Teses / dissertações sobre o tema "Recherche de biomarqueurs"
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Lemesle, Gilles. "Recherche de biomarqueurs pronostiques dans l'insuffisance cardiaque". Thesis, Lille 2, 2015. http://www.theses.fr/2015LIL2S028/document.
Texto completo da fonteResumo:
La stratification du risque des patients atteints d'insuffisance cardiaque (IC) systolique chronique est essentielle afin d'identifier ceux qui pourront bénéficier de stratégies invasives telle que la transplantation cardiaque. En dépit des avancées récentes, cette stratification nécessite d'être encore améliorée. En effet, certains patients caractérisés à faible risque vont décéder précocement ; et inversement, d'autres identifiés à haut risque auront une survie prolongée.Objectif - Notre objectif était d'investiguer la place d'une analyse protéomique du plasma dans la stratification du risque des patients IC et de découvrir des biomarqueurs circulants associés à la mortalité cardiovasculaire précoce de ces patients.Méthodes et résultats - Pour ce faire, nous avons d'abord désigné 2 populations : une population test et une de validation. Ces 2 populations étaient issues de la population INsuffisance CArdiaque (INCA) constituée de l'ensemble des patients référés à notre centre pour une évaluation pronostique extensive d'une IC systolique chronique (FEVG <45%) entre novembre 1998 et mai 2010. Pour la phase test (population cas/témoins), nous avons sélectionné 198 patients entre novembre 1998 et décembre 2005: 99 patients décédés de cause cardiovasculaire dans les 3 ans suivant l'inclusion (cas) ont été comparés à 99 survivants à 3 ans appariés sur l'âge, le sexe et la cause de l'IC (témoins). Pour la phase de validation, nous avons évalué une cohorte de 344 patients consécutifs inclus entre janvier 2006 et mai 2010. Les populations ont été parfaitement caractérisées. La mortalité cardiovasculaire était définie comme un décès de cause cardiovasculaire, une transplantation en urgence (critère United Network for Organ Sharing status 1) ou une assistance cardiaque en urgence.Une analyse protéomique utilisant la technique SELDI-TOF-MS a ensuite été réalisée dans la population test sur des échantillons de plasma prélevés à l'inclusion. Les échantillons ont été déplétés des protéines majoritaires et analysés après randomisation en duplicate en utilisant des puces CM10 (échangeur de cations) et H50 (hydrophobie). Au total, 42 pics m/z étaient différentiellement abondants entre les cas et les témoins et ont été utilisés pour développer des scores protéomiques prédicteurs de la mortalité cardiovasculaire à l'aide de 3 méthodes statistiques de régression : machine à vecteur de support, régression des moindres carrés partiels et régression logistique de Lasso. Les scores protéomiques ont ensuite été testés dans la population de validation et étaient significativement plus élevés chez les patients qui vont décéder dans les 3 ans avec les 3 méthodes. Ces scores protéomiques persistaient associés à la mortalité cardiovasculaire après ajustement sur les facteurs confondants. De plus, l'utilisation de ces scores permettait une amélioration significative de la discrimination des patients IC par rapport à une évaluation pronostique classique selon les index suivants : "integrated discrimination improvement" et "net reclassification improvement".L'étape suivante a été de procéder à la purification et à l'identification des protéines correspondant aux pics m/z différentiellement abondants dans les 2 populations (n=13). Actuellement, nous avons pu identifier plusieurs apolipoprotéines : 14511 CM10-BM (ApoA1), 29024 CM10-BM (ApoA1), 3267 H50-BM (ApoC1), 6416 H50-BM (ApoC1), 6616 H50-BM (ApoC1), 6825 H50-BM (ApoC1), 8764 H50-BM (ApoC3), 9421 H50-BM (ApoC3). ceci a conduit à la quantification de ces apolipoprotéines dans la population INCA par une technique de "mass reaction monitoring".Conclusion - Une analyse protéomique des protéines du plasma semble améliorer la stratification du risque de mortalité précoce chez les patients atteints d’une IC chronique.Perspectives - Des investigations complémentaires sont en cours afin de déterminer l'impact des apoplipoprotéines dans la stratification du risque de ces patientsRisk stratification of patients with systolic chronic heart failure (HF) is critical to better identify those who may benefit the most from invasive therapeutic strategies such as cardiac transplantation. In spite of recent advances, risk stratification of HF patients needs to be further improved. Indeed, there remains variability in the prognosis with some patients who are categorized at low risk but experience early mortality; and conversely, patients categorized as severe but have an unexpectedly prolonged survival. Proteomics has been used to provide prognostic information in various diseases.Aim – Our aim was to investigate the potential value of plasma proteomic profiling for risk stratification in HF and to find new circulating biomarkers that are associated with early cardiovascular mortality of chronic HF patients.Methods and results – For that purpose, we first designed 2 populations: a discovery and a validation population. Both populations issued from the INsuffisance CArdiaque (INCA) cohort, which is constituted of all consecutive patients referred in our institution for extensive prognostic evaluation of systolic chronic HF (LVEF <45%) between November 1998 and May 2010. For the discovery phase (case/control population), we selected 198 patients included between November 1998 and December 2005: 99 patients who died from cardiovascular cause within 3 years after the initial evaluation (cases) were individually matched for age, sex, and HF etiology with 99 patients who were still alive at 3 years (controls). For the validation phase, we evaluated a cohort of 344 consecutive patients included between January 2006 and May 2010. Study populations were carefully phenotyped. Cardiovascular death included cardiovascular-related death, urgent transplantations defined as United Network for Organ Sharing status 1 and urgent assist device implantation. A proteomic profiling using surface enhanced laser desorption ionization - time of flight - mass spectrometry was then performed in the case/control discovery population on plasma samples collected at inclusion. Plasma samples were depleted for major proteins and randomly analyzed in duplicate using CM10 (Weak Cation Exchanger) and H50 (Reverse Phase) proteinchip arrays. Forty two ion m/z peaks were found differentially abundant between cases and controls in the discovery population and were used to develop proteomic scores predicting cardiovascular death using 3 statistical regression methods: support vector machine, sparse partial least square discriminant analysis and lasso logistic regression. The proteomic scores were then tested in the validation population and score levels were significantly higher in patients who subsequently died within 3 years with the 3 methods. Proteomic scores remained significantly associated with cardiovascular mortality after adjustment on confounders. Furthermore, use of the proteomic scores allowed a significant improvement in discrimination of HF patients as determined by integrated discrimination improvement and net reclassification improvement indexes on top of “classic” prognostic evaluation. The next step was the purification and identification of the proteins related to the different m/z peaks (n=13) that were found significantly differentially abundant in both populations. We have currently identified several peaks as apolipoproteins: 14511 CM10-BM (ApoA1), 29024 CM10-BM (ApoA1), 3267 H50-BM (ApoC1), 6416 H50-BM (ApoC1), 6616 H50-BM (ApoC1), 6825 H50-BM (ApoC1), 8764 H50-BM (ApoC3), 9421 H50-BM (ApoC3). This has led to the quantification of these apolipoproteins in the INCA population using mass reaction monitoring technique.Conclusion – Proteomic analysis of plasma proteins may help to improve risk prediction of early mortality in HF patients.Perspectives – Further investigations are ongoing in order to determine the impact of the different apolipoproteins tested in risk stratification of chronic HF patients
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Acosta, Martin Adelina Elena. "Recherche de biomarqueurs de l'anévrysme de l'aorte abdominale". Phd thesis, Université du Droit et de la Santé - Lille II, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00447240.
Texto completo da fonteResumo:
L'anévrysme de l'aorte abdominale (AAA) est une pathologie vasculaire caractérisée par une augmentation du diamètre de l'aorte de plus de 1, 5 fois le diamètre de référence et une perte du parallélisme de la paroi au niveau infra rénal. Les AAA affectent de manière prépondérante les homes âgés avec une prévalence de 5%. La rupture d'un AAA est responsable de 1à 4% de la mortalité chez les hommes de plus de 65 ans. Dans le cas d'une rupture, la mortalité est supérieure à 70-95%. C'est pourquoi les AAA sont une des causes majeures de mortalité dans les pays industrialisés avec une population vieillissante. L'age, le sexe masculin, la consommation de tabac, la susceptibilité génétique et la présence d'une autre localisation d'athérosclérose sont des facteurs de risque connus pour le développement d'un AAA. La rupture peut être prévenue par une chirurgie vasculaire qui permet de diminuer la mortalité chez les patients atteints d'AAA. Néanmoins, la plupart des patients atteints d'AAA sont asymptomatiques et la majorité ne sont pas diagnostiqués avant la rupture. Au cours de ce travail de thèse, nous avons utilisé des techniques de protéomique différentielle dans le but d'analyser et comparer des échantillons provenant de plasma et de cellules (cellules musculaires lisses, monocytes différenciés en macrophages) de patients présentant ou non un AAA. Ces analyses ont été réalisé avec comme but les objectifs suivants : a) Identifier et évaluer les marqueurs biologiques potentiels pour un dépistage des AAA, qui permettrait un diagnostique précoce et donc un traitement précoce de cette pathologie. b) De permettre une meilleure connaissance des mécanismes physiopathologiques impliqués dans l'évolution des AAA par le biais des résultats obtenus lors de l'analyse protéomique différentielle. En ce qui concerne l'analyse protéomique des cellules, l'utilisation de la technique DIGE par saturation associée avec l'utilisation du logiciel SameSpots, a permis l'identification de 2 profils protéiques différents dans l'ensemble des types cellulaires étudiés, indépendamment du statut du patient. Ces deux protéomes différents sont le résultat d'un biais technique du à l'utilisation d'un traitement à la DNase I des échantillons dans le but d'éliminer les acides nucléiques présents. Nous avons montré que le traitement à la DNase I produisait des changements de profil protéique de ces deux types cellulaires. Les protéines principalement affectées par ce traitement sont celles impliquées dans le mouvement cellulaire, la réorganisation du cytosquelette d'actine, et l'apoptose. Du fait de la présence de ce biais technique, la comparaison entre les échantillons de cellules obtenues de patients présentant ou non un AAA n'a pas permis de résultats concluants. L'analyse protéomique du plasma a été effectué en collaboration avec le laboratoire du Pr Goodlett à Seattle (USA). Deux approches différentes de spectrométrie de masse ont été utilisées pour comparer les échantillons plasmatiques de patients présentant ou non un AAA. La première approche combine l'utilisation de l'analyse MS PAcIFIC avec le calcul spectral et la seconde approche combine l'analyse des données MS de manière indépendante avec un marquage TMT isobarique. Après validation par western blot, quatre protéines ont été validées comme différentiellement exprimées dans le plasma de patients présentant ou non un AAA : l'adiponectine, la superoxide dismutate extracellulaire, la kallistatine et la carboxipeptidase B2. Ces protéines sont impliquées dans la pathologie anévrysmale et peuvent être des potentiels marqueurs biologiques pour le diagnostique de AAA. Des études dans de grandes cohortes seront nécessaires pour valider leur utilisation pour le dépistage des AAA dans la population à risque. Cela permettrait une détection précoce de la maladie et une diminution de la mortalité de la population âgée dans les pays industrialisés.
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Robert, Rémy. "Recherche de biomarqueurs pour l'imagerie moléculaire de l'athérosclérose". Bordeaux 2, 2006. http://www.theses.fr/2006BOR21324.
Texto completo da fonteResumo:
Ce travail comprend deux volets principaux, et concerne le développement d'anticorps monoclonaux humains ayant un intérêt en cardiologie. La première partie concerne la production, la purification et l'analyse de fragments d'anticorps humains reconnaissant l'intégrine α llbβ3. La seconde partie décrit la sélection de scFvs humains spécifiques de la plaque d'athérome par phage display. Nous avons procédé à une sélection in vivo en injectant directement les phage-anticorps à un modèle de l'athérosclérose. Les scFvs ont été testés après le premier tour de sélection sur des extraits protéiques d'artères saines et athéromateusses. Cette approche soustractive au niveau protéique, nous a permis d'identifier deux anticorps spécifiques de protéines athéroscléreuses. Leur développement aurait une utilité : (1) en diagnostic en les conjuguant à des produits de contraste, de façon à marquer par IRM les lésions précoces (2) en thérapie génique pour un ciblage moléculaire amélioréThis thesis is divided in two parts. Its aim is the development of human monoclonal antibodies of cardiovascular interest. The first part involves the production, the purification and the biochemical analysis of human antibody fragments directed against the αIIbβ3 integrin. The second part described the in vivo selection by phage display of human scFvs targeting atherosclerotic lesions. We have screened in vivo the atherosclerotic plaques of this model with two different combinatorial libraries of human antibodies. Our strategy is based on a substractive screening with normal and atherosclerotic protein-coated filters, allowing the detection of scFvs after one round of in vivo biopanning. This substractive aproach has permitted us to isolate two scFvs specific to atherosclerotic proteins. The development of such antibodies could be useful : (1) in diagnosis for the early detection of atherosclerotic lesions by MRI, (2) in gene therapy, to improve the molecular targeting
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Szacherski, Pascal. "Reconstruction de profils protéiques pour la recherche de biomarqueurs". Phd thesis, Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00788410.
Texto completo da fonteResumo:
Cette thèse préparée au CEA Léti, Minatec Campus, Grenoble, et à l'IMS, Bordeaux, s'inscrit dans le thème du traitement de l'information pour des données protéomiques. Nous cherchons à reconstruire des profils protéiques à partir des données issues de chaînes d'analyse complexes associant chromatographie liquide et spectrométrie de masse. Or, les signaux cibles sont des mesures de traces peptidiques qui sont de faible niveau dans un environnement très complexe et perturbé. Ceci nous a conduits à étudier des outils statistiques adaptés. Ces perturbations peuvent provenir des instruments de mesure (variabilité technique) ou des individus (variabilité biologique). Le modèle hiérarchique de l'acquisition des données permet d'inclure ces variabilités explicitement dans la modélisation probabiliste directe. La mise en place d'une méthodologie problèmes inverses permet ensuite d'estimer les grandeurs d'intérêt. Dans cette thèse, nous avons étudié trois types de problèmes inverses associés aux opérations suivantes: 1) la quantification de protéines cibles, vue comme l'estimation de la concentration protéique, 2) l'apprentissage supervisé à partir d'une cohorte multi-classe, vu comme l'estimation des paramètres des classes, et 3) la classification à partir des connaissances sur les classes, vue comme l'estimation de la classe à laquelle appartient un nouvel échantillon. La résolution des problèmes inverses se fait dans le cadre des méthodes statistiques bayésiennes, en ayant recours pour les calculs numériques aux méthodes d'échantillonnage stochastique (Monte Carlo Chaîne de Markov).
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Negroni, Luc. "Analyse phosphoprotéomique pour la recherche de biomarqueurs : développements et applications". Phd thesis, Université Sciences et Technologies - Bordeaux I, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00965662.
Texto completo da fonteResumo:
L'analyse protéomique est une méthode de choix pour la recherche de biomarqueurs. Sans à priori, elle permet d'établir un catalogue de protéines qui sont exprimées dans une cellule, un tissu ou un organisme entier. Cette approche a été mise en œuvre pour une analyse protéomique de cellules coliques cancéreuses et une analyse phosphoprotéomique de biopsies hépatiques.L'étude de cellules coliques cancéreuses transformées par le gène cytosine désaminase et traitées par la prodrogue 5-fluorocytosine a été réalisée par électrophorèse bidimensionnelle des extraits protéiques. L'analyse d'image a permis la quantification de 353 protéines et isoformes dont 14 sont surexprimées et 4 sous exprimées lors d'un traitement par la prodrogue. Parmi les protéines dont l'expression est affectée par le traitement, l'HSP90 présente un niveau d'expression constant mais est identifiée sous deux formes qui diffèrent par leur pI. L'analyse par spectrométrie de masse à identifier une phosphorylation de ser 254 qui pourrait contribuer à la régression tumorale.Après avoir développé une méthode HPLC-TiO2 pour la purification de phosphopeptides, une analyse protéomique de 24 biopsies humaines provenant de carcinomes hépatocellulaires sur foie non fibreux (nf-CHC) et de tissus sains a été réalisée avec la technologie iTRAQ. Les peptides surexprimés dans les tumeurs correspondent à des protéines de choc thermiques, des protéines liées à l'ADN/ARN (histones, protéines du splicéosome), des protéines de la phase 1 de la détoxification (carboxyestérase, époxide hydrolase), les protéines du cytosquelette (actinine, tubuline), des protéines ou enzymes anti-oxydantes (superoxide dismutase, thiorédoxine). Les peptides sous-exprimés correspondent à des protéines du cycle de l'urée, de la détoxification (alcool déhydrogénase) du métabolisme des sucres, des lipides et des acides aminés. Dans la fraction TiO2, 19 phosphopeptides sont significativement surexprimés et 15 phosphopeptides sont significativement sous exprimés, mettant en en évidence une surreprésentation du motif -(S/T)P- parmi les phosphopeptides surexprimés dans les tumeurs. Une activation des proline directed kinases ou une inhibition des phosphatases correspondantes est donc probablement un événement caractéristique des nf-CHC. Ces peptides/protéines dérégulées sont autant de biomarqueurs potentiels pour le carcinome hépatocellulaire.
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Ben, Ameur Siala Randa. "Recherche de biomarqueurs précoces de diagnostic de la néphropathie diabétique". Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20004.
Texto completo da fonteResumo:
La néphropathie diabétique (ND) est l'une des complications graves du diabète. Elle affecte environ 30% des patients diabétiques. La microalbuminurie est actuellement l'élément diagnostique principal de la survenue de la ND mais manque de spécificité et précocité. Plusieurs études ont été consacrées à la recherche de nouveaux biomarqueurs (BM) de la ND par des approches protéomiques. Nous avons montré dans la phase initiale de notre travail que si de nombreux candidats BM avaient été identifiés, leur nature ne faisait pas consensus et que de nombreuses études, de par leur conception, ne pouvaient identifier de BM plus précoces que l'albumine. Partant de ce constat, nous avons sélectionné une cohorte originale de diabétiques de type 1 normoalbuminuriques considérés à risque de développer la ND, sur la base de l'apparition d'une microalbuminurie consécutive à un test d'effort. Une cohorte contrôle a été aussi constituée. Dans la première partie de notre travail, nous avons comparé par électrophorèse bidimensionnelle les protéomes urinaires des patients des deux coho rtes. Les BM candidats ont été ensuite identifiés par spectrométrie de masse. L'analyse fonctionnelle de ces protéines a montré que certaines sont impliquées dans la cascade de la coagulation et les mécanismes de dysfonctionnement endothélial. Le caractère diagnostique de ces protéines a été validé dans les mêmes cohortes de patients par des expériences de Western-blot. La compréhension de la nature et de la fonction physiologique des BM candidats identifiés nous a permis de mieux appréhender les mécanismes moléculaires de la pathogénèse de la ND et d'identifier des candidats biomarqueurs plus précoces que l'albumine. Ces résultats sont présentés sous la forme d'un projet d'article .La deuxième partie de notre travail expérimental est constituée d'études préliminaires visant à la recherche de protéines spécifiques urinaires, néphrine et isoformes de l'adiponectine, afin d'évaluer leur potentiel diagnostique. 1 Ben Ameur R. et al Proteomic approaches for discovering biomarkers of diabetic nephropathy. Nephrol Dial Transplant 25, 2866-752 Ben Ameur R. et al Identification of early candidate biomarkers for diabetic nephropathy by urine proteomic analysis. To be submittedDiabetic nephropathy (DN) is one of the most serious complications of diabetes. It affects about 30% of diabetic patients. Microalbuminuria is currently the main available marker for DN risk, but has inadequate specificity and precocity. Several published studies intended to research new biomarkers (BM) of DN by proteomic approaches. We have shown1 that, if several candidate BM were claimed, there was no consensus about their nature and that a number of studies could not identify BM earlier than albumin because of the study design. Thus, we have selected an original cohort of type 1 diabetic patients considered at risk of developing DN, on the basis of urinary albumin excretion after an exercice test. A control cohort was also enrolled. Using 2D gel electrophoresis we compared the urinary proteomes of patients from both cohorts. Then, candidate BM were identified by mass spectrometry. Functional analysis of these proteins showed that some are involved in the coagulation cascade and in mechanisms of endothelial dysfunction. The diagnostic potential of these proteins was validated by Western blotti ng. The nature and physiological function of candidate biomarkers allowed to better understand the molecular pathogenic mechanisms of DN. Results from this part of the work are shown in the form of an article2. Preliminary studies to assess the diagnostic potential research of specific urinary proteins (nephrin and different isoforms of adiponectin) are also presented.1 Ben Ameur R. et al Proteomic approaches for discovering biomarkers of diabetic nephropathy. Nephrol Dial Transplant 25, 2866-752 Ben Ameur R. et al Identification of early candidate biomarkers for diabetic nephropathy by urine proteomic analysis. To be submitted
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Collignon, Olivier. "Recherche statistique de biomarqueurs du cancer et de l'allergie à l'arachide". Phd thesis, Nancy 1, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00430177.
Texto completo da fonteResumo:
La première partie de la thèse traite de la recherche de biomarqueurs du cancer. Lors de la transcription, il apparaît que certains nucléotides peuvent être remplacés par un autre nucléotide. On s'intéresse alors à la comparaison des probabilités de survenue de ces infidélités de transcription dans des ARNm cancéreux et dans des ARNm sains. Pour cela, une procédure de tests multiples menée sur les positions des séquences de référence de 17 gènes est réalisée via les EST (Expressed Sequence Tag). On constate alors que ces erreurs de transcription sont majoritairement plus fréquentes dans les tissus cancéreux que dans les tissus sains. Ce phénomène conduirait ainsi à la production de protéines dites aberrantes, dont la mesure permettrait par la suite de détecter les patients atteints de formes précoces de cancer. La deuxième partie de la thèse s'attache à l'étude de l'allergie à l'arachide. Afin de diagnostiquer l'allergie à l'arachide et de mesurer la sévérité des symptômes, un TPO (Test de Provocation Orale) est réalisé en clinique. Le protocole consiste à faire ingérer des doses croissantes d'arachide au patient jusqu'à l'apparition de symptômes objectifs. Le TPO pouvant se révéler dangereux pour le patient, des analyses discriminantes de l'allergie à l'arachide, du score du TPO, du score du premier accident et de la dose réactogène sont menées à partir d'un échantillon de 243 patients, recrutés dans deux centres différents, et sur lesquels sont mesurés 6 dosages immunologiques et 30 tests cutanés. Les facteurs issus d'une Analyse Factorielle Multiple sont également utilisés comme prédicteurs. De plus, un algorithme regroupant simultanément en classes des intervalles comprenant les doses réactogènes et sélectionnant des variables explicatives est proposé, afin de mettre ensuite en compétition des règles de classement. La principale conclusion de cette étude est que les mesures de certains anticorps peuvent apporter de l'information sur l'allergie à l'arachide et sa sévérité, en particulier ceux dirigés contre rAra-h1, rAra-h2 et rAra-h3.
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Le, Faouder Julie. "Recherche de biomarqueurs tissulaires de la cancerogenèse hépatique par imagerie Maldi". Paris 7, 2012. http://www.theses.fr/2012PA077002.
Texto completo da fonteResumo:
Le carcinome hépatocellulaire (CHC) représente le 6eme cancer le plus fréquent dans le monde et la 3eme cause de décès par cancer. Plus de 80% des CHC se développent à partir d'une cirrhose souvent d'étiologie virale. Le pronostic du CHC est mauvais en raison de sa détection à un état avancé, non résécable. Aussi de nouveaux biomarqueurs permettant un diagnostic précoce sont requis. L'imagerie par spectrométrie de masse MALDI (MALDI IMS) permet la visualisation de la distribution différentielle de marqueurs potentiels au sein des tissus. L'analyse MALDI IMS du protéome in situ de tissus CHC versus celui des tissus cirrhotiques péritumoraux, a permis la mise en évidence d'un ensemble de peptides/protéines pour lesquels l'expression permettait de différencier la cirrhose du CHC. De plus, nous avons établi un modèle de classification permettant de classifier correctement la plupart des spectres issus de régions tumorales et cirrhotiques. Le marqueur le plus différentiel m/z 8565 surexprimé dans le CHC a été identifié comme l'ubiquitine monomérique et validé par immunohistochimie. Le marqueur m/z 3195 surexprimé dans la cirrhose a été identifié comme un fragment de l'α -globine tandis que m/z 2753, surexprimé dans le CHC, correspondait à un fragment de l'albumine. Ce travail fournit des marqueurs diagnostiques qui pourraient être complémentaires des méthodes actuelles. Les biomarqueurs identifiés ouvrent des perspectives biologiquement intéressantes, en particulier dans l'étude du rôle du système protéasome au cours de la cancérogenèse hépatique. De plus, les méthodes d'imagerie MALDI et d'identification mises au point sont applicables à d'autres projetsHepatocellular carcinoma (HCC) represents the sixth most common cancer in the world, and the third most frequent oncological cause of death. Over 80% of HCC develop from cirrhosis, mainly related to viral etiology. The prognosis of HCC is mostly poor, because of its late detection at an advanced stage. Thus, new effective biomarkers are needed. MALDI imaging mass spectrometry (MALDI IMS) allows differential distribution visualization of potential markers within tissue. The aim of the present project was to investigate, using MALDI IMS, the proteome of HCC and to compare it with peritumoral cirrhosis so as to characterize new biomarkers of HCC. We found a set of proteins/peptides with a differential intensity level that most accurately delineated cancer from adjacent cirrhotic tissue. We generated a classification model enabling correct classification of most spectra present in cirrhosis or tumor areas from the independent validation group. The most discriminating marker (m/z 8,565) increased in HCC was characterized as the monomeric ubiquitin and further validated by immunohistochemistry. Marker m/z 2,753 was a peptidic fragment of albumin and was overexpressed in HCC while m/z 3,195, identified as a fragment of the alpha chain of hemoglobin, was specifically more intense in cirrhosis. This work provides complementary tools that could be useful in the early diagnosis of HCC. Identified biomarkers will gain further insights in the role of proteasome in the liver cancerogenesis. MALDI IMS and identification developed methods will be useful for other projects
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Hinsinger, Geoffrey. "Recherche de biomarqueurs biologiques de sclérose en plaques par protéomique quantitative". Thesis, Montpellier, 2016. http://www.theses.fr/2016MONTT027.
Texto completo da fonteResumo:
La sclérose en plaques (SEP) est une maladie inflammatoire auto-immune du SNC qui affecte 90 000 personnes en France et génère un coût important pour la société. La forme la plus fréquente (85% des cas) est la SEP récurrente-rémittente (RRMS) caractérisée par des poussées démyélinisantes entrecoupées de périodes de rémission après un syndrome cliniquement isolé (CIS). La conversion en RRMS après un CIS, caractérisée par une nouvelle poussée ou de nouvelles lésions sur les IRM de suivi, survient après un délai variant de quelques mois à plus de 10 ans (20% des cas, « SEP bénigne »). Les traitements disponibles (immunomodulateurs et immunosuppresseurs) ont une efficacité indéniable pour la prévention des poussées et doivent être initiés dès le diagnostic pour une efficacité maximale, surtout chez les patients montrant une conversion rapide en SEP après un CIS. Leur intérêt est en revanche négligeable pour les formes bénignes. Ainsi, il existe un besoin d’identifier des biomarqueurs pronostiques précoces de la SEP pour une prise en charge optimale des patients. Le but de ma thèse est d’identifier des biomarqueurs pronostiques de SEP en utilisant différentes approches de protéomique quantitative,. Dans un premier temps, nous avons utilisé des échantillons cliniques de LCR de patients. Ces travaux m’ont permis d’identifier, en protéomique quantitative utilisant un marquage chimique des peptides (TMT), plusieurs candidats biomarqueurs de SEP. Ceux-ci incluent deux chitinase-3-like protéines, CHI3L1 et CHI3L2 dont le taux mesuré en ELISA, dans le LCR, augmente avec l’évolution de la maladie. Ces travaux ont également démontré que la concentration sanguine de CHI3L1 constituait un biomarqueur de la progression de la maladie. Dans un second temps, nous avons combiné l’analyse du LCR de différents patients SEP et contrôles en protéomique Label-Free avec un modèle préclinique analysant les modifications du sécrétome d’oligodendrocytes murins en culture primaire par approche SILAC. Les biomarqueurs potentiels, 87 protéines correspondant à 226 peptides cibles, ont été ensuite vérifiés en protéomique quantitative ciblée ou parallel reaction monitoring (PRM), à l’aide de peptides marqués servant de référence. Les 11 candidats les plus discriminants issus de cette étape ont ensuite été vérifiés en PRM sur une cohorte plus large d’échantillons de patients. Finalement, 7 candidats ont montré un profil significatif au cours de cette première validation. Ces candidats biomarqueurs permettent notamment de discriminer les différentes formes évolutives de la SEP et de distinguer cette pathologie d’autres maladies inflammatoires et neurologiques. De plus, ces derniers pourraient avoir un intérêt prognostique permettant d’identifier les patients qui vont développer une SEP après la découverte fortuite de lésions typiques de la maladie à l’IRM. Ce travail de thèse a donc caractérisé de nouveaux biomarqueurs de SEP devant être validés sur de larges cohortes multicentriques de patients et ouvre de nouvelles perspectives sur la compréhension des mécanismes physiopathologiques de la SEPDiscovery, confirmation and verification of candidate biomarkers for multiple sclerosis diagnosis and prognosis in cerebrospinal fluid.Multiple sclerosis (MS) is an inflammatory disease of the central nervous system. Most often the disease initiates by a first demyelinating event called clinically isolated syndrome (CIS), followed by remission periods and relapses occurring at irregular intervals. Clinical symptoms and MRI are used for diagnosis, but clinicians lack tools to predict the rate of disease progression. This study aims at identifying biomarkers that predict the delay of conversion to MS after a CIS. We compared the cerebrospinal fluid (CSF) proteome from MS patients and symptomatic controls and the CSF from CIS patients with rapid conversion to MS (<1 year) and CIS patients with slow conversion to MS (>2 years). For the discovery step, human CSF samples (n=40) depleted of the 20 major plasma proteins were digested using a modified filter-assisted sample preparation (FASP) and analysed by high-resolution mass spectrometry using isobaric mass tag labelling or label-free quantification procedures. Proteins upregulated in CSF from MS patients included two proteins involved in tissue remodeling, namely chitinase-3-like protein-1 (CHI3L1) and chitinase-3-like protein-2 (CHI3L2). Their increased level in CSF of MS patients was confirmed by ELISA in a new cohort comprising CIS and MS patients (n=123) at different disease stages. Moreover, CHI3L1 levels in CSF and serum from CIS patients discriminated patients with rapid conversion to MS (< one year) from those with slower conversion.We also implemented a PRM method (peptide selection, dilution optimization of heavy isotope labeled non-purified peptides, reproducibility evaluation and method validation) to qualify a larger set of candidate biomarkers (226 peptides corresponding to 87 proteins) in a cohort different from the one used for the discovery step (n=60), including CSF from controls and MS patients at different disease stages. Finally, to further verify the 11 candidate biomarkers that passed this qualification step, we monitored 16 peptides in a new PRM assay, using shorter gradient and high-purity heavy isotope labeled peptides. This new PRM analysis was performed on a larger cohort (n=189) that included CSF of patients with other inflammatory and non-inflammatory neurological disorders in addition to control and MS patients. These analyses identified seven robust candidate biomarkers, which might help to discriminate patients suffering from MS or other neurological disorders
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Bodet, Pierre-Edouard. "Recherche de biomarqueurs glucidiques de mucopolysaccharidoses et étude de la physiopathologie". Thesis, Université Paris-Saclay (ComUE), 2016. http://www.theses.fr/2016SACLE001/document.
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L’identification de biomarqueurs demeure un véritable défi pour les sciences analytiques et un enjeu majeur pour la recherche clinique. Les glycosaminoglycanes (GAGs) ont été identifiés comme biomarqueurs potentiels de mucopolysaccharidoses (MPS), maladies génétiques rares et très souvent mortelles. Ces pathologies sont dues à une déficience en une des enzymes impliquées dans le catabolisme des GAGs. Le défaut enzymatique conduit à une accumulation de GAGs partiellement dégradés, et entraîne une neurodégénérescence pour les formes sévères de la pathologie. Les GAGs sont des polysaccharides polyanioniques complexes impliqués dans de nombreux processus physiologiques chez les mammifères. Leur étude demeure difficile en raison de leur hétérogénéité structurale, de leur faible biodisponibilité et du manque d'outils dédiés à leur analyse. Notre objectif a été de détecter et de quantifier ces composés à partir de fluides biologiques tels que l’urine et le liquide céphalo-rachidien, puis d’en élucider la structure par spectrométrie de masse. L’étude s’est focalisée sur la caractérisation d’oligosaccharides de type héparane sulfate (HS), biomarqueurs spécifiques de MPS à composante neurologique (MPS de type I, IIIB et IIIC) et responsables des atteintes du système nerveux central. Une stratégie expérimentale permettant l’extraction d’oligosaccharides de HS issus de fluides biologiques a été développée. Ainsi, la structure d’oligosaccharides sulfatés de HS urinaires, candidats biomarqueurs de MPS IIIB et IIIC, a pu être identifiée. Ces composés pourraient s’avérer utiles pour le diagnostic et le suivi de patients, notamment lors d’essais thérapeutiques. Des expériences in vitro d’exposition de différents types cellulaires du cerveau ont été menées afin d’établir la relation entre la structure des oligosaccharides accumulés et leurs effets neuropathologiques. Elles ont permis de mettre en évidence des processus cellulaires qui pourraient impliqués dans la neurodégénérescence et constituer de nouvelles cibles thérapeutiquesThe identification of biomarkers remains one of the main challenges for analytical sciences and a major stake for clinical research. Glycosaminoglycans (GAGs) have been identified as potential biomarkers of mucopolysaccharidoses (MPS) belonging to rare genetic diseases with often a deadly issue. These pathologies are due to a deficiency in one of the enzymes responsible for GAGs catabolism. This enzymatic defect results in the accumulation of partially catabolized GAGs in organism and leads to neurodegeneration for the most severe forms of the disease. GAGs are complex polyanionic polysaccharides involved in numerous physiological processes in mammals. Their study remains a challenging task because of their high structural heterogeneity and their low biodisponibility, besides the lack of dedicated analytical tools. Our aim was to detect and quantify these compounds in biologic fluids such as urine and cerebrospinal fluid, and to elucidate their structures by mass spectrometry. This study focused on heparan sulfate (HS) oligosaccharides, as potential biomarkers of MPS featured by neurological manifestations (MPS I, IIIB and IIIC), and possibly responsible of lesions in the central nervous system. An experimental strategy allowing the extraction of HS oligosaccharides from biological fluids was implemented, thereby the structures of urinary heparan sulfate oligosaccharides were deciphered, leading to possible biomarkers candidates of MPS IIIB and IIIC. These compounds could be useful for diagnostic and patient follow-up that are currently lacking for the monitoring of therapeutic assays. In vitro exposition of different cerebral cell types to HS oligosaccharides was carried out to establish the relation between the structure of oligosaccharides and neuropathological effects. These studies highlighted several cellular processes that could be involved in neurodegeneration and constitute new therapeutic targets
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Kowalczewska, Malgorzata. "Recherche de biomarqueurs de la maladie de Whipple par une approche protéomique". Aix-Marseille 2, 2007. http://www.theses.fr/2007AIX20683.
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Tropheryma whipplei est l’agent bactérien d’une maladie systémique et chronique rare nommée la maladie de Whipple. On distingue essentiellement 3 formes cliniques: (i) la maladie de Whipple classique (CWD) caractérisée principalement par des symptômes gastro-intestinaux, (ii) des endocardites infectieuses à hémoculture négative, due à T. Whipplei, et (iii) l’atteinte neurologique isolée sans qu’il y ait atteinte digestive classique. Le délai de diagnostic reste souvent très long (plusieurs mois, voire plusieurs années). La maladie de Whipple est mortelle sans traitement efficace. Le diagnostic histologique (PAS positive sur les macrophages de lamina propria ou duodénum) et la PCR positive sur la biopsie duodénale sont considérés comme les techniques de diagnostic de référence. Des tentatives pour développper une sérologie en vue de diagnostiquer la maladie de Whipple ont eu lieu, mais sans succès à long terme. L’objectif de ma thèse a été de proposer des candidats protéïques pour le sérodiagnostic de la maladie de Whipple. Le choix de l’approche de criblage a été porté sur la technique 2-D immunoprotéomique couplée à la spectrométrie de masse. Ce travail a permis de sélectionner 23 candidats antigéniques capables de discriminer la maladie de Whipple des endocardites infectieuses due à d’autres bactéries que T. Whipplei. La spécificité de 100% et la sensibilité de 62. 5% respectivement pour une combinaison des 8 meilleurs antigènes de ce premier test ont été insuffisantes en vue d’une application en routine clinique. Cette étude a été élargie sur le criblage des protéines basiques, potentiellement plus intéressantes, car pour la plupart membranaires. A l’issue de ce travail, un transporteur ABC (TWT328) a été proposé comme étant la meilleure cible pour le diagnostic de CWD. Le point intéressant de ce travail a été de trouver un profil protéique caractéristique de l’infection neurologique isolée de la maladie de Whipple. L’ensemble des cibles protéiques (n=9 protéines) découvertes par immunoprotéomique dans les 2 études successives, a été cloné dans le vecteur pIVEX2. 3, et exprimé soit in vivo, soit in vitro en utilisant RTS System. Un ELISA basé sur les protéines recombinantes a été réalisé, montrant des résultats similaires à ceux obtenus avec des immunoblots. Ceci a permis de valider nos biomarqueurs par une technique différente. Le deuxième volet de ma thèse a concerné le protéome de T. Whipplei et la comparaison des 4 souches isolées de différents produits pathologiques en vue de typage protéomique. Les résultats ont apporté quelques réponses à des informations prédites in silico en cours d’analyse de génome de T. Whipplei (par exemple les protéines de la famille des WiSPs et les produits des gènes paralogues). Ce travail a également ouvert des perspectives intéressantes sur l’étude des modifications post-traductionnelles (par exemple les phosphorylations, acétylations et glycolysations), ainsi que sur la nécessité de passer à une nouvelle technologie DIGE qui est beaucoup plus puissante et sensible que l’électrophorèse 2-D classique.
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Boudon, Sabrina. "Recherche de biomarqueurs plasmatiques pour prédire la qualité de la viande bovine". Thesis, Université Clermont Auvergne (2017-2020), 2020. http://www.theses.fr/2020CLFAC004.
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Le secteur de l'élevage bovin est en attente d'outils permettant de prédire et piloter les qualités sensorielles de la viande, notamment la tendreté qui est une priorité pour les consommateurs et pour la filière. La qualité de la viande est un phénotype complexe qui ne peut être évalué que tardivement après l'abattage des animaux et maturation de la viande. Depuis plus de 15ans, des recherches ont permis d'identifier des marqueurs de la qualité de la viande utilisables sur échantillons musculaires prélevés par biopsie ou sur carcasse. Cependant, des travaux récents ont rapporté des relations parfois inverses entre l’abondance de certains biomarqueurs et la tendreté de la viande selon le muscle ou le type d’animal considéré. Ainsi, l'identification de biomarqueurs « génériques » et peu-invasifs s’impose comme un enjeu pour le secteur bovin. Dans ce contexte, l’objectif de ma thèse a été d’identifier de potentiels biomarqueurs plasmatiques pour prédire la tendreté de la viande bovine. Afin de répondre à cet objectif, mes travaux de thèse se sont articulés autour de deux approches: (i) une approche d’intégration de données moléculaires combinée à une analyse bio-informatique (approche in-silico) pour prédire le sécrétome plasmatique ; (ii) une approche expérimentale, basée sur la stratégie protéomique Shotgun LC MS/MS, pour identifier des candidats plasmatiques et des candidats musculaires (muscles Longissimus et Rectus abdominis) à partir de groupes de génisses IGP Fleur d’Aubrac contrastées pour la tendreté. Afin de caractériser ce phénotype complexe, les groupes extrêmes analysés ont été déterminés selon trois systèmes d’évaluation de la tendreté (Warner Brazler Shear Force, sensoriel et index synthétique combinant ces deux systèmes). La combinaison de ces deux approches a permis de proposer pour la première fois une liste de 107 protéines plasmatiques candidates pour évaluer la tendreté de la viande bovine, parmi lesquelles 32 sont retrouvées dans des QTL de tendreté. Cette stratégie a également permis de compléter la liste de candidats musculaires déjà connus. Les données agrégées dans la littérature sont majoritairement associées à des bovins mâles (taurillons et bouvillons), ainsi ces travaux permettent de proposer pour la première fois une liste de candidats musculaires et plasmatiques pour la tendreté de génisses. Ces travaux de thèse ont également permis de compléter les connaissances sur le déterminisme de la tendreté, notamment via l’implication des voies de sécrétion vésiculaires (micro-vésiculaire et macro-vésiculaire (exosome)) et les cils primaires. Ces résultats pourraient permettre de proposer des outils de phénotypage pour prédire « le potentiel tendreté » du vivant de l’animal, mais aussi de valoriser des filières de qualité, d’orienter/segmenter les marchés et de proposer des conduites d’élevage adaptées au potentiel des animauxA challenge for the ruminant sector is to predict and manage the phenotypic traits related to meat production and quality especially tenderness, a priority of the beef industry. Meat quality is a complex phenotype that can be evaluated only after slaughtering and meat ageing. Previous research efforts have investigated the potential of muscle-derived markers to assess meat quality from biopsy or on carcass samples. However, recent studies have reported relationship sometimes inverse between protein abundance and tenderness depending on the muscle type or animal considered. Thus, the identification of “generic” and low-invasive biomarkers is an issue for the beef sector. In this context, the objective of my PhD thesis was to discover plasma candidate biomarkers to predict and manage beef tenderness. To meet this objective, my research included two complementary approaches: (i) a molecular data aggregation from publicly available data combined with bioinformatics (in silico approach) to reconstruct the secretome associated withtenderness; (ii) a proteomic analysis (Shotgun LC-MS/MS) to identify plasma and muscle candidates (Longissimus et Rectus abdominis muscles) from contrasted tenderness groups of PGI Fleur d’Aubrac heifers. Extreme groups of tenderness were established based on three evaluation methods: Warner Bratzler Shear Force, sensory analysis, and according to a synthetic index which combines the previous two evaluation systems. Thanks to the combination of the two approaches, I can propose for the first time an atlas of 107 plasma candidate proteins to assess the tenderness in cattle, of which 32 are included in tenderness QTL. I could also complete the list of muscle candidates reported in the scientific literature. While published data report mainly data on male bovines (steers, bull calves), my PhD work allows to propose for the first time a list of plasma and novel muscle candidates for heifer tenderness. My results also contribute to improve knowledge on tenderness determinism, notably through the involvement of extracellular vesicles (micro-vesicular (EVs), macro-vesicular (exosomes)), and the primary cilia. This knowledge will help to design phenotypic tools for “tenderness potential” prediction, in living animal and to add value to high-quality beef sector
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Lanzini, Justine. "Recherche de biomarqueurs et études lipidomiques à travers diverses applications en santé". Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2016. http://www.theses.fr/2016USPCB126.
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La notion de biomarqueurs est définie comme « une caractéristique mesurée objectivement et évaluée comme indicateur de processus biologiques normaux ou pathologiques, ou de réponses pharmacologiques à une intervention thérapeutique ». L'intérêt scientifique pour les biomarqueurs est de plus en plus important. Ils permettent, entre autres,une meilleure compréhension des processus pathologiques et de diagnostiquer, voire pronostiquer ces pathologies. Les études « omiques » telles que la lipidomique jouent un rôle essentiel dans la découverte de nouveaux biomarqueurs. La lipidomique consiste à explorer le lipidome d'un échantillon biologique et à déceler l'impact de la pathologie sur ce dernier. Les lipides constituent une vaste et importante famille de métabolites retrouvés dans toutes les cellules vivantes, dont leur nombre est estimé à plus de 100 000 espèces chez les mammifères. Ils sont impliqués, notamment, dans le stockage d'énergie et la transduction de signal. Mon travail de thèse a reposé sur la réalisation d'approches lipidomiques en LC-MS sur diverses applications en santé telles que le syndrome de déficit immunitaire combiné sévère associé à une alopécie et une dystrophie des ongles, le syndrome du nystagmus infantile et le rejet de greffe rénale. A cette fin, des analyses statistiques multivariées et univariées ont été employées pour déceler des potentiels lipides biomarqueursBiomarker was defined as "a characteristic that is objectively measured and evaluated as an indicator of normal biological processes, pathogenic processes, or pharmacological responses to therapeutic intervention". The scientific interest in biomarkers is more and more important. They allow, in particular, to better understand pathogenic processes and to diagnose, even to predict pathologies. "Omics" studies, such as lipidomics, play an essential role in the new biomarkers discovery. Lipidomics consist in exploring biological samples lipidome and in detecting pathogenic impact on this latter. Lipids are a large and important metabolite family found in all living cells. Their quantity is estimated to more than 100,000 species in mammals. They are involved, in particular, in the energy storage and the signal transduction. My PhD thesis involved carrying out lipidomics approaches with LC-MS through various health applications such as severe combined immunodeficiency associated with alopecia syndrome, infantile nystagmus syndrome and renal graft rejection. For this purpose, multivariate and univariate statistical analyses were carried out in order to detect potential lipid biomarkers
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Li-Thiao-Té, Sébastien. "Traitement du signal et images LC/MS pour la recherche de biomarqueurs". Phd thesis, Cachan, Ecole normale supérieure, 2009. https://theses.hal.science/tel-00466961/fr/.
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La spectrométrie de masse LC/MS est une technique de chimie analytique très prometteuse pour la recherche de biomarqueurs protéiques. Cette thèse aborde la correction de certaines distortions : l'alignement des images LC/MS et la normalisation des intensités. Nous étudions ensuite un détecteur de signaux a contrario et calculons la limite de détectionLiquid chromatography mass spectrometry is a promising technique in analytical chemistry for the discovery of protein biomarkers. This thesis deals with correcting distortions such as LC/MS image alignment and intensity standardization. We then apply a contrario detection, and study the limit of detection of the proposed algorithm
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Li-Thiao-Té, Sébastien. "Traitement du signal et images LC/MS pour la recherche de biomarqueurs". Phd thesis, École normale supérieure de Cachan - ENS Cachan, 2009. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00466961.
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La spectrométrie de masse LC/MS est une technique de chimie analytique très prometteuse pour la recherche de biomarqueurs protéiques. Cette thèse aborde la correction de certaines distortions : l'alignement des images LC/MS et la normalisation des intensités. Nous étudions ensuite un détecteur de signaux a contrario et calculons la limite de détection.
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Kossorotoff, Manoëlle. "Approche physiopathologique et recherche de biomarqueurs associés aux complications neurovasculaires chez l'enfant drépanocytaire". Thesis, Paris 5, 2014. http://www.theses.fr/2014PA05P624/document.
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L'atteinte vasculaire cérébrale est une complication grave et fréquente chez les enfants drépanocytaires, car elle impacte leur pronostic, en termes de morbidité (handicap) et de mortalité. L’accélération des vitesses mesurées par le doppler transcrânien (DTC) est prédictive du risque d'infarctus cérébral et implique une modification de la prise en charge thérapeutique. Chez l’enfant drépanocytaire, l'infarctus cérébral est d'origine multifactorielle, lié à la vasculopathie cérébrale sténotique ainsi qu'à une hypercoagulabilité et une activation cellulaire. Nous avons étudié de manière prospective l'association de marqueurs biologiques au DTC chez 108 enfants porteurs de syndrome drépanocytaire majeur et recherché des éléments prédictifs d'événement vasculaire périphérique ou cérébral. Nous avons ainsi réalisé une analyse approfondie de la fonction endothéliale, de l’activation de l’hémostase primaire et de la coagulation, de l'activation cellulaire et de la mécanique artérielle. L’atteinte vasculaire cérébrale a été estimée en considérant les données du DTC comme une variable continue plutôt que catégorielle. Le principal résultat est le rôle prédictif du nombre des cellules souches hématopoïétiques CD34+ pour la survenue d'événements cliniques vasculaires. Nous avons également mis en évidence un profil particulier de coagulation chez les enfants drépanocytaires présentant des céphalées récurrentes ou des accès migraineux. Ceci supporte l'hypothèse que les céphalées chez l'enfant drépanocytaire, et notamment celles répondant aux critères de la migraine, peuvent être le reflet d'événements ischémiques cérébraux ultra-transitoires. Elles représentent donc peut-être un indicateur indirect de risque ischémique cérébral. Nous avons par ailleurs montré que le risque hémorragique cérébral chez les enfants drépanocytaires restait proportionnellement stable par rapport au risque ischémique, malgré l'utilisation en routine de stratégies de prévention du risque ischémique. L'observation de lésions sténotiques et d'anévrismes permet de supposer que ces atteintes vasculaires cérébrales procèdent de mécanismes physiopathologiques communs. L'amélioration de la compréhension des mécanismes physiopathologiques des complications neurovasculaires et la mise en évidence de facteurs prédictifs d'événements cliniques est un pas supplémentaire vers l'amélioration de la sensibilité diagnostique de la vasculopathie cérébrale drépanocytaire, de la compréhension des mécanismes des accidents vasculaires cérébraux de ces enfants et probablement de leur pronostic neurologique en permettant une prise en charge thérapeutique adaptée plus précoceCerbrovascular involvement is frequent in children with sickle-cell disease (SCD). It is severe in terms of morbidity (handicap) and mortality. Accelerated intracranial arterial blood flow velocity measured by transcranial doppler (TCD) is predictive for stroke occurrence and leads to therapeutic modifications. In SCD children, ischemic stroke results from stenotic cerebral vasculopathy associated with hypercoagulability, and cell activation. We prospectively addressed associations between biological markers and TCD velocity in 108 children with sickle-cell anemia (HbSS or HbSβ°) and looked for predictive factors for vascular peripheral or cerebral events. We performed extensive work-up of endothelial function, coagulation activation, cell activation, and arterial wall mechanics. Cerebral vasculopathy was defined using TCD velocity (continuous data) rather than the classical category classification. The main result is the demonstration of the role of hematopoietic stem cell CD34+ for the prediction of clinical vascular event occurrence. We also demonstrated an imbalanced coagulation profile in SCD children with recurrent cephalalgia or migraine. This finding supports the hypothesis that recurrent cephalalgia, especially migraine, could be a symptom of ultra-transient ischemic cerebrovascular events in SCD children. Therefore, this symptom may also indicate increased cerebrovascular ischemic risk. We demonstrated that the ratio cerebral hemorrhagic risk / cerebral ischemic risk in SCD children remains stable, despite the routine use of strategies aiming at reducing ischemic stroke risk. The concurrent observation of intracranial arterial stenotic lesions and aneurysm suggests common pathophyiological mechanisms. Improving pathophysiological understanding of cerebrovascular complications and demonstrating predictive risk factors for clinical events may help clinicians to improve early diagnosis of SCD-associated cerebral vasculopathy, to better understand stroke mechanism in this population, and probably to improve neurological outcome with earlier and more adapted management
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Fertin, Marie. "Recherche de biomarqueurs circulants du remodelage ventriculaire gauche en post-infarctus du myocarde". Thesis, Lille 2, 2012. http://www.theses.fr/2012LIL2S025.
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Le remodelage ventriculaire gauche (VG) en post-infarctus du myocarde (IDM) est associé à une augmentation du risque d’insuffisance cardiaque et de décès, mais il demeure difficile à prédire en pratique clinique.L’objectif principal de ma thèse était la recherche de biomarqueurs circulants du remodelage VG par l’approche protéine candidate et par protéomique différentielle dans la population REVE-2.Par l’approche protéine candidate, nous avons confirmé que le peptide natriurétique detype B (BNP) était un puissant facteur prédictif du remodelage VG en post-IDM. La métalloprotéase matricielle-8 (MMP-8), la MMP-9, l’hepatocyte growth factor (HGF), la Créactive protéine (CRP), la troponine I ont également fait la preuve de leur association.Par l’approche protéomique différentielle, en électrophorèse 2D différentielle en fluorescence (2D-DIGE), la clusterine a été identifiée comme biomarqueur potentiel,positivement associée au remodelage VG, nécessitant toutefois des travaux de confirmation.Par SELDI TOF MS, nous avons sélectionné 26 pics définis par leur rapport m/z, commebiomarqueurs potentiels du remodelage VG, dont 12 ont pu être identifiés et devrontdésormais être validés : le pic de m/z 2777 a été identifié comme le peptide N-terminal issu del’albumine après clivage par la pepsine. Les autres pics correspondraient à des fragments protéolytiques de protéines que sont le fibrinogène, le complément C3, C4 et C1q.La découverte de nouveaux biomarqueurs du remodelage VG devrait permettre d’améliorer la stratification du risque en post-IDM afin d’identifier les patients devant bénéficier d’un suivi plus rapproché et peut-être d’une prise en charge thérapeutique plus agressiveLeft ventricular (LV) remodelling after myocardial infarction (MI) indicates a high risk of heart failure and death but remains difficult to predict in clinical practice. Biomarkers may help to refine risk stratification. The main purpose was to find circulating biomarkers of LV remodelling after MI, using two strategies : candidate protein approach and differential proteomic approach, working on a population with a clearly defined phenotype, the REVE-2 study, a prospective multicenter study including 246 patients with a first anterior Q-wave MI. Blood samples were obtained at hospital discharge, at 1 month, 3 months and 1 year. An echocardiography was performed at the same time except for the 1st month to assess LVR.By candidate protein approach, we confirmed that B-type natriuretic peptide (BNP) was a powerful predictor of LV remodelling after MI. Additional biomarkers, such as matrix metalloproteinase-8 (MMP-8), MMP-9, hepatocyte growth factor (HGF), C-reactive protein (CRP) and cardiac troponin I were found to be associated with LV remodelling, highlighting several pathways implicated in pathophysiology of LV remodelling. We have also shown that biomarkers in association (BNP and cardiac troponin I, BNP and MMP-8, BNP and MMP-9) could improve risk stratification in post-MI by selecting groups of patients at higher risk.As the ideal biomarker was still not identified, we applied a differential proteomic approach, with no a priori hypothesis, in order to characterize proteomic signature of LV remodelling. The use of a protein enrichment kit, consisting of a library of combinatorial hexapeptide ligands, compressed the protein concentration range of plasma and serum, through the simultaneous onestep dilution of high-abundance and concentration of lowabundance proteins. Protein enrichment kit prior to two-dimensional (2D) electrophoresis or SELDI TOF MS (surface-enhanced laser desorption–ionization time of flight) analysis enabled the detection of proteins that were not detected in native blood sample and the accessibility to proteolytic fragments obtained from major proteins. Clusterin (apolipoprotein J) was identified as a potential biomarker of LV remodelling by 2D-DIfferential Gel Electrophoresis (2D-DIGE). Clusterin was quantified by Western blot and ELISA and was found to be positively associated with LV remodelling. However, this association was not found with all LV remodelling parameters nor at each time during the year following MI, requiring further analysis. Differential proteomic approach by SELDI TOF MS selected 26 m/z peaks, as potential biomarkers of LV remodelling. Of them, 12 were identified by mass spectrometry. The 2777 m/z peak was identified directly from the ProteinChip array as being the N-terminal peptide (24–48 aa) generated from albumin by pepsin cleavage. Other peaks were identified after purification using chromatographic columns or liquid-phase isoelectric focusing : most of them were found to be proteolytic fragments of proteins like fibrinogen, C3, C4 and C1q complement. Identifications have now to be validated with specific techniques, usually by immmunoprecipitation and Western blot analysis.Finding new biomarkers of LV remodelling could help refine risk stratification and identify patients in whom more aggressive therapy and/or more frequent follow-up could be needed
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Maizi, Magali. "Le protéome urinaire : caractérisation et intérêt pour la recherche de biomarqueurs de pathologies". Thesis, Grenoble, 2014. http://www.theses.fr/2014GRENV075/document.
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Le cancer de la vessie représente le 4ième cancer de l'homme en Europe. Dans la majorité des cas, les primo-tumeurs sont traitées facilement par résection mais dans 60% des cas, il y a récidives sous formes plus agressives. Il est donc nécessaire de détecter au plus tôt ces récidives. A ce jour, l'examen de référence pour le diagnostic d'un cancer de la vessie est la cystoscopie. Cet examen permet d'examiner l'intérieur de la vessie à l'aide d'un système optique introduit via l'urètre. Cette méthode est spécifique et sensible mais inconfortable et invasive pour le patient. Il est donc important de trouver de nouvelles méthodes de diagnostic de tumeurs de la vessie et, de surveillance aussi sensibles et spécifiques pour réduire l'inconfort chez le patient et par la même occasion, le coût associés à la cystoscopie. La recherche de biomarqueurs protéiques dans l'urine représente une alternative majeure pour le diagnostic, le pronostic et le suivi thérapeutique de patients atteints de pathologies uro-génitales. Dans le cas présent du cancer de la vessie, la vessie joue le rôle de réservoir de cellules relarguées par la tumeur, ce qui fait de l'urine, fluide dit "proximal", le fluide idéal pour la recherche de biomarqueurs protéiques. Ces dernières années, la recherche de biomarqueurs protéiques a bénéficié de progrès spectaculaires dans le domaine de la spectrométrie de masse et de la biochimie, permettant d'accéder à une large variété de protéines sur une large gamme dynamique de concentration. De plus, l'apparition de nouvelles approches de protéomique quantitatives, telle que la stratégie "Accurate Mass and Time (AMT) tags" couplée à la quantification « label free », permet la comparaison de protéomes d'états physiologiques distincts par mesures d'abondances des protéines. Dans le cadre de ce travail de thèse, nous avons ainsi développé un protocole expérimental couvrant l'ensemble du processus de découverte de nouveaux biomarqueurs associés au cancer de la vessie dans l'urine, i.e., de la collecte et préparation des échantillons d'urine à l'évaluation de méthodes de fractionnement pour la caractérisation la plus exhaustive possible du protéome urinaire, en utilisant des méthodes de protéomiques quantitatives et des méthodes de statistiques dédiées. Ce travail nous a permis de constituer une base de données contenant 2014 protéines urinaires. Des variations d'abondances ont été mesurées pour plus de la moitié d'entre elles, au travers d'une cohorte de 98 patients constituée de patients atteints de cancers de la vessie et de patients contrôles. Une liste finale composée de 97 candidats biomarqueurs du cancer de la vessie a été établit. Cette liste contient un grand nombre de protéines exosomales potentiellement sécrétées de façon spécifique par la tumeurBladder cancer is the 4th type of cancer causing man death in Europe. In most cases, primary tumors can be easily removed by resection but in 60% of the cases, the tumors regrowth in more aggressive forms. Therefore, it is essential to detect early recurrence of bladder cancer. To date, the gold standard for the diagnosis of bladder cancer is cystoscopy. It allows the examination of the inside of the bladder using an optical system which is inserted in the urethra. This method is sensitive and specific but extremely uncomfortable and invasive for the patient. Therefore, it is crucial to find new diagnosis and monitoring methods for bladder tumour more comfortable for the patient, in a cost efficient way. The search for clinically useful protein biomarkers in the urine is a major alternative for the diagnosis, the prognostic and the therapeutic treatment of patients with urea-genital pathologies. In the specific case of the bladder cancer, the bladder contains the cells left by the tumour, and subsequently urine becomes the ideal fluid for biomarker investigation as a “proximal fluid”. In the last few years, the search for protein biomarkers has benefited of significant progress in the field of mass spectrometry and bio-chemistry, allowing the detection of a wide variety of proteins in a large dynamic range of concentrations. In addition, new approaches of quantitative proteomic, such as the “Accurate Mass and Time (AMT) tags” approach, coupled with the “label free” quantification, allows the comparison of proteomes from distinct physiological state by measuring protein abundances. During this thesis, we developed an experimental protocol covering the whole process of discovering new biomarkers associated to bladder cancer in urines, i.e., from the collection and preparation of urine samples, to the evaluation of the best fractioning method to define the urinary proteome using quantitative approaches and dedicated statistical methodologies. This work enables the population of a database containing 2014 urinary proteins. Abundance variations were measured for more than the half through a cohort of 98 healthy and bladder cancer patients. A final list of 97 biomarker candidates has been established. This list holds a significant number of exosomal proteins that are potentially secreted by the tumour
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Leduc, Antoine. "Recherche, chez la vache laitière, de biomarqueurs du déficit énergétique dans le lait". Electronic Thesis or Diss., Rennes, Agrocampus Ouest, 2022. http://www.theses.fr/2022NSARB364.
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La vache laitière est très sujette au déficit énergétique, qui survient quand ses besoins énergétiques dépassent ses apports. Ce déficit affecte la production laitière et la santé animale. Sa détection précoce est donc essentielle, et des expérimentations de restrictions alimentaires sont menées pour l’étudier. L’objectif de cette thèse était d’identifier des molécules du lait affectées par des restrictions alimentaires de différentes intensités, afin de proposer un panel de biomarqueurs non invasifs du déficit énergétique, utilisable en élevage. L’étude des taux, métabolites, protéines majeures, protéomes et miRNomes du lait a permis de mettre en évidence des molécules variables reflétant l’adaptation du métabolisme mammaire au stress énergétique subit.La réponse à ces restrictions était facteur de leur intensité et certaines variables identifiées ont pu être vérifiées sur d’autres animaux lors du déficit énergétique physiologique de début de lactation. L’étude intégrative de ces données a permis de proposer 25 biomarqueurs dont certains ont été sélectionnés pour intégrer un outil utilisé en élevage : la spectrométrie moyen infra-rouge. Des équations vont être développées pour évaluer les concentrations en glutamate, acide urique et isocitrate via ces spectres et seront utilisées avec celles déjà existantes évaluant le taux de lactose et les concentrations en acides gras, afin de constituer un panel de biomarqueurs du déficit énergétique. La validation de cet outil reste à réaliser mais, si sa fiabilité est confirmée, il permettra un meilleur suivi du bilan énergétique des vaches laitières et aidera à améliorer leur santé, leur bien-être et leur productivitéDairy cows are very susceptible to negative energy balance, which occurs when their energy needs exceed their intake. Negative energy balance affects milk production as well as the animal health. Its early detection is thus essential and feed restriction experiments are conducted to it. The objective of this thesis was to identify milk molecules affected by feed restrictions of different intensity to propose a panel of non-invasive biomarkers of negative energy balance, usable in dairy farming. The study of milk contents, metabolites, major proteins, as well as proteome and miRNome, allowed the identification of variable molecules reflecting the adaptation of the mammary metabolism to the energy stress. Variations induced by these restrictions were a factor of their intensity and some of the identified variableswere verified on other animals, during the physiological negative energy balance in early lactation. The integrative study of all these data led to 25 candidate biomarkers among which some were selected for their potential to be monitored by a tool commonly used in breeding: the mid infrared spectrometry. Equations will be developed to evaluate the concentrations of glutamate, uric acid and isocitrate via these spectra and will be used with those already existing to evaluate the lactose content and the fatty acids concentrations, to constitute a panel of biomarkers of the negative energy balance. Validation of this tool will have to be done but, if its reliability is confirmed, it will allow a better monitoring of the energy balance in dairy cows and will help to improve their health, their welfare, and their productivity
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Fragnoud, Romain. "Recherche de marqueurs pronostiques des formes sévères de dengue". Thesis, Lyon, École normale supérieure, 2013. http://www.theses.fr/2013ENSL0807.
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La dengue est une maladie virale endémique dans les pays tropicaux. Bénigne dans sa forme classique (FC), elle peut être redoutable lors de complications associées à sa forme sévère (FS). Actuellement, l’établissement du pronostic d’évolution vers une dengue sévère est peu fiable. Afin d’identifier des marqueurs précoces d’évolution vers une forme sévère, une étude de caractérisation différentielle de plasmas FC et FS prélevés précocement, a été effectuée par différentes approches de protéomique. La protéine non-structurale NS1 est une des protéines virale associée à la pathogénicité. Une méthode de profilage des plasma utilisant la technologie SELDI-TOF/MS (Surface Enhanced Laser Desorption Ionization-Time of Flight/Mass Spectrometry) couplée à un anticorps monoclonal anti-NS1 a été utilisée afin d’identifier les ligands de cette protéine. La protéine NS1 a été détectée spécifiquement dans des plasmas de patients dengue. Aucun partenaire de la NS1 n’a pu être identifié. La méthode peut néanmoins être utilisée pour sérotyper les échantillons.Une analyse différentielle en ICPL (Isotope Coded Protein Labelling) des protéines plasmatiques de patients FC ou FS a permis d’identifier trois marqueurs potentiellement liés la sévérité de la maladie qui ont été validés en ELISA. La synthèse du virus mettant en jeu des partenaires cellulaires, le viroprotéome associé à chaque pathologie a été caractérisé par LC-MS/MS. Une méthode de purification du virus de la dengue a préalablement été mise au point sur un modèle in vitro. Cette méthode a ensuite été appliquée sur des pools de plasmas de patients prélevés en phase virémique. Des protéines virales ainsi que des protéines de l’hôte potentiellement associées aux virus ont été identifiées. Après analyse, une « empreinte » mettant en jeux des voies canoniques spécifiques a pu être déterminée pour les FS. Des ELISA ont été réalisés afin de valider le différentiel d’expression sur un choix de protéines.Au-delà de l’identification d’outils susceptibles d’aider les praticiens à poser un pronostic, ces études s’inscrivent dans la compréhension des mécanismes complexes qui sous-tendent le passage d’une FC à une FSDengue is a endemic viral disease in tropical countries. If its classical form (CF) is benign, its severe form (SF) leads however to serious complications. Currently, the prognosis of severe dengue is unreliable. Differential proteomic studies on acute CF and FS plasma specimens were performed in order to identify early markers of progression to severe forms.The non-structural protein 1 (NS1) is a viral protein associated with pathogenicity. A method using SELDI-TOF/MS (Surface Enhanced Laser Desorption Ionization-Time of Flight/Mass Spectrometry) coupled to anti-NS1 monoclonal antibodies was developed in order to profile the proteins interacting with NS1 in plasma. Whereas NS1 protein was specifically detected in acute dengue plasma specimens, no NS1 ligand was identified. This method however allowed for sample serotyping.Plasma proteins of SF and CF patients were analyzed differentially using ICPL (Isotope Coded Protein Labeling). Three markers potentially related to disease severity were identified and validated by ELISA.As cellular partners are involved in virus biosynthesis, the viroproteome associated to each disease was characterized by LC-MS/MS. A method of dengue virus purification was first developed on an in vitro model. This method was then applied to pools of acute plasma of either CF or SF patients. We identified viral proteins as well as host proteins potentially associated with the viral particles. A footprint involving specific canonical pathways were subsequently identified in SF patients. Finally, a set of proteins found differentially expressed was validate by ELISA.Beyond identification of tools allowing assessment of dengue severity prognosis, these results give clues on the complex mechanisms underlying the transition from the CF to the SF
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Jegou, Maëva. "Recherche de biomarqueurs sanguins de la plasticité lipidique chez le porc et le poulet". Thesis, Rennes, Agrocampus Ouest, 2016. http://www.theses.fr/2016NSARB247/document.
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La production de viande à moindre coût nécessite de disposer d’animaux robustes, efficaces, capables de s’adapter aux contraintes d’élevage. Ceci requiert l’évaluation de la capacité de l’animal à constituer et restituer ses réserves énergétiques. Ce travail de thèse a donc pour objectif d’identifier de potentiels biomarqueurs sanguins en lien avec la composition corporelle. Pour cela, deux espèces monogastriques sont étudiées, le porc et le poulet. Au sein de chaque espèce, les animaux de deux lignées génétiques (sélection divergente sur la Consommation Moyenne Journalière Résiduelle chez le porc et sur la proportion de gras abdominal chez le poulet) ont reçu des régimes alimentaires contrastés (riches en lipides et en fibres vs. riches en amidon) mais isoprotéiques et isoénergétiques. Les paramètres plasmatiques et le transcriptome du sang ont été étudiés en réponse à ces régimes alimentaires.Les métabolites et hormones plasmatiques sont affectés par le régime chez le porc alors que ces paramètres sont affectés par le régime et la lignée chez le poulet. L’analyse du métabolome associée aux mesures ciblées des concentrations en métabolites et hormones montre que l’association de plusieurs paramètres sanguins explique entre 37 et 75% de la variabilité de la masse adipeuse chez le porc ou le poulet. Pour les deux espèces, le transcriptome du sang est plus affecté par la lignée génétique que par le régime alimentaire. Les porcs et les poulets nourris avec un régime riche en lipides et en fibres, surexpriment le gène codant la forme hépatique d’une enzyme mitochondriale : CPMeat production at a lower cost requires robust and efficient animals able to adapt to different rearing conditions. This requires assessing animal’s abilities to store and restore its energy reserves. The objective of the current thesis was to identify potential blood markers of body composition. Two monogastric species were studied, pig and chicken. For each species, animals of two genetic lines (divergent selection on Residual Feed Intake in pigs and abdominal fat proportion in chicken) received two diets contrasted in energy sources (high vegetable oils and fibers vs. rich in starch) but isoproteic and isoenergetic. Plasma parameters and the blood transcriptome were studied in response to those diets.Plasma metabolites and hormones were affected by the diet in pigs whereas those parameters were affected by the diet and the genetic lines in chickens. Metabolome analysis, associated with targeted measurement of metabolites and hormones concentrations, shows that the combination of several blood parameters explained between 37 and 75% of the variability of body fat in pig or chicken. For both species, the blood transcriptome was more affected by the line than by the diet. Pigs and chickens fed a diet rich in lipids and fibers, overexpressed the gene encoding the hepatic form of a mitochondrial enzyme: CPT1A. In summary, this work supports the potential use of blood transcriptome to study variations of phenotypes in a dynamic way throughout the life of the animal and to highlight biomarkers for future selection process
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Longuespée, Rémi. "Histologie moléculaire : développements et applications pour la recherche de biomarqueurs du cancer de l’ovaire". Thesis, Lille 1, 2012. http://www.theses.fr/2012LIL10045/document.
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Les cancers de l’ovaire épithéliaux (EOC) sont parmi les affections néoplasiques gynécologiques les plus meurtrières dans les sociétés occidentales. Il n’existe actuellement aucune méthode de dépistage efficace de la maladie dans ses phases précoces de développement. Les travaux de ce doctorat furent articulés autour de deux objectifs relatifs à la recherche de biomarqueurs des EOC. Le premier fût le développement des méthodes d’analyses par spectrométrie de masse MALDI pour le criblage global des marqueurs des différents types d’EOC. Une procédure d’extraction des protéines de hautes masses moléculaires sur coupes de tissus à été créée afin de repousser les limites de sensibilité de la méthode. Ensuite, des analyses multivariées ont permis la comparaison des informations spectrales contenues entre des zones histologiques de natures différentes. Tous ces développements ont conduit à la validation au niveau histopathologique d’un biomarqueur de l’immunosuppression associée au cancer de l’ovaire, le fragment C-terminal de PA28 ou Reg-Alpha. Une autre problématique, la détermination de l’origine des EOC, a également pu être étudiée. Le deuxième objectif fût l’exploration de l’implication relative des différents membres des proprotéines convertases dans les EOC, des enzymes clés dans la maturation de nombreux acteurs moléculaires de la progression tumorale. Pour ce faire, des lignées cellulaires SKOV-3, Knock Down des différents membres de ces enzymes ont été créées pour l’étude de la redondance fonctionnelle de celles-ci. Il a alors été possible de déterminer, in cellulo et in vivo que PACE4 est particulièrement influente sur la progression du cancer de l’ovaire séreuxEpithelial ovarian Cancers (EOC) are amongst the most deadly gynecological neoplastic afflictions in western countries. As this time, there is no method for the efficient screening of the disease in its early steps of development. The topics of this PhD are based on two objectives related to biomarkers research of EOC. The first one was the development of analytical methods for MALDI Mass Spectrometry for global biomarkers screenings in different types EOC. An extraction procedure for high molecular mass proteins on tissue sections has been designed in order to push back the limits of sensitivity of the method. Then, multivariate analyses allowed us to compare spectral informations contained in histological regions of different natures. All these developments conducted to the histopathological validation of a biomarker of immunosupression associated to ovarian cancer, namely the C-terminal fragment of PA28 (Reg-Alpha). Another issue, the determination of EOC origin, has also been studied. The second goal of this PhD has been the exploration of the relative implication of the different members of proproteine convertases (PCs) in EOC, which are keys enzymes involved in the maturation of many molecular actors of tumoral progression. To do so, SKOV-3 cell lines have been knocked-down for different PCs to study the functional redundancy of these enzymes. It has then been possible to determine, in cellulo and in vivo, that PACE4 is particularly influent on ovarian cancer progression
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Ben, Bahria-Sediki Islem. "Recherche de biomarqueurs pronostiques dans le cancer de la vessie dans la population Tunisienne". Thesis, Paris, EPHE, 2016. http://www.theses.fr/2016EPHE3032/document.
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Le cancer de la vessie représente un vrai problème de santé publique, avec une surveillance et suivi clinique à long terme en raison de l’importance des fréquences de récidives. La chimiothérapie reste souvent inefficace. L’objectif de cette thèse est donc la recherche de marqueurs sérologiques et moléculaires à valeur pronostique dans le cancer de la vessie qui peuvent servir à prédire la maladie. D’abord, nous avons étudié trois facteurs de transcriptions des lymphocytes T activées qui sont T-bet, GATA-3 et Bcl-6. Nous avons montré une surexpression de T-bet chez les malades à stade invasif et de haut grade, cependant, la surexpression de GATA-3 et Bcl-6 a été corrélée au stade superficiel et de bas grade. La survie a été corrélée avec le groupe des malades sans histoires de récidive ou progression et avec la surexpression de Bcl-6 et GATA-3. Cependant les malades qui expriment fortement T-bet répondent mieux au BCG. Ensuite, nous avons visé la détection de FasL et TRAIL solubles dans le sérum des malades atteints du cancer vésicale. Nous avons montré une surexpression de sFasL et sTRAIL chez les malades à stade superficiel et de bas grade. Le rôle anti-tumoral de ces cytokines a été confirmé sur deux lignées du cancer de la vessie montrant que le traitement avec le sérum riche en sFasL ou en sTRAIL diminue la viabilité cellulaire in vitro. A la fin de cette thèse, nous avons testé l’activation p-Akt dans la tumeur vésicale. Nous avons montré une surexpression de p-Akt au sein des tumeurs comparées au tissu sain adjacent, et au sein des malades à stade invasif et de haut grade. Akt semble être un marqueur de progression tumorale dans le cancer de la vessieBladder cancer is the first most common urogenital cancer in men in Tunisia, with a high recurrence rate. Patients with muscle-invasive disease develop metastasis. The need for expensive continuous surveillance. In this thesis we try to search some candidate biomarkers. Their use for cancer staging and personalization of therapy at the time of diagnosis in order to identify a better treatment could improve patient care. The aim of this first part of our study was to investigate the clinical significance of three immune cell-related transcription factors, T-bet, GATA-3 and Bcl-6 in Tunisian patients with bladder cancer. We found that T-bet level was significantly higher in invasive carcinoma with high- grade. However, T-bet is predictive of response to BCG. On the contrary, the expression of GATA-3 and Bcl-6 was significantly higher in non-invasive carcinoma with low grade. We furthermore studied the effect of activation of soluble FasL and TRAIL molecule in bladder cancer. We demonstrate that the mean serum level of sFasL was higher in patients than in normal donors. sFasL was only higher than in sera of healthy donors where patients had superficial stage and low- and medium-grade cancer. sTRAIL was significantly lower in sera from patients with invasive and high-grade bladder carcinoma than in controls. Finally, we demonstrate that p-Akt levels in patients with invasive carcinoma and high-grade bladder cancer were significantly elevated compared to patients with non-invasive and low grade bladder cancer. Altogether, our results suggest that Akt activation can provide useful prognostic information
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Beynel, Lysianne. "Dépression et Stimulation Magnétique Transcrânienne : à la Recherche de biomarqueurs (Oculométrie et Excitabilité Corticale)". Thesis, Université Grenoble Alpes (ComUE), 2015. http://www.theses.fr/2015GREAS043/document.
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Le but de cette thèse était la recherche de biomarqueurs des troubles de l'humeur (dépression unipolaire et troubles bipolaires). Compte tenu de l'étiologie de ces troubles (hypométabolisme du cortex préfrontal dorso-latéral et déficit de la neurotransmission GABA/glutamatergique), nous avons choisi d'étudier deux biomarqueurs : la performance saccadique et l'excitabilité corticale. Nos résultats montrent que les performances saccadiques (antisaccades) permettent (i) de discriminer les patients présentant des troubles de l'humeur de sujets sains, (ii) d'objectiver l'amélioration thymique des patients suite à un traitement, et (iii) d'évaluer l'effet neuromodulateur à court-terme d'une séance de stimulation magnétique transcrânienne répétée. Concernant les mesures d'excitabilité corticale, aucune différence liée à l'amélioration thymique des patients, ni de différences entre patients et contrôles ne ressortent significativement. Nous avons suggéré que le non-contrôle du « State-Dependency » (i.e., de l'« état neurocognitif » des sujets pendant les stimulations) puisse être l'une des causes de l'absence de résultats, et validé cette hypothèse en manipulant les registres cognitifs et émotionnels des sujets.Le second aspect de notre travail de thèse avait trait à l'étude de l'efficacité de la stimulation magnétique transcrânienne répétée (rTMS) comme alternative thérapeutique non médicamenteuse des troubles de l'humeur. Si la littérature s'accorde sur une efficacité significative mais modérée de la rTMS comme traitement, nos données n'ont pas mis en évidence de supériorité du traitement actif par rapport au traitement placebo dans le cas de la neurostimulation iTBS. Une des raisons de ce manque d'efficacité du traitement actif pourrait être liée à des questions d'ordre méthodologique, comme le choix des paramètres de stimulation. Plus généralement, cette absence de résultats incite à questionner le postulat théorique basant l'étude de la réactivité du CPFDL ou sa neuromodulation sur les propriétés du cortex moteur. Notre expérience, étudiant la réactivité de différentes zones corticales par couplage TMS-EEG, va dans ce sens en montrant que la réactivité du cortex moteur diffère de celle des autres cortex. Le couplage TMS-EEG devrait permettre de mieux comprendre l'impact de la neuromodulation rTMS sur la cible corticale visée, et donc d'adapter les paramètres de stimulations aux aires cérébrales stimulées, permettant à terme de traiter plus efficacement les troubles de l'humeurThe aim of this doctoral thesis was to develop biomarkers for mood disorders (unipolar major depression and bipolar disorders). Considering mood disorders' etiology (Dorso lateral prefrontal cortex hypometabolism and GABA/glutamate neurotransmission deficits), we decided to study two biomarkers: saccadic performance and cortical excitability. Our results showed that saccadic performance (notably Antisaccades) allows (i) discriminating bipolar patients from healthy subjects, (ii) ascertaining patients' mood improvement, and (iii) evaluating the short-term neuromodulation induced by repetitive transcranial magnetic stimulation.Regarding cortical excitability measurements, our results did not reveal any differences neither between patients and healthy subjects, nor between Responders and non Responders to a treatment (Ketamine injection or rTMS). We suggested that the null results could be explained by the lack of control of State-Dependency. This assumption was tested and validated through the manipulation of the subjects' cognitive and emotional states.A second aim of this doctoral thesis was to study the efficacy of rTMS, a non pharmacological therapeutic alternative, as a treatment for mood disorders. Meta-analyses showed that anti depressant effect of rTMS seems to be significant but still moderate. In our experiment, mood improvement did not differ between active and sham rTMS. Basic methodological reasons such as stimulation parameters could explain this lack of efficacy. Overall, one could wonder about the validity of the theoretical postulate of rTMS, drawn upon motor cortex reactivity. This postulate inferred that both cortical reactivity of motor cortex and DLPFC are similar. Using TMS-EEG coupling, we studied the reactivity of these cortices, to TMS pulses, which revealed that motor cortex and DLPFC reactivities should not be assimilated. This result calls into question the relevance of the rTMS theoretical postulate. Coupling TMS and EEG should allow a better understanding of the impact of rTMS neuromodulatory effect over the targeted area, and thus to a better adaption of the stimulation parameters, which could lead to an improvement of rTMS efficacy as a treatment for mood disorders
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Bechade, Guillaume. "Advances in mass spectrometry based proteomics : recherche de biomarqueurs et caractérisation de complexes covalents". Strasbourg, 2009. https://publication-theses.unistra.fr/public/theses_doctorat/2009/BECHADE_Guillaume_2009.pdf.
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L’engouement autour de l’analyse protéomique par spectrométrie de masse a masqué des questions essentielles comme la qualité et la validation des résultats. Des difficultés majeures persistent pour identifier toutes les protéines d’un échantillon et en obtenir un recouvrement de séquence maximal. Actuellement, l’information recueillie est largement incomplète et incertaine. Les progrès à réaliser passent par l’amélioration des techniques séparatives, de la spectrométrie de masse, et des outils bioinformatiques de validation des données protéomiques. Dans ce contexte, ce travail de thèse s’est articulé autour de deux thématiques : ‣ Le développement de méthodologies pour améliorer l’analyse protéomique. Une étude de la répétabilité des analyses nanoLC-MS/MS d’échantillons protéiques complexes a conduit à la mise en place de solutions simples pour améliorer le nombre et la qualité des identifications. Ces innovations ont été appliquées à (1) la recherche de biomarqueurs spécifiques de leucémies au diagnostic ambigu ; (2) l’identification de partenaires d’interaction de facteurs de transcription suppresseurs de tumeur dans le foie. ‣ La mise au point d’approches pour la caractérisation de complexes protéiques covalents à liaison cystéine-cystéine. Des mesures de protéines entières par LC-MS haute résolution et l’analyse par nanoLC-MS/MS de dipeptides ont notamment permis l’étude de mécanismes rédox intracellulaires. Ces travaux, proposant une utilisation plus fine et fiable de la spectrométrie de masse, ont montré de manière univoque la pertinence de l’approche protéomique pour la découverte clinique, l’analyse fonctionnelle et l’étude de mécanismes enzymatiquesThe hype surronding mass spectrometry based proteomics has hidden crucial points such as the quality and the validation of the results. Great difficulties remain to identify and get a maximal sequence coverage of all proteins contained in a sample. Collected information is currently clearly incomplete and uncertain. Progress is still needed in separation techniques, in mass spectrometry and in bioinformatics for the acquisition and the validation of proteomics data. In this context, this thesis hinges on two thematics : ‣ The development of methodologies to improve proteomic analysis. A study of the repeatability of nanoLC-MS/MS analyses of complex biological samples lead to the development of original solutions to improve the number and the quality of proteins identifications. These innovations have been applied to (1) the discovery of new biomakers for leukemia with ambiguous diagnosis ; (2) the identification of interaction partners for transcription factors implied in liver tumor suppression. ‣ The development of approches to characterize covalent complexes involving cystein-cystein linkage. Measurements of intact proteins by LC-MS with high mass resolution and analysis of bridged peptides by nanoLC-MS/MS were especially optimized to study intracellular redox mechanisms. This thesis highlights a cleverer and a more reliable application of mass spectrometry, and univocally shows the relevance of proteomic approaches for clinical discovery, functionnal analysis and enzymatic mechanisms study
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Bourderioux, Matthieu. "Approches protéomiques pour l’analyse des exosomes de liquides biologiques pour la recherche de biomarqueurs". Thesis, Sorbonne Paris Cité, 2015. http://www.theses.fr/2015USPCB102/document.
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Un biomarqueur est une molécule (ou un ensemble de molécules) présente dans l’organisme qui témoigne de l’apparition d’un processus pathologique. Il permet ainsi de dépister une maladie, d’en prédire sa gravité ou encore d’évaluer l’efficacité d’un traitement. Les liquides biologiques représentent des milieux de choix pour la recherche de biomarqueurs en pathologie humaine car leur collection est habituelle dans la prise en charge des patients et moins invasive comparée aux biopsies d’organes ou de tissus. Dans cette thèse, nous nous sommes intéressés plus particulièrement aux exosomes présents dans ces liquides biologiques. Les exosomes sont des nanovésicules dont le diamètre est compris entre 30 et 100 nanomètres. Ils sont sécrétés par tous les types cellulaires et contiennent des protéines cytoplasmiques et membranaires spécifiques de leur cellule d’origine. L’intérêt majeur des exosomes isolés à partir des liquides biologiques, est qu’ils constituent une source de biomarqueurs. Ils peuvent donc être assimilés à une « biopsie liquide ». L’analyse des exosomes pourrait compléter utilement des examens classiques de dépistage, de diagnostic et de suivi d’une pathologie. Dans le cadre de projet de cette thèse, nous avons appliqué des techniques de protéomique à haut débit pour l’analyse des exosomes. Nous nous sommes tout d’abord intéressés à l’analyse du profil protéique des exosomes urinaires dans le contexte de deux pathologies du tractus urinaire : la cystinurie et le cancer du rein. La cystinurie est une néphropathie lithiasique d’origine génétique pour laquelle il y a peu de marqueurs biologiques pouvant prédire son évolution vers l’insuffisance rénale terminale. Nous avons développé une méthode de préparation des exosomes urinaire permettant d’analyser de façon reproductible leurs profils protéiques. Nous avons appliqué cette méthode à huit patients cystinuriques et comparé les résultats aux profils obtenus chez dix sujets sains. Un panel de 38 protéines différentiellement exprimé dans les exosomes des patients a été identifié et en partie validé par Western blot. Concernant le cancer du rein à cellules claires pour lequel le diagnostic nécessite des prélèvements invasifs par biopsie, nous avons analysé les exosomes urinaires de huit patients avant et après néphrectomie. Nous avons ainsi pu mettre en évidence un panel de 25 protéines surexprimées dans les exosomes des patients. Enfin, le dernier volet de cette thèse a été consacré à l’analyse des exosomes du lavage broncho-alvéolaire provenant de patients MV, maladie d’origine génétique qui atteint principalement les poumons. L’analyse des exosomes de lavage broncho-alvéolaire pourrait permettre de donner un éclairage nouveau sur la physiopathologie de la maladie. Nous avons réalisé la comparaison des profils protéiques des exosomes de quatre patients MV, et six patients asthmatiques. L’ensemble des résultats obtenus au cours de cette thèse montre que l’analyse protéomique des exosomes issus de fluides biologiques peut aider la recherche de biomarqueurs diagnostics ou pronostics de maladiesA biomarker is a molecule (or a cluster of molecule) which will reflect the occurrence of a pathological state, giving us the ability to detect a disease, to predict its severity or to assess drug efficiency. Biological fluids are the golden standards for biomarker research in human as they are routinely collected for patients’ follow-up and are less invasive than biopsies. During my PhD, I focused on exosomes that can be found in these biological fluids. Exosomes are nanovesicles with a diameter ranging between 30 and 100 nanometers. Exosomes are secreted by all cell types and harbor cytoplasmic and membranous proteins specific of their cells of origins. One of the major interest of exosomes enriched from biological fluids is that they represent a valuable source of biomarkers. They can be considered as a « liquid biopsy ». Their analysis could complete classical diagnosis and follow-up tools. In this project, we applied high resolution, high throughput proteomic techniques for exosomes analysis. We firstly focused on protein profiles in urinary exosomes in the context of two urinary tract diseases: cystinuria and kidney cancer. Cystinuria is an inherited autosomal recessive disease that is characterized by the formation of cystine stones in the kidneys. To date, there are no markers to predict the evolution toward end stage renal disease. We developed a method to prepare exosomes in order to reproducibly analyze their protein profiles. We applied this method to eight cystinuria patients and compared their profiles to those of ten healthy subjects. A panel of 38 differentially expressed proteins in patients were found and validated by western blots. We also applied this method to patients with clear cell renal cell carcinoma, for which invasive biopsies are necessary for clear diagnosis. We analyzed urinary exosomes form eight patients before and after nephrectomy. We were able to highlight 25 overexpressed proteins in patients’ exosomes. Eventually, the last part of my thesis was dedicated to the analysis of exosomes enriched from bronchoalveolar lavage fluid collected in cystic fibrosis patients, a disease that affects mostly the lungs. Bronchoalveolar lavage fluid exosomes analysis could give a new insight on the mechanisms of this disease. We compared protein profiles in exosomes from four cystic fibrosis patients and six asthmatic patients. The whole point of this work is to show that proteomic analysis of exosomes isolated from biological fluids could become a golden standard for the discovery of diagnosis or prognosis biomarkers
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Kessal, Karima. "Explorations physiopathologiques de la maladie de l’œil sec à travers la recherche de biomarqueurs". Electronic Thesis or Diss., Sorbonne université, 2023. http://www.theses.fr/2023SORUS735.
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La maladie de l’œil sec (MOS) ou la kératoconjonctivite sèche (KCS) est une pathologie multifactorielle du segment antérieur de l’œil altérant la surface oculaire (SO). Ce travail de thèse a eu pour but de décrypter et d’explorer les mécanismes cellulaires et moléculaires qui sous-tendent l'initiation et la progression de la maladie, pouvant conduire à l’identification des biomarqueurs candidats. Cela a été entrepris à travers des approches moléculaires omiques ciblées ou non ciblées, à partir de prélèvements humains de la SO de patients et de modèles expérimentaux de la MOS. Ce programme de recherche s’est articulé selon 3 parties principales. En premier lieu, les approches omiques et les considérations pré-analytiques de la SO à partir des prélèvements humains. Ensuite, un phénotypage clinique avec imagerie spécifique pour une classification précise des patients. Enfin, l’identification des biomarqueurs candidats pour l’œil sec. Cette approche multimodale a permis d’assurer l’application d'une méthodologie rationnelle pour la dissection des réseaux moléculaires à partir des prélèvements rares comme les empreintes conjonctivales ou les bandelettes de Schrimer. Les effecteurs moléculaires identifiés mettent en lumière le rôle des cellules épithéliales dans l’homéostasie de la SO par les relations croisées entre le stress oxydant et l’inflammation, médiés par les voies des IFNs et du TNF-alpha, entres autres. De plus, le phénotypage clinique à travers des caractéristiques anatomiques par l’imagerie de précision ou cellulaire de la SO, a permis d’apporter une réflexion nouvelle pour reconsidérer la classification affinée des patients en sous-groupesDry eye disease (DED) or keratoconjunctivitis sicca (KCS) is a multifactorial pathology of the anterior segment of the eye affecting the ocular surface (OS). This thesis work aimed to decipher and explore the cellular and molecular mechanisms underlying the initiation and progression of the disease, which could lead to the identification of candidate biomarkers. This was undertaken through targeted or untargeted molecular omics approaches, using human samples of patient OS and experimental models of MOS. This research program was structured into 3 main parts. Firstly, omics approaches and pre-analytical considerations of OS from human samples. Then, clinical phenotyping with specific imaging for precise classification of patients. Finally, the identification of candidate biomarkers for dry eye. This multimodal approach ensured the application of a rational methodology for the dissection of molecular networks from rare samples such as conjunctival imprints or Schrimer strips. The identified molecular effectors highlight the role of epithelial cells in OS homeostasis through the cross-talk between oxidative stress and inflammation, mediated by the IFNs and TNF-alpha pathways, among others. In addition, clinical phenotyping through anatomical characteristics through precision or cellular imaging of the OS has made it possible to provide new thinking to reconsider the refined classification of patients into subgroups
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Ernoult, Emilie. "Recherche de biomarqueurs de la neurotoxicité des traitements anticancéreux à base d'oxaliplatine: approche protéomique quantitative". Phd thesis, Université d'Angers, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00668340.
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L'oxaliplatine est un médicament de référence dans les traitements des cancers colorectaux métastatiques. Toutefois, l'oxaliplatine occasionne une toxicité d'ordre neurologique qui retentit sur la qualité de vie de certains patients prédisposés. Nous avons analysé pour la première fois la neurotoxicité de l'oxaliplatine par une approche protéomique. Un protocole expérimental, associant marquage iTRAQ et fractionnement par IEFOFFGEL a tout d'abord été mis en place afin d'améliorer la couverture protéomique d'échantillons complexes. Puis, l'expression protéique différentielle après traitement par I'oxaliplatine a été analysée globalement, à la fois dans le protéome intracellulaire et dans le sécrétome d'un modèle cellulaire humain de nerotoxicité. L'analyse du protéome intracellulaire a permis l'identification de plus de 2700 protéines et offre de nouvelles perspectives quant aux mécanismes moléculaires de la neurotoxicité de I ' o x aliplatine. Le médicament aItère l'expression de protéines impliquées dans la réponse aux dommages à l'ADN, le contrôle du cycle cellulaire, le stress oxydatif , le métabolisme énergétique, le stress protéotoxique, la résistance multidrogue, la plasticité neuronale et l'homéostasie calcique. L'analyse du sécrétome a mis en évidence la sur-expression, suite au traitement par l'oxaliplatine, de 23 protéines sécrétées. Nous proposons pour la première fois les protéines Calmoduline, Thymosine beta-10 et le facteur neurotrophique Neudésine comme candidats biomarqueurs de la neurotoxicité des traitements anticancéreux à base d'oxaliplatine.
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Ibrahim, Marianne. "Recherche de biomarqueurs d'exposition et d'effet à des cancérigènes de l'environnement par spectrométrie de masse". Phd thesis, Université de Strasbourg, 2013. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-01018695.
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Le Benzo(a)pyrène (BaP), appartenant à la famille des hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) est cancérigène pour l'homme. Nous avons développé une approche protéomique quantitative nanoLC-MS/MS label-free pour identifier des biomarqueurs liés à l'exposition au BaP dans le sécrétome des cellules hépatiques humaines exposées au BaP vs. des cellules non exposées et exposées au Benzo(e)pyrène (BeP). Le BeP, agent non classifié comme cancérigène pour l'homme, est choisi comme contrôle négatif afin de distinguer les protéines spécifiques du BaP de celles des HAP. 847 protéines ont été identifiées et quantifiées, et 55 ont été fortement surexprimées avec un ratio supérieur à 5 : la plupart de ces protéinessurexprimées sont précoces et liées au cancer. Une validation ultérieure de l'expression de ces protéines dans le plasma de la population exposée au BaP aidera dans le développement de biomarqueurs qui permettront d'améliorer la détection précoce, le pronostic et prévention.
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Le, Rhun Émilie. "Recherche de biomarqueurs protéiques dans le but de réaliser une classification moléculaire des gliomes : étude GLIOMIC". Thesis, Lille 2, 2017. http://www.theses.fr/2017LIL2S005/document.
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L’incidence des gliomes est estimée à 6.6 pour 100 000 habitants. Les survies varient selon le sous-type de gliomes, avec des taux de survie à 5 ans d’environ 48% pour les astrocytomes diffus selon la classification de l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), 28% pour les astrocytomes anaplasiques, 80% pour les oligodendrogliomes, 52% pour les oligodendrogliomes anaplasiques et 5% pour les glioblastomes, tumeurs cérébrales malignes les plus fréquentes.Une meilleure compréhension des mécanismes et de la biologie de ces tumeurs et de nouvelles pistes thérapeutiques sont essentielles afin d’identifier de nouvelles thérapies pouvant améliorer le pronostic des patients. La classification OMS 2016 des tumeurs du système nerveux central a, pour la première fois, intégré les données de biologie moléculaires aux données histopathologiques, afin d’améliorer la distinction des différents sous-groupes de tumeurs et d’orienter au mieux les choix thérapeutiques pour chaque sous-groupe.Nous nous sommes intéressés dans ce travail à l’apport de l’approche en protéomique par imagerie par matrix-assisted laser desorption/ionization spectrométrie de masse MALDI (MALDI-MSI) couplée à l’analyse en microprotéomique dans les gliomes dans le cadre de l’étude clinique GLIOMIC (NCT02473484) qui a pour but de réaliser une classification moléculaire des gliomes en intégrant les données cliniques et celles obtenues par ces nouvelles approches.La faisabilité de la technique a d’abord été validée sur une série de gliomes anaplasiques. Dans cette première analyse, nous avons pu démontrer que, bien que l’approche protéomique confirmait également l’hétérogénéité tumorale, les analyses histologiques et protéomiques divergent et apportent des informations complémentaires. L’imagerie moléculaire protéomique a mis en évidence trois différents groupes d’expression de protéines : un groupe de protéines associé au cancer, un groupe de protéines impliquées dans l’inflammation et un groupe de protéines impliquées dans la différentiation des cellules nerveuses et la croissance des neurites.Nous nous sommes ensuite intéressés aux glioblastomes. Les premiers résultats ont également confirmés l’existence des 3 régions d’intérêt définies sur le plan moléculaires, apportant de nouvelles informations par rapport aux données histopathologiques. Ces résultats doivent être confirmés dans une cohorte plus large de patients.En conclusion, l’intégration de ces biomarqueurs protéomiques, aux données cliniques, histopathologiques et de biologie moléculaire, pourrait permettre d’améliorer les connaissances sur les gliomes, leur classification et l’identification de nouvelles cibles thérapeutiques potentiellesThe annual incidence of gliomas is estimated at 6.6 per 100,000. Suvival varies profoundly by type of glioma, with 5-year survival rates of 48% for World Health Organization (WHO) grade II diffuse astrocytoma, 28% for WHO grade III anaplastic astrocytomas, 80% for WHO grade II oligodendroglioma, 52% for WHO grade III anaplastic oligodendroglioma and 5% for WHO grade IV glioblastoma, the most frequent primary malignant brain tumor. A better understanding of the molecular pathogenesis and the biology of these tumors is required to design better therapies which can ultimately improve the prognosis of patients. The WHO 2016 classification of central nervous system tumors has for the first time integrated molecular data with the histopathological data, in order to improve the classification of the different subgroups of central nervous system tumors and to allow to derive more specific therapeutic strategies for each of the different subgroups.In the present work, we aimed at evaluating the value of a proteomic approach using matrix-assisted laser desorption/ionization (MALDI) mass spectrometry coupled with microproteomic analysis in gliomas through the GLIOMIC clinical study (NCT02473484), we aimed at obtaining a molecular classification of glioblastomas by integrating clinical data to the ones obtained by such technologies. The feasibility of this approach was first demonstrated in a cohort of anaplastic gliomas. In this first analysis, we showed that although proteomic analysis confirmed the heterogeneity of brain tumors already observed with the histological analysis, the two approaches may lead to different and complementary information. Three different groups of proteins of interest were identified: one involved in neoplasia, one related to glioma with inflammation, and one involved neurogenesis. Then, analyses of glioblastomas confirmed the three proteomic patterns of interest already observed in the anaplastic gliomas, which represents new information as compared to histopathological analysis alone. These results have to be confirmed in a larger cohort of patients.We conclude that MALDI mass spectrometry coupled with microproteomic analysis may provide new diagnostic information and may aid in the identification of new biomarkers. The integration of these proteomic biomarkers into the clinical data, histopathological data and data from molecular biology may improve the knowledge on gliomas, their classification and development of new targeted therapies
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Hemadou, Audrey. "A la recherche d’anticorps humains et de nouveaux biomarqueurs pour le ciblage de la plaque d’athérome". Thesis, Bordeaux, 2017. http://www.theses.fr/2017BORD0806/document.
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Cette thèse porte sur la sélection d’anticorps humains et la découverte de nouveaux biomarqueurs en vue d’un diagnostic et d’une thérapie de l’athérosclérose. Le premier volet concerne, dans un premier temps, la sélection d’anticorps humains dans un contexte physiopathologique chez un modèle animal de l’athérosclérose. La sélection in vivo a permis de sélectionner des anticorps sur large pannel de cibles dans leur conformation native et sous l’influence de leur microenvironnement. Suite à cela, afin d’accéder à la spécificité des clones, une méthode innovante de criblage a été développée, la cytométrie de flux à moyen débit. Cette technique, contrairement à l’ELISA couramment utilisé pour la caractérisation d’anticorps ou de peptides, ne nécessite pas de connaitre l’antigène et permet également de travailler à des concentrations de protéines moindres. Ainsi, deux cents anticorps ont pu être sélectionnés. Les tests d’affinité et de caractérisation de ces anticorps ont, par la suite, mené à l’identification d’une nouvelle cible de la plaque d’athérome, la galectine 3, protéine impliquée dans l’activation des macrophages ainsi que la rétention des LDL oxydées par ces dernières. Le deuxième volet concerne une seconde approche de criblage in silico des anticorps issus de la sélection in vivo, notamment grâce à l’utilisation de techniques de séquençage haut débit (Pacific Biosciences). Les résultats de cette étude pilote ont permis demettre en exergue plusieurs points : (1) la possibilité d’obtenir des séquences >1000bpcorrespondant à des scFv après analyse par IMGT/HighV-QUEST (database des immunoglobulines internationales) et (2) la possibilité d’identifier des séquences de clones préférentiellement enrichies après une sélection in vivo. En conclusion et perspectives, ces deux méthodes de criblage complémentaires nous donnent accès à de nouvelles voies d’obtention d’anticorps humains pour (1) le couplage à des nanoparticules pour le diagnostic par IRM de la plaque d’athérome ainsi que (2) apporter une thérapie in situ au site inflammatoireThis thesis is based on the selection of human antibodies and identification of newbiomarkers to develop a diagnosis and a therapy of atherosclerosis. The part one treats, first,the selection of human antibodies in a pathophysiological context in an animal model ofatherosclerosis. To access not only to a large panel of targets but also proteins in their nativeconformation and influenced by their microenvironment, an in vivo selection was performed.In a second time, an innovative high throughput flow cytometry screening was implemented.Contrary to the use of ELISA screening which needs to have an identified target, the flowcytometry doesn’t have this limitation and uses a lower quantity of proteins than ELISAassays. By this screening, two thousand clones were selected. Characterization and specificitytests of these antibodies have yielded to the discovery of galectin 3 has a new biomarker. Thisprotein is implicated in macrophage activation, binding of oxLDL by macrophages to formfoam cells. The second part is about a second screening approach of the antibodies issuingfrom the in vivo selection by using Next Generation Sequencing methods (PacificBiosciences). The results of this primary study allowed for highlighingt two points: (1) thefeasibility to obtain long reads >1000bp identified as scFv after analysis by IMGT/HighVQUEST(international database of immunglobulins) and (2) the feasibility to identify hits ofclones preferentially enriched during the in vivo selection. In conclusion and perspectives,these two complementary methods give the opportunity to obtain human antibodies for (1) thecoupling to nanoparticles for diagnosis by MRI of atheroma plaque and (2) serve as ligandsfor in situ delivery of drugs
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Pulcrano-Nicolas, Anne-Sophie. "Recherche de biomarqueurs circulants de la survenue du vasospasme chez des patients souffrant d'hémorragie sous-arachnoïdienne". Thesis, Sorbonne université, 2019. http://www.theses.fr/2019SORUS312.
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L'hémorragie sous arachnoïdienne (HSA) par rupture d'anévrisme est une pathologie grave entraînant la mort dans 25 à 30% des cas. La mortalité n'est pas uniquement due à la rupture d'anévrisme mais peut également être la conséquence d'une de ses complications, le vasospasme, qui se développe, pour 30% des patients, de 4 à 12 jours après l'hémorragie. Cette complication correspond à une contraction prolongée d'une artère cérébrale qui va provoquer une réduction de la perfusion en oxygène et entraîner de graves séquelles neurologiques. Il n'existe à l'heure actuelle aucun facteur prédictif de sa survenue. De ce fait, tous les patients HSA entrant dans un service de neuro-anesthésie-réanimation sont soumis à un traitement préventif agressif, qu'ils développent ou non un vasospasme par la suite. Ce traitement peut provoquer de graves effets secondaires dans 20% des cas. Mme Sophie Garnier et le Dr. Vincent Degos ont donc constitué une cohorte prospective composée de patients caucasiens HSA qui développeront (VSP+) ou ne développeront pas (VSP-) de vasospasme durant la période à risque. L'objectif de cette thèse est donc d'identifier des biomarqueurs omics qui permettraient de prédire la survenue du vasospasme post HSA. Une première étude sur les miARNs circulant de ces patients m'a permis d'identifier hsa-miR-3177-3p et LDHA comme différentiellement exprimé entre les patients VSP+ et VSP- et a été publié dans Stroke 2018. La deuxième étude sur le transcriptome de ces patients, a mis en évidence un gène différentiellement exprimé entre ces patients et dans le temps qui est actuellement soumisSubarachnoid hemorrhage (SAH) morbidity and mortality are not solely due to the aneurism rupture but also to the delayed neurological ischemic disorders (DNI) that could happen. Among these, vasospasm is a severe complication occurring between the 4th and 12th day after the bleeding for one third of the SAH patients. To date, there exists no predictive marker of its happening, which force physician to give any SAH patient a preventive treatment against its occurrence not exempt of severe side effects. VASOGENE cohort was built up to search by omic approaches biomarkers of vasospasm occurrence to identify at risk patients. The thesis' aim is to identify circulating biomarkers of vasospasm occurrence post SAH. Two groups of patients were present in this cohort: aSAH patients developing (VSP+) or not (VSP-) a vasospasm. A first study comparing whole blood microRNA between VSP+ and VSP- enabled us to identify has-miR-3177-3p and LHDA as good candidate biomarkers. A second work was performed on transcriptomic data comparing mRNA levels between VSP+ and VSP-. We identified another candidate gene that is currently submitted
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Gilabert, Marine. "Recherche de biomarqueurs pronostiques et prédictifs de la réponse thérapeutique des tumeurs pancréatiques : "le projet pacaomics"". Thesis, Aix-Marseille, 2014. http://www.theses.fr/2014AIXM5012/document.
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Etude à l'aide des outils de transcriptomique de 17 cultures primaires, maintenues à l'état vivant par xénogreffes et cultures cellulaires, et issues de patients ayant présenté un adénocarcinome pancréatique. Par clustering hiérarchique basée sur l'ensemble des gènes du transcriptome tumoral, 5 patients avec dénomination anonyme se sont fortement distingués des autres patients et présentaient de façon similaire des tumeurs peu différenciées sur le plan histologique et une survie péjorative de moins de 8 mois. Dans cette population de « courts survivants », un total de 942 gènes exprimés de façon significativement différentielle a été retrouvé. Parmi ces gènes, 439 gènes sont apparus significativement sous exprimés et 505 gènes significativement surexprimés (fold change ≥2). L'analyse par GO a montré que parmi ces 942 gènes différentiellement exprimés, nous avons retrouvé un enrichissement important chez les courts survivants, des gènes impliqués dans le cycle cellulaire et l'activité mitotique, la réponse cellulaire au stress, le métabolisme cellulaire ainsi que le métabolisme de l'ADN et l'organisation chromosomique. Par ailleurs, nous avons choisi parmi les 17 cultures primaires, les 3 lignées cellulaires les plus sensibles et les 3 les plus résistantes aux drogues selon les résultats des tests de « Chimiogramme ». Plusieurs gènes ont été identifiés comme spécifiquement surexprimés ou sous-exprimés en relation avec une sensibilité ou une résistance particulières des cellules aux drogues utilisées. Nous avons identifié 671 gènes associés à la gemcitabine, 1107 à l'oxaliplatine, 308 au 5-FU et seulement 34 et 46 au docétaxel et au SN38 respectivementWe developed an efficient strategy in which PDAC samples from 17 consecutive patients were collected by Endoscopic Ultrasound-Guided Fine-Needle Aspiration (EUS-FNA) or surgery and preserved, by an original approach, as breathing tumors by xenografting and as a primary culture of epithelial cells. Transcriptomic analysis was performed from breathing tumors by an Affymetrix approach. We observed a significant heterogeneity in the RNA expression profile of tumors. However, the bioinformatic analysis of this data was able to discriminate between patients with long- and short-term survival corresponding to patients carrying poorly-differentiated PDAC tumors respectively. We identified 942 genes with statically different expression. Among these genes, 439 were under-expressed and 505 genes over-expressed (fold change ≥2) in short survivors. Primary culture of cells allowed us to analyze their relative sensitivity to anticancer drugs in vitro by a "Chemogram", by similarity with the antibiogram for microorganisms, establishing an individual profile of drug sensitivity. As expected, the response was patient-dependent. Interestingly, we also found that the transcriptome analysis predict the sensitivity of cells to the five anticancer drugs the most frequently used to treating patients with PDAC. In conclusion, using this approach, we found that the transcriptomic analysis could predict the sensitivity to anticancer drugs and the clinical outcome of patients with PDAC
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Audran, Emilie. "Recherche de biomarqueurs des cellules propagatrices de glioblastome : étude de la signalisation calcique et du protéome membranaire". Phd thesis, Université de Strasbourg, 2012. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00767650.
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Les glioblastomes sont des tumeurs au pronostic défavorable. L'échec des thérapies est lié à la présence de cellules souches cancéreuses (CSCs), résistantes aux traitements ; la caractérisation de ces cellules et l'identification de biomarqueurs sont donc primordiales. Le calcium contrôle de nombreux processus cellulaires ; parmi les éléments majeurs de la signalisation calcique, la Calmoduline (CaM) est impliquée dans différentes pathologies, dont des cancers, et est un puissant régulateur de l'état physiologique d'une cellule. CaM interagit avec de nombreuses protéines impliquées dans la régulation de l'homéostasie calcique de la cellule. Nous avons cherché à identifier et caractériser des antagonistes de CaM, inhibant différentiellement ces interactions. L'utilisation de ces antagonistes en tant que perturbateurs de l'homéostasie calcique a permis de mettre en évidence un marqueur caractérisé des CSCs de glioblastomes. D'autre part, l'étude comparée du protéome membranaire de CSCs issues de glioblastomes a permis de mettre en évidence la surexpression de clusters de différenciation et protéines impliquées dans la signalisation calcique. Ces protéines sont de potentiels marqueurs moléculaires des CSCs de glioblastome.
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Gueguen, Claire. "Caractérisation des cellules dendritiques de type 2 : Application à la recherche de biomarqueurs de l’immunothérapie spécifique allergénique". Thesis, Paris 11, 2015. http://www.theses.fr/2015PA114806.
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L’allergie ou l’hypersensibilité de type I est une réponse inappropriée du système immunitaire à une substance étrangère à l’organisme, nommée « allergène ». L’immunothérapie allergénique (ITA) est actuellement le seul traitement sur le marché qui permet de traiter l’étiologie de la maladie allergique par opposition aux traitements symptomatiques qui diminuent temporairement les manifestations allergiques. Son action consiste à réduire la sensibilité de l’organisme vis-à-vis de l’allergène en modulant progressivement la réponse immunitaire dirigée contre ce dernier. L’objectif de cette thèse était de définir des biomarqueurs d’efficacité clinique utilisables dans le cadre des traitements de l’ITA. La stratégie de recherche est basée sur une hypothèse qui consiste à suggérer que les cellules dendritiques (DCs) sont impliquées dans le succès de l’immunothérapie. En particulier, nous supposons que le traitement induit une baisse des DCs de type 2 (DC2), qui induisent des lymphocytes T auxiliaires de type 2 (TH2), et une augmentation des DCs régulatrices (DCreg), qui induisent des lymphocytes T régulateurs. La première partie de cette thèse a consisté à mettre au point des conditions de culture induisant des DC2. Pour cela, un criblage de molécules biologiques et pharmacologiques a été entrepris sur les DCs dérivées des monocytes afin d’induire in vitro des DC2 et a conduit à la mise au point d’un mélange de plusieurs molécules, dont certaines sont impliquées dans les mécanismes de l’allergie. Le phénotype des DC2 obtenu a été étudié ainsi que la polarisation des lymphocytes T induite après co-cultures en comparaison avec des DCs de type 1 (DC1) et des DCreg.La deuxième partie de cette thèse a consisté à analyser, à l’échelle moléculaire, les différents types de DCs induites (DC1, DC2 et DCreg). Pour cela, deux techniques ont été utilisées, une analyse transcriptomique par puces à ADN et une analyse protéomique par spectrométrie de masse sans marquage, pour comparer le transcriptome et le protéome des DCs induites. Le différentiel d’expression des marqueurs les plus pertinents a été validé au niveau transcriptionnel et protéique.Dans la troisième partie de cette thèse, le suivi des marqueurs dans des cellules du sang de patients allergiques traités ou non par ITA lors d’une étude clinique randomisée, contrôlée, en double aveugle, a permis de définir six nouveaux candidats biomarqueurs d’efficacité de l’immunothérapie, dont trois spécifiques des DC2 et trois autres spécifiques des DCreg. Ces marqueurs pourront être suivis lors des traitements d’ITA pour distinguer les patients répondeurs des non-répondeursAllergy or type I hypersensitivity is an inappropriate response of the immune system to a foreign substance in the body, called "allergen". Allergen immunotherapy (AIT) is currently the only treatment on the market that can handle the etiology of allergic disease versus symptomatic treatments that temporarily reduce allergic manifestations. Its action is to reduce the sensitivity of the body against allergens.The aim of this thesis was to define biomarkers of clinical efficacy of AIT. The research strategy is based on the following hypothesis: dendritic cells (DCs) are involved in the success of immunotherapy. In particular, we assume that the treatment induces a decrease in DCs type 2 (DC2), which induce type 2 helper T cells, and an increase of regulatory DCs (DCreg), which induce regulatory T cells.First, we defined optimal culture conditions inducing the polarization of in vitro immature monocyte-derived DCs (MoDCs) toward a DC2 pattern. After screening several biological and pharmaceutical agents, we selected a cocktail of six molecules with some of them are pro-allergenic molecules. The phenotype of those DC2 cells and the CD4+ T cell polarization induced after coculture were characterized extensively in comparison with type 1 DC (DC1) and DCreg.In a second part, we compared the transcriptomes and the proteomes of MoDCs polarized into DC1, DC2 and DCreg by using cDNA microarrays together with label-free mass spectrometry. The differential expression of the most relevant markers was confirmed at the transcriptional and protein level. In the third part, markers were also followed in the peripheral blood from allergic patients enrolled in a randomized, double-blind, placebo-controlled AIT study. The expression of three DC2 markers was down-regulated and of three DCreg markers was up-regulated in patients who responded to the treatment and correlated with clinical efficacy. These markers could be used as follow-up read-outs of AIT efficacy in order of to discriminate responders from nonresponders
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El, Ayed Mohamed. "Applications de l’imagerie par spectrométrie de masse MALDI à la recherche de biomarqueurs du cancer de l’ovaire". Thesis, Lille 1, 2010. http://www.theses.fr/2010LIL10064/document.
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A l’heure de la protéomique, la spectrométrie de masse est devenue un outil puissant pour la recherche et l’identification des biomolécules. Depuis une dizaine d’année, une nouvelle application, l’imagerie MALDI, s’est greffée aux méthodes existantes, pour permettre la localisation de biomolécules telles que les peptides, les protéines ou les lipides au sein des tissus. Appliquée à la recherche de biomarqueurs dans le cadre du cancer de l’ovaire, cette technique nous a permis d’identifier plusieurs protéines exprimées dans le cancer en utilisant une analyse différentielle automatique basée sur des outils statistiques tels que l’analyse en composante principale (PCA). Parmi les biomarqueurs identifiés, on trouve un fragment de l’immunoprotéasome 11S. La localisation de ce fragment dans les tissus cancéreux a été validée par IHC. Il est présent dans les cellules épithéliales avec un changement de localisation entre bénin et cancer, du noyau vers le cytoplasme. Une liste des marqueurs spécifiques des tissus de cancer de l'ovaire a été obtenue, la plupart de celles-ci correspondent à des protéines associées à la prolifération cellulaire, impliquées dans la modulation de la réponse immunitaire, la signalisation au niveau du cytosquelette, la progression tumorale et la conversion des cellules épithéliales en cellules mésenchymateuses. Une validation croisée a été réalisée par une nouvelle approche spécifique TAG MASS, par Western Blot et par PCR (utilisant des cellules ovariennes cancéreuses SKOV3). Le deuxième point abordé est l’étude de la présence de la protéine Reg alpha dans les fluides biologiques. Par la suite, avec la mise en évidence d’un grand nombre de biomarqueurs identifiés par MS correspondant à des protéines clivées, une hypothèse d’une étiologie virale a été envisagée pour la suite des travaux. On a pu mettre en évidence des protéines oncovirales de la famille des herpes viridae tel que HHV6, HHV4 et EBV. Enfin, nous avons réussi à développer des nouvelles techniques de quantification par spectrométrie de masse basées sur l’ELISA et la PCRAt the proteomics’ time, mass spectrometry has become a powerful tool for research and identification of biomolecules. Over the past decade, a new application, MALDI imaging was grafted to the existing methods for the detection of biomolecules such as peptides, proteins and lipids in tissues. Applied to biomarkers research in ovarian cancer, this technique allowed us to identify several proteins expressed in cancer using differential analysis system based on statistical tools such as principal component analysis (PCA). Among the biomarkers identified, we found a fragment of the 11S immunoproteasome. The location of this fragment in cancer tissue has been validated by IHC; it is present in epithelial cells with a change of localization between cancer and Benin, from the nucleus to the cytoplasm. A list of specific tissue markers for ovarian cancer has been obtained, most of them corresponding to a protein associated with cell proliferation, involved in modulating immune response, signaling at the cytoskeleton, the tumor progression and conversion of epithelial cells with mesenchymal cells. A cross validation was performed by a specific new approach TAG MASS, by Western Blot and PCR (using SKOV3 ovarian cancer cells). The second point is the study of the presence of the protein Reg alpha in the fluids. Subsequently, with the discovery of a large number of biomarkers identified by MS corresponding to proteins cleaved, a hypothesis of a viral etiology has been proposed for further work. Were able to identify oncovirales proteins of herpes viridae family as HHV6, HHV4 and EBV. Finally, we managed to develop new quantification techniques using mass spectrometry technique based on the ELISA and PCR
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Sulpice, Laurent. "Rôle du microenvironnement dans la progression du cholangiocarcinome intrahépatique : mécanismes moléculaires impliqués et recherche de biomarqueurs pronostiques". Thesis, Rennes 1, 2014. http://www.theses.fr/2014REN1B001/document.
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Le but de ce travail était de rechercher le rôle du microenvironnement dans la progression tumorale du cholangiocarcinome intrahépatique (CCIH) par une approche translationnelle, associant recherche fondamentale et clinique. Une étude transcriptomique du stroma tumoral a permis de mettre en évidence une signature spécifique de celui-ci, dont l’analyse non supervisée montrait un enrichissement dans les gènes de la matrice extracellulaire, du cycle cellulaire, de la voie TGFβ et des marqueurs de cellules souches. Ces résultats ont été validés au niveau protéique par immunohistochimie sur tissue microarrays à partir d’une cohorte indépendante. La corrélation de ces résultats avec les données cliniques a permis de démontrer que le niveau d’expression de l’Osteopontin dans le stroma était un facteur de risque indépendant de récidive et de survie. Par ailleurs, nous avons démontré que le taux sérique d’Osteopontin préopératoire des patients porteurs d’un CCIH était significativement supérieur à celui de sujets sains. Avec un seuil déterminé à 57,8 ng/ml, la sensibilité et spécificité de ce biomarqueur diagnostique était respectivement de 80 et 100%. De plus, nous avons apporté des arguments supplémentaires concernant le rôle des cellules souches cancéreuses dans la progression du CCIH, en mettant en évidence une corrélation entre le niveau d’expression de marqueurs souches tels qu’EpCAM et CD44 dans le stroma tumoral ainsi que dans le tissu fibreux du foie « sain » péri-lésionnel et le risque de récidive. Les résultats de notre étude ont confirmé le rôle central du microenvironnement dans la progression du CCIH, permis de mettre en évidence 2 nouveaux biomarqueurs pronostiques, et ouvert de nouvelles voies de recherche thérapeutiquesThe aim of this study was to specifically determine through a translational approach combining basic and clinical research, the role of the microenvironment in the tumor progression of intrahepatic cholangiocarcinoma (ICC). By gene expression profiling, we identified a signature that significantly discriminate the tumor stroma from non-tumor fibrous tissue, and the functional analysis of differentially expressed genes showed an enrichment in genes of the extracellular matrix , the cell cycle, the TGFb pathway and stem cell markers. Tissue microarray analysis using an independent cohort of ICC patients validated at a protein level the increased expression of selected candidate genes. Statistical analysis between basic and clinical data demonstrated that the stromal expression of Osteopontin was an independent prognostic marker for overall and disease-free survival. We also demonstrated that the preoperative serum level of Osteopontin was significantly higher in ICC patients than in healthy subjects. Our results identified the best diagnostic threshold to 57,8 ng/ml, associated with a sensitivity and specificity reaching to 80 and 100%, respectively. Moreover, we showed that level expression of stem cell markers such as EpCAM and CD44 in tumor stroma as well as in the fibrous non tumor liver tissue was correlated with recurrence, suggesting the pivotal role of cancer stem cells in ICC prognosis. In conclusion, our study confirmed the major involvement of the microenvironment in the progression of CCIH, allowed to identify two new prognostic tumor biomarkers, and highlighted new pathways for targeted therapeutics
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Bolze, Pierre-Adrien. "Recherche de biomarqueurs prédictifs de l’évolution et de la réponse au traitement dans les maladies trophoblastiques gestationnelles". Thesis, Lyon, 2019. http://www.theses.fr/2019LYSEN016.
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Les môles hydatiformes sont une prolifération placentaire prétumorale pouvant évolueren tumeur alors traitée par chimiothérapie. Afin de réduire la mortalité et d’optimiser laprise en charge thérapeutique, l’objectif de cette thèse est d’identifier les gènespermettant de prédire la transformation en tumeur post môlaire et la chimiorésistance.Concernant la prédiction de la transformation, l’analyse de l’expression de gènescandidatssur tissu molaire décrit la relocalisation apicale de la Syncytine-1 en cas detransformation maligne, sans modification de transcription de ses récepteurs ni de deuxautres enveloppes rétrovirales placentaires. L’analyse sans à priori du transcriptome par3 méthodes différentes n’a pas permis d’identifier de gène différentiellement expriméselon la transformation. Cela suggère que la variabilité interindividuelle et les diverscritères utilisés pour le diagnostic de tumeur nuisent à l’identification de biomarqueursrobustes.Concernant la prédiction de la chimiorésistance, une approche transcriptomique largespectre sur tissu tumoral de choriocarcinome identifie une réduction de transcriptiond’HLA-G en cas de monochimiorésistance, confirmée au niveau protéique par immunohistochimie. L’analyse en réseaux de l’ensemble des gènes différentiellementexprimés suggère que la monochimiorésistance est associée à une altération de ladifférenciation des lymphocytes T alors que la polychimiorésistance est associée à unealtération de la prolifération des cellules sanguines.In fine, l’objectivation de l’expression trophoblastique du point de contrôle PD-L1 aconduit à évaluer l’efficacité d’un anti PD-L1 chez les patientes chimiorésistantes. Lesrésultats encourageants de cet essai et la possibilité de stratifier les patientes à l’aidedes marqueurs HLA-G et Syncytine-1 incitent à évaluer la place de l’anti PD-L1 associéà une monochimiothérapie en première ligne de traitement des tumeurstrophoblastiquesHydatidiform moles are a pretumoral placental proliferation which can turn into a tumorrequiring chemotherapy. In order to reduce mortality and propose an optimal therapeuticmanagement, the aim of this thesis is to identify genes which are predictive of postmolartumor transformation and chemoresistance.Concerning the prediction of transformation, the expression analysis of candidate-geneson molar tissue shows a relocalization of Syncytin-1 at the syncytiotrophoblast apicalborder in moles followed by malignant transformation, without modification oftranscription of its receptors and two other retroviral placental envelopes. A wholetranscriptomeapproach using 3 different microarrays-based methods did not identify anydifferentially expressed gene according to the post molar evolution. This may reflect thatinter-individual variability and the different criteria used for tumor diagnosis impede theidentification of robust biomarkers.Concerning the prediction of chemoresistance, a broad-spectrum transcriptomicapproach on choriocarcinoma tumor tissue identifies a down regulation of HLA-G in case of monochemoresistance, confirmed at the protein level by immunohistochemistry.Pathway analysis of the differentially expressed genes suggests thatmonochemoresistance is associated with impaired T-cell differentiation, whereaspolychemoresistance is associated with impaired proliferation of blood cells.Ultimately, the evidence of trophoblastic ubiquitous expression of the PD-L1 immunecheckpoint led us to the evaluation of the efficacy of PD-L1 blockade in chemoresistantpatients. The encouraging results of this trial and the possibility of stratifying patientswith HLA-G and Syncytin-1 markers encourages the assessment of PD-L1 blockadecombined with monochemotherapy as a first line treatment for trophoblastic tumors
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Zimmer, Aline. "Caractérisation immunologique et protéomique des cellules dendritiques tolérogènes humaines. Application à la recherche de biomarqueurs de l’immunothérapie spécifique allergénique". Thesis, Paris 11, 2011. http://www.theses.fr/2011PA114818/document.
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L’objectif de cette thèse est de définir des biomarqueurs relatifs à l’immunothérapie allergénique (ITA). Il peut s’agir de biomarqueurs prédictifs d’une réponse au traitement qui vont permettre aux cliniciens d’adapter les schémas thérapeutiques ou de biomarqueurs d’efficacité facilitant le suivi clinique des patients au cours du traitement. La stratégie de recherche est basée sur une hypothèse qui consiste à dire que les cellules dendritiques (DCs) sont impliquées dans le succès de l’immunothérapie. En particulier, nous supposons que le traitement induit une baisse des DCs effectrices et une augmentation des DCs tolérogènes.Dans une première partie, un criblage de molécules biologiques et pharmacologiques a été entrepris sur les DCs dérivées des monocytes afin de générer in vitro des DCs effectrices de type DC1 etDC17 et des DCs régulatrices. Quatre molécules ont ainsi été identifiées pour leurs propriétés polarisantes. En particulier, les protéases d’Aspergillus oryzae se sont révélées être des inducteurs forts de tolérance. Le phénotype des DCs régulatrices obtenu a été étudié en détail ainsi que la polarisation et la fonctionnalité des lymphocytes T générés après cocultures.Dans une deuxième partie, deux approches de protéomique quantitative (la 2D-DIGE et la LCMS/MS sans marquage) ont été utilisées pour comparer les protéomes des DCs régulatrices et desDCs effectrices. Le différentiel d’expression des protéines les plus pertinentes a été validé au niveau transcriptionnel et protéique dans différents modèles. Le suivi des marqueurs dans des cellules du sang de patients traités ou non par ITA lors d’une étude clinique randomisée, contrôlée, en double aveugle, a permis de définir deux nouveaux biomarqueurs d’efficacité précoce de l’immunothérapie. Ces marqueurs pourront être suivis lors des traitements de désensibilisation pour distinguer les patients répondeurs des non-répondeurs. Par ailleurs, le suivi de ces biomarqueurs pourrait être essentiel dans d’autres pathologies comme les maladies auto-immunes ou encore la transplantationThe aim of this thesis is to define biomarkers of allergen-specific immunotherapy (SIT).These biomarkers can be predictive of a clinical response or could be efficacy biomarkersable to discriminate responders versus non responder patients. The research strategy is based on the following hypothesis: if immunotherapy works, effector DCs are decreased where as regulatory DCs are increased locally or in the peripheral blood.First, we screened several biological or pharmacological agents to identify effector orregulatory DCs polarization agents. Four distinct molecules lead to the generation of eitherDC1, DC17 or regulatory DCs. In particular, proteases from Aspergillus Oryzae were clearinducer of tolerogenic DCs. The phenotype of those cells and the CD4+ T cell polarization induced after coculture were characterized extensively.In a second part, two proteomic approaches were used to compare the whole cell proteome of generated DCs. Most pertinent markers of polarization were validated in several cellular models. Markers were also followed in a randomized, double blind, placebo controlled clinical trial testing the efficacy of grass pollen tablets. Two markers were up regulated in patients who responded to the treatment pointing to a potential role of these proteins as early efficacy biomarkers. These markers are of crucial interest in the follow up of patients after SIT and could also be used in other diseases like autoimmune diseases or transplantation
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Muller, Leslie. "Développements de méthodes de préparation d’échantillons pour l’analyse protéomique quantitative : application à la recherche de biomarqueurs de pathologies". Thesis, Strasbourg, 2017. http://www.theses.fr/2017STRAF067/document.
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Les stratégies de protéomique quantitative sans marquage sont très attractives dans le domaine de la recherche de biomarqueurs de pathologies. Cependant, elles requièrent une pleine maîtrise du schéma analytique et de sa répétabilité. Plus particulièrement, la préparation d’échantillons nécessite d’être suffisamment répétable pour ne pas impacter la qualité et la fiabilité des résultats. Les objectifs de cette thèse étaient de développer et d’optimiser des méthodes analytiques pour la protéomique quantitative, en particulier pour l’étape de préparation d’échantillons. Ainsi, un protocole innovant, simple, rapide et permettant l’analyse quantitative sans marquage d’un grand nombre d’échantillons avec une haute répétabilité a été développé et optimisé : le « Tube-Gel ». Par ailleurs, des préparations d’échantillons adaptées à différentes matrices biologiques pour la recherche de biomarqueurs ont été élaborées. Les méthodes mises au point et leur application ont permis de proposer des candidats biomarqueurs pour plusieurs pathologies : le glioblastome, les lymphomes B diffus à grandes cellules, et les complications survenant sur les greffons rénauxLabel-free quantitative proteomics strategies are very attractive for diseases biomarkers researches. These approaches require the full control and the repeatability of the analytical workflow. In particular, the sample preparation has to be repeatable enough to ensure the quality and reliability of the results. Objectives of this work were to optimize and develop analytical methods for quantitative proteomics, with a special focus on the sample preparation step. Thus, an innovative, easy and fast protocol allowing the analysis of high sample numbers with high repeatability was developed and further optimized: the “Tube-Gel” protocol. Besides,sample preparations adapted to a variety of biological matrices were developed for the search of biomarkers. The developed methods and their application allowed the identification of potential biomarkers for a variety of diseases: glioblastoma, diffuse large B-cell lymphomas and renal transplants failures
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Michalak, Zuzanna. "Altération de la barrière hémato-encéphalique et autoimmunité dans l'épilepsie : rôle des Immunoglobulines G et recherche de biomarqueurs". Thesis, Montpellier 1, 2012. http://www.theses.fr/2012MON13502/document.
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L'épilepsie est une maladie neurologique chronique caractérisée par des crises spontanées et récurrentes. Les crises sont générées par un déséquilibre dans le fonctionnement des neurotransmetteurs et des canaux ioniques qui contrôlent l'excitabilité. L'épileptogenèse est majoritairement associée à des pertes neuronales, une gliose, une inflammation plus ou moins importants. Un tiers des patients deviennent réfractaires. Récemment, plusieurs équipes ont montré une association entre les épilepsies focales pharmacorésistantes et la rupture de la barrière hémato-encéphalique (BHE). De plus, une implication du système immunitaire ainsi qu'une cause auto-immune de l'épilepsie ont été suggérées. Dans cette thèse, nous avons observé dans le tissu de patients atteints d'épilepsie pharmacorésistante du lobe temporal (ELT), des fuites d'Immunoglobulines G (IgG) dans le parenchyme et leur accumulation dans les neurones présentant des signes de neurodégénérescence. Le récepteur d'IgG de grande affinité FcyRI est surexprimé sur les cellules ayant une morphologie de type microglie/ macrophages, tandis que le récepteur de faible affinité FcyRIII et le récepteur inhibiteur FcγRII sont moins présents. Dans ce même tissu nous avons noté que les protéines du complément C3c et C5b9 sont exprimées. Ensuite, nous avons étudié si le modèle murin d'épilepsie focale induite par injection intra-amygdalienne de kaïnate reproduit la physiopathologie de l'ELT associée à une rupture de la BHE. ZO-1, la principale protéine des jonctions serrées, présente un marquage discontinu indiquant que la BHE a été affectée. Nous avons remarqué des fuites d'IgGs et d'albumine ainsi que leur accumulation dans le parenchyme coïncidant avec la survenue des crises. La présence d‘IgG dans l'épilepsie pourrait également avoir une cause auto-immune. Nous avons utilisé des puces à protéines pour identifier des antigènes qui induisent une réponse immunitaire, dans le plasma des patients atteints d'ELT, Nous avons sélectionné 19 auto-anticorps spécifiques qui peuvent servir de potentiels biomarqueurs diagnostiques L'ensemble de ces résultats suggère que les fuites d'IgG sont associées à une déficience neuronale, conduisant à des changements immunologiques dans le foyer épileptique qui participent à la pathogénèse de l'ELT. Nous pensons qu'une meilleure interprétation des profils de ces auto-anticorps pourrait offrir de nouvelles perspectives thérapeutiquesEpilepsy is a chronic neurologic disorder characterized by recurrent unprovoked seizures. Seizures are generated by an imbalance in the functioning of neurotransmitters and ion channels that control excitability. Epileptogenesis is mostly associated with neuronal loss, gliosis, and inflammation more or less important. A third of patients become drug refractory. Recently, several teams have shown an association between drug-resistant focal epilepsy and disruption of the blood-brain barrier (BBB). In addition, a possible role of the immune system and an autoimmune nature in epilepsy has been suggested. In this thesis, in the tissue of patients with drug-resistant temporal lobe epilepsy (TLE), leakage of immunoglobulin G (IgG) into the parenchyma and IgG accumulation in neurons with attendant signs of neurodegeneration was observed. In addition, the high affinity IgG receptor, FcγRI was expressed on microglia/macrophage shaped cells. The expression of the low affinity IgG receptor, FcγRIII and the inhibitory IgG receptor, FcγRII was decreased. In the same tissue the complement proteins C3c and C5b9 were present on astrocyte/ microglia and macrophage/ microglia shaped cells respectively. Then, we evaluated whether the mouse model of focal epilepsy induced by intra-amygdala microinjection of kainic acid reproduced a pathophysiology of TLE associated with BBB impairment. ZO-1, the main tight junction protein presented discontinuous staining indicating that BBB was affected. Both IgG and albumin extravasations from blood vessels were noted and its parenchymal accumulation was concomitant with seizure occurrence. Another hypothesis of IgG presence in epilepsy incriminates an auto-immune cause. Protein microarray technology was used for identification in pooled plasma samples, of antigens that bind plasma antibody from TLE patients. 19 potential autoantibodies were identified as potential diagnostic biomarkers. Together, these observations suggest that IgG leakage is associated with neuronal impairment, leading to immunological changes in epileptic focus involved in the pathogenesis of TLE. A better interpretation of the profiles of these autoantibodies could offer new therapeutic and diagnostic perspectives
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Bou, Samra Elias. "Recherche et caractérisation de biomarqueurs pronostiques dans les leucémies myélomonocytaires chroniques et aiguës myéloïdes par exploration des transcriptomes". Thesis, Montpellier 2, 2012. http://www.theses.fr/2012MON20057/document.
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Un défi de la transcriptomique est d'explorer l'intégralité du répertoire des transcrits normaux et anormaux. Les analyses de GEP (Gene Expression Profiling) basées sur la technologie des puces à ADN sont largement exploitées en cancérologie depuis plusieurs années. Parallèlement, les nouvelles méthodes basées sur le séquençage à haut débit offrent désormais la possibilité de réaliser des analyses précises et sensibles nécessaires à l'étude des cellules normales et cancéreuses. Quelle que soit la méthode, la caractérisation de l'ensemble des transcrits codants et non-codants représente un réel défi biologique pour la recherche de nouveaux marqueurs de diagnostic et de pronostic, et pour la bonne prise en charge des patients. Dans ce travail, j'ai eu l'occasion de traiter deux aspects différents de la biologie qui convergent vers l'identification de transcrits exprimés de manière aberrante dans les leucémies myéloïdes. Le premier aspect a consisté à proposer une sélection de biomarqueurs moléculaires pour la caractérisation de la leucémie myélomonocytaire chronique (LMMC). A partir de l'expression de ces gènes, nous avons développé un score de pronostic qui a permis de définir deux groupes de patients cliniquement distincts. Nous avons ensuite complété notre étude par une caractérisation phénotypique par cytométrie en flux des sous-populations cellulaires aberrantes constituant les lignages mono- et granulocytaires. Une partie de ce travail a été étendue aux leucémies aiguës myéloïdes (LAM) à caryotype normal (CN). L'autre aspect a consisté à participer à la mise en place d'une approche computationnelle intégrée pour caractériser de nouveaux ARNs non annotés et fort probablement non-codants. En explorant des données de Digital Gene Expression (DGE), nous avons quantifié et caractérisé la fraction de ces transcrits dans les régions intergéniques. Nous avons vérifié l'expression de ces nouveaux transcrits dans les tissus normaux et cancéreux en croisant avec d'autres données d'expression, telles que le RNA-Sequencing, et regarder leur conservation et leur expression dans d'autres espècesA challenge of transcriptomics is to explore the full repertoire of normal and abnormal transcripts. Gene expression profiling analyses based on microarray technology are widely used in cancer research since many years. Meanwhile, new methods based on high-throughput sequencing methods offers henceforth the possibility to undergo accurate and sensitive analyses necessary for studying normal and cancer cells. Despite the method, the characterization of all coding and non-coding transcripts is a real biological challenge in identifying novel diagnostic and prognostic markers, and for the proper care of patients. In the present work, I had the opportunity to address two different aspects of biology, both convergent toward the identification of aberrantly expressed transcripts in myeloid leukemia. The first aspect was to provide a selection of molecular biomarkers for the characterization of chronic myelomonocytic leukemia (CMML). We developed a gene expression-based prognostic score which identified two clinically distinct groups of patients. We then completed our study with a phenotypic characterization by flow cytometry of aberrant subpopulations constituting the myeloid and granulocytic lineages. A part of this work has been extended to acute myeloid leukemia (AML) patients with normal karyotype. The other aspect was to participate in the implementation of an integrated computational approach in order to characterize novel non annotated RNAs, more likely non-coding. We quantified and characterized the proportion of these transcripts in intergenic regions by exploring Digital Gene Expression (DGE) data. We checked their expression in normal and cancer tissues by crossing with RNA-Seq data, and their conservation and expression in other species
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Marie, Caroline. "Recherche de nouveaux biomarqueurs d'exposition aux hydrocarbures aromatiques polycycliques à travers l'étude des lésions de l'ADN chez l'homme". Phd thesis, Grenoble 1, 2007. http://www.theses.fr/2007GRE10178.
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Les HAP sont des polluants ubiquitaires de l'environnement. Certains d'entre eux, comme le benzo[a]pyrène (B[a]P) sont cancérigènes pour l'homme. Il est donc primordial d'évaluer l'exposition des individus au B[a]P. Pour cela, la mesure des adduits de l'ADN est d'un intérêt majeur puisqu'elle permet de quantifier la dose génotoxique. Deux voies métaboliques du B[a]P conduisent à la formation de divers adduits de l'ADN. Afin de définir de nouveaux biomarqueurs d'exposition, nous avons cherché à identifier la nature chimique des adduits majoritairement formés dans des modèles cellulaires de kératinocytes et d'hépatocytes humains exposés au B[a]P. Pour cela, une méthode analytique par chromatographie liquide haute performance couplée à la spectrométrie de masse en mode tandem a été mise au point pour permettre le dosage spécifique de sept adduits, avec une limite de détection de l'ordre de 1 adduit/108 nucléosides normaux. Les adduits majoritaires sont les adduits stables du diol-époxyde du B[a]P (BPDE), et les cinétiques de formation et de réparation sont différentes entre les deux types cellulaires. Chez l'homme, la méthode analytique développée ne nous a pas permis de mettre en évidence ces adduits que ce soit dans l'urine de sujets exposés professionnellement aux HAP ou dans l'ADN lymphocytaire de sujets fumeurs. De plus les nucléosides oxydés dans l'urine s'avèrent ne pas être de bons biomarqueurs d'effet des HAP. Les adduits stables du BPDE apparaissent donc comme des biomarqueurs pertinents de l'exposition au B[a]P, mais il est nécessaire d'améliorer la limite de détection de notre méthode pour permettre leur dosage chez l'homme.
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Marie, Caroline. "Recherche de nouveaux biomarqueurs d'exposition aux hydrocarbures aromatiques polycycliques à travers l'étude des lésions de l'ADN chez l'homme". Phd thesis, Université Joseph Fourier (Grenoble), 2007. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00196858.
Texto completo da fonteResumo:
Les HAP sont des polluants ubiquitaires de l'environnement. Certains d'entre eux, comme le benzo[a]pyrène (B[a]P) sont cancérigènes pour l'homme. Il est donc primordial d'évaluer l'exposition des individus au B[a]P. Pour cela, la mesure des adduits de l'ADN est d'un intérêt majeur puisqu'elle permet de quantifier la dose génotoxique. Deux voies métaboliques du B[a]P conduisent à la formation de divers adduits de l'ADN. Afin de définir de nouveaux biomarqueurs d'exposition, nous avons cherché à identifier la nature chimique des adduits majoritairement formés dans des modèles cellulaires de kératinocytes et d'hépatocytes humains exposés au B[a]P. Pour cela, une méthode analytique par chromatographie liquide haute performance couplée à la spectrométrie de masse en mode tandem a été mise au point pour permettre le dosage spécifique de sept adduits, avec une limite de détection de l'ordre de 1 adduit/108 nucléosides normaux. Les adduits majoritaires sont les adduits stables du diol-époxyde du B[a]P (BPDE), et les cinétiques de formation et de réparation sont différentes entre les deux types cellulaires. Chez l'homme, la méthode analytique développée ne nous a pas permis de mettre en évidence ces adduits que ce soit dans l'urine de sujets exposés professionnellement aux HAP ou dans l'ADN lymphocytaire de sujets fumeurs. De plus les nucléosides oxydés dans l'urine s'avèrent ne pas être de bons biomarqueurs d'effet des HAP. Les adduits stables du BPDE apparaissent donc comme des biomarqueurs pertinents de l'exposition au B[a]P, mais il est nécessaire d'améliorer la limite de détection de notre méthode pour permettre leur dosage chez l'homme.
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Bednarek, Nathalie. "Mmp-2, -9, timp-1, -2 : recherche de biomarqueurs de lésions cérébrales chez l'enfant prématuré et à terme". Paris 7, 2008. http://www.theses.fr/2008PA077103.
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Les atteintes cérébrales périnatales sont une cause majeure de décès ou de handicap. TJôtre hypothèse est que les MMP-2 et -9 et les TIMP-1, -2 pourraient être des marqueurs précoces de ces lésions cérébrales. Le profil cortical des MMP-2, -9, TIMP-1 et -2 a été étudié de la vie embryonnaire à l'âge adulte. Les profils plasmatiques de nouveaux-nés ont été étudiés en fonction de l'âge gestationnel, du sexe et des pathologies rencontrées en période néonatale. Le profil des MMP-2, -9, TIMP-1 et -2 ont été étudiés au niveau du cortex et du plasma dans des modèles animaux. MMP-2, leTIMP-1 et le TIMP-2 sont très exprimés respectivement pendant la période embryonnaire et en post-natal. MMP-9 est peu exprimée quel que soit le temps étudié. Le sexe n'influence pas l'expression des MMP-2 et -9 et des TIMP-1 et -2 chez l'animal et chez l'homme. Les MMP-9 et TIMP-1 sont élevés spécifiquement en cas d'EAI dans le plasma humain mais aussi chez la souris. Chez le nouveau-né présentant des lésions de substance blanche, il n'est pas observé de modifications des concentrations des MMP-9 et TIMP-1 alors que, chez l'animal, TIMP-1 s'élève exclusivement, de façon transitoire, dans le cortex et le plasma. Cette étude préliminaire apporte des arguments justifiant des explorations complémentaires concernant la MMP-9 et le TIMP-1 en tant que marqueurs de sévérité et pronostic de l'EAIThe perinal brain injuries are a major cause of death or handicap. We hypothezise that the MMP-2, -9, and the TIMP- 1 and 2 could be early markers of these cerebral lesions. The cortical profile of MMP-2, -9, TIMP-1 and -2 was studied during embryonic life to adulthood. The plasmatic neonatal profiles were studied according to the gestational age, gender and neonatal pathologies. They were also studied in animal models of perinatal brain injuries. MMP-2, TIMP-1 are largely expressed during embryonic life and TIMP-2 more likely in early post-natal period. MMP-9 is quasi undetectable whatever the moment. Gender does not influence the expression of MMP-2, -9 and their inhibitors in the new-born as well as in the mouse. In ischemic encephalopathy, MMP-9 and TIMP- 1 are specifically raised in new-born plasma but also in mice brain and plasma. In PWMD new-born, no gelatinase or inhibitor elevation was seen, but in mouse cortex and plasma, an exclusive and transitory raise of TIMP-1 is obvious. This preliminary study brings arguments to explore MMP-9 and TIMP-1 as severity and prognosis markers in hypoxic-ischemic encephalopathy
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Abtroun, Hamlaoui Belmouloud Lilia. "Une problématique de découverte de signatures de biomarqueurs". Thesis, Montpellier 2, 2011. http://www.theses.fr/2011MON20205.
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Appliqué à des problèmes actuels de recherche pharmaceutique, ce mémoire traite de la génération de signatures de biomarqueurs par une approche d'extraction de règles d'association et une Analyse Formelle de Concepts. Elle a aboutit au développement d'une méthodologie qui a été validée par six projets de recherche de signatures de biomarqueurs.Alors qu'il n'existe pas de méthode optimale pour traiter les données biomarqueurs, cette méthodologie logique s'appuie sur un scénario global d'analyse déployant quatre méthodes, chacune dépendante de procédés différents. Cette architecture qualifie une problématique centrale de manière à optimiser la qualité d'une solution aux différents problèmes scientifiques posés. Les six applications pratiques ont démontré l'intérêt de la prise en compte précoce des critères de qualité énoncés par les experts du domaine. L'interactivité est soutenue tout au long du processus de découverte et produit des résultats imprévus pour l'expert. La méthodologie s'inscrit dans la lignée des approches dédiées à la stratification systématique des individus, qui constitue le premier palier vers une médecine personnaliséeIn the framework of current intricate questions to be solved by the pharmaceutical industry, this manuscript examines the generation of biomarker signatures through an approach that combines association rules extraction and Formal Concept Analysis. It led to the development of a methodology which was validated by six research industrial projects. While there is no single optimal method to handle biomarkers datasets, this logical methodology relies on a global datamining scenario made up of four different methods. Each method utilizes different processes. This architecture qualifies global approach that helps to optimize a response to different biomarker signatures discovery problems. The six applications presented in this manuscript demonstrate the interest of an early consideration of the quality criteria are expressed by the experts in the field. The interactivity is supported throughout the process of discovery and produces unexpected results for the expert. The methodology helps the systematic stratification of individuals, which constitutes the first step towards personalized medicine
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Parfait, Sébastien. "Classification de spectres et recherche de biomarqueurs en spectroscopie par résonance magnétique nucléaire du proton dans les tumeurs prostatiques". Phd thesis, Université de Bourgogne, 2010. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00596568.
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Le cancer de la prostate est le cancer le plus fréquent chez l'homme de plus de 50 ans. Actuellement, les méthodes de dépistage manquent soit de sensibilité, soit de spécificité ou sont désagréables pour le patient. La spectroscopie de résonance magnétique permet l'étude du métabolisme in vivo. L'utilisation d'appareil haut champ (≥3T) permet dorénavant d'analyser la prostate sans antenne endorectale. L'objectif de cette thèse est de créer un système automatique de dépistage de ce cancer en mettant au point une méthode de classification automatique permettant de traiter les données obtenues grâce à la spectroscopie de résonance magnétique. La spectroscopie de résonance magnétique est un phénomène complexe, très sensible aux conditions d'acquisition. Nous avons donc étudié comment améliorer l'acquisition de ce signal. Cependant, même avec une acquisition de très bonne qualité, le signal de résonance magnétique doit subir quelques traitements pour être analysable automatiquement par une méthode de classification. La suite du travail a donc consisté à rechercher les traitements à appliquer pour optimiser les spectres en vue d'une classification. Nous avons alors recherché la méthode de classification optimale pour ce problème. Cet ensemble d'étapes (acquisition du signal, traitement des spectres puis classification des données obtenues) nous permet de mettre en évidence la présence de tumeurs de la prostate avec un taux d'erreur global de moins de 12%. Dans un second temps, nous avons cherché de nouveaux biomarqueurs dans les spectres. Ces biomarqueurs pouvaient être un métabolite précis ou une plage de fréquence correspondant à plusieurs métabolites. Nous n'avons pas trouvé d'attributs plus significatifs que la choline ou le citrate, cependant quelques bandes de fréquence semblent participer à l'amélioration des taux d'erreurs. Enfin, nous avons élargi notre champ d'investigation en tentant d'appliquer ces techniques chez le rat. Des contraintes liées à l'acquisition ne nous ont pas permis d'obtenir suffisamment de spectres dans le cas pré-clinique. Nous avons cependant pu valider la faisabilité de la SRM chez le rongeur et sa pertinence dans le cerveau. La technique doit cependant être améliorée pour pouvoir être validée dans le cas du cancer de la prostate chez le rat.
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Zimmer, Aline. "Caractérisation immunologique et protéomique des cellules dendritiques tolérogènes humaines. Application à la recherche de biomarqueurs de l'immunothérapie spécifique allergénique". Phd thesis, Université Paris Sud - Paris XI, 2011. http://tel.archives-ouvertes.fr/tel-00736730.
Texto completo da fonteResumo:
L'objectif de cette thèse est de définir des biomarqueurs relatifs à l'immunothérapie allergénique (ITA). Il peut s'agir de biomarqueurs prédictifs d'une réponse au traitement qui vont permettre aux cliniciens d'adapter les schémas thérapeutiques ou de biomarqueurs d'efficacité facilitant le suivi clinique des patients au cours du traitement. La stratégie de recherche est basée sur une hypothèse qui consiste à dire que les cellules dendritiques (DCs) sont impliquées dans le succès de l'immunothérapie. En particulier, nous supposons que le traitement induit une baisse des DCs effectrices et une augmentation des DCs tolérogènes.Dans une première partie, un criblage de molécules biologiques et pharmacologiques a été entrepris sur les DCs dérivées des monocytes afin de générer in vitro des DCs effectrices de type DC1 etDC17 et des DCs régulatrices. Quatre molécules ont ainsi été identifiées pour leurs propriétés polarisantes. En particulier, les protéases d'Aspergillus oryzae se sont révélées être des inducteurs forts de tolérance. Le phénotype des DCs régulatrices obtenu a été étudié en détail ainsi que la polarisation et la fonctionnalité des lymphocytes T générés après cocultures.Dans une deuxième partie, deux approches de protéomique quantitative (la 2D-DIGE et la LCMS/MS sans marquage) ont été utilisées pour comparer les protéomes des DCs régulatrices et desDCs effectrices. Le différentiel d'expression des protéines les plus pertinentes a été validé au niveau transcriptionnel et protéique dans différents modèles. Le suivi des marqueurs dans des cellules du sang de patients traités ou non par ITA lors d'une étude clinique randomisée, contrôlée, en double aveugle, a permis de définir deux nouveaux biomarqueurs d'efficacité précoce de l'immunothérapie. Ces marqueurs pourront être suivis lors des traitements de désensibilisation pour distinguer les patients répondeurs des non-répondeurs. Par ailleurs, le suivi de ces biomarqueurs pourrait être essentiel dans d'autres pathologies comme les maladies auto-immunes ou encore la transplantation.
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Grzych, Guillaume. "Étude du profil métabolomique des patients atteints de stéatose hépatique non alcoolique (NASH) : recherche d’hypothèses physiopathologiques et de biomarqueurs". Thesis, Lille 2, 2020. http://www.theses.fr/2020LIL2S026.
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La NAFLD (Non Alcoholic Fatty Liver Disease), enjeu majeur de santé publique, est la complication hépatique du syndrome métabolique. La NAFLD se caractérise par des lésions hépatiques dues à une accumulation de triglycérides dans le foie qui, associée à une inflammation, évolue vers la stéato-hépatite (NASH Non-Alcoholic Steatohepatitis). Les mécanismes moléculaires sous-tendant la pathogenèse et particulièrement le passage de la stéatose à la NASH sont encore mal compris. Une meilleure compréhension de la physiopathologie de la NASH est nécessaire afin d’identifier de potentielles cibles thérapeutiques et des marqueurs non invasifs pour le diagnostic et le suivi de la pathologie.Dans ce contexte, la métabolomique apparait prometteuse. La métabolomique est l'analyse de l'ensemble des métabolites dans un milieu biologique et complète les autres techniques «omics» pour l'étude des propriétés biologiques dynamiques. Ce travail a pour objectif d’utiliser l’approche métabolomique pour mettre en évidence un profil particulier chez les patients atteints de NASH afin de comprendre la physiopathologie et d’identifier de potentiels biomarqueurs. Pour cela, nous avons utilisé deux approches métabolomiques : 1/ l’approche ciblée, sur plasma, en se focalisant sur deux classes de métabolites, les acides aminés et les acides biliaires, 2/ l’approche non ciblée sur plasmas et foies humains (dont les résultats sont en attente). Dans la littérature, les acides biliaires (AB) sont étudiés en tant qu'acteurs physiopathologiques et biomarqueurs dans la NASH. Cependant, l'interprétation des résultats est compliquée par l'association étroite de la NASH avec le diabète de type 2 (DT2), la résistance à l'insuline (IR) et l'obésité, contextes métaboliques qui sont aussi associés à des variations d’AB. Nous avons donc cherché à comprendre la relation complexe entre la NASH et les concentrations d’AB, en fonction du statut DT2, et en tenant compte de l’IR et de l’obésité. Par analyses des profils d’AB dans deux cohortes (ABOS n=219, RESOLVE n=58) de patients obèses bien caractérisés (biopsies hépatiques, statut clinico-biologique, effectif élevé), nous montrons que les concentrations plasmatiques des AB sont plus élevés chez les patients NASH vs non-NASH, à la fois chez les patients DT2 et Non-DT2. Par contre, ces augmentations dépendent du degré d’IR, ce qui suggère que la NASH n'entraîne des altérations d’AB qu'en présence d'une IR avancée et indépendamment du statut diabétique.Dans la littérature, les concentrations plasmatiques d’AA à chaîne ramifiée (BCAA) sont associées avec l’obésité, l’IR et la gravité des lésions hépatiques de la NAFLD. De plus, les concentrations plasmatiques de BCAA diffèrent entre les sexes, qui présentent des susceptibilités différentes aux maladies cardiométaboliques. Nous avons évalué l’association entre les concentrations plasmatiques de BCAA et les stades de gravité de la NAFLD,indépendamment du sexe, de l’IR et de l’obésité. Dans la cohorte RESOLVE, 112 patients obèses ont été divisés en quatre groupes en fonction de la sévérité de la NAFLD, et appariés en fonction du sexe, de l'IMC, de l'IR et de l'HbA1c. Comme attendu, une corrélation positive modeste a été observée entre les concentrations de BCAA et la sévérité de la NAFLD, ainsi qu'un impact majeur du sexe sur les concentrations de BCAA. L'analyse des sous-groupes révèle que, si les concentrations plasmatiques de BCAA augmentent avec la sévérité de la NAFLD chez les femmes, elles ont tendance à diminuer chez les hommes, suggérant un impact du sexe sur la composante métabolique de la NAFLD [...]NAFLD (Non-Alcoholic Fatty Liver Disease), a major public health issue, is considered thehepatic manifestation of the metabolic syndrome. NAFLD is characterized by liver injury dueto an accumulation of triglycerides in the liver which, when associated with inflammation, canprogress to steatohepatitis (NASH Non-Alcoholic Steato Hepatitis). The molecular mechanismsunderlying the pathogenesis, and particularly the transition from steatosis to NASH, are still poorly understood. A better understanding of the pathophysiology of NASH is necessary to identify potential therapeutic targets and non-invasive markers for the diagnosis and monitoring of the pathology. In this context, metabolomic approaches are promising.Metabolomics is the comprehensive analysis of metabolites in a biological medium, and it complements other "omics" techniques for the study of dynamic biological processes. The objective of this work is to use the metabolomics approach to highlight a particular profile in NASH patients in order to understand the pathophysiology and identify potential biomarkers.For this, we have used two metabolomic approaches: 1/ the targeted approach, on plasma,focusing on two classes of metabolites, amino acids and bile acids, 2/ the non-targeted approach on human plasma and livers (results are pending).In the literature, bile acids (B A) are studied as pathophysiological actors and potential biomarkers in the context of NASH. However, interpretation of many cohort studies is complicated by the close association of NASH with type 2 diabetes (T2D), insulin resistance(IR) and obesity, which are also associated with variations in BA. We therefore sought tounderstand the complex relationship between NASH and BA concentrations, as a function ofT2D status, considering IR and obesity as confounding parameters. Through analysis of BAprofiles in two cohorts (ABOS n=219, RESOLVE n=58) of well-characterized obese patients (histological analysis of liver biopsies, clinical-biological status, well-powered statistically), weshow that plasma BA concentrations are higher in NASH vs. non-NASH patients in both T2Dand non-T2D patients. These increases are dependent on the degree of IR, suggesting that NASH causes AB alterations only in the presence of advanced IR and independently of diabetes status.In the literature, plasma levels of branched-chain AA (BCAA) are associated with obesity, IR,and severity of liver damage in NAFLD. In addition, plasma BCAA concentrations differ between genders, which display different susceptibilities to development of cardiometabolicdisease. We evaluated the association between plasma BCAA concentrations and the severity stages of NAFLD, independent of gender, IR and obesity. In the RESOLVE cohort, 112 obese patients were divided into four groups based on NAFLD severity and matched for gender, BMI,IR, and HbA1c. As expected, a modest positive correlation was observed between BCAAconcentrations and NAFLD severity, as well as a major impact of gender on BCAAconcentrations. Subgroup analysis revealed that while plasma BCAA concentrations increased with the severity of NAFLD in females, they tended to decrease in males, suggesting an impact of gender on the metabolic component of NAFLD. Analysis of other AA in the cohort reveals plasma AA alterations involved in the methionine cycle (serine, cysteine, ...), whose molecular mechanisms are being explored in mouse models. The use of metabolomics has allowed us to better characterize the complex interactions of NASH with IR and sex on BA and AA
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Clément, Thomas. "Recherche de liens entre expression d'ARN non codants et physiopathologies articulaires, utilisation des microARN comme biomarqueurs du phénotype chondrocytaire". Thesis, Université de Lorraine, 2014. http://www.theses.fr/2014LORR0113/document.
Texto completo da fonteResumo:
L’arthrose est la pathologie articulaire la plus répandue et, avec l’allongement de l’espérance de vie, sa prévalence ne cesse d’augmenter. Elle se caractérise par une dégénérescence du cartilage articulaire associée à une inflammation synoviale et un remodelage anormal de l’os sous-chondral, qui résultent en une perte progressive de mobilité et des douleurs très handicapantes. Dans le cartilage, le chondrocyte est le seul type cellulaire et il est responsable de la synthèse des composants de la matrice extracellulaire (collagènes, protéoglycanes). Au cours de l’arthrose, le phénotype du chondrocyte est altéré et la balance synthèse/dégradation des composants matriciels est déséquilibrée en faveur de la dégradation du cartilage. Il n’existe actuellement aucun traitement permettant de ralentir efficacement l’évolution du processus arthrosique, de sorte que la recherche de biomarqueurs pertinents et de cibles thérapeutiques potentielles est en pleine effervescence depuis l’explosion de l’étude des microARNs. Les microARNs sont des petits ARNs non codants régulant négativement l’expression des gènes. On estime que 50% des gènes sont potentiellement régulés par les miARNs. Les miARNs semblent impliqués dans tous les processus biologiques majeurs tels que la différenciation cellulaire, l’apoptose ou encore la cancérisation. Ces petits ARN non codants sont donc des biomarqueurs potentiels très intéressants. Au cours de ces travaux de thèse l’implication des miARN dans la régulation du phénotype chondrocytaire a été étudiée. A partir d’un modèle de perte du phénotype chondrocytaire différencié, provoquée par des repiquages successifs ou une stimulation par l’IL-1β les variations du profil d’expression des miARNs ont été analysées par l’utilisation de puces dédiées. Ces données ont permis de mettre en évidence 43 miARNs candidats dont le cluster miR-23~27b~24-1 et miR-29b. L’étude de la régulation de la production différentielle des miARNs de ce cluster a été entreprise, sans que nous parvenions toutefois à apporter une réponse formelle sur les mécanismes impliqués. Néanmoins, nous avons identifié miR-29b comme un régulateur négatif de l’expression du gène codant Col-IIa1 au cours de la perte du phénotype différencié, ainsi que chez les chondrocytes « arthrosiques ». Enfin, comme il a été montré au laboratoire que l’équilibre entre les concentrations extracellulaires de pyrophosphate/phosphate inorganique (ePi/ePPi) était essentiel au maintien du phénotype chondrocytaire différencié, nous nous sommes intéressés à la régulation des gènes codant les acteurs protéiques impliqués dans cette balance (ANK, PC1, Pit-1 et TNAP). A partir de prédictions de cibles par analyse in silico, un panel de 4 miARNs candidats a été établi : let7e, miR-9, miR-188 et miR-219. Nos travaux avec des systèmes rapporteurs ont démontré l’implication de miR-9 en tant que régulateur négatif de l’expression des gènes PC-1, Pit-1 et TNAP, de façon cohérente ou non avec les prédictions bio-informatiquesOsteoarthritis (OA) is the most frequent joint disease and its prevalence still grows with the increase in lifespan. OA is characterized by articular cartilage degeneration, together with synovitis and abnormal subchondral bone remodeling, leading to progressive loss of mobility and pain. Chondrocyte is the unique cell type in cartilage which accounts for the synthesis of extracellular matrix (ECM) components (collagens, proteoglycans). During OA, chondrocyte phenotype is altered and the balance between ECM synthesis and degradation is impaired towards cartilage degradation. To date no treatment can efficiently reduce OA progression so that the search for reliable biomarkers and potential therapeutic targets is very active, particularly since the discovery of microRNAs. miRNAs are estimated to regulate 50% of cellular genes. They contribute to major cellular processes such as cell differentiation, apoptosis or tumorigenesis. Therefore, miRNAs are interesting putative biomarkers. During this PhD thesis, we studied the contribution of miARNs to the control of chondrocyte phenotype. Using a model of chondrocyte differentiated phenotype loss induced by extensive subculturing or IL-1β challenge we studied changes in miRNAs profile with microarrays. We determined a panel of 43 varying miRNA including the miR-23~27b~24-1 cluster and miR-29b. The differential production of miRNAs from this cluster has been investigated, but we didn’t succeed in identifying the underlying mechanisms. However, we identified miR-29b as a negative post-transcriptional regulator of Col-IIa1 during differentiated phenotype loss and OA. Finally, as equilibrium between extracellular levels of inorganic phosphate and pyrophosphate (ePi/ePPi) was previously shown in the laboratory to be crucial for the maintenance of a differentiated chondrocyte phenotype, we studied the regulation of the genes encoding the 4 proteins regulating this balance (ANK, PC1, Pit-1 and TNAP). From in silico analysis, we selected a panel of 4 miRNAs: let7e, miR-9, miR-188 and miR-219. Using reporter assays, we showed that miR-9 was a negative regulator of PC-1, Pit-1 and TNAP, according or not to bioinformatics prediction