Добірка наукової літератури з теми "Échelles biologiques"
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Статті в журналах з теми "Échelles biologiques":
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Corruble, Emmanuelle. "Méthodes d’évaluation : échelles, paramètres cliniques et biologiques." Therapies 60, no. 5 (September 2005): 485–90. http://dx.doi.org/10.2515/therapie:2005069.
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Loyem, Nathalie Lando, Nobert Tohnain Lengha, and Christopher Tankou Mubeteneh. "Agriculture biologique : Nécessité d’appropriation par les producteurs et attitudes des consommateurs au Moungo-Cameroun." Journal of the Cameroon Academy of Sciences 16, no. 1 (October 13, 2020): 31–41. http://dx.doi.org/10.4314/jcas.v16i1.3.
Анотація:
L’agriculture biologique (AB) est l’un des moyens qui contribue à répondre à certains enjeux et défis du moment en termes de sécurité alimentaire et de protection de la biodiversité, de la santé du producteur et celle du consommateur, contrairement à l’agriculture conventionnelle (AC). L’objectif de cette étude est d’analyser le comportement qu’affichent les producteurs d’ananas et les consommateurs vis-à-vis de l’appropriation de l’AB et la consommation de ses produits en vue de préserver la biodiversité. Une enquête réalisée par le biais de trois types de questionnaires différents a permis de toucher les producteurs d’ananas biologiques et conventionnels (111) et les consommateurs (318). Cette enquête a été suivied’un guide d’entretien (7). Elle a été menée dans le département du Moungo au Cameroun (N = 436 soit: 301 hommes et, 135 femmes; âgés entre 25 à 64 ans) plus précisément à Loum, Njombé-Penja et Mbanga. Pour mesurer l’attitude, l’étude a eu recours au modèle de Likert (1932) sous 5 échelles. La Variance et le Test de corrélation ont permis de conclure que, la protection de la biodiversité dépend majoritairement du comportement des producteurs et des consommateurs.
Mots clés : Agriculture biologique, consommateurs, attitudes, producteurs
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St-Laurent, Martin-Hugues, Limoilou-Amélie Renaud, Mathieu Leblond, and David Beauchesne. "Synthèse des connaissances relatives aux impacts des routes sur l’écologie du caribou." Les routes et la grande faune 136, no. 2 (May 11, 2012): 42–47. http://dx.doi.org/10.7202/1009105ar.
Анотація:
Le caribou (Rangifer tarandus) est une espèce particulièrement sensible aux perturbations anthropiques. En utilisant un cadre conceptuel basé sur les différentes échelles biologiques de réponse à une perturbation, nous présentons une revue des connaissances actuelles sur les impacts des routes, chemins et sentiers sur plusieurs facettes de l’écologie de cette espèce. Que ce soit en induisant une augmentation du comportement de vigilance, un évitement des routes, une diminution de l’accès à des ressources alimentaires ou encore un plus grand risque de rencontre avec un prédateur, les routes représentent des perturbations anthropiques importantes, dont les impacts s’ajoutent aux autres formes de perturbations présentes en milieu forestier.
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HOCH, T., P. PRADEL, and J. AGABRIEL. "Modélisation de la croissance de bovins : évolution des modèles et applications." INRAE Productions Animales 17, no. 4 (October 5, 2004): 303–14. http://dx.doi.org/10.20870/productions-animales.2004.17.4.3605.
Анотація:
Les modèles mathématiques tiennent de nos jours une place importante dans les recherches en biologie. En productions animales, notamment dans le domaine de la croissance des bovins, de nombreux modèles ont été élaborés. Leur degré de complexité et leur niveau d’intégration des connaissances des mécanismes varient notamment en fonction des objectifs qui leur sont assignés. La prise en compte de processus biologiques à des échelles fines, d’où un niveau d’agrégation faible du modèle, peut constituer une source d’incertitude sur la valeur des paramètres employés, et donc nuire au caractère opérationnel d’un modèle.
Cet article classe et décrit dans un premier temps les différents types de modèles de croissance de bovins. Puis un modèle dynamique et mécaniste, que nous avons développé, fait l’objet d’une description détaillée. Ce modèle se veut suffisamment simple pour pouvoir être utilisé pour la prévision de la croissance des animaux en fonction de l’alimentation, tout en intégrant une formalisation mathématique des processus biologiques. Les résultats issus de ce modèle ont été confrontés avec des données expérimentales concernant des génisses Salers. Cette comparaison montre une assez bonne adéquation entre données simulées et expérimentales. Toutefois, pour certaines variables, telles que les lipides et les dépôts adipeux, des améliorations, notamment de la formalisation de nos connaissances, apparaissent nécessaires. L’intégration de tels modèles dans des outils de recommandations alimentaires est également discutée.
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Usseglio-Polatera, P., S. Thomas, J. N. Beisel, and J. C. Moreteau. "Illustration de la valeur indicatrice des caractéristiques biologiques des macroinvertébrés d'une communauté benthique à différentes échelles d'observation." Annales de Limnologie - International Journal of Limnology 35, no. 1 (March 1999): 71–80. http://dx.doi.org/10.1051/limn/1999014.
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Assani, A. A., T. Buffin-Bélanger, and A. G. Roy. "Analyse d'impacts d'un barrage sur le régime hydrologique de la rivière Matawin (Québec, Canada)." Revue des sciences de l'eau 15, no. 2 (April 12, 2005): 557–74. http://dx.doi.org/10.7202/705469ar.
Анотація:
Malgré la présence de nombreux barrages au Québec, peu d'études ont été consacrées à l'analyse des impacts de ces ouvrages sur les régimes hydrologiques des cours d'eau. La présente note a pour but d'analyser les impacts d'un barrage sur le régime hydrologique de la rivière Matawin en comparant le régime hydrologique de la rivière en amont (1390 km2) et en aval (4070 km2) du barrage pendant une période de 60 ans (1930-1990) et sur trois échelles temporelles distinctes. A l'échelle interannuelle, l'influence du barrage se manifeste par une persistance plus marquée des effets des épisodes humides ou secs ainsi qu'une hausse ou une baisse des débits moyens annuels respectivement durant ces périodes. Mais cette succession et cette persistance n'ont pas affecté significativement la stationnarité de la série hydrologique. Aux échelles mensuelles et saisonnière, l'influence du barrage se manifeste par une inversion du régime hydrologique caractérisée par une hausse des débits hivernaux et une baisse des débits printaniers. Cette influence se traduit aussi par une baisse significative du débit maximum mensuel mais une hausse du débit minimum mensuel. Il en résulte une diminution du coefficient d'immodération. A l'échelle journalière, le barrage modifie la période d'occurrence des débits extrêmes minimums et maximums. Il provoque la diminution significative des débits extrêmes minimums et maximums. Mais l'écrêtement des crues est modéré pour les débits de récurrence=10 ans. L'impact le plus significatif du barrage de Matawin est sans nul doute l'inversion du régime hydrologique dont les conséquences morphologiques et biologiques ne sont pas encore documentées dans la littérature scientifique canadienne. Cette inversion résulte du faible écoulement hivernal et d'une forte production de l'énergie électrique pendant la saison froide.
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Benest, Fabienne, Jonathan Carruthers-Jones, and Adrien Guetté. "Travaux actuels d'inventaire des forêts à forte naturalité à l'échelle nationale et européenne." Revue forestière française 73, no. 2-3 (March 30, 2022): 161–78. http://dx.doi.org/10.20870/revforfr.2021.5467.
Анотація:
Divers travaux menés à différentes échelles concernent la distribution des forêts anciennes et matures, mais il n’existe pas à ce jour de cartographie complète au niveau national. Au niveau européen, le récent rapport du Joint Research Centre de l’Union européenne donne quelques éléments. Au niveau national, la cartographie des forêts anciennes (continuité de l’état boisé) progresse, et parallèlement, le projet CARTNAT envisage le niveau de naturalité toutes occupations du sol confondues. Une récente étude de l’INRAE a permis de modéliser la distribution des forêts selon leur date de dernière exploitation. Les réserves biologiques intégrales créées en forêt publique, maintenues en libre évolution sur 27 000 ha en métropole, ont fait l’objet en 2020 d’un bilan complet de leur contenu en termes d’habitats forestiers. En Nouvelle-Aquitaine, une méthode croisant diverses données géographiques et d’inventaires a permis de situer des zones à fort potentiel de naturalité au sein des forêts anciennes. Les forêts récentes, férales, liées à la recolonisation spontanée par une végétation forestière de zones en déprise font maintenant l’objet d’un suivi spécifique dans les protocoles de l’Inventaire forestier national.
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Bouget, Christophe, Jérémy Cours, and Aurélien Sallé. "Forêts en crise et biodiversité : menaces et opportunités. Effets des dépérissements et de leur gestion sur la biodiversité forestière." Revue forestière française 74, no. 2 (June 23, 2023): 193–99. http://dx.doi.org/10.20870/revforfr.2023.7594.
Анотація:
Les effets des dépérissements sur la structure des peuplements, la quantité et la qualité des ressources, la composition des paysages et les communautés biologiques ont été analysés. Dans les pessières bavaroises, la richesse spécifique augmente généralement en zones perturbées, où certaines espèces rares réapparaissent. Dans les sapinières pyrénéennes, les effets du dépérissement aux échelles du peuplement et du paysage sont interdépendants. Dans les chênaies de plaine, les réponses des guildes d’insectes des houppiers sont contrastées. Les coupes sanitaires altèrent la structure du peuplement, et modifient la composition initiale des communautés par un effet additif au dépérissement. Les nombreuses incertitudes sur la dynamique des communautés soulignent l’importance de disposer de longues séries temporelles. Des réflexions opérationnelles sont engagées pour une sylviculture de rétention saisissant l’opportunité des crises, dans le respect des équilibres économiques et phytosanitaires. Messages clésLes effets des crises forestières sur la biodiversité sont différents selon le contexte.L’effet des crises forestières sur la biodiversité est amplifié par les récoltes sanitaires.Des suivis sur le long terme sont indispensables pour diminuer l’incertitude sur les prédictions.
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Rouillon, F., T. Lemperiere, E. Ansart, I. Mowszowicz, F. Zoghbi, and J. C. Legrand. "Modifications hormonales et dépression du post-partum." Psychiatry and Psychobiology 3, no. 6 (1988): 381–87. http://dx.doi.org/10.1017/s0767399x00002261.
Анотація:
RésuméConsidérant les profondes modifications hormonales et endocriniennes de l’accouchement, de nombreux chercheurs ont évoqué l’hypothèse d’une cause biologique aux troubles dépressifs du post-partum. Néanmoins, l’état actuel des théories biologiques de la dépression du post-partum est sujet à controverse. L’analyse des corrélations entre l’estradiol, la progestérone, les catécholamines plasmatiques et les troubles anxieux et dépressifs de la grossesse et du post-partum, présentée dans cette publication, a porté sur 36 femmes. Elle s’inscrit dans une étude épidémiologique longitudinale, de type prospectif, ayant inclus 211 femmes enceintes. Outre le recueil des données socio-démographiques, biographiques, socio-environnementales et médicales, l’évaluation psychopathologique a porté sur l’échelle d’anxiété de de Bonis, l’échelle du Center for Epidemiologic Studies of depression (CESd), 1’échelle de dépression de Montgomery et Asberg (MADRS), les critères d’un épisode dépressif majeur selon le DSM III (au début, en milieu et en fin de grossesse, à l’accouchement et dans l’année du post-partum: 1er, 3e, 6e, 9e et 12e mois). L’évaluation du post-partum « blues » aux 2e, 4e et 6e jours suivant l’accouchement s’est fondée sur l’échelle de Pitt. Les dosages biologiques ont été réalisés le matin à 8 h, à jeun, le 3e jour suivant l’accouchement. Si les femmes ayant présenté un épisode dépressif majeur (DSM III) à l’accouchement ont tendance à avoir des taux plasmatiques d’estradiol et de catécholamines inférieurs et de progestérone supérieurs aux femmes normothymiques, la différence n’est néanmoins pas statistiquement significative de même que les analyses de corrélation clinico-biologique avec les autres instruments d’évaluation psychopathologique.
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Tournay, Virginie, Marie-Odile Ott, Dörte Bemme, and Christelle Routelous. "La United Kingdom Stem Cell Bank." Sociologie et sociétés 42, no. 2 (January 20, 2011): 291–312. http://dx.doi.org/10.7202/045365ar.
Анотація:
L’objectif de cette contribution est d’étudier le lien entre l’organisation matérielle confinée de recherches émergentes autour du vivant, leur consolidation disciplinaire et le déploiement d’espérances collectives à grande échelle. Le cas d’étude est la United Kingdom Stem Cell Bank, décrite comme une architecture performative dotée d’une efficacité organisationnelle et jouant un rôle clé dans la gouvernance internationale de la manipulation des cellules souches embryonnaires humaines. L’enjeu consiste à montrer que la structuration de cet espace confiné et stérile, nécessaire au maintien des cellules souches embryonnaires humaines, est également celle d’un espace de coopérations multilatérales et internationalisées autour de ces produits biologiques. Pour étudier cette tension scalaire, la différenciation institutionnelle de la UK Stem Cell Bank est appréhendée comme une catégorie de mouvement d’individus, de produits biologiques et de données les concernant. En intégrant les perspectives récemment développées autour des policy transfer studies, cette contribution met l’accent sur le mouvement régulier, répété et centralisé de collecte de cellules d’origine humaine vers cet espace confiné, ainsi que sur les procédures d’étalonnage et d’enregistrement des données pour expliquer le succès de ce modèle local à grande échelle.
Дисертації з теми "Échelles biologiques":
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Nguepedja, Nankep Mac jugal. "Modélisation stochastique de systèmes biologiques multi-échelles et inhomogènes en espace." Thesis, Rennes, École normale supérieure, 2018. http://www.theses.fr/2018ENSR0012/document.
Анотація:
Les besoins grandissants de prévisions robustes pour des systèmes complexes conduisent à introduire des modèles mathématiques considérant un nombre croissant de paramètres. Au temps s'ajoutent l'espace, l'aléa, les échelles de dynamiques, donnant lieu à des modèles stochastiques multi-échelles avec dépendance spatiale (modèles spatiaux). Cependant, l'explosion du temps de simulation de tels modèles complique leur utilisation. Leur analyse difficile a néanmoins permis, pour les modèles à une échelle, de développer des outils puissants: loi des grands nombres (LGN), théorème central limite (TCL), ..., puis d'en dériver des modèles simplifiés et algorithmes accélérés. Dans le processus de dérivation, des modèles et algorithmes dits hybrides ont vu le jour dans le cas multi-échelle, mais sans analyse rigoureuse préalable, soulevant ainsi la question d'approximation hybride dont la consistance constitue l'une des motivations principales de cette thèse.En 2012, Crudu, Debussche, Muller et Radulescu établissent des critères d'approximation hybride pour des modèles homogènes en espace de réseaux de régulation de gènes. Le but de cette thèse est de compléter leur travail et le généraliser à un cadre spatial.Nous avons développé et simplifié différents modèles, tous des processus de Markov de sauts pures à temps continu. La démarche met en avant, d'une part, des conditions d'approximations déterministes par des solutions d'équations d'évolution (type réaction-advection-diffusion), et, d'autre part, des conditions d'approximations hybrides par des processus stochastiques hybrides. Dans le cadre des réseaux de réactions biochimiques, un TCL est établi. Il correspond à une approximation hybride d'un modèle homogène simplifié à deux échelles de temps (suivant Crudu et al.). Puis, une LGN est obtenue pour un modèle spatial à deux échelles de temps. Ensuite, une approximation hybride est établie pour un modèle spatial à deux échelles de dynamique en temps et en espace. Enfin, des comportements asymptotiques en grandes populations et en temps long sont présentés pour un modèle d'épidémie de choléra, via une LGN suivie d'une borne supérieure pour les sous-ensembles compacts, dans le cadre d'un principe de grande déviation (PGD) correspondant.À l'avenir, il serait intéressant, entre autres, de varier la géométrie spatiale, de généraliser le TCL, de compléter les estimations du PGD, et d'explorer des systèmes complexes issus d'autres domainesThe growing needs of precise predictions for complex systems lead to introducing stronger mathematical models, taking into account an increasing number of parameters added to time: space, stochasticity, scales of dynamics. Combining these parameters gives rise to spatial --or spatially inhomogeneous-- multiscale stochastic models. However, such models are difficult to study and their simulation is extremely time consuming, making their use not easy. Still, their analysis has allowed one to develop powerful tools for one scale models, among which are the law of large numbers (LLN) and the central limit theorem (CLT), and, afterward, to derive simpler models and accelrated algorithms. In that deduction process, the so-called hybrid models and algorithms have arisen in the multiscale case, but without any prior rigorous analysis. The question of hybrid approximation then shows up, and its consistency is a particularly important motivation of this PhD thesis.In 2012, criteria for hybrid approximations of some homogeneous regulation gene network models were established by Crudu, Debussche, Muller and Radulescu. The aim of this PhD thesis is to complete their work and generalize it afterward to a spatial framework.We have developed and simplified different models. They all are time continuous pure jump Markov processes. The approach points out the conditions allowing on the the one hand deterministic approximations by solutions of evolution equations of type reaction-advection-diffusion, and, on the other hand, hybrid approximations by hybrid stochastic processes. In the field of biochemical reaction networks, we establish a CLT. It corresponds to a hybrid approximation of a simplified homogeneous model (due to Crudu et al.). Then a LLN is obtained for a spatial model with two time scales. Afterward, a hybrid approximation is established, for a two time-space scales spatial model. Finally, the asymptotic behaviour in large population and long time are respectively presented for a model of cholera epidemic, through a LLN followed by the upper bound for compact sets, in the context of a corresponding large deviation principle (LDP).Interesting future works would be, among others, to study other spatial geometries, to generalize the CLT, to complete the LDP estimates, and to study complex systems from other fields
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Trebulle, Pauline. "Modélisation multi-échelles de réseaux biologiques pour l’ingénierie métabolique d'un châssis biotechnologique." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLA022/document.
Анотація:
Le métabolisme définit l’ensemble des réactions biochimiques au sein d’un organisme, lui permettant de survivre et de s’adapter dans différents environnements. La régulation de ces réactions requiert un processus complexe impliquant de nombreux effecteurs interagissant ensemble à différentes échelles.Développer des modèles de ces réseaux de régulation est ainsi une étape indispensable pour mieux comprendre les mécanismes précis régissant les systèmes vivants et permettre, à terme, la conception de systèmes synthétiques, autorégulés et adaptatifs, à l'échelle du génome. Dans le cadre de ces travaux interdisciplinaires, nous proposons d’utiliser une approche itérative d’inférence de réseau et d’interrogation afin de guider l’ingénierie du métabolisme de la levure d’intérêt industriel Yarrowia lipolytica.À partir de données transcriptomiques, le premier réseau de régulation de l’adaptation à la limitation en azote et de la production de lipides a été inféré pour cette levure. L’interrogation de ce réseau a ensuite permis de mettre en avant et valider expérimentalement l’impact de régulateurs sur l'accumulation lipidique.Afin d’explorer davantage les liens entre régulation et métabolisme, une nouvelle méthode, CoRegFlux, a été proposée pour la prédiction de phénotype métabolique à partir des profils d’activités des régulateurs dans les conditions étudiées.Ce package R, disponible sur la plateforme Bioconductor, a ensuite été utilisé pour mieux comprendre l’adaptation à la limitation en azote et identifier des phénotypes d’intérêts en vue de l’ingénierie de cette levure, notamment pour la production de lipides et de violacéine.Ainsi, par une approche itérative, ces travaux apportent de nouvelles connaissances sur les interactions entre la régulation et le métabolisme chez Y. lipolytica, l’identification de motifs de régulation chez cette levure et contribue au développement de méthodes intégratives pour la conception de souches assistée par ordinateurMetabolism defines the set of biochemical reactions within an organism, allowing it to survive and adapt to different environments. Regulating these reactions requires complex processes involving many effectors interacting together at different scales.Developing models of these regulatory networks is therefore an essential step in better understanding the precise mechanisms governing living systems and ultimately enabling the design of synthetic, self-regulating and adaptive systems at the genome level. As part of this interdisciplinary work, we propose to use an iterative network inference and interrogation approach to guide the engineering of the metabolism of the yeast of industrial interest Yarrowia lipolytica.Based on transcriptomic data, the first network for the regulation of adaptation to nitrogen limitation and lipid production in this yeast was inferred.The interrogation of this network has then allowed to to highlight and experimentally validate the impact of several regulators on lipid accumulation. In order to further explore the relationships between regulation and metabolism, a new method, CoRegFlux, has been proposed for the prediction of metabolic phenotype based on the influence profiles of regulators in the studied conditions. This R package, available on the Bioconductor platform, was then used to better understand adaptation to nitrogen limitation and to identify phenotypes of interest for strain engineering, particularly for the production of lipids and amino acid derivatives such as violacein.Thus, through an iterative approach, this work provides new insights into the interactions between regulation and metabolism in Y. lipolytica, conserved regulatory module in this yeast and contributes to the development of innovative integrative methods for computer-assisted strain design
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Puech, Camille. "Hétérogénéité des pratiques agricoles biologiques et conventionnelles dans les paysages bretons : effets sur les communautés d'insectes auxiliaires à différentes échelles." Thesis, Rennes 1, 2014. http://www.theses.fr/2014REN1S117/document.
Анотація:
En réponse aux pertes de biodiversité et à une insécurité alimentaire croissante, l’agriculture moderne doit se tourner vers une gestion plus durable des paysages agricoles. L’Agriculture Biologique (AB) est considérée comme une solution prometteuse à ces enjeux. En effet, ses pratiques agricoles étant globalement plus favorables aux ennemis naturels de ravageurs que celles de l’Agriculture Conventionnelle (AC), elle pourrait permettre de remplacer l'utilisation des pesticides par celle du contrôle biologique. Cependant, les études évaluant ces effets restent contradictoires, probablement car elles ne tiennent pas compte de la diversité des pratiques réalisées en AB et en AC. A plus large échelle, les pratiques ont par ailleurs rarement été considérées dans la description de l’hétérogénéité paysagère, bien que la nature et l’organisation spatiale de la matrice agricole soit susceptible d’affecter les espèces qui y vivent. L’objectif de ce travail de thèse est d’évaluer les effets de la diversité et de l’organisation spatiale des pratiques en AB et en AC sur les insectes auxiliaires, à l’échelle de la parcelle et du paysage. Un travail de terrain a été réalisé en 2012 et 2013 en Ille et Vilaine. Quarante paires de parcelles de blé d’hiver en AB et en AC ont été sélectionnées, réparties le long d’un gradient paysager de surfaces en AB. Dans chaque parcelle, les communautés d'ennemis naturels de pucerons (coccinelles, carabes, parasitoïdes) ont été échantillonnées. Des enquêtes ont permis de caractériser les pratiques agricoles réalisées par les agriculteurs dans les parcelles suivies et dans leur environnement paysager. Nous avons mis en évidence l’existence d’une large diversité de pratiques agricoles dans les systèmes en AB et en AC. A l’échelle parcellaire, les effets des pratiques sur la diversité des insectes auxiliaires sont forts, les systèmes en AB leur étant globalement plus favorables. Considérer un niveau plus fin de description des pratiques nous a permis d’identifier celles qui affectent réellement les insectes et de montrer qu’il est possible de favoriser leur présence, quel que soit le mode de production. A l’échelle du paysage, nous n’avons mis en évidence aucun effet de l’étendue et de l’organisation de l’AB sur les ennemis naturels. Une description plus fine des pratiques nous a malgré tout permis de souligner l’importance de certaines stratégies de pratiques, à certaines échelles. A partir de ces résultats, nous proposons des pistes pour l’aménagement des paysages agricoles. Les problèmes méthodologiques liés à la description des pratiques agricoles à l’échelle du paysage sont également discutésDue to the loss of biodiversity and increasing food insecurity, modern agriculture must evolve toward a more sustainable management of agricultural landscapes. Organic Farming (OF) is considered as a promising solution to meet this challenge. Organic practices are indeed generally more favorable to pest natural enemies than Conventional Farming (CF), suggesting that pesticides could be replaced by biological control. However, studies evaluating these effects are contradictory, probably because they do not consider the diversity of practices implemented in OF and CF. On a broader scale, practices have rarely been considered in the description of landscape heterogeneity, although the nature and configuration of farmland must affect species. The target of this PhD work is to evaluate the effects of the diversity and spatial organization of organic and conventional farming practices on insect natural enemies, at field and landscape scales. A fieldwork was conducted in 2012 and 2013 in Brittany. Forty pairs of organic and conventional winter wheat fields were selected, distributed along a landscape gradient of OF area. In each field, aphid natural enemies (ladybirds, carabid beetles, parasitoids) were sampled. We interviewed farmers to characterize farming practices implemented in fields and their surrounding landscape. We observed a wide diversity of farming practices in OF and CF. At field scale, effects of practices on the diversity of natural enemies were strong, OF being overall more favorable. Considering a finer description of practices allowed us identifying those really affecting insects, and showing they can be enhanced regardless of the farming type. At landscape scale, we found no effect of the OF area and configuration on natural enemies. With a more detailed description of practices, we however highlighted the importance of some farming strategies, at some scales. Based on these results, we open up avenues to manage agricultural landscapes. Methodological issues related to the description of farming practices on large areas are also discussed
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Blanck, Aurélie. "Variabilité des traits d'histoire de vie de poissons d'eau douce Européens à différentes échelles spatiales et niveaux biologiques : (population et espèce)." Lyon 1, 2007. http://www.theses.fr/2007LYO10071.
Анотація:
Un objectif récurrent en écologie concerne la connaissance des traits d’histoire de vie et de leur variabilité. En eau douce, les contraintes environnementales sont omniprésentes pour les poissons et jouent un rôle important dans la variabilité des traits d’histoire de vie des organismes. Dans ce cadre, l’objectif principal de cette thèse consiste à étudier les liens entre les traits des poissons d’eau douce européens et l’environnement en privilégient une approche à plusieurs niveaux biologiques (population et espèce) et échelles spatiales (continentale, régionale et locale). Grâce à une importante somme de données biologiques et environnementales acquises à la fois par une vaste recherche bibliographique à l’échelle de l’Europe et un important travail de terrain sur le bassin Rhodanien, ce travail illustre (1) un effet de la température à l’échelle continentale et régionale sur plusieurs traits de populations, qui ne se confirme cependant pas pour toutes les espèces et (2) un effet très faible de l’hydraulique à l’échelle continentale et régionale sur les traits des populations. A l’opposé, au niveau de l’espèce, les relations entre les traits et l’hydraulique semblent prédominer sur les relations entre les traits et la température. L’hydraulique à l’échelle du micro-habitat joue un rôle d’ "habitat template" pour les stratégies des espèces, les milieux peu profonds et rapides sélectionnant les espèces à stratégie démographique opportuniste. La comparaison entre la variabilité intraspécifique et la variabilité interspécifique des traits illustre la pertinence d’utiliser dans les approches comparatives interspécifiques et inter-communautés des traits d’espèces mesurés à l’échelle régionale et des traits d’espèces issus de la littérature comme la fécondité et les traits liés à la taille, et cela malgré leur variabilité intraspécifique. En intégrant la variabilité de nombreux traits à plusieurs niveaux biologiques et échelles spatiales, ma thèse apporte des éléments de réflexion aux écologues de différentes disciplines telles que la dynamique et la biologie des populations, la biologie des espèces, l’écologie des communautés et l’écologie évolutiveThe objective of improving understanding of life-history traits of organisms and their variation is recurrent in ecology. It is now widely accepted that environmental constraints in freshwaters play a key role in life-history trait variations in fish. In this context, this work aims to study the relationships between life-history traits of European freshwater fish and their environment focusing on different biological levels (population and species) and different spatial scales (continental, regional and local scales). Using biological and environmental data from published sources at the European scale and from field work in the Rhone river basin, this work illustrates (1) the effect of temperature at the continental and regional scales on several population traits, that are not confirmed for all species and (2) the weak effect of hydraulics at the continental and regional scales on population traits. By contrast, this work identifies more important relationships between hydraulics and traits than between temperature and traits at the species level. Microhabitat hydraulics seems to provide a template for species ecological strategies with fast-flowing and shallow microhabitats (riffles) selecting opportunistic species. The comparison between the intraspecific variation in traits and the interspecific variation in traits illustrates the relevance of using traits estimated at the species level and at the regional scale, and traits such as fecundity and traits associated with body size estimated at the species level from literature, in interspecific and inter-communities comparative approaches. By integrating variation of multiple traits in different biological levels and at different spatial scales, my thesis provides interesting elements for ecologists of different disciplines such as population biology and dynamics, species biology, community ecology and evolutionary ecology
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Grulois, Daphné. "Etude de la dispersion et du recrutement à différentes échelles spatiales chez Undaria pinnatifida, une macro-algue introduite le long des côtes bretonnes." Paris 6, 2010. http://hal.upmc.fr/tel-01111061.
Анотація:
Les invasions biologiques sont la deuxième cause de diminution de la biodiversité mondiale. Les espèces introduites se sont révélées d’excellents modèles d’étude pour appréhender les processus micro-évolutifs et écologiques liés à la colonisation et à l’adaptation rapide d’espèces dans de nouveaux milieux. Par des approches spatiales basées sur la génétique des populations, l’objectif de cette thèse a été de décrire les modalités de dispersion agissant à différentes échelles spatiales chez la macro-algue Undaria pinnatifida, introduite en Europe du Nord depuis 30 ans. Trois études ont été menées: inter-baies (3 baies, 19 pops. , 628 ind. ), intra-baie (30 pops. , 955 ind. ) et intra-population (2 années, 2 pops. , 1021 ind. ) à l’aide de 9 loci microsatellites. Deux autres études ont permis de suivre la colonisation d’U. Pinnatifida sur des substrats artificiels (7 mois ; > 400 ind. ) et naturels (3 sites). Enfin, des études ont été menées sur les stades microscopiques de cette algue. Afin de détecter spécifiquement les spores dans la colonne d’eau, 7 sondes oligonucléotidiques ont été optimisés pour des hybridations « FISH ». Des études expérimentales sur les gamétophytes ont montré qu’ils pouvaient être un nouvel agent de dispersion. Ces études ont permis de souligner l’interaction entre de multiples modalités de dispersion dans l’établissement durable d’U. Pinnatifida. Par ailleurs, bien qu’étant une espèce invasive à une échelle mondiale, ses capacités de dispersion naturelle apparaissent comme un facteur limitant dans son expansion à une échelle locale et régionale, contrebalancée principalement par les activités anthropiques et la disponibilité en habitats artificiels
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Weil, Sarah Sophie. "Le rôle des traits des espèces dans la dispersion à différentes échelles - de la compréhension du passé profond aux processus actuels." Electronic Thesis or Diss., Université Grenoble Alpes, 2023. https://thares.univ-grenoble-alpes.fr/2023GRALV030.pdf.
Анотація:
L'un des défis les plus pressants de l'écologie consiste à comprendre les mécanismes qui régissent la répartition de la vie à l'échelle mondiale. Dans ce contexte, les événements rares de dispersion à travers des barrières biogéographiques et l'établissement d’espèces dans de nouvelles régions sont un facteur clé. En effet, ces événements peuvent influencer la répartition des espèces dispersantes et des espèces des communautés réceptrices, et à long terme initier des processus de spéciation. À plus petite échelle, la dispersion est essentielle pour la persistance des espèces et leur permet de réagir aux changements de leur environnement directement par le mouvement ou indirectement par l'adaptation. Toutes les espèces n’ont pas les mêmes capacités pour se disperser et s'établir. Mieux comprendre ces différences est devenu une nouvelle urgence aujourd'hui si nous voulons être pertinent et réalistes dans les actions de conservation à venir, dans le contexte des changements globaux (notamment des invasions biologiques, de l'utilisation des terres et du changement climatique). Les traits des espèces sont considérées comme un facteur important dans la réussite de la dispersion. Par exemple, les espèces de grande taille sont souvent de meilleurs disperseurs que les petites, et les plantes dont les graines peuvent flotter sont plus susceptibles de se disperser sur des archipels insulaires que celles dont les graines coulent. Cependant, peu de tests concernant le rôle des traits dans la dispersion à large échelle biogéographique ont été effectués. Dans cette thèse, je combine des approches biogéographiques, macroécologiques et macroévolutives pour identifier le rôle des traits des espèces (taille et histoire de vie) dans la dispersion, et pour tester la transférabilité des relations trait-dispersion à travers de multiples échelles (taxonomiques, temporelles et géographiques). Premièrement, je quantifie et compare le rôle des traits dans l'histoire biogéographique de 56 clades de tétrapodes. Deuxièmement, je discute dans une synthèse conceptuelle si et comment les informations provenant d'études macroévolutives et biogéographiques peuvent être utilisées pour mieux prédire les futures espèces invasives, ainsi que la vulnérabilité des espèces natives face aux changements globaux actuels. Troisièmement, je teste les considérations conceptuelles de ce travail sur des données empiriques, en reliant les patrons observés dans la dispersion biogéographique passée aux invasions biologiques et aux changements d'aire de répartition actuels. Ensemble ces trois volets mettent en lumière l’importance des contextes taxonomiques, géographiques et temporels dans le rôle des traits des espèces pour la dispersion. Ceci constitue une étape importante vers de meilleures prédictions des capacités des espèces à répondre aux changements environnementauxA pressing challenge in ecology is to unravel the mechanisms that underlie the distribution of life at a global scale. Rare dispersal events across biogeographic barriers and establishment in new regions are central to this: these events determine the distribution of both the dispersing species and of species in the receiving community, and they can open opportunities for speciation. On smaller scales, dispersal is integral to species’ persistence, allowing them to respond to changes in their environment directly through movement or indirectly through adaptation. Not all species have the same ability to disperse and establish. Better understanding these differences has gained new urgency today if we are to accurately assess risks, challenges and conservation opportunities in the context of biological invasions, land-use and climate change. Species’ traits are thought to be an important factor in successful dispersal. For example, large species are often better dispersers than small species, and plants with seeds that can float are more likely to disperse over island archipelagos than those with seeds that sink. However, there have been few tests of theory on how species traits might support dispersal at large biogeographic scales. In this thesis, I combine biogeographic, macroecological and macroevolutionary approaches to identify the role of body size and life-history traits in dispersal, and to test the transferability of trait-dispersal relationships across scales. First, I quantify and compare the role of traits in biogeographic histories of 56 tetrapod clades. Second, I discuss in a conceptual synthesis if and how information from macroevolutionary and biogeographic studies can be used to better understand species present-day biological invasions, as well as present-day extinction risk due to changing environmental conditions. Third, I test conceptual considerations from this work on empirical data, linking the patterns observed in past biogeographic dispersal to present-day biological invasions and range shifts. Together these three strands highlight the importance of taxonomic, geographical and temporal contexts in the role of species traits in dispersal, which is an important step forward to better predictions of species’ abilities to respond to changing environmental conditions
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Vallet, Jeanne. "Gradient d'urbanisation et communautés végétales d'espaces boisésApproche à plusieurs échelles dans trois agglomérations du Massif armoricain." Phd thesis, Université d'Angers, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00409694.
Анотація:
L'urbanisation croissante de ces dernières décennies amène aujourd'hui à considérer la place de la biodiversité dans les territoires urbains. Ce travail est centré sur l'étude des modifications de communautés végétales de petits espaces boisés (1,5 ha en moyenne) le long d'un gradient d'urbanisation dans trois agglomérations du Massif armoricain : Angers, Nantes et Rennes. Les communautés végétales sont fortement modifiées par l'urbanisation. Les bois urbains sont plus riches en espèces exotiques mais restent dominés par des espèces indigènes et forestières. Cependant, la distribution des espèces indigènes est modifiée le long du gradient d'urbanisation et certains traits biologiques semblent associés à cette distribution. L'environnement local et en particulier le pH et la fertilité des sols semblent être les facteurs les plus importants en lien avec les modifications des communautés végétales. L'âge des espaces boisés semble avoir une importance moindre. De plus, les caractéristiques de dispersion des espèces ne semblent pas être impliquées dans la distribution des espèces le long du gradient d'urbanisation. Au niveau de l'espace boisé, l'effet lisière est un déterminant important de la richesse spécifique, les lisières étant les plus riches en espèces aussi bien dans les bois urbains que ruraux. La banque de graines de la litière est affectée par la distance à la lisière mais elle est peu différente entre les bois urbains et ruraux. La composition de la banque de graines de la litière diffère largement de la composition de la végétation du bois. Les caractéristiques du milieu forestier empêchent probablement la germination d'un grand nombre d'espèces non forestières venant des habitats adjacents aux espaces boisés et sont donc importantes pour le maintien d'une végétation dominée par des espèces forestières. Ce travail permet d'ouvrir des perspectives pour une meilleure compréhension des mécanismes écologiques impliqués dans la réponse des espèces à l'urbanisation et pourrait contribuer à une meilleure intégration de ces espaces boisés dans l'aménagement des villes.
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Vallet, Jeanne. "Gradient d'urbanisation et communautés végétales d'espaces boisés : Approche à plusieurs échelles dans trois agglomérations du Massif armoricain." Phd thesis, Université d'Angers, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00464972.
Анотація:
L'urbanisation croissante de ces dernières décennies amène aujourd'hui à considérer la place de la biodiversité dans les territoires urbains. Ce travail est centré sur l'étude des modifications de communautés végétales de petits espaces boisés (1.5 ha en moyenne) le long d'un gradient d'urbanisation dans trois agglomérations du Massif armoricain : Angers, Nantes et Rennes. Les communautés végétales sont fortement modifiées par l'urbanisation. Les bois urbains sont plus riches en espèces exotiques mais restent dominés par des espèces indigènes et forestières. Cependant, la distribution des espèces indigènes est modifiée le long du gradient d'urbanisation et certains traits biologiques semblent associés à cette distribution. L'environnement local et en particulier le pH et la fertilité des sols semblent être les facteurs les plus importants en lien avec les modifications des communautés végétales. L'histoire des espaces boisés semble avoir une importance moindre. De plus, les caractéristiques de dispersion des espèces ne semblent pas être impliquées dans la distribution des espèces le long du gradient d'urbanisation. Au niveau de l'espace boisé, l'effet lisière est un déterminant important de la richesse spécifique, les lisières étant les plus riches en espèces aussi bien dans les bois urbains que ruraux. La banque de graines de la litière est affectée par la distance à la lisière mais elle est peu différente entre les bois urbains et ruraux. La composition de la banque de graines de la litière diffère largement de la composition de la végétation du bois. Les caractéristiques du milieu forestier empêchent probablement la germination d'un grand nombre d'espèces non forestières venant des habitats adjacents aux espaces boisés et sont donc importantes pour le maintien d'une végétation dominée par des espèces forestières. Ce travail permet d'ouvrir des perspectives pour une meilleure compréhension des mécanismes écologiques impliqués dans la réponse des espèces à l'urbanisation et pourrait contribuer à une meilleure intégration de ces espaces boisés dans l'aménagement des villes.
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Kohler, Sophie. "Contribution au développement et à la dosimétrie multi-échelles de dispositifs pour l’exposition de cellules biologiques à des impulsions électriques nanosecondes et subnanosecondes de haute intensité." Limoges, 2013. http://aurore.unilim.fr/theses/nxfile/default/e4cb8901-5864-474c-9cc5-9b5baced9a6a/blobholder:0/2013LIMO4021.pdf.
Анотація:
Pour des intensités de champ électrique suffisantes, des études expérimentales réalisées in vitro ont montré que les effets biologiques des impulsions microsecondes sont localisés à la membrane externe, tandis que ceux des impulsions nanosecondes se manifestent à la fois à la membrane externe et aux membranes intracellulaires. Les mécanismes bio-physiques à l’origine des effets observés ne sont toutefois pas encore élucidés. Des études numériques ont par ailleurs suggéré qu’en diminuant la durée des impulsions au régime subnanoseconde, il deviendrait possible d’induire des effets biologiques à l’intérieur même des organelles intracellulaires. Dans cette thèse, nous proposons et étudions un système d’exposition ainsi que des techniques de dosimétrie expérimentale et numérique en vue d’explorer in vitro les effets biologiques d’intenses champs électriques pulsés nanosecondes et subnanosecondes. Nous montrons la capacité d’un générateur innovant, basé sur une structure coaxiale, à fournir les impulsions de tension requises. Nous proposons ensuite des cellules transverses électromagnétiques pour délivrer les impulsions à des cellules biologiques contenues dans une boîte en plastique. Pour la macrodosimétrie à l’intérieur des échantillons, un prototype de sonde électro-optique est caractérisé puis mis à profit. Nous montrons également que le système d’exposition étudié est adapté pour des mesures de température intracellulaire par microfluorimétrie. Enfin, nous proposons et démontrons un outil numérique pour des études dosimétriques à l’échelle atomique. La méthode développée combine des résultats de dynamique moléculaire à un code de modélisation électrostatique implémentant la méthode des différences finies en trois dimensionsFor sufficiently high intensities, in vitro experimental studies have shown that the biological effects of microsecond pulses are located at the plasma membrane, while those of nanosecond pulses may as well occur at intracellular membranes. The biophysical mecanisms underlying the observed biological effects are not yet clear. In addition, numerical studies have suggested that electric pulses with subnanosecond duration may be able to trigger biological effects directly inside the intracellular organelles. In this work, we propose and study an in vitro exposure system as well as experimental and numerical dosimetry techniques with the purpose of investigating the effects of intense nanosecond and subnanosecond pulsed electric fields. We show the ability of a novel generator based on a coaxial structure to produce the expected pulses. We then propose the use of transverse electromagnetic (TEM) cells to deliver the pulses to biological cells contained in a plastic dish. An electro-optic probe is characterized and validated for macrodosimetric measurements inside the cell culture medium. We also show that the TEM cell-based setup is adapted for intracellular measurements using microfluorimetry techniques. Lastly, we report a numerical tool for dosimetric studies at atomic scale. The method that has been developed combines results of molecular dynamics simulations to a quasi-electrostatic approach using a 3D finite-difference-method code
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Nguyen, Nhi Gia Vinh. "Conception de modèles multi-échelles pour l’aide à la décision environnementale : application au contrôle des invasions de cicadelles brunes dans le Delta du Mékong (Vietnam)." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066472.
Анотація:
En Asie du Sud-Est, le problème du contrôle des invasions d’insectes ravageurs du riz est un problème économique de premier ordre, qui fait intervenir de multiples disciplines scientifiques et de nombreuses échelles de décision. Cette thèse contribue aux recherches depuis bientôt 40 ans sur les moyens d’éradiquer ce fléau en proposant une méthodologie de conception de modèles à échelles dynamiques comme support à des systèmes d’aide à la décision et à l’évaluation des politiques de lutte d’invasion de cicadelles brunes. Elle a été appliquée et validée sur des scénarios de propagation des cicadelles brunes dans la région du delta du Mékong, Vietnam, scénarios qui couplent quatre niveaux géographiques et politiques (village, commune, province et région du Delta), chacun représenté avec sa dynamique propre (écologique, biologique, sociale), mais aussi dans ses relations avec les autres niveaux. La principale contribution de cette recherche est un système de modélisation multi-niveaux à base d’agents, qui permet aux modélisateurs de simuler et d’évaluer différentes stratégies de lutte contre les invasions de cicadelles brunes à différentes échelles d’espace et de temps. Ce système couple et organise différents sous-modèles aux fonctions différentes: modèles de croissance et d’invasion de cicadelles brunes prenant en compte les processus écologiques et les facteurs environnementaux à différentes échelles spatio-temporelles, modèles sociaux des différents intervenants (depuis les fermiers jusqu’aux décideurs politiques), modèles géographiques hiérarchiques, modèles dédiés au «passage à l’échelle» capables de faire transiter des informations entre niveauxIn South-East Asia, the problem of controlling the invasions of rice pests is a major economical problem, which is tackled by multiple scientific disciplines and is dealt with by several decisional scales. This PhD thesis contribute to the researches undertaken since 40 years on the eradication (or at least the control) of the rice pest named Brown plant hopper (BPH) by proposing a design methodology of dynamically scaling models as a foundation for decision support systems dedicated to the assessment of regional and local control policies. It has been applied to and validated on different scenarios of BPH migrations in the Vietnamese Mekong Delta, where four different geographical and political levels have been coupled in the same framework (village, commune, province, and region), each of them represented with its own dynamics (social, biological, ecological ones) but also with its relationships with the other levels. The main contribution of this research is an agent-based multi-level modeling system that allows modelers to simulate and evaluate different control policies against invasions of the Brown plant hoppers at different scales of time and space. This system couples and organizes several sub-models with separate functions: growth and migration models of BPH that take ecological and environmental processes into account at different spatial and temporal scales, social models of the various stakeholders (from farmers to political deciders), models dedicated to the up- and downscaling processes occurring between the levels of representation
Книги з теми "Échelles biologiques":
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SIMON, Guilhem, ed. Spectroscopies vibrationnelles. Editions des archives contemporaines, 2020. http://dx.doi.org/10.17184/eac.9782813002556.
Анотація:
Les spectroscopies vibrationnelles sont des techniques de caractérisation optique très répandues et utilisées dans de nombreux domaines scientifiques et industriels. Elles bénéficient depuis plusieurs années d’un grand essor, de par les nombreuses innovations technologiques qui les rendent de plus en plus performantes et utilisables sur des nombreux matériaux (cristaux et céramiques, polymères, verres…), molécules (organiques et inorganiques), sous diverses formes (liquide, gaz ou solide), sur des milieux biologiques, naturels, et sur des objets du patrimoine culturel. Les temps de mesures sont désormais compatibles avec des process industriels et les échelles spatiales de mesures tendent vers la résolution nanométrique. Ce livre est un ouvrage collectif et collaboratif entre chercheurs universitaires, CNRS et industriels, utilisateurs de ces techniques et au service de ces spectroscopies. Il s'adresse à un public large et se propose de faire le point à la fois sur la théorie de la spectroscopie vibrationnelle, mais aussi sur la définition, les caractéristiques et la mise en oeuvre de ces diverses techniques à travers des exemples variés d'utilisation.
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MENDEZ, Simon, Alain BÉROD, Christophe CHNAFA, Morgane GARREAU, Étienne GIBAUD, Anthony LARROQUE, Stéphanie LINDSEY, et al. "YALES2BIO : un solveur dédié aux écoulements sanguins." In Écoulements biologiques dans les grands vaisseaux, 185–208. ISTE Group, 2023. http://dx.doi.org/10.51926/iste.9065.ch7.
Анотація:
YALES2BIO est un solveur multiphysique pour décrire les écoulements sanguins aux échelles micro- et macroscopiques, basé sur la méthode des volumes finis. Différents cas d'école ont été traités : rupture de jet turbulent, étirement de globule rouge par pince optique, organisation de globules rouges en écoulement, mais aussi des applications industrielles (déviateur de débit, cœur artificiel, etc.).
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VIGNON-CLEMENTEL, Irène E., and Sanjay PANT. "Simulations hémodynamiques : paramétrage, données cliniques, planification d’interventions." In Écoulements biologiques dans les grands vaisseaux, 139–61. ISTE Group, 2023. http://dx.doi.org/10.51926/iste.9065.ch5.
Анотація:
A partir de l'écoulement complexe dans des géométries multi-échelles, un modèle réduit en temps et espace est proposé pour simuler des données réelles. Les données patient sont obtenues à l'aide de méthodes classiques (IRM, pression, vitesse Doppler) et sont ensuite intégrées, en particulier via la résistance 3D (analogie électrique). Le modèle est alors optimisé pour prédire les résultats expérimentaux.
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RIGNEAULT, Hervé, and Julien DUBOISSET. "Imagerie Raman cohérente." In Spectroscopies vibrationnelles, 273–88. Editions des archives contemporaines, 2020. http://dx.doi.org/10.17184/eac.4204.
Анотація:
Obtenir des informations sur la matière à des échelles micrométriques, de manière non destructive et sans utiliser aucun marquage reste un défi méthodologique et technologique. Les techniques établies de microscopie de fluorescence ont permis de réelles avancées dans la compréhension des phénomènes biologiques mais le marquage utilisant des fluorophores limite considérablement cette technique, en particulier dans le domaine biomédical. Depuis une quinzaine d’année, la microscopie Raman cohérente a connu un important essor. Basée sur les propriétés vibrationnelles des molécules, cette technique permet aujourd’hui une imagerie tridimensionnelle des liaisons chimiques à cadence vidéo. De nombreux développements ont permis, à partir des concepts de la diffusion Raman et de l’optique non linéaire, d’élaborer des outils technologiques puissants permettant d’imager les échantillons biologiques en utilisant les contrastes de diffusion Raman anti-Stokes et de diffusion Raman stimulée. Dans ce chapitre, nous développons tout d’abord, grâce à des modèles simples, ces processus clés permettant d’appréhender la physique sous-jacente à l’imagerie Raman cohérente. Ensuite, nous illustrons ces techniques d’imagerie au travers de travaux menés récemment sur des échantillons biologiques et cristallins. Nous discutons enfin les perspectives actuelles concernant l’évolution des technologies et leurs domaines applicatifs.
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BONNAFFOUX, Arnaud. "Inférence de réseaux de régulation de gènes à partir de données dynamiques multi-échelles." In Approches symboliques de la modélisation et de l’analyse des systèmes biologiques, 7–50. ISTE Group, 2022. http://dx.doi.org/10.51926/iste.9029.ch1.
Анотація:
L’inférence des réseaux de régulation de gènes reste un challenge majeur en biologie des systèmes malgré de nombreux efforts. Aujourd’hui, grâce aux données multi-omiques en cellules uniques, aux modèles dynamiques et stochastiques de la régulation génétique, et à la puissance de calcul disponible, de nouvelles approches telles que WASABI permettront de surmonter toutes les difficultés de ce défi.
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Huneman, Philippe. "Un pluralisme modéré pour le temps des sciences de la nature : irréversibilité et échelles de temps dans les disciplines biologiques." In La métaphysique du temps : perspectives contemporaines. Collège de France, 2021. http://dx.doi.org/10.4000/books.cdf.10762.
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DAMERON, Olivier. "Méthodes du Web sémantique pour l’intégration de données en sciences de la vie." In Intégration de données biologiques, 33–61. ISTE Group, 2022. http://dx.doi.org/10.51926/iste.9030.ch2.
Анотація:
Les données en sciences de la vie sont massives, hétérogènes, compliquées et complexes. L'enjeu est d'en automatiser le traitement afin de le rendre systématique, ce qui nécessite à la fois intégration (data engineering) et méthodes d'analyse (data science). Ce chapitre montre comment le Web Sémantique offre une solution générique adoptée à large échelle par la communauté bioinformatique.
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BERGERON, Anne, and Krister M. SWENSON. "Un siècle de réarrangements génomiques." In Modèles et méthodes pour l’évolution biologique, 127–50. ISTE Group, 2022. http://dx.doi.org/10.51926/iste.9069.ch5.
Анотація:
L'évolution moléculaire se manifeste à différentes échelles au sein des génomes. Une de ses expressions les plus spectaculaires est le réarrangement de gènes, un phénomène évolutif par lequel sont modifiés la composition en gènes des chromosomes ou l'ordre dans lequel ces gènes apparaissent. Le développement d'algorithmes sophistiqués est nécessaire pour comprendre les réarrangements qui se sont produits au cours de l'évolution.
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RIBEIRO, Tony, Maxime FOLSCHETTE, Laurent TRILLING, Nicolas GLADE, Katsumi INOUE, Morgan MAGNIN, and Olivier ROUX. "Les enjeux de l’inférence de modèles dynamiques à partir de séries temporelles." In Approches symboliques de la modélisation et de l’analyse des systèmes biologiques, 97–139. ISTE Group, 2022. http://dx.doi.org/10.51926/iste.9029.ch3.
Анотація:
Ce chapitre dresse un panorama des approches portant sur l’élaboration de modèles qualitatifs de réseaux de régulation, via des démarches s’apparentant au model-checking (pour l’analyse) et à la programmation logique (pour l’inférence). Nous nous attachons à étudier ce problème dans un contexte large-échelle, autrement dit avec potentiellement plusieurs centaines de composants interagissant.
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Villoutreix, Paul. "Chapitre 19. Vers un modèle multi-échelle de la variabilité biologique ?" In Modéliser & simuler – Tome 2, 643. Editions Matériologiques, 2014. http://dx.doi.org/10.3917/edmat.varen.2014.01.0643.