Дисертації: "Diversité chimique"

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Remy, Simon. "Diversité chimique et potentialités antivirales d'Euphorbiacées tropicales." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS374/document.

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Анотація:

Dans le but d'identifier de nouveaux inhibiteurs du chikungunya (CHIKV), de la dengue (DENV) et de la zika (ZIKV), une étude systématique portant sur 339 extraits d'Euphorbiaceae tropicales a été réalisée grâce à un test cellulaire d'inhibition du CHIKV et à des tests d'inhibition de l'ARN-polymérase de DENV et ZIKV.Sandwithia guyanensis et Sagotia racemosa, deux espèces provenant de Guyane française, dont les extraits d'écorce présentaient une forte activité anti-CHIKV importante, ont d'abord été étudiées. À la suite d'un processus d'isolement bioguidé classique, plus de 20 nouveaux diterpènes ont été caractérisés, mais aucun d'entre eux ne présentait une activité antivirale significative. Pour résoudre ce problème, des réseaux moléculaires (MN) ont été construits grâce aux données de LC-MS/MS obtenues à partir des fractions chromatographiques des deux extraits. L'annotation des MN, a permis l'identification d'analogues du phorbol, connus pour être de puissants inhibiteurs du CHIKV. Présents à l'état de traces, ces composés fournissent une explication plausible à l'activité anti-CHIKV des deux extraits.Dans une deuxième étude, une stratégie de priorisation des extraits de plantes basée sur la fusion de données taxonomiques et d'essais biologiques au sein d'un MN a conduit à l'isolement et à la caractérisation ciblée de plusieurs inhibiteurs doubles de Codiaeum peltatum. Les deux études illustrent comment les MN et les progrès récents en matière d'annotation des données de LC-MS/MS peuvent être mis en œuvre dans les études phytochimiques pour améliorer le processus découverte de composés bioactifs
In order to identify new inhibitors of chikungunya (CHIKV), dengue fever (DENV) and zika (ZIKV), systematic study with 339 extracts from tropical Euphorbiaceae species was performed in a virus-cell-based assay for CHIKV and DENV and ZIKA NS5 inhibition assaysThe French Guianese species Sandwithia guyanensis and Sagotia racemosa, from which bark extracts exhibited significant anti-CHIKV activities, were first investigated. Following a classical bioguided isolation workflow, more than 20 new diterpenes were characterized but none of them showed significant antiviral activity. To adress this issue, molecular networks (MN) were built from the LC-MS/MS data acquired from the chromatographic fractions of both extracts. The annotation of the MNs led to the identification of phorbol analogues, known to be potent CHIKV inhibitors. Present at trace levels, these compounds provide a plausible explanation for the anti-CHIKV activity of both extracts.In a second study, a strategy to prioritize plant extracts based on the fusion of taxonomic data and bioassays within a MN led to the isolation and targeted characterization of several dual inhibitors from Codiaeum peltatum. Both studies illustrate how MN and recent advances in LC-MS/MS data annotation can be implemented in phytochemical studies to improve the bioactive compounds discovery process

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Barthélémy, Morgane. "Etude de la diversité chimique et biologique d’endophytes de palmiers." Thesis, Sorbonne université, 2019. http://www.theses.fr/2019SORUS563.

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Dans cette étude, le palmier Astrocaryum sciophilum a été choisi comme modèle pour l'étude de ses endophytes foliaires. Du fait de sa longévité, nous avons cherché à mettre en évidence une communauté compétitive d’endophytes en fonction de l’âge de ses feuilles. Afin d’évaluer si les métabolites produits par ces endophytes pourraient être utilisés en santé humaine, les extraits de chaque endophyte ont été testés contre Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (SARM) ainsi que pour leur activité quorum quenching (QQ). En parallèle, afin d’identifier un rôle écologique de protection de la plante par ces endophytes, des co-cultures ont été réalisées avec le phytopathogène Fusarium oxysporum. Plusieurs extraits de souches ont été sélectionnés afin d’isoler et d’identifier le ou les métabolites responsables des activités biologiques observées. Différents outils analytiques ont permis de guider le processus d’isolement (LC-MS/MS, réseaux moléculaires et imagerie par spectrométrie de masse). L’étude de la communauté d’endophytes isolée des feuilles âgées n’a pas mis en évidence un arsenal chimique plus compétitif. Toutefois, deux souches bactériennes du genre Luteibacter sp. ont montré un extrait actif sur SARM et de nombreux extraits de bactéries présentent une activité QQ. Par la suite, le métabolome secondaire du genre Colletotrichum a été étudié à l’aide des réseaux moléculaires et un champignon de la famille des Xylariaceae a été étudié pour son activité contre F. oxysporum. Dans le cadre de cette thèse, sept souches endophytes ont été étudiées chimiquement permettant l’isolement et l’identification de 42 molécules dont dix sont nouvelles
The palm Astrocaryum sciophilum is the host plant model chosen in this work. Indeed, due to the longevity of its leaves, we expected to highlight a competitive community of endophytes within the oldest leaves. Thus, 197 endophytes have been isolated and identified from different leaves of six palm specimens. In order to evaluate whether the compounds produced by these microorganisms could be used for the treatment of human disease, the ethyl acetate extracts of each endophyte were tested against methicillin-resistant Staphylococcus aureus (MRSA) as well as for a quorum quenching (QQ) activity. Simultaneously, co-culture were carried with the fungi Fusarium oxysporum in order to highlight endophytes providing plant protection against phytopathogens. We selected extracts in order to isolate and identify the bioactive metabolites. Various analytical tools have been used to improve the isolation process (LC-MS/MS, molecular networking or MS imaging).The study of the endophytic community isolated from older leaves did not show a more competitive chemical arsenal. However, two Luteibacter strains exhibited an ethyl acetate extract active against MRSA and several bacteria provide quorum quenching extracts. The metabolome of Colletotrichum genus was studied using molecular networking and a fungus from the Xylariaceae family was studied for its capacity to inhibit F. oxysporum’s growth. In our study, seven endophyte strains were chemically investigated leading to the isolation and identification of 42 molecules whose ten are new

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Fahed, Layal. "Diversité chimique et potentiel antimicrobien d’huiles essentielles de plantes libanaises." Thesis, Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 2016. http://www.theses.fr/2016MNHN0005/document.

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La résistance aux antimicrobiens est un problème mondial majeur de plus en plus préoccupant. Le développement de nouveaux antimicrobiens classiques remplaçant les agents rendus inefficaces est certes l’une des stratégies les plus prometteuses visant à diminuer son ampleur. Mais cette solution demeure malheureusement momentanée. En fait tout agent antimicrobien sera tôt ou tard vaincu par la propagation des souches résistantes favorisée par le phénomène de pression de sélection exercée par l’agent lui-même. Il est donc nécessaire d’envisager toutes les alternatives possibles aux approches classiques, cela afin de diversifier l’arsenal thérapeutique antimicrobien.Les huiles essentielles utilisées par les plantes dans leur défense contre les pathogènes sont naturellement composées d’un mélange de constituants les rendant capables d’agir sur plusieurs cibles de l’organisme. De ce fait, même les pathogènes les plus résistants ne vont pouvoir échapper à leurs actions et le développement des résistances sera par conséquent limité. Dans le cadre de la présente thèse des plantes aromatiques libanaises sélectionnées en se basant surtout sur des indications ethno pharmacologiques ont été récoltées de différentes régions libanaises. Elles ont été par la suite hydrodistillées pour produire une vingtaine d’huiles essentielles qui ont été analysées par GC/MS et éventuellement par RMN, et évaluées contre une gamme de pathogènes responsables d’infections cutanées chez l’homme. L’analyse de la composition chimique des HEs a été marquée par l’isolement et la caractérisation pour la première fois du santolinoïdol, un sesquiterpène du type bisabolène qui a été retrouvé dans l’huile essentielle d’Achillea santolinoides subsp. wilhelmsii. Presque la moitié des HEs ont été actives sur au moins un des pathogènes. L’origine de l’activité des huiles les plus actives, l’effet de leurs associations avec des antimicrobiens commerciaux ainsi que leurs cytotoxicités ont été également investigués
Antimicrobial resistance is a major global problem and a growing concern. The development of new conventional antimicrobial agents replacing inefficient ones is certainly one of the most promising strategies aiming to reduce its extent. But this solution remains unfortunately momentary. In fact, any antimicrobial agent will eventually be defeated by the spread of resistant strains favored by the selection pressure phenomenon exerted by the agent itself. It is therefore necessary to consider all possible alternatives to conventional approaches in order to diversify the antimicrobial arsenal.Essential oils used by plants in their defense against pathogens are naturally composed of a mixture of components making them able to act on several targets of the organism. Thus, even the most resistant pathogens will not be able to escape their actions and the development of resistance will be therefore limited.In this thesis, Lebanese aromatic plants selected based mainly on ethnopharmacological indications were collected from various Lebanese regions. They were subsequently hydrodistillated producing twenty essential oils analyzed by GC / MS and eventually by NMR, and assessed against a range of pathogens that cause skin infections in humans. The analysis of the chemical composition of the EOs was marked by the isolation and characterization for the first time of santolinoïdol, a bisabolene type sesquiterpene that was found in the essential oil of Achillea santolinoides subsp. wilhelmsii. Almost half of the EOs have been active on at least one pathogen. The origin of the activity of the most active oils, the effect of their associations with commercial antimicrobials and their cytotoxicities were also investigated

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Despinasse, Yolande. "Diversité chimique et caractérisation de l'impact du stress hydrique chez les lavandes." Thesis, Saint-Etienne, 2015. http://www.theses.fr/2015STET4012/document.

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Cette thèse s’est focalisée sur les lavandes et en particulier sur trois lavandes retrouvées en France : la lavande fine (Lavandula angustifolia Miller), la lavande aspic (Lavandula latifolia Medik) et leur hybride le lavandin (Lavandula x intermedia). Capables de synthétiser de grandes quantités de composés organiques volatils (COV) et plus particulièrement des terpènes volatils tel les mono- et sesquiterpènes, les lavandes sont utilisées depuis l’antiquité par l’Homme pour les propriétés médicinales et aromatiques de ces terpènes, composants de l’huile essentielle de lavande. De par l’importance économique et écologique des terpènes volatils, ce travail de thèse présente différents aspects d’étude. Dans un premier temps la relation entre la diversité chimique, géographique et génétique de la lavande fine a été analysée sur l’ensemble de son aire de répartition. Les résultats ont mis en évidence des populations de lavande fine très différentes autant chimiquement que génétiquement au bord de leur aire de répartition. Dans un deuxième temps, l’impact du stress hydrique au cours du temps sur les contenus en terpènes volatils a été évalué sur la lavande aspic, le lavandin et six populations de lavande fine. Les résultats ont montré des tolérances différentielles en fonction des espèces et des populations ; ainsi le lavandin est plus rapidement affecté par le stress hydrique que la lavande fine. Les contenus terpéniques n’ont été que faiblement impactés par le stress hydrique et cela à des états hydriques différents selon les espèces et les populations. Malgré la grande diversité de réponse selon les composés, l’intensité du stress hydrique et les plantes ; les terpènes de la voie du camphre (bornéol, camphène et camphre) sont ceux qui présentent les plus grandes variations entre les plantes stressées et témoins. Il apparaissait alors intéressant d’étudier la voie de biosynthèse du camphre. Dans ce cadre-là, nous avons identifié et caractérisé la bornyl diphosphate synthase capable de former le bornéol à partir du bornyl diphosphate. L’ensemble de ces travaux permettent de mieux appréhender les relations entre production de terpènes volatils et environnement ainsi que de donner des outils génétiques afin de poursuivre ces investigations
The PhD was focused on lavenders and precisely on lavenders present in France: the fine lavender (Lavandula angustifolia Miller), the spike lavender (Lavandula latifolia Medik) and their hybrid the lavandin (Lavandula x intermedia). Skilled to synthetize huge organic volatils coumpounds (COV) amount and in particular volatils terpene such mono- and sesquiterpenes, lavenders are used by human from antiquity for medicinal and aromatic properties of these volatils terpenes, lavender essential oil is composed of. Due to economical and ecological volatils terpenes importance, several study aspects is considered in the PhD. In a first hand, on all the fine lavender’s repartition area, relationship between chemical, geographical and genetical diversities was assessed. Results showed chemical and genetical significant different populations, at the border of fine lavender repartition area. In a second hand, hydric stress impact over time on volatiles terpenes content was assessed on the spike lavender, lavandin and six fine lavender populations. Results put in evidence differential tolerances by species and populations; thus lavandin is more quickly affected by hydric stress than the fine lavender. Terpenes contents were slightly impacted by hydric stress and with different states amoung species and populations. Despite huge answer diversities amoung compounds, hydric stress intensity and plants; camphre pathway terpenes (borneol, comphene and camphre) are those which have the more important variations among stressed and controlled plants. Therefore study camphre biosynthesis pathway emerged. In this context, we have identified and characterized the bornyl diphosphate synthase able to produce the borneol from the bornyl diphosphate. These works allow a better understanding of relationships between volatils terpenes production and environment as well as give genetical tools to proceed to further investigations

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Brun, Nathalie. "Les tannins de la féverole (Vicia faba L. , Leguminosae) : diversité chimique et variétale." Lyon 1, 1991. http://www.theses.fr/1991LYO10158.

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Les objectifs de ce travail sont de developper un protocole d'etude des phenols, plus particulierement des sein de l'espece; d'assurer le suivi de la selection varietale en ce qui concerne les tannins; d'offrir aux nutritionnistes un eventail de chemotypes phenoliques pour l'experimention en alimentation animale. Une etude bibliographique presente les proprietes complexantes des tannins vis-a-vis des proteines et les implications nutritionnelles, ainsi que le metabolisme des tannins chez la feverole. Une selection critique des diverses methodes d'etude des phenols des proteagineux est ensuite proposee, concernant: les techniques de dosage des phenols totaux, des tannins hydrolysables et condenses; les methodes d'evaluation du pouvoir tannant de ces molecules; les protocoles d'etude analytique des proanthocyanidines. Les methodes retenues sont optimisees et leurs limites d'utilisation testees. L'application du protocole analytique complet ainsi mis au point a une collection de genotypes de feverole, suivie d'une etude statistique par a. C. P. , aboutit a la mise en evidence de quatre types chimiques extremes, caracterises par le degre de polymerisation et l'efficacite tannante de leurs tannins catechiques. La troisieme partie du travail concerne les facteurs posibles de variation de la composition phenolique des graines. Le suivi cinetique de la maturation de la graine revele deux etapes dans la synthese tannique au terme desquelles le chemotype peut etre reconnu. L'analyse des descendants par autofecondation de certains genotypes montre une relative stabilite de leurs profils phenoliques d'une annee sur l'autre. L'etude de la collection complete revele l'existence d'une correlation entre la composition phenolique des teguments de la graine et la coloration des fleurs, et l'absence de correlation entre cette composition et la coloration des teguments eux-memes

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Semmar, Nabil. "Analyse de la diversité chimique (flavonoïdes et saponines) de l'espèce Astragalus caprinus (fabaceae)." Lyon 1, 2000. http://www.theses.fr/2000LYO10244.

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Dans le cadre d'une coopération scientifique franco-tunisienne, la biodiversité de l'espèce Astragalus caprinus a été analysée avec les produits du métabolisme secondaire : flavonoi͏̈des et triterpénoi͏̈des. Le plan d'échantillonnage a concerné 400 plantes qui ont été récoltées dans 3 secteurs biogéographiques du nord et du sud de la Tunisie : la montagne de Bougarine, la steppe de Sousse-Monastir et le subdésert de Médine-Djerba. L'analyse phytochimique conduite par HPLC a permis d'étudier la distribution de 13 principales molécules flavoniques. Sur cette base de données analytiques, des analyses multivariées d'ordination et de classification ainsi que les transformations graphiques basées sur les séries finies de Fourrier, ont révélé 4 systèmes de régulations métaboliques conduisant à l'organisation de l'espèce A. Caprinus autour de 4 chemotypes. Au plan structural, la plupart des flavonoi͏̈des tetraglycosylés acylés et flavonoi͏̈des diglycosylés acylés méthoxylés. Quelques structures ont été complètement démontrées à l'aide de la résonance magnétique nucléaire 1H et 13C. Les relations entre chimie et environnement ont été approchées en comparant les données des divers milieux à l'aide de tests de Kruskal-Wallis et de Mann-Whitney ; la finalisation ultime de ces relations a été atteinte par analyse factorielle discriminante. La relation entre molécules et voies métaboliques a été établie grâce aux corrélations non paramétriques de Spearman ; cette première séquence d'analyses a été suivie d'une simulation des divers comportements métaboliques à l'aide d'un processus de mélange basé sur les réseaux simplex de Scheffé. Pour ce qui concerne les saponines, 4 molécules majeures ont caractérisé le patron triterpénique général ; après purification par MPLC, l'une d'entre elles a été élucidée par RMN1H et 13 C.

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Yang, Yin. "Qualification des miels de Corse par une approche multifactorielle : diversité pollinique & variabilité chimique." Thesis, Corte, 2014. http://www.theses.fr/2014CORT0009/document.

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Ce travail de thèse porte sur les miels de Corse commercialisés sous l’AOC et l’AOP « Miel de Corse-Mele di Corsica » et classés en six catégories variétales : « printemps », « maquis de printemps », « miellat du maquis », « maquis d’été », « châtaigneraie » et « maquis d’automne ». Notre objectif principal était de caractériser la composition volatile des miels de Corse et de développer une approche interdisciplinaire en vue de compléter la caractérisation de ces productions par la recherche de nouveaux critères pour la qualification de l’origine botanique et/ou géographique. Les travaux ont donc consisté à croiser les données obtenues par la méthode conventionnelle basée sur les analyses polliniques, sensorielles et physico-chimiques avec celles issues de l’analyse chimique de la fraction volatile des miels.Dans une première partie, 195 miels de nectar ont été caractérisés au niveau pollinique, physico-chimique ainsi que par leurs compositions volatiles. L’analyse pollinique a permis de certifier l’origine Corse et de mettre en évidence les principales espèces nectarifères de chaque gamme variétale et/ou les associations végétales caractéristiques des miellées. L’analyse de la fraction volatile par MEPS, CPG et CPG/SM a conduit à l’identification des marqueurs chimiques des diverses variétés de miels, à savoir la 2-aminoacétophénone (« châtaigneraie ») ; le p-anisaldéhyde et le 4-n-propylanisole (« maquis de printemps ») ; l’isophorone et le 3,4,5-triméthylphénol (« maquis d’automne ») ; les isomères de lilac aldéhyde et du p-menthèn-9-al (« printemps typé clémentinier »). De plus, une étude interdisciplinaire (analyse mélissopalynologique, physico-chimique et fraction volatile) basée sur l’utilisation de traitements statistiques des données multifactorielles a été menée sur chacune des catégories variétales. Les résultats obtenus ont permis de mieux cerner l’origine botanique des miels « quasi-monofloraux » ; de proposer des hypothèses sur les autres apports nectarifères et/ou miellatifères dans les miels à taxon dominant de type sur-représenté (« châtaigneraie ») et normal (« maquis de printemps ») ; de déterminer les différentes contributions nectarifères dans les miels dont l’espèce dominante à un taxon de type sous-représenté (« printemps » et « maquis d’automne ») et dans ceux ayant une origine botanique complexe (« maquis d’été »).Dans la seconde partie de nos travaux, nous avons caractérisé la fraction volatile de 74 miels des gammes « miellat du maquis » et « miel de Corse ». L’analyse statistique de la variabilité chimique a permis de distinguer les miellats de Metcalfa par la teneur en 3-furaldéhyde. Par ailleurs, nous avons pu qualifier l’origine botanique des miels dit « génériques » (mélange « miel de miellat »/« miel de nectar »), notamment les apports significatifs de « châtaigneraie » (molécule marqueur : 2-aminoacétophénone) et/ou de « maquis de printemps » (p-anisaldéhyde et 4-n-propylanisol).Enfin, ces travaux ont permis de développer une approche innovante basée sur une approche multifactorielle (polliniques, physico-chimiques et volatils) afin de mieux qualifier la complexité des origines botaniques des miels de Corse
This thesis was focused on the Corsican honeys under the AOC and AOP appellation “Miel de Corse-Mele di Corsica”. The Corsican honey was classified in six varietal categories: “spring”, “spring maquis”, “honeydew”, “summer maquis”, “chestnut grove” and “automne maquis”. The aim of this work was to characterize the volatile composition of Corsica honey and to develop an interdisciplinary approach to complete the characterization of Corsican honey and the qualification of the botanical and/or geographical origin. In the first part, 195 nectar honeys were characterized by melissopalynological, physico-chemical and volatile analyses. Pollen analysis allowed the certification of Corsican origin and highlights the main nectariferous species and/or characteristic plant associations of each varietal range. Thus, the volatile analysis by SPME, GC and GC/MS allowed the identification of some chemical markers of honey, namely 2-aminoacetophenone (“chestnut grove”); p-anisaldehyde and 4-n-propylanisole (“spring maquis”); isophorone and 3,4,5-trimethylphenol (“automne maquis”); isomers of lilac aldehydes and p-menth-1-en-9-al (“spring clementine”).For each honey range, an interdisciplinary study was carried out by using statistical analysis of multifactorial data (melissopalynological, physico-chemical and volatile data). These results allowed us to identify the “monofloral” honey samples; to propose some hypotheses about the nectar and/or honeydew contribution in honeys with dominant over-represented (“chestnut grove”) and normal taxon (“spring maquis”); and to determine the role of different nectariferous and/or polleniferous species in honeys with underrepresented taxon (“spring” and “autumn maquis”) and those with complex botanical origin (“summer maquis”).In the second part of our work, the volatile fraction of 74 Corsican honeydews and blend honeys has also been investigated. Statistical analysis of the volatile composition has distinguished Metcalfa honeydew by a high abundance of 3-furaldehyde. Otherwise, the other honey samples were characterized by a high abundance of 2-aminoacetopheneone (marker of “chestnut grove” honey) and/or p-anisaldehyde and 4-n-propylanisol (characteristic compounds of “spring maquis" honey). These observations could be explained by the nectar contribution of Castanea sativa and/or Erica arborea in the honeydew samples. Finally, this work has allowed us to develop an innovative approach based on multifactorial approach (pollen analysis, physic-chemical parameters, volatile composition) to obtain discriminant information for the determination of the floral origin from Corsican honeys
U Mele di Corsica hè un pruduttu sputicu di l’isula. E prime vistighe di l’apicultura inCorsica si ritrovanu in l’Antichità più anziana ma l’arte di a bugna è di u mele vene tralasciatadopu a Sigonda guerra mundiale. Cù a mossa idintitaria di l’anni sittanta (XXu seculu),s’urganizeghjanu i prufiziunali ed ottenenu una Appillazione d’Origine Cuntrullata (AOC) inlu 1998 po una Appillazione d’Origine Prutetta (AOP) in lu 2000. Fatta fine chì a pruduzzioneoghjinca (300 à 350 tunnillate/annu), cummircializata cù a sugillata « Miel de Corse-Mele diCorsica » si spachja sigondu sei catigurie variitesche : « veranu », « machja viraninca », «milata di u machjetu », « machja d’istate », « castagnetu » è « machja auturnale ».In lu quatru di e norme naziunale (AOC) ed eurupee (AOP), u metudu cunvinziunaleda cirtificà l’origine geugrafica è butanica s’arremba à e caratteristiche pulliniche, fiscuchimicheè urganulettiche di i meli. U fine principale di sta tesi dutturale hè di caratterizà avariabbilità chimica di ste pruduzzione di modu à prupone criterii novi di qualifichera.U studiu di a frazzione vulatile di 269 campioni di meli (inclusuci e sei catigurievariitesche), hà permessu d’invinturià, pè a prima volta, a custituzione in cumposti vulatili di imeli di Corsica. I nostri travagli sò sbuccati dinò nantu à l’idintificazione di i marcadorichimichi in leia diretta cù e spicificità di i rughjoni di pruduzzione. Per quessa, un accostuinterdisciplinariu – appaghjendusi i dati di i metudi cunvinziunali cun quelli di a tippulugiavulatile- hè statu prupostu da pudè diterminà l’origine fiurale.Cusì sò stati idintificati i marcadori chimichi di parechje variità di mele, vene à dì u 2-aminoacetofenune (« castagnetu ») ; u p-anisaldeide è u 4-n-prupilanisole (« machja viraninca») ; l’isoforunu è u 3,4,5- trimetilfenule (« machja auturnale ») ; l’isomeri di lilace aldeide è diu p-menten-9-al (« veranu tippu clementinu »).Sta prima caratterizazione multifatturiale di i meli di Corsica hè propiu d’opu pèl’apicultori in lu quatru di l’evuluzione spaziu-tempurale di e pruduzzione isulane in funzionedi e cundizione di u mezu (variazione bioclimatiche, mudifica di u prucessu di e milate, rigiruapaghju)

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Coq, Sylvain. "La diversité chimique des litières et son rôle dans le fonctionnement des écosystèmes forestiers." Montpellier 2, 2009. http://www.theses.fr/2009MON20168.

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La décomposition des litières de feuilles mortes et le recyclage des nutriments sont des processus complexes essentiels au fonctionnement des écosystèmes. L'objectif principal de cette thèse est de mieux comprendre les déterminants de la décomposition dans une forêt tropicale humide de Guyane Française. Je me suis plus particulièrement intéressé au rôle de la diversité chimique des litières et aux interactions entre les plantes vivantes et les litières. Grâce à une caractérisation précise des tannins présents dans les litières de 16 espèces communes d'arbres tropicaux, j'ai pu montrer que la variation interspécifique des concentrations en tannins constitue le principal déterminant de la décomposition des litières dans l'écosystème étudié. Cet effet des tannins semble principalement résulter d'une consommation préférentielle des litières pauvres en tannins par la macrofaune détritivore. Parmi ces 16 espèces de litières, certaines ont été mélangées dans une expérience en serre incluant également des plantules de ces espèces. J'ai ainsi mis en évidence expérimentalement un effet de la diversité des litières sur le processus de décomposition et sur la dynamique des nutriments. Les effets non-additifs observés sont principalement négatifs, c'est-à-dire que la décomposition a été moins rapide par rapport aux valeurs attendues à partir de la décomposition des espèces prises individuellement. L'identité des espèces de litière a fortement contribué à ces effets négatifs, et la présence de plantules a modulé ces effets de la diversité. J'ai aussi montré que la décomposition des mélanges de litières a également un impact sur la croissance, l'allocation de la biomasse et les traits foliaires des plantules. Ces rétroactions étaient à nouveau liées à la présence de quelques espèces particulières dans les litières. Mes résultats suggèrent que la diversité des litières ayant des compositions chimiques contrastées joue un rôle central dans le fonctionnement des forêts tropicales. La décomposition des mélanges de litières est au cœur de rétroactions entre les compartiments aériens et souterrains de ces écosystèmes
Litter decomposition and nutrient recycling are key processes for ecosystem functioning. The objectives of this thesis were to improve our understanding of the determinants of decomposition in a tropical rainforest in French Guiana, with a particular focus on the role of litter chemical diversity and live plant – litter interactions. With a detailed characterization of condensed tannins in leaf litter of 16 common tropical tree species, I showed that inter-specific variation in litter tannins are the main driver of decomposition in the studied nutrient-poor Amazonian rainforest. Experimental evidence suggests that the most important mechanism of tannin control is selective feeding on tannin-poor litter by soil macrofauna. The mixing of leaf litter of a subset of the 16 tree species in a green house experiment including seedlings of the different tree species showed litter diversity effects on decomposition and nutrient release. These non-additive effects were predominantly negative, resulting in decreased decomposition rates compared to expected rates based on individual litter species decomposition. The identity of litter species contributed strongly to these negative effects, and the presence of tree seedlings modified the observed litter diversity effects. Decomposing litter mixtures showed also a feedback effect on tree seedling growth, biomass allocation and leaf traits, which again was mainly related to the identity of a few litter species within mixtures. My results suggests that the diversity of chemically contrasted litter plays a major role in the functioning of tropical forets. The decomposition of these mixtures results in functional feedbacks between the aboveground and belowground compartments of these ecosystems

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Bauvais, Cléa. "Diversité chimique et bactéries associées à Spongia officinalis, une éponge marine accumulatrice de métaux." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066087/document.

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L’accumulation des métaux toxiques dans l’environnement représente une forte menace environnementale et sanitaire. Les éponges marines, invertébrés sessiles qui filtrent activement l’eau de mer environnante, peuvent concentrer des composés toxiques comme les métaux lourds (Pérez et al., 2005) et être utilisés comme bioindicateurs de pollution métallique (Patel et al., 1985). Elles hébergent une biomasse bactérienne importante (Websterand Taylor, 2012), dont le rôle dans la séquestration de polluants environnementaux reste encore mal connu.Notre étude s’est portée sur les bactéries tolérantes aux métaux lourds (Cu2+, Pb2+, Ni2+ etZn2+) associées à l’éponge méditerranéenne Spongia officinalis (classe : Demospongia, ordre :Dictyoceratida, famille : Spongiidae) connue pour son accumulation de métaux toxiques(Pérez et al., 2005). Nous avons d’abord développé une étude de la communauté bactérienne associée à l’éponge S. officinalis récoltée dans un environnement pollué en métaux par la combinaison d’approches moléculaire (DGGE, CARD-FISH) et culturale. Afin de comprendre les mécanismes d’accumulation et/ou de résistance vis‐à‐vis des métaux d’une souche de Pseudovibrio sp. isolée de S. officinalis pour sa tolérance au cuivre nous avons développé des approches combinées de protéogénomique (électrophorèse bidimensionnelle,séquençage du génome) et de microscopie (microscopie électronique à balayage couplée à une analyse élémentaire EDX). Enfin, la diversité chimique associée à l’éponge S. officinalis,sa variabilité spatiale et temporelle ont ensuite été caractérisées par couplage d’analyse chromatographique et de spectrométrie de masse (LC-MS, LC-MS/MS)
The accumulation of toxic metals in the environment is a strong environmental and health threat. Marine sponges are sessile invertebrates that actively filter the surrounding seawater.They can concentrate toxic compounds such as heavy metals (Perez et al. 2005) and are used as bioindicators of metal pollution (Patel et al. 1985). They host an important bacterial biomass (Webster and Taylor 2011), whose role in the sequestration of environmental pollutants is still unclear.Our study focused on bacteria tolerant to heavy metals (Cu2+, Pb2+, Ni2+, Zn2+) associated with the Mediterranean sponge Spongia officinalis (class: Demospongia, order Dictyoceratida,family: Spongiidae) known for its accumulation of toxic metals (Perez et al. 2005). We first developed a study of bacterial community associated with the sponge S. officinalis harvested in a metal polluted environment by the combination of cultural and molecular approaches(DGGE, CARD-FISH). The mechanisms of accumulation and/or resistance to copper of a sponge isolated strain, Pseudovibrio sp. was investigated by combined approaches of proteogenomics (two-dimensional electrophoresis, sequencing of the genome) and microscopy (scanning electron microscopy coupled with elemental analysis EDX). A final approach was developed to characterize the chemical diversity associated with this sponge and spatial and temporal variability by coupling chromatographic analysis and mass spectrometry (LC-MS, LC-MS/MS)

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Le, Falher Laetitia. "Préparation et dérivatisation de 4H-pyrido[e][1,3]oxazinones : une contribution à la diversité chimique." Thesis, Paris 6, 2014. http://www.theses.fr/2014PA066344.

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Ce manuscrit porte sur la synthèse et les applications d'une nouvelle série de composés hétéroaromatiques : les 4H-pyrido[e][1,3]oxazin-4-ones. La première partie de ce manuscrit présente la préparation de ces squelettes via une réaction d'O-arylation intramoléculaire. La seconde partie du manuscrit repose sur la réactivité de ces entités chimiques et de leur utilisation en tant qu'intermédiaires de synthèse. La fonctionnalisation des 4H-pyrido[e][1,3]oxazin-4-ones, via des réactions de couplage pallado-catalysées, a permis d'obtenir des systèmes polyfonctionnalisés plus complexes. Les pyrido-oxazinones ont également été transformées, en une étape, en divers petits hétérocycles d'intérêt : les 1,3,5-triazines, les 1,2,4-triazoles et les 1,2,4-oxadiazoles. La dernière partie du manuscrit est consacrée à l'utilisation des molécules synthétisées comme potentielles sondes fluorescentes pour la détection de protéines oxydées
This work focused on the synthesis and applications of a novel series of heteroaromaticcompounds: the 4H-pyrido[e][1,3]oxazin-4-ones. The first part of this thesis presents thepreparation of these pyrido-oxazinones via an intramolecular O-arylation reaction. The secondpart of this work relies on the reactivity of these chemical entities and their use as buildingblocks. The functionalization of the 4H-pyrido[e][1,3]oxazin-4-ones has been studied viacross-coupling reactions to obtain more elaborated structures. The pyrido-oxazinones werealso converted, in one step, into other diverse small molecules of interest: 1,3,5-triazines,1,2,4-triazoles and 1,2,4-oxadiazoles. The last part of this thesis was devoted to the use of theobtained heterocycles as potential fluorescent probes for the detection of carbonylatedproteins

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Shahnavaz, Bahar. "Communautés bactériennes de sols alpins et filtres environnementaux." Grenoble 1, 2009. http://www.theses.fr/2009GRE10331.

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Les bactéri es jouent un rôle clé dans les cycles biogéochimiques. Bien que l'effet du manteau neigeux en hiver dans la fonction et la composition des communautés bactériennes du sol ait été signalé, l'effet de la variation spatio-temporelle du manteau neigeux reste à étudier. Dans cette étude, nous avons caractérisé la dynamique spatio-temporelle des communautés bactériennes à partir de deux sites extrêmes selon un gradient de couvert neigeux. Pour cela, nous avons utilisé des approches moléculaires (SSCP et clonage / séquençage) et traditionnel (isolation par culture bactérienne). Les résultats présentés montrent que l'ensemble de la diversité bactérienne, sa composition et sa structure phylogénétique sont fortement liés à la durée de la couverture de neige. En outre, ces effets sont détectables au cours de la saison de végétation des plantes. Les facteurs biotiques et abiotiques (i. E. La sénescence des plantes et le pH du sol) jouent un rôle essentiel conduisant au regroupement de certaines bactéries en clades spécifiques (Acidobactéries, Actinobactéries, α-et β-Proteobactéries). Au cours de la saison de végétation des plantes, les clades de bactéries sont plus dispersés. La présente étude montre que, à un niveau taxonomique fin, la variation temporelle est un facteur plus important que la variation spatiale sur la diversité bactérienne. A un niveau taxonomique supérieur (i. E. Sousphylum), la conclusion est inverse. Seule une petite fraction du total de la diversité bactérienne est cultivable et il se peut que certains groupes bactériens soient surreprésentés dans les plaques de culture. Cette étude apporte un nouvel éclairage sur le rôle de l’hiver et de la couverture neigeuse dans les distributions des communautés bactériennes. Cette étude peut-être utile pour prédire le comportement des bactéries dans les cycles des éléments nutritifs dans un contexte de réchauffement de la planète
Bacteria play a key role in biogeochemical cycles. While the effect of winter snow cover in function and composition of soil bacterial communities has been reported, the effect of spatiotemporal variation of snow cover remains to be studied. In this study, we characterised the spatio-temporal dynamics of bacterial communities from two sites at the extremes of a snow cover gradient. We used molecular (SSCP and cloning/sequencing) and traditional (bacterial isolation by culture) approaches. The presented results show that the overall bacterial diversity, composition and phylogenetic structure are strongly related to snow cover duration. Moreover, these effects are also detectable during the plant productive season. The biotic and abiotic factors (i. E. Plant senescence and soil pH) play an essential role leading to the clustering of certain bacterial clades (Acidobacteria, Actinobacteria, α- and β-Proteobacteria). During the plant productive season, the bacterial clades are overdispersed. The preset study shows that, at a fine taxonomic level, the temporal variation is more important than the change over space. At higher taxonomic levels (i. E. Sub-phylum), the space are more important than temporal variations. Only a minor fraction of the total bacterial diversity is cultivable, and may bacterial groups be overrepresented in culture plates. This study provides new insights in role of snow cover in bacterial communities’ distribution and role of winter. This study may be useful in predicting of bacterial behaviour in nutrient cycle in a context of global warming

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Rondeau, Anne. "Compréhension du fonctionnement biologique et physico-chimique d'un biofiltre végétalisé pour le traitement de polluants atmosphériques urbains gazeux." Thesis, Lyon 1, 2013. http://www.theses.fr/2013LYO10012/document.

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En ville, les parcs de stationnement couverts représentent un milieu confiné dans lequel s'accumule une pollution importante et complexe. Ils constituent également une source de pollution pour leurs abords puisqu'aucune obligation de traitement n'est imposée sur la qualité de l'air rejeté dans l'atmosphère par les systèmes de ventilation. Dans le cadre du traitement de l'air, l'utilisation d'un biofiltre végétalisé, faisant intervenir des bactéries et des plantes en association, constitue une solution innovante contribuant à l'amélioration de la qualité de l'air en ville en réduisant la dispersion de polluants gazeux dans l'atmosphère. Dans un contexte de « recherche et développement », l'objectif est de comprendre le fonctionnement biologique et physico-chimique du biofiltre dans le but d'en améliorer la maitrise opérationnelle. Le caractère innovant de l'étude porte sur le traitement d'importants volumes d'air viciés contenant de faibles concentrations de polluants, tels que les NOx et les COV (de l'ordre de 100 à 200 µg/m3), par un biofiltre planté d'épaisseur modeste. L'utilisation d'une unité pilote de biofiltration a permis d'évaluer l'influence de la présence de plante, ainsi que la nécessité d'un apport d'engrais, sur les capacités d'épuration d'un tel système. Afin d'optimiser les volumes d'air traités tout en limitant l'empreinte au sol des biofiltres végétalisés, la vitesse de passage de l'air a été augmentée et l'épaisseur de garnissage réduite. Le rôle des bactéries indigènes a été caractérisé par une étude fonctionnelle des communautés bactériennes impliquées dans la dégradation des NOx et des TEX d'une part, et par une étude quantitative et qualitative de la communauté bactérienne totale, en utilisant des approches de biologie moléculaire, telles que l'amplification par PCR en temps réel et le pyroséquençage à partir de l'ADN métagénomique
In town, underground car parks are confined spaces in witch large and complex pollution are accumulated. They are also a source of contamination of the external environment since the treatment of the air pumped out by ventilation system sis not regulated. In the framework of air treatment, using planted biofilter, combining bacteria and plants, is an innovative solution contributing to the improvement of urban air quality by reducing the dispersion of gaseous pollutants in the atmosphere. In a « research and development » context, the objective is to understand the biological and physico-chemical operation for improving operational control. This innovative study focuses on the treatment of high volumes of air containing a low concentrations of pollutants, such as NOx, VOCs (about 100 à 200 µg.m-3) through a thin planted biofilter. The use of a pilot-scale unit of biofiltration allowed to evaluate the influence of the plant, as well as the necessity of a fertilization, on the removal efficiency of such a system. In order to maximize the volumes of treated air while limiting the footprint of the planted biofilters, the superficial gas velocity has been increased and the thickness of the packing material decreased. The indigenous bacteria have been characterized by a functional study of the bacterial communities involved in the degradation of NOx and TEX on one part, and by a quantitative and qualitative study of the total bacterial community on the other part, by using molecular biology approaches, such a real-time PCR amplification, and pyrosequencing from metagenomic DNA. Results on pilot-scale unit have shown a removal efficiency greater than 97%, in all environmental conditions tested. Consequently, it seems possible to treat high volumes of air containing low concentrations of TEX through a thin planted biofilter. The presence of plants does not seem to have short-term impacts on the removal efficiency when a fertilizer promotes the nitrogen availability in the packing material. The evaluation of the global microbiological functioning showed the potential of microbial communities in the biodegradation of NOx and TEX in planted biofilters. The indigenous bacterial communities of the packing material and the mound of soil are rapidly able to adapt to the functioning conditions of such a system

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Migraine, Philippe. "Caractérisation chimique et diversité antigénique de polysaccharides de surface chez des souches virulentes de S. Aureus d'origine animale." Lyon 1, 1990. http://www.theses.fr/1990LYO10230.

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En medecine veterinaire, les staphylocoques sont frequemment responsables d'affections chroniques pyogenes comme les mammites bovines ou les abces du lapin. Les pertes economiques entrainees par ces affections sont importantes et les methodes de lutte sont complexes. Actuellement, il n'existe aucun vaccin efficace contre ces maladies. L'agent responsable est le plus souvent s. Aureus. Une meilleure connaissance de ses facteurs de virulence devrait permettre de developper une strategie vaccinale. Nous nous sommes donc interesses a la capsule bacterienne dont le role protecteur contre la phagocytose est possible, et nous avons entrepris, sur une collection de souches provenant de cas de mammites bovines et d'abces de lapins, de rechercher des capsules et de comparer leurs caracteristiques antigeniques et chimiques. Les resultats montrent que les souches etudiees ne possedent pas de capsules developpees; elles contiennent toutes neanmoins des polyosides de surface. Pour 65% des souches bovines et 100% des souches de lapins, ces polyosides sont porteurs, comme pour les souches humaines, d'un epitope du type 5 ou du type 8. Mais il existe, chez 35% des souches bovines, des polyodises ayant une reactivite immunologique differente. Leur variete antigenique reste a determiner. En raison du faible nombre d'epitopes generalement portes par les polysaccharides, cette difference antigenique reflete vraisemblablement une difference de structure ou de composition. Sur le plan chimique, les polyosides etudies semblent tous constitues d'acide aminomannuronique et d'un deuxieme constituant se comportant comme la fucosamine. Cette composition est proche de celle decrite pour des souches de type 5 et 8. La diversite des modes de liaison des constituants et des substituants potentiels pourrait alors etre le support de la reactivite antigenique differente des souches. La predominance d'un nombre limite de serotypes de polyosi

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Sewsurn, Steffi. "Bio-ingénierie de la voie métabolique des pyrrocidines pour la génération d’une diversité chimique dans cette famille de composés." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. https://accesdistant.sorbonne-universite.fr/login?url=https://theses-intra.sorbonne-universite.fr/2023SORUS506.pdf.

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Le champignon filamenteux Sarocladium zeae, un endophyte du maïs, produits des métabolites polycycliques complexes, les pyrrocidines. Ces composés possèdent des activités biologiques attractives comme antimicrobienne, apoptotique ou régulatrice de la biosynthèse de mycotoxines chez certains phytopathogènes. Ces molécules appartiennent à une large famille de composés fongiques structurés par un motif paracyclophane-décahydrofluorène assorti d’une dizaine de centres stéréogènes. Une étude menée dans l’équipe, alliant inactivations de gènes du cluster de biosynthèse et analyse métabolique, avait conduit à la caractérisation d’une grande variété de métabolites et permis d’établir un schéma de biosynthèse des pyrrocidines. La formation du squelette carboné de ces composés est régie par une méga-enzyme hybride, une polyketide synthase - non-ribosomal peptide synthetase (PKS-NRPS) composée d’une dizaine de domaines catalytiques. Le système polycyclique est ensuite construit par des enzymes auxiliaires. Une étude de ces enzymes clé menée dans le cadre de cette thèse a permis de proposer un mécanisme moléculaire pour la formation et le contrôle stéréochimique du motif paracyclophane-décahydrofluorène. Afin de générer une chimio-diversité dans la famille des pyrrocidines pour accéder à des molécules dotées d’activités biologiques potentielles, deux approches de bio-ingénierie complémentaires ont été envisagées. L’une consiste à remplacer des enzymes auxiliaires clé dans la formation du paracyclophane-décahydrofluorène par d’autres provenant de divers clusters de gènes. L’autre approche consiste à reprogrammer la séquence catalytique de la PKS-NRPS pour générer des squelettes carbonés variés en réassemblant les domaines catalytiques de diverses mégasynthases identifiées dans les génomes fongiques. Une première preuve de concept a pu être apportée en déconstruisant in silico le gène de la PKS-NRPS native selon ces domaines puis en le réassemblant in vitro par clonage modulatoire
The filamentous fungus Sarocladium zeae, an endophyte of maize, produces complex polycyclic metabolites known as pyrrocidines. These compounds have attractive biological activities, such as antimicrobial, apoptotic and mycotoxin biosynthesis regulation in certain plant pathogens. These molecules belong to a growing family of fungal compounds sharing a decahydrofluorene core connected to a highly strain paracyclophane with ten stereogenic centers. A study carried out by the team, combining gene inactivation in the biosynthetic cluster and metabolic analysis, led to the characterization of a wide diversity of metabolites and established a biosynthetic pathway for pyrrocidines. The formation of the carbon backbone of these compounds is governed by a hybrid mega-enzyme, a polyketide synthase - non-ribosomal peptide synthetase (PKS-NRPS) composed of ten domains. The polycyclic system is then built up by auxiliary enzymes. A study of these key enzymes carried out as part of this thesis proposed a molecular mechanism for the formation and stereochemical control of the paracyclophane-decahydrofluorene motif. In order to generate chemodiversity in the pyrrocidine family to access molecules with potential biological activities, two complementary bioengineering approaches were considered. One involves replacing key auxiliary enzymes in the formation of paracyclophane-decahydrofluoren core with others from various similar gene clusters. The other approach involves reprogramming the catalytic sequence of PKS-NRPS to generate diverse carbon skeletons by reassembling the catalytic domains of various megasynthases identified in fungal genomes. A first proof-of-concept was provided by deconstructing the native PKS-NRPS gene according to these domains in silico, then reassembling it in vitro by modular cloning

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Roué, Mélanie. "Contribution de la flore bactérienne associée au métabolisme secondaire de l'éponge calcaire méditérranéenne Clathrina clathrus." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066107.

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Dans le cadre du programme ECIMAR (Ecologie chimique marine), le rôle des bactéries associées dans le métabolisme secondaire de leur hôte spongiaire a été étudié par une approche pluridisciplinaire avec comme modèle l’éponge calcaire méditerranéenne Clathrina clathrus. L’étude chimique de C. Clathrus a conduit à l’isolement de huit composés, appartenant à trois familles chimiques différentes : trois alcaloïdes de type 2-aminoimidazole, deux glycérolipides et trois épidioxystérols. Le compartiment microbien associé à C. Clathrus a été caractérisé via des études ultrastructurales et phylogénétiques. La contribution des micro-organismes associés dans la production des métabolites secondaires isolés a été évaluée par des approches culture indépendante et culture-dépendante, développées en parallèle. Des analyses LC/MS de fractions enrichies en cellules d’éponge ou en bactéries ont permis la localisation de la clathridine, alcaloïde antimicrobien de type 2-aminoimidazole, dans les cellules de C. Clathrus suggérant sa production par l’éponge. L’étude chimique de la bactérie Pseudoalteromonas sp. 1-Cc-11, isolée de manière récurrente dans C. Clathrus, a conduit à la purification, parmi cinq autres composés dont trois dicétopipérazines, des deux glycérolipides précédemment isolés, révélant leur origine bactérienne. La localisation de cette bactérie dans le choanoderme par hybridation fluorescente in situ indique une origine alimentaire plutôt que symbiotique. Les résultats obtenus contribuent à une meilleure connaissance de la diversité chimique des éponges calcaires et de la diversité bactérienne qu’elles hébergent, tout en illustrant la complexité des interactions rencontrées dans les associations éponges/bactéries

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Moerman, Romain. "Influence de la composition chimique et de la diversité des ressources en pollen sur le développement des colonies de Bombus sp. (Hymenoptera, Apidae)." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2018. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/265897.

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Depuis plusieurs décennies, les activités humaines ont impacté les ressources florales exploitables par les bourdons en diminuant leur qualité (usage de pesticide), leur quantité (agriculture intensive, fragmentation des habitats), voir leur phénologie (réchauffement climatique). Ce travail explore les variations dans les ressources en pollen des bourdons et l’influence des nutriments constitutifs du pollen (protéines, acides aminés et stérols) sur le développement des colonies.La première partie est consacrée à l’influence de la modification de l’offre pollinique dans le paysage d’Europe du Nord-Ouest (entre 1950 et 2005) sur le comportement de récolte des bourdons et le développement de leur colonie. Nous avons pu montrer que certaines espèces ont un comportement opportuniste en ciblant le pollen des espèces végétales plus abondantes alors que d’autres semblent fidèles à leurs ressources, et ce, malgré des ressources avec des profils chimiques variables.Dans la deuxième partie, nous évaluons l’importance de la diversité en ressources dans deux contextes environnementaux différents :un habitat semi-naturel préservé et un habitat modifié par la présence d’une espèce exotique envahissante, Impatiens glandulifera. Les résultats nous ont permis de souligner le rôle joué par la composition nutritive et de relayer au second plan la diversité en pollen d’une diète. Parallèlement à cela, nous avons pu mettre en avant le rôle potentiellement favorable de la présence d’I. glandulifera sur les populations de B. pascuorum.La troisième partie nous a permis de mesurer l’influence des propriétés nutritionnelles de diètes mono florales sur le développement de colonies de différentes espèces de bourdons. Nous avons analysé les relations entre la composition nutritive d’une ressource et son influence sur le développement des colonies de B. terrestris. Les hauts rendements des colonies de B. terrestris ont également été comparés à ceux des colonies de B. hypnorum et B. pratorum dont les individus semblent avoir des besoins nutritifs propres.Cette thèse souligne l’importance des nutriments (acides aminés, stérols et protéines) dans l’évaluation du profil diététique d’une ressource en pollen et dans le développement des colonies de bourdons. Surpassant le rôle joué par une diète diversifiée, la présence de certains nutriments (acides aminés, stérols) semble plus importante pour le développement des colonies de bourdons. Ce travail a aussi démontré les différences interspécifiques dans l’exploitation des ressources, en pointant certaines espèces opportunistes, et les besoins nutritifs potentiellement propres à chaque espèce.
Doctorat en Sciences
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Champagne, Antoine. "Diversité chimique et biofortification des plantes à racines et tubercules tropicales cultivées : caractérisation des parents et élaboration de protocoles permettant l'optimisation de la sélection." Thesis, Saint-Etienne, 2010. http://www.theses.fr/2010STET4017.

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L’agrobiodiversité s'étudie au niveau génotypique mais également au niveau de l'expression chimique de ce génotype, le chimiotype. Les plantes à racines et tubercules tropicales (manioc, patate douce, ignames et taros) sont multipliées par voie asexuée et les bases génétiques sont bien souvent étroites chez les cultivars traditionnels. Malgré les faibles diversités génétiques révélées à l'aide de marqueurs ADN, les chimiotypes sont très variables et leur étude est riche d’informations. Ces cultures vivrières, plantes amylacées mais aussi sources de molécules intéressantes pour les industries alimentaire et pharmaceutique, tiennent un rôle déterminant dans la garantie de la sécurité alimentaire des pays du Sud. Dans cette optique, leur amélioration génétique par voie conventionnelle est une contribution majeure aux enjeux actuels. De nombreux efforts restent néanmoins à réaliser pour analyser, compiler et disséminer les informations liées à la diversité des compositions et teneurs de plantes qui restent sous-utilisées ou non appréciées à leur juste valeur. La biofortiﬁcation qui vise une amélioration des propriétés nutritionnelles de ces plantes, présente de nombreux avantages dont le principal est de ne pas modifier les comportements alimentaires tout en permettant une meilleure adaptation environnementale des nouveaux génotypes. Leur amélioration passe par une sélection des parents basée sur leurs valeurs propres et le criblage de grands nombres d'individus hybrides. Le processus est long et fastidieux. L’élaboration de nouveaux outils permettant une optimisation de cette tâche est donc nécessaire. L'analyse d'échantillons représentatifs de la variabilité chimiotypique des collections du Vanouatou, un archipel Mélanésien abritant une riche agrobiodiversité, a permis d'étudier les relations entre composés majeurs, métabolites secondaire et préférences alimentaires locales. Les corrélations mises en évidence permettent d'apporter des éléments utiles à la compréhension du processus de sélection traditionnelle. L’identification des préférences visées par ce processus aident à comprendre les goûts et les attentes des consommateurs, et donc à mieux définir les idéotypes ciblés par les programmes d'amélioration. Ce travail a permis un premier criblage chimiotypique d'un grand nombre de cultivars appartenant aux deux espèces majeures, le taro (Colocasia esculenta) et la grande igname (Dioscorea alata). L'étude des caroténoïdes et des anthocyanes a permis d’identifier un certain nombre de cultivars comme parents potentiellement intéressants pour la biofortification mais aussi pour l'exploitation commerciale directe des clones. La caractérisation des hybrides, obtenus par panmixie et pollinisations libres au cours de cycles de sélection récurrente, indique que des gains importants sont obtenus pour des composés et métabolites essentiels. Les avancées réalisées dans le cadre de ce travail, et leurs conséquences pour les programmes d'amélioration génétique en cours, sont discutées. Les perspectives de mise au point de nouveaux outils de criblage et de nouvelles méthodes de caractérisation qui permettront in fine une meilleure approche de la biofortification de ces cultures vivrières, sont aussi envisagées
Agronomic selection generates and maintains agrobiodiversity which can be regarded as an essential resource. To describe phenotypic diversity, genotypes as well as their chemical expression, chemotypes, have been widely used. Tropical root and tuber crops are vegetatively propagated and their genetic bases are often narrow. Therefore, unveiling the impressive phenotypic diversity is still rather difﬁcult through genotyping alone, whereas chemotype studies are very informative. Tropical root crops are staples and represent a good source of compounds related to health benefits and used in food and pharmaceutical industries. Those crops have key-roles to play in food security for developing countries and so plant breeding cannot be neglected. Biofortification is effective and does not imply change of dietary behaviours. Analysing, computing and compiling data bases for chemical data on diversity of neglected crops are still needed. Biofortification involving mass selection and proﬁling of numerous accessions is, however, time-consuming. Thus, efficient protocols and tools facilitating this process are required. Chemotypic variability within Vanuatu germplasm was characterised through core samples from different species and relationships between primary compounds, secondary metetabolites and local preferences have been studied. Useful correlations were shown, thus clarifying traditional selection process. This process has permitted the definition of ideotypes that will be interesting for the management of breeding programmes. At least for the two most important species in Vanuatu - taro Colocasia esculenta and the greater yam - Dioscorea alata -our work is the first broad screening of germplasm. The study of carotenoid and anthocyanin content indicates that some cultivars show potential for commercial exploitation. With the aim of improving staple foods by plant breeding, we identified accessions to be selected as parents for future crosses

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Fox, ramos Alexander. "Exploration de la diversité chimique des Apocynaceae par la technique des réseaux moléculaires : de la création d’une base de données vers l’annotation in silico." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLS543/document.

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Les alcaloïdes indolo-monoterpéniques (AIMs) constituent une classe de molécules naturelles très étudiée en raison d’un fort potentiel pharmacologique et thérapeutique et d’une grande diversité structurale. D’autre part, les techniques de déréplication par chromatographie liquide couplée à la spectrométrie de masse tandem ont évolué récemment, avec l’émergence de l’approche par réseaux moléculaires (molecular networking). Dans ce contexte, nous avons créé une base de données de spectres de masse tandem moyennés de 172 AIMs témoins, en collaboration avec plusieurs équipes de pharmacognosie dans le monde. Cette base de données, nommée MIADB (Monoterpene Indole Alkaloids DataBase), rendue publique, peut être utilisée comme référence dans des stratégies de déréplication fondées sur l’utilisation des réseaux moléculaires. Nous avons ensuite exploité la MIADB pour l’étude phytochimique de deux Apocynaceae : Geissospermum laeve (Vell.) Miers et Alstonia balansae Guillaumin. Dans un premier temps, l’annotation par la MIADB d’un extrait alcaloïdique des écorces de G. laeve a permis l’isolement et l’élucidation structurale de 3 nouveaux AIMs, dont deux à motif butyrolactone. Par la suite, notre approche a été améliorée par l’emploi du nouvel outil d’annotation in silico MetWork, fondé sur une prédiction métabolique et la modélisation de spectres de masse tandem. C’est ainsi que l’exploration de l’espace chimique d’un extrait alcaloïdique des feuilles d’A. balansae a permis l’identification, puis l’isolement, de 5 nouveaux AIMs du type N-oxyde-sarpagane. La stéréochimie des nouveaux composés a pu être déterminée par l’exploitation de spectres prédits et expérimentaux de dichroïsme circulaire éléctronique.Ce manuscrit décrit, après une introduction consacrée notamment aux emplois du molecular networking pour le ciblage et la découverte de petites molécules naturelles puis aux interconnections biosynthétiques en série AIM, la création puis l’évolution de la MIADB, puis son utilisation dans un workflow de déréplication efficace et de ciblage de nouveaux composés dans des mélanges complexes issus d’Apocynaceae
Monoterpene indole alkaloids (MIAs) constitute a class of natural products that has been extensively studied due to its important pharmacological and therapeutic potentials, and to its large structural diversity. Dereplication techniques based on liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry have recently evolved, with the implementation of molecular networking-based approaches.In this context, we have created a spectral database that encompasses the averaged tandem mass spectra of 172 reference MIAs, in collaboration with several pharmacognosy research teams around the world. This database, named MIADB (standing for Monoterpene Indole Alkaloids DataBase), was made publicly available and can be used as a reference in the application of molecular networking as a dereplication strategy. Thereafter, we used the MIADB to carry out the phytochemical investigation of two Apocynaceae species: Geissospermum laeve (Vell.) Miers and Alstonia balansae Guillaumin. As a first application, the MIADB-based annotation of an alkaloid extract of the barks of G. laeve led to the isolation and the structural elucidation of three new MIAs, two having a butyrolactone moiety. Afterwards, this approach was improved by the application of a new tool for in silico annotation called MetWork, which is based on metabolic prediction and on the generation of predicted tandem mass spectra. Following this approach, the exploration of the chemical space of an alkaloid extract of the leaves of A. balansae allowed the anticipation and further isolation of five novel MIAs of the N-oxide-sarpagine type. The stereochemistry of all the new molecules could be determined on the basis of experimental and predicted electronic circular dichroism spectra.In the introduction of this manuscript the multiple uses of molecular networking for the identification of small natural molecules are described, as well as the biosynthetic interconnections in the MIAs group. The creation and evolution of the MIADB are then presented, followed by its utilization in efficient dereplication workflows for the targeting of new natural products within complex mixtures from Apocynaceae species

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Parrot, Delphine. "Etude de quatre lichens marins, maritime ou terrestre et des bactéries associées : Evaluation de la diversité bactérienne et recherche de métabolites d’intérêt." Thesis, Rennes, INSA, 2014. http://www.theses.fr/2014ISAR0018/document.

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L'efficacité des antibiotiques actuellement utilisés dans le monde entier est en baisse à un rythme inquiétant. La majorité des produits actifs naturels sont isolés des ascomycètes ou des Actinobactéries. Parmi les 10 000 antibiotiques connus, plus de la moitié sont produits par des bactéries du genre Streptomyces. Il est donc intéressant de rechercher de nouvelles molécules actives dans des niches encore sous explorés, tels que les symbioses microbiennes mutualistes. Ainsi, les lichens sont des organismes complexes abritant des communautés bactériennes à la surface et, plus rarement, à l'intérieur de leurs thalles et constituent un modèle d’étude pour la découverte de nouvelles molécules d’intérêts. Une optimisation des conditions d'extraction des lichens a été développée. Le profilage chimique par LC / MS de neuf lichens (2 à algues vertes : Roccella fuciformis et R. phycopsis et de 7 cyanolichens: Lichina confinis, L. pygmaea, Leptogium lichenoides, Synalissa symphorea, Collema auriforme, C. cristatum et C. fuscovirens) ont été effectués et comparés avec des approches de «molecular network". Cela a permis de souligner la similitude chimique entre tous les cyanolichens d’une part et les espèces lichéniques à algues vertes d’autre part. Une étude chimique plus approfondie de R. fuciformis et R. phycopsis a été par la suite effectuée et dix composés différents ont été isolés et identifiés. Neuf d'entre eux ont été isolés et identifiés par RMN et des voies de fragmentation ont été proposés pour cinq d'entre eux. Une étude de localisation in situ de leurs métabolites majeurs respectifs (érythrine et acide roccellique pour R. phycopsis et érythrine, acide léprarique et acetylportentol pour R. fuciformis) a été réalisée et a démontré leur emplacement spécifique au sein des thalles lichéniques. Les communautés bactériennes cultivables associées à trois lichens de la côte bretonne (France) (Roccella fuciformis, Lichina confinis, L. pygmaea) et un lichen terrestre récolté en Autriche (Collema auriforme) ont été étudiées afin de trouver de nouveaux métabolites d'intérêts. L'abondance et la diversité des communautés bactériennes associées à ces lichens a été montré: 247 souches ont été isolées et identifiées par l’étude du gène de l'ARNr 16S. Ainis, plus de 30% de toutes les souches expriment des gènes permettant la production potentielle des composés bioactifs et 12% appartiennent probablement à de nouvelles espèces bactériennes. Les métabolites secondaires de deux bactéries cultivables associées ont été étudiés (MOLA1488, Streptomyces sp. et MOLA1416, Hoeflea sp.) et certains métabolites spécialisés actifs ont été isolés (des dicétopipérazines, des alcaloïdes, des dérivés phénoxazine par exemple ...) présentant des propriétés biologiques intéressantes. Enfin, pour mettre en évidence les interactions possibles entre les lichens et leurs bactéries associées, une approche de culture (extraits lichéniques et bactéries associées) a été réalisée à partir de 4 souches bactériennes les plus abondantes associées à Roccella fuciformis pour (1) évaluer l'impact de ces métabolites sur la croissance de ces quatre souches et également, (2) à évaluer la capacité de bioconversion de l'acide leprarique et de l’érythrine. Ces bactéries ont montré la capacité de bio-converser l’érythrine en acide orsellinique, mais aucun des quatre métabolites testés n’a affecté leur croissance
Efficiency of currently used antibiotics is worldwide decreasing at a worrying rate, while we are faced with new and emerging pathogens. The majority of active natural products are isolated from the Ascomycetes or from the Actinobacteria. Among the 10000 known antibiotics, more than half are produced by bacteria of one single genus, Streptomyces. It is therefore most interesting to search for novel active molecules in yet under explored niches, such as mutualistic microbial symbioses. Lichens are complex organisms harboring bacterial communities on the surface and, more rarely, inside their thalli and present a model to discover new biomolecules. Optimization of extraction conditions of lichens has been developed. Chemical profiling by LC / MS of nine lichens (2 green algae Roccella fuciformis and R. phycopsis and 7 cyanolichens: Lichina confinis, L. pygmaea, Leptogium lichenoides, Synalissa symphorea, Collema auriforme, C. cristatum and C. fuscovirens) were made and compared with a "Molecular network" approach. This has allowed to identify the chemical similarity between all cyanolichens and between two lichen species containing green algae. On the other hand, further chemical study on R. fuciformis and R. phycopsis was conducted and ten different compounds were isolated. Nine of them have been isolated and identified by NMR and mass fragmentation pathways have been highlighted for five of them. In situ localization of their major respective metabolites (erythrin and roccellic acid for R. phycopsis and erythrin, lepraric acid and acetylportentol for R. fuciformis) was performed and showed a specific location in the lichen thallus. We focused also on the cultivable bacterial communities associated to three lichens from Brittany coast (France) (Roccella fuciformis, Lichina confinis, L. pygmaea) and one inland lichen from Austria (Collema auriforme) to find new secondary metabolites of interest. The abundance and the diversity of the bacterial communities associated to these lichens were showed: 247 strains were isolated and identified by 16S rRNA gene analysis. More than 30% of all strains express potential bioactive compounds and 12% represent probably new species. The secondary metabolites patterns of their cultivable associated bacteria were studied (MOLA1488, Streptomyces sp. and MOLA1416, Hoeflea sp.) and some active secondary metabolites were isolated (e.g. dicetopiperazines, pyrrole alkaloïds, phenoxazine derivatives …) showing biological properties. Finally, to highlight potential interactions between lichens and their associated bacteria, an approach of culture (lichen extracts and bacteria) was performed from 4 most abundant bacterial strains associated with Roccella fuciformis to (1) assess the impact of major metabolites (compounds 4) of this lichen on the growth of these four strains by a an optimized method of viability using MTT; and also to evaluate (2) the ability to bioconversion of these four strains of lepraric acid and erythrin. These bacteria have shown the ability to metabolize erythrin in orsellinic acid, but none of the four tested metabolites has affected their growth

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Triastuti, Asih. "Exploration de la diversité chimique dans les endophytes fongiques : influence de l'addition des modificateurs épigénétiques et des co-cultures fongiques sur le métabolome de Botryosphaeria mamane." Thesis, Toulouse 3, 2018. http://www.theses.fr/2018TOU30228.

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Ce travail porte sur l'étude chimique d'une souche endophyte de Botryosphaeria mamane, un micromycète relativement peu étudié, isolée des feuilles de Bixa orellana. Des travaux préliminaires portant sur le screening de 409 souches de champignons isolés à partir de plantes médicinales d'Amérique du Sud a révélé que parmi celles-ci, B. mamane E224 était l'une des souches les plus actives in vitro sur un modèle de Leishmania infantum. L'objectif de ce travail a consisté en l'induction de la production de nouveaux métabolites secondaires produits par B. mamane via l'optimisation des conditions de culture de cette souche, la mise en place de méthodes de co-cultures et l'ajout de modificateurs épigénétiques. Une analyse des métabolomes dans les différentes conditions a été réalisée à travers une approche métabolomique, utilisant un couplage UHPLC-HRMS, ainsi que grâce à différents outils statistiques. Deux grandes classes de composés ont ainsi été détectées dans les cultures axéniques de B. mamane. Premièrement, la famille des cyclopeptides, incluant les cyclodipeptides soufrés avec en particulier trois nouveaux composés, les botryosulfuranols A-C. Puis la famille des isocoumarines, avec des dérivés de la melleine (trans-4-hydroxymelleine, 4-hydroxymelleine et 5-hydroxymellein). A travers l'ajout de modificateurs épigénétiques à la culture de B. mamane, nous avons pu étudier les effets de deux inhibiteurs d'histone désacétylases (HDACis), l'acide suberoylanilidehydroxamique (SAHA) et le valproate sodique, ajoutés à deux stades différents de la culture fongique. L'ajout de HDACi dans la culture de B. mamane a entraîné des changements importants dans la production de métabolites secondaires. En effet, une induction de certains métabolites mais également une réduction et l'inactivation de la production d'autres métabolites, ont été observés, et ceci selon la nature du modificateur épigénétique ajouté. Cette étude illustre l'importance du choix des HDACis pour l'induction de la production de métabolites spécifiques. Concernant l'optimisation de la co-culture de B.[...]
This study focused on the strain of a poorly studied fungal endophyte Botryosphaeria mamane E224, isolated from Bixa orellana leaves. Our previous screening involving 409 fungal strains isolated from medicinal plants from South America revealed that among all these strains, B. mamane was shown to be the most bioactive on in vitro model against Leishmania infantum. The objectives of this work consisted in the introduction of new metabolite production by B. mamane by optimizing the fungal culture conditions, and by using co-cultivation methods and addition of epigenetic modifiers. This work was followed by an analysis of the different metabolomes via a metabolomics approach using UHPLC-HRMS and integration of informatics and statistical tools for metabolomics. Two major compound classes were detected in B. mamane. First, the cyclopeptide family including the thiodiketopiperazines (TDKPs) alkaloids with three new compounds proposed as botryosulfuranols A-C; and the isocoumarin family, with the mellein derivatives, trans-4-hydroxymellein, 4-hydroxymellein, and 5-hydroxymellein. Regarding the exploration of B. mamane metabolome cultured in the presence of epigenetic modifier, the effects of two different histone deacetylase inhibitors (HDACis), suberoylanilidehydroxamic acid (SAHA) and valproate sodium added in two different stages of fungal growth, were investigated. As expected, HDACis addition in the culture of B. mamane led to significant changes in the secondary metabolite production. Addition of modifier not only induced metabolites production but also reduced and may inactivate metabolite production in fungi, depending on the nature of the epigenetic modifier added. This study illustrates the importance in the choice of HDACis to fungal culture in order to induce specific metabolite productions. In the study of B. mamane and C. albicans co-cultivation in different culture conditions, we showed the influence of the conditions (static versus agitation) on the metabolome of the fungi. However, the co-culture with yeast did not induce any modification in the fungal metabolome. The investigation of fungal interactions between B. mamane, Fusarium solani, and Colletotrichum linicola in 6-multi well plates in time-series based analysis has been carried out. [...]

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Rakotomalala, Jean-Jacques. "Diversité biochimique des caféiers : analyse des acides hydroxycinnamiques, bases puriques et diterpènes glycosidiques : particularité des caféiers sauvages de la région malgache (Mascarocoffea Chev.)." Montpellier 2, 1992. http://www.theses.fr/1992MON20192.

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L'etude systematique de la composition en acides hydroxycinnamiques, bases puriques et diterpenes glycosidiques a ete effectuee sur les graines de fruits matures de 63 populations de cafeiers sauvages de madagascar (mescarocoffea), une dizaine de souches africaines (eucoffea) et de s1 genotypes hybrides entre cafeiers cultives et sauvages d'origine africaine et malgache. Les composes etudies, bon marqueurs chemiotaxinomiques, permettent de caracteriser les subdivisions infragenerique et infraspecifique. Les mascarocoffea sont depourvus de cafeine a l'exception de c. Lancifolia et c. Kianjavatensis qui contiennent egalement de la theobromine; de plus a 602 (peuplement de c. Kienjavatensis) presente l'afrique de l'est, contiennent aussi de la cafeine et de la theobromine mais egalement de la theophylline alors que c. Pseudozanguebarise se caracterise par l'absence de purine et la presence d'une forte teneur en diterpenes. Absents chez les eucoffea, les acides p- et o-coumarique, sinapique, 4-methoxy, 3,4-dimethoxy et 3,4,5-trimethoxy cinnamique, ont ete identifies apres hydrolyse chez les mascarocoffea. Les analyses multivariees definissent deux compartiments biochimiques fondamentaux: les cafeiers a cafeine et les cafeiers sans cafeine. La structuration de la diversite biochimique globale correspond a un continuum repondant au concept de complexe d'especes. En ce qui concerne la composition biochimique, la dominance des especes cultivees a ete observee chez les hybrides et une importante segregation apparait dans la descendance des bc1

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Beauvière, Sophie. "Méthodologie et synthèse d'une chimiothèque de molécules macrocycliques." Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066537.

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La génétique chimique est un domaine émergeant qui cherche à identifier des petites molécules organiques capables de moduler l'expression des protéines. Pour identifier ces molécules, la génétique chimique utilise des chimiothèques constituées de molécules présentant la plus grande diversité structurale pour pouvoir cribler le plus grand nombre de protéines possibles. Cette thèse décrit la préparation d'une nouvelle famille de macrocycles. En effet, les macrocycles sont des molécules tridimensionnelles possédant un certain nombre de conformations stables et permettent donc d’introduire une grande diversité structurale. Pour réaliser ces macrocycles, nous avons conçu une stratégie basée sur l’utilisation de synthons thiazolidines combinée à une réaction de cyclisation d’Huisgen suivie d’une réaction d’amination réductrice permettant la fermeture du cycle. Ce plan de synthèse permet la préparation de macrocycles de plus de 18 atomes en quelques étapes avec de bons rendements. L'évaluation des propriétés biologiques de ces molécules par la technique des puces à petites molécules a montré une forte affinité de ces macrocycles pour la streptavidine
Chemical genetic is an emerging domain that tries to identify small organic molecules able to modulate protein expression. To identify these molecules, chemical genetic uses libraries presenting the biggest structural diversity to be able to screen the largest number proteins. This thesis describes the preparation of a new family of macrocycles. Macrocycles are three-dimensional molecules having several stable conformations and thus allowing the introduction of structural diversity. To synthesize these macrocycles, we conceived a strategy based on the combined use of thiazolidines like synthons with a Huisgen’s cycloaddition followed by a reductive amination that allows the ring closure. This synthetic strategy allows the preparation of macrocycles of more than 18 atoms in few steps with good yields. Evaluation of the biological properties of these molecules using small molecules microarrays shows a strong affinity of these macrocycles to streptavidin

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Ivanisevic, Julijana. "Metabolisme secondaire des éponges Homoscleromorpha : diversité et fluctuation de son expression en fonction des facteurs biotiques et abiotiques." Thesis, Aix-Marseille 2, 2011. http://www.theses.fr/2011AIX22034.

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Le métabolisme secondaire joue un rôle écologique majeur dans les interactions des organismes avec leur environnement. Une étude intégrée de la biologie, de l’écologie des organismes et des variations de leur métabolisme est essentielle pour comprendre le rôle des métabolites secondaires au sein des écosystèmes. Or ce type d’approche est rare en milieu marin.Le petit clade d’éponges Homoscleromorpha constitue un vrai potentiel de découverte de nouvelles espèces et de molécules bioactives valorisables. Par ailleurs, leur position de dominance dans certaines communautés benthiques de Méditerranée en faisait un modèle de choix pour démarrer des recherches en écologie chimique marine.Ce travail a débuté avec la description d’une espèce du genre Oscarella, O. balibaloi ainsi que de nouvelles molécules produites par cet organisme. Cette nouvelle espèce avec deux autres espèces communes du même genre, O. tuberculata et O. lobularis constituent parfois de vrais faciès au sein des communautés du coralligène et des grottes semi-obscures. L’étude comparée du cycle de vie de ces Oscarella a montré dans tous les cas une reproduction saisonnière, avec des différences dans les périodes de gamétogénèse et d’émission des larves, et des sensibilités variables face aux changements des conditions de régime thermique. Deux composés majoritaires de type lysophospholipides ont été isolés et caractérisés pour la première fois dans O. tuberculata, et retrouvés dans O. lobularis. Leur rôle potentiel de médiateurs moléculaires impliqués dans le processus de reproduction (embryogenèse et développement) a été proposé, et devra être confirmé par des études expérimentales. Une nouvelle famille de sesterterpènes glycosylés (dénommés balibalosides) a été découverte dans O. balibaloi.Une étude pluriannuelle des variations du métabolisme de ces espèces a été réalisée à travers trois approches complémentaires permettant de tester les modalités d’allocation des ressources à la production de métabolites secondaires. Les patrons de variation des niveaux d’expression de métabolites ciblés, des signatures métaboliques et des bioactivités des extraits d’éponges ont montré une influence significative du cycle de reproduction sur le métabolisme secondaire. Les méthodes globales (métabolomique et bioactivité) ont permis de montrer que le cycle de variation du métabolisme secondaire était marqué par une modification importante de sa production accompagnée par une baisse de bioactivité pendant les périodes les plus coûteuses de la reproduction (reproduction asexuée, embryogenèse et développement larvaire). Ces résultats montrent un compromis d’allocation des ressources entre un métabolisme primaire (la reproduction) et la production des métabolites secondaires, et soutient ainsi la théorie de défense optimale.L’approche de métabolomique s’est avérée un bon indicateur de la chimio-diversité. Appliquée à l’étude des relations inter-spécifiques, cette méthode de chimio-systématique a permis de proposer une classification des espèces méditerranéennes d’Homoscleromorpha. Cette classification soutient les résultats les plus récents de phylogénie moléculaire et propose la restauration de deux anciens clades au sein des Homoscleromorpha: les Plakinidae, un groupe qui ne contient aujourd’hui que des espèces à squelette, et les Oscarellidae qui ne contient que des espèces sans squelette. Les approches développées au cours de cette thèse permettent de nombreuses perspectives en chimio-systématique et écologie chimique marine. L’utilisation des signatures métaboliques peut être transposée à d’autres questions de systématique, particulièrement pour démontrer l’existence d’espèces cryptiques, et pour soutenir des hypothèses phylogénétiques au sein d’autres clades problématiques [...]
Secondary metabolism plays a major ecological role in the interactions between the organisms and their environment. An integral study of the organisms’ biology and ecology and the variations of their metabolism is essential for understanding the role of secondary metabolites in the ecosystems. This kind of approach is rare in the marine environment. Small sponge clade Homoscleromorpha constitutes a real potential for the discovery of new species and potentially bioactive molecules. In addition, its dominance in some Mediterranean benthic communities makes it a good model in marine chemical ecology research. This work has started with a description of new species of Oscarella genus, O. balibaloi. This new species forms sometimes, with two other commun Oscarella species, O. tuberculata and O. lobularis, special facies within the coralligenous and semi-dark cave communities. All three Oscarella species are caraterized by a seasonal reproductive cycle with differences in the period of gametogenesis and larval emission as well as the variation in sensitivity facing the changes in thermal regime. Two major lysophospholipid compounds were isolated and caracterized for the first time in O. tuberculata and confirmed in O. lobularis. Their potential role as signal molecules in the reproduction process (embryogenesis and development) was proposed and should be confirmed by experimental studies. One new familly of glycosilated seterterpens (named balibalosides) was found in O. balibaloi. A pluriannual study of species metabolism was performed using three complementary approaches and enabled to test the models of resource allocation to secondary metabolite production. Variation patterns in the expression level of target metabolites, in the metabolic fingerprints and the bioactivities of sponge extracts reflected the significant influence of the reproductive cycle to the secondary metabolite production. Holisitic approaches (métabolomics and bioactivity) pointed out the important modification in the secondary metabolism variation pattern followed by the decrease in bioactivity during the costly period of reproduction (asexual reproduction, embryogenesis and larval development). These results highlight the trade-off in resource allocation between the primary (reproduction) and secondary metabolism and therefore support the Optimal Defense Theory. Metabolomic approach applied to the study of interspecific relations turned out as a good indicator of chemical diversity which allowed the classification of Mediterranean Homoscleromorpha sepcies. The obtained classification was congruent with recent molecular phylogeny results proposing the restauration of two ancient clades within Homoscleromorpha, the Plakinidae, a group of species possesing skeleton and the Oscarellidae, a group of species lacking skeleton. Approaches developed during my thesis opened a numerous perspectives in chemosystematics and marine chemical ecology. The use of metabolic fingerprints can be transposed to other questions in systematics, particularly to demonstrate the existance of cryptic species and to support phylogenetic hypothesis within other problematic clades. [...]

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Huynh, Thi My Dung. "Impact des métaux lourds sur les interactions plante/ ver de terre/ microflore tellurique." Phd thesis, Université Paris-Est, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00486649.

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L'objectif de ce travail était d'étudier les interactions entre une plante « phytoremédiatrice », Lantana camara (Verbenaceae), le ver de terre, Pontoscolex corethrurus (Glossoscolecidae) et les microorganismes telluriques d'un sol pollué au plomb. Dans un premier temps, il apparaît que dans les sols contaminés, la présence de ver conduit à un accroissement de la biomasse des parties aériennes et racinaires des plantes ainsi qu'à une augmentation de l'absorption de plomb. La caractérisation physico-chimique des agrégats racinaires a montré que l'activité des vers augmente le taux de matière organique, la capacité d'échange cationique ainsi que l'azote total, le potassium total et disponible. De plus, la présence des vers augmente certaines activités enzymatiques de la rhizosphère. La croissance accrue de L. camara pourrait résulter de ces différentes actions. L'action des vers de terre sur les plantes se ferait via les communautés microbiennes telluriques. Ainsi, la biomasse des microorganismes, bactéries et champignons, des agrégats racinaires augmente en présence de vers. La PCR-DGGE n'a pas permis de mettre en évidence de modifications de la structure taxonomique des communautés bactériennes sous l'influence du Pb et/ou du vers, par contre l'analyse des profils physiologiques par plaques Biolog montre clairement une diversification fonctionnelle bactérienne. Les communautés fongiques voient, elles, leur diversité taxonomique, augmenter sous l'action des vers. La restructuration des populations microbiennes, en présence de vers, des agrégats racinaires élaborés par les plantes en milieu pollué au plomb est l'élément déterminant pour la compréhension de l'impact de P. corethrurus sur la croissance et la phytoremédiation de L. camara. L'association de ces deux organismes aurait donc un potentiel considérable pour le traitement de sites industriels pollués au plomb

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Bernardin, Claire. "Effet d’un bassin de rétention des eaux pluviales en milieu urbain sur la diversité et la dangerosité de bactéries pathogènes opportunistes." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1029.

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La gestion des eaux a pendant longtemps été associée à des préoccupations sanitaires afin d'éviter la dissémination de maladie hydrique. Au cours du temps, l'aspect sanitaire a été remplacé par des préoccupations environnementales. A ce jour, des questions sur les potentiels risques sanitaires dues aux ouvrages de gestion des eaux sont récurrentes. Dans ce travail, nous nous sommes intéressés au comportement d'un bassin sec de rétention de l'est lyonnais en étudiant les liens existant entre la présence de bactéries pathogènes opportunistes, le fonctionnement hydraulique et la capacité de piégeage des polluants de ce bassin. Pour cela, nous avons réalisé 6 campagnes de prélèvements sur un an et demi. Les prélèvements ont été caractérisés au niveau physico-chimique et microbiologique (A. caviae, P. aeruginosa, Nocardia, E. coli, coliformes, entérocoques). Les caractéristiques physico-chimiques trouvées sont comparables à celles obtenues dans des bassins similaires. L'ensemble du bassin est régulièrement contaminé par les bactéries suivies (0 à 1.92E+07 UFC/g sec). Des concentrations plus fortes en été et un apport par les pluies ont pu être observés. Des analyses de corrélation de type Pearson ont mis en évidence de rares liens entre la présence de bactéries et de polluants chimiques, comme par exemple entre P. aeruginosa et les HAPs. Une corrélation entre les Nocardia et des caractéristiques sédimentaires (teneur en masse organique volatile et densité) a aussi pu être observée. Une étude plus poussée sur le genre Nocardia a permis: d'isoler pour la première fois en France des N. cyriacigeorgica dans l'environnement, de mettre au point une qPCR (spécifique de cette espèce) utilisable en milieu complexe et de développer un test rapide sur nématode afin de connaitre la virulence d'isolats bactériens au niveau du SNC
Water management has been associated during a long time with health concerns to prevent the spread of waterborne disease. Over time, the health aspect was replaced by environmental concerns. Nowadays, questions about the potential health risks due to water management structures are recurrent. In this work, we studied the behavior of a dry retention basin at the eastern part of Lyon, in particular the links between the presence of opportunistic pathogenic bacteria, the hydraulic behaviour and the trapping capacity of pollutants in the basin. For that purpose, we carried out 6 sampling campaigns during a year and a half. The samples were characterized at a physicochemical and microbiological level (A. caviae, P. aeruginosa, Nocardia, E. coli, coliforms, enterococci). The physicochemical characteristics found are comparable to those obtained in similar basins. The entire basin is regularly contaminated by bacteria followed (0 to 1.92E +07 CFU/g dm). Higher concentrations in summer and during rain periods were observed. Pearson correlation analysis revealed some rare links between the presence of bacteria and chemical pollutants, such as between P. aeruginosa and PAHs. A correlation between Nocardia and sedimentary characteristics (volatile organic content and mass density) was also observed. For the first time in France, further study on the genus Nocardia has permitted: to isolate N. cyriacigeorgica in the environment, to develop a qPCR (specific of this species) used in complex environments and to develop a quick test on nematode in order to identify the virulence of bacterial isolates in the NSC

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Brémaud, Iris. "Diversité des bois utilisés ou utilisables en facture d'instruments de musique : étude expérimentale des propriétés vibratoires en direction axiale de types de bois contrastés en majorité tropicaux : relations à des déterminants de microstructure et de composition chimique secondaire." Phd thesis, Université Montpellier II - Sciences et Techniques du Languedoc, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00548934.

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L'objectif est de mieux connaître les bois, surtout denses et tropicaux, utilisés dans les instruments, et de proposer une aide pour la diversification en lien avec des problèmes d'approvisionnement durable. Le travail adopte deux approches complémentaires : caractérisation de la diversité des bois utilisés ou utilisables en facture instrumentale (espèces, propriétés vibratoires) ; étude des déterminants microstructuraux et chimiques (extractibles) des propriétés importantes. Une base de données « espèces ligneuses - usages en facture » est dessinée et a commencé à être implémentée par des informations de factures traditionnelles extra-Européennes. Les propriétés vibratoires élémentaires (module d'élasticité spécifique et coefficient d'amortissement dans la plage de fréquences 200-600Hz) en direction axiale, la teneur en eau à l'équilibre (à 20°C et 65% HR) et les paramètres de couleur CIELab et CIELCh sont déterminées sur 1400 éprouvettes de petites dimensions couvrant 60 espèces et 70 types de bois, dont 70% de feuillus tropicaux. Une moitié est fournie par des facteurs d'instruments, l'autre est présélectionnée sur des critères liant propriétés mécaniques, chimiques et physiques. Les relations entre propriétés sont analysées et les essences classées en groupes de similitude par analyses multivariables. Les extractibles du bois de coeur sont responsables de très faibles amortissements et teneurs en eau sur la majorité des bois tropicaux étudiés. Des modèles prédictifs simples sont proposés qui expliquent sur les essences étudiées de 85 à 90% de la variabilité observée des coefficients d'amortissement. Les relations entre propriétés physico-mécaniques et angle des microfibrilles sur des bois normaux et de compression de 3 résineux sont globalement cohérentes avec la littérature mais les bois de compression ont –à module spécifique donné- de plus faibles amortissements que les bois normaux. Les bois de coeur de deux espèces de Papilionaceae (Pterocarpus soyauxii Taub. ‘Padouk' et P. erinaceus Harms. ‘Vèn') sont comparés à l'état natif puis extraits par différents solvants. Les extraits du Padouk sont -à quantités données- plus efficaces que ceux du Vèn pour diminuer l'amortissement et inversement pour la teneur en eau. Des hypothèses sont émises sur les mécanismes possibles.

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Wild, Bastien. "Changements microstructuraux et diversité microbienne associés à l'altération des silicates : influence sur les cinétiques de dissolution du laboratoire au terrain." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAH004/document.

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L’altération des roches silicatées constitue le dénominateur commun d’une multitude de problématiques environnementales et sociétales. Du fait de la difficulté d’extrapoler au milieu naturel les cinétiques de dissolution des minéraux mesurées in vitro, cette thèse propose de réviser en profondeur l’approche actuelle de la réactivité minérale du laboratoire au terrain. Ce travail démontre que l’évolution intrinsèque des propriétés texturales et structurales de l’interface réactive au cours de la dissolution induit des variations de vitesse qui ne peuvent être expliquées dans le cadre des théories thermocinétiques classiques. Nous proposons une nouvelle méthode permettant de sonder la réactivité biogéochimique des minéraux sur le terrain et de révéler les interactions réciproques entre le minéral et le monde microbien au sein de la minéralosphère. Nous démontrons la pertinence des phénomènes de passivation pour l’altération de surface et l’incapacité des microorganismes à les surmonter
Chemical weathering of silicate minerals is central to numerous environmental and societal challenges. This study addresses the long-standing question of the inconsistency between field and laboratory estimates of dissolution kinetics, by revisiting current approaches of mineral reactivity. It is demonstrated that evolution of feldspar reaction rates are inaccurately describedby current kinetics rate laws, due to textural and structural changes occurring at the fluid-mineral interface over the course of the dissolution process. A novel method is developed to enable probing biogeochemical weathering rates in the field. Bacterial and fungal metagenomic data reveal that subtle reciprocal relationships are established between microorganisms and mineral substrates within the mineralosphere. This thesis emphasizes the impact of passivation phenomena on dissolution rates, under field-relevant reacting conditions and the incapacity of microorganisms to overcome the passivation barrier

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Abbas, Najwa. "La diversité des toxines de scorpions et leur intérêt dans la recherche biologique et pharmacologique : (purification et caractérisation chimique, pharmacologique et immunologique des toxines de scorpion présentant des problèmes de santé publique au Moyen Orient et leurs implications pharmacologiques)." Thesis, Aix-Marseille 2, 2010. http://www.theses.fr/2010AIX20705.

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Les scorpions du genre Androctonus, comme Androctonus australis en Algérie et en Tunisieou Androctonus mauretanicus au Maroc, sont responsables d’environ 100.000 piqûres par ansur l’ensemble du Maghreb, suivies de 1 % de décès. Ils posent un réel problème de santépublique. Les toxines «alpha» modulant les canaux sodium voltage-activés (Nav) sontresponsables de 80 à 90% de l’activité létale des venins d’Androctonus australis etmauretanicus. Cependant, certaines petites molécules sont aussi capables de bloquer lefonctionnement d’autres types de canaux ioniques, en particulier des canaux potassiumvoltage-activés (Kv).Au cours de cette thèse, nous avons isolé et caractérisé les composants du venind’Androctonus amoreuxi, scorpion largement distribué en Afrique du Nord et au Moyen-Orient, mais qui n’avait jusqu’ici fait l’objet d’aucune etude rigoureuse. Nous avons identifiéles constituants impliqués dans la toxicité du venin et précisé leurs propriétéspharmacologiques et immunologiques, ainsi que l’effet qu’elles induisent enélectrophysiologie sur des canaux Nav et Kv clonés exprimés dans l’ovocyte de Xenope.Nous avons recherché de nouveaux membres d’une famille de toxines récemment isolées, lesBirtoxines-like, et interprété leur polymorphisme biologique par la modélisation de leursstructures 3D. Enfin, nous avons mené à bien un programme portant sur les effetsantinociceptifs des toxines de scorpion chez la souris. Cela nous a permis de proposer uneexplication qui fait intervenir le système opiacé et la « contre-irritation ». L’effet des toxinesreconnues « analgésiques » a ensuite été testé en électrophysiologie sur des neuronesnocicepteurs
The North African scorpion Androctonus australis in Algeria and Tunisia, or Androctonusmauretanicus in Morocco, are responsible of about 100.000 stings each year in Maghreb,followed by 1% of death. Small toxins modulating voltage-gated sodium channels (Nav),named “alpha”, are responsible of 80 to 90% of the total lethal activity from the Androctonusaustralis and mauretanicus venoms. However, smaller molecules are also able to block thefunctioning of another type of ionic channels, in particular, the voltage-gated potassiumchannels (Kv).During this thesis, we have isolated and characterized the compounds of the venom fromAndroctonus amoreuxi, a scorpion widely found in North Africa and Middle East, but neverseriously studied so far. We have identified the constituents implicated in the toxicity anddefined their immunological and pharmacological properties, as well as theirelectrophysiological effects on cloned Nav and Kv channels expressed in Xenopus oocytes.We also have looked for recently characterized new molecules, the Birtoxins-like, and tried toexplain their large biological polymorphism by 3D structural models. At last, we haveevaluated the antinociceptifs effects of scorpion toxins in mice. We have proposed that theantalgic effects observed after administration of scorpion toxins are partly due to a counterirritation phenomenon, which implicates the activation of an endogenous opioid system. The“analgesic” toxins have been further tested in electrophysiology on DRG neurons

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Andriamanantena, Mahery. "Valorisation de la biodiversité et études ethnobotanique, phyto-chimique et toxicologique des plantes tinctoriales de Madagascar : applications dans le domaine des colorants naturels." Thesis, La Réunion, 2020. http://www.theses.fr/2020LARE0015.

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La tendance actuelle des consommateurs des produits de consommation plus sains et plus respectueux de l’environnement pousse les industriels à trouver des solutions alternatives naturelles. L’industrie des colorants de synthèse qui est parmi l’une des plus polluantes de la planète est directement concernée. La biodiversité de Madagascar, liée à une tradition d’utilisation des plantes pour teindre des fibres naturelles, représente une source renouvelable de pigments végétaux, jusqu’alors inexploitée. Les substances extraites de ces plantes pourraient donner lieu à des colorants naturels exploitables dans les industries sous réserve de lever les principaux verrous scientifiques liés au manque de connaissances sur ces plantes. Trois approches complémentaires ont été réalisées lors de ce travail. Une première approche ethnobotanique a consisté à cribler la biodiversité en plantes tinctoriales à Madagascar. Ainsi 128 espèces, dont 34 endémiques, ont été recensées et décrites. Une deuxième approche phyto-chimique a permis de mettre au point l’extraction des colorants par un procédé éco-responsable avec des solvants écologiques et de caractériser les propriétés physico-chimique et technologique des extraits obtenus. Les résultats en termes de pouvoir colorant, de stabilité (effet pH et température) et de propriétés antioxydantes et antimicrobiennes des pigments (anthocyanes, proanthocyanidines) extraits de quelques espèces de plantes sélectionnées, dont Acridocarpus excelsus et Woodfordia fruticosa, soulignent leurs potentialités comme colorants naturels bioactifs. L'analyse chromatographique HPLC-DAD-CAD-MS des pigments extraits de Paracarphalea kirondron a révélé pour la première fois des métabolites secondaires responsables des propriétés tinctoriales et biologiques. Enfin, la troisième approche toxicologique, réalisée à partir du modèle zebrafish et du modèle animal albinos mice, a permis de caractériser les profils d’activité biologique et de toxicité de ces extraits végétaux. Ces premiers résultats ouvrent des perspectives directement applicables de valorisation industrielle de ces ressources biologiques et des savoir-faire malgaches qui peuvent représenter les solutions alternatives naturelles recherchées. Cependant des mesures d’accompagnement devront être mises en place pour assurer une exploitation durable de cette biodiversité
Consumers trends are now moving towards healthier and more environmentally friendly products. It is pushing manufacturers to find natural alternatives to substitute the artificial products. The synthetic dyes industry, one of the most polluting industries in the world, is directly affected. Madagascar’s biodiversity, linked to a tradition of using plant species to dye natural fibers, represents an adequate source of renewable source of pigments, remains weakly exploited. Substances extracted from these plants could result in natural dyes that can be used in industries subject to overcome the main scientific challenges related to the lack of knowledge about these plants. Three complementary approaches were carried out during this study. A first ethnobotanical approach consisted in the screening of the dye plant biodiversity of Madagascar. 128 plant species, including 34 endemic species, have been identified and described. A second phytochemical approach has allowed the extraction of pigments by an eco-responsible process with green non-harmful solvent. The results in terms of coloring properties, stability (pH, temperature), antioxidant and antimicrobial properties of pigments (anthocyanins, proanthocyanidins, etc) extracted from a few species, including Acridocarpus excelsus and Woodfordia fruticosa highlight their potential as natural bioactive colorants. HPLC-DAD-CAD-MS chromatography analysis of the roots extracts of Paracarphalea kirondron display for the first time the secondary metabolites responsible of the dyeing and biological properties in this plant species. Finally, a third toxicological approach conducted on zebrafish and albino mice model permitted to characterize the activity / toxicity profiles of these plant extracts. These early results lead to great opportunities across the industrials valorization of these natural ressources and traditionnal malagasy knowledge. However, appropriate measures should be taken to ensure the sustainable exploitation of this biodiversity

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Hedouin, Jonathan. "Etude de cascades réactionnelles pallado-catalysées de fermeture d’allènamides et d’allylation directe de liaisons C-H et C-CO2H d’azoles, d’énamides et d’acides propioliques pour la diversité structurelle." Thesis, Normandie, 2017. http://www.theses.fr/2017NORMIR21/document.

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Le développement de plans synthétiques de molécules de complexité variable qui utilise des réactifs aisés d’accès et qui sont économes en atomes et en étapes est constamment au cœur des préoccupations du chimiste organicien pour accroître la diversité moléculaire de façon efficace et éco-responsable. La catalyse par les métaux de transition a permis de faire des progrès considérables dans la construction et la fonctionnalisation combinées d’hétérocycles d’intérêt à valeur ajoutée dans les sciences des produits naturels et les industries pharmaceutiques et phytosanitaires. Le principe synthétique consiste en l’enchaînement de processus standards élémentaires de transformations chimiques en un seul pot au sein de la sphère catalytique métallique. Un axe de progrès contemporain repose en particulier sur l’incorporation de processus de métallation catalytique de liaisons C-CO2H et C-H. Les travaux de thèse s’inscrivent dans ce jeune domaine de recherche initié au cours de la dernière décennie par plusieurs équipes de recherche dont celle de Jieping Zhu de l’école polytechnique fédérale de Lausanne compte parmi les pionnières et les plus actives. Ils ont visé notamment à implémenter consécutivement aux processus standards de carbopalladation intramoléculaire d’ortho-halogéno allénamides de Grigg de construction d’hétérocycles azotés très variés, d’une part des réactions d’allylation directe de la liaison C-H d’hétérocycles et d’énamides et d’autre part d’allylation décarboxylante d’acides propioliques. Après avoir évalué la réactivité des complexes pi-allypalladium conjugués à un atome d’azote dans la réaction, l’allylation directe de la laison C-H d’oxadiazoles et de 1,3-diazoles à fort caractère acide ainsi que des énamides, des séquences originales de construction et d’hétéroarylation combinées pallado-catalysées d’isoquinolinones et d’indoles ont été établies. Un protocole séquencé conduit en un seul pot et basé sur la génération in situ des allénamides, qui ne sont plus isolées, suivie de la réaction de construction et d’hétéroarylation combinées pallado-catalysée a ensuite été mis au point. Il a été exploité pour la préparation d’indoles, 1(2H)-isoquinoléïnones, isoquinoléïnes mais également des hétérocycles de taille supérieure, benzo-(2H)-azépine et benzo-(2H)-azocine intégrant des oxadiazoles et oxa(thia)zoles. Une première étude d’extension du concept synthétique a finalement été ciblée sur la construction et la propargylation combinée de la large gamme d’hétérocycles azotés obtenus précédemment en utilisant les acides propioliques comme partenaire de couplage
The design of efficient and eco-friendly atom and step-economical synthetic plans of molecules using highly available starting materials is one of major objectives of organic chemist. Transition metal catalysis has allowed a bold step to build and functionalize consecutively, through a one-pot reaction, major nitrogen-containing heterocycles which are broadly present into numerous natural products, pharmaceutics and agrochemicals. The catalysis is based upon tandem inner-sphere elemental chemical transformations and one of major current challenge is to implement catalytic metallation of C-CO2H and C-H bonds. Involved in this young field of research initiated since the past decade from sevaral groups including pioneering and high active Jieping Zhu team of the Polytechnic School of Lausanne, the present study has been directed towards the design of innovative palladium-catalyzed domino Grigg nitrogen-containing heterocycles building through ortho-halogeno allenamides intramolecular carbopalladation process followed by direct C-H allylation of heterocycles and enamides or direct decarboxylative allylation of propiolic acids. After demonstrating the reactivity of nitrogen-conjugated pi-allypalladium complex in direct C-H allylation of acidic heterocycles, first palladium-catalyzed tandem build and heteroarylation of 1(2H)-isoquinoleinone and indole from ortho-halogeno allenamides was first envisaged. Efforts were next directed to the setting up of a one-pot protocol including in situ generation of allenamide followed by palladium-catalyzed domino building and functionalization of heterocycles. It was then hugely evaluated to the preparation of indole, 1(2H)-isoquinoleinones, isoquinolins as well as high-membred ring heterocycles such as benzo-(2H)-azepine and benzo-(2H)-azocine embedding with oxadiazoles and oxa(thia)zoles. An first extended synthetic concept towards the palladium-catalyzed tandem build and propargylation of nitrogen-containing heterocycles using sevral propiolic acids as coupling partners

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Duverger, Véronique. "Accés à la diversité des glycosaminoglycanes par synthèse combinatoire en phase supportée." Paris 11, 2001. http://www.theses.fr/2001PA112277.

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Les protéoglycanes sont des glycoprotéines comportant un corps protéinique et plusieurs polysaccharides sulfatés, appelés glycosaminoglycanes (GAGs). Les GAGs sont des chaînes quasi-périodiques, de motif disaccharidique dans lesquels un acide glucuronique ou iduronique est lié à une glucosamine ou une galactosamine. La diversité des motifs de sulfatation et la variation possible de l'acide uronique introduit une forte hétérogénéité structurelle le long de ces polymères et de ce fait une variété de fonctions biologiques. Afin de générer plusieurs motifs, nous nous sommes intéressées à la synthèse combinatoire sur support solide. Une première étude nous a permis d'élaborer une méthode d'accrochage et de décrochage d'un glucosaminide sur la résine de Merrifield. Dans un deuxième temps, nous avons synthétisé deux synthons uroniques D-Glc et L-Ido. En effet, Deux précurseurs sont obtenus de façon équimolaire par addition de chlorure de vinyl magnésien sur l'aldéhyde 1,2-O-isopropylidène-3-O-benzyl-xylodialdose. .
Proteoglycans are a class of glycosylated proteins which have covalently linked sulfated chains called glycosaminoglycans (GAGs). Glycosaminoglycans endow proteoglycans with unique functions (regulation of cytotoxic events: regulation of cell growth and differentiation, inflammation, immune system ; interactions with growth factor, key-proteins). Glycosaminoglycans are sulfated polysaccharides made of repeating disaccharides, which consist of uronic acid (or galactose) and hexosamines. The diversity in pattern sulfatations allows a great variety of fonctions. In order to generate several units, we burned to combinatorial synthesis on solid support. Firstly, we studied a method of fixation and cleavage on the Merrifield resin. Then, we synthetised two uronic synthons D-Glc, L-Ido ; two precursors are obtained equimolary by addition of vinyl magnesium chloride on aldehyde 1,2-O-isopropylidene-3-O-benzyl-xylodialdose. .

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Tixador, Philippe. "Etude de la diversité et du déterminisme des souches de prion : approches physico-chimiques et analyse comparée." Versailles-St Quentin en Yvelines, 2009. http://www.theses.fr/2009VERS0002.

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Les maladies à prions regroupent un ensemble d'atteintes neurodégénératives fatales affectant l'homme et l'animal. Il est aujourd'hui communément admis que la protéine prion pathologique (PrPSc) constitue le principal, sinon le seul composant de l'agent infectieux prion. La propagation des prions s'effectuerait selon un processus de conversion auto-propagé de la protéine prion normale (PrPC) endogène en conformère infectieux PrPSc qui s'accumule sous forme d'agrégats dans le cerveau des individus atteints. Bien que virtuellement dépourvus de génome, les prions peuvent manifester une diversité de souches phénotypiquement distinctes au sein d'une même espèce. Le déterminisme moléculaire de cette diversité qui reposerait sur l'existence de conformations différentes de PrPSc, reste très peu documenté. Par l'utilisation d'une méthodologie fondée sur la sédimentation en vélocité et des approches physico-chimiques, le projet de thèse visait à étudier la diversité conformationnelle des molécules de PrPSc, à décrire leur état de multimérisation en relation avec leur niveau d'infectiosité, afin de susciter des éléments de réponse sur le déterminisme du phénotype de la maladie. Les principaux résultats obtenus montrent que l'état d'agrégation de la PrPSc, la taille des particules infectieuses et la relation entre ces deux entités peuvent notablement varier en fonction de la souche considérée. Les données acquises suggèrent ainsi que la nature des particules infectieuses varie fortement en fonction des souches, influençant en retour le phénotype biologique de souche, en particulier la dynamique de réplication
Prion diseases are a group of neurodegenerative disorders affecting both humans and animals. Prion, the etiologic agent of these diseases is thought to be essentially composed of multimers of an abnormal conformer (PrPSc) of the cellular, monomeric prion protein. Prion propagation is believed to stem from the ability of PrPSc to convert the cellular prion protein (PrPC) into an infectious conformer PrPSc. Biologically distinct prion strain can propagate in the same host, presumably through the self-perpetuation of different, specific PrPSc conformers. However much remains to be known about the physical relationship between the infectious agent and PrPSc conformations, in particular the aggregation state, and to which extent it varies according to the strain. The aim of the thesis was to study the strain-dependant physical diversity of PrPSc molecules, to describe their multimerisation state in relation with infectivity, in order to provide information about the determinism of the disease phenotype. We applied a methodology based on sedimentation velocity and physico-chemicals techniques to a panel of natural, biologically cloned prion strains. The main results suggest that prion infectious particles are subjected to marked strain-dependent variations in aggregation state, which in turn could influence the strain biological phenotype, in particular the replication kinetics

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Adam, de Beaumais Ségolène. "Apport de la chimie click à la diversité des applications de cyclodextrines fonctionnalisées." Paris 6, 2012. http://www.theses.fr/2012PA066562.

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Les cyclodextrines sont des macrocycles concaves suscitant un intérêt croissant. Ces oligosaccharides naturels possèdent une cavité hydrophobe permettant la formation de complexes d’inclusion avec des molécules organiques en milieu aqueux. L’obtention de cyclodextrines sélectivement fonctionnalisées est nécessaire pour améliorer leurs capacités de reconnaissance et permettre l’accès à des structures plus complexes comme des enzymes artificielles. La réaction de dé-O-benzylation des cyclodextrines perbenzylées, développée au laboratoire, en présence d’hydrure de diisobutylaluminium est devenue un outil puissant dans la fonctionnalisation des cyclodextrines. Cette méthode a permis de synthétiser de manière efficace des cyclodextrines azoture et propargyle. Ces précurseurs ont été engagés dans des réactions de chimie click CuAAC, méthode connue pour être efficace et rapide, permettant un accès à des cyclodextrines monomériques capables de s’auto-assembler, à des dimères ainsi qu’à des duplex de cyclodextrines. Les cyclodextrines monomériques ont été conçues pour s’auto-assembler avec une morphologie hiérarchique. Les dimères ont été utilisés en tant que récepteurs artificiels, capables de solubiliser des molécules naturelles lipophiles, dont les agrégats sont impliqués dans la maladie d’Alzheimer ou la DMLA. Enfin, l’-duplex de cyclodextrines s’est révélé capable, à l’état solide, d’encapsuler huit molécules invitées formant un polymère polycapsulaire supramoléculaire
Cyclodextrins are natural cyclic oligosaccharides with a characteristic truncated cone shape. The concave macrocyles present a hydrophobic cavity that allows the formation of inclusion complexes with various organic molecules in water. The preparation of selectively functionnalized cyclodextrins is necessary to improve molecular recognition processes or to obtain more sophisticated structures, such as artificial enzymes. The de-O-benzylation of perbenzylated cyclodextrins, developped in our laboratory, with diisobutylaluminium hydride became a powerful tool for the functionnalization of cyclodextrins. This method allowed us to efficiently synthesize azido and propargyl cyclodextrins. These precursors were used in CuAAC click chemistry reactions, well-known method to be fast and efficient, allowing an access to monomeric cyclodextrins able to self-assemble and to singly-linked or doubly-linked dimeric cyclodextrins. The monomeric cyclodextrins were designed to self-assemble to give daisy-chains with hierarchical morphologies. Singly-linked dimers were used as artificial receptors able to solubilize natural lipophilic molecules whose aggregates are involved in Alzheimer disease or in macular degeneration. Finally, the doubly-linked dimer encapsulates eight guests to form a polycapsular supramolecular polymer

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Caillot, Gilles. "Furfural : une source renouvelable de diversité moléculaire." Toulouse 3, 2012. http://thesesups.ups-tlse.fr/2343/.

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Le furfural est un composé organique issu du traitement acide de déchets végétaux tels que la rafle de maïs ou la bagasse de sucre de canne ; il s'agit donc d'une ressource verte et renouvelable. À l'heure actuelle, la majeure partie des transformations réalisées sur le furfural à l'échelle industrielle conservent le noyau hétérocyclique de départ. En collaboration avec l'entreprise PennAkem, l'un des principaux producteurs mondiaux de furfural, nous avons cherché à valoriser cette molécule en l'engageant dans des transformations plus complexes de sorte à accéder à de nouvelles structures d'intérêt. Ainsi, une séquence réaction multi-composants/cycloaddition/aromatisation a été développée et optimisée pour donner un accès rapide à des isodinolinones polysubstituées à partir du furfural. Des cycloadditions intermoléculaires avec le benzyne ont également été réalisées et permettent d'obtenir des précurseurs de naphtalènes. Une étude approfondie des réactions d'ouverture et de réarrangements des dérivés furaniques a permis d'établir le furfural comme produit de départ pour la synthèse de nombreux carbocycles et hétérocycles diversement substitués. La fonctionnalisation du cycle furanique, notamment par des réactions de réarrangement de type Claisen décarboxylant, permet en outre d'envisager une augmentation exponentielle du nombre de structures accessibles
Furfural is an organic compound obtained through acidic treatment of vegetal wastes such as corncobs or sugarcane bagasse ; it is therefore a green and renewable resource. Nowadays, most of the transformations carried out on furfural at the industrial scale leave the original heterocycle intact. Collaborating with the society PennAkem, one of the world leading producers of furfural, we aimed to add value to this molecule by engaging it in more complex transformations, in order to access new structures of interest. Thus, a multicomponent reaction/cycloaddition/aromatization sequence was developed and optimized to give fast access to polysubstituted isoindolinones from furfural. Intermolecular cycloadditions with benzyne were also carried out and afforded naphthalene precursors. An extensive study of opening and rearrangement reactions of furanic derivatives led us to define furfural as an interesting starting material for the synthesis of several carbocycles and heterocycles diversely substituted. Functionalization of the furan ring, especially through the decarboxylative Claisen rearrangement, proved to be a way to exponentially increase the number of available structures

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Oliveira, Cynthia. "Diversité des intégrons dans des sédiments estuariens anthropisés." Thesis, Normandie, 2017. http://www.theses.fr/2017NORMR093.

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Les intégrons sont des plateformes génétiques bactériennes de capture et d'expression de gènes. Les intégrons cliniques sont les principaux responsables de la forte augmentation récente des bactéries multirésistantes aux antibiotiques. Cependant, dans l’environnement, ils ne représentent qu’une part minime de l’importante diversité des intégrons. Ainsi, les objectifs de cette thèse étaient (i) d’évaluer l’étendue de la diversité des intégrons dans l’environnement, (ii) de comprendre les phénomènes responsables de la structuration du pool d’intégrons dans le compartiment sédimentaire d’un milieu estuarien anthropisé et (iii) de rechercher l’existence potentielle d’intégrons indicateurs du niveau de contamination chimique.Le suivi des intégrons de classes 1, 2 et 3 et des populations d’E. coli dans des sédiments du bassin versant de la Risle impactés par des sources de contamination fécale bien caractérisées ont montré qu’en étiage, les souches d’E. coli d’origine humaine se disséminaient sur de courtes distances. Les intégrons de classe 1 se disséminent sur des distances un peu plus importantes et se maintiennent dans les 12 premiers centimètres du compartiment sédimentaire au moins.Une méthode a été développée permettant, pour la première fois, l’analyse de la diversité des intégrons via séquençage haut-débit. L’application de cette méthode sur une carotte sédimentaire de 4,8 m de profondeur prélevée dans l’estuaire fluvial de la Seine a permis de mettre en évidence plusieurs milliers de classes d’intégrons dont de nombreuses intégrases encore jamais répertoriées. La diversité des intégrons chute fortement avec la profondeur. Les intégrons de classe 1, majoritaires dans les sédiments de surface, ont une abondance qui chute fortement avec la profondeur cependant ils répondent plutôt positivement à la contamination chimique renforçant l’idée de leur utilisation comme proxy de pollutions anthropiques récentes. Trois classes d’intégrons dominent dans la vase consolidée représentant 38% des séquences obtenues dans la carotte sédimentaire mais répondant plutôt négativement à la contamination chimique. Enfin, la structure du pool d’intégrons est fortement corrélée à celle de la communauté bactérienne mais semble en partie indépendante de la communauté bactérienne dans deux des fractions sédimentaires profondes avec la dominance d’une nouvelle classe d’intégrons qui semble sélectionnée par les HAP
Integrons are bacterial genetic platforms allowing acquisition and expression of genes. Clinical integrons play a major role in the strong increase of antibiotic multi-resistant bacteria recently observed. However, in the environment, they represent only a tiny fraction of the large integron diversity. Therefore, the aims of this thesis were (i) estimating the extent of the integron diversity in the environment, (ii) understanding phenomena responsible for integron pool structure in anthropized estuarine sediments and (iii) looking for integrons potentially proxy of chemical pollution level. The research of class 1, 2 and 3 integrons and the analysis of E. coli populations in sediments from the Risle drainage basin impacted by well-characterized fecal contamination sources show that E. coli strains with human origins were spread on short distances during low water level periods. However, class 1 integrons are spread on slightly longer distances and remain present in the 12 first centimeters of sediments at least. A methodology was developed allowing, for the first time, the analysis of integron diversity by high-throughput sequencing. In this way, the analysis of a 4.8 meter core sediment from the fluvial Seine estuary highlighted several thousands integron classes including many new integrases absent from data bases. Integron diversity decreases along with depth. Class 1 integrons are the majority integrons in surface sediments but their abundance strongly decreases in deep sediments. Class 1 integron abundance rather responds positively to chemical pollutions accentuating the idea that class 1 integrons could be used as proxy of recent anthropogenic pollutions. In the sediment core, three integron classes outshine the whole dataset: they represent 38% of all the sequences from the sediment core. However, abundances of these three majority integron classes rather respond negatively to chemical pollution levels. Integron pool structure is highly correlated to bacterial community diversity but seems to be partially independent to bacterial community diversity within two deep fractions from the sediment core: in these two sediment fractions, a new integron class outshines the rest of integron classes and seems to be specific to these two sediment fractions. Furthermore, this new integron class seems to be selected by PAH

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Alcover, Charlotte. "Réseaux moléculaires et Chimie des Substances Naturelles : de l’isolement de composés inédits à de toutes nouvelles applications en synthèse biomimétique." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2019. http://www.theses.fr/2019SACLS569.

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La découverte de nouvelles entités naturelles est un processus particulièrement long et coûteux ; il faut donc réussir le plus tôt possible à détecter les composés connus dans les matrices étudiées, afin de ne pas les ré-isoler inutilement. C’est tout l’enjeu de l’annotation (c’est-à-dire l’identification partielle mais rapide de composés) et de la déréplication (autrement dit, l’application de l’annotation en vue d’écarter les molécules déjà connues du processus d’isolement).Grâce à sa sensibilité inégalée et à l’avènement de l’ère du « big data », la chromatographie liquide à haute performance couplée à la spectrométrie de masse tandem (CLHP-SM/SM) s’est imposée comme l’un des outils de référence dans cette démarche. En effet, son utilisation implique bien souvent le recours à des méthodes de traitement informatiques, comme le « molecular networking », de par la quantité considérable de données générées.La thèse se présente donc en deux parties : la première, portée sur l'extraction de nouveaux composés à partir d'une plante de la famille des Apocynaceae déjà très étudiée, Picralima nitida. La seconde propose une application des réseaux moléculaires à de la chimie biomimétique en mélanges, autour des alcaloïdes de type « 3-alkylpipéridines »
The discovery of new natural products is a very long and expensive process ; it is therefore important to detect previously known compounds in the studied matrices, to avoid an useless second isolation. This is the aim of annotation (partial but quick identification of compounds) and of dereplication (application of annotation to avoid reisolation).Thanks to its unequaled sensibility and to the "big data" era, the high performance liquid chromatography hyphenated to tandem mass spectrometry has become a reference technique in this field. Indeed, its use is generally implemented by informatic tools, as "molecular networking", because of the large amount of generated data.This thesis is divided into two parts : the first one deals with extraction of new compounds from a very well-known Apocynaceae plant, Picralima nitida. The second one is about the application of "molecular networking" to biomimetic chemistry in mixtures, especially about "3-alkylpiperidines" alkaloids

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Jarrin, Cyrille. "Approches métagénomiques pour l'analyse des diversités génétique et chimique de métabolites secondaires : étude des PKS de type 1 d'origine bactérienne." Lyon 1, 2005. http://www.theses.fr/2005LYO10225.

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La métagénomique permet d'accéder aux informations génétiques des bactéries non-cultivées (99% des bactéries). La diversité chimique des principes actifs pharmaceutiques produits par les bactéries cultivées et la diversité génétique des voies de biosynthèse correspondantes, suggèrent que la metagénomique amènera à la découverte de substances originales par l'exploitation de nouvelles voies de biosynthèse. Les polykétides synthases (PKS) étant retenues comme cible, une banque metagénomique a été construite à partir de grands fragments d'ADN de bactéries environmentales et des méthodes de criblage génétique ont été développées pour isoler de nouvelles PKS. Après avoir démontré leur originalité et leur unicité, l'expression de ces voies par un hôte approprié a conduit à la détection de composés antibactériens. L'analyse des diversités génétique et chimique révèle que, malgré la proximité de certains domaines génétiques, les polykétiques correspondants diffèrent significativement

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Berdoulay, Maïté. "Analyses physico-chimiques et microbiologiques de façades en pierre exposées aux embruns marins du golfe de Gascogne." Pau, 2008. http://www.theses.fr/2008PAUUA001.

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Durant cette thèse, nous avons développé une méthode moléculaire basée sur l’analyse de l’ADN, permettant le génotypage de microorganismes se développant sur la pierre de construction. Une fois la méthode calibrée, elle a été éprouvée en caractérisant des biofilms microbiens prélevés sur les deux types de pierre de construction les plus fréquentes du littoral du golfe de Gascogne. Cette analyse a montré que la méthode mise au point est efficace pour révéler la biodiversité microbienne des biofilms. Elle a été également utilisée afin de mieux cerner l'évolution de la biodiversité microbienne au cours du processus de colonisation de la pierre, sur une période de 2 ans. Cette analyse a permis d'identifier les micro-organismes pionniers, dont certains inattendus, ainsi que les olonisateurs secondaires
During this thesis, we developed a DNA-based molecular method adapted to the genotyping of microorganisms living on building stone. Once calibrated, the method was tested by characterizing microbial biofilms from two stony types of construction frequently encountered on the coast of the golfe de Gascogne. This analysis showed that the method is effective to reveal the microbial biodiversity of biofilms. It was also used to better understand the evolution of the microbial biodiversity during stone colonization, on a period of 2 years. This analysis allowed us to identify pioneer microorganisms, some of them being unexpected, as well as secondary colonizers

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Dulac, Amélie. "Marqueurs phénotypiques de la diversité des ressources génétiques du genre Hydrangea." Phd thesis, Université d'Angers, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00971779.

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La valorisation paysagère et horticole des espèces du genre Hydrangea est basée sur l'exploitation de leur diversité phénotypique s'exprimant notamment dans les formes architecturales et les coloris. La collection de ressources génétiques, située à Angers, comprend treize espèces introduites en Europe à partir du 18ème siècle. L'analyse de la composition chimique des inflorescences, réalisée pour la première fois sur l'ensemble du genre, permettra de compléter la caractérisation génétique des espèces et des clones. L'objectif de cette étude était ainsi d'analyser les profils phénoliques d'un ensemble de clones ainsi que la diversité intra et interspécifique existant dans la collection. La caractérisation structurale et la quantification de 80 composés phénoliques présents dans les inflorescences de 99 génotypes répartis dans 11 espèces du genre Hydrangea ont été réalisées. Ces composés se répartissent parmi 4 grandes classes chimiques : les flavonoïdes, les anthocyanes, les acides cinnamiques et les amines polyacylées. Une diversité importante existe entre les profils aussi bien des espèces que des sous-espèces. La structuration de cette diversité inter et intrapécifique est analysée. Ces connaissances nouvelles devraient permettre d'orienter les stratégies de conservation et de sélection.

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Taraviras, Stavros. "Évaluation de la diversité moléculaire des bases de données de molécules à intérêt pharmaceutique, en utilisant la théorie des graphes chimiques." Nice, 2000. http://www.theses.fr/2000NICE5472.

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La compétition entre les grands groupes pharmaceutiques dans la recherche de nouvelles substances actives a favorisé le développement de nouvelles techniques de synthèses (chimie combinatoire et synthèse parallèle) et de méthodes de tests rapides des molécules (High-throughput screening ou HTS). Contrairement aux méthodes classiques, ces techniques ont pour caractéristique commune d'opérer sur de très grands nombres de molécules. Malgré leur puissance, il est vite apparu nécessaire de sélectionner des sous-ensembles représentatifs de l'énorme éventail de molécules potentiellement actives. Cette exigence est à la base du concept de diversité moléculaire. Les structures chimiques sont usuellement caractérisées par des descripteurs moléculaires qui appartiennent à plusieurs classes distinctes. Les descripteurs topologiques, qui sont au nombre de plusieurs centaines, apparaissent bien adaptés pour aborder ce problème. Le but de ce travail est de proposer des méthodes pour choisir des ensembles optimaux de descripteurs, afin de bien échantillonner la diversité de l'espace chimique.

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Heinrich-Salmeron, Audrey. "Diversité des mécanismes d’oxydo-réduction de l’arsenic chez les bactéries : des souches cultivables aux communautés." Strasbourg, 2009. http://www.theses.fr/2009STRA6199.

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Les bactéries sont retrouvés dans des milieux très variés allant des plus communs aux plus extrêmes, comme les sites miniers arséniés de Carnoulès, de Salsigne ou de Sainte-Marie-aux-Mines. De nombreuses bactéries sont impliquées dans le cycle bio-géochimique de l’arsenic et jouent un rôle crucial dans sa biodisponibilité. Certaines possèdent l’arsénite-oxydase (Aox) qui catalyse l’oxydation de l’AsIII en AsV, constituant la première étape de détoxication. L’objectif de ce travail est d‘étudier la diversité des mécanismes d’oxydo-réduction de l’arsenic chez les bactéries. Mon travail s’est focalisé sur l’analyse de la diversité des gènes aox observée chez des isolats en condition de laboratoire et au sein de communautés complexes en conditions in situ. Ces travaux ont conduit à la caractérisation de trois souches : Pseudomonas S11, Leptothrix S1. 1 et Thiomonas 3As. Une analyse génétique a complété l’analyse physiologique de Thiomonas. Ces études ont de plus conduit à la mise en évidence d’arsénite-oxydases particulières dont l’activité est exprimée de manière constitutive ou présentant une activité enzymatique élevée. Puis l’analyse des séquences AoxB issues de diverses bactéries cultivables et de communautés bactériennes a permis la mise en évidence d’une variabilité de séquences AoxB et nous a conduit à proposer le gène aoxB comme marqueur moléculaire des bactéries arsénite-oxydantes aérobies. Enfin l’analyse des gènes aox par une étude de génomique environnementale sur la communauté bactérienne du site de Carnoulès, a permis de mieux appréhender les interactions trophiques entre les souches et de mettre en évidence le rôle pivot de Thiomonas sp. Dans cet environnement
Microorganisms are found in several environments from the friendliest to the most extreme such as arsenical environment as french mining sites of Carnoules, Salsigne or Sainte-Marie-aux-Mines. Some of them are involved in arsenic biochemical cycle and play a crucial role in its mobilization/immobilization and thus in its biodisponibility. These bacteria contain arsenite oxidase (coded by aox genes) catalyzing the oxidation of As III in As V. This oxidation constitutes the first arsenical environment detoxification stage. The aim of this work is the study of the diversity of bacterial arsenic oxido-reduction mechanisms. This study focuses on the diversity of aoxB genes from isolated strains or complex communities. Physiological characterizations of three strains have been first realized on Pseudomonas S11, Leptothrix S1. 1 and Thiomonas 3As. A genetic approach supplements the physiological data of Thiomonas 3As. Particular arsenite oxidases demonstrating a high or a constitutive arsenite oxidase activity have been highlighted. In a second time AoxB sequences analyses from cultivable bacteria or bacterial communities have underlined a sequence variability and allowed to consider aoxB gene as molecular marker for aerobic arsenite oxidizing strains. Lastly an environmental genomic approach on bacterial community from Carnoulès mining site allowed to decipher the bacterial trophic interactions and the key role of the arsenite oxidizing strain Thiomonas sp. In this study site

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Quellier, Pauline. "Synthèse d’inhibiteurs d’endosulfatases humaines : vers de nouveaux outils thérapeutiques contre le cancer et les maladies inflammatoires." Thesis, université Paris-Saclay, 2020. http://www.theses.fr/2020UPASF008.

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Les endosulfatases 1 et 2 sont des enzymes appartenant à la famille des sulfatases et qui catalysent la 6-O-désulfatation des chaînes d’Héparane sulfate (HS), des polysaccharides sulfatés de la famille des glycosaminoglycanes. Les HS se lient à de nombreuses protéines de signalement telles que des chimiokines, cytokines, facteurs de croissance … via leur degré de sulfatation. En désulfatant les chaînes d’HS, les endosulfatases jouent donc un rôle crucial dans la régulation de ces signalement et dans les processus biologique de l’organisme. L’expression de l’endosulfatase humaine 2 (HSulf2) est surexprimée ou dérégulée dans de nombreux cancers (sein, ovaire, pancréas, poumons…) et représente donc une cible thérapeutique intéressante. Dans l’optique d’obtenir des inhibiteurs spécifiques d'HSulf2, quatre oligosaccharides de longueurs différentes mimant les chaînes d’Héparane Sulfate et comportant comme fonction inhibitrice un sulfamate, ont été synthétisés. Une étape clé de la synthèse, la réaction de N, O-sulfonation a du être optimisée. L’activité inhibitrice de ces quatre composés vis-à-vis d’HSulf2 a ensuite été testée. Afin d’élargir le choix d’inhibiteurs potentiels d’HSulf2, des monosaccharides portant des fonctions hydroxylamine et hydrazine ont été synthétisés
Endosulfatases 1 and 2 belong to the sulfatase family and are enzymes that catalyse the 6-O-desulfation of Heparan Sulfate (HS), a polysaccharide highly sulfated belonging to the glycosaminoglycan family. HS chains interact with numerous signalling proteins including chimiokines, cytokines, growth factors ... through their sulfation pattern. By desulfating the HS chains, the endosulfatases play a key role in the signalling regulation and in the organism’s biological process. The human endosulfatase 2 (HSulf2) is over expressed in many cancers (breast, ovarian, pancreas, lungs ...) and represents thus an interesting therapeutic target. To obtain specific HSulf2 inhibitors, four oligosaccharides with different lengths, mimicking the HS chains with a sulfamoyl function were synthesised. To do so, a key step was optimised, the N, O-sulfonation. Then, the four molecules were tested to assess their capacity to inhibit HSulf2.To broaden the choice of potential HSulf2 inhibitors, monosaccharides with hydroxylamine and hydrazine function were synthesised

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Renouf, Vincent. "Description et caractérisation de la diversité microbienne durant l'élaboration du vin : interactions et équilibres, relations avec la qualité du vin." Toulouse, INPT, 2006. http://ethesis.inp-toulouse.fr/archive/00000340/.

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Sur le raisin coexiste, dans un système organisé, une grande variété de microorganismes, dont une partie comprend les principales espèces utiles à la vinification. Après le foulage, les interactions assurent les fermentations alcoolique et malolactique et, après le sulfitage, les suivis des espèces résiduelles suggèrent que ces interactions persistent. La compréhension de ces évolutions implique une vision globale de la diversité microbienne. Chaque opération technologique et chaque processus fermentaire influence cette diversité. Globalement, le système se simplifie car le vin devient de plus en plus carencé et toxiques pour les micro-organismes. O. Oeni et B. Bruxellensis sont les espèces les plus résistantes. Des collections de ces espèces isolées de vin ont été étudiées. La diversité intraspécifique est révélée par des études phénotypiques et génétiques pour la première. La variabilité dans la production des phénols volatils, qui altèrent le vin est démontrée chez la seconde
On the grape, a large variety of micro-organisms coexist in an organized system including the principal species useful for winemaking. After pressing, interactions ensure alcoholic fermentation and fermentations. After sulphiting, the evolution of residual species suggests that interactions persist. Their understanding is necessary and needs a global view of the microbial diversity. Each technological operation and fermentative process influences this diversity. The system is gradually simplified because the wine becomes more and more deprived and toxic. Among the most resistant species, there are O. Oeni and B. Bruxellensis. Strains collections have been constituted for these species. The instraspecific diversity is shown by phenotypic and genetics studies in the first one. The variability in volatile phenols production, which spoils wine, is shown in the second

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Royer, Colin. "Impact of environmental drivers and phytoplankton diversity on the dimethylsulfoniopropionate (DMSP) and dimethylsulfoxide (DMSO) cell quotas: laboratory experiments and natural variability." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 2021. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/319678.

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In the last two decades, particular interest has been given to the cycle of dimethylsulfide (DMS), a climate active gas, and its precursors the dimethylsulfoniopropionate (DMSP) and the dimethylsulfoxide (DMSO). DMS is involved in the Earth’s radiation budget while the DMS(P,O) are produced by a wide variety of micro- and macroalgae, corals, bacteria, or angiosperms in response to diverse environmental stresses. Several functions have been suggested for these sulfur compounds such as antioxidants, cryoprotectants, overflow mechanisms, osmolytes, zooplankton deterrents or signalling compounds. This research aims at improving the knowledge about the antioxidant role of DMS(P,O) within three major phytoplankton groups: diatom (i.e. Skeletonema costatum), Prymnesiophyceae (i.e. Phaeocystis globosa) and dinoflagellate (i.e. Heterocapsa triquetra). The experimental results demonstrate that cellular DMS(P,O) have the ability to lower cellular reactive oxygen species concentrations produced during high-light and chemically-induced oxidative stresses; thus supporting the antioxidant function. However, the initial DMS(P,O) concentrations of each species are not informative of their ability to tolerate a further oxidative stress, and their concentrations do not increase in high-light grown cells. The DMS(P,O) may then act as antioxidants without being part of the antioxidant response of the cell. We recommend analysing more constituents of the antioxidant system (i.e. enzymes, carotenoids, redox buffer) along with DMS(P,O) by-products and DMSP-lyase activity to better understand the cellular function of DMSP. Field measurements in the North Sea, including the Belgian Coastal Zone (BCZ) and the Northern North Sea (NNS), bring additional information on the DMS(P,O) variations. While abiotic parameters (nutrients, temperature, and incident light) influence the Chlorophyll-a (Chl-a) concentrations in the BCZ, this impact is not reflected in the DMS(P,O) concentrations. The latter depend on the succession of low- and high-DMSP producing species (i.e. diatoms and Phaeocystis, respectively). In the NNS in August, no distinct pattern can be drawn for the DMS(P,O) evolution regarding the phytoplankton diversity or abiotic parameters. Investigated by correlations between DMS(P,O), photoprotective pigments and incident light, the antioxidant function is not observed for this short-term period of sampling in a temperate sea. Based on Chl-a linear regressions, DMS(P,O) concentrations are successfully estimated with two distinct relationships for diatoms and Prymnesiophyceae in the BCZ. However, this estimation lacks accuracy in the NNS due to the mixed phytoplankton community observed. Further work will provide a better understanding about the antioxidant function – especially on the field – and its association with the phytoplankton diversity in temperate regions such as the North Sea.
Doctorat en Sciences agronomiques et ingénierie biologique
info:eu-repo/semantics/nonPublished

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Thallaj, Nasser K. "Ligands tris(2-pyridylméthyle)anime α-substitués et complexes dichloroferreux : Une diversité préfigurant une possible utilisation du dioxygène en conditions douces". Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2007. http://www.theses.fr/2007STR13074.

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Ce travail de thèse s’inspire des mécanismes de fixation et d’activation du dioxygène réalisés au sein des sites actifs de certaines métalloprotéines à fer non héminique impliquées dans des processus divers. Nous avons synthétisé des séries de ligands à motif aminométhylepyridine, et mis au point des complexes dichloroferreux dont la réactivité a été étudiée. Nous formulons l’hypothèse de travail suivante : dans la réaction oxygène-complexe, nous n’envisageons pas un processus initial de réduction du dioxygène par sphère externe, mais bien sa coordination au centre métallique. La cinétique de réaction serait fonction de l’acidité de Lewis au centre métallique. Il y aurait ainsi formation d’une espèce oxygénée. La nature exacte de cet intermédiaire n’est pas connue, et une discussion présentant également des pistes d’investigation est proposée. Le cas particulier des ligands cyanés est examiné avec attention, puisqu’il est observé dans certaines conditions (notamment en présence d’eau) que la fonction nitrile est hydrolysée en amide
In order to get insight into the mechanisms by which dioxygen is activated at the active site of some non heminic iron proteins, we have synthesized several series of aminomethylpyridine-containg ligands, and studied the reactivity of the corresponding FeCl2 complexes with dioxygen. We postulate the following hypothesis that activation of dioxygen does not occur by outer sphere mechanism, but through coordination to the iron, which is governed by the Lewis acidity at the metal center. An oxygen-active species is thus formed. The exact nature of this species still remains unknown, but some investigation pathways are discussed. The particular case of complexes with the cyano ligands is examined in detail, since it is observed under certain conditions (in the presence of water) that the cyano function is converted to amide

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Beauvineau, Claire. "Conception et synthese de nouvelles sondes ciblees pour l'imagerie moleculaire." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2011. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00644998.

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Le développement d'une médecine personnalisée nécessite la mise au point de sondes permettant la détection des marqueurs d'une pathologie au stade le plus précoce possible. Ce mémoire décrit la synthèse et l'évaluation de sondes ciblées permettant de réaliser des images en IRM ou en scintigraphie. Ces sondes sont construites par fonctionnalisation d'un châssis moléculaire préparé par une réaction à trois composants. La propargylamine résultante possède plusieurs points d'ancrage pour introduire les ligands destinés au ciblage et deux groupes chélatants pour l'imagerie. Ce châssis possède aussi en position terminale un groupement réactif pour le fixer sur des petites molécules polyfonctionnelles, des dendrimères ou des protéines. Une technique de criblage à flux rapide, basée sur l'utilisation des puces à petites molécules, a été utilisée pour la détection des ligands. Les molécules déposées sur la puce proviennent soit des C-glycosides complexes préparés selon le concept de la synthèse orientée vers la diversité, soit de la chimiothèque du laboratoire. Ces puces ont permis l'identification de ligands de plusieurs protéines comme la protéine VPR de la capside du virus du sida. Un criblage secondaire par RMN a confirmé l'interaction protéine-petite molécule. Les sondes portant un flavonoïde pour cibler les cellules tumorales de l'endothélium ont été traitées par une solution de sel de gadolinium puis leurs propriétés ont été évaluées par IRM. Les premiers résultats indiquent que ces composés offrent un contraste de 2 à 4 fois supérieurs aux agents de contraste usuellement utilisés. Leur évaluation biologique sera réalisée prochainement.

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Abella, Justine Marie. "Implication des intégrons dans l’adaptation des communautés bactériennes." Thesis, Pau, 2015. http://www.theses.fr/2015PAUU3051/document.

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Les intégrons sont des éléments génétiques bactériens. Découverts récemment dans le contexte clinique, ils sont présents dans le génome d’un certain nombre de bactéries provenant d’environnements très variés. Ils sont composés d’un gène codant une intégrase et d’une succession de cassettes de gènes. L’activité de l’intégrase permet l’acquisition, la perte ou le réarrangement des cassettes. Par ailleurs un promoteur permet l’expression des cadres de lecture contenus dans les cassettes de gène. Ainsi les intégrons sont à la fois des réservoirs de gènes et des systèmes d'expression de ces gènes. Dans le contexte clinique, ils sont connus pour être impliqués dans l'adaptation des bactéries pathogènes. Ils sont en effet capables d'acquérir et de diffuser des gènes conférant un avantage sélectif face à la pression exercée par l’usage des antibiotiques et des biocides, et par ailleurs d’être mobilisés afin d’être transférés horizontalement. Quelques études ont porté sur les intégrons en dehors des environnements cliniques. Elles ont permis de caractériser de nombreuses cassettes de gènes, sans toutefois en atteindre toute la diversité, à partir de bactéries ou de communautés bactériennes issues d’environnements soumis à différents niveaux de contaminations. Cependant, la diversité de l'intégrase a été peu étudiée, car le plus souvent les études se sont limitées aux séquences d’intégrons cliniques. Ainsi, les intégrons environnementaux sont encore mal connus et mal caractérisés. Les objectifs de ma thèse étaient de caractériser la diversité des intégrons environnementaux, avec un focus particulier sur les intégrases, à partir d’environnements soumis à des contaminations chimiques variables, dans le but d’évaluer le rôle possible des intégrons dans l'adaptation des bactéries face à des perturbations environnementales. Au cours de ces travaux, environ 800 séquences d’intégrases différentes, pour la plupart encore inconnues, ont été obtenues à partir de différents sédiments d’eau douce et côtiers. Des études in situ et en microcosmes, d’environnements d’eau douce ou de milieux côtiers, et avec différents types et niveaux de polluants, ont permis de mettre en évidence un impact des contaminations du milieu sur la diversité des intégrons, sur l’intégrase comme sur les cassettes de gène, de manière indépendante à la structure de la communauté bactérienne. Enfin, lors de cette thèse a été réalisée la caractérisation d’un intégron potentiellement adaptatif face à une pollution pétrolière, porteur de la séquence intIOPS mise en évidence et nommée par Lionel Huang lors de sa thèse. Finalement, les résultats obtenus lors de cette thèse ont apporté de nouveaux éléments qui viennent soutenir notre hypothèse principale que les intégrons environnementaux seraient impliqués dans l’adaptation des communautés bactériennes en réponse à la présence de contaminants dans les milieux non cliniques
Integrons are bacterial genetic elements. Recently discovered in the clinical context, they are present in the genome of a number of bacteria from a variety of environments. They are composed of a gene encoding an integrase and a succession of gene cassettes. The activity of integrase allows the acquisition, loss or rearrangement of cassettes. Furthermore, a promoter allows expression reading frames contained in the gene cassettes. Thus, integrons are both reservoirs of genes and these gene expression systems. In the clinical context, they are known to be involved in the adaptation of pathogenic bacteria. They are able to acquire and disseminate genes conferring a selective advantage over the pressure exerted by the use of antibiotics and biocides, and also being mobilized to be transferred horizontally. Some studies have focused on integrons outside of clinical environments. They have characterized many gene cassettes, without however reaching the diversity, from bacteria or bacterial communities coming from environments with different levels of contamination. However, the diversity of integrase has been little studied, because the majority of studies are limited to clinical integron sequences. Thus, environmental integrons are still poorly characterized and their diversity are little understood. The objectives of my thesis were to characterize the diversity of environmental integrate with a particular focus on integrase, from environments with varying chemical contamination, to evaluate the possible role of integrating in adapting bacteria face environmental disturbances. In this work, approximately 800 different integrase sequences, mostly unknown, were obtained from various freshwater and coastal water sediments. Field studies and microcosms of freshwater or coastal environments, with different types and levels of pollutants allowed to demonstrate an impact of environmental contaminations on the integron diversity, whether on the integrase or the gene cassettes, independently to the bacterial community structure. Finally, in this thesis the characterization of a potentially adaptive integron facing an oil pollution were performed. This integron carrying the intIOPS sequence highlighted and named by Lionel Huang during his thesis. Finally, the results obtained in this thesis provide further elements which support our main hypothesis that environmental integrons would be involved in the adaptation of bacterial communities in response to the presence of contaminants in non- clinical settings

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Schneider, Jérémy. "Synthèse d'une diversité de glycoclusters : effet multivalent sur l'inhibition des glycosidases." Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAF005.

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Les premiers iminosucres multivalents rapportés dans la littérature datent de 1999. Depuis, c’est plus d’une centaine de clusters de ce type qui ont été synthétisés et décrits une quarantaine de publications. L’obtention d’un premier effet multivalent fort sur une glycosidase, en 2010, a initié de nouveaux travaux visant à étudier et à comprendre son mécanisme et ses limites. Dans cette optique le présent travail de thèse a exploité plusieurs approches. La première partie décrit la synthèse de dendrons "cliquables" permettant de multiplier par trois ou par neuf la valence initiale des plateformes utilisées. La deuxième est une étude de la synthèse d’espaceurs rigides. La troisième est la préparation de plateformes modulables, des neo-cyclodextrines, pour obtenir un contrôle plus fin de la topologie des clusters. L’association de dendrons "cliquables" et de plateformes cyclopeptoïdes de dimensions contrôlées a abouti à un résultat sans précèdent en termes d’effet multivalent. Ainsi, le cluster 36-valent à ligands DNJ est un inhibiteur 170 000 fois plus fort que l’analogue monovalent correspondant sur l’alpha-mannosidase des pois sabre blanc (Jack Bean)
The first multivalent iminosugars were published in 1999. From this date, it’s more than a hundred of clusters that were synthesized and presented in about forty publications. In 2010, the first strong multivalent effect in glycosidase inhibition was obtained and prompted further studies of its mechanism and its limits. To reach these goals, this PhD work has developed different strategies. The first was to synthesize "clickable" dendrons which can lead to a multiplication of the initial valency of our scaffolds by three or by nine. The second approach was a study to obtain rigid linkers. The third one was the preparation of modular scaffolds, neo-cyclodextrins, in order to finely tune the topology of the resulting clusters. The combination of our "clickable" dendrons with cyclopeptoid scaffolds gave an unprecedented multivalent effect on glycosidase inhibition. The 36-valent DNJ-based cluster is indeed a 170 000-fold more potent inhibitor than the corresponding monovalent control for Jack Bean alpha-mannosidase

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Monge, Aurélien. "Création et utilisation de chimiothèques optimisées pour la recherche in silico de nouveaux composés bioactifs." Phd thesis, Université d'Orléans, 2006. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00122995.

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Le choix des molécules à tester joue un rôle essentiel dans le succès d'un criblage destiné à identifier de nouveaux composés bioactifs. Les deux étapes importantes dans la préparation des molécules pour le criblage sont le choix de l'espace chimique à considérer et la sélection des molécules pertinentes dans cet espace.
Idéalement la préparation des composés destinés au criblage devrait se faire grâce à un logiciel dédié à cette problématique. Il n'existe cependant aucun logiciel qui soit complètement adapté. Nous avons donc entrepris le développement d'un logiciel de ce type : ScreeningAssistant.
Ce logiciel s'appuie sur un système de gestion de bases de données et permet de créer et de maintenir à jour des chimiothèques de plusieurs millions de molécules uniques provenant de fournisseurs différents. Il permet également de filtrer les structures, en éliminant les molécules potentiellement problématiques ou avec des probabilités d'activités faibles, et de sélectionner un ensemble de composés divers.
Ce logiciel a été utilisé pour l'analyse d'une base de 5 millions de références provenant de 38 fournisseurs de produits chimiques. La proportion de composés uniques, originaux, « drug-like », « lead-like », et divers ont été comparés. La diversité a été étudiée en utilisant des notions différentes, et un score de diversité globale, prenant en compte la diversité suivant les différents critères, a été proposé.
Différentes applications de sélection de composés pour le criblage sont présentées. Ces applications utilisent le programme ScreeningAssistant et d'autres algorithmes développés pour résoudre certains problèmes particuliers.

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Blaha, Georges. "Données sur la diversité physiologique des populations de Phytophthora megakarya et de P. Palmivora responsables de la pourriture brune des cabosses du cacaoyer (Theobroma cacao L. )." Toulouse, INPT, 1995. http://www.theses.fr/1995INPT008A.

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La diagnose de phytophthora megakarya et de p. Palmivora agents de la pourriture brune des cabosses du cacaoyer (theobroma cacao l. ) a d'abord ete verifiee a l'aide des electrophoretypes enzymatiques notamment avec les phosphogluco-isomerases (pgi) et les malate-deshydrogenases (mdh). Les travaux qui ont suivi ont eu alors pour objectifs l'utilisation de facteurs pouvant influencer l'expression specifique ou non specifique des caracteres observables, mycologiques et pathogeniques: croissances et caracteres morphoculturaux sur milieu de culture semi-naturel a des ph et sous des eclairements differents, developpements sur milieu synthetique en presence de differents additifs (oligoelements, beta-sitosterol), glucides ou polysaccharides, composes phenoliques. Quelques activites enzymatiques et le comportement infectieux sur epicotyles de semenceaux de cacaoyer ont ete egalement etudies alors que les donnees quantitatives ont ete exploitees par les methodes statistiques inferentielles et que les classements statistiques ont ete obtenus par differents tests (de duncan, de newman et keuls), les donnees qualitatives ont ete analysees, seules ou conjointement avec les donnees quantitatives, par des methodes descriptives comme l'analyse factorielle par composantes principales (acp) et les analyses factorielles des correspondances (afc) ou discriminantes (afd). Les typologies obtenues ont permis d'identifier des axes possibles de differenciations ou de strategies adaptatives de la pathogenie

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