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Дисертації з теми "Étude transcriptionnelle"
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Lehoux, Dario. "Étude transcriptionnelle de l'actinophage JHJ-3." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 1996. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk3/ftp04/mq21790.pdf.
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Humblin, Etienne. "Étude de la régulation transcriptionnelle des lymphocytes Th9." Thesis, Bourgogne Franche-Comté, 2017. http://www.theses.fr/2017UBFCI006/document.
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Les lymphocytes T CD4+ auxiliaires ou T helper en anglais sont capables de soutenir une grande diversité de fonctions grâce à leur capacité à se différencier en différents sous-types effecteurs en fonction de l’antigène rencontré et de l’environnement cytokinique dans lequel ils se trouvent. Les connaissances actuelles sur la différenciation des cellules T helper mettent en avant l’existence de réseaux transcriptionnels particulièrement complexes et spécifiques à chaque sous-ensemble T helper. En 2008, les cellules T CD4 sécrétrices d’IL-9 (Th9) sont identifiées comme un nouveau sous-type de cellules T helper. Différenciées en présence d’IL-4 et TGF-β, les cellules Th9 sécrètent de l’IL-9 et de l’IL-21, et contribuent au développement de maladies auto-immunes et allergiques. Les lymphocytes Th9 présentent également des propriétés anti-tumorales particulièrement intéressantes.Le réseau transcriptionnel des cellules Th9 résulte d’un équilibre entre les voies de signalisation induites par les différentes cytokines nécessaires à sa polarisation. L’IL-4 permet l’activation de STAT6 et l’expression de GATA3 et IRF4, tandis que le TGF-β conduit à l’activation de la voie des Smad et l’expression du facteur PU.1. Le module transcriptionnel IRF4/BATF ainsi que le facteur PU.1 sont des messagers indispensables au développement des cellules Th9 et à la sécrétion d’IL-9.IRF8 est un facteur de transcription critique pour le développement des cellules myéloïdes et des lymphocytes B. Récemment, il est apparu qu’IRF8 était impliqué dans la polarisation de sous-ensembles T helper. En effet, IRF8 limite la sécrétion d’IL-17 par les cellules Th17, de même qu’il réprime l’expression de l’Il4 et l’Il17 dans les cellules Treg. Structurellement proche d’IRF4, IRF8 interagit avec des cofacteurs tels que PU.1 ou BATF afin de réguler l’activité transcriptionnelle.Ce travail présenté ici révèle que le facteur IRF8 participe à la polarisation des cellules Th9 in vitro et in vivo. Le TGF-β nécessaire à la différenciation des cellules Th9 régule directement l’expression d’Irf8 grâce à l’activation de Smad3. Comme dans d’autres types cellulaires, la fonction transcriptionnelle d’IRF8 est dépendante de ces partenaires d’interaction. Nous montrons qu’en présence des facteurs PU.1, IRF4 et BATF, IRF8 participe à un complexe multiprotéique nécessaire à l’induction des cytokines caractéristiques des cellules Th9, notamment l’Il9 et l’Il21. Nous démontrons également qu’en présence de la protéine ETV6, IRF8 est capable de former un complexe initiant la répression de l’activité transcriptionnelle de l’Il4. Nous soulignons ainsi le rôle bivalent joué par IRF8 dans le développement des cellules Th9 dépendamment de ses partenaires. Pour finir, l’expression d’Irf8 est nécessaire aux cellules Th9 pour exercer leurs fonctions anti-tumoralesCD4 helper T cells support a wide range of functions due to their ability to differentiate into different effector subsets depending on the antigen encountered and the cytokine environment in which they are. Current knowledge on the differentiation of helper T cells highlights the existence of complex transcriptional networks specific to each T helper subset. In 2008, IL-9 secreting CD4 T cells (Th9) are identified as a new helper T cell subtype. Differentiated in the presence of IL-4 and TGF-β, Th9 cells secrete IL-9 and IL-21, and contribute to the development of autoimmune and allergic diseases. Th9 lymphocytes also exhibit strong anti-tumor properties.The transcriptional network of the Th9 cells results from a balance between the signaling pathways induced by the different cytokines required for its polarization. IL-4 allows activation of STAT6 and expression of GATA3 and IRF4, whereas TGF-β leads to activation of the Smad pathway and expression of the transcription factor PU.1. The IRF4 / BATF transcriptional module and the PU.1 factor are essential messengers for the development of Th9 cells and IL-9 secretion.IRF8 is a crucial transcription factor for the development of myeloid cells and B lymphocytes. Recently it appeared that IRF8 was involved in helper T subset polarization. Indeed, IRF8 limits the secretion of IL-17 by Th17 cells, as well as repressing the expression of Il4 and Il17 in Treg cells. Structurally close to IRF4, IRF8 interacts with cofactors such as PU.1 or BATF in order to regulate transcriptional activity.This work reveals that the IRF8 transcription factor contributes to the polarization of Th9 cells in vitro and in vivo. The TGF-β needed for Th9 cell differentiation activate Smad3 pathway which directly modulates the Irf8 expression. As in many cellular subtypes, the transcriptional function of IRF8 is dependent on these interaction partners. We show that in the presence of the transcription factors PU.1, IRF4 and BATF, IRF8 participates in a multiprotein complex essential for the induction of the Th9 cytokines, Il9 and Il21. We also demonstrate that in the presence of the ETV6 protein, IRF8 is able to form a complex responsible for the repression of Il4 expression. We underline the bivalent role played by IRF8 in the development of Th9 cells depending on its partners. Finally, expression of Irf8 is crucial for Th9 cells to exercise their antitumor functions
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Argaud, Déborah. "Étude de la régulation transcriptionnelle au locus ENPP2." Doctoral thesis, Université Laval, 2020. http://hdl.handle.net/20.500.11794/40224.
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Bérubé-Simard, Félix-Antoine. "Étude de la régulation transcriptionnelle du gène hoxa5 chez la souris." Doctoral thesis, Université Laval, 2014. http://hdl.handle.net/20.500.11794/25601.
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Les gènes Hox codent pour des facteurs de transcription orchestrant l'identité antéro-postérieure du plan corporel des animaux à symétrie bilatérale. La souris Hoxa5-/- a permis de démontrer que ce gène joue un rôle primordial dans la spécification des squelettes axial et appendiculaire, ainsi que dans l'ontogénie de plusieurs organes. À l'aide d'une approche de transgenèse et de délétions successives de la séquence intergénique Hoxa4-Hoxa5, j'ai identifié deux éléments régulateurs responsables de l'expression du gène Hoxa5 dans les systèmes respiratoire et digestif: un fragment d'ADN NcoI-SacI de 163-pb possédant une activité de type activatrice et dirigeant l'expression au niveau du poumon, de l'estomac et de l'intestin, de même qu'un fragment XbaI- BssHII de 259-pb, nécessaire à une expression complète du gène Hoxa5 au niveau du système digestif. Des expériences de retard sur gel (EMSA) et d'immunoprécipitation de la chromatine (ChIP) m'ont permis de démontrer la liaison du facteur de transcription YY1 à ces deux séquences d'ADN. En mutant ses sites de liaison dans un contexte de transgenèse, j'ai mis en évidence le rôle de YY1 comme activateur transcriptionnel du gène Hoxa5 dans les organes. Il s'agit d'ailleurs d'un des rares exemples où la protéine YY1 ne réprime pas l'expression des gènes Hox. J'ai également appliqué la technique de ChIP pour confirmer que les facteurs de transcription à boîte homéo CDX4 et HOXB9 se lient tous les deux au fragment d'ADN AvrII-Eco47III de 164-pb situé à l'intérieur de l'élément MES. J'ai donc montré que la protéine HOXB9 participe à restreindre caudalement l'expression du gène Hoxa5 au niveau de la prévertèbre 10, supportant ainsi le concept de prévalence postérieure. De plus, j'ai généré deux lignées de souris transgéniques exprimant la recombinase Cre sous le contrôle de deux combinaisons de séquences régulatrices identifiées du gène Hoxa5. Ces lignées ont été caractérisées et fournissent de nouveaux outils utiles pour étudier la fonction de différents gènes dans certains tissus le long de l'axe antéro-postérieur. Enfin, le locus Hoxa5 produit 4 trasncrits de 1.8, 5.0, 9.5 et 11-kb de longueur se chevauchant et pouvant produire une protéine in vitro. Cependant, j'ai démontré que seul le court transcrit de 1.8-kb, correspondant aux deux exons connus du gène Hoxa5, génère une protéine associée à la fonction du gène in vivo. Les différents résultats obtenus seront présentés et discutés.Hox genes encode transcription factors, which orchestrate bilaterian anteroposterior patterning. Using Hoxa5-/- mice as model, we have demonstrated that this gene plays a key role in axial and appendicular skeletal patterning as well as in the formation of several organs such as the respiratory and digestive tracts. Using a transgenesis approach and successive deletions in the Hoxa4-Hoxa5 intergenic region, I have identified two distinct regulatory elements responsible for Hoxa5 expression in respiratory and digestive tracts: a 163-bp NcoI-SacI DNA fragment having enhancer activity that drives expression in lung, stomach and intestine, and a 259-bp XbaI-BssHII fragment necessary for a complete Hoxa5 digestive tract expression. Electrophoretic mobility shift (EMSA) and chromatin immunoprecipitation (ChIP) assays have demonstrated the capacity of the YY1 transcription factor to bind these two DNA sequences. By mutating its binding sites in a transgenesis context, I have highlighted the transcriptional activator role of the YY1 protein in Hoxa5 organ expression, which is very interesting since few examples of Hox gene activation by YY1 are reported in the literature. I have also generated two transgenic mice lines expressing the Cre recombinase under the control of two combinations of identified regulatory sequences. These lines have been charaterized and provide useful genetic tools to study gene function in specific tissues along the anteroposterior axis. I have also applicate ChIP technology to demonstrate the in vivo binding of CDX4 and HOXB9 homeobox transcription factors to the 164-bp AvrII-Eco47III DNA fragment included in the MES regulatory element. Consequently, I have shown that the HOXB9 protein caudally participates to restrict the Hoxa5 gene expression at the level of prevertebra 10, which supports the posterior prevalence concept. Finaly, the Hoxa5 locus encompasses 4 overlapping transcripts of 1.8, 5.0, 9.5 and 11.0-kb that can produce a HOXA5 protein in an in vitro context. However, I have demonstrated that only the short transcript of 1.8-kb corresponding to the two known Hoxa5 gene exons is transcribed into an in vivo HOXA5 protein associated to the gene function. Data will be presented and discussed.
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Gattuso, Mariza. "Étude transcriptionnelle d'agents antimicrobiens affectant les membranes et les parois bactériennes." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2009. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4819.
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La multirésistance des bactéries pathogènes envers les antibiotiques actuels ne fait qu'émerger. C'est pourquoi depuis plusieurs années la communauté scientifique se penche sur ce problème afin d'identifier des fonctions essentielles aux bactéries et ainsi d'envisager de nouvelles cibles cellulaires. L'organisation de la membrane et de la paroi cellulaire bactérienne est unique et demeure une cible de choix pour le développement de nouveaux composés antibactériens. Parmi toutes les stratégies de recherches utilisées afin de trouver de nouveaux agents, une des plus classiques mais toujours aussi prometteuse est celle de la caractérisation de molécules naturelles ayant des propriétés anti-infectieuses. C'est pourquoi la présente étude s'est concentrée sur trois classes de composés naturels, les peptides cationiques, les saponines de tomates et des fractions extraites de la canneberge. Il a été émis comme hypothèse que ces molécules semblaient toutes avoir la même cible thérapeutique, la paroi ou la membrane bactérienne. Afin de caractériser chacune de ces molécules et d'établir leur mode d'action et les stress spécifiques engendrés, une approche transcriptomique, de puce à ADN, a été utilisée. Les profils d'expression des gènes d'intérêts ont par la suite été confirmés par Q-PCR. De plus, afin de poursuivre la caractérisation du mode d'action des extraits de canneberge, une étude de biosynthèse des macromolécules a été faite, suivie d'études morphologiques en microscopie électronique. Il a pu être établi que les peptides cationiques engendrent un stress et perturbent les membranes. Ils s'accolent potentiellement à la membrane de Escherichia coli et semblent provoquer un microenvironnement acide puisqu'on observe l'induction de l'opéron Cad et semblent aussi provoquer des déficiences en phosphate et en carbone selon les stress transcriptionnels obtenus. La tomatidine aurait une activité antivirulence en agissant au niveau de l'effecteur du système Agr chez Staphylococcus aureus . Elle induirait aussi une putative pompe à efflux, MmpL qui pourrait permettre son expulsion. Les extraits de canneberge induisent les marqueurs du stimulus du stress à la paroi similaires à ceux induits par plusieurs antibiotiques inhibant la biosynthèse du peptidoglycan et empêcheraient ainsi la synthèse de la paroi. Le mode d'action spécifique de chacun de ces types de composés sur la membrane ou la paroi démontre bien tout leur potentiel thérapeutique. C'est pourquoi il s'avère important de poursuivre la caractérisation de ces molécules prometteuses.
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Gobeil, Lise-Andrée. "Étude de la régulation génique post-transcriptionnelle impliquant DCR1 chez Schizosaccharomyces pombe." Thesis, Université Laval, 2007. http://www.theses.ulaval.ca/2007/24896/24896.pdf.
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Rouland, Lila. "Étude de la fonction transcriptionnelle de la parkine dans les cancers cérébraux." Electronic Thesis or Diss., Université Côte d'Azur (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019AZUR6002.
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La parkine, est une protéine responsable de certaines formes autosomiques familiales récessives de la maladie de Parkinson. Elle est principalement considérée comme une ubiquitine ligase E3 mais la parkine se comporte également comme facteur de transcription (FT). En effet, elle réprime trancriptionnellement p53 et module différemment l’expression des presenilines puisqu’elle active PS1 et réprime PS2. A ce jour, trois cibles transcriptionnelles de la parkine p53, PS1 et PS2 ont été identifiées. Il est intéressant de noter que la parkine joue également un rôle dans le cancer en tant que suppresseur de tumeur. Elle est également fréquemment délétée ou inactivée dans un certain nombre de tumeurs malignes. De précédentes études ont montré que l’expression de la parkine était fortement réduite dans les gliomes. Il s’avère que cette baisse des niveaux de parkine était associée à la perte de fonction d’un autre facteur de transcription clef fréquemment muté dans les gliomes, p53. Ces études suggèrent que la parkine aurait un rôle majeur dans l’origine et/ou le développement des gliomes, mais l’implication de sa fonction transcriptionnelle dans ces processus n’est pas encore établie.Nous nous sommes intéressés aux mécanismes d’imports et exports de la parkine dans le transport nucléo-cytoplasmique. Cela nous a permis de déterminer l’existence de séquences NLS (signal d’import) et NES (signal d’export) sur la structure de la parkine. Ces séquences NLS et NES sont reconnues par les complexes importines et exportines, respectivement. De plus, nous avons muté au sein de ces séquences endogènes un ou plusieurs acides aminés rendant les séquences inactives et non reconnaissables pour le transport. Ainsi, nous avons généré des outils génétiques permettant de « forcer » la localisation de la parkine dans le cytosol ou dans le noyau. Ces travaux identifient les processus moléculaires régissant la navette de la parkine entre le noyau et le cytosol et confortent le rôle de facteur de transcription de la parkine. De plus, ces nouvelles constructions mutées permettent de déterminer avec précision la part des fonctions ubiquitine-ligase et FT de la parkine dans la régulation de ses cibles.Nous nous sommes également intéressés à l’implication de l’activité FT de la parkine dans l’étiologie des gliomes et notamment, sur un processus clés majoritairement dérégulé dans les cancers, la prolifération. Dans ce cadre, nous avons identifié deux nouvelles cibles transcriptionnelles de la parkine: les cyclines A et B contrôlant respectivement le déclenchement/progression en phase S et la transition G2/M du cycle cellulaire.Grâce aux mutants précédemment décrits, nous avons pu déterminer que la parkine régulait la cycline A uniquement via son activité FT et la cycline B via ses deux activités. Nous avons également utilisé un modèle in vivo (souris sauvages (PK+/+) ou invalidées (PK-/-) pour la parkine), dans lequel nous avons injecté des cellules de glioblastomes murins. En absence de parkine, la taille des tumeurs est significativement supérieure à celle observée dans les souris PK+/+. Dans un second temps nous avons voulu examiner l’impact des mutants NES et NLS sur la croissance tumorale dans des souris PK-/-. Pour ce faire, nous avons injecté des cellules de glioblastomes murins exprimant stablement la parkine sauvage ou ses mutants NLS/NES. Ces résultats indiquent que les deux fonctions de la parkine contribuent à la réduction du volume tumoral.Ainsi, l’activité FT de la parkine semble être particulièrement impliquée dans la régulation de la prolifération dans les glioblastomes. Cette étude est donc d’un intérêt capital car elle permet d’établir la contribution exacte de la parkine dans les GBM et de mieux comprendre son rôle suppresseur de tumeurParkin is a protein responsible for some familial autosomal recessive forms of Parkinson’s disease.It’s mainly considered as an E3 ligase activity but parkin also acts as a transcription factor (TF). To date, three transcriptional targets of parkin have been identified p53, PS1 and PS2. Indeed, parkin represses p53 and presenilin 2 and transactivates presenilin 1. It is interesting to note that parkin also plays a role in cancer as a tumor suppressor. It is also frequently deleted or inactivated in a number of malignant tumors.Previous studies have shown that parkin expression is reduced in gliomas. This decrease in parkin levels was found to be associated with the loss of function of another key transcriptional factor frequently mutated in glioma: p53. These studies suggest that parkin transcription function may have a major role in the origin and/or development of gliomas. My thesis project addressed this question and was articulated in two main axes. First, we investigated the mechanisms of parkin nucleo-cytoplasmic transport. This enabled us to determine the existence of NLS (import signal) and NES (export signal) sequences in the structure of parkin. These NLS and NES sequences are recognized by the import and export complexes, respectively.We have mutated the NLS and NES parkin’s domains, in one or more amino acids, in order to block their recognition by importins and exportins. Thus, we have generated genetic tools that have allowed us to examine with precision the transcription factor and E3-ligase functions of parkin. Second, we have examined the implication of TF activity of parkin in the etiology of glioma. In this context, we have identified two new transcriptional targets of parkin: cyclins A and B. These cyclins are involved in the control of the S and G2/M phases of the cell cycle. Using the NLS/NES parkin mutants, we were able to show that parkin regulates cyclin A only via its TF activity and cyclin B via its two activities. By means of an in vivo model (wild type (PK+/+) or invalidated (PK-/-) mice for parkin) in which we injected glioblastoma murine cells we show that parkin invalidation leads to increased tumor size. Importantly, we show that both nuclear and cytosolic parkin induce tumor suppression, but nuclear parkin reduces tumor progression more efficiently than cytosolic parkin. Thus, the TF activity of parkin seems to be particularly involved in the regulation of proliferation in glioblastoma. This study is therefore of major interest because it allowed us to gain insight in the mechanism of parkin nucleus-cytoplasm shuttle and establish the exact contribution of parkin TF function in tumor suppression in glioblastoma context
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Abou-Jaoude, Wassim. "Oscillations et bistabilité dans des réseaux de régulation transcriptionnelle: étude théorique et expérimentale." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2009. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/210295.
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Face à un environnement changeant, la cellule a dû développer des systèmes de régulation lui permettant de s’adapter et d’assurer son développement et sa survie. Ces systèmes de régulation s’organisent autour de réseaux de régulation transcriptionnelle permettant l’expression des gènes codant pour les protéines dont la cellule a besoin. Dans la plupart des réseaux trancriptionnels, la régulation de la transcription des gènes est « raffinée » par la présence de circuits de rétroaction positifs et négatifs à l’origine de deux types de comportements différents: la multistabilité d’une part, et les comportements homéostatiques ou oscillants d’autre part. Deux réseaux de régulation transcriptionnelle de complexité différente ont été étudiés au cours de cette thèse :le réseau p53-Mdm2 impliqué dans l'arrêt de la croissance cellulaire, la réparation de l’ADN et l’apoptose chez les mammifères, et le réseau de facteurs transcriptionnels GATA impliqué dans la régulation du catabolisme de l’azote chez la levure Saccharomyces cerevisiae. L’analyse théorique du réseau p53-Mdm2 a eu pour principal objectif de reproduire et d’interpréter les données expérimentales disponibles dans la littérature concernant la réponse oscillante de la p53 lorsque l’ADN de la cellule est endommagé. L’analyse théorique des comportements du réseau GATA, quant à elle, a été couplée à une étude expérimentale dans les milieux de qualité intermédiaire en azote peu investigués jusqu’à présent. Pour analyser les propriétés dynamiques de ces deux réseaux, plusieurs approches complémentaires, se situant à différents niveaux de description, ont été utilisées: l’approche logique, différentielle et stochastique.La première partie de cette thèse a été consacrée à l’étude du réseau p53-Mdm2 pour lequel nous avons développé un modèle simple composé d’un circuit de rétroaction positif imbriqué dans un circuit de rétroaction négatif. Les résultats de notre analyse logique montrent que les principales propriétés dynamiques du réseau peuvent être résumées par un petit nombre de diagrammes de bifurcation logique. Ces scénarios de bifurcations diffèrent par la séquence d’activation du circuit positif et négatif composant le réseau et dépendent d’une part de l’affinité de la p53 pour ses gènes cibles et d’autre part de son activité transcriptionnelle. Nous proposons que différents stress et types cellulaires pourraient correspondre à différents scénarios de bifurcation et donc conduire à des réponses différentes après irradiation. Cette première analyse qualitative nous a permis de rendre compte de différents aspects de la dynamique du réseau observés expérimentalement, tels que le changement de fréquence des oscillations en cours de réponse, les oscillations de longue durée de la p53 ou l’amortissement rapide des oscillations à l’échelle d’une population de cellules. Pour nous affranchir des fortes non-linéarités inhérentes au traitement logique, nous avons ensuite traduit le modèle logique en un modèle différentiel et montré que les principaux comportements présentés par le modèle logique sont conservés, suggérant que la structure du réseau détermine dans une large mesure les principales potentialités dynamiques du système. L’analyse des propriétés de bifurcation du modèle différentiel en fonction du niveau de dommage à l’ADN nous a également permis de mettre en évidence la présence de deux régimes oscillants d’amplitude, de valeur moyenne et de fréquence nettement différentes, séparés par une zone de bicyclicité où ces deux régimes coexistent. Cette propriété permet d’expliquer l’existence des deux fréquences d’oscillation différentes qui ont été observées expérimentalement en fonction de la dose d’irradiation. Enfin l’analyse stochastique de notre modèle nous a, en particulier, permis de rendre compte de l’augmentation du nombre de cellules oscillant à des fréquences élevées lorsque la dose d’irradiation augmente, observée expérimentalement.
La deuxième partie de notre thèse a été consacrée à l’étude du réseau de facteurs GATA chez la levure S.cerevisiae. Ce réseau, constitué des activateurs Gln3 et Nil1 et des répresseurs Dal80 et Gzf3, comporte plusieurs circuits de rétroaction positifs et négatifs interconnectés. Dans le but d’aider à comprendre le rôle et le fonctionnement du réseau GATA, nous avons effectué une analyse théorique et expérimentale de son comportement dynamique en fonction de la qualité de la source azotée. L’analyse différentielle montre la possibilité d’un comportement bistable dans les milieux de qualité intermédiaire en azote et d’oscillations amorties suite à un transfert nutritionnel d’une condition azotée à une autre, lorsque l’activation des gènes du réseau par Gln3 et Nil1 est synergique ou lorsque le gène Gln3 est supprimé. Gzf3 serait le répresseur clef impliqué dans la bistabilité tandis que Dal80 serait le répresseur clef impliqué dans les comportements oscillants. L’analyse stochastique nous a permis d’étudier l’effet des fluctuations moléculaires sur ces comportements et les distributions de variables importantes du système dans une population de cellules. Pour le modèle synergique de la souche sauvage et celui du mutant gln3°, elle a montré l’existence, dans des milieux de qualité intermédiaire en azote, de deux populations de cellules qui coexistent :une population où l’expression de Dal80 est réprimée, une autre où son expression est activée. Enfin, l’étude de la dynamique du couplage entre la protéine fluorescente Gfp, sous le contrôle du promoteur de DAL80, et le réseau GATA montre que, pour des ordres de grandeur physiologique de la vitesse de disparition de la Gfp, la bimodalité présente au niveau du réseau GATA devrait se refléter au niveau de la Gfp.
Les comportements bistables et oscillants mis en évidence dans notre étude théorique du réseau GATA ont ensuite été testés expérimentalement en suivant la Gfp sous le contrôle du promoteur de DAL80 en fonction de la concentration de la source azotée glutamine. Cette étude expérimentale nous a permis de mettre en évidence l’existence d’oscillations amorties de la fluorescence de la protéine de fusion Dal80-Gfp. De telles oscillations cependant n’ont pas été observées dans les expériences réalisées sur les autres souches testées pour lesquelles le gène de la Gfp est fusionné au promoteur de DAL80. Notre étude expérimentale montre également l’existence, chez la souche sauvage, d’une population unique de cellules fluorescentes quelle que soit la concentration du milieu extérieur en glutamine testé (0.2mM à 10mM). Un modèle additif où l’activation des gènes du réseau par Gln3 et Nil1 n’est pas synergique serait donc en meilleur accord avec nos observations. Chez les souches où le facteur Gln3 est inactivé, par contre, deux populations cellulaires, l’une de forte fluorescence et constituée de cellules de grande taille, l’autre de plus faible fluorescence et constituée de cellules de taille plus petite, coexistent pour des concentrations intermédiaires du milieu extérieur en glutamine. La forte corrélation observée entre la taille et la fluorescence des cellules suggère que le comportement bimodal observé au niveau de la fluorescence est lié au comportement bimodal observé au niveau de la taille. Enfin, un modèle phénoménologique de la croissance cellulaire nous a permis de reproduire l’existence de deux populations cellulaires de taille distincte.
Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished
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Yockell-Lelièvre, Julien. "Étude de la régulation transcriptionnelle de ICAM-1 : implication de la voie JAK/STAT." Thesis, Université Laval, 2010. http://www.theses.ulaval.ca/2010/27403/27403.pdf.
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Naciri, Ikrame. "Épigénétique, signalisation et cancer : Étude de la régulation transcriptionnelle des gènes Testis/Placenta spécifiques." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2018. http://www.theses.fr/2018USPCC254.
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La régulation spatio-temporelle de l’expression des gènes est essentielle pour la mise en place et le maintien de l’identité cellulaire. Une dérégulation de ces mécanismes peut non seulement entrainer la perte de l’identité cellulaire mais également le développement de maladies comme le cancer. Dans le contexte de tumorigénèse il a été observé une expression atypique des gènes spécifiques des testicules et du placenta (gènes TS/PS) . Cette induction dans les tumeurs est corrélée à un mauvais pronostic et certains de ces gènes participent directement au processus tumoral. A ceci s’ajoute leur potentiel immunogène, qui contribue à faire de ces gènes des cibles thérapeutiques prometteuses. Deux cribles génétiques, nous ont permis d’identifier trois nouveaux acteurs importants dans la régulation transcriptionnelle du gène TS/PS ADAM12. Cette métalloprotéase est surexprimée dans les tumeurs et participe aux processus d’invasion et migration des cellules cancéreuses. Nos travaux ont pu montrer que la kinase TAK1 (MAP3K7) et que les remodeleurs chromatiniens SIRT6 et KAT2A sont importants pour la régulation transcriptionnelle d’ADAM12. Nous avons également pu disséquer les mécanismes moléculaires sous-jacents de cette régulation en établissant un lien entre la signalisation TAK1 et l’acétyltransférase KAT2A. Ces résultats nous permettent de proposer TAK1 et KAT2A comme de potentielles cibles thérapeutiques dans les tumeurs qui non seulement sur-expriment ADAM12 mais également les tumeurs où la signalisation TAK1 est perturbéeSpatio-temporal gene transcriptional regulation is essential to establish and maintain cell identity. Impairment of the molecular mechanisms involved in this regulation could lead to diseases like cancer. Testis/Placenta specific genes (TS/PS) are found to be expressed in cancer while their expression is normally restricted in testis and placenta. Overexpression of TS/PS in cancer is correlated to bad prognosis and some of these genes are known to be oncogenes. Moreover these genes could induce immune responses when they are expressed in cancer making them good candidates for therapeutic targets.In this thesis, we set up two genetic screens, which allow us to identify three new actors involved in the transcriptional regulation of the TS/PS gene ADAM12. This metalloprotease which is overexpressed in many tumors is involved in cell migration and invasion of cancer cells. Our study showed that the kinase TAK1 (MAP3K7) and the chromatin remodelers KAT2A and SIRT6 are involved in the regulation of ADAM12 expression. We went further and dissect the molecular mechanisms involved in this regulation and we discovered a link between the acetyltransferase KAT2A and TAK1 signaling pathway. These results allow us to propose TAK1 and KAT2A as potential therapeutic targets in high-ADAM12 expressing tumors and/or in tumors with TAK1 mutations
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Lehoux, Sylvain. "Étude de l'expression et des mécanismes de régulation transcriptionnelle tissu-spécifique du gène ST6GAL2." Thesis, Lille 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LIL10102/document.
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La sialylation est l’une des dernières étapes de la biosynthèse des chaînes glycaniques des glycoprotéines et des glycolipides. La sialylation en a2,6 des structures N-acétyllactosaminiques (Galß1-4GlcNAc) est souvent retrouvée en périphérie des glycannes et est impliquée dans de nombreux mécanismes d’adhésion et de reconnaissance cellule / cellule ou hôte / pathogène. Chez l’Homme, deux sialyltransférases synthétisent ce type d’épitope glycanique : hST6Gal I et hST6Gal II. Elles se distinguent par leur spécificité de substrat accepteur et par leur profil d’expression tissulaire. Alors que le gène ST6GAL1 codant hST6Gal I est exprimé dans la plupart des tissus, ST6GAL2 présente une expression tissulaire plus restreinte, se limitant essentiellement au cerveau embryonnaire et adulte. Par ailleurs, hST6Gal II présente des similitudes en termes de spécificité de substrat et d’expression tissulaire avec la sialyltransférase identifiée chez D. melanogaster et semble avoir conservé certaines propriétés ancestrales essentielles pour le développement du tissu nerveux. Plusieurs études ont montré que l’expression des sialyltransférases est contrôlée au niveau transcriptionnel par l’utilisation de promoteurs tissulaires régulant l’expression de manière tissu-spécifique. Si les données concernant ST6GAL2 sont encore limitées, il apparaît cependant que l’expression de ce gène est finement contrôlée par des mécanismes apparemment conservés au cours de l’évolution. Le projet de thèse que nous avons mené a eu pour but d’identifier les régions 5’-non traduites de ST6GAL2 et de caractériser les régions promotrices associées. A partir d’un modèle cellulaire de neuroblastome en culture, nous avons identifié par 5’ RACE trois types de transcrits qui diffèrent par leur premier exon non traduit. Ces exons, appelés EX, EY et EZ, sont situés à plus de 42 kpb du premier exon commun codant et ne sont séparés que de 124 et 87 pb, respectivement. Par Q-PCR en duplex avec le gène normalisateur HPRT, nous avons montré que les transcrits initiés par l’exon EX et EY étaient prépondérants par rapport aux transcrits contenant EZ, à la fois dans plusieurs lignées cellulaires à caractère neuronal et dans des échantillons de tissu cérébral humain. Nous avons également montré que la protéine hST6Gal II est exprimée dans les différents lobes du cortex cérébral, dans le cervelet et dans l’hippocampe. Nous avons isolé différentes régions génomiques situées en amont et à l’intérieur de la région EX/EY/EZ que nous avons sous cloné en amont du gène de la luciférase pour des tests d’activité. Nous avons défini deux régions promotrices, en amont des exons EX et EY. Des expériences de mutagenèse dirigée couplées à des analyses bioinformatiques nous ont révélé que les facteurs de transcription NF-?B et NRSF sont probablement des répresseurs de la transcription, alors que les facteurs Sox5, SP1, Pura et Olf1 agirait comme des éléments activateurs de la transcription de ST6GAL2. Les facteurs NRSF, Sox5, Pura et Olf1 régulent notamment la transcription de gènes impliqués dans le fonctionnement et le développement neuronal, suggérant un rôle de ST6GAL2 dans les fonctions neuronales. Enfin, nous avons mis en évidence une forte augmentation de l’expression ST6GAL2 au cours de la différentiation en neurones des cellules NT2/D1 sous l’action de l’acide rétinoïque, suggérant un rôle potentiel de cette enzyme au cours de la différentiation neuronaleSialylation is one of the last step of the biosynthesis of glycan chains carried by glycoproteins and glycolipids. The a2,6-sialylation of N-acetyllactosaminyl (Galß1-4GlcNAc) structures is commonly found at the end of glycan chains and is involved in numerous cell / cell or host / pathogen adhesion and recognition events. In Human, two sialyltransferases synthesise this glycan epitope, namely hST6Gal I and hST6Gal II. They differ from each other in substrate specificity an in tissue-specific pattern of expression. Whereas the gene encoding hST6Gal I, ST6GAL1, is expressed in almost all tissues, ST6GAL2 shows a narrower pattern of tissue expression essentially limited to fetal and adult brain. In addition, hST6Gal II exhibits similarities in terms of substrate specificity and gene expression pattern with the sialyltransferase identified in D. melanogaster and therefore, seems to have conserved ancestral properties required for brain function and growing nervous tissue. Several studies have shown that the expression of sialyltransferases is controlled at the transcriptional level by the use of specific promoters that regulate their expression in a tissue-specific fashion. Data about ST6GAL2 are rather limited; however, it appears the expression of this gene is finely regulated by mechanisms likely conserved through evolution. The aim of this thesis was to identify the 5’ non translated regions of the ST6GAL2 gene and to characterize the associated promoter regions. From a neuroblastoma cultured cell model, we identified by 5’RACE three types of transcripts which are different only in their first non-coding exon. Those exons, named EX, EY and EZ, are located more then 42 kbp upstream of the first common coding exon and are only separated by 124 and 87 bp, respectively. Using Taqman duplex Q-PCR technology we have shown that the transcripts initiated by EX and EY are predominantly expressed compared to EZ both in several cell lines and in human brain tissue samples. We also demonstrated that the hST6Gal II protein is expressed in the different lobes of the human cerebral cortex, the cerebellum and the hippocampus. We isolated different genomic sequences upstream EX and within EX/EY/EZ region and inserted them in a reporter vector for luciferase assays. We could define two promoter sequences upstream EX and ZY. PCR site-directed mutagenesis experiments along with bioinformatics analysis revealed that transcription factors NF-?B and NRSF are likely to act as transcription inhibitors, whereas the Sox5, SP1, Pura and Olf1 factors would be involved in the transcriptional activation of ST6GAL2. The NRSF, Sox5, Pura and Olf1 transcription factors are notably involved in the transcriptional regulation of genes related to neuronal functions and the neuronal development. Eventually, we have shown evidence of a strong increased ST6GAL2 expression during neuronal differentiation of the NT2/D1 cell line under acid retinoic treatment, suggesting of putative role this enzyme in neuronal differentiation
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Beaudoin, Jean-Denis. "Étude des G-quadruplexes comme régulateurs de l'ARN." Thèse, Université de Sherbrooke, 2013. http://hdl.handle.net/11143/6222.
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Avec la récente découverte que plus de 90% du génome humain est transcrit activement, il est raisonnable d'assumer que les mécanismes de régulation post-transcriptionnelle sont les moyens primaires contrôlant le transfert de l'information de l'ARN messager à la protéine. Ces mécanismes de régulation nécessitent généralement plusieurs éléments et motifs d'ARN en cis retrouvés à l'intérieur des ARN messagers. La structure G-quadruplexe sort de l'ordinaire en terme de motif d'ARN. L'empilement des G-quartets, formés de quatre guanines coplanaires interagissant entre elles via des paires de bases Hogsteen, la présence d'un contre-ion et la structure en tétrahélice procurent à la structure G-quadruplexe une stabilité remarquable. Cette stabilité amalgamée à ces caractéristiques structurales uniques, font de ce motif un élément de régulation post-transcriptionnelle en cis très prometteur. Cette thèse présente une étude des capacités de la structure G-quadruplexe à agir comme un élément de régulation de l'ARN. Tout d'abord, j'ai exploré l'habilité d'une structure G-quadruplexe à moduler l'activité catalytique d'un ribozyme en développant et caractérisant une nouvelle classe de ribozyme, le G-quartzyme. Le G-quartzyme résulte de la fusion d’un motif G-quadruplexe au ribozyme VHD antigénomique. Une activité catalytique dépendante de la présence de potassium en solution a été observée pour ce nouveau ribozyme. La caractérisation de cette chimère G-quadruplexe-ribozyme a permis d'apprécier la flexibilité et la capacité du G-quadruplexe à moduler l'activité catalytique d'un ribozyme. Par la suite, j'ai étudié les G-quadruplexes présents dans les 5-UTR des ARNm en utilisant une approche robuste composée de trois étapes, in silico, in vitro et in cellulo. Cette méthodologie a permis d'avoir une vue d'ensemble du phénomène. L'analyse de neuf candidats de front a été la clé afin d'apprécier l'ampleur des G-quadruplexes dans les 5'-UTR agissant comme répresseurs traductionnels. Les résultats obtenus ont permis d'identifier des nouvelles règles régissant la formation de structure G-quadruplexe d'ARN in vitro et in cellulo. Ce travail suggère que ces répresseurs de la traduction sont vastement distribués à travers le transcriptome. Finalement, cette même approche a été utilisée afin d'explorer les G-quadruplexes présents dans les 3’-UTR des ARNm. Cette analyse m'a permis de discerner un nouveau rôle pour cette structure, celui de stimuler la polyadénylation alternative d'un messager. L'étude plus en détail d'un candidat, FXR1, démontre que la présence d'un G-quadruplexe dans son 3'-UTR augmente l'expression d'un transcrit plus court, produit par polyadénylation alternative, contenant moins de sites de liaison aux microARNs résultant en un gain de synthèse protéique. Les résultats recueillis lors de ce travail suggèrent également que la présence de ce motif dans les 3'-UTR diminue l'efficacité d'un site de polyadénylation situé en aval de celui-ci. Clairement, les G-quadruplexes présents dans les 3-UTR possèdent différents rôles pouvant affecter l'expression d'un gène. En conclusion, ces études ont permis de soulever l'importance majeure des G-quadruplexes d'ARN dans différents phénomènes, dont l'expression génique, et de définir de nouvelles règles majorant leur formation et leur interaction dans divers contextes cellulaires. Les résultats présentés dans cette thèse démontrent que la structure G-quadruplexe, en plus d'être largement distribuée à travers le transcriptome, possède plusieurs caractéristiques faisant de celle-ci un élément de régulation de l'ARN des plus compétent. L’identification et la caractérisation de phénomènes cellulaires associés aux G-quadruplexes s'avèrent indispensables afin de développer de nouvelles thérapies géniques ciblant ces structures.
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Beranger, Guillaume. "Étude de la régulation transcriptionnelle du gène Tcirg1 dans le cadre de la différenciation ostéoclastique." Nice, 2006. http://www.theses.fr/2006NICE4042.
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Le tissu osseux est renouvelé en permanence et son homéostasie est sous le contrôle des activités antagonistes de deux types cellulaires, les ostéoblastes et les ostéoclastes. Le gène Tcirg1 code pour l’isoforme 3 de la sous-unité « a » de la V-ATPase exprimée dans l’ostéoclaste. Dans ce type cellulaire, la V-ATPase est une pompe à protons principalement impliquée dans la dégradation de la matrice osseuse, et des mutations sur la protéine a3 sont responsables de phénotypes ostéopétrotiques chez l’homme et la souris. En utilisant la lignée RAW264. 7 comme modèle de différenciation ostéoclastique, nous avons étudié la régulation de l’expression du gène Tcirg1. Nous avons identifié un répresseur transcriptionnel, PARP-1, dont l’activité est diminuée au cours de la différenciation par le RANKL. (Beranger et al. , 2006) Nous avons ensuite mis en évidence que le dimère AP-1 JunD/Fra2 était un facteur activateur responsable de l’induction de l’activité du promoteur Tcirg1. Nous avons identifié une seconde séquence capable d’interagir avec PARP-1 située directement en aval du site AP-1. En conclusion, les données obtenues en utilisant une construction promotrice délétée du site AP-1 favorisent l’hypothèse de l’existence, dans les pré-ostéoclastes, d’un complexe inhibiteur impliquant PARP-1 et le site JunD/Fa2 identifié. Nous avons également étudié l’expression de TIRC7, un produit alternatif du gène Tcirg1 qui a été identifié dans les cellules T activées. En utilisant la lignée lymphocytaire El-4 comme modèle cellulaire, nous avons observé que le signal d’activation induisait l’épissage de l’intron 5 d’un stock de pré-ARNm localisés dans le noyau, suivi de leur translocation vers le cytoplasme. Nous avons enfin fourni des données suggérant l’existence d’une régulation traductionnelle responsable de la synthèse des protéines a3 ou TIRC7 en fonction du type cellulaire. Dans une dernière partie du travail, nous nous sommes intéressés à l’implication de PARP-1 dans la régulation du gène Tracp, un gène qui code pour une phosphatase acide induite au cours de l’ostéoclastogénèse. Comme, nous l’avions observé pour Tcirg1, nous avons identifié PARP-1 en tant que répresseur transcriptionnel, établissant ainsi un nouveau rôle pour PARP-1 dans l’induction de deux gènes critiques pour la biologie de l’ostéoclaste. L’ensemble de ce travail nous a conduit à proposer le premier modèle de régulation du gène Tcirg1 au cours de l’ostéoclastogénèse, ce modèle implique l’abolition de l’effet inhibiteur de PARP-1 associé à la fixation de JunD/Fra2. De plus, nous avons fourni des données suggérant un nouveau rôle pour PARP-1 dans la biologie de l’ostéoclasteBone undergoes constant remodeling, and its homeostasis is under the control of two major cell types, namely osteoblasts and osteoclasts. The Tcirg1 gene encodes the osteoclast-specific a3 isoform of the V-ATPase a subunit. The V-ATPase complex is a proton pump responsible for the bone matrix degradation and mutations in the a3 subunit account for an osteopetrotic phenotype both in human and in mouse. Using the RAW264. 7 cell line as an osteoclast differentiation model, we studied the regulation of Tcirg1 gene expression. We identified PARP-1 as a transcriptional repressor which is downregulated during RANKL-induced osteoclastogenesis. We identified the AP-1 dimer JunD/Fra2 as an activating transcriptional factor involved in Tcirg1 promoter activity upregulation. We also identified a second PARP-1 interacting sequence adjacent to the JunD/Fra2 binding site. Finally, the data we obtained using Tcirg1 gene promoter deleted for the JunD/Fra2 site favoured the hypothesis of the existence, in pre-osteoclastic cells, of an inhibitory complex involving PARP-1 and the JunD/Fra2 binding sites we identified. We also studied the expression of TIRC7, an alternative product of the Tcirg1 gene which was identified in activated T-cells. Using the El-4 lymphocytic cell line as a model, we observed that the activation signal induced the splicing of the intron 5 of pre-mRNA species stored in the nucleus and their translocation to the cytoplasm. Lastly, we provided data suggesting the existence of a translational regulation responsible for a3 or TIRC7 synthesis, depending on the cell type. In the last section, we adressed the issue of PARP-1 involvement in the regulation of Tracp gene, a gene which encodes an acid phosphatase strongly up-regulated during osteoclastogenesis. As previously observed for Tcirg1 gene, we identified PARP-1 as a transcriptional repressor of Tracp expression, therfore establishing a new role for PARP-1 in RANKL-induced up-regulation of two critical genes for the osteoclast biology. Altogether, the results obtained in this study led us to propose the first model, involving PARP-1 inhibition release and JunD/Fra-2 binding, for Tcirg1 gene upregulation during osteoclastogenesis. Moreover, we provided data suggesting a new role for PARP-1 as a transcriptional factor critical for the osteoclast biology
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Tekaya, Hamouda Nedra. "Identification et étude d'un nouveau mécanisme nucléaire de régulation post-transcriptionnelle par les micro-ARN." Thesis, Nice, 2016. http://www.theses.fr/2016NICE4007/document.
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Les miARN sont de petits ARN non codant dont la taille varie entre 21-24 nucléotides. Ils jouent un rôle de régulateurs post-transcriptionnels en utilisant leur complémentarité de séquence avec l’ARN messager (ARNm) cible afin d’induire sa répression. Grâce à la protéine Argonaute 2 (Ago2) dans laquelle les miARN sont incorporés formant ainsi le complexe miRISC, des cofacteurs sont recrutés afin d’induire la dégradation ou le blocage de la traduction de l’ARNm cible. Initialement connus pour réguler leurs cibles dans le cytoplasme, les miARN sont de plus en plus décrits comme étant des régulateurs de l’expression génique au niveau nucléaire. Dans ce travail, nous avons démontré la présence, au sein du noyau, d’un nouveau mécanisme de régulation post-transcriptionel par les miARN dont les facteurs majeurs sont Sfpq et Pspc1Micro-RNA, nuclear regulation, gene silencing, SfpqThere is a growing body of evidence about the presence and the activity of the miRISC in the nucleus of mammalian cells. Here we show by quantitative proteomic analysis that Ago2 interacts with the complex formed by Sfpq, Pspc1 and NonO in a RNA-dependent fashion. Sfpq mediates the interaction between miRISC with Pspc1 and NonO in the nucleoplasm. By HITS-CLIP coupled with transcriptomic analysis, we demonstrated that Sfpq specifically controls the downregulation of a subset of crucial let-7a-target mRNAs in stem cells, including Lin28a, Prtg, and Igf2bp1. Sfpq directly binds to specific sequence in the 3'UTR to promote the recruitment of selected nucleoplasmic miRNAs and triggers the decay, as we show for Lin28a mRNA. These results extend the miRNA-mediated post-transcriptional gene silencing into the nucleus and indicate that a dual strategy
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Margaillan, Guillaume. "Étude de la variabilité d'expression et de la régulation post-transcriptionnelle des uridine-diphospho-glucuronosyltransferases." Doctoral thesis, Université Laval, 2015. http://hdl.handle.net/20.500.11794/26556.
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Le métabolisme de phase II est assuré par les UDP-glucuronosyltransférases (UGT), qui sont des enzymes régulant l'inactivation de nombreux médicaments et molécules endogènes. Cette voie métabolique est caractérisée par une variabilité interindividuelle significative, tant au niveau de l’expression génique qu’au niveau de l’activité de glucuronidation. La mesure des capacités de glucuronidation et la compréhension des mécanismes participant à cette variabilité dans les tissus humains sont un enjeu important. Cependant, le manque de spécificité des substrats des UGT, la grande similarité des séquences protéiques et le manque de corrélation entre l’expression en ARNm et en protéine, rend la mesure de la voie de glucuronidation difficile et complexe. En réponse à ces problèmes, des techniques de quantification des UGT par spectrométrie de masse ont été récemment développées. Il est alors possible de déterminer si les profils d’expression protéique des UGT ainsi obtenus par ces quantifications permettent de prédire le potentiel de glucuronidation dans les tissus humains. En plus d’une grande variabilité interindividuelle, mes travaux montrent que les profils d’expression protéique des UGT des tissus hépatiques et rénaux sont corrélés avec les activités de glucuronidation de quatre enzymes UGT pour lesquelles des substrats spécifiques sont connus. Par ailleurs, nous avons également démontré que la capacité de glucuronidation des tissus rénaux est fortement diminuée dans les tumeurs comparativement aux tissus normaux. Bien que de nombreux mécanismes de régulation des UGT aient été décrits, une fraction significative de la variabilité d’expression des ARNm, des protéines et de l’activité des UGT demeure inexpliquée et peut impliquer des mécanismes épigénétiques, tels que la régulation par microARN. Ainsi, nous avons identifié quatre microARN (miR-331, miR-376c, miR-409, et miR-494) comme des régulateurs potentiels des UGT2B15/2B17. Parmi ces microARN, nous avons mis en évidence l’implication de miR-376c dans la régulation de ces deux UGT, et déterminé que ces microARN pourraient influencer la biodisponibilité de la dihydrotestostérone (DHT) dans les cellules de cancer de la prostate in vitro et dans les tumeurs prostatiques de patients.Phase II metabolism is conveyed by UDP-glucuronosyltransferases (UGT), which are enzymes regulating the inactivation of many drugs and endogenous molecules. This metabolic pathway is characterized by a significant interindividual variability at the level of gene expression and activity. The measurement of glucuronidation capacity and understanding of the mechanisms involved in this variability in human tissues are an important issue. However, the lack of substrate specificity for most UGT enzymes, the high similarity of their protein sequences and the lack of correlation between mRNA and protein expression complexifies accurate measurements of glucuronidation capacities in human tissues. To circumvent these issues, UGT quantification techniques by mass spectrometry have been recently developed. This allow us to determine whether expression patterns of UGT proteins, thus obtained by these quantifications, predict the potential of glucuronidation in human tissues. The results of our studies show a wide interindividual variability, but that the protein expression profiles of four UGT in liver and kidney tissues correlate with glucuronidation activities of their respective probe substrates. Furthermore, we also demonstrated that the glucuronidation capacity in tumor kidney tissues is greatly diminished relative to normal kidney tissues. Although many UGT regulatory mechanisms have been described, a significant part of their variability in mRNA, protein expression and activity remains unexplained and may involve epigenetic mechanisms, such as a regulation by microRNAs. Thus, we identified four microRNAs (miR-331, miR-376c, miR-409 and miR-494) as potential regulators of UGT2B15 / 2B17. Among these microRNAs, we have demonstrated the involvement of miR-376c in the regulation of UGT2B15 / 2B17, and determined that microRNAs could thus influence the bioavailability of dihydrotestosterone (DHT) in prostate cancer cells in vitro and prostatic tumors in vivo.
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Poulin-Laprade, Dominic. "Étude de la régulation transcriptionnelle des éléments intégratifs et conjugatifs de la famille SXT/R391." Thèse, Université de Sherbrooke, 2015. http://hdl.handle.net/11143/7934.
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Les éléments intégratifs et conjugatifs (ICE) de la famille SXT/R391 sont reconnus pour leur rôle prépondérant dans la propagation de la résistance aux antibiotiques parmi des populations de Gammaproteobactéries, en particulier chez Vibrio cholerae, l’agent pathogène causant le choléra. Ces éléments génétiques autonomes possèdent tous les gènes nécessaires à leur dissémination au sein d’une population bactérienne et s’intègrent normalement dans un site précis du chromosome bactérien. L’activateur SetCD et la machinerie de conjugaison encodée par les ICE permettent non seulement leur transfert conjugatif, mais également la mobilisation d’îlots génomiques, les MGI (mobilizable genomic islands). Lorsque leur transfert est enclenché sans excision au préalable, les MGI et les ICE peuvent mobiliser plusieurs centaines de kb d’ADN chromosomique adjacent à leurs sites d’insertions. Cet ADN mobilisé peut alors recombiner avec le génome de la cellule réceptrice, aboutissant à des remplacements d’allèles. En plus du squelette de gènes conservés de cette famille d’ICE, ces éléments portent une cargaison d’ADN variable qui peut coder pour des fonctions adaptatives potentiellement avantageuses pour l’hôte bactérien. Les ICE SXT/R391 portent également les gènes codant pour un système de recombinaison qui promeut la diversité de la famille en générant des ICE hybrides. Ces éléments mobiles sont extrêmement stables dans les populations bactériennes. Cette stabilité est attribuable à leur intégration au chromosome et à plusieurs composantes qu’ils contiennent, par exemple les systèmes toxine-antitoxine de la cargaison d’ADN variable ou encore le système conservé de partition des éléments excisés.
La majorité des gènes portés par les ICE SXT/R391 est contrôlée par leur système de régulation qui se situe au cœur de ce projet doctoral. Ce système de régulation comprend SetR, le répresseur responsable du maintien de l’état quiescent dans lequel l’ICE est intégré au chromosome et est propagé verticalement dans la population bactérienne, c’est-à-dire au rythme de la réplication chromosomique et de la division cellulaire. Lorsque l’ADN bactérien est endommagé, il y a activation de la réponse SOS de réparation de l’ADN par RecA, un facteur de l’hôte, qui induit parallèlement l’autoprotéolyse de SetR, levant ainsi la répression exercée sur les gènes setC et setD. Ces derniers codent pour SetCD, le complexe activateur des ICE SXT/R391 qui active l’expression de la machinerie de conjugaison ainsi que d’autres fonctions codées par ces ICE.
Ce projet doctoral a permis l’identification de nouvelles composantes importantes pour la régulation des ICE SXT/R391. Premièrement, nous avons généré par génie génétique plusieurs mutants qui ont permis de caractériser CroS par des essais de transfert conjugatif, de PCR quantitatif en temps réel (qRT-PCR) et d’expression avec le gène rapporteur lacZ. Nous avons déterminé que CroS est un régulateur transcriptionnel qui, avec SetR, constitue un interrupteur génétique permettant l’induction du transfert conjugatif dépendante de RecA. Nous avons également validé par gel à retardement la liaison par SetR et CroS d’un site opérateur additionnel. Des essais β galactosidase ont montré que ce site contribue à la répression des gènes croS, setC et setD. De plus, les résultats de ce projet doctoral ont clarifié certains points concernant la régulation par SetCD. Des essais d’immunoprécipitation de la chromatine couplée à la digestion avec une exonucléase (ChIP-exo) combinés avec le séquençage de l’ARN (RNA-seq) et la détermination des sites +1 d’initiation de la transcription (5’-RACE et extension d’amorces) ont permis d’établir le régulon de SetCD chez les ICE SXT/R391 et chez les MGI qu’ils mobilisent. La nécessité de SetCD dans la cellule réceptrice pour qu’il y ait intégration de l’ICE de manière site-spécifique dans l’extrémité 5’ du gène prfC a été mise en évidence à l’aide de la construction de mutants, d’essais de transfert conjugatif, de buvardage de type Southern, d’électrophorèse en champs pulsés et de PCR en temps réel. Nous avons également observé, grâce à des essais de PCR quantitatif et d’activité β galactosidase, une boucle de rétroaction positive médiée par l’activation de l’excision et de la réplication de l’ICE par SetCD. En somme, ce projet doctoral a mené à une meilleure compréhension des composantes et des mécanismes en scène pour la gouvernance de cette famille d’ICE qui sont, entres autres, d’importants vecteurs de la dissémination des résistances aux antibiotiques.
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Mathieu, Isabelle. "La rubredoxine de Clostridium Pasteurianum : clonage et séquençage du gène, étude transcriptionnelle ; expression chez Escherichia coli." Grenoble 1, 1993. http://www.theses.fr/1993GRE10031.
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La rubredoxine est une proteine fer-soufre isolee de bacteries aerobies ou anaerobies. Consideree comme transporteur d'electrons, la rubredoxine des anaerobies a une fonction qui reste a determiner. Sa structure est par contre bien connue. Un fragment bglii/hindiii de 3. 9 kilobases contenant le gene de la rubredoxine de clostridium pasteurianum a ete clone et sequence. En plus du gene de la rubredoxine, ce fragment contient trois phases de lecture ouverte. La sequence de l'une d'elles presente des similitudes avec celle de la thioredoxine reductase de escherichia coli. La sequence traduite du gene de la rubredoxine revele que les positions 14, 22 et 48 sont occupees respectivement par deux asparagines et une glutamine et non par les carboxylates correspondants, comme cela avait ete determine par d'autres auteurs. Ces modifications ont ete confirmees en resequencant la rubredoxine extraite de c. Pasteurianum. Les transcrits de la rubredoxine sont monocistroniques (environ 230 bases). Leur quantite, optimale lors de la phase exponentielle de croissance, depend peu de la source d'azote ou de la concentration en fer du milieu de culture. L'extremite 5 des arn messagers a ete cartographiee. L'expression du gene de la rubredoxine chez e. Coli permet la purification d'environ 4 mg de proteine par litre de culture, soit 100 fois plus que chez c. Pasteurianum. Les proprietes de la rubredoxine recombinante sont identiques a celles de la proteine native excepte la presence chez cette derniere d'un groupement formyle sur la methionine n-terminale
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Donnio, Lise-Marie. "Étude transcriptionnelle des mutations dans le Médiateur ou dans son partenaire NIPBL à l'origine des maladies génétiques." Thesis, Strasbourg, 2014. http://www.theses.fr/2014STRAJ050/document.
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Le Médiateur (MED) est un complexe multi-protéique dont le principal rôle est de transmettre à la machinerie transcriptionnelle de base les différents signaux fournis par les facteurs fixés sur des séquences d’ADN spécifique , permettant ainsi une régulation fine de l’expression des gènes. Des mutations dans le MED ou ses partenaires, comme NIPBL, sont à l’origine de diverses maladies telles que des malformations congénitales, des troubles neuro développementaux ou des cancers.A partir de cellules provenant de patients portant différentes mutations dans les sous-unités MED12 ou MED17 du MED ou dans NIPBL, nous avons observé une altération du niveau d’expression de certains gènes qui dépend de la localisation de la mutation et de la nature de leur activation. Ces variations de l’expression des gènes sont la conséquence d’un défaut dans la formation du complexe de transcription et du remodelage de la chromatine (modifications post-traductionnelles des histones). Outre une meilleure appréhension du rôle des sous-unités MED12 et MED17 du MED ainsi que NIPBL, sur la transcription des gènes, ma thèse a permis de mieux comprendre l’étiologie des maladies associées à une mutation dans ces protéinesMediator (MED) is a multi-protein complex whose main role is to convey to basal transcriptional machinery the different signals from factors bound at specific DNA sequences , allowing thus a fine regulation of gene expression. Mutations in MED or its partners, like NIPBL, cause various diseases, such as congenital malformations, neurodevelopmental disorders or cancers. Using cells from patients carrying different mutations in the MED subunits, MED12 or MED17, or in NIPBL, we observed an alteration of the expression of studied genes which depend on the position of the mutation and on the nature of the activation. These variations of gene expression are the consequence of a defect in transcription complex formation, as well as in chromatin remodeling(post-translational histones modifications). In addition to better comprehend the role of the MED subunits MED12 and MED17, and of NIPBL on gene transcription, my thesis helped to better understand the ethiology of the disorders associated with mutations in these proteins
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Baanannou, Aissette. "Étude de la régulation transcriptionnelle des gènes bab au cours du développement des appendices chez la drosophile." Toulouse 3, 2012. http://thesesups.ups-tlse.fr/1838/.
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Afin de mieux comprendre (i) les mécanismes moléculaires régissant le contrôle de l'expression des gènes impliqués dans le développement et (ii) les réseaux génétiques s'établissant en réponse à des processus de signalisation cellulaire, de plus en plus d'études s'intéressent aux éléments régulateurs en cis des gènes. C'est dans ce cadre que s'inscrit cette thèse intitulée "Contrôle de l'expression transcriptionnelle des gènes bric-à-brac lors de la morphogenèse des appendices chez le modèle drosophile". Le locus bric-à-brac (bab) chez Drosophila melanogaster se compose de deux gènes paralogues, bab1 et bab2, codant pour des protéines nucléaires à domaine BTB, et qui (i) sont exprimés dans les disques imaginaux de pattes et d'antenne selon des patrons très similaires et (ii) sont requis pour la segmentation normale des parties distales des pattes et des antennes, avec un rôle prédominant pour bab2. Au cours de ma thèse, je me suis intéressé aux mécanismes moléculaires contrôlant l'expression de bab2 dans les disques imaginaux de pattes et d'antenne, selon 4 ou 2 anneaux concentriques, respectivement. A partir (i) de constructions transgéniques exprimant un gène rapporteur GFP et insérées dans un site spécifique et (ii) d'un test de sauvetage phénotypique d'un mutant dépourvu de fonction bab, par un fragment d'ADN génomique (BAC) sauvage ou muté par recombineering, j'ai montré que l'expression de bab2 dans les disques de pattes et d'antenne dépend d'un module cis-régulateur (CRM) unique de 0,56 kilobases, que nous avons appelé LAE, pour "Leg and Antennal Enhancer". Par ailleurs, j'ai pu montrer que le LAE de D. Melanogaster est interchangeable avec la région équivalente de D. Virilis, révélant ainsi une conservation fonctionnelle chez ces deux espèces de drosophilidae séparées de 60 millions d'années. Moyennant des délétions et des mutations dirigées (en "Linker scanning") du LAE, j'ai identifié des motifs d'ADN agissant positivement ou négativement soit dans tout le domaine d'expression de bab2 ou seulement dans des sous-domaines (proximaux ou distaux), et ceci de manière similaire dans les disques de pattes et d'antenne. Enfin, par des expériences de perte et de gain de fonction in vivo, ainsi que des analyses biochimiques in vitro, j'ai montré (i) que la protéine à homéodomaine Distal-less (Dll) s'associe à une région conservée de l'enhancer LAE pour activer directement bab2 au niveau de tous les anneaux, (ii) tandis que la protéine à doigt de zinc Rotund lie une région non-strictement conservée chez les Drosophilidae, seulement nécessaire pour une activation maximale dans les anneaux proximauxA proper spatio-temporal expression of bric-a-brab2 is required for the proximo-distal (PD) patterning of the Drosophila leg and antenna. Here, we deciphered the molecular mechanisms controlling bab2 expression in developing distal leg (4 rings) and antennal (2 rings) tissues. Using site-targeted GFP reporter assay and BAC recombineering, we show that restricted bab2 expression relies on a single 0. 56 kb cis-regulatory module (CRM), which is necessary and sufficient to drive normal Bab2 function in both developing leg and antenna. Through deletion and site-directed mutagenesis approaches, we identified discrete DNA motifs acting either positively or negatively. Finally, loss- and gain-of-function genetic analyses in combination with in-vitro electrophoretic mobility shift assays established that the Distal-less homeodomain protein directly activates bab2 in all rings, whereas the Rotund C2H2 zinc-finger protein is specifically required for direct activation in the most proximal rings. This work paves the way to decipher at the molecular level how to make concentric rings from an epithelial layer in order to organize the PD limb patterning
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Berodes, Maelle. "Étude de l'importance de la phosphorylation sur l'activité transcriptionnelle du facteur de transcription GATA4 sur certains promoteurs cibles." Thesis, Université Laval, 2012. http://www.theses.ulaval.ca/2012/28975/28975.pdf.
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Plaza, Serge. "Étude de la régulation transcriptionnelle du gène Pax-QNR/Pax6, un gène essentiel pour la formation des yeux." Lille 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LIL10068.
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De nombreux progrès dans la compréhension des mécanismes moléculaires qui régissent la différenciation cellulaire ont pu être réalisés grâce a l'isolement de gènes du développement. Le laboratoire, qui s'intéresse aux mécanismes de prolifération et de différenciation de la neurorétine aviaire, a isolé et caractérisé un gène, dénommé Pax-QNR, spécialement exprimé dans ce tissu. Ce gène, qui est l'homologue du gène Pax6 de souris, code un facteur de transcription essentiel pour le développement de l'oeil et du système nerveux central chez la souris et l'homme. Afin d'étudier la régulation transcriptionnelle du gène Pax-QNR, les régions régulatrices de la transcription de ce gène ont été isolées et caractérisées. Deux régions de promotion, appelées P0 et P1, dirigent la synthèse des ARNm. Au cours du développement de la neurorétine les ARNm initiés à chacun des promoteurs sont exprimés dans les mêmes couches cellulaires mais à des taux différents ce qui suggère un contrôle transcriptionnel spécifique pour chaque promoteur. Alors que le promoteur P1 peut être considéré comme un promoteur constitutif des territoires d'expression du gène Pax6, le promoteur P0 apparaît comme un promoteur inductible et serait spécifique des cellules neuronales. Une séquence activatrice intragénique située 7. 5 Kbp en aval du promoteur P0 et fonctionnant spécifiquement dans la neurorétine a été caractérisée. Cet activateur augmente l'activité du promoteur P0 mais pas celle du promoteur P1 et constitue donc un élément de régulation différentiel de chacun des promoteurs. De plus, cet activateur est régulé au cours du développement de la neurorétine. Enfin, la protéine Pax-QNR de 46 kDa ainsi que le produit du proto-oncogène c-myb, se fixent sur les séquences promotrices et régulent positivement le gène Pax-QNR.
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Berodes, Maëlle. "Étude de l'importance de la phosphorylation sur l'activité transcriptionnelle du facteur de transcription GATA4 sur certains promoteurs cibles." Master's thesis, Université Laval, 2012. http://hdl.handle.net/20.500.11794/23448.
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Le facteur de transcription GATA4 est un puissant régulateur du développement cardiaque, gonadique et digestif. Bien qu'un grand nombre de ses gènes cibles soient connus, les mécanismes contrôlant son expression et son activité demeurent incertains. GATA4 est phosphorylé par la PKA en réponse à l'AMPc en serine 261 et des MAPK en serine 105. L'objectif de mon projet de maîtrise est donc de définir l'importance de ces sites de phosphorylations et plus particulièrement par les MAPK sur l'activité transcriptionnelle de GATA4 sur certains promoteurs cibles. Les résultats de transfection transitoire au phosphate de calcium montrent que la stimulation par les MAPK potentialise l'activité transcriptionnelle de GATA4 sur les promoteurs Star, Inha et Cypl9. Cette stimulation potentialise également la coopération de GATA4 avec ses partenaires transcriptionnels comme LRH1 et SF1 sur le promoteur Inha. Ceci a permits de mettre en évidence l'importance des MAPK dans la régulation de l'activité transcriptionnelle de GATA4 sur certains promoteurs cibles.
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Moisan, Stéphanie. "Étude des mécanismes de régulation à distance du gène CFTR." Thesis, Brest, 2014. http://www.theses.fr/2014BRES0018/document.
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Le gène CFTR (Cystic Fibrosis Transmembrane conductance Regulator) a été identifié en 1989. Vingt-cinq ans après, les mécanismes contrôlant sa fine expression, sont encore mal compris. Bien qu’environ 1980 mutations aient été découvertes, il reste des patients pour qui le génotype n’a pas été établi. Les éléments de régulation, décrits au sein du promoteur, ne peuvent à eux seuls expliquer cette complexe régulation tissu spécifique. Des éléments de régulation à distance, en cis ou en trans, sont certainement impliqués dans ce contrôle d’expression. L’objectif de ce projet est de mieux décrypter les mécanismes de régulation à distance du gène CFTR en identifiant des séquences régulatrices éloignées, mais pouvant, par des mécanismes de repliement, interagir spécifiquement avec celui-ci. Afin d’étudier ces contacts chromosomiques, nous avons, dans un premier temps, mis au point la technique de Capture de Conformation Chromosomique (3C). Suite à cette technique, nous sommes passés à une approche à plus grande échelle, la technique de Copie Conforme de 3C (5C), qui permet de mesurer des milliers d’interactions chromatiniennes en une analyse. L’organisation spatiale d’une région d’environ 790 kb recouvrant le gène CFTR, a été analysée dans des cultures primaires de cellules épithéliales nasales, exprimant le gène CFTR et des fibroblastes de peau, ne l’exprimant pas ou très peu. Les interactions entre les régions de ce locus et le promoteur CFTR ont été étudiées par séquençage nouvelle génération sur Ion PGM™. Nous avons comparé ces conformations chromatiniennes afin d’identifier des éléments de régulation spécifiques d’une expression de CFTR. Notre approche a été validée par l’identification de régions régulatrices précédemment décrites. De plus, nous avons mis en évidence de nouveaux contacts chromatiniens avec le promoteur CFTR. Ces régions semblent fortement impliquées dans la régulation de l’expression du gène CFTR. Grâce à la technique 3C et ses variantes, l’identification de nouvelles mutations à distance du gène pourraient expliquer des dérégulations de son expressionThe cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) gene was identified in 1989. Twenty five years later, the regulatory mechanisms controlling its complex expression are still not fully understood. Although, almost 1980 mutations have been identified, many cases of cystic fibrosis or CFTR Related Disorders remain still of unknown origin. The promoter which binds transcription factors and drives some aspects of CFTR gene expression, cannot alone account for tissue specific control. This implicates other distal cis- or trans-acting elements in cell-type-specific regulation of CFTR expression. The aim of our project is to study long-range regulatory elements of the CFTR gene, which could interact specifically with the CFTR promoter by tri-dimensional folding mechanism. We first developed the Chromosome Conformation Captures (3C) approach to map these chromosomal contacts. Subsequently, we enhanced our analyses with a high-throughput adaptation of 3C: the 3C-Carbon Copy (5C) technology. This approach allows the analysis of millions chromatin interactions. Thus, we have analyzed the spatial organization of a ～790kb region, comprising the CFTR gene, in primary nasal epithelial cells, which express the gene, and primary skin fibroblasts, which do not express the gene. Interactions between this locus and the CFTR promoter have been analysed by next generation sequencing with the Ion PGM™. We have compared chromatin conformation in order to identify uncharacterized regulatory elements that act especially in CFTR-expressing cells. Our approach has been validated by the identification of previously characterized regulatory elements. Moreover, we identify novel chromatin contacts of the CFTR promoter with chromosomal regions, which could potentially be involved in CFTR gene expression regulation. Thanks to 3C and 3C-derivated analyses, we could identify new possible mutations far from the gene, which may lead to its dysfunction by modifying the chromatin conformation or regulatory elements
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Pfeffer, Sébastien. "Identification et étude fonctionnelle de protéines virales impliquées dans la suppression de l'extinction post-transcriptionnelle de gènes ou PTGS." Phd thesis, Université Louis Pasteur - Strasbourg I, 2002. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00007938.
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L'extinction post-transcriptionnelle de gènes ou PTGS (Posttranscriptional Gene Silencing) est un phénomène hautement conservé à travers l'évolution. Retrouvé chez des organismes allant des champignons aux vertébrés, ce système reconnaît spécifiquement les molécules de RNA double brin (db) et les dégrade en fragments de 21-23 nt. Chez les plantes, le PTGS pourrait défendre l'organisme contre les infections virales. En réponse à ce mécanisme de défense, un certain nombre de virus codent pour des protéines capables de supprimer le PTGS. Ces protéines dites "suppresseurs" de PTGS, comme les protéines HCPro des potyvirus et 2b des cucumovirus, ne partagent aucune homologie de séquence ni de structure et jouent des rôles différents dans le cycle de multiplication virale. Les résultats obtenus et décrits dans ce mémoire ont permis l'identification et la caractérisation de nouvelles protéines virales impliquées dans la suppression du PTGS, ceci afin de mieux cerner les mécanismes de suppression. Ainsi, nous avons montré que les protéines P15 et P14 de deux virus apparentés, le PCV (Peanut Clump Virus) et le BNYVV (Beet Necrotic Yellow Vein Virus) sont des suppresseurs de PTGS aux propriétés distinctes. En effet, la protéine P15 se localise dans les peroxysomes et semble être active sous une forme multimérique ; quant à la protéine P14, elle se localise dans le cytoplasme et le nucléole et supprime plus faiblement le PTGS. Par ailleurs, nous avons également découvert que la protéine P0 du BWYV (Beet Western Yellows Virus) est un suppresseur de PTGS très efficace hors de son contexte viral. De manière surprenante, son expression est fortement régulée par le virus au cours de l'infection. Enfin, nous avons confirmé que la protéine P0 jouait un rôle de protection du virus contre le PTGS grâce à l'utilisation de plantes transgéniques exprimant la protéine mineure de capside du BWYV. Ce virus déclenche sur ces plantes un PTGS dirigé contre le transgène, sans être affecté.
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Tremblay, Jessy. "Étude de la régulation transcriptionnelle et post-traductionnelle du gène YPS1 codant pour l'endoprotéase yapsine-1 de Saccharomyces cerevisiae." Thesis, National Library of Canada = Bibliothèque nationale du Canada, 2001. http://www.collectionscanada.ca/obj/s4/f2/dsk3/ftp04/MQ57841.pdf.
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Grans, Julia. "Étude de la régulation transcriptionnelle de Mlxipl par RFX6 et identification des gènes cibles dans les cellules bêta pancréatiques." Thesis, Strasbourg, 2019. http://www.theses.fr/2019STRAJ013.
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La fonction endocrine du pancréas est essentielle pour l'homéostasie du glucose parce que les îlots pancréatiques contiennent le seul type des cellules endocrines, nommées cellules bêta, qui sont capable de produire et sécréter de l’insuline. Le facteur de transcription RFX6, maintenu dans toutes les cellules endocrines matures, est essentiel pour le développement, l'identité et la fonction des cellules bêta. Chez l'homme, des mutations de RFX6 causent le syndrome de Mitchell-Riley, un trouble du développement caractérisé par un diabète néonatal et des malformations du système gastro-intestinal. La recherche des cibles de RFX6 dans les îlots murins a révélé que le facteur de transcription Mlxipl est directement régulé par RFX6. Dans cette thèse, nous avons étudié le mécanisme de la régulation transcriptionnelle de Mlxipl par RFX6 ainsi que les rôles de RFX6 et MLXIPL dans les cellules bêta adultes. Nous avons démontré que RFX6 se lie au premier intron de Mlxipl qui contient un motif de liaison (xbox) critique, et nous avons identifié les cofacteurs de ce processus. En comparant l’effet de la répression de Rfx6 et Mlxipl dans des milieux riches ou faibles en glucose dans la lignée cellulaire bêta Ins-1 832/13 sur le transcriptome, nous avons déterminé les programmes génétiques contrôlés par RFX6 et MLXIPLPancreatic endocrine function is critical for glucose homeostasis because pancreatic islets contain the only cells of the body, the beta cells, capable of producing and secreting insulin. The transcription factor RFX6 is maintained in all mature islet cells and is as an essential regulator of beta cell development, identity and function. In humans, RFX6 mutations cause Mitchell-Riley syndrome, a developmental disorder characterized by neonatal diabetes and malformations of the digestive tract. The search for RFX6 targets in murine islets revealed that the transcription factor Mlxipl is directly regulated by RFX6. In this thesis, we investigated the mechanism of Mlxipl transcriptional regulation by RFX6, and the respective roles of RFX6 and its downstream target MLXIPL in adult beta cells. We demonstrated that RFX6 binds to the first intron of Mlxipl that contains a critical RFX binding motif (xbox), and we identified cofactors of this process. By comparing the changes in the transcriptomes linked to the loss of RFX6 or MLXIPL in the pancreatic beta cell line Ins-1 832/13 and the glucose level, we determined the genetic programs controlled by RFX6 and MLXIPL
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Viala, Julie. "Étude de la régulation des gènes clp et de leur implication dans le cycle de différenciation de Streptomyces lividans." Paris 6, 2002. http://www.theses.fr/2002PA066366.
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Marthinet, Eric. "Modulation du phénotype typique de multichimiorésistance (MDR) des cellules cancéreuses humaines par des leurres transcriptionnels et étude de la régulation transcriptionnelle du gène MDR1 au niveau de la région MED-1." Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO10021.
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Le phenotype de multichimioresistance mdr est une cause majeure de l'echec de la chimiotherapie anticancereuse. Le phenotype dit typique s'explique entre autres par la surexpression de proteines membranaires parmi lesquelles la plus importante est la glycoproteine-p (p-gp) codee par le gene mdr1 chez l'homme. La modulation du phenotype mdr est une priorite majeure du traitement clinique anticancereux. Dans cette optique, nous developpons au laboratoire des strategies innovantes et efficaces pour moduler le phenotype mdr en agissant non pas sur la proteine elle-meme mais sur son gene. Ces approches sont basees sur l'utilisation de leurres transcriptionnels (destines a devier la fixation de proteines regulatrices sur ces leurres plutot que sur leur region regulatrice) et de ribozymes (petits arn capables de cliver l'arn messager du gene mdr1) pour reduire l'expression de la p-gp. Les resultats positifs de modulation obtenus avec les leurres transcriptionnels sur les modeles cellulaires construits au laboratoire ont ete transposes avec succes a des cellules tumorales mdr in vitro et seront testees prochainement sur des cellules in situ. L'issue de ces tests permettra d'envisager serieusement l'usage de ces approches pour le traitement clinique des cancers. De plus, afin de mieux comprendre la regulation de la transcription du gene mdr1, nous avons isole et identifie une proteine qui interagit specifiquement avec une region regulatrice specifique du gene mdr1, appelee med-1. Le role de cette region consisterait a initier correctement la transcription du gene. Nous avons identifie cette proteine par spectrometrie de masse maldi-tof comme etant la proteine lrp130. Nous avons egalement entrepris l'etude du role de cette region
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Peyraud-Thomas, Caroline. "Étude fonctionnelle des complexes multiprotéiques impliqués dans la régulation transcriptionnelle des gènes de la voie de biosynthèse des acides aminés soufrés chez Saccharomyces cerevisiae." Paris 6, 2001. http://www.theses.fr/2001PA066467.
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Bergeron, Marjorie-Allison. "Étude des mécanismes de régulation transcriptionnelle des sous-unités alpha5 et béta5 des intégrines dans le contexte du mélanome uvéal." Thesis, Université Laval, 2013. http://www.theses.ulaval.ca/2013/28963/28963.pdf.
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Plener, Laure. "Étude des mécanismes d'activation transcriptionnelle des gènes de virulence et des fonctions d'adaptation in planta chez la bactérie Ralstonia solanacearum." Toulouse 3, 2010. http://thesesups.ups-tlse.fr/1255/.
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HrpG est le régulateur central de la virulence chez la bactérie phytopathogène Ralstonia solanacearum. HrpG intègre des signaux environnementaux et hôte-dépendants et induit la transcription du système de sécrétion de type III via HrpB, ainsi que près de 200 gènes indépendants de HrpB. Un régulateur fortement homologue à HrpG a été identifié et caractérisé. Ce régulateur, PrhG, induit également l'expression de hrpB mais uniquement en réponse au signal environnemental. Nous avons montré que HrpG et PrhG sont deux régulateurs directs de hrpB et dont les séquences cis-régulatrices sont partiellement communes. Les études effectuées visent à comprendre comment HrpG et PrhG se partagent le contrôle de l'expression de hrpB et à mieux définir le régulon HrpG pour identifier les fonctions impliquées dans la colonisation et l'adaptation in plantaHrpG is the central virulence regulator of the phytopathogenic bacterium Ralstonia solanacearum. HrpG integrates environmental and host-dependent signals and induces the expression of type III secretion system genes via HrpB, as well as almost 200 genes independent from HrpB. A regulator highly homologous to HrpG was identified and characterised. This regulator, called PrhG, also induces the expression of hrpB, but only upon the environmental signal. We showed that HrpG and PrhG are two direct regulators of hrpB and that they partly require the same cis-regulatory sequences. The objective of our study is to understand how HrpG and PrhG share the control of hrpB expression and to define more precisely HrpG regulon in order to identify functions implicated in colonisation and adaptation to the host environment
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Bergeron, Marjorie-Allison. "Étude des mécanismes de régulation transcriptionnelle des sous-unités α5 et ß5 des intégrines dans le contexte du mélanome uvéal". Master's thesis, Université Laval, 2013. http://hdl.handle.net/20.500.11794/24702.
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Le mélanome uveal est la tumeur intraoculaire la plus fréquente dans la population adulte. Malgré un taux de succès élevé dans le traitement de la tumeur primaire, le taux de mortalité chez les patients reste élevé en raison des complications cliniques associées à l'apparition de métastases. L'étude des différents mécanismes qui poussent les cellules cancéreuses à progresser vers un état métastatique est donc essentielle à une compréhension approfondie de la maladie. La capacité des cellules à échapper à leur dépendance à l'acrange à l'égard de la matrice extracellulaire, et dont les intégrines sont d'importants médiateurs, en fait partie. Ainsi, une meilleure connaissance de l'expression et de la régulation des intégrines, ainsi que de leur influence sur les propriétés tumorigènes des cellules, permettra de poser les bases moléculaires du processus métastique. Cette étude porte principalement sur les sous-unités a5 et p5 des intégrines qui présentent des profils d'expression différentiels selon les lignées cellulaires dérivées du mélanome uvéal étudiées
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Bellier, Audrey. "Les protéases ATP-dépendantes de Streptomyces lividans : étude de la régulation de leur expression et de leur implication dans le cycle de différenciation." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066016.
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Sbih-Lammali, Fatima. "Étude transcriptionnelle et traductionnelle des gènes du virus d'Epstein-Barr et des proto-oncogènes dans les biopsies du cancer du rhinopharynx." Lyon 1, 1996. http://www.theses.fr/1996LYO1T150.
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Briançon, Nadège. "Hepatocyte Nuclear Factor 4αʾ : régulation transcriptionnelle du promoteur distal et étude fonctionnelle des isoformes par "knock-in" réciproques chez la souris". Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066003.
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Leonard, Simon. "Identification d'ARN régulateurs bactériens : développement d’une méthode de détection et étude de la régulation post-transcriptionnelle chez la bactérie phytopathogène Dickeya dadantii." Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1279.
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Les organismes bactériens sont en contact direct avec leur environnement et doivent donc constamment s’acclimater aux variations de celui-ci. Pour cela, plusieurs leviers de régulations peuvent être actionnés. Récemment, la régulation post-transcriptionnelle par les ARN régulateurs a été proposée comme un mécanisme de régulation rapide et peu coûteux pour la cellule. Chez le phytopathogène Dickeya dadantii, la régulation de la virulence a quasi exclusivement été étudiée au niveau transcriptionnel et l’implication des ARN régulateurs dans la virulence reste très peu connue. Pour cela, nous avons tout d’abord étudié le rôle des chaperons à ARN dans la pathogénie de D. dadantii et mis en évidence leur implication dans de nombreux facteurs de virulence comme la production d’enzyme de dégradation de la paroi végétale. Puis, nous avons développé une nouvelle méthode d’identification d’ARN à partir de données RNA-seq. Cette méthode a été développée pour tirer profit des séquençages réalisés en paired-end, permettant de séquencer les deux extrémités d’un transcrit. Son évaluation dans sa capacité à détecter de manière précise des ARN connus a montré une performance supérieure aux méthodes de détection existantes. Enfin, cette nouvelle méthode a été appliquée sur des données de séquençage de petits transcrits. Cette analyse nous a permis d’identifier plus d’un millier d’ARN régulateurs potentiels, dont plusieurs pourraient être impliqués dans la régulation de la virulence. Ces travaux ont donc permis de mettre en lumière l’existence d’une régulation post-transcriptionnelle chez D. dadantii et de proposer des pistes concernant les acteurs et mécanismes concernésBacterial organisms are directly exposed to environmental conditions and have to respond to environmental stress. To do so, several regulation network are known. Recently, post transcriptional regulation with small RNAs was suggested to be a fast and cheap in energy regulation mechanism. In the phytopathogen Dickeya dadantii, investigations on pathogenic process mostly focused on its control by transcriptional regulators. Knowledge of post-transcriptional regulation of the virulence factors is still in its infancy.To this end, we first studied the impact of RNA chaperones in the virulence of D. dadantii and showed that they were involved in the regulation of several virulence factors, like production of cell wall degrading enzyme. Then, we developed a new method to detect sRNAs from paired-end bacterial RNA-seq data. This method take paired end sequencing into account, which allow the sequencing of the both ends of each fragment. A comparative assessment showed that this method outperforms all the existing methods in terms of sRNA detection and boundary precision. Finally, this method was applied to sequencing data. With this analysis, more than one thousand sRNAs has been detected, with the identification of several candidates potentially involved in virulence.Thereby, this work highlight the existence of post-transcriptionnal regulation in D. dadantii and suggest candidates and mechanisms involved in this regulation
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Massoumou, Médard. "Identification de gènes de Medicago truncatula spécifiques aux interactions mycorhiziennes à arbuscules et étude de l’activité transcriptionnelle régulée par le monoxyde d’azote." Dijon, 2007. http://www.theses.fr/2007DIJOS030.
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L’expression de 14 gènes de M. Truncatula dont les ESTs sont uniquement présents dans les banques d’ADNc des racines mycorhizées a été comparée en présence de 7 différentes espèces fongiques mais aussi avec des micro-organismes non mycorhizogènes. L’analyse a montré que 11 gènes sont activés par tous les champignons MA et 3 autres ont montré une réponse différentielle. Les gènes végétaux activés uniquement dans les racines mycorhizées pourraient fournir des marqueurs moléculaires des interactions mycorhiziennes. Au stade d’appressoria, 6 des 9 gènes induits par Glomus intraradices sont aussi induits par G. Mosseae. Ceci met ainsi en évidence un programme génétique commun de la plante lié à la mycorhization. Nous avons mis en évidence une augmentation de transcription de gènes codant pour la NR et la NIR impliqués dans la voie de synthèse de NO, uniquement lors des étapes précoces de la colonisation racinaire par G. Intraradices. Aucune différence d’expression de ces deux gènes n’a été observée lors de l’interaction incompatible entre un mutant Myc- de M. Truncatula et G. Intraradices, ce qui plaide en faveur d’un rôle du NO dans le processus de signalisation lié aux premières étapes d’établissement de la symbiose MA. Le traitement de M. Truncatula avec un donneur du NO (GSNO) induit l’expression des gènes NR, NIR et MAP kinase dans les racines non inoculées, renforçant l’hypothèse d’un rôle de NO lors de la symbiose MA. L’utilisation des plantes de M. Sativa sous- ou sur- exprimant une hémoglobine nous a permis de mettre en évidence l’influence de la surexpression de l’hémoglobine sur l’expression de gènes marqueurs de la réponse de la plante à la symbioseExpression of fourteen M. Truncatula genes whose ESTs are only present in mycorrhizal root cDNA librairies was compared during root interactions with seven arbuscular mycorrhizal (AM) fungi belonging to different species and with other pathogenic / beneficial micro-organisms. Eleven of these genes were induced by all the AM fungal species and the other three genes showed a differential response. Most of these plant genes activated only in mycorrhizal roots could provide molecular markers for successful mycorrhizal interactions. At the appressorium stage 6 out of 9 genes activated by Glomus intraradices were also activated by G. Mosseae. The co-induction of plant genes by different species and genera of Glomeromycota points to common events in the mycorrhiza-related genetic programme. Transcription of M. Truncatula genes encoding NR and NIR (enzymes potentially implicated in NO production) was increased, but only during the early stage of root colonization by G. Intraradices. No difference in expression levels was observed for these two genes during incompatible interactions between the Myc- M. Truncatula mutant Mtsym13 and G. Intraradices, which pleads in favour of a role of NO in the signalisation process during the early stages of AM symbiosis establishment. Treatment of M. Truncatula with a NO donor (GSNO) activated expression of NR, NIR and MAP kinase genes in non inoculated-roots, which reinforces the hypothesis of role of NO in the AM symbiosis. Use of M. Sativa plants transformed to over- or under-express a class 1 hemoglobin gene pointed to an influence of Hb1 on the expression two marker plant genes of the symbiosis
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Ould, Ali Naïma. "Étude du contrôle du catabolisme de l'arginine et de l'acétoïne par le facteur sigma54 de Bacillus subtilis." Paris 7, 2002. http://www.theses.fr/2002PA077135.
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Boudoukha, Selim. "Étude de la régulation post-transcriptionnelle de l'expression des gènes par la protéine de liaison à l'ARN IMP-2 au cours de la myogenèse." Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00759640.
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Les rhabdomyosarcomes embryonnaires et aléolaires (RMS) appartiennent aux tumeurs des tissus mous les plus fréquentes chez les enfants dont elles représentent 2/3 des cas. Plusieurs données suggèrent que la dérégulation des cellules progénitrices du muscle squelettique pourrait jouer un rôle dans l'émergence des cellules de RMS qui ont aussi bien perdu le contrôle de la régulation de la prolifération cellulaire que la capacité à se différencier.Néanmoins les mécanismes de développement des RMS restent à caractériser. La famille des IMPs et notamment IMP-2, protéines liant les ARN, sont à la fois fortement exprimées dans le muscle en régénération in vivo mais aussi dans les cellules de RMS.Au cours de ma thèse, j'ai pu mettre en évidence le rôle d'IMP-2 dans la motilité des cellules de RMS et dans les cellules musculaires ainsi que dans le contrôle de l'intégrité du cytosquelette de microtubules (MTs) et dans le remodelage des adhésions focales. En effet, IMP-2 est impliqué à la fois dans la régulation de l'expression de MuRF-3, une protéine lié àla stabilisation des MTs et de Pinch-2, un important médiateur de l'adhésion cellulaire.
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Boudoukha, Selim. "Étude de la régulation post-transcriptionnelle de l’expression des gènes par la protéine de liaison à l’ARN IMP-2 au cours de la myogenèse." Thesis, Paris 11, 2011. http://www.theses.fr/2011PA11T095/document.
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Les rhabdomyosarcomes embryonnaires et aléolaires (RMS) appartiennent aux tumeurs des tissus mous les plus fréquentes chez les enfants dont elles représentent 2/3 des cas. Plusieurs données suggèrent que la dérégulation des cellules progénitrices du muscle squelettique pourrait jouer un rôle dans l'émergence des cellules de RMS qui ont aussi bien perdu le contrôle de la régulation de la prolifération cellulaire que la capacité à se différencier.Néanmoins les mécanismes de développement des RMS restent à caractériser. La famille des IMPs et notamment IMP-2, protéines liant les ARN, sont à la fois fortement exprimées dans le muscle en régénération in vivo mais aussi dans les cellules de RMS.Au cours de ma thèse, j’ai pu mettre en évidence le rôle d’IMP-2 dans la motilité des cellules de RMS et dans les cellules musculaires ainsi que dans le contrôle de l’intégrité du cytosquelette de microtubules (MTs) et dans le remodelage des adhésions focales. En effet, IMP-2 est impliqué à la fois dans la régulation de l’expression de MuRF-3, une protéine lié àla stabilisation des MTs et de Pinch-2, un important médiateur de l’adhésion cellulaireThe RNA-binding proteins IMPs (IGF-II mRNA binding protein) first discovered in rhabdomyosarcoma cells (RMS) are expressed during embryonic development but their expression is decreased in adult tissues.We showed that IMPs and particularly IMP-2 are strongly expressed in mouse myoblatsts, during early regeneration of skeletal muscle in vivo and in and RMS. IMP-2 loss of function experiments using siRNA have shown that IMP-2 is necessary for microtubules stability(MTs), cell motility and invasion of myoblasts and RMS.Expression of IMP-2 specifically increases MTs stability by an enrichment of detyrosinated tubulin Glu-tubulin. Detyrosination is indispensable for myogenic differentiation and plays substantial role in tumor growth. Additionaly, MTs stabilization play an important role in focal adhesion remodeling, in cytoskeleton integrity, cell adhesion and cell motility.To get new insight into molecular mechanism underlying the function of IMP-2 in MTs stability and cell motility, full ranscriptome analysis was performed between IMP-2 knockdown (KD) myoblasts and control myoblatsts. We have further shown that IMP-2 controls the mRNA levels of many important mediators of cell adhesion such as PINCH-2, as well as multiple cytoskeleton remodeling, such as MuRF-3.We have identified a number of functionally relevant protein partners of IMP-2.Moreover subsequent RNAi screens have revealed the importance of IMP-2 regulated transcripts involved in cell motility and cell adhesion In conclusion, we show that IMP-2 dependent regulation of mRNA such as MuRF3 and PINCH2 largely contributes to the motility –deficient in IMP-2 KD cells. Moreover these results indicate clearly, that further analysis of IMP2 protein partners and RNA targets regulated by IMP-2 will help to characterized the function of IMP-2 and to propose a model of IMP-2 transcriptional regulation of gene expression in myoblasts and RMS cells
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Bossu, Jean-Pierre. "Régulation transcriptionnelle de l'expression du gène de l'apolipoprotéine A-II humaine par son premier intron et étude du facteur de transcription HNF-4 humain." Lille 1, 1995. http://www.theses.fr/1995LIL10143.
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L'étude de l'expression de l'apolipoprotéine A-II humaine est un des axes importants de recherche dans la lutte contre l'athérosclérose, cause importante de mortalité dans les pays industrialises, et permettra la mise au point de nouvelles thérapies. Dans ce but, nous avons étudié : la régulation du gène de l'apolipoprotéine A-II humaine par son premier intron : l'apolipoprotéine A-II est quantitativement la seconde protéine des lipoprotéines de haute densité. Sa transcription est contrôlée par une région activatrice située en amont du promoteur de son gène. Nous avons mis en évidence que le premier intron de ce gène se comporte comme un répresseur de la transcription. Cet intron renferme trois séquences de fixation de protéines nucléaires. Elles ont toutes trois une activité répressive et correspondent à des éléments de régulation négatifs. Ces éléments fixent des facteurs de transcription inconnus. Deux de ces éléments forment des complexes nucléoprotéiques présentant des caractéristiques physico-chimiques très similaires et lient des protéines nucléaires identiques ou fortement apparentées. Ils présentent aussi des structures similaires, sont placés en tandem et sont composés de deux éléments de séquence nécessaires à l'activité maximale et à la liaison optimale des facteurs de transcription. Le facteur de transcription HNF-4 (Hepatocyte Nuclear Factor 4) humain : HNF-4 est primordial pour la transcription de gènes exprimés dans le foie dont celui de l'apolipoprotéine A-II. Nous avons cloné l'acide désoxyribonucléique complémentaire de deux isoformes alpha 1 et alpha 2 codant pour le facteur HNF-4 humain. Dans la cellule hépatique humaine HEPG2, l'isoforme alpha 2 est prépondérante. Ces deux isoformes résultent d'un épissage alternatif.
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Bavoux, Clarisse. "La face cachée d'une ADN polymérase translésionnelle : effets mutagènes et cancérogènes d'une dérégulation de Polk : étude de la régulation transcriptionnelle de Polk et POLH." Toulouse 3, 2005. http://www.theses.fr/2005TOU30063.
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L'instabilité génétique est susceptible de conférer aux cellules un avantage sélectif. Nous avons montré que la surexpression de l'ADN polymérase mutagène Polk, observée dans des cas de cancer du poumon, est corrélée à une perte d'hétérozygotie (LOH) dans ces tumeurs. D'autre part, augmentation de la fréquence de mutations spontanées, du taux de recombinaison homologue et aneuploïdie sont engendrés par l'excès de Polk dans des cellules CHO. La forte instabilité génétique de ces cellules favorise le développement de tumeurs chez la souris immunodéficiente. On suppose que la réplication génomique est perturbée par une telle surexpression. Une régulation étroite de l'expression des ADN polymérases mutagènes semble. Certains résultats montrent l'implication des modifications de la structure de la chromatine dans la régulation transcriptionnelle de Polk et de Polh. Nous avons caractérisé les régions promotrices de ces gènes et révèlé un profil d'activité transcriptionnelle similaire dans trois lignées cellulaires différentes, permettant de proposer plusieurs facteurs activateurs ou répresseurs dans chacun de ces deux promoteursGenetic instability can confer selective advantage to the mutated cells. We report here that the overexpression of human DNA polymerase k, an error-prone enzyme that is over-regulated in lung cancers, not only correlates with LOH (loss of heterozygosity) in tumours, but also stimulates spontaneous mutagenesis, homologous recombination and aneuploidy in CHO cells. The excess of Polk favours the proliferation of tumour cells in immunodeficient mice. These data suggest that dysfunctionning of DNA replication might be related to cancer-associated genetic changes and phenotype. The hypothesis of an alteration of genomic replication by such an overexpression is currently proposed,. The cell might tightly regulate the expression of these error-prone DNA polymerases. We characterized the promoting regions of the DNA polymerases Pol kappa and Pol eta, in the aim to better understand the regulation of these genes. Our preliminary results suggest that chromatin structure modifications, such as methylation of DNA and acetylation state of histones, could take part in their transcriptionnal regulation. Their promoters contain repressive and activating regions
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Deltour, Sophie. "Étude des mécanismes de repression transcriptionnelle utilisés par le produit du gène suppresseur de tumeur HIC1, un candidat pour le syndrome de Miller-Dieker." Lille 1, 2002. https://pepite-depot.univ-lille.fr/RESTREINT/Th_Num/2002/50376-2002-99.pdf.
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HIC1 pour Hypermethylated In Cancer est un gène candidat suppresseur de tumeur. En effet, il est situé en 17p13. 3 une région d'ADN génomique hyperméthylée dans certains types de cancers ou délétée dans des cancers de l'ovaire. Ce gène code pour un facteur de transcription puisqu'il possède dans sa partie carboxyterminale cinq doigts de zinc de type Krüppel C2H2 capables de lier une séquence spécifique d'ADN, associés à un domaine d'interaction protéine/protéine appelé BTB/POZ en N-terminal. D'abord, nous avons montré que HIC1 est un répresseur transcriptionnel. Contrairement à deux autres protéines de la même famille BTB/POZ, BCL-6 et PLZF qui répriment la transcription en recrutant des complexes constitués de SMRT, mSin3A et HDAC, nous avons montré que le domaine BTB/POZ de HIC1 est incapable de recruter ces complexes. De plus, l'utilisation de la Trichostatine (TSA, inhibiteur des HDACS) a montré que ce domaine réprime la transcription sans recruter une activité histone désacétylase. Un crible double hybride en levure a permis d'isoler plusieurs partenaires dont une protéine possédant une activité histone méthyltransférase. Parallèlement, en réalisant un alignement entre les séquences des différentes protéines HIC1 et d'un paralogue HRG22, dans la région centrale, où l'homologie de séquence en acides aminés est faible, deux motifs peptidiques bien conservés entre les espèces ont été mis en évidence. Le motif dégénéré GLDLSKK, proche de la séquence PLDLS présente dans de nombreuses protéines qui fixent le corépresseur CtBP. HIC1 interagit avec CtBP via ce motif GLDLSKK et que cette région centrale est capable de réprimer la transcription indépendamment du domaine BTB/POZ. Pour conclure, HIC1 réprimerait la transcription de deux façons.
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Aksouh, Leyla. "Étude de l'impact de la régulation post-transcriptionnelle sur l'expression de la kinase du point de contrôle de la morphogénèse HSL1 chez la levure Saccharomyces cerevisiae." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2012. http://hdl.handle.net/11143/6262.
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Il est connu chez la levure Saccharomyces cerevisiae que la dégradation nucléaire est surtout impliquée dans les mécanismes de surveillance de la qualité des ARNs. Parmi les ribonucléases nucléaires, il existe l'endoribonucléase Rnt1p qui possède plusieurs fonctions notamment dans la maturation de l'ARN ribosomal. Cependant, sa délétion causait des défauts dans la progression du cycle cellulaire ainsi qu'une sensibilité à la température. Ces défauts ont été associés à deux gènes impliqués dans la régulation du cycle cellulaire HSL1 et SW14. L'analyse des niveaux d'ARNm de ces deux gènes a montré que ces derniers étaient surexprimés en absence de RNT1 et que l'ajout de Rnt1p recombinant à des extraits d'ARNm provenant d'une souche rntl [delta] provoquait une diminution de l'ARNm mature. Le rôle de Rnt1p dans la régulation de ces deux gènes a également été confirmé par des expériences analysant les niveaux des protéines encodées par ces gènes. La protéine Hsl1p étant impliquée dans le contrôle de la morphogénèse et donc du cycle cellulaire, et étant donné que la localisation de Rnt1p est également dépendante de celui ci, nous avons voulu examiner la possibilité que Rnt1p régule Hsl1p de façon dépendante du cycle cellulaire. Pour cela, nous avons examiné l'impact de la délétion de Rnt1p sur l'expression de Hsl1p dans les différentes phases du cycle cellulaire. Par ailleurs, puisque Hsl1p possède deux fonctions à la fois dans le contrôle de la morphogénèse mais aussi dans la réponse au stress des parois, nous avons décidé d'étudier sa distribution dans le cycle cellulaire mais aussi l'impact de la régulation posttranscriptonnelle sur l'expression et la localisation de son ARNm dans les différentes phases du cycle cellulaire. Pour cela, nous avons testé l'impact de trois délétions de ribonucléases nucléaires (Rnt1p et Rrp6p) et cytoplasmique (Xrnlp) afin de comprendre quel niveau de régulation était le plus important dans l'expression de l'ARNm Hsll. Nous avons utilisé pour cela une technique très sensible appelée FISH (fluorescent in situ hybridization) qui permet de détecter des ARNm individuels au sein de la cellule et d'en calculer le nombre dans chaque phase du cycle et dans chaque compartiment cellulaire (noyau et cytoplasme). Nos résultats ont montré que Rnt1p jouait un rôle très important dans l'expression et la localisation cycle cellulaire-dépendante de l'ARNm Hsll avec un impact marqué au niveau de la phase G2/M, alors que les autres délétions n'avaient pas d'effet sur l'expression cyclique de l'ARNm Hsl1.
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Tilloy, Anne. "Étude de l'expression du cytochrome P450 2a5 en culture primaire d'hépatocytes de souris : induction des protéines impliquées dans la régulation post-transcriptionnelle du cytochrome P450 2a5." Lyon 1, 1999. http://www.theses.fr/1999LYO1T094.
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Berthiaume, Maryse. "Étude du lien fonctionnel entre le suppresseur de tumeur BRCA1 et la machinerie transcriptionnelle à certains gènes en absence ou présence de stress oxydatif in vivo." Thèse, Université de Sherbrooke, 2008. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/5095.
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La transcription des gènes est un processus finement régulé. Plusieurs protéines sont impliquées dans cette régulation. Entre autres, il y a la chromatine ainsi que les prolines qui peuvent modifier ou remodeler la chromatine afin de rendre l'ADN accessible ou non aux différents facteurs impliqués lors de la transcription. Dans le cadre des travaux de doctorat qui seront pressants dans cette thèse, j'ai caractérisé l'effet du peroxyde d'hydrogène sur la transcription et l'acétylation des histones ainsi que la présence de BRCA1 à certains gènes suite au traitement avec le peroxyde d'hydrogène. Pour ce faire, Pimmunoprecipitation de la chromatine (ChIP) avec des cellules mammifères a été la méthode employée. Dans un premier temps, j'ai étudié l'effet de différentes doses de peroxyde d'hydrogène sur la transcription et l'acétylation des histones. Grâce à cette étude, nous avons pu montrer que les fortes doses de peroxyde d'hydrogène causaient une déacétylation globale des histones, une diminution de la liaison de l'ARN polll et de la transcription globale. II avait déjà été montré que les stress oxydatifs pouvaient influencer les niveaux d'acétylation des histones, mais le lien avec l'activité transcriptionnelle n'avait pas été établi. Nous avons donc démontré que la diminution de la transcription que nous observions après le traitement avec une forte dose de peroxyde d'hydrogène n'était pas due à un mauvais fonctionnement de l'ARN polll mais, probablement, à la diminution globale du niveau d'acétylation dans cette condition. Quelques études suggéraient que BRCA1 pourrait faire partie d'un complexe comprenant l'ARN polll. J'ai donc voulu déterminer s'il y avait un lien entre la présence de BRCA1 à certains gènes et la liaison de l'ARN polll. La présence de BRCA1 fut étudiée aux gènes de réponse au stress p21 et GADD45, mais aussi au gène GAPDH. La conclusion générale de cette étude fût que BRCA1 peut se retrouver à des sites qui ne sont pas liés par l'ARN polll et que BRCA1 n'est pas retrouvé à tous les sites où est lié l'ARN polll. De plus, contrairement à l'ARN polll, la présence de BRCA1 n'est pas seulement affectée négativement par le traitement avec la forte dose de peroxyde d'hydrogène. On observe une augmentation de la présence de BRCA1 à certains sites.
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Chaouni, Ben Abdallah Loubna. "Le plasmide pLUG10 de résistance au cadmium chez Staphylococcus lugdunensis : clonage, séquençage du plasmide, étude de la résistance et de la régulation de son expression." Lyon 1, 1998. http://www.theses.fr/1998LYO1T076.
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Beinsteiner, Brice. "Origine et évolution des récepteurs nucléaires et étude structurale du premier stéroïdien, ERR." Thesis, Strasbourg, 2018. http://www.theses.fr/2018STRAJ099.
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Les récepteurs nucléaires (RNs) sont des facteurs de transcriptions se liant à des séquences spécifiques d'ADN et activant la transcription de gènes en réponse à la fixation de ligands spécifiques. Parmi tous les RNs impliquées dans l'étiologie des cancers, les récepteurs liés aux œstrogènes ERR jouent un rôle important dans les cancers du sein, de l'ovaire, du colon, de l’endomètre et la prostate. Ce RN est dit orphelin car il ne possède pas de ligand naturel connu à ce jour. Par une approche de biologie structurale intégrative combinant cryo-microscopie électronique, bioinformatique et évolution, mon travail de thèse s'est focalisé sur l'étude structurale de ERR et sur l'origine et l'évolution des RNs. Dans ce contexte, 3 outils informatiques ont été développés. Les résultats obtenus ont permis d'une part la révision des connaissances fondamentales sur l'origine des récepteurs nucléaires et leur évolution. D'autre part, l'étude structurale de ERR a permis d'acquérir de nouvelles données sur la topologie des récepteurs nucléaires stéroidiens fixés sur un élément de réponse ERRE/ERE ainsi que sur le mécanisme allostérique de la liaison du coactivateur PGC-1α sur le dimère de ERR. La résolution du complexe à l'échelle atomique par cryo-microscopie électronique permettra d'ouvrir la voie vers la conception de nouvelles molécules thérapeutiquesNuclear receptors (NRs) are transcription factors which bind to specific DNA sequences and activate gene transcription in response to the binding of specific ligands. Among all of the RNs involved in the etiology of cancers, ERR estrogen receptors play an important role in breast, ovarian, colon, endometrial and prostate cancers. This NR is said to be orphan because it does not have a natural ligand known to date. Using an integrative structural biology approach combining cryo-electron microscopy, bioinformatics and evolution, my PhD work focused on the structural study of ERR and the origin and evolution of RNs. In this context, three informatic tools have been developed. The results obtained allowed, on the one hand, the revision of fundamental knowledge on the origin of nuclear receptors and their evolution. On the other hand, structural study of ERR allow us to acquire new data on topology of steroid nuclear receptors fixed on an element of ERRE / ERE response as well as on the allosteric mechanism of the binding of the coactivator PGC-1α on the dimer of ERR. The resolution of the complex at the atomic scale by cryo-electron microscopy will open the way towards the design of new therapeutic molecules
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Marguet, Didier. "Analyses structurale et fonctionnelle du gène SRP de Saccharomyces cerevisiae codant pour une protéine riche en résidu sérine : étude de sa régulation transcriptionnelle positive par le glucose." Grenoble 1, 1986. http://www.theses.fr/1986GRE10036.
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Prudhomme, Julie. "Étude de la reprogrammation du chromosome X dans les cellules souches embryonnaires et extra-embryonnaires au cours du développement préimplantatoire murin." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066486.
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Chez les Mammifères femelles, l’extinction transcriptionnelle d’un des deux chromosomes X pendant l’embryogénèse précoce compense le déséquilibre de dose des gènes liés à l’X entre les sexes. L’inactivation aléatoire du chromosome X est mise en place dans la masse cellulaire interne du blastocyste et maintenue jusqu’à l’âge adulte dans le soma. Chez certains Euthériens incluant la souris, les tissus extra-embryonnaires (trophectoderme et endoderme primitif) montrent une inactivation soumise à empreinte du X paternel. Le statut inactif du Xp peut être étudié ex vivo dans les cellules souches trophoblastiques (TS) dérivées du trophectoderme. Nous avons pu sélectionner des cellules TS montrant une réactivation partielle du Xp ou bien une inversion complète du profil d’inactivation. Ceci révèle une plasticité épigénétique accrue de l’inactivation dans le trophectoderme par au soma.L’inactivation aléatoire du chromosome X est récapitulée pendant la différenciation des cellules souches embryonnaires (ES), qui servent de modèle cellulaire. Ce processus est déclenché par l’accumulation en cis du long ARN non codant Xist qui crée un domaine nucléaire répresseur autour du futur chromosome X inactif. Avant la différenciation, l’accumulation de Xist est réprimée par un autre long ARN non codant, Tsix, qui est transcrit en antisens de Xist. Afin d’adresser la dynamique fonctionnelle des ARN Xist et Tsix, nous avons inséré différents motifs d’étiquetage au locus Xist/Tsix endogène. Incorporés dans l’ARN sens ou antisens, ces étiquettes sont reconnues spécifiquement par des molécules fluorescentes, permettant ainsi la visualisation de ces transcrits dans les cellules vivantesIn female Mammals, the transcriptional silencing of one of the two X chromosomes during early embryogenesis compensates the dosage disequilibrium of X-linked genes between sexes. Random X chromosome inactivation occurs in the inner cell mass of the blastocyst and is maintained through adult life in the soma. In some Eutherian species including mice, extraembryonic tissues (trophectoderm and primitive endoderm) exhibit imprinted inactivation of the paternal X. The inactive state of the Xp can be extensively studied ex vivo in Trophoblast Stem (TS) cells derived from the trophectoderm. We were able to select from the general cell population, TS cells exhibiting partial reactivation of the Xp or showing a complete switch of imprinted X-inactivation pattern. This reveals an accrued epigenetic plasticity of imprinted X-inactivation in the trophectoderm as compared to random X-inactivation in the soma.Random X-chromosome inactivation is recapitulated during the differentiation of female Embryonic Stem (ES) cells – which serves as cellular model. This process is triggered by the cis-accumulation of Xist long non coding RNA molecules which create a nuclear repressive domain around the future inactive X chromosome. Before differentiation, the accumulation of Xist is repressed by another lncRNA, Tsix, that is transcribed antisense to Xist. In order to address the functional dynamics of Xist and Tsix RNAs, we inserted different types of tag sequences in the endogenous Xist/Tsix locus. Incorporated in the sense or antisense RNA, these tags are specifically recognized by fluorescent molecules, thereby allowing live cell imaging of these transcripts