Добірка наукової літератури з теми "DNA virus- G-quadruplex secondary structures"
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Статті в журналах з теми "DNA virus- G-quadruplex secondary structures"
Han, Ji Ho, та Moon Jung Song. "인간 허피스바이러스에 대한 G-quadruplex 결합 리간드의 항바이러스 효과". Institute of Life Science and Natural Resources 30 (31 грудня 2022): 23–31. http://dx.doi.org/10.33147/lsnrr.2022.30.1.23.
Повний текст джерелаArtusi, Sara, Emanuela Ruggiero, Matteo Nadai, Beatrice Tosoni, Rosalba Perrone, Annalisa Ferino, Irene Zanin, Luigi Xodo, Louis Flamand, and Sara N. Richter. "Antiviral Activity of the G-Quadruplex Ligand TMPyP4 against Herpes Simplex Virus-1." Viruses 13, no. 2 (January 28, 2021): 196. http://dx.doi.org/10.3390/v13020196.
Повний текст джерелаNobile, C., J. Nickol, and R. G. Martin. "Nucleosome phasing on a DNA fragment from the replication origin of simian virus 40 and rephasing upon cruciform formation of the DNA." Molecular and Cellular Biology 6, no. 8 (August 1986): 2916–22. http://dx.doi.org/10.1128/mcb.6.8.2916-2922.1986.
Повний текст джерелаNobile, C., J. Nickol, and R. G. Martin. "Nucleosome phasing on a DNA fragment from the replication origin of simian virus 40 and rephasing upon cruciform formation of the DNA." Molecular and Cellular Biology 6, no. 8 (August 1986): 2916–22. http://dx.doi.org/10.1128/mcb.6.8.2916.
Повний текст джерелаMcDaniel, Yumeng Z., Dake Wang, Robin P. Love, Madison B. Adolph, Nazanin Mohammadzadeh, Linda Chelico, and Louis M. Mansky. "Deamination hotspots among APOBEC3 family members are defined by both target site sequence context and ssDNA secondary structure." Nucleic Acids Research 48, no. 3 (January 16, 2020): 1353–71. http://dx.doi.org/10.1093/nar/gkz1164.
Повний текст джерелаKopp, Martina, Harald Granzow, Walter Fuchs, Barbara G. Klupp, Egbert Mundt, Axel Karger, and Thomas C. Mettenleiter. "The Pseudorabies Virus UL11 Protein Is a Virion Component Involved in Secondary Envelopment in the Cytoplasm." Journal of Virology 77, no. 9 (May 1, 2003): 5339–51. http://dx.doi.org/10.1128/jvi.77.9.5339-5351.2003.
Повний текст джерелаLerner, Leticia Koch, and Julian E. Sale. "Replication of G Quadruplex DNA." Genes 10, no. 2 (January 29, 2019): 95. http://dx.doi.org/10.3390/genes10020095.
Повний текст джерелаBochman, Matthew L., Katrin Paeschke, and Virginia A. Zakian. "DNA secondary structures: stability and function of G-quadruplex structures." Nature Reviews Genetics 13, no. 11 (October 3, 2012): 770–80. http://dx.doi.org/10.1038/nrg3296.
Повний текст джерелаMayer, Günter, Lenz Kröck, Vera Mikat, Marianne Engeser, and Alexander Heckel. "Light-Induced Formation of G-Quadruplex DNA Secondary Structures." ChemBioChem 6, no. 11 (September 22, 2005): 1966–70. http://dx.doi.org/10.1002/cbic.200500198.
Повний текст джерелаAsamitsu, Sefan, Masayuki Takeuchi, Susumu Ikenoshita, Yoshiki Imai, Hirohito Kashiwagi, and Norifumi Shioda. "Perspectives for Applying G-Quadruplex Structures in Neurobiology and Neuropharmacology." International Journal of Molecular Sciences 20, no. 12 (June 13, 2019): 2884. http://dx.doi.org/10.3390/ijms20122884.
Повний текст джерелаДисертації з теми "DNA virus- G-quadruplex secondary structures"
Kalarn, Salil, and Salil Kalarn. "Exploring the Molecular Mechanisms by which AID Recombinase Interacts with DNA Secondary Structures involved in Cancer." Thesis, The University of Arizona, 2017. http://hdl.handle.net/10150/626339.
Повний текст джерелаLago, Sara. "Investigation of the Role of Dna G-Quadruplex Structures in Human Transcription, Cancer and Viral Infections." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2018. http://hdl.handle.net/11577/3425882.
Повний текст джерелаIl manuscritto contiene una descrizione e discussione dei risultati ottenuti in ambito del progetto di ricerca di dottorato riguardante lo studio delle strutture G-quadruplex delDNA in un tumore umani raro (il liposarcoma) e nel genoma di due virus a diffusione mondiale, quali: HIV-1 e HSV-1.
Greco, Maria Laura. "Conformational switch of oncogene promotorial sequences towards non-canonical DNA secondary structures." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2015. http://hdl.handle.net/11577/3424026.
Повний текст джерелаMolti studi dimostrano che l’assunzione di strutture “non canoniche” da parte della molecola di DNA sia coinvolto in molti importanti processi biologici che regolano la proliferazione cellulare e l’espressione proteica. In particolare, è stata dimostrata l’implicazione di una di queste particolari strutture secondarie, chiamata G-quadruplex (G4), nel blocco della progressione del cancro. La struttura G4 è propria di sequenze di DNA ricche in guanine consecutive che assemblandosi tramite legami di Hoostein, formano piani di tetradi di guanine impilati tra loro. Questa particolare conformazione si forma prevalentemente lungo i tratti terminali dei cromosomi, i telomeri, ma anche lungo siti promotoriali di diversi oncogeni coinvolti in molti tipi di cancro. La formazione del G4 porta ad una sorta di ingombro sulla molecola di DNA che inibisce l’elongazione del telomero e i processi di trascrizione. Questo porta ad uno “spegnimento” di questi meccanismi che sono direttamente coinvolti nello sviluppo del cancro. Molti fattori possono influenzare gli equilibri delle conformazioni G4, per esempio, le condizioni saline, la temperatura, il pH, il legame con specifiche proteine, così come la presenza di cosoluti. Inoltre, la struttura globale del G4 é rigorosamente dipendente dalla sequenza oligonucleotidica. Pertanto, diverse strutture G4 possono essere identificate a livello cellulare. In questo progetto, è stato condotto uno studio conformazionale di regioni promotoriali degli oncogeni EGFR e BRAF, dal momento che, su questi oncogeni è stata riscontrata la presenza di regioni “G-rich” (ricche in guanine) potenzialmente in grado di assumere una struttura G4. In particolare, sono state analizzate le sequenze a partire dalle posizioni -272, -37 di EGFR e -176 di BRAF dal “transcription start site” (sito di inizio della trascrizione). Finora, non sono presenti dati in letteratura riguardanti la caratterizzazione strutturale di queste sequenze in soluzione. Con questo studio, è stata dimostrata la capacità delle suddette sequenze di assumere una conformazione G4 nelle idonee condizioni sperimentali e soprattutto in un ambiente che mimi quello fisiologico (150mM KCl e pH 7.5). Poiché gli oncogeni sono sequenze a doppio filamento, anche la conformazione i-motif assunta dal filamento complementare ricco in citosine (“C-rich”) può essere coinvolta nella regolazione del processo di trascrizione genica. Tuttavia, sinora non è stata riscontrata alcuna rilevanza fisiologica della conformazione i-motif. In questo lavoro, è stata caratterizzata anche la conformazione assunta dal filamento “C-rich”, in particolare se essa possa esistere in condizioni fisiologiche e se fosse in grado di destabilizzare la doppia elica insieme al G4. I dati ottenuti dimostrano che in condizioni fisiologiche la forma prevalente è il doppio filamento. Tuttavia, è stato dimostrato come alcuni ligandi siano in grado di spostare l’equilibrio del DNA dalla sua forma di doppia elica-B, verso le conformazioni non canoniche. È stato infatti condotto uno studio su due librerie di composti con lo scopo di evidenziare un composto selettivo ed efficace. Ci siamo focalizzati su derivati antrachinonici e di naftalendiimidi noti come efficaci ligandi per il G4. Questi composti sono stati prima testati su diversi templati G4, noti per essere dei modelli validati per lo studio di binding sul G4. Quindi la loro efficienza sul G4 è stata poi comparata a quella sul doppio filamento. I derivati più selettivi verso il G4 sono stati poi testati su G4 oncogenici. Sebbene una continuazione dello studio fosse necessaria per identificare un composto “lead”, con questo lavoro è stato dimostrato come l’uso di una sostituzione asimmetrica sull’anello aromatico possa implementare la selettività tra più G4. Infine, per identificare la formazione del G4 in vivo, è stata messa a punto una nuova tecnica che consiste in un protocollo di footprinting in vivo. Questo lavoro, svolto nell’Università del Mississippi, Oxford, MS (USA) sotto la supervisione della dr.ssa Tracy A. Brooks, dovrebbe fornire nuovi sviluppi per la formazione del G4 nelle cellule in accordo con le loro condizioni fisiologiche
Palumbo, SunMi Lee. "Characterization of Secondary DNA Structures Formed in the c-myb and hTERT Promoters and Their Potential Role in the Regulation of Transcription." Diss., The University of Arizona, 2009. http://hdl.handle.net/10150/194266.
Повний текст джерелаDexheimer, Thomas Steven. "Defining the Role of DNA Secondary Structures and Transcriptional Factors in the Control of c-myc and bcl-2 Expression." Diss., The University of Arizona, 2006. http://hdl.handle.net/10150/195655.
Повний текст джерелаUribe, Diana Judith. "Defining the Role of Secondary DNA Structures and Transcription Factors on the Transcriptional Control of the HIF-1alpha and VEGF Promoters." Diss., The University of Arizona, 2011. http://hdl.handle.net/10150/145466.
Повний текст джерелаBrown, Robert Vincent. "The Regulatory Significance and Molecular Targeting of Novel Non-B-DNA Secondary Structures Formed from the PDGFR-Beta Core Promoter Nuclease Hypersensitivity Element." Diss., The University of Arizona, 2014. http://hdl.handle.net/10150/337361.
Повний текст джерелаBerselli, Michele. "Development and Application of Informatics Tools for the Detection and Analysis of Non-Canonical DNA Structures." Doctoral thesis, Università degli studi di Padova, 2018. http://hdl.handle.net/11577/3425749.
Повний текст джерелаLa doppia elica del DNA è una molecola molto flessibile ed eterogenea, che può adottare una vasta gamma di conformazioni locali alternative. Queste conformazioni vengono collettivamente chiamate non-B DNA. Questi conformeri sembrano svolgere un ruolo importante in diverse condizioni cellulari sia fisiologiche che patologiche, ed influenzano molte proprietà biochimiche del genoma. La formazione di queste strutture dipende da caratteristiche specifiche della sequenza del DNA, e diversi motivi di sequenza possono portare alla formazione di diverse strutture non-B DNA. Durante questi anni, ho concentrato il mio lavoro sullo sviluppo di nuovi strumenti computazionali per la rilevazione di alcuni di questi motivi su scala genomica. Questo investimento di tempo è stato necessario, poiché attualmente mancano strumenti sufficientemente flessibili in grado di eseguire tali analisi. In particolare, mi sono concentrato sul rilevamento di motivi degenerati. A tale scopo, ho sviluppato NeSSie e QPARSE. NeSSie è in grado di rilevare in modo efficiente ed esauriente sequenze con proprietà simmetriche, come motivi speculari e palindromici associati alla formazione di forcine, strutture cruciformi e regioni di DNA a triplo filamento. QPARSE può rilevare ripetizioni consecutive di isole di G esatte o degenerate, che sono coinvolte nella formazione di G-quadruplex (G4) e strutture G-quadruplex appaiate (cioè due strutture quadruplex che si trovano vicine lungo la sequenza e che possono interagire formando una struttura di ordine superiore ed influenzandosi reciprocamente nel ripiegamento). Ho quindi iniziato a utilizzare questi strumenti per eseguire analisi su genomi appartenenti a specie di micobatterio e sul genoma umano. Nei genomi delle specie di micobatteri che sono in grado di sviluppare malattie simili alla tubercolosi, NeSSie ha rivelato l'arricchimento di un motivo con una perfetta simmetria a specchio. Analisi sperimentali hanno quindi confermato che questo motivo può piegarsi in una struttura a forcina precedentemente sconosciuta ma molto stabile. Nel genoma umano, mi sono concentrato sul rilevamento di sistemi G-quadruplex accoppiati. Una analisi su tutto il genoma ha rivelato un sorprendente arricchimento di sequenze potenzialmente coinvolte nella formazione di questi sistemi in corrispondenza del TSS (Sito di inizio della trascrizione) di migliaia di geni umani. Tra i sistemi predetti, uno identificato in corrispondenza del TSS di BCL2 è in corso di validazione sperimentale e i risultati preliminari sono promettenti. Questi risultati contribuiscono all'idea che i non-B DNA possano svolgere importanti ruoli funzionali e potenzialmente strutturali. Suggeriscono anche che il panorama di strutture che possono formarsi nella molecola di DNA sia molto più complesso di quanto ipotizzato, e che abbiamo ancora un'enorme mancanza di conoscenza verso queste strutture alternative. Seguendo queste evidenze, la sequenza del DNA deve essere ampiamente rivalutata non solo dal punto di vista della codifica, ma considerando anche le sue proprietà strutturali e funzionali. È quindi necessario indirizzare gli sforzi verso nuovi campi di indagine, studiando e caratterizzando queste strutture a livello genomico.