Literatura científica selecionada sobre o tema "Switch épigénétique"

L'hématopoïèse clonale à potentiel in­ déterminé (CHIP) est définie par l'expansion de cel­ lules souches hématopoïétiques (CSH) portant des mutations somatiques dans des gènes couramment mutés dans les leucémies myéloïdes, sans être as­ sociées à une maladie hématologique. L'expansion de clones mutés est notamment observée dans un contexte inflammatoire lié à l'âge, et en réponse à différents stress. La CHIP induit un état pré­ leucémique et un risque accru de développer des leucémies. Cependant, la plupart des porteurs de CHIP ne développeront jamais de tumeurs malignes. Il est donc primordial de comprendre les mécan­ ismes par lesquels les mutations CHIP déclenchent l'expansion des CSH et l'émergence du clone pré­ leucémique. Deux hypothèses non exclusives pour­ raient expliquer l'expansion des clones mutés CHIP avec l'âge et en réponse au stress : 1- un désa­ vantage des cellules non mutées, et/ou 2- un avan­ tage compétitif pour les cellules mutées. Il est donc crucial d'étudier l'effet du vieillissement et du stress sur les cellules mutées et non mutées. Les gènes les plus fréquemment mutés dans la CHIP codent pour des facteurs épigénétiques tels que TET2, qui joue un rôle à la fois dans la méthylation de l'ADN et dans les modifications des histones. La réorgan­ isation de l'hétérochromatine est l'un des change­ ments les plus fréquemment observés dans le vieil­ lissement. L'hétérochromatine, par le biais de la méthylation de l'ADN et de la triméthylation de la ly­ sine 9 de l'histone H3 (H3K9me3), joue un rôle cru­ cial dans le contrôle des éléments transposables (TE). Lorsqu'ils sont déréprimés, les TE peuvent induire des dommages à l'ADN, une inflammation et des altéra­ tions transcriptomiques dans les CSH. Notre équipe a récemment montré une perte de H3K9me3 associée à une augmentation des L1 Md, les sous-familles les plus récentes des Long Interspersed Eléments LINE-1, lors du vieillissement ou suite à des stress tels que les ra­diations ionisantes (IR), qui induisent un vieillissement prématuré dans les CSH. Nous avons montré que la dérépression de L1 Md est impliquée dans la perte de fonction des CSH par l'accumulation de dommages à l'ADN et des altérations su transcriptome. Les principaux objectifs de ma thèse étaient les suivants : 1/étudier si la perte d'hétérochromatine au niveau des TE peut également être impliquée dans la perte de fonction des CSH dans le contexte d'une inflammation chronique, 2/étudier l'impact des changements d'hétérochromatine au niveau des TE sur l'expansion clonale des CSH Tet2-/- en réponse à l'irradiation et à l'inflammation chronique. Par des expériences de CUTTag H3K9me3, nous montrons que des injections chroniques de lipopolysaccharide (LPS) à faible dose réduisent la marque H3K9me3 aux L1Md dans les CSH WT, comme cela a été ob­ servé précédemment lors de l'IR. Ce phénomène est associé à l'accumulation de dommages à l'ADN, ob­ servée par des foyers H2AX en immunofluorescence. En utilisant des inhibiteurs de la reverse transcrip­ tase, nous avons montré que les dommages à l'ADN induits par le LPS dépendent des L1. Inversement, nous avons montré que le LPS induit une augmen­tation de H3K9me3 aux L1Md dans les CSH Tet2- /- , et n'induit pas de dommages à l'ADN. Les CSH Tet2-/- semblent donc être protégées de l'effet de l'inflammation chronique par rapport à leurs homo­ logues WT. Cela pourrait expliquer leur expansion en cas d'inflammation. Pour tester cette hypothèse, nous avons réalisé des tests de compétition in vitro et in vivo entre les CSH Tet2-/- et les CSH WT transduites avec un sh-contrôle ou un sh-LI. De manière intéres­ sante, nous avons montré que la dégradation de L1 dans les CSH WT empêche l'expansion des CSH Tet2- /- en réponse à l'inflammation. Dans l'ensemble, ces données suggèrent que l'expansion des CSH Tet2-/- dépend des transcrits L1 et de leurs effets délétères sur les CSH WT
Clonal hematopoiesis of indeterminiate potential (CHIP) is defined by the expansion of he­ matopoietic stem cells (HSCs) harboring somatic mutations in genes commonly mutated in myeloid leukemia, without being associated with a hémato­ logie disease. Expansion of mutated clones is no- tably observed in an inflammatory context such as aging, and in response to different stresses. CHIP induces a pre-leukemic State and an increa- sed risk of developing leukemia. However, most CHIP carriers will never develop malignancies. It is thus of major interest to understand the me­ chanisms by which CHIP mutations trigger HSC expansion and the emergence of the pre-leukemic clone. Two non-exclusive hypothèses could explain the expansion of CHIP-mutated clones with âge and in response to stress : 1- a disadvantage of non-mutated cells, and/or 2- a compétitive ad- vantage of mutated cells. It is therefore crucial to study the effect of aging and stress on both mu­ tated and non-mutated cells. The most frequently mutated genes in CHIP encode for epigenetic fac­ tors such as TET2, which plays a rôle in both DNA méthylation and histone modifications. Reor- ganization of heterochromatin is one of the most commonly reported changes in aging. Heterochro­ matin, through DNA méthylation and the trime- thylation of lysine 9 of histone H3 (H3K9me3), is also crucial in controlling transposable element (TE). When derepressed, TEs can induce DNA damage, inflammation, and transcriptomic altera­ tions in HSCs. Our team recently showed a loss of H3K9me3, associated with an upregulation of LIMd, the most recent subfamilies of Long Interspersed Eléments LINE-1, in HSC upon aging or stress inducing a prématuré aging such as ioni- zing radiation. We showed that LIM d derepression is involved in HSC loss of function through DNA damage accumulation and transcriptomic changes. The main objectives of my thesis were 1/to investi- gate if loss of heterochromatin at TEs may also be involved in the loss of HSC function upon chronic inflammation, 2/-to decipher the impact of hete­ rochromatin changes at TEs on Tet2-/- clonal ex­ pansion upon IR and inflammatory stresses. Using H3K9me3 CUTandTag experiments, we show that chronic injections of low-dose lipopolysaccharide (LPS) reduce H3K9me3 at LIMd in W T HSCs, as previously observed upon IR. This is associa­ ted with DNA damage accumulation, as observed by H2AX foci through immunofluorescence. Using reverse transcriptase inhibitors, we further showed that LPS-induced DNA damages are dépendent on L1 expression. Inversely, we showed that LPS induced an increase of H3K9me3 at LIMd in Tet2-/- HSCs, and did not induce damages. Tet2-/- HSCs thus seem to be protected from the effect of chro­ nic inflammation as compared to their W T coun- terparts. This may explain their expansion upon inflammation. To test this hypothesis, we perfor- med some in vitro and in vivo compétitive assays between Tet2-/- HSCs and W T HSCs transduced with either an sh-control or a sh-LI. Interestingly, we were able to show that L1 dégradation in W T HSCs prevent Tet2-/- HSCs expansion upon in­ flammation. Altogether, these data suggest that Tet2-/- HSCs expansion is dépendent on L1 trans- cripts and their deleterious effects on W T HSCs

Toxoplasma gondii est l’agent pathogène responsable de la toxoplasmose, une maladie sans gravité lorsqu'elle est contractée chez un sujet immunocompétent ou en dehors d'une grossesse. Lorsqu’elle est congénitale, la toxoplasmose peut se manifester par des malformations neurologiques sévères et une atteinte de la rétine, pouvant conduire à la cécité. La toxoplasmose peut être aussi gravissime chez le malade immunodéprimé (SIDA - greffes d'organes - thérapies anticancéreuses). Les principaux modes de contamination sont d’origine alimentaire. L’homme se contamine habituellement en ingérant les kystes présents dans les viandes, ou des oocystes provenant des matières fécales d’un chat infecté et souillant les légumes, les fruits ou l’eau. Si la reproduction sexuée constitue un élément central dans la pathogénèse de la toxoplasmose et la transmission du parasite entre les animaux, cette étape clé du cycle parasitaire reste encore mal étudiée à l’échelle moléculaire, en partie dû à la difficulté à cultiver in vitro les formes sexuées ; pour des raisons évidentes d’éthique, l’utilisation de chats est quant à elle restreinte par la législation. Le destin cellulaire d’un parasite est apparemment prédéterminé par des mécanismes épigénétiques modifiant de manière réversible, transmissible et adaptative, l'expression des gènes sans en changer la séquence d’ADN. Nous avons montré que l’épi-drogue FR235222 en inhibant l’enzyme HDAC3 modifie les trajectoires développementales et promeut l’apparition dans les cultures in vitro des formes latentes et sexuées. Au cours de ma thèse j’ai étudié protéine Microrchidia (MORC), initialement identifiée comme un partenaire de HDAC3. Les protéines MORC interviennent dans la réponse aux dommages à l'ADN et la répression des transposons et bien que conservées chez les eucaryotes restent peu étudiées. Nous avons résolu l’interactome spécifique de MORC qui réunit HDAC3 mais aussi plusieurs facteurs de transcription apetala (AP2). L’immunoprécipitation de chromatine de la protéine MORC, couplée au séquençage massif (ChIP-seq), a montré que la protéine MORC co-localise parfaitement avec HDAC3 à la chromatine au voisinage de plus de 1600 gènes dont l’expression est connue pour être restreintes au stades sexués et latents (sporozoites et bradyzoite). L’épuisement de la protéine MORC de manière inductible par le système dégron induit à l’auxine (AID) confirme la répression par MORC des gènes susmentionnés et de leurs protéines. Le phénomène de transition vers les stades sexués est quasi exhaustif et très peu de gènes échappent à cette régulation par MORC. Nous avons montré que MORC est nécessaire à l’adressage à la chromatine de HDAC3, et émettons l’hypothèse que les facteurs AP2 co-purifiés apportent la spécificité de reconnaissante à l’ADN. Nos données montrent également un schéma de régulation beaucoup plus complexe puisque la déplétion de MORC dans les parasites conduit à l’induction de facteurs AP2 dits secondaires qui aurait pour mission de guider les trajectoires développementales et de garantir l’unidirectionnalité du cycle parasitaire, un élément clé de la persistance et de la transmission entre les hôtes définitifs/intermédiaires de Toxoplasma gondii
Toxoplasma gondii has a complex life cycle that is typified by asexual development that takes place in vertebrates, and sexual reproduction, which occurs exclusively in felids and is therefore less studied. The developmental transitions rely on changes in the patterns of gene expression, and recent studies have assigned roles for chromatin shapers, including histone modifications, in establishing specific epigenetic programs for each given stage. Here, we identified the T. gondii microrchidia (MORC) protein as an upstream transcriptional repressor of sexual commitment. MORC, in a complex with Apetala 2 (AP2) transcription factors, was shown to recruit the histone deacetylase HDAC3, thereby impeding the accessibility of chromatin at the genes that are exclusively expressed during sexual stages. We found that MORC-depleted cells underwent marked transcriptional changes, resulting in the expression of a specific repertoire of genes, and revealing a shift from asexual proliferation to sexual differentiation. MORC acts as a master regulator that directs the hierarchical expression of secondary AP2 transcription fac- tors, and these transcription factors potentially contribute to the unidirectionality of the life cycle. Thus, MORC plays a cardinal role in the T. gondii life cycle, and its conditional depletion offers a method to study the sexual development of the parasite in vitro, and is proposed as an alternative to the requirement of T. gondii infections in cats

Les diatomées sont l'un des groupes de phytoplancton les plus abondants dans les milieux aquatiques et les plus performants sur le plan écologique. Elles colonisent un large éventail d'habitats. Leur physiologie, leur plasticité et leur adaptation rapide aux différentes conditions environnementales les aident à dominer les océans d’aujourd’hui. Par rapport à la régulation génétique, les changements épigénétiques peuvent être flexibles et réversibles et les modifications des histones sont l'un des mécanismes épigénétiques qui peuvent avoir un impact sur l'expression des gènes. Phaeodactylum tricornutum (P. tricornutum) est l'une des espèces de diatomées modèles, également le premier organisme unicellulaire possédant un répertoire complet de modifications post-traductionnelles des histones, ce qui en fait une espèce idéale pour étudier la régulation épigénétique dans les organismes unicellulaires. Dans ce manuscrit de thèse, je me concentre sur les mécanismes de modification des histones chez P. tricornutum, en utilisant la méthode classique de génétique inverse par l’élimination des gènes candidats pour identifier l'enzyme catalytique qui est responsable du dépôt des modifications des histones. Les complexes de protéines du groupe Polycomb (PcG) sont des composants épigénétiques régulateurs conservés au cours de l'évolution qui agissent de manière antagoniste avec les complexes Trithorax (TrxG) pour réguler les gènes qui sont impliqués dans la différenciation et le développement des cellules. Dans le premier chapitre, nous avons étudié la diversité des gènes PcG et TrxG chez les espèces unicellulaires marines, nous rapportons pour la première fois la corrélation entre ces modificateurs épigénétiques et les facteurs de l’environnement, et nous avons également souligné le schéma unique de co-occurrence des marques d'histones chez P. tricornutum. Sur la base de ces découvertes, une étude plus approfondie dans les chapitres deux et trois s'est concentrée sur deux complexes PcG, PRC2 et PRC1. Au total, trois composants principaux ont été identifiés dans les complexes PRC1 et PRC2 respectivement. La deuxième partie du manuscrit de la thèse a exploré la fonction unique de PRC2 et de la marque associée H3K27me3 que je rapporte liée à la morphologie dans P. tricornutum. Le troisième chapitre traite de l’interaction entre H3K27me3 et H2AK119Ubi qui est déposée par le complexe PRC1. Le dernier chapitre décrit une nouvelle modification d'histone détectée chez P. tricornutum. Il est intéressant de noter que cette modification a été trouvée conservée chez les eucaryotes et le dernier chapitre rapporte la caractérisation de cette nouvelle marque et l'identification de l'enzyme modifiant l'histone
Diatoms are one of the ecologically most successful eukaryotic phytoplankton in the world. They are abundant in a wide range of habitats, their physiology, plasticity and fast adaptation to different environmental conditions help them dominate modern Oceans. Compared to genetic regulation, epigenetic changes can be flexible and reversible and histone modifications are one of the epigenetic mechanisms which can impact gene expression. Phaeodactylum tricornutum (P. tricornutum) is one of the model diatom species, also the first unicellular organism with a full repertoire of post-translational modifications of histones, which makes it an ideal species to study epigenetic regulation in single celled organisms. In this thesis manuscript, I focus on histone modification mechanisms in P. tricornutum, utilize classical reverse genetic method: knockout of candidate genes to identify the catalytic enzyme which is responsible of the deposition of histone modifications. Polycomb group protein (PcG) complexes are evolutionarily conserved epigenetic regulatory components that act antagonistically with Trithorax (TrxG) complexes to regulate genes which are involved in cell differentiation and development. In the first chapter we investigated the diversity of PcG and TrxG genes in marine unicellular species, report the correlation of these epigenetic modifiers and environmental factor for the first time, also emphasise the unique co-occurrence pattern of histone marks in P. tricornutum. Based on those discoveries, further study with chapter two and three focused on two PcG complexes, PRC2 and PRC1. In total, three core components of PcG protein were identified in PRC1 and PRC2 complex respectively, the second part of thesis explored the unique function of PRC2 and its associated mark H3K27me3 which I report related to morphology in P. tricornutum. Chapter three discussed the crosstalk between H3K27me3 and H2AK119Ubi which is deposited by PRC1. The last chapter describes a novel histone modification detected in P. tricornutum was found conserved among eukaryotes. The last chapter reports the characterization of this novel mark and identification of the histone writer

Les cellules placentaires portent un génome différent du génome maternel, puisque 50% de leurs gènes proviennent du génome paternel. Cependant, comme les cellules cancéreuses après la transformation néoplasique, elles réussissent à envahir les tissus de leur hôte, échapper à son système immunitaire et induire une angiogenèse afin d’établir la grossesse. Les cellules cancéreuses et placentaires arborent aussi une différence majeure : alors que de tels mécanismes typiques des cancers sont incontrôlés dans les cellules cancéreuses, ils sont spatialement et temporairement contrôlés dans les cellules placentaires saines. Ainsi, le recherche sur le « concept cancer/placenta » – l’utilisation du placenta pour mieux comprendre le cancer – peut aboutir à l’identification de biomarqueurs et d’approches thérapeutiques innovantes en oncologie, tout comme en gynécologie-obstétrique. Par exemple, les efforts de recherche portant sur l’expression des gènes CGB, codant pour la sous-unité ß de l’hormone chorionique gonadotrope humaine, dans les cellules cancéreuses et placentaires a mené au développement d’un biomarqueur largement utilisé pour la prise en charge de multiples cancers. Il est aussi intéressant de noter que ce même biomarqueur est aussi utilisé pour le dépistage d’aneuploïdies fœtales. De même, le clonage d’INSL4, codant pour le précurseur du peptide placentaire précoce ressemblant à l’insuline (pro-EPIL), dans des cellulaires placentaires précoces, a mené au développement d’un biomarqueur faisant actuellement l’objet d’études cliniques. Avec l’émergence de l’épigénétique, des études de la méthylation de l’ADN, la caractéristique épigénétique la mieux comprise, ont montré que les loci de gènes CGB et INSL4 sont hypométhylés dans les cellules cancéreuses et placentaires ; ce qui pourrait refléter l’hypométhylation globale caractéristique de ces deux types cellulaires. Par conséquent, le projet doctoral présenté dans cette thèse a exploré les modifications des paysages épigénétiques des cellules placentaires au cours de la grossesse et des cellules cancéreuses au cours de la transformation néoplasique. Ce projet a contribué initialement au développement d’un test d’immunoanalyse qui détecte l’hCGß de type II, spécialement codée par un sous-groupe de gènes CGB et détectée dans le sérum de patients atteints de cancers non-placentaires et de trisomie 21 fœtale. Ce test d’immunoanalyse, avec un test similaire développé pour la détection de pro-EPIL, a aussi été utilisé pour des études de preuve de concept précoces quant à l’effet de la méthylation de l’ADN sur l’expression de l’hCGß de type II et de pro-EPIL dans des surnageants de culture cellulaire. En fin de compte, ce projet a mené à la première comparaison directe et pan-génomique de la méthylation de l’ADN dans des cellules cancéreuses au cours de la transformation néoplasique et dans des cellulaires placentaires au cours de la grossesse. Cette étude a porté sur des données, disponibles publiquement, générées à partir de biopsies de 13 types de tumeurs, de villosités choriales (tissus placentaires) et d’autres tissus sains. Elle a également porté sur des données originales générées par nos soins à partir d’échantillons placentaires uniques : des cellules cytotrophoblastiques isolées de villosités choriales ex vivo. Toutes les données inclus dans cette étude ont été générées sur une plateforme de puces à ADN pour la mesure de la méthylation au niveau de 485 512 sites CpG pour chaque échantillon. En combinant, des logiciels innovants reposant sur la puissance d’algorithmes de lissage statistique et sur un solide rationnel biologique, cette étude a ainsi contribué à l’identification de motifs d’hypométhylation à l’échelle du mégabase distinguant les cellules placentaires du début de la grossesse de celles de la fin de la grossesse tout comme ils distinguent les cellules cancéreuses des cellules normales. (...)
Placental cells carry a genome different from the maternal genome, as 50% of it originate from the paternal genome. However, like cancer cells after neoplastic transformation, they successfully invade their host tissues, escape its immune system and induce angiogenesis in order to establish the pregnancy. Cancer and placental cells also display a major discrepancy: while such hallmarks of cancer mechanisms are uncontrolled in cancer cells, they are spatially and temporally controlled in healthy placental cells. Thus, research on the “cancer/placenta concept” – the use of the placenta to better understand cancer – can lead to innovative biomarkers and therapeutic approaches in oncology as well as in gynecology and obstetrics. For example, research efforts on the expression of the CGB genes, encoding for the human chorionic gonadotropin beta subunit (hCGß), in cancer and placental cells have led to the development of a biomarker widely used for the management of various cancers. Interestingly, this same biomarker is also used for the screening of fetal aneuploidies. Likewise, the cloning of INSL4, encoding for the precursor of the early placenta insulin-like peptide (pro-EPIL) in early pregnancy placental cells, has led to the development of a biomarker currently investigated in the clinical setting. Following the rise of epigenetic, studies on DNA methylation, the most well understood epigenetic mark, showed that the loci of CGB genes and INSL4 are hypomethylated in cancer and placental cells, which may reflect a global hypomethylation also characteristic of these cells. Therefore, the doctoral project presented in this dissertation had explored modifications in the epigenetic landscape of placental cells throughout pregnancy and cancer cells throughout neoplastic transformation. This project initially contributed to the development of an immunoassay detecting type II hCGß, specifically encoded by a subset of CGB genes and detected in the serum of patients with non-placental cancers and fetal Down Syndrome. This immunoassay, along with another one directed to pro-EPIL, was also used for an early proof of concept study regarding the effect of DNA methylation on the expression of type II hCGß and pro-EPIL in cell culture supernatants. Ultimately, this project led to the first direct genome-wide comparison of DNA methylation in cancer cells throughout neoplastic transformation and in placental cells throughout pregnancy. It included publically available data generated from biopsies of 13 types of tumors, chorionic villi (placental tissues) and other normal tissues. It also included original data generated from unique placental samples: villous cytotrophoblastic cells isolated ex vivo from chorionic villi. All datasets were generated on a microarray platform measuring DNA methylation at 485,512 CpG sites in each sample. Combining innovative software that leverages the power of statistical smoothing algorithms and a strong biological rationale, this study thus contributed to the identification of megabase-scale patterns of hypomethylation distinguishing early pregnancy from late pregnancy placenta cells as they distinguish normal from cancers cells. Strikingly, the affected genomic regions encompassed genes related to hallmarks of cancer mechanisms such as epithelial-mesenchymal transition (EMT), innate and acquired immune response, and hypoxia. Taken together, these results suggest the hypothesis that patterns of DNA methylation might contribute to “cancer/placenta epigenetic switches” allowing placental implantation and neoplastic transformation when turned “on”, while preventing the placenta to degenerate into an aggressive tumor when turned “off”

Les lymphocytes B sont les seules cellules du système immunitaire capables de produire des immunoglobulines (Ig). La vaste diversité et la haute spécificité des Ig produites sont l'aboutissement de multiples mécanismes cellulaires et moléculaires incluant des processus recombinationnels et mutationnels au sein des loci des chaînes lourdes et légères des immunoglobulines. Ces loci sont soumis à de multiples niveaux de régulation tout au long du développement des cellules B impliquant des mécanismes épigénétiques et transcriptionnels qui orchestrent l'activation progressive et ordonnée de ces loci. Au cours de ma thèse, je me suis intéressée à deux processus recombinationnels dans le locus des chaînes lourdes des Ig (locus IgH) : la recombinaison V(D)J et la commutation de classe (CSR). Les deux processus requièrent la transcription des séquences cibles. Cette transcription, dite transcription germinale, joue un rôle important dans la régulation de l'accessibilité des séquences cibles aux enzymes initiant les deux processus. Spécifiquement, j'ai étudié 3 aspects de la régulation de l'expression du locus IgH murin au cours du développement précoce et tardif des cellules B : 1) Le rôle de la transcription germinale dans la régulation de la recombinaison V(D)J. La recombinaison V(D)J est initiée au sein de "centres de recombinaison" riches en activité transcriptionnelle, mais la relation causale entre transcription et recombinaison demeure controversée. En utilisant un modèle murin et un système d'analyse de la transcription et de la recombinaison au niveau de la cellule unique, j'ai montré que la recombinaison V(D)J pouvait se produire au sein des centres de recombinaison en l'absence de transcription détectable, suggérant fortement que ces deux processus sont contrôlés par des mécanismes distincts. 2) Le rôle de la méthylation de l'ADN dans la transcription germinale associée à la CSR. Le rôle précis de cette modification épigénétique dans la régulation de la transcription germinale est inconnu. J'ai effectué une analyse longitudinale des profils de méthylation de différents éléments cis-régulateurs du locus IgH dans des cellules primaires de différentes lignées murines. J'ai montré que dans la lignée B, les profils de méthylation de la majorité de ces éléments étaient établis et maintenus indépendamment de l'activation des cellules B ou de la transcription germinale, et que certains promoteurs étaient hypométhylés tôt au cours du développement embryonnaire, bien avant l'apparition du lignage B, suggérant un rôle potentiel de la méthylation de l'ADN dans le pré-marquage épigénétique du locus plutôt que dans la régulation de son expression. Les bases moléculaires de la spécificité de la séquence Sµ. La CSR implique une recombinaison entre la séquence Sµ, site donneur universel de commutation, et une séquence partenaire en aval. Plusieurs données suggèrent que la séquence Sµ a des propriétés qui la distinguent des autres séquences S, mais les bases moléculaires de cette spécificité sont inconnues. J'ai utilisé un modèle murin où une séquence S en aval a été placée sous le contrôle des éléments qui régulent la transcription de la région Sµ. J'ai montré que parmi les différents facteurs impliqués dans la spécificité de Sµ, la proximité d'un enhancer jouait un rôle important et suffisait à conférer à la séquence S en aval la fonction de site donneur de CSR
B lymphocytes have the unique ability to produce immunoglobulins (Ig). The vast Ig diversity and exquisite specificity of Igs result from various cellular and molecular mechanisms including recombinational and mutational processes within Ig heavy and light chain loci. These loci are subjected to multiple layers of regulation during B cell development involving epigenetic and transcriptional mechanisms that orchestrate the stepwise and ordered activation of these loci. During my thesis, I was interested in two recombinational processes that take place within the Ig heavy chain locus (IgH locus) : V(D)J recombination and class switch recombination (CSR). Both processes require transcription of target sequences. This transcription, called germline transcription, plays an important role in the regulation of target sequence accessibility to the enzymes that initiate these processes. Specifically, I studied three aspects of the murine IgH locus expression regulation during early and late B cell development: 1) The role of germline transcription in the regulation of V(D)J recombination. V(D)J recombination initiates within "recombination centres" that are highly enriched in transcriptional activity, but the causal relationship between transcription and recombination remains controversial. By using a mouse model and single-cell analyses of transcription and recombination, I showed that V(D)J recombination could occur in the absence of detectable transcription within recombination centres, strongly suggesting that the two processes involve distinct mechanisms. 2) The role of DNA methylation in CSR-associated germline transcription. The precise role of this epigenetic mark in the control of germline transcription is presently unknown. I determined the methylation patterns of various IgH cis-acting elements in primary cells of different mouse lines. I showed that in B cells, the methylation patterns of most cis-elements were established and maintained independently of B cell activation or germline transcription, and that specific promoters were hypomethylated early during embryonic development, before B cell commitment, pointing to a role of DNA methylation in the epigenetic pre-marking of the locus rather than in the regulation of its expression. Molecular basis of Sµ specificity. CSR involves recombination between Sµ region, the universal switch donor, and a downstream partner S region. Numerous studies suggest that Sµ displays specific features that distinghuish it from the other S regions, but the molecular basis of this specificity is unknown. By using a mouse model in which a downstream S region was placed under the control of elements that regulate Sµ region transcription, I showed that, among the different factors involved in Sµ specificity, the proximity of a particular enhancer was important and sufficient to confer the CSR donor site function to the downstream S region