Дисертації: "Détection des acides aminés"

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Vardanega, Delphine. "Détection de molécules d'acides aminés par des nanotubes de carbone chiraux." Phd thesis, Université de Franche-Comté, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00912684.

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Анотація:

La nécessité de différencier les molécules biologiques selon leur chiralité est d'un intérêt majeur dans l'industrie pharmaceutique. Un nanotube de carbone chiral placé dans une configuration de résonateur diélectrique gigahertz permet de détecter sélectivement et de façon réversible les énantiomères (gauche et droit) d'acides aminés adsorbés sur le résonateur, via la variation de sa fréquence. la sensibilité du capteur est optimisée quand l'angle chiral du nanotube avoisine 15°. pour améliorer les performances de sélectivité chirale du capteur et de conserver sa réversibilité d'adsorption, une hélice peptidique insérée à l'intérieur du nanotube permet de supprimer le contact direct entre le peptide et la molécule sondée. L'hélice peptidique polaire induit sur le nanotube un champ dipolaire chiral, qui exalte les effets non linéaires de polarisation à la surface du tube et augmente la sélectivité. En fonctions des propriétés électriques de l'hélice et du tube , la sélectivité chirale du capteur fonctionnalisé est augmenté de 50 à 10% par rapport au capteur initial. La chiralité des nanotubes de carbone joue un rôle prépondérant dans la stabilisation des nanotubes doubles parois (DWNTs), notamment si les deux parois sont de la même chiralité. Les modes de vibration du tube sont alors grandement modifiés. Par une étude d'un grand nombre de (DWNTs), des lois simples connectant le rayon, l'angle chiral, la longueur des tubes ont été obtenues pour décrire la discrimination chirale en énergie et l'influence de la chiralité sur les modes de vibration Raman de DWNTs.L'extension de ce travail sera d'utiliser les DWNTs comme détecteurs de structures chirales de plus grande dimension.

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Colson, Amélie. "Dérivés organométalliques d’aminoacides γ-phosphorés : vers la détection électrochimique des autoanticorps de la sclérose en plaques". Dijon, 2007. http://www.theses.fr/2007DIJOS084.

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3

Anouti, Suzanne. "Séparations électrophorétiques bidimensionnelles réalisées dans un seul capillaire pour l'analyse d'acides aminés." Montpellier 2, 2008. http://www.theses.fr/2008MON20227.

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4

Mionetto, Nathalie. "Biocapteur ampérométrique pour la détection d'insecticides à action anticholinestérasique : étude en milieu organique et applications." Perpignan, 1993. http://www.theses.fr/1993PERP0171.

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Анотація:

La detection de residus d'insecticides organophosphores et carbamates largement utilises en agriculture fait l'objet de nombreux travaux en raison de leur toxicite sur les animaux et les humains. Un biocapteur associant l'enzyme cible de ces insecticides, l'acetylcholinesterase, immobilisee par maillage dans un polymere photosensible, et un systeme de detection amperometrique a ete developpe. Ce mode de transduction permet la detection d'un courant genere soit par l'oxydation anodique du peroxyde d'hygrogene (utilisation du systeme bi-enzymatique acetylcholinesterase + choline oxydase), soit par l'oxydation anodique de la thiocholine (utilisation du systeme mono-enzymatique acetycholinesterase seule). L'immobilisation des systemes enzymatiques sur membrane et micro-electrode est adapte a la detection de tres faibles quantites de residus d'insecticides. Le comportement de l'acetylcholinesterase libre et immobilisee a ete etudie en milieu organique. Le parametre de solubilite d'hildebrand ainsi que le logp donnent des correlations simples et la regle suivante peut etre degagee: l'acetylcholinesterase maintient son activite dans les solvants organiques hydrophobes. Pour augmenter le nombre de solvants organiques compatibles avec le maintien de l'activite, il suffit d'augmenter le volume d'eau present dans le solvant ou d'immobiliser l'enzyme, ce qui augmentera sa stabilite par protection mecanique et maintien de la couronne d'hydratation, indispensable a sa conformation active. La presence d'un inhibiteur de type organophosphore ou carbamate est toujours detectee en milieu organique et correlee a une diminution de l'activite enzymatique. Les limites de detection en milieu organique sont excellentes (10##1#1 m equivalents paraoxon, sans pre-concentration ou de l'ordre du ppt apres concentration). Les analyses effectuees sur des milieux naturels ont demontre l'utilisation possible du biocapteur. Dans l'eau, les performances du biocapteur permettent de satisfaire aux normes c. E. E.

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Delescluse, Julie. "MND, un transporteur d’acides aminés, acteur clef de la réponse neuronale aux acides aminés des corps pédonculés, chez l’adulte Drosophila melanogaster." Electronic Thesis or Diss., Bourgogne Franche-Comté, 2024. http://www.theses.fr/2024UBFCK029.

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Анотація:

Chaque organisme vivant évolue dans son écosystème, où il doit être capable de détecter et d’intégrer de multiples facteurs environnementaux (température, hygrométrie, composés chimiques organiques ou non…). Ces signaux jouent un rôle important dans la communication entre organismes. Chaque individu doit donc mettre en lien ces stimuli externes avec ses propres signaux internes (nutritionnel, métabolique, hormonal, infection…), et adapter son comportement en conséquence pour assurer sa survie et sa reproduction. Pour ce faire des mécanismes complexes de détection se sont développés, notamment le système chimio-sensoriel, permettant la réception et la discrimination de molécules chimiques externes. En parallèle, des organes internes sont sensibles aux signaux internes afin de détecter des carences et de contrôler l’homéostasie cellulaire et tissulaire. Ces processus sont notamment possibles grâce à des protéines transmembranaires qui sont spécialisées dans la réception et/ou le transport d’autres molécules comme les acides aminés (AAs), indispensables à tous les types cellulaires tels que les cellules du système nerveux.Nos travaux de recherche montrent qu’un transporteur d’AAs appartenant à la famille des Solute carrier 7A (SLC7A) nommé Minidiscs (MND) est exprimé dans le cerveau adulte, au niveau des neurones et des cellules gliales. Cette protéine semble se localiser au niveau de la membrane plasmique et de la membrane du réticulum endoplasmique. MND est exprimé dans les neurones formant une structure particulière du cerveau appelée Corps Pédonculés (CPs) et joue un rôle clef dans la réponse de ces neurones à certains L-AAs (L-Asp, L-Arg, L-Glu, L-Lys, L-Ile, L-Leu et L-Thr). Ce résultat démontre ainsi que des transporteurs de la famille des SLC7As sont impliqués dans le contrôle de l’activité des neurones. De plus, cela suggère que les CPs peuvent détecter directement des L-AAs via MND, faisant de cette structure un centre de détection du statut interne nutritionnel de l’individu. La réponse de ces neurones à la L-Leucine MND dépendante fait intervenir la voie de signalisation passant par TOR, mais n’implique pas la Glutamate Deshydrogenase (GDH). Ainsi, MND pourrait potentiellement moduler les comportements associés à cette structure, tels que la mémoire olfactive, l’agressivité... Cependant, nos études comportementales semblent indiquer que la présence de MND dans tous les neurones des CPs n’est pas requise pour la modulation du comportement d’agressivité territoriale des mâles.Mes données indiquent également que MND est requis pour la réponse des CPs au L-Glutamate, qui est aussi un neurotransmetteur. MND étant décrit comme transporteur de L-AAs non chargés et que le L-Glutamate est, dans sa forme physiologique un AA chargé négativement, des partenaires de MND sont potentiellement impliqués dans cette activation. Cinq types de récepteurs au L-Glutamate sont présents dans les mêmes neurones des CPs exprimant MND : NMDAR1, NMDAR2, KAIR1D, mGluR et GluCl��. Il a été possible de montrer que l’activation des CPs via le récepteur NMDAR1 est dépendante de la présence de MND. Toutefois, cette voie de détection de signaux glutamatergiques ne semble pas intervenir dans la régulation du comportement d’agressivité. Nous montrons également que l’activité des CPs en réponse au glutamate qui est dépendante de NMDAR1 semble différer suivant le contexte social. En effet, une réponse plus intense a été observée chez les mâles isolés socialement par rapport aux mâles groupés. Cette réponse au glutamate impliquant NMDAR1 pourrait dépendre de la détection chronique du 11-cis-Vaccenyl Acétate (cVA), une phéromone mâle, suggérant ainsi que l’environnement social joue un rôle sur l’activité des CPs.Ainsi, pris dans leur ensemble, mes résultats montrent que des transporteurs d’acides aminés de type SLC interviennent dans la capacité des neurones à répondre aux AAs comme la L-Leucine et aux neurotransmetteurs comme le glutamate
Every living organism lives in an ecosystem, where it needs to detect and integrate multiple environmental factors (temperature, humidity, organic or non-organic chemical compounds...). These signals play an important role in communication between organisms. Each individual must link these external stimuli with its own internal signals (nutritional, metabolic, hormonal, infection...), and adapt its behavior to ensure its survival and reproduction. To achieve this, complex detection mechanisms have been developed, including the chemosensory system, allowing the reception and discrimination of external chemical molecules. Internal organs are sensitive to internal signals to detect deficiencies and control cellular and tissue homeostasis. These processes are made possible by transmembrane proteins that specialize in detection and/or transporting other molecules such as amino acids (AAs), essential for all cell types such as neuronal cells.My research focuses on an amino acid transporter belonging to the SLC7A family called Minidiscs (MND) and we showed that MND is expressed in the adult brain, in neurons and glial cells. This protein appears to be localized at the plasma membrane and the endoplasmic reticulum. MND is expressed in neurons forming a particular brain structure called Mushroom Bodies (MBs) and plays a key role in the response of these neurons to several L-amino acids (L-Asp, L-Arg, L-Glu, L-Lys, L-Ile, L-Leu, and L-Thr). This result demonstrates that SLC7A transporters are involved in controlling neuron activity and suggests that MBs can directly detect L-amino acids via MND. That making this structure a center for detecting the individual's internal nutritional status. The response of these neurons to L-Leucine MND-dependent involves a TOR pathway and not a GDH one. Due to its localization within the CPs, MND may potentially modulate behaviors associated with this structure. However, the presence of MND in all MB neurons is not required for modulation of male territorial aggressive behavior.My results also show that MND is required for the MBs' response to L-Glutamate which is also a neurotransmitter. MND is described as a transporter of uncharged L-amino acids and not L-Glutamate which is a negatively charged AA. Five L-Glutamate receptors are expressed in the MB neurons expressing MND: NMDAR1, NMDAR2, KAIR1D, mGluR, and GluCl��. We demonstrated that MB activation via the NMDAR1 receptor is MND dependent. This glutamatergic signaling pathway does not appear to be involved in the regulation of aggressive behavior. However, MB activity in response to glutamate involving NMDAR1 appears to be modulated by the social environment. Thus, the response of the MBs is increased in isolated males compared to grouped males. This glutamate response via NMDAR1 could depend on the chronic detection of 11-cis-Vaccenyl Acetate (cVA), a male pheromone. This suggesting that social environment impacts the MB activity.Thus, my results show that SLC-type amino acid transporters are involved in the ability of neurons to respond to neurotransmitters, such as glutamate and AAs

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Petritis, Konstantinos. "Nouvelles méthodes de séparations chirale et non chirale des acides aminés non dérivés par chromatographie en phase liquide et couplage à différents modes de détection : dosage dans des matrices complexes." Orléans, 2002. http://www.theses.fr/2002ORLE2007.

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Анотація:

L'analyse qualitative et quantitative des acides aminés est très importante à cause du rôle biologique considérable des ces molécules. L'écrasante majorité des publications concernant leurs dosages par CPL utilise une étape de dérivation pré ou post séparation. L'absence de chromophore ou fluorophore dans la structure de ces molécules justifie cette étape qui conduit à une détection sensible par spectrométrie. L'alternative que nous proposons à ces méthodologies concerne l'analyse des acides aminés sans dérivation. Notre travail est divisé en trois parties qui développent la séparation, la détection et le dosage en milieu complexe de ces composés. Dans la première partie, de nouvelles méthodes chromatographiques sont proposées pour la séparation chirale et non chirale des acides aminés non dérivés. L'appariement d'ions lorsque les amino acides sont sous forme cationique apparaît indispensable pour analyser les plus hydrophiles d'entre eux. La chromatographie d'interactions hydrophiles apporte des sélectivités complémentaires et la possibilité d'analyse chirale. Dans la deuxième partie, sept modes différents de détection sont présentés et trois démontrent un intérêt particulier. Il s'agit du détecteur évaporatif à diffusion de la lumière (DEDL), de la chimiluminescence spécifique à l'azote et de la spectrométrie de masse (SM) avec source d'ionisation par electrospray (ESI). Ce dernier détecteur est particulièrement intéressant du fait de sa spécificité et de sa sensibilité en mode tandem. C'est ainsi qu'une analyse simultanée par CPL-ESI-SM tandem, de 76 amino acides non dérivés est maintenant possible en moins de 20 minutes. La dernière partie de ce travail présente le dosage d'acides aminés dans divers fluides biologiques (urine, plasma), dans des matrices agro-alimentaires (tabac, vin , lait, extraits végétaux) et dans des échantillons de météorites. Les méthodologies proposées démontrent ainsi leur intérêt et on peut penser qu'elles pourront concurrencer les méthodes actuelles d'analyse utilisant la dérivation.

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Balaguer, Patrick. "Détection non isotopique de sondes nucléiques : application à la réaction d'hybridation et d'amplification (PCR) : [Polymerase Catalysed Reaction]." Montpellier 2, 1989. http://www.theses.fr/1989MON20050.

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Анотація:

Les reactions de bioluminescence peuvent etre utilisees pour detecter des sequences specifiques d'adn apres hybridation avec une sonde nucleique. Differents marqueurs comme la cytosine sulfone, la fluoresceine et la biotine peuvent etre incorpores dans l'adn ou dans des oligonucleotides et etre detectes par des anti-corps ou de l'avidine lies a des enzymes. La detection par bioluminescence sur filtre de nitrocellulose offre une sensibilite comparable aux meilleures methodes non radioactives mais apporte surtout une mesure rapide, quantitative et facilement realisable par des films polaroid ou une camera video. La detection n'altere pas le filtre et permet la reutilisation de celui-ci. La luminescence peut etre utilisee pour detecter des reactions d'hybridations effectuees en solution mais la sensibilite est inferieure a celle obtenue sur filtre. L'amplification enzymatique permet de produire en grande quantite du materiel a detecter. L'incorporation de biotine-utp ou l'utilisation d'oligonucleotides amorces biotinylees dans la reaction d'amplification produit des molecules d'adn marquees qui peuvent etre detectees directement sans aucune etape de separation. Ce dosage est semi-quantitatif et rapide (1 heure)

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Lacroix, Olivier. "Etude préliminaire pour l'application en routine d'un test de chimiotaxie aux acides aminés utilisé pour la détection de l'altération de la perméabilité chez les entérobactéries." Paris 5, 1991. http://www.theses.fr/1991PA05P153.

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Safieddine, Saaid. "Etude des innervations cochléaires par immunofluorescence et par hybridation in situ : détection des récepteurs et coexistence des neurotransmetteurs/neuromodulateurs." Montpellier 2, 1993. http://www.theses.fr/1993MON20047.

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Анотація:

1)coexpression des recepteurs des acides amines excitateurs par les neurones auditifs primaires i. L'expression des arnm de la sous-unite glur4 etait limitee aux seules cellules gliales. Les recepteurs nmdar-1, glur2, glur3 et mglur1, sont exprimes par les neurones auditifs primairesi innervant les cellules ciliees internes. En accord avec l'implication predominante des recepteurs ampa dans la neurotransmission cochleaire, le marquage obtenu par les sous-unites glur2 et glur3 etait plus intense que pour les recepteurs nmda et mglur1. 2)coexistence de neurotransmetteurs/neuromodulateurs dans les efferences olivocochleaires. La majorite des neurones du systeme efferent lateral coexprimait les marqueurs (enzyme de synthese, arnm) de cinq substances neuroactives: l'acetylcholine, gaba, la dopamine, enkephalines, et le cgrp. Seul le gaba l'acetylcholine et le cgrp seraient co-exprimes par les neurones du systeme efferent median. 3)expression des recepteurs muscariniques m3 et dopaminergiques d1 et d2. Les neurones auditifs primaires exprimaient les arnm des recepteurs d1 et d2 et des recepteurs muscariniques m3. De plus, les arnm des recepteurs d2 et m3 etaient presents dans les neurones de l'innervation laterale. 4)excitotoxicite et plasticite neuronale. Apres episode excitotoxique par l'ampa, une perte transitoire des reponses electrophysiologiques et une surexpression des arnm des recepteurs nmda et mglur1 et des neurotransmetteurs efferents, etaient observees. La concomitance entre la reapparition des reponses cochleaires et les variations d'expression des arnm suggereraient une implication de ces recepteurs dans la restauration fonctionnelle

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Lacroix, Marlène. "Optimisation d'une méthode de dosage de neurotransmetteurs par le couplage LC/Fluo/MS : études théoriques du marquage au NDA par spectrométrie de masse haute résolution, modélisation moléculaire et étude quantitative de relations structure-temps de rétention (3D-QSRR)." Toulouse 3, 2007. http://thesesups.ups-tlse.fr/47/.

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Анотація:

Certains acides aminés et peptides sont des neurotransmetteurs impliqués dans les maladies neurologiques. Présents en très faible quantité dans les échantillons biologiques, une HPLC couplée à un détecteur de fluorescence et un spectromètre de masse est utilisée pour identifier et doser ces molécules. Les acides aminés sont marqués avec un agent fluorogène : le naphtalène-2, 3-dicarboxaldéhyde (NDA) et un nucléophile (CN-). Pour l'analyse des peptides enképhalines, le marquage est modifié afin de faciliter l'analyse en spectrométrie de masse : le nucléophile CN- est remplacé par un aminothiol facilement ionisable en mode positif, le N,N-diméthylaminoéthanethiol (MeAT). Des études théoriques en modélisation moléculaire, spectrométrie de masse haute résolution et sur l'échange H/D ont été réalisées pour interpréter les résultats obtenus avec chaque marquage
Some amino acids and peptides are neurotransmitters involved in neurological diseases. As they are very low concentration in biological samples, HPLC coupled with a fluorescence detector and a mass spectrometer is performed for the identification and the quantification of these molecules. As amino acids are not fluorescent natively, they are labelled with a fluorogenic dye: the naphthalene-2,3-dicarboxaldehyde (NDA) and a nucleophile (CN-). The labelling for the peptides (enkephalins) is slightly modified in order to facilitate the ionisation in positive mode in mass spectrometry: the nucleophile CN- is substituted by an aminothiol easily ionisable, the N,N-dimethylaminoethanethiol (MeAT). Some theoretical studies are investigated in molecular modelling, high resolution mass spectrometry and H/D exchange studies in order to explain the results obtained on each labelling

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Bertrand, Marylène. "Origine exogène des acides aminés prébiotiques." Thesis, Orléans, 2009. http://www.theses.fr/2009ORLE2025/document.

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Анотація:

Cette étude vise à conforter l’apport de matière organique extraterrestre via les météorites et les micrométéorites. Elle permet de mieux cerner les conditions dans lesquelles les molécules organiques, synthétisées dans l’espace, ont contribué à l’émergence de la vie sur Terre il y a environ quatre milliards d’années. Pour cela, des molécules organiques ont été exposées aux conditions de l’espace à bord de la station spatiale internationale et également irradiées en laboratoire lors d’expériences au sol. Par ailleurs, des molécules organiques associées à une argile, ont été soumises à des chocs mécaniques pour simuler des impacts météoritiques. Des acides aminés et des dipeptides ont été choisis pour ces études en raison de leur intérêt prébiotique et de la diversité des groupements fonctionnels qu’ils offrent. Des méthodes de fonctionnalisation pour l’analyse chirale ou non chirale de ces molécules par chromatographie gazeuse couplée à un spectromètre de masse ont été développées. Les expériences démontrent que la résistance des molécules à l’irradiation et à l’impact est fonction de la nature chimique des composés. De ce fait, le transport dans l’espace et l’impact météoritique pourraient servir de filtres moléculaires en favorisant certaines molécules au détriment d’autres
This study concerns the transport to Earth of exogenic organic matter by meteorites or micrometeorites in order to better determine the conditions under which organic molecules synthesized in space contributed to the emergence of the life on Earth four billion years ago or more. Organic molecules were exposed to space conditions on board the international space station as well as in laboratory experiments. Moreover, simulated meteorite impacts on organic molecules associated with a clay were carried out to determine the survival of the organic components. Amino-acids and dipeptides were selected for these studies because of their prebiotic interest and for the diversity of their functional groups. Methods of derivatization for chiral and not chiral analysis of these molecules by gas chromatography coupled to a mass spectrometer were developed. The results of the experiments show that the resistance of the molecules to irradiation and to impact is a function of their chemical nature, and that transport in the space environment as well meteoritic impact could be used as molecular filters by favouring the survival of certain molecules rather than others

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Nourry, Sendres. "Astrochimie radicalaire : vers la synthèse des acides aminés." Thesis, Paris 6, 2016. http://www.theses.fr/2016PA066680/document.

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Анотація:

Dans le milieu interstellaire, beaucoup de molécules hydrogénées telles que CH4, NH3 ou CH3OH peuvent être dissociées, grâce à la contribution de particules cosmiques ou de photons hautement énergétiques, devenant l’une des plus importantes sources de radicaux activés. Cependant, dans le cœur de certains nuages moléculaires denses et sombres, en l’absence de ces énergies externes supplémentaires, d’autres chemins réactionnels de formation de radicaux pourraient exister sans apport d’énergie externe.Dans le travail de thèse actuel, nous avons étudié des réactions thermiquement induites impliquant de petites composés organiques et des atomes d’azote à l’état fondamental N(4S), en phase solide aux températures cryogéniques de 3 à 50 K, en utilisant une caractérisation par spectroscopie Infrarouge à Transformée de Fourier (IRTF).Nous avons montré qu’un chauffage progressif entre 3 et 10 K permet d’induire la mobilité des atomes d’azote dans l’échantillon solide, provoquant le processus de recombinaison N(4S)–N(4S). De telles recombinaisons engendrent la formation d’espèces réactives métastable d’azote moléculaire N2(A), lesquelles à travers un processus de transfert d’énergétie N2(A) → N(4S), conduit à la formation d’atomes d’azote excités N(4P/2D). La production de ces espèces azotées excitées en phase solide joue un rôle prépondérant dans la dissociation des espèces hydrogénées qui pourrait être la première étape dans l’origine de la complexification moléculaire du milieu interstellaire
In interstellar medium, many hydrogen-containing molecules such as CH4, NH3 or CH3OH may be dissociated, with the contribution of cosmic ray particles or high-energy photons, becoming one of the most important sources of activated radicals. However, in the core of some dark and dense clouds, without those supplying external energies, other radicals formation pathways under non-energetic condition might exist.In the present Ph-D thesis, we have studied thermal reactions involving small organic compounds and ground state nitrogen atoms N(4S), in solid phase, at cryogenic temperatures from 3 to 50 K, using a Fourier Transform InfraRed Spectroscopy (FTIR) analysis. We have shown that gradual heating, between 3 and 10 K, allow to induce of the nitrogen atoms mobility in the solid sample stimulating the N(4S) – N(4S) recombination processes. Such recombinations result in the formation of a very reactive metastable molecular nitrogen N2(A) which through energetic transfer processes with N(4S) atoms can lead to the formation of excited nitrogen atoms N(4P/2D). The production of those excited nitrogen species in solid phase plays an important role in the dissociation of H-containing species which may be the first step in the origin of the molecular complexity of the interstellar medium

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Hervé, Yolande. "Synthèses d'acides aminés optiquement purs par décarboxylation radicalaire." Paris 11, 1986. http://www.theses.fr/1986PA112328.

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Au cours de ces trois années, nous avons synthétisé des acides aminés, naturels ou non, optiquement purs. La réaction de décarboxylation radicalaire, des O-esters d’acide N-hydroxypyridine thione-2, élaborée par l’équipe du Professeur BARTON a été appliquée avec succès aux acides aminés. Après avoir mis au point, la synthèse de ces esters, pour les acides aminés, nous avons montré que les principales fonctions des chaînes latérales ne nécessitaient pas de protection, lors de la décarboxylation en présence de tertiobutylthiol. La décarboxylation, dans différentes conditions, des fonctions carbolyxiques β et γ des acides aspartique et glutamique, nous a permis de synthétiser sous forme optiquement pure : - de nouveaux acides aminés insaturés, des diacides α-aminés biologiquement importants, - la L-vinylglycine, - la L-sélénométhionine, la L-Se-benzylsélénocysteine, et la L-sélénocystine, - l’acide perhydroindole carboxylique-2, dérivé de la proline qui intervient dans la synthèse d’un puissant inhibiteur de l’A. C. E
During the three years of this work, a number of naturally and non-naturally occurring amino-acids have been synthesized. The radical decarboxylation of O-esters of N-hydroxypyridine-2-thione, developed by the Barton group, has been successfully applied to amino-acids. Once the amino-acid esters were synthesized, it was shown that the main side-chain functional groups do not need to be protected when decarboxylation is performed with tertiarybutylthiol. Under differing conditions, decarboxylation of the βand γ-carboxyl functions of aspartic and glutamic acids, selectively protected at the α-carboxyl function, has allowed the syntheses, in optically pure form, of: - new, unsaturated amino-acids; - L and D-α-aminoadipic, L-α-aminopimelic, and L-α-amino-δ,ε-dehydropimelic acids; - L-vinylglycine; - L-selenomethionine, L-Se-benzyl-selenocysteine, and L-selenocystine; - perhydroindole-2-carboxylic acid, a praline derivative which is an intermediate in the synthesis of a powerful A. C. E. Inhibitor

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Kalch, Delphine. "Amination électrophile : synthèses d'acides aminés cycliques et organocatalyse." Versailles-St Quentin en Yvelines, 2009. http://www.theses.fr/2009VERS0027.

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Анотація:

Les liaisons C-N sont présentes dans la plupart des molécules organiques et sont d'une importance particulière dans les composés biologiquement actifs. Notre travail s'est focalisé sur une des méthodes permettant de générer ce type de liaison : la réaction d'animation électrophile en α de carbonyles. Dans un premier temps, nous avons abordé deux synthèses d'acides aminés cycliques : une paaroche de la (-)-bulgécinine ainsi que la préparation des deux énantiomètres de la trans-3-hydroxy-proline dont nous avons protégé la fonction alcool. Dans les deux cas, un intermédiaire clé est un α, β-aminoalcool de stéréochimie anti. Dans un deuxième temps, nous nous sommes intéressés à des réactions d'animation électrophile en α de carbonyles par organocatalyse. Nous avons tout d'abord montré l'efficacité de nouveaux organocatalyseurs développés au laboratoire, les trans-tert-butoxyprolines. Nous avons utilisé le meilleur d'entre eux pour la synthèse de la D-proline et de tétrahydropyridazines fonctionnalisées en position 6. Enfin nous avons testé ces dernières en tant que catalyseur sur une réction d'animation électrophile du 6,6-diméthoxyhexanal
C-N bonds occur in most of organic molecules and are particularly important in biologically active compounds. Our work focused on one of the methods that enable to create this kind of bonds : electrophilic α-animation of carbonyls. First we worked on two cyclic amino acids syntheses : an approach of (-)bulgecinine and the preparation of both enantiomers of trans-3-hydroxyproline in which we protected the alcohol function. For these two syntheses an anti-α-β-amino alcool is a key intermediate. Then we studied electrophilic α-amination of carbonyls by organocatalysis. We first showed the efficiency of new organocatalysis developed in the laboratory : trans-tert-butoxyprolines. We then used the best of them for the synthesis of D-proline and 6-functionalized tetrahydropyridazins. Finally, we tested these tetrahydropyridazins as catalysts for the electrophilic α-amination of 6,6-dimethoxyhexanal

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Milcent, Thierry. "Synthèses et applications d'acides bêta2-aminés." Paris 6, 2002. http://www.theses.fr/2002PA066260.

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Huck, Jacques. "Synthèse et étude de la réactivité des N-tert-butyloxycarbonyl N-Carboxyanhydrides issus de ß-aminoacides. Synthèse de ß2-aminoacides originaux." Montpellier 2, 2002. http://www.theses.fr/2002MON20083.

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Ayed, Charfedinne. "Nouvelles approches de préparations d’acides aminés C-glycosylés par réaction d’alcynylation médiée à l’indium." Cergy-Pontoise, 2010. http://biblioweb.u-cergy.fr/theses/2010CERG0482.pdf.

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Анотація:

L’objectif de nos travaux consiste en la préparation d’acides aminés C-glycosylés destinés à la synthèse peptidique supportée. Afin de les préparer, nous envisageons une nouvelle méthodologie médiée à l’indium, métal non toxique. Le but final est l’intégration des ces acides aminés C-glycosylés fonctionnalisés dans des peptides par SPPS. Les C-glycosides sont d’autant plus importants qu’ils représentent la clé de voute de la synthèse glycopeptidique. Ces composés permettent la préparation de glycopeptides indispensables pour l’étude de nouvelles activités biologiques. Ce manuscrit détaille les différentes études menées durant cette thèse pour la synthèse d’acides aminés C-glycosylés en s’appuyant sur le savoir-faire du laboratoire en matière d’alcynylation de chimie organométallique et plus particulièrement sur la C-glycosylation médiée à l’indium. Un point essentiel de la stratégie de synthèse envisagée porte sur la préparation d’un alcyne iodé précurseur d’acide aminé
The aim of our work detail with the preparation of C-glycosylated amino acids for supported peptide synthesis. To prepare these compunds, we envisage a new indium-mediated methodology, indium being a non-toxic metal. The ultimate goal is the integration of these functionalized C-glycosylated amino acids into peptide by solid phase peptide synthesis. C-glycosides are essential because they represent the keystone of the synthetic glycopeptides. These compunds lead to the preparation of glycopeptides for the study of new biological activities. This manuscript details the varioius studies carried out during this thesis for the synthesis of C-glycosylated amino acids. In this work, we highly benefited from the expertise of the laboratory in terms of alkynyl organometallic chemistry, particularly in the indium C-mediated glycosylation. A key point of the proposed synthetic strategy involves preparation of an iodinated alkyne acid precursor

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Picard, Julien. "Synthèse d'acides aminés C-glycosylés par voie organométallique." Cergy-Pontoise, 2005. http://www.theses.fr/2005CERG0267.

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Анотація:

Dans ce mémoire nous présentons la synthèse de C-glycosides et d'acides aminés C-glycosylés par voie organométallique. Ces composés dans lesquels un groupement méthylène (-CH2-) remplace le lien O- ou N-glycosidique naturel sont particulièrement stables in vivo et peuvent avoir des propriétés d'inhibiteurs d'enzymes ou être utilisés dans le traitement de certaines maladies. Deux approches synthétiques ont été étudiées : -les couplages croisés catalysés au palladium de type Negishi. Dans ces conditions les produits désirés n'ont pu être obtenus, seul un composé d'homocouplage a été isolé. -l'alcynylation médiée à l'indium mise au point au laboratoire. Dans ce deuxième cas, différents C-glycosides hydroxylés, cétoniques, mono ou di-fluorés et méthylés on pu être obtenus avec de bons rendements. L'application de cette méthodologie à un iodure d'alcyne dérivé de l'aldéhyde de Garner nous a conduit à la préparation de précurseurs d'acides aminés C-glycosylés
In this thesis we present the synthesis of C-glycosides and of C-glycosylated amino acids according to an organometallic pathway. These compounds in which a methylene group replaces the natural N- or O-glycosilic link are particularly stable in vivo and can have enzyme inhibitors activities or can be used in the treatment of various diseases. Two synthetic approaches were studied: -The palladium-catalyzed Negishi cross-coupling. Under these conditions the desired products were not obtained; only a homocoupling product was isolated. -The indium mediated alkynylation. In this second case, various hydroxylated, ketonic, mono or di-fluorinated and methylated C-glycosides were obtained in good yields. The application of this methodology to an alkyne iodide derived from Garner's aldehyde led to C-glycosylated amino acids precursors

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Teroitin, Isabelle. "Les acides aminés modifiés rencontrés dans les champignons supérieurs." Paris 5, 1993. http://www.theses.fr/1993PA05P043.

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Cohen, Allegrine. "Elimination urinaire des acides aminés chez la femme enceinte." Paris 5, 1988. http://www.theses.fr/1988PA05P204.

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Laaziri, Abdelhamid. "Synthèse et applications d'amino esthers gbs-substitues à partir d'oxazolines dériées de la serine et de la threonine." Cergy-Pontoise, 1997. http://www.theses.fr/1997CERG0021.

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Jourdan, Marion. "La séquestration splanchnique des acides aminés au cours du vieillissement." Paris 5, 2006. http://www.theses.fr/2006PA05N08S.

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Анотація:

En France, le nombre de personnes âgées augmente et celui des jeunes diminue. Au 1er janvier 2006, la France comptait 20,7 % de personnes âgées de 60 ans ou plus contre 20 % dix ans auparavant. L'espérance de vie à 60 ans dépasse aujourd'hui 20 ans, et elle atteindra 26 ans en 2050 (Institut National des Statistiques et des Etudes Economiques). Par ailleurs, le vieillissement est associé à une augmentation de l'invalidité et de la perte d'autonomie. Ainsi, l'un des plus grands défis auquel notre société doit faire face est le maintien de la santé et de la qualité de vie de la population âgée pour un vieillissement réussi. Le vieillissement affecte de manières différentes les organes et les tissus de l'organisme, aboutissant à des vitesses différentes d'apparition de déclin fonctionnel. Ainsi, le vieillissement s'accompagne d'une perte de masse et de fonction musculaires survenant de la maturité à la sénescence et définissant la sarcopénie (1)
Background : Splanchnic sequestration of amino acids (SSAA) is a process observed during aging that leads to decreased peripheral amino acid (AA) availability. The mechanisms underlying SSAA remain unknown. The aim of this study was to determine whether a high-protein diet can increase nitrogen retention in aged rats by saturating SSAA, and whether SSAA can be explained by dysregulation of hepatic nitrogen metabolism per se. Materiel and methods: Adult and aged male Sprague-Dawley rats were housed in individual metabolic cages and fed a normal-protein (17% protein) or a high-protein diet (27%) for two weeks. Nitrogen balance (NB) was calculated daily. On day 14, livers were isolated and perfused (IPL) for 90 min to study AA and urea fluxes. Results: NB was lower in aged rats fed. . . .

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Gesbert, Gaël. "Transport des acides aminés et virulence nutritionnelle de Francisella tularensis." Phd thesis, Université René Descartes - Paris V, 2014. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01071293.

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Анотація:

Francisella tularensis, agent étiologique de la tularémie, est un pathogène intracellulaire facultatif capable d'infecter de nombreuses cellules de mammifères. Pour se multiplier activement dans le cytoplasme des cellules hôtes, la bactérie doit être en mesure de capter dans cet environnement tous les composés nécessaires à son métabolisme, et notamment des acides aminés qui représentent ses principales sources de carbone et d'azote. Les pathogènes à multiplication intracellulaire ont mis en place un ensemble de mécanismes, visant i) la manipulation des voies métaboliques de l'hôte, pour accroître le pool de nutriments disponibles, et ii) l'expression de transporteurs dédiés, pour la captation optimale de ces nutriments. Cet ensemble de mécanismes est regroupé sous le terme de " virulence nutritionnelle ". Chez Legionella pneumophila, plusieurs membres d'une sous-famille de transporteurs actifs secondaires (désignés Pht, ou transporteurs phagosomaux), responsables de la captation des acides aminés lors de la phase intracellulaire de la bactérie, ont été caractérisés. Dans ce travail, nous avons établi le rôle de deux membres de la sous-famille des transporteurs Pht (désignés AnsP et IleP), dans le transport d'acides aminés et la virulence de Francisella. La protéine AnsP est un transporteur d'asparagine. La délétion du gène codant pour ce transporteur n'a pas d'effet sur la croissance de Francisella en milieu synthétique, mais entraîne une diminution drastique de sa multiplication intracellulaire dans tous les types cellulaires testés, ainsi qu'une atténuation importante de la virulence chez la souris. La perte de virulence du mutant asnP est réversible aussi bien in vivo qu'in vitro par ajout d'asparagine en excès. F. tularensis, qui est prototrophe pour l'asparagine en milieu minimum, devient donc auxotrophe dans le cadre de sa croissance intracellulaire, et nécessite un transport de cet acide aminé via AnsP. Ce changement de besoins en asparagine entre le milieu extérieur et le milieu intracellulaire illustre bien le phénomène d'adaptation nutritionnel que réalise la bactérie dans le cadre d'une infection. La délétion du second transporteur, IleP, entraine un défaut de croissance en milieu minimum, réversible par ajout de thréonine, un précurseur métabolique de l'isoleucine chez F. tularensis subsp. novicida. Des expériences d'incorporation d'isoleucine marquée ont permis de mettre en évidence la fonction de transporteur d'isoleucine de la protéine IleP. La délétion du gène codant pour IleP entraine également un défaut de multiplication in vitro, associé à un léger retard de sortie du phagosome ainsi qu'une atténuation importante de la virulence chez la souris. Ce transporteur assure donc la captation de l'isoleucine dans des conditions où l'utilisation de la thréonine, ne permet pas d'assouvir les besoins de la bactérie. De façon remarquable, la voie de biosynthèse de l'isoleucine via la thréonine est interrompue chez les sous-espèces tularensis et holarctica. La croissance de ces sous espèces, plus virulentes que novicida, dans la cellule infectée devient donc strictement dépendante du transport de l'isoleucine par IleP. Cet exemple constitue une parfaite illustration de la spécialisation des souches pathogènes aux conditions nutritionnelles de leur hôte. En conclusion, l'ensemble des travaux présentés dans cette thèse a permis de démontrer la participation de deux transporteurs d'acides aminés à la virulence nutritionnelle de la bactérie Francisella.

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Iraqui, Houssaini Ismaïl. "Métabolisme des acides aminés aromatiques chez la levure Saccharomyces cerevisiae." Doctoral thesis, Universite Libre de Bruxelles, 1999. http://hdl.handle.net/2013/ULB-DIPOT:oai:dipot.ulb.ac.be:2013/211859.

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Carlet, Christine. "Chromatographie des acides aminés sanguins chez des sujets âgés dénutris." Montpellier 1, 1993. http://www.theses.fr/1993MON11017.

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Enoma, Ferdinand. "Introduction d'un reste aminoacide sur des squelettes [1,2-a] et [3,4-a]-s-triazines." Rouen, 2003. http://www.theses.fr/2003ROUE01NR.

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Анотація:

Dans le but d'améliorer la biodisponibilité et optimiser les propriétés pharmacologiques des composés pyrimido [1, 2-α] et [3,4-α] - s- triazines, un aminoacide qui leur confère une potentielle compatibilité avec les milieux biologiques, a été introduit sur leur squelette s-triazinique. Deux stratégies de synthèse ont été réalisées afin d'accéder aux pharmacophores portant un aminoacide protégé. La première met en oeuvre l'introduction d'un aminoacide protégé sur la fonction acide carboxylique activée des squelettes N-phénylpyrimodo [1,2-α] et [3,4-α]-s-triazines. L'activation est réalisée dans un premier temps avec les composés DCCI/ HOBt qi sont à l'origine d'impuretés difficiles à éliminer. Nous avons améliorer les résultats en utilisant un autre auxiliaire nucléophile qui est la CDMT. La deuxième stratégie de synthèse met en oeuvre la réaction d'iminodiméthylation sur les synthons aminopyrimidinedione et acylurée utilisant une amine aromatique apportant l'aminoacide protégé. 72 pyrimido [1,2-α] et [3,4-α] -s-triazines portant un aminoacide protégé ont été synthétisées. L'introduction des aminoacides a mis en évidence l'instabilité des composés pyrimido [1,2-α] et [3,4-α]-s-triazines qui se manifeste particulièrement lors de l'étape de déprotection des aminoacides protégés
The aim of the work was to improve the biodisponibility an the pharmacological properties of pyramido [1,2-α] and [3,4-α] - s-triazines by introducing an aminoacid on the triazines nucleus. Two synthetic pathways were designed to access to compound bearing an aminoacid. The first one consists in introducing a protected aminoacid on the activited carboxylic function of pharmacophores N-phenylpyrimido [1,2-α] and [3,4-α] -s-triazines. In a first time, activation was realised by DCCI/ HOBt, but this process generated side products which were difficult to separate. Another nucleophile auxiliary ; CDMT gave better results avoiding side products an improving the yields. The second strategy consisted in iminodimethylation of aminopyrimidinedione synthons using an aromatic amine bearing the protected aminoacid. 72 pyrimido [1,2-α] and [3,4-α]-s-triazines bearing protected aminoacid could be synthesized. The instability of these compounds was specilally observed, during the deprotecting experiments

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Mora, Nathalie. "Synthèse de phosphoaminoacides, phosphopeptides et analogues structuraux d'intérêt biologique." Avignon, 1993. http://www.theses.fr/1993AVIG0202.

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Анотація:

Dans l'introduction de cette these, une large etude bibliographique montre l'importance de la phosphorylation et de la dephosphorylation des proteines dans de nombreux processus biologiques tels que l'activite enzymatique, la contraction musculaire, le mode de fonctionnement des recepteurs et du cycle cellulaire. Les differentes approches de synthese permettant d'obtenir des phosphoaminoacides et des phosphopeptides sont decrites dans une deuxieme partie. Elles sont au nombre de trois : enzymatique, convergente et recurrente (ou pas a pas). Dans une troisieme partie, la preparation de plusieurs synthons phosphoserines et phosphothrenonines, utilisables dans la strategie de synthese pas a pas, est rapportee. La phosphorylation par le chlorophosphate en milieu pyridique de l'ester methylthiomethylique des n-benzyloxycarbonyl, n-tert-butyloxycarbonyl et n-allyloxycarbonyl serine et threonine serine d'une deprotection c-terminale avec du bromure de magnesium ont conduit a plusieurs synthons phosphoaminoacides. L'un d'entre eux nous a servi a preparer un phosphotetrapeptide relatif a la pyruvate kinase du foie de rat (quatrieme partie). Celui-ci a egalement ete synthetise selon une strategie convergente et une nouvelle methode appelee semi-convergente. La preparation d'analogues structuraux fait l'objet de la derniere partie de ce travail. Pour cela, une approche recurrente et semi-convergente ont ete utilisees. Ces deux methodes nous ont permis d'obtenir deux analogues du phosphotetrapeptide precedent : un thiophosphotetrapeptide et un phosphoramidopeptide. Ce travail est enfin complete par une partie experimentale (donnees rhn #1#1h, #1#3c, #3#1p) et une importante etude bibliographique comportant plus de deux cent cinquante references

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MEYER, FRANCK. "Synthese et applications d'acides [alpha]-amines [beta]-halogenes et [beta]-phosphores derives de la l-serine." Cergy-Pontoise, 2000. http://www.theses.fr/2000CERG0104.

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Анотація:

Le travail presente dans ce memoire concerne une nouvelle synthese d'acides amines -halogenes et -phosphores a partir d'oxazolines derivees de la l-serine. L'etape cle de cette synthese reside dans l'ouverture de l'oxazoline au niveau de la liaison c(5)-o par action d'un halogenure de trimethylsilyle. Les -halogenoamidoesters prepares sont transformes ensuite en sels de phosphonium, par quaternisation avec la triphenylphosphine, avec des rendements atteignant 98%. La purete enantiomerique des composes a ete determinee soit par hplc sur colonne chirale, soit par rmn 3 1p en presence d'un anion chiral. La saponification de l'oxazoline ester donne un sel qui reagit egalement avec des halogenures de trimethylsilyle pour donner les derives -halogenoamidoacides correspondants, porteurs d'une fonction acide carboxylique libre. Apres quaternisation avec la triphenylphosphine, les sels de -phosphonium amidoacides libres sont obtenus avec des rendements atteignant 95%. Dans ce cas, l'exces enantiomerique a ete determine soit par rmn 3 1p, soit par utilisation de l'anion chiral -binphat, soit par formation d'un sel avec un alcaloide. L'utilisation des sels de phosphonium prepares comme reactifs de wittig pour l'hemisynthese d'acides amines par creation d'une double liaison carbone-carbone sur la chaine laterale, a ete etudiee. Si la reactivite observee est encore modeste, les resultats obtenus pour la construction d'acides amines ,-insatures sont comparables a ceux de la litterature. L'oxazoline derivee de la serine reagit egalement avec les phosphites pour donner apres ouverture de l'heterocycle les derives -phosphonates d'aminoesters. Toutefois, dans ces conditions les -phosphonates sont obtenus sans activite optique.

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Khaoua, Saïda. "Régulation des étapes initiales de la biosynthèse de la spiramycine chez Streptomyces ambofaciens." Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 1990. http://www.theses.fr/1990INPL011N.

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Анотація:

La spiramycine est un antibiotique macrolide à 16 membres, dont le groupement aglycone a comme précurseur des unités acétate, butyrate et propionate. Les acides gras à courtes chaines se sont révélés limitants pour la production de la spiramycine par streptomyces ambofaciens, en culture sur un milieu synthétique. Leur apport direct ou celui de certains de leurs précurseurs (acides aminés ou acides gras à longues chaines) améliore cette production. L'activation enzymatique de l'acétate, du propionate et du butyrate a été étudiée. Elle s'effectue par l'intermédiaire de deux systèmes enzymatiques : une acyl coa synthétase; une kinase et une phosphotransferase. L'activité de ces derniers enzymes est corrélée avec la production de la spiramycine par s. Ambofaciens. Ces enzymes assurent l'une des premières étapes de la biosynthèse de la spiramycine. Par ailleurs, l'ammonium en excès dans le milieu de culture a un effet négatif sur la production de la spiramycine. Il agit, entre autre, en freinant le catabolisme de la valine, fournisseur principal de l'isobutyrate et du butyrate, acides gras à courtes chaines, précurseurs de la spiramycine. La production de la cephamycine c par streptomyces catteleya est différente selon qu'on utilise l'asparagine, la glutamine ou l'ammunium. Une activité hydroxylase et expandase ont été mis en évidence pour la première fois chez cette espèce. La régulation de la biosynthèse de ces enzymes par la source d'azote a été étudiée. L'asparagine se révèle une meilleure source d'azote aussi bien pour la biosynthèse enzymatique de l'expandase et de l'hydroxylase que pour la production de la céphamycine C. Cette biosynthèse d'antibiotique et d'enzymes chute en présence dans le milieu de culture d'un excès d'asparagine

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Tabcheh, Mohamad. "Synthèse d'alpha-aminoacides à partir de bases de Schiff chirales : rôle des conditions expérimentales et application à la synthèse d'alpha-aminoacides neuroexcitateurs." Montpellier 2, 1991. http://www.theses.fr/1991MON20292.

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Анотація:

Le but de ce travail est la synthese asymetrique d'alpha aminoacides par reaction diastereoselective a partir d'imines chirales preparees a partir de la 2-hydroxypinan-3-one. La premiere partie traite du role de differents facteurs (nature de l'ester, de l'electrophile, de la base. . . ) intervenant sur la diastereoselectivite de la reaction d'alkylation des bases de schiff, ceci afin d'optimiser les conditions experimentales et d'obtenir une excellente induction asymetrique. Dans la deuxieme partie, l'application de cette methode constitue une strategie originale et performante de synthese d'analogues de l'acide kainique (aminoacide neuroexcitateur intervenant au niveau du systeme nerveux central). Leurs proprietes biologiques seront evaluees

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Bazzi, Houssein. "Sélectivité d’adsorption et de polymérisation d’acides aminés sur surfaces oxydes." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066456.

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Анотація:

Nous avons étudié les interactions de différents acides aminés avec des nanoparticules de silice, d'alumine et d'argiles dans une perspective de chimie prébiotique, en utilisant des techniques de caractérisation de la matière divisée: mesure d'isothermes d'adsorption, spectroscopie de RMN du solide, spectroscopie de masse (MALDI-TOF) après désorption, analyse thermogravimétrique, microscopie électronique et DRX. Afin de mettre en évidence d'éventuels phénomènes de sélectivité d'adsorption et de sélectivité de polymérisation, nous avons sélectionné deux couples d'acides aminés: alanine + arginine (Ala + Arg), et acide glutamique + arginine (Glu + Arg). Sur silice amorphe (SiO2), tous ces acides aminés s'adsorbent par des liaisons faibles (du type liaison H), et forment des liaisons peptidiques par activation à température modérée. Le système (Ala + Arg)/SiO2 ne montre pas de sélectivité de polymérisation significative, contrairement au système (Ala + Arg)/TiO2 étudié précédemment. Le système (Glu + Arg)/SiO2 est plus intéressant dans la mesure où il présente des indices de préstructuration à l'état adsorbé par formation d'adduits; après activation à température modérée, il donne lieu à la formation d'oligopeptides allant jusqu'aux hexapeptides, avec une sélectivité pour la formation de peptides mixtes. Le couple (Glu + Arg) a donc été étudié sur d'autres supports. Sur alumine, on observe la même réactivité que sur silice, mais la condensation peptidique est plus lente et concurrencée par la dégradation de l'arginine. Sur montmorillonite (argile cationique) et sur HDL (argile anionique), on observe des sélectivités d'adsorption très marquées basées sur la spéciation acido-basique des acides aminés. Lorsqu'on force le dépôt conjoint des deux acides aminés, des réactions de condensation sont aussi observées, mais nettement plus lentes que sur silice. En conséquence, des sélectivités d'adsorption et de polymérisation significative peuvent être observées dans certains systèmes acides aminés/oxydes divisés, fournissant une voie éventuelle vers l'évolution de la complexité des biopolymères
We have studied the interactions of several amino acids with nanoparticles of silica, alumina and clays in the context of prebiotic chemistry, using characterization techniques suitable for divided matter: adsorption isotherms measurements, solid-state NMR spectroscopy, mass spectroscopy (MALDI-TOF) after desorption, thermogravimetric analysis, electron microscopy and XRD. In order to evidence eventual selectivities in amino acids adsorption and polymerization, we have selected two amino acids couples: alanine + arginine (Ala + Arg), and glutamic acid + arginine (Glu + Arg). On amorphous silica (SiO2), the adsorption mechanisms in each case involve weak bonds (probably H-bonding), and activation at moderate temperatures results in the formation of peptide bonds. The (Ala + Arg)/SiO2 system does not show any significant polymerization selectivity, in opposition to the (Ala + Arg)/TiO2 system previously studied. The (Glu + Arg)/SiO2 proves more interesting as there is circumstancial evidence for a "prestructuration" in the adsorbed state involving the formation of adducts; after activation at moderate temperatures, the formation of oligopeptides up to the hexapeptides is observed, with a selectivity for the formation of mixed peptides. The (Glu + Arg) couple has also been studied on other supports. On alumina, the samemême reactivity is observed as on silica, but peptidic condensation is slower end in competition with arginine degradation. On montmorillonite (a cationic clay) and on HDL (an anionic clay), strong adsorption selectivities are observed based on the acid-base speciation of amino acids. When both amino acids are forced to co-adsorb, condensation reactions are also observed, but significantly slower than on silica. Consequently, both adsorption and polymerization selectivities can be observed in some amino acids/divided oxides systems, providing a possible pathway to the evolution of biopolymers complexity

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Duboisset, Julien. "Génération de second harmonique de biomolécules : des acides aminés aux protéines." Phd thesis, Université Claude Bernard - Lyon I, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00425139.

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Анотація:

Au cours de ce travail, la génération de second harmonique optique des molécules biologiques a été étudiée. Cette technique optique non linéaire possède un caractère cohérent qui permet d'accéder aux propriétés de symétrie des molécules dont la taille est très inférieure aux longueurs d'onde optiques visibles utilisées et l'hyperpolarisabilité quadratique des acides aminés aromatiques a été mesurée en solution par diffusion non linéaire. L'hyperpolarisabilité des acides aminés non aromatiques a été obtenue de manière indirecte grâce à des mesures effectuées sur le collagène, une protéine ne contenant pas d'acide aminé aromatique. Le collagène possède en fait une très forte réponse non linéaire et fait l'objet d'études intenses en microscopie optique non linéaire. Par un modèle de sommation cohérente des champs harmoniques réémis, l'origine de la très forte efficacité non linéaire de cette protéine, liée à sa grande rigidité et à son organisation spatiale en triple hélice, a pu être obtenue. En parallèle, l'étude de plusieurs petits peptides synthétiques possédant de un à quatre tryptophanes a permis de comprendre la construction de la réponse optique non linéaire de ces objets à partir de motifs répétés. Par ailleurs, pour apporter des informations supplémentaires sur les nano systèmes, un nouveau montage expérimental a été développé. La grande sensibilité du montage a permis notamment d'atteindre la sensibilité d'une seule particule dans le volume sondé et de mettre en place un système de cartographie en trois dimensions par diffusion Hyper Rayleigh. La démonstration a été réalisée pour des nanoparticules métalliques uniques d'argent piégées dans une matrice de gélatine.

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Pascal, Géraldine. "Etude des biais de composition en acides aminés des protéines microbiennes." Phd thesis, Université d'Evry-Val d'Essonne, 2005. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00011839.

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Анотація:

Les organismes vivants sont soumis à diverses pressions de sélection qui n'agissent pas seulement au niveau du phénotype global mais à chaque niveau de l'organisation de la cellule.
Nous avons analysé la composition globale en acides aminés de l'ensemble les protéines de chaque protéomes étudiés à l'aide, entres autres, de l'Analyse Factorielle des Correspondances et d'un outil de partitionnement, les nuées dynamiques.
Ont été étudiés
(i) les modèles microbiens les mieux connus E. coli, B. subtilis et M. jannaschii,
(ii) un échantillon représentatif du monde procaryote de 28 organismes aux caractéristiques les plus diverses,
(iii) la pathogénicité de P. luminescens,
(iv) la qualité psychrophile de la bactérie P. haloplanktis, dont la vie à basse température est caractérisée par des
protéines fortement biaisées en asparagine et
(v) une perspective d'application aux eucaryotes simples est évoquée au regard des travaux préliminaires sur l'usage
des codons de P. marneffei, un chamipgnon dimorphique et pathogène.

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Suberville, Catherine. "Acides aminés soufrés alimentaires, glutathion et physiologie thyroi͏̈dienne chez le Rat." Bordeaux 1, 1988. http://www.theses.fr/1988BOR10598.

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Sok, Michaël. "Profil en acides aminés des protéines microbiennes chez le bovin laitier." Master's thesis, Université Laval, 2017. http://hdl.handle.net/20.500.11794/27732.

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Анотація:

Une des références les plus utilisées dans l’évaluation de la composition en acides aminés (AA) du flux de protéines microbiennes (MCP) du duodénum nous provient de Clark et al. (1992, JDS : 2304). Néanmoins, cette référence comporte uniquement la composition en AA des bactéries associées à la phase liquide (BAL) du rumen, dont 7 des 18 études présentées ont été réalisées chez le mouton. Le présent travail propose d’investiguer plus en détails les protéines microbiennes, incluant les bactéries associées à la phase solide (BAS) et les protozoaires chez le bovin laitier. En effet, il a été démontré que moins de 40 % de la MCP duodénale pouvait provenir des BAL et que la composition en AA des BAS et des protozoaires diffère de celle des BAL (Jouany, 1996). Les objectifs sont dès lors de : Effectuer une mise à jour de la composition en AA des bactéries du rumen ; Ajouter à la base de données les compositions en AA des protozoaires du rumen ; Mettre en lumière les différences de composition en AA des protozoaires et des différents types de bactéries. Sur base de recherches préliminaires et d’une révision approfondie de la littérature scientifique traitant du présent sujet, 26 publications ont été sélectionnées afin de construire une base de données repertoriant les bactéries plus 10 publications concernant les protozoaires. Les valeurs rapportées pour les bactéries ont été réparties selon le type de bactéries, soit les BAL ou les BAS. La composition en AA des bactéries et des protozoaires a été comparée par une analyse de variance incluant l'effet du type de microorganisme en utilisant les contrastes orthogonaux suivant : 1) bactéries vs protozoaires, 2) BAL vs BAS. Les résultats obtenus ont été analysés et plusieurs conclusions ont pu être tirées. Notamment, en ce qui concerne le rapport entre la composition en AA essentiels des bactéries et celle des protozoaires. Le Trp (1,76 g/100 g AA) a montré le rapport le plus élevé tandis que la Lys (0,78 g/100 g AA) a montré le plus faible. Ces données suggèrent une importance particulière dans l’identification de la présence de protozoaires dans le flux de protéines duodénales afin de prédire correctement le flux duodénal en AA. En effet, l’inclusion des protozoaires dans le flux duodénal de MCP apporte une variation de plus de 4% dans l’estimation de ce flux pour tous les AA sauf pour Arg et Leu, comparativement à l’utilisation de la composition des bactéries rapportée par Clark et al. (1992, JDS: 2304).
One of the most used references in the evaluation of the amino acid composition (AA) of the duodenum microbial protein (MCP) flow is from Clark et al. (1992, JDS : 2304). Nevertheless, this reference only includes the AA composition of the bacteria associated with the liquid phase (BAL) of the rumen, of which 7 of the 18 studies presented were carried out in sheep. The present work proposes to investigate in more detail microbial protein, including bacteria associated with the solid phase (BAS) and protozoa in dairy cattle. It has been shown that less that 40 % of duodenal MCP can be derived from BAL (Jouany, 1996). The objectives are therefore : Updating the AA composition of rumen bacteria ; Add to the database the AA composition of the rumen protozoa ; Highlight differences in the composition of protozoa and different types of bacteria in AA. Based on preliminary research and a thorough review of the scientific literature on the subject, 26 publications were selected to construct a database of bacteria plus 10 publications on protozoa. The values reported for the bacteria were distributed according to the type of bacteria, i.e. BAL or BAS. The AA composition of bacteria and protozoa was compared by an analysis of variance including the effect of the microorganism type using the following orthogonal contrasts: 1) Bacteria vs protozoa, 2) BAL vs BAS. The results obtained were analyzed and several conclusions were drawn. In particular, as regards to the ratio between the essential AA composition of bacteria and that of protozoa. Trp (1.76 g/100g AA) showed the highest ration while Lys (0.78 g/100 g AA) showed the lowest. These data suggest a particular importance in the identification of the presence of protozoa in the duodenal protein flow in order to correctly predict the duodenal flow in AA. Indeed, the inclusion of protozoa in the duodenal MCP flow contributes a variation of more than 4 % in the estimation of this flow for all AA except for Arg and Leu, compared to the use of the composition of the bacteria reported by Clark et al. (1992, JDS: 2304)

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Li, Chun. "Synthèse de nouveaux acides aminés et stéroides par la click chimie." Cachan, Ecole normale supérieure, 2010. http://www.theses.fr/2010DENS0024.

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La chimie Click est un outil très puissant pour la chimie et la recherche biomédicale. Parmi plusieurs réactions de click chimie, la cycloaddition 1,3- dipolaire d'Huisgen entre un azoture et un alcyne a attiré notre attention particulière. Pour découvrir des nouvelles molécules fonctionnelles, nous avons pour objective de synthétiser des dérivés des acides aminés et de stéroides pour des applications biologiques en utilisant la chimie click. Les acides aminés « crosslinking » sont des métabolites naturels, présents dans certaines structures des protéines. Dans ce travail, nous avons conçu et synthétisé des nouveaux acides aminés « crosslinking ». Certains dérivés fluorescents montent en plus des propriétés de complexation très intéressantes vis-à-vis des ions métalliques, comme le benzothiadiazoyi bis-amino acide 62 qui reconnait sélectivement le Hg2+ dans l'eau. Le marquage à la fluorescence des biomolécules est un outil très puissant pour étudier les phénomènes biologiques au niveau moléculaire. La chimie click est utilisée pour introduire des fluorophores sur des protéines fonctionnalisées avec des groupes alcyne ou azido. Nous avons développé une méthode générale de la synthèse des acides aminés fluorescents avec la click chimie, en utilisant les acides aminés naturels comme produits de départ. Les études photophysiques montrent que certaines molécules présentent des caractéristiques de fluorescence très intéressantes pour des applications biologiques, en particulier les dérivés de benzothiadiazole et de coumarine (90-93, 99). L'introduction d'un groupe méthyle sur certaines positions de stéroïdes peut influencer leur bioactivités. Une série de 3- et 7-méthyl stéroïdes ont été synthétisés stéréosélectivement avec la réaction d'addition conjuguée en 1,6. Des nouveaux glucoconjugués des méthyl stéroïdes sont également préparés avec la chimie click. Toutes les molécules synthétisées ont été testés in vitro pour leur profil biologique. Certaines montrent des activités anticancéreuses
Click Chemistry has proven to be a powerful tool in chemistry and biomedical research. Of the several click chemistry reactions that are available to us, the union of azides and acetylenes to give triazoles deserves our special recognition. In order to discover novel functional molecules, our goal is to synthesize some derivatives of amino acid and steroid hormone via click chemistry for biological applications. [I] Crosslinking amino acids are natural metabolism products, its synthesis and structure modifications are very important. In this work, a series of novel crosslinking amino acids were designed and synthesized. Especiaily, the benzothiacliazoyl bis-amino acid 62 has been tested as fluorescent sensor and showed selectivity for Hg(II) in water solution. [2] Fluorescent labelling of biomolecules is a powerful method to investigate various biological events at molecular level. The click chemistry has been used for fluorescent labeling of alkyne- or azide-functionalized proteins or for profiling enzyme activities. Triazoyl amino acid and peptides have also been reported. However, to the best of our knowledge, synthesis of fluorescent amino acids with click chemistry has never been reported. We have successfully used natural amino acids as starting materials to obtain their fluorescent derivatives and realized their basic photophysical characterisation. Several of these molecules were found to be suitable for biological applications, especially the benzothiadiazole and coumarin derivatives 90-93 and 99. [3] Introduction of a methyl group at a certain position of steroids may significantly change their bioactivities. We have synthesized a number of 3- and 7- methyl substituted steroids by using a highly stereoselective 1,6-conjugate addition reaction. Furthermore, we have synthesized new glucoconjugates of α-methyl steroid hormones by click chemistry. All the synthesized compounds were assayed in vitro to characterize their biological profiles, and interesting results were obtained

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Puchot, Catherine. "Contribution à l'étude des synthèses asymétriques catalysées par les acides aminés." Paris 6, 1986. http://www.theses.fr/1986PA066136.

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Jegatheesan, Prasanthi. "Stéatose hépatique non-alcoolique : intérêt d’un apport nutritionnel en acides aminés." Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCB096.

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La stéatose hépatique non alcoolique (NAFLD) est une manifestation du syndrome métabolique dont la prévalence est en constante évolution. Les stratégies thérapeutiques sont soit difficiles à mettre en œuvre soit d’une efficacité limitée. Nous avons étudié une approche nutritionnelle avec 3 acides aminés particuliers : la glutamine, l’arginine et la citrulline (Cit) pour leurs propriétés de pharmaconutriments azotés. Dans un modèle de NAFLD modérée induite par le fructose, seule la citrulline (1 g/kg/j) permettait une amélioration du métabolisme lipidique. Toutefois, l’étude de la cinétique de NAFLD suggérait un effet protecteur du simple apport azoté. L’effet spécifique de la Cit par rapport au simple apport azoté (AANE) a donc été déterminé dans un modèle de NAFLD induite par 8 semaines de régime enrichi en fructose. Ceci a permis de confirmer l’effet protecteur de la Cit et des AANE. Toutefois, la Cit exerce un effet plus spécifique sur l’expression de Srebp1c et de Fas et améliore la disponibilité périphérique en Arg, un élément important de l’insulino-sensibilité. La stéatose est associée à une perte de masse maigre, suggérant une oxydation des AA aux dépens de l’anabolisme musculaire, et une accumulation de lipides à l’origine de la stéatose et du gain de masse grasse viscérale ; la Cit et les AANE en agissant sur la NAFLD préviendraient cet effet du fructose. Nous avons ensuite évalué les effets de la Cit dans un modèle de stéatose plus sévère induite par le western diet. La Cit améliore la fonction hépatique (diminution des lipides et de l’inflammation hépatique) et préserve l’axe intestin-foie (restauration du groupe Bacteroides/Prevotella dans la muqueuse colique, diminution de l’inflammation intestinale et augmentation de l’expression de la Claudine 1) mais ne permet pas de prévenir l’ensemble des altérations liées au western diet. Il serait intéressant d’évaluer la relation effet/dose et l’efficacité de la Cit en association avec d’autres traitements. Par ailleurs, les mécanismes cellulaires restent à élucider
Nonalcoholic fatty liver disease (NAFLD) is a manifestation of the metabolic syndrome whose prevalence is constantly growing. Therapeutic strategies are either difficult to implement or of limited effectiveness. We studied a nutritional approach with three specific amino acids: glutamine, arginine and citrulline (Cit) for their pharmaconutrient properties. In a model of moderate fructose-induced NAFLD, citrulline alone (1 g/kg/day) improved lipid metabolism. However, the study of the kinetics of NAFLD suggested a protective effect of nitrogen supply by itself. The specific effect of Cit compared to that of nitrogen (NEAAs) has been determined in a model of 8 week fructose diet-induced NAFLD. This has confirmed the protective effect of Cit and NEAAs. However, Cit exerted a specific effect on the expression of Fas and SREBP1c and improves peripheral Arg availability, an important component of insulin sensitivity. Steatosis was associated with loss of lean mass, suggesting AA oxidation at the expense of muscle anabolism, and lipid accumulation causing steatosis and visceral fat gain; Cit and NEAAs by acting on NAFLD would prevent this effect of fructose. We then evaluated the effects of Cit in a model of more severe steatosis induced by western diet. Cit improved liver function (reduced fat and liver inflammation) and protected the liver-gut axis (restoration of Bacteroides/Prevotella group in the colonic mucosa, decreased intestinal inflammation and increased expression of claudin 1) but did not prevent all western diet-induced alterations. It would be interesting to assess the dose/effect relationship and the effectiveness of Cit in combination with other treatments. Furthermore, the cellular mechanisms remain to be elucidated

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Bendeif, El-Eulmi. "Cristallographie à haute résolution des complexes acides minéraux bases azotées ou acides aminés : Etude des interactions intermoléculaires." Nancy 1, 2006. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2006_0140_BENDEIF.pdf.

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Анотація:

Les matériaux hybrides "organique-inorganique" sont l'objet d'un intérêt immense, en permettant d'allier à la fois certaines propriétés d'un matériau inorganique (ou d'une molécule), et certaines propriétés d'un polymère (ou d'une molécule organique). Les applications de ces matériaux "nouveaux" couvrent des champs aussi variés que les propriétés de résistance mécanique, l'optique, l'électronique et l'ionique du solide et les biomatériaux. Notre étude porte sur les complexes hybrides constitués de groupements phosphite (ou phosphate) comme anions minéraux et d’acides aminés ou de bases azotées comme matrices organiques. La première partie de ce travail est consacrée à la caractérisation spectroscopique ainsi que l’étude structurale de six nouveaux composés hybrides à base de phosphate et de phosphite. Nous présentons dans la deuxième partie une étude très détaillée de la transition de phase réversible de premier ordre avec effet d’hystérésis présente dans le composé m-CPMAP. La discussion du comportement des divers groupements autour de la transition est suivie par une analyse haute résolution de la densité électronique dans la phase basse température à partir de données synchrotron, combinée à une analyse neutronique
Organic-inorganic hybrid materials resulting from the association of amino acids with phosphorous acid have a great importance in industry: IR, very high SGH, and NLO properties make these hybrid materials highly attractive for frequency doubling, they also can be used as infrared detectors and pyroelectric devices). We report in the first part of this work chemical preparation, infrared and NMR spectroscopic studies and structural determination by single crystal X-ray diffraction of six new hybrid complexes. The second part is devoted to an accurate analysis of the reversible first order single crystal phase transition that occurs in m-CPAMP. The thermal behaviour and the study of charge density of m-CPAMP using high-resolution data sets collected with synchrotron and neutron diffraction experiments at low temperature will be presented and discussed. This study allows a better understanding of the phase transition mechanism

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Hao, Jing. "Synthesis of novel enantiopure trifluoromethyl nitrogen-containing scaffolds." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLS261.

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Les composés fluorés ont montré une importance croissante dans le développement d'agents pharmaceutiques en raison des propriétés exceptionnelles de l'atome de fluor. Dans cette thèse, nous nous sommes concentrés sur la synthèse des composés énantiopurs contenant de l'azote.A partir de l'aldimine trifluorométhylée, une réaction d’aza-Baylis-Hillman asymétrique a été réalisée et a permis d’obtenir un nouvel acide (R)-α-méthylène-β-CF3-β-aminé avec un bon rendement et une excellente diastéréosélectivité. Puis, en utilisant une réaction d’allylation dans les conditions de Barbier, de nouveaux acides aminés trifluorométhylés cycliques à cinq ou six chaînons ont été obtenus avec de bons rendements et d’excellents diastéréosélectivités. En particulier des acides γ et β-aminés, comme la CF3-β-proline, qui est très intéressante dans la synthèse peptidique.Enfin, grâce à l'addition d'éther de vinyle sur l’aldimine trifluorométhylée, différentes amines trifluorométhylées ont été obtenues. Parmi ces composés, les amino-alcools CF3 qui sont très utiles pour la conception de médicaments et dans la synthèse asymétrique, et les amines cycliques trifluorométhylées qui peuvent servir de bon substrat pour synthétiser des composés CF3-cycliques plus fonctionnalisés
Fluorinated compounds have shown a growing importance in the development of pharmaceutical agents owing to the outstanding properties of the fluorine atom. In this thesis, we focused on the synthesis of enantiopure trifluoromethyl nitrogen-containing compounds.Starting from the trifluoromethyl aldimine, firstly, an asymmetric aza-Baylis–Hillman reaction was realized with high reaction rates, and diastereoselectivities, and the previously unknown enantiomerically pure (R)-α-methylene β-CF3 β-amino acid was obtained in good yield. Then, through aza-Barbier reaction, the five-membered and six-membered trifluoromethyl cyclic amino acids were obtained, including β-amino acid and γ-amino acid, especially CF3-β-proline, which is very interesting in the further peptide synthesis.Finally, through the addition of vinyl ether to imine, different novel trifluoromethylated amines were afforded. Among these compounds, CF3-amino alcohols are very useful in drug design and asymmetric synthesis, and enantiopure CF3-cyclic amine is a very good substrate to synthesize more functionalized CF3-cyclic compounds

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Tassa, Amina. "Mécanismes de régulation de la protéolyse musculaire (autophagie) par une carence en acides aminés." Clermont-Ferrand 1, 2003. http://www.theses.fr/2003CLF1MM06.

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Magnan, Christophe Nicolas. "Apprentissage à partir de données diversement étiquetées pour l'étude du rôle de l'environnement local dans les interactions entre acides aminés." Aix-Marseille 1, 2007. http://www.theses.fr/2007AIX11022.

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Nous étudions le problème bioinformatique de la prédiction de contacts ponctuels entre résidus distants sur la séquence d'une protéine. L'étude de l'état de l'art sur ce problème a fait ressortir des questions sur la modélisation de ce problème ainsi que sur le rôle de l'environnement local des acides aminés appariés dans la formation de ces contacts. Plusieurs considérations biologiques d'une part, et des expérimentations d'autre part, montrent la nécessité d'étudier deux contextes d'apprentissage jusqu'ici peu connus et peu étudiés pour répondre à ces questions. Nous montrons que ces deux contextes d'apprentissage sont mal posés dans le cadre général de l'apprentissage statistique, mais que certaines hypothèses sur les distributions sous-jacentes permettent de les rendre bien posés. Des adaptations de méthodes connues de l'apprentissage à ces contextes sont proposées puis utilisées pour tenter de répondre aux questions biologiques initialement posées
The 3D structure of proteins is constrained by some interactions between distant amino acids in the primary sequences. An accurate prediction of these bonds may be a step forward for the prediction of the 3D structure from sequences. A review of the literature raises questions about the role of the neighbourhood of bonded amino acids in the formation of these bonds. We show that we have to investigate uncommon learning frameworks to answer these questions. The first one is a particular case of semi-supervised learning, in which the only labelled data to learn from belong to one class, and the second one considers that the data are subject to class-conditional classification noise. We show that learning in these frameworks leads to ill-posed problems. We give some assumptions that make these problems well-posed. We propose adaptations of well-known methods to these learning frameworks. We apply them to try to answer the questions on the biological problem considered in this study

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Bailly, Marc. "Nouveaux aspects des voies indirectes de formation des aa-ARNt amidés." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2008. http://www.theses.fr/2008STR13112.

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L’asparagine (Asn) peut être synthétisée par une voie ARNt dépendante dans laquelle une aspartyl-ARNt synthétase non discriminante (ND-DRS) génère de l’aspartyl-ARNtAsn (Asp-ARNtAsn) qui est reconnu par une amidotransférase ARNt dépendante (AdT) qui converti l’Asp fixé sur l’ARNtAsn en Asn, générant l’Asn-ARNtAsn requis pour la synthèse protéique. Une voie similaire existe pour former le glutaminyl-ARNtGln (Gln-ARNtGln), elle fait intervenir, une glutamyl-ARNt synthétase, l’ARNtGln et la même AdT qui converti le Glu fixé sur l’ARNtGln en glutamine (Gln). Nous avons montré que seul un nucléotide présent dans le bras accepteur de l’ARNtAsn permet la conversion efficace de l’Asp en Asn par l’AdT. De plus, nos résultats montrent que la ND-DRS, l’ARNtAsn et l’AdT s’assemblent en un complexe ribonucléoprotéique que nous avons appelé le transamidosome. Enfin, nous avons montré que dans les mitochondries et les chloroplastes chez les plantes, le Gln-ARNtGln est synthétisé de manière similaire
Asparagine (Asn) can be synthesized by a tRNA-dependent mechanism, in which a non-discriminanting aspartyl-tRNA synthetase (ND-DRS) generates a mischarged aspartyl-tRNAAsn (Asp-tRNAAsn) that binds to a tRNA-dependent amidotransferase (AdT) which converts the tRNA-bound aspartate (Asp) into Asn generating the Asn-tRNAAsn required for the ribosomal translation. A similar path is used for the Glutaminyl-tRNAGln (Gln-tRNAGln) biosynthesis and requires a non discriminating glutamyl-tRNA synthetase (ND-ERS), able to aminoacylate tRNAGln with glutamate (Glu) and the same AdT which convert Glu bound to tRNAGln into glutamine (Gln). We have shown that only one nucleotide located into the acceptor arm of tRNAAsn allows efficient conversion of Asp into Asn by the AdT. Moreover, we show that the ND-DRS, tRNAAsn and AdT assemble into a specific ribonucleoprotein complex called transamidosome. Finally we show that in plant mitochondria and chloroplasts the same way is used to synthesize Gln-tRNAGln

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Becker, Jean-Paul. "Etude théorique de la solvatation d'acides aminés avec un modèle minimaliste." Nancy 1, 2006. http://docnum.univ-lorraine.fr/public/SCD_T_2006_0098_BECKER.pdf.

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L'effet hydrophobe est reconnu comme l'un des principaux phénomènes qui guident une protéine lors de son repliement vers sa conformation native en milieu aqueux. Nous nous intéressons aux origines thermodynamiques de l'effet hydrophobe au travers d'une étude théorique comparative des transferts en solution d'acides aminés hydrophobes et d'acides aminés hydrophiles en fonction de la température. Les acides aminés et le solvant sont représentés par un modèle gros grain en deux dimensions. Les valeurs moyennes des grandeurs thermodynamiques associées au transfert en solution des acides aminés et de composés homologues de leur chaîne latérale sont calculées au cours de simulations de type Monte Carlo dans l'ensemble isotherme isobare. On observe un bon accord qualitatif entre les valeurs expérimentales des enthalpies libres d'hydratation des chaînes latérales et les valeurs calculées avec le modèle par intégration thermodynamique. L'étude des différentes contributions thermodynamiques permet de mettre à jour l'importance relative et l'évolution avec la température des effets enthalpiques et entropiques sur les enthalpies libres de transfert. La distribution des molécules d'eau dans l'environnement d'un acide aminé hydrophobe, l'isoleucine, et d'un acide aminé hydrophile, la glutamine, est étudiée en calculant des cartes en deux dimensions en fonction de leur nombre de liaisons hydrogène. Ces cartes permettent en grande partie d'expliquer les différences observées dans la thermodynamique du transfert en solution de l'isoleucine et de la glutamine par les spécificités de leur influence sur la structure du solvant dans leur environnement
The hydrophobic effect is one of the major forces that govern protein folding. We study the hydrophobic effect thermodynamical origins towards the transfer into solution of apolar amino acids and of polar amino acids. Their solvation mechanisms are compared with respect to the temperature. The amino acids and the solvent are represented by a coarse grain model in two dimensions. Monte Carlo simulations in the isothermal isobaric ensemble are performed to compute the thermodynamics of transfer of the amino acids and of homologue compounds of their side chains. There is a good qualitative agreement between the experimental data of the solvation free energy of the side chains and their computed values with the model using thermodynamic integration. The study of thermodynamics of transfer gives insight into the importance of the enthalpic and the entropic contributions to the solvation free energy. Two dimensional distribution maps of water molecules are computed around a polar amino acid, the glutamine, and around an apolar amino acid, the isoleucine, with respect to their hydrogen bonds numbers. These maps show the solvent structure in the vicinity of the solutes. The major transfer thermodynamics differences can be explained by the different impacts of the solutes on the solvent structure

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Chotechuang, Nattida. "Le rôle des acides aminés dans le métabolisme protéique du foie sous régime hyper protéique : identification du signal des acides aminés et des voies de transduction associées." Phd thesis, AgroParisTech, 2010. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00610998.

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La consommation d'un régime hyper protéique (HP) améliore l'homéostasie glucidique, le gain de poids, l'adiposité, en réduisant le tissus adipeux blanc et la taille des adipocytes. Les adaptations métaboliques dues à l'augmentation de l'apport protéique sont au moins caractérisées, au niveau du foie, par la diminution de la lipogenèse et l'augmentation de la conversion des acides aminés (AA) en glycogène. Cependant, le rôle des acides aminés dans le contrôle de ces adaptations métaboliques et des voies de transduction responsables de la transmission du signal " acides aminés " n'ont pas encore été élucidés. L'objectif de notre étude a été de déterminer l'effet de l'augmentation de l'apport en acides aminés sur la traduction et la protéolyse, et d'identifier les voies de signalisation impliquées dans la détection des acides aminés ainsi que l'acide aminé ou le groupe d'acide aminés responsable de ces effets, en utilisant des approches in vivo et in vitro. Les extraits protéiques ont été analysés par western blots pour examiner l'état de phosphorylation des protéines impliquées dans les voies de signalisation qui participent à la détection des AAs et à la régulation de la traduction, à savoir les voies: " mammalian target of rapamycin " (mTOR), " adenosine monophosphate-activated protein kinase " (AMPK) et " general control non-depressible kinase 2 " (GCN2). Cette étude a montré que l'adaptation à un régime de HP est caractérisée par la stimulation de la traduction dans le foie, au moins au niveau de l'étape d'initiation. Cette activation requiert à la fois la présence de fortes concentrations en AA (au moins la leucine ou des AAs à chaîne branchée) et d'insuline, comme l'indique l'augmentation de la phosphorylation de mTOR, 4E-BP1 et S6 et la diminution de la phosphorylation de l'AMPK et GCN2. L'utilisation de l'AICAR (activateur de l'AMPK) et de la rapamycine (inhibiteur de mTOR) nous a permis de montrer qu'en présence de fortes concentrations en AA et d'insuline, mTOR n'est pas le seul régulateur de 4E-BP1 et de la S6K1 (cibles de mTOR) et que l'AMPK peut également jouer un rôle important dans la régulation de leur état de phosphorylation. En outre, l'augmentation de l'apport protéique provoque une inhibition de la dégradation des protéines dans le foie et une diminution de l'expression des gènes codant les principales protéines du système autophagie et de l'ubiquitine-protéasome. En conséquence, les protéines sont moins ubiquitinées, donc moins dégradées. Les AAs et l'insuline semblent être les principaux régulateurs de la voie de protéolyse ubiquitine-protéasome et les voies mTOR et AMPK seraient les médiateurs des effets acides aminés et de l'insuline. Ces résultats suggèrent que le contrôle des voies cataboliques et anaboliques du métabolisme des protéines sont régulées par les mêmes signaux et font intervenir les mêmes voies de signalisation.

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Eliard, Christine. "Contribution à l'étude de la croissance et du métabolisme énergétique d'une bactérie du genre Arthrobacter : influence de changements de salinité." Lyon 1, 1985. http://www.theses.fr/1985LYO11643.

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Saint-Martin, Bernard. "Étude des influences géochimiques et moléculaires sur la racémisation des acides aminés." Paris, Muséum national d'histoire naturelle, 1991. http://www.theses.fr/1991MNHNA002.

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Tembo, Norbert Olivier. "Synthèse et étude physicochimique des 4-amino-1, 2, 3, 4-tétrahydro-1-isoquinolones et 2-quinolones ; 4-aryl-2, 3-dihydropyrrolizines ; 4-aryl-1-oxo-1, 2, 3, 4-tétrahydro-pyrrolo [1, 2-a] pyrazines ; 4-aryl-2-imidazolidinones." Caen, 1990. http://www.theses.fr/1990CAEN4044.

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Boullet, Héloïse. "Développement d’acides aminés dialkylés polycationiques et leur utilisation dans la conception de peptides antimicrobiens et pro-apoptotiques." Paris 6, 2013. http://www.theses.fr/2013PA066743.

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Le profil pharmacologique des peptides naturels n’est pas adapté pour concevoir des composés thérapeutiques. De nombreuses modifications chimiques sont cependant possibles pour améliorer la stabilité des peptides tant d’un point de vue structural que protéolytique comme par exemple l’introduction d’acides aminés non naturels. Dans ce contexte, nous avons développé de nouveaux acides aminés dialkylés polycationiques : la 2,2bis-homoOrnithine et la 3,3bis-homoOrnithine. Ces nouveaux outils polycationiques sont capables de mimer les chaînes latérales de deux résidus permettant ainsi de réduire la taille des peptides tout en améliorant leur stabilité protéolytique. Différentes stratégies de synthèse pour obtenir ces acides aminés sont décrites dans ce manuscrit. Des peptides antimicrobiens et pro-apoptotiques ont ensuite été synthétisés pour valider notre concept. L’incorporation de la 2,2bis-homoOrnithine et la 3,3bis-homoOrnithine au sein de petits peptides a donc permis la conception de peptides antimicrobiens minimalistes, composés uniquement de deux résidus, stables contre la dégradation protéolytique et sélectifs des bactéries (vs cellules eucaryotes). Pour finir, suite à l’identification d’un peptide de dix résidus actifs contre les cellules cancéreuses, nous avons développé des mimes peptidiques plus stables et plus courts notamment grâce à la substitution de deux acides aminés cationiques par nos nouveaux outils
The pharmacological profile of natural peptides is not suitable for the design of therapeutic compounds. However, many chemical changes are possible to improve the stability of peptides from both a structural and proteolytic point of view. The introduction of unnatural amino acids represents one such possibility. In this context, we have developed new polycationic dialkylated amino acids: 2,2bis-homoOrnithine and 3,3bis-homoOrnithine. These new polycationic tools are able to both mimic the side chains of two amino acid residues, and allow a reduction in the size of the peptides while increasing their proteolytic stability. Different synthetic strategies for these amino acids are described in this manuscript. Antimicrobial and pro-apoptotic peptides were then synthesized to validate our concept. The incorporation of 2,2bis-homoOrnithine and 3,3bis-homoOrnithine in small peptides has enabled the design of minimalist antimicrobial peptides, consisting of only two residues, stable against proteolytic degradation and selective for bacteria (vs eukaryotic cells). Finally, further to the identification of a peptide of ten residues active against cancer cells, we have developed shorter and more stable peptide mimics thanks to the substitution of two cationic amino acids by our tools

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Gruber, Stéphane. "Etude structurale et enzymatique du complexe entre l’l'ARNt-Sec et la sélénocystéine synthase SelA." Paris 11, 2008. http://www.theses.fr/2008PA112347.

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Анотація:

Le sélénium est à la fois un polluant toxique et un oligo-élément essentiel, qui entre dans la composition de la sélénocystéine : le 21ème acide aminé. Dans les sélénoprotéines, cet acide aminé est souvent un résidu primordial situé au site actif de l’enzyme. L’incorporation de la sélénocystéine est effectuée lors de la traduction, par le ribosome, grâce à un recodage d’un codon Stop (UGA) de l’ARN messager de la sélénoprotéine. Le mécanisme requiert la présence d’une séquence signal dans cet ARNm appelée SECIS (SEleno-Cysteine Insertion Sequence). La sélénocystéine est donc une exception du code génétique : contrairement aux acides aminés canoniques, elle est synthétisée sur son ARNt, puis incorporée grâce à des facteurs spécifiques. Cette biosynthèse originale sur l’ARNt-Sec se retrouve, sous des formes légèrement différentes, dans les trois domaines du vivant. Chez les eubactéries, l’acteur de l’étape clé de cette biosynthèse est SelA, enzyme responsable de l’incorporation du sélénium conduisant à la sélénocystéine au niveau de l’ARNt-Sec. En prenant comme exemples les organismes E. Coli et M. Thermoacetica, cette thèse rapporte l’étude structurale et enzymatique du complexe formé par SelA et l’ARNt-Sec. Il est abordé dans un premier temps la cristallisation du complexe pour les deux organismes d’étude, puis l’étude biochimique de la formation du macro-complexe entre l’enzyme décamérique SelA et jusqu’à 5 ARNt-Sec. Nous avons pour cela tiré parti des techniques de micro-calorimétrie, d’interférences chimiques et de mesures d’activité. Une discussion sur l’apport de ces nouvelles données sur l’interprétation du fonctionnement du complexe complète cette étude
Selenium is both a toxic pollutant and an essential trace element, which is contained in selenocysteine, known as the 21st aminoacid. In selenoproteins, this aminoacid is often a primordial residu situated in the enzymatic actif site. The incorporation of selenocysteine is performed by the ribosome during translation and involves recoding of a Stop codon (UGA) of the selenoprotein’s messenger RNA. The mechanism requires a signal sequence on this mRNA called SECIS (SElenoCysteine Insertion Sequence). Thus, selenocysteine is an exception of the genetic code : unlike canonical aminoacids, it is synthetised on its tRNA, and subsequenty incorporated by specific factors. This original biosynthesis on the tRNA-Sec is found, in slightly different forms, in all three domains of life. In Eubacteria, SelA is the enzyme responsable for the selenocysteine biosynthesis on its tRNA-Sec. We report here the structural and enzymatic studies of the complex between SelA and tRNA-Sec, for the organisms E. Coli and M. Thermoacetica taken as exemples. This report presents first the crystallogenesis of both complexes followed by a biochemical study of the macro-complex formation between decameric SelA and up to 5 tRNA-Sec. We took advantages of techniques such as microcalorimetry, chemical footprinting and activity measurement. Finally, a discussion on these new data towards the understanding of SelA function and origin is described

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