physiopathologiques qui en sont responsables chez les personnes atteintes de la maladie de Parkinson durant les premières années suivant le diagnostic. Ces travaux s'intéressent en particulier au spectre des troubles neuropsychiatriques et au rôle des altérations anatomiques et fonctionnelles des systèmes dopaminergique et sérotoninergique au cours de la maladie, évaluées en imagerie multimodale par résonance magnétique (IRM) et tomographie par émissions de positrons (TEP). La première étude concernant l'hétérogénéité pronostique permet de modéliser l'intensité du risque des principales complications motrices et non motrices à long terme (jusqu'à 12 ans) de la maladie de Parkinson dans une large cohorte rétrospective (1232 patients) et met en évidence des transitions non linéaires des processus physiopathologiques selon la durée d'évolution et l'âge au diagnostic. La deuxième étude concerne l'hétérogénéité phénotypique associée à l'apathie, la dépression et l'anxiété chez 27 patients parkinsoniens de novo, au moment du diagnostic, et met en évidence des altérations microstructurales précoces en IRM au sein du système limbique cortico-striato-pallido-thalamique. Ces lésions sont sous-tendues par la dysfonction du système sérotoninergique dans la tête du noyau caudé et le cortex cingulaire antérieur prégénual ce qui indique le rôle de l'atteinte des projections sérotoninergiques en provenance des noyaux du raphe. La troisième étude concernant l'hétérogénéité pronostique permet de suivre l'évolution, cinq ans après le diagnostic, des symptômes moteurs et non moteurs pour cette cohorte de patients parkinsoniens apathiques ou non apathiques en début de maladie, et leur relation avec la progression de l'atteinte dopaminergique et sérotoninergique qui est profonde au sein des ganglions de la base, et en particulier du striatum. Cette thèse permet donc de préciser la nature et l'évolution des processus physiopathologiques à l'origine de l'hétérogénéité phénotypique et pronostique de la maladie de Parkinson, au regard des complications motrices et non motrices à long terme d'une part, et des troubles non moteurs neuropsychiatriques d'autre partPas de résumé en anglais
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Auclair, Héloïse. "Etude des homologies phénotypiques et fonctionnelles des lymphocytes B en latence III de l'EBV avec les cellules B régulatrices, implication de l'axe PD-1/PD-L1." Thesis, Limoges, 2017. http://www.theses.fr/2017LIMO0032/document.
Анотація:
Le virus d’Epstein-Barr (EBV) est le premier virus transformant à avoir été identifié chez l’Homme. Il infecte plus de 90% de la population adulte mondiale, persistant sous forme épisomale dans le compartiment B mémoire tout au long de la vie de l’hôte. Lors de la primo-infection et lors de phases de réactivation du virus, les cellules B immortalisées sont en programme de latence III, aussi appelée phase de prolifération, où l’ensemble des protéines de latence sont exprimées. Lorsque les hôtes sont immunocompétents, un équilibre entre hôte et virus s’établit et la plupart des cellules B infectées sont éliminées par le système immunitaire de l’hôte, principalement par les lymphocytes T cytotoxiques. En cas de déficit immunitaire, il peut y avoir émergence de lymphomes, tels que les désordres lymphoprolifératifs des patients immunodéprimés (PTLDs), les lymphomes non-Hodgkiniens (LNH) et Hodgkiniens (LH). Les travaux antérieurs du laboratoire ont permis de révéler que l’immuno-inhibiteur PD-L1/B7-H1/CD274 est surexprimé à la surface des lymphocytes B en latence III de l’EBV. L’interleukine-10 (IL-10) est également sécrétée par ces cellules. Ces caractéristiques sont communes aux cellules B régulatrices (Bregs). Le but de ma thèse était d’interroger les caractéristiques immuno-modulatrices des cellules B en latence III de l’EBV, dans le cadre des propriétés des Bregs. Nous montrons que les cellules B en latence III de l’EBV possèdent les déterminants antigéniques communs aux Bregs immatures (CD24High CD38High PD-L1High), associée à une surexpression des cytokines immunosuppressives cardinales des Bregs (IL-10, TGF-β1 et IL-35). Nous montrons que les cellules B en latence III de l’EBV peuvent conduire à la mort des cellules T CD4 autologues, ainsi qu’à l’inhibition de la prolifération des lymphocytes T CD4 et CD8, au profit de l’expansion de lymphocytes T régulateurs (Tregs). Nous avons trouvé que cette expansion est médiée par l’axe PD-1/PD-L1. Ces travaux mettent en évidence un nouveau mécanisme de l’EBV concernant le détournement du système immunitaire de l’hôte, augmentant ses capacités oncogéniquesThe Epstein-Barr virus (EBV) is the first transforming virus discovered in humans. It infects more than 90% of the global adult population, persisting in an episomal form in the memory B-cell compartment throughout the life of the host. During primo-infection and during phases of viral reactivation, immortalized B-cells are in latency III, also called the proliferation program, in which the full range of latency proteins are expressed. In immunocompetent subjects, a balance between virus and host is established, and most infected B-cells are eliminated by the host’s immune system, mainly by cytotoxic T lymphocytes. Deficit of the immune system may lead to lymphomagenesis, such as post-transplantation lymphoproliferative disorders (PTLDs), non-Hodgkin’s (NHL) or Hodgkin’s lymphomas (HL). Previous studies in the lab revealed that the immuno-inhibitor PD-L1/B7-H1/CD274 was overexpressed on the surface of EBV latency III B-cells. Interleukin-10 (IL-10was also secreted by these cells. These features are shared with regulatory B-cells (Bregs). Our objective was to examine the immunomodulatory features of EBV latency III B-cells, in the frame of Bregproperties. We found that EBV latency III B-cells possessed the antigenic determinants common to immature Bregs (CD24High CD38High PD-L1High), associated with overexpression of Breg immunosuppressive cytokines (IL-10, TGF-β1 and IL-35). EBV latency III B-cells led to death of autologous CD4 T-cells, as well as inhibition of CD4 and CD8 T-lymphocyte proliferation, favoring regulatory T-cell (Treg) expansion. We found that this expansion was mediated by the PD-1/PD-L1 axis. This study highlights a new mechanism of EBV for t diversion of the host immune system thereby increasing its oncogenic properties
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Chaouni, Benabdallah Ilham. "Etude phénotypique, génotypique et fonctionnelle des lymphocytes T à récepteur gamma/delta dans la polyarthrite rhumatoi͏̈de : analyse comparative avec les lymphocytes T alpha/bêta." Montpellier 2, 1992. http://www.theses.fr/1992MON20221.
Анотація:
Afin d'evaluer les interactions entre le repertoire du recepteur des lymphocytes t (tcr) et l'induction et/ou le maintien d'une maladie autoimmune, la polyarthrite rhumatoide (pr), nous avons analyse le taux d'expression et la distribution des lymphocytes t alpha-beta et gamma-delta, ainsi que leur utilisation de certains produits de genes variables dans le sang peripherique et le site synovial des patients. Un role eventuel du polymorphisme des genes trgvi dans la susceptibilite a la maladie a ete ecarte. Une etude comparative en situation normale et pathologique montre une reactivite et une activation differentielles des lymphocytes t alpha beta et t gamma-delta, en particulier sous l'effet du tgf beta. L'ensemble des resultats obtenus n'est pas en faveur de l'implication d'une reponse specifique des lymphocytes t gamma delta dans la pathogenie de la pr mais indique une restriction individuelle du repertoire t alpha-beta dans le site synovial
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Ben, Azouna Nesrine. "Etude phénotypique et fonctionnelle des cellules souches mésenchymateuses et hématopoïétiques du sang placentaire en comparaison avec la moëlle osseuse ou le sang périphérique adulte." Thesis, Tours, 2012. http://www.theses.fr/2012TOUR3321.
Анотація:
Les cellules souches mésenchymateuses (CSM) sont des cellules souches adultes qui sont à l’origine des cellules des lignages ostéoblastique (O), adipocytaire (A) et chondroblastique (C). Les CSM ont initialement trouvées dans la moelle osseuse mais il en existe également dans d’autres tissus comme le sang de cordon ombilical (SCO). Dotées d’un potentiel régénératif, les CSM peuvent utilisées dans diverses pathologies dégénératives dans un but de réparation tissulaire. En outre, leurs propriétés immunosuppressives ont conduit à envisager leur utilisation dans un but d’immunomodulation comme lors des réactions de greffon contre l’hôte dans les greffes de cellules souches hématopoïétiques (CSH) allo-géniques. Le but essentiel de ce travail a été de comparer les caractéristiques des CSM issues du SCO en comparaison de celles issues de la moelle osseuse (MO). Dans l’optique d’applications en médecine régénérative, nous avons tout d’abord testé la possibilité d’utiliser, dans les milieux de culture d’expansion des CSM de SCO et de MO, un lysat plaquettaire d’origine humaine (HPL) comme substitut au sérum de veau fœtal (SVF) source possible de contaminationsThe mesenchymal stem cells (MSC) are adult stem cells which are at the origin of the ostebiastic lignage cells (O), adipocytes (A) and chondrobiasts (C). The MSC are initially found in the bone marrow (BM) but it also exists there in other tissues as the umbilical cord blood (UCB).Endowed with a regenerative potential, MSC can used in diverse degenerative pathologies in a purpose of tissular repair. Besides, their immunosuppressive properties allowed to envisage their use in a purpose of immunomodulation as during the reactions of transplant against the host in allogenic hematopoietic stem cell transplants (HSC). The essential purpose of this work was to compare the characteristics of the MSC derived from the UCB in comparison to those stemming from the bone marrow (BM)
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Carouge, Élisa. "Récepteur MET et fusions ETS : co-acteurs dans la progression du cancer de la prostate." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2024. https://pepite-depot.univ-lille.fr/ToutIDP/EDBSL/2024/2024ULILS005.pdf.
Анотація:
Le cancer de la prostate (CaP) a l'incidence la plus élevée parmi les cancers masculins dans les pays européens et américains. Dans les stades avancés de la maladie, le développement des métastases (osseuses dans 80% des cas) entraîne un taux de mortalité important. Le récepteur MET et les fusions de gènes ETS avec un promoteur hormono-dépendant sont des acteurs importants dans la progression du cancer de la prostate. Parmi les membres de la famille de facteurs de transcription ETS, ERG est retrouvé dans 60% des cas des fusions et ETV1 dans 10% des cas. MET est un récepteur à activité tyrosine kinase exprimé dans les stades avancés de la maladie, dans les tumeurs hormono-résistantes et les métastases osseuses. Les fusions ERG et ETV1 sont retrouvées tout au long de la maladie, allant des stades d'initiation jusqu'aux stades métastatiques. De façon intéressante, il existe de nombreux liens fonctionnels entre MET et ERG/ETV1 suggérant leur appartenance à la même voie de régulation. Le but de notre étude est de comprendre le rôle individuel du récepteur MET et des fusions ETS ainsi que leur collaboration dans la progression du CaP.Pour ce faire, nous avons mis en place des modèles cellulaires de CaP hormono-indépendants dans lesquels l'expression et l'activité du récepteur MET sont effectives et pour lesquels une surexpression de ERG ou ETV1 a été induite via une infection rétrovirale. Ces modèles ont été utilisés pour réaliser des tests phénotypiques de prolifération, migration ou encore invasion, une analyse transcriptomique comparative (RNAseq) et des tests in vivo chez des souris humanisées exprimant l'HGF humain.Les résultats que nous avons obtenus montrent que les facteurs de transcription ERG et ETV1 induisent des capacités migratoires et invasives plus importantes in vitro et que l'activation de la voie de signalisation du récepteur amplifie les effets. In vivo, ERG et ETV1 entraînent des volumes tumoraux plus importants après injection des cellules en sous-cutanée et l'application d'un traitement par un inhibiteur spécifique de MET réverse ces effets. Finalement, la réalisation d'une analyse transcriptomique, comparant les différents modèles, a permis d'identifier des gènes différentiellement exprimés selon la surexpression de ERG, de ETV1 et/ou de l'activation de la voie MET, gènes cibles signature pouvant potentiellement être impliqués dans la progression tumorale.Ainsi, les données obtenues montrent pour la première fois une collaboration entre le récepteur MET et les facteurs ERG/ETV1 pour induire des caractéristiques plus agressives dans des modèles de CaP. A terme, le projet vise à identifier des signatures moléculaires de cette coopération afin de mettre en lumière des outils de pronostic, diagnostic ou encore de thérapie cibléeProstate cancer (PCa) has the highest incidence of all male cancers in Europe and the USA. In the advanced stages of the disease, the development of metastases (bone metastases in 80% of cases) leads to a high mortality rate. MET receptor and ETS gene fusions with a hormone-dependent promoter are important actors in the progression of prostate cancer. Among the members of the ETS family of transcription factors, ERG is found in 60% of fusions and ETV1 in 10%. MET is a tyrosine kinase receptor expressed in the advanced stages of the disease, in hormone-resistant tumours and in bone metastases. ERG and ETV1 fusions are found throughout the disease, from initiation to metastatic stages. Interestingly, there are many functional links between MET and ERG/ETV1, suggesting that they belong to the same regulatory pathway. The aim of our study is to understand the individual roles of MET receptor and ETS fusions and their collaboration in PCa progression.To this end, we built hormone-independent CaP cellular models in which MET receptor expression and activity are effective and ERG or ETV1 overexpression has been induced via retroviral infection. These models were used to perform phenotypic tests of proliferation, migration and invasion, comparative transcriptomic analysis (RNAseq) and in vivo tests in humanised mice expressing human HGF. The results we obtained show that the transcription factors ERG and ETV1 induce greater migratory and invasive capacities in vitro and that activation of the receptor signalling pathway amplifies the effects. In vivo, ERG and ETV1 induce larger tumour volumes after subcutaneous injection of the cells, and treatment with a specific MET inhibitor reverses these effects. Finally, a transcriptomic analysis comparing the different models, permits to identify genes differentially expressed according to overexpression of ERG, ETV1 and/or activation of MET pathway, signature target genes potentially involved in tumour progression.The data obtained show, for the first time, a collaboration between MET receptor and ERG/ETV1 factors to induce more aggressive characteristics in PCa models. The project aims to identify the molecular signatures of this cooperation in order to highlight prognostic, diagnostic and targeted therapy tools
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Garavillon-Tournayre, Marie. "Etude de la variabilité génétique des réponses écophysiologique et moléculaire associées au transport d'eau dans la feuille de peuplier noir en carence hydrique." Thesis, Université Clermont Auvergne (2017-2020), 2017. http://www.theses.fr/2017CLFAC045/document.
Анотація:
En climat tempéré, le changement climatique aura pour conséquence une augmentation de la fréquence et de l’intensité des sécheresses. Parmi les facteurs influençant la survie des espèces à cet environnement fluctuant, la plasticité d’ajustement des traits de réponse semble constituer un atout majeur. Ce travail de thèse a étudié de façon intégrée la réponse physiologique et transcriptionnelle du peuplier noir à une carence hydrique progressive jusqu’à un niveau sévère. Dans le cadre d’une analyse globale, la plasticité des traits de réponse physiologiques de la plante et, pour la première fois, celle de l’expression des gènes foliaires a été estimée. Différentes échelles d’étude ont été prise en compte : les génotypes issus de populations différentes, les clones d’un même génotype et les structures de la feuille (nervure principale versus limbe). Un continuum de réponses phénotypiques au déficit hydrique sévère a été identifié permettant de classer la majorité des génotypes étudiés comme évitants avec un seul génotype tolérant, maintenant son développement foliaire, conservant ses feuilles matures et limitant la tension hydrique. Le transcriptome du limbe était profondément remodelé en réponse au déficit hydrique maximal (41% des transcrits différentiellement exprimés) et présentait des fonctions en lien avec la modification de la composition membranaire, le maintien de l’homéostasie cellulaire et la détoxication. L’expression des gènes liés au transport intra- et extra-cellulaire et aux flux d’eau (par les aquaporines) était également fortement régulée. Ces gènes étaient associés aux fonctions de maintien de l’intégrité et de l’hydratation cellulaire du limbe. La modulation du transcriptome était partiellement spécifique de la nervure principale par rapport au limbe. Les 958 transcrits spécifiquement régulés de la nervure principale indiquaient une sur-expression des gènes liés aux métabolismes du glyoxylate et des carbohydrates, et une sous-expression des gènes liés au transport intra- et extra-cellulaire. Ceci pourrait favoriser une accumulation de sucres dans la nervure principale, ce qui permettrait de maintenir les flux de sève et de limiter l’embolie. Les plasticités phénotypiques et transcriptionnelles moyennes calculées étaient différentes entre génotypes. Le nombre de feuilles et le potentiel hydrique foliaire étaient les deux traits permettant de discriminer statistiquement les génotypes par leur plasticité. Le niveau de plasticité de certains transcrits était également spécifique des génotypes : la plasticité transcriptionnelle était forte pour les gènes impliqués dans la fixation du carbone et le transport des messagers secondaires pour le génotype, qui en moyenne, était le moins plastique. L’ensemble de ces résultats permettent de conclure que le génotype le plus tolérant à la sécheresse possédait les plus faibles degrés de plasticités phénotypiques et transcriptionnelles. A l’inverse, les génotypes les plus sensibles détenaient des plasticités phénotypiques et transcriptionnelles plus fortes. Enfin, la régulation du degré de plasticité dépendrait à la fois de mécanismes conservés et d’autres acquis par les génotypesIn temperate climates, climate change will result in an increase of the frequency and intensity of droughts. Among the factors influencing the species survival in fluctuating environment, trait responses plasticity seems to be a major asset. This thesis has focused on the integrated study of physiological and transcriptional responses of black poplar responding to a progressive water deficit until a severe level. For an overall analysis, plant phenotypic traits responses plasticity and, for the first time, plasticity of the leaf genes expression has been estimated. Different scales of study were taken into account: genotypes from different populations, clones of the same genotype and leaf structures (midrib versus leaf blade). A continuum of phenotypic responses to severe water deficit was identified allowing classifying the majority of the genotypes as sensitive with only one tolerant genotype, maintaining its foliar development, preserving its mature leaves and limiting hydraulic tension. The leaf blade transcriptome was deeply remodeled under severe drought (41% differentially expressed transcripts) and exhibited functions related to the modification of the membrane composition, maintenance of cellular homeostasis and detoxication. Transcripts related to intra- and extra-cellular transport and water flows (by aquaporins) were also highly regulated and associated with integrity and cellular hydration functions of the leaf blade. The transcriptome modulation was in part specific to the midrib compared to the leaf blade. The 958 specifically regulated transcripts of the midrib indicated up-regulation of genes implied in glyoxylate and carbohydrates metabolisms and down-regulation of genes involved in intra- and extra-cellular transport. In consequence, these modifications may favor sugar accumulation in the midrib and could force the sap flow and limit embolism. The estimated mean phenotypic and transcriptional plasticities were different between genotypes. The number of leaves and the leaf water potential were the two traits allowing discriminating statistically the genotypes by their plasticity. The plasticity level of some genes expression was also specific to genotypes: transcriptional plasticity was high concerning genes involved in carbon fixation and transport of secondary messengers for the genotype, which on average was the least plastic. All these results allowed concluding that the most drought-tolerant genotype possessed the lowest degrees of phenotypic and transcriptional plasticities. Conversely, the most sensitive genotypes hold high phenotypic and transcriptional plasticities. Finally, the regulation of the plasticity degree would depend on both preserved mechanisms and others acquired by the genotypes
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Bronnec, Vicky. "Etude de la réponse au stress oxydant chez Campylobacter jejuni : exemple de la souche aérotolérante C. Jejuni Bf : Approches phénotypique, génomique et de ChIP-Seq intégrées pour mieux comprendre l’aérotolérance de cette souche." Nantes, 2016. http://www.theses.fr/2016ONIR084F.
Анотація:
Campylobacter jejuni est la première cause mondiale de toxi-infections bactériennes d'origine alimentaire. Ce pathogène est en mesure de survivre dans des environnements divers. Du tube digestif des volailles, son réservoir naturel, jusqu'à l'assiette du consommateur, C. Jejuni doit développer divers mécanismes afin de survivre aux environnements hostiles. Le développement d'un biofilm représente une stratégie adaptative pour survivre dans ces environnements et en aérobiose. Une souche clinique, C. Jejuni Bf, isolée au laboratoire, présente la particularité unique dans l'espèce de croître en aérobiose. Elle a donc été utilisée comme modèle pour mieux décrire les mécanismes de résistance au stress de C. JejuniCampylobacter jejuni is leading cause of bacterial foodborne infections in the world. This pathogen is able to survive in various environments. From the digestive tract of poultry, its natural reservoir, to the consumer's plate, C. Jejuni must develop several mechanisms to survive in hostile environments. Biofilm formation is an adaptative strategy to survive in these environments and under aerobic conditions. A clinical strain, C. Jejuni Bf, isolated in our laboratory, has the unique feature in the species to grow aerobically. It has been used as a model to better describe the mechanisms of stress resistance in C. Jejuni