Добірка наукової літератури з теми "Carcinome pulmonaire non à petites cellules – génétique"

L’hypoxie tumorale par l’intermédiaire d’une de ses cibles HIF-1α, est associée à la transition épithélio-mésenchymateuse (TEM) dans de nombreuses tumeurs solides. La TEM a été associée aux résistances à la chimiothérapie et aux métastases dans de nombreux cancers. Dans ce travail, nous avons montré que l’hypoxie tumorale définit un pronostic péjoratif après chirurgie d’un cancer bronchique non à petites cellules (CBNPC). Nous avons également montré sur des lignées cellulaires de CBNPC présentant des mutations activatrices de l’EGFR, que l’hypoxie via HIF-1α, induit la TEM, avec activation de différents facteurs de transcription dépendant du statut mutationnel des lignées : induction de SNAIL-1/SNAIL-2 dans la lignée H1650 ayant une deletion de l’exon 19 et induction de SNAIL-1/ZEB-1 dans la lignée H1975 ayant la mutation L858R de l’exon 21 et T790M de l’exon 20. En considérant l’ensemble de ces données, il apparaît que HIF-1α peut être une nouvelle cible thérapeutique
Tumoral hypoxia, and his target HIF-1α, are linked to the epithelial to mesenchymal transition (EMT) in various solid tumors. EMT has been linked to chemotherapy resistance and metastases in many cancers. In this work, we have shown that tumoral hypoxia may help to define a worst prognosis in case of hypoxia after non-small cell lung cancer surgery (NSCLC). We have also shown that on NSCLC cell lines harboring activating EGFR mutations, hypoxia trough expression of HIF-1α, was able to induce EMT, with activation of different transcription factors according to cell mutational status: induction of SNAIL-1/SNAIL-2 in H1650 cell line harboring exon 19 deletion, induction of SNAIL-1/ZEB-1 in H1975 cell line harboring both exon 21 L858R and exon 20 T790M mutations. Considering all these data, it appears that HIF-1α may be considered a a new therapeutic target

L'incidence globale et la mortalité dues au cancer du poumon fait de cette pathologie un problème majeur de santé publique. Les cancers bronchiques non à petites cellules (CBNPC) réprésentent 80 % des cancers bronchiques. Malgré les progrès observés au cours de vingt dernièrs années, le prognostic des patients atteints d'un CBNPC reste, tout stade confondu, médiocre avec 15 % de survie à 5 ans. L'objectif de cette thèse était d'identifier de nouvelles altérations moléculaires dans les CBNPC dans le but de mieux comprendre la carcinogenèse bronchique et son processus métastatique. Un travail global de caractérisation des CBNPC réalisé par des études pangénomiques nous a permis de mettre en évidence des régions d'intérêt. Nous avons focalisé notre travail sur trois grandes régions d'altérations : les altérations des gènes du cycle cellulaire, les altérations de la région 3q27-29 contenant TP63 et les altérations de la région 7p21. 1 contenant TWIST1. L'ensemble de ces travaux a apporté des éléments de compréhension à la carcinogenèse bronchique et son processus métastatique grâce à l'identification de nouveaux liens de coopérations oncogéniques. La mise en évidence de nouvelles altérations moléculaires dans CBNPC permet de caractériser des sous-groupes de patients et pourrait permettre d'établir à terme une thérapie adaptée au "portrait moléculaire" spécifique de leur tumeur.

Les thérapies ciblées révolutionnent actuellement la prise en charge des patients atteints de cancer, à la condition qu’ils présentent une altération moléculaire ciblable responsable de la progression tumorale. Les récepteurs à activité tyrosine kinase (RTK) présentant des mutations activatrices sont les cibles majeures des thérapies ciblées avec, comme exemple représentatif, l’EGFR dont les mutations conduisent à son activation constitutive le rendant indépendant d’une stimulation par son ligand.Le récepteur MET, un autre RTK de cette famille, présente des mutations activatrices dans le cancer du rein et le cancer du poumon. En effet, le carcinome rénal papillaire de type I (HPRC), un cancer héréditaire peu fréquent, a la particularité de présenter dans plus de 80 % des cas des mutations activatrices de MET. En revanche, dans le cancer du poumon non à petites cellules (CBNPC), les mutations de MET conduisent au saut de l’exon 14 codant pour le domaine juxtamembranaire (mutations MET ex14). Ce saut d’exon conduit à la perte du domaine juxtamembranaire, un domaine régulateur impliqué dans la régulation négative du récepteur. De façon originale par rapport à d’autres mutations de RTK, ces mutations nécessitent toujours une stimulation par l’HGF, le ligand de MET, plaçant la production d’HGF comme un paramètre à considérer dans la stratification des patients pouvant bénéficier de thérapies ciblées.Des inhibiteurs de tyrosine kinase (TKI) dirigés contre MET ont été approuvés très récemment pour une utilisation en clinique, offrant un véritable espoir pour les patients présentant ces mutations.Grâce au développement du séquençage haut-débit pour le diagnostic et l’émergence de nouvelles mutations de résistance suite aux traitements par les thérapies ciblées, le spectre des mutations affectant les RTK s’élargit considérablement. L’enjeu actuel n’est plus la détection de ces mutations mais leur interprétation fonctionnelle, pouvant démontrer leur caractère activateur ou leur ciblage par des TKI.Dans ce contexte, mon objectif de thèse a été d’exploiter les données de séquençage de patients souffrant d’un HPRC ou d’un CBNPC afin d’identifier de nouvelles mutations activatrices de MET et de caractériser leurs mécanismes d’activation afin de déterminer leur éligibilité pour un traitement potentiel par des TKI.Grâce à une collaboration avec l'Institut Gustave Roussy qui centralise les données de séquençage des patients atteints d’HPRC, nous avons identifié dans une cohorte de 158 patients, 8 mutations non décrites jusqu'à présent, touchant le domaine extracellulaire (V37A et R426P), le domaine juxtamembranaire (S1018P et G1086E) et le lobe N-terminal de la kinase de MET (H1086L, I1102T, C1125G et L1130S). En parallèle, grâce à notre collaboration avec le CHU de Lille, qui centralise les données de 2808 patients atteint d’un CBNPC, nous avons identifié 2 mutations du domaine kinase non décrites.Dans un premier temps, nous avons démontré dans un modèle de transformation de fibroblastes que les quatre mutations du lobe N-terminal, répertoriées dans les HPRC, sont potentiellement des mutations activatrices de MET. De façon intéressante, bien qu’elles soient localisées dans la kinase, ces mutations conservent une dépendance à l’HGF pour induire la transformation cellulaire. De plus, ces quatre mutations sont sensibles aux TKI dirigés contre MET.Dans un second temps, afin de mieux caractériser ces nouvelles mutations activatrices, nous avons établis des lignées cellulaires épithéliales T47D exprimant deux des nouvelles mutations activatrices (H1086L et I1102T) que nous avons comparé à MET sauvage et MET ex14, connue pour conserver sa dépendance à l’HGF. Nos résultats confirment que ces deux mutations nécessitent une activation par l’HGF pour l’activation des voies de signalisation en aval et l’induction de réponse comme la mobilité cellulaire [...]
Targeted therapies are currently revolutionizing the management of cancer patients, provided they present a targetable molecular alteration responsible for tumor progression. Receptor tyrosine kinases (RTKs) with activating mutations are major targets of targeted therapies, with EGFR as a representative example, whose mutations lead to its constitutive activation, making it independent of stimulation by its ligand.The MET receptor, another RTK in this family, has activating mutations in kidney and lung cancer. Indeed, type I papillary renal cell carcinoma (HPRC), an uncommon hereditary cancer, is unique in that over 80% of cases have MET activating mutations. In contrast, in non-small cell lung cancer (NSCLC), MET mutations lead to skipping of exon 14 encoding the juxtamembrane domain (MET ex14 mutations). This exon skipping leads to the loss of the juxtamembrane domain, a regulatory domain involved in the negative regulation of the receptor. In an original way from other RTK mutations, these mutations always require stimulation by HGF, the ligand of MET, making HGF production a parameter to be considered in the stratification of patients eligible for targeted therapies.Tyrosine kinase inhibitors (TKIs) directed against MET have very recently been approved for clinical use, offering real hope for patients with these mutations.Thanks to the development of high-throughput sequencing for diagnosis and the emergence of new resistance mutations following treatment with targeted therapies, the spectrum of mutations affecting TKIs is expanding considerably. The current challenge is no longer the detection of these mutations, but their functional interpretation, which can demonstrate their activating character or their targeting by TKIs.In this context, my thesis objective was to exploit sequencing data from patients suffering from HPRC or NSCLC to identify new MET activating mutations and characterize their activation mechanisms in order to determine their eligibility for potential treatment by TKIs.Thanks to a collaboration with the Institute Gustave Roussy, which centralizes sequencing data from HPRC patients, we have identified 8 previously undescribed mutations in a cohort of 158 patients, affecting the extracellular domain (V37A and R426P), the juxtamembrane domain (S1018P and G1086E) and the N-terminal lobe of MET kinase (H1086L, I1102T, C1125G and L1130S). In parallel, thanks to our collaboration with the Lille University Hospital, which centralizes data on 2808 NSCLC patients, we have identified 2 undescribed kinase domain mutations.First, we demonstrated in a fibroblast transformation model that the four N-terminal lobe mutations identified in HPRC are potential MET-activating mutations. Interestingly, although localized to the kinase, these mutations retain a dependence on HGF to induce cell transformation. Moreover, all four mutations are sensitive to TKIs directed against MET.In a second step, to better characterize these new activating mutations, we established T47D epithelial cell lines expressing two of the new activating mutations (H1086L and I1102T), which we compared with wild-type MET and MET ex14, known to retain its dependence on HGF. Our results confirm that both mutations require activation by HGF for activation of downstream signaling pathways and induction of responses such as cell motility. Transcriptomic analysis reveals significant similarities between the transcriptional programs of the MET I1102T, H1086L and MET exon14 mutations, highlighting their involvement in extracellular matrix remodeling and invasion. Xenografts of cells expressing these new mutations in mouse models demonstrate their ability to promote tumor growth [...]

Des mutations du gène STK11 furent initialement décrites comme responsable du syndrome Peutz-Jeghers, dont la gravité est lliée à une incidence accrue d’apparition de tumeurs. Le produit de ce gène, la sérine/thréonine kinase LKB1, a une expression ou une activité catalytique réduite, voir perdue, consécutivement à des mutations somatiques dans plusieurs types de cancer mais principalement du poumon (30% des NSCLC). Cette kinase est considérée de ce fait comme un suppresseur de tumeur d’importance. Les mécanismes moléculaires responsables de sa propriété suppresseur de tumeur restent à identifier. En effet, alors que sa fonction dans le métabolisme cellulaire, au travers de l’activation de la kinase AMPK, fut longtemps privilégiée, elle est actuellement remise en cause au profit de sa fonction de régulatrice de la signalisation Wnt canonique. Mes travaux de thèse confortent cette éventualité dans le cas des tumeurs pulmonaires (NSCLC). En effet, parmi les deux complexes fonctionnels que forme LKB1 avec les pseudokinases STRADα ou β, mes résultats démontrent que seul celui impliquant STRADβ intervient dans la régulation de la voie Wnt. Pour cela, le complexe LKB1/STRADβ se localise au niveau du cil primaire et participe à l’activation de la kinase MARK3. Ces résultats, étayés par un modèle murin invalidé pour STRADβ ainsi que l’analyse, a posteriori, de bases de données transcriptomiques adossées aux données cliniques de patients atteints de NSCLC, suggèrent que l’activité suppresseur de tumeur de LKB1 est associée à sa localisation et à sa fonction au niveau du cil primaire en participant à l’activation de MARK3 et à la régulation de la signalisation Wnt canonique
STK11 gene mutations were originally identified as responsible for the Peutz-Jeghers syndrome of which severity is mainly related to an increase incidence of tumor development. The product of this gene the serine/threonine kinase LKB1 gets its activity or its expression reduced, sometimes even lost, following somatic mutations in several types of cancer such as pancreas, liver but mainly from lung. Indeed, almost 30% of non-small cell lung carcinoma (NSCLC) does not express anymore or only an inactive form, has led to consider this kinase as tumor suppressor of importance. While there is no doubt of the involvement of its catalytic activity molecular mechanisms responsible for its tumor suppressor properties remain to be identified. Indeed, whereas its function as regulator of cellular metabolism through AMPK has been favor for a while, it is currently re-assess to benefit to its regulator function on canonical Wnt signaling. My thesis work, reinforce this eventuality in NSCLC. Indeed, among the two functional complexes formed by LKB1 through its association with STRADα or β pseudokinases, my results show that only the complex related to STRADβ is involved in the canonical Wnt pathway regulation. For that, LKB1/STRADβ complex localizes at primary cilia and participates to MARK3 kinase activation. These results strengthened by a STRADβ knockout mouse model and an a posteriori transcriptomic analysis of lung adenocarcinoma patient datasets related to their clinical records, suggest that LKB1 tumour suppressor activity is associated with its localization and its function at primary cilia participating in the activation of MARK3 and thus regulation of canonical Wnt signaling

Nous avons étudié les pratiques diagnostiques en oncologie, broncho-pulmonaire, et les conséquences médico-économiques: de l'introduction de la Tomographie par Emission de positon (TEP) lors du diagnostic du nodule pulmonaire isolé NPI et du bilan d'extension médiastinale du cancer du poumon non à petites cellules (CPNPC). Dans le premier axe de recherche, une revue de la littérature jnternationale a permis de constat l'absence d'études dans lesquelles les auteurs auraient analysé les variations des pratiques diagnostiques et de bilan d'extension du CPNPC. Nous avons analysé les pratiques diagnostiques pour la prise en chargé du NPI en nous appuyant sur des donnnées issues de la phase Avant du Programme d'évaluation médico-économique de l'implantation des caméras TEP en cancérologie dans l'Inter-région Nord-Est. Nous avons identifié huit chemins cliniques selon lesquels les tests diagnostiques sont prescrits et nous avons montré que les pratiques diagnostiques du NPI sont longues, complexes et très hétérogènes. Dans un deuxième axe de recherche, nous avons utilisé la technique de l'analyse décisionnelle pour modéliser les pratiques diagnostiques en oncologie broncho-pulmonaire après l'introduction de la TEP. Les résultats ont montré que dans le cas du diagnostic du NPI et du bilan d'extension médiastinale du CPNPC, les stratégies diagnostiques utilisant la TEP sont coût-efficaces par rapport à des stratégies conventionnelles. Les résultats des modèles restent robustes après l'analyse de sensibilité sur plusieurs paramètres clés des modèles. Nous proposons un cadre dans lequel les informations produites par ces modèles peuvent aider pour la formulation de recommandations de "bonne pratique" en oncologie broncho-pulmonaire et favoriser la coordination des différents prestataires qui participent à la prise en charge de cette pathologie.

L'impact du système Neurotensine (NTS)/récepteur 1 de la NTS (NTSR1) sur la progression tumorale et la survie de l’adénocarcinome pulmonaire (ADK) et du mésothéliome malin pleural a été étudié. L’expression de la NTS et du NTSR1 a été mise en évidence par immunohistochimie dans 66% et 59% des échantillons tumoraux dans une série de 71 patients opérés d’un ADK de stade I. L’analyse multivariée a montré que un âge>65 ans et l'expression du NTSR1 étaient des facteurs indépendants de mauvais pronostic. L'analyse du transcriptome d’une deuxième série de 85 patients avec ADK de stade IB a montré que le NTSR1 était dans les premiers 48 gènes associés à un mauvais pronostic. L’étude des tumeurs expérimentales chez la souris nude a révélé que le complexe NTS/NTSR1 augmente la croissance tumorale, avec une coopérativité positive entre les cellules exprimant le complexe NTS/NTSR1 et celles qui expriment seulement le NTSR1. La NTS et le NTSR1 étaient exprimés dans 71,1% et 90,4% de tumeurs de 52 patients avec mésothéliome malin. L’analyse multivariée a montré que l'expression de la NTS et un traitement non chirurgical étaient des facteurs indépendants de mauvais pronostic.

Le TFPI-2 et RECK sont des anti-protéases que régulent in vitro l’activation de plusieurs MMP impliquées dans la progression tumorale. Nous avons montré que l’expression de ces deux anti-protéases est diminuée dans, respectivement, 37% et 51% des tumeurs issues de cancer broncho-pulmonaire non à petites cellules. De plus, une hyperméthylation de la région promotrice du TFPI-2 est associée à une diminution d’expression du gène dans 50% des cas. Parallèlement, le pourcentage de formes actives de MMP-2 et de MMP-9 est plus élevé dans les tumeurs mais ne varie pas selon le niveau d’expression du TFPI-2 ou de RECK. Cette étude a également montré que la survie des patients portant le génotype MMP-2-735CC est significativement plus courte, bien que le niveau d’expression tumorale de la MMP-2 soit plus faible. En conclusion, ces résultats supportent que le TFPI-2 et RECK contribuent à inhiber la progression du cancer, mais les mécanismes impliqués in vivo restent à être identifiés
TFPI-2 and RECK are anti-proteases which regulate in vitro the activation of several MMP involve in cancer progression. We have demonstrated that gene expressions of these two inhibitors are decreased in 37% and 51% of non-small cell lung cancer tumours, respectively. In addition, hypermethylation of TFPI-2 gene promoter is associated with decreased expression of TFPI-2 gene in 50% of cases. On the other hand, the percentage of active forms of MMP-2 and MMP-9 was higher in tumours but did not significantly vary according to RECK or TFPI-2 gene expression. This study has also demonstrated that the survival time of patients with the MMP-2-735CC genotype was significantly shorter, despite tumour MMP-2 mRNA levels measured were significantly lower. In conclusion, these data support that TFPI-2 and RECK are likely contributing to inhibit tumour progression in NSCLC, but the exact mechanisms involved to regulate in vivo MMP remain to be identified

Nous avons utilisé la lignée cellulaire humaine DMS-79 comme modèle d'étude des cancers bronchiques à petites cellules (SCLC) responsables d'une sécrétion ectopique d'ACTH. L'analyse des mécanismes transcriptionnels du gène codant pour la proopiomélanocortine (POMC) humaine a été effectuée dans DMS-79 et dans la lignée cellulaire hypophysaire AtT-20. Nous avons fonctionnellement montré que dans AtT-20, des séquences promotrices très conservées entre le rat et l'homme suffisent à la transcription du gène POMC. La majorité des interactions démontrées dans le promoteur du gène de rat avec les facteurs transcriptionnels d'AtT-20 sont conservées. C'est le cas de l'interaction avec le facteur NeuroD1, ce qui suggère que le mécanisme d'activation transcriptionnelle est identique dans les deux espèces. Il en est de même pour le facteur Bm3a, mais nos résultats indiquent que ce facteur n'est ni nécessaire, ni suffisant à l'expression du gène POMC. Nous avons défini quatre domaines fonctionnels dans le promoteur du gène POMC humain, dont trois sont actifs dans DMS-79 (Domaines I, II et IV). Cette activité est associée à la présence de facteurs transcriptionnels à distribution non ubiquitaire, car les Domaines II et IV sont inactifs dans la lignée cellulaire HeLa. Quatre sites de liaison pour des facteurs de DMS-79 ont été identifiés. Le site IA a été identifié dans le Domaine I; il lie dans DMS-79 des protéines différentes de celles identifiées dans AtT-20 et HeLa. Les sites IIA et IIB, dans le Domaine II, sont tous deux actifs dans DMS-79. Le site IVA, actif exclusivement dans DMS-79, interagit in vitro avec le facteur E2F. L'activité transactivatrice d'E2F est modulée par interaction avec la protéine du rétinoblastome, pRB, inactive dans la lignée DMS-79 comme dans de nombreux SCLC. Nos résultats suggèrent que l'absence de pRB dans DMS-79 permet l'activation du gène POMC humain par le facteur E2F, en combinaison avec des facteurs transcriptionnels particuliers à cette lignée.