Literatura científica selecionada sobre o tema "Plancton marin – Populations"

Abstract Introduction: The European Society of Medical Oncology Scale of Actionability of molecular Targets (ESCAT) classification system provides a standardized framework for categorizing genomic alterations (GA) of advanced cancer patients. We aimed to analyze the impact of matched therapies administered based on GAs identified through Institut Curie Molecular Tumor Board (MTB) between January 2018 and December 2022, according to ESCAT classification. Patients and methods: Between 2018 and 2022, 1,445 patients were discussed at Institut Curie MTB. Inclusion criteria were pre-defined as: adult patients (>18 years) with advanced or rare cancers. Tumors characteristics, pathological and genomic analyses, MTB conclusions, and follow-up after MTB were collected. Molecular analyses included a custom in-house NGS panel of 571 genes (DRAGON) and targeted RNAseq (ARCHER FusionPlex® CTL panel) or WGS, WES and RNAseq performed on the SEQOIA platform as part of the French Genomic Medecine Plan 2025. Clinical endpoints were Objective Response Rates (ORR), Progression-Free Survival (PFS) and Overall Survival (OS). ORR, PFS and OS of the population of patients receiving matched therapies were analyzed according to ESCAT Tiers. Results: Median patients age was 59 in the global MTB population (range=18-95; n=1,445) and mostly females (968/1,445; 67%). Most frequent tumors were from breast (20%), head and neck (10%), pancreas (10%), colon/rectum (9%), ovary (7%), lung (7%), soft tissue (7%), uterus (6%) or uveal melanoma (5%). Of the 1,445 patients, 995 had a tumor molecular profiling (69%). Actionable GAs were found in 576/995 (58%) of patients and 211/995 (21%) patients were oriented towards matched therapy. Simultaneously, some patients have also been referred to a genetic consultation when GA may correspond to a known predisposition gene. Among the 211 patients oriented towards matched therapy and after clinical evaluation for each patient, 101/211 (47%) representing 101/995 (10%) of the total patients actually received a matched therapy according to 102 actionable GAs identified through MTB analysis. The main actionable GAs detected were found in PIK3CA (12%), ERBB2 (11%), BRCA2 (6%) and FGFR3 (5%) genes. Among these, 40/102 GAs (40%) were classified as tier I, 4 (4%) as tier II, 35 (35%) as tier III, 18 (18%) as tier IV and 5 (5%) as tier X according to ESCAT. For those patients, PFS and OS were significantly improved when treatment was administered based on ESCAT tiers I/II (p=0.0486 for PFS, and p=0.0224 for OS). Worst clinical outcomes were observed for hypothetical targets classified as Tiers III and IV. Conclusions: High throughput screening was feasible for a majority of patients enrolled in the MTB. Among the patients screened, actionable GAs are identified in 58% of the patients. Yet 21% were oriented to matched therapy. Finally, 10% of patients were eventually treated with matched therapy, with a favorable outcome observed in patients with ESCAT Tiers I/II. Citation Format: Maud Kamal, Kimya Rahmani Narj Abadi, Raphaël Sanchez, Célia Dupain, Isabelle Guillou, Grégoire Marret, Zahra Castel Ajgal, Marie Paule Sablin, Cindy Neuzillet, Amani Asnacios Lecerf, Edith Borcoman, Ségolène Hescot, Florence Coussy, Manuel Rodrigues, Nicolas Girard, Sarah Watson, Julien Masliah Planchon, Jennifer Wong, Abderaouf Hamza, Celine Callens, Olfa Trabelsi Grati, Samia Melaabi, Keltouma Driouch, Emmanuelle Mouret-Fourme, Chrystelle Colas, Samantha Antonio, Odette Mariani, Michèle Nijnikoff, Anne Vincent-Salomon, Yves Allory, Ivan Bieche, Christophe Le Tourneau. Impact of molecular profiling and ESCAT classification on patient outcome: The experience of Institut Curie Molecular Tumor Board [abstract]. In: Proceedings of the AACR-NCI-EORTC Virtual International Conference on Molecular Targets and Cancer Therapeutics; 2023 Oct 11-15; Boston, MA. Philadelphia (PA): AACR; Mol Cancer Ther 2023;22(12 Suppl):Abstract nr B005.

Les organismes planctoniques, acteurs clés des écosystèmes, soutiennent les réseaux trophiques et ont un rôle majeur dans les cycles biogéochimiques et la régulation du climat. Tandis que la répartition spatio-temporelle de la diversité planctonique peut être étudiée à plusieurs niveaux, du gène jusqu’à l’écosystème, comprendre les mécanismes qui sous-tendent cette organisation est un défi. En effet, la structure de la diversité résulte de différents processus évolutifs et écologiques qui peuvent agir simultanément sur le vivant. Depuis le début du XXIème siècle, le milieu océanique fait l'objet d’une surveillance croissante. De nombreuses plateformes d’observation ont été déployées permettant l’acquisition de très nombreuses données couvrant de multiples caractéristiques environnementales. En parallèle, les technologies d’étude du vivant se sont développées, conduisant à un échantillonnage sans précédent des organismes planctoniques. En particulier, les données à haut débit de séquençage et d’imagerie permettent de fournir des informations moléculaires, taxonomiques et fonctionnelles à l’échelle des communautés. L’objectif de cette thèse était d’explorer la structure des écosystèmes planctoniques à l’aide des données à haut débit de séquençage et d’imagerie. Le couplage avec les données environnementales pourrait contribuer à une meilleure compréhension de la répartition spatiale de la diversité planctonique, des espèces jusqu’au communautés. Dans une première partie, la diversité génétique de protistes a été étudiée à l’échelle de l’espèce. L’hypothèse était que les données métagénomiques pourraient permettre d’accéder à l’organisation de cette diversité mal caractérisée pour les protistes, ainsi qu’aux mécanismes qui la sous-tendent. Dans une deuxième partie, le lien entre diversité génétique et diversité fonctionnelle a été exploré. La transparence a été ciblée. Ce trait fonctionnel est peu exploré à l’échelle des communautés et les bases moléculaires sont mal identifiées. Une approche permettant de faire émerger ce trait des données d’imagerie a été utilisée, ayant conduit à l’exploration de sa biogéographie et ses bases moléculaires. Dans la dernière partie, le haut potentiel de complémentarité entre jeux de données de séquençage, d’imagerie et environnementaux a été exploré, afin de mettre en lumière la structure multi-échelle de l’écosystème planctonique et d’identifier sa structure globale. Enfin, l’ensemble des résultats a été discuté pour mettre en évidence les apports que peuvent fournir ces données à la compréhension des écosystèmes planctoniques, ainsi que les limites auxquelles elles peuvent faire face
Planktonic organisms are key actors in oceanic ecosystems, which support trophic networks and play a major role in biogeochemical cycles and climate regulation. While the spatio-temporal distribution of planktonic diversity can be investigated at several levels, from the gene to the ecosystem, identifying the underlying mechanisms is challenging. Indeed, the structure of diversity results from different evolutionary and ecological processes that can act simultaneously. Since the beginning of the 21st century, the oceanic environment has been increasingly monitored. Numerous observation platforms have been deployed, leading to the acquisition of a large amount of data for multiple environmental characteristics. At the same time, technologies for studying living organisms have been developed. Thus, an unprecedented sampling of planktonic organisms has taken place. In particular, high-throughput sequencing and imaging data provide molecular, taxonomic and functional information at several biological levels. The objective of this thesis was to explore the structure of planktonic ecosystems using high-throughput sequencing and imaging data. Coupling with environmental data could contribute to a better understanding of the spatial distribution of planktonic diversity, from species to communities. In the first part, the genetic diversity of protists was studied at the species level. The hypothesis was that metagenomics could provide access to the poorly characterized spatial organization of the intraspecific protist genetic diversity, as well as to the mechanisms underlying it. In a second part, the link between genetic diversity and functional diversity was explored. Transparency was targeted. This functional trait is little explored at the community level and its molecular basis is poorly identified. A data-driven approach allowed this trait to emerge from imaging data, leading to the exploration of its biogeography and molecular basis. In the last part, the high potential of complementarity between sequencing, imaging and environmental datasets was explored, in order to highlight the multi-scale structure of the planktonic ecosystem and to identify its global structure. Finally, all the results were discussed to highlight the contributions that these data can provide to the understanding of planktonic ecosystems, as well as the limitations they can face

En plus du cycle saisonnier du vent, les systèmes d'upwelling de bord Est des océans subissent des fluctuations à des échelles de temps plus courtes, intrasaisonnières ou synoptiques. Dans cette thèse, nous nous concentrons sur l'impact d'une intensification ou d'une relaxation du vent synoptique sur une période de 5 à 10 jours sur la dynamique et l'écosystème planctonique du secteur d'upwelling du sud Sénégal (SSUS). Ce système possède un plateau continental particulièrement peu profond et est situé au sud de l'abrupte péninsule du Cap-Vert, qui casse la continuité de la ligne de côte. Notre objectif est d'apporter des connaissances supplémentaires sur ce système d'upwelling côtier qui, malgré son importance, a reçu peu d'attention, en particulier aux échelles de temps synoptiques. Pour étudier cela, nous développons une expérience de modélisation qui consiste à appliquer une intensification et une relaxation idéalisées du vent synoptique à un ensemble d'états climatologiques du SSUS. Les fluctuations synoptiques ont un impact sur toutes les variables dynamiques et façonnent des anomalies robustes des structures spatiales à l'échelle du système et à la méso-échelle. En appliquant un bilan de chaleur de la couche mélangée, nous identifions l'importance des processus horizontaux et l'importance très localisée des processus verticaux dans la variabilité du SSUS. Aussi, nous constatons que les biomasses planctoniques oscillent dans l'espace et le temps en réponse aux fluctuations synoptiques. La perturbation atmosphérique est amortie lors de sa propagation vers les niveaux trophiques supérieurs de l'écosystème. La réponse de l'écosystème planctonique est complexe et hétérogène sur le plateau, avec un comportement distinct sur le plateau interne. Un bilan des diatomées révèle que leur biomasse est principalement contrôlée par la production primaire, le broutage du zooplancton et la mortalité-agrégation. L'équilibre entre ces processus est responsable des réponses oscillatoires de la biomasse des diatomées aux événements synoptiques. Toutes les variables dynamiques et biogéochimiques présentent de modestes asymétries entre les réponses d'intensification et de relaxation du vent. Cela supporte l'hypothèse selon laquelle la variabilité synoptique a un impact seulement modeste sur l'état moyen climatologique. Les implications de nos résultats pour les futures questions de recherche sont discutées, notamment l'importance des observations biogéochimiques et les avancées de la modélisation des écosystèmes planctoniques
In addition to the wind seasonal cycle, Eastern Boundary Upwelling Systems undergo fluctuations at shorter synoptic to intraseasonal time scales. This thesis focuses on the impact of synoptic wind intensifications and relaxations with a period of 5-10 days on the dynamics and planktonic ecosystem of the South Senegalese Upwelling Sector (SSUS). This system is located south of the sharp Cape Verde peninsula which acts as an abrupt coastline break and has a particularly shallow continental shelf. We aim to bring additional knowledge on this important coastal upwelling system that has received little attention, especially at synoptic time scales. To investigate this, we develop a modeling framework that involves applying idealized synoptic wind intensification and relaxation to an ensemble of climatological SSUS states. Synoptic fluctuations impact all dynamical variables out of their intrinsic variability range and shape robust anomalies of SSUS-scale and mesoscale spatial patterns. Using a mixed layer heat bud- get over the shelf, we identify the importance of horizontal processes in the SSUS heat variability and the very localized importance of vertical processes. Plankton biomass are found to oscillate in space and time in response to synoptic wind fluctuations. The atmospheric perturbation is damped during its propagation towards the upper trophic levels of the ecosystem. The response of the planktonic ecosystem is complex and heterogeneous over the shelf, with a distinctive inner shelf behavior. A diatoms budget reveals that their biomass is primarily controlled by primary production, zooplankton grazing and mortality-aggregation. The balance between these processes is responsible for the oscillatory responses of the diatoms biomass to synoptic wind events. All dynamical and biogeochemical variables exhibit modest asymmetries between wind intensification and relaxation responses. This brings support to the hypothesis that synoptic variability has a modest net impact on the climatological mean state. The implications of our results for future research questions are discussed, including the importance of biogeochemical observations and advances in plankton ecosystem modeling

Cette etude est une synthese des aspects environnementaux, biologiques et ecologiques des principales especes de la mer de java. Les relations indirectes entre ces aspects, et l'evaluation du stock de la mer de java sont discutes. L'hydrologie de la mer de java est principalement dirigee par la variabilite climatique. La mousson engendre le gradient de la salinite et de la masse d'eau dans axe ouest-est, de meme qu'elle induit l'effet de masse continentale sur la productivite de la region cotiere. Ces phenomenes influencent la repartition de l'abondance et le schema de migration des poissons pelagiques. Deux types de migrations sont supposes dans cette etude, c'est a dire celui de la phase planctonique et celui de la phase nectonique. Nous supposons que le stock de la mer de java est une part d'une large population s'etendant du sud de la mer chine meridionale a la mer de flores. La repartition des tailles par zones et epoques montre un mouvement interne possible de l'agregation du poisson et une emigration des adultes vers la direction nord-est, ce qui survient simultanement avec l'immigration provenant de la mer de flores pendant la mousson de sud-est. La migration saisonniere peut etre consideree comme le principal facteur influencant les oscillations de croissance qui sont apparemment observees pour les especes migrantes. Au cours de l'annee, deux recrutements existent. Ils prennent place au debut de chaque mousson. Dans les zones, le recrutement principal s'effectue en mousson de sud-est. Les recrues ne proviennent pas de la cohorte dominante relevee l'annee precedente. Les observations acoustiques indiquent l'existence d'une stratification de l'agregation du poisson selon deux axes nord-sud et ouest-est. Dans la region prospectee, trois strates sont distinguees : une zone ouest, une zone centrale et une zone est. Pendant la saison humide, la partie ouest serait occupee par des especes neritiques (d. Russellii), alors que, pendant la saison seche, les bancs rencontres seraient composes d'un melange de jeunes poissons de l'espece precedente et d'individus appartenant aux especes cotieres. Tout au long de l'annee, la zone est (du banc de matasiri a la pente continentale) est occupee par les especes oceaniques ou un melange d'especes migrantes. Ces stratifications sont relatives au schema migratoire decrit plus haut. La plupart des poissons occupant la mer de java est jeune et immature. La comparaison de la biomasse theorique et capturee est en accord avec l'argumentation de l'emigration du poisson adulte vers la region est. L'interaction entre la pecherie semi-industrielle et artisanale semble apparente ; la derniere pecherie exploite la taille plus petite. Les pecheries javanais exploitent seulement une partie des stocks et l'etude de l'amenagement devrait couvrir l'ensemble du stock.