Дисертації з теми "ET-MALDI"
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Stauber, Jonathan. "Imagerie MALDI : nouveaux développements et applications cliniques." Lille 1, 2007. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/2007/50376-2007-379.pdf.
Анотація:
Les avancées de la biologie moléculaire se sont également réalisées avec l’évolution des techniques d’imagerie dans les domaines de la génomique. La transcriptomique et plus récemment de la protéomique grâce ù l'essor d'un outil essentiel, la spectrométrie de masse. Cette technique a trouvé sa place pour générer des profils protéiques caractéristiques de l'état physiologique de la cellule, de fluides complexes tels que le sang ou les urines. Elle apparaît aujourd'hui comme un outil indissociable de la recherche en biologie et en médecine. Les nouveaux développements tendent à conduire la spectrométrie de masse vers l’imagerie moléculaire pour l'identification de pathologies, pour la distribution de médicament au sein d’un animal. Ou pour une utilisation en diagnostique et en pronostique. Cette technologie récente, demande qu'à être développée, améliorée, standardisée. C’est dans ce cadre que ma thèse intitulée « Imagerie MALDI nouveaux développements et applications cliniques » a été orientée. Les différents résultats ont permis de développer I’imagerie spécifique moléculaire MALDI, I’imagerie moléculaire MALDI de tissus fixés et paraffinés avec des applications à la fois dans le cadre de la maladie de Parkinson et le cancer de l’ovaire. L’évolution en filagramme de cette technologie d'imagerie moléculaire semble devoir se réaliser de paire avec les techniques d’imagerie non invasive pour devenir une nouvelle technologie en cliniqueThe recent innovations in molecular biology were realized with the evolution of the imaging techniques in the field of Genomics, Transcriptomics, and recently in Proteomics with an essential tool, the mass spectrometry. This imaging technique create characteristic protein profiles of the cellular states, and appears today as an undissociable tool for research in biology and medicine. The last developments look to emerge the mass spectrometry to a molecular imaging to identify pathologies, to observe the drugs distributions in tissues, or the diseases diagnosis or prognosis. This unique and recent technology should be developed, improved, and standardized. It's in this point of view the my PhD training named MALDI imaging new developments and clinical applications was defined. The different results obtained during my PhD were permits to create a concept of Specific Imaging Mass Spectrometry, to develop Molecular MALDI imaging of frozen and FFPE tissues with many applications in the research of specific biomarkers in Parkinson disease and ovarian cancer. The evolution of this unique molecular imaging technique should be in the next years a complementary method of others in vivo imaging technique
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El, Hamzaoui Basma. "Identification des arthropodes et pathogènes associés par MALDI-TOF MS et étude des relations entre arthropodes et bactéries." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0696.
Анотація:
Ce travail est composé de 3 parties. La première est une étude épidémiologique avec la détection moléculaire des spécimens appartenant à six espèces d’Argasidés collectées en Algérie et identifiées morphologiquement et par biologie moléculaire. Nous avons pu détecter Borrelia hispanica dans des Ornithodoros occidentalis et Borrelia cf turicatae dans des Carios Carpensis. Dans des Argas persicus nous avons pu identifier un nouveau génotype de Bartonella spp ainsi qu’un génotype appartenant à une nouvelle espèce dans la famille des Anaplasmataceae. Dans la 2e partie, nous avons évalué la capacité vectorielle des punaises de lit à transmettre Borrelia recurrentis, l’agent de la fièvre récurrente. Pour ce fait, nous avons utilisé un modèle expérimental d’infection artificielle de Cimex lectularius par B. recurrentis pour ensuite détecter la présence de la bactérie dans les fèces. Nous avons utilisé quatre approches : la détection par qPCR, la culture à partir des fèces, la FDA (Fluorescein Diacetate) et l’inoculation des fèces aux souris. Nous avons également utilisé l’Immunofluorescence pour localiser la bactérie dans le corps de la punaise. Nous avons constaté que les punaises de lit acquièrent la bactérie et excrètent des microorganismes vivants dans les fèces. Elles peuvent être considérées comme vecteur potentiel de Borrelia recurrentis. La troisième partie s’intéresse à l’évaluation de la capacité du MALDI-TOF MS à identifier les puces, les punaises et les pathogènes associésThis work focuses on three main parts, a first part presents an epidemiological study of bacteria associated with soft ticks in Algeria, or we identified morphologically and confirmed by molecular biology six species of Argasidae. In addition, looking further we could detect Borrelia hispanica in Ornithodoros occidentalis and Borrelia cf turicatae in Carios Carpensis. On the other hand, in Argas persicus a new genotype of Bartonella spp has been identified as well as a new species of Anaplasmatacea bacteria.A second part evaluates the vectorial capacity of bed bugs to transmit Borrelia recurrentis, the agent of the relapsing fever. For this reason an experimental model of artificial infection of Cimex lectularius by Borrelia recurrentis has been developed, to study the presence of bacteria in feces. In this model, four approaches were used: qPCR, fece’s culture, FDA (Fluorescein Diacetate) and fece’s inoculation to mice. Immunofluorescence was also used to detect the location of the bacteria in the body of the bed bug. We confirmed that bed bugs acquire the bacteria and excrete live microorganisms in the feces. They can be considered as potential vector of Borrelia recurrentis.The third part is an assessment of the capacity of MALDI-TOF MS to identified fleas, bed bugs and associated pathogens. This innovative tool, which has revolutionized medical entomology and has shown its efficiency to identify several species of arthropods, has also been able to distinguish between infected and uninfected fleas and bugs, and even distinguish between fleas and bugs infected by the same species of bacteria
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Jaber, Ali. "Matrices MALDI bithiophéniques spécifiques aux alcaloïdes : étude des mécanismes fondamentaux et applications." Thesis, Angers, 2017. http://www.theses.fr/2017ANGE0042/document.
Анотація:
Mon travail de thèse a consisté à poursuivre le développement et l’application des matrices bithiophéniques spécifique aux alcaloïdes. Après l’optimisation d’un protocole efficace d’analyse, adapté à l’objectif de l’étude, la mise au point d’une méthode de dosage des alcaloïdes par MALDI dans des extraits végétaux et sans prétraitement préalable a été étudiée. Cette méthode a pu être validée en étudiant des alcaloïdes existant dans différents extraits des plantes toxiques. Ensuite, la synthèse et l’évaluation de nouveaux composés bithiophéniques ont été présentés de manière à évaluer les facteurs favorisant l’interaction avec les alcaloïdes. Ultérieurement, cinq nouvelles matrices intéressantes furent l’objet d’une étude plus détaillée. Sur la base des résultats obtenus, le dérivé fluoré F T3 s’avère le plus efficace. ll présente une meilleure sélectivité que la matrice courante CHCA vis-à-vis des alcaloïdes et plus performant pour analyser les alcaloïdes dans différents mélanges complexes tels que des extraits bruts de plantes, des insectes, et des solutions bio-actives commerciales (médicament et répulsif). À la fin, ces sont regroupés les résultats de l’étude des paramètres thermodynamiques de la matrice MT3P, ce qui permettra de proposer des hypothèses expliquant la sélectivité de la matrice bithiophéniques fonctionnalisée pour les alcaloïdesMy thesis work consisted of pursuing the development and application of bithiophenic maldi matrices specific for alkaloids. After optimization of an efficient analysis protocol adapted to the objective of the study, a method for the determination of alkaloids in vegetable extracts by MALDI was developed. This method was validated by studying many alkaloids existing in extracts of different toxic plants. Subsequently, synthesis and evaluation of novel bithiophenic compounds were presented in order to evaluate the factors favoring the interaction with alkaloids. Then, five matrices among the molecules tested and having produced interesting results are chosen and were the subject of a more detailed study. On the basis of the results obtained, the fluorinated derivative PFPT3P proves to be the most effective molecules. It has a better selectivity with respect to alkaloids than the current matrix HCCA and performs better to analyze these metabolites in different complex mixtures such as crude extracts of plants,insects and commercial bioactive solutions (drug and repellent). At the end, the results of the study of the thermodynamic parameters of MT3P matrix are grouped. This will make possible to propose hypotheses explaining the selectivity of the functionalized bithiophene matrices for alkaloids
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Fournier, I. "Développements en Imagerie par Spectrométrie de Masse MALDI et Applications aux Problématiques Biologiques." Habilitation à diriger des recherches, Université des Sciences et Technologie de Lille - Lille I, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00167305.
Анотація:
L'imagerie par spectrométrie de masse MALDI est une technologie actuellement en plein essor. Elle permet d'obtenir rapidement en une seule étape d'acquisition la répartition moléculaire de différents composés (en particulier protéines) présents dans un tissu ; en s'affranchissant des étapes longues et coûteuses en échantillons que sont les extractions et séparations habituellement nécessaires par des techniques plus classiques. Cependant, afin d'augmenter encore la potentialité de cette technologie, des développements restent encore à effectuer. Les recherches menées ont donc plus particulièrement portées sur ces développements.
En particulier, la recherche et l'étude de nouvelles matrices plus adaptées à l'analyse directe de tissu en MALDI sont particulièrement importantes. Dans ce contexte, certaines matrices ioniques se sont révélées particulièrement adaptées aux tissus en permettant d'obtenir une plus grande intensité du signal, un plus grand nombre de composés détectés, de bonnes performances en mode négatif, une grande homogénéité de cristallisation, une grande stabilité sous vide et une faible ablation de matériel consécutivement à l'irradiation laser. Dans un autre aspect, le traitement préalable des tissus permet également une amélioration de la qualité spectrale et des performances d'études structurales en mode MS/MS. Se sont révélés particulièrement intéressants les traitements des tissus aux solvants organiques et les digestions enzymatiques et en particulier pour les tissus conservés en blocs de paraffine après fixation.
D'autre part l'étude de la répartition des ARNm au sein des tissus est un développement crucial afin d'obtenir des images de colocalisation transcriptome/protéome. Est proposé dans ce travail un nouveau concept permettant de réaliser ces images, basé sur une analyse indirecte des ARNm, au travers de l'utilisation d'un groupement photoclivable relié à un peptide marqueur de séquence connue qui sera détecté.
Enfin, l'ensemble de ces développements trouve de nombreuses applications dans le domaine de la biologie et notamment dans le cadre de pathologies tel que le cancer de l'ovaire.
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Yssouf, Amina. "Identification des arthropodes vecteurs et des micro-organismes associés par MALDI-TOF-MS." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5031/document.
Анотація:
Les arthropodes vecteurs sont hématophages et peuvent assurer la transmission biologique active d'un agent pathogène responsable de maladies humaines ou animales. La lutte anti-vectorielle et la surveillance épidémiologique des vecteurs sont essentielles dans la stratégie de lutte contre les maladies vectorielles. Disposer d'outils d'identification précis, fiable et rapides des vecteurs et des pathogènes associés est indispensable. Ainsi dans ce projet nous avons évalué l'utilisation du MALDI-TOF MS pour identifier les arthropodes vecteurs ainsi que la détection des pathogènes associés. La première partie de notre travail consistait à utiliser MALDI TOF pour identifier les tiques, moustiques et les puces. Nous avons déterminé quelle partie du spécimen permettait d'obtenir une reproductibilité des spectres et une identification correcte par des tests à l'aveugle après création d'une base de données de référence. La deuxième partie consistait à utiliser le MALDI-TOF MS pour détecter des Rcikettsies associés aux tiques dont Rickettsia conorii et R. slovaca, deux pathogènes humains transmis respectivement par Rhipicephalus sanguineus et Dermacentor marginatus. Des variations spectrales étaient obtenues entre les spécimens infectés et non infectés, avec des masses spécifiques liés à l'infection des tiques par les rickettsies. La technique d'identification était validée par des tests à l'aveugle. Les résultats obtenus permettent de conclure que le MALDI TOF pourra être utilisé dans l'avenir pour identifier les tiques prélevées chez des patients, les arthropodes vecteurs lors des enquêtes entomologiques et préciser la prévalence d'infection de ces arthropodesArthropods are vectors bloodsucking and can ensure the active biological transmission of a pathogen responsible of human or veterinary diseases. The vector control and vectors epidemiological surveillance are essential in the strategy against the vectors-borne diseases. Accurate, reliable and rapid identification of vectors and associated pathogens are essential. Thus, in this project we evaluated the use of MALDI-TOF MS for the arthropods vectors identification as well as for the detection of associated pathogens. This proteomics technology emerged since few years ago and is currently used in routine for bacteria identification in many microbiology laboratories. In the first part of our work, we used the MALDI TOF to identify the tick, mosquito and flea species. For each arthropod, we determined which part allowed obtaining reproducible spectra by MALDI TOF and correct identification by blind test, after reference database creation. The second part consisted to use the MALDI-TOF MS to detect the associated Rickettsia in ticks including Rickettsia conorii and R. slovaca, two human pathogens transmitted by Rhipicephalus sanguineus and respectively Dermacentors marginatus. The spectral variations were obtained between infected and non infected specimens with specific masses related to the tick infection by Rickettsia. The identification technique of not or infected ticks was validated by blind tests. The obtained results allowed concluding that the MALDI-TOF MS could be used in the future to identify the ticks removed from patient, the arthropods vectors and during entomological survey and determine the prevalence of infection of these arthropods
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Kernalléguen, Angéline. "Caractérisation et localisation des xénobiotiques dans les cheveux par spectrométrie de masse Maldi." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0754.
Анотація:
L’analyse des cheveux est à présent reconnue comme un outil pertinent dans le domaine de la toxicologie car elle permet de fournir un historique des habitudes de consommation d’un individu, qu’il s’agisse d’une consommation ponctuelle ou répétée.L’analyse d’un seul cheveu par désorption/ionisation laser assistée par matrice (MALDI) offre de nombreux avantages par rapport aux techniques conventionnelles : la quantité de cheveux est réduite, la préparation des échantillons est simplifiée et les images sont acquises avec une résolution spatiale très élevée (~100 µm). L’imagerie MALDI (MALDI-MSn) nous a permis de caractériser et de cartographier l’évolution des quantités de xénobiotiques le long du cheveu avec une très haute résolution spatiale sans une préparation trop longue ou trop complexe des échantillons au préalable.La spectrométrie de masse MALDI couplée à des plaques micro-réseaux (Microarrays for Mass Spetrometry, MAMS) nous a permis de développer une méthode pour effectuer une semi-quantification de la cocaïne, de la benzoylecgonine, de l’ecgonine méthyl ester et du cocaéthylène à partir d’une quantité de 1 mg de cheveux et 2 heures d’extraction ; les résultats sont bien corrélés avec une méthode de quantification validée. Cette méthode est pertinente lorsque des résultats urgents sont requis. Au total, le développement de ces deux applications nous a permis de démontrer la pertinence de la spectrométrie de masse MALDI dans l’analyse toxicologique du cheveu. Les perspectives consistent à améliorer ces protocoles afin de les transposer en routine et de développer des méthodes de screening large par spectrométrie de masse MALDIHair analysis is now recognized as a relevant tool in the field of toxicology. It provides a precise history of an individual’s exposure to drugs, whether it is a punctual or repeated consumption.Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization (MALDI) has many advantages over conventional techniques: the amount of hair needed is reduced, the sample preparation is simplified and the images are acquired with high spatial resolution (~ 100 μm).MALDI (MALDI-MSn) imaging allowed us to characterize and map the evolution of drugs amounts along the hair with very spatial resolution avoiding long and complex pre-sample preparation.MALDI coupled to Microaarays for Mass Spectrometry (MAMS) allowed us to develop a method for semi-quantitation of cocaine, benzoylecgonine, ecgonine methyl ester and cocaethylene using 1 mg of hair and 2 hours of extraction; the results are well correlated with a validated quantification method. This method is relevant when urgent results are required.In total, the development of these two applications demonstrates the relevance of MALDI mass spectrometry in the toxicological analysis of hair. The prospects are to improve these protocols in order to transpose them routinely and to develop large screening methods by MALDI mass spectrometry
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Le, Gac Séverine. "Développement de systèmes microfluidiques pour l'analyse protéomique par ESI-SM et MALDI-SM." Lille 1, 2004. https://pepite-depot.univ-lille.fr/LIBRE/Th_Num/2004/50376-2004-185.pdf.
Анотація:
Cette dernière décennie, les microsystèmes fluidiques analytiques ont connu un développement exponentiel, au point de représenter une part importante des publications dans Analytical Chemistry, revue de référence de la discipline. Ce phénomène s'accentue avec l'apparition des premiers dispositifs commerciaux. Les microsystèmes se caractérisent par: (i) des dimensions de l'ordre de la dizaine de microns, (ii) une fabrication reposant sur des techniques de microélectronique et (iii) l'intégration d'une série d'opérations. Ce dernier point leur confère de nombreux avantages tels que; (i) une sensibilité accrue pour l'analyse d'échantillons de taille réduite comme des extraits cellulaires, (ii) la suppression des étapes manuelles qui sont source de contamination, (iii) la standardisation des techniques conduisant à une reproductibilité accrue et au passage au haut débit. Ce travail porte sur le développement de systèmes microfluidiques, dont le rôle est de préparer des échantillons biologiques avant leur électronébulisation et leur analyse en ligne par spectrométrie de masse (ESI-SM). Le dispositif comporte au minimum, un module de traitement des échantillons et une interface intégrée avec le spectromètre de masse. Les modules de préparation des échantillons sont basés sur une phase stationnaire monolithique de nature macromoléculaire. Ces phases monobloc, à porosité double, sont adaptées au contexte microfluidique; elles se préparent in situ dans les microcanaux et leur fonctionnalité et leurs propriétés physico-chimiques (porosité, perméabilité) sont modulables en fonction des applicationsAu cours de ce travail, différents types de phases monolithiques ont été mis au point et étudiés, tout d'abord dans un support capillaire, puis dans des microcanaux, pour des applications séparatives principalement mais aussi de digestion de protéines. Les premières présentent une fonctionnalité hydrophobe de phase inverse et les deuxièmes, plus poreuses, servent de support pour l'ancrage covalent de l'enzyme de digestion, la trypsine. Les résultats obtenus pour les différentes phases sont à la hauteur de ceux observés sur les supports conventionnels et la possibilité de réaliser des colonnes très longues conduit à des résultats excellents. L'interface avec la spectrométrie de masse est intégrée sur le microsystème afin d'en optimiser le couplage. Ce module s'inspire, par sa géométrie et son fonctionnement, d'une plume de calligraphie. Le liquide, en sortie de microsystème, s'écoule dans la fente capillaire de la plume et est éjecté sous forme de nébulisat dans le spectromètre de masse. Trois générations de plumes, en résine photolithographiable, la SU-8 ou en silicium polycristallin, ont été développées et testés. Leurs performances sont excellentes et surpassent même, pour les prototypes les plus aboutis, celles de sources standard. L'intégration de ces différents modules a été abordée avec la fabrication et le début des tests de microsystèmes intégrés, en résine SU-8, comportant des microcanaux où, sont préparées les phases monolithiques et une interface de sortie de type plume
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GILLET, SYLVIE. "Application de la maldi-ms a l'enzymologie moleculaire et a la chimie des proteines." Paris 6, 1996. http://www.theses.fr/1996PA066571.
Анотація:
La spectrometrie de masse est une methode rapide, fiable et precise, qui permet, entre autres, l'etude des modifications chimiques des proteines, en mesurant l'increment de masse apporte a une proteine ou a un peptide par la modification, en comparaison a la proteine ou au peptide temoins non-modifies. Ce travail decrit l'application de la spectrometrie de masse a desorption-ionisation laser assistee par matrice (maldi-ms) a l'identification des residus d'acides amines marques par des analogues reactifs de l'atp et de l'arnt, au site de liaison de ces substrats sur certaines enzymes de l'appareil traductionnel de la biosynthese des proteines. Dans le premier chapitre, le site de liaison de l'atp sur les lysyl- et histidyl-arnt synthetases, a ete etudie en utilisant des derives pyridoxyles de l'atp (plp, pldp, adp-pl et atp-pl) qui reagissent par leur fonction aldehyde avec la fonction amine primaire de la chaine laterale de residus lysines en formant une base de schiff. Un autre derive reactif de l'atp, le fluorosulfonylbenzoyl-adenosine (fsba), specifique des chaines laterales nucleophiles des acides amines polaires, a permis dans le cas de l'histidyl-arnt synthetase (hisrs), de rechercher des acides amines autres que les lysines au centre actif de cette synthetase de classe ii. Dans le deuxieme chapitre, le site de liaison du bras accepteur de l'arnt#f#m#e#t sur la methionyl-arnt#f#m#e#t transformylase, a ete etudie par le marquage covalent de cette enzyme par l'arnt#f#m#e#t-dialdehyde, un analogue de l'arnt#f#m#e#t rendu reactif par l'oxydation du groupement cis-diol du ribose de l'adenosine 3'-terminale. Dans le troisieme chapitre, nous nous sommes interesses a une modification post-traductionnelle auto-catalysee qui consiste en la fixation covalente de la methionine sur la methionyl-arnt synthetase, a partir d'un donneur methionyl-adenylate synthetise par l'enzyme elle-meme. Dans les structures cristallographiques disponibles des enzymes etudiees, la localisation de certains des residus marques au centre actif est compatible avec leur participation a la catalyse et/ou a la liaison du substrat. Par exemple, la lysine-118 de l'hisrs, majoritairement marquee par tous les analogues reactifs de l'atp etudies, est situee dans le motif 2, l'un des 3 motifs catalytiques caracteristiques des aminoacyl-arnt synthetases de la classe ii, a l'interieur de la crevasse du centre actif de cette enzyme
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Matheron, Lucrèce. "Peptides vecteurs et protéomique intracellulaire : détection de phosphorylations par spectrométrie de masse MALDI-TOF." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066526.
Анотація:
Les peptides vecteurs (CPP) peuvent traverser les membranes cellulaires et y vectoriser des molécules. Ce projet a pour but le développement d’un test pour évaluer la capacité d’un CPP à atteindre le cytoplasme. Le CPP est couplé à une cargaison substrat d’une enzyme uniquement cytoplasmique, la Protéine Kinase C (PKC). Après lyse cellulaire la détection d’une phosphorylation de cette cargaison par MALDI-TOF révèle une localisation cytoplasmique. La détection des phosphopeptides par spectrométrie de masse n’est pas triviale. Nous avons évalué deux stratégies pour la faciliter. 1) purification sélective des peptides phosphorylés, en utilisant des matériaux chromatographiques dédiés. Cette stratégie s’est révélée inappropriée pour ces phosphopeptides fortement basiques, malgré diverses optimisations de séquences. 2) dérivation chimique où le phosphate est éliminé et remplacé par un groupement favorable à l’ionisation en MALDI-TOF. Cette stratégie s’est également révélée peu efficace, malgré une forte amélioration des limites de détection, à cause de nombreuses réactions secondaires. En particulier, le peptide non phosphorylé est également réactif et peut générer les mêmes produits que le phosphopeptide, ce qui empêche de les distinguer. Par ailleurs, de nombreuses conditions expérimentales ont été testées in cellulo. La phosphorylation de la cargaison a pu être mise en évidence, mais dans des conditions très précises, et n’est pour l’instant pas observée dans les cellules vivantes (non lysées). Ce travail sera poursuivi, notamment par l’utilisation d’un anticorps commercial dirigé contre la séquence phosphorylée de ce substrat de PKC.
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Petkovski, Elizabet. "Polymorphismes ponctuels de séquence et identification génétique : Etude par spectrométrie de masse MALDI-TOF." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2006/PETKOVSKI_Elizabet_2006.pdf.
Анотація:
L'investigation des polymorphismes du génome humain permet d'identifier les individus avec certitude et d'établir des relations de parenté. L'étude des polymorphismes ponctuels de séquence (SNP) présente un réel intérêt dans les domaines de la médecine légale et de l'anthropologie moléculaire. En effet, les SNP autosomaux réunissent les avantages des méthodes appliquées aujourd'hui et permettent d'atteindre un haut pouvoir discriminant à partir d'échantillons dégradés par l'analyse de fragments d'ADN courts. Nous avons sélectionné 50 SNP autosomaux et une différence de séquence entre les copies du gène de l'amélogénine porté par les gonosomes. La définition de cet ensemble de marqueurs est un travail original tant d'un point de vue quantitatif, menant à un pouvoir de discrimination élevé, que d'un point de vue qualitatif, ne considérant que des marqueurs non codants en accord avec la législation française en vigueur. Les marqueurs ont été étudiés par détection des produits d'extension allèles spécifique d'amorce par spectrométrie de masse MALDI-TOF. L'étude d'un échantillon de la population française a permis de fournir des informations sur la distribution allélique de ces marqueurs, de valider l'ensemble des SNP sélectionnés comme outil pour la filiation et l'identification génétique et de développer une méthode d'analyse directe, sensible et rapide permettant l'analyse simultanée d'un grand nombre de molécules de manière reproductible. L'analyse des marqueurs bialléliques validés représente un outil complémentaire à celle des microsatellites dans le cadre d'échantillons fortement dégradés tels qu'ils sont fréquemment rencontrés sur les scènes de crimes ou lors de catastrophes de masse. La définition d'un protocole de routine permettra d'introduire cette technique basée sur les marqueurs SNP au niveau des laboratoires d'identification génétiqueHuman genome polymorphism investigation allows accurate individual identification and genetic relationship establishment. The study of single nucleotide polymorphisms (SNPs) requires short DNA fragments and therefore has a particular advantage over classical markers in the analysis of degraded samples. This and the capacity of yielding high discriminatory powers confer a great value to autosomal SNP markers in the fields of forensics or molecular anthropology. In the present study 50 autosomal SNPs and a sex determining sequence difference between the amelogenin gene gonosomal copies were selected. The characterization of this set of markers represents an innovative work as it allows generating strong discriminatory information and is restricted to non-coding DNA regions, in harmony with the in force French legislation. Our approach to SNP typing is a multiplex PCR based amplification followed by simultaneous detection of primer extension products by MALDI-TOF mass spectrometry. The study of these markers in a French representative population allowed their allelic distribution investigation, their validation as tools for genetic identification and filiation and the development of a direct, sensitive, rapid and multiplexed analysis method yielding reproducible results. The analysis of the selected binary markers represents a complementary means of great help in cases where microsatellite investigation fails due to extensive DNA degradation rather then lack of DNA template. Their specific advantage relies in the identification of discrete samples, such as highly degraded tissues commonly encountered on crime scenes or in mass-disasters. The establishment of a routine protocol will lead to the implementation of the method based on SNP typing in genetic identification laboratories
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Petkovski, Elizabet Ludes Bertrand. "Polymorphismes ponctuels de séquence et identification génétique étude par spectrométrie de masse MALDI-TOF /." Strasbourg : Université Louis Pasteur, 2006. http://eprints-scd-ulp.u-strasbg.fr:8080/496/01/Petkovski-2006-These-SNP_et_identification_genetique.pdf.
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Raujol, Julie. "Complémentarité du TOF-SIMS et du MALDI-TOF pour l'étude de l'hypoxie dans un modèle in vitro et in vivo." Thesis, Aix-Marseille, 2016. http://www.theses.fr/2016AIXM5506.
Анотація:
L’oxygénation d’un tissu ou d’une cellule résulte d’un équilibre entre la disponibilité en oxygène et sa consommation. Un arrêt de la circulation ou des variations de la pression partielle en oxygène sont responsables d’une réduction de l’apport en oxygène induisant une réponse adaptative.L’objectif de ce travail a été de caractériser l’hypoxie de l’échelle cellulaire à tissulaire par la complémentarité de deux techniques d’imagerie par spectrométrie de masse (ISM) : La spectrométrie de masse à ionisation secondaire (SIMS) et l’ionisation/désorption par laser assistée par matrice (MALDI). L’ISM fournit la détection, l’identification et la distribution d’une variété d’espèces moléculaires endogènes et exogènes directement sur tissu sans marquage. Afin de caractériser l’hypoxie, un modèle in vitro de culture cellulaire en trois dimensions (sphéroïde) et un modèle in vivo d’accident vasculaire cérébral ont été utilisés.L’imagerie TOF-SIMS nous a permis de voir que la disponibilité réduite de l’oxygène au centre des sphéroides induit de profonds changements métaboliques. L’imagerie MALDI-TOF, quant à elle, a permis de visualiser la pharmacocinétique de différents traitements dans des sphéroides traités.Concernant l’étude sur l’accident vasculaire cérébral, l’imagerie SIMS et MALDI nous ont fourni une signature moléculaire de l’hypoxie tissulaire, apportant de nouvelles connaissances sur les changements physiopathologiques induits par la lésion tissulaire.La complémentarité de ces deux techniques d’imagerie permet donc une réelle synergie pour l’étude de l’hypoxie dans différents modèlesTissue or cells oxygenation results from a balance between oxygen availability and consumption. This availability is determined by the amount of oxygen carried by the blood irrigating the tissue and its diffusion capacity through the cell membranes. The interruption of blood flow or variations in the oxygen partial pressure are responsible for a reduction of oxygen intake that induces an adaptive response.The aim of my work is to characterize the hypoxia from cellular to tissue-level via the complementarity of two mass spectrometry imaging (MSI) methods: the Secondary Ion Mass Spectrometry (SIMS) and Matrix-Assisted Laser Desorption and Ionization (MALDI). MSI has the potential to provide detection, identification and distribution of a variety of different endogenous and exogenous molecular species directly from the tissue without labelling. Here we combine them to characterize hypoxia in vitro on a 3D cell culture system (spheroid) and in vivo using ischemic rat model.We have shown via TOF-SIMS imaging that reduced availability of oxygen to the center of spheroids induces profound metabolic changes. MALDI-TOF imaging helped to visualize the pharmacokinetics of different treatments in treated spheroids.Concerning the ischemic stroke, MSI provides a molecular signature of hypoxia in tissue, which could bring new insights into the pathological changes induced by the tissue injury.The complementarity of these two imaging techniques allows real synergy for the study of hypoxia in different models
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Ait-Belkacem, Rima. "Caractérisation du glioblastome multiforme et suivi de ses chimiothérapies par imagerie MALDI couplée à l'approche top-down." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5503.
Анотація:
Le glioblastome est la forme la plus agressive des tumeurs du système nerveux central. Le traitement de référence consiste en l'exérèse chirurgicale, suivie d'une radiothérapie associée à une chimiothérapie concomitante et adjuvante par le témozolomide. Son bénéfice est démontré par une médiane de survie entre 12 et 14 mois. Le glioblastome est caractérisé par une population cellulaire hétérogène hautement infiltrante, angiogénique et résistante à la chimiothérapie. Dans le but d'optimiser l'effet des molécules thérapeutiques, un suivi de leur pharmacocinétique ainsi qu'une bonne caractérisation tumorale sont nécessaires. L'imagerie par désorption laser assistée par matrice en spectrométrie de masse (IMS MALDI) a été utilisée pour l'identification de marqueurs diagnostiques, pronostiques et prédictifs de réponse aux traitements. Elle a aussi permis de suivre la pharmacocinétique in situ des chimiothérapies.L'identification de protéines directement sur tissu par fragmentation en source a permis la mise en évidence de différents isotypes de tubuline, une des cibles majeures en thérapie anticancéreuse. Le couplage de cette stratégie d'identification à l'imagerie MALDI a permis d'identifier et de localiser dans des zones tumorales, des protéines impliquées dans la tumorigenèse. La distribution intra-tissulaire du bévacizumab et du témozolomide a été étudiée pour la première fois.Des marqueurs de réponse aux traitements ont ensuite été identifiés par comparaison des profils d'expression protéique de tumeurs avec et sans traitement. Ces résultats montrent l'intérêt de l'imagerie MALDI pour l'étude des chimiothérapies et permettent d'envisager son utilisation clinique futureGlioblastoma is the most aggressive of the gliomas, a collection of tumors arising from glia or their precursors within the central nervous system. The current standard of care, comprised of surgical resection followed by radiation and the chemotherapeutic agent temozolomide, only provides patients with a 12-14 months survival period post-diagnosis. The glioblastoma is characterized by a heterogeneous population of cells that are highly infiltrative, angiogenic and resistant to chemotherapy. In order to optimize the therapy effect, a pharmacokinetic monitoring and a better understanding and characterization of tumor biology are needed. For this purpose, matrix assisted laser desorption/ionization imaging mass spectrometry imaging mass spectrometry (MALDI IMS) technology was applied to identify diagnostic, prognostic and predictive markers of therapy response; and to understand/follow the pharmacokinetic of chemotherapies. The top-down in-source decay strategy was used for protein identification directly on tissue. This strategy allowed tubulin protein isoforms distinction and identification, which is one of the main targets in cancer therapy. MALDI imaging coupled to ISD identified tumorigenesis proteins within tumor structures. Bevacizumab and temozolmide distribution was followed within brain tissue sections. For the first time a monoclonal antibody was deciphered on tissue. Finally, markers that predict therapy response were demonstrated by a comparison between protein expression profiles from tumors with and without chemotherapy treatment. These results highlight the interest of MALDI imaging for chemotherapy improvement and open the way for its use in the clinics
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Belghazi, Maya. "Etude de modifications covalentes de protéines par spectrométrie de masse Maldi-Tof et Esi-Tof." Palaiseau, Ecole polytechnique, 2001. http://www.theses.fr/2001EPXX0030.
Анотація:
La spectrométrie de masse MALDI-TOF (matrix-assisted laser desorption/ionization- time of flight) et ESI-TOF (electrospray ionization- time of flight) permettent d'accéder à des méthodologies performantes pour l'étude de la structure primaire des protéines. Ce travail a mis en oeuvre ces deux modes d'ionisation pour étudier les modifications covalentes de trois protéines impliquées dans des contextes biologiques différents. En premier lieu, les modifications post-traductionnelles de deux nitrile hydratases (NHases), métalloenzymes bactériennes catalysant l'hydrolyse de nitriles en amides, ont été caractérisées. Des études sur les protéines intactes ont mis en évidence deux modifications post-traductionnelles--un acide sulfénique et un acide sulfinique--sur les cystéines du centre actif de deux NHases de bactéries différentes. Ensuite, nous avons caractérisé les modifications post-traductionnelles d'une protéine intervenant dans la coagulation sanguine, le facteur IX (FIX), dans le but d'établir une référence structurale du FIX plasmatique. Cette protéine comporte un ensemble de modifications complexes incluant en particulier N-glycosylations, O-glycosylations, phosphorylation et sulfatation, localisées sur une région de la protéine, le peptide d'activation. En dernier lieu, nous avons étudié les mécanismes d'inhibition suicide de deux cytochromes P450. Pour cela, nous avons caractérisé, grâce à des techniques de marquage par des isotopes stables, les métabolites produits lors de l'hydroxylation de l'acide tiénilique par le P450 2C9, réaction conduisant également à l'inactivation de l'enzyme. Ces expériences ont conduit à proposer deux mécanismes réactionnels différents pour ce composé. Le mécanisme de l'inhibition suicide d'un P450 d'origine végétale a été abordé en cherchant à identifier les peptides marqués pendant la réaction. Cette identification n'a pas été obtenue, vraisemblablement en raison de l'instabilité du marquage dans nos conditions d'analyse.
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Gut, Yoann. "Imagerie par spectrométrie de masse MALDI et outils chimiométriques pour la cartographie de formes pharmaceutiques solides." Thesis, Orléans, 2016. http://www.theses.fr/2016ORLE2012.
Анотація:
L’agence européenne du médicament (EMA) stipule que les entreprises pharmaceutiques se doivent d’améliorer continuellement le contrôle de leur production afin de garantir la qualité des médicaments et préserver la santé des patients. Les outils analytiques classiques sont, par exemple, capables d’examiner l’intégralité d’un comprimé pharmaceutique pour contrôler la qualité et la quantité des substances actives utilisées et estimer leurs profils de libération dans l’organisme. Ils ne permettent cependant pas de cartographier la distribution des composés chimiques pourtant considérée comme un critère important pour la qualité du médicament. Des techniques d’imagerie chimique comme la MSI MALDI sont donc utilisées afin de déterminer par une analyse unique la répartition spatiale et la structure des composés constituant les médicaments. Toutefois, la MSI MALDI nécessite une préparation des échantillons relativement complexe et génère des données de grande taille difficilement exploitables. Ces caractéristiques, ainsi que l’absence de spectromètre de masse adapté à l’analyse de formes pharmaceutiques solides, complexifient la mise en place de la MSI MALDI au sein de laboratoires industriels. Les travaux réalisés durant cette thèse ont eu pour objectifs d’améliorer le protocole de préparation des échantillons, d’optimiser le système d’acquisition et de mettre en place les outils chimiométriques et informatiques nécessaires à l’analyse des images MALDI au sein de l’entreprise Technologie Servier. Les développements réalisés et les résultats obtenus ont finalement permis la résolution de problématiques inexplicables jusqu’alors par les techniques analytiques classiquesEuropean Medicines Agency (EMA) recommendations stipulate that pharmaceutical companies have to continually improve manufacturing efficiency to ensure drug product quality. The commonly used analytical tools provide information about drug substance quality and dosage or the drug release profile by dissolving the whole tablet. However these analytical tools are not able to highlight the distribution of chemical compounds contained in the tablet. This is why chemical imaging such as MALDI MSI are used to extract the spatial and spectral information from pharmaceutical solid dosage forms. This hyperspectral imaging technique needs complex sample preparation and generates huge dataset. These two features, as well as the lack of optimized mass spectrometers to study tablets, make difficult the implementation of the MALDI MSI in industrial laboratories. During this thesis, the sample preparation protocol has been improved, the mass spectrometer has been optimized to analyze tablets and chemometrics tools has been developed in order to implement MALDI MSI within Technologie Servier company
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Diologent, Laurent. "Développement et caractérisation de techniques pour l’amélioration de la sensibilité et de la résolution spatiale des sources MALDI : désolvatation laser et masques." Thesis, Lille 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LIL10041/document.
Анотація:
La spectrométrie de masse MALDI est une technique devenue incontournable pour l’analyse des biomolécules et largement employée dans de nombreuses applications. Bien que les performances de cette source soient notoires, celles-ci restent encore limitées en particulier en termes de sensibilité ou encore de résolution spatiale pour des applications telles que l’imagerie MALDI MS. En effet, les rendements de production d’ions sont très faibles en MALDI et chutent encore lorsque la résolution spatiale est augmentée (diminution de l’aire irradiée). Ainsi, les objectifs de ces travaux de thèse ont été de développer et d’étudier deux systèmes permettant d’augmenter la sensibilité. La première partie de ces travaux a donc portée sur la réalisation d’un système permettant la désolvatation des agrégats formés dans le processus MALDI via l’utilisation d’un second faisceau laser interceptant la plume en expansion. Par utilisation d’un laser pulsé émettant à 1064 nm il a été ainsi possible de démontrer une augmentation d’un facteur 2 à 3 de l’intensité des signaux d’analyte. Dans une seconde partie, un système de masques de silicium permettant de réduire les dimensions de la zone irradiée (sans agir sur la focalisation du faisceau laser) a été développé. Les études réalisées pour différentes géométries de ces masques ont permis de démontrer d’une part l’efficacité de ces systèmes pour réduire l’aire de la zone irradiée en coupant le faisceau laser incident tout en maintenant l’intensité des signaux, et d’autre part que certaines géométries particulières permettaient d’obtenir un effet d’augmentation de la sensibilité et de la résolution spectraleMALDI Mass Spectrometry is an essential tool for biomolecules analysis and is largely employed in various applications. Albeit performances of this ion source are well known, there are still clear limitations in terms of sensitivity and spatial resolution for applications such as MALDI MS Imaging. Indeed, ion production yields are very low in MALDI and, moreover drop when spatial resolution is increased (decrease of irradiated area). Thus, objectives of this work were to develop and study two systems for improving sensitivity. First part of this work was dedicated to setup a system allowing desolvation of material clusters formed in the MALDI process by using a second laser to intercept the expanding plume. By using a pulsed laser emitting at 1064 nm, it was possible to demonstrate an increase of signal intensity by 2 to 3 folds. In a second part, Silicon mask systems allowing reduction of irradiated area (without involving any focusing of the laser beam) was developed. Studies of various geometries of the mask showed their efficiency to reduce irradiated area by cutting part of the laser beam while maintaining signal intensity. Moreover, for certain geometries it was demonstrated that masks could lead to an increase in sensitivity and spectral resolution
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Diologent, Laurent. "Développement et caractérisation de techniques pour l’amélioration de la sensibilité et de la résolution spatiale des sources MALDI : désolvatation laser et masques." Electronic Thesis or Diss., Lille 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LIL10041.
Анотація:
La spectrométrie de masse MALDI est une technique devenue incontournable pour l’analyse des biomolécules et largement employée dans de nombreuses applications. Bien que les performances de cette source soient notoires, celles-ci restent encore limitées en particulier en termes de sensibilité ou encore de résolution spatiale pour des applications telles que l’imagerie MALDI MS. En effet, les rendements de production d’ions sont très faibles en MALDI et chutent encore lorsque la résolution spatiale est augmentée (diminution de l’aire irradiée). Ainsi, les objectifs de ces travaux de thèse ont été de développer et d’étudier deux systèmes permettant d’augmenter la sensibilité. La première partie de ces travaux a donc portée sur la réalisation d’un système permettant la désolvatation des agrégats formés dans le processus MALDI via l’utilisation d’un second faisceau laser interceptant la plume en expansion. Par utilisation d’un laser pulsé émettant à 1064 nm il a été ainsi possible de démontrer une augmentation d’un facteur 2 à 3 de l’intensité des signaux d’analyte. Dans une seconde partie, un système de masques de silicium permettant de réduire les dimensions de la zone irradiée (sans agir sur la focalisation du faisceau laser) a été développé. Les études réalisées pour différentes géométries de ces masques ont permis de démontrer d’une part l’efficacité de ces systèmes pour réduire l’aire de la zone irradiée en coupant le faisceau laser incident tout en maintenant l’intensité des signaux, et d’autre part que certaines géométries particulières permettaient d’obtenir un effet d’augmentation de la sensibilité et de la résolution spectraleMALDI Mass Spectrometry is an essential tool for biomolecules analysis and is largely employed in various applications. Albeit performances of this ion source are well known, there are still clear limitations in terms of sensitivity and spatial resolution for applications such as MALDI MS Imaging. Indeed, ion production yields are very low in MALDI and, moreover drop when spatial resolution is increased (decrease of irradiated area). Thus, objectives of this work were to develop and study two systems for improving sensitivity. First part of this work was dedicated to setup a system allowing desolvation of material clusters formed in the MALDI process by using a second laser to intercept the expanding plume. By using a pulsed laser emitting at 1064 nm, it was possible to demonstrate an increase of signal intensity by 2 to 3 folds. In a second part, Silicon mask systems allowing reduction of irradiated area (without involving any focusing of the laser beam) was developed. Studies of various geometries of the mask showed their efficiency to reduce irradiated area by cutting part of the laser beam while maintaining signal intensity. Moreover, for certain geometries it was demonstrated that masks could lead to an increase in sensitivity and spectral resolution
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Sachon, Emmanuelle. "Etude de l'interaction entre le récepteur NK-1 et la substance P, par photomarquage et spectrométrie de masse maldi-tof." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066298.
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Naban-Maillet, Jessie. "Energie interne et dissociations d' espèces moléculaires monochargées et de leurs adduits produits sous AP-MALDI : application à la détection d'agents chimiques." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066302.
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Lo, Cheikh Ibrahima. "Répertoire des bactéries identifiées par Maldi-Tof en Afrique de l'Ouest." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5051/document.
Анотація:
Le répertoire des bactéries est mal connu en Afrique du fait des méthodes d’étude essentiellement basées sur des techniques de culture sur milieux simples associées à des tests biochimiques, ce qui ne permet pas son exploration. Il a néanmoins été récemment bouleversé par l’usage systématique de la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF MS.Au cours de nos travaux de thèse de doctorat, nous avons utilisé deux types de spectromètres de masse: le MALDI-TOF Vitek MS, nouvellement installé à Dakar; le MALDI-TOF Microflex LT, installé à Marseille. Les résultats que nous avons obtenus ont montré, pour la première fois, que la technique du MALDI-TOF est efficace et tout à fait adaptée en Afrique pour le diagnostic spécifique de routine. Cette performance a conduit le laboratoire clinique de l’HPD à opter pour son utilisation à la place des traditionnelles techniques d’identification phénotypique telles que les galeries API. Nous avons également confirmé que le MALDI-TOF est un puissant outil d’identification des espèces bactériennes rarement impliquées dans les maladies infectieuses humaines. De plus, cet outil nous a permis de détecter sept nouvelles espèces de bactéries isolées pour la première fois chez l’homme. En Afrique, il faudrait donc multiplier l’installation de spectromètre de masse MALDI-TOF, ou mettre en place des réseaux autour de plateformes MALDI-TOF sous-régionales partagées entre plusieurs structures sanitaires et/ou de rechercheThe Africa bacteria repertory is unfamiliar because the available tools in this region are not allowed its best knowledge. In fact, bacteria are most often identified using culture techniques on simple media and biochemical tests which enable the identification of some common characters. These methods do not facilitate an exhaustive knowledge of the bacterial repertory; consequently they have recently been revolutionized by the systematic use of MALDI-TOF mass spectrometry (MS).In our thesis we used two mass spectrometers, respectively, MALDI-TOF Vitek MS currently installed at Dakar (Senegal) and MALDI-TOF Microflex LT installed in Marseille (France). In addition we have also confirmed that MALDI-TOF is a powerful tool for identifying bacterial species rarely involved in human infectious diseases. Thus in adopting the MALDI-TOF as a first-line tool in bacterial identification before Gram staining or other techniques of phenotypic identifications based on chemical characteristics, we discovered seven new species of bacteria isolated for first time in humans. Microbial identification using MALDI-TOF MS is currently feasible in Africa. Its performance and effectiveness in routine diagnosis of clinical microbiology laboratories have been proven. It is necessary either to increase the installation of MALDI-TOF, or establishing a network around a shared MALDI-TOF platform between several structures located in the same area, especially in the underdeveloped countries of Africa amortization of investment costs of the device, because it allowed reducing the time of reporting results and indirectly facilitating better care for patients
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Dione, Niokhor. "Exploration du microbiote digestif : stratégies de culture des bactéries anaérobies et de culture difficile." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0614.
Анотація:
Le microbiote digestif, composé de 1012 à 1014 bactéries par gramme de selle, est dominé par les bactéries anaérobies. Ces dernières, qui dépassent largement les aérobies, ont été découvertes en 1865 par Louis Pasteur dans ses travaux sur la fermentation. Les bactéries anaérobies représentent un intérêt médical particulier par leur implication dans les maladies infectieuses et métaboliques. Les anaérobies sont caractérisés par leur difficulté à être cultivés, car nécessitant une absence ou des concentrations faibles d’oxygène. Ainsi les connaissances sur ces microorganismes étaient limitées. Cependant, avec l’avènement des outils de biologie moléculaire notamment le séquençage à haut débit et le concept culturomics associé à l’identification par spectrométrie de mass MALDI-TOF, la connaissance des microorganismes anaérobies a été accentuée. Dans ce travail, nous nous sommes attelés dans un premier temps à la mise au point d’un milieu de culture efficace pour la culture des bactéries anaérobies et les tests d’activités antimicrobiennes. Nous avons montré dans un deuxième temps que culturomics, associé au MALDI-TOF, était un outil puissant dans l’identification des bactéries anaérobies en microbiologie clinique, mais également dans l’exploration de la diversité microbienne du tube digestif. Cette technique nous a permis d’isoler 19 nouvelles espèces de bactéries anaérobies dont 9 ont été décrites dans la troisième partie de ce travailThe human gut microbiota is known to contain around 1012 to 1014 bacteria per gram of feces, with the majority being anaerobic. The latters were first discovered in 1865 by Louis Pasteur while working on fermentation. Anaerobic bacteria are known to play an important role in health and diseases and thus have taken a lot of attention in the medical field, especially in infectiousdiseases and metabolism. These bacteria are known for its sophisticated culture system because its growth requires little to no oxygen. Nevertheless, few is known about these type of microorganisms but with the advancement of molecular biology and sequencing techniques, its study became wider. Culturomics, is a recently developed culture-based approach that relies on optimizing culture conditions for bacterial growth and its identification by MALDI-TOF MS and 16S rRNA sequencing. The present work aims to create and optimized culture condition for anaerobic bacteria along with testing its anaerobic activities. Also, we aim to demonstrate the efficiency of Culturomics and MALDI-TOF in culturing, identifying and describing anaerobic bacteria in clinical microbiology and in the human gut. This approach allowed us to isolate 19 new anaerobic species out of which 9 has been described in this work.Keywords: Human gut microbiota, culture of anaerobic bacteria, culturomics, MALDI-TOF
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Piednoël, Hélène. "Recherche de marqueurs biologiques de la dystrophie musculaire de Duchenne par spectrométrie de masse et imagerie MALDI-TOF." Evry-Val d'Essonne, 2005. http://www.theses.fr/2005EVRY0005.
Анотація:
L’objectif principal de cette thèse a consisté en l’étude des marqueurs biologiques de la dystrophie musculaire de Duchenne (DMD) par spectrométrie de masse MALDI-TOF (MS et MS/MS). Après une description des méthodologies expérimentales et du sujet d’étude de ce travail, nous présentons les résultats obtenus, liés à la dégradation musculaire et associés à un défaut du métabolisme lipidique. Ainsi, que la présence élevée de deux protéines impliquées, soit dans les mécanismes de dégradation musculaire, soit dans l’homéostasie calcique. L’étude de la composition en acides gras des glycérophosphatidylcholines par spectrométrie de masse MALDI-TOF MS et MS/MS nous a ainsi permis de caractériser un changement dans la composition lipidique des cellules dystrophiques durant la période de différenciation. Cette modification a été utilisée en tant que marqueur pour identifier, par profilage et imagerie MALDI-TOF-MS, les zones de régénération de coupes tissulaires de muscles de pattes de souris mdx. Cette approche peut désormais être utilisée pour le suivi de la thérapie de la DMDThe aim of this work is the study of Duchenne muscular dystrophy (DMD) markers by MALDI-TOF mass spectrometry (MS and MS/MS). After a description of experimental and of the study issue of this work, results relative to this study, linked to a muscle weakness and associated to a defect of the lipid metabolism. In the same way as over-expression of two proteins implicated, either in muscular degradation mechanisms, or in calcic homeostasis. The study of the fatty acids composition of glycerophosphatidylcholines by MALDI-TOF Mass Spectrometry MS and MS/MS enabled us to characterize a change of the lipid composition of dystrophic cells at the time of the differentiation. This modification has been used as a marker to identify with profiling and imaging MALDI-TOF-MS regenerating areas in sections of a mdx mouse leg muscle. It is the first time that such a slight change in fatty acids composition is observed directly on tissue slices by Mass Spectrometry. This approach can be usefull in monitoring the treatment of the DMD
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Niare, Sirama. "Identification du repas sanguin des moustiques par MALDI-TOF MS." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0575/document.
Анотація:
Le MALDI-TOF MS (Matrix Assisted, Laser Desorption/Ionization Time-Of-Flight Mass Spectrometry) est une technique protéomique qui est utilisée en routine pour l’identification des microorganismes dans les laboratoires de microbiologie. Ainsi, dans ce travail nous avons évalué le MALDI-TOF MS pour l’identification du repas sanguin des moustiques. Dans la première partie de notre travail, une revue bibliographique a été effectuée sur les différentes méthodes (sérologiques, biologie moléculaire) connues dans les études de préférence trophiques des arthropodes. La deuxième partie fut l’optimisation du MALDI-TOF MS pour l’identification de l’origine du repas sanguin des moustiques. Pour l’optimisation, Anopheles gambiae Giles et Aedes albopictus ont été artificiellement nourris sur le sang de plusieurs hôtes vertébrés en utilisant l’appareil Hemotek durant deux heures sous les conditions standard. Nos résultats ont montré que la comparaison des spectres provenant des moustiques nourris sur le même type de sang révèle une grande reproductibilité des profils protéiques. L’interrogation des MS spectres contre la base de données a révélé une identification correcte de l'origine du repas sanguin pour les spécimens collectés moins de 24 heures après la prise du repas sanguin. Pour les échantillons collectés sur le terrain, le MALDI-TOF MS a permis de détecter dans le repas de sang des moustiques une grande diversité d’hôtes domestiques. En conséquence la technique MALDI-TOF MS serait un outil efficace pour les études de surveillance épidémiologique des maladies vectorielles et l'identification de la préférence trophique de spécimens fraichement gorgésMALDI-TOF MS (Matrix Assisted, Laser Desorption/Ionization Time-Of-Flight Mass Spectrometry) is a proteomic technique that routinely used for microorganisms identification in clinical microbiology laboratory. Recently, the MALDI-TOF MS was successfully used as a innovative tool for arthropod identification. Thus, in this work we evaluated the MALDI-TOF MS to identify the blood meal sources from engorged mosquitoes. In the first part of our work, a bibliographical review was carried out on the different methods (serological, molecular biology) known in the trophic preference determination of hematophagous arthropods. The second part was optimization of the MALDI-TOF MS for identifying the origin of the blood meal of mosquitoes. For optimization, the Anopheles gambiae Giles and Aedes albopictus were artificially fed on several vertebrate hosts blood using the Hemotek device for two hours under standard conditions. Our results showed intra-species reproducibility and inter-species specificity of MS spectra from mosquitoes engorged on the same or different vertebrate hosts. The MS spectra querying against the database reveal a correct identification of the the blood meal origin from the specimens collected less than 24 hours post-feeding. For field samples, MALDI-TOF MS allowed to detect the mosquitoes blood meal fed on wide variety of domestic hosts. Consequently the MALDI-TOF MS technique would be an effective tool for epidemiological surveys of vector-borne diseases and the identification of the trophic preference of mosquito freshly engorged
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Miralles, Guillaume. "Conception et synthèse de nouveaux outils chimiques pour l'étude des phosphoprotéines et la caractérisation de la liaison d'un ligand à son récepteur par spectrométrie de masse MALDI-TOF." Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20196/document.
Анотація:
Depuis l'avènement des techniques d'ionisation douces comme le MALDI ou l'ESI, la spectrométrie de masse est devenue un outil incontournable pour l'étude des biomolécules, et en particulier, des protéines. Le mécanisme d'ionisation spécifique des sources MALDI introduit un phénomène de discrimination spectrale généralement considéré comme un frein. Le greffage d'un motif α-cyano 4-hydroxy cinnamique ou HCCA sur un peptide permet d'en tirer parti en créant une discrimination spectrale favorable au composé marqué. Deux applications du marquage HCCA ont été développées au cours de ce travail de thèse.Une des limitations des études phosphoprotéomiques réside dans la faible ionisation des peptides phosphorylés. De nombreuses méthodes de purification ont été proposées pour contourner ce problème. Nous avons étudié une approche alternative qui consiste à greffer spécifiquement un motif HCCA sur une position phosphorylée afin d'amplifier les signaux des peptides d'intérêt. Nous avons développé en parallèle une méthodologie pour l'étude de la liaison d'un ligand peptidique à son récepteur ne nécessitant pas de radioactivité. Le greffage covalent d'HCCA sur un ligand nous a permis de le détecter et de le quantifier dans une expérience de déplacement. Cette méthodologie a notamment permis de déterminer l'affinité d'un ligand de référence pour le récepteur V1A à la vasopressineSince the advent of soft ionization techniques such as MALDI or ESI, mass spectrometry has become an indispensable tool for the study of biomolecules, and particularly proteins. The specific ionization mechanism of MALDI leads to a spectral discrimination phenomenon generally regarded as a restriction. The α-cyano 4-hydroxy cinnamic acid (HCCA) pattern grafting on a peptide can take advantage by introducing a spectral discrimination in favor of the labeled compound. Two applications have been developed during this thesis, based on HCCA tagging.A limitation of phosphoproteomic studies is the low ionization of phosphorylated peptides. Many purification methods have been reported to circumvent this problem. We studied an alternative approach which consists in specifically grafting a HCCA moiety on a phosphorylated position in order to amplify the signal of interest peptide.At the same time, we have developed a methodology for the study of ligand peptidic binding to its receptor which does not require radioactivity. The covalent HCCA tagged ligand has allowed us to detect and quantify it, in a binding displacement assay. More particularly, this methodology allowed us to determine the affinity of a reference ligand for the V1A vasopressin receptor
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Mauger, Florence. "Développement de méthodes d'analyse de l'ADN par clivage d'une chimère ARN/ADN et par spectrométrie de masse MALDI-TOF." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00833267.
Анотація:
Depuis le séquençage complet du génome humain, la génomique se focalise sur la détection des modifications de l'ADN des gènes potentiellement impliqués dans les maladies humaines. Les modifications de l'ADN sont au niveau de la séquence ou épigénétique. Ces polymorphismes, fréquents, rares, connus ou inconnus, peuvent être identifiés par le développement de nouvelles méthodes de séquençage de l'ADN pour chaque individu. Ce projet a pour but le développement de méthodes d'analyse de l'ADN par clivage d'une chimère ARN/ADN et par MALDI-TOF MS. Elle repose sur l'utilisation d'une nouvelle classe d'ADN polymérases qui peut incorporer également des ribonucléotides. La chimère ARN/ADN, simple ou double brin, contient trois bases désoxynucléotides et une quatrième base sous sa forme ribonucléotide. Elle est ensuite clivée après chaque ribonucléotide par l'hydroxyde de sodium. Les fragments de clivage se terminent par un ribonucléotide qui possède un groupement 3'- phosphate terminal. Ils sont dessalés par des billes échangeuses de cation et leurs masses sont analysées par MALDI-TOF MS. La comparaison des masses de l'individu avec celles de la séquence de référence est significative d'un changement dans la séquence d'ADN. Les fragmentations en phase gazeuse de la chimère d'ARN/ADN ont également été étudiées. Cette méthode est adaptée pour l'étude d'un grand nombre d'individus dans une région limitée du génome grâce à la capacité haut-débit du MALDI-TOF MS. Cette méthode, rapide et efficace, possède de nombreuses applications tel que: le génotypage, le génotypage allèle-spécifique en multiplex, le microhaplotypage en multiplex, l'analyse de la méthylation de l'ADN et le séquençage
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Moussaoui, Louardi. "Applications de la spectrométrie de masse type MALDI-TOF à la bactériologie et à la distinction de variants génétiques." Phd thesis, Université de Strasbourg, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00872251.
Анотація:
L'objectif de mon travail fut de valider et d'optimiser la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF pour l'identification et la classification d'un ensemble de bactéries pathogènes ou opportunistes chez l'homme, en enrichissant une base de données et en testant la robustesse de la méthode, afin d'obtenir une méthode rapide fixe et fiable d'acquisition de résultats. Les différents résultats obtenus ont permis la validation de la technique comme outil d'identification bactérienne fiable en routine. Elle permet désormais de caractériser les mélanges de deux bactéries voir même la différentiation d'espèces très proches comme les Shigella spp et E. coli. Nous avons montré que la technique sera encore améliorée par un outil supplémentaire de comparaison des souches pour une veille épidémiologique "en temps réel", sans investissement supplémentaire, en permettant plusieurs types d'économie. Elle apporte un gain réel dans la prise en charge du patient et le choix éclairé des antibiotiques testés pour l'antibiogramme. La technique peut aussi constituer un outil alternatif de sérotypage.
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Arafah, Karim. "Étude lipidomique et développements en imagerie MALDI des lipides : application à la régénération du système nerveux central d'Hirudo medicinalis." Thesis, Lille 1, 2009. http://www.theses.fr/2009LIL10152/document.
Анотація:
Les lipides constituent un ensemble de métabolites se déclinant en plusieurs classes. Outre leur rôle structural, ils peuvent aussi agir dans différents mécanismes biologiques en tant que messagers cellulaires. Des recherches en lipidomique sur les facultés de régénération du système nerveux central (SNC) d’Hirudo medicinalis après une lésion ont été entreprises. Des images par spectrométrie de masse de type Tof-SIMS (Time-of-fligh Secondary Ion Mass spectrometry) réalisées sur le système nerveux lésé d’Hirudo ont démontré au cours du temps une apparition localisée d’acides gras et de triglycérides au niveau des neurones lésés. Une approche par spectrométrie de masse MALDI Tof-Tof (Matrix-Assisted Laser Desorption Ionisation Time-of-fligh) sur des extraits lipidiques de chaînes nerveuses en régénération ont démontré la présence d’une forte modulation de messagers secondaires lipidiques: le 2 arachidonyl glycerol (2AG) et l'anandamide (AEA) régulant l’activité sécrétoire du monoxyde d’azote (NO) par les cellules microgliales du SNC. A l’inverse des vertébrés, Hirudo est capable de réguler très finement sa libération de NO à l’endroit lésé du SNC ce qui favorise les mécanismes de réparation cellulaire après lésion. En parallèle, une nouvelle approche de développement de l'imagerie par spectrométrie de masse MALDI Tof-Tof des lipides a permis pour la première fois, de valider l'utilisation de colorants histologiques lipophiles en vue de localiser et de caractériser des lipides in situ sur coupes de cerveaux de rat. Cette nouvelle approche par les colorants qualifiée de DALDI Tof-Tof (Dye-Assisted Laser Desorption Ionisation Time-of-fligh) a trouvé des applications directes dans le cancer de l'ovaire où une expression différentielle de lipides a été démontrée entre les régions saine et cancéreuse. Ce travail a donc permis d'une part de mettre en évidence une forte, implication des lipides de type cannabinoïdes sur le recrutement des cellules microgliales ainsi qu'une régulation de la production du NO au site de la lésion, et d'autre part, l'apparition de lipides spécifiques au sein des neurones au cours des phases de régénération nerveuse du SNC d'Hirudo. De plus, l'utilisation de colorants histologiques comme matrice en vue de détecter des lipides directement sur coupes de tissus permet d'associer l'application de l'imagerie MALDI des lipides à la recherche de marqueurs potentiels de nature lipidique dans le cancer de l'ovaire. Des perspectives d'interaction avec la biologie clinique et médicale pourraient être envisagées afin de compléter les diagnostics des anatomo-pathologistes par une localisation et une caractérisation des lipides impliqués dans une pathologie donnéeLipids are metabolites which can be declined in many classes. Most of them are known to figure as structural molecules in the cell membrane but a significant key role is also played as cellular messenger when interacting with specific membrane receptors. The leech Hirudo medicinalis which is a model for the neurosciences is able to regenerate its central nervous system (CNS) after a lesion in opposition with the CNS of vertebrate. In this way, we showed by Tof-SIMS imaging changes in the lipidome of harmed leech brain directly on tissue. In particular lipids such as fatty acids and triglycerides have been characterized during injuries of the leech CNS. These lipids were expressed in specific areas of damaged neurons. We also characterized endocannabinoids in crude lipid extracts of harmed leech brain by MALDI-Tof Tof mass spectrometry. The identified endocannabinoids anandamide (AEA) and 2-arachidonyl glycerol (2AG) are lipids which act as cellular messenger. During the injury of the leech brain, an increase in the 2AG concentration in the brain were demonstrated while AEA was decreasing. As a consequence, a modulation in the chemotactic effect on microglial cells was observed in the harmed connective. 2AG and AEA have also been demonstrated to regulate the NO release in activated microglia under neurotoxic rate. A new approach in developpemental research in lipidomic using MALDI imaging mass spectrometry allowed us to validate for the first time the use of specific histochemical dies for lipids as a way to detect and characterize lipids directly on rat brain tissue. This new approach of studiying lipids using dies named DALDI Tof-Tof (Dye-Assisted Laser Desorption Ionisation Time-of-fligh)has been successfully applied to the ovarian cancer where different patterns in the lipid content were detected on tissue slices between benign and malignant areas. This work highlighted in one hand the roles played by cannabinoids on the microglia chemotaxis and the regulation of NO secretion at the lesion site and in the second hand, the expression of specific lipids on neurons close to the lesion site during the regeneration process of the damaged leech CNS. Moreover, by using histological dies specific the the lipid staining as matrices, we showed that MALDI imaging of lipids allowed to detect lipids which could be potentially biomarkers for ovarian cancer. A cross-talk with scientist and medical fields can emerged since using both the same way to detect lipids on tissue for diagnosis purposes
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Ohara, Keiichiro. "Interactions non covalentes de dérivés guanidylés avec l'ADN : synthèse, évaluation biologique et analyse par spectrométrie de masse MALDI-TOF." Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20154.
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Hugon, Perrine. "Etablissement du répertoire humain des procaryotes et diversité du microbiote digestif par approches variées." Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5040.
Анотація:
Au cours des dernières anneés, la taxonomie bactérienne a subi de profonds changements mais peu de consensus existent quant à la description précise des procaryotes. La diversité des procaryotes a été estimeé à 107 espèces, et la classification actuelle contient plus de 12 900 espèces officiellement reconnues. Ceci souligne l'absence d'un répertoire des procaryotes isolés chez l'homme. Nous avons constitué ce répertoire qui contient 2 156 espèces différentes réparties en 12 phyla,Notre second travail est la caractérisation du microbiote digestif par 5 approches varieés (cytométrie de flux, coloration de gram, TEM, qPCR, pyroséquençage). Nous avons analysé 16 selles de patients en comparant le taux de procaryotes de type gram positif/négatif. La moitié des procaryotes de type gram négatif n'est pas détecté par le pyroséquençage,alors qu'ils sont décrits comme les constituants majeurs de ce microbiote d'après les 1ères études réaliseés utilisant la culture.Dans notre 3ème travail, nous avons voulu montrer que l'utilisation de la culture bactérienne n'est pas inférieure aux techniques de séquençage pour étudier la diversité du microbiote digestif. Au total, depuis 4 ans, 685 échantillons ont été analysés et plus de 500 000 colonies ont été identifieés par MALDI-TOF. Ce travail a permis d'augmenter de 77,5 % le nombre d'espèces identifieés dans le tube digestif. Les nouvelles espèces sont décrites suivant le concept « taxonogenomics » incluant des donneés phénotypiques et le séquençage du génomeBacterial taxonomy has undergone tremendous changes over time, with little historical consensus regarding specific descriptions of prokaryotes. The prokaryotes have been estimated about 107 species, and the current classification contained more than 12,900 species. This highlights the absence of an exhaustive and specific database listing all prokaryotes associated with humans. We found than the human prokaryotic repertoire contained 2,156 species, divided among 12 different phyla.The second aim of our work was to characterize the human gut microbiota using 5 different techniques, including morphologic and molecular approaches (flow cytometry, gram staining, electron microscopy, qPCR and pyrosequencing). We analyzed 16 stools samples of patient and we copared the rate of gram-positive and gram-negative prokaryotes obtained with each technique. We found than by pyrosequencing only a half of gram-negative prokaryotes was detected.Our third goal was to demonstrate that bacterial culture was not inferior to pyrosequencing to describe the gut diversity. Culturomics concept created during the pioneer study has revolutionized the approach of the microbiota exploration. Since 4 years, we have performed the analyze of 685 different samples and identified more than 500,000 colonies using the MALDI-TOF mass spectrometry. We have increased by 77.5% the number of species isolated in the gut. Each new species will be described following our new concept named "taxonogenomics", including phenotypic data and genome sequencing
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Cassagne, Carole. "Identifications de champignons d'intérêt médical en mycologie et parasitologie par spectrométrie de masse de type MALDI-TOF : applications au diagnostic des infections fongiques." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5064.
Анотація:
L’avènement de la spectrométrie de masse de type MALDI-TOF a révolutionné la microbiologie en permettant l’identification précise des bactéries et des levures en seulement quelques minutes. En 2010, la MALDI-TOF SM n’était pas applicable à l’identification des champignons filamenteux. Un protocole d’identification générant des spectres interprétables de champignons filamenteux fut d’abord mis au point, suivi par le développement d’une architecture de banque originale. Enfin une banque de références solides, intégrant des références pour la majorité des espèces de moisissures impliquées en pathologie humaine, fut créée en collaboration avec le BCCM/IHEM. Les qualités d’identification de cette banque ont été démontrées non seulement à l’échelle localemais également à l’échelle nationale . Dans un second temps, nous sommes intéressés à l’identification des levures. Nous avons déterminé qu’une extraction complète est le meilleur protocole d’identification des levures en utilisant la banque de référence Bruker ™. Afin d’améliorer le diagnostic clinique,nous avons testé un protocole d’identification sur un séries de 6192 levures isolées de prélèvements cliniques reçus au laboratoire pendant un an. Enfin nous avons pu démontrer en utilisant nos « systèmes » d’identification par MALDI-TOF MS la sous-estimation de la diversité des espèces de moisissures et de levures isolées des prélèvements cliniques, lorsqu’on ne disposait que de techniques conventionnelles d’identification. La mise à disposition d’un tel outil ouvre de grandes perspectives dans le domaine de la mycologie, tant d’un point de vue épidémiologique que cliniqueDuring the last decade, MALDI-TOF MS has revolutionized microbiology by enabling the accurate identification of bacteria and yeast in only few minutes1. At the beginning of this work in 2010, MALDI-TOF MS was not yet optimized for mold identification. To meet this need, we established an identification protocol to generate interpretable mold spectra. The structure of the reference database was developed taking intoaccount the heterogeneity of molds in culture. Finally, a comprehensive reference database,including references for the majority of molds encountered in human pathology, was created in collaboration with the BCCM/IHEM. Identification performance of this database was tested and validated at both a local scale and an international scale . We also determined the best-adapted pre-treatment protocol to identify yeasts in a routine setting. The protocol was tested on a panel of 6192 yeast isolates recovered from clinical samples submitted to our laboratory over the course of one year. Using our fungal identification system, we were able to identify morphologically similar species and highlight the underestimation of fungal pathogen diversity. The development of our MALDI-TOF MS-based fungal identification system presents numerous opportunities in the field of mycological, from both an epidemiological and clinical point of view. In subsequent studies, defining the clinical meaning of emerging species identified via MALDI-TOF MS will profoundly modify our perspective of fungal diseases
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LATOURTE, LAURENCE. "Processus de desorption/ionisation en maldi et esi : application de la spectrometrie de masse a l'etude de polymeres synthetiques industriels." Paris 6, 1998. http://www.theses.fr/1998PA066200.
Анотація:
La problematique developpee dans notre travail est de demontrer l'interet de la spectrometrie de masse en modes maldi (desorption/ionisation laser avec matrice) et esi (ionisation/desorption par electronebulisation), par rapport aux autres techniques deja utilisees pour la caracterisation de polymeres synthetiques industriels. Dans un premier temps, nous avons decrit ces deux techniques de spectrometrie de masse, et nous avons fait le point sur les mecanismes regissant la desorption/ionisation des ions, car leurs processus sont complexes et encore mal maitrises. Puis, deux etudes concernant des polymeres industriels ont ete presentees. La premiere partie est consacree aux problemes rencontres avec des polymeres qui possedent des groupes hydrophobes (chaines perfluorees), souvent difficiles a solubiliser et a ioniser dans les conditions de desorption/ionisation maldi et esi. Pour cela nous nous sommes bases sur l'etude d'un compose fluore modele, une phosphazine fluoree. Les resultats de ce travail ont ensuite ete appliques a l'analyse de deux polymeres fluores industriels. La seconde partie est consacree a la deuxieme famille de polymeres : les polybutadienes hydroxyles. Cette partie est plus centree sur une analyse structurale des differentes macromolecules, par l'intermediaire de modifications chimiques controlees, et de l'etude des dissociations des ions sous collisions. Enfin, nous avons discute de la validite des valeurs des masses moyennes que l'on peut obtenir par les methodes de spectrometrie de masse employees. Cette etude a permis de mettre en exergue les possibilites et les limites de la spectrometrie de masse maldi/tof et esi/tq pour la caracterisation de polymeres synthetiques industriels. Elle a ouvert une nouvelle voie dans la caracterisation de polymeres fluores, qui sont difficilement analysables par les methodes classiques. Pour des oligomeres de faible poids moleculaire, il est egalement possible, dans certaines conditions, d'obtenir des ions fragments qui permettent de determiner la structure d'une macromolecule.
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Tahir, Djamel. "Moustiques et dirofilariose : mise au point et utilisation d'outils innovants pour la détection et la surveillance." Thesis, Aix-Marseille, 2017. http://www.theses.fr/2017AIXM0406/document.
Анотація:
Dans ce travail, nous nous sommes intéressés à l’étude des dirofilarioses chez le réservoir canin « le chien » ainsi que chez les vecteurs « moustiques », en particulier, en ce qui concerne la détection, la surveillance et la prophylaxie. Le premier objectif était de développer une PCR duplex en temps réel ciblant le gène COI capable de détecter et de différencier simultanément D. immitis et D. repens. Ainsi, nous avons détecté par cet outil moléculaire, pour la première fois en France, D. immitis et D. repens chez des moustiques tigre "Aedes albopictus". Nous avons, de plus, confirmé la présence de l’infection à D. immitis chez les chiens du nord d'Algérie.Le deuxième objectif était d'évaluer l’intérêt de la spectrométrie de masse MALDI-TOF MS pour la détection de changements dans les profils protéiques d'Aedes aegypti infectés expérimentalement avec des nématodes filaires (D. immitis, Brugia malayi et B. pahangi). Les résultats obtenus montrent la capacité du MALDI-TOF MS à différencier des moustiques infectés et non infectés par les filaires. Ainsi, les meilleurs taux de classification correcte obtenus sont 94,1, 86,6, 71,4 et 68,7% pour les non infectés versus ceux infectés, respectivement, par D. immitis, B. malayi et B. pahangi.Le troisième objectif de ce travail était l’évaluation de l'efficacité anti-gorgement et insecticide d'un ectoparasiticide (Vectra® 3D) contenant trois principes actifs : le dinotéfurane, le pyriproxyfène et la perméthrine contre Ae. albopictus, l'une des principales espèces vectrices de Dirofilaria spp. Les résultats ont démontré que le DPP a une efficacité anti-gorgement et insecticide significative contre Ae. albopictusIn this work, we are interested in studying dirofilarial infections in dogs and vectors “Mosquitoes” especially detection, monitoring and prophylaxis. The first objective is to develop a real-time duplex PCR targeting the COI gene capable of simultaneously detecting and differentiating D. immitis and D. repens. Subsequently, we applied this tool to a canine dirofilariosis surveillance process in different endemic areas of Mediterranean basin (Corsica and Algeria). We have thus detected by this molecular tool for the first time in France, D. immitis and D. repens in Aedes albopictus mosquitoes. We reported, also, the presence of D. immitis in dogs from northern Algeria.The second aim was to assess whether the MALDI-TOF MS can detect changes in the protein profiles of Aedes aegypti infected experimentaly with filarial nematodes (D. immitis, Brugia malayi and B. pahangi). Obtained results showed the potential of MALDI-TOF MS as a reliable tool for differentiating non-infected and filariae-infected Ae. aegypti mosquitoes with a best correct classification rate obtained from the thorax-head part with 94.1 and 86.6, 71.4 and 68.7% for non-infected and D. immitis, B. malayi and B. pahangi infected mosquitoes respectively.The third aim of this work has focused on the evaluation of the anti-feeding and insecticidal efficacy of an ectoparasiticide (Vectra® 3D) containing three active ingredients: dinotefurane, pyriproxyfen and permethrin (DPP) against Ae. albopictus. Results demonstrated that the DPP combination has significant anti-feeding and insecticidal efficacy against Ae. albopictus for at least 4 weeks
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Rossato, Maxime. "La dilution isotopique en spectrométrie de masse MALDI-ToF pour la mesure d’interactions entre récepteurs couplés aux protéines G et ligands peptidiques." Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTS007/document.
Анотація:
La dilution isotopique, SID pour « Stable Isotope Dilution », est une méthode largement utilisée pour la quantification de peptides et protéines en spectrométrie de masse, généralement associée aux techniques d’ionisation ambiante. Les travaux de cette thèse sont donc consacrés à l’application de la méthodologie de la dilution isotopique (SID) en spectrométrie de masse par désorption/ionisation laser assistée par une matrice (MALDI) pour la mesure d’interaction récepteur/ligand en pharmacologie. En effet, un nombre important de pathologies mettent en jeu des récepteurs membranaires tels que les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) en interaction avec différents ligands, souvent peptidiques. En particulier, le récepteur V1A est impliqué dans l’activité vasoconstrictrice de l’hormone peptidique AVP (Arginine VasoPressine) et la contraction de cellules musculaires ainsi que dans certains comportements sociaux. Ce récepteur a été choisi comme modèle d’étude nécessitant le marquage par voie chimique du ligand Homo-HO-LVA (pour « Hydroxy Linear Vasopressin Antagonist »), sélectionné pour sa forte affinité envers le récepteur V1A afin d’introduire l’entité permettant le dosage en SID/MALDI. Cette méthodologie est mise en œuvre via la génération d’une liaison covalente de la matrice HCCA (4-hydroxy-α-cyanocinnamic acid), couramment utilisée pour l’analyse peptidique pour obtenir le peptide modifié (JMV4854) par acylation en position N-terminale. Le but est alors de tirer profit de l’utilisation conjointe de ce marquage et de la matrice neutre HCCE (4-hydroxy-α-cyanocinnamate de méthyle) pour la détection spécifique et sensible de composés jusqu’à des concentrations picomolaires. L’étape stratégique de quantification par dilution isotopique nécessite un étalonnage et une validation statistique avant de pouvoir passer à l’application pharmacologique. Celle-ci consiste à mesurer l’affinité du JMV4854 pour le récepteur V1A par des expériences thermodynamiques de mesure de constantes de dissociation (Kd) afin de déterminer par la suite des constantes de dissociation de molécules non marquées via des expériences de compétition. Un second modèle de récepteur, le CCKB-R (cholecystokinine B receptor), a ensuite été étudié pour valider la méthodologie de quantification. Devant le regain d’intérêt des laboratoires pharmaceutiques pour les expériences cinétiques de mesure de constantes de dissociation, il serait intéressant d’y appliquer cette méthodologie. Celle-ci présente un potentiel intéressant en tant qu’alternative aux méthodologies actuellement incontournables que sont la radioactivité et la fluorescence. Un second d’axe d’étude a été initié avec un marquage conçu pour diriger la fragmentation de peptides pour des mesures en spectrométrie de masse en tandem par ionisation Electrospray (ESI-MS/MS). Des modifications par introduction en position N-terminale des peptides d’une charge fixe ont été envisagées. Des études préliminaires (synthèse d’ions préformés par incorporation d’une entité pyridinium) ont montré un comportement prometteur en fragmentation ouvrant de nouvelles perspectives de quantificationThe SID methodology, for Stable Isotope Dilution, is a widely applied methodology for peptides and proteins analysis in mass spectrometry, usually associated with atmospheric pressure ionisation techniques. This thesis is consequently devoted to the application of SID methodology in matrix assisted laser desorption/ionisation (MALDI) mass spectrometry to quantify receptor/ligand interaction in pharmacology. Indeed, a great number of pathologies involve membrane receptors like G protein coupled receptors (GPCR) in interaction with several ligands, frequently peptides. Particularly, the V1A receptor, is related to vasoconstriction activity of the peptide hormone AVP (arginine vasopressine) and contraction of muscular cells as well as many social behaviors. This receptor was chosen as model, requiring the chemical labelling of the ligand Homo-HO-LVA (Hydroxy Linear Vasopressin Antagonist), selected for its high affinity towards the V1A receptor in order to introduce the entity on which relies the quantification in SID/MALDI. This methodology is applied through the covalent binding of HCCA (4-hydroxy-α-cyanocinnamic acid) matrix, usually encountered in peptide analysis, to obtain the modified peptide (JMV4854) through N-terminal acylation. The objective is to take advantage of the use of both HCCA tagging and HCCE (4-hydroxy-α-cinnamic methyl ester) matrix for the specific and sensitive detection of compounds down to picomolar concentrations. Importantly, quantification with SID requires a calibration protocol and a statistical validation before pharmacological assays. This consists in the measurement of JMV4854 affinity towards V1A-R through thermodynamic experiments in order to quantify the dissociation constant (Kd) and determine afterwards constants for untagged molecules by competitive binding assays. Furthermore, a second receptor model, CCKB-R (cholecystokinine B receptor), was then studied to validate the quantification methodology. Facing the renewed interest in pharmaceutic industry of kinetic experiments for dissociation constant measurement, it would be interesting to apply this new methodology to drug discovery, representing a relevant alternative to current “gold-standard” methodologies such as radioactivity and fluorescence. A second field of research has been initiated with a covalent labelling designed to enhance peptide fragmentation for electrospray-based (ESI-MS/MS) tandem mass spectrometry measurements. Preliminary studies with the synthesis of pre-formed ions like N-terminal substitution with pyridinium entities gave very promising results opening the way of other quantification strategies
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Dieme, Constentin. "Etude des relations entre arthropodes et rickettsia felis." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5042/document.
Анотація:
La lutte anti-vectorielle est l’un des volets le plus important de l’entomologie médicale et nécessite une identification précise des vecteurs. Cette dernière décennie, la technique du MALDI-TOF MS a prouvé son potentiel comme outil rapide et efficace pour l'identification des arthropodes hématophages adultes. Dès lorsNous nous sommes intéressés à la mise au point d’un protocole d’identification des stades aquatiques de moustique par MALDI-TOF MS d’une part. D’autre part la détection d’un pathogène dans un arthropode n’implique pas forcement sa capacité à transmettre. L’incrimination d’un arthropode comme vecteur respecte certaines règles allant de la suspicion à la démonstration de sa compétence vectorielle au laboratoire. Afin de mieux comprendre l’épidémiologie de R. felis nous avons d’abord participé à une investigation conduite à l’Ile de la Réunion, en testant des puces, les seuls vecteurs biologiques connus jusqu’à présent. Ensuite Nous avons démontré le rôle potentiel des moustiques en particulier d’Anopheles gambiae à transmettre Rickettsia felis. Enfin nous avons utilisé le MALDI-TOF MS pour la détermination du statut infectieux d’Anopheles gambiae à R. felis. Nous proposons également un cycle probable de transmission de R. felis à l’homme incluant les psoques et les moustiquesVector control is one of the most important aspects of medical entomology and requires accurate identification of vectors. Within the past decade, the MALDI-TOF MS technique has proven its potential as a fast and effective tool for identification of adult blood-sucking arthropods. From then on we were interested in the development of an identification protocol of aquatic stages of mosquitoes by MALDI-TOF MS. On the other hand, the detection of a pathogen in an arthropod does not necessarily mean its ability to transmit. Incrimination of an arthropod as vector follows certain rules ranging from suspicion to demonstrate its vector competence in the laboratory. To better understand the epidemiology of R. felis we first participated in an investigation conducted in Reunion, testing fleas, the only biological vectors known to date. We demonstrated the potential role of the mosquito particularly Anopheles gambiae, in the transmission of R. felis. Finally, we used the MALDI-TOF MS for the determination of the Anopheles gambiae infection status to R. felis. We also offer a probable transmission cycle of R. felis to man including psocids and mosquitoes
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Million, Matthieu. "Caractérisation des altérations du microbiote digestif associées à l'obésité et rôle de la manipulation du microbiote digestif dans l'obésité." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5024.
Анотація:
L'avènement des méthodes de séquençage moléculaire à large échelle a permis l'identification d'altérations du microbiote digestif spécifiquement associés à l'obésité notamment un ratio Bacteroidetes/Firmicutes diminué chez les obèses. Depuis, de nombreux travaux ont décrit de nouvelles altérations associées à l'obésité, notamment une augmentation des représentants du genre Lactobacillus mais l'ensemble de ces résultats sont souvent l'objet de controverses. Afin de clarifier si le genre Lactobacillus était associé à l'obésité, nous avons réalisé deux études cas témoins (la deuxième étant le prolongement de la première avec un effectif de 263 individus) qui nous ont permis d'identifier que les altérations du microbiote digestif sont plus reproductibles au niveau de l'espèce. A ce titre nous avons retrouvé une plus grande concentration de Lactobacillus reuteri dans le microbiote digestif de sujets obèses alors que les concentrations de Bifidobacterium animalis, Methanobrevibacter smithii et Escherichia coli étaient diminuées. Nous avons pu établir une relation dose-dépendante entre la concentration de Lactobacillus reuteri et l'indice de masse corporelle. Par ailleurs, nous avons réalisé une méta-analyse sur les résultats des études publiées et avons retrouvé une association entre les genres Bifidobacterium (6 études, 348 individus) et Methanobrevibacter (3 études, 195 individus) avec l'absence d'obésité (…)The revolution of large scale molecular sequencing methods allowed the identification of specific alterations in the gut microbiota associated with obesity such as a decreased Bacteroidetes / Firmicutes ratio in obese individuals. Since then, many studies have described different alterations associated with obesity, including an increase in members of the Lactobacillus genus, but results are often controversial. To clarify whether the genus Lactobacillus was associated with obesity, we conducted two case-control studies (the second being the follow-up of the first study with a total of 263 individuals) allowing us to understand that gut microbiota alterations are more reproducible at the species level. We found a greater concentration of Lactobacillus reuteri in the gut microbiota of obese while concentrations of Bifidobacterium animalis, Methanobrevibacter smithii and Escherichia coli were reduced. We were able to establish a dose-dependent relationship between the concentration of Lactobacillus reuteri and body mass index. In addition, we performed a meta-analysis on the results of published studies and we found an association between the Bifidobacterium (6 studies, 348 individuals) and Methanobrevibacter (3 studies, 195 individuals) with absence of obesity. (…)
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Quero, Laura. "Développement de la spectrométrie de masse MALDI -TOF pour l'identification des champignons filamenteux d'intérêt alimentaire et étude de leur résistance aux molécules biocides." Thesis, Brest, 2018. http://www.theses.fr/2018BRES0109/document.
Анотація:
Les moisissures d’altération sont à l’origine de pertes alimentaires et économiques importantes et certaines espèces peuvent présenter un danger pour la santé humaine et animale avec la production de mycotoxines. Dans ce contexte, la maîtrise de la qualité et de la sécurité des aliments passe par une bonne connaissance des espèces impliquées. Cette connaissance repose sur une identification fiable et rapide et l’obtention d’informations sur les facteurs abiotiques impactant leur développement, tels que les conservateurs, largement utilisés dans l’industrie. Dans ce cadre, les objectifs de thèse étaient de développer l’utilisation de la spectrométrie de masse MALDI-TOF pour l’identification des moisissures et d’évaluer son application à la résolution de complexe d’espèces et au typage, et enfin d’évaluer la néphélométrie laser pour mesurer en haut-débit leur croissance en présence de conservateurs. Dans un premier temps, une base de données robuste a été construite avec près de 6500 spectres correspondant à 136 espèces fongiques. Dans un deuxième temps, la technique MALDI-TOF a été appliquée avec succès à la différenciation de 23 espèces du complexe Aspergillus section Flavi et a permis de différencier des isolats de Penicillium roqueforti appartenant à 3 populations génétiquement différenciées. Enfin, la néphélométrie laser a permis un suivi haut-débit de la croissance de 14 espèces fongiques d’altération en présence de 3 conservateurs et ainsi d’obtenir des informations sur les concentrations minimales inhibitrices de ces derniers. Ces travaux ont démontré l’applicabilité de techniques alternatives permettant d’identifier et de caractériser les moisissures d’altérationSpoilage fungi represent a major cause of food and economic losses and certain species, which may produce mycotoxins, may also pose a threat to human and animal health. Thus, food safety and quality management relies notably on a good knowledge of the involved species. This knowledge is notably based on their fast and reliable identification and on the study of abiotic factors affecting their growth such as food preservatives, which are commonly used in the food industry. In this context, the objectives of this PhD. thesis were to develop MALDI-TOF mass spectrometry for mold identification and to evaluate its potential for species complex differentiation and strain typing, and finally, to evaluate the use of laser nephelometry to monitor fungal growth in the presence of food preservatives.First, a robust database was developed with 6500 spectra corresponding to 136 spoilage fungi. Then, MALDI-TOF MS was successfully applied to differentiate 23 species of Aspergillus section Flavi and Penicillium roqueforti isolates belonging to 3 genetically distinct populations.Finally, in 14 fungal species, laser nephelometry allowed a high-throughput monitoring of their growth after exposition to 3 different food preservatives and the determination of their associated minimal inhibitory concentrations.Overall, the obtained results demonstrate the usefulness of alternative techniques for identification and characterization of food spoilage fungi
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Jemmali, Zaïneb. "Développements méthodologiques en TLC/MALDITOF MS et GC/MS pour l’analyse des composés terpénoïdes présents dans les résines végétales." Thesis, Orléans, 2016. http://www.theses.fr/2016ORLE2061/document.
Анотація:
Les résines végétales sont des sécrétions de végétaux qui ont été utilisées par l’homme de l’Antiquité à nos jours dans de nombreuses applications (pharmaceutique, cosmétique et artistique). Ces exsudats sont composés majoritairement de terpènes. L'identification et la quantification de l'ensemble de ces composés dans les extraits végétaux reste un défi du fait de leur très grande diversité structurale. L’objectif de ce travail a été de développer de nouvelles approches analytiques pour identifier et quantifier les composés terpéniques présents dans ce matériel végétal afin d’en assurer le contrôle qualité et la certification. Deux méthodes séparatives ont été sélectionnées: la TLC et la GC. Pour ces deux techniques on s’est intéressé à toutes les potentialités de leur couplage avec la spectrométrie de masse. Le développement en TLC-1D et TLC-2D a permis le « screening » rapide des résines végétales et la faisabilité du couplage avec le MALDI-TOF-MS a été mise en évidence pour l’identification des marqueurs majoritaires (acides triterpéniques). La GC a permis une caractérisation plus aboutie des résines en mettant en place une méthode d’analyse exhaustive des terpènes des plus volatils au non-volatils. L’optimisation des différentes étapes de la méthodologie GC-MS s’est effectuée en se basant sur la méthode des plans d’expérience ainsi que sur des analyses statistiques tels que l’ACP et la CAH. Dans un souci d’apporter des éléments plus précis pour distinguer les résines les plus proches, la quantification de leurs marqueurs majoritaires a été établie après une validation complète de la méthode GC. L’ensemble de ce travail a permis de développer des outils pour une caractérisation rapide des extraits de résines permettant de différencier les espèces même les plus prochesResins are hydrocarbon secretions of many plants and well known for their protective benefits. They have been used as raw materials for a wide range of applications (pharmaceutic, cosmetic and artistic). Plant resins are complex mixtures of organic substances mainly terpenoid compounds which constitute the most abundant and structurally diverse group of plant secondary metabolites. The chemical characterization of this material results in long and difficult separation due to the wide range of polarity and volatility of its constituents. The aim of this work was to develop new analytical approaches to improve the identification of resins certifying their origin and ensuring the quality control. For that purpose two analytical methods were selected: TLC and GC approaches hyphenated to mass spectrometry. TLC-1D and TLC-2D allow a rapid screening and first visual differences of resins. The innovating TLC coupling to MALDI-TOF-MS gives a clear identification of major markers (triterpenic acids). In order to have complementary information about the composition of resins, a gas chromatography-mass spectrometry (GC-MS) method was developed to analyze volatile to non-volatile compounds. The various stages of optimization were based on experimental design and statistical (PCA and HAC) approaches. For closely related resins, a quantitative approach was investigated based on a complete validation for major markers. This work allows the development of two complementary techniques that give a powerful approach for fast and reliable differentiation of various resins even the closest ones
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Lemaire, Rémi. "Nouveaux développements pour l'imagerie par spectrométrie de masse MALDI : applications aux problèmes biologiques et à la recherche de biomarqueurs dans le cancer de l'ovaire." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066288.
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Granzotto, Clara. "Methodological developments based on mass spectrometry for the analysis of glycoproteins and polysaccharides of plant gums : an application to cultural heritage samples." Thesis, Lille 1, 2014. http://www.theses.fr/2014LIL10221/document.
Анотація:
L’analyse d’échantillons du Patrimoine Culturel est primordiale pour la compréhension des techniques, la conservation des œuvres et leur restauration. Ces échantillons sont rares et précieux et l’analyse doit être effectuée sur une faible quantité de matière, ce qui nécessite le développement et l’optimisation de méthodes analytiques appropriées. L’objectif de ce travail de thèse a donc été de développer de nouvelles méthodes analytiques dans le but d’étudier les glycoprotéines et les polysaccharides de gommes végétales des échantillons du Patrimoine Culturel. Les macromolécules ont été séparées par chromatographie d'exclusion stérique et électrophorèse sur gel de polyacrylamide modifié, révélant la présence de poids moléculaires très élevés pouvant atteindre jusqu’à 1 à 2 millions de Dalton. Une stratégie analytique innovante basée sur la spectrométrie de masse a permis d’obtenir des empreintes caractéristiques de chaques gommes. La stratégie analytique développée a été appliquée avec succès sur un échantillon d'aquarelle daté de 1870 du Metropolitan Museum of Art (New York, USA)The analysis of Cultural Heritage samples is critical for the understanding of the arstists' technique, the conservation and restoration of artworks. These objects under investigation are rare and precious and the amount of sample available for the analysis is usually very low, thus implying the development and the optimization of adapted analytical methodologies. The objective of this PhD was to develop new analytical methods to study glycoproteins and polysaccharides from plant gums in Cultural Heritage samples.These macromolecules have been separated by size exclusion chromatography and modified polyacrylamide gels, which allowed to reveal the presence of proteins with molecular weights up to 1-2 million Dalton. A novel analytical strategy based on mass spectrometry allowed to obtain the caracteristic fingerprint of each plant gum. This developed method was successfully applied on a watercolor sample dated from 1870 supplied by the Metropolitan Museum of Art (New York, USA)
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Bres, Jean-Charles. "Synthèse de prodrogues d'oligonucléotides et étude de leur métabolisation en milieux biologiques suivie par spectrométrie de masse MALDI-TOF. Synthèse de pro-oligonucléotides N-acétylés." Montpellier 2, 2002. http://www.theses.fr/2002MON20122.
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Seng, Piseth. "Application de la spectrométrie de masse MALDI-TOF en microbiologie clinique." Thesis, Aix-Marseille, 2013. http://www.theses.fr/2013AIXM5033/document.
Анотація:
L'objectif de cette thèse est d'appliquer la méthode d'identification bactérienne par spectrométrie de masse MALDI-TOF pour une utilisation en routine dans un laboratoire de microbiologie clinique. Dans un 1er temps et de manière prospective, nous avons évalué la performance et le coût-efficacité de l'identification bactérienne de routine par MALDI-TOF par rapport aux techniques conventionnelles d'identification phénotypique. Durant la période des 16 semaines d'étude, nous avons comparé la performance de la technique par MALDI-TOF aux techniques conventionnelles d'identification phénotypique comprenant la coloration de Gram, la galerie API ANA et le Vitek 2. En cas de résultats discordants entre ces deux techniques, l'identification était réalisée par biologie moléculaire. Nous avons montré que le MALDI-TOF est un moyen efficace et rentable pour l'identification des bactéries de routine. Le MALDI-TOF peut être utilisée en 1ère intention dans l'identification bactérienne avant l'ensemble de techniques phénotypiques. Dans un 2ème temps, nous avons évalué rétrospectivement la performance et le coût-efficacité de l'utilisation exclusive de MALDI-TOF en diagnostic bactériologique de routine en comparaison avec les techniques conventionnelles. En analysant les données des 11 dernières années, nous avons montré que le MALDI-TOF est efficace et tout à fait adaptée pour l'identification d'espèce bactérienne en routine. Nous avons également prouvé que MALDI-TOF est un outil puissant pour identifier les espèces bactériennes rarement impliquées dans les infections humaines. Cette technique pourrait être une alternative aux méthodes moléculaires dans le laboratoire cliniqueThe objective of this thesis is to apply the method of bacterial identification by MALDI-TOF MS in daily practice in a routine clinical microbiological laboratory. Firstly, we prospectively evaluated the performance and the cost-effective of bacterial identification by MALDI-TOF in comparison with conventional phenotypic identification methods. During a 16-week study, we compared the performance of MALDI-TOF with conventional techniques of identification including Gram staining, API ANA identification strip and automated identification using the Vitek 2. The unmatched identifications between MALDI-TOF and conventional methods were resolved by molecular identification. In this study, we showed that MALDI-TOF was an effective tool and less expensive for the rapid identification of bacterial species in clinical microbiology laboratory. MALDI-TOF can be used in first intention for identification before Gram staining or other phenotypic identification techniques based on physicochemical properties of bacteria. Secondly, we retrospectively evaluated the performance and the cost-effectiveness of the exclusive use of MALDI-TOF in bacteriological diagnosis in comparison with conventional phenotypic identification. 11-year retrospective analysis of data showed that MALDI-TOF was efficient and completely adapted for the routine identification of bacterial species. We also showed that MALDI-TOF had capacity to identify bacterial species that were rarely involved in human diseases. This technique could be an alternative to molecular methods in the clinical laboratory
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Vanvlassenbroeck, Aurélien. "Etude expérimentale et in silico du potentiel de synthèse NRPS chez les Pseudomonas fluorescents." Thesis, Lille 1, 2012. http://www.theses.fr/2012LIL10044/document.
Анотація:
La synthèse peptidique non ribosomiale est réalisée par de grands complexes multienzymatiques, appelés synthétases, qui permettent la synthèse de peptide par une voie indépendante de l’intervention des ribosomes. Les peptides produits par cette voie de synthèse (NRPs) sont largement étudiés et divers outils d’analyse bioinformatique qui permettent la prédiction de la structure d’une synthétase ainsi que de la composition de son produit, sont disponibles. Ce type de synthèse peptidique a été décrit chez plusieurs microorganismes. Notre choix de modèle d’étude s’est porté sur les Pseudomonas fluorescents producteurs de deux types de NRPs, les lipopeptides cycliques (CLPs) et des sidérophores dont le plus représenté est la pyoverdine. L’étude de ces NRPs a été entreprise par des études expérimentales et bioinformatiques. Ces travaux ont permis de montrer le potentiel de synthèse non ribosomiale par une étude bioinformatique des 20 génomes de Pseudomonas disponibles. L’étude des synthétases de pyoverdine et l’extraction des signatures des domaines d’adénylation (A) ont permis d’améliorer la prédiction issue des outils d’analyse disponibles. Des expériences de feeding suivies par spectrométrie de masse MALDI-TOF ont permis de mettre en évidence des domaines A permissifs au sein des synthétases de pyoverdinesThe non-ribosomal peptide synthesis is performed by large multienzymatic complexes, called synthetases, which allow the synthesis of a peptide by a way independent of the intervention of the ribosomes. The peptides produced by this synthetic way (NRPS) are widely studied and various bioinformatics analysis tools that allow the prediction of the structure of the synthetase and the composition of his product, are available. This kind of peptide synthesis has been described in several microorganisms. Our choice focus on the fluorescent pseudomonads producing two types of NRPS, the cyclic lipopeptides (CLPS) and siderophores, the most represented is the pyoverdin. The study of these NRPS was performed by experimental and bioinformatics analysis. This work has demonstrated the potential of non-ribosomal synthesis by a bioinformatics study of the 20 avalaible genomes of Pseudomonas. Study of pyoverdine synthetases and extracting signatures of adenylation domains (A) have allowed to improving the prediction of the avalaible tools. Feeding experiments followed by MALDI-TOF helped to highlight permissive A domains in pyoverdins synthetases
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Mériaux, Céline. "Imagerie du système nerveux central par spectrométrie de masse MALDI." Thesis, Lille 1, 2011. http://www.theses.fr/2011LIL10059/document.
Анотація:
Ces dernières années, l’imagerie par spectrométrie de masse MALDI s’est révélée être un outil puissant pour la recherche de biomarqueurs puisqu’elle permet d’effectuer l’analyse d’un large panel de composés endogènes et exogènes dans des coupes de tissu. Des développements restent néanmoins à faire pour l’amélioration de la détection des molécules. La préparation de l’échantillon, incluant les traitements chimiques et le dépôt de la matrice, est dépendante du tissu et des molécules d’intérêt et influence la qualité des spectres et des images. D’autre part, les outils bioinformatiques tels que les analyses multi variées apportent des informations sur les marqueurs en fonction des phénotypes. Ces étapes sont donc cruciales pour les applications de l’imagerie dans le domaine de la biologie. Tout d’abord, nous nous sommes donc axés sur le développement de nouvelles matrices adaptées à l’imagerie MALDI telles que les matrices ioniques. Ensuite, ces développements ont été appliqués au modèle invertébré sangsue médicinale, aux stades embryonnaires et adultes, afin de comparer les mécanismes biologiques intervenant lors de l’édification du système nerveux central et de la régénération nerveuse après lésion de ce système. Enfin, des études sur des atteintes neurologiques ont été entreprises afin de comprendre les facteurs clés impliqués dans la balance régénération/dégénérescence. Ainsi, les études des échantillons d’hippocampes humains ont révélés l’existence de protéines associées à une distribution particulière correspondant à des couches des neurones anormalement présents dans l’hippocampe des patients épileptiquesIn recent years, MALDI mass spectrometric imaging has proved to be a powerful tool for biomarker research. This technology allows the analysis of a wide range of endogenous and exogenous compounds in tissue sections. Many developments need to be undertaken to improve the detection of molecules. The sample preparation, including chemical treatment and deposition of the matrix, is dependent on the tissue and molecules of interest and influences the quality of spectra and images. In addition, the bioinformatics tools such as multivariate analysis provide informations on the markers according to phenotypes. These steps are crucial for imaging applications in the field of biology. First of all, we focused on the development of new matrices suitable for MALDI imaging such as ionic matrices. Secondly, these developments have been applied to the invertebrate model, the medicinal leech, at embryonic and adult stages, to compare the biological mechanisms involved in the establishment of the central nervous system and nerve regeneration after injury of this system. Finally, studies of neurological damage have been undertaken to understand the key factors involved in the balance regeneration/degeneration. Thus, studies of human hippocampi samples have revealed the existence of proteins associated with a particular distribution corresponding to layers of neurons abnormally present in the hippocampus of epileptic patients
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Hillion, Mélanie. "Interactions peau/microbiote cutané : étude du microbiote cutané cultivable et influence de produits cosmétiques sur la virulence bactérienne. Apports de la technique de spectrométrie de masse MALDI-TOF." Rouen, 2013. http://www.theses.fr/2013ROUES024.
Анотація:
A la surface de la peau se trouve un grand nombre de microorganismes formant une communauté, le microbiote cutané, jouant un rôle essentiel dans le maintien de la santé de l’hôte. Le syndrome de peaux sensibles est souvent associé à une altération de la fonction barrière de la peau mais sa relation avec le microbiote n’est pas connue. Une analyse comparative de la flore bactérienne cultivable d’individus présentant des peaux normale et sensible a été conduite. L’identification des isolats bactériens par spectrométrie de masse MALDI-TOF n’a pas permis de conclure à une association entre syndrome de peaux sensibles et dysbiose. L’industrie cosmétique propose une large gamme de produits de soins visant à améliorer les fonctions de la peau, mais leurs effets sur la flore cutanée sont peu documentés. Les effets de la nisine, agent conservateur naturel, et de composés actifs cosmétiques susceptibles d’être employés dans la formulation de produits destinés plus particulièrement au soin des peaux sensibles ont été évalués sur quatre souches bactériennes provenant de la peau : Staphylococcus epidermidis,Staphylococcus aureus, Pseudomonas fluorescens et Bacillus cereus. Les résultats obtenus montrent que la nisine, seule ou en association avec les peptides antimicrobiens endogènes, β-defensine-2 humaine et cathélicidine LL-37, peut entraîner une modulation de la persistance et de la virulence bactérienne. Les composés actifs cosmétiques peuvent influencer de différentes manières la physiologie des bactéries du microbiote cutané. Parallèlement, j’ai contribué au développement d’une technique d’imagerie MALDI-TOF de la peau, décrite en fin du manuscrit.
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Fotso, Fotso Aurélien. "Investigation des fièvres récurrentes en Afrique." Thesis, Aix-Marseille, 2015. http://www.theses.fr/2015AIXM5032/document.
Анотація:
En Afrique, les fièvres récurrentes causées par différentes espèces bactériennes du genre Borrelia sont des infections négligées transmises par les arthropodes et sont responsables de manifestations cliniques variant d’une septicémie mortelle à des formes plus bénignes et d'autres manifestations cliniques, en particulier d'avortement chez les femmes enceintes. Quatre espèces différentes de Borrelia, initialement séparées les unes des autres sur la base de leur répartition géographique et de leur vecteur, sont actuellement cultivées de prélèvements cliniques et de vecteurs : Borrelia crocidurae, Borrelia duttonii, Borrelia recurrentis et Borrelia hispanica. Ces différentes espèces circulent sur le continent africain en parallèle avec au moins six espèces non encore cultivées et détectées dans des vecteurs. Notre travail est une contribution à l’investigation des fièvres récurrentes à Borrelia en Afrique. Dans cette perspective, nous avons mis au point la détection rapide en spectrométrie de masse MALDI-TOF des Borrelia dans les tiques en créant au préalable une base de données Borrelia MALDI-TOF-MS. La base de données de Borrelia et un logiciel de soustraction IHU ont été utilisés pour détecter B. crocidurae dans 20 tiques Ornithodoros sonrai, y compris huit tiques qui ont été testées positives pour B. crocidurae par PCR-séquençage, ce qui ouvre la voie à l'utilisation du MALDI-TOF-MS pour la double identification des vecteurs et des agents pathogènes vectorisés, dont il s’agissait du premier exemple maintenant étendu à d’autres modèles dans notre laboratoireIn Africa, relapsing fever borreliae are neglected arthropod-borne pathogens causing mild to deadly septicemia and other clinical manifestations, particularly abortion in pregnant women. Four different species of Borrelia, initially distinguished one from another on the basis of geography and vector, are currently cultured causative agents in Africa: Borrelia crocidurae, Borrelia duttonii, Borrelia recurrentis et Borrelia hispanica. These different species are circulating in parallel to at least six not-yet cultured species in vectors. Our work consisted in the investigation of recurrent fevers borreliosis in Africa. We have developed rapid detection in MALDI-TOF mass spectrometry of Borrelia in ticks by creating a prior a Borrelia MALDI-TOF-MS database. The Borrelia database and a custom software program that subtracts the uninfected O. sonrai profile were used to detect B. crocidurae in 20 O. sonrai ticks, including eight ticks that tested positive for B. crocidurae by PCR-sequencing; which paves the way for the use of MALDI-TOF-MS for the dual identification of vectors and vectorized pathogens. We have also illustrates a non-specialized circulation of B. crocidurae borreliae within a collection of 35 O. sonrai ticks in West Africa. These ticks were genotyped by 16S rRNA mitochondrial gene sequencing while B. crocidurae was genotyped by Multispacer Sequence Typing (MST). The 35 ticks were grouped into 12 genotypes strong geographic structuring and 35 B. crocidurae into 29 genotypes without strict geographic structure. One O. sonrai genotype carried several B. crocidurae genotypes and one B. crocidurae genotype was found in different O. sonrai genotypes
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Briet, Arnaud. "Étude de la flore bactérienne et de sa résistance aux antibiotiques des produits de la pêche et de l'aquaculture." Thesis, Littoral, 2018. http://www.theses.fr/2018DUNK0494/document.
Анотація:
La résistance aux antibiotiques est un enjeu de santé publique mondiale. L'alimentation est une des voies de contamination des bactéries résistantes aux antibiotiques entre l'environnement et l'Homme. Toutefois, les données concernant les bactéries résistantes aux antibiotiques dans les produits aquatiques sont rares. L'objectif de ces travaux a été d'étudier la flore bactérienne et sa résistance aux antibiotiques dans les produits de la pêche et de l'aquaculture. Dans un premier temps, la flore bactérienne mésophile cultivable a été isolée de 9 matrices différentes puis identifiée par la technique MALDI-TOF et/ou du séquençage de différents gènes de ménage. Au final, 1882 isolats bactériens ont été obtenus, et 150 espèces et 57 genres bactériens ont été identifiés. Dans un deuxième temps, nous avons étudié la résistance aux antibiotiques des genres bactériens les plus fréquemment isolés de ces produits. La résistance aux antibiotiques des genres Enterococcus, Staphylococcus, Exiguobacterium, Pseudomonas, Vibrio et Proteus a donc été étudiée. Au total, 46% des isolats étaient résistants aux antibiotiques et 3% étaient multi-résistants. Les crevettes étaient le produit dans lequel le plus de souches résistantes aux antibiotiques ont été identifiée. Et dans un troisième temps, la résistance aux antibiotiques d'une collection de souche de Vibrio parahaemolyticus, espèce bactérienne pathogène alimentaire pour l'homme, a été étudiée. Concernant V. parahaemolyticus, 15% des souches étaient résistantes et 3% des souches étaient multi-résistantes. Une souche, 16-B3PA-006, isolées de crevettes importées d'Asie du Sud-Est produisait une carbapénèmase NDM-1 et était résistante à 5 classes d'antibiotiquesAntimicrobial resistance is a threat to global public health. Human can be contaminated by antibiotic resistant bacteria through food. However, data on antimicrobial resistant bacteria in seafood are scarce. The aim of this thesis was to study seafood bacterial flora and its antimicrobial resistance. First, mesophilic flora was obtained from 9 matrixes and MALDI-TOF and housekeeping genes sequencing technics were used to identify isolates. Antimicrobial resistance of most frequently bacteria were tested. In total, 1882 isolates were obtained and 150 bacterial species and 57 genera were identified. Enterococcus, Staphylococcus, Exiguobacterium, Pseudomonas, Vibrio and Proteus were most frequently isolated and their antimicrobial resistance was studied. Antibiotic resistant bacteria accounted for 46% of isolates and multidrug resistant bacteria accounted for 3% of isolates. Antimicrobial resistant bacteria were mostly isolated from shrimps. On a side study, antimicrobial resistance of a V.parahaemolyticus strain collection isolated from seafood was characterized. Antimicrobial resistant strains accounted for 15% and multi-drug resistant bacteria accounted for 3%. A NDM-1-producing multidrug resistant strain, 16-B3PA-006 was identified from shrimps imported from South-East Asia
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Longuespée, Rémi. "Histologie moléculaire : développements et applications pour la recherche de biomarqueurs du cancer de l’ovaire." Thesis, Lille 1, 2012. http://www.theses.fr/2012LIL10045/document.
Анотація:
Les cancers de l’ovaire épithéliaux (EOC) sont parmi les affections néoplasiques gynécologiques les plus meurtrières dans les sociétés occidentales. Il n’existe actuellement aucune méthode de dépistage efficace de la maladie dans ses phases précoces de développement. Les travaux de ce doctorat furent articulés autour de deux objectifs relatifs à la recherche de biomarqueurs des EOC. Le premier fût le développement des méthodes d’analyses par spectrométrie de masse MALDI pour le criblage global des marqueurs des différents types d’EOC. Une procédure d’extraction des protéines de hautes masses moléculaires sur coupes de tissus à été créée afin de repousser les limites de sensibilité de la méthode. Ensuite, des analyses multivariées ont permis la comparaison des informations spectrales contenues entre des zones histologiques de natures différentes. Tous ces développements ont conduit à la validation au niveau histopathologique d’un biomarqueur de l’immunosuppression associée au cancer de l’ovaire, le fragment C-terminal de PA28 ou Reg-Alpha. Une autre problématique, la détermination de l’origine des EOC, a également pu être étudiée. Le deuxième objectif fût l’exploration de l’implication relative des différents membres des proprotéines convertases dans les EOC, des enzymes clés dans la maturation de nombreux acteurs moléculaires de la progression tumorale. Pour ce faire, des lignées cellulaires SKOV-3, Knock Down des différents membres de ces enzymes ont été créées pour l’étude de la redondance fonctionnelle de celles-ci. Il a alors été possible de déterminer, in cellulo et in vivo que PACE4 est particulièrement influente sur la progression du cancer de l’ovaire séreuxEpithelial ovarian Cancers (EOC) are amongst the most deadly gynecological neoplastic afflictions in western countries. As this time, there is no method for the efficient screening of the disease in its early steps of development. The topics of this PhD are based on two objectives related to biomarkers research of EOC. The first one was the development of analytical methods for MALDI Mass Spectrometry for global biomarkers screenings in different types EOC. An extraction procedure for high molecular mass proteins on tissue sections has been designed in order to push back the limits of sensitivity of the method. Then, multivariate analyses allowed us to compare spectral informations contained in histological regions of different natures. All these developments conducted to the histopathological validation of a biomarker of immunosupression associated to ovarian cancer, namely the C-terminal fragment of PA28 (Reg-Alpha). Another issue, the determination of EOC origin, has also been studied. The second goal of this PhD has been the exploration of the relative implication of the different members of proproteine convertases (PCs) in EOC, which are keys enzymes involved in the maturation of many molecular actors of tumoral progression. To do so, SKOV-3 cell lines have been knocked-down for different PCs to study the functional redundancy of these enzymes. It has then been possible to determine, in cellulo and in vivo, that PACE4 is particularly influent on ovarian cancer progression
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Mallah, Khalil. "In depth systemic biology analysis of central nervous system injuries." Thesis, Lille 1, 2018. http://www.theses.fr/2018LIL1S108/document.
Анотація:
Dans un contexte d’étude des altérations biologiques survenant après un impact sur le système nerveux central (SNC), ma thèse porte sur l’étude des modifications protéomiques et lipidiques survenant après une lésion du SNC. Une étude spatio-temporelle a été menée sur un modèle TBI de rat afin d'identifier des marqueurs spécifiques de la lésion. En utilisant le MALDI-MSI, nous avons effectués une reconstruction 3D du cerveau lésé 3 jours post-lésion et nous avons représentés les molécules lipidiques spécifiques à la lésion. Après, cette analyse est réalisé avec d’autres délais après l’impact: 1, 3, 7 et 10 jours. En parallèle, une analyse microprotéomique est réalisée sur des coupes de tissus dans une approche visant à corréler les modifications lipidiques et protéiques. Nos résultats ont permis d'identifier une famille de lipides, les acylcarnitines, exprimés dans le cortex lésé avec une intensité maximale à 3 jours post-impact. Les données de protéomiques ont montrés une régulation positive de l’expression de protéines liées à la maladie de Parkinson. Dans l’ensemble, nos résultats décrivent un lien entre le TBI léger et la maladie de Parkinson dès 3 jours après l’impact, avec un rôle possible de l’acylcarnitine. Cette même famille de molécules est aussi présente dans les lésions médullaires. Dans une approche thérapeutique, les résultats précédents ont montrés que la protéine RhoA est un candidat majeur dans SCI. Après avoir utilisé un inhibiteur de RhoA, une étude protéomique a été réalisée pour évaluer l’impact sur ces lésions. Les résultats montrent que les traitements in-vivo et in-vitro avec l’inhibiteur stimule la croissance neuritique et la régénération axonaleIn the context of studying biological alterations occurring post impact to the central nervous system, my thesis was focused on studying the proteomic and lipid changes occurring post injury to the brain and spinal cord. A fundamental spatio-temporal study was conducted on an open-head rat TBI model to identify potential injury-specific markers. Using MALDI MSI, we performed 3D reconstruction of the injured brain at 3 days after injury and depicted lesion-specific m/z lipid molecules. After, MALDI MSI was applied on the acute/sub-acute time frame post impact: 1 day, 3 days, 7 days, and 10 days. In parallel, a microproteomic analysis was carried out on tissue segments directly consecutive to the imaged ones in an approach to correlate both lipid and protein changes. Our results yielded the identification of a family of lipids, acylcarnitines, which are expressed within the injured cortex with maximum intensity 3 days post impact. These lipid molecules also were found to be expressed in the substantia nigra and microproteomics data showed an upregulation in expression of Parkinson’s related proteins. Taken altogether, our results depict a role of link between mild-TBI and Parkinson’s disease as early as 3 days post impact, with a possible role of acylcarnitine. This same family of molecules was also present in SCI. In a therapeutic approach previous results showed RhoA protein as a major candidate post impact in SCI. After using RhoA inhibitor treatment, a proteomic study was carried out to investigate its impact on SCI. The results showed that both in-vivo and in-vitro treatment with RhoA inhibitor stimulated neurite outgrowth and helped in axonal regeneration
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Seyer, Alexandre. "Imagerie par spectrométrie de masse : développements méthodologiques et applications biologiques." Thesis, Evry-Val d'Essonne, 2010. http://www.theses.fr/2010EVRY0028/document.
Анотація:
Mon travail de thèse a consisté à poursuivre le développement de l’Imagerie par Spectrométrie de Masse (IMS), à la fois sur le plan méthodologique mais aussi à travers des applications biologiques.Dans une première partie est exposé le développement d’une méthode de préparation des échantillons de très petite taille pour l’imagerie chimique, et plus particulièrement pour l’imagerie TOF-SIMS. Cette méthode a pu être validée en étudiant des molécules de la famille des flavonoïdes dans différents types de graines d’Arabidopsis thaliana ne mesurant que 400 nm de diamètre. La seconde partie, dédiée aux applications biologiques, est divisée en deux sections. La première section regroupe deux sujets où il était question de détecter et de localiser, à l’aide de l’imagerie TOF-SIMS, la molécule active d’une crème anti-acné dans des coupes de peaux de cadavre humain, ainsi qu’un retardateur de flamme bromé, le décabromodiphényl éther, dans ses tissus cibles chez le rat. Dans la seconde section, nous avons étudié, en imagerie TOF-SIMS et MALDI-TOF, l’absorption des lipides durant la digestion et enfin, avec l’aide d’outils d’analyse statistiques, nous avons comparé les profils lipidiques d’échantillons sains et atteins de la mucoviscidose chez un animal modèle de la maladie.À travers ces différents projets, nous avons pu conclure que les imageries par spectrométrie de masse TOF-SIMS et MALDI-TOF sont deux techniques complémentaires et qui, combinées à l’analyse statistique, peuvent être de puissants outilsMy PhD’s work consisted in continuing the development of Mass Spectrometry Imaging (MSI) methods, in terms of methodology improvements but also through biological applications.The first part concerned the development of a novel sample preparation method dedicated to very small objects for chemical imaging, particularly for TOF-SIMS imaging. This method has been validated by studying different types of flavonoids in from seeds of Arabidopsis thaliana, with a size of 400 nm only. The second part, dedicated to biological applications, is divided into two sections. The first section includes two projects where the goals was to detect and locate, using TOF-SIMS imaging, the active molecule of an anti-acne cream in human skin sections, and a brominated flame retardant, the decabromodiphenyl ether, in target tissues in rats. In the second section, we have studied by MALDI-TOF and TOF-SIMS imaging the lipid absorption during the digestion, and finally, with the help of statistical analysis tools, we compared lipid profiles of healthy samples versus those from cystic fibrosis samples in a model animal of the disease.Through these projects, we have concluded that MALDI-TOF and TOF-SIMS imaging are two complementary techniques, and, when they are combined with statistical analysis, they can be powerful tools
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Sueur, Maxime. "Characterization of organic aerosols from ship emissions by high resolution mass spectrometry : Development of new analytical methods and data visualization software." Electronic Thesis or Diss., Normandie, 2024. http://www.theses.fr/2024NORMR006.
Анотація:
Les aérosols organiques (OA), qu’ils soient d’origine anthropogène ou naturelle, ont un grand impact sur l’environnement, tant d’un point de vue climatique que sanitaire. Parmi les nombreuses sources d’OA, le secteur du transport maritime occupe une place loin d’être négligeable, d’une part à cause du volume annuel de gaz d’échappement et de leur nature ; d’autre part à cause de la proximité des émissions avec des zones habitées telles que les ports ou les côtes. Même si la composition de ces gaz d’échappement est contrôlée au moyen d’analyses de routine, il est important de l’étudier en profondeur afin d’affiner les réglementations. Cependant, une analyse de la composition à l’échelle moléculaire d’un mélange aussi complexe que les émissions de navire requiert l’utilisation de techniques telle que la spectrométrie de masse (MS), et notamment la spectrométrie de masse à transformée de Fourier (FTMS). Cependant, la FTMS génère une grande quantité de données et nécessite généralement l’utilisation de logiciels de traitement et de visualisation afin d’extraire et de mettre en évidence les informations pertinentes. De plus, bien que la FTMS fournisse des informations sur la composition moléculaire d’un échantillon, cette technique ne permet pas d’en évaluer la diversité isomérique, contrairement à la spectrométrie de mobilité ionique (IMS). Ainsi, afin de caractériser les émissions de navire, nous avons adopté trois axes de travail : le développement d’un logiciel open-access sous python pour faciliter le traitement et la visualisation des données FTMS pour la caractérisation de mélanges complexes, la caractérisation ciblée de pétroporphyrines dans les carburants navals et leur produits de combustion par spectrométrie de masse à résonnance cyclotronique des ions par transformée de Fourier (FTICR) grâce à la désorption/ionisation laser assistée par matrice à transfert d'électrons (ET-MALDI), et l’étude des modification structurelles provoquées par le vieillissement photochimique sur les émissions de navires par IMS-MSOrganic aerosols (OA), whether of anthropogenic or natural origin, have a major impact on the environment, both in terms of climate changes and health effects. Among the many sources of OA, the maritime transport sector occupies a far from negligible place, on the one hand, because of the annual volume of exhaust emitted and their nature, and on the other because of the proximity of emissions to inhabited areas such as ports or coastlines. Although the composition of these exhausts is monitored by means of routine analyses, it is important to study them in depth in order to fine-tune regulations on marine traffic. However, the analysis of the molecular-scale composition of a mixture as complex as ship emissions requires the use of techniques such as mass spectrometry (MS), and in particular Fourier transform mass spectrometry (FTMS). However, FTMS generates a large amount of data and generally requires the use of processing and visualization software to extract and highlight relevant information. Also, although FTMS provides information on the molecular composition of a sample, this technique does not allow the evaluation of the isomeric diversity, unlike ion mobility spectrometry (IMS). So, with the aim to characterize ship emissions, we adopted three lines of work: the development of open-access software under Python to facilitate the processing and visualization of FTMS data for the characterization of complex mixtures, the targeted characterization of petroporphyrins in naval fuels and their combustion products by Fourier transform ion cyclotron resonance (FTICR) mass spectrometry using electron transfer matrix-assisted laser desorption/ionization (ET-MALDI), and the study of structural modifications caused by photochemical aging on ship emissions using IMS-MS