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Дисертації з теми "Association avec les protéines"
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Carre-Llopis, Albert. "Protéines de différenciation des acini pancréatiques : leur association avec le développement et la cancérisation du pancréas, isolement et caractérisation." Paris 11, 1986. http://www.theses.fr/1986PA112099.
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This work is a study of hamster foetal pancreatic proteins. These proteins were detected with an antiserum raised against foetal or neonatal pancreatic homogenates. They are highly specific of acinar cells. They are associated with gestational stages and pancreatic development. In a foetus a reaction is observed from the 9th day of gestation. The proteins were not found after the l0th day after delivery. The expression reaches a peak between the 14th day of gestation and the day of birth (16th day). A study of pancreatic chemical carcinogenesis showed a reexpression of these proteins at very early stage ; this reexpression persists throughout the neoplasic transformation. A good corelation between presence of the proteins and tumoral transformation was established by pancreas grafts into syngeneic individuals. Our results suggest that pancreatic adenocarcinoma might originate in acinar cells. Western blot results indicate a great heterogenity of the foetal extract, with relative molecular weights (Mr) ranging from 17 x 10-3 to 110 x 10-3. The homogenate includes two major proteins of 58 x 10-3 and 80 x 10-3, which were isolated by affinity chromatography on Concanavalin A combined to preparative e1 ectrophoresis. Some of the foeta1 proteins enter the circulation in over 80 % of tumor bearing hamsters long before a tumor can be detected. In conclusion, acinar cells contain specific proteins: differenciation proteins associated with an early stage of pancreas neoplasic transformation.
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Dairou, Julien. "Porphyrines di-sulfonées : propriétés en solution ; interaction avec des protéines et photo-dommages ciblés sur la glycoprotéine GP120 du VIH." Paris 7, 2003. http://www.theses.fr/2003PA077031.
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Marron-Brignone, Lucile. "Association et rétention d'une protéine enzymatique avec des films de type Langmuir-Blodgett : interactions lipide - protéine entre la luciférase de luciole et des films d'acides gras, de phospholipides et de glycolipides." Lyon 1, 1997. http://www.theses.fr/1997LYO10337.
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Ce travail concerne l'association d'une enzyme selon differents procedes (adsorption ou inclusion) avec des films langmuir-blodgett (lb) construits avec differentes molecules amphiphiles (acide docosanoique, dppa/dppc, glycolipide de synthese le (3,6,9,12-tetraoxa-10-undecyloxymethyl) -tricosyl 2 -acetamido- 2 -desoxy--d-glucopyranoside). L'influence des films lipidiques a ete etudiee sur les proprietes de l'enzyme. La luciferase de luciole, enzyme de bioluminescence, est adsorbee sur les surfaces hydrophile ou hydrophobe des films. Associee a ces environnements lipidiques, la luciferase est active mais son comportement cinetique est different de celui qu'elle a en solution aqueuse. Ceci nous a permis de montrer l'existence de deux populations d'enzyme adsorbees, une population specifiquement liee et une population non specifiquement liee. La luciferase s'adsorbe preferentiellement sur les surfaces hydrophiles, mais quelle que soit la nature de cette surface, on observe une mauvaise retention de la proteine. Pour inserer la luciferase, des vesicules glycolipidiques sont utilisees comme vecteur de la proteine a l'interface air / eau afin de former un film interfacial proteo-glycolipidique transferable sur un support solide. Ce procede permet d'integrer seulement la population de proteine specifique au sein des films avec une retention optimale. Une etude complementaire a ete realisee sur le comportement interfacial de plusieurs glycolipides de synthese. Selon la balance amphipathique de ces molecules, les monocouches existent dans un etat expanse ou condense ; dans ce dernier cas la structure du glycolipide peut induire un phenomene de sursaturation au moment de la phase de transition. Les groupes saccharidiques etant tres hydrates, un seul glycolipide a pu etre transfere sur une surface particuliere constituee par des groupes carboxyliques ; c'est celui qui a ete utilise pour l'etude de l'association de la luciferase.
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Perard, Julien. "Etudes structurales et fonctionnelles de l'IRES du VHC en association avec le motif de reconnaissance à l'ARN de la sous-unité b du facteur eIF3." Phd thesis, Université Joseph Fourier (Grenoble), 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00436687.
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L'IRES du VHC est organisé en une structure secondaire, complexe et hautement conservée, qui comprend quatre domaines distincts (I-IV). Cette organisation permet la liaison directe du facteur d'initiation eucaryote eIF3 et de la sous-unité 40S du ribosome. Le facteur d'initiation eucaryote eIF3 est un complexe de 13 protéines (~ 800 kDa). Certaines de ses sous-unités montrent une affinité pour l'ARN, et parmi elles deux possèdent des motifs de reconnaissance à l'ARN (MRR) : eIF3b (aa : 185-268) et eIF3g (aa : 239-317). Afin de déterminer l'implication de ces motifs dans l'interaction ARN-protéine, nous avons cloné les domaines contenant ces motifs MRR, ainsi que les protéines entières eIF3b et eIF3g. Nous avons ensuite étudié l'interaction de l'ARN et/ou domaines d'ARN avec le complexe eIF3 et/ou protéines ou domaines protéiques en utilisant la méthode de rétention sur filtre. Nous avons ainsi calculé les différentes constantes apparentes de dissociation entre : eIF3/IRES, eIF3b/IRES et MRR-eIF3b/IRES. Ces résultats montrent que la sous-unité eIF3b se lie directement au domaine III de l'IRES via son motif MRR situé dans le domaine N-terminal. Dans un deuxième temps, nous avons utilisé la spectroscopie RMN pour identifier précisément les acides aminés impliqués dans la reconnaissance de l'ARN viral. En utilisant différentes techniques telles que FBA, RMN et SAXS, il s'avère que le domaine IIId (30 nucléotides) représente le motif minimum impliqué dans l'interaction MRR-eIF3b/IRES. Enfin, la technique de SAXS a été mise à profit pour étudier la structure tridimensionnelle de l'IRES libre en solution.
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Ries, Catherine. "Les développements récents de la chimie du manganèse et de ses dérivés." Strasbourg 1, 1985. http://www.theses.fr/1985STR10494.
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Frouin, Isabelle. "Analyse fonctionnelle des protéines de la réplication de l'ADN et de leur association dynamique avec les complexes Cdk / cycline au cours du cycle cellulaire des cellules humaines : modulation de la réponse apoptotique aux anti-folates dans des cellules humaines, déficientes dans la réparation des mésappariements de nucléotides ("DNA mismatch repair")." Paris 7, 2001. http://www.theses.fr/2001PA077195.
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Morette, Annie. "Protéines nucléaires et chromatiniennes : glycosylation : interaction avec la tubuline." Lyon 1, 1987. http://www.theses.fr/1987LYO10097.
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Champeyroux, Chloé. "Caractérisation fonctionnelle de protéines en interaction avec l'aquaporine PIP2;1." Thesis, Montpellier, 2017. http://www.theses.fr/2017MONTT120.
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La conductivité hydraulique racinaire (Lpr) traduit la capacité de transport d’eau de la racine. Lors de son trajet du sol vers le xylème, l’eau diffuse au sein de l’apoplasme ou au travers des cellules (voie de cellule-à-cellule). Au niveau de l’endoderme, la diffusion apoplasmique de l’eau est bloquée par le cadre de Caspari et des lamelles de subérine. La voie de cellule-à-cellule dépend principalement de l’activité des aquaporines régulées en partie par des interactions protéiques. Ce travail caractérise de nouveaux interactants de l’aquaporine racinaire PIP2;1 : le récepteur kinase RKL1 et 4 protéines de fonction inconnue appartenant à la sous-famille 1 des Casparian Strip membrane domain Protein Like (CASPL1) (CASPL1-B1/B2/D1/D2). RKL1 est exprimée dans l’endoderme, est capable d’interagir physiquement avec PIP2;1 et stimule in vitro le transport d’eau par l’aquaporine. Cependant, l’inactivation de RKL1 n’affecte pas la Lpr sans que cela ne puisse être expliqué par une redondance fonctionnelle avec son plus proche homologue, RLK902. Une étude bibliographique suggère que l’interaction entre RKL1 et PIP2;1 interviendrait dans une voie de signalisation en réponse à une attaque pathogène. Concernant les CASPL, D1 est exprimé dans tous les tissus, alors que B1, B2 et D2 semblent uniquement exprimés dans des territoires subérisés. Ce profil suggère une implication de B1, B2 et D2 dans une régulation des aquaporines et de la subérisation. Au niveau moléculaire, D2, malgré son interaction physique avec PIP2;1, ne module pas le transport d’eau par l’aquaporine. En revanche, B1 interagit préférentiellement avec PIP2;1 sous une forme phosphorylée et stimule le transport d’eau par l’aquaporine. Au niveau de la plante entière, l’inactivation d’un ou deux gènes CASPL n’affecte ni la Lpr., ni la subérisation. Par contre, l’inactivation de PIP2;1 et PIP2;2 révèle un effet inhibiteur de ces aquaporines sur la subérisation. Cette étude a permis de décrire de nouveaux mécanismes originaux de régulation des aquaporines. Elle pose également, la question de l’existence d’une relation entre les transports d’eau par la voie apoplasmique et par les aquaporinesThe root hydraulic conductivity (Lpr) reflects the water transport capacity of the root. During its transfer from the soil to the xylem, water can diffuse in the apoplasm or through the cells (cell-to-cell pathway). At the endodermis, the apoplastic diffusion of water is blocked by the Casparian Strip and suberin lamellae. The cell-to-cell pathway mainly relies on aquaporin activity which can be regulated by protein interactions. This study aims at characterizing new interactants of the root aquaporin PIP2;1: the receptor kinase RKL1 and 4 proteins of unknown function belonging to the Casparian Strip membrane domain Protein Like 1 sub-family (CASPL1-B1/B2/D1/D2). RKL1 is expressed in the endodermis, can physically interact with PIP2;1 and stimulates its water transport function in vitro. However a loss-of-function of RKL1 does not affect the Lpr., independently of a putative functional redundancy with its closest homolog RLK902. Concerning CASPL, D1 is expressed in every tissue of the root whereas B1, B2 and D2 appear to be specifically expressed in suberized tissues. This suggests a putative role of these isoforms in aquaporin regulation and suberisation. At the molecular level, D2 does not modulate PIP2;1 water transport activity despite a physical interaction between the two partners. By contrast, B1 interacts with PIP2;1 preferentially in its phosphorylated form and enhances the water transport activity of the aquaporin. At the plant level, disrupting one or two CASPL genes neither impact the Lpr nor affect the suberisation. However, the loss of function of both PIP2;1 and PIP2;2 reveals a negative effect of these aquaporins on suberisation. In conclusion, this study, uncovered novel regulation mechanisms of aquaporins. It also raises the question of the existence of a putative relationship between water transport by the apoplastic pathway and by aquaporins
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Mahtout, Hayette. "Interactions des bactéries parodontopathogènes avec les protéines régulatrices du complément." Thesis, Université Laval, 2012. http://www.theses.ulaval.ca/2012/28546/28546.pdf.
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Jaouen, Sandrine. "Les hémicaténanes d'ADN : interactions avec les protéines à boîte HMG." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066165.
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Takoudjou, Martin. "Intéraction du 7-acétyltaxol avec les protéines microtubulaires in vitro." Toulouse 3, 1987. http://www.theses.fr/1987TOU30021.
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Burte, Marthe-Emilie. "Rhinite : caractérisation et association avec la pollution atmosphérique." Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2018. http://www.theses.fr/2018SACLV004.
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Alors que la rhinite a un fort impact sur la santé publique, chez l’adulte, il n’existe pas de définition standardisée de la rhinite dans les études épidémiologiques. De plus, les facteurs environnementaux de la rhinite sont mal connus et, en particulier, il existe très peu d'études sur les effets à long terme de la pollution atmosphérique sur la rhinite chez l'adulte. Pour combler ces lacunes, nous avons utilisé les données de deux études épidémiologiques multicentriques européennes ayant des données détaillées sur la santé respiratoire et d'exposition annuelle individuelle à la pollution atmosphérique. Nos résultats ont montré que pour mieux caractériser la rhinite, il faut considérer l’ensemble des caractéristiques des symptômes nasaux, les comorbidités et la sensibilisation allergique, et ne pas limiter la maladie à une question ou à un test de sensibilisation allergique. Nous n'avons trouvé aucune association entre la pollution atmosphérique à long terme et l'incidence de la rhinite, mais nous avons montré que l'exposition à long terme à la pollution était associée à une augmentation de la sévérité de la rhinite, soulignant le besoin de contrôler les niveaux de pollution atmosphériqueWhereas rhinitis has an important public health impact, in adults there is no standardized definition of rhinitis in epidemiological studies. Furthermore, environmental factors of rhinitis are barely known, and in particular, there are very few studies on the effects of long-term exposure to air pollution on rhinitis in adults. To fill these gaps, we used data from two European multicentre epidemiological studies with extensive data on respiratory health and individual estimated exposures to long-term air pollution. Our findings showed that to better characterize rhinitis, one need to consider together all the characteristics of the nasal symptoms, the comorbidities and the allergic sensitization, and not to restrict the disease to one question or one allergic sensitization test. We found no association between long-term air pollution and incidence of rhinitis, but we showed that long-term exposure to air pollution is associated to an increased severity of rhinitis, emphasising that air pollution needs to be controlled
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Lurquin, Vanessa. "Développement d'une stratégie pour la production hétérologue et l'ingénierie de protéines végétales interagissant avec les lipides." Nantes, 2003. http://www.theses.fr/2003NANT2002.
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Les protéines de transfert de lipides (LTPs) et les puroindolines sont les principales familles de protéines de l'albumen du blé capables d'interagir avec les lipides. Ces protéines présentent des similarités structurales mais des activités biologiques et technologiques différentes. Pour explorer cette relation structurale, deux gènes synthétiques ltp et ind spécifiant la LTP1 et la puroindoline A ont été construits et exprimés en fusion traductionnelle avec la thiorédoxine dans le cytoplasme de différentes souches d'E. Coli. Les études de structure et d'activité montrent que seule rLTP exprimée dans la souche Origami était identique à la LTP1 de blé. Quant au système d'expression hétérologue de rIND, une méthode de purification des protéines de fusion TRX/IND a été élaborée. Cependant, une stratégie de purification des protéines rIND après clivage reste à définir. La puissance du système mis en place a été testée avec la construction d'une version chimère puroindoline-LTP1Lipid transfer proteins (LTP) and puroindolines are the major lipid binding proteins from wheat endosperm. These proteins display some structural similarities but different biological and technological activities. To explore this structural relationship, two synthetics genes, encoding wheat LTP1 and puroindoline A, were constructed and expressed as fusion proteins with thioredoxin in the cytoplasm of differents E. Coli strains. A purification strategy of rLTPs proteins was developed. Structure-activity studies showed that only the rLTP expressed in Origami strain had similar properties to wheat LTP1. For the rIND expression system, a purification method of fusion proteins TRX/IND was developed but a purification scheme of cleaved proteins should be finalized further. The efficiency of the genetic system was experienced through the construction of a chimeric version of puroindoline and LTP1
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Pouliquen, Gauthier. "Polymères amphiphiles pour la photostimulation de transitions sol-gel : synthèse, ètude en milieu dilué ou semi-dilué, associations avec une protéine ou des oligomères de cyclodextrine." Paris 6, 2003. http://www.theses.fr/2003PA066570.
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Rivier, François. "Dystrophines et protéines associées : structure, fonction et relation avec la pathologie." Montpellier 1, 1998. http://www.theses.fr/1998MON1T034.
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Deville, Célia. "Etude des états multiples des domaines WH2 en interaction avec l’actine par résonance magnétique nucléaire." Thesis, Paris 6, 2015. http://www.theses.fr/2015PA066326/document.
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Les domaines thymosineβ/WH2 sont une famille de protéines intrinsèquement désordonnées impliqués dans le remodelage du cytosquelette d’actine. Ces domaines de 20 à 50 acides aminés existent seuls ou au sein de protéines modulaires, isolés ou répétés. Ils exercent de nombreuses fonctions : ils séquestrent des monomères d’actine, promeuvent l’assemblage du filament, nucléent, fragmentent et coiffent les filaments. Tous les domaines WH2 interagissent de manière similaire avec l’actine via une hélice amphipathique N-terminale suivie d’un brin central et d’une région C-terminal plus ou moins longue et dynamique. Une étude antérieure a montré que la fonction des domaines βT/WH2 isolés était liée à la dynamique du complexe avec l’actine déterminée par une combinaison d’interactions intermoleculaires le long de l’ensemble de la séquence. Les mécanismes expliquant la multifonctionnalité des domaines WH2 répétés restent vagues. Ce travail de thèse présente tout d’abord la production d’actine recombinante, sauvage et mutée dans le système baculovirus/Sf9 pour la biologie structurale ainsi que le développement de stratégies de marquage isotopique en cellules d’insectes. La deuxième partie s’intéresse à la caractérisation structurale et dynamique de domaines WH2 seules en solution : deux domaines isolés et deux protéines contenant deux domaines WH2. Les hélices amphipathiques N-terminales sont partiellement repliées avec des populations variant selon les protéines. La préstructuration des régions C-terminales est plus variable, complètement désordonnée ou partiellement hélicoïdale selon les protéines. La dernière partie présente l’étude de l’interaction de ces protéines avec l’actineWH2 domains are a family of intrinsically disordered proteins involved in actin cytoskeleton remodeling. These short domains, isolated or repeated in various actin binding proteins display a low sequence identity and a large panel of functions such as sequestration of actin monomers, promotion of unidirectional assembly, nucleation, fragmentation, filament capping. All WH2 domains fold similarly upon actin binding. They form an extended interface along actin, with an amphipathic N-terminal helix followed by an extended central strand and a more dynamic C-terminal region. Previous work on single βT/WH2 domains showed that function was linked to the dynamics of the complex with actin which is determined by a combination of intermolecular interactions throughout the sequence. The multifunctionality of WH2 tandem repeats is still elusive. The present work first describes production of recombinant wild-type and mutant actin in insect cells and isotopic 15N-labeling for NMR spectroscopy. As a first step to gain insight into the folding upon binding mechanism of functionally different WH2 repeats, we investigated the conformational behavior of two single domains and two tandem repeats free in solution by NMR. The N-terminal amphipatic helix is partially formed but with various propensities depending on the proteins while the C-terminal region that may form an helix in the complex may be either completely disordered or partially formed in absence of actin. Investigation of WH2:actin interaction for the same four proteins is described in the last chapter
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Salladini, Edoardo. "Protéines V des henipavirus : caractérisation, interaction avec DDB1 et transitions de phases." Thesis, Aix-Marseille, 2018. http://www.theses.fr/2018AIXM0358.
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Pour contrecarrer la réponse humaine médiée par l'interféron les virus ont développé diverses stratégies. Chez les paramyxovirus, l’une de ces stratégies consiste à détourner le complexe cellulaire de l’ubiquitine ligase E3 pour favoriser la dégradation rapide des protéines STAT. Cette activité repose sur la capacité de la protéine virale V à lier DDB1, un composant du complexe ubiquitine ligase E. L'interaction entre V et DDB1 est donc une cible prometteuse pour des stratégies antivirales visant à neutraliser la capacité de ces virus à échapper à la réponse immunitaire innée de l'hôte. Les virus Nipah (NiV) et Hendra (HeV) sont des pathogènes humains de classe 4 appartenant au genre Henipavirus dans la famille des Paramyxoviridae. L'objectif de ma thèse était d'évaluer et de caractériser la capacité des protéines V des henipavirus à interagir avec DDB1 en tant que première étape vers le développement d'inhibiteurs qui pourraient être utilisés comme antiviraux. La protéine V comporte un domaine N-terminal désordonné (PNT), et un domaine C-terminal à doigts de zinc (ZnFD)In order to counteract the human interferon-mediated response, viruses have developed various strategies. One such a strategy, which is shared by several paramyxoviruses, consists in hijacking the cellular ubiquitin ligase E3 complex to promote the rapid degradation of STAT proteins. This activity relies on the ability of the viral V protein to bind DDB1, a component of the ubiquitin ligase E3 complex, thereby putting the latter in contact with STAT proteins. The interaction between V and DDB1 is therefore a promising target for antiviral strategies aimed at counteracting the ability of these viruses to escape the host innate immune response. The Nipah (NiV) and Hendra (HeV) viruses are biosafety level 4 human pathogens belonging to the Henipavirus genus within the Paramyxoviridae family. The objective of my thesis was to assess and characterize the ability of Henipavirus V proteins to interact with DDB1 as a first step towards the development of inhibitors that could be used in antiviral approaches. The V protein, whose sequence is conserved in NiV and HeV, is composed of two domains: an N-terminal disordered domain, called PNT, and a C-terminal zinc-finger domain (ZnFD)
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GREGOIRE, REGINE. "Experience d'un protocole de traitement par la zidovudine (retrovir*) avec ou sans association avec l'aciclovir (zovirax*)." Aix-Marseille 2, 1990. http://www.theses.fr/1990AIX20072.
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Louis-Alexandre, Antoine. "La texture des grains de mai͏̈s africains : détermination de la vitrosité et de la dureté : relation avec les propriétés physico-chimiques et avec l'obtention de produits de transformation." Toulouse, INPT, 1991. http://www.theses.fr/1991INPT020A.
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En vue d'une meilleure utilisation des mais africains en alimentation humaine, une caracterisation physico-chimique approfondie des grains et en particulier de leur texture (vitrosite et durete) a ete realisee. Des methodes de mesure quantitatives, reproductibles et simples de la vitrosite et de la durete sont proposees. D'autre part, certaines des relations observees entre les parametres physico-chimiques etudies different des resultats bibliographiques. C'est le cas pour vitrosite et caractere dente, criteres entre lesquels nous observons une correlation positive mais aussi entre la durete et la vitrosite, les deux parametres de texture des grains, entre lesquels nous n'observons un faible coefficient de determination. L'analyse des relations entre les fractions proteiques des albumens et leur texture montre que la vitrosite est correlee positivement a la teneur en alpha-zeine alors que la durete est correlee a la fois a la teneur en alpha-zeine et a la fraction insoluble, composee des glutelines additionnees des proteines residuelles. Ces constatations laissent a penser que la vitrosite et la durete n'ont pas les memes supports biochimiques et ne recouvrent pas la meme structure physique du grain. Par ailleurs, l'indice de durete parait etre le meilleur indicateur des rendements en produits de premiere transformation (production de semoules et de brisures de mais) et de deuxieme transformation (fabrication de couscous). Les mais les plus durs fournissent les particules les plus grosses et semblent les plus aptes a la production de couscous dans les conditions experimentales utilisees
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Nanak, Elizabeth. "Développement du concept d'affinité avec les ions métalliques immobilisés pour l'étude des protéines supramoléculaires." Compiègne, 1994. http://www.theses.fr/1994COMP749S.
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Le concept d'affinité avec les ions métalliques immobilises IMA a été appliqué à différentes méthodes telles que: la chromatographie (IMAC), le gel d'électrophorèse (image), le partage de phase (IMAP). Ces méthodes ont permis non seulement la purification des protéines mais aussi l'étude structurelle des protéines, par l'intermédiaire de leurs histidines de surface. Ces différentes méthodes ont été alors appliquées pour l'étude des protéines et des structures supramoléculaires : l'IMAC est intégrée dans une stratégie de purification de protéine recombinante contenant un segment C terminal polyhistidine. L'image est développée pour l'étude analytique et quantitative des protéines. Nous avons tout d'abord confirmé le rôle et le microenvironnement des histidines de surface dans l'interaction protéine-chélate métallique, par l'étude de cinq protéines modèles (les cytochromes C (de thon, de cheval, de candida krusei), les ribonucléases bovines pancréatiques a et b. L'image permet l'étude des modifications structurelles à la surface de la protéine, si celles-ci affectent le nombre et le microenvironnement des histidines accessibles. En guise d'application, nous avons étudié les dénaturations réversibles et irréversibles des ribonucléases. Ces protéines ainsi dénaturées présentent une différence d'affinité avec les chélates métalliques, montrant ainsi un changement structurel affectant les histidines de surface. L'IMAP est un système ouvert ne contenant pas de forces de cisaillement. L'IMAP est appliqué pour l'étude des cellules. Les cellules normales (érythrocytes, lymphocytes, fibroblastes) et leurs homologues pathologiques sont alors étudiées dans un système PEG 4. 5%/Dextran 5%, la phase riche en PEG contenant le ligand métallique. Ces cellules présentent des différences d'affinité avec les chélates métalliques. Ces variations d'affinité seraient dues à des changements à la surface cellulaire lors de la pathologie.
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Berthet, Cyril. "Études des relations des protéines BTG-APRO avec leurs partenaires CAF1 et PRMT1." Lyon 1, 2001. http://www.theses.fr/2001LYO1T231.
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Gambin, Yann. "Dynamique en milieux confinés : peptides et protéines en interaction avec des bicouches modèles." Paris 6, 2006. http://www.theses.fr/2006PA066609.
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Dif, Aurélien. "Auto-assemblages de quantum dots fonctionnalisés avec des membranes lipidiques ou des protéines." Rennes 1, 2007. http://www.theses.fr/2007REN1S165.
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L'objet de cette thèse concerne le ciblage entre des nanocristaux inorganiques hydrosolubles CdSe/ZnS (QD) et des membranes lipidiques ou des protéines. Dans cette optique, ont été préparés des QD peptidiques de petite taille pourvus de fonctions chimiques appropriées et possédant des propriétés optiques et une stabilité colloïdale satisfaisantes. Leurs interactions électrostatiques avec des vésicules de charge opposée induit l'adhésion des QD sur toute la surface de la vésicule sans rupture de la membrane. La charge de la vésicule est alors inversée. La modification des lipides ou de leur charge surfacique conduit à un assemblage hybride QDs-lipides nanostructurés. Par ailleurs des protéines HisTag ont été couplées spécifiquement à des QD peguylés, fonctionnalisés avec des ligands polyacétates, par complexation via le Ni²⁺, in vitro et sur des lignées cellulairesThis work concerns the targeting between water-soluble inorganic nanocristals CdSe/ZnS (QD) and lipid membranes or proteins. Therefore small-sized peptidic quantum dots with various chemical functionalities and high colloidal stability and quantum yield were prepared. Their electrostatic interaction with opposite charged vesicles induces QD adhesion until the total covering and charge reversion of the membrane surface without any rupture. The use of various lipids leads to an nanostructured hybrid QD-Lipid assembly. In addition, polyhistidine tag (HisTag) proteins were specifically bound to pegylated functionalized QD in vitro and on transfected HeLa cells by complexation via Ni²⁺ of the QD polyacetate ligands and the protein HisTag
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Elqaidi, Samir. "Etude de la spécificité d'interaction des protéines homologues Mlc et NagC avec l'ADN." Paris 6, 2008. http://www.theses.fr/2008PA066434.
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Les protéines homologues NagC et Mlc sont des régulateurs de la transcription des gènes d'utilisation des sucres chez E. Coli. In vitro, chacune des deux protéines peut interagir avec l'opérateur de l'autre alors qu'aucune régulation croisée n'a été détectée in vivo. Pour comprendre les aspects moléculaires de cette spécificité étroite, nous avons muté les opérateurs du gène ptsG qui est régulé par Mlc, et identifié deux caractéristiques principales permettant de basculer ce gène vers le régulon NagC. Afin de caractériser d'autres gènes régulés par NagC ou Mlc, nous avons effectué une analyse in silico dont les résultats suggéraient l'appartenance du gène galP au régulon NagC. L'étude de la région régulatrice de ce gène a montré que NagC réprime l'expression du gène galP en coopération avec GalR et GalS, isorépresseurs du régulon gal, et que ce contrôle correspondrait à un nouveau mode de régulation, impliquant les régulateurs spécifiques de deux voies métaboliques distinctes.
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Iung, Catherine. "Les propriétés fonctionnelles des protéines du lactosérum : Étude modélisée avec la beta -lactoglobuline." Nancy 1, 1988. http://www.theses.fr/1988NAN10152.
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L'amélioration des propriétés fonctionnelles des protéines est un des principaux moyens envisagé actuellement pour l'essor des industries de sa transformation. L'utilisation de concentrés protéiques de lactosérum industriels montre ici combien il est difficile d'apprécier les modifications physico-chimiques intervenant lors du traitement enzymatique ou thermique dans un mélange complexe. L'étude modélisée est alors réalisée avec la beta -lactoglobuline isolée par une méthode originale de fractionnement en "batch" du lactosérum. Différents traitements enzymatiques et thermiques sont appliqués et leur influence sur les propriétés de surface est analysée par mesure du pouvoir émulsifiant et de la tension superficielle, en prenant en compte les modifications structurales survenues. Des essais de proteo lyse de la beta -lactoglobuline native ou dénaturée (par réduction des ponts disulfurés ou traitement thermique en milieu acide) sont réalisés dans de multiples conditions de ph, de température et de rapport E/S en utilisant la "rennilase", la pepsine ou la trypsine. La beta -lactoglobuline est difficilement hydrolysable en raison de sa structure globulaire compacte et l'hydrolyse enzymatique n'induit pas d'amélioration du pouvoir émulsifiant. Le traitement thermique en milieu acide dilué entraîne un remaniement profond de la structure qui consiste principalement en des coupures de liaisons peptidiques et en des associations de fragments donnant des agrégats de poids moléculaire supérieur à celui de la beta -lactoglobuline. Ces produits montrent une activité à l'interface élevée, suite à une adsorption et un réarrangement plus efficace et des intéractions plus fortes au niveau du film interfacial. On enregistre une forte amélioration du pouvoir émulsifiant (augmentation de 100 %). Cette étude associée aux données récentes sur la structure tridimensionnelle de la beta -lactoglobuline, montre et explique le comportement de cette protéine vis-à-vis de l'hydrolyse enzymatique et du traitement thermique en milieu acide
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Tchalikian, Aurélie. "Caractérisation des protéines cellulaires interagissant avec l'intégrase du rétrotransposon Ty1 chez Saccharomyces cerevisiae." Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077006.
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Le rétrotransposon Tyl de Saccharomyces cerevisiae possède des analogies structurales et fonctionnelles avec les rétrovirus. Ces rétroéléments partagent notamment l'étape d'intégration, qui est catalysée par leur intégrase (IN) et ciblée vers des régions particulières du génome. Cette sélectivité d'intégration dépendrait d'une interaction entre leur IN et une ou plusieurs protéines cellulaires affines de l'ADN ou de la chromatine au site d'insertion. L'intégration de Tyl s'effectue dans une fenêtre d'une kilobase en amont des gènes transcrits par l'AR? polymérase III (Pol III) et dépend de la structure de la chromatine et de la transcription par la Pol II L'objectif de cette thèse est de caractériser les protéines interagissant avec l'IN de Tyl pour étudier leur rôle dans l'intégration. Nous avons identifié par crible double-hybride une interaction entre l'IN et les protéines AC40, Srl2 et Upc2 qui ont des fonctions liées au métabolisme de l'ADN. La protéine AC40 est une sous unité de la Pol III et pourrait donc jouer un rôle dans la sélectivité d'intégration. Nous avons confirmé l'interaction entre les deux protéines et défini le domaine minimal d'interaction de l'IN avec AC40. L fréquence de rétrotransposition de Tyl dans une souche exprimant une protéine AC40 n'interagissant pas avec l'IN n'est pas altérée, suggérant que l'interaction entre les deux protéines serait impliquée dans la sélectivité plutôt que dans l'efficacité d'intégration. A l'inverse, la fréquence de rétrotransposition diminue dans de souches dépourvues de Srl2 ou Upc2 indiquant que ces protéines joueraient un rôle dans l'efficacité de la rétrotranspositionIntegration is an essential step in the retrovirus life cycle and is catalyzed by the retroviral integrase (IN). It does not occur randomly throughout the host-cell genome but presents a pattern of preferred sites that is specific to each element. A common targeting mechanism has been proposed, based on the interaction of IN with cellular factors bound at preferential insertion sites. The Tyl LTR-retrotransposon of S. Cerevisiae is analogous to retroviruses in its structure and mode of replication. Tyl integrates in a window of one kilobase upstream of RNA polymerase III (Pol III)-transcribed genes. Tyl preference depends both on the chromatin structure and Pol III transcription. The aim of this work was to identify cellular cofactors of Tyl IN and to elucidate their role in Tyl integration. We discovered an interaction between Tyl IN and AC40, a subunit of Pol III in a two-hybrid screen, suggesting that AC40 could be involved in the selectivity of Tyl integration. We confirmed the interaction between the proteins and showed that the C-terminus part of IN is necessary and sufficient. The frequency of integration is not affected by the loss of interaction, suggesting that it may be involved in the selectivity of integration rather than the efficiency. We also identified Upc2 and Srl2 as Tyl IN interacting proteins and showed that the frequency of integration decreases two-fold in their absence, indicating that these proteins may also play a role in Tyl mobility
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Baslé, Emmanuel. "Détection d'interaction avec les protéines : synthèse de sondes polyfonctionnelles et application aux polyamines." Rennes 1, 2010. http://www.theses.fr/2010REN1S105.
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Le terme anglophone de "Chemical Biology" définit un domaine dont l'objectif principal est le développement d'outils chimiques pour la biologie. Dans ce domaine nous nous sommes intéressés à deux thématiques importantes : la modification de protéines endogènes et la synthèse de sondes polyfonctionnelles. Ce travail de thèse s’est plus particulièrement articulé autour de l’étude la biologie des polyamines. Il présente une approche originale puisqu'il allie à la fois méthodologie de synthèse et synthèse multi-étapes. L'objectif de ce travail est dans un premier temps de développer une réaction organométallique catalysée par les complexes de cuivre pour la N-arylation d'hétérocycles azotés. Son développement a permis de mettre au point des conditions optimales ayant été appliquées à la modification de protéines endogènes. Dans un second temps, des sondes bifonctionnelles et trifonctionnelles, dérivées des polyamines, ont été synthétisées. Ces molécules possédant des propriétés de fluorescence, d'affinité ou de photo-activation ont finalement été testées sur différents systèmes biologiquesChemical Biology defines a domain focused on the development of chemical tools for biology. Among this domain, our interests were directed toward two important areas: endogenous protein chemical modification and polyfunctional probes synthesis. This work was especially focused on the biology of polyamines. Its originality lies in the combination of methodology and multi-step synthesis. We first developped a copper catalyzed reaction for nitrogen heterocycles N-arylation. After optimization of reaction conditions, it was applied to endogenous protein chemical modification. Then bifunctional and trifunctional probes, derived from polyamines, have been synthesized. These molecules have fluorescent, affinity or photo-activatable moieties. They subsequently have been tested on different biological systems
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Egele, Caroline. "Etude de l'interaction de protéines rétrovirales du VIH-1 avec leurs cibles biologiques." Strasbourg 1, 2007. http://www.theses.fr/2007STR13173.
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Les protéines NCp7 et Tat du VIH-1 constituent des cibles pour de nouveaux traitements. Grâce à ses propriétés chaperonnes, NCp7 stimule le premier et le second saut de brin de la transcription inverse, en favorisant l’hybridation des séquences nucléiques TAR et PBS, respectivement. Nos études ont montré que i) les déterminants structuraux des activités chaperonnes portés par les deux doigts de zinc de NCp7 se retrouvent en partie dans le doigt unique et les domaines basiques adjacents de la NCp10 du MoMuLV, ii) NCp7 induit une déstabilisation limitée des séquences PBS, et active la formation d’homodimères boucle-boucle, ce qui est de nature à accroître la variabilité génétique du virus. Nous avons également montré que la liaison du zinc replie localement Tat, lui permettant d’induire la formation de microtubules stabilisés in vitro. Ainsi, la Tat zinguée serait la forme active in vivo, capable d’induire l’apoptose des lymphocytes T sains en inhibant la dépolymérisation des microtubulesNCp7 and Tat proteins represent ideal targets for new antiretroviral agents. Due to its chaperone activity, NCp7 stimulates the first and the second strand transfer during reverse transcription, by activating the annealing of the TAR and PBS sequences, respectively. We showed that i) the structural determinants of the chaperone activities scattered on the two NCp7 zinc fingers are partly encoded by the unique finger of MoMuLV NCp10 and its flanking basic domains, ii) NCp7 induces a limited destabilization of the PBS sequences, and directs the formation of “kissing” homodimers which could contribute to the viral genetic diversity. Then, we showed that zinc binding induces a local folding of the Tat peptide, enabling Tat to promote the formation of stable microtubules in vitro. Thus, the zinc bound Tat is likely the active form in vivo, able to induce apoptosis in non infected T-lymphocytes by preventing the microtubule depolymerisation
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Azevedo, Jacinthe. "Caractérisation d'une nouvelle famille de protéines susceptibles d'interagir avec une ARN polymerase plastidiale." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2005. https://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00011722.
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Les ARN polymérases de type phagique, codées dans le noyau (NEP; Nuclear Encoded RNA Polymerase), assurent une partie de la transcrIption du génome plastidial des végétaux supérieurs. Ces travaux mettent en évidence l'existence d'une nouvelle famille de protéines d'A. Thaliana susceptibles d"interagir avec les NEP des plantes dicotylédones: les protéines NIP (NEP Interacting Protein). Les protéines NIP sont retrouvées uniquement dans le végétaux supérieurs et leur synthèse est dépendante de la lumière. Elles présentent un domaine d'interaction protéine-protéine RING fmger en C terminal. Nous avons montré pour la première fois par inununodétection que ces protéines sont intégrées aux membranes thylacoïdiennes et qu'elles retiennent probablement les NEP plastidiales à la surface de la membrane. Cette interaction avec les membranes pourrait apporter une nouvelle vision du fonctionnement des NEP dans le chloroplastes des plantes dicotylédonesThe phage-like RNA polymerases, encoded in the nucleus (NEP; Nuclear Encoded RNA Polymerase) ensure partial!y plastidial genome transcription in higher plants. This work underlined the existence of a new protein family potentially able to interact with NEP in dicotyledon plants: NIP proteins (NEP Interacting Protein). NIP proteins are only present in higher plants and their synthesis is light dependant. Their C-terminal region presents a RINC finger protein-protein interacting domain. Using immundetection, we show the first time that NIP proteins are integrated into thylakoid membranes, keeping probably NEP close to the membrane on the stroma side. This association to membranes offers new insights into NEP activity in chloroplasts of dicotyledon plants
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Subramania, Gangadhara Suryasree. "L'interaction de SAM68 avec U1 snRNP régule l'épissage alternatif." Doctoral thesis, Université Laval, 2019. http://hdl.handle.net/20.500.11794/35714.
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Le profilage transcriptomique global des gènes humains a permis d'estimer que 95% des gènes subissent un épissage alternatif. L'épissage alternatif élargit la diversité de notre génome et le module par des mécanismes de régulation croisée. Les principales petites ribonucléoprotéines nucléaires (snRNP), à savoir U1, U2, U4, U6 et U5, catalysent l'excision des introns d'une manière concertée. Certains des modèles d'épissage prédominants par lesquels l'AS étend la diversité du génome incluent le saut d'exon, les exons mutuellement exclusifs, le site d'épissage alternatif 5' et la sélection du site d'épissage alternatif 3'. Les protéines de liaison à l'ARN (RBP) jouent un rôle majeur dans la régulation de l´épissage alternatif en modulant le recrutement des snRNP aux niveaux des séquences cis-régulatrices; (« enhancer » et « silencer ») situées dans les exons ou les introns. L´objectif actuel dans le domaine de l´épissage est d´établir un « code d´épissage » pour chaque RBP afin de permettre la prédiction de son type d´activité en fonction de la région liée. Des applications récentes à l'échelle du génome, telles que les microréseaux et l'ARN-Seq, ont mis en lumière des modèles d'épissage souvent négligés, tels que la polyadénylation intronique et la rétention intron. La protéine de liaison à l'ARN, SAM68, module l'épissage alternatif de mTor - qui code mTOR, le régulateur principal de la croissance cellulaire et de l'homéostasie. SAM68 favorise l'épissage intron 5 normal de mTor. Des pré-adipocytes chez des souris déficientes en Sam68 ont montré des défauts de différenciation et une diminution de l'engagement dans la lignée adipocytaire. Ces souris étaient maigres et insensibles à l'obésité d'origine alimentaire. L'analyse à l'échelle d'une micropuce du tissu adipeux blanc de souris Sam68-null a permis d'identifier une régulation à la hausse d'une isoforme tronquée de mTor ; mTori5, qui se termine par transcription dans l'intron 5, en raison d'un manque d'épissage au site 5´ d´épissage. Cependant, le mécanisme par lequel SAM68 régule les événements d'épissage, en particulier dans le contexte de la reconnaissance du site d'épissage, n'a pas encore été caractérisé à ce jour. Dans cette thèse de doctorat, je décris une étude approfondie sur le rôle de SAM68 et des régions d'amplificateur intronique dans mTor intron 5 dans la reconnaissance de son site d'épissage 5' amont. Mes résultats mettent en évidence un nouveau rôle du SAM68 dans la modulation du recrutement du snRNP U1 snRNP sur des sites d'épissage de 5'. Je décris la caractérisation biochimique de l'interaction de SAM68 avec U1A, le composant central du snRNP U1 et le rôle de la phosphorylation de la tyrosine SAM68 dans la modulation de cette interaction. Je décris également comment SAM68 par son interaction avec U1 snRNP joue un rôle crucial dans le masquage des signaux de polyadénylation intronique cryptique dans un sous-ensemble de gènes. Collectivement, cette étude contribuera à une meilleure compréhension des éléments introniques et du rôle de SAM68 dans les décisions cruciales en matière d'épissage.Global transcriptome profiling of human genes have led to the estimation that 95% of genes undergo alternative splicing. Alternative splicing expands the diversity of our genome and modulates it by cross-regulatory mechanisms. Major small nuclear ribonucleoproteins (snRNPs) namely U1, U2, U4, U6 and U5 catalyzes intron excision in a concerted manner. Some of the predominant splicing patterns by which alternative splicing expands genome diversity includes include exon skipping, mutually exclusive exons, alternative 5´splice site and alternative 3´splice site selection. RNA binding proteins play a major role in the regulation of alternative splicing by modulating snRNP recruitment and they do so by binding directly to pre-mRNA sequences called splicing enhancers or silencers that are located in exons and/or introns. A current goal in the splicing field is to establish a ‘splicing code’ for each RBP, whereby its activity, as in splicing activation or repression can be predicted based on its binding region relative to splice sites. Recent genome wide applications such as microarray and RNA-Seq have shed light on the often overlooked splicing patterns such as intronic polyadenylation and intron retention. The RNA binding protein, SAM68, modulates the alternative splicing of mTor – that encodes mTOR, the master regulator of cell growth and homeostasis. SAM68 promotes normal intron 5 splicing of mTor. Pre-adipocytes of Sam68 deficient mice showed differentiation defects and decreased commitment to adipocyte lineage. These mice were lean and unresponsive to dietary induced obesity. Exon-wide microarray analysis of white adipose tissue from Sam68-null mice identified upregulation of a truncated isoform of mTor; mTori5 , that transcriptionally terminates within intron 5 due to lack of splicing at the upstream 5´splice sites. However, the mechanism by which SAM68 regulates splicing events, particularly in the context of splice site recognition, has not been characterized till date. In this doctoral thesis, I describe an in-depth study on the role of SAM68 and the intronic enhancer regions in mTor intron 5 in the recognition of its upstream 5´splice site. My results uncover a novel role of SAM68 in modulating U1 snRNP recruitment at 5´splice sites. I describe the biochemical characterization of SAM68 interaction with U1A, the core component of U1 snRNP and the role of SAM68 tyrosine phosphorylation in modulating this interaction. I also describe how SAM68 by its interaction with U1 snRNP plays a crucial role in masking cryptic intronic polyadenylation signals in a subset of genes. Collectively, this study will contribute to advanced understanding of intronic elements and the role of SAM68 in affecting crucial splicing decisions.
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Hervé, Mireille. "Étude conformationnelle de l'alpha-antiprotéase et de son complexe avec l'élastase pancréatique." Paris 11, 1988. http://www.theses.fr/1988PA112123.
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Les transitions de dénaturation-renaturation l'équilibre, induites par le chlorure de guanidinium de l’α1 antiprotéase humaine active ou protéolysée, de l'élastase pancréatique porcine et de leur complexe covalent ont été étudiées par trois méthodes spectroscopiques: émission de fluorescence, spectrophotométrie de différence d'absorption dans l'ultra-violet et dichroïsme circulaire. La réversibilité de la dénaturation a également été étudiée par mesure du pouvoir inhibiteur de l’α1, antiprotéase ou par le retour des propriétés antigéniques. Des formes intermédiaires correspondant à des modifications conformationnelles intervenant dans la région contenant les résidus de tryptophane ont été mis en évidence avec l’α1, antiprotéase active ou protéolysée. De plus, la forme protéolysée de l'inhibiteur est stabilisée vis-à-vis du dénaturant par rapport à forme active. Dans le complexe, le comportement de l’α1 antiprotéase est comparable à celui de la forme protéolysée et la stabilité conformationnelle de l’élastase semble diminuée par rapport à celle de la proteine libre.
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Labourel, Hervé. "La donovanose et son association avec le VIH en Guyane françaisel." Bordeaux 2, 1995. http://www.theses.fr/1995BOR2M148.
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Arcemisbehere, Laure. "Mise au point d'une stratégie de production de récepteurs couplés aux protéines G fonctionnels en quantités compatibles avec des études structurales." Montpellier 1, 2007. http://www.theses.fr/2007MON1T021.
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Les récepteurs couplés aux protéines G (RCPG) représentent la plus grande famille de protéines membranaires avec plus de 800 membres identifiés. Ils sont exprimés de manière ubiquitaire dans les cellules eucaryotes et impliqués dans la plupart des fonctions physiologiques. Ainsi, ils sont la cible de 50% des médicaments sur le marché. Malgré leur intérêt fondamental et thérapeutique, une seule structure tridimensionnelle est disponible ce qui limite la compréhension des relations structure-fonction pour les autres RCPG. Ce manque d'informations structurales est dû à leur faible niveau d'expression. Nous avons développé une stratégie de production de RCPG fonctionnels en quantité compatible avec des études structurales, basée sur l'accumulation des récepteurs sous forme de corps d'inclusion dans le cytoplasme d'Escherichia coli grâce à l'utilisation d'un nouveau partenaire de fusion, un fragment de l'intégrine alpha 5 humaine. Ce partenaire, le plus efficace jamais utilisé, prévient le ciblage des RCPG dans la membrane des bactéries et permet leur accumulation en grande quantité. Nous avons ainsi pu purifier plusieurs milligrammes de RCPG de différentes familles. La fonctionnalité des RCPG humains V2 de la vasopressine et BLT2 du leucotriène B4 renaturés a été démontrée au niveau de la liaison de leurs ligands respectifs et de l'activation de leurs protéines G spécifiques. Cette stratégie devrait faciliter les études structurales de résonance magnétique nucléaire et de cristallographie aux rayons X, et ouvrir la voie au développement rationnel de ligands sélectifs et de composés thérapeutiques.
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Andoyo, Robi. "Complexes thermo-induits de protéines de lactosérum : comment interagissent-ils avec la caséine dans les gels acides de lait ?" Rennes, Agrocampus Ouest, 2014. http://www.theses.fr/2014NSARB251.
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Dans ce projet, notre objectif était d’évaluer le rôle de facteurs physiques, tels que la taille ou le nombre de particules de protéines sériques dénaturées, sur la gélification acide de gels modèles de lait écrémé. Pour cela, nous avons soit fait varier la concentration, soit produit des particules de taille variable par émulsification ou microfluidique. Bien que ces paramètres soient liés, nos résultats ont montré qu’un gel plus ferme est obtenu quand la connectivité entre les particules est favorisée, i. E. Quand elles sont plus nombreuses ; et dans le cas des mélanges avec les micelles de caséines, quand il y a assez de particules pour connecter les micelles entre elles. L’effet de la taille est moins évident. Bien sûr, décroître la taille conduit à augmenter leur nombre, et nous obtenons effectivement des gels plus fermes. Cependant cette tendance n’est pas linéaire, ce qui suggère qu’une taille maximale est tolérée au-delà de laquelle non seulement la connectivité est faible, mais peut être détruite par l’encombrement de grosses particules. Bien que les particules de protéines sériques dénaturées influencent la fermeté du gel mixte (avec caséine), sa formation repose sur les interactions entre les micelles de caséines. Ceci concorde avec l’hypothèse que les particules interagissent spécifiquement avec les micelles et peu entre elles, formant ainsi des micelles de caséine « modifiées » plus aptes à former des gels fermesIn this project, we aimed at evaluating the role of physical factors, such as size and number of the denatured whey protein particles, on the acid gelation of skim milk model systems. To do that, two approaches were used, i. E. Varying the concentration, or the size of the particles using emulsification or microfluidics. Although concentration, size and number are somehow linked, our results showed that higher gel firmness is reached when connectivity is enhanced, i. E. When numerous particles are present; and in the case of mixtures with casein micelles, when enough particles are present to connect micelles together. The effect of size was less evident. Clearly, decreasing size leads to an increase in number and we indeed observed that small whey protein particles were forming gels with higher firmness. However, the effect was not linear, which suggested that a threshold value exists where the connectivity is not only low (due to a low number of particles) but maybe destroyed (due to hindrance of big particles in the gel). Although the denatured whey protein aggregates quantitatively affect the gel’s firmness and connectivity, the mechanism of gelation of model milk seemed to be essentially driven by the casein micelle, since the mixed gel had qualitatively the same scaling behavior than the pure casein. This is in agreement with the observation that whey protein aggregates preferably interact with the surface of the casein micelles, yielding “modified” casein micelles, with little or no side-interaction between the whey protein aggregates
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Dulong, Sandrine. "Protéolyse calcium-dépendante et transduction du signal dans la cellule musculaire : relation avec la PKCα et la protéine MARCKS". Bordeaux 1, 2003. http://www.theses.fr/2003BOR12741.
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Le travail présenté dans ce manuscrit s'inscrit dans la thématique générale du laboratoire qui est "Protéolyse, Croissance et Développement Musculaire". Au sein de cette thématique, nous nous intéressons plus spécialement au système protéolytique neutre calcium-dépendant en relation avec les phénomènes de phosphorylation et plus particulièrement ceux régis par les PKC. Au cours de ce travail, nous nous sommes intéressés à la protéine MARCKS, substrat des PKC, qui serait impliquée dans les phénomènes de remaniements cellulaires liés à la différenciation. Les travaux réalisés ont permis de mettre en évidence un complexe MARCKS/PKCa sensible à la protéolyse par les calpai͏̈nes mais au sein duquel la PKCa est inactive. Les études réalisées sur des cultures de myoblastes de souris (C2C12) ont montré une diminution de la quantité de la protéine MARCKS au moment de la fusion des myoblastes. Différents traitements, réalisés en présence de substances permettant l'inhibition ou l'activation des PKC et l'inhibition des calpai͏̈nes, suggèrent que cette diminution provienne de la protéolyse de la protéine MARCKS par les calpai͏̈nes et que sa localisation et son état de phosphorylation jouent un rôle prépondérant dans la régulation de cette protéolyse. Les travaux réalisés au cours de ce travail mettent en évidence un rôle important joué par la protéine MARCKS dans les phénomènes de fusion et nous permettent de mieux appréhender l'action des différents acteurs étudiés au cours de la fusion des myoblastesThe work presented in this manuscript falls under the general theme of the laboratory which is "Proteolysis, Growth and Muscle Development". We were more especially interested in the neutral proteolytic calcium-dependent system (calpains) in relation with the phosphorylation phenomena and more particularly those governs by PKC. All along this work, we were interested in MARCKS, a substrate of PKC, which would be implied in the phenomena of cellular rehandlings related to differentiation. The studies allowed us to highlight a MARCKS/PKCa complex sensitive to the proteolysis by calpains. However in this complex PKCa was inactive. The studies carried out on mouse myoblasts (C2C12) showed a decrease in the amount of MARCKS during fusion. Various treatments, realized in the presence of substances allowing the inhibition or the activation of the PKC and the inhibition of the calpains, suggested that this decrease was coming from the proteolysis of MARCKS by calpains and suggested firstly its phosphorylation state and secondly that its localization played an important role in the regulation of this proteolysis. This work highlighted also an important part played by MARCKS during fusion and allowed us to better apprehend the action of the actors studied during myoblasts differentiation
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Thévenot, Julie. "Conception de lipoparticules biocompatibles et étude de leurs interactions avec différentes molécules biologiques." Lyon 1, 2007. http://www.theses.fr/2007LYO10336.
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Les LipoParticules sont des assemblages supramoléculaires originaux constitués de particules de polymère enveloppes de lipides. Elles sont élaborées par adsorption et réorganisation de vésicules lipidiques (structures issues de l’auto-association des lipides en phase aqueuse) sur les particules. Le support particulaire, en plus d’apporter une stabilité mécanique et de conditionner la taille des objets peut en lui-même constituer un vecteur renfermant diverses substances telles que des principes actifs ou des fluorophores. Quant à l’enveloppe lipidique, elle constitue un environnement propice à l’adsorption ou à l’insertion de molécules biologiques et en particulier de protéines membranaires. Ce travail porte sur l’élaboration et la caractérisation d’assemblages biocompatibles préparés avec des particules de poly(acide lactique) (diamètre d’environ 300 nm) et un mélange de lipides constitué principalement de L-alpha-dipalmitoylphosphatidylcholine d(DPPC, lipide zwitterionique) et de 1,2-dipalmitoyl-3-triméthyl-ammonium propane (DPTAP, lipide cationique). Les paramètres influant sur la préparation des LipoParticules sont examinés et les résultats sont comparés à ceux obtenus lors de précédents travaux réalisés dans le laboratoire. La couche lipidique adsorbée fait l’objet d’une caractérisation physico-chimique approfondie (composition, épaisseur, quantité de lipides) à l’aide de diverses techniques. D’autre part, les LipoParticules ont été modifiées afin d’améliorer leur stabilité colloïdale dans des milieux de forces ioniques comparables à celle du milieu biologique en vue de futures applications dans le domaine biomédical. Pour ce faire, des conjugués lipide-poly (éthylène glycol) ont été ajoutés aux formulations lipidiques afin de conférer aux assemblages une stabilisation stérique. Enfin, suivant toujours cet objectif, la dernière partie du travail a consisté en l’étude des interactions entre LipoParticules et molécules biologiques (acides nucléiques et protéines). La première approche a été d’adsorber les biomolécules (plasmide, anticorps) en surface des LipoParticules. La deuxième voie explorée tire quant à elle parti de la structure en bicouche des lipides adsorbés afin d’y intégrer une protéine membranaire modèle (la bactériorhodopsine)
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Millet, Marie-Odile. "Etude du caractère agrégatif des protéines de l'orge : relations avec la qualité malticole et brassicole." Montpellier 2, 1991. http://www.theses.fr/1991MON20087.
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Les proteines de reserve du grain d'orge sont organisees en multicouches concentriques, situees essentiellement dans la zone sub-aleurone. Chacune de ces couches presente un pic d'accumulation d'un type proteique defini, et un mode d'association specifique. La mise en place des etats d'agregation est discutee a partir d'une etude des orges en cours de maturation. L'agregation de type disulfure semble etre posterieure a la synthese des hordeines b, tandis que l'agregation de type hydrophobe semble intervenir au contraire a un stade precoce de la maturation. L'epaisseur et l'interpenetration de ces differentes couches proteiques, varient principalement en fonction de la variete, mais egalement en fonction du lieu et de l'annee de culture au sein d'une meme variete (bien que le facteur variete soit preponderant). Cette repartition entre les elements proteiques, respectivement hydrophiles et hydrophobes, permet une sorte de cloisonnement du grain, et semble determinante pour l'aptitude de chacune des varietes au maltage, en gerant notamment la qualite des mouvements d'eau centripetes, qui ont lieu au moment de la trempe
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Pozza, Alexandre. "Surexpression hétérologue et purification du transporteur membranaire ABCG2 : mécanisme d'interaction avec des substrats et des inhibiteurs spécifiques." Lyon 1, 2007. http://www.theses.fr/2007LYO10327.
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ABCG2 est un demi-transporteur ABC impliqué dans le phénotype de résistance à de multiples drogues des cellules cancéreuses. Notre but est de comprendre le mécanisme de transport et d’interaction avec des inhibiteurs spécifiques. Après des tentatives infructueuses en bactérie, ABCG2 a été surexprimée sous forme fonctionnelle dans le système cellules d’insecte/baculovirus. L’effet de certains inhibiteurs sur l’activité ATPasique de la protéine a été étudié, ainsi que leur fixation sur le transporteur purifié. Cela a permis de mettre en évidence un mécanisme d’inhibition différent pour un même inhibiteur entre les formes sauvage et mutée R482T du transporteur. La différence dans le spectre des substrats transportés induite par la mutation n’est pas due à la fixation, mais plus probablement à la translocation membranaire des substrats. La protéine recombinante apparaît sous forme de deux bandes dont la différence est probablement de nature conformationelleABCG2 is an ABC half-transporter involved in multidrug resistance of cancer cells. Our aim is to understand the mechanism of transport and of interaction with specific inhibitors. After some unsuccessful attempts in bacteria, ABCG2 was functionally overexpressed with the insect cells/baculovirus system. The effects of some inhibitors on ATPase activity were studied, as well as the capacity of binding to the purified transporter. This allowed to bring evidence for a different inhibition mechanism for the same inhibitor between the wild-type and R482T mutant of the transporter. The difference in transport-substrate spectrum induced by the mutation is not due to binding, but more likely related to membrane translocation. The recombinant protein appears as two bands, the difference of which is probably of conformational origin
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Jousselin, Clément. "Rôle fonctionnel de protéines cellulaires interagissant avec la polymérase du virus de la rage." Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2019. http://www.theses.fr/2019SORUS153.
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La transcription et la réplication du virus de la rage sont réalisées par sa polymérase (L), une ARN polymérase ARN dépendante, au sein d’inclusions cellulaires viro-induites : les corps de Negri (CN). Durant les premières étapes de l’infection, on observe un ou deux CNs par cellule (CN primaire) qui grossissent et donnent naissance à plusieurs autres CNs de taille inférieure (CN secondaire). Les CNs concentrent l’ensemble des protéines virales et cellulaires nécessaires à la réplication virale. Bien que certains mécanismes de régulation entre protéines virales impliquées soient décrits, la nature et le rôle des partenaires cellulaires demeurent largement inconnus. Un crible en double hybride en levure d’une banque d’ADNc humain a permis l’identification de partenaires cellulaires de la L rabique, notamment de la protéine hStaufen 1. La cartographie de l’interaction montre que les extrémités Cterminales des deux protéines sont requises. Lors d’une infection par le virus de la rage la protéine hStaufen 1, présente uniformément dans le cytoplasme, est réorganisée en structures granulaires à proximité des CNs autour desquels elle gravite avec des mouvements de rapprochement, d’éloignement et des contacts furtifs. Cette dynamique de la protéine hStaufen 1 pourrait être liée à son rôle intermédiaire entre les CNs et les granules de stress induits par l’infection rabique. La déplétion partielle de hStaufen 1 dans la cellule conduit à l’augmentation intracellulaire des protéines virales, à l’inhibition de la formation des CNs secondaires et à la diminution du bourgeonnement et de la libération des particules virales dans le milieu extracellulaire. Ceci indique que la protéine hStaufen 1 joue un rôle majeur dans le transport intracellulaire microtubule dépendant des ribonucléocapsides néo-synthétisées vers leur site de bourgeonnement. Trois autres partenaires de la protéine L issus du crible en double hybride ont aussi été étudiés : eEF1A1 (eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 1) ; hnRNPH2 (Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein) ; TGFβ1I1 (Transforming growth factor beta-1-induced transcript 1 protein). Des résultats préliminaires suggèrent leur implication dans le cycle réplicatif du virus de la rage depuis la régulation de la transcription et de la réplication rabiques au sein des CNs jusqu’au relargage des virionsThe transcription and replication of the rabies virus are performed by the polymerase (L), an RNA dependant RNA polymerase, in cellular inclusions induced by the virus: the Negri Bodies (NB). During early infection, there is only one or two NB per cell (primary NB), growing with time up to their dispersion in several smaller NB (secondary NB). The NB concentrates all viral and cellular proteins necessary for the viral replication. Although several regulatory mechanisms between involved viral proteins are well described, the nature and role of cellular partners remain largely unknown. A yeast two-hybrid screening of a human cDNA library has identified cellular partners of the rabies L protein, in particular the hStaufen 1 protein. A mapping of the interaction showed that the Cterminal part of both proteins are required. During rabies infection, hStaufen 1, uniformly present in the cytoplasm, is reorganized in granular structures close to the NB, including back and forth movements with furtive contacts. This dynamics of hStaufen 1 is evocative of an intermediate role between NB and stress granules (SG) induced by rabies virus infection. Knock down of hStaufen 1 in the cell leads to increased amounts of intracellular viral proteins, to the inhibition of secondary NB formation and to a decrease of the budding and virion release from cell. This indicates that hStaufen 1 plays a major role in the microtubule-dependent intracellular transport of the newly synthesized ribonucleocapsids up to the site of budding. Three other L protein partners discovered during the two-hybrid screening have also been studied: eEF1A1 (eukaryotic translation elongation factor 1 alpha 1); hnRNPH2 (Heterogeneous Nuclear Ribonucleoprotein) ; TGFβ1I1 (Transforming growth factor beta-1-induced transcript 1 protein). Preliminary results suggest that they are somehow involved in the rabies virus replicative cycle, from transcription/replication inside NB to rabies virus release in the external environment
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Meunier, Caroline. "Clonage d'une nouvelle famille de protéines interagissant avec le récepteur de la TPO, Mpl." Paris 5, 2002. http://www.theses.fr/2002PA05S014.
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La thrombopoi͏̈étine (ou TPO) est la principale cytokine nécessaire à la différenciation et à la formation des plaquettes au cours de la mégacaryopoi͏̈èse. Son récepteur Mpl est capable, après liaison de la TPO, d'activer un grand nombre de voies de signalisation comme la voie Jak/STAT, PI-3kinase ou Ras/Mapk. Bien que de nombreuses études aient été menées pour étudier les protéines impliquées dans la formation des mégacaryocytes et la production des plaquettes, les mécanismes précis ne sont pas encore connus aujourd'hui. Pour cela, nous avons décidé de cloner de nouveaux partenaires de Mpl par la technique du double-hybride en levure. . .Thrombopoi͏̈etin is the most important cytokine for megacaryocitic differenciation and platelets formation during megacaryopoi͏̈esis. It's receptor Mpl, is able to, after TPO binding, activate a lot of signalisation pathways like Jak/STAT pathway, PI-3kinase and Ras/MAPK. Although there's a lot of stusies on proteins implicated in megacaryocytes formation and platelets formation, precises mecanisms utilised during megecaryopoi͏̈esis are not yet known. . .
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Fois-Andreoletti, Nathalie. "Caractérisation de protéines identifiées comme interagissant avec l'inhibiteur du cycle cellulaire p21 [Waf1/Cip1]." Université Joseph Fourier (Grenoble), 2000. http://www.theses.fr/2000GRE10238.
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Le cycle cellulaire est un mecanisme par lequel les cellules se multiplient. Ce processus fait l'objet de controles. La progression des cellules a travers le cycle est regulee par les cdks qui sont activees par liaison aux cyclines et des reactions de phosphorylation/dephosphorylation. De plus, la regulation de ces complexes tout au long du cycle cellulaire est assuree par diverses proteines dont p21 w a f 1 / c i p 1 qui inhibe leur activite kinase et permet l'arret du cycle cellulaire. Pour comprendre les mecanismes de regulation de cet inhibiteur, nous avons isole et caracterise 4 proteines interagissant avec p21 : rch1 (proteine de transport dans le noyau), tcp1 (proteine chaperone), ki (proteine homologue des sous-unites de l'activateur du proteasome pa28) et 4/140 (proteine inconnue). Nous avons confirme in vitro les interactions de p21 avec ces 4 proteines et in vivo avec la proteine ki. Les resultats preliminaires obtenus nous ont pousse a nous interesser plus particulierement a ki. Cette proteine, localisee au niveau du noyau des cellules, possede une demi-vie superieure a 5h, un niveau constant au cours du cycle et 2 sites de liaison a p21 qu'elle stabilise. L'expression de la proteine ki dans les cellules nih3t3 synchronisees en phases g1 ou s ralentit la reprise du cycle cellulaire. L'effet inverse est observe lorsque les cellules sont bloquees en phase m. D'autre part, ki en stabilisant p21 empeche un arret des cellules nih3t3 dans les phases g1 et g2/m lorsque celles-ci sont irradiees aux rayons. Les resultats obtenus ont mis en evidence de nouvelles fonctions de ki. Cette proteine stabilise p21 en interagissant avec elle et augmente sa duree de vie en la protegeant, en partie, contre la destruction par le proteasome. La liaison des 2 proteines entre elles se fait notamment au niveau d'un domaine qui ne permet pas a p21 d'assurer son role d'inhibiteur du cycle cellulaire. Dans certaines conditions, cette liaison pourrait etre rompue par d'autres facteurs.
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Delannoy, Daniela Mélanie. "Synthèse de dérivés de polyphénols bioactifs pour l’étude de leurs interactions avec des protéines." Thesis, Bordeaux 1, 2012. http://www.theses.fr/2012BOR14542/document.
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Ce travaille de thèse concerne la synthèse de dérivés de polyphénols de type flavanol, ellagitannins C-glucosidique et procyanidine, modifiés avec un espaceur comportant une biotine terminale. Cette biotine terminale a permis d’immobiliser ces polyphénols modifiés sur des surfaces SPR, permettant ainsi l’étude d’interactions polyphénol-protéine en temps réel. Ainsi, la topoisomerase II alpha et l'actine fibrilaire ont montré une plus grande affinité pour les polyphenols de type ellagitannins que pour ceux de type flavanol. Nous avons également pu montrer que d’autres protéines (BSA, myoglobine, actine globulaire, streptavidine, collagen type I) n’avaient pas d’interaction avec les flavanols et les ellagitanninsThis work concerns the synthesis of derivatives of polyphenols of the type flavanol, C-glucosidic ellagitannin and procyanidin, which are modified to bear a spacer ending with a biotin unit. This biotin ending unit allowed to immobilize these modified polyphenols on to SPR surfaces, which allowed the study of polyphenol-protein interactions in real time. The proteins topoisomerase II alpha and fibrilar actin showed a higher affinity for the polyphenols of the type ellagitannins than for those of the type flavanol. It was also showed that other proteins (BSA, myoglobin, globular actin, streptavidin, collagen type I) did not interact with either the flavanols or the ellagitannins
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Cardon, Tristan. "Relations, interactions et fonctions des protéines alternatives." Thesis, Lille, 2019. http://www.theses.fr/2019LIL1S107.
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Si en transcriptomique le dogme accepté par la communauté veut qu’un ARNm code pour une protéine unique, la protéomique vient de montrer l’inverse. Force de constater que les ARNm peuvent traduire plusieurs protéines. Celles ne suivant pas le cadre de référence sont appelées protéines alternatives (AltProts) et forme le protéome caché ou fantôme. Ces AltProts nécessitent la mise en place de stratégies adaptées pour leur mise en évidence. Leurs caractéristiques physicochimiques spécifiques, telles que leur petite taille permet d’adapter les méthodes classiques de protéomique à leur étude. Dans cet objectif la mise en évidence des AltProts par différentes méthodes d’extraction, notamment adaptées des méthodes de peptidomique, a permis de mettre en évidence les conditions d’enrichissement avant une analyse bottom-up. Ces AltProts sont une nouvelle classe de protéines pour laquelle très peu d’informations fonctionnelle sont connues. Les prédictions de fonction avancées lors des premières constructions de base de données, annonçaient des fonctions dans la régulation des ARN, de la synthèse de protéines et de la régulation d’expression des gènes par association avec des facteurs de transcriptions. Ces prédictions étaient basées sur les homologies de séquences entre les AltProts et les protéines de références (RefProts). Cependant très peu d’études montrent le rôle de ces protéines de manière expérimentale. Afin de mettre en évidence les fonctions de ces AltProts, nous avons choisi de retrouver leurs partenaires d’interaction. À l’heure actuelle, plusieurs méthodes existent permettant d’étudier l’interactome des protéines, toutefois la majorité est dirigée vers une cible, nécessitant parfois des constructions biochimiques ou l’utilisation d’anticorps dirigés, rendant ces méthodes difficiles à mettre en place pour les AltProts. Seule la méthode de Crosslink couplée à la spectrométrie de masse (XL-MS) permet d’observer des interactions cellulaires de manière non ciblée. Cette méthode de pontage chimique, bien que connaissant ses propres limitations, est applicable à la recherche des partenaires d’interaction des AltProts. Cet outil, associé aux logiciels de traitement des réseaux d’interaction, enrichi par les interactions connues entre RefProts dans la littérature, permet de replacer les AltProts dans ces réseaux. Ces réseaux, peuvent ensuite être traités afin de mettre en évidence les voies de signalisation impliquant les RefProts et ainsi déduire les différentes voies de signalisation associées aux AltProts observées crosslinkées aux RefProtsIn transcriptomics the dogma accepted by the community is that a single mRNA codes for a single protein, proteomics has just shown the opposite. It must be said that mRNAs can translate several proteins. These not following the reference framework are called alternative proteins (AltProts) and form the hidden or ghost proteome. These AltProts require the implementation of appropriate strategies to highlight them. Their specific physicochemical characteristics, such as their small size, make it possible to adapt classical proteomic methods to their study. With this objective in mind, the identification of AltProts by different extraction methods, particularly adapted to peptidomic methods, made it possible to highlight the enrichment conditions before a bottom-up analysis. These AltProts are a new class of proteins for which very little functional information is known. Advanced function predictions in the early database constructions announced functions in RNA regulation, protein synthesis and gene expression regulation by association with transcriptional factors. These predictions were based on sequence homologies between AltProts and reference proteins (RefProts). However, very few studies show the role of these proteins in an experimental way. In order to highlight the functions of these AltProts, we have chosen to find their interaction partners. At present, several methods exist to study the protein interactome, however the majority are directed towards a target, sometimes requiring biochemical constructs or the use of directed antibodies, making these methods difficult to implement for AltProts. Only the Crosslink method coupled with mass spectrometry (XL-MS) allows to observe cellular interactions in a non-targeted way. This chemical bridging method, although aware of its own limitations, is applicable to the search for AltProts interaction partners. This tool, combined with the software for processing interaction networks, enriched by the known interactions between RefProts in the literature, makes it possible to replace AltProts in these networks. These networks can then be processed to highlight the signaling pathways involving RefProts and thus deduce the different signaling pathways associated with the observed AltProts crosslinked to the RefProts
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Corot, Claire. "Étude des mécanismes d'interactions des produits de contraste iodés avec des protéines plasmatiques et des cellules sanguines." Lyon 1, 1994. http://www.theses.fr/1994LYO1T239.
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Faure, Henri. "La fraction ultrafiltrable du zinc sérique : implications physiopathologiques et relations avec les amino-acides." Université Joseph Fourier (Grenoble), 1994. http://www.theses.fr/1994GRE18004.
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Maamouri, Amel. "Variabilité génétique de la luzerne cultivée en association avec une graminée fourragère." Thesis, Poitiers, 2014. http://www.theses.fr/2014POIT2268/document.
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La luzerne est une légumineuse fourragère pérenne qui présente de nombreux avantages agronomiques et environnementaux. La performance des associations luzerne - graminées est conditionnée par la production de biomasse et la teneur en protéines de chaque espèce et sa survie. L’effet de la variabilité génétique de la luzerne sur les composantes du rendement dans les associations est mal connu. Dans ce contexte, cette thèse a deux objectifs : i) caractériser la diversité génétique pour les caractères liés à la production et à la qualité de la luzerne dans l’association ii) analyser le contrôle génétique de ces caractères. Deux dispositifs comprenant trois traitements (mélange luzerne-fétuque, monoculture et isolé) ont été mis en place. Le premier comprenant 46 génotypes contrastés de luzerne a été phénotypé sur deux ans pour l’architecture, la biomasse et la concentration en protéines. Le deuxième composé d’une population F1 de 198 individus, a été phénotypé sur une année. Cette population F1 a été génotypée avec des marqueurs SSR et DArT pour établir une carte génétique. Une large variation génétique entre les génotypes de luzerne a été montrée. Cette variation affecte la hauteur et la teneur en protéines de la fétuque associée. On a observé que les caractères mesurés en isolé ou en monoculture sont relativement prédictifs des mêmes caractères en mélange, mais une évaluation des génotypes en mélange reste indispensable. La détection de QTL montre que certains QTL sont communs aux différents traitements. Chaque QTL explique de 6 à 23% de la variation observée pour la hauteur et la biomasse. Des pistes méthodologiques pour la sélection sont envisagéesAlfalfa is a perennial forage legume that has many agronomic and environmental benefits. The performance of alfalfa - grass mixtures depends on biomass production and protein content of each species and its survival. The effect of genetic variation on alfalfa yield components in mixtures is little described. In this context, this thesis has two objectives: i) to characterize the genetic diversity for traits related to alfalfa production and quality in mixture ii) to analyze the genetic control of these traits. Two designs that included three treatments (alfalfa - fescue mixture, monoculture and spaced plants) were established. The first design comprised 46 contrasting alfalfa genotypes which were phenotyped over two years for architecture, biomass and protein concentration. The second design comprised an F1 population of 198 individuals being phenotyped over one year. The F1 population was genotyped with SSR and DArT markers to construct a genetic map. A wide genetic variation among alfalfa genotypes was shown. This variation affected the height and protein content of associated fescue. It was observed that the measured traits of spaced plants or in monoculture are relatively predictive of the same traits in the mixture, but genotype evaluation in mixture is required. QTL detection shows that some QTL were common to different treatments. Each QTL explained 6-23 % of the variation for height and biomass. Some methodologies for selection are proposed
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Pascal, Christine. "Etude des interactions des tannins du raisin et du vin avec les protéines riches en proline : aspects molécualires et colloïdaux." Montpellier, ENSA, 2006. http://www.theses.fr/2006ENSA0017.
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L’astringence est une des propriétés organoleptiques majeures des vins rouges et sa maîtrise constitue un enjeu majeur de la filière vitivinicole. Cette sensation est due aux interactions entre les protéines salivaires riches en proline et les tannins du vin. L’objectif de cette thèse est de mieux comprendre les origines moléculaires et colloïdales de ces interactions. Deux protéines salivaires humaines codées par le gène PRB4S ont été produites par voie recombinante au moyen de la levure Pichia pastoris. Après purification par chromatographie d’adsorption, ultrafiltration et gel filtration, ces protéines ont été caractérisées par spectrométrie de masse MALDI TOF, séquençage N-terminal, analyse d’acides aminés et de polysaccharides. Elles se sont révélées similaires aux protéines salivaires IB-5 et II-1, cette dernière étant glycosylée. Leurs spectres de dichroïsme circulaire et de spectroscopie infrarouge à transformée de Fourier ont permis de mettre en évidence leur caractère de protéines non repliées. L’étude de l’interaction de ces deux protéines avec l’épigallocatéchine gallate a été réalisée par diffusion dynamique de lumière, diffusion de rayons X, résonance magnétique nucléaire et microcalorimétrie de titration isotherme. Ces techniques ont permis de mettre en évidence que le mécanisme d’interaction est dépendant de la concentration en protéine. Le milieu d’interaction (force ionique, ions tartrates, éthanol) joue un rôle primordial sur la conformation de la protéine en solution, notamment sur la présence de structures résiduelles. Cette conformation influence la morphologie des colloïdes protéine / EGCG formés et leur stabilité. La glycosylation de la protéine prévient l’apparition de turbidité lors de l’interaction soit en favorisant la solubilité des agrégats, soit en limitant leur formation. Cette influence de la glycosylation sur l’interaction a été confirmée avec des tannins polymérisés et du vin.
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Menetrey, Julie. "Etude structurale des petites protéines G : Rap2A dans un complexe non catalytique avec le GTP et Arf6 en complexe avec du GDP." Phd thesis, Université Pierre et Marie Curie - Paris VI, 2000. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00004186.
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Les petites protéines G sont des protéines capables de fixer du GDP ou du GTP, ce qui va induire des changements de conformation au sein de la protéine qui lui permettront d'interagir avec des partenaires cellulaires distincts, et ainsi de jouer un rôle "d'interrupteur moléculaire". Le cycle GDP/GTP des petites protéines G ne fonctionne pas seul, il est régulé par un facteur d'échange GDP/GTP (GEF) et une protéine activatrice de la GTPase (GAP). Les petites protéines G sont impliquées dans des processus cellulaires fondamentaux et divers, comme la différentiation et la prolifération cellulaire, l'organisation et la dynamique du cytosquelette, et les transports intracellulaires. Un certain nombre de structures de petite protéine G sont maintenant connues, et ont permis de définir le repliement général des petites protéines G et les changements de conformation au cours du cycle GDP/GTP. Le premier projet porte sur l'étude structurale par diffraction des rayons X de la petite protéine G Rap2A, homologue de l'oncogène Ras dans un complexe non catalytique avec le GTP. Cette étude a permis de mettre en évidence la présence d'une nouvelle interaction au niveau du site nucléotidique entre la tyrosine 32 et le phosphate gamma du GTP. Et, nous avons montré que les changements de conformation de Rap2A au cours de son cycle GDP/GTP sont caractérisés par deux transitions désordre/ordre. Le second projet porte sur l'étude structurale par diffraction des rayons X de la petite protéine G Arf6 en complexe avec du GDP. Cette étude a montré que deux protéines qui possèdent une forte homologie de séquence peuvent avoir des structures assez différentes pour être distinguées. Les principaux partenaires des formes GDP des petites protéines G sont les GEF, ce qui suggère une base structurale pour la spécificité des GEF. En conclusion, nous discutons des bases structurales qui permettent aux petites protéines G d'être distinguées les unes des autres.
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Ruffiot, Pauline. "Développement de systèmes membranaires modèles pour la vacuole parasitophore de Toxoplasma gondii : intéractions des protéines de granules denses (protéines GRA) avec des vésicules unilamellaires." Phd thesis, Grenoble 1, 2007. http://www.theses.fr/2007GRE10104.
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Les protéines GRA sont sécrétées par le parasite intracellulaire Toxoplasma gondii dans la vacuole parasitophore, où elles interagissent pour la plupart avec deux systèmes de membranes tubulaires: les tubules séquestrant des organites de l'hôte (HaSTs) et le réseau de nanotubes membranaires (RNM). Bien que la plupart des protéines GRA contiennent des domaines transmembranaires potentiels, elles sont sécrétées sous des formes solubles et ne s'associent à des membranes qu'une fois qu'elles ont atteint leurs membranes-cibles dans la vacuole. Cette propriété inhabituelle nous a amenés à les considérer comme des modèles intéressants pour l'étude d'interactions protéine-membrane. J'ai développé deux approches expérimentales pour étudier les interactions des protéines GRA, extraites du parasite ou de la vacuole, avec des membranesmodèles. Premièrement, des approches biochimiques m'ont amenée à caractériser les formes de solubilisation des protéines GRA et leur association avec les membranes des petites vésicules unilamellaires (SUVs). Deuxièmement, j'ai développé une approche par spectroscopie de fluorescence, de protéines GRA associées aux membranes de vésicules unilamellaires géantes (GUVs). Les résultats fournissent des éléments de réponse qui (1) aident à décrypter le trafic des protéines dans le parasite et dans la vacuole et (2) ouvrent la voie pour la mise en place d'un système in vitro pour l'étude de la maturation de la vacuole parasitophore et de ses membranes tubulaires internesGRA proteins are secreted by the intracellular parasite Toxoplasma gondii into the parasitophorous vacuole, where most of them interact with two systems of tubular membranes: the Host Organelle Sequestering Tubules (HaSTs) and the Membrane Nanotubules Network (RNM). Although most of the GRA proteins contain potential transmembrane domains, they are secreted as soluble forms and become membrane-associated only when they reach their target membranes. This unusual property led to consider them as attractive models of protein-membrane interactions. 1 developed two experimental approaches to study the interactions of GRA proteins, extracted trom the parasite or trom the vacuole, with model membranes. Firstly, biochemical approaches using Small Unilamellar Vesic1es (SUVs) led to characterize the solubilisation forms of GRA proteins and their association with SUVs membranes. Secondly, 1 developed a Giant Unilamellar Vesic1es (GUVs) model to study the interactions of GRA proteins with membranes by fluorescence spectroscopy methods. The results provide elements 1) which help to decipher the traffic of GRA proteins within the parasite and the PV, and 2) which open the way to set up an in vitro minimal system to study the building up of the parasitophorous vacuole and of its associated tubular membranes
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Rioux, Paré Rachel. "Développement d'un système double hybride de mammifère pour trouver de nouvelles protéines interagissant avec CIITA." Mémoire, Université de Sherbrooke, 2007. http://savoirs.usherbrooke.ca/handle/11143/4759.
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Les molécules du CMH de classe II sont cruciales pour le bon fonctionnement du système immunitaire. Leur rôle est de présenter les antigènes provenant de pathogènes aux lymphocytes T auxiliaires CD4+ et de permettre ainsi la réponse immunitaire. Leur expression est principalement régulée au niveau transcriptionnel par le transactivateur CIITA (CMHII transactivator). CIITA est un régulateur particulier car il possède un domaine d’activation de la transcription, mais ne dispose pas de domaine de liaison à l’ADN. Ainsi, pour activer la transcription, CIITA doit interagir avec plusieurs autres protéines qui sont fixées au niveau du promoteur des CMHII. Il possède également une région de liaison à la GTP et des domaines répétés riches en leucines (LRR pour « leucine rich repeats ») en c-terminal connues comme étant importants pour les interactions protéiques. Pour mieux étudier l’importance de ces différents domaines pour les fonctions transactivatrices, plusieurs différents mutants de CIITA ont été générés. De nombreuses études ont aussi tenté d’expliquer la localisation nucléocytoplasmique de CIITA et de l’inter relier aux fonctions transactivatrices. Malgré tout, le mécanisme d’importation au noyau de CIITA ainsi que son mode de transactivation ne sont pas totalement démystifiés. Il est connu que les interactions protéine-protéine jouent un rôle important dans les mécanismes cellulaires. CIITA est dépendant de ce type d’interaction pour activer la transcription des CMHII. Aussi, plusieurs indices suggèrent la présence de partenaires encore inconnus et par système double hybride de levure, quelques laboratoires ont tenté de les trouver, mais sans succès. Il est connu que certaines interactions protéiques peuvent passer inaperçues dans ce système et il est probable que cet échec est plutôt dû à la technique de criblage plutôt qu’à l’absence de protéine d’interaction. Dans ce projet, un système double hybride de mammifère se basant sur celui chez la levure a donc été développé et utilisé pour tenter de trouver les partenaires inconnus de CIITA. Le système développé utilise un appât couplé à un domaine de liaison à l’ADN (GAL4DBD pour ‘DNA binding domain’) et une proie couplée à un domaine d’activation de la transcription (VP16). CIITA sans son domaine d’activation et couplé à Gal4DBD constitue « l’appât ». La « proie » est une banque d’ADN complémentaire de Raji liée au domaine VP16. De plus, pour repérer et tester de nouvelles interactions protéiques avec CIITA, quelques constructions de CIITA manquant certains domaines et couplé à Gal4DBD ont été fabriquées. Ensuite, la cassette d’expression des gènes rapporteurs a été intégrée au génome de la lignée cellulaire RJ 2.2.5 (Lymphome de Burkitt) en utilisant une adaptation du système Flp-In™ d’Invitrogen. Cette nouvelle lignée a été nommée RjFlp-casset. Grâce au promoteur synthétique Gal4 de la cassette d’expression, lorsque l’appât et la proie interagissent, VP16 active la transcription des gènes rapporteurs CD8a’ et blasticidineR. Ensuite, les cellules ont été sélectionnées par tri cellulaire en utilisant des billes magnétiques et/ou traitement à la blasticidine ou à la puromycine (gène de résistance sur le vecteur proie). Toutes les combinaisons de traitements ont été utilisées. L’ADN épisomale des cellules où les gènes rapporteurs s’exprimaient a été extrait et amplifié dans E. coli pour être ensuite analysé sur gel d’agarose. Plusieurs rondes de transfection/sélection/extraction/retransfection ont été faites. Malheureusement, après plusieurs mois de criblage, aucune nouvelle interaction impliquant CIITA n’a été découverte. Quelques modifications et perfectionnements de la stratégie semblent être nécessaires. Par exemple, développer une ligné cellulaire RjFlp-casset avec en plus l’appât intégré au génome augmenterait les chances de réussite par la présence constitutive de l’appât.[Symboles non conformes]