Дисертації: "Bactéries – Influence"

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Viala, Serge. "Croissance cristalline de phosphates de calcium : influence de bactéries ; influence du chitosane." Toulouse, INPT, 1996. http://www.theses.fr/1996INPT052G.

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Анотація:

Ce travail porte sur l'etude des interactions entre un des trois phosphates de calcium suivants: le phosphate dicalcique dihydrate (dcpd), cahpo#4, 2h#2o, le phosphate octocalcique (ocp), ca#8h#2(po#4)#6, 5h#20, et l'hydroxyapatite (hap), ca#1#0(po#4)#6(oh)#2, et des bacteries (streptococcus mutans) d'une part et entre ces phosphates de calcium et un polymere naturel, le chitosane, d'autre part. Ces etudes sont destinees, dans le premier cas, a modeliser la formation d'un phosphate biologique: le tartre ; dans le deuxieme cas, a la mise en uvre d'un biomateriau organique-mineral. La methode utilisee pour etudier ces phenomenes est la technique de croissance cristalline a composition constante. Ces travaux montrent que streptococcus mutans s'adsorbe a la surface des cristaux et reduit ainsi les vitesses de croissance cristalline. Cette adsorption est due a des interactions electrostatiques entre la membrane bacterienne et le mineral. Le glucose dans les solutions modifie ces interactions en creant un pontage entre la bacterie et le mineral. En ce qui concerne le chitosane, nous avons montre que ce polymere s'adsorbe a la surface des cristaux de phosphate dicalcique dihydrate ou de phosphate octocalcique par des liaisons de type electrostatique entre ses groupements nh#3#+ et les groupements phosphate ou hydrogenophosphate des cristaux. Cette adsorption, regie par les isothermes de langmuir, a pour consequence de diminuer les vitesses de croissance cristalline. Par ailleurs, lors de la precipitation spontanee du dcpd a partir de solutions sursaturees, le chitosane retarde le debut de precipitation et modifie la morphologie des cristaux. Dans la derniere partie de ce travail, un biomateriau composite hydroxyapatite-chitosane se presentant sous forme de billes, a ete mis au point. La preparation de ce composite repose sur les interactions entre le polymere et les phosphates de calcium et sur l'insolubilite du chitosane et de l'hydroxyapatite en milieu alcalin

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Mille, Yannick. "Influence des conditions de déshydratation sur la survie des bactéries : rôle de la membrane : application à l'optimisation du séchage de bactéries lactiques." Dijon, 2003. http://www.theses.fr/2003DIJOS016.

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Thion, Cécile. "Influence des Interactions bactéries-champignons sur la dissipation des HAP dans la rhizosphère." Thesis, Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0023/document.

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Анотація:

La dissipation des Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques (HAP), polluants persistants majoritaires des sols de friches industrielles, implique l'action de microorganismes bactériens et fongiques. Cependant, leur contribution relative à la dissipation in situ, en fonction des interactions entre ces microorganismes ou avec les plantes et les polluants, est mal connue et les communautés fongiques ont été très peu étudiées dans de tels environnements. L'objectif de cette thèse était de préciser l'écodynamique des HAP dans la rhizosphère sous l'effet des microorganismes et de leurs interactions et d'évaluer la diversité fongique dans des sols contaminés. La dynamique des communautés fongiques a été étudiée in situ pendant 5 années, par PCR en temps réel et Temporal Temperature Gradient Electrophoresis (TTGE), dans un sol historiquement contaminé en présence ou non de plantes et dans le même sol ayant subi un traitement de remédiation par désorption thermique. Les plantes avaient un effet positif sur l'abondance et la diversité des champignons et étaient le facteur déterminant la structure des communautés fongiques, dominées par les Ascomycètes. D'autre part, des souches bactériennes et fongiques ont été isolées de ce sol et testées pour leur capacité à dégrader les HAP in vitro. Parmi celles-ci, la bactérie Arthrobacter oxydans Pyr2MsHM11 et le champignon Fusarium solani MM1 ont été choisies comme souches modèles pour étudier leur action individuelle ou conjointe sur la dissipation de trois HAP, dans différentes conditions, des plus simples (cultures liquides) aux plus complexes (microcosmes de sol planté en présence d'une microflore). Les résultats ont montré l'importance fondamentale des interactions entre microorganismes, notamment des phénomènes de compétition, pour la croissance des souches modèles et pour l'expression de leurs potentiels de dissipation des HAP
The dissipation of Polycyclic Aromatic Hydrocarbons (PAHs), very common and persistant pollutants in soils from industrial wastelands, involve the action of bacterial and fungal microorganisms. However their respective contribution, and the influence of the microbial and plant-microbe interactions on in situ PAH dissipation, are poorly known and fungal communities were scarcely studied in such environments. This work aimed to study the fate of PAHs in rhizosphere under the influence of microorganisms and their interactions and to estimate the fungal diversity in contaminated soils. The dynamic of fungal communities was monitored in situ for 5 years, by real-time PCR and Temporal Temperature Gradient Electrophoresis (TTGE) in an aged PAH-polluted soil and in the same soil treated by thermal desorption. The results showed that plants had a positive effect on fungal abundance and diversity and were the main driver of fungal community structure, dominated by Ascomycetes. Besides, bacterial and fungal strains were isolated from this soil and screened for their ability to dissipate PAHs in vitro. Among them, the bacteria Arthrobacter oxydans Pyr2MsHM11 and the fungus Fusarium solani MM1 were chosen as model strains to study their individual and simultaneous effect on PAH dissipation in different experimental conditions, from liquid cultures to planted soil microcosms with a complex microflora. It was found that interactions between microorganisms, notably competition, had a crucial influence on their growth and on the expression of their PAH dissipation potential

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4

Duperron, Sébastien. "Symbioses bactériennes de bivalves mytilidés associés aux sources de fluides en domaine océanique profond : diversité, rôle nutritionnel et influence de l'environnement." Paris 6, 2005. http://www.theses.fr/2005PA066498.

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Gaval, Gilberte. "Influence des carences en oxygène sur la prolifération des bactéries filamenteuses en boues activées." Paris 11, 2001. http://www.theses.fr/2001PA112269.

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Анотація:

Le foisonnement filamenteux affecte 25% des stations françaises à boues activées. Il se traduit par un développement massif de bactéries filamenteuses et peut avoir des conséquences néfastes sur les milieux récepteurs. Dans une première partie, l'influence des carences en oxygène sur la prolifération des bactéries filamenteuses a été étudiée sur pilotes. Une seule période de carence en oxygène n'induit que des développements faibles des filaments S. Natans, Thiothrix sp, type 021N, H. Hydrossis et N. Limicola-like. La combinaison des carences en oxygène avec des facteurs comme les à-coups de charge ou les carences en azote aboutit dans certains cas aux foisonnements des filaments S. Natans,H. Hydrossis ou N. Limicola-like. L'accumulation des périodes de stress semble être déterminante dans l'apparition d'un foisonnement. En effet, l'application répétée de stress identiques induit au cours du temps une amplification de la réponse des bactéries filamenteuses. Cette dernière est fonction de l'intensité, de la fréquence et du nombre de stress appliqués. .
Twenty five percent of french suffer from activated sludge bulking. It induces an excessive growth of filamentous bacteria and can cause severe damages to the environment. In a first part, the influence of oxygen deficiencies on filamentous bacteria proliferation has been studied in wastewater treatment pilots plants. A sole period of oxygen deficiency only induces weak growth of filaments such as S. Natans, Thiothrix sp, Eikelboom type 021N or N. Limicola-like microorganisms. Accumulate stress periods seems to have a great impact on the filamentous bacteria proliferation. Repetition of identical stresses causes an amplification of filamentous bacteria response. The latter depends on stresses intensity, stresses application frequency and stresses number. Accumulate oxygen deficiencies led to the bulking of S. Natans and important developments of Thiothrix sp and Eikelboom type 021N. The second part deals with morphological transition of the bacterium Sphaerotilus. .

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Simon-Deckers, Angélique. "Effets biologiques de nanoparticules manufacturées : influence de leurs caractéristiques." Paris, AgroParisTech, 2008. http://pastel.paristech.org/4918/01/Thèse_Angélique_SIMON-DECKERS.pdf.

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Анотація:

A l'aube du XXIème siècle, les nanosciences et nanotechnologies promettent des progrès remarquables dans de nombreux domaines, mais soulèvent aussi de nombreuses inquiétudes en particulier au sujet de leurs effets sur la santé humaine et l'environnement. Cette étude a pour objectif d'apporter des éléments de réponse à la compréhension de la nature et de l'origine des effets biologiques de nanoparticules manufacturées : les oxydes de titane et les nanotubes de carbone. Pour cela les effets sur la viabilité cellulaire, la localisation cellulaire et la capacité à provoquer un stress oxydant, d’un panel de ces nanoparticules caractérisées de façon poussée ont été regardés in vitro sur deux modèles cellulaires : les cellules alvéolaires humaines A549 permettant de se placer dans un contexte d'exposition de l'homme par voie respiratoire et les bactéries Escherichia coli MG1655 et Cupriavidus metallidurans CH34 permettant de se placer dans un contexte de contamination environnementale. Il apparaît que les nanoparticules étudiées ne sont pas inertes pour ces différents modèles et que la nature et l’intensité des effets observés dépendent non seulement du modèle mais surtout des conditions d’exposition et des caractéristiques physicochimiques des nanoparticules qui pour certaines ont pu être identifiées comme prépondérantes.

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Richaume-Jolion, Agnès. "Influence des facteurs biotiques et abiotiques sur le transfert de plasmides entre bactéries dans le sol." Lyon 1, 1992. http://www.theses.fr/1992LYO10167.

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Анотація:

Le but de cette etude est de determiner le role de differents parametres biotiques et abiotiques sur le transfert de plasmides par conjugaison entre bacteries dans un milieu complexe: le sol. Trois modeles bacteriens et differents types de sol ont ete utilises. L'inoculation de bacteries donneuses et receveuses dans des microcosmes de sol sterilise a permis de montrer que les transferts peuvent se produire a des frequences elevees. Dans ces conditions, la competition intraspecifique limite l'augmentation du nombre de transconjugants. En modifiant les caracteristiques physico-chimiques d'un sol sterilise, nous avons determine que les conditions environnementales les plus favorables a la vie des bacteries sont egalement plus propices au transfert. Afin de valider ces resultats, nous avons etudie le transfert dans des environnements plus complexes (sols non steriles en presence de ble) entre des bacteries parentes co-introduites et entre des bacteries donneuses et les bacteries indigenes. Le nombre de transconjugants est plus eleve dans les sols a teneur elevee en argile et matiere organique. Si les caracteristiques du sol ne sont pas favorables, le transfert est stimule au niveau de la rhizosphere. La repartition des microorganismes n'est pas homogene dans le sol; l'etude de la localisation des bacteries dans cet environnement peut fournir des informations sur les possibilites de rencontre entre les cellules. La technique de lavages successifs du sol revele qu'une proportion importante des bacteries inoculees est fortement adsorbee sur les particules. Le fractionnement granulometrique apres dispersion mecanique montre une distribution differente des bacteries indigenes et des bacteries inoculees en sol sterilise. Le sol, de par sa structure, peut constituer un obstacle au transfert par conjugaison

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Lepesteur, Muriel. "Influence des particules fines et des paramètres physicochimiques sur la distribution des bactéries et leur activité respiratoire en milieux estuariens et côtiers." Paris 6, 1996. http://www.theses.fr/1996PA066249.

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Анотація:

Ce travail a pour but l'amelioration des connaissances encore fragmentaires des interactions entre les fractions bacteriennes, les particules et leur milieu environnant, permettant ainsi une meilleure comprehension du devenir de la matiere organique via la boucle bacterienne. L'approche experimentale, tout d'abord, avec la mise au point d'une methode de mesure de l'activite respiratoire bacterienne par cytometrie en flux, puis les analyses sur differents types d'estuaires, nous ont permis d'aborder les processus de facon globale. Nous avons montre que la presence de particules avait une influence sur le comportement bacterien, en augmentant l'activite respiratoire des cellules. Les parametres physicochimiques tels que la salinite n'ont qu'une influence ponctuelle et reversible sur l'adhesion bacterienne. La distribution bacterienne repose avant tout sur la repartition de la matiere organique entre les particules et le milieu environnant. Elle est donc liee a la production primaire et on constate des variations de la distribution bacterienne en rapport avec les zones de fronts (halocline), ou la production est privilegiee, et les variations temporelles (saisonnieres ou journalieres). L'activite des bacteries immobilisees est, dans la plupart des cas etudies, responsable de la consommation d'oxygene et donc de la degradation de la matiere organique. Mais les bacteries liees, sont, dans certains milieux souvent caracterises par leur richesse en matiere organique dissoute, moins actives que les bacteries libres. En realite, il existe un systeme en equilibre entre la distribution de l'activite et la repartition de la matiere organique, avec des feed-back bacteriens suivis de feed-back du milieu en evolution. On a donc bien des interactions entre le milieu, les particules et les bacteries qui determinent la nature et l'importance des flux de matieres organiques

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Ranjard, Lionel. "Réponse des communautés bactériennes telluriques à un apport de mercure inorganique : influence de la localisation des bactéries." Lyon 1, 1999. http://www.theses.fr/1999LYO10187.

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Анотація:

Cette etude vise a l'evaluation de la reponse a court terme (30 jours) des communautes bacteriennes a un apport de mercure inorganique (hg(ii), 10 ppm) en fonction de leur localisation dans les microenvironnements d'un sol sablo-limoneux. Ces microenvironnements, obtenus par la combinaison entre une technique de lavages de sol et un fractionnement physique, sont le compartiment externe (macroporosite a l'exterieur des agregats), le compartiment interne (microporosite a l'interieur des agregats) et les differentes classes de tailles et de stabilites d'agregats du compartiment interne (fractions macroagregees, fractions microagregees, argiles dispersables). Des denombrements indirects effectues avant et apres l'apport de hg(ii), ont revele une absence d'effet sur le nombre de bacteries heterotrophes totales et une augmentation significative des phenotypes hg r (resistants au mercure). L'amplitude de cet enrichissement est variable entre les microenvironnements et est indicatrice de differences dans la biodisponibilite et la bioaccessibilite du mercure en fonction des caracteristiques physico-chimiques et structurales. Grace au developpement d'un fingerprint genetique (risa) nous avons mis en evidence des differences dans l'importance des modifications survenant dans la structure genetique des sous-communautes bacteriennes de chaque microenvironnement en reponse a l'apport de hg(ii). Les modifications observees au sein de la communaute du sol total resultent de celles qui sont observees dans les sous-communautes bacteriennes localisees dans le compartiment externe et dans la fraction argile dispersable. L'importance de ces modifications semble etre dependante de l'environnement poral et la teneur en colloides (matieres organiques et argiles) qui influencent la biodisponibilite du metal mais aussi de la structure populationnelle de la sous-communaute qui conditionne sa sensibilite au stress. En dernier, lieu nous avons demontre l'implication des determinants genetiques mer dans la reponse adaptative des sous-communautes au mercure associees aux differents microenvironnements. Cette reponse se manifeste par un enrichissement des bacteries hg r g- porteuses de ces genes et par l'implication preferentielle de certains types de determinants mer dans l'adaptation des communautes.

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Nguyen, Darrène. "Influence de variations de conditions environnementales sur l'évolution des biofilms oraux." Thesis, Bordeaux, 2018. http://www.theses.fr/2018BORD0029/document.

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Анотація:

L’écosystème buccal est un environnement complexe dans lequel cohabitent plus de 700 espèces de bactéries différentes. Un déséquilibre au sein de ce biofilm est à l’origine des principales maladies de la cavité buccale : les maladies carieuses et parodontales.Pendant plusieurs années, l’étude de l’écosystème buccal s’est faite par une approche réductionniste : les microbiologistes étudiaient les espèces bactériennes individuellement. Cette stratégie a permis d’examiner et de comprendre tous les différents composants de cet écosystème, sans pour autant pouvoir appliquer les conclusions de ces études au biofilm buccal dans son ensemble. En effet, les bactéries ne se comportent pas de la même façon lorsqu’elles sont à l’état planctonique, ou lorsqu’elles sont organisées en biofilm.La flore microbienne buccale est reconnue comme étant l’une des plus complexes dans le corps humain. La multitude d’espèces en présence complique l’étude de ce biofilm. En effet, sa reproduction in vitro est rendue difficile par la complexité des relations entre chacune des espèces. De plus, son recueil, et ses décomptes qualitatif et quantitatif restent très délicats.Dans la littérature sont décrits plusieurs modèles de biofilm.Les modèles pluri-espèces dynamiques in vitro ont l’avantage de se rapprocher des conditions retrouvées in vivo, permettant un certain flux de milieu, le contrôle de paramètres tels que le pH et la température, ainsi que l’élimination des déchets produits.Cependant, ces modèles restent très onéreux et difficiles de mise en place, ce qui complique l’étude du biofilm buccal. Egalement, l’identification des bactéries mises en présence reste un sujet d’étude délicat : en effet, les méthodes traditionnelles de culture montrent des limites, et ne permettent pas une analyse quantitative des résultats, essentielle à la compréhension des phénomènes mis en jeu dans cet écosystème.Le but de notre travail ici est la mise en place de modèle de biofilm pluri-espèces dynamique, fiable et reproductible, facile à mettre en place et moins onéreux que ceux décrits dans la littérature. Ce modèle de biofilm doit permettre l’étude de l’influence de variations de conditions environnementales sur ce dernier, ainsi que celle de candidats probiotiques ayant déjà prouvé leur efficacité sur des supports in vitro statiques. Enfin, toujours dans une optique de simplification, les différentes méthodes d’identification des biofilms formés sont comparées (méthodes de culture traditionnelle, PCR conventionnelle, spectrométrie de masse MALDI-TOF, et qPCR), afin d’établir un protocole d’identification reproductible permettant une analyse qualitative et quantitative des résultats
The oral ecosystem presents a great complexity since it can harbor more than 700 different bacterial species. Most of them are organized in a biofilm on both the dental and the mucosal surfaces. Studying this complex environment is of utmost importance because a rupture in its stability can lead to the preeminence of pathogenic microorganisms, causing dental decay, gingivitis and periodontitis.For many years, the study of the oral ecosystem was conducted throught a reductionist approach: microbiologists studies bacterial strains individually. This strategy allowed the understanding of all different components of this ecosystem, but lacked the transposition of its conclusions to the study of a whole complex oral biofilm. As a matter of fact, bacteria don’t behave the same way in a planktonic state or when they are organized in a biofilm.The oral microflora is known to be one of the most complex floras hosted by the human body. The multitude of strains hardens its study. Indeed, its in vitro reproduction is made as complex as the different interactions occurring between each strain. Moreover, harvesting and quantitative and qualitative analysis of such biofilms remain very delicate procedures.Several biofilm models have been described in the literature. In vitro dynamic multispecies models share the same asset: to closely mimic in vivo conditions. They allow a medium flow, and parametrical controls such as pH, temperature; and waste removal. However, those models are very expensive and difficult to master. Also, bacterial identification is still a tough matter : traditional culture methods have shown their limits, and don’t allow a quantitative analysis, which is essential to understand the phenomenons occurring in this ecosystem.The aim of our work was to set up a dynamic multispecies oral biofilm, both reliable and reproducible, easy to set up and less expensive than those previously described in the literature. This model shall allow the study of environmental conditions variations and the efficiency of probiotic candidates that already showed their efficacy on static supports.Lastly, we compared different biofilm identification methods, traditional culture, conventional PCR, MALDI-TOF mass spectrometry, and quantitative PCR, in order to establish a reproducible identification protocol allowing both quantitative and qualitative analysis

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Aouad, Georges. "Influence de Pseudomonas aeruginosa sur la dégradation de silicates : Incidence sur la stabilité de matrices de confinement de déchets et d'un machefer industriel." Université Louis Pasteur (Strasbourg) (1971-2008), 2006. https://publication-theses.unistra.fr/restreint/theses_doctorat/2006/AOUAD_Georges_2006.pdf.

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Анотація:

Il est bien établi que l'altération des roches, comme celle des matériaux d'origine anthropique, n'est pas le seul fait de l'interaction avec une phase aqueuse purement minérale. Les composés organiques et l'activité des microorganismes interviennent également, tant dans la dégradation que dans les minéralisations secondaires. Toutefois, compte tenu de la complexité des milieux réactionnels, il n'existe pas de validation convaincante du rôle de certaines bactéries sur la vitesse de dégradation des silicates complexes. L'objectif de cette thèse était d'évaluer expérimentalement l'effet d'une seule bactérie largement répandue dans la nature et productrice de biofilm (Pseudomonas aeruginosa) sur la dégradation des quelques silicates d'intérêt environnemental. Les matériaux testés sont le verre de référence français SON utilisé pour le confinement des déchets radioactifs, un verre basaltique, un vitrifiât de mâchefer industriel (JAP) et un mâchefer résultant de l'incinération d'ordures ménagères (MIOM). Un milieu de culture spécifique a été développé, qui permet l'analyse des traces et ultra traces au cours des processus de dégradation et de minéralisations induites. Les quantités totales solubilisées sont systématiquement plus grandes en milieu stérile qu'en biotique, et cela dans des proportions allant de 26 à 79 % suivant l'élément et le matériau considérés. Le MIOM s'altère à une vitesse moyenne de 5,3 10-4 g. M-2. J-1 en milieu biotique et 7,6 10-4 g. M-2. J-1 en milieu stérile. La vitesse d'altération du verre JAP en présence de P. Aeruginosa est de 7,7 10-4 g. M-2. J-1 et de 12,8 10-4 g. M-2. J-1 en absence de bactéries. Le Basalte s'altère à une vitesse de 18,3 10-4 g. M-2. J-1 en biotique et 29,8 10-4 g. M-2. J-1 en stérile. Finalement le verre SON68 a une vitesse d'altération de 17,6 10-4 g. M-2. J-1 en biotique et de 25,0 10-4 g. M-2. J-1 en stérile. Par ailleurs, le biofilm piège une quantité importante des métaux potentiellement toxiques
Today it is generally accepted that alteration of rocks as well as anthropogenic products is not only driven by the interaction with water or mineral aqueous solutions. Organic compounds and also microorganisms are of importance for material degradation together with secondary mineralization. However, the exact role of some bacteria in these processes remains unclear in such complex systems. There is no convincing experimental validation of such phenomenon for silicate phases. The goal of this thesis was to experimentally evaluate the effect of one type of bacteria largely widespread in nature and producing biofilm (Pseudomonas aeruginosa) during the alteration of some silicates of environmental interest. The tested materials are the french nuclear glass SON68, a basaltic glass, a vitrified industrial bottom ash (JAP) and a municipal solid waste incinerator bottom ash (MIOM). We elaborated a specific medium allowing both the growth of Pseudomonas aeruginosa and a precise measurement of trace elements solubilized from materials. The total solubilized mass are systematically higher in sterile condition than in biotic one in proportions going from 26 to 79% depending on element and material. The dissolution rate of MIOM is 5. 3 10-4 g. M-2. J-1 in biotic condition and 7. 6 10-4 g. M-2. J-1 in the sterile one. The vitrified bottom ash dissolution rate is 7. 7 10-4 g. M-2. J-1 in presence of P. Aeruginosa and 12. 8 10-4 g. M-2. J-1 without bacteria. Basalt deteriorates with a rate of 18. 3 10-4 g. M-2. J-1 in biotic and 29. 8 10-4 g. M-2. J-1 in sterile system. Finally SON68 glass has a dissolution rate of 17. 6 10-4 g. M-2. J-1 in biotic medium and 25. 0 10-4 g. M-2. J-1 in the sterile one. In addition, the biofilm trap large proportions of potentially toxic elements

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Dajoux, Malard Emilie. "Corrosion des aciers faiblement alliés en eau de mer naturelle : influence des éléments d'alliage et des bactéries." Caen, 2006. http://www.theses.fr/2006CAEN2047.

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Les structures métalliques en acier au carbone immergées en eau de mer naturelle sont exposées à d’importants phénomènes de corrosion, parfois diagnostiqués comme étant influencés par les micro-organismes. La présence d’éléments d’alliage dans les aciers faiblement alliés pourrait constituer une amélioration de la résistance à la corrosion des structures. Dans ce contexte, des essais sont réalisés sur une gamme d’aciers commerciaux contenant de 0,05% à 11,5% de chrome, par immersion en eau de mer naturelle sur site et en présence de fortes concentrations en bactéries sulfurogènes marines, en laboratoire. Les résultats gravimétriques, microbiologiques, électrochimiques, ainsi que l’analyse des produits de corrosion montrent un phénomène de corrosion composé de plusieurs phases. Une phase préliminaire de ralentissement de la corrosion généralisée est corrélée à la présence de bactéries sulfurogènes sessiles et à une formation importante de composés soufrés, la durée de cette phase diminuant avec l’augmentation de la teneur en éléments d’alliage des aciers. Cette phase est vraisemblablement suivie d’une augmentation de la corrosion, visible pour certains aciers seulement, après 8 mois d’immersion en eau de mer naturelle. Les éléments chrome et molybdène montrent simultanément une influence bénéfique pour la corrosion généralisée et un effet toxique pour les bactéries sulfurogènes. Cette étude pluridisciplinaire reflète la complexité des interactions entre les bactéries et les aciers ; les bactéries sulfurogènes semblent impliquées dans les processus de corrosion en eau de mer naturelle et des études complémentaires permettront d’approfondir les mécanismes mis en jeu
Metallic infrastructures immersed in natural seawater are exposed to important corrosion phenomena, sometimes characterised as microbiologically influenced corrosion. The presence of alloying elements in low alloy steels could present a corrosion resistance improvement of the structures. In this context, tests are performed with commercial steel grades, from 0,05wt% Cr to 11,5wt% Cr. They consist in “on site” immersion in natural seawater on the one hand, and in laboratory tests with immersion in media enriched with marine sulphide-producing bacteria on the other hand. Gravimetric, microbiological, electrochemical measurements and corrosion product analyses are carried out and show that corrosion phenomenon is composed of several stages. A preliminary step is the reduction of the corrosion kinetics and is correlated with the presence of sessile sulphide-producing bacteria and an important formation of sulphur-containing species. This phase is shorter when the alloying element content of the steel increases. This phase is probably followed by an increase of corrosion, appearing clearly after an 8-month immersion in natural seawater for some of the grade steels. Chromium and molybdenum show at the same time a beneficial influence to generalised corrosion resistance and a toxic effect on sulphide-producing bacteria. This multidisciplinary study reflects the complexity of the interactions between bacteria and steels ; sulphide-producing bacteria seem to be involved in corrosion processes in natural seawater and complementary studies would have to clarify occurring mechanisms

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Nguyen, Thanh Ha. "Influence de l'incorporation des bactéries et des granulats légers sur les performances des bétons à matrice cimentaire." Thesis, Cergy-Pontoise, 2019. http://www.theses.fr/2019CERG1011.

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Ce travail traite de l’auto-cicatrisation bactérienne de béton C35/45 de classe de consistance de S4 et une classe d'environnement d’exposition XF3.Un adjuvant bactérien a été incorporé à la formulation avec une concentration de 105 cellules/ml. Il est constitué de Bacillus Subtilis de peptone et d’extrait de levure. On montre que l’incorporation de l’adjuvant bactérien entraîne une diminution de la porosité et de la perméabilité aux gaz, une augmentation des résistances mécaniques, du module dynamique et une amélioration de la durabilité. Une auto-cicatrisation complète des échantillons micro fissurés a été observée à 44 jours. La validité de l'utilisation du modèle EuroCode 2, pour prédire l’acquisition des résistances au cours du temps, a été vérifiée et validée. Cependant on observe, qu’après 90 jours de cure, l’effet de l’adjuvant bactérien sur les propriétés étudiées s’estompe, phénomène dû au passage des bactéries d’un état actif à un état inactif et par conséquent d’une forme végétative à un état sporulé. Ainsi, l’utilisation de ce type d’adjuvant bactérien ne permettra pas la réparation des structures qui s’endommagent après quelques années de leur mise en service. La méthode, dite « indirecte », semble la mieux appropriée dans ces cas de figure. La bactérie est, alors, immobilisée avec des nutriments dans d'autres matériaux poreux. On propose d’utiliser les granulats légers de type argile expansée. Une étude préliminaire, conduite dans ce travail, consiste à trouver le % de granulats légers à incorporer dans la formulation du béton sans en affecter les propriétés d’usage. Pour ce faire une étude a été réalisée sur le mortier du béton équivalent. Six mortiers ont été élaborés en faisant varier le taux de substitution du sable naturel par le sable leger, Tv (0, 10%, 25%, 50%, 75%, 100%). Elle a conduit à l’établissement de relations entre les propriétés du mortier et sa résistance à la compression ainsi que sa masse volumique, cette dernière propriété étant reliée au taux d’incorporation, Tv, ainsi que la masse volumique du sable.On démontre que Tv=10% est la fraction volumique optimale de granulats légers. Un béton incorporant 10% de granulat léger a été élaboré et ses caractéristiques comparées au béton de contrôle. On montre que le béton incorporant 10% de granulat léger peut être utilisé comme un béton de structure
This work deals with bacterial self-healing of concrete of C35 / 45 resistance class, S4 consistency class and an XF3 exposure environment class.A bacterial adjuvant was included in the formulation with a concentration of 105 cells / ml. It consists of Bacillus Subtilis peptone and yeast extract. It is shown that the incorporation of the bacterial adjuvant results in a decrease in porosity and gas permeability, an increase in mechanical strength, dynamic modulus and an improvement in durability. Complete self-healing of micro fissured specimens was observed at 44 days. The validity of the use of the EuroCode 2 model, to predict the acquisition of resistances over the time, was verified and validated. However, it is observed that after 90 days, the effect of the bacterial adjuvant on the studied properties reaches a steady state, due to the passage of bacteria from an active state to an inactive state and therefore of a form vegetative to a sporulated state. Thus, the use of this type of bacterial adjuvant will not allow the repair of damaged structures after a few years of their service life. The so-called "indirect" method seems the most appropriate in these cases. The bacterium is, then, immobilized with nutrients in other porous materials. It is proposed to use expanded clay type aggregates.A preliminary study has been conducted in order to find the percentage of lightweight aggregates to incorporate in the concrete formulation without affecting the properties of use. Hence, six mortars were elaborated by incorporating different volumetric rates of lightweight sand (0%, 10%, 25%, 50%, 75% and 100%). Relationships between the mechanical and thermal characteristics and the compressive strength as well the density of mortars were established. The density was related to the rate of incorporation, Tv, as well as the density of the sand.It is exhibited that Tv = 10% is the optimum volume fraction of lightweight sand. A concrete incorporating 10% of lightweight aggregate has been formulated and its characteristics compared to control concrete. It is shown that concrete incorporating 10% light aggregate can be used as structural concrete

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Ulvé, Stephane. "Influence des propriétés de surface des peintures antisalissures marines sur le microfouling." Lorient, 2004. http://www.theses.fr/2004LORIS044.

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Toute surface immergée en environnement marin est progressivement recouverte de biosalissures ou "Biofouling". La lutte contre cessalissures passe par l'utilisation de peintures antifouling dont la législation impose de réduire la toxicité imposant la compréhension des phénomènes impliqués et la recherche de nouvelles formulations. Une approche physico-chimique et microbiologique a permis de caractériser l'évolution des propriétés de surface des peintures, de leur polymère constitutif, et d'étudier leur influence sur l'adhésion de bactéries marines. L'analyse des propriétés de surface a montré que les peintures sont relativement proches les unes des autres et que leur hydrophilie est accrue après immersion. L'étude de la biodiversité in situ sur des peintures a montré une sélection des bactéries adhérentes basée sur la production de tensioactifs. Un grand nombre de paramètres sont à étudier et hiérarchiser pour progresser dans la compréhension du fonctionnement des peintures antifouling
Any surface immersed in sea water is gradually covered by biofouling. The use of antifouling paint is the best way to avoid biofouling. Legislation becomes more and more draconian. A better comprehension of involved phenomena is then required to find new formulations in order to reduce toxicity of marine paints. A physicochemical and microbiological approache made it possible by characterising the evolution of surface properties of paints and their constitutive polymers and by studying their influence on marine bacteria adhesion. The analysis of surface properties showed that paints had quite similar properties and that their hydrophily increased after immersion. In situ, a selection of adherent bacteria was found to be based on production of biosurfactant. A great number of parameters have to be studied in order to improve antifouling paint formulations

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Afi, Latifa. "Influence de la nature des parois cellulaires sur la dégradation bactérienne chez deux chlorophycées (Chlorella vulgaris et Chlorella emersonii)." Paris 6, 1997. http://www.theses.fr/1997PA066004.

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La TLS est une paroi externe très fine, d'organisation trilamellaire, rencontrée chez certaines microalgues vertes. Cette TLS, formée de macromolécules très résistances aux attaques chimiques et enzymatiques, est connue pour son rôle important en géochimie. Nous avons étudié deux Chlorophycées possédant une composition différente des parois : Chlorella emersonii (TLS+) et Chlorella vulgaris (TLS-) ; l'objectif principal était de savoir si la TLS est capable de protéger les constituants algaires, lors de la fossilisation, contre les attaques bactériennes. Dans une première partie, nous avons comparé certaines caractéristiques physiologiques algaires (biomasse, teneur en chlorophylle, activités photosynthétique et respiratoire) et leurs variations en fonction de l'intensité lumineuse. L'effet de la température et d'inhibiteurs (KCN et SHAM) de la respiration ont été également testés sur ces algues. Dans une seconde partie, nous avons mené des expériences d'incubations, à l'obscurité, avec deux bactéries (Pseudomonas oleovorans et Flavobacterium aquatile). Avant l'incubation les algues ont subit un choc thermique. Les observations par MET ont montré qu'il n'y a pas de rupture des parois et qu'après incubations les bactéries ne sont ni attachées ni à l'intérieur des algues. Les altérations induites par les bactéries dans l'abondance et/ou la distribution des constituants algaires (hydrocarbures, acides gras, TAG, et chlorophylles) ont été déterminées après 1 et 4 mois. L'examen des contrôles a montré une forte dégradation (non-bacterienne) dans les constituants algaires qui semble s'accentuer en présence des bactéries. L'ensemble des résultats a montré qu'il n'y a pas de différence dans l'ampleur des dégradations entre les deux algues. La présence de TLS ne semble pas protéger le contenu cellulaire de C. Emersonii. Par ailleurs, l'observation de dégradations intenses en absence de bactéries, montrant la grande ampleur des processus d'autodégradation, pourrait avoir des implications géochimiques importantes.

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N'Diaye, Awa. "Endocrinologie microbienne de la peau : influence des peptides endogènes sur la virulence de bactéries de la microflore cutanée." Rouen, 2016. http://www.theses.fr/2016ROUES014.

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La peau est l'organe le plus grand du corps humain et constitue la première barrière de l'organisme. Il a pour rôle de protéger l'hôte contre les pathogènes et xénobiotiques dangereux. Certaines pathologies cutanées sont dues à un développement de ces germes, alors que d'autres sont liées à une dysbiose (déséquilibre des flores). Les flores transitoire et commensale peuvent causer des maladies nosocomiales et des infections opportunistes. Cependant, la plupart des pathologies cutanées sont multifactorielles, l'environnement et des facteurs génétiques peuvent contribuer à la virulence, voire à la pathogenèse bactérienne. En effet, 25 % du microbiote cutané est profondément enfoui dans la peau (gaine des poils, glandes sudoripares et sébacées) et exposé à une multitude de facteurs de l'hôte. On suspecte donc aujourd'hui l'implication des facteurs eucaryotes et du microbiote dans certaines pathologies. L'interaction bactéries-hôte est un élément central dans l'homeostasie cutanée et l'induction des maladies infectieuses. C'est pourquoi il est aujourd'hui nécessaire d'identifier et de caractériser les molécules qui régulent les interactions bactéries-hôte
Skin harbours the second microbiote of the human body and its largest neuroendocrine organ. As skin neurohormes diffuse in sweet and epidermis, skin bacteria are exposed to these host factors. Since the pioneering works of M. Lyte who established the basis of Microbial Endicronology it is known that bacteria can sense a multitude of hormones. The mechanism of action of skin neuropeptides, such as Substance P and CGRP, was investigated on representative cutaneous bacteria leading to the identification of moonlighting (multifunctional) proteins acting as bacterial sensors and the demonstration that host factors are key regulators of skin microbiote homeostasis

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Fouchard, Samuel. "Influence des conditions de culture sur la composition membranaire et la production de métabolites secondaires chez les bactéries." Mulhouse, 2005. http://www.theses.fr/2005MULH0803.

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Lors de ce travail, deux séries d'analyses ont été effectuées en parallèle pour contrôler l'influence de facteurs environnementaux sur Pseudomonas fluorescens. La première a consisté à vérifier que le profil en acides gras de phospholipides de la membrane bactérienne est intimement lié aux conditions de culture de la bactérie. La deuxième partie s'est attachée au métabolisme secondaire bactérien. Ces deux séries d'analyses ont montré des similitudes quant à l'influence des conditions de culture sur le profil en acides gras et la production de métabolites, En effet, dans les deux cas, une analyse statistique a montré que la phase de croissance et la température de culture sont les facteurs prédominants. Ceci suggère qu'il existe un lien entre le profil d'acides gras de la membrane et la production de métabolites secondaires. Ce lien semble s'exprimer au travers des protéines membranaires dont l'activité est affectée par les variations en acides gras de phospholipides
During this work, two series of analyses were carried out in parallel to control the influence of environmental factors on Pseudomonasfluorescens. The first one has consisted in controlling that phospholipid fatty acids profile of the bacterial membrane is closely related to the culture conditions of the bacterium. In the second part, the bacterial secondary metabolism was investigated. These two series of analyses have showed similarities concerning the influence of the culture conditions on the fatty acids composition and the metabolites production. Indeed, in both cases, a statistical analysis has showed that the growth phase and the culture temperature are the prevalent factors. This suggests there is a link between the fatty acids profile of the membrane and the secondary metabolites production. This link seems to be expressed through membrane proteins whose activity is affected by the variations of phospholipid fatty acids composition

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Limonet, Maxime. "Interactions entre peptides biocides et membranes bactériennes : influence des deux mésentérocines produites par Leuconostoc mesenteroides subsp : mesenteroides FR52 sur des souches cibles sensibles ou résistantes des genres Leuconostoc et Weissella." Vandoeuvre-les-Nancy, INPL, 2002. http://www.theses.fr/2002INPL064N.

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Un modèle d'étude original a été établi afin d'étudier les phénomènes de résistance aux bactériocines de bactéries lactiques (petits peptides à activité antimicrobienne). Il comprend les deux mésentérocines produites par Leuconostoc mesenteroides subsp. Mesenteroides FR 52, quatre souches parentales (SP) issues des genres Leuconostoc ou Weissella, sensibles ou résistantes à ces peptides, et quatre résistants induits (RI) issus des trois souches parentales sensibles. L'étude du mode d'action de ces bactériocines a mis en évidence des phénomènes de synergie même vis-à-vis des souches uniquement sensibles à une seule bactériocine. Les deux mésentérocines induisent des modifications physiologiques chez les souches présentant une résistance naturelle ou induite, comme une augmentation de la teneur en acides gras rigidifiants et une plus grande résistance à certains antibiotiques. Aucune différence significative n'a été observée entre les SP et leur RI associé(s) dans les teneurs en acides gras membranaires. Les RI présentent des modifications pariétales dans leur morphologie cellulaire et leur sensibilité aux antibiotiques et au lyzozyme. Il n'a cependant pas été possible de conclure si ces différences étaient la cause ou les conséquences du phénotype de résistance.

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Perrin, Yoann. "Étude des communautés bactériennes d’un réseau d’eau potable. Influence des paramètres environnementaux." Thesis, Poitiers, 2018. http://www.theses.fr/2018POIT2289/document.

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Les bactéries sont une composante indissociable des réseaux de distribution d’eau potable qui, en les colonisant, forment des communautés complexes. Il est émis l’hypothèse que des variations de structure et de composition de ce microbiome pourraient refléter des changements de la qualité de l’eau liés à différents phénomènes (stagnation, biocorrosion, changement de pression, ...). Une importante campagne de prélèvements menée sur le réseau d’eau potable de Paris a permis d’apprécier la dynamique de ces communautés bactériennes selon trois méthodes différentes : la description de la communauté par metabarcoding, la culture de la flore hétérotrophe totale et la quantification par PCR de trois pathogènes opportunistes, Mycobacterium spp. L. pneumophila, et P. aeruginosa. Cette étude a mis en évidence une certaine diversité au sein des communautés bactériennes de l’eau potable malgré une prédominance des genres Hyphomicrobium et Phreatobacter. Les méthodes de culture et de PCR quantitative mettent également à jour l’importance écologique du genre Mycobacterium. L’intégration aux analyses des paramètres spatio-temporels et physico-chimiques de l’eau potable a permis de constater une relative stabilité des communautés bactériennes. Cependant, suite à d’importants évènements climatiques, des variations dans la structure des communautés sont visibles sans conséquence sur la qualité sanitaire de l’eau. Ces travaux suggèrent que l’utilisation en parallèle de différentes méthodologies, et notamment l’apport du metabarcoding, permet d’améliorer la connaissance sur le réseau de distribution d’eau potable et de mieux observer des changements fins, invisibles aux méthodes classiques
Bacteria are an indivisible component of drinking water distribution systems which, by colonizing them, form complex communities. It is assumed that variations in the structure and composition of this microbiome could reflect a change in water quality related to different events (stagnation, biocorrosion, pressure change, etc.). A major sampling campaign was conducted within the Paris drinking water distribution systems allowing to assess the diversity and the dynamic of these bacterial communities using three different methods: description of the community by metabarcoding, heterotrophic plate count and quantification by PCR of three opportunistic pathogens, Mycobacterium spp. L. pneumophila, and P. aeruginosa. This study revealed some diversity within the drinking water bacterial communities. Culture and quantitative PCR methods also reveal the ecological importance of the Mycobacterium genus. The integration of spatio-temporal and physico-chemical parameters of drinking water into analyses has highlighted a relative stability of bacterial communities. However, variations in the structure of the communities are visible following important climatic events, without consequences on the sanitary quality of the water. Altogether, our work suggests that the use in parallel of different methodologies, particularly metabarcoding, has improved our knowledge of the bacterial communities within the Paris drinking water distribution systems and better observe subtle changes, invisible to conventional methods

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Benbouzid-Rollet, Nadia. "Influence des bactéries sulfato-réductrices sur la corrosion d'acier en milieu marin : étude au laboratoire et en milieu marin." Brest, 1993. http://www.theses.fr/1993BRES2030.

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Un système expérimental de colonisation bactérienne en milieu circulant a été mis au point pour étudier l'influence d'un biofilm mixte sur l'acier inoxydable AISI 316 L. Le biofilm a été créé sur l'acier en conditions aérées par l'espèce fermentative Vibrio natriegens. L’espèce sulfato-réductrice de Sulfovibrio vulgaris a alors été introduite dans le système et a colonisé la surface, représentant environ 5% de la population totale. La fixation d'une espèce anaérobie dans le biofilm prouve l'existence de zones désaerées dans celui-ci. Les réactions électrochimiques à la surface de l'acier ont été analysées par un suivi du potentiel libre et la trace des courbes de polarisation potentiodynamique. La présence du biofilm n'induit pas de corrosion mais semble ralentir la réduction cathodique de l'oxygène et donc diminuer le risque de corrosion. Cet effet est renforcé quand D. Vulgaris est présente dans le biofilm. Une remontée du potentiel libre a été observée, similaire à des cas décrits en milieu naturel sur des aciers inoxydables. Un cas de corrosion perforante d'acier doux en milieu portuaire présentait les caractéristiques d'une corrosion anaérobie liée à la présence de bactéries sulfato-réductrices. La population de bsr cultivables a été dénombrée dans son ensemble et en fonction des donneurs d'électrons utilisés, parallèlement à une analyse des produits de corrosion. La colonisation est quantitativement très importante, atteignant 1,1 x 108 cellules/cm2 au maximum. Sa structure est différente dans les zones de corrosion accélérée et dans les zones saines. En zone corrodée; les bsr utilisant le benzoate et le propianate sont plus abondantes. Une souche appartenant au genre sporulant desulfotomaculum a été isolée à partir de ces substrats, suggérant une oxydation partielle dans la zone à risque de perforation. Des essais de corrosion in vitro ont cependant montré que la microflore de cette zone provoquait une perte de poids importante de l'acier, en l'absence d'oxygène. Ce phénomène n'est observé qu'en présence d'une population diversifiée, proche de celle présente in situ. Il n'est pas reproduit avec un mélange de deux souches purifiées.

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N'gadjaga, Maimouna Djamila Sadio. "Influence and reliance of Chlamydia trachomatis on host glucose metabolism." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2021. http://www.theses.fr/2021SORUS486.

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Les microorganismes à développement intracellulaire exercent une pression importante sur le métabolisme de leur hôte, car ils obtiennent tous leurs nutriments de son cytoplasme. Les bactéries intracellulaires obligatoires Chlamydia trachomatis en sont une illustration extrême : elles dépendent de leur hôte non seulement pour l’apport en glucose, leur source principale de carbone, mais probablement aussi, au moins partiellement, pour l’obtention de la monnaie énergétique issue du catabolisme du glucose, l’adénosine triphosphate (ATP). Ces bactéries effectuent un cycle de développement biphasique: les bactéries infectieuses, ou corpsélémentaires (EBs), adhèrent à la membrane d’une cellule hôte, typiquement une cellules épithéliale du tractus génital, et provoquent leur internalisation. Une fois à l’intérieur d’un compartiment délimité par une membrane, appelé inclusion, les bactéries expriment un nouveau jeu de gènes et se transforment en corps réticulés (RBs). Le métabolisme des RBs, qui constitue la seule forme réplicative des bactéries, est plus élevé que celui des EBs. Les bactéries se multiplient plusieurs fois dans l’inclusion jusqu’à ce que les RBs se convertissent en EBs, qui, une fois relargués de la cellule-hôte, peuvent initier un nouveau cycle infectieux. La pressionmétabolique exercée par les bactéries sur leur hôte évolue donc tout au cours du temps. Savoir si l’infection module le métabolisme de son hôte, et dans quelle mesure les différentes étapes du cycle de développement dépendent de ce métabolisme, demeurent des questions ouvertes. Dans ce travail, en utilisant des cellules épithéliales primaires et une lignée cellulaire d’origine non tumorale, nous avons montré que les deux voies métaboliques principales pour la production d’ATP chez l’hôte, la glycolyse et la phosphorylation oxydative, restaient largement stables durant l’infection. Ces résultats indiquent que contrairement à nos attentes, il n’y a pasde basculement significatif du métabolisme de l’hôte vers la glycolyse durant l’infection. L’inhibition de l’une ou l’autre de ces deux voies diminue fortement la capacité des bactéries à effectuer leur cycle de développement. Bien que les EBs démontrent un certain degré d’autonomie énergétique pour la synthèse des protéines exprimées dans la phase initiale de l’infection, une glycolyse fonctionnelle est requise pour accompagner la formation des inclusions, tandis que la phosphorylation oxydative est moins nécessaire à ce stade précoce du développement. L’importance relative des deux voies pour soutenir les étapes initiales de l’infection corrèle avec leur contribution respective à maintenir le niveau d’ATP dans les cellules épithéliales, la glycolyse étant le contributeur principal. En conclusion, ce travail confirme la dépendance des bactéries vis à vis de la capacité de production d’ATP de l’hôte. Cependant, la consommation d’ATP par les bactéries semble en équilibre avec la production normale des cellules épithéliales et la production autonome par les bactéries, en sorte que le métabolisme de l’hôte ne nécessite pas de remodelage profond pour répondre aux besoins des bactéries
Microorganisms with an intracellular development lifestyle exert a strong pressure on the metabolism of their host, since they obtain all their nutriments from its cytoplasm. The obligate intracellular bacteria Chlamydia trachomatis provides an extreme illustration of this: they rely on the host not only for the supply of glucose, their main carbon source, but probably also, at least partially, for the supply of the energy currency generated through glucose catabolism, adenosine triphosphate (ATP). These bacteria undergo a particular biphasic developmental cycle: the infectious bacteria, or elementary bodies (EBs), adhere to the membrane of a host cell, typically of the epithelium of the genital tract, and trigger their internalization. Once inside a membrane-bound compartment, called an inclusion, the bacteria express a new set of genes and convert to reticulate bodies (RBs). This only replicative form of the bacteria has a higher metabolism than EBs. Bacteria multiply in the inclusion several times until RBs convert back to EBs, which, once released, can initiate a new infectious cycle. The metabolic pressure exerted by the bacteria on their host thus evolves with time. However, whether infection modulates the metabolism of its host, and the degree of the reliance of individual steps of the bacterial development cycle on host metabolism, remain largely unknown. In this work, using primary epithelial cells and a cell line of non tumoral origin, we showed that the two main ATP producing pathways of the host, glycolysis and oxidative phosphorylation, remained fairly stable during infection. These results suggest that, against our expectations, there is no significant shift of the host metabolism towards glycolysis during infection. Inhibition of either pathway strongly reduced the capacity of the bacteria to undergo a developmental cycle. While EBs showed some degree of energetic autonomy in the synthesis of the first proteins expressed at the onset of infection, a functional glycolysis was necessary for the establishment of early inclusions, while oxidative phosphorylation is less needed at this early stage of development. The relative importance of the two pathways to sustain the initial steps of infection correlates with their relative contribution in maintaining ATP levels in epithelial cells, glycolysis being the main contributor. Altogether, this work confirms the dependence of the bacteria on the ATP production capacity of the host. However, ATP consumption by the bacteria appears to be fairly balanced with the normal production capacity of the host, and the autonomous production capacity of the bacteria, so that no major shift in host metabolism is required to meet bacterial needs

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Maitte, Baptiste. "Influence de l'activité bactérienne ferro-oxydante et ferriréductrice sur les propriétés minéralogiques et micromécaniques du minerai de fer dans le contexte des mines abandonnées de Lorraine." Thesis, Université de Lorraine, 2015. http://www.theses.fr/2015LORR0256/document.

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Les effondrements miniers en Lorraine (France) ont pour origine la rupture des piliers de soutien constitués de minerai de fer. Leur rupture n'est pas seulement due aux seules contraintes mécaniques qu’exerce le recouvrement mais également aux différentes transformations minéralogiques du minerai de fer, compromettant sa cohésion et sa résistance et par conséquent, la stabilité des piliers. On parle alors d’altération/vieillissement minéralogique du minerai de fer. Les mécanismes chimiques qui entrainent ces transformations minéralogiques sont désormais bien connus mais l’influence de l’activité bactérienne n’est pas encore bien comprise. Des travaux préliminaires ayant soulevé le rôle possible des activités microbiennes, ce travail de thèse s'est alors appliqué à identifier les métabolismes bactériens susceptibles de réagir avec le minerai de fer en conditions aérobie et anaérobie, et à en caractériser les effets physico-chimiques, minéralogiques et mécaniques. Les groupes métaboliques bactériens suspectés d’être impliqués dans ces réactions (activités ferri-réductrices, ferro-oxydantes et sulfato-réductrices) ont été identifiés dans les eaux de mine et incubés en présence du minerai de fer, en souche pure ou avec un consortium issu de l’eau de mine. Les bactéries ferri-réductrices (IRB), sulfato-réductrices (BSR) et acidophiles ferro-oxydantes ont été les seules qui, dans les conditions de laboratoire, ont impacté significativement le minerai en modifiant le ratio Fe(II)/Fe(III). Une phase ferro-carbonatée et de la pyrite se sont formées respectivement au cours des incubations avec les IRB et BSR, et ont été caractérisées par analyse du solide (spectroscopies infrarouge en réflexion diffuse (DRIFTS) et Mössbauer et par diffraction aux rayons X). Des bactéries nitrate-réductrices ont aussi été testées et aucune modification significative du ratio Fe(II)/Fe(III) du minerai de fer n’a été observée. Enfin, les propriétés mécaniques du minerai de fer ont été mesurées après les réactions d’oxydo-réduction biologiques et purement chimiques. Des modifications sensibles de ces propriétés mécaniques par rapport à l’état initial ont ainsi pu être mises en évidence. Sur la base de ces résultats, l’hypothèse de l’altération mécanique du minerai de fer par des activités microbiennes est donc tout à fait réaliste
Mine collapses occurred in Lorraine (France) because of the failure of safety pillars made of iron ore. Their failure is not only due to the mechanic stresses applied by the overburden, but also due to the various mineralogical transformations in iron ore which decrease material cohesion and resistance and thus stability of pillars. This is called mineralogical alteration/ageing of iron ore. Chemical mechanisms inducing these mineralogical transformations are now well known but the influence of microbial activity is not well understood yet. Preliminary works have raised the possible role of microbial activity, then the focus of this work was to identify the various bacterial metabolisms capable of reacting with iron ore and to characterize the physico-chemical, mineralogical and mechanical effects. The bacterial metabolism groups possibly implied in these reactions (iron-reducing (IRB), iron-oxidizing and sulfate-reducing bacteria (SRB)) were identified from the mine water. As pure strain or as consortium, these bacteria were incubated with iron ore. Under laboratory conditions, only iron-reducing, sulfate-reducing and acidophilic iron-oxidizing bacteria impacted iron ore samples by modifying the Fe(II)/Fe(III) ratio. A ferrous-carbonate phase and pyrite were formed during incubations with IRB and SRB, respectively. These minerals were characterized from analysis of the solid phase (Diffuse Reflectance Infrared Fourier Transform Spectroscopy (DRIFTS), Mössbauer spectroscopy and X-ray diffraction). The impact nitrate-reducing bacteria was also tested but the Fe(II)/Fe(III) ratio of iron ore was not modified significantly. Finally, mechanical properties of iron ore were measured after microbial and purely chemical redox reactions. Discernible modifications of these mechanical properties were observed. From these results, the alteration of iron ore mechanical properties by bacterial activities is a realistic assumption

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Ambroise, Denis. "Influence de la variabilité de la mesure des bactéries de l'air sur l'évaluation du risque infectieux : exemple de la légionellose." Nancy 1, 2003. http://www.theses.fr/2003NAN10008.

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En prenant l'exemple de la légionellose, ce travail pose les bases d'une démarche d'évaluation quantitative du risque infectieux bactérien par inhalation. Deux scenarii ont été étudiés : l'exposition à l'occasion d'une douche et lors d'une activité à l'extérieur à proximité d'une tour aéroréfrigérante. Des facteurs de sensibilité des sujets à la légionellose tels que le sexe, l'âge et le tabagisme ont été pris en compte. Une relation dose-effet, établie à partir d'une étude réalisée chez l'animal, a été retenue pour la caractérisation des dangers. La quantification du risque a été menée par une approche probabiliste utilisant la méthode de simulation de Monte Carlo. Les résultats obtenus montrent qu'un risque annuel de 10-5 correspond à des concentrations en "Legionella pneumophila" dans l'air de l'ordre de 2 UFC. M-3 dans le cas des douches et 0,02 UFC. M-3 dans celui des tours. En dessous de 100 UFC. M-3, la prise en compte de la variabilité de la mesure de l'exposition diminue d'autant plus l'estimation du risque que la concentration en agents dans l'air est faible
The aim of our study was to develop a quantitative microbiological risk assessment involving the respiratory pathway. We chose the example of Legionnaires'disease, on the basis of two types of exposure : when taking a shower and being outside in the vicinity of a cooling tower. We collected suitable data in international scientific literature, which allowed us to integrate individual susceptibility factors such as sex, age or smoking habits in our calculations. We established a dose-response relationship by fitting the results of an animal exposure experiment to different models used in microbiological foodborne or waterborne risk assesment. We used a probabilistic approach based on Monte Carlo simulations for risk characterization. "Legionella" concentrations of 2 CFU. M-3 in the air near showers and 0,02 CFU. M-3 near cooling towers amount to an annual risk estimate of 10-5. Taking the exposure measurement variability into account does not change our risk estimation for concentrations above 100 CFU. M-3, but it decreases for lowest ones, which probably are more frequently encountered in the case of "Legionella" exposure

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Mitalane-Goulhiane, Jalila. "Les biofilms bactériens : influence des propriétés physico-chimiques de surface sur l'adhésion et détection d'un biopolymère chez Pseudomonas aeruginosa." Lorient, 2006. http://www.theses.fr/2006LORIS080.

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Un biofilm se définit comme un groupement complexe de microorganismes attachés à une surface et contenus dans une matrice. Les biofilms bactériens sont impliqués dans de nombreuses infections humaines, des phénomènes d’encrassement, de contamination…etc. Une compréhension du processus de formation des biofilms permettra d’empêcher sa formation sur les surfaces à risque ou au moins un meilleur contrôle de ceux-ci. Le travail réalisé au cours de cette thèse se divise en deux études distinctes en rapport avec la formation du biofilm. Le premier objectif est réalisé dans le cadre de la recherche de revêtement antifouling en milieu marin. Notre travail consiste à rechercher les paramètres influençant les premières étapes de formation du bio encrassement c'est-à-dire l’adhésion des bactéries. Pour cela, nous avons récupéré des bactéries adhérentes sur une surface immergée dans l’eau de mer afin de d’étudier trois de leurs caractères physicochimiques de surface qui seraient impliqués dans leur adhésion. Il s’agit de l’hydrophobie de surface, de la charge électrostatique, et du caractère acido-basique. Bien que toutes les bactéries aient adhéré à une surface hydrophile, elles présentaient à la fois le caractère hydrophile et hydrophobe avec une prépondérance des bactéries à caractère hydrophile. Elles présentaient toutes une charge de surface négative à pH marin. La majorité d’entre-elles, affichaient un caractère donneur d’électron, certaines même étaient incapables d’en générer. Par conséquent, d’après ces résultats, il nous a semblé très difficile d’expliquer l’adhésion des bactéries par la combinaison de ces différentes propriétés physicochimiques. Enfin, le développement de nouvelles peintures antifouling devrait prendre en considération, en plus des propriétés physicochimiques de surface, toutes les autres structures cellulaires que la bactérie utilise pour son adhésion à une surface immergée dans l’eau de mer. Le deuxième objectif de cette thèse consiste à rechercher les modifications cellulaires que connaissent les bactéries qui passent d’un mode de vie planctonique à un autre en biofilm. La bactérie modèle de cette recherche est la souche PAO1 de Pseudomonas aeruginosa. Cette recherche est basée sur l’analyse, par spectrométrie de masse MALDI-TOF, de bactéries intactes. Le résultat obtenu consiste en la découverte d’un nouveau biopolymère à la surface de cette bactérie ayant une gamme de masse comprise entre 2000 et 8000 g/mol et dont le monomère se caractérise par une masse molaire de 128. Les différents tests réalisés sur ce biopolymère ont abouti à un certain nombre de propriétés qui le caractérisent. Enfin, la recherche du rôle de ce biopolymère informe sur son importance dans l’élaboration de biofilm des bactéries qui le synthétisent
Biofilms can be defined as communities of micro organisms attached to a surface and embedded in a protective matrix. Bacterial biofilms are implicated in a significant amount of human infections, fouling, product contamination …. A comprehension of the process of biofilm formation will make it possible to prevent its formation on different surfaces or at least a better control of it. This thesis is divided into two different subjects in connection with biofilm formation. The first goal of this research project was carried out within the framework of the development of new antifouling techniques in seawater. Our work consisted in seeking the parameters influencing the first stages of formation of the biofilm i. E. The adhesion of the bacteria. Experiences were carried out on adherent bacteria on a surface immersed in sea water. We determined three of their surface physico-chemical characters which could be implied in their adhesion. The hydrophobicity of surface, the electrostatic charge and the acid-base character. Although all the bacteria adhered to a hydrophilic surface, they presented at the same time the hydrophilic and hydrophobic character with a preponderance of the hydrophilic character. They all presented an electronegative net charge of the surface at pH of seawater. The majority presented an electron-donating character; some could not generate Lewis acid-base interactions with the support. Consequently, according to these results it seemed very difficult to us to explain the adhesion of the bacteria by the combination of these various physico-chemical properties. Lastly, the development of new antifouling paints should take into account in addition to these surface properties other cellular properties which the bacterium uses for its adhesion on an immersed surface in sea water. The second objective of this thesis is to seek the cellular modifications taking place during their transition from planctonic organisms to surface-attached community. The model bacterium of this research is the wild type PAO1 of Pseudomonas aeruginosa. Analysis were made using matrix assisted laser desorption ionization time of flight (MALDI-TOF) mass spectrometry on intact bacteria. The result obtained consists in the discovery of new a biopolymer on the surface of this bacterium having a range of mass ranging between 2000 and 8000 g/mol and whose monomer is characterized by a molecular mass of 128. The various tests applied to this biopolymer have leads to a certain number of properties which characterize it. The research of the role of this biopolymer in the formation of the biofilm informed us on its participation in adhesion of the bacteria which synthesize it

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Buchon, Laurent. "Influence de la température sur la physiologie de la croissance et la production d'enzymes exocellulaires chez des bactéries adaptées aux basses températures." Rouen, 2000. http://www.theses.fr/2000ROUES046.

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Des bactéries adaptées au froid ont été sélectionnées pour leur capacité à dégrader des polysaccharides naturels. L'influence de la température de croissance, sur la régulation de la production des enzymes exocellulaires, a été étudiée. Nous avons mis en évidence l'existence de cinq profils de régulation qui ne sont corrélés ni a l'origine taxonomique des souches, ni au type d'activité produite. D'autre part, chez une même souche, le profil de production d'une activité donnée peut varier suivant la composition du milieu de culture, notamment en substrat carboné, ainsi qu'en fonction de la présence d'inducteur spécifique. La dépendance des profils de production à l'égard des conditions nutritionnelles, démontre également qu'aucune loi générale ne peut être établie quant à l'influence de la température sur la production des enzymes exocellulaires, chez les bactéries adaptées au froid. Cependant des comportements différents peuvent être observés suivant le groupe thermique des souches. En utilisant la représentation selon Arrhénius, du taux de croissance en fonction de la température, nous avons démontré l'existence d'une température critique de rupture de pente chez toutes les souches psychrotrophes, celle-ci étant absente chez les psychrophiles. Sur la base de ce critère distinctif nous avons établi que, chez les psychrotrophes, la production des enzymes exocellulaires varie de façon discontinue sur l'ensemble de la gamme de températures suboptimales de croissance, ce qui se traduit par l'existence de deux domaines thermiques de production. En revanche chez les psychrophiles la production varie de façon monotone sur la gamme de températures inférieures à l'optimum de croissance. Ces profils pourraient résulter d'adaptation en réponse aux différentes amplitudes de température caractérisant les environnements d'origine des représentants de chacun de ces deux groupes thermiques.

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Borraccino, Rémi. "Biodégradation couplée aérobie/anaérobie de composés phénoliques toxiques : transformation abiotique du catéchol et du 1-naphtol en solution aqueuse : influence des facteurs environnementaux." Compiègne, 1997. http://www.theses.fr/1997COMP1003.

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La biodégradation d'un mélange de composés aromatiques phénoliques (ortho-nitrophénol, 1-naphtol, 2,4,6-trichlorophénol et catéchol) est étudiée en réacteurs à lit fixe en culture continue. Elle est testée en présence d'éthanol (source de carbone énergétique) avec des microorganismes sélectionnés. La première phase du travail en réacteurs a mis en évidence des réactions chimiques entre le catéchol et le 1-naphtol en aérobiose. Ces réactions entraînent la formation de composés récalcitrants et toxiques, et limitent la biodisponibilité des composés de départ. Des essais en conditions stériles ont permis de montrer que le catéchol s'autoxyde en présence d'oxygène. Le 1-naphtol est stable seul en solution mais est transformé en présence de catéchol. Le pH et l'oxygène influencent fortement ces réactions. Un schéma réactionnel inédit est proposé pour la transformation du 1-naphtol. Dans la deuxième partie du travail en réacteurs, le catéchol est éliminé du mélange toxique. Un réacteur aérobie (AER) et deux réacteurs anaérobies (méthanigène (ANA) et sulfato-réducteur (p-ana) sont conduits séparément en culture continue (HRT= 5 jours) pendant 250 à 350 jours selon un régime d'intoxication croissant. Puis le réacteur AER est couplé successivement aux deux autres réacteurs pendant 60 à 100 jours par une recirculation contrôlée de la phase liquide entre les deux enceintes couplées. Ce couplage original permet dans chaque cas d'améliorer les performances des systèmes séparatifs. Les rendements de dégradation des phénols totaux passent de 40 (AER), 65 (ANA) et 60% (p-ana) à environ 90% en quelques temps de séjour. Le couplage ne perturbe pas l'activité des populations anaérobies strictes. Ce travail montre que ce mode de couplage constitue une technologie, facile à mettre en oeuvre, peu coûteuse et réversible au cours du temps, adaptée aux pollutions chimiques récalcitrantes nécessitant l'intervention simultanée de populations bactériennes aérobies et anaérobies.

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Hidalgo, Hélène. "Qualité microbiologique de l'air et systèmes de climatisation : étude de la flore bactérienne et fongique et influence des caractéristiques de l'installation." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1993. http://www.theses.fr/1993GRE18006.

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Ratajczak, Céline. "Régulation de la fonction des cellules dendritiques par les bactéries lactiques : influence du statut allergique du donneur et de l'épithélium intestinal." Lille 2, 2006. http://www.theses.fr/2006LIL2S066.

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Les cellules dendritiques jouent un rôle déterminant dans l'initiation de la réponse immunitaire. Localisées au niveau de la peau et des différentes muqueuses de l'organisme, elles forment un véritable réseau d'immuno-surveillance qui est alerté lors d'un signal de danger. Dans l'allergie, la rencontre avec l'allergène et la présence d'un environnement tissulaire produisant des facteurs pro-Th2 conditionnent la cellule dendritique pour le développement d'une réponse allergique. Cependant, au niveau intestinal, les cellules dendritiques présentes semblent aussi participer au maintien de l'homéostasie immunitaire et donc à l'état de tolérance, en particulier sous l'influence de la flore microbienne endogène. Des études cliniques rapportent un effet bénéfique des bactéries commensales comme les bactéries lactiques sur le développement des manifestations allergiques. Ces données nous ont amené à évaluer les propriétés immuno-modulatrices des bactéries lactiques en analysant leur capacité à agir sur les mécanismes intervenant dans la balance Th1/Th2. Nous nous sommes d'abords intéressés à l'effet de deux souches de bactéries lactiques, Lactobacillus plantarum et Lactobacillus casei, sur les fonctions de la polarisation de la réponse immunitaire initiée par les cellules dendritiques. La stimulation de cellules dendritiques dérivées de monocytes (MD-DC) par ces bactéries lactiques induit leur maturation, caractérisée par une expression accrue de molécules de costimulation, et une production d'IL-12 et d'IL-10. L. Plantarum est également capable d'inhiber la production de cytokines Th2 (IL-4 et IL-5) par des lymphocytes T autologues cultivés avec des MD-DC, issues de sujets allergiques, stimulées avec l'allergène Der p 1. L'effet de L. Plantarum semble correspondre à une réorientation de la réponse immunitaire puisqu'une réexposition à l'allergène des lymphocytes T initialement cultivés en présence de cette bactérie n'aboutit pas à une nouvelle sécrétion de cytokines Th2. Peu d'études ont envisagé le rôle des bactéries lactiques sur les cellules dendritiques humaines dans un environnement intestinal. Dans cette optique, nous avons analysé l'effet de la souche de bactéries lactiques L. Casei sur la réactivité de MD-DC humaines, issues de sujets allergiques et non allergiques, dans un modèle in vitro (système Transwell®) constitué d'un épithélium intestinal obtenu à partir de la lignée Caco2. Les analyses réalisées en cytométrie en flux et en microscopie confocale montrent que des MD-DC immatures capturent efficacement des bactéries marquées par un fluorochrome à travers l'épithélium intestinal. Dans ces conditions, L. Casei induit une maturation partielle des MD-DC (augmentation des CD86 et CD54) issues des deux types de donneurs. Les MD-DC provenant de sujets sains, activées par L. Casei produisent plus d'IL-10 et d'IL-12 comparativement aux donneurs allergiques. Chez les donneurs allergiques, l'assise épithéliale accroît les productions d'IL-10 et d'IL-12 induites par la stimulation des MD-DC avec L. Casei. De plus, chez les deux types de donneurs, les MD-DC stimulées par L. Casei induisent les productions d'IL-10 et d'IFN- par des lymphocytes T autologues, productions qui sont accrues en présence de l'épithélium intestinal. Ce travail de thèse a permis de mettre en évidence que les bactéries lactiques sont capables d'affecter la réactivité de la cellule dendritique lui permettant de moduler le développement de la réponse immune lymphocytaire et la production de cytokines telles que les cytokines Th2 qui caractérisent l'allergie. L'épithélium intestinal participe à cet effet modulateur. L'ensemble des interactions entre bactéries lactiques, épithélium intestinal et cellule dendritique permettrait alors de contrôler le développement de la réaction allergique.

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Potier, Patrick. "Dégradation in vivo et in vitro des protéines chez une bactérie psychrotrophe du genre Arthrobacter : influence de la température sur les activités protéolytiques intracellulaires." Lyon 1, 1988. http://www.theses.fr/1988LYO10081.

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Simon-deckers, Angélique. "Effets biologiques de nanoparticules manufacturées : influence de leurs caractéristiques." Phd thesis, AgroParisTech, 2008. http://pastel.archives-ouvertes.fr/pastel-00004918.

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A l'aube du XXIème siècle, les nanosciences et nanotechnologies promettent des progrès remarquables dans de nombreux domaines, mais soulèvent aussi de nombreuses inquiétudes en particulier au sujet de leurs effets sur la santé humaine et l'environnement. Cette étude a pour objectif d'apporter des éléments de réponse à la compréhension de la nature et de l'origine des effets biologiques de nanoparticules manufacturées : les oxydes de titane et les nanotubes de carbone. Pour cela les effets sur la viabilité cellulaire, la localisation cellulaire et la capacité à provoquer un stress oxydant, d'un panel de ces nanoparticules caractérisées de façon poussée ont été regardés in vitro sur deux modèles cellulaires : les cellules alvéolaires humaines A549 permettant de se placer dans un contexte d'exposition de l'homme par voie respiratoire et les bactéries Escherichia coli MG1655 et Cupriavidus metallidurans CH34 permettant de se placer dans un contexte de contamination environnementale. Il apparaît que les nanoparticules étudiées ne sont pas inertes pour ces différents modèles et que la nature et l'intensité des effets observés dépendent non seulement du modèle mais surtout des conditions d'exposition et des caractéristiques physicochimiques des nanoparticules qui pour certaines ont pu être identifiées comme prépondérantes.

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Miliani, Katiuska Yuviri. "Consommation d'antibiotiques et pratiques d'utilisation en établissements de santé : déterminants des consommations et influence du mésusage des antibiotiques sur le risque infectieux nosocomial." Paris 6, 2011. http://www.theses.fr/2011PA066042.

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La consommation d’antibiotiques (ATB) en France est l'une des plus élevées en Europe. Cet usage excessif, et parfois inapproprié, contribue à l'accroissement des résistances bactériennes aux conséquences épidémiologiques graves, touchant en particulier les établissements de santé (ES). Cependant, des questions demeurent quant à : i) la part attribuable de la consommation d’ATB sur l’émergence et la sélection des résistances, ii) l’influence du mésusage (usage inapproprié des ATB en quantité et en qualité) et iii) les meilleures stratégies de lutte. Dans ce contexte, l’objectif général de cette thèse a été d’analyser la consommation et les pratiques d’utilisation d’ATB dans les ES afin, d’une part, d’identifier les déterminants associés à une moindre consommation d’ATB et, d’autre part, d’examiner l’influence du mésusage des ATB sur le risque infectieux nosocomial. Quatre études ont été conduites afin de répondre à ces questions. Ces études ont été basées sur l’analyse des données hospitalières recueillies au sein de réseaux d’ES participant à différentes surveillances mises en place par le centre de coordination de la lutte contre les infections nosocomiales de l’inter-région Nord (C-CLIN Paris Nord). Les résultats de ces études ont permis de montrer que : 1) la délivrance nominative est une mesure phare de la politique de bon usage des ATB associée à une moindre consommation, 2) la surconsommation de certains ATB, en particulier d’imipénème et de fluoroquinolones est associée à l’émergence de bactéries résistantes responsables d’infections nosocomiales, et 3) le non suivi des recommandations de bon usage des ATB augmente le risque infectieux

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Seguin, Jérôme. "Influence de la température sur la structure et la dynamique des protéines collectrices de lumière des bactéries pourpres dans leur environnement natif." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2008. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00340385.

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Ce travail concerne l'influence de la température sur la structure et la dynamique des protéines collectrices de lumière des bactéries pourpres dans leur environnement natif, les membranes intracytoplasmiques.
Pour mener à bien ces études, nous avons développé au laboratoire une approche de “calorimétrie fonctionnelle” dans les membranes intracytoplasmiques par des techniques de spectroscopie d'absorption, de dichroïsme circulaire et de Raman de résonance. Nous avons analysé l'effet de la température sur les propriétés spectrales de la protéine LH1 en utilisant les molécules de bactériochlorophylles comme marqueur naturel de l'assemblage des polypeptides transmembranaires, constituant l'anneau de LH1. Il existe dans la littérature de nombreuses études sur les processus d'auto-assemblage de ces protéines antennes, mais toutes réalisées après solubilisation en présence de détergent. C'est pourquoi nos études ont été réalisées sans ajout de détergent ou autres agents chaotrophes, mais directement sur les membranes intracytoplasmiques contenant la protéine LH1 surexprimée naturellement, dans le but de comparer les chemins de dissociation-réassociation de ces protéines selon qu'elles sont extraites ou non de leur milieu natif.
Nous avons montré que la variation de température autour de valeurs proches des conditions physiologiques révèle la dynamique de la structure des protéines LH1 et LH2. Ces résultats mettent en évidence l'existence d'un équilibre entre deux formes spectrales démontrant une flexibilité conformationnelle des protéines antennes dans leur environnement natif.
A des températures élevées, nous montrons qu'il est possible de dissocier de manière réversible la protéine LH1, mais que le processus de dissociation et réassociation de la protéine suit un chemin différent de celui observé à partir de la protéine solubilisée.
Ces études montrent l'importance des interactions entre bactériochlorophylles pour l'oligomérisation et le fonctionnement des protéines antennes dans leur “milieu naturel”

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Alonso, Maria Silvia. "Étude des cinétiques de la dégradation anaérobie des acides volatils en réacteur fluidisé fermé : influence de la température." Montpellier 2, 1988. http://www.theses.fr/1988MON20040.

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Lopez, Hector Matias. "Influence of the coupling between flow and bacteria on the fluid rheology and on bacterial transport." Thesis, Paris 11, 2015. http://www.theses.fr/2015PA112168.

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Le transport des micro-organismes, comme par exemple les bactéries, par un fluide se retrouve au centre de thématiques de recherche dans des domaines aussi variés que de la biologie, l’écologie, l’ingénierie et la médecine.Ce manuscrit résume mon étude expérimentale du couplage entre le mouvement microscopique de la nage des bactéries et le mouvement advectif de l’écoulement.La première partie du manuscrit porte sur la rhéologie des suspensions d’E. coli sous faible taux de cisaillement. Pour cette condition, j’ai montré que les perturbations hydrodynamiques induites par la nage réduisent fortement la viscosité. Cet effet peut-être si important pour qu’il soit suffisant pour compenser entièrement la perte visqueuse due au cisaillement.La seconde partie traite des expériences d’écoulement réalisées dans un canal capillaire. Pour cette géométrie, j’ai examiné le couplage pour des écoulements caractérisés par un plus fort taux de cisaillement. Le suivi des trajectoires et le dénombrement des bactéries m’ont permis de mettre en évidence l’existence d’une composante de vitesse normal à la direction de l’écoulement. Cette dernière montre que les bactéries suivent des trajectoires hélicoïdales qui s’enroulent autour du centre du capillaire d’une façon antihoraires. Cette nouvelle composante est corrélée à la migration préférentielle des bactéries dans une couche de localisation proche de la paroi du canal.Les couplages rhéotactiques bactéries/fluide que j’ai étudiés doivent avoir des conséquences potentielles sur le transport en géométries plus complexes qui mériteraient une étude particulière
The question of transfer and spreading of living microorganisms, such as motile bacteria, is of interest in biology and ecology, but also in engineering and medicine.The way in which the background flow affects the behavior of these bacteria and how it impacts the bacterial transport through complex systems and on the macroscopic properties of the fluid remains unclear and little studied.In this thesis, I present an experimental investigation of the coupling between the local bacteria-driven motion and the fluid advection.In a first part, I investigate the rheological response of E. coli suspensions when subjected to weak flows (low shear rates). I show that, in particular conditions, the microscopic perturbations caused by the bacteria highly impact on the macroscopic viscosity of the suspension, leading to a striking viscosity decrease and eventually overcoming the dissipative effects due to viscous loss. I also identify the relevant time scales defining this viscosity decrease.In a second part, I perform experiments in a capillary channel and analyze the coupling for stronger flows (higher shear rates), at which bacteria were found not to impact on the macroscopic viscosity. Instead, by analyzing the bacterial trajectories under flow, I evidence a breakage of the symmetry of this trajectories which, characterized by a preferential migration, causes the localization of the bacteria in a layer that extends over a significant distance from the surface, and thus potentially influencing the bacterial transport in complex systems

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Dehkal, Gamra. "Influence de NaCl et KCl sur la croissance et la survie de deux bactéries du genre Arthrobacter : contenu intracellulaire en présence de NaCl." Lyon 1, 1986. http://www.theses.fr/1986LYO10516.

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Hamiot, Audrey. "Crust des spores de Bacillus subtilis : voies de biosynthèse et influence des conditions de sporulation sur sa structure et les propriétés de surface des spores." Electronic Thesis or Diss., Université de Lille (2022-....), 2023. http://www.theses.fr/2023ULILR033.

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Les bactéries du groupe Bacillus subtilis sont des bactéries sporulantes responsables de contamination récurrentes au sein des industries agro-alimentaires. La capacité des spores de B. subtilis à résister à des conditions environnementales extrêmes et à adhérer aux surfaces explique la persistance de ces bactéries au sein des chaines de transformation. Chez B. subtilis, la couche la plus externe des spores est le crust. Le crust est composé de protéines et de glycanes et il confère aux spores leur propriétés de surface et d'adhésion. Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés aux gènes impliqués dans la biosynthèse des glycanes du crust. Nous avons mis en évidence que les gènes spsM et spsCDEFG codent les enzymes formant la voie de biosynthèse de l'acide legionaminique (Leg), un acide nonulosonique nécessaire à l'assemblage du crust. En absence de Leg, les spores sont plus hydrophobes, plus adhérentes et moins chargées à leur surface. Nous avons également montré que les gènes cgeB et cgeD, qui codent des glycosyltransférases putatives, sont nécessaires à la formation du crust. Les mutants de ces gènes produisent des spores qui sont plus hydrophobes et plus adhérentes et leur crust contient moins de rhamnose et d'acide legionaminique. Le second objectif de cette thèse a été d'étudier l'impact des conditions de sporulations sur les propriétés de surface et d'adhésion des spores. Nous avons montré qu'une carence en cation divalents (Ca2+ ou Mg2+), une disponibilité en oxygène réduite, la présence d'agents oxydants ou un environnement acide lors de la sporulation entrainent la production de spores plus hydrophobes et adhérentes. Nous avons démontré que ces modifications des propriétés de surface sont généralement associées à des modifications de la structure et/ou de la composition du crust. Le crust des spores produites dans un milieu de sporulation carencé en Ca2+ ou Mg2+ ou dans des conditions d'oxygénation réduite contiennent des quantités plus faibles de rhamnose et d'acide légionaminique. Nous avons également montré qu'une plus faible disponibilité en oxygène ou l'ajout de peroxyde d'hydrogène pendant la sporulation diminue la quantité de deux protéines du crust (CgeA et CotY) et que les changements observés dans ces conditions pourraient être dus à la répression de la transcription des gènes impliqués dans la synthèse du crust en phase stationnaire tardive. Le fait que les conditions de sporulation affectent la facilité avec laquelle les spores contaminent les surfaces pourrait expliquer la récurrence de la contamination des chaînes de transformation alimentaire par les spores de B. subtilis
Bacillus subtilis are spore-forming bacteria responsible for recurrent contamination in the food industry. The ability of B. subtilis spores to resist extreme environmental conditions and to adhere to surfaces explains the persistence of these bacteria in processing plants. In B. subtilis the outermost layer of the spores is the crust. The crust is composed of proteins and glycans and gives the spores their surface and adhesion properties. In this study we investigated the genes involved in the crust glycans biosynthesis. We have shown that the spsM and spsCDEFG genes encode the enzymes forming the biosynthesis pathway of legionaminic acid (Leg), a nonulosonic acid required for crust assembly. In absence of Leg, spores are more hydrophobic, more adherent and less charged on their surface. We also demonstrated that the genes cgeB and cgeD encode putative glycosyltransferases required for crust biosynthesis. Mutants of these genes produce spores that are more hydrophobic and adherent and their crust contains less rhamnose and legionaminic acid. The second objective of this study was to investigate the effect of sporulation conditions on the surface and adhesion properties of spores. We have shown that a depletion in divalent cation, a lower oxygen availability, the presence of oxidizing agents or an acidic environment during sporulation lead to the production of more adherent and hydrophobic spores. We have shown that these changes in surface properties are generally associated with changes in crust structure and/or composition. The crust of spores produced in a Ca2+ or Mg2+ deficient sporulation medium or under reduced oxygenation conditions contain lower amounts of rhamnose and legionaminic acid. We also showed that lower oxygen availability or the addition of hydrogen peroxide during sporulation decreases the amount of two crust proteins (CgeA and CotY) and that the changes observed under these conditions could be due to the repression of transcription of genes involved in late stationary phase crust synthesis. The fact that sporulation conditions affect the ease with which spores contaminate surfaces could explain the recurrence of contamination of food processing chains by B. subtilis spores

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Vinçon-Laugier, Arnauld. "Influence des paramètres environnementaux sur la biosynthèse d’éthers de glycérol bactériens : étude de modèles biologiques et exemples d’applications (paléo)environnementales." Thesis, Lyon, 2017. http://www.theses.fr/2017LYSE1081/document.

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Certaines Bacteria synthétisent des phospholipides particuliers dont la structure possède des caractéristiques communes aux lipides des Bacteria et des Archaea : les éthers de glycérol bactériens (AGE). Le caractère singulier de ces lipides et leur structure chimique thermostable leur permettent d'être assez bien préservés dans l'environnement à la mort des cellules, et suggèrent leur potentiel à constituer de bons marqueurs biogéochimiques et/ou environnementaux. Cependant, très peu d'informations sont actuellement disponibles concernant les modes de formation et le rôle des AGE dans les membranes bactériennes. Au cours de cette thèse, nous avons étudié la composition lipidique de différentes souches pures de bactéries anaérobies sulfato-réductrices capables de synthétiser des AGE et cultivées dans différentes conditions contrôlées de température, pH et salinité. Diverses modifications structurales des AGE ont notamment été mises en évidence en réponse à des variations des conditions de croissance, dont certaines spécifiques d'une adaptation, et linéairement corrélées, à la température ou à la salinité. Les différents résultats démontrent l'implication des AGE dans l'adaptation membranaire en réponse à des variations physico-chimiques du milieu, et permettent d'envisager l'utilisation de la distribution structurale des AGE dans des échantillons naturels comme indicateur de conditions environnementales. L'analyse de la composition en AGE d'échantillons issus de différents écosystèmes actuels et anciens, caractérisés par des conditions environnementales contrastées a permis de vérifier le potentiel de certains AGE à être utilisés comme indicateurs de variations de conditions (paléo)environnementales
Some Bacteria synthesize particular phospholipids, called glycerol ether lipids (AGE) which have a chemical structure at the intersection of the Bacteria and Archea domains. The singular nature of these lipids and their thermostable chemical structure allow them to be well preserved in the environment following bacterial lysis, and suggest their potential to constitute good biogeochemical and/or environmental biomarkers. However, very little information is currently available concerning the modes of formation and the role of AGEs in bacterial membranes. In this thesis, we studied the lipid composition of various pure strains of anaerobic sulfate-reducing bacteria able to synthesize AGEs, grown under various controlled conditions of temperature, pH and salinity. Various structural modifications of AGE were observed in response to variations in growth conditions, some of which being specific to, and linearly correlated with, changes in temperature or salinity. The results demonstrate the involvement of AGEs in membrane adaptation to changes in the physico-chemical conditions, and suggest the use of the structural distribution of AGEs in natural samples as an indicator of environmental conditions. The analysis of the AGE content of samples from different actual and past ecosystems, allowed confirming the potential of AGEs to be used as indicators of variations of (paleo)environmental conditions

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Valente, Jordan. "Impact du génotype de blé dans les interactions avec les rhizobactéries : quelle influence de la sélection variétale sur les relations entre plantes et bactéries phytostimulatrices ?" Thesis, Lyon, 2018. http://www.theses.fr/2018LYSE1335/document.

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Depuis 1960, la grande majorité des variétés de blé sont des variétés naines, présentant de nombreuses différences par rapport aux variétés plus anciennes. Elles sont capables de mieux utiliser les apports d’engrais synthétiques et présentent des rendements supérieurs. Cependant, peu d’intérêt a été porté au système racinaire et aux impacts sur les interactions avec les bactéries du sol. Pourtant, la main de l’Homme pourrait avoir rendu caduque les effets bénéfiques apportés par les PGPR (Plant Growth-Promoting Rhizobacteria) aux plantes, et les traits génétiques permettant les interactions entre plante et PGPR pourraient ne pas avoir été sélectionnés chez les génotypes de variétés modernes. L’hypothèse dans cette thèse est que les PGPR intéragiraient mieux avec des variétés anciennes qu’avec des variétés modernes. Nous avions à disposition 199 accessions de blé tendre représentatif des variétés de blés sélectionnées depuis le milieu du 19ème siècle. Par une approche de criblage, nous avons évalué in vitro la capacité de deux PGPR, Pseudomonas kilonensis F113 et Azospirillum brasilense Sp245, à coloniser les racines de ces génotypes de blé, et a y exprimer des gènes impliqués dans des fonctions bénéfiques pour la croissance de la plante. Par la suite nous avons testé si les résultats obtenus in vitro se traduisaient en une amélioration de la croissance du blé par une approche d’inoculation réalisée en sol. Enfin, une étude aux champs a été menée pour analyser l’impact des génotypes de blé sur les bactéries indigènes du sol. Ces travaux ont montré (1) une meilleure aptitude de F113 et Sp245 à interagir avec les génotypes anciens in vitro, (2) de meilleurs effets phytostimulateurs suite à l’inoculation de PGPR chez les génotypes de blés ayant présenté de bons résultats lors du criblage et (3) un impact du génotype de blé sur les bactéries indigènes associées à ses racines, notamment entre génotypes anciens et génotypes modernes
Since 1960, the great majority of wheat modern varieties are dwarf varieties (because of Rht genes), showing multiple differences compared to ancient varieties. Thus, they are more able to use synthetic fertilizers used in huge quantities since the mid-20th and show higher yield. However, few studies have been made regarding the impact of modern breeding on root systems and on interactions of crops with soil bacteria. Yet, these evolutions in agricultural practises could have reduced the beneficial effects brought by PGPR (Plant Growth-Promoting Rhizobacteria), and the genetic traits involved in these interactions between plant and PGPR may have not been selected in modern genotypes. Our work hypothesis in this thesis is that PGPR are more able to interact with ancient genotypes than modern ones. To test this hypothesis, we had 199 bread wheat accessions representative of the wheat varieties selected since the mid-19th. Using an in vitro screening approach, we assessed the abilities of two PGPR model strains, Pseudomonas kilonensis F113 and Azospirillum brasilense Sp245, to colonize the roots of these genotypes and to express genes involved in plant-beneficial functions. Then, we assessed whether the results obtained in vitro had a biological significance by measuring the amelioration of growth performance of wheat genotypes using a soil pot inoculation experiment under greenhouse. Finally, an in-field study was performed to analyse the impact of wheat genotypes on the indigenous bacterial communities. This work showed (1) a better ability of F113 and Sp245 to interact with ancient wheat genotypes than modern ones, (2) better growth performance improvements in wheat genotypes that showed good results during screening experiments and (3) an impact of wheat genotypes on indigenous bacterial communities, notably between ancient and modern genotypes

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Houzé, Guillaume. "Etude des propriétés rhéologiques et de la texture des yaourts : influence des particules incorporées à la matrice : cas des globules gras, bactéries et agrégats protéiques." Dijon, 2006. http://www.theses.fr/2006DIJOS013.

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Les gels laitiers obtenus par acidification (modèle type yaourt) sont des gels particulaires obtenus à partir de micelles de caséines. Les mécanismes à l'œuvre lors de l'établissement du réseau protéique ont été étudiés selon le type de particule incorporée à la matrice. Les particules ajoutées au lait à gélifier sont de trois sortes : globules gras, bactéries et agrégats de protéines sériques. Les propriétés rhéologiques et sensorielles des gels incorporant ces particules sont comparées à celles d'un gel référence sans particule ajoutée. Ainsi, l'addition de particules, de nature variable, a permis de déterminer l'effet de plusieurs paramètres physicochimiques : nature de la matière grasse, taille et nombre des globules gras - forme et caractéristiques physiologiques des bactéries - taille, hydrophobie, accessibilité des groupements sulfhydryles et potentiel zêta des agrégats sériques. De même, des aspects procédés en relation avec le moment d'incorporation ont été étudiés
This work deals with acid milk gels (yogurt model). These gels are particulate ones made of caseins micelles. The mecanisms involved in the set up of the gels are sequentially studied as related to the incorporated particle. The rheological and sensory properties modified by the presence of the particles are compared to a reference gel without particle. The added particles are the fat droplets, the bacteria and the whet protein aggregates. Thus, the addition of particle with different nature enables to determine the effect of several physicochemical properties: type of fat, size and number of fat droplets – shape and physiological properties of the bacteria – size, hydrophobicity, thiol accessibility and zeta potential of the whey protein aggregates. Some process aspects such as the moment chosen of the incorporation are studied too

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Jaouen, Thomas. "Etude structurale et fonctionnelle de porines générales et spécifiques de bactéries du genre Pseudomonas psychotrophes et mésophiles : influence de la température de croissance sur leurs comportements ionophores." Rouen, 2005. http://www.theses.fr/2005ROUES013.

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Chez des bactéries psychrotrophes et mésophiles du genre Pseudomonas, organismes ubiquitaires capables de se développer dans la plupart des environnements naturels, l'adaptation aux basses températures s'accompagne d'une diminution de la perméabilité membranaire, à laquelle participe la porine majoritaire aspécifique OprF : sa valeur de conductance unitaire majoritaire diminue lorsqu'elle est purifiée à partir de cellules cultivées à basse température, plutôt qu'à la température optimale de croissance. La protéine OmpA, homologue de l'OprF, issue de la bactérie psychrotrophe Erwinia carotovora ssp carotovora, présente deux états de conductance simultanés, qui ne présentent pas de différence significative en fonction de la température de croissance. Nos résultats suggèrent que ces protéines homologues peuvent adopter deux conformations alternatives, dont le repliement serait thermorégulé dans le cas de l'OprF, via des interactions intimes avec d'autres composants thermosensibles, comme le lipopolysaccharide. En revanche, aucune différence dans l'activité canal en fonction de la température de croissance n'a pu être observée pour des porines spécifiques, structuralement différentes, appartenant à la famille de l'OprD chez P. Fluorescens MF0. L'étude des séquences des gènes oprD, oprE1 et oprE3 chez différentes espèces de Pseudomonas montre une grande variabilité de ces protéines au niveau des longues boucles exocellulaires prédites, en contact direct avec le milieu environnant. Ceci indique que ces protéines pourraient constituer des canaux spécifiques pour un large éventail de substrats, et semble révéler d'autres aspects du potentiel d'adaptation des Pseudomonas
In psychrophilic and mesophilic bacteria from the Pseudomonas genus, organisms that can develop in the majority of the natural environments, adaptation to low growth temperature includes a decrease in outer membrane permeability, and the major non specific porin OprF participates to this phenomenon: its major conductance value decreases depending on whether it was purified from cultures grown at optimum or low temperature. The OprF-homolog OmpA from the psychrotrophic bacterium Erwinia carotovora ssp carotovora MFCL0 presents two simultaneous conductance states, wich differs slightly according to growth temperature. Our results suggest that these proteins could adopt two alternative conformations, and that folding is thermoregulated for OprF, via strong interactions with other thermosensitive components such as lipopolysaccharide. In contrast, no difference in channel forming properties according to growth temperature was observed for structurally different outer membrane proteins from the OprD family of specific porins in Pseudomonas fluorescens MF0. Sequence analysis of the oprD, oprE1 and oprE3 genes from various Pseudomonas species shares highly variable regions in the predicted long external loops that interact directly with the external medium. This suggests that these proteins are likely to be specific channels for a wide range of nutrients, and reveals others features of the Pseudomonas adaptation potential

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Krapf, Marie-Ève. "Agrégation de cellules bactériennes par des polymères cationiques (polyéthylèneimine) : influence de la masse moléculaire du polymère et de la présence/absence de surstructures exopolymériques bactériennes sur la déshydratation des boues biologiques." Thesis, Université de Lorraine, 2012. http://www.theses.fr/2012LORR0089/document.

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Après déshydration, les boues biologiques présentent en moyenne une siccité de 30%, ce qui pose d'importants problèmes environnementaux. Afin de comprendre les mécanismes physico-chimiques de rétention d'eau dans ces boues, nous les avons modélisées par une souche bactérienne pure présentant la particularité de produire ou non des surstructures, suivant sa température de culture. Les suspensions bactériennes ainsi obtenues ont été floculées par du polyéthylèneimine de différentes masses moléculaires. Des mesures de densité optique, mobilité électrophorétique, conductivité, pH, absorbance, granulométrie, ainsi que des observations en MET et AFM ont été effectuées. Cela nous a permis de caractériser la structure des agrégats ainsi obtenus et d'évaluer les influences relatives de la masse moléculaire du polymère ainsi que de sa concentration et de la présence/absence de surstructures sur l'agrégation de cellules bactériennes. Des mesures d'élasticité, de constante de raideur et de pression de turgescence ont été effectuées par spectroscopie de force, ce qui nous a permis de caractériser les propriétés nanomécaniques des agrégats. Dans un second temps, les suspensions floculées ont été déshydratées par centrifugation, procédé mis en oeuvre dans certaines station d'épuration. Des mesures d'élasticité et de viscosité (gradient de cisaillement infini) ont été effectuées par rhéologie. La corrélation de celles-ci avec des mesures de siccité nous a permis de conclure à un impact important des surstructures, de la masse moléculaire et de la concentration en polymère sur la déshydratation des boues biologiques
After dewatering, a biological sludge still contains an average water content of 70%, thus causing huge environmental problems. To achieve a better understanding of the mechanisms underlying physicochemical interactions inducing water retention in the sludge, the bacterial sludge was modeled by a pure strain producing or not surface appendages, depending on the growth temperature. These bacterial suspensions were flocculated by polyethyleneimine of various molecular weights. Measurements of optical density, electrophoretic mobility, conductivity, pH, absorbance, particle size, as well as AFM and TEM observations were performed. This allowed to characterize aggregates structures and to estimate the influence of molecular weight and concentration of polymer and presence/absence of surface appendages. Measurements of elasticity, spring constant and turgor pressure were carried out by force spectroscopy allowing to characterize nanomechanical properties of aggregates. In a second step, a dewatering of these flocculated suspensions was performed by centrifugation, process used in some wastewater treatment plants. Measurements of elasticity and viscosity were carried out by rheology. Correlations with dryness measurements allowed to conclude that the presence/absence of surface appendages, and also the molecular weight and concentration of the polymer have a significant impact on biological sludge dewatering

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Turon, Violette. "Coupling dark fermentation with microalgal heterotrophy : influence of fermentation metabolites mixtures, light, temperature and fermentation bacteria on microalgae growth." Thesis, Montpellier, 2015. http://www.theses.fr/2015MONTS201/document.

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La production de microalgues en hétérotrophie présente plusieurs avantages pour la production de biocarburants par rapport à la production autotrophe, comme une productivité plus importante en termes de biomasse et de lipides. Cependant, le développement industriel de ce procédé est limité par les coûts de productions associés au substrat organique (i.e. glucose) et à ceux liés à la stérilisation des fermenteurs. Les effluents de fermentation sombre, composés principalement d’acétate et de butyrate, pourraient être utilisés comme milieux de culture peu onéreux pour la culture hétérotrophe ou mixotrophe de microalgues. Les objectifs de cette thèse étaient i) de mieux appréhender la croissance algale sur des mélanges variés d’acétate et de butyrate en fonction de la présence ou l’absence de lumière et de la température de croissance et ii) d’évaluer la faisabilité d’utiliser des effluents de fermentation non stérilisés pour soutenir la croissance de microalgues oléagineuses. Tout d’abord, un modèle basé sur des bilans de masse a été construit afin de caractériser la croissance hétérotrophe de Chlorella sorokiniana et Auxenochlorella protothecoides (taux de croissance et rendements) sur des mélanges d’acétate et de butyrate. Les résultats ont montré que le rapport acétate:butyrate et la concentration en butyrate étaient deux paramètres clés pour soutenir la croissance hétérotrophe. Puis, il a été démontré que la présence de lumière et l’utilisation d’une température suboptimale (30 °C) pour la croissance algale permettaient de réduire l’inhibition du butyrate en permettant une production de biomasse autotrophe ou en améliorant la croissance sur acétate. Enfin, il a été montré que les microalgues peuvent être compétitives sur l’acétate lors de la croissance sur des effluents bruts de fermentation sombre en présence de bactéries fermentaires, grâce à la croissance rapide des microalgues sur acétate (1.75 j-1) et à un changement drastique des conditions de culture peu favorables à la croissance des bactéries d’origine fermentaire
Growing microalgae in heterotrophic mode present several advantages over autotrophic mode such as a higher productivity in terms of biomass and lipids for biofuels production. Nevertheless, this process is limited by the production cost associated with the organic substrate (i.e. glucose) and fermenters sterilization costs. Dark fermentation effluents, mainly composed of acetate and butyrate, could be used as a low-cost medium to grow microalgae heterotrophically or mixotrophically. The aims of this PhD were i) to optimize microalgae growth on various mixtures of fermentations metabolites using the presence or absence light and different cultivation temperatures and ii) to assess the feasibility of using unsterilized fermentation effluents. First, a model based on mass balance was built to characterize heterotrophic growth rates and yields when Chlorella sorokiniana and Auxenochlorella protothecoides were supplemented with different mixtures of acetate and butyrate. Results showed that the acetate:butyrate ratio and the butyrate concentration per se were two key parameters for promoting heterotrophic growth. Then, further studies showed that the presence of light and the use of suboptimal temperature (30 °C) could reduce the butyrate inhibition on growth by either triggering autotrophic production of biomass or enhancing growth on acetate. Finally, it was shown that microalgae could outcompete fermentation bacteria for acetate when growing on raw dark fermentation effluents, thanks to a fast algal growth on acetate (1.75 d-1) and a drastic change of culture conditions to the detrimental of bacterial growth

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Tauveron, Grégoire. "Propriétés de surface des spores de Bacillus cereus et capacité de contamination des équipements agro-industriels : influence des conditions environnementales." Compiègne, 2006. http://www.theses.fr/2006COMP1650.

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Bacillus cereus, responsable de toxi-infections alimentaires, est un contaminant fréquent des aliments traités thermiquement. En effet, outre ses capacités de résistance aux traitements thermiques et chimiques, la spore de B. Cereus a une forte capacité d'adhésion aux matériaux inertes comme l'acier, et représente donc un risque majeur de contamination des aliments. La maîtrise de l'hygiène des équipements passe par une meilleure connaissance des facteurs influençant l'adhésion et la résistance au nettoyage des spores de B. Cereus. L'adhésion des micro-organismes est liée à la leurs propriétés de surface qui peuvent varier selon les conditions environnementales rencontrées. Au cours de cette étude, nous avons mis en évidence une grande variabilité des propriétés de surface (morphologie, caractère hydrophobe, protéines de surface) des spores selon les souches. Ces différences sont associées à une variabilité importante de la capacité d'adhésion à l'acier et de résistance au nettoyage en place (NEP) entre les souches. La confrontation de ces données a montré que l'adhésion des spores est favorisée par la longueur des appendices, alors que la résistance au NEP est inversement proportionnelle à la taille des exosporia. L'utilisation de mutants (chez B. Cereus et B. Anthracis) nous a permis de mettre en évidence que les filaments en brosse de l'exosporium (constitués par BclA) inhibent la résistance au nettoyage. L'absence de la protéine ExsY empêche la mise en place de l'exosporium et se traduit par une diminution de l'adhésion et une augmentation de la résistance au nettoyage. Donc le risque de contamination des surfaces est plus élevé pour des souches ayant de longs appendices et un petit exosporium. Par ailleurs, les propriétés de surface des spores sont affectées par les conditions rencontrées par la bactérie. Nous avons étudié l'influence de conditions susceptibles d'êtres rencontrées par les spores dans les IAA. La sporulation à haute température ainsi que la sporulation en milieu liquide affectent respectivement la taille et l'intégrité de l'exosporium et entraînent une diminution de l'adhésion. De plus, l'application de conditions hydrodynamiques proches de celles rencontrées dans les industries agro-alimentaires induit un endommagement de l'exosporium plus ou moins marqué selon les conditions de sporulation. Cet endommagement conduit à une diminution de l'adhésion des spores couplée à une augmentation de leur résistance au nettoyage. Ces différences de comportement devront donc être prises en compte dans les procédures d'analyse des risques liés à la présence de B. Cereus
Bacillus cereus, responsible for food toxi-infections, frequently contaminates heated-processed foods. Indeed, beyond its resistance to heat and chemical treatment, the B. Cereus spore possesses a strong capacity to adhere to inert materials such as steel and therefore may be considered as a major food contamination risk. Mastery of equipment hygiene requires a deeper knowledge of factors which influence B. Cereus spores' adhesion capacity and their resistance to cleaning techniques. The adhesion of micro-organisms is linked to their surface properties, which may vary according to the environmental conditions they encounter. Ln the course of this study, we reveal a wide variability in surface properties (morphology, hydrophobia, surface protein content) from one spore strain to another. These differences are associated with a significant variability in each strain's capacity to adhere to steel and in its resistance to cleaning-in-place (CIP). Close examination of these data has shown that the longer their appendages, the stronger the spores' adhesion, whereas resistance to cleaning-in-place is inversely proportional to the size of the exosporia. The use of mutants (from B. Cereus and B. Anthracis) allowed us to show that brush-like exosporial filaments (made up of BclA) inhibit resistance to cleaning. An absence of the ExsY protein stops the exosporium from developing and leads to a consequent decrease in adhesion and an increase in resistance to cleaning. Thus, surface contamination risk is higher for strains with long appendages and small exosporia. Furthermore, spores' surface properties are affected by the conditions encountered by the bacteria. We have studied the influence of conditions likely to be encountered by spores in the agro-food industry. Sporulation at high temperature and sporulation in a liquid environment respectively affect the exosporium's size and integrity and result in lesser adhesion. Ln addition, the application of hydrodynamic conditions close to those encountered in the agro-food industry, induces greater or lesser damage to the exosporia according to the conditions in which they sporulated. This damage leads to a decrease in spore adhesion coupled with an increase in their resistance to eleaning. These behavioural differences must therefore be taken into account in analytical procedures applied in the determination of risk associated with the presence of B. Cereus

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Calas, Paul. "Adhérence de Streptococcus sanguis et de Prevotella intermedia à la dentine radiculaire de bovin. Influence des traitements de surface." Toulouse 3, 1994. http://www.theses.fr/1994TOU30116.

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Lors d'infections de l'endodonte des bacteries vont coloniser les canaux et adherer aux parois canalaires. Afin de mieux apprehender ce phenomene, et ainsi pouvoir tester de nouvelles therapeutiques, un modele d'etude original a ete developpe. Des bacteries sont mises en contact avec des blocs de racine d'incisives de bovin sur lesquels des cavites de faible profondeur sont taillees au depend de la dentine canalaire. Trois souches ont ete retenues: streptococcus sanguis (nctc 7863) et prevotella intermedia (nctc 93336 et sauvage). Apres trois heures d'incubation dans un milieu liquide a une concentration de 10. 9 cellules/ml, la surface canalaire est observee en microscopie electronique a balayage et les cellules y adherant sont comptabilisees. Deux series d'experimentations ont permis d'evaluer la fiabilite de ce modele: variations du ph du milieu (960 observations), a ph6, 7 et 8 il n'y a pas de difference concernant l'adherence de s. Sanguis. Traitement de l'etat de surface dentinaire (6060 observations) par des solutions d'hypochlorite de sodium a 6,25% et d'acide critique a 6% utilisees seules ou de facon combinee pendant 2 a 10 minutes. : 1) pour p. Intermedia, la souche sauvage a un potentiel de colonisation superieur a la souche de collection (f = 35,82) ; 2) c'est quand les parois canalaires sont tapissees de smear layer que les bacteries adherent le plus ; 3) l'adherence des cellules est independante de la nature de la dentine ; 4) c'est avec les chelateurs (acide citrique) que les meilleurs resultats sont obtenus. Ce modele permet donc de tester les solutions d'irrigation dans des conditions proches de la realite clinique.

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Ster, Céline. "Influence du microenvironnement sur l'expression des protéines de Staphyloccocus aureus : application pour la prévention vaccinale des mammites bovines." Tours, 2004. http://www.theses.fr/2004TOUR4006.

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Staphylococcus aureus provoque chez la vache laitière des infections mammaires subcliniques et chroniques qui, par leur fréquence et leurs pertes économiques, constituent une pathologie majeure pour ces animaux. Il n'y a pas de vaccins contre ces infections. Pour la mise au point d'un vaccin anti-mammite à S. Aureus composé de corps bactériens, des souches, représentatives de celles provoquant des mammites, ont été cultivées dans différentes conditions. Un protéome pour les protéines cellulaires de S. Aureus a été défini et des protéines différentiellement exprimées selon la condition de culture ont été caractérisées. Des gènes de facteurs de régulation et de virulence, préférentiellement exprimés selon les souches et les conditions de cultures, ont aussi été mis en évidence. Après immunisation de vaches avec différentes préparations vaccinales, la détection des anticorps anti-S. Aureus, la caractérisation des isotypes et la protection induite nous ont permis de choisir une préparation
Staphylococcus aureus is a major pathogen responsible of intramammary infections in cattle. It provokes chronic aud subclinical infections. Due to its frequency and to the economic losses they induce, mastitis is the most important pathology for cattle. No vaccine is available against S. Aureus mastitis. In order to develop a whole bacteria vaccine, reprensentative strains of S. Aureus causing mastitis were selected and cultivated in different growth conditions. A proteome for cellular proteins of S. Aureus was defined and preferentially expressed proteins according to growth conditions were characterized. Genes of some virulence and regulatory factors were also differentially expressed according to the strain and growth conditions. After immunization of cattle with different vaccinal preparations, antibodies anti S. Aureus, their isotypes and their capacity to enhance bactericidal activity were evaluated. One preparation was selected

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Lavergne, Céline. "Rôle (structure et fonction) des communautés procaryotes (bactéries et archées) dans le cycle de l’azote d’une vasière littorale du Pertuis Charentais : influence des facteurs biotiques et abiotiques par une approche multi-échelle." Thesis, La Rochelle, 2014. http://www.theses.fr/2014LAROS034/document.

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Dans les vasières intertidales dominées par les diatomées, la production primaire est particulièrement forte à marée basse. Ce microphytobenthos peut être limité par les nutriments azotés en lien avec les communautés de procaryotes impliquées dans le cycle de l’azote. Ainsi, ce travail de thèse cherche, via une approche écologique, à décrire le rôle des communautés de procaryotes benthiques notamment liées au cycle de l’azote et ce, suivant différentes échelles temporelles liées aux cycles du microphytobenthos. Des échantillons de sédiment ont été prélevés dans la baie de Marennes-Oléron (Côte Atlantique, France) entre 0 et 10 cm de profondeur suivant 5 couches (0-0,5 cm, 0,5-1 cm, 1-2 cm, 2-5 cm, 5-10 cm). Différents facteurs biotiques et abiotiques ont été mesurés et mis en relation avec la production bactérienne, les activités enzymatiques et les gènes fonctionnels liés au cycle de l’azote (impliqués dans la nitrification, la dénitrification et l’anammox). De plus, la diversité bactérienne et archéenne a été évaluée par pyroséquençage 454 afin de caractériser les communautés et leurs dynamiques en lien avec les facteurs forçants biotiques et abiotiques. Dans le but d’évaluer l’influence des paramètres abiotiques et de la production du microphytobenthos, des mesures in situ ont été couplées avec des mesures en conditions semi-contrôlées
In diatoms-dominated intertidal mudflats, at low tide the primary production is particularly high and microphytobenthos that can be limited by nitrogen-related nutrients is linked with N-related prokaryotic communities. Thus, this PhD thesis aim at describing by ecological approach, the role of benthic prokaryotic communities especially N-related ones, at various temporal scales linked to microphytobenthos life cycles. Sediment samples from Marennes-Oleron mudflat (Atlantic coast, France) were collected according to 5 layers : 0-0.5 cm, 0.5-1 cm, 1-2 cm, 2-5 cm and 5 to 10 cm below sediment surface (bsf). Various biotic (i.e. chlorophyll a) and abiotic parameters (i.e. nutrients, exopolymeric substances, water content, salinity, pH, temperature…) were recorded and linked with benthic bacterial production, enzymatic activities and N-related functional genes (i.e. implied in nitrification, denitrification, and anammox). Furthermore, the bacterial and archaeal diversity was assessed by 454 pyrosequencing in order to characterize the communities and shift in link with biotic and abiotic drivers. Aiming at evaluating the influence of abiotic parameters and microphytobenthic activities on the prokaryotic communities, in situ measurements were coupled to a semi-controlled approach

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Hillion, Mélanie. "Interactions peau/microbiote cutané : étude du microbiote cutané cultivable et influence de produits cosmétiques sur la virulence bactérienne. Apports de la technique de spectrométrie de masse MALDI-TOF." Rouen, 2013. http://www.theses.fr/2013ROUES024.

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A la surface de la peau se trouve un grand nombre de microorganismes formant une communauté, le microbiote cutané, jouant un rôle essentiel dans le maintien de la santé de l’hôte. Le syndrome de peaux sensibles est souvent associé à une altération de la fonction barrière de la peau mais sa relation avec le microbiote n’est pas connue. Une analyse comparative de la flore bactérienne cultivable d’individus présentant des peaux normale et sensible a été conduite. L’identification des isolats bactériens par spectrométrie de masse MALDI-TOF n’a pas permis de conclure à une association entre syndrome de peaux sensibles et dysbiose. L’industrie cosmétique propose une large gamme de produits de soins visant à améliorer les fonctions de la peau, mais leurs effets sur la flore cutanée sont peu documentés. Les effets de la nisine, agent conservateur naturel, et de composés actifs cosmétiques susceptibles d’être employés dans la formulation de produits destinés plus particulièrement au soin des peaux sensibles ont été évalués sur quatre souches bactériennes provenant de la peau : Staphylococcus epidermidis,Staphylococcus aureus, Pseudomonas fluorescens et Bacillus cereus. Les résultats obtenus montrent que la nisine, seule ou en association avec les peptides antimicrobiens endogènes, β-defensine-2 humaine et cathélicidine LL-37, peut entraîner une modulation de la persistance et de la virulence bactérienne. Les composés actifs cosmétiques peuvent influencer de différentes manières la physiologie des bactéries du microbiote cutané. Parallèlement, j’ai contribué au développement d’une technique d’imagerie MALDI-TOF de la peau, décrite en fin du manuscrit.

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Chablain, Patrice. "Etude biochimique et génétique d'une voie de dégradation des composés aromatiques par la souche psychrotrophe Pseudomonias putida 01G3 : influence de la température de croissance sur les capacités dégradatives." Compiègne, 1999. http://www.theses.fr/1999COMP1245.

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Sept souches de Pseudomonas ont été isolées à partir d'un sol pollué par du toluène pour leur capacité à dégrader ce composé à 10\c. Parmi celles-ci, la souche Pseudomonas putida 01g3 qui degrade le toluène à 4\c a été sélectionnée. La première partie de l'étude concerne la recherche de la voie de dégradation par des analyses physiologiques. Celle-ci est initiée par une dioxygénase périphérique proche de la toluène dioxygénase de p. Putida f1 (souche mésophile) et l'ouverture du cycle aromatique est réalisée par une catéchol 2,3-dioxygénase. La seconde partie a concerné la caractérisation génétique de la voie catabolique du toluène. Des expériences de mutagenèse avec le transposon mini-tn5lacz1 ont permis d'isoler 15 mutants tol. Les différents gènes ebd ont été clonés en deux fragments et séquences afin d'établir l'organisation génétique. Le premier renferme le gène ebdr dont le produit est une protéine de régulation positive impliquée dans la dégradation des alkylbenzènes. La seconde séquence renferme 6 orf dont les protéines putatives sont responsables de la dégradation de l'isopropylbenzène. Les gènes définis ebdaabcdbc codent respectivement pour une dioxygénase périphérique, une cis-dihydrodiol deshydrogénase et une catéchol 2,3-dioxygénase toutes similaires à celles présentées chez les souches Pseudomonas re204, jr1 et ip01. Le meilleur inducteur de la voie ebd est l'ethylbenzène. Dans la dernière partie, l'influence de la température sur les capacités dégradatives a été étudiée. Les cinétiques de croissance ont montré que la souche 01g3 ainsi que les souches dégradant l'isopropylbenzène minéralisent les alkylbenzènes de 4 à 30\c. Ces quatre souches sont psychrotrophes, alors que la majorité des souches connues jusqu'alors.

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Cury, Gisele Cristiane Gentile 1980. "Estudo molecular in vitro da transferência horizontal de genes entre as bactérias Haemophilus influenzae e Neisseria meningitidis." [s.n.], 2013. http://repositorio.unicamp.br/jspui/handle/REPOSIP/314455.

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Orientador: Marcelo Lancellotti
Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia
Made available in DSpace on 2018-08-23T12:32:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cury_GiseleCristianeGentile_D.pdf: 5956781 bytes, checksum: b28217e4d95beb4734f0357ed4181696 (MD5) Previous issue date: 2013
Resumo: O resumo poderá ser visualizado no texto completo da tese digital quando for liberada
Abstract: The abstract is available with the full electronic document when available
Doutorado
Bioquimica
Doutora em Biologia Funcional e Molecular

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Borrel, Valérie. "Influence du microenvironnement sur la virulence et la formation de biofilm de Cutibacterium acnes." Thesis, Normandie, 2019. http://www.theses.fr/2019NORMR035/document.

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L’acné vulgaris est considérée comme l’une des maladies de la peau les plus communes. Sa pathologie n’est pas encore totalement élucidée mais Cutibacterium acnes (précédemment Propionibacterium acnes), est considérée comme l’un des facteurs principaux de son développement. Cette bactérie est caractérisée par une importante variabilité génomique et les souches de ribotype 4 et 5 (RT4 et RT5) ont été associées à l’acné tandis que celles de RT6 sont considérées comme commensales. Les différences physiologiques de ces types de C. acnes en fonction de leur environnement (différents milieux de culture) a été étudiée. De plus, un lien a été décrit entre l’acné et le stress, l’utilisation de produits cosmétiques sans conservateurs est en plein essor et les bactéries sont capables de réagir à des facteurs locaux par des changements métaboliques importants. Dans ce contexte, l’impact de deux catécholamines et de deux produits cosmétiques a également été testé. Cette étude montre que les différents types de C. acnes sont adaptés à des niches écologiques différentes : les souches acnéiques semblent adaptées à un développement dans les glandes sébacées tandis que les souches commensales se trouveraient plutôt en surface et en haut du follicule pileux. De plus, le type acnéique semble associé à un potentiel inflammatoire plus important, ce qui conforte sa possible implication dans l’acné. Les catécholamines (épinéphrine et norépinéphrine) peuvent stimuler leur capacité de formation de biofilm et C. acnes traité avec ces molécules peut stimuler la lipogenèse des sébocytes. Un lien pourrait donc être fait entre le stress et le rôle potentiel de C. acnes dans l’acné. D’autre part, cette étude montre également que le biofilm de C. acnes peut être diminué en présence d’eau thermale d’Uriage et/ou d’un polysaccharide riche en rhamnose (PS291®)
Acne vulgaris is one of the most common skin diseases. Its pathogenesis is still unclear but Cutibacterium acnes (former Propionibacterium acnes) is considered as essential for its development. This bacterium is characterized by high genomic variability and some strains as ribotype 4 and 5 (RT4 and RT5) strains are highly associated with acne whereas RT6 strains are enriched in healthy skin. The physiological differences between these C. acnes types were evaluated dependently of their environment (culture media). Moreover, a link between acne and stress has been described, the use of preservative-free-cosmetics is burgeoning and bacteria can react to local factors by important metabolic changes. In this respect, two catecholamines and two cosmetic compounds were also tested. This study shows that the different C. acnes types are adapted to different ecological niches: acneic strains are adapted to sebaceous glands whereas non-acneic strains are more adapted to the skin surface and the upper hair follicle. Moreover, the acneic type seems associated to a more important inflammatory potential, which consolidates its possible implication in acne. The catecholamines can stimulate its biofilm formation and C. acnes treated by these molecules can stimulated the lipogenesis in sébocytes. Then, this study highlights the existence of a link between stress and the potential role of C. acnes in acne. Elsewhere, this study shows that the biofilm of C. acnes can be inhibited by Uriage thermal water and/or a rhamnose-rich polysaccharide (PS291®)

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