Добірка наукової літератури з теми "Caractérisation biophysique"

Les services écosystémiques (SE) des grands types d’écosystèmes, comme les forêts, agrosystèmes ou récifs coralliens, ont été largement décrits, avec la proposition de méthodologies spécifiques, mais peu d’études se sont intéressées à modéliser les différents services des grands lacs. Les lacs représentent pourtant l’une des principales sources d’eau douce, constituent des lieux de pêche, d’implantation des sociétés, des espaces de loisirs et de bien-être. Dans le cadre de notre étude, l’approche choisie est essentiellement géographique, plaçant au coeur de la modélisation conceptuelle la problématique spatiale et l’analyse des relations entre la qualité de l’eau et les services écosystémiques. Nous avons adapté à l’étude des SE rendus par les grands lacs alpins français (lac d’Annecy, lac du Bourget) et le Léman, l’un des modèles les plus utilisés pour caractériser les services : le modèle de la cascade (Potschin et Haines-Young, 2011). Ce modèle facilite l’identification et la caractérisation des variables-clefs écologiques, socio-économiques et techniques qui modifient le niveau des services rendus par les lacs, tout en mettant en lumière les interactions, rétroactions et chaînes causales associant les lacs à la société. Notre réflexion est une contribution à une nouvelle approche d’étude des territoires limniques, mobilisant le concept de service écosystémique en tant qu’outil de dialogue entre sciences et société. Le concept de SE invite dans l’immédiat à questionner les observatoires actuels de suivi des grands lacs qui sont centrés sur des indicateurs biophysiques (bioindication et flux hydrochimiques) pour qu’ils évoluent dans une approche plus systémique et intégrée, mieux adaptée pour répondre aux enjeux croisés du réchauffement climatique, de l’impact des micropolluants et pour anticiper les évolutions sociétales à venir.

WUne méthodologie de caractérisation du bilan hydrique d’une serre horticole en régime dynamique a été développée. Un modèle réduit de connaissance a été établi à partir des équations biophysiques décrivant les principaux phénomènes, débouchant sur un modèle paramétrique. Ce modèle de comportement a été validé sur site, par mesure de ses entrées (sollicitations extérieures) et sa sortie (humidité,.). Finalement, les valeurs numériques des paramètres du modèle simplifié ont été identifiées et validées, à partir de mesures expérimentales et les propriétés prédictives du modèle ont été testées avec succès en utilisant des séquences de mesure n’ayant pas servi à l’identification des valeurs des paramètres du modèle.

L'appariement des chromatides sœurs est un prérequis fondamental pour la ségrégation fidèle du génome. Cet assemblage est précisément régulé par plusieurs facteurs modulant la solidarité entre le complexe formant la cohésine et les chromosomes. Un de ces facteurs, Pds5, engage la cohésine par le biais de SCC1 et participe à la fois au renforcement de la cohésion, et inversement à la libération de la cohésine de la chromatine. Dans cette thèse, la structure cristalline du complexe entre les protéines de levure Pds5 et SCC1 est présentée. Celle-ci permet la compréhension de la fonction moléculaire de Pds5. Pds5 forme un « heat-repeat » allongé qui se lie à SCC1 via une interface dont sa séquence reste conservée. Suite à la caractérisation biologique et biochimique de cette structure, cette thèse démontre que l'intégrité de l'interface entre Pds5 et SCC1 est indispensable pour le recrutement de Pds5 à la cohésine et que son abrogation conduit à la perte de la cohésion entre les chromatides sœurs ainsi que la perte de la viabilité cellulaire. Les résultats présentés dans cette thèse suggèrent donc que Pds5 est constitutivement lie au cœur de la sous-unité de la cohésine
Sister chromatid cohesion is a fundamental prerequisite to faithful genome segregation. Cohesion is precisely regulated by accessory factors that modulate the stability with which the cohesin complex embraces chromosomes. One of these factors, Pds5, engages cohesin through Scc1 and participates both in the enhancement of cohesion, and conversely in mediating the release of cohesin from chromatin. In this thesis the crystal structure of a complex between budding yeast Pds5 and Scc1 is presented, thus elucidating the molecular basis of Pds5 function. Pds5 forms an elongated HEAT repeat that binds to Scc1 via a conserved surface patch. Through complementary cell biological and biochemical characterisation of this structure, the thesis demonstrates that the integrity of the Pds5–Scc1 interface is indispensable for the recruitment of Pds5 to cohesin, and that its abrogation results in loss of sister chromatid cohesion and cell viability. The results presented in this thesis therefore suggest that Pds5 is a constitutively bound, core subunit of cohesin

Le recrutement de complexes protéiques au niveau des gènes au moment de l'initiation de la transcription est une étape fondamentale de la régulation génique. Trois sous catégories de facteurs de transcription sont recrutés au niveau du gène régulé. Les facteurs basaux sont impliqués dans l'initiation de la transcription et ils s'associent avec l'ARN polymérase II. Les facteurs en amont reconnaissent de courtes séquences consessus sur l'ADN en amont du point d'initiation de la transcription. Ils sont ubiquitaires et leur activité n'est pas régulée. Les facteurs inductibles fonctionnent de la même façon que les facteurs amonts mais ils possèdent la capacité de réguler. Ils sont synthétisés ou activés à certains moments ou dans certains tissus. Ils se lient à des sites spécifiques de gènes particuliers et sont appelés / éléments de réponse.

L’objectif de ce travail est de caractériser l’interaction entre le Lanréotide – un octapeptide dicationique – et des membranes composées de lipides. Bien que ce peptide soit très soluble, il possède des propriétés d’autoassemblage. Au-delà d’une concentration critique – qui est sensible à la température et à la force ionique – ce peptide s’auto-assemble en nanotubes dont la structure a été résolue par l’équipe. Ce travail de thèse comporte deux volets : d’une part l’étude de l’interaction entre le Lanréotide et des membranes anioniques, d’autre part l’étude de l’interaction entre le Lanréotide et des membranes neutres.Nous adoptons une approche structurale afin de caractériser les mélanges membrane-peptide : diffusion de rayons X, spectroscopie infrarouge (ATR-FTIR), microscopie électronique (coloration négative et cryofracture) ; ainsi qu’une approche quantitative (ultrafiltration et dosage) afin de déterminer la stœchiométrie des interactions. En présence de lipides anioniques, le Lanréotide interagit en totalité avec les membranes jusqu’à les saturer. Cette interaction, qui n’est pas abolie à forte force ionique (2M de NaCl ou de phosphate), provoque un autoassemblage du peptide à la surface des membranes. Ce phénomène génère des autoassemblages mixtes constitués d’un empilement de bicouches de peptide prises en sandwich entre des bicouches de lipides. Ces empilements s’enroulent selon une spirale d’Archimède, c’est-à-dire une spirale régulière dont le pas est constant. Dans ces assemblages mixtes le peptide est organisé dans un nouveau mode d’assemblage dont la structure est ici résolue.Dans le cas des mélanges membranes neutre-Lanréotide, un coefficient de partage du peptide entre l’eau et les lipides est mis en évidence. Ceci suggère que dans ces conditions le peptide peut traverser les membranes. Enfin l’interaction du Lanréotide avec ces membranes provoque une diminution de sa concentration critique d’assemblage
The aim of this work is to characterize the interaction between the Lanreotide – a dicationic octapeptide – and membranes composed of lipids. Even if the peptide is very soluble, it has self-assembling properties. Above the critical concentration – which is sensitive to both temperature and ionic strength – the peptide self-assembles into nanotubes whose structure has been solved by the team. The present work is divided into two parts: on one side the study of the interaction of the Lanreotide with anionic membranes, on the other one the study of the interaction of the Lanreotide with neutral membranes.We adopted a structural approach to characterize the membrane-peptide mixture: X-ray scattering, vibrational spectroscopy (ATR-FTIR), electron microscopy (negative staining and freeze-fracture) ; we also used a quantitative approach (ultrafiltration and peptide quantification) in order to determine the stoichiometry of the interaction. In the presence of anionic lipids, the peptide interacts with membranes until its saturation. This interaction, which is not abolished at high ionic strength (2M NaCl or phosphate), induces the self-assembly of the peptide at the surface of the membrane. This phenomenon generates mixed self-assemblies composed of a stack of peptide bilayers sandwiched by lipids bilayers. These stacks wrap into an Archimedian spiral which is a regular spiral with a constant step. In these mixed assemblies, the peptide is organized in a new architecture compared to the self-assemble nanotubes. This new structure has been characterized and solved in this study.In the case of neutral membrane-Lanreotide mixture, the peptide partitions between water and lipids. This observation suggests that in this condition the peptide is able to cross the membranes. The peptide-membrane interaction also decreases the critical concentration of the peptide

Les protéines eucaryotes Elmo (Engulfment and Cell Motility) forment une famille de régulateurs conservés qui jouent un rôle central dans les processus biologiques reposant sur le remodelage du cytosquelette d'actine comme la phagocytose et la migration cellulaire et régulé par les GTPases de la famille Rho. Les protéines Elmo régulent la fonction des protéines Dock (Downstream of Crk), qui sont des Facteurs d'Echange de Guanine (GEF) atypiques pour les GTPases Rac1 et Cdc42. Le mécanisme de régulation connu à ce jour, repose sur l'interaction entre les 200 résidus C-terminaux d'Elmo et les 180 premiers résidus N-terminaux de Dock. Cependant, le rôle précis des différents domaines et motifs identifiés dans ces régions n'est pas encore défini. En effet, les données fonctionnelles, biochimiques et structurales rapportées à ce jour semblent contradictoires quant à la contribution de l'extrémité C-terminale d'Elmo qui comprend un motif polyproline et le domaine SH3 N-terminal de Dock. Nous avons donc étudié la contribution de l'extrémité C-terminale de Elmo1 à l'interaction entre Elmo1 et le domaine SH3 de Dock1 en utilisant notamment la résonance plasmonique de surface. Nos données démontrent la capacité du domaine SH3 de Dock1 à interagir avec Elmo1, indépendamment de l'extrémité C-terminale contenant le motif polyproline. Toutefois, la présence de cette région conduit à une augmentation significative du temps de demi-vie du complexe Elmo1/Dock1. En parallèle, des expériences de diffusion des rayons X aux petits angles nous ont permis de déterminer des enveloppes tridimensionnelles de la protéine Elmo1. Ces données nous permettent ainsi de proposer un premier modèle à basse résolution dans lequel nous localisons les parties N et C-terminales de Elmo1. De façon surprenante cette étude semble indiquer un changement de conformation de la région N-terminale de Elmo1 ainsi qu'une interaction possible de cette même région avec le domaine SH3 de Dock1.

La performance de la pompe cardiaque depend essentiellement des proprietes rheologiques du myocarde, structure complexe polyphasique et anisotrope composee principalement de fibres musculaires arrangees en couches et d'orientation variables au travers de la paroi, de fibrilles de collagene interconnectives et de fluide interstitiel extracellulaire occupant environ 25% du milieu. Afin de caracteriser les proprietes rheologiques passives d'une telle structure nous avons entrepris une etude experimentale fondee sur des tests statiques contrainte-deformation en traction-compression, sur des tests instationnaires de relaxation, ainsi que sur des mesures de filtration. Les experiences ont ete realisees sur des echantillons de tissus myocardiques provenant de curs de porcs. Deux types d'echantillons en forme de disques ont ete preleves au niveau des piliers dans la paroi ventriculaire selon des orientations differentes: les faces des disques sont approximativement soit paralleles, soit normales a la direction generale des fibres. Nous avons constate a travers les tests contrainte-deformation que le myocarde en compression se comporte comme un materiau isotrope, tandis qu'en traction il se comporte comme un materiau anisotrope, avec un module d'elasticite deux fois plus important dans la direction de la fibre. Nous avons montre qu'en relaxation la theorie de la poroelasticite permet de decrire de facon tres satisfaisante le comportement observe. En mesurant sa permeabilite, nous avons mis en evidence l'aspect poreux du materiau

La résistance aux antibiotiques constitue un défi sanitaire mondial important. L'organisation mondiale de la santé la classant parmi les dix principales menaces pour la santé publique dans le monde ; d’où un besoin urgent de nouveaux anti-infectieux ciblant de nouvelles voies.Dans ce contexte, la voie du méthylerythritol phosphate (MEP) a une importance particulière. La voie MEP est composée de sept enzymes et est responsable de la biosynthèse des précurseurs des isoprénoïdes : le diphosphate d'isopentényle (IPP) et le diphosphate de diméthylallyle (DMAPP). Cette voie est totalement absente chez l'homme mais est essentielle pour des microorganismes tels que Mycobacterium tuberculosis (Mt), Plasmodium falciparum (Pf), Pseudomonas aeruginosa (Pa).Le but de ce projet était d'élucider les structures cristallographiques des deux dernières enzymes de la voie MEP (IspG et IspH) de trois pathogènes (P. aeruginosa, M. tuberculosis et P. falciparum) et ensuite, en combinant le criblage cristallographique aux rayons X de fragments et le criblage virtuel in silico de chimiothèques, d'identifier ou de concevoir de nouveaux inhibiteurs spécifiques de ces enzymes.En raison de la présence d'un cluster 4Fe-4S dans leurs sites actifs, toutes ces enzymes sont sensibles à l'oxygène et doivent être manipulées en boîte à gants dans des conditions anaérobies. La première partie de ce travail a consisté à produire et purifier chacune des six protéines en quantité suffisante aux études de cristallisation. Les trois IspH ainsi que Pa et MtIspG ont pu être purifiés.Les réactions catalysées par IspG et IspH dépendent d'un système donneur d'électrons. Chez Plasmodium, ce système est composé de deux protéines: la ferrédoxine (PfFd) et la ferrédoxine-réductase (PfFNR). L'obtention de ces deux protéines actives et en quantités suffisantes était une condition préalable à l'utilisation du système de réduction naturelle pour mesurer les activités enzymatiques de PfIspG et PfIspH. C'est pourquoi l'optimisation de l'expression et de la purification de PfFd et PfFNR a également été réalisée au cours de la première partie de ce projet. Les tests d'activité ont été réalisés avec succès pour PfIspH par le groupe du Dr. Myriam Seemann, nos collaborateurs à l'Université de Strasbourg. Ils ont également utilisé le système Plasmodium pour cribler différentes séries de composés chimiques in vitro.Le criblage des conditions de cristallisation a été réalisé en boite à gants avec toutes les protéines purifiées. Les cristaux obtenus ont été analysés à l’European Synchrotron Radiation Facility (ESRF). Les données recueillies ont permis d'élucider les premières structures cristallographiques de PaIspH et MtIspH à des résolutions de 1.5 Å et 2.8 Å, respectivement. Ces deux enzymes présentent le repliement typique de la famille IspH en trèfle à trois feuilles.PaIspH contient un cluster 3Fe-4S incomplet et une molécule de bicine provenant du tampon de cristallisation dans son site actif. La bicine interagit avec des résidus clés impliqués dans la liaison du substrat, mais n'a pas d'activité inhibitrice. Cependant, cela nous a permis d'obtenir des informations structurales sur les interactions possibles au sein du site actif, ce qui pourra aider à la conception de nouveaux inhibiteurs.Dans le cas de MtIspH, un déplacement du troisième domaine entraîne une ouverture inédite du site actif. Malgré cette ouverture, MtIspH présente un cluster 4Fe-4S. Cela peut s'expliquer par le fait que le déplacement du troisième domaine a rapproché le cluster de la thréonine 189, qui peut désormais se lier au fer apical et le stabiliser.Grâce à ces nouvelles structures, nous avons réalisé des criblages virtuels in silico de différentes chimiothèques. Certains composés identifiés in silico ainsi que de nouveaux inhibiteurs sélectionnés in vitro par nos collaborateurs de Strasbourg ont été utilisés pour des essais de co-cristallisation
Antimicrobial resistance poses a significant global health challenge, with the World Health Organization ranking it among the top 10 global threats to public health worldwide. Hence, the urgent need for new anti-infectives targeting novel pathways.In this context, the Methylerythritol phosphate (MEP) pathway becomes particularly significant. The MEP pathway is composed of seven enzymes and is responsible for the biosynthesis of the two isoprenoids precursors: isopentenyl diphosphate (IPP) and dimethylallyl diphosphate (DMAPP). This pathway is completely absent in humans but is essential to pathogenic microorganisms such as Mycobacterium tuberculosis (Mt), Plasmodium falciparum (Pf), Pseudomonas aeruginosa (Pa).The aims of this project were to elucidate the crystallographic structures of the last two enzymes of the MEP pathway (IspG and IspH) from three different pathogens (P. aeruginosa, M. tuberculosis and P. falciparum) and by combining X-ray fragment screening and in silico virtual screening of chemical libraries, to identify or design new specific inhibitors of these enzymes.Due to the presence of a 4Fe-4S cluster in their active sites, all these targets are oxygen-sensitive enzymes that must be handled under anaerobic conditions using a glove-box. The first part of this work consisted in establishing a protocol for the production and purification of each of the six proteins in quantity suitable for crystallization studies. Pure proteins were obtained for all the IspH orthologues and for Pa and MtIspG.The reactions catalyzed by IspG and IspH are dependent on an electron donating system. For Plasmodium, this system is composed of two proteins: the ferredoxin (a 2Fe-2S cluster, PfFd) and the ferredoxin-reductase (a FAD dependent protein, PfFNR). Obtaining these two active proteins in sufficient quantities was necessary for using the natural reduction system for measuring the enzymatic activities of PfIspG and PfIspH. That’s why the optimization of the expression and purification of PfFd and PfFNR was also achieved during the first part of this project. The activity tests were performed successfully with PfIspH by the group of Dr. Myriam Seemann, our close collaborators at the University of Strasbourg. They also used the Plasmodium system to screen different series of chemical compounds in vitro.Crystallization screening under anaerobic conditions were performed for all the IspG and IspH proteins obtained. Several crystals were obtained and analyzed at the European Synchrotron Radiation Facility (ESRF). The collected data led to the elucidation of the first crystallographic structures of PaIspH and MtIspH at 1.5 Å and 2.8 Å resolution, respectively. Both enzymes show a three-leaf clover folding typical of the IspH family.PaIspH contains an incomplete 3Fe-4S cluster and a molecule of bicine coming from the crystallization buffer in its active site. The bicine is interacting with key residues involved in the substrate binding, but has no inhibitory activity. However, this has provided us structural information on possible interactions within the active site, which may help in the design of new inhibitors.For MtIspH, a shift in the third domain leads to a previously unseen opening of the active site. Surprisingly, despite this opening, MtIspH displays a 4Fe-4S cluster. This can be explained by the fact that the displacement of the third domain has brought the cluster closer to the threonine 189, which can bind and stabilize the apical iron.Some of the compounds identified in silico as well as new inhibitors selected in vitro by our collaborators in Strasbourg have been used for co-crystallization assays. The new structural information combined with the in silico docking analysis and the enzymatic activity assays, opens the door for new biophysical and structural studies of these fascinating enzymes that are targeted for the development of new anti-infectives

La mycosubtiline est un lipopeptide antimicrobien, produit par différentes souches de Bacillus subtilis et doté de propriétés hémolytiques et antifongiques. Ses activités biologiques sont dues à des interactions avec les membranes plasmiques des cellules cibles. Cependant, les mécanismes moléculaires exacts de ces interactions doivent être approfondis. Le but de ce travail est de déterminer les éléments structuraux importants qui sont impliqués dans l'activité biologique de la mycosubtiline. A cet effet, nous avons utilisé les systèmes biomimétiques membranaires, comme les monocouches de Langmuir ou les multicouches, et nous avons analysé les interactions de la mycosubtiline avec ceux-ci grâce à des outils biophysiques adaptés (tensiométrie de surface, PM-IRRAS, BAM, SHG, FT-IR, RMN). Nous avons démontré qu'il existe une interaction privilégiée du lipopeptide avec les membranes biomimétiques contenant du stérol. Ainsi le résidu tyrosyle de la mycosubtiline et la fonction alcool secondaire des stérols sont impliqués lors de ces interactions. Des modifications importantes de la morphologie de membranes biomimétiques induites par le lipopeptide ont été mises en évidence ; celles-ci sont plus marquées lorsque le système est ternaire, c'est-à dire quand il contient un glycérophospholipide, un stérol et de la sphingomyéline
Mycosubtilin is an antimicrobial lipopeptide, produced by different strains of Bacillus subtilis and possessing hemolytic and antifungal properties. Its biological activities are due to its interactions with the plasma membranes of the target cells. However, the precise molecular mechanisms of these interactions need to be further elucidated. The aim of this work is to determine the structure elements involved in the biological activities of mycosubtilin. For that purpose, we used membrane biomimetic systems, such as Langmuir monolayers or multilayers, and we analyzed the interactions of mycosubtilin with them by applying specific biophysical tools (surface tensiometry, PM-IRRAS, BAM, SHG, FT-IR and RMN). We determined that there is a preferential interaction of the lipopeptide with biomimetic membranes containing sterols. Thus the tyrosyle residue of mycosubtilin and the secondary alcohol group of the sterol are involved in these interactions. Significant changes in the morphology of the biomimetic membranes induced by the lipopeptide were highlighted; these modifications are more pronounced when the system is ternary, i.e. when it contains a glycerophospholipid, a sterol and sphingomyelin

Le paludisme est causé par l'infection et la destruction des érythrocytes par les parasites protozoaires appartenant au genre Plasmodium. Au cours de son développement dans l'érythrocyte,Plasmodium falciparum requiert la biosynthèse massive de membranes dont les principaux constituants lipidiques sont des phospholipides. La phosphatidylcholine (PC) et la phosphatidyléthanolamine (PE) représentent à elles deux environ 80 % des lipides membranaires et l'inhibition de leur biosynthèse est létale pour le parasite. La PC et la PE sont synthétisées par le parasite, principalement via les voies de novo dépendantes de la CDP-choline et de la CDP-éthanolamine (ou voies de Kennedy) en utilisant respectivement la choline et l'éthanolamine comme précurseurs. Ces travaux de thèse se focalisent sur les deux enzymes CTP:phosphocholine etCTP:phosphoéthanolamine cytidylyltransférase (PfCCT et PfECT, respectivement), catalysant les étapes limitantes des voies de Kennedy. Chez Plasmodium, les CCT et ECT possèdent deux domaines cytidylyltransférases (CT) portant l'activité catalytique, séparés par une longue région de liaison. Pour la CCT, cette duplication est retrouvée seulement chez trois organismes, tous faisant partie du phylumdes Apicomplexes : Babesia, Theileria et Plasmodium, alors que la présence de deux domaines CT estune caractéristique retrouvée chez toutes les ECT étudiées à ce jour. La première partie de ce travail de thèse concerne la caractérisation biochimique et l'inhibition la PfCCT Nous avons montré que les deux domaines CT de la PfCCT sont actifs à l'inverse de la PfECT pour laquelle seul le domaine CTN-terminal est catalytiquement actif. A la suite d'un criblage virtuel basé sur la structure de l'enzyme,nous avons identifié un composé princeps capable d'inhiber l'activité de la PfCCT in vitro, la synthèse de PC et la croissance parasitaire. Ce premier composé actif (haut µM) représente une base pour l'optimisation future de nouveaux composés plus efficaces. Dans la deuxième partie de cette thèse,nous avons déterminé le mécanisme catalytique, la spécificité de liaison des ligands et l'organisation structurale de la PfECT grâce à la combinaison d'approches biochimiques et biophysiques. L'ensemble des résultats présentés dans ce manuscrit apportent un éclairage important concernant le fonctionnement de ces deux cibles potentielles et constituent des étapes essentielles à l'élaboration d'une approche thérapeutique
Malaria is caused by the infection and destruction of red blood cells by protozoan parasitesbelonging to the genus Plasmodium. During its intra-erythrocytic development, Plasmodiumfalciparum requires massive biosynthesis of membranes which are mainly composed of phospholipids.Phosphatidylcholine (PC) and phosphatidylethanolamine (PE) together represent about 80% of thetotal membrane lipids and inhibition of their biosynthesis leads to parasite death. PC and PE aresynthesized by the parasite's machinery mainly through the de novo CDP-choline and CDPethanolamine(Kennedy) pathways using respectively choline and ethanolamine as precursors. Thisstudy focuses on the rate limiting steps of these pathways catalyzed by CTP:phosphocholine andCTP:phosphoethanolamine cytidylytransferases (PfCCT and PfECT, respectively). In Plasmodiumspecies, both CCT and ECT contain two catalytic cores (CT domains) separated by a long linker.Interestingly, for CCT this feature is found only in three organisms, all from the phylum ofApicomplexa: Babesia, Theileria and Plasmodium, whereas the presence of two CT domains is ageneral feature in all ECTs known so far. The first part of this work consists in the biochemicalcharacterization of PfCCT and the investigation of its druggability. We showed that both PfCCT CTdomains are active and display similar kinetic parameters while only the N-terminal CT domain wasactive in PfECT. Subsequent to an in silico structure-based screening of compounds libraries, weidentified a PfCCT inhibitor able to inhibit PC synthesis as well as P. falciparum growth in vitro in thehigh µM range. This compound represents a first step toward the optimization of future more potentcompounds. In the second part of this study, we investigated the catalytic mechanism of PfECT anddeciphered its interactions with its ligands using biochemical, biophysical and structural approaches.Collectively, these results bring new insights into the biochemical and structural properties of thesetwo keys enzymes of the phospholipid metabolism in P. falciparum and pave the way for their futuredevelopment as potential drug target

Les protéines membranaires sont particulièrement riches en acides aminés aromatiques, tels que le tryptophane (W). On retrouve cette originalité dans beaucoup de peptides antimicrobiens et dans les protéines de fusion virales. La glycoprotéine de l'enveloppe de HIV-1, gp41, en est un exemple. Manifestement, les résidus W sont impliqués dans la perturbation des membranes et la formation des pores. L'objectif de ce travail est d'étudier le rôle des résidus W dans de telles activités en utilisant l'optique non linéaire. Pour cela, nous avons préalablement déterminé l'hyperpolarisabilité (le potentiel non linéaire) du W par la diffusion Hyper Raleigh (HRS). Puis nous avons montré une évolution de la réponse non linéaire de petits peptides synthétiques en fonction du nombre croissant de leurs résidus W. Ces résultats ont permis de suivre l'implication des tryptophanes de deux peptides K3W et gp41W, lors de leurs interactions avec des monocouches lipidiques à l'interface air-eau par la génération de second harmonique (SHG). D'autre part, l'influence de telles interactions sur la structure secondaire et l'orientation des peptides a été déterminée par le PM-IRRAS. Nous avons ainsi montré la cohérence entre les modifications du signal SHG, liées à des changements d'orientation des tryptophanes et celles des spectres de PM-IRRAS, dues à des changements d'orientation de la structure secondaire de gp41W
Membrane proteins are extremely rich in aromatic amino acids, like tryptophan (W). This particularity is found in many antimicrobial peptides and in several virus fusion proteins. An example of these fusion proteins is the HIV-1 envelop glycoprotein, the gp41. It is clear that the W residues are implicated in membrane perturbation and pore formation. The aim of this work was the investigation of the W residue role in such activities, using the nonlinear optic. First, we determined the W hyperpolarizabilité (nonlinear potential) by the Hyper Rayleigh Scattering (HRS). Then, the evolution of the nonlinear signal of small synthetic peptides, as function of the increasing number of their W residues, was demonstrated. These results allowed us to follow the W residue involvement of two peptides, K3W4 and gp41W, in the interaction with lipids monolayer at the air-water interface, using the second harmonic generation (SHG). The influence of such interaction in the peptide structure and orientation was determined using the PM-IRRAS. In conclusion, we showed the coherence between the SHG signal variation, due to the W orientation changes, and the PMIRRAS spectra modification, due to the gp41W helix orientation changes