Добірка наукової літератури з теми "Dommages radio-Induits"

Les mastocytes sont des cellules immunitaires dont la maturation, au sein du tissu hôte, est dictée par le microenvironnement tissulaire. L’avancée des recherches sur les mastocytes ces dernières années a montré que leurs fonctions vont bien au-delà des problématiques allergiques auxquelles ils ont été rapidement associés après leur découverte. La mise en évidence de leur participation aux réponses immunitaires innées ainsi qu’à la cicatrisation tissulaire a permis de comprendre leur implication dans certaines maladies. Néanmoins, il reste encore beaucoup à apprendre quant au rôle des mastocytes dans les dommages tissulaires radio-induits et, en particulier, il nous faut comprendre pourquoi certains résultats restent contradictoires. Pourtant, des outils thérapeutiques ciblant les mastocytes sont disponibles et pourraient offrir des perspectives thérapeutiques intéressantes dans la gestion des séquelles des radiothérapies.

L’objectif de la radiothérapie est de délivrer à la tumeur une dose d’irradiation maximale tout en préservant l’intégrité des tissus sains adjacents. Cependant, la toxicité radio-induite aux tissus sains est un facteur limitant dans l’escalade de dose pouvant être délivrée à la tumeur et constitue un problème clinique majeur. Ainsi, la compréhension des mécanismes moléculaires et cellulaires associés aux dommages radio-induits est indispensable dans l’objectif de mettre en place des stratégies thérapeutiques visant à protéger les tissus sains sans compromettre et même améliorer le contrôle tumoral. Ce travail a permis de démontrer que les cellules endothéliales stimulent le phénotype des cellules musculaires lisses vasculaires après irradiation. D’autre part, le rôle essentiel de l’inhibiteur des activateurs du plasminogène de type I dans les dommages radio-induits aux tissus sains a été démontré suggérant que PAI-1 constitue une cible thérapeutique prometteuse

Cette etude s'inscrit dans le cadre de calculs de structure de trace par monte carlo dans un modele elabore d'adn, considere comme cible du rayonnement. Les radiations simulees sont les electrons issus d'emetteurs auger incorpores dans le milieu cellulaire et les photons de basse energie. Les dommages, directs et indirects, sont analyses au niveau moleculaire (cassures de brins) et confrontes aux resultats experimentaux. Les donnees disponibles sont utilisees pour representer l'adn et son environnement a l'interieur de la cellule. A l'aide d'un logiciel de modelisation moleculaire, nous avons genere les coordonnees atomiques d'acides nucleiques lineaires, seuls ou complexes avec des proteines, de nucleosomes et d'une portion de fibre chromosomique. Les techniques de mecanique moleculaire (notamment la minimisation) sont utilisees pour corriger les defauts de structure et ajuster le placement des molecules d'eau a la surface des acides nucleiques. Le transport du rayonnement est simule au coup par coup par la methode de monte carlo. Le code existant a ete mis a jour (sections efficaces) et ameliore pour permettre un traitement informatique efficace des interactions entre la particule et le modele cible. En particulier, l'echantillonnage du parcours electronique tient compte de la densite et de la composition atomique du milieu traverse (adn, eau ou histones). Les resultats obtenus a partir de trois rayonnements differents fournissent des informations complementaires qui sont souvent non observables par l'experience. En premier lieu, l'iode 125 est un radionucleide qui, incorpore au niveau de l'adn, produit des dommages tres complexes. Nous avons determine la contribution de l'effet indirect et de la structure de l'adn sur les cassures induites. Le second type de rayonnement concerne le fer 57. Introduit dans une proteine, la bleomycine, il forme un compose pharmaceutique qui se fixe sur l'adn et induit naturellement des cassures de brins. Nous avons montre que l'accroissement des dommages lors d'une desexcitation du fer de ce complexe pouvait etre consequent. Les rx ultra-mous constituent le troisieme type de rayonnement. Entre 0,1 et 3 kev, les sections efficaces photoelectriques des differents atomes de l'adn presentent des singularites dues aux seuils d'ionisation des couches electroniques internes. Nous avons mis en evidence les variations d'efficacite d'induction des cassures en fonction de l'energie.

Pour améliorer la modélisation des effets des rayonnements sur le milieu biologique, l'objectif de ce travail fût la prise en compte de la structure moléculaire. Pour cela des sections efficaces moléculaires photoniques et électroniques ont été calculées à partir des données moléculaires ab-initio (énergies de liaison des orbitales, population…). Un modèle dynamique de réorganisation moléculaire a également été développé pour évaluer l'impact des électrons Auger et des photons de fluorescence émis suite à une ionisation interne. L'influence de ces changements, sur le nombre et la répartition des dommages radio-induits, a été étudiée sur le nucléosome, élément unitaire de l'ADN. Des modifications ont ensuite été réalisées pour permettre la modélisation d'expériences in vitro. Une simulation a permis d'évaluer le nombre de cytosines mutagènes sur le plasmide P53, et une autre, la quantité de dommages provoquée par les isotopes 125 et 123 de l'iode sur le plasmide pBR322. Le bon accord entre les résultats confirme la complémentarité nécessaire du modèle et de l'expérience
To improve modelling of biological radio-induced damage, the aim of this work was to take into account molecular structure. Based on ab-initio molecular data (molecular binding energy, population analysis…), photonic and electronic cross sections have been calculated. An interactive model of molecular reorganization has been also developed to evaluate efficiency of Auger electrons and fluorescent photons after inner shell ionization. The improvement impact on number and distribution of SSB and DSB has been studied with one core particle. Then, modifications have been performed to model in-vitro experiments. One simulation allows mutagenic cytosines number evaluation on P53 plasmid. And another one deals with I-125 and I-123 impact on pBR322 plasmid. The good agreement in the results confirms the necessary complement of model and experiment

Lors d'une exposition accidentelle aux rayonnements ionisants, l'estimation de la dose reçue en dosimétrie biologique est réalisée en se basant sur les dommages de la molécule d'ADN. Néanmoins, cette technique présente certaines limites, c'est pourquoi nous recherchons de nouveaux bio-indicateurs de dose. Nous avons montré que la membrane est une cible sensible des rayonnements ionisants suite à une exposition in vitro et in vivo. In vitro, l'irradiation induit des altérations de la composition en acides gras des phospholipides membranaires et conditionnent les propriétés biophysiques de la membrane. Ces atteintes participent au processus apoptotique radio-induit. La mesure de la fluidité membranaire permet ainsi d'obtenir une vision intégrée des dommages de la membrane cellulaire. D'autre part, in vivo, en modifiant l'état nutritionnel lipidique des animaux, nos résultats ont mis en évidence l'importance du rôle de la composition en lipides de la membrane dans les altérations membranaires radio-induites. De plus, la régulation physiologique extracellulaire module les effets membranaires radio-induits et en particulier les dommages au niveau du profil en acides gras membranaires. Finalement, nous avons testé l'utilisation de l'index de fluidité membranaire comme bio-indicateur de dose sur des modèles in vivo et des prélèvements sanguins de patients ayant subi une irradiation médicale corporelle totale. Les résultats obtenus sur des modèles animaux suggèrent que ce paramètre puisse être un bio­indicateur d'exposition. Cependant, les observations réalisées sur les patients sont difficilement interprétables en raison du traitement combiné : chimiothérapie et radiothérapie. En conclusion, bien que ce paramètre ne soit pas un bio-indicateur d'une exposition à une irradiation utilisable en dosimétrie biologique, il permettrait d'évaluer les dommages radio-induits et leur impact au niveau cellulaire mais également tissulaire
After an accidental overexposure, the assessment of the received dose in biological dosimetry is performed by a method based on the effects of irradiation on the DNA molecule. But this technique shows some limitations; therefore we tried to find new biosensors of radiation exposure. We have pointed out that membrane is a critical target of ionising radiation after an in vitro and in vivo overexposure. In vitro, these modifications were involved in the radio-induced apoptotic pathway. The measure of membrane fluidity allowed us to obtain an overall view of cellular membrane. Moreover, in vivo, by changing the lipid nutritional status of animals, our results displayed the important role played by membrane lipid composition in radio-induced membrane alterations. Besides, membrane effects were adjusted by the extracellular physiological control and in particular by the damages on membrane fatty acid pattern. Finally, we have tested the use of membrane fluidity index as a biosensor of radiation exposure on in vivo models and blood samples from medical total body irradiated patients. The results achieved on animal models suggested that the membrane fluidity index was a biosensor of radiation exposure. Nevertheless, the observations realised on patients highlight that the effect of the first dose fraction of the radiotherapy treatment had some difficulties to be noticed. Indeed, the combined treatment: chemotherapy and radiotherapy disturbed the membrane fluidity index measures. To conclude, whereas this parameter was not a biosensor of irradiation exposure usable in biological dosimetry, it may allow us to assess the radio-induced damages and their cellular but also tissue impacts

Les cassures double-brin de l’ADN (CDB) sont des événements clés dans la réponse aux rayonnements ionisants qui, avec le profil génétique et épigénétique individuel, peuvent conditionner le devenir des tissus sains d’un individu exposé. À la suite des cassures de la molécule d’ADN et de la déstabilisation de la chromatine, une série de modifications post-traductionnelles des histones se produit, notamment la phosphorylation de la serine 139 de l'histone H2A.X (gamma-H2A.X), conduisant à la formation de foyers radio-induits. La réparation des CDB, et donc la disparition de ces foyers, a lieu dans les heures suivant l’exposition. Toutefois, une certaine proportion de ces foyers gamma-H2A.X persiste 24 heures après l’irradiation. La nature et le rôle de ces foyers persistants sont encore peu clairs. L’objectif de ce travail est d'explorer les caractéristiques de ces foyers persistants et leurs conséquences sur le devenir des cellules. Pour étudier la dynamique des foyers radio-induits, nous avons exposé des HUVEC synchronisées en phase G0/G1 à des doses de 1 et 5 Gy de rayons X. Les foyers radio-induits ont été étudiés à partir de 10 minutes et jusqu'à 7 jours après l'exposition par l’analyse de gamma-H2A.X et de l’association temporelle de la protéine 53BP1 et des CN-PML (corps nucléaires PML). L’impact des foyers persistants sur la prolifération cellulaire a également été exploré. Nous avons analysé en microscopie à fluorescence une moyenne de 4 000 cellules pour chaque condition à l'aide d'une analyse d’image permettant la détection automatique des noyaux et des foyers. L'analyse d'un grand nombre d‘évènements nous a permis de discriminer des sous-populations de cellules ou de foyers sur la base de différentes caractéristiques, telles que leur aire ou la phase du cycle cellulaire, et de mesurer leur représentativité dans l'ensemble de la population de cellules exposées. Ainsi, nous avons déterminé que les foyers gamma-H2A.X persistant ont une aire supérieure à 0,72 ± 0,11 µm² et qu’ils sont toujours colocalisés avec 53BP1. Plus de 70% des cellules exposées à 5 Gy ont au moins un foyer persistant 24 heures après l'exposition. De plus, ces foyers persistants sont observables au moins jusqu'à 7 jours après l’irradiation. Une association spatiale significative entre les CN-PML et les foyers gamma-H2A.X a été observée à partir de 10 minutes après l'exposition et 24 heures après l’exposition, environ 90% des foyers persistants sont associés à un CN-PML. De plus, la présence de foyers persistants ne bloque pas définitivement la prolifération des cellules. Cependant, la fréquence des foyers persistants est plus faible dans les cellules filles que dans les cellules irradiées, probablement en raison d'une certaine proportion de distribution asymétrique des foyers persistants entre les cellules filles. Nous avons également mesuré une corrélation positive entre la présence d'un foyer persistant et la probabilité de mauvaise ségrégation de l'ADN par l'observation de phénomènes de catastrophes mitotiques. Il semble donc que la structure formée après le passage d'un foyer persistant à travers les phases S et G2 soit susceptible d’empêcher la séparation correcte des chromatides sœurs du chromosome affecté. Nous suggérons donc que la nature des foyers persistants n’est pas la même avant et après la première division cellulaire due à une résolution anormale de l'anaphase. Ces assemblages chromosomiques atypiques résultants d’anaphases anormales pourraient être létaux pour la cellule ou entraîner un déséquilibre du dosage génique et une instabilité génomique accrue pouvant conduire à une mosaïque de phénotypes cellulaires
The DNA double-stranded breaks (DSB) are key events in the cell response to ionizing radiation that may affect, with the individual genetic and epigenetic profile, the fate of healthy tissues of people exposed. Following initial breaks and chromatin destabilization, a set of post-translational modifications of histones occurs, including the phosphorylation of serine 139 of histone H2AX (gamma-H2A.X), which leads to the formation of ionizing radiation-induced foci (IRIF). DSB repair results in the disappearance of most IRIF within hours after exposure. However, a proportion of IRIF remains 24 hours upon irradiation. The nature and role of these persistent IRIF are still unclear. The goal of this work is to explore the characteristics of these persistent IRIF and their consequences on the cell behavior. To investigate the dynamic of IRIF in our model, we exposed G0/G1-phase synchronized HUVECs to 1 or 5 Gy of X-rays. IRIF were studied from 10 minutes up to 7 days after exposure by monitoring gamma-H2A.X foci, their temporal association with 53BP1 protein and PML NBs (Promyelocytic leukemia nuclear bodies), and their impact on cell proliferation. We analyzed a mean of 4 000 cells for each condition using an automated detection of nuclei and foci. The analysis of a large number of cells and foci allowed us to screen subpopulations of cells or foci through different characteristics, such as size, shape or cell cycle phase among others, and to weight their representativeness in the whole population of exposed cells. We identified that persistent gamma-H2A.X foci after irradiation had a size superior to 0.72 ± 0.11 µm² and always collocated with 53BP1. More than 70% of cells exposed to 5 Gy had at least one persistent IRIF 24 hours after exposure and we observed these persistent IRIF up to 7 days post irradiation. A significant spatial association between PML NBs and IRIF was observed from 10 minutes after exposure; at 24h post irradiation, around 90% of persistent IRIF were associated with PML NBs. Moreover we demonstrated that persistent IRIF did not block cell proliferation definitively. The frequency of IRIF was lower in daughter cells, probably due to a certain amount of asymmetric distribution of IRIF between them. We report a positive association between the presence of an IRIF and the likelihood of DNA missegregation by observation of mitotic catastrophes. Hence, the structure formed after the passage of a persistent IRIF across the S and G2 phases may impede the correct segregation of sister chromatids of the chromosome affected. Consequently, the nature of IRIF in the nucleus of daughter cells might differ before and after the first cell division due to an abnormal resolution of anaphase. The resulting atypical chromosomal assembly may be lethal or result in a gene dosage imbalance and possible enhanced genomic instability, and could lead to a patchwork of cell phenotypes

La radiothérapie est utilisée dans 60% des protocoles thérapeutiques anti-cancéreux. L’objectif est de délivrer une dose maximale pour détruire la tumeur, tout en protégeant les tissus sains environnants. Le ratio bénéfice/risque est donc un paramètre important, la toxicité aux tissus sains étant un des facteurs limitant du traitement. La plupart des patients traités par radiothérapie développent des effets secondaires à court terme et on estime que 5 à 10% d’entre eux développeront des lésions tardives telles que des fibroses radiques. Les fibroses intestinales sont des complications de la radiothérapie des cancers abdomino-pelviens. Il a été montré que l’inhibiteur des activateurs du plasminogène de type-1 (PAI-1) joue un rôle important dans le développement des dommages intestinaux radio-induits tardifs. Ce travail de thèse a permis de montrer un bénéfice transitoire du traitement par un inhibiteur pharmacologique de PAI-1 (PAI-039) dans les phases aigues qui suivent l’irradiation, in vivo chez la souris. D’autre part, il a été mis en évidence pour la première fois que PAI-1 joue un rôle clé dans les phases précoces après irradiation, notamment dans la mort radio-induite des cellules endothéliales in vivo et in vitro. Ainsi, les souris déficientes en PAI-1 irradiées présentent des taux moins élevés de cellules endothéliales apoptotiques et une conservation de la densité vasculaire dans la muqueuse intestinale, comparé aux souris sauvages. Par ailleurs, des modèles de cultures cellulaires humaines et murines ont été développés in vitro dans lesquels nous avons pu montrer que la modulation de l’expression de PAI-1 influence la radiosensibilité des cellules endothéliales. La compréhension des mécanismes moléculaires impliqués pourrait à terme permettre de mieux comprendre la physiopathologie des dommages radio-induit et de développer des stratégies thérapeutiques ciblées pour protéger les tissus sains sans compromettre le traitement anticancéreux

L’étude des effets biologiques des radiations ionisantes à l’échelle de la cellule individuelle et en particulier sur l’ADN du noyau cellulaire reste un enjeu majeur de la radiobiologie actuelle. L’objectif principal des recherches actuelles est de déterminer quels peuvent être les effets biologiques délétères des radiations ionisantes pour la santé humaine, en particulier dans le domaine des faibles doses de radiation. Afin d’étudier précisément la réponse des cellules aux radiations ionisantes, de nombreuses études expérimentales des effets des radiations ionisantes sur les cellules, tissus et organismes biologiques aux basses énergies ont accumulées de grandes quantités de données de qualité sur la réponse de cellules aux radiations. Il existe également de nombreux modèles semi-empiriques de survie cellulaire qui incorporent des paramètres biologiques et physiques. En parallèle, des stochastiques basées sur la technique « Monte Carlo » pour modéliser les processus élémentaires en physique, chimie et biologie sont en cours de développement. L’outil Geant4 développé dès 1993 (CERN et KEK) en utilisant des techniques informatiques de dernière génération (C++) permet à l’utilisateur de construire une simulation complète grâce à de nombreuses fonctionnalités : formes géométriques, matériaux, particules élémentaires, processus physiques électromagnétiques et hadroniques, visualisation, analyse de données, interactivité et extensibilité… Cependant, Geant4 présente un certain nombre de limitations pour la simulation des effets biologiques des radiations ionisants à l’échelle subcellulaire : les modèles standard ne prennent pas compte le technique « pas-à-pas », les modèles physique sont limités à basse énergie, il n’a pas des descriptions des cibles moléculaires et Geant4 n’est pas capable de simuler les étapes physico-chimique et chimique nécessaire pour déterminer l’oxydation des bases et les éventuelles cassures d’ADN.Dans ce contexte, le projet Geant4-DNA propose d’étendre Geant4 afin de modéliser les interactions des radiations ionisantes à l’échelle de la cellule biologique et la molécule d’ADN et aux basses énergies. Au cours du travail de thèse, j’ai tout d’abord validé les modèles physiques en comparant les résultats de simulation à une grande collection de données expérimentales disponibles dans la littérature. L’accord entre les valeurs de sections efficaces totales et différentielles et les mesures expérimentales a été quantifié à l’aide du test statistique Kolmogorov-Smirnov. J’ai par la suite amélioré les classes des processus de diffusion élastique des électrons et travailler sur les calculs théoriques du modèle de diffusion élastique des protons et des alphas dans l’eau liquide auparavant inexistant dans Geant4-DNA. J’ai effectué une combinaison des processus multi-échelles des modèles de Geant4-DNA (à l’échelle microscopique) avec les modèles électromagnétiques disponibles dans l’outil Geant4 (les processus d’interaction des photons et autres modèles de Geant4). A la fin de mon travail, j’ai participé à l’estimation des performances de Geant4-DNA pour la dosimétrie dans des géométries de petite taille (jusqu’à l’échelle du nanomètre) dans l’eau liquide à l’aide des distributions « Dose Point Kernel ». J’ai ensuite calculé les fréquences de dépôts d’énergie dans des petits cylindres de dimensions nanométriques correspondant à des cibles biologiques et des modèles de noyau cellulaire humain simplifié pour l’estimation des cassures directes simple et double. Mon travail de thèse a fournit les premiers résultats de Geant4-DNA pour la prédiction de cassure de brin d’ADN combinant physique et géométries à l’échelle de l’ADN. Enfin, nous avons développé des classes de processus et modèles basés sur l’approche CTMC-COB (Classical Trajetory Monte Carlo avec critère d’Over Barrier) spécifique aux bases de la molécule d’ADN et à l’eau liquide
A large experimental and modeling activity is currently taking place, aimed at better understanding the biological effects of ionizing radiation at the molecular scales. Considerable amounts of experimental data have been accumulated over the past decades in order to measure quantities such as macroscopic cellular survival curves and DNA strand damages after irradiation. In parallel, computer codes have been proposed to use a stochastic approach based on Monte Carlo technique to model physical interaction in the irradiated medium. The Geant4 toolkit uses the object-oriented technology (C++) to describing particle-matter interactions, such as bio-medical physics and space physics, from sub-micrometer cells up to planetary scales. Geant4-DNA project is included in the Geant4 toolkit and benefits from the easy accessibility of the Geant4 code for the development of a computing platform allowing estimation effects of ionizing radiations. In my thesis, firstly, I have contributed in the project the validation of various models with the experimental data collections extracted from the recent literature. A good agreement between total and differential cross section values corresponding to each available Geant4-DNA model and experimental data is validated by Kolmogorov-Smirnov testing. Secondly, I have improved elastic scattering process and working on the calculation of the DDCS for proton elastic scattering in water in the Geant4-DNA. In addition, I have combined Geant4 electromagnetic processes with the Geant4-DNA. This combination brought additional Geant4 simulation capabilities in complement of the possibility to combine Geant4-DNA models with other Geant4 electromagnetic models at different sizes and energy scales in a single simulation application. Finally, we have presented the usage of Geant4-DNA physics processes in nanometer-size targets fully implemented in a single Geant4 application. The frequencies of the deposited energy and number of direct DNA single strand break and double strand break in the simplified nucleus model are compared with other codes results and with a collection of experimental data on direct DNA dimensions on plasmid DNA. Furthermore I have implemented in Geant4-DNA theoretical cross sections of physics processes based on a Classical Trajectory Monte Carlo (CTMC) approach for modeling the detailed transport of protons and neutral hydrogen atoms in liquid water and in DNA nucleobases

Le syndrome de Gorlin est une maladie rare caractérisée par de nombreuses anomalies du développement. Ces manifestations cliniques, dues à des mutations d'un acteur essentiel de la voie de signalisation sonic hedgehog, incluent aussi une hyper-radiosensibilité et une forte prédisposition à développer des carcinomes basocellulaires. Etant donné l'implication de défaut de la réparation de l'ADN au niveau des affections liées à l'hyper-radiosensibilité, nous avons décidé d'étudier l'effet des mutations du gène PTCH1 sur la réponse aux dommages de l'ADN afin de mieux comprendre les mécanismes cellulaires et moléculaires conduisant au phénotype Gorlin.Cette étude permet de mettre en évidence une défaillance globale des systèmes de réparation des dommages de l'ADN dans les fibroblastes issus de patients Gorlin par rapport à des fibroblastes normaux. Elle met notamment en exergue un écroulement de la réparation par excision de bases (BER) responsable de la réparation des dommages oxydatifs
The Gorlin syndrome is a rare genetic disorder characterized by several developmental abnormalities. Due to mutations in PTCH1, a key player of the sonic hedgehog signaling pathway, clinical manifestations also includes hyper-radiosensitivity and an increased predisposition to the development of basal cell carcinomas. Given the implication of DNA repair system defects in hyper-radiosensitivity pathologies, we decided to study the effect of PTCH1 mutations on the DNA damage response in order to better understand the cellular and molecular mechanisms leading to Gorlin's phenotype.This study demonstrate a global failure of the DNA damage repair systems in Gorlin fibroblasts with respect to controls. It highlights in particular the collapse of the base excision repair pathway (BER) responsible for the repair of oxidative DNA damage

Ce travail de thèse, réalisé dans le cadre des projets de recherche ROSIRIS (IRSN) et Geant4-DNA, porte sur la construction d’une simulation multi-échelle dédiée au calcul des dommages radio-induits précoces à l’ADN qui peuvent apparaître suite à l’irradiation d’un noyau cellulaire. L’outil développé s’appuie sur une version modifiée du code de Monte Carlo Geant4-DNA et est capable de simuler dans le détail le transport et les interactions physiques entre l’irradiation ionisante et la matière biologique (étape physique), la création d’espèces chimiques (étape physico-chimique) et les réactions et processus de diffusion de ces dernières (étape chimique). Durant la simulation de ces trois étapes, un modèle géométrique de l’ADN, décrivant l’ensemble du génome humain avec une précision moléculaire, est généré avec un nouveau logiciel développé dans le cadre de cette thèse : DnaFabric. Les premiers résultats obtenus pour des irradiations avec des protons et des ions alpha sont détaillés et comparés à des données de la littérature. Un bon accord est observés avec ces dernières illustrant ainsi la cohérence de l’ensemble de la simulation. L’influence très significative du critère de sélection utilisé pour identifier les dommages à l’ADN est également démontrée
This work was performed in the frame of the ROSIRIS (IRSN) and Geant4-DNA research projects and describes the development of a simulation tool to compute radioinduced early DNA damages in a cell nucleus. The modeling tool is based on a modified version of the Monte Carlo code Geant4-DNA and is able to simulate the physical interactions between ionizing particles and the biological target (physical stage), the creation of chemical species within the cell nucleus (physico-chemical stage) as well as the reactions and diffusion processes of these chemical species (chemical stage). During all the simulation, a geometrical model that describes the DNA content of a human diploid cell nucleus is taken into account. This model was generated with a new software (DnaFabric) developed in the frame of this work and has a molecular level of detail.The first results (in term of DNA strand breaks) obtained with this tool are detailed and compared with experimental data from the literature. The good agreement between the simulation results and those data shows the coherence of our modeling. The significant influence of the selection criteria used to identify the DNA damages is also demonstrated

Les rayonnements ionisants sont connus pour induire des dommages critiques au sein de la matière biologique et spécialement au sein de l'ADN. Parmi ces dommages, les cassures doubles brins de l'ADN (DSB) sont considérées comme les principales responsables des effets létaux des rayonnements. Comprendre et prédire comment ces cassures sont créées et réparées dans les noyaux cellulaires demeure un défi dans la recherche en radiobiologie. Ce travail s'inscrit dans ce contexte, dans la modélisation des cassures double brin de l'ADN (DSB) à partir des dépôts d'énergie créés par l'irradiation au niveau intracellulaire. Le détail topologique au niveau nanométrique des dépôts d'énergie nécessaire à ce travail est obtenu par modélisation Monte Carlo à l'aide du code Geant4 et, en particulier son extension Geant4-DNA pour des processus à très faible énergie. Les dommages étudiés étant ceux localisés dans l'ADN, le premier objectif de ce travail a été de réaliser une géométrie détaillée de celui-ci afin de l'implémenter dans les calculs Monte Carlo. Deux types de noyaux cellulaires, représentant un fibroblaste et un endothélium, ont été décrits afin d'évaluer l'influence de la densité d'ADN dans les résultats sur la topologie des dépôts pouvant donner lieux à des cassures de la molécule. Cette géométrie nous permet d'effectuer une première sélection des dépôts d'énergie pouvant contribuer aux cassures car situées sur la chaîne sucre-phosphate. Ces dépôts sont ensuite analysés à l'aide d'un algorithme de clustérisation de manière à les regrouper sous forme d'agrégats afin d'étudier leur localisation et complexité. Néanmoins, dans cette étude, seule les interactions physiques entre les rayonnements ionisants et la cible sont modélisées, il n'est donc pas possible d'obtenir un nombre absolu de cassures de brins car cette modélisation n'inclue pas l'étape de création et de transport des radicaux libres pouvant donner lieu à des dommages indirects. Ainsi, le but de ce travail était d'évaluer la dépendance relative des dommages radio-induits directs avec la densité d'ADN, la qualité du rayonnement, la morphologie du noyau ou encore la condensation de la chromatine. Les différentes modélisations réalisées ont permis de quantifier l'influence de ces différents paramètres dans le nombre et la complexité des dommages directs induits dans l'ADN, pouvant ensuite contribuer aux effets tardifs sur le devenir cellulaire.