Дисертації з теми "Analyse clinique et génétique"

Les leucémies/lymphomes à cellules T de l’adulte (Adult T-cell leukemia/Lymphoma, ATL) sont des hémopathies lymphoïdes T CD4+ malignes matures rares, induite par le rétrovirus HTLV-1 (Human T lymphotropic virus type 1). Nous avons étudié différents aspects moléculaires de la lymphomagenèse HTLV-1 induite sur une série rétrospective de patients pris en charge pour un ATL.Nous avons dans un premier temps étudié la marque épigénétique hydroxymethylation (5hmc) de l’ADN, ainsi que les enzymes la régulant sur des cellules primaires d’ATL. Nous avons observé une diminution du taux de 5hmc dans les formes agressives comparativement aux formes indolentes qui corrélait avec une diminution de l’expression de la dioxygénase TET2 et avec la survie des malades. Nous avons également mis en évidence la présence de mutations somatiques du gène TET2 chez moins de 10% des patients et identifié un polymorphisme surreprésenté dans le locus de TET2 chez les patients atteints ATL comparé à des patients chroniquement infectés sains ethniquement appariés.Dans un deuxième temps, nous avons exploité une technique de PCR « ligation médiée » suivie d’un séquençage à haut débit afin d’étudier l’architecture de l’intégration virale comme outil de maladie résiduelle. Nous avons retrouvé une meilleure sensibilité de cette technique pour définir la réponse au traitement par rapport aux critères de réponse actuels ouvrant la voie de son utilisation pour le suivi des patients.Enfin, nous avons étudié le paysage des altérations génomiques sur une cohorte de 60 patients par une approche globale. Nous avons observé des mutations sur 3 voies principales : TCR/NF-KB, trafic cellulaire T et échappement au système immunitaire corroborant les résultats d’une récente étude sur une population de patients japonais. L’analyse par RNAseq a révélé la perturbation systématique de l’expression génique cellulaire induite par l’intégration virale soit par le biais d’un transcrit chimérique partant du LTR 3’ viral soit par un arrêt de la transcription d’un gène cellulaireLe suivi de patients progressant d’une forme indolente à une forme agressive a révélé l’acquisition de mutations activatrices principalement sur la voie de signalisation TCR/NF-KB. Le suivi de patients ayant rechuté après une période de rémission a également révélé l’acquisition de nouvelles mutations.Ces résultats soulignent la spécificité de la lymphomagenèse HTLV-1, qui procède d’une part d’évènements secondaires à l’intégration virale au sein du génome cellulaire, induisant la perturbation de l’expression de gènes cellulaires (premier évènement oncogénique) et d’autre part à l’accumulation d’altérations génomiques secondaires, communs aux autres hémopathies lymphoïdes T et B matures, responsables de la transformation
Adult T cell leukemia/lymphoma (ATL) is a rare and mature T cell malignancy induced by the retrovirus HTLV-1 (Human T-lymphotropic virus type 1) which bears a dismal prognosis. We have studied several molecular aspects of HTLV-1 induced lymphomagenesis on a retrospective cohort of ATL patients.First, we analyzed the global level of the DNA epigenetic mark hydroxymethylation (5hmc) as well as of enzymes implicated in its regulation in primary ATL cells. We observed a reduction of the 5hmc level in aggressive ATL compared to indolent forms with a positive correlation between the reduction of the 5hmc level, the decrease of the TET2 dioxygenase transcript and the patient overall survival. We found that somatic mutations in TET2 were present with a frequency of less than 10% but identified a SNP in TET2 locus whose frequency in ATL patients was higher compared to that of an ethnically matched control population.In a second part, we took advantage of a new technique of ligated mediated PCR followed with high throughput sequencing to analyze the viral integration architecture as a means of minimal residual disease detection. We demonstrate that this technique allows a better definition of the treatment response compared to actual consensus response criteria.Finally, we performed an integrated genomic analysis of a retrospective cohort of 60 ATL patients. We identified alterations targeting the TCR/NFKB signaling pathway, T cell trafficking and immune escape mechanisms, consistent with previous findings described in a Japanese ATL cohort. RNAseq analysis revealed the systematic perturbation of host gene expression secondary to viral integration and proceeding via the viral antisense leading to the production of a virus-host chimeric transcript production or the direct transcription termination of a host gene. Analysis of matched sequential samples of patients progressing from an indolent to an aggressive form revealed in most of the cases the acquisition of mutations affecting the TCR/NF-KB pathway. Analysis of sequential samples from patients who relapsed after a remission period also showed the acquisition of additional genetic alterations.These results underscore the specific nature of HTLV-1 induced lymphomagenesis, which proceeds on the one hand through mechanisms induced by the viral integration in the host genome, and consequent host-gene expression perturbation (viral first oncogenic hit) and on the other hand through secondary oncogenic mutations in various pathways, common to other mature B and T cell lymphoid malignancies

Le cancer du foie est la deuxième cause de mortalité due au cancer dans le monde, avec près de 83% des cas et 84% des décès ayant lieu dans les pays en voie de développement. Le type histologique de cancer du foie le plus fréquemment répandu est le carcinome hépatocellulaire (HCC). Selon la littérature disponible, le HCC affecte électivement des sujets masculins de plus de 50 ans ayant développé préalablement une cirrhose hépatique. Nos objectifs étaient donc i) de confirmer au niveau moléculaire la singularité du HCC chez les patients péruviens, ii) d'évaluer les stratégies d'intervention chirurgicale dans le contexte clinique iii) d'étudier les pratiques de médecine traditionnelle, complémentaire et alternative (TCAM) chez les patients iv) d'étendre cette étude à d'autres pays en développement afin d'obtenir une vision plus globale de la problématique liée au cancer du foie. Nous avons montré que le HCC péruvien présentait un spectre de mutations unique. De plus, nous avons démontré que les arbres décisionnels thérapeutiques développés jusqu'alors ne sont pas adaptés au contexte clinique rencontré au Pérou, et qu'ils sont susceptibles d'être réévalués afin d'augmenter la proportion de patients pouvant être candidats à une intervention chirurgicale. Nous avons caractérisé le fait que la majorité des patients avec un HCC a recours à la phytothérapie de manière complémentaire et alternative. Enfin, nous avons réalisé une étude d'épidémiologie clinique préliminaire sur le cancer du foie au Cambodge. Nous avons décrit une situation clinique distincte de celle rencontrée au Pérou, mais qui nécessite également des recherches scientifiques et cliniques plus approfondies
Liver cancer is the second leading cause of cancer related death in the world. About 83% of liver cancer cases occur in the developing world. The preeminent histotype of liver cancer is hepatocellular carcinoma (HCC). According to the relevant literature, HCC is defined by patient profile corresponding grossly to cirrhotic males over 50 years old. The aims of the present work were thus to i) confirm at the molecular level the pecularity of Peruvian HCC; ii) evaluate the surgical intervention strategies for HCC in the clinical context encountered in Peru; iii) study the practices of traditional, complementary and alternative medicine ( TCAM) among patients; iv) widen the study to other low- and middle income countries in order to provide deeper insights on liver cancer. We found that Peruvian HCC displayed a unique mutation spectrum. Furthermore, we demonstrated that current therapeutic algorithms for liver cancer are not suited to the clinical context found in Peru. These therapeutic algorithms should be reevaluated in order to increase the number of patients who could be eligible for surgical intervention. Moreover, we characterized the fact that the majority of Peruvian HCC patients rely on phytotherapy in a complementary and alternative way. Finally, we undertook a preliminary clinical, epidemiological study on liver cancer in Cambodia. We delineated a clinical context distinct from the one described in Peru that also requires further clinical and scientific investigation

L'augmentation et la dissémination de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries à gram-negatif, particulièrement les Entérobactéries, les bactéries du genre Pseudomonas et Acinetobacter, représentent un problème majeur de santé publique au niveau mondial. Les infections nosocomiales causées par les bactéries multi-résistantes (BMR) ont conduit non seulement à une augmentation de la mortalité, de la morbidité, et du coût de traitement, mais aussi continuent de mettre en danger la vie des patients surtout immunodéprimés en milieu hospitalier. Bien entendu, l'utilisation abusive et non contrôlée des antibiotiques a grandement contribué à la large diffusion des déterminants de la résistance; cependant, des études récentes ont démontré que ces déterminants de la résistance pouvaient émerger à partir de sources anciennes et/ou environnementales. Ainsi, face à cette préoccupation mondiale, plusieurs études ont été rapportées avec des recommandations importantes de conduire des études épidémiologiques, moléculaires, et génomiques afin de contrôler la diffusion et l'augmentation de la résistance aux antibiotiques. De plus, durant ces 10 dernières années, nous avons assisté à l'emergence et au développement de nouvelles technologies de séquençage à haut débit coïncidant avec une augmentation exponentielle du nombre de genomes bactériens séquencés
The increase and spread of multidrug-resistant (MDR) gram-negative bacteria especially Enterobacteriaceae, Pseudomonas, and Acinetobacter (E.P.A) species have become a major concern worldwide. The hospital-acquired infections caused by MDR bacteria have led not only to an increase in mortality, morbidity, and cost of treatment, but also continue to endanger the life of patients, especially those immunocompromised. Although the frequent misuse of antibiotic drug has greatly contributed to worldwide dissemination and resistance to antibiotics; recent studies have shown that these resistance determinants could emerge from ancient or environmental sources. Front of this worldwide concern, several studies have been reported with significant recommendations to conduct molecular epidemiology, and genomic studies, in order to control the increase and the dissemination of the antibiotic resistance. Moreover, during these last 10 years, we are witnessing the emergence and development of new technologies of high throughput sequencing and coinciding with an exponential increase of number of bacterial genomes sequenced today. Therefore, it is in this context that the project of this thesis was conducted with three essential objectives: (i) the genome sequencing of clinical MDR bacteria, the analysis and the identification of the mechanisms and the genetic determinants of antimicrobial resistance (ii) the achievement of molecular epidemiology studies from clinical MDR bacteria responsible of outbreak (iii) the development and implementation of molecular tools for monitoring and diagnosis of potential MDR bacteria

Les dystrophies rétiniennes sévères et précoces (EOSRD) et l'amaurose congénitale de Leber (ACL - MIM204000) sont les principales causes de cécité incurable chez les enfants. Ces maladies, variables sur le plan clinique, génétique et physiopathologique, peuvent être le signe de syndromes multisystémiques, tels que les ciliopathies. Elles se transmettent le plus souvent de manière autosomique récessive et l'implication de plusieurs gènes a été confirmée. Cependant, l'histoire et l'expression clinique de l'ACL sont imparfaitement comprises et de nombreuses mutations restent inconnues. Il est nécessaire de continuer à déchiffrer ces aspects pour affiner la compréhension de la physiopathologie. L'identification de nouveaux gènes responsables et les corrélations génotype-phénotype sont essentiels à la prise en charge des patients. Grâce au séquençage à haut débit des gènes connus de l'ACL/EOSRD et aux investigations dans les centres de référence cliniques, le Laboratoire de génétique ophtalmologique (LGO) a identifié les causes moléculaires de la maladie dans plus de 80 % des cas dans une cohorte de plus de 700 familles. À ce jour, 40 familles de ACL/EOSRD non résolues ont été soumises au séquençage de l'exome entier (WES), ce qui a permis d'identifier des gènes candidats, sélectionnés en vue d'une validation fonctionnelle. Des variants délétères de GPATCH11 ont été identifiés dans six familles comprenant 12 individus atteints de dystrophie rétinienne, présentant des troubles neurologiques et des anomalies squelettiques, fournissant des arguments forts que des mutations récessives dans le gène GPATCH11 sont responsables de la maladie. GPATCH11 est l'une des protéines contenant le domaine G-patch la moins étudiée, connues pour contribuer au spliceosome. Quatre mutations récessives ont été identifiées, avec la mutation du site d'épissage NM_174931.4 : c.328+1G>T commune à quatre familles sur six et affectant le site d'épissage consensus de l'intron 4, ce qui entraîne l'exclusion de l'exon 4 du transcrit sans rupture du cadre de lecture, produisant ainsi une protéine plus courte. La protéine GPATCH11, dans sa forme sauvage ou mutée, est localisée à la fois, de façon diffuse dans le nucléoplasme et dans le centrosome des cils primaires des fibroblastes, suggérant des rôles dans le métabolisme de l'ARN et des cils. Le modèle de souris (Gpatch11delta5/delta5) généré à l'Institut Imagine, portant la délétion de l'exon 5 équivalent à l'exon 4 de GPATCH11 humain, reproduit les défauts phénotypiques des patients, avec la présence d'une dystrophie rétinienne et des anomalies comportementales. Le transcriptome de la rétine a identifié des voies dérégulées dans l'expression et l'épissage des gènes, impactant des processus clés tels que les réponses à la lumière des photorécepteurs, la régulation de l'ARN et le métabolisme associé aux cils primaires. L'analyse par spectrométrie de masse a trouvé des protéines régulées à la baisse impliquées dans la perception visuelle, la fonction synaptique et les mécanismes de liaison et d'épissage de l'ARN, et des protéines régulées à la hausse impliquées principalement dans le métabolisme et l'épissage de l'ARN (Publication 1). En outre, l'implication de GPATCH11 dans le cerveau est en cours d'exploration par immunomarquage et analyse transcriptomique/protéomique, en se concentrant sur l'hippocampe, structure cérébrale responsable de la mémoire. Les souris Gpatch11delta5/delta5 sont viables et se développent normalement, toutefois les mâles sont complètement infertiles et présentent des testicules plus petits que la normale et vides, dont la cause est en cours d'étude en collaboration avec un laboratoire externe (Part 2A, B)
Early onset retinal dystrophies (EOSRD) and Leber congenital amaurosis (LCA - MIM204000) are the leading cause of incurable blindness in children. These diseases, clinically, genetically, and pathophysiologically variable, can be the sign of multisystemic syndromes, such as ciliopathies. They are mostly inherited in autosomal recessive manner, and several genes have been confirmed to be involved. However, the history and clinical expression of LCA are imperfectly understood and many mutations remain unknown. There is a need to continue deciphering these aspects to refine the understanding of pathophysiology. The identification of new responsible genes and the genotype-phenotype correlations are essential for disease management. Thanks to high-throughput gene panel-based sequencing of known LCA/EOSRD genes and investigation in clinical reference centres, the Laboratory of Genetics in Ophthalmology (LGO) has identified the molecular causes of the disease in more than 80% of cases in a cohort of over 700 families. To date, 40 unresolved LCA/EOSRD families have been submitted to whole exome sequencing (WES), leading to the identification of candidate genes, which have been selected for functional validation. Deleterious GPATCH11 variants have been identified in six families comprising 12 affected individuals with retinal dystrophy, exhibiting neurological disorders and skeletal anomalies, providing compelling evidence that recessive mutations in the GPATCH11 gene are responsible for the disease. GPATCH11 is one of the lesser-explored G-patch domain containing proteins, which are known to contribute to the spliceosome. Four recessive mutations were identified, with the splice-site NM_174931.4: c.328+1G>T being common to four out of six families and affecting the consensus splice site of intron 4, causing exon 4 to be excluded from the transcript without breaking the reading frame and producing a shorter protein. Both wild-type and mutated GPATCH11 proteins are localised in the nucleoplasm with a diffuse pattern and in the centrosome of the primary cilia of fibroblasts, suggesting roles in RNA and cilia metabolism. The mouse model (Gpatch11delta5/delta5) generated at the Institute Imagine, carrying the deletion of exon 5 equivalent to exon 4 of human GPATCH11, replicates the patients' phenotypic defects, such as retinal dystrophy and behavioural abnormalities. Retina transcriptome analysis identified deregulated pathways in gene expression and splicing, impacting key processes, such as photoreceptor light responses, RNA regulation, and primary cilia-associated metabolism. Mass-spectrometry analysis found downregulated proteins involved in vision perception, synaptic function and RNA binding and splicing pathways, and upregulated proteins mostly involved in RNA processing and splicing (Publication 1). Furthermore, the involvement of GPATCH11 in the brain is currently being explored through immunostaining and transcriptome/proteome analysis, focusing on the hippocampus, a brain structure responsible for memory. Gpatch11delta5/delta5 mice are viable and develop normally, except that males are completely infertile and exhibit smaller than normal and empty testis. The cause of this infertility is under investigation in collaboration with an external laboratory (Part 2A, B)

L'autisme est un trouble du développement dont l'étiologie demeure inconnue. Il est caractérisé par des altérations de l'interaction sociale et de la communication, et par des comportements stéréotypés. A travers une approche multidisciplinaire, cette recherche vise à étudier les relations existant entre les différents troubles composant le syndrome autistique et des facteurs génétiques ou biochimiques en lien avec le système sérotoninergique. Des dosages de sérotonine sanguine ont été effectués et 3 gènes ont été testés : gènes du transporteur de la sérotonine (HTT), du récepteur -HT2A et de la tryptophane hydroxylase (TpH), dans une population de 79 autistes et leurs familles. Nos résultats confirment la classique augmentation de sérotoninémie chez les autistes et indiquent que cette dernière est corrélée positivement à la sévérité de l'autisme, notamment dans le domaine de la réciprocité socio-émotionnelle. Les 3 gènes testés n'induisent pas, par eux-mêmes, un risque pour l'autisme global mais sont capables de modifier son expression comportementale dans les domaines de la communication et de l'interaction sociale. Le gène de la TpH semble spécifiquement associé à la sévérité de la réciprocité socio-émotionnelle, ce qui suggère qu'il pourrait être le corrélat génétique sous-tendant l'association sévérité-sérotoninémie mise en évidence. Cette spécificité d'association indique que s'il existe une anomalie de l'activité tryptophane hydroxylasique au niveau central, celle-ci serait tissu-spécifique et plutôt située dans le système limbique. Par ailleurs, il semble que le récepteur 5-HT2A puisse moduler l'activité du transporteur plaquettaire de la sérotonine d'une manière gène-dépendante. Nos résultats indiquent qu'une approche dimensionnelle, plutôt que catégorielle permet de contourner le biais de l'hétérogénéité clinique et étiologique de l'autisme et souligne l'importance de déterminer si l'hypersérotoninémie est liée au causes ou au conséquences de l'autisme.

Un échantillon de 64 patients répertoriés au sein de 30 familles d’origine Canadienne-Française montrant des caractéristiques cliniques très semblables et provenant de la même région du Québec a été évalué de façon détaillée. Une histoire clinique standardisée, un examen neurologique ciblé, une imagerie cérébrale, des conductions nerveuses périphériques, et une analyse du gène SYNE1 ont été réalisés sur tous les patients disponibles. En se basant sur l’échantillon répertorié, l’Ataxie Récessive de la Beauce est un syndrome cérébelleux dégénératif caractérisé par un âge de début dans la trentaine, une évolution lente, un degré de handicap modéré, une dysarthrie significative, de légers signes oculomoteurs, parfois des réflexes vifs aux membres inférieurs, des conductions nerveuses périphériques normales et une atrophie cérébelleuse diffuse à l’imagerie. Dans notre échantillon, nous avons identifié 7 mutations, démontrant ainsi l’hétérogénéité génétique. Les patients présentant des mutations différentes ne présentaient pas d’atteintes cliniques permettent de les différencier. Il est probable que cette nouvelle maladie devienne une cause fréquente, à travers le monde, d’ataxie héréditaire débutant à un âge moyen.
We ascertained 64 probands and affected members of 30 French-Canadian families all showing similar clinical features and originating from the same region of Quebec. After informed consent, we performed detailed clinical history, neurological examination, brain imaging, nerve conduction studies, and SYNE1 mutation detection of all available subjects. Based on the cases examined, Autosomal Recessive Cerebellar Ataxia Type 1 is a cerebellar syndrome characterized by: recessive transmission; middle-age onset (mean 31.60 years, range 17-46); slow progression and moderate disability; significant dysarthria; mild oculomotor abnormalities; occasional brisk reflexes in the lower extremities; normal nerve conduction studies and diffuse cerebellar atrophy on imaging. We identified a total of 7 mutations in our population, thereby providing evidence of genotypic heterogeneity. Patients with different mutations did not show significant phenotypic heterogeneity. We expect that this disease will be a common cause of middle-age onset recessive ataxia worldwide.

@Notre recherche a pour objet la psychologie du comédien et notre hypothèse centrale repose sur l'idée qu'être comédien suppose une structure de personnalité comportant une richesse de caractéristiques très mobilisables. La pratique de l'actorat et le travail sur l'improvisation ainsi que la présentation de l'acteur d'un point de vue culturel, mais également du point de vue de l'acteur lui-même, nous ont permis de sérier les éléments susceptibles de se révéler pertinents dans l'étude poursuivie. Notre participation en tant que psychologue semble avoir apporté une nouvelle expérience à l'actorat, nous a permis de rencontrer personnellement des comédiens professionnels et de comprendre leur travail et ce qui les animait.

Le cancer de la prostate (CaP) est le plus fréquent des cancers de l'homme de plus de 50 ans et sa fréquence augmente avec l'âge. Il pose un réel problème de santé publique du fait de son incidence croissante liée au vieillissement de la population. Différentes études épidémiologiques ont observé une agrégation familiale dans 15 à 25% des cas et une prédisposition génétique de type autosomique dominant ou liée à l'X dans 5 à 10% des cas. Les aspects cliniques et évolutifs des CaP familiaux restent controversés. Objectifs : réaliser une étude épidémio-génétique du cancer de la prostate familial : (1) une analyse génétique par la recherche de gènes de modèle de transmission, (2) une étude épidémiologique de la prévalence, des cancers associés dans la généalogie, du modèle de transmission et (3) une étude clinique. Méthodologie et résultats : (1) à partir d'une collecte nationale (Etude " ProGène ") de familles avec au moins 2 cas de CaP nous avons réalisé une analyse de liaison génétique et identifié PCaP (Prédisposant au Cancer de la Prostate) en 1q42. 2-43 ; (II) à partir d'une étude généalogique systématique de 691 patients (CaP+) suivis dans 3 services d'urologie Français (CHU de Brest, Paris Saint Louis et Nancy) nous avons observé : (1) 14,2% de formes familiales et 3,6% de formes héréditaires, (2) une augmentation du risque de cancer du sein chez les apparentées du 1er degré des patients (CaP+) dans les formes familiales par rapport aux formes sporadiques et dans les formes précoces de CaP (<55 ans) par rapport aux CaP tardifs (> 75 ans), (3) un modèle de transmission autosomique dominant avec dépendance résiduelle frère-frère, (4) l'absence de particularité clinique et biologique en dehors d'un âge de survenue précoce dans les formes héréditaires. Conclusion : (1) l'identification d'un locus de prédispostion permet d'envisager le clonage d'un gène prédisposant en 1q42. 2-43 afin de proposer à terme un dépistage génétique dans les familles à risque, et d'étudier des recherches de corrélations génotype/phénotype ; (2) le modèle de transmission permet d'affiner les études de liaisons génétiques ; (3) l'absence de particularité clinique et biologique permet de préciser la prise en charge et le suivi des formes familiales qui apparaissent superposables aux formes sporadiques, hors la survenue précoce (5 à 10 ans plus tôt). Cela nous a conduit à proposer la généralisation d'un dépistage plus précoce de l'affection dans les familles à risque.

L'hémochromatose génétique liée au gène HFE (HG) se caractérise par une augmentation de la saturation de la transferrine plasmatique, qui entraîne une surcharge en fer. Ces anomalies sont dues à une sécrétion basse d'hepcidine, le régulateur principal du métabolisme du fer, et définissent le phénotype d'hepcidino déficience. De nouvelles formes de surcharges en fer ayant un phénotype similaire ont été identifiées. Les mécanismes moléculaires en sont parfois mal compris. L'objectif général de ce travail a été de caractériser sur le plan clinique, fonctionnel, et biologique, des surcharges en fer rares d'origine génétique ayant pour point commun un phénotype d'hepcidino-déficience. Nous avons d'abord analysé une cohorte de patients porteurs d'une HG, forme type de l'hepcidino-déficience, et montré que la transplantation hépatique normalisait le métabolisme du fer, montrant ainsi le rôle majeur du foie dans le phénotype d'hepcidino-déficience de l'HG. Nous avons ensuite caractérisé des surcharges en fer à saturation de la transferrine élevée liées à des anomalies de transport du fer : i) nous avons rapporté un cinquième cas de mutations du gène DMT1 et montré le caractère pathogène de la mutation p.Asn491Ser ; ii) nous décrivons un groupe de 12 patients qui présentent une mutation hétérozygote du gène TF, l'augmentation de la saturation de la transferrine ne semblant pas être en rapport avec une hepcidino-déficience, et l'existence de cofacteurs pouvant faciliter la surcharge en fer. Nous avons ensuite décrit l'impact de mutations du gène TFR2, qui sont responsables d'une hepcidino déficience dont l'expression clinique est hétérogène mais qui peut être très précoce. Nous avons alors, pour préciser les mécanismes liant les mutations du gène TFR2 à une diminution anormale de l'hepcidine, montré in vitro que les mutations p.Asn12Ile et p.Gly430Arg altèrent l'adressage cellulaire de TFR2 tandis que la mutation p.Arg768Pro altère son interaction avec la transferrine. N'ayant pu parvenir à induire l'expression d'hepcidine sous l'effet de la transferrine, au contraire de certaines équipes mais en accord avec d'autres, nous n'avons pu analyser l'impact des mutations sur la transduction du signal liant TFR2 et hepcidine. Nos résultats contribuent à préciser les mécanismes impliqués dans l'apparition de surcharges en fer rares à saturation élevée de la transferrine
HFE related hemochromatosis (HH) is characterized by an increased plasma transferrin saturation level, which causes iron overload. These anomalies are due to low hepcidin secretion, the key regulator of iron metabolism, and define the hepcidin deficiency phenotype. New forms of iron overload with similar phenotype were identified, but their molecular mechanisms remain unclear. The main objective of this work was to characterize the clinical, functional, and biological aspects of rare genetic iron overload with an hepcidin deficiency phenotype. We firstly analyzed a cohort of HH patients, archetype of hepcidin-deficiency and showed that liver transplantation cured the disease, demonstrating the major role of the liver in the phenotype. We then characterized iron overloads with high transferrin saturation related to abnormalities of iron transport: i) we reported a fifth case of patient with DMT1 gene mutations and demonstrated the pathogenicity of the mutation p.Asn491Ser; ii) we described 12 patients with heterozygous mutation of the TF gene, leading to serum transferrin decrease. The increase of transferrin saturation associated to the disease does not seem to be related to a hepcidin-deficiency, and the presence of cofactors may facilitate iron overload. We then described the impact of mutations in the TFR2 gene, which induce hepcidin-deficiency whose expression is heterogeneous but that can occur in young peoples. Then we tried to clarify in vitro the mechanisms linking mutations in the TFR2 gene to an abnormal decrease of hepcidin and showed that the p.Asn12Ile and p.Gly430Arg mutations alter the TFR2 protein intracellular trafficking while the p.Arg768Pro mutation alters its interaction with transferrin. Being unable to induce expression of hepcidin in response to transferrin, unlike some authors, but in agreement with others, we were not able to analyze the impact of mutations on signal transduction toward hepcidin. Our results help to clarify the mechanisms involved in the development of iron overload in rare high saturation of transferrin

Le diagnostic des rétinopathies pigmentaires pose différents problèmes, au niveau clinique comme au niveau moléculaire. En premier lieu, il s'agit de maladies rares, la faible prévalence de chaque pathologie à l'échelle de la population mondiale rend difficile leur étude. En second lieu, la caractérisation phénotypique de ces maladies est délicate car les symptômes qui en découlent s'avèrent très similaires. De manière liée, l'œil et le processus de la vision s'avèrent complexes et impliquent les produits d'expression de nombreux gènes. Ainsi, bien que les rétinopathies soient majoritairement monogénique et respectent le modèle d'hérédité mendélienne, les causes génétiques des maladies sont variées. Sur la base de ce double constat, nous proposons deux approches méthodologiques complémentaires menant à une meilleure compréhension de ce groupe de pathologies. Une première approche a pour finalité l'acquisition du jeu exhaustif des gènes impliqués. Les travaux portent sur l'exploitation des puces de génotypage. Nous effectuons une étude de liaison génétique entre les variations ponctuelles et les pathologies. Une seconde approche porte sur la représentation des connaissances associées aux phénotypes cliniques. Un composant ontologique est construit afin d'expliciter les savoirs nécessaires au diagnostic. Les données collectées sur le long terme par les experts sont étiquetées au travers de termes organisés au sein d'un thésaurus dédié. Les profils cliniques des patients et des maladies sont manipulés sous forme de collections de caractéristiques et comparés au moyen d'une mesure de similarité adaptée. L'objectif est alors de proposer un système d'aide au diagnostic
Diagnosis of retinitis pigmentosa could be difficult regarding both to clinics or molecular issues. Firstly, there are rare diseases, so the prevalence of each pathology in the world population is very low. Secondly, the symptoms of diseases are very similar, so their phenotypic characterization is hard. Moreover, the eye and the visual process are complex and numerous genes' products are implicated. Although retinopathies are mainly monogenic and mendelian inherited diseases, the polymorphisms involved in these diseases are very diverse.These both observations lead us to develop two complementary methodological approaches in a view to better understand the retinopathies.The first approach aims to identify all the genes involved in the diseases using genotyping chips. For this purpose, we studied genetic linkage between single nucleotide variations and pathologies. The second approach leads to the representation of clinical knowledge. An ontological compound was built to make explicit the knowledge involved in the process of diagnosis. The data previously collected by experts were labeled by terms that were organized in a specific thesaurus. The clinic profiles of the patients and diseases were handled as features collections and were compared by similarity calculations. The goal of this work is to build a knowledge-based system for diagnosis

Suite à une transplantation, les patients présentent un affaiblissement de leur système immunitaire laissant ainsi place libre aux infections opportunistes et principalement au CMV. L’implication de ce virus dans l’accélération de la mise en place du rejet chronique du greffon reste controversée et largement incomprise. Nos objectifs ont été d’une part de déterminer l’impact de l’infection à CMV du donneur sur la survie du greffon rénal et d’autre part d’identifier certains facteurs liés à la réponse immunitaire de l’hôte pouvant moduler ce risque. Selon nos résultats, l’infection à CMV du donneur est un facteur de risque indépendant de la perte des greffons rénaux, d’autant plus si le receveur est aussi infecté. Le SNP PD-1.3 est un facteur de risque génétique fort de la perte du greffon rénal associé au CMV du donneur et ce résultat est confirmé grâce à une cohorte de validation de patients transplantés pulmonaires. Ce travail suggère un lien fort entre ce SNP et l’épuisement de la réponse immunitaire anti-CMV et met en avant l’importance de la physiopathologie liée au CMV sur l’association clinique observée
Following a solid organ transplant, and to prevent the risk of rejection, patients take immunosuppressive treatments that weaken their immune system and promote tumors and infections, including cytomegalovirus (CMV). This virus is the cause of clinical infectious syndromes but also many "indirect" effects which are not yet clearly understood. Our objectives were firstly to determine the impact of the CMV donor infection on the renal graft survival and secondly to identify factors related to the immune response of the host which can modulate the risk. We showed that the CMV donor is an independent risk factor for kidney graft loss, especially if the recipient is infected. The SNP PD-1.3 is a strong genetic risk factor for renal graft loss associated with CMV donor and this result is confirmed by a validation cohort of lung transplant patients. This work suggests a strong link between this SNP and the exhaustion of the immune response specific anti -CMV and highlights the importance of the pathophysiology associated with CMV on the observed clinical association

Le corps calleux (CC) est la principale commissure cérébrale connectant les aires corticales homologues des deux hémisphères chez les vertébrés placentaires. Les malformations du corps calleux (MCC) représentent la malformation cérébrale la plus fréquente à la naissance et sont présentes chez 5% des individus avec anomalie neuro-développementale. Une meilleure connaissance de l’ontogenèse du corps calleux et de ses causes génétiques devrait permettre d’ouvrir la voie à des corrélations cliniques pour un meilleur conseil génétique. Cet aspect constitue probablement l’enjeu de la prochaine décennie concernant les foetus avec MCC. Le travail de thèse a porté sur 138 foetus avec MCC, pour lesquels nous avons fait un examen foeto-neuropathologique et une classification en plusieurs catégories. Au total, ce travail a permis : 1/le démantèlement des causes génétiques des MCC par une triple approche de CGH array, d’exome en trio et de panels ciblés, avec une augmentation considérable des causes identifiables de MCC au sein de cette cohorte, 2/ l’identification et la caractérisation fonctionnelle d’un nouveau gène de ciliopathie dans un phénotype extrême ; 3/ l’identification de 3 nouvelles mutations de ZBTB20, récemment identifié comme responsable du syndrome de Primrose, démontrant que ce syndrome est une cause fréquente de MCC et permettant une description clinico-radiologique plus précise. 4/ L’identification de plusieurs gènes candidats en cours de validation
Corpus callosum is the main cerebral commissure connecting homologous cortical areas in placental mammals. Malformations of corpus callosum (MCC) are the most frequent brain malformation at birth and are present in 5% of patients with neurodevelopmental delay. A good knowledge of genetics of corpus callosum development should pave the way to better clinical correlations for a more accurate genetic counselling. This is the challenge of the next decade. This thesis concerns a cohort of 138 fetuses with MCCs, well classified on neuropathological examination. It allowed 1/ to unravel the genetic causes of MCC through a triple approach combining CGH array, whole exome and NGS panels sequencing, with a considerable increase in the number of causes of MCC identified ; 2/ identification of a new gene in an extreme ciliopathy phenotype; and 3/ identification of novel ZBTB20 mutations , a gene recently identified as responsible for Primrose syndrome, showing that this syndrome is frequent among MCCs and allowing a precise clinico-radiological description of the syndrome. 4/ Several new candidate genes are under study

Les ostéochondrodysplasies avec petite taille et micromélie correspondent à un grand nombre de maladies osseuses constitutionnelles souvent rares, mal définies, et sans base moléculaire établie à ce jour. Le travail de cette thèse a consisté à redéfinir le cadre nosologique de certaines d'entre elles par une analyse clinique et radiologique de sériesde patients à l'aide de collaborations internationales (syndrome de Weill-Marchesani, Desbuquois, dysplasie acromicrique). Nous avons également participé à l'identification des bases moléculaires d'une partie d'entre elles. En particulier, nous avons pu localiser un gène responsablede la forme récessive du syndrome de Weill-Marchesani (19p13. 3-p13. 2)
Bone dysplasias with short stature and micromelia correspond to a large group of diseases, often rare, not well-defined and without known molecular bases. The first goal of this work was to give a better definition of the nosologic features of some of them including Weill-Marchesani syndrome. Desbuquois dysplasia and acromicric dysplasia by analysing clinical and radiological features of series of patients ascertained through international collaborations. The second goal of this work was to identify the molecular basis of some bone dysplasias with short stature and micromelia. In particular, we found linkage to chromosome 19p13. 3-p13. 2 in autosomal recessive Weill-Marchesani syndrome and. .

Les methodes de la genetique ont ete appliquees a 3 groupes de conduites : comportement de reproduction du male chez un poisson poecilia reticulata. Comportement d'attaque entre males chez la souris consanguine. Inter relations mere-nouveau ne chez la souris

La maladie osseuse de Paget (MOP) est la deuxième maladie osseuse la plus fréquente après l’ostéoporose. Elle touche environ 3% de la population caucasienne après l’âge de 55 ans. La mutation p.Pro392Leu dans le gène appelé SQSTM1, liée à la MOP a été identifiée chez la moitié des formes familiales dans la population canadienne-française avec une transmission selon un mode autosomique dominant. Toutefois cette mutation n’explique pas complètement la maladie, notamment le phénotype cellulaire des ostéoclastes. Les objectifs de cette thèse étaient de mieux comprendre l’hétérogénéité clinique et moléculaire de laMOP, en étudiant les facteurs précoces contribuant au développement des phénotypes clinique et cellulaire de la MOP chez les apparentés porteurs de la mutation p.Pro392Leu, en recherchant un second gène modificateur de la mutation p.Pro392Leu dans certaines familles de notre cohorte et en étudiant l’effet modulateur de miR-16 sur l’expression du gèneSQSTM1.Nous avons examiné les données des descendants adultes porteurs de la mutationp.Pro392Leu âgés de <90 ans et leurs parents atteints. Les caractéristiques cliniques des parents comprenaient le sexe, l'âge au diagnostic, le nombre d'os affectés, les taux de phosphatase alcaline totale sérique (tALPs). L'évaluation du phénotype pagétique chez les descendants à l'inclusion entre 1996 et 2009 comprenait le dosage des tALPs, la scintigraphie osseuse et les radiographies du crâne et du bassin. Une réévaluation approfondie du phénotype de ces descendants par imagerie osseuse et dosage des marqueurs biochimiques a été effectuée entre 2016 et 2018. Le séquençage de l'exome entier a été effectué en utilisant un HiSeq 2500 chez quatre patients de deux familles différentes avec la MOP non porteurs d’aucune mutation dans le gène SQSTM1. Le phénotype clinique a été défini par l’âge au diagnostic, le taux de tALPs, le nombre d'os atteints chez les patients porteurs de la mutation p. Pro392Leu et / ou du variant p.Val45Ile dans deux familles (n = 14 participants). Les quantifications de miR-16 et de SQSTM1 ont été effectuées respectivement dans le plasma(97 participants) et dans le sang total (83 participants) par RT-PCR quantitative chez des patients pagétiques avec ou sans la mutation p.Pro392Leu, des porteurs sains de cette mutation et des témoins sains non mutés. L’expression de miR-16 a été corrélée avec l’expression de SQSTM1 et des associations avec l’âge au diagnostic, le sexe, le taux detALPs ainsi que le nombre d’os atteints ont été recherchées. L'impact du variant p.Val45Ilesur le phénotype ostéoclastique (ostéoclastogenèse, nombre de noyaux par ostéoclaste etrésorption osseuse) a été évalué par différenciation in vitro des monocytes du sang périphérique en ostéoclastes matures avec du RANKL et hMCSF pendant 21 jours, chez des patients atteints de MOP porteurs d’un et/ou l’autre variant génétique, des porteurs sains de ces variants, des patients pagétiques non mutés et des témoins sains non mutés. Le phénotypage clinique complet pour rechercher une MOP asymptomatique chez 36descendants sains porteurs de la mutation p.Pro392Leu a montré que parmi les 36descendants avec un phénotype mis à jour, quatre d'entre eux ont développé un phénotype clinique de la MOP caractérisé par une hyperfixation monostotique ou polyostotique associée à des lésions radiographiques typiques dans les sites affectés, représentant une incidence de1,83 par 1000 personnes- année. De plus, l'âge au diagnostic de la MOP a été retardé de 10ans en moyenne chez les descendants adultes porteurs de la mutation p.Pro392Leu par rapport à leurs parents affectés. Nos résultats soutiennent l'utilité d'une surveillance régulière des adultes porteurs de cette mutation. L'effet modulateur de miR-16 sur l'expression du gèneSQSTM1 par quantification de l'expression génique a conduit à une une corrélation négative non significative de l'expression du gène SQSTM1 par miR-16 chez les participants porteurs de la mutation p.Pro392Leu, chez les patients mutés et non mutés mais pas chez les contrôles sains (-0.17103, -0.11583 vs 0.05624, NS). Ce résultat suggère un rôle possible de miR-16comme modificateur épigénétique dans la MOP. Une analyse de l'exome entier chez deux denos grandes familles avec hérédité digénique a permis d'identifier un nouveau variantp.Val45Ile dans le gène DOCK6 qui pourrait être un gène modificateur de la mutationp.Pro392Leu. Ce variant rare p.Val45Ile pourrait atténuer la sévérité du phénotype clinique de la MOP causée par la mutation du gène SQSTM1 lorsque les deux variants sont portés parle même patient. Par contre, ce nouveau variant seul est suffisant pour donner lieu à un phénotype ostéoclastique pagétique mais ce dernier est moins sévère que celui observé avec la mutation p.Pro392Leu seule. Ce projet de thèse contribue ainsi à une meilleure compréhension des mécanismes physiopathologiques de la MOP qui pourraient conduire à une meilleure prise en charge clinique des patients avec la MOP et à l'identification de nouvelles possibilités diagnostiques ou thérapeutiques, notamment pour réguler le remodelage osseux.
Paget's disease of bone (PDB) is the second most common bone disease after osteoporosis. It affects approximately 3% of the Caucasian population after the age of 55 years old. Thep.Pro392Leu mutation in the gene called SQSTM1, linked to PDB has been identified in halfof the familial forms in the French-Canadian population with an autosomal dominant modeof inheritance. However, this mutation does not fully explain the disease, in particular the cellular phenotype of osteoclasts. The objectives of this study were to better understand the clinical and molecular heterogeneity of PDB, by studying the early factors contributing to the development of the clinical phenotype of PDB in relative carriers of the p.Pro392Leumutation, by looking for a second modifier gene of p.Pro392Leu mutation in some families in our cohort and by studying the modulating effect of miR-16 on the expression of the SQSTM1 gene We reviewed research records from adult offspring carriers of the p.Pro392Leu mutation aged <90 years and their affected parent. In parents, we collected data on sex, age at diagnosis, number of affected bones, total serum alkaline phosphatase levels (tALPs). PDB extended phenotype assessment relying on tALPs, total body bone scan and skull and pelvis radiographs, was performed in offspring at inclusion in 1996 to 2009. An extended phenotypereassessment of these offspring by bone imaging and biochemical markers assay was carriedout between 2016 and 2018. The quantification of miR-16 and SQSTM1 was carried out respectively in plasma (97 participants) and in whole blood (83 participants) by quantitativeRT-PCR in carriers of the p.Pro392Leu mutation (patients with PDB or healthy carriers), innot mutated patients with PDB and healthy controls not mutated. MiR-16 expression was correlated with SQSTM1 gene expression and associations with age atdiagnosis, sex, tALPs and the number of affected bones were searched. Whole exome sequencing was performedusing a HiSeq 2500 with the Agilent XT protocol on four patients from two different families with PDB not carriers of any SQSTM1 mutation in which at least one other sibling with PDB was carrier of the p.Pro392Leu mutation. The clinical phenotype was defined by the age at diagnosis, tALPs level, number of affected bones in patients carrying the p.Pro392Leu and/orp.Val45Ile variant in two families (n=14 participants). The impact of the p.Val45Ile varianton the osteoclastic phenotype (osteoclastogenesis, number of nuclei per osteoclast and bone resorption) was evaluated by in vitro differentiation of monocytes from peripheral blood intomature osteoclasts with RANKL and hMCSF for 21 days, in pagetic patient carriers of one and/or two variants, healthy carriers of these variants, pagetic patients not mutated and healthy controls not mutated. The complete clinical phenotyping to search for asymptomatic PDB in 36 healthy offspring carriers of the p.Pro392Leu mutation showed that among the 36 offspring with an updated phenotype, four of them developed a clinical phenotype of PDB characterized by monostoticor polyostotic increased bone uptake associated with typical radiographic lesions in the affected sites, representing an incidence of 1.83 per 1000 person-years. Moreover, the age at PDB diagnosis was delayed by 10 years in average in the adult offspring carriers thep.Pro392Leu mutation versus their affected parents. Our findings support the utility of a regular monitoring of the adult healthy offspring carriers of this mutation. The modulating effect of miR-16 on the expression of the SQSTM1 gene by gene expression quantificationled a non significant negative correlation of the expression of the SQSTM1 gene by miR-16in participant carriers of the p.Pro392Leu mutation, in patients mutated and not mutated butnot in healthy controls (-0.17103, -0.11583 vs 0.05624, NS). This result suggests a possible role for miR-16 as an epigenetic modifier in PDB. An analysis of the whole exome in two ofour large families with digenic inheritance allowed us to identify a new variant p.Val45Ile inthe DOCK6 gene which could be a modifier gene for the p.Pro392Leu mutation. This rare variant p.Val45Ile could reduce the severity of the clinical phenotype of PDB caused by the mutation in the SQSTM1 gene when the two variants are carried by the same patient. On the other hand, this new variant alone gives rise to a pagetic osteoclastic phenotype but lesss evere than the one observed with the p.Pro392Leu mutation alone. This thesis project thus provided a better understanding of the pathophysiological mechanisms of PDB which could lead to better clinical management of patients with PDB and to the identification of new diagnostic or therapeutic possibilities, to regulate bone remodeling

Les modifications de la composition corporelle, la maturation des différents organes et l’ontogenèse des enzymes de métabolisme et de transport des médicaments sont responsables d’importantes variabilités de la pharmacocinétique, liées au développement chez l’enfant. L’objectif de cette thèse est d’analyser les différentes étapes permettant de réaliser les études pharmacocinétiques en pédiatrie dans des conditions optimales : analyse de la littérature et notamment des données adultes, pré-requis analytiques, planification et réalisation de l’étude, analyse des données obtenues. Les résultats permettent ensuite d’améliorer la prise en charge thérapeutique chez l’enfant s’appuyant, si nécessaire, sur une optimisation du monitoring. Nos travaux ont porté sur ces différentes étapes, illustrées chacune par un exemple. 1) les pré-requis analytiques sont représentés par la mise au point du dosage de la ciprofloxacine en micro HPLC-MS, 2) la réalisation de l’étude et l’analyse des données de pharmacocinétique classique sont illustrées à travers l’exemple des antirétroviraux chez les enfants infectés par le VIH, 3) la réalisation de l’étude et l’analyse des données de pharmacocinétique de population sont illustrées par les études des immunosuppresseurs chez les enfants transplantés rénaux. La prise en compte puis l’analyse de l’impact de la variabilité pharmacogénétique sont incluses dans ces études, 4) l’utilisation du modèle de pharmacocinétique de population dans le suivi thérapeutique est présentée avec deux médicaments souvent utilisés en néphrologie qui sont le mycophénolate mofétil pour la néphrose et le valganciclovir pour le CMV. La thèse présente ainsi les différents aspects des études pharmacocinétiques en pédiatrie, et en particulier l’utilisation de la modélisation pour décrire et expliquer la variabilité pharmacocinétique chez l’enfant et optimiser secondairement le monitoring
The organ maturation, changes in body composition and ontogeny of metabolising enzymes and transporters are responsible for the developmental changes of pharmacokinetics in children. The objective of this thesis is to analyse the different steps of the pharmacokinetic studies in children (requirements, conduction and data analysis). The results will optimise drug use including therapeutic drug monitoring. The thesis includes studies concerning these different steps illustrated by examples 1) analytical requirements were demonstrated by the development of a highly sensitive analytical method of ciprofloxacin with micro-HPLC-MS, 2) the conduct and data analysis of classical pharmacokinetic studies were demonstrated with the example of antiretroviral drugs in HIV infected children, 3) the conduct and data analysis of population pharmacokinetic studies were illustrated by the use of immunosuppressants in renal transplant children. In addition, integration of pharmacogenetic variability was included in these studies. 4) the importance of population pharmacokinetic modelling for therapeutic drug monitoring was also demonstrated with two drugs frequently used in nephrology which are mycophenolate mofetil in patients with nephrotic syndrome and valganciclovir in cytomegalovirus infected patients. The thesis illustrates the different aspects of pharmacokinetic studies and primarily, modelisation in order to describe and explain pharmacokinetic variability in children and then optimise monitoring

Une norme européenne récente inclut dans la définition de l'eau potable, l'eau pour la boisson, pour la préparation des aliments, pour l'industrie alimentaire et pour les autres usages domestiques. Par conséquent l'eau pour l'hygiène corporelle entre dans la définition de l'eau potable, ce qui inclut tous les risques induits par le contact avec l'eau et l'inhalation de l'eau. Un des facteurs de risque à prendre en considération est la contamination de l'eau potable par les mycobactéries. En effet, particulièrement résistantes aux antiseptiques et aux désinfectants usuels, les mycobactéries colonisent fréquemment les réseaux d'eau potable. Dans la première partie de notre travail, afin de comprendre l'origine de la présence des mycobactéries dans le réseau intérieur de distribution de l'eau potable de la ville de Paris, nous avons réalisé l'inventaire des mycobactéries présentes aux différents stades de la production d'eau potable et dans l'eau du réseau extérieur de distribution de la ville de Paris. Les mycobactéries atypiques, saprophytes ou pathogènes potentiels sont largement présentes dans le réseau de distribution et résulteraient plus d'une colonisation du réseau que d'une carence au niveau des usines de traitement d'eau. De plus une étude sur la résistance au chlore des mycobactéries isolées du réseau d'eau potable a révélé qu'une chloration " seule " ne suffit pas pour éliminer les mycobactéries, en particulier les espèces: pathogènes potentielles. Dans une deuxième partie, nous avons tenté d'élucider les mécanismes de réplication des plasmides linéaires mycobactériens en étudiant un plasmide linéaire de 22 kb hébergé par M. Celatum. L'identification de son origine de réplication nous a permis de construire un vecteur navette E. Coli-mycobactérie. Le séquençage complet de ce plasmide linéaire et son étude transcriptionnelle nous ont permis d'identifier des régions conservées avec le chromosome de M. Tuberculosis, et des gènes de maintenance et de partition homologues à ceux des plasmides circulaires bactériens. Nous avons également recherché la présence des plasmides linéaires chez les genres apparentés au genre Mycobacterium, et avons montré que les plasmides linéaires sont relativement fréquents dans le génome des Corynebacterineae mais que leur présence n'est pas liée à une communauté phylogénique car leur distribution n'est pas homogène pour tous les membres d'un même genre ou d'une même espèce
A recent European directive addressed water intended for human consumption, i. E. Potable water, including drinking water, water used for food preparation and water for other domestic uses. Therefore, water used for personal hygiene is included in this definition. Thus, skin contact with contaminated water and the inhalation of aerosols generated from contaminated water may be risk factors legally covered by the directive. Atypical mycobacteria found in drinking water distribution systems are residents able to colonize, to survive, to persist and to grow in tap water and not contaminants from another source. The resistance of mycobacteria to common disinfectants and their tolerance to a wide range of pHs and temperatures allow them to persist in drinking water systems. In the first part of this study, we investigated the frequency of recovery of mycobacteria in the water distribution system of Paris and in two treatment plants, at some intermediate stages of treatment, providing drinking water of Paris. The Paris water distribution system is colonized by several species of mycobacteria, saprophytic and potentially pathogenic species. The lack of detectable mycobacteria at the end of the water treatment lines and the presence of mycobacteria in the treated water distribution system could be explained by the presence of biofilms in pipes. An additional study on chlorine disinfection of atypical mycobacteria showed that chlorination conditions used in the distribution system is not sufficient to eliminate mycobacteria, especially potentially pathogenic mycobacteria. In the second part, we identified the replication region of the 23-kb linear plasmid pCLP from Mycobacterium celatum. Thus, we constructed an E. Coli-mycobacteria shuttle vector may be used in both slow- and fast-growing species and in co-transformation experiments with other mycobacterial vectors. Complete sequence of pCLP revealed at least nineteen putative ORFs which twelve were expressed. Sequence analysis revealed similar loci in both M. Celatum pCLP and M. Tuberculosis chromosome and ORFs that are similar to genes of bacterial circular plasmids involved in partition and postsegregational mechanisms. In addition, we investigated the occurrence of linear plasmids in mycolic-acid-containing bacteria, a group of phylogenetically related actinomycetes. Linear plasmids were not present in all the strains of a particular species or genus, which suggests that they were independently acquired

L'anorexie mentale (Anorexia nervosa, AN) est un trouble des conduites alimentaires aux conséquences psychologiques et physiques sévères. Cette maladie psychiatrique implique des facteurs socio-culturels, psychologiques et biologiques. Les études d'agrégation familiale et de jumeaux ont montré une forte héritabilité de l'AN (50-80%). De nombreuses études génétiques ont été réalisées mais il n'existe pas de consensus quant aux gènes impliqués. Ceci s'explique en majorité par une grande hétérogénéité phénotypique du trouble rendant essentiel le repérage de sous-groupes plus homogènes. Les approches symptômes-candidats et endophénotypiques permettant d'aborder ce problème sont récentes et rares dans l’AN. Mon premier travail est basé sur l'approche symptômes-candidats dans une cohorte de 321 familles d'AN. Ce travail a aboutit à la publication d'un article montrant une association entre un récepteur de l'œstrogène ESR1 et la forme restrictive de l'AN (Versini, et al 2010). Un deuxième article, soumis à Molecular Psychiatry, concerne l'association de la monoamine oxydase A MAOA et la forme mixte de l'AN. En parallèle, j'ai participé à l'écriture d'une revue sur la pharmacothérapie des troubles des conduites alimentaires (Ramoz, Versini 2007). Mon deuxième travail est axé sur la recherche d'endophénotypes de l'AN, de natures physiologique (leptine, ghréline, obestatine, PYY3-36, cortisol, œstradiol), tempéramentale (BIS10, MPS, SSS, Estime de soi, TCI, BSQ) et cognitive (WSCT, TMT, Empan, IGT, Stroop), couplée à une analyse gènes candidats. A ce jour, 90 contrôles et 65 couples de patientes/apparentés ont été recrutés. Les données préliminaires seront présentées dans ce travail

Le système Rh est le système sanguin érythrocytaire le plus complexe et le plus poly morphe. Il est sous le contrôle de deux gènes homo logues RHD et RHCE et comporte 55 antigènes, parmi lesquels l’antigène D, porté par la protéine RhD, est le plus immunogène et présente un intérêt majeur en terme de Santé Publique. Actuellement, plusieurs centaines d’allèles variants sont répertoriés dans le gène RHD, qui se traduisent par une grande variabilité phénotypique de l’expression de l’antigène D. La plupart du temps, le typage sanguin des individus porteurs d’un variant de l’antigène D n’est souvent pas réalisable par des approches sérologiques, il faut alors avoir recours à des analyses moléculaires pour identifier les anomalies potentielles et déduire le phénotype correspondant. Néanmoins, l’interprétation de ces variants rares et de leurs conséquences sur l’expression de l’antigène demeurent souvent difficiles. Dans ce travail, nous nous sommes intéressés, plus spécifiquement à trois catégories de variants : les variants d’épissage, les variants synonymes et les variants faux-sens. Nous avons étudié l’impact moléculaire et cellulaire de ces variants en développant des approches de génétiques fonctionnelles et observé leurs effets respectifs sur l’altération de l’épissage et/ou sur l’expression de l’antigène D. Ces travaux ont per mis d’avoir une vision globale des différents mécanismes moléculaires impliqués dans la variabilité génétique du système Rh, en particulier sur l’interprétation des variants rares affectant les sites canoniques et les éléments régulateurs de l’épissage, par une approche minigène développée dans notre laboratoire. Puis, au-delà de l’intérêt fondamental de la caractérisation fonctionnelle de ces variants, en association avec les analyses sérologiques, elle présente un intérêt diagnostique dans l’interprétation fonctionnelle de certains phénotypes ambigus et ainsi guider le biologiste dans la prise en charge de la transfusion et de la grossesse
Rh system is the most complex and polymorphic blood group system. It’s driven by two homologous genes RHD and RHCE and contains 55 antigens, including the D antigen, carried by the RhD protein, is the most immunogenic and has a major interest in terms of public health. Currently, several hundred variants alleles are listed in the RHD gene, resulting in high phenotypic variability of the D antigen expression. In most cases, blood typing of individuals with a D variant is often not available by serological approaches, so molecular analyses should be used to identify potential defects and deduce the corresponding phenotype. Nevertheless, the interpretation of these rare variants and their consequences on the antigen expression often remain difficult. In this work, we are more specifically interested in three categories of variants: splicing variants, synonymous variants and missense variants. We studied the molecular and cellular impact of these variants by developing functional genetic approaches and observed their respective effects on the splicing alteration and/or on the D antigen expression. This work has provided an overview of the different molecular mechanisms involved in the genetic variability of the Rh system, in particular the interpretation of rare variants affecting the canonical splice sites and the splicing regulatory elements, using a minigene splicing assay developed in our laboratory. Then, beyond the fundamental interest of the functional characterization of these variants, in association with serological analyses, it presents a diagnostic interest in the functional interpretation of certain ambiguous phenotypes. Then, beyond the fundamental interest of the functional characterization of these variants, in association with serological analyses, it presents a diagnostic interest in the functional interpretation of certain ambiguous phenotypes and thus guide the biologist in the management of transfusion and pregnancy

Le syndrome CHARGE est une association malformative rare due à une mutation du gène CHD7 dans 60 à 90% des cas. L'objectif de ce travail était d'en décrire les éléments cliniques et moléculaires afin d'optimiser la prise en charge de patients atteints d'un handicap multisensoriel lourd.Le diagnostic anténatal en est difficile et l'étude de 40 fœtus a permis d'affiner la description du phénotype, de décrire de nouveaux éléments cliniques et finalement de proposer un ajustement des critères diagnostiques chez le fœtus.L'étude endocrinienne de 42 patients confirme la présence d'un hypogonadisme hypogonadotrope dans 97% des cas. Souvent méconnu et non traité il peut avoir des conséquences délétères sur la qualité de vie. Nous proposons qu'il soit reconnu comme critère majeur du syndrome.L'étude clinique d'une cohorte française de 119 patients a montré que la surdité et l'atteinte des canaux semi circulaires sont les éléments les plus fréquents du syndrome (suivis de l'atteinte hypophysaire, de l'arhinencéphalie et des anomalies de l'oreille externe), et les seuls significativement associés à la présence d'une mutation dans CHD7. Une étude approfondie des données issues de cette étude est en cours.Sur le plan moléculaire, alors que la plupart des mutations identifiées sont des mutations tronquantes privées apparues de novo, nous avons identifié 4 variants au niveau de l'intron 25, récurrents pour certains, dont l'interprétation était délicate. Leur étude in silico puis par une technique de minigène a permis de mettre en évidence une configuration particulière des séquences impliquées dans l'épissage de l'exon 26 (point de branchement distant) et de démontrer leur pathogénicité
CHARGE syndrome is a rare disorder of multiple congenital anomalies ascribed to a CHD7 gene mutation in 60% to 90% of cases. The aim of this study was to improve the knowledge regarding molecular and clinical aspects of the syndrome in order to optimize the management of these patients with severe disability. Antenatal diagnosis remains challenging in many instances and a detailed clinicopathological survey in a series of 40 fetuses allowed us to refine the clinical description of CHARGE syndrome in fetuses, describe some novel features and set up diagnostic criteria. An endocrinologic study of 42 patients showed a hypogonadotrophic hypogonadism in 97% of cases. For this reason, it should be considered as a major symptom of the syndrome. An early screening should lead to a hormonal replacement therapy which dramatically impacts the condition.A study of a French cohort of 119 patients found that deafness and semi-circular canals hypoplasia were the most frequent symptoms (followed by hypogonadotrophic hypogonadism, arhinencephaly and external ears anomalies) and the only features statistically associated with a mutation in the CHD7 gene. A detailed study of the data is still going on.The syndrome is mainly due to de novo and private truncating mutations of the CHD7 gene but we report an intriguing hot spot of intronic mutations located in IVS25. Combining computational in silico analysis and ex vivo minigene assays, we explained this mutation hot spot by a particular genomic context, including a distant branch point, and confirmed the pathogenicity of these mutations

En france, 1000 a 2000 morsures de viperes sont repertoriees par an. L'efficacite du traitement de l'envenimation depend de sa precocite. Cependant, l'evaluation clinique precoce de la severite de l'envenimation est delicate. Certains cas de morsures graves, justifiant une serotherapie, sont souvent sous-estimes et ne recoivent qu'un traitement symptomatique. Nous avons mis au point un dosage par elisa des antigenes des venins des principales viperes europeennes (vipera aspis, vipera berus et vipera ammodytes) dans les liquides biologiques des patients mordus. L'interet de ce dosage a ete etudie au cours de deux campagnes successives de recolte d'echantillons (serum et urine) issus de personnes mordues par une vipere en france. Ces etudes nous ont permis d'etablir une gradation clinique de la severite de l'envenimation, d'observer une correlation entre les taux d'antigenes doses et la gravite de l'envenimation et d'analyser l'evolution des concentrations sanguines de venin au cours du temps. Nous avons aussi obtenu des renseignements epidemiologiques, cliniques et biologiques concernant l'envenimation viperine. De plus, la cinetique du venin de vipera aspis, par voie intraveineuse et intramusculaire a differentes doses, a ete etudiee lors d'envenimations experimentales chez le lapin. Nous avons ainsi precise la biodisponibilite et la resorption du venin. Enfin, nous avons analyse le devenir du venin lors d'une envenimation experimentale traitee par serotherapie intraveineuse afin de comprendre le mode d'action du serum in vivo

Une description statistique des regions des genomes codant pour les proteines (les "parties codantes") est presentee. La methodologie utilise a la fois une modelisation de l'information et des outils de description. Les schemas entite-association constituent un outil de representation des relations logiques entre des jets biologiques. La description des sequences a utilise essentiellement des methodes multivariees et des statistiques non parametriques. Ces analyses montrent l'existence de biais importants dans l'usage du code ainsi que dans certaines relations de voisinage entre bases. Ces biais peuvent s'interpreter, au moins en partie, comme resultant de contraintes liees aux differents processus moleculaires auxquels participent ces sequences. Chez e. Coli, le processus de traduction a ete clairement mis en cause. Une repercussion de ces contraintes sont la nature de la proteine codee a pu etre mise en evidence dans plusieurs cas. L'observation de biais tres differents dans des sequences homologues (en particulier mitochondrial) a permis de discuter de la stationnarite du processus evolutif

L'obésité commune est une maladie multifactorielle, dont l'émergence récente comme maladie de masse, est liée à l'occidentalisation du mode de vie. Elle est la conséquence d'une diminution de l'activité physique et d'un accès illimité à une alimentation calorique. Néanmoins, les facteurs génétiques influencent la prédisposition individuelle, comme l'attestent des études familiales et l'identification de formes monogéniques d'obésité. Les déterminants des formes polygéniques fréquentes (95%) sont encore peu caractérisés, même si des études récentes ont montré notamment le rôle de certains gènes dans la signalisation de l'insuline (ENPP1) et les voies métaboliques de neurotransmetteurs (GABA, sérotonine), qui prédisposeraient à l'obésité dans un environnement peu favorable. L'implication des facteurs génétiques dans les maladies polygéniques tel que l'obésité est abordée par des approches directes d'analyses de gènes candidats physiologiques et indirectes par l'étude de gènes candidats positionnels localisés dans des régions chromosomiques de liaison à des traits phénotypiques. Deux études " génome entier " sur des familles caucasiennes françaises ont permis de souligner l'importance du locus 5cen-q comme région de susceptibilité à la variation du taux de leptine et à l'obésité. Parmi les nombreux gènes localisés dans cette région ; les gènes CART (5q12-q13) et PCSK1 (5q15-q21) sont exprimés au niveau du système nerveux central dans des régions impliquées dans le contrôle de la prise alimentaire et le maintien de l'homéostasie énergétique et sont des acteurs de la voie de la leptine. L'analyse de 5,4 kb du gène CART (Cocaine and Amphetamine Regulated Transcript), a permis l'identification d'un SNP de la région promotrice (SNP-3608T>C) qui pourrait être un composant des déterminants génétiques de l'obésité polygénique. Ce polymorphisme se révèle également être associé, dans une population générale, avec les sous-fractions de cholestérol et les apolipoprotéines plasmatiques suggérant une implication du gène CART dans l'athérogénèse. Ce SNP aurait également un effet dans le remodelage de la masse osseuse corticale dans une population de femmes danoises. Le gène PCSK1 (Proprotein Convertase Subtilisin/kexin type 1) code une endoprotéase à sérine de type subtilisine, impliquée dans la maturation de pro-hormones et de neuropeptides précurseurs tels que la proinsuline et POMC. Des mutations du gène PCSK1 responsables d'une forme monogénique rare d'obésité sévère de l'enfant ont été décrites. L'analyse de ce gène dans un contexte polygénique a permis l'identification de SNP fréquents (dont une mutation exonique non-synonyme) associés à l'obésité adulte et/ou infantile. L'approche génétique a validé des hypothèses physiologiques et a amélioré notre compréhension des voies métaboliques impliquées en suggérant l'effet de ces deux gènes dans l'obésité polygénique et le rôle pléiotropique du gène CART
Common obesity is a multifactorial disease, whose recent increase, is related to the modernization of life. This epidemic is the consequence of a physical inactivity and an unlimited access to over-nutrition and consumption of caloric food. Nevertheless, many familial studies and the identification of monogenic forms of obesity indicate that genetic factors are also involved. All determinants of the polygenic forms are still unknown, recent studies show the role of genes in the signalling of insulin (ENPP1) and metabolic pathways of neurotransmitters (GABA, serotonin) which would predispose to obesity in a sedentary, high calorie lifestyle. The identification of genetic factors in the polygenic diseases such as obesity is assessed by direct studies of physiological genes and by indirect analyses with positional candidate genes located in chromosomal regions of linkage to phenotype traits. Two genome wide-scans on French Caucasian families show the importance of the locus 5cen-q. Among many genes located in this region ; CART (5q12-q13) and PCSK1 (5q15-q21) genes are expressed in the central nervous system (principally in the hypothalamus) and are involved in the control of food intake and the regulation of energy homeostasis. The analysis of a 5,4 Kb region of the CART gene (Cocaine and Amphetamine Regulated Transcript), including the promoter, 3 exons, introns and the 3'UTR, resulted in the identification of a promoter SNP (SNP-3608T>C) which is associated with the polygenic obesity. In a general population, this polymorphism is also associated, with subfractions of plasma cholesterol and apolipoproteins which suggests that the CART gene maybe implicated in lipid metabolism and atherogenesis. Within a Danish study of menopausal women, the SNP-3608T>C was shown to effect remodelling of the bone mass (on arm BMD). PCSK1 (Proprotein Convertase Subtilisin/kexin type 1) Gene code for a neuroendocrine member of the family of subtilisin-like proprotein convertases and is important for the maturation of pro-hormones and neuropeptides precursors such as the proinsulin and POMC. PCSK1 gene mutations are responsible for a number of rare monogenic forms of severe obesity. The analysis of this gene in a polygenic context enabled the identification of frequent mutations including a non-synonymous exonic variant which is associated with adult and/or childhood polygenic obesity. The genetic approach validates physiological hypotheses and improves current understanding of metabolic pathways, and suggests a pleiotropic effect of the CART gene and that the CART and PCSK1 genes are implicated in polygenic obesity

A la fin des années 80, des anticorps catalytiques ont été découverts dans le sérum de patients, en particulier de patients atteints de maladies auto-immunes. Certains anticorps catalytiques ont un effet bénéfique sur la santé, tandis que d'autres sont délétères. Afin de comprendre le lien existant entre anticorps catalytiques et pathologies auto-immunes, des travaux antérieurs ont mené à la synthèse de quatre banques de fragments d’anticorps (scFv) exposés en surface de phages, représentant différents fonds génétiques et états immunologiques. Les scFv, constitues des régions variables des chaines lourdes (H) et légères (L) des anticorps, sont codes par différents segments de gènes d'immunoglobuline : V-D- J pour la chaine lourde, V et J pour la chaine légère. Dans l'objectif de récolter des informations sur l’immunogénétique des anticorps catalytiques, la distribution des sous-groupes de gènes au sein de chaque répertoire a été étudiée, en se basant sur l’étude de plus de 300 000 séquences. L'analyse des données NGS a montré une expression différentielle des sous-groupes de gènes selon la banque d’origine, suggérant que le fond génétique et / ou l'état immunologique influencent l'expression du sous-groupe de gènes d'immunoglobuline. La présence d'anticorps potentiellement catalytiques à activité β-lactamase a ensuite été étudiée dans les quatre banques par une approche in silico de modélisation tridimensionnelle. Les résultats suggèrent que certaines banques expriment potentiellement plus d'anticorps catalytiques que d'autres. Enfin, dans le but de valider cette approche in silico, une approche in vitro a été initiée. Cinq scFv exposés à la surface des phages ont été sélectionnés lors d'un travail précèdent par un processus itératif sur la base de leur activité catalytique. Chacun possède une structure primaire et tertiaire unique. L’un d’entre eux, le scFv P90C2, a été cloné et exprimé dans des bactéries E. coli BL21 (DE3) sous forme de corps d'inclusion, puis solubilise et enfin renaturé. Bien que le scFv P90C2 soluble conserve son activité de reconnaissance, son pouvoir catalytique est complètement perdu. L’influence de différents paramètres sur la fonctionnalité du scFv a été évaluée : (i) optimisation des conditions du protocole de renaturation, (ii) choix des codons à l’origine de la séquence peptidique du scFv, et enfin (iii) influence de la protéine de fusion pIII
In the late 80s, catalytic antibodies have been discovered in the serum of patients, especially patients with auto-immune diseases. Some of the catalytic antibodies appear to have a beneficial effect on health while others are deleterious. In order to understand the link between catalytic antibodies and immune system pathologies, previous work leaded to 4 single chain Fragment variable (scFv) libraries exposed on phage surface, representing different genetic backgrounds and immunological states. The scFvs, composed with the variable regions of the heavy (H) and light (L) chains, are encoded by immunoglobulin gene subgroups V(H), D(H), J(H), V(L) and J(L). With the objective to decipher the potential origin of catalytic antibodies, a statistical representation of each subgroup within each repertoire has been done, based on more than 300 000 sequences. The NGS data analysis showed a variable expression of some gene subgroups (comprising “rare” ones) between the 4 libraries showing that the genetic background and/or the immunological state influence immunoglobulin gene subgroup expression. Then, we investigated the presence of antibodies with potent active sites in the libraries by molecular modelling. Libraries express more putative catalytic antibodies than others depending on the genetic background and the immunological state profile. Finally, in the objective to validate this in silico approach, an in vitro approach was considered. 5 scFvs exposed on phage surface have thus been selected during a previous work by iterative process on the basis of their catalytic activity: β-lactamase like activity. Each of them displays a unique primary and tertiary structure. The scFvs exposed on the phage surface must be catalytically active while expressed in soluble form too. One of the selected scFvs, P90C2, was optimized and expressed in E. coli BL21 (DE3) bacteria in the form of inclusion bodies and then solubilized and refolded. Although soluble P90C2 fully retained its binding activity, its catalytic potency was completely lost. Further experiments aimed to i) optimize refolding protocol, ii) study the impact of scFv codon-optimization, and iii) show the influence of the pIII fusion protein on the scFv catalytic activity

Le phosphate est un nutriment essentiel pour le développement et le métabolisme des plantes. La plante a développé de nombreuses réponses pour croître au mieux dans des sols souvent limitant en cet élément. Pour avoir une vision globale de ces réponses, nous avons effectué une analyse transcriptionnelle chez "Arabidopsis thaliana" pour identifier toutes les cibles du phosphate. Environ 700 gènes modulés en carence en Pi ont été classifiés le type de régulation (induction, répression), la localisation de l’expression, la cinétique d’induction et leur fonction. Ces données constituent une mine de renseignements qui permettront de guider de futures recherches pour comprendre les stratégies de la plante et les mécanismes moléculaires mis en jeu pour répondre à la carence en phosphate. Un gène cible particulier, le transporteur de phosphate à haute affinité Pht1;4 a été caractérisé à partir de lignées d’insertion mutante pour ce gène. Nous avons pu déterminer le rôle de ce transporteur parmi tous ses homologues de la famille Pht1. Très fortement induit en condition de carence, il permet d’augmenter la capacité d’absorption de phosphate de la plante de 40% dans ces conditions. L’une des lignées, pht1;4-1, possède un gène rapporteur GUS fusionné au promoteur de ce gène cible du phosphate et a permis d’établir le profil d’expression de ce gène dans les couches cellulaires externes de la racine en condition de carence. Nous l’avons utilisé comme témoin de la carence en phosphate dans un crible génétique pour identifier des mutants touchés dans la régulation par le phosphate. Dans la descendance de graines de pht1;4-1 mutagenéisées, nous avons isolé cinq mutants par (phosphate abnormal response) qui présentaient un gain d’expression de Pht1;4 sur milieu riche en phosphate. Leur caractérisation montre qu’ils sont affectés dans diverses réponses au phosphate et sont probablement touchés dans la régulation transcriptionnelle ou post-transcriptionnelle du gène
Phosphate is an essential nutrient for plant development and metabolism. Plants have developed numerous responses in order to grow in soils often limiting in this element. In order to have a global vision of these responses, we have performed a transcriptional analysis on "Arabidopsis thaliana" to identify the targets of phosphate. The 700 genes found modulated by Pi have been classified following their functions and their regulation (induction/repression by Pi starvation, root/leaves expression, « early » or « late » modulation using transfer experiments). A Pi-starvation-induced gene, the high affinity Pi transporter Pht1;4 has been characterized. Using insertion mutants lines, we have shown the role of this transporter among its homologues from the Pht1 family. It contributes to 40% of Pi uptake capacity of the Pi starved plant. One of the insertion line, pht1;4-1, contains a GUS reporter gene fused to the Pht1;4 promoter, allowing the determination of the expression pattern of this gene in external cell layers of the root only in Pi limiting condition. We have used this line as a visual control of Pht1;4 regulation in a genetic screen to identify mutants deregulated in Pi signal transduction pathway. In the progeny of pht1;4-1 mutagenized seeds, we have isolated five mutants par (phosphate abnormal response), which exhibited a constitutive expression of Pht1;4 independently of the Pi supply condition. Their characterization shows that they are affected in various Pi starvation responses and are probably mutated in the transcriptional or post-transcriptional regulation of this gene

ABCB1 est une protéine impliquée dans le transport des médicaments mais aussi probablement du cholestérol. Des phénomènes de résistance médicamenteuse sont associés à ses polymorphismes et à des modulations de son expression via le facteur PXR. Notre objectif était de réaliser une analyse génomique et transcriptomique d’ABCB1 basée sur ces hypothèses : 1) les variants d’ABCB1 expliquent-ils une part de la variabilité des taux de lipides et de lipoprotéines plasmatiques ? 2) le profil d’expression d’ABCB1 dans les cellules mononuclées du sang périphérique (PBMCs) constitue-t-il un biomarqueur cardiovasculaire nouveau ? Nous avons déterminé la prévalence de polymorphismes d’ABCB1 chez 371 sujets de la cohorte STANISLAS. Nous montrons que ces variants modulent les concentrations en lipides des sujets sains. Des associations significatives avec les lipides sont aussi notées chez des sujets à haut risque cardiovasculaire. Nous observons qu’une majorité d’enzymes du métabolisme des xénobiotes et de facteurs de transcription sont exprimés dans les PBMCs de sujets sains. Nous montrons par RTPCR qu’ABCB1 et PXR sont exprimés dans les PBMCs de 83 sujets de la cohorte. Enfin, il n’y a pas d’association entre l’expression d’ABCB1 dans les PBMCs et le taux de lipides plasmatiques chez le sujet sain. En conclusion, les polymorphismes d’ABCB1 peuvent moduler le taux de lipides et d’apolipoprotéines. Nous ne pouvons toutefois pas proposer l’expression d’ABCB1 dans les PBMCs comme biomarqueur du risque cardiovasculaire. Il serait intéressant de reproduire cette étude chez des sujets à risque cardiovasculaire élevé ou d’utiliser un modèle in vitro permettant d’induire l’expression d’ABCB1
ABCB1 is an ubiquitously expressed membrane transporter. Resistance to drugs is associated with genetic variations of its gene and with modulation of its expression through the PXR transcription factor. Given that ABCB1 could also transport cholesterol, our goal was to conduct a genomic and transcriptomic analysis of ABCB1 based on the following hypotheses: 1) ABCB1 variants would partly explain plasma lipid and apolipoprotein concentrations, and 2) ABCB1 expression profile in PBMCs would be a new, and easily available, cardiovascular biomarker. We have determined frequency of ABCB1 variants in 371 subjects from the STANISLAS cohort. We have shown in these healthy people that ABCB1 variants modulate lipid concentrations, sometimes in a sex-dependant manner. Significant associations were also observed in subjects with a high cardiovascular risk. In addition, DNA microarray analysis showed that most of the xenobiotic metabolizing enzymes and transcription factors are constitutively expressed in PBMCs of healthy subjects. ABCB1 and PXR were measured by quantitative RT-PCR in 83 subjects from the STANISLAS cohort. They are both expressed in PBMCs but their expressions do not correlate. Finally, there is no association between ABCB1, or PXR, expression in PBMCs and lipid plasma concentrations in healthy subjects. To conclude, ABCB1 variants would modulate lipid and apolipoprotein concentrations. However, from our results, we cannot propose ABCB1 expression in PBMCs as a biomarker of cardiovascular risk. It would be of interest to reproduce this study in PBMCs of people at high cardiovascular risk or in an in vitro model of PBMCs with induction studies of ABCB1 expression

Ce travail porte sur l'etude de populations levuriennes constituees de souches differentes. Il a pour objectif d'analyser les interactions entre ces souches, et de proposer un modele qui represente ces interactions. Une premiere partie developpe la methodologie mise en uvre, et en particulier, les problemes poses par l'identification de souches differentes sont analyses. Un modele d'etude est constitue par un couple levure killer/levure sensible. Des cultures avec differents pourcentages initiaux des deux souches ont ete realisees, et l'effet killer analyse du point de vue cinetique et qualitatif. Les observations physiologiques effectuees ont permis de proposer un modele mathematique traduisant l'effet killer. Ce modele simule convenablement le comportement de la souche sensible soumise a un effet killer; son extension a d'autres situations est discutee. Ce travail presente un double interet: un interet fondamental, puisqu'une meilleure connaissance des interactions permettra une meilleure comprehension de l'ecologie des levures, et un interet industriel par son application aux problemes d'implantation de souches dans des milieux non steriles, cas typique en oenologie

Le travail realise porte sur l'utilisation de vecteurs retroviraux derives du virus de l'erythroblastose aviaire (aev). Ce retrovirus transduit deux oncogenes v-erba et v-erbb. Des vecteurs ont ete construits dans lesquels v-erba est remplace par un gene neo de resistance au g418 et v-erbb est remplace par un gene hygro de resistance a l'hygromycine. Ces vecteurs expriment le gene neo a partir du promoteur viral. Le gene hygro est controle par un promoteur heterologue et utilise un signal interne de polyadenylation. La capacite des vecteurs retroviraux a transduire les genes a ete analysee. Les structures etudiees conferent une seule resistance, celle pour laquelle la cellule a ete selectionnee apres l'infection. Les structures provirales sont caracterisees par la deletion du gene de resistance non selectionne. Deux mecanismes moleculaires distincts sont a l'origine des deletions: 1) des recombinaisons, pendant la retro-transcription dans les cellules cibles, qui engendrent la perte du gene hygro; 2) une encapsidation d'un arn sous-genomique anormal dans la lignee productrice, qui est responsable de la perte du gene neo. Dans un autre vecteur, une sequence de 88 pb contenant le signal d'integration du virus aev (appele att2) a ete inseree en amont du promoteur interne. La presence de att2 permet de transduire le gene hygro 100 fois plus efficacement. Le sequencage des jonctions entre l'adn cellulaire et l'adn proviral demontre que la sequence att2 est utilisee lors de l'integration dans le genome cellulaire

De tout temps, le parricide a ete considere comme "le crime parmi les crimes". Rare et peu etudie, cet homicide demeure un phenomene opaque. Apres avoir situe ce crime dans son histoire repressive et clinique, cette recherche effectuee a partir de 37 affaires de parricide (15 matricides, 15 patricides, 7 double parricides) commis par des hommes ayant plus de 17 ans et presentant des troubles mentaux, tente de combier cette lacune. Elle met en evidence chez les agresseurs l'existence d'un "terrain motivant" en general ancien qui, a la faveur de "facteurs precipitants", est a l'origine de ces passages a l'acte violents et archaiques. Ce constat permet de reperer des facteurs d'alerte ou de risque parricide. Le depistage de ces facteurs peut conduire a une prevention du parricide et de ses tentatives. Ces conclusions semblent pouvoir etre etendues a d'autres agressions humaines pathologiques. Elles peuvent aussi presenter un interet judiciaire au niveau des expertises mentales et dans l'orientation de certaines enquetes criminelles
Parricide has always been considered as "the crime of all crimes". This rare very little stuidied homicide is still an unclear phenomenon. After having reconsidered the repressive and clinical history of the crime, this research, based on 37 parricide cases 15 matricides, 15 patricides, 7 double parricides) commited by men over 17 and mentally disturbed, tries to fill in this gap this study brings forward evidence of the aggressors' pre-existing and generally ancient motivations, that in favour of provoking factors, are the origin of these violent and archaic actings out. Thanks to this statement, it is possible to identify the factors of alert or parricide risk. The detection of these factors can lead to preventing parricide and its attempts. It seems possible to extend these conclusions to other human pathological aggressions. They can also be of judical interest in terms of mental estimation and concerning the trend of certain crime inquiries

La surdité se caractérise par une extrême hétérogénéité génétique. Plus de 100 loci sont impliqués dans les surdités génétiques isolées. Alors que l'épidémiologie de la surdité congénitale et prélinguale est relativement bien connue, peu de données sont disponibles sur les surdités progressives à début plus tardif. Pendant ma thèse, je me suis intéressée aux surdités progressives de l'enfant et de l'adulte jeune. J'ai tout d'abord étudié le gène SLC26A4 qui, en fréquence, est le second gène responsable de surdité isolée autosomique récessive, progressive et fluctuante. J'ai précisé son rôle dans la surdité DFNB4 associée à des malformations bilatérales de l'oreille interne. Puis, j'ai étudié son implication possible dans les surdités unilatérales avec malformations ipsilatérales. Enfin, l'étude d'une mutation récurrente dans le syndrome de Pendred a permis d'établir l'existence d'un effet fondateur ancien. Je me suis focalisée sur l'étude des gènes WFS1 et COCH, impliqués dans les surdités isolées, autosomiques dominantes progressives. WFS1 est associé à une atteinte préférentielle des fréquences graves ou moyennes. COCH est responsable de surdité associée à des vertiges. Enfin, j'ai repris une étude pangénomique sur 72 familles de surdités autosomiques dominantes ou liées à l'X afin de découvrir de nouveaux gènes responsables de surdité progressive. En effet, établir une épidémiologie de la surdité progressive en France permettra d'établir les arbres décisionnels d'analyse moléculaire et de donner un conseil génétique et un pronostic précis. Par la suite, ces résultats devraient permettre de trouver des pistes pour de nouvelles stratégies thérapeutiques

Notre travail s’est intéressé à l’albinisme oculocutané en étudiant ses aspects clinico- moléculaires. Malgré l’analyse approfondie des gènes connus d’albinisme oculocutané, 15 % des patients restent sans mutation identifiée indiquant que les mutations sont situées dans des régions géniques non analysées par les techniques classiques de diagnostic moléculaire, ou qu’il existe d’autres gènes d’albinisme oculocutané. Nous avons établi une base de données clinico- biologiques décrivant les caractéristiques de plus de 400 patients analysés. Des outils de diagnostic moléculaire ont été développés à la recherche de mutations situées dans les introns et les régions régulatrices et de réarrangements géniques. Différentes stratégies ont également été utilisées pour rechercher des gènes candidats. La puce à façon a permis l’identification de grands réarrangements dans les gènes TYR, OCA2 et SLC45A2 et un réarrangement complexe du gène OCA2 chez 2 patients non apparentés. L'analyse de gènes candidats nous a permis d'identifier, chez 5 patients non apparentés présentant un albinisme oculocutané non syndromique, des mutations dans le gène SLC24A5, très récemment associé à l’AOC6. Le séquençage d’exome de 6 patients a mis en évidence des gènes candidats pour lesquels des analyses complémentaires sont poursuivies afin de confirmer leur implication dans la pathogenèse de l’AOC.Les résultats de ce travail permettent de redéfinir les aspects cliniques et moléculaires de l’AOC, d’identifier de nouveaux mécanismes moléculaires à l’origine de l’AOC ainsi que des gènes candidats dont la fonction dans le développement pigmentaire reste à élucider. L’identification de nouveaux gènes impliqués dans l’AOC pourrait permettre de mieux comprendre et de mieux prendre en charge les patients avec un AOC
Our work focused on oculocutaneous albinism (OCA) by studying its clinical and molecular aspects. Despite a thorough analysis of the known genes involved in oculocutaneous albinism, 15% of patients remain without diagnostic at the molecular level indicating that mutations are located in unexplored regions and are undetected by standard techniques or that other genes are involved in albinism. We established a clinicomolecular database describing more than 400 patients and developped molecular tools in order to improve molecular diagnostic including a custom high resolution array-CGH dedicated to the four OCA genes (TYR, OCA2, TYRP1 and SLC45A2). We also used different strategies to identify new genes. Array-CGH allows us to detect large deletion in TYR, OCA2 and SLC45A2 and a complexe rearrangement in OCA2 in 2 unrelated patients. We identified, in 5 patients presenting with a non syndromic OCA, mutations in SLC24A5, recently associated with OCA6. Exome sequencing of 6 different patients allows us to identify candidate genes, for which further studies are required to confirm their involvement in OCA pathogenesis. The results of this work allowed us to delineate clinical and genetics aspects of more than 400 OCA patients and to identify new molecular mechanisms leading to OCA and candidates genes for which exact nature of their functions has to be understood. Giving the complexity of pigmentary system development and its regulation, identification of new genes leading to OCA could help to better understand OCA and take care of patients

Introduction : La pancréatite chronique (PC) est une maladie qui se caractérise par une inflammation continue du pancréas et une destruction irréversible du parenchyme pancréatique. Durant les 12 dernières années, les études génétiques réalisées sur les formes héréditaires familiales et idiopathiques de PC ont permis de mieux comprendre la physiopathologie de cette maladie. L’identification de mutations “gain-de-fonction” sur le gène PRSSI (codant le trypsinogène cationique) ou “perte-de- fonction” sur le gène SPINK1 (codant l’inhibiteur pancréatique de la trypsine) ont permis d’établir clairement le rôle central de l’activation intra-pancréatique du trypsinogène dans l’étiologie des PC. But de l’étude: Un des défis majeurs rencontrés dans la PC, comme dans un certain nombre de maladies génétiques, est l’interprétation clinique des différentes variations génétiques associées à la maladie. Dans cette optique, l’objectif principal de notre travail a été d’analyser fonctionnellement toutes les variations déjà décrites ou nouvellement identifiées localisées dans les régions codantes ou dans la région 5’ régulatrice (R5’R) du gène SPINK1. Résultats: Nous avons réalisé l’analyse fonctionnelle de 12 variations de la R5’R et de 10 mutations faux-sens (trois d’entre elles sont localisées sur le peptide signal et les 7 autres sur le peptide mature). Les données que nous avons obtenues suggèrent de classer les mutations de SPINK1 en 3 catégories, dépendamment de leur localisation sur le gène. En effet, les variations de la R5’R entraînent une baisse de la transcription, tandis que les mutations du peptide signal et du peptide mature ont pour conséquence une dégradation intracellulaire de PSTI, soit par blocage de la translocation du pré-peptide dans le réticulum endoplasmique, soit par redirection des peptides mal repliés vers le protéasome. Par ailleurs, il existe une forte corrélation entre la nature des mutations de chaque catégorie et la sévérité de l’atteinte fonctionnelle observée, elle-même directement responsable du risque de PC associé. Ainsi, les mutations du peptide signal représentent les altérations les plus délétères, et peuvent causer les formes héréditaires de la maladie. Les mutations du peptide mature engendrent une perte de fonction modérée à forte, mais sont presque exclusivement rencontrées dans des cas sporadiques de PC. Enfin, les variations de la R5’R mènent souvent à une perte modérée à faible de fonction et représentent un risque faible dans cette pathologie. Conclusion : Cette étude représente le premier effort visant à caractériser de manière systématique l’impact fonctionnel des variations de SPINK1 dans des cellules de mammifère en culture. Les résultats ainsi obtenus ont permis de clarifier le rôle des différents variants de SPINK1 dans l’étiologie des PC, et d’apporter une meilleure compréhension des relations génotype/phénotype dans cette pathologie
Introduction: Chronic pancreatitis (CP) is a relapsing inflammatory disease of the pancreas. Over the past 12 years, genetic studies of hereditary, familial, and idiopathic forms of CP have made great progress in defining the disease pathogenesis. Identification of gain-of-function missense and copy number mutations in the PRSS1 gene (encoding the cationic trypsinogen) and loss-of-function variants in the SPINK1 gene (encoding pancreatic secretory trypsin inhibitor (PSTI)), has firmly established the pivotal role of prematurely activated trypsin within the pancreas in the etiology of CP. Aim of the study: As encountered in many disease-associated genes, a major challenge is interpretation of the identified variations in terms of their likely clinical consequences. The main aim of this work was to functionaly analyse all the already described or newly found variations Located in the coding region and the 5’ regulatory region (5’ RR) of the SPINK1 gene. Results: We functionally analyzed 12 5’ RR variations and 10 missense mutations (three Located in the signal peptide whereas the 7 others in the mature peptide). The resulting findings suggested that SPINK1 variations can be divided into three categories, depending upon their localization in the gene. Thus, the 5’ RR variations resulted in a loss of transcription, whereas missense mutations in the signal and mature peptides resulted in an intracellular degradation either by blocking translocation of the pre-peptides into the endoplasmic reticulum or by redirecting the mis-folded mature peptides to cytosolic proteasomes. In addition, a rough correlation between the severity of the functional defect, the genetic findings and the risk to develop CP of each category of variations was observed. Signal peptide mutations are the most deleterious alterations and can cause the hereditary form of CP. Mature peptide mutations lead to a moderate to high loss of function but are almost invariably found in sporadic cases of CP. Finally, 5’ RR variations often result in minor or moderate reduction of gene expression and generally represent a low risk factor. Conclusion: This work was the first to systematically assess the functional impact of the SPINK1 variations in mammalian cell cultures. Our findings clarified the role of the diverse SPINK1 variants in the etiology of CP and resulted in a better understanding of the genotype/phenotype relationship

La drépanocytose est une maladie à mutation unique du gène β-globine présentant un profil d'expression clinique variable. Nous avons étudié des facteurs modificateurs responsables de cette hétérogénéité. Nous avons mis en évidence une association entre l'α-thalassémie et la prévalence de l'albuminurie ainsi qu'un retard de son âge média d'apparition chez les patients SS porteurs d'une α-thalassémie suggérant un effet protecteur de l'α-thalassémie sur les atteintes glomérulaires. Nous avons également montré une association entre l'expression érythrocytaire du récepteur de chimiokines DARC et l'augmentation des taux de leucocytes et de la concentration plasmatique des chimiokines IL-8 et RANTES sans toutefois détecter d'association entre l'expression érythrocytaire de la protéine et les complications étudiées. Chez des enfants nous avons décelé une augmentation de la concentration en microparticules (MPs) totales avec l'âge liée à une augmentation du taux de MPs d'origines plaquettaire, érythrocytaire, monocytaire et endothéliale, la concentration des MPs plaquettaires, érythrocytaires et monocytaires étant corrélée négativement avec le taux d'HbF. Nos résultats révèlent aussi une diminution de la concentration en MPs notamment celles d'origine érythrocytaire et endothéliale par l'hydroxyurée. Chez des patients 55 adultes, nous avons détecté des concentrations plasmatiques de MPs totales, érythrocytaires et plaquettaires supérieures en comparaison aux contrôles sans toutefois observer de différence en fonction de la sévérité clinique de la maladie. L'identification de facteurs modulateurs permettra une prise en charge plus adaptée des patients
Sickle cell anemia is a monogenic disease caused by a single base change in the β-globin gene characterized by a heterogeneous clinic expression. We studied genetic and cellular factors involved for this clinical variability. We showed a lower frequency of α-thalassemia in microalbuminuric and macroalbuminuric patients than in normoalbuminuric patients an a delay of the median age of albuminuria onset in 55 subjects with α-thalassemia suggesting a protective effect of α-thalassemia against glomerulopathy. We also described an increase of circulating leukocytes and plasmatic IL-8 and RANTES chemokines in patients expressing DARC receptor for chemokines on their red blood cells with no effect on the studied complications. In children, we observed a increase of total microparticles (MPs) mostly derived from platelets, erythrocytes, monocytes and endothelial cells. Platelets, erythrocytes and monocytes derived MPs are negatively correlated with HbF level. Our results also show that children treated with hydroxycarbamide (HC) exhibited lower total MP concentration as a consequence of decreased MPs shed by erythrocytes and endothelial cells suggesting that like erythrocytes, endothelial cells are cellular targets of HC. In Jamaican SCA adults, we observed higher total erythrocyte and platelet derived MPs compared to control but there was no difference in the profiles of MPs expression according to the disease severity

Une structure arboree est une representation coherente d'un processus de diversification genetique. On s'interesse ici aux methodes de construction arboree a partir de mesures de dissimilarite, en particulier sous l'aspect de la stabilite. Apres une presentation theorique de l'ensemble des dissimilarites, on etudie les indices sur donnees binaires et leur comportement sous un modele d'erreur aleatoire. On montre que les caracteristiques biologiques des marqueurs moleculaires pemettent de choisir une dissimilarite qui minimise l'erreur liee a la perte d'information genetique. Dans une approche non-parametrique, on etudie les proprietes d'une distance ordinale basee sur le seul ordre des dissimilarites. On mesure le gain de precision des versions ordinales des algorithmes de regroupement par une procedure de comparaison par simulations. Les principes des methodes heuristiques de construction arboree sont rappeles et leurs proprietes face au probleme de stabilite, sont precisees. On presente une technique de greffage d'un individu supplementaire sur un arbre preetabli et une methode de regroupement sous contraintes de structure de sous-ensembles. On s'interesse ensuite a la construction d'arbres consensus, resumant les structures communes a plusieurs arbres. On propose un cadre formel de construction d'une distance entre arbres comme une distance sur le graphe de couverture du semi-treillis des distances additives. Pour etablir un test statistique, on etudie les distributions asymptotiques ou empiriques de diverses distances entre arbres. Ces methodes sont regroupees dans un logiciel qui est disponible.

Le syndrome de Lowe (LS) est une maladie génétique récessive rare liée à l’X associée à des mutations de perte de fonction du gène OCRL. Elle est caractérisée par une cataracte congénitale, une tubulopathie rénale proximale et des signes neurologiques. La physiopathologie des signes neurologiques n’est toujours pas claire. Ma thèse se concentre sur l’étude des bases cellulaires et moléculaires des signes neurologiques du LS. Nous avons mimé la pathologie in vitro à l’aide des neurones de l’hippocampe de souris où nous avons inhibé l’expression d’OCRL. Nous avons recherché les conséquences de cette perte sur des phénotypes neuronaux de déficience intellectuelle. Nous avons exploré la formation du cil primaire au cours de la différenciation in vitro. Nous avons analysé le rôle d’OCRL1 dans la formation du cerveau cortical de la souris. Nous avons identifié différents phénotypes perturbés par la perte d’expression d’OCRL dans le LS. Les neurones inhibés pour OCRL sont en moyenne plus petits avec moins de branches et une arborisation moins complexe. Ce défaut de dendritogenèse laisse supposer qu’OCRL joue un rôle lors de la dendritogenèse. En étudiant précisément les dendrites, on observe une dérégulation de la formation des épines dendritiques accompagnée d’un défaut de synaptogenèse. Lors de l’inhibition d’OCRL, on constate un défaut de ciliogenèse. Ce défaut de cil primaire se traduit également in vivo par un retard de la migration corticale des neurones inhibés pour OCRL. OCRL aurait donc aussi un rôle dans la ciliogénèse. Ces anomalies constitueraient ainsi des bases cellulaires et moléculaires de la physiopathologie des signes neurologiques de la maladie. Les mutations d’OCRL ont été observées non seulement chez les patients atteints du LS classique, mais également chez des patients plus modérément atteints (quasi absence de signes neurologiques et oculaires), classés Dent-2. Cette situation suggère qu’il existe des différences individuelles dans la capacité de compenser la perte d’OCRL. La seconde partie de ma de thèse explore les mécanismes de compensation existants entre les patients Lowe et Dent-2.Des études dans le laboratoire ont montré que les fibroblastes de patients Lowe et Dent-2 avaient des phénotypes différents et identifié un gène, PLCβ1, comme étant exprimé de façon différente chez les patients Lowe et Dent. PLCβ1 étant impliqué dans les mêmes voies métaboliques qu’OCRL.Nous avons donc étudié, des phénotypes perturbés dans les fibroblastes de patients Lowe et ayant un phénotype moins sévère dans les fibroblastes de patients Dent-2. L’inhibition de PLCβ1 dans des fibroblastes de patients Lowe, nous a permis d'observer que les fibroblastes présentent un « phénotype de type Dent-2 ». De façon réciproque, lorsque l’on surexprime PLCβ1 dans des fibroblastes Dent-2, nous avons constaté que les fibroblastes présentent un « phénotype de type Lowe ». Ces travaux suggèrent que PLCβ1 est un gène modificateur du LS, qui aurait un rôle dans l’hétérogénéité des signes neurologiques associés aux mutations d’OCRL. Mon projet a consisté à évaluer PLCβ1 en tant que gène modificateur du LS. Nous avons testé cette hypothèse, par la modulation de PLCβ1 dans les neurones down régulés pour OCRL. Les neurones à la fois inhibés pour OCRL et PLCβ1, ont des phénotypes quasi similaires aux contrôles pour tous les paramètres que nous avons étudiés précédemment. Les neurones modulés à la fois pour OCRL et PLCβ1 sont en moyenne plus grands avec plus de branches et une arborisation plus complexe que les neurones KO pour OCRL Nous observons une restauration de la densité des épines dendritiques et synaptiques, un réseau d’actine plus dense et une amélioration du défaut de ciliogenèse. L’ensemble de ces résultats confirme l’hypothèse de l’implication de PLCβ1 dans la variabilité phénotypique des signes neurologiques entre le LS et la maladie de Dent-2, donc que PLCβ1 est un gène modificateur du LS
Lowe's syndrome is a rare X-linked recessive genetic disorder associated with loss of function mutations in the OCRL gene. It is characterized by congenital cataract, proximal renal tubulopathy and neurological signs. Currently, the pathophysiology of neurological signs is still unclear. My thesis focuses on the study of cellular and molecular bases of neurological signs of Lowe's syndrome.We began by mimicking the pathology in vitro using neurons from the mouse hippocampus where we inhibited OCRL expression. We investigated the consequences of this loss on neuronal phenotypes reported in various models of intellectual disability. We also explored primary cilia formation during in vitro differentiation. We then analyzed the role of OCRL1 in mouse cortical brain formation using in utero electroporation of shRNA in the brain of mouse embryos.We identified different phenotypes disrupted by the loss of OCRL expression in Lowe's syndrome. Neurons inhibited for OCRL are on average smaller with fewer branches and a less complex arborization. This lack of dendritogenesis suggests that OCRL plays a role in dendritogenesis. By studying precisely the dendrites, we observe a dysregulation of the formation of dendritic spines associated with a defect of synaptogenesis.When OCRL is inhibited, there is a defect in ciliogenesis. This primary cilia defect is also reflected in vivo by a delay in the cortical migration of neurons inhibited for OCRL. Thus OCRL also has a role in neurons ciliogenesis.These abnormalities thus constitute cellular and molecular bases of the pathophysiology of the neurological signs of the disease.OCRL mutations were observed not only in patients with classic Lowe's syndrome, but also in patients with more moderate disease (almost no neurological and ocular signs), classified as Dent-2. Other patients present an intermediate symptomatology between the two pathologies showing the existence of a clinical continuum between Dent-2 disease and Lowe's syndrome. This situation suggests that there are individual differences in the ability to compensate for the loss of enzymatic function. Despite numerous studies, the mechanisms leading to restricted clinical manifestations are still poorly understood.The second part of my thesis explores the compensation mechanisms existing between Lowe and Dent-2 patients.Studies in the laboratory have shown that fibroblasts from Lowe and Dent-2 patients have different phenotypes and identified a gene, PLCβ1, as being differently expressed in Lowe and Dent patients. PLCβ1 being involved in the same metabolic pathways as OCRL. We therefore investigated phenotypes of Lowe patient’s fibroblasts that were less severe in Dent-2 patient’s fibroblasts. Inhibition of PLCβ1 in Lowe patient’s fibroblasts allowed us to observe that the fibroblasts have a "Dent-2 type phenotype". Reciprocally, when overexpressing PLCβ1 in Dent-2 fibroblasts, we found that the fibroblasts exhibit a "Lowe-like phenotype".This work suggests that PLCβ1 is a modifier gene of Lowe's syndrome, and that it has a role in the heterogeneity of the neurological signs associated with OCRL mutations. My project was to evaluate PLCβ1 as a modifier gene of Lowe's syndrome. We tested this hypothesis, by modulating PLCβ1 in neurons downregulated for OCRL. Neurons both inhibited for OCRL and PLCβ1, have phenotypes almost similar to controls for all the parameters we studied previously. The modulated neurons for both OCRL and PLCβ1 are on average larger with more branches and a more complex arborization than the neurons KO for OCRL. We observe a restoration of the density of the dendritic spines and synapses, a denser actin network and an improvement of the ciliogenesis defect.All these results confirm the hypothesis of the involvement of PLCβ1 in the phenotypic variability of neurological signs between Lowe syndrome and Dent-2 disease, and that PLCβ1 is a modifier gene of Lowe's syndrome

L'objet de ces travaux est l'étude détaillée des relations entre consommation d'alcool et réactivité émotionnelle chez le rat et la recherche des mécanismes moléculaires génétiques qui influencent ces pnénotypes. Nous avons travaillé avec une souche de rats High-Ethanol Preferring qui se caractérise par une consommation spontanée d'alcool élevée. Une recherche de QTL à permis de mettre en évidence un locus du chromosome 4 lié à la consommation spontanée d'alcool (nommé Coet 5), mais aussi à la sensibilité aux renforcements gustatifs et à la réactivité émotionnelle. Afin de confimer la réalité de ce QTL, nous avons mis en place une expérience de sélection su marqueurs afin de produire deux lignées contrastées pour leur génotypes au QTL. Une lignée de rat congénique a été aussi établie pour Coet5. Les résultats obtenus confirment l'importance de cette région chromosomique dans la réactivité émotionnelle et la consommation d'alcool, et montrent que cette région à une influence pléiotrope
The aim of this work is the delaited study of the relationships between alcohol consumption and emotional reactivity in the rat and the search for the molecular genetic mechanisms influencing these phenotypes. The High-Ethanol Preferring line of rats (HEP) is characterized by high voluntary consumption of alcohol. A QTL search identified a locus on chromosome 4 linked to the consumption of a 5% alcohol solution offered as a free choice with water (names Coet5). In the same region, was found a QTL related to the reinforcement properties of saccharin and emotional reactivity. In order to confirm and analyse the influence of this QTL, two groups of animals contrasted for their genotypes at Coet5 were selected on the basis of genetic markers. To study more precisely the location of Coet5, we developed a congenic line. These results confirm the influence of this locus on alcohol intake and emotional reactivity traits, and suggest a pleiotropic effect of the gene(s) involved

Le Registre de malformations congénitales d’Alsace constitue l’un des cinq registres de malformations congénitales de France métropolitaine. Membre du réseau européen EUROCAT, il génère un enregistrement continu et exhaustif des malformations congénitales parmi les 23 000 naissances annuelles recensées dans les deux départements d’Alsace (ce qui correspond à approximativement 3% de l’ensemble des naissances en France). Ses objectifs s’inscrivent dans une triple démarche clinique, épidémiologique et de santé publique.Notre étude s’est intéressée à période 1995-2009, marquée par un développement majeur de la médecine foetale et du diagnostic prénatal. La prévalence totale des malformations congénitales est de 3,6% des naissances. Les 6 845 cas enregistrés se répartissent en 80,3% d’enfants nés vivants, 18,7% d’interruptions médicales de grossesse (IMG) et 1% de morts foetales in utero. Les quinze années de l’étude sont marquées par une augmentation progressive du taux global de diagnostic prénatal, de 26,1% en 1995 à 46,5% en 2009. L’étude concernant les fentes oro-faciales le démontre avec un taux passant de 43% en 1995-1999, à 53% en 2000-2004 et 66% en 2005-2009. Cette période voit également évoluer les pratiques médicales avec la création des centres pluridisciplinaires de diagnostic prénatal dont la multidisciplinarité favorise la diffusion du savoir parmi les professionnels pour une meilleure prise en charge des grossesses
The Registry of congenital malformations of Alsace is one of the five registries of congenital malformations of metropolitan France. As a member of EUROCAT network, it provides a continuous registration for congenital malformations and chromosome abnormatities among the 23,000 annual births recorded in the two departments of Alsace (corresponding to approximately 3% of all births in France).This system is a crucial tool for clinical, epidemiological and public health studies.Our study concerns the 15-year period 1995-2009 period, marked by a major development of fetal medicine and prenatal diagnosis. The total prevalence of congenital malformations is 3.6%. The 6,845 registered cases are divided into 80.3% of livebirths, 18.7% terminations of pregnancy and 1% of stillbirths. The study emphasizes an increasing rate of prenatal diagnosis from 26.1% in 1995 to 46.5% in 2009. The study about orofacial clefts demonstrates these advances in prenatal diagnosis with increasing detection rates from 43% (1995-1999) to 53% (2000-2004) and 66% (2005-2009).This period is also marked by an important evolution in the field of medical practices, including the setting-up of multidisciplinar centres of prenatal diagnosis which contribute to an easier diffusion of knowledge between professionals