Дисертації з теми "Diagnostique de pathologies"

Les Composés Organiques Volatils (COVs) issus du corps humain, sont étudiés pour le développement de méthodes diagnostiques innovantes utilisant l’olfaction canine. Le manque de standardisation des protocoles de prélèvement des COVs est cependant l’un des facteurs limitants, pour parvenir à des applications cliniques. Ce manuscrit comporte une revue des méthodologies les plus pertinentes dans ce contexte. Une étude expérimentale est ensuite menée par Chromatographie Gazeuse couplée à la Spectrométrie de Masse (GC-MS). Les limites analytiques de 5 dispositifs (compresse médicale, tube Getxent® (Biodesiv), tube Sorbstar® (Action Europe), Twister (Gerstel), et patch en Polydiméthylsiloxane (PDMS)) sont comparés. En outre, des supports nanostructurés innovants pour le piégeage sélectif des thiols volatils sont développés. Enfin, des échantillons de sueur issus de 160 individus, positifs à la COVID-19 (symptomatiques ou asymptomatiques) ou négatifs, sont analysés par GC-MS. Trois biomarqueurs sont identifiés par des analyses statistiques. La méthode développée est automatisée, reproductible, et applicable à l’étude de diverses pathologies
The study of Volatile Organic Compounds (VOCs) from the human body is of great interest for disease diagnosis using canine olfaction. However, the lack of standardized VOCs sampling protocols is a limiting factor for clinical applications. This manuscript includes a review of the most relevant methodologies in this context. An experimental study is carried out using Gas Chromatography coupled with Mass Spectrometry (GC-MS). The analytical limits of five devices (medical gauze, Getxent® tube (Biodesiv), Sorbstar® tube (Action Europe), Twister (Gerstel), and Polydimethylsiloxane (PDMS) patch) are compared. In addition, innovative nanostructured devices for the selective trapping of volatile thiols are developed. Finally, sweat samples from 160 individuals, either COVID-19 positive (symptomatic or asymptomatic) or negative, are analyzed by GC-MS. Three biomarkers are identified through statistical analysis. The method developed herein is automated, reproducible, and applicable to the study of various pathologies

La prise en charge des pathologies vasculaires intracrâniennes reste complexe et nécessite une équipe multidisciplinaire spécialisée. Les nouvelles approches diagnostiques en biologie, imagerie et neurosonologie ainsi que l’amélioration des techniques thérapeutiques microchirurgicales et neuroradiologiques interventionnelles et l’organisation d’une surveillance adaptée permettent d’optimiser le devenir des patients.La première étude a concerné l’apport de l’anastomose temporo-sylvienne chez les patients adultes atteints d’un syndrome de Moya-Moya. Les résultats ont montré une amélioration de la perfusion cérébrale et l’intérêt d’une évaluation par Doppler trans-crânien, scintigraphie et IRM pré et postopératoire. Une meilleure sélection du greffon dans le but de réaliser l’anastomose pourrait certainement améliorer les résultats à long terme.Nous nous sommes ensuite intéressés aux pontages carotido-sylviens à haut débit dans le traitement des anévrysmes intracrâniens géants ou complexes dans le cadre d’une coopération entre les CHU d’Anvers et de Lille. Notre étude a montré les possibilités d’exclusion chirurgicale de ce type d’anévrysme le plus souvent inaccessible au traitement endovasculaire et le rôle protecteur de l’anastomose temporo-sylvienne contre l’ischémie cérébrale. Le choix du greffon semble être un paramètre important pour adapter le débit sanguin de suppléance et restaurer les conditions physiologiques optimales.Enfin, nous avons déterminé le rôle de l’infection bactérienne dans la physiopathologie du développement et de la rupture des anévrismes intracrâniens. Contrairement à l’étude finlandaise, nous n’avons pas détecté de présence bactérienne dans la paroi des anévrismes intracrâniens dans une cohorte de patients opérés dans notre institution. Ces résultats pourraient expliquer l’incidence plus élevée de rupture anévrismale dans la population finlandaise.Nos travaux montrent l’importance du développement de nouvelles stratégies multidisciplinaires diagnostiques et thérapeutiques permettant d’optimiser la prise en charge des patients présentant une malformation vasculaire intracrânienne. Le but est de mieux comprendre la physiopathologie et de mieux choisir l’indication thérapeutique neurovasculaire pour offrir au patient une efficacité thérapeutique optimale pour un niveau de risque procédural minimal
The management of intracranial vascular diseases remains complex and requires a specialized multidisciplinary team. The new diagnostic approaches in biology, imaging and neuro-sonology as well as the improvement of interventional microsurgical and neuroradiological therapeutic techniques and the organization of an adapted monitoring make it possible to optimize the outcome of the patients.The first study demonstrated the benefit of superficial temporal artery-middle cerebral artery anastomosis in adult patients with Moya-Moya syndrome. The results showed an improvement in cerebral perfusion and highlighted the benefit of pre and post-operative evaluation using transcranial Doppler, scintigraphy and MRI. Moreover, a better selection of the graft for performing the anastomosis could certainly improve the long-term results.We then studied the high flow carotido-sylvian bypass in the treatment of giant or complex intracranial aneurysms in collaboration between the Antwerp and Lille university hospitals. Our study reported the potential surgical exclusion of this type of aneurysm, which is often inaccessible to endovascular treatment, and the protective role of superficial temporal artery-middle cerebral artery anastomosis against cerebral ischemia. The choice of the graft appears to be an important parameter to adapt the flow and restore optimal physiological conditions.Finally, we determined the role of bacterial infection in the pathophysiology of development and rupture of intracranial aneurysms. In contrast to the Finnish study, we did not detect bacterial presence in the wall of intracranial aneurysms in a cohort of patients operated in our institution. These findings may explain the higher incidence of aneurysmal rupture in the Finnish population.Our works demonstrates that the development of multidisciplinary diagnostic and therapeutic strategies improves the management of patients with intracranial vascular malformation. The goal is to better understand the physiopathology and to better choose the neurovascular therapeutic indication to offer the patient an optimal therapeutic efficacy with a minimum level of procedural risk

Le médecin généraliste est le principal acteur de l’organisation des soins primaires, tel que défini par les textes en vigueur, aussi bien sur le plan national qu’international. Son rôle dans la prise en charge des patients atteints de cancer reste pour autant à la fois fluctuant, en fonction principalement de la position sociale des patients, et difficile à cerner, tant sur le plan temporel que contextuel. Un emboitement d’études a été réalisé pour tenter de mieux comprendre le rôle du médecin généraliste dans la prise en charge initiale du cancer, c’est à dire de la période diagnostique à la phase thérapeutique à proprement parler. Une première étude qualitative menée auprès de 83 personnes atteintes de pathologies cancéreuses (PAPC) a permis de cerner les principales modalités d’utilisation du système de soins et de définir quels rôles le médecin généraliste pouvait prendre au cours de ces situations. Un deuxième volet qualitatif mené auprès de professionnels de santé, dont des médecins généralistes, a permis de clarifier ces rôles, tandis qu’un volet quantitatif a été mené pour décrire à partir de dossiers de patients atteints de cancer les modalités du recours au médecin généraliste. Les trajectoires de PAPC étaient d’autant plus marquées par les logiques d’endurance qu’ils étaient socialement défavorisés ou issus de milieux populaires. Nous avons également observé comment les difficultés liées au travail du patient étaient grevées par des logiques d’intersectionnalité. D’une absence complète dans les trajectoires de certaines PAPC à un rôle majeur pour d’autres, la découverte du cancer et dans le suivi durant la phase thérapeutique initiale, définir le rôle que peut prendre le médecin généraliste demande à analyser l’ensemble du spectre d’intervention possible, dont l’hétérogénéité reste la règle. Il n’en reste pas moins qu’au cours des deux principaux temps que sont la phase péri-diagnostique et la phase thérapeutique initiale, le médecin généraliste se définit par la pratique d’une médecine d’interface. Cette interface est temporelle, permettant d’accompagner la PAPC dans la rupture biographique particulièrement lourde de conséquence dans la pathologie cancéreuse. Mais elle est aussi spatiale, pouvant accompagner la PAPC dans l’adressage vers l’équipe de soins oncologiques, puis lorsque les traitements anti-cancéreux sont utilisés, vers les professionnels en charge de cette spécificité. Comme toute interface, elle n’est visible pour les PAPC qu’au moment où elle est traversée et demeure dans l’ombre avant et après, à domicile et à l’hôpital. L’enjeu devient alors celui de la communication, où comment le médecin généraliste est en capacité, par ses connaissances, ses compétences, sa posture et ses mots de tisser des liens suffisamment forts pour aider le patient dans sa quête de guérison et dans son travail de reconstruction à la fois physique, psychologique et social
The general practitioner is the main actor in the organisation of primary care, as defined by the laws in force, both nationally and internationally. However, its role in the care of cancer patients remains both fluctuating, depending mainly on the social position of the patients, and difficult to identify, both in terms of time and context. A series of studies have been carried out to try to better understand the role of the general practitioner in the initial management of cancer, i.e. from the diagnostic period to the therapeutic phase itself. An initial qualitative study of 83 people with cancer (PWC) identified the main ways in which the health care system was used and what roles the general practitioner could play in these situations. A second qualitative component with health professionals, including general practitioners, clarified these roles, while a quantitative component was conducted to describe from cancer patient records the modalities of using a general practitioner. The trajectories of PWC were all the more marked by endurance logics as they were socially disadvantaged or from working class backgrounds. We also observed how the difficulties related to the patient's work were burdened by intersectionality logics. From a complete absence in the trajectories of some PWCs to a major role for others, the discovery of cancer and follow-up during the initial therapeutic phase, defining the role that the general practitioner can play requires an analysis of the entire spectrum of possible interventions, of which heterogeneity remains the rule. Nevertheless, during the two main phases, the peri-diagnostic phase and the initial therapeutic phase, the general practitioner is defined by the practice of interface medicine. This interface is temporal, making it possible to support the PWC in the biographical rupture particularly heavy with consequences in cancer pathology. But it is also spatial, being able to support the PWC in referring to the oncology care team, then when anti-cancer treatments are used, to the professionals in charge of this specificity. Like any interface, it is only visible to PWCs when it is crossed and remains in the shadows before and after, at home and in hospital. The issue then becomes that of communication, or how the general practitioner is able, through his knowledge, skills, posture and words, to forge sufficiently strong links to help the patient in his quest for recovery and in his work of physical, psychological and social reconstruction

Le travail presente dans cette these porte sur l'interleukine-6 et son recepteur. Nous avons caracterise sur le plan structural et fonctionnel des anticorps monoclonaux anti-il-6. Nous avons identifie un anticorps anti-il-6 capable d'inhiber l'activite biologique de l'il-6 sans empecher la liaison de l'il-6 a la chaine alpha du recepteur. A partir de cette observation nous avons developpe un schema reactionnel original fonde sur l'interaction entre le recepteur et son ligand. Selon ce schema reactionnel nous pouvons doser selectivement la fraction biologiquement active du recepteur soluble circulant. Ce dosage est un puissant outil pour la caracterisation des molecules antagonistes de l'il-6, qui nous a permis d'analyser une collection de mutants ponctuels de la chaine alpha du recepteur de l'il-6. Nous avons identifie un motif present sur les deux domaines du ril-6, forme par les acides amines ssfy, comme etant les acides amines responsables d'une part, de l'interaction avec l'il-6 et, d'autre part, de l'interaction de l'il-6 et du ril-6 avec la gp130. Le deuxieme aspect de ce travail a ete l'etude de l'implication de la gp130 soluble circulante dans la melanome metastatique. Nous avons demontre que la gp130 soluble a un effet negatif in vivo sur l'activite de l'il-6 dans l'induction de la proteine c reactive, elle est produite par les lignees de melanome et est une antagoniste de l'effet antiproliferative de l'il-6 et de l'oncostatine-m, ceci sur les cellules de melanome de tumeurs primaires. La caracterisation biochimique de la gp130 soluble plasmatique, et produite par les cellules de melanome a montre qu'elle est dimerique et fortement glycosylee. Enfin, nous avons aborde l'aspect therapeutique anti-il-6 par une etude pharmacocinetique de l'il-6 en presence d'anticorps monoclonaux anti-il-6. L'injection simultane de 3 anticorps monoclonaux anti-il-6 reconnaissant trois epitopes distincts de la cytokine se traduit dans une elimination rapide de la cytokine par les cellules du systeme reticulo-endothelial du foie

L'exploration de la microcirculation présente un intérêt majeur dans le diagnostic des pathologies vasculaires. Les cliniciens ont aujourd'hui à leur dispolition de nouveaux outils d'exploration de la microcirculation cutanée comme la iontophorèse et la pression d'oxygène transcutanée. Cependant ces outils nécessitent un validation avant une utilisation en routine hopitalière ; ce à quoi se sont attachées nos études. La iontophorèse de substances vasoatives, couplée au laser doppler offre une étude qualitative de la fonction endothéliale. Cependant nous avons montré et exploré un effet vasodilatateur propre au courant électrique, biais potentiel dans l'analyse de la vasomotricité microcirculatoire. Cette vasodilatation courant induite est présente à l'anode et à la cathode. Elle est inhibée par l'aspirine et implique la voie des cyclo-oxygénases. La mesure de la pression d'oxygène transcutanée couplée à une épreuve d'effort permet une exploration fonctionnelle de l'artériopathie de stade 2. Nous avons montré sa performance face à l'artériographie (examen de référence) et face à la spectroscopie dans le proche infrarouge. Sa reproductibilité est bonne grâce au calcul d'un nouvel indice (DROP). Son utilisation permet la détection d'une ischémie vasculaire à l'étage distal mais également à l'étage proximal (iliaque interne)
Résumé anglais

Dans le travail présenté ici, nous avons évalué l’intérêt une approche diagnostique multidisciplinaire pour l’investigation d’entités pathologiques mal caractérisées en utilisant l’Outarde Houbara comme espèce modèle. Cette espèce fait l’objet de plusieurs projets d’élevages conservatoires en Afrique du Nord, au Moyen Orient et en Asie centrale. Nous nous sommes intéressés à trois entités pathologiques ayant toutes le potentiel de mettre en péril les efforts de conservation : l’influenza aviaire hautement pathogène (IAHP), les infections génitales chez les oiseaux inséminés artificiellement et un syndrome respiratoire affectant les oiseaux élevés à l’extérieur et devant à terme renforcer les populations sauvages. Pour la première entité, nous avons validé l’utilisation de l’hybridation in situ par RNAscope pour détecter le gène de matrice des virus influenza aviaires dans des tissus fixés au formol et inclus en paraffine. Cela nous a permis de décrire de manière exhaustive et pour la première fois un épisode infectieux à virus IAHP H5N8 chez l’Outarde Houbara, qui s’est manifestée par des formes cliniques suraigues à aigues de la maladie, associées à un pantropisme tissulaire, avec endothéliotropisme et neurotropisme viral. Pour la seconde entité pathologique, nous avons caractérisé une série de cas de péritonite et salpingo-péritonie associés à des infections par Escherichia coli. La diversité des profils de virulence de la bactérie, identifiée par biologie moléculaire, suggère l’implication de nombreuses souches. Les formes chroniques étaient prédominantes et une infection ascendante a été suspectée. De plus, l’examen histologique a permis l’identification de modifications tissulaires compatibles avec une hyperplasie cystique endométriale, pouvant intervenir comme facteur de risque dans le développement des infections génitales chez l’Houbara. Enfin, pour la troisième entité pathologique, nous nous sommes concentrés sur un syndrome respiratoire multifactoriel d’évolution essentiellement chronique. Divers agents pathogènes ont été détectés chez les oiseaux affectés, y compris une espèce potentiellement nouvelle de Mycoplasme. Des facteurs environnementaux, comme le stress thermique et l’exposition à des tempêtes de sable sont considérés comme des facteurs contributifs importants. Nous avons montré dans ce travail que nous améliorions considérablement le diagnostic étiologique des affections émergentes et réémergentes chez l’Outarde Houbara par une approche multidisciplinaire. Cette approche devrait être encouragée pour étudier la santé d’autres espèces menacées, notamment lors d’une disponibilité limitée en échantillons
In the present work, we assessed the use of a multidisciplinary diagnostic approach to successfully investigate poorly characterized pathological entities using an endangered avian species as a model: the Houbara Bustard. This species is the object of several captive breeding operations located in North Africa, the United Arab Emirates and Central Asia. We focused our attention on three conditions that could potentially jeopardize conservation efforts: high pathogenicity avian influenza (HPAI), genital infections in artificially-inseminated breeders and a respiratory syndrome affecting outdoor birds destined to be released. For the first condition, we successfully validated an RNA scope in situ hybridization (ISH) assay for the detection of the avian influenza A virus matrix gene in formalin-fixed and paraffin-embedded (FFPE) tissues. We then provided the first comprehensive description of HPAI H5N8 natural infection in the Houbara, resulting in hyperacute and acute forms exhibiting marked tissue pantropism, endotheliotropism and neurotropism. For the second condition we characterized a series of cases of peritonitis and salpingo-peritonitis. Chronic forms predominated and an ascending infection was highly suspected. Most of the cases were associated with the isolation of Escherichia coli. The identification of a variety of virulence profiles by molecular analysis of selected bacterial isolates suggested the involvement of multiple strains. Furthermore, histopathology allowed the identification of changes consistent with cystic oviductal hyperplasia, expanding the list of potential risk factors involved in the development of genital infections in the Houbara Bustard.For the third condition, we were able to shed some light on a multifactorial respiratory syndrome, focusing on long-lasting, chronic forms. A variety of viral and bacterial pathogens were detected, including potentially a novel Mycoplasma species. Environmental conditions, such as heat stress and exposure to dust storms, were considered significant contributing factors. We showed that combining classical and novel diagnostic tools we were able to significantly improve the etiological diagnosis of emerging and re-merging conditions in the Houbara. This approach should be promoted to study sanitary issues in other endangered species, characterized by a limited availability of samples

Les gastroentérites aiguës (GEA) représentent un lourd fardeau pour la population pédiatrique. Elles sont responsables d’une mortalité importante, particulièrement chez les enfants de moins de 5 ans dans les pays à faibles revenus, et ont un impact socio-économique non négligeable dans les pays à hauts revenus. La prévalence des différents entéropathogènes potentiellement impliqués dans les GEA varie selon les études, dépendamment de la technique diagnostique utilisée, de la population étudiée – âge des patients, co-morbidités, situation géographique et socio-économique – et du moment où l’étude a été réalisée.Campylobacter est l’un des pathogènes entériques majeurs dans les pays à hauts revenus. Les espèces Campylobacter jejuni et coli sont les plus fréquemment retrouvées par les méthodes de culture sur des milieux sélectifs utilisées en routine dans la plupart des laboratoires de microbiologie. Cependant l’utilisation d’autres méthodes, comme la technique « de filtration » ou les techniques de PCR, permet de mettre en évidence d’autres campylobacters tels que Campylobacter concisus dont le rôle dans les GEA est sujet à controverse.Dans ce contexte, l’objectif général de ce travail de thèse est l’amélioration de la prise en charge diagnostique des GEA en pédiatrie à Bruxelles. Cet objectif se détaille en deux sousobjectifs: d’abord une étude de prévalence des entéropathogènes - et potentiels entéropathogènes -, ensuite une amélioration de techniques diagnostiques. Ces éléments sont détaillés ci-dessous.La première partie de ce travail nous a permis de recruter deux groupes de patients :l’un atteint de GEA (185 cas) et l’autre asymptomatique (179 témoins), mais comparables notamment en termes d’âge, de fréquentation de la crèche ou de l’école, de vaccination contre rotavirus, et de traitement par antibiotique. Au vu des techniques diagnostiques utilisées dans notre étude, Campylobacter jejuni-coli était le principal reponsable de GEA dans notre population (14% des cas), suivi de rotavirus (11% des cas). Seules 6 souches de C. concisus ont pu être retrouvées parmi les cas et 4 parmi les contrôles, ceci ne nous permettant pas de tirer de conclusions quant à un éventuel rôle de ce germe.Malgré une couverture vaccinale satisfaisante de plus de 80% parmi les cas et les témoins recrutés, rotavirus reste le deuxième entéropathogène en termes d’importance avec 11% des cas infectés dans la population étudiée. Si le calcul de l’efficacité vaccinale réalisé dans la seconde partie de ce travail n’a pas montré de résultat statistiquement significatif, les enfants de moins de 12 mois comptaient significativement plus de cas de GEA à rotavirus chez les non vaccinés que chez les vaccinés. La couverture vaccinale pourrait donc encore être améliorée afin de mieux couvrir cet âge à risque de GEA compliquée.Le faible nombre de souches de C. concisus retrouvé dans la première partie du travail nous a poussé à tenter d’améliorer la technique de culture dite « de filtration » utilisée au LHUB-ULB pour la mise en évidence des campylobacters, particulièrement des « non jejuni-coli ». En trois étapes, nous avons pu montrer la supériorité de la combinaison comprenant la gélose Columbia contenant 5% de sang de mouton, avec des filtres en polycarbonate comportant des pores de 0,60 μm de diamètre et une mise en culture dans une atmosphère microaérophile enrichie en hydrogène (7%) afin d’obtenir une meilleure sensibilité de la technique de filtration. Ces améliorations ont fait passer C. concisus en première position en termes de fréquence de Campylobacter, devant C. jejuni.Cette proposition de standardisation de la méthode permettra de faciliter la comparaison de futures études sur le sujet et d’augmenter le nombre de souches de C. concisus isolées afin de tester les hypothèses proposées de génotypes potentiellement pathogènes et de facteurs devirulence sur un échantillon plus large de souches.Parmi les techniques diagnostiques actuelles en microbiologie, les méthodes basées sur l’amplification d’acides nucléiques sont passées sur le devant de la scène, attrayantes par leur rapidité de résultats et par leur haut taux de réponse positive. L’une de ces techniques, le Luminex xTAG GPP a pu être testé sur les échantillons des cas et des témoins. Les résultats soulèvent quelques questions concernant l’utilité de cette technique pour la prise en charge clinique des patients au vu des hauts taux de positivité chez cas et témoins impliquant une réserve dans l’interprétation des résultats, particulièrement pour Salmonella. Certains faux négatifs gênent également l’implémentation en routine de ce test :certaines bactéries retrouvées en culture (Shigella, Yersinia, Campylobacter) ne sont pas détectées par le Luminex. Son intérêt est donc faible en clinique dans l’état actuel de la méthode.Ce travail permet de poser des balises pour l’interprétation des tests microbiologiques effectués et d’attirer l’attention des cliniciens sur l’importance de rester critique en ce qui concerne les résutats obtenus :un résultat positif n’indique pas systématiquement que l’entéropathogène détecté est responsable de la clinique présentée et un négatif ne l’absout pas pour autant. Pareillement, les microbiologistes doivent connaître les besoins des cliniciens afin de proposer des tests qui peuvent y répondre, tant en réduisant le délai de réponse qu’en améliorant la pertinence de celle-ci, selon le contexte de la demande :un individu malade, une prise en charge d’épidémie, une étude épidémiologique. Autant de situations où une discussion et une réflexion sont nécessaires afin d’améliorer la prise en charge des patients et d’éliminer les tests inadéquats générant des coûts inutiles pour le patient, l’hôpital et la société.
Doctorat en Sciences médicales (Médecine)
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Candida albicans, endo-saprophyte du tube digestif, est responsable d'infections superficielles ou invasives. Les candidoses invasives (CI) constituent un problème persistant de santé publique avec une mortalité attribuable de 40% en réanimation et une morbidité exponentielle liée à la consommation d'antifongiques ou aux séjours prolongés des patients. Cet impact médico-économique est principalement lié aux difficultés diagnostiques. En effet, ni la symptomatologie, ni l'imagerie ne sont spécifiques des CI. Le diagnostic biologique demeure complexe et souvent tardif. Les tests conventionnels (hémoculture) sont peu sensibles, et les tests alternatifs à la culture manquent souvent de sensibilité ou de spécificité. Dans ce contexte, il est nécessaire de développer de nouvelles stratégies diagnostiques en mesure d'améliorer la précocité du diagnostic, d'identifier les sujets à haut risque d'infection et de permettre la mise en place d'un traitement antifongique approprié. Notre travail a porté sur deux médiateurs circulants de l'immunité anti-Candida, la mannose-binding lectin (MBL) et les anticorps anti- proteines (Ab) en relation le diagnostic des CI.En ce qui concerne la détection d'anticorps, nous avons produit 6 protéines recombinantes (Hwp1, Eno1, Hsp90, Fba1, Mp65 et Sod5), surexprimées pendant la phase pathogène de C. albicans et développés 5 prototypes de tests EIA. L'association de ces biomarqueurs avec la détection du mannane circulant (Mn) par EIA a permis d'identifier 3 protéines à fort potentiel diagnostique. Pour une spécificité fixée arbitrairement à 80%, la sensibilité des associations Fba1-Ab/Mn, Hwp1-Ab/Mn et Hsp90-Ab/Mn étaient de 84%, 84% et 81% respectivement. Le délai moyen de positivité était de 5 jours avant l'isolement de Candida d'hémoculture. Les Odds ratios associés aux trois combinaisons de marqueurs étaient de 108, 65 et 77 pour Fba1-Ab/Mn, Hwp1-Ab/Mn et Hsp90-Ab/Mn.En ce qui concerne la MBL, nous avons montré i) une évolution dynamique de la MBL au cours des CI, ii) une interaction directe avec le mannane pariétal de levure ainsi qu'une iii) prédisposition à la colonisation chez les patients déficients en MBL. Outre les aspects quantitatifs, nous avons mis en place un modèle d'évaluation fonctionnels de la MBL par resonance plasmonique de surface (SPR) en impliquant des cellules entières ou des glycannes fongiques issus de la paroi de C. albicans ou des oligommanosides de synthèse. Ce modèle nous a permis de mieux caractériser les épitopes reconnus par la MBL et de montrer l'interaction de cette lectine avec un panel d'espèces Candida communément isolées en pathologie humaine.Ces médiateurs de l'immunité humorale ou innée permettent d'envisager des perspectives cliniques en termes diagnostique ou pronostique. Ils permettent également d'améliorer notre compréhension de la physiopathologie des CI et d'optimiser la prise en charge des patients.

Le récent développement des technologies de séquençage de l'ADN ancien (ADNa) à haut débit (High-Throughput DNA sequencing : HTS) a permis l'accès et la caractérisation des communautés microbiennes dans les populations du passé. La plupart des analyses se sont appuyées sur l'étude du tartre dentaire, car il permet la préservation de biofilms microbiens anciens. L'analyse de la dent entière pour la caractérisation des microbiomes commensaux et pathogènes chez les sujets archéologiques, demeure quant à elle négligée. Dans cette étude, nous avons utilisé le séquençage shotgun pour caractériser le microbiome bactérien de sujets anciens présentant des signes macroscopiques et radiologiques de pathologies bucco-dentaires. Les objectifs de ce travail étaient 1) d'identifier, dans une population du XVIIIe siècle de l'Ouest de la France, les sujets présentant des pathologies bucco-dentaires spécifiques : caries dentaires ; parodontopathie et Lésions Inflammatoires Péri-radiculaires d'Origine Endodontique (LIPOE); 2) de caractériser la flore orale de ces sujets au niveau de sa composition taxonomique et 3) de déterminer s'il était possible, à partir d'une dent saine, de mettre en évidence la présence de bactéries pathogènes orales impliquées dans les LIPOE, les caries et les parodontopathies. La présence de Streptococcus mutans ainsi que de Rothia dentocariosa, Actinomyces viscosus, Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia, Pseudoramibacter alactolyticus, Olsenella uli et Parvimonas micra a été confirmée avec une profondeur moyenne comprise entre 0.5 à 7X, et un minimum de 35% (de 35 à 93%) du génome couvert au moins une fois. Chaque dent échantillonnée présentait une signature bactérienne spécifique associée à des pathologies carieuses ou parodontales. Ce travail démontre qu'à partir d'une dent saine et isolée, nous pouvons identifier des agents pathogènes spécifiques et en déduire l'état de santé buccodentaire d'un individu
Recent developments in High-Throughput DNA sequencing (HTS) technologies and ancient DNA (aDNA) research have opened access to the characterization of the microbial communities within past populations. Most studies have, however, relied on the analysis of dental calculus as one particular material type particularly prone to the molecular preservation of ancient microbial biofilms and potential of entire teeth for microbial characterization, both of healthy communities and pathogens in ancient individuals, remains overlooked. In this study, we used shotgun sequencing to characterize the bacterial composition from historical subjects showing macroscopic evidence of oral pathologies. The objectives of this work were 1) to identify, in an 18th century population of western France, subjects with specific oral pathologies: dental caries; periodontal diseases and periapical inflammatory lesions; 2) to characterize the oral flora of these subjects in terms of its taxonomic composition; and 3) to determine whether it was possible to detect the presence of oral pathogenic bacteria involved in periapical inflammatory lesions, caries and parodontopathies, from a healthy tooth,. The presence of Streptococcus mutans and also Rothia dentocariosa, Actinomyces viscosus, Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia, Pseudoramibacter alactolyticus, Olsenella uli and Parvimonas micra was confirmed through the presence of typical signatures of post-mortem DNA damage at an average depth-of-coverage ranging from 0.5 to 7X, with a minimum of 35% (from 35 to 93%) of the positions in the genome covered at least once. Each sampled tooth showed a specific bacterial signature associated with carious or periodontal pathologies. This work demonstrates that from a healthy independent tooth, without visible macroscopic pathology, we can identify a signature of specific pathogens and deduce the oral health status of an individual

L'incidence de l'adénocarcinome de l'œsophage augmente depuis 30 ans dans les pays occidentaux et son pronostic est sombre. Le reflux gastro-œsophagien et les acides biliaires ont été incriminés dans l'apparition de la muqueuse de Barrett et sa dégénérescence en adénocarcinome, selon la séquence métaplasie/ dysplasie/ adénocarcinome. Au cours de cette séquence carcinogénétique, a été observée, à partir de tissus humain, une augmentation de l'expression des mucines MUC1 et MUC4. MUC1 et MUC4 sont des O-glycoprotéines membranaires impliquées dans les phénomènes de reconnaissance cellulaire et de signalisation intracellulaire. Les mécanismes du reflux gastro-œsophagien conduisant à l'adénocarcinome de l'œsophage (AO) demeurent mal compris. Tout d'abord, nous avons effectué une approche critique d'un modèle de reflux œsophagien induit chirurgicalement chez le rat. Pour cela, nous avons randomisé 108 rats Sprague-Dawley en deux groupes expérimentaux ; ainsi était réalisée une anastomose oesophagoduodenale avec ou sans gastrectomie afin d'induire respectivement un reflux duodéno-oesophagien (groupe RDO, n=63), et un reflux duodéno-gastro-oesophagien (groupe RDGO ; n=45). Les groupes contrôles comprenaient : (i) la réalisation d'une anastomose oesophago-jéjunale sur anse-en-Y (groupe chirurgical contrôle sans reflux), (ii) une laparotomie blanche, (iii) une gastrectomie subtotale pour induire un reflux duodéno-gastrique (groupe RDG), et enfin (iv) la même procédure que dans le groupe RDGO avec administration d'inhibiteurs de la pompe à protons (groupe IPP). Des analyses histologiques et moléculaires sont réalisées sur l'œsophage. La prévalence de l'œsophage de Barrett (OB) de la dysplasie et de l'AO dans les groupes expérimentaux étaient de 41%, 7% et 11% respectivement. Les analyses histologiques et moléculaires dans les groupes RDO, RDGO et RDG suggèrent que l'OB survient selon le schéma d'une métaplasie intestinale de novo et le migration proximale de cellules duodénales. Aucune métastase à distance n'a été identifiée. Les caractéristiques moléculaires de l'OB identifié chez le rat étaient similaires à celles de l'homme. L'OB était plus fréquent, la dysplasie et l'AO moins fréquent dans le groupe RDO que dans le groupe RDGO(44% vs 24% [ P = 0,038] et 7% vs 25% [ P =0,012], respectivement). Des élements de la séquence carcinogénétique survenait de façon moins fréquente dans le groupe IPP que dans le groupe RDGO [P = .019].Il a été mis en évidence une surexpression des gènes de mucines Muc1 et Muc4, de gènes impliqués dans la prolifération, l'invasion et les métastases, l'adhésion cellulaire et dans la voie PI3K , une diminution de l'expression de gènes suppresseur de tumeur dans les lésions de métaplasie et d'adénocarcinome, dans les zones les plus exposées au reflux.Ensuite, nous avons étudié les propriétés biologiques de cellules issues d'un adénocarcinome de l'œsophage humain et mis en évidence que la perte d'expression de MUC1 dans les cellules OE33 (i) diminue fortement leurs propriétés de prolifération, migration et invasion in vitro et la croissance tumorale in vivo, suggérant un rôle majeur de MUC1 dans la tumorigenèse épithéliale si MUC1 est surexprimée (ii) est corrélée avec une diminution de l'expression de Nfκb et PI3K et peut-être corrélé à l'altération des propriétés biologiques, notemment de prolifération (iii) avec une diminution de l'expression de TSG 101 et Mcm6 potentiels marqueurs mis en évidence dans le modèle murin.En conclusion malgré des différences pathophysiologiques avec l'homme, le modèle de reflux oeso-gastro-duodénal reproduit les lésions histologiques et moléculaires de la séquence carcinogénétique de Barrett et a permis d'identifier des protéines associées à la tumorigenèse et dont l'impact sur les propriétés biologiques des cellules tumorales a été confirmé in vitro et qui pourraient être de potentiels biomarqueurs et cibles thérapeutiques dans l'adénocarcinome de l'œsophage.

Les maladies mentales représentent un ensemble catégoriel très hétérogène, même au sein d’une entité nosographique. L’approche multifactorielle rend compte de l’hétérogénéité clinique des troubles mentaux et du continuum entre certaines dimensions cliniques, voire entre le normal et le pathologique. Parmi ces dimensions, le phénotype psychotique constitue une dimension essentielle du trouble schizophrénique. L’approche dimensionnelle permet d’envisager la recherche d’expériences psychotiques dans la plupart des troubles mentaux ainsi qu’en population générale. Nous faisons l’hypothèse générale que certains troubles psychiatriques avec symptômes psychotiques pourraient être la résultante de l’interaction entre certains facteurs environnementaux précoces (traumatismes obstétricaux par exemple) et tardifs (consommation de toxiques, traumatismes) et le neurodéveloppement de l’individu. Un travail initial a été de rappeler les concepts de vulnérabilité en psychiatrie, et de prendre l’exemple du trouble schizophrénique pour réaliser une revue de la littérature sur les facteurs de risque en fonction de leur interaction précoce ou tardive avec le neurodéveloppement. Ensuite, dans le premier axe de recherche de la thèse, nous évaluons certains marqueurs neurodéveloppementaux précoces (signes neurologiques mineurs, latéralité, cognition). Notre premier travail, concerne la caractérisation clinique, neurologique et cognitive de 64 patients souffrant de trouble schizophrénique, en fonction de leur consommation de cannabis ou pas avant le début des troubles. Il apporte des éléments en faveur d’une charge neurodéveloppementale moins lourde chez les patients ayant consommé du cannabis, et de l’impact potentiel de cette substance chez des sujets vulnérables. Notre second travail, préliminaire, concerne l’impact clinique et cognitif de la latéralité chez les patients souffrant de schizophrénie (n=667) et de trouble bipolaire (n=2445). Nous apportons des arguments pour un poids neurodéveloppemental (mesuré avec cet indice) plus important dans la schizophrénie. Notre deuxième axe de recherche se concentre sur le tabagisme comme facteur environnemental tardif dans le trouble schizophrénique et le phénotype psychotique. Nous montrons dans deux travaux sur la cohorte FACE-SZ (n=361 ; n=474), que ces patients consomment presque deux fois plus qu’en population générale et qu’ils pourraient représenter un sous-groupe présentant des caractéristiques spécifiques d’un point de vue socio-démographique, clinique et thérapeutique. Dans un troisième travail préliminaire, nous comparons les fonctions cognitives de ces patients (n=785) et montrons que l’hypothèse d’automédication ne peut pas rendre compte à elle seule, de la forte prévalence du tabagisme chez ces patients. Dans un quatrième travail, nous étudions l’impact du tabagisme sur le phénotype psychotique dans une approche dimensionnelle, et montrons une association entre le tabagisme et certaines expériences de type psychotique dans un échantillon représentatif de la population générale américaine (NESARC, n=34653). Enfin dans un dernier axe de recherche nous nous intéressons au phénotype psychotique dans une population d’adolescents et jeunes adultes hospitalisés pour un premier épisode psychiatrique (n=50). Dans une étude préliminaire, nous montrons une forte prévalence des expériences de type psychotique chez ces jeunes adultes, quel que soit le diagnostic posé six mois à postériori, soulignant le caractère trans-nosographique du phénotype psychotique lors de l’émergence des troubles. L’ensemble de ce travail reflète l’hétérogénéité clinique des maladies mentales et l’importance de l’approche dimensionnelle et trajectorielle pour identifier des facteurs de risque (ou de protection). Les enjeux sont une meilleure compréhension étiopathogénique, des perspectives de prévention, et une prise en charge personnalisée des patients
Mental diseases represent a very heterogeneous categorical group, even within a given nosographic entity. Multifactorial approaches allow accounting for the clinical heterogeneity of mental disorders, the continuum between certain clinical dimensions, and even between the normal and the pathological. Among such dimensions, the psychotic phenotype constitutes an essential dimension of schizophrenic disorder. The dimensional approach allows for the search of psychotic experiences in most mental disorders as well as in the general population. We make the general hypothesis that certain psychiatric disorders with psychotic symptoms could be the result of the interaction between early- (obstetric traumas for example) and late- environmental factors (toxics, traumatisms) and the neurodevelopment of the individual. The initial step in this thesis work was to better define the concepts of vulnerability in psychiatry, and, based on the example of schizophrenia, to conduct a review of the literature on risk factors according to their early or late interaction with neurodevelopment. Subsequently, the first axis of research of the present thesis was to evaluate early neurodevelopmental markers (neurological soft signs, laterality, cognition). Our first work concerned the clinical, neurological and cognitive characterization of 64 patients suffering from schizophrenia, according to their cannabis use (or not) prior to psychosis. It provided evidence for a lower burden of neurodevelopment in cannabis users, and the potential impact of this substance on vulnerable individuals. Our second work concerns the clinical and cognitive impact of lateralization in patients with schizophrenia (n = 667) and bipolar disorder (n = 2445). We bring arguments for a neurodevelopmental weight (measured with this lateralization index) that is more important in schizophrenia. Our second axis of research focused on tobacco smoking as a late environmental factor in schizophrenia and psychotic phenotype. We showed in two studies on the FACE-SZ cohort (n = 361, n = 474) that SZ patients consumed almost twice as much as the general population and that they could represent a SZ subgroup with specific socio-demographic and clinical characteristics. In a third study, we compare the cognitive functions of these patients (n = 785) and show that the self-medication hypothesis alone cannot account for the high prevalence of their smoking. In a fourth work, we studied the impact of smoking on the psychotic phenotype with a dimensional approach, and showed an association between smoking and certain psychotic-type experiences in a representative sample of the US general population (NESARC, n = 34653). Finally, in a last line of research, we evaluated the psychotic phenotype in a population of adolescents and young adults hospitalized for a first psychiatric episode (n = 50). In a preliminary study, we show a high prevalence of psychotic-like experiences in these young adults, regardless of the diagnosis made six months afterwards, highlighting the trans-nosographic character of the psychotic phenotype during the emergence of different mental disorders. Overall, the present thesis underscores the clinical heterogeneity of mental illnesses and the importance of dimensional and trajectory approaches in identifying risk (or protective) factors, towards a better etiopathogenic understanding, better prevention opportunities, and a personalized patient care