Literatura científica selecionada sobre o tema "Scge30"

c-Jun NH2-terminal kinases (JNKs) are essential during brain development, when they regulate morphogenic changes involving cell movement and migration. In the adult, JNK determines neuronal cytoarchitecture. To help uncover the molecular effectors for JNKs in these events, we affinity purified JNK-interacting proteins from brain. This revealed that the stathmin family microtubule-destabilizing proteins SCG10, SCLIP, RB3, and RB3′ interact tightly with JNK. Furthermore, SCG10 is also phosphorylated by JNK in vivo on sites that regulate its microtubule depolymerizing activity, serines 62 and 73. SCG10-S73 phosphorylation is significantly decreased in JNK1−/− cortex, indicating that JNK1 phosphorylates SCG10 in developing forebrain. JNK phosphorylation of SCG10 determines axodendritic length in cerebrocortical cultures, and JNK site–phosphorylated SCG10 colocalizes with active JNK in embryonic brain regions undergoing neurite elongation and migration. We demonstrate that inhibition of cytoplasmic JNK and expression of SCG10-62A/73A both inhibited fluorescent tubulin recovery after photobleaching. These data suggest that JNK1 is responsible for regulation of SCG10 depolymerizing activity and neurite elongation during brain development.

The p19/SCG10 gene family encodes two structurally related cellular proteins that are implicated in signal transduction during differentiation of mammalian cells. Previous evidence suggests that both genes are expressed in a stage-specific manner but that expression of p19 is widespread, whereas that of SCG10 is restricted to developing neurons. To determine at which developmental stage these two genes are first expressed, we have probed for mRNA transcripts in preimplantation embryos and the utero-placental unit of the mouse. As determined by polymerase chain reaction (PCR) to amplify reverse-transcribed RNA, expression of both genes was detected in preimplantation embryos, although the temporal pattern was distinct. p19 mRNA appeared transiently in 2-cell embryos, was undetectable in morulae and early blastocysts and reappeared in expanded blastocysts. In contrast, embryonic expression of SCG10 mRNA commenced in morulae and was maintained through to the blastocyst stage. Interestingly, only SCG10 expression could be detected in blastocysts derived from cultures of 2-cell embryos. During the post-implantation period, SCG10 transcripts were only detected in the uterus and placenta by reverse transcriptase-PCR, whereas p19 mRNA could be detected by Northern blotting and showed stage-specific expression in both tissues. The data confirm that, at later developmental stages, expression of p19 is widespread while that of SCG10 is more restricted. The expression of both genes in preimplantation embryos suggests distinct but possibly overlapping roles for p19 and SCG10 in early mammalian development.

Background: Single-cell transcriptome analysis has fundamentally changed biological research by allowing higher-resolution computational analysis of individual cells and subsets of cell types. However, few methods have met the need to recognize and quantify the underlying cellular programs that determine the specialization and differentiation of the cell types. Methods: In this study, we present scGEM, a nested tree-structured nonparametric Bayesian model, to reveal the gene co-expression modules (GEMs) reflecting transcriptome processes in single cells. Results: We show that scGEM can discover shared and specialized transcriptome signals across different cell types using peripheral blood mononuclear single cells and early brain development single cells. scGEM outperformed other methods in perplexity and topic coherence (p < 0.001) on our simulation data. Larger datasets, deeper trees and pre-trained models are shown to be positively associated with better scGEM performance. The GEMs obtained from triple-negative breast cancer single cells exhibited better correlations with lymphocyte infiltration (p = 0.009) and the cell cycle (p < 0.001) than other methods in additional validation on the bulk RNAseq dataset. Conclusions: Altogether, we demonstrate that scGEM can be used to model the hidden cellular functions of single cells, thereby unveiling the specialization and generalization of transcriptomic programs across different types of cells.

Single-cell RNA-sequencing (scRNA-seq) is a recent high-throughput technique that can measure gene expression, reveal cell heterogeneity, rare and complex cell populations, and discover cell types and their relationships. The analysis of scRNA-seq data is challenging because of transcripts sparsity, replication noise, and outlier cell populations. A gene coexpression network (GCN) analysis effectively deciphers phenotypic differences in specific states by describing gene–gene pairwise relationships. The underlying gene modules with different coexpression patterns partially bridge the gap between genotype and phenotype. This study presents a new framework called scGENA (single-cell gene coexpression network analysis) for GCN analysis based on scRNA-seq data. Although there are several methods for scRNA-seq data analysis, we aim to build an integrative pipeline for several purposes that cover primary data preprocessing, including data exploration, quality control, normalization, imputation, and dimensionality reduction of clustering as downstream of GCN analysis. To demonstrate this integrated workflow, an scRNA-seq dataset of the human diabetic pancreas with 1600 cells and 39,851 genes was implemented to perform all these processes in practice. As a result, scGENA is demonstrated to uncover interesting gene modules behind complex diseases, which reveal biological mechanisms. scGENA provides a state-of-the-art method for gene coexpression analysis for scRNA-seq data.

Skin restoration following full-thickness injury poses significant clinical challenges including inflammation and scarring. Medicated scaffolds formulated from natural bioactive polymers present an attractive platform for promoting wound healing. Glibenclamide was formulated in collagen/chitosan composite scaffolds to fulfill this aim. Glibenclamide was forged into nanocrystals with optimized colloidal properties (particle size of 352.2 nm, and polydispersity index of 0.29) using Kolliphor as a stabilizer to allow loading into the hydrophilic polymeric matrix. Scaffolds were prepared by the freeze drying method using different total polymer contents (3–6%) and collagen/chitosan ratios (0.25–2). A total polymer content of 3% at a collagen/chitosan ratio of 2:1 (SCGL3-2) was selected based on the results of in vitro characterization including the swelling index (1095.21), porosity (94.08%), mechanical strength, rate of degradation and in vitro drug release. SCGL3-2 was shown to be hemocompatible based on the results of protein binding, blood clotting and percentage hemolysis assays. In vitro cell culture studies on HSF cells demonstrated the biocompatibility of nanocrystals and SCGL3-2. In vivo studies on a rat model of a full-thickness wound presented rapid closure with enhanced histological and immunohistochemical parameters, revealing the success of the scaffold in reducing inflammation and promoting wound healing without scar formation. Hence, SCGL3-2 could be considered a potential dermal substitute for skin regeneration.

Secretogranin III (SCG3) plays a crucial role in the biogenesis of secretory granules in endocrine cells, and thus affects glucose homeostasis by regulating insulin secretion by pancreatic beta cells. Insulin resistance and compensatory hyperinsulinemia are hallmarks of metabolic syndrome (MetS). However, the role of SCG3 in MetS remains unclear. Therefore, we investigated the relationship between serum SCG3 levels and metabolic parameters in subjects with and without MetS. This was a case control study, and 295 subjects were recruited. Serum SCG3 concentrations were compared between groups. Associations between SCG3 levels and clinico-metabolic parameters were also examined. We found serum SCG3 levels were higher in the MetS group than non-MetS group (122.6 ± 79.2 vs. 90.6 ± 58.5 nmol/L, p = 0.009). Specifically, elevated SCG3 levels were found in subjects with high fasting plasma glucose (FPG) levels, central obesity, or hypertriglyceridemia. Additionally, MetS was an independent factor of serum SCG3 levels in multivariate linear regression analyses. Moreover, FPG, free fatty acids, and waist circumference were positively associated with serum SCG3 concentrations after adjusting for insulin levels, high-sensitivity C-reactive protein, and cardiovascular risk factors. In conclusion, serum SCG3 concentrations were higher in subjects with MetS and were independently associated with FPG levels.

Functional variations in the secretogranin III (SCG3) gene are associated with susceptibility to obesity. SCG3 forms secretory granules with orexin, melanin-concentrating hormone (MCH), neuropeptide Y (NPY), and POMC in the hypothalamus. In this study, we screened proteins for SCG3-binding activity and identified secretogranin II (SCG2) using a yeast two-hybrid system. Immunoprecipitation revealed that SCG2 interacts with SCG3. In situ hybridization and immunohistochemistry indicated that SCG2 was highly expressed in the lateral hypothalamic area, paraventricular nucleus, and arcuate nucleus of the hypothalamus. Double-labeling immunohistochemical analysis demonstrated that SCG2 was expressed in orexin-, MCH-, NPY-, and POMC-expressing neurons. SCG2 was also coexpressed with SCG3. Upon introduction into neuroblastoma cells, SCG2 was expressed in the cytosol and formed granule-like structures with SCG3, orexin, NPY, or POMC. SCG3 bound to POMC; however, it did not bind to orexin, MCH, or NPY. By contrast, SCG2 formed aggregates with orexin, MCH, NPY, and POMC. SCG2 may act as a hormone carrier for orexin, MCH, NPY, and POMC by binding with SCG3, which targets proteins to the secretory granules. SCG2 mRNA levels increased along with those of SCG3, orexin, MCH, and NPY after a 24-h fast, suggesting that the SCG2/SCG3 system may respond in an adaptive manner to acute body weight changes. However, this SCG2/SCG3 system appears to be unresponsive to chronic body weight changes, such as diet-induced obesity or obesity in ob/ob mice. We suggest that SCG2, as well as SCG3, may be a potential regulator of food intake based on its capacity to accumulate appetite-related hormones into secretory granules.

Estudi de l'avaluació de la possible contaminació de tipus genotòxic en l'abocador de Garraf (Barcelona), el qual recull els residus urbans de Barcelona i de les seves rodalies. Es va dur a terme el "Comet Test" (o SCGE: "Single Cell Gel Electrophoresis Assay") i el Test dels Micronuclis (MNT) en mostres de sang d'Apodemus sylvaticus (capturats a diferents àrees de l'abocador, i en una zona control lluny de la influència d'aquest i que pertany al Parc Natural del Garraf). Al mateix temps, es va aplicar la tècnica del Comet test en mostres de celomòcits d'exemplars d'Allolobophora caliginosa exposats a mostres de sòls procedents de l'abocador (5 zones situades a diferents distàncies d'aquest), i a mostres control. Per a les dues espècies utilitzades i els dos assaigs realitzats (SCGE i MNT en Apodemus, i SCGE en Allolobophora) es van obtenir valors majors de dany al DNA en les mostres de les zones d'influència de l'abocador respecte a les mostres control. No es va poder establir, pel cas dels lumbrícids, una relació del nivell de dany en relació a la distància a l'abocador (s'esperava una disminució dels valors, un apropament als valors control, quan les mostres fossin recollides més lluny de l'abocador). Mentre que en el cas dels ratolins, els valors corresponents a la zona més allunyada eren significativament menors que els obtinguts al voltant de la bassa de lixiviats. Les dues espècies, autòctones i abundants, poden servir com a bons sentinelles per a l'avaluació de la contaminació en l'abocador (tot i que en el cas dels lumbrícids utilitzats la interpretació pot ser més complicada).

Un altre estudi es va centrar en l'avaluació de la contaminació de tipus genotòxic en mostres de sòl de Doñana, recollides l'any 2000 en diferents zones afectades pel vessament tòxic de l'accident de les mines d'Aznalcóllar de l'abril del 1998. Es van exposar varis exemplars d'Allolobophora caliginosa a les diverses mostres de sòl, i es va dur a terme el SCGE en celomòcits. Al mateix temps es van comparar els resultats obtinguts pel SCGE amb la concentració de metalls pesants mesurada en les mostres de sòl. Les mostres contaminades pel vessament tòxic i les mostres de referència de la mateixa zona (suposadament no afectades pel vessament) indiquen valors superiors amb el "Comet test" als de les mostres control.
Una part molt important del treball realitzat es va basar en aspectes tècnics de l'assaig del cometa ("Comet test"), per poder conèixer una mica més el seu funcionament a nivell fisiològic i molecular. Així es van realitzar diversos estudis "in vitro" i "in vivo" per veure la possible interferència de la divisió cel·lular en els resultats del SCGE. Altres proves han estat dirigides a veure la relació que pot existir entre els resultats del SCGE i els estats d'apoptosi i necrosi de les cèl·lules, els quals podrien causar una interferència (de tipus citotòxic) en els resultats de l'assaig.

Un altre estudi està centrat en el seguiment de la cinètica de reparació. A determinades dosis d'una substància genotòxica (òxid d'estirè) a les que es podia observar un nivell de dany al DNA (mesurat amb el "Comet test"), al cap d'un determinat temps es podia veure una disminució d'aquest dany, atribuïble a la reparació, tant en experiments "in vivo" com "in vitro". La incubació de les mostres amb l'enzim de reparació Endonucleasa III permetia augmentar la sensibilitat del test, detectant lesions de tipus oxidatiu, i d'altres, a més de les normalment detectades amb el "Comet test" sense l'ús d'aquests enzims. En aquests experiments es va poder detectar la dosi/dependència de l'efecte genotòxic de l'òxid d'estirè.

Made available in DSpace on 2016-05-02T13:54:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ClaudiaUmbelinaBaptistaAndrade.pdf: 352738 bytes, checksum: 380be5e60412ee243294a4902837952a (MD5) Previous issue date: 2007-11-08
Plants are a source of many biologically active products and nowadays they are of great interest to the pharmaceutical industry. In the present study, the mutagenic potential of the fruit peels extract from Musa paradisiaca was assessed using the single cell gel electrophoresis (Comet assay) and micronucleus assays. Animals were treated orally with three different concentrations of the extract (1000, 1500 and 2000 mg/kg of body weight). Peripheral blood cells of Swiss mice were collected 24 h after the treatment for the comet assay and 48 and 72 h for the micronucleus test. The results showed that the extract of M. paradisiaca induced statistically significant increases in the average numbers of DNA damage in peripheral blood leukocytes for the two higher doses and a significant increase in the mean of the micronucleated polychromatic erythrocytes at three tested doses. The polychromatic/normochromatic erythrocytes ratio (PCE/NCE) scored in the tested groups was not statistically different from the negative control, showing that the extract presented no cytotoxic effects. The data obtained indicate that fruit peels extract from M. paradisiaca showed mutagenic effect in the peripheral blood cells of Swiss albino mice.
As plantas em geral são fontes de muitos produtos com atividades biológicas, e atualmente são de grande interesse para a indústria farmacêutica. Musa paradisíaca é uma dessas plantas, cuja casca vem sendo utilizada para tratamento de fissuras na pele, devido ao seu poder cicatrizante, e, devido aos seus altos valores energéticos e nutritivos, também tem servido de alimentação alternativa através da farinha. Visto que nunca foi investigado o efeito da casca desta planta sobre o genoma de mamíferos, foi objetivo deste trabalho analisar o potencial mutagênico do extrato de cascas de Musa paradisíaca sobre células sangüíneas de camundongos Swiss in vivo. Para esta avaliação, foram utilizados o ensaio cometa e o teste do micronúcleo. Os animais foram separados em cinco grupos de seis animais cada, onde em três deles foram testadas, por via oral, três diferentes concentrações do extrato (1000, 1500 e 2000 mg/kg de peso corpóreo). As células do sangue periférico foram coletadas 24 horas após o tratamento para a realização do ensaio cometa e 48 e 72h para o teste do micronúcleo. Os resultados obtidos com o ensaio cometa mostraram que o extrato de Musa paradisíaca induziu aumento estatisticamente significativo na quantidade de danos no DNA dos leucócitos de sangue periférico nas duas maiores concentrações do extrato, e, pelo teste do micronúcleo, um aumento também significativo na média de eritrócitos policromáticos micronucleados nas três doses testadas. A relação de eritrócitos policromáticos e normocromáticos (PCE/NCE) em 1000 células por animal não mostrou diferença significativa em relação ao grupo controle negativo, indicando que o extrato não apresenta citotoxicidade. Com base nas condições do ensaio desenvolvido, os dados obtidos revelaram que o extrato de cascas de Musa paradisíaca apresentou efeito mutagênico em células de sangue periférico de camundongos Swiss albinos.

2009/2010
Il crescente inquinamento sta deteriorando sempre più il mondo in cui viviamo. Per studiare l’alterazione ambientale in modo completo è importante analizzare le emissioni da un punto di vista chimico-fisico, ma anche valutare il danno arrecato all’intero ecosistema. Perciò si impiegano sempre più spesso gli esseri viventi quali biomonitor di danno subito da un ambiente poiché sono capaci di reagire a stimoli complessi, talvolta sconosciuti, e danno informazioni più complete sulla qualità di un ecosistema rispetto a quelle fornite dai metodi tradizionali. Tra le emissioni inquinanti un ruolo particolare è occupato dalle sostanze mutagene capaci di modificare in modo stabile l’informazione genetica sia a livello di geni che di struttura e numero di cromosomi. I test capaci di identificare rapidamente mutazioni geniche e cromosomiche sono detti test di mutagenesi a breve termine. Nel percorso di dottorato ho sperimentato l’applicabilità di due test di mutagenesi ambientale: Tradescantia micronuclei test (Trad-MCN) e Comet test o Elettroforesi su Gel a Singola Cellula (SCGE), approfondendo alcune problematiche metodologiche. Tradescantia micronuclei test (Trad-MCN) Con Tradescantia micronuclei test (Trad-MCN) è possibile rilevare la presenza di micronuclei come indice di avvenuto danno al DNA nelle cellule del polline in piante del genere Tradescantia. Il test utilizza il clone  4430, ottenuto dall’incrocio di Tradescantia hirsutiflora e Tradescantia subacaulis. Alcuni esemplari del clone mi sono stati forniti dalla dott.ssa Maddalena Casera del Laboratorio Biologico dell’Agenzia Provinciale per la Protezione dell’Ambiente e la Tutela del Lavoro di Laives (BZ). Il clone, nel periodo invernale, è conservato all’interno di una serra dell’Orto Botanico dell’Università degli Studi di Trieste, a una temperatura di 24°C sotto una lampada a che riproduce un fotoperiodo di 16 ore di luce e 8 di buio. Nel periodo estivo, invece, il clone viene mantenuto all’esterno. Con le infiorescenze ottenute dal clone ho effettuato alcune prove di Trad-MCN test per comprendere a quale stadio si avessero le maggiori probabilità di osservare le tetradi polliniche. Inoltre ho effettuato due esposizioni di 15 infiorescenze ciascuna in un sito con elevate concentrazioni di IPA aerodispersi. Tale sito è ubicato in Piazza Garibaldi nel centro di Trieste, in una zona interessata da intenso traffico veicolare. Esaminando il contenuto delle antere e dividendo il numero totale di micronuclei per il numero totale di tetradi osservate si è definita la frequenza dei micronuclei, espressa come micronuclei/100 tetradi (MCN/100 tetradi). Per ogni esposizione si osservano 5 preparati e in ognuno si contano almeno 300 tetradi. Confrontando la media delle frequenze ottenute dalle infiorescenze esposte nel sito potenzialmente inquinato (media =5.44; σ =10.66 per la prima esposizione e media =5.54; σ =3.38 per la seconda esposizione) con quelle ottenute dal controllo (media =0.22; σ = 0.38 per la prima esposizione e media =1.00; σ = 0.32 per la seconda esposizione) si è potuta avere una conferma della compromissione dell’area esaminata. Le problematicità nell’utilizzo di questo protocollo riguardano per lo più la moltiplicazione delle piante e la loro protezione dagli attacchi dei parassiti. In questo senso sarebbe necessario affidare la lunga fase di moltiplicazione e cura delle piante a una struttura esterna, o avere a disposizione personale specializzato. La mancanza di un finanziamento ha impedito di estendere l’indagine sul territorio, com’era stato originariamente programmato. Comet test o Elettroforesi su Gel a Singola Cellula (SCGE) Il Comet test consente di studiare gli effetti causati da agenti mutageni su materiale genetico, permettendo di valutare il danno al DNA che si rileva come rotture dello scheletro fosfodiesterico in nuclei isolati da cellule eucariotiche. Tramite una corsa elettroforetica si evidenzia la disgregazione del DNA che assume la tipica forma di una cometa. La lunghezza della coda della cometa è proporzionale al danno subito dalla cellula. Tale test può essere eseguito su un numero basso di cellule (da alcune centinaia a poche migliaia) e con tempi di esecuzione e analisi di poche ore. Il protocollo che ho sperimentato è stato messo a punto dalla dott.ssa Patrizia Cesaro presso il Laboratorio di Biologia Vegetale del Dipartimento di Scienze dell’Ambiente e della Vita (Facoltà di Scienze Matematiche, Fisiche e Naturali, Università degli Studi del Piemonte Orientale “Amedeo Avogadro”- Alessandria) al fine di verificare l’eventuale compromissione di alcuni terreni provenienti da siti contaminati della provincia di Alessandria. La specie biomonitor che ho utilizzato è Vicia faba cv lunga delle cascine poiché facile da riprodurre, largamente usata per analizzare la mutagenicità di pesticidi, sostanze cancerogene e composti cromati e in grado di tollerare suoli salini. I semi di V. faba sono fatti germinare in capsule Petri del diametro di 15 cm. Ogni capsula contiene 22.5 g di sabbia di quarzo come materiale inerte (o di terreno potenzialmente contaminato da analizzare), 1 disco di carta bibula, 20 ml di acqua distillata sterile e 8/10 semi di V. faba (protocollo UNICHIM Metodo 1651-2003). Le capsule sono conservate in un termostato a 20-22°C. Il test prevede l’estrazione di nuclei da apici radicali di V. faba della lunghezza di circa 2 cm. La soluzione contenente i nuclei, opportunamente filtrata, è miscelata con gel di agarosio a basso punto di fusione e poi depositata su vetrini portaoggetti preventivamente trattati con gel di agarosio a normale punto di fusione. I vetrini così preparati sono sottoposti a una corsa elettroforetica (300 mA, 15 V) che permette la migrazione del DNA, carico negativamente, verso il polo positivo. La velocità di migrazione dipende dal peso molecolare: le molecole di DNA più piccole e compatte passeranno attraverso la matrice di agarosio più rapidamente rispetto ai frammenti più grandi. Terminata la corsa elettroforetica e previa colorazione si passa all’osservazione dei vetrini al microscopio ottico a fluorescenza: in caso di frammentazione del DNA, dovuta alla presenza di agenti mutageni, i nuclei non si presentano in forma compatta e tondeggiante bensì mostrano una cometa di lunghezza più o meno estesa. Le immagini al microscopio sono analizzate con il programma Comet Score in grado di calcolare tutta una serie di parametri quali: lunghezza della coda della cometa (in pixel), % di DNA nella coda della cometa, Tail moment e Olive moment. Il metodo Unichim per le germinazioni non prevede il contatto diretto tra radichetta e terreno. Il seme germinante riceve l’acqua per capillarità. Queste condizioni espongono potenzialmente i risultati ad una serie di artefatti in quanto si può ipotizzare che le sostanze idrosolubili si concentrino, per evaporazione, a livello della carta bibula e quindi in prossimità del seme. Le sostanze idrofobe, invece, potrebbero non entrare in contatto con l’apice radicale. E’ da sottolineare, inoltre, che la parte apicale delle radici interagisce in modo molto complesso con la rizosfera, ad esempio con la secrezione di ioni e molecole, alcune delle quali hanno lo specifico compito di aumentare la solubilizzazione di alcuni minerali del suolo, migliorando la nutrizione minerale della pianta. Sulla base di queste considerazioni, si è ritenuto interessante verificare eventuali differenze tra i risultati di Comet test effettuati su apici radicali cresciuti su carta bibula (protocollo standard) e Comet test effettuati alle medesime condizioni sperimentali su apici radicali a diretto contatto con il terreno ed immersi in esso. Al fine di trovare un terreno idoneo ad essere usato come bianco, ho eseguito alcune prove del test su semi cresciuti su terricci di diversa composizione, con le due modalità di germinazione appena descritte: • terriccio universale commerciale (torba, fibre lignee e cellulosiche, ammendante, concime organico, N 9%, P 6%, K 14%); • terriccio per agrumi commerciale (torba, letame e miscela di materiali vegetali); • terreno argilloso proveniente dalla pedemontana pordenonese nei pressi di Budoia (PN); • composta da semi J. Innes formulata dall’omonimo istituto inglese (2 parti di argilla di Budoia, 1 parte di torba irlandese e 1 parte di sabbia di quarzo); • terreno flyshoide sottoposto a biorimedio proveniente dal Parco di San Giovanni (TS). Il terriccio per agrumi e la composta Innes non sono consoni all’utilizzo come controllo a causa dei valori elevati di lunghezza della coda e percentuale di DNA nella coda dei nuclei isolati. Sarebbe interessante effettuare delle analisi chimiche al fine di comprendere se i problemi riscontrati sono dovuti alla presenza di metalli pesanti e/o acidi umici. Il terreno argilloso, il terriccio universale e quello flyshoide sottoposto a biorimedio hanno dato risultati migliori e, tra questi, si è scelto di usare il terzo poiché di esso si possiede un’analisi chimica dettagliata che conferma l’assenza di contaminazioni significative, sia di metalli pesanti che di composti organici.. I terreni potenzialmente contaminati elencati di seguito, sono stati valutati con entrambe le modalità di germinazione, usando come controllo il terreno proveniente dal Parco di San Giovanni - Trieste. Il primo terreno considerato proviene da un carotaggio eseguito sul litorale di Muggia - Trieste (sito denominato “Acquario”) dal Centro Interdipartimentale di Gestione e Recupero Ambientale (CIGRA) di Trieste, nell’ambito di un progetto di caratterizzazione e messa in sicurezza di un terrapieno artificiale formato con materiale di incerta origine. I campioni sono denominati con le seguenti sigle: SC-12A, SC-12B, SC-12C dove ‘SC’ indica che il carotaggio è avvenuto in zona costiera, ‘12’ fa riferimento al sito campionato e le lettere ‘A’, ‘B’, ‘C’ si riferiscono alle tre profondità di campionamento (‘A’: piano di campagna, ‘B’ un metro di profondità rispetto a ‘A’, ‘C’ livello medio del mare). Per quanto riguarda il campione A, i risultati delle analisi chimiche e del Comet test sono concordanti: tra i tre campioni di terreno questo campione è senza dubbio il meno compromesso. Emerge, tuttavia, una differenza tra i due protocolli: gli apici radicali cresciuti in capsule Petri mostrano un danno maggiore rispetto a quelli cresciuti a diretto contatto del suolo. Le analisi chimiche hanno evidenziato in questo la presenza di alte concentrazioni di Cobalto, Cromo e Nichel, tutti elementi idrosolubili. Queste sostanze si possono muovere, trasportate dall’acqua, fino a depositarsi tra le maglie della carta bibula quando il soluto è evaporato. Ne consegue una maggiore possibilità d’interazione tra queste sostanze e gli apici stessi. Il campione B mostra, da un punto di vista chimico, una compromissione maggiore rispetto al campione C. In entrambi i casi, la modalità di esposizione degli apici radicali influisce sui risultati: gli apici cresciuti a diretto contatto con il suolo mostrano maggiore compromissione rispetto a quelli cresciuti in capsule Petri. Dalle analisi chimiche emergono concentrazioni elevate di PCB e IPA che sono sostanze poco solubili in acqua, che non si muovono quindi per capillarità. Tali sostanze restano nel terreno e non si concentrano sulla carta bibula, che funge da barriera. Ciò non avviene per i semi che germogliano nei vasetti, con le radichette a diretto contatto del campione di suolo e delle sostanze in esso presenti. Sono stati esaminati anche altri campioni con analisi chimica nota: un terreno proveniente dall’area Caffaro di Torviscosa (UD) compromesso dalla presenza di metalli pesanti e un terreno proveniente dal Parco di San Giovanni (TS) con pesante contaminazione organica. In entrambi i casi si è avuta conferma del fenomeno: la crescita su carta bibula comporta una sovrastima della contaminazione da sostanze idrosolubili mentre porta ad una sottostima di quella indotta da composti scarsamente idrosolubili. Si può ipotizzare che le sostanze idrosolubili, come nel nostro caso gli ioni metallici, tendano ad accumularsi in prossimità degli apici radicali sulla carta bibula poiché questa agisce da superficie evaporativa. Ne consegue una sovrastima del danno rispetto alla reale biodisponibilità nel suolo. Al contrario, sostanze poco idrosolubili come PCB e IPA non sono traslocate e concentrate per cui la modalità espositiva sulla carta bibula comporta una sottostima degli effetti della loro presenza nel suolo. Inevitabilmente, lavorare con apici radicali che sono cresciuti a diretto contatto con il terreno comporta tempi di esecuzione del test più lunghi. Le particelle di terreno più grossolane devono essere allontanate, e gli apici attentamente lavati. Tuttavia si può affermare che questa metodica dà risultati più veritieri, a differenza di quella standard, comunemente impiegata in molte indagini di caratterizzazione ambientale, che sovrastima, o peggio, sottostima la reale compromissione della matrice analizzata.
XXII Ciclo
1974

This paper proposes a semantic Natural Language Processing (NLP) approach used to assist in the automated characterization of information relevant to compliance activities. In this context, the Latent Semantic Analysis (LSA) technique was used to assist in the dimensionality reduction process. The evaluated results were achieved through the submission of two databases to the model, namely: Database of Audit reports issued by the State General Secretariat of Management (SCGE – Secretaria da Controladoria-Geral do Estado, in Portuguese) of Pernambuco between the years of 2010 to 2019 and a Base of Appellate Decisions issued by the Brazilian Federal Accountability Office (TCU – Tribunal de Contas da União, in Portuguese) in 2019. The performance of two dimensionality reduction methods was evaluated: Tf-idf and LSA. To validate the results, K-means was used as a clustering technique. In addition, it was observed that the Silhouette technique helped us find the best cluster value for a given data sample. In the results, LSA associated with K-means presented the best performance in both databases, having achieved the best results in the TCU Base of Appellate Decisions.